BENJAMIN LEWIN

Cuando se publico Ia primera edicion de GENES, Benjamin

Lewin establecio el estandar de Ia enseF\anza de Ia biologfa
y genetica moleculares con un abordaje unificado. La
novena edicion de este libra clasico continua con dicha
tradicion, presenta Ia estructura y funcion de los genes en
organismos eucariotos y procariotos. El Dr. Lewin mantiene
el compromiso de proporcionar a los estudiantes, investigadores y
educadores los conceptos actuales en este campo que cambia en forma
constante. La novena edicion de GENES incluye contenido actualizado
y una cobertura mas amplia de temas fundamentales con una nueva
organizacion que le permite al estudiante enfocarse con mayor precision en los
genes yen su expresion. GENES /Xtambien ostenta un diseF\o moderno, nuevo
y un programa contemporaneo.

Caracterfsticas nuevas y principales de GENES IX

Mayor cobertura en numerosas areas, que incluye:

- Replicacion del DNA - Regulacion de Ia cromatina y regulacion genica
- Recombinacion y reparacion - Evolucion de los genes
- El replicon - El cromosoma Y

Reorganizacion para permitir a los instructores construir conceptos crfticos a lo largo

del curso.

Nuevo diseF\o contemporaneo y un impactante programa de arte de cuatro col ores.

Nuevas actualizaciones de principia a fin, que incluyen informacion actual referente

a Ia organizacion del genoma, replicacion del DNA, regulacion genica y mucho mas.

IJ Educacion T/1e McGrow Hi/1 Companies

ISBN13: 9789701066850
ISBN10: 9701066855
0 0 0 0 0

:JU J Visite nuestra pagina WEB

www.mcgraw-hill-educacion.com
 Editado por

Benjamin Lewin, PhD

Geneticist
Cambridge University

Novena edicion

Traducd6n:
Hector Barrera ViLLa Zevallos
Felix Garda Roig

MEXICO BOGOTA BUENOS AIRES CARACAS GUATEMALA

LISBOA MADRID NUEVA YORK SAN JUAN SANTIAGO SAO PAULO
AUCKLAND LONDRES MILAN MONTREAL NUEVA DELHI
SAN FRANCISCO SIDNEY SINGAPUR ST. LOU1S TORONTO
Editor sponsor: Camilo Heras Marrfnez
Correcci6n de estilo: Guillermina Cuevas Meza y Elia Olvera Martinez
Supervision de edici6n: Leonora Veliz Salazar
Supervision de producci6n: Jose Luis Gonza lez Huer ta
Composici6n y formaci6n: By Color Soluciones Graficas

NOTA

La medicina es una ciencia en con stante desarrollo. Conforme surjan nuevos conocimientos, se requeriran cam-
bios de Ia terapeutica. El (los) autor(es) y los editores se han esforzado para que los cuadros de dosificacion
medicamentosa sean precisos y acordes con lo establecido en Ia fec ha de publicaCi6n Sin embargo, ante los
posibles errores humanos y cambios en Ia medicina, ni los editores ni cualquier otra persona que haya parti -
cipado en Ia preparacion de Ia obra garantizan que Ia informac ion contenida en ella sea precisa o com pleta,
tampoco son responsables de errores u omisiones, ni de los resultados que con dicha informac ion se obtengan.
Convendria recurrir a otras fuentes de datos , por ejemplo, y de manera particular, habra que consultar Ia hoja
informativa que se adjunta con cada medicamento, para tener certeza de que Ia informacion de esta obra es
precisa y no se han introducido cambios en Ia dosis recomendada o en las contraindicaciones para su admi-
nistracion. Esto es de particular importancia con respecto a farmacos nuevos o de uso no frecuente. Tambien
debera consu ltarse a los laboratorios para recabar informacion sobre los valo res normales .

GENES IX

Prohibida la reproducci6n total o parcial de esta obra,

por cualquier media, sin autorizaci6n escrita del editor.

- EducaciOn
DERECHOS RESERV ADOS 2008 respecto a Ia prim era edici6n en espafwl por
McGRAW-HILL INTERAMERICANA EDITORES, S.A. de C.V.
A subsidiary of The McGraw-Hill Companies, In c.
Prolongaci6n Paseo de Ia Reforma 1015, Torre A, Piso 17, Col. Desarrollo Santa Fe,
Delegaci6n Alva ro Obregon
C.P. 013 76, Mexico, D.F.
Miembro de Ia Camara Nacion al de Ia Industria Editorial Mexicana, Reg. num. 736

~SBN 10:970-10-6685-5
ISBN 13: 978-970-1 0-6685-0

Translated from the nimh English edition of: Genes IX

Edited by Benjamin Lewin
Copyright 2008 by Jones & Banlett Publishers, Inc., 40 Tall Pine Drive, Sudbury, !'viA 0 1776
All Rights Reserved

ISBN 10: 076374063 2

ISBN 13: 9780763740634

1234567890 09765 432108

Impreso en Mexico Primed in Mexico

Impreso en Mexico en Abril del 2008 Printed in Mexico in April 2008

lmpreso por Editorial Impresora Apolo Printed by Ed itorial lmpresora Apolo

rhe McGrawHill Companies ~ ... ~

Contenido abreviado

Contenido v1
Prefacio xv1
e La rep licaci6n bacteria na esta conectada
con el ciclo celular 408

0 Los genes son DNA 1

G Rep licaci6n del DNA 428

8 Los genes codifican protefnas 23

G) Reco mbinaci6n hom6loga y espec1fica
de sitio 457
0 El gen interrumpido 37
e
e El contenido del genoma 55
e
Siste mas de reparaci6 n 499

Tra nsposones 521

0 Secuencias gen6micas y numeros de genes 76
fl) Retrovirus y retroposo nes 550
0 Agrupamientos y repeticiones 98
G Diversidad inmunitaria 570
0 El RNA mensajero 127 e Promotores y potenciadores 609
0 Sfntesis protefnica 151 e Activaci6 n de la transcripci6n 640
0 Utilizaci6n del c6digo genetico 189 e Corte, empalme y procesamiento de l RNA 667
e Localizaci6n de las protefnas 218 e RNA catalitico 706

CD Transcripci6n 256 e Cromosomas 729

CD El operon 300 G) Nucleosomas 757

CD RNA regulador 331 G) Cont rol de la estructu ra de la cromatina 796

e Estrategias de los fagos 349 - Los efect os epigeneticos son heredados 818

e El replic6n 376
Glosario 845
e Replicones extracromos6 micos 392 indice alfa betico 867

v
~Contenido

Prefacio xvi - Un locus puede tener numerosos alelos mutantes

diferentes 27

-
1 Los genes son DNA 1 Un locus puede tener mas de un alelo de tipo

-
Introduccion 2
El DNA es el material genetico de las bacterias 3
El DNA es el material genetico de los virus 4
Et DNA es el material genetico de las celulas
animales 5
Los polinucleotidos tienen bases nitrogenadas ligadas a
si lvestre 28
La recombinacion ocurre por al intercambio fisico de
DNA 28
El codigo genetico se lee en tripletes 30
Cada secuencia tiene tres marcos de lectura
posibles 31
Los genes procarioticos son colineales con sus

-
un esqueleto de azucar-fosfato 6 proteinas 32
IIDII El DNA es una helice duplex 6 Numerosos procesos son necesarios para expresar el
La duplicacion del DNA es semiconservadora 8 producto proteinico de un gen 33
Las cadenas de DNA se separan en la horquilla de Rf:l Las proteinas actuan en trans, pero los sitios del DNA,
duplicacion 9 en cis 35
La informacion genetica puede ser proporcionada por el HD Resumen 36
DNA o por el RNA 10

-
Los acidos nucleicos se hibridan por apareamiento de
bases 12 3 El gen interrumpido 37
Las muta ciones cam bian la secuencia del DNA 14 Introduccion 38
Las mutaciones pueden afectar a pares de bases Un gen interrumpido esta formado por intrones y
individuates o a secuencias mas largas 15 exones 38
Los efectos de las mutaciones pueden ser Las endonucleasas de restriccion son una herramienta
revertidos 16 esencial en el mapeo del DNA 39
Las mutaciones se concentran en puntas calientes 17 La organizacion de los genes interrumpidos puede

..-
conservarse 40
Numerosos puntas calientes son resultado de bases
modificadas 18 Las secuencias de los exones se conservan, pero las de
los intrones varian 42
Algunos agentes hereditarios son extremadamente
pequenos 19 La distribucion de tamanos de los genes es amplia 43
Resumen 20 Algunas secuencias de DNA codifican a mas de una
proteina 45
(Como evolucionaron los genes interrumpidos? 47
2 Los genes codifi can proteinas 23

-
Algunos exones pueden equipararse con funciones
Introduccion 24 proteinicas 49
Un gen codifica a un solo polipeptido 24 Los miembros de una familia de genes tienen una

-
Las mutaciones que se presentan en el mismo gen no organizacion comun 51
se pueden complementar 25 1111 (Se encuentra toda la informacion genetica contenida
Las mutaciones pueden provocar perdida o ganancia de en el DNA? 53
funcion 26 Resumen 53

vi
- 4

D ill
El contenido del genoma
Introduccion 56
55

Pueden trazarse mapas de los genomas par ligamiento,

par restriccion, por division o por secuencia de DNA 56
Los geno mas individuates son muy variables 57
Los RFLP y los SNP pueden ser utilizados para el mapeo
6 Agrupamientos y repeticiones
Introduccion 99
98
La duplicacion de los genes es una fue rza importante
en la evolucion 100
Los ag rupamientos de las globinas so n fo rmados par
duplicaci6n y par divergencia 101
La divergencia secuencial es la base del reloj
genetico 58 evolutivo 104
(Par que los genomas son tan grandes? 60 La velocidad de sustitucion neutral puede ser medida a
Los genomas eucarioticos contienen secuencias de DNA partir de la divergencia de secuencias repetidas 107
repetitivas y no repetitivas 61 Los seudogenes son callejones sin salida de la
Los genes pueden ser aislados par la conservacion de evoluci 6n 108
los exones 63 1"1ediante entrecruzamiento desigual se reest ructura n
La conservacion de la organizaci6n del genoma ayuda a los ag ru pamientos de genes 109
identificar genes 65 Los genes del RNA r fo rman repeticiones en
Los organelos contienen DNA 67 tandem 112
Los genomas de los organelos son moleculas circulares Los genes repetidos de RNAr mantienen una secuencia
de DNA que codifican proteinas de los organelos 69 constante 114
La organizacion del DNA mitocon drial es variable 70
La fij aci6n entrecruzada podria mantener repeticiones
identicas 115
El genoma de los cloroplastos codifica a numerosas
Los DNA satelite a menudo se encuent ran en la
prote1nas y moleculas de RNA 71
heterocromatina 117
Las mitocondrias evolucionaron par endosimbiosis 72
Los satelites de los artropodos tienen repeticiones
Resumen 73 identicas muy cortas 119
HD Los satelites de los mam1fe ros consisten de
repeticiones jerarquicas 120
5 Secuencias gen6micas y nCtmeros Los minisatelites faci litan el mapeo genetico 123
de genes 76 Resumen 125

-
Introduccion 77
El numero de genes bacterianos abarca un rango 7 El RNA mensajero 127
superior de un arden de magnitud 77 Introd uccion 128

-
En numerosas eucariotas se conoce el numero tota l de El RNAm se produce par transcripcion y se
genes 79 traduce 129
(Cuantos tipos diferentes de genes hay? 81 El RNA de t ransferencia fo rma una hoja de trebol 130
El genoma humano tiene menos genes que los El tallo ace pt or y el anticodon se encuent ran en los
esperados 83 extremos de la estructura terciaria 131
El RNA mensajero es traducido par los ribosomas 132

-
(C6mo se distribuyen los genes y otras secuencias en el

genoma? 85
El cromosoma Y tiene varios genes espec1ficos de la
masculinidad 86
Las especies mas complejas evolucionan agregando
nuevas fu nciones genicas 87
,:Cuantos genes son esenciales? 89
Los genes se expresan en niveles muy diferentes
(Cuantos genes se expresan? 93
El numero de genes expresados puede medirse en
masa 93
Resu men 94
.-.
A una molecula de RNAm se unen numerosos
ribosomas 133
El ciclo vital del RNA mensajero de las bacterias 135
El RNAm eucariotico es modificado durante su
tra nscripci6n 0 despues de esta 137
El ext rema 5' del RNAm eucariotico posee un
casquete 138
92
El extrema 3' esta poliadenilado 139
La degradacion del RNA m bacteriano involucra a
multiples enzimas 140
La estabilidad del RN Am depe nde de su estructura y de
su secue ncia 141

Contenido vii
DO La degradacion del RNAm involucra a multiples ~ Los codones relacionados representan a aminoacidos

....
actividades 143 relacionados 190
DB Las mutaciones sin sentido activan un sistema de Dll El reconocimiento codon-anticodon involucra
vigilancia 144 balanceo 192
DO Las moleculas de RNA eucariotico se transportan 145 Los RNAt son procesados a partir de precursores mas
Dill El RNAm puede localizarse especificamente 146 largos 194
au

...
Resumen 147 El RNAt contiene bases modificadas 194
Dill Las bases modificadas afectan el apareamiento codon-
anticodon 196
8 Sintesis proteinica 151 El codigo universal tiene alteraciones
Introduccion 151 esporadicas 197
.U La s\ntesis prote\nica ocurre por iniciacion, elongacion En ciertos codones determinacion pueden inserta rse
y terminacion 153 aminoacidos nuevas 199
.U La precision de la s\ntesis prote\nica es controlada por IJjD Los RNAt son cargados con aminoacidos por media de
mecanismos especiales 156 si ntetasas 200
.a La iniciacion en las bacterias requiere de subunidades DI!I Las aminoacil-RNAt sintetasas se clasifican en dos
30S y de factores accesorios 157 grupos 201
.a Un RNAt iniciador especial comienza la cadena Las sintetasas utilizan mecanismos de correccion para
polipept\dica 158 incrementar la precision 203
.a El uso del fMet-RNAt1 esta controlado por el IF-2 y por Los RNAt supresores tienen anticodones mutados que
el ribosoma 160 leen a codones nuevas 206
Hill Hay supresores de mutaciones sin sentido para cada

-
La iniciacion implica el apareamiento de bases entre el
RNAm y el RNAr 161 codon de terminacion 207
~ Las subunidades pequeiias buscan sitios de iniciacion DB Los supresores pueden competir con la lectura de tipo
en el RNAm eucariotico 162 silvestre del codigo 208
Las eucariotas utilizan un complejo formado por El ribosoma influye en la precision de la
numerosos factores de iniciacion 164 t raduccion 209
El factor de elongacion Tu carga al aminoacil-RNAt en OW La modificacion de la codificacion cambia el significado
el sitio A 167 de ~s codones 211
011 La cadena polipept\dica se transfiere al Los cambios del marco de lectura ocurren en las
aminoacil-RNAt 168 secuencias resbaladizas 213
061 La translocacion mueve al ribosoma 169 La evasion implica el movimiento del ribosoma 214
Los factores de elongacion se unen alternativamente al Resu men 215
ribosoma 170
DB La s\ntesis prote\nica termina con tres codones 172
10 Localizaci6n de las protein as 218
Los codones de terminacion son reconocidos por
factores prote\nicos 173 Introduccion 220
mill El RNA ribosomico se extiende en ambas subunidades lli.D El desplazamiento a t raves de una membrana requiere
ribosomicas 175 de un mecanismo especial 220
Los riboso mas tienen numerosos centros activos 177 La t ranslocacion de las prote\nas puede ser posterior a
El RNAr 16S desempeiia un papel activo en la s\ntesis la t raduccion 0 du rante esta 221
prote\nica 179 Los chaperones pueden ser necesarios para el
El RNAr 23S tiene actividad peptidil transferasa 182 plegamiento de las prote\nas 223
~ Las estructuras ribosomicas cambian cuando se unen Las prote\nas desnaturalizadas y las recien sintetizadas
las subunidades 183 necesitan chaperones 224
WI Resumen 183 La fami lia Hsp70 es ubicua 226
Las secuencias de seiial inician la t ranslocacion 227
La secuencia de seiial interactua con la SRP 228
9 Utilizaci6n del c6digo genetico 189 La SRP interactua con el receptor de SRP 229
Introduccion 190 El t raslocon forma un poro 231

viii Contenido
 La translocacion requiere de i nsercion en el traslocon y
(en ocasiones) de un trinquete en el ER 233
La translocacion inversa envia proteinas al citosol para
que sean degradadas 234
Las proteinas residen en las membranas por media de
regiones hidr6fobas 235
Las secuencias de anclaje determinan la orientacion de
las proteinas 236
zComo se insertan las proteinas en las
membranas? 238
La insercion en la membrana despues de la traducci6n
depende de las secuencias lider 240
Una jerarquia de secuencias determina la localizacion
dentro de los organelos 241
Las membranas mitocondriales interna y externa tienen
traslocones disti ntos 243
Los peroxisomas emplean otro tipo de sistema de
translocacion 245
Las bacterias utilizan tanto translocaci6n
cotraduccional como translocacion
postraduccional 246
El sistema Sec transporta proteinas al interior de la
membrana interna y a traves de ella 247
Sistemas de translocacion independientes de Sec
en E. coli 249
Resumen 250
11 Transcripci6n 256
Introducci6n 258
La transcripcion ocurre por media de apareamiento de
bases en una "burbuja" de DNA no apareado 259
La reaccion de la transcripci6n consiste en tres
etapas 260
La polimerasa de RNA del fago T7 es un sistema de
modelos util 261
La estructura cristalina sugiere un modelo de
desplazamiento enzimatico 262
La polimerasa de RNA bacteriana esta formada por
multiples subunidades 265
La polimerasa de RNA esta fo rmada par la enzima
central y par un factor CJ 267
La asociacion con el factor CJ cambia en la
iniciacion 267
Una polimerasa de RNA varada puede reiniciar la
transcripcion 269
2_Como encuentra una polimerasa de RNA las secuencias
promotoras? 270
B11 El factor CJ controla la union al DNA 271
El reconocimiento del promotor depende de las
secuencias de consenso 272
La eficiencia de los promotores puede incrementar o
disminuir par media de mutaciones 274
La polimerasa de RNA se une a una cara del DNA 275
El superenrollamiento es una caracteristica importante
de la transcripci 6n 277
La sustitucion de los facto res cr puede controlar la
iniciacion 278
Los fa ctores cr entran en contacto de manera directa
con el DNA 280
Los factores CJ pueden organizarse en cascadas 282
La esporulaci6n es controlada por factores CJ 283
La polimerasa de RNA bacteriana termi na en sitios
discretos 286
Hay dos tipos de terminadores en f . coli 287
zC6mo funciona el facto r p? 288
La antiterminaci6n es un episodio regulador 291
La antiterminaci6n requiere sitios que son
independientes de los terminadores 292
Los factores determinacion y de antiterminacion
interactuan con la poli merasa de RNA 293
Resu men 295
12 El operon 300
lfR .lntrod uccion 302
lfH La regulacion puede ser positiva o negativa 303
lfR Los agrupamientos de genes estructurales son
co nt ro lados de manera coordinada 304
Los genes lac son controlados por un represor 305
El operon lac puede ser inducido 305
El represor es controlado por una pequefia molecula
inductora 307
Las mutaciones constitutivas de actuaci6n en cis
identifican al operador 308
Las mutaciones de actuacion en trans identifican al gen
regulador 309
Las proteinas multimericas tienen propiedades
geneticas especiales 309
El mon6mero represor tiene numerosos do minios 310
Un rep resor es un tetramero fo rmado por dos
dimeros 311
IEI6 La union al DNA es regulada par una cambia alosterico
en la conformacion 312
Los fenotipos mutantes se correlacionan con la
estructura del dominio 312
La proteina represora se une al operador 313
La union del inductor li bera al represor del operador 314
El represor se une a t res operadores e interactua con la
polimerasa de RNA 315
El represor siempre esta unido al DNA 316
Contenido ix
 El operador compite con los sitios de baja afinidad para
unirse al represo r 317
La represion puede suceden en multiples loci 319
El AMP dclico es un efector que activa al factor CRP
para que actue en multiples operones 320
El factor CRP funciona de formas diferentes en operones
diana distintos 321
La traduccion puede ser regulada 323
La sintesis de las proteinas r es controlada por medio
de regulacion autogena 325
La p32 del fa go T4 es controlada por un circuito
autogeno 326
La regulacion aut6gena se utiliza frecuentemente
para controlar la sintesis de ensambles
macromoleculares 327
Resumen 328
13 RNA regulador 331
fiB Introduccion 332
liD Las estructuras secundarias alternativas controlan la
ate nuacion 333
La terminaci6n de los genes trp de Bacillus subtilis es
controlada por el triptofano y por el RNAtT'P 333
El operon triptofano de Escherichia coli es controlado
por medio de atenuacion 335
La atenuacion puede ser controlada por la
traducci6n 336
II DH El RNA antisentido puede ser utilizado para desactivar
la expresion genica 338
Las moleculas pequeiias de RNA son capaces de regu lar
la traduccion 339
Las bacterias contiene RNA reguladores 341
Los microRNA son reguladores en numerosas
eucariotas 342
La interferencia de RNA esta relacionada con el
silenciamiento de los genes 343
Resumen 345
14 Estrategias de los fagos 349
Introduccion 350
El desa rrollo litico se divide en dos periodos 352
El desarrollo litico es controlado por una cascada 353
La cascada litica es controlada por dos tipos de sucesos
reguladores 354
Los genomas de los fagos T4 y T7 presentan ag rupaci6n
fun cional 355
ID'fl Los genes lc tempranos inmediatos y tempranos
retrasados son indispensables para la lisogenia y para
el ciclo litico 356
El ciclo lltico depende de la antitermi naci6n 357
La lisogenia la mantiene una proteina represora 359
El represor y sus operadores definen la region de
inmunidad 360
La forma de union al DNA del represor es un dimero 361
El re presor utiliza un elemento helice-gi ro-helice para
unirse al DNA 362
La helice de reconocimiento determina la especificidad
por el DNA 363
Los dimeros represores se une n en colaboracion al
operador 364
El represor en OR2 interactua con la polimerasa de RNA
en el PRM 365
El represor mantiene un circuito autoge no 366
Las interacciones en colaboraci6n incrementa n la
sensibilidad de la regulacion 367
Los genes ell y clll son necesarios para establecer la
lisogenia 368
Un mal promotor requiere proteina ell 369
La lisogenia requiere numerosos sucesos 369
El represor Cro es necesario para la infecci6n
litica 371
(Que determina el balance entre la lisogenia y el ciclo
litico? 373
Resu men 374
El replic6n 376
Int roduccion 377
Los replicones pueden ser li neales o circulares 378
Es posible elaborar el ma pa de los origenes con
autorradiografia y electroforesis 379
(Regula la metilacion del origen la iniciacion? 380
Los origenes pueden ser secuest rados desp ues de la
replicacion 381
( ada cromosoma eucariotico contiene numerosos
replicones 383
En las levaduras pueden aislarse los origenes de
replicaci 6n 384
El factor de competencia cont rola a la replicacion
eucariotica 385
El factor de competencia esta fo rmado por proteinas
MCM 386
Los lazos D mantienen a los or\genes
mitocondriales 388
Resume n 389
16 Rep licones extracromos6micos 392
1mD1 lntroduccion 393

x Contenido
liB Los extremos del DNA lineal representan un problema Las polimerasas de DNA tienen varias actividades de
para la replicaci6n 393 nucleasa 431
.m Las proteinas terminates permiten la iniciaci6n en los Las polimerasas de DNA controlan la fidelidad de la
extremos de los DNA v'iricos 394 replicaci6n 432
liD Los circulos rodantes producen multimeros de un Las polimerasas de DNA tienen una est ructura
replic6n 396 comun 433
liM Los circulos rodantes se utilizan para replicar los La sintesis de DNA es semidiscontinua 434
genomas de los fagos 397 El modelo <pX muestra como se genera el DNA de cadena
~ El plasmido F es transferi do par conjugaci6n ent re individual para la replicaci6n 435
bacterias 398 ~
~ La actividad cebadora es necesaria para iniciar la
lmtJI La conjugaci6n transfiere DNA de cadena sintesis de DNA 437
individua l 400 La holoenzima polimerasa de DNA tiene tres
~ El plasmido bacteriano Ti provoca la enfermedad de subcomplejos 43 9
agalla de Crown en las plantas 401 La pinza controla la asociacion de la enzima central
liD El T-DNA porta los genes necesarios para la con el DNA 440
infecci6n 402 Coordinaci6n de la sintesis de la cadena lider y de la
0[!] La tra nsferencia del T-DNA es semejante a la cadena retrasada 442
conjugaci6n bacteriana 405 Los fragmentos de Okazaki estan unidos par la
Ullll Resumen 407 ligasa 443
1D1J Polimerasas de DNA eucari6ticas independientes
realizan la ini ciaci6n y la elongaci6n 444
17 La replicaci6n bacteriana esta ~ El fago T4 proporciona su propio mecanismo de
conectada con el ciclo celular 408 replicaci6n 445
Introd ucci6n 409 Creaci6n de las horquillas de replicaci6n en el
origen 448
La replicaci6n esta conectada con el ciclo celular 410
Sucesos comunes en el cebamiento de la replicacion en
El septa divide a una bacteria en bacterias hijas que
el origen 450
contienen cada una un cromoso ma 411
El primosoma es necesario para rei niciar la
Las mutaciones de la di visi on o la segregaci6n alteran
la forma de la celula 412
El producto FtsZ es necesario para la formaci 6n del
septa 413
Los genes min regulan la localizaci6n del septa 415
-
~
replicaci6n 451
Resu men 453

19 Recombinaci6n ho m6loga
La segregaci6n cromos6mica puede requerir de
recombinaci6n especifica de sitio 415 y espedfica de sitio 45 7
111,1;1 La partici6n implica a la separaci6n de los Introducci6n 459
cromosomas 417 Ocurre recombinacion homologa entre cromosomas en
~ Los plasmidos de una sola copia tienen un sistema de sinapsis 460
partici6n 419 Rotura y reunio n afectan el DNA heteroduplex 462
lfJili] La incompatibilidad de los plasmidos depende del Las roturas de la dob le cadena inician la
replic6n 421 recombinaci6n 464
16111 El siste ma de compatibilidad ColE1 es controlado par Los cromosomas en recombinaci6n se conectan par el
un regulador de RNA 422 comp lejo sinaptonemico 465
1JJ16 ,:Como se replican y segregan las mitocondrias? 424 II!D El complejo sinaptonemico se fo rma despues de roturas
16D.J Resumen 425 de la doble cadena 467
1Ji.D El apareamiento y la formaci6n del complejo
si napton emico son independientes 469
18 Replicaci6n del DNA 428 ~ Las secuencias chi estimulan el sistema RecBCD
1m Introducci6n 429 bacteriano 470
liD las poli merasas de DNA son enzimas que sint etizan ~ Las proteinas de t ransferencia de cadena catalizan la
DNA 430 asimilaci6n de una sola cadena 471

Cont enido xi
 El sistema Ruv resuelve las uniones Holliday 473 21 Transposones
La conversion genica contribuye a la recombinacion fDI
interalelica 475 fDfJI
El superenrollamiento afecta la estructura del DNA 476
Las topoisomerasas relajan o introducen superhelices
en el DNA 478
Las topoisomerasa rompen y resellan cadenas 480
La girasa funciona por la inversion de helice 481
La recombinacion especializada invo lucra sitios
espec\ficos 482
La recombinacion espec\fica de sitio comprende rotura
y re union 484
La recombinacion especifica de sitio simula la actividad
de la topoisomerasa 484
La recom binacion 'A ocurre en un intasoma 486
Las levaduras pueden cambiar loci silentes y activos
por el tipo de apareamiento 488
521
Introduccion 522
Las secuencias de insercion son simples modu los de
t ransposicion sencillos 524
Los t ransposones compuestos tienen modulos IS 525
La transposicion ocurre por mecanismos replicativos y
no replicativos 527
Los transposones causan reestructuracion
del DNA 528
Intermediarios comunes para la t ra nsposicion 530
La transposicion replicativa avanza a traves de un
cointegrado 531
La t ransposicion no re plicativa ava nza por rotura y
reu nion 533
La transposicion de TnA requiere trans posasa y
resolvasa 534
La t ransposicion de Tn10 tiene multiples controles 534

Ellocus MAT codifica prote\nas reguladoras 490 Los elementos de control en el ma\z causan roturas y
reestructuraciones 538
Se reprimen los cartuchos silentes en HML y HMR 492
Los elementos de control forman familias de
Ellocus MAT receptor inicia la transposicion tra nsposones 540
unidireccional 493
Los elementos Spm influyen en la expresion
La regulacion de la expresio n de HO controla genica 542
el cambia 494
Intervencion de los elementos susceptibles de
Resumen 496 t ransposicion en la disgenesia h\brida 544
Los elementos P se activan en la linea germinal 545
20 Sistemas de reparaci6n 499 Resumen 546
fi!D Introduccion 500
fi!D Los sistemas de reparacion corrigen el daiio 22 Retrovirus y retroposones 550
del DNA 502
flD Introduccion 551
fi!D Sistemas de re paracion por escision en f. coli 503
&H El ciclo vital de los retrovirus comprende sucesos
fiB V\as de reparacion por escision en celulas similares a la tra nsposicion 551
de mam\feros 504 Los genes retrov\ricos codifican poliprote\nas 552
fi!D Las metilasas y las glucosilasas "lanzan" las El DNA v\rico se genera por t ra nscripcion inversa 554
bases 506 El DNA v\rico se integra al cromosoma 556
ED Reparacion susceptible de error y fenotipos Los retrovirus pueden hacer transducci6n de secuencias
mutadores 507 celulares 558
Control de la direccion de la repa racio n de Los elementos Ty de las levadu ras se asemejan a los
apareamientos erroneos 507 retrovirus 559
Sistemas de reparacion por recombinaci6n Muchos elementos susceptibles de transposicion residen
en f. coli 510 en la Drosophila melanogaster 561
La recombinacion es un mecanismo importante de Los retroposones son de tres clases 562
recuperacion ante errores de replicaci6n 511 La fa milia Alu tiene muchos miembros muy
La prote\na RecA desencadena el sistema SOS 513 dispersos 564
Las celulas eucarioticas tienen sistemas de reparacion Los seudogenes procesados se originaron como
conservados 515 sust ratos para la transposicion 565
Un sistema comun repa ra roturas de la doble Las LINES utilizan una endonucleasa para generar
cadena 516 un extrema con actividad cebadora 566
~ Resumen 518 Resumen 567

xii Contenido
23 Diversidad inmunitaria 570 La polimerasa de RNA III utiliza promotores en flujo
ascendente y descendente 615
DR Introduccion 572
TFmB es el factor de encargo de los promotores de Pol
fiB La seleccion clonal amplifica linfocitos que responden a III 616
antigenos individuates 574
El punta de inicio de la polimerasa de RNA II 618
Los genes de las inmunoglobulinas se ensamblan en los
La TBP es un factor universal 619
linfocitos a partir de sus constituyentes 575
La TBP se une al DNA de forma inusual 620
Las cadenas ligeras se ensamblan par recombinacion
simple 577 El aparato basal se ensambla en el promotor 621
Las cadenas pesadas se ensamblan mediante dos El inicio va seguido de la depuraci6n del
recombinaciones 579 promotor 623
La recombinacion genera una gran diversidad 580 Una conexion entre transcripcion y reparacion 625
La recombinacion inmunitaria utiliza dos tipos de Los elementos de secuencia corta se unen a
secuencias de consenso 581 activadores 627
La recombinacion genera deleciones o inversiones 582 La estructura del promotor es flexible, pero el contexte
puede ser importante 628
La exclusion alelica es desencadenada par rearreglo
productive 582 Los potenciadores contienen elementos bidireccionales
que facilitan el inicio 629
Las proteinas RAG catalizan la rotura y la nueva
union 584 Los potenciadores contienen los mismos elementos
enco ntrados en los promotores 630
La expresion temprana de las cadenas pesadas puede
camb.iar por procesamiento del RNA 586 Los potenciadores actuan aumentando la concentracion
de activadores cerca del promotor 631
El cambia de clase es producto de la recombinacion del
DNA 587 La expresion genetica se vincula con la
desmetilacion 632
El cambia se debe a una nueva reaccion de
recombinacion 589 Los islotes CpG son dianas reguladoras 634
La mutacion somatica genera otras diferencias entre el Resumen 635
raton y el ser humano 590
~ La desaminasa de citidina y la glucosilasa de uracilo
inducen la mutaci6n so matica 591
25 Activaci6n de la transcripci6n 640
Introduccion 641
Las inmunoglobulinas aviarias se ensamblan a partir de
seudogenes 593 Hay varios tipos de factores de transcripcion 642
La celula B de memoria permite una respuesta Dominios independientes se unen con el DNA y activan
secundaria rapida 594 la transcripcion 643
Los receptores de las celulas T tienen relacion con las El anatisis de dos hibridos detecta interacciones
inmunoglobulinas 595 protei na-protei na 645
El receptor de la celula T actua en union con el MHC 597 Los activadores interactuan con el aparato basal 646
Ellocus de histocompatibilidad mayor codifica muchos Algunas proteinas de union con promotor corresponden
genes del sistema inmunitario 599 a represores 648
La inmunidad innata hace usa de vias de seiia l Los elementos de respuesta son reconocidos por los
conservadas 602 activadores 649
Resumen 604 Hay muchos ti pos de dominios de union con DNA 651
El segmento de dedo de zinc es un dominic de union
con DNA 652
24 Promotores y potenciadores 609 Los receptores de esteroides son activadores 653
6D Introduccion 610 Los receptores de esteroides tienen dedos de zinc 655
lfZB Las polimerasas de RNA eucarioticas constan de muchas La union con el elemento de respuesta se activa por
subunidades 612 union con un ligando 656
Los elementos del promotor se definen por mutaciones Los receptores de esteroides reconocen a los elementos
y vestigios 613 de respuesta por un codigo combinatoric 657
La polimerasa de RNA I tiene un promotor Los homeodominos se unen con dianas relacionadas en
bipartido 614 el DNA 658

Contenido xiii
fB11 Las proteinas helice-asa-helice interactuan por vinculo 27 RNA catalitico 706
combinatorio 658
flD Introducci6n 707
fBm Las cremalleras de Levana participan en la formaci6n de
lflD Los intrones del grupo I realizan el autocorte y
dimeros 658 empalme por transesterificaci6n 707
fBD Resumen 658 lflJII Los intrones del grupo I forman una estructura
secundaria caracteristica 709
26 Corte, empalme y procesamiento Las ribozimas tienen varias actividades cataliticas 711
Algunos intrones del grupo I codifican a endonucleasas
del RNA 667 que fomentan la movilidad 715
Introducci6n 669
Los intrones del. grupo II pueden codificar proteinas
Las uniones de corte y empalme nuclear son secuencias multifuncionales 716
cortas 670
Algunos intrones de autocorte y empalme requieren de
Las uniones de corte y empalme se leen madurasas 717
por pares 671
La actividad catalitica de la ribonucleasa P se debe al
El corte y empalme del pre-RNAm procede a traves de RNA 718
un lazo 673
Los viroides tienen actividad catalitica 718
Se requieren RNAsn para el corte y empalme 674
La edici6n del RNA ocurre en bases individuales 720
La RNPsn U1 inicia el corte y empalme 676
La edici6n del RNA puede ser dirigida por RNA guias 721
El complejo E puede formarse por definicion de intr6n
El corte y empalme de las proteinas son
o ex6n 678
autocataliticos 724
tiD Cinco RNPsn forman el empalmosoma 679
flJII) Resumen 725
~ Un aparato alternativo de corte y empalme utiliza
diferentes RNPsn 681
HI!) El corte y empalme esta relacionado con la exportaci6n Cromosomas 729
del RNAm 682 Introducci6n 730
fliJID Los intrones del grupo II se cortan y empalman a si Los genomas viricos estan empaquetados en sus
mismos por la formaci6n de un lazo 683 cubiertas 731
fliiDll El proceso de corte y empalme alternativo implica el El genoma bacteriano es un nucleoide 734
uso diferencial de uniones de corte y empalme 865 El genoma bacteriano esta superenrollado 735
fmli) Las reacciones de corte y empalme en configuraci6n El DNA eucari6tico tiene asas y dominios unidos a un
trans utilizan RNA pequeiios 688 bastidor 736
f:m1B El corte y empalme del RNAt de las levaduras implica Secuencias especificas unen el DNA a una matriz de
escisi6n y reunion 690 interfase 737
91iJ La endonucleasa de corte y empalme reconoce al La cromatina se divide en eucromatina y
RNAt 691 heterocromatina 738
~ La escisi6n y ligadura del RNAt son reacciones Los cromosomas tienen patrones de bandas 740
separadas 692
Los cromosomas en escobill6n se extienden 741
flliD La respuesta de la proteina no plegada tiene relaci6n
Los cromosomas politenicos forman bandas 742
con el corte y empalme del RNAt 693
Los cromosomas politenicos se expanden en sitios de
fl!IEJ Los extremos 3' de los productos de transcripci6n pol I
expresi6n genica 743
y pol III se generan por terminaci6n 694
El cromosoma eucari6tico es un dispositivo de
fl!tlliJ Los extremos 3' del RNAm se generan por escisi6n y
segregaci6n 744
poliadenilaci6n 695
Los centr6meros pueden contener DNA repetitivo 746
~ La escisi6n del. extrema 3' del RNAm de histonas puede
requerir de un RNA pequeiio 697 Las secuencias de DNA de los centr6meros
de 5. cerevisiae son cortas 747
fiB~ La producci6n de RNAr requiere de sucesos de
escisi6n 697 El centr6mero se une a un complejo proteinico 748
fZB Se requieren RNA pequeiios para el procesamiento del Los tel6meros tienen secuencias de repetici6n
RNAr 699 sencillas 748
flB) Resumen 700 Los tel6meros sellan los extremos de los cromosomas 749

xiv Contenido
-
~

fl3II!J
Los tel6meros se sintetizan mediante una enzima
ribonucleoproteinica 750
Los tel6meros son esenciales para la supervivencia 752
II!D

II!I!II
La modificaci6n de las histonas es un episodic
clave 802
Ocurre acetilaci6n de histonas en dos
circunstancias 805
~ Resumen 753
II!D Las acetilasas se relacionan con activadores 806
11!1;1 Las desacetilasas se relacionan con los represores 808
29 l~ucleosomas 757
Introducci6n 758 II!D Las metilaciones de histonas y de DNA estan
relacionadas 808
El nucleosoma es la subunidad de la cromatina 759
~ Los estados de la cromatina se interconvierten por
El DNA esta enrollado en la estructu ra de los
modificaci6n 809
nucleosomas 761
Los nucleosomas tienen una estructura comun 762 La activaci6n del promotor comprende una serie
ordenada de episodios 809
La estructura del DNA varia en la superficie del
nucleosoma 763 La fosforilaci6n de las histonas afecta la estructura de
la cromatina 810
La periodicidad del DNA cambia en el nucleosoma 766
Organizaci6n del octamero de histonas 767 Se encuentran algunos segmentos comunes en las
proteinas que modifican a la cromatina 811
La via de los nucleosomas en la fibra de cromatina 769
Resumen 812
La replicaci6n de la cromatina implica el ensamblaje de
los nucleosomas 771
.:Los nucleosomas yacen en posiciones especificas? 774
.:Los genes transcritos se organizan en 31 Los efectos epigeneticos
nucleoso mas? 77 7 son heredados 818
Los octameros de histonas son desplazados por la
transcripci6n 779 Introducci6n 819
El desplazamiento del nucleosoma y su reensamblado La heterocromatina se propaga a partir de un episodio
requieren factores especiales 781 de nucleaci6n 820
Los aislantes impiden la acci6n de los potenciadores y La heterocromatina depende de interacciones con las
de la heterocromatina 781 histonas 822
Los aislantes pueden definir un dominic 783 Polycomb y Trithorax son represores y activadores
antagonistas 824
los aislantes pueden actuar en una direcci6n 784
Los aislantes puede variar en potencia 785 Los cromosomas X experimentan cambios
globales 826
Los sitios hipersensibles a la desoxirribonucleasa
reflejan cambios en la estructura de la cromatina 786 Las condensinas producen la condensaci6n de los
cromosomas 828
Los dominies definen regiones que contienen genes
activos 788 Una metilasa de mantenimiento perpetua la metilaci6n
del DNA 830
Una LCR puede controlar a un dominic 789
La metilaci6n del DNA se encarga de la impresi6n 832
(Que constituye un dominic regulador? 790
Un solo centro puede controlar los genes con impresi6n
Resumen 791
opuesta 834
mmJ Los efectos epigeneticos pueden heredarse 835
30 Control de la estructura 111111 Los priones de levaduras muestran herencia
de la cromati na 796 desusada 836
Introducci6n 797 DID Los priones causan enfermedades en los
mamiferos 839
La cromatina puede tener estados alternatives 797
El remodelado de la cromatina es un proceso
6111 . Resumen 840
activo 798
1m La organizaci6n de los nucleosomas puede cambiar en Glosario 845
el promotor 801 Indice alfabetico 867

Contenido xv
Prefacio
La ciencia es una aventura extraordinariamente diff-
cil. En cada revision de esta obra hay nuevos e intere-
santes acontecimientos de que reportar, de modo que
esta incluye mucho material actualizado que da cuen-
ta de nuevos hallazgos de Ia investigacion molecular.
La organizacion general del material de esta edicion
ha sido revisada segun los criterios de Genes esenciales
para facilitar el uso conjunto de las dos obras. Como
el aumento de tamafio representaba un problema, el
contenido se ha enfocado con mayor precision en
los genes y su expresion, de modo que se eliminaron los
capitulos que tratan de las consecuencias de Ia expre-
sion genica en la biologia celular. La primera parte del
libro incluye cambios sobresalientes relacionados con
el genoma derivados de exitosos proyectos de secuen-
ciacion genomica; resalta Ia importancia del RNA como
regulador, y ahora es evidente que cubre todos los ni-
veles de expresion genica, tanto en procariotas como en
eucariotas. Algo asi como un "eslabon perdido", arroja
mas luz sobre Ia forma en que el mecanismo actual de
la expresion genica debio haber evolucionado desde el
mundo primitivo regido por el RNA.
En esta obra me he propuesto citar articulos de
revision y de investigacion, que creo que seran de facil
acceso para los lectores; prefer! aquellos que despues
de seis meses no representan ningun costo, y cuando
no fue posible, Ia publicacion deberfa ser de amplia
difusion.
Agradezco a las siguientes personas el haber leido
las pruebas y el haberme asesorado en esta revision :
Elliott Goldstein University of Arizona, Tempe
Jocelyn Krebs University of Alaska,
Anchorage
Kathleen Matthews Rice University, Houston
Benjamin Lewin
Enero de 2007
xvi
Organizaci6n
La nueva organizacion de GENES IX permite a instruc-
tores y estudiantes enfocarse con mayor especificidad
en los genes y su expresion, con enfasis en los temas
principales. El numero de capitulos y el orden de los
temas permanecen igual; sin embargo, numerosos ca-
pitulos se convirtieron en dos o mas. Los cambios son
los siguientes:
El capitulo 1 de GENES VIII, Los genes son DNA, se
convirtio en dos capitulos en GENES IX. La informacion
basica de la estructura del DNA, Ia replicacion y las mu-
taciones permanecen en el capitulo 1, mientras que la
descripcion de Ia funcion de los genes como unidad de
Ia herencia constituyen el nuevo capitulo 2, Los genes
codifican protefnas.
El capitulo 3 de GENES VIII, El contenido del geno-
ma, se divide en dos capitulos en GENES IX.
El capitulo 4, El contenido del genoma, incluye in-
formacion sobre secuencias de DNA, mapeo genomico
y DNA de organelos.
El capitulo 5, Secuencias genomicas y numeros de
genes, ahora contiene informacion sobre las dimensio-
nes y Ia expresion de los genomas de gran numero de
organismos, asi como material nuevo sobre los genes
del cromosoma Y.
El nuevo capitulo 12, El operon, incluye el capitulo
(
10 de GENES VIII, asi como informacion sobre Ia regu-
!acion de !a transcripcion y de Ia traduccion del capitulo
11 de GENES VIII, Circuitos reguladores. El material
que corresponde al RNA regulador se encuentra ahora
en el capitulo 13.
El material del capitulo 13 de GENES VIII, El repli-
con, en GENES IX se encuentra en tres capitulos. El ca-
pitulo 15, El replicon, abarca Ia estructura y Ia funcion
del replicon, asi como los orfgenes de Ia replicacion. El
capitulo 16, Replicones extracromosomicos, contiene
material sobre las proteinas terminales, el cfrculo de re-
plicacion, los plasmidos y el T-DNA. La informacion so-
bre la forma en que la replicacion bacteriana se vincula
con el ciclo celular se encuentra en el capitulo 17.
Recombinacion y reparacion, capitulo 15 de GE-
NES VIII, son dos capitulos de GENES IX. El capitulo 19
cubre la recombinacion homologa y especffica de sitio,
y el 20, Sistemas de reparacion, incluye informacion
novedosa sobre las rutas de reparacion por escision en
las celulas de mamiferos.
El capitulo 23, Control de la estructura de la croma-
tina, de GENES VIII ahora es el capitulo 30, en el cual
se analiza la relacion entre la estructura de la cromatina
y la expresion genica.
El capitulo 31 , Los efectos epigeneticos son hereda-
dos, detalla las causas y los mecanismos de la herencia
epigenetica.
Programa de arte y disefio
GENES IX luce ahora mas moderno. El disefio y la parte
artistica de esta edicion se actualizaron y revisaron para
facilitar el aprendizaje de los estudiantes.
Prefacio xvii
Los genes son DNA
ESQUEMA DEL CAPITULO
Tntroducci6n
El acido desoxirribonudeico (DNA,
deoxyribonucleic acid) es el material genetico de
las bacterias
La transformad6n bacteriana proporcion6 Ia primera prueba
de aue el DNA es el material genHico de las bacterias. Las
propiedades geneticas pueden ~er transferidas de una cepa
bacteriana a otra extrayendo el DNA de ta primera cepa y
anadil!ndolo a Ia segunda.
El DNA es el material genetico de los virus
La infecd6n por fagos demostr6 que el DNA es el
material genetico de los virus. Cuando el DNA y los
componente~ proteinicos de los bacteriofagos son
marcados con isotopos radioactivos diferentes, s6to el DNA
es transmitido a La progenie de fagos producida por las
bacterias infecciosas.
.a El DNA es el material genetico de las celulas
ani males
El DNA puede ser utilizado para introducir nuevas
caractcristicas geneticas en celulas animates a en animates
completes.
En algunos virus, el material genetico es el RNA.
Los polinucle6tidos tienen bases nitrogenadas
ligadas a un esqueleto de azucar-fosfato
Un nucleoside esta formado par una base purica o
pirim1dica ligada a una pentosa (azucar de cinco carbonos)
en Ia poski6n 1.
Las posiciones en el anillo de ribosa se describen con el
simbolo matematico de prima ('), para distinguirlas.
La diferencia entre el DNA y el RNA radica en el grupo
localizado en Ia posici6n 2' del azucar. El DNA tiene un azucar
desoxirriboso (2'-H); el RNA tiene un azucar riboso (2'-Dt-1).
Un nucleotide consiste en un nucleosido ligado a un grupo
fosfato en La posicion 5' o 3' de La (desoxi)ribosa.
Los residuos sucesivos de (desoxi)ribosa de una cadena de
polinucleotidos estan unidos por un grupo fosfato entre La
posicion 3' de un aziicar y Ia 5' del siguiente.
Un extrema de la cadena (convencionalmente el izquierdo)
tiene una punla 5' libre y, en el otro. Ia punta libre es 3'.
El DNA contiene las cuatro bases, adenina, guanina,
citosina y timina; el RNA posee uracilo en vez de limina.
El DNA es una helice duplex
La forma B del DNA es una helice duplex formada por dos
cadenas polinucleotidicas que corren de forma antiparalela.
Las bases nitrogenadas de cada cadena son anillos pianos
de purina o de pirimidina orientados hacia el in terior que
se aparean uno a otro a traves de puentes de hidr6geno
para formar unicamente pares de A T a G-C.
El diametro de La hclice duplex es de 20 A. ademas de una
vuelta completa cada 34 A, con diez pares de bases por vuelta.
La hclice duplex forma un surco profunda (ancho} y un
surco superficial (angosto).
La duplicaci6n del DNA es semiconservadora
En el experimenco de Meselson-Stahl se utiliz6 marcaje de
densidad para demostrar que La cadena polinucleotidica
individual es Ia unidad del DNA que se conse'Va durante La
dup<icaci6n.
Cada cadena de un DNA duplex actua como molde para
sintetizar a una cadena hija.
las secuencias de las cadenas hijas estan determinadas por
apareamiento complementario de bases con las cadenas
progenitoras separadas.
Las cadenas de DNA se separan er la horquilla de
duplicaci6n
La duplicaci6n de DNA es emprendida por un complejo
de enzimas que separa n a las cadenas progenitoras y que
s1ntetizan a las cadenas hijas.
Ia horquilla de duplicaci6n es el punta en el cuallas
cadenas progenitoras se separan.
La enzimas que sintetizan DNA se denorninan DNA
polimerasas; las enzimas que sintetizan RNA son conocidas
como RNA polimerasas.
Las nucleasas son enzimas que degradan a los .lcidos
nucleicos; entre otras, DNAsas y RNAsas, que pueden
dividirse en endonudeasas y en exonucleasas.
La informacion genetica puede ser proporcionada
por el DNA o el RNA
Los genes celulares son DN/1, pero los virus y los viroides
pueden tener genomas de RNA.
U DNA se convierte en RNA por transcripci6n. y el RNA
puede convertirse en D'lA oor transcripci6n inversa.
La traducci6n del RNA a oroteinas es unidireccional.
Los acidos nucleicos se hibridan por apareamiento
de bases
El calentamiento provoca q~.e las dos cadenas de un DNA
duplex se separen.
La T, es el oumo nedio del range de temperatura para Ia
desnaturalizad6n.
Las cadenas complementarias u~icas pueden renaturalizarse
cuando se reduce La temperatura.
Conbnua en Ia siguiente pagino
1
 La desnaturalizacion y Ia renaturalizaci6n/hibridaci6n
pueden ocurrir con combinaciones de DNA-DNA, de
DNA-RNA o de RNA-RNA y pueden ser intermoleculares
o intramoleculares.
La capacidad de dos preparariones de acidos nucleicos
de una sola cadena para hibridarse es indicia de su
complementariedad.
Las mutaciones cambian la secuenda del DNA
Todas las mutaciones co nsisten en cambios de Ia
secuencia del DNA.
Las mutaciones oueden ser espontimeas o inducidas
por mutagenos.
Las mutaciones pueden afectar a pares de
bases individuates 0 a secuencias mas largas
Una mutacion puntual cambia a un solo par de bases.
Las mutaciones puntuales pueden ser provocadas
por la conversion quimica de una base en otra o par
errores durante Ia duplicacion.
Una transicion remplaza a un pa r de bases G-C por un
par oe bases A-To viceversa.
Una transversion remplaLa a una purina por una
pirimidina, por ejemplo, cambiando A-TaT-A.
las inserciones son ellipo mas comun de mutacion,
y son resultado del movimiento de elementos
transpon\bles.
Los efectos de las mutaciones pueden
ser revertidos
Las mutaciones primarias desactivan a un gen,
mientras que las inversas (o retromut;)ciones) revierten
sus efectos.
ID Introducci6n
La naru raleza hereditaria de todo organismo viviente
es definida por su genoma, el cual consiste en un.a
secuencia larga de acid o nuclei co que propordona
Ia informacion necesaria para construir el organismo.
Se uLiliza el trrmino Hinformad6nH debido a que el
genoma por sf mismo oo desempena ninguna fun-
cion activa en Ja cottstrucci6n del organismo, mas
bien es Ia secuencia de las subunidades i.ndivtduales
(bases) del acido nucleico la que tl.etennina las ca-
racterfsticas heredltarias. Por una compleja serie de
interacciones, esta secueocia se utiliza para producir
rodas las proteina~ del organismo en el momenta y
el Iugar apropiados. Las protefnas forman pane de
la estrucrura del organismo o tienen Ia capacidad
de consLruir estructuras o llt>var a cabo las reaccio-
nes metab6licas necesarias para la vida.
El genoma conrlene el conjunto completo de
infurmad6n llereditaria para cualquier organismo.
Ffsirarneme. eJ genoma puede ser clivldiclo en va-
rias rnoleculas diferemes de acido nucleico y fun-
donalmeme, en gen es. Cada genes una secuenda
que denLro del addo nudeico representa a una sola
protefna. Cada una de las moleculas de acldo 11U-
clcico que componen et genoma puedc contener
2 CAPITULO 1 Los genes son DNA
Las inserciones pueden revertirse por delecion del
material insertado, pero las deleciones no pueden
revertirse.
I a supresion ocurre cuando una mutaci6n de un
segundo gen an ula el efecto de La mutaci6n del primer
gen.
1m Las mutadones se concentran en puntos
calientes
La frecuencia de la mutact6n en cualquier par de bases
en particular depende de fluctuaciones estadistir.as,
excepto en los puntas calientes, en los cuales La
frecuencia se incrementa cuando menos en un orden
de magnitud.
11011 Numerosos puntos calientes son resultado
de bases modificadas
Una causa comO n de los puntos calientes es la base
modificada 5-metilc:itosina, La cual expen'menta
desaminaci6n espontanea y se convierte en timina.
1m Algunos agentes hereditarios
son extremadamente pequenos
Algunos agentes hereditarios muy pequeiios no
codifican proteJnas, sino que constan de RNA o
proteinas que poseen propiedades hereditarias.
1.111 Resumen
gran. n(uuero de genes. Los genomas de los orga -
nismos vivos pueden contener incluso <500 genes
(como un micoplasma, que es un tipo de bacteria)
o >25 000 en el ser hmnano.
En esre capitulo se analizan laspropiedades del
gen eo cuanto a su construcci6n molecular basica.
En Ia se resumen las eta pas de transid6n
del concepto historico del gen a la definicion mo-
derna del genoma.
Un geuoma consiste en el conjumo completo
de cmmosomas de cualquier urganismo especffico, de
modo que comprende una serie de rnoleculas de ad-
do desoxirribonucleico (DN/\, deoxyribonucleic add)
(una J)ara cada cromosoma}, cada una de las cuales
cooriene numerosos genes. La principal definid6n
de un genoma es det.erminar la sccuenda dd DNA cle
cada cromosoma.
La prim era definicion del gen C"omo unidad fun-
donal sc <leliv6 del descubrimiento de que cada gen
es responsable de la producd6n de proteinas espe-
dficas. La clLferencia en las caract:e1isticas qufrnicas
del DNA del gen y su producto proteinico condujo
al concepto de que un gen codifica a una proteina.
A su vcz, esto llev6 al descubrimie11 to del aparato
complejo que permite que la secuenda de DNA de
un gen genere Ja secuencia de aminockidos de una
protefna.

1865 Los genes son factores particulados
1871 Descubrlmiento de los acldos nuclelcos
1903 Los cromosomas son las unldades hereditarias
1910 Los genes residen en los cromosomas
1913 Los cromosomas son secuenclas lineales
de genes
1927 Las mutaclones son camblos flslcos en
los genes
1931 La recomblnaci6n ocurre por entrecruzamienlo
1944 El DNA es el ma1erlal genetico
1945 Un gen codifica a una protefna
1951 La primera secuencla protefnica
1953 El DNA es una 11elice duplex
1958 El DNA se replica de forma semiconservadora
1961 El c6digo genetlco esta determinado por tripletes
1977 Los genes de las eucarlotas son lnterrumpidos
1977 Posible secuenciaci6n del DNA
1995 Secuenciaci6n de los genomas bacterianos
2001 Secuenciaci6n del genoma humano
Breve historia de la genetica.
Gen Naturaleza qulmlca
DNA ~ Secuenc1a de nucle6tldos
! depende de su polisacarido capsular, componente de
RNA Secuencla de nucle6tldos
Proteina ~ Secuencia de aminoacidos
Un gen codifica una molecula de RNA, la cual
codifica una proteina .
Entendiendo el proceso por media rlel cual un
gen se expresa, permite una definici6n mas rigu-
rosa de su naturaleza. En la se ilustra el
Lema basico de esra obra. Un genes tma secuencia
de DNA que produce otro acido nucleico, el acido
ribonucleico (RNA, ribonucleic acid), que cuenta con
dos cadenas de addo nucleico, mienrras que el R..'~A
tiene una sola. La secuencia del RNA es deterrnina-
da por la secuencia del DNA. (De hecho, es idemlca
a una de las cadenas de DNA.) En muchos casos,
pero no en todos, el RNA se utiliza a su vez para
dirigir la produccl6n de una protefna. Por lo tanto,
un gen es una secuencia de DNA que codiftca a un RNA;
m los genes codificadores de protefnas. e/ RNA a su vez
codiftca a una protelna.
A partir de la demosrraci6n de que un gen con -
sisLe en DNA. y de que Lm cromosorna consiste en
un tramo largo de DNA que representa a numerosos
genes, se llega a la organizacl6n global del genoma
en runci6n de susecuenda de DNA. En el Capfrulo 3,
El gen imerrumpido, se retoma en mas detaUe
Ia organizacion del geo y su representaci6n en pro-
tetnas. En el Cap[rulo 4, El con Lenido del genoma, se
analiza e l numero tara! de genes, y eH el Capitu lo 6,
Agrupamiemos y repeticiones, se describen oLros
componenres del genoma y el manrenimiento de
su organizaci6n .
Ill El DNA es el material genetico
de las bacterias
Concepto principal
La transformaci6n bacteriana proporcion6 La primera
prueba de que el DNA es el material genetico de
las bacterias. Las propiedades geneticas pueden ser
transferidas de una cepa bacteriana a otra extrayendo
el DNA de la primera cepa y sumandolo a la segunda.
La idea de que el material genetico es acido nudeico
tiene sus rakes en el descubrimiemo de Ia transfor-
maci6n, en 1928. La bacteria Pneumococcus mata de
neumonfa a los ratones. La virulencia de la bacteria
la superfkie que permire que la bacteria escape de Ia
desrrucci6n provocada por su hospedador. Diversos
tipos de Pneumococcus (1, 11 y ill) tiencn polisacaridos
C<lpsulares difere.rues; su aspeeto es liso (S, smooth).
Todos los dpos de P11eumococcus lisos puede dar
lugar a variantes in capaces de producir cl polisaca-
rido capsular, en cuyo caso, Ia superficie de la bac-
teria es nLgosa (R, rough) ([orrnada por el ma terial
que esLaba debajo del polisacarido capsular). Estas
bacterias son avirulen tas, no maran a los ratones
porque Ia ausencia del polisacchido penn.ite que e)
a nimal d e~Lruya a Ia bacteria.
Cuando por media de rratamienro ca16rico se
matan bacterias lisas, pierden Ia capacidad de dafiar
al animal, sin embargo, la combinaci6n de bacce-
rias S desactivadas con calor y la varia me ineficaz R
produce nn efecto considerablemenre diferen.te del
de cada bacteria por sepatado. En Ia se
mursLra que cuando se inyectan conjuntameme en
un animaL el rar6n muere como resultado de una
infecci6n por Pneumococcus. Las bacterias S virulen-
tas pueden se r rec~tperadas del raton muerto.
1.2 El DNA es el material genetico de las bacterias 3
 formante, se demosrr6 que este es acido desoxini-
lnyecci6n bonucleico (DNA , deoxyribonucleic acid).
Tlpos de Pneumococcus Resultado
de celulas
Con capsula, B$cter(a s viva MUere J'~
de aspecto
liso (S)
Bacteria S muerta Vtve
c., --:::=.-
Ill El DNA es el material genetico
\ de los virus
Bacteria R viva VIva
Concepto principal
S1n ca:Uia, -~
Bacteria S muei1a La infecci6n por fagos demostr6 que el DNA es el
de aspecto ~ Y~actetla R vfva material genetico de los virus. Cuando el DNA y los
rugosa (A}
componentes protei nicos de los bacteri6fagos son
marcados con d1ferentes is6topos radioactivos, solo el
Ni las bacterias tipo S asesinadas con calor ni las DNA es transmitido a la progenie de fagos producida
bacterias tipo Rvivas pueden matar a los ratones, pero la inyec- por las bacterias infecciosas.
ci6n simultanea de ambos lipos de bacterias puede matar a los
ratones de forma tan efectiva como la bacteria tipo S viva.
Una vez que se comprob6 que el DNA es el mate-
rial genetico de las bacterias, el siguieme paso fue
demostrar que el DNA proporciona el material ge-
netico en un sistema bastante diferente. El fago T2
es un virus que infecta a la bacteria Escherichia coli.
Cuando las particulas del fago (virus) se agregan
a las bacterias, estas se adsorben en la superficie
exterior, pane del material entra en la bacteria y, at
cabo de -20 min, cada bacteria explota (se lisa) para
llberar una numerosa progenie de fagos.
Bacterias S vivas En Ia se ilustran los resultados de un
recuperadas del experimento realizado en 1952 en el cual se infec-
raton muerto Laron bacterias con fagos T2, los cualcs habian sido
Se extrae marcados raclioactivamente en su componente de
\ el DNA
DNA (con 32 P) o en su componente proteinico (con

~ HS). Las bacrerias infectadas se mezclaron en una

Bacteria R Bacteria S
ELDNA de la bacteria de tipo S puede transformar
a la bacteria de tipo R en el mismo tipo S.
En este experimento, las bacterias S muertas
fueron de tipo IIl y las R vivas, de tipo II. La cu-
bierta de las bactcrias virulentas recuperadas de Ia
infecci6n mixta era lisa, de tipo Ill, por to tanto,
alguna propiedad de las bacterias S ripo III, muertas,
puede transformar a las bacterias R. induciendo Ia
[ormaci6n del polisacarido capsular tipo III, que las
torna virulemas.
En 1a se muestra Ia idemH'icad6n del
componente de las bacrerias muertas responsable de
la transformaci6n, el cual se denomin6 pri ncipio
transform ante, que se puri6c6 desarrollando un
sistema libre de celulas, en donde los extractos de
las bacterias S muerras podfan agregarse a las bac-
terias R vivas antes de ser inyectadas at animal. En
1994, mediante Ia purifi caci6n del prindpio trans -
licuadora y dos fracdones se separaron por centrifu-
gaci6n. Una de estas comenfa las cubiertas de fagos
vacias liberadas de Ia superficial de Ia bacteria, en
tanro que Ia otra estaba Iormada por las bacterias
infectadas:
Gran pane del marcador 32P se encontr6 en las
bacterias infectadas. Las partfct1las de l.a progenie de
fagos producidas por Ia infecci6n contenfan -30%
del marcador 32P original. La progenie redbi6 una
cantidad muy pequena, menos del 1 %, de la protef-
na contenida en Ia poblaci6n original de [agos. Las
cu biertas de fa go estaban formadas por protefnas, y
por lo ramo porraban eJ ma.rcador radioactive ns.
Asi pues, con este experimeuto se demostr6 direc-
tamente que s6Jo el DNA de los fagos progenitores
emra en las bacterias y que despues formara parte
de los fagos de Ia progenie. exactarnente el patron de
herencia que se espera del mate1ial gen.etico.
' N del T eSte p;i.J'rafo impllca que los virus fueron marca.dos en
uu corn pone me o en otro (pe ro no en los dos), mientras que Ia
descripd6n de los resultados sugiere que tanto un cornponente
como el otro fueron marcados.

4 CAPITULO 1 Los genes son DNA

 Se iniecta a Ia bacteria con Las celulas que carecen del gen TK no pueden
~::~arc!ado
lagos marcados produclr timldina cinasa y mueren sin timidina

tL L IJ
i~

Protelna{j
D ma1cada col'\ ~s
Se separan las cubiertas de los
lagos de Ia bacteria infectada

1\1, A Las bacterias Adlci6n de DNA TK-

Celutas muertas
Celulas vlvas

1 7
lnfectadas
contienen
70%del
Las cub1ertas de
marcador"'P
los lagos contienen
80% del marcador Se aislan las partlculas
"'S de Ia progenie de fagos

~
- Los lagos de Ia
progenie
tlenen 30% del
marcador 32 P
y <1% del
Colonia
de celulas TK
Algunas celulas incorporan al gen TK; los descendlentes
\ marcador 35$
1 de una celula sometida a lransfeccl6n se agrupan en una colonia

El material genetico del fago T2 es el DNA. Las celulas eucariotas pueden adquirir un fenotipo
nuevo como resultado de la transfecci6n por adici6n de DNA.

Un fago se reproduce ordenando ala maquina-
ria de l~na celula hospedadora infectada que pro-
duzca mas capias de si misma. El fago posee ma-
terial genetico cuyo comporta.miento es analogo al
de los genomas celulares: sus rasgos son fielmente
reproducidos y estan sujeros a las mismas reglas que
gobiernan la herenda. El caso de los T2 refuerza Ia
conclusion general de que el material genetico es
el DNA, ya sea que forme pane del genoma de una
celula 0 de un virus.
111 El DNA es el material genetico
de las celulas animales
Conceptos principales
El DNA puede ser utilizado para introducir nuevas
caracteristicas geneticas en celulas animates o en
animates completes.
En algunos virus, el material genetico es RNA.
Cuando se agrega DNA a poblaciones de celulas eu-
cariotas individuates en cultivo, el acido nucleico
ent.ra a las celulas, lo cual, en algunas, resulta en Ia
producd6n de protefnas nuevas . Cuando se utiliza
DNA purificado, su incorporaci6n da Iugar a Ia pro-
ducci6n de una proteina en particular. En Ia
se representa uno de los sistemas estandar.
Aunque por razones hist6ricas esws experi-
memos se describen como transfecci6n cuando
son realizados con celu1as eucariotas, consriruyen
una contraparte clirecta de la translormaci6n bacte-
riana. El DNA introduddo en Ia ce1ula receptora se
incorpora a su material genetko yes here dado en la
misma forma que cualquier otra parte. Su expresi6n
confrere un nuevo rasgo a las celulas (sfmesis de
timidina-cinasa en el ejemplo de Ia Figura 1.6}. En
UO prirJcipiO, eSLOS experimentos so]o tuvieron eXi LO
con celulas individuates adaptadas para crecer en un
medic de cultivo, pero desde entonces, el DNA ha
sido introducido en 6vulos de rat6n por microin-
yecci6n, y puede llegar a ser una pane estable del
material genetico del animal.
Dichos experimentos muesrran directamente
no solo que el DNA es el material genetico de las
eucariotas, sino tam bien, que puede ser transferido
entre especies dzferentes y seguir siendo funcional.
El material genetico de rodos los organismos
conocidos y de numerosos virus es el DNA. No
obstante, algunos virus usan un tipo alternativo de
acido nucleico, el ribonucleico (RNA, ribonucleic acid),
como material genetico. El principia general de Ia
naturaleza del material genetico, por lo ranro, es
que siempre es acido nucleico; de hecho. es DNA.
excepto en los virus de RNA.

1.4 El DNA es el material gertetico de las celulas ani males 5

 Los polinucle6tidos tienen
bases nitrogenadas ligadas a
un esqueleto de azucar-fosfato
Conceptos principales
Un nucleosido esta formado por una base purica o
pirimfdica ligada a un azucar pentosa en Ia posicion 1.
Las posiciones en el anillo de ribosa se describen con
el simbolo (') para distinguirlas.
La diferencia entre el DNA y el RNA radica en el grupo
locatizado en la posicion 2' del azuca1. Et DNA tiene un
azucar desoxirribosa (2'-H) y el RNA, un azucar libosa
(2'-0H).
Un nucleotide consta de un nucleoside tigado
a un grupo fosfato en ta posicion 5' o 3' de la
(desoxi) ri bosa.
Los residues sucesivos de (desoxi)ribosa de un
polinucleotido estan unidos por un grupo fosfato
entre La posicion 3' de un azucar y la posicion 5' de La
siguiente.
Un extre111o de La cadena (convencionalmente el
izquierdo) tiene una punta 5' libre y en el otro, una
punta 3' libre.
El DNA contiene las cuatro bases, adenina, guanina,
citosina y timina; el RNA posee uracilo en vez de
timina.
El compooeme basico de los acidos nudeicos es el
nucleotide, que riene rres componentes:
una base rritrogenada,
un azucar y
un fosraro.
La base niuogenada es un anillo de purina ode
pirimidina.la base esulligada a Ja posicion 1 en una
pemosa por medio de un enlace glucosfdico del N 1
de las pi.rimidinas o el N? de la purinas. Para evitar
ambigl.iedades entre los sistemas de numeraci6n de
los anillos hererociclicos ~,del azticar, a las posicio-
nes de la pentosa se agrega un sfmbolo (').
Los acidos nucleicos son nombrados segt1u el
tipo de azucar que contienen; el DNA posee 2'-des-
oxirril">osa, mlentras que el RNA tiene ribosa. La di-
ferencia radica en que e1 azucar del RNA tiene un
grupo OH en Ia posicion 2 ' del anillo de pcntosa. El
azucar puede ligarse en las posiciones 5' o 3' a un
grupo fosfato.
Uu acido nucleico consiste en una cadena larga
de nucleotidos. En Ia se muestra que el
esqueleto de la cadena polinucleotfdica consta de
series a lternas de residuos de fosfato y de pemosa
(azucar) a LTavcs de la union de Ia posicion 5' de
un anillo de pentosa con Ia posicion 3' deJ siguiente
anillo de pentosa mediante ltn grupo fosfato. Por
6 CAPITULO 1 Los genes son DNA
eso se dice que el esqueleto de azucar-tostato con-
siste en enlaces 5 '- 3 fosfodiester. Las bases niuo-
genadas "sobresalen" del esqueleto.
Cada acido nudeico contiene cuatro tipos de ba-
ses. Las mi.smas dos purinas, adenina y guani.na, estan
presentes tamo en el DNA como en el RNA. Las dos
pirimictinas del DNA son citosina y timina; en el RNA
se encuentra uracilo, en vez cle timina. La un ica difc-
rencia entre el uracil.o y la timina es un grupo metiJo
suplantador en la posicion c,. Las bases suden nom-
brarse por sus i.tuciales. El DNA contiene A, G, C y T;
el RNA coi1Liene A, G, C y U.
El nucle6tido terminal de un exrremo de Ia ca-
dena tiene un gwpo 5' libre; e l nucle6tido terminal
del orro exrremo riene 110 grupo 3' libre. Se ha con-
venido en escribir las sec11encias de acid~o nurleico
en direcci6n 5' a 3', es decir, del cxtremo 5' de la
iz(fuierda al exlretno 3' de la deredla.
Ill El DNA es una helice duplex
Conceptos P incipales
La forma B del DNA es una helice duplex formada por
dos cadenas polinucleotidicas antiparaleliJS.
Las bases nitrogenadas de cada una son anillos planos
de purina o pirimidina orientados hacia el interior y
que se aparean mediante puentes de hidr6geno para
formar Cinicamente pares de A-T y G-C.
El diametro de la helice duplex es de 20 A. y cada 34 A
hay una vuelta completa, con diez pares de bases por
vuelta .
La helice duplex forma un surco principal profunda
(ancho) y uno menor {angosto).
La obsexvaci6n de que las camidades de bases pre-
c;entcs en los DNA varia seg(m !a especie, condujo
al concepto de que Ia secuencia de bases es Ia forma en
que se porta Ia informaci6ngenetica. Hacia Ia decada de
1950. d concepto de inrormad6n genetica era co-
mun: e l par de problemas que planteaba era determi-
uar la estrucrura deJ acido nucleico y explicar como
una secuencia de bases del DNA podfa representar Ia
secuencia de aminoacidos de una proreina.
Tres nociones convergieron en Ia cons1 ruu:i6n
de un modelo de helice duplex del DNA. desarro-
llado por Watson y Crick en 1953:
.Los daLOs de la dihaccion de los rayos X de-
mosuaron que el DNA tiene la forma de 1ma
helice regular que da un giro completo cada
34 A (3.4 n.rn), con un diametro de -20 A
(2 nm). Como la distancia entre nucleolidos
adyacemes es de 3.4 A, debe haber l 0 nu-
cle6tidos por vuelta.
 La densidad del DNA sugiere que la h elice
debe contcner dos cadena~ de polinucleo - 5'

o~-o 1)
tidos. El diametro constance de la helice
pucdc e.xplicarsc si las bases de cada cadena
apuman hacia adentro y son restringidas de
manera que una purina siempre se oponga ~ () l -- Nucle6tido

a una pirimidina, evitando asociaciones pu - H2 ~

rina-purina (Jemasiado ancha) o pirimidi-
na-pirimidina (demasiado angosra) . 0
Independientemcnre de las canridades ab - o-?"o I
solu tas de cada base, la propo rci6n de G es Esque1eto de _ 0
siemprc igual ala deC en el DNA. y Ja pro- azucar-fosfato H2
porci6n de A siempre es Ia misma _que Ia de
T, de manera que Ia composidon de cual-
Enlaces
quier DNA puede describirse por la propor- fosfodiester 5'-3'
ci6n de sus bases, es dccir, G + C, q ue fluctua
entre 26 y 74% en d ifercntes especies.
Watson y Crick propusicron que las dos cadenas
polinu cleotldicas de la helice duplex se reladonan
medianre puemes de hidrogeno entre las bases nicroge-
nadas. La G puede formar puenres de hidr6geno Una cadena polinucleotidica esta formada por una
especfficamente solo con la C, y la A. solo con laT. serie de enlaces azucar-fosfato 5'-3' que forman un esqueleto
Estas reaccioncs se clcscriben como a pareanu ento con las bases promirentes.
de ba ses, y ~c dice que las bases apareadas (G con
C o A con T) son complem e n tarias.
El modelo proponla que las dos cadenas polinu -
cleotfdicas corren en direcciones opuesras (antipa-
ralelas). como se ilustra en Ia . Observan-
do a lo largo de Ia ht!lice. una cadena va en ctirecdon
5' a 3', micmras que su pareja corre de 3' a 5'.
El esqueleLO de azucar-fosfato esta en la pane Puentes de hidr6geno 3'
exterior y porta cargas negativas en los grupos fos- DNA , H I
fa to. En solucion i11 vitro, las cargas del DNA se neu -
tralizan porIa union de iones met<llicos, tipicamente
5, H~Co H-~
fr - H I'A~ N
1

Y::Jjo
wJ
Na. En Ia celula, las protel.nas con carga positiva N -N Los losfatos
fienen cargas
proporcionan pa n e de Ia fuerza neurrallzame. Estas negativas
proreinas desemp<'iia n una funci6n importa nte en
la determ inaci6n de Ia organizaci6n del DNA en la H
J-H
celula.
Las bases se encuenrran en el imerior; son es-
Lructuras planas, en pares perpendiculares aJ eje de
~i:~r ~.~
- p-; =' 0~~
Ia helicc. Considerese Ia belice duplex como una
escale ra espiral: los pare~ de bases forman los es-
ca lones. como se ilustra esguematicameote en Ia Esquelelo N~ A.-l]'.J H -~ TrH
. Al ir avanzando por la helice. las bases de }:::. M /r"'.__
~NJ~: ~.
estan una sobre otra. como una pila de platos.
Cada par de bases gira -36 en torno al eje de Ia azocarfosfato
helicc, rcspec10 del siguiente par de bases, de modo
que - 10 pares de bases forman una vuelta complera
de 360. La torsion de las cadenas '>obre sf mismas )::N 0 - H- N H S
'H
forma una he lice duplex con un s urco men o r ( -12 3
' El Interior es hidr6fobo
A de ancho) y un s urco may or (-22 A de ancbo).
como puede observarse en el modelo a escala de La helice duplex mantiene un grosor constante porque las
purinas siempre enfrentan a Ia pirimidinas en los pares de bases com-
Ja . La helice duplex cs dex tr6gira, es plementarios A-T y G-C. La secuencia que se ilustra en la figura es T-A,
decir, que gira en Ia dirccci6n de las rnanecillas del C-G. A-T. G-C.

1.6 El DNA es una helice duplex 7


Azucar Base Fosfato
Los pares de bases planos yacen perpendicular-
mente al esqueleto de azucar-fosfato.
Las dos cadenas del DNA fo rman una helice du-
plex. Fotografia ~ Photodisc.
8 CAPITULO 1 Los genes son DNA
reloj observada a lo largo del eje helicoidal. Estas
caracterisricas represeman el modelo aceptado para
lo que se conoce como forma B del DNA.
Es importante percatarse de que Ia forma B re-
presenta un promedio, no una estructura especifica-
da con toda precision, pues Ia estructura del DNA
puede cambiar localrnente. Si tiene mas pares de
bases por vuclla se dice que esta sobregirada, de lo
comrario, sera laxa. La torci6n local puede ser afec-
tada porIa con forrnacion global de Ia helice duplex
del DNA en el espacio o por la union de proteinas
eo siLios especfficos.
Ill La duplicaci6n del DNA
es semiconservadora
Conceptos principales
En el experimento de Meselson-Stahl se utiliz6
marcaje de densidad para demostrar que la cadena
polinucleotidica individual es La unidad del DNA que se
conserva durante la duplicaci6n.
Cada cadena de un DNA duplex (o DNA duplohelicoidal.
DNA de doble cadena o DNA de doble banda) hace las
veces de molde para sintetizar una cadena hija.
Las secuencias de las cadenas hijas dependen del
apareamiento complementario de las bases con las
cadenas progenitoras separadas.
Es crucial que el material genetico se reproduzca
con exactitud. Las dos cad.enas polinucleotidicas es-
tan unidas solo por puemes de hidr6geno, de mo,do
que pueden separarse sin neces.idad de romper en -
laces covalemes. La especificidad del apareamien -
to de bases sugiere que cada una de las cadenas
progenitoras separadas puede hacer las veces de
cade na molde para Ia sfntesis de una cadena hija
complememaria. En la se represema el
principia de que una nueva cadena hija es ensam -
blada eo cada cadena progeoitOra . La secuerJcia de
la cadena hija es dictada por la cadena progenitora;
una A en la cadena progenitora ocasiona la co toea-
cion de una Ten la cadena hija, en tanto que una G
progenitora provoca la incorporaci6n de una C hija,
y as! sucesivameme.
En la parte superior de la Figura l.ll se mues-
tra un duplex progenitor (no replicado) formado
por las dos cad en as progenitoras originales. La parte
inferior muesrra las dos duplex hijas que estan sien-
do producidas por el apareamiento cornplememario
de bases. Cada una de las duplex hijas es i.dentica
en secuencia original y contiene una cadena proge-
nitora y una cadena recientemente sinteLizada. La
 - - ..
DNA progen1tor Generaci6n 1 Generaci6n 2
Duplicaci6n
en medio
~e densldad
'00\YNU--< WJ\'ilWI
HfBRIOO
HiBRIDO

~
\ / \.IV ~NNI
LIGERO
PESADO

\YI~
--< VNM/ LIGERO
HfBRIDO ~
Analisis de densidad HiBRIDO

- - ' - Ligero
- - - Hibrido
-- - Llgero
- Hlbridc
-- L1gero
- - Hibrido
- Pesado -- - - Pesado - Pesado

La duplicaci6n del DNA es semiconservadora.

Cadena hija / \ Cadena hija

El apareamiento de bases proporciona el meca-
~;'llo necesario para Ia duplicaci6n del DNA.
. 7'1lctura del DNA porta Ia infonnad6n necesaria para
:-peruar su secuencia.
Las consecuendas de este modo de dupticaci6n
... tlustran en Ia . El duplex progenitor
;: replica para for mar dos duplex hijos, cada uno de
s cuales esta formado por una cadena progenitora
una cadena hija (de sintesis rcciente) . La unidad
- 4- se conserva de una generaci6n a Ia siouienre es una de
: . fc'S cadenas individuales que forman el duplex proge-
-.,r. Este comportamiemo se conoce como dupli-
:ad6n semiconservad ora.
En la Pigura 1.12 se ilustra una predicci6n de
-- e modelo. Si eJ DNA progenitOr porra un mar-
.:! e de densidad "pesada" porquc eJ organismo ha
"' cultivado en un medio que COJ1tiene un is6topo
- _ecuad o (como 15N) (N del T: en otras bibliogra-
::s aparece como N1s, el resto de los marcadores
- ~ ncionados en este capitulo tambien aparecen con
'lUmero despues de la letra p. ej., pn y S' 5 ), sus
enas pueden ser distinguidas de las sintetizadas
:mdo el organismo es u-ansferido a un rnedio que
- ~:enga is6ropos "ligeros" normales.
El DNA progenitor consiste en un dltplex de dos
- ; en as pesadas (rajas). Despues de una generaci6n
credmienro en media ligero, eJ DNA dl'tplex es
t rido" en cuamo densidad, o sea que esta forma-
"'':'r una cadena progenirora pesada {roja) y por
~ cadena hija ligera (azul) . Despues deJa segunda
eraci6n, las dos cadenas de cada d(tplex hibrido
:an scparado. Cada una adquicre a una pareja
=>3 de tal forma que Ia mitad de los DNA d-Ltplex
siguen siendo hfbridos y la otra mitad es complera-
meme ligera (ambas cadcnas son azules).
Las cadenas individuates de estos duplex son comple-
tamente pesadas o complecamente ligeras. Este patron se
confirm6 experimemalmenre en Ia prueba de Me-
selson-Stahl en 1958, que sigui6 a Ia duplicaci6n
semiconservadora del D.XA a traves de u-es genera-
clones de crecimiemo de E. coli. Cuando el DNA fue
extrafdo de las bacrerias y su densidad se midi6 por
cenrrifugaci6n, el DNII. form6 bandas correspon-
dienres a su dcnsidad, pesada en las progenitoras,
hibrida en la primera generaci6n, y mitad hibrida y
mirad ligera en Ia segtmda generad6n.
Ill Las cadenas del DNA se separan
en La horquilla de duplicaci6n
Conceptos plincipales
La duplicaci6n del DNA es llevada a. cabo por un
complejo de enzimas que separan las cadenas
progenitoras y sintetizan las cadenas hijas.
La horquilla de duplicaci6n es el punto en que se
separan las cadenas progenitoras.
las enzimas que sintetizan el DNA se llaman DNA
polimerasas; las enzimas que sintetizan el RNA se
conocen como RNA polimerasas.
Las nucleasas son enzimas que degradan a los acidos
nucleicos; incluyen DNAsas y RNAsas, y pueden
dividirse en endonucleasas y en exonucleasas.
La duplicaci6n cxige Ia separaci6n de las dos cade-
nas de un duplex progenitor; sin embargo, el rom-
pimiento de Ia estructura es nansitorio, y se reviene
conforme se forma e l duplex hijo. En algun mo-

1.8 Las cadenas del DNA se separan en la horquilla de duplicaci6n 9


J l"' J
Moleculas de DNA replicada:f DNA progenitor
Horquilla de dupllcacion
La horquilla de duplicacion es Ia region del DNA
en La cual hay una transici6n del duplex progenitor desenrolta-
do a los duplex hijos recientemente replicados.
Enlace roto
I como se observa en la
Una endonucleasa divide a un enlace en un acido
nucleico. En este ejemplo se muestra una enzima que ataca a
una cadena de un DNA duplex.
. ':
...._..
VVVV~\/
Una exonucleasa elimina bases, una a la vez,
dividiendo el ultimo enlace de una Cadena polinucleotidica.
memo, s6lo un tramo pequefio del DNA duplex se
separa en tadenas individuales.
La estructura helicoidal de una molecula de
DNA dedicada a Ia cluplicaci6n se ilustra en Ia
. La region no rep licada es el duplex proge-
nitor que se abre hacia Ia region replicada, donde
se han formado los dos duplex bijos. La estructura
helicoidal doble se rompe en la union entre las dos
regiones, llamada horquilla de d upUcad6n. La
duplicaci6n implica el movimiemo de l.a horqui-
lla de duplicaci6n a lo largo del DNA progenitor, de
modo que hay un desenrollamiento continuo de las
cadenas progenitoras y un enrollamienro de los du-
plex hijos.
La sfntesis de acidos nucleicos es caralizada por
enzimas especificas, las cuales reconocen el molde
y emprenden Ia La rea de catalizar Ia adicion de sub-
unidades a Ia cadena polinudemfdica que esta sien-
10 CAPiTULO 1 Los genes son DNA
do sintetizada. Las enzimas se nombran segun el
tipo de cadena que sintetizan: las DNA polimera-
sas sintetizan DNA. las RNA polimerasa s, RNA.
La degradacion de los acidos n udeicos tambien re-
quiere de enzimas espedficas: las dcsoxirribo-
nuclea sas (DNAsas) degradan alDNA y las ribonu-
cleasas (R NAsas) degradan al RNA. l.as nucleasas
se incluyen en las clases generales de exonuclca-
s as y endonucleasas:
Las endonucleasas conan enlaces inclividua-
les en e/ interior de las moleculas de DNA y
de RNA y generan fragmentos discreros. Al-
gunas DNAsas dividen am bas cadenas de un
DNA duplex en el sirio diana, miemras que
otras dividen solo una de eiJas. Las endo-
nucleasas partidpan en reacciones de corte,
Las exonucleasas eliminan los residuos, uno
a uno. a partir del exLremo de Ia molecula, y
generan mononucle6tidos. Siempre actuan
en una sola cadena de acido nudeico, y cada
exonudeasa avanz.a en una clirecci6n especi-
fica, es decir, empieza en un exuemo 5' o 3'
para dirigirse h.ada el orro . .Esr<in involucra-
das en reacciones de ajuste, como se muesrra
en la
Ill La informacion genetica puede
ser proporcionada por el DNA
o el RNA
Conceptos principales
Los genes celulares son DNA, pero los virus y Los
viroides pueden tener genomas de RNA.
El DNA se convierte en RNA por transcripcion, y el RNA
puede convertirse en DNA por transcripci6n inversa.
La traducci6n del RNA a prote1na es unidireccional.
El dogma central define el paradigma de Ia biologfa
molecular. Los genes se perpenian como secuencias
de acido (1 ucleic:o. si bien actuan al ser expresados
en forma de proteinas. La duplicaci6n es respon-
sable de Ia hercncia de la informacion genetica. La
transcripci6n y Ia Lraduccion son responsables de Ia
conversion de una forma a otra.
En la se Uustran las funciones de Ia
duplicaci6n, Ia transcrlpci6n y La traducci6n desde
la perspectiva del dogma central:
r..a perpetuaci6n del iicido nucleico suele implicar
a/ DNA o el RNA como el materialgenetico. Las
celulas utilizan unicamente DNA, en tanto
que algunos viws usan RNA, y Ia dupUca-
-
crt \YJ\Y/ DN A ~ ..........
Duplicaci6n
T ra nscri pci6n
inversa
RNA ......... ..
Duplicaci6n
~ Proteins
El dogma central manifiesta que la informa-
:lon del acido nucleico puede ser perpetuada o transferida,
s;n embargo la transferencia de la informaci6n a protcinas es
-reversible.
d6n del RNA vfrico ocurre en Ia celula io-
fectada.
l,a expresi6n de In infornwci6n genetica ce/ular
suele ser unidireccional. La transcripci6n del
DNA genera molecuJas de RNA que tlnica-
mente pueden scr utilizadas ona vez para
generar secucncias de protefuas; en general
no pueden recupcrar~c para usarlas como
fuente de informacion genetica. La traduc-
ci6n del RNA a proteina siempre es irrever-
sible.
Esros mecanismos son igualmente efectivos
ara la informacion gt>n<'1ica celu Jar de procario-
:as o eucariotas y para Ja informacion transpon ada
""'::lr los vi rus. Los genomas de 1o<ius los o rganismos
~vos estaa formados por DNA dt1p lex. Los virus
1seen genornas de DNA o RNA, y de cacla tipo hay
emplos de doole cndena (ds. double strcmded) ode
.:adena u n ica (ss. single scranded). Los deta lles del
-.ecanismo de replicad6n del acido nuclei co varian
~n tre los diferenres si~Lernas vlricos. pero el prind-
. : J de duplicaci6n por ~I me~ is de cadenas comple-
~entarias sigue siendo el mi~mo, seg(m se ilusna
_n Ja
Los genornas ccfulares reproduccn el DNA por
=-mecanisme de duplicaci6n !>emiconservadora. Los
:en omas vfricos de doblc cadena, sean de DNA o
~'\A, tambien se replican utili7ando como molde
..35 cadcnas individuales del diiplex para simetizar
~s: las cadenas complemenrarias.
Los virus con genumas de una sola cadena la
_ ~zan como moltk para sintetizar una cadena
.:-"lDplemenraria, Ia cual. a su vez, es utilizada para
1.9 La informacion genetica puede ser proporcionada por el DNA o el RNA
Molde de doble
cadena ~ ~ Cadena antigua
'{j\:{j~ ~ } Cacenas nuevas
"\?~~ Cadena antlgua
La duplicaci6n genera dos duplex hijos. cada uno de los
cuales conliene una cadena progenltora y una cadena
fabricada recientemente
Molde de cadena
Individual
VV\--+ 'JJWR{
'/VV
La cadena progenitors individual
es utilizada para sintetizar una
cadena complementaria
-+ VV\
La cadena complementaria es
utlllzada para sintetlzar una copia
de Ia cadena progenltora
Los acidos nucleicos. tanto los de doble cadena
como los de cadena individual, se replican por la sintesis de
cadenas complemcntarias reg ida por las reg las del apareamien-
to de bases.
sintetizar a su cornplemenro. que, por :.upue~ro. es
idenrtco a Ia cadena original inidal. La duplicaci6n
puede implicar Ia ormaci6n de intermediaries es-
tables de doble cadena o utilizar <kido nucleico de
doble cadena s6lo como una fase transiteria.
La restricd6n de Ia transfcrencia unidireccional
de DNA a RNA noes absoluta, ha sido su perada por
los r e t r o virus. cuyos genomas estan formados por
moleculas de RNA de una sola cadena. Durante ei
ciclo infeccioso, el RNA se convierte en una cadena
(mica de DNA por el procesu de transcripcion in-
v ersa; dicha cadena. a su v~z. es convenida en un
DNA de doble banda. Este DNA duplex se con vier-
te en pane del genoma de Ia cclula y es heredado
como cualqu ier orro gen. de mcmera que Ia transcrip-
ci6n inversn petntile que una secuencia de RNA sea recu-
perada y utilizada 1:01110 in[ormaci611 genetica .
La existencia dr Ia d uplicad6n del RNA y de Ia
transcripci6n inversa cc;tab lece el principio general
de que Ia informacion en cualquier tipo de secuencia de
dcido nucleico puede convertirse en e/ otro ripo. Sin em-
bargo. en el cur~o normal de los hechos, la celula
depende de los procesos de duplicaci6n, uanscrip-
ci6n y rraducci6n del D t A. o obstante. alguna
vez Ia in[ormaci6n de un RNA celular se conviene
en DNA y se insena en cl genoma (evemo posi-
blemente mediado por un virus RNA). Aunque Ia
transcripci6n inversa no participa en las operacioncs
regulares de Ia celula, Uega a ser un mecanisme po-
tencialmente imponame cuando se analiza Ia evo-
luci6n del genoma .
11

J ..1 ~ n ucleasas (DNAsas) degradan al DNAy las ribonu-
Moleculas de DNA repllcadas I DNA progenitor
Horquilla de duplicaci6n
La horquilla de duplicaci6n es la regi6n del DNA
en la cual hay una transicion del duplex progenitor desenrolla-
do a los duplex hijas recientemente replicados.
Enlace roto
l como se observa en Ia
Una endonucleasa divide a un enlace en un acido
nucleico. En este ejemplo se muestra una enzima que ataca a
una cadena de un DNA duplex.
Una exonucleasa elirnina bases, una a Ia vez,
dividiendo el ultimo enlace de una cadena palinucleotidica.
memo, solo un tramo pequeno del DNA duplex se
scpara en cadenas individuates.
La estruclllra he licoida l de una molecu la de
DNA dedicada a la duplicacion se ilustra en la
. La region no replicada es el dttplex proge-
nitor que se abre hacia Ia region repJicada, donde
se han Eormado los dos dttplex h.ijos. La estructu.ra
helicoidal doble se rompe en la union entre las dos
regiones, llamada h orqu illa d e duplica cion. La
duplicaci6n implica el movimiemo de la horqui
Ua de duplicaci6n a lo largo del DNA progenitor, de
modo que hay tm desenrol1amienro continuo de las
cadenas progenitoras y un emollamiemo de los du-
plex hijos.
La s!nresis de acidos nucleicos es catalizada por
enzimas especfficas, las cuales reconocen el molde
y emprenden la tarea de catalizar la adid6n de sub-
unidades a Ia cadena polinucleotfd.ica que esta sien-
10 CAPITULO 1 los genes son DNA
do sintetizada. Las enzimas se nombran segun el
tipo de cadena que sh1tetizan: las DNA polimera-
sas sinterizan DNA. las R NA po limerasas, RNA.
La degradaci6n de los acidos nucleicos tambien re-
quiere de enzi:rnas especificas: las desoxir ri b o -
clea sas (RNAsa s) degradan al RNA. Las nudeasas
se induyen en las clases generales de ex o nuclea -
sas y endo nudeasas:
Las endonudeasas cmtan enJaces individua-
les en el imerior de las moleculas de DNA y
de RNA y generan fragmentos cliscretos. Al-
gunas DNAsas d.ividen ambas cadenas de un
DNA duplex en el s.itio diana, mientras que
otras dividen solo una de elias. Las endo-
nudeasas participan en reacdones de cone,
Las exonucleasas eliminan Los residues, uno
a uno, a partir del extremo de la molecula, y
gcneran mononude6tidos. Siempre actuan
en una sola cadena de acido nucleico, y cada
exonucleasa avanza en una direcci6n especi-
fica, es decir, empieza en un extreme 5' o 3'
para dirigirse hacia el otro. Estan involucra-
das en reacdones de ajuste, como se rnuestra
en Ja
Dl La informacion genetica puede
ser proporcionada por el DNA
o el RNA
Conceptos principales
Los genes celulares son DNA, pero Los virus y los
viraides pueden tener genomas de RNA.
El DNA se convierte en RNA par transcripci6n, y el RNA
puede convertirse en DNA par transcripcion inversa.
La traducci6n del RNA a proteina es unidireccional.
El d ogma cen t ral define el paradigma de la biologla
m olecular. Los genes se perpetuan como secuencias
de addo nucleico, si bien actuan al ser expresados
en forma de protefnas. La duplicaci6n es respon-
sable de la herencia de La infom1ad6n genetica. La
transcripci6n y Ia traducci6n son responsables de Ia
conversion de una forma a otra.
En Ia se il.ustran las funciones de la
duplicaci6n, la uanscripd6n y Ia tTaducci6n desde
Ia perspectiva del dogma central:
La perpetuaci6n del acido nucleico suele implicar
al DNA o el RNA como el materia.! genefico. Las
celulas utilizan unicamente DNA. en tanto
que algunos virus usan RNA, y Ia duplica-
 Duplicaci6n
\ i J \ 1 / DNA ....C. . . . . . . ....
Transcripci6n
inversa
@ RNA ...........
Duplicaci6n
~ Protefna
El dogma central manifiesta que la informa-
::-6n del acido nucleico puede ser perpetuada o transferida,
:'.., embargo la transferencia de la i nformacion a proteinas es
,.eversible.
cion del RNA vfrico ocurre en la celula in -
feclada .
La expresi6n de Ia informacion genetica celular
suele ser unidireccionaL. La transcripci6n del
DNA genera moleculas de RNA que tlnica-
mente pueden ser utilizadas otra vez para
generar secuencias de proreinas; en general
no pueden recuperarse para usarlas como
fuente de informacion genetica. La traduc-
ci6n del RNA a protelna siempre es irrever-
sible.
Es tos mecan ismos son igualmeme efectivos
;;ra la informaci6n genetica celular de procario-
.:s o eucariotas y para la informacion transportada
r los virus. Los genomas de wdos los organismos
''OS estan fo rmados por DNA duplex . Los virus
- seen genomas de DNA o RNA, y de cada tipo hay
: emplos de doble cadena (ds, double shanded) ode
.:.adena unica (ss, single stranded) . Los detalles del
-::ecanlsmo de replicad6n del acido nucleico varfan
;:me los diferenles sist emas vfricos, pero el princi-
de duplicaci6n por sinresis de cadenas comple-
,emarias sigue siendo el mlsmo, segun se ilustra
..... la
Los genomas celulares reproducen el DNA por
::.mecanisme de dLtplicaci6n serniconservadora. Los
_::nomas viricos de doble cadena, sean de DNA o
- _-\, tambien se replican u tilizando com o molde
.=s cadenas individuales del d{tplex para sintetizar
: las cadenas complementarias.
Los virus con genomas de una sola cadena la
-~an como molde para simetizar una cadena
:np lementaria, Ia cuaL a su vez, es utiJizada para
1.9 La informacion genetica puede ser proporcionada por el DNA o el RNA
~
Molde de doble
cadena -< ~
}
Cadena antigua
Cadenas nllevas
' r~~
V ..
V ~~ Cadena antigua
La duplicaci6n genera dos duplex hijos, cada uno de los
cuales contiene una cadena progenitora y una cadena
fabticada recientemente
Molde de cadena
individual
VV\--+~
(IVV -+VV\
La cadena progenitors individual La cadena complementaria es
es utllizada para sintetizar una utilizada para sintetlzar una copja
cadena complementaria de Ia cadena progenitors
Los acidos nucleicos, tanto los de doble Cadena
como los de cadena individual, se replican por la sintesis de
cadenas complementarias regida por las reg las del apareamien-
to de bases.
sintetizar a su complememo, que, por supuesto, es
ictemico a la cadena original inicial. La duplicaci6n
puede implicar la fo rma ci6n de interrnedjarios es-
lables de doble Cadena 0 Uli lizaT acidO nucleico de
doble cadena s61o como una Iase transitorla.
La resrricci6n de la transferencia unidirecciona l
de DNA a RNA noes absolura, ha sido superada por
los retroviru s, cuyos genomas estan formados por
molecuJas de RNA de una sola cadena. Durante el
ciclo infeccioso, el RNA se conviene eo una cadena
unica de DNA por el proceso de t ranscripci6n in-
versa: dicha cadena. a su vez. es convertida en un
D A de doble banda . Este DNA dt\plex se convier-
Le en pane del genoma de Ia celula y es heredado
como cualq uier otro gen, de manera que Ia transcrip-
ci671 in versa permite que una secuencia de RNA sea recu -
perada y utilizada como informacion genetica .
La ex istencia de la duplicaci6n del RNA y de !a
mmscripci6n inversa establece el p ri ocipio general
de qu e Ia informacion en cualquier tipo de secuencia de
acido nucleiw puede convertirse en el otro tipo. Sin em-
bargo, en el curso normal de los hechos, Ia celula
depende de los procesos de duplicaci6n, Lranscrip-
d6n y traducci6n del DNA. No obstante, alguna
vez Ia informacion de un RNA celular se conviene
en D NA y se insena en el genoma (evento posi-
blemente mediado por un virus RNA). Aunque Ia
transoipci6n inversa no partidpa en las operaciones
regulares de la celula, llega a ser un mecanisme po-
tendalmente impon:ante cuando se analiza la evo-
luci6n del genoma.
11
 Genoma
I ~
1

Numero de genes
1 li.~ :"'

Pares de bases
1111 Los acidos nucleicos
se hibridan por apareamiento
Organismos
Plantas <50 000 <10 11 de bases
Mamlferos 30 000 109
-3 X
Gusanos 14 000 - 108 Conceptos principales
Moscas 12 000 1.6 x 108
Hongos 6000 1.3 X 107 El calentamiento provoca que las dos cadenas de un
Bacterias 2--4 000 <107 DNA duplex se separen.
Mlcoplasma 500 <106
Virus DNAds
La T,.. es el punto media del rango de temperatura de
Vaccinia 187 000 desnaturalizacion .
<300
Papova (SV40) -6 5 226 Las cadenas complementarias imicas pueden
Fago T4 -200 165 000
renaturalizarse cuando se reduce la temperatura.
VirusDNAss
Puede haber desnaturalizaci6n y renaturalizaci6n/
Parvovirus
Fago fX174 1,5 5 000
5 387 hibridaci6n con combinaciones de DN A-DNA, DNA-
RNA o RNA-RNA, y pueden ser int ermoleculares o
V1rus RNAds
intramoleculares.
Reovirus 22 23000
La capacidad de dos preparaciones de acido nucleico
Virus RNAss
de una sola cadena para hibridarse demuestra su
Corona virus 7 20 000
Influenza 12 13500 complementadedad.
TMV 4 6400
Fago MS2 4 3569
STN V 1 1 300 Una propiedad dave de la helice duplex es su ca-
Vlroides paddad para separar las dos caden as sin aiectar los
PSTV RNA 0 359 enlaces covalentes; esto hace posible d!cha separa -
cion, y que se reform en en condidones fisiologicas a
La cantidad de acido nucleico del genoma varia
en un rango enorme. ds, doble cadena; ss, cadena unica. la veloctdad necesaria (muy rapida) para mamener
las funciones gcneticas. La especificidad del proceso
depende ctel apareamiento complementario de las
bases.
Los mismo::. principios se aplican a la perpetua - El concepto de apareamiento de las bases es ftmdamen-
cion de la informacion gcnetica tanto en los gene- tal para lodos los procesos relacionados can los addos nuclei-
mas enormes de plantas o anfibios como en los ge- cos. La separaci6n de los pares de bases es un aspecro cr-ucial
nomas diminutos del micoplasma y en la inforrna- de la funcion de una molicula de doble cadena, mientras
ci6ngenetica alin mas peCJueila de los virus de DNA que Ia capacidad para formar pares de bases lo es pam
o RNA. Eo la se resumen algunos ejem- la actividad de un QC/dO nucleico de cadena unica. Eo Ia
plos de la gama de Lipos y tamanoc; de los genomas. se muestra que el apareamiento de bases
En toda Ia gama de organismos, cuyo comeni- perrn.ite que los acidos nudeicos complementarios de
do total de genomas varia en un range superior a cadena (mica [ormen una esrructura duplex.
las 100 000 veces. prevalece un principia comun: Una region duplex intramolecu lar puede
el DN.4 codifica a codas las proref11as que la(s) dlula(s) formarse per apareamiemo de las bases
del otganismo debe(n) sintetizar, y las proteinas, a su vez enne dos secuencias complementarias que
(directa o indirectamenre), propordonan las furzciones forman pane de una molecula de cadena
necesarias para Ia superv1vencia. Mediante un princi- unlca.
pia sirniJa r se describe Ia funci6n de la informacion Una molecula de Cadena unica pu ede apa-
gen<:!rica de los virus, ya sea de DNA o RNA: el acido rearse a naves de las bases con una molecula
nucleico codifica a fa(s) proceina(s) necesan'a(s) para em- de Cadena unica, complementaria e inde-
paquetar a! ge11oma y rambiin para malquier funci6n pendiente. para formar un duplex inccrmo-
adicional a las proporcionadas porIa cilula Jwspedadora lecular.
necesaria para la reproduccion del virus duraure su ciclo La formaci6n de dominies duplex a partir de
infeccioso. (El virus mas pequef:i.o, el virus sacelite de atidos n ucleicos de cadeoa un.ica esmas imponante
la necrosis del tabaco [STNV, satellite tobacco necrosis para el RNA, pero rambien existe un DNA decade-
vinzs], no puede replicarse de forma independieme, na unica (en forma de genomas viricos). El aparea-
requiere de Ia presencia simulumea de un virus Hco- miento de las bases entre cadenas complementarias
operadorl(, el virus de la necrosis del tabaco [TNV. unicas e independientes no esta restringido a corn-
tobacco necrosis virusj, que por sf mismo es un virus binaciones DNA-DNA o RNA-RNA, rambien puede
normalrnente infeccioso.) ocunir entre una molecula de DNA y una de R!'lA.

12 CAPITULO 1 Los genes son DNA

 : o\
-:areamiento
..amolecular
~RNA
RNA
- pareamiento RNA largo
-ermolecular entre
RNA corto
.,..oh~culas cortas
oargas de RNA
Et apareamiento de bases ocurre en los DNA
_ ::x e incluso en las interacciones intermoleculares e intra-
... ::ulares del RNA (o del DNA) de cadena individual.
La carencia de enlaces covalentes entre cadenas
:r.plemenrarias permire manipular al DNA in vitro.
uerzas no covalentes que estabilizan ala helice
'"'lex se intermmpen por calcmamiento o exposi-
r:. a concentraciones bajas de sales. Las dos cade-
Je Ia heUet' duplex se separan complerameme
~do se rompen todos los puemes de hidrogeno
_c las unen .
El proce~o de ~eparacion de cadenas se llama
desnaturaJizaci6n o (coloquialmeme) jiJSion. (EI
~no ~dcsnaturalizaci6n" tambien se unliza para
cribir Ia perd.ida de 1a estructura auu!mica de una
:elna; es un termino general que implica que Ia
- nformad6n natural de una macromolecula se ha
~.msformml o.)
La desnatUralizad6n del DNA se presema en un
~ngo limitado de temperatura y da Iugar a cambios
rprendemes en muchas de sus propiedades fisicas.
::: pun to mcd io del rango de temperatura en que las
-denas del DNA se scparan sc conoce como tempe-
:ura de fusi6u (Tm, melting temperahrre), Ia cual de-
e ndC' de la proporci6n de pares de bases G-C. Como
.1da uno de estos pares riene tres puentes de hidr6-
: e no, es mas estable que un par de bases formado
~ r A-T, el cua l so lo cucma condos de dichos puen-
es. Entre mas pares de G-C contenga cl DNA. mayor
d a Ia cantidad de cnergia necesaria para separar las
.:.adenas. En solucion y en condiciones fisiol6gicas,
... n DNA con IJ.O% de pueores G- C. valor tipico de los
::-enomas de los mamiferos. se desnaruraliza a una Tm
.:t)roximada de 87C, de rnodo que el D lA duplex
es estable a Ia temperatura de Ia celu la.
La dc!>llaLUralitaci6n del DNA es revers!ble en
.. ' Ddiciones apropiadas. La capaLidad de las dos
~adenas complementarias separadas para volver a
rmar una helice d(plex se llama renaturaliza-
d 6n, Ia cual depende del apareamiento especffico
:e las base~ entre las cadenas complememarias. En
a se observa que la reacci6n tiene Iugar
1.10 Los acidos nucleicos se hibridan por apareamiento de bases
I \ rA"JIX".IX')f DNA de doble
JV.,V/\.'1(. ' \.~
!(
cadena
Desnaturalizac16n)
VVVV' DNA de cadena
/ VVV individual
~tVJvl~
....__ _ _ _..-i Renaturalizaci6n
Las cadenas individuates de DNA desnaturaliza-
das pueden renaturalizarse para forma r una estructura duplex.
en dos etapas. Primero, las cadenas individuates de
DNA que estan en Ia 5oluci6n se encuentran por
casualidad; si sus secuencias son complcmcmarias,
aparearan sus base'> para generar una region cona
de heUce duplex. Posteriormenle, dicha region se
exLiende a Io largo de Ia molecula como una cre-
mallera para fo rmar una molecula duplex larga.
La renaturalizaci6n de Ia helice duplex restaura las
propiedade!> originates perdidas con la desnaturali-
zad6n del DNA.
La renaturalizaci6n describe Ia reacd6n entre dos
secuencias complementarias separadas por desnaru-
raliz,1d6n . Sin embargo. Ia tecnica puede ampliarse
para permitir que cualesquiera dos secuencias com-
plementarias de acidos nucleicos reaccionen entre sf
para formar una esrructura dup lex. A este proceso
se lc llama asociaci6n, si bien Ia reacd6n se descri-
be de forma mas gene raJ como h.ibridaci6n cuando
panicipan acidos nucleicos de diferentes orfgenes,
como sucede cuando una prcparaci6n es DNA y la
orra, RNA. La capacidad de dos preparaciones de ticidos
mtcleicos parn hibridc~rye demuestra con precisi611 su com-
plememariedad. pues s6Jo las secue11czas complementarias
puedtm fonnar una esmrctura cillplex.
El principia de Ia reacci6n de Ia hibridaci6n es
poner freme a frente dos preparadones de addos
nucleicos de cadena individual y despues caJcular Ia
camidad de materia de doble cadena que se forma .
En Ia se ilusrra un procedim.ienro por
el cual ~c desnaturaliLa una preparaci6n de DNA y
se adsorben en un filtro las cadenas unitarias. Pos-
teriormente se anade una segunda preparaci6n de
DNA (ode R A) desnaturalizado. El fihro es tratado
de tal forma que la segunda preparad6n se adsor-
ba solo si puede formar pares de bases con el DNA
adsorbido en un principio. Usualmem c Ia segunda
13
 1L"!Kc>:!lil11i iiillH]{i~Hilll I mas, un cambio en el fe.notipo del o rganismo puede
permirir que se idenrifique la funci6n de Ia protclna.
~ '-r'\.f.'\.~ . La existen cia de oumerosas mutacion e~ en un geo
Se desnaturaliza el DNA Se desnaturaliza
y se adsorbe en un flltro et DNA en soluci6n pennite que se comparen nurnerosas variantes de

~ ~
una proteina, y mediante un anal\sis detallado se
identificanin las regiones de la proLefna responsables
de una funci6n enzim;itica ode otras funciones.
' ()/::' Toclos los organismos experimentan cierto n u-
\ I
mero de mutaciones como resultado de las ope-
'-- raciones celulares nmmales o de las interacciones
Se sumerge el filtro en Ia soluci6n
~ aleatorias con el arnbien re a las cuales se Jes llama

-J2 mutacione s espon taneas; la velocidad ala que se

producen es caracterfstica del organismo especifico,
yen ocasiones se le llama nivel de Jondo. Las m u-
tadones son <:venros raros y, por supuesto, las que
Se determina el DNA unido al filtro daiian a un gen son descarrad.as con la evoluci6n,
~ de modo que es dilicil obtener grandes cantida des
de murantes espontaneos pa ra estudiarlos en laspo -
' blaciones naturales.

~) La incidencia de las mutaciones suele incremen-

La hibridaci6n en filtro establece si La soluci6n
de DNA (o RNA) desnaturalizado contiene secuendas comple-
rnentarias a las cadenas inmovilizadas en el filtro.
prcparad6n se marca radioactivam eme, de manera
que se pueda med ir Ia reacci6n como Ia cantidad de
marcador radioactive retenido por el t1lrro.
La extension de Ia hibridaci6n entre dos acidos
nucleicos de cadena individual depende de su com-
plemen Lariedad. No es necesario que dos secuencias
sean perfectamente complementarias para hibridar-
se . Si estan esrrechamenre rclacionadas, pero no
son ictemicas, se forma Lm duplex imperfecto en el
cua l el apaream iento de bases se interrumpe en las
posiciones en que las cadenas iodividuales no co -
rresponden.
1111 Las mutaciones cambian
la secuencia del DNA
Conceptos principales
Todas las mutadones consisten en cambios en la
secuenda del DNA.
Las mutaciones pueden ser espontaneas o inducidas
por mutagenos.
Las mmaciones proporcionan evidencias determi-
namcs cle que el DNA es el material genetico. Cuando
un cambio en Ia secuencia del DNA provoca una rno-
dificad6n en la secuencia de una protefna, se puede
conduir que el DNA cod ifica a did1a prorefna. Ade-
tarse mediante tratarniemos con ciertos compuestos;
se les llama mutagenos, y los cambios que provo-
can se conoceo com o mutacion es inducidas. La
mayorfa de los mutagenos actC1an directamente en
virtud de su capaddad para modificar una base es-
pecifica del DNA o paraincorporarse en el acido nu-
cleico. La efecl ividad de un murageno se juzga por
Ia medida en que incrementa Ia tasa de mutaciones
respecto del nivel de fondo. Utilizando mutagenos se
pueden inducir numerosos cam bios en un gen.
Las mutaciones espomaneas que desactivan
el funcionamiento de un gen rienen Iugar en los
bacteri6fagos y en las bacteri.as a una tasa relativa-
mente constante de 3 a 4 x 1 0"3 por gen oma, por
gcne raci6n . Dada Ia gran variaci6n e n el tama6o
de los genomas emre bacteri6fagos y bacterias, esra
tasa corresponde a amplias diferencias en el 1itmo
de las mu [aciones por par de bases, lo cu al sugiere
que Ia t.asa global de mu raci6n ha estado sujeta a
fuerzas sclectivas, qu e han equilibrado los efectos
tl ocivos de Ia mayorfa de las mutaciones respecto
de los favorab les de a lgunas mutaciones. Esta con-
clusion se refuerza por la observaci6n de que una
arqueobacteria que vive en condiciones adversas
de altas temperaturas y acidez (que supuestamen-
le daiian el DNA) no muestra una tasa elevada de
mutaciones, de hed1o la tasa de mutaci6n global
apenas es menor al rango p romedjo.
Ert Ia se muestra que en las bacterias,
Ia rasa de muraciones cor responde a - l o ~ evemos
por locus por generaci6n, o a una tasa promedio de
cambio por par de bases de 10'1 a 10 10 por genera-
cion. La rasa en pares de bases individuates varfa
considerablemen le, en un rango de J 0 000 veces. No
hay un catculo precise de Ia tasa de muraciones en

14 CAPITULO 1 Los genes son DNA

 H
Tasa de mutaci6n C CITOSINA ~
H ~
~r ~'H
'i~N.._H
_.....N'l(~
0
CualqUier par de
bases. 1 en 10'-1 0' 0 G )
/ --( H- ).....,NY>; 0
0 J.w>-N
H-N '\
generaclones Acido
nitrosuo
\ \
II URACILO 0

~TCGGAC TTACCGGTTA
Cualquier gen.
( 1J 'Jill
- AGCCTGAATG GC CAA T. ...
1 en 1()5-10
generac1ones
El genoma,
1 en 300
generac1ones
Un par de bases muta a una tasa de 109 a l0-10
;eneraci6n, un gen de 1 000 pares de bases mula a una lasa
~ -!0~ por generacion, en lanlo que un genoma bacteriano
- _:;; a una tasa de 3 x 10\ por generaci6n.
- _.:ariotas. aunque en general se piensa que hasra
:to pumo es similar a Ia de las baaerlas. calculada
:-locus y por generaci6n.
Las mutaciones pueden afectar
a pares de bases individuales
o a secuencias mas largas
[ooceptos principales
Una mutaci6n puntual modifica a un solo par de bases.
Las mutaciones puntuales pueden ser provocadas por la
conversion qu1mica de una base en otra o por errores
durante la duplicaci6n.
Una transici6n remplaza un par de bases G-C con un
par de bases A-T, o viceversa.
Una transversion remplaza una purina con una
pirimidina, por ejemplo, A-T a T-A.
Las inserciones son el tipo mas comun de mutacion,
son resultado del movimiento de elementos
transponibles.
:: alquicr par de bases del DNA puede mutar. Una
mutaci6n puntua l cambia solo un par de bases, y
:-aede c;er provocada por rlos Lipos de evemos:
La modificad6n qUJmica del DNA convierre
directamente una base en otra diferente.
Un mal fundonamiento durante Ia duplica-
ci6n del DNA provoca Ia inserci6n de tma
base cquivoci'lda en una cadena polinudeo-
tidica duramc Ia sfmesis del DNA.
~' ~
,...N")(N'
O"plloa~ U 0 H
tclon ~ ~mutante
C A
'\:.(J\Jr;\.ljW)' tipo sllvestre
G
las mulaciones pueden ser i nducidas por modi-
ficaci6n qui mica de una ba!.e.
Las mutaciones pumuales pueden ser de dos ti-
pos, dependiendo de Ia naluraleza del cambio cuan-
do una base es sustituida por otra:
La clase mas comun es Ia tra n sici6n, que
consistc en Ia susLituci6n de una pirimidina
porIa Oira. o de una purina por la orra, en
cuyo caso. un par G-C C'S remplazado por un
par A-T, o viceversa.
La clase mcno~ comun es la t ransversion.
en Ia cual una purina es remplazada por una
pirimidina o virevcrsa, de tal forma que un
par A-T se conviene en T-A o en C-G.
Los crenos del acido nirro!>o constituyen un
ejemplo clasico de transici6n por Ia conve rsion
qufmica de una base en otra. En la se
muestra quC' cl acido nitro~o !leva a cetbo una ctes-
aminaci6n oxidativa que convierte a Ia ci tosina en
uracilo. En cJ ciclo de duplicacion que sigue a Ia
transici6n, el Use aparea con una A, y no con Ia G.
con Ia cualla C o riginal se habria apareado. De esta
manera, cl par C-G <'S remplazado por un parT-A
cuando Ia A se aparea con Ia Ten el siguicnte ciclo
de duplicaci6n. (EI acido nitroso rambien desamina
a la adenina. provoca ndo Ia transici6n iuver!>a de
A-TaG-C.)
Las nansiciones t.ambien son provocadas por
aparea mie nto e rr6 me o d e bases. cuando pare-
jas inusuaJec; se aparean desaflando Ia restricci6n
usual de los pnres de Watson y Crick. En general. el
apareamiemo err6neo de bases e) una aberraci6n,
resultado de la incorporaci6n en el D~A de una base
anormal que Lienc propicdade~ antbiguas de aparea-
miemo. En Ia se ntueo;tra el ejemplo del
bromourarilo (BrdU), molecula analoga ala rimina

1.12 Las mutaciones pueden afectar a pares de bases individuates o a secuencias mas largas 15
 en gene~ individuates, pero ahara sabemos que las
' t 'il !cli . . ilti~ inse rciones de fragmenros de material adicional
~----
son muy frecuentes. La fuente del material inser-
tado yace en los elementos transponibles, que
son secuencias de DNA susceptibles de carnbiar de
ll1gar (vease Capfrulo 21, Transposones, y Capitulo
22, Rerrovirus y retroposones). Normalmente, una
inserci6n supri.me la actividad de un gen, y donde
han ocurrido dichas inserciones, despues pueden
El BrdU se aparea con 1 producine deleciones de una parte o todo el male-
Ia A en Ia dupllcaci6n t rial insenado, y h.asta de los dominies adyacentes.
Br Una diferencia significativa entre las mutado-
HC~~0 - nes puntuales y las inserciones/deleciones es que
~I N H,N.... H la rrecuencia de las prirneras puede incremenLarsc
./Y ' H A
por los mutagenos, mientras que Ja inddencia de
~ II N~G-tt
Azucar 0 11 ~CH los cambios provocados por elementos LTaosponi-
HC~Nc-.tf
bles no se ve a[ectada. Sin embargo, las inserdo-
Par BrdU-A

El cambio ceto-enol permite que el

~r
"'
Azucar
BrdU se aparee con Ia G
Br
nes y deleciones tambien pueden ser producto de
mecanismos, por <'it'mplo, los que implican errores
cornetidos dmante la duplicaci6n o la recombina-
d6n, aunque probablemcnte sean menos comunes.
Hc(cy.)~ H ~c'c;OH
9
Cambio ceto-enol Por ona parte, una clase de muragenos, las acri-
dinas, dan lugar a inserdones y deledones (muy
/N~N,H,/ /N, /~
Azlicar 0 Azl!car
9
0
pequefias).

I El BrdU se aparea
... con Ia G en Ia duplicaci6n
Par BrdU-G
Azucar
Se pueden inducir mutaciones at incorporar ana-
logos de bases en el DNA.
liD Los efectos de las mutaciones
pueden ser revertidos
Conceptos principales
Las mutaciones directas desactivan a un gen, en tanto
que inversas (o revertientes) revierten sus efectos.
Las inserciones pueden revertir por delecion del
material insert-ado, pero las deleciones no pueden
reverti rse.
La supresi6n ocurre cuando una mutaci6n de un segundo
gen anula el efecto de la mutaci6n del primero.

En la se muestra que el a.lsJ.amiento de

que <:t.>nlielte Utt aromo de I.Jromina en Iugar del gru- los revertientes es una caxacterfstica imponante
po metilo de la timina. El BrdU se incorpora al DNA que distingue las mutaciones punruales y las inser-
en Iugar de Ia timina. No obstante, sus propiedades ciones de las deledones:
de apareamien LO son amblguas porque eJ atomo de Una nmtaci6n puntual puede revertirse al
bromina perm ire que se realice 1m cambia en el cual resraurar la secuencia original o al adquirir
!a base moclifica su esrructura, de una [orma ceto una mutacl6n compensadora en alguna otra
(=0) a unct forma enol (-OR). Esta 1iltima puede parte del gen.
aparearse con Ia guanina. lo cual conduce a Ia sus- Una inserci6n de material adicional puede
Lit uci6n del par original A-T por un par G-C. ser revertida por deleci6n del material inser-
El apareamienro err6neo puede ocurrir durante tado.
la incorporaci6n original de la base o en un dclo Una deleci6n de una parte de un gen no
subsiguieme de duplicaci6n. La Lransici6n es indu - puede revenirse.
cida con dena probabilidad en cada ciclo de dupli- Lasmutadones que desactivan a un gen son lla-
caci6n, de modo que Ia h1corporaci6n de BrdU tiene madas mutadones d.irectas, y sus efectos son re-
efecms con Lin uos en Ia secuencia del DNA. verrid.os por mutaciones inve rsas, las cuales son
Durante mucho tiempo se pens6 que las mu- de dos cipos, reversion verdadera y reversion supre-
laciones runruales eran Ia vfa principal de cambia sora imragenica.

16 CAPiTULO 1 Los genes son DNA

 ~ ~ Las muraciones rambien puedcn ocurrir en
otros genes para contrarrestar los efecros de una
ATCGGACTIACCGGTIA
TAGCCTGAATGGCCAAT mmacion en el gen original. efecto que se conoce
Mutacion como su presi6n . Se llama supresor a! locus en
puntual que una murad6n suprime cl efecw de una muta-
ci6n en otro.
ATCGGACOACCGGTIA
TAGCCTGAGTGGCCAAT
Reversion l liD Las mutaciones se concentran
ATCGGACTTACCGGTTA en pu ntos calientes
TAGCCTGAATGGCCAAT
Concepto principal
ATCGGACTIACCGGTIA
TAGCCTGAATGGCCAAT
La frecuencia de las mutaciones en cualquier par
de bases en particular depende de una fluctuaci6n
lnsercion estadistica, excepto en los puntos calientes, en los
cualcs la frecuencia se incrementa cuando menos en un
ATCGGACTTXXXXXACCGGTIA orden de magnitud.
TAG CCTGAAYYYYYTGGCCAAT

Reversion I Ha!>la ahora se han descriro las mutaciont:s en lun-

por delecion t
ATCGG ACTTACCGGTIA
TAGCCTGAATGGCCAAT
ATCGGACTIACCGGTTA
TAGCCTGAATGGCCAAT
ATCGGACGGTTA
TAGCCTGCCAAT
Reversion lmposible
las mutaciones puntuales y las inserciones pue ~
den ser revertidas, pero las deleciones son irreversibles.
Una reversion exacta cic Ia muraci6n original
sc llama reversion verdad era, de tal manera que
si un par A-T ha sido rcmplat.ado por un par G-C,
otra m utaci6n que restiruya cl par A-T regenerara
cxactamenre Ia secuencia de ripo silvesue.
El segundo tipo de mutaci6n inversa, Ia rever-
~ i 6 n supresora in tragenica , puede rener Iugar
en otro sitio del gen, y sus efectos cornpensan a
Ia primera mutaci6n. Por ejemplo, un cambio de
aminoacido en una protefna purdc abolir Ia fun -
ct6n del gen. pcro una segunda alteraci6n puede
compensar pur la primera y restaurar Ia acrividad
dr Ia protefna.
Una mutaci6n direaa resu lta de cualquier cam -
bia que desaclive un gen, mientras que tma muta-
ci6n in versa debe restaurar Ia funci6n de una proref-
na daiiada por una mutad6n direcla en particular.
de modo que Las demandas de una mutaci6n inversa
son mucho mas especlticas que las de una muracion
directa. En proporci6n, la rasa de rerromutacion es
mcnor que Ia de mutaci6n directa, normalmente por
un factor de -10 veces.
ci6n de los cambios individuates en la secuencia
del DNA que influyen en Ia aetividad de la unidad
genetica en !a cual ocurn.: u. Cuando se ar~alizan
las muraciones desde Ia pero;pectiv.1 de la desac-
tivacion del gen, la mayorla de los genes de una
especie muestran rasas mas o menos similares de
mutaci6n respeno de su rnmai'io, lo cual sugicre
que el gen puede ser considerado como un objetivo
de la muraci6n, y que un daiio en cualquiera de sus
panes puede abolir su funci6n, por consiguiente, la
susceptibilidad a Ia mutacion es aproximadameme
proporcionaJ al tamai'io del gen. Pero consideran-
do los sirios de mutaci6n de Ia sccuencia del DNA.
(.lOdes los pares de bases de un gen c;on igualmeme
suscepribles o algunos son mas propenc;oc; que otros
a sufrir muraciones?
(.Que sucede cuando se aisla un numero im-
portante de muraciones ;ndcpc:ndiemes del mismo
gen? Se obtienen numerosos muta11tes, cada uno
de los cuales e~ resultado de un evcnto mutadonal
individuaL Posteriormenre se determina el sitio de
cada murad6n _ La rnayorfa de las mutadones ra -
dican1n en sirios diferemes, :>i bien algunas estaran
en Ia misma posicion. Dos mu1aciones aisladas de
manera indcpendieme en el mismo sitio pueden
constituir exaetamenre eJ mismo cambia en el DNA
(en cuyo caso el mismo evemo muracional ha su-
cedido en mas de una ocasi6n) . o pucclen constituir
cambios diferentes (en cada par de bases son posi-
L>Ies rres muraciones pu n.tuales diferemes).
En el hisrograma de la se rnuestra
Ia frecuenda con la cual se encuentran muracio-
ne!> en cada par de bases del gen /acl de E. coli. La
probabilidad estadfstica de que ocu rra mas de una
muraci6n en un sitio particular se derermina por
cinctica de impacros aleatorios (como se observa en

1. -4 Las mutaciones se concent,an en puntos calientes 17


- _ .._......,....
. .L -________.
50 100 150 200 250 300 bp
Distancia a lo largo del gen
Las mutaciones espontaneas ocurren a lo largo
del gen loci de la bacteria E. coli. pero estan concentradas en
un punto caliente.
Ia distribuci6n de Poisson). Por lo ramo, algunos
sirios adquiriran una, dos o Lres mutacion.es, mien-
t.ras que onos no obrendrau ninguna. Algunos sitios
adquieren muchas mas muraciones de tas esperadas
en una distribuci6n aleatorla; pucden presen tar 10 e
incluso 100 veces mas muraciones que las predichas
por los impactos aleatorios. Estos sitios se llaman
puntos calie ntes. En los pumos calientes pueden
ocunir murado nes espontaneas, y mutagenos dife-
rentes pueden rener diferentes puntos caliemes.
Numerosos puntos calientes son
resultado de bases modificadas
Concepto principal
Una causa comlin de puntas calientes es la base
modificada 5-metilcitosina, la cual sufre desaminaci6n
espontanea y se convierte en timina.
Una causa imponanre de mutaci6n espontanea rc -
sulra de la p resencia de una base inusual en el DNA.
Ademas de las cua tro bases que se insertan en este
cuando es sintetizado, en ocasiones se pueden ob-
servar bases modificadas cu yo nombre refleja su
origen; son producidas al modificarse quimi.camente
W1a de las cuatro bases ya presemes en el DNA. La
base modificada mas com(m es la 5-metilcirosina,
generada por una enzima metilasa que agrega lll1
grupo mctilo a cienos residuos de citosina en sitios
especillcos del DNA.
Los sitios que contienen 5-metilcitosina propor-
cionan puntos ca lientespara que se desarrollenmu-
tadones punruales espomaneas en E. coli. En cada
caso, la mmaci6n adquiere Ia forma de una Lransi-
ci6n de G-C a A-T. Las cepas de E. coli incapaces de
metilar la citosina carecen de pumos calientes.
La raz6n de Ia existencia de los pumos calientes
es que las bases de citosina sufren desaminaci6n
18 CAPITULO 1 Los genes son DNA
Cltosina H
/Y )
Uracilo
~
0
fjf'
,...NyN,
II H
0
La desaminaci6n de La citosina produce uracilo,
y lade 5-metilcitosina, timina.
espomanea con frecuencia considerable. En esta re-
acci6n, el grupo amino es remplazado por un grupo
ceto. Recuerdese que !a desaminaci6n de Ia dtosina
genera uracilo (vease Figura 1.23). Enla
se compara esta reacci6n con la desaminacion de
5-metilcirosina, en donde Ia desaminaci6n genera
tim ina. El efecto en el DNA es la generaci6n de pa-
res de bases G-Uy G-T, respectivamente, donde hay
un apareamiento err6neo entre parejas.
Todos Los organismos cuentan con sistemas de
reparaci6n que corrigen pares de base apareados
err6neamente eliminando y remplazando tma de
las bases. La operaci6n de esws sistemas determina
si los pares apareados err6neamente, como G-U y
G-T, resultan en mutadones.
En la se muesrra que las conse-
cuencias de Ia desaminacion son diferentes para Ia
5-metildlOsina y para ta citosina. La desaminaci6n
(poco frecuente) de la 5-metilcirosina provoca una
mutaci6n, en tanto que Ia desaminadon de Ia dro-
sina mas comun no tiene este efecto porque los sis-
temas de reparaci6n son mucho mas etectivos para
reconocer G-U que G-T.
La B. coli cont.iene una enzima, t,HacUo-DNA-
glucosidasa, que elimina los residues de uracilo del
DNA (vease Ia secci6n 20.5, La inversion de bases
es utilizada por las metilasas y las glucosilasas). Esta
acci6n deja sln aparear LU1 residue de G, y posterior-
mente "un sistema de reparaci6n" inserta una base C
para aparearlo. El resultado final de estas reacciones
es La restauraci6n de Ia secuencia original del DNA.
Este sistema protege al DNA de las consecuencias
de la desaminaci6n espomanea de la citosina (pero
no es lo suficientememe activo como para prevenir
los efectos del alto nivel de desami.naci6n provocado
por el acido nitroso; vease la Figura 1.23).
N6rese que Ia desaminad6n de la 5-merilcitosi-
na produce ti.mina, lo cual da Iugar a un par de bases
a.pareadas err6ncameote, G-T. Si d apareamiento
 da representan - 30% de las mutaciones puntuales;
esto hare del esrado de la 5-metildrosina un factor
cMe c
dererminante de mutaci6n muy imponanre en la5
'-.Q\.0\..VNO\N celulas animates.
G G
Desam1naci6n ox1dativa Los efectos de Ia eliminaci6n de la enzima del
La T remplaza a Ia Me C I El U rempla ;~:a a Ia C raton MBD4, glucosilasa susceptLble de eliminar T
T t U
(o U ) de pare~ c1 r6neo~ con G. subrayan .a impor-
VI'\O\JO\O\N tanda de los sistemas de reparaci6n para reducir
G G
T ! Ellminaci6n del uracilo
la tasa Je mmaciones: el resulrado es una tasa de
mutaci6n tres ve ce~ rna yor en lo~ siuos CpG. (La
~u raz6n de qHe el erecto no sea mayor es que Ia MBD4
G G
I lnserci6n dE! citosina
constimye solo uno de los numerosos sisremas que
T t C incidcn en lm pares crr6neos G-T; es de irnaginar
"V~ que Ia eliminaci6n de todos los sistemas incremen-
G G tara m~cbo m~s l.:~ tasa de mlllad6n.)
Duplicaci6n
La opcraci6n de cs1os sislemas proyecra una luz
c ~ c interesame en el uso de !aT en el DNA respecro de
!aU end RKA que quiza se rdilcione con la nece-
~
G G s idad de cstabilirlarl de- Ia :.crut.:ncia del DNA; d uso
T y C de T significa que cualquier desaminaci6n de C se
VJ\.0\.DtW\N detecta de inmedimo debido a que genera una base
A G
Ia T se aparea con Ia A (U) que suelc estar auseme del DNA, lo cuaJ incre-

Mutacl6n
I
Sin mutaciCin
La desaminaci6n de la 5-medl<.itosina produce
timina (por Lransiciones de C-G a --A), en Lanlo que la desami-
naci6n de La citosina produce uracilo (que suele ser eliminado
y posteriormente remplazado por citosina).
err6neo nose corrige ames del sjguien te ciclo de
duplicaci6n. resuha una mutaci6n. En Ia siguien-
te duplicaci6n, las bases del apareamicnto err6neo
enrre G y T se separan y posteriormen te se aparean
con nuevas parejas para produtir un pc1r G-C de tipo
silvesrre y ttn par A-T mutanle.
La desaminnci6n de la 5-merilcito!;ina es Ia cau -
sa mas com t'm de Ia producci6n de pares err6neos
de G-T en el DNA. Los sistemas de reparaci6n que
actlian en dichos pares tienden a rcmplazar T por C
(en vez de In alternativa de remplaza.r G par A). lo
cual ayuda a reducir Ia tasa de mutad6n (vease la
seccion 20. 7, Control de Ia direcd6n de Ia repara-
cion del apareamiento erroneo). No obstante, estos
sistemas no son tan e(ecrivos como Ja remod6n de
U de los pares err6neos G-U, de modo que Ia des-
arn.inaci6n de la 5-metildtosina provoca mutadones
con mucha mayor frccuencia que Ia desaminad6n
de Ia citosina.
La 5-mcrilcitosina tambien nea puntas calien-
rcs en el Di A de eucariotas. fen6meno comun en
dinucle6tidos CpG concentrados en regiones de-
nominadas islas CpG (vease Ia secd6n 24.19. Los
islotes CpG son dianas rcguladoras). Si bien Ia 5 -
metilcirosJna represema -1 "Ia de las bases del DNA
huma no. los sitios qur.: conuenen Ia base moctifica-
menta en gran meciida Ia eficiencia con que pueden
fw1cionar los sistemas de reparaci6n (comparados
con Ia situaci6n en q ue tienen que derectar aparea-
miemos err6neos G-T, los cuale:. tambien pueden
ser produddos por situaciones en que Ia eliminaci6n
de: la T no serfa Ia respue~1a apropiada). Asimis-
mo, el enlace fosfodiester del esqueleto es mas labil
cuando Ia ba~e es U.
1m Algunos agentes hereditarios
so n ext remadamente pequeiios
Concepto principal
Algunos agentes hereditarlos muy pequeiios no
codifican protelnas, pero constan de RNA o de
proteinas que tienen propiedades hereditarias.
Los v iroides son agentes infecciosos que producen
enfermeclades en plantas superiores; son molecu -
Jas circulares de RNA muy pequeiias. A diferenda
de los virus. en los cuales el agente infecdoso es
un v iri6n, genoma encapsulado en una cubiena
de protefna, el RNA 111roule es el age1zte infeccioso. El
viroide esta lormado unicameme por RNA, cuyas
bases estan extensamcnte apareadas pero de forma
imperfecra. de modo que forman una barra carac-
terfstica, como Ia ilustrada en Ia . Las
mutacione'> que imerfieren con la esrructura de esra
bana reducen su capacidad infecciosa.
Un RNA viroide consiste en una especic mole-
cular individual que se replica de orma aut6noma
en celulas infecradas y cuya secuencia se perperua

1.16 Algunos agentes hereditarios son extremadamente pequenos 19

 El RNA del PSTV es una molecula circular que forma una estructura extensa de doble cadena inte-
rrum pida por numerosos lazos inteliores. La forma leve difiere de la grave en tres sitios.
fielmeme en sus descendiemes. Los viroides pue-
den clasificarse en numerosos grupos. Un viroide
dado se identiflca con un grupo porIa similiwd de
su secuencia con Ia de otros miembros del grupo.
Por ejemplo, cuairo viroides Telacionados con el del
ruberculo ahusado de la papa (PSTV, potato spindle
tuber viroid), muestran similil udes de secuencia del
70 a! 83 par ciento. Los diierentes aislamiemos de
una cepa de un viroitlc en particu lar pueden vadar
emre ellos, y el cambia puede afectar al fenotipo
de c~lulas infectadas. Par ejemplo, las cepas Teves
y severas de PSTV difieren por ues susrituciones de
nucle6tidos.
Los viroides se asemejan a los virus en que sus
genomas de acido nucleico son heredables porque
cumplen con todos los requisites de la informacion
genetica. aunque los vhoides, llan1ados en ocasio-
nes pat6genos subviricos, difieren de los virus en
estructura y fund6n. El RNA viroide no parece ser
traducido a protefnas, por lo tanto no puede codifi-
car por sl mismo las funciones necesarias para su su-
pervivencia, fen6meno que genera dos inrerrogan-
tes: l Como se replica el RNA viroide? (.Como afecta
a l fenoripo de la celula de la planta infecrada?
La d uplicaci6n debe ser realizada por enzimas
de Ia celula hospedadora, subvertidas de su funci6n
norn1al. La heredabilidad de Ia secuencia del viroide
indica que el RNA vi.roide proporciona el molde.
Presumiblemente, los viroides son patogenicos
porque interfieren con los procesos celulares nor-
males, quiza de forma relativameme alea taria, por
ejemplo, secuestrando una enzima esencial para su
propia dLtplicad6n o interfiriendo con la produc-
cion de rnoh~culas uecesarias de RNA celu lar, o bien,
pueden componarse como moleculas reguladoras
anormales con efectos panicu lares en la expresi6n
de genes individuates.
Un agente aun menos comun es la encefalo-
patia espongiforme de ovejas y cabras (sera-
20 CAPITULO 1 Los gene-s son DNA
pie}, enfermedad neurol6gica degenerativa de ove-
jas y cabras que se reladona con kuru y sfndrome
de Cleutzfeldt-Jakob, enfermedades bumanas que
afectan Ia funci6n cerebral.
El agente infeccioso del scrapie no contiene dcido
nucleico. Este ageme extraordinario llamado pri6n
(agente infecdoso proteinaceo) es una glicoprotef-
na hidr6(oba de 28 kD, o PrP, codifi cada por un
gen celular (conservado entre los mamiferos) que
se expresa en el cerebra normal. La proteina existe
en dos formas, e l producto que se encuentra en el
cerebro normal conoddo como PrJX, que es comple-
tamente degradado por proteasas. La proteina en-
contrada en los cerebros infectados se conoce como
PrPsc: yes extremadamente resistente ala degrada-
ci6n por proteasas. La PrP' se convierte en PrP" por
una modificaci6n o cambio con-[ormational que
confiere resistencia a las proteasas y que a tin no ha
sido descrita por completo.
Como ageute infeccioso del scrapie, el PrPsc debe
modificar de alguna man era Ia sfntesis de su contra-
parle celular nonnal, de tal foTma que, de ser inocuo
se tome en infeccioso (vease la secci6n 3 1.12, Los
priones provocan enfennedades en los mamlferos) .
Los ratones que carecen del gen PrP no pueden ser
in (ectados para que en ellos se desarrolle scrapie, lo
cual demuestra que el PrP es esencial para el desa-
rrollo de la enfermedad.
111 Resumen
Mediante dos experimemos clasicos se demostr6
que el DNA es el material genetico. El DNA aisla-
do de una cepa de la bacteria Pneumococcus puede
con [erir propiedades de dicha cepa a otra. Ademas,
el DNA es el unico compon ente heredado por la
progenie de los fagos progenitores . El DNA puede
u tilizarse para transierir nuevas propiedades a ce-
Lulas euca ri otas.
 El DNA es una helice duplex formada por cade -
.as amiparaldas en las cualPs los nucle6Lidos estan
..nidos por enlaces fosfodiesrer S'a 3'. El esquelero
.. nna Ja parte exterior; las bases de purina y de piri-
:udina estan apiladas en el interior fom1ando pares.
~n los cualcs Ia A c:. compkmemaria de laT. y la G,
- ~ Ia C. Las cadcnas se separan y recurren al apa
earnicmo complcrneutario de bases para ensamblar
.~Jenas ltijas siguiendo un patron de duplicaci6n
cmicomervadora. El apareamienro complemcma-
. de bases tambien se utiliza para transcribir un
?,SA que rcprescnta una sola cadena de un DNA
"'plex.
Uo fragmenro de DNA puede codificar a una
:orefna. El c6uigo genelico describe Ia relaci6n en -
-e Ia secuencia de l DNA y 1.:1 secuencia de Ia protei-
-...3. Solo una de las dos caclenas del DNA cocliGca a
" a protdna. Un codon esLa formado por rres nu-
~.e6 tidos que representan lm so lo amino<kido. Una
~cue11 da cod i.ticadora de DNA consiste en una serie
c codon t"s, los cua les son lefdos desde un punto de
:::r.icio predeterminCldo. En general. uno de los nes
-::areas de lcclura posibles puede ser traducido en
:-"tefnas.
Una mu1aci6n es un cambia en Ia secuenda de
., pares de bases A-T y G-C del DNA que, en una
=ruencia codificadora, puede cambiar Ia secuenda
c aminoacidos de la proreina correspondieme. Una
""'!utad6n par desplazamiento del marco de lectura
i:!Odifica el marco de lectura subsiguiente insenando
elirninando una base. de modo que se produce una
erie complerameme nueva de aminoaddos a partir
;:-l sitio de Ia mutaci6n. Una mutaci6n puntual cam-
.:.;a solo al arninoaddo representado por el condon en
cual sucede Ia mutad6n. Las muradones puntua-
-es pucden ser revertidas por mutati6n in versa de la
rmtad6n original. Las inserciones pueden reve rtirse
'~r Ia perdida del materiaJ insenad o, pero las de-
eciones son irreversibles. Las mutadones rambien
<eden ser suprimidas de manera indirecta cuando
_na mutad6n de un gen diferenre amagoniza al de-
cao original.
La incidencia naLUral de las mutaciones se in
u-cmenta por medio de mmagenos. Las mutacio-
~::s pueden conccntrarse en pulllos calicmcs. Una
:=riedad de punta caliente responsabk de algunas
~uracioncs puntualrs cs provocada por la desami-
~d6n de Ia base modificada 5-metilcirosina.
las mutacionC's direclas ocurren a una rasa de
- ~~ por locus por generaci6n; las renomutaciones
mutaciones inversas) son rnenos comunes. No
Jas las rnutaciones indden en el fenoripo.
Aunque toda Ia informad6n genetica de las ce-
_as cs 1ransponada por el DNA. los virus rienen
. . :lomas de doble cadena o de una sola cadena de
:sAo de RNA. Los viroides son pat6genos subvfri-
cos formados (micamenre por moleculas circulares
pequenas rle RKA. sin cubiena protecrora. El RNA
no coclifica prorefnas; se desconoce su forma de per-
petuaci6n y de paragenesis. El scrapie es un agenre
prmeinico il1.feccioso.
Referencias
1D rntroduccion
Revisiones
Cairns. J . Stem. G.. and Watson. J.D ( 1996) Phage and
the Origins of Molecular Bioiogy. Cold Spring Harbor
Symp Quanl. Bioi
Judson, H. ( 1978). The Eig/uh Day of Cmuion. Knopf. New
York.
Olby. R. ( 1974). Tlu Path co the Do11ble Helix. MacMillan.
London.
Ill El DNA es el mate1ial genetico de las bacterias
Articulos de i nvestigacibn
Avery. 0. T., MacLeod. C. M.. <md McCarty. M. (1944).
Studies on the chcrrucal nature of the substance in-
ducing uansformation ol pneumococcal types. J. Exp.
Metf. 98. 451 460 .
Griffith, F. ( 1928) The stgnific-ance of pneumococcal types
J Hyg 27 ll3-159.
Ill El DNA es el material genetico de los virus
Articulos de i nvestigacion
Hershey. A. D. and Cha)e, M. (1952). lndependem func
tions of vtral protein and nucletc acid in growth of
baCleriophage J Ge11. Physiol. 36. 39-56 .
Ill El DNA es el material genelico de las celulas
animates
Articulos de investigaci6n
Pellicer. A . Wigler. M . Axel. R.. and Silverstein, S. ( 1978).
The transfer and stable integration of the HSV thymi
dine klnase gene Into mouse ce!Js. Ce//14. 133-141.
IIJ Et DNA es una helice duplex
Articulos de investigacion
Watson. J.D .md Cnck. F B. C. ( 1953). A structure tor
DNA. Nawre 171. 737-738.
Watson. I D.. and Crick. F. H. C (19'53). Genetic implica-
tions of the mucture of DNA Namrt 171. 964-967.
Wilkins, M. F H .. Stokes. A. R.. and Wilson. H. R. ( 1953).
Molecular structure of DNA Nature 171. 738-740.
Ill La duplicadon del DNA es semiconservadora
Revisiones
Holmes. F (200 l ). N/t'selson. Staltl. nnd thtt Replicmion of
DNA: A History of the Most Benmi(ul Experimem in Biology.
Yale Untversity Press. New Haven, CT.
Referencias 21
 Articulos de investigaci6n
Meselson. M. and Stahl. F. W. ( 1958). The replication ol
DNA in E. coli. Proc. Nat/. A(ad. Sci. USA 44. 67 1-682.
DD las mutaciones cambian La secuencia del DNA
Revisiones
Drake, J . W .. Charlesworth. B. Charlesworth, D.. and
Crow, 1. F. (1998). Rates of spontaneous mutation.
Gmetics 148. 1667-1 686.
Drake. J. W. and Balz. R. H. ( 1976). The bioc.hemimy of
mutagenesis. Amm. Rev. Biochem. 45, l L-37.
Articulos de investigacion
Drake. J. w. \ 1991). A corut:ant rate of spontaneous muta
lion in DNA-based microbes. Proc. Nat/. A((ld. Sci USA
88, 7160-7164.
Grogan, D. W .. Carver. G. T .. and Drake. J. W . (200 I).
Genetic fide lity under harsh conditions: analysis
of spontaneous mutation in the thermoacidophilic
archaeon SulfolobiiSacidocaldarius. Proc. Nail Acad Sci.
USA 98, 7928-7933.
IIIJ l as mutaciones pueden afectar a pares de bases
individuates o a secuencias mas largas
Revisiones
Maki, H. (2002). Origius of spomancous mutatio ns: specifi
ci ty and directionality of base-substitution. !rameshift,
and St'qu encc-substirudon mutageneses. AJ11111 Rev.
Genet. 36. 279-303.
22 CAPITULO 1 Los genes son DNA
llliJ Numerosos puntos calientes son resuttado de bases
modificadas
Art1culos de investigacion
Coulond re. C. et al. (1978) Molecular basis oi base subti-
tution ho tspots in E. coli. Nature 274. 775-780.
Mlllar, C. B., Guy. J .. Sansom. 0. J . Selfridge. J.. MocDo-
ugall, E . Hendrich. B.. Keightlcy, P. D.. Bishnp. 5.
M . Clarke, A. R., and Bird. A. (2002). Enhanced Cp G
mutabiliry and tumo rigenesis in M'BD4-deticiellt mi('e.
Science 297, 403-405.
1111 Algunos agentes hereditarios son extremadamente
pequenos
Revisiones
Diener, T. 0. (l986). Viroid processi ng: a model involving
the ce ntral conserved region and hai.rpin. Proc. Nat/.
ACI1d. Sci. USA 83, 58-62.
Diener. T. 0. ( 1999). Viroids and the ntHurc of viroid disea-
ses. Arch. Virol. Suppl. 15. 203-220.
Prusiner, S. B. ( 1998). Prions. Proc. Nat!. IJ.cad. Sci. USA 95,
13363- 13383.
Articulos de investigaci6n
Bueler, H. er al. (199 3). Mice devoid uf PrP are resistant to
scrapie. Cdl 73. 13 39-1 347.
McKb1lcy, M.P .. Bolton. D.C .. and Prusiner, S. B. ( 1983).
A pro teose- re;istan t protein is a structural componem
of rhe scrapie p rion. Cell 35, 57- 62.
Los genes codifican proteinas
ESQUEMA DEL CAPITULO
-- Introducci6n
Un gen codifi ca a un solo polipeptido
La hip6tesis de un gen : una cntima resume las bases de ta
genetica moderna: que un gen es un frag mento de DNA que
codifica a una sola cadena poli peptidica.
La mayo ria de las mutar.iones deterioran Ia funci6n del gen
en el cual se producen.
~ Las mutaciones que se presentan en el mismo gen
no se pueden complementar
Una mutaci6n en un gen afecta s6lo a la proteina
codificada por Ia copia mutante deLgen y no a las
prote!nas codificadas por algun otro alelo.
La incapacidad de dos mutaciones para complementarse
(producir un fenotipo silvestre cuando se presentan en
configuraci6n trans en un heterocigoto) significa que
forman parte del mismo gen.
.U Las mutaciones pueden provocar perdida
o ganancia de funci6n
las mulaciones recesivas son provocadas por perdida de
fund6n del producto proteinico.
Las mulaciones dominantes son resultado de una ganancia
de funci6n.
La cvaluad6n de la esencialidad de un gen requiere de una
mutad6n nula (que elimine por wmpleto su funci6n).
Las mutaciones silenciosas no tienen ningun efecto porque
el cambia de base no allera la secuencia ni la cantidad di<!
protefna, o porque el cambia de la secuencia de la proteina
no tiene ningun efecto.
las mutaciones rezumantes (o hipomorfas) inciden en Ia
fund6n del producto del gen. pero no se observan en el
fenotipo debido a que prevalece la actividad sufidente.
~ Un locus puede tener numerosos alelos mutantes
diferentes
La existencia de varios alelos permite ocorrencia de
heterocigotos con cualquier combination en pares de alelos.
_.. Un locus puede tener mas de un alelo de tipo
silvestre
Un locus puede tener una distribuci6n polim6rfica de alelos
sin un alelo individual que pueda ser considerado como el
unico de lipo silvestre.
U. La recombinaci6n ocurre por el intercambio ftsico
de DNA
La recombination es resultado del entrecruzamiento que
ocurre en los quiasmas e involucra a dos de las cuatro
cromalidas.
La recombinaci6n se debe a un rompimiento y una reu nion
que tienen Iuga r a traves de un intermediario de DNA hibrido.
El c6digo genetico se lee en tripletes
El c6digo genetico se lee en tripletes de nucle6tidos
denominados codones.
Los lripletes no estan superpuestos y se teen a partir de un
;~unto fljo de inicio.
Las mulaciones que insertan o eliminan bases individuates
provocan un cambia en los grupos de tripletes despues del
sitio de la mutaci6n.
Las combinaciones de mutaciones que insertan o eliminan
tres bases (o muttiplos de tres). insertan 0 eliminan
aminoacidos. pero no cambian Ia lectura de los tripletes
mas alL\ del ultimo sitio de mutaci6n.
Cada secuencia tiene tres marcos de lectura posibles
u~ualmente solo un marco de lectura es traducido y
los otros oos son btoqueatlos por senates frecuentes de
termination .
HI!J Los genes procari6ticos son colineales
con sus prote1nas
Un gen procari6tico es un fragmenlo constante de 3N
nucle6tido5 que codilica a N aminoacidos.
El gen. el RNAm y La proteina son lodos colineales.
Iiiii Numerosos procesos son necesarios para expresar
el producto proteinico de un gen
Un gen prc>cari6tico se expresa por lranscripci6n en RNArn
y posterior111ente por Lraducci6n del RNAm en una proteina.
En las eucariolas, un ge11 puede contener regiones internas
no representada~ en Ia proteina.
Las regiones internas son eliminadas del transcrito de RNA
par el corte y empalme de este para dar origen a un RNAm
colineal respecto del producto protelnico.
Cada RNAm esta rormado por una region lfder 5' no
traducida, una regi6n codificadora y una region posterior 3'
no traducida.
gg Las proteinas actuan en trans, pero los sitios del
DNA, en cis
Todos los produc.os de los genes (RNA o proteinas) actiian
en trans; pueden actua en cualquier copia de un gen en la
celula.
Las mulaciones de actJaci6n en ds iden:ifican a las
secuendas de DNA que son el objetivo de reconocimiento
de los procluclos de actuaci6n en trans. No se expresan
como RNA ni como protelnas, y afectan solo al fragmento
contiguo de DNA.
DO Resumen
23

Ill Introducci6n
El gen es la unidad funcional de Ia herencia que
constiluye una secuencia del genoma cuya funct6n
es dar origen a un producro discreto (ya sea una
prorefna o un RNA): su comportamier:no bas ico fue
definido pur Mendel hace mas de un siglo. Resu rni-
do en sus dos !eyes, el gen fue reconocido como un
"factor de particulas" que se transmi1e sin cambios
del progenitOr a su progenie. Un gen puede exislir
en formas altemas que se conocen como alel.os.
En los organismos diploides, los cuales tienen
dos conjumos de cromosomas, una copia de cada
uno de eUos se hereda de cada progenitor, mismo
comportarniento exhibido par los genes. Una de las
dos copias de cada gen es el alelo patemo (beredado
del padre), el orro es el materno (heredado de lama-
drq . La equ.ivalencia condujo al descubrlmiemo de
que, de hecho, los nomosomas porran a los genes.
Gada cromosoma consistc en una esrructura li-
neal de genes. Cada gen reside en una localizaci6 t1
particular del cromosoma. La localizaci6n se conoce
de manera mas fonnal como locus. Los aleJos de un
Un cromosoma es una mohkula de DNA muy larga
El cromosoma contlene
numerosos genes
~~
Cada gen es parte de
una secuencla
continua de DNA
t Vll
lnicio del gen Final del gen
CATATAAGGTGAGGTAGGATCAGTTGCTCCTOACAATGC
GTATATTCCAGrCCATCCTAGTCAAOOAGGAGTG ACG
Cada cromosoma tiene una sola molecula larga de
DNA dentro de la cual se encuentran las secuencias de genes
individuates.
24 CAPiTULO 2 Los genes codifica n prote1nas
gen son las diferentes forrnas que se encuentran <.:n
su locus.
La clave para comprencle r Ia organizad6n de los
genes en los cromosomas fue el descubrimiento del
ligamiemo gcoetico, o tendencia de los genes de un
mismo cromosoma a mantenerse juntos en Ia pro-
genie, en Iugar de ordeuarse de manera indepen-
dlente, como pronostican las leyes de Mendel. Una
vez que se introdujo la untdad de recombinaci6n
(reordenamientu) como medida de vinculacion, fue
posible consrruir mapas genelicos.
La resoluci6n del mapa de recombinaci6n de
una eucariota superior esta restringjda por lo re-
ducido de la progenie que puede obtenerse de cada
cruza. La recombinaci6n es tan poco frecuente eo-
ne puntas cercanos, que se observa rara vez entre
muraciones dileremes del mismo gen. Por ello, en
los mapas de Ugamiento dasico de las eucariotas se
puede colocar a los genes en orden, pero no es posi-
ble determinar las reladones en un gen. Al cambiar
a un sistema microbiano en el cual se puede obtener
una progenie muy numerosa de cada cruza gene-
tica, los investigadores pudieron demostrax que la
recombinad6n ocurre dentro de los genes y que si-
gue las mismas regla.s que se dedujeron previame11te
para La recombinaci6n entl'e genes.
En un gen, las m uLaciones pueden estar organi-
zadas de forma lineal, con lo cual se demuestra que
el gen mismo posec la mi.sma construcci6n li11eal
que el ordenamiemo de genes en un cromosoma., de
modo que el mapa genetico es lineal en los loci yen-
ne esws: esta rormado por una secuencia continua
demro de la cual residen los genes. Esta condusi6n
condujo naturalmenre a Ia perspectiva moderna
que se resume en la . en la. cual se consi-
dera que el material genetico de un cromosoma est<3
formado par una mol<~cula ininterrumpida de DNA
que representa a numerosos genes.
Ill Un gen codifica a un solo
polipeptido
Conceptos principales
La hip6tesis de un gen : una enzima resume las bases
de La genetica moderna: que un gen es un fragmento
de DNA que codifica a una sola cadena polipeptidica.
La mayoria de las mutaciones deterioran la funci6n del
gen en el cual se producen.
Mediante el primer imento sistematico de relacionar
a los gen.es con las enzimas se demostr6 que cada
e tapa de Ia ruta metab61ica es catalizada por una sola
enzima y que puede ser bloqueada par mutadones e n
t ill gen diferente. Esto condujo a la hip6tesis de ltn gen:
11na enzima. Cada paso melab61ko cs caLalizado por
tma enzima C)pccffic.:J cuya producd6n es responsabi-
lidad de un solo gen. Una mutad6n en el gen altera Ia
actividad de Ia protel11a de Ia cual es responsable.
Para incluir a las proteinas formadas por mas de
una subunidad. es necesario modificar Ia hip6tesis. Si
las subunidades son todas iguales. Ia protefna es un ho-
momuJtime ro. y eS1a represenrada por un solo gen.
Silas subunidades son dieremes, Ia protefna es un he-
te romuJtime ro. Expresada como una regla mas ge-
neral aplicable a cualquier protefna hornomultimerica,
Ia hip6tesis de un gen : una enzima se manifiesta con
mayor prectsi6n como un gen : una cadena polipeptfdica.
Identificar que protclna representa a un ge>n l'n
pa nku lar [JUede ser tardudo jLa mutaci6n que dio
Iugar a los chfcharos rugosos mmantes de Mendel
no se idenrifl c6 sino hasta 1990, como una aJtera-
ci6n que inactiva al gen que codifica a una enzima
ramificadora del almid6n!
Es imponantr recorclar que u n gen no produce
directamente una prorelna. Como se mostr6 previa-
mente en la Figura 1.2, un gen codifica a un RN/\,
que a su ve7 put<.k codi5car a una prottfna. Lama-
yor pane de los genes codifica a las proteinas. pero
algunos codifican molcrulas de RNA que 110 produ-
cen prordnas. Oicbas rnoleculas de R A pueden ser
componentes estructurales del aparato responsable
deJa si!ltcsis de protelna!>, o bien, regular Ia expre-
si6n genetica. m principia basico consiste en que
el gen es una secuencia de D 'A que especifica la
secuencia de un producro independiente. El proceso
Homoclgoto Heterocigoto de Homocigoto
de tipo sllvestre tlpo silvestre/mutante mutante
Ambos alelos Un alelo (dominante) Ninguno de los
producen produce una proteina alelos produce
proteinas activas activa proteinas
~~ ~ cadas en la mismil funci6n. La prue ba de comple-
t
tipo silvestre
t
tipo Silvestre mutante
t1po Silvestre mutante mutante
1
~~
Fenotipo Fenotipo Fenotipo
Stlvestre silvestre mutante
Los genes codifican protefnas; la dominanc.ia se
explica por las propiedades de las protein as mutantes. Un alelo
recesivo no contribuye al fen olipo debido a que no produce nin-
guna protelna (o produce una protelna que no es funcional).
2.3 Las mutaciones que se presentan en cl mismo gen no se pueden complementar
tle la expresi6n de los genes puede terminar en un
producto que sera RNA o protelna .
Una mutaci6n cs un evento aleatoric respecro de
la esrrucrura del gen en el cual es muy probable que
se dane, o incluso quest> suprirna, la funci6n del gen.
Casi LOdas las muraciones que afecran el fundona-
miemo de un gen son recesivas: representan ause11Cla
de fimri6n, pues a/gC/1 millant' I.e le Ita impedido produdr
s11 protefna usual. En Ia se ilustra la relad6n
entre alelos de tipo recec;ivo y alelos de lipo silvestre.
Cuando un hererocigoto comiene un aJelo de tipo
silvestre y un alelo de tipo mutame, este ultimo e~
susceptible de rq~ir Ia producci6n de la enzima. y por
lo tanto, es dorninante. (ESIO implica que el unico
alelo de tipo Silvestre produn~ una cantidad adecuada
de protefna. Cuando esw es falso, la menor cantidad
producida por tln alcJo, comparada con la de dos
alelos, resulta en el fenOLipo intcrmedio de un alelo
parcia lmente dornln.ante en un heterocigoto .)
Dl Las mutaciones que
se presentan en el mismo gen
no se pueden complementar
Conceptos principales
Una mutacion en un gen afecta s61o a Ia protelna
codificada por la copia mutante del gen y no a las
proteinas codificadas por algun otro alelo.
La incapacidad de dos mutaciones para complementarse
(produc.ir un fenotipo silvestre cuando se presentan en
configurac.i6n trans en un heterocigoto) significa que
forman parte del mismo gen .
<.C6mo determinamos si dos mutadones QLie prvvo
can un fenotipo similar se encuentran en el mismo
gen? Si en c l mapil estiln muy cerca. pueden ser ale -
los. Pero unnbien podrfan represcmar mutaciones
de dos genes dJferentes cuyas protdnas esran impli-
mentaci6n pcrmite determinar si dos mutaciones
yacen en cl rnisrnu gen v en genes diferemes. La
prueba consisre en h.1cer un heterocigoto para las dos
mutaciones (aparrando a progenirores homodg6ti-
cos para cada mutaci6n).
Si las mutaciones se encuentran en el mismo
gen. los genotipos progcnitores pueden represen-
Larse como:
ml m2
- Y-
m l m2
El primer progenitor proporciona un alelo mu -
Lantc 111 1 y cl segundo. un alelo m 2, por lo tanto. el
hererocigotO rendra la constitllci6n:
~
JJlJ
25
 Nose observa ningun geu de tipo silvesu-e, por lo
tanto. el heterodgoto tiene un fenolipo mutame.
Si Ia mutaci6n yace en gt>nes diterentes, los ge-
noripos progenitores pueden rcprcsemarse como:
ml+ +m1
m I + Y +m 2
Cada cromosoma Liene w1a copia tipo silvestre
de ul\ geu (representada por el signa mas) y una
copia mutanre del otro. de modo que Ia constituci6n
del heterocigoto sera:
m l+
+m2
en Ia cual los dos progcnitores han proporcionado
una copia de tipo silvestre de cada gen . E) beteroci-
goto riene e! fenotipo silvesrre, cle modo que se dice
que los dos genes se complementan.
La prueba de Ia complememaci6n se describe
mas ampliameme en Ia . La basica consisre
en Ia comparaci6n que se muesrra en la parte supe-
rior de Ia figura. Si dos mutaciones se encuentran
en el mismo gen. se observa una diferencia en los
fenotipos de Ia configuraci6n trans y de Ia configwa-
ci6n.cis. La configuraci6n hans es murante. pues cada
alelo tiene una mmaci611 (diferente). Sin embargo.
la configurad6n cis es de tipo silvestre. debido a que
un alelo tiene dos mutaciones y el ouo, ninguna.
En Ia parte inferior de Ia figura se muestra que silas
dos muL.lciones se encuemran en genes dife1emes.
MUTACIONES EN EL MISMO GEN
configuracf6n trans configuraei6n cis
mutante 1 ~ ~
siemprc se observara un fenotipo silvestre. Siempre
hay un alelo de tipo silves1re y un alelo mutame de
cada gen. y la configuracion no Liene fmportanda.
La incapaddad para complementar significa que dos
mutaciones son parte de Ia misma unidad genetica .
Se dice que las mutadones que oo se complernenLan
forman parLe del mismo grupo de complementa-
ci6n. Otro rerrnino ULilizado para desajbir a la un.i-
dad definida por la prueba de complementaci6n es
cistr6n. que significa lo m ismo que gen. Rasicamen-
te esros tres l<5nninos desctiben a un fragmemo de
DNA que funcioua como una unidad que danUugar
a un RNA o un producto protdnico. Las propiedades
del gen respeao de la complernemacion se explican
por el hecho de que este produao es una molecula
unica que se comporta como una unidad fuucional.
Las mutaciones pueden
provocar perdida o ganancia
de funci6n
Conceptos principales
Las mutaciones recesivas son provocadas por perdida
de funci6n del producto proteinico.
Las mutaciones dominantes son resultado de una
ganancia de funci6n.
La evaluaci6n de la esencialidad de un gen requiere de una
mutaci6n nula (que elimine par completo su funci6n).
Las mutaciones silenciosas no tienen ningun efecto
porque el cambio de base no altera Ia secuencia ni
la cantidad de proteina, o porque el cambia de la
secuencia de Ia proteina no tiene ningun efecto.
Las mutaciones rezumantes (o hipomorfas) afectan a La
fu nci6n del producto del gen, pero no se observan en
el fenotipo porque queda actividad sunciente.
mutantedobte

Sin comptementacl6n
tJ ,f
j ,j
t
.t I/ J Un gen es de
Los diversos efectos posibles de las mutaciones
en un gen sc resumen en Ia
Cuando un gen ha sido identificado, en principia
Fenotipo mutante j
l
,f f f
4
l
,; ,; f ,f
1 tipo si!vest~e
Fenottpo Silvestre se puede llegar a conocer su funcion productendo
un organismo mutante que carezca compleramente
mutante 2 ~ ~ lipositvestre
deJ gen. Una mutaci6n que elimina por complete Ia
funci6n Je un gen, -norma 1mente porque el gen ha
MUTACIONES EN GENES DtFERENTES (contiguraci6n trans) sido eliminatlo, se llama mutaci6n nula, y si e l geo
cs esencial. Ia mutaci6n n ula es leLa!.
mutanle 1
~
t ~
t tiposilveslre Para deterrn.inar el efect.o ctel gen en el fenoti-
po. es iundamental caracterizar a unmutante nulo.
Comptementaci6n Cuando unn mutaci6n no afecta al fenotipo. siem-
(fenotiposilvestre) V\/vV ~
pre cabe la posibilidad de que se trale de una muta-
.f I I V
Una copia de cad a
gen es de tipo sihtestre l l
V V V V
<.:ion rez umante, es decir, se produce una cantidad
suficiente de producto activo para que cumpla con
tlpo silvestre ~ ~ mutante2 su funci6n, aunque la aclividad se reduce cuantita-
tlvamente o es cualitativamenle di[erente del tipo
El cistr6n se define mediante la prueba de complemen- silvestre. Sin embargo, si una mutaci6n nula no
taci6n. Los genes estan representados por espirales; los asteriscos atecta al fenotipo, se puede concluir con toda segu-
rojos identifican a los sitios de mutaci6n. lidad que La fundon del gen no es necesaria.

26 CAPITULO 2 los genes codifican proteinas


El gen de tipo sllvestre codlflca a una proteina
VJ\DVM/
~ noaddos pueden cambiar Ia estrucrura de Ia proteina
~
Una mulacl6n silenciosa Una mutaci6n punlual
no afecta a Ia protefna puede dailar Ia lunci6n
VJ\0'\0\U VM.AO\U
l ~
~ ~
Una mutacl6n nula no Una mutaci6n puntual puede
produce prote(nas crear una nueva funci6n
'\.~/ \IJ\.Y.J\DW
~
..J.. ~
las mutaciones que no afectan a La secuencia o
a La funci6n de la proteina son siLenciosas, en tanto que las
mutadones que eLiminan toda La actividad de la proteina son
nulas. Las mulaciones puntuales que provocan perdida de la
funci6n son recesivas, a diferencia de las que provocan ganan-
da de La func.i6n, que son dominantes.
las mutadones nulas, u otras mutaciones que
impiden Ia ft~nci6n del gen (pero que no necesa-
riamente Ia eliminan por completo) se denominan
mutaciones d e p e rdida de f unci6n (O amorfas).
Una muraci6n de perdida de funci6n es recesiva
(como en e l ejemplo de Ia Figura 2.2). En ocasiones,
una mutaci6n tiene el efecto opuesto y provoca que
una prorefna adquiera una nueva funci6n; dicho
cambio cs conocido como mutaci6n de ganancia
de fu n ci6n , Ia cual es dominame.
No todas las m u tacione~ del DNA provocan
camhios de1ecrables en el fenolipo; aquellas sin un
efecto aparen tc se conoceu como mutaciones si-
lenciosas, las cualcs pueden ser de dos tipos; tmo
de ellos implica cambios de bases en el DNA que
no provocan njngun cambio en el aminoacido de la
protefna correspondicntc. en ramo que el segundo.
cambia aJ aminoaddo, pero el remplazo en Ia pro-
reina no afccta a ~u actividad; a estas sustitudones
se les llama n cutra les.
Un locus puede tener numerosos
alelos mutantes diferentes
Concepto principal
La existencia de alelos mUltiples permite que los heterocigotos
representen cualquier combinad6n en pares de alelos.
2.5 Un locus puede tener numerosos alelos mutant es diferentes
Si sc produce una mutaci6n recesiva por cada cambio
que irnpide la producd6n de una protefna activa en
u n gen, debe haber gran numero de dichas mutacio-
nes en cualquier gen. Numerosos remplazos de anti-
lo suficiente como para impedir su funcion.
Las diferentcs varianres del mismo gen se lla-
man a lelos multipl es. y su cxistencia permite Ia
aeacion de un heterocigoro entre alelos mmantes.
La relaci6n entre estos alclo~ multiples asume di-
versas formas.
En el caso mas sencillo. un gen de lipo sUvesrre
codifica ,1 un producm protefnico funcional. El alelo
murame, o los aJelos mutames. coclifica(n) prorei-
nas que no son funcionales.
Sin embargo. con (recuenda se prescman casos
en que una serie de alelos muranres tiene fenmipos
cUieremes. Por ejemplo. Ia funci6n de ripo silvesne del
locus blanco de Ia Drosophila mrlnnogaster es necesaria
para cl desarrollo del color rojo normal de los ojos. El
locus recibc su nomlm: segtm eJ efecto de mutadones
(nulas) extremas, las cuales provocan que Ia mosca
tenga ojo~ blancos en homocigotos mutantes.
Para describir a los alelos mutantes y a los de tipo
silvest rr, cl genotipo silvesue se indica mediante un
superindice "masH (+) dcspues del nombre dellocus
(11,. es el alelo silvestre para los ojos [rojos] de Ia D.
mela11ognster). En algunos casas se utiliza el sfmbolo
- para describir el alelo de tipo silvesue, y solo los
alelos mutante!> se indican con el nombre del locus.
Una forma completamente defeetuosa del gen (o
ausenda de fcnotipo) ~uele indicarse mewanre un su-
perinclice Hmenos" (-). Para poder distinguir emre una
variedad de alelos murames con efectos diferemes,
pueden urilizarse otros supcrfnclices. como w' o w.
El alelo w es dominanre respecro de cualquiera
otTo en los hetcroc.igows. Hay muchos alelos mman-
tcs diferemes; una mues1ra (pequena) se ilustra en Ia
. Si bien algunos alelos carecen de color de
ojos. m.uch os otros prodncen alg(m colo r. de modo
que cada uno de estos alelos mucantes representan1
tma mutaci6n diferenre del gen, Ia cual no elimina
por complero su fttnci6n, sino que deja una actividad
residual que produce un fenotipo caracrer1stico. En
un horoodgoto. esws alelos son denorninados por el
color de lm ojos. (La mayorfa de los alelos w afecran
Ia camidad de pigmento del ojo. Lo!> ejemplos de Ia
figura estan organizados [mas o menos] en orden
descendcme de amridad de color. pero orros. como
el ww, afectan el patron en el cual es depositado.)
Cuando cxisten muchos alelos. uo animal pue-
de ser un heterocigoto que porte dos alelos mutantes
diferentes, y su tenoripo dependera de la naruraleza
de Ia acrividad resiJual de cada alelo. En principia.
Ia relaci6n entre dos alelos rn u tantes no difiere de la
que se observa entre los alelos mutantes y los de
27
 l!El- ~
Alelo Fenotipo del hornocigoto
ojos rojos (fenotipo silvestre) GaiNAccx1
J.
sangre
cereza ............... .....
... antfgenoA aai~ 1 -R
2
garnuza
mlel ... FucaT
albaricoque ... transferasa A
t
eosina
marfil . VJVI\.VN/
genA
cascara de limon (amarillo lirn6n)
Gal~ t -R
moteado, el color varfa 2 Deleci6n 4 carnbios de aminoacidos
blanco (sin color) i antigeno 0
Fuco:1 gen B
. Ellocus w tiene una serie extensa de alelos cuyos VNLNJ\1//
fenotipos van del color de tipo silvestre ( rojo) a la ausencia transferasa B
total de pigmento.
Gala.I
: ~
.. .. ~ antrgeno B ~ai~ 1 -R
tipo silvestre : un alelo puede ser dominanle, puede
i
haber dominancia parcial, o codominancia. Fuccx1
Fenollpo Genotipo Actjvidad
0 00 Ninguna
Ill Un locus puede tener mas
A
B
AOoAA
BOo BB
N-Ac-gal transfarasa
Gal transferasa
de un alelo de tipo silvestre AB AB GaiN-Ac-Gal-transferasa

Concepto principal Ellocus del grupo sanguineo ABO codi fica a la

galactosiltransferasa cuya especificidad determina el grupo
Un locus puede tener una distribuci6n polim6rfica de sanguineo.
alelos sin un alelo individual que pueda ser considerado
como el unico de ti po silvestre.

transferasa correspondientc crea el antigeno A o el

No netesariameme hay un solo tipo de alelo silves-
tre en un locus espedfico. por ejemplo, el control
del sistema del grupo sangufneo. La falra de fun-
cion es representada por el tipo nulo, o grupo 0. No
obstante, los alelos fundonales A y B proporcionan
actividades codominantes emre sf y dorni.names
respecto del grupo 0. Las bases de esta relaci6n se
ilustran en la
El antfgeno 0 (o H) se genera en todos los inclivi-
duos, y consiste de uo grupo carbohidrato particular
que se agrega a las protefnas. Ellocus ABO codifica
a una enzima galactosil-transferasa que agrega otTO
grupo de azlitar al ant.fgeno 0. La especificidad de
esta enzima determina el grupo sangillneo. El alelo A
da Iugar a una enzima que utiliza el cofactor UDP- N-
acetilgalactosa y crea el amfgeno A. El alelo B produ-
ce una enzima que miliza el cofacror UDP-galactosa
y crea el antfgeno B. Las versiones A y B de la pro-
tefna transferasa difieren en cuarro aminoacidos que
presumiblememe afectan su reconocimiento del tipo
de cofactor. El alelo 0 riene una mutaci6n (delecion
pequena} que elimina Ia actividad. de modo que en
el antfgeno 0 no hay modificaciones.
Esto explica porque los alelos A y B son domi-
nanres en los helerocigotos AO y BO: la acrividad
B. Los alelos A y B son codominames en los hete-
rocigoros AB debido a que am bas actividades trans-
ferasa estan expresadas. El homocigoro 00 es nulo
y no tlenc ninguna actividad, por lo tanto, ca1ece
de ambos antigeuos.
Ni A ni B pueden ser considerados unicameme
como de tipo silvestre porque representan actividades
alternativas, mas que perdida 0 ganancia de funci6n.
Una situaci6n como esta, en Ia que hay tnultiples ale-
los fundonales en una poblaci6n, se describe como
polimorfi.smo (vease la secci6n 4.3, Los genomas
individuates muesrran una variaci6n extensa).
Ill La recombinaci6n ocurre
por intercambio ftsico de DNA
Conceptos plincipales
La recombinaci6n es resultado del entrecruzamiento
en los quiasmas e involucra a dos de las cuatro
cromatidas.
La recombinaci6n ocurre por rompimiento y reunion,
que tienen Lugar a traves de un intermediario de DNA
hlbrido.

28 CAPITULO 2 Los genes codifican prote1nas

 _., bivalente
c:cntiene 4 cromatidas.
2 de cada progenitor a
a
~quiasma A B
as provocado por A~ t= b
:1trecruzamiento entre dos a ~B
:~e las cromat1das a b
:Jos cromosomas s1guen siendo
:lS progenitores (AB y ab ).
_os cromosomas recomblnantes ~~~~~g
::ontienen material de cada
orogenitor y tlenen nuevas aa ~~=g
combinaciones geneticas (Ab y aB) .
La formaci6n del quiasrna es responsable de Ia
:oducci6n de recombinantes.
La recombinaci6n gcncLica describe ]a generad6n
J e comblnactones nuevas de alelos en cada gene-
:acion de organismos diploides. Las dos copias de
cada cromosoma pueden LC'IJcr diferemes alelos en
algunos loci. lntercambiando las partes couespon-
jjentes en1 re los aomosomas, se pueden generar
cromosomas recombinameo; diferentes de los cro-
mosomas progenitores.
La recombinaci6n resulta de un imercambio fi-
)ico de material cromos6mico, fen6meno visible en
el entrecruzam.iento que ocurre durante Ia meiosis
(ctivisi6n espedalizada por La que se producen las ce-
lulas germinates haploidt:s). l.a meiosis empieza con
una celula que ha duplicado sus cromosomas, de tal
forma que posce cuatro copias de cada uno. En las
primeras etapas de Ia meiosis, esas cuatro copias cstan
intimamente reladonadas (en sinapsis) en una emuc-
tura Uamada bivalente . En esta etapa, cada unidad
Cl'Oll)OSOIUiCa Se denomina cromatida.los intercam-
bios en pa res de material ocurren entre crom<hidas.
El resultado visible de un evenro de emrecruza-
miento se denomina quiasma, y se ilustra a manera
de djagrama en Ia . Un quiasma es un sitio
en el que dos de las cromaridas de un bivalente se
han rota en los puntas correspondjentes. Los extre-
mes rotos se han reunido de forma entrecruzada, ge-
nerando nuevas cromatidas. Cada cromatida nueva
esra formada por material provenieme de una cro-
m<hida de un !ado del pun to de union y por material
proveniente de Ia Otra cromatida en ellado opuesto.
las dos cromatidas recombinantes poseen esrrucruras
redprocas. El evcmo se define como rotura y re-
union. Su naturaleza explica porque tm solo evenro
de recombinaci6n puede producir solo el 50% de re-
combinanres: cacla even to de recornbinaci6n involu-
cra solo dos de las cuarro cromatidas asociadas.
Recomb1naci6n lntermedia
Recomblnantes
La recombinaci6n implica el apareamiento entre las
caderas complementalias de dos duplex de DNA progenitores.
La complementariedad de las dos cadenas de
DNA cs cscncial para el proceso de recombinaci6n.
Cada una de las cromatidas que se muestran en
Ia Figura 2.7 consiHe en un largui'simo duplex de
DNA. Para que estas se rompao y reconecten sin
perdida de material, se requiere de un mecanisme
que reconozca exactarneme las posiciones corres-
pendiemes, lo cual sucede gracias al apareamiente
complemenrario de bases.
La recombinaci6n implica un proceso en el cual
las cadenas indi vidua les de Ia regi6n de entrecru-
zamienro intercambian parejas. En Ia se
muestra que cste cvento da Iugar a un Cragmenlo
de DNA hibrido, en el cual Ia cadena individual
de un duplex se aparea con su complemente prove-
nieme del otro duplex. Por supuesto, el mecanisme
involucra otras etapas (las cadenas deben romperse
y resellarse) que se analizanin en detalle en el Capi-
tulo 20, Sistemas de rcparad6n, pero Ia caracterfstica
crucial que hace posible la recombinadon exacra es
Ia complemcma riedad de las cadenas de DNA. La
figura muestra solo algunas etapas de Ia reacci6n.
pero podemos observar que en Ia recombinacion
intcrmedia se forma un fragmemo de D A lubrido
cuando una sola cadena cruza de un duplex a orro.
Cada recombiname esta formado par un duplex de
DNA progeniror del lado izquierdo, el cual esta co-
nectado por un fragmemo de DNA hfbrido al orro
duplex progenitor dellado derecho. Cada duplex de
2.7 La recombinaci6n ocurre por intercambio fisico de DNA 29
 DNA corresponde a una de las cromatidas impllcadas
en el proceso de recombinaci6n de Ia Figura 2. 7.
La formaci6n del DNA hfhrido exige que las se-
cuencias de los duplex recombinames se encuenuen
lo su6cientememe cerca como para lograr e l aparea-
mjento entre las cadenas cumplernentaria~ . Sino hay
diferencias entre los dos genomas progenitores en
estn region, Ia forma cion de DNA hibrido sera perfec-
ta. Sin embargo, la reacci6n pt lede ser tolerada aun
cuando haya diferendas diminm as. en cuyo caso, el
DNA hfbrido riene puntos de apareamiento err6neo,
en los cuales una base de una cadena confroma a una
bac;c cle Ia (.lrra cadena que no es complelllenta ria ,
La correcci611 de d.ichos en-ores de apareamiemo es
otra caracteristica tlt> Ja recombinad6n genetica (vea-
se Capitulo 20, Sistemas de reparaci6n).
El c6digo genetico se lee
en tri pletes
Conceptos principales
El c6digo genetico se lee en tripletes de nucle6tidos
denom in ados codones.
Los tripletes no estan superpuestos y se teen a partir
de un punto fijo de inido.
"' Las mutaciones que insertan o eliminan bases
individuates provocan un cambia en Los grupos de
tripletes despues del sitio de la mutacion.
Las combinaciones de mutaciones que lnsertan o
eliminan a tres bases en conjunto (o en multiplos
de t res} insertan o eliminan aminoacidos, pero no
cambian la lectura de los tripletes mas allii del ultimo
si Lio de mutaci6n.
Cada gen representa una cadena prOLeinica esped-
fica. El concepro de que cada proteina esta fonnada
por una serie de aminoaddos en particular. da ra de Ia
caracterizaci6n de Sanger de la insulina, de Ia decada
de 1950. El descubrimiemo de que un gen esra for-
made por DNA clio Iugar a la interroganre de c6mo
una secuencia de nucJe6Lidus del DNA represen-
La una secuencia de ami.no;kidos en las prme(nas.
Una caracterisrica clave de Ia csr runura gene~;aJ
del DNA es que es independieme de Ia secuenda parti-
CIIfar de los nuclc6tidos que Ia componm. La secuenda
de nucle6tidos del DNA es imponanre no por su
es1ruc-1ura per se. sino porque codijica a Ia secuenc-ia
de aminoacidos que Ct)nstiLUye a l polipeptido co-
rrespondiente_ T.a re lad6n entre una secuencia de
ON A y la secuencia de la protefna corrcspondit'ure
se denomina c6digo ge netico.
La esLructu ra y Ia actividad enzimatica de las
proteinas se deben a su secuencia ptimaria de ami -
noacidos, que al ser ckterminada en cada una, el
gen puede transportar roda la informacion necesa-
ria para especificar una cadena polipeprfdica aaj-
30 CAPiTULO 2 Los genes codifican proteinas
va_ De e~ta manera, un solo tipo de estmctura - el
gen-es susceptible de represenrarse a sf mismo en
innumerables formas de polipeptidos.
En conjunto, los diversos producto5 l)rotelnicos
de una c1ula asumen las actividades cataliticas y
eslrucluraks responsables de esrablecer su fenoti-
po. Obviamente. ad.emas de las secuendas que co -
difican a las protclna~, cl DNA rambien contiene
ciertas sccuencias cuya funcion es ser reconocidas
por moleculas reguladoras, 11sualruente protefuas.
En eSle ca~o. la funci6n del DNA es de[erm.inada
tlirectamente por su secuencia, no a traves de Lm.
codigo inLerrnediaJio. Ambos tipos de region, los
genes expresados como proteinas y las secuencias
reconocidas como tales, consrituyco la informacion
gene tita.
:01 codigo genetico es descifrado pnr 1111 rncc-a-
nismo complejo qu~. inrerptera las secuenclas de los
addos nucleicos. el cual es esendal si Ia in1orrnacion
rransponada en el DNA tiene que tener algun signi-
ficado. En U t ~a region dada, s61o una de las dos ca-
denas de DNA codifica a 1111a protelna, po-r lo tanto,
el c6dign gen~ l i\o se represen ta como una secuen-
da de bases (mas q ue como pares de bases).
El c6digo genelico se lee <::n grupos de tres nu-
de6Lidos. ca d<:~ uno de los cua!es represema a un
amino;kido; cada secuencia de tres n ucle6'tidos se
denomina cod o n . Un gen inclllye una serie de co-
Jones que se lee de forma secuencial ciesde u n pun-
LOde pardda de UJ1 extrerno hasta un pun10 final, en
<:'1 orro exttemo. Escrita en Ia direccion convencio-
nal s a 3', la secuencia de nucle6tidos dt' Ia cadena
de DNA que codifica a Ia proLe(na corresponde ala
secuencia de aminmicidos de la protefna escrita de
terminal N hasta terminal C.
Bl c6digo generico se lee en tripletes no superpues-
ros a partir de un punta ftjo de inicio:
No SUJ1erpuesros implica que cada codon
esta formado por tres nucle6tidos y q11e los
cod ones sucesi vos est an, reprt'Semados por
trinucleotidos sucesivos.
El uso de u n pull to ji.jo de hzicinci6n significa
qoe el ensamblaje de una protefna debe co-
menzar en un exrrerno y avaozar hacia el
otro, cle 111anera que las diferentes panes
de Ia secuenda coclificadora no puedan ser
Jeidas de 111anera indcpcndicntc.
La naruraleza del codigo pronostica que dos tipos de
lTIUtadones tend.nill efectos cliferentes. Si una secuen-
da en panicu lar se lee de forma S{'cuendal como:
UUU AAA GGG CCC (n>dones)
aa 1 aa2 aa3 aa4 (anunoacidos)
emonces una mutaci6n puntual atectara solo a un
amino<ki<io. Por ejern plo, Ia sustiruci6n de una A
por cualquieT otra base (X) provoca que aa2 sea
remplazadu por aa5:
 UUU /\1\X GGG CCC
aal aa5 aa3 aa4
porque solo el segundo codon ha sufrido cambios.
Sin embargo. ww muwc16n que inserta o elimma
una sola base rambiart! a los grupos de tripletes de toda La
secuencia subsiguieme. Un cambia de este tipo se lla-
ma d esp la zamiento d el m arco d e le ctura. Una
inserd6n puede asumir Ia siguiente forma:
UUU AAX AGG GCC C
aal aa5 aa6 aa7
Dcbido a ctue Ia nueva secuencia de tripletes
cs compJetamcnte difereme a Ia antigua,la secuencia
completa de aminoacidos de Ia proreina se modilica
a panir del sitio de Ia mutacion, de modo que es
probable que Ia f1md6n de Ia prOLe[na se pierda por
complete. Las muraciones de cambio de l marco de
lt:ctura son inducidas por las acridinas, compuestos
que se unen al DNA y que distorsionan Ia esu ucru-
ra de la doble hcli cc, provocando la incorporaci6n
de bases adicionalcs o Ia om isi6n cle bases durante
el proceso de replicaci6n. Cada evenro mutagenico
provocado por una acridina resulta en Ia adicion o
eliminad6n de un solo par de bases.
Si se produce un mutante de acridina por, diga-
mos, Ia adicion de un nucle6tido, este debe regresar
al tipo silveme por Ia de1eci6n de dicho nudeorido.
Sin embargo Ia reversion tambien puede ser provo-
cada pOl deleci6n de una base difereme en tm sitio
cercano al primcro. La!\ comhinacione~ de dichas
Tipo silvestre
--, GCU GCU GCU GCU GCU GCU GCU GCU -
./
Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala
lnserci6n A m utames. Si se considera que trcs actidones o tres
J GCU GCU AGC UGC UGC UGC UGC UGqtr
Ala Ala Ser Cys Cys Cys Cys Cys
Deleci6n G
::=J GCU GCU GCU GCU GCU CUG CUG CUG( -
Ala Ala Ala Ala Ala Leu Leu Leu
Mutante doble A G
~:=J GCU GCU AGC UGC UGC UCU GCU GCU~
mutaciones proporcionan evidencias reveladoras
referemes a Ia naturaleza del c6digo genetico.
E:n Ia se ilustran las propiedades de
las mutaciones de cambio del marco de lectura. Una
inserci6n o una delecion cambta Ia secuencia com-
pleta de la proreina despues del sitio de la mutadon.
pero Ia combinaci6n de una inserd6nytma deledon
hace que el c6digo :.e lea de forma incorrena so_o
emre los dos sitios de mutaci6n; Ia lectura correcta
se resrablecc dcspues del segundo sirio.
En 1961, media me el anali..,i~ genetico de las m u-
radones por acridina en Ia region rll del fago T6 se
dernustr6 que todas las mmaciones podrian ser da-
sLficadas en uno de dos grupo:. descriros como(+) o
(- ). Cada ripo de mutaci6n provoca por sf m isma un
cambiu en el marco de lectura: el tipo (+) por actici6n
de una base y el tipo (-) por deleci6n de una base. La!>
cornbinadones de ml1Lantes dobles de los tipos (++) y
(- -) sigucn rnos1rd ndo un comportamiento mutan-
re, pero las combi nactone~ de los tiros (+ - ) o (- +)
se suprjmen una a la otra . En este caso. Ia segunda
mmad6n sc dc~crii.Je cot no s upresora d eJ carobio
en el m arco d e Ject ura de la primcra mulacion.
('En el conrexto de este trabajo. la palabra "supresor"
se miliza en un scntido inmual porque Ia segunda
muraci6n esta en el mismo gen que Ia primcra.)
Ec;ws resultados muestran que el c6ctigo genetico
debe c;er leido como una 'iecuencia establedda por el
punro de inidad6n, de modo que las adiciones o las
deleciones se compensan mumamente, rniemras que
las adiciones o las delccione!l dobles siguen siendo
mutames. De cualquier forma. estos haJlazgos no re-
vclan cuantos nude6tidos constituyen cada codon.
Cuando se consuuyen mutames triples, solo las
""---
combinaciones {+++ ) y (-- -) muestran el fenoti-
po silvestre, mientras que Jas otras siguen siendo
dekciuncs correspondeD respectivamente a Ia adi-
cion o Ia omisi6n global de un soJo amin ockido, esro
implica que el c6digo se l ~e en uipletes. Enrre los
dos sitios de mulacion hay una secuencia incorrecLa
de aminoc.kidos, mit'ntras que a cada !ado de Jos
sitios de muraci6n las secucncias siguen siendo de
ripo silvestre, como se indica en Ia Figura 2.9.

Ala Ala Ser Cys Cys Ser Ala Ala Cada secuencia tiene tres
Mutante triple A A A marcos de lectura posibles
_J GCU GCA UGC UGC AUG CAU GCU GCUI
Concepto principal
Ala Ala Cys Cys Mel His Ala Ala
En general. solo un marco de tectura es traduddo, los otros
Secuencia de llpo Silvestre Secuencia mutanle dos son bloqueados por senates frecuentes de terminaci6n.

Las mutaciones de cambia del marco de lectura

muestran que el c6digo genetico se tee en tripletes desde un Si el c6digo genetico se lee en tripletes no S"uperpues-
punto fijo de inicio. tos. son 1res las form as posibks de nadudr cualquier

2.5 Cada secuencia tiene tres marcos de lectura posibles 31

 secuencia de nucleoridos en protefnas, dependiendo
del puma de iniciad6n; a dichas secuencias se les
llama marcos de lectura. Para Ia secuencia
ACGACGACGACGACGACG
l.os ue-; marcos de lectura posibles son
ACG ACG ACG ACG ACG ACG ACG
CGA CGA CGA CGA CGA CGA CGA
GACGACGACGACGACGACGAC
Utl lllarro de lectwa que consta exdusivamente
de tripleres que representan a aminoaddos, se llama
marco de lecrura abierto u OR.F (open rertdingfra-
me). Una secuencia que se traduce en una protelna
tiene un marco de lecwra que empieza con un co-
don de imciaci 6n especial (AUG) y que posterior-
mente se extiende a traves de una serie de tripletes
que representan a aminoaddos, basta tenninar en
uno de los tre:; tipos de codones de terminaci6n
(vease el Capitulo 7, Bl RNA mcnsajero).
Cuall(io un marco de lectura no pucde ser tra -
ducido en protdna po ,que con frecuencia se pre-
seman codones de terminacion, se dice que esta
bloqueado. Si una secuencia est<l L>loqueada <n los
tres marcos de lecrura. no puede tener Ia funci6n de
codificar a una protefna.
Cuando se obtiene la secuencia de una rrgi<'in de
DNA de funci6n desconocida, se analiza cada marco
de lectura posible para determinar si esla abierto o
bloqueado. Normalmente, no mas de uno de los rres
marcos de lecmra posibles esta abiertn en un solo
fragmc:nto de DNA. En la se muesLra el
ejemplo de una secuencia que puede leerse en solo
u n ma reo de lectura debido a que los marcos de lec-
tura alternaLivos estan bloqueados por codones de
te1minaci6n frecuenres. Es poco probable que por
casuali dad exista un marco de lectura largo y abier-
to; sino se tradujera en una proteina, no habrfa pre-
sion selectiva para evitar Ia acumulaci6n de codones
de rerminaci6n, de modo que la identificad6n de- un
rnaxco de lectura largo y abierto se considera como
evidencia en prililera lnstancia de que Ia secuenda se
traduce en protefna en dicho marco. Un ORF para
el cualno se ha idemificado un producto pxotefnico
suele denominarse marco de leCLura no iclemificado
( URf, unidentified reading [mme).
Un marco de tectura abierto empieza con AUG y continua
en tripletes hasta un codon de terminacion. Los marcos de lectura
bloqucados pueden ser interrumpidos con frecuencia par codones de
terminacion.
32 CAPiTULO 2 Los genes codifican proteinas
Los genes procari6ticos son
colineales con sus prote1nas
Conceptos principales
Un gen procariotico es un fragmento constante de 3N
nucle6tidos que codifica aN aminoacidos.
El gen, el RNA111 y la protein a son todos colineales.
Cornparando la secuenda de nucleotidos de un gcn
con la secuencia tie amino;kidos de una protelna,
podemos delenninar directameme si el gen y Ia
protefna son colinea les; esto es, si la secuencta de
nucle6tidos del gen corresponde exactamente a la
secuencia rle aminoacidos de la protefna. En las bac-
terias y sus virus hay una equivalencia exacra, cada
gen contiene un fragmento continuo de DNA cuya
lo11gitud es directa:mente proporcional alnumero de
aminoacidos de la prorefna QL1e representa. Es ne-
cesario un gen de 3N pares de bases (l>p, base pairs)
para codificar w1a proteioa deN aminoacidos, de
.1cuerdo con el c6digo gcne1 ico.
Laequivalencia del gen bacreriano )' su produc-
lo signifka que un mapa ffsico <1e DNA correspon-
dera exactamente a un mapa de aminoacidos de Ia
protetna. <.Que tan bien se acoplan estos mapas con
tl mapa de recombinaci6n?
El paralelis.mo del gen y Ia protefna se investig6
origiualmeme en el gen de la u-ipt6fano simetasa
de E. coli. La distanda genetica se valoro a traves del
porcentaje de recombinaclon entre muLaciones, en
tamo que la distancia de la protefna se midi6 por
medio del nlimero de aminoacidos que separaban a
los sitios de rempla7.o. En Ia se comparan
ambos mapas. El orden de siete sitios de mutad6n es
eJ mismo que e l orde11 de los sitios corresporldkn-
tes a los remplazos de aminoacidos, y las distancias
de recombinad6n son relativamente similares a las
clistandas reales de Ia prmefna. El mapa de recom-
binaci6n amplfa las distancias entre r~\gunas muta-
dones, pero por lo demas, la distorsi6n del mapa Je
recombinaci6n es escasa, respecto del mapa fisico.
El mapa de recombinadon haec ver dos pun LOs
generales acerca de Ia organizaci6n del gen. Mltta
clones diferemes pueden provocar que un amino-
addo de t.ipo silvestre sea rempla?.ado par sust1tutos
diferentes. Si dos de estas mutaciones no pueden
recombinarse, deben involucrar mutaciones pun-
tuales diferentes en la misma posici6n del DNA. Si
las mmaciones pueden sepa rarse en el mapa gene-
dco, pero afectan al mismo aminoacido en el mapa
superior (las lfneas comunicantes convergen en la
figura), deben implicar a mutaciones pttntuales en
vosidoues cliferenLes que afectan al mismo amino-
acido debido a que la unidad de recombinaci6n ge-
 Glt El DNA esta formado por dos cadenas apareadas por medio de bases
Gli cadena superior
5' ATGCCGTIAGACCGTIAGCGGACCTGAC
Glu Protelna Ser 3' TACGGCAATCTGGCAATCGCCTGGACTG
de tipo Silvestre cadena inferior

Mapa de aminoacido\ de Ia prote na !Slntesis

de RNA
~AUGCCGUUAGACCGUUAGCGGACCUGAC3

- Distancla entre mutaciones ~

El RNA tiene Ia misma secuencia que Ia cadena superior de DNA;
es complementaria a Ia cadena inferior de DNA

El RNA se sinteti7a utilizando una cadena de DNA

Protefna mutante Cis
como molde para el apareamiento complementario de las bases.

I
Mutaciones diferentes
en Ia misma poslci6n
Las mutaciones pueden
1
estar separadas, pero afectan
a Ia misma posici6n
El mapa de recombinaci6n del gen de La tripto-
fclno sintetasa corresponde a La secuencia de aminoacidos de
La proteina.
netica (en rcalidad I bp) es mas pequena que La uni-
dad que codifica al aminoaddo (en realidad 3 bp).
1111 Numerosos procesos son
necesarios para expresar el
producto prote1nico de un gen
Conceptos principales
Un gen procari6tico se expresa por transcripci6n en
RNAm y posteriormente por traducci6n del RNAm en
una protelna.
En las eucariotas. un gen puede contener regiones
internas no representadas en Ia proteina.
Las regiones internas son eliminadas del transcrito de
RNA por el corte y empalme de este para dar origen a
un RNAm colineal respecto del producto proteinico.
Cada RNAm esta formado por una regi6n lider 5'
no traducida. una region codificadora y una region
posterior 3' no traducida.
AJ comparar un gen y una protefna se trata s61o
con Ia secuencia de DNA ubicada enrre los pumos
correspondicntcs a lo~ cxtremos de La protefna. Sin
embargo, un gen no se traduce directameme a una
proLdna, sc expresa mediante Ia producci6n de lin
RNA mensajero (RNA.m, messenger RNA). que es
un acido nucleico inrermedio urHizado, efectiva-
meme, para sintetizar protefna (como se observa
en detalle en eJ C<lpftu lo 7, El RNA mensajero).
Bl RNA rncnsajcro sc sinLeLiza por el mismo
proceso de apareamiento complementario de bases
utilizado para replicar e l DNA. con la importante
dirercncia de que corrcsponde s6Jo a una cadena del
DNA de doble helice. En Ia se muestra
que Ia secuencia del RNAm es complememaria de
Ia sccuencia de una cadcna de DNA y que es iden-
rica (excepto por el remplazo de T por U) a Ia orra
cadena de D A. La forma convendonal de escribir
las secuencias del DNA implica que la cadena de
arriba vaya en direcci6n 5'-* 3', con Ia secuenda
igual a Ia del RNA.
El proceso por el cual un gen da Iugar a una
proreina se llama expresi6n genica. que en las
baCierias consta de dos etapas. La primera etapa
es Ia tra nscripci6n. durante Ia cual se produce
una copia de RNAm de una cadena del DNA, en
Lamo que Ia scgunda cs Ia traducci6n del RNAm
en una protefna. Mediante este proceso se lee en
tripl etcs Ia sccul'ncia de un R Am para originar
la serie de aminoacidos que crea a Ia proLefna co-
rrespondienre.
Un RNAm incluyr a una secuencia de nucle6-
tidos que corresponde a la secuencia de amino<ki-
dos de la prorelna; esta parte del acido nucleico se
conoce como region codificadora. Sin embargo.
el RNAm incluye secuencias adicionales en ambos
exrremos. las cuales no represeman directameme
a una protclna. l.a region 5' no traducida se llama
lid er, en tamo que a Ia region 3' no rraducida se Je
conoce como remolque.
Elgen induye Ia stcuencia completa represen-
tada en el RNA mensajero. Ocasionalmenre, las
mutaciones que iropiden La fund6n del gen se en-
cuemran en las rcgioncs adirionaJes no codificado-
ras, con lo cual se confirma Ia perspectiva de que
dichas regiones comprenden una pane legftima de
la unidad genctica.

2.11 Numerosos procesos son necesarios para expresar el producto proteTn ico de un gen 33

Region lrder Remolque
s v
L-------~--------~
V 3 ' RNA
La longitud del RNA define a Ia region del gen
N ~ C Prote ina
t NUCLEO
La proteina define a Ia region cod1ficadora
El gen puede ser mas largo que la secuencia que
codifica a la proteina.
Transctipci6n
DNA
RNA
Traducci6n
El ribosoma traduce al RNAm
En las bacterias, La transcripci6n y la traducci6n ocurren
en el mismo compartimiento.
.En la se ilustra esta situaci6n, en la
cual se considera que el geo comprende un frag-
mento conrinuo de DNA necesario para prod ucir
una proteina en particular; induye la secuencia
codificadora para dicha proteina, pero rambh~n se-
Clleneias a ambos !ados de Ia region codificadora.
Una bacteria esta formada por un solo compar-
tlmiento. de modo que la transcripci6n y la traduc-
ci6n ocurren en el mismo Iugar. como se ilustra en
Ia . En las eucariotas. Ia transcripci6n
tiene Iugar en el nucleo, no obstante, el producto
de RNA debe ser transpor1ado aJ citoplasma para ser
traducido. En los genes mas simples de las eucario-
tas (igual que en las bacterias), el RNA transcrito
es de hecho el RNAm. Sin embargo, para los genes
mas complejos, el rranscriro inmediato del gen es
el pre-RNAm , que requiere de cierto procesa -
ntiento para generar al RNAm maduro. Las etapas
basicas de la expresi6n geni<.:a de una eucariota se
bosquejan en Ia Este proceso resu1La en
34 CAPiTULO 2 Los genes codifican proteinas
..
EXON 1 EXON 2
DNA \LJ\.~\:~/
t . .-_.
3'
v. /\
ANAl
5' 3'
Ribosoma
( ( Traducci6n )
CITOPLASMA
~
~
Prote fna
La expresi6n de un gen es un proceso que sucede
en multiples etapas.
una separad6n espacial entre Ia transcripci6n (en el
nucleo) y Ia lTaducci6n (en el citoplasma).
La etapa mas importante del procesam.iento es e]
cort e y empalme del RNA . Numerosos genes de las
eucariotas (y casi todos los de las eucariotas superio-
res) contienen regiones internas que no codi6can pro-
Lemas. En el proceso de cone y empalme se eliminan
estas regiones del pre-RNAm para generar un RNA
con un marco de Lectura abierto y continuo (vease la
Figura 3.1 ). Otros eventos procesadores que ocunen
en esta etapa implican Ia modificaci6n de los extremes
5' y 3' del pre-RNAm (vease la Figura 7.16).
La traducd6n tiene lugar mediante un complejo
mecanisme que incluye ramo proteinas como com-
ponemes de RNA. La "maquina" que se encarga del
proceso es e.I ri.bosoma, un gran complejo que induye
algunas moleculas exrensas de RNA (RNA ribos6mico,
o RNAr) y numerosas protd.nas pequefias. El proceso
por el cual se reconoce que aminoaddo corresponde
a un triplete de nucle6tidos en particular implica un
RNA de transferencia imerrned io (o RNAL); hay cuan-
do menos una especie de RNAt para cada aminoad-
do. Numerosas protefnas acccsoJias estan impllcadas.
La traducci6n se describe en el Capitulo 7, EL RNA
mensajcro, pcro cons.iderese por ahora que los ribo-
somas son las grcmdes estructuras que se mueven a
lo largo del RNAm en Ia Figura 2.14.
El punto importante de esta etapa es gut: el pro- Q
ceso deJa expresi6n genica implica al RNA no solo \ La proteinase une
como sustrato esendal, tambien como proveedor ' al sitio de control

Si\~Uol
de componentes para e! mecanisme . Los compo-
nentes RNAr y RNAt son codificados por genes y \. Region cQdificadora {INA
generados por el [Jroceso de rransCiipcion (como eJ
RNAm, excepto que no hay una etapa de naducd6n
subsiguiente) .
~
Dos tipos de
secuencias de DNA
l El RNA
se sintetiza

f1D Las prote1nas actuan en trans, RNA

pero los sitios del DNA, en cis los sitos de control del DNA proporcionan sitios
de union para protefnas; las regiones codi ficadoras se expresan
Conceptos principales
a traves de la sintesis de RNA.
Todos los productos de los genes (RNA o proteinas)
actuan en trans; pueden actuar en cualquier copia de
un gen de la celula.
Las mutaciones de actuacion en cis identifican
Ambos alelos sintetlzan RNA en ellipo sllvestre
a las secuencias de DNA que son el objetivo de
reconocimient o de los productos de actuacion en trans.
No se expresan como RNA ni como proteinas, y afectan
solo al fragmento contiguo de DNA.

Una etapa clave para la definicion del gen [ue el

descubrimienw de que todas sus partes deben estar
presemes en un fragmemo contiguo de DNA. En Ia
terminologfa ge.netica, se dice que la configuration
de los sitios Jocalizados en el mismo DNA esta en cis,
mientras gue de Ia configuraci6n de los localizados
en dos molecu las diferentes de DNA, se dice que La mutaci6n en el sltlo de control afecta s61o al DNA contiguo
esta en trans, de modo que clos mutaciones pueden
presemarse en cis (en el mismo DNA) o en trans (en
moleculas cliferentes de DNA). La prueba de com-
plernentad6n recurre a este concepto para derermi-
oar si dos muractones estan en el mismo gen (vease NO HAY SfNTESIS DE RNA MEDIADA POR EL ALELO 1
Ia Figura 2.3 deJa Seccion 2.3. Las mutaciones que
se presenta n en el mismo gen nose pueden comple-
menlar), y ahora podemos ampliar el concepto de La sintesis de RNA I
Ia diferenda entre los e[ectos cis y tmns de Ia de- continua a partir del alelo 2 ~
finicion de la region codificadora de un gen a Ia
descripci6n de Ia lntera cci6n entre los elementos
reguladores y tm gen. Un sitio de actuacion en cis controla at DNA
Su[Jongamos que la capacidad de un gen para adyacente, pero no influye en el otro alelo.
ser expresado depende de una proteina que se une
al DNA cerca de Ia region codi.ficadora. En el ejem distinguirse genelicameme porque ambos tienen Ia
plo representado en la , el RNAm puede propicdad de acruar s6lo en l<l secuencia del DNA del
scr sintetizado s6lo cuando Ia proteina estc1 unida al alelo individu al en el cual ocmren, sus propiedades
DNA, pero sup6ngase que en Ja secuencia del DNA son ideoricas en Ia prueba de complememaci6n, de
en Ja cual se u ne esra proteina ocune una mutaci6n modo que una mutaci6n en una region de control
y Ia protefna ya no reconoce a l DNA: el DNA ya no se define como parte inr.egrame del gen, de Ia misma
podrfa expresane. forma que una rnutacion en Ia region codificadora.
Por /o tanto, un gm puede ser desadivado tanto par ta muestra que una deficiencia en
una mutaci6n en un sitio de control, como por una mutaci6n el sitio de control afecta solo a Ia region codificadora a
en una region codificadora. Las mutaciones no pueden Ia cual esca conectada; no afecta Ia capacidad del atro ale/a

2.12 Las proteinas actOan en trans, pero los sitios del DNA, en cis 35

La proterna mutante no puede unirse a ninguno de los alelos
NO HAY SfNTESIS DE RNA A PARTIR DEL ALELO 1
D -Proteina mutante
Una mutacion de actuacion en trans de una proteina
afecta a los dos alelos del gen que controla.
para e>.presarse. Una mutaci6n que acn:ia exclusiva-
mente afectando las propiedades de la secuenda con-
tigua del DNA se denomina de actu acion en cis.
El componatnlento de Ia mutaci6n de actua-
ci6n en ci.~ q1Je se muesna en Ia Figura 2.17 se pue-
de comparar con el resulrado de una mutacion en
el gen que codifica a la protefna regu ladora. En Ia
se muestra que La auscncia de proteina
reguladora eviLara que ambos alelos se expresen; se
dice que una mmacl6n de este tipo es de actuad6n
en trans.
Revirtlendo el argumento, se sabe que si una
mutaci6n es de actuaci6n eu trans, su efecto debe-
ra ser ejerddo a naves de alglin producLo difusible
(tipicamente una protefna) que actue en multiples
dianas en una celula. Sin embargo, si unamutaci6n
es de actuaci6n en cis, su funci6n a[ectara clirecta-
mente a las propiedades del DNA contiguo, lo cua l
signi5ca que nose expresa en Ia forma de RNA ode una
protefna.
llli Resumen
Un cromosoma es un fragrnento inimerrumpido de
DNA duplex que contiene nu merosos genes. Cada
36 CAPiTU LO 2 Los genes codifican prote1nas
gen (o cistr6n) se transcribe en un procl.ucto de
RNA, el cual a su vez es traduddo en una secuen-
da polipeptfdica si el gen cod ifica a una proteina.
Se dice que un RNA o un producto pro1efnico de
un gen son de actuaci6n en trans. Un gen se define
mediame ]a prueba de complemen taci6n como una
unidad de un fragmcmo individual de DNA. Se dice
que un sitio del DNA que regula la actividad de un
gen adyaceme es de acruaci6n en ds.
Cuando un gen codiGca a una protefna, Ia re -
laci6n entre Ia secuencia de DNA y Ia sccuencia de
Ia protefna depende del c6digo generico. Solo una
de las dos cadenas de DNA codiJ1ca a una protefna.
Un codon esta formado por tres nude6tidos que
representan un solo aminoacido. Una secuencia
codificadora de DNA consiste en una serie de co-
clones, los cuales son lefdos desde u n punto lijo
de inicio. En general. solo uno de los tres marcos
de lectura posibles puede ser traducido en pro-
teinas.
Un gen puede tencr multiples alelos; los rece-
sivos son provocados por mutaciones de perdida de
funci6n que interfieren con la funci6n de Ia protel-
na. Un alelo nulo tiene perdlda total de la funcion.
Los alelos dominantes son provocados por mutacio-
nes de ganancia de funci6n que crean una nueva
propiedad en la proreina.
Referencias
El codigo genetico se lee en tripletes
Revisiones
Roth. J. R. ( t 974) . 'Frameshifr mutations. Annu. Rl.'v. Gene/.
8, 319-346.
A1ticulos de investigaci6n
Benzer, S. and Champe, S.P. (196 1). Ambivalent rll
rnurams of phage T4. Proc. Nat/. A cad. Sci. USA 4 7,
403-416.
Crick, F.H..C., Baro.ett, L., Brenner, S., and Watts -Tobin,
R. J. ( 1961). General nature of the genetic code (or
proteins. Nature 192. 1227- 1232.
Los genes procari6ticos son colineales
con sus proteinas
Articulos de investigacion
Yanofsky, C., Drapeau, G.R., Guest, J.R., and Carlton, B.C.
( 1967), The complete amino acid sequence of the
tryptophan synthetase A protein (subunit) and its coli-
near relationship with the genetic maJ.l of 1J1e A gene.
Proc Natl. A cad. Sci. USA 57, 2966- 2968.
Yanofsky, c. e t al. ( 1964). On lhe colincarity or gene struc-
ture and protein strucrure. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA,
51, 266-272.
El gen interrumpido
ESQUEMA DEL CAPITULO )
- Introducci6n
Un gen interrumpido esta forrnado por intrones y exones
Los intrones se eliminan mediante el proceso de corte y
empalme de RNA, el cual ocurre solo en configuracion cis
en una molecula individual de RNA.
Solo las mutaciones que ocu rren en los exones pueden
influir en La secuencia de las proteinas; sin embargo,
las mutaciones de los intrones pueden afectar el
procesamiento del RNA y, por lo tanto, evitar la produccion
de proteinas
- Las endonucleasas de restricci6n son una
herramienta esencial en el mapeo del DNA
Las endonucleasas de restriccion pueden utilizarse para
dividir al DNA en fragmentos definidos.
Un mapa se genera utilizando las superposiciones de
los fragmentos generados por diferentes enzimas de
restriccion.
La organizaci6n de los genes interrumpidos puede
conservarse
Los intrones suelen detectarse por la presencia de regiones
adicionales al comparar los genes con sus productos de
RNA mediante mapeo de restriccion o par microscopia
electronica, sin embargo, la definicion defi nitiva se basa
en la comparacion de secuencias.
Los intrones normalmente conservan su posicion respecto
de genes homologos cuando se comparan organismos
diferentes. Las longitudes de los intrones correspondientes
pueden variar mucho.
Normalmente los intrones no codifican proteinas.
.a Las secuencias de los exo nes se mantienen, no as\
las de los intrones
La comparacion entre genes relacionados de diferentes
especies muestra que las secuencias de los exones
correspondientes usualmente se conservan, pero la relacion
entre secuencias de intrones noes tan buena.
Los intrones evolucionan mucho mas rapidamente que los
exones debido a la falta de presion selectiva para producir
una proteina con una secuencia util.
.a La distribuci6n de tamaiios de los genes es amplia
La mayoria de los genes de las levaduras son continuos, no
asi los de las eucariotas superiores.
Los exones suelen ser cortos y codificar menos de 100
aminoacidos.
Los intrones son cortos en las eucariotas inferiores, pero en
las superiores pueden llegar a tener varias decenas de kb
(kilobases) de longitud.
La longitud total de un gen se determina principalmente
por sus intrones.
- Algunas secuencias de DNA codifican a mas de
una proteina
El us o de codones alternatives de iniciacion o de
terminacion permite que se produzcan dos proteinas
cuando una es equivalente a un fragmento de la otra.
Se pueden producir secuencias no homologas de proteinas a
partir de la misma secuencia de DNA cuando esta es leida en
marcos de lectura diferentes por dos genes (superpuestos).
Las proteinas homologas que difieren por la prese ncia
o ausencia de ciertas regiones se deben a un corte y
empalme diferencial (alternative) en el cual se incluyen o
excluyen ciertos exones, ya sea por la inclusion o exclusion
de exones especificos o al optar por exones alternatives .
. 0 (C6mo evolucionaron los genes interrumpidos?
La interrogante principal al respecto es si los genes se
originaron como secuencias interrumpidas por intrones o si
originalmente eran moleculas ininterrumpidas.
Probablemente la forma original de la mayoria de los genes
codificadores de proteinas fue la inte rrumpida, si bien en
un principia los genes interrumpidos que codifican al RNA
pudieron haber sido moleculas ininterrumpidas.
Una clase especial de intrones es movil y puede insertarse
en los genes.
.a Algunos exones pueden equipararse con funciones
proteinicas
Lo que sugiere que los exones fueron las unidades
basicas de la evolucion y que los primeros genes fueron
interrumpidos en lo siguiente:
La estructura genica es igual entre genes de especies
muy distantes.
Muchos exones pueden ser equiparados con secuencias
codificadoras de proteinas que tienen funciones
especificas.
En genes diferentes se encuentran exones relacionados.
DI!J Los miembros de una familia de genes tienen una
organizaci6n comCtn
Se supone que una caracteristica comun de una agrupacion
de genes identifica una propiedad que antecede a la
separacion durante la evolucion.
La forma comun de organizacion de todos los genes de
globina, tres exones y dos intrones, sugiere que descienden
de un solo gen ancestral.
1111 (Se encuentra toda la informacion genetica
contenida en el DNA?
La definicion del gen se ha invertido, de "un gen : una
proteina" a "una proteina : un gen".
La informacion sabre la posicion tambien es importante en
el desarrollo.
og Resumen
37
 ID Int roducci6 n
La forma mas sencilla de un gen es un fragmento
de DNA colineal con su producto protefnico. Los
genes bacterianos casi siempre son de este tipo, una
secuencia codificadora continua de 3N pares de ba-
ses representa una proteina de N aminoacidos. Sin
embargo, en las eucariotas, un gen puede incluir
secuencias adicionales en Ia region codificadora, las
cuales interrumpen a Ia secuencia que representa
a Ia protefna. Estas secuencias se eliminan del pro-
ducto de RNA durante Ia expresion del gen, con lo
cual se genera un RNAm que incluye una secuen-
cia de nucleotidos que corresponde exactamente al
producto proteinico, de acuerdo con las reglas del
codigo genetico.
Las secuencias de DNA que forman un gen in-
terrumpido se dividen en las dos categorias descritas
en Ia
Los exones son las secuencias representa-
das en el RNA maduro. Por definicion, un
gen comienza y termina con exones que co-
rresponden a los extremos 5' y 3' del RNA.
Los intrones son secuencias interpuestas
que se eliminan cuando el transcrito pri-
mario es procesado para dar Iugar al RNA
maduro.
Las secuencias de exones siguen el mismo or-
den en el gen y el RNA, sin embargo, un gen in-
terrumpido es mas largo que su producto final de
RNA debido a Ia presencia de los intrones.
E XO N 1 EXON 3
DNA INTRON
~ Sfntesis de RNA
pre-RNAm
~ ~
Por corte y em pal me
se eliminan los intrones
RNAm
~ Sfntesis protefnica
Protefna
La longitud del RNA precursor (no RNAm) define Ia region del gen
En el gen estan separadas las regiones codificadoras individuales
t Los genes interrumpidos se expresan a traves de
un precursor del RNA . Los intrones se eliminan cuando se cor-
tan y empalman los exones. El RNAm tiene s6lo las secuencias
de los exones.
38 CAPITULO 3 El gen interrumpido
La expresion de los genes interrumpidos requie-
re de un paso adicional que no es necesario en los
continuos. El DNA de un gen interrumpido origina
una copia de RNA (un transcrito) que representa
exactamente ala secuencia del genoma. Sin embar-
go, este RNA solo es un precursor, no puede utilizar-
se para producir protefnas; de ben eliminarse primero
los intrones del RNA para dar Iugar a un RNA men-
sajero formado solamente por una serie de exones.
Este proceso se conoce como coney empalme (vease
Ia seccion 2.11, Para expresar el producto proteini-
co de un gen son necesarios numerosos procesos) e
implica precisamente la delecion de un intron del
transcrito primario y el empalme de los extremos
del RNA en ambos !ados para formar una molecula
con enlaces covalentes intactos (vease Capitulo 26,
Corte, empalme y procesamiento del RNA).
El gen comprende la region del genoma locali-
zada entre los puntas correspondientes a las bases
terminates 5' y 3' del RNAm maduro . Se sabe que
la transcripcion se inicia en el extremo 5' del RNAm
y que suele ir mas alia del extremo 3', formado por
division del RNA (vease Ia seccion 26.19, Los ex-
tremos 3' de los RNAm son formados por division
y poliadenilacion). Se considera que el gen incluye
las regiones reguladoras de ambos !ados, las cuales
son necesarias para iniciar y (en ocasiones) terminar
la expresion genica.
ID Un gen i nterrumpido esta
formado por intrones y exones
Conceptos principales
Los intrones son eliminados por el proceso de corte y
empalme del RNA, el cual ocurre s6lo en configuraci6n
cis en una molecula individual de RNA.
S6lo las mutaciones ocurridas en los exones pueden
afectar la secuencia de las proteinas, pero las que
se presentan en los intrones suelen incidir en el
procesamiento del RNA y, por lo tanto, evitar la
producci6n de proteinas.
(.Como cambia la existencia de los intrones nuestra
vision del gen? Despues del corte y empalme, los
exones siempre se unen en el orden que ocupan en
el DNA, de modo de conservar Ia colinealidad del
gen y Ia proteina entre cada exon y las partes corres-
pondientes de la cadena proteinica. En Ia J .1 ..
se muestra que, en el gen, el arden de las mutaciones
sigue siendo el mismo que el de los remplazos de
aminoacidos en Ia proteina. Sin embargo, las dis-
tancias en el gen no corresponden en absoluto a las
distancias en Ia proteina. Como se observa en un
mapa de recombinacion, las distancias geneticas no
 DNA gen6mico
Ex6n 1 lntr6n 1 Ex6n 2
B c
A-B
RNAm
Ex6n 1 Ex6n 2
A-B
En el RNAm los exones permanecen en el mismo arden que en el DNA, pero las distancias a lo largo del gen
no corresponden a las distancias a lo largo del RNAm o de los productos prote\nicos. La distancia de A a B en el gen es
mas corta que de B a C; sin embargo, la distancia de A a B en el RNAm (y en la prote\na) es mayor que de B a C.
tienen relacion con las observadas entre los puntos
correspondientes de la protefna. La longitud del gen
depende de la longitud del RNA inicial (precursor) y
no de la longitud del RNA mensajero (RNAm).
Todos los exones estan representados en la mis-
ma molecula de RNA, y su empalme ocurre solo
como reaccion intramolecular. Usualrnente los exo-
nes provenientes de moleculas dzferentes de RNA no
se unen, por lo tanto, el mecanismo excluye cual-
quier empalme de secuencias que representen ale-
los diferentes. Las mutaciones localizadas en exones
diferentes de un gen no pueden complementarse,
asf, siguen siendo definidas como miembros del
mismo grupo de complementacion.
Las mutaciones que afectan directamente a la
secuencia de una protefna deben localizarse en los
exones. ;_ Cuclles son los efectos de las m utaciones
en los intrones? Estos ultimos no forman parte del
RNA mensajero, por lo tanto, las mutaciones ocu-
rridas en ellos no pueden afectar directamente ala
estructura de la protefna, pero sf evitar la produc-
cion del RNA mensajero, por ejemplo, inhibiendo
el corte y empalme de los exones. Una mutaci6n de
este tipo actua solo en el alelo que la porta, de modo
que no es susceptible de complementar cualquiera
otra mutacion en ese alelo y forma parte del mismo
grupo de complementacion que los exones.
Las mutaciones que afectan al corte y empalrne
en general son nocivas; la mayorfa sustituye a una
sola base en la union entre intrones y exones, y pue-
den hacer que un ex6n sea eliminado del producto,
que se incluya a un intron o que los cortes y empal-
mes sucedan en sitios aberrantes. El resultado mas co-
mun es la introducci6n de un codon de terminaci6n,
el cual resulta en el truncamiento de la secuencia pro-
tefnica. Aproximadamente ell5% de las mutaciones
puntuales que provocan enfermedades humanas son
ocasionadas por interrupci6n del corte y empalme.
Los genes de las eucariotas no necesariamen-
te estan interrumpidos, algunos corresponden de
3.3 Las endonucleasas de restricci6n so n una herramienta esencial para el mapeo del DNA
lntr6n 2 Ex6n 3
B-C
Ex6n 3
B-C
manera directa al producto protefnico, igual que
los genes procarioticos. En las levaduras, la mayo-
ria de los genes son continuos, en tanto que en las
eucariotas superiores casi todos son interrumpidos,
y los intrones suelen ser mucho mas largos que los
exones, lo cual da Iugar a genes notablemente mas
largos que sus regiones codificadoras.
Ill Las endonucleasas de
restricci6n son una herramienta
esencial para el mapeo del DNA
Conceptos principales
Las endonucleasas de restricci6n pueden utilizarse para
dividir al DNA en fragmentos definidos.
Un mapa puede ser generado utilizando las
superposiciones entre los fragmentos generados por
diferentes enzimas de restricci6n.
La caracterizaci6n de los genes eucari6ticos fue po-
sible gracias al desarrollo de tecnicas para mapear
ffsicamente el DNA, tecnicas que pueden aplicarse
al RNA (de una sola cadena) haciendo una copia de
DNA (de doble cadena) del RNA. Se puede obtener
un mapa ffsico de cualquier molecula de DNA rom-
piendola en puntos definidos cuya distancia puede
ser determinada con precision. La capacidad de las
endonucleasas de restricci6n de reconocer como
objetivos de corte a secuencias cortas de DNA de
doble cadena permite cortes especificos.
Cada enzima de restricci6n tiene una diana espe-
dfica en el duplex de DNA, usualmente una secuen-
cia especffica de cuatro o seis pares de bases. La enzi-
ma corta el DNA en cada punto en que se presenta su
secuencia diana. Las diferentes enzimas de restricci6n
tienen secuencias diana cliferentes, y actualmente se
dispone de un amplio ran go de estas actividades (ob-
tenidas de una amplia variedad de bacterias).
39

Dividir con
endonucleasa
1 de restricci6n
Hacer electroforesis
y comparar con el
1 DNA control
2100
2000
1500
1400
1000 .. . . . 1000
500 l:J 5oo
Tamaiios de los El control consiste
fragmentos comparados en fragmentos de
con el control tamaiio conocido
l Los fragmentos generados al dividi r al DNA con
una endonucleasa de restriccion pueden ser separados en fun -
cion del tamaiio.
Un mapa de restricci6n representa una se-
cuencia lineal de los sitios en los cuales enzimas
de restricci6n especfficas encuentran a sus secuen-
cias diana. En dichos mapas, las distancias cortas se
miden directamente en pares de bases (bp, base
pairs), en tanto que las mas largas se expresan en
kilobases (kb), que corresponden a pares de kilo-
bases (10 3 ) en el DNA o a kilobases en el RNA. En
el ambito de los cromosomas, un mapa se describe
en pares de mega bases ( l Mb = l 0 6 bp).
Cuando se corta una molecula de DNA con una
enzima de restricci6n adecuada, se divide en distintos
fragmentos, que pueden ser separados en funci6n de
su tamafio por electroforesis en gel, como se muestra
en la ( . El DNA dividido se coloca sobre un
gel fabricado con agarosa o poliacrilamida . Cuando
se pasa corriente electrica a traves del geL cada frag-
mento se mueve hacia abajo a una velocidad inversa-
mente proporcional allogaritmo de su peso molecu-
lar, movimiento que produce una serie de bandas,
cada una de las cuales corresponde a un fragmento
de un tamafi.o espedfico que disminuye el gel.
Analizando los fragmentos de restricci6n del
DNA es posible crear un mapa de la molecula ori-
40 CAPITULO 3 El gen interrumpido
A B A B A
t;;i!iii!iiiiii!!!!!i ----~~ -~----.-.
1 000 200 1900 600 800 500
L Un mapa de restriccion es una secuencia lineal
de sitios separados por distancias definidas en el DNA. En el
mapa se identifican los sitios divididos por las enzimas A y B,
segun se definen los fragmentos individuates producidos por
las digestiones dobles e individuates.
gina! tal como se muestra en Ia t ... 4 . En el
mapa aparecen las posiciones en que las enzimas de
restricci6n especfficas cortan el DNA; las distancias
entre los sitios de corte se miden en pares de bases,
de modo que el DNA se divide en una serie de regiones de
longitudes definidas que yacen entre sitios reconocidos par
las enzimas de restricci6n . Una caracteristica importan-
te es que se puede obtener un mapa de restricci6n
de cualquier secuencia de DNA, a pesar de que se
hayan identificado mutacioms en ella. o de hecho, que
se conozca, o no, algo de su funci6n.
Ill La organizaci6n
de los genes interrumpidos
puede conservarse
Conceptos principales
Los intrones pueden ser detectados por la presencia de
regiones adicionales cuando los genes son comparados
con sus productos de RNA por mapeo de restriccion o
por microscopia electronica, sin embargo, la ultima
definicion se basa en la comparacion de secuencias.
Los intrones normalmente conservan su posicion
respecto de genes hom6logos cuando se comparan
organismos diferentes. Las longitudes de los intrones
correspondientes pueden variar mucho.
Los intrones usualmente no codifican proteinas.
Cuando un gen es continuo, el mapa de restricci6n
de su DNA corresponde exactamente a! mapa de
su RNAm.
Cuando un gen posee un intr6n, el m apa de
cada extrema corresponde al mapa de cada extrema
de la secuencia mensajera. Sin embargo, en el gen,
los mapas difieren porque las regiones adicionales
no estan representadas en el mensaje. Cada una
de dichas regiones corresponde a un intr6n. En el
ejemplo de la - se comparan los mapas de
restricci6n del gen de Ia ~ -globina y del RNAm. Hay
dos intrones, cada uno de los cuales contiene una
serie de sitios de restricci6n que estan ausentes en
 DNA gen6mico
Ex6n 1 lntr6n 1

Ex6n 2
. . ..
Sitios divididos por las enzimas de restricci6n
lntr6n 2 Ex6n 3
-

DNAc
El mapa de DNAc corresponde a
ex6n1 + ex6n2 + ex6n3 del mapa gen6mico

La comparaci6n de los mapas de restricci6n del DNAc y del DNA

gen6mico de la ~-globina del raton muestra que el gen tiene dos intrones que
no estan en el DNAc. Los exones pueden ser alineados exactamente entre el
DNAc y el gen.

Ex6n lntr6n Ex6n

Bloqueado Bloqueado Bloqueado

Secuencia del gen

I I I

Un intr6n es una secuencia presente en el gen pero no en el RNAm (mostrado aqui de acuerdo
con la secuencia del DNAc). El marco de lectura esta indicado por los bloques alternos, abiertos y sombreados;
n6tese que los tres marcos de lectura posibles estan bloqueados por codones de terminaci6n en el intr6n .

el DNAc. El patron de los sitios de restricci6n de los
exones es el mismo en el DNAc yen el gen.
En ultima instancia, la comparaci6n de las se-
cuencias nucleotfdicas de la secuencia genomica y
Ia RNAm define precisamente a los intrones . Como
se indica en la '" , en general los intrones
carecen de un marco de lectura abierto. Al eliminar
los intrones, en la secuencia del RNAm se crea un
ninguna clase de eucariotas y se han encontrado en
bacterias y en bacteri6fagos, aunque son extrema-
damente raros en genomas procarioticos.
Algunos genes interrumpidos cuentan solo con
un intron, o con unos cuantos, de los cuales, los
genes de Ia globina constituyen un ejemplo muy
estudiado (vease la secci6n 3 .l 0, La organizacion de
los miembros de una familia de genes es comun) 0

marco de lectura intacto. Los dos tipos generales de genes de globina, a y ~.

Las estructuras de los genes eucari6ticos mues-
tran amplias variaciones. Algunos genes son con-
tinuos, de tal manera que la secuencia gen6mica
es colineal a la del RNAm. La mayorfa de los genes
eucariontes superiores son interrumpidos, pero los
intrones varian enormemente tanto en numero
como en tamafio.
Todas las clases de genes pueden ser interrum-
pidas, los genes nucleares que codifican protefnas,
los nucleolares que codifican RNAr, y los que co-
difican RNAt. Tambien en los genes mitocondriales
se encuentran interrupciones, a sf como en las euca-
riotas inferiores y los genes de los cloroplastos. Los
genes interrumpidos no parecen ser excluidos de
comparten un tipo comun de estructura, y la co-
herencia de su organizaci6n en los mamfferos es
evidente a partir de la estructura del gen "generico"
de Ia globina, Ia cual se resume en Ia 1
Las interrupciones ocurren en posiciones homo-
logas (respecto de Ia secuencia codificadora) en to-
dos los genes de la globina activos, conocidos, in-
cluidos los mamiferos, aves y ranas. El primer intron
siempre es bastante corto y el segundo suele ser mas
largo, pero Ia longitud en sf puede variar. La mayorfa
de las variaciones en cuanto a longitud total entre los
diferentes genes de Ia globina resulta de la variacion
en el segundo intron. En el raton, el segundo intron
del gen de la a-globina tiene una longitud de solo

3.4 La organizaci6n de los genes interrumpidos puede conservarse 41


Longitud 142-145
de los exones ~
Contenido UTR 5'
Aminoacidos
+ codificadores 31-104
1-30
' Todos los genes funcionales de globina tienen una estructura interrumpida con tres exo-
nes. Las longitudes indicadas en la figura aplican a los genes de La globina-~ de los mamiferos.
2 3 4 5 6 Exones
0 5 10 15 20 25 30
kb
Los genes de la DHFR de los mamiferos tienen
la misma organizaci6n relativa de exones mas bien cortos e
intrones muy largos, pero varia ampliamente en las longitudes
de los intrones.
150 bp, por lo tanto, la longitud total del gen es de
850 bp, respecto del gen mayor de Ia ~-globina, en
el cual, los 585 bp del intr6n resultan en un gen
cuya longitud total es de 1382 bp. La variaci6n en la
longitud de los genes es mucho mayor que el rango
de longitudes de los RNAm (el de la cx-globina tiene
585 bases y el de Ia ~-globina, 620 bases).
El ejemplo de Ia DHFR, un gen un tanto mas
grande, se muestra en la . Dicho gen (dihi-
drofolato reductasa) de los mamiferos esta organizado
en seis exones que corresponden al RNArn de 2 000
bases con una longitud mucho mayor de DNA debido
a que los intrones son muy largos. En tres mamiferos,
los exones son esenci.almente iguales y las posici.ones
relativas de los intrones no cambian, a diferencia de la
longitud de cada intr6n; no obstante, el resultado de
Ia variaci6n en la longitud del gen es de 25 a 31 kb.
Los genes de Ia globina y de la DHFR son ejem-
plos de un fen6meno general: los genes relacionados
por evoluci6n tienen organizaciones relacionadas con el
mantenimiento de Ia posicion de los intrones (a! menos
de algunos de ellos). Las variaciones en Ia longitud de los
genes son determinadas principalmente por la longitud
de los intrones.
42 CAPITULO 3 El gen interrumpido
573-904
lntr6n2
216-255
~
Codificadores
105 -extrema + UTR 3'
11J Las secuencias de Los exones
se mantienen,
no as1 las de Los intrones
Conceptos pri nci pales
La comparaci6n de genes relacionados de diferentes
especies muestra que las secuencias de los exones
correspondientes usualmente se conservan, pero
las secuencias de los intrones estan mucho menos
relacionadas.
Los intrones evolucionan mucho mas rapidamente
que los exones por la falta de presion selectiva para
producir una proteina con una secuencia util.
cUn gen estructural es unico en su genoma? La res-
puesta puede ser ambigua. La longitud completa del
gen es unica, pero con frecuencia sus exones estan
relacionados con los exones de otros genes. Como
regla general, cuando dos genes estan relacionados,
Ia relaci6n entre sus exones es mas cercana que la
relaci6n entre sus intrones. En un caso extrema, los
exones de dos genes pueden codificar a la misma
secuencia protefnica, mientras que los intrones pue-
den ser diferentes, lo cual implica que ambos genes
fueron originados por una duplicaci6n de algun gen
ancestral comun. Posteriormente, se acumularon
diferencias entre una y otra copia, pero en los exo-
nes se vieron restringidas porIa necesidad de codi-
ficar funciones protefnicas.
Como se vera mas adelante, al analizar Ia evo-
luci6n del gen, los exones pueden ser considerados
como las unidades basicas ensambladas en varias
combinaciones. Un gen puede tener algunos exones
relacionados con los exones de otro gen, pero otros
pueden no tener relaci6n. En general, los intrones
no tienen ninguna relaci6n en dichos casos, pueden
surgir por duplicaci6n y translocaci6n de exones in-
dividuates.
La relaci6n entre dos genes puede representarse
como una comparad6n de matriz de puntos, como en
Ia . Un punto indica Ia posicion de Ia misma

Globina ~ mayor
5' Ex6n Ex6n Ex6n
5'
' en exones e intrones, pero son eliminadas mas efi-
Ex6n r1
6~ Ex6n I2
E ble de acumular libremente sustituciones puntuales
Cll
c y otros cambios, los cuales implican que el intron
B no tenga una funcion regida por una secuencia es-
0
a pecffica; al'm nose sabe si su presencia es necesaria
/
3'
r Las secuencias de los genes de la globina ~may" y
de la globina ~menor del raton estan 1ntimamente relacionadas
en las regiones codificadoras, pero difieren en las regiones flan-
queantes yen el intr6n largo. Datos proporcionados por Philip
Leder, Harvard Medical School.
secuencia en cada gen. Si dos secuencias son identi-
cas, los puntas forman una linea en angulo de 45. La
linea es interrumpida por regiones no similares y se
desplaza de forma lateral o vertical por deleciones o
inserciones en una secuencia respecto de Ia otra.
Cuando se comparan los dos genes de la globina-
~ del raton, dicha lfnea abarca los tres exones y el
intron pequefio para luego desvanecerse en las re-
giones flanqu eantes y el intron largo; es un patron
tipico en el cuallas secuencias codificadoras estan
bien relacionadas y Ia relacion puede ir mas alia de
las fronteras de los exones; sin embargo, el patron
se pierde en los intrones mas largos y en las regiones
de ambos !ados del gen.
El grado total de divergencia entre dos exones
depende de las diferencias entre las protefnas, pro-
vocadas principalmente por sustituciones de bases .
En las regiones traducidas, los exones se ven res-
tringidos por la necesidad de codificar secuencias de
aminoacidos, de modo que su potencial de cambia
de secuencia es limitado. Muchos de los cambios no
afectan el significado de los codones porque se cam-
bia un codon por otro que representa a! mismo ami-
noacido. Los cambios ocurren con mayor libertad en
las regiones no traducidas (las cuales corresponden
allfder 5' y a! remolque 3' del RNAm).
En los intrones correspondientes, el patron dedi-
vergencia implica cambios tanto de tamafio (por de -
leciones e inserciones) como sustituciones de bases.
Los intrones evolucionan mucho mas rapidamente
que los exones. Cuando se compara un gen en dife-
rentes especies, en ocasiones, los exones son homo-
3'
logos, pero los intrones han cambiado tanto, que no
se reconocen las secuencias correspondientes.
Las mutaciones ocurren a la misma velocidad
cientemente de los exones por seleccion adversa.
Sin embargo, en ausencia de restricciones impuestas
por una fun cion codificadora, un intron es suscepti-
para Ia funcion del gen.
111 La distribuci6n de tamanos
de los genes es amplia
Conceptos principales
La mayoria de los genes de las levaduras son continuos,
no as\ los de las eucariotas superiores.
Los exones suelen ser cortos y codificar menos de 100
ami noacidos.
Los intrones son cortos en las eucariotas inferiores,
pero en las superiores pueden llegar a tener varias
decenas de kb ( ki lobases) de longitud.
La longitud total de un gen se determina
principalmente por sus intrones.
En La se muestra La organizaci6n glo-
bal de los genes en las levaduras, los insectos y los
mamfferos. En Saccharomyces cerevisiae, Ia gran ma-
yorfa de los genes (>96%) son continuos, y los que
tienen exones suelen mantenerse razonablemente
compactos; virtualmente ninguno de sus genes tie-
ne mas de cuatro exones.
En insectos y mamiferos sucede lo contrario,
solo algunos genes tienen secuencias codificadoras
ininterrumpidas (6% en los mamfferos). Los genes
de los insectos tienden a presentar un nl'1mero bas-
tame reducido de exones, en general menos de l 0.
Los genes de los mamfferos estan divididos en mas
fracciones y algunas tienen varias decenas de exo-
nes. Aproximadamente el 50% de los genes de los
mamfferos tienen > l 0 intrones.
AI examinar las consecuencias de este tipo de
organizaci6n para el tamafio total del gen, en Ia
se observa que entre las levaduras y las
eucariotas superiores hay una diferencia notable. La
longitud del gen promedio de una levadura es de
1.4 kb, y en muy pocos es superior a los 5 kb. Sin
embargo, la predominancia de genes interrumpidos
3.6 La distribuci6n de tamafios de los genes es amplia 43
 ... . en las eucariotas superiores significa que el gen pue-
de ser mucho mas largo que Ia unidad que codifica
S. cerevisiae
una protefna. Relativamente pocos genes de mosca
o de mamifero presentan una longitud inferior a
2 kb, yen muchos casos es de entre 5 kb y 100 kb. El
gen humano promedio tiene 27 kb de largo (vease
Ia Figura 5.11).
Q)
ro El cambio de genes en buena parte continuos
c
(!)
<:'
D. melanogaster a genes en gran medida interrumpidos ocurre en
0
(L las eucariotas inferiores. En los hongos (excepto las
levaduras), Ia mayorfa de los genes son interrumpi-
dos, pero tienen un numero relativamente pequefi.o
Mamfferos de exones (<6) y son bastante cortos (<5 kb). El
cambia a genes largos tiene Iugar en las eucariotas
superiores, y los genes se hacen significativamente
mas largos en los insectos. Con este incremento en
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 14 16 18 20 <40 >60 Ia longitud del gen, se pierde !a relaci6n entre el
Numero de exones tamafi.o del genoma y la complejidad de los orga-
nismos (vease la Figura 4. 5) .
La mayoria de los genes de las levaduras son Conforme se incrementa el tamafio del gena-
continuos, pero en las moscas y los mamiferos, casi todos son
interrumpidos. (Los genes continuos tienen un solo ex6n y se rna, Ia tendencia es a intrones mas largos, mientras
suman en la columna de la extrema izquierda.) que los exones siguen siendo bastante pequefios.
En la 3 1' se observa que los exones que
codifican a los fragmentos de una protefna tienden
a ser bastante pequefios, de modo que en las euca-
riotas superiores, el ex6n promedio codifica a -50
aminoacidos y la distribuci6n general encaja bien

S. cerevisiae
50
40 5
30 4
20
10 3
Q)
2
ro 50 D. melanogaster
c 1
Q)
40 6
~
0 30
Cl.. 20 5
(/)
Q)
10 c 4
0
X
50 Q) 3
40 t'-
2
30
20
10
6
<0.5 <1 <2 <5 <10 <25 <50<100>100 5
Tamafio de los genes (kb)
4
3
Los genes de las levaduras son cortos, pero los
de las moscas y los mamiferos tiene una distribuci6n dispersa 2
que se extienden a longitudes muy amplias.
100 300 500 700 900
Longitud de los exones en nucle6tidos

Los exones que codifican proteinas usualmente

son cortos.

44 CAPITULO 3 El gen interrumpido

con Ia idea de que los genes han evolucionado por la
adicion lenta de unidades que codifican a dominios
pequefios e individuates de protefnas (vease la sec-
cion 3.8, .:_Como evolucionaron los genes interrum-
pidos?). No hay una diferencia significativa en el ta-
mafio de los exones de tipos diferentes de eucariotas
superiores, aunque la distribucion es mas compacta
en los vertebrados en que hay pocos exones cuya
longitud rebase los 200 bp. En las levaduras, hay
algunos exones mas largos que representan a genes
continuos en los cuales la secuencia codificadora
esta intacta. Los exones que codifican a regiones 5'
Ill
y 3' no traducidas tienden a ser mas largos que los
que codifican protefnas.
La muestra que el tamafio de los
intrones varia ampliamente. En los gusanos y las
moscas, el intron promedio noes mucho mas largo
que los exones. En el primer caso no hay intrones
muy largos, sin embargo las moscas contienen una
proporcion significativa de ellos. En los vertebrados,
Ia distribucion de tamafio es mucho mas amplia,
desde aproximadamente la misma longitud que los
exones (<200 bp) hasta longitudes medidas en de-
cenas de kb, incluso 50 a 60 kb en casos extremos.
Los genes muy largos son resultado de intro-
nes muy largos, no de secuencias codificadoras de
productos de gran longitud. No hay una correlacion
15
Mosca
)<
0
10
5 resultado finales muy similar a una division parcial
20
15
10
5 traduce en mas de un marco de lectura. En los genes
5 10 15 20 25 30
Longitud de los intrones en kb
1 Los intrones varian de muy cortos a muy largos.
3. 7 Algunas secuencias de DNA codifican a mas de una protein a
entre el tamafio del gen y el tamafio del RNAm en
las eucariotas superiores, tampoco una buena co-
rrelacion entre el tamafio del gen y el nl!mero de
exones, de modo que el tamafio de un gen depende
principalmente de las longitudes de cada uno de sus
intrones. En los mamiferos, los insectos y las aves,
Ia longitud del gen "promedio" es de aproximada-
mente cinco veces la de su RNAm.
Algunas secuencias
de DNA codifican
a mas de una protefna
Conceptos principales
El uso de codones alternativos de iniciacion o de
terminacion permite que se produzcan dos proteinas
cuando una es equivalente a un fragmento de la otra.
Se pueden producir secuencias no homologas de
proteinas a partir de la misma secuencia de DNA
cuando esta es leida en marcos de lectura diferentes
por dos genes (superpuestos).
Las proteinas homologas que difieren por la presencia
o ausencia de ciertas regiones se deben a un corte y
empalme diferencial (alternativo) en el cual se incluyen
o excluyen ciertos exones, ya sea por la inclusion o
exclusion de exones especificos o al optar por exones
alternativos.
La mayorfa de los genes consta de una secuencia
de DNA dedicada l!nicamente a codificar a una
protefna (aunque el gen puede incluir regiones no
codificadoras en cualquier extremo e intrones en
Ia region codificadora), aunque en algunos casos
una sola secuencia de DNA codifica a mas de una
protefna.
Los genes superpuestos se presentan en una situa-
cion relativamente sencilla en Ia cual un gen es parte
del otro. La primera m.itad de un gen (o la segunda)
es utilizada de manera independiente para especificar
una protefna que representa a la primera mitad (o
a la segunda) de Ia proteina especificada por el gen
completo. Esta relacion se ilustra en la . El
del producto proteinico para generar formas tanto de
tamafio parcial como de tamafio total.
Dos genes pueden superponerse de manera mas
sutil cuando la misma secuencia de DNA es compar-
tida por dos proteinas no hom6logas, situacion que
se presenta cuando Ia m.isma secuencia de DNA se
celulares, una secuencia de DNA suele leerse solo
en uno de los tres marcos de lectura potenciales. Sin
embargo, en algunos genes vfricos y mitocondriales
hay superposici6n entre dos genes adyacentes que
45
 Protefna de tamafio total
I
Protefna de tamafio parcial
I Un RNAm tiene el ex6n
~~~~mm~~~~~~~~m~mmmmmmmmmmmmmmmmm~,~~~~~c~~~
portnpletes INICIO alterno
I " A partir de un solo gen se pueden formar dos proteinas que
inician (o terminan) su expresi6n en puntos diferentes.
Codones utilizados para
INICIO Ia protefna 2
Dos genes pueden compartir La misma secuencia leyendo el
DNA en diferentes marcos de lectura .
se leen en marcos de lectura diferentes, situacion
ilustrada en la 1 - . La distancia de Ia su-
perposicion es por lo general relativamente corta,
de tal forma que la mayor parte de la secuencia
que representa a la protefna conserva una funcion
codificadora unica .
En algunos genes, los patrones alternativos de
la expresi6n genica crean cambios en la ruta utili-
zada para conectar los exones. Un solo gen puede
generar diversos productos de RNAm diferentes en
cuanto a contenido de exones, y la diferencia pu e-
de ser que ciertos exones son opcionales, es decir,
pueden ser incluidos o desempalmados. Asimismo,
puede haber exones que se excluyan mutuamente,
se incluye uno u otro, pero no ambos. Las formas
alternas producen protefnas en las cuales una parte
es comun y la otra es diferen te .
En algunos casos, los medios alternos de expre-
sion no afectan a la secuencia de la protefna, por
ejemplo, los que inciden en ellider 5' no trad u ci -
46 CAPITULO 3 El gen i nterrumpido
t Un RNAm tiene el ex6n a.
Exones W X z
~ l
W X ~ Z
t.. . 1 , El corte y empalme alt ernative genera las va-
riantes a y ~ de la troponina T.
do o en el remolque 3' no traducido pueden tener
consecuencias reguladoras, pero se crea Ia misma
protefna. En otros casos, un exon es sustituido por
otro, como se indica en la
En este ejemplo, las protefnas produddas por los
dos RNAm contienen secuencias que se superponen
extensamente pero que son diferentes en la region
alterna de corte y empalme. La mitad 3' del gen de
Ia troponina T del musculo de Ia rata contiene cinco
exones, pero solo cuatro se utilizan para constituir
un RNAm individual y tres, WXZ, son los mismos
en ambos patrones de expresi6n. No obstante, en
uno de estos, el exon a es empalmado entre X y Z y
en el otro se utiliza el ex6n ~, de modo que las for-
mas a y ~ de la troponina T difieren en la secuencia
de aminoacidos presente entre las secuencias W y
Z, dependiendo del ex6n alterno utilizado, a o ~;
cualquiera de ellos puede usarse para formar un
RNAm individual, pero ambos no pueden estar en
el mismo.
En la I " 7 es un ejemplo en el cual el
empalme alternativo provoca Ia inclusion de un
ex6n en algunos RNAm, mientras que lo deja fue-
ra de otros. A partir del gen se forma un solo tipo
de transcrito, pero este puede ser empalmado en
cualquiera de las dos formas. En la primera ruta,
se desempalman dos intrones y los tres exones se
unen en tre sf, en tanto que en la segunda, el se-
gu ndo ex6n no es reconocido, de tal forma que un
solo intr6n largo es desempalmado. Este intron esta
formado por el intron l + el exon 2 + el intr6n 2. En
efecto, el ex6n 2 ha sido tratado en esta ruta como
parte del intr6n individual. Estas ru tas producen dos
protefnas iguales en los extremos, pero una tiene
una secu encia adicional en la mitad, por lo tanto,
la region del DNA codifica a mas de una protefna.
(Otros tipos de combinaciones producidas por em-
palme a lternativo se analizan en Ia secci6n 26.12,
 Ex6n 3
IJVb'J - 'H
l Sfntesis de RNA

S61o los intrones son desempalmados

5' 3'

3' RNAm

N
Los tres exones estan en Ia protefna larga
Los intrones + ex6n 2 son desempalmados
5' 3'

5' 3' RNAm

En Ia protefna coria s61o estan ex6n 1 + ex6n 3

El corte y empalme alternative utiliza el mismo pre-RNAm para

generar moleculas de RNA con combinaciones diferentes de exones.

El empalme alternativo involucra el uso diferencial

de uniones de empalme.)
Ill
En ocasiones dos rutas operan simultaneamen-
te, en cuyo caso, cierta porci6n de RNA es empal-
mada en cada ruta, y en otras, las rutas son alter-
nativas expresadas en condiciones diferentes, una
en un tipo de celula y otra en otro.
Asf pues, el empalme alternativo o (dife-
rencial) puede generar protefnas con secuencias
superpuestas de un solo fragmento de DNA. Es
curiosa que el genoma eucari6tico superior sea
extremadamente espacioso y tenga genes grandes
que con frecuencia estan muy dispersos y que a!
mismo tiempo forme multiples productos a partir
de un locus individual. El empalme alternativo ex-
pande el numero de protefnas relativo al numero
de genes por -15% en las moscas y en los gusanos,
pero tiene efectos mucho mayores en el hombre,
en el cual, -60% de los genes puede tener formas
alternas de expresi6n (vease la Secci6n 5.5, El ge-
noma humano tiene menos genes que los espe-
rados). Aproximadamente el 80% de los eventos
de empalme alternativo resultan en cambios de la
secuencia proteinica.
(C6m o evolucion aron los genes
i nterrum pidos?
Conceptos principales
La interrogante principal al respecto es si los genes se
originaron como secuencias interrumpidas por intrones
o si originalmente eran moleculas ininterrumpidas.
Probablemente la forma original de la mayoria de los
genes codificadores de proteinas fue la interrumpida,
si bien en un principia los genes interrumpidos que
codifican al RNA pudieron haber sido moleculas
ininterrumpidas.
Una clase especial de intrones es m6vil y puede
insertarse en los genes.
La estructura ampliamente interrumpida de los ge-
nes de las eucariotas sugiere una imagen similar a un
mar de intrones (casi todos unicos en secuencia, pero
no exclusivamente), en el que las islas de exones (en
ocasiones muy cortos) estan esparcidas en archipiela-
gos individuales que representan a los genes.
,_;, Cual era la forma original de los genes que
actualmente estan interrumpidos?

3.8 (C6mo evolucionaron los genes interrumpidos? 47

 En el modelo de los "intrones ancestrales" se
propone que los intrones siempre han for-
mado parte del gen. Los genes se originaron
como estructuras interrumpidas, y los que
carecen de intrones los han perdido en el
curso de la evoluci6n.
En el modelo de los "intrones adquiridos"
se propone que las unidades ancestrales co-
dificadoras de protefnas estaban formadas
por secuencias continuas de DNA y que los
intrones fueron insertados posteriormente.
Para poner a prueba los modelos se debe pre-
guntar si Ia diferencia entre los genes eucari6ticos y
los procari6ticos puede ser explicada por la adquisi-
ci6n de intrones en el primer caso o por Ia perdida
de los mismos en el segundo.
El modelo de los "intrones ancestrales" sugiere
que Ia estructura de mosaico de los genes es un re-
manente del antiguo enfoque de Ia reconstruccion
de estos para crear nuevas protefnas. Supongase
que una celula ancestral tenia cierto numero de
secuencias codificadoras de proteinas separadas: es
probable que un aspecto de su evolucion haya sido
Ia reorganizaci6n y yuxtaposicion de unidades poli-
peptfdicas diferentes para crear nu evas protefnas.
Si Ia unidad codificadora de protefnas debe ser
una serie continua de codones, cada reconstrucci6n
requerira de una recombinacion precisa de DNA para
colocar an1bas unidades codificadoras de proteinas en
registro, extremo con extremo, en el mismo marco
de lectura. Ademas, si esta combinacion noes exito-
Los intrones son mucho mas largos que los exones
Zona de union 5'
. I
exon
intion
La secuencia que incluye a un ex6n se transloca a un sitio diana aleatoric
intr6n
L
intion intion
RNA
Un ex6n rodeado de secuencias flanqueantes, translocado en el
interior de un intr6n, puede ser empalmado en el producto de RNA.
48 CAPITULO 3 El gen interrumpido
sa, Ia celula ha sufrido algun daiio porIa perdida de
las unidades originales codificadoras de proteinas.
Si en una recombinacion aproximada del DNA
se pudiera colocar a las dos unidades codificadoras
de protefnas en la misma unidad de transcripcion,
se podrfan probar patrones de corte y empalme
en el nivel del RNA para combinar las dos proteinas en
una sola cadena polipeptfdica. Si estas combinacio-
nes no tienen exito, las unidades originales de codifi-
cacion de protefnas siguen disponibles para pruebas
posteriores. Dicho enfoque permite esencialmente
que Ia celula intente deleciones controladas en el
RNA sin sufrir Ia posible inestabilidad dafiina de
aplicar el procedimiento a! DNA. Este argumento se
apoya en el hecho de que podemos encontrar exo-
nes relacionados en genes diferentes, como si el gen
hubiera sido ensamblado mezclando y apareando
exones (vease Ia seccion 3.9, Algunos exones pue-
den eq uipararse con funciones protefnicas).
En Ia _ se ilustra lo que sucede cuan-
do en el genoma una secuencia aleatoria que inclu-
ye a exon es translocada a una nueva posicion. Los
exones son muy pequefios respecto de los intrones,
de modo que es probable encontrar el exon dentro
de un intr6n. Para el corte y empalme solo se ne-
cesitan las secuencias de las uniones entre exon e
intron, de modo que es probable que el exon sea
flanqueado por zonas de union 3' y 5' funcionales,
respectivamente. Las zonas de union son reconoci-
das en pares, por lo tanto, es probable que la zona
de union 5' del intron original interactue con Ia
Zona de union 3'
.1-::exorr
~
intion intron
ex6n intron
~ .~
~
intion intr6n
l
 zona de union 3' introducida por el exon nuevo, y
no con su compafiero original. De forma simi lar, Ia
zona de union 5' del nuevo exon interactuara con
Ia zona de union 3' del intron original. El resulta-
do es la insercion del nuevo exon en el producto
de RNA entre los dos exones originales. Siempre
y cuando el nuevo exon se encuentre en el mis-
mo marco de lectura que los exones originales, se
producira una nueva secuencia protefnica . Este tipo
de evento pudo haber generado nuevas combina-
ciones de exones durante Ia evolucion. Notese que
su principia es imitado por la tecnica de captura de
exones que se utiliza para identificar a los exones
funcionales (vease Ia Figura 4 .11).
En ocasiones se encuentran formas alternas de
genes de RNAr y RNAt, con y sin intrones. En el
caso de los RNAt, en los cuales todas las moleculas
estan conformadas porIa misma estructura general,
parece poco probable qu e Ia evolucion haya reunido
a las dos regiones del gen, despues de todo, las di-
ferentes regiones participan en el apareamiento de
bases que da importancia a Ia estructura, de modo
que, en este caso, los intrones debieron haber sido
insertados en genes continu os.
Los genomas de los organelos proporcionan
algunas conexiones notables entre el mundo de
las procariotas y el de las eucariotas. Hay m uchas
similitudes generales entre las mitocondrias o los
cloroplastos y las bacterias, por ello, parece probable
que los organelos se originaron en una endosimbiosis
en Ia cual un prototipo bacterian o ancestral fue in-
sertado en el citoplasma eucariotico. Sin embargo,
a diferencia de las similitudes con Ia bacteria, por
ejemplo, como se conserva en Ia sfn tesis protefni-
ca o del RNA, algunos genes de organelos poseen
inuones y por lo tanto se asemejan a los genes nu-
cleares e ucarioticos.
En muchos gen es de los cloroplastos se encuen-
tran intrones, incluidos algunos homologos de los
genes de Ia E. coli, io cual su giere que el evento
endosimbiotico ocurrio antes de que la linea pro -
cari6tica perdiera los intrones. Si se encuentra u n
gen adecuado, serfa posible rastrear ellinaje genico
h asta al periodo en que ocurrio Ia endosimbiosis.
El genoma mitocondrial es u n caso particular-
mente sorprendente. Los genes de las mitocondrias
de las levaduras y de los mamfferos codifican pro-
tefnas mitocondriales virtualmente identicas, pese a
una diferencia considerable en Ia organizacion geni-
ca. Los genomas mitocon driales de los vertebrados
son muy pequefios, con una organizaci6n de genes
continuos extremadamente compacta, mientras
que los genomas mitocondria les de las levaduras
son mas grandes y tienen algunos genes complejos
interrumpidos (. Cual es Ia forma ancestral? Los in-
3.9 Algunos exones pueden equiparse con funciones proteinicas
trones mitocondriales de las levaduras (y algunos
otros intrones) pueden tener como propiedad Ia
movilidad, son secuencias autonomas que pueden
desempalmarse del RNA e insertar capias de DNA
en cua lquier otra parte, lo cual sugiere que podrfan
haber surgido por inserciones en el genoma (vease
Ia seccion 27.5, Algunos intrones del grupo I codi-
fican a en donucleasas que promueven la movilidad
y Ia 27 .6, Los intrones del grupo II pueden codificar
protefnas multifuncionales).
Ill Algunos exones pueden
equipararse con funciones
prote1nicas
Conceptos principales
Lo que sugiere que los exones fueron las unidades
basicas de la evoluci6n y que los primeros genes fueron
interrumpidos en lo siguiente:
La estructura genica es igual entre genes de especies
muy distantes.
Muchos exones pueden ser equiparados con secuencias
codificadoras de prote\nas que tienen funcio nes
espec\ficas.
En genes diferentes se encuentran exones relacionados.
Silas protefnas actuales evolucionaron a! combinar
protefnas ancestrales que originalmente fueron in-
dependientes, es probable que Ia acrecion de uni-
dades haya ocurrido de manera secuencial en algun
periodo, agregandose un exon a Ia vez (.ES posible
ver las diferentes funciones por las que estos genes
fu eron incrustados en sus estructuras presentes?
En otras palabras, (_podemos equiparar funciones
especfficas de protefnas actuales con determinados
exones?
En algunos casos hay una clara relaci6n entre
las estructuras del gen y de Ia protefn a; el ejemplo
por excelencia es el de las protefnas inmunoglobu-
linas, las cuales son codificadas por genes en los
cuales cada exon corresponde exactamente a un
dom.i nio funcional conocido de la protefna. En Ia
se compara la estructura de una inmu-
noglobulina con su gen.
Una inmunoglobulina es un tetramero forma-
do por dos cadenas ligeras y dos cadenas pesadas
unidas para formar una protefna con numerosos
dominios distintos. Las cadenas ligeras y las pesadas
difieren en cuanto a estructura, y hay numerosos
tipos de cadenas pesadas, y cada tipo es expresado
desde un gen cuya serie de exones corresponde a
los dominios estructurales de la protefna.
49
 . . ..
. - .
ex6n L ex6n V-J ex6n C

Cadena ligera
Uder Variable Constante Bisagra Constante 2 Constante 3 Dominios proteinicos
Cadena pesada

ex6n L ex6nV-D-J ex6n C1 ex6n bisagra ex6n C2 ex6n C3

r Las cadenas ligeras y las cadenas pesadas de La inmunoglobulina son codificadas por
genes cuyas estructuras (en sus formas expresadas) corresponden a los distintos dominios de La
proteina. Cada dominio proteinico corresponde a un ex6n; los intrones van numerados del 1 al 5.

En muchos casos, algunos de los exones de un

gen pueden identificarse con funciones espedficas.
En proteinas secretoras, el primer ex6n, que codifica
ala region terminal N del polipeptido, con frecuen-
cia espedfica ala secuencia sefial implicada en lase-
crecion membranosa, por ejemplo en la insulina.
La perspectiva de que los exones son las unida-
des basicas funcionales de los genes esta respaldada
por casas en que dos genes pueden tener exones
relacionados entre sf, mientras que otros se encuen-
tran solo en uno de los genes. En la sere-
sume la relacion entre el receptor de la lipoproteina
de baja densidad (LD L, plasma low density lipoprotein)
y otras proteinas. En el centro del gen receptor de la
LDL se encuentra una serie de exones relacionados
con los exones del gen para el precursor del factor
de crecimiento epidermico (EGF, epidermal growth
factor). En Ia region terminal N de Ia proteina, una
serie de exones codifica a una secuencia relaciona-
da con la protefna sangufnea del factor del comple-
mento C9, de modo que el gen del receptor de la
LDL se creo ensamblando m6dulos para sus diversas
funciones. Estos modulos tambien son utilizados en
combinaciones diferentes en otras protefnas.
Los exones tienden a ser bastante pequefios
(vease Ia Figura 4.11), aproximadamente del tamafio
del polipeptido mas pequefio susceptible de asumir
una estructura plegada estable (-20 a 40 residuos).
Quiza las protefnas fueron ensambladas original-
mente a partir de modulos mas bien pequefios. Cada
modulo no necesariamente debe corresponder a una
funcion actual, varios podrian haberse combinado
para generar una funci6n. El numero de exones de
. -..
Receptor de LDL
Homolog fa Homologfa del
del complemento C9 precursor del EGF
Precursor del EGF
El gen del receptor de La LDL esta formado por
18 exones, algunos de los cuales estan relacionados con los
exones del precursor del EGF y otros con el gen del comple-
mento sanguineo C9. Los triangulos marcan las posiciones de
los i ntrones.
un gen tiende a incrementarse con la longitud de
su proteina, lo cual concuerda con Ia perspectiva
de que las protefnas adquieren multiples funciones
agregando sucesivamente los modulos apropiados.
Esta idea explicaria otra caracteristica de la es-
tructura de las proteinas. Aparentemente los sitios
representados en las fronteras exon-intr6n con fre-
cuencia se localizan en la superficie de una protefna.
Conforme se agregan modulos a una proteina, las
conexiones, cuando menos las de los modulos agre-
gados mas recientemente, suelen tener Ia tendencia
a localizarse en Ia superficie.

50 CAPITULO 3 El gen interrumpido

Ell Los miembros de una familia
de genes tienen
una organizaci6n comun
Conceptos principales
Se supone que una caracteristica comun de una
agrupaci6n de genes identifica una propiedad que
antecede a la separaci6n durante la evoluci6n.
La forma comun de organizaci6n de todos los genes
de globina, tres exones y dos intrones, sugiere que
descienden de un solo gen ancestral.
Muchos de los genes de un genoma eucariotico su-
perior estan relacionados con otros del mismo ge-
noma. Una familia de genes puede definirse como
un grupo de genes que codifican a proteinas identi-
cas o relacionadas; Ia familia se origina a! duplicarse
un gen. Inicialmente, las dos copias son identicas,
pero despues divergen, conforme se acumulan mu-
taciones en elias. Las duplicaciones posteriores y la
divergencia hacen aun mas extensa Ia familia. Los
genes de Ia globina son un ejemplo de una familia
que puede dividirse en dos subfamilias (globina a
y globina ~), aunque todos sus miembros tienen
la misma estructura basica y la misma funcion. El
concepto puede ampliarse mas cuando se encuen-
tran genes relacionados de forma mas distante pero
cuyo ancestro comun aun puede reconocerse; en
este caso, se considera que un grupo de farnilias de
genes forma una superfamilia.
Las globinas a y ~. y otras dos protefnas rela-
cionadas con elias, constituyen un caso fascinante
de conservacion evolutiva. La mioglobina es una
proteina monomerica que se liga a! oxfgeno, esta
presente en los animales y su secuencia de amino-
acidos sugiere un origen comCm (aunque antiguo)
con las subunidades de la globina. Las leghemoglo-
binas son proteinas que se unen al oxfgeno y que se
encuentran en las legumbres; igual que la rnioglobi-
na, son monomericas. Ademas, tambien comparten
un origen comun con las otras protefnas de union
al grupo hemo. Juntas, las globinas, la mioglobina
y la leghemoglobina constituyen la superfamilia de
la globina, grupo de familias de genes descendientes
de algun ancestro (distante) comun.
Los genes de Ia globina a y de la globina ~ tienen
tres exones (vease la Figura 3.7). Los dos intrones es-
tan en posiciones constantes respecto de la secuencia
codificadora. El exon central representa al dominio
de union al grupo hemo de la cadena de globina.
En el genoma humano, la mioglobina esta re-
presentada por un solo gen cuya estructura es esen-
cialmente la rnisma que lade los genes de la globina,
de modo que Ia estructura de tres exones antecede
3.10 Los miembros de una familia de genes tienen una organizaci6n comun
, . I I :: . .
Dominio de union al grupo hemo
I Glob ina
lntr6n extra Leghemogloblna
I
El dominio esta dividido
La estructura de los exones de los genes de globi-
na corresponde a la funci6n prote1nica, pero la leghemoglobina
tiene un intr6n extra en el dominio central.
ala evolucion de las funciones separadas de la mio-
globina y de la globina.
Los genes de la leghemoglobina contienen tres
intrones, de los cuales, el primero y el ultimo se
presentan en puntos de Ia secuencia codificadora
homologos a las localizaciones de los dos intrones de
los genes de globina. Esta notable similitud sugiere
un origen extremadamente antiguo de las proteinas
de union al grupo hemo en forma de un gen dividi-
do, como se ilustra en Ia
El intron central de Ia leghemoglobina separa dos
ex ones que juntos codifican a Ia secuencia correspon-
diente al exon central individual de Ia globina 2,Pudo
el exon central del gen de Ia globina haber sido deri-
vado de una fusion de dos exones centrales del gen
ancestral? (, 0 es el ex on individual centralia forma
ancestraL en este caso, un intron que debio haber sido
insertado en el al inicio de la evolucion de la planta?
Los casos en que la estructura de genes homolo-
gos difiere, podrian proporcionar informacion acerca
de su evolucion, por ejemplo, Ia insulina. Los ma-
mfferos y las aves tienen solo un gen para codificar
insulina, excepto los roedores, que tienen dos. En la
se ilustran las estructuras de estos genes.
El principia que se utiliza para comparar la orga-
nizacion de genes relacionados en especies diferen-
tes consiste en que una caracterfstica connAn identifica
a una estructura que precedi6 a la separaci6n evolutiva
de las dos especies. En los pollos, el gen unico de Ia
insulina tiene dos intrones; uno de los dos genes
de la rata tiene la misma estructura. La estructura
comun implica que el gen ancestral de la insulina
tenia dos intrones, sin embargo, el segundo gen de
las ratas tiene solo uno, de modo que debe haber
evolucionado por una duplicacion genica en los roe-
dares seguida de la elirninacion precisa de un intron
de una de las copias.
La organizacion de algunos genes muestra dis-
crepancias considerables entre especies, en cuyo
51
 caso, la eliminacion o insercion de intrones durante
Ia evolucion debio haber sido intensa.
Un caso bien caracterizado son los genes de la ac-
tina. El tfpico gen de la actina tiene un lider no tradu-
cido de < 100 bases, una region codificadora de -1200
bases y un remolque de -200 bases. La mayoria de los
genes de Ia actina son interrumpidos; las posiciones
de los intrones pueden alinearse de acuerdo con Ia
secuenda codificadora (excepto por un unico intron
que en ocasiones se encuentra en ellfder) .
En la se observa que el patron de
interrupciones de casi todos los genes de la actina
es diferente, y agrupando a todos los genes, los in-
trones ocurren en 19 sitios diferentes. Sin embargo,
ningun gen tiene mas de seis intrones, algunos solo
tienen uno y uno de ellos es completamente con-
tinuo (,Como surgio esta situacion? Si suponemos
que el gen primordial de la actina era interrumpido,
Gen comun de Ia insulina (pol los y ratas)
Ex6n Ex6n Ex6n
lfder lntr6n codificador lntr6n codificador
y que todos los genes de la actina estan relaciona-
dos con el por perdida de intrones, en cada rama
evolutiva se han perdido intrones diferentes. Proba-
blemente algunos se han perdido por completo, de
modo que el gen primordial pudo bien haber tenido
20 o mas. La alternativa es suponer que un proceso
de insercion de intrones continuo de manera inde-
pendiente en las diferentes lineas de evolucion. En
ultima instancia, Ia relacion entre las localizaciones
de los intrones en diferentes especies puede utilizar-
se para construir un arbol de Ia evolucion del gen.
La relacion entre los exones y los dominios de
protefnas es un tanto erratica; en ciertos casos es
clara mente de 1: I y, en otros, no es posible discernir
un patron. Una posibilidad es que porIa eliminacion
de intrones se han fusionado los exones adyacen-
tes, lo cual significa que el intron debio haber sido
eliminado de forma precisa, sin modificaci6n oe Ia
integridad de la region codificadora. Una alternativa
es que algunos intrones surgieron por inserci6n en
un dominio coherente. Ademas de las variaciones
observadas en Ia colocaci6n de los exones en casos
como el de los genes de la actina, esto sugiere que
las posiciones de los intrones pueden ser ajustadas
en el curso de la evoluci6n.
La ecuad6n de cuando menos algunos exones con
los dominios de proteinas y Ia aparici6n de exones

Ex6n
1 >- Deleci6n del intr6n
reladonados en protefnas diferentes, no deja duda de
que la duplicaci6n y Ia yuxtaposid6n de exones ha
lfder lntr6n Ex6n codificador desempefi.ado un papel in1portante en Ia evolud6n.
Es posible que el numero de exones ancestrales, de
los cuales se han derivado todas las protefnas por
Segundo gen de insulina de Ia rata
duplicaci6n, variaci6n y recombinaci6n, sea relativa-
mente pequefio (algunos miles o decenas de miles).
El gen de la insulina de la rata, el cual cuenta
con un intr6n, evolucion6 par la perdida de un intr6n de un Considerando al ex6n como unidad fundamental de
ancestro con dos intrones. Ia evoluci6n, desde esta perspectiva se acepta impli-

bllf:ll 0 . ~~~ltui.Bl!iElliEiil i'JO!I'fi1r.l;}l . .. lgilfl'il'i]j .

~~....:_:_'li'...::!I'Jt"_T~T~ _..,. ~~

S.pombe
S. cerevisiae I - -- ----'
Acanthamoeba
Thermomyces ~

C. elegans -=:--~.---. ---

D. melanogaster A6
A1
A4
~ -

-= . - -
==
A2
Erizo de mar C

Musculo de polio
J
l
_.
...
.
:.:
....
. .

- -

J

-.---:.
Musculo de rata ...1.
.... - .___,.J
Citoplasma de rata
Musculo lisa humano
Musculo cardiaco humano
Frijol de soya
-

.. _a - -

.Iii . ....I __J

--'

Los genes de la actina varian ampliamente en cuanto a organizaci6n. Los sitios de

los intrones se indican en tono mas oscuro.

52 CAPITULO 3 El gen interrumpido

citamente el modelo de los intrones ancestrales como
origen de los genes que codifican proteinas.
(_Se encuentra toda
la inform acion genetica
contenida en el DNA?
Conceptos principales
La definicion del gen se ha invertido, de "un
gen : una proteina" a "una proteina : un gen".
La informacion sobre la posicion tambien es
importante en el desarrollo .
El concepto del gen ha evolucionado significati-
vamente en los ultimos anos . La interrogante res-
pecto de que hay en un nombre es especialmente
apropiada para el gen. Ya no podemos aseverar que
este sea una secuencia de DNA qu e codifica con-
tinua y {micamente a una protefna en particular.
En situaciones en las que un fragm ento de DNA es
responsable de la produccion de una protefna espe-
cifica, hoy dfa se considera que la secuencia entera
de DNA -desde el primer punta representado en
el RNA mensajero hasta el {lltimo correspondiente
a su extrema- comprende a! "gen", los exones, los
intrones y todo lo demas.
Cuando las secuencias que representan a pro-
tefnas se superponen o tienen formas alternas de
expresion, es posible revertir la descripcion comun
del gen, y en vez de decir "un gen-un polipepti-
do", podemos describir ala relaci6n como "un po-
lipeptido-un gen", de modo que se considera ~ _Ia
secuencia responsable de hecho de la produccwn
del polipeptido (incluidos intrones y exones) como
productora del gen, al mismo tiempo que se acepta
que desde la perspectiva de otra proteina, parte de
esta rnisma secuencia tambien pertenece a su gen.
Esto permite el usa de descripciones como genes
"superpuestos" o "alternativos".
Ahara podemos ver que tan lejos se ha llegado
desde la hipotesis original de un gen:una enzima .
Basta ese momenta, la pregunta fundamental se
relacionaba con la naturaleza del gen, pero una vez
que se descubrio que los genes representan a pro-
teinas, el paradigma se establecio como el concepto
de que cada unidad genetica funciona a traves de la
sfntesis de una protefna especifica.
Este punta de vista sigue siendo el paradigma
central de la biologia molecular: una secuencia de
DNA funciona codificando directamente a una pro-
teina en particular o porque es necesaria para el uso
de un segmento adyacente que codifica realmente a
Ia proteina (.Que tan lejos nos !leva este paradigma
aparte de explicar la relacion basica entre los genes
y las proteinas?
El desarrollo de organismos multicelulares se
sustenta en el usa de genes diferentes para generar
los diversos fenotipos celulares de cada tejido. La ex-
presion de los genes depende de una red reguladora
que asume la forma de una cascada. La expresion
del primer conjunto de genes al principia del de-
sarrollo embrionario conduce a la expresion de los
genes implicados en la siguiente etapa de desarrollo,
y asf sucesivamente, hasta que todos los tejidos del
adulto son funcionales. La naturaleza molecular de
esta red reguladora es en gran medida desconocida,
pero suponemos que consiste en genes que codifi-
can a productos (probablemente proteinas, quiza en
ocasiones RNA) que actuan sabre otros genes.
Si bien es casi seguro que dicha serie de interac-
ciones es el media par el cual se ejecuta el programa
de desarrollo, es posible preguntarse si es suficiente.
Una pregunta especifica concierne ala naturaleza y
la funcion de la informacion posicional. Sabemos
que no todas las partes de un ovulo fertilizado son
iguales; una de las caracteristicas responsables del
desarrollo de diferentes partes de tejidos de distintas
reaiones del ovulo es Ia localizacion de la informa-
o
cion (presumiblemente macromoleculas especfficas)
dentro de la celula.
Desconocemos como se forman esas regiones
particulares, pero se puede especular que la existen-
cia de la informacion posicional en el ovulo conduce
a la expresion diferencial de los genes en las celulas
formadas despues en estas regiones. Esto conduce al
desarrollo del organismo adulto, lo cual a su vez da
Juaar
b al desarrollo de un ovulo con la informacion
posicional apropiada .
Esta posibilidad incita a preguntar si informa-
cion necesaria para el desarrollo de organism as esta
contenida en una forma que no pueda ser atribuida
directamente a una secuencia de DNA (aunque la
expresi6n de secuencias particulares puede ser ne-
cesaria para perpetuar la informacion posicional) .
De una manera mas general, es posible preguntar
lo siguiente: cuando leemos la secuencia completa
de DNA que comprende al genoma de algun orga-
nismo y la interpretamos en funcion de protefnas
y regiones reguladoras, (.Se podrfa, en principia,
construir un organism a (o incluso una sola celula
viviente) por media de la expresion controlada de
los genes adecuados?
IEID Resumen
Todos los tipos de genomas eucarioticos contienen
genes interrumpidos. La proporcion de estos es baja
3.12 Resumen 53
 en las levaduras y se incrementa en las eucariotas
inferiores; en las eucariotas superiores son pocos los
genes continuo s.
Los intrones se encuentran en todas las clases
de genes eucari6ticos. La estructura del gen inte-
rrumpido es la misma en todos los tejidos: en el
RNA, los exones se unen en el mismo orden en que
est<in organizados en el DNA y los intrones usual-
mente carecen de funci6n codificadora. Los intrones
se eliminan del RNA por corte y empalme. Algunos
genes se expresan mediante patrones alternos de
corte y empalme, en los cuales una secuencia espe-
cffica es eliminada como intr6n en algunas situacio-
nes, pero retenida como ex6n en otras.
Las posiciones de los intrones suelen conser-
varse cuando se compara la organizaci6n de genes
hom6logos entre especies. Las secuencias de intro-
nes varian, incluso pueden no estar relacionadas,
aunque las secuencias de exones se mantienen bien
relacionadas. La conservaci6n de los exones puede
utilizarse para aislar genes relacionados en especies
diferentes.
El tamafi.o de un gen depende sobre todo de
las longitudes de sus intrones, que en las eucario-
tas superiores se alargaron en las primeras etapas,
cuando, por lo tanto, las dimensiones de los genes
se incrementaron significativamente. La gama de
dimensiones de los genes de los mamiferos suele
fluctuar entre l y 100 kb, pero es posible que sean
aun mas largos: el caso conocido es el de la distro-
fina, que mide 2 000 kb.
Algunos genes comparten solo algunos de sus
exones con otros genes, lo cual sugiere que han sido
ensamblados por adici6n de exones que represen-
tan a m6dulos individuates de la protefna. Dichos
m6dulos podrfan haber sido incorporados en una
gran variedad de protefnas diferentes. La idea de
que los genes se han ensamblado por acreci6n
de exones implica que en los genes de organismos
primitivos hubo intrones. Algunas de las relacio-
nes entre genes hom6logos pueden explicarse por
la perdida de intrones de los genes primordiales, con
perdida de intrones diferentes en lfneas de ascen-
dencia diferentes.
Referencias
Ill Un gen interrumpido esta formado por intrones
y exones
Revisiones
Breathnach, R. and Chambon, P. (1981 }. Organization and
expression of e ukaryotic split genes coding for proteins.
Annu. Rev. Biochem. 50, 349-383.
54 CAPITULO 3 El gen interrumpido
Faustino, N. A. and Cooper, T. A. {2003). Pre-mRNA splicing
and human disease. Genes Dev. 17, 419-437.
Ill Las endonucleasas de restricci6n son una
herramienta esencial en el mapeo del DNA
Revisiones
Nathans, D. and Smith, H. 0. (1975). Restriction endonuclea-
ses in the analysis and restructuring of DNA molecules.
Annu. Rev. Biochem. 44, 273-293.
Wu, R. {1978). DNA sequence analysis. Annu. Rev. Biochem. 47,
607-734.
l\rticulos de investigaci6n
Danna, K. J., Sack, G. H., and Nathans, D. (1973). Studies of
SV40 DNA vn A cleavage map of the SV40 genome. J.
Mol. Bioi. 78, 363-376.
Ill La organizaci6n de los genes interrumpidos puede
ser conservada
Articulos de investigaci6n
Berget. S.M., Moore, C., and Sharp, P. {1977). Spliced seg-
ments at the 5' terminus of adenovirus 2 late mRNA. Proc.
Nati.Acad. Sci. USA 74,3171-3175.
Chow, L. T., Gelinas, R. E., Broker, T. R., and Roberts, R. J.
{1977). An amazing sequence arrangement at the 5' ends
of adenovirus 2 mRNA. Ce/1 12, 1-8.
Glover. D. M. and Rogness, D. S. ( 1977). A novel arrangement
of the 8S and 28S sequences in a repeating unit of D.
me!anogaster rDNA. Ce/1 10, 167-176.
J effreys, A. J. and Flavell, R. A. (1977). The rabbit P-globin
gene contains a large insert in the coding sequence. Cell
12, 1097-11 08.
Wenskink, P. eta!. ( 1974). A sys tem for mapping DNA se-
quences in the chromosomes of D. melanogaster. Cell 3,
3 15-325.
Ill Algunos exones pueden ser equiparados
con funciones proteinicas
Revisiones
Blake, C. C. ( 1985). Exons and the evolution of proteins. Int.
Rev. Cytol. 93, 149-185.
El contenido del genoma
ESQUEMA DEL CAPITU ~
Introducci6n
- Pueden trazarse mapas de los genomas por
ligamiento, restricci6n, division o secuencia de
DNA
- Los genomas individuales son muy variables
El polimorfismo puede ser detectado en el nivel fenotipico
cuando una secuencia afecta a La funci6n genica, en el
de los fragmentos de restricci6n cuando afecta a un sitio
diana de una enzima de restricci6n y en el secuencial por
analisis directo del DNA.
Los alelos de un gen muestran un amplio polimorfismo en
el nivel secuencial, pero muchos cam bios de secuencia no
inciden en La funci6n.
.a Los RFLP y los SNP pueden ser utilizados para el
mapeo gentico
Los RFLP y los SNP pueden constituir la base de los mapas
de ligamiento; permiten establecer relaciones entre
progenitores y su progenie.
- (.Por que los genomas son tan grandes?
No hay una buena correlaci6n entre el tamafio del genom a
y la complejidad genetica.
Hay un incremento en el tamafio m1nimo del genoma
necesario para formar organismos de mayor complejidad.
En numerosos filos, las dimensiones de los genomas de los
organismos varian ampliamente.
Rill Los genomas eucari6ticos contienen secuencias
de DNA repetitivas y no repetitivas
La cinetica de la reasociaci6n del DNA despues de que un
genoma ha sido desnaturalizado disti ngue a las secuencias
por la frecuencia con se repiten en el genoma .
En el DNA no repetitive, los genes generalmente son
codificados por secuencias localizadas.
Los genomas mas grandes de un file no contienen mas
genes, pero tienen cantidades mayores de DNA repetitive.
Gran parte del DNA repetitive puede estar formada por
transposones.
- Los genes pueden ser aislados por la conservaci6n
de los exones
La conservaci6n de los exones puede ser utilizada como
base para localizar regiones codificadoras al identificar
fragmentos cuyas secuencias estan presentes en multiples
organismos.
La conservaci6n de la organizaci6n del genoma
ayuda a identificar genes
Los algoritmos para identificar genes no son perfectos,
de modo que son necesarias numerosas correcciones al
conjunto inicial de datos.
Los seudogenes deben distinguirse de los genes actives.
Hay amplias relaciones sintenicas entre los genomas del
raton y los del humano, y la mayoria de los genes activos
se encuentran en una region sintenica.
011 Los organelos contienen DNA
Las mitocondrias y los cloroplastos tienen genomas cuya
herencia es no mendeliana; t1picamente son heredados de
la madre.
Los genomas de los organelos pueden ser sometidos a
segregaci6n somatica en las plantas .
Las comparaciones del DNA mitocondrial sugieren que los
humanos descienden de una sola hembra, la cual vivi6 hace
200 000 aiios en Africa.
Bl!l Los genomas de los organelos son moleculas
circulares de DNA que codifican prote\nas de los
organelos
Los genomas de los organelos suelen ser moleculas
circulares de DNA (pero no siempre).
Los genomas de los organelos codifican algunas de las
proteinas que se encuentran en el organelo, pero no a
todas.
HD La organizaci6n del DNA mitocondrial es variable
El DNA mitocondrial de las celulas ani males es
extremadamente compacto y suele codificar a 13 proteinas,
dos moleculas de RNAr y 22 de RNAt.
El DNA mitocondrial de las levaduras es cinco veces mas
largo que el DNAmt de las celulas animales por la presencia
de intrones largos.
gg El genoma de los cloroplastos codifica a
numerosas prote\nas y moleculas de RNA
Los genomas de los cloroplastos varian en cuanto a
tamafio, pero son lo suficientemente grandes como para
codificar de 50 a 100 proteinas, asi como a los RNAr y a los
RNAt.
1110 Las mitocondrias evolucionaron por endosimbiosis
RBI Resumen
55

al Introducci6n
La pregunta crucial sabre el genoma es cuamos ge-
nes contiene. Se puede pensar acerca del numero
total de genes en cuatro niveles, los cuales corres-
ponden a etapas sucesivas de la expresion genica:
El genoma es el conjunto completo de los
genes de un organismo. En ultima instancia
se define por la secuencia completa de DNA,
aunque por una cuestion practica podrfa no
ser posible identificar cada gen inequfvoca-
mente solo con base en la secuencia.
El transcriptoma es el conjunto comple-
to de los genes expresados en determina-
das condiciones. Se define en funcion del
conjunto de moleculas de RNA presente y
puede referirse a un solo tipo de celula, a
cualquier ensamble de celulas mas complejo
o al organismo completo. Debido a que al-
gunos genes generan multiples moleculas de
RNAm, es probable que el transcriptoma sea
mayor que el numero de genes definidos di-
rectamente en el genoma. El transcriptoma
incluye a las moleculas de RNA no codifica-
doras, asf como a las moleculas de RNAm.
El proteoma es el conjunto completo de
protefnas. Debe corresponder a las mole-
culas de RNAm del transcriptoma, aunque
puede haber diferencias de detalle que re-
flejen cambios de la abundancia relativa o
la estabilidad de las moleculas de RN Am y
de las protefnas. Puede ser utilizado para re-
ferirse a! conjunto de protefnas codificadas
por todo el genoma o producidas en cual-
quier celula 0 tejido especfficos.
Las protefnas pueden funcionar de manera
independiente o como pane de ensambles
de multiples proteinas. Si fuera posible iden-
tificar todas las interacciones entre protefna
y protefna, se podria definir el numero total
de ensambles independientes de protefnas.
El numero de genes del genoma puede ser identi-
ficado directamente al definir marcos de lectura abier-
tos. El mapeo de esta naturaleza a gran escala es com-
plicado porque los genes interrumpidos pueden estar
formados por numerosos marcos de lectura abiertos
separados. No necesariamente tenemos informacion
acerca de las funciones de los productos protefnicos,
o de hecho, una prueba de que lleguen a expresarse,
de modo que este abordaje se restringe ala definicion
del potencial del genoma. Sin embargo, se preswne con
relativa certeza que cualquier marco de lectura abierto
conservado probablemente llegue a expresarse.
Otro abordaje consiste en definir el numero de
genes directamente en funcion del transcriptoma
(identificando directamente todas las moleculas de
RNAm) o del proteoma (identificando directamente
56 CAPITULO 4 El contenido del genoma
todas las protefnas). Esto proporciona la seguridad de
que se nata con genes autenticos que se expresan en
drcunstancias conoddas y permite investigar cuantos
genes son expresados en un tipo de celula o un tejido
particular, que variacion existe en los niveles relati-
vos de expresion y cuantos de los genes expresados
en una celula particular son unicos de esa celula 0
tambien son expresados en alguna otra parte.
Respecto de los tipos de genes, podemos pre-
guntar si alguno en particular es esencial: e,que le
sucede a un mutante nulo? Si una mutacion nula
es leta!, o el organismo presenta un defecto visi-
ble, podemos concluir que el gen es esencial o que
a! menos transfiere una ventaja selectiva, pero al-
gunos genes pueden ser suprimidos sin un efecto
aparente en el fenotipo c_Son estos genes realmente
prescindibles, o resulta una desventaja selectiva por
Ia ausencia del gen, quizas en otras circunstancias,
0 en periodos mas largos?
1f1 Pueden trazarse mapas
de los genomas por ligamiento,
po r restricci6n, por division
~ por secuencia de DNA
Definir esencialmente el contenido de un genoma
significa trazar un mapa de genes y genomas en
muchos niveles de resolucion:
Mediante un mapa genetico (ode ligamien-
to) se identifica la distancia entre mu taciones
en cuanto a frecuencias de recombinadon.
Lo limita su dependencia en la ocurrencia
de mutaciones que afectan al fenotipo . De-
bido a que las frecuencias de recombinacion
pueden distorsionarse respecto de la distan-
cia ffsica entre los sitios, no representa con
precision distancias fisicas a lo largo del ma-
terial genetico.
Un mapa de ligamiento puede construirse
midiendo la recombinacion entre sitios en el
DNA genomico. Estos sitios tienen variacio-
nes secuenciales que generan diferencias en
la susceptibilidad de division por ciertas en-
zimas (de restriccion); como dichas variacio-
nes son comunes, es posible hacer un mapa
de ligamiento para cualquier organismo, a
pesar de la ocurrencia de mutantes. Su des-
ventaja es la misma para cualquier mapa
de ligamiento, es decir, que las distancias
relativas se basan en la recombinacion.
Un mapa de restriccion se construye divi-
dendo el DNA en fragmentos con enzimas
de restriccion y midiendo las distancias entre
los sitios de division. Este mapa representa
distancias en cuanto a longitud del DNA,
por lo tanto, proporciona un mapa ffsico del
 material genetico. Con un mapa de restric-
cion no se identifican intrfnsecamente los
sitios de interes genetico, para relacionarlo
con el mapa genetico, las mutaciones de ben
ser caracterizadas en funcion de sus efectos
en los sitios de restriccion. Pueden recono-
cerse grandes cambios en el genoma por-
que afectan a dimensiones 0 el numero de
fragmentos de restriccion. Las mutaciones
puntuales son mas diffciles de detectar.
El ultimo mapa permite determinar la se-
cuencia del DNA. A partir de la secuencia
se identifican los genes y las distancias entre
ellos. Al analizar el potencial de codificacion
de protefnas de una secuencia de DNA se
puede deducir si representa a una protefna,
en cuyo caso, la conjetura basica es que la
seleccion natural impide la acumulacion de
mutaciones dafiinas en las secuencias que
codifican protefnas. Invirtiendo el argumen-
to, se puede suponer que es probable que
una secuencia codificadora intacta sea uti-
lizada para formar protefna.
Al comparar la secuencia de un DNA de tipo sil-
vestre con lade un alelo mutante, es factible determi-
nar la naturaleza de una mutacion y el sitio exacto en
que aparecera. Esto define la relacion entre el mapa
genetico (el cual se bas a completamente en los sitios
de mutacion) y el mapa fisico (basado en la secuencia
del DNA incluso puede estar formado por esta).
Tecnicas similares son utilizadas para identificar
y secuenciar genes y para trazar mapas del genoma,
aunque por supuesto hay una diferencia de escala.
En cada caso, el principia consiste en obtener una
serie de fragmentos superpuestos de DNA que pue-
dan ser conectados en un mapa continuo. La carac-
terfstica clave consiste en que cada segmento esta
relacionado con el siguiente segmento en el mapa
caracterizando la superposicion entre ellos, de tal
forma que podemos estar seguros de que no faltan
segmentos. Este principia es aplicado para ordenar
grandes fragmentos en un mapa y para conectar las
secuencias que constituyen a los fragmentos.
Dl Los geno mas in di vidua les
son muy variab les
Conceptos principales
El polimorfismo puede ser detectado en el nivel
fenotlpico cuando una secuencia afecta a la funci6n
genica, en el de los fragmentos de restricci6n cuando
afecta a un sitio 'diana de una enzima de restricci6n y
en el secuencial por analisis directo del DNA.
Los alelos de un gen muestran un amplio polimorfismo
en el nivel secuencial, pero muchos cambios de
secuencia no inciden en la funci6n.
En la perspectiva mendeliana original del genoma,
los alelos se clasificaban como silvestres o mutantes;
posteriormente se aceptola existencia de alelos mul-
tiples, cada uno con un efecto diferente en el fenoti-
po. En algunos casos, incluso podria no ser apropia-
do definir algun alelo como de "tipo silvestre".
La coexistencia de alelos multiples en un locus
se denomina polimorfismo genetico. Por defini-
cion, cualquier sitio en el cual existen alelos mul-
tiples como componentes estables de la poblacion
es polimorfico. Un alelo suele ser definido como
polimorfico si su frecuencia en la poblacion es de
> l por ciento.
(. Cual es la base del polimorfismo entre los alelos
mutantes? Poseen diferentes mutaciones que modifi-
can la funcion proteinica, produciendo cambios en el
fenotipo. Si se comparan los mapas de restriccion de
las secuencias de DNA de estos alelos, estos tambien
seran polimorficos, en el sentido de que cada mapa
o secuencia sera diferente de los otros.
Aunque no es evidente a partir del fenotipo,
el tipo silvestre mismo puede ser polimorfico. Las
versiones multiples del alelo de tipo Silvestre pue-
den distinguirse por diferencias secuenciales que no
afectan a su funcion y que, por lo tanto, no pro-
ducen variantes fenotfpicas. Una poblacion puede
tener gran polimorfismo en el nivel del genotipo.
En un locus determinado pueden existir muchas
variantes de secuencia diferentes; algunas son evi-
dentes porque afectan al fenotipo, pero otras estan
ocultas porque su efecto no es visible.
De manera que puede haber una sucesion de
cambios en un locus, incluidos los que cambian la
secuencia del DNA pero que no alteran la secuencia
de la protefna, los que transforman la secuencia de
la protefna sin afectar su funcion, los que crean pro-
teinas con actividades diferentes y los que producen
proteinas mutantes no funcionales.
Cuando se comparan los alelos, un cambio en
un solo nucleotido se denomina polimorfismo
de un solo nucle6tido (SNP, single nucleotide po-
lymorphism). Uno de estos cam bios se presenta cada
-l 300 bases en el genoma humano. Definido por
sus SNP, cada ser humano es unico. Los SNP pueden
ser detectados por diversos medios, desde compara-
ciones directas de secuencia hasta metodos bioquf-
micos o de espectroscopia de masas que producen
diferencias basadas en variaciones de secuencia en
una region definida.
Un objetivo del mapeo genetico es obtener un
catalogo de variantes comunes. La frecuencia obser-
vacia de SNP por genoma pronostica que, respecto
de la poblacion humana en general (considerando
la suma de todos los genomas humanos de todos los
individuos vivientes), debe haber >10 millones de
SNP que ocurren a una frecuencia de> 1 por ciento;
ya se ha identificado > l mill on.
4.3 Los genomas individuates son muy variables 57
 limorfismo puede ser detectado a pesar de que el cam-
bia de secuencia afecte alfenotipo. Probablemente muy
El DNA tiene 3 sitios La mutacion elimina
diana en Ia region un sitio diana
pocos de los polimorfismos de los sitios de restric-
cion de un genoma realmente afecten al fenotipo, la
~ ~ ~ mayoria implican cambios de secuencia que pueden
'\j no tener efecto en la produccion de proteinas (por
La division genera I La division genera I ejemplo, debido a que se encuentran entre genes).
dos fragmentos "t un fragmento "t Una diferencia en los mapas de restriccion de
internes
0\.'J. 7\) interno f\.~ dos individuos es denominado polimorfismo de
fragmento A fragmento B fragmento C Ia longitud de los fragmentos de restriccion

A
~
--1
]
Electroforesis

......- - - - - - '
r ~
c
(RFLP, restriction fragment length polymorphism). Ba-
sicamente, un RFLP es un SNP localizado en el sitio
diana de una enzima de restriccion que puede uti-
lizarse como marcador genetico exactamente de Ia
misma manera que cualquiera otro marcador. En
Fragmentos A + 8 combinadas= C
vez de examinar alguna caracteristica del fenotipo,
se evalua directamente el genotipo, como lo revela
Una mutaci6n puntual que afecta a un sitio de restricci6n se
detecta por una diferencia en los fragmentos de restricci6n.
el mapa de restriccion. En Ia I se observa Ia
genealogia de un polimorfismo de restriccion a tra-
ves de tres generaciones; exhibe segregacion men-
deliana en los fragmentos de marcadores de DNA.

A Progenitores 13 C
B 8 3 son heterocigotos C C Los RFLP y los SNP
1 es homocigoto para C
8
pueden ser utilizados
A
F1 D c para el mapeo genetico
F2 hereda A o D de un
progenitor, 8 o C del A A A B A Concepto principal
otro progenitor
B
D 8 c 8
8
D C D B
Los RFLP y los SNP pueden constituir la base de los
AleloA mapas de ligamiento; permiten establecer relaciones
entre progenitores y su progenie.

Alelo B
Alelo C
Alelo D
Los polimorfismos de los sitios de restricci6n se heredan segun
las leyes de Mendel. Hay cuatro alelos para un marcador de restricci6n en
todas las combinaciones de pares posibles; se segregan de forma indepen-
diente en cad a generaci6n. La fotografia es cortesia de Ray White, Ernest
Gallo Clinic and Research Center, University of California, San Francisco.
Algunos polimorfismos del genoma pueden
detectarse a! comparar los mapas de restriccion de
individuos diferentes. El criteria es un cambia en el
patron de fragmentos producidos por division con
una enzima de restriccion. En Ia se mues-
tra que cuando en el genoma de un individuo hay
un sitio diana y en el de otro no, la division extra
en el primer genoma generarc3. dos fragmentos que
corresponden al fragmento individual del segundo
genoma.
El mapa de restriccion es independiente de la
funcion genica, de modo que en este nivel, un po-
La frecuencia de recombinacion puede medirse en-
tre un marcador de restriccion y un marcador feno-
tipico visible, como se ilustra en la , de tal
manera que un mapa genetico puede incluir mar-
cadores genotipicos y fenotipicos.
Los marcadores de restriccion no se limitan a
los cambios del genoma que afectan al fenotipo, de
modo que proporcionan las bases para una tecnica
extremadamente poderosa de identificaciof! de loci
geneticos en el ambito molecular. Un problema tipi-
co concierne a una mutacion con efectos conocidos
en el fenotipo, en el cual ellocus genetico pertinen-
te puede ser colocado en un mapa genetico, pero de
!a cual se desconoce el gen o !a proteina correspon-
diente. Muchas enfermedades humanas dafiinas o
fatales pertenecen a esta categoria. Por ejemplo, !a
fibrosis quistica muestra herencia mendeliana, pero
se desconocia la naturaleza molecular de !a funcion
mutante hasta que se pudo identificar como resul-
tado de la caracterizacion del gen.
Silos polimorfismos de restriccion son aleatorios
en el genoma, algunos de ben ocurrir cerca de un gen
diana especifico. Dichos marcadores de restriccion se

58 CAPITULO 4 El contenido del genoma

 I I I
Cruza genetica
35%
1 35%
Tipos de progenitores
15%
Recombinantes
El marcador de restricci6n esta a 30 unidades de
mapeo del marcador de color de ojos
~IG Un polimorfismo de restricci6n puede ser utilizado
como marcador genetico para medir la distancia de recombi-
naci6n a partir de un marcador fenotipico (como el color de
los ojos). En la figura se simplifica la situaci6n mostrando s6lo
las bandas de DNA que corresponden al alelo de un genoma
en un diploide.
identifican gracias a su estrecha vinculacion con el fe-
notipo mutante. Si se compara el mapa de restriccion
del DNA de pacientes que padecen una enfermedad
con el DNA de personas sanas, podrfa encontrarse
que, en los pacientes, siempre hay un sitio de restric-
cion en particular (o siempre esta ausente).
En la se muestra un ejemplo hipo-
ntico que corresponde al descubrimiento de una
vinculacion de 100% entre el marcador de restric-
ci6n y el fenotipo, lo cual implicarfa que el marcador
de restricci6n esta tan cerca del gen mutante, que
o unca se separa de el por recombinacion.
La identificaci6n de un marcador de tales carac-
rerfsticas tiene dos consecuencias importantes:
Puede ofrecer un procedimiento diagn6sti-
co para detectar Ia enfermedad. Algunas de
las enfermedades humanas bien caracteri-
zadas geneticamente pero mal definidas en
funci6n de las moleculas, no son faciles de
diagnosticar. Si un marcador de restricci6n
esta ligado confiablemente al fenotipo, pue-
de servir para diagnosticar Ia enfermedad.
Puede conducir al aislamiento del gen. El
marcador de restricci6n debe encontrarse
4.4 Los RFLP y los SN P pueden ser utilizados para el mapeo genetico
lnvestigaci6n de los patrones de DNA lnvestigaci6n de control de
de los pacientes con Ia enfermedad los patrones de DNA
de las personas !
! no afectadas
n
H--La banda es comun a los pacientes
La banda es comun a todas
las personas no afectadas
Si un marcador de restricci6n es asociado con
una caracteristica fenotipica, el sitio de restricci6n debe estar
loca lizado cerca del gen responsable del fenotipo. La mutaci6n
que cambia la banda comun a las personas sanas en la banda
comun a los pacientes, esta muy intimamente relacionada con
el gen de la enfermedad.
relativamente cerca del gen en el mapa ge-
netico si ambos loci rara vez se recombinan,
o nunca. Lo que se considera "relativamente
cerca" en genetica puede ser una distancia
sustancial entre pares de bases de DNA; no
obstante, el marcador de restricci6n propor-
ciona un punta de inicio del cual partir en
el DNA para localizar el gen.
La frecuente presencia de SNP en el genoma hu-
mano los h ace litiles para el mapeo genetico. De los
1.5 x 106 SNP que hasta ahara han sido identificados,
en promedio hay uno cada l a 2 kb, lo cual debe per-
mitir la localizaci6n rapida de genes de enfermedades
nuevas al ubicarlos entre los SNP mas cercanos.
Segun el mismo principia, el mapeo por RFLP
ha sido utilizado durante algt'm tiempo. Una vez que
se asigna uno de ellos a un grupo de ligamiento,
puede colocarse en el mapa genetico. En el hom-
bre y en el raton, este mapeo ha conducido a la
construcci6n de mapas de ligamiento para ambos
genomas. El ligamiento de un si tio desconocido se
prueba con estos sitios y puede ser colocado rapi-
damente en el mapa. Hay menos RFLP que SNP, asf
que, en principia, la resolu cion del mapa de RFLP
es mas limitada.
La frecuencia del polimorfismo significa que
cada individuo tiene una constelacion unica de SNP
o de RFLP. La combinaci6n especffica de los sitios
encontrados en una region espedfi.ca se denomina
haplotipo, un genotipo en miniatura. Si bien el
concepto de haplotipo fue introducido originalmen-
59
 te para describir Ia constitucion genetica del locus
mayor de histocompatibilidad, region que especi-
fica proteinas considerablemente importantes del
Aves

-
sistema inmunol6gico (vease Cap. 23, Diversidad
Mamfferos
inmunitaria), ahora se ha extendido a Ia descrip- Reptiles
ci6n de combinaciones particulares de alelos o sitios Anfibios
de restricci6n (o cualquier otro marcador genetico) Peces 6seos
de algun area definida del genoma. Mediante los Peces cartilaginosos
Equinodermos
SNP se cre6 un detallado mapa de haplotipos del Crustaceos
genoma humano que facilita el trazado de los mapas lnsectos
de los genes provocadores de enfermedades. Moluscos
La existencia de RFLP constituye Ia base de una Gusanos II
Mohos I

tecnica que permite establecer relaciones inequivo- Algas
cas entre los progenitores y su progenie. Cuando Hongos
se duda de Ia paternidad, Ia comparaci6n del mapa Bacterias gram(+)
RFLP de una region cromosomica adecuada de los Bacterias gram (-) I
Micoplasma II
progenitores potenciales y del hijo permite asignar
106 107 108 109 1010 1011
de manera absoluta el parentesco. El uso del anali-
sis de restriccion del DNA para Ia identificaci6n de 4.~ El contenido de DNA del genoma haploide se

individuos se ha denominado huella digital del
DNA. El analisis de secuencias "minisatelite" espe-
cialmente variables se utiliza en el mapeo del geno-
ma humano (vease Ia secci6n 6.14, Los minisatelites
facilitan el map eo genetico).
incrementa con La complejidad morfol6gica de las eucariotas
inferiores, pero varia ampliamente en algunos grupos de euca-
riotas superiores. El rango de los valores de DNA de cada grupo
se indica mediante areas sombreadas.

(Por que los genomas

son tan grandes? 109
ctl
Conceptos principales E
0
c
Q)
No hay una buena correlaci6n entre el tamaiio del Ol
108
Qj
genoma y La complejidad genetica. 1:l
0
Hay un incremento en el tamaiio minima del c
ctl
genoma necesario para formar organismos de mayor E
Ol
107
1-
complejidad.
En numerosos filos, las dimensiones de los genomas de
106
los organismos varian ampliamente.

La cantidad total de DNA del genoma (haploide) es

una caracteristica de cada especie viviente conocida
como su valor C. Hay una variaci6n enorme en el
rango de los valores C, desde < l 06 bp en un mica-
plasma hasta >10 11 bp en algunas plantas y algunos
anfibios.
En Ia :il 5 se resume el rango de valores
C encontrados en diferentes filos evolutivos. Con-
forme se incrementa Ia complejidad, aumenta el
tamafio minima del genoma encontrado en cada
grupo. Sin embargo, al incrementarse las cantidades
absolutas de DNA en las eucariotas superiores, se
observan amplias variaciones en las dimensiones de
los genomas de algunos filos.
En la L ' , el diagrama de la cantidad mi-
nima de DNA requerida por un miembro de cada
r El genoma minima encontrado en cada fila se
incrementa de las procariotas a los mamiferos.
grupo sugiere que para formar procariotas mas
complejas y eucariotas inferiores, es necesario que
el genoma aumente de tamaiio.
Los micoplasmas son las procariotas mas peque-
iias, y sus genomas son solo -3 veces el tamafio de
un bacteri6fago grande. El tamafio de las bacterias
parte de - 2 x l 0 6 bp. Las eucariotas unicelulares
(cuyos estilos de vida pueden parecerse a los de las

60 CAPITULO 4 El contenido del genoma


Filo Especies Genoma (bp)
Alga Pyrenomas salina 6.6 X 105
Micoplasma M. pneumoniae 1.0 X 106
Bacteria E. coli 4.2 X 106
Levadura S. cerevisiae 1.3 X 107
Moho limoso D. discoideum 5.4x107
Nematoda C. elegans 8.0 X 107
Insecta D. melanogaster 1.4x10B
Ave G. domesticus 1.2 X 109
Anfibio X. laevis 3.1 X 109
Mamffero H. sapiens 3.3 X 1Q9
IGJ Dimensiones de los genomas de algunos organis-
mos experimentales comunes.
procariotas) tambien subsisten con genomas peque-
ii.os, aunque son mas grandes que los de las bacte-
rias. El hecho de que un organismo sea eucari6tico
en sf, no implica un gran incremento en cuanto al
tamafto del genoma; una levadura puede tener un
genoJl}a de - 1.3 x 107 bp, el cual es apenas dos veces
el tamaii.o de un genoma bacteriano promedio.
Otro doble incremento en el tamaii.o del ge-
noma es adecuado para respaldar al moho limoso
Dictyostelium discoideum, que puede vivir tanto en Ia
modalidad unicelular como en Ia multicelular. Es
necesario otro incremento en Ia complejidad para
dar Iugar a los primeros organismos completamente
multicelulares; el nematodo Caenorhabditis elegans
tiene un DNA de 8 x 10 7 bp.
Asimismo, en el listado de Ia se ob-
serva el incremento constante del tamaii.o del ge -
noma de acuerdo con la complejidad de algunos
de los organismos mas comunmente analizados . Es
necesario que aumente el tamano del genoma para
que se formen insectos, aves, an:fibios y mamfferos.
Sin embargo, despues de este punto no hay una
buena relaci6n entre las dimensiones del genoma y
Ia complejidad morfol6gica del organismo.
Se sabe que los genes son mucho mas grandes
que las secuencias necesarias para codi:ficar protefnas
porque los exones (regiones codificadoras) pueden
imcluir solo una pequena parte de Ia longitud total de
un gen, Io cual explica la raz6n de que haya mucho
mas DNA del necesario para proporcionar marcos de
lectura para todas las protefnas del organismo, pues
grandes segmentos de un gen interrumpido pueden
no estar relacionados con Ia codi:ficaci6n de protef-
nas. Adicionalmente puede haber fragmentos signi-
ficativos de DNA entre los genes, de modo que noes
posible hacer deducciones respecto del numero de
genes a partir del tamano total del genoma.
La paradoja del valor C se refiere a Ia falta de
correlaci6n entre el tamaiio del genoma y Ia comple-
jidad genetica. Hay algunas variaciones muy curiosas
4.6 Los genomas eucari 6ticos contienen secuencias de DNA repetitivas y no repetitivas
respecto del tamaiio del genoma. En el sapo Xenopus
y el hombre, los genomas son esencialmente del mis-
mo tamano, sin embargo, jSe supone que el hombre
es mas complejo en cuanto a desarrollo genetico! En
algunos filos, las variaciones en contenido de DNA
entre organismos que no difieren mucho en cuan-
to a complejidad extremadamente grandes (vease Ia
Fig. 4. 5) . (Esto es especialmente notable en insectos,
anfibios y plantas, no as! en aves, reptiles ni mamife-
ros, los cuales muestran pocas variaciones dentro del
grupo, con un rango de dimensiones de genoma de
-2 veces). Un grillo tiene un genoma 11 veces mayor
que el de una mosca de Ia fruta. En los anfibios, los
genomas mas pequeiios son de < 10 9 bp, rnientras que
los mas grandes son de -10 11 bp. Es poco probable
que se necesite una gran diferencia en el numero de
genes para especificar a estos anfibios. Nose sabe por
que Ia selecci6n natural permite esta variaci6n, nisi
tiene consecuencias evolutivas.
Ill Los genomas eucari6ticos
contienen secuencias de DNA
repetitivas y no repetitivas
Conceptos principales
La cinetica de la reasociaci6n del DNA despues de que
un genoma ha sido desnaturalizado distingue a las
secuencias por la frecuencia con se repiten en el genoma.
En el DNA no repetitive, los genes generalmente son
codificados par secuencias localizadas.
Los genomas mas grandes de un fila no contienen mas
genes, pero tienen cantidades mayores de DNA repetitive.
Gran parte del DNA repetitive puede estar f ormada par
transposones.
Las caracteristicas generales del genoma eucari6tico
pueden evaluarse porIa cinetica de reasociaci6n del
DNA desnaturalizado, tecnica ampliamente utiliza-
da antes de que fuera posible Ia secuenciaci6n del
DNA a gran escala.
Con Ia cinetica de reasociaci6n se identifican
dos tipos generales de secuencias gen6micas:
El DNA no repetitivo consta de secuen-
cias unicas: solo hay una copia en un gena-
rna haploide.
El DNA repetitivo consta de secuencias
presentes en mas de una copia en cada ge-
noma.
El DNA repetitive con frecuencia se divide en
dos tipos generales:
El DNA moderadamente repetitivo consiste
en secuencias relativamente cortas que se
repiten tfpicamente de 10-1 000 veces en
el genoma, dispersas a lo largo de este; son
61
 e I e - e t - - I ~
Una parte significativa del DNA moderadamen-
te repetitivo consiste en transposones, secuencias
1010
cortas de DNA (de -1 kb) susceptibles de moverse
65% a localizaciones nuevas en el genoma y de crear
58% 54%
109
41% capias adicionales de si mismos (veanse Cap. 21,
25% 33%
ctl Transposones, y Cap. 22, Retrovirus y retroposo-
E 10% 7%
0
c 5%
nes). En algunos genomas eucari6ticos superiores
Q) 70%
OJ 108
83%
pueden ocupar incluso mas de Ia mitad del genoma
Qi (vease Ia secci6n 5.5, El genoma humano tiene me-
"0 17%
0
>C 14%
20/. nos genes de los esperados).
ctl 107
E En ocasiones se considera que los transposones
ctl 100%
I- 3% se adaptan al concepto de DNA redundante, el
106
cual se define como secuencias que se propagan por
sf mismas en un genoma sin contribuir al desarrollo
del organismo. Los transposones suelen fomentar
las reestructuraciones gen6micas, y estas podrian
o0 b~ conferir ventajas selectivas. Sin embargo, es justo
c,'l>- -~
"'- ,,
_...oc; ~1>-
,1>-
decir que en realidad no se sabe porque las fuer-
zas selectivas no contrarrestan el que los transpo-
No repetitivo Moderadamente Muy sones se conviertan en una proporci6n tan grande
repetitivo repetitivo
del genoma. Otro termino qu e se utiliza para des-
cribir el exceso aparente de DNA es "DNA basura",
Las proporciones de los diferentes componentes
secuenciales varian en los genomas eucari6ticos. El contenido
que define a secuencias gen6micas sin una funci6n
absoluto de DNA no repetitivo se incrementa con el tamaiio del aparente. Obviamente, es probable que en el ge-
genoma, pero alcanza una meseta a ~2 x 109 bp. noma haya un equilibria entre la generaci6n de
secuencias nuevas y la eliminaci6n de secuencias
indeseables, y que cierta proporci6n del DNA que
aparentemente carece de funci6n, este en proceso
de ser eliminada .
responsables del alto grado de formaci6n de La longitud del componente no repetitivo de
Ia estructura secundaria en el pre-RNAm, DNA tiende a incrementarse con el tamaiio total
cuando repeticiones (invertidas) en los in- del genoma conforme se procede a un tamaiio to-
trones se aparean para formar regiones du- tal del genoma de -3 x 10 9 (caracterfstico de los
plex. mamfferos). Sin embargo, incremen tos posteriores
El DNA altamente repetitivo esUi formado generalmente reflejan un aumento de la cantidad
por secuencias muy cortas (tfpicamente y la proporci6n de componentes repetitivos, de tal
<100 bp) presentes muchos miles de veces forma que es raro que un organismo tenga un com-
en el genoma, frecuentemente organizadas ponente de DNA no repetitivo >2 x 109 . Por lo tanto,
en forma de repeticiones en tandem (vease el contenido de DNA no repetitivo de los genomas
Ia secci6n 6.11, Los DNA satelite frecuente- concuerda con nuestra percepci6n de !a compleji-
mente se encuentran en Ia heterocromati- dad relativa del organismo. E. coli tiene 4.2 x 10 6 bp;
na) . Ninguna clase representa a proteinas. C. elegans se incrementa en un orden de magnitud, a
La proporci6n del genoma ocupado por DNA no 6.6 X 107 bp; D. melanogaster se incrementa aun mas,
repetitivo varia mucho. En Ia se resume a -10 8 bp, y en los mamfferos, el incremento es de
Ia organizaci6n gen6mica de algunos organismos otro orden de magnitud, a -2 x 109 bp.
representativos. Las procariotas contienen solo DNA (.Que tipo de DNA corresponde a los genes co-
no repetitivo. En las eucariotas inferiores, Ia mayor dificadores de protefnas? La cinetica de reasociaci6n
parte del DNA es no repetitivo; <20% forma parte suele mostrar que el RNAm es derivado del DNA
de uno o mas componentes moderadamente repe- no repetitivo, de modo que la cantidad de este es
titivos. En las celulas animates, a menudo hasta la un mejor indicador del potencial codificador que el
mitad del DNA es ocupado por componentes mo- DNA total. (No obstante, un analisis mas detallado
derada y altamente repetitivos. En las plantas y en basado en las secuencias gen6micas muestra que
los anfibios, los componentes moderada y altamen- numerosos exones tienen secuencias relacionadas
te repetitivos pueden representar hasta el 80% del en otros exones [vease la secci6n 3.5, Las secuencias
genoma, de tal manera que el DNA no repetitivo se de los exones se conservan, pero las de los intrones
reduce a un componente minoritario. varfan]. Dichos exones evolucionan por duplicaci6n

62 CAPITULO 4 El contenido del genoma

 ara formar copias que inicialmente son ictenticas,
_ro que despues difieren en secuencia durante la
-\-oluci6n.)
..,_ Las translocaciones cromosomicas
identifican a Ia banda Xp21 como
fuente de Ia DMD
Los genes pueden ser aislados
por ta conservaci6n
de los exo nes
Concepto principal Mediante el DNA clonado de X

La conservaci6n de los exones puede ser utilizada como

base para loca lizar regiones codificadoras al identificar
frag mentos cuyas secuencias estan presentes en
multiples organismos.
Algunas estrategias importantes para !a identifi-
.:aci6n de genes se basan en el contraste entre !a
. : onservacion de los exones y !a variacion de los in-
-:rones. En una region que contiene un gen cuya
~u ncion se ha conservado en un rango de especies,
:asecuencia que representa ala protefna debe tener
-os propiedades distintivas:
Un marco de lectura abierto,
yes probable que tenga una secuencia rela-
cionada en otras especies.
Estas caracterfsticas pueden utilizarse para aislar
genes.
Sup6ngase que por datos geneticos se sabe que
m rasgo genetico especffico se localiza en determi -
:lada region cromosornica. Si se desconoce la natura-
leza del producto del gen, (_Como se identifica al gen
en una region que puede ser, por ejemplo, >l Mb?
Una estrategia colosal cuya eficacia ha sido de-
mostrada con algunos genes de importancia medica,
consiste en detectar en fragmentos relativamente
cortos de la region las dos propiedades esperadas de
un gen conservado. Primero se intenta identificar
fragmentos sometidos a hibridaci6n cruzada con los
genomas de otras especies y despues se examinan
dichos fragmentos para detectar marcos de lectura
abiertos.
El primer criterio se aplica al realizar una zoo-
transferencia, para lo cual se utilizan fragmentos
cortos de la region como sondas (radioactivas) para
evaluar Ia presencia de DNA relacionado en una
variedad de especies a traves de la hibridacion de
Southern. Si se encuentran fragmentos de hibrida-
cion relacionados con el de Ia sonda en numerosas
especies - la sonda suele ser humana- , esta se con-
vierte en candidate para un ex6n del gen.
Los candidates van en secuencia y, si contienen
marcos de lectura abiertos, se utilizan para aislar
a las regiones genomicas circundantes. Si parecen
ser parte de un exon, posteriormente podran ser
utilizados para identificar a! gen complete, aislar al
8 ..,_ humano se identifican las
deleciones en esta reg ion
Mapa de restriccion construido
mediante caminata cromosomica
a partir de Ia sonda
-70 kb ~ 0 +70 kb
I I Ill I I ! 11 11111 II 1 I Ill Il l
Las moleculas de DNA de pacientes con DMD
presentan deleciones en Ia region de Ia caminata
~
El DNA hacia Ia derecha
} se elimina
El DNA hacia Ia0 {
izquierda se elim ina
0
~
Delecion interna
El gen implicado en la distrofia muscular de Du-
chenne fue detectado mediante un mapeo cromos6mico y "ca-
minando" hacia una region en la cual se pueden identificar
de leciones cuando se presenta la enfermedad.
DNAc o al RNAm correspondiente y, por ultimo,
para identificar a !a protefna.
Esta estrategia es particularmente importante
cuando el gen diana esta disperso porque posee nu-
merosos intrones prominentes, como en el caso de
la distrofia muscular de Duchenne (DMD, Duchenne
muscular dystrophy), trastorno degenerative de los
musculos ligado a! cromosoma X, presente en uno
de cada 3 500 nacimientos de varones. Los pasos
para identificar el gen se resumen en la
Mediante el analisis del ligamiento se localiz6
el locus correspondiente en la banda cromosomica
Xp2l. Los afectados porIa enfermedad con frecuen-
cia presentan reestructuraciones cromosomicas en
dicha banda. AI comparar la capacidad de las son-
das de DNA ligadas al cromosoma X para hibridar-
se con el DNA de pacientes con DNA normal, se
obtuvieron fragmentos clonados correspondientes
a la region reestructurada o eliminada del DNA de
los pacientes.

4. 7 Los genes pueden ser aislados por la conservaci6n de los exones 63


- --
50 clones de Ia region
hibridada al DNA de otras
mamffero. Como se resume en la , estos
se examinaron detalladamente para detectar mar-
cos de lectura abiertos y las secuencias tfpicas de las
uniones exon-intron. Los fragmentos que cumplian
con estos criterios se utilizaron como sondas para
identificar secuencias homologas en una biblioteca

- -- especies; 2 clones se hibridan

con todos los mamfferos
La secuencia del fragmento
proveniente del hombre y del raton
es 95% identica y tiene un marco
de lectura abierto
Humano .... GCCATAGAGCGAGAA
Murina .... GCCATAGCACGAGAA
Utilizar el fragmento para identificar
RNAm de 14 kb; exones del mapa
DNAc correspondientes al DNAc
0 2 4 6 8 10
de DNAc preparada a partir de RNAm muscular.
El DNAc correspondiente al gen identi:fica a un
RNAm inusualmente largo, de aproximadamente
14 kb . La hibridacion revenida hacia el genoma
muestra que el RNAm esta representado en >60
exones esparcidos en -2 000 kb de DNA, lo cual
hace del gen de la DMD el mas largo identificado
hasta ahora.
El gen codifica a una proteina de -500 kD deno-
minada distrofina, que es uno de los componentes
del musculo, mas bien escaso. Todos los afectados
12 kb por la enfermedad presentan deleciones en este lo-
cus y carecen de distro:fina (o es deficiente).

! - :~~:ih
1111 !.... .\ .: I
'\,,,,,,,,\ ,,._ El musculo tambien se distingue por tener Ia
i ii protefna mas grande conocida, la titina, formada
II por aproximadamente 27 000 aminoacidos. El gen
0 250 500 750 1 000 1 500 Kb en el genome..
correspondiente contiene el numero mayor de exo-
Los anticuerpos contra Ia secuencia nes (178) y el exon mas largo del genoma humano
peptfdica corta del DNAc identifican (l7000bp).
a b c d a Ia protefna distrofina
Otra tecnica que permite examinar rapidamen-
~~ La distrofina tiene -500 kD ; te los fragmentos genomicos para detectar los exo-
200 esta presente en nes se denomina tecnica de captura de exones.
100 t (a) musculo esqueletico En Ia se muestra que empieza con un
50 ,, (b) musculo cardfaco
y esta ausente en vector que contiene un promotor fuerte y un solo
(c) otros tejidos intron localizado entre los dos exones. Cuando este
25
(d) musculo con DMD vector es introducido a las celulas por transfeccion,
Ia transcripcion del mismo genera grandes cantida-
El gen de la distrofia muscular de Duchenne des de RNA que contiene las secuencias de los dos
se caracteriz6 por medio de hibridaci6n inespeclfica, hibri-
daci6n de DNAc, hibridaci6n gen6mica e identificaci6n de la
exones. Dentro del intron hay un sitio de restric-
protelna. cion-clonacion que se utiliza para insertar fragmen-
tos genomicos de una region de interes. Si un frag-
mento no tiene exon, no hay cambios en el patron
Una vez que se ha obtenido un poco del DNA
de corte y empalme, y el RNA contendra solo las
localizado en la vecindad general del gen diana, es
mismas secuencias que el vector progenitor. No obs-
posible "caminar" a lo largo del cromosoma hasta
tante, si el fragmento genomico contiene un exon
llegar al gen. Mediante una caminata cromos6mica
flanqueado por dos secuencias intronicas parciales,
se construy6 un mapa de restricci6n de las regiones
que flanquean ala sonda, el cual cubri6 una region se reconocen los sitios de corte y empalme a uno y
de > 100 kb. Mediante el analisis del DNA de una otro lado de este exon y su secuencia es insertada
serie de pacientes, en esta region se identi:ficaron en el RNA, entre los dos exones del vector. No es
deleciones extensas en ambas direcciones; la mas diffcil detectar este proceso mediante transcripcion
contundente esta totalmente dentro de la region inversa del RNA citoplasmico a DNAc utilizando Ia
porque delinea un segmento importante para la reaccion en cadena de polimerasa (PCR, polymerase
funcion del gene indica que este, o cuando menos chain reaction) para ampli:ficar las secuencias loca-
parte de eJ, yace en dicha region. lizadas entre los dos exones del vector. Por ello, la
Una vez en la region del gen, se deben identifi- aparicion de secuencias del fragmento genomico
car los ex ones y los intrones. Mediante un analisis de en Ia poblacion ampli:ficada indica que un exon ha
hibridacion inespecffica se identificaron fragmentos sido capturado. Como en las celulas animales los
que presentan hibridacion cruzada con el cromoso- intrones suelen ser grandes y los exones pequenos,
ma X del raton y con otras moleculas de DNA de hay muchas probabilidades de que un fragmento

64 CAPITULO 4 El contenido del genoma

 El vector contiene dos exones empalmados en el transcrito
Promotor Union de empalme 5' Union de empalme 3'
1__1 I
ex6n
intron
Transcripcion y corte I
y empalme para t
eliminar el intron

Fragmento genomico

intron exon intron

lnserci6n del fragmento 1
gen6mico en el intr6n ~

ex on
intron intron
Transcripcion y corte y empalme I
para eliminar el intron t

Para la captura de exones se utiliza un vector especial de corte y empalme.

Si un ex6n esta presente en el fragmento genomico , su secuencia sera recuperada en el RNA
citoplasmico, pero si el fragmento genomico esta formado unicamente por secuencias de dentro
de un intron, no ocurre el corte y empalme y el RNAm no es exportado al citoplasma.

aleatorio de DNA genomico contenga la estructura
:.- equerida de un exon rodeado de intrones parciales .
De hecho, la captura de exones puede parecerse a
ios eventos ocurridos de forma natural durante la
evolucion de los genes (vease la seccion 3 .8, (.Como
evolucionaron los genes interrumpidos?)
La co nservaci6n
de La organizaci 6n del genoma
ayuda a identificar genes
Conceptos principales
Los algoritmos para identificar genes no son perfectos,
de modo que son necesarias numerosas correcciones al
conjunto lnicial de datos.
Los seudogenes deben distinguirse de los genes
activos.
Hay amplias relaciones si ntenicas entre los genomas
del raton y los del humano, y la mayoria de los genes
activos se encuentran en una region sintenica.
-...:na vez ensamblada la secuencia de un genoma,
:odavfa se tienen que identificar los genes que con-
tiene. Las secuencias codificadoras representan
una fraccion muy pequena . Los exones pueden
ser identificados como marcos de lectura abiertos e
ininterrumpidos, flanqu eados por secuencias apro-
piadas. (. Cuales son los cri terios para identificar un
gen activo en una serie de exo nes?
En la se mu estra que un gen acti-
vo debe estar formado por una serie de exones en
la cual el primero de ellos sigue inmediatamente a
un promotor; los exones internos son flanqueados
por uniones apropiadas de corte y empalme, y el
ultimo va seguido de senales de procesamiento 3';
uniendo a los exones puede deducirse un solo mar-
co de lectura abierto que empieza con un codon de
iniciacion y termina con uno de terminacion. Los
exones internos pueden identificarse como marcos
de lectura abiertos flanqueados por unione s de corte
y empalme. En los casos mas sencillos, el primero y
el ultimo exon inician y terminan la region codifi-
cadora, respectivamente (asf como las regiones no
traducidas 5' y 3'). En casos mas complejos, dichos
exones pueden tener solo regiones no traducidas y,
por lo tanto, ser mas diffciles de identificar.
Los algoritmos utilizados para conectar los exo-
nes no son realmente efectivos cuando el genoma es

4.8 La conservacion de la organizacion del genoma ayuda a identificar genes 65

 Union de Uni6n de Union de Union de Seiiales
Secuencia
empalme empalme em pal me empalme procesadoras
promotora
GT AG GT AG 3'
Primer ex6n Exones internes Ultimo exon

+ - - AUG.......... ................. .. .. ...........UGA _ _...,.

Los exones forman un marco de lectura abierto continuo

Los exones de los genes codificadores de prote\nas son identificados como se-
cuencias codificadoras flanqueadas por seiiales apropiadas (con regiones no traducidas en ambos
extremos). La serie de exo nes debe generar un marco de lectura abierto con codones adecuados
de inicio y final. ORF, marco de lectura abierto; UTR, regiones no traducidas; GT y AG se refieren
a las bases nitrogenadas de las secuencias.

muy grande y los exones estan muy separados. Por
ejemplo, en el analisis inicial del genoma humano
se mapearon 170 000 exones en 32 000 genes. No
es diffcil que estas cifras sean incorrectas porque
resultan en un promedio de 5.3 exones por gen,
mientras que Ia media de los genes caracterizados
completamente es de 10.2, de modo que, o se han
omitido muchos exones o deben conectarse de for-
ma diferente en un numero mas pequeiio de genes
en toda Ia secuencia genomica.
Aun cuando Ia organizacion de un gen sea iden-
tificada correctamente, surge el problema de distin-
guir entre genes activos y seudogenes. Muchos de
estos ultimos se reconocen por defectos obvios que
dan Iugar a mutaciones multiples que resultan en
una secuencia codificadora inactiva. Los seudogenes
que han surgido mas recientemente no acumulan
tantas mutaciones, de modo que pueden ser mas
diffciles de reconocer. En un ejemplo extremo, el
raton tiene solo un gen Gapdh activo (que codifica
a Ia deshidrogenasa de gliceraldehfdo fosfato), pero
-400 seudogenes. De estos, en un principia pare-
do que aproximadamente 100 estaban activos en
la secuencia del genoma del raton y fue necesario
examinarlos uno por uno para excluirlos de Ia lista
de genes activos.
La certeza de que un gen esta activo se puede
incrementar comparando regiones de los genomas
de especies diferentes. Ha habido una reorganiza-
cion gen eral muy amplia de las secuencias entre los
genomas de raton y de humano, como se observa
en el simple hecho de que el genoma haploide del
humano tiene 23 cromosomas y el del raton, 20. No
obstante, local mente, el orden de los genes suele ser
el mismo: cuando se comparan pares de homologos
de humano y de raton, los genes localizados a am-
bos !ados tambien tienden a ser homologos. A esta
relacion se le denomina sintenia.
En Ia se muestra Ia relacion entre el
cromosoma 1 del raton y el conjunto cromosomico
humano; se observa que 21 segmentos de este cro-
mosoma de raton tienen contrapartes sintenicas en
los cromosomas humanos. La extension de Ia reor-
ganizacion ocurrida entre los genomas se demues-
tra porque los segmentos estan esparcidos en seis
cromosomas humanos diferentes. El mismo tipo de
relacion se ha detectado en todos los cromosomas
del raton, excepto en el X, sintenico solo con el cro-
mosoma humano X, lo cual se explica por el hecho
de que el cromosoma X constituye un caso especiaL
sujeto a compensacion de dosis para ajustar las di-
ferencias entre machos (una copia) y hembras (dos
copias) (vease Ia seccion 31.5, Los cromosomas X
experimentan cambios globales). Esto puede ejercer
presion selectiva contra Ia translocacion de genes
desde y hacia el cromosoma X.
La comparacion de las secuendas de los genomas
del raton y del humano revela que >90 % de cada
genoma se encuentra en bloques sintenicos cuyo ta-
maiio varfa (de 300 kb a 65Mb). Hay un total de 342
segmentos sintenicos, con una longitud promedio de
7Mb (0.3% del genoma) . El 99% por ciento de los
genes del raton tiene un homologo en el genoma
humano; para el96 % de dichos genes, ese homolo-
go se encuentra en una region sintenica.
La comparacion de los genomas proporciona
informacion interesante con respecto de la evo -
lu cion de las especies. El numero de familias de

66 CAPITULO 4 El contenido del genoma


10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
Cromosoma 1 del raton
n:
2 14 5 2 6
Cromosomas humanos correspondientes
El cromosoma 1 del raton tiene 21
segmentos de 1 a 25 Mb que son sintenicos con
regiones que corresponden a partes de seis cromo-
somas humanos.
5 enes de los genomas del raton y del humano es
=I mismo, y una diferencia importante entre las
:>species es la expansion diferencial de familias es-
- ecificas en uno de los genomas, lo cual es par-
j cularmente notable en los genes que afectan a
:aracterfsticas fenotipicas unicas de las especies. En
:"I raton, de las 25 familias en las cuales se ha ob-
.;ervado aumento de tamaiio, 14 contienen genes
=specificamente implicados en la reproduccion de
: s roedores y cinco, genes especfficos del sistema
:.-'1 munologico.
Una validacion de Ia importancia de los bloques
.;ntenicos proviene de comparaciones de pares de
: s genes contenidos en ellos. Al buscar seudogenes
.;"rnilares sobre Ia base de comparaciones de secuen-
as, para un gen que no esta en una Iocalizacion
j ntenica (esto es, su contexto es diferente en las
ios especies) hay el doble de probabilidades de que
_;ea un seudogen. En otras palabras, Ia transloca-
j on lejos del locus original tiende a asociarse con Ia
eacion de seudogenes, por lo tanto, Ia falta de un
~en relacionado en una posicion sintenica despierta
:ospechas de que un supuesto gen puede realmen-
:c ser un seudogen. En total, > l 0 % de los genes
:Jentificados inicialmente en el analisis del genoma
;.)fobablemente resulten seudogenes.
Como regia general, las comparaciones entre
~enomas incrementan significativamente Ia certe-
=.a del pronostico genico. Cuando se conservan ca-
:a cterfsticas de Ia secuencia que conducen a genes
::.ctivos, por ejemplo, entre el hombre y el raton, se
:.:1crementan las probabilidades de que identifiquen
"' homologos activos.
La identificacion de genes que codifican RNA
:-s mas complicada porque no es posible utilizar el
:riterio del marco de lectura abierto. Tambien es
: erdad que con el analisis comparativo del genoma
se incremento el rigor del analisis. Por ejemplo, al
~nalizar el genoma del humano o del raton se iden-
:ifican - 500 gen es que codifican RNAt, pero la com-
yaracion de caracterfsti cas sugiere que <3 50 de estos
;enes estan realmente activos en cada genoma.
1111 Los organelos contienen DNA
Mb Conceptos principales
Las mitocondrias y los cloroplastos tienen genomas
que muestran herencia no mendeliana. Tipicamente son
8 heredados de la madre.
Los genomas de los organelos pueden ser sometidos a
segregaci6n somatica en las plantas.
Las comparaciones del DNA mitocondrial sugieren que
los humanos descienden de una sola hembra, la cual
vivi6 hace 200 000 a nos en Africa.
La primera evidencia de genes fuera del nucleo
provino de Ia herencia no mendeliana detectada en
plantas (en los prim eros a nos del siglo xx, despues
del redescu brimiento de la h erencia mendeliana) .
En ocasiones, dicha herencia esta relacionada con
el fenomeno de la segregacion somatica, en ambos
casos la causa es similar:
La herencia no mendeliana se define como
la incapacidad de la progenie de u n aparea-
miento de mostrar la segregacion mendelia-
na de los caracteres de los progenitores. Esta
lirnitante refleja que falta la asociacion entre
el caracter segregante y el huso meiotico.
La segregacion somatica describe un feno-
m eno en el cuallos caracteres de los proge-
nitores se segregan en las celulas somaticas,
de modo que exhiben Ia heterogeneidad del
organismo. Esta es una caracterfstica nota-
ble del desarrollo de las plantas porque re-
fleja Ia falta de asociacion entre el caracter
segregante y el huso mitotico.
Par lo tanto, se considera que Ia herencia no mende-
Iiana y la segregaci6n somatica indican Ia presencia de
genes que residen fuera del nucleo y que no recurren a la
segregaci6n en el huso mit6tico y el mei6tico para distri-
buir replicas a los gametos 0 a las celulas hijas, respectiva-
mente. En Ia se muestra que esto sucede
cuando las mitocondrias heredadas de los progeni-
tores macho y hembra tienen alelos diferentes, y
por casualidad, una olula hija recibe una distribu-
cion desequilibrada de rnitocondrias qu e representa
solo a un progenitor (vease Ia seccion 17 .12, ;_Como
se replican y segregan las mitocondrias?).
La forma extrema de la h erencia no mende-
liana es Ia herencia uniparental, cuando se here-
da el genotipo de solo uno de los progenitores y
el del otro progenitor se pierde permanentemente.
En ejemplos menos extremos, la progenie de un
genotipo progenitor excede a la del otro genotipo;
por lo general, es el genotipo de la madre el que se
hereda preferentemente (o unicamente ). Este efec-
to se define en ocasiones como herencia materna.
4.9 Los organelos contienen DNA 67

Mitocondria
paterna
,
La celula tiene mitocondrias de ambos progenitores
rl ,~ Nucleo
tj7 I
Mitocondria ' /!6}
W ~
W /1.11
u son codificadas en el nucleo, expresadas a traves del
materna
Posibles resultados de Ia segregacl6n estocastica
Las celulas suelen tener ambos tipos de mitocondrias
; citophismica suele utilizarse para describir el com-
La distribuci6n as~etrica proporciona celulas de un solo tipo
Cuando los alelos mi tocondriales paternos y
maternos difieren, una celula tiene dos conjuntos de DNA mi-
tocondrial. La mitosis suele generar celulas hijas con ambos
conjuntos. La variaci6n somatica resulta de una segregaci6n
desigual que genera cetulas hijas con s6lo un conjunto.
El punta importante es que predomina el genotipo
proporcionado por el progenitor de determinado
genera, como se observa en los Indices de segrega-
cion anormales cuando se realiza una cruza entre un
mutante y un tipo Silvestre, lo cual contrasta con el
comportamiento de Ia genetica mendeliana, que se
presenta cuando cruzas recfprocas muestran que las
contribuciones de ambos padres son heredadas de
forma equivalente.
El sesgo en los genomas progenitores se esta-
blece a! formarse un cigoto, o poco despues, por
varias causas posibles. La aportacion de informacion
paterna o materna a los organelos del cigoto puede
ser desigual; en el caso mas extrema, solo contribu-
ye un progenitor. En otros casas, las aportaciones
son equivalentes, pero Ia informacion provista por
un progenitor no sobrevive. Es posible que se com-
binen ambos efectos, pero independientemente de
la causa, la representacion desigual de Ia informa-
cion proveniente de los progenitores contrasta con
Ia informacion genetica nuclear, que se deriva de
manera equivalente de uno y otro progenitor.
La herencia no mendeliana resulta de Ia pre-
sencia de genomas de DNA en mitocondrias y clo-
roplastos, heredados independientemente de los ge-
68 CAPITULO 4 El contenido del genoma
nes nucleares. En efecto, el genoma de los organelos
es un fragmento de DNA ffsicamente secuestrado en
una parte definida de la celula y sujeto a su propia
forma de expresion y regulacion. Un genoma de or-
ganelo puede codificar algunas o todas las moleculas
de RNA, pero solo algunas de las protefnas necesa-
rias para perpetuar al organelo. Las otras protefnas
mecanismo citoplasmico de sfntesis de protefnas e
importadas al interior del organelo.
Los genes que no residen dentro del nucleo
generalmente se describen como genes extranu-
cleares que se transcriben y traducen en el mismo
compartimiento del organelo (mitocondria o clo-
roplasto) en el cual residen. Por el contrario, los
genes nucleares son expresados a naves de la sfnte-
sis citopldsmica de protefnas. (El termino herencia
portamiento de los genes en los organelos, pero esta
descripcion no debe utilizarse porque es importante
poder distinguir entre lo que sucede en el citosol ge-
neral y lo que acontece en organelos especificos.)
Los animales superiores muestran herencia ma-
terna, que se explica si las mitocondrias provienen
todas del ovulo y en absoluto del esperma. En la
se muestra que el esperma contribuye
solo con una copia de DNA nuclear, de modo que
los genes mitocondriales son derivados exclusiva-
mente de Ia madre, y en los machos, son desechados
en cada generacion.
Las condiciones del organelo son diferentes de
las observadas en el nucleo, y por lo tanto, el DNA
de los organelos evoluciona a su propia velocidad. Si
Ia herencia es uniparentaL puede no haber recom-
binacion entre los genomas progenitores. De hecho,
la recombinacion suele no presentarse cuando los
genomas de los organelos son heredados de ambos
progenitores. El DNA de los organelos tiene un sis-
tema de replicacion diferente al del nucleo, por lo
que la tasa de error durante Ia replicacion puede
ser diferente. El DNA mitocondrial acumula muta-
ciones mas rapidamente que el DNA nuclear en los
mamfferos, sin embargo, en las plantas, Ia acumula-
cion en Ia mitocondria es mas lenta que en el nucleo
(en el cloroplasto Ia velocidad es intermedia).
Una consecuencia de la herencia materna es
que la secuencia del DNA mitocondrial es mas sen-
sible a reducciones en el tamai'io de la poblacion de
reproduccion que Ia del DNA nuclear. La compara-
cion de las secuencias de DNA mitocondrial en un
rango de poblaciones humanas permite construir
un arbol evolutivo. La divergencia entre las molecu-
las de DNA mitocondrial humano cubre el 0.57% .
Es posible elaborar un arbol en el cuallas variantes
mitocondriales se derivaron de un ancestro (africa-
no) comun. La tasa ala cual el DNA mitocondrial

~tocondria~
El DNA del esperma entra al ovocito para formar
el pronucleo masculine en el 6vulo fertilizado, sin embargo,
todas las mitocondrias son proporcionadas por el ovocito.
de los mamiferos acumula mutaciones es de 2 a 4%
par cad a mill6n de afios, es decir, > 10 veces mas
rapida que la tasa de la globina. Dicha tasa generara
la divergencia observada en un periodo evolutivo de
140 000 a 280 000 afios, lo cual implica que la raza
humana desciende de una sola hembra que vivi6 en
Africa hace -200 000 afios.
Los genomas de los organelos
son moleculas circulares
de DNA que codifican
prote1nas de los organelos
Conceptos principales
Los genomas de los organelos suelen ser moleculas
circulares de DNA (pero no siempre).
Los genomas de los organelos codifican algunas de las
proteinas que se encuentran en el organelo, pero no a
todas.
La mayoria de los genomas de los organelos asumen
Ia forma de una sola molecula circular de DNA de
secuencia (mica (Hamada DNAmt en Ia mitocon-
dria y DNAct en el cloroplasto). Hay pocas excep-
4.10 Los genomas de los organelos son moleculas circulares de DNA que codifican proteinas de los organelos
ciones en las que el DNA de Ia mitocondria es una
molecula lineal; estas estructuras generalmente se
presentan en las eucariotas inferiores.
En general, en un organelo hay numerosas
capias del genoma, y en cada cc:'~lula hay multiples
organelos, de modo que son numerosos los gena-
mas de organelos par celula. Aunque el genoma
de los organelos es unico, constituye una secuencia
repetitiva respecto de cualquier secuencia nuclear
no repetitiva.
Los genomas de los cloroplastos son relativa-
mente grandes, casi siempre - 140 kb en las plantas
superiores y <200 kb en las eucariotas inferiores, di-
mensiones comparables con las de un bacteri6fago
grande, el T4, por ejemplo, rnide -165 kb. Son varias
las capias del genoma par organelo, tfpicamente de
20 a 40 en una planta superior, y multiples capias del
organelo en cada celula, par lo generaL de 20 a 40.
El tamafio total de los genomas mitocondriales
varia en mas de un arden de magnitud. Asi, los ge-
nomas mitocondriales de las celulas animales son
pequefios, aproximadamente de 16.5 kb en los rna-
mlferos. Hay muchos cientos de mitocondrias por
celula, y cada mitocondria tiene m ultiples capias de
DNA. La cantidad total de DNA mitocondrial res-
pecto del DNA del nucleo es pequefia, se estima
en <1 %.
Por el contrario, en las levaduras, el genoma
mitocondrial es mucho mas grande, por ejemplo,
en Saccharomyces cerevisiae el tamafio exacto varia
de una cepa a otra, pero en promedio es de -80 kb.
Hay - 22 mitocondrias por celula, que corresponden
a -4 genomas por organelo. En celulas de cultivo,
la proporci6n de DNA mitocondrial puede llegar al
18 por ciento.
En las plantas, el rango de dimensiones del
DNA mitocondrial es extremadamente amplio, con
un mfnimo de -100 kb. Las dimensiones del ge-
noma hacen diffcil aislarlo intacto, pero el mapeo
de restricci6n de muchas plantas sugiere que el
genoma mitocondrial suele ser una secuencia in-
dividual organizada en un cfrculo, dentro del cual
hay secuencias hom6logas cortas. La recombinaci6n
entre estos elementos genera moleculas circulares
subgen6micas mas pequefias que coexisten con el
genoma "maestro" completo, buen ejemplo de Ia
complejidad aparente de las moleculas de DNA mi-
tocondrial de las plantas.
Ahara que se cuenta con la secuencia de los
genomas mitocondriales de numerosos organism as,
es posible observar algunos patrones generales en Ia
representaci6n de las funciones del DNA mitocon-
drial. En Ia se resume la distribuci6n de
los genes de ese tipo de genomas. El numero total
de genes codificadores de protefnas es bastante pe-
quefio y no se correlaciona con el tamafio del gena-
69
 ~;,,,, - IF.11 -
Especie Tamafio Genes Genes
(en kb) codificadores codificadores
de protefnas de RNA
Hongos 19-100 8-14 10-28
Protistas 6-100 3-62 2-29
Plantas 186-366 27-34 21-30
Ani males 16-17 13 4-24
Los genomas mitocondriales tiene genes (prin-
cipalmente de los complejos I-IV) que codifican proteinas,
moleculas de RNAr y moleculas de RNAt.
ma . Las rnitocondrias de los mamiferos utilizan sus
genomas de 16 kb para codificar a 13 proteinas, en
tanto que las mitocondrias de las levaduras utilizan
los de 60 a 80 kb para codificar a solo ocho protef-
nas. Las plantas, cuyos genomas mitocondriales son
mucho mas grandes, codifican a mas protefnas. En
Ia mayorfa de los genomas mitocondriales se en-
cuentran intrones, aunque no en los genomas muy
pequefios de mamffero.
Los dos RN Ar principales siempre son codifi-
cados por el genoma mitocondrial. El numero de
moh~culas de RNAt codificado por el genoma mi-
tocondrial fluctua entre ninguno y todo el comple-
mento (25 a 26 en las mitocondrias), lo cualjustifica
la variacion en la Figura 4.16 .
La parte principal de la actividad codificadora
de protefnas esta dedicada a los componentes de
los ensambles de multiples subunidades de los com-
plejos de respiracion I-IV. Muchas protefnas ribo-
somicas son codificadas en los genomas protistas
y mitocondriales de las plantas, sin embargo, muy
pocas o ninguna se codifican en los genomas de
hongos y animales. En muchos genomas mitocon-
driales protistas hay genes que codifican protefnas
y que estan implicados en la importacion.
1111 La organizaci6n del DNA
mitocondrial es variable
Conceptos principales
El DNA mitocondrial de las celulas animales es
extremadamente compacta y suele codificar a 13
proteinas, dos moleculas de RNAr y 22 de RNAt.
El DNA mitocondrial de las levaduras es cinco veces
mas largo que el DNAmt de las celulas animates por la
presencia de intrones largos.
El DNA mitocondrial de los animales es extrema-
damente compacta. En diferentes filos animales se
observan diferencias notables en Ia organizacion ge-
nica detallada, pero se conserva el principia general
de un genoma pequeiio que codifica a un numero
70 CAPITULO 4 El contenido del genoma
ND1
ND3 .,,
C03 '
ATPasa6 {
ATPasa.B
"-~--
C02
Genes de RNAt
_ Regiones codificadoras
_.. Indica Ia direcci6n del gen, de 5' a 3'
CO: citocromo oxidasa
NO: NADH deshidrogenasa
J El DNA mitocondrial humano tiene 22 genes de
RNAt y 13 regiones codificadoras de proteinas. Catorce de las
15 regiones codificadoras de proteinas o codificadoras de RNA
se transcriben en la misma direcci6n. Catorce de los genes de
RNAt se expresan en la direcci6n de las manecillas del reloj y
ocho en direcci6n contraria.
restringido de funciones. En los genomas mitocon-
driales de los mamfferos, Ia organizacion es extre-
madamente compacta, no hay intrones, de hecho,
algunos genes se superponen, y casi cada par de ba-
ses puede ser asignado a un gen. Con excepcion del
lazo D, region implicada en el inicio de la replicacion
del DNA, no puede considerarse que mas de 87 de
los 16 569 bp del genoma mitocondrial humano se
encuentren en regiones intercistronicas.
Las secuencias de nucleotidos completas de
los genomas mitocondriales de las celulas anima-
les muestran una homologfa extensa en cuanto a
organizacion. El mapa del genoma mitocondrial
humano se resume en la . Hay 13 regio-
nes codificadoras de proteinas; todas estas forman
parte del mecanismo implicado en la respiracion,
entre otras, el citocromo b, las tres subunidades de
la citocromo oxidasa, una de las subunidades de Ia
ATPasa y siete unidades (o proteinas asociadas) de
la NADH deshidrogenasa.
La discrepancia en el tamafio de los genomas
mitocondriales deS. cerevisiae (84 kb), cinco veces
mas grandes que los de los mamfferos ( 16 kb)' alerta
ante el hecho de que debe haber una gran diferencia
en su organizacion genetica, a pesar de su funcion
comun . El numero de productos relacionados con
las funciones enzimaticas mitocondriales y sinte-
tizados de forma endogena parece ser similar. (.El
 ' .. .
-:

Genes Tipos
Codificadores de RNA
RNAr 16S 1
RNAr 23S 1
RNAr 4.5S 1
RNAr 5S 1
RNAt 30-32
Expresi6n genica
Protefnas r 20-21
RNA polimerasa 3
Otras 2
Funciones del clorop lasto
Rubisco y tilacoides 31-32
NADH deshidrogenasa 11
Total 105-113

El genoma de los cloroplastos de las plantas

C01
Exones lntrones
ali } =subunidades de ATPasa sensible a Ia
aap oligomicina
oxi = subunidades del citocromo c
box =citocromo b
par = funciones desconocidas
var = subunidad protefnica ribos6mica pequena
U El genoma mitocondrial de 5. cerevisiae contiene
Jenes codificadores de proteinas, genes de RNAr y genes de
~NAt interrumpidos y continuos (nose indican las posiciones).
_as flechas indican la direcci6n de la transcripci6n.
:naterial genetico aclicional de las levaduras mito-
ondriales representa a otras proteinas, quiza rela-
.:lonadas con Ia regulaci6n, o no se expresa?
El mapa de la representa al RNA
principal y los productos protefnicos de la mitocon-
. ia de la levadura, en el cualla caracterfstica mas
:10table es la dispersion de los loci .
Los dos mas prominentes son los genes inte-
~mpidos box (que codifican al citocromo b) y oxi3
que codifica a la subunidad 1 de la citocromo oxi-
:'. asa), que juntos son jcasi tan largos como el geno -
=la mitocondrial entero de los mamfferos! Muchos
:.e los intrones largos de estos genes tienen marcos de
_::-ctura abiertos en registro con el ex6n precedente
-.-ease Ia secci6n 27 .5, Algunos intrones del grupo
~ codifican endonucleasas que promueven la movi-
_: ad), fen6meno que agrega numerosas protefnas,
:.)das sintetizadas en cantidades bajas, al compte-
- ento de la mitocondria de Ia levadura.
Los genes restantes son ininterrumpidos y co-
:::-esponden a otras dos subunidades de la citocro-
__o oxidasa codificadas por Ia mitocondria, a la(s)
::-.1bunidad(es) de la ATPasa y (en el caso del gen
:.rI) a una protefna ribos6mica mitocondrial. Es
.- co probable que el numero total de genes mito-
= ~ ndriales de las levaduras exceda de -25.
terrestres codifica a cuatro moleculas de RNAr, 30 moleculas
de RNAt y -60 proteinas.
DB El genoma de los cloroplastos
codifi ca a numerosas prote1nas
y moleculas de RNA
Concepto principal
Los genomas de los cloroplastos varian en cuanto a
tamafio, pero son lo suficientemente grandes como
para codificar de 50 a 100 proteinas, asi como a los
RNAr y los RNAt.
i... Que genes portan los cloroplastos? Las moleculas
de DNA de los cloroplastos varfan en longitud de
120 a 190 kb. Los genomas secuenciados de cloro-
plastos (>10 en total) tienen de 87 a 183 genes. En
la se resumen las funciones coclificadas
por el genoma de los cloroplastos de las plantas te-
rrestres. Hay mas variaciones en los genomas de los
cloroplastos de las algas.
En general, la situaci6n es similar a Ia de las mi-
tocondrias, excepto que hay mas genes implicados.
El genoma del cloroplasto codifica a todas las espe-
cies de RNAr y de RNAt necesarias para Ia sfntesis
de protefnas. El ribosoma incluye dos moleculas de
RNAr pequefias, ademas de las especies principales.
El conjunto de RNAt puede incluir todos los genes
necesarios. El genoma de los cloroplastos codifica
a -50 protefnas, incluidas la RNA polimerasa y las
protefnas ribos6micas. Tambien en este caso, Ia re-
gla es que los genes de los organelos son transcritos
y traducidos por el mecanismo del organelo.
Cerca de la mitad de los genes de los cloroplas-
tos codifican a protefnas implicadas en la sfntesis de
protefnas. El origen endosimbi6tico de los cloroplas-
tos resalta por las relaciones entre estos genes y sus

4.12 El genoma de los cloroplastos codifica a numerosas proteinas y moleculas de RNA 71

 contrapartes en las bacterias. La organizadon de los
genes de RNAr en particular esta fntimamente rela-
donada con Ia de una cianobacteria, Ia cual define con
mayor precision al ultimo ancestro comun de clo-
roplastos y bacterias.
Intrones y cloroplastos caben en dos clases ge-
nerales; los que se encuentran en los genes de RNAt
suelen estar en ellazo anticodon (aunque no ine-
vitablemente), como los intrones localizados en los
genes de RNAt nucleares de las levaduras (vease Ia
seccion 26.14, El corte y empalme del RNAt de las
levaduras implica procedimientos de corte y empal-
me). Los intrones localizados en los genes codifica-
dores de protefnas se asemejan a los de los genes
mitocondriales (vease Cap. 27, El RNA catalftico),
por lo que el evento endosimbiotico se ubica en un
periodo de Ia evolucion anterior a Ia separacion de
las procariotas con genes ininterrumpidos.
La funcion de los cloroplastos es Ia fotosintesis.
Muchos de sus genes codifican a proteinas de los com-
plejos localizados en las membranas de los tilacoides,
cuya constitudon muestra un balance diferente del
de los complejos mitocondriales. Si bien algunos de
estos complejos son similares a los rnitocondriales de-
bido a que algunas subunidades son codificadas por el
genoma de los organelos y otras por el nuclear, otros
complejos de cloroplastos son codificados completa-
mente por un genoma.
1111 Las mitocondrias
evolucionaron
por endosi mbiosis
1.., Como evoluciono una situacion en Ia cual un or-
ganelo contiene informacion genetica para algunas
de sus funciones, mientras que otras son codificadas
en el nucleo? En Ia , I se ilustra el modelo
de Ia endosimbiosis de Ia evolucion de las mitocon-
drias, durante Ia cual, ce!ulas primitivas capturaron
a bacterias que proporcionaron las funciones y las
estructuras que evolucionaron hacia mitocondrias
y cloroplastos. En ese momenta, el proto-organelo
debe haber contenido todos los genes necesarios
para especificar sus funciones.
Las homologfas secuenciales sugieren que mi-
tocondrias y cloroplastos evolucionaron separada-
mente a partir de linajes comunes a las eubacterias,
pero las mitocondrias comparten su origen con las
bacterias purpura a y los cloroplastos, con las cia-
nobacterias. Entre las bacterias, el pariente de las
mitocondrias mas cercano que se conoce es Rickettsia
(agente causal de titus), parasito intracelular obli-
gado que probablemente desciende de bacterias de
vida libre, hipotesis que refuerza Ia idea de que las
mitocondrias se originaron en un evento endosim-
72 CAPITULO 4 El contenido del genoma
..
Celula primitiva
Endosimbiosis
La bacteria evoluciona y se transforma
en una mitocondria, de modo que pierde
genes necesarios para Ia vida independiente
Los genes son
transferidos de Ia
mitocondria al nucleo 1
Las mitocondrias se originaron por un evento
endosimbi6tico en el cual una bacteria fue capturada por una
celula eucari6tica.
biotico en que tambien estuvo involucrado un an-
cestro comun.
Deben haber ocurrido dos cambios, conforme
las bacterias se integraron en Ia celula recipiente y
evolucionaron hacia mitocondrias (o cloroplastos).
Los organelos tienen mucho menos genes que una
bacteria independiente y han perdido muchas de las
funciones genicas necesarias para Ia vida indepen-
diente (como las rutas metabolicas) . La mayorfa de
los genes que codifican funciones de los organelos
se localizan de hecho en el nucleo, por lo tanto,
estos genes deben haber sido transferidos ahf desde
el organelo.
La transferencia de DNA entre organelo y nu-
cleo ha ocurrido a lo largo de Ia evolucion, y aun
continua. La velocidad de transferencia puede me-
dirse directamente al introducir en un organelo un
gen que solo puede funcionar en elnucleo, porque,
por ejemplo, contiene un intron nuclear o Ia pro-
tefna debe funcionar en el citosol. Respecto de Ia
provision del material necesario para Ia evolucion,
Ia velocidad de transferencia del organelo a! nucleo
equivale aproximadamente a Ia de una mutacion ge-
nica unica. El DNA introducido en las mitocondrias
eS transferidO a) nucleO a una tasa de 2 X 10- 5 pOI
eneraci6n. Los experimentos para medir la transfe-
-:-encia en direcci6n opuesta, del nucleo ala mitocon-
iria, sugieren que la tasa es mucho mas baja, <l0- 10
Cuando se introduce un gen nuclear espedfico de
::-esistencia a antibi6ticos en un cloroplasto, la trans-
:erencia al nucleo y el exito de Ia expresi6n suelen
. "gilarse mediante el analisis de plantulas, de modo
_e evaluar la resistencia al antibi6tico; este proceso
:::::mestra que la transferencia ocurre a una velocidad
j e 1 en 16 000 plantulas, o 6 x lQ-5
Obviamente, Ia transferencia de un gen de un
;)rganelo al nucleo requiere de movimiento ffsico
_e) DNA, pero Ia expresi6n exitosa tambien implica
:ambios en la secuencia codificadora. Las proteinas
ie organelos codificadas por genes nucleares tienen
~ecuencias especiales que les permiten ser importa-
i as al interior del organelo despues de haber sido
:Intetizadas en el citoplasma (vease la secci6n 10.16,
:..a inserci6n postransduccional de Ia membrana de-
. en de de secuencias lfder). Estas secuencias no son
::lecesarias para las proteinas sintetizadas dentro del
. rganelo. Quiza el proceso de transferencia efec-
:~,a de genes tuvo Iugar en un periodo en el cual
.os compartimientos se definfan de forma menos
:-:gida, de modo que era mas facil que se reubicara
::: DNA y que las proteinas se incorporaran en el
_rganelo, independientemente del sitio en que se
~intetizaran .
Los mapas filogeneticos muestran que las trans-
:erencias de genes han sido independientes en mu-
-1os linajes diferentes. Parece que las transferencias
e genes mitocondriales al nucleo ocurrieron solo
::... principia de Ia evoluci6n de las celulas animales,
. ero es posible que el proceso todavfa contintle en
..as celulas de las plantas. El numero de transferen-
.:as puede ser alto; en el organismo Arabidopsis hay
> 00 genes nucleares cuyas secuencias estan relacio-
::adas con las de genes ubicados en los cloroplastos
:e otras plantas, los cuales podrian haber evolucio-
:::ado a partir de genes originados en el cloroplasto.
Resumen
:...as secuencias de DNA que componen a un genoma
.:x ari6tico pueden ser clasificadas en tres grupos:
secuencias no repetitivas unicas;
secuencias moderadamente repetitivas que
se dispersan y repiten pocas veces respecto
de copias no identicas;
secuencias muy repetitivas, que son cortas y
suelen repetirse en forma de secuencias en
tandem.
Las proporciones de los tipos de secuencias son
:_uacterfsticas de cada genoma, aunque mas exten-
sos tienden a tener una proporci6n menor de DNA
no repetitivo. Aproximadamente el 50% del gena-
rna humano consta de secuencias repetitivas, y la
vasta mayorfa corresponde a secuencias de transpo-
sones. La mayorfa de los genes estructurales se lo-
caliza en el DNA no repetitivo. La cantidad de DNA
no repetitivo refleja mucho mejor la complejidad
del organismo que el tamafio total del genoma; la
mayor cantidad de DNA no repetitivo en los gena-
mas es -2 x 10 9 bp.
La herencia no mendeliana se explica por la
presencia de DNA en organelos del citoplasma. Las
mitocondrias y los cloroplastos son sistemas delimi-
tados por membranas en los cuales algunas protef-
nas son sintetizadas en el organelo, mientras que
otras son importadas. En general, el genoma de los
organelos es una molecula circular de DNA que co-
difica a todas las moleculas de RNA y a algunas de
las proteinas requeridas por el organelo.
Los genomas mitocondriales varfan enorme-
mente de tamafio, de 16 kb en el genoma mini-
malista de los mamfferos, a 570 kb en el de plan-
tas superiores . Los genomas mas grandes pueden
codificar funciones adicionales. Los genomas de
los cloroplastos flucttlan entre 120 y 200 kb; en los
secuenciados, Ia organizaci6n y las funciones codi-
ficadoras son similares. En las mitocondrias y los
cloroplastos, muchas de las proteinas principales
contienen algunas subunidades sintetizadas en el
organelo y otras importadas del citosol.
En las levaduras, las reestructuraciones son
muy frecuentes en el DNA mitocondriaL y se ha
encontrado recombinaci6n entre los genomas mi-
tocondriales o los genomas de los cloroplastos. Se
han observado transferencias de DNA entre los ge-
nomas de los cloroplastos o de las mitocondrias y
los genomas nucleares.
Referencias
Ill Los genomas individuates muestran una variaci6n
extensa
Articulos de investigaci6n
Altshuler, D., Brooks, L. D., Chakravarti, A., Collins, F. S.,
Daly, M. J., and Donnelly, P. (2005). A haplotype map
of the human genome. Nature 437, 1299-1320.
Altshuler, D., Pollara, V. J., Cowles, C. R., Van Etten, W.
J., Baldwin, J ., Linton, L., and Lander, E. S. (2000).
An SNP map of the human genome generated by
reduced representation shotgun sequencing. Nature
407, 513-516.
Mullikin. J. C., Hunt. S. E., Cole, C. G., Mortimore, B. J.,
Rice, C. M., Burton, J., Matthews, L. H., Pavitt, R.,
Plumb, R. W., Sims, S. K., A.inscough, R. M., Attwood,
Referencias 73
 J., Bailey, J. M., Barlow, I<., Bruskiewich, R. M.,
Butcher. P. N., Carter, N. P., Chen, Y., and Clee, C.
M. (2000). An SNP map of human chromosome 22.
Nature 407, 516-520.
IIJ Los RFLP y los SNP pueden ser utilizados
para el mapeo genetico
Artlculos de revision
Gusella, J . F. (1986). DNA polymorphism and human
disease. Annu. Rev. Biochem. 55, 831-854.
White, R., Leppert, M., Bishop, D. T., etal. (1985) .
Construction of linkage maps with DNA markers for
human chromosomes. Natu re 31 3, 101- 105.
Artlculos de investigaci6n
Altshuler. D., Brooks, L. D., Chakravarti. A., Collins, F. S.,
Daly, M. J., and Donnelly, P. (2005). A haplotype map
of the human genome. Natu re 437, 1299-1320.
Dib, C., Faure, S., Fizames, C.. eta!. ( 1996). A
comprehensive genetic map of the human genome
based on 5,264 microsatellites. Nature 380, 152-154.
Dietrich, W. F., Miller, J ., Steen, R. , et a!. ( 1996). A
comprehensive genetic map of the mouse genome.
Nature 380, 149- 152.
Donis-Keller, J., Green, P., Helms, C., eta!. ( 1987). A
gen etic Linkage map of th e human genome. Cell 51 ,
3 19-337 .
Hinds, D. A., Stuve, L. L.. Nilsen, G. B., Halperin, E.,
Eskin, E., Ballinger, D. G., Frazer. K. A., and Cox, D.
R. (2005). Whole-genome patterns of common DNA
variation in three human pop ulations. Scimce 307,
1072-1079.
Sachida nandam, R., Weissman, D., Schmidt, S., et
a!. (2001). A map of human genome sequence
variation containing 1.42 million single nucleotide
polymorphisms. The International SNP Map Working
Group. N ature 409, 928-933.
IIJ ;Por que los genomas son tan grandes?
Artlculos de revision
Gall, J. G. (198 1). Chromosome structure and the C-value
paradox. J. Cell Bioi. 91, 3s-1 4s.
Gregory, T. R. (2001 ). Coincidence, coevolution, or
causation? DNA content. cell size, and the C-value
enigma. Bioi. Rev. Camb. Philos. Soc. 76, 6 5-101.
Bl Los genomas eucarioticos contienen secuencias
de DNA repetitivas y no repetitivas
Articulos de revision
Britten, R. J . and Davidson, E. H. ( 1971). Repetitive and
nonrepetitive DNA sequen ces and a speculation on
the origins of evolutionary n ovelty. Q. Rev. Biol. 46,
111-133.
74 CAPITULO 4 El contenido del genoma
Davidson, E. H. and Britte n, R. J. ( 1973). Organization,
transcription, and regulation in the animal genome. (
Rev. Bioi. 48, 565-613.
Ill Los genes pueden ser aislados par la conservacion
de los exones
Artlculos de investigaci6n
Buckler, A. J ., Chang, D. D., Graw, S. L., Brook, J.D.,
Haber, D. A., Sharp, P. A., and Housman, D. E. (1991 _
Exon amplifica tion: a strategy to isolate mammalian
genes based on RNA splicing. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
88, 4005-4009.
Kunkel. L. M., Monaco, A. P., Middlesworth, W., Ochs,
H. D., and Latt. S. A. ( 1985). Specific cloning of DNA
fragments absent from the DNA of a male patient witt
an X chromosome deletion. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
82, 4778-4782.
Monaco, A. P., Bertelson, C. J., Middlesworth, W., CollettJi.
C. A., Aldridge, J., Fischbeck, K. H., Bartlett, R.,
Pericak- Vance, M . A., Roses, A. D., and Kunkel. L. M.
( 1985) . Detection of deletions spanning the Duchenne
muscula r dystrophy locus using a tightly linked DNA
segment. Nature 316, 842-845 .
Ill Los organelos contienen DNA
Artlcu los de investigacion
Cann, R. L., Stoneking, M., and Wilson, A. C. ( 1987).
Mitochondrial DNA and human evolution. Nature
325, 31-36.
Los genomas de los organelos son moleculas
circulares de DNA que codifican protelnas de los
organelos
Artlculos de revision
Lang, B. F., Gray, M. W., and Burger, G. ( 1999).
Mitochondrial genome evolution and the origin of
euka ryotes. Annu. Rev. Genet. 33, 351-397.
1111 La organizacion del DNA mitocondrial es variable
Artlculos de revision
AttardL G. ( 1985). Animal mitochondrial DNA: an extreme
example of economy. Int. Rev. Cytol. 93, 93- 146.
Boore, J. L. (1999). Animal mitochondrial genomes. N ucleic
Acids Res. 27, 1767-1780.
Clayton, D. A. (1984). Tran scrip tion of the m ammalian mi-
tochondrial genome. Annu. Rev. Biochem. 53, 573-594.
Gray, M. W. ( 1989). Origin and evolution of mitochondrial
DNA. An nu. Rev. Cell Bioi. 5, 25-50.
Articulos de investigacion
Anderson, S., Bankier, A. T., Barrell. B. G., et a!.
( 1981 ). Sequence and organization of the human
mitochondrial genome. Nature 290, 457-465.

El genoma de los cloroplastos codifica a numerosas
proteinas y moleculas de RNA
Articulos de revision
Palmer. J. D. ( 1985). Comparative organization of
chloroplast genomes. Annu. Rev. Genet. 19, 325-354.
Shimada, H. and Sugiura, M. ( 1991). Fine structural
features of the chloroplast genome: comparison of the
sequenced chloroplast genomes. Nucleic Acids Res. 11,
983-995.
Sugiura, M., Hirose, T. , and Sugita, M. (1998). Evolution
and mechanism of translation in chloroplasts. Annu.
Rev. Genet. 32, 437-459.
IIIJ Las mitocondrias evolucionaron par endosimbiosis
Articulos de revision
Lang, B. F., Gray. M. W., and Burger, G. ( 1999).
Mitochondrial genome evolution and the origin of
eukaryotes. Annu. Rev. Genet. 33, 351-397.
Articulos de investiga:i6n
Adams, K. L., Daley, D. 0., Qiu. Y. L., Whelan, J., and
Palmer. J.D. (2000). Repeated, recent and diverse
transfers of a mitochondrial gene to the nucleus in
flow ering plants. Nature 408, 354-357.
Arabidopsis Initiative (2000). Analysis of the genome
sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana.
Nature 408, 796-815.
Huang, C. Y.. Ayliffe. M.A .. and Tirrunis, J. N. (2003).
Direct measurement of the transfer rate of chloroplast
DNA into the nucleus. Nature 422, 72-76.
Thorsness, P. E. and Fox, T. D. ( 1990). Escape of DNA from
mitochondria to the nucleus in S. cerevisiae. Nature
346, 376-379.
Referencias 75
Secuencias gen6micas
y numeros de genes
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
R:ll El numero de genes bacterianos abarca un rango
de un orden de magnitud
- Se conoce el numero total de genes de numerosas
eucariotas
Hay 6 000 genes en una levadura; 18 500 en un gusano;
13 600 en una mosca; 25 000 en la pequeiia planta
Arabidopsis y, probablemente de 20 000 a 25 000 en el
raton y el hombre.
- (Cuantos tipos diferentes de genes hay?
.a El genoma humano tiene menos genes de los
esperados
S6lo 1% del genoma humano esta forma do por regiones
codificadoras.
Los exones forma n -5% de cada gen, por lo tanto, los
genes (exones mas intrones) constituyen -25% del
genoma.
El genoma humano tiene de 20 000 a 25 000 genes.
-60% de los genes humanos son sometidos a corte y
empalme alternativo.
Hasta el 80% de los cortes y empalmes alternativos
cambian la secuencia proteinica, de manera que el
proteoma tiene -50 000 a 60 000 miembros.
_.. (Como se distribuyen los genes y otras secuencias
en el genoma?
Las secuencias repetidas (presentes en mas de una copia)
representan >50% del genoma humano.
La mayor parte de las secuencias repetidas esta formada
por capias de transposones no funcionales.
Hay numerosas duplicaciones de extensas regiones
cromos6micas.
- El cromoso ma Ytiene varios genes espedficos de
la masculinidad
El cromosoma Y tiene -60 genes que se expresa n
especlficamente en los testkulos.
Los genes espedficos de la masculinidad estan en multiples
capias de segmentos cromos6micos repetidos.
La conversion genica entre capias multiples permite el
mantenimiento de los genes activos durante la evoluci6n.
_. Las especies mas complejas evolucionan
agregando nuevas funciones genicas
La comparaci6n de diferentes genomas muestra un
incremento constante en el numero de genes conforme
76
se afiaden genes adicionales pa ra formar eucariotas,
organismos multicelulares, animates y vertebrados.
La mayoria de los genes unicos de los vertebrados estan
relacionados con el sistema nervioso o el inmunol6gico.
U. (Cuantos genes son esenciales?
No todos los genes son esenciales. En las levaduras y las
moscas, las deleciones de <50% de los genes tienen efectos
detectables.
Cuando dos o mas genes son redundantes, una mutaci6n en
cualquiera de ellos puede no tener efectos detectables.
No se sabe porque sobreviven los genes que aparentemente
son prescindibles en el genoma.
BI!I Los genes se expresan en niveles muy diferentes
En una celula dada, la mayoria de los genes se expresa en
niveles bajos.
Solo un pequefio numero de genes, cuyos productos son
especializados para un tipo celular especifico, se expresan
amp liamente.
Bll (Cuantos genes se expresan?
Los RNAm expresados en niveles bajos se superponen
ampliamente en comparaciones de tipos de celulas.
Las moleculas de RNAm abundantemente expresadas suelen
ser especlficas del tipo de celula.
-10 000 genes expresados pueden ser comunes a la
mayoria de los tipos celulares de una eucariota superior.
DR El numero de genes expresados puede medirse en
mas a
La tecnologia del chip permite tomar una instantanea de
la expresi6n del genoma completo de una unidad celular de
levadura.
-75% (-4 500 genes) del genoma de las levaduras se
expresa en condiciones de cultivo normales.
La tecnologia del chip permite comparar detalladamente
celulas animates relacionadas para determinar (por
ejemplo) las diferencias de expresi6n entre una celula
normal y una cancerigena.
IJIDI Resumen
 Introducci6n
Desde que en 1995 se secuenciaron los primeros 500 genes
genomas, Ia velocidad y el rango de secuenciacion Bacteria extracelular
han mejorado extraordinariamente. Los primeros (parasitaria)
genomas secuenciados fueron genomas bacteria-
nos pequenos, de <2 Mb, hacia 2002, el genoma
. . '"
humano de 3 000 Mb habfa sido secuenciado. A Ia
1500 genes .
fecha se han secuenciado los genomas de una gran . .
Bacteria de vida libre (<). .. .
variedad de organismos, entre otros, las bacterias,
las arqueobacterias, las levaduras, las eucariotas in- /'
feriores, las plantas y los animales, incluidos, en este
ultimo caso, gusanos, moscas, roedores y algunos
mamfferos. 5000 genes
Eucariota unicelular
Quiza la informacion mas importante derivada
de Ia secuencia de un genoma sea el numero de
genes. Mycoplasma genitalium, bacteria intracelular
obligada, tiene el genoma mas pequeno conocido de
cualquier organismo, de solo -470 genes; el genoma 13 000 genes
Eucariota multicelular
e las bacterias de vida libre oscila entre I 700 y
7 500. Los genomas de las arqueobacterias abarcan
un rango similar; los de las eucariotas unicelulares
empiezan en aproximadamente 5 300 genes, en tan-
o que los de gusanos y moscas tienen unos 18 500
25 000 genes
_, l3 500 genes, respectivamente; sin embargo, ese Plantas superiores
numero se incrementa solo a -25 000 en el raton
y el hombre.
En la se resume el numero mfnimo
de genes encontrado en seis grupos de organismos.
25 000 genes
Para formar una celula se necesitan -500 genes; Mamfferos
-1 500 para una celula de vida libre; > 5 000 para
'Jna celula con nucleo; > 10 000 para un organismo
:nulticelular y > 13 000 para un organismo con sis-
El numero minima de genes requerido por cualquier
:ema nervioso, pero obviamente muchas especies tipo de organismo incrementa con su complejidad. Fotografta
pueden tener mas del numero mfnimo necesario de bacteria extracelular cortesia de Gregory P. Henderson and
_ara su tipo, por lo que el numero de genes varia Grant J. Jensen, California Institute of Technology. Fotografta
enormemente, aun entre especies fntimamente re- de celula de vida libre cortesia de Karl 0. Stetter, Universitat
:a cionadas. Regensburg. Fotografta de eucariota unicelular cortesia de Eishi
Noguchi, Drexel University College of Medicine. Fotografta de
En las bacterias y las eucariotas inferiores, Ia eucariota multicelular cortesia de Carolyn B. Marks and David H.
:::1ayorfa de los genes son l'micos, sin embargo, en Hall, Albert Einstein College of Medicine, Bronx, NY. Fotografta
:os genomas de las eucariotas superiores, los genes de planta superior cortesia de Keith Weller/USDA. Fotografta de
" ueden diviclirse en familias de miembros relaciona - mamifero Photodisc.
:! s. No hay duda de que algunos genes son unicos
:ormalmente la familia tiene un so lo miembro) , Ill El numero de genes
~ ero muchos pertenecen a familias de diez 0 mas
bacterianos abarca un ra ngo
:::1iembros. El numero de farnilias puede estar mejor
:e acionado con Ia complejidad global del organis- de un orden de magnitud
:::w que el numero de genes. Los intensos estuclios actuales han perrnitido la se-
Parte de Ia informacion mas reveladora provie- cuenciacion de numerosos genomas, entre otros, los
::::e de la comparacion de secuencias de genomas. incluidos en la , en Ia cual se describe el
~. n las secuencias del genoma humano y del geno- tamaii.o de algunos de ellos, que vade 0.6 x 106 bp
:::!a del chimpance de que se dispone actualmente, del micoplasma a 3.3 x 109 bp del genoma humano;
_ posible empezar a abordar algunos de los aspec- se incluyen numerosos animales experimentales im-
~0s de Ia interrogante sobre que hace l'micos a los portantes, como las levaduras, Ia mosca de Ia fruta y
::JIDanos. un gusano nematodo.

5.2 El numero de genes bacterianos abarca un rango de un orden de magnitud 77

 I t I I I .. t I Todas las bacterias con genomas de menos de
l. 5 Mb son parasitos intracelulares obligados, es de-
Genomas Loci cir, viven en un hospedador eucariotico que les pro-
Especies (Mb) Genes letales porciona moleculas pequeiias. Sus genomas corres-
Mycoplasma 0.58 470 -300 ponden al numero mfnimo de funciones n ecesarias
genitalium para construir una celula. El numero de todas las
Rickettsia
clases de genes es mas reducido respecto de las bac-
1.11 834
prowazekii terias con genomas mas grandes, pero la reduccion
mas significativa se observa en los loci que codifican
Haemophilus 1.83 1 743 a enzimas relacionadas con funciones metabolicas
influenzae
(que dependen principalmente de la celula h ospe-
Methanococcus 1.66 1 738 dadora) y con la regulacion de Ia expresion genica.
jannaschii
Mycoplasma genitalium tiene el genoma mas peque-
B. subtilis 4.2 4 100 iio, formado por -470 genes.
E. coli 46 4 288 1 800 Las propiedades biologicas de las archaea estan
entre las de las procariotas y las de las eucariotas, no
S. cerevisiae 13.5 6 034 1 090
obstante, el tamaiio de su genoma y el numero de
S. pombe 12.5 4 929 genes estan en el mismo rango que el de las bacte-
A. thaliana 119 25 498 rias. Dichas dimensiones fluctuan entre 1.5 y 3Mb,
que corresponde a l 500 a 2 700 genes. Methanococ-
0. sativa (arroz) 466 -30 000
cus jannaschii es una especie productora de meta no
D. melanogaster 165 13 601 3100 que vive en condiciones de alta presion yalta tem-
C. elegans 97 18 424 peratura, y el numero total de genes que contiene es
H. sapiens 3 300 -25 000 similar a! de Haemophilus influenzae, aunque apenas
unos cuantos pueden ser identificados comparan-
En numerosos organismos se conocen los tamafios dolos con genes conocidos de otros organismos. Sus
de los genomas y los numeros de genes a partir de secuencias
completas. Los loci letales se estiman a partir de bases de mecanismos de expresion genica son mas parecidos
datos geneticos. a los de las eucariotas que a los de las procariotas,
pero el mecanismo de division celular se asemeja
mas al de estas ultimas.
En las archaea y las bacterias de vida libre mas
pequeiias se identifica el numero mfnimo de genes
necesarios para formar una celula susceptible de
6000 funcionar de manera independiente en el entorno;
(/)
Q)
c
su genoma mas pequeiio tiene -1 500 genes. La bac-
~ 4 000 teria de vida libre con el genoma mas pequeiio co-
nocido es el term6filo Aquifex aeolicus, que mide 1.5
2 000 Mb y tiene 1 512 genes. Una bacteria gramnegativa
"tfpica", H. injluenzae, tiene 1 743 genes, cada uno de
-900 bp. Por ello, se puede concluir que el numero
2 5 6 7 8 de genes necesarios para formar un organismo de
Tamaiio del genoma (Mb) vidalibreesde-1500.
Bacterias parasitarias obligadas Las dimensiones de los genomas bacterianos cu-
Otras bacterias
Archaea bren mas o menos un orden de magnitud, de 0.6 Mb
a <8 Mb, y los mas grandes contienen mas genes.
El numero de genes de los genomas de las bac- Las bacterias cuyos genomas son los mas grandes,
terias y de las archaea es proporcional al tamafio del genoma. Sinorhizobium meliloti y Mesorhizobium loti, son bac-
terias fijadoras de nitr6geno que viven en las rafces
Las secuencias de los genomas de las bacterias y
de las arqueobacterias demuestran que virtualmente de las plantas. El tamaiio de sus genomas (-7 Mb)
todo el DNA (tfpicamente del 85 al90%) codifica a y el numero total de genes (>7 500) son similares a
moleculas de RNA o a protefnas. En la se los de las levaduras.
observa que el rango de dimensiones de los genomas El tamaiio del genoma de E. coli es intermedio; la
es aproximadamente de un arden de magnitud y cepa comun de laboratorio tiene 4288 genes y una
que las del genoma son proporcionales al numero de longitud promedio de -950 bp; la separaci6n pro-
genes, que suele tener una longitud aproximada media entre geneses de 118 bp. No obstante, puede
de l 000 bp. haber diferencias muy significativas entre cepas: los

78 CAPITU LO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes

extremos conocidos van de 4.6 Mb y 4 249 genes
de la cepa mas pequena, a 5.5 Mb y 5 36 1 genes de
lamas grande.
Todavfa se desconocen las funciones de todos 40 000 Arroz
los genes. En la mayorfa de estos genomas, -60%
de los genes pueden ser identificados con base en la (/) 30 000 -- Raton
<IJ
homologacion con genes conocidos de otras especies, c
<IJ
Arabidopsis Humane
los cuales se distribuyen mas o menos de manera (.!) 20 000
C. elegans
equivalente en clases cuyos productos se relacionan D. melanoga.ster
con el m etabolismo, la estructura celular y el trans- 10 000
porte de componentes, asf como con la expresion S. cerevisiae
; S. pombe
genica y su regulaci6n, si bien virtualmente a >25 %
de los geneses imposible atribuirle una funcion; mu- 100 200 300 400 500 3000
Tamaiio del genoma (Mb)
chos se encuentran en organismos relacionados, lo
cual implica que se ha conservado la funci6n.
El numero de genes de una eucariota varia de 6 000 a
Por su importancia medica, se ha h echo enfasis 40 000, pero no se correlaciona con el ta maiio del genoma ni con
en la secuenciacion de los genomas de las bacterias la complejidad del organismo.
patogenas, y una perspectiva importante de la natu-
raleza de la patogenia proviene de la demostracion
de que las "islas de patogenicidad" son un rasgo
caracterfstico de sus genomas. Dichas "islas" son 5% de los genes de S. cerevisiae tiene en promedio un intr6n
regiones extensas, de -10 a 200 kb, presentes en 1400 bp 200 bp
los genomas de especies pat6genas, pero no en los
genomas de las variantes no pat6genas de la misma
t Espacio intergenico
\
lntrones
especie o de una especie relacionada . Su conteni-
o de G-C su ele diferir del contenido del resto del
~ \
1 426 bp 500bp
oenoma, y es probable que estas bases migren en- 43% de los genes de S. pombe tienen intrones
:re bacterias merced a un proceso de transferencia El gen interrumpido promedio tiene 2 intrones
::-torizontal. Por ejemplo, la bacteria qu e provoca el
3ntrax (Bacillus anthracis) tiene dos plasmidos (DNA El genoma de 5. cerevisiae, de 13.5 Mb, tiene 6 000 genes,
extracromosomico ) grandes, uno de los cuales tiene casi todos interrumpidos. El genoma de 5. pombe, de 12.5 Mb, tiene 5 000,
:ma isla de patogenicidad qu e incluye el gen codifi- de los cuales, casi la mitad tiene intrones. Las dimensiones de los genes y
el espaciamiento son bastante si mila res.
ador de la toxina del antrax.

Schizosaccharomyces pombe, cuyas caracterfsticas mas

En numerosas eucariotas se
conoce el numero total de genes
Concepto principal
Hay 6 000 genes en una levadura; 18 500 en un
gusano; 13 600 en una mosca; 25 000 en la pequeiia
planta Arabidopsis y, probablemente -25 000 en el
raton y el hombre.
-=-an pronto como se observan los genom as euca-
. :oticos, se pierde Ia relacion entre su tamano y el
.. Ci mero de genes. Los genomas de las eucariotas
~'1icelulares estan en el mismo rango de tamafio
~e los genomas bacterianos mas grandes. Las euca -
--: tas superiores tienen mas genes, pero el numero
- se correlaciona con el tamafio del gen oma, como
. ..:ede observarse en la
La informacion mas amplia sobre las eucario-
~- i.nferiores se relaciona con las secuencias de los
'"-:::10mas de las levaduras Saccharomyces cerevisiae y
importantes se resumen en la . Los geno-
mas de las levadura s de 12.5Mb y 13.5Mb tienen
- 5 000 y -6 000 genes, respectivamente. El marco
de lectura abierto (ORF, open reading frame) prome-
dio mide - 1.4 kb, de manera qu e - 70% del genoma
lo ocupan regiones codificadoras. La diferencia prin-
cipal entre estas cepas es que solo el 5% de los ge -
nes deS. cerevisiae tiene intrones, respecto del 43 %
de los genes de S. pombe. La densidad de genes es
alta, y la organizaci6n suele ser similar, aunque los
espacios entre los genes son un poco mas cortos en
S. cerevisiae. Cerca de Ia mitad de los genes identifi-
cados por secuenciaci6n ya se conocfan o estaban
relacionados con gen es conocidos, los demas son
n uevos, indicio del numero de tipos nuevos que
pueden ser descubiertos.
La identificaci6n de marcos de lectura extensos
con base en la secuencia es muy precisa, pero los
ORF que codifican a <100 aminoacidos no pueden
ser identificados unicam ente mediante secuencia -
ci6n porIa elevada incidencia de falsos positivos. El

::: .~ En numerosas eucariotas se conoce el numero total de genes 79


Transcripci6n
D Traducci6n
D Estructura protefnica
Cicio y muerte celular
0 Citoesqueleto
Enzimas
D Transducci6n de senal
Adhesion celular
Transportadores/
canales
o Desconocida
-20% de los genes de Drosophila codifican a pro-
te\nas implicadas en el mantenimiento o la expresi6n de los
genes; -20% codifican a enzimas y <10% a proteinas relacio-
nadas con el ciclo celular o con la transducci6n de seiia l. La
mitad de los genes de Drosophila codifican a productos cuya
funci6n se desconoce.
analisis de la expresion genica sugiere que de -300
a 600 de dichos ORF en S. cerevisiae tienden a ser
genes genuinos.
Una forma eficaz de validar la estructura genica
consiste en comparar secuencias de especies intima-
mente relacionadas; si un gen esta activo, es probable
que se conserve. La comparacion de las secuencias
de cuatro especies de levaduras fntimamente rela-
cionadas sugiere que 503 de los genes originalmente
identificados enS. cerevisiae no tienen contraparte en
las otras especies y, por lo tanto, deberian ser elimi-
nadas del catalogo, con lo cual, el numero total de
genes para S. cerevisiae se reduce a 5 726.
El genoma del DNA de Caenorhabditis elegans va-
ria entre regiones ricas en genes y otras en las cuales
escasean. La secuencia total contiene - 18 500, pero
solo - 42% tiene contra partes putativas fu era de los
nematodos.
Aunque el genoma de la mosca es mas grande
que el del gusano, D. melanogaster tiene menos genes
(13 600), y como resultado del corte y empalme alter-
nativo, el numero de transcritos diferentes es ligera-
mente mayor (14 100). Nose sabe porque la mosca,
que es un organismo mucho mas complejo, tiene solo
el 70% de genes del gusano, lo cual subraya enfatica-
mente la falta de una relacion exacta entre el numero
de genes y la complejidad del organismo.
El tamafio del genoma de Ia planta Arabidopsis
thaliana esta entre el del gusano y el de Ia mosca,
pero su numero de genes es mayor (25 000), fe-
nomeno que demuestra nuevamente que no hay
una relacion clara y subraya tambien la calidad es-
pecial de las plantas, que pueden tener mas genes
(debido a duplicaciones ancestrales) que las celulas
animales. Gran parte del genoma de Arabidopsis se
encuentra en segmentos duplicados, lo cual sugie-
80 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes
re que bubo una duplicacion ancestral del genoma
(para dar Iugar a un tetraploide); solo el35 % de los
genes de Arabidopsis son copias individuates.
El genoma del arroz (Oryza sativa) es -4 veces
mas grande que el de Arabidopsis, pero el numero
de sus geneses solo -50 % mayor, probablemente
-40 000. El DNA repetitivo ocupa del 42 a! 45 %
del genoma. Mas del 80% de los genes encontra-
dos en Arabidopsis estan representados en el arroz,
y de estos genes comunes, -8 000 se encuentran en
Arabidopsis y en el arroz, pero no en los genomas
bacterianos o animales que han sido secuenciados.
Este es probablemente el conjunto de genes que
codifica funciones especificas de las plantas, como
la fotosfntesis .
A partir del genoma de la mosca es posible
darse una idea de cuantos genes estan dedicados a
cada tipo de funcion. En Ia se dividen las
funciones en categorfas diferentes. Entre los genes
identificados, se encuentran 2 500 enzimas, -750
factores de transcripcion, -700 transportadores y
canales de iones y -700 proteinas implicadas en la
transduccion de senates. Poco mas de Ia mitad de los
genes codifica a productos de funcion desconocida.
Aproximadamente el 20% de las proteinas reside
en las membranas.
El tamafio de las proteinas se incrementa de las
procariotas y las archaea, a las eucariotas. El tamafio
promedio de las proteinas de Ia archaea M. jannas-
chii y la bacteria E. coli fluctua entre 287 y 317 ami-
noacidos, respectivamente, mientras que S. cerevisiae
y C. elegans tienen longitudes promedio de 484 y 442
aminoacidos, respectivamente. Las protefnas gran-
des (de 500 aminoacidos) son raras en las bacterias,
pero constituyen un elemento importante (-113) de
las eucariotas. El incremento de longitud se debe a
Ia agregacion de dominios adicionales, cada uno de
los cuales constituye de 100 a 300 aminoacidos; no
obstante, el mayor tamafio de las proteinas causa
solo una parte muy pequefia del incremento del
tamafio del genoma .
Otra perspectiva del numero de genes se obtie-
ne al con tar el numero de genes expresados. Basan-
dose en las estimaciones del numero de especies de
RNAm que pueden contarse en una celula, se puede
concluir que una celula promedio de un organismo
vertebrado expresa de -10 000 a 20 000 genes. Las
significativas superposiciones entre poblaciones de
mensajeros en diferentes tipos de celulas sugeririan
que el numero total de genes expresados en el or-
ganismo deberia rebasar por poco esa cantidad. La
estimacion de 20 a 25 000 para el total del genoma
humano (vease Ia secci6n 5.5, El genoma humano
tiene menos genes de los esperados) implicarfa que
una proporcion significativa del numero total de ge-
nes de hecho se expresa en cualquier celula dada.
 Los genes eucari6ticos se transcriben de manera
individuaL y cada uno produce un mensajero mono-
cistr6nico, y solo hay una excepci6n general a esta
regia: en el genoma de C. elegans, - 15 % de los genes
-stan organizados en unidades policistr6nicas (aso-
dadas con el uso del empalme en trans para permitir
:a expresi6n de los genes en cascada en estas unida-
jes; vease Ia secci6n 26. 13, Las reacciones de empal-
::ne en trans utilizan moleculas pequefias de RNA).

l. Cuantos tipos diferentes

de genes hay?
.-\.lgunos genes son {micos, en tanto que otros perte-
~ ecen a familias cuyos miembros estan relacionados
pero usualmente no son identicos). La proporci6n
j e genes {micos se reduce con el tamafio del ge-
Numerosos genes estan duplicados, de modo que
:1oma y Ia proporci6n de genes en familia se in- el numero de familias es mucho menor que el numero total de
::rementa. El numero mfnimo de familias de genes genes. En el histograma se compara el numero total de genes
:1ecesario para codificar a una bacteria es > 1 000, con el numero de familias de genes
Jna leva dura, >4 000 y una eucariota superior, de
~ 1 000 a 14000.
Algunos genes estan presentes mas de una vez
:~ se relacionan entre sf, de modo que el numero Familias Familias
~e tipos de genes es menor que el nl'tmero total de Genes de 2-4 de >4
unicos miembros miembros
::enes. El numero to tal de genes se puede dividir
-:n conjuntos cuyos miembros estan relacionados, H. influenzae 89% 10% 1%
:egun se define al comparar sus exones. (Una fa-
S. cerevisiae 72% 19% 9%
=lilia de genes surge por Ia duplicaci6n de un gen
~e1cestral seguida de Ia acumulaci6n de cambios de D. melanogaster 72% 14% 14%
~ecue ncia entre copias. Es muy frecuente que los
::~iembros de una familia esten relacionados, pero C. elegans 55% 20% 26%
:1 son identicos.) El numero de tipos de genes se
A tha!iana 35% 24% 41%
~alcula sumando el numero de genes unicos (para
s cuales no hay otro gen relacionado) al n6mero La proporci6n de los genes presentes en multiples
~:: familias que tienen dos 0 mas miembros. capias se incrementa con el tamaiio del genoma en las euca-
En Ia se compara el nt1mero total de riotas superiores.
: enes con el nl'tmero de familias distintas de cada
~:10 de seis genomas. En las bacterias, Ia mayoria de Si todos los genes se expresan, el numero total
_ genes son l'micos, asi que el numero de familias representaria el numero total de protefnas necesa-
.stintas se acerca a! numero total de genes. La si- rias para constituir el organismo (proteoma) , sin
--Jaci6n es diferente incluso en Ia eucariota inferior embrago, dos efectos significan que el proteoma es
_-_:erevisiae, en Ia cual hay una proporci6n significa- diferente del numero total de genes. Por una par-
---:a de genes repetidos. El efecto mas sobresaliente te, los genes estan duplicados, y como resultado,
:-; que el numero de genes se incrementa abrup- algunos codifican a Ia misma protefna (aunque
'.illlente en las eucariotas superiores, no asi el de puede expresarse en un tiempo o Iugar diferente) y
~_:nilias, que no cambia considerablemente. otros pueden codificar a proteinas relacionadas que,
En Ia se demuestra que Ia proporci6n nuevamente, tienen Ia misma funci6n en diferentes
-" genes unicos disminuye bruscamente con el ta- tiempos y lugares. El proteoma puede ser mas gran-
~ aiio del genoma. Cuando los genes se presentan de que el numero de genes porque algunos pueden
::-::. familias, el numero de miembros de una familia producir mas de una proteina mediante corte y em-
__ reducido en las bacterias y las eucariotas inferio- palme alternativo.
-- . pero aumenta en las eucariotas superiores. Gran (__Que es el proteoma fundamental, el numero
- m e del tamafio adicional del genoma de Arabidop- bcisico de tipos diferentes de protefnas del organis-
.: se debe a familias de >4 miembros. mo? El numero de familias de genes proporciona

5.4 ;,Cuantos tipos diferentes de genes hay? 81


80%
60%
40%
Comunes Adicional en Especfticas
a todas las eucariotas del genera
eucariotas multicelulares
El genoma de la mosca puede dividirse en ge-
nes que podr1an estar presentes en todas las eucariotas, en
genes adicionales que probablemente estan en todas las euca-
riotas multicelulares y en genes mas especificos de subgrupos
de especies incluidas las moscas.
un mfnimo estimado, 1400 en las bacterias, >4 000
en las levaduras y 11000 a 14000 en Ia mosca y el
gusano.
i_Cual es Ia distribucion del proteoma entre ti-
pos de protefnas? Las 6 000 proteinas del proteoma
de las levaduras incluyen 5 000 proteinas solubles y
1 000 transmembrana; aproximadamente la mitad
son citopliismicas, un cuarto se encuentran en el
nucleolo y el resto se dividen entre las mitocondrias
y el retfculo endoplasmico (ER, endoplasmic reticu-
lum)laparato de Golgi.
LCuantos genes son comunes a todos los orga-
nismos (o a grupos como las bacterias o las euca-
riotas superiores) y cuantos son especfficos de cada
tipo de organismo? En la se resume Ia
comparacion entre levaduras, gusanos y moscas .
Los genes que codifican a protefnas correspondien-
tes en diferentes organismos se denominan ort6-
logos. Funcionalmente, suele considerarse que dos
genes que se encuentran en organismos diferentes
pueden realizar funciones correspondientes si sus
secuencias son similares en >80% de la longitud.
Con base en este criterio, -20% de los genes de Ia
mosca tienen ortologos en las levaduras y los gu-
sanos, genes que probablemente sean necesarios
para todas las eucariotas. La proporcion se incre-
menta a 30% cuando se compara a moscas y gu-
sanos, lo cual probablemente representa Ia suma
de las funciones genicas comunes a las eucariotas
multicelulares. Esto aun deja una gran proporcion
de genes como codificadores de protefnas necesa-
rias espedficamente para las moscas o los gusanos,
respectivamente.
El proteoma puede deducirse a partir del nume-
ro y las estructuras de los genes, y tambien medir-
82 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes
se directamente al analizar el contenido protefnico
total de una celula o un organismo. Mediante di-
chas metodologias se ha identificado a algunas pro-
tefnas no sospechadas con base en el analisis del
genoma, lo cual ha conducido a Ia identificacion
de genes nuevos . Para el analisis a gran escala de
las protefnas se utilizan numerosos metodos . La es-
pectrometria de masas permite separar e identificar
protefnas en una mezcla obtenida directamente de
celulas o tejidos. Las protefnas hibridas etiquetadas
pueden obtenerse por expresion de moleculas de
DNAc creadas alligar las secuencias de los ORF con
vectores de expresion apropiados que incorporan
a las secuencias por etiquetas de afinidad, lo cual
permite utilizar el analisis de matriz para evaluar
los productos. Estos metodos tambien pueden ser
efectivos para comparar protefnas provenientes de
dos tejidos, por ejemplo, un tejido de un individuo
sano y el de un enfermo, para determinar con pre-
cision las diferencias.
Una vez que se conoce el numero total de pro-
teinas, entonces se puede preguntar como interac-
tuan. Por definicion, las proteinas que se encuentran
en ensambles estructurales de protefnas multiples
deben formar interacciones estables entre elias,
pero las protefnas de las rutas de sefializacion in-
teractuan de manera transitoria. En ambos casos,
dichas interacciones pueden detectarse en sistemas
experimentales en que un sistema de lectura amplfa
esencialmente el efecto de la interaccion. Un siste-
ma popular es el de dos hibridos, analizado en Ia
seccion 25.3, Los dominios independientes se unen
a! DNA y activan Ia transcripcion. Dichos sistemas
no detectan a todas las interacciones: por ejemplo,
si en una ruta metabolica una enzima Iibera a un
metabolito soluble que interactua posteriormente
con la siguiente enzima, las protefnas pueden no
interactuar de forma directa.
En terminos practicos, los analisis de interac-
ciones en pares pueden indicar el numero minimo
de estructuras independientes o rutas. Un analisis
de Ia capacidad de las 6 000 protefnas (pronosti-
cadas) de las levaduras para interactuar en pares
muestra que -1 000 pueden unirse cuando menos
a otra protefna. Mediante analisis directos de forma-
cion de complejos se han identificado 1 440 protef-
nas diferentes en 232 complejos multiprotefnicos .
Este es el principia de un ana !isis que conducira a Ia
definicion del numero de ensambles funcionales o
rutas. En un analisis comparable de 8 100 protefnas
humanas se identificaron 2 800 interacciones, pero
es mas dificil de interpretar debido a las mayores
dimensiones del proteoma.
Ademas de los genes funcionales, hay copias de
genes que se han tornado no funcionales (identifica-
dos como tales por interrupciones de sus secuencias
codificadoras de proteinas) y que se conocen como
seudogenes (vease Ia seccion 6.6, Los seudogenes
son callejones sin salida de Ia evolucion), cuyo nu-
mero puede ser alto. En el genoma del raton y el
humano, el numero de seudogenes es -10% del
numero de genes (potencialmente) activos (vease
Ia seccion 4.8, La conservacion de Ia organizacion
del genoma ayuda a identificar genes).
Ademas de Ia necesidad de conocer la densidad
e los genes para estimar el numero total de estos,
se impone preguntar (.Cual es su importancia?; (.que
::-estricciones estructurales hacen necesario que es-
:en espaciados, y si esto comribuye al gran tamano
j e los genomas eucarioticos?
El genoma humano tiene
menos genes de los esperados
Conceptos principales
S6lo 1% del genoma humano esta formado por regiones
codificadoras.
Los exones forman -5% de cada gen, por lo tanto, los
genes (exones mas intrones) constituyen -25% del
genoma.
El genoma humano tiene de 20 000 a 25 000 genes.
-60% de tos genes humanos son sometidos a corte y
empalme alternativo.
Hasta el80% de los cortes y empalmes alternativos
cambian la secuencia protelnica, de manera que el
proteoma tiene -50 000 a 60 000 miembros.
:=: genoma humano fue el primer genoma de los
::-ganismos vertebrados en ser secuenciado. Esta
=-~orme tarea ha revelado informacion valiosa res-
- :-cto de la composicion genetica de nuestra especie
e la evolucion del genoma en general, ademas
_:: que los conocimientos se han profundizado por
o -apacidad de comparar Ia secuencia del genoma
_ mano con el genoma del raton, secuenciado mas
-~ :ientemente.
El genoma de los mamiferos y el de los roe-
- :es generalmente se encuentran en un rango de
1ensiones estrecho, -3 x 109 bp (vease Ia seccion
.., ::.. (.For que los genomas son tan grandes?). El
::o-=-:10ma del raton es -14% mas pequeno que el hu-
- -=.:1.0, probablemente porque ha tenido una tasa de
.:.ecion mas alta. Los genomas contienen familias
_:: aenes y genes similares, y de estos, Ia mayoria
:- .. e un ortologo en el otro genoma, pero con dife-
-: . ias en el numero de miembros de una familia,
-=- _cialmente en los casos en que las funciones son
- ::cificas de cada especie (vease Ia seccion 4.8, La
ervacion de Ia organizacion del genoma ayuda
_ ~entificar genes). Ahora se cree que el genoma
Todos los Codificadores de RNA
30000 ~~--~r--------------------,
Genes
Seudogenes
25 000 1000
20 000 800
15 000 600
10 000 400
200
El genoma del raton tiene -30 000 genes codificado-
res de protelnas, los cuales tienen -4 000 seudogenes. Hay -1600
genes codificadores de RNA. Los datos de los genes codificadores
de RNA se esquematizan a la derecha, en una esca la ampliada, para
demostrar que hay -800 genes de RNAr, -450 genes de RNAt, -150
seudogenes y -350 genes miscelaneos no codificadores de RNA,
incluidos RNAsn y RNAmi.
del raton, del cual originalmeme se penso que te-
nfa -30 000 genes, tiene casi el mismo numero de
genes qu e el genoma humano, de 20 000 a 25 000.
En Ia se representa Ia distribucion de los
genes del raton. Los 30 000 genes codificadores de
protefnas estan acompafiados por -4000 seudoge-
nes. Hay -800 genes que represeman a moleculas
de RNA que no codifican protefnas, los cuales ge-
neralmente son pequenos (excepto las moleculas
de RNA ribosomico). Aproximadamente Ia mitad de
estos genes codifican a RNA de transferencia, para
los cuales tambien ha sido identificado un numero
importante de seudogenes.
El genoma humano (haploide) contiene 22
autosomas mas el cromosoma X y el Y. El tamafio
de los cromosomas varia de 45 a 279 Mb de DNA,
qu e resulta en un contenido total del genoma de
3286Mb (- 3.3 x 109 bp). Con base en Ia estructura
cromosomica, el genoma total puede dividirse en
regiones de eucromatina (que contienen potencial-
mente genes activos) y de h eterocromatina (vease
Ia seccion 28.7, La cromatina se divide en eucroma-
tina y en h eterocromatina) . La eu cromatina com -
prende la mayor parte del genoma, - 2.9 x 109 bp .
La secuencia identificada del genoma representa
-90% de la eucromatina. Ademas de proporcionar
informacion sobre el contenido genetico del geno-
ma, la secuencia tambien identifica caracterfsticas
que pu eden ser de importancia estru ctural (vease
la seccion 28. 8, Los cromosomas tienen patrones de
distribucion en bandas) .
5.5 El genoma humano tiene menos genes de los esperados 83
 En la se muestra que una pequefia
proporcion (- l%) del genoma humano es represen-
tada por exones que, de hecho, codifican a proteinas.
Los intrones que constituyen las secuencias restantes
en los genes llevan el total del DNA implicado en la
produccion de proteinas a -25 por ciento. Como se
observa en la , el gen humano promedio
tiene una longitud de 27 kb, con nueve exones que
incluyen una secuencia codificadora total de l 340 bp.
La secuencia codificadora promedio representa, por
Jo tanto, solo el 5% de Ia longitud del gen.
Dos esfuerzos independientes de secuenciar
el genoma humano resultaron en estimados de
-30 000 y 40 000 genes, respectivamente. Una for-
ma de determinar la precision de los analisis consiste
en averiguar si identifican a los mismos genes, y Ia
sorprendente respuesta es que Ia superposicion en-
tre uno y otro conjunto de genes es de solo -50%,
como se resume en la . En un analisis
anterior del conjunto de genes humanos, basado en
transcritos de RNA, se identificaron - ll 000 genes,
DNA repetitivo
Exones =1%
Otro DNA lntrones = 24%
intergenico
Los genes ocupan el 25% del genoma humano,
si bien las secuencias codificadoras de prote\nas son solo una
pequefia parte de esta fracci6n.
de los cuales casi todos estan en los dos grandes
conjuntos de genes humanos y representan la ma-
yor parte de la superposicion entre ellos. As( pues,
no hay duda de Ia autenticidad de Ia mitad de cada
conjunto de genes humanos, pero todavfa se tiene
que establecer la relacion entre Ia mitad restante
de cada uno de los conjuntos. jLas discrepancias
ilustran los riesgos del analisis de secuencias a gran
escala! Conforme se analiza la secuencia (y confor-
me son secuenciados otros genomas con los que
puede ser comparada), el numero de genes validos
parece declinar, de modo que ahora suele pensarse
que son - 20 000 a 25 000.
Sea como sea, el numero total de genes huma-
nos es mucho menor de lo esperado; la mayor parte
de las estimaciones anteriores ala secuenciacion del
genoma fueron de -100 000. El numero total de
genes muestra un incremento relativamente peque-
fio respecto de las moscas y los gusanos (13 600 y
18 500, respectivamente), sin mencionar a Ia planta
Arabidopsis (25 000) (vease la Fig. 5.2). Sin embargo,
no debe sorprender Ia noci6n de que no se necesita
un gran numero de genes adicionales para formar
un organismo mas complejo. La diferencia de las
secuencias de DNA del hombre y el chimpance es
extremadamente pequefia (la similitudes >99%),
de modo que es obvio que las funciones y las inter-
acciones entre un conjunto similar de genes pueden
producir resultados muy diferentes. Las funciones de
grupos especfficos de genes pueden ser especialmen-
te importantes, debido a que comparaciones detalla-
das de genes ortologos en el hombre y el chimpance
sugieren una evolucion acelerada de ciertas clases de
genes, incluidas algunas implicadas en el desarrollo
temprano, el olfato, Ia audici6n, todas funciones re-
lativamente especfficas de las especies.
El numero de genes es menor que el numero
de protefnas potenciales debido al corte y empalme
alternativo, cuya extension es mayor en el hombre
que en las moscas o los gusanos y puede afectar has-
ta el60% de los genes, de manera que el incremen-

7 exones internos de una longitud promedio de 145 bp

~ ~ ~ ~ ~ ~ ~
3 4 5 6 7 8 9

lntr6n promedio =3 365 bp J 3' UTR = 770 bpj

El gen humano promedio tiene una longitud de 27 kb y nueve exones, de los

cuales, dos suelen ser mas largos y estar en cada extrema, y siete exones internos. Las UTR
de los exones terminales son regiones no traducidas (no codificadoras) localizadas en cada
extrema del gen . (Estos datos se basan en el promedio. Algunos genes son extremadamente
largos, de modo que la mediana de la longitudes de 14 kb, con siete exones.)

84 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes


Totales Totales
39 114 29 691
Genesya
conocidos
Los dos conj untos de genes identificados en
el genoma humano se superponen solo parcialmente, como
se: muestra en los dos drculos grandes de la parte superior,
no obstante, estos incluyen casi todos los genes previamente
conocidos, como lo demuestra la superposici6n con el c\rculo
inferior mas pequefio.
to de tamaiio del proteoma humano en relacion
con el de otras eucariotas puede ser mayor que el
incremento en el numero de genes. Una muestra de
genes provenientes de dos cromosomas sugiere que
la proporcion de cortes y empalmes alternativos,
que de hecho resultan en cambios en las secuencias
de las protefnas, puede ser hasta del 80 por ciento,
Lo cual puede incrementar el tamafio del proteoma
a 50 000 a 60 000 miembros.
Sin embargo, en cuanto ala diversidad del nu-
mero de familias de genes, la discrepancia entre el
hombre y otras eucariotas puede no ser tan grande.
.\1uchos de los genes humanos pertenecen a fami-
lias: en un analisis de -25 000 genes se identificaron
3 500 unicos y l 0 300 pares. Como puede observar-
se en la Figura 5.7, esto se extrapola a un numero
de familias de genes solo un poco mayor que en los
gusanos o las moscas.
Ill tC6mo se distribuyen
Los genes y otras secuencias
en el genoma?
Conceptos principales
Las secuencias repetidas (presentes en mas de una
copia) representan >50% del genoma humano.
La mayor parte de las secuencias repetidas esta
formada por capias de transposones no funcionales.
Hay numerosas duplicaciones de extensas regiones
cromos6micas.
Los genes se distribuyen uniformemente en el ge-
:wma? Algunos cromosomas cuentan con pocos
5.6 tC6mo se distribuyen los genes y otras secuencias en el genoma?
Transposones = 45%
Duplicaciones grandes = 5%
Repeticiones simples = 3% Exones = 1%
Otro DNA lntrones = 24%
intergenico = 22%
El componente mas grande del genoma esta for-
made por transposones. Otras secuencias repetitivas incluyen
duplicaciones extensas y repeticiones sencillas.
genes y >25% de sus secuencias son "desiertos", o
regiones de mas de 500 kb en las que no hay genes,
hasta > l 0% de las secuencias de los cromosomas con
mas genes lo son. Asi, en total, -20% del genoma
humano consiste en desiertos carentes de genes.
Las secuencias repetitivas representan a >50%
del genoma humano, como se observa en la
. Las secuencias repetitivas se agrupan en cinco
clases:
Los transposones (activos o inactivos) cons-
tituyen la gran mayorfa (45% del genoma);
todos se encuentran en multiples copias.
Los seudogenes procesados (- 3 000, consti-
tuyen - 0.1% del DNA total). (Son secuen-
cias que surgen por insercion de una copia
de una secuencia de RNAm en el genoma;
vease la seccion 6.6, Los seudogenes son los
callejones sin salida de la evolucion.)
Repeticiones de secuencias simples (DNA
muy repetitivo, como el (CA)n que repre-
senta -3%).
Las duplicaciones segmentarias (bloques de
l 0 a 300 kb duplicados en una nueva region)
representan a -5%. Solo una minorfa de es-
tas duplicaciones se encuentra en el rnismo
cromosoma; en los otros casos, las duplica-
ciones estan en cromosomas diferentes.
Las repeticiones en tandem forman bloques
de un tipo de secuencia (especialmente en
los centr6meros y los telomeros).
La secuencia del genoma humano subraya la
importancia de los transposones (que tienen la ca-
pacidad de replicarse a sf rnismos e insertarse en una
ubicaci6n diferente, ademas de que pueden funcio-
nar exclusivamente como elementos del DNA [vease
85
 Cap. 21, Los transposones] o tener una forma activa
RNA [vease Cap. 22, Retrovirus y retroposones].
Su distribucion en el genoma humano se resume
en Ia Fig. 22.18). La mayo ria de los transposones
que se encuentran en el genoma humano no son
funcionales; muy pocos estan realmente activos, sin
embargo, Ia gran proporcion del genoma ocupada
por estos elementos indica que han participado ac-
tivamente en el moldeo del genoma. Una caracte-
rfstica importante es que algunos genes presentes
se originaron como transposones y evolucionaron
hasta llegar a su condicion actual despues de perder
Ia capacidad de transponerse. Cerca de 50 genes pa-
recen haberse originado de esta manera.
La duplicacion de segmentos en su forma mas
sencilla implica Ia duplicacion en tandem de algu-
na region de un cromosoma (habitualmente debido
a un evento de recombinacion aberrante durante Ia
meiosis; vease Ia seccion 6.7, El entrecruzamiento
desigual reorganiza a los agrupamientos de genes).
Sin embargo, en muchos casos, las regiones duplica-
das se encuentran en cromosomas diferentes, lo cual
implica que originalmente hubo una duplicacion en
tandem seguida de Ia translocacion de una copia a
un sitio nuevo, o que la duplicacion se debio a me-
canismos totalmente diferentes. El caso extrema de
Ia duplicacion de segmentos se observa cuando se
duplica todo el genoma, en cuyo caso, el genoma di-
ploide inicialmente se convierte en tetraploide. Con-
forme las copias duplicadas desarrollan diferencias, el
genoma puede convertirse en diploide nuevamente
de forma gradual y efectiva, no obstante que las ho-
mologfas entre las copias divergentes dejan eviden-
cias del evento, fenomeno particularmente comun
en los genomas de las plantas. El estado actual del
analisis del genoma humano identifica numerosas
regiones duplicadas, pero no indica si hubo una du-
plicacion completa del genoma en el linaje de los
vertebrados.
Una caracterfstica intrigante del genoma huma-
noes Ia presencia de secuencias que parecen note-
ner funciones codificadoras, pero que muestran una
conservacion evolutiva superior a Ia del nivel de
fondo . Como se detecto mediante Ia comparacion
con otros genomas (inicialmente con el del raton),
dichas secuencias representan aproximadamente el
5% del genoma total. c::.Estan conectadas funcional-
mente con las secuencias codificadoras de protei-
nas? Su densidad en el cromosoma 18 es Ia misma
que en cualquier otra region del genoma, aunque
el cromosoma 18 tiene una concentracion de genes
codificadores de proteinas significativamente me-
nor, lo cual sugiere indirectamente que su funcion
no esta relacionada con Ia estructura ni con Ia ex-
presion de los genes codificadores de protefnas.
86 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes
ID EL cromosoma Y tiene
varies genes espedficos
de la masculinidad
Conceptos principales
El c'romosoma Ytiene -60 genes que se expresan
espedficamente en los testlculos.
Los genes espedficos de La masculinidad estan en
multiples copias de segmentos cromos6micos repetidos.
La conversion genica entre copias multiples permite
el mantenimiento de los genes activos durante la
evoluci6n.
La secuenciacion del genoma humano ha amplia-
do significativamente los conocimientos sobre Ia
funcion de los cromosomas sexuales. En general se
piensa que los cromosomas X y Y descienden de un
autosoma comun (muy antiguo). Su desarrollo ha
implicado un proceso en el cual el cromosoma X
ha retenido Ia mayor parte de los genes originales,
mientras que el Y, ha perdido casi todos.
El cromosoma X se comporta como los auto-
somas en Ia medida en que las hembras tienen dos
copias, y entre ellas puede tener Iugar Ia recombina-
cion. La densidad de genes localizados en el cromo-
soma Xes comparable a Ia de otros cromosomas.
El cromosoma Yes mucho mas pequeiio que el
X y tiene muchos menos genes. Su {mica funcion
resulta de que solo los machos portan el cromosoma
Y, del cual solo hay una copia, por lo tanto, los loci
ligados a este ultimo son efectivamente haploides y'
no diploides, como el resto de los genes humanos.
Durante muchos aiios se penso que el cromo-
soma Y casino portaba genes, excepto uno (o mas)
de los que determinan el sexo y definen Ia mascu-
linidad. Gran parte del cromosoma Y (>95% de su
secuencia ) no experimenta entrecruzamiento con
el cromosoma X, lo cual condujo a la perspectiva
de que podia no contener genes activos porque no
habrfa manera de evitar Ia acumulacion de muta-
ciones deletereas. Esta region esta flanqueada por
regiones seudoautosomicas cortas que se intercam-
bian frecuentemente con el cromosoma X durante
Ia meiosis masculina. Originalmente, a esta region
se le llamo no recombinante, pero ahora se le co-
noce como region espedfica determinante de Ia
masculinidad.
La secuenciacion detallada del cromosoma Y
muestra que dicha region contiene tres tipos de re-
giones, como se ilustra en la I
Las secuencias X transpuestas estan for-
madas por un total de 3.4 Mb que forman
bloques grandes resultado de una transpo-
sicion de Ia banda q21 en el cromosoma
 Yp Centr6mero PB P7 P6 P5 P4 P3 P2 P1 Yq
tt I) H 11

Regiones amplic6nicas Palindromes de las ~ Genes de muchas

regiones amplic6nicas r cop1as
Regiones X Regiones ~ Genes de una
transpuestas seudoautos6micas r sola copia
Regiones X - - Centr6mero
degeneradas y heterocromatina

G El cromosoma Y esta formado par regiones X tra nspuestas, regiones X degeneradas y

amplicones. Las regiones X t ranspuestas y degeneradas t i enen dos y 14 genes Cinicos, respectiva mente.
Los amplicones tienen ocho pal\ndromos extensos (P1-P8), los cuales contienen a nueve familias de
genes. Cada familia contiene par lo menos dos capias.

X hace aproximadamente tres o cuatro mi-
llones de afios, lo cual es especffico dellinaje
humano. Estas secuencias nose recombinan
con el cromosoma X y practicamente se han
desactivado, ahora contienen solo dos genes
activos.
Los segmentos X degenerados del cromosoma
Y son secuencias que comparten un ori -
gen comun con el cromosoma X (retorno
al autosoma comun del cual descienden los
cromosomas X y Y) y contienen genes o
seudogenes relacionados con el cromosoma
X. Hay 14 genes activos y 13 seudogenes.
En cierta forma, los activos han desafiado la
tendencia a ser eliminados de las regiones
cromosomicas que no pueden recombinarse
durante la meiosis.
Los segmentos amplic6nicos tienen una lon-
gitud total de 10.2 Mb y se repiten inter-
namente en el cromosoma Y. Hay ocho
bloques palfndromos grandes que incluyen
a nueve familias de genes codificadores de
protefnas; el numero de copias por familia
fluctua entre 2 y 35. El nombre "amplicon"
refleja el hecho de que las secu encias han
sido amplificadas internamente en el cro-
mosoma Y.
Sumando los genes que se encuentran en estas
_cs regiones, el cromosoma Y contiene muchos mas
:_-: io que se hubiera esperado, hay 156 unidades de
_ anscripcion, de las cuales la mitad representa a ge-
-:::s codificadores de protefnas y la mitad representa
.: ::eudogenes.
La presencia de los genes activos se explica por
:: h echo de que la existencia de copias de genes
_ __ -mamente relacionados en los segmentos ampli-
.::::nicos permite que la conversion genica entre las
copias multiples de un gen sea usada para regene-
rar copias activas. Las necesid ades mas comunes
de las copias multiples de un gen son cuantitativas
(proporcionar mas producto proteinico) 0 cualita-
tivas (codificar protefnas con propiedades Jig era-
mente distintas o expresadas en tiempos o lugares
diferentes) , aunque en este caso, la funcion esen-
cial es evolutiva. De hecho, la existencia de copias
multiples permite ]a recombinaci6n en el rnismo
cromosoma Y para sustituir ala diversidad evoluti-
va que suele ser proporcionada por recombinacion
entre los cromosomas alelicos.
La mayorfa de los genes codificadores de pro -
teinas en los segmentos ampliconicos se expresa
especfficamente en los testiculos, y probablemente
esten implicados en el desarrollo de la masculinidad.
Si hay -60 de dichos genes en un conjunto total
de -25 000 genes humanos, la diferencia genetica
entre varones y mujeres es de - 0.2 % .
Ill Las especies mas complejas
evolucionan al agregar nuevas
funciones genicas
Conceptos principales
La comparaci6n de diferentes genomas muestra un
incremento constante en el numero de genes con fo rme
se aiiaden genes adicionales para formar eucariotas,
organismos multicelulares, ani males y vertebrados.
La mayoria de los genes (micas de los vertebrados
estan relacionados con el sistema nervioso o el
i nmunol6gico .
La comparacion de la secuencia del genoma huma-
no con secuencias encontradas en otras especies es
reveladora respecto del proceso de evolucion . En

5.8 Las especies mas comp lejas evolucionan al agregar nuevas fun cio nes genicas 87
 Incremento de
Ia complejidad
Todas las Compartimientos
procariotas y
celulares
vertebrados las eucariotas
22% 21%
Solo
vertebrados Solo
eucariotas Multicelularidad
y animales
32%
24%
Los genes humanos pueden clasificarse segun la am-
plitud de la distribuci6n de sus hom6logos en otras especies.
0 Transcripci6n/
traducci6n
Plegamiento
protefnico
0 Replicaci6n
0 Transporte
Metabolismo
Las protelnas eucari6ticas comunes estan rela-
cionadas con funciones celulares esenciales.
la se analizan los genomas humanos de
acuerdo con la amplitud de su distribuci6n en la
naturaleza. Partiendo del mas comun (esquina su-
perior derecha de la figura), el 21% de los geneses
comun a eucariotas y procariotas, y tienden a codifi-
car proteinas esenciales para todas las formas vivas,
tipicamente para el metabolismo basico, la replica-
cion, la transcripci6n y la traducci6n. Avanzando
en el sentido de las manecillas del reloj, se agrega
otro 32% de los genes a las eucariotas en general,
por ejemplo, pueden encontrarse en las levaduras.
Estos genes tienden a codificar proteinas implica-
das en funciones generales de las celulas eucari6ti-
cas, pero no de las bacterias; podrfan relacionarse,
por ejemplo, con la especificaci6n de organelos o
con los componentes del citoesqueleto. Otro 24% de
los genes son necesarios para la especificaci6n de los
animales, entre otros, los gen es para la multicelu-
laridad y el desarrollo de diferentes tipos de tejidos.
Veintid6s por ciento de los genes son unicos de ver-
tebrados, y codifican principalrnente a protefnas del
88 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes
0 lntracelular
5 oo
El incremento de la complejidad de las eucario-
tas se acompaiia de la acumulaci6n de proteinas nuevas para
desempeiiar funciones transmembrana y extracelulares.
sistema inmunol6gico y del n ervioso, pero a muy
pocas enzimas, lo cual coincide con la idea de que el
origen de las enzimas es muy antiguo y que las rutas
metab6licas se originaron al principia de la evolu-
ci6n. Por lo tanto, se observa que el avance de las
bacterias a los vertebrados implica agregar grupos
de genes que representan a las nuevas funciones
necesarias en cada etapa.
Una man era de definir las protefnas comunmen-
te necesarias es identificar las que se encuentran en
todos los proteomas. Comparando detalladamente
el proteoma humano con los proteomas de otros
organismos, 46 % del de las levaduras, 43 % del de
los gusanos y 61% del de las moscas estan repre-
sentados en el humano; un grupo clave de - 1 300
protefnas esta presente en los cuatro proteomas.
Las protefnas comunes son protefnas domesticas
basicas necesarias para funciones esenciales que
corresponden a los tipos resumidos en Ia
. Las funciones principales estan relacionadas
con la transcripci6n y Ia traducci6n (35%), el meta-
bolismo (22 % ), el transporte (12 % ), Ia replicaci6n
y modificaci6n del DNA (10%), el plegamiento y la
degradaci6n de protefnas (8%) y los procesos celu-
lares (6 %).
Una de las sorprendentes caracterfsticas del pro-
teoma humano es que tiene muchas protefnas nue-
vas respecto de otras eucariotas, pero relativamente
pocos dominios protefnicos nuevos. La mayoria de
los dorninlos protefnicos parecen ser comunes al rei-
 animal. Sin embargo, hay muchas arquitecturas
:- t.efnicas recientes definidas como combinaciones
_evas de dominios. En la se muestra
_e el mayor incremento tiene Iugar en las protei-
~- transmembrana y las extracelulares. En las le-
d uras, la vasta mayorfa de las arquitecturas tiene
_e ver con las protefnas intracelulares. En las mos-
-: o los gusanos) hay aproximadamente el doble
-" arquitecturas intracelulares, pero hay un incre-
::-nto sorprendente de protefnas transmembrana y
- .: acelulares, como es de esperar de Ia adici6n de
-2ciones necesarias para las interacciones entre las
::: las de un organismo multicelular. El incremen-
en las arquitecturas intracelulares necesario para
:-:-nar un vertebrado (hombre) es relativamente
::: "ueiio, pero tambien en este caso se incrementan
gran medida Ia arquitectura transmembrana y la
- .:Tacelular.
Desde hace mucho tiempo se sabe que la di-
: :-encia genetica entre el hombre y el chimpance
- estro pariente mas cercano) es muy pequeiia,
- : 9% de los genomas son identicos. Hoy dia, Ia se-
~ encia del genoma del chimpance permite investi-
-~: con mas detalle ese 1% de diferencias y detectar
. :as caracterfsticas responsables de "lo humano"
_eden ser identificadas. La comparaci6n muestra
- x 106 sustituciones de nucle6tidos (1.2% dedi-
: :-encia global en la secuencia), 5 x 106 deleciones
.nserciones (dejando en -1.5 % de Ia secuencia
: _cromatica, especffica de cada especie) y muchas
-:::: tructuraciones cromos6micas. Las protefnas co-
- ~-pondientes suelen ser muy similares; 29% son
-:~micas y entre especies, en Ia mayoria de los casos
- c: : s6lo una o dos diferencias en los aminoacidos
- -: la protefna. De hecho, las sustituciones de nu -
~ ' tidos son menos frecuentes en los genes codifi-
o ores de protefnas que en los que tienden a estar
-;olucrados en rasgos especfficamente humanos,
cual sugiere que !a evoluci6n de las protefnas
- es un efecto importante en las diferencias entre
. . humano y el chimpance, lo cual deja como po -
: :lidades principales a los cam bios de estructura
; ::lica en gran escala y los de Ia regulaci6n. El 25 %
:- as sustituciones de nucle6tidos ocurre en los di-
- _de6tidos CpG (entre los cuales hay m u chos sitios
-~ !adores potenciales) .
~Cuantos genes
son esenciales?
:Onceptos principales
o todos los genes son esenciales. En las levaduras y
as moscas, las deleciones de <50% de los genes tienen
efectos detectables.
Cuando dos o mas genes son redundantes, una
mutaci6n en cualquiera de ellos puede no tener efectos
detectables.
No se sabe porque sobreviven los genes que
aparentemente son prescindibles en el genoma.
La se!ecci6n natural es !a fuerza que garantiza que
los genes {Jtiles sean retenidos en el genoma; las mu-
taciones son a!eatorias y su efecto mas comun en un
ORF seria daiiar al producto proteinico. Un organis-
mo con mutaciones nocivas estaria en desventaja
en Ia evoluci6n, y en ultima instancia, la mutaci6n
serfa eliminada por deficiencias de competitividad de
los organismos que Ia portan. La frecuencia de un
alelo deficiente en la poblaci6n se equilibra entre Ia
generaci6n de mutaciones nuevas y Ja eliminaci6n
de mutaciones antiguas. Invirtiendo este argumento,
siempre que se ve un ORF intacto en el genoma, se
supone que su producto desempe.iia una funci6n uti!
en el organismo. La selecci6n natural debe haber im-
pedido Ia acumulaci6n de mutaciones en el gen. El
destino final de un gen que deja de ser uti! es acumu-
lar mutaciones hasta que deja de ser reconocible .
El mantenimiento de un gen in1plica que confie-
re una ventaja selectiva al organismo. Sin embargo,
en el curso de Ia evoluci6n, incluso una ventaja rela-
tiva pequei'ia puede ser objeto de !a selecci6n natural
y un defecto fenotfpico no ser necesariamente detec-
table de inmediato como resultado de una mutaci6n.
No obstante, serfa importante saber cuantos genes
son realmente esenciales, lo cual significa que su au-
sencia es leta! para el organismo, lo cual, en el caso
de los organismos diploides, significa por supuesto
que la mutaci6n nula homocig6tica es leta!.
Se puede suponer que la proporci6n de genes
esenciales declinani con el incremento de tamai'i.o
del genoma porque los genomas mas grandes pue-
den tener multiples copias relacionadas con fun-
ciones genicas particulares, pero hasta a h ora esta
expectativa no ha sido confirmada por los datos
(vease Ja Fig. 5.2) .
Una forma de abordar el tema del numero de
geneses determinar.mediante analisis mutacional el
numero de los que son esenciales. Si saturamos una
region especffica del cromosoma con mutaciones le-
tales, las mutaciones de ben mapearse en un numero
de grupos de complementaci6n que corresponda al
numero de loci letales en dicha region. Al extrapolar
este metodo al genoma como unidad global, se po-
dra calcular el numero total de genes esenciales.
En el organismo que tiene el genoma mas pe -
queiio conocido (M. genitalium), las inserciones alea -
torias tienen efectos detectables s6lo en a proxima-
damente dos tercios de los genes; asimismo, menos
5.9 ;_Cuantos genes son esenciales? 89
.-r---------------- -

de la mitad de los genes de la bacteria E. coli parecen ana !isis previa, solo 12% fueron letales y otro 14'1.:.
ser esenciales. La proporcion es incluso mas baja en impedfa el crecimiento. La mayor parte de las inser
la levadura S. cerevisiae. Cuando las inserciones se ciones (70%) no tuvo ningun efecto. En un sonde
introdujeron aleatoriamente en el genoma en un mas sistematico, basado en la deleci6n completa de
cada uno de los 5 916 genes (>96% de los idenri-
ficados), se muestra que solo el 18.7% es esenciiL
para el crecimiento en un medio de cultivo rico er;
nutrientes. En la r se observa que las le-
Cre.cimiento Iento vaduras incluyen genes en todas las categorias. Lc.
unica concentraci6n notable de defectos esta en lo.;
que codifican a productos implicados en la sfntesis
20 protefnica, en cuyo caso, -50% son esenciales. Ob-
viamente, en este metodo se subestima el numero
de genes esenciales para que la levadura viva en su
habitat naturaL cuando no esta tan bien provista
15 de nutrientes.
<1l
En la se resumen los resultados de
E un analisis sistematico de los efectos de Ia perdida
0
c
<1>
Cj)
de funcion genica en el gusano C. elegans. Las se-
a; cuencias de genes individuates fueron pronostica-
"0 10
~
0
das a partir de la secuencia del genoma, y al dirigir
un RNA inhibidor contra estas secuencias (vease
Ia seccion 13.10, La interferencia de RNA esta re-
lacionada con el silenciamiento de genes), se creo
un conjunto grande de gusanos en el cual se impi-
dio el funcionamiento de un gen (pronosticado) en
cada gusano. Los efectos detectables en el fenotipo
se observaron solo en 10% de estos organismos con
genes desactivados, lo cual sugiere que la mayorfa
de los genes no tiene funciones esenciales.
La proporcion de genes esenciales es mayor
(21%) entre los genes de gusanos que tienen con-
trapartes en otras eucariotas, lo cual sugiere que los
genes ampliamente conservados tienden a desem-
pefiar funciones mas basicas. Tambien se incremen-
Los genes esenciales de las levaduras se encuentran ta Ia proporcion de genes esenciales entre los que
en todas las clases. Las barras azules muestran La proporci6n total se presentan individualmente en cada genoma ha-
de cada clase de genes, en tanto que las rajas muestran a los esen- ploide, respecto de los genomas que tienen muchas
ciales. copias de genes relacionados o identicos, lo cual su-
giere que muchos de los genes multiples pueden ser
:...
duplicaciones relativamente recientes que pueden
sustituir mutuamente sus funciones.
0 90% efectos
no detectables
En Drosophila se han realizado analisis extensos
del numero de genes esenciales en una eucariota
0 70% superior mediante intentos de correlacionar los as-
no viables pectos visibles de la estructura cromosomica con el
0 1.6% fenotipos numero de unidades geneticas funcionales. La idea
posembrionarios de que esto pueda ser posible provino originalmente
de la presencia de bandas en los cromosomas po-
0 1.6% defectos litenicos de D. melanogaster. (Estos cromosomas se
del desarrollo encuentran en determinadas etapas del desarrollo y
representan una forma fisica inusualmente amplia,
en la cual son evidentes una serie de bandas [de-
En un analisis sistematico de perdida de funci6n
nominadas mas formalmente cromomeros]; vease
que se realiz6 en 86% de los genes del gusano se demostr6 que Ia seccion 28.1 0, Los cromosomas politenicos for-
solo el 10% tiene efectos detectables en el fenotipo. man bandas.) A partir del concepto anterior de que

90 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes

 ~ bandas pueden representar un orden lineal de un organismo puede tener dos rutas independien-
-=--=nes, se ha llegado al intento de correlacionar la tes susceptibles de proporcionar cierta actividad. La
~ganizaci6n de los genes con la organizacion de las desactivacion de cualquiera de elias no serfa daiiina,
: :1ndas. En el conjunto haploide de D. melanogaster pero Ia ocurrencia simultanea de mutaciones en los
: 11-y -5 000 bandas cuyo tamaiio varia en mas de gen es de ambas serfa deleterea.
- orden de magnitud, pero en promedio hay -20 Este tipo de situaciones puede evalua rse combi-
D de DNA por banda. nando mutaciones. Para empezar, en la misma cepa
El metoda basi co consiste en saturar una region se introducen deleciones en dos genes, ninguna leta!
:-: mos6mica con mutaciones, las cuales suelen ser de por sf, pero si el mutante doble muere, Ia cepa se
~ncillamente reunidas como letales, sin analizar denomina letal sintetica. Esta tecnica ha resultado
' causa de ello. Cualquier mutaci6n leta! se toma muy efectiva en las levaduras, en las cuales puede
- ra identificar a un locus que esencial para el or- automatizarse el aislamiento de mutantes dobles,
:-:3.nismo. En ocasiones, las mutaciones provocan procedimiento denominado anal isis de matriz ge-
::ectos deletereos visibles pero no letales, en cuyo netica sintetica (SGA, synthetic genetic array ana/i-
.:.a.-o, tambien se toman en consideraci6n para iden- sis). En la se resume el resultado de un
!lcar un locus esencial. Cuando las mutaciones se analisis en el cual se realizo una SGA en cada una
: 'locan en grupos de complementacion, el niimero de las 132 deleciones viables para detectar si pue-
-..:ede ser compara do con el numero de bandas de Ia de sobrevivir en combinaci6n con cualquiera de las
:='Zion, o incluso, cada grupo de complementaci6n 4 700 deleciones viables. Cada uno de los genes de
- de ser asignado a bandas individuales. El propo- prueba tuvo por lo menos un compaiiero con el cual
:o de estos experimentos ha sido determinar si hay la combinaci6n fue leta!, y en la mayor parte de los
~ a relaci6n coherente entre las bandas y los genes, genes de prueba fue ese el caso; la mediana es de
r ejemplo, c_cada banda tiene un solo gen? -25 compaiieros, y el numero mayor se observ6 en
Agrupando los analisis realizados en los ulti- un gen de prueba que tuvo 146 compaiieros letales.
-:os 30 aiios, el numero de grupos de complemen-
-. :6n letales es -70 % del numero de bandas; aun
desconoce si esta relacion tiene algun significa-
- funciona l. Independientemente de la causa, la Sentido err6neo/sin sentido 58%
Corte y empalme 10%
: .:uivalencia constituye un estimado razonable de Reguladoras <1%
- 3 600 genes letales; desde cualquier pun to de vista,
:-::: Drosophila, el numero de loci letales es significati- Deleciones pequefias 16%
' 1ente menor que el numero total de genes. lnserciones pequefias 6%
Si la proporci6n de genes esenciales humanos
__ similar a la observada en otras eucariotas, se Deleciones grandes 5%
Reestructuraciones grandes 2%
- :.:m osticaria un rango de 4 000 a 8 000 genes en
- que las mutaciones serfan letales o producirfan La mayor parte de los defectos geneticos cono-
::.aos evidentemente daiiinos. Actualrnente se han cidos de los genes humanos se debe a mutaciones puntuales;
-:.1tificado 1300 genes en los cuales las mutaciones casi todos afectan directamente a La secuencia prote1nica. El
resto se debe a inserciones, deleciones o reestructuraciones de
~ . vocan defectos evidentes, proporci6n sustancial diferentes tamafios.
_-:>_ total esperado, particularmente en vista de que
-..tchos genes letales pueden actuar tan precoz-
-_:"nte que nunca verfamos sus efectos. Este tipo de
ro
_:aos tambien suele explicar los resultados de Ia ~ 7
5 ~ , en la cual se observa que la mayorfa de 2
0.6
Q)
i defectos geneticos conocidos se debe a mutacio- ~ 5
Q)
- . - puntuales (en donde es mas probable que haya ~ 4
Ol
__ :lndo menos alguna funcion residual del gen). ~ 3
c. Como se ex plica Ia supervivencia de genes
<a deleci6n parece no ten er efecto alguno? La *
E 2
~ 1
~ . Ucaci6n mas probable es que el organismo tiene
. as alternas de cumplir con la misma funcion. 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140
--2 osibilidad mas sencilla es la redundancia, y Numero de genes letales interrelacionados (de 4 700)
-_:e hay muchas copias de algunos genes, lo cual
Los 132 genes mutantes de prueba presentan algunas com-
- jerto en algunos casos, cuando muchos genes binacio nes letales si se combinan con alguna de las 4 700 mutaciones no
:-: acionados) de ben ser desactivados para producir letales. En La grafica se ilustra cuantos genes letales interrelacionados hay
~- efecto. En un escenario un poco mas complejo, por cada gen de prueba.

5.9 zCuantos genes son esenciales? 91

 Una pequeiia proporci6n (-10%) de los pares mu-
tantes interrelacionados codificaron proteinas que
interactuan ffsicamente.
Este resultado de alguna manera apunta hacia
Ia explicaci6n de Ia falta aparente de efecto de tantas
deleciones. La selecci6n natural actuara contra es-
tas deleciones cuando se encuentren a si rnismas en
combinaciones de pares letales. Hasta cierto punto,
y una reacci6n que abarque un rango mas amplic.
debe resolverse por ajuste computarizado de curva.
en componentes individuates. Tambien aquf, est
representa lo que realmente es un espectro conti-
nuo de secuencias.
Un ejemplo de una reacci6n RNAm excesivo >
DNAc que genera tres componentes se muestra er_
Iar

el organismo ha sido protegido contra los efectos
daiiinos de las mutaciones merced ala redundancia,
pero paga el precio al acumular Ia "carga genetica"
de mutaciones que no son deletereas por sf rnismas,
pero que pueden causar problemas serios cuando
se combinen con otras mutaciones semejantes en
generaciones futuras. La teorfa de Ia selecci6n na-
tural sugeriria que Ia perdida de genes individuates
en dichas circunstancias produce una desventaja lo
suficientemente grande como para mantener al gen
activo durante Ia evoluci6n.
EID Los genes se expresan
en niveles rnuy diferentes
Conceptos principales
En una celula dada, la mayoria de los genes se expresa
en niveles bajos.
madamente Ia mitad de Ia masa del RNAm de la.
Solo un pequeiio numero de genes, cuyos productos
son especializados para un tipo celular espedfico, se
expresan ampliamente.
El primer componente tiene las misma_
caracterfsticas que una reacci6n de contro:
de RNAm de ovoalbumina con su copia de
DNA, lo cual sugiere que el primer compo-
nente es de hecho solo RNAm de ovoalbu-
mina (que ciertamente ocupa aproximada-
mente Ia mitad de Ia masa de mensajero de:
tejido del oviducto).
El siguiente componente proporciona 15 /(
de la reacci6n, con una complejidad tota~
de 15 kb; corresponde a 7 a 8 especies de-
RNAm con una longitud promedio de 2 OO(l
bases.
El ultimo componente proporciona 35% de
Ia reacci6n, que corresponde a una comple-
jidad de 26 Mb, lo cual equivale a -13 00
especies de RNAm con una longitud prome-
dio de 2 000 bases.
A partir de este analisis se observa que aproxi-

Primer Segundo Ultimo

La proporci6n de DNA representada en una pobla- componente componente componente
ci6n de RNAm puede determinarse porIa cantidad 50% a 15%a 35%a
Rot0 0.0015 Rot0 0.04 Rot0 30
de DNA susceptible de hibridarse con el RNA. Di-
cho analisis de saturaci6n habitualmente identifica
a -1% del DNA como proveedor de un molde para
el RNAm. A partir de este descubrimiento es posible
!
~
calcular el numero de genes, siempre y cuando se z
0
conozca Ia longitud promedio de un RNAm. En una Qi
eucariota inferior, como una levadura, el numero 75
u
total de genes expresados es -4 000, mientras que <0
"0
en los tejidos somaticos de las eucariotas superiores, ~
suele ser de 10 000 a 15 000; el valor es similar en :.c
(l)
(/)
50
las plantas y los vertebrados. (La unica excepci6n Q)
::::!
que coincide con este tipo de valor es el cerebro de <T
(l)

los mamfferos, en el cual aparentemente se expre-

san numeros mucho mayores de genes, aunque no
~ 25
~
se ha confirmado Ia cantidad exacta.) 0
Q_

El ana !isis cinetico de Ia reasociaci6n de una po-

blaci6n de RNA permite determinar Ia complejidad
de su secuencia. Este tipo de analisis suele identi-
ficar a tres componentes de una celula eucari6tica.
Igual que en una curva de reasociaci6n de DNA, un
solo componente se hibrida en cerca de dos ctecadas
de valores Rot (concentraci6n de RNA x tiempo),
10- 4 10-3 10-2 10-1
Rot
La hibridaci6n entre RNAm excesivo y DNAc iden-
tifica a numerosos componentes de las celulas del oviducto de
polla caracterizadas par el Rot,1, de reacci6n.

92 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes

-=.ula representa un solo RNAm, -15% de Ia masa
:~ proporcionada por solo 7 a 8 moleculas de RNAm
-35% de la masa se divide en la enorme cifra de
. 3 000 especies de RNAm, por lo tanto, es obvio
. ..:.e las moleculas de RNAm que comprenden cada
- :nponente deben estar presentes en cantidades
- -'Y diferentes.
AI numero promedio de moleculas de cada
- :.1\m por celula se le denomina abnndancia, que
..:. de calcularse de forma muy sencilla si se conoce
-:nasa total de RNA de la celula. En el ejemplo de !a
=; ura 5.23, el RNAm total puede representarse
mo 100 000 copias del primer componente (Rt~Am
-: ovoalbumina) y 4 000 de cada una de las 7 a 8
- leculas de RNAm del segundo componente, pero
.o -5 copias de cada una de las 13 000 moleculas de
- _:"-\m que constituyen el ultimo componente.
La poblacion de RNAm se puede dividir en dos
.;; es generales, de acuerdo a su abundancia:
El oviducto es un caso extremo, con gran
parte del RNAm representada en una sola
especie, pero Ia mayor parte de las celulas
contiene un numero pequeiio de moleculas
de RNA en numerosas copias. Este RNAm
abundante suele estar formado por < 100
moleculas diferentes de RNAm en 1 000 a
10 000 copias por celula. Con frecuencia co-
rresponde a gran parte de Ia masa, cerca de
50 % del RNAm total.
Aproximadamente Ia mitad de Ia masa de
RNAm consiste en un numero importante
de secu encias, cerca de 10 000, cada una
representada por solo un pequefi.o numero
de copias en el RNAm, unas <I O, que es la
clase de RNAm escaso o RNAm comple-
jo; es esta clase la que !leva a reacciones por
saturacion.
(Cuantos genes se expresan?
:::.; cep:os pri nci pales
_Js RNAm expresados en niveles bajos se superponen
~ m pliamente en comparaciones de ti pos de celulas.
..as moleculas de RNAm abundantemente expresadas
;Jelen ser especificas del tipo de celula.
-:o 000 genes expresados pueden ser comunes a la
- 3yoria de los tipos celulares de una eucariota superior.
~ango de genes expresados de muchos tejidos
-~
icos de eucariotas superiores es de I 0 000 a
- : 0. (. Que tanta es la superposicion entre genes
:e ados en tejidos diferentes? Por ejemplo, el
=~ io de polio se expresan de - Il 000 a 17 000
to del valor que se observa en el oviducto de
- 13 000 a 15 000. (.Cuantos de estos dos conjuntos
de genes son identicos? LCuantos son espedficos de
cada tejido? Estas interrogantes suelen responderse
al analizar el transcriptoma, o conjunto de secuen-
cias representadas en el RNA.
De inmediato se observa que es probable que
haya diferencias sustanciales entre los genes expre-
sados en Ia clase abundante. La ovoalbumina, por
ejemplo, se sintetiza solo en el oviducto y para nada
en el hfgado, lo cual significa que el 50% de la masa
de RNAm del oviducto es espedfica de dicho tejido.
Sin embargo, las moleculas de RNAm abun-
dante representan solo u na pequeiia porcion del
numero de genes expresados. Desde Ia perspectiva
del numero total de genes del organismo y del nu-
mero de cambios que deben darse en Ia transcrip -
cion entre diferentes tipos de celulas, se necesita
conocer Ia extension de Ia superposicion entre los
genes representados en las clases de RNAm escaso
de diferentes fenotipos celulares.
Las comparaciones entre tejidos diferentes mues-
tran que, por ejemplo, -75% de las secuencias expre-
sadas en el hfgado y en el oviducto son las mismas,
en otras palabras, -12 000 son expresados en el hf-
gado yen el oviducto, -5 000 genes adicionales solo
en el hfgado y otros -3 000 se expresan solo en el
oviducto.
Las moleculas de RNAm escaso se superponen
ampliamente. Entre el riiion y el higado del raton,
-90% de las moleculas de RNAm escaso son iden -
ticas, en funcion del numero de genes expresados,
una diferencia de solo I 000 a 2 000 entre tejido y
tejido . El resultado general obtenido en varias com-
paraciones de este tipo revela que solo -1 0% de las
secuencias de RNAm de una cel ula son unicas en
ella. La mayoria de las secu encias son comunes
en numerosos tipos celulares, quiza en todos.
Esto sugiere que el conjunto com{m de fun-
ciones de los genes expresados, tal vez -10 000 en
los mamfferos, comprende funciones necesarias en
todos los tipos de celulas. En ocasiones, este tipo de
genes se conoce como genes de mantenimiento
o genes constitutivos; sus actividades contrastan
con las representadas por funciones especializadas
(como Ia ovoalbumina o Ia globina), necesarias solo
para fenotipos celulares espedficos. En ocasiones, a
estos genes se les llama genes especializados.
liD El numero de genes expresados
puede medirse en masa
Conceptos principales
La tecnolog\a del chip permite tamar una instantanea
de la expresi6n del genoma com plete de una unidad
celular de levadura.
5.12: El numero de genes expresados puede medi rse en masa 93

ll: 2 000
z 40%
a:
D
Q)
(/) 1 500
Cll
"S
()
Q)
0 tran en cada nivel de abundancia.
E 1 000
D
Q)
0 contienen matrices de oligonucle6tidos de alta den-
Qj
E 500
:::J
z construcci6n es posible porque se conoce Ia secuen-
<1 1-10 10-100 > 100
Capias de RNAm por celulas de levadura
La abundancia de las moleculas de RNAm de
las levaduras fluctua entre <1 por celula (o sea que no todas
las celulas tienen una copia de RNAm) y >100 por celula (que
codifican a las proteinas mas abundantes).
El analisis de HDA permite medir los cambios
en la expresi6n de cada gen (la parte superior izquierda es el
primer gen del cromosoma I y la inferior derecha, el ultimo gen
del cromosoma XVI). Los cambios en la expresi6n relativos a
los tipos silvestres se indican en los colores rojo (reducci6n),
blanco (sin cambios) o azul (incremento). Fotografias cortesia
de Rick A. Young, Whitehead Institute, Massachusetts Institute
of Technology.
-75% (-4500 genes) del genoma de las levaduras se
expresa en condiciones de cultivo normales.
La tecnologia del chip permite comparar
detalladamente celulas animates relacionadas para
determinar (por ejemplo) las diferencias de expresi6n
entre una celula normal y una cancerigena.
La tecnologfa reciente permite estimar de manera
mas sistematica y precisa el numero de genes ex-
presados. Un m etodo (analisis serial de Ia expre-
sion genica o SAGE, serial analysis ofgene expression)
permite utilizar una etiqueta secuencial unica para
identificar a cada RNAm. La tecnologfa permite me-
94 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes
dir posteriormente la abundancia de cada etiquet
Mediante este metodo se identifican 4 665 genes ex-
presados en S. cerevisiae cuando crece en condicion :
normales, con abundancias que fluctuan entre 0.:
y >200 transcritos/celula, es decir, que -75% d
numero total de genes (-6 000) se expresa en dicha:
condiciones. En Ia se resume el numer
de moleculas diferentes de RNAm que se encuen-
La tecnologfa mas poderosa utiliza chips que
sidad (HDA, high-density oligonucleotide arrays) cu c.
cia del genoma completo. En el caso de S. cerevisiae
cada uno de los 6 181 ORF estan representados en Ia
HDA por oligonucle6tidos de 20 25-mer que corres-
ponden perfectamente a Ia secuencia del mensaje y
20 oligonucle6tidos no correspondientes que difieren
en una posicion de base. El nivel de expresi6n de
cualquier gen se calcula sustrayendo la seiial pro-
medio de un apareamiento err6neo de su compa-
iiero perfecto. El genoma completo de las levaduras
puede representarse en cuatro chips. Esta tecnologfa
es lo suficientemente sensible como para detectar
los transcritos de 5 460 genes (-90% del genoma) y
mostrar que numerosos genes se expresan en niveles
bajos, con abundancias de 0.1 a 0.2 trascritos/celula.
Una abundancia de <1 transcrito/celula significa que
no todas las celulas tienen una copia del transcrito en
un momento dado.
La tecnologfa permite no solo la medici6n de los
niveles de expresi6n genica, sino tambien Ia detec-
ci6n de diferencias de expresi6n en celulas mutantes
respecto de celulas de tipo silvestre que crecen en
condiciones de cultivo diferentes, etcetera. Los resul-
tados de la comparaci6n de dos estados se expresan
en una cuadricula en Ia cual cada cuadro representa
un gen especffico y el cambio relativo en Ia expre-
si6n se indica mediante un color. La parte izquierda
de Ia muestra el efecto de una mutaci6n
en Ia RNA polimerasa II, la enzima que produce al
RNAm, Ia cual, como puede esperarse, provoca que
Ia expresi6n de Ia mayorfa de los genes se reduzca
mucho. La parte derecha de Ia figura, por el contra-
rio, muestra que una mutaci6n en un componente
accesorio del mecanisme de transcripcion (SRBJO)
tiene efectos mucho mas restringidos y provoca in-
crementos en Ia expresi6n de algunos genes.
La extension de esta tecnologfa a las celulas
animates permitira que las descripciones generales
basadas en el ana !isis de hibridaci6n del RNA sean
remplazadas por descripciones exactas de los genes
expresados y de las abundancias de sus productos,
en cualquier tipo de celula dado. Un mapa de expre-
sion genica de D. melanogaster detecta actividad de
transcripci6n en alguna etapa del ciclo vital en casi
: dos (93%) los genes pronosticados y muestra que
:-1 40% tiene formas alternas de corte y empalrne.
Resumen
: . . os genomas secuenciados induyen numerosas bac-
: ~ rias y archaea, levaduras y un gusano, una mosca,
-D raton y a! hombre. El n umero mfnimo de genes
::!ecesarios para formar una celula viviente (un pa-
:-asito intracelular obligado) es -470; para una celu-
.a. de vida libre, -I 70 0. Una bacteria gramnegativa
i p ica tiene - I 500 genes. El contenido genico de las
~ e pas de E. coli fluctua entre 4 300 y 5 400 genes . El
=-en bacteria no promedio tiene -1 000 bp de longi-
: d y se separa del siguiente par un espacio de - I 00
_p. Las levaduras S. pombe y S. cerevisiae tienen 5 000
~- 6 000 genes, respectivamente.
Aunque Ia mosca D. melanogaster es un organis-
::no mas complejo y tiene un genoma mas grande
~ue el del gusano C. elegans, Ia mosca tiene menos
:-enes (13 600) qu e el gusano (18 500). La plan-
:n Arabidopsis tiene 25 000 genes y que no hay una
:-elacion clara entre el tamaiio del genoma y el nu -
::nero de genes se demuestra porque el genoma del
::.:-roz es cuatro veces mas grande, pero contiene solo
.:n incremento de 50% en el numero de genes, a
--!0 000 . El raton y el hombre tienen de 20 000 a
:.o 000 genes, cantidades mucho menores de lo espe -
~a do. La complejidad del desarrollo de un organismo
uede depender de la naturaleza de las interacciones
-:'ntre los genes, asf como de su numero total.
En las procariotas yen las eucariotas, aproxima-
_<Jmente 8 000 genes son comunes, y probablemen-
:e esten implicados en funcion es basicas. En otros
rganismos multicelulares se pueden enco ntrar
_2 000 genes . Para formar un animaL se agregan
.ros 8 000, y 8 000 mas (profundamente relacio-
:-.ados con el sistema nervioso y el inmunologico) se
:'Ocuentran en los vertebrados. En los organismos
:-Jyo genoma ha sido secuenciado, solo el 50 % de
) 5 genes tien e funcione s definidas. El analisis de
;enes letales siguiere que so lo una minorfa de genes
_- esenci al para cada organism a.
Las secuencias que constituyen un genoma
7Jcariotico pueden clasificarse en tres grupos: las
:>cuencias no repetitivas son unicas; las secuencias
oderadamente repetitivas estan dispersas y se re-
-:ten pocas veces como capias relacionadas, pero
-. identicas, y las secuencia s muy repetitivas son
_ rtas, y se repiten como matrices en tandem. Las
-:-coporciones de los tipos de secuencias son caracte-
-:sticas de cada genoma, aunque los genomas mas
:: and es tie nden a presentar una proporcion menor
_, DNA no repetitive. Aproximadamente el 50%
~:"! gen oma humano consta de secuencias repeti-
--as, de las cuales, Ia gran mayorfa corresponde
a secuencias de transposones. La mayor parte de
los genes estructurales se Ioca liza en el DNA no re-
petitive, cuya complejidad es mejor indicador de la
complejidad del organismo que Ia complej idad total
del genoma; el DNA no repetitive llega a tener una
COmplejidad maxima de -2 X 10 9 bp.
Los genes se ex presan en muy diversos nive-
les, de modo que puede haber 10 5 capias de RNAm
de un gen abundante cuya protefna es el producto
principal de Ia celula; 10' capias de cada RNAm de
< 10 mensajes moderadamente abundantes, y <10
capias de cada RNAm de > 10 000 genes escasamen-
te expresados. Las superposiciones entre poblacio -
nes de RNAm de celulas con diferentes feno tipos
son frecuentes; la gran mayoria de las moleculas de
RNAm se encuentran en la mayoria de las celulas.
La herencia no mendeliana se exp lica par la
presencia de DNA en organelos Ioca li zados en el
citoplasma. Las mitocondrias y los cloroplastos re-
presentan a sistemas delimitados par membranas
en los cuales algunas protefnas son sintetizadas en
el organelo, mientras que otras son importadas. El
genoma de los organelos suele ser un DNA circular
que codifica a todos los RNA y a algunas de las pro-
tefnas que necesita .
El tamafio de los genomas mitocondriales va rfa
mucho, desde el genoma minimalista de los mamf-
feros, de 16 kb hasta el de 570 kb de las plantas su-
periores. Se supone que los genomas mas grandes
codifican funciones adicionales . Los genomas de los
cloroplastos oscilan entre 120 y 200 kb; los que han
sido secuenciados, tienen una organizacion y funcio-
nes codificadoras similares. Tanto en las mitocondrias
como en los cloroplastos, muchas de las protefnas
mayores contienen algunas subunidades sintetizadas
en el organelo y otras importadas del citosol.
Las moleculas de DNA de los mamfferos se trans-
criben a un solo transcrito de la banda codificadora
principal, en tanto que los productos individuales se
generan par procesamiento de RNA. En las levadu-
ras, las reestructuraciones son bastante frecuentes
en el DNA mitocondriaL adem as de que se han en-
contrado recombinaciones entre genomas mitocon-
driales o genomas de cloroplastos. Las transferencias
de DNA han tenido Iugar de los cloroplastos o las
mitocondrias a los genomas nucleares.
Referencias
IJI El numero de genes bacterianos abarca un rango
de un orden de magnitud
Articulos de revision
Bentley. S.D. and Parkhill. J. (2004). Comparative
genomic structure of prokaryotes. Annu. Rev. Genet.
38, 771 - 792.
Referencias 95
 Hacker, J. and Kaper, J. B. (2000). Pathogenicity islands
and the evolution of microbes. Annu. Rev. Micro-
bioi. 54, 641-679.
Artlculos de investiga ci6n
Blattner, F. R. et a!. ( 1997). The complete genome
sequence of Escherichia coli K-12. Science 277,
1453-1474.
Deckert, G. eta!. ( 1998). The complete genome of the
hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus.
Nature 392, 353-358.
Galibert, F. et al. (200 1). The composite genome of the
legume symbiont Sinorhizobium meli!oti. Science
293, 668-672.
Ill Se conoce el numero total de genes de numerosas
eucariotas
Articulos de investiga ci6n
Adams, M.D. et al. (2000). The genome sequence of D.
melanogaster. Science 287, 2185-2195.
Arabidopsis Initiative (2000). Analysis of the genome
sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana.
Nature 408, 796-815.
C. elegans Sequencing Consortium ( 1998). Genome se -
quence of the nematode C. elegans: a platform for
investigating biology. Science 282, 2012-2022.
Duffy, A., and Grot P. (2001). Psychiatric diagnoses in
the context of genetic studies of bipolar disorder.
Bipolar Disord. 3, 270-275.
Dujon, B. et al. ( 1994). Complete DNA sequence of
yeast chromosome XI. Nature 369, 371-378.
GofL S. A. et al. (2002). A draft sequence of the rice
genome (Oryza sativa L. ssp. japonica). Science
296, 92-114.
Johnston, M. eta!. ( 1994). Complete nucleotide se-
quence of S. cerevisiae chromosome VTII. Science
265, 2077-2082.
Kellis, M., Patterson, N. , Endrizzi, M. , Birren, B., and
Lander, E. S. (2003). Sequencing and comparison
of yeast species to identify genes and regulatory
elements . Nature 423, 241-254.
Oliver, S. G. e t al. (1992). The complete DNA sequence
of yeast chromosome III. Nature 357, 38-46.
Wilson, R. eta!. (1994) . 22Mb of contiguous nucleo-
tide sequence from chromosome III of C. elegans.
Natu re 368, 32-38.
Wood, V. et al. (2002). The genome sequence of
S. pombe. Nature 415, 871-880.
IIJ (Cuantos tipos diferentes de genes hay?
Referer.cias
RuaL J. F., Venkatesan, K., Hao, T., Hirozane-Kishikawa,
T., Dricot, A., Li, N., Berriz, G. F., Gibbons, F. D.,
Dreze, M., Ayivi-Guedehoussou, N., eta!. (2005).
Towa rds a proteome-scale map of the human protein-
prote in interaction network. Nature 437, 1173-1178.
96 CAPITULO 5 Secuencias gen6micas y numeros de genes
Articulos de revisi on
Aebersold, R. and Mann, M. (2003). Mass spectrometry-
based proteomics. Nature 422, 198-207.
Hanash, S. (2003). Disease proteomics. Nature 422,
226-232.
Phizicky, E., Bastiaens, P. I., Zhu, H., Snyder, M., and
Fields, S. (2003). Protein analysis on a proteomic
scale. Nature 422, 208-215.
Sali, A., Glaeser, R., Earnest, T., and Baumeister, W.
(2003). From words to literature in structural
proteomics. Nature 422, 216-225.
Articulos de investigaci6n
Agarwal, S., Heyman, J. A., Matson, S., Heidtman, M.,
Piccirillo, S., Umansky, L., Drawid, A. , Jansen, R., Liu,
Y. , Miller, P., Gerstein, M., Roeder, G. S., and Snyder,
M. (2002). Subcellular localization of the yeast
proteome. Genes Dev. 16, 707-719.
Arabidopsis Initiative (2000). Analysis of the genome
sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana.
Nature 408, 796-815.
Gavin, A. C. eta!. (2002). Functional organi zation of the
yeast proteome by systematic analysis of protein
complexes. Nature 415, 141-147.
Ho, Y. eta!. (2002). Systematic identification of protein
complexes inS. cerevisiae by mass spectrometry. Nature
415, 180-183.
Rubin, G. M. eta!. (2000). Comparative genomics of the
eukaryotes. Science 287, 2204-2215.
Uetz, P. et al. (2000). A comprehensive analysis of
protein-protein interactions inS. cerevisiae. Nature 403,
623-630.
Venter, J. C. eta!. (2001). The sequence of the human
genome. Science 291, 1304-1350.
Ill El genoma humano tiene menos genes
de los esperados
Art\culos de investigaci6n
Clark, A. G. eta!. (2003). Inferring nonneutral evolution
from human-chimp-mouse orthologous gene trios.
Science 302, 1960-1963.
Hogenesch, J. B., Ching, K. A., Batalov, S., Su, A. I.,
Walker, J. R., Zhou, Y., Kay, S. A., Schultz, P. G., and
Cooke, M.P. (2001). A comparison of the Celera and
Ensembl predicted gene sets reveals little overlap in
novel genes. Cell106, 413-415.
International Human Genome Sequencing Consortium
(2001).lnitial sequencing and analysis of the human
genome. Nature 409, 860-921.
International Human Genome Sequencing Consortium
(2004). Finishing the euchromatic sequence of the
human genome . Nature 431, 931-945.
Venter, J. C. e t al. (2001). The sequence of the human
genome. Science 291, 1304-1350.
Waterston et al. (2002). Initial sequencing and comparative
analysis of the mouse genome. Nature 420, 520-562.

(C6mo se distribuyen los genes y otras secuencias
en el genoma?
- ~:= encias
a um, C., Cody, M. C., Borowsky, M. L., Kamal,
.\1., Kodira, C. D., Taylor, T. D .. Whittaker, C.
.-\., Chang, J. L., Cuomo, C. A., Dewar, K. , et al.
(2005). DNA sequence and analysis of human
chromosome 18. Nature 437, 551-555.
El cromosoma Y tiene numerosos genes espec\ficos
de la masculinidad
--:1culos de investigaci6n
_ - etsky, H. et al. (2003). The male-specific region of
the human Y chromosome is a mosaic of discrete
sequence classes. Nature 423, 825-837.
Las especies mas complejas evolucionan al agregar
nuevas funciones genicas
: =:erencia
Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium
(2005) . Initial sequence of the chimpanzee genome
and comparison with the human genome. Nature
437, 69-87.
;_Cuantos genes son esenciales?
--:'culos de investigaci6n
~:.=ever et al. (2002). Functional profiling of the
S. cerevisiae genome. Nature 418, 387-391 .
'" .bl, M.G. and Peres. T. D. (1986) . Most of the yeast
genomic sequences are not essential for cell growth
and division. Ce/1 46, 983-992.
.:. ~,chison, C. A. et al. ( 1999). Global transposon
mutagenesis and a minimal mycoplasma genome.
Science 286, 2165-2169.
a th, R. S., Fraser, A. G., Dong, Y., Poulin, G., Dur-
bin, R., Gatta, M., Kanapin. A., le Bot. N., Moreno,
S., Sohrmann, M .. Welchman, D. P., Zipperlen,
P., and Ahringer, J. (2003). Systema tic functional
analysis of the C. e/egans genome using RNAi.
Nature 421, 231-237.
Tong. A. H. et al. (2004). Global mapping of the yeast
genetic interaction network. Science 303, 808-813 .
llll!J Los genes se expresan en niveles muy diferentes
Articulos de invest igaci6n
Hastie, N. B. and Bishop, J. 0. (1976). The expression
of three abu ndance classes of mRNA in m ouse
tissues. Cell9, 761-774.
EIEI El numero de genes expresados puede medirse
en masa
Art5culos de revision
Mikos. G. L. G. and Rubin, G. M. (1996). The role of the
genome project in dete rmining gene function:
insights from model organisms. Cell86, 521-529 .
Young, R. A. (2000). Biomedical discovery with DNA
arrays. Cell! 02, 9-15.
Articulos de invest igaci6n
Holstege, F. C. P. et al. (1998). Dissecting the regulatory
circuitry of a eukaryotic genome.
Cel/95, 717- 728.
Hughes, T. R., Marton, M. J., Jones, A. R., Roberts, C.
J., Stoughton, R., Armour, C. D., Bennett, H. A.,
Coffey, E ., Dai. H., He, Y. D., Kidd, M. J ., King,
A.M., Meyer, M. R .. Slade, D., Lum, P. Y., Stepa-
niants, S. B., Shoemaker, D. D. et al. (2000).
Functional discovery via a compendium of expression
profiles. Cel/102, 109- 126.
Stole. V. et al. (2004). A gene expression map for the
euchromatic genome of Drosophila melanogaster. Science
306, 655-660.
Velculescu, V. E. eta!. ( 1997). Characterization of the yeast
transcriptosome. Cell 88, 243-251.
Referencias 97
Agrupamientos y repeticiones
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
La duplicaci6n de los genes es una fue rza
importante en la evoluci6n
Los genes duplicados suelen separarse para dar Iugar a
genes diferentes o bien una de las ca pias se to rna inactiva
Los agrupamientos de globinas se forman par
duplicaci6n y por divergencia
Todos los genes de las globinas descienden por duplicacion
y mutaci6n de un gen ancestral que tenia tres exones.
El gen ancestral dio origen a la mioglobina, la
leghemoglobina y las globinas a y p
Los genes de las globinas a y p se separaron al principia
del periodo de evolucion de los vertebrados; despues, las
duplicaciones generaron agrupamientos individuates de
genes simi lares a los genes a y p.
.. Una vez que un gen ha sido desactivado per una mutacion,
puede acumular mas mutaciones y convertirse en un
seudogen homologo al gen activo o los genes actives, pero
que no tiene actividad funcional.
La divergencia secuencial es la base del reloj
evolutivo
Las secuencias de genes homologos en especies diferentes
varian en los sitios de remplazo (donde las mutaciones
causan sustituciones de aminoacidos) y en los silenciosos
(donde una mutacion no afecta a la secuencia proteinica).
Las mutaciones se acumulan en los sitios silenciosos - 10
veces mas rapido que en los de rem plazo.
La divergencia evolutiva entre des proteinas es medida per
el porcentaje de posiciones en que difieren los aminoacidos
correspondientes.
Las mutaciones se acumulan mas o menos a una misma
velocidad despues de que los genes se separan, de manera
que la divergencia entre cualquier par de secuencias de
globina es proporcional al tiempo transcurrido desde la
separacion de sus genes.
La velocidad de sustituci6n neutral puede ser medida
a partir de la divergencia de secuencias repetidas
La velocidad de sustituci6n per aiio en sitios neutrales es
mayor en el genoma del raton que en el humane.
Los seudogenes son callejones sin salida de la
evo luci6n
Los seudogenes carecen de funcion codificadora, sin embargo,
pueden ser reconocidos per similitudes secuenciales con los
genes funcionales existentes. Surgen de la acumulaci6n de
mutaciones en genes (anteriormente) funcionales.
Mediante entrecruzamiento desigual se
reestructuran los agrupamientos de genes
Cuando un genoma contiene un agrupamiento de genes
con secuencias relacionadas, el apareamiento err6neo
entre genes no alelicos puede causar un entrecruzamiento
desiguaL de modo que se produce una deleci6n
98
en un cromosoma reco mbinante y una duplicacion
correspondiente en el otro.
Las talasemias diferentes so n causadas per varias deleciones
en que se elimina el gen de la globina a o el de la p. La
gravedad de la enfermedad depende de cada delecion.
liD Los genes del RNAr forman repeticiones en tandem
El RNA ribosomico es codificado per un numero
considerable de genes identicos que se repiten en tandem
para formar uno o mas agrupamientos.
Los agrupamientos de DNAr se organizan de manera
tal, que las unid ades de transcripcion que resultan en
un precu rsor unido a los RNAr principales alterna n con
espaciadores no transcritos.
.a Los genes repetidos de RNAr mantienen una
secuencia constante
Todos los genes de un agrupamiento de DNAr tienen
secuencias identicas.
Los espaciadores no transcritos consisten en unidades
repetidoras mas cortas cuyo numero varia, de modo que la
lo ngitud de cada espaciador es diferente.
ni!I La fijaci6n entrecruzada podr1a mantener
repeticiones identicas
Un entrecruzamiento desigual cambia el tamaiio de un
agrupamiento de repeticiones en ta ndem.
Las unidades de repeticion pueden eli minarse o reparti rse
entre los agrupamientos.
DO Los DNA satelite a menudo estan en la
heterocromatina
La secuencia de repetici6n del DNA alta mente repetitive es
muy corta y no tiene fu nci6n codificadora.
Se presenta en grandes bloques que pueden tener
propiedades fisicas difere ntes.
Suele ser el constituye nte princi pal de la heterocro matina
centromerica.
DIM Los satelites de los artr6podos tienen repeticiones
identicas muy cortas
La longitud de las unidades de repeticion de los DNA satelite
de los artropodos es de solo unos cuantos nucleotidos. La
mayoria de las capias de la secuencia son identicas.
1!10 los satelites de los mam1feros constan de
repeticiones jerarquicas
El DNA satelite del raton ha evolucionado por duplicacion y
mutacion de una unidad de repeticion corta para dar origen
a una unidad de repeticion basica de 234 bp en la que
pueden ser reconocidas la mitad, la cuarta parte y la octava
parte de la repeticion original.
f!BB los minisatelites facilitan el mapeo genetico
La variaci6n entre los microsatelites o minisatelites de los
genomas permite identificar la herencia inequivocamente, pues
demuestra que el 50% de las bandas de un individuo derivan
de un progenitor especifico.
OBI Resumen

Introducci6n
La familia de genes es un agrupamiento consti-
ruido por descendientes por duplicacion y variacion
e algun gen ancestral cuyos rniembros se agrupan
dispersan en diferentes cromosomas (o ambos) .
El analisis del genoma muestra que m uchos genes
pertenecen a familias, por ejemplo, los 25 000 del
genoma humano identificados estan en - 15 000 fa-
milias, a sf que el gen promedio tiene varios parientes
en el genoma (vease Ia Fig. 5.7) . Las fam ilias de genes
varian mucho en cuanto a grado de relacion entre
us miembros, desde las que constan de m{lltiples
rniembros identicos hasta aquellas en que Ia relacion
es bastante lejana. En general, los genes se relacionan
Unicamente por sus exones, pues sus intrones se han
separado (vease Ia seccion 3.5, Las secuencias de los
exones se conservan, pero las de los intrones varian).
Los genes tambien pueden estar relacionados solo
Jor algunos de sus exones, mientras que otros son
t'micos (vease Ia seccion 3.9, Algunos exones pueden
equipararse con funciones proteinicas) .
El evento inicial que permite que los exones o
los genes relacionados se desarrollen es una dupli-
acion, es decir, que de alguna secuencia del geno-
ma se genera una copia. La duplicacion en tandem
(cuando las duplicaciones permanecenjuntas) pue-
e provocar algunos errores de duplicacion o de re -
w mbinacion. La separacion de los duplicados puede
:ener Iugar por una translocaci6n que transfiere
:naterial de un cromosoma a otro. Un duplicado
en una ubica cion nueva tambien puede ser produ -
ddo directamente por un evento de transposicion
sociado con Ia copia de u na region de DNA de los
lrededores del transposon. La duplicacion se aplica
-anto a genes intactos como a colecciones de exo-
nes, induso a exones individuales. Cuando se trata
e un gen in tacto, Ia duplicacion genera dos co-
pias cuyas actividades son indistinguibles, en cuyo
-aso, normalmente las copias difieren a medida que
van acumulando m utaciones diferen tes.
Los miembros de una familia de genes estructu-
rales bien relacionados suelen tener fu nciones rela-
-:ionadas, incluso identicas, a pesar de que pueden
:;er expresadas en diferentes momentos o en dife-
rentes tipos de celulas. Asf pues, en los eritrocitos
de embriones y en los eritrocitos adultos se expre-
o,an protefnas diferentes de globina , mientras que
en las celulas musculares yen las no musculares se
Jtilizan diferentes actinas. Cuando los genes se se-
paran significativamente, 0 cuando solo algunos de
.os exones estan relacionados, las protefnas pueden
:ener diferentes funciones.
Algunas familias de genes estan formadas por
::niembros identicos, y el agrupamiento es un re-
-- isito previo para que lo sigan siendo, a pesar de
que los genes agrupados n o son ne cesariamente
identicos. Los agrupamientos de genes van del
caso en que una duplicacion ha generado dos genes
relacionados adyacentes basta casos en que cientos
de genes identicos yacen en u na matriz en tandem;
esta ultima puede ser frecuentfsima si se necesitan
cantidades inusu almente grandes del producto, por
ejemplo, los genes de los RNAr o de las histonas.
Este fenomeno da Iugar a una situacion especial
respe cto del mantenimiento de la ide ntidad y los
efectos de Ia presion selectiva.
Los agrupamientos de genes representan una
oportunidad para examinar a las fu erzas implica -
das en Ia evolucion del genoma en regiones mas
amplias que un gen . Las secuencias duplicadas, es-
pecialmente las que permanecen en la misma area,
proporcionan el sustrato para una evol ucion poste-
rior por recombinacion. Una poblacion evoluciona
mediante la recombinacion clasica ilustrada en las
y _, en las cuales tiene Iugar un entre-
cruzarniento exacto. Los cromosomas recombinan-
tes estan organizados de la misma manera que el
cromosoma progenitor, contienen exactamente los
mismos loci, en el mismo orden, pero las combina-
ciones de alelos difieren y proporcionan la materia
prima para Ia seleccion natural. De cualquier for-
ma, la existencia de secuencias duplicadas permite
eventos aberrantes ocasionales que modifican el
contenido de los genes y no solo Ia combinacion
de los alelos.
El entrecruzanti.ento desigual (o recombina-
ci6n no reciproca) describe uneven to de recombi-
nacion entre dos sitios no homologos. La caracterfs-
tica que hace posible estos eventos es Ia existencia de
secuencias repetidas. En Ia se observa que
esto permite que, en un cromosoma, Ia copia de una
Bivalente
contiene 4 cromatidas,
~ ~~~~~~ ~
2 de cada progenitor a=====-- b
a b
Quiasma A===== 8
es provocado par A & b
entrecruzamiento entre a . 8
dos de las cromatidas a b
Dos cromosomas siguen
siendo progenitores (AB y ab).
Los cromosomas recombinantes ~ ~~~~~~ ~
contienen material de cada
progenitor y nuevas a 8
combinaciones geneticas (Ab y aB)_a b
La formaci6 n del quiasma represe nta la generaci6n
de recombinantes.
6.1 Introducci6n 99

Recombinaci6n intermedia
Recombinantes
La recombinaci6n implica apareamientos entre
las cadenas complementarias de los dos DNA duplex proge-
nitores.
ABCABCABCABCABCABCABCABCABCABC
ABCABCABCABCABCABC
El entrecruzamiento desigual resulta del apa-
reamiento entre repeticiones no equivalentes en regio nes de
DNA formadas por unidades de repetici6n. Aqui la unidad
de repeti-ci6n es la secuencia ABC, y la t ercera re petici6n
del cromosoma azul se ha alineado con la primera repetici6n del
cromosoma negro. En toda la region de apareamiento, las uni-
dades ABC de un cromosoma esta n alineadas con las del otro. El
entrecruzamiento genera cromosomas con dieciseis repeticiones
cada uno, y no ocho de cada progenitor.
repeticion se desalinee y se recombine con una copia
diferente de la repeticion en el cromosoma homologo
y no con Ia copia correspondiente. Cuando sucede la
recombinacion, aurnenta el nlimero de repeticiones en
un cromosoma y disminu ye en el otro. De hecho,
un cromosoma recombinante sufre una delecion y el
otro una insercion. Este mecanismo es responsable
de la evolucion de los agrupamientos de secuencias
relacionadas, yes posible rastrear su operacion con-
trayendo o expandiendo el tamafio de una matriz
100 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
en los agrupamientos de genes y en las regiones de
DNA muy repetido.
La fraccion del genoma que se repite mucho
es ta formada por multiples copias en tandem de
unidades de repeticion muy cortas, que sue len tener
propiedades inusuales, una de las cuales es que en
un analisis de gradiente de densidad de DNA pue-
den ser identificadas como un pico independien-
te, Io cual da Iugar a! nombre de DNA satelite. A
menudo se relacionan con regiones inertes de los
cromosomas, en particular los centromeros (que
contienen los puntos de union para Ia segregaci6n
en un huso mit6tico o meiotico). Como resultado
de su organizacion repetitiva, presentan parte del
mismo comportamiento respecto de Ia evoluci6n
que los agrupamientos de genes en tandem. Ade-
mas de las secuencias satelites, fragmentos mas pe-
quefios de DNA, llamados minisatelites, muestran
un comportamiento similar, y permiten mostrar un
alto grado de divergencia entre genomas espedficos
que pueden ser usados con fines de mapeo.
Estos eventos que modifican la constitucion
del genoma son raros, pero importantes, durante
Ia evolucion.
Ill La duplicaci6n de Los genes
es una fuerza importante
en la evoluci6n
Concepto principal
Los genes duplicados suelen separarse para dar Lugar
a genes diferentes o bien una de Las copias se torna
inactiva.
Los exones se comportan como modulos para cons-
truir genes probados en varias combinaciones en el
curso de Ia evoluci6n. En un extremo, un exon in-
dividual de un gen puede ser copiado y utilizado en
otro; en el otro extremo, un gen completo, incluidos
exones e intrones, puede ser duplicado. En tal caso,
las mutaciones suelen acumularse en una copia sin
atraer Ia atencion adversa de Ia seleccion natural,
de modo que esta copia puede evolucionar a una
nueva funcion, expresarse en un Iugar o tiempo
distintos a los de !a primera copia, o bien, asumir
actividades diferentes.
En Ia . se resume !a vision actual del
ritmo a que ocurren estos procesos. La probabilidad
de que determinado gen sea incluido en una dupli-
cacion en un periodo de un millon de afios es de
- 1%, y despues de que el gen se h a duplicado, las
diferencias desarrolladas son resultado de las mu-
taciones ocurridas en cada copia, las cuales se acu-
mulan a una velocidad de -0. 1% en un mill6n de

El silenciamiento de una copia lorna -4 millones de anos
Activo
UR Desp ues de que un gen ha sido duplicado, las
: iferencias pueden acumularse entre las copias. Los genes pue-
:::n adquirir funciones diferentes, o una de las copias tornarse
' nactiva.
afios (vease Ia seccion 6.4, La divergencia secuencial
cs Ia base del reloj evolutivo).
No es probable que el organismo necesite re-
-ener dos copias identicas del gen, de modo que
a medida que se desarrollan diferencias entre los
genes duplicados, es probable qu e su ceda uno de
estos dos eventos:
Ambos genes se vuelven necesarios porque
las diferencias entre ellos generan protefnas
con diferentes funciones o porque se expre-
san especificamente en lugares y momentos
distintos.
De no ser asL es probable que uno de los
genes sea eliminado porque haya adquiri-
do una mutacion deleterea y no habra u n a
selecci6n adversa para eliminar dicha copia,
fen6meno que habitualmente toma -4 mi-
llones de afios. En dicha situacion, es mera-
mente una cuesti6n de probabilidad cual de
las copias se desactiva (lo cual puede contri-
buir a Ia incompatibilidad entre individuos,
y, en ultima instancia, a Ia evolucion de las
especies, si diferentes copias se tornan inac-
tivas en distintas poblaciones).
El analisis de Ia secuencia del genoma huma-
no muestra que -5% comprende duplicaciones de
egmentos identificables cuya longitud oscila entre
l 0 y 300 kb. El numero de dichas duplicaciones se
ha elevado recientemente porque no ha habido su-
ficiente tiempo como para que la clivergencia entre
elias elimine su relacion; incluyen una parte propor-
cional (de -6%) de los ex ones expresados, lo cual
6.3 Los agrupamientos de las globinas son fo rmados por duplicaci6n y por divergencia
demuestra que las dup!icaciones estan sucediendo
mas o menos a pesar del contenido genetico. Los ge-
nes de estas duplicaciones pueden ser especialmente
interesantes por la implicacion de que su evolucion
es reciente y, por lo tanto, pueden ser importantes
para desarrollos evolutivos no demasiado lejanos
(como Ia separaci6n del hombre del mono).
Ill Los agrupamientos de las
globinas son formados por
duplicaci6n y por divergencia
Conceptos principales
Todos los genes de las globinas descienden por
duplicaci6n y mutaci6n de un gen ancestral que tenia
tres exones.
El gen ancestral dio origen a La mioglobina, La
leghemoglobina y las globinas a y ~
Los genes de las globinas a y ~ se separaron al
principio del periodo de evoluci6n de los vertebrados;
despues, las duplicaciones generaron agrupamientos
individuates de genes similares a los genes a y ~
Una vez que un gen ha sido desactivado por una
mutaci6n, puede acumular mas mutaciones y
convertirse en un seudogen hom6logo al gen activo
o los genes activos, pero que no tiene actividad
funciona l.
El tipo mas comlin de duplicacion genera una segunda
copia del gen cerca de la p1imera. En algunos casos,
ambas copias permanecen asociadas y Ia duplicacion
posterior puede generar un agruparniento de genes
relacionados. El ejemplo mejor caracterizado de un
agrupamiento de genes es el de los genes de globina,
que constituyen una familia de genes antigua impli-
cada en una funcion clave para el reino animal, el
transporte de oxigeno por el torrente sangufneo.
El constitu yente mayor de los eritrocitos es el
tetramero de globina que se asocia con su grupo
hem (de union al hierro) en forma de hemoglobina.
Los genes funcionales de globina tienen la misma
estructura general en todas las especies, estan di-
vididos en tres exones ya ilustrados en la Figura
3.7. Se Ilega a la conclusion de que todos los genes
de las globinas derivan de un solo gen ancestral, y
siguiendo el desarrollo de los genes individuales de
globina en una especie, o en especies diferentes, se
llegan a conocer los mecanismos involucrados en la
evolucion de las familias de genes.
En las celulas adultas, el tetramero de globina
consiste en dos caden as ex identicas y dos cadenas ~
identicas. Las celulas sangufneas de los embriones
contienen tetrameros de hemoglobina distintos de
101
 . ........
. -
~
. ~ - . . .. .. . l-'11 dificadora de los dos genes ydifiere en solo un ami-
noacido, Ia variante G tiene glicina en Ia posicion
1------
S2 S! \j/CY.Iji<Y.CY-2 <Y.j 8 136, mientras que Ia variante A tiene alanina .
+ I ,_ 0 ++ + Agrupamiento a La longitu d del agrupamiento a mas compacta
tiene mas de 28 kb e incluye u n gen activo 1;, un
Agrupamiento 13 gen I; no funcional, dos genes a, dos genes a no
funcionales y el gen 8, cuya funcion se desconoce.
Los dos genes a codifican a Ia misma proteina. Dos
10 20 30 40 50 kb (o mas) genes identicos en el mismo cromosoma se
describen como capias no alelicas.
+ Gen funcional Seudogen Los detalles de Ia relacion entre la hemoglobina
embrionaria y Ia adulta varian en funcion del or-
Cada una de las familias de genes de globin a ganismo. En el humano, Ia ruta tiene tres etapas,
tipo a y tipo ~' esta organizada en un solo agrupamiento que
embrionaria, feta l y adulta. La distincion entre em-
incluye genes funcionales y seudogenes (\If) .
brionaria y adulta es comun en todos los mamfferos,
pero varia el n umero de etapas previas a la adultez.
En el hombre, I; y a son dos cadenas tipo a, en tanto
que E., y, oy ~ son tipo ~En la I U se muestra
Embrionario (<8 semanas): proteinas E 21;,2 1;,2y2 <Y.zE 2
como se expresan las cadenas en diferentes etapas
1;, (Y. (Y. del desarrollo.
1 0 [] ...... En Ia ruta del humano, I; es Ia primera cade-
E y y
na tipo a en ser expresada, pero es rapidamente
.. ++IJ ....
remplazada por a. En Ia ruta ~, E. y y se expresan
~ Fetal (3-9 meses): proteinas azy2 primero yoy ~los remplazan despues. En el adulto,

.. ....
(/) Ct. (Y.

~ + I DD++ + Ia forma a2 ~ 2 proporciona 97% de Ia hemoglobina

0 y y y a/J2, -2 % , en tanto que -1 % es aportado por Ia
persistencia de la forma fe tal a 2y2
Adulto (desde el nacimiento): proteinas O-z82 azP 2 c_ Que importancia tienen las diferencias entre Ia
Ct. (Y.

+ I [!+++ globina embrionaria y del adulto? Las formas em -

0 p
.. + + 0 ....
+ Gen funcional
+ Gen activo
Durante el periodo embri onario, el fetal y el adul-
to del desarrollo humano se expresan genes de hemoglobina
diferentes.
los de Ia forma adulta, pues cada tetramero consta
de dos cadenas identicas tipo a y dos cadenas iden-
ticas tipo ~ , cada una de las cuales esta relacionada
con el polipeptido adulto y posteriormente es rem-
plazada por el. :Este es un ejemplo del control del
desarrollo, en el cual diferentes genes se activan y
desactivan sucesivamente para proporcionar pro-
ductos alternos que realicen las mismas funcione s
en momentos diferentes.
La division de las cadenas de globina en tipo a
y tipo ~ refleja Ia organizacion de los genes; cada
tipo de globina es codificado por genes organizados
en un solo agrupamiento. Las estructuras de los dos
agrupamientos del genoma de los primates superio-
res se ilustran en la l Ia naturaleza fortuita de la conversion de una copia
Con una extension de mas de 50 kb, el agrupa-
miento ~ contiene cinco genes funcionales (E., dos y,
o y ~) y un gen no funcional (\jf~). La secuencia co-
brionaria y fetal tienen mayor afinidad con el oxige-
no para obtenerlo de Ia sangre de la madre, lo cual
8 Seudogen explica que no haya un equivalente en el polio, por
ejemplo, dado que las etapas em brionarias tienen
Iugar fuera del cuerpo (es decir, en el huevo).
Los genes funcionales se definen por su expre-
sion en RNA y, en ultima instancia, por las proteinas
a las cuales codifican. Los genes no funcionales se
definen como tales por su incapacidad para codifi-
car protefn as por diferentes razones; las deficiencias
pueden estar en Ia transcripcion o Ia traduccion (o
en ambas) . A estos gen es se Jes denomina seudo-
genes y se indican mediante el sfmbolo \jf. Una
organizacion general similar se encuentra en otros
agrupamientos de genes de globina de vertebrados,
pero los detalles en cuanto a tipo, numero y orden
de los genes varfa como se ilustra en la
Cada agrupamiento contien e genes tanto embrio-
narios como adultos, y su Jongitud total varfa am-
pliamente. El mas largo se encuentra en Ia cabra, en
donde un agrupamiento basico de 4 genes se ha du-
plicado 2 veces. La distribucion de los genes activos
y los seudogenes difiere en cada caso, lo cual ilustra
de un gen duplicado al estado de inactividad.
La caracterizacion de estos agrupamientos de
genes conduce a un punto gen eral importante: una

102 CAPiTULO 6 Agrupamientos y repeti ciones

 * "34f4I1
El Ell 'VP pc Elll EIV\j/p pA EV EVl\j/p pB
Cabra 0 c c c
'VPho Ph! 'Vhz 'Vh3 Pr"i p~in
Raton rr;]_ DO c
Genes embrionarios: E;y
E y 'VP p
Genes adultos: p
Conejo __I: _ 0 c n
p pH p E
,...,
Polio
~

.. u CD
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

En los vertebrados se encuentran agrupamientos de genes de globina ~ y

seudogenes. Siete genes de raton incluyen dos genes embrionarios tempranos, un gen
embrionario tardio, dos genes adultos y dos seudogenes. El co nejo y el pollo t i enen
cuatro genes cada uno.

-- nilia de genes puede terter mas miembros, tanto fu ncio-

.:.es como no funcionales, de lo que sospecharfamos con
. ::.se en el analisis protein ico. Los genes funcionales Agrupamientos separados
= -icionales pueden representar duplicaciones que (mam fferos y aves)
~ difican a pohpeptidos identicos o estar relaciona-
PI P2
::: s con las protefnas conocidas, pero de diferente
arma (y presumiblemente se expresan solo de for-
.;na breve o en cantidades bajas). Expansi6n de los
Respecto de la interrogante sobre cuanto DNA agrupamientos
~ necesita para codificar a una funcion en parti-
::-ular, se observa que la codificacion de las globi-
a~ - -
::as tipo ~ requiere de un rango de 20 a 120 kb
:on distintos mamiferos, mucho mas de lo que se
:"Sperarfa solo de analizar las protefnas conocidas
2e la globina ~, incluso del ana.lisis de cada gen. De
Separacion de
los genes
I Genes a, p
.:ualquier forma, los agrupamientos de este tipo no ligados

--~
a- - [3
(anlibios y peces)
50 11 comunes; la mayorfa de los genes se encuentran
Duplicaci6n y -
:omo loci individuales.
A partir de Ia organiza cion de los genes de la divergencia
Gen de globina
~l obina en una variedad de especies, deberfa ser individual
~-- I (lamprea y mixino)
;JOSible rastrear la evolucion de los actuales agru-
Globina ancestral
. amientos de genes de globina partir de un solo Fusion d/
exones (mioglobina)
_gen ancestral de globina. La perspectiva actual de la
3scendencia evolutiva se ilustra en la
i Leghemoglobina
El gen de leghemoglobina de las plantas, rela-
ionado con los genes de la globina, podrfa repre-
sentar a la forma ancestraL Lo mas que es posible 700 600 500 400 300 200 100
Millones de anos
::-emontarse en cuanto a un gen de globina en su
:orma moderna depende de la secuencia de la ca- o Todos los genes de globina han evoluci onado por
dena individual de Ia mioglobina de los mamfferos, una serie de duplicaciones, t ransposici ones y mutaciones de
ia cual se separo de la linea de ascen dencia de la un solo gen ancestral.
globina hace - 800 millones de afios. El gen de la
mioglobina tiene la misma organ izacion que los
genes de globina, de modo qu e es posible tomar Algunos "peces prim itivos" tienen solo un tipo
la estructura de tres exones para representar a su de cadena de globina, asi que deben haberse sepa-
ancestro comun. rado de Ia linea de la evolucion antes de que el gen

6.3 Los agrupa mientos de las globi nas son form ados por duplicaci6n y por di vergenci a 103
 de globina ancestral se duplicara para dar Iugar a
las variantes a y ~, lo cual aparentemente ocurrio
hace -500 millones de anos, durante Ia evolucion
de los osteictios.
La siguiente etapa de la evolucion esta repre-
sentada por el estado de los genes de globina de Ia
rana Xenopus laevis, que tiene dos agrupamientos de
genes de globina. No obstante, cada agrupamiento
tiene ambos genes, a y ~, tanto de tipo larvario como
adulto, de modo que el agrupamiento debe haber
evolucionado por duplicacion de un par ex~ ligado,
seguida de la divergencia entre cada copia . Mas tar-
de, el agrupamiento entero se duplico.
Los anfibios se separaron de !a lfnea de mamf-
feros/aves hace -350 millones de aii.os, asf que la
separacion de los genes de globina a y ~ debe h aber
resultado de una transposicion en la lfnea predece-
sora de mamfferos/aves despues de dicho periodo,
lo cual probablemente ocurrio en las primeras eta-
pas de la evolucion de los vertebrados. Tanto en
aves como en mamfferos hay agrupamientos inde-
pendientes de globinas a y ~, de modo que los ge-
nes alfa y beta deben haberse separado fisicamente
antes de que mamfferos y aves divergieran de su
ancestro comun, evento ocurrido probablemente
hace -270 millones de anos.
Los cambios sucedidos en los agrupamientos a
y ~ son mas recientes, como se vera a partir de Ia
descripcion de la divergencia de cada gen en Ia si-
guiente seccion.
Ill La divergencia secuencial
es La base del reloj evolutivo
Conceptos principales
Las secuencias de genes hom6logos en especies
diferentes varian en los sitios de remplazo (donde las
mutaciones causan sustituciones de aminoacidos) y
en los silenciosos (donde una mutaci6n no afecta a la
secuencia proteinica).
Las mutaciones se acumulan en los sitios silenciosos
~10 veces mas rapido que en los de remplazo.
La divergencia evolutiva entre dos proteinas es medida
por el porcentaje de posiciones en que difieren los
aminoacidos correspondientes.
Las mutaciones se acumulan mas o menos a una
misma velocidad despues de que los genes se separan,
de manera que la divergencia entre cualquier par
de secuencias de globina es proporcional al tiempo
transcurrido desde la separaci6n de sus genes.
La mayor parte de los cambios de las secuencias
protefnicas se debe a mutaciones pequenas que se
104 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
acumulan lentamente con el tiempo. Las mutacio-
nes puntuales y las inserciones y deleciones peque-
nas son aleatorias, quiza mas o menos con la misma
probabilidad en todas las regiones del genoma. Las
excepciones son los puntas calientes, en los que las
mutaciones suceden con mucha mayor frecuencia.
Casi todas las mutaciones que modifican la secuen-
cia de aminoacidos son deletereas y seran elimina-
das por seleccion natural.
Pocas mu taciones son provechosas, y cuando
ocurre una inusual, es muy probable que se ex-
tienda entre la poblacion, remplazando de modo
eventual a Ia secuencia anterior. Cuando una nueva
variante remplaza a Ia version previa del gen, se dice
que se ha fijado en la poblacion.
Un aspecto controvertido es que proporcion
de mutaciones de una secuencia de amin oacidos
es neutral, es decir, sin efecto en la funcion de las
protefnas y, por lo tanto, susceptible de acumularse
como resultado del flujo aleatorio y de la fija-
cion.
La velocidad a Ia cual se acumulan los cam-
bios derivados de mutaciones es caracterfstica de
cada protefna, y presumiblemente depende, por lo
menos en parte, de su flexibilidad respecto del cam-
bia. En una especie, una prote.ina evoluciona por
sustitu cion de mutaciones, seguida de delecion o
de fijacion en el acervo de reproduccion individual.
Cabe recordar que cuando se escudrina el acervo
genetico de una especie, seven solo las variantes que
han sobrevivido. Cuando multiples variantes estan
presentes, puede que sean estables (porque ningu -
na tiene una ventaja selectiva), o de hecho, un a
podrfa ser transitoria porque esta en proceso de ser
desplazada.
Cuando una especie se divide en dos nuevas
especies, cada una de las resultantes constituye un
acervo independiente para la evolucion. Al compa-
rarse las protefnas correspondientes de dos especies,
se ven las diferencias acumuladas desde el memento
en que sus ancestros dejaron de hibridarse. Algunas es-
tan muy conservadas y muestran pocos cambios,
o ninguno, de especie a especie, lo cual indica que
casi cualquier cambia es deletereo y, por lo tanto,
no seleccionado.
La diferencia entre dos protefnas se expresa
como su divergencia, el porcentaje de posiciones
en que difieren los aminoacidos. La divergencia en-
tre protefnas puede ser diferente de la divergencia
entre las secuencias de acido nucleico correspon-
dientes, debido a la representacion de cada amino-
acido en un codon formado por tres bases, en el cual,
a menudo Ia tercera no incide en el significado.
La secuencia nucleotfdica de una region codi-
ficadora puede dividirse en sitios de remplazo y
sitios silenciosos potenciales:
 En los sitios de remplazo, una mutacion mo -
difica al aminoacido codificado. El efecto de
la mutacion (deletereo, neutral o beneficia-
so) depende del re sultado del remplazo del
aminoacido.
En los sitios silenciosos, Ia mutacion solo
sustituye a un codon sin6nimo por otro, de
modo que la protefna no se modifica. En
general, los sitios de remplazo representan
el 7 5% de una secuencia codificadora y los
silenciosos, el 25 por ciento.
Ademas de la secuencia codificadora, un gen
:ontiene regiones no traducidas, en cuyo caso, las
:nutaciones son tambien potencialmente neutras,
?:parte de sus efectos en la estructura secundaria
en general, mas bien corta) o en las sefiales regu-
:adoras.
A pesar de que las mutaciones silenciosas son
::eutrales respecto de la protefna, pueden afectar
:a expresion genica por el cambia de secuencia del
A. For ejemplo, un cambia en la estructura se -
::undaria puede influir en la transcripci6n, el pro-
~esa miento o la traducci6n. Otra posibilidad es que
lln cambia en codones sinonimos requiera de Ia res-
puesta de un RNAt diferente, de modo que influ ye
:>n la eficiencia de la traduccion.
Las mutaciones en los sitios de remplazo de-
ben corresponder a la divergencia de aminoacidos
determinada por el porcentaje de cambios en la
>:ecuencia de la proteina). Una divergencia de aci-
do nucleico de 0.45% en sitios de remplazo corres-
ponde a una divergencia de aminoacidos del 1%
suponiendo que el numero promedio de sitios de
:emplazo por codon sea de 2.25). De hecho, Ia di-
:ergencia medida subestima las diferencias ocurri-
Jas durante la evoluci6n porque en un codon han
currido muchos eventos, en cuyo caso, normal -
:nente se hace una correccion.
Tomando el ejemplo de las cadenas de globina
J y 8 humanas, en 146 residuos hay 10 diferencias,
~s decir, una divergencia de 6. 9 por ciento. La se-
:-u encia de DNA tiene 31 cambios en 441 residuos .
~\o obstante, estos cambios se distribuyen de ma-
nera muy diferente en los sitios de remplazo y los
~ il enciosos: 11 en 330 sitios de remplazo, pero 20 en
6lo 111 silenciosos, lo cual resulta en velocidades
e divergencia (corregidas) de 3.7 % en los sitios de
::-emplazo y de 32% en los silenciosos, una diferen-
i a de casi un orden de magnitud.
La asombrosa diferencia en la divergencia de
.os sitios de remplazo y los silenciosos demu estra
.u existencia de coacciones mucho mayores en las
jJ siciones de los nucleotidos que influyen en la
:-onstitucion protefnica respecto de aquellos en que
:;o, de modo que probablemente muy pocos de los
:ambios de aminoacidos son neutrales .
Sup6ngase que se toma el rango de mutacion
en sitios silenciosos para indicar el rango subyacen-
te de fijaci6n por mutaci6n (lo cual supone que no
hay seleccion en los sitios silenciosos), de modo que
en el periodo transcurrido desde la divergencia de
los genes~ y 8, deberfa haber carnbios en 32% de los
330 sitios de remplazo, para un total de 105 . Todos,
menos 11 , han sido elirninados, lo cual significa que
-90% de las mutaciones no sobrevivieron.
La divergencia entre cualquier par de secuen-
cias de globina es (mas o menos) proporcional al
tiempo que !levan separadas, lo cual proporciona
un reloj evolutivo que mide Ia acumulacion de
mutaciones a un ritmo aparentemente constante
durante la evoluci6n de una protefna dada.
La velocidad de divergencia puede ser medida
como la diferencia porcentual por millon de afios, o
como su recfproco, la unidad de periodo evolutivo
(UEP, unit evolutionary period), e! tiempo en millo-
nes de afios que tarda en desarrollarse el 1 % de
divergencia. Una vez establecido el reloj por com-
paraciones pareadas entre especies (recuerdense las
dificultades practicas para establecer el tiempo real
de la evolucion de las especies) , puede aplicarse a
genes relacionados dentro de una especie. A partir
de su divergencia se podra calcular el tiempo trans-
currido desde la duplicaci6n qu e los genero .
Comparando las secuencias de genes homologos
en diferentes especies, podra determinarse !a veloci-
dad de divergencia tanto en sitios de remplazo como
en sitios silenciosos, segD.n se ilustra en la
En las comparaciones pareadas, hay una diver-
gencia promedio de 10% en los sitios de remplazo
de cualquiera de los genes de globina a o ~ de los
mamfferos separados desde la radiaci6n de los ma-
mfferos, ocurrida hace -85 millones de afios, que
.
I
"I
I
I
I
Q)
I
~ 20 I
I
Q)
I Sitios de remplazo
S?
0
Q_
I
100 200 300 400 500
Millones de afios de sRrl>-~r:~""~n
La divergencia de las secuencias de DNA depende
de la separaci6n evolutiva . Cada punto de la gratica representa
una comparaci6n de pares.
6.4 La di vergencia secuencial es la base del reloj evolutivo 105
 ..
600 500 400 300 200
Millones de anos
~l Las divergencias en los sitios de remplazo entre
pares de genes de globina p permiten la reconstrucci6n de la
historia del agrupamiento humano. Este arbol represe nta
la separaci6n de las clases de genes de globina.
corresponde a una velocidad de divergencia de rem-
plaza de 0.12% por millon de afios.
La velocidad es estable cuando la comparacion
incluye los genes que se separaron en epocas mas
distantes. Por ejemplo, el promedio de divergencia
de remplazo entre los genes de globina correspon-
dientes de mamfferos y pollos es de 23%, que re-
lacionado con una separacion ocurrida hace -270
millones de afios, resulta en 0.09% por millon de
afios.
Remontandose aun mas, es posible comparar
los genes de las globinas a y ~ de una especie, los
cuales no han dejado de divergir desde que los ti-
pos de genes individuales se separaron hace 500
millones de afios (vease Ia Fig. 6.8), de modo que el
promedio de divergencia de remplazo es de -50 % ,
que resulta en una velocidad de 0.1 % por millon
de afios.
En el resumen de estos datos que aparece en Ia
Figura 6. 9, resalta que !a divergencia de remplazo
en los genes de globina tiene Iugar a una velocidad
promedio de -0.096% por millon de ai'ios (o una
UEP de 10.4). Considerando Ia incertidumbre en
Ia estimacion del momenta en que las especies se
separaron, los resultados proporcionan un buen res-
paldo a !a idea de que existe un reloj lineal.
La informacion sobre Ia divergencia en los sitios
silenciosos es mucho menos clara. En cada caso es
evidente que es mucho mayor que Ia divergencia
en los sitios de remplazo, por un factor que fluctu a
entre 2 y 10. No obstante, Ia difusion de las diver-
gencias en los sitios silenciosos en comparaciones
pareadas es demasiado grande como para mostrar
106 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
si el reloj es aplicable (de modo que las compara-
ciones temporales tienen que basarse en los sitios
de remplazo).
A partir de Ia Figura 6. 9 resulta obvio que Ia
velocidad de los sitios silenciosos no es lineal res-
pecto del tiempo. Si se supone que fa divergencia debe
ser cera a los cera aiios de separaci6n, se observa que Ia
velocidad de divergencia en los sitios silenciosos es
mucho mayor para los primeros -100 mill ones de
afios de separacion. Una interpretacion es que una
fraccion de aproximadamente Ia mitad de los sitios
silenciosos se satura rapidamente de mutaciones (en
unos 100 millones de afios ) y se comporta como
los sitios neutrales. La otra fraccion acumula m u -
taciones mas lentamente, a una velocidad aproxi-
madamente igual ala de los sitios de remplazo; esta
fraccion identifica a los sitios silenciosos respecto de
Ia protefna, pero por alguna otra razon, eso sucede
por presion selectiva.
Ahora es posible revertir el calculo de las ve -
locidades de divergencia para estimar el momenta
en que los genes de una especie se separaron. La
diferencia entre los genes~ y 8 humanos es de 3.7 %
para los sitios de remplazo. En una UEP de 10.4, es-
tos genes deb en haberse separado hace 10.4 x 3.7 =
40 millones de afios, mas o menos en Ia epoca de Ia
separacion de las lfneas que dieron Iugar a los mo -
nos del Nuevo Mundo y a los del Viejo Mundo, los
grandes simios, y al hombre. Todos estos primates
superiores tienen tanto genes ~como 8, lo cual su-
giere que la divergencia genica comenzo justo antes
de este punto de Ia evolucion.
Remontandose aun mas, la divergencia entre
los sitios de remplazo de los genes y y E es de l 0 %,
lo cual corresponde a un momento de separacion
de hace -100 mill ones de afios. La separacion en-
tre los genes de globina embrionarios y fetales, por
lo tanto, puede haber precedido o acompafiado la
radiacion de los mamiferos.
En Ia r r se construye un arbol evoluti-
vo de los genes de globina humanos. Las caracterfs-
ticas que evolucionaron antes de Ia radiacion de los
mamfferos, como la separacion de ~ / 8 de y, deben
encontra rse en todos los mamfferos, en tanto que
las que evolucionaron despues, como Ia separacion
de los genes de las globinas ~ y 8, de ben encontrarse
en lfneas espedficas de mamffe ros.
En cada especie han existido cambios compara-
tivamente recientes en cuanto a las estructuras de
los agrupamientos, lo cual se sabe por las diferen-
cias observadas en el numero (un gen de globina ~
adulto en el hombre, dos en el raton) o el tipo (casi
siempre en fu ncion de genes embrionarios y fetales
independientes) de los genes.
Cuando se ha reunido suficiente informacion
sobre las secuencias de un gen en particular, pueden
~:--;ertirselos argumentos y usar las comparaciones
. ..:re ~enes de diferentes especies para evaluar re-
~=o nes taxonomicas.
La velocidad de sustituci6n
neutral puede ser medida
a partir de la divergencia
de secuencias repetidas
Concer-to principal
La velocidad de sustitucion par aiio en sitios ne utrales
es mayor en el genoma del raton que en el genoma
humano.
::_3 mejor manera de estimar la velocidad de sus-
-~ u cion en los sitios neutrales es examinar las se-
_~Je ncias que no codifican protefnas. (En este caso
': utiliza el termino neutral y no silencioso po rque
-_ hay potencial codificador.) Se obtiene una com-
- .rracion informativa comparando a los miembros
:e una familia repetitiva comun en los genomas del
-.-c~ mano y del raton.
El principia del am1lisis se resume en Ia
1, partiendo de una familia de secuencias rela-
.ionadas que h an evolucionado por duplicacion y
.: '.lstitucion de un miembro original de Ia m isma
_ suponiendo que Ia secuencia ancestral comun
~ u ede deducirse tomando la base mas com{m en
:<>da posicion. A partir de ahf se puede calcular la
=.:vergencia de cada miembro especffico de Ia fami-
a como Ia proporcion de bases que difieren de Ia
: ecuencia ancestral deducida. En este ej emplo, Ia
:::.: ergencia entre miembros individuales va de 0.1 3
~ 0.18, y el promedio es 0.16.
Una familia utilizada para este analisis en el ge-
~ rna humano y el de raton deriva de una secuencia
~'-'e supuestamente dejo de estar activa porIa epoca
_e la divergencia entre el hombre y los roedores (la
~- milia LINES [long interspersed repeated sequences];
ease Ia seccion 22. 9, Los retroposones se dividen
:: :-~ tres clases). Esto significa que durante to do ese
:::empo no ha dejado de divergir sin presion selecti-
a en ambas especies. La divergencia promedio en
-=~ hombre es de -0.17 sustituciones por sitio, lo cual
: rresponde a un fndice de 2.2 x l o-9 sustituciones
:x>r base por a no en los 7 5 mill ones de anos des de
.-:1 separacion. Sin embargo, en el genoma del raton
::an ocurrido sustituciones neutrales al doble de esta
-elocidad, es decir, a 0. 34 sustituciones por sitio en
-"- familia, 0 a una velocidad de 4. 5 X 1o-9 . Notese,
.:in embargo, que si se calcula Ia velocidad por gene-
:!lcion y no por ano, seria mayor en el hombre que
: n e] raton (- 2.2 X 10-s frente a - 10-9 ).
6.5 La velocidad de sustitucion neutral puede ser medida a partir de la divergencia de secuencias repetidas
GCCAGCGTAGCTTCCATTACCCGTACGTTCATATTCGG 7/38 = 0.18
GCTGGCGTAGCCTACGTTAGCGGTACGTGCATATTGGG 6/38 = 0.16
GGTAGCCTACCTTAGGCTACCGGTTCGTGC GTTCGG 6/38 = 0.16
GGTAGCCTAGCTTAGGTTA TTGGTAGGTGCATGTCCGG
GCTACCCTAGGTTACG TTATCGGTACGTGTCCGTTCGG
6/38 = 0.16
6/38 = 0.1 6
GCCACCCCAGCTCACGTTACCGGCACGTGCATGATCGC 7/38 = 0.18
CCTAGCCTCGCTTTCGTTAGCGGTACCTGCATCTTCCG 7/38 = 0.18
GCTTGCCTAG ACGTTACTGGTACGCGCATGTTGGG 5/38 = 0.13
GCCAGGCTAGCTTACGCCACCGGTACGTGGATGTCCGG 6/38 = 0.16
Calcula secuencia de consenso
l
Calcula
divergencia
1
GCTAGCCTAGCTTACGTTACCGGTACGTGCATGTTCGG
a partir de
Ia secuencia
de consenso
Una secue ncia de consenso ancestral para una fa-
milia se calcula tomando la base mas comun de cada posicion.
La di vergencia de cada miemb ro actua l existente de la fa milia
es calculada como la proporcion de bases en que difie re de la
secuencia ancestral.
Probablemente en estas cifras se subestima Ia
velocidad de sustitu cion en el raton ; en el momen-
to de Ia divergencia, ambas tasas deben haber sido
las m ismas y Ia diferencia debe haber evolucionado
desde entonces. La velocidad actual de sustitucion
neutral por afio en el raton es probablemente 2 a 3
veces mayor que el promedio h istorico. Estas tasas
retlejan el equilibria entre Ia ocurrencia de muta-
ciones y Ia capacidad del sistema gen etico del orga-
nismo para corregirlas. La diferencia entre especies
demuestra que cada especie tiene sistemas que fu n-
cionan con una eficiencia caracterfstica.
Comparar los genomas del human o y del raton
permite evaluar silas secuencias sintenicas (corres-
pondientes) muestran signos de conservado o han
diferido de Ia velocidad esperada de acumulacion de
susti tuciones neutrales. La proporcion de sitios que
muestra signos de seleccion es -5%, much o mas
elevada que Ia proporcion que codifica a proteinas
o a RNA (- 1% ), lo cual implica que el genoma in -
cluye m u chos mas fragme ntos cuya secuen cia es
importante para las funcion es no codificadoras, no
para las codificadoras . Los elementos reguladores
conocidos tienden a representar solo una pequena
parte de esta proporcion. Esta cifra tambien sugiere
que Ia mayor parte de las secuencias del genoma
(es decir, el resto), no tiene ninguna funcion que
dependa de Ia secu encia exacta.
107

Ill Los seudogenes son callejones
sin salida de la evoluci6n
Concepto principal
Los seudogenes no tienen funci6n codificadora, sin
embargo, pueden ser reconocidos por similitudes
secuenciales con los genes funcionales existentes.
Surgen de La acumulaci6n de mutaciones en genes
(anteriormente) funcionales.
Los seudogenes (\{') se definen por su posesion de
secuencias relacionadas con las de los genes funcio-
nales, pero que no pueden ser traducidas en una
protefna funcional.
Algunos tienen Ia misma estructura general que
los genes funcionales, con secuencias que corres-
ponden a los exones y los intrones en las ubicacio -
nes habituates, pero pueden haberse tornado inac-
tivos por mutaciones que inhibieron una o todas las
etapas de Ia expresion genica. Los cambios pueden
abolir las senales de inicio de la transcripcion a! im-
pedir el corte y empalme en las uniones exon-in-
tron o terminar la traduccion prematuramente.
En generaL un seudogen tiene numerosas mu-
taciones deletereas, pues, presumiblemente, una vez
que dejo de estar activo, ya no hubo impedimenta
para la acumulacion de mutaciones adicionales. En
varios sistemas se han encontrado seudogenes que
representan versiones inactivas de genes activos ac-
tualmente, entre otros, los de la globina, los de las
inmunoglobulinas y los de los antfgenos de histo-
compatibilidad, en los cuales se localizan cerca del
agrupamiento de genes, a menudo intercalados con
los genes activos.
Caracterlsticas del gen activo Cambios en el seudogen
Promotor Mutaciones del promotor
Empalmes Perdida de los empalmes
Marcos de lectura Mutaci6n sin sentido
abiertos
Mutaciones de cambia
de sentido
Desde que un gen de globina ~ se convirti6 en seudogen,
han ocurrido muchos cambios.
108 CAPiTULO 6 Agrupamientos y repeticiones
Un ejemplo tipico es el seudogen \{'~2 del co-
nejo, que presenta Ia organizacion usual de exones
e intrones y se relaciona muy fntimamente con el
gen funcional de globina ~1, pero noes fu ncional.
En la se resumen los multiples cam bios
ocurridos en dicho seudogen. La delecion de un par
de bases en el codon 20 de \f'~2 ha dado Iugar a un
cambio del marco de lectura que poco despues lle-
vara ala terminacion . Numerosas mutaciones pun-
tuales ha n modificado a codones posteriores que
representan a aminoacidos muy conservados en las
globinas ~- Ninguno de los dos intrones tiene ya
fronteras reconocibles con los exones, asi que pro-
bablemente los intrones no podrian ser cortados,
ni siquiera si el gen fuera transcrito. De cualquier
forma, no hay transcritos que correspondan al
gen, quiza porque ha habido cambios en la region
flanqueante 5'.
Esta lista de defectos incluye mutaciones qu e
podrian impedir cada etapa de la expresion genica,
por lo tanto, n ose cuenta con medios para decir que
evento desactivo originalmente a dicho gen. Ahora
bien, si se mide Ia divergencia entre el seudogen y el
gen funcional, sera posible estimar el momento en
que se origino el seudogen y cuando se empezaron
a acumular sus mutaciones.
Si el seudogen se desactivo en cuanto fue ge-
nerado por !a duplicacion de ~ l , se debe esperar
que la velocidad de divergencia tanto en sitios de
remplazo como en sitios silenciosos sea Ia misma
(diferiran solo Si el gen es traducido para Crear pre-
sion selectiva en los sitios de remplazo) . De hecho,
hay menos sustituciones en los sitios de remplazo
que en los silenciosos, lo cual sugiere que, al princi-
pia (mientras el genera expresado) , hubo seleccion
contra Ia sustitucion en el sitio de remplazo. A partir
de Ia extension relativa de Ia sustitucion en los dos
tipos de sitio, podemos calcular que '-!1 ~2 se separo
de ~ 1 h ace -55 millones de anos y siguio siendo un
gen funcional durante 22 millones de afios, pero ha
sido un seudogen durante los ultimos 33 millones
de anos.
Es posible hacer calculos similares para otros
seudogenes. Algunos parecen haber estado activos
por algun tiempo antes de convertirse en seudoge-
nes, en tanto que otros parecen haber estado inac-
tivos desde el momento mismo de su generacion.
El punto general man ifestado por las estructuras
de estos seudogenes es que cada uno evoluciono
de manera independiente durante el desarrollo del
agrupamiento de genes de globina de cada espe -
cie, fenomeno que refuerza la conclusion de que
la creacion de nuevos genes, seguida de su acepta-
cion como duplicados funcionales, de la variacion
para convertirse en nuevos genes funcionales o de
 _ :n activacion como seudogenes, es un proceso
-. ~ inuo en el agrupamiento de genes. La mayoria
_ ~ a s familias de genes tienen miembros que son
- .~d ogenes, los cuales suelen constituir una mino-
- :_ reducida del numero total de genes.
El gen de globina Cf'a3 del raton tiene una pro-
_dad interesante, precisamente carece de ambos
- ~c ones. Su secuencia puede ser aline ada (permi-
~ :1do la acumulacion de mutaciones) con la del
:~ Am de la globina a. El momento aparente de la
_: sactivacion coincide con la duplicacion original,
cual sugiere que el evento desactivador original
._: ~ u vo asociado con la perdida de los intrones.
Las secuencias genomicas inactivas similares al
. anscrito de RNA se llaman seudogenes proce-
dos, que despues de un evento de transposicion
- : ~ rograda se originan por insercion en algun sitio
.:_eatorio de un producto derivado del RNA, como
c: describe en el Capitulo 22, Retrovirus y retropo-
~ nes. Sus rasgos caracteristicos se resumen en la
::igura 22.19.
Silos seudogenes son callejones sin salida de la
:.'volucion, simples compafiias no deseadas de la re-
:-structuracion de genes funcionales, epor que aun
: > stan presentes en el genoma? c:,Llevan a cabo algu-
:la funcion o no tienen ning{m fin, en cuyo caso, no
deberfa existir presion selectiva para su retencion?
Cabe recordar que se ven los genes que han
sobrevivido en poblaciones presentes, pero en el pa-
sado puede haber sido eliminado un n{lmero inde-
~ erminado de ellos. Dicha eliminacion pudo ocurrir
por delecion de la secuencia como evento repentino
o por la acumulacion de mutaciones hasta el punto
de que el seudogen ya no fuera reconocido como
m.iembro de su familia de secuencia original (pro-
bablemente el destino final de cualquier seudogen
no eliminado repentinamente).
Incluso las reliquias de la evolucion pueden ser
duplicadas. En los genes de globina ~de la cabra hay
tres especies adultas, ~A, ~By ~C (vease la Fig. 6.7),
cada una con seudogen localizado algunas kiloba-
ses en flujo ascendente. Los seudogenes se relacio-
nan mejor entre sf que con los genes de globina ~
adultos; en particular, comparten varias mutaciones
desactivadoras. Ademas, estos ultimos se relacionan
mejor entre sf que con los seudogenes, lo cual im-
plica que se duplico una estructura original Cf'~~ y
se originaron genes ~ funcionales (que despues se
separaron) y dos genes no funcionales (que diver-
gieron hacia los seudogenes actuales).
Los mecanismos que causan la duplicaci6n, la dele-
cion y !a reorganizaci6n de los genes actuan en todas las
secuencias reconocidas como miembros del agrupamiento,
sean o no funcionales. Se deja ala seleccion la tarea de
discriminar entre los productos.
6.7 Mediante entrecruzamiento desigual se reestructuran los agrupamientos de genes
Por definicion, los seudogenes no codifican pro-
teinas y en general, carecen de funcion. Empero,
cuando menos en un caso excepcional, un seudo-
gen desempefia una funcion reguladora. La trans-
cripcion de un seudogen inhibe la degradacion del
RNAm producido por su gen activo homologo. Muy
probablemente hay una protefna responsable de
esta degradacion que une a una secuencia especffica
en el RNAm. Siesta secuencia esta tambien presen-
te en el RNA transcrito del seudogen, el efecto de la
proteinase diluira cuando el seudogen sea transcri-
to. No esta claro que tan comunes puedan ser tales
efectos, pero como regla general, podemos esperar
que los efectos de dilucion de este tipo sean posibles
siempre que los seudogenes se transcriban .
Ill Mediante entrecruzamiento
desigual se reestructuran
Los agrupamientos de genes
Conceptos pri ncipales
Cuando un genoma contiene un agrupamiento de
genes con secuencias relacionadas, el apareamiento
err6neo entre genes no alelicos puede causar un
entrecruzamiento desigual, de modo que se produce
una deleci6n en un cromosoma recombinante y una
duplicaci6n correspondiente en el otro.
Las talasemias diferentes son causadas por varias
deleciones en que se elimina el gen de la globina a o
el de la ~- La gravedad de la enfermedad depende de
cada deleci6n.
En un agrupamiento de genes identicos o relacio-
nados hay oportunidades frecuentes de reorganiza-
cion, cuyos resultados se aprecian al comparar los
agrupamientos ~ de los mamfferos incluidos en la
Figura 6.7. A pesar de que los agrupamientos cum-
plen la misma funcion y todos tienen la misma or-
ganizacion general, difieren en tamafio y varia el
numero total y el tipo de genes de globina ~' asi
como los numeros y las estructuras de los seudo-
genes. Todos estos cambios deben haber ocurrido
desde la radiacion de los mamiferos, hace -85 mi-
llones de afios (tlltimo punto de la evolucion comun
a todos los mamfferos).
La comparacion resalta el punto general de que
la duplicacion, la reorganizacion y la variacion de
los genes son factores tan importantes en la evolu-
cion como la acumulacion lenta de mutaciones en
genes individuales. c:. Que tipos de mecanismos son
responsables de la reorganizacion genica?
Como se describio en la introduccion de este
capitulo, el entrecruzamiento desigual puede ser re-
sultado del apareamiento entre dos sitios no homo-
109

Entrecruzamiento normal
Gen 1 Gen 2
Cromosoma 1
Cromosoma2
Cromosomas
recombinantes
reciprocos
Entrecruzamiento desigual
Cromosomas
progenitores apareados
Entrecruzamiento Jt err6neamente
recombinantes
no reciprocos
El numero de genes puede ser modificado por entrecru-
zamiento desigual. Si el gen 1 de un cromosoma se aparea con el 2 del
otro, las otras capias del gen quedan excluidas del apareamiento. La
recombinaci6n entre genes apareados err6neamente produce un cromo-
soma con un sola copia (recombinante) del gen y un cromosoma con tres
capias del gen (una de cada progenitor y una recombinante).
logos. Normalmente, Ia recombinacion involucra a
secuencias de DNA corresponclientes situadas en ali-
neadon exacta entre los dos cromosomas homolo-
gos. Sin embargo, cuando hay dos copias de un gen
en cada cromosoma, un desalineamiento ocasional
permite que se apareen entre sf (lo cual implica que
algunas de las regiones adyacentes se desapareen).
Esto puede suceder en una region de repeticiones
conas (vease Ia Fig. 6. 3) o en un agrupamiento de
genes. En Ia se observa que el entrecru-
zamiento desigual en un agrupamiento de genes
puede tener dos consecuencias, una cuantitativa y
otra cualitativa:
El numero de repeticiones aumenta en un
cromosoma y disminuye en el otro, de tal
forma que un cromosoma recombinante
sufre una delecion y el otro una insercion,
indepenclientemente de Ia localizacion exac-
ta del entrecruzarniento. En la figura, en el
primer recombinante au menta el numero de
copias del gen, de dos a tres, en tanto que en
el segundo recombinante se reduce de dos
a una.
Si el evento de recombinacion sucede en
un gen (y no entre genes), el resultado de-
pende de que los genes recombinados sean
identicos o solo esten relacionados. Si las
110 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
copias uno y dos del gen no correspondien-
te son completamente homologas, no hay
cambios en la secuencia de ninguno de los
genes. Sin embargo, tambien puede ocurrir
un entrecruzamiento no equivalente cuan-
do los genes adyacentes estan bien relacio-
nados (aunque Ia posibilidad es menor que
cuando son identicos) . En este caso, cada
uno de los genes recombinantes tiene una
secuencia diferente de Ia de cualquiera de
los progenitores.
Que el cromosoma tenga una ventaja o una des-
ventaja selectiva, dependera de Ia consecuencia de
cualquier cambio en la secuencia del producto del
gen, asf como del cambio en el numero de copias.
Un obstaculo para el entrecruzamiento desigual
es representado por Ia estructura interrumpida de
los genes. En un caso como el de las globinas, los
exones correspondientes de las copias adyacentes
del gen tienden a estar lo suficientemente bien re-
lacionadas como para sostener el apareamiento,
pero las secuencias de los intrones han divergido
de manera notoria. La restriccion de aparearse con
los exones reduce considerablemente el fragmento
continuo del DNA potencialmente involucrado, con
lo cual se reduce Ia posibilidad de un entrecruza-
miento desigual, por lo tanto, Ia divergencia entre
intrones potenciarfa Ia estabilidad de los agrupa-
mientos de genes y disminuirfa Ia posibilidad de un
entrecruzamiento desigual.
Las talasemias son resultado de mutaciones
que reducen o inhiben Ia sfntesis de Ia globina a o
Ia ~ La incidencia de entrecruzamiento desigual en
los agruparnientos de genes de Ia globina humana es
revelada por la naturaleza de ciertas talasemias.
Muchas de las talasemias mas severas resul-
tan de deleciones de una parte del agrupamiento.
Cuando menos en algunos casos, los extremos de
la delecion se encuentran en regiones homologas,
que es exactamente lo que se esperarfa si se hubiera
generado por un entrecruzamiento desigual.
En Ia se resumen las deleciones que
causan talasemias a; las de a-tal-l son largas y su
localizacion varia en el extremo izquierdo, en tanto
que las posiciones del extremo derecho se localizan
mas alla de los genes conocidos y eliminan a los
dos genes a. Las deleciones de a-tal-2 son cortas y
eliminan solo a uno de los dos genes a. La delecion
L elimina 4 .2 kb de DNA, incluido el gen a2; proba-
blemente resulta de un entrecruzamiento desigual,
porque los extremos de Ia delecion estan en regio-
nes homologas, justo a Ia derecha de los genes \!fay
a2, respectivamente. La delecion R resulta de la eli-
minacion de exactamente 3.7 kb de DNA, distancia
exacta entre los genes al y a2. Esta delecion parece
haber sido generada por un entrecruzamiento des-
igual entre los mismos genes cd y ex2, precisamente
la situacion que se ilustra en la Figura 6.13.
Dep endiendo de la combinacion diploide de
cromosomas talasemicos, un individuo afectado
.......... .....
a2 a.l 8

puede tener de cero a tres cadenas ex. Hay algunas a-tai-2L

diferencias entre el tipo silvestre (cuatro genes ex)
en individuos con dos o tres genes ex, pero si un a-tai-2R
individuo tiene solo un gen ex, el exceso de cade-
nas ~forma el inusual tetramero ~ 4 , que provoca la a-tal-1-Tailandesa
enfermedad de hemoglobina H (HbH). La carencia
total de genes ex resulta en hidrops fetalis (o hi-
a-tai-1-Griega
dropesfa fetal), que es fatal al nacer o despues del
nacimiento.
El mismo entrecruzamiento desigual que gene- Restante Borrado
ro el cromosoma talasemico debe haber generado
tambien un cromosoma con tres genes ex. En ciertos Las talasemias a. resultan de varias deleciones
casos se han identificado individuos con dicha ca- en el agrupamiento de genes de globina a..
racterfstica, y en algunas poblaciones, la frecuencia
del locus ex triple es casi Ia misma que la del locus
ex sencillo, mientras que en otras, los genes ex tri-
ples son mucho menos comunes que los sencillos,
Io cual sugiere que en diversas poblaciones operan
factores selectivos (desconocidos) que ajusta los ni- .....
e
..... .....p
3

veles genicos. P= tal

Las variaciones en el numero de genes ex son re-
Iativamente frecuentes, Io cual permite argumentar
que el entrecruzamiento desigual en el agruparnien-
IO debe ser bastante comun, si bien se observa con
mas frecuencia en el agrupamiento ex que en el ~' I
posiblemente porque los intrones de los genes ex son Gf'-.1 HPFH
mucho mas cortos y por Io tanto presentan menos
impedimentos para el apareamiento erroneo entre GA HPFH
genes no homologos.
Gf.y HPFH Hb Kenia
Las deleciones que provocan las talasemias ~ se
resumen en la , . En algunos casas (raros),
Gf.y tal
solo el gen ~ resulta afectado, con una delecion de
600 bp, a partir del segundo intron, pasando por la s
yj3 tal
regiones flanqueantes 3'. En los otros casas, muchas
de las deleciones son muy largas, del extrema 5', in-
dicado en el mapa, basta >50 kb bacia Ia derecha. Las deleciones del agrupamiento del gen de glo-
bina ~ causan varios tipos de talasemias.
El tipo Hb Lepore proporciona la clasica evi-
dencia de que Ia delecion puede resultar de un en-
trecruzamiento desigual entre genes ligados. Los
genes ~ y 8 difieren unicamente -7% en sus se- El recfproco de este evento ha sido encontrado
cuencias. La recombinacion desigual elimina mate- en la forma de Hb anti- Lepore, producida por un
rial entre los genes, fusionandolos (vease Fig . 6.13) . gen que tiene la parte terminal N de ~ y la parte
El gen fusionado produce una cadena individual terminal C de 8. EL gen fusionado esta entre los
tipo ~ formada por Ia secuencia terminal N de o, genes 8 y ~ normales .
unida a Ia secuencia terminal C de ~ La evidencia de que pueden presentarse entre-
Actualmente se conocen numerosos tipos de Hb cruzamientos desiguales entre genes cu ya relacion
Lepore, y Ia diferencia radica en el punta de transi- es lejana proviene de la identificacion de Ia Hb Ke-
cion de las secuencias de 8 a ~, asf que cuando los nia, otra hemoglobina fusionada, Ia cual contiene
oenes 8 a ~ se aparean por entrecruzamiento des- Ia secuencia terminal N del gen ~ y Ia secuencia
2gual, el punta exacto de recombinacion determina terminal C del gen ~ La fusion debe haber resultado
:a posicion en que sucede cambia de secuencia oa del entrecruzamiento desigual entre ~ y ~, cuyas
en Ia cadena de aminoacidos. secuencias difieren -20%.

6.7 Mediante entrecruzamiento desigual se reestructuran los agrupamientos de genes 111

 A partir de las diferencias entre los agrupamien-
tos de genes de globina de varios mamfferos se ob-
serva que la duplicacion seguida (algunas veces) de
la variacion ha sido un elemento importante en Ia
evolucion de cada agrupamiento. Las deleciones
talasemicas humanas demuestran que el entrecru-
zamiento desigual sigue ocurriendo en ambos agru-
pamientos de genes de globinas . Cada vez que un
evento de esta naturaleza genera una duplicacion
y una delecion, debe tomarse en cuenta el futuro
de los loci recombinantes de la poblacion . Las de-
leciones tambien pueden ocurrir (en principia) por
recombinacion entre secuencias homologas que se
encuentran en el mismo cromosoma, fenomeno que
no genera una duplicacion correspondiente.
Es diffcil calcular Ia frecuencia natural de estos
eventos porque las fuerzas selectivas ajustan nipi-
damente los niveles de los diversos agrupamientos
de la poblacion. En general, una contraccion en el
numero de genes tiende a ser nociva y descartada
a favor de otra, sin embargo, algunas poblaciones
pueden tener una ventaja compensadora que man-
tenga ala forma eliminada en una frecuencia baja.
Las estructuras de los agrupamientos huma-
nos actuates muestran varias duplicaciones que dan
testimonio de la importancia de tales mecanismos.
Las secuencias funcionales incluyen dos genes a que
codifican a la misma protefna, bastante bien re-
lacionados con los genes ~ y 8, y dos genes y casi
identicos. Estas duplicaciones independientes com-
parativamente recientes han sobrevivido en la pobla-
cion, sin mencionar a las duplicaciones mas clistantes
que originalmente generaron los diversos tipos de
genes de globina. Otras duplicaciones pueden haber
dado lugar a seudogenes o se han perdido. Es de es-
perar que la duplicacion y la delecion continuas sean
caracteristicas de todos los agrupamientos de genes.
Los genes del RNAr forman
repeticiones en tandem
Conceptos principales
El RNA ribos6mico es codificado por un numero
considerable de genes identicos que se repiten en
tandem para formar uno o mas agrupamientos .
Los agrupamientos de DNAr se organizan de manera
tal, que las unidades de transcripci6n que resultan en
un precursor unido a los RNAr principales alternan con
espaciadores no transcritos.
En los casas descritos hasta ahara, hay diferencias
entre los miembros individuates de un agrupamien-
to de genes que permiten que la presion selectiva
112 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
actue de manera independiente en cada gen, y hay,
por el contrario, dos casas de agrupamientos gran-
des de genes que contienen varias capias identicas
del mismo gen o genes. La mayoria de los organis-
mos contienen multiples capias de los genes para
las histonas, que son un componente fundamental
de los cromosomas, y casi siempre hay varias copias
de los genes que codifican a los RNA ribosomicos; lo
que plantean interrogantes evolutivas de interes.
El RNA ribosomico es el producto predominan-
te de la transcripcion, pues constituye del80 al 90%
de la masa total del RNA celular de las eucariotas
y las procariotas. El numero de genes mayores de
RNAr fluctua entre 7 de E. coli, 100 a 200 de las eu-
cariotas inferiores y varios cientos en las eucariotas
superiores. Los genes que codifican al RNAr gran-
de y al pequefio (encontrados en las subunidades
grandes y pequefias del ribosoma, respectivamente)
suelen formar un par en tandem (la unica excep-
cion son las mitocondrias de las levaduras).
La ausencia de una variacion detectable en las
secuencias de las moleculas de RNAr implica que
todas las capias de cada gen deben ser identicas,
o cuando menos sus diferencias deberan estar por
debajo del nivel de deteccion del RNAr (-l%). Un
pun to de gran in teres son los mecanismos utilizados
para evitar que las variaciones se acumulen en las
secuencias individuates.
En las bacterias, los multiples pares de genes de
RNAr estan dispersos, mientras que en la mayorfa de
los nucleos eucarioticos es tan contenidos en agru-
pamientos en tandem, regiones que suelen llamarse
DNAr. (En algunos casas, la proporcion de DNAr
en el total del DNA aunada a su composicion basica
atfpica, es lo suficientemente importante como para
aislarse como fraccion independiente, directamen-
te del DNA genomico cortado.) Una caracterfstica
cliagnostica importante de un agrupamiento en tan-
dem es que genera un mapa de restriccion circular,
como se muestra en la
Supongamos que cada unidad de repeticion
tiene tres sitios de restriccion. Cuando se mapean
estos fragmentos por medios convencionales, se ob-
serva qu e A esta junto a B, que esta junto a C, que
esta junto a A, generando un mapa circular. Si el
agrupamiento es grande, los fragmentos internos
(A, B y C) estaran presentes en cantidades mucho
mayores que los terminales (X y Y), mismos que
conectan al agrupamiento con el DNA adyacente.
En un agrupamiento de l 00 repeticiones, X y Y es-
tarfan presentes al l % del nivel de A, B y C, lo cual
puede dificultar la obtencion de los extremos de un
agrupamiento de genes con fines de mapeo.
La region del nucleo donde sucede la sfntesis del
RNAr ti ene un aspecto caracterfstico, con un nucleo
 Organizaci6n lineal del agrupamiento
Repetici6n 1 Repetici6n 2 Repetici6n 3 Repetici6n 4

Espaciador no transcrito Unidad de transcripci6n

I I
fi\,.0\.~Q u
~ ~
Sitios de divisi6n por restricci6n

X t A t Bt C t A tB Ct A l B! C A I Bt Y

Mapa de restricci6n

c
A

Un agrupamiento de genes en tandem presenta alternancias

en las unidades de transcripci6n y los espaciadores no transcritos y genera
un mapa de restricci6n circular.

de naturaleza fibrilar rodeado de una corteza granu-

lar. El nucleo fibrilar es donde se transcribe el RNAr
a partir del molde de DNA, y la corteza granular
esta formada por partfculas ribonucleoprotefnicas
en las cuales se ensambla el RNAr. El area completa
se llama nucleolo, y su morfologfa caracterfstica es
obvia en Ia
Las regiones cromos6micas particulares aso-
ciadas con un nucleolo se Haman organizadores
nucleolares, cada uno de los cuales corresponde
a un agrupamiento de genes de RNAr repetidos en
tandem en un cromosoma. La concentraci6n de
dichos genes, aunada a su muy intensa transcrip-
ci6n, es la causa de Ia morfologfa caracterfstica de , ..
los nucleolos. ~ .~
. -~ ~~'

~;;'~f~{:i~~i<t,_-.; ,;y1: ->_:~r~t

'
El par de RNAr mayores es transcrito como el .. :}.

unico precursor, tanto en los nucleos de las bacterias

como de las eucariotas . Despues de Ia transcripci6n,
el precursor se divide para liberar a las moleculas
individuales de RNAr. La unidad de transcripci6n
es mas pequeiia en las bacterias y ma s larga en los
mamiferos (en cuyo caso se conoce como RNA 45S,
segun su velocidad de sedim entaci6n) . Un agru-
pamiento de DNAr contiene muchas unidades de
transcripci6n, cada una separada de la siguiente
por un espaciador no transcrito. La alternancia
de una unidad de transcripci6n y el espaciador no
transcrito es observable directamente en microgra-
fias electr6nicas . El ejemplo de Ia pro-
viene del triton N otopthalmus viridescens, en el que
cada unidad de transcripci6n se expresa intensa-
El centro nucleolar identifica a los DNAr en pro-
ceso de transcripci6n, y la corteza granular circundante consta
de unidades ribos6micas ensambladas. Esta secci6n delgada
muestra el nucleolo de la nutria Notopthalmus viridescens. Ima-
gen cortesia de Oscar Miller.
mente, de manera que varias polimerasas de RNA
participan simultaneamente en Ia transcripci6n de
una unidad de repetici6n. Las polimerasas estan tan
cercanas que los transcritos de RNA forman una
matriz caracterfstica que muestra una longitud cre-
ciente a lo largo de la unidad de transcripci6n.

6.8 Los genes del RNAr forman repeticiones en tandem 113

 sulta ser el cromosoma sexual. El agrupamiento del
cromosoma Xes mas grande que el del cromosoma
Y, asf que las moscas hembra tienen mas copias de
los genes de RNAr que las moscas macho. )
En los mamfferos, la unidad de repeticion es
mucho mas extensa, y comprende Ia unidad de
transcripcion de -13 kb y un espaciador no trans -
crito de -30 kb. Normalmente, los genes forman
numerosos agrupamientos dispersos, en el caso del
hombre y del raton, los agrupamientos residen en
cinco y seis cromosomas, respectivamente. Una
La transcripci6n de ag rupamientos de DNAr ge- pregunta interesante (pero sin respuesta) es como
nera una serie de matrices, cada una de las cuales corresponde puede funcionar el mecanismo corrector que, pre-
a una unidad de transcripci6n separada de la siguiente por el
espaciador no transcrito. Imagen cortesia de Oscar Mi ller.
sumiblemente funciona en un solo agrupamiento
y garantiza la constancia de la secuencia del RNAr,
cuando hay varios agrupamientos.
Las diferencias de longitud del espaciador
no trans crito de un solo agrupamiento de genes
Region Region Region
repetitiva repetitiva 2 repetitiva 3
contrasta con Ia conservacion de la secuencia de Ia
lslote lslote lslote unidad de transcripcion. A pesar de esta variacion,
Bam Bam las secuencias de los espaciadores no transcritos mas
extensos siguen siendo iguales a las de los espacia-
-500 bp -300 bp -300 bp dores no transcritos mas cortos, lo cual implica que
Longitud variable Longitud variable Longitud variable cada espaciador no transcrito es intemamente repetiti-
repeticiones de 97 bp repeticiones de 60/81 bp repeticiones de
60/81 bp
vo, de modo que Ia variacion en longitud resulta de
2 300 - 5 300 bp los cambios en el numero de repeticiones de alguna
El espaciador no transcrito del DNAr de X. laevis tiene una subunidad.
estructura que se repite internamente y es la causa de sus variaciones de Las caracterfsticas generales de los espaciado-
longitud. Los islotes Bam son secue ncias constantes cortas que separan a res no transcritos se ilustran con el ejemplo de X.
las regiones repetitivas. laevis en la . Las regiones cuya longitud
es fija, alternan con las de longitud variable. Cada
una de las tres regiones repetitivas comprende un
Ill Los genes repetidos de RNAr numero variable de repeticiones de una secuencia
mantienen una secuencia mas bien corta . Un tipo de region repetitiva tiene re-
peticiones de una secuencia de 97 bp; el otro, presente
constante en dos ubicaciones, tiene una unidad de repeticion en
Conceptos principales dos fonnas, de 60 bp y de 81 bp de largo. La varia-
cion en el numero de unidades de repeticion en
Todos los genes de un agrupamiento de DNAr tienen
secuencias identicas. las regiones repetitivas representa Ia variacion total
en Ia longitud de los espaciadores. Las regiones re -
Los espaciadores no transcritos consisten en unidades
repetidoras mas cortas cuyo numero varia, de modo que
petitivas estan separadas por secuencias constantes
la longitud de cada espaciador es diferentes. mas cortas, llamadas islotes Bam. (Su nombre se
debe a que para el aislamiento se utilizo Ia enzi-
ma de restriccion BamHI. ) A partir de este tipo de
La longitud del espaciador n o transcrito varia mu- organizacion, se observa que el agrupamiento ha
cho entre especies y (en ocasiones) dentro de una evolucionado por duplicaciones en que esta impli-
misma especie. Las levaduras tienen un espaciador cada la region promotora .
no transcrito corto cuya longitud es relativamente Es necesario explicar la falta de variaciones en
constante. En D. melanogaster se observa una varia- las copias expresadas de los genes repetidos. Un mo-
cion casi del doble entre diferentes copias de la uni- delo supondrfa la demanda cuantitativa de deter-
dad de repeticion. En X. laevis Ia situacion es similar. minado n umero de secuencias "buenas", pero esto
En cada uno de estos casos, todas las unidades de re- permitirfa que las secuencias mutadas se acumula -
peticion estan presentes a manera de un solo agru- ran a tal punto, que su porcion en el agrupamien-
pamiento en tandem individual en un cromosoma to serfa lo suficientemente grande como para que
especifico. (En el ejemplo de D. melanogaster, este re- fuera ejercida Ia presion selectiva. Es posible excluir

114 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones

estos modelos por Ia ausencia de cticha variacion en
el agrupamiento.
La falta de variacion implica una presion se-
ectiva insensible, en cierta forma, a las variaciones
i.ndividuales. Un modelo supondrfa que el agru-
amiento entero es regenerado periodicamente a
_artir de uno o de varios miembros . De hecho, en
ada generacion, practicamente en cualquier me-
canismo necesita estar involucrada Ia regeneracion.
I::ste tipo de modelos puede ser excluido porque un
3.grupamiento regenerado no mostrarfa variaciones
eo las regiones n o transcritas de las repeticiones in-
Jividuales.
Lo cual plantea un dilema. La variacion en las
!'egiones no transcritas sugiere frecuentes entrecru-
zamientos desiguales, con lo cual cambiara el tama-
:1o del agrupamiento, pero no las propiedades de las
. epeticiones individuales. c.Entonces como se evita
_a acumulaci6n de mutaciones? En Ia proxima sec-
on se vera que Ia contraccion y Ia expansion con-
:inuas de un agrupamiento suelen proporcionar un
:necanismo para Ja homogenizaci6n de sus copias.
La fijaci6n entrecruzada
podria mantener repeticiones
identicas
Conceptos principales
Un entrecruzamiento desigual cambia el tamaiio de un
agrupamiento de repeticiones en tandem .
Las unidades de repetici6n pueden eliminarse o
repartirse entre los agrupamientos.
:=1 mismo problema se encuentra siempre que un
5en ha sido duplicado. (.Como imponer Ja selecci6n
?ara evitar Ia acumulacion de mutaciones delete-
:eas?
La duplicacion de un gen probablemente resulte
::-n una relajacion inmediata de Ia presion evolutiva
~ bre su secuencia. Ahara que hay dos capias iden-
-cas, un cambio en Ia secuencia de una no privara
-=-~ organismo de una proteina funcional, porque Ia
~~cuencia original de los aminoacidos sigue siendo
~odificada porIa otra copia. Despues, Ia presion se-
~n iva se difunde en ambos genes, hasta que uno
:e ellos muta lo suficientemente lejos de su funci6n
_:gina! como para enfocar toda la presion selectiva
-:~ el otro.
Inmediatamente despues de Ia duplicacion de
- - gen, los cambios pueden acumularse mas rapida-
--ente en una de las copias, llevando eventualmente
: _ma nueva funci6n (o a Ja obsolescencia en forma
-~ seudogen). Si se desarrolla una nueva fun cion,
~.:onces el gen evoluciona a Ia misma velocidad,
6.10 La fijaci6n entrecruzada podria mantener repeticiones identicas
mas lenta, caracterfstica de la funcion original. Pro-
bablemente este sea el tipo de mecanismo causante
de Ia separaci6n de las funciones entre los genes de
globina embrionarios y los adultos.
Aun asi, hay instancias en que los genes duplica-
dos conservan la misma funcion, coctificando protef-
nas identicas o casi identicas. Las protefnas identicas
son coclificadas por dos genes de globina a humanos
y solo clifiere un aminoacido entre las dos protefnas
de glob ina y. c. Como se ejerce la presion selectiva
para mantener Ia identidad de Ia secuencia?
La posibilidad mas obvia es que, de hecho, dos
genes no tienen funciones identicas, sino que difie-
ren en algunas propiedades (no detectadas), como
el tiempo o ellugar de expresion. Otra posibilidad
es que Ja necesidad de dos copias sea cuantitativa,
dado que ninguna produce, de por sf, suficiente
cantidad de protefna .
De cualquier forma, en casos mas extremos de
repeticion es imposible evitar Ia conclusion de que
ninguna de las copias del gen es esencial. Cuando
hay varias, los efectos inmediatos de la mutaci6n en
cualquiera de elias deben ser m uy !eves. Las con-
secuencias de una mutacion individual se diluyen
por el gran numero de copias del gen que conservan
Ia secuencia de tipo silvestre, pueden acumularse
m uchas copias mutantes antes de que se genere un
efecto leta!.
La letalidad se torna cuantitativa, conclusion
que se refuerza por Ia observacion de que Ia mitad
de las unidades del agrupamiento de DNAr de X
laevis o de D. melanogaster pueden ser borradas sin
efectos adversos. c. Como se impide, entonces, que
estas unida des acumulen gradualmente m u tacio -
nes deletereas? c. Que posibilidades h ay de qu e Ia
rara mutacion favorab le muestre sus ventajas en el
agrupamiento?
El principia basico de los modelos para explicar
Ia conservacion de Ia identidad entre copias repeti-
das es suponer que los genes no alelicos nose here-
dan de manera independiente, sino que deben ser
regenerados continuamente de una de las capias de
una generacion precedente. En el caso mas sencillo
de dos genes identicos, cuando en una copia ocurre
una mutacion, o es eliminada de forma aleatoria
(porque Ia secuencia de Ia otra copia toma el con-
trol), o se extiende a ambos duplicados (porque Ia
copia mutante se convierte en Ia version dominan-
te ). La dispersion expone a Ia mutacion a Ia selec-
cion. El resultado es que los dos genes evolucionan
juntos, como si existiera un solo locus, fenomeno
conocido como evoluci6n coincidental o evolu-
ci6n concertada (ocasionalmente, coevoluci6n),
que puede aplicarse a un par de genes identicos (con
suposiciones posteriores) o a un agrupamiento que
contenga n um erosos genes.
115
 Un mecanismo supone que las secuencias de
los genes no alelicos se comparan directamente y
son homogeneizadas por las enzimas que detectan
cualquier diferencia . Esto se logra por el intercam -
bio de cadenas individuales para formar genes, una
de cuyas cadenas deriva de una copia y la otra, de
la otra copia. Cualesquiera diferencias se revelan
como bases apareadas impropiamente, lo cual atrae
la atencion de las enzimas susceptibles de escindir y
remplazar una base, de modo que solo los pares A-T
y G-C sobreviven. A este tipo de evento se le llama
conversion genica y se relaciona con la recom-
binacion genetica. Deberfa ser posible comprobar
el alcance de tales eventos al comparar las secuen-
cias de genes duplicados, pero si estan sujetos a la
evolucion concertada, no deberia verse la acumu-
lacion de sustituciones de sitios silenciosos (porque
el proceso de homogeneizacion se aplica tanto para
estos como para los sitios de remplazo). Se sabe que
la extension del mecanismo de mantenimiento no
debe rebasar al gen mismo, puesto que hay casas
de genes duplicados cuyas secuencias flanquean -
tes son enteramente distintas. De hecho, podrfan
verse limites abruptos que marcan los extremos de
las secuencias homogeneizadas.
Cabe recordar que la existencia de dichos me-
canismos puede invalidar Ia determinacion de Ia
historia de genes de ese tipo a traves de su diver-
gencia, puesto que fa divergencia refleja solo el tiempo
transcurrido desde el ultimo evento de homogeneizaci6nl
regeneraci6n, no la duplicaci6n original.
El modelo de fijacion cruzada supone que un
agrupamiento entero esta sujeto a reestructuracion
continua por el mecanismo de entrecruzamiento
desigual. Dichos eventos suelen explicar la evolu-
cion concertada de multiples genes si el entrecruza-
miento desigual provoca que todas las capias sean
regeneradas ffs icamente a partir de una copia.
Siguiendo el tipo de evento ilustrado en la Fi-
gura 6.13, por ejemplo, el cromosoma que porta
un locus triple podrfa sufrir la delecion de uno de
los genes. De los dos restantes, 1 V2 representa la
secuencia de una de las capias originates; solo la
mitad de la secuencia de la otra copia original ha
sobrevivido. Cualquier mutacion de Ia primera re -
gion ahara existe en ambos genes y esta sujeta a la
presion selectiva.
El agrupamiento en tandem proporciona opor-
tunidades frecuentes de "apareamiento erroneo" de
genes cuyas secuencias son las mismas, pero que
ocupan diferentes posiciones en sus agrupamien-
tos. Mediante la expansion y contraccion constantes
del numero de unidades por entrecruzamiento des-
igual, es posible que todas las unidades de un agru-
pamiento sean derivadas de una proporcion bas-
tame pequefia de las de un agrupamiento ancestral.
116 CAPiTULO 6 Agrupamientos y repeticiones
Las variaciones en la longitud de los espaciadores
coinciden con la idea de que los eventos de entre-
cruzamiento desigual suceden en los espaciadores
apareados internamente de manera erronea, lo cual
explicaria la homogeneidad de los genes comparada
con la variabilidad de los espaciadores. Los genes
son expuestos a la seleccion cuando unidades de
repeticion especfficas son amplificadas en el agru -
pamiento, pero los espaciadores son irrelevantes y
pueden acumular cambios.
En una region de DNA no repetitivo, Ia recombi-
nacion ocurre entre puntos coincidentes precisos de
dos cromosomas homologos, generando asf recom-
binantes recfprocos. La base de esta precision es la
capacidad que tienen dos secuencias de DNA duplex
para alinearse exactamente. Se sabe que la recombi-
nacion desigual puede ocurrir cuando hay multiples
capias de un gen cuyos exones estan relacionados,
incluso si sus secuencias flanqueadoras e interven-
toras difieren, y esto por el apareamiento erroneo
entre exones correspondientes en genes no a!elicos.
Imagfnese que tan frecuente debe ser Ia desali-
neacion de un agrupamiento en tandem de repeti-
ciones identicas o casi identicas. iExcepto en los me -
ros extremos del agrupamiento, la cercana relacion
entre repeticiones sucesivas imposibilita incluso la
definicion de las repeticiones exactamente corres-
pondientes! Esto tiene dos consecuencias: ajuste
continuo del tamaiio del agrupamiento y homoge-
neizacion de la unidad de repeticion.
Consicterese una secuencia formada por la uni-
dad de repetici6n "ab" con extremos "x" y "y". Si se
representa un cromosoma de color negro y el otro
de distinto color, el alineamiento exacto entre las
secuencias alelicas serfa:
xababababababababababababababababy
xababababababababababababababababy
Sin embargo, es probable que cua!quier secuen-
cia ab del cromosoma se aparee con cualquier se-
cuen cia ab del otro cromosoma, en una desalinea-
ci6n del tipo de:
xabababababababababababa ba babababy
xababababababababababababababababy
la region de apareamiento no es menos estable que
en el par alineado, a pesar de ser mas corta. No se
sabe mucho acerca de como se inicia el apareamien-
to antes de la recombinaci6n, pero es muy probable
que empiece entre regiones cortas correspondientes
y luego se difunda . Si empieza en el DNA sateli-
te, es mas probable que no imp lique unidades de
repeticion que no tengan ubicaciones exactamente
correspondientes en sus agrupamientos.
Ahora supongase que un evento de recombina-
cion tiene Iugar en la region apareada desigualmente.
los recombinantes tendran un numero diferente de
unidades de repeticion. En un caso, el agrupamiento
sera mas largo yen el otro, se habra acortado,
X?babababababababababababababababy
X
xababababababababababababababababy
1
xababababababababababababababababababy
+
xabababababababababa bababababy
donde "x" indica el sitio del entrecruzamiento.
Si este tipo de even to es comun, los agrupamien-
tos de repeticiones en tandem estaran sometidos a
expansion y contraccion continuas, lo cual puede
Uevar a que una unidad de repeticion en particu -
lar se disperse en el agrupamiento, segun se ilustra
en Ia . Supongase que el agrupamiento
consiste inicialmente en una secuencia abcde, en la
7
9
11
abbbbbcdcde1
abbbbbcdcde
10
10
7 de secuencias cortas repetidas en copias identicas o
bbbbbbb
" La recombinaci6n desigual permite que una uni-
-- de repetici6n especifica ocupe el agrupamiento entero.
_:; nCtmeros indican la longitud de la unidad de repetici6n en
:=ja etapa.
6.U Los DNA sate lite a me nuda se encuentran en la heterocromatina
cual cada letra representa una unidad de repeticion.
La relacion entre las diferentes unidades de repeti-
cion es lo suficientemente estrecha como para que se
apareen erroneamente por recombinacion, de modo
que por una serie de eventos recombinantes des-
iguales, el tamano de Ia region repetitiva aumenta o
disminuye, y una unidad se extiende para remplazar
a todas las otras.
El modelo de fijacion cruzada pronostica que
cualquier secuencia de DNA no sometida a presion selecti-
va, seguramente sera sometida par una serie de repeticiones
en tandem identicas generadas de esta manera. La supo-
sicion critica es que el proceso de fijacion cruzada es
bastante rapido respecto de Ia mutacion, de manera
que las mutaciones nuevas son eliminadas (se pier-
den sus repeticiones) o llegan a tomar el control de
todo el agrupamiento. Obviamente, en el caso del
agrupamiento del DNAr, Ia seleccion impone un fac-
tor posterior para una secuencia transcrita efectiva.
Los DNA satelite a men udo
se encuentran
en la heterocromatina
Conceptos principales
La secuencia de repetici6n del DNA altamente
repetitive es muy corta y no tiene funci6n codificadora.
Se presenta en grandes bloques que pueden tener
propiedades ftsicas diferentes.
Suele ser el constituyente principal de la
heterocromati na centromerica.
El DNA repetitivo se define por su (relativamente)
rapido fndice de renaturalizacion. El componente
que se renaturaliza mas rapidamente en el genoma
eucariotico se llama DNA altamente repetitive y con-
siste en secuencias muy cortas repetidas en tandem,
varias veces, en agrupamientos grandes. Como su
unidad de repeticion es corta, suele describirse como
DNA de secuencia simple. Este tipo de compo-
nente se encuentra en casi todos los genomas eu-
carioticos superiores, pero, en general, la cantidad
es muy variable. En los genomas de los mamfferos
es tfpicamente < l 0%, pero en Drosophila virilis, por
ejemplo, llega a -50%. Ademas de los agrupamien-
tos extensos en que este tipo de secuencia se descu-
brio originalmente, hay otros mas pequenos inter-
calados con DNA no repetitivo, que suele constar
relacionadas en el genoma.
La repeticion en tandem de una secuencia corta
crea una fracci6n con propiedades ffsicas distintivas
que permiten aislarla. En algunos casos, Ia compo-
sicion basica de Ia secuencia repetitiva es distinta de
117

Banda principal
Sate lite
cu
(.)
E.
O los cuales pueden ser mas pesados 0 m as ligeros que
cu
'()
c
cu
.0
0
(f)
.0
<l:
Densiqad boyante
J Par centrifugaci 6n, el DNA de raton se separa
en una banda principal y un satelite a traves de un gradiente
de densidad de CsCl.
la del genoma promedio, lo cual le permite formar
una fraccion independiente en virtud de su densi-
dad boyante diferente. Una fraccion de este tipo se
llama DNA satelite, termino que, en esencia, es si-
nonimo de DNA de secuencia simple. Coincidiendo
con su secuencia simple, este DNA ni se transcribe
ni se traduce.
Las secuencias repetidas en tandem estan espe-
cialmente obligadas a experimentar alineamientos
erroneos durante el apareamiento cromosomico, de
modo que sus dimensiones tienden a ser polimor-
ficas, con amplias variaciones entre individuos. De
hecho, los agrupamientos mas pequeiios de tales
secuencias pueden usarse para caracterizar genomas
individuales mediante la tecnica de huella digital
del DNA (vease Ia seccion 6.14, Los minisatelites
facilitan el mapeo genetico}.
La densidad boyante de un DNA duplex depen-
de de su contenido G-C segun la formula empirica
p= 1.660 + 0.00098 (%G-C) g-cm-3
Normalmente, la densidad boyante se determi-
na centrifugando el DNA a traves de un gradiente
de densidad de CsCI. EL DNA forma una banda en
la posicion correspondiente a su propia densidad.
Las fracciones de DNA que difieren en contenido
G-C por >5%, usualmente pueden ser separadas en
un gradiente de densidad.
Cuando un DNA eucariotico es centrifugado en
gradiente de densidad, pueden distinguirse dos tipos
de materiales:
La mayor parte del genoma forma un con-
tinuo de fragmentos observables como un
pico mas bien ancho centra do en la densi-
dad boyante que corresponde al promedio
de contenido de G-C del genoma. A esto se
le denomina banda principal.
118 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
En ocasiones, un pico adicional, mas pe-
queiio (o varios picos}, se observa en un
valor diferente. Este material es el DNA sa-
telite.
En muchos genomas eucarioticos hay satelites,
la banda principal, pero casi nunca representan >5%
del DNA totaL Un ejemplo claro es el DNA de raton
que se ilustra en la . La grafica es una ex-
ploracion cuantitativa de las bandas que se forman
cuando dicho DNA es centrifugado a traves de un
gradiente de densidad de CsCI. La banda principal
contiene 92% del genoma y esta centrada en una
densidad boyante de 1.701 g-cm- 3 (que corresponde
a su promedio de G-C de 42 %, tfpico de los mamf-
feros}. El pico m as pequefio representa el 8 % del
genoma y tiene una densidad boyante distinta de
1.690 g-cm-3 ; en el se encuemra el DNA satelite del
raton, cuyo contenido de G-C (30%} es mucho mas
bajo que en cualquiera otra parte del genoma.
El comportamiento del DNA satelite en gradien-
tes de densidad suele ser anomalo. Cuando se de-
termina la composicion de bases real de un satelite,
difiere del pronostico basado en su densidad boyante
porque p es una funcion no solo de la composici6n
de bases, sino de Ia constitucion en cuanto a pares
de vecinos mas cercanos. Para las secuencias sim-
ples, tienden a desviarse de las relaciones de aparea-
miento aleatorio necesarias para que se cumpla Ia
ecuacion de densidad boyante. Ademas, el DNA
satelite puede estar metilado, lo cual cambia su
densidad.
A menudo, Ia mayor parte del DNA altamente
repetitivo de un genoma puede ser aislado en forma
de satelites. Cuando un componente de estas carac-
teristicas no se separa de esa manera, en aislamiento,
sus propiedades a menudo demuestran su similitud
con las del DNA satelite, es decir, el DNA altamente
repetitivo esta formado por multiples repeticiones
en tandem con centrifugacion anomala. Al material
aislado de esta forma su ele llamarsele satelite crip-
tico. Juntos, los satelites crfpticos y los aparentes
representan, en generaL a todos los grandes bloques
repetidos en tandem del DNA altamente repetitivo.
Cuando un genoma tiene mas de un tipo de DNA
altamente repetitivo, cada uno esta en su propio blo-
que satelite (aunque, en ocasiones, bloques diferen-
tes ocupan posiciones adyacentes} .
.:,En que parte del genoma se localizan los blo-
ques de DNA altamente repetitivo? Una extension
de las tecnicas de hibridacion de acido nucleico
permite determinar directamen te la localizaci6n de
secuencias satelite en el complemento del cromo-
soma. En las tecnicas de hibridacion in situ, el
DNA cromosomico se desnaturaliza tratando celulas
aplastadas en un cubreobjetos. A continuacion, se

* TGTTTAA
..
La hibridacion citologica muestra que el DNA
satelite del raton esta localizado en los centromeros. Imagen
:artesia de Mary Lou Pardue and Joseph G. Gall, Carnegie Ins-
jtution.
aplica una soluci6n que contenga DNA o RNA mar-
cado radioactivamente. La sonda se hibrida con sus
-o mplementos en el genoma desnaturalizado. La
_ocalizaci6n de los sitios de hibridaci6n puede deter-
:ninarse por autorradiograffa (vease la Fig. 28.19).
Los DNA satelite se encuentran en regiones de
heterocromatina, terrnino, este ultimo, utilizado
_ara describir a las regiones de los cromosomas per-
::nanentemente enrolladas con firmeza y que son
:nertes, a diferencia de la eucromatina, que repre-
<emta la mayor parte del genoma (vease la secci6n
1S.7, La cromatina se divide en eucromatina y he-
:erocromatina). La heterocromatina se encuentra
-om{mmente en los centr6meros (regiones en que
'e forman los cinetocoros durante la mitosis y la
:neiosis para controlar el desplazamiento del cro-
:-:wsoma). La locaci6n cemromerica del DNA sate-
:ite sugiere que tiene alguna funci6n estructural
:-n el cromosoma, la cual podrfa estar relacionada
..:on el proceso de segregaci6n del mismo.
En la se muestra un ejemplo de lo-
:alizaci6n del DNA satelite para el complemento
..:romos6mico del raton. En este caso, un extrema
ie cada cromosoma esta etiquetado porque es donde
s centr6meros se localizan en los cromosomas Mus
:usculus.
Los satelites de los artr6podos
tienen repeticiones identicas
muy cortas
Concepto principal
La longitud de las unidades de repeticion de los DNA
satelite de los artropodos es de solo unos cuantos
nucleotidos. La mayoria de las capias de la secuencia
son identicas.
6.12. Los satelites de los artropodos tienen repeticiones identicas muy cortas
1-
Ji}.m1!1m . .
Secuencia Longitud Proporci6n
Satelite predominante total del genoma
ACAAACT 1.1 X 107 25%
TGTTTGA
II ATAAACT 3.6 X 106 8%
TATTTGA
Ill ACAAATT 3.6 X 106 8%
Crfptico AATATAG
TTATATC
Los DNA satelites de D. virilis estan relacionados.
Mas del 95% de cada satelite consiste en una repeticion en
tandem de la secuencia predominante.
En los artr6podos, tipificados por insectos y cangre-
jos, cada DNA satelite parece bastante homogeneo.
Normalmente, una unidad de repetici6n individual
muy corta representa a >9 0 % de los satelites, lo
cual hace relativamente sencilla la determinacion
de la secuencia.
Drosophila virilis tiene tres satelites principales y
un satelite criptico, que juntos representan >40% del
genoma. Las secuencias de los satelites se resumen
en la . Las secuencias de los tres satelites
principales estan intimamente relacionadas. La susti-
tuci6n de una sola base es suficiente para generar el
satelite II o el ill de la secuencia del satelite I.
La secuencia de este ultimo se encuentra en
otras especies de Drosophila relacionadas con virilis,
de modo que pueden haber precedido a la evolu-
ci6n de las especies. Las secuencias de los satelites
II y III parecen espedficas de D. virilis, asf que pue-
den haber evolucionado del satelite I despues de la
evoluci6n de las especies.
La caracterfstica principal de estos satelites es
su unidad de repetici6n tan corta, de s6lo 7 bp. En
otras especies se encuen tran sa telites similares. D.
melanogaster tiene varios satelites, muchos de los
cuales tienen unidades de repetici6n muy cortas (de
5, 7, 10 o 12 bp). En los cangrejos se encuentran
satelites comparables .
La estrecha relaci6n entre las secuencias de
los satelites de D. virilis no es necesariamente una
caracterfstica de otros genomas, en los cuales, las
secuencias de los satelites podrfan no estar relacio-
nadas. Cada satelite surge de una ampliaci6n lateral de
una secuencia muy corta, la cual podrfa representar
una variante de un satelite ya existente (como en
D. virilis), o tener otro origen.
Los satelites se generar y eliminan continua-
mente del genoma, lo cual dificulta establecer las
relaciones evolutivas, ya que un satelite actual pue-
de haber evolucionado de uno anterior, ya perdido.
La caracterfstica importante de estos satelites es que
representan fragmentos muy largos de DNA con secuen-
119
 cias poco complejas, dentro de los cuales se puede mantener
una secuencia constante.
Una de las caracterfsticas de muchos de estos
satelites es una pronunciada asimetrfa en Ia orien-
tacion de los pares de bases de las dos cadenas. En el
ejemplo de los satelites de D. virilis que se muestra en
la Figura 6.22, una de las cadenas es mucho mas rica
en basesT y G en cada uno de los satelites mayores,
con lo cual aumenta su densidad boyante, de mane-
ra que en la desnaturalizacion, esta cadena pesada
(H, heavy) puede ser separada de la cadena ligera (L,
light) complementaria, procedimiento que facilita la
determinacion de la secuencia del satelite.
1111 Los satelites de los mamlferos
constan de repeticiones
jerarquicas
Concepto principal
El DNA satelite del raton ha evolucionado por
duplicaci6n y mutaci6n de una unidad de repetici6n
corta para dar origen a una unidad de repetici6n basica
de 234 bp en la que pueden ser reconocidas la mitad, la
cuarta parte y la octava parte de la repetici6n original.
En los mamiferos, tipificados por varios roedores,
las secuencias que componen cada satelite mues-
tran divergencias apreciables en las repeticiones en
tandem. Las secuencias cortas comunes se recono-
cen por su preponderancia entre los fragmentos de
oligonucleotidos liberados por tratamiento qufmico
o enzimatico, si bien la predominante suele cons-
tituir una escasa minoria de las capias. Las secuen-
cias conas restantes se relacionan con la secuencia
predominante por una variedad de sustituciones,
deleciones e inserciones.
Sin embargo, una serie de las variantes de la
unidad corta puede constituir una unidad de repe-
ticion mas larga, que a su vez se repite en tandem
con ciertas variaciones, de modo que los DNA sate-
lite de los mamfferos se construyen a partir de una
jerarqufa de unidades de repeticion. Estas unidades
de repeticion mas largas constituyen las secuencias
que se renaturalizan en el analisis de reasociacion,
las cuales tambien pueden ser reconocidas mediante
digestion con enzimas de restriccion.
Cuando un DNA satelite es digerido con una
enzima que tiene un sitio de reconocimiento en su
unidad de repeticion, se obtendra un fragmento
para cada unidad de repeticion en la que se presen-
te el sitio. De h echo, cuando el DNA de un genoma
eucariotico es digerido con una enzima de restric-
cion, la mayor parte de el produce una mancha
generalizada debido a la distribucion aleatoria de
120 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
los sitios de division . No obstante, el DNA satelite
genera bandas agudas porque un gran numero de
fragmentos del mismo tamafi.o, o casi, son creados
por division en los sitios de restriccion separados por
una distancia regular.
La determinacion de la secuenda del DNA sa-
telite puede ser dificil. Usando las bandas discretas
generadas por la division por restriccion, se puede
intentar directamente la obtencion de una secuen-
cia, pero si hay una divergencia apreciable entre las
unidades de repeticion, en la misma posicion, pero
en repeticiones distintas, se presentaran diferentes
nucleotidos, de manera que los geles de secuencia-
cion seran oscuros. Si la divergencia no es consi-
derable, digamos en el rango del -2 %, sera posible
determinar una secuencia de repeticion promedio.
Se pueden insertar segmentos individuales del
satelite en plasmidos, para su clonaci6n, aunque un
problema es que, en el hospedador bacteriano, las
secuencias satelite tienden a ser escindidas del plas-
mido quimerico por recombinacion. No obstante,
cuando la clonacion es exitosa, permite determinar
sin ambigiiedades la secuencia del segmento d ona-
do. A pesar de que asi se obtiene la secuencia de la
unidad de repeticion, ode las unidades, se necesitan
varias de estas secuencias individuales para recons-
truir como un todo el tipo de divergencia tfpico de
los satelites.
Mediante cualquier metoda de secuenciacion, la
informacion que se puede obtener depende de la dis-
tancia analizable en un conjunto de geles de secuen-
cia. La repeticion de capias en tandem divergentes
hace i.mposi.ble la reconstrucci.on de secuencias mas
largas mediante superposiciones de fragmentos de
restriccion individuales.
El DNA satelite del raton M. musculus es dividido
por la enzi.ma EcoRII en una serie de bandas, in -
cluido un fragmento monomerico predominante de
234 bp. Esta secuencia debe repetirse con pocas va -
riantes en el 60% a 70% del satelite, que es dividido
en la banda monomerica. Esta secuencia se puede
analizar en funcion de las unidades de repeticion
constituyentes, cada vez mas pequefi.as.
En la U se ilustra la secuencia en cuan-
to a dos medias repeticiones. AI escribir la secuen-
cia de 234 bp de manera que los primeros 11 7 bp
se alineen con los segundos, se observa que ambas
mitades estan bastante bien relacionadas, aunque
difieren en 22 posiciones, lo cual corresponde a una
divergencia del 19%, es decir, que la unidad de re-
peti.cion actual de 234 bp debe haberse generado
en algun momenta del pasado por duplicacion de
una unidad de repeticion de 117 bp, y despues se
acumularon diferencias entre los duplicados.
En la unidad de 117 bp se identi.fican dos sub-
unidades mas, cada una de las cuales corresponde a
 10 20 30 40 50 60 70 G 80 90 100 11 0
~ ~TGGAATATGGCGAGAAAACTGAAAATCACGGAAAATGAGAAATACACACTTTAGGACGTGAAATATGGCGAGAAAACTGAAAAAGGTGGAAAATT~GAAATGTCCACTGTA

3GACGTGGAATATGGCAAGAAAACTGAAAATCATGGAAAATGAGAAACATCCACTTGACGACTTGAAAAATGACGAAATCACTAAAAAAOSTGAAAAATGAGAAATGCACACTGAA
-zD 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230

A 6.2 ~ La unidad de repetici6n del DNA sate lite del raton contiene dos mitades de repetici6n, alienadas para mostrar las identi-
-:..: : ~ s (en color azul).

10 20 30 40 50
GGACCTGGAATATGGCGAGAA AACTGAAAATCACGGAAAATGAGAAATACACACTTTA

60 70 80 90 100 11 0
G T
GGACGTGAAATATGGCGAGAAAACTGAAAAAGGTGGAAAATTAGAAATGTCCACTGTA

1~ 1~ 1~ 1~ 1~ 1ro
GGACGTGGAATATGGCAAGAAAACTG.AAAATCATGGAAAATGAGAAACATCCACTTGA

180 190 200 210 220 230

CGACTTGAAAAATGACGAAATCACTAAAAAACGTGAAAAATGAGAAATGCACACTGAA

" L 25 El alineamiento de los cuartos de repetici6n identifica homolog\as entre la

primera y la segunda mitad de cada mitad de repetici6n. Las posiciones que son las mismas
en todos los cuartos de repetici6n se muestran en color gris; las identidades que abarcan s6lo
tres de los cuartos de repetici6n se indican con letras negras en el area verde.

_-:-_ cuarto de repeticion, respecto del satelite ente-
- _ Los cuatro cuartos de repeticion aparecen ali-
-:-ados en la Gl P . ~ . Las dos llneas superiores
~ :_-~resentan a Ia primera mitad de repeticion de Ia
:--::ura 6.24, las dos inferiores, a la segunda mitad
__ :-epeticion; es obvio que la divergencia entre los
_. :mo cuartos de repeticion ha aumentado a 23 de
'" posiciones, o 40 por ciento. En cierta forma, los
:..::neros tres cuartos de repeticion estiin mejor re-
.:. .=onados, y gran parte de Ia divergencia se debe a
'~lbios en el ultimo cuarto de repeticion.
Observando cada cuarto de repeticion, se ve
. ~e cada uno consta de dos subunidades relaciona-
...;: (un octavo de repeticion), marcadas como se-
- :.ncias a y ~en la FIGU A 6 26 . Todas las secuencias
::enen una insercion de C, en tanto que las ~in
- ~ en la insercion de un trinucleotido, respecto de
..:...:Ja secuencia de consenso comun. Esto sugiere que
~ :uarto de repeticion se origino por duplicacion
_~ una secuencia como la secuencia de consenso,
~p u es de lo cual ocurrieron cambios para gene-
-~ los componentes que ahora observamos como
:- ~ Entre las secuencias a~ repetidas en tandem
_i eron Iugar cambios posteriores para generar los
_ .onos y las mitades de la repeticion original que
~ Een hoy. Entre los octavos de repeticion, la di-
c::-gencia actual es de 19/31 = 61%.
La secuencia de consenso se analiza clirectamen-
- ':n la FI U . ?7 , en la cual se demuestra que la
c :-_iencia satelite actual puede ser considerada como
un derivado de una secuencia de 9 bp. En el satelite
se identifican tres variantes de esta secuencia, segun
se inclica en la parte inferior de la figura. Si en una
de las repeticiones se toma la siguiente base mas fre-
cuente en dos posiciones, y no la mas frecuente, se
obtienen tres secuencias de 9 bp bien relacionadas:
GAAAAACGT
GAAAAATGA
GAAAAAACT
El origen del satelite muy bien podria estar en
una amplificacion de uno de estos tres nonameros .
La secuencia de consenso general del satelite actual
es GAAAAA2T. que efectivamente es una amalga-
ma de las tres repeticiones de 9 bp.
La secuencia promedio del fragmento mono-
merico del DNA satelite del raton explica sus pro-
piedades. La unidad de repeticion mas larga, de 234
bp, se identifica mediante division por restriccion.
La unidad de reasociacion entre las cadenas indi-
viduales del DNA satelite desnaturalizado es pro-
bablemente la mitad de la unidad de repeticion de
117 bp porque los fragmentos de 234 bp pueden
asociarse ambos en un registro y en medio registro
(en el ultimo caso, la prim era mitad de repeticion
de una cadena se renaturaliza con la segunda mitad
de repeticion de Ia otra).
Basta aqui se ha tratado al satelite presente
como formado por capias identicas de la unidad de
repeticion de 234 bp, y si bien esta unidad represen-

6,13 Los satelites de los mam\feros constan de repeticiones jerarquicas 121

 GGACCTGGAATATGGCGAGAA AACTGAA

~ AATCACGGAAAATGA GAAATACACACTTTA

o:2 G G A C G T G A A A T A T G G C GA G AGA AACTGAA

~2 A A A G G T G G A A A A T TTA GA AA T GT CCA C TGT A

o:3 GGACGTGGAATATGGCAAGAA AACTGAA

~3 A A T C A T G GA A A A T G A GA AA C A T C C A C T T GA

a4 CGACTTGAAAAATGACGAAAT CACTAAA

~4 A A ACGT G AA A AA T GA GA AA T GC ACA C TGAA

...........................................................
GAAAT CAC
.
(,Ancestral? A A A C G T G A A A A A T G A GA AA T GC AC AC TGAA

El alineamiento de los octavos de repeticion muestra que cada cuarto de repeticion

consiste en una mitad a y una ~ La secuencia consenso proporciona la base mas comun en cada
posicion. La secuencia "ancestral" muestra una secuencia muy estrechamente relacionada con La
secuencia consenso, que pudo haber sido el predecesor de las unidades a y ~ (La secuencia sate-
lite es continua, de manera que con elfin de deducir la secuencia consenso, se puede tratar como
permutacion circular, segun indica la union del ultimo triplete GAA con los primeros 6 bp.)

ta Ia mayor parte del sat<lite, tambien hay variantes
de este, algunas de las cuales estan distribuidas alea-
toriamente en el satelite y otras estan agrupadas.
La existencia de variantes se deriva de que el
material inicial para el analisis de secuencia haya
sido descrito como fragmento "monomerico". Cuan-
do el satelite es digerido por una enzirna que tiene un
sitio de division en Ia secuencia de 234 bp, tambien
genera dfmeros, trfmeros y tetrameros relativos al
fragmento de 234 bp, los cuales surgen cuando una
unidad de repeticion ha perdido el sitio de division
de Ia enzima como resultado de una mutacion.
La unidad monomerica de 234 bp es gene-
rada cuando dos repeticiones adyacentes tienen
cada una un sitio de reconocimiento. El dfmero se
crea cuando una unidad ha perdido al sitio, un trf-
mero cuando dos unidades adyacentes han perdido
dicho sitio, y asf sucesivamente. Con algunas en-
zimas de restriccion, Ia mayor parte del satelite se
divide en un miembro de sus series de repeticion,
como se muestra en el ejemplo de la . La
declinacion del numero de dfmeros, trfmeros, etc.,
muestra que hay una distribucion aleatoria de las
repeticiones en Ia cual el sitio de reconocimiento de
Ia enzima ha sido eliminado por mutacion.
En otras enzimas de restriccion se observa un
tipo diferente de comportamiento con el DNA sa-
telite, pues siguen generando las mismas series de
bandas. De cualquier forma, dividen solo una pe-
queii.a proporcion del DNA, digamos de 5% a 10%,
lo cual implica que determinada region del satelite
contiene una concentracion de unidades de repeti-
cion con este sitio de restriccion particular. Presu-
miblemente, todas las series de repeticiones de este
dominio se derivan de una variante ancestral que
poseyo a este sitio de reconocimiento (si bien en
el modo comun, algunos miembros lo han perdido
des de entonces, por mutacion).
Un DNA satelite experimenta una recombina-
cion desigual que tiene otras consecuencias cuando
en la unidad de repeticion hay una repeticion inter-
na . Volviendo al agrupamiento formado por repeti-
ciones "ab", y suponiendo que los componentes "a"
y "b" de la unidad de repeticion tienen una relacion
suficientemente estrecha como para aparearse, los
dos agrupamientos podran alinearse en medio regis-
tro, con Ia secuencia "a" de un grupo alineada con
Ia secuencia "b" del otro. La frecuencia con que esto
ocurra, dependera de la cercanfa de Ia relacion entre
ambas mitades de la unidad de repeticion. In vitro,
en el DNA satelite del raton, la reasociacion entre
las cadenas de DNA satelite desnaturalizado suele
tener Iugar en el media registro.
Cuando un evento de recombinacion sucede
fuera de registro, cambia Ia longitud de las unidades
de repeticion involucradas en la reaccion:
xababababababababababababababababy
X
xababababababababafiabababababababy
l
xababababababababaababababababababy
+
xabababababababab babababababababy

122 CAPiTULO 6 Agrupamientos y repeticiones

 I .- ... . II~N~ Olf"1 -~I'E iTi1
L7l::1f:. .-.f:. 0
I I

G G A c c T
G G A A T A T G G c
G A G A A A A c T
G A A A A T c A c
G G A A A A T G A
G A A A T c A c T
T T A G G A c G T
G A A A T A T G G c
G A G AG A A A c T
G A A A A A G G T
G G A A A A rT T A
G A A A T* c A c T
G T A G G A c G T Tamaf\o
G G A A T A T G G c .. L ,: La digestion del DNA satelite del raton con la
A A G A A A A c T
enzima de restriccion EcoRII identifica una serie de unidades de
G A A A A T c A T repeticion (1, 2 y 3) que son multimeros de 234 bp y tam bien
G G A A A A T G A una serie menor (112, 1112 y 2V2) que incluye mitades de repeti-
G A A A C* c A c T ciones (vease el texto de esta pagina). La banda del extrema
T G A c G A c T T
izquierdo es una fraccion resistente a la digestion.
G A A A A A T G A c
G A A A T c A c T en tanto que, en el inferior, la unidad "b" genera
A A A A A A c G T un fragmento de la mitad de la longitud usual. (Los
G A A A A A T G A multiples fragmentos de la serie de la mitad de la
G A A A T*C A c T repeticion se generan del mismo modo que los mas
G A A largos de la serie integral, en cuyo caso, algunas
G20A16A21 ~OA12A17 Ts G11 As
unidades de repeticion han perdido el sitio de res-
triccion por mutacion.)
Ty Cs As Cg T1s
Invirtiendo el argumento, la identificacion de la
Cy
serie de la mitad de la repeticion en el gel muestra
* indica un triplete insertado en Ia secuencia ~ que la unidad de repeticion de 234 bp esta formada
C en Ia posicion 10 es una base extra en Ia secuencia a
por dos mitades de repeticion relacionadas lo sufi-
GL 6 La existencia de una secuencia de consenso ge- cientemente bien como para aparearse, en ocasio-
-eral se muestra al escribir la secuencia satelite segun una nes por recombinacion. En la Figura 6.28 tambien
epeticion de 9 bp. pueden identificarse otras bandas bastante desvane-
cidas que corresponden a espaciamientos de \~ y %
En el agrupamiento recombinante superior, de longitud, los cuales seran generados del mismo
.ma unidad "ab" ha sido remplazada por una unidad modo que los espaciamientos de la mitad de la lon-
aab", en tanto que en el inferior, la unidad "ab" ha gitud, en los cuales la recombinacion ocurre entre
j do remplazada por una unidad "b". agrupamientos alineados en un cuarto de registro.
Este tipo de evento explica una caracterfstica La relacion decreciente entre los cuartos de repeti-
J el extracto, digerido por enzimas de restriccion, ciones, comparada con las mitades de repeticiones,
Jel DNA satelite del raton. En la Figura 6.28 se ob- explica la reduccion en la frecuencia de las bandas
~e rv a una serie desvanecida de bandas en los frag- de 14 y de %, respecto de las bandas de lh.
:-:1entos de 1/z, P/z, 2!f2 y 3lh unidades de repeticion,
~demas de las repeticiones de fragmentos integrales
::::~ as fuertes. Supongase que en el ejemplo prece-
Ill Los minisatelites facilitan
.::ente, "ab" representa ala repeticion de 234 bp del el mapeo genetico
::)NA satelite del raton, generada por division en Concepto principal
..:n sitio del segmento "b". Los segmentos "a" y "b"
~o rresponden a las mitades de ll 7 bp de medias La variacion entre los microsatelites o minisatelites
:::-peticiones. de los genomas permite identificar la herencia
inequivocamente, pues demuestra que el 50% de las
As! pues, en el agrupamiento recombinante su-
bandas de un individuo derivan de un progenitor
;:;e rior, la unidad "aab" genera un fragmento de llh
especifico.
eces la longitud usual de la unidad de repeticion,

6.14 Los minisatelites facilitan el mapeo genetico 123

1-
Progenitores
..
. m,:+-')[o .. . ' repeticion de 64 bp y se distribuye en Ia poblacion
de la manera siguiente:
GGGCAGGAXG No. de repeticion 7% de 18 repeticiones
CCCGTCC TXC
11 % de 16 repeticiones
.
Division
y
Division
... Progenitor 1
43 % de 14 repeticiones
. 6
36% de 13 repeticiones
.................. 4% de 10 repeticiones
9 ... La velocidad de intercambio genetico en las se-
Progenitor 2 ,
.. ... cuencias de los minisatelites es alta, de ~ l o-4 por
.
.....
5 kb de DNA. (Se supone que Ia frecu encia de los
.
.....
7 intercambios por locus es proporcional a !a longitud
.. del minisatelite.) Esta velocidad es ~ 10 veces mayor
Progenie
... que la velocidad de recombinacion homologa en Ia
............. ..... meiosis, es decir, en cualquier secu encia de DNA
.....
9
aleatoria .
7
... . ... La gran variabilidad de los minisatelites los hace
. .
6 ...... . . .. ... especialmente utiles para el mapeo genetico, pues es
'f'.. 'f'
alta Ia probabilidad de que los alelos de un individuo
varien en un locus determinado. En Ia ' se

~~00;
....
.. ..
.. - t- 6t5 1
..
Los alelos pueden diferir en cuanto al numero de repeti-
ciones en ellocus de un minisatelite, de modo que la division de cada
lado genera fragmentos de restriccion que difieren en longitud. Se puede
seguir el patron de herencia utilizando un minisatelite con alelos que
difieren entre los progenitores.
Las secuencias que parecen satelites por su cons-
titucion de repeticiones en tandem de una unidad
corta, pero que en general son mucho mas cortas,
por ejemplo, de 5 a 50 repeticiones, son comunes en
los gen omas de los mamfferos y fueron descubiertas
por casualidad como fragmentos cuyas dimension es
son muy variables en las genotecas del DNA b urna-
no. La variabilidad resalta cuando una poblacion
contiene fragmentos de muchos tamaiios diferen-
tes que representan Ia misma region gen6mica, y
al examinar a los individuos, resulta que h ay gran
polimorfismo y que pueden encontrarse muchos
alelos diferentes.
El apelativo de microsatelite se utiliza en ge-
neral cuando Ia longitud de la unidad de repeticion
es < l 0 bp, en tanto la longitud de la unidad de repe -
ticion del minisatelite es de ~ l 0 a l 00 bp, aunque Ia
terminologfa no ha sido definida con precision. Este
tipo de secuencias tambien se Haman regiones de re -
peticiones en tandem de n umero variable (VNTR
variable number tandem repeat).
La causa de la variacion entre genomas en los
microsatelites o minisatelites es que cada alelo tie-
ne un numero diferente de unidades de repeticion.
Por ejemplo, un minisatelite tiene una longitud de
t- 9
muestra un ejemplo de mapeo por minisatelites que
constituye un caso extremo en que dos individuos
8
7
son heterocigotos en el locus de un minisatelite y,
00
de hecho, los cuatro alelos son diferentes. Toda Ia
i
progenie obtiene un alelo de cada progenitor del
modo usual y es posible determinar sin ambigiiedad
la fuen te de cada alelo de la progenie. En Ia termi-
nologfa de Ia gen etica h umana, las meiosis descritas
en esta figura proporcionan gran cantidad de infor-
macion por Ia variacion entre alelos.
Una familia de m inisatelites del genoma huma-
no comparte una secuencia "nuclear" comun. El
nucleo es u na secuencia rica en G-C de 10 a 15 bp
que muestra asimetrfa en Ia distribucion de puri-
nas/pirimidinas en ambas dos cadenas. Cada mini-
satelite tiene una variante de la secuencia nuclear,
pero ~ 1 000 minisatelites pueden ser detectados en
Ia hibridacion por el metodo de Southern mediante
una sonda formada porIa secuencia nuclear.
Considerese Ia situacion mostrada en la Figura
6.29, pero m ultiplicada varias veces porIa existen-
cia de m uchas de estas secuencias. El efecto de Ia
variacion en los loci individuales es Ia creacion de
un patron unico para cada individuo, lo cual hace
posible asignar sin ambigu edad !a herencia entre los
progenitores y Ia progenie a! demostra r qu e 50%
de las bandas de cualquier individuo derivan de un
progenitor en particular. Esto constituye Ia base de
Ia tecnica conocida como "huella digital del DNA".
Tanto los microsatelites como los minisatelites
son inestables, aunque por diferentes razones. Los
primeros experimentan un apareamiento erroneo
intracatenario cuando el deslizamiento durante la
replicaci6n conduce a Ia expansion de Ia repeticion,
como se muestra en la . Los sistemas que
reparan los daiios que sufre el DNA, en particular

124 CAPiTULO 6 Agrupamientos y repeticiones

 s que detectan pares de bases apareados erronea-
':"'! ente, son imponantes para Ia reversion de tales
~a mbios, como se muestra por un gran incremen-
- en Ia frecuencia cuando los genes reparadores
n desactivados. Las mutaciones de los sistemas
-= reparacion contribuyen de manera importante
.:.. desarrollo del cancer, pues las celulas tum ora -
-=- suelen mostrar variaciones en las secuencias de
microsatelites. Los minisatelites experimentan
-: mismo tipo de entrecruzamiento desigual entre
- _ eticiones descrito para los satelites (vease Fig .
. 3 .. Un caso contundente es que el incremento en
-: numero de variaciones se relaciona con un pun-
caliente meiotico. El evento de recombinacion
suele relacionarse con Ia recombinacion entre
.....,arcadores flanqu eantes, pero presenta una forma
mpleja en Ia cual el nuevo alelo mutante obtiene
-:ormacion tanto de ]a cromatida hermana como
-= _otro cromosoma (homologo).
No es obvio en que fragmento de repeticion Ia
-=.: sa de Ia variacion cambia de deslizamiento de
:-:: _ltcacion a recombinacion.
Resumen
- _, i todos los genes pertenecen a familias, defini-
.. - estas por secuencias relacionadas en los ex ones
=cada miembro. Las familias evolucionan por Ia
_.z licacion de un gen (o genes) seguida de diver-
- ~:lcia entre las copias, algunas de las cuales su -
-O"n mutaciones desactivadoras y se transforman
- . seudogenes que ya no tienen ninguna funcion.
:::. - seudogenes tambien pueden ser gen erados como
ias de DNA de las secuencias de RNAm.
Un sistema de genes en proceso de evolucion
...:ede mantenerse unido en un agrupamiento o
-: ersarse en nuevas ubicaciones por reestructu-
-.: j on cromosomica. En ocasiones, Ia organizaci6n
_:: los agrupamientos existentes puede ser usada
..:.:-a inferir Ia serie de eventos ocurridos, los cuales
_:-: j an respecto de Ia secuencia y no de Ia funcion,
_~ m odo que incluyen tanto a seudogenes como a
_: es activos.
Las mutaciones se acumulan m as rapidamente
- :os sitios silenciosos que en los de remplazo (que
: . a an Ia secuencia de amino;kidos) . El rango de
e rgencia en los sitios de remplazo puede utilizar-
: para establecer un reloj calibrable en porcentaje
: divergencia por mill6n de afios que se utilizarfa
.:::a calcular el tiempo de divergencia entre dos
cmbros cualesquiera de la familia.
Un agrupamiento en tandem esta formado por
-has capias de una unidad de repetici6n que
- ~- u y,e la(s) secuencia(s) transcrita(s) y a un(os )
_ aciador(es) no transcrito(s). Los agrupamientos
Deslizamiento
de una
repetici6n
Deslizamiento
de una
repetici6n
El deslizamiento en la replicaci6n sucede cuando la cadena
hija se desliza hacia atras una unidad de repetici6n al apa rearse con la ca-
dena molde. Cada evento de deslizamiento agrega una unidad de repetici6n
a la cadena hija. Las repeticiones extra se ext raen como un lazo de cadena
individual. La duplicaci6n de esta cadena hija en el siguiente ciclo genera
un DNA duplex con un numero mayor de repeticiones.
de genes de RNAr codifican a u n solo precursor de
RNAr. La conservaci6n de los genes activos en los
agrupamientos depende de mecan ismos como Ia
conversion genica o el entrecru zamiento desigua l,
que hacen qu e las m utaciones se esparzan por todo
el agrupamiento y queden expuestas a la presion
evolutiva .
El DNA satelite consta de secu en cias muy cor -
tas repetidas muchas veces en tandem . Sus distintas
propiedades de centrifugaci6n refl ejan su composi-
ci6n de bases sesgada. El DNA sa telite se concentra
en la heterocromatina centromerica, pero se desco-
noce su funcion (si la tiene ). Las unidades de repeti-
ci6n de los satelites de los artr6podos son identicas,
en tanto que las de los satelites de los mamfferos
estan relacionadas y pueden organizarse en una je -
rarqufa que refl eje la evoluci6n del sa telite por Ia
ampliaci6n y divergencia de secuencias elegidas de
forma aleatoria .
El entrecruzamiento desigual parece haber sido
un determinante im portante en Ia organizacion del
DNA satelite. La fijaci6n cruzada explica la capaci-
6.15 Resumen 125
 dad de las variantes para distribuirse por el agru-
pamiento.
Los minisatelites y los microsatelites consisten
en secuencias de repetici6n aun mas cortas qu e las
de los satelites, <10 bp para los microsatelites y de
10 a 50 bp para los minisatelites. El numero de uni-
dades de repetici6n suele ser de 5 a 50, con variacio-
nes considerables en el numero de repeticiones de
un genoma a otro. El numero de repeticiones de un
microsatelite varia como resultado del deslizamiento
durante la replicaci6n; Ia frecuencia es afectada por
sistemas que detectan y reparan dafios en el DNA.
El numero de repeticiones de un minisatelite varia
como resultado de eventos similares a la recombi-
naci6n. La variaci6n en el numero de repeticiones
puede ser usada para determinar relaciones heredi-
tarias por medio de la tecnica conocida como "hue-
lla digital del DNA".
Referen cias
La duplicacion de los genes es una fuerza
importante en la evolucion
Articulo de investigacion
Bailey, J. A., Gu, Z., Clark, R. A., Reinert, K., Samonte,
R. V., Schwartz, S., Adams, M. D., Myers, E. W., Li,
P. W., and Eichler, E. E. (2002). Recent segmental
duplications in the human genome. Science 297,
1003-1007.
Ill Los agrupam ientos de las globinas son fo rmados por
duplicacion y por divergencia
Articulo de revision
Hardison, R. (1998). Hemoglobins from bacteria to man:
evolution of different pa tterns of gene expression.
J. Exp. Bioi. 201, 1099-111 7
La velocidad de sustitucion neutral puede ser
medida a partir de la divergencia de secuencias
repetidas.
126 CAPITULO 6 Agrupamientos y repeticiones
Articulo de investigaci6n
Waterston, R. H. et al. (2002) . Initial sequencing and
comparative analysis of the mouse genome. Nature
420, 520-562.
Ill Los seudogenes so n callejones sin salida de la
evolucion
Articulo de investigaci6n
Hirotsune, S., Yoshida, N., Ch en, A., Garrett, L., Sugiyama,
F., Ta kahashi, S., Yagami, K., Wynshaw -Boris, A.,
and Yoshiki, A. (2003 ). An expressed pseudogene
regulates the messenger-RNA stability of its
homologous coding gene. Nature
423, 91-96.
111!1 La fijacion entrecruzada podria mantener
repeticiones identicas
Articulo de revision
Cha rlesworth, B., Sniegowski, P., and Stephan, W . (1994).
The evolutionary dynamics of repetitive DNA in
eu karyotes. Nature 37 1, 215-220.
aD Los minisatelites faci litan el mapeo genetico
Articulos de investigacion
Jeffreys, A. J., Murray, J ., and Ne umann, R. (1998).
High-resolution mapping of crossovers in human
sperm defines a minisatellite -associated
recombination hotspot. Mol. Cell 2, 267-273.
Jeffreys, A. J., Royle, N.J., Wilson, V., and Wong, Z.
(1 988 ). Spontaneous muta tion rates to new leng th
alleles at tandem-repetitive hypervariable loci in
human DNA. Natu re 332, 278-281 .
Jeffreys, A. J ., Tamaki, K., MacLeod, A., Monckton, D. G.,
Neil, D. L., and Armour, J. A. ( 1994) . Complex
gene conversion events in germline mutation at
human minisatellites. Nat. Genet. 6, 136-14 5.
Jeffreys, A. J., Wilson, V., and Thein, S. L. (1985).
Hypervariable minisa tellite regions in human DNA.
Nature 314, 67-73 .
Strand, M., Prolla, T. A., Liskay, R. M., and Fetes, T. D.
(1993 ). Destabilization of tracts of simple repetitive
DNA in yeast by m u tations affecting DNA mismat-
ch repair. Nature 365, 274-276.
 l RNA mensajero
_ _ _ _ ESQUEMA DEL CAPITULO )
Introducci6n
El RNAm se produce por transcripci6n y se traduce
Solo una de las dos cadenas de DNA se transcribe en RNA.
El RNA de transferencia forma una hoja de trebol
Un RNAt tiene una secuencia de 74 a 95 bases que se dobla
para formar una estructura secundaria de hoja de trebol
con cuatro brazos constantes (y un brazo adicional en los
RNAt mas largos).
El RNAt se carga para formar un aminoacil-RNAt y da lugar
a un enlace ester del grupo OH 2' o 3' del acido adenilico
en el extrema del brazo aceptor del grupo COOH del
aminoacido.
La secuencia del anticodon mada mas es responsable de la
especificidad del aminoacil-RNAt.
El tallo aceptor y el anticodon se encuentran en
los extremos de la estructura terciaria
La hoja de trebol constituye una estructura terciaria en
forma de L con el brazo aceptor en un extrema y el brazo
anticodon en el otro.
El RNA mensajero es traducido por los ribosomas
Los ribosomas se caracterizan par su velocidad de
sedimentacion (70S en los bacterianos y 80S en los
eucarioticos).
Un ribosoma esta formado por una unidad grande (de 50S
o 60S en bacterias y eucariotas) y una subunidad pequefia
(de 30S o 40S).
El ribosoma proporciona el ambiente en el cual el
aminoacil-RNAt agrega aminoacidos a la cadena
polipeptidica creciente en respuesta a los codones
corres pondientes.
Un ribosoma se desplaza a lo largo de una molecula de
RNAm en direcci6n 5' a 3'.
A una molecula de RNAm se unen numerosos
ribosomas
Una molecula de RNAm es traducida simultaneamente par
numerosos ribosomas. Cada ribosoma se encuentra en una
etapa diferente de progresion a lo largo del RNAm.
El ciclo vital del RNA mensajero de las bacterias
En las bacterias, la transcripci6n y la traducci6n ocurren
simultimeamente, pues los ribosomas empiezan a traducir
un RNAm antes de que su sintesis este completa.
El RNAm bacteriano es inestable y su vida media es de solo
unos cuantos minutes.
Un RNAm bacteriano puede ser policistr6nico, con varias
regiones codificadoras que representan a diferentes genes.
El RNAm eucari6tico es modificado durante su
transcripci6n 0 despues de esta
Un transcrito de RNAm eucari6tico es modificado en el
nucleo durante 0 poco despues de su transcripcion.
Las modificaciones incluyen la adici6n de un casquete
metilado en el extrema 5' y una secuencia de poli(A) en el
extrema 3'.
El RNAm no es exportado del nucleo al citoplasma hasta
que todas las modificaciones estan completas.
_. El extrema 5' del RNAm eucari6tico posee un
casquete
Un casquete 5' se forma al agregar una G a la base terminal
del transcrito a traves de una ligadura 5'-5'. A la base o
ribosa de la guanosina terminal nueva se agregan de uno a
tres grupos metilo.
161!!1 El extrema 3' esta poliadenilado
Despues de la transcripci6n se agrega un fragmento de
poli(A) de -200 nucle6tidos a un transcrito nuclear.
El poli(A) esta unido a una proteina especifica (PABP).
El poli(A) estabiliza al RNAm contra la degradaci6n.
Dill La degradaci6n del RNAm bacteriano involucra a
multiples enzimas
La direcci6n global de la degradaci6n del RNAm bacteriano
es de 5' a 3'.
La degradaci6n es resultado de la combinaci6n de
divisiones endonucleoliticas seguidas de la degradaci6n
exonucleolitica del fragmento de 3'~ 5'.
Df:l La estabilidad del RNAm depende de su estructura
y su secuencia
Las modificaciones de ambos extremes del RNAm
lo protegen contra la degradaci6n mediada par las
exonucleasas.
Las secuencias especificas de un RNAm pueden producir
efectos estabilizadores o desestabilizadores.
La desestabilizaci6n puede ser activada par la perdida de
poli(A).
1610 La degradaci6n del RNAm implica multiples
actividades
Para la degradaci6n del RNAm de las levaduras se requiere
de la eliminaci6n del casquete 5' y del poli(A) 3'.
Una ruta de las levaduras implica la degradaci6n
exonucleolitica en direcci6n 5' ~3'.
Otra ruta de las levaduras uti liza un complejo de numerosas
exonucleasas que fun cionan en direccion 3'~ 5'.
La desadenilasa de las celulas animates puede unirse
directamente con el casquete 5'.
Continua en Ia siguiente pagina
127
 1lD1 Las mutaciones sin sentido activan un sistema
de vigilancia
Las mutaciones sin sentido provocan la degradaci6n
del RNAm.
En las levaduras y los gusanos se han encontrado
genes que codifican al sistema de degradaci6n.
1JB1 Las moleculas de RNA eucari6tico se
transportan
El RNA es transportado a traves de una membrana a
manera de particulas ribonucleoproteinicas.
Todas las moleculas de RNA eucari6tico que funcionan
en el citoplasma deben exportarse desde el nucleo.
ID Introducci6n
El RNA es uno de los participantes principales de la
expresion genica que en un principia se caracterizo
como intermediario en la sfntesis de proteinas, pero
desde entonces se han descubierto muchas otras
moleculas de RNA que desempefian un papel es-
tructural o funcional en otras etapas de la expresion
genica. La implicacion del RNA en muchas funcio-
El RNAm tiene una secuencia de bases que representa a una proteina
Ran go de dimensiones de 500-1 0 000 bases
El RNAt es una molecula
pequena de RNA con
estructura secundaria extensa:
Rango de dimensiones de
74-95 bases
Los RNAr principales tienen una
estructu ra secundaria exte nsa y
se asocian con protefnas para
formar el ribosoma: Rango de
dimensiones de 1 500-1 900
(RNAr pequefio) y de 2 900-4 700
(RNAr grande)
Los tres tipos de RNA universalmente necesarios
para la expresi6n genica son RNAm (que porta la secuencia
codificadora), RNAt (que proporciona los aminoacidos corres-
pondientes a cada codon) y RNAr (componente importante
del ribosoma que proporciona el ambiente necesario para la
sfntesis protefnica).
128 CAPITULO 7 El RNA mensajero
Las moleculas de RNAt y el componente de RNA
de una ribonucleasa se importan al interior de las
mitocondrias.
Las moleculas de RNAm pueden recorrer grandes
distancias entre las celulas de las plantas.
Ulil El RNAm puede localizarse especificamente
El RNAm del Ash1 de la levadura forma una
ribonucleoproteina que se une a un motor de miosi n;; .
Un motor lo transporta a lo largo de los filamentos c!<
actina en el brote germinal.
Se ancla y se traduce en el brote, de manera que la
proteina se encuentra s6lo en el brote.
Resumen
nes relacionadas con la expresion genica respalci:
la perspectiva general de que todo el proceso pu d
haber evolucionado en un "mundo de RNA" en e
cual este fue originalmente el componente actiY
responsable de conservar y expresar la informaci 6r.;
genetica. Muchas de estas funciones fueron sut .
secuentemente asumidas por las protefnas, con e
consiguiente incremento de la versatilidad y, pro -
bablemente, la eficiencia.
Como se resume en la , en la produc-
cion de las protefnas participan directamente tr e=
clases principales de RNA:
El RNA mensajero (RNAm, messenger RNA
constituye un intermediario que porta lc.
copia de una secuencia de DNA que repre-
senta proteinas.
Los RNA de transferencia (RNAt, transfe
RNA) son moleculas pequefias de RNA mi -
lizadas para suministrar los aminoacidos co-
rrespondientes a cada codon especffico de:
RNAm.
Los RNA ribosomicos (RNAr, ribosoma.
RNA) son componentes del ribosoma, com-
plejo ribonucleoproteinico de gran tamafi0
que contiene numerosas protefnas y sus
componentes de RNA, los cuales propor-
cionan el mecanismo para polimerizar a los
aminoacidos en una cadena polipeptfdica.
El tipo de funcion del RNA en cada caso es dis-
tinto. En el RNA mensajero, su secuencia es la ca-
racteristica importante: cada triplete de nucleotido<
de la region codificadora del RNAm representa a
un aminoacido en la protefna correspondiente. Sin
embargo, la estructura del RNAm, en particular las
secuencias localizadas a ambos lados de la region
codificadora, puede ser importante para el contro:
de su actividad y, por lo tanto, de la cantidad de
protefna producida a partir de eL
En el RNAt se observan dos de los temas co-
munes que rigen el uso del RNA: su estructura
tridimensional es importante y tiene la capacidac
de aparearse con otro RNA (RNAm). La estructurc.
-:i imensional se reconoce primero por una enzima
-~ constituye una diana apropiada para el vincu-
:on un aminoacido especffico que crea un ami-
l cil-RNAt, identificado como la estructura que
: J tiliza para la sfntesis proteinica. La especifici-
,:::_ de uso de un aminoacil-RNAt se controla por
::pareamiento de las bases, cuando una secuencia
- _lete corta (anticodon) se aparea con el triplete de
_. .::leotidos que representa a su aminoacido.
En el RNAr se observa otro tipo de actividad;
.:-:.a de sus funciones es estructural, de manera que
-: porcionando un marco en el que se adhieren
- protefnas ribosomicas, ademas de que participa
:-ectamente en las actividades del ribosoma. Una
': las actividades principales de este ultimo es su
.-:;>a.cidad para catalizar la formacion de un enlace
=:~ rfdico mediante el cual se incorpora un amino-
_: 'o a una protefna. Esta actividad reside en uno
~ ;os RNAr.
Lo importante de este antecedente es que, al
.. [emplar la funcion del RNA en la sfntesis pro-
'~1i ca, se debe analizar como un componente que
-::" empefia una funcion activa y que puede ser
: eto de regula cion tanto por protefnas como por
-=as moleculas de RNA; nose debe olvidar, por otra
" ~ e, que los RNA pueden haber sido las bases del
.1rato original. El tema constante en todas las ac-
ctades del RNA, tanto en la sintesis de protefnas
:n o en otras partes, es que sus funciones depen-
. -c:1 fundamentalmente del apareamiento de bases
":a formar su estructura secunda ria y para interac-
- ~r especfficamente con otras moleculas de RNA.
_c ~u ncion codificadora del RNAm es unica, si bien
:.. 3.NAt y el RNAr son ejemplos de una clase mucho
- is amplia de moleculas de RNA no codificadoras
:1 diversas funciones en la expresion genica.
El RNAm se produce por
transcripci6n y se traduce
i ~ncepto principal
S6lo una de las dos cadenas de DNA se transcribe en
RNA.
-~ expresion genica tiene lugar mediante un pro-
. ~ de dos etapas.
La transcripcion genera un RNA de cadena
unica con una secuencia identica a la de una
de las cadenas del duplex de DNA.
La traduccion convierte a la secuencia de
nucleotidos del RNAm en una secuencia
de aminoacidos que forman una protefna.
No todo el RNAm se traduce, pero cada
RNAm contiene por lo menos una region
codificadora relacionada con una secuencia
protefnica a traves del codigo genetico: cada
triplete de nucleotidos (codon) de la region
codificadora representa a un aminoacido.
Solo una de las cadenas de un DNA diiplex se
transcribe en un RNA mensajero. Las dos cadenas de
DNA se distinguen segun se ilustra en la
La cadena de DNA que dirige la sfntesis de
RNAm por el apareamiento complementa-
rio de bases se denomina cadena molde o
cadena anticodificadora. (Antisentido es el
termino general para describir una secuen-
cia de DNA o de RNA complementaria al
RNAm).
La otra cadena de DNA tiene la misma se-
cuencia que el RNAm (excepto porT, en
lugar de U) y se le denomina cadena codi-
ficadora o cadena con sentido.
En este capitulo se describe el RNAm y su fun-
cion de molde para la sfntesis proteinica. En el Ca-
pitulo 8, Sintesis proteinica, se analizara el proceso
por el cual se sintetiza una protefna, en tanto que en
el 9, Utilizacion del codigo genetico, se describira la
forma en que se utiliza el codigo genetico para inter-
pretar el significado de una secuencia de RNAm. En
el Capitulo 10, Localizacion de las proteinas, el en-
foque esta en la interrogante sobre como encuentra
una protefna su localizacion apropiada en la celula
durante la sfntesis o despues de ser sintetizada.
Transcripci6n
Traducci6n
La transcripci6n genera un RNA complementario
a la cadena molde del DNA y tiene la misma secuencia que la
cadena codificadora del DNA. La traducci6n interpreta cada
triplete de bases y le asigna un aminoacido. Tres vueltas de
una molecula de DNA duplohelicoidal contienen 30 bp, que
codifican a 10 aminoacidos.
7.2 El RNAm se produce par transcripci6n y se traduce 129
 Ill El RNA de transferencia forma
~Aminoacido
una hoja de trebol
Conceptos principales
Aminoacido
ligado al extrema Un RNAt tiene una secuencia de 74 a 95 bases que se
3' del RNA! dobla para formar una estructura secundaria de hoja
de trebol con cuatro brazos constantes (y un brazo
adicional en los RNAt mas largos).
El RNAt se carga para formar un aminoacil-RNAt y da
lugar a un enlace ester del grupo OH 2' o 3' del acido
aden\lico en el extremo del brazo aceptor del grupo
-~ Aminoacido
COOH del aminoacido.
El brazo esta 5' ~ La secuencia del anticodon nada mas es responsable de
la especificidad del aminoacil-RNAt.
formado por: ~ ~
Ta.llo de bases ~ ~
apareadas ~ ~ ~
Lazo de cadena .~f ~~
indiVidual ~\'0'<]'1] if'> YYYLYf-~
. __, _ El RNA mensajero se distingue del mecanismo res-
ponsable de su traduccion mediante sistemas since-
? 0~ o~n
~;-ir /cV>.YLY.Y) i y .}U-.D.fl ' ,, r
;~y
lulas para sintetizar proteinas in vitro. Con un sistema
de sfntesis de protefnas a partir de Ul1 tipo de celulas se pue-
de traducir el RNAm de otro para demostrar que el c6digf
"'cs;," genetico y el mecanisme de traducci6n son universales.
Q ~ Cada triplete de nucleotidos del RNAm repre-
Apareamiento---- ' l"'
cod6n-anticod6n RNAm senta un aminoacido. La incongruencia estructura:
entre un trinucleotido y un aminoacido conduce
Un RNAt tiene las propiedades duales de un adap- inmediatamente a preguntarse como se aparea cada
tador que reconoce al aminoacido y al anticodon. La adenosina codon con su aminoacido espedfico. El "adaptador ~
3' esta ligada de forma covalente a un aminoacido. El anticodon es el RNA de transferencia (RNAt), que tiene do<
se aparea con el codon del RNAm.
propiedades clave:
Representa a un solo aminoacido, al cual se
une de forma covalente.
Contiene una secuencia de tres nucleotidos
el anticodon, que es complementaria del co-
don que representa a su aminoacido. El antico-
don permite al RNAt reconocer el codon po_
A
c
el apareamiento de bases complementarias
c Todas las moleculas de RNAt tienen estructurao
7:> secundarias y terciarias comunes. La estructura se-
1 72
Brazo aceptor- 2 71 cundaria del RNAt puede describirse como una hoja
3 70 de trebol, ilustrada en la , en la cual el
Brazo D\ : --~~ I Brazo T'VC apareamiento de bases complementarias forma los

U' l 66 65 64 63 62 C
I
Py59
A'
tallos de los lazos de cadena unica. Las estructuras
1716 Pu 9 Pu tallo-lazo se denominan brazos de RNAt, y sus se-
G" A1,~ 1 4~Y W 49505152G c cuencias incluyen bases "inusuales" generadas por
p T y
G A 2223Pu25 Y
20 26 47 Ia modificacion de las cuatro bases estandar despues
27 434445 46
28 42
29 41
30 40
l de Ia sintesis de Ia cadena polinucleotidica.
La construccion de la hoja de tr<~bol se ilustra
Brazo extra en mas detalle en Ia . Los cuatro brazos
31 39
Py' 38 mayores reciben su nombre de acuerdo con su es-
U Pu'
34
35
36 tructura o funcion:
El brazo aceptor consta de un tallo for-
Anticodon J mado por bases apareadas que termina en
una secuencia no apareada cuyo grupo 2'- o
La hoja de trebol de RNAt tiene bases i nvariables,
3'-0H puede ligarse a un aminoacido.
bases semiinvariables y un conjunto conservado de interaccio-
nes de apareamiento de bases. El hrazo Tlj!C se llama asi por ese triplete.
(\jf representa a la seudouridina, una base
modificada).

130 CAPITULO 7 El RNA mensajero

 Eo el brazo anticodon, el anticodon siem-
pre esta en el centro dellazo.
El brazo D debe su oombre a que contie- )3H Cisterna <(H 3 Alanina
CH 2 La desulfuraci6n
ne la base dihidrouridina (otra de las bases CH 0 cambia al CH 0
/' q
modificadas del RNAt). / '-c~ aminoacido

NH, ~
NH2 I
El brazo extra yace entre el T\j!C y el an-
ticodon, y su extension flucttia entre tres y
21 bases.
El sistema de numeraci6n del RNAt ilustra Ia
.. !1stancia de su estructura . Las posiciones se nu-
-=ran de 5' a 3' de acuerdo con Ia estructura del
-~ -At mas comun, el cual tiene 76 residuos. El ran-
'Y
_ _ _ACA
on
Rooooodm,.oto
del codon sin
b.
cam 1os
ACA
UGU

- tota l de loogitud de sus moleculas es de 74 a 95 El significado del RNAt depende de su anticodon

::. es, y Ia variaci6n se debe a diferencias estructu-
-~es en el brazo D y en el extra.
El apareamiento de bases que mantiene la es-
Ja ura secundaria se muestra en Ia Figura 7.4. En
- RNAt dado, Ia mayorfa de los apareamientos de
=.es son asociaciones convencionales de A-U y
-:: -e, aunque tambien se encuentran pares ocasio-
.:..:es de G-U, G-\jf o A -\jf. Los tipos adicionales de
~es de bases son menos estables que los regulares,
.-::o de cualquier forma permiten que se forme una
_ ctura duplo-helicoidal en el RNA.
Cuando se comparan las secuencias de las dife-
:= es moleculas de RNAt, las bases que se encuen-
--'- - en deterrninadas posiciones son invariables (o
.:'nservadas); casi siempre una base especffica se
-..::Jentra en Ia misma posicion. Algunas posiciones
: ..:escriben como semi-invariables (o semi-con-
_.::vadas) porque estan restringidas a un tipo de
(purin a fren te a pirimidina), pero puede haber
~-quier base del tipo correspondiente.
Cuando un RNAt esta em-gada con el amino -
_.:_ que corresponde a su anticodon, se le llama
- - oacil-RNAt y el aminoacido se liga mediante
::nlace ester que va del grupo carboxilo al hi-
. -:lo 2' o 3' de Ia ribosa de la base terminal 3' del
.-.t (que siempre es adenina). El proceso de carga
..:.!1 RNAt es catalizado por una enzima especf-
.:: .a aminoacil-RNAt sintetasa. Hay (cuando
==.os) 20 de ellas, y cada una reconoce a un solo
_ oacido y a todos los RNAt en los cuales puede
:olocado de manera legitima.
:lay cuando menos un RNAt (pero en general
- .. as) para cada aminoacido. Un RNAt se nom-
- ..:rilizando como superfndice Ia abreviatura de
- ::"tras de cada aminoacido, y si hay mas de un
-.: para el m.ismo aminoacido, se utilizan subfn-
. :-o uumericos para distinguirlos. Asf, dos RNAt
.:. ;a tirosina se describen como RNAt 1Tir y RNAt2Ti'.
.-'lAt que transporta un aminoacido, es decir,
=:::1inoacii-RNAt, se indica mediante un prefijo
:: entifica a! aminoacido, de modo que Ala-RNAt
ale a RNAtAl que porta a su aminoacido.
y no de su aminoacido.
(.La secuencia anticodon por sf misma permite
al aminoacil-RNAt reconocer al codon correcto? En
Ia se ilustra un experimento clasico para
responder esta pregunta. La desulfuracion reduc-
tora convierte al aminoacido del cisteinil-RNAt en
alanina, generando alanil -RNAtCis_El RNAt tiene un
anticodon que responde a! codon UGU. La modifi-
cacion del aminoacido no influye en la especificidad
de Ia interaccion anticod6n-cod6n, de manera que
el residuo de alanina es incorporado a Ia protefna
en el Iugar de Ia cistefna. Una vez que un RNAt ha
sido cargado, el aminoacido no desempefza ningun papel
en su especificidad, la cual es determinada exclusivamente
por el anticodon .
Ill El tallo aceptor y el anticodon
estan localizados
en los extremes
de la estructura terciaria
Concepto principal
La hoja de trebol constituye una estructura terciaria
en forma de L con el brazo aceptor en un extreme y el
brazo anticodon en el otro .
La estructura secundaria de cada RNAt se dobla para
formar una estructura terciaria compacta en forma
de L en Ia cual el extremo 3' qu e se une al amino-
acido esta lejos del anticodon que se u n e al RNAm.
Todos los RNAt tienen la misma estructura tercia -
ria general, aunqu e se distinguen por variaciones
individuales.
Los tallos duplo-helicoidales apareados por ba-
ses de la estructura secundaria se mantienen en Ia
estructura terciaria, pero su distribucion en tres di-
men siones crea, esencialmente, dos helices dobles
en angulo recto una respecto de la otra, como se
ilustra en Ia . El tallo aceptor y el tallo
T\j!C forman una helice doble continua con una sola

7.4 El tallo aceptor y el anticodon estan loca lizados en los extremes de la estructura terciaria 131
 interrupcion; el tallo D y el tallo anticodon forma :
La estructura de hoja de trebol tiene otra helice continua doble, tambi en con una inte-
cuatro brazos rrupcion. En Ia region localizada entre las h elic -
3' dobles, donde se forma el angulo de la L, se encuer:-
5' tran ellazo 1\j!C y el D, de modo que el aminoacid
Brazo aceptor reside en Ia extremidad de un brazo de Ia estructur:
en L y ellazo anticodon forma el otro extrema .
La estructura terciaria se crea mediante puent :
BrazoD ~ d - ~ BrazoT\j/C de hidrogeno formados principalmente por bases n

U Brazo anticodon
La proyecci6n bidimensional tiene dos
apareadas en la estructura secundaria. Muchas de
las bases invariables y semiinvariables estan impE-
cadas en estos puentes de hidrogeno, lo cual expliG.
que se conserven. No todas estas interacdones so:.
duplex perpendiculares
universales, pero probablemente identifican el pa-
tron general para establecer Ia estructura del RNA:
En Ia se muestra un modelo mol -
cular de la estructura del RNAtPhe, y la imagen de
!ado izquierdo corresponde a! esquema de Ia pa n e
inferior de Ia figura 7 .6. En otros RNAt se observ<L~
diferencias estructurales que responden a! dileJL ~
La estructura principal adquiere Ia de que todos deben tener una forma similar, per
forma de una L que permita reconocer diferencias entre elias. P ~
R
I ejemplo, en el RNAtAsp, ei angulo entre los dos ej -
CH 0 es ligeramente mayor, de modo que Ia conforma-
NH 2/ ' c//
Aminoacido --6 cion de Ia molecula es ligeramente mas abierta.
La estructura sugiere una conclusion generc...
respecto de la funcion del RNAt: los sitios de !a mol -
Brazo T\j/C Brazo aceptor cula que ejercen funciones particulares estdn separados :
maximo. El aminoacido esta lo mas lejos posible de
Brazo D anticodon, lo cual coincide con sus funciones en J"-
sfntesis proteinica.

El RNA de transferencia se dobla en una estructura 111 El RNA mensajero es traducido

terciara compacta en forma de L, con el aminoacido en un por los ribosomas
extremo y el anticodon en el otro.
Conceptos principales
Los ribosomas se caracterizan por su velocidad de
sedimentaci6n (705 en los bacterianos y 805 en los
eucari6ticos).
Un ribosoma esta formado por una unidad grande (de
50 o 605 en bacterias y eucariotas) y una subunidad
pequena (de 30 o 405).
El ribosoma proporciona el ambiente en el cual el
aminoacil-RNAt agrega aminoacidos a la cadena
polipeptidica creciente en respuesta a los codones
correspondientes.
Un ribosoma se desplaza a to largo de una molecula de
RNAm en direcci6n 5' a 3'.

La traduccion de un RNAm en una cadena polipep-

Un modelo espacial compacta de esferas s6lidas
muestra que la estructura terciara del RNAtPhe es compacta.
Las dos perspectivas del RNAt giran 90. Imagen cortes\ a de
5ung-Hou Kim, University of California, Berkeley.
tfdica es catalizada por el ribosoma . Los ribosoma.
se describen tradicionalmente en funcion de su ve-
locidad (aproximada) de sedimentacion (medida e:-
Svedbergs, donde un valor mayor de S indica un:.

13 2 CAPITULO 7 El RNA mensajero

 ~l ocidad de sedimentacion mayor y mayor masa).
_ s ribosomas bacterianos generalmente se sedi-
-entan a -70S. Los ribosomas del citoplasma de
-'..5 celulas eucarioticas superiores son mas grandes
uelen sedimentarse a -80S.
El ribosoma es una particula ribonucleopro-
-cinica compacta formada por dos subunidades,
_,a a una de las cuales tiene un componente de
7
. A, incluida una molecula muy larga de RNA y
_merosas protefnas. La relacion entre un riboso-
=: a y sus subunidades se ilustra en Ia
_..:. dos subunidades se disocian in vitro cuando se
:-duce Ia concentracion de iones de Mg 2+. En cada
~ s o, la subunidad grande tiene una masa aproxi-
_ adamente dos veces mayor que Ia subunidad
__equefia. Los ribosomas bacterianos (70S) tienen
~ unidades que se sedimentan a 50S y a 30S. Las
- J unidades de los ribosomas citoplasmicos euca-
:-:6ticos (80S) se sedimentan a 60S y a 40S . Las
_ s subunidades operan juntas como parte del ri-
: soma completo; sin embargo, cada una asume
-7acciones distintas en Ia sintesis proteinica.
Todos los ribosomas de un compartimiento ce-
~ :ar dado son identicos y asumen La sfntesis de di-
~m tes protefnas asociandose con diferentes RNAm que
- .porcionan las secuencias codificadoras en sf.
El ribosoma crea el ambiente que controla el re-
-. nacimiento entre un codon de RNAm y un antico-
n de RNAt. AI interpretar el codigo genetico como
__a serie de tripletes adyacentes, la sintesis protei-
:...ca procede del inicio de una region codificadora
"- 5nal. Una protefna se ensambla par adici6n secuencial
: 1minoacidos en direcci6n del terminal N al tenninal C
:forme el ribosoma se desplaza a lo largo del RNAm.
Un ribosoma empieza Ia traduccion en el ex-
:"ID O 5' de una region codificadora y traduce cada
- don en un aminoacido conforme procede hacia
: . extremo 3'. En cada codon, el aminoacil-RNAt
-_ ::opiado se relaciona con el ribosoma y dona su
1inoacido a Ia cadena polipeptidica. En cualquier
.um ento, el ribosoma puede albergar dos ami-
"'dcil-RNAt que corresponden a codones sucesivos,
:c-mitiendo que se forme un enlace peptidico en-
-:~ los dos aminoacidos correspondientes. En cada
.:..~ o . Ia cadena polipeptidica creciente se alarga un
-'-- inoacido mas.
A una molecula de RNAm
se unen numerosos ribosomas
=Jncepto principal
Una molecula de RNAm es traducida simultaneamente
por numerosos ribosomas. Cada ribosoma se encuentra
en una etapa diferente de progresi6n a lo largo del
RNAm.
' r a
Ribosoma bacteriano = 70S
Eliminaci6n de Mg2+ lt Adici6n de Mg2+
Un ribosoma esta formado por dos subunidades.
Cuando se afslan ribosomas activos en forma de frac-
cion asociada a proteinas recien sintetizadas, seen-
cuentran como un complejo forma do por un RNAm
relacionado con numerosos ribosomas, estructura
que se denomina polirribosoma o polisoma. La
subunidad 30S de cada ribosoma se asocia con el
RNAm y Ia subunidad 50S porta ala proteina recien
sintetizada; el RNAt abarca ambas unidades.
Cada ribosoma del polisoma sintetiza indepen-
dientemente a un polipeptido en particular duran-
te su recorrido por la secuencia del mensajero. En
esencia, el RNAm es jalado a traves del ribosoma y
cada triplete de nucle6tidos se traduce en un ami-
noacido, de manera que el RNAm tiene una serie
de ribosomas que portan fragmentos crecientes del
producto protefnico y que se desplazan del extremo
5' al 3', como se ilustra en Ia . Una cadena
polipeptfdica en proceso de sfntesis suele llamarse
proteina naciente.
En general, los 30 a 35 aminoacidos reciente-
mente agregados a una cadena polipeptfdica crecien-
te estan protegidos del ambiente porIa estructura del
ribosoma. Probablemente toda Ia parte anterior del
polipeptido sobresale y es libre de empezar a plegar-
se en su conformaci6n apropiada, de modo que las
protefnas pueden exhibir parte de la conformaci6n
madura incluso antes de que concluya su sfntesis.
En Ia micrograffa electr6nica de Ia
se muestra una caracterizaci6n clasica de polisomas.
La globina es sintetiza por un conjunto de cinco
ribosomas adheridos a cada RNAm (pentasomas).
Los ribosomas aparecen como objetos esfericos de-
formados de -7 nm (70 A) de diametro, conectados
por una hebra de RNAm. Los ribosomas se locali-
zan en varias posiciones a lo largo del mensajero.
Los que se encuentran en un extremo apenas han
empezado Ia sfntesis protefnica, en tanto que los
7.6 A una molecula de RNAm se unen numerosos ribosomas 133
 Un polirribosoma esta formado por un RNAm t raducido sim ultaneamente por numero-
sos ribosomas que se desplazan en direcci6n 5' -3'. Cad a ribosoma tiene dos moleculas de RNAt, una
que porta La proteina naciente y otra que porta al siguiente aminoacido que se agregara.
La sintesis proteinica tiene Lugar en Los poliso-
mas. Imagen cortesia de Alexander Rich, Massachusetts Insti-
tute of Technology.
. ...........
: ... ~ /V_
.. ...............................
Los ribosomas traducen el
RNAm y regresan al banco
El RNAm es degradado
EL RNA mensajero se traduce por media de ribo-
somas que se reciclan en un banco.
del otro, estan por terminar Ia produccion de un
polipeptido.
El tamano del polisoma depende de multiples
variables; en las bacterias, por ejemplo, es muy gran-
de, con decenas de ribosomas dedicados simultanea-
mente ala traduccion. Las dimensiones se de ben en
134 CAPITULO 7 El RNA mensajero
parte ala longitud del RNAm (que suele codificac c
numerosas proteinas) yen parte a Ia gran eficienc.:
con que se adhieren a este los ribosomas.
Los polisomas del citoplasma de una celula e:_-
cari6tica tienden a ser mas pequenos que los de L
bacterias, y tambien en este caso, su tamano es u:...o
funci6n de Ia longitud del RNAm (que usualmec :
representa solo a una protefna en las eucariotas1
de Ia frecuencia caracterfstica con Ia que se adhk -
ren los ribosomas. Un RNAm eucariotico promeci
probablemente tenga -8 ribosomas adheridos a :~
vez.
En la se ilustra el ciclo vital del _:-
bosoma . Los ribosomas son extrafdos de un bane
(formado de hecho por subunidades ribosomica ~
se utilizan para traducir un RNAm y posteriormen::
se regresan para ciclos posteriores . El numero d:
ribosomas adheridos a cada molecula de RNAm q :
sintetiza a una protefna en particular nose ha dete -
minado de manera precisa ni en las bacterias ni ey
las eucariotas, pero es una cuestion de fluctuaci6-
estadfstica deterrninada por las variables del tamai, .
y la eficiencia del RNAm.
La constituye una perspectiva globe.
de la atencion dedicada ala sfntesis de protefnas e:-
una bacteria intacta. Los aproximadamente 20 OC~
ribosomas representan un cuarto de la masa de :_;_
celula. Hay >3 000 copias de cada RNAt, y todas lc.~
moleculas de RNAt, juntas, son casi 10 veces mL
numerosas que los ribosomas; la mayor parte es-:
en forma de aminoacil-RNAt, listo para utilizarse C.:
inmediato en la sfntesis protefnica. Dada su inest.;.-
bilidad, es diffcil calcular el numero de molecula..:
de RNAm, pero un calculo razonable serfa -1 5C :
en cliferentes estados de sfntesis y descomposicio
Hay -600 tipos de RNAm en una bacteria, lo cue
sugiere que, en general, hay solo de dos a tres c -
pias de cada RNAm por cada una de ellas que, e::.
promedio, codifican quiza a -3 protefnas. Si h a ~
1850 protefnas solubles diferentes, debe haber u:-.
promedio de> 1 000 copias de cada protefna en u _
bacteria.
 El ciclo vital del RNA ..
mensajero de las bacterias Masa celular
deshidratada Tipos Copias de
I Conceptos principales Componente (% Moleculas/celula diferentes cada tipo
Pared 10 1 1 1
En las bacterias, la t ranscripci6n y la traducci6n Membrana 10 2 2
ocurren simultaneamente, pues los ribosomas empiezan
a traducir un RNAm antes de que su sintesis este DNA 1.5
completa. RNAm 1 1 500 600 2-3
El RNAm bacteriano es inestable y su vida media es de RNAI 3 200 000 60 >3 000
RNAr 16 38 000 2 19 000
solo unos cuantos minutos. Proteinas 9 106 52 19 000
Un RNAm bacteriano puede ser policistr6nico, con ribos6micas
varias regiones codificadoras que representan a Proteinas solubles 46 2.0 x 1o 1 850 >1 000
diferentes genes. Mohculas pequefias 3 7.5x106 BOO

Analisis de E. coli en funci6n de sus componentes ma-

cromoleculares.
::. ~'-l"A mensajero tiene la misma fun cion en todas
- celulas, pero con diferencias importantes en los
- ~:alles de la sfntesis y la estructura del RNAm eu-
..::._:6tico y del procariotico.
Una diferencia importante en la produccion del
--..un depende de donde ocurran Ia transcripcion 0 min Empieza Ia transcripci6n
2 traduccion:
En las bacterias, el RNAm se transcribe y
se traduce en el compartimiento celular
unico; los dos procesos estan tan intima- ppp
mente relacionados que son simultaneos. ~ El extrema 5' esta trifosfatado
Los ribosomas se adhieren al RNAm bacte-
0.5 min Los ribosomas inician Ia traducci6n
riano incluso antes de que haya terminado
su transcripci6n, de modo que el polisoma
tiende a adherirse al DNA. El RNAm bacte-
riano suele ser inestable, y por lo tanto se
traduce en proteinas durante solo algunos
minutos.
En una celula eu cariotica, la sfntesis y Ia 1.5 min La degradaci6n empieza en el extremo 5'
maduracion del RNAm tienen Iugar exclu-
sivamente en el nucleo, y solo despues de
terminados dichos eventos, el RNAm es ex- /.IYf1
portado a! citoplasma, donde es traducido
por los ribosomas. El RNAm eucariotico es
relativamente estable y sigue traduciendose
durante muchas horas.
En la se muestra que en las bacterias 2.0 La RNA polimerasa termina en el extremo 3'
::-anscripci6n y la traducci6n estan fntimamente
.:......:. -ionadas. La primera empieza cuando la enzima
.; polimerasa se une al DNA y posteriormente se
_ laza formando una copia de una cadena. Tan
_ to se inicia Ia transcripci6n, los ribosomas se
2eren al extrema 5' del RNAm y comienza Ia tra-
__::i6n, incluso antes de que el resto del mensaje se 3.0 min La degradaci6n continua, los ribosomas
terminan Ia traducci6n
;;. sintetizado. Un grupo de ribosomas se mueve
.argo del RNAm mientras este es sintetizado.
/\../
~xtremo 3' del RNAm se genera cuando termina
::.-:mscripci6n, en tanto que los ribosomas sigu en
-.: x iendo el mRNA mientras sobrevive, pero se Sinopsis: el RNAm se transcri be, se traduce y se
-~ada en la direccion general 5 ' ~ 3' con bastante deg rada simultaneamente en las bacterias.

7.7 El ciclo vital del RNA mensajero de las bacterias 13 5


En las bacterias pueden observarse las unidades de
transcripci6n. Imagen cortes1a de Oscar Miller.
rapidez. El RNAm es sintetizado, traducido por los
ribosomas y se degrada, todo en rapida sucesion .
Una molecula individual de RNAm sobrevive si aca-
so, unos minutos.
La transcripcion y la traduccion bacteriana tie-
nen Iugar a velocidades similares. A una temperatu-
ra de 37C la transcripcion del RNAm ocurre a -40
nucleotidos/segundo, velocidad muy cercana a la
de la sfntesis proteinica, que es aproximadamente
de 15 aminoacidos por segundo, de modo que se
necesitan -2 minutos para transcribir y traducir a
un RNAm completo de 5 000 bp, que corresponden
a 180 kD de protefna. Cuando se inicia la expresion
de un nuevo gen, su RNAm suele aparecer en Ia ce-
lula en -2.5 minutos. La proteina correspondiente
aparecera quizas en medio minuto mas.
La traduccion bacteriana es muy eficiente, y la
mayorfa de las moleculas de RNAm son traducidas
por muchos ribosomas empacados de forma com-
pacta . En un caso (trp RNAm), se inician aproxi-
madamente 15 transcripciones por minuto y cada
una de las 15 moleculas de RNAm probablemente
sea traducida por- 30 ribosomas en el intervalo que
media entre su transcripcion y su degradacion.
La inestabilidad de la mayor parte del RNAm
bacteriano es sorprendente. La degradacion del
RNAm sigue de cerca a su traduccion y quiza em-
pieza en un lapso de un minuto desde el inicio de la
transcripcion. El extremo 5' del RNAm comienza a
degradarse antes de que el 3' haya sido sintetizado o
traducido. La degradacion parece seguir al ultimo ri-
bosoma del convoy del RNAm, pero la degradacion
procede con mayor lentitud, tal vez aproximada-
mente a la mitad de Ia velocidad de la transcripcion
o la traduccion.
La estabilidad del RNAm influye de manera im-
portante en la cantidad de protefna que se produce;
136 CAPITULO 7 El RNA mensajero
suele expresarse en funcion de la vida media. ::_
RNAm que representa a un gen especifico tiene u-
vida media caracterfstica, pero el promedio es de - =
minutos en las bacterias.
Obviamente, esta serie de eventos solo es
sible porque la transcripcion, la traduccion y la r:
gradacion ocurren en la misma direccion. En la L
crografia de electrones de Ia U se descut>_
Ia dinamica de la expresion genica en de lito flagra c
En estas unidades de transcripcion (desconocida~
varias moleculas de RNAm estan en proceso :
sfntesis simultaneamente y cada una porta nun~
rosos ribosomas implicados en la traduccion. (Es:
corresponde a la etapa que se muestra en eJ segun -
panel de la Figura 7.13 .) Un RNA cuya sfntesis a -
no ha concluido con frecuencia se denomina Rl\.
naciente.
Las moleculas de RNAm bacteriano va ric.
enormemente en cuanto al numero de protefnas -
las cuales codifican. Algunos RNAm representan :
un solo gen, son monocistr6nicos, en tanto q-:
otros (la mayo ria) portan secuencias que codific -
a numerosas proteinas y son policistr6nicos. E
estos casos, una sola molecula de RNAm se transc:::- -
be a partir de un grupo de genes adyacentes. (Die :~
agrupamiento de genes constituye un operon co -
trolado como una unidad genetica unica; vease .-
Capitulo 12, El operon.)
Todos los RNAm constan de dos tipos de rt-
giones; la codificadora esta formada por una ser :
de codones que representa a !a secuencia de ar -
noacidos de una protefna, empieza (normalmente-
con AUG y termina con un codon de terminaci6-
No obstante, el RNAm siempre es mas largo qt<:
la region codificadora por la presencia de region
adicionales \ocalizadas en ambos extremos. Una se--
cuencia adicional en el extremo 5' que precede c.
inicio de Ia region codificadora se describe con _
lfder o region 5' UTR (region no traducida). La se-
cuencia adicional que sigue ala sefial de terminaci6-
que forma el extremo 3' se denomina remolque
region 3' UTR y aunque son parte de la unidad a~
transcripcion, estas secuencias no se utilizan pac
codificar proteinas.
Un RNAm policistronico tambien contiene re-
giones intercistr6nicas, como se ilustra en la FIG
'i . Su tamafio varia mucho, ya que puede terre-
una longitud de basta 30 nucleotidos en los RNAL
bacterianos (e incluso pueden ser mas largos en 1<":
RNA de los fagos) o ser muy cortos, en cuyo cas
solo uno o dos nucleotidos separan al codon deter-
minacion de una proteina del codon de inicio de L:.
siguiente. En un caso extremo, dos genes de hech -
se superponen, de manera que la ultima base de un:
region codificadora tambien es la primera base de !::.
siguiente region codificadora.
 El numero de ribosomas comprometidos en la
=.duccion de un cistron en particular depende de
_:_ d iciencia de su sitio de inicio, que para el primer
- ~ron esta disponible siempre y cuando se sintetice
- extrema 5' del Rl~Am . .:_Como se traducen los cis-
::- nes subsiguientes? .:_Las numerosas regiones codi-
. ::.edoras de un RNAm policistronico se traducen de
~a independiente o su expresion esUi conectada?
_;:. mecanismo de iniciacion es el mismo para todos
~ cistrones o es diferente para el primer cistron y
-.:.:a los cistrones internos?
La traduccion de un RNAm bacteriano proce-
: de manera secuencial a traves de sus cistrones .
.:: _;mdo los ribosomas se adhieren a la primer a re-
- :1 codificadora, las subsiguientes aun no han sido
~::1scritas. Para cuando el segu ndo sitio ribosomico
~~ disponible, la traduccion esta muy avanzada a
.=.:es del primer cistron . En general, los ribosomas
:_-:uinan Ia traduccion a! final del primer cistron (y
: disocian en subunidades), y un ribosoma nuevo
= ~ns-ambla de manera independiente al principia
::- .a siguiente region codificadora. (El proceso de
-::....::acion se describe en el Capitulo 8, Sintesis pro-
-_-:_ica.)
El RNAm eucari6tico
es modificado durante su
transcripci6n 0 despues de esta
::ceptos principales
~ transcrito de RNAm eucari6tico es modificado en el
-.:ideo durante o poco despues de su transcripci6n.
2s modificaciones incluyen la adici6n de un casquete
-etilado en el extrema 5' y una secuencia de poli(A)
-=- el extrema 3'.
:_ RNAm no es exportado del nucleo al citoplasma
-:sta que todas las modificaciones estan completas.
- ~o duccion del RNAm eucariotico involucra a
~- eta pas posteriores a la transcripcion. La trans-
- :::on ocurre de la forma usual, iniciando un
-- Jito con un extremo 5' trifosfato, pero el extre-
::; se genera por division del transcrito, y no por
- =.11scripcion determinacion en un sitio determi-
- . Las moleculas de RNA que derivan de genes
:-~-:u mpidos requieren de corte y empalme para
-~ar los intrones, generandose una molecula de
-_::n mas peque.fia que contiene una secuencia
_:: .::adora intacta.
::: la fiGU A 1. se muestra que ambos extre-
.iel transcrito son modificados por adiciones
_::_ores de nucleotidos (lo cual implica a siste-
: e enzimas adicionales). El extremo 5' del RNA
.=.u-dificado por la adicion de un "casquete " vir-
7.8 El RNAm eucari6tico es modificado durante su transcripci6n o despues de esta
Ellider precede al El remolque sigue
codon de iniciacion al codon de terminacion
La distancia intercistr6nica
varia de -1 a +40 bases
5' ~~~==~ =~~- 3'
1Codificaci6n ,_.. jcodificaci61 -+-j
lnicio Alto lnicio Alto
El RNAm bacteria no i ncluye regiones traducidas y no
traducidas . Cada region codificadora tiene sus propias seiiales de ini-
ciaci6n y terminaci6n. Un RNAm tipico puede tener numerosas regiones
codificadoras.
El RNAm eucari6tico es modificado por la adici6n
de un casquete en el extrema 5' y un poli(A) en el 3'.
tualmente tan pronto como aparece. Este remplaza
al trifosfato del transcrito inicial con un nucleoti-
do en orientacion inversa (3'-t5 '), "sellando", por
lo tanto, el extrema. El extremo 3' es modificado
por Ia adicion de una serie de nucleotidos de aci-
do adenflico [acido poliadenflico o poli(A)] inme-
diatamente despues de su division. Solo una vez
concluidos todos los eventos de modificacion y de
procesamiento, el RNAm puede ser exportado del
nucleo al citoplasma. La demora promedio para salir
del citoplasma es de -20 minutos. Una vez que el
RNAm ha entrado a! citoplasma, es reconocido por
los ribosomas y traducido.
En la se muestra que el ciclo vital
del RNAm eucariotico es mas prolongado que el
bacteriano. La transcripcion en las celulas animales
ocurre mas o menos a la misma velocidad que en
las bacterias, a -40 nucleotidos por segundo. Mu-
chos genes eucarioticos son grandes, y un gen de
10 000 bp necesita -5 minutos para transcribirse.
La transcripcion del RNAm no termina con la li-
beracion de enzima del DNA, mas bien, la enzima
sigue mas alia del final del gen. Una serie coordi-
nada de eventos genera el extremo 3' del RNAm
por division y adhiere un fragmento de poli(A) al
extremo 3' recien generado .
El RNAm eucariotico constituye solo una pe-
quefia porcion del RNA celular total (-3% de Ia
masa). La vida media es relativamente corta en las
137
 sustancial en la estabilidad; el RNAm de las celu.......
animales es relativamente estable, con una vida r::: _
<1 min Empieza Ia transcripci6n: el extremo 5' es modificado
dia de entre 4 y 24 horas.
Los polisomas eucarioticos son razonableme:-.
estables. Las modificaciones de ambos extremos .:..-
RNAm contribuyen a su estabilidad.

6min El extremo 3' del RNAm es liberado por division Ill El extremo 5' del RNAm
eucari6tico posee un cas qu et ~
Concepto principal

Un casquete 5' se forma al agregar una G a la base

terminal del transcrito a traves de una ligadura 5'-5'. [ :.
uno a tres grupos metilo se agregan a la base o ribose
de la guanosina terminal nueva.
20min El extrema 3' es poliadenilado

.,._.,.
ppp _/\,
"'- AAAAAA La transcripcion empieza con un nucleosido trif
25min El RNAm es transportado al citoplasma fatado (casi siempre una purina, A o G). El prirT _
nucleotido retiene a su grupo fosfato 5' y fo n::
el enlace fosfodiester usual de su posicion 3' a
5' del siguiente nucleotido. La secuencia inicial c:
ppp ....1\.. transcrito puede representarse como:
~7 ~
5'pppAJ GpNpNpNp ...
> 240 min Los ribosomas traducen a! RNAm
Sin embargo, cuando el RNAm maduro es tL
tado in vitro con enzimas que deben degradarlo e-
nucleotidos individuales, el extrema 5' no origi:-..:
el nucleosido trifosfatado esperado, en cambia, co:-
Sinopsis: La expresi6n del RNAm en las celulas
tiene dos nucleotidos conectados por una ligadu.i':
ani males requiere de transcripci6n, modificaci6n, procesamien-
to, transporte nucleo-citoplasmico y traducci6n. 5'-5' trifosfato, e incluso ostenta grupos metilo. :..:
base terminal siempre es una guanina que se agre.- :
ala molecula de RNA original despues de la trans-
cripcion.
Presente en todos los casquetes
La adicion de Ia G 5' terminal es catalizada p
I una enzima nuclear, la guanilil transferasa. La rea:.
0 CH 3 Puede ser metilado- NH 2
I 1 I cion tan poco despues de iniciada la transcripci6_
c N en el casquete 1 c N
HN"
I
' c- .
II 'cH
N""' '-C- ~
I II 'l:CH
que es imposible detectar mas que rastros del e:\.-
c c / ~ c / tremo 5' trifosfato en el RNA nuclear. La reacci6.::.
2HN 'N...- ......_Nb 0
II
6
ll
o~""'W"
II
......_N
-
~H2
C
global puede representarse como una condensacic.:
CH 2 -0-P-0-P-0-P-.0-CH N""' '-c..-N entre el GTP y el trifosfato terminal 5' del RNA. P~
. c)- c)- c)- I II ~CH
HC: . C. / lo tanto
'w' ......_N
Presente en el o CH3 5' 5'
casquete 1 ~
O-P-0-CH
Gppp + pppApNpNp ...
0 j_
5'-5'
Presente en el
GpppApNpNp ... + pp + p
casquete 2
El residua de G nuevo adherido al extrema dt
RNA se encuentra en orientacion inversa respe a
El casquete bloquea el extrema 5' del RNAm y puede ser de los otros nucleotidos.
metilado en varias posiciones. A esta estructura se le denomina casquete, qt::
es un sustrato de muchos eventos de metilacion. E::.
levaduras, en las cuales oscila entre l y 60 minu- la se observa la estructura completa d:c
tos. En las eucariotas superiores, hay un incremento un casquete despues de que se han agregado todc-

138 CAPITULO 7 El RNA mensajero

 ~ grupos metilo posibles. Los tipos de casquetes se
.::inguen por el numero de metilaciones de este
ocurridas:
La primera metilacion ocurre en todas las
eucariotas y consiste en Ia adicion de un
grupo metilo en la posicion 7 de Ia guanina
terminal. Un casquete que posee este gru-
po metilo unico se conoce como casquete
0. La reaccion procede hasta este punto en
las eucariotas unicelulares, y Ia enzima res-
ponsable de esta modificacion se denomina
guanina- 7- metiltransferasa.
El siguiente paso es agregar otro grupo me-
tilo en la posicion 2' -0 de Ia pen ultima base
(que de hecho era Ia prim era base original
del transcrito antes de que se hicieran mo-
dificaciones), reaccion catalizada por otra
enzima, la 2' -0-metil-transferasa. A un cas-
quete condos grupos metilos se le denomi-
na casquete l, que es el tipo predominante
en las eucariotas, excepto en los organismos
unicelulares.
En una pequefi.a minorfa de eucariotas su-
periores, a Ia segunda base se agrega otro
grupo metilo, pero solo cuando la posicion
es ocupada por adenina; Ia reaccion implica
la adicion de un grupo metilo en Ia posicion
N6 . La enzima responsable actua solo en un
sustrato de adenosina que ya tiene el grupo
metilo en Ia posicion 2'- 0.
En algunas especies se agrega un grupo me-
tilo a la tercera base del RNAm que cuente
con casquete. El sustrato de esta reaccion es
el RNAm con casquete l que ya tiene dos
grupos metilo. La modificacion de Ia tercera
base siempre es una metilacion de una ri-
bosa en Ia posicion 2 ' -0, lo cual da Iugar a!
casquete 2. En general, este caso represen-
ta menos del 10% a! 15 % de Ia poblacion
total con casquete.
En una poblacion de RNAm eucarioticos, todas
_ ::-wleculas poseen casquete, y Ia proporcion co-
- -::; ondiente a cada tipo es caracteristica de cada
;2nismo. No se sabe si Ia estructura de una mo-
-:-..: a especifica de RNAm es invariable o si puede
- cr mas de un tipo de casquete.
_-\demas de Ia metilacion implicada en el proceso
.c i adicion del casquete, solo en el RNArn de las
. - 2riotas superiores ocurre una metilacion interna
: _aja frecuencia merced a Ia generacion de resi-
_:;- - deW metiladenina a una frecuencia de aproxi-
=..;.a.mente una modificacion por cada 1 000 bases.
- : ~- una o dos metiladeninas en un RNArn eucario-
- _ fpico, aunque su presencia no es obligatoria;
=..::ws RNAm no tienen ninguna de estas mole-
1111 El extrema 3' esta
poliadenilado
Conceptos principales
Despues de La transcripci6n se agrega un fragmento de
poli(A) de -200 nucle6tidos a un transcrito nuclear.
El poli(A) esta unido a una prote\na espec\fica (PABP).
El poli(A) estabiliza al RNAm contra la degradaci6n.
El fragmento 3' terminal de residuos de A con fre-
cuencia se describe como cola de poli(A); al RNAm
con esta caracterfstica se le denomina poli(A)+.
La secuencia de poli(A) no se codifica en el
DNA, mas bien se adhiere a! RNA del nucleo des-
pues de Ia transcripcion. La adicion de poli(A) es
catalizada por Ia enzima poli(A) polimerasa, que
agrega -200 residuos de A al extremo 3' -OH libre
del RNAm. El tracto poli(A) del RNA nuclear y del
RNAm se relaciona con una protefna, Ia proteina
de union al poli(A) (PABP, poly(A)-binding pro-
tein) . En muchas eucariotas se encuentran formas
relacionadas de esta protefna. Un monomero de Ia
PABP de -70 kD se une cada 10 a 20 bases de la
cola de poli(A), asf qu e una caracterfstica comun
en muchas, o Ia mayoria, de las eucariotas es que
el extrema 3' del RNAm esta formado por un frag-
mento de poli(A) unido a una gran masa protefnica.
La adicion del poli(A) es parte de una reaccion en la
que el extrema 3' del RNAm es generado y modifi-
cado por un complejo de enzimas (vease Ia seccion
26.19, Los extremos 3' de los RNAm se generan por
division y poliadenilacion).
La union del PABP con el factor de iniciaci6n
eiF4G genera un lazo cerrado en el cual los extre-
mos 5' y 3' del RNAm se encuentran sujetos al mis-
mo complejo proteinico (vease Ia Fig. 8.20 de la
seccion 8.9, Las eucariotas utilizan un complejo de
numerosos factores de iniciacion). La formaci on de
este complejo puede ser la causa de algunos de los
efectos del poli(A) en las propiedades del RNAm,
que suele ser estabilizado por aqu1. La capacidad
del poli(A) de proteger al RNAm contra la degrada-
cion implica Ia union con Ia PABP.
La eliminacion del poli(A) inhibe el inicio de
Ia traducci6n in vitro, en tanto que el agotamiento
de Ia PABP en las levaduras in vivo tiene el mis-
mo efecto, desenlaces que podrfan depender de Ia
union de Ia PABP con el complejo de iniciacion en el
extremo 5' del RNAm. En el desarrollo embrionario
temprano hay muchos ejemplos de ello, en los cua-
les Ia poliadenilacion de un RNAm especffico esta
correlacionada con su traduccion. En algunos casas,
los RNAm se almacenan en forma de no poliadeni-
lada y se agrega un poli(A) cuando es necesaria su
7.10 El extrema 3' esta poliadenilado 139

La mayor parte de Ia El RNAm con poli(A)
poblaci6n de RNA es RNAr representa una pequena
que carece de poli(A) porci6n de RNA
~AAA
~~~A
Sefarosa - -
'
oligo(dT)
-AAA- El RNA poli(A(
-=AAA se pega a Ia
- AAA columna
El RNAr fluye
a !raves de Ia
columna
Q El RNA poli(A)+ puede separase de otros RNA por
fraccionamiento en sefarosa-oligo(dT).
traduccion; en otros, los RNAm poli(A)+ son des-
adenilados y se reduce su traduccion.
La presencia del poli(A) tiene una aplicacion
practica importante. La region poli(A) del RNAm
puede aparearse con un oligo(U) o con un oligo(dT),
reaccion que puede servir para aislar el RNAm
poli(Aj+. La tecnica mas conveniente es inmovilizar
el oligo (U o dT) en un soporte solido y posterior-
mente, cuando se aplica una poblacion de RNA a
la columna, como se ilustra en la f 1 , solo
se retiene el RNA poli(A) +. El RNA puede liberarse
tratando a Ia columna con una solucion que rompa
los enlaces.
El unico inconveniente de este procedimiento
es que afsla todo el RNA que contiene poli(A). Por
ejemplo, si se utiliza el RNA de toda Ia celula, los
RNA poli(A) + nuclear y citoplasmico seran reteni-
dos, pero si se utilizan preparaciones de polisomas
(un procedimiento comun), Ia mayoria de los RNA
poli(A) +seran RNAm activos. Sin embargo, ademas
del RNAm en los polisomas, en el citosol que contie-
ne RNAm poli(A)+ tambien hay partfculas ribonu-
cleoproteinicas que nose traducen. Este RNA puede
ser "almacenado" para usarse en otra ocasion, de
modo que el aislamiento del RNAm poli(A)+ total
no corresponde exactamente a la poblacion del
RNAm activo.
El metoda de "clonacion" para purificar el
RNAm consiste en copiarlo para formar una cadena
de DNA complementario (conocido como DNAc,
complementmy DNA) que posteriormente podra uti-
lizarse como molde para sintetizar una cadena de
DNA identica a Ia secuencia del RNAm original. El
producto de estas reacciones es un DNA de doble
140 CAPITULO 7 El RNA mensajero
cadena que corresponde ala secuencia del RNArr.
que puede reproducirse en grandes cantidades.
La disponibilidad de un DNA clonado facik~
el aislamiento del RNAm correspondiente por m -
dio de tecnicas de hibridacion, incluso las molec -
las de RNAm cuyas capias por celula se presenta
en cantidades reducidas pueden aislarse median:-
este metoda. De hecho, solo los RNAm presentes e-
cantidades relativamente grandes pueden aislar~:
directamente, sin necesidad de la clonacion .
Casi todos los RNAm celulares poseen poli(A
pero una excepcion que debe tomarse en cuen: ~
son los RNAm que codifican a las proteinas de 1
histonas (componente estructural importante de-
material cromosomico). Estos RNAm comprende-
a Ia mayorfa, si no es que a toda, de la fracci
poli(Af. El significado de Ia ausencia de poli(;._
en el RNAm de las histonas no ha sido definid
y no hay un aspecto particular de su funcion que:
justifique dicha ausencia.
liD La degradaci6n del RNAm
bacteriano involucra
a multiples enzimas
Conceptos principales
La direcci6n global de la degradaci6n del RNAm
bacteria no es de 5'---73'.
La degradaci6n es resultado de la combinaci6n de
divisiones endonucleollticas seguidas de la degradaci6n
exonucleol\tica del fragmento de 3'---75'.
El RNAm bacteriano es constantemente degradad
por una combinacion de endonucleasas y exonu-
cleasas. Las endonucleasas dividen a un RNA en u
sitio interno, en tanto que las exonucleasas estar.
implicadas en reacciones de recorte en las cuale_
los residuos adicionales son retirados, base por base
desde el extrema. Las exonucleasas bacterianas que
actuan en moleculas de RNA de cadena individua_
proceden a lo largo de la cadena de acido nucleic
a partir del extrema 3'.
La manera en que dos tipos de enzimas trabajar:
en conjunto para degradar al RNAm se muestra er;
la . La degradacion de un RNAm bacte-
riano se inicia con un ataque endonucleolftico, por
el que pueden generarse numerosos extremos 3
mediante divisiones endonucleolfticas del RNAm.
La direccion global de Ia degradacion (medida por
Ia perdida de la capacidad de sintetizar proteinas )
es 5'---73', lo cual quiza se deriva de una sucesion
de divisiones endonucleoliticas qu e siguen al ul-
timo ribosoma. Mas adelante, la degradacion de
los fragmentos liberados de RNAm a nucleotido
 : debe al ataque exonucleolftico del extremo libre
-OH hacia el extremo 5' (en direccion opuesta a
:ranscripcion). El ataque endonucleolftico Iibera Traducci6n
:.gmentos con diferente susceptibilidad a las exo-
leasas. Una region de la estructura secundaria I
::: RNAm puede ser un obstaculo para la exonu- 5 ' . /' ""- 3'
::asa, de manera que se protegen las regiones lo-
' zadas en su !ado 5'. Por lo tanto, Ia estabilidad
: cada RNAm depende de !a susceptibilidad de su
Endonucleasa !
: :uencia especffica a las divisiones tanto endonu-
:: lfticas como exonucleoliticas.
~ ~ ~ r__r::_
En E. coli se han encontrado -12 ribonuclea- RNAasa E
~~- Los mutantes carentes de endorribonucleasas
: :cepto Ia ribonucleasa I, cuya carencia no tiene
Exonucleasa
.gun efecto) acumulan precursores no procesados
:: RNAr y RNAt, pero son viables . En el caso de
mutantes que carecen de exonucleasas, con fre-
..:cncia sus fenotipos aparentemente no han sufrido
:craciones, lo cual sugiere que una enzima puede
.plir la ausencia de otra. Los mutantes que carecen
-: arias enzimas en ocasiones no son viables.
La RNAasa E es la enzima clave para iniciar la
ision del RNAm, y podrfa ser la que hace la pri-
_-:ra division de numerosos RNAm. En los mutan-
~ bacterianos cuya ribonucleasa E esta defectuosa,
~ estabilidad del RNAm es mayor (de dos a tres
:: :es), pero noes esa su unica funcion. La RNAasa
:=: ;e descubri6 originalmente como !a enzima cau-
-::ie del procesamiento 5' del RNAr del transcrito La degradaci6n del RNAm bacteria no tiene Lugar
en un proceso de dos etapas. Las divisiones endonucleol\ticas
~mario por un evento especffico de procesamiento
proceden en direcci6n 5' -3', detras de los ribosomas. Los frag-
--. :Ionucleolftico. mentos liberados son degradados par exonucleasas que avanzan
El proceso de degradaci6n puede ser cataliza- en direcci6n 3'-5'.
por un complejo multienzimatico (en ocasiones
' 1ado degradosoma) que incluye ribonucleasa puede crear una cola de poli(A) que funge como
: ?)J"Pasa (polinucle6tido fosforilasa) y helicasa. La sitio de union para las nucleasas, asf que su funci6n
- .-\.asa E tiene funciones duales. Su domi.nio termi- en las bacterias serfa diferente a su funcion en las
, . )T proporciona una actividad de endonucleasa, celulas eucari6ticas.
:anto que el terminal C constituye un andamio
-: mantiene unidos a los otros componentes. La
::.:casa desenrolla el sustrato de RNA para que este
liB La estabilidad del RNAm
onible para Ia PNPasa. De acuerdo con este mo- depende de su estructura
:. , Ia RN Aasa E realiza el corte inicial y posterior- y su secuencia
~~te pasa los fragmentos a los onos componentes
Conceptos principales
_. omplejo para que sean procesados.
Fodria ser que la poliadenilaci6n estuviera rela- Las modificaciones de ambos extremos del RNAm
. :1ada con el inicio de la degradacion de algunas La protegen contra La degradaci6n mediada par Las
:eculas de RNAm en las bacterias. En E. coli, la exonucleasas.
:: A) polimerasa esta asociada con los ribosomas Las secuencias espec\ficas de un RNAm pueden producir
:: agregan fragmentos cortos (de l 0 a 40 nucle6- efectos estabilizadores o desestabilizadores.
- s) de poli(A) cuando menos a algunos RNAm. La desestabilizaci6n puede ser activada par la perdida
- c mutaciones triples que eliminan la poli(A) po- de poli(A).
- erasa, la ribonucleasa E y Ia polinucleotido fos-
:-asa (PNPasa, una exonucleasa 3' -5' ) ejercen un Las caracterfsticas principales del RNAm relacionadas
:: -:o contundente en la estabilidad. (El efecto de con su estabilidad se resumen en la . Tan-
::mtaciones en genes individuales o en pares de to la estructura como la secuencia son importantes.
--cs es apenas perceptible.) La poli(A) polimerasa Las estructuras terminales 5' y 3' protegen contra

7.12 La estabilidad del RNAm depende de su estructura y su secuencia 141

 sas, de modo que el casquete evita qv:
exonucleasas 5'- 3' ataquen el extrem -
El casquete Los codones sin La endonucleasa El poli(A) y el poli(A) que las exonucleasas 3'-5 ' ~
protege contra Ia sentido activan ataca a Ia protege contra quen el extremo 3'.
exonucleasa 5'-3' el sistema de secuencia Ia exonucleasa
vigilancia desestabilizadora 3'-5' Los elementos espedficos de Ia secue:.-
UAA del RNAm pueden estabilizarlo o des _
xxxx ~,I
15' UAG bilizarlo. La localizacion mas comun de
UGA
elementos desestabilizadores se encue- -
en la region no traducida 3'. La presen :~
dicho elemento acorta la vida del RNA::::-
5' UTR Region codificadora 3' UTR En Ia region codificadora, las mutacione -
Las modificaciones de los extremos del RNAm lo protegen crean codones de terminacion activar.
contra la degradacion. Secuencias internas pueden activar a los sistemas sistema de vigilancia que degrada a! Ri' \_-
de degradacion. (vease Ia seccion 7 .14, Las mutaciones
sentido activan un sistema de vigilancia
En numerosas moleculas de RNAm de las k
duras se han encontrado elementos desestabiliza:
res, aunqu e todavfa no se han observado secu -
cias comunes o no se sabe como desestabiliza;::
Protefna de union a Ia RNAm. No necesariamente actuan de forma dire ~
secuencia ARE
(proporcionando dianas para las endonuclease _
pero pueden funcionar de manera indirecta, q ~
fomentando Ia desadenilacion. El criterio para ~=
Poli(A) ribonucleasa finir a un elemento desestabilizador de secue1:
es que su introduccion en un RNAm nuevo pue _
l provocar su degradacion, si bien Ia eliminacion ~
un elemento de un RNAm no necesariamente lo -
tabiliza, lo cual sugiere que cada uno de ellos pu
tener mas de un elemento desestabilizador.
Una caracterfstica comun de algunas mole.c
de RNAm inestables es una secuencia rica en AC :
Una ARE en una region no traducida 3' inicia la
degradacion del RNAm. -50 bases (denominada ARE ) en Ia region rem
que 3'. La secuencia de consenso de Ia ARE es _
pentanucle6tido AUUUA, repetido varias veces. :=:
Ia se muestra que la ARE desencade-
la desestabilizacion por un proceso en dos etapc..
La protefna de union aiiRE se une aiiRE en ausencia de hierro
primero es desadenilado el RNAm y posteriormen:.
se degrada. La desadenilacion podrfa ser necesar:.
(A)~
porque da Iugar a Ia perdida de Ia protefna de uni ' -
La protefna de union aiiRE se disocia en presencia de hierro al poli(A), cuya presencia estabiliza a Ia region ~
(vease Ia seccion 7 .13, La degradacion del RNA=.
involucra multiples actividades).
(A)n
En algunos casos, un RNAm puede ser estab~
lizado a! inhibir espedficamente la funcion de u:-
elemento desestabilizador. El RNAm de la transfe-
rrina contiene una secuencia denominada elemem
de respuesta al hierro (IRE, iron-responsive elemen:
Un IRE localizado en la region no traducida 3' que controla Ia respuesta del RNAm a los cambio:
controla la estabilidad del RNAm. de concentracion del mismo y que se localiza e
la region 3' no traducida, ademas de que contiene
la degradacion, y secuencias especfficas del RNAm estructuras tallo-lazo que se unen a protefnas cuyc
pueden funcionar como ctianas para desencadenar la afinidad por el RNAm se controla por medio de_
degradacion 0 conferir proteccion contra esta: hierro. En Ia se muestra que Ia union de
Las modificaciones de los extremos 5' y 3' Ia protefna con el IRE estabiliza al RNAm al inhibt
del RNAm tien en funciones importantes en la funcion de secuencias desestabilizadoras cercana_
Ia prevencion del ataque de las exonuclea- (no identificadas). Este es un modelo general de lc

142 CAPITULO 7 El RNA mensajero

~ :abilizaci6n del RNAm, es decir, la estabilidad es
: _!lferida par la inhibici6n de la funci6n de secuen-
-::.:::s desestabilizadaras.
La eliminaci6n del casquete y Ia degradaci6n
~J rren en complejos protemicos grandes localiza-
. ::s como unidades citoplasmicas discretas denomi-
- o. :las cuerpos- P, en los cuales pueden localizarse
-:-as enzimas implicadas en la producci6n o el me-
c: _"lO]ismo del RNAm. De hecho, dichos cuerpos pue-
- ~:t secuestrar a cualquier molecula de RNAm que
- este involucrada activamente en la traducci6n.
La degradaci6n del RNA m
im plica multiples actividades
:::-nceptos principales
Para La degradaci6n del RNAm de las levaduras se
requiere de la eliminaci6n del casquete 5' y del
poli(A) 3'.
U11a ruta de las levaduras implica la degradaci6n
exonucleolitica en direcci6n 5' ~3'.
Otra ruta de las levaduras utiliza un complejo de
numerosas exonucleasas que funcionan en direcci6n
3'~5'.
La desadenilasa de las celulas animales puede unirse
directamente con el casquete 5'.
~ ::: ia degradaci6n del RNAm de las levaduras es de
~ u e mas se sabe. Basicamente hay dos rutas que
:--:_piezan con Ia eliminaci6n de Ia cola de poli(A),
_.; :racci6n catalizada por una desadenilasa especf-
=~ que probablemente funciona como parte de un
~1p]ejo protefnico vasto. (La subunidad catalftica
: :a exonucleasa Ccr4 en las levaduras, asf como
.:. ::xonucleasa PARN en los vertebrados, que esta
:.~cionada con Ia RNAasa D.) La acci6n enzimatica
_rogresiva, una vez que ha empezado a degradar
-~ sustrato especifico de RNAm, sigue desensam-
=-- dolo, base por base.
La ruta de degradaci6n principal se resume en Ia
. La desadenilaci6n del extremo 3' activa
.:lrninaci6n del casquete del extremo 5'. La base
__ ta relaci6n es que Ia presencia de Ia PABP (pro-
-::-.B. de union a poli(A)) en el poli(A) impide que la
- -::ma responsable de la eliminaci6n del casquete
.:- _:ta a! extremo 5'. La PABP se Iibera cuando la
::: ; irud del poli(A) esta por debajo de 10 a 15 resi-
- ~ s . La eliminaci6n del casquete ocurre al separar
: ::se metilada del extremo 5' para dejar un mono-
: .u o en la reacci6n: m 7 GpppX ... ~m 7 GDP + pX ...
~ ::nzima requiere del grupo 7-metilo.
Cada extremo del RNAm influye en los eventos
_: ocurren en el otro extremo, lo cual se explica
~ .;u e ambos extremos del RNAm se mantienen
Casquete
I
l Desadenilaci6n
Ccr4
Dcp1
l Eliminaci6n del casquete
l Degradaci6n 5'-3'
XRN1
.
La desadenilaci6n permite la eliminaci6n del
casquete, lo cual provoca la division endonucleolitica a partir
del extremo 5'.
unidos par los factores implicados en la sintesis pro-
teinica (vease la secci6n 8.9, Las eucariotas utilizan
un complejo formado por numerosos factores de
iniciaci6n). El efecto de la PABP en la eliminaci6n
del casquete permite que el extremo 3' incida en la
estabilizaci6n del extremo 5'. Asimismo, hay una
conexi6n entre la estructura del extremo 5' y lade-
gradaci6n del extremo 3'. La desadenilasa se une
directamente al casquete 5', interacci6n necesaria
para su ataque exonucleolitico contra el poli(A).
;_, Cual es el fundamento de la conexi on entre
los eventos que ocurren en ambos extremos de una
molecula de RNAm? Quiza sea necesario asegurarse
de que el RNAm no permanezca en un estado (te-
niendo Ia estructura de un extremo, pero no Ia del
otro) que pueda competir con el RNAm activo par
las proteinas que se unen a los extremos.
La eliminaci6n del casquete activa Ia ruta de
degradaci6n 5'- 3', en Ia cual el RNAm es degradado
rapidamente a partir del extremo 5' mediante la
exonucleasa 5'- 3' XRNl. La enzima responsable de
la eliminaci6n del casquete se concentra en loci cito-
plasmicos discretos, los cuales pueden ser "cuerpos
de procesamiento" en que el RNAm es desadenilado
y posteriormente degradado, despues de eliminarse
el casquete.
Enla segunda ruta, las moleculas de RNAm de-
sadeniladas de las levaduras pueden ser degradadas
porIa actividad 3'- 5' de Ia exonucleasa del exosoma,
un complejo de >9 exonucleasas. El exosoma tam-
bien participa en el procesamiento de precursares
de moleculas de RNAr. La adici6n de las exonuclea-
sas individuales al complejo del exosoma puede des-
7.13 La degradaci6n del RNAm implica multiples actividades 143
 1111 Las mutaciones sin sentido
Desadenilaci6n activan un sistema
de vigilancia
Degradaci6n endonucleolftica Conceptos principales

Las mutaciones sin sentido provocan la degradacion del

RNAm.
En las levaduras y los gusanos se han encontrado genes
Degradaci6n exonucleolitica 5'-3' que codifican al sistema de degradaci6n.

Otra ruta de degradaci6n se identifica por la de-

La desadenilacion puede provocar directamente
la division endonucleolltica y la division exonucleolitica desde
los extremos 3'.
Traducci6n ...,.
tr~
s rvvV v \J\/'\A 3'
Una mutaci6n sin sentido activa Ia degradaci6n
Traducci6n __,.
r-~
s .rvvv ~ 3'
Terminaci6n prematura / t elementos de secuencia (denominados DSE) de fluj
Se inicia Ia degradaci6n
J Las mutacio nes sin sentido pueden provocar La
degradacion del RNAm.
encadenar las actividades exonucleolfticas 3'- 5' para
que sean controladas coordinadamente. De igual
forma, el exosoma puede degradar a fragmentos de
RNAm liberados por division endonucleolitica. En
Ia .1 se muestra que la ruta de degrada-
ci6n 3'-5' puede de hecho implicar combinaciones
de actividad endonucleolftica y exonucleolftica. El
exosoma tambien se encuentra en el nucleo, donde
degrada a precursores de RNAm no empalmados.
Los mutantes de levaduras que carecen de cual-
quiera de las rutas exonucleolfticas degradan a su
RNAm mas lentamente, pero la perdida de ambas
rutas es leta!.
gradaci6n del RNAm mediada por mutacio-
nes sin sentido. En la f se observa que
Ia introducci6n de una mutaci6n sin sentido cor.
frecuencia incrementa Ia degradaci6n del RNAm
Como puede esperarse de la dependencia de ILU :
codon de terminaci6n, Ia degradaci6n ocurre er:
el citoplasma, y podrfa representar un control de
calidad o un sistema de vigilancia para elimina ~
moleculas de RNAm no funcionales.
El sistema de vigilancia ha sido mejor estudiad
en las levaduras yen C. elegans, pero tambien puede
ser importante en las celulas animates. Por ejem-
plo, durante Ia formaci6n de inmunoglobulinas \.
de receptores de celulas Ten las celulas del sistem.o
inmunol6gico, los genes son modificados por re-
combinaci6n somatica y mutaci6n (vease el Cap. 23
La diversidad inmunitaria). suceso que genera UJ:
numero significativo de genes no funcionales cuyos
productos de RNA son eliminados por un sistemc.
de vigilancia.
En las levaduras, la degradaci6n requiere d
descendente a partir de Ia mutaci6n sin sentido. La
posibilidad mas sencilla serfa que se trata de ele-
mentos desestabilizadores y que Ia traducci6n su-
prime su uso. Sin embargo, cuando se bloquea lo.
traducci6n, el RNAm se estabiliza, lo cual sugiere
que el proceso de degradaci6n esta vinculado de
alguna forma directa con la traducci6n del RNArr:
o con el evento de terminaci6n.
los genes necesarios para el proceso han sido
identificados en S. cerevisiae (loci upj) y en C. ele-
gans (loci smg) mediante Ia detecci6n de supresores
de degradaci6n mediada por mutaciones sin sen-
tido. Las mutaciones de estos genes estabilizan o.
las moleculas aberrantes de RNAm, pero no afec-
tan la estabilidad de Ia mayoria de los transcritos
de tipo silvestre. Uno de estos genes se conserva en
las eucariotas (upfllsmg2) y codifica a una helicasa
dependiente de ATP (enzima que desenrolla los aci-
dos nucleicos de doble cadena para formar cadenas
individuales). Esto implica que el reconocimiento
del RNAm como objetivo apropiado para Ia degra-
daci6n requiere de un cambia de estructura.

144 CAPITULO 7 El RNA mensajero

 El gen Upfl interactua con los factores de libe-
:. 2 'n (eRFl y eRF3) que catalizan Ia terminaci6n,
Ex6n lntr6n Ex6n
-~ es probablemente Ia forma en que reconoce el =~~---

: 7nto de terminaci6n. Posteriormente puede "es-

- ::._n 6ar" al RNAm desplazandose bacia el extrema Corte y
~ La protefna se une
a Ia union ex6n-ex6n
;tara buscar los elementos de secuencia de flujo empalme
__ ::endente.
En las celulas de los mamfferos, el sistema de NUCLEO
;:.:ancia parece operar s6lo en mutaciones locali-
r---------- t --------~
- .:as antes del ultimo ex6n, es decir, debe haber
CITOPLASMA Se unen mas
- :ntr6n despues del sitio de la mutaci6n, lo cual
_pere que el sistema requiere de un evento en el .- protefnas

- _:leo antes de que los intrones sean eliminados

:- corte y empalme. Una posibilidad es que las La terminaci6n
_:efnas se adhieren al RNAm en el nucleo, en Ia prematura
- :Hera ex6n-ex6n cuando ocurre un evento de desencadenala
'---d_e~
gradaci6n
~e y empalme. En Ia se muestra un
- je]o general de Ia operaci6n de dicho sistema.
:..:~ c mecanismo es similar a la forma en que un
_ -_-\.In puede ser marcado para exportarlo desde el -~
-_..:leo (vease la secci6n 26.1 0, El corte y empalme
-"':i conectado con la exportaci6n del RNAm) . La
:... ::ion de una protefna ala union ex6n-ex6n crea Un sistema de vigilancia podria tener dos tipos
~ marca del evento que persiste en el citoplasma. de componentes. Las proteinas deben unirse en el nucleo para
_. =b om6logos humanos de las protefnas Upf2,3 de marcar el resultado de un evento de corte y empalme, en tanto
que otras pueden unirse a la marca, ya sea en el nucleo o en
.-:-vadura podrfan estar implicados en dicho siste-
el citoplasma. Estas se activan para degradar al RNAm cuando
- c pues se unen especificamente a! RNAm que ha
los ribosomas terminan prematuramente.
:. '-' cortado y empalmado.

Las moleculas de RNA RNA Trans porte Localizaci6n

eucari6tico se transportan Todo el Nucleo ....., citoplasma Todas las celulas

a.
::1ceptos principales
:l RNA es transportado a traves de una membrana a
RNA
RNAt Nucleo ....., mitocondria Muchas celulas
... ..,
~,.__

;na nera de particulas ribonucleoprote\nicas.

-odas las moleculas de RNA eucari6tico que funcionan
en el citoplasma deben exportarse desde el nucleo.
t.a s moleculas de RNAt y el componente de RNA
je una ribonucleasa se importan al interior de las
;nitocondrias.
..as moleculas de RNAm pueden recorrer grandes
jistan6as entre las celulas de las plantas.
~ bacterias estan formadas por un solo comparti-
_ Ento, de modo que todos los RNA funcionan en
=Usmo ambiente en el cual son sintetizados, lo
-~: es particularmente sorprendente en el caso del
_ -_-\m, en cuyo caso, Ia traducci6n es simultanea a
=:-anscripci6n (vease la secci6n 7. 7, El ciclo vital
: . RNA mensajero bacteriano).
El RNA se transp orta a traves de las membra-
~ en los diversos ejemplos resumidos en Ia
. Transportar una molecula de RNA altamente
::" 3tiva a traves de una membrana hidr6foba cons-
RNAm Celula nodriza ....., ovocito Genesis embrionaria ..
RNAm
de Ia mosca
Ovocito anterior ....., ovocito Genesis embrionaria
posterior de Ia mosca
---
RNAm Celula ....., celula Floema de las plantas
Las moleculas de RNA se transportan a traves de membranas
en diversos sistemas.
tituye un problema termodinamico que se solucio-
na transportandola empaquetada en protefnas.
En las celulas eucari6ticas, los RNA se trans-
criben en el nucleo, pero Ia traducci6n ocurre
en el citoplasma. Los diferentes tipos de RNA
deben transportarse en el citoplasma para ensam-
blar el mecanismo necesario para Ia traducci6n. As!,
el RNAr se ensambla con las protefnas ribos6micas
para formar subunidades ribos6micas inmaduras
que constituyen los sustratos para el sistema de

7.15 Las moleculas de RNA eucari6tico se transportan 145

 transporte; el RNAt es transportado por un sistema
de proteinas especifico; el RNAm es transportado
como una ribonucleoproteina, la cual se forma en
el transcrito de RNA en el nilcleo (vease el Cap. 26,
Corte, empalme y procesamiento del RNA). Estos
procesos son comunes en todas las celulas eucario-
ticas. Muchos RNAm se traducen en el citosol, si
bien algunos se localizan en el interior de la celula
porque se adhieren a un elemento del citoesqueleto.
En situaciones en que hay localizacion, es impor-
tante que el producto proteinico sea producido cer-
ca del sitio de su incorporacion a alguna estructura
macromolecular.
Algunas moh~c ulas de RNA se forman en el nil-
cleo, se exportan al citosol y posteriormente se im-
portan al interior de las rnitoconcirias, que en algunos
organismos no codifican a todos los RNAt necesarios
para la sfntesis de proteinas (vease la seccion 4.1 0,
Los genomas de los organelos son moleculas circu-
lares de DNA que codifican a proteinas de los orga-
nelos). En estos casos, los RNAt adicionales deben
importarse desde el citosol. La enzima ribonucleasa
P, que contiene RNA y subunidades protefnicas, es
codificada por genes nucleares, no obstante que se
encuentra tanto en las rnitocondrias como en el nil-
cleo, lo cual significa que el RNA debe ser importado
al interior de la mitocondria.
Se sabe de algunas situaciones en que el RNAm
es transportado incluso entre celulas. Durante el de-
sarrollo del ovocito en Drosophila, ciertas moleculas
de RNAm son transportadas al interior del ovulo
desde las celulas nodrizas que lo rodean, dado que
estas illtimas tienen uniones especializadas con el
ovocito que permiten el paso del material necesario
para el desarrollo inicial. Este material incluye cier-
tos RNAm, que una vez dentro del ovulo, asumen
localizaciones especfficas. Algunos sencillamente se
difunden en el extrema anterior por el que entran,
pero otros recorren todo el ovulo, hasta el extrema
posterior, mediante un motor adherido a microtil-
bulos.
El caso mas asombroso de transporte del RNAm
es el de las plantas. El movimiento de acidos nuclei-
cos especificos por distancias largas se descubrio por
primera vez en las plantas, en las cuales, las pro-
tefnas de movimiento vfrico propagan la infeccion
vfrica transportando el genoma de un virus de RNA
a naves de los plasmodesmas (conexi ones entre las
celulas). Por otra parte, las plantas tienen un siste-
ma de defensa que hace que las celulas silencien a
un virus infeccioso, el cual, de igual manera, puede
implicar la dispersion de componentes, incluido al
RNA, a grandes distancias entre las celulas. Ahora se
ha descubierto que las mol eculas de RNAm pueden
ser transportadas por sistemas similares entre las ce-
lulas de las plantas. Aunque la existencia del sistema
146 CAPITULO 7 El RNA mensajero
se conoce desde hace tiempo, solo recientemen~
se demostro su importancia funcional al injen.::
plantas de tomate de tipo silvestre en plantas c -
la mutacion dominante Me (que provoca cambi_
en la forma de la hoja) . El RNAm de la reserva -
mutantes se transporto al interior de las hojas ci _
injerto de tipo silvestre, donde cambio su forma.
liD El RNAm puede localizarse
espedficamente
Conceptos principales
El RNAm del Ashl de la levadura fo rma una
ribonucleoproteina que se une a un motor de miosina.
Un motor lo transporta a lo largo de los filamentos de
actina en el brote germinal.
Se ancla y se traduce en el brote, de manera que la
proteina se encuentra solo en el brote.
En una celula eucariotica, un RNAm se sintetiza -
el nucleo pero se traduce en el citoplasma; ent~~
en el citoplasma como una partfcula ribonucleoprc-
teinica que se transporta a naves de un poro n -
clear. Una vez en el citosol, el RNAm puede asc-
ciarse con los ribosomas y ser traducido. El citost
esta atestado, lo ocupa una alta concentracion ":
protefnas. Nose sabe bien que tan libremente puec~
difundirse un polisoma en el citosol, y la mayor pa ~
te de las moleculas de RNAm se traducen probable-
mente en locaciones aleatorias, determinadas p
su punto de entrada al citosol y por la distancia qt:-:
han recorrido hasta alejarse de el, aunque algun-
se traducen en sitios especfficos mediante diverso-
mecanismos:
Un RNAm puede ser transportado especif -
camente a un sitio en el cual se traduce.
Puede estar distribuido universalmente per:
se degrada en todos lo sitios, excepto en e_
de traduccion.
Puede difundirse libremente, pero qued::
atrapado en el sitio de traduccion.
Uno de los casos mejor caracterizados de loca-
lizacion dentro de una celula es el del Ashl de !a
levaduras, que reprime la expresion de la endonu-
cleasa HO en la celula hija que brota, asf que el HO ~
expresa solo en Ia celula madre. La consecuencia :
que el tipo de apareamiento cambia solo en la celulc
madre (vease la seccion 19.24, La regulacion de lc.
expresion de HO controla el cambia). La causa de lc.
restriccion en la celula hija es que el RNAm del Ash:
es transportado a partir de la celula madre, donde Se
produce, al interior de la celula hija que brota.
Las mutaciones en cualquiera de los cinco ge-
nes conocidos como SHE 1-5 impiden la localizaci6 _

estructuras tallo-lazo
en el RNAm
La She3 conecta a Ia
She2 con Ia miosina
La She1 se une al
Filamento de actina
El RNAm del Ashl forma una ribonucleoproteina
~ :nntiene un motor de miosina que se desplaza por un
--=nto de actina.
~ ::dfica y hacen que el RNAm del Ash 1 se distri-
__~ simetricamente en los compartimientos tanto
:.c. madre como de la hija. Las protefnas She1,
3 se unen al RNAm del Ash1 en una partfcu-
__,-:>onucleoprotefnica que transporta al RNAm al
:::ior de la celula hija. En Ia se mues-
-- las funciones de las protefnas. She 1p es una
_:tna (identificada previamente como Myo4), en
que She3 y She2 son proteinas que conectan
....,'osina con el RNAm. La miosina es un motor
. :: :nueve al RNAm a lo largo de los filamentos
: ~.:tina.
.=n ]a se resume el proceso completo.
? -Am del Ash1 es exportado del nucleo en for-
~e ribonucleoprotefna yen el citoplasma se une
-~e ro a Ia She2, que detecta algunas estructuras
::- darias tallo-lazo en el RNAm. Posteriormente,
: ::e3 se une a la She2, despues de lo cual se les
- :c ~a miosina She 1. A continuacion, la partfcula se
:o~::1cha a un filamento de actina y se transporta
- ..: el brote. Cuando el RNAm del Ashl llega al
~ :.-. se ancla ahi, quiza por medio de protefnas
- _e unen especfficamente a! RNAm.
J1ros casos en los cuales el RNAm se transporta
..:. s especfficos son regidos por principios simi-
-- EI RNAm es reconocido mediante secuencias
: ::uacion en cis, las cuales suelen ser regiones
- _::ructura secundaria de la region no traducida
-=~ RNAm del Ash1 es poco comun en el sen-
ie que las regiones de actuacion en cis estan
:::_ marco codificador.) El RNAm se empaca en
- _a.rticula ribonucleoprotefnica, y en ocasiones
- ~,: verse en particulas muy grandes denomina-
: -anulos de RNAm, los cuales son los suficien-
==--te grandes (muchas veces el tamafio de un
: -:na) como para contener numerosas proteinas
~ :iples componentes de RNA.
Citoplasma materna
El RNAm del Ashl se exporta del nucleo al cito-
plasma, donde es ensamblado a un complejo con las prote\nas
She. El complejo lo transporta a lo largo de los filamentos de
actina, hasta el brote.
Una RNPm transportada debe conectarse a un
motor que la mueve a lo largo de un sistema de
vias, que pueden ser filamentos de actina o micro-
tubulos. Mientras que el Ashl utiliza un motor de
miosina en las vias de actina, el RNAm de Ia protei-
na oscar del huevo de Drosophila utiliza un motor de
cinesina para moverse a lo largo de microtubulos.
Una vez que el RNAm llega a su destino, necesita ser
anclado para evitar que se difunda. Poco se sabe al
respecto, pero el proceso parece ser independiente
del transporte. Un RNAm transportado por micro-
tubulos puede anclarse a filamentos de actina loca-
lizados en su destino .
1m Resumen
La informacion genetica que porta el DNA se expre-
sa en dos etapas, la transcripcion del DNA en RNAm
y Ia traduccion del RNAm en una proteina. El RNA
mensajero se transcribe de una cadena de DNA
complementaria de esta cadena (no codificadora) e
identica ala otra cadena (codificadora). La secuencia
del RNAm, en codones triples 5'- 3', esta relacionada
con la secuencia de aminoacidos de Ia protefna, del
grupo terminal N al grupo terminal C.
El adaptador que interpreta el significado de un
codon es el RNA de transferencia, que tiene una
estructura terciaria compacta en forma deL; un ex-
tremo del RNAt tiene un anticodon complementa-
rio del codon, y el otro extremo puede estar unido
de forma covalente al aminoacido especffico que
corresponde al codon diana. Un RNAt que porta un
aminoacido se denomina aminoacil-RNAt.
El ribosoma proporciona el mecanismo que per-
mite que los aminoacil-RJ.'\fAt se unan a sus codo-
nes en el RNAm; Ia subunidad grande transporta al
polipeptido naciente. Un ribosoma se desplaza a lo
largo de un RNAm a partir de un sitio de iniciacion
localizado en Ia region 5' hasta un sitio de termina-
cion ubicado en Ia region 3', y los aminoacil-RNAt
7.17 Resumen 147
 apropiados responden a sus codones, descargando
a su aminoacido, de tal manera que Ia cadena po-
lipeptfdica creciente aumenta un residuo por cada
codon recorrido.
El mecanismo de traduccion no es especffico de
cada tejido u cada organismo; un RNAm provenien-
te de una fuente puede ser traducido por los riboso-
mas y por las moleculas de RNAt de otra fuente. El
nC1mero de veces que un RNAm se traduce depende
de Ia afinidad de su(s) sitio(s) de iniciacion por los
ribosomas y de su estabilidad. En algunos casos se
impide especfficamente Ia traduccion de grupos de
RNAm o de moleculas de RNAm, evento conocido
como control de Ia traduccion.
Una molecula tfpica de RNAm contiene un lf-
der 5' y un remolque 3' no traducidos y regiones
codifi.cadoras. El RNAm bacteriano suele ser poli-
cistronico, con regiones no traducidas localizadas
entre los cistrones. Cada cistron esta representado
por una region codificadora que empieza con un
sitio de iniciacion especffico y concluye en un si-
tio de terminacion. Las subunidades ribosomicas se
asocian en el sitio de iniciacion y se disocian en el
de terminacion de cada region codificadora.
Una bacteria E. coli en cultivo tiene -20 000
ribosomas y -200 000 moleculas de RNAt, princi-
palmente en forma de aminoacil-RNAt. Hay -1 500
moleculas de RNAm, que representan ados o tres
copias de cada uno de los 600 mensajeros.
Un solo RNAm puede ser traducido por nume-
rosos ribosomas de manera simultanea y formar un
polirribosoma (o polisoma). Los polisomas bacteria-
nos son grandes y en general estan formados por
decenas de ribosomas unidos a un solo RNAm. Los
polisomas eucarioticos son mas pequefios, tfpica-
mente de menos de 10 ribosomas; cada RNAm porta
solo una secuencia codificadora.
El RNAm bacteriano tiene una vida media ex-
tremadamente corta, de solo unos minutos; incluso,
el extremo 5' empieza a ser traducido mientras las
secuencias en cascada estan siendo transcritas. La
degradacion es iniciada por las endonucleasas que
realizan cortes en sitios discretos, siguiendo a los
ribosomas en direccion 5' -3 ' . Despues, las exonu-
cleasas reducen los fragmentos a nucleotidos, de-
gradandolos a partir del extremo 3' liberado hacia
el extremo 5'. Cada secuencia puede promover o
retardar Ia degradacion en los RNAm bacterianos.
El RNAm eucariotico debe ser procesado en el
n(tcleo antes de ser transportado al citoplasma para
su traduccion. AI extrema 5' se agrega un casquete
metilado constituido por un nucleotido que se agre-
ga al extremo original por un enlace 5' -5', despues
del cual se agregan grupos metilo. La mayor parte
de las moleculas bacterianas de RNAm tienen una
secuencia de -200 bases de poli(A) adheridas a su
148 CAPITULO 7 El RNA mensajero
extremo 3', en el nudeo, despues de Ia transcri~
cion, sin embargo, los RNAm poli(A)- parecen s:-
traducidos y degradados con Ia misma cinetica q~
los poli(A)+. El RNAm eucariotico existe como
particula ribonucleoproteinica; en algunos case
RNPm estan almacenados, por lo que no se trad
cen. Los RNAm eucarioticos suelen ser estables d
rante muchas horas y tener varias secuencias q :
inician Ia degradaci6n; hay ejemplos en los cuaL
el proceso es regulado.
El RNAm de las levaduras es degradado cua:--
do menos por dos rutas que empiezan con Ia e: -
minaci6n del poli(A) del extremo 3', provocando ...:
perdida de Ia protefna de union al poli(A), lo cua: -
su vez conduce a Ia eliminaci6n del casquete me:.-
lado del extremo 5' . Una ruta degrada al RNAm c
partir del extremo 5' por medio de una exonuclea '
y Ia otra degrada al RNAm desde el extremo 3', a trc.-
ves del exosoma, complejo que contiene numeros=
exonucleasas.
La degradacion mediada por mutaciones s' -
sentido provoca Ia destruccion de las moleculas c.
RNAm que tienen un codon de terminaci6n (s:..:
sentido) antes del ultimo ex6n; para el proceso .:-
necesitan los loci upf de las levaduras y los loci s11 _
de los gusanos, sitios que incluyen la actividad -
Ia helicasa para desenrollar el RNAm y una prote_-
na que interactua con los factores que terminan -
sintesis proteinica. Las caracteristicas del proceso -
las celulas de los mamfferos sugieren que algun-
de las protefnas se adhieren al RNAm en el nud e
al momento del corte y empalme del RNA parae~
minar a los intrones.
Los RNAm pueden ser transportados a loca:..-
zaciones especfficas dentro de una celula (especic4-
men te en el desarrollo embrionario). En el sisteiL
Ash1 de las levaduras, el RNAm es transportaG.
de Ia celula madre al interior de Ia celula hija pe>-
medio de un motor de miosina que se desplaza s -
bre filamentos de actina. En las plantas, los RNA-=
pueden ser transportados grandes distancias entr ~
las celulas .
Referencias
Ill El RNA de transferencia forma una hoja de trebol
Li bros de revision
SoiL D. and RajBhandary, U. L. (1995). tRNA Structure,
Biosynthesis, and Fundion. Washington, DC:
American Society for Microbiology.
Articulos de investigaci6n
Chapeville, F. eta!. ( 1962). On the role of soluble RNA in
coding for amino acids. Proc. Nat/. Acad. Sci.
USA 48, 1086-1092.
 ~glan d,
M. B. eta!. ( 1958). A soluble RNA inter-
mediate in protein synthesis. J. Bioi. Chern.
231, 241-257.
- .. ey, R. W. et al. (1965 ). Structure of an RNA. Scien -
ce 147, 1462-1465
EL RNA mensajero es traducido por los ribosomas
-~:ulos de investigacion
_ -.:zis, H. M. ( 1961). Assembly of the peptide chain of
hemoglobin. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 47,
24!7-261.
A una molecula de RNAm se unen numerosos
ribosomas
~:u los de investigacion
.: ; ter; H. S. et a!. ( I 963). The visualization of
polyribosom e structure. J. Mol. Bioi. 7, 652-657.
EL ciclo vital del RNA mensajero de las bacterias
-:" :ulos de investigacion
. -~ n ner, S. Jacob, F., and Meselson, M. (1961). An
unstable intermediate carrying information from
genes to ribosomes for protein synthesis. Nature
190, 576-581.
El extrema 5' del RNAm eucariotico posee un
casquete
-::<culos de investigacion
- ~::neijee, A. K ( 1980). 5'-Terminal cap structure in
eukaryotic mRNAs. Microbial. Rev. 44, 175-205.
EL extrema 3' esta poliadenilado
-:"culos de revision
: :~so n,R J . and Standart N. (1990). Do the poly(A)
tail and 3' untranslated region control mRNA
translation? Cel/62, 15-24.
-:":ulos de investigacion
~ ~:-:-~ ell,
J . et al. (1971). Poly(A) sequences: role in con-
version of nuclear RNA into mRNA. Science 174,
507-510.
La degradacion del RNAm bacteriano involucra a
multiples enzimas
-:":u los de revision
o-~nlgro, G. and Parker, R. ( 1996) . Mechanisms and
control of mRNA turnover in S. cerevisiae. Microbial.
Rev. 60, 233-249.
_:-~berg-Manago , M . ( 1999) . mRNA stability and its
role in control of gene expression in bacteria and
phages. Annu. Rev. Genet. 33, 193-227.
'7 :ulos de investigacion
::zak, A., Kaberdin, V. R. , Wei, C.-L, and Linchao,
S. (1996). Proteins associated with RNAase E in a
multicomponent ribonucleolytic complex. Proc. Nat/.
.4cad. Sci. USA 93, 3865-3869.
O'Hara, E. B. et a!. ( 199 5). Polyadenylation helps regulate
mRNA decay in E. coli. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 92,
1807-1811.
Vanzo, N. F. et al. (1998). RNAase E organizes the protein
interactions in the E. coli RNA degradaosome. Genes
Dev. 12, 2770-2781.
llfJ La estabilidad del RNAm depende de su estructura y
su secuencia
Artlculos de revi sion
Coller, J., and Parker, R. (2004). Eukaryotic mRNA
decapping. Annu. Rev. Biochem. 73, 861-890.
Moore, M. J. (2005). From birth to death: the complex lives
of eukaryotic mRNAs. Science 309, 1514-1518.
Ross, J. (1995). mRNA stability in mammalian cells .
Microbial. Rev. 59, 423-450.
Sachs, A. (1993). Messenger RNA degradation in
eukaryotes. Cell 74, 413-421.
1111 La degradacion del RNAm implica multiples
actividades
Artfculos de revis ion
Beelman, C. A. and Parker, R. (1995). Degradation of
mRNA in eukaryotes. Cel/8 1, 179-183.
Coller, J. and Parker, R. (2004). Eukaryotic mRNA
decapping. Annu. Rev. Biochem. 73, 861 - 890.
Jacobson, A. and Peltz, S. W . (1996). Interrelationships
of the pathways of mRNA decay and translation in
eukaryotic cells. Annu. Rev. Biochem. 65, 693-739 .
Articulos de investigacion
Allmang, C., Petfalski, E. , Podtelejnikov, A., Mann, M.,
Tollervey, D., and Mitchell, P. ( 1999). The yeast
exosome and human PM-Sd are related complexes of
3'-5' exonucleases. Genes Dev. 13, 2148-2158.
Bousquet-Antonelli, C., Presutti, C., and Tollervey, D.
(2000). Identification of a regulated pathway for
nuclear pre-mRNA turnover. Cel/102, 765-775.
Gao, M., Fritz, D. T., Ford, L. P., and Wilusz, J. (2000).
Interaction between a poly(A) -specific ribonuclease
and the 5' cap influences mRNA deadenylation rates
in vitro. Mol. Cell 5, 479-488.
MitchelL P. et a!. ( 1997). The exosome: a conserved
eukaryotic RNA processing complex containing
multiple 3'-5' exoribonuclease activities. Cel/91,
457-466.
Muhlrad, D., Decker, C. J., and Parker, R. (1994).
Deadenylation of the unstable mRNA encoded by the
yeast MFA2 gene leads to decappi.ng followed by 5'-3'
digestion of the transcript. Genes Dev. 8, 855-866.
Sheth, U., and Parker, R. (2003). Decapping and decay
of messenger RNA occur in cytoplasmic processing
bodies. Science 300, 805- 808.
Tucker, M., Valencia-Sanchez, M.A., Staples, R. R.,
Chen, J., Denis, C. L., and Parker, R. (2001). The
transcription factor associated Ccr4 and Cafl proteins
are components of the major cytoplasmic mRNA
deadenylase inS. cerevisiae. Cell 104, 377-386 .
Referencias 149
 IIIJ Las mutaciones sin sentido activan un sistema
de vigilancia
Articulos de revision
Hilleren, P. and Parker, R. (1999). Mechanisms ofmRNA
surveillance in eukaryotes. Annu. Rev.
Genet. 33, 229-260.
Art1culos de investigacion
Cui, Y., Hagan, K. W., Zhang, S., and Peltz, S. W. (1995).
Identification and characterization of genes that are
required for the accelerated degradation of mRNAs
containing a premature translational termination
codon. Genes Dev. 9, 423-436.
Czaplinski, K., Ruiz-Echevarria, M. J., Paushkin, S. V.,
Han, X., Weng, Y., Perlick, H. A., Dietz, H. C., Ter-
Avanesyan, M.D., and Peltz, S. W. (1998). The
surveillance complex interacts with the translation
release factors to enhance termination and degrade
aberrant mRNAs. Genes Dev. 12, 1665-1677.
Le Hir, H., Moore, M. J., and Maquat, L. E. (2000). Pre-
mRNA splicing alters mRNP composition: evidence for
stable association of proteins at exon-exon junctions.
Genes Dev. 14, 1098-1108.
Lykke-Andersen, J., Shu, M. D., and Steitz, J. A. (2000).
Human Upf proteins target an rnRNA for nonsense-
mediated decay when bound downstream of a
termination codon. Cell 103, 1121-
ll3l.
Peltz, S. W., Brown, A. H. , and Jacobson, A. (1993). mRNA
destabilization triggered by premature translational
termination depends on at least three cis-acting
sequence elements and one trans-acting factor. Genes
Dev. 7, 1737-1754.
Pulak, R. and Anderson, P. ( 1993). rnRNA surveillan-
ce by the C. elegans smg genes. Genes Dev. 7,
1885-1897.
Ruiz-Echevarria, M. J. et al. ( 1998). Identifying the right
stop: determining how the surveillance complex
recognizes and degrades an aberrant rnRNA. EMBO J.
15, 2810-2819.
Weng, Y., Czaplinski, K., and Peltz, S. ( 1996). Genetic and
biochemical characterization of mutants in the ATPase
and helicase regions of the Upfl protein. Mol. Cell Bioi.
16, 5477-5490.
Weng, Y., Czaplinski, K., and Peltz, S. (1996). Identi-
fication and characterization of mutations in the upfl
gene that affect the Upf protein complex,
nonsense suppression, but not mRNA turnover.
Mol. Cell Bioi. 16, 5491-5506.
150 CAPITULO 7 El RNA mensajero
IIIII Las moleculas de RNA eucariotico se transportan
Articulos de revision
Ghoshroy, S., Laney, R., Sheng, J., and Citovsky, V.
( 1997). Transport of proteins and nucleic acids
through plasmodesmata. Ann. Rev. Plant. Physiol. Plar.:
Mol. Bioi. 48, 27-50.
Jansen, R. P. (2001). mRNA localization: message on the
move. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 2, 247-256.
Lucas, W. J. and Gilbertson, R. L. (1994). Plasmodesmata
in relation to viral movement within leaf tissues. A m~
Rev. Phytopathol. 32, 387-411.
Vance, V. and Vaucheret, H. (2001). RNA silencing in
plants-defense and counterdefense. Science 292,
2277-2280.
Artlc ulos de in vestigacion
Kim, M., Canio, W. , Kessler, S. , and Sinha, N. (200 1) .
Developmental changes due to long-distance
movement of a homeobox fusion transcript in tomat
Science 293, 287-289.
Puranam, R. S. and Attardi, G. (200 1). The RNase P
associated with HeLa cell mitochondria contains an
essential RNA component identical in sequence to th<..-
of the nuclear RNase P. Mol. Cell Bioi. 21, 548-561.
Ill El RNAm puede localizarse especlficamente
Articulos de revision
Chartrand, P., Singer, R. H., and Long, R. M. (2001). RNP
localization and transport in yeast. Annu. Rev. Cell Dn
Bio/. 17,297-310.
Jansen, R. P. (2001). mRNA localization: message on the
move. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 2, 247-256.
Kloc, M., Zea rfoss, N. R., and Etkin, L. D. (2002). Me-
chanisms of subcellular mRNA localization. Ce//108,
53 3-544
Palacios, I. M. and Johnston, D. S. (2001 ). Getting the
message across: the intracellular localization of
mRNAs in higher eukaryotes. Annu. Rev. Cell Dev. Bioi.
17, 569-614.
Artlculos de investigacion
Bertrand, E., Chartrand, P., Schaefer, M., Shenoy, S. M.,
Singer, R. H. , and Long, R. M. (1998) .
Localization of ASH1 mRNA particles in living yeast.
Mol. Cell 2, 437-44 5.
Long, R. M., Singer, R. H. , Meng, X., Gonzalez, !.,
Nasmyth, K., and Jansen, R. P. ( 1997). Mating
type sw itching in yeast controlled by asymme-
tric localization of ASH 1 mRNA. Science 277, 383-387.
intesis proteinica
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
La s1ntesis prote1nica ocurre por iniciaci6n,
elongaci6n y terminaci6n
El ribosoma tiene tres sitios de union al RNAt.
Un aminoacil-RNAt entra al sitio A.
El peptidil-RNAt esta unido al sitio P.
El RNAt desacilado sale a traves del sitio E.
Al transferir el polipeptido del peptidil-RNAt del sitio P al
aminoacil-RNAt del sitio A, se agrega un aminoacido a la
cadena polipeptidica.
La precision de la s1ntesis prote1nica es
controlada por mecanismos especiales
La precision de la sintesis proteinica es controlada por
meca nismos especificos en cada etapa.
La iniciaci6n en las bacterias requiere de
subunidades 305 y de factores accesorios
La iniciaci 6n de la sintesis proteinica requiere de
subunidades ribos6micas 30S y 50S separadas.
Tambien se necesitan factores de iniciaci6n (IF-1, -2 y -3)
que se unen a las subunidades 30S.
Para formar un complejo de iniciacion, una subunidad 30S
que porta los factores de iniciaci6n se une a un sitio de
iniciacion del RNAm.
El IF-3 debe ser liberado para permitir que las subunidades
50S se unan a los complejos 30S-RNAm.
Un RNAt iniciador especial empieza la cadena
polipept1dica
La sintesis proteinica empieza con una metionina
usualmente codificada por el triplete AUG.
los diferentes RNAt de metionina estan implicados en la
iniciacion y la elongaci6n.
El RNAt iniciador tiene caracteristicas estructurales (micas
que lo di stinguen del resto de los RNAt.
El grupo NH , de la metionina unida al RNAt iniciador
bacteriano esta formilado.
El uso del fMet-RNAtr es controlado por el IF-2 y
por el ribosoma
El IF-2 se une al fMet-RNAtf iniciador y le permite entrar al
sitio P parcial de la subunidad 30S.
La iniciaci6n implica el apareamiento de bases
entre el RNAm y el RNAr
Un sitio de iniciaci on del RNAm bacteriano esta formado
por el codon de iniciaci6n AUG precedido de un espacio de
-10 bases que contiene el hexa mero de po lipurina Shine-
Dalgarno.
El RNAr de la subunidad ribosomica 30S bacteriana tiene
una secuencia complementaria que se aparea con la
secuencia Shine-Dalgarno durante la iniciacion.
e. Las subunidades pequeiias buscan sitios de
iniciaci6n en el RNAm eucari6tico
Las subunidades ribos6micas 40S se unen al extrema 5' del
RNAm y exploran al RNAm hasta que llegan a un sitio de
iniciacion.
Un sitio de iniciacion eucariotico esta formado por una
secuencia de 10 nucleotidos que incluye un codon AUG.
las subunidades ribosomicas 60S se unen al complejo en el
sitio de iniciacion.
I(;Jtl Las eucariotas utilizan un complejo formado por
numerosos facto res de i niciaci6n
los factores de iniciacion son necesarios en todas las
etapas de esta, incluida la union del RNAt iniciador, la
union de las subunidades 405 al RNAm, el desplazamiento
a lo largo del RNAm y la union de la subunidad 605.
El RNAt iniciador eucariotico es un Met-RNAt diferente
del utilizado en la elongacion, pero la metionina no esta
formilada.
El eiF2 une al Met-RNAt; iniciador con el GTP y el complejo
se une a la subunidad 405 antes de que se asocie con el
RNAm.
IEIDJI El factor de elongaci6n Tu carga al aminoacil-
RNAt en el sitio A
El EF-Tu es una proteina G monomerica cuya forma activa
(unida al GTP) se une al aminoacil-RNAt.
El complejo EF-Tu-GTP-aminoacil-RNAt se une al sitio A
ribo s6 mico.
1m La cadena polipept1dica se transfiere al aminoacil-
RNAt
La subunidad 50S tiene actividad peptidil transferasa.
La cadena polipeptidica naciente se transfiere del peptidil-
RNAt del sitio Pal aminoacil-RNAt del sitio A.
La sintesis de enlaces peptidicos genera RNAt desacilado
en el sitio P y peptidil-RNAt en el sitio A.
r;m La translocaci6n mueve al ribosoma
La translocaci6n ribos6mica desplaza al RNAm tres bases a
lo largo del ribosoma .
La translocacion lleva al RNAt desacilado al interior del
sitio E y al peptidil-RNAt al interior del sitio P, ademas de
vaciar el sitio A.
El modelo del estado hibrido propane que la translocaci6n
ocurre en dos etapas, en las cuales la subunidad 505 se
mueve respecto de la subunidad 305, y posteriormente
Continua en Ia siguiente pagina
151
 esta se desplaza a lo largo del RNAm para restaurar la
conformacion original.
lim Los factores de elongaci6n se unen
alternativamente al ribosoma
La translocacion requiere de EF-G, cuya estructura es
semejante ala del complejo aminoacil-RNAt-EF-Tu-GTP.
La union de EF-Tu y EF-G con el ribosoma es
mutuamente excluyente.
La translocacion requiere de La hidrolisis de GTP, la
cual desencadena un cambia en la estructura del
ribosoma.
011 La s1ntesis prote1nica termina con tres
codones
Los codones UAA (acre), UAG (ambar) y UGA terminan
la sintesis proteinica.
En las bacterias se utilizan muy a menudo con
frecuencias relativas UAA>UGA>UAG.
Dill Los codones de terminaci6n son reconocidos
por facto res prote1 nicos
0 Los codones determinacion son reconocidos por
factores de liberaci6n de proteinas, no por moleculas
de aminoacil-RNAt.
0 Las estructuras de los factores de liberacion clase 1
son semejantes a las del aminoacil-RNAt-EF-Tu y del
EF-G .
o Los factores de liberacion clase 1 responden a codones
de terminacion especificos e hidrolizan La ligadura
polipeptido-RNAt.
Los factores de liberacion clase 1 son asistidos par los
factores de liberacion clase 2 que dependen del GTP.
El mecanisme es similar en las bacterias (que tienen
dos tipos de factores de liberacion clase 1) yen las
eucariotas (que tienen solo un factor de liberacion
clase 1).
El RNA ribos6mico abarca ambas subunidades
ribos6micas
Cada RNAr tiene muchos dominies distintos que se
doblan de manera independiente.
Introducci6n
Un RNAm contiene una serie de codones que in-
teractuan de tal manera con los anticodones de los
aminoacil-RNAt que la serie correspondiente
de aminoacidos es incorporada a una cadena po-
lipeptfdica. El ribosoma proporciona el ambien-
te necesario para controlar la interacci6n entre el
RNAm y el aminoacil-RNAt a! comportarse como
una pequefia fabrica migratoria que viaja a lo largo
del molde conduciendo ciclos rapidos de sfntesis de
enlaces peptfdicos. Los aminoacil-RNAt entran y
salen de Ia partfcula a una velocidad impresionante
mientras depositan aminoacidos, y ciertos factores
de elongaci6n se asocian y disocian dclicamente de
ellos. Junto con sus factores accesorios, el ribosoma
proporciona el rango completo de actividades nece-
sarias para todos los pasos de la sfntesis protefnica.
En Ia se muestran las dimensiones
relativas de los componentes del mecanisme de Ia
sfntesis protefnica. El ribosoma esta formado por
152 CAPITULO 8 Sintesis proteinica
Virtualmente todas las proteinas ribosomicas estan en
contacto con el RNAr.
La mayor parte de los contactos entre las subunidades
ribosomicas se realiza entre los RNAr 165 y 235.
B& ilos ribosomas tienen numerosos centros
:activos
Las interacciones en que esta implicado el RNAr son
clave para La funci6n del ribosoma.
El ambiente de los sitios de union al RNAt depende
ampliamente del RNAr.
aD El RNAr 165 desempeiia un papel activo en la
s1ntesis prote1nica
El RNAr 165 desempefia un papel activo en las
funciones de la subunidad 305, pues interactua
directamente con la subunidad 505 y con los
anticodones de las moleculas de RNAt localizadas en
los sitios P y A.
El RNAr 235 tiene actividad peptidil
transferasa
La actividad peptidil transferasa reside exclusivamente
en el RNAr 235.
I!E!II Las estructuras ribos6micas cambian cuando
se unen las subunidades
La cabeza de La subunidad 305 gira en torno al cuello
cuando se forman los ribosomas completes.
El sitio activo peptidil transferasa de La subunidad 50S
tiene mayor actividad en los ribosomas completes que
en las subunidades individuales 505 .
La interfase entre las subunidades 505 y 305 es muy
rica en contactos disociables.
mil Resumen
dos subunidades que tienen funciones especfficas
en Ia sfntesis de protefnas. El RNA mensajero esta
asociado con Ia subunidad pequefia, de modo que
-30 bases del RNAm estan comprometidas en un
momenta dado. El RNAm se desliza por la superfide,
cerca de la union de la subunidades. Dos moleculas
de RNAt presentan actividad en Ia sfntesis protefnica
en todo momenta, de modo que Ia elongaci6n del
polipeptido implica reacciones que suceden (aproxi-
madamente) dos de los 10 codones que abarca
el ribosoma. Los dos RNAt se insertan en sitios in-
ternos que se extienden por las subunidades. Antes
de ser reciclada, una tercera molecula de RNAt puede
permanecer en el ribosoma despues de haber sido
utilizada en Ia sfntesis protefnica .
La forma basica del ribosoma se ha conservado
durante la evoluci6n, sin embargo, hay variaciones
apreciables en el tamafio general y en las proporcio-
nes de RNA y de proteinas en los ribosomas de las
bacterias, del citoplasma eucari6tico y de los orga-
nelos. En Ia se comparan los componen-
_ ~e los ribosomas bacterianos y de los mamfferos,
_:: en ambos casos son partfculas ribonucleoprotef-
-= que contiene una mayor cantidad de RNA que
: ""':-otefnas. Las protefnas ribosomicas se conocen
~
::::. protefnas r. 0
0
Cada una de las subunidades ribosomicas con- N

::- '= un RNAr importante y cierta cantidad de

:einas pequenas. La subunidad grande tambien
_:: e tener una o mas moleculas pequenas de
_..._. En E. coli, la subunidad pequena (305) esta
__ ada por RNAr 165 y 21 protefnas r, en tanto
/
-=en la grande (50S) se encuentran el RNAr 235, RNAm de 35 bases
? "A pequefio 55 y 31 proteinas. Excepto por
' j e la cual hay cuatro copias por cada ribosoma, ~ Las comparaciones de tamaiio muestran que el
ribosoma es lo suficientemente grande coma para unirse a los
. ay una copia de cada protefna. Las moleculas RNAt y el RNAm .
.-> es de RNA constituyen la parte principal de la
_ =.del ribosoma bacteriano; su presencia es pene-
:e y, de hecho, todas o casi todas las protefnas ~w.~ . ...:......:.._
:' micas contactan al RNAr, de modo que los Ribosomas RNAr Protefnas r
-.:: mayores constituyen lo que en ocasiones se
238 = 2904 bases 31
. era como la columna vertebral de cada sub- Bacterianos (?OS) 50S
58 = 120 bases
-~d, una hebra continua cuya presencia domina masa: 2.5 MDa
:: estructura y determina las posiciones de las 66% de RNA 308 168 = 1542 bases 21
. = ~as ribosomicas.
::.os ribosomas citoplasmicos de las eucariotas 288 = 4718 bases 49
Mamfferos (80S) 60S 5.8S = 160 bases
~:-:ores son mas grandes que los de las bacterias. masa: 4.2 MDa 58 = 120 bases
_, enido total de RNA y de proteinas es mayor;
60% de RNA 40S 188 = 1874 bases 33
;::oleculas mayores de RNA son mas largas (se
:-:Unan RNAr 185 y 285) y hay mas protefnas.
: -=.J lemente Ia mayor parte de las protefnas, si Los ribosomas son partlculas ribonucleoprotelni-
.: que todas, estan presentes en cantidades es- cas que contienen mas RNA que protelnas y que se disocian en
subunidades grandes y pequeiias.
- 1metricas. El RNA sigue siendo el componente
- _:-ninante por mas a.
::_ s ribosomas de los organelos son distintos de tifican las localizaciones especificas de componentes
-=- citosol y asumen diversas formas, de mane- implicados en funciones particulares.
-= en algunos casos son casi del tamano de los
::=-:anos y tienen 70% de RNA rnientras que en
. olo son de 60S y tienen <30% de RNA. ID La s1ntesis proteinica ocurre
~ - ribosoma posee numerosos centros activos, por iniciaci6n, elongaci6n
..:::10 de los cuales esta constituido por un grupo
: ~:efnas relacionadas con una region de RNAr
y terminaci6n
_::nico. Los centros activos requieren de la par- Conceptos principales
: -2on directa del RNAr en una funcion estruc- El ribosoma tiene tres sitios de union al RNAt.
incluso catalftica. Para algunas funciones ca-
Un aminoacil-RNAt entra al sitio A.
-= se requiere de protefnas individuales, pero
El peptidil-RNAt esta unido al sitio P.
: _,a de las actividades puede ser reproducida
El RNAt desacilado sale a traves del sitio E.
: ~ tefnas aisladas o por grupos de protefnas;
Al transferir el polipeptido del peptidil-RNAt del sitio P
- :-tan solo en el contexto del ribosoma.
al aminoacil-RNAt del sitio A, se agrega un aminoacido
.:::-. el analisis del ribosoma son importantes dos
a La cadena polipeptidica.
_e informacion. Las mutaciones implican a
___as ribosomicas especificas o a bases del RNAr
-.:.:ciones especificas. En el analisis estructural, Un aminoacido es transportado al ribosoma por un
ja Ia modificacion directa de los componentes aminoacil-RNAt, y Ia adici6n a Ia cadena protefnica
-.: soma y las comparaciones para identificar creciente se debe a una interaccion con el RNAt
:-::.crerfsticas conservadas en el RNAr, se iden- que transport6 a! aminoacido previo. Cada uno de

8.2 La slntesis protelnica ocurre par iniciaci6n, elongaci6n y terminaci6n 153

 estos RNAt yace en un sitio distinto del ribosoma.
En Ia se muestra que los dos sitios tienen
Codon "n" Codon "n + 1" caracteristicas distintas:
El sitio P sujeta
Un aminoacil-RNAt se une a! sitio A, per
al peptidii-RNAt
antes de que entre, el sitio expone el codon
~
que representa al siguiente aminoacido que
Movimiento del
ribosoma se agregara a Ia cadena.
El codon que representa al aminoacido ma5
3'
5' recientemente agregado a Ia cadena poli
peptidica naciente esta en el sitio P, el cuai
1 Antes de Ia formacion del enlace peptidico, el
peptidii-RNAt ocupa el sitio P; el aminoacii-RNAt es ocupado por el peptidil-RNAt, RNA1
ocupa el sitio A Aminoacido para el que porta Ia cadena polipeptfdica naciente.
1 En Ia se muestra que el extrema de ~
Cadena nac1ente 1 1 on n +
RNAt que !leva un aminoacido se localiza en la sub-
~ ~ unidad grande, mientras que el anticodon ubicado
en el otro extrema interactua con el RNAm unido
' ~ a Ia subunidad pequena, de modo que los sitios P y
A abarcan las dos subunidades ribosomicas.
Para que un ribosom a sintetice un enlace peptf-
dico, debe encontrarse en el estado que se muestra
en el paso l de Ia Figura 8.3, cuando el peptidil-
RNAt se encuentra en el sitio P y el aminoacil-RNA!
en el A. La formacion del enlace peptidico ocurre
cuando el polipeptido transportado por el peptidil-
RNAt es transferido al aminoacido transportado por
3 La translocacion mueve al ribosoma un codon; el aminoacil-RNAt, reacci6n catalizada por Ia sub-
coloca al peptidii-RNAt en el sitio P; el RNA! unidad grande del ribosoma.
desacilado sale por el sitio E; el sitio A es desocupado
La transferencia del polipeptido genera el ribo-
para el proximo aa-RNAt
soma que se muestra en el paso 2, en el cual el
RNAt desacilado, que carece de aminoacido, seen-
cuentra en el sitio P, mientras que en el sitio A se
ha creado un peptidil-RNAt nuevo mas largo debido
a que tiene un aminoacido mas que el peptidil-RNAt
que estaba en el sitio P en el paso l.
Ahora, el ribosoma desplaza un triplete a lo
largo del mensaj ero, etapa denominada translo-
cacion. El movimiento transfiere al RNAt desad-
El ribosoma tiene dos sitios para unirse al RNAt
cargado.
lado fuera del sitio P y desplaza al peptidil-RNAt al
interior de este (vease el paso 3 de Ia figura). El si-
guiente codon que debe ser traducido se encuentra
ahora en el sitio A, listo para que entre un nuevo
aminoacil-RNAt, repitiendose asf el ciclo. En Ia r.
se resume Ia interacci6n entre los RNAt y
el ribosoma.
Los extremos aminoacilo
del RNAt interac!Uan con El RNAt desacilado abandona al ribosoma a tra-
Ia subunidad ves de otro sitio de union de RNAt, el sitio E, ocu-
ribosomica grande pado transitoriamente por el RNAt despues de que
sale del sitio P y antes de ser liberado del ribosoma
hacia el citosol. Asi pues, el RNAt entra al sitio A.
pasa por el sitio P y sale por el sitio E (vease tam-
Los anticodones estan unidos
a tripletes adyacentes del bien Ia Fig. 8.28, seccion 8.12). En Ia se
RNAm en Ia subunidad compara el movimiento del RNAt y del RNAm, que
pequeiia del ribosoma puede considerarse como una especie de engranaje
Los sitios P y A posicionan a los RNAt que inter- en el cualla reacci6n es conducida porIa interaccion
actuan a traves de ambas subunidades ribos6micas. entre codon y anticodon.

154 CAPiTULO 8 Sintesis proteinica

 El aminoacii-RNAt El polipeptido es transferido La translocaci6n mueve al
entra al sitio A al aminoacii-RNAt peptidii-RNAt al sitio P

El aminoacil-RNAt entra al sitio A, recibe a la cadena polipeptldica del peptidil-

RNAt yes transferido al sitio P para el siguiente ciclo de elongaci6n.

RNA! lniciaci6n La subunidad 508 se une a Ia 308 por

media del sitio de union al RNAm y se agrega el

~t
aminoacii-RNAt

\ ~~

E .~:~:?
Sitio P
Elongaci6n El ribosoma se desplaza a lo largo del
qNAm ....._
RNAm, ampliando Ia protefna por transferencia del
peptidii-RNAt al aminoacii-RNAt

6 El RNAt y el RNAm se mueven a traves del ribo-

- =;?n la misma direcci6n.

=._a sfntesis protefnica se divide en tres etapas,

-..:adas en Ia
1 La iniciaci6n implica las reacciones que pre-
ceden a Ia formaci6n del enlace peptfdico Terminaci6n La cadena polipeptfdica es liberada del
entre los primeros dos aminoacidos de Ia RNA! y el ribosoma se disocia del RNAm
protefna, proceso que exige que el ribosoma
se una a! RNAm para formar un complejo de
iniciaci6n que contiene al primer aminoacil-
RNAt. Este paso es relativamente Iento en Ia
sfntesis protefnica y usualmente determina
la velocidad a Ia cual se traduce un RNAm.
1
La elongaci6n incluye todas las reacciones
que tienen Iugar desde Ia sfntesis del primer
enlace peptfdico hasta Ia adici6n del ultimo La s\ntesis prote\nica se divide en tres etapas.
amino<kido. Los aminoacidos se agregan a
la cadena uno a uno; la adici6n de un ami-
no<kido es el paso mas rapido en la sfntesis Durante la iniciaci6n, la subunidad ribos6mi-
protefnica. ca pequefi.a se une al RNAm y posteriormente a Ia
La terminaci6n comprende los pasos nece- subunidad 50S. Durante Ia elongaci6n, el RNAm se
sarios para liberar a la cadena polipeptfdica desplaza a Jo largo del ribosoma y se traduce en tri-
completa; a! mismo tiempo, el ribosoma se pletes. (Aunque en general se hace referenda a que
disocia del RNAm. el ribosoma se desplaza a lo largo del RNAm, es mas
::= cada etapa, el ribosoma es asistido por djfe- realista pensar que el Rt\fAm es jalado a traves del
- conjuntos de factores accesorios; Ia energfa ribosoma .) En la terminaci6n, la proteinase Iibera,
:- e de la hidr6lisis del trifosfato de guanosina el RNAm se separa y las subunidades ribos6rnicas se
---; :-1wnine triphosphate). disocian para poder ser utilizadas nuevamente.

8.2 La s\ntesis prote\nica ocurre por iniciaci6n, elongaci6n y terminaci6n 155


Ill La precision de La sintesis
proteinica es controlada
por mecanis mos especiales
Concepto principal
La precision de La s1ntesis prote1nica es controlada por
mecanismos espedficos en cada etapa.
Se sabe que, en general, la sintesis de las protefnas
es exacta por la coherencia con se deterrnina Ia se-
cuencia de una protefna, y aunque son pocas las
mediciones detalladas de la tasa de error in vivo, sue-
le pensarse que el rango de error oscila entre 10 4 y
10 5 arninoacidos incorporados. Considerando que la
mayor parte de las proteinas se produce en grandes
cantidades, la tasa de error es muy baja como para
incidir en el fenotipo de la celula.
No es inmediatamente obvio como se logra di-
cha tasa de error tan baja, y de hecho, la naturale za
de los eventos discriminatorios es un tema 0oeneral
planteado en varias de las etapas de Ia expresion
genica. ,:, Como reconocen las sintetasas jus to a los
RNAt y a los aminoacidos correspondientes? LComo
reconoce un ribosoma los RNAt y los aminoacidos
correspondientes? LComo detecta un ribosoma al
Tasa de error
RNAt que corresponde al codon del sitio A? ,;,Come
identifican las enzimas que sintetizan DNA o RN.~.
solo ala base complementaria del molde? Cada case'
plantea un problema similar: como distinguir a u:-:
miembro especffico en un conjunto en el que tod o~
los integrantes tienen las mismas caracterfsticas g .
nerales .
Es probable que uno de los miembros empiect
por contactar el centro activo mediante un procesc
de impactos aleatorios, pero despues, los miembro'
erroneos son rechazados y solo se acepta el apropia-
do, que siempre forma parte de una minorfa (unc
de 20 arnino<kidos, uno de -40 RNAt, una de cuatrc
bases) , de modo que los criterios de discriminaci61:
deben ser estrictos. El punto es que la enzima deb t
tener algun meca nismo que perfeccione el proce-
so de discriminacion respecto del nivel que podrf.::
lograrse hacienda contacto solo con las superficie'
disponibles en los sustratos.
En la se resumen las tasas de erro~
en cada paso que pueden afectar la precision de 1.::
sfntesis protefnica.
Los errores de transcripcion del RNAm son pocc
frecuentes, quiza de <l0- 6 . Es importante controla~
esta etapa porque una sola molecula de RNAm se
traduce en muchas copias de protefna, y noes mu-
cho lo que se sabe respecto de estos mecanismos.
El ribosoma puede cometer dos tipos de erro -
res en la sfntesis protefnica: provocar un cambio en
el marco de lectura al omitir una base cuando lee e:
RNAm (o en la direccion opuesta alleer una base
dos veces, una como la ultima base de un codon \
nuevamente como la primera base del siguiente).
errores raros cuya incidencia es de -1 o-5 , o bien
permitir qu e un aminoacil-RNAt incorrecto se apa-

/VVV\..
l Base I
ree (erroneamente) con un codon, provocando la
incorporacion de un aminoacido incorrecto, que ra;
equivocada vez sea el error mas comun en la sfntesis protefnica.
Cambia del
con una incidencia de -5 x 10-4 y que es controlado
I
A marco de lectura por la estructura del ribosoma y por la velocidaci
(vease Ia seccion 9 .15, El ribosoma influye la preci-
Aminoacii-RNAt I sion de la traduccion).
'1\. equivocado
Una RNAt sintetasa puede provocar dos tipos
t de errores: colocar un aminoacido equivocado en su

Rf"W.{I;t
sintetasa l
ftli@i.lilorH!C-H
~co
NH 2
Aminoacido
equivocado

RNA!
equivocado
I
1
-
o-6 1 o-5 1 o-4
RNAt o cargar a su aminoacido en el RNAt incorrec-
to. La incorporacion de un aminoacido err6neo es
mas comun, probablemente porque el RNAt ofrece
una superficie mas extensa con la cual la enzima
puede hacer muchos mas contactos para garantizar
la especificidad. Las aminoacil-RNAt sintetasas tie-
nen mecanismos especfficos para corregir errores
antes de que sea liberado un RNAt cargado equi-
vocadamente (vease Ia seccion 9.11, Las sintetasas
rtJ Los errores se presentan a tasas que oscilan entre utilizan mecanismos de correccion para mejorar la
106 y 5 x 104 en etapas diferentes de La s1ntesis prote1nica. precision).

156 CAPITULO 8 S1ntesis prote1nica


La iniciaci6n en las bacterias
requiere de subunidades 305
y de factores accesorios
I :Jnceptos principales
La iniciaci6n de la sintesis proteinica requiere de
subunidades ribos6micas 305 y 505 separadas.
Tambien se necesitan factores de iniciaci6n (IF-1, -2 y
-3) que se unen a las subunidades 305.
Este comportamiento clistingue a los factores de ini-
ciacion de las proteinas estructurales del ribosoma.
Los factores de iniciacion participan unicamente en
la formacion del complejo de iniciacion, no forman
parte de los ribosomas 70S y no desempefian ningu-
na funcion en las etapas de elongacion. En la
se resumen las etapas de la iniciacion.

........
Para formar un complejo de iniciaci6n, una subunidad iniciaci6n
~
305 que porta los factores de iniciaci6n se une a un
sitio de iniciaci6n del RNAm .
:Ol IF-3 debe ser liberado para permitir que las
subunidades 505 se unan a los complejos 305-RNAm. 8ubunidades
J _.....
.,_
8ubunidades
separadas
..........
Banco de :
.
308 con ribosomas
: factores de libres '
- - ribosomas bacterianos implicados en el alarga-
::nto de una cadena polipeptfdica existen como
: :-:'culas 70S que en Ia terminacion son liberadas
:. RNArn como ribosomas libres. En las bacterias
I;,;,II-~-,-
: .:-ultivo, la mayor parte de los ribosomas sinte-
~n protefnas; el banco libre tiende a contener . ......
<~% de los ribosomas .
Los ribosomas que se encuentran en el banco lniciaci6n Elongaci6n Terminaci6n
; ~e pueden disociarse en subunidades indepen-
La iniciaci6n requiere de subunidades ribos6micas
:-_.res, es decir, que los ribosomas 70S estan en libres. Cuando los ribosomas son liberados en la terminaci6n,
. _- 'brio dinamico respecto de las subunidades 50S la subunidad 305 se une a factores de iniciaci6n y se disocia
- }S. La iniciaci6n de la sfntesis proteinica no es una para generar subunidades libres. Cuando las subunidades se
--= 'n de los ribosomas intactos, la asumen las subuni- reasocian para formar un ribosoma funcional en la iniciaci6n,
-:s independientes, las cuales se reasocian durante liberan a los fa ctores.
:::accion de la iniciacion. En Ia se resu-
: el ciclo de las subunidades ribosomicas durante
: _:.resis proteinica de las bacterias.
1 La subunidad 308 se une al RNAm
::..a iniciacion tiene Iugar en una secuencia es-
' ::a! localizada en el RNAm denominada sitio
= i.llli6n con el ribosoma, que es una secuencia
-: ~ de bases que precede a la region codificadora
:.:.!e Ia Fig. 8.1). Las subunidades grande y peque-
-:: asocian en el sitio de union con el ribosoma, 2 EIIF-2 acarrea al RNA! al sitio P
~ :ormar un ribosoma intacto, mediante una re- 1F-2

en dos pasos:
o El reconocimiento del RNArn ocurre cuando
se une una subunidad pequefia para formar
un complejo de iniciaci6n en el sitio de
union con el ribosoma.
o Una subunidad grande se une al complejo 3 Los IF son liberados y se adhiere Ia unidad 508
para formar un ribosoma completo .
.-_u nque !a subunidad 30S esta involucrada en
.::iacion, no es susceptible de asumir por sf mis-
' - reacciones que unen el RNArn con el RNAt,
_o cual se necesitan protefnas adicionales de-
. adas factores de iniciaci6n (IF, initiation
), los cuales se encuentran solo en las sub-
Los factores de iniciaci6n estabilizan a las sub-
'.:ies 30S y se liberan cuando estas se asocian con unidades 305 libres y unen al RNAt iniciador con el complejo
_ unidades 50S para formar los ribosomas 70S . 305-RNAm.

8.4 La iniciaci6n en las bacterias requiere de subunidades 305 y de facto res accesorios 15 7

8ubunidades Banco de
lib res ribosomas 708
Equilibria
__....
dinamico
...,__
La subunidad 308 con el IF-3 puede
! unirse al RNAm, a diferencia de Ia
subunidad 508
EIIF-3 debe ser liberado antes de que
Q ~
1 Ia subunidad 508 pueda unirse
La iniciaci6n requiere de subunidades 30$ que
portan IF-3.
Las bacterias utilizan tres factores de iniciacion,
denominados IF-1, IF-2 e IF-3, que el RNAm y el
RNAt necesitan para entrar al complejo de inicia-
ci6n:
El IF- 3 permite que las subunidades 30S se
unan especfficamente a los sitios de inicia-
cion del RNAm.
El IF-2 se une a un RNAt iniciador especial
y controla su entrada al ribosoma.
El IF-l se une a las subunidades 30S solo
como parte del complejo de iniciacion com-
pleto. Se une al sitio A y evita que entre el
aminoacil-RNAt. Su localizacion tambien
puede impedir que Ia subunidad 30S se una
ala subunidad 50S.
El IF- 3 tiene multiples funciones; primeramente
es necesario para estabilizar a las subunidades 30S (li-
bres); despues las habilita para que se unan al RNAm
y, como parte del complejo 30S-RNAm, inspecciona
la exactitud del reconocimiento del primer aminoacil-
RNAt (vease la seccion 8.6, El uso del fMet-RNAtr es
controlado por el IF-2 y por el ribosoma).
La primera funcion del IF- 3 es controlar el equi-
libria entre los estados ribosomicos, como se mues-
tra en Ia . Este factor de iniciacion se une
a las subunidades 30S libres que son liberadas del
banco de ribosomas 70S; su presencia evita que la
subunidad 30S vuelva a asociarse con la subunidad
50S. La reacci6n entre el IF- 3 y la subunidad 30S
es estequiometrica: una molecula de IF-3 se une a
cada subunidad. La cantidad de IF- 3 es relativamen-
te escasa, por lo tanto, su disponibilidad determina
el numero de subunidades 30S libres.
158 CAPITULO 8 S\ntesis proteinica
El IF- 3 se une a la superficie de Ia subunida -
30S cerca del sitio A. Hay una superposicion signj-
ficativa entre las bases del RNAr l6S protegido po-
e! IF- 3 y las protegidas por la union de Ia subun
dad 50S, lo cual sugiere que evita ffsicamente I;:
union de las subunidades, de modo que el IF- 3 s:
comporta como un factor anti-asociativo que hac7
que una subunidad 30S permanezca en el banco d:
subunidades libres.
La segunda funcion del IF- 3 es controlar la capa-
cidad de las subunidades 30S para unirse al RNAn:
Las subunidades pequefias de ben tener IF- 3 pa_ . o
formar complejos de iniciacion con el RNAm, facto:
que debe ser liberado del complejo 30S-RNAm par:
permitir que se una Ia subunidad 50S; una vez l: -
berado, inmediatamente se recicla al encontrar orr:
subunidad 30S.
El IF-2 tiene una actividad GTPasa dependien::
de ribosomas, pues tomenta la hidrolisis de GTP e-
presencia de ribosomas, liberando Ia energfa a]m -
cenada en el enlace de alta energfa . El GTP es hidro-
lizado cuando se une la subunidad 50S para genera:
un ribosoma completo. La division del GTP podL
estar implicada en el cambia de conformaci6n de
ribosoma, de modo que las subunidades unidas sea-
transformadas en un ribosoma 70S activo.
Ill Un RNAt iniciador especial
empieza la cadena
poli pepti di ca
Conceptos pri nci pales
La s\ntesis proteinica empieza con una metionina
usualmente codificada por el triplete AUG.
Los diferentes RNAt de metionina estan implicados en
La iniciaci6n y La elongaci6n.
El RNAt iniciador tiene caracteristicas estructurales
(micas que lo distinguen del resto de los RNAt.
El grupo NH, de la metionina unida al RNAt iniciador
bacteriano esta formilado.
La sfntesis de todas las proteinas empieza con el n
mo aminoacido, Ia metionina. La sefial para inic:"-
una cadena polipeptfdica es un codon de iniciaci :
especial que marca el principia del marco de lectm,::
dicho codon de iniciacion suele ser el triplete AC ~
aunque en las bacterias tambien se utilizan los c -
dones GUG o UUG.
El codon AUG representa a Ia metionina, an-_-
noacido que puede ser transportado por dos tip .
de RNAt, uno utilizado para la iniciacion y el oc-
para el reconocimiento de los codones AUG dur~
la elongaci6n.
 En las bacterias y los organelos eucarioticos, el
~ At iniciador transporta una metionina formilada
: ::J. su grupo amino y poder formar una molecu - 0 Grupo amino bloqueado ...._______
~ de N-formil-metionil-RNAt, conocido como ~& Cf-t. ""'H
c~ aScii. 1
_ NAttt. El nombre del aminoacil-RNAt general- <"C~ H <:01-f. H ~C= O
"''c_....NH2 <:,c/~
ente se abrevia como fMet-RNAt 1
I I
El RNAt iniciador adquiere a su aminoacido

yo yo
C=O C=O
I I
~o dificado en una reaccion de dos etapas, primero
:: carga con el aminoacido para generar Met-RNAt1
posteriormente, Ia reaccion de formilacion ilus-
-ada en la , 2 bloquea al grupo NH2 libre. Mot-RNAt,nmmil-mot-RNAt,
-_:.mque el grupo aminoacido bloqueado evitara que
~ . iniciador participe en la elongacion de la cade- 1O-form1l tetrahidrofolato
tetrahidrofolato
- -. no interfiere con Ia capacidad para iniciar una
- -otefna. .l. El N-formil-metioni l-RNAt (fMet-RNAt1) iniciador
Este RNAt se utiliza solo para la iniciacion, re- es generado par la formilaci6n del metionil-RNAt utilizando al
~ noce a los codones AUG o GUG (en ocasiones, al formil-tetrahidrofolato como cofactor.
.-JG) . Dicho reconocimiento no es tan bueno en
_ bos casos, la extension de la iniciacion djsminuye
- roximadamente ala mitad cuando el codon AUG
Aminoacido
remplazado por el GUG y nuevamente a Ia mitad formilado
Formilo
I
:::..ando se utiliza el codon UUG. Met
I
La especie responsable del reconocimiento de A
: codones AUG en Jocalizaciones in ternas es el c
c
? ~'lAtmMet, el cual responde unicamente a los co- A
Sin apareamiento C A Necesario
- nes AUG internos. <3 c para Ia
de bases
(.Que caracteristicas distinguen al fMet-RNAt 1 C G fonmilaci6n
G C
ciador del Met-RNAtm utilizado en la elongacion? G C . U
_gunos rasgos caracteristicos de la secuencia del SG - C 9G~9 1P
_ At son importantes, como se resume en la c ]1. G
CGAG
GJ UCG

, pues son necesarias para evitar que el iniciador

0
~~ua uGl
:3 utilizado en la elongacion, mientras que otras G) DA Y. . A G
7:-miten su funcionamiento en la iruciacion: C; G
G C Necesarios
La forrnilacion no es estrictamente necesaria 3 pares de G C
para entrar
bases G-C G C
porque el Met-RNAt1 no formilado puede C A al sitio P
funcionar como iniciador, pero incrementa U A
C A U
la eficiencia con la cual es utilizado porque
es una de las caracteristicas reconocidas por El fMet-RNAt1 tiene caracteristicas unicas que lo
el IF-2 que se une al RNAt iniciador. distinguen como RNAt iniciador.
Las bases que se enfrentan una a otra en Ia
ultima posicion del tallo, a las cuales se En las bacterias y en las mitocondrias, el resi -
conecta el aminoacido, estan apareadas dua formilo localizado en la metionina iniciadora es
en todos los RNAt, excepto en el RNAt1Met . eliminado por una enzima desformilasa espedfica
Las mutaciones que crean un par de bases para generar un grupo NH 2 terminal normal. Si la
en esta posicion del RNAtte' le permiten metionina resulta ser el aminoacido terminal N de
actuar en Ia elongacion, de modo que su Ia protefna, este paso sera el unico necesario. Mas o
ausencia es importante para evitar que el menos en Ia rrutad de las proteinas, la metionina lo-
RNAt 1Met sea u tilizado en la elongacion; calizada en el extrema es eliminada por una amino -
tambien es necesario para la reaccion de la peptidasa, la cual crea una terminacion nueva de R2
formilacion . (originalmente el segundo arrunoacido in corpora do
En el RNAt/VIet hay una serie exclusiva de en Ia cadena). Cuando ambos pasos son necesarios,
tres pares G-C en el tallo que precede allazo son secuenciales. Las reacciones de eliminacion son
que contiene al anticodon, los cuales son bastante rapidas, probablemente cuando la cadena
necesarios para permitir que el fMet-RNAt 1 polipeptfdica naciente ha alcanzado una longitud
se inserte directamente en el sitio P. de 15 aminoacidos.

8.5 Un RNAt iniciador especial empieza la cadena polipeptldica 159

 Bl El uso del fMet-RNAtf En un complejo de iniciacion, solo Ia subunidac
pequefia esta unida a! RNA y el codon de iniciaci6c
es controlado por el IF-2 se encue ntra en la parte del sitio P que porta l<t
y por el ribosoma subunidad pequefia. El unico aminoacil-RNAt qu
puede formar parte del complejo de iniciacion es e
Concepto principal iniciador, el cual tiene Ia propiedad unica de pode
El IF-2 se une al fMet-RNAt1 iniciador y le permite entrar directamente al sitio P parcial para reconoce-
entrar al sitio P parcial de La subunidad 305. a su codon.
Cuando la subunidad grande se une a! comple-
jo, los sitios parciales de union al RNAt se convier
El significado de los codones AUG y GUG depende
ten en los sitios intactos PyA. El fMet-RNAt 1 ocup.;
de su contexto. Cuando AUG se utiliza para la ini-
el sitio P y el sitio A esta disponible para Ia entrad.:
ciacion, se lee como formil-metionina , pero en Ia
del aminoacil-RNAt complementario del segundc
region codificadora representa a Ia metionina. Por
otra parte, el significado del codon GUG depende codon del gen. El primer enlace peptfdico se forme.
aun mas de su localizacion, de modo que cuando se en tre el RNAt iniciador y el siguiente aminoacil
presenta como primer codon, mediante la reaccion RNAt.
de iniciacion se lee como formil -metionina, pero si La iniciacion prevalece si un codon AUG (
esta dentro de un gen, es lefdo por el Val-RNAt, uno GUG) esta dentro de un sitio de union con el rib o
de los miembros regulares del conjunto del RNAt, soma porque solo el RNAt iniciador puede entra:
para proporcionar valina conforme lo exija el codigo al sitio P parcial generado cuando la subunidad 30_
genetico. se une de novo a! RNAm. Subsecuentemente pre
(_Como se interpreta el contexto de los codones domina Ia lectura interna, cuando los codones sot
AUG y GUG? En Ia se ilustra el papel de- hallados por un ribosoma que sigue traduciendo ur
cisivo del ribosoma cuando actua en conjunto con RNAm, ya que solo los aminoacil-RNAt normal .
los factores accesorios. pueden entrar a! sitio A (completo).
Los factores accesorios son muy importante.
para controlar el uso de los aminoacil-RNAt, todos sc
relacionan con el ribosoma por Ia union a un facto~
accesorio. El factor utilizado en Ia iniciaci6n es IF-~
(vease Ia secci6n 8.4, La iniciaci6n en las bacteria-,
requiere de subunidades 30S y de factores acces -
IF-2 Solo el fMet-RNAt1 entra al rios) y el factor correspondiente para Ia elongaci6r
sitio P parcial de Ia subunidad
fMet~ es EF-Tu (vease Ia seccion 8.1 0, El factor de elonga.
' O S unida al RNAm
cion Tu carga al aminoacil-RNAt en el sitio A).
v El IF-2 coloca al RNAt iniciador en el sitio P,
fMet
al formar un complejo especfficamente con el fMe ;.
RNAtv asegura que solo el RNAt iniciador, y nil>
guno de los aminoacil-RNAt normales, participe er...
Ia reaccion de iniciaci6n. Por el contrario, el EF-Tu
que coloca los aminoacil-RNAt en el sitio A, no pue-
den unirse al fMet-RNAt1, cuyo uso, por lo tanto, e-
S61o aa-RNAt entra
al sitio A en el excluido de la elongacion.
ribosoma 70S..,.--- EF-Tu El IF- 3 se encarga de realizar una verificaci6r
complete ~ aa adicional de Ia exactitud, por Ia cual se estabiliza ~
. . .. 1
union del RNAt iniciador merced ala detecci6n d
apareamiento correcto de bases con Ia segunda y L
tercera base del codon de iniciacion AUG.
En Ia se detalla Ia serie de eventC'.
por media de los cuales el IF-2 coloca a! fMet-RNA
iniciador en el sitio P. El IF-2, unido al GTP se re
laciona con el sitio P de Ia sub unidad 30S. En es -~
punto, dicha subunidad porta a todos los factore-.
. 56lo el fMet-RNAt 1 puede ser utilizado par la s de iniciacion . El fMet-RNAt 1 se un e a! IF-2 en ::
subumdades 305 para la iniciaci6n; los otros aminoacil-RNAt
(aa-RNAt) deben ser utilizados para La elongaci6n par los ri - subunidad 30S y posteriormente el IF-2 transfier:
bosomas 705. el RNAt a! sitio parcial P.

160 CAPITULO 8 5intesis proteinica

 IF-3 IF-1
Complejo 308-RNAm Union del ribosoma
~ con el sitio de
iniciacion del
~ AU('
RNAm

Adici6n de nucleasa
EII F2-GTP se une IF-2 GTP
para digerir todo el
al complejo
"V
fllll../ ~- AC: RNAm no protegido

Fragmento aislado
del RNAm

Se une el RNA! iniciador l

fMet prolegido

Determinacion
de Ia secuencia
AACAGGAGGAUUACCCCAUG UCGAAGCAA. .. del RNAm
, - - - - - -- - - - . . . -- -- - - --. protegido
Se une Ia subunidad 50S I Lider I
Region codificadora I
. los IF1, 2 y 3 son liberados
!Met
Shine-Dalgarno AUG Todaslas

t1V. )? <1 0 bases en flujo

ascendente desde
el AUG
en el centro
del fragmento
protegido
regiones de
iniciaci6n tienen
dos elementos
IF-1 IF-2 IF-3 GDP P; '\..; de consenso

Los sitios de union con el ribosoma del RNAm

~ El IF-2 es necesario para unir al fMet-RNAt1 con pueden ser recuperados de los complejos de iniciaci6n; inclu-
~ - -plejo 305-RNAm. Despues de la union de la subunidad yen la secuencia de flujo ascendente Shine-Dalgarno y el codon
_: - dos los IF son liberados y el GTP es dividido. de iniciaci6n.

Las secuencias de iniciacion protegidas por los

La iniciaci6n implica
el apareamiento de bases
entre el RNAm y el RNAr
' :..:-.:ep:os pri ncipales
_- sitio de iniciaci6n del RNAm bacteria no esta
=: -mado por el codon de iniciaci6n AUG precedido de
_- espacio de -10 bases que contiene el hexamero de
:: .ipurina Shine-Dalgarno.
~ ~NAr de la subunidad ribos6mica 305 bacteriana
:-" e una secuencia complementaria que se aparea con
.: ;ecuencia Shine-Dalgarno durante la iniciacion.
contiene numerosos tripletes AUG,
se reconoce al codon de iniciacion como
-:-cdor del punto de inicio de la traduccion?
::ios del RNAm en los cuales se inicia la sfnte-
~mefnica pueden ser identificados por la union
-: osoma y el RNAm en condiciones en que se
. _ea la elongacion. Posteriormente, el riboso -
--:.-rmanece en el sitio de iniciacion. Cuando se
: .;:a la ribonucleasa al complejo de iniciacion
. -"eado, todas las regiones del RNAm ajenas al
rna son degradadas, pero las que estan unidas
~stan protegidas, como se ilustra en la
.:..os fragmeotos protegidos pueden ser recupe-
- ~ caracterizados.
ribosomas bacterianos tienen una longitud de -30
bases. Los sitios de union a! ribosoma de distintos
RNAm bacterianos muestran dos caracterfsticas co-
munes:
I El codon de iniciacion AUG (o, con menos
frecuencia , los codones GUG y UUG) siem-
pre forma parte de la secuencia protegida.
En un espacio de diez bases de flujo ascen-
dente a partir del AUG hay una secuencia
que corresponde total o parcialmente al
hexamero .
5' . .. A G GAG G ... 3'
A este fragmento de polipurina se le conoce como
secuencia Shine-D algarn o, yes complementaria de
una secuenda muy conservada que se localiza cerca
del extremo 3' del RNAr l6S . (La extension de la
complementariedad es diferente entre las rnolt~culas
de RNA.m y puede extenderse desde una secuencia
fundamental formada por cuatro bases GAGG, a una
secuencia de nueve bases que se extiende mas alla
del hexamero.) Escrito de forma inversa, la secuencia
del RNA.r es el hexamero:
3' . . . u c c u c c . .. 5'
c.Se aparea la secuencia Shine-Dalgarno con
su cornplem ento del RNAr durante la union ribo-
soma-RNAm? Las m utaciones de ambas partes de
esta reaccion demuestran su importancia en la ini-

8.7 La iniciacion implica el apareamiento de bases entre el RNAm y el RNAr 161

 ciacion. Las mutaciones puntuales de la secuencia
Shine- Dalgarno pueden impedir la traduccion de
un RNAm. Ademas, la introduccion de mutaciones
en la secuencia complementaria del RNAr es per-
judicial para la celula y cambia el patron de sfntesis
protefnica. La confirmacion decisiva de la reaccion
de apareamiento de bases es que una mutacion en
la secuencia Shine-Dalgarno de un RNAm puede
ser suprimida por una mutacion compensadora en
el RNAr que restaure el apareamiento de bases.
La secuencia que se encuentra en el extremo 3'
del RNAr se conserva entre procariotas y eucario-
tas, con Ia diferencia de que en todas las eucario-
tas tiene Iugar Ia delecion de la secuencia de cinco
bases CCUCC que es el complemento principal de
Ia secuencia Shine-Dalgarno. No parece haber apa-
reamiento de bases entre el RNAm y el RNAr 18S
eucarioticos. Esta es una diferencia significativa en
el mecanismo de iniciacion.
En las bacterias, una subunidad 30S se une
directamente con el sitio de union del ribosoma,
de modo que el complejo de iniciacion se forma
en una secuencia que rodea a! codon de iniciacion
AUG. Cuando el RNAm es policistronico, cada re-
gion codificadora empieza con un sitio de union
con el ribosoma.
Las caracterfsticas de la expresion genica bac-
teriana significan que Ia traduccion de un RNAm
bacteriano procede secuencialmente a traves de sus
cistrones. Cuando los ribosomas se adhieren ala pri-
mera region codificadora, las subsiguientes no han
sido transcritas todavfa. Cuando el segundo sitio ri-
bosomico esta disponible, la traduccion a traves del
primer cistron ya esta bastante avanzada.
Lo que sucede entre las regiones codificadoras
depende del RNAm individual. En Ia mayor parte
de los casos, quiza los ribosomas se unen de mane-
ra independiente a! inicio de cada cistron. La serie
de eventos mas comun se ilustra en la J
lniciaci6n Terminaci6n lniciaci6n
I I
I encuentran a sus sitios de union en el RNAm par:
~ ~~
t ....
t des. (En las procariotas, las subunidades pequenas <::
Primera region codificadora Segunda region codificadora
r I La iniciaci6n ocurre de manera independiente
en cada cistr6n de un RNAm policistr6nico. Cuando la region
intercistr6nica es mas larga que la extension del ribosoma,
la disociacion en el sitio de terminacion es seguida por otra
reiniciacion independiente en el siguiente cistron.
162 CAPITULO 8 51ntesis proteinica
Cuando termina la sfntesis de la primera protefna
los ribosomas abandonan el RNAm y se disocian er:
subunidades, y a continuacion, debe ensamblarse
un ribosoma nuevo en la siguiente region codifica-
dora para empezar a traducir el siguiente cistron.
En algunas moleculas de RNAm bacteriano, lc
traduccion entre cistrones adyacentes se vincula di
rectamente porque los ribosomas logran el acceso iL
codon de iniciacion del segundo cistron conforme
terminan la traduccion del primer cistron, efect<'
que implica que el espacio entre las dos regione ~
codificadoras sea pequefto, lo cual dependeria de lc.
alta densidad local de los ribosomas, o bien, la yu x
taposicion de los sitios de terminacion e iniciaci6r
podria permitir la omision de algunos de los evento.
intercistronicos usuales. Un ribosoma abarca ffsica
mente -30 bases del RNAm, de manera que puedt
contactar simultaneamente a un codon de termina
cion y al siguiente sitio de iniciacion si los separa:-
solo unas cuantas bases.
Ill Las subunidades pequenas
bus can sitios de i niciaci6n
en el RNAm eucari6tico
Conceptos principales
Las subunidades ribosomicas 405 se unen al extreme
5' del RNAm y exploran al RNAm hasta que llegan a un
sitio de iniciacion.
Un sitio de iniciacion eucariotico esta formado par una
secuencia de 10 nucleotidos que incluye un codon AUG.
Las subunidades ribosomicas 605 se unen al complejo
en el sitio de iniciacion.
La iniciacion de la sfntesis proteinica en el citopla<:
rna eucariotico es similar al proceso observado e::.
las bacterias, sin embargo, difiere el orden de 1
eventos y el numero de factores accesorios es mayo~
En Ia iniciacion, algunas de las diferencias estan rt-
lacionadas con una diferencia en la manera en qu ~
las subunidades 30S bacterianas y 40S eucariotic<O_
iniciar la sintesis protefnica. En las eucariotas, lc....
subunidades pequenas primero reconocen el extre
mo 5' del RNAm y posteriormente se trasladan a! s:-
tio de iniciacion, donde se unen a subunidades grar.
unen directamente con el sitio de iniciacion.)
Virtualmente todos los RNAm eucariotic C"~
son monocistronicos, no obstante, cada RNAm e:
SUStancialmente mas ]argo de lo necesario para CC'-
dificar solo a su proteina. La longitud del RNA~
promedio del citoplasma eucariotico es de 1 000 ~
2 000 bases, tiene un casquete metilado en el ex-
- z:no 5' y porta un poli(A) de l 00 a 200 bases en
-;xtremo 3'.
Ellfder 5' no traducido es relativamente cor-
normalmente de <l 00 bases. La Jongitud de Ia
-.=~i on codificadora depende del tamafio de la pro-
:-:. a. El remolque 3' no traducido a menudo es
- .::.,rante largo, y en ocasiones llega a tener hasta
- ~ 000 bases.
La primera caracterfstica en ser reconocida du-
.::::::-e Ia traduccion de un RNAm eucariotico es el
....:..;quete metilado que marca el extremo 5'. Los
_~"!l s ajeros cuyos casquetes han sido eliminados no
_ ::-aducen eficientemente in vitro. La union de las
__;_midades 40S con el RNAm requiere de nume-
:os factores de iniciacion, incluidas protefnas que
~ :onocen Ia estructura del casquete.
La modificacion del extremo 5' ocurre en casi
]os RNAm celulares o viricos yes esencial para
_ raduccion en el citoplasma eucariotico (aunque
_ ::n los organelos). La l'mica excepcion a esta regia
_ lgunos RNAm vfricos (como en los poliovirus) ,
.::uales carecen de casquete; solo estos RNAm
--= ~ os excepcionales pueden ser traducidos in vitro
::. asquetes. Utilizan una ruta alterna que elude
--=~ cesidad del casquete.
Algunos virus toman ventaja de esta diferencia.
_ ..::1 feccion por poliovirus inhibe la traduccion de
:\)!Am hospedadores al interferir con las pro-
-:-.as de union con el casquete necesarias para la
-a cton de los RNAm celulares, pero que son su-
-c- _ uas para el RNAm carente de casquete de los
virus.
- e ha analiza do el proceso de iniciacion consi-
:-.= .:ldo que el sitio de union con el ribosoma siem-
:: -:osta disponible, pero esta disponibilidad puede
staculizada por la formacion de una estructura
:- ~~daria. El reconocimiento del RNAm requiere
: =--~1 merosos factores adicionales; una parte im-
:-:a nte de su funcion es eliminar cualquier estruc-
--: -ecundaria del RNAm (vease la Fig. 8.20).
:::n ocasiones, el codon de iniciacion AUG seen-
:-=.:ra entre las primeras 40 bases del extrema 5'
_ \lAm, de manera que el casquete y el codon
_ .::: estan en el intervalo de union con el ribosoma.
::!Stante, en muchos RNAm el casquete y el co-
- _.;.UG estan mas lejos, en casos extremos, separa-
:::asta por 1 000 bases, pero el casquete continua
.j. necesario para que se forme un complejo es-
~ en el codon de iniciacion. ;__Como puede valerse
-: osoma de dos sitios tan distantes?
::n Ia f' ' se ilustra el modelo de "ras-
que supone que la subunidad 40S reconoce
::ro el casquete 5' y posteriormente "migra" a
~=-~o del RNAm. El rastreo desde el extrema 5'
= proceso lineal. Cuando las su bunidades 40S
. ~an Ia region lfder, pueden deshacer horquillas
8.8 Las subunidades pequefias buscan sitios de iniciacion en el RNAm eucariotico
de estructura secundaria con estabilidades de hasta
-30 kcal, pero las horquillas de mayor estabilidad
obstaculizan o evitan Ia migracion.
La migracion cesa cuando Ia subunidad 40S se
encuentra con el codon de iniciacion AUG. En gene-
ral, aunque no siempre, el primer triplete AUG que
se encuentre sera el codon de iniciacion, aunque por
sf mismo no es suficiente como para interrumpir Ia
migracion; se reconoce eficientemente como codon
de iniciacion solo cuando se encuentra en el con-
texto adecuado. Los determinantes mas importantes
del contexto son las bases que ocupan las posiciones
-4 y + l. Un codon de iniciacion puede ser identifica-
do en Ia secuencia NNNPuNNAUGG. La presencia de
una purina (A o G) tres bases antes del codon AUG,
y laG que viene inmediatamente despues de el pue-
den influir en Ia eficiencia de Ia traduccion hasta
par l 0 veces. Cuando la secuencia lfder es larga, el
extrema 5' puede ser reconocido por subunidades
40S adicionales antes de que la primera haya aban-
donado el sitio de iniciacion, creando una cola de
subunidades que proceden a lo largo dellfder, hacia
el sitio de iniciacion.
Probablemente sea verdad que el codon de ini-
ciacion es el primer triplete AUG en ser encontrado
en los RNAm mas eficientemente traducidos. ;__Que
sucede, sin embargo, cuando hay un triplete AUG
en la region no traducida 5'? Hay do s mecanismos
de escape posibles para un ribosoma que empieza a
~~~ GCC~CCAUG G
~quete
Sitio de union /
metilado con el ribosoma
La subunidad pequena se une al casquete
metilado
~'-- GCC~CCAUG G
2 La subunidad pequena migra al sitio de uni6n
I G
3 Si ellfder es largo, las subunidades pueden
formar una cola
Lus ribosomas eucarioticos migran del extrema
5' del RNAm al sitio de union con el ribosoma, el cual incluye
un codon de iniciacion AUG.
163
 rastrear desde el extrema 5'. El mas comun consiste
en que Ia exploracion presenta fugas, en otras pa-
labras, un ribosoma puede pasar por alto un codon
AUG que no sea de iniciacion debido a que no se
encuentra en el contexto correcto. En casos poco
frecuentes en que el ribosoma sf reconoce al AUG,
puede iniciarse Ia traduccion, pero terminara antes
del codon de iniciacion apropiado, despues de lo
cual reanuda Ia exploracion.
Una gran parte de los eventos de iniciacion eu-
carioticos implican el rastreo desde el casquete 5', sin
embargo, hay un medio de iniciacion alterno utiliza-
do especialmente por ciertos RNA vfricos, en el cual
una subunidad 40S se asocia directamente con un si-
tio interno denominado IRES (internal ribosome entry
site) (que elude por completo cualquier codon AUG
que se encuentre en Ia region 5' no traducida). Hay
pocas secuencia homologas entre los elementos de
los IRES conocidos; con base en su interaccion con Ia
subunidad 40S es posible distinguir tres tipos:
Un tipo de IRES incluye el codon de inicia-
cion AUG en su frontera de flujo ascenden-
te. La subunidad 40S se une directamente a
el utilizando un subconjunto de los mismos
factores necesarios para Ia iniciacion en los
extremos 5'.
Otro esta localizado incluso a l 00 nucleo-
tidos del AUG en flujo ascendente, lo cual
implica una subunidad 40S que migre, tam-
bien en este caso quiza por un mecanismo
de rastreo.
Un tipo excepcional de IRES del virus de Ia
hepatitis C puede unirse a Ia subunidad 40S
de forma directa, sin necesidad de factores
de iniciacion. El orden de los eventos es di-
ferente del de Ia iniciacion de todas las eu-
carioticas. Despues de Ia union 40S-RNArn,
se une un complejo que contiene factores
iniciadores y RNAt iniciador.
El empleo de IRES es especialmente importante
en Ia infeccion por picornavirus, en Ia cual se des-
cubrio por primera vez, debido a que el virus inhibe
Ia sfntesis proteinica del hospedador, destruye las
estructuras de los casquetes e inhibe los factores de
iniciacion que los unen (vease Ia seccion 8. 9, Las
eucariotas utilizan un complejo fo rmado por nu-
merosos facto res de iniciacion).
La union se estabiliza en el sitio de iniciacion.
Cuando a Ia subunidad 40S se le une una subuni-
dad 60S, el ribosoma intacto se localiza en el sitio
identificado por el ana.Jisis de proteccion . Una sub-
unidad 40S protege a una region de hasta 60 bases;
cuando las subunidades 60S se unen al complejo,
Ia region protegida se contrae a aproximadamente
Ia misma longitud de 30 a 40 bases que se observa
en las procariotas.
164 CAPITULO 8 5intesis proteinica
Ill Las eucariotas utilizan
un complejo formado por
numerosos factores de iniciaci6n
Conceptos principales
Los factores de iniciacion son necesarios en todas
las etapas de esta, incluida La union del RNAt
iniciador, la union de las subunidades 405 al RNAm, el
desplazamiento a lo largo del RNAm y la union de la
subunidad 605.
El RNAt iniciador eucari6tico es un Met-RNAt diferente
del utilizado en la elongaci6n, pero la metionina no
esta formilada.
El eiF2 une al Met-RNAt, iniciador con el GTP y el
complejo se une a la subunidad 405 antes de que se
asocie con el RNAm.
En las eucariotas, Ia iniciacion tiene las mismas ca-
racterfsticas generales que en las bacterias, pues usan
un codon de iniciacion especffico y un RNAt inicia-
dor. Para Ia iniciacion, el citoplasma eucariotico uti-
liza el codon AUG como iniciador. El RNAt iniciador,
denominado RNAt;Me<, es una especie distinta, pero
su metionina no se formila , asf que entre los Met-
RNAt, Ia diferencia radica unicamente en Ia porcion
de RNAt, donde el Met-RNAt; es utilizado para 1a
iniciacion y el Met-RNAtm para Ia elongacion.
El RNAt;Met iniciador de las levaduras tiene por io
menos dos caracterfsticas unicas, posee una estruc-
tura terciaria inusual y se modifica por fosforilacion
en Ia posicion 2' de Ia ribosa, en Ia base 64 (si se evita
esta modificacion, el iniciador puede ser utilizado en
Ia elongacion). Asf pues, el principia de una distin-
cion entre el Met-RNAt iniciador y el utilizado en el
proceso de elongacion se conserva en las eucariotas.
pero su base estructural es diferente a Ia de las bac-
terias (para comparar, vease Ia Fig. 8.13).
Las celulas eucarioticas tienen mas factores ini-
ciadores que las bacterias, Ia lista actual incluye 12.
directa o indirectamente necesarios para Ia inicia-
cion, los cuales reciben su nombre de forma similar
a las bacterias, en ocasiones por analogfa con los
factores bacterianos; se les asigna el prefijo "e" para
indicar su origen eucariotico. Participan en todas las
etapas del proceso, entre otras:
formacion de un complejo de iniciacion con
el extremo 5' del RNArn;
formadon de un complejo con el Met-RNAt:
union del complejo RNAm-factor con ~ I
complejo Met-RNAt;-factor;
capacitacion del ribosoma para Ia explora-
cion del RNAm del extrema 5' al primer
codon AUG;
 ::omplejo 43S
~IF2, eiF3,
. et-RNAti
Complejo de union
al casquete + mRNA
~ I F4A, B, E y G
El complejo 43S
se une al extrema
5' del RNAm
:::1complejo 48S
5e forma en el codon
:e iniciaci6n eiF2,
~IF3, eiF1, 1A,
~I F4A, B, F
8.. Algunos factores de iniciaci6n se unen a la sub-
-~ d ribos6mica 405 para formar el complejo 435, en tanto
-:: se unen al RNAm. Cuando el complejo 435 se une al RNAm,
~ -=a al codon de iniciaci6n y forma el complejo 485.
detecci6n de la union del RNAt iniciador con
el codon AUG en el sitio de iniciacion, y
mediadon en la union de la subunidad 60S.
.=n Ia JG se resumen las etapas de ini-
.- ::on, ademas de que se muestran los factores de
. .::3don imp!icados en cada etapa: el eiF2 y el eiF3
- _:Jen ala subunidad ribosomica 40S; el elF4A, el
-:::-'73 y el eiF4F, a! RNAm, y el eiFl y el eiFlA, al
-~lejo subunidad ribosomica-RNAm.
.=n la r. J se observa el grupo de factores
-= ; e unen a! extremo 5' del RNAm. El factor eiF4F
-~ complejo protefnico que contiene tres de los
. cces de iniciacion, aunque no esta claro si antes
--=llrse al RNAm se ensambla como complejo, o
'~ subunidades individuales se agregan separa-
_::nte para formar el complejo en el RNAm. In-
- " Ia subunidad de union con el casquete eiF4E,
-::icasa eiF4A y Ia subunidad de "andamiaje"
- "' ~ - Despues que el eiF4E se une al casquete,
=-.:'-!A desenrolla cualquier estructura secunda-
:: e haya en las primeras 15 bases del RNAm .
~=ergfa necesaria para desenrollar Ia estructura
~ ~ne de Ia hidrolisis de ATP. El desenrollado
:'::ior de Ia estructura a lo largo del RNAm lo
"=.cabo el eiF4A aunado a otro factor, el eiF4B.
_ _cfon principal del eiF4G es ligar otros compo-
- - ~ del complejo de iniciaci6n .
:...=. subunidad elF4E es un centro de regulacion
~ 3Ctividad se incrementa por fosforilacion, Ia
8.9 Las eucariotas utilizan un complejo formado por numerosos factores de iniciaci6n
El eiF4F es un heterotrfmero formado por
eiF4G, protefna de andamiaje
eiF4E, une al casquete metilo 5'
eiF4A, helicasa que se desenrolla hacia Ia estructura 5'
eiF4G, une otros dos factores
eiF4B, estimula a Ia helicasa eiF4A
PABP, se une al poli(A) 3'
El heterotrimero eiF4F se une al extreme 5' del
RNAm y tambien a mas factores.
El eiF-2 esta
formado por - - - -
subunidades
eiF-28
El eiF2B genera Ia
forma activa del eiF2
l
J
Met
Complejo '" ""''o
En la iniciaci6n eucari6tica, el eiF-2 forma un
complejo terminal con el Met-RNAt. El complejo ternario se une
a las subunidades 405 libres, las ~uales se unen al extreme 5'
del RNAm. Despues en la reacci6n, el GTP es hidrolizado cuando
el eiF-2 es liberado en forma de eiF2-GDP. El eiF-2B regenera
la forma activa .
cual es desen cadenada por estimulos que acentuan
Ia sintesis protelnica y revertida por estfmulos que Ia
reprimen. La subunidad eiF4F tiene una actividad
cinasa que fosforila a! eiF4E. La disponibilidad del
eiF4E tambien es controlada por proteinas que se
unen a el (llamadas 4E-BPl, -2 y -3) para impedir
qu e funcione en Ia iniciaci6n. La subunidad ei F4G
tambien constituye una diana para !a degradacion
durante Ia infecci6n por picornavirus, como parte
de Ia destrucci6n de Ia capacidad para iniciar en las
estructuras de los casquetes 5' (vease Ia seccion 8 .8,
Las subunida des pequenas buscan sitios de inicia-
ci6n en el RNAm eucari6tico) .
La presencia de poli(A) en el ex tr emo 3' de un
RNAm estimula Ia formacion de un complejo de
165
 promover Ia reiniciacion de los ribosomas.
de manera que cuando terminan en el ex-
El e\F3 mantiene en forma trema 3', las subunidades liberadas ya se
libre a las subunidades 408
encuentran cerca del extrema 5'.
estabilizar el RNAm contra la degradacion, y
El e\F2 une a\ Met-RNA!
con Ia subunidad 408
perrnitir que los factores que se unen al extre-
43S ma 3' regulen la iniciacion de la traduccion.
La subunidad eiF2 es el factor clave en la unio1~
del Met-RNAti; se trata de una proteina monome-
El e\F2 es una GTPasa
2 GDP- 2 GTP rica de union con el GTP tfpica, la cual se activii
El e\F2B es el factor
de intercambio ( 2B cuando se une al GTP y se desactiva al unirse co1~
el difosfato de guanosina (GDP; guanine diphospha-
Los factores de iniciacion unen al Met-RNAt
te). En la (, se muestra que el complej c>
iniciador con la subunidad 405 para formar un complejo 435. eiF2-GTP se une al Met-RNAti, producto que suele
Posteriormente, en la reaccion, el GTP es hidrolizado cuado el denominarse complejo ternario (debido a sus tre '
eiF-2 es liberado en forma de eiF2-GDP. El eiF-28 regenera la componentes, eiF2, GTP y Met-RNAt).
forma activa.
En la .l se observa que el complejo ter-
nario ubica al Met-RNAti sobre Ia subunidad 40S, lo
cual genera el complejo de iniciacion 43S. La reac-
cion es independiente de Ia presencia de RNAm. De
lnteracciones posibles:
el e\F4G se une a\ e\F3,
hecho, el Met-RNAti iniciador debe estar presente
el RNAm une a\ e\F4G, para que Ia subunidad 40S se una al RNAm. Uno
a\ e\F3 y a Ia subunidad 408 de los factores de este complejo es el eiF3, necesario
para mantener a las subunidades 40S en estado de
disociacion. El eiF3 es un factor muy grande, for-
Las interacciones que involucran a los factores mado por 8 a l 0 subunidades.
de iniciacion adquieren importancia cuando el RNAm se une El siguiente paso consiste en la union del com-
al complejo 435. plejo 43S con el extrema 5' del RNAm. En la GU
se muestra que las interacciones implicadas
' ~ ' . I
en esta etapa no estan completamente definidas,
pero probablemente involucren a eiF4 y eiF3, asi
El e\F1 y e\ e\F1A Met como al RNAm y ala subunidad 40S. La subunidad
activan Ia exploraci6n
~ --
3 -2~A """tomplejo48S
1 -
eiF4G se une al eiF3 para permitir que la subuni-
dad ribosomica 40S se una a! eiF4F, y por lo tanto.
E\ e\F5 induce Ia hidr6\isis sea reclutada en el complejo. En efecto, Ia funcio n
de GTP por el e\F2 del eiF4F es colocar al eiF4G de manera que pueda
El e\F2 y el e\F3 atraer ala subunidad ribosomica pequefia.
son liberados Cuando Ia subunidad pequefia se ha unido al
Met 1
El e\F5B media Ia union _ ~ ~t ( 5P. RNAm, migra (habitualmente) al primer codon AUG,
de Ia subunidad 608 ~ '-..,J lf ~~-- evento que requiere de gasto de energia en forma de
ATP, con ayuda de los factores eiFl y eiFlA. En la
El eiF1 y el eiF1A ayudan al complejo de inicia- ~ se observa que la sub-unidad pequefia se
cion 435 a explorar el RNAm hasta que llega a un codon AUG. detiene cuando llega al sitio de iniciacion, formando
El eiF2 hidroliza a su GTP para permitir su liberacion junto con un complejo 48S.
el eiF3. El eiF5B media la union 605-405. La union de las subunidades 60S con el comple-
jo de iniciacion no ocurre hasta que el eiF2 y el eiF3
iniciacion en el extrema 5', para lo cual es necesaria han sido liberados de dicho complejo por mediacion
la proteina de union al poli(A) (Pablp en las leva- del eiF5, de modo que el eiF2 hidroliza a su GTP.
duras). La Pab l p se une a Ia proteina de andamiaje La reaccion ocurre en la subunidad ribosomica pe-
eiF4G, fenomeno que implica que el RNAm se or- quefia e implica que el RNAt iniciador este apareado
ganizara de forma circular siempre y cuando el eiFG con el codon de iniciacion AUG. Todos los factore s
este unido con los extremos 3' y 5' sujetos a este restantes probablemente sean liberados cuando se
complejo (vease la Fig. 8.20). La importancia de la forma el ribosoma completo 80S.
formacion de este lazo cerrado no es obvia, aunque Por ultimo, el factor elF5B permite que la sub-
podria tener muchos efectos, por ejemplo: unidad 60S se una con el complejo y forme un ri-
estimular Ia iniciacion de Ia traduccion; bosoma intacto, listo para iniciar la elongacion. La

166 CAPITULO 8 5intesis proteinica

_Jbunidad eiF5B tiene una secuencia similar a Ia
-=-~! factor procariotico IF2, el cual tiene una fun cion
:uilar en Ia hidrolisis del GTP (ademas de panicipar
-:::-. Ia union del RNAt iniciador) .
Una vez que los factores han sido liberados, pue-
_:::1 asociarse con el RNAt iniciador y las subunidades
--._ sornicas en otro ciclo de in.iciacion. La subun.idad
=:::2 ha hidrolizado a su GTP, y como resultado, debe
:::generarse la forma activa, lo cual se logra por me-
__o de otro factor, el eiF2B, que desplaza al GDP para
_..:e pueda ser remplazado por un GTP.
La subunidad eiF2 constituye un objetivo para
--= regulacion. Muchas cinasas reguladoras actuan
== Ia subunidad a del eiF2. La fo sforilacion evita
_. .:e el eiF2B regenere Ia forma activa, evento que
- tala accion del eiF2B a un ciclo de iniciacion y,
~ : lo tanto, inhibe Ia sfntesis protefnica.
El factor de elongaci6n
Tu carga al aminoacil-RNAt
en el sitio A
Conceptos pri nci pales
El EF-Tu es una protein a G monomerica cuya forma
activa (unida al GTP) se une al aminoacil-RNAt.
El complejo EF-Tu-GTP-aminoacil-RNAt se une al sitio A
ribos6mico.
_::.a vez formado el ribosoma completo en el codon
~ miciacion, Ia etapa esta lista para un ciclo en el
~ el aminoacil-RNAt entra al sitio A de un ribo-
:::~a cuyo sitio P esta ocupado por peptidil-RNAt.
~ _a.lquier arninoacil- RNAt, excepto el iniciador, in-
=-::-:a al sitio A. entrada mediada por un factor de
- ngacion (EF-Tu en las bacterias). El proceso es
-=Jar en las eucariotas; el EF-Tu es una proteina
-: conservada en las bacterias yen las mitocon-
_ _; ;, yes homologo a su contraparte eucariotica.
igual que su contraparte en la iniciacion (IF-2) ,
~- Tu se asocia con el ribosoma solo en el proceso
:: :-nnrada del aminoacil-RNAt, y una vez en su lu-
__;__-_- abandona al ribosoma para funcionar de nuevo
: __ otro aminoacil-RNAt, de manera que exhibe
~ j acion y disociacion cfclica del ribosoma, una
- .:.aerfstica distintiva de los factores accesorios.
l a ruta de entrada del aminoacil-RNAt al sitio
.e ilustra en Ia GU L . El EF-Tu porta una
__.:.::~ina. El factor es una protefna G monomeri-
::-Jya actividad es controlada por el estado de la
-=..::tina:
En presencia de GTP, el factor se encuentra
en su estado activo.
Cuando el GTP es hidrolizado a GDP, el fac-
tor se desactiva.
8.10 El factor de elongaci6n Tu carga al aminoacil-RNAt en el sitio A
~ "'' ~........ Ts
s .. ~
..
TuGTP .: ~
....
.... . .
.
..
.. ... .....
GTP "".I Tu-Ts
GDP wV,. ~
Comple~'
..-:
ternario
.... Tu-GDP
El aa-RNAt entra al sitio El extremo CCA se desplaza
A de Ia subunidad 308 al interior del sitio A de Ia
subunidad 50S
El EF-Tu-GTP coloca al aminoacil-RNAt en el ribosoma y
posteriormente es liberado en forma de EF-Tu-GDP. El EF-Ts es necesario
para mediar el remplazo de GDP par GTP. La reacci6n consume GTP y
Libera GDP. El unico aminoacil-RNAt que no puede ser reconocido par
el EF-TU-GTP es el fMet-RNAt,, cuya incapacidad para unirse evita que
responda a los codones internes AUG o GUG .
La actividad se restaura cuando el GDP es
remplazado por GTP.
El complejo binario formado por EF-Tu-GTP se
une al aminoacil-RNAt para formar un complejo
ternario constituido por aminoacil-RNAt-EF-Tu-
GTP, el cual se une solo con el sitio A de los ri-
bosomas cuyos sitios P ya estan ocupados por un
peptidil-RNAt. Esta es reaccion es crftica para asegu-
rar que el arninoacil-RL~At y el peptidil-RNAt esten
correctamente posicionados para la formaci6n del
enlace peptidico.
El aminoacil-RNAt es cargado en el sitio A en
dos etapas; primero, el extrema anticodon se une
con elsitio Adela subunidad 305, y posteriormen-
te, el reconocirniento codon-anticodon desencade-
na un cambio en Ia conformacion del ribosoma, fe-
nomeno que estabiliza la union del RNAt y provoca
que el EF- Tu hidrolice a su GTP. El extrema CCA del
RNAt ahora entra alsitio A de Ia subunidad 50S yes
liberado el complejo binario EF-Tu-GDP. Esta forma
de EF-Tu esta desactivada y nose une al aminoacil-
RNAt de forma efectiva.
Otro factor, el EF-Ts, media Ia regeneracion de la
forma utilizada, EF-Tu-GDP a EF-Tu-GTP. Primero, el
EF-Ts desplaza al GDP del EF-Tu para formar, asL
el factor combinado EF-Tu-EF-Ts, que a su vez sera
desplazado por el GTP, para reconstituir el EF-Tu-
GTP. El complejo binario activo se une a! arninoacil-
RNAt y el EF-Ts liberado puede ser reciclado.
167
 Hay -70 000 molecu las de EF-Tu par bacteria
(-5% del total de las protefnas de Ia bacteria) , cifra
que se aproxima al numero de moleculas de ami-
noacil-RNAt. Esto implica que Ia mayor parte de los
aminoacil-RNAt tiendan a presentarse en complejos
ternarios. Hay solo -10 000 moleculas de EF-Ts por
celula (mas 0 menos el mismo numero de riboso-
mas). La cinetica de Ia interaccion entre EF-Tu y
EF-Ts sugiere que el complejo EF-Tu-EF-Ts existe
solo transitoriamente, de man era que el EF-Tu se
convierte muy rapidamente en Ia forma unida a
GTP y despues en un complejo ternario.
La funcion del GTP en el complejo ternario ha
sido estudiada sustituyendolo con un analogo que
no pueda ser hidrolizado. El compuesto GMP-PCP
tiene un puente metilenico en vez del oxfgeno que
se liga a los fosfatos ~ y y del GTP. En presencia
de GMP-PCP puede formarse un complejo ternario
que une el aminoacil-RNAt con el ribosoma, pero
no puede formarse el enlace peptfdico, de manera
que se necesita GTP para que el aminoacil-RNAt
se una a! sitio A; Ia hidrolisis no es necesaria hasta
despues.
La kirromicina es un antibiotico que inhibe
Ia fun cion del EF-Tu. Cuando este ultimo se une
a Ia kirromicina, sigue siendo susceptible de unir
el aminoacil-RNAt cone, pero el complejo EF-Tu-
GDP no puede liberarse del cromosoma, su presen-
cia continua evita la forma cion del enlace peptidico
entre el peptidil-RNAt y el aminoacil-RNAt, de tal
forma que el ribosoma se queda "atascado" en el
RNAm, frenando la sintesis proteinica.
Este efecto de Ia kirromicina demuestra que Ia
inhibicion de uno de los pasos de Ia sintesis protefni-
ca bloquea el siguiente porque la presencia continua
del EF-Tu impide que el extremo aminoacilo del
La formaci6n del enlace peptidico se debe a la
reacci6n que ocurre entre el polipeptido del peptidil-RNAt en el
sitio P y el aminoacido del aminoacil-RNAt en el sitio A.
168 CAPITULO 8 Sintesis proteinica
aminoacil-RNAt entre al sitio Adela subunidad 50S
(vease Ia Fig. 8.31), de modo que para que el ribo-
soma lleve a cabo Ia formacion del enlace peptfdico .
es necesaria Ia liberacion del complejo EF-Tu -GDP.
El mismo principio se observa en otras etapas de la
sfntesis protefnica: una reaccion debe terminar d.e
forma adecuada antes de que pueda tener Iugar la
siguiente.
La interacci6n con EF-Tu tam bien desempefi.a
una funci6n en el control de calidad. Los aminoacil-
RNAt son introducidos en el sitio A sin saber si sus
anticodones corresponderan con el codon. La hidr6-
lisis del EF-Tu -GTP es relativamente leota; el tiempo
que necesita un aminoacil-RNAt para disociarse del
sitio A es mayor del necesario, por lo tanto, Ia ma-
yor parte de las especies incorrectas son eliminadas
en esta etapa. La liberaci6n del EF-Tu-GDP despues
de Ia hidr6lisis tambien es leota, asf que cualquier
aminoacil-RNAt incorrecto, sobreviviente, puede
disociarse en esta etapa. El principio basico es que
las reacciones que involucran a! EF- Tu ocurren con
Ia lentitud suficiente como para permitir que los
RNAt incorrectos se disocien antes de que queden
atrapados en Ia sfntesis protefnica .
En las eucariotas, el factor elF es el responsable
de acarrear el aminoacil-RNAt al ribosoma, tambien
en una reaccion que implica la division de un enlace
de alta energfa del GTP, que igual que su hom6logo
procari6tico (EF-Tu) , es una proteina abundante. Des-
pues de Ia hidr6lisis del GTP, la forma activa es regene-
rada por el factor eEFl ~y, contra parte del EF-Ts.
1111 La cadena polipept1dica se
transfiere al aminoacil-RNAt
Conceptos principales
La subunidad 505 tiene actividad peptidil transferasa.
La cadena polipeptidica naciente se transfiere del
peptidil-RNAt del sitio P al aminoacil-RNAt del sitio A.
La sintesis de enlaces peptidicos genera RNAt
desacilado en el sitio P y peptidil-RNAt en el sitio A.
El ribosoma se mantiene en posicion mientras Ia ca-
dena polipeptfdica se alarga al transferir el polipeptido
adherido a! RNAt en el sitio P a! aminoacil-RNAt del
sitio A. La reacci6n se ilustra en Ia " . La
actividad responsable de Ia sfntesis del enlace pep-
tfdico se llama peptidil transferasa .
La naturaleza de la reaccion de transferencia es
revelada por Ia capacidad del antibiotico puromi-
cina, asemeja a un aminoacido adherido a Ia ade-
nosina terminal del RNAt, para inhibir Ia sfntesis
protefnica . En Ia !s se muestra que dicho
antibi6tico tiene un N en vez del 0 que une un
- _; wacido al RNAt, y es tratado por el ribosoma
- ::Jo sifuera un aminoacil -RNAt entrante, despues liD La translocaci6n mueve
~ .o cual el polipeptido adherido al peptidil-RNAt al ribosoma
. ::::-ansferido al grupo NH, de la puromicina.
Conceptos princi pales
La porcion de puromicina no esta anclada al
__ Cl A del ribosoma, por lo que de este es bberado el La translocaci6n ribos6mica desplaza al RNAm tres
- -ducto polipeptidil-puromicina. Esta terminacion bases a lo largo del ribosoma.
::-::natura de la sfntesis protefnica es Ia causa de la La translocaci6n lleva al RNAt desacilado al interior del
. :ion leta! del antibiotico. sitio E y al peptidil-RNAt al interior del sitio P, ademas
La peptidil transferasa es una funcion de la sub- de vaciar el sitio A.
dad ribosomica grande (50S o 60S). La reaccion El modelo del estado hibrido propane que la
: desencadena cuando el EF-Tu lib era el extremo translocaci6n ocurre en dos etapas, en las cuales la
~inoacilo de su RNAt, que despues se traslada a
subunidad 505 se mueve respecto de la subunidad 305,
y posteriormente esta se desplaza a lo largo del RNAm .
. :-: sitio cercano al extremo del peptidil-RNAt cuya
para restaurar la conformaci6n original.
- :-;:,idad peptidil transferasa asegura esencialmente
::::-ansferencia rapida de ]a Cadena peptfdica al ami-
::dl-RNAt. El RNAr y las protefnas de la subuni-
. ::! 50S son necesarias para dicha actividad, pero Ia El ciclo de adicion de aminoacidos a la cadena po-
....: ~ i sis es una propiedad del RNA ribosomico de la lipeptfdica creciente culmina con la translocacion,
. ::-unidad 50S (vease la seccion 8.19, El RNAr 23S cuando el ribosoma avanza tres nucleotidos a lo largo
.. e actividad peptidil transferasa). del RNAm . En Ia ~ se observa que la trans-
locacion expele al RNAt descargado del sitio P para
que pueda entrar el nuevo peptidil-RNAt, de modo
que el ribosoma tiene un sitio A vado listo para Ia
entrada del aminoacil-RNAt correspondiente al si-
NH 2 guiente codon. Como se muestra en Ia figura, en las
I
c bacterias, el RNAt descargado es transferido del sitio
N,__C/ ' N
I PalE (del cual es expelido bacia el citoplasma). En
HC/ 1.1
Base
las eucariotas se expulsa directamente al citosol. Los
tRNA \ .......-C.....__ -:P""CH
I N N sitios A y P se extienden a ambos !ados, hasta abarcar

b~o~/
la subunidad grande y Ia pequefia; el sitio E (en las
bacterias) se localiza principalmente en la subunidad
1\ Azucar/ 0 aminoacii-RNAt 50S, pero tiene algunos contactos en la 30S.
H\ I
C-C Casi todas las ideas en torno a Ia translocacion
I I
0 OH se gufan por el modelo de estado hfbrido, el cual
I
O~C-CH-R propone que tiene dos etapas. En la l se
I
NH 2 muestra que primero hay un cambia de la subu-
Aminoacido nidad 50S respecto de la 30S, seguido de un se-
gundo cambio que tiene Iugar cuando la subunidad
se mueve a lo largo del RNAm para restaurar Ia
conformacion original. La base de este modelo fue
la observacion de que el patron de contactos del
RNAt con el ribosoma (medidos por la impresion
qufmica de las hu ellas) cambia en dos etapas. Cuan-
do se agrega puromicina a un ribosoma que tiene
un RNAt aminoacilado en el sitio P, los contactos del
RNAt en Ia subunidad 50S cambian del sitio
Puromicina Pal sitio E, pero los contactos con Ia subunidad 30S
no cambian, lo cual sugiere que Ia subunidad 50S
se ha despla zado a un estado de postransferencia, si
bien Ia subunidad 30S no ha cambiado.
La interpreta cion de estos resultados sugiere
que los extremos aminoacilo de los RNAt (loca-
8.2 ~ La puromicina imita al aminoacil-RNAt porque lizados en la subunidad 50S) se mueven primero
..:. :~ m ejante a un aminoacido aromatico ligado a una porci6n a sitios nuevas (mientras que los extremos anti-
..:::...::.u -base. codon permanecen unidos a sus anticodone s en

8. 12 La translocaci6n mueve al ribosoma 169

 Sitio E Sitio A
Sitio P
Postranslocaci6n:
El RNAt desacilado se mueve al sitio E;
el peptidii-RNAt se desplaza al sitio P
Un ribosoma bacteriano tien e tres sitios de
union con el RNAt. El aminoacil-RNAt entra al sitio A de un
ribosoma que tiene peptidil-RNAt en el sitio P. La sintesis del
enlace peptidico desacila al RNAt del sitio P y genera peptidil-
RNAt en el sitio A. La translocacion mueve al RNAt desacilado
al interior del sitio E y desplaza al peptidil-RNAt al interior
del sitio P.
la subunidad 30S) . En esta etapa, los RNAt estan
unidos efectivamente a sitios hfbridos, formados
por los sitios 50SE/30S P y 50SP/3 0S A. Despues,
el movimiento se extiende a las subunidades 30S,
de manera que la region de apareamiento anti -
codon- codon se encu entra en el sitio correcto. El
medio mas probable para crear el estado hfbrido es
el movimiento de una subunidad ribosomica res-
pecto de la otra, de manera que la translocacion
efectivamente implica dos etapas y la restauracion
de la estructura normal del ribosoma sucede du-
rante la segunda.
El ribosoma enfrenta un dilema interesante en
Ja translocacion, pues tiene que romper muchos de
sus contactos con el RNAt para permitir el movi-
miento, pero al mismo tiemp o debe mantener el
170 CAPITULO 8 Sintesis proteinica
La subunidad 508 J
se desplaza respecto 't
de Ia subunidad 308
Los modelos de translocacion constan de dos
etapas. Primero, en la form acion del enlace peptidico, el ex-
trema ami noaci lo del RNAt localizado en el sitio A es reubicado
en el P. En la segunda etapa, el extrema anticodon del RNAt
se traslada al sitio P.
apareamiento entre el RNAt y el anticodon (rom-
piendo el apareamiento del RNAt desacilado en el
momenta preciso). Una posibilidad es que el ribo-
soma cambie entre conformaciones alternas y dis-
cretas. El cambio puede consistir en variaciones en
el apareamiento de bases del RNAr. La precision de
la traduccion depende de ciertas mutaciones que in-
fluyen en el apareamiento alterno de las bases de las
secuencias. La interpretacion mas probable es que
el efecto es media do porIa estrech ez de Ia union de
las conformaciones alternas con el RNAt.
1111 Los factores de elongaci6n
se unen alternativamente
al ribosoma
Conceptos principales
La translocacion requiere del EF-G, cuya estructura es
semejante ala del complejo aminoacil-RNAt-EF-Tu-GTP.
La union de EF-Tu y de EF-G al ribosoma es
mutuamente exclusiva.
La translocaci6n requiere de la hidrolisis de GTP, la cual
desencadena un cambio en la estructura del ri bosoma.
-'- :ranslocacion requiere de GTP y de otro factor
: clongacion, denominado EF-G, el cual es uno de
_:actores constituyentes mayoritarios de Ia celula, Aminoacii-RNAt-EF-Tu-GTP
- ~~ hay -1 copia por ribosoma (20 000 moleculas
~ celula).
Los ribosomas no pueden unirse al EF-Tu y al
-:=:~ - G simultaneamente, de modo que Ia sfntesis
-_ :efnica sigue el ciclo ilustrado en Ia Figura 8.31,
- ~ ~ cuallos factores se unen al ribosoma y se libe-
--: eel alternativamente, por lo tanto, el complejo
-=-:: -Tu-GDP debe ser liberado antes de que el EF-G
.eda unirse; despues, el EF-G debe ser liberado
._es de que pueda unirse al complejo aminoacil-
- -_\t-EF -Tu-GTP.
(.La capacidad que tiene cada factor de elonga-
:) para excluir a otro se basa en un efecto alas-
:--: o sabre la conformacion total del ribosoma o
:a competencia directa por sitios de union su -
:-:-;mestos? En la U se observa una simi- La estructura del complejo ternario aminoacil-
RNAt-EF-Tu-GTP (izquierda) es semejante a la del EF-G (dere-
...!d extraordinaria entre las estructuras del com-
cha). La estructura conservada de los dominios del EF-Tu y del
- ~ ternario de aminoacil -RNAt-EF-Tu-GDP y el EF-G se encuentran en color rojo y verde; el RNAt y el dominio
.: --G. La estructura de este ultimo es similar a Ia del EF-G semejante a el es purpura. Imagen cortes1a de Paul
- _--u ctura global del EF-Tu unido al tallo aceptor Nissen, University of Aarhua, Denmark.
: aminoacido del aminoacil-RNAt, de donde la
__jeiura inmediata de que completan el mismo
_o de union (presumiblemente en las cercanfas
.. . .
=-- itio A). La necesidad de cada factor de ser libe-
- .: antes de que el otro pueda unirse, garantiza
_:- los eventos de Ia sfntesis protefnica proceden
: :nanera ordenada. Union del
.Ambos factores de elongacion son protefnas aminoacii-RNAt
. omericas de union al GTP las que se activan
EF-Tu-GTP- Hidr61isis de GTP
j as a este, pero estan inactivas cuando se unen aminoacii-RNAt
~ DP . Para la union a! ribosoma se necesita Ia for-
' :rifosfatada para asegurar que cada factor tenga
: :~ so a! ribosoma solo en compafifa del GTP que
~.: e sita para cumplir con su funcion.
El EF-G se une a! ribosoma para promover la
_...::cslocacion yes liberado despues del movimiento
Sfntesis del enlace
:i.bosoma. El EF-G aun puede unirse al ribosoma peptidico
~ GMP-PCP es sustituido por GTP; por lo tanto,
':--:;: Ia union es necesaria la presencia de guanina,
_-.que su hidrolisis no es absolutamente esencial
_~ la translocacion (si bien la translocacion es mu-
. - :nas lenta sin Ia hidrolisis del GTP). La hidrolisis
: S TP es necesaria para liberar al EF-G. EF-G/GTP EF-G + GOP
La necesidad de la liberacion del EF-G se des- El acido fusidico I
-::0 por los efectos del acido fusfdico, antibiotico bloquea Ia #~
_:- ~oideo que "atasca" al ribosoma en ese estado ~., liberaci6n ,

~e rior a la translocacion (vease la ). ...... --""'

=- _resencia de acido fusfdico ocurre un ciclo de
o.= -locaci6n: el EF-G se une a! ribosoma, el GTP es
..:o1izado y el ribosoma se mueve tres nucleotidos.
_ embargo, el acido fusfdico estabiliza el complejo La union de los facto res EF-Tu y EF-G se altern a
- ~ s oma-EF-G-GDP, de manera que el EF-G y el conforme los ribosomas aceptan nuevas aminoacil-RNAt for-
=? permanecen en el ribosoma en Iugar de ser man los enlaces pept1dicos y se transfieren a otra posicion.

8.13 Los factores de elongacion se unen alternativamente al ribosoma 171

 liberados, de modo que este ultimo no puede unirse
al aminoacil-RNAt y no se agregan mas aminoaci-
dos a Ia cadena.
La translocacion es una propiedad intrlnseca
del ribosoma que requiere de un cambia mayor en
Ia estructura (vease Ia seccion 8.17, Los ribosomas
tienen numerosos centros activos), sin embargo, es
activada por el EF-G aunado a Ia hidrolisis del GTP,
que ocurre antes de Ia translocacion y acelera el
movimiento del ribosoma. El mecanismo mas pro-
bable consiste en que Ia hidrolisis de GTP provoca
un cambia en Ia estructura del EF-G, el cual a su
vez fuerza un cambia en la estructura del ribosoma.
En la translocacion tiene Iugar una reorientacion
del EF-G que, antes de esta, se encuentra unido
mediante las dos subunidades ribosomicas. La ma-
yor parte de sus contactos con Ia subunidad 30S
depende de una region Hamada domin.io 4, que se
inserta en el sitio A y que puede ser responsable de
desplazar al RNAt. Despues de Ia translocacion, el
dominio 4 estara, por el contrario, orientado bacia
Ia subunidad 50S.
La contraparte eucariotica del EF-G es la pro-
telna eEF2, la cual funciona de forma similar a una
translocasa dependiente de Ia hidrolisis de GTP cuya
accion tambien es inhibida por el acido fusfdico. Es
posible aislar un complejo estable formado por eEF2
y GTP, en tanto que el complejo puede unirse a los
ribosomas con Ia consiguiente hidrolisis de su GTP.
Una reaccion unica del eEF2 es su susceptibi-
lidad a Ia toxina difterica, que utiliza dinucleoti-
do de nicotinamida y adenina (NAD, nicotinamide
adenine dinucleotide) como cofactor para transferir
una porcion de ribosil-adenosina difosfato (ADPR,
adenosine diphosphate ribosyl) al eEF2. El conjugado
ADPR-eEF2 esta inactivo en Ia sfntesis protelnica.
El sustrato al que se une dicho conjugado es un
aminoacido in usual que se produce al modificar una
histidina; es comun al eEF2 de muchas especies.
La ribosilacion del ADP provoca los efectos le-
tales de Ia toxina difterica. La reaccion es extrema-
damente efectiva, pues una sola molecula puede
modificar suficientes moleculas de eEF2 como para
matar una celula.
La sintesis protei nica termi na
con tres codones
Conceptos principales
Los codones UAA (ocre), UAG (ambar) y UGA terminan
la sintesis proteinica.
En las bacterias se utilizan muy a menudo con
frecuencias relativas UAA>UGA>UAG.
172 CAPiTULO 8 Sintesis proteinica
Solo 61 tripletes son asignados a aminoacidos, I
otros tres son codones de terminaci6n (o cod
nes de parada) con los que concluye Ia sfnte_
protefnica cuyos nombres informales provienen
Ia historia de su descubrimiento. El triplete UAG e
llama do codon ambar, el UAA es el codon ocre y
secuencia UGA suele denominarse codon 6palo.
En un principia, las caracteristicas de estos r:- -
pletes se demostraron mediante un analisis geneti
por el que se distinguieron dos tipos de mutacion ~.
puntuales:
La mutacion puntual que modifica a un c -
don de manera que represente a un am, -
noacido diferente se denomina mutacion c.~
cambio de sentido. Un aminoacido ren::-
plaza a otro en Ia proteina, y el efecto en :
funcion de Ia proteina depende del sitio d-
la mutacion y de Ia naturaleza del remplaz
del aminoacido.
Cuando una mutacion pumual crea uno c-
los tres codones de terminacion, da Iugar :
una terminaci6n prematura de Ia sfnte~
protelnica del codon mutante y en Ia celu::
mutante solo se produce Ia primera parte
la protelna. Este fenomeno tiende a supri.n:li:
Ia funcion protefnica (dependiendo, por Sl.!-
puesto, de que tan lejos en Ia protefna seer -
cuentre el sitio mutante). Un cambia de es-::
tipo se denomina mutaci6n sin sentido.
(En ocasiones, el termino codon sin sentido s:
utiliza para describir a los tripletes de terminacio ..
La expresion "sin sentido" es erronea, dado que 1 _
codones sf tienen significado, aunque perjudicial e:
un gen mutante. Un termino mas adecuado es "c
don determinacion").
En los genes secuenciados, uno de los codon
de terminacion se ubica inmediatamente despu :
del codon que representa al aminoacido terminC.:
C de Ia secuencia de tipo silvestre. Las mutacion :
sin sentido muestran que cualquiera de los tres co-
dones basta para term.inar Ia sfntesis protelnica er:
un gen. Las secuencias de los tripletes UAG, UAA:
UGA son, por lo tanto, necesarias y suficientes par;:
terminar Ia sfntesis protefnica si ocurren de maner-
natural al final de un gen o son creadas por muta-
cion en una secuencia codificadora.
En los genes bacterianos, el triplete UAA es e'
codon de terminacion mas comunmente utilizado
La secuencia UGA se utiliza con mayor frecuencic
que Ia UAG, aunque parece haber mas errores er.
la lectura de Ia UGA. (Un error alleer un codon de
terminacion, cuando el aminoacii-RNAt responde ii
el equivocadamente, resulta en la continuacion de
Ia sintesis protelnica h asta que se en cuentra otro
codon de terminacion.)

Los codones de terminaci6n
son reconocidos por fa ctores
protei nicos
:onceptos principales
Los codones de terminaci6n son reconocidos por
factores de liberaci6n de prote1nas, no por moleculas
de aminoacil-RNAt.
Las estructuras de Los factores de liberaci6n clase 1 son
semejantes a las del aminoacil-RNAt-EF-Tu y del EF-G.
Los factores de liberaci6n clase 1 responden a codones
de terminaci6n espedficos e hidrolizan La ligadura
polipeptido-RNAt.
l os factores de liberaci6n clase 1 son asistidos por los
~ctores de liberaci6n clase 2 que dependen del GTP.
tl mecanisme es similar en las bacterias (que tienen
dos tipos de factores de liberaci6n clase 1) y en las
i!ucariotas (que tienen s6lo un factor de liberaci6n
:lase 1).
:: :ill de la traduccion implica dos etapas. La reacci6n
::rminaci6n tiene que ver con Ia liberacion de Ia
::_na protefnica del ultimo RNAt, en tanto que
-:acci6n de posterminaci6n implica Ia liberacion del
- _ t y del RNAm y la disociacion del ribosoma .
~inguno de los codones de terminacion es re -
-:: entando por un RNAt, funcionan de man era
<.diferente a los otros codones y son reconocidos
::::tamente por factores proteinicos. (La reaccion
epende del reconocimiento codon-anticodon,
:-. tanto, parece no haber una razon en particu-
~ ejustifique que su funcion requiera de una se-
:: .cia de tres nucleotidos. Presumiblemente esto
-::ala evolucion del codigo genetico.}
.:. . s codones de terminacion son reconocidos
~ : s factores de liberaci6n (RF, release factors)
. : l . En E. coli, por ejemplo, dos factores de libe-
:1 clase l son espedficos para secuencias dife-
: _. El RFl reconoce a los codones UAA y UAG,
' to que el RF2 identifica a las secuencias UGA
- --~Los factores actuan en el sitio A ribosomico
:~'..l ieren de polipeptidil-Rl'l"At en el sitio P. Los
- -o:an presentes en niveles mucho mas bajos que
:2:tores de iniciacion y de elongacion; hay -600
~ - las de cada uno por celula, que equivale a un
-. : cada 10 ribosomas. Quiza en algun momen-
~:tia solo un factor de liberacion que reconoda
.:. ) S los cod ones de terminacion, el cual evolu-
: . osteriormente para formar dos factores con
: ::::.Scidades para cod ones especfficos. En las eu-
;s hay solo un factor de liberacion clase l, de -
-.ado eRF. La eficiencia con la cuallos factores
---ianos reconocen a sus codones diana depende
ases que se encuentran en ella do 3'.
8.15 Los codones de terminaci6n son reconocidos por factores proteinicos
Los factores de liberacion clase l son asistidos por
los factores de liberacion clase 2, que no son especifi-
cos de ningun codon. Los factores clase 2 son protef-
nas de union a! GTP. En E. coli, la funcion del factor
clase 2 es liberar al factor clase l del ribosoma.
Aunque el mecanismo de term.inacion general
es similar en las procariotas y las eucariotas, las in-
teracciones entre los factores clase l y clase 2 pre-
sentan algunas diferencias.
Los factores de clase l , RFl y RF2, identifican
a los codones de terminacion y activan el riboso-
ma para hidrolizar a! peptidil-RNAt. La division del
polipeptido y el RNAt tiene lugar mediante una re-
accion analoga a la transferencia usual del grupo
peptidil, excepto que el aceptor es H2 0 en vez de
aminoacil-Rl'l"At (vease Ia Fig. 8.34)
En este punto, el RFl o el RF2 es liberado del
ribosoma por el factor clase 2 RF3, que esta relacio-
nado con el EF-G. El RF3-GDP se une a! ribosoma
antes de que ocurra Ia reaccion de terminacion y
el GDP es remplazado por GTP, lo cual faculta al
RF3 para contactar al centro GTPasa del ribosoma,
donde provoca Ia liberacion de los RFl /2 cuando se
termina Ia cadena polipeptfdica.
El RF3 se asemeja a los dominios de union del
EF-Tu y del EF-G con el GTP, en tanto que el RFl y
el RF2 son similares al dominio terminal C del EF-G,
parecido a! RNAt. Esto sugiere que los factores de
liberacion utilizan el mismo sitio empleado por los
factores de elongacion. En la se ilustra la
EF-Tu
, ,1 RNA!
, ,. , /
, , EF-G
;
t! #
#
#
~
SitfoP
Sitio E Silio~
'' RF3
~~
~
' ~
~
~ RF1 /2
~
~(
RRF
El mimetismo molecular permite que el complejo
factor de elongaci6n Tu-RNAt, el factor de translocaci6n EF-G
y los factores de liberaci6n RF1/ 2-RF3 se unan al mismo sitio
ribos6mico . El RRF es el factor de reciclaje del ribosoma (vease
La Fig. 8.35).
173
 sucesiva en el mismo sitio (basicamente el sitio -~
una region sobrepuesta a esta).
GGO El factor eucariotico de liberaci6n clase l. :
eRFl, es una proteina individual que reconocc-
los tres codones de terminacion cuya secuencia =
esta relacionada con la de los factores bacteria~:
y puede terminar Ia sintesis proteinica in vitro ~
el facto r clase 2, eRF2, aunque in vivo es esend'
en las levaduras . La estructura del eRFl sigue- -
contexto familiar; en Ia se muestra q-_.
esta formada por tres dominios que simulan Ia e-
tructura del RNAt.
Dominio 1
Un componente esencial de los tres aminoacio
(extrema GGQ se exhibe en Ia parte superior del dominio ::.
anticodon) Su posicion en el sitio A cmresponde a Ia loca -
zacion usual de un aminoacido en un aminoa c
RNAt, lo cuallo posiciona para utilizar la glutamir-
La estructura del factor de terminaci6n eucari6-
tico eRFl imita a la del RNAt. El componente GGQ localizado en (Q) para sustituir al aminoacido del aminoacil-RN.-
la punta del dominio 2 es esencial para hidrolizar a la cadena con una molecula de agua en Ia reacci6n de trar.:
polipeptidica del RNAt. Imagen cortesia de David Barford, The ferencia del grupo peptidilo. En Ia 3 :=
Institute of Cancer Research. compara la reacci6n determinacion con Ia de tran . .
ferencia peptidica usual. La terminaci 6n transfie:
un grupo hidroxilo del agua e hidroliza de mane~
efectiva el enlace peptido-RNAt (vease Ia Fig. 8 ...; ~
Elongaci6n Terminaci6n para Ia descripcion de como funciona el centro pe ~
Centro de Centro de
tidil transferasa).
transferencia transferencia Las mutaciones en los gene s RF reducen la e:':-
del peptidilo del peptidilo ciencia de Ia terminacion, como se observa por u:-

Sitio P
cadena peptrdica
Base:

H
s ;tloP " ' "
cadena peptfdica
j incremento de Ia capacidad para continuar Ia sfr. -
tesis proteinica mas alia del codon de terminaci6::.
La expresio n excesiva de RFl ode RF2 incremen-'
Ia eficiencia de Ia terminaci6n en los codones en lc
cuales actua, lo cual sugiere que la identificacio::
~' :N I o
~~~-R
H-NI I de estos por uno u otro compite con los aminoaci:-
H-C-R
I
H-C-R
I
c I
rH.: H: RNAt que reconocen erroneamente a los codon _
~c, , c~
0 0 0 0 de terminaci6n. Los factores de liberacion identif -
I I cf ' o ' :, : can sus secuencias diana de forma muy eficiente.
I ' '
RNA!! RNA! RNAt 1'
La reaccion de terminaci6n implica la liberacio-
I del polipeptido completo, pero deja a un RNAt des&-
cadena peptfdica CH
I I cilado y al RNAm todavia asociadas con el ribosoma.
H-N 1 r, En Ia se muestra que Ia disociacion de let'
I
cadena peptfdica
H-C-R componentes restantes (RNAt, RNAm y subunida-
crC, N' H
I
RF1
H-N
I des 30S y 50S) requiere del factor de reciclaje del ri-
I
H-C-R
I bosoma (RRF, ribosome recycling factor). El RRF actu.;
H-C-R
I
cfc'oH con el EF-G en una reacci6n que utiliza Ia hidrolisis
H ..c~ de GTP. En cuanto a los onos factores implicados er
0 0 0
I I
RNA! RNAt
Ia liberacion, Ia estructu ra del RRF imita al RNAt
excepto que ca rece de un componente equivalentc
La transferencia y la terminaci6n del peptido son de Ia region 3' de union al aminoacido. Tambih
reacciones similares en que una base del centro de transferencia se necesita IF- 3 para cerrar el ciclo de cuando fue
del grupo peptidilo desencadena una reacci6n de transesterifi- descubierto originalmente y se propuso que jera uu:
caci6n al atacar a un enlace N-H u 0-H, liberando al N o al 0 factor de disociacion! El RRF actua sobre Ia sub-
para que ataque la ligadura formada con el RNAt.
unidad 50S y el IF-3 elimina el RNAt desacilado
de Ia subunidad 30S. Obviamente, una vez que se
idea basica de que tod os estos factore s tiene la mis- han separado las subunidades, el IF- 3 sigue siendo
ma forma general y se unen a! ribosoma de forma necesario para evitar que vuelvan a asociarse.

17 4 CAPITULO 8 Sintesis proteinica

 El RNA ribos6mico abarca
ambas subunidades 1. El RF Iibera a Ia prote fna 2. El RRF entra al siti o A
ri bos6 micas
U!nceptos principales
Cada RNAr tiene muchos dominios distintos que se
doblan de manera independiente.
Virtualmente todas las prote\nas ribos6micas estan en
contacto con el RNAr.
La mayor parte de los contactos entre las subunidades
ri bos6micas se realiza entre los RNAr 165 y 235.
3. El EF-G tran sfiere al RR F
5 tercios de la masa de los ribosomas bacterianos
: ~:an constituidos por RNAr. El enfoque de anali-
..: nas penetrante de Ia estructura secundaria de
. h~culas grandes de RNA consiste en comparar
- secuencias de los RNAr correspondientes en or-
' =-lismos relacionados. Dichas regiones importantes
= Ia estructura secundaria conservan la capacidad
::- interactuar por apareamiento de bases, de modo
_e si se requiere de un par de ellas, puede formarse
=- Ia misma posicion relativa de cada RNAr. Este
=: i :odo ha permitido la creaci6n de modelos deta-
-..:.dos del RNAr l6S y del RNAr 23S. El RF (factor de liberaci6n) termina la sintesis
Los principales RNAr pueden trazarse en una prote\nica liberando a la proteina. El RRF (factor de reciclaje del
ribosoma) libera al ultimo RNAt y el EF-G libera RRF, provocando
~"":TUctura secundaria con numerosos dominios dis-
la disociaci6n del ribosoma.
=.:::os. En el RNAr 16S, que forma cuatro dominios
_.: :lerales, poco menos de la mitad de la secuencia
.: -enta apareamiento de bases (vease Ia Fig . 8.45), pumo principal es la flexibilidad de la conformaci6n
~ :anto que el RNAr 23S forma seis. Las regiones de del ribosoma durante Ia sfntesis proteinica.
~ le helice individuales tienden a ser cortas (<8 bp) ; Una caracterfstica de Ia estructura primaria del
:-:. frecuencia, las regiones dtiplex no son perfectas RNAr son los residuo s m etilados. Hay -10 grupos
:ontienen abultamiemos de bases no apareadas. metilo en los RNAr 16S (l ocalizados principalmen-
_:._ ;e han trazado modelos comparables de los RNAr te bacia el extrema 3' de la molecula) y -20 en el
---.::ocondriales (mas cortos y con menos dominios ) y RNAr 23S. En las celulas de los mamfferos, el RNAr
. ~ :os RNAr del citosol eucari6tico (mas largos y con l8S y el 28S portan 43 y 74 grupos metilo, respec-
-::::.is dominios). La mayor longitud de los RNAr eu- tivamente, de modo que - 2 % de los nucle6tidos
.2:i6ticos se debe principalmente a Ia adquisici6n de estan metilados (aproximadamente tres veces la
.:..:-c~ encias que representan a dominios adicional es. proporci6n de metilados en las bacterias) .
-=. estructura cristalina (o tridimensional) del ribo- La subunidad ribos6mica grande tambi61 con-
:Da muestra que en cada subunidad, los dominios tiene una molecula de RNA 5S de unas 120 ba-
:_ RNAm mayor se pliegan independientememe y ses (en todos los ribosomas, ex cepto en los de las
-~ p an un Iugar discreto. mitocondrias). La secuencia del RNA 5S noes tan
Cuando las subunidades 30S se comparan con buen como Ia de las secuencias de los RNAr mayo-
_ ribosomas 70S se encuentran diferencias en la res. Todas las moleculas de RNA 5S exhiben una
"!Jacidad del RNAr 16S para reaccionar con los estructura con intenso apareamiento de bases.
-=::'ntes quimicos; asimismo, hay diferencias entre En los ribosomas del citosol de las eucariotas
.:. ribosomas libres y los comprometidos en la sime- esta presente otro RNA pequeiio en Ia subunidad
:- roteinica. Los cambios de reactividad del RNAr grande, el RNA 5.85. Su secu encia corresponde a!
c ;:nesentan cuando el RNAm esta unido, cuando se extrema 5' del RNAr 23S procari6tico.
: cian las subunidades o cuando se ha incorporado Algunas proteinas ribos6micas se unen fuerte-
:{.\fAt. Algunos cambios reflejan una interacci6n mente al RNAr aislado; otras no se unen al RNAr
-~eta del RNAr con el RNAm o el RNAt, miemras libre, pero pueden hacerlo de spues de !a incorpora-
_-: otros son provocados indirectamente por cam- ci6n de otras protefnas, lo cual sugiere que Ia con-
~ - adicionales en Ia estructura del ribosoma. El formaci6n del RNAr es importante para determinar

8.16 El RNA ribos6mico abarca ambas subunidades ribos6micas 175


Surco rico
en RNA
~ Plataforma
Cabeza Cuello Cuerpo
La subunidad 30S tiene una cabeza separada del
cuerpo por un cuello, con una plataforma protuberante.
Pedunculo
Protuberancia
central 58
\ Hendidura
La subunidad 50S tiene una protuberancia cen-
tral donde se encuentra el RNAr 5S, separada por una hendidura
del pedunculo formado por copias de la prote1na L7.
La plataforma de la subunidad 30S embona en la
hendidura de la subunidad 50S para formar el ribosoma 70S.
La subunidad ribos6mica 30S es una part1cula
ribonucleoprote1nica. Las prote1nas se muestran en color ama-
rillo. Imagen cortes1a de V. Ramakrishnan, Medical Research
Council (UK).
si existen sitios de union para algunas proteinas.
Conforme se une cada una de estas, introduce cam-
176 CAPITULO 8 S1ntesis prote1nica
bios conformacionales en el RNAr que hacen po
sible la incorporacion de mas proteinas. En E. co.
virtualmente todas las proteinas ribosomicas 30S in
teractuan (si bien en diferente medida) con el RN.k
16S. Los sitios de union localizados en las proteina~
muestran una amplia variedad de caracteristicas es-
tructurales que sugiere diferencias en los mecanis-
mos de reconocimiento proteina-RNA.
La estructura del ribosoma 70S es asimetrica_
En la se observa una representacion es-
quematica de la estructura de la subunidad 30S, qut
se divide en cuatro regiones, cabeza, cuello, cuerpCi
y plataforma, y en la , una represe!il -
tacion similar de la 50S, donde dos caracteristica<
prominentes son la protuberancia central (dondc
se localiza el RNAr 5S) y el pedunculo (formad o
por m{Iltiples capias de la proteina L7). En Ia
se muestra que la plataforma de la subunidac
I
pequefia encaja en la hendidura de la grande; entre
ambas subunidades hay una cavidad que contient
algunos de los sitios importantes.
La estructura de !a subunidad 30S sigue la orga-
nizacion del RNAr 16S, en donde cada caracteristi-
ca estructural corresponde a un dominio. El cuerp o
esta basado en el dominio 5', la plataforma en e:
central y Ia cabeza, en la region 3'. En la 3
se muestra que la distribucion de RNA y proteinas
de la subunidad 30S es asimetrica. Una caracteristica
importante es que !a plataforma de esta subunidad.
que proporciona la interfase para la subunidad 50S .
esta compuesta casi por completo de RNA. Solo do s
proteinas (una parte pequefia de !a S7 y posible-
mente de la S 12) se localizan cerca de la interfase.
es decir, que la asociacion y la disociacion de las
subunidades ribosomicas deben depender de las in-
teracciones con el RNAr 16S. La asociacion de las
subunidades experimenta una mutacion en un lazo
de RNAr 16S (posicion 719), localizado en la inter-
fase de la subunidad, ademas de que por medio de
experimentos de modificacion/interferencia se ha
demostrado que otros nucleotidos del RNAr 16S es-
tan involucrados. Este comportamiento respalda la
idea de que el origen evolutivo del ribosoma pudo
haber sido una particula formada por RNA y no par
proteinas.
La subunidad 50S presenta una distribucion de
componentes mas uniforme que la 30S, con varillas
largas de RNA de doble cadena que entrecruzan la
estructura. El RNA forma una masa de helices es-
trechamente empaquetadas. La superficie exterio[
consta principalmente de proteinas, con excepci6n
del centro peptidil transferasa (vease la seccion 8.19,
El RNAr 23S tiene actividad peptidil transferasa).
Casi todos los segmentos del RNAr 23S interactuan
con las proteinas, si bien muchas de las proteinas
carecen relativamente de estructura.
 La union de las subunidades en el ribosoma 70S
lica contactos entre el RNAr l6S (muchos en Ia
-=_?.ion de Ia plataforma) y el 23S, asf como algunas A 70Q 710
790.
:::-racciones entre el RNAr de cada subunidad con e9o
J
_ ,8oo
780
_ roteinas de la otra, y pocos contactos protefna- 185.0
900 770-
1830 '
: _reina. En la se identifican los puntas >#' 1920
1700 17\~61) '1930 -9oo
=:ontacto de las estructuras del RJ\fAr. En Ia 89o
169'0 1 99~ 1950 1400- ,1520
se abre la estructura (imagfnese Ia subunidad 1410- i~~g
--- rotada en direccion contraria a las manecillas 35Q 1420.

880 ~10 ~
340 1430. ~~~~g
:-: reloj y Ia 30S en sentido contrario, en torno a!
:: :le Ia figura) para mostrar las localizaciones de los 89o- 72rf
_ .tos de contacto en Ia cara de cada subunidad. Jl
RNAr 23S RNAr 16S

Los ribosomas tienen Los puntas de contacto entre los RNAr estan localizados en
numerosos centros activos dos dominies de RNAr 16S yen uno de RNAr 23S. Reproducida de Yusupov,
1"1. M. 2001. Science. 2g2: 883 - 8g6. 2001 AAAS. Imagen cortes\a de Harry
' ~ceptos principales Noller, University of California, Santa Cruz.
__as interacciones en que esta implicado el RNAr son
: lave para la funci6n del ribosoma.
:t ambiente de los sitios de union al RNAt depende
::mpliamente del RNAr.

-=: ::~ ensaje basico que no debe olvidarse sabre el

-: oma es que se trata de una estructura coope-
- a que depende de cambios en las relaciones en-
- sus sitios activos durante Ia sfntesis protefnica.
::_ os sitios no son regiones discretas y pequefias
~o los centros activos de las enzimas, son regia-
- extensas cuya construccion y cuyas activida-
--:<: pueden depender tanto del RNAr como de las
- :efnas ribos6micas. Las estructuras cristalinas
s subunidades individuales y de los ribosomas
.-- -: ::-rianos proporcionan una buena impresion de
:ganizacion general y subrayan Ia funcion del
-ll. La estructura mas reciente, a una resolucion
~_5 A, identifica claramente Ia ubicacion de los
-_: y de los sitios funcionales, de modo que ahara
-:' ible dar cuenta de muchas funciones riboso-
~ - en funci6n de su estructura.
::..as funciones ribosomicas giran en torno a !a in-
::. :cion con los RNAt. En Ia se muestra
- ='O soma 70S con las posiciones de los RNAt en
:::::-es sitios de union, en los sitios A y P estan casi
~elos; todos se alinean con sus lazos anticodon
:_ s al RNAm en el surco de Ia subunidad 30S y
- __o de cada RNAt se une a Ia subunidad 50S. El
~:ente que rodea a cada RNAt es proporcionado
- .:ipalmente por el RNAr. En cada sitio, el RNAr
~eta al RNAt en partes de Ia estructura univer-
::-me conservadas.
.::empre ha sido un gran enigma como dos
-_: oluminosos pueden acomodarse uno allado
:ro en codones adyacentes de lectura . La es-
:: .~ra cristalina muestra un doblez de 45 en el
Los contactos entre las subunidades ribos6 micas son princi-
palmente de RNA (en color purpura). Los contactos que implican prote\nas
se identifican con color amarillo. Las dos subunidades se han rotado para
alejar una de otra y mostrar las caras en que tienen lugar los contactos;
desde un plano perpendicular ala pantalla, la subunidad 50S ha sido girada
goo en direcci6n contraria a las manecillas del reloj, en tanto que la 30S
ha sido rotada goo en direcci6n de las manecillas del reloj (aqu\ muestra al
contra rio de la orientaci6n usual) . Imagen cortes\ a de Harry Noller, Univer-
sity of California, Santa Cruz.
RNAm, entre los sitios P y A, que permite que los
RNAt embonen, segun seve en Ia ampliacion de Ia
. Los RNAt de los sitios PyA se ubican en
u n angulo de 26 respecto de ellos mismos, en sus
anticodones. La aproximaci6n mayor entre las co-
lumnas vertebrates del RNAt ocurre en los extremos
3', donde convergen con una separacion 5 A (per-
pendicular al plano de Ia pantalla), lo cual permite
que Ia cadena peptfdica sea transferida del peptidil-
RNAt del sitio Pal aminoacil-RNAt del sitio A.
Para que el EF-Tu hidrolice al GTP y sea libe-
rado del ribosoma, es necesario que el aminoacil-
RNAt sea insertado en el sitio A por el EF-Tu y qu e
se aparee con el codon (vease Ia seccion 8.10, El fac-
tor de elongacion Tu carga al aminoacil-RNAt en el
sitio A). Para empezar, el EF-Tu coloca al aminoacil-

8.17 Los ribosomas tienen numerosos centros actives 177


El ribosoma 70S esta formado por la subunidad
50S (blanco) y la 30S (purpura), con tres moleculas de RNAt
localizadas superficialmente: representadas con color amarillo
en el sitio A, azul en el sitio P y ve rde en el E. Imagen cortesia
de Harry Noller, University of California, Santa Cruz.
Las tres moleculas de RNAt tienen orientacio-
nes distintas en el ribosoma. El RNAm gira entre los sitios P
y A para permitir que los aminoacil-RNAt se unan a codones
adyacentes. Imagen cortesia de Harry Noller, University of Ca-
lifornia, Santa Cruz.
RNAt en la subunidad pequeiia, donde el anticodon
se a pare a con el codon. Es necesario que el RNAt se
mueva para que penetre totalmeme en el sitio A,
cuando su extremo 3' entra al centro peptidil trans-
ferasa en la subunidad grande. Hay diferentes mo-
delos que explican como ocurre este proceso . Uno
de ellos exige que el RNAt completo gire, de manera
que el codo de la estructura en forma deL formada
por los brazos D y T'l'C entre en el rib osoma para
que el brazo T'l'C se aparee con el RNAr. En otro se
requiere que Ia estructura interna del RNAt cambie
y utilice ellazo anticodon como bisagra para que el
resto del RNAt rote de una posicion en la cual esta
apilado en el !ado 3' del lazo anticodon, a una en
que este apilado en ellado 5' . Despues de Ia transi-
178 CAPITULO 8 Sintesis proteinica
cion, el EF-Tu hidroliza al GTP para que proceda !c.
sfntesis protefnica .
La translocaci6n implica movimientos amplio~
en las posiciones de los RNAt en el ribosoma. E
extremo anticodon del RNAt se mueve -28 A de:
sitio A a! P, y posteriormente otros 20 A del P alE.
Como resultado del angulo de cada RNA respect
del anticodon, el volumen deiRNAt avanza distan-
cias mucho mas grandes: 40 A del sitio A a! P, y 5:'
del PalE, lo cual sugiere que Ia translocaci6n exige
una importante reorganizaci6n de la estructura.
Durante muchos aiios se penso que Ia trans -
locacion podia ocurrir solo en presencia del facto
EF-G, sin embargo, el antibiotico esparsomicina
(que inhibe la actividad de Ia peptidil transferasa) Ia
desencadena. Esto sugiere que Ia energia necesaria
para conducir la translocacion de hecho es almace-
nada en el ribosoma despues de que se ha formad
el enlace peptfdico. En generaL el EF-G actua en e:
ribosoma para liberar esa energia y permitirle con-
ducir la translocacion, no obstante la esparsomicina
puede tener la misma funci6n. La esparsomicina in-
hibe Ia peptidil transferasa al unirse a! peptidil-RNA:
al bloquear su interaccion con el aminoacil-RNAt.
Probablemente crea una confonnaci6n semejante
a la conformacion postranslocaci6n usuaL que a su
vez, favorece el movimiento del peptidil-RNAt. L
importante es que Ia translocacion es una propiedac
intrinseca del ribosoma.
El modelo de estados hibridos sugiere que lc.
translocaci6n puede suceder en dos etapas, con una
unidad ribosomica desplazandose respecto de Ia otra
para dar Iugar a una etapa intermedia en la cua:
hay sitios de union al RNAt hfbridos (50SE/30S P y
50SP/3 0S A) (vease la Fig. 8.29). La comparaci6n
de Ia estructura del ribosoma entre el estado previ
y el posterior a la translocaci6n y de la conforma-
ci6n del RNAr l6S entre las subunidades 30S libre~
y los ribosomas 70S, sugiere que Ia motilidad de [<:
estructura es especialmente obvia en las regiones d
la cabeza y de la plataforma de Ia subunidad 30S.
Una perspectiva interesante del modelo de estados
hfbridos proviene de que numerosas bases del RNAr
implicadas en la asociaci6n de las subunidades es-
tan cerca de bases involucradas en Ia interacci6
con el RNAt, fen6meno que sugiere que los sitio5
de union con el RNAt estan pr6ximas a la interfase
entre las subunidades e implica que ciertos cambios
en la interaccion entre estas tengan relaci6n cone
movimiento del RNAt.
Gran parte de Ia estructura del ribosoma es
ocupada por sus centros activos. La perspectiva
esquemcitica de los sitos ribos6micos de la ,uR
muestra que constituyen unos dos tercios de
la estructura ribosomica. Un RNAt entra al sitio A.
es transferido por translocaci6n a! interior del P y
 ~ :eriormente abandona el ribosoma (bacteriano)
.=-aves del sitio E. Los sitios A y P cubren las dos Membrana
: !.l nidades ribosomicas; el RNAt se aparea con el
Am en Ia subunidad 305, sin embargo, Ia transfe-
-: ja del peptido sucede en Ia subunidad 50S. Los
s P y A son adyacentes, lo que permite que Ia
.. locacion desplace a! RNAt de un sitio a! inte -
: el otro. El sitio E esta localizado cerca del sitio
sicion a mectio camino hacia Ia superficie de
bunidad 50S). El centro peptidil transferasa se
:~~ iza en Ia subunidad 50S, cerca de los extremos
El ribosoma tiene numerosos centros activos y
- :1oacilo de los RNAt de los sitios A y P (vease Ia puede estar asociado con una membrana. El RNAm gir.a .at pasa~
_jon 8.18, El RN Ar 165 desempefia una funcion a traves de los sitios PyA, que forman un angulo. El s1t10 Eesta
. .: a en Ia sintesis protefnica ). mas alta del P. El sitio peptidil transferasa (no ilustrado) abarca
Todas las protefnas de union a! GTP que fun- las regiones superiores de los sitios P y A. Parte del sitio unido
:-:an en Ia sfntesis protefnica (EF-Tu, EF-G, IF -2 al EF-Tu/ G se encuentra en la base de los sitios A y P.
: ::1, -2 y -3) se unen al mismo sitio de union a!
. . r (en ocasiones llamado centro GTPasa), el cua l
La incorporacion del R.t'lA 55 a las subunidades
_ blemente desencadena Ia hidrolisis de sus GTP.
50S ensambladas in vitro depende de Ia capacidad de
_ . ~ sitio se encuentra enla base del ped{mculo de Ia
tres proteinas, L5, LS y L25, para formar un complejo
: .;nidad grande, formada por protefnas L7 y Ll2
estequiometrico con el. Dicho complejo puede unir-
_- es una modificacion de Ll2 y tiene un grupo
se con el RNAr 235, a diferencia de los componentes
.: ::to en Ia terminal N). Adem.3s de esta region,
aislados; se encuentra proximo a los sitios A y P.
_ mplejo formado por Ia protefna Ll1 con un
Una protefna naciente emerge a traves del ribo -
..:.;::nento de 58 bases del RNAr 235 provee el sitio
soma, lejos de los sitios activos, en el interior de Ia
- -_nion para algunos antibioticos que inciden en
reoion
o en Ia cuallos ribosomas pueden ser adheri-
- :ividad GTPasa, y si de hecho ninguna de estas
dos a las membranas (vease el Capitulo 10, La loca-
-_: cruras ribosomicas posee actividad GTPasa, am -
lizacion de las protefnas). Una cad en a polipeptfdica
son necesarias para ello. La funcion del riboso -
emerae del ribosoma a naves de un canal de salida
. ~ activar Ia hidrolisis de GTP mediante factores b .
que va del sitio peptidil transferasa a Ia superfioe
2-os al sitio de union con el factor.
de Ia subunidad 50S . El t{mel esta formado princi-
:..a union inicial de las subunidades 305 con el
palmente por RNAr. Es bastante angosto, mide de
""m requiere de Ia protefna S 1, que posee una 1 a 2 nm, y tiene -10 nm de largo . El polipeptido
=-=e afinidad por el acido nucleico de cadena in- naciente emerge del ribosoma a -1 5 A de distancia
: a! y es responsable del mantenimiento del del sitio peptidil transferasa. En el tune! caben -50
.:-:lo de cadena {mica en el RNAm unido a Ia sub- aminoacidos y probablemente constrifie a Ia cade-
_:ad 305. Esta accion es necesaria para evitar que na polipeptfctica, de manera que no pueda plegarse
:_..un adquiera una conformacion de bases parea- hasta abandonar el domino de salida .
..:ladecuada para Ia traduccion. La estructura de
- tefna S 1 es demasiado alargada y se relaciona
:as protefnas S18 y 521; las tres constituyen un I!B!I
liliil El RNAr 165 desempefia una
- inio involucrado en la union inicial del RNAm
nion del RNAt iniciador, lo cual ubica el sitio
funci6n activa en la sintesis
- . .ion con el RNAm en las cercanfas de Ia hendi- prote1nica
.:. :ie Ia subunidad pequefia (vease !a Fig. 8.3). El Concepto principal
-::mo 3' del RNAr, que se aparea con el sitio de
El RNAr 165 desempefia un papel activo en las
-;;,cion del RNAm, se localiza en esta region.
funciones de la subunidad 305, pues interactua
:.. s factores de iniciacion se unen a Ia misma directamente con la subunidad 50S y con los
_ . :1 del ribosoma . El IF -3 puede estar entrelazado anticodones de las moleculas de RNAt localizadas en
:::1 extrema 3' del RNAr, asf como con numero- los sitios P y A.
ro tefnas ribosomicas, incluidas las que proba-
: -.ente estan implicadas en la union del RNAm.
_:lcion del IF-3 podrfa ser estabilizar Ia union Originalmente se pensaba que el ribosoma era una
-..;:;}Subunidad 305; posteriormente serfa despla- coleccion de protefnas con varias actividades catalf-
al unirse Ia subunidad 50S. ticas mantenidas juntas por interacciones protefna-

8.18 El RNAr 165 desempefia una funci6n activa en la slntesis protelnica 179

Dominio central
II 1111
Dominio 5' Dominio me nor 3'
111 1 II II Jl 1111 l
= licina E3 producida por algunas bacterias, Ia cu~
Algunos sitios del RNAr 165 estan protegidos de sondas
qu\micas cuando las subunidades 50S se unen a las 305 o cuando el
aminoacil-RNAt se une al sitio A. Otros son los sitios de mutaciones
que afectan a la s\ntesis prote\nica. Los sitios de supresi6n TERM
pueden afectar la terminaci6n en algunos o muchos codones de ter-
minaci6n. Los bloques grandes coloreados indican los cuatro dominios
del RNAt.
protefna y por union al RNAr. Sin embargo, el des-
cubrimiento de moleculas de RNA con actividades
catalfticas (vease el Capftulo 26, Corte, empalme y
procesamiento del RNA) sugiere inmediatamente
que el RNAr puede tener una participacion mas ac-
tiva en Ia funcion del ribosoma. Ahora hay eviden-
cias de que el RNAr interactua con el RNAm o con
el RNAt en todas las etapas de Ia traduccion y que
las protefnas son necesarias para mantener al RNAr
en una estructura en la cual pueda realizar las fun-
ciones catalfticas. En numerosas interacciones estan
involucradas regiones especificas del RNAr:
El extremo 3' del RNAr interactua directa-
mente con el RNArn en Ia iniciacion.
Regiones espec:fficas del RNAr 16S interac-
tuan directamente con las regiones antico-
don de los RNAt en e l sitio A y el P. De
manera similar, el RNAr 23S interactua con
el extremo CCA del peptidil-RNAt en el sitio
A yel P.
180 CAPITULO 8 S\ntesis prote\nica
La interaccion de las subunidades implica
interacciones entre los RNAr 16S y 23S
(vease Ia seccion 8.16, El RNA ribosomico
abarca am bas subunidades ribosomicas).
Mediante antibioticos que inhiben el proceso
en ciertas etapas se ha obtenido mucha informacion
acerca de cada paso de Ia sfntesis protefnica bacte-
riana. La diana del antibiotico puede ser identificada
por el componente en el cual ocurren mutaciones
resistentes, y si bien algunos antibioticos actuan
sobre proteinas ribosomicas individuales, muchos
inciden en el RNAr, lo cual sugiere que esta invo-
lucrado en muchas de las funciones del ribosoma.
si no es que en todas.
Las funciones del RNAr se han investigado me-
diante dos tipos de metodos. Los estudios estruc-
turales muestran que regiones especificas estan lo-
calizadas en sitios importantes del ribosoma y que
las modificaciones qufmicas de estas bases impide1:
funciones particulares de los ribosomas. Por otra
parte, las mutaciones identifican a bases del RNAr
necesarias para funciones ribosomicas particulares_
En Ia se resumen los sitios del RNAr 165
identificados por estos medias.
Un indicio de Ia importancia del extremo 3' de-
RN Ar 16S es su susceptibilidad a! agente leta! co-
divide a -50 nucleotidos del extremo 3' del RNAr
16S de E. coli. Esta division suprime por completo
el inicio de Ia sfntesis protefnica. Muchas funcione'
importantes necesitan la region dividida, como l2
union del factor IF- 3, el reconocimiento del RNAn:
y Ia union del RNAt.
El extremo 3' del RNAr 16S participa directa-
mente en la reaccion de iniciacion por apareamient
con Ia secuencia Shine-Dalgarno en el sitio de unior.
con el ribosoma del RNAm (vease la Fig. 8.16). Otrc:
funcion directa del extremo 3' del RNAr l6S en Ia
sintesis protefnica se demuestra por las propieda-
des de los mutantes resistentes a la kasugamicina
que carecen de ciertas modificaciones en el RNA
16S. La kasugamicina bloquea la iniciacion de lc:
sintesis proteinica. Los mutantes resistentes del tipc
ksgA carecen de la enzima metilasa que introduce
cuatro grupos metilo a adeninas adyacentes locali-
zadas en un sitio cercano al extremo 3' del RNA
16S. La metilacion genera la secuencia altamente
conservada G-m/A-m 26 A, que se encu entra en e:
RNAr pequefio de las eucariotas y las procariotas
La secuencia metilada se relaciona con Ia union de
las subunidades 30S y 50S, Ia cual a su vez est.{
vinculada con Ia retencion del RNAr iniciador e _
el ribosoma completo. La kasugamicina induce lc.
libe racion del fMet-RNAt, de los ribosomas sensiti-
vos (metilados), pero los ribosomas resistentes sor.
capaces de retener al iniciador.

RA 8.4 Durante la sintesis proteinica puede ocurrir un
-- bio en la conformacion del RNAr 165.
Los cambios en la estructura del RNAr 16S ocu-
-:-.:> n cuando los ribosomas estan implicados en la
-~t esis protefnica, como se observa por la protec-
=5n de bases particulares contra ataques quirnicos.
:.. -s sitios individuales se encuentran en algunos
:--1pos concentrados en los dominios 3' menor y
:.=:ural. Aunque las localizaciones estan dispersas
o::. Ia secuencia lineal del RNAr 16S, parece probable
: .:e la posicion de las bases involucradas en Ia mis-
-.il fun cion esten de hecho ubicadas en la estructura
-=:ciaria, cerca una de la otra.
Algunos de los cambios del RNAr 16S son in-
-_:_ "dos por la union de las subunidades 50S, la del
-_ -_-\ill o la del RNAt. Dichos cambios indican que
~os eventos tienen relacion con cambios en Ia con-
-:-:-nacion del ribosoma que afectan la exposicion
-:. RNAr, aunque no necesariamente indican la
- : :t:icipacion clirecta del RNAr en estas funciones.
_:__-_la Tr, se muestra un cambio que ocurre
-.::ante la sintesis protefnica; implica un movirnien-
: cal para moclificar la naturaleza de una secuen-
- ~ duplex corta.
El RNAr 16S tiene que ver con la funcion del
o A y del P, y cuando estos sitios estan ocupa-
- . -;:, ocurren cambios significativos en su estructu-
- Ciertas regiones distintas estan protegidas por
~NAt unido al sitio A (vease la Fig. 8.45). Una
: ~ l lazo 530 (que tambien es el sitio de una mu
-;6n que impide la terminacion en los codones
- _-,___-\, UAG y UGA) . La otra es la region 1400 a 1500
.:::wminada asi porque las bases 1399 a 1492 y
- 3deninas 1492-1493 son dos fragmentos de ca-
::::._a unica conectados por una horquilla larga).
- 2os los efectos de la union del RNAt en RNAr
- ~ pueden ser producidos por el oligonucleotido
..:.do del tallo-lazo anticodon, de tal manera que
_nion RNAt-subunidad 30S debe involucrar a
~r egion.
Las adeninas que se encuentran en 1492 y
--= ~
3 proporcionan un mecanismo para detectar
-::.plejos codon-anticodon apareados adecuada-
:- re. El principio de la interaccion es que la es-
8.18 El RNAr 165 desempefia una funcion activa en la sintesis proteinica
lnteracci6n
RNAm-RNAt
El complejo codon-anticodon
forma 3 pares de bases
lnteracci6n
I
O N1
. HO
La combinacion apareada erroneamente
tiene solo dos pares de bases
El apareamiento codon-anticodon respalda la
interaccion con las adeninas 1492 a 1493 del RNAr 165, si
bien los apareamientos erroneos RNAt-RNAm no pueden in-
teractuar.
tructura de RNAr 16S responde a la estructura de
los dos primeros pares de bases en el surco menor
del duplex formado por la interaccion codon-anti-
codon. El cambio de la posicion N1 de la base 1492
ode la 1493 en el RNAr impide la union del RNAt
con el sitio A Sin embargo, las mutaciones en las
posiciones 1492 y 1493 pueden ser suprimidas por
la introduccion de fluorina en la posicion 2' de las
bases corresponclientes del RNAm (con lo cual se
restablece la interaccion). En la se mues-
tra que el apareamiento entre el codon y el antico-
don permite que el N1 de cada adenina interactue
con el grupo OH-2' de la estructura principal del
RNAm. Cuando entra un RNAt incorrecto a! sitio A,
la estructura del complejo codon-anticodon se dis-
torsiona y no puede tener lugar dicha interaccion,
que la asociacion del RNAt con el sitio A.
El RNAt localizado en el sitio P protege a una
variedad de bases en posiciones diferentes del RNAr
l6S; muy probablemente las bases se encuentren
cerca una de la otra en la estructura terciaria. De he-
cho, hay mas contactos con el RNAt cuando se en-
cuentra en el sitio P que cuando se encuentra en el
A, situacion que puede ser responsable de la mayor
estabilidad del peptidil-RNAt respecto de la del ami-
181
 noacil-RNAt. Esto tiene sentido, pues una vez que el
RNAt ha llegado al sitio P, el ribosoma ha decidido
que esta correctamente unido, mientras que en el
sitio A tiene Iugar la evaluaci6n de las uniones. La
region 1400 puede entrelazarse directamente con el
peptidil-RNAt, lo cual sugiere que esta region es un
componente estructural del sitio P.
La conclusion basica derivada de estos resultados
es que el RNAr tiene numerosas interacciones con el
RNAt y con el RNAm y que estas interacciones sere-
piten cada ciclo de formaci6n de enlaces peptfdicos.
1m El RNAr 235 tiene actividad
peptidil transfe rasa
Concepto principal
La actividad peptidil transferasa reside exclusivamente
en el RNAr 235.
Los sitios implicados en las funciones del Rt'JAr 2 3 S no
estan tan bien identificadas como los del RNAr 16S,
sin embargo, se observa el mismo patron general:
las bases de ciertas posiciones influyen en funciones
espedficas. Las bases ubicadas en algunas posicio-
nes del RNAr 23S son afectadas por la conformaci6n
del sitio A o del P; en particular, los oligonucle6tidos
derivados del CCA terminal 3' del Rt'JAt protegen a
un conjunto de bases del RNAr 23S, esencialmente
las mismas protegidas por el peptidil-RNAt, lo cual
sugiere que la interacci6n principal del RNAr 23S con
el peptidil-RNAt en el sitio P involucra al extremo 3'
del RNAt.
El RNAt establece contactos con el RNAr 23S
tanto en el sitio P como en el A. En el sitio P, la
G2552 del RNAr 23S se aparea con la C74 del pep-
tidil-RNAt. Una mutacion en laG del RNAr evita la
interacci6n con el RNAt, si bien dicha interacci6n es
restablecida por una mutaci6n compensadora en la
C del extremo amino aceptor del Rt'JAt. En el sitio
A, la G2553 del RNAr 23S se aparea con la C75
del aminoacil-RNAt, de modo que en ambos sitios de
union con el RNAt hay una funci6n cercana del
RNAr. Ciertamente, cuando se tenga una perspec-
tiva estructural mas clara de Ia region, sera posible
entender los movimientos del RNAt entre los sitios
A y Pen cuanto a establecimiento y perdida de con-
tactos con el RNAr.
Otro sitio que se une al RNAt es el E, localizado
casi exclusivamente en la subunidad 50S. Las bases
afectadas por su conformaci6n pueden ser identifi-
cadas en el RNAr 23S.
2,Cual es Ia naturaleza del sitio de la subunidad
50S que proporciona la funcion peptidil transferasa?
Primero se indica la implicaci6n del RNAr debido a
182 CAPITULO 8 5\ntesis prote\nica
que una region del RNAr 23S es el sitio de muta-
ciones que confiere resistencia a los antibioticos que
inhiben a la peptidil transferasa.
No se ha tenido exito en una larga busquedc.
de protefnas ribos6micas que potencialmente ten-
gan actividad catalitica, aunque resultados reciente<
sugieren que el RNA ribos6mico de la subunida ri
grande posee dicha actividad. La extracci6n de cas:
todo el contenido protefnico de las subunidade '
50S deja al RNAr 23S asociado en gran medida cor.
fragmentos de protefnas que representan <5% dt>
Ia masa de las protefnas ribos6micas. Esta prepa-
raci6n retiene la actividad peptidil transferasa. Lo'
tratamientos que dai'ian al metabolismo del RN; _
suprimen la actividad catalitica.
A partir de estos resultados, el RNAr 23S pre-
parado por transcripci6n in vitro puede catalizar lc
formaci6n de un enlace peptfdico entre el Ac-Phe-
RNAt y el Phe-RNAt. El rendimiento del AC-Phe-
Phe es muy bajo, lo cual sugiere que el RNAr 23 5
requiere de protefnas para funcionar con la maxi-
ma eficiencia. Sin embargo, debido a que el RNk
tiene la actividad catalftica basica, la funci6n de la:
protefnas debe ser indirecta, de modo que pliegueL
al RNAr de forma adecuada o para presentar a e:
los sustratos. Por otra parte, la reacci6n funciona
aunque con menor efectividad, si los dominios de:
RNAr 23S son sintetizados separadamente y des-
pues se combinan. De hecho, el dominio V, que
tiene al centro catalftico, presenta cierta actividad
Esta ultima es abolida por mutaciones en la posici6r
2252 del domino V que yace en el sitio P.
La estructura cristalina de la subunidad 50S de
las archaea muestra que el sitio peptidil transferas e.
basicamente esta formado por RNAr 23S. iNO ha\
protefnas a una distancia de 18 A del sitio activo e{~
donde ocurre la reacci6n de transferencia entre e:
peptidil-RNAt y el aminoacil-RNAt!
La sfntesis del enlace peptfdico exigue que e:
grupo amino de un aminoacido ataque al grup o
carboxilo de otro aminoacido. La catalisis implica
que un residuo basico acepte el atomo de hidr6-
geno liberado del grupo amino, como se muestra
en la l . Si el RNAr es el catalizador, debe
proporcionar dicho residuo, sin embargo no se sabe
como sucede esto. Las purinas y las pirimidinas n o
son basicas a pH fisiol6gico. Una base ampliamente
conservada (en la posicion 2451 de E. coli) habia
sido implicada, pero ahora parece no tener las pro-
piedades adecuadas ni ser crucial para la activida d
peptidil transferasa.
Las protefnas unidas al RNAr 23S fuera de la re-
gion peptidil transferasa casi seguramente necesarias
son que que el RNAr forme la estructura apropiada
in vivo. La idea de que este ultimo es el componente
catalftico coincide con los resultados descritos en el
 ribosoma completo. Las diferencias de susceptibili-
dad de los RNAr a agentes externos constituyen uno
de los indicadores mas poderosos (vease Ia seccion
8.18, El RNAr 16S desempena una funcion activa
transferencia cadena
en Ia sfntesis protefnica). De forma mas directa, las
del peptidi~ - peptfdica
I
comparaciones entre estructuras cristalinas de alta
Base:~ ''~ H-N
H-C-R '
H-C-R resolucion de las subunidades individuales y Ia es-
I I
,.C~ tructura de menor resolucion del ribosoma intacto
0 0 dc"o sugieren diferencias significativas, idea confirmada
I I

RNAt I RNA! por una estructura cristalina del ribosoma de E. coli

f cadena a 3.5 A, Ia cual, ademas, identifica dos conformacio-
~ pept,idica nes diferentes del ribosoma que prueban represen-
N :~-N
I I tar eta pas diferentes de Ia sfntesis protefnica.
Base H-C-R
I
H-C-R
I El crista! contiene dos ribosomas por unidad,
dc''o o'c"o cada uno con diferente conformacion. Las diferen-
I I

RNAt RNA! cias se de ben a cambios en el posicionamiento de los

dominios en cada subunidad, y Ia mas importante
cadena peptidica consiste en que en una conformacion, Ia cabeza de
'
H-N Ia subunidad pequena ha girado aproximadamente
'
H-G-R 6 en torno a Ia region del cuello, hacia el sitio E.
cf
C' N,.H Asimismo, Ia rotacion de 6 en Ia direccion opuesta
se observa en las estructuras (de baja resolucion)
'
H-C-R de los ribosomas de Thermus thermophilus que estan
H '
, C,.
0I 0I 0 unidos al RNAm y que tienen moleculas de RNAt en
RNA! RNAt los sitios A y P, lo cual sugiere que Ia cabeza puede
girar en total 12, dependiendo de Ia etapa de Ia
La formaci6n de enlaces peptldicos requiere de sfntesis protefnica. La rotacion de Ia cabeza sigue el
-=- ~.isisacido-base en la cual se transfiere un atomo de H a curso de los RNAt a traves del ribosoma, haciendo
::siduo basico. posible que su rotacion controle el movimiento del
RNAm y el RNAt.
Los cambios de conformacion que ocurren con
::.. :.. itulo 26, Corte, empalme y procesamiento del Ia union de las subunidades son mucho mas mar-
-_-\, los cuales identifican las propiedades cataliticas cados en Ia subunidad 30S que en Ia 50S, y proba-
:. RNA involucradas en numerosas reacciones de blemente estan relacionados con el control de Ia
-- :esamiento del RNA, ademas de que concuerda posicion y con el movimiento del RNAm. El cambio
- Ia nocion de que el ribosoma evoluciono a partir mas significativo en Ia subunidad 50S concierne al
- nciones originalmente posefdas por el RNA. centro peptidil transferasa. Las subunidades 50S son
-1 000 veces menos efectivas en Ia catalisis de Ja
sintesis de los enlaces peptfdicos que los ribosomas
Las estructuras ribos6micas completos, quiza por un cambio en Ia estructura
cambian cuando se unen que posiciona a! sustrato de forma mas efectiva en
las subunidades el sitio activo del ribosoma completo.
Una de las caracteristicas principales derivadas
' :Onceptos principales de Ia estructura del ribosoma completo es Ia densi-
_a cabeza de la subunidad 30S gira alrededor del cuello dad extremadamente alta de contactos disociables en
:uando se forman los riboso mas completes. su interfase, que puede ayudar a establecer y rom-
:t sitio activo peptidil transferasa de la subunidad 50S per contactos, fenomeno esencial para Ia asociacion
es mas activo en los ribosomas completes que en las y disociacion de subunidades que tambien podria
subunidades individuates 50S. estar involucrado en los cambios estructurales que
. a interfase entre las subunidades 50S y 305 es muy ocurren durante Ia translocacion .
ica en contactos disociables.

_.:has evidencias indirectas sugieren que las es-

EEl Resumen
-- :turas de las subunidades individuales cambian Los ribosomas son particulas ribonucleoproteinicas
_ cativamente cuando se juntan para formar un en las cuales Ia mayor parte de Ia masa es propor-

8.21 Resumen 183

 cionada por el RNAr. La forma de todos los riboso-
mas suele ser similar, no obstante, solo los de las
bacterias (70S) han sido caracterizados en detalle.
La subunidad pequefia (30S) es de forma alarga-
da y esta constituida por un "cuerpo" que contiene
aproximadamente dos tercios de Ia masa dividida
a Ia altura de Ia "cabeza" por una hendidura . La
subunidad grande (50S) es mas esferica, con un
"pedunculo" prominente en Ia parte derecha y una
"protuberancia central". En Ia subunidad pequefia
se conoce la localizacion de aproximadamente todas
las protefnas.
Cada subunidad contiene un RNAr mayor uni-
co, de l6S y 2 3S en las procariotas y de l8S y 28S en
el citosol eucariotico. Tambien hay RNAr menores,
notablemente el 5S localizado en Ia subunidad gran-
de. Los RNAr presentan un extenso apareamiento
de bases, principalmente en forma de cortos tallos
duplex apareados de manera imperfecta con lazos
de cadena unica. Las caracterfsticas conservadas en
el RNAr pueden ser identificadas a! comparar las
secuencias y las estructuras secundarias que pueden
extraerse de los RNAr de diversos organismos. El
RNAr l6S tiene cuatro dominios, en tanto que el
23S posee seis dominios diferentes. Los RNAr eu-
carioticos tienen dominios adicionales.
La estructura cristalina muestra que en Ia sub-
unidad 30S la distribucion del RNA y las protefnas
es asimetrica, el primero esta concentrado en Ia
interfase con Ia subunidad 50S. La subunidad 50S
tiene una superficie de protefnas con varillas largas
de RNA de cadena doble que se entrecruzan sobre
Ia estructura. La union de las subunidades 30S y
50S implica contactos entre el RNAr l6S y el RNAr
23S. La interfase entre las subunidades es muy rica
en contactos disociables. En ambas subunidades
ocurren cambios estructurales cuando se unen para
formar un ribosoma completo.
Cada subunidad tiene varios centros activos con-
centrados en el domino de traduccion del ribosoma,
donde las protefnas son sintetizadas. Estas ultimas
abandonan a! ribosoma a traves del dominio de sa-
lida, el cual puede asociarse con una membrana. Los
sitios activos principales son A y P, asf como el E y
los sitios de union con el EF-G y el EF-Tu, el peptidil
transferasa y el de union con el RNAm. La confor-
macion del ribosoma puede cambiar en etapas de la
sfntesis protefnica; se han detectado diferencias en
Ia accesibilidad de regiones especfficas de los RNAr
mayo res.
Los RNAt localizados en los sitios A y P son pa-
ralelos. Los lazos anticodon estan unidos al RNAm
en un surco localizado en Ia subunidad 30S. El resto
de cada RNAt se une ala subunidad 50S. Un cam-
bia conformacional del RN At en el sitio A es nece-
184 CAPITULO 8 Slntesis proteinica
sario para colocar su extremo aminoacilo en yuxta-
posicion con el extremo del peptidil-RNAt del sitio
P. El sitio peptidil transferasa que liga a los sitios de
union A y P esta hecho de RNAr 23S, el cual tiene
actividad catalitica peptidil transferasa, aunque Ia.
protefnas son probablemente necesarias para que se
adquiera Ia estructura correcta.
La funcion activa del RNAr en Ia sfntesis protef-
nica es indicada por mutaciones que inciden en la
funcion ribosomica, las interacciones con el RNAm
o el RNAt que pueden ser detectadas por ligamiento
cruzado qufmico y los requerimientos para man-
tener las interacciones de apareamiento de base
individuales con el RNAt o el RNAm. La region 3'
terminal del RNAr se aparea con el RNAm en Ia
iniciacion. Las regiones internas forman contactos
individuates con los RNAt en los sitios PyA. El RNA
ribosomico es el objetivo de algunos antibioticos u
otros agentes que inhiben Ia sfntesis protefnica.
Un codon en el RNAm es reconocido por un
aminoacii-RNAt, el cual tiene un anticodon comple-
mentario del codon que transporta al aminoacido
correspondiente a dicho codon. Un RNAt iniciador
especial (fMet-RNAtr en las procariotas o Met-RNAt
en las eucariotas) reconoce al codon AUG, el cual
es utilizado para iniciar todas las secuencias cod.i-
ficadoras. En las procariotas tambien se utiliza el
codon GUG. Solo los codones de terminacion (sin
sentido), UAA, UAG y UGA, no son reconocidos por
los aminoacil-RNAt.
Los ribosomas son liberados de Ia sfntesis pro-
tefnica para entrar a un banco de ribosomas libre
que estan en equilibria con subunidades pequefias
y grandes separadas. Las subunidades pequefias se
unen al RNAm y posteriormente se ensamblan con
las subunidades grandes para formar ribosomas in-
tactos que asumen Ia sfntesis protefnica. El reconoci-
rniento de un sitio de iniciacion procariotico implica
la union de una secuencia localizada en el extrema
3' del RNAr con la secuencia Shine-Dalgarno, la
cual precede al codon AUG (o GUG) en el RNAm.
El reconocimiento de un RNAm eucariotico invo-
lucra Ia union con el casquete 5'; posteriormente.
la subunidad pequefia migra al sitio de iniciacion a]
buscar codones AUG, y cuando reconoce a! apropia-
do (en generaL aunque no siempre, el primero que
encuentra), se le adhiere una subunidad grande.
Un ribosoma puede portar dos aminoacil-RNAt
simultaneamente: su sitio Pes ocupado por un po-
lipeptidil-RNAt, el cual transporta la cadena poli-
peptfdica sintetizada hasta el momenta, mientras
que el sitio A es utilizado como entrada por un ami-
noacil-RNAt que porta a! siguiente aminoacido que
sera agregara a la cadena. Los ribosomas bacteria-
nos tambien tienen un sitio E a traves del cual pasa
: 1.NAt desacilado antes de su liberacion despues
= haber sido utilizado en Ia sfntesis protefnica. La
i ena polipeptfdica ubicada en el sitio P se transfi.e-
-7 at aminoacil-RNAt del sitio A, creando un RNAt
__ cilado en el sitio P y un peptidil RNAt en el A.
Despues de la sfntesis de los enlaces peptfdicos, el
- ~ oma transfiere un codon a lo largo del RNAm,
_ plazando a! RNAt desacilado al interior del sitio E
"-- peptidil-RNAt del sitio A a! interior del sitio P. La
-.:.....slocacion es catalizada por el factor de elongacion
: :. =-Gy, como muchas otras etapas de Ia funcion del
~ ;;oma, requiere de la hidr61isis de GTP. Durante la
.:. .. Jocacion, el ribosoma pasa por una etapa hibrida
:a cualla subunidad 50S se mueve, respecto de
- .tbunidad 30S.
La sintesis protefnica es un proceso costoso,
_o que se utiliza ATP para proporcionar energfa
- .:.~ umerosas etapas, incluida Ia carga del RNAt con
=..:ninoacido y el desenrollamiento del RNAm. jSe
-:stimado que hasta el 90% de las moleculas de
- -:? sintetizadas en una bacteria que se desarrolla
. - -damente es consumido en el ensamblaje de los
- n oacidos para formar protefnas!
En cada etapa de Ia sintesis protefnica se nece-
=n factores adicionales, los cuales son definidos
~ su asociacion cfclica con el ribosoma y por su
d aci6n del mismo. Los IF estan implicados en Ia
:::acion procariotica. El IF- 3 es necesario para que
~ubunidades 30S se unan al RNAm, y tambien
:~ ponsable del mantenimiento de Ia subunidad
~ en forma libre. El IF-2 es necesario para que el
:::-~-RNAt se una ala subunidad 30S yes respon-
1 Moazed, D., Sam aha. R. R. . Gualerzi, C .. and Noller. H. F.
-~ de excluir a otros aminoacil-RNAt de la reac-
--. de iniciacion. El GTP es hidrolizado despue s
. __ .1 el RNAt iniciador se ha unido a! complejo de
-',:;cion. Los factores de iniciacion deben ser Jib e-
- . '> para permitir que se adhiera una subunidad
- de al complejo de iniciacion.
:_a iniciaci6n eucari6tica implica un mayor nu-
::: de factores, algunos de los cuales estan im-
~ os en la union inicial de la subunidad 40S
:-::: remo 5' del RNAm, que posee un casquete,
.= do-e! RNAt iniciador esta unido a otro grupo de
:- :-es. Despues de esta union inicial, la subunidad
__ efi.a explora a! RNAm hasta que reconoce al
_.: !1 AUG correcto. En ese punto, son liberados
::.ctores de iniciacion y la subunidad 60S se une
_ :nplejo.
:..os EF procari6ticos ti enen que ver con la elon-
__ n . El EF-Tu une el aminoacil-RNAt con el ri-
:na 70S. El GTP se hidroliza a! ser liberado el
~ - -=--J. y para regenerar Ia forma activa del EF-Tu,
- ~=e sita EF-Ts. El EF-G es necesario para Ia trans-
- ::::o n. La union de los factores EF- Tu y EF-G con
:- oosomas es excluyente, de modo de garantizar
Ia conclusion de cada paso ante s de que se inicie el
siguiente.
La terrninacion ocurre en cualquiera de los co-
dones especiales, UAA, UAG y UGA. Los RF clase l
que identifican especfficamente a los codones deter-
minacion activan al ribosoma para que hidrolice a!
peptidil-RNAt. Un RF clase 2 es necesario para liberar
a! RF clase I del ribosoma. Los factore s de union con
el GTP, IF-2, EF-Tu, EF-G y RF3, tienen estructuras
similares, ademas de que los dos ultimos simulan Ia
estructura RNA-protefna de los primeros dos cuando
estan unidos a RNAt. Todos se unen al rnismo sitio
ribos 6mlco, el sitio de union al factor G.
Referencias
IIIII La iniciaci6n en las bacterias requiere
de subunidades 305 y de factores accesorios
Art\culos de revision
Maitra, U. ( 1982) . Initiation factors in protein biosynthesis.
Annu. Rev. Biochem . 51, 869-900
Artlculos de investigaci 6n
Carter, A. P .. Clem ons. W. M., Brodersen. D. E., Mor-
gan-Warren. R. J., Hansch, T., Wimberly, B. T., and
Ramakrish nan, V. (200 l). Crystal structure of an
initiation factor bound to the 30S ribosomal subunit.
Science 291,498-501.
Dalla s, A. an d Noller. H. F. (2001). Interaction of transla-
tion initi ation factor 3 with the 30S ribosomal subunit.
Mol. Cell 8, 8 55-864.
( 199 5). Speci fic protection of l6S rRNA by transla-
tiona l ini tiation factors. J. Mol. Bioi. 248, 207-210 .
ID Un RNAt iniciador especial empieza la cadena
polipept\dica
Art\culos de investiga cion
Lee, C. P .. Seong. B. L. . and RajBhandary. U. L. (1991).
Structural and sequ ence elements important for re-
cognition of E. coli form ylmethionine tRNA by methio-
n yl-tRNA tra nsformylase are clustered in the acceptor
stem. J. Bioi. Clu m. 266, 18012-18017.
Marcke r, K. and Sanger, F. ( 1964). N-Form yl-methionyl-S-
RN A. J. Mo l. Bioi. 8, 8 35-840.
Sundari, R. M. , Stringer, E. A .. Schulman, L. H., and
Maitra. U. ( 1976 ). Interaction of bacterial initia-
ti on factor 2 with initiator tRNA. J. Bioi. Chem. 251 ,
3338-3345.
Ill Las subunidades pequeiias buscan sitios
de iniciacion en el RNAm eucari6tico
Art\culos de revision
Hellen. C. U. and Sarnow. P. (2001 ). Internal ribosome
entry sites in eukaryotic mRNA molecules. Genes Dev.
15, 1593-1612.
Referencias 185
 Kozak, M. ( 1978). How do eukaryotic ribosomes select
initiatio n regions in mRNA? Cel/15, 1109- 1123.
Kozak, M. (1983). Comparison of initiation of protein
synth esis in prokaryotes, eukaryotes, and organelles.
Microbial. Rev. 47, 1-45.
Artlculos de invest igaci6 n
Kaminski, A., HowelL M. T., and Jackson, R. J. ( 1990).
Initiation of encepha lomyocarditis virus Rt"JA transla -
tion: the authentic initiation site is not selected by a
scanning mechanism. EMBO 1. 9, 3753-3759.
Pelletier, J. and Sonenberg, N. (1988). Internal initia-
tion of translation of eukaryotic mRNA directed by a
sequence derived from poliovirus RNA. Nature 334,
320- 325.
Pestova, T. V., Hellen, C. U., and Shatsky, I. N. ( 1996).
Canonical eukaryotic initiation factors determin e ini-
tiation of translation by internal ribosomal entry. JVIol.
Cel/Biol. 16,6859-6869.
Pestova, T. V., Shatsky, I. N., Fletcher, S. P., Jackson, R. J.,
and Hellen, C. U. ( 1998). A prokaryotic-like mode of
cytoplasmic eukaryotic ribosome binding to the initia-
tion codon during internal tran slation initiation of
hepatitis C and classical swine fever viru s RNAs. Genes
Dev. 12, 67- 83.
Ill Las eucariotas utilizan un complejo formado por
numerosos factores de iniciacion
Artlc ulos de revisi o n
Dever, T. E. (2002). Gene -specific regulation by general
translation factors. Cell 108, 545-5 56.
Gingras, A. C., Raught, B., and Sonenberg, N. (1999).
eiF4 initiation factors: effecto rs of mRNA recruitment
to ribosomes and regulators of translation. Annu. Rev.
Biochem. 68, 913- 963.
Hershey, J. W. B. (1991). Translational control in mam-
malian cells. Amw. Rev. Biochem. 60,717-755.
Merrick, W. C. (1992). Mechanism and regulat ion of
eukaryotic protein synthesis. Mioobio/. Rev. 56,
291-315.
Pestova, T.V., Kolupaeva, V. G., Lomakin, I. B., Pili-
penko, E. V., Shatsky, I. N., AgoL V.I., and Hellen,
C. U. (200 1). Molecular mechanisms of translation
initiation in eukaryotes. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 98,
7029-7036.
Sachs, A., Sarnow, P., and Hemze, M. W. (1997). Starting
at the beginning, middle, and end: translation initia-
tion in eukaryotes. Ce/189, 831-838.
Artlculos de in vest iga ci6n
Asano, K., Clayton, J., Shalev, A., and Hinnebusch, A.
G. (2000). A multifacror complex of eukaryotic
initiation factors, eiFL eiF2, eiF3, eiF5, and initia-
tor tRNA(Met) is an important translation initiation
intermedia te in vitro. Genes Dev. 14, 2534-2546.
Huang, H. K., Yoon, H., Hannig, E. M., and Donahue, T.
F. ( 1997 ). GTP hydrolysis controls stringent selection
of the AUG start codon during translation initiation
inS. cerevisiae. Genes Dev. 11, 2396-2413.
Pestova, T. V., Lomakin, I. B., Lee, J. H., Choi, S. K.,
Dever, T. E., and Hellen, C. U. (2000) . The joining
of ribosomal subunits in eukaryotes requires eiF5B.
Nature 403, 332- 335.
186 CAPITULO 8 Sintesis proteinica
Tarun, S. Z. and Sachs, A. B. (1996). Association of the
yeast poly(A) tail binding protein with translation
initiation factor eiF-4G. EMBO J. 15, 7168- 7 177 .
llrJ La translocaci6n mueve al ribosoma
Artkulos de revision
Ramakrishnan, V. (2002). Ribosome structure and the
mechanism of translation. Cel/108, 557-572.
Wilson, K. S. and Noller, H. F. ( 1998). Molecular move-
ment inside the translational engine. Cell 92, 337- 349
Artk ulos de investigaci6n
Moazed, D., and Noller, H. F. (1986). Transfer RNA shield>
specific nucleotides in 16S ribosomal RNA from attac -
by chemical probes. Cel/47, 985-994.
Moazed, D. and Noller, H. F. ( 1989). Intermediate states iP.
the movement of tRNA in the ribosome. Nature 342,
142-148.
Los factores de elongaci6n se unen alternativament~
al ribosoma
Arti cu los de investigaci6n
Nissen, P., Kjeldgaard, M., Thirup, S., Polekhina, G.,
Reshetnikova, L., Clark, B. F., and Nyborg, J. ( 1995).
Crystal structure of the ternary complex of Phe-tRNA
Phe, EF- Tu, and a GTP analog. Science 270, 1464-1472
Stark, H., Rodnina, M. V., Wieden, H. J., van Heel, M.,
and Wintermeyer, W. (2000). Large-scale movement
of elongation factor G and extensive conformational
cha ng e of the ribosome during translocation. Cell 100.
301-309.
Los codones de terminacion son reconocidos por
factores proteinicos
Arti culos de revisi on
Eggertsson, G. and SoiL D. ( 1988). Transfer RNA-mediated
suppression of termination codons in E. coli. Microbial.
Rev. 52, 354-374.
Frolova, L. eta!. ( 1994). A highly conserved eukaryotic
protein family possessing properties of polypeptide
chain release factor. Nature 372, 701-703.
Nissen, P., Kjeldgaard, M., and Nyborg, J. (2000). Macro-
molecula min1icri EMBO. 1. 19, 489-495
.Articulos de investi gacion
Freistroffer, D. V., Kwiatkowski, M., Buckingham, R. H. ,
and Ehrenberg, M. (2000). The accuracy of codon
recognition by polypeptide release factors. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 97, 2046-2051.
Ito, K., Ebihara, K., Uno, M., and Nakamura, Y. (1996).
Conserved motifs in prokaryotic and eukaryotic poly
peptide release factors: !RNA-protein mimicry hypotl:
esis. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 93, 5443-5448.
Klaholz, B. P., Myasnikov, A. G., and Van HeeL M. (2004
Visualization of release factor 3 on the ribosome
during termination of protein synthesi s. Nature 427,
862-865 .
Mikuni, 0., Ito, K., Moffat, J., Matsumura, K., McCaugha ..
K., Nobukuni, T., Tate, W., and Nakamura, Y. (1994 1
Identification of the p7fC gene, which encodes peptid<"
 hain-release factor 3 of E. coli. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
9 1, 5798-5802.
_:;an, G., Goldstein, J., Scolnick, E., and Caskey, T.
1969). Peptide chain termination . 3. Stimulation of in
ifro termin ation. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 63, 183-190.
.nick, E. et al. (1968). Release factors differing in speci -
fi dty for terminator codons. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
6 1, 768-774.
--::er, M., Al-Karadaghi, S., Hirakawa, G., Kaji, A., and
:.iljas, A. ( 1999 ). Crystal structure of Thennotoga mari-
:ima ribosome recycling factor: a tRNA mimic. Science
_86, 2349-2352.
5- H., Mugnier, P., Das, A. K., Webb, H. M., Evans, D.
R., Tuite, M. F., Hemmings, B. A. , and Barford, D.
2000). The crystal structure of human eukaryotic re-
.ease factor eRF !-mechanism of stop codon recogni-
:ion and peptidyl-tRN A hydrolysis. Celli 00, 311-321.
El RNA ribos6mico abarca ambas subunidades
ribos6micas
-:: :ulvs de revision
W. E. et al. ( 1990). The Ribosome. Washington, DC:
American Society for Microbiology.
- L H. F. (1984). Structure of ribosomal RNA. Annu.
!?ev. Biochem . 53, 119-162.
_:.>r, H. F. (2005) . RNA structure: reading the ribosome.
5 ience 309, 1508-1514.
- ~r. H. F. and Nomura, M. ( 1987). E. coli and S. typhi-
nurium. Washington, DC: American Society for
~- Ucrobiology.
-:1an, H. G. ( 1983). Architecture of prokaryotic ribo -
so mes. Annu. Rev. Biochem. 52, 35-65.
- : J!os de investigaci6n
:\.,Nissen, P., Hansen, J., CapeL M., Moore, P. B.,
and Steitz, T. A. ( 1999). Placement of protein and
~ )fA structures into a 5 A-resolution map of the 50S
:ibosomal subunit. Nature 400, 841-847.
:\.,Nissen, P., Hansen, J., Moore, P. B., and Steitz, T.
.. (2000). The complete atomic structure of the large
:ibosomal subunit at 2.4 A resolution. Science 289,
905-920.
-::ons, W. M. et al. ( 1999). Structure of a bacterial 30S
:ibosomal subunit at 5. 5 A resolution. Nature 400,
' 33-840.
~:>erly, B. T., Brodersen, D. E. , Clemons W. M. Jr.,
..\organ -Warren, R. J., Carter, A. P., Vonrhein, C.,
:-Ja rtsch, T., and Ramakrishnan, V. (2000). Structure
! the 30S ribosomal subunit. Nature 407, 327- 339.
!J)OV, M. M., Yusupova, G. Z., Baucom, A., Lieber-
~ an. A., Earnest. T. N., Cate, J. H. D., and Noller, H.
=-=. (200 l). Crystal structure of the ribosome at 5. 5 A
.esolution. Science 292, 883-896.
Los ribosomas tienen numerosos centros activos
- =- .os. de revision
..:aine, D. L. and Tollervey, D. (2001). The function
.l d synthesis of ribosomes. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 2,
;: :4-520.
:=. P. B. and Steitz, T. A. (2003). The structural basis of
=.rge ribosomal subunit function. Amw. Rev. Biochem.
- 2, 813-850.
Ramakrishnan. V. (2002). Ribosome structure and the
mechanism of translation. Ce/1108, 557-572 .
Arti culos de investigaci6n
Care, J. H., Yusupov, M. M., Yusupova, G. Z., Earnest, T.
N., and Noller, H. F. (1999). X-ray crystal structures
of 70S ribosome functional complexes. Science 285,
2095-2104.
Fredrick, K., and Noller, H. F. (2003). Catalysis of ribo-
somal tra nslocation by sparsomycin. Science 300,
1159-1162.
Sengupta, J., AgrawaL R. K., and Frank, J . (2001). Visua-
lization of proteinS 1 within the 305 ribosomal sub-
unit and its interaction with messenger RNA. Proc.
Nat!. Acad. Sci. USA 98, ll99l-ll996.
Simonson, A. B. and Simonson, J. A. (2002). The trans-
orientation hypothesis for codon recognition during
protein synthesis. Nature 416, 281-285.
Valle, M., Sengupta. J., Swami, N. K.. Grassucci, R. A.,
Burkhardt, N., Nierhaus. K. H., AgrawaL R. K., and
Frank, J. (2002). Cryo-EM revea ls an aaive role for
arninoacy l-tRNA in the accommodation process.
EiVIBOJ. 21, 3557-3567.
Yusupov, M. M .. Yusupova, G. Z., Baucom, A., Lieber-
man, A., Earnest. T. N., Cate, J. H. D., and Noller. H.
F. (2001). Crystal structure of the ribosome at 5.5 A
resolution. Science 292, 883-896.
......
liliil El RNAr 165 desempefia un papel activo
en la sintesis proteinica
Articulos de revision
Noller, H. F. ( 1991). Ribosomal RNA and translation. Annu.
Rev. Biochem. 60, 191-227.
Yonath, A. (2005). Antibiotics targeting ribosomes: resis-
tance, selectivity, synergism and cellular regulation.
Annu. Rev. Biochem. 74, 649-679.
Articulos de investigaci6n
Lodme!L J. S. and Dahlberg, A. E. (1997). A conforma-
tional switch in E. coli l6S rRNA during decoding of
mRNA. Scimce 277, 1262-1267 .
Moazed, D., and Noller, H. F. ( 1986). Transfer RNA shields
specific nucleotides in 165 ribosomal RNA from attack
by chemical probes. Ce/147, 985- 994.
Yoshizawa, S.. Fourmy, D., and Puglisi, J.D. (1999).
Recognition of the codon-anticodon heli x by rRNA.
Science 285, 1722-1725 .
liD El RNAr 235 tiene actividad peptidil transferasa
Artic ulos de i nvestigaci6n
Ban, N., Nissen, P., Hansen, J., Moore, P. B., and Steitz, T.
A. (2000). The complete atomic structure of the Iaroe
ribosomal subunit at 2.4 A resolution. Science 289, "
905-920.
Bayfield, M. A., Dahlberg, A. E., Schulmeister. U., Dorner,
S., and Barta, A. (200 l). A conformational chanoe
in the ribosomal peptidyl transferase center upo~
active/inactive transition. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 98,
10096-10101.
Noller. H. F., Hoffarth, V., and Zimniak, L. (1992). Unusual
resistance of peptidyl transferase to protein extraction
procedures. Scimce 256, 1416-1419.
Referencias 187
 Samaha, R. R., Green, R., and Noller, H. F. (1995 ). A base
pair between tRNA and 23S rRNA in the peptidyl
E Las estructuras ribos6micas cambian cuando
se unen las subunidades
transferase center of the ribosome. Nature 377,
309-3 14. Referencia
Thompson, J .. Thompson, D. F., O'Connor, M., Lieber- Schuwirth, B. S., Borovinskaya, M.A., Hau, C. W., Zhang
man, K. R., Bayfield, M. A., Gregory, S. T., Green, W., Vila-Sanjurjo, A., Holton, J. M., and Cate, J. H.
R.. Noller, H. F., and Dahlberg, A. E. (2001). Analysis (2005). Structures of the bacterial ribosome at 3.5 A
of mutations at residues A2451 and G2447 of 23S resolution. Science 310, 827-834.
rRNA in the peptidylrransferase active site of the
50S ribosomal subunit. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 98,
9002-9007.

188 CAPITULO 8 Sintesis proteinica

ti lizaci6n del c6digo genetico
- -- ----- -
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
Los codones relacionados representan a Rll
aminoacidos relacionados
Sesenta y uno de los sesenta y cuatro tripletes posibles
codifican a veintiun aminoacidos.
Tres codones no representan a aminoacidos y provocan la
terminacion.
El codigo genetico fue congelado en una etapa inicial de la
evolucion y es universal.
La mayoria de los aminoacidos estan representados por ma s
de un codon. U.
Los codone s multiples asignados a un ami noacido suelen
estar relacionados.
Los aminoacidos relacionados con frecuencia tienen codones
relacionados, as1 se mi nimizan los efectos de la mutacion .
El reconocimiento cod6n-anticod6n implica
balanceo
Los codo nes multi ples que rep resentan al mismo aminoacido
frecuentemente difieren en la posicion de la tercera base.
El balanceo del apareamiento entre la primera base
del anticodon y la tercera base del codon resulta de la
estructura dellazo anticodon.
Los RNAt son procesados a partir de precursores 111!1
mas largos
Un RNAt maduro se genera por el procesamiento de un
precursor.
El extrema 5' se crea por division mediada par la
endonucleasa RNAasa P. mil
El extrema 3' se genera por division seguida de recorte de
las ultimas bases y de la adicion del trinucleotide te rminal
comOn CCA.
El RNAt contiene bases modificadas
Los RNAt contienen >50 bases modificadas.
La modificacion implica generalmente la alteracion directa de
las bases primarias del RNAt, si bien hay algunas excepciones
en que una base es eliminada y remplazada por otra.
1m
Las bases modificadas afectan el apareamiento
cod6n-anticod6n
Las modificaciones del anticodon inciden en el patron de
apareamiento por balanceo y par lo tanto son importantes
para la determinacion de la especificidad del RNAt.
El c6digo universal tiene alteraciones esporadicas
En el codigo genetico universal de algunas especies han
ocurrido cambios.
Estos cambios son muy comunes en los genomas
mitocondriales, en los cuales puede construirse un arbol
filogenetico de los cambios.
----
En los genomas nucleares, los cambios son esporadicos y
normalmente afectan solo a los codones determinacion.
En ciertos codones de terminaci6n pueden
insertarse aminoacidos nuevas
En ciertos genes pueden ocurrir cambios en la lectura de
codones especificos.
La insercion del sele no-Cis-RNAt en ciertos codones UGA
imp lica que muchas proteinas modifiquen al Cis-RNAt y lo
inserten en el ribosoma.
La pirrolisina puede ser insertada en ciertos codones UAG .
Los RNAt son cargados con aminoacidos por
medio de si ntetasas
Las aminoacil-RNAt sintetasas son enzimas que cargan al
RNAt con un am inoacido para generar aminoacil-RNAt en
una reaccion de dos etapas que utiliza energia proveniente
del ATP.
Las celulas tienen 20 aminoacil-RNAt sintetasas, cada
celula porta todos los RNAt que representan a un
aminoacido especifico.
El reconocimiento de un RNAt se basa en un pequefio
numero de puntas de contacto en la secuencia del RNAt.
Las aminoacil-RNAt sintetasas se clasifican en dos
grupos
Las aminoacil-RNAt sintetasas se dividen en clase I y
clase II de acue rdo con su secuencia y sus si militudes
estructurales.
Las sintetasas utilizan mecanismos de correcci6n
para incrementar la precision
La es pecificidad del reconocimiento del aminoacido y
del RNAt es controlada por las aminoacil-RNAt sintetasas
par reaccio nes de correccion que in vierte n la reaccion
catalitica en caso de que haya sido incorporado un
co mponente erroneo.
Los RNAt supresores tienen anticodones mutados
que leen a codones nuevas
Un RNAt supresor suele presentar una mutaci6n en el
anticodon que cambia los codones a los cuales responde.
Cuando el anticodon nuevo corresponde a un codon
determinacion, se inserta un aminoacido y la cadena
polipeptidica rebasa al codon de terminacion, lo cual
resulta en la supresion de una mutacion sin sentido en el
sitio de una mutacion sin sentido, o en la lectura a traves
de un codon natural determinacion.
La supresion de mutaciones de sentido err6neo oc urre
cuando el RNAt reconoce a un codon distinto del normal,
de manera que un aminoacido es sustituido por otro.
Continua en Ia siguiente pagina
189
 Hay supresores de mutaciones sin sentido para
cada codon determinacion
Cada tipo de codon sin sentido es suprimido por
moleculas de RNAt con anticodones mutantes.
Algunos RNAt supresores extraiios presentan
mutaciones en otras partes de la molecula.
Los supresores pueden competir con la lectura
de tipo silvestre del codigo
Los RNAt supresores compiten con los RNAt de tipo
silvestre que tienen el mismo anticodon para leer el
codon o los codones correspondientes.
La supresi6n eficiente es perjudicial porque resulta en
una lectura que rebasa codones de terminaci6n.
El codon UGA es permeable y noes interpretado
correctamente por el Trp-RNAt del 1 al 3% de las
veces.
Dill El ribosoma influye en la precision de la
traduccion
La estructura del RNAr 165 de los sitios PyA del
ribosoma influye en la exactitud de la traducci6n.
Introducci6 n
La secuencia de una cadena codificadara de DNA que
se lee en direccion 5' a 3', esta farmada par triple-
tes de nucleotidos (codones) que corresponden a Ia
secuencia de aminoacidos de una proteina leida del
grupo terminal N al terminal C. La secuenciacion
del DNA y las proteinas permite comparar de manera
directa las secuencias correspondientes de nucleoti-
dos y aminoacidos. Hay 64 codones (uno de los cua-
tro nucleotidos posibles puede ocupar una de las tres
posiciones del codon, es decir, 4 3 = 64 secuencias de
trinucleotidos posibles). Cada uno de estos codones
tiene un significado especifico en Ia sintesis proteini-
ca, 61 codones representan a aminoacidos; tres pro-
vocan Ia terminacion de la sintesis proteinica.
El significado de un codon que representa a un
aminoacido depende del RNAt que le corresponde;
el significado de los codones de terminacion es de-
terminado directamente por factores proteinicos.
La descodificacion del codigo genetico demos-
tro originalmente que Ia informacion genetica se
almacena en forma de tripletes de nucleotidos, pero
no revelo Ia forma en que cada codon especifica al
aminoacido correspondiente. Antes de Ia secuen-
ciacion, las asignaciones de los codones se deducian
con base en dos tipos de estudios in vitro. En 1961
se introdujo un sistema que implicaba Ia traduccion
de polinucleotidos sinteticos, cuando Nirenberg de-
mostro que el acido poliuridilico [poli(U)] dirige el
ensamblado de Ia fenilalanina en la polifenilalanina,
resultado que implica que el triplete UUU debe ser
un codon de fenilalanina. Despues se introdujo un
segundo sistema en el cual se utilizaba un trinu-
cleotido para imitar a un codon, para que el ami-
190 CAPITULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico
1m La modificacion de la codificacion cambia el
significado de los codones
Los cambios de significado de los codones pueden
ser provocados por RNAt mutantes o por RNAt con
propiedades especiales.
El marco de lectura puede sufrir modificaciones po r
desviacion o por cambios en la pauta de lectura que
dependen de las propiedades del RNAm.
lllfl Los cambios del marco de lectura ocurren en
las secuencias resbaladizas
El marco de lectura debe ser influido por la secuencic
del RNAm y por el ambiente ribosomico.
Las secuencias resbaladizas permiten que el RNAt se
desplace una base despues de que se ha apareado ca-
su anticodon, cambiando asi el marco de lectura.
La traducci6n de algunos genes depende de la
aparici6n regular de cambios programados del. marco
de lectura.
DO La evasion implica el movimiento del.
ribosoma
DO Resumen
noacil-RNAt correspondiente se uniera a un rib -
soma. AI identificar el componente aminoacido d:
aminoacil-RNAt, se puede encontrar el significa ci
del codon. Las dos tecnicas combinadas le asignar0:-
un significado a todos los codones que represent<.:
a aminoacidos.
Sesenta y uno de los 64 codones representan :
aminoacidos, los tres restantes provocan la term,-
nacion de la sintesis protefnica. La asignacion d
los aminoacidos a los codones no es aleatoria, me.
bien muestra relaciones en las cuales Ia tercera bas:
tiene menos efecto en el significado del codon. Pc
otra parte, los aminoacidos relacionados suelen st'
representados par codones relacionados.
Ill Los codones relacionados
representan a aminoacidos
relacionados
Conceptos principales
Sesenta y uno de los sesenta y cuatro tripletes posibles
codifican a veintiun aminoacidos.
Tres codones no representan a aminoacidos y provocan
la terminaci6n.
El c6digo genetico fue congelado en una etapa inicial
de la evoluci6n y es universal.
La mayoria de los aminoacidos estim representados por
mas de un codon.
Los codones multiples asignados a un aminoacido
suelen estar relacionados.
Los aminoacidos relacionados con frecuencia tienen
codones relacionados, as1 se minimizan los efectos de
la mutaci6n.
 ; digo se resume en la . Hay mas co- 1.31~;~-;m: m-~'i I-I.:J,l'il,;l--;1
; que aminoacidos, de modo que casi todos Segunda base
.:....-ninoacidos estan representados por mas de un u c A G
n . Las unicas excepciones son la metionina y el
. -:ano. Los codones que tienen el mismo signifi- uuu}Phe
uuc UCC
UCU}Ser UAC
UAU} nc UGC
UGU}c;,
::J
e denominan sin6nimos. El codigo genetico UUA} UCA UAA } ALTO UGA ALTO
77 de hecho en el RNAm, de modo que sue le UUG Leu UCG UAG UGG Trp
::-:-lbirse en funci6n de las cuatro bases presentes
: _RNA, U, C, A y G. Q)
Ul cu"}
cue
CCU}
CCC
CAU}H;, CG"}
CAC CGC
<1l
_ s codones que representan a! mismo amino- .D
() CUA Leu CCA CGA Arg
ProCAA}
o a aminoacidos relacionados tienden a tener
e
Q) CUG CCG CAG Gin CGG
E
= ~ecuencia similar. Con frecuencia, la base de Ia 3:
- ~:-a posicion de un codon noes significativa por- <(
AUU }
AUC lie
ACU}
ACC
AAU}A'
AAC
o AGU}ser
AGC
- - J S cuatro cod ones que clifieren solo en Ia tercera AUA ACA =rreo AAA} . AGA}Arg
AUG Met ACG AAG LIS AGG
. :epresentan a! mismo aminoacido. En ocasiones
- -:ingue solo entre una purina y una pirimiclina
:-;.a posicion. La menor especificidad de Ia ulti- GUU}
GUC
GCU}
GCC
GAU}A'P GG"}
GAC GGC Gl
"'X.lsicion se conoce como degeneraci6n de Ia
<.9 GUA Val GCA Ala GA~ GGA I
GUG GCG GA Glu GGG
.era base.
:..a interpretacion de un codon implica el aparea-
Todos los codones tienen significado; 61 represen-
~ .... :o de sus bases con el anticodon del aminoacil- tan a aminoacidos y tres inducen la terminaci6n (ALTO) .
.: correspondiente. La reacci6n ocurre dentro
_'bosoma: los trinucleotidos complementarios
..:. os suelen ser demasiado cortos para aparearse
nna estable, sin embargo, Ia interacci6n es es- 10
<1l Leu .
..:!zada por el ambiente del sitio A del ribosoma. c
2
-:lismo, el apareamiento de bases entre el codon y e 8
_::: j codon no es solo una cuesti6n de apareamien-
... :re A-U y G-C; el ribosoma controla el ambiente
~
Q.

c
Q)
6
Glu .
Lis
Ala
Gli
Val
Ser .
1
......anera que el apareamiento convencional tiene Ul
0
lie . Treo
:::l Asp. Pro Arg
: .::c- en las primeras dos posiciones del codon, a '"0
'iii ~ln .
sn o
,;:- de que las reacciones adicionales suceden en la ~

: . . ra base. El resultado es que un solo aminoacil-

QJ
'"0
QJ
'iii'
4
Tir .
Phe

-.: puede reconocer a mas de un codon, lo cual Met . His .

c 2 Cis .
~7 spon de al patron de degeneracion. Por otra QJ
2 Trpo
0
--: :: . las interacciones de apareamiento tambien 0..
..;en ser influidas por Ia introduccion de bases 2 3 4 5 6
.:-ciales en el RNAt, sabre todo por moclificaciones Numero de codones
=: anticodon o cerca de eJ.
:..a tendencia de los aminoacidos similares a ser El numero de codones para cada aminoacido no
- :-::-sentados por cod ones relacionados minimiza se correlaciona estrechamente con la frecuencia de uso en las
::iectos de las mutaciones, con lo cual se incre - proteinas.
; :;ra Ia probabilidad de que el cambia aleatorio
..:na sola base no resulte en una sustituci6n de
- oacido 0 en un cambia que involucre amino- tados por mas codones, de modo que no parece que
- s de caracterfsticas similares. Por ejemplo, una el c6cligo genetico haya sido optimizado respecto del
_:.Kion de CUC a CUG no produce ningun efecto uso de los aminoacidos.
: :_ e ambos codones representan a Ia Ieucina, en Los tres codones (UAA, UAG y UGA) que no re-
- :o que una mutacion de CUU a AUU resulta en presentan a amino<kidos se utilizan especfficamente
: ~mp lazo de leucina por isoleucina, aminoacido para terminar Ia sfntesis protefnica. Uno de los co-
:-chamente relacionado. dones de terminacion marca el final de cada gen.
Ll1 Ia b es una grafica del numero de i, El codigo genetico es el mismo en todos los
n es que representan a cada aminoacido frente organismos vivientes?
_ frecuencia con que el aminoacido es utilizado La comparacion de las secuencias de DNA con
: s protefnas (en E. coli). Los aminoacidos mas las secuencias protefnicas correspondientes revela
- .unes tienden solo ligeramente a ser represen- que se utiliza un conjunto identico de asignacion

9. 2 Los codones relacionados representan a aminoacidos relacionados 191

 de codon es e n el citoplasma e u cariotico y en la s
bacterias, de modo que el RNAm de una especie en
general puede ser traducido correctamente in vitro
o in vivo por el mecan ismo de sfntesis de proteinas
de otra especie; por lo tanto, los codones utilizados
en el RNAm de una especie tienen el mismo signi-
ficado para los ribosomas y para los RNAt de otras
especies .
La universalidad del codigo sugiere que debe ha-
ber sido establecido muy a! principia de Ia evolucion,
quiza como una forma prirnitiva en !a que un nume-
ro reducido de codones se utilizaba para representar
a un numero comparativamente pequeiio de ami-
noacidos; es posible, incluso, que un codon corres-
pondiera a cualquiera de los miembros de u n grupo
de aminoacidos y que el significado mas preciso de
otros codones y aminoacidos adicionales hubieran
sido introducidos posteriormente. Una posibilidad es
que, al principia, solo dos de las tres bases de cada
codon se utilizaran; la discriminacion en Ia tercera
posicion pudo haber evolucionado despues. (Origi -
nalmente pudo haber una relacion estereoqufmica
entre los aminoacidos y los codones que los repre-
sentaban , la cual despues evoluciono un sistema mas
complejo.)
La evolucion del c6digo pudo "congelarse" en
un punto en el que el sistema llego a ser tan com-
plejo que cualquier cambia en el significado de los
codones hubiera deteriorado a las proteinas exis-
tentes por !a sustitucion con aminoacidos inacepta-
bles. Su universalidad implica que esto debio habe~
ocurrido en una etapa tan temprana que todos los
organismos vivientes descienden de un solo bancc
de celulas primitivas en el que esto tuvo lugar.
Las excepciones a la universalidad del codig
genetico son raras. Los cambios en el significado de
genoma principal de una especie en general con-
ciernen a los codones de terrninacion. Por ejemplo
en los micoplasmas, el codon UGA codifica al tript6-
fano; en ciertas especies de los ciliados Tetrahymen_-
y Paramecium, los codones UAA y UAG codifican -
la glutamina, y m odificaciones sistemci.ticas del c6-
digo solo se han presentado en el DNA mitocondria_
(vease Ia seccion 9.7, El codigo universal tiene alte-
raciones esporadicas ).
Ill El reconocimiento codon-
anticodon involucra balanceo
Conceptos principales
Los codones multiples que representan al mismo
ami noacido frecuentemente difieren en la posicion de
la tercera base.
El balanceo del apareamiento entre la primera base
del anticodon y la tercera base del codon resulta de la
estructura dellazo anticodon .

La funcion del RNAt en la sfntesis protefnica se Ue-

va a cabo cuando reconoce al codon en el sitio "! _
ucu ribosomico . La interaccion entre el anticodon y e
uuu UAU UGU
uuc ucc WAC UGC codon sucede por apareamiento de bases, pero er.
:rr-UA UCA UAA UGA funcion de reglas que Jlevan el apareamiento ma.-
.!,lUG UCG UAG UGG
alla de las asociaciones usuales A-U y G-C.
cuu ccu CAU CGU
cue ccc CAC CGC Las reglas que rigen Ia interaccion pueden de-
CUA CCA CAA CGA du cirse a partir de las secuencias de los anticodon _
CUG CCG CAG CGG
ACU
que corresponden a codones especificos. La capac-
AUU AAU AGU
AUC ACC AAC AGC dad de cualquier RNAt para responder a un cod6[_
AUA ACA A AW dado puede medirse directamente por la prueba de
AUG ACG P,AG AG_G_
GUU GCU GAU GGU union a trinucle6tidos o utilizandolo en un sistem.:.
GUC GCC GAC GGC de sintesis de proteinas in vitro.
GUA GCA -G A GGA
GUG GCG GAG GGG El c6digo genetico proporciona algunas pist- -
Relaci6n de Ia tercera Terceras bases Numero
importantes respecto del proceso del reconocimier:-
base con el mismo de to de los codones. El patron de degeneracion de !=.
significado :;odones tercera base se ilustra en la , la cual mues-
} La tercera base U,C, A,G 32 tra que, en casi todos los casos, Ia tercera base es n-
no es pertinente U, C,A 3 pertinente 0 solo se distingue entre purinas y pif.-
} Las purinas difieren AoG 14 midinas.
de las pirimidinas U oC 10 Hay ocho familias de codon es en las cuales I
Codones unicos Solo G 2 cuatro codones que comparten las mismas primera;:
dos bases tienen el mismo significado, de maner.:.
Las terce ras bases influyen muy poco en el sig-
nificado de los codones. Las cajas indican grupos de codones que la tercera base no desempefia ninguna funcio:
dentro de los cuales La degeneracion de la tercera base asegura en !a determinacion del arninoacido . Hay siete par
que el significado sea el mismo. de codones en los que el significado es el mism

192 CAPITULO 9 Utilizacion del codigo genetico

 -.:pendientemente de que pirimidina este presen- tambien debe reconocer a Ia G). De man era similar,
~::t la tercera posicion, y cinco pares en los que Ia C ya no tiene un significado unico (porque Ia G
_;;je presentarse cualquier purina sin cambiar al que Ia reconoce tambien debe reconocer al U). En la
o<kido codificado. se resume el patron de reconocimiento.
Son solo tres los casas en que Ia presencia de Asf pues, el reconocimiento de codones {micas
- ~ base particular en la tercera posicion confiere solo es posible cuando las terceras bases son G o
>ignificado Cmico: AUG (para metionina), UGG U, opcion no frecuente debido a que UGG y AUG
:.:a triptofano) y UGA (para terminacion), de ma- son los (micas ejemplos del primer tipo y no hay
2- !l que Ia C y el U nunca tienen un significado ninguno del segundo. (Los pares G-U son comunes
~ en Ia tercera posicion, y Ia A n unca significa en las estructuras duplex de RNA, pero cuando solo
- ,; rninoacido Cmico. pueden formarse tres pares de bases, Ia formacion
:::1 anticodon es complementario del codon; por de contactos estables entre el codon y el anticodon es
:.=.nto, la primera base de la secuencia del antico- mas estrecha, o sea que los pares G-U pueden con-
-- escrita convencionalmente en direccion 5' a 3', tribuir solo en Ia ultima posicion del codon.)
...a que se aparea con la tercera base del codon,
_:to de Ia misma manera (de 5' a 3'). Asf pues, J . .n ;mm
: mbinacion =
Los pares de bases estand ar ocurren en
todas las posiciones
Codon 5' A C G 3'
.-\nticodon 3' U G C 5'
- _:cribe generalmente como codon ACG/anticodon
~ -_-, donde Ia secuencia del anticodon debe ser lefda
:--:ves para que sea complementaria del codon.
Para evitar confusiones, se debe obedecer Ia
-:-: encion usual de escribir todas las secuencias
- ->-, pero marcar las secuencias anticodon con una yH3
. .:...i)a dirigida en sentido inverso como recordatorio HG""c cro
Ur.acilo T 1 H H
~u relacion con el codon, de modo que el ante- N N 'N'
/ 'C" 'H . I .
~apareamiento codon/ anticodon se escribe ACG ' 11 ~"'C'c_ ~N Aden1na
=Gu, respectivamente. Azucar 0 11 ~H
H C /
( Cada codon triple exige su propio RNAt con ~N/ 'N
_ anticodon complementario, o es posible que un
_-\t individual responda a ambos miembros de
-:.par de codones y a los cuatro miembros (o a!
El apareamiento de balanceo entre G y U ocurre solo
en Ia tercera posicion del cod6n
'A zucar

c: :-tos algunos) de una fami lia de codones? H

.-\. menudo un RNAt puede reconocer a mas de Uracilo Hy"'c.?""o
- codon, o sea que la base que ocupa Ia prime- /N'r."N'H .
., lf 0
- posicion del anticodon debe ser susceptible de Azucar 0 . . 6
:rrearse con bases alternas en la tercera posicion H.... N/ 'c~N, Guanlna
::-espondiente del codon. El apareamiento de ba- I II 'CH
H,N,c~N/c,N
- en esta posicion no se limita a la s asociaciones
:_ ituales G-C y A-U.
H " 'Azucar

Las reglas que rigen el reconocimiento de los El balanceo en el apareamiento de bases permite
::~pafieros se resume en la hip6tesis del balan- que se formen pares G-U entre la tercera base del codon y la
~ - que establece que el apareamiento entre el co-
primera del anticodon.
:-: y el anticodon en las primeras dos posiciones
- -=-- codon siempre sigue las reglas normales, pero
--= en la tercera posicion se presentan "balanceos" Base en Ia primera Bases reconocidas en Ia
- _-epcionales. El balanceo se debe a que Ia con- posicion del anticodon tercera posicion del codon
~acion del lazo anticodon del RNAt confiere
.: ibilidad a la primera base del anticodon. En Ia u AoG

A g 4- se muestra que pueden formarse pares

: -:.: . ademas de los normales.
Este cambia crea un patron de apareamiento de
- es en el que la A ya no puede tener un significado
:-...: o en el codon (debido a que el U que la reconoce
c SoloG
A Solo u
G CoU
El apareamiento cod6n-anticod6n implica balan-
ceo en la tercera posicion.

9.3 El reconocimiento cod6n-anticod6n involucra balanceo 193

 El extrema 5' del RNAt se genera par una a
Ill Los RNAt son procesados a cion de division catalizada par la enzima ribom
partir de precursores mas largos cleasa P.
Conceptos principales Las enzimas que procesan el extrema 3' esta:
mejor caracterizadas en E. coli, donde una endon
Un RNAt maduro se genera par el procesamiento de un cleasa activa la reaccion al dividir al precursor
precursor.
flujo descendente y despues, muchas exonudea. =
El extrema 5' se crea por division mediada por la recortan el extrema par degradacion en direccion 3
endonucleasa RNAasa P. 5' . En las eucariotas, Ia reaccion tambien involucra
El extrema 3' se genera par division seguida de recorte numerosas enzimas y genera un RNAt que neces1
de las ultimas bases y de La adicion del trinucleotido que se agregue el trinucle6tido CCA al extrema 3
terminal comun CCA. La adici6n de la secuencia CCA es exclusiE
mente resultado de un proceso enzimatico, en atE
Los RNAt se sintetizan comunmente como cadenas palabras, Ia actividad enzimatica porta la especi
precursoras con material adicional en uno o am- cidad de la secuencia del trinucleotide, que no _.
bos extremos. En la I se observa que las determinada por un molde. Hay numerosos m
secuencias adicionales son eliminadas par combi- delos para el proceso, que puede ser diferente c:
naciones de actividades endonucleolfticas y exo- organismos distintos.
nucleolfticas. Una caracteristica comun a todos los En algunos organismos, el proceso es cataliza~.
RNAt es que los tres nucleotidos localizados en el por una sola enzima. En un modelo se propane q
extrema 3', siempre la secuencia triple CCA, no son una sola enzima se une a! extrema 3' y en secue-
codificados en el genoma, sino agregados como par- cia adhiere C, C y A, y que la especificidad de ca.:..
te del procesamiento del RNAt. etapa depende de la estructura del extrema 3'. E
otros modelos se propane que Ia enzima tiene sit
activos diferentes para el trifosfato de citosina (CL
cytosine triphosphate) y para el trifosfato de adenos _
(ATP, adenosine triphosphate).
El RNA! precursor tiene secuencias 5' y 3' adicionales
5' 3' En otros organismos, son otras las enzimas r
ponsables de Ia adicion de residuos de C y de A
funcionan en forma secuencial.
Cuando un RNAt no es procesado adecuad.:
mente, atrae la atencion de un sistema de cone
de calidad que lo degrada, con Io cual se garantj_.
Endcnuc\easa que el mecanismo de sfntesis de proteinas no ~-:
Se divide el extrema 3' I Se recorta el extrema 3' bloqueado por moleculas no funcionales de RN._\.-
f 3'
5' - - 3' 5' = = =:::;) ..__

Exonucleasa
Ill El RNAt contiene bases
modificadas
Conceptos principales
Los RNAt contienen >50 bases modificadas.
Se divide el extrema 5'
Endonucleasa La modificacion implica generalmente la alteracion
(RNAasa P) l Se agrega CCA
3' Enzimas de
directa de las bases primarias del RNAt, si bien hay
A adici6n del algunas excepciones en que una base es eliminada
5'3' ,8
5 extrema 3'
y remplazada par otra.

El RNA de transferencia es unico entre los acid

El extrema 3' del RNAt se genera por media de
division y recarte seguidos de la adicion de la secuencia CCA;
el extrema 5' se genera por medio de corte.
nucleicos debido a su contenido de bases "inust.;.:
les". Una base inusual es cualquier anillo de puri-
o de pirimidina diferente de los anillos normales .::-
A, G, C y U a partir de los cuales se sintetizan toci
los RNA; las demas bases se producen par mo
ficaci6n de una de estas cuatro despues de que
han incorporado a la cadena polirribonucleotfdi =

194 CAPITULO 9 Utilizacion del codigo genetico

 -=- das las clases de RNA exhiben cierto grado de
lilicacion, pero en todos los casas, excepto en el
<. se trata de eventos bastante sencillos, como
- ~:c ion de grupos metilo. En el RNAt, Ia gama
~ ctificaciones es amplia, desde metilaciones
. :es hasta la reestructuracion total del anillo de
- .a, yen cualquier parte de Ia molecula; hay >5 0
_ 1iferentes de bases modificadas en el RNAt.
:=.n la m;; se muestran algunas de las ba-
__odificadas mas comunes. Las modificaciones
"opirimidinas (C y U) son menos complejas que
:..e las purinas (A y G). En Ia posicion 2'-0 del
de ribosa, ademas de las modificaciones de las
-- rambien ocurren metilaciones.
:..as modificaciones mas comunes de la uridina
o ~ncillas. La metilacion en Ia posicion 5 crea
' :-~lidina (T), y aunque la base es Ia misma que
:-cuentra coml"mmente en el DNA, en este caso
- - herida a una ribosa y no a una desoxirribosa.
::: RJ."TA, la timina constituye una base inusual
- ada de Ia modificacion del U.
:..a dihidrouridina (D) se genera par !a satura-
Je un doble enlace que modifica Ia estructura
:.~illo . La seudouridina (\jf) intercambia las po-
:::es de los atomos de N y de C (vease Ia Fig.
- J) . En Ia 4-tiouridina, el azufre es sustituido
. xJgeno.
:=.: nucleosido inosina suele estar en Ia celula
intermediario de Ia ruta de biosintesis de las
-..::as, sin embargo, nose incorpora directamente
- -A, en cambia, su existencia depende de la mo-
_.:.cion de Ia A para crear I. Otras modificaciones
se puede determinar comparando !a secuencia del
RNAt con !a de su gen o (con menos eficiencia) ais-
lando moleculas precursoras que carezcan de una
o de todas las modificaciones. Las secuencias de los
precursores muestran que durante Ia maduracion
del RNAt se introducen ctiversas modificaciones en
etapas distintas.
Ciertas modificaciones son caracterfsticas cons-
tames de todas las moleculas de RNAt, par ejemplo
los residuos D que dan Iugar a! nombre del brazo D
y los residuos \jf que se encuentran en Ia secuencia
T\j!C. En ellado 3' del anticodon siempre hay una
purina modificada, aunque Ia variedad de modifi-
caciones es amplia.
Otras modificaciones son especfficas de deter-
minados RNAt o grupos de RNAt, como las bases
de wyosina, que son caracteristicas del RNAtrhc de
las bacterias, las levaduras y los mamfferos. Par otra
parte, hay tambien algunos patrones especfficos de
cada especie .
Las numerosas enzimas modificado ra s del
RNAt (-60 en las levaduras) varfan enormemente
en cuanto a especificidad. En algunos casas, una
enzima actua y provoca una modificacion en par-
ticular en una sola posicion, mientras que en otros
casas, una enzima puede moctificar bases en diver-
sas posiciones ctiana. Algunas enzimas asumen re-
acciones unicas en RNAt especificos, en tanto que
Bases normales Bases modificadas

:. _-\ incluyen la adicion de grupos complejos .

.Jos series complejas de nucleotidos dependen
. ;;: modificacion de la G. Las bases Q, como Ia
: _. sina, tienen un anillo pentonilo adicional
: gada mediante una ligadura de NH al gru-
~e tiilo de Ia 7-metilguanosina, el cual puede
ortar varios grupos acticionales. Las bases Y,
la wyosina, tienen un anillo adicional fusio-
con el propio anillo de purina . Ese anillo adi-
3-metilcitidina 5-metilcitidina
- .:.! transporta una cadena larga de carbona a Ia
:ambien en este caso, se agregan mas grupos
__:erentes casas.
:..:> reaccion de modificacion suele implicar
dificacion de bases existentes del RNAt o el
: ~ado de grupos adicionales. Una excepcion es
-.:esis de las bases Q en el RNAt, pues una en-
- especial intercambia queuosina libre por un
- J O de guanosina. La reaccion implica !a rotura
~e construccion de enlaces en ambos !ados del
:6sido.
- s nucleosidos modificados son sintetizados
::ozimas especfficas modificadoras del RNAt.
- .J.cleosido original presente en cada posicion FIGURA Las cuatro bases del RNAt pueden ser modificadas.

9.5 El RNAt contiene bases modificadas 195

 otras tienen un rango de moleculas de sustrato. Se
desconocen las caracterfsticas reconocidas por las Ill Las bases modificadas afectan E
enzimas modificadoras de RNAt, pero probable- apareamiento cod6n-anticod6n
mente implican la identificacion de caracterfstica s Concepto principal
estructurales en torno a! sitio de modificacion; al-
gunas modificaciones requieren de !a accion de mas Las modificaciones del anticodon inciden en el patron de
de una enzima . apareamiento por balanceo y por lo tanto son importante.:
para la determinacion de la especificidad del RNAt.

El efecto mas directo de la modificaci6n se obs :

va en el anticodon, donde el cambio de secuen
influye en su capacidad de aparearse con el codo-
determinado asf el significado del RNAt. Las mocli.;--
caciones en cualquier otro lado, en las cercanfas a
anticodon, tambien influyen en su apareamient
Cuando se modifican las bases del anticod6-
suelen producirse patrones de apareamiento a -
cionales, ademas de los pronosticados por el ap-.
reamiento regular y con balanceo que llevan a cat-
las bases A, C, U y G. En Ia se muestra _
uso de la inosina (I), que con frecuencia se presen~ ~
en Ia primera posicion del anticodon, y que pue
aparearse con cualquiera de las bases U, C, y A.
Esta capacidad es especialmente importante E~
los codones de isoleucina, en los cuales el triple~ :
~ AUA codifica ala isoleucina, mientras que el cod '-
N-1-1 --- 0
~

Ad enlna
rv
L, ., ' c-C
I
/C-c" ~c\-\ lnosina
II
AUG hace lo propio con la metionina . Con las bas
''C ->rv u .N '' I
I II I f' I C-N usuales no es posible reconocer a la A sola en :=
~lV-C,N"'CI-{ 1-\C,~ ' tercera posicion, y como resultado, cualquier RN_!_
Azucar Azucar
con U en la primera posicion de su anticodon tencir~
fi URA La inosina puede aparearse con U, C y A. que reconocer al triplete AUG y al AUA, asf qu:-
este ultimo debe leerse junto con los AUU y AUC
problema que se resuelve porIa existencia de RN..:,.
con I en el anticodon.
De hecho, algunas de las combinaciones regu-
Un enlace no es S<Uficiente lares pronosticadas no se realizan porque alguna.
T 1ourac11 o ""'c,
H bases siempre estan modificadas. Parece haber un~
0
HC'"' C"" prohibicion absoluta en el empleo de Ia A, que sue
I II 0 convertirse en I. En Ia mayorfa de los casas, el
/ N ' C_.-N -. H 11
., -... N _.- C -... c - N Guanina localizado en Ia primera posicion del anticodon pa~
11
Azucar S 1 11 CH a ser una forma modificada cuyas propiedades d::
H-... _.-C.::, ..-C- N/ apareamiento se han alterado.

~ N "
Azucar
Ciertas modificaciones crean lecturas preferen-
ciales de algunos codones respecto de otros. Los ar:-
El 2-tiouracilo se aparea unicamente con A
ticodones con uridina-5-acido oxiacetico y 5-metox~
uridina en la primera posicion reconocen a Ia A y ~
~H 3
Ia G eficientem ente como terceras bases del codor.
HC""'C'c0 pero Ia deteccion del Uno es tan eficiente. Otro cas
N ~ -H, -H
en el que pueden tener Iugar apareamientos mutti -
/ ' C..- ' H . ~
~ - N,.c, p-N Adenina ples, pero preferentemente unos respecto de otros, .
Azucar r ~ ~CH el de Ia serie de queuosina y sus derivados, ya que es-
Tiouracilo HC..,N..- -J tas bases de G modificadas siguen reconociendo a 1.:
"Azucar C y al U, pero se aparean mas facilmente con el U.
Una restriccion no permitida por las reglas nor-
La modificacion de la 2-tiouridina restringe el
apareamiento solo a la A, pues solo puede formarse un en lace males se logra utilizando 2-tiouridina en el antico-
de H con G. don. En Ia se muestra que su modifica-

196 CAPITULO 9 Utilizacion del codigo genetico

 ~ facilita que siga apareandose con Ia A, pero
:a que se aparee por balanceo con Ia G.
:=.stas y otras relaciones de apareamiento res-
__ .:an Ia conclusion general de que hay muchas
~:as de construir un conjunto de moleculas de
_-_t susceptibles de reconocer los 61 cod ones que
-esentan a los aminoacidos. Ningun patron espe-
- :o predomina en un organismo dado, aunque Ia
:::~cia de cierta ruta de modificacion puede evitar
_; de algunos patrones de reconocimiento, de
;o que una familia de codones en particular se
-:-ie leer con moleculas de RNAt con anticodones
:- ~entes en organismos distintos.
Con frecuencia, RNAt tendran respuestas su-
-~u estas, de tal manera que un codon en parti-
- ~:- pueda ser leido por mas de un RNAt, en cuyo
. podni haber diferencias en cuanto ala eficien-
.= ..:e las reacciones de reconocimiento alterno.
~.:n o regia generaL los codones que se utilizan
-:::.-' nmente tienden a ser leidos de forma mas
- ...:ente.) Ademas de la construccion de un con-
-:o de RNAt susceptible de reconocer a todos los
_ n es, podria haber muchas moleculas de RNAt
_::- respondieran a los mismos codones.
-=..os pronosticos del apareamiento por balanceo
:-. ::uerdan muy bien con las capaddades observadas
- :.asi todos los RNAt, pero hay excepciones en las
-= :os.codones reconocidos por un RNAt difieren de
: _ronosticados por las reglas del balanceo. Dichos
::- ::os probablemente se de ban a Ia influencia de
_ _- vecinas o a Ia conformacion del lazo anticodon
-=. estructura terciaria global del RNAt. De h echo,
:illportancia de Ia estructura de lazo del anticodon
___herente a la idea de la hipotesis del balanceo.
- .:.:slamiento de mutantes ocasionales en los que
:ambio de una base en alguna otra region de la
-~cula modifica Ia capacidad del anticodon para
: nocer a los cod ones, proporciona soporte adicio-
La universalidad del codigo genetico es impresionan-
te, pero hay excepciones que tienden a afectar a los
codones implicados en Ia iniciacion o Ia terminacion
y que resultan de la produccion (o ausencia) de los
RNAt que representan a ciertos codones. Los cambios
encontrados en los genomas principales (bacterianos
o nucleares) se resumen en Ia U
Casi todos los cambios que permiten que un co-
don represente a un aminoacido afectan a los codo-
nes de terminacion:
En Ia procariota Mycoplasma capricolum, el tri-
plete UGA nose utiliza para Ia terminacion,
sino que codifica a! triptofano (Trp). De he-
cho, es el codon Trp predominante, y Ia se-
cuencia UGG es utilizada con poca frecuen-
cia. Existen dos especies de Trp-RNAt que
tienen anticodones UCA<-- (que lee a UGA y
a UGG) y CCA<-- (que solo lee a UGG).
Algunos ciliados (protozoarios unicelulares)
leen a las secuencias UAA y UAG como glu-
tamina y no como seiiales de terminacion.
Uno de ellos, Tetrahymena thermophila, contie-
ne tres especies de RNAtG 1u, de las cuales, una
reconoce a los codones usuales CAA y CAG
para glutamina; Ia segunda, a los tripletes
UAA y UAG (de acuerdo con Ia hipotesis del
balanceo), y la tercera, solo al triplete UAG.
Se supone que la especificidad restringida del
factor de liberacion eRF es un cambio poste-
rior respecto del de otras eucariotas.
En otro ciliado (Euplotes octacarinatus), el co-
don UGA codifica a Ia cistefna; solo se utiliza
el triplete UAA como codon determinacion
y falta la secuencia UAG. El cambio en el
rL .., 4
LI:ti ITI ~ _:.UI=lUti-..."'IT:~r.:Ii]~
'

-0 "EG'i~ . . ~d~~
~ 3 Ia influencia de la estructura circundante.
Otra reaccion de apareamiento inesperada se uuu Phe
ucu UAU Tir UGU
uuc UAC UGC Cis
UCC Ser
=::.'fiesta porIa capacidad del iniciador bacteriano, UUA UCA UAA ALTO --7 Gin UGA ALTO --7 Trp, Cis, Sel
_.ten-RNAtv para reconocer tanto al codon AUG UUG Leu UCG UAG UGGTrp
-: al GUG. Este comportamiento erroneo impli- cuu ccu CAU His CGU
.:. Ia tercera base del anticodon. cue Leu CCC Pro CAC CGC
CGA Arg
CUA CCA CAA Gin
CUG Leu->Ser CCG CAG CGG Arg --7 NULA
EL c6digo universal tiene AUU ACU AAU AGU
- AAC Asn AGC Ser
alteraciones esporadicas AUC lie
AUA lie --7 NULA
ACC Treo
ACA AAA L. AGA Arg --7 NULA
AUG Met ACG AAG IS AGG Arg
S.ceptos principales
,GUU GCU , GAU Asp GGU
:: el codigo genetico universal de algunas especies GUC GCC Ala GAC GGC
-an ocurrido cambios. 'GUA Val GCA GAA GGA Gli
GUG GCG GAG Glu GGG
:Stos cambios son muy comunes en los genomas
itocondriales, en los cuales puede construirse un (,l Los cambios del codigo genetico en los genomas bac-
~ rbol filogenetico de los cambios. terianos o nucleares eucarioticos usualmente asignan aminoacidos a
: n los genomas nucleares, los cambios son esporadicos y codones de terminacion o cambian a codon, de manera que deja de
-ormalmente afectan solo a los codones determinacion. codificar a un aminoacido. Es raro un ca mbia de significado de un
aminoacido a otro.

9.7 El codigo universal tiene alteraciones esporadicas 197

 -~ .. ... ., ....
.;o;:
A~ = Alto Vertebrados
lnsectos
Moluscos
AUA =lie Equinodermos
AAA = Asn Nematodes
AUA = Met AAA = Asn Platelmintos
A codigo universal modificado en varios periodos d{'
AGG = Ser
Mohos
UGA = Trp
AUA = Met Levaduras
CUN = Treo Plantas
C6digo universal
Los cambios del c6digo genetico de las mitocon-
drias pueden rastrearse en una filogenia. El numero m\nimo de
cambios independientes se genera al suponer que los cambios
AUA=Met y AAA=Asn tuvieron Lugar de manera independiente
en dos ocasiones, y que el cambia temprano AUA=Met se revir-
ti6 en los equinodermos.
significado del codon UGA puede lograrse
por una modificacion en el anticodon del
RNAtCis para permitirle leer a la secuencia
UGA con los codones usuales UGU y UGC.
La unica sustitucion en la codificacion de
aminoacidos ocurre en una levadura (Can-
dida), en la que el triplete CUG representa a
la serina y no a la leucina (y el triplete UAG
se utiliza como codon codificador).
Para que un codon de terminacion adquiera
una funcion coclificadora se necesitan dos tipos de
cambios, un RNAt debe ser mutado para reconocer
a! codon y el factor de liberacion clase I debe mutar
para que Ia terminacion no tenga Iugar en dicho
codon.
El otro tipo comun de cambio es la perdida del
RNAt que responde a un codon, de manera que este
ya no especifique a ningun arninoacido. Lo que su-
ceda a dicho codon dependera de que el factor de
terminacion evolucione para reconocerlo.
Todos estos cambios son esporadicos, es decir,
parecen haber ocurrido de man era independiente en
lineas de evolucion espedficas; pueden concentrar-
se en los codones de terminaci6n porque los cam-
bios no implican Ia sustitucion de un aminoacido
por otro. Una vez establecido el codigo genetico a!
principia de Ia evolucion, cualquier cambio general
en el significado de un codon hubiera provocado
una sustitucion en todas las protefnas que contu-
vieran dicho aminoacido. Parece probable que el
cambio podrfa haber sido perjudicial cuando menos
en algunas de estas protefnas, con el resultado de
una eliminacion selectiva determinante. Los usos
divergentes de los codones de terminacion tal vez
representaron su "captura" con fines de codificacion
normal. Si algunos codones de terminaci6n rara vez
198 CAPITULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico
eran utilizados, solo serfan reclutados para codifica-
cion por cambios que permitieran que los RNAt lo'
reconocieran.
En las mitocondrias de numerosas especies tam-
bien se observan excepciones a! codigo genetico uni-
versal. En la Ir se representa una filogeni.;.
de los cambios en la cual se sugiere que bubo ur
Ia evolucion mitocondrial. El primero de ellos fue e:
empleo del triplete UGA para codificar al tript6fan
que es comun en todas las mitocondrias (ajenas .
las plantas).
Algunos de estos cambios simplifican el codig
al remplazar dos codones con significados diferent _
por un par con significado unico, entre los que se in-
cluyen los tripletes UGG y UGA (ambos representa
a Trp, en vez de que uno represente Trp y el otro, !~
terminacion) y AUG y AUA (ambos Met, y no un1.
Met y el otro Ile).
(.Por que han podido evolucionar los cambic.
en el codigo mitocondrial? La mitocondria sintetiz.:
a un numero pequeiio de protefnas ( -1 0), de moci .
que el problema de la discontinuidad provocada p -
cambios de significado es mucho menos grave. L
probable que los codones alterados no fueran m u
utilizados en localizaciones en que las sustitucion .
de aminoacidos hubieran sido nocivas. La varieda--
de cam bios encontrados en las mitocondrias de dife-
rentes especies sugiere que dichos cambios han ev .
lucion)uo de manera aislada y no por transmisi ' :-
de un c6'digo mitocondrial ancestral corrkm.
De ac~do con la hipotesis del balap ceo, sent -
cesita un mfnlln._o de 31 RNAt (excluidd el iniciado:
para reconocer IO's-&l-C.Ddones (.s.m'Iiiecesarios cuar.-
do menos dos RNA de transferencia para cada fa m -
lia de codones y un RNAt por cada par de codon
o por cada codon). No obstante, cuando menos e:-
las mitocondrias de los mamfferos se presenta u r...:
situacion inusual, pues solo hay 22 RNAt. (.Co~
caben en este conjunto limitado de moleculas c-
RNAt todos los codones?
La caracterfstica clave es una simplificacion d
apareamiento codon-anticodon, de manera que u -
RNAt reconoce a los cuatro rniembros de una fami" o
de codones, con lo que se reduce a 23 el numer
minimo de moleculas de RNAt necesarias para re:-
ponder a todos los codones normales. El uso de I
tripletes AGAc para la terminacion elimina Ia nec -
sidad de otro RNAt y los reduce a 22.
En las ocho familias de codones, la secuenc:
del RNAt contiene un Uno modificado en Ia prime--
ra posicion del anticodon y los codones restantes '
agrupan en pares, en los cuales, los que termina.:
en pir imidinas son leidos por una G del anticod ' :
y todos los que terminan en purinas son lefdos p
 -:. U modificado en el anticodon, como se pronosti-
~ en Ia hipotesis del balanceo. La complicacion del
_on individual UGG se evita mediante un cambio
-"::. el codigo, de modo que los tripletes UGA y UGG
: m terpreten como triptofano. En los mamfferos,
: cuencia AUA deja de representar ala isoleucina
--= lee como metionina, aunada al triplete AUG, lo
., - permite que todos los codones que no son de
_ ':Jmilia sean lefdos como 14 pares.
Asf pues, los 22 genes d e RNAt identificados
Jifi.ca n a 14 moleculas de RNAt que representan
-.ares, y a ocho moleculas de RNAt que represen-
'-: a familias, lo cual implica que los dos codones
: :erminacion usuales, UAG y UAA, ademas del
::: de codones AGAG' no sean reconocidos por el
- -_-\ r. En las mitocondrias de los hongos aplican
c ~as similares.
En ciertos codones
de terminaci6n pueden
insertarse aminoacidos nuevas
I :OOceptos pri nci pales
:1 ciertos genes pueden ocurrir cambios en la lectura
:e codones espec\ficos.
_a inserci6n del seleno-Cis-RNAt en ciertos codones
JGA implica que muchas proteinas modifiquen al
:s-RNAt y lo inserten en el ribosoma.
_a pirrolisina puede ser insertada en ciertos codones
JAG.
- - j ertos genes ocurren cambios especificos en Ia
-- ra del codigo. La especificidad de dichos cam-
. implica que Ia lectura de un codon en particular
_ndera de las bases circundantes. En dos casos
~ ertan aminoacidos diferentes a los 20 clasicos
~ ::nedio de aminoacil-RNAt especiales.
Un ejemplo destacado es Ia incorporacion del
_noacido modificado selenocistefna en ciertos
_ones UGA localizados en los genes que codifi-
- a selenoprotefnas tanto en procariotas como
~ cariotas. En general, estas protefnas catalizan
~eacciones oxidacion-reduccion y comienen un
residuo de selenocisteina, el cual forma parte
si rio activo . Se sabe mas sobre el uso de los co-
:-es UGA en tres genes de E. coli que codifican
.:. ~ isoenzimas formato deshidrogenasa. El codon
__. ._ interno es interpretado por un RNAt de se -
cistefna, reaccion inusual determinada por Ia
- ctura secundaria local del RNAm, en particular
- :a presencia de un lazo en horquilla en flujo
~endente del UGA.
9.8 En ciertos codones de terminaci6n pueden insertarse aminoacidos nuevos
Las mutaciones en cuatro genes sel crean una
deficiencia en Ia sfntesis de selenoprotefnas. El gen
selC codifica a RNAt (con el anticodon ACU<--) que
se carga con serina. Los genes selA y selD permi-
ten transformar a Ia serina en selenocistefna. Se!B
es un factor alterno de elongacion; se trata de una
protefna de union a guanina que act'l1a como factor
espedfico de traduccion para Ia entrada del seleno -
Cis-RNAt al sitio A y, por lo tanto, proporciona un
remplazo para el factor EF-Tu (solo para este RNAt).
La secuencia de Ia protefna SelB esta relacionada
con Ia del EF-Tu y Ia del IF-2.
(.POr que se inserta el seleno-Cis-RNAt solo en
ciertos codones UGA? Dichos codones van segui-
dos de una estructura tallo-lazo en el RNAm. En Ia
se muestra que el tallo de Ia misma es
reconocido por un dominio adicional de Ia protefna
SelB (el cual no esta presente en el EF-Tu ni en el
IF-2 ). Por un mecanismo similar se interpretan al-
gunos codones UGA en las celulas de los mamiferos,
con Ia salvedad de que se necesitan dos protefnas
para identificar los codones UGA apropiados. Una
protefna (SBP2) se une ala estructura tallo-lazo en
flujo descendente, lejos del codon UGA, mientras
que Ia contra parte del SelB (denominada SECIS)
se une a la SBP2 y simultaneamente une el RNAt
con el codon UGA.
Otro ej emplo de la insercion d e un aminoacido
especial es Ia colocacion de pirrolisina en un codon
UGA en las archaea y las bacterias a traves de un
mecanismo probablemente similar al de Ia insercion
del seleno -Cis-RNAt. Un RNAt inusual se carga con
lisina, el cual presumiblemente sera modificado mas
tarde. El RNAt tiene un anticodon CUA que respon-
de al triplete UAG, y debe haber otros componentes
del sistema que restrinjan su respuesta a los codones
UGA apropiados .
SelB es un factor de elongaci6n que une especi-
ficamente el seleno-Cis-RNAt con el codon UGA, que va seg uido
de una estructura tallo-lazo en el RNAm.
199
 diferentes detalles de esta estructura, como el angulc
Ill Los RNAt son cargados que forma n los dos brazos de la "L" o Ia protrusion de
con aminoacidos por medio bases unicas, son los que caracterizan a cada RNAt.
de si ntetasas Todos los RNAt pueden embonar en los sitio5
P y A del ribosoma, en un extrema se asocia n co:G
Conceptos principales el RNAm por el apareamiento cod6n- anticod6n, ~
Las aminoacil-RNAt sintetasas son enzimas que cargan en el otro, el polipeptido esta siendo transferido.
al RNAt con un aminoacido para generar aminoacil- De manera similar, todos los RNAt (e xcepto el ini-
RNAt en una reacci6n de dos etapas que utiliza energia ciador) comparten Ia posibilidad de ser reconocido'
proveniente del ATP. por los factores de traducci6n (EF-Tu o eEFl) pare:
Las celulas tienen 20 aminoacil-RNAt sintetasas, cada unirse al ribosoma. Por el contrario, el RNAt ini-
celula porta todos los RNAt que representan a un ciador es reconocido por el IF-2 o por el eiF2, de
aminoacido especifico. modo que el conjunto de moleculas de RNAt posee
El reconocimiento de un RNAt se basa en un pequefio caracterfsticas comunes para interactuar con los fac-
nCtmero de puntos de contacto en la secuencia del RNAt. tores de elongaci6n, si bien es posible reconocer a:
RNA t iniciador.
Es necesario que los RNAt tengan ciertas caracterfs- Los aminoacidos entran a la ruta de la sfntes i~
ticas en comun, y que aun asf, otras permitan dis- protefnica a traves de las aminoacil-RNAt sintetasas
tinguirlos uno de otro. La caracterfstica clave que las cuales proporcionan Ia interfase para Ia conexi6r.
con el acido nucleico. Todas las sintetasas funciona r.
confiere esta facultad, es Ia capacidad del RNAt para
por medio del mecanismo de dos pasos que se ilus-
doblarse en una estructura terciaria especffica. Los
tra en Ia L
Primero, el aminoacido reacciona con e:
ATP para formar aminoacil-adenilato, libe-
rando pirofosfato. La energfa necesaria par.;
Enzima la reacci6n es proporcionada por la divisi6-.
Sitio del Sitio del enlace de alta energia del ATP.
aminoacido del ATP La sintetasa
tiene 3 sitios
Despues, el aminoacido activado es transfe-
de union rido al RNAt, liberandose AMP.
Sitio del RNAt Las sintetasas clasifican a los RNAt y a los ami-
noacidos en sus conjuntos correspondientes. Cad.;:
sintetasa reconoce solo a un aminoacido y a todo;
los RNAt que deben ser cargados con el. En gene-
R
I
H-C-NH2
o- ral, cada aminoacido es representado por mas de
I El aminoacido
~ -o-P=O un RNAt, y pueden necesitarse muchos RNAt pare.
y el ATP forman
d o- 6 aminoacii-AMP responder a codone s sin6nimos; por otra parte
~s -o-P=O
I
suele haber varias especies de RNAt que reaccio-
nan con el mismo codon. Los multiples RNAt que
0 representan a! mismo aminoacido se denominar.
I
Adenosina RNAt isoaceptores, y como Ia misma sintetas.:.
los reconoce a todos, tambien se definen como su.
R '
RNAt cognados.
H--NH 2 Mediante muchos intentos para deducir las simi-

Cdc-...o- Se une el RNAt litudes de las secuencias de los RNAt o para indue~

r
d'" ~"'-~
0-H
0-P=O
I
alteraciones qufmica s que inciden en su carga se he.
Ade~osina demostrado que Ia base de reconocimiento noes lc.
misma para los diferentes RNAt y que no necesaria-
mente yace en alguna caracterfstica de la estructur
primaria o secundaria. Gracias a Ia estructura crista-
El RNAt es lina se sabe que el tallo aceptor y el tallo anticodoc.
cargado con forman contactos firmes con Ia sintetasa y que Ia:
aminoacido mutaciones que influyen en el reconocimiento de
un RNAt se encuentran en estas dos regiones. (E .
anticodon no necesariamente es reconocido come
Una aminoacil-RNAt sintetasa carga al RNAt con tal; por ejemplo, las mutaciones "supresoras" que
un aminoacido . se describen mas adelante en este capitulo cambia-

200 CAPITULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico

 -=. base del anticodon y, por lo tanto, a los codones
s cuales responde un RNAt, sin alterar su carga
~ el aminoacido correspondien te.)
Un grupo de RNAt isoaceptores debe ser carga-
solo porIa aminoacil-RNAt sintetasa especifica
.:.~a su aminoacido, de modo que deben compartir
.;-mas caracterfsticas que permitan ala enzima dis -
-=- irlos de los otros RNAt. Todo el complemen-
e moleculas de RNAt se divide en 20 grupos
.;.ceptores, y cada grupo es susceptible de identi-
:-=.r a su sintetasa particular.
Los RNAt son identificados por sus sintetasas
:: iante contactos que reconocen a un numero
: -=~1 cido de bases, en general, de una a cinco. Nor-
o ...mente se utilizan tres tipos de caracterfsticas:
Generalmente (pero no siempre), se reco-
noce cuando menos una base del anticodon.
En ocasiones todas las posiciones del antico-
don son importantes.
Con frecuencia se reconoce uno de los tres
ultimos pares de bases del tallo aceptor. Un
caso extremo lo representa el Ala-RNAt,
identificado solo por un par de bases unico
en el tallo aceptor.
La asf Hamada base discriminadora, que se
encuentra entre el tallo aceptor y el CCA
terminal, nunca varfa en los RNAt isoacep-
tores.
\'inguna de estas caracterfsticas constituye un
- iio unico para distinguir 20 conjuntos demo-
: -~ as de RNAt ni proporciona suficiente especi-
_dad, de modo que, aparentemente, el recono -
'ento de los RNAt es idiosincrasico, y cada uno
=:-c sus reglas .
:--.lumerosas sintetasas pueden cargar de mane-
-::pecifica una "mini-helice" formada solo por el
~= aceptor y el T\j/ C (equivalentes a un brazo
- .a molecula en forma de L) con el aminoacido
~:e cto. En ciertos RNAt, Ia especificidad depende
::..>Jsivamente del tallo aceptor, pero es obvio que
~ ,ariaciones significativas entre los RNAt y que,
.:.:gunos casos, Ia region anticodon es imponan-
:..as mutaciones del anticodon pueden afectar el
. Ciocimiento por Ia Phe-RNAt sintetasa clase II,
- eden estar implicadas muchas caracterfsticas;
... ni-helices del RNAtv' y del RNAtM (de los
. " es sabemos que el anticodon es importante in
pueden reaccionar especfficamente con sus
erasas .
.-\sf pues, el reconocimiento depende de una in-
~ :ci6n entre varios puntos de contacto del RNAt,
-.:entrados en las extremidades, y unos cuantos
e1oacidos que constituyen el sitio activo de la
:efna. La importancia relativa de las funciones
:allo aceptor y del anticodon difiere en cada in-
_::cion RNAt-sintetasa.
9.10 La s aminoaci l- RNAt sintet asas se clasifican en dos grupos
11m Las aminoacil-RNAt sintetasas
se clasifican en dos grupos
Concepto principal
Las aminoacil-RNAt sintetasas se dividen en clase I y
clase II de acuerdo con su secuencia y sus similitudes
estructurales.
A pesar de su funcion comun, las sintetasas consti-
tuyen un grupo de protefnas mas bien variado . Las
subunidades fluctuan entre 40 y 110 kD, y las enzi-
mas pueden ser monomericas, dimericas o tetrame-
ricas, yes raro que se parezcan. Obviamente, el sitio
activo que reconoce al RNAt comprende una parte
bastante pequefia de la molecula, y es interesante
comparar los sitios activos de diferentes sintetasas.
Las sintetasas se han dividido en dos grandes
grupos, cada uno forma do por l 0 enzimas, con base
en Ia estructura del dominio que contiene al sitio
activo. En Ia t se ilustra un tipo genera l de
organizacion aplicable a ambos grupos. El dominio
catalftico incluye a los sitios de union con el ATP y
a! aminoacido, y se distingue por ser una region ex-
tensa interrumpida porIa insercion del dorninio que
se une a la helice aceptora de RNAt, lo cual coloca
al extrema del RNAt cerca del sitio catalftico. Un
dominio independiente se une a la region antico-
don del RNAt. Las sintetasas multimericas tambien
poseen un dominio de oligomerizacion.
Las sintetasas clase I poseen un dominio catalf-
tico terminal N que se identifica por dos secuencias
cortas de aminoacidos parcialmente conservadas
que en ocasiones se denominan "secuencias distin-
tivas". El dominio catalftico asume la forma de un
rasgo llamado pliegue de union con el nucleotido
(que tambien se encuentra en otras clases de en-
zimas que se unen a nucleotidos). Dicho pliegue
Dom inio catalftico: Union de Ia Union con Formacion
sitios del ATP y helice aceptora anticodon del
del aminmicido de RNA! del RNA! oligomero
Pliegue nucleotido (clase I) Helice a.
o lamina ~ antiparalela (clase II) o barril ~
Clase I principalmente monomeros, algunos homodimeros
Clase II principalmente homodimeros, 2 tetrameros
Una aminoacil-RNAt sintetasa contiene tres o
cuatro regiones con funciones distintas. (Solo las sintetasas
multimericas poseen un dominio de oligomerizaci6n .)
201

- Las estructuras cristalinas muestran que las aminoacil-
RNAt sintetasas de clase I y II se unen a caras opuestas de sus sustratos
de RNAt. El RNAt se muestra en color rojo y la proteina en color azul.
Imagen cortes\ a de Dino Moras, Institute of Genetics and Molecular and
Cellular Biology.
Se interrumpe el par
de bases U1-A72
/ en los modelos de la F'
U1A72 ./""EI tallo aceptor se
/ encuentra en una
cavidad profunda de
.... Ia protefna
' --EI ATP se une cerca
del tallo aceptor
- El lazo anticodon se
distorsiona en U35-U36
Gln-RNAt sintetasa
Una RNAt sintetasa de clase I contacta al RNAt
en el surco menor del tallo aceptor y en el anticodon.
esta formado por cadenas ~ paralelas y helices a; la
secuencia distintiva forma parte del sitio de union
con el ATP. La insercion que hace contacto con Ia
helice aceptora del RNAt difiere ampliamente entre
enzimas de clase I. Los dominios terminal C de las
sintetasas clase I, que incluyen el domino de union
con el anticodon del RNAt, y con cualquier dominio
de oligomerizacion, tambien difieren bastante uno
de otro.
Las enzimas clase II companen en sus dominios
catalfticos tres similitudes de secuencia basta nte ge-
nerales. El sitio activo contiene una gran lamina ~
202 CAPITULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico
antiparalela rodeada de helices a. Tambien eil e-
caso, el dominio de union con la helice aceptora c_
interrumpe el dominio catalftico tiene una estru~
ra que depende de la enzima individual. El dom:
de union con el anticodon tiende a ser termina: .
La localizacion de los dominios de oligomerizad
es muy variable.
El hecho de que aparentemente no haya r-
relacion entre los dos grupos de sintetasas es
enigma, quizas evolucionaron de manera indep -
diente, incluso parece posible que existiera una :
rna de vida ancestral con protefnas formadas
por los l 0 aminoacidos codificados por uno u -::-
tipo de sintetasas.
Un modelo general de la union de las RNAt ~-
tetasas sugiere que la protefna se acopla al RNAr =
el "!ado" de la molecula con forma deL, y el mis
principio general se a plica a todas las uniones de
RNAt sintetasas: la adhesional RNAt tiene Iugar -
bre todo en sus dos extremidades, y la mayor pa-
de la secuencia del RNAt no participa en el recor:
cimiento por medio de una sintetasa. Sin embar ~
la naturaleza detallada de la interacci6n difiere ~
tre las enzimas clase I y clase II, como se obse:-
, que se basae _
estructuras cristalinas. Ambos tipos de enzima.
aproximan at RNAt por !ados opuestos, lo cual h=.
que los modelos RNAt-proteina luzcan casi co--
imagenes en espejo.
Una enzima clase I (Gln-RNAt sintetasa) abor
ellado dellazo D del RNAt, reconoce el surco mer:
del tallo aceptor localizado en un extremo del si:
de union e interactua con ellazo anticodon del o :-
extremo. La es un diagrama de Ia estn : --
tura cristalina del complejo RNAtGin_sintetasa.
caracterfstica reveladora de la estructura es que !
contactos con la enzima cambian Ia estructura d-
RNAt en dos puntos importantes, que se observan ~
comparar las lfneas punteadas y las continuas ubicc
das en ellazo anticodon y el tallo aceptor:
Las bases U3 5 y U36 dellazo anticodon s---
jalan para alejarlas del RNAt, hacia el inte-
rior de Ia proteina.
El extremo del tallo aceptor se distorsionc.
mucho, lo cual resulta en Ia interrupcion de:
apareamiento de bases entre Ul y A72. El
extremo de cadena unica del tallo se empo-
tra en una cavidad profunda de Ia protefna
sintetasa que tambien contiene al sitio de
union para el ATP.
Esta estructura explica porque los cambios del
U35, la G7 3 y el par de bases Ul-A72 afectan Ia
identificacion del RNAt por su sintetasa. En toda5
estas posiciones se forman ligaduras de hidr6gen
entre Ia proteina y el RNAt.
 Una enzima clase II (Asp -RNAt sintetasa) se
- xima al RNAt por el otro !ado y reconoce ellazo
: able y el surco mayor del tallo aceptor, como
. ~ ustra en Ia - . Este l'lltimo conserva
: onformacion helicoidal regular y el ATP proba-
.-::1ente se una cerca de Ia adenina terminal. En
-:ro extremo del sitio de union hay un contacto
_-:- cho con ellazo anticodon, el cual muestra un
. io de conformacion que permite que el antico-
:. este en estrecho contacto con Ia protefna.
Las sintetasas utilizan
mecanismos de correcci6n para
incrementar la precision
~'Aicepto principal
.3 especificidad del reconocimiento del aminoacido
_ del RNAt es controlada par las aminoacil-RNAt
;intetasas par reacciones de correcci6n que invierten
.c reacci6n catal1tica en caso de que haya sido
'1corporado un componente err6neo.
- 3minoacil-RNAt sintetasas tienen una labor di-
pues cada sintetasa debe distinguir a uno de
::e 20 aminoacidos y diferencia a los RNAt cog-
__-. s (tfpicamente de uno a tres) del conjunto total
...u:a 1oo en total).
~ay muchos aminoacidos fntima mente relacio-
- s entre si, amen de que todos estan relaciona-
- con los intermediarios metabolicos de su ruta
- :erica particular. Es especialmente diffcil distin-
..:: entre dos aminoacidos que difieren solo en Ia
- :,itud del esqu eleto de carbonos (por ejemplo,
~ 'J n grupo CH 2 ). La discriminacion intrfnseca ba-
---=. en las energfas relativas de Ia union de estos
aminoacidos serfa solo de -1 I 5. Las enzimas
- ~erasas incrementan -1 000 veces este fndice.
::_a discriminacion intrfnseca entre RNAt es me-
- _orque el RNAt ofrece una superficie mas am -
-' que provee mas contactos, pero sigue siendo
.---:o que todos se conforman a la misma estructura
--:.,:ral, y el grupo de caracterfsticas que distinguen
~ RNAt cognados de los no cognados podrfa ser
-..an te limitado.
?odrfan imaginarse dos formas generales en
_: :a enzima selecciona a su sustrato:
El ciclo de admision, escrutinio y acepta -
cion/rechazo podrfa representar un solo
paso de union previo a todas las etapas res-
tantes de cualquier reaccion involucrada, lo
cual equivale a decir que la afinidad del sitio
de union es suficiente como para controlar
Ia entrada del su strato. En el caso de las sin -
tetasas, esto significarfa que solo los amino -
9.11 Las si ntetasas utili zan mecanismos de correcci6n para incrementar la precision
La cola de cadena - -
individual yace
profundamente
en Ia protefna
El lazo anticodon se
distorsiona
Asp-RNAt sintetasa
Una aminoacil-RNAt sintetasa clase II contacta
al RNAt en el surco mayor de la helice aceptora y en el lazo
anticodon.
acidos correctos y los RNAt cognados po-
drfan formar una union estable en el sitio.
Alternativamente, Ia reaccion avanza por al-
gunas de estas etapas, despues de las cuales
se decide si Ia especie correcta esta presente;
en caso contrario, Ia reaccion se revierte o
se toma una ruta de evasion, y el miembro
erroneo es expulsado. Este tipo de escruti-
nio posterior a Ia union suele llamarse co-
rrecci6n. En el ejemplo de las sintetasas,
implica que Ia reaccion de carga proceda a
traves de ciertas etapas, incluso si hay un
RNAt o un aminoacido erroneos.
Las sintetasas utilizan mecanismos de correcdon
para controlar el reconocimiento de ambos tipos de
sustrato, y mejoran significativamente en las dife-
rencias intrfnsecas entre aminoacidos o entre RNAt,
pero coincidiendo con las diferencias intrfnsecas de
cada grupo, cometen mas errores al seleccionar ami-
noacidos (las tasas de error van de 10-4 a l0- 5 ) que
a! seleccionar RNAt (en cuyo caso, Ia rasa de error
es -10-6 ) (vease Ia Fig. 8.8). El RNA de transferencia
se une a Ia sintetasa mediante la reaccion ilustrada
en la . Los RNAt cognados tienen una
mayor afinidad imrfnseca por el sitio de union, por
Io que se unen mas rapidamente y Ia disociacion es
mas lenta. Despues de Ia union, Ia enzima analiza
al RNAt que se ha unido, y si es el RNAt correcto, Ia
union es estabilizada por un cambio de conforma-
cion en la enzima, lo cual permite que Ia aminoaci-
lacion ocurra rapidamente . Si se presenta un RNAt
equivocado, no ocurre el cambio de conformacion,
la reaccion sucede mucho mas despacio y se incre -
mentan las probabilidades de que el RNAt se disocie
203
 I

Y~,
El RNA! cagnada
se asacia rapidamente,
se disacia lentamente
El RNA! no cognado
se asocia lentamente,
(
\
/
___tl
/N 2
RCH
;.co
AMP
Adenilaci6n

se disocia rapidamente

r
El aminoacil-adenilato es hidrolizadol

(r
N Aminoacido
'~RCH 2 incorrecto / NH2
(- ;.co ...,. AMP R~H
.2 AMP COOH

El RNA! cagnada El aminoacii-RNAt es hidrolizado

desencadena
un cambia de Aminoacido NH
confarmaci6n 1ncorrecto ~ RCH 2
..... ~- ' COOH
ILa aminoacilaci6n
sin cambia de
1
t
canfarmaci6n es lenta correcto

~a aminoacilaci6n AMP
es rapida

~
/

r-eo
RCH ~ '
'
El reconocimiento del RNAt correcto por La sin-
tetasa se controla en dos pasos. En el primero, La enzima tiene
mayor afinidad por su RNAt cognado, yen el segundo, La ami-
noacilaci6n del RNAt incorrecto es muy lenta.
de la enzima antes de ser cargado. Este tipo de con-
trol se denomina correcci6n cinetica.
La especificidad por los aminoacidos varfa entre
las sintetasas; algunas son muy especfficas y se unen
inicialmente a un solo aminoacido, mientras que
otras tambien pueden activar aminoacidos estrecha-
mente relacionados con el sustrato apropiado . En
ocasiones, el aminoacido analogo puede ser conver-
tido a Ia forma adenilada, pero en ninguno de estos
casos se utiliza un aminoacido incorrectamente ac-
tivado para formar un aminoacii-RNAt estable.
El RNAt cognado usualmente es necesario para
activar Ia correcci6n, incluso si la reacci6n ocurre
en Ia etapa previa ala formaci6n del complejo ami-
noacil-adenilato. (Una excepci6n es Ia Met-RNAt
sintetasa, que puede rechazar a complejos ami-
noacilo-adenilato no cognados incluso en ausencia
de RNAt. )
Hay dos etapas en que puede hacerse la correc-
ci6n de un aminoacil-adenilato incorrecto durante
Cuando una sintetasa une al aminoacido inco-
rrecto, la correcci6n requiere de La union con el RNAt cognado.
la cual puede tener Lugar por un cambia conformacional quE
provoque la hidr6lisis del aminoacil-adenilato incorrecto o po
medio de la transferencia del aminoacido al RNAt, seguida dE
hidr6lisis.
!a formaci6n del aminoacil-RNAt. En la 1
se observa !a aplicaci6n de una correcci6n quimi-
ca, en la cualla reacci6n catalftica es invertida. El
grado de predominio de una ruta u otra varfa de
acuerdo con cada sintetasa:
El aminoacil-adenilato no cognado podria
hidrolizarse si se une el RNAt cognado. En
este mecanismo es utilizado de manera pre-
dominante por numerosas sintetasas, inclui-
das las de metionina, isoleucina y valina. (E
general, la reacci6n no puede observarse in
vivo, pero puede ser seguida par la Met-RNAt
sintetasa cuando el aminoacido activado
incorrectamente es !a homocistefna, que ca-
rece del grupo metilo de la metionina.) La
correcci6n libera una forma modificada del
aminoacido, como la homocistefna tiolacto-
na. De hecho, esta es producida en E. col:"
como un producto derivado de !a reacci6n
de carga de !a Met-RNAt sintetasa, lo cuaJ
demuestra que la correcci6n continua es
parte del proceso de carga de un RNAt con
su aminoacido.

204 CAPITULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico

 Algunas sintetasas utilizan Ia correccion qui-
mica en una etapa posterior. De hecho. el Paso Frecuencia de errores
aminoacido erroneo es transferido al RNAt,
despues es reconocido como incorrecto por Activaci6n de valina 1/225
a Vai-AMP119
su estructura en el sitio de union con el
RNAt, y por lo tanto, hidrolizado y liberado. Liberaci6n de Val-RNA! 1/270
El proceso requiere de un ciclo continuo de Tasa global de error 1/225 X 1/270 =1 /60 000
ligamiento e hidrolisis hasta que se transfie-
La precision de la carga del RNAt11 par media de
re el aminoacido correcto al RNAt. su sintetasa depende del control de los errores en dos etapas.
La Ile-RNAt sintetasa de E. coli constituye un
:!!l plo clasico en el que la discriminacion entre
:...n oacidos depende de Ia presencia de R.l\TAt. La
"""'rna puede cargar valina con AMP, pero hidroli-
.=1 valil-adenilato cuando se agrega el RNAt1k La
~ de error general depende de las especificidades
_ ..:ada paso, como se resume en Ia El sitio de edici6n es mas pequeno que el sintetico
~de 1.5 x 10-s es menor que la tasa a la cualla
__::1a es sustituida por isoleu cina (en Ia glob ina del Sitio sintetico Sitio de edici6n
.ejo), que oscila entre 2 y 5 x 10---'~ , por lo tanto,
:.;;rga erronea probablemente represente solo una
- ~..1efi.a fracci6n de los errores que ocurren en Ia
:esis protefnica.
La Ile-RNAt sintetasa utiliza el tamaiio como
-:: para discriminar aminoacidos. En la ~a lie entra en el sitio sintetico pero no en el de edici6n
.uestra que tiene dos sitios activos: el sitio sinte-
IO de activaci6n) y el sitio de edici6n (o hidrolf-
. La estructura cristalina de Ia enzima muestra
- el sitio sintetico es dem asiado peque!'io como
La Val pasa del sitio sintetico al de edici6n
: permitir Ia entrada de la leucina (analogo cer-
- de Ia isoleu cina) . Todos los aminoacidos mas
~ es que la isoleucina son excluidos de Ia activa-
- debido a que no pueden entrar a! sitio sinteti-
- ero un aminoacido que sf lo logra, es colocado La Ile-RNAt sintetasa tiene dos sitios actives.
:: RNAt. Despues, Ia enzima intenta transferirlo Los ami noacidos mas grandes que la leucina no pueden ser ac-
.:io de edici6n. La isoleucina es ta a salvo de la t ivados debido a que no embonan en el sitio sintetico, en tanto
-on porque es demasiado grande como para en- que los mas pequeiios son eliminados porque son susceptibles
. a! sitio correspondiente. Sin embargo, Ia valina de entrar al si tio de edici on .
. i e entrar a ese sitio, de modo que se hidroliza
- :al-RNAt11< incorrecto. En esencia, la enzima
-xJrciona un filtro molecular doble. en el que el
~ no del arnino<kido es utilizado para discriminar
- - especies estrechamente relacionadas.
na caracterfstica interesante de la Ile-RNAt Extreme de horquilla alterno Extrema helicoidal usual
-:c:-tasa es que los sitios sintetico y de edicion estan
: erablemente separados, -34 A. Una estructu- Sitio de edici6n
- stalina de Ia enzima que forma un complejo
- ,m analogo editado de isoleucina muestra que 34At
- ~ inoacido es transportado del sitio sintetico al Sitio sintetico
::dici6n. En Ia " ~spva que esto
.: a un cambio en Ia conformaci6n del RNAt. El
aceptor del aminoacido del RNAtuc puede pre-
~ rse en conformaciones alternas, por ejemplo,
a una estructura de h orquilla in usual para ser
oacilado por un aminoacido en el sitio sintetico
Un ami noacido es transportado del sitio sint{~
__ ues recupera Ia estructura helicoidal mas co- tico al de edicion de la Ile-RNAt sintetasa par un cambia en la
- para mover el aminoacido al sitio de edicion. conformacion del tallo aceptor del aminoacido del RNAt.

9 .11 Las si ntetasas uti lizan mecanismos de correcci on para incrementar la precision 205
 La translocacion entre sitios es el paso que limita la
velocidad de la correccion. La Ile-RNAt sintetasa es
una sintetasa de clase I, sin embargo, el mecanismo
AUG UUG UAA
de doble filtro tambien es utiUzado por las sintetasas AAC
clase II.

Los RNAt supresores tienen

L
e,J
anticodones mutados que leen ~
Leu
a codones nuevos
/
Conceptos principales Mutante sin sentido: termina el codon UAG
Un RNAt supresor suele presentar una mutacion en UAG \ UAA
el anticodon que cambia los codones a los cuales Faetoc..de
responde. liberaci6n
Cuando el anticodon nuevo corresponde a un codon
de terminacion, se inserta un aminoacido y La cadena
polipeptldica rebasa al codon determinacion, lo cual
resulta en La supresion de una mutacion sin sentido en
el sitio de una mutacion sin sentido, o en La lectura a Mutaci6n supresora: cambia al anticodon del Tir-RNAt
traves de un codon natural determinacion.
La supresion de mutaciones de sentido erroneo ocurre
cuando el RNAt reconoce a un codon distinto del
normal, de manera que un aminoacido es sustituido
por otro.
AUG
Mutaci6n delE_NAt
UAC
AUG
UAG _/(
AU C /
JUAG
AU G
UAA

El aislamiento de los RNAt mutantes ha sido una
de las herramientas mas potentes para analizar la
capacidad de un RNAt para responder a sus codo-
nes en el RNAm y para determinar los efectos que
tienen diferentes partes de la molecula de RNAt en
el reconocimiento codon-anticodon.
Los RNAt mutantes se afslan por su capacidad
para superar los efectos de las mutaciones en genes
codificadores de protefnas. En terminologfa genetica
general, una mutacion susceptible de superar los
efectos de otra se denomina supresora.
En los sistemas de RNAt supresores, Ia muta-
cion primaria transforma un codon de un RNAm
de manera que el producto protefnico deja de ser
funcional. La mutacion supresora secundaria cam-
bia el anticodon de un RNAt, de tal forma que este
reconoce a! codon mutante en Iugar de (o tambien)
a su codon diana original. El aminoacido que se
inserta ahora restaura la funcion de Ia protefna.
Los supresores se describen como supresores de
mutaciones sin sentido o supresores de mu-
taciones de sentido err6neo, dependiendo de Ia
naturaleza de Ia mutacion original.
En una celula de tipo silvestre, una mutacion
sin sentido es reconocida solo por un factor de li-
beracion que termina Ia sfntesis protefnica. La mu-
tacion supresora crea un aminoacil-RNAt capaz de
reconocer al codon de termina cion, y por medio
de Ia insercion de un aminoacido, permite que Ia
,,J~ r;, ~
Tir
Las mutaciones sin sentido pueden ser suprirr
das por un RNAt con un anticodon mutante, el cual inserta _-
aminoacido en el codon mutante, de modo que se produce e
prote1na de longitud total en La cual el residua de Leu origi-o
ha sido remplazado por Tir.
sintesis protefnica rebase el sitio de la mutacion
sentido. Esta nueva capacidad del sistema de tradli.:
cion permite que se sinteticen protefnas de longi
completa, como se ilustra en la l 9 . En ca-
de que el aminoacido insertado por supresion s-
diferente del que estaba originalmente en ese si -
de la protefna de tipo silvestre, la actividad de
protefna puede ser modificada.
Las mutaciones de sentido err6neo transform;-
a un codon que representa a un aminoacido en ;_
codon que representa a otro que no pueda funcior~'
en Ia protefna en Iugar del residuo original. (Fe -
malmente, cualquier sustitucion de aminoaciG.
constituye una mutacion de sentido erroneo, p -
en la practica se detectada s6lo si altera Ia activiC.:
de Ia protefna.) La mutaci6n puede ser supriffi
por Ia insercion del aminoacido original o de al
otro que sea aceptable para la proteina.
En la se demuestra que Ia supres:.
de una mutacion de sentido erroneo puede loge

206 CAPiTULO 9 Utilizacion del codigo genetico

 : e Ia misma manera que Ia supresion de una
..: acion sin sentido, mutando el anticodon de un
. _-\t que porta a un aminoacido aceptable de ma- Tipo silvestre: el codon GGA es lefdo por el Gli-RNAt
~ ~a que responda al codon mutante. Por lo tanto,
AUG GGA UAA
;upresion de una mutacion de sentido erroneo ccu

GIIJ
.plica un cambio en el significado del codon de
:-. aminoacido a otro.

Hay supresores de mutaciones !

Gli
sin sentido para cada codon
de termi naci6n
Sentido erroneo: el triplete AGA es lefdo por el Arg-RNAt
:~:1 ceptos principales
AUG A GA UAA
( ada tipo de codon sin sentido es suprimido por ucu

A~J~
moleculas de RNAt con anticodones mutantes.
Algunos RNAt supresores extraiios presentan
mutaciones en otras partes de la molecula.

Arg
. > supresores de mutaciones sin sentido se enca-
_.an en tres clases, una por cada tipo de codon de Supresion: el triplete AGA es lefdo por el Gli-RNAt mutante
. :-:ninacion . En la se describen las pro-
.::Jades de algunos de los supresores mejor carac- AUG A GA UAA
:~.z ados. u cu
Mutacron del RNAt ,;r _~
Los mas faciles de caracterizar han sido los su-
~:'Sores ambar. En E. coli se han mutado cuando
cc u ucu ~ ~
.-::1os seis RNAt para reconocer a los codones UAG.
- - OS los RNAt supresores ambar tienen el antico-
. :-. CUA~ y derivan del tipo silvestre por un solo
GI JG~
I Gil
!
-.Zlbio de base. El sitio de la mutacion puede ser
-~ lquiera de las tres bases del anticodon, como se
- erva en supD, supE y sup F. Cada RNAt supresor La supresion de una mutacion de sentido erroneo
: ~ - noce solo al codon UAG, no a sus codones an- ocurre cuando el anticodon del RNAt es mutado de tal manera
que responde al codon incorrecto. La supresion es solamente
:.- res. Los aminoacidos insertados son serina, gl u-
parcial porque tanto el RNAt de tipo si lvestre como el RNAt
. ina o tirosina, los mismos que portan los RNAt supresor pueden responder al triplete AGA.
: i po silvestre correspondientes.
Los supresores ocre tambien surgen por mu-
. . :ones del anticodon; los que mejor se conocen
::. supC y supG, que insertan tirosina o lisina en
.. uesta a los codones ocre (UAA) o a los ambar
.. G) , fenomeno que concuerda con el pronostico
Locus RNAt Tipo silvestre Supresor
hipotesis del balanceo de que un triplete UAA
. no es susceptible de ser reconocido. ~ Codon/anti Antilcodon
Un supresor UGA tiene una propiedad ines- supD (su 1) Ser UCG CGA CUA UAG
__ ada, es un derivado del RNAtTrp, pero su unica supE (su2) Gin GAG CUG CUA UAG
_. : :acion consiste en la su stitucion de una A y no
- ..:na G en la posicion 24. Con este cambio se rem- supF (su3) Tir uA8 GUA C UA UAG
~ un par G-U por un par A-U en el tallo D, de
. j o que se incrementa Ia estabilidad de la helice. supC (su4) Tir UA8 GUA UUA UA~
~ o:ecuencia del anticodon se mantiene igual que
-:i tipo silvestre, CCA'-. Por lo tanto, las mutacio- supG (su5) Lis AA~ uuu UUA UA~
~.- el tallo D deben, de alguna manera, alterar Ia
supU (su7) Trp UGG CCA UCA UG~
. 'ormacion dellazo anticodon al permitir que el
;- -ete CCA<- se aparee con el UGA en un balanceo Los RNAt supresores de mutaciones sin sentido
..:ual que permite el apareamiento entre C y A. son generados par mutaciones en el anticodon.

9.13 Hay supresores de mutaciones sin sentido para cada codon determinacion 207
 El RNAt supresor sigue reconociendo a su codon
usual, UGG.
En un RNAt eucariotico se observa una respues-
ta similar. El hfgado bovino contiene un RNArser con
el anticodon 111 CCA'- . Las reglas del balanceo pro-
nostican que este RNAt debe responder a! codon de
triptofano UGG, pero de hecho responde a! codon
de terminacion UGA, de modo que es posible que
el triplete UGA sea suprimido de forma natural en
esta situacion.
La importancia general de estas observaciones
yace en la demostracion de que el reconocimiento
codon-anticodon del RNAt silvestre o del RNAt mu -
tante no es pronosticable completamente a partir
de las secuencias de los tripletes pertinentes, sino
que tambien depende de otras caracterfsticas de Ia
mol ecula.
1111 Los supresores pueden
competir con la lectura de tipo
silvestre del c6digo
Conceptos principales
Los RNAt supresores compiten con los RNAt de tipo
silvestre que tienen el mismo anticodon para leer el
codon o los codones correspondientes.
La supresion eficiente es perjudicial porque resulta en
una lectura que rebasa codones determinacion.
El codon UGA es permeable y noes interpretado correc-
tamente par el Trp-RNAt del 1 al 3% de las veces.
Traducci6n de tipo silvestre
&.....=:::==::==-
AUG UAG UAA
El factor de liberacion
termina Ia sintesis en un
codon de terminaci6n
Supresion ambar
AUG UAG UAA
Hay una diferencia interesante entre el reconoci-
miento usual de un codon por el aminoacil-RNAt
apropiado y la situacion en Ia cualla mutacion per-
mite que un RNAt supresor reconozca a un codon
nuevo. En una celula de tipo Silvestre solo puede
atribufrsele un significado a un codon determinado,
el cual representa a un arninoacido panicular o a una
sei1al de terminacion. Sin embargo, en una celula
que porta una mutacion supresora, el codon mutante
tiene la alternativa de ser reconocido por el RNA<
supresor o de ser leido con su significado usual.
Un RNAt supresor de mutaciones sin sentid
debe competir con los factores de liberacion qu
reconocen a! codon o a los codones de termina-
cion. Un RNAt supresor de mutaciones de sentid
erroneo debe competir con los RNAt que respon-
den adecuadamente a su nuevo codon. La exten-
sion de Ia competencia influye en Ia eficiencia de 1-
supresion, de modo que Ia efectividad de un supre-
sor particular depende no solo de la afinidad entr~
su anticodon y el codon diana, sino tambien de s
concentracion en la celula y de los parametros qu
rigen las reacciones competitivas de terminacion
de insercion.
La eficiencia con la que se lee cualquier cod6-
en particular depende de su localizacion, de mod
que Ia extension de Ia supresion de una mutaci6-
sin sentido por un RNAt dado puede variar ampli<'- -
mente, seg(m el contexto del codon. Se desconoce C'
efecto de las bases vecinas del RNAm en el recon -
cimiento codon-anticodon, pero el contexto pue -~
cambiar Ia frecuencia con que un codon es recom -
cido por un RNAt especffico en mas de un arden -
magnitud. El efecto de la base que se encuentra e_-
ellado 3' de un codon parece ser particularmen-:
contundente.
Un supresor de mutaciones sin sentido es a:
lado por su capacidad para responder a un cod
mutante sin sentido. ;Pero el mismo triplete cons:...
tuye una de las sefiales determinacion de la celu:..:.
El RNAt mutante que suprime una mutacion s
sentido debe, en principio, ser capaz de supri -
Ja terminacion natural en el extrema de cualq ' :
gen que utilice dicho codon. En Ia 92
muestra que esta ultralectura del codon de te-
minacion natural resulta en Ia sfntesis de una p~

El RNA! supresor lee el

codon UAG y Ia proteina ~
~~C Factor de
tefna mas larga, con material terminal c adicioc __:_
La protefna ampliada terminara en la siguiente :
liberacion cuencia determinacion que se encuentre en la f
se extiende al codon de Tir 1
terminacion t del marco de lectura. Cualquier supresion exte _
Tir de la terminacion probablemente sea perjudic-
para la celula porque se han producido protei':-:
ampliadas cuyas funciones han sido modificadc.
Los supresores de mutaciones sin sentido tam- Los supresores ambar tienden a ser relari-
bien leen a traves de los codones determinacion, sintetizando m ente eficientes, en general funcionan a tasa
as\ proteinas mas largas que las de tipo silvestre. l 0% a 50%, dependiendo del sistema. Esta eficit-

208 CAPITULO 9 Utilizacio n del codigo genetico

 .:l es posible porque los codones ambar se utilizan
_:ativamente con poca frecuencia para terminar la
_.resis protefnica de E. coli.
los supresores ocre son diffcil es de aislar, siem-
-: son mucho menos eficientes, su acrividad suele
::ar por debajo del 10%. El crecimiento de todos
. : supresores ocre es deficiente, lo cual indica que
_: supresion de los tripletes UAA y UAG es daflina
.:.ra E. coli, probablemente debido a qu e el codon
.:re se utiliza con mayor frecuencia como seflal de
:-:-minacion natural.
El triplete UGA es el menos eficiente de los co-
- n es determinacion en su funcion natural; el Trp -
- At lo interpreta de manera erronea con una fre-
_Jencia de l a 3% en situaciones de tipo sitvestre,
- -:ro a pesar de esta deficiencia, se utiliza con mayor
-:-:cuencia que el triplete ambar para terminar a los
c :'nes bacterianos.
El supresor de mutaciones de cambio de senti-
.:. de un gen tiende a ser el mutador de otro gen.
._ ~ supresor corrige una mutacion al sustituir a un
inoacido por otro en el sitio mutante. No obs -
. :1te, en otras ubicaciones, la misma sustitucion
:::nplazara a! amino<kido de tipo silvestre por un
cninoacido nuevo. El cambio puede inhibir la fun-
- -n protefnica normal.
Esto plantea un dilema a la celula, pues debe
..:primir a un codon muta nte en una localizacion
cambiar mucho su significado normal en otras
.:.alizaciones. Asf pues, la ausencia de poderosos
- presores de mutaciones de cambio de sentido se
:"=plica por los efectos dafi.inos que causarfa una
- titucion general y eficiente de aminoacidos .
Una mutacion que crea un RNAt supresor pue-
-= tener dos consecuencias. Primero, permite que
-- RNAt reconozca a un codon nuevo, y segundo,
: _ ocasiones impide que el RNAt reconozca a los
dones a los cuales respondfa previamente. Essig-
.5cativo que todos los supresores ambar de gran
: ._ iencia sean derivados de !a mu tacion de una co -
- !<1 de un conjunto de RNAt redundante. En estos
..2 os, Ia celula tiene numerosos RNAt susceptibles
-= responder al codon originalmente reconocido
- r el RNAt de tipo silvestre, de modo que la mu -
_: ion no elimina el reconocimiento de los codones
. iguos, los cuales siguen producidos adecuada-
ente por los RNAt del conjunto. En una situacion
sua! en !a que solo h ay un RNAt que responde
- -. n codon en particular, cualquier mutacion que
___ pida !a respuesta es leta!.
Muy a menudo, la supresi6n se a naliza en el
- ntexto de una mutacion que cambia !a lectu-
.:. de un codon, pero hay situaciones en que un
on de terminacion se lee como aminoacido de
=.ja frecu encia en !a situacion de tipo silvestre . El
--::mer caso descubierto fu e el del gen de !a protef-
na de la cubierta del fago de RNA Q~. La formacion
de partfculas Q~ ineficientes implica que el codon de
terminacion ubicado en el extremo de ese gen sea su-
primido a baja frecuencia para generar una pequefla
proporcion de protefnas de cubierta con una exten-
sion terminal C. En efecto, este codon de terminacion
es permeable, y !a razon es que el Trp-RNAt reconoce
a! codon a baja frecuencia .
La ultra lectura de los codones de terminacion
tambien ocurre en las eucari otas, donde los virus
de RNA son los que !a utilizan con mas frecuencia,
fenomeno que puede implicar !a supresion de los tri-
pletes UAG!UAA por el Tir-RNAt, el Gln-RNAt o el
Leu-RNAt, o bien !a supresion del triplete UGA por
Trp -RNAt o Arg -RNAt. La extension de la supresion
parcialla dicta el contexto circundante del codon.
aD El ribosoma influye en la
precision de la traducci6n
Concepto principal
La estructura del RNAr 165 en los sitios PyA del
ri bosoma influye en la exactitud de la traducci6n.
La falta de una variacion detectable cuando se ana-
liza la secuencia de una protefna demuestra que Ia
sintesis protefnica debe ser extremadamente precisa.
Muy p ocos errores son aparentes en forma de susti-
tuciones de un aminoacido por otro. Hay dos etapas
generales en la sfntesis protefnica en las cuales pue-
den cometerse errores (vease Ia Fig. 8.8, seccion 8 .3,
La precision de Ia sfntesis protefnica es controlada
por mecanismos especiales ):
No hay duda de que cargar a un RNAt solo
con su aminoacido correcto es imponantf-
simo, lo cual es una de las funciones de la
aminoacii-RNAt sintetasa. La tasa de error
probablem ente varfa en fun cion de la enzi-
ma espedfica, pero en generaL se producen
errores en < l! l 0 5 aminoacilaciones .
La especificidad del reconocimiento codon-
anticodon es crucial, pero desconcertante.
Aunque las constantes de union varfan se-
gun la reaccion codon -anticodon, la espe -
cificidad siempre es demasiado baja como
para proporcion ar una tasa de error < l o- 5 .
Cuando se encuentran libres en solu cion,
los RNAt se unen a sus co dones muy cte-
bilmente. Los tripletes relacionados, pero
erroneos (con dos de tres bases correctas),
son reconocidos de 10-t a 10-2 veces mas
eficientemente que los correctos.
Asf pues, el apareamiento de bases codon-anti-
codon parece ser un punto debil en la exactitud de
9.15 El ribosoma influye en la precision de la traducci6n 209
 la traduccion. El ribosoma tiene una funcion impor-
tante en el control de la especificidad de esta reac-
cion, funciona de manera directa o indirecta como
un "corrector" para distinguir entre apareamientos
codon-anticodon correctos e incorrectos, de modo
que la diferencia intrinseca bastante modesta seam-
plfa -I 000 veces. Ademas de Ia funcion del ribo-
soma, los factores que ponen a los aminoacil-RNAt
y a los RNAt iniciadores en el ribosoma tambien
pueden influir en la reaccion de aparearniento.
Debe haber algunos mecanismos para estabi-
lizar al aminoacil-R1\l'At correcto y permitir que su
aminoacido sea aceptado como sustrato para reci-
bir a Ia cadena polipeptfdica; los contactos con un
aminoacil-RNAt incorrecto deben romperse rapida-
mente, de manera que el complejo salga sin reac-
cionar. Supongase que no hay especificidad en la
colision inicial entre el complejo aminoacil-RNAt-
El RNA! correcto interac!Ua con el RNAr
~ midinas U y C (una suele ser confundida con la otra
RNAm
Un RNA! incorrecto sale del sitio A
Un aminoacil-RNAt puede ser colocado en el sitio
A (por el EF-Tu), pero s6lo uno que se aparee con el anticodon
puede hacer contactos estabilizadores con el RNAr. En ausen-
cia de estos contactos, el aminoacil-RNAt se difunde fuera del
sitio A.
210 CAPiTULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico
EF-Tu-GTP y el ribosoma. Si cualquier complejo.
independientemente de su RNAt, puede entrar al
sitio A, el numero de entradas incorrectas debe ex-
ceder por mucho el de entradas correctas.
Hay dos modelos basicos que explican como el
ribosoma discrimina entre aminoacil-RN At aparea-
dos correcta o incorrectamente. La situacion actual
incorpora elementos de ambos modelos.
El modelo de reconocimiento directo supone
que Ia estructura del ribosoma esta disenada
para reconocer a los aminoacil-RNAt apa-
reados de forma correcta, lo cual significa-
rfa que el apareamiento correcto resulta e _
algun cambio pequeno en Ia conformacion
del aminoacil-RNAt, que puede reconoce
al ribosoma. La discriminacion ocurre ante~
de cualquier reaccion posterior.
El modelo de Ia correccion cinetica propone
que hay cuando menos dos etapas en el pro-
ceso, de manera que el aminoacil-RNAt tiene
multiples opmtunidades para disgregarse. Ur.
aminoacil-RNAt apareado incorrectamente
puede pasar a traves de algunas etapas de !c.
reaccion antes de ser rechazado. En princi-
pia, Ia selectividad global puede ser productc
de las selectividades de cada etapa.
La es un diagrama de lo que sucede
a los aminoacil-RNAt apareados de manera correctc.
e incorrecta. Un aminoacil-RNAt apareado de forme:.
correcta es susceptible de establecer contactos esta-
bilizadores con el RNAr, en tanto que el incorrecta-
mente apareado no forma dichos contactos y, por It
tanto, puede difundirse fuera del sitio A.
La ruta del descubrimiento de estas interac-
ciones comenzo con investigaciones de los efecto~
de la estreptomicina, un antibiotico, en Ia decadz
de 1960. Dicho farmaco impide la sfntesis protef-
nica al unirse al RNAr 16S e inhibir Ia capacida
del EF-G para catalizar Ia translocacion. Asimismo
incrementa el nivel de lecturas erroneas de las piri-
y, en ocasiones, con A). La proteina S 12, cuya se-
cuencia ha sido modificada en mutantes resistentes
influye en el sitio en que actua Ia estreptomicina
Los ribosomas con una protefna S 12 derivada de
bacterias resistentes muestra una reduccion en e:
nivel de lecturas erroneas respecto de los riboso-
mas de tipo silvestre, pues efectivamente, Ia Sl.::
controla el nivel de lecturas erroneas, y cuando e!
mutada para disminuirlas, suprime el efecto de lc.
estreptomicina.
La Sl2 estabiliza la estructura del RNAr 16S eL
Ia region que se une a Ia estreptomicina. Lo impor-
tante aquf es que !a region de los sitios P y A influye e1
la precision de la traduccion, que puede ser mas 0 menc:
precisa al cambiar la estructura del RNAr 16S. La com-
 =acion de los efectos de la proteina S 12 y de la
:::-eptomicina en Ia estructura del RNAr explica el
__ portamiento de mutantes diferentes de Ia S 12,
=:.mos de los cuales incluso hacen a! ribosoma de-
__:.iente de !a estreptomicina para realizar !a tra-
_: oncorrecta.
Por !a estructura cristalina del ribosoma ahora
-c-mos que el RNAr l6S se encuentra en posicion
:..:-3 formar contactos con el aminoacil-RNAt. Dos
__ =s del RNAr l6S pueden hacer contacto con el
-.:-:o menor de !a helice formada por el aparea-
:::J.to entre el anticodon del RNAt y las dos pri-
::-:-as bases del codon del RNAm, lo cual estabiliza
-:ctarnente Ia estructura cuando se forman los
:.:actos correctos codon-anticodon en las prime-
- l os posiciones del codon, pero no monitorea a
~ :ontactos de la tercera posicion.
La estabilizacion de los arninoacil- R.t~At correcta-
': te apareados puede tener dos efectos. Al mante-
-- el aminoacil-RNAt en el sitio A, se evita que esca-
- :..ntes de !a siguiente etapa de Ia sintesis proteinica.
.::.. :iill1bio conformacional del RNAr puede ayudar a
--:ar la siguiente etapa de Ia reaccion, que consiste
.a hidrolisis de GTP por medio de EF-Tu.
Una parte del efecto de correccion depende del
:::."lpo. Un aminoacil-RNAt ubicado en el sitio A
_~d e, en efecto, quedar atrapado si la siguiente
-'.;la de la sintesis proteinica ocurre mientras se
,-Jentra ahf, de modo que un retraso entre la en-
:.:a a! sitio A y la transferencia del grupo peptidilo
_~ e incretnentar Ia posibilidad de disociacion de
mlinoacil-RNAt apareado de forma incorrecta, lo
---=.: ocurre con mayor rapidez que en el aminoacil-
- -.-\. t apareado de forma correcta, probablemente
- ' :eces, de modo que su oportunidad para escapar
x rementa cuando disminuye Ia velocidad de la
-:de transferencia del peptido.
Se supone que Ia especificidad de Ia decodifica-
- : __ reside en el ribosoma, pero resultados recientes
< eren que los factores de traduccion influyen en
-::-:oceso en los sitios P y A. Un indicia de que el
.:_:=--u esta implicado en la conservacion del marco
. :ectura son los mutantes del factor que suprime
- ambios de este ultimo, lo cual implica que el
~-:: _-uno simplemente transporta aminoacil-RNAt
~ : tio A, sino que tambien esta involucrado en el
_:cionamiento del aminoacil-RNAt entrante res-
~ :-:o del peptidil-RNAt del sitio P.
Un caso sobresaliente en el cuallos facto res in-
_.en en el sigruficado es Ia iniciacion. La mutacion
:... codon de iniciacion AUG a UUG en el gen HIS4
: :.as levaduras evita Ia iniciacion, pero puede ser
--= las mutaciones supresoras extragenicas permi-
-=: que se inicie Ia sintesis proteinica en el codon
- _:ante UUG. Se ha demostrado que dos de estos
_-::-:esores se encuentran en los genes que codifican
9.16 La modificaci6n de la codificaci6n cambia el significado de los codones
a las subunidades a y ~ del eiF2, factor que une a!
Met-RNAt, con el sitio P. La mutacion del eiF~2 resi-
de en una parte de Ia proteina que casi seguramente
se relaciona con ]a uruon del acido nucleico, parece
probable que su diana sea !a secuencia de iniciacion
del RNAm como tal o la asociacion de aparearniento
de bases entre el codon del RNAm y el anticodon del
Met-RNAt, lo cual sugiere que el eiF2 participa en
la discrimi~acion de los codones de iniciacion y en
el transporte del RNAt iniciador al sitio P.
El costo de Ia sintesis protefnica en cuanto a
enlaces de alta energia puede incrementarse por los
procesos de correccion. Una pregunta importante
en el calculo del costo de Ia sfntesis proteinica es en
que etapa se toma Ia decision de aceptar a! RNAt.
Si inmediatamente se toma la decision de liberar
un complejo arninoacil-RNAt-EF-Tu-GTP, hay poco
costo extra por rechazar el gran numero de RNAt
incorrectos que (estadisticamente) tienden a en-
trar a! sitio A antes de que el RNAt sea reconocido.
Sin embargo, si el GTP es hidrolizado antes de que
se disocie el aminoacil-RNAt apareado de manera
erronea, el costo sera mayor. Un aminoacil-RNAt
apareado erroneamente puede ser rechazado antes
o despues de la division del GTP, aunque aun no
sabemos donde, en promedio, es rechazado. Hay
evidencias de que el uso de GTP in vivo es mayor que
el de los tres enlaces de alta energfa utilizados en !a
adicion de cada aminoacido (correcto) a !a cadena.
Ill La modificaci6n
de la codificaci6n cambia
el significado de los codones
Conceptos pri nci pales
Los cambios de significado de los codones pueden
ser provocados por RNAt mutantes o por RNAt con
propiedades especiales.
El marco de lectura puede sufrir modificaciones por
desviaci6n o por cam bios en Ia pauta de lectura que
dependen de las propiedades del RNAm .
El marco de lectura de un mensajero suele ser in-
variable. La traduccion empieza en un codon AUG
y continua en tripletes hasta un codon de termi-
nacion. La lectura no nota el sentido: Ia insercion
o delecion de una base provoca una mutacion de
cambia de marco, en la cual Ia fase de lectura va
mas alla del sitio de !a mutacion. Los ribosomas y
los RNAt siguen inevitablemente en tripletes, sin-
tetizando una serie de arrtinoacidos completamente
diferente.
Hay algunas excepciones a! patron usual de
traduccion que permiten que un marco de lectu-
211
 La supresion es provocada par el anticodon mutado
mtm,lme VIH 8
Cambia del marco de lectura -1 en el

l-l NNNNN UGA NNNNNNNNNN

NNNNUUUUU UAGGNNNNNNNN
Ultimo codon lefdo en Ia fase de lecture inicial
Factor especial + RNAt reconocen al codon

Sei-Cis ~ NN
NN
-& NN
NN
NNNNN UGA NNNNNNNNNN
Lectura sin cambia en Ia fase de lectura

Una mutacion en un RNAt individual (usualmen-
te en el anticodon) puede suprimir el significado normal de
ese codon. En un caso especial, un RNAt especifico se une a
un factor de elongacion inusual para reconocer a un codon de
terminacion adyacente a un lazo de horquilla.
ra con algun tipo de interrupcion, como un codon
sin sentido o un cambio en el marco de lectura,
sea traducido en un proteina de longitud total. Los
eventos de recodificacion son responsables de las
excepciones a las reglas usuales e involucran a cier-
to tipo de eventos.
El cambia del significado de un solo codon per-
mite que un aminoacido sea sustituido por otro o
que un aminoacido se inserte en un codon de ter-
minacion. En la se muestra que estos
cambios se basan en las propiedades del RNAt indi-
vidual que responde al codon:
La supresion implica el reconocimiento
de un codon por un RNAt (mutante) que
usualmente responderia a un codon dife-
rente (vease la seccion 9.12, Los RNAt su-
presores tienen anticodones mutados que
leen a codones nuevas).
La redefinicion del significado de un codon
ocurre cuando se modifica un aminoacil-
RNAt (vease la seccion 9.8, En ciertos co-
dones de terminacion pueden insertarse
aminoacidos nuevos).
Los cambios del marco de lectura ocurren en
dos tipos de situaciones:
Los cambios del marco de lectura tipicamen-
te implican permutaciones en Ia fase de lec-
tura cuando el aminoacil-RNAt se desliza
una base, hacia delante + 1 o hacia a tras -1
(vease la siguiente seccion, Los cambios del
marco de lectura ocurren en las secuencias
resbaladizas). El resultado que se muestra
en la .. es que la traduccion rebasa
al codon de terminacion.
NNNNUUUUU UAGGNNNNNNNN
Lectura despues del cambia del
marco de lectura
NNNNUUUUU
_ Un RNAt que se desliza una base en el apare.o-
miento con un codon provoca un cambia en el marco de lecL -
que suprime la terminacion. La eficiencia suele ser de ~5%.
Evasion de 60 nucleotidos en el gen 60 del fago f 4
~
GAUGGA UGAC............ AUUGGAUUA
Ultimo codon del marco de lectura original
Lectura sin cambia del marco de lectura
GAUGGA UGAC............ AUUGGAUUA
Lectura despues del cambia del marco de lectura
GAUGGAUGAC .... .. AUUGGfl! Ul:JA
La evasion ocurre cuando el ribosoma se c=.
plaza a lo largo del RNAm, de manera que el peptidil- R' -
localizado en el sitio P es liberado del apareamiento co c _
codon y posteriormente repara con otro codon localizado -
adelante en la cadena.
La evasion implica un movimiento del rit
soma para cambiar al codon apareado c
el peptidil-RNAt que se localiza en el sitic -
La secuencia entre los dos codones no JY
de ser representada en una proteina. Co
se muestra en Ia , esta situac'
permite que la traduccion vaya mas allci
cualquier codon de terminacion localize..
en la region intermedia.

212 CAPITULO 9 Utilizacion del codigo genetico

 Los ca mbios del marco
de lectura ocurren
en las secuencias resbaladizas
:.:-nceptos principales
El marco de lectura debe ser influido por la secuencia
: el RNAm y por el ambiente ribosomico.
_as secuencias resbaladizas permiten que el RNAt se
1esplace una base despues de que se ha apareado con
su anticodon, cambiando as\ el marco de lectura.
_a traduccion de algunos genes depende de la aparicion
egular de cam bios programados del marco de lectura.
::__ ::a.mbio del marco de lectura se relaciona con mo-
: ::Jlas de RNAt especificas en dos circunstancias:
Algunos RNAt supresores mutantes recono-
cen a un "codon" por cuatro bases y no por
las tres usuales.
Ciertas secuencias "resbaladizas" permiten
que el RNAt se mueva una base hacia ade-
lante o hacia atrci.s del RNAm en el sitio A.
Las mutaciones de cambio del marco de lectu-
: ~ esultan de la insercion o delecion de una base,
_ u eden ser suprimidas al restaurar el marco de
_::-r ura original compensando deleciones e inser-
n es de bases en un gen (vease la secci6n 2.8, El
igo genetico se lee en tripletes). Sin embargo, los
__resores de los cambios del marco de lectura ex-
.:-.;aenicos tambien pueden encontrarse en forma de
- . te culas de RNAt con propiedades aberrantes.
El tipo mas sencillo de supresor de cambios del
- u co de lectura externo corrige la fase de lectura
__,:;11do se ha provocado una mutacion por la in-
~ c ion de una base adicional en un fragmento de
-: 'iduos identicos, por ejemplo, una G puede ser
-3ertada en una serie de muchas bases G contiguas.
:: supresor de cambio del marco de lectura es un
-- ~ AtGli que tiene una base extra insertada en su lazo
- - j codon, convirtiendo al anticodon de la secuen-
:::_:: triplete usual ccc- en la secuencia cuadruple
~ .:::c c--. El RNAt supresor reconoce a un "codon"
~ cuatro bases.
Algunos supresores de los cam bios del marco de
c = ~ura pueden reconocer a mas de un "codon"
-"' cuatro bases, por ejemplo, un supresor RNAtLis
o.n eriano puede responder a las secuencias AAAA
.:; AAAU, y no al codon usual AAA. Otro supresor
- _e de leer cualquier "codon" de cuatro bases con
- =c en las tres primeras posiciones; la siguiente
-~ e noes pertinente. En estos casos, las bases al-
~:-n as aceptables en la cuarta posicion del "codon"
-.as largo no estan relacionadas con las reglas de ba-
::Keo normales. El RNAt supresor probablemente
.:conoce a un codon de tres bases, pero por alguna
9.17 Los cambios del marco de lectura ocurren en las secuencias resbaladizas
Polipeptido-Le~ / A, c c
1
c d dA(lGC
El Arg-RNAt reconoce al triplete AGG
Continua Ia lectura normal
Modos alternos de traducci6n resultan en Tya o Tya-Tyb
Proteina Tya
lniciaci6n Terminaci6n
~~--~ ~---~~u1 ~A
lniciaci6n Terminaci6n
marco de lectura
Fusion protefnica Tya-Tyb
En ausencia de Arg-RNAt, el leu-RNA! se desliza una
base, Gli-RN;econoce al triple~e~GC~ 'CG
o~AU ---+ u~ Al.J
CJJUA,GGC CUUAGGC
Para la expresion del gen tyb del elemento Ty de
las levaduras se necesita un cambia +1 del marco de lectura, el
cual tiene Lugar en una secuencia de siete bases en la que dos
codones de Leu van seguidos de un codon de Arg escaso.
razon, probablemente obstaculizacion espacial, la
base adyacente esta bloqueada, lo cual fuerza a pa-
sar por alto una base antes de que el siguiente RNAt
pueda encontrar un codon.
Las situaciones en que el cambio de marco de
lectura es un evento normal se presentan en fagos
y virus, y pueden afectar la continuacion o termina-
cion de la sintesis protefnica, ademas de ser resulta-
do de las propiedades intrfnsecas del RNAm.
En los retrovirus, la traduccion del primer gen
es terminada por un codon sin sentido en fase con
el marco de lectura. El segundo gen se encuentra
en un marco de lectura diferente, y (en algunos vi-
rus) se traduce por un cambio del marco de lectura
que modifica una segunda fase de lectura y, por lo
tanto, evade al codon de terminacion (vease la Fig.
9.29 e incluso la seccion 22.3, Los genes retrovfricos
codifican a poliprotefnas). La eficiencia del cambio
de marco de lectura es baja, habitualmente -5%;
de hecho, este hallazgo es importante en la biologfa
del virus, un incremento en la eficiencia puede ser
danino. En la .. se ilustra la situacion si-
milar del elemento Ty de las levaduras, en el cual el
codon de terminacion del gen tya debe ser evadido
por un cambio del marco de lectura para leer al gen
tyb subsecuente.
213
 Dicha situacion aclara porque Ia rara (pero pre-
decible) ocorrencia de eventos de "lectura erronea"
puede basarse en un paso necesario de Ia traduccion
natural, Hamada cambio programado del marco
de lectura, que ocurre en sitios especfficos a fre-
cuencias 100 a 1 000 veces mas altas que Ia tasa a Ia
cual se presentan errores en sitios no programados
(-3 x 10-s por codon).
Hay dos caracterfsticas comunes en este tipo de
cambio del marco de lectura:
Una secuencia "resbaladiza" permite que
un aminoacil-RNAt se aparee con su codon
y que despues se desplace + 1 base (poco
frecuente) o -1 base (mas frecuente) para
aparearse con una secuencia triplete super-
puesta que tambien puede aparearse con su
anticodon.
El ribosoma se demora en el sitio del cambio
de marco de lectura de modo de dar tiem-
po a que el aminoacil-RNAt reestructure su
apareamiento. Las causas de Ia demora pue-
den ser un codon adyacente que necesita
un aminoacil-RNAt que escasea; un codon
determinacion que tarda en ser reconocido
por su factor de liberacion, o un impedi-
menta estructural del RNAm (por ejemplo,
un "seudonudo", conformacion particular
del RNA) que obstaculiza al ribosoma.
GAUGGA JGAC ............ AUU S6'AUUA
I el movi miento del ribosoma
El ribosoma se
desplaza a lo largo
del RNAm
Aterrizaje
El peptidii-RNAt se aparea
nuevamente con un codon nuevo
.. En el modo de evasion, un ri bosoma cuyo sitio
P esta ocupado, puede detener la traducci6n si se desliza a lo
largo del RNAm hasta un sitio en donde el peptidil-RNAt se
aparee con un codon nuevo en el sitio P. Se rea nuda la sintesis
proteinica.
214 CAPiTULO 9 Utilizaci6n del c6digo genetico
Los eventos de deslizamiento suelen implicar
movimiento en cualquier direccion; se provoca un
cambio del marco de lectura -1 cuando el RNAt se
desplaza hacia atras, y al contrario, un cambio del
marco de lectura + 1 cuando se mueve bacia delante.
En cualquier caso, el resultado es Ia exposicion de
un triple fuera de fase en el sitio A para el siguiente
aminoacil-RN At. El evento del cambio de marco de
lectura ocurre antes de Ia sfntesis del enlace pep-
tidico, muy comunmente, cuando es activado por
una secuencia resbaladiza aunada a una horquilla
de flujo descendente del RNAm y las secuencias cir-
cundantes influyen en su eficiencia.
El cambio de marco de lectura de Ia Figura 9.31
muestra el comportamiento de una secuencia res-
baladiza tfpica. La secuencia CUUAGGC de siete
nucleotidos suele ser reconocida por el Leu-RNAt
en el codon CUU y despues por el Arg-RNAt en el
triplete AGG. Sin embargo, el Arg-RNAt es escaso,}
cuando Ia escasez resulta en retraso, el Leu-RNAt se
desliza del codon CUU al triplete superpuesto UUA
para provocar un cambio en el marco de lectura, de-
bido a que el siguiente triplete en fase como el nue-
vo apareamiento (GGC) es leido por el Gli-RNAt.
Normalmente, el deslizamiento ocurre en el sitio P
(cuando el Leu-RNAt de hecho se ha convertido en
peptidil-RNAt y porta Ia cadena naciente).
El cambio de marco de lectura en un codon de
terminacion da Iugar a Ia ultralectura de Ia protefna.
La base que se localiza en el !ado 3' del codon de
terminacion influye en las frecuencias relativas
de terminacion y en los cambios de marco, y por lo
tanto, en Ia eficiencia de Ia sefial de terminacion,
Io cual facilita Ia explicacion de Ia importancia del
contexto en Ia terminacion.
Ill La evasion implica
Ciertas secuencias desencadenan un evento de eva-
sion, en el que un ribosoma detiene la traduccion.
se desliza a lo largo del RNAm con el peptidil-RNAt
en el sitio P y posteriormente reanuda Ia traduccion
(vease Ia Figura 9.30), pero es un fenomeno bastan-
te raro, solo se han autentificado -3 ejemplos. El
ejemplo de evasion mas impactante se observa en
el gen 60 del fago T4, donde el ribosoma se desplaza
sesenta nucleotidos a lo largo del RNAm.
La clave del sistema de evasion son los codones
identicos (o sinonimos) en ambos extremos de la
secuencia evadida. En ocasiones se les denomina
sitios de "despegue" y de "aterrizaje". Antes de Ia
evasion, el ribosoma se posiciona con un peptidil-
RNAt apareado con el codon de "despegue", en el
sitio P, con un sitio A vacio en espera de Ia entrada
 _::. aminoacil-RNAt. En Ia se muestra
: ::-1 ribosoma se desplaza a lo largo del RNAm
: -:a condicion hasta que el peptidil-RNAt puede
:<'arse con el codon del sitio de aterrizaje. Una
' ::erfstica sobresaliente del sistema es su gran
--:::lcia, -50 por ciento.
:=..n secuencia del RNAm desencadena la evasion.
:.aracterfsticas importantes son los dos codones
. -.. ara el despegue y el aterrizaje, el espacio en-
. ~: os, una estructura tallo-lazo que incluye a!
. __ de despegue y el codon de term.inacion adya-
-: a el; ademas esta involucrada la protefna que
. .3 sintetizando.
?'ua Ia etapa de despegue se necesita el desapa-
..'ento del peptidil-RNAt de su codon, seguido de
;)vimiento del RNAm que evita que se aparee
illlente. Despues, el ribosoma explora a! RNAm
~q ue el peptidil-RNAt puede aparearse de nue-
: . . el codon en !a reaccion de aterrizaje, seguido
- ::-eanudacion de la sfntesis protefnica cuando el
: acil-RNAt entra a! sitio en Ia forma usual.
:; ual que en el cambia del marco de lectura,
:.o:cion de evasion depende de que el ribosoma
. ' :.:na pausa. La probabilidad de que el peptidil-
-.: se disocie de su codon en el sitio P se incre-
- .,. con la demora de Ia entrada del am.inoacil-
-.: a! sitio A. La escasez de aminoacidos puede
-= adenar la evasion en los genes bacterianos
::o al retraso provocado porque no hay ami-
=.: -RNAt disponible para entrar al sitio A. Una
- ) n de Ia estructura del RNAm en el gen 60 del
-::-4 puede ser la reduccion de Ia eficiencia de la
:1acion, que da Iugar a! retraso necesario para
-=.:cion de despegue.
Resumen
: .:11encia del RNAm lefda en tripletes 5' ~ 3' se
- na por media del codigo genetico con una se-
- ::a de aminoacidos de una protefna lefda de Ia
_ al N a Ia terminal C. De los 64 tripletes, 61 co-
-=_ aminoacidos y tres proporcionan sefiales de
~acion. Los codones sinonimos que represen-
. . os mismos aminoacidos estan relacionados,
:::udo por un cambia en Ia tercera base del co-
:=sta degeneracion de la tercera base, acoplada
~ atron en el cuallos aminoacidos relacionados
: ~ a ser codificados por codones relacionados,
_ iza los efectos de las mutaciones. El codigo
-. co es universal y debe haber sido establecido
:-:mprano en la evolucion. Los cambios de los
. as nucleares son raros, pero han ocurrido al-
- urante Ia evolucion mitocondrial.
.:.Ichos RNAt pueden responder a un codon en
::- Jar. El conjunto de moleculas de RNAt que
responde a los varios codones de cada aminoacido
es distintivo de cada organismo. El reconocimiento
codon-anticodon implica un balanceo en Ia prime-
ra posicion del anticodon (tercera del codon) que
perm.ite que algunos RNAt reconozcan a varios co-
dones. Todos los RNAt tienen bases modificadas,
introducidas estas por enzimas que reconocen a las
bases diana de !a estructura del RNAt. El aparea-
m.iento codon-anticodon depende de modificaciones
del codon mismo y tambien del contexto de las ba-
ses adyacentes, en especial dellado 3' del anticodon.
Aprovechando el balanceo codon-anticodon, las mi-
tocondrias de los vertebrados utilizan solo 22 RNAt
para reconocer a todos los codones, a diferencia del
mfnimo usual de 31 moleculas de RNAt; en esto
colaboran los cambios del codigo mitocondrial.
Cada arninoacido es reconocido por una ami-
noacil-RNAt sintetasa especffica, que tambien
reconoce a todos los RNAt que codifican a dicho
aminoacido. Las aminoacil-RNAt sintetasas tienen
una funcion correctora que explora los productos
de aminoacil-RNAt e hidroliza las moleculas unidas
de manera incorrecta .
Las aminoacil-RNAt sintetasas varian amplia-
mente, pero se clasifican en dos grupos generales
segun Ia estructura del dominio catalftico. Las sin-
tetasas de cada grupo se unen lateralmente al RNAt,
formando contactos principalmente con las extre-
midades del tallo aceptor y con el tallo-lazo antico-
don, y lo hacen por lados opuestos. La importancia
relativa del tallo aceptor y Ia region anticodon para
el reconocimiento especffico varfa en funcion de
cada RNAt.
Las mutaciones pueden permitir que un RNAt
lea codones diferentes; la forma mas comun de di-
chas mutaciones ocurre en el anticodon. La altera-
cion de su especificidad puede permitir que el RNAt
suprima una mutacion de un gen codificador de
una protefna. Un RNAt que reconoce a un codon
determinacion es un supresor de cambia de sentido,
y el que cambia al aminoacido que corresponde a
un codon, es un supresor de sentido err6neo. Los
supresores de los codones UAG y UGA son mas efi-
cientes que los de UAA, lo cual se explica porque
el UAA es el codon de terminacion natural mas
comun mente utilizado. La eficiencia de todos los
supresores, sin embargo, depende del contexto del
codon diana individual.
Los cam bios del marco de lectura de tipo + 1
pueden ser provocados por RNAt aberrantes que
leen a "codones" de cuatro bases. Los cambios del
marco de lectura + 1 o -1 pueden ser provocados por
secuencias resbaladizas localizadas en el RNAm, las
cuales permiten que un peptidii-RNAt se deslice de
su codon a una secuencia superpuesta que tambien
9.19 Resumen 215
 puede aparearse con su anticodon. Este cambio del
marco de lectura tambien requiere de otra secuen-
cia que hace que el ribosoma se retrase. Los cambios
del marco de lectura determinados por la secuencia
del RNAm pueden ser necesarios para la expresion
de genes naturales. La evasion ocurre cuando un
ribosoma detiene la traduccion y se desplaza a lo
largo del RNAm con su peptidil-RNAt en el sitio P,
hasta que este se aparea con un codon apropiado;
posteriormente se reanuda Ia traduccion.
Referencias
Ill Introduccion
Articulos de in vestigacion
Nirenberg, M. W. and Leder, P. (1964). The effect of tri-
nucleotides upon th e binding of sRNA to ribosom es.
Science 145, 1399-1 407.
Nirenberg, M. W. and Matthaei, H. J. (1961). The depen-
dence of cell-free protein synthesis in E. coli upon
naturally occurring or synthetic polyribonucleotides.
Proc.Natl.Acad.Sci. USA47, 1588-1602.
Ill El reconocimiento codon-anticodon
implica balanceo
Articu lo de in vestigacion
Crick, F. H. C. ( 1966). Codon -anticodon pairing: the wob-
ble hypothesis. J. Mol. Bioi. 19, 548-555.
Ill Los RNAt son procesados a partir de precursores
mas largos
Articulo de revi sion
Hopper, A. K. and Phizicky, E. M. (2003). tRNA transfers
to the limelight. Genes Dev. 17, 162-180.
Ill El RNAt contiene bases modificadas
Articulo de revision
Hopper, A. K. and Phizicky, E. M. (2003). tRNA transfers
to the limelight. Genes Dev. 17, 162-180.
Ill Las bases modificadas afectan el apareamiento
codon-anticodon
Articulo de revision
Bjork, G. R. (!987). Transfer RNA modification. Annu. Rev.
Biochem. 56, 263-287.
IJI El codigo universal tiene alteraciones esporadicas
Art\culos de revision
Fox, T. D. ( 1987). Natural variation in the gene tic code.
Annu. Rev. Genet. 21, 6 7-91.
Osawa, S. eta!. ( 1992). Recent evidence for evolution of
the genetic code. Microbial. Rev. 56, 229-264.
216 CAPITULO 9 Utilizacion del codigo genetico
En ciertos codones de terminacion pueden insertars<
aminoacidos nuevas
Art\culos de revision
Bock, A. ( 1991). Selenoprotein synthesis: an expansion of
the genetic code. Trends Biochem. Sci. 16, 463-467.
Ibba, M. and Soli, D. (2004). Aminoacyl-tRNAs: setting th e
limits of the genetic code. Genes Dev. 18, 731-738.
Articulos de investigacion
Fagegaltier, D., Hubert, N., Yamada, K., Mizutani, T.,
Carbon, P., and Krol, A. (2000). Characterization of
mSelB, a novel mammalian elongation factor for sele-
noprotein translation. EMBO J. 19, 4796-4805.
Hao, B., Gong, W., Ferguson, T. K., James, C. M., Krzycki
J. A., and Chan, M. K. (2002). A new UAG-encoded
residue in the structure of a methanogen methyltran,.
ferase. Science 296, 1462-1466.
Srinivasan, G., James, C. M., and Krzycki, J. A. (2002).
Pyrrolysine encoded by UAG in Archaea: charging
of a UAG-decoding specialized tRNA. Science 296,
1459-1462.
Ill Los RNAt son cargados con aminoacidos por medio
de si ntetasas
Articulo de revision
Schimmel, P. ( 1989). Parameters for the molecular recog-
nition of tRNAs. Biochemistry 28, 2747-2759.
III!J Las aminoacil-RNAt sintetasas se clasifican en dos
grupos
Articulo de revision
Schimmel, P. ( 1987). Aminoacyl-tRNA synthetases: ge-
neral scheme of structure-function relationships on
the polypeptides and recognition of tRNAs. Annu. Rf
Biochem. 56, 12 5-158.
Articulos de in vestigacion
Rould, M. A. eta!. ( 1989) . Structure of E. coli glutamin y:.
tRNA synthetase complexed with tRNAGln and ATP
at 28A resolution. Science 246, 1135-1142.
Ruff, M. eta!. (1991 ). Class Il aminoacyl tRNA synthetas"'
crystal structure of yeast aspartyl-tRNA synthetase
complexes with tRNAA'" Science 252, 1682-1689.
1111 Las sintetasas utilizan mecanismos de correccion
para incrementar la precision
Arti cu lo de revision
Jakubowski, H. and Goldman, E. ( 1992). Editing of error
in selecti on o f amino acids for protein synthesis. M :.-
biol. Rev. 56, 412-429.
Articulos de investigacion
Dock-Bregeon, A., Sankaranarayanan, R., Romby, P.,
Caillet, J., Springer, M., Rees, B., Francklyn, C. S.,
Ehresmann, C., and Moras, D. (2000). Transfer RN.-.
mediated editing in threonyl-tRNA synthetase. The
class II solution to the double discrimination probl -
Cell 103, 877-884.
 -:: d, J. J. (1974). Kinetic proofreading: a new me-
- anism for reducing errors in biosynthetic processes
-~q uiring high specificity. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 71,
.,:35-4139.
: wski, H. ( 1990). Proofreading in vivo: editing of ho-
-nocysteine by methionyl-tRNA synthetase in E. coli.
?r c. Nat/. Acad. Sci. USA 87, 4504-4508.
=1bhoy, T. K., Hendrickson, T. L., and Schimmel,
? . (1999) . Transfer RNA-dependent translocation of
. isactivated amino acids to prevent errors in protein
_mhesis. Mol. Cel/4, 519-528.
__. 0. et al. (1998). Enzyme structure with two cataly-
..:c sites for double sieve selection of substrate. Science
.::so. 578-581.
~:1 . L. F., Wang, J., and Steitz, T. A. ( 1999). Insights
_uo editing from an Ile-tRNA synthetase structure
vith tRNA"' and mupirocin. Science 285, 1074-1077.
Los supresores pueden competir con la lectura de
tipo silvestre del codigo
- :. los de revision
~ . J. F. ( 1991). Towards a genetic dissection of the
sis of triplet decoding, and its natural subversion :
programmed reading frameshifts and hops. Annu. Rev.
'::met. 25, 201-228.
:-. H. and Grimm, M. (2001 ). Misreading of termi.-
:-~ ation codons in eukaryotes by natural nonsense
ou ppressor tRNAs. Nucleic Acids Res. 29, 4767--4782.
. ::-isson, G. and Soli, D. (1988). Transfer RNA-mediated
uppress ion of termination codons in E. coli. Microbial.
-~ev. 52, 354- 374.
. :5 Ia, E. J. (1985) . tRNA, suppression, and the code.
..:,mzu. Rev. Genet. 19, 57-80.
-::1anly. J. and Abelson, J. ( 1989). Transfer R.t'IA identi-
:v. Annu. Rev. Biochem . 58, 1029-1049.
-:-:_los de investigacion
. D. (1971). Tryptophan transfer RNA as the UGA
uppressor. J. Mol. Bioi. 58, 439-458.
: -:!er, A.M. and Weber, K. (I 973). A single UGA co-
jon functions as a natural termination signal in th e
:oliphage q beta coat protein cistron. J. Mol. Bioi. 80,
37- 855.
El ribosoma influencia la precision de la traduccion
-:-: Jlos de revision
~..3n d. C. G. ( 1992). Translational accuracy and the fit-
:-tess of bacteria. Annu. Rev. Genet. 26, 29-50.
Ogle. J. M., and Ramakrishnan, V. (2005). Structural
insights into translational fidelity. Annu. Rev. Biochem .
74, 129-177.
Ramakrishnan, V. (2002). Ribosome structure and the
mechanism of translation. Cell I 08, 557-572.
Articulos de investigacion
Carter, A. P., Clemons, W. M., Brodersen, D. E., Morgan-
Warren, R. J., Wimberly, B. T., and Ramakrishnan,
V. (2000). Functional insights from the structure of
the 30S ribosomal subunit and its interactions with
a ntibiotics. Nature 407, 340-348.
Ogle, J . M., Brodersen, D. E., Clemons. W. M ., Tarry, M. J .,
Carter. A. P., and Ramakrishnan, V. (2001). Recog-
nition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal
subunit . Science 292, 897- 902.
Los cambios del marco de lectura ocurren en las
secuencias resbaladizas
Artic ulos de revision
Farabaugh, P. J. (1995). Programm ed translational frame-
shifting. Microbial. Rev. 60, 103-134.
Farabaugh, P. J. and Bjorkk, G. R. ( 1999). How translatio-
nal accuracy influences reading frame maintenance.
EMBOJ. 18, 1427-1434.
Gesteland, R. F. and Atkins, J. F. ( 1996 ). Recodjng: dyna-
mic reprogramming of translation. Annu. Rev. Biochem.
65, 74 1-768.
Articulo de in vestigacion
Jacks, T., Power. M. D., Masiarz, F. R., Luciw, P. A., Barr,
P. J., and Varmus, H. E. ( 1988). Characterization of
ribosomal frameshifting in HIV-1 gag-pol expression .
Nature 331, 280-283 .
IIIJ La evasion implica el movimiento del ribosoma
Artlcu lo de revision
Herr, A. J. , Atkins, J. F., and Gesteland, R. F. (2000) .
Coupling of open readjng frames by translational
bypassing. Annu. Rev. Biochem. 69, 343-372.
Articulos de in vestigacion
Gallant, J. A. and Lindsley, D. ( 1998). Ribosomes can slide
over and beyond "hungry" codons, resuming protein
chain elongation many nucleotides downstream. Proc.
Nat/. Acad. Sci. USA 95, 13771-13776.
Huang, W. M., Ao, S. Z., Casjen s, S., Orlandi., R., Zeikus,
R. , Weiss. R.. Winge, D .. and Fang, M. (1988). A per-
sistent untranslated sequence with in bacteriophage T4
DNA topoisomerase gene 60. Science 239, 1005-1012.
Referencias 217
Localizacion de las proteinas
ESQUEMA DEL CAPITULO
m:l Introducci6n
II!D El desplazamiento a traves de una membrana
requiere de un mecanismo especial
Las proteinas atraviesan las membranas por estructuras
proteinicas especializadas insertadas en la membrana.
Los sustratos proteinicos interactuan directamente con
el sistema de transporte del ER, las mitocondrias o los
cloroplastos, pero requieren de proteinas acarreadoras para
interactuar con los peroxisomas.
Para el transporte dentro del nucleo es necesario un
mecanisme mucho mas grande y complejo.
II!R La translocaci6n de las proteinas puede ser
posterior a la traducci6n 0 durante esta
Las proteinas que son importadas al interior de los
organelos citoplasmicos se sintetizan en los ribosomas
libres del citosol.
Las proteinas que son importadas al interior del sistema
ER-Golgi se sintetizan en los ribosomas que estan
asociadas al ER.
Las protei nas se asocian con las mem bran as por media
de secuencias de aminoacidos especificas denominadas
secuencias de sefial.
Las secuencias de sefial con mayor frecuencia son lideres
localizados en la terminal N.
Las secuencias de seiial terminal N usualmente son
separadas de La proteina durante el proceso de inserci6n.
liB Los chaperones pueden ser -necesarios para el
'J)legamiento de las proteinas
5e dice que las proteinas que pueden adquirir su
conformaci6n de manera espontanea se autoensamblan.
Con frecuencia, las proteinas pueden ensamblarse en
estructuras alternas.
Un chaperon dirige a una proteina a una ruta panticular al
excluir rutas alternas.
Los chaperones evitan la formaci6n de estructuras
incorrectas al interactuar con proteinas no plegadas para
impedir que se plieguen de manera incorrecta.
ll!D Las proteinas desnaturalizadas y las sintetizadas
recientemente necesitan chaperones
Los chaperones actuan en proteinas recien sintetizadas,
en proteinas que atraviesan membranas o en proteinas que
han sido desnaturalizadas.
La Hsp?O y algunas proteinas relacionadas constituyen
una clase mayor de chaperones que actuan en numerosas
proteinas diana.
218
Las chaperoninas del grupo I y del grupo II son ensambles
oligomericos extensos que actuan en proteinas diana a las
cuales secuestran en cavidades internas.
La proteina Hsp90 es un chaperon especializado que actua
en proteinas de rutas de transduccion de seiial.
La familia Hsp70 es ubicua
Los miembros de la familia Hsp?O se encuentran en el
citosol, el ER, las mitocondrias y los cloroplastos.
La proteina Hsp?O es un chaperon que actua en protei'nas
diana aunada a los chaperones DnaJ y GrpE.
Las secuencias de senal inician la translocaci6n
Las proteinas se asocian con el sistema del ER solo durant<
la traduccion .
La secuencia de seiial del sustrato proteinico es
responsable de la asociaci6n con la membrana.
m;J La secuencia de senal interactua con la SRP
La secuencia de seiial se une a la 5RP (particula de
reconocimiento de seiial) .
La union seiial-5RP provoca la interrupci6n de la sintesis
proteinica.
La sintesis proteinica se reinicia cuando la 5RP se une al
receptor de la 5RP en la membrana.
La secuencia de seiial es separada de la proteina de
translocaci6n por la peptidasa seiiallocalizada en la cara
"interna" de la membrana.
lll!lll La SRP interactua con el receptor de SRP
La 5RP es un complejo formado por RNA 75 y seis
protein as.
El equivalente bacteriano de la 5RP es un complejo forma_~
por RNA 4.55 y dos proteinas.
El receptor de la 5RP es un dimero.
La hidr6lisis de GTP Libera a la 5RP de su receptor despues
de su interacci6n .
lam El trasloc6n forma un poro
El complejo trimerico 5ec61 proporciona el canal para que
pasen proteinas a traves de una membrana.
Una proteina transferente pasa directamente del ribosoma
al trasloc6n sin exponerse al citosol.
HD La translocaci6n requiere de inserci6n en el
trasloc6n y (en ocasiones) de un trinquete en el E~
El ribosoma, la 5RP y el receptor de la 5RP bastan para
insertar una proteina naciente en un trasloc6n .
Las proteinas que se insertan despues de La traduccion
requieren de componentes adicionales en el citosol y del
BiP en el ER.
 El BiP es un trinquete que evita que una proteina se
deslice hacia atras.
a translocaci6n inversa envia proteinas al
citosol para que sean degradadas
Los traslocones Sec61 pueden utiliza rse para la
translocacion inversa de proteinas del ER al citosol.
Las proteinas residen en las membranas por
media de regiones hidr6fobas
Las proteinas del grupo I tienen al grupo terminal N
en el extreme distante de la membrana y las del grupo
II presentan una orientaci6n opuesta.
Algunas proteinas tienen multiples dominies
transmembrana.
Las secuencias de anclaje determinan la
orientaci6n de las proteinas
Una secuencia de anclaje detiene el paso de una
proteina a traves del trasloc6n. Habitualmente esta
secuencia se localiza en el extreme C y resulta en una
orientacion de grupo I en la cual el extreme N ha
pasado a traves de la membrana.
Para insertar a una proteina en la membrana y anclar
el sitio de insercion puede utilizarse una secuencia
combinada ancla-sefial. Tipicamente, esto es interne
y resulta en una orientacion de grupo II en la cual el
extrema N es citosolico.
(C6mo se insertan las proteinas en las
membranas?
La transferencia de los dominies transmembrana del
traslocon al interior de la bicapa de lipidoses activada
per la interaccion de la region transmembrana con el
traslocon.
La inserci6n en la membrana despues de la
traducci6n depende de las secuencias lider
Las secuencias lider terminates N proporcionan la
informacion que permite a las proteinas asociarse
con las membranas de las mitocondrias o de los
cloroplastos.
Una jerarquia de secuencias determina la
localizaci6n dentro de los organelos
La porcion terminal N de una secuencia lider dirige a
una proteina a la matriz mitocondrial o allumen del
cloroplasto.
Una secuencia adyacente puede controlar la direccion
a una membrana o a los espacios intermembranosos.
Las secuencias son divididas sucesivamente de la
proteina.
iiiiEJ La membrana mitocondrial interna y la externa
tienen traslocones distintos
El transporte a traves de las membranas mitocondriales
interna y externa utiliza diferentes complejos de
receptores.
El complejo TOM (membrana exterior) es un complejo
grande en el que los sustratos proteinicos son dirigidos
al canal Tom40 per uno de des subcomplejos.
Los diferentes complejos TIM (membrana interna) se
utilizan dependiendo de que el sustrato proteinico esta
dirigido a la membrana interna o allumen.
Las proteinas pasan directamente del complejo TOM al
complejo TIM.
mJm Los peroxisomas emplean otro tipo de sistema
de translocaci6n
Las proteinas son importadas al interior de los
peroxisomas en su estado de plegamiento complete.
Tienen una secuencia PTSl en el extreme C o una
secuencia PTS2 en el extreme N.
El receptor Pex5p se une a la secuencia PTSl y el
Pex7p a la PTS2.
Los receptores son proteinas del citosol que
transbordan al interior del peroxisoma portando un
sustrato proteinico y despues regresan al citosol.
mE!) Las bacterias utilizan tanto translocaci6n
cotraduccional como translocaci6n
postraduccional
Las proteinas bacterianas exportadas a las
membranas o a traves de ellas utilizan mecanismos
postraduccionales y cotraduccionales.
II!BJ El sistema Sec transporta proteinas al interior
de la membrana interna y a traves de ella
El trasloc6n bacteriano SecYEG de la membrana interna
esta relacionado con el trasloc6n eucari6tico Sec61.
En la orientacion de las proteinas secretadas al
trasloc6n estan implicados varies traslocones.
l:nm Sistemas de translocaci6n independientes de
Sec en Escherichia coli
E. coli y los organelos tienen sistemas de translocacion
proteinica relacionados.
Un sistema permite que ciertas proteinas se inserten
en las membranas sin un mecanisme de translocacion.
YidC es hom6logo al sistema mitocondrial para
transferir proteinas al interior de la membrana interna.
El sistema tat transfiere proteinas con un elemento de
arginina doble al espacio periplasmico.
11iBJ Resumen
CAPITULO 10 Localizaci6n de las proteinas 219
 1111 Introducci6n
Las proteinas son sintetizadas en dos tipos de loca -
ciones:
La vasta mayorfa de las protefnas es sinte ti-
zada por los ribosomas en el citosol.
Una pequefla minorfa se sintetiza en los or-
ganelos (mitocondrias o cloroplastos) .
Las protefnas sintetizadas en el citosol pueden
dividirse en dos clases generales segun su localiza-
cion, las que no estan asociadas con las membranas
y las asociadas con ellas. En Ia se ilustra
Ia celula en funci6n de los destinos finales pro babies
de una protefna recien sintetizada y los sistemas que
la transportan.
Las proteinas citos6licas (o "solubles") n ose
encuentran en ningun organelo en particu -
lar, se sintetizan en el citosol y permanecen
Protefna de Ia membrana
plasmatica - reticuloendotelial". Las protefnas dentro de
Sefial
mitocondrial
1111
Transporte postraduccional Transporte cotraduccional
Conceptos principales
Sinopsis: las prote\nas localizadas de forma postraduccio-
nal son liberadas en el citosol despues de ser sintetizadas en los ribo-
somas libres. Algunas tienen senates de asignaci6n a organelos como el
nucleo o como las mitocondrias. Las prote\nas as\ localizadas se asocian
con la membrana del ER durante la s\ntesis, de modo que sus ribosomas
estan "unidos ala membra na". Las prote\nas pasan al interior del reticula
endoplasmico a un lado del aparato de Golgi y despues a traves de la
mem brana plasmatica, a menos que posean senates para ser retenidas
en alguna de las etapas de la ruta. Incluso pueden ser dirigidas a otros
organelos, co mo los endosomas o los lisosomas.
220 CAPITULO 10 Localizaci6n de las prote\nas
ahL donde funcionan como centros catalf-
ticos individuales, actuando sobre metabo-
litos que se encuentran en soluci6n en el
citosol.
Las es tructuras macromoleculares pueden
localizarse en sitios especfficos del citoplas-
ma; por ejemplo, los centrfolos estan asocia-
das con las regiones que se convierten en los
polos del huso mit6tico.
Las proteinas nucleares deben ser transpor-
tadas de su sitio de sfntesis en el citosol, a
traves de Ia envoltura nuclear, al interior del
nucleo.
La mayoria de las protefnas localizadas e n
los organelos citoplasmicos se sintetizan
en el citosol y se transponan especfficamelil.te
a Ia membrana del organelo y a naves de
ella, por ejemplo, a las mitocondrias, los pe-
roxisomas 0 los cloroplastos (en las celulas
de las plantas) . (Las proteinas que se sinteti-
zan dentro del organelo permanecen en et. )
El citoplasma contiene una serie de cuerpos
membranosos, incluidos retfculo endoplas-
mico (ER, endoplasmic reticulum) , apara to de
Golgi, endosomas y lisosomas. En ocasiones.
a este conjunto se le conoce como "sistema
estos compartimientos se insertan en las
membranas del ER y luego son dirigidas a
sus localizaciones particulares por el sistema
de transporte del aparato de Golgi.
Las protefnas que son secretadas a partir de
Ia celula son transportadas a la membrana
plasmatica y despues deben pasar a traves
de ella, hacia el exterior. Su sfntesis empieza
de Ia misma manera que Ia de las protefnas
asociadas con el sistema reticuloendotelial,
pero pasan completamente a naves del sis-
tema en Iugar de detenerse en algun punto
particular dentro de el.
El desplazamiento a traves
de una membrana requiere
de un mecanisme especial
Las prote\nas atraviesan las membranas por est ructuras
proteinicas especializadas insertadas en la membrana.
Los sustratos prote\nicos interactuan directamente con
el sistema de transporte del ER, las mitocondrias o los
cloroplastos, pero requieren de protei nas acarreadoras
para interactuar con los peroxisomas.
Para el transporte dentro del nucleo es necesario un
mecanismo mucho mas grande y complejo.
 _roceso de inserci6n de una protefna en Ia mem-
: na o el paso a traves de ella se denomina translo-
- '6n protefnica. El mismo dilema debe resolverse
~a cada situaci6n en la que una protefna atraviesa
:.:;. membrana. La superficie de la protein a es hi-
- 'ilica, pero la membrana es hidr6foba, y como
~g ua y el aceite, ambos componentes preferirfan
:nezclarse, de modo que la soluci6n es crear una
~u ctura especial en la membrana para que pase
roteina. Hay tres tipos cliferentes de clistribuci6n
::il dichas estructuras.
El retfculo endoplasmico, las mitocondrias y
cloroplastos contienen estructuras protefnicas
:::ustadas en sus membranas que permiten que
_roteinas pasen a traves de ellas sin entrar en
-;acto con los lfpidos hidr6fobos circundantes. En
se muestra que un sustrato protefnico
~ :1e directamente a Ia estructura, es transportado Las prote\nas entran al ER o a una mitocon-
-ella al otro !ado y posteriormente, liberado. dria al unirse a un trasloc6n que las transporta a traves de la
l os peroxisomas tambien cuentan con dicha s membrana .
:... ucturas en sus membranas, pero los sustratos
roteinas no se unen directamente a elias . En
1 se observa que mas bien se unen a
:efnas transportadoras localizadas en el citosol,
::uales son acarreadas por el canal al interior del
- :xisoma y, posteriormente, elsustrato pro tefn i-
~s liberado.
Para el transporte hacia el interior del n ucleo
_:iliza una estructura mucho mas grande y mas
~pleja, el poro nuclear. En Ia se mues-
_:: ue aunque dicho poro proporciona el ambiente
:- permite que un sustrato entre (o salga) del nu-
_ de hecho no proporciona un sistema que se
.:. a los sustratos protefnicos y los desplace. Este
=: nismo incluye protefnas transportadoras que
_:1en a los sustratos y los transportan a traves del
- 'J bacia el otro lado.

La translocaci6n de las
prote1nas puede ser despues
de la traducci6n o durante ella
' .ceptos principales
. 3s prote\nas que son importadas al interior de los
:ganelos citoplasmicos se sintetizan en los ribosomas Las proteinas son transportadas al interior de los
.':Jres del citosol. peroxisomas por una proteina acarreadora que se une a ellas
2s prote\nas que son importadas al interior del en el citosol, pasa con ellas a traves del canal de la membrana
y las libera en el otro lado.
;'stema ER-Golgi se sintetizan en los ribosomas que
~stan asociadas al ER .
2s prote\nas se asocian con las membranas por medic Hay dos maneras de que una protefna haga su con-
:e secuencias de aminoacidos especificas denominadas tacto inicial con una membrana:
:ecuencias de seriaL La protefna naciente puede asociarse con
..as secuencias de seiial con mayor frecuencia son
el mecanismo de translocaci6n mientras
deres localizados en la terminal N.
..as secuencias de serial terminal N usualmente son
sigue siendo sintetizada en el ribosoma, pro-
~:p aradas de la prote\na durante el proceso de inserci6n.
ceso conocido como translocaci6n cotra-
duccionaL

10.3 La translocaci6n de las proteinas puede ser despues de la traducci6n o durante ella 221
 La localizaci6n de un ribosoma depende de que
Ia proteina que esta siendo sintetizada este asociada
de manera cotraduccional con una membrana :
Las protefnas que entran a! retfculo endo-
plasmico (ER, endoplasmic reticulum) utilizan
translocaci6n cotraduccional. La consecuen-
cia de esta asociaci6n es que el ribosoma
esta en !a superficie del ER. Los ribosomas se
asocian con las membranas del ER durante
la sfntesis de estas protefnas, por lo tanto, se
encuentran en fracciones de membrana de
la celula, por lo que suelen decirse de ellos
que estan "unidos a !a membrana".
El resto de los ribosomas estan en el cito-
t sol, y como no estan asociados con ningun
organelo y se fraccionan separadamente de
las membranas, en ocasiones se les denomi-
na "ribosomas libres", los cuales sintetizan
Proteina Acarreador
a todas las protefnas, excepto las sometidas a
t translocaci6n cotraduccional. Las protefnas
son liberadas en el citosol mientras se com-
pleta su sfntesis. Algunas de estas protefnas
Las prote\nas entran al nucleo al atravesar poros permanecen libres en el citosol en forma casi
nucleares bastante amplios. El mecanismo de transporte es soluble, mientras que otras se asocian con
distinto del poro e incluye componentes que transportan a la estructuras macromoleculares citos6licas,
prote\na a traves del poro. como filamentos , microtubulos, centrfolos,
etc., son transportadas al nticleo o se aso-
cian con organelos unidos a membranas por
translocaci6n postraduccional.
Para asociarse con una membrana (o con cual-
quier otro tipo de estructura), una proteina requiere
/ / de una sefial apropiada, habitualmente un fragmen-
/ / to de secuencia que hace que esta sea reconocida
por un sistema de translocaci6n (o sea ensamblada
en una estructura macromolecular).
En Ia se resumen algunas sefiales
utilizadas por las protefnas liberadas de los riboso-
mas citos6licos. La importaci6n al interior del nucleo
resulta de Ia presencia de una variedad de secuen-
Organelo Sefial de Tipo Longitud
localizaci6n de Ia sefial cias mas bien cortas en el interior de las protefnas.
Estas "sefi.ales de localizaci6n nuclear" les permi-
Mitocondria Terminal N Helice anfipatica 12-30 ten pasar a traves de los poros nucleares. Un tipo
Cloroplasto Terminal N Cargada >25 de sefi.al que determina el transporte al perorisoma
Nucleo lnterna Basica o bipartita 4-9
Peroxisoma Terminal C Peptido corto 3-4 es una secuencia terminal C muy corta. Las protef-
nas mitocondriales y de los cloroplastos se sintetizan
Las proteinas sintetizadas en los ribosomas li- en los ribosomas "libres"; despues de su liberaci6n en
bres del citosol son dirigidas despues de su liberaci6n a desti- el citosol, se asocian con las membranas de los orga-
nos especificos por media de elementos de sefial cortos.
nelos por medio de secuencias terminales N de -25
aminoacidos de longitud reconocidas por receptores
localizados en Ia envoltura del organelo.
La protefna puede ser liberada de un riboso- Las protefnas que residen dentro del sistema re-
ma una vez terminada Ia traducci6n. Poste- ticuloendotelial entran a! ER mientras estan siendo
riormente, Ia protefna completa se difunde sintetizadas. El principio de la translocaci6n cotra-
a Ia membrana apropiada y se asocia con el duccional se resume en Ia . Una caracte-
mecanjsmo de translocaci6n. A esto se le de- ristica importante de este sistema es que la protefna
nomina translocaci6n postraduccional. naciente es responsable del reconocimiento del me-

222 CAPITULO 10 Localizaci6n de las proteinas

:=.;Usmo de translocaci6n, para lo cual se necesita
~ e Ia seiial para Ia translocaci6n cotraduccional for-
e parte de Ia proteina que se sintetiza primero y, de Separaci6n de Ia
x ho, usualmente se localiza en el extrema N. secuencia de seii~ ~
Las proteinas que utilizan secuendas terrninales
- para ser transportadas de forma cotraduccional
- :=R o postraduccional a las mitocondrtas o los do-
- plastos tienen una caracterfstica com(m. La se-
t
,-~e ncia terminal N incluye un lider que no forma
:O !"te de la proteina madura. La protefna que porta CITOSOL
/
este lfder se denominada preproteina y es un
- ~e cursor transitorio de la proteina madura . Ellider
Las proteinas pueden entrar a La ruta ER-Golgi
~- separado de Ia proteina durante Ia translocaci6n
solo asociandose con el reticula endoplasmico mientras estan
.oteinica. siendo sintetizadas.

Los chaperones pueden ser

necesarios para el plegamiento
de las protei nas

' Canceptos principales Parche hidr6fobo

Se dice que las proteinas que pueden adquirir
su conformacion de manera espontanea se auto-
ensamblan.
Con frecuencia, las proteinas pueden ensamblarse
en estructuras alternas.
Un chaperon dirige a una proteina a una ruta particular
al excluir rutas alternativas.
Los chaperones evitan La formacion de estructuras
incorrectas al interactuar con proteinas no plegadas
para impedir que se plieguen de manera incorrecta.
-._gunas protefnas son susceptibles de adquirir su
. nformaci6n madura de forma espontanea, y una
anera de probarlo consiste en desnaturalizarla y
~"1 determinar si se renaturaliza en la forma acti-
3. . Esta capacidad se denomina autoensarnblaje.
_a protefnas con esta capacidad pueden plegarse o
-':_;:J iegarse en el estado activo a partir de otras con-
rmadones, incluido el estado en que inidalmente
-:: sintetiz6, lo cual implica que las interacciones in-
::-:nas se dirijan intrinsecamente a la conformaci6n
rrecta. El caso clasico es el de la rib6nucleasa; en
decada de 1970 se demostr6 que, cuando la enzi-
- es desnaturalizada, puede renaturalizarse in vitro
, ' n la conformaci6n correcta. Mas recientemente el
~ ceso del plegamiento intrinseco ha sido descrito
_ detalle para algunas proteinas pequeiias.
Cuando no tiene Iugar el plegamiento correcto
suelen ocurrtr conjuntos alternos de interacdones,
a protefna puede quedar atrapada en una confor-
~ don estable que no es la forma final pretendida,
'=! cuyo caso no puede autoensamblarse, y para ad-
. :llrir la estructura apropiada requiere de la asisten-
- de un chaperon.
Las regiones hidr6fobas de las proteinas in-
teractuan intrinsecamente, y a menos que se les impida, se
agregaran entre si cuando una proteina sea sintetizada (odes-
naturalizada).
El plegamiento de las proteinas se debe a inter-
acciones entre superficies reactivas que, en general,
estan formadas por cadenas laterales hidr6fobas ex-
puestas cuyas interacciones forman un centro hidr6-
fobo. La reactividad intrinseca de estas superficies
significa que las interacciones podrfan ser incorrec-
tas, a menos que el proceso sea controlado. En la
se ilustra este caso. Conforme una pro-
teina recien sintetizada emerge del ribosoma, uno
de los parches hidr6fobos de la secuencia tiende a
agregarse a otro, asociaciones generalmente alea-
torias que quiza no representen la conformaci6n
deseada de la protefna.
Los chaperones son proteinas que median el en-
samble correcto al provocar que una protefna diana
adquiera cierta conformaci6n y no otras posibles por
la union de los chaperones a superficies reactivas de
Ia protefna diana expuestas durante el proceso de
ensamblaje, de modo de impedir que dichas super-
ficies interact(Jen con otras regiones de Ia protefna

10.4 Los chaperones pueden ser necesarios para el plegamiento de las proteinas 22 3

Chaper6n
\ en proteinas que han sido desnaturalizadas.
I Las chaperoninas del grupo I y del grupo II so n
Los chaperones se unen a las regiones interactivas de las
proteinas conforme so n sintetizadas para evitar la agregaci6n aleatoria.
Las regi ones de las protein as son liberadas para que interactuen de forma
ordenada y adquieran, asi, la conformaci6n apropiada.
para establecer una conform.aci6n incorrecta. La
funci6n de los chaperones es evitar la formaci6n de
estructuras incorrectas, no de promover la forma-
cion de estructuras correctas. En la se
muestra un ejemplo en el que un chaperon efecti-
vamente secuestra a un parche hidr6fobo de modo
de permitir interacciones que no hubieran sido po -
sibles en su presencia, como puede observarse al
comparar el res ultado con la Figura 10.7.
Una estructura incorrecta puede ser producto
del plegamiento err6neo de una sola protefna o de
interacciones con otra protefna. La densidad de las
protefnas en el citosol es alta, y el "hacinamiento
macromolecular" puede incrementar la eficiencia
de numerosas reacciones respecto de las tasas obser-
vadas in vitro. El ha cinamiento puede provocar que
las protefnas plegables se agregu en, pero los cha -
perones pueden contrarrestar este efecto, asf pues,
una de las funciones de los chaperones podrfa ser
proteger a una protefna de manera que pueda ple-
garse sin resultar afectada de manera adversa por el
haci.namiento en el citosol.
Se desconoce la proporci6n de protefnas suscep-
tible de autoensamblarse, contrario ala que requiere
la asistencia de un chaperon. (No es axiom<hico que
una proteina capaz de autoensamblarse in vitro de
hecho se autoensamble in vivo porque puede haber
diferencias de proporciones en una y otra condici6n,
y los chaperones aun pueden estar involucrados in
vivo. Sin embargo, debe distinguirse entre las pro-
tefnas que basicamente pueden autoe nsamblarse y
las que en principia deben tener un chaperon que
las ayude a adquirir la estructura correcta.)
224 CAPITULO 10 Loca lizaci6n de las proteinas
Las prote1nas desnaturalizadas
y las recien sintetizadas
necesitan chaperones
Conceptos plincipales
Los chaperones actuan en proteinas recien
sintetizadas, en proteinas que atraviesan membranas o
La Hsp70 y algunas protei nas relacionadas constituyen
una clase mayor de chaperones que actuan en
numerosas proteinas diana .
ensambles oligomericos extensos que actuan en
proteinas diana a las cuales secuestran en cavidades
internas.
La proteina Hsp90 es un chaperon especializado que
actua en proteinas de rutas de transducci6n de seiial.
La capacidad de los chaperones para reconocer con-
formaciones protefnicas incorrectas les permite des-
empei'iar dos funciones relacionadas que conciernen
a la estructura proteinica:
o Cuando una protefna es sintetizada inicial-
mente, es decir, cuando sale del ribo soma
para entrar al citosol, aparece desplegada.
Pos teriormente, el plegamiento espontaneo
se produce conforme Ia secuencia emergen-
te interactua con las regiones de la protefna
que se sintetizaron previamente. Los chape-
rones influyen en el proceso de plegamiento
controlando Ia accesibilidad de las superfi-
cies reactivas. Este proceso esta involucrado
en la adquisici6n inicial de la conformaci6n
cmTecta.
o Cuando una protefna es desnaturalizada, se
exponen nu evas regiones que adquieren !a
capacidad de interactuar, interacciones que
son similares a las que se producen cuan-
do una proteina se pliega (transitoriamen-
te) de forma err6nea confo rme; tmpieza a
sintetiza rse y los chaperones peconocen la
conformaci6n de pliegues incbrrectos. Este
proceso esta implicado en el ~~conocimiento
de una proteina desnaturali;zada y ayuda a
la renaturalizaci6n o hace qu'e sea eliminada
por degradaci6n.
Los chaperones tambien pueden ser necesarios
para la formaci6n de estructuras oligomericas y para
el transporte de proteinas a naves de las membra-
nas, respecto del cual, un tema persistente es la
imponancia del control (o la demora) del plega-
miento. En la se muestra que, dada la
geometrfa del pasaje, podrfa ser necesario mante -
nerlas no plegadas antes de que penetren la mem-

~----La protelna adquiere
su conformaci6n
despues de atravesar
Ia membrana
La protelna debe pasar
a traves del canal de
Ia membrana
La conformaci6n
lbli~J"'""'..I,__--- plegadapodrfa impedir
el paso a traves de Ia
membrana
Una proteina se aprieta en un pasaje angosto
nforme atraviesa la membrana .
t conforme son sintetizadas o emergen de las
La s proteinas emergen desplegadas del ribo-
- :<a o del pasaje que atraviesa la membrana, de forma que
":-aen a los chaperones para que las protejan del plegamiento
== 5neo.
. -ana, sencillamente porque la protefna madura po-
~a ser demasiado grande como para embonar en
. canal disponible. Los chaperones evitarfan que
__a protefna adquiriera una conformacion que im-
iiera su paso por la membrana, de modo que su
n cion serfa, basicamente, mantener la protefna
::;;ibPe y sin plegarse. Una vez que ha pasado por
membrana, pu ede requerir otro chaperon que le
_.1de a plegarse en su conformacion m adura, casi
-or: Ia misma forma en que una protefna citosolica
: uiere de ]a asistencia de un chaperon al salir del
. soma. Probablemente el estado de la prorefna
!'!forme emerge de una membrana es similar a
- _el en que se encu entra cuando emerge del ri-
- rna, basicamente extendida, en posicion mas o
. nos lineal.
Se han caracterizado apropiadamente dos tipos
-:ncipales de chaperones que inciden en el plega-
-~ nto merced a dos mecanismos diferentes:
En la se muestra que el sistema
Hsp70 consiste en proteinas individuates que se
unen a los sustratos cuyo plegamiento debe ser
controlado y actuan en ellos y las reconoce
.1 .5 Las proteinas desnaturalizadas y las recien sintetizadas necesitan chapero nes
La protefna emerge
La protefna se inserta despues del plegamiento
en una camara cerrada
~
Una chaperonina forma un complejo oligomeri-
co amplio y pliega a un sustrato proteinico en su interior.
membranas (incluso cuando son desnatu-
ralizadas por estres). Basicamente, controla
las interacciones entre las regiones reactivas
expuestas de la protefna. permitiendole ple-
garse en la conformacion correcta in situ. Los
componentes del sistema son Hsp70, Hsp40
y GrpE. y su nombre refleja la identificacion
original de la Hsp70 como una protefna in-
ducida por choque termico. Las protefnas
Hsp70 y Hsp40 se unen individualmente
a los sustratos protefnicos y utilizan la hi-
drolisis de ATP para proporcionar la ener-
gfa necesaria para cambiar la estructura del
sustrato protefnico. ademas de que trabaj an
en conjunto con un factor de intercambio
que regenera ATP a partir de ADP.
En !a se muestra que un sistema
de chaperoninas estd formado por un ensamble
oligomerico extenso (representado como un cilin-
dro) . Este ensamble forma una estructura en
la cual se insertan las protefnas no plegadas.
El ambiente protegido dirige su plegamien-
to. Hay dos tipos de sistemas de chaperoni-
nas, el GroEL/GroES se encuentra en todo
tipo de organismos y el TRiC, en el citosol
de las eucariotas.
Los componentes de los sistemas se resumen en
la figura . El sistema Hsp70 y los dos sistemas
de chaperoninas actuan sobre numerosos sustratos
protefnicos distintos y otro, el de la protefna Hsp90,
funciona en conjunto con la Hsp70, sin embargo,
225
 de las proteinas de choque termico son chaperones
Sistema Estructura/funci6n y fueron descubiertas y nombradas inicialmente
como parte de Ia respuesta al choque termico.)
Chaperones lndividuales
Sistema Hsp70
Hsp70(DnaK) ATPasa
Hsp40 (DnaJ) Estimula a Ia ATPasa 1!11 La familia Hsp70 es ubicua
GrpE (GrpE) Factor de intercambio de nucle6tidos
Conceptos principales
Hsp90 Funciones en las proteinas implicadas
en Ia transducci6n de sefial Los miembros de la familia Hsp70 se encuentran en el
citosol, el ER, las mitocondrias y los cloroplastos.
Estructuras oligomericas (chaperon inas)
La protefna Hsp70 es un chaperon que actua en
Grupo I proteinas diana aunada a los chaperones DnaJ y GrpE.
Hsp60 (GroEL) Forma dos anillos heptamericos
Hsp10 (GroES) Forma un casquete
La familia Hsp70 se encuentra en las bacterias, el
Grupo II
Forma dos anillos octamericos
citosol de las eucariotas, el ER, los cloroplastos y las
TRiG
rnitocondrias . Una Hsp70 tfpica tiene dos dominios,
La familia de chaperones tiene contrapartes de los cuales, la terminal N es una ATPasa y la ter-
eucari6ticas y bacterianas (nombres entre parentesis). minal C se une al sustrato polipeptfdico. Cuando
esta unida a ATP, la Hsp70 se une a los sustratos y
los Iibera rapidamente, por el contrario, con ADP
las reacciones son lentas. El reciclaje entre estos es-
tados es regulado por otras dos proteinas, Ia Hsp40
Hsp70 Hsp70-ATP se une Hsp40 se
hidroliza ATP a Hsp40 + sustrato une al sustrato (DnaJ) y la GrpE.
En Ia se muestra que la Hsp40
... ATP
DnaK (DnaJ) se une primero a una proteina naciente con-
Hsp70 forme emerge del ribosoma. La Hsp40 contiene una
region denominada dorninio J (cuyo nombre se de-
. riva de DnaJ) que interactua con Ia Hsp70 (DnaK).
Esta ultima se une ala Hsp40 y a Ia proteina desple-
Q):
~
0.
gada. En efecto, dos chaperones que interactuan se
GrpE Hsp40 Hsp70 ~ unen ala proteina. El dominio J representa la espe-
desplaza al ADP es liberado se disocia Q)
C/)

0
TI
'ti
ADP
[jJ
El Hsp40 se une al sustrato y despues al Hsp 70. La hidr6lisis
de ATP dirige un cambio conformacional. El GrpE desplaza al ADP, de modo
que los chaperones son liberados. Durante el plegamiento de un sustrato
proteinico pueden ocurrir multiples ciclos de asociaci6n y disociaci6n .
se dirige aclases especificas de proteinas involucra-
das en la transduccion de seiiaL especialmente los
receptores de hormonas esteroideas y las cinasas de
seiializacion. La funcion basica del sistema Hsp90 es
mantener a sus dianas en una conformacion ade-
cuada hasta que sean estabilizadas por Ia interac-
cion con otros componentes de Ia ruta. (La razon
de que muchas de estas protefnas se denominen
"Hsp", "proteina de choque termico" (por sus siglas
en ingles, heat shock protein], es que el incremento
de temperatura induce la produccion de este tipo de
proteinas cuya funcion es minimizar el daiio pro-
vocado por la desnaturalizacion calorica. Muchas
cifidad de la interaccion de apareamiento y conduce
a una Hsp40 espedfica a seleccionar al compaiiero
adecuado de Ia familia Hsp70.
La interaccion de Ia Hsp70 (DnaK) con la Hsp40
(DnaJ) estimula la actividad ATPasa de la Hsp70. La
forma del complejo unida a ADP se mantiene asocia-
da con el sustrato proteinico hasta que Ia GrpE des -
plaza al ADP, fenomeno que provoca la perdida de la
Hsp40 seguida de la disociaci6n de la Hsp70, que se
une a otro ATP y el ciclo puede repetirse. La GrpE (o
su equivalente) se encuentra solo en las bacterias, las
rnitocondrias y los cloroplastos; en otras ubicaciones.
Ia reaccion de disociacion esta acoplada a Ia hidrolisis
de ATP de manera mas compleja.
El plegamiento de las proteinas se logra mediante
multiples ciclos de asociacion y disociacion. Confor-
me se alarga la cadena proteinica, la Hsp70 (DnaK )
puede disociarse de un sitio de union y posterior-
mente reasociarse a otro, de modo de liberar partes
del sustrato proteinico para plegarlo correcta y orde-
nadamente. Por ultimo, Ia protefna intacta se Iibera
del ribosoma plegada en su conformacion madura.
Diferentes miembros de la clase Hsp70 funcio-
nan en varios tipos de protefnas diana. Las proteinas

226 CAPITULO 10 Localizaci6n de las proteinas

 _. tOsol (Hsp70 ep6nima y una protema relacio-
.:.2. Hamada Hsc70) actuan en las protefnas na-
- :es de los ribosomas. Las variantes del ER (de-
_inadas BiP o Grp78 en las eucariotas superiores
2 en Saccharomyces cerevisiae), las mitocondrias
s cloroplastos, funcionan de manera bastante
ar en las protefnas conforme se introducen en
~ganelo o en su paso a traves de Ia membrana.
i.. Que caracterfstica reconoce la Hsp70 en una
:efna diana? Se une a un fragmento lineal de
- :noacidos incrustados en un contexto hidr6fo-
yue es precisamente el tipo de elemento que
c tierra en el centro hidr6fobo de una protema
"'- -ura adecuadamente plegada, de modo que su
sici6n indica que Ia protema es naciente o esta
. .atmalizada. Los elementos de esta naturaleza
~ resentan aproximadamente cada 40 aminoaci-
y la union con el elemento evita que este se
' e manera err6nea a otro.
!:ste modelo de acci6n explica la forma en que
:otefna Hsp70 Bip puede cumplir con dos fun-
-.es, ayudar a Ia oligomerizaci6n y a! plegamiento
rotefnas recien translocadas en el ER y eliminar
:efnas plegadas de forma err6nea. Sup6ngase
_ Ia Bip reconoce ciertas secuencias peptfdicas
_~ esibles en Ia conformaci6n de una protefna
- 'ura plegada adecuadamente; dichas secuencias
xponen y atraen a Ia Bip cuando Ia protefna
::-a a! lumen del ER en una forma esencialmente
.iimensional. Si una protefna es plegada de ma-
~.l incorrecta o es desnaturalizada, la secuencia
=.e ser expuesta en su superficie, en vez de ser
.errada adecuadamente.
Las secuencias de sefial inician
la translocaci6n
' ~ ..cep: os principaLes
..as proteinas se asocian con eL sistema del ER s6lo
:urante la traducci6n.
..a secuencia de seiiaL del sustrato proteinico es
esponsabLe de La asociaci6n a La membrana.
protefnas que se asocian con las membranas
:- iante lfderes terminales N utilizan una jerar-
.2 de sefiales para encontrar su destino final. En
:~ so del sistema reticuloendotelial, la localizaci6n
~: de una proteina depende de Ia forma en que
c: igida conforme transita por el retfculo endo-
-illlico y el aparato de Golgi. La secuencia lider
:-oduce Ia protefna a Ia membrana, y Ia conse-
_ncia intrfnseca de Ia interacci6n es que Ia pro-
" pasa a traves de Ia membrana hacia el interior
.:ompartimiento. Para que una protefna resida
Reticula ...........
endoplasmico
Lisosoma ~ KDEL terminal C
~.
Manosa -6- Golgi- - - -
. ..... .
Serial de
~ ....
fosfato residencia
Membrana
plasmatica
... .
~
PREDETERMINADA
Extracelular
Las proteinas que entran a la ruta ER-Golgi
pueden fluir a traves de la membrana plasmatica o ser desviadas
a otros destinos por medio de sefiales especificas.
en Ia membrana, se necesita una sefial adicional que
le impida atravesarla. Para que una protefna sea
designada a un destino particular, en otras pala-
bras, para que permanezca dentro de la membrana
o del lumen de algtm compartimiento especffico
se necesita otro tipo de sefiales. El proceso general
necesario para la localizaci6n del destino final de
una protefna transportandose a naves de sistemas
membranosos sucesivos se denomina trafico de
proteinas o asignaci6n, y se describe en el trafico
de protefnas.
Las caracterfsticas generales de Ia ru ta se resu-
men en la . La "ruta predeterminada"
!leva a una protefna a naves del ER, al interior del
aparato de Golgi y a la membrana plasmcitica. Las
protefnas que residen en el ER poseen un tetrapep-
tido terminal C (KDEL, el cual de hecho propor-
ciona una sefial para que las protefnas regresen del
a para to de Golgi al ER). La sefial que desvfa a una
protefna allisosoma es una modificaci6n covalen-
te, es decir, la adici6n de un azucar en particular.
Para que una protefna se transforme en un cons-
tituyente permanente del aparato de Golgi o de la
membrana plasmarica, se necesitan otras sefiales.
Hay un punto de inicio comun para las protefnas
que se asocian con el sistema reticuloendotelial de
membranas o que pasan a traves de el. Estas pro-
teinas pueden asociarse con Ia membrana solo mientras
estim siendo sintetizadas. Los ribosomas que sintetizan
a estas protefnas se asocian con el ER, de modo de
permitir que la protefna naciente sea transferida
de forma cotraduccional a Ia membrana. En ocasio-
nes, a las regiones en las que estan asociadas riboso-
mas y ER se les llama "ER rugosa", en contraste con
las regiones de "ER liso" que carecen de polisomas
asociadas y tienen una apariencia tubular, en vez
10.7 Las secuencias de seiial inician la translocaci6n 227
 de laminar. En Ia se muestran los ri-
bosomas en Ia transferencia de proteinas nacientes
a las membranas del ER.
Las proteinas sintetizadas en el ER rugosa pa-
san del ribosoma directamente a Ia membrana, para
despues ser transferidas a! aparato de Golgi y final-
mente clirigidas a su destino finaL ya sea un lisosoma,
una vesicula de secreci6n o la membrana plasmati-
ca. El proceso ocurre en un ambiente membrana-
so, puesto que las proteinas son acarreadas entre
los organelos en vesiculas pequenas con revesti-
miento de membrana. La inserci6n cotraduccional
es clirigida por una secuencia de sefi.al, que suele
ser una secuencia lider clivisible de 15 a 30 aminoa-
cidos terminales N. En el extrema N, o cerca de el,
hay numero sos residuos polares, y dentro del lider,
un centro hidr6fobo que consiste exclusiva, o prin-
cipalmente, de aminoacidos hidr6fobos. No se con-
serva ninguna otra secuencia. La es un
ejemplo de ello.
La secuencia de senal es necesaria y suficiente
para promover Ia transferencia de cualquier poli-
peptido a! interior de la membrana diana. Una se-
cuencia de sefial agregada a! extrema N de una glo-
bina, por ejemplo, hace que sea secretada a traves
El reticula endoplasmico esta formado por
una lamina de membranas muy plegada que parte del nucleo.
Los pequeiios objetos adheridos a la superficie externa de las
membranas son los ribosomas. Imagen cortes\a de Lelia Orci,
University of Geneva, Switzerland.
lniciaci6n
4ee ~CS Af\1 T reo Ser . ,e,:n,v:r~l:."
Polar ..,__ Centro hidr6fobo
La secuencia de seiial de la hormona de crecimiento bovina esta formada por 29
aminoacidos terminates Ny tiene una region central altamente hidrofoba, precedida o flanqueada
por regiones que contienen aminoacidos polares.
228 CAPiT UI. 10 Localizacion de las prote\nas
de las membranas de las celulas en Iugar de qu e
permanezca en el citosol.
La secuencia de sefial proporciona Ia conexi6r.
que permite a los ribosomas adherirse a Ia mem-
brana. No hay una diferencia intrinseca entre los
ribosomas libres (que sintetizan proteinas en el ci-
tosol) y los adheridos al ER. Un ribosoma empieza 1.:
sintesis de una protefna sin saber si sera sintetizadc.
en el citosol o sera transferida a una membrana. Lc.
sintesis de una secuencia de senal es Ia que provoc.;
que el ribosoma se asocie con una membrana.
La secuencia de senal
interactua co n la SRP
Conceptos principales
La secuencia de seiial se une a la SRP (partlcula de
reconocimiento de seiial).
La union seiial-SRP provoca la interrupcion de la
slntesis protelnica.
La slntesis prote\nica se reinicia cuando la SRP se une
al receptor de la SRP en la membrana.
La secuencia de seiial es separada de la prote\na de
translocacion por la peptidasa seiiallocalizada en la
cara "interna" de la membrana.
La translocaci6n protefnica puede dividirse en dos
etapas generales, primero; los ribosomas que porta n
polipeptidos nacientes se asocian con las membra-
na s y posteriormente Ia cadena naciente es transfe-
rida a! canal y transportada a traves de eL
La union de los ribosomas a las membrana
exige Ia particula de reconocimiento de sefi.al
(SRP, signal recognition particle), que tiene dos capa-
cidades importantes:
Puede unirse a Ia secuencia de senal de una
protefna secretora naciente.
Puede unirse a una proteina (receptora de
Ia SRP) localizada en Ia membrana.
La SRP y su receptor funcionan de manera ca-
talitica para transferir a un ribosoma que porta una
 ::ina naciente ala membrana. El primer paso es La interacci6n entre Ia SRP y su receptor es eleven-
: .a SRP reconozca la secuencia de seflaL se una a to principal de la traducci6n eucari6tica que trans-
:- .:eptor y el ribosoma ala membrana. Las etapas fiere un ribosoma que porta a una protefna naciente
::::-aducci6n de las protefnas de la membrana se a Ia membrana. Las bacterias tienen un sistema de
-:-!1en en la interacci6n analogo, aunque su funci6n esta mas
~a funci6n del receptor de la SRP en la trans- restringida .
~j 6n protefnica es transitoria; cuando Ia SR.P se La SRP es un complejo ribonucleoprotefnico
~ a la secuencia de sefiaL detiene la traducci6n, 11 S que contiene seis protein as (con una masa total
.:-eneral cuando se han incorporado -70 ami- de 240 kD) y un RNA 7S pequefio (de 305 bases,
: j dos ala cadena polipeptfdica (en este punto 100 kD). En la se muestra que el RNA
er de 25 residuos ha quedado expuesto, con 7S proporciona el esqueleto a Ia partfcula; las pro-
~0 aminoacidos siguientes aun enterrados en el tefnas no se ensamblan sino esta presente.
;;oma). El RNA 7S de Ia SRP se divide en dos partes;
Cuando la SRP se une a! receptor correspon- las l 00 bases del extremo 5' y las 45 del extremo 3'
::~t e, Iibera la secuencia de sefial y el ribosoma
:idhiere a otro componente de la membrana,
. _ ento en que Ia traducci6n puede continuar.
.s.ndo el ribosoma haya pasado a la membrana,
_J nci6n combinada de la SRP y del receptor de Ia
El ribosoma inicia Ia sfntesis
-: ? habra concluido. Despues se reciclan y son li-
protefnica en el mRNA "libre"
::-; para fomentar la asociaci6n de otro polipeptido
:. ente con la membrana.
Este proceso puede ser necesario para contro-
- ~ ~ a conformaci6n de la protefna. Si la protefna
:iente fuera liberada en el citoplasma, adquirirfa La SRP se adhiere a Ia
secuencia lfder; se interrumpe
_;;, conformaci6n que no le perrnitirfa atravesar la
Ia traducci6n
- .:-:nbrana, por lo tanto, la capacidad de la SRP para
!.ibi> la traducci6n mientras el ribosoma es entre-
- ~io a la membrana es importante para evitar que
- _rotefna sea liberada en el ambiente acuoso.
La SRP se une al receptor
El peptido sefial es separado de una protefna en respectivo; el ribosoma se
;,:1slocaci6n por un complejo de cinco protefnas adhiere a Ia membrana;
:-!lominado peptidasa sefial, que suele ser mas se reinicia Ia traducci6n
: . mdante que Ia SRP y que su receptor, casi equi-
;,.e ala cantidad de ribosomas unidos, lo cual su-
- -::re que su capacidad de funcionamiento es estruc-
-~al. Dicho complejo se localiza en Ia cara luminal
Ia membrana del ER, lo cual implica que toda Ia La secuencia lfder entra
a Ia membrana
.:-.::uencia de seflal debe atravesar la membrana an-
.:-o de que onura la division. En las eubacterias, las
-~ haea y las eucariotas pueden reconocerse pepti-
o as de seflal hom6logas.
La protefna pasa a !raves
de Ia membrana; ellfder es
dividido; continua Ia traducci6n
I ' La SRP interactua
con el receptor de la SRP
' onccptos plincipales
La protefna es secretada a
La SRP es un complejo formado por RNA 75 y seis !raves de Ia membrana; las
prote1nas. subunidades ribos6micas son
El equivalente bacteriano de la SRP es un complejo liberadas del mRNA
formado por RNA 4.55 y dos prote1nas.
El receptor de la SRP es un d\mero.
La hidr6lisis de GTP libera a la SRP de su receptor Los ribosomas que sintetizan prote1nas secre-
toras estan adheridos ala membrana por media de la secuencia
despues de su interacci6n.
de sefiallocalizada en el polipeptido naciente.

10. La SRP interactua con el receptor de la SRP 229

 +------ 23-24 nm - - - - - -
.-oominio Alu RNA+..,. Dominio S RNA_.
SRP54M
I
Secuencia
SRP54NG
de senal
El RNA 75 de la SRP tiene dos dominies. Las
prote\nas se unen como se muestra en el diagrama bidimensio-
nal (arriba) para formar la estructura cristalina que se muestra
abajo. Cada funci6n de la SRP esta asociada con una parte
discreta de la estructura.
estan estrechamente relacionadas con la secuencia
de Alu RNA, un pequefi.o Rl\l"A comun en los ma-
mfferos, de modo que definen a! dom.inio Alu. La
parte restante del RNA forma el dominio S.
Las diferentes partes de la estructura de la SRP
representadas en Ia figura 10.18 desempefi.an fun-
ciones independientes en Ia asignacion de las pro-
teinas. La SRP54 es la subu nidad mas importante;
se localiza en un extremo de Ia estructura de RNA
y es responsable directa de reconocer al sustra to
proteinico por Ia union con Ia secuencia de sefi.al,
ademas de que se une al receptor de Ia SRP junto
con el dfmero SRP68-SRP72 Iocalizado en la region
central del RNA. El dirnero SRP9-SRP14 esta en el
otro extremo de la molecula y se encarga de la in-
terrupcion de la elongacion.
La SRP es una estructura flexible que en su
forma libre (separada de la secuencia de sefi.al) es
bastante amplia, como se observa en Ia estructura
cristalina de Ia figura 10.18. En la lQ se
muestra que Ia union con una secuencia de sefi.al
desencadena un cambio conformacional. La pro-
tefna se dobla en una bisagra para permitir que el
extremo SRP54 h aga contacto con el ribosoma en el
sitio de salida de la protefna, mientras que Ia SRP19
230 CAPITULO 10 Localizaci6n de las prote\nas
La secuencia de senal
emerge del ribosoma;
Ia SAP se aproxima en
conformaci6n extendida
- Secuencia de serial
I SRP54
SRP19
La SAP se une
a Ia secuencia de
senal y se dobla
en Ia bisagra para
contactar al ribosoma
La SRP se une a una secuencia de seiial tan
pronto emerge del ribosoma. La union provoca que La SRP cam-
hie de conformaci6n y se doble en la "bisagra", de modo de
permi tir que la SRP54 entre en contacto con el ribosoma en el
sitio de salida de La prote\na, en tanto que La SRP19 forma un
segundo conju nto de contactos.
se balancea para contactar al ribosoma en el sitio de
union con el factor de elongacion, lo cualle permi-
te provocar Ia interrupcion de Ia elongacion y dar
tiempo ala asignacion del sitio de translocacion en
Ia membrana.
El receptor de la SRP es un dfmero que contie-
ne subunidades SRa (de 72kD) y SR~ (de 30 kD). La
subunidad ~ es una protefna integral de membrana.
El extremo N de la subunidad a grande es anclado
por la subunidad ~ El grueso de Ia protefna a so-
bresale hacia el citosol. Gran parte de la secuenda
de la region dtoplasrnica de la proteina se asemeja a
una proteina de union con acido nucleico con mu-
chos residuos positives. Lo cual sugiere la posibilidad
de que el receptor de la SRP reconozca al RNA 7S de
la SRP.
En las bacterias hay una contraparte de la SRP,
aunque contiene menos compon entes; E. coli, por
ejemplo, tiene un RNA 4.5S que se asocia con los
ribosomas y es homologo del RNA 7S de la SRP.
Se asocia con dos proteinas, Fth es homologa de
la SRP54 y FtsY, de la subunidad a del receptor
de la SRP. De h echo, la FtsY remplaza las funciones
de las subunidades a y ~ de Ia SRP; su dominio
terminal N sustituye a la SRP~ en Ia asignacion de
 -:-nbrana y el dominio terminal C interactua con
- ~otefna diana. La funcion de este complejo es
limitada que la del complejo formado por el
= tor de la SRP y la SRP; quiza sea necesario para
:- ener a algunas protefnas secretadas (aunque
:1 todas) en una conformacion que les permi-
teractu ar con el mecanismo de secrecion. Esta
ria ser la conexion original entre Ia sfntesis pro- La SRP transporta GO P cuando se une a la se-
- ca y Ia secrecion; en las eucariotas, Ia SRP ha cuencia de seiiaL El ribosoma hace que la GOP sea remplazada
par GTP.
- irido las funciones adicionales de provocar la
:-: rupcion de Ia traduccion y permitir el acceso a
embrana .
..:Por que Ia SRP debe tener un componente de
? La respuesta debe estar en la evolucion de !a
.?: debe haberse originado muy a! principia de
: olucion, en un mundo domina do por el RNA,
- :Jmiblemente en conjunto con un ribosoma cu-
:unciones eran responsabilidad principalmente
R...'lA. La estructura cristalina del complejo entre
- rninio de union con la prote.fna del RNA 4 . 5 S
....!. GOP
~ de union con el RNA de Ia Ffh sugiere que el
-."\. sigue desempefiando algun papel en Ia fun cion La SRP y su receptor hidrolizan GTP cuando la
- SRP. secuencia de seiial es transferida a la membrana .
.::1 RNA 4.5S tiene una region (dom.i.rllo IV) muy
___ar al dominio IV del RNA 7S (vease la
- 10.18). La Fth esta formada por tres domin.ios GTPasa son necesarias para que una protefna na-
-:::; y M). El dominio M (asf llamado por su alto ciente sea transferida a la membrana. En Ia
. :enido de moleculas de metionina) realiza las se muestra que Ia SRP empieza con GDP cuan-
- pales funciones de union. Tiene una cavidad do se une a la secuencia de sefial y posteriormente
foba qu e se une a la secuencia de sei'ial de el ribosoma estirnula el remplazo del GDP por GTP.
protefna diana. Las cadenas laterales hidrofo- La secuencia de sefial inhibe la hidrolisis de GTP con
de los residuos de metionina crean la cavidad lo que asegura que al complejo se le haya unido GTP
~o yectarse en una hendidura de la estructura
cuando encuentre a! receptor de la SRP.
protefna. Junto a la cavidad se encuentra un Para que Ia proteina naciente sea transferida
.ento helice-vuelta-helice tipico de las protei- de Ia SRP a la membrana, Ia SRP debe ser liberada
de union con el DNA (vease Ia seccion 14. 11, El de su receptor. En Ia se muestra que
- SOli utiliza un elemento helice-vuelta-helice para ello es necesario que se hayan hidrolizado las
~ :. unirse a! DNA). moleculas de GTP de la SRP y de su receptor. La re-
::..a estructura cristalina muestra que la estruc- accion se h a caracterizado en el sistema bacteriano,
-:. helice-lazo -helice del dominio M se une a una donde tiene la caracterfstica inusual de que la Ffh
_ ' n dluplex del RNA 4.5S en el dominio IV. El es- active Ia hidrolisis mediada por FtsY, y la FtsY active
: .eto del RNA cargado negativamente esta junto recfprocamente la hidrolisis mediada por Ia Ffh.
- .:avidad hidrofoba, lo cual sugiere la posibilidad
:Je una secuencia de sefial de hecho se una a
~ mponentes prote.fnicos y de RNA de Ia SRP.
IE El trasloc6n forma un poro
~ecuencias cargadas positivamente que inician Conceptos principales
.-: uencia de sefial (vease Ia Fig. 10. 16) podrfan
El complejo trimerico Sec61 proporciona el canal para
:-:-actuar con el RNA, mientras que la region hi- que pasen proteinas a traves de una me mb rana.
: ba de la secuencia de sefial podria postrarse
Una proteina transferente pasa directamente del
~ cavidad.
ribosoma al trasloc6n sin exponerse al citosoL
:..a hidrolisis de GTP tiene una funcion impor-
-: en Ia insercion de la secuencia de seiial a la
: ... brana. La SRP y su receptor tienen capacidad Hay un problema basi co en el paso de una protefna
: 3sa. La subunidad de union con la sefial de !a hidrofflica (en gran medida) a traves de una mem-
:. SRP54, es una GTPasa. Las dos unidades del re- brana hidrofoba. La energetica de la interaccion
--r de la SRP son GTPasas. Todas las actividades entre Ia proteina cargada y los lipidos hidrofobos es

10.10 El trasloc6n forma un poro 2 31


Sello en Ia porci6n luminal
RETfCULO
ENDOPLASMICO
CITOSOL
El poro contiene
un canal acuoso
El trasloc6n es un trimero de Sec61 que forma
un canal a traves de la membrana. Esta sellado en la porci6n
luminal (del ER).
muy desfavorable. Sin embargo, una protefna en
proceso de translocaci6n a traves de la membrana
del ER puede ser extrafda por agentes de desnatu-
ralizaci6n efectivos en un ambiente acuoso, que no
son los que extraen las protefnas que son compo-
nentes residentes de Ia membrana, fen6meno que
sugiere el modelo de translocaci6n que se ilustra
en Ia , en el cuallas protefnas que for-
man parte de la membrana del ER constituyen un
canal acuoso a naves de la bicapa. Una protefna en
proceso de translocaci6n se desplaza por este canal
e interactua con las protefnas residentes, no con
la bicapa de lfpidos. El canal es sellado en el !ado
luminal para detener la transferencia libre de iones
entre el ER y el citosol.
El canal que atraviesa la membrana se deno-
mina trasloc6n. Sus componentes se han identi-
ficado de dos formas: las proteinas que residen en
la membrana del ER entrecruzadas con protefnas
transferentes son subunidades potenciales del canal,
y los mutantes sec de las levaduras (asi Uamados por-
que son incapaces de secretar proteinas) incluyen
una clase que provoca que los precursores de las
protefnas de secreci6n o de la membrana se acu-
mulen en el citosol. Mediante estos metodos juntos
se identific6 el complejo Sec61, formado por tres pro-
teinas transmembrana, Sec6l ex, ~ y y. Sec6l es el
componente principal del trasloc6n. En detergente
(que proporciona un ambiente hidr6fobo que imita
el efecto de una membrana circundante), el Sec6l
forma olig6meros cilfndricos con un diametro de
-85 A y un poro central de -20 A, cada uno de los
cuales consta de cuatro heterotrimeros.
En todos los organismos se encuentra una es-
tructura trimerica similar para el canal, que en las
bacterias y las archaea se denomina complejo SecY.
La subunidad Sec6l ex (o la SecY correspondiente de
las bacterias/archaea) proporciona el poro a traves
232 CA PITULO 10 Localizaci6n de las prote\nas
del cual pasa la protefna, y es la mejor conservada
en cuanto a secuencia. El poro se crea a partir de
dimeros del complejo trimerico organizados ininte-
rrumpidamente de man era que las subunidades ex se
fusionan en un solo canal. Un complejo de canal de
la membrana puede contener dos dimeros, probable-
mente organizados lado a lado, aunque el ribosome:
solo puede acceder a uno en un momento dado.
,:,El canal es una estructura preexistente (como
se implica en Ia figura) o puede ser ensambladC'
como respuesta a Ia asociaci6n entre una secuencia
de seiial hidr6foba y la bicapa de lfpidos? Los canal6
pueden ser detectados por su capacidad para permiti~
el paso de iones (medida como un cambio localiza-
do en la conducci6n e!ectrica). En Ia membrana de:
ER pueden ser detectados canales conductores
de iones, y su estado depende de la translocaci6r.
proteinica, lo cual demuestra que el canales una ca-
racterfstica permanente de la membrana.
Un canal se abre cuando un polipeptido nacien-
te es transferido de un ribosoma a la membrana
del ER. La protefna transferente llena el canal po_
completo, de manera que los iones son incapaces de
atravesar durante la translocaci6n, pero si Ia protef-
na es liberada mediante tratamiento con puromi-
cina, el canal se torna permeable. Si los ribosoma <
son eliminados de Ia membrana, el canal se cierra
lo cual sugiere que el estado de abierto exige y Ia
presencia del ribosoma y que el canales controlad
en respuesta a una proteina transferente.
La medici6n de Ia capacidad de entrada al cana:
de los agentes de desactivaci6n de fluorescencia de
diferentes tamaiios sugiere que es grande, con ur.
diametro interno de 40 A a -60 A, mucho mayo;
que el de un fragmento de protefna ex helicoidal, :
tambien es mas grande que el poro que se observe:
en perspectivas visuales directas del canal, discre-
pancia que aun debe ser explicada.
El ambiente acuoso de un aminoacido en una
protefna puede medirse incorporando aminoacid o~
variables con residuos fotorreactivos. La fluore s-
cencia de estos residuos indica si se encuentran er.
un ambiente acuoso o en un medio hidr6fobo. E ~
experimentos con dichas sondas se ha observad
que cuando se sintetiza inicialmente la secuencic..
de seiial en el ribosoma, se encuentra en un estad
acuoso, pero es inaccesible para los iones del citoso:
permanece en estado acuoso durante su interacci6r
con una membrana; esto sugiere que la protefnc.
transferente viaja directamente de untune! incluidl
en el ribosoma al interior de un canal acuoso loca-
lizado en la membrana.
De hecho, el acceso al poro es controlado !
"cercado") en ambos !ados de la membrana, ante-:
de que se una el ribosoma, el poro se cierra de_
!ado luminal. En la se muestra qu e
l dherirse el ribosoma, sella al poro del lado del
' SOL Cuando Ia protefna naciente alcanza una
_,itud de -70 aminoacidos, muy probablemente RETfCULO
ENDOPLASMICO
m do se extiende por comple to a traves del canaL
" Oro se abre dellado luminaL de modo que, en
momenta esta cerrado de un !ado o del otro,
::1teniendo las integridades i6nicas de cada com-
:-:imiento .
El trasloc6n es versa til y puede ser utilizado por
:efnas transferentes de mucha maneras:
Es el medio por el cuallas protefnas nacien- ~ El ribosoma sella
tes son transferidas de los ribosomas cito- el lado citos61ico
s6licos al lumen del ER (vease la secci6n CITOSOL
l 0.11 , La translocaci6n requiere de inser-
ci6n en el trasloc6n y [en ocasiones] de un Una proteina naciente es transferida directa-
trinquete en el ER). mente del ribosoma al trasloc6n. El ribosoma sella el canal en
Tambien es Ia ruta por la cual las protef- ellado citos6lico.
nas integrales de la membrana del sistema
ER son transferidas a la membrana, para lo
cual es necesario que el canal se abra o des-
agregue en alguna forma desconocida, de La TRAM es requerida
ER por algunas protefnas
manera que la protefna se pueda desplazar
lateralmente dentro de la bicapa de lfpidos
(vease Ia secci6n l 0.15, (.Como se insertan
las proteinas en las membranas?).
Las protefnas tambien pueden ser transferi-
das del ER al citosoL evento que se conoce
como translocad6n inversa (vease la secci6n
l 0.12, La translocaci6n in versa en via protef- Receptor de
Ia SRP
nas al citosol para que sean degradadas). une al
ribosoma

La translocaci6n requiere
de inserci6n en el trasloc6n CITOSOL
y (en oca siones) La translocaci6n requiere de trasloc6n, SRP,
de un trinquete en el ER receptor de SRP, Sec61, TRAM y peptidasa sefial.

.:eptos prhcipales
::. ribosoma, Ia SRP y el receptor de La SRP bastan para
-sertar una proteina naciente en un trasloc6n.
2s proteinas que se insertan despues de la traducci6n
""t'quieren de componentes adicionales en el citosol y
:e . BiP en el ER .
:.. BiP es un trinquete que evita que una proteina se
: eslice hacia atras.
~ loc6n y el receptor de la SRP son los compo-
es basicos de Ia translocaci6n cotraduccional.
_ o el complejo Sec6l es incorporado a mem-
- -s artificiales con el receptor de la SRP, puede
_ ar Ia translocaci6n de proteinas nacientes,
otras requieren de la presencia de un compo-
e adicionaL la proteina de membrana asociada
:-! polipeptido de translocaci6n (TRAM, trans -
:g chain-associating membrane), una protefna
mayor que se entrecruza con una cadena transfe-
rente naciente. La TRAM estimula Ia translocaci6n
de todas las protefnas.
Los componentes del trasloc6n y sus funcio-
nes se resumen en Ia . La sencillez de
este sistema genera varios puntas importantes. El
Sec6l se visualiza como parte del canal y tambien
intera ctuando con el ribosoma. La asignaci6n inicial
se realiza cuando Ia SRP reconoce Ia secuencia de
sefi.al conforme empieza a emerger del ribosoma Ia
proteina recien sintetizada y se une a su receptor,
y Ia secuencia de sefial es transferida a! trasloc6n.
Cuando esta ultima entra al trasloc6n, el ribosoma
se adhiere al Sec6l para formar un sello que impide
que el poro sea expuesto al citosol. En este sistema
no ocurre Ia separaci6n del peptido sefi.al, de modo
que no puede ser necesaria por sf misma para la
translocaci6n. En este sistema no se necesitan los

10.11 La translocaci6n requiere de inserci6n en el trasloc6n y (en ocasiones) de un trinquete en el ER 233


RETfCULO
ENDOPLASMICO
CITOSOL
El BiP hace las veces de trinquete para evitar
la difusi6n hacia atras de una prote\na transferente.
componentes dellado luminal de Ia membrana para
Ia translocacion.
Por supuesto, Ia eficiencia del sistema in vitro es
relativamente baja, pues in vivo pueden requerirse
otros componentes para lograr una transferencia
eficiente o para evitar que otras protefnas celulares
interfieran con el proceso.
En ciertos casos en que se inserta una protei-
na en una membrana de manera postraduccional,
se necesita un mecanismo mas complicado. El n1is-
mo complejo Sec61 forma al canal, pero tambien
son necesarias otras cuatro protefnas Sec, ademas
del chaperon Bi.P (miembro de Ia clase Hsp70) y del
abastecimiento de ATP en ellado luminal de Ia mem-
brana. En la se muestra que el chaperon
Bi.P se comporta como un trinquete, que de no estar,
el movimiento browniano permitira que Ia protei-
na se deslice hacia atras, al interior del citosol. En
caso contrario, afianza a la protefna dentro del ER
conforme sale del poro e impide que se desplace
hacia atras. El Bi.P no jala a la protefna, solo evita
que se deslice hada atras. (La raz6n de que se nece-
site BiP para la translocacion postraduccional, pero
no para Ia cotraduccional, puede ser que una pro-
teina recien sintetizada es extrafda continuamente
del ribosoma y, por lo tanto, es incapaz de deslizarse
hacia atras.)
IDE La translocaci6n inversa env1a
prote1nas al citosol
para que sean degradadas
Concepto principal
Los traslocones Sec61 pueden utilizarse para la
translocaci6n inversa de prote\nas del ER al citosol.
234 CAPITULO 10 Localizaci6n de las prote\nas
RETfCULO
ENDOPLASMICO
CITOSOL
La translocaci6n inversa utiliza el trasloc6-
para enviar una prote\na desplegada del ER al citosol, do
de es degradada. Se desconoce el mecanisme para orientar ;:
trasloc6n en reversa.
En el ER tienen Iugar varias actividades importan-
tes. Las proteinas se desplazan a traves del ER rum-
ba a diversos destinos, glucosiladas y plegadas en SL
conformacion final. El ER proporciona un sistemc
de "control de calidad" por el cual se identifican .
degradan las protefnas plegadas de forma erronea.
No obstante, la degradacion no sucede en el ER, .
podrfa ser necesario que Ia protefna se exportarc.
nuevamente a! citosol.
La primera indicacion de que las protefnas de:
ER son degradas en el citosol y no en el ER mism
provino de evidencias de implicacion del protea-
soma, agregado protefnico grande con numerosa ~
actividades proteolfticas. Los inhibidores del protea-
soma evitan la degradacion de protefnas aberrante.
del ER. Las protefnas por degradar son marcadas po::
el proteasoma cuando son modificadas por la adi-
cion de ubiquitina, pequefi.a cadena polipeptfdica.
El punto importante es que la adicion de ubiquitina
y la degradacion por proteasomas ocurren en el ci-
tosol (y una proporcion menor en el nucleo).
El transporte del ER al citosol se debe a Ia in
version del proceso usual de importacion, al que se
le llama translocaci6n inversa (en ocasiones tam-
bien se le llama retrotranslocacion o dislocacion) .
para la cual se utiliza el traslocon Sec6l. Las con-
diciones son distintas; por ejemplo, el traslocon no
esta asociado con un ribosoma. Algunas mutaciones
del Sec61 impiden la translocacion inversa, pero no
Ia translocacion ordenada, quiza por diferencias en
el proceso o (muy probablemente) porque estas re-
giones interactuan con otros componentes necesa-
rios para la translocacion inversa.
En la se sefi.ala que se desconoce
Ia forma en que se abre el canal para permitir la
insercion de la protefna en el lado del ER; presu-
miblemente estan implicados componentes espe-
ciales. Un modelo consiste en que los chaperones
reconocen las proteinas mal ensambladas o plegada
:-;oneamente y las transfieren al traslocon. En un
..:.so especifico, el citomegalovirus (CMV) humano
fica a proteinas citosolicas que destruyen a pro-
_'nas clase I del complejo mayor de histocompati-
_dad (MHC, major histocompatibility complex) recien
.tetizadas, para lo cual se necesita un producto
~ tefnico vfrico (el US Il ), el cual es una protefna
:membrana que funciona en el ER, interactua con
~ protefnas del MHC y probablemente las trans-
~a al traslocon para Ia translocacion in versa.
El sistema implicado en Ia degradacion de pro-
, .nas aberrantes del ER puede ser identificado me-
- te mutaciones (en las levaduras) que conducen
acumulacion de las mismas. En Ia mayorfa de
;. casas, una proteina que se pliega erroneamente
~ ducida por un gen mutante) es degradada y no
~ :1sportada a traves del ER. Los mutantes de leva-
-~as incapaces de degradar al sustrato se clasifican
- os grupos, los que identifican a componentes
_. mecanismo proteolitico, como las enzimas invo-
.:radas en Ia adicion de ubiquitina, y los que iden-
-can a componentes del mecanismo de transporte,
~:u idos Sec6I, Bip y Sec63.
Las proteinas involucradas en el sistema tam-
-=~ han sido identificadas por su s interacciones
-_ el sistema del CMV, cuya proteina US II pasa
sustratos del MHC a una protefna denomina-
eJrlin que se localiza en Ia membrana del ER.
protefna Derlin, a su vez, pasa a los sustratos a
.a ATPasa citosolica Hamada p97, la cual proba-
~ :::nente es responsable de sacarlos del canal, hacia
2tosol. La protefna Derlin es un homologo de la
:~I p de las levaduras, una de las protefnas iden-
- ~a das por mutaciones como parte del sistema de
:"1slocaci6n inversa.
Las protefnas residen
en las membranas por medio
de regiones hidr6fobas
, ~:-;ceptos principales
_as proteinas del grupo I tienen al grupo terminal N en
:: extrema distante de La membrana y las del grupo II
:resentan una orientaci6n opuesta.
.;[gunas prote\nas tienen multiples domi nios
:-ansmembrana.
- las membranas biologicas contienen protei-
- :etenidas en la bicapa de lfpidos por medio de
::acciones no covalentes. La definicion opera-
a! de una proteina integral de membrana
_e requiere de Ia discontinuidad de Ia bicapa de
s para ser liberada de Ia membrana. Una carac-
-..ca comun de dichas proteinas es Ia presencia
10.13 Las prote\nas residen en las membranas por medio de regiones hidr6fobas
Las proteinas del grupo I tienen el extremo N en el
lado distante y el extremo C en el citosol
Extremo N
EXTERIOR
CITOSOL
Extremo C
Las proteinas del grupo II tienen el extremo C en el
lado distante y el N en el citosol
EXTERIOR
CITOSOL
Extremo N
Las prote\nas transmembrana del grupo I y del
grupo II tienen orientaciones opuestas respecto de La mem-
brana.
de por lo menos un dominio transmembrana,
forma do por un fragmento a- helicoidal de 21 a 26
aminoacidos hidrofobos. Una secuencia que cumpla
con los criterios para Ia insercion en Ia membrana
puede identificarse por medio de un diagrama de
hidropatfa, el cual rnide Ia hidrofobicidad acumula-
tiva de un fragmento de aminoacidos. Una protefna
que tiene dominios expuestos en ambos !ados de Ia
membrana se denomina proteina transmembra-
na. La asociacion de una proteina con una mem-
brana adopta diferentes formas, y esta topograffa
depende del numero y de Ia distribucion de las re-
giones transmembrana.
Cuando una proteina tiene una sola region trans-
membrana, su posicion determina Ia porcion que se
expondra a un lado y otro de la membrana. Una
proteina puede tener extensos dominios expuestos a
ambos !ados de Ia membrana o un sitio de insercion
cerca de un extremo, de manera que en un !ado se
expone muy poco material, en su caso. La longitud
de Ia cola terminal N o terminal C que sobresale de
Ia membrana, cerca del sitio de insercion, puede ser
insignificante o de dimensiones considerables.
En Ia se muestra que las protefnas
con un solo dominio transmembrana se agrupan
en dos clases; las del grupo I, en las cuales el gru-
po terminal N apunta hacia el espacio extracelular,
son mas comunes que las del grupo II, en las cuales
235

Las proteinas que tienen un numero impar de
dominios transmembrana tienen los extremos N
y C en Iadas opuestos
Las proteinas con un numero par de dominios
transmembrana tienen los extremos N y C
del mismo lado
La orientaci6n de los extremos de las proteinas
con multiples segmentos transmembrana depende de que haya
un nCtmero par o impar de segmentos transmembrana.
la orientaci6n ha sido invertida, de manera que el
grupo terminal N apunta hacia el citoplasma. La
orientaci6n se determina durante la inserci6n de Ia
protefna en el ER.
En la se muestra Ia orientaci6n de
las protefnas que tienen multiples dominios trans-
membrana. Un numero impar significa que ambos
extremos de Ia protefna estan en !ados opuestos de
Ia membrana, mientras que un numero par implica
que los extremos se encuentran del mismo !ado .
La extension de los dominios expuestos en uno o
ambos !ados depende de la localizaci6n de los do-
minios transmembrana; los que estan en uno u otro
extrema pueden estar expuestos, y las secuencias
internas ubicadas entre dominios forman "lazos" en
el espacio extracelular o en el citoplasma. Un tipo
comun de estructura es el pasaje de siete dominios
transmembrana, o receptor "serpentina"; otro es el
pasaje de 12 dominios transmembrana que forma
parte de un canal de iones.
;__ Un dominio transmembrana desempefia un
papel importante en la funci6n proteinica, ademas
de permitir que la protefna se inserte en la bicapa
de lfpidos? En las protefnas simples del grupo I o del
II, tiene poco que hacer, y con frecuencia puede ser
remplazado por cualquier otro dominio transmem-
236 CA PITULO 10 Localizaci6n de las proteinas
brana. Sin embargo, estos ultimos desempeiian un
papel importante en la funci6n de las protefnas que
atraviesan varias veces la membrana o que tienen
subunidades que se oligomerizan dentro de Ia mem-
brana. En tales casos, los dominios transmembrana
a menudo contienen residuos polares, los cuales no
se encuentran en los dominios individuales trans-
membrana de las protefnas del grupo I ni en las del
grupo II. Las regiones polares de los dominios trans-
membrana no interactuan con la bicapa de lfpidos,
interactuan entre sf, lo que les permite formar un
poro o canal polar dentro de Ia bicapa de lfpidos. La
interacci6n entre dichos dominios transmembrana
puede crear un pasaje hidrofilico por el interior hi-
dr6fobo de Ia membrana y permitir que las mole-
culas o los iones altamente cargados pasen a traves
de la membrana, ademas de ser importante para Ia
funci6n de los canales de iones y el transporte de
los ligandos. Otro caso en el que la conformaci6n de
los dominios transmembrana es importante, es el de
ciertos receptores que se unen a ligandos lipofflicos,
en cuyo caso, los dominios transmembrana (y no
los dominios extracelulares) se unen a los ligandos
dentro del plano de Ia membrana.
Las secuencias de anclaje
determi nan la orientaci6n
de las prote1 nas
Co nee ptos pri nci pa les
Una secuencia de anclaje detiene el paso de una
proteina a traves del trasloc6n . Habitualmente esta
secuencia se localiza en el extrema C y resulta en una
orientaci6n de grupo I en La cual el extrema N ha
pasado a traves de La membrana.
Para insertar una proteina en la membrana y anclar
el sitio de inserci6n puede utilizarse una secuencia
combinada ancla-seiial. Tipicamente, esto es interno
y resulta en una orientaci6n de grupo II en la cual el
extrema N es citos6lico .
Las protefnas secretadas por Ia o~lula atraviesan la
membrana mientras permanecen en el canal acuoso
del trasloc6n, por el contrario, las que residen en las
membranas empiezan el proceso de Ia misma mane-
ra, pero despues se transfieren del canal acuoso al
interior del ambiente hidr6fobo. El reto al explicar
la inserci6n de protefnas en el interior de las mem-
branas es diferenciar a las protefnas transmembrana
de las secretadas y encontrar Ia causa de esta trans-
ferenda. La ruta porIa cuallas proteinas de tipo I o
de tipo II son insertadas en la membrana es igual a
Ia ruta inicial de las protefnas secretoras, basada en
una secuencia de sefial que funciona de forma co-
_juccional. Sin embargo, las protefnas que deben
1anecer en Ia membrana poseen una segunda 1. La secuencia entra a Ia membrana
"'a! de parada de transferencia que asume Ia
-:na de un agrupamiento de amino<kidos hidrofo -
. adyacentes a algunos residuos ionicos. El agru-
iento sirve como ancla para enganchar !a pro-
::a en Ia membrana y evitar que pase.
Una propiedad sorprendente de las secuencias
anclaje es que funcionan como secuencias de
- a! cuando se forman en una Jocalizacion dife-
e. Cuando se coloca en una protefna que carece
2. La senal es separada; Ia translocaci6n continua
- 1 ras sefi.ales, clicha secuencia suele favorecer Ia

slocacion membranal. Una explicacion posible

~ stos resultados es que la secuencia de sefial y
: cuencia de anclaje interactuan con algunos
.ponentes comunes del mecanismo de translo-
- ' n. La union de la secuencia de sefial inicia Ia
-[ocacion, aunque Ia aparicion de Ia secuencia
'nclaje desplaza a Ia secuencia de sefial y detiene
.:ansferencia.
:...a insercion de la membrana empieza con la
~ rcion de una secuencia de sefial en forma de un
~- de horquilla en el que el grupo terminal N per-
.ece en el !ado citoplasmico. Dos caracterfsticas
:-rminan Ia posicion y la orientacion de una pro-
a en !a membrana: la separacion de la secuencia
.fial y la localizacion de Ia secuencia de ancla.
:...a insercion de las protefnas tipo I se ilustra en
. La secuencia de sefi.al es terminal N,
: calizacion de Ia secuencia de anclaje determi-
::-: momento en que se detiene la transferencia
..a protefna. Cuando esta secuencia se arraiga en
.embrana, los dominios localizados en el !ado
ina! N estaran en ellumen, mientras que los
' :zados en el !ado C, apuntaran al citosol.
L:na localizacion comun para una secuencia de
-:. a de transferencia es el extremo C. Como se
: srra en Ia figura, la transferencia se detiene solo
0 las ultimas secuencias de la protefna entran
'!'lembrana. Este tipo de clistribuci6n es respon-
- ~ de la localizacion de numerosas protefnas en
.embrana, incluidas las de la superficie celular.
- ayor parte de Ia secuencia de la protefna esta
esta en el !ado luminal de la membrana, con
- :ola pequefi.a o insignificante apuntando hacia
: sol.
:..as protefnas tipo II carecen de una secuencia
ivisible en el extremo del grupo N. En cambia,
encia de sefial se combina con una secuencia
-:-.claje. Supuestamente, Ia ruta general para Ia
'.: acion de las protefnas tipo I en Ia membrana
ucra los pasos ilustrados en Ia
. .::uencia de sefi.al entra a Ia membrana, pero las
__xias de sefi.al y de anclaje unidas no pueden
~ y permanecer<in en la membrana (quiza in-
::uando directamente con Ia bicapa de lfpidos),
3. La secuencia de anclaje interrumpe Ia transferencia
c
Las proteinas que residen en las membranas
entran por La misma ruta que las secretadas, pero su transfe-
rencia es interrumpida cuando La secuencia de anclaje pasa a
t raves de La membrana . Si el ancla se encuentra en el extrema
C, el volumen de La proteina atraviesa la membrana y se ex pone
en la superficie distante.
mientras que el resto del polipeptido creciente con-
tinua enrollandose en el ER.
La secuencia sefi.al-ancla suele ser interna, y su
Iocalizacion determina las partes de la proteina que
permaneceran en el citosol y las que seran extrace-
Julares. En esencia, todas las secuencias terminales
N que preceden al complejo sei'ial-ancla estan ex-
puestas en el citosol, muy frecuentemente la cola
citosolica es corta, de -6 a 30 aminoacidos. En efec-
to, el extremo N es restringido, mientras que el resto
de Ia protefna atraviesa la membrana, con lo cual
se revierte Ia orientacion de la protefna respecto de
Ia membrana.
Las secuencias sefial-ancla combinadas de las
protefnas tipo II se asemejan a las secu encias sefial
divisibles; en la se ilustra un ejemplo .
Igual que en las secuencias clivisibles, la composicion
de aminoacidos es mas importante que la secuencia
en si. Las regiones localizadas en las extremidades
de la secuencia sefial-ancla portan cargas positivas;

O. !L. Las secuencias de anclaje determinan la orientaci6n de las proteinas 237


1. La secuencia sefial-ancla entra a Ia membrana
2. La sefial-ancla permanece y Ia translocaci6n continua
la region central no tiene carga y se parece al centr
hidrofobo de un lfder divisible. Las mutaciones que
introducen aminoacidos cargados en la region cen
tral evitan la insercion en la membrana; las muta
ciones localizadas a ambos !ados evitan que funci o-
ne el ancla, de manera que Ia protefna es secretadi
o colocada en un compartirniento incorrecto.
La distribucion de cargas en torno a Ia secuencic
de anclaje produce un efecto importante en Ia orien-
tacion de la protefna. Normalmente hay mas carga_
positivas en ellado del citoplasma (!ado terminal
de las proteinas tipo II) , pero silas cargas positiva
son removidas por una mutacion, Ia orientacion dc-

t la proteina puede invertirse . El efecto de las carga

en la orientacion se resume en la regia del "interio:-
positivo", la cual asevera que ellado del ancla cor
las cargas mas positivas se localizara en el citoplas-
ma . En efecto, las cargas positivas proporcionan ur:
garfio que se engancha en ellado citoplasrnico de
la membrana, que a su vez controla la direccion eL
qu e se inserta la region hidrofoba, deterrninando as:
la orientaci6n de la proteina .
3. La translocaci6n termina

E (C6mo se insertan las

proteinas en las membranas?
Concepto principal
La transferencia de los dominies transmembrana del
trasloc6n al interior de la bicapa de lipidos es activada
par la interacci6n de la region transmembrana con el
trasloc6n.

Una secuencia combinada sefial-ancla hace que

una proteina invierta su orientaci6n, de manera que el extrema Es razonable la comprension de los procesos por lo
N permanezca en la cara interna y el C se exponga en la cara cuales las protefnas secretadas pasan a traves de Ia
externa de la membrana. membranas y de como esto se relaciona con la inser-

et t --lniciaci6n

Citoplasmicos

La secuencia combinada sefial-ancla de la neuramidasa de la influenza se localiza en el extrema N y

tiene un centro hidr6fobo.

238 CAPITULO 10 Localizaci6n de las protelnas

 La prole ina transferente se desplaza a !raves del canal
La proteina transmembrana reside en Ia bicapa de lipidos
A (Como hace Ia transicion una prote1na trans-
-~mbrana y se desplaza a traves de un canal prote1nico para
-:eractuar directamente con la bicapa de llpidos?
:. ' n de las protemas del grupo I y del grupo II con
;1 dominio transmembrana individuaL pero aun es
:::nposible explicar los detalles de Ia inserdon de las
. tefnas con multiples dominios transmembrana.
Se sabe como una protema secretada atraviesa
_ a membrana sin problema, sin embargo, es mas
cil aplicar el mismo modelo a una protefna que
-~ ide en la membrana. En Ia se ilustra
..: diferencia entre la organizacion de una protema
-ansferente, protegida de Ia bicapa de lipidos por el
-~na l acuoso, y Ia de una protema transmembrana,
e tiene un segmento hidrofobo en contacto di-
. o con la membrana. La pregunta clave es como
~ transfiere una protefna del canal protefnico al
:erior de Ia bicapa de lipidos.
En la se sugiere Ia posibilidad de
... e haya un mecanismo que transfiera dominios
rofobos transmembrana directamente del canal
interior de la membrana. Esta idea esta respaldada
_r las observaciones de un sistema in vitro en el cual
_ micli6la transferencia de protemas con diferentes
_minios transmembrana al interior de un ambien-
- ipfdico. Cuando el dominio paso un umbra! de
ofobicidad, Ia protefna pudo pasar de un canal
Sec6l y TRAM al interior de la bicapa de lipidos.
- _emas de Ia hidrofobicidad global, la localizacion
~los residuos polares en los segrnentos transmem-
-_ma tiene un efecto impo rtante . La explicacion
Las prote1nas de membrana recien sintetiza-
das son capaces de transferirse lateralmente del traslocon al
interior de la bicapa de lipidos. Se desconoce el mecanismo
de transferencia.
mas sencilla es que la estructura del canal perrnite
que la proteina transferente entre en contacto con
Ia bicapa de lipidos, de manera que un segmento lo
suficientemente hidrofobo pueda d.istribuirse de rna-
nera sencilla directamente en ellipido. La estructura
del trasloc6n sugiere que entre dos helices podrfa
haber una compuerta para Ia transferencia.
Siempre se ha supuesto que, independiente-
mente del mecanismo exacto, la transferencia del
segmento transmembrana al interior de Ia mem-
brana es activada por Ia secuencia transmembrana
que esta en el poro. Sin embargo, los cambios del
poro ocurren antes, como respuesta a la sfntesis de
Ia secuencia transmembrana en el ribosoma . Cuan-
do una protefna secretada pasa a traves del poro, el
canal se mantiene sellado dellado del citosol, pero
se abre dellado luminal despues de la sfntesis de los
primeros 70 residuos. Tan pronto como se ha sin-
tetizado completamente una secuencia transmem-
brana, en otras palabras, rnientras esta totalmente
dentro del ribosoma, el poro se cierra dellado lu-
minal. No se sabe bien a bien emil es Ia relacion
de este cambia con Ia transferencia de Ia secuencia
transmembrana en el interior de Ia membrana.
El proceso de insercion en una membrana ha
sido caracterizado para las protefnas de tipo I y las
de tipo II, en las cuales h ay un solo dominio trans -
membrana. (.De que manera se inserta una protef-
na con multiples regiones transmembrana en una
membrana? Se sabe mucho menos acerca de este
proceso, pero se supone que se basa en las secuen-
cias con capacidades de seiial o de ancla. Un modelo
consiste en suponer que hay una serie alternante
de secuencias de seiial y de ancla, y que !a trans-
locadon se inicia en la primera secuencia de seiial
y contin{ta basta que es detenida por Ia primera
secuencia de anclaj e. Despues se reinicia mediante
una secuencia de seiial subsiguiente basta que Ia
interrumpe la siguiente ancla. Es posible que haya
lO.lS. (Como se insertan las proteinas en las membranas? 239
 varias rutas para Ia integracion en Ia membrana, Las mitocondrias y los cloroplastos sintetizan solo
pues en algunos casos el dominio transmembrana a algunas de sus protefnas, las primeras solo a -10
parece desplazarse al interior de la bicapa de lfpidos y los segundos, a -50. La mayoria de las protefnas
tan pronto entra al traslocon. En otros, sin embargo, de los organelos es sintetizada en el citosol por el
puede presentarse una demora hasta que se hayan mismo banco de ribosomas libres que sintetiza a las
sirHetizado otras regiones transmembrana. proteinas de este; despues deben ser importadas a!
interior del organelo .
IE La inserci6n en la membrana Muchas proteinas que entran a las mitocondria
o a los cloroplastos por un proceso postraduccional
despues de la traducci6n tienen secuencias lider encargadas del reconoci-
depende de las secuencias lider miento primario de Ia membrana exterior del orga-
nelo. Como se muestra en el diagrama simplificad
Concepto principal
de la , la secuencia lfder inicia Ia inter-
Las secuencias llder terminales N proporcionan la accion entre el precursory Ia membrana del orga-
informacion que permite a las protelnas asociarse nelo, la proteina atraviesa Ia membrana y ellider e~
con las membranas de las mitocondrias o de los dividido por una proteasa en ellado del organelo.
cloroplastos. En general, los lfderes de las proteinas importa-
das al interior de las mitocondrias y de los cloroplas-
tos tienen aminoacidos hidrofobos y basicos; estan
formados por fragmentos de aminoacidos sin carga
ORGANELO La protefna pasa a traves de Ia interrumpidos por aminoacidos basicos y carecer::
membrana y Ia secuencia llder de aminoacidos acidos, hay poca homologfa de otro
es separada tipo, como en Ia . El reconocimiento de:
Lfder J lider no depende de su secuencia exacta, sino de
su capacidad para formar helices anfipaticas, en la
cuales una cara tiene aminoacidos hidrofobos y Ia
otra, aminoacidos basicos.
La secuencia lider contiene toda la informacior.
necesaria para localizar una proteina de organelo.
La capacidad de una secuencia lfder puede evaluar-
se construyendo una protefna artificial en la cual e:
lfder de una proteina de organelo se une con una

N~
La secuencia lfder se une al
receptor en Ia membrana del
organelo
t CITOSOL
Las secuencias llder permiten que las proteinas
reconozcan las superficies de las mitocondrias o de los cloro-
plastos par media de un proceso postraduccional.
del citosol. El experimento consiste en crear un ger:
hfbrido que posteriormente es traducido en la pro-
tefna hfbrida.
Mediante estos experimentos se ha demostrad
que numerosas secuencias lfder son independien-
tes para dirigirse a cualquier secuencia adherida a
la mitocondria o a! cloroplasto; por ejemplo, si Ia
secuencia lfder de Ia figura 10.35 esta adherida a Ia
proteina del citosol DHFR (dihidrofolato reductasa )
la DHFR estara en Ia mitocondria.
La secuencia lider y Ia protefna transportada re-
presentan dominios que se pliegan de manera inde-

Hidr6fobo Polar
lniciaci6n
I + + +
Mef
'
- - - -- SeFial de asignaci6n a Ia matriz ------!~

La secuencia llder de la subunidad IV de la citocromo c oxidasa de las levaduras esta form ada par 25 aminoacidos
neutros y basicos. Los primeros 12 son suficientes para transportar a la matriz mitocondrial cualquier polipeptido adherido.

240 CAPITULO 10 Localizaci6n de las protelnas

- ndiente. A pesar de la secuencia ala cual se ad-
ere, ellfder debe poder plegarse en una estructura
: ropiada para ser reconocido por los receptores de
o envoltura d el organ elo. La secu encia polipeptidi-
:i. adherida no desempei'ia ninguna funcion en el
"conocimiento de !a envoltura.
(.Que restricciones se imponen a! transpone de
. :1a protefna hidrofilica a traves de Ia membrana hi-
r6foba? Una respuesta podrfa ser Ia obs ervacion de
_ eel metotrexato, un ligando de Ia enzima DHFR,
quea el transporte a! interior de Ia mitocondria
: :- Ia DHFR fusionada a un lfd er mitocondrial. La
!lion estrecha del metotrex ato impide a Ia en zima
=plegarse cuando se transfiere a traves de Ia mem-
~ana. Para ser asignada, Ia secuencia de Ia protefna
-an sportada no tiene importancia, pero para seguir
su lfder a traves de Ia membrana, de fl exibilidad
.ira desplegarse.
Para la translocacion, Ia hidrolisis de ATP es
.:cesaria dentro y fuera; podrfa tener que ver con
::1.pujar Ia protefna desde el e xterior y jalarla des-
~ el interior. En caso de importacion mitocondrial
_a cteriana, tam bien se requiere de un potencial
: ~ ctroqufmico a traves de !a membrana interna
~ ~a transferir Ia porcion terminal N del Hder .
Una jerarq u1a de secuencias
determi na la localizaci6n
dentro de los organelos
:Jnceptos Jrincipales
La porcion terminal N de una secuencia lider dirige a
una proteina a la matriz mitocondrial o allumen del
cloroplasto.
Una secuencia adyacente puede controlar la direcci6n a
una membrana o a los espacios intermembranosos.
Las secuencias son divididas sucesivamente de la
nroteina.
--=: :nitocondria esta rodeada de una env oltura for-
=da por dos membranas, y las protefnas impona-
- a! interior de las mitocondrias pueden estar en
::1embrana externa, el espacio intermembrana, Ia
:-:nbrana interna o Ia matriz; cuaJquiera que forme
: e de una de las membranas, puede es tar orienta-
. de tal manera que apunte hacia un lado o hacia
:ro.
<.Que dirige a una protefna mitocondrial a!
partimiento apropiado? La ruta "predetermi-
- i a" para una protefna importada a! interior de
.i mitocondria es a traves de las dos membranas,
:a Ia matriz, propiedad que le confiere Ia por-
.. terminal N de la secuencia lider. Una protei-
.ocalizada en el espacio intermembrana o en la
. :nbrana interna requiere de una sei'ial adicional
10 .17 Una jerarqu1a de secuencias determina la localizaci6n dentro de los organelos
que especifica su destino en el organelo. Un lfder
formado por varias porciones contiene sei'iales que
funcionan de manera jerarquica, como se resume
en la . La primera parte dellfder diri-
ge a la protefna al organelo, y necesita la segunda
parte si su destino esta en alguna parte ajena a la
matriz. Las dos partes del lider son eliminadas por
divisiones sucesivas.
Ejemplo de ello es el citocromo cl, que esta uni-
do a !a membrana interna y apunta hacia el espa-
cio intermembrana. Su secuencia lider esta formada
por 61 aminoacidos y puede dividirse en regiones
con funciones distintas. La secuencia de los prime-
res 32 aminoacidos, o incluso Ia mitad terminal N
de esta region, puede transportar la DHFR ala ma-
triz, de modo que la primera parte de la secuencia
lfder (los 32 aminoacidos terminales N) comprende
una sei'ial de asignacion a la matriz. El lfder intac-
to, sin embargo, !leva adherida una secuencia, por
ejemplo, !a DHFR murina, en el interior del espacio
intermembrana.
i. Que imp ide que la protefna rebase el espacio
intermembrana si el lfder esta intacto? La region
Serial para Ia
membrana externa
R~eptoc TOM~
"'pao;o ;ot"membca"'
Receptor TIM ...,_.--=::;_.-
Senal para el
Membrana externa espacio intermembrana
Las mitocondrias tienen receptores para el trans-
porte proteinico en las membranas interna y externa. El recono-
cimiento en la membrana externa puede provocar el transporte
a traves de ambos receptores, al interior de la matriz, donde el
lider es escindido. Si la proteina tiene una sefial de asignaci6n
a la membrana, puede ser reexportada.
241
 -~
Ala Gli
'Ala Gli
-+- La region lfder continua, sin carga, asigna el sustrato a Ia membrana interna___.
Ellider del citocromo c1 de las levaduras contiene una region terminal N que
dirige la proteina a la mitocondria, seguida de una region que dirige a la proteina (dividida)
a la membrana interna. Ellfder es eliminado por dos eventos de division.
posterior ala sefial de asignacion ala matriz (forma-
da por 19 aminoacidos delUder) proporciona otra
sefial que ubica a la proteina en la membrana in-
tema o en el espacio intermembrana. Para fines de
trabajo, esta sefial se denomina sefial de asignacion
a la membrana.
La com posicion de las dos partes de un lider que
contiene ambos tipos de sefial es distinta. Como se
indica en la , los 3 5 aminoacidos ter-
minates N son semejantes a otras secuencias lider
de los organelos en cuanto al alto contenido de
aminoacidos sin carga intercalados con amino-
acidos basicos, pero los siguientes 19 comprenden
un fragmento ininterrumpido de aminoacidos sin
carga lo suficientemente grande como para abarcar
una bicapa de lfpidos. Esta sefial de asignacion a la
membrana se asemeja a las secuencias implicadas
en la translocacion de las proteinas en el interior de
las membranas del ER (vease la seccion 10.7, Las
secuencias de sefial inician la translocacion).
La division de la sefial de asignacion a la ma-
triz es el unico evento de procesamiento que ne-
cesitan las proteinas residentes en la matriz, seiial
que tambien debe separarse de las proteinas que
residen en el espacio intermembrana; sin embargo,
despues de esta division, la sefial de asignacion a la
membrana (que es ahora la secuencia terminal N
de la proteina) dirige a la proteina a su destino en
la membrana extema, el espacio intermembrana o
242 CAPITULO 10 Localizacion de las proteinas
II 'Ala
s -
ISe
'Ala
Division 2
la membrana interna. A su vez, la sefial se dividir:
posteriormente.
La sefial de asignacion a la matriz terminal . -
funciona de la misma manera en todas las proteina.
mitocondriales, al ser reconocida mediante un rt
ceptor de la membrana externa sera transportada :.
traves de las dos membranas. Notese que el mism
proceso esta involucrado en la division de la sei1c.
de asignacion a la matriz, a pesar del destino fine...
de la proteina. Esta proteasa es una enzima sol ubi:
en agua y dependiente de Mg 2 + que se localiza en ::.
matriz, asf que la secuencia terminal N debe llegc. -
a esta, incluso si la proteina finalmente residira e:-
el espacio intermembrana.
La residencia en la matriz ocurre en ausenc'.:.
de cualquiera otra seiial, pero si hay una sefial d.
asignacion a la membrana, esta se activara por :..:.
division de la seiial de asignacion ala matriz. D ~
pues, la porcion remanente dellider (que ahora e
terminal N) provoca que la proteina se aloje en . _
destino final.
La naturaleza de la sefial de asignacion a _
membrana es motivo de controversia. Median-
un modelo se afirma que toda la proteina entra a .:.
matriz, despues de lo cualla sefial de asignacion
la membrana hace que sea reexportada al interi
o a traves de la membrana interna. En un mode
alterno se propane que la secuencia de asignaci --
ala membrana simplemente evita que el resto c
 rotefna siga al lider a naves de la membrana
:erna hasta el interior de la matrtz. Independien-
ente del modelo que se aplique, otra proteasa
alizada en el espacio intermembrana) termina
eliminaci6n de las secuencias lider.
El desplazarniento a naves de la membrana del
. roplasto se logra de forma similar. En la
se ilustra la variedad de localizaciones dispo-
_]es para las protefnas del cloroplasto, que atra-
~ an las membranas interna y externa de !a envol-
,..a para llegar a! estroma, proceso que involucra
mismos tipos de desplazarniento al interior de !a .ESTROMA
..atriz mitocondrial. No obstante, algunas protefnas
. transportadas aun mas, a traves de las pilas de
. mbrana de tilacoides, hasta ellumen; en su carni-
las protefnas destinadas a las membranas de los
acoides o allumen deben atravesar el estroma.
Una proteina se aproxima al cloroplasto desde
Las sefiales de asignaci6n de los cloroplastos el citosol con un lider de -50 residuos. La mitad terminal N del
' asemejan a las de las mitocondrias. El lfder esta l1der promueve el paso al interior de La envoltura o a traves de
. ado por -50 aminoacidos y !a mitad terminal ella hacia el estroma. La escisi6n ocurre durante el transporte a
permite reconocer la envoltura del cloroplasto. traves de la envoltura.
: :re las posiciones 20 y 25 tiene Iugar una division
_,ante o despues del paso a traves de !a envoltura,
_ modo que las proteinas destinadas a la mem-
3 na de los tilacoides o a! lumen tienen un lider
~a! N nuevo que dirige el reconocimiento de
CITOSOL
membrana de los tilacoides. Son varios los sis- Receptor Tom37,71 ,70
, as (cuando menos cuatro) del cloroplasto que
:.alizan la importaci6n de proteinas al interior de
:nembrana de los tilacoides .
Asi pues, el principia general que rige el trans-
:te de las proteinas al interior de las rnitocondrias
4e los cloroplastos consiste en que la porci6n ter-
nal N dellfder dirige a una protefna a la matriz
. organelo, y para ubicarla protefna en la mem-
_na externa, el espacio intermembrana o la
. :nbrana interna es necesaria una secuencia adi- Tom40 =canal Tom5,6,7
. al (dentro delUder).
Las prote1nas TOM forman un complejo de re-
ceptores, o varios, necesario para la translocaci6n a traves de
Las membranas mitocondriales La membrana mitocondrial externa.
i nterna y extern a tienen
traslocones disti ntos
::1ceptos principales Los receptores que median el transporte a traves
~l transporte a traves de las membranas mitocondriales
de cada membrana del cloroplasto y la rnitocondria
nterna y externa utiliza diferentes complejos de son diferentes. En el primer caso se denomina TOC
eceptores. y TIC, en tanto que en las rnitocondrias son TOM
El complejo TOM (membrana exterior) es un complejo y TIM, refriendose a las membranas externa e in-
3rande en el que los sustratos prote1nicos son dirigidos terna, respectivamente.
3l canal Tom40 par uno de dos subcomplejos. El complejo TOM esta formado por aproxima-
~os diferentes complejos TIM (membrana interna) se damente nueve protefnas, muchas de las cuales son
Jtilizan dependiendo de que el sustrato proteinico esta protefnas integrales de membrana. En la
jirigido a La membrana interna o allumen. se muestra un modelo general del complejo .
Las prote1nas pasan directamente del complejo TOM al El agregado TOM mide >500 kD, con un diametro
:omplejo TIM. de - 138 A , y forma un canal conductor de iones.
Un complejo consta de dos o tres anillos de 75 A

10.18 Las membranas mitocondriales interna y externa tienen traslocones distintos 243

ESPACIO INTERMEMBRANA
Tim17-23 =.-,canal?
MATRIZ
Tim44
MGE
Las prote\nas Tim forman el complejo de trans-
locaci6n a traves de la membrana mitocondrial interna.
de diametro, cada uno con un poro de 20 A de dia-
metro.
El Tom40 esta incrustado profunda mente en la
membrana y proporciona el canal para la transloca-
cion, ademas de contactar a las protefnas conforme
atraviesan la membrana externa y de u nirse a tres
proteinas mas pequefias, TomS, 6 y 7, que pueden
ser componentes del canal o factores de ensamblaje.
Hay dos subcomplejos que proporcionan recepto-
res de superficie. Tom20 y Tom22 forman un sub-
complej o con dominios expuestos en el citosol. La
mayoria de las proteinas importadas al interior de
las mitocondrias son reconocidas par el subcomple-
jo Tom20,22, receptor primario que reconoce a la
secuencia term inal N de Ia protefna transferente.
Tom37,70,7l proporciona un receptor para un nu -
mero mas reducido de protefnas que tienen secuen-
cias de asignacion interna.
Cuando una protefna es translocada a traves del
complejo TOM, pasa, de estar expuesta al citosol a
estar expuesta al espacio intermembrana, pero nor-
malmente no es liberada, sino transferida directa-
mente a! complejo TIM. Es posible capturar interme-
diarios en las cuales ellfder es separado de la matriz
par la proteasa, dejando gran parte del precursor
expu esta en Ia superficie citosolica de la envoltura,
lo cual sugiere que, durante el paso, una protefna
abarca las dos membranas. Los complejos TOM y
TIM no parecen interactuar directamente (o cuando
menos no forman un estable complejo detectable ),
de modo que pueden estar ligados nada mas par una
protefna en transito. Cuando una protefna transfe-
rente llega al espacio intermembrana, de inmediato
los residuos expuestos pueden unirse a un comple-
244 CAPITULO 10 Localizaci6n de las prote\nas
jo TIM, mientras que el resto de Ia protefna sigu:
transfiriendose a traves del complejo TOM.
En Ia membrana interna hay dos complejos Tr
de los cuales, Timl7 -23 transfiere protefnas all li -
men. Los sustratos son reconocidos porque pose ~
una sefial terminal N cargada positivamente. L;,
protefnas transmembrana Timl 7 a Tim23 forma-
el cana l. En la se muestra que est '
asociada s con Ia protefna Tim44 en el lado de ~'
matriz de la membrana, proteina que a su vez ~ c
une a! chaperon Hsp70, asociado tambien con otr
el Mge, contraparte del GrpE bacteriano. Esta as -
ciacion garantiza que cuando la protefna importa :_
llegue a Ia matriz, se una a! chaperon Hsp70. La gra:.
afinidad del Hsp70 par Ia conformacion n o plega =
de la protefna conforme emerge de la membran ~
interna ayuda a "jalar" esta a traves del canal.
Una importante actividad del chaperon en :~
matriz m itocondrial proviene del Hsp60 (que fo -
rna Ia misma clase de estructura que su contrapar-
te GroEL). La asociaci6n con el Hsp60 es necesari;
para Ia union de las subunidades de protefnas im-
portadas que forman complejos oligomericos. Un.:
proteina importada puede ser "transmitida" de.
Hsp70 al Hsp60 en el proceso de adquisicion de lc.
conformacion correcta.
El complejo Tim22 - 54 transfiere a protefna:
que residen en la membrana interna.
(.Como encuentra una protefna transferente st:.
camino del complejo TOM al complejo TIM apr -
piado? Dos complejos protefnicos localizados en e
espacio intermembrana escoltan a una protefna que
se transfiere del complejo TOM al TIM. Los comple-
jos Tim9- l 0 y Ti.In8-l3 fungen como escoltas de dife-
rentes conjuntos de sustratos protefnicos. El Tim9-l C'
puede dirigir a sus sustratos al complejo Tim22-s.;.
o al Tim23 - l7, mientras que el complejo Tim S-
13 los dirige solo al Tim22 -54. Algunos sustrato_
no utilizan el Tim9-l0 ni el Tim8 -l 3, de manera qu
tambien debe haber rutas, que se resumen en Ia
(.Cual es la funci on de los complejos de escolta?
Tal vez sean necesarios para ayudar a Ia protefna ii
salir del complejo TOM, asf como para reconocer a!
complejo TIM. En la se muestra que
una protefna en proceso de transferencia puede pa-
sar directamente del canal TOM al complejo Tim9-
l 0 y despues al interior del canal Tim22- 54.
Una protefna mitocondrial se pliega en dife-
rentes condiciones antes y despues de atravesar la
membrana. Las condiciones ionicas y los chapero-
nes presentes difieren en el citosol y Ia matriz mito-
condrial, de modo que es posible que una protefna
mitocondrial adquiera su conformacion madura solo
en Ia mitocondria.
 Los peroxisomas emplean
TOM
CITOSOL
otro tipo de sistema
de translocaci6n
Conceptos principales
Las prote\nas son importadas al interior de los
peroxisomas en su estado de plegamiento completo.
Tienen una secuencia PTS1 en el extrema C o una
secuencia PTS2 en el extrema N.
El receptor Pex5p se une a la secuencia PTS1 y el Pex?p
a la PTS2 .
Los receptores son protelnas del citosol que
transbordan al interior del peroxisoma portando un
sustrato prote\nico y despues regresan al citosol.

Los peroxisomas son cuerpos pequeii.os (de 0.5 a

1.5 1-1m de diametro) cubiertos por u na sola mem -
brana que contienen enzimas implicadas en el uso
del oxfgeno que lo convierten en per6x.ido de hidr6 -
geno al eliminar atomos de los sustratos. Posterior-
Tim17-23 Tim22-54 mente, la catalasa utiliza el per6xido de hidr6geno
MATRIZ para oxidar diversos sustratos; sus actividades son
cruciales para Ia celula. Desde que se encontr6 que
El complejo Tim9-10 lleva prote\nas del TOM a
: ier complejo TIM, y Tim8-13 a Tim22-54. la enfermedad fatal del sfndrome de Zellweger es
provocada por fa lta de peroxisomas, > 15 enferme-
dades humanas han sido vinculadas con trastornos
de funcionamiento de los peroxisomas.
Todos los componentes del perox.isoma son im -
portados del citosol; las protefnas necesarias para
su formaci6n se denominan peroxinas, y se han
TOM CITOSOL identificado 23 genes que las codifican. Por otra par-
te, se han localizado enfermedades del peroxisoma
humano en 12 grupos de complementaci6n, de las
cuales, Ia mayorfa se identifica con genes especffi-
cos. Los peroxisomas parecen estar ausentes de las
celulas con mutaciones nulas en algunos de estos
genes, que en ciertos casos reaparecen con Ia in-
troducci6n de un gen de tipo silvestre. En general
se supone que, igual que otros organelos unidos
a membranas, los peroxisomas pueden surgir solo
por duplicaci6n de peroxisomas preexistentes. Sin
embargo, estos resultados despiertan Ia duda de si
serfa posible ensamblarlos de novo a partir de sus
componentes. Cuando menos en algunos casos, Ia
ausencia de peroxinas deja a las celulas con fantas-
mas peroxis6micos, o cuerpos membranosos vacfos.
Incluso si no es facil verlos, resulta diffcil excluir la
posibilidad de que haya remanentes que sirvan para
regenerarlos.
El transporte de las protefnas a los peroxisomas
ocurre despues de la traducci6n. La s protefnas im-
portadas a Ia matriz tienen una de dos secuencias
Una prote\na transferente puede ser transpor- cortas, Ia seii.al de asignaci6n peroxis6mica l (PTS,
: ' ectamente de TOM a Tim22-54. peroximal targeting signal) y Ia PTS2. La PTS l es un

10.19 Los peroxisomas emplean otro tipo de sistema de translocaci6n 245

 tripeptido o tetrapeptido localizado en el extremo
C que originalmente se caracterizo como la secuen-
cia SKL (Ser-Lis-Leu), pero se ha demostrado que
una gran variedad de secuencias hacen las veces de
una PTS l. La adicion de una secuencia adecuada al
extremo C de las protefnas del citosol es suficien-
te como para garantizar la importacion al interior
del organelo. La PTS2 es una secuencia de nueve
aminoacidos, muy diversos, tambien en este caso,
que puede localizarse cerca del extremo N o inter-
namente. Podria haber incluso un tercer tipo de
secuencia, la PTS3.
Para la importacion de proteinas desde el citosol
son necesarias numerosas protefnas peroxisornicas,
cuyos receptores, ya unidos a los dos tipos de sefia-
les se llaman Pex5p y Pex7p, respectivamente. Las
otras protefnas son parte de complejos asociadas a
membranas e involucrados en la reaccion de trans-
locacion.
El transporte al interior del peroxisoma exhibe
caracteristicas inusuales que marcan importantes
diferencias del sistema utilizado para el transporte
a otros organelos. El receptor Pex5p se une a un sustrato pratE'
Las protefnas pueden ser importadas al interior nico en el citosol, lo trans porta a traves de la membrana hac' :
el interior del peroxisoma y despues regresa al citosol.
del peroxisoma en estado maduro, totalmente plega-
das, lo cual contrasta con la necesidad de desplegar
una protefna para que se introduzca en el ER o la Las protefnas incorporadas a la membrana de"
rnitocondria, donde se desplaza a traves de un canal peroxisoma llevan una secuencia denominada mPTS
localizado en la membrana, en el interior del orga- pero poco se sabe sobre el proceso de integracior:
nelo, de forma semejante a una cadena desplegada La Pex3p puede ser una protefna clave porque si n
de aminoacidos. Si bien no esta claro de que manera esta presente, en las membranas de los peroxiso-
podria expandirse la estructura de un canal preexis- mas no se encuentran otras protefnas. Por otra parte
tente para perrnitirlo, una posibilidad serfa resucitar Pex3p tiene su propia rnPTS, que lleva a preguntar~ f
una idea antigua y suponer que el canal se ensarnbla como entra ala membrana, quiza interactua con e
en torno al sustrato protefnico cuando se asocia con Pex3p que ya se encuentra en esta, lo cual influyc
la membrana. en la duda respecto de que los peroxisomas puedaL.
Los receptores Pex5p y Pex7p no son protefnas ensamblarse de nuevo.
integrales de membrana, son mas bien citosolicas,
con solo una pequefia proporcion asociada con los
peroxisomas, ademas de que se comportan de la a:& Las bacterias utilizan tanto
misma manera, alternando entre el peroxisoma y el translocaci6n cotraduccional
citosol. En la se muestra que el receptor como translocaci6n
se une al sustrato protefnico en el citosol, lo lleva al
peroxisoma, se desplaza con el a traves de la mem- postraduccional
brana hacia el interior y despues regresa al citosol Concepto principal
para emprender otro ciclo. Este comportamiento de Las protei nas bacterianas exportadas a las
transbordador es semejante al sistema acarreador de membranas o a traves de ellas utilizan mecanismos
importacion hacia el interior del nucleo. postraduccionales y cotraduccionales.
Las rutas de importacion convergen en la mem-
brana del peroxisoma, donde Pex5p y Pex7p inter-
actuan con el rnismo complejo protefna-membrana La envoltura bacteriana esta formada por dos capa
formado por Pexl4p y Pexl3p. Los receptores se de membrana, y el espacio intermedio se conon
ensamblan a este complejo, y despues, muchas otras como periplasma. Las protefnas se exportan de
peroxinas se involucran en el proceso de transpor- citoplasma para que residan en la envoltura o seaL
tacion allumen; los detalles del proceso aun no han secretadas por la celula. Los mecanismos de secre-
sido aclarados. cion de las bacterias son similares a los caracteriza-

246 CAPiTULO 10 Localizaci6n de las proteinas

 : en las celulas eucari6ticas, con la posibilidad de
,,: nocer algunos componentes relacionados. La
Protefna de Protefna de Protefna
1 muestra las protefnas exportadas del Ia membrana Ia membrana
plasma con uno de cuatro destinos posibles:
ser insertadas en la membrana interna
interna ,.
externa

ser transferidas a naves de la membrana in-

terna para postrarse en el periplasma
ser insertada en Ia membrana externa o t
ser translocadas a traves de la membrana,
hacia el medio.
Transporte protefnico t Translocaci6n
postraduccional cotraduccional
Varios de los complejos protefnicos de la mem-
: :1a interna son responsables del transporte de las
_1einas, ya sea que esten destinadas a atravesar CITOPLASMA Membrana interna
::tembrana interna o a permanecer en ella. Esta /
aci6n es semejante a la observada en las mito- PERl PLASMA
:.drias, donde complejos diferentes de la membra- Membrana externa
. interna y de la externa manejan subconjuntos
: ntos de sustratos protefnicos, dependiendo de Las proteinas bacterianas pueden ser exportadas
destino (vease la secd6n l 0.16, La inserci6n en la de manera postraduccional o cotraduccional y ser ubicadas en la
membrana o en el espacio periplasmico, o bien, ser secretadas.
=:nbrana despues de la traducci6n depende de las
:.- encias lider). Una diferencia con la importaci6n
terior de los organelos es que la transferencia en
:A i puede ser cotraduccional o postraducdonal.
~ .mas proteinas son secretadas de manera cotra-
:cional o postraduccional, y la cinetica relativa
' traducci6n frente a la secreci6n a traves de la
. 1brana podrfa determinar el balance.
Las protefnas bacterianas exportadas tienen se-
_ncias llder terminales N con un extremo N hi-
:mco y un centro hidr6fobo adyacente. Ellfder
epara mediante una peptidasa seii.al que recono-
as formas precursoras de muchas proteinas ex- CITOPLASMA
:.adas. La peptidasa seii.al es una proteina integral SecB es un chaperon
SecA es un motor
!.Ilembrana localizada en la membrana interna. asociado a Ia membrana
que se une a Ia
:nutaciones que se producen en los lideres ter- protefnas naciente
- ales N evitan la secreci6n, y son suprimidas por
_:aciones de otros genes, que, por lo tanto, son
~ nidos como componentes del mecanismo de ex-
El sistema Sec consta del trasloc6n SecYEG
:-_,aci6n de proteinas. Muchos genes, de acuerdo incrustado en la membrana, la proteina asociada a SecA que
Ia descripci6n general del sec, estan implicados impulsa a las proteinas a traves del canal, el chaperon SecB que
codifi.caci6n de componentes del mecanismo transfiere las proteinas nacientes al SecA y la peptidasa sefial
-eror por las mutaciones que bloquean la secre- que divide la sefial terminal N de la proteina tra nslocada.
- de muchas, o todas, las proteinas exportadas.
Hay varios sistemas de transporte a traves de la
El sistema Sec transporta membrana interna, pero el mejor caracterizado es
proteinas al interior el sistema Sec, cuyos componentes se muestran en
la . El trasloc6n incrustado en la mem-
de La membrana i nterna brana consta de tres subunidades relacionadas con
y a traves de ella los componentes del Sec6l de las levaduras y los
mamfferos, cada una de las cuales es una proteina
-:eptos principales integral transmembrana (SecY tiene 10 segmentos
:_ trasloc6n bacteriano SecYEG de la membrana interna
transmembrana; SecE, tres). El trasloc6n funcional
._ a relacionado con el trasloc6n eucari6tico Sec61. es un trimero con una copia de cada subunidad .
: la orientaci6n de las proteinas secretadas al La ruta principal para dirigir a las proteinas al traslo-
:-asloc6n estan implicados varios traslocones. c6n consiste en SecA y SecB . Este ultimo es un cha-
peron que se une ala proteina naciente para con-

10.21 El Sistema Sec transporta proteinas al interior de la membrana interna y a traves de ella 247
 . ..
t CITOPLASMA
\._.
4.5S RNA ---FtsY
~- - Ffh
SecB/SecA transfiere proteinas al trasloc6n que
pasa a traves de la membrana . El RNA 4.55 transfiere a las
proteinas que entran a la mem brana.
trolar el plegamiento y que transfiere ala protefna al
SecA, el cual, a su vez, Ia transfiere a! traslocon.
En Ia se muestra que son dos las
formas principales de dirigir las proteinas al canal
Sec:
el chaperon SecB y
Ia SRP basada en el RNA 4.5S
Muchos chaperones pueden incrementar la
eficiencia de la exportacion protefnica bacteriana
impidiendo el plegamiento prematuro; incluyen
el "factor desencadenante" GroEL (caracterizado
como chaperon que colabora con la exportacion)
(vease !a seccion l 0. 5, Las protefnas desnaturali-
zadas y las recien sintetizadas requieren de chape-
rones, y Ia l 0.8, La secuencia de sefi.al interactua
con Ja SRP) y !a protefna SecB (identificada com o
el producto de uno de los mutantes sec). SecB es !a
m enos abundante de estas protefnas, p ero desem-
pefia la importante funcion de fomentar la expor-
taci6n, que comprende dos actividades. Primero,
la SecB se comporta como chaperon y se une a
una proteina naciente para retrasar el plegamien-
to, no puede revertir el cambio de estructura de
una proteina plegada, de m anera que no funcio-
na como factor de desdoblamiento, por lo tanto,
su funcion es inhibir el plegamiento erroneo de la
protefna recien sintetizada. Segundo, Ia SecB tiene
cierta afinidad porIa proteina SecA que le permite
dirigir a un precursor proteinico a !a membrana. La
ruta SecB-SecYEG se utiliza para Ia translocaci6n
de proteinas secretadas en el interior del periplasma
y se resumen en Ia
SecA es una gran proteina periferica de mem-
brana que tiene alternativas para asociarse con la
membrana. Como proteina periferica de membrana,
se asocia con esta membrana gracias a su afinidad
248 CAPiTULO 10 Localizaci6n de las proteinas
SeeS transfiere Ia protefna a SecA
SecA inserta protefnas en el trasloc6n
SecA se recicla
SecB transfiere una protein a naciente al 'Seer
el cual la inserta en el canal. La translocaci6n requiere de _:
hidr6lisis de ATP y de una fuerza protonmotriz. SecA ejecu:.c
ciclos de asociaci6n y disociaci6n con el canal y pro porcio~ :
la fuerza motriz para empujar la proteina.
por lipidos acidos y por el componente SecY de
traslocon, los cuales son parte de un complejo dt"
subunidades multiples que proporciona !a funci6r
translocasa. No obstante, en presencia de otras pro-
tefnas (SeeD y SecF), SecA puede asumir !a forme:
de una protefna transmembrana. Probablementt'
constituye el motor que empuja a! sustrato protef-
nico a traves del traslocon SecYEG.
La SecA reconoce a !a SecB y a! precursor protef-
nico, a los cuales sirve de chaperon; es muy probable
que las caracteristicas de la secuencia de la protefna
madura, asf como su lfder, sean necesarias para e:
reconocimiento. La SecA tiene actividad ATPasa qu
depende de la union con lipidos, Ja SecY y la protef-
na precursora. La ATPasa funciona de forma ciclica
durante la translocacion. Despues de unirse a un
precursor protefnico, Ia SecA se une a! ATP y - 20
aminoacidos son translocados a traves de la mem-
brana. Para liberar al precursor de !a SecA se nece-
sita la hidrolisis de la ATP, para que pueda repetirse
el ciclo. El precursor protefnico se une de nuevo y
 . orciona el estfmulo para unir mas moleculas de
:'. transferir otro segmento de proteina y liberar
~ ~ecursor . La SecA puede alternar entre Ia forma
-:gral y la periferica de la membrana durante la
.. locacion; en cada ciclo, un dominio de 30 kD
: - cA puede insertarse en Ia membrana y despues
. actarse.
La translocacion tambien puede suceder por
- proceso. Cuando un precursor es liberado por
~ cA, puede ser conducido a traves de Ia mem-
- .a por una fuerza protonmotriz (es decir, un po-
al electrico a traves de la membrana) , que no
;;:de iniciar Ia transferencia a traves de la membra-
pero sf continuar el proceso iniciado por un ciclo
- ~ cion ATPasa de la SecA, de modo que despues
- - s ciclos de la reaccion mediada por el complejo
: .. -ATP, o entre ellos, la fuerza protonmotriz pue -
:npulsar la translocacion del precursor.
El complejo ribonucleoprotefnico de E. coli
-->'lado por RNA 4 . 5S y las protefnas Ffh y FtsY
~ rituye una contra parte de Ia SRP eucariotica
:::se la seccion 10.9, La SRP interactua con el re-
La proteinase transfiere
~ ~ r de Ia SRP), cuya fun cion quiza sea mantener a
roteina naciente en una conformacion apro -
::a hasta que interactue con otros componentes
~ecanismo secretor, se necesita para Ia secre - lnteracciones
.++IFuerza
+
- de algunas proteinas, pero no de todas. Como hidr6fobas protonmotriz
. serva en Ia Figura l 0.46, sus sustratos son pro-
:~s integrales de membrana. La base de la selec-
- diferencial de sustratos es que la SRP de E. coli
oce una secuencia de anclaje localizada en la
:efna (por definicion, las secuencias de anclaje
. . presentes solo en las protefnas integrales de La protelna de envoltura M13 se inserta en la
::ctbrana) . Los cloroplastos tienen contra partes membrana interna al hacer un contacto electrostatico inicial,
seguido de la inserci6n de secuencias hidr6fobas. La translo-
: proteinas Ffh y FtsY, pero no requieren de un
caci6n es conducida par interacciones hidr6fobas y una fuer-
-ponente de RNA. za protonmotriz hasta que la secuencia de anclaje entra a la
membrana.

Sistemas de trans~ocaci 6n tefna de envoltura del fago Ml3. En la

independientes de Sec
en f. coli
:-ceptos principales
.:S herichia coli y los organelos tienen sistemas de
:"3nslocaci6n proteinica relacionados.
_- sistema permite que ciertas protelnas se inserten
:~ las membranas sin un mecanisme de translocaci6n.
:JC es hom6logo al sistema mitocondrial para la
: t~ nsferencia de proteinas al interior de la membrana
:erna.
:. sistema tat transfiere a proteinas con un elemento
== arginina doble al espacio periplasmico.
-~ema alterno mas sobresaliente para la translo-
!1 de protefnas en E. coli se presenta en la pro-
se observa que jparece no necesitar ningun meca -
nismo de translocacion! Puede insertarse de forma
postraduccional en el interior de los liposomas sin
protefnas. Dirigir Ia proteina hacia la membrana im-
plica secuencias especfficas (formadas por residuos
basicos) en las regiones terminal N y terminal C
que pueden interactuar con cabezas de fosfolfpidos
con carga negativa. Posteriormente, la proteina en-
tra ala membrana utilizando grupos hidrofobos en
su secuencia lfder terminal N y una secuencia de
anclaje interna. La hidrofobicidad es la fuerza im-
pulsora principal para Ia translocacion, pero puede
ser asistida por una fuerza protonmotriz generada
entre ellado periplasmico de la membrana, cargado
positivamente, y una region acida de Ia protefna,
que !leva a esta atravesar la membrana; la peptidasa
dellfder puede posteriormente separar la secuencia

10.22 Sistemas de translocaci6n independientes de Sec en E. coli 249

 terminal N. La generalizaci6n de este mecanismo
en las bacterias no esta clara, puede aplicarse solo
al caso especial de las proteinas de envoltura del
bacteri6fago . Algunas protefnas de los cloroplastos
pueden insertarse en la membrana de los tilacoides
por una ruta similar.
Las mutaciones del gen yidC bloquean la inser-
ci6n de protefnas en la membrana interna. Dicho
gen es hom6logo de !a protefna Oxalp, necesaria
cuando las proteinas son insertadas en la membrana
mitocondrial interna desde la matriz, el cual pue-
de funcionar independientemente de Ia SecYEG o
aunada a ella. La inserci6n de algunas protefnas
dependientes del YidC requiere de SecYEG, lo cual
sugiere que YidC actua en conjunto con el trasloc6n
para desviar el sustrato en !a inserci6n ala membra-
na de manera opuesta a la secreci6n. Otras protef-
nas cuya inserci6n depende del YidC no necesitan
SecYEG, parece probable que sean necesarias otras
funciones (no identificadas) y no el trasloc6n.
El nombre del sistema tat se deriva de su ca-
pacidad para transportar proteinas que portan un
elemento de arginina doble; su responsabilidad es
la translocaci6n de proteinas que tienen cofactores
estrechamente unidos, lo cual podrfa implicar limi-
taciones en su capacidad para desplegarse y atrave-
sar la membrana. Este fen6meno iria en contra del
principia de Ia mayorfa de los sistemas de transloca-
ci6n, en los cuales la proteina pasa desplegada a tra-
ves de la membrana y ya madura, despues de haber
pasado, se pliega. Este sistema esta relacionado con
un sistema del lumen del tilacoide del cloroplasto
llama do Hcfl 06. Ambo s transportan protefnas al
interior del periplasma.
IE Resumen
Una proteina que se inserta en una membrana o que
la atraviesa, tiene una secuencia de senal reconocible
por un receptor que forma pane de la membrana o
que puede asociarse con ella. La proteina pasa a tra-
ves de un canal acuoso creado por la proteina trans-
membrana que reside en la membrana. En casi todos
los casos, la proteina pasa desplegada por el canal, y
es necesario que se asocie con los chaperones cuan-
do emerge para adquirir Ia conformaci6n correcta.
La excepci6n principal es el peroxisoma, en el cual
una protefna importada con conformaci6n madura,
se une a una proteina del citosol que la transporta a
traves del canallocalizado en Ia membrana.
La sfntesis de proteinas en el citosol empieza
en los ribosomas "libres". Las proteinas secretadas en
la celula 0 insertadas en membranas del sistema re-
ticuloendotelial inician con una secuencia de senal
terminal N que hace que el ribosoma se adhiera a !a
250 CAPITULO 10 Localizaci6n de las proteinas
membrana del reticula endoplasmico. La protein
es translocada a traves de Ia membrana por trans-
ferencia cotraduccional. El proceso empieza cuan-
do la secuencia de senal es reconocida por Ia SRI
(particula ribonucleoproteinica), que interrumpe I""
traducci6n, se une a su receptor en la membrane:
del ER y transfiere la secuencia de senal al recepto:
Sec6l /TRAM ubicado en !a membrana. La sintes'~
se reinicia y !a protefna es translocada a traves de I
membrana mientras esta siendo sintetizada, aunqu e
no hay una conexi6n energetica entre los procesos
El canal que atraviesa Ia membrana proporciona ur
ambiente hidrofi1ico y esta formado principalmente
por Sec6l.
Una protefna secretada atraviesa por complet
Ia membrana, hasta ellumen del ER. Las proteina ~
integradas en las membranas se dividen en dos tip _
generales, con base en su orientaci6n. En las protef-
nas integrales de membrana tipo I, Ia secuencia de
sefial terminal N es dividida y !a transferencia a rra-
ves de Ia membrana se interrumpe posteriormente
por una secuencia de anclaje. La proteinase oriem-
en la membrana con su extrema N localizado e:-
el !ado alejado y con su extrema C, ubicado en e
citosol. Las proteinas tipo 1I no tienen una senal ter-
minal N divisible, sino una secuencia combinada se-
fial-ancla, Ia cual entra a !a membrana y se incrust<:.
en ella, fen6meno que provoca que el extrema C se
localice en ellado alejado, mientras que el extrern
N permanece en el citosol. La orientaci6n de !a se-
cuencia senal-anda depende de !a regia del "interio:
positivo", que afirma que ellado del anda con m<L
cargas positivas se localizara en el citoplasma. La
proteinas que tienen regiones transmembrana uni-
cas se desplazan lateralmente del canal a !a bicap.:
de lipidos; dichas regiones pueden ser varias, con la-
zos localizados entre elias que sobresalen en amb -
!ados de !a membrana. Se desconoce el mecanisrn
de inserci6n de segmentos multiples.
Si no hay una seil.al especffica, una proteina e<
liberada en el citosol cuando termina su sintesis. Las
protefnas se importan de manera postraducciona.
al interior de las mitocondrias y de los cloroplasto~
poseen secuencias lider terminales N que las diriger;
a !a membrana externa de Ia envoltura del orga-
nelo y posteriormente son transportadas a trav ~
de las membranas interna y externa, a !a matriz.
La translocaci6n requiere de ATP y de un poten-
cial para atravesar Ia membrana interna. El !ide
terminal N es escindido por una proteasa que se
encuentra en el organelo. Las protefnas que resider
en las rnembranas o en el espacio intermernbrru1c.
poseen una senal (que se vuelve terminal N cuand
se elimina Ia primera parte dellider) que provoca !2
exportaci6n de la matriz ala localizaci6n apropiada
o que detiene la transferencia antes de que toda 1.:
 :-~na haya entrada a la matriz. El control del
_::..;n iento mediante Hsp70 y Hsp60, ubicados en
-:riz mitocondrial, es una caracterfstica imp or-
: el proceso.
::..as mitocondrias y los cloroplastos tienen com-
.-; de receptores separados que crean canales
_ es de la membrana interna y de Ia externa.
- las proteinas importadas pasan directamen-
=": complejo TOM localizado en Ia membrana
:::~ a a un complejo TIM que se encuentra en Ia
rana interna. Las protefnas que residen en el
-:!o intermembrana o en la membrana externa
~e exportadas desde el complejo TIM despues
__ e entran a Ia matriz. El complejo TOM utiliza
- ntes receptores para protefnas importadas de-
-endo de que tengan secuencias de sefial termi-
~ o internas, y las dirige al interior del canal
..,Q. Hay dos receptores TIM en Ia membrana
--:1a, uno es utilizado por las protefnas cuyo des-
!inal es la matriz interna y el otro por las que
~eexportadas al espacio intermembrana o a la
_) rana externa.
:_,as bacterias tienen componentes para Ia trans-
.:!6n a traves de Ia membrana que se relacionan
_ s del sistema cotraduccional eucari6tico, pero
~n slocaci6n a menudo tiene Iugar mediante un
-2 nismo postraduccional. SecY IE proporcionan
- slocasa, y la SecA se asocia con el canaL ade-
de estar implicada en Ia inserci6n y la propul-
- :Jel sustrato protefnico. SecB es un chaperon
: il carrea a Ia proteina hasta al canal. Algunas
-:" inas integrates de membrana son insertadas
:. canal por una interacci6n con un aparato se-
=..nte ala SRP, formado por RNA 4.5S y por las
d nas Ffh y Fts Y.
::..a proteina YidC es hom61oga a una protelna
-.:ondrial, es necesaria para la inserci6n de al-
- ~s proteinas de membrana.
Los chaperones pueden ser necesarios para el
plegamiento de las proteinas
_ .:ns de revision
R. J. and van der Vies, S.M. (1991). Molecular
.:haperones. Annu. Rev. Biochem. 60, 321-34 7.
- :. A. R. and Daggett, V. (2002). Protein folding and
~:n folding at atomic resolution. Cel/108, 573-582.
-_ F. U. and Hayer-HartL M. (2002). Molecular
.:haperones in the cytosol: from nascent chain to
; lded protein. Science 295, 1852-1858.
-~s de investigaci6n
- ;en, C. B. (1973). Principles that govern the folding
_! protein chains. Science 181, 223-230.
van den Berg, B., Ellis, R. J., and Dobson, C. M. ( 1999).
Effects of macromolecular crowding on protein folding
and aggregation. EMBO J. 18, 6927-6933.
1111 Las proteinas desnaturalizadas y las recien
sintetizadas necesitan chaperones
Articulos de revision
Frydman, J. (200 1). Folding of newly translated proteins
in vitro: the role of molecular chaperones. Annu. Rev.
Biochem. 70, 603-647.
Moarefi, I. and HartL F. U. (2001). Hsp90: a specialized
but essential protein-folding tool. J. Cell Bioi. 154,
267-273.
Articulos de investigacion
Queitsch, C., Sangster, T. A., and Lindquist, S. (2002).
Hsp90 as a capacitor of phenotypic variation. Nature
417, 618-624 .
Rutherford, S. L. and Lindquist, S. ( 1998) . Hsp90 as a
capacitor for morphological evolution. Nature 396,
336-342.
1!11 La familia Hsp70 es ubicua
Articulos de revision
Bukau, B. and Horwich, A. L. (1998). The Hsp70 and
Hsp60 chaperone machines. Ce/192, 351 - 366 .
Frydrnan, J. (200 l). Folding of newly translated proteins
in vitro: the role of molecular chaperones. Annu. Rev.
Biochem. 70, 603-647.
Georgopoulos, C. and Welch, W. J. ( 199 3). Role of the
major heat shock proteins as molecular chaperones.
Annu. Rev. Cell Bioi. 9, 601-634.
Hartl, F. U. ( 1966). Molecular chaperones in cellular
protein folding. Nature 381, 571-580.
Articulos de investigaci6n
Blond-Elguindi, S., Cwirla, S. E., Dower, W. J ., Lipshutz,
R. J., Sprang, S. R. , Sambrook, J . F. , and Gething, M.
J. ( 1993). Affinity panning of a library of peptides
displayed on bacteriophages reveals the binding
specificity of BiP. Cel/75, 717-728.
Flaherty, K. M., DeLuca-Flaherty, C., and McKay, D. B.
( 1990). Three-dimensional structure of the ATPase
fragment of a 70K heat-shock cognate protein. Nature
346, 623-628.
Flynn, G. C., Pohl, J., Fiacco, M. T., and Rothman, J. E.
(1991). Peptide-binding specificity of th e molecular
chaperone BiP. Nature 353, 726-730.
Zhu, X., Zhao, X., Burkholder, W. F., Gragerov, A., Ogata,
C. M., Gottesman, M. E., and Hendrickson, W. A.
( 1996). Structural analysis of su bstrate binding
by the molecular chaperone DnaK. Science
272, 1606-1614.
&II Las secuencias de seiial inician la translocaci6n
Articulos de revision
Lee. C. and Beckwith, J. ( 1986). Cotranslational and
posttranslational protein translocation in prokaryotic
systems. Annu. Rev. Cell Bioi. 2, 315-3 36.
Referencias 251
 Palade, G. (1975). Intracellular aspects of the process of
protein synthesis. Science 189, 347-358.
Art1culos de investiga ci6n
BlobeL G. and Dobberstein, B. ( 197 5). Transfer of proteins
across membranes. I. Presence of proteolytically
processed and unprocessed nascent immunoglobulin
light chains on membrane-bound ribosomes of murine
myeloma. J. Cell Bioi. 6 7, 835-851.
Lingappa, V. R., Chaidez, J., Yost, C. S., and Hedgpeth,
J. (1984). Determinants for protein localization:
beta-lactamase signal sequence directs globin across
microsomal membranes. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
81,456-460.
von Heijne, G. (1985). Signal sequences. The limits of
variation. J. Mol. Bioi. 184, 99-105.
II!IJ La secuencia de seiial interactua con la SRP
Art1c ulos de revisi6n
Walter, P. and Johnson, A. E. ( 1994). Signal sequence
recognition and protein targeting to the endoplasmic
reticulum membrane. Annu. Rev. Cell Bioi. 10,
87-119.
Art1culos de in vestigaci6n
Tjalsma, H., Bolhuis, A., van Roosmalen, M. L., Wiegert,
T., Schumann, W., Broekhuizen, C. P., Quax, W.
J., Venema, G., Bron, S., and van Dijl. M. (1998).
Functional analysis of the secretory precursor
processing machinery of Bacillus subtilis: identification
of a eubacterial homolog of archaeal and eukaryotic
signal peptidases. Genes Dev. 12, 2318-2331.
Walter, P. and Blobel. G. ( 1981 ). Translocation of proteins
across the ER III SRP causes signal sequence and site
specific arrest of chain elongation that is released by
microsomal membranes. J. Cell Bioi. 91. 557-561.
DIJ La SRP interactua con el receptor de la SRP
Articulos de revisi on
Doudna, J. A. and Batey, R. T. (2004). Structural insights
into the signal recognition particle. Annu. Rev.
Biochem. 73, 539-557 .
Keenan, R. J., Freymann, D. M., Stroud, R. M. , and Walter,
P. (200 1). The signal recognition particle. Anmt. Rev.
Biochem. 70, 755-775 .
Artic ulos de investigaci6n
Batey, R. T., Rambo, R. P., Lucast, L., Rha, B., and Doudna,
J. A. (2000). Crystal structure of the ribonucleoprotein
core of the signal recognition particle. Science 287,
1232-1239.
Halic, M., Becker, T., Pool. M. R., Spahn, C. M., Grassucci.
R. A., Frank, J., and Beckmann, R. (2004). Structure
of the signal recognition particle interacting with the
elongation-arrested ribosome. Nature 427, 808-814.
Keenan, R. J., Freymann, D. M., Walter, P., and Stroud, R.
M. ( 1998). Crystal structure of the signal sequence-
binding subunit of the signal recognition particle. Cell
94, 181-191.
Powers, T. and Walter, P. ( 1995 ). Reciprocal stimulation
of GTP hydrolysis by two directly interacting GTFases.
Science 269, 1422-1424.
252 CAPiTULO 10 Localizaci6n de las proteinas
Siegel. V. and Walter, P. ( 1988). Each of the activities of
SRP is contained within a distinct domain: analysis ry
biochemical mutants of SRP. Cell 52, 39-49.
Tajima, S., Lauffer, L.. Rath, V. L., and Walter. P. (1986).
The signal recognition particle receptor is a complex
that contains two distinct polypeptide chains. J. Cell
Bioi. 103, 1167-1178.
Walter, P. and Blobel. G. ( 1981 ). Translocation of protein
across the ER III SRP causes signal sequence and site
specific arrest of chain elongation that is released by
microsomal membranes. J. Cell Bioi. 91, 557-561.
Walter, P. and Blobel. G. (1982). Signal recognition parti e
contains a 7S RNA essential for protein translocation
across the ER. Nature 299, 691-698.
Zopf. D., Bernstein, H. D., Johnson, A. E., and Walter,
P. ( 1990). The methionine-rich domain of the 54
kd protein subunit of the signal recognition particle
contains an RNA binding site and can be crosslinked
to a signal sequence. EMBO J. 9, 4511-4517.
II!IB El trasloc6n forma un poro
Arti culos de investigaci6n
Crowley, K. S. ( 1994). Secretory proteins move through
the ER membrane via an aqueous, gated pore. Cel/71':
461-471.
Deshaies, R. J. and Schekman, R. ( 1987). A yeast mutant
defective at an early stage in import of secretory
protein precursors into the endoplasmic reticulum. J.
Cell Bioi. 105, 633- 645.
Esna ult, Y. , Blonde!. M. 0., Deshaies, R. J. , Scheckman, R
and Kepes, F. ( 1993). The yeast SSS 1 gene is essentia.:
for secretory protein translocation and encodes a
conserved protein of the endoplasmic reticulum.
EMBO J. 12, 4083-4093 .
Hanein , D., Matlack, K. E., Jungnickel. B., Plath, K., Kali e-<
K. U., Miller, K. R. , Rapoport, T. A., and Akey, C.
W . ( 1996). Oligomeric rings of the Sec6lp complex
induced by ligands required for protein translocation.
Cell87, 721-732.
Liao, S., Lin , J ., Do. H., and Johnson, A. E. (1997).
Both lumena l and cytosolic gating of the aqueous
ER translocon pore are regulated from inside the
ribosome during membrane protein integration. Cell
90, 31 - 41.
Moth es, W., Prehn, S., and Rapoport, T. A. ( 1994).
Systematic probing of th e environment of a
translocating secretory protein during translocation
through the ER membrane. EMBO J. 13, 3973-3982 .
Simon, S. M. and BlobeL G. ( 1991 ). A protein-conducting
channel in the endoplasmic reticulum. Cel/65,
371-380.
van den Berg, B., Clemons, W. M., Collinson, I.. Modis,
Y., Hartmann, E., Harriso n, S. C., and Rapoport, T.
A. (2004). X-ray structure of a protein-conducting
channel. Nature 427, 36-44.
11!111 La translocaci6n requiere de inserci6n en el
trasloc6n y (en ocasiones) de un trinquete en el ER
Artic ulos de revision
Rapoport, T. A .. JungnickeL B., and Kutay, U. ( 1996).
Protein transport across the eukaryotic endoplasmic
 reticulum and bacterial inner membranes. Annu. Rev.
Biochem. 65, 271- 303 .
l l er, P. and Lingappa, V. ( 1986). Mechanism of protein
translocation across the endoplasmic reticulum
membrane. Annu. Rev. Cell Bioi. 2, 499-516.
--:':ulos de i nvestigaci6n
:-.ich , D. and Rapoport, T. A. ( 1993). Protein
translocation into proteol iposomes reconstituted. from
purified components of the endoplasmic reticulum
membrane. Ce/1 75, 615-630.
':lack, I<. E., Misselwitz, B., Plath, K., and Rapoport,
T. A. (1999). BiP acts as a molecular ratchet during
posttranslational transport of prepro-alpha factor
across the ER membrane. Ce/197, 553-564.
La translocaci6n inversa env1a proteinas al citosol
para que sean degradadas
- -ulos de revision
nson, A. E. and Haigh, N. G. (2000). The ER translocon
and retrotranslocation: is the shift intO reverse manual
o r automatic? Cel/ 102, 709- 712.
B., Ye, Y., and Rapoport, T. A. (2002). Retro -
rran slocation of proteins from the endoplasmic
reticulum into the cytosol. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3,
246-255.
: los de in vestigaci6n
~ :-.B. N. and Ploegh, H. L. (2004). A membrane protein
required for dislocation of misfolded proteins from the
ER. Nature 429, 834- 840.
.nz, E. J. H. J. et al. (1996). Sec61 -mediated transfer of
a membrane protein from the endoplasmic reticulum
:o the proteasome for destruction. Nature 384,
-1 32-438.
nson, B. M., Tyson, J. R., Reid, P. J., and Stirling, C. J.
2000) . Distinct domains within yeast Sec61p involved
ill post-tra n slational translocation and protein
dislocation. 1. Bioi. Chem . 275, 521-529.
_.. Shibata, Y., Yun, C., Ron, D., and Rapoport, T. A.
2004). A membrane protein complex mediates retro-
:r anslocation from the ER lumen into the cyrosol.
ature 429, 841-847.
M. and Schekman, R. ( 1999). The engagement
f Sec61 p in the ER dislocation process. Mol. Cell 4,
-}25- 934.
;_Como se insertan las proteinas en las membranas?
: __os de revision
- -. R.S.andLingappa, V.R. (1997).Membrane
. rotein biogenesis: regulated complexity a t the
c:1doplasmic reticulum. Cel/91, 575- 582.
er, W. T. and Lodish, H. (1985). Multiple
, echanisms of protein insertion into and across
embranes. Science 230, 400-407.
: ~- s de investigaci6n
- :\ .C., and Simon, S. M. ( 1996) . Biogenesis of
lytopic membrane proteins: membrane segments
' semble within translocation channels prior to
-'embrane integration. Ce/18 5, 379-389.
Do, H., Falcone, D., Lin, J., Andrews, D. W., and Johnson,
A. E. (1996) . The cotranslational integration of
membrane proteins into the phospholipid bilayer is a
multistep process. Cel/85, 369-378.
Heinrich, S. U ., Mothes, W., Brunner, J., and Rapoport,
T. A . (2000). The Sec61p complex mediates the
integration of a membrane protein by allowing lipid
partitioning of the transmembrane domain. Cell 102,
233-244.
Hessa, T., Kim, H., Bihlmaier, K ., Lundin, C., Boeke!,
J., Andersson, H., Nilsson, I., White, S. H., and von
Heijne, G. (2005 ). Recognition of transmembrane
helices by the endoplasmic reticulum translocon.
Nature 433, 377- 381.
Kim, P. K., Janiak-Spens, F., Trimble, W. S., Leber, B.,
and Andrews, D. W. ( 1997). Evidence for multiple
mechanisms for membrane binding and integration
via carboxyl-terminal insertion sequences.
Biochemistry 36, 8873-8882.
Liao, S., Lin, J., Do, H., and Johnson, A. E. ( 1997).
Both lumenal and cytosolic gating of the aqueous
ER translocon pore are regulated from insid e the
ribosome during membrane protein integration. Cell
90, 31 - 41.
IVl.othes, W., Heinrich, S. U., Graf, R., Nilsson, I., von
Heijne, G., Brunner, J., and Rapoport, T. A. ( 1997).
Molecular mechanism of membrane protein
integration into the endoplasmic reticulum. Cell 89,
523-533.
van den Berg, B., Clemons, W. M., Collinson, L, Modis,
Y., Hartmann, E., Harris on, S. C., and Rapoport, T.
A. (2004) . X-ray structure of a protein-conducting
channel. Nature 427, 36-44.
La inserci6n en la membrana despues de la
traducci6n depende de las secuencias lider
Art1cu los de re isi6n
Baker, K P. and Schatz, G. ( 1991). Mitochondrial proteins
essential for viability mediate protein import into yeast
mitochondria. Nalllre 349, 205-208.
Schatz, G. and Dobberstein, B. ( 1996). Common principles
of protein translocation across membranes. Science
271, 1519-1526.
Articulo de investigaci6n
Eilers, M. and Schatz, G. ( 1986). Binding of a specific
ligand inhibits import of a purified precursor protein
into mitoch ondria. Narure 322, 228-232.
Una jerarquia de secuencias determina la
localizaci6n dentro de los organelos
Articulo de revisio n
Cline, K. and Henry, R. ( 1996). Import and routing of
nucleus-encoded chloroplast proteins. Annu. Rev. Cell
Dev. Bioi. 12, 1- 26.
Articulos de invest igc:ci6n
HartL F. U ., Ostermann, J., Guiard, B., and Neupert, W .
(1987). Successive translocation into and out of the
mitochondrial matrix: targeting of proteins to the
Referencias 2 53
 intermembrane space by a bipartite sig nal peptide.
Cell 51, 102 7- 1037.
van Loon, A. P. G. M. eta !. (1986). The presequences
of two imported mitochondria l proteins contain
information for intracellular and intramitochondrial
sorting. Cell44, 801 - 812.
IDE La membrana mitoco ndrial interna y Ia externa
tienen traslocones dis tintos
Art\culos de revisi on
Dalbey, R. E. and Kuhn, A. (2 000 ). Evolutionarily related
inse rtion pathways of bacteriaL mitochondriaL and
thylakoid membrane proteins. Annu. Rev. Cell Dev.
Bioi. 16, 51 - 87.
Neupert W. (1 997). Protein import into mitochondria.
Annu. Rev. Biochem . 66, 863-91 7.
Neupert, W. and Brunner, M . (2002). The protein imp ort
motor of mitochondria. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3,
555-565.
Arti culos de investiga ci6n
Le uenbe rge r, D., Bally, N. A., Sch atz, G. , a nd Koeh ler,
C. M. ( 1999). Different import pathwa ys th rough
the mitochondrial intermembrane space for inner
membrane proteins. EMBOJ. 18,4816-4822.
Ostermann, J., Horwich, A. L., Neupert, W., and HartL F.
U. ( 1989). Protein folding in mitochondria requires
complex formation with hsp60 and ATP hydroly sis.
Natu re 341, 125-1 30.
Los peroxisomas emplean otro tipo de sistema de
translocaci6n
Articulos de revi sion
Purdue, P. E. and Laza row, P. B. (200 1). Peroxisome
biogen esis. Annu. Rev. Cell Dev. Bioi. 17, 70 1-752.
Subramani, S., Koller, A .. and Snyde r, W. B. (2000).
Import of peroxisoma l matri x and membrane protein s.
Annu. Rev. Biochem . 69, 399-418 .
Artlculos de investigaci6n
Dodt G. and Gould, S. J. ( 1996). Multiple PEX genes
are required for proper subcellular distribu tion and
stability of Pex5p, the PTS 1 receptor: eviden ce that
PTS 1 protein import is mediated by a cycling receptor.
J. Cell Bioi. 135,1763-1774.
Elgersma, Y., Elgersma-Hooisma, M., WenzeL T.,
McCaffery, J. M., Farquhar, M. G., and Subramani,
S. ( 1998). A mobile PTS2 receptor for peroxisoma l
protein import in Pichia pastoris. J. Cell Bioi. 140,
807- 820.
Elgersma, Y., Yos, A., van den Berg, M., van Roermun d,
C. W., van der Sluijs, P., DisteL B. , and Tabak. H . F.
(1996). Analysis of the carboxyl-terminal peroxisomal
targeting signal 1 in a homologous context in
S. cerevisiae. J. Bioi. Chem. 271, 263 75-26382.
Gold fisc h er, S., Moore, C. L., Johnson, A. B., Spiro, A.
J., Va lsamis, M. P., Wisniewski, H. K., Ritch, R. H. ,
Norton, W. T., Rapin, I., and Gartner. L. M. ( 1973).
Peroxisomal and mitochondrial defects in the cerebro -
hepato -renal syndrome. Science 182, 62- 64.
254 CAPITULO 10 Locali zaci6 n de las prote\nas
Gould, S. J., Keller, G. A., Hosken, N. , Wilkinson, J., and
Subramani, S. ( 1989). A conserved tripeptide sorts
proteins to peroxisomes. J. Cell Bioi. 108, 1657- 1664.
Matsuzono, Y., Kinoshita, N., Tamura, S., Shirnozawa, N ..
Hamasa ki. M., Ghaedi, K., Wanders, R. J., Suzuki,
Y., Kondo, N., and Fujiki. Y. (1999). Human PEX19:
eDNA cloning by functional complementation,
mutation analysis in a patient with Zellweger
syndrome, and potential role in peroxisomal
membrane assembly . Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 96,
2116-2121.
South, S. T. and Gould, S. J . ( 1999) . Peroxisom e synthesio
in the abse nce of preexis ting peroxisomes. J. Cell Bioi.
144, 255-266.
Walton, P. A., Hill, P. E., and HilL S. ( 1995 ). Import of
stably folded proteins into peroxisomes. Mol. Bioi. Cel:
6, 675-683.
1111! El sistema Sec transporta prote\nas al interior de la
membrana interna y a traves de ella
o!\rticulos de revision
Lee, C. and Beckwith, J. ( 1986). Cotranslational and
posttranslational protein translocation in prokaryotic
sys tem s. Annu. Rev. Cell Bioi. 2, 315- 336.
Oliver, D. ( 1985} . Protein secre tion in E. coli. Annu. Rev.
lmmunol. 39, 6 15-648.
Articulos de in vestigaci6n
Beck, K., Wu, L. F., Bru1mer. J., and Muller, M . (2000).
Discrimination between SRP- and SecA/SecB-
dependent substrates involves selective recognition o:
nascent chains by SRP and trigger facto r. EMBO J. 19
134-143.
Brundage, L. et al. ( 1990). Th e purified E. coli integral
membrane protein SecY/E is sufficient for
reconstitution of SecA -dependent precursor protein
translocation. Cell 62, 649- 657.
Collier, D. N. et al. ( 1988). The antifo lding ac tivity of SecB
promotes th e export of the E. coli maltose-binding
protein. Cell 53, 273- 283.
Crooke, E. et al. ( 1988). ProOmpA is stabilized for
membrane translocation by eith e r purified E. coli
trigger factor or canine signal recognition particle. Ce/;
54, 1003-1011.
Valent Q. A., Scotti. P. A., High, S., von Heijne, G.,
Lentzen, G., Wintermeyer. W., Oudega, B., and
Luirink, J. (1998). The E. coli SRP and SecB targeting
pathways converge at the translocon. EMBO J. 17,
2504-2512.
Ya hr, T. L. and Wickner, W. T. (2000) . Evaluating the
o ligom e ric state of SecYEG in preprotein translocase.
EMBOJ. 19,4393-440 1.
Sistemas de tran slocaci6n independientes de Sec
en f. coli
Art\cu!os de revisi on
Dalbey, R. E. and Kuhn , A. (2000). Evolutionarily related
insertion pathways of bacteria l, mitochondrial. and
thylakoid membrane proteins. Annu. Rev. Cell Dev.
Bioi. 16, 51-87.
 ey, R. E. and Robinson, C. ( 1999) . Protein
ranslo cation into and across the bacterial plasma
membrane and the plant thylakoid membrane. Trends
Biochem . Sci. 24, 17- 22.
: c~lo s de investiga ci6n
- K., Wu, L. F., Brunner, J., and Muller, M. (2 000 ).
Discrimination between SRP a nd SecA/SecB -
dependent substrates in volves selective recognition of
nascent cha ins by SRP and trigger factor. EMBO J. 19,
134-143.
. elso n, J . C. , Chen, M., Ji an g, F., Moller, L
Wiedmann, M., Kuhn, A., Phillips, G. J., and Dalbey,
R. E. (2000). YidC mediates membrane protein
insertion in bacteria . Nature 40 6, 637-64 1.
Scotti, P. A., Urbanus, M. L Brunner, J., de Gier, J. W .,
vo n Heijne. G., van der Does, C., Driessen, A. J .,
Oudega, B., and Luirink, J. (2000 ). YidC, the E. coli
homo logue of mitochondrial Ox a 1 p, is a
compone nt o f the Sec translocase . EMBO J. 19,
542-549.
Soekarjo, M., Eisenhawer, M., Kuhn. A., a n d Voge l, H.
( 1996). Thermodynamics of the membrane insertion
process of the M13 procoat protein, a lipid bilayer
traversing protein containing a leader sequence .
Biochemistry 35, 1232-124 1.
Referencias 255
Transcripci6n
ESQUEMA DEL CA PITULO
Introduccion
liD La transcripcion ocurre por media de
apareamiento de bases en una "burbuja" de DNA
no apareado
La polimerasa de RNA separa las dos cadenas de DNA en
una "burbuja" transitoria y utiliza una cadena como molde
para dirigir la sintesis de una secuencia complementaria de
RNA.
La longitud de la burbuja es -12 a 14 bp y la longitud del
hibrido de RNA-DNA dentro de ella es de -8 a 9 bp.
La reaccion de la transcripcion consiste en tres
eta pas
La polimerasa de RNA inicia la transcripcion despues de
unirse a un sitio promotor en el DNA.
Durante la elongacion la burbuja de transcripcion se
des plaza a lo largo del DNA y la cadena de RNA se extiende
en direccion 5' -3'.
Cuando La transcripcion se detiene, el duplex de DNA se
vuelve a formar y la polimerasa de RNA se disocia en un
sitio determinacion.
liD La polimerasa de RNA del fago T7 es un sistema
de modelos util
Las polimerasas de RNA de los fagos T3 y T7 son
polipeptidos individuates con actividades minimas en el
reconocimiento de un pequeiio numero de promotores de
fagos.
Las estructuras cristalinas de la polimerasa de RNA T7 con
DNA identifican la region de union al DNA y el sitio activo.
La estructura cristalina sugiere un modelo de
desplazamiento enzimatico
El DNA se desplaza por un surco de La polimerasa de RNA de
las levaduras que forma una vuelta pronunciada en el sitio
activo.
Un puente proteinico cambia La conformacion para
controlar La entrada de los nucleotidos al sitio activo.
La polimerasa de RNA bacteriana esta formada por
multiples subunidades
Las polimerasas centrales de RNA bacterianas son
complejos de subunidades multiples de -500 kD con una
estructura general o:,~W
256
El DNA esta unido en un canal y entra en contacto con las
subunidades ~ y W-
liD La polimerasa de RNA esta formada por la enzima
central (o enzima medular) y por un factor 0
La polimerasa de RNA bacteriana puede dividirse en La
enzima central o:,~W. la cual cataliza la transcripcion, ye n
La subunidad cr, que es necesaria solo para la iniciacion.
El factor cr cambia las propiedades de union al DNA de la
polimerasa de RNA de tal manera que su afinidad por el
DNA general se reduce y su afinidad por los promotores
aumenta.
Las constantes de union de la polimerasa de RNA a
diferentes promotores varian en alrededor de seis ordenes
de magnitud, lo cual corresponde a la frecuencia con La
cualla transcripcion es iniciada en cada promotor.
liD La asociacion con el factor 0 cambia en la
iniciacion
Cuando la polimerasa de RNA se une a un promotor, separa
las cadenas de DNA para formar una burbuja de transcripcio ~
e incorpora hasta nueve nucleotidos en el RNA.
Puede haber un ciclo de iniciaciones abortivas antes de que
la enzima avance a la siguiente fase.
El factor cr puede ser liberado de la polimerasa de RNA
cuando La cadena naciente de RNA alcanza una longitud d~:
ocho a nueve bases.
111111 Una polimerasa de RNA varada puede reiniciar la
transcripcion
Una polimerasa de RNA varada puede reiniciar la
transcripcion al separar al transcrito de RNA para generar
un extremo 3' nuevo.
111!mJ ~Como encuentra una polimerasa de RNA las
secuencias promotoras?
La velocidad con la cualla polimerasa de RNA se une a
los promotores es demasiado alta para que la justifique la
difusion aleatoria.
Es probable que la polimerasa de RNA se una a sitios
aleatorios del DNA y los intercambie por otras secuencias
con bastante rapidez hasta que encuentra un promotor.
Dm El factor 0 controla la union al DNA
Un cambio en la asociacion entre el factor cry la
holoenzima modifica la afinidad de union por el DNA de t;
 manera que la enzima central puede desplazarse a lo
largo del DNA.
El reconocimiento del promotor depende
de las secuencias de consenso
Un promotor es definido por la presencia de secuencias
de consenso cortas en localizaciones especlficas.
Las secuencias de consenso promotoras estan formadas
por una purina en el punta de inicio, por el hexamero
TATAAT ce ntrado en -10, y por otro hexamero centrado
en -35.
Los promotores individuates suelen diferir del consenso
en una o mas posiciones.
La eficiencia de los promotores puede
aumentar o disminuir por media de
mutaciones
Las mutaciones lentificadoras que disminuyen la
eficiencia de un promotor a menudo reducen la
adaptaci6n a las secuencias de consenso, mientras que
las mutaciones aceleradoras tienen el efecto contrario.
Las mutaciones que se presentan en la secuencia -35
suelen afectar la union inicial de la polimerasa de
RNA.
Las mutaciones localizadas en la secuencia -10 a
menudo influyen en la reaccion de desnaturalizacion
que convierte un complejo cerrado en uno abierto.
La polimerasa de RNA se une a una cara del
DNA
Las secuencias de consenso localizadas en - 35 y -10
proporcionan La mayor parte de los puntas de contacto
para La polimerasa de RNA en el promotor.
Los puntas de contacto se encuentran en una de las
caras del DNA.
El superenrollamiento es una caracteristica
importante de la transcripci6n
El superenrollamiento negative incrementa la
eficiencia de algunos promotores al ayudar en la
reacci6n de desnaturalizaci6n.
La transcripci6n genera superenrollamientos positives
delante de la enzima y superenrollamientos negatives
detras de ella, y estos deben ser retirados por la girasa
y por La topoisomerasa.
La sustituci6n de los factores 0 puede
controlar la iniciaci6n
Escherichia.coli tiene numerosos factores a, cada uno
de los cuales provoca que la polimerasa de RNA inicie
en un conjunto de promotores definido par secuencias
espedficas -35 y -10.
a 70 se utiliza en la tra nscripcion general y los demas
factores a son activados por condiciones especiales.
Los facto res 0 contactan de manera directa
al DNA
a' 0 cambia su estructura para liberar a sus regiones de
union al DNA cuando se asocia a la enzima central.
a 70 se une a las secuencias -35 y - 10.
Los factores 0 pueden organizarse en cascadas
Una cascada de factores a se crea cuando un factor cr
es necesario para transcribir al gen que codifica al
siguiente factor cr.
Los genes tempranos del fago SP01 son transcritos por
una polimerasa de RNA hospedadora.
Uno de los genes tempranos codifica un factor cr que
hace que la polimerasa de RNA transcriba los genes
intermedios.
Dos de los genes intermedios codifican subunidades
de un factor cr que hace que La polimerasa de RNA
transcriba los genes tardios.
1-.J La esporulaci6n es controlada por factores 0
La esporulacion divide a una bacteria en una celula
madre que es desintegrada y una espora que es
liberada.
Cada compartimiento avanza a la siguiente etapa
de desarrollo al sintetizar a un factor cr nuevo que
des plaza al factor cr anterior.
La comunicaci6n entre los dos compartimientos
temporiza las sustituciones de los factores cr.
lltii) La polimerasa de RNA bacteriana termina
en sitios discretos
La terminacion puede requerir el reconocimiento de
La secuencia terminadora en el DNA y La formaci6n de
una estructura en fo rma de horquilla en el producto de
RNA.
1161 Hay dos ti pos de termi nadores en E. coli
Los terminadores intrinsecos estan formados por una
horquilla abundante en G-C localizada en el producto
de RNA seguida por una region rica en U en La cual
ocurre la terminacion.
II&J 2,C6mo funciona el factor p?
El factor pes una proteina terminadora que se une a
un sitio rut ubicado en un RNA naciente y viaja par el
RNA para liberarlo de La estructura del hibrido de
RNA-DNA en la polimerasa de RNA.
1111iJ La antiterminaci6n es un episodio regulador
La terminacion es inhibida cuando las proteinas
antiterminacion actuan sab re la polimerasa de RNA
para provocar que esta lea a traves de un terminado r
espedfico o de varies de ellos.
El fago A tiene dos proteinas antiterminaci6n, pN
y pQ, las cuales actuan en diferentes unidades de
transcripci6n.
De La antiterminaci6n requiere sitios que sean
independientes de los terminadores
El sitio en el cual una proteina antiterminaci6n
actua se encuentra en sentido ascendente al sitio de
terminacion en la unidad de transcripcion.
La localizaci6n del sitio antiterminador varia en casas
diferentes y puede ubicarse en el promotor o dentro de
La unidad de transcripci6n.
OR Los factores de terminaci6n y de
antiterminaci6n interactuan con la polimerasa
de RNA
Numerosas proteinas bacterianas son necesarias para
que la pN de A interactue con La polimerasa de RNA.
Estas protelnas tambien participan en la
antiterminaci6n en los operones rrn de La bacteria
hospedadora.
El antiterminador pQ de A tiene un mecanisme de
acci6n diferente que comprende la union al DNA en el
promotor.
IDflil Resumen
11 Transcripci6n 257

Cadena codificadora
Cadena molde
La secuencia de RNA es
TRANSCRIPCION complementaria a Ia cadena
molde e identica a Ia cadena
codificadora
Transcrito de RNA
11 La funci6n de la polimerasa de RNA es copiar a RNA una cadena del DNA duplex.
~ronrotor
-35-10-1 +1 +10
Proximal Distal
..,.._
Sentido Sentido
ascendente descendente
Una unidad de transcripci6n es una secuencia de
DNA transcrita a una cadena individua l de RNA, que comienza
en el promotor y finaliza en el terminador.
Dll Introducci6n
La transcripci6n comprende Ia sintesis de una cadena
de RNA que representa a una cadena del DNA du-
plex. Cuando se dice "que representa", lo que se quie-
re decir es que el RNA time una secuencia identica a una
de las cadenas del DNA, Ia cual se denomina cadena
codificadora. Es complementaria a la otra cadena, Ia
cual es la cadena molde para su sintesis. La
recapitula Ia relaci6n entre el DNA de doble Ca-
dena y su transcrito de RNA de cadena individual.
La sfntesis de RNA es catalizada por la enzima
polimerasa de RNA. La transcripci6n comienza
cuando la polimerasa de RNA se une a una region
especial, el promotor, que se encuentra en el inicio
del gen. El promotor rodea al primer par de bases que
se transcribe en RNA, el punto de inicio. A partir
de este punto, Ia polimerasa de RNA se desplaza a lo
largo del molde, sintetizando RJ."l"A, hasta que alcanza
a una secuencia terminadora (t). Esta acci6n define
a una unidad de transcripci6n que se extiende
desde el promotor hasta el terminador. La caracterfs-
258 CAPITULO 11 Transcripci6n
.
. .. . .
tica determinante de la unidad de transcripci6n, qu
se describe en Ia , es que constituye u:-.
fragmento de DNA expresado por media de La producci
de una sola molecula de RNA. Una unidad de transcrip-
ci6n puede incluir a mas de un gen.
Las secuencias que se encuentran antes del pur:-
to de inicio se describen en flujo ascendente a e:
aquellas que se encuentran despues del punto de iJi.
cio (dentro de Ia secuencia transcrita) se encuentra:
en flujo descendente a el. Convencionalmente, lc...
secuencias se escriben de tal manera que Ia transcrir -
cion proceda de izquierda (en flujo ascendente ~
derecha (en flujo descendente). Esto corresponde a :.::.
escritura del RJ."l"A.m en la direcci6n habitual 5'~3
La secuencia de DNA a menudo se escribe pa:-~
mostrar solo a Ia cadena codificadora, la cual tie -
la misma secuencia que el RNA. Las posiciones u-
las bases se numeran en ambas direcciones lejos ci .
punto de inicio, al cual se le asigna el valor+ l; lc
numeros se incrementan a medida que avanzan e-
flujo descendente. A Ia base anterior a! punto de i __
cio se le asigna el numero -l, y los numeros neg=.
tivos se incrementan en flujo ascendente. (No h.;
ninguna base ala que se le asigne el numero 0.
Al producto inmediato de Ia transcripcion se >
denomina transcrito primario. Consiste en R .-
que se extiende desde el promotor hasta el tern -
nador y posee los extremos originales 5' y 3'. s:.
embargo, el transcrito prima rio casi siempre es ine.
table. En las procariotas, se degrada con rapidez ~
RNAm) o se divide para formar productos madur .
(RNAr y RNAt). En las eucariotas, es modificado c.;:
los extremos (RNAm) o dividido para formar pr .-
ductos maduros (todos los RNA).
La transcripci6n es la primera etapa de la e
presion genica y el paso principal en el cual es c '
trolada. Las proteinas reguladoras determinan
un gen particular esta disponible para ser transcf
por la polimerasa de RNA. El paso inicial (y c
frecuencia el unico) en la regulaci6n es la decis -
de transcribir o no a un gen. La mayorfa de los e
sodios reguladores ocurren en Ia iniciacion de
 =-;.cripcion, aunque en ocasiones son reguladas
_- as subsiguientes de la transcripcion (u otras eta-
e la expresion genica) .
.=n este contexto, surgen dos interrogantes ba- 3' ..a.,;;a..&,.:L;J,.:II.:I~I.:&.~~..;&.ill..ilol~ll.il..&.
_:: on respecto a la expresion genica:
e,Como encuentra la polimerasa de RNA a El DNA es desnaturalizado ~
los promotores en el DNA? Este es un ejem-
plo particular de una pregunta mas general:
e,Como distinguen las proteinas a sus sitios
de union especfficos entre otras secuencias
en el DNA?
e,Como interactuan las proteinas regulado-
ras con Ia polimerasa de RNA (y entre sf) La sfntesis de RNA I Cadena codificadora
inicia en Ia burbuja t
para activar o reprimir pasos especfficos en
Ia iniciacion, en la elongacion o en la tenni-
nacion de la transcripcion?
:::n este capitulo se analizan las interacciones de
. limerasa de RNA bacteriana con el DNA des-
. ..1 contacto inicial con un gen, a traves del
e la transcripcion, basta que es liberada cuan- La cadena de RNA ~ Cadena malde
=- -ranscrito se ba completado. El Capitulo 12, El se extiende
=- -n, describe los diversos medias par los cuales
::-::-oteinas reguladoras pueden facilitar o impedir
: :a polimerasa de RNA bacteriana reconozca un
- ;Jarticular para transcribirlo. En el Capitulo 13,
:= -A regulador, se abordan otros mecanismos
~=gulacion, como el usa de moleculas pequenas
Las cadenas de DNA se separan para formar una
?_ -A, y se analiza la manera como estas interac- burbuja de transcripci6n . El RNA es sintetizado par apareamien-
- ~s pueden ser conectadas en redes reguladoras to camplementaria de bases con una de las cadenas de DNA .
. grandes. En el Capitulo 14, Estrategias de los
o se estudia como las interacciones reguladoras
transcripcion", en Ia cual las cadenas individuales
_: :iduales pueden ser conectadas en redes
del DNA son separadas de manera transitoria y Ia
. - omplejas . En el Capitulo 24, Promotores y
cadena molde se utiliza para dirigir Ia sintesis de
.:':1ciadores, yen el Capitulo 25, Activacion de la
Ia cadena de RNA.
- -cripci6n, se abordan las reacciones analogas en-
La cadena de RNA se sintetiza del extrema 5'
~ polimerasas de RNA eucari6ticas y sus moldes.
bacia el extrema 3'. El grupo 3'- OH del ultimo
nucleotide agregado a la cadena reacciona con
un nucleoside entrante 5' trifosfatado. El nucleoside
La transcripci6n ocurre entrante pierde dos de sus grupos fosfato terminales
por media de apareamiento de (-y y ~); su grupo a se utiliza en el enlace fosfodiester
uniendolo ala caden a. La velocidad total de Ia reac-
bases en una "burbuja" cion es - 40 nucle6tidos/s a 37C (para la polimerasa
de DNA no apareado de RNA bacteriana); y es casi igual a Ia tasa de tra-
::.:rceptos principales duccion ( 15 aminoacidos/s), pero es mucbo mas len-
ta que la tasa de replicacion del DNA (800 bp/s) .
_a polimerasa de RNA aparta las dos cadenas de DNA
La polimerasa de RNA crea Ia burbuja de trans-
:1 una "burbuja" transitaria y uti liza una cadena
: )mo malde para dirigir la s\ntesis de una secuencia cripcion cuando se une a u n promotor. La
:)mplementaria de RNA. muestra que a medida que Ia polimerasa de RNA se
desplaza a lo largo del DNA, la burbuja se mueve
2 langitud de la burbuja es -12 a 14 bp y la langitud
con ella y la cadena de RNA crece. El proceso de
::l h\brida de RNA-DNA dentro de ella es de -8 a 9 bp.
apareamiento de bases y adicion de bases dentro de la
burbuja es catalizado y escudrifiado par Ia enzirna.
-anscripcion ocurre por media del apareamien- La estructura de la burbuja dentro de Ia po-
:" bases complementarias. En la se limerasa de RNA se muestra en Ia imagen ampli-
-:::-a el principia general de transcripci6n. La ficada de Ia . Conforme la polimerasa
:=sis de RNA sucede dentro de una "burbuja de de RNA se desplaza a lo largo del molde de DNA.

11.2 La transcripci6n ocurre par medio de apareamiento de bases en una "burbuja" de DNA no apareado 259

La transcripci6n tiene Lugar en una burbuja, en
la cual se sintetiza RNA por media de apareamiento de bases
con una cadena de DNA en la region desenrollada de mane ra
transitoria. Conforme progresa la burbuja, el DNA duplex se
reconstituye detras de ella, desplazando al RNA en forma de
una cadena polinucleotidica individual.
Punta de enrollamiento
Sitio de union at RNA
t Durante la transcripci6n, la burbuja se mantiene
dentro de la polimerasa de RNA bacteriana, la cual desenrolla
y enrolla aL DNA y sintetiza RNA.
desenrolla al DNA duplex frent e ala burbuja (en el
punta de desenrollamiento) y enrolla al DNA por
detras (en el punta de rebobinado) . La longitud de
la burbuja de transcripcion es de -12 a 14 bp, pero
Ia longitud de la region del hfbrido de RNA-DNA
dentro de ella es mas corta.
Hay un cambia importante en la topologfa del
DNA que se extiende cerca de una vuelta, pero no
es evidente que porcion de esta region esta de hecho
pareada con el RNA en un momenta dado. Sin duda
el hfbrido de RNA-DNA es cono yes transitorio.
Conforme se desplaza Ia enzima, se reconstituye el
DNA duplex y el RNA es desplazado como una ca-
dena polinucleotidica libre. Aproximadamente los
260 CAPITULO 11 Transcripci6n
ultimos 25 ribonucleotidos agregados a una cader.:.
creciente se encu entran formando un complejo c o~
el DNA o con la enzima en un momenta dado.
1111 La reacci6n de la transcripci6r
con siste en tres etapas
Conceptos principales
La polimerasa de RNA inicia la transcripci6n despues dE
unirse a un sitio promotor en el DNA.
Durante La elongaci6n la burbuja de transcripci6n se
despLaza a lo largo del DNA y la cadena de RNA se
extiende en direcci6n 5'-3'.
Cuando La transcripci6n se detiene, el duplex de DNA
se vuelve a formar y la poLimerasa de RNA se disocia e ~
un sitio de terminaci6n .
La reaccion de la transcripcion puede dividirse -
las etapas que se ilustran en Ia , en lc..
cuale s se crea una burbuja, comienza Ia sfntesis c.:
RNA, la burbuja se desplaza a lo largo del DNA
por ultimo Ia burbuja es terminada:
El reconocimiento del molde comienza con '.:.
union de Ia polimerasa de RNA a un pn.
motor localizado en el DNA de doble c.:-
dena para formar un "complejo cerrado
Despues las cadenas de DNA se separa-
para formar el "complejo abierto" que de:
la cadena molde disponible para realizar ~
apareamiento de bases con los ribonucle 6c -
dos. La burbuja de transcripci6n se crea pc
un desenrollamiento local que comienza e:-
el sitio en el que se une la polimerasa G~
RNA.
La iniciaci6n describe la sintesis de los pr' -
meros enlaces de nucle6tidos en el RNA. L
enzima permanece en el promotor mier. .
tras sintetiza los primeros nueve enlac
de nucle6tidos, aproximadamente. La fa~
de iniciacion se prolonga por los episodi
abortivos que tienen Iugar, en los cuales -'
enzima forma transcritos cortos, los libe:-
y despues reinicia la sintesis de RNA . L-
fase de iniciaci6n termina cuando la enzin- -
logra extender la cadena y Iibera a! pr -
motor. La secuencia de DNA necesaria pa ~
que la polimerasa de RNA se una al molde
!ogre Ia reacci6n de iniciaci6n se denomina pr:-
motor. Es probable que Ia iniciacion ab o~
tiva comprenda Ia sintesis de una cadeL
de RNA que abarque la totalidad del sir:
activo. Si se Iibera al RNA, la iniciacion e-
cancelada y debe iniciar de nuevo . La ir: -
ciacion se logra siempre y cuando la enzi ~
se desplace a lo largo del molde para lle,c
 Ia siguiente region del DNA al interior del
sitio activo.
Recon ocimiento del molde:
Durante Ia elongaci6n Ia enzima se despla- La polimerasa de RNA se une al DNA duplex
za a lo largo del DNA y extiende Ia cadena
creciente de RNA. A medida que Ia enzima
se desplaza, desenrolla Ia helice de DNA para
exponer un segmento nuevo del molde en
una condicion de helice individual. Los nu-
cleotidos son agregados de forma covalente
a! extrema 3' de Ia cadena creciente de RNA
lo que forma un hfbrido de RNA-DNA en Ia
region desenrollada. Atras de Ia region des-
enrollada, la cadena de DNA que funciona
como molde se aparea con su pareja origi-
nal para volver a formar Ia doble helice. El
RNA emerge como una cadena individual
libre. La elongaci6n comprerzde el movimiento de Elongaci6n: Ia polimerasa sintetiza RNA
la burbuja de transcripci6n por una interrupci6n
de la estructura del DNA, en la cual la cadena
molde de la region desenrollada de manera tran-
sitoria se aparea con el RNA naciente en el punta
de crecimiento.
La terminaci6n implica el reconocimien-
to del punto en el cual no deben agregar-
se mas bases a Ia cadena. Para terminar Ia
transcripcion, Ia formacion de enlaces fos-
fodiester debe cesar y el complejo de trans-
cripcion debe separarse. Cuando se agrega Ia
ultima base a Ia cadena de RNA Ia burbuja
de transcripcion se colapsa a medida que el
La transcripcion sucede en cuatro etapas: la
hfbrido de RNA-DNA se disocia, el DNA ad-
enzima se une al promotor y desnaturaliza al DNA, permanece
quiere de nuevo su estado duplex y Ia en- estacionaria durante la iniciacion, se desplaza a lo largo del
zima y el RNA son liberados. La secuencia de molde durante la elongacion y se disocia en la terminacion.
DNA necesaria para estas reacciones se denomina
terminador.
La elongacion tradicionalmente se aprecia como
__ proceso monotono, en el cualla enzima se des-
lilt La polimerasa de RNA del fago
.=..za bacia adelante un par de bases a lo largo del T7 es un sistema de modelos Cttil
-:- ~A. por cada nucleotido agregado a Ia cadena de Conceptos pri ncipales
. -..-\. En ciertas circunstancias ocurren cambios en
:e patron, sobre todo cuando Ia polimerasa de Las polimerasas de RNA de los fagos T3 y T7 son
polipeptidos individuates con actividades minimas en el
- -_-\ hace una pausa. Un tipo de patron consiste en
reconocimiento de un pequeiio numero de promotores
_e el "extrema frontal" de Ia enzima permanezca de fagos.
~3 cionario mientras el "extrema posterior" con-
Las estructuras cristalinas de la polimerasa de RNA T7
-:ll e moviendose, comprimiendo asf Ia impresion
con DNA identifican la region de union al DNA y el
= Ia huella en el DNA. Despues del movimiento sitio activo .
.a largo de numerosos pares de bases, el "extre -
frontal" es liberado, con lo que se restaura una
.. resion de huella de longitud total. Esto da pie La existencia de polimerasas de RNA muy peque-
:-:nodelo de transcripcion de Ia "oruga geometra" iias, que constan de cadenas polipept:idicas indivi-
geometrino"), en el cual Ia enzima avanza de duates codificadas por ciertos fagos, ofrece una idea
=~ era interrumpida, comprimiendo y liberando del mecanismo "mfnimo" necesario para Ia trans-
: manera alternada Ia impresion de huella del cripcion. Estas polimerasas de RNA reconocen solo
-..-\. Sin embargo, puede ser que estos episodios unos cuantos promotores en el DNA de los fagos,
:scriban una situacion aberrante en vez de Ia trans- y no tienen la capacidad de cambiar el conjunto de
::oon normal. promotores a los cuales responden. Proporcionan

11.4 La polimerasa de RNA del fago T7 es un sistema de modelos util 261


La lamina de
especificidad
~ se une en un
surco amplio
Movimiento de Ia enzima-----..
La polimerasa de RNA T7 tiene un lazo de es-
pecificidad que se une a las posiciones del promotor que se
encuentran entre -7 y -11, mientras las posiciones -1 a -4
entran al sitio activo.
Las subunidades ~ (en color azuloso) y W(en
color rosa) de la polimerasa de RNA tienen un canal para el
molde de DNA. La s\ntesis de un transcrito de RNA (en color
cobre) acaba de iniciar; la cadena molde (en color rojo) y la
cadena codificadora (en color amarillo) de DNA son separadas
en una burbuja de transcripci6n. Fotografia cortes\a de Seth
Darst, Rockefeller University.
sistemas de modelos simples para caracterizar Ia
union de Ia polimerasa de RNA al DNA y Ia reac-
cion de iniciacion.
Las polimerasas de RNA codificadas por los fa-
gos relacionados T3 y T7 son cadenas polipeptfdicas
individuales de <100 kD cada una . Sintetizan RNA a
una velocidad de -200 nucle6tidos/s a 37C, mayor
que Ia de Ia polimerasa de RNA bacteriana.
La polimerasa de RNA del fago T7 es hom6loga a
las polimerasas de DNA y tiene una estructura simi-
lar, en Ia cual el DNA yace en una "palma" rodeada
de "dedos" y de un "pulgar" (vease Ia Figura 18.7).
Ahora se tiene una vista directa del sitio activo a
partir de Ia estructura cristalina de una polimerasa
de RNA del fago T7 realizando Ia transcripci6n.
262 CAPITULO 11 Transcripci6n
La polimerasa de RNA T7 reconoce su secuenc:..:.
diana en el DNA uniendose a bases en el surco ma-
yor en una posicion que se ubica en flujo ascendeJ: -
te desde el punto de inicio, como se muestra en : ~
F I 1. La enzima utiliza un lazo de especificida:
que se forma por un Iiston ~ Esta caracterfstica c-
unica de Ia polimerasa de RNA (no se observa er
las polimerasas de DNA). La cazacn:r:tstiEa ..C:.9m li ~
de todas las polimerasas de RN./<\ es que Ia enzirr:. =.
reconoce bases especificas del DNA en el flujo as -
cendente de Ia secuencia que es transcrita .
Cuando comienza Ia transcripci6n, la confo ~
maci6n de la enzima permanece esencialmem:-
igual mientras se agregan numerosos nucleotidos :
Ia cadena molde transcrita es "triturada" en el si ti .
activo. El sitio activo puede contener un transcrit.
de seis a nueve nucleotidos. La transicion de lain:-
ciacion a Ia elongacion se define como el punto e ~
el cualla enzima comienza a desplazarse a lo larg
del DNA. Esto ocurre cuando el transcrito naciem=
rebasa el sitio activo e interactua con ellazo de esp e-
cificidad. El RNA emerge ala superficie de la enzin:c
cuando se han sintetizado de 12 a 14 nucleotidoo
Estas caracterfsticas son similares a aquellas exhib'-
das por Ia polimerasa de RNA bacteriana.
1111 La estructura cristalina sugiere
un modelo de desplazamiento
enzimatico
Conceptos principales
El DNA se desplaza por un surco de la polimerasa de
RNA de las levaduras que forma una vuelta pronunciada
en el sitio activo.
Un puente prote\nico cambia la conformaci6n para
controlar la entrada de los nucle6tidos al sitio activo.
Ahora se tiene bastante informacion sobre la estruc-
tura y la funci6n de la polimerasa de RNA, como E.
resultado de las estructuras cristalinas de las enzima..:
de las bacterias y de las levaduras. Las dimensione ,
totale s de Ia polimerasa de RNA bacteriana son -9(
x 95 x 160 A; Ia polimerasa de Rl'\l'A eucariotica e;
mas grande pero menos alargada . El analisis estruc-
tural muestra que comparten un tipo de estructurc
comun, en el cual hay un "canal" o surco en Ia su-
perficie de -25 A de ancho que podrfa ser Ia ruta de .
DNA. En la 1 tJ se muestra un ejemplo d<'
este canal en Ia polimerasa de RNA bacteriana. L:.
longitud del surco podrfa contener 16 bp en la en-
zima bacteriana y -2 5 bp en Ia enzima eucariotica
pero esto representa solo una parte de Ia longitud.
total del DNA unido durante la transcripci6n. Lc.
superficie de Ia enzima tiene cargas negativas en se
 r parte, pero el surco esta revestido con cargas
j vas, lo que le permite interactuar con los gru-
Mg++
: sfato del DNA cargados negativamente.
-- 9 Mandlbula
~a enzima de las levaduras es una estructura
::::1.sa con 12 su bunidades (vease la seccion 24.2, 2 /
olimerasas de RNA eucarioticas estan formadas
~ !lllmerosas subunidades). Se han localizado l 0
: ..: nidades de Ia polimerasa de RNA II de las le- 11
Sitio activo
__..
_J ras en la estructura cristalina, como se muestra Movimiento

.a FlliL . El sitio catalftico se forma por una

--:: idura entre las dos subunidades grandes (#1 8
=- ), la cual sujeta a! DNA en flujo descendente
=un par de "mandfbulas " a medida que entra A partir de la estructura cristalina de la poli-
.=. polimerasa de RNA. Las subunidades cuatro y merasa de RNA se ubican 10 subunidades. Los colores de las
: :e estan ausentes en esta estructura; forman un subunidades son los mismos que los de las estructuras crista-
__ omplejo que se disocia de la enzima completa. linas de las figuras siguientes.
~ lo general, la estructura es similar a la de la
:imerasa de RNA bacteriana. Esto puede obser-
: :se con mayor claridad en Ia estructura cristalina
::. Ia m, . La polimerasa de RNA rodea al
- :A, como se observa en la . En el si-
activo se encuentra union catalftico de Mg 2+. El
_ ~A es pinzado en posicion en el sitio activo por las
_) unidades 1, 2 y 6. La muestra que
- JNA es forzado a dar una vuelta en !a entrada al
~:o debido a Ia presencia de una pared adyacente
:: protefna. La longitud del hfbrido de RNA esta
_ rada por otra obstruccion proteinica, denomina-
' timon (o guia). Es probable que los nucleotidos
: __rren al sitio activo desde abajo, por los poros que
-:raviesan Ia estructura. La vista desde arriba de la estructura cristalina
La imagen ampliada del sitio activo en Ia de la polimerasa II de RNA de las levaduras muestra que el DNA
3 muestra que Ia burbuja de transcripcion inclu- es sujetado en sentido descendente por un par de mand\bulas
:: nueve pares de bases del hfbrido de RNA-DNA . y es pinzado en la posicion adecuada en el sitio activo, el cual
contiene un ion de Mg .... Fotograna cortes\a de Roger Kornberg,
::.:1 donde el DNA da la vuelta, las bases que seen- Stanford University School of Medicine.
:- entran en flujo descendente giran hacia afu era de
:. helice de DNA. A medida que la enzima se despla-
::.:~ a lo largo del DNA, la base que se encuentra en Ia
::Jdena molde a] inicio de la vuelta sera. girada para
, e apunte al sitio de entrada de los nucleotidos.
::! extrema 5' del RNA es forzado a abandonar a!
J NA cuando choca con el timon de protefna (vease
..= Figura 11.12).
Una vez que el DNA ha sido desnaturalizado,
.dS. cadenas individuales adquieren una estructura
- exible en la burbuja de transcripcion. Esto permite
:J DNA dar Ia vuelta en el sitio activo. No obstante,
.illtes de que comience Ia transcripcion, el DNA de
:loble cadena es una estructura recta rel_c: itivamente
i gida . (.Como entra esta estructura a Ia ~etasa
;in ser bloqueada por la pared? La respuesta es que
j ebe ocurrir un gran cambia de conformacion en
La vista desde el extrema de la estructura cris-
:a enzima . Adyacente a la pared hay una pinza. talina de la polimerasa II de RNA de las levaduras muestra que
:::n la forma libre de la polimerasa de Rl\l"A, esta pinza el DNA es rodeado por prote\na en un area de -270 . Fotogra-
i e balancea para alejarse de Ia pared y permitir que na cortes\a de Roger Kornberg, Stanford University School of
::1 DNA siga una ruta directa a traves de Ia enzima. Medicine.

115 La estructura cristalina sugiere un modelo de desplazamiento enzimatico 263

 Movimiento
de Ia enzima
I
El DNA
entra
I
a las
Nucle6tidos
El DNA es forzado a dar una vuelta en el sitio
activo por una pared de proteina. Los nucle6tidos pueden entrar
aL sitio activo a traves de un poro LocaLizado en La proteina.
La vista ampLificada del sitio activo muestra la
vueLta pronunciada que se encuentra en el camino del DNA.
Despues de que el DNA ha sido desnaturalizado para
crear la burbuja de transcripci6n, Ia pinza debe ba-
lancearse y regresar a su posicion contra Ia pared.
Uno de los dilemas de cualquier polimerasa de
acido nucleico es que la enzima debe formar con-
tactos estrechos con el sustrato de acido nucleico y
con el producto, pero debe romper estos contactos
y rehacerlos en cada ciclo de adici6n de nucle6tidos.
Considerese la situacion que se ilustra en Ia
. Una polimerasa hace una serie de contactos
especfficos con las bases, en posiciones particulares.
Por ejemplo, el contacto "l" se hace con la base que
se encuentra en el extrema de la cadena creciente y
el contacto "2" se hace con la base que se encuen-
tra en Ia cadena molde que es complementaria a
la siguiente base que sera agregada. Observese, sin
embargo, que las bases que ocupan estas ubicacio-
nes en las cadenas de acido nucleico cambian cada
vez que se agrega un nucle6tido.
264 CAPiTULO 11 Transcripci6n
Se agrega una base nueva Y.~ rom pen los enlaces
EL movimiento de una polimerasa de acido _-
cleico requiere eL rompimiento y La reconstituci6n de enLac::.
de acidos nucleicos en posiciones fijas en reLaci6n con La c.::-
tructura de La enzima. Los nucle6tidos que se encuentran ~
estas posiciones cambian cada vez que la enzima se mueve u -~
base a lo largo del molde.
Los segmentos superior e inferior de la figu ~
muestran la misma situaci6n: una base esta por F.
agregada a Ia cadena creciente. La diferencia es qt.; :
esta cadena crecio una base en el segmento infe-
rior de Ia figura. La geometrfa de ambos complejc
es exactamente Ia misma, pero los contactos "l ,.
"2" en el segmento inferior se hacen con bases e
las cadenas de acido nucleico que se localizan ur:
posicion mas lejos a lo largo de la cadena. El seE-
menta del centro muestra que esto debe significc.;
que, despues de que la base es agregada (y antes
que Ia enzima se mueva en relaci6n con el ack
nucleico), los contactos establecidos con posicione-.
especfficas deben romperse para que puedan rehc.-
cerse con las bases que ocupan dichas posicione-
despues del desplazamiento.
La estructura de la polimerasa de RNA sugie-
re una idea de como Ia enzima mantiene contaa
con su sustrato mientras rompe y restaura enlac ::
Una estructura ubicada en Ia protefna denominad.:.
puente es adyacente a! sitio activo (vease Ia Figu r.:.
11 .12) . Est a caracterfstica se observa en las enzimai
de las bacterias y de las levaduras, pero tiene forme.
difere ntes en las estructuras cristalinas distintas. E:-:
 =. esta doblada y en la otra es recta. La
sugiere que el cambio de conformaci6n de la
-uctura del puente se relaciona de manera cerca-
:on la translocaci6n de la enzima a lo largo del
_ nucleico.
A.l inicio del ciclo de translocaci6n, el puente
=- e una conformaci6n vertical y se encuentra ad-
:~nte al sitio de entrada de los nucle6tidos. Esto
--::lite que el siguiente nucle6tido se una en el si- Silo de entrada
de los nucle6tidos
:!.e entrada de los nucle6tidos. El puente esta en
- :acto con el nucle6tido que acaba de agregarse.
ues la protefna se desplaza un par de bases a lo
~ del sustrato. El puente cambia su conformaci6n
~ obla para mantener contacto con el nucle6tido
=~n agregado. En esta conformaci6n, el puente
~ ea el sitio de entrada de los nucle6tidos. Para
- ~ ::zar el ciclo, el puente regresa a su conformaci6n
~..:.cal con lo que permite de nuevo el acceso al sitio
- ~:1.trada de los nucle6tidos. El puente actua como
:rinquete que libera a las cadenas de DNA y de
_..,_ para la translocaci6n al tiempo que se sujeta al
= ~ mode la cadena creciente.

La polimerasa de RNA
bacteriana esta formada
por mu ltiples subunidades
::_.-.cep:os principales
.a.s polimerasas centrales de RNA bacterianas son
:Jmplejos de subunidades multiples de -500 kD con
_ a estructura general a.2 PP'.
:. DNA esta unido en un canal y entra en contacto con
.=s subunidades Py P'-
-:- limerasas de RNA mejor caracterizadas son las
~; eubacterias, de las cuales Escherichia coli es un
:lpico. Un solo tipo de polimerasa de RNA parece
~- arse de casi toda !a sfntesis de RNAm y de toda !a
.:cion de RNAr y de RNAt, en una eubacteria. Hay
=..:edor de 7 000 moleculas de polimerasa de RNA
__::a celula de E. coli. Muchas de ellas intervienen
~ :ranscripci6n; es probable que de 2 000 a 5 000
as esten sintetizando RNA en un momento
pero el numero depende de las condiciones
:-...:..:rivo.
_,:: enzima completa o la holoenzima en
~ :. li tiene un peso molecular de - 46 5 kD. Las
_;-~i dades que la componen se describen en la
_:_as subunidades ~ y Wjuntas forman el centro
:ico. Sus secuencias estan relacionadas con
:...las de las subunidades mas grandes de las poli-
. ~-;a s de RNA eucari6ticas (vease la secci6n 24.2,
J merasas de RNA eucari6ticas estan formadas
:::'Jmerosas subunidades), lo cual sugiere que
El ciclo de elongaci6n de la polimerasa de RNA
comienza con un puente recto adyacente al sitio de entrada
de los nucle6tidos. Despues de la adici6n de los nucle6tidos,
la enzima se desplaza un par de bases y el puente se dobla al
tiempo que mantiene contacto con el nucleotide que acaba de
agregarse. Cuando el puente es liberado, el ciclo puede comen-
zar de nuevo.
hay caracterfsticas comunes en las acciones de to-
das las polimerasas de RNA. La subunidad ~ puede
entrecruzarse con el molde de DNA, con el producto
de RNA y con los ribonucle6tidos de los sustratos;
las mutaciones en rpoB afectan a todas las etapas de
la transcripci6n. Las mutaciones en rpoC muestran
que la subunidad Wtambien esta implicada en todas
las etapas.
La subunidad a es necesaria para el ensamblaje
de la enzima centraL Cuando el fago T4 infecta a E.
coli, la subunidad a es modificada por !a transferen-
cia cl'fllna molecula ADP-ribosa a un residuo dear-
ginina (lo\ que se conoce como ADP-ribosilaci6n de
la arginipkt). La modificaci6n se relaciona con una
meno~Eifinidad por los promotores que antes reco-
nocia la holoenzima, lo cual sugiere que la subuni-
dad a tiene cierta funci6n en el reconocimiento del
promotor. La subunidad a tambien participa en !a
in teracci6n de la polimerasa de RNA con algunos
otros factores reguladores.

11.6 La polimerasa de RNA bacteriana esta formada por multiples subunidades 265
 experimentos de entrecruzamiento identifican l
puntas en los cuales las subunidades de Ia polimera-
Gen Producto Funciones sa de RNA entran en contacto con el DNA. Estas :;.
rpoA 2 subunidades ensamble enzimatico,
resumen en Ia . Las subunidades ~ y ~
a (40 kD reconocimiento del entran en contacto con el DNA en numerosos pu:-:-
cada una) promotor y union a
tos localizados en sentido descendente con respec

t" '" " "';"

algunos activadores
rpoB Subunidad ~
(155 kD)
a! sitio activo. Forman numerosos contactos con _
cadena codificadora en la region de la burbuja .
transcripcion, lo qu e estabiliza las cadenas indi,--
rpoC Subunidad W duales independientes. El RNA es contactado sob,
(160 kD)
todo en Ia region de la burbuja de transcripcion.
rpoD Subunidad a El medicamento rifampicina -(un miembro de
(32-90 kD) familia de las rifamicinas) b)-{g_uea Ia transcripcic-
mediada por Ia polimerasa de RNA bacteriana. : :_
Enzima de
un medicamento important ara el tratamiento - -
E. coli = 465 kD la tuberculosis . La estructura cristallna de Ia po
me rasa de RNA unida a Ia rifampicina explica o _
acci6n: se une a una hendidura de la silbunidad ~
Las polimerasas de RNA de las eubacterias tie- a > 12 A de distancia del sitio activo, pero en uc.:
nen cuatro tipos de subunidades; a, ~ y Wtienen dimensiones posicion en la que bloquea la ruta del RNA en pr ...
bastante constantes en diferentes especies bacterianas, perc ceso de elongaci6n. AI impedir que Ia cadena :.-
0 varia de manera mas amplia.
RNA se extienda mas alla de dos o tres nucle6tid
se bloquea la transcripci6n.
Definida en un principia solo por su capacidc. :
para incorporar nucleotidos en el RNA bajo la
recci6n de un molde de DNA, la enzima polimera_
de RNA ahora se considera parte de un mecanisn:.
mas complejo que interviene en la transcripcion. _:___
ascendente descendente capacidad de catalizar la sintesis de RNA define al comr-
5' '-
3' 1\.IA0\.~~1
DNA
nente minima que puede describirse como polimerasa :
5' RNA RNA. Supervisa el apareamiento de bases de los r:
bonucleotidos de los sustratos con el DNA y catali;:_:
la formacion de enlaces fosfodiester entre ellos.
Todas las subunidades de Ia polimerasa basic
que participan en Ia elongacion son necesarias pa::
La cadena molde y la cadena codificadora del la iniciacion y para la terminacion. No obstante, 1::
DNA son contactadas par las subunidades ~ y Wsabre todo
en la region de la burbuja de transcripci6n y en sentido des- unidades de transcripcion difieren en cuanto a ql'
cendente. El RNA es contactado sobre todo en la burbuja de dependen de polipeptidos adicionales en las etap-c.:.
transcripci6n. No hay RNA en sentido descendente, excepto en de iniciacion y de terminacion. Algunos de estr_
el case especial que se presenta cuando la enzima se desplaza polipeptidos adicionales son indispensables en todr
hacia atras. los genes, mientras que otros se necesitan. de mane-
ra especifica para la iniciacion o para la terminaci ' -
en genes particulares. La analogfa con la division c
La subunidad cr interviene de manera especffica Ia bores entre el ribosoma y los factores de la sfnte ~
en el reconocimiento del promotor, y se cuenta con protefnica es evidente.
mas informacion acerca de sus funciones que de las La polimerasa de RNA de Escherichia coli puec
de cualquier otra subunidad (vease la secci6n 11.7, transcribir cualquiera de las muchas unidad
La polimerasa de RNA esta formada por la enzima de transcripcion (> 1 000). Por lo tanto, Ia enzi rr~
central y por un factor cr). requiere Ia capacidad de interactuar con una varie-
La estructura cristalina de la enzima bacteriana dad de funciones hospedadoras y de los fagos qv
(vease la Figura 11.8) muestra que el canal para el modifican sus actividades intrfnsecas de transcri:t:: .
DNA yace en la interfase de las subunidades ~ y V cion. Por lo tanto, la complejidad de la enzima, ;__
(Las subunidades a son invisibles en esta imagen.) menos en parte, refleja su necesidad de interactuc.
El DNA esta desenrollado en el sitio activo, en don- con factores reguladores, en vez de una demanc
de una cadena de RNA esta siendo sintetizada. Los inherente en su actividad catalftica.

266 CAPITULO 11 Transcripci6n

 La polimerasa de RNA esta
formada par la enzima central
y par un factor cr
~n ceptos principales
a polimerasa de RNA bacteriana puede dividirse en La
enzima central a 2 ~W, la cual cataliza La transcripci6n,
ye n la subunidad cr, que es necesaria solo para La
iniciaci6n .
El factor cr cambia las propiedades de union al DNA de
La polimerasa de RNA de tal manera que su afinidad
par el DNA general se reduce y su afinidad por los
promotores aumenta .
Las constantes de union de La polimerasa de RNA
a diferentes promotores varia en alrededor de seis
ordenes de magnitud, lo cual corresponde a La
recuencia con la cualla transcripci6n es iniciada en
cada promotor.
--.:.. ho loenzima (a 2 ~~ ' cr) puede separarse en dos
1ponentes, Ia enzima central (a2 ~Wl y el fac-
m cr (el polipeptido cr). Solo la holoenzima puede ini-
r fa transcripcion. El factor cr garantiza que la polime-
. a de RNA bacteriana se una de manera estable al DNA
-- en los promotores. El "factor" cr suele ser liberado
. _a odo Ia cadena de RNA alcanza ocho o nueve
-=. es de longitud, lo que permite que el centro de Ia
::-.zima asuma Ia elongaci6n . La enzima central tiene
- :apacidad de sintetizar RNA a partir de un molde de
~.-A, pero no puede iniciar la transcripcion en los sitios
- ~cuados.
La enzima central tiene una afinidad general
r el DNA, en el cual la atracci6n electrostatica
.. tre Ia protefna basica y el acido nucleico acido
_-:-sempefia una funci6n muy importante. Cual-
: ..:ier secuencia (aleatoria) de DNA que se une a Ia
.imerasa central en esta reacci6n de union gene -
-=: se describe como sitio de union debil. Ningun
:mbio ocurre en el DNA, el cual continua siendo
. ::plex. El complejo en tal sitio es estable, con una
_j a media de disociaci6n de Ia enzima del DNA de
50 min. La enzima central no distingue entre promoto-
-_y otras secuencias del DNA .
La f- muestra que el factor 0' intra-
: Jce uo cambia importante en Ia afinidad de Ia po-
_:nerasa de RNA por el DNA. La holoenzima tiene
;a capacidad drdsticamente reducida para reconocer los
::os de union debiles, es decir, para unirse a cualquier
-:-cuencia general del DNA. La constante de asocia -
- ' n de la reacci6n disminuye -10 4 veces, y la vida
-::.edia del complejo es <1 s. Por lo tanto, el factor cr
- ::sestabiliza la capacidad general de union de forma
_ uy considerable.
Notese que el factor cr tambien conjiere la capaci-
;.,:d de reconocer sitios de union especijicos. La holoenzi-
La enzima central se une a cualquier secuencia de DNA
El factor cr desestabiliza Ia union
La holoenzima se une al promotor
La enzima central se une en forma indiscri-
minada a cualquier secuencia de DNA . El factor cr reduce La
afinidad de La union independiente de La secuencia y confiere
especificidad par los promotores.
rna se une a los promotores de manera m u y firme,
con una constante de asociacion incrementada (en
promedio) l 000 veces con respecto a Ia de Ia enzi-
ma central y con una vida media de varias horas.
La especificidad de las holoenzimas por los pro-
motores en comparaci6n con otras secuencias es de
-10 7, pero este s61o es un promedio debido a que
hay una amp lia variacion en Ia velocidad con Ia
cual la holoenzima se une a secuencias promotoras
diferentes. Este es un para.metro importante para
determinar la eficiencia de un promotor individual
en la iniciaci6n de Ia transcripcion. Las constantes
de uni on oscilan entre -l 0 2 y -10 6 Otros factores
tam bien afectan Ia frecuencia de Ia iniciaci6n, Ia
cual varfa de -lis (en los genes de RNAr) a -I /30
min (en el promotor lac!) .
1111 La asociaci6n con el fa ctor cr
cambia en la iniciaci6n
Conceptos principales
Cuando La polimerasa de RNA se une a un promotor,
sepa ra las cadenas de DNA para fo rmar una burbuja de
transcripci6n e incorpora hasta nueve nucleotidos en el
RNA.
Puede haber un ciclo de iniciaciones abortivas antes de
que la enzima avance a La siguiente fase.
El factor cr puede ser liberado de la polimerasa de
RNA cuando la cadena naciente de RN A alcanza una
longitud de ocho a nueve bases.
11.8 La asociaci6n con el factor cr cambia en la iniciacion 26 7

Holoenzima
Constante de
.t-: equilibria
; Union al DNA
Ks = 106-109 M- 1
Complejo binario
cerrado
Constante de
velocidad
k2 = 10-3-10-1 s-1
C()mplejo
binario abierto
Constante de
velocidad
k;- 10-3 s-1
Complejo
ternario
Liberaci6n Despeje del promotor
de cr 1-2 s
Comienza Ia
sintesis de RNA
La polimerasa de RNA atraviesa par numerosos
pasos antes de la elongaci6n. Un complejo binario cerrado se
transforma en un complejo abierto y luego en un complejo
ternario.
Ahora se pueden describir las eta pas de Ia transcrip-
cion en terminos de las interacciones entre las di-
ferentes formas de polimerasa de RNA y del molde
de DNA. La reaccion de iniciacion puede describir-
se con los parametros que se resumen en Ia
La reaccion holoenzima-promotor comien-
za al formarse un complejo binario cerrado.
"Cerrado" implica que el DNA sigue siendo
duplex. La formacion del complejo binario
cerrado es reversible; por lo tanto, suele
describirse por una constante de equilibria
(K8 }. Hay un intervalo amplio de valores
de la constante de equilibria para formar el
complejo cerrado.
El complejo cerrado se transforma en un
complejo abierto cuando se "desnatura -
liza" una region corta de DNA dentro de la
secuencia ala que se ha unido Ia enzima. La
serie de eventos que conducen a la forma-
cion de un complejo abierto se denomina
union fuerte. En el caso de los promotores
fuertes, la conversion a un complejo binario
abierto es irreversible, por lo que esta reac-
cion se describ e por medio de una constante
de velocidad (kJ. Esta reaccion es rapida.
El factor cr participa en la reaccion de des
naturalizacion (vease la seccion 11.16, l .=.
sustitucion de los facto res cr puede controla~
la iniciacion).
El siguiente paso es incorporar los primerO'
dos nucleotidos; entre ellos se forma un en-
lace fosfo diester. Esto genera un complej<
ternario que contiene RNA, DNA y la en -
zima. La formacion del complejo ternario st:
describe por medio de la constante de veloci
dad k.; esta es incluso mayor que la constal1
te de ~elocidad k2 Pueden agregarse mas nu
cle6tidos sin ningun movimiento enzimaticc
para generar una cadena de RNA de hasr-
nueve bases. Despues de que se agrega cado.
base, hay cierta probabilidad de que la enzi
rna libere a la cadena. Esto comprende un.;.
iniciaci6n abortiva, despues de la cualla
enzima comienza de nuevo con la primer.;
base. Por lo gene ral, hay un ciclo de inicia-
ciones abortivas que generan una serie de
oligonucleotidos muy cortos.
Cuando la iniciaci6n es exitosa, el factor G
deja de ser necesario, y la enzima realiza lc:
transicion al complejo ternario de elonga-
cion de polimerasa central-DNA-RNA na-
ciente. El parametro fundamental en este
suceso es cuanto tiempo requiere la polimerasc:
para dejar el promotor de modo que otra pGli
merasa pueda iniciar. Este parametro es e:
tiempo de despeje del promotor; su valor
minimo de 1 a 2 s establece que la frecuen-
cia maxima de iniciaci6n es menor a un
episodio por segundo. Luego la enzima se
desplaza a lo largo del molde y la cadena de
RNA se extiende mas alla de 10 bases.
Cuando la polimerasa de RNA se une al DNA
la dimension elongada de la protefna se extiende
a lo largo del DNA, pero ocurren algunos cambios
morfol6gicos interesantes durante la transcripci6n.
Las transiciones de forma y de tamaiio originan tres
formas del complejo, como se ilustra en la I
Cuando Ia polimerasa de RNA en forma de
holoenzima se une en un inicio al DNA, cu-
bre unas 75 a 80 bp y se extiende de -55 a
+20. (La larga dimension de Ia polimerasa
de RNA [160 A] podrfa abarcar -50 bp de
DNA en forma extendida, lo cual implica
que la union de un fragmento mas largo de
DNA debe suponer algun plegamiento del
acido nucleico. )
La forma de Ia polimerasa de RNA cambia
en la transici6n de la iniciacion a la elonga-
cion. Esto se asocia ala perdida de contactos
en la region que abarca de-55 a -3 5, lo que

268 CAPITULO 11 Transcripci6n

 deja solo -60 bp de DNA cubiertas por Ia
enzima. Esto coincide con el concepto que
indica que Ia parte que se encuentra mas
distante del promotor en sentido ascenden-
te interviene en el reconocimiento inicial
por parte de la polimerasa de RNA, pero no
es indispensable en las {tltimas etapas de la
iniciaci6n (vease la secci6n 1 1.13, La efi -
ciencia de los promotores puede incremen-
tar o disminuir por media de mutaciones).
Cuando la cadena de RNA se extiende de
15 a 20 bases, la enzima realiza una transi-
ci6n posterior para formar el complejo que
se hace cargo de la elongacion; ahara abarca
de 30 a 40 bp (de acuerdo con Ia etapa del
ciclo de elongacion).
Ha sido un dogma de la transcripcion, desde poco
-:--pues de su descubrimiento, que el factor a es li-
crado despues de Ia iniciaci6n. Es posible que esto
sea del todo cierto. Las mediciones directas de
; complejos de polimerasa de RNA en proceso
: elongaci6n muestran que -70% de ellos retiene
- .actor a. Un tercio de las polimerasas en proceso
7 elongaci6n carecen de a; por lo tanto, Ia conclu-
Sn original, la cual afirma que no es indispensable
~ra la elongacion, es sin duda correcta. En los casos
.-_los que permanece asociado a la enzima central,
casi seguro que Ia naturaleza de la asociacion h a
...: mbiado (vease Ia seccion ll.ll , El factor a controla
..: 1ni6n al DNA).
Una polimerasa de RNA varada
puede rei niciar la transcri pci6n
Concepto principal
Una polimerasa de RNA varada puede reiniciar la
transcripcion al separar el transcrito de RNA para
generar un extreme 3' nuevo.
_a polimerasa de RNA debe estar en condiciones de
=:anejar situaciones en las que se bloquea Ia trans-
-- pci6n. Esto puede suceder, par ejemplo, cuando
.: DNA ha sido dafiado. Un sistema modelo de di-
- .as situaciones Ia proporciona Ia interrupcion de
..:. elongacion in vitro a! omitir uno de los nucleoti-
~ s pre curs ores necesarios. Cuando el n ucle6tido
=.!tante es restaurado, Ia enzima puede superar el
: queo al dividir el extrema 3' del RNA para crear
....1 extrema 3' nuevo para la elongaci6n de Ia cade-
- a. La division implica a factores accesorios ademas
--= Ia enzima. En el caso de la polimerasa de RNA de
~- coli, las proteinas GreA y GreB liberan ala poli-
-:erasa de RNA de Ia interrupci6n de la elongacion.
~:1 las celulas eucari6ticas, la polimerasa de RNA II
:-=quiere un factor accesorio (TF 0 S), el cual permite
11.9 Una polimerasa de RNA varada puede reiniciar la transcripcion
El complejo de iniciaci6n incluye al factor cr
y cubre de 75 a 80 b
-50 -40 - 30 -20 -1 0 1 +H) +20 +30
El complejo de elongaci6n inicial se forma cuando Ia
cadena de RNA se ex1iende 10 bases, puede perder
a cry deja de hacer contactos desde Ia posicion -35
h~
-50 -40 -30 -20 -10 1 +10 +20 +30
El complejo de elongaci6n general
se forma cuando Ia cadena de RNA se extiende de
15 a 20 bases y abarca de 30 a 40 bp
- 50 -40-30-20 -10 1 +10 +20 +30
La polimerasa de RNA en un inicio hace con-
tacto con la region -50 a +20. Cuando se disocia a , La enzima
central hace contacto desde la posicion -30; cuando la en-
zima se desplaza pocos pares de bases, se organiza de forma
mas compacta en el complejo de elongaci-on general.
a Ia polimerasa separar unos cuantos ribon ucleoti-
dos del extrema 3' del producto de RNA.
El sitio catalltico de Ia polimerasa de RNA reali-
za Ia division en cada caso. Las funciones de GreB y
de TF 0 5 son convertir el sitio catalftico de Ia enzimas
en un sitio ribonucleolftico. Aunque no hay homo-
logfa en Ia secuencia de los factores, las estructuras
cristalinas de sus complejos con las polimerasas de
RNA respectivas sugieren que funcionan de ma-
nera similar. Cada uno de los factores inserta un
dominio proteinico angosto (en un caso una cinta
de cine, y en el otro una helice superenrollada) de
manera profunda en Ia polimerasa, en donde ter-
mina en el interior del sitio cata!ftico. El dominio
insertado coloca dos aminoacidos acidos cerca del
ion de magnesia catalitico primario del sitio activo;
esto permite la introducci6n de un segundo ion de
magnesia, el cual convierte el sitio catalftico en un
sitio ribonucleolftico.
Esta reacci6n puede deberse a que Ia demora
provoca que el molde sea posicionado de manera
269
 incorrecta, de tal forma que el extremo 3' ya no se
localiza en el sitio activo. La division y el retroceso IlEa (C6mo encuentra una
son necesarios para colocar el extremo en Ia ubica- polimerasa de RNA las
ci6n correcta para la adicion de mas bases. secuencias promotoras?
Por lo tanto, se observa que Ia polimerasa de
RNA tiene las capacidades de desenrollar y de rebo - Conceptos principales
binar el DNA, de sujetar el producto de RNA y las La velocidad con la cualla polimerasa de RNA se une :
cadenas del DNA separadas, de catalizar Ia adicion los promotores es demasiado alta para que la justine_,
de ribonucle6tidos a la cadena creciente de RNA y la difusi6n aleatoria.
de ajustarse a dificultades en el proceso al separar el Es probable que la polimerasa de RNA se una a
producto de RNA y reiniciar la sfntesis de RNA (con sitios aleatorios del DNA y los intercambie por otras
Ia ayuda de algunos facto res accesorios) . secuencias con bastante rapidez hasta que encuentr2
un promotor.

(.Como se distribuye Ia polimerasa de RNA e .

celula? Una imagen (un tanto especulativa) de l.:o
tuacion de la enzima se ilustra en Ia 1
El exceso de enzima central existe en r
medida en forma de complejos cerrados -
biles porque Ia enzima entra en ellos c
mucha rapidez y los abandona con lentir_
Hay muy poca enzima centrallibre, si es c:;
Ia hay.
Hay suficiente factor a para que cerca .
un tercio de las polimerasas existan co:-:-
holoenzimas y estas se distribuyen e.--
complejos debiles localizados en sitios ::
500-1 000
holoenzimas especfficos y complejos binarios (en su c ...:
-.,.J
_~~1~~V~~~t~~b'1l~ en complejos yor parte cerrados) en los promotores.
promotores Cerca de Ia mitad de las polimerasas de ~
consisten en enzimas centrales que inten~
nen en la transcripcion.
- 2 500 (.Que cantidad de holoenzimas se encu e~
enzimas tran en forma libre? Se desconoce Ia rc-.
centrales puesta, pero se sospecha que la cantidad
implicadas en muy pequefia.
Ia transcripci6n
La polimerasa de RNA debe encontrar promo~ -
La enzima central y la holoenzima estan distri- res dentro del contexto del genoma. Supongase cr--
buidas en el DNA y muy poca polimerasa de RNA se encuentra un promotor es un fragmento de -60 bp. (.Como "-
en estado libre. distingue de las 4 x l 06 bp que forman el genoc
de E. coli? Las tres figuras siguientes ilustran el pr--
cipio de algunos modelos posibles.
La muestra el modelo mas sencL
para la union con el promotor, en el cual la po;_-
merasa de RNA se desplaza por difusion aleatof.~
Con rapidez, la holoenzima se asocia a los sitios c-
union debiles y se disocia de ellos. De tal mane . :.
puede continuar formando y rompiendo una ser.
de complej os cerrados hasta que (por probabilidac
encuentra un promotor, y el reconocimiento de :_c
secuencia especffica permitira la union firme me-
diante la formacion de un complejo abierto.
Para que la polimerasa de RNA se desplace ci::
La constante de velocidad hacia delante de la un sitio de union del DNA a otro, debe disociarse
union de la polimerasa de RNA a los promotores es mas veloz del primer sitio, encontrar el segundo sitio y de ~
que la difusi6n aleatoria. pues asociarse a el. El desplazamiento de un siti .

270 CAPITULO 11 Transcripci6n

 tro esta limitado por la velocidad de difusion a La polimerasa de RNA enfrenta un dilema para re-
--o ves del medio. La difusion establece un lfmite conciliar sus necesidades para la iniciacion y Ia elon-
. erior <1 08 M- 1 s- 1 para la constante de velocidad gacion. La iniciacion requiere una union fuerte solo
-:: asodacion a una secuencia diana de 60 bp. Sin con secuencias particulares (promotores), mientras
bargo, Ia constante de velocidad real de algunos que Ia elongacion requiere una asociacion fuerte
- motores in vitro parece ser de -10 8 M- 1 s- 1, en el con todas las secuencias que la enzima encuentre
ite de difusion o por encima de eL Si este valor durante Ia transcripcion. La ilustra
: aplica in vivo, el tiempo necesario para los ciclos como se resuelve el dilema por medio de Ia asocia-
:-a1orios de asociacion y disociacion sucesivas en cion reversible entre el factor 0 y Ia enzima central.
sitios de union debiles es excesivo para justificar Como se m enciono antes (vease Ia seccion 11.8, La
- orma en Ia cualla polimerasa de RNA encuentra asociacion con el factor 0 cambia en Ia iniciacion),
_promotor. el factor 0 es liberado despues de Ia iniciacion o
Por lo tanto, Ia polimerasa de RNA debe utilizar cambia su asociacion con la enzima central de tal
:ros medios para encontrar sus sitios de union. La manera que ya no participa en Ia union al DNA. Hay
R muestra que el proceso podrfa acele- menos moleculas de factor 0 que de enzima central;
-~ rs e si la diana inicial deJa polimerasa de RNA es por lo tanto, el uso de Ia enzima central requiere e]
=- genoma completo, no solo una secuencia promo- reciclaje de 0. Esto ocurre inmediatamente despues
:ra especffica. AI incrementar las dimensiones de de Ia iniciacion (como se muestra en Ia figura) en
..:. diana, la constante de velocidad para Ia difusion cerca de un tercio de los casos; se supone que 0 y Ia
: ::1. el DNA incrementa proporcionalmente y deja de enzima central se disocian en un momento poste-
: r una limitante. rior en los demas casos.
Si esta idea es correcta, una polimerasa de RNA
":lre se une al DNA y despues permanece en contac-
con el. ,:.Como se desplaza Ia enzima de un sitio
_:: union aleatorio (debil) del DNA a un promotor?
:::: modelo mas probable es suponer que !a secuen-
.::a de union es desplazada en forma directa por
:Ta secuencia. Una vez sujeta al DNA, Ia enzima
_.tercambia esta secuencia por otra secuencia muy
::-:ipido y continua intercambiando secuencias hasta
~ue encuentra un promotor. Luego Ia enzima for-
-:-.a un complejo abierto y estable, despues de lo cual
JCede Ia iniciaci6n. El proceso de busqueda se hace
ucho mas rapido debido a que Ia asociacion y Ia
.Jsociacion son virtualmente simultaneas y no se
: esperdicia tiempo intercambiando sitios. El des- El intercambio con el promotor puede ser rapido
:lazamiento directo puede proporcionar un "movi- ...: y.
:?
::~iento dirigido", en el cual la enzima se desplaza de
:-:1anera preferente de un sitio debil a un sitio mas
.~ erte.

Otra idea supone que la enzima se desliza a lo

.argo del DNA en una caminata aleatoria de una
~ !a dimension, como se muestra en Ja
: se detiene solo cuando encuentra un promotor. La polimerasa de RNA se une de manera muy rapi-
Sin embargo, no hay pruebas de que Ia polimerasa da a secuencias de DNA aleatorias y podr\a encontrar un promotor
de RNA (u otra protefna de union a! DNA) pueda por desplazamiento directo de la secuencia de union del DNA.
~uncionar de esta manera .

El factor a controla la union

al DNA
Concepto principal
Un cambia en la asociaci6n entre el factor cr y la
holoenzima modifica la afinidad de union par el DNA
de tal manera que la enzima central puede desplazarse
a lo largo del DNA. FIGURA 11 La polimerasa de RNA no se desliza par el DNA.

11.11 El factor cr controla la union al DNA 2 71


Rapido~ t Lento
: Enzima central
: almacenada en
: el DNA
; El factor a se
: asocia a Ia
; enzima central
Muy rapido ~ factor a tiene dominios que reconocen al DK-
; La holoenzima
: se desplaza
: hacia los
; promotores
; La enzima
:central
; sintetiza RNA
El factor a y la enzi ma central se reciclan en
puntas diferentes durante la transcripci6n.
A pesar de Ia sincronizacion exacta de su libe-
racion de Ia enzima centraL el factor a interviene
solo en la iniciacion. Se hace innecesario cuando
la iniciacion abortiva concluye y la sfntesis de RNA
ha logrado iniciarse. Se desconoce si el estado de la
polimerasa cambia porque se supera Ia iniciacion
abortiva o si, por el contrario, es el cambio de estado
el que finaliza la iniciacion abortiva y p ermite que
comience la elongacion.
Cuando el factor a es liberado de Ia enzima cen-
traL queda disponible de inmediato para ser utiliza-
do por otra enzima central. Sin importar si el factor 0
es liberado o permanece aso ciado con mayor de-
bilidad a Ia enzima centraL esta ultima esta unida
con bastante fuerza al DNA en el complejo ternario.
Esencialmente esta "encerrada" hasta que se com-
pleta !a elongacion. Cuando finaliza la transcripcion,
Ia enzima central es liberada. Entonces se "almace-
na" uniendose a un sitio debil del DNA. Si ha perdi-
do su factor a, debe encontrar otro para emprender
un nuevo ciclo de transcripcion.
La enzima central tiene una afinidad intrfnseca
alta por el DNA, Ia cual se incrementa en la presen-
272 CAPITULO 11 Transcripci6n
cia de un RNA naciente. Sin embargo, su afinido
por los sitios de union debiles es muy alta para per
mitir que la enzima distinga de manera eficaz 1
promotores entre las otras secuencias. AI reducir ..:_
estabilidad de los complejos debiles, el factor a per.
mite que el proceso ocurra mucho mas rapido; y :
estabilizar la asociacion en los sitios de union fuertl"'
el factor conduce la reaccion de manera irreversib::
bacia la formacion de complejos abiertos. Cuando ~
enzima Iibera el factor 0 ( o cambia su asociacion c -
el), vuelve a tener una afinidad general por tod
el DNA, sin importar la secuencia, que le permi: :
continuar con Ia transcripcion.
;_Que controla Ia capacidad de Ia holoenzima pa;::.
unirse de manera especffica a los promotores? E
promotor. Como un polipeptido independiente, c
factor 0 nose une al DNA. pero cuando Ia holoer.-
zima forma un complej o de union fuerte, a emE
en contacto con el DNA en Ia region localizada e:-
sentido ascendente con respecto al pun to de inici
Esta diferencia se debe a un cambio en la conform;:;-
cion del factor a cuando se une a Ia enzima centro...
La region terminal N del factor a libre suprime ~
actividad de la region de union al DNA; cuando a S,:
une a la enzima central, esta inhibicion es liberad:
y puede unirse de manera espedfica a las secuer.-
cias promotoras (vease tambien la Figura 11.35 d _
Ia seccion 11.17). La incapacidad del factor 0 libr::-
de reconocer las secuencias promotoras puede s
importante: si 0 pudiera unirse libremente a los pro-
motores, podrfa bloquear Ia iniciacion de la tram -
cripcion mediada por la holoenzima.
111:1 El reco nocimiento
del promotor depende
de las secuencias de consenso
Conceptos principales
Un promotor es defi nido por la presencia de secuencias
de consenso cortas en localizaciones espec\ficas.
Las secuencias de consenso promotoras estan formadas
por una purina en el punta de inicio, por el hexamero
TATAAT centrado en -10, y por otro hexamero centrado
en -35.
Los promotores individuales suelen diferir del consenso
en una o mas posiciones.
Al ser una secuencia de DNA cuya funcion es s.:-
reconocida por ciertas proteinas, un promotor difiere ~
las secuencias cuyo papel es ser transcritas o traduc:-
das. La informacion para la funci6n del promotor:;
proporciona de manera directa la secuencia de DN.-!_
su estructura es la senal. Este es un ejemplo clasic
 ..:n sitio de actuacion en cis, como se definio antes
.a Figura 2.16 y en Ia Figura 2.17. En contras-
_as regiones expresadas adquieren su significado
despues de que la informacion es transferida a
- 3. forma de acido nucleico 0 protefna.
Una pregunta fundamental en la exploracion de
.::reraccion entre la polimerasa de RNA y su pro-
:or es, (_Como reconoce la protefna una secuen-
7 _ romotora especffica? (.Tiene la enzima un sitio
-:. ':o que distingue Ia estructura qufmica de una
~ encia particular de bases en el DNA de doble he-
.:. .., (_Que tan especfficos son sus requerimientos?
Una manera de disefiar un promotor podria
-:-istir en una secuencia particular de DNA que
_ ceconocida por !a polimerasa de RNA. Cada pro-
:or estarfa formado por, o al menos incluirfa, esta
.:.1 encia. En el genoma bacteriano, la longitud mf-
-,a que podria proporcionar una sefi.al adecuada
.-:a de 12 bp . (Es probable que ocurra alguna se-
.o:'ncia mas corta, solo por casualidad, con suficien-
c :recuencia para proveer sefiales falsas. La longitud
ima necesaria para el reconocimiento exclusivo
- ""'1 enta con el tamafio del genoma.) La secuencia
12 bp no necesita ser contigua. Si un numero
~ cffico de pares de bases separa dos secuencias
~S!a ntes mas cortas, SU longitud combinada po-
.a ser menor a l2 bp, debido a que la misma dis-
:.ia de separacion ofrece una parte de la sefial
d uso si Ia secuencia intermedia es irrelevante).
Los intentos por identificar las caracterfsticas del
- _-\.que son necesarias para la union de la polime-
. ;;a de RNA iniciaron al comparar las secuencias de
=-:intos promotores. Toda secuencia esencial de nu-
~ - tidos debe estar presente en todos los promotores;
- :iice que clicha secuencia esta conservada. Sin em-
.-:go, no es necesario que una secuencia conservada
_'lcida en cada una de las posiciones; se permite
~-:-ta variacion. (_Como se analiza una secuencia de
_ -_-\para determinar siesta lo suficientemente con-
:-.-ada para constituir una sefi.al reconocible?
Los presuntos sitios de reconocimiento del DNA
_;>den definirse como una secuencia idealizada que
resenta !a base que esta presente con mayor fre-
_-::-ocia en cada posicion. Una secuencia de con-
~::tso consiste en Ia alineacion de todos los ejemplos
;)Ocidos para aumentar a] maximo SU homo!ogfa .
.:.::-a que una secuencia sea aceptada como consen-
ada base particular debe predominar de mane-
~ ~azonable en su posicion y la mayor parte de los
-::nplos debe relacionarse con el consenso por solo
-.a o dos sustituciones.
La caracterfstica sobresaliente de Ia secuencia de
_ promotores de E. coli es que no hay una conserva -
: extensa de secuencia en los 60 bp asociadas a la
<i rnerasa de RNA. La secuencia de gran parte del
..:o de union es irrelevante. Sin embargo, algunos
11.12 El reconocimiento del promotor depende de las secuencias de consenso
fragm entos cortos dentro del promotor estan con-
servados y son determinantes para su funcion. La
conservacion solo de secuencias de consenso muy cortas es
una caracterfstica tfpica de los sitios reguladores (como los
promotores) en los genomas de los organismos procarioti-
cos y eucari6ticos.
Hay cuatro (tal vez cinco) caracteristicas con-
servadas en un promotor bacteriano: el punto de
inicio, Ia secuencia -10, Ia secuencia-3 5, Ia separa-
cion entre las secuencias -10 y -35 y (en ocasiones)
el elemento UP:
El punto de inicio casi siempre (>90% de las
veces) es una purina. Es frecuente que el pun-
to de inicio sea Ia base central de Ia secuen-
cia CAT, pero Ia conservacion de este triplete
no es lo suficientemente representativa para
considerarlo como una sefial obligatoria.
AI !ado del punto de inicio en sentido as-
cendente, en casi todos los promotores es
reconocible una region de 6 bp. El centro
del hexamero en general se localiza a unos
10 bp en sentido ascendente con respec-
to a! punto de inicio; en los promotores
conocidos, la distancia varia de -18 a -9 .
Debido a su localizacion, el hexamero a
menudo es denominado sec uencia -1 0. Su
secuencia de consenso es TATAAT y puede
describirse de Ia siguiente manera:
Tso A9s T4s A6o Aso T96
en donde el subfndice denota el porcentaje
de apariciones de Ia base observada mas a
menudo, el cual varia de 45 a 96%. (Una
posicion en la cual no hay una preferencia
discernible por ninguna base se indica con Ia
letra N. ) Si !a frecuencia de apariciones indi-
ca una importancia probable en la union de
Ia polimerasa de RNA, se esperarfa que las
bases TA iniciales, altamente conservadas, y
Ia base T final, casi por completo conserva-
da, de la secuencia -10 fueran las bases mas
importantes.
Otro hexamero conservado se centra a -3 5
bp en sentido ascendente desde el punto de
inicio. A este se le denomina se cu encia -35.
La secuencia de consenso es TTGACA; en for-
ma mas detallada, Ia conservacion es:
Ts2 Ts4 G7s A6s cs4 A4s
La dis tan cia que separa los sitios -10 y -3 5
es de entre 16 y 18 bp en 90% de los pro-
motores; en los casos excepcionales, llega a
ser de apenas 15 bp o de hasta 20 bp. Aunque
fa secuencia de la region intermedia no es impor-
tante, Ia distancia es crucial para que los dos sitios
consen'en la separacion adecuada para fa geome-
trfa de Ia polimerasa de RNA.
273

Punta de inicio
-35 -10 I ra en un promotor podrfa nunca haberse aislado e _
TTGACA 16-19 bp TATAAT 5-9 bp
Un promotor t\pico tiene tres componentes,
que son las dos secuencias de consenso loca lizadas en -35 y
en -10 y el punta de inicio.
Algunos promotores tienen una secuencia
abundante en A-T localizada mas lejos en
sentido ascendente. A esta se le denomina
elemento UP. Interactua con Ia subunidad
a de Ia polimerasa de RNA. Suele encon-
trarse en los promotores que se expresan de
manera amplia, como los promotores de los
genes de RNAr.
El promotor 6ptimo es una secuencia formada
por el hexamero -35 , separada por 17 bp del hexa-
mero -10, postrandose a 7 bp en sentido ascendente
del punta de inicio. En Ia se ilustra Ia
estructura de un promotor y muestra el intervalo
de variacion permitido a partir de este parametro
optima.
lllll La eficiencia de los promotores
puede incrementar o disminuir
por medio de mutaciones
Conceptos principales
Las mutaciones lentificadoras que disminuyen la
eficiencia de un promotor a menudo reducen la
adaptaci6n a las secuencias de consenso, mientras que
las mutaciones aceleradoras tienen el efecto contrario.
Las mutaciones que se presentan en la secuencia -35
suelen afectar la union inicial de la polimerasa de RNA.
Las mutaciones localizadas en la secuencia -10 a
menudo influyen en la reacci6n de desnaturalizaci6n
que convierte un complejo cerrado en uno abierto.
Las mutaciones son una fuente importante de in-
formacion de Ia funci6n de los promotores. Las mu-
taciones de los promotores afectan el nivel de la
expresion de los genes que controlan sin alterar los
productos genicos. La ma yo r parte es identificada
como mutantes bacterianos que perdieron, o redu-
jeron en gran medida, Ia capacidad de transcripcion
de los genes adyacentes. Se conocen como muta-
ciones lentificadoras. Con menor frecuencia, se
encuentran mutantes en los que Ia transcripci6n
aumenta por el promotor. Estas son mutaciones
aceleradoras.
Es importante recordar que las mutaciones "ace-
leradoras" y "lentificadoras" se definen de acuerdo
274 CAPITULO 11 Transcripci6n
a Ia eficiencia habitual con la cual funciona un pm
motor particular. Esto varia mucho. Por lo tanto, us
cambia identificado como una mutacion lentificado
otro promotor (el cual en su estado silvestre podrfc
ser incluso menos eficiente que Ia forma mutame
del primer promotor). La informacion adquirida e::_
estudios in vivo tan solo identifica Ia direccion glob
del cambia provocado por Ia mutacion .
c.El promotor mas eficaz es aquel que tiene 1<15
secuencias de consenso reales? Esta expectativa su
ge de Ia sencilla regia que afirma que las mutacion _
aceleradoras por lo general incrementan Ia homo! -
gia con una de las secuencias de consenso o acortar
Ia distancia entre elias a 17 bp. Las mutaciones len-
tificadoras casi siempre disminuyen Ia semejanza de:
cualquiera de los sitios con respecto a las secuenci<e
de consenso o incrementan la distancia entre ellos :_
mas de 17 bp. Las mutaciones lentificadoras tiender
a concentrarse en las posiciones mucho mas conser-
vadas, lo cual confirma su importancia particula-
como el determinante principal de la eficiencia deo
un promotor. Sin embargo, hay excepciones ocasiC'-
nales a estas reglas.
Para determinar los efectos absolutos de las mu-
taciones de los promotores, se debe medir in vitro l2.
afinidad de la polimerasa de RNA por los promoto-
res mutantes y de tipo Silvestre. Hay una variaci6:-_
cercana a l 00 veces en Ia velocidad a la cualla po-
limerasa de RNA se une a promotores diferentes i-~
vitro, lo cual se correlaciona bien con las frecuencic.-
de Ia transcripci6n que se observa cuando sus gene'
correspondientes se expresan in vivo. Si se profund:-
za mas en este analisis, se puede investigar Ia etap.:.
en Ia cual una mutaci6n influye en la capacidad d
promotor. (.Cambia la afinidad del promotor por h
polimerasa de RNA? c. Queda Ia enzima con capaci-
dad de unirse pero es incapaz de iniciar? c.Se altere
Ia influencia de un factor accesorio?
AI medir las constantes cineticas de la forma-
cion de un complejo cerrado y de su conversion -:
un complejo abierto, como se define en la Figure
l L 19, se pueden analizar las dos eta pas de la rea c-
ci6n de iniciaci6n :
Las mutaciones lentificadoras de la secuen-
cia -35 reducen la ve locidad de Ia formaoi6r.
de los complejos cerrados (reducen Ia K8
pero no inhiben su conversion en un corr.-
plejo abieno.
Las mutaciones lentificadoras en la secuenc'
-10 no afeaanla formad6n inidal de un corr_-
plejo cerrado, pero hacen mas lenta su con-
version en Ia forma abierta (reducen la k2 ).
Estos resultados sugieren el modelo que se mues-
tra en Ia ' '7 . La funcion de la secuencia-3=
es proporcionar la sefial de reconocimiento para !c.
 Complejo polimerasa de DNA aislado y
RNA-promotor parcial mente desnaturalizado en cadenas j
atacado par Ia DNAasa I individuales !
/'1'/'11 .

I I'/ I I'
2. El complejo cerrado se forma en una
region promotora

I .

3. La desnaturalizacion en Ia region ' / ' I /'1'1 .

-1 0 transforma el complejo a su forma
abierta

~
/
____.ELECTRO FOR ESIS ; u: o mas
distante con
DNA etiquetado en __ _ respecto al
un ex1remo de una -- ex1remo
J La secuencia -35 se utiliza para el reconoci- de las cadenas etiquetado
- 'ento inicial y la secuencia -10 se utiliza en la reacci6n de GEL GELDE
:=.snaturalizaci6n que transforma un complejo cerrado en un EXPERIMENTAL CONTROL
:::nplejo abierto. == El DNA no unido a
== Ia polimerasa
Las bandas == presimta bandas
ausentes == en las posiciones
~l irnerasa de RNA, mientras que la secuencia -10
, rmite al complejo pasar de Ia forma cerrada a Ia
: rma abierta . Se puede considerar que la secuencia
- 35 constituye un "dominio de reconocimiento",
identifican el
sitio de union
=
== correspondientes
== a los cortes en
cada uno de los
== enlaces
Punta mas
-:.ientras que la secuencia - l 0 es un "dominio de cercano al
_:>senrollamiento" del promotor. ex1remo
etiquetado
La secuencia de consenso del sitio -10 esta for -
-:::ada de manera exclusiva por pares de bases A-T, La impresi6 n de hu ellas identifica los sitios
~ a configuraci6n que ayuda ala desnaturalizaci6n de uni on de las protelnas al DNA por su protecci6n contra la
formaci6n de mellas .
.::.icial de las cadenas individuales del DNA duplex.
-.a menor cantidad de energfa necesaria para sepa-
.:.r los pares A-T en comparaci6n con la requerida La poli me rasa de RNA
-.u a romper los enlaces de los pares G-C indica que
__ fragmento de pares A-T demanda Ia cantidad rni- se une a una cara del DNA
~ma de energfa para la separaci6n de las cadenas. Conceptos principales
La secuencia ubicada alrededor del pun to de ini - Las secuencias de consenso localizadas en - 35 y - 10
:' influye en el episodio de la iniciaci6n. La region proporcionan la mayor parte de los puntas de contacto
:-jcial transcrita (de +1 a +30) afecta la velocidad a para la polimerasa de RNA en el promotor.
. :. cualla polimerasa de RNA despeja al promotor Los puntas de contacto se encuentran en una de las
por lo tanto, tiene cierto efecto sobre la fuerza caras del DNA.
:>1 promotor. En consecuencia, Ia fuerza global de
_'l promotor no puede predecirse por completo por
s secuencias de consenso -35 y -10. La capacidad de Ia polimerasa de RNA (o, de he -
Un promotor "tfpico" se vale de sus secuencias cho, de cualquier proteina) para reconocer el DNA
- :~ 5 y -10 para ser reconocido porIa polimerasa de puede caracterizarse por medio de imp r esion de
:_'A, pero una de las dos secuencias esta ausente huellas. Una secuencia de DNA unida a Ia proteina
: .. ciertos promotores (excepcionales). En algunos es digerida de manera parcial con una endonucleasa
::: estos casos, el promotor no puede ser reconocido que rompe los enlaces fosfodiester individuales en el
lo por la polimerasa de RNA; Ia reacci6n requiere interior del acido nucle ico. En condiciones apropia-
- ~otefnas auxiliares, las cuales superan la deficien- das, un enlace fosfodiester particular se rompe en
- a en la interacci6n intrfnseca entre la polimerasa algunas moleculas de DNA, pero no en todas . Las
.-: RNA y el promotor. posiciones que son cortadas se reconocen mediante

11.14 La polimerasa de RNA se une a una cara del DNA 275


Secuencia -35 Secuencia -1 o
Punta de inicio
t
~ ~ ~ ~ ii i i il ~
HJ-UHi IDU~ U~ H A A TL'f.,'X::XA
TTGACA - T AT Cadena
!!t!tlt lJ!l !1 l ~~~:~~~~:
AACTGT ATA Cadena molde
tt t t TT AX X X X t Como se describio antes (vease la Figura 11.20),
tt It
La mayor parte de los puntas de contacto se encuentra en uha cara del
DNA (en Ia cadena codificadora)
....
.!. Modificaciones que impiden que se una Ia polimerasa de RNA
.!. Sitios en los cuales Ia polimerasa de RNA brinda protecci6n contra las
modificaciones
t Mutaciones que eliminan o disminuyen Ia actividad del promotor
Una cara del. promotor contiene los puntas de contacto
para el RNA.
DNA etiquetado en una cadena en un solo extremo.
El principia es el mismo que rige la secuenciacion
del DNA: la division parcial de una molecula etique-
tada en un extremo en un sitio susceptible crea un
fragmento de longitud (mica.
Como se puede observar en la
despues del tratamiento con la endonucleasa, los
fragmentos de DNA son recuperados y sometidos a
electroforesis en un gel que los separa de acuerdo
con su longitud. Cada fragmento que retiene un
extrema etiquetado produce una banda radioactiva.
La posicion de la banda corresponde al numero de
bases que tiene el fragmento. Los fragmentos mas
cortos se desplazan con mas rapidez, por lo que la
distancia del extremo etiquetado se cuenta a partir
del fondo del gel.
En un DNA libre, cada posicion de enlace sus-
ceptible se rompe en una u otra molecula. Sin em-
bargo, cuando el DNA forma un complejo con una
proteina, la region cubierta por la proteina de union
al DNA esta protegida en cada molecula. As!, dos
reacciones corren en paralelo: un control de DNA
solo y una mezcla experimental que contiene mo-
leculas de DNA unidas a la protefna. Cuando una
proteina unida bloquea el acceso de la nucleasa al DNA,
los enlaces de la secuencia unida nose rompen en la mez-
cla experimental.
En el control se rompen todos los enlaces. Esto
genera una serie de bandas, en donde una banda
representa a cada base. Hay 31 bandas en la figura.
En el fragmento protegido, los enlaces no pueden
romperse en la region unida a Ia proteina, por lo que
las bandas que representan los fragmentos de los ta-
mafias correspondientes no se generan. La ausencia
de las bandas 9-18 en la figura identifica un sitio de
276 CAPITULO 11 Transcripci6n
union a la proteina que cubre la region localizada
a 9-18 bases del extremo del DNA etiquetado. AI
comparar las lineas de control y las expe rimentales
por medio de una reaccion de secuenciacion que
i
cone en paralelo, es posible "leer" en forma directa
iento la secuencia correspondiente, e identificar asf la se-
cuencia de nucleotidos del sitio de union.
la polimerasa de RNA se une en un inicio ala region
de -50 a +20. Los sitios en los cuales la polimera-
sa de RNA sf entra en contacto con el promotor
pueden identificarse cuando se modifica la tecnica
de impresion de huellas para tratar los complejos
promotor-polimerasa de RNA con agentes reactivos
que modifican bases particulares. Se puede realizar
el experimento de dos formas:
El DNA puede ser modificado antes de que
se una ala polimerasa de RNA. Si la modi-
ficacion evita que la polimerasa de RNA se
una, se habra identificado la posicion de una
base en la cual el contacto es esencial.
El complejo DNA-polimerasa de RNA puede
se r modificado. Despues se compara el pa-
tron de bandas protegidas con el del DNA
libre y con el del complejo no modificado.
Algunas bandas desparecen, lo que permi-
te identificar sitios en los cuales la enzima
protegio al promotor contra la modificacion.
Otras bandas aumentan en intensidad, con
lo que se identifican sitios en los cuales el
DNA debe permanecer en una conforma-
cion en la cual esta mas expuesto.
Los cambios de sensibilidad revelan la geo-
metria del complejo, como se resume en la
, con un promotor tfpico. Las regiones -10 y
-35 contienen la mayor parte de los sitios de con-
tacto para Ia enzima. Denno de estas regiones, los
mismos conjuntos de posiciones tienden a impedir
la union si fueron modificados con anterioridad y a
mostrar un incremento o una disminucion de la sus-
ceptibilidad a Ia modificacion despues de la union .
Los puntas de contacto no coinciden por completo
con los sitios de mutacion; no obstante, ocurren en
la misma region limitada.
Es notable que las mismas posiciones en dife-
rentes promotores ofrezcan los puntas de contacto,
aunque haya una base diferente. Esto indica que
hay un mecanismo comun para la union de la po-
limerasa de RNA, aunque la reaccion no dependt>
de la presencia de bases particulares en algunos d::
los sitios de contacto. Este modelo explica porq u~
algunos de estos puntas no son sitios de mutacio-
Ademas, no todas las mutaciones se encuentran e--
un punto de contacto; las mutaciones pueden ic_-
fluir en la vecindad sin ser tocados por la enzima
 Es especialmente significativo que los experi-
ntos con modificaciones previas identifican solo
.:: s en la misma region que esta protegida por la
--_zima contra la modificacion subsiguien te . Estos
. :; experimentos evaluan cosas diferentes. La mo-
cacion previa identifica a todos aquellos sitios que
~ enzima debe reconocer para unirse a! DNA. Los
_c:perimentos de protecci6n reconocen todos los si-
s que en realidad hacen contacto en el complejo
- aria. Los sitios protegidos incluyen todos los si-
s de reconocimiento e incluso algunas posiciones
__:icionales, lo cual sugiere que la enzima primero
~conoce una serie de bases indispensable para que
~ ierrice" y luego extienda sus puntas de contacto
tras bases.
La region del DNA que esta desenrollada en el
_ mplejo binario puede identificarse de manera di-
:cta por medio de cambios qufmicos en su disponi-
. idad. Cuando se separa n las cadenas de DNA las
3ses no apareadas se hacen susceptibles a agentes
:activos qu e no pueden alcanzarlas en Ia estructu-
-::. de doble h elice. Dichos experimentos implican
siciones entre -9 y + 3 en la reacci 6n in icial de
__ naturalizaci6n. La region desenrollada durante
2 iniciaci6n, por lo tanto, incluye el extrema dere-
_ _o de Ia secuencia -10 y se extiende justo despues
_ ~I sitio de inicio.
En una perspectiva tridimen sionaL todos los
1ntos de contacto que se encuentran en sentido
- -endente de la secuencia -10 se localizan en una
~ ~a del DNA. Esto puede observarse en el dibujo
- :erior de la Figura 11.29, en donde los puntas de
:nacto estan marcados en una doble helice vista
_de uno de los !ados. La mayor parte yace en la ca-
- .n a codificadora . Es probable que estas bases sean
7-:onocidas en Ia formacion inicial de un complejo
_ ario cerrado. Esto permitirfa que la polimerasa de
-_ -A se aproximara al DNA por un lado y recono-
-:ra dicha cara del DNA. A medida que comienza
esenrollamiento del DNA mas sitios que origi-
' n ente yacen en la otra cara del DNA pueden ser
: -onocidos y pu eden realizarse uniones con ellos.
El superenrollamiento
es una caracteristica
importante de la transcripci6n
[ onceptos principaLes
El superenrollamiento negativo incrementa la eficiencia
de algunos promotores al ayudar en La reacci6n de
desnaturalizaci6n.
La transcripci6n genera superenrollamientos positivos
delante de La enzima y superenrollamientos negativos
detras de ella, y estos deben ser reti rados por la gi rasa
y por la topoisomerasa.
11.15 El superenrollamiento es una caracteristica importante de la transcripci6n
(Superenrollamientos Transcripci6n Sobregirado
negativos) del DNA (superenrollamientos
positivos)
La topoisomerasa
relaja los
superenrollamientos
! La girasa introduce
superenrollamientos
positivos
negativos
DNA duplex (1 0.4 bp/vuelta)
La transcripci6n genera DNA enrollado de forma
mas compacta (superenrollado positivamente) por delante de
la poLimerasa de RNA, mientras que el DNA que se encuentra
detras de esta esta enrollado de forma mas laxa (superenrollado
negativamente) .
La imponancia de la separaci6n de las cadenas en la
reaccion de iniciacion sobresale por los efectos del
superenrollamiento. Las polimerasas de RNA euca-
ri6ticas y procari6ticas pueden iniciar la transcrip-
ci6n con mayor eficiencia in vitro cuando el molde
esta sobregirado, al parecer porque la estructura
superenrollada requiere menos energfa libre para
la desnaturalizaci6n inicial del DNA en el complejo
de iniciacion .
La eficiencia de algunos promotores esta deter-
minada por el grado de superenrollamiento. La re-
lacion mas frecuen te es que el superenrollamiento
negativo ayude a la transcripci6n. En principia, se
entiende como esta situacion colabora en Ia reac-
ci6n de iniciacion. Sin embargo, (.por que algunos
promotores dependen de la extension del super-
enrollamiento en tanto qu e otros no? Una posibi-
lidad es que sea su secu encia la que determine la
dependencia de un promotor en el enrollamiento
excesivo. Esto permitirfa pronosticar que algunos
promotores tienen secuencias mas faciles de desna-
turalizar (y, por lo tanto, m enos dependientes del
superenrollamiento), a! tiempo que otros tienen
secuencias mas complejas (y una necesidad mayor
de estar superenrollados ). Una alternativa es que la
localizaci6n del promotor puede ser importante si
las regiones diferentes del cromosoma bacteriano
tienen grados distintos de superenrollamiento.
El superenrollamiento tambien tien e una par-
ticipaci6n constante en Ia transcripcion. A medida
que una polimerasa de RNA transcribe el DNA, ocu-
rre desenrollamiento y enrollamientor como se ilus-
tra en Ia Figura 11.4. Esto requiere que el complejo
de transcripci6n completo gire en torno al DNA o
que el DNA mismo gire sobre su eje h elicoidal. Las
consecue n cias de Ia rotaci6n del DNA se ilustran
en Ia en el modelo del bidominio para
277
 Ia transcripcion. Conforme Ia polimerasa de RNA
avanza por Ia doble helice, genera superenrolla-
miento positivo (DNA enrollado de manera mas
compacta) por delante y produce superenrollamien-
to negativo (DNA enrollado de forma mas laxa) por
detras. Por cada vuelta helicoidal recorrida por Ia
polimerasa de RNA, se genera un giro +1 adelante
y un giro -1 atras.
Por lo tanto, Ia transcripcion tiene un efecto
significativo en Ia estructura (local) del DNA. Como
resultado, las enzimas girasa (que introduce super-
enrollamientos negativos) y topoisomerasa I (Ia cual
retira los superenrollamientos negativos) son nece-
sarias para rectificar la situacion adelante y detras de
la polimerasa, respectivamente. El bloqueo de las ac-
tividades de Ia girasa y de Ia topoisomerasa provoca
cambios importantes en el superenrollamiento del
DNA. Por ejemplo, en las levaduras que carecen de
una enzima que relaje superenrolla mientos nega-
tivos, Ia densidad del superenrollamiento negativo
se duplica en una region transcrita. Una implicacion
posible de estos resultados es que Ia transcripcion se
encarga de generar una proporcion significativa del
superenrollamiento que ocurre en la celula .
En !a replicacion sucede una situaci6n similar,
cuando el DNA debe ser desenrollado en una hor-
quilla de replicacion en movimiento de modo que
las cadenas individuales separadas puedan utilizarse
como moldes para la sfntesis de cadenas hijas. (Mas
adelante, en Ia Figura 19.20, se indican las solu -
ciones de las restricciones topologicas asociadas a
dichas reacciones.)
La sustituci6n de los factores
cr puede controlar la iniciaci6n
Conceptos principales
Escherichia coli tiene numerosos factores cr, cada uno
de los cuales provoca que La polimerasa de RNA inicie
en un conjunto de promotores definido por secuencias
especlficas -35 y -10.
cr 70 se utiliza en la transcripci6n general y los demas
factores cr son activados por co ndiciones especiales.
La division de labores entre Ia enzima central, que
realiza la elonga cion de Ia cadena, y un factor cr,
que interviene en Ia seleccion del sitio, de imnediato
da origen a Ia pregunta de si hay mas de un tipo de
factor cr, cada uno especffico para una clase diferente
de promotores. La muestra el principia
de un sistema en el cual una sustitucion del factor cr
cambia la elecci6n de promotor.
Escherichia coli utiliza facto res 0 alternativos para
responder a cambios ambientales generales; estos
se enlistan en Ia . (Reciben su nombre
278 CAPITULO 11 Transcripci6n
La holoenzima que incluye a c;?D reconoce a un
conjunto de promotores
La sustituci6n del factor a provoca que Ia enzima
reconozca a un conjunto diferente de promotores
El factor cr asociado a La enzima central deter-
mina el conjunto de promotores en los cuales debe iniciarsE
La transcripci6n .
por el peso molecular del producto o por el gen )_
El factor general, el cual se encarga de la transcrip-
cion de la mayor parte de los genes bajo condicione~
normales, es 0 70 . Los factores a alternativos 0 5 , o 3=
oE y o
54
son activados en respuesta a cambios am-
bientales; el factor 0 28 se utiliza para Ia expresi6 :
de genes flagelares durante el crecimiento norma!
pero su nivel de expresi6n responde a cambios er.
el ambiente . Todos los factores a, excepto 0 54 perte-
necen a Ia misma familia de protefnas y funcionar_
de Ia misma fo rma general.
La fluctuacion de temperatura es un tipo fre -
cuente de cambia ambiental. Numerosos organi5-
mos, tanto eucari6ticos como procari6ticos, re -
ponden de manera similar. En presencia de u::.
incremento de temperatura, Ia sfntesis de las pro-
tefnas que se estaban produciendo se interrumpc
o disminuye y se sintetiza un nuevo conjunto de
protefnas. Las protefnas nuevas son los product :
de los genes de choque termico, cuyas funcione-
son proteger a Ia celula contra el estres ambienta:
Los genes de choque termico tambien se expresa::-.
en respuesta a condiciones ajenas al choque tem-
co. Varias de las protefnas de choque termico sor;
chaperones. En E. coli, la expresi6n de 17 protein~
de choque termico es activada par cambios en I;;
transcripci6n. El gen rpoH es un regulador necesc.-
rio para activar Ia respuesta al choque termico. s-_
producto es 0 32 , el cual funciona como un fact :
0 alternativo que provoca Ia transcripci6n de !c_
genes de choque termico.
La respuesta a! choque termico se logra al ir:. -
crementar la cantidad de 0 32 cuando la temperatu:-_:
aumenta y al disminuir su actividad cuando el cau.-
bio de temperatura se revierte. La senal basica q~=-
 _ ce la producci6n de a 32 es la acumulaci6n de en ser descubierto, en el cual Ia separaci6n de una
:einas desplegadas (desnaturalizadas en forma proteina de membrana activa un factor de transcrip-
:ial) que resultan del incremento de Ia tempe- ci6n. En este caso, el propio factor de transcripci6n
__: ra. La protefna a 32 es inestable, lo cual es im- es sintetizado como una protefna de membrana y
:-:ante porque permite que su cantidad aumente el nivel de esteroles en Ia membrana controla Ia
! minuya con rapidez. Las protefnas a 70 y a 31 activaci6n de las proteasas que liberan al factor de
_:> den competir por la enzima central disponible, transcripci6n del dominio citos6lico de Ia protefna.
- :al manera que el conjunto de genes transcritos Otro factor a se utiliza en condiciones de esca-
-.::-ante el choque termico depende del balance en- sez de nitr6geno. Las celulas de E. coli contienen una
: ellos. Los factores a cambiantes son un asunto pequefia cantidad de a 54 , el cual es activado cuando
:::'. o que repercute de manera generalizada en la no hay amonio en el media. En estas condiciones,
. resi6n de los genes en las bacterias. Por lo tanto, los genes son activados para permitir el uso de otras
es sorprendente que la producci6n de factores a fuentes de nitr6geno. Las contrapartes de este fac-
_evos pueda ser el objetivo de numerosos circuitos tor a se han encontrado en una amplia variedad de
= ~ !adores . El factor a 5 es inducido cuando !a bac- bacterias, por lo que representa un mecanismo de
: a transita de Ia fase de crecimiento ala fase est a- respuesta que se ha conservado en Ia evoluci6n.
naria y tambien en otras condiciones de estres. Es Otro caso de conservaci6n evolutiva de los fac-
_ :1trolado en dos niveles. La traducci6n del RNAm tores a es el del factor aF, el cual se presenta en pe-
:-:5 se incrementa con Ia reducci6n de Ia tempe - quefias cantidades y hace que Ia polimerasa de RNA
.:.:ura o con Ia osmolaridad elevada. La prote6lisis
.:<producto protefnico es inhibida por escasez de
~:bono (Ia sefial tfpica de !a fase estacionaria) y por
-emperatura alta. Gen Factor Usa
Otro grupo de genes regulados por cam bios ter-
rpoD (J70 general
-Jcos es controlado por el factor aE . Responde a
rpoS crs estres
.:.:.rnbios mas extremos de temperatura que 0 32 yes
rpoH (J32 choque termico
__ ucido por !a acumulaci6n de proteinas desple-
;.idas en el espacio periplasmico o en !a membrana rpoE crE choque termico
:terna. Es controlado por el circuito intrincado que rpoN (J54 escasez de nitr6geno
=resume en Ia . El factor aE se une a fliA 0 2a ( crF) slntesis flagelar
_,a protefna (RseA) que se localiza en Ia membrana
:-:terna. Como resultado, no puede activar Ia trans- Adem as de a 70 , E. coli tiene numerosos facto res
::ipci6n. La acumulaci6n de protefnas desplegadas a que son introducidos par condiciones ambientales particula-
~ :tiva a una proteasa (DegS) en el espacio periplas-
res. (El supenndice del factor indica su masa.)
ico, Ia cual separa el extremo C de Ia protefna
? -eA. Est a separaci6n activa otra protefna localizada
::1 la membrana interna (YaeL), la cual divide ala PERl PLASMA
::-gi6n terminal N de Ia RseA. Cuando esto sucede, c
:: factor aE es liberado y puede activar entonces la Divisi6n Division
- anscripci6n. El resultado neto es que la acumula- __...
por DegS
:i6n de protefnas desplegadas en Ia periferia de la
:'acteria se encarga de la activaci6n del conjunto de
;-enes controlados por el factor a.
RseA ''.,__
()"
Este circuito tiene dos similitudes interesantes
~ n otros circuitos reguladores. La respuesta a las
"~rotefnas desplegadas en las celulas eucari6ticas cr liberado
N
:ambien utiliza una ruta en Ia cual una protefna
:lesplegada (ubicada dentro del retfculo endoplas -
Jlico) activa una protefna de membrana. En este
:aso, la protefna de membrana es una endonuclea - Activa Ia
a que divide a un RNA, lo que al final conduce a CITOPLASMA transcripci6n
1n cambia en el corte y empalme que ocasiona !a
_roducci6n de un factor de transcripci6n (vease !a RseA es sintetizada como una proteina en la
membrana interna. Su dominio citoplasmico se une al factor
;ecci6n 26.17, La respuesta a protefnas desplegadas aE. RseA es dividida de manera secuencial en el espacio peri-
se relaciona con el corte y empalme del RNAt) . Una plasmico y despues en el citoplasma. La division citoplasmica
imilitud mas directa se encuentra en el primer caso Libera crE.

11.16 La sustituci6n de los facto res a puede controlar la iniciaci6n 2 79

 un a de Ia otra y se ubican en -24 y -12; vease !a
seccion 11 .17, Los factores a entran en contacto de
manera directa con el DNA.) Como se resume en Ia
Gen Factor Secuencia -35 Separaci6n Secue ncia -10
, las secuencias de consenso para cada
rpoD 0"70 TTGACA 16-18 bp TATAAT conjunto de promotores son diferentes entre si en
rpoH 0"32 CCCTTGAA 13-15 bp CCCGATNT una de las posiciones -35 y -10, o en ambas. Esto
rpoN a54 CTGGNA 6 bp TTGCA significa que una enzima que contiene un factor a
fliA 0 2a (crF) CTAAA 15 bp GCCGATAA particular puede reconocer solo su propio conjunto
sigH aH AGGANPuPu 11-12 bp GCTGAATCA
de promotores, por lo que la transcripcion de los
diferentes grupos es mutuamente excluyente. En
Los factores 0 de E. coli reconocen promotores con consecuencia, la sustitucion de un factor a por otro
diferentes secuencias de consenso. desactiva la transcripcion del conjunto antiguo de
genes y activa la transcripcion de un conjunto nue-
vo. (Algunos genes son expresados por polimerasas
de RNA con factores a distintos debido a que tienen
mas de un promotor, cada uno con un conjunto
600 diferente de secuencias de consenso.)
I I
1.1 1.2 2.12.22.4 4.14.2
lmpide Ia
union al DNA
lnteracciones con el promotor
11:11 Los factores cr entran

1 -10
! !

- 35
I
.,_ Gen - - - - - TAATATACAGTT 5'
Un mapa del factor 0 70 de E. coli identifica regio-
nes conservadas. Las regiones 2.1 y 2.2 contactan ala polime-
rasa central, la region 2.3 es necesaria para la desnaturalizacion
y las regiones 2.4 y 4.2 contactan a los elementos promotores de
las secuencias -35 y -10. La region terminal Nimpide que 2.4 y
4.2 se unan al DNA en ausencia de la enzima central.
transcriba genes que intervienen en Ia quimiotaxis
yen la estructura flagelar. Su contra parte en Bacillus
subtilis es an, el cual controla los genes flagelares y de
motilidad; en numerosas especies de bacterias hay
factores con la misma especificidad promotora .
Cada factor a provoca que Ia polimerasa de
RNA inicie en un conjunto particular de promoto-
res. Al analizar las secuencias de estos promotores,
se puede demostrar que cada conjunto es identifica-
do por elementos de secuencia unicos. De hecho, la
secuencia de cada tipo de promotor asegura que sea
reconocido solo por la polimerasa de RNA dirigida
por el factor a apropiado. Se pueden deducir las
reglas generales del reconocimiento de los promo-
tares a partir de la identificacion de los genes que
responden a los factores a que se encuentran en
E. coli y de aquellos que participan en la esporula-
cion en B. subtilis (vease la seccion 11.19, La espo -
rulacion es controlada por facto res a).
Una caracterfstica significativa de los promoto-
res para cada enzima es que tienen el mismo tamaiio y
localizaci6n relativa con respecto a! pun to de inicio y mues-
tran secuencias conservadas solo alrededor de los centros
usuales -35 y -10. (El factor cr 54 es una excepcion en
Ia cuallas secuencias de consenso estan mas cerca
en contacto de manera
directa con el DNA
Conceptos principales
0 70 cambia su estructura para liberar sus regiones de
union al DNA cuando se asocia a la enzima central.
0 70 se une a las secuencias -35 y -10.
La definicion de una serie de secuencias de consen-
so diferentes reconocidas en -35 y -10 por holoen-
zimas que contienen factores a diferentes (vease ~a
Figura 11.34) conlleva Ia implicacion inmediata de
que la subunidad a debe entrar en contacto con el
DNA en estas regiones. Esto sugiere el principia ge-
neral que afirma que hay un tipo comun de relacion
entre el factor a y la enzima central, en la cual el
factor a es colocado de una manera especifica para
que establezca contactos cruciales con las secuencias
promotoras en la vecindad de -35 y -10 .
Las mutaciones del factor a que suprimen las
mutaciones en las secuencias de consenso ofrecen
indicios directos de que el factor a entra en contacto
de manera directa con el promotor en las secuencias
de consenso -35 y -10. Cuando una mutacion en
una posicion particular del promotor impide que sea
reconocido por la polimerasa de RNA y una muta-
cion compensadora en el factor cr permite que la
polimerasa utilice el promotor mutante, la explica-
cion mas probable es que el par de bases relevante
del DNA sea contactado por el aminoacido que ha
sido sustituido.
Las comparaciones de las secuencias de numero-
sos factores cr bacterianos permiten identificar las re-
giones que se han conservado. Sus localizaciones en
el factor cr 70 de E. coli se resumen en Ia 1.35.

280 CAPiTULO 11 Transcripcion

...2 snructura cristalina de un fragmento de factor cr
:a bacteria Thermus aquaticus muestra que estas
~ : nes se pliegan en tres dominios independientes
.a proteina: el dorninio cr2 contiene a 1.22.4, cr 3
::riene a 3.0- 1. 3 y cr4 contiene a 4.1-4.2.
La Figura 11.35 muestra que dos partes peque-
-.: de las regiones dos y cuatro (nombradas 2.4 y
= participan en el contacto con las bases en los
- :::nentos - 10 y -35 , respectivamente. Estas dos
{ones forman fragmentos pequenos de helice
::-n la protefna. Los experimentos con moleculas
. :eroduplex muestran que cr70 hace contactos con
bases sobre todo en Ia cadena codi:ficadora, y
=.ntiene estos comactos despues de que el DNA ha
desenrollado en esta region. Esto sugiere que
:actor cr podria ser importante en la reaccion de
. naturalizacion.
El uso de elementos h elicoidales ex en las pro-
: ::-tas para reconocer secuencias de DNA duplexes
-~ uente (vease Ia seccion 14.11 , El represor utili-
= un elemento helice-vuelta-helice para unirse a!
_A). Los aminoacidos separados por tres a cuatro
siciones se encuentran en la misma cara de una
. lice a y, por lo tanto, estan en una posicion en
.:. que pueden establecer contacto con los pares de
:ises adyacentes. La muestra que los
_::J.inoacidos que se encuentran a lo largo de una
:na de la region 2.4 de la helice ex contactan a las
: 3Ses de las posiciones -12 a -10 de Ia secuencia
-:om otora - 10.
La region 2.3 es semejante a las protefnas que
=u nen a acidos nucleicos de cadena individual y
-.uticipa en la reaccion de desnaturalizacion. Las
::giones 2.1 y 2.2 (las cuales forman Ia parte mas
. nservada del factor cr) intervienen en Ia interac-
6n con la enzima central. Se asume que todos los
actores cr se unen a las mismas regiones de Ia poli-
erasa central, lo cual garantiza que las reacciones
ean competitivas.
La region terminal N de cr 70 tiene funciones re-
; tLladoras importantes. Si es retirada, la protefna
: cortada adquiere Ia capacidad de unirse de manera
::pecffica a secuencias promotoras. Esto sugiere que
.a region terminal N actua como un dominio de au-
: inhibicion. Ocluye los dominios de union al DNA
:uando cr70 esta libre. La asociacion con Ia enzima
:entral cambia la conformacion de cr, de tal mane -
~a que la inhibicion es liberada y los dominios de
..:nion al DNA pueden h acer contacto con el DNA
La esquematiza el cambia de con-
:ormacion del factor cr en Ia formacion de un com-
lejo abierto. Cuando el factor cr se une a Ia polime-
~asa central, el domino terminal N se balancea - 20
A y se aleja de los dominios de union al DNA, y los
ominios de union a! DNA se separan uno de otro
-15 A, al parecer para adquirir una conformacion
11.17 Los factores
Protefna
DNA
Posicion -1:}-12-11-1o-s-&-7
Los aminoacidos de la helice ex 2.4 de cr'" hacen
contacto con bases especificas en la cadena codificadora de la
secuencia promotora - 10.
Dominios de union al DNA
La regi6n terminal N
se une a los dominios
de union al DNA en
el factor cr libre
Region terminal N
El DNA desplaza al
extrema N cuando se
forma el complejo con
el DNA
Regi6n terminal N
El extrema N de 0 impide que las regiones de
union al DNA se unan al DNA. Cuando se forma un complejo
abierto, el extrema Nse separa 20 Ay las dos regiones de union
al DNA se alejan 15 A.
mas alargada, apropiada para hacer contacto con el
DNA. Las mutaciones en cualqu iera de las secuen-
cias -35 o -10 impiden que un factor cr70 (grupo
terminal N eliminado ) se una al DNA, Io cual su-
giere que <J70 contacta ambas secuencias de manera
simultanea. Esto implica que el factor cr debe tener
una estructura bastante alargada, que rebase los
-68 A de dos vueltas de DNA.
En Ia holoenzima libre, el dominio terminal N
se localiza en el sitio activo de los componentes de
Ia enzima central, esencialmente imitando Ia Ioca-
lizacion q u e el DNA ocupara cuando se form e un
complejo de transcripcion. Cuando la holoenzima
forma un complej o abierto en el DNA, el dominio
terminal N cr es desplazado del sitio activo. Su re-
lacion con el resto de la protefna es, por lo tanto,
rnuy flexible; Ia relacion cambia cuando el factor
cr se une a la enzima central y de n uevo cuando la
holoenzima se une al DNA.
Las comparaciones de las estructuras cristalinas
de la enzima central y de la holoen zima muestran
que el factor cr se encuentra sobre to do en la superfi-
0 entran en contacto de manera directa con el DNA 281

<J-
Enzima central
El factor cr tiene una estructura alargada que
se extiende por La superficie de las subunidades de La enzima
central cuando se forma la holoenzima.
El DNA en un inicio entra en contacto con el
factor cr (en color rosa) y con la enzima central (en color gris).
Se desplaza mas hacia el interior de la enzima central para for-
mar contactos con la secuencia -10. Cuando cr es liberado, la
anchura del pasaje que contiene al DNA aumenta . Reproducida
de Vassylyev, D. G., et al. Nature. 2002. 417: 712-719. Fotogra-
fia cortesia de Shigeyuki Yo koyama, The University of Tokyo.
cie de la enzima central. La muestra que
tiene una estructura alargada que rebasa el sitio de
union al DNA. Esto lo coloca en una posicion que le
permite hacer contacto con el DNA durante la union
inicial. La helice de DNA tiene que desplazarse unos
16 A a partir de la posicion inicial para entrar al sitio
activo. La J ilustra este movimiento, visto
en corte transversal a lo largo del eje helicoidal del
DNA.
En el factor cr 54 se observa una diferencia in-
teresante de comportamiento. Esto provoca que la
polimerasa de RNA recon ozca los promotores que
tienen una secuencia de consenso distinta, con
un elemento conservado en -12 y con otro en la
cercania ubicado en - 24 (expuesto en la columna
"-3 5" de la Figura 11.32). Por lo tanto, Ia geome-
trfa del complejo polimerasa-promotor es diferente
bajo la direccion de este factor cr. Otra diferencia
en el mecanismo de regulacion es que un nivel alto
282 CAPITULO 11 Transcripci6n
de transcripci6n dirigido por 0' 54 requiere que otros
activadores se unan a sitios que estan bastante dis-
tantes del promotor. Esto contrasta con los otro
tipos de promotores bacterianos, para los cuales los
sitios reguladores estan siempre muy cerca del pro-
motor. El comportamiento de cr 54 es diferente al de
otros factores cr, sobre todo en lo que se refiere a su
capacidad para unirse al DNA independientemente
de la polimerasa central. En este aspecto, 0' 54 es rna_
parecido a los reguladores eucarioticos que se anali-
zan en el Capitulo 24, Promotores y potenciadores.
que a los reguladores procarioticos tipicos que se
abordan en el Capitulo 12, El operon.
Los factores a pueden
organizarse en cascadas
Conceptos principales
Una cascada de factores cr se crea cuando un factor
cr es necesario para transcribir al gen que codifica al
siguiente factor cr.
Los genes tempranos del fago SPOl son transcritos por
una polimerasa de RNA hospedadora.
Uno de los genes tempranos codifica un factor cr que
hace que La polimerasa de RNA transcriba los genes
intermedios.
Dos de los genes intermedios codifican subunidades
de un factor cr que hacen que la polimerasa de RNA
transcriba los genes tardios.
Los factores cr se utilizan de manera amplia pare.
controlar Ia iniciacion de la transcripcion en la bac-
teria B. subtilis, en Ia cual se conocen -10 facto res
distintos. Algunos se encuentran en las celulas ve-
getativas; otros se producen solo en circunstancid5
especiales de infecciones por fagos o en el cambic
de crecimiento vegetativo a esporulacion.
La principal polimerasa de RNA observada en la5
celulas de B. subtilis que participan en el crecimientC"
vegetativo normal tiene Ia misma estructura que Ia
polimerasa de RNA de E. coli, <X2 ~Wcr. Su factor c
(descrito como cr4 3 o crA) reconoce promotores cor:
las rnismas secuencias de consenso utilizadas por !c.
enzima de E. coli bajo la direccion de 0'70 . Mucha~
variantes de la polimerasa de RNA que contiene_
otros facto res cr se encuentran en cantidades much
mas pequefias. Las enzimas variantes reconocer:
promotores distintos con base en las secuencias de
consenso localizadas en -35 yen -10.
La transicion de la expresion de un conjumo
de genes a la expresion de otro conjunto es unc:
caracterfstica comun de la infecci6n por bacteriofa-
gos. En todos las casos, excepto en los que son mu~
simples, el desarrollo del fago comprende cambi~
en el patron de transcripci6n durante el ciclo infec-
_ so. Estos cambios pueden logra rse gracias a la
_resis de una polimerasa de RNA codificada por los
~ JOS o a los esfuerzos de los factores accesorios co-
-5cados por los fagos que controlan la polimerasa
. :: RNA bacteriana. Un ejemplo bien caracterizado
-~- control mediante Ia produccion de factores 0
Jevos ocurre durante la infeccion por el fago SPO l
_:' B. subtilis.
El ciclo infeccioso de SPO l pas a por tres eta-
2s de expresion genica. En cuanto tiene Iugar la
-::eccion se transcriben los genes tempranos del
'"'-"'0. Despues de 4 a 5 min, cesa la transcripcion de
' genes tempranos y comienza la transcripcion
-~ los genes intermedios. A los ocho a 12 min, la lntermedio
-::nscripcion de los estos genes es remplazada por La enzima central-gp28
transcribe a los
transcripcion de los genes tardios. genes intermedios
Los genes tempranos son transcritos por la ho- del fago
.:-nzima de la bacteria hospedadora. En esencia,
__ imposible distinguirlos de los genes hospedado-
::s cuyos promotores tienen la capacidad intJfn-
; ra de ser reconocidos por Ia polimerasa de RNA
Wcr43.
La expresion de los genes de los fagos es indis-
_nsable para las transiciones a la transcripcion de Tard io
>genes intermedios y tardfos. I res genes regula- La enzima central-gp33-gp34
transcribe los genes
- res, 28, 33 y 34, controlan el curso de la transcrip- tard fos del fago
- n. Sus funciones se resumen en la
.:_ patron de regulacion crea una cascada, en la cual
= enzima hospedadora transcribe un gen tempra-
il cuyo producto es necesario para transcribir los La transcripci6n de los genes del fago SPOl
-
3
nes intermedios. Despues de esta transcripcion, es contro lada par dos sustituciones sucesivas del factor a que
_ s de los genes intermedios codifican productos cambian la especificidad de la interacci6n.
.dispensables para transcribir los genes tardfos.
Los organismos con mutaciones en el gen tem- los remplazos sucesivos del factor cr tienen
::-ano 28 no pueden transcribir los genes interme- consecuencias dobles. Cada vez que se cambia la
- s. El producto del gen 28 (denominado gp28) subunidad, la polimerasa de RNA adquiere Ja ca-
_ una protefna de 26 kD que remplaza a! factor pacidad de reconocer a una nueva clase de genes y
::: hospedador en la enzima central. Esta sustituci6n deja de reconocer a la clase anterior. Por lo tanto,
. (l unico hecho requerido para hacer la transici6n de estos cambios constituyen cambios globales en la
expresi6n de los genes tempranos a la expresi6n de los actividad de la polimerasa de RNA. Es probable que
:tes intermedios. Esto crea una holoenzima que ya toda, o casi toda, Ia enzima central se asocie al factor
puede transcribir mas los genes del hospedador cr de ese momento, y el cambio es irreversible.
en cambio transcribe de manera especffica los ge-
__s intermedios. No se sabe como el producto gp28
.=splaza a cr43 o que le sucede al polipeptido cr hos-
La esporulaci6n es controlada
.dador. por factores <5
Dos de los genes intermedios participan en la Conceptos principales
~uiente transicion. Las mutaciones en el gen 33
La esporulaci6n divide a una bacteria en una celula
en el gen 34 impiden la transcripcion de los ge -
madre que es desintegrada y una espora que es
. es tardfos. Los productos de estos genes forman liberada.
:1 dfmero que remplaza a gp28 en la polimerasa
Cada compartimiento avanza a la siguiente etapa de
.::ntral. Una vez mas, se desconoce como gp3 3 y desarrollo al si ntetizar un factor a nuevo que desplaza
.. 34 excluyen a gp28 (o a cualquier a" 3 hospedador al factor a anterior.
-::sidual), pero una vez que se han unido a la enzima
La comunicaci6n entre los dos compartimientos
_-ntral, esta es capaz de iniciar la transcripci6n solo en los temporiza las sustituciones de los facto res a.
~omotores de los genes tard{os.

11.19 La esporulaci6n es controlada por factores a 283

 .. . . .. getativa ) da origen a dos celulas hijas distintas co:-
destinos diferentes: Ia celula madre ala larga se liSi.
y la espora que es liberada tiene u na estructura p ~
l
llV\q_
Bacteria
vegetativa
t.< )
-~11-'
completo diferente a la de la bacteria original.
La esporulaci6n implica un cambio drastico e:
las actividades biosinteticas de Ia bacteria, en el cue:
El DNA se VNi\:llVi\IJVNI participan n umerosos genes. El nivel basico de coL
replica ViV.A6V7Vii./JVI
trol su cede en Ia transcripci6n. Algunos de los gen _
que funcionaron en Ia fase vegetativa son apagad
~ durante la esporu laci6n, pero la mayor parte com~
Se forma el VNAJlVJV,Vl\11
nua siendo expresado. Ademas, los gen es especffi .
tabique VJ'\UV. 't\ll\.IJ\/1
cos utilizados para la esporulaci6n se expresan s6!
~
durante este periodo . AI final de Ia esporulaci6n
El DNA se -40% del RNAm bacteriano es especffico de la ~

~
1\

t~v;
transfiere al VNA/A.Il\lAJI\/1 porulaci6n.
interior de Ia
pre-espora
Las formas nuevas de polimerasa de RNA se ac-
tivan en las celulas sometidas a esporulaci6n; esta....
contienen la misma enzima central que las celul<L

~
La espora
\IJV:v:V/VA.Il..ll
es engullida
~
Se forma Ia
cubierta de VlVAilVJVlVAII
Ia espora
La celula
\:lNMVNi\INI'
madre se lisa
La espora
se Iibera
La esporulaci6n comprende la dife renciaci6n
de una bacteria vegetativa en una d~ lula madre que se lisa y
en una espora que se libera.
Quiza el ejemplo mas extenso de cambios en los
factores cr lo ofrece la esporulacion, otra forma
de vida de disponer algun as bacterias. AI final de
Ia fase vegetativa en un cultivo de bacterias, el
crecimiento logarftmico es interrumpido debido a
que los nutrientes en el medio se agotan. Esto activa
Ia esporulaci6n, como se ilustra en Ia
El DNA es replicado, un genoma es segregado en
un extremo de la celula y a Ia larga el genoma es
rodeado porIa cubierta rfgida de Ia espora. Cuando
se forma el tabique, genera dos compartimientos
independientes, el de Ia celula madre y el de Ia pre-
espora. AI principia del proceso se adhiere un cro-
mosoma a cada polo de Ia olula. El tabique crecien-
te atrapa parte de un cromosoma en la pre-espora, y
despues una translocasa (Spoi-UE) bombea al resto
del cromosoma al interior de Ia pre-espora.
La esporulaci6n sucede en unas 8 h. Puede con -
siderarse como un tipo primitivo de diferenciaci6n,
en el cual una celula progenitora (la bacteria ve -
-;~
vegetativas, pero tien en protefnas diferentes en luga:
~J\' "' del factor cr4 3 vegetative. Los cam bios en Ia especifi -_
dad de Ia transcripci6n se resumen en Ia 1.
El principia especifica que en cada compartimiem
""~
. :3 el factor cr existente es desplazado en forma sucesi,::
V.I'VJS'
por un factor nuevo que provoca Ia transcripci6n c:
un conjunto diferente de genes. La comunicaci '
entre los compartimientos ocurre para coordinc....
Ia cron ologfa de los cambios en la pre-espora yen::
celula madre.
La cascada de esporulaci6n inicia cuando lc..
condiciones ambientales activan un fosforreleva-
dor, en el cual un grupo fosfato pasa por una ser:-
de protefnas hasta que alcanza a SpoOA. (Numer .
sos productos genicos intervienen en este proce_
cuya complejidad puede refl ejar Ia n ecesidad dee' -
tar errores y desencadenar de manera innecesaria :_
esporu laci6n .) SpoOA es un regulador de Ia trar.c-
cripci6n cuya actividad es afectada por Ia fosfori: ~
ci6n. En Ia forma fosfo rilada, activa la transcripci ' -
de dos operones, cada uno de los cuales es transcr;:
por una forma diferente de Ia polimerasa de RL -
hospedadora. Bajo la direcci6n de u n SpoOA f _.
forila do, Ia enzima hospedadora que utiliza el c-
general transcribe al gen que codifica al factor cr~
Ia enzima h ospedadora dirigida por un factor men -
crH, transcribe al gen que codifica al factor pro-crE. E.;:
tos dos factores cr nuevos son producidos antes de
formaci6n del tabique, pero se activan despues.
El factor crF es el primero en ser activado en -
compartimiento de Ia pre-espora. Es inhibido
un factor anti-cr que se une a el; en Ia pre-espora, :..-
factor anti-anti-cr retira al inhibidor. Esta reacci -
es controlada por una serie de episodios de fosi
rilaci6n/desfosforilaci6n. El determ inante inicia:
u na fosfatasa (SpoiiE) que es u n a proteina inte~.
de m embran a que se acumula en el polo, lo cr_
resulta en un incremento de Ia concentraci6n .:

284 CA PITULO 11 Transcripci6n

 CELULA MADRE La holoenzima PRE-ES PORA
contiene crH o cr 43

l El fosforrelevador
l
~ activa Ia sfntesis de
crF y crPrD-E
C(
l
crE es activado y des plaza
crF remplaza a cr 43
en Ia enzima central
a cr43
l
El complejo enzima central-crF
Se crea el gen crK; es transcribe a los genes tempranos
transcrito por crE de Ia esporulaci6n

l
crG es el producto de un gen
temprano de Ia esporulaci6n

l 1 - - Se activa crG y desplaza a crF

Se activa crK y des plaza a crE l

l
El factor crK activado promueve
Vi'
El factor crG activado promueve Ia
Ia transcripci6n de los genes transcripci6n de los genes tardfos
tardfos

La esporulaci6n involucra cambios sucesivos en los factores

0 que controlan la especificidad de la iniciaci6n de la polimerasa de RNA. Las
cascadas de la celula madre (lad a izquierdo) y de la pre-espora (lad a derecho)
estan vinculadas par seiiales que pasan a traves del tabique (indicadas con
flechas horizontales).

~ominio fosfatasa en la pre-espora. Desfosforila y, Dos episodios reguladores siguen a Ia actividad

j>Or lo tanto, activa, al factor SpoiiAA, el cual a su
ez desplaza al factor anti-a SpoiiAB del complejo
poiiAB-crF. La liberaci6n de <JF lo activa.
La activaci6n de <JF determina el inicio de la es -
_;)Orulaci6n. Bajo la direcci6n de aF, la polimerasa
'e RNA transcribe el primer conjunto de genes de
=sporulaci6n en vez de los genes vegetativos que
~staba transcribiendo antes. Es probable que la reac-
jon de remplazo afecte solo a parte de la poblaci6n
je polimerasa de RNA, debido a que 0F se produce
;6lo en pequefias cantidades. Una escasa cantidad
je enzima vegetativa prevalece durante la esporula-
:l6n. El a4 3 desplazado noes destruido; puede ser re-
ruperado de extractos de celulas en esporulaci6n .
de aF, como se detalla en la . En la pre-
espora, otro factor, <JG, es el producto de uno de los
genes tempranos de Ia esporulaci6n. El factor <JG
hace que Ia polimerasa de RNA transcriba los ge-
nes de esporulaci6n tardios en la pre-espora. Otro
producto genico temprano de la esporulaci6n se
encarga de la comunicaci6n con el compartimiento
de la celula madre. El factor ()F activa a SpoHR, el
cual es secretado de la pre-espora. Despues activa a
la protefna de union a la membrana SpoiiGA para
transformar al precursor inactivo pro-<JE en el factor
activo ()E en Ia celula madre. (C ualquier ()E produ-
cido en Ia pre-espora es degradado por funciones
especfficas de Ia pre-espora.)

11.19 La esporulaci6n es controlada par factores 0 285

 compartimiento son activados en forma sucesiva
cada uno dirige la sfntesis de un conjunto particu::
CELULA PRE-ESPORA
de genes. La J L ,. ilustra Ia forma en Ia cu.:..
MADRE
las dos cascadas esra.n conectadas porIa transmisir -
de sei'i.ales de un compartimiento al otro. A medi ~
que se activan los factores a nuevos, los facton:
a antiguos son desplazados, de tal m anera que 1
SpoiiGA tran siciones de los factores a apagan y enciende-
.....SpoiiR
a los genes. La incorporaci6n de cada factor en '
polimerasa de RNA determina cuando se expre::
su conjunto de genes diana, y Ia cantidad de fact
disponible influye en el nivel de expresi6n geL -
ca. En un momento dado puede activarse mas c.-
un factor a, y las especificidades de algunos de ic
factores a se superponen. Se desconoce de que de-
pende Ia capacidad de cada factor a de remplazar '
El factor d desencadena la sintesis del siguien-
te factor o en La pre-espora (oG) y activa a SpoiiR, que provoca su predecesor.
que SpoiiGA divida a pro-oE.
La polimerasa de RNA
bacteriana termina en sitios
CELULA PRE-ESPORA discretos
MADRE
....
SpolfE-SpoiiAA
........
0 Concepto principal
La terminaci6n puede requerir el reconocimiento de la

Prote61isis
crE ~
.....
SpoiiGA-SpoiiR
secuencia terminadora en el DNA y la formaci6n de urna
estructura en forma de horquilla en el producto de RNA.

V ~ SpoiiiA
Factor
Y
y ..~ro.. des~
Prote61isis
crK ~
..
La regulaci6n ent recruzada de La esporulaci6n
coordina La cronologia de los episodios que suceden en La celula
madre y en la pre-espora.
La cascada continua cuando aE es remplazado
por aK. (De hecho, Ia producci6n de a Kes bastante
compleja, debido a que primero su gen debe ser
creado por un episodio de recombinaci6n.) Este
factor tambien es sintetizado como un precursor
inactivo (pro-aK) que es activado por una protea-
sa. Una vez que aK ha sido activado, desplaza a aE
y provoca Ia transcripci6n de los genes tardfos en
Ia celula madre. La cronologfa de estos su cesos
en los dos compartimientos es coordinada por sefia-
les adicionales. La actividad de a Een Ia celula madre
es necesaria para la activaci6n de aGen la pre-espo-
ra; en cambio, Ia actividad de aG es necesaria para
generar una sefi.al que es transmitida a traves del
tabiqu e para activar a aK
De este modo, Ia esporula ci6n es controlada por
dos cascadas, en las cuales los factores a de cada
Una vez que Ia polimerasa de RNA ha iniciado :.:
transcripci6n, la enzima se desplaza por el m olldt
sintetizando RNA, hasta que encuentra una secuer.-
cia terminadora. En este punto, Ia enzima dej a c
agregar nucle6tidos a Ia cadena creciente de RN.-
Iibera el producto terminado y se disocia del m _.
de de DNA. La terminaci6n requiere que todos I
puentes de hidr6geno que mantienen unido at corr.
plejo RNA-DNA se rompan, despues de lo cual ~
reconstituye el DNA duplex.
Es dificil d efinir el sitio de terminaci6n ci:
una molecula de RNA que ha sido sintetizada en ur:...:.
celula viva. Siempre es posible que el extremo :
de Ia molecula h aya sido generado por division dt
transcrito primario y, por lo tanto, no representa c
sitio real en el cual termin6 Ia polimerasa de RN; _
La mejor identificaci6n de los sitios de tern '-
naci6n Ia ofrecen los sistemas en los cuales Ia p r -
limerasa de RNA termina in vitro. La capacidad :
Ia enzima para terminar depende en gran med.i '
de ciertos parametros como Ia fuerza i6nica; con:
resultado, su terminaci6n en un punto particulc._
in vitro no demuestra que este mismo punto sea Iii
terminador natural. Sin embargo, se pueden ide ~:
tificar extremos 3' autenticos cuando se genera ~ .
mismo extremo in vitro e in vivo.
La 'i resume los dos tipos de caractc-
rfsticas en los terminadores bacterianos.

286 CAPiTuLO 11 Transcripci6n

 Los terminadores de las bacterias y de sus
fagos se han identificado como secuencias
liB Hay dos tipos de termina dores
necesarias para la reaccion de terminacion en E. co[j
(in vitro o in vivo). Las secuencias de los ter- Concepto principal
minadores procarioticos no muestran simili-
Los terminadores intrinsecos estan formados por una
tudes mas alla del sitio en el cual se agrega Ia horquilla abundante en G-C localizada en el producto
ultima base al RNA. La responsabilidad de la de RNA seguida por una region rica en U en la cual
terminacion recae en las secuencias ya trans- ocurre la terminacion .
critas por la polimerasa de RNA. Por lo tanto,
Ia terminacion se basa en la exploracion del
En E. coli, los terminadores se distinguen por Ia ne-
molde o del producto que la polimerasa esta
cesidad de la polimerasa de RNA de algun otro fac-
transcribiendo en este momento.
tor para realizar la terminacion in vitro:
Muchos terminadores requieren que se for-
me una horquilla en la estructura secunda-
ria del RNA que esta siendo transcrito. Esto
indica que la terminaci6n depende de un produc-
Todas las secuencias necesarias
to de RNA y no esta determinada tan solo par la para Ia terminaci6n se encuentran
en Ia regi6n transcrita
exploraci6n de la secuencia de DNA durante la
transcripci6n .
Los terminadores varian mucho en cuanto a su
:-ficiencia de terminacion. En algunos terminado-
:es, el episodio de terminacion puede impedirse por
La hor-;;uilla que se
::nedio de factores accesorios espedficos que interac-
:Uan con la polimerasa de RNA. La antitermina- l
localiza en el RNA
puede ser necesaria

d 6n hace que la enzima continue la transcripcion La polimerasa de RNA y el RNA son liberados
- f. ~ I
:::1as alla de la secuencia de terminacion, un suceso
enominado ultrale ctura (el mismo termino uti-
zado en la seccion 9.14, Los supresores pueden
:ompetir con la lectura de tipo silvestre del codigo,
_ara describir la supresion de los codones de termi -
::~ acion de un ribosoma). Las secuencias de DNA necesarias para la ter-
Al examinar el hecho de la terminacion, se le minaci6n se localizan en sentido ascendente con respecto a
la secuencia terminadora. La formacion de una horquilla en el
J ebe considerar no solo como un mecanismo para RNA puede ser necesaria.
senerar el extrema 3' de la molecula de RNA, sino
.::omo una oportunidad de controlar la expresion
genica. Por lo tanto, las etapas en las cuales la po-
irnerasa de RNA se asocia al DNA (iniciacion) o se AGUU
disocia de el (terminacion) estan sujetas a un control U A
G G
especffico. Hay similitudes interesantes entre los sis- A A
UG
emas empleados en Ia iniciacion y en la termina- G C
G C
don. Ambos requieren que se rompan los puentes C G
C A
de hidrogeno (desnaturalizacion inicial del DNA en u Au
U A ~

Ia iniciacion y disociacion del complejo de DNA-RNA GC

en la terminacion) , y ambos requieren la adicion de Ac &

AU
AU
p:wtefnas para interactuar con la enzima central. De AU
hecho, se logran por formas alternativas de la poli- g~ Regi6n abundante en pares GC
c G localizada en el tallo
merasa. Mientras que la iniciacion se basa tan solo CG
u A Fragmento de cadena indtvtdual
en la interaccion entre la polimerasa de RNA y el ~ ~ jncoenU
DNA duplex, el episodio de terminacion implica GC UUUU
el reconocimiento de sefiales en el transcrito por
Los terminadores intrinsecos incluyen regiones
parte de Ia polimerasa de Rl~A o de factores acceso- de pallndromos que forman horquillas cuya longitud varla de 7
rios, asf como el reconocimiento de las secuencias a 20 bp. La estructura tallo-lazo incluye una region rica en G-C
del DNA. y es seguida por un fragmento abundante en residuos de U.

11.21 Hay dos tipos de terminadores en E. coli 287

 La enzima central puede terminar in vitro
en ciertos sitios en ausencia de algun otro
factor. Estos sitios se denominan termina-
dores intrinsecos.
Los terminadores dependientes de p se de-
finen por la necesidad de a nadir el factor rho
(p) in vitro, y las mutaciones demuestran que
el factor interviene en Ia terminadon in vivo.
Los terminadores intrfnsecos tienen dos carac-
terfsticas estructurales mostradas enla
una horquilla en la estructura secundaria y una re-
gion en el extremo de la unidad abundante en re -
siduos de U. Ambas caracterfsticas son indispensa -
bles para la terminacion. La horquilla casi siempre
contiene una region rica en G-C cerca de Ia base del
tallo. La distancia tfpica entre Ia horquilla y la region
rica en U es de siete a nueve bases. Hay -1 100 se-
cuencias en el genoma de E. coli que cumplen con
estos criterios, lo cual sugiere que cerca de la mitad
de los genes tiene terminadores intrfnsecos.
Las mutaciones puntuales que impiden la ter-
minacion ocurren dentro de la region del tallo de
la horquilla. (. Cual es el efecto de una horquilla en
Ia transcripcion? Es probable que todas las horqui-
llas que se forman en el producto de RNA hagan
que la polimerasa disminuya la velocidad de (y qui-
zas detenga) Ia sfntesis de RNA.
La pausa crea una oportunidad para que ocurra
la terminacion. La pausa sucede en los sitios que se
asemejan a los terminadores pero cuya separacion
se ha incrementado (por lo general de 10 a 11 bases)
entre la horquilla y la region abundante en U. Sin
embargo, si el sitio de la pausa no corresponde a un
terminador, la enzima suele seguir adelante para
continuar Ia transcripcion. La longitud de la pausa
varfa, pero un terminador tfpico dura -60 s.
Una region rica en U localizada en sentido
descendente desestabiliza el hfbrido de DNA-RNA
cuando Ia polimerasa de RNA hace una pausa en
Ia horquilla. El hfbrido rU-dA RNA-DNA tiene una
estructura de apareamiento de bases inusualmente
debil; requiere la menor energfa que cualquier hfbri-
do para romper la asociacion entre las dos cadenas.
Cuando la polimerasa hace una pausa, el hfbrido de
DNA-RNA se desenreda de la region terrninal rU-dA
unida de manera debit. Con frecuencia, el episodio
determinacion sucede en una de las numerosas po -
siciones que se dirigen bacia el extremo de la region
rica en u o en eL como si la enzima "tartamudeara"
durante la terminacion. La region rica en U del R.!'JA
corresponde a una region rica en A-T del DNA, por
lo que puede observarse que las regiones ricas en
A-T son importantes en la terrninacion intrfnseca y
en la iniciacion.
La secuencia de Ia horquilla y la longitud del
segmento rico en U determinan la eficiencia de la
288 CAPITULO 11 Transcripci6n
terminacion. Sin embargo, la eficiencia de Ia ter-
minacion in vitro varfa de 2% a 90% y no se co-
rrelaciona de manera sencilla con la constitucion
de la horquilla o con el numero de residuos de U
en la region rica en U. Por lo tanto, la horquilla y
la region abundante en U son necesarias, aunque
insuficientes, y otros parametros influyen en la in-
teraccion con la polimerasa de RNA. En particular,
las secuencias que se encuentran en sentido ascen-
dente y descendente con respecto al terminador
intrfnseco afectan su eficiencia.
Se conoce menos aun sobre las senates y sobre
los factores accesorios involucrados en la termina-
cion de las polimerasas eucarioticas. Cada clase de
polimerasa utiliza un mecanismo diferente (vease e
Capitulo 26, Corte, empalme y procesamiento dei
RNA).
lEE tC6mo funciona el factor p?
Concepto principal
El factor p es una proteina terminadora que se une a
un sitio rut ubicado en un RNA naciente y viaja por el
RNA para liberarlo de la estructura del hibrido de
RNA-DNA en la polimerasa de RNA.
El factor p es una protefna esencial en E . coli que
funciona solo en la etapa de Ia terminacion. Actua
en terminadores dependientes de p, los cuales re-
presentan cerca de Ia mitad de los terminadores de
E. coli.
La ~ I muestra como funciona p. Pri-
mero se une a una secuencia dentro del transcrito
en sentido ascendente con respecto a! sitio de ter-
minacion. A esta secuencia se le denomina sitio rur
(por sus siglas en ingles: rho utilization). El p despue_
viaja por el RNA hasta que encuentra una polime-
rasa de RNA. Cuando la polimerasa de RNA alcanza
el sitio de terminacion, p actua sobre el hfbrido de
RNA-DNA en la enzima para provocar la liberacior.
del RNA. La pausa que hace Ia polimerasa en el si.-
tio de terminacion proporciona tiempo para que e:
factor p se transfiera a! fragmento hfbrido, lo cual e~
una caracterfstica importante de Ia terminacion.
Se observa aquf un principia general importan-
te. Cuando se conoce el sitio del DNA en el cua~
alguna protefna ejerce su efecto, no puede asumir-
se que coincide con la secuencia de DNA a Ia que
reconoce en un inicio. Pueden estar separados y n
es necesario que haya una relacion estable entrt
ellos. De hecho, los sitios rut en diferentes unidade_
de transcripcion se encuentran a distancias varia-
bles precediendo a los sitios de terminacion. En los
factores antiterminadores se hace una distinci6r.
similar (vease la seccion 11.24, La antiterminacio1:
 _~ - iere sitios que sean independientes de los ter-
~_a dores ).
La polimerasa de RNA transcribe al DNA
Las caracterfsticas comunes de los sitios rut son
..:e Ia secuencia tiene una alta concentracion de
::<duos de C y una concentracion baja de residuos
~ G y que no tienen una estructura secundaria. En
GUR se ilustra un ejemplo. La C es por
-::. Jd!o Ia base mas comun (41 %) y Ia G es Ia base
-:.::nos frecuente ( 14%). La longitud de los sitios rut
-: \ariable. Como regia general, Ia eficiencia de un
j o rut aumenta con la longitud de Ia region rica
::::_C y escasa en G.
El factor p es un miembro de la familia de las
-:-li casas hexam ericas dependientes de ATP. La
_ unidad tiene un dominio de union al RNA y un
minio de hidrolisis de ATP. El hexamero funciona
::_ pasar el acido nucleico por una cavidad ubicada
:--: Ia mitad del ensamble formado a partir de los
_ minios de union al RNA de las subunidades. La La polimerasa de RNA hace una pausa en Ia
horquilla y se agrega el factor p
JR muestra que Ia estructura del factor p
frece algunos indicios de como funciona. Enrolla el
::: _-A desde el extremo 3' alrededor del exterior de
- - dominios terminales N, y empuja el extremo 5'
~ = Ia region unida hacia el interior, en donde se une
.=. un dominio secundario de union al RNA en los
El factor p desenrolla al hibrido de RNA-DNA
::: . minios terminales C. La forma inicial del factor p
:-> un anillo discontinuo, pero la union del RNA lo
~ nvierte en un anillo cerrado.
Despues de Ia union al sitio rut, p utiliza su ac-
_:\idad helicasa, conducida porIa hidrolisis de ATP,
a.ra transferirse a lo largo del RNA hasta que al-
:anza al fragment o hfbrido de RNA-DNA en Ia po-
_:merasa de RNA Despues desenrolla Ia estructura
~ , plex. No se sa be si esta accion es suficiente para
. .: erar el transcrito o si p tambien interactua con Ia
::-<Jlimerasa de RNA para ayudar a liberar el RNA .
:::1factor p actua como factor accesorio de Ia poli-
! erasa de RNA; por lo general, su actividad maxi-
El factor p se une al RNA en un sitio rut y se
_,a in vitro se exhibe cuando esta presente en una
transfiere a lo largo del RNA hasta que encuentra un h1brido de
:oncentracion de -10% de Ia concentracion de la RNA-DNA en la polimerasa de RNA, en donde libera al RNA
yolimerasa de RNA del DNA .

.. 'I

AUCGCUACC UCAUAU CC GCACC UCC UCAAACGC UACC UC GACC AGAAAGGCGUC UC UU

Bases
C 41% .,_La deleci6n impide Ia terminaci6n---.
A 25%
u 20%
G 14%

Un sitio rut tiene una secuencia rica en C y deficiente en G que precede al sitio, o
a los sitios, de terminaci6n. La secuencia corresponde al extrema 3' del RNA.

11.22 ~Como funciona el factor p? 289

 .. -: ..... .
El mon6mero p tiene dos dominios
de union al RNA
El anillo hexamerico
sa une al RNA
3'
El factor p tiene un dominic terminal N de
union al RNA y un dominic terminal C con actividad ATPasa .
Un hexamero en forma de anillo discontinue se une al RNA a
lo largo del exterior de los dominies terminales N. El extreme
5' del RNA se une a un sitio de union secundario en el interior
del hexamero.
Es necesario para p transferirse a lo largo del
RNA desde el sitio rut basta ellugar de Ia termina-
ci6n. Esto requiere qu e el factor se desplace mas
rapido que Ia polimerasa de RNA. La enzima hace
una pausa cuando alcanza un terminador y Ia ter-
minaci6n ocurre si p lo captura ahi. Por lo tanto,
hacer una pausa es importante en Ia terminaci6n
dependiente de p, del mismo modo que en Ia terrni-
naci6n intrfnseca, porque hay tiempo de que ocu-
rran los demas sucesos necesarios.
La idea de que p se desplaza por el RNA con-
duce a una predicci6n importante con respecto c.
Ia relaci6n entre Ia transcripci6n y Ia traducci6n.
Rho primero debe tener acceso a una secuencia de
union en el RNA y despues deber ser capaz de des-
plazarse a lo largo del RNA. Una o ambas condi-
ciones pueden ser impedidas si los ribosomas esta
traduciendo un RNA. Por lo tanto, Ia capacidad de:
factor p para alcanzar a Ia polimerasa de RNA er.
un terminador depende de lo que esta sucediendc
en Ia traducci6n.
Este modelo explica un fen6meno desconcer-
tante. En algunos casos, una mutaci6n sin sentidC'
en un gen de una unidad de transcripci6n impide Ia
expresi6n de los genes subsiguientes en Ia unidad.
Este efecto se denomina polaridad . Una causa fre-
cuente es la ausencia del RNAm que corresponde a
las partes subsiguientes (distales) de Ia unidad.
Sup6ngase que hay terminadores dependiente<;
de p dentro de Ia unidad de transcripci6n, es decir
antes del terminador que se utiliza de manera habi-
tual. Las consecuencias se ilustran en Ia - J A 11.5 .
En general, estos terminadores mas tempranos no
son utilizados debido a que los ribosomas impider.
que p alcance a Ia polimerasa de RNA. Sin embargo.
una mutaci6n sin sentido Iibera a los ribosomas, de
tal manera que p es libre de adherirse a! RNAm c
desplazarse por eJ, lo que le permite actuar sobre lc.

. .. I ....
TIPO SILVESTRE MUTANTE SIN SENTIDO
Los ribosomas empaquetan
al RNAm detras de Ia
polimerasa de RNA

Los ribosomas Los ribosomas

impiden Ia se disocian
adhesion o el en Ia mutaci6n
movimiento del
factor p

p se adhiere p obtiene
pero los acceso a Ia
ribosomas polimerasa
impiden su de RNA
movimiento

La transcripci6n
continua

~ I La accion del factor p puede crear un vinculo entre la transcripcion y la traduccion

cuando el terminador dependiente de p se encuentra enseguida de una mutacion sin sentido.

290 CAPITULO 11 Transcripcion

 - ::-Fasa de RNA en el terminador. Como resul-
.a enzima es liberada y las regiones distales de
TERMINACION S61o se transcribe Ia regi6n 1
_, ad de transcripcion nunca son expresadas.
-que debe haber terminadores internos? Quiza ---Regi6n 1 - - - - - - R e g i 6 n 2 - - - -
:_;,_n s6lo secuencias que por coincidencia irni- Promotor Terminador
-=~ terminador dependiente de p usuaL) Algunas
: ::ulas estables de RNA que tienen una estructu-
:-::undaria extensa son protegidas de los efectos
=-::'s, al parecer debido a que la estructura irnpide
~'lesion o el movimiento de p.
:..as mutaciones del gen rho influyen de muy El RNA es s61o de Ia regi6n 1
::->as maneras en la terminaci6n. La naturaleza
. del efecto es !a incapacidad de realizar la ter- ANTITERMINACION Se transcriben las regiones 1 y 2
-__:Ki6n. Sin embargo, la magnitud de esta impo-
_:_ ad, como se observa en el porcentaje de ultra-
-- .::ra in vivo, depende del locus diana particular.
- :orma similar, !a necesidad de factor p in vitro es
. _::Jble. Algunos terminadores (dependientes de p) La polimerasa de
RNA continua El RNA representa las
. ..:ieren concentraciones relativamente altas de p,
regiones 1 y 2
-:::mas que otros funcionan muy bien con nive-
~ajos. Esto sugiere que terminadores diferentes La antitermi naci6n puede cont rolar la transcripci6n al
::-Jieren niveles distintos de factor p para la termi- determinar si la polimerasa de RNA termina o lee la siguiente region
-:::6n y, por lo tanto, responden de forma diferente atravesando un terminador particular.
: s niveles residuales de factor p en los mutantes
~ mutantes p suelen ser permeables) .
Algunas mutaciones del gen rho pueden ser su-
- lidas por mutaciones en otros genes. Este me-
:io ofrece una manera excelente para identificar
proteinas que interactuan con p. La subunidad
La polimerasa de RNA transcribe desde el promotor hasta el terminador
_ .:ie Ia polimerasa de RNA participa en dos tipos
: mutaciones. En el primero, las mutaciones en el
::t rpoB pueden reducir Ia terminaci6n en un sitio
~- endiente de p. En el segundo, las mutaciones del
-7TI rpoB pueden restaurar la capacidad de terminar
- :ranscripci6n en sitios dependientes de p en bac-
::::ias con rho mutantes. Sin embargo, se desconoce
.:e funcion tiene Ia interaccion.

La antiterminaci6n La proteina antiterminaci6n permite a Ia polimerasa de RNA dejar atras

al terminador
es un episodio regulador
Conceptos principales

La terminaci6n es inhibida cuando las prote\nas

amtiterminaci6n actuan sobre la polimerasa de RNA
para provocar que esta lea a traves de un terminador
espec\fico o de varios de ellos.
Las proteinas antiterminaci6n actuan en terminadores especificos
El fago A. tiene dos prote\nas antiterminaci6n, pN y pQ,
Unidad de Proteina
Las cuales actuan en diferentes unidades de transcripci6n. transcripci6n Promotor Terminador antiterminaci6n
Temprana inmediata PL tl pN
_a antiterminaci6n sirve como un mecanismo de Temprana inmediata PR1 tR1 pN
Tardia p R. lA pQ
:ontrol en los circuitos reguladores de los fagos yen
.os operones bacterianos. La ,~ A 11 muestra Una prote\na antiterminaci6n puede actuar sobre la
que la antiterminaci6n controla la capacidad de la polimerasa de RNA para permitirle la ultralectura de un t erm i nador
_nzima para leer a traves de un terminador a los ge- espec\fico.

11.23 La antitermi naci 6n es un episodic regulador 291

 nes que yacen mas alla. En el ejemplo que se mues-
tra en Ia figura , la ruta predeterminada establece
que las polimerasas de RNA terminen a! final de Ia
region l ; sin embargo, Ia antiterminacion le permite
continuar Ia transcripcion a traves de Ia region 2. El
promotor no cambia, por lo que ambas situaciones
producen un RNA con las mismas secuencias 5'; Ia
diferencia es que despues de la antiterminaci6n el
RNA se extiende para incluir secuencias nuevas en
el extrema 3'.
La antiterminaci6n se descubri6 en las infeccio-
nes por bacteri6fagos. Una caracterfstica frecuente
en el control de Ia infecci6n por fagos es que muy
pocos de los genes de estos virus (los genes "tem-
pranos") pueden ser transcritos porIa polimerasa de
RNA hospedadora. No obstante, entre estos genes
hay reguladores cuyos productos permiten que se
exprese el siguiente conj unto de genes de los fagos
(vease la secci6n 14.4, Dos tipos de episodios regula-
dares con troJan la cascada lftica). Uno de estos tipos
de regulador es una proteina antiterminaci6n.
La muestra que esta permite que Ia
polimerasa de RNA lea a traves de un terminado r,
lo que extiende el transcrito de RNA. En ausencia de
la protefna antiterminaci6n, la polimerasa de RNA
termina en el terminador (segmento superior de la
figura). Cuando la proteina antiterminaci6n esta
presente, continua mas alla del terminador (seg-
mento medio de la figura). El ejemplo de antiter-
minacion mejor caracterizado lo proporciona el fago
A, en el cual se descubri6 el fen6meno. Se utiliza
en dos etapas de Ia expresi6n del fago. La protefna
antiterminaci6n producida en cada etapa es especf-
fica para las unidades de transcripcion particulares
que se expresan en esa etapa, como se resume en
el segmento inferior de la Figura 11.52.
La polimerasa de RNA hospedadora transcrib e
en un inicio dos genes, los cuales se denominan ge-
nes tempranos inmediatos. La transici6n a Ia si-
guiente etapa de expresi6n se controla al impedir Ia
terminaci6n en los exrremos de los genes tempranos
inmediatos, lo cual da como resultado Ia expresi6n
de los genes tempranos retrasados. (Se abord6la
regulaci6n general del desarrollo de Aen el Capitulo
14, Estrategias de los fagos.)
El gen regulador que controla el cambia de Ia
expresion temprana inmediata a la expresion tem-
prana retrasada se identifica por medio de muta-
ciones en el gen A N que transcribe solo los genes
tempranos inmediatos; no siguen su curso en el
ciclo infeccioso. Hay dos unidades de transcripci6n
de genes tempranos inmediatos (transcritos a partir
de los promotores PL y PR). La transcripci6n por la
polimerasa de RNA de E. coli se detiene en los ter-
minadores localizados en los extremos de estas uni-
dades de transcripci6n (tu y t Rt' respectivamente).
292 CAPITULO 11 Transcripci6n
Ambos terminadores dependen de p; de hecho, esL
fueron los terminadores con los cuales se identific
a p en un principia. La situacion cambia porIa e:.-
presion del gen N. El producto pN es una protef-
antiterminaci6n que actua en las dos unidades -:
transcripci6n temprana inmediata y permite que .:
polimerasa de RNA lea a traves de los terminadore-
a los genes tempranos retrasados que se encuentrc.::.
mas alla de ellos.
Como sucede en otros fagos, es necesario c
control mas para expresar los genes tardfos q--
codifican los componentes de Ia particula del fag
Este cambia es regulado por el gen Q, uno de lc
genes tempranos retrasados. Su producto, pQ, c
otra proteina antiterminaci6n, una que permite C.:
manera especffica que Ia polimerasa de RNA inic :
en otro sitio, el promotor tardio PR, para la ultrale~
tura de un terminador que se encuentra entre diet
promotor y los genes tardfos.
Las distintas especificidades de pN y de pQ e-s-
tablecen un principia general importante: la polim:-
rasa de RNA interactua con las unidades de transcripci,-
de talmanera que un factor accesorio puede promover
antiterminaci6n especificamente de algunos transcritr.
La terminaci6n puede ser controlada con Ia misn:_:
precision que la iniciaci6n.
La antitermi naci6n requiere
sitios que son independientes
de los terminadores
Conceptos principales
El sitio en el cual una prote\na antiterminaci6n
actua se encuentra en sentido ascendente al sitio de
terminaci6n en la unidad de transcripci6n.
La localizaci6n del sitio antiterminaci6n varia en casas
diferentes y puede ubicarse en el promotor o dentro de
la unidad de transcripci6n.
2. Que sitios intervienen en el control de Ia espec-
ficidad de Ia antiterminaci6n? La actividad antiter-
minaci6n de pN es muy especffica, pero el episod: .-
de la antiterminaci6n no esta determinando por los ternc -
nadores tu y tR 1; el sitio de reconocimiento necesario par.:
fa antiterminaci6n se encuentra en sentido ascendente cc-
respecto ala unidad de transcripci6n, es decir, en U71lugr:-
distinto a! sitio de terminaci6n en el cual concluye al fin:
fa acci6n. La muestra las ubicacion .
de los sitios necesarios para la antiterminaci6n e:_
el fago /...
Los sitios de reconocimiento necesarios par'"
la acci6n de pN se denominan nut (par sus siglas
en ingles: N utilization) . Los sitios encargados de
determinar Ia antiterminaci6n hacia la izquierd~
 acia Ia derecha se describen como nutL y nutR,
:-::pectivamente. El mapeo de las mutaciones nut
:aliza a nutL entre el punta de inicio de PL y el La polimerasa de RNA transcribe desde el promotor hasta el terminador
-:cio de Ia region codificadora deN. En contraste,
- =R se encuentra entre el extremo del gen cro y tu.
:: o significa que los dos sitios nut se encuentran
::. posiciones diferentes en relacion con la organi-
-~ cion de sus unidades de transcripcion. Mientras
- e nutL esta cerca del promotor, nutR esta ubicado
Promotor
PL 0 PR o PR'
t
Terminador
=~rca del terminador. (De nuevo qut es diferente y
"' encuentra dentro del promotor.)
(.C6mo ocurre la antiterminacion? Cuando pN
-econoce el sitio nut, debe actuar sobre la pol.imerasa
e RNA para garantizar que Ia enzirna no pueda res- pN actua en nutL para permitir que Ia polimerasa de RNA deje atras tL
- nder mas a! terminador. Las localizadones variables --+-
:e los sitios nut indican que este episodio no esta liga-
::. a la inidaci6n ni a la terminaci6n, pero que puede
:urrir conforme la pol.imerasa de RNA alarga la ca-
_ena de RNA mas alla del sitio nut. Como se ilustra en
' 1G , Ia pol.imerasa despues se transforma
::-:1. una fuerza inexorable que rebasa al terrninador,
pN actua en nutR para permitir que Ia polimerasa de RNA deje atras tR1
::n prestar atendon a su sefial. (Esta reacci6n implica --+-
~ antiterrninaci6n en los terminadores dependientes
::.e p, pero pN tarnbien suprime Ia terrninaci6n en los
~ =nninadores intrinsecos.)
(.ES la capacidad de pN para reconocer una
-f cuencia corta dentro de Ia unidad de transcrip-
:an un ejemplo de un mecanismo de antitermi-
__aci6n mas utilizado? Los fagos que estan relaciona-
]os con A, tienen genes N diferentes y especificidades
..:e antiterminaci6n clistintas. La region del genoma
iel fago en Ia cual se encuentran los sitios nut tiene
.:na secuencia diferente en cada uno de estos fagos
: cada fago debe, por lo tanto, tener sitios nut carac-
:eristicos reconocidos de manera espedfica por su La polimerasa de RNA hospedadora transcribe los ge-
nes A y termina en los sitios t. pN le permite la ultralectura de los
. ropio pN. Cada uno de estos productos pN debe terminadores en las unidades L y R1; pQ le permite la ultralectura del
:ener Ia misma capacidad general para interactuar terminador R'. Los sitios en los cuales actua la proteina pN (nut) y en
:on el mecanismo de transcripci6n y provocar la los cuales actUa la proteina pQ (qut) se localizan en posiciones relati-
i ntiterminaci6n, pero tambien tienen una especifi- vas distintas en las unidades de transcripci6n.
j dad diferente para Ia secuencia de DNA que activa
: >1mecanismo.

Los factores de terminaci6n y

de antiterminaci6n interactuan
con la polimerasa de RNA
Conceptos pri nci pales
Numerosas proteinas bacterianas son necesarias para
que la pN de A interactue con La polimerasa de RNA. {
Estas proteinas tambien participan en la antitermina-
ci6n en los operones rrn de la bacteria hospedadora . Los factores actuan sobre Ia
polimerasa de RNA

p no puede realizar Ia terminacion
El antiterminador pQ de A tiene un mecanisme de
acci6n diferente que comprende La union al DNA en el Los factores accesorios se unen a La polimerasa de RNA a
promotor. medida que pasa por el sitio nut. Impiden que p ocasione la terminaci6n
cuando la polimerasa llega al terminador.

11.25 Los factores de terminaci6n y de antiterminaci6n interactuan con la polimerasa de RNA 293

Promotor Sitionut Terminador
boxA boxB
CGCTCTTANNNNNNNNNAGCCCTGAAPuAAGGGCA
GCGAGAATNNNNNNNNNTCGGGACTTPyT TCCC GT
Q NusA
NusB-810 se NusG facilita pN se Factor de
une a boxA el ensamblaje une a terminaci6n general
del complejo boxB
IG J A L.rr; Los factores accesorios se unen a la polimerasa de
RNA a medida que pasa par ciertos sitios. El sitio nut esta formado
par dos secuencias. NusB-510 se une a la enzima central cuando pasa par
boxA. Despues, NusA y la proteina pN se unen conforme la polimerasa
pasa par boxB. La presencia de pN le permite a la enzima la ultralec-
tura del terminador, lo que produce un RNAm unificado que contiene
secuencias tempranas inmediatas adheridas a las secuencias tempranas
retrasadas.
La terminacion y la antiterminacion estan conec-
tadas de manera cercana e involucran a protefnas
bacterianas y de los fagos que interactuan con la
polimerasa de RNA. Numerosas proteinas implica-
das en la terminacion han sido identificadas al aislar
mutantes de E. coli en los cuales pN es ineficiente.
Muchas de estas mutaciones se encuentran en el
gen rpoB. Esto demuestra que pN (como el factor
p} interactua con la subunidad ~de la enzima cen-
tral. Otras mutaciones en E. coli que obstaculizan la
funcion de pN identifican los loci nus: nusA, nusB,
nusE y nusG. (El termino "nus" es un acronirno de
"sustancia utilizada porN", por sus siglas en ingles:
N utilization substance)
Un sitio nut A esta formado por dos elementos
de secuencia denominados boxA y boxB. Los elemen-
tos de secuencia relacionados con boxA tambien se
encuentran en los operones bacterianos. boxA es
necesario para la union de protefnas bacterianas
que son indispensables para la antiterminacion en
los operones de los fagos y de las bacterias. boxB es
especffico del genoma de los fagos, y las mutaciones
en boxB elirninan la capacidad de pN para provocar
la antiterrninacion.
Los loci nus codifican proteinas que forman par-
te del mecanismo de transcripcion, pero que no se
afslan con la enzima polimerasa de RNA. Las fun -
ciones de nusA, nusB y nusG tienen que ver solo con
la terminacion de la transcripcion. nusE codifica la
protefna ribosomica SlO; la relaci6n entre su ubica-
ci6n en la subunidad 30S y su funci6n en la termi-
nacion no es clara. Las protefnas Nus se unen a la
294 CAPITULO 11 Transcripci6n
polimerasa de RNA en el sitio nut, como se resume
en la fiG II 1 r;s .
NusA es un factor general de transcripcion que
incrementa la eficiencia de la terminaci6n, tal vez
al aumentar la tendencia de la polimerasa de RNA
de hacer pausas en los terminadores (y de heche
en otras regiones de la estructura secun daria; vease
mas adelante). NusB y SlO forman un dfmero que
se une de manera espedfica al RNA que contiene
una secuencia boxA. NusG puede estar relacionado
con el ensamblaje general de todos los factores Nu~
en un complejo con la polimerasa de RNA.
Los terminadores intrfnsecos y dependiente ~
de p tienen diferentes requerimientos de factore~
Nus. NusA es necesario para la te rminaci6n en lo~
terminadores intrfnsecos y Ia reacci6n puede se
impedida por pN. En los terminadores dependien-
tes de p son necesarias las cuatro protefnas Nus, y
una vez mas pN por sf solo puede inhibir la reac-
cion. La caracterfstica comun de pN en ambos tipo5
de terminadores es impedir la funcion de NusA er:
la terminaci6n. La union de pN a NusA inhibe !c.
capacidad de NusA para unirse al RNA, lo cual e5
necesario para la terminaci6n.
La antiterminacion ocurre en los operones m:
(RNAr) de E. coli y comprende las mismas funcione~
nus. Las regiones lfderes de los operones rrn contie-
nen secuencias boxA; los dfmeros NusB-S 10 recono-
cen estas secuencias y se unen a la polimerasa de
RNA a medida que se alarga mas alla de boxA. Esto
altera las propiedades de Ia polimerasa de RNA de
tal manera que puede realizar ahara Ia ultralectura
de los terminadores dependientes de p que estar.
dentro de la unidad de transcripcion.
La secuencia boxA del RNA Anose une a NusB-
S l 0 y es probable que la presencia de Nus A y de pK
le permitan hacerlo; la secuencia boxB podrfa ser
necesaria para estabilizar la reaccion. Por lo tan-
to, las variaciones en las secuencias boxA pueden
determinar que conjunto particular de factores se
requiere para la antiterminacion. Las consecuencias
son las mismas: cuando la polimerasa de RNA pasa
del sitio nut, es modificada por la adicion de factore s
apropiados y es incapaz de terminar cuando se en-
cuentran despues los sitios de terminacion.
La antiterminacion en A requiere pN para unirse
a la polimerasa de RNA en una forma que depende
de la secuencia de la unidad de transcripcion. (,Re -
conoce pN el sitio boxB en el DNA o en el transcrito
de RNA? No se une de forma independiente a nin-
gun tipo de secuencia, pero sf se une a un complejo
de transcripci6n cuando la enzima central pasa de.
sitio boxB. pN tiene dominios separados que recono-
cen la secuencia boxB del RNA y Ia protefna NusA.
Despues de unirse al complejo de transcripcion, pK
permanece asociado a Ia enzima central y se trans-
 ::na en efecto en una subunidad adicional cuya
-=-sencia cambia el reconocimiento de los termina-
::-es. Es posible que pN de hecho continue unien-
- ~ se a Ia secuencia boxB del RNA y a Ia polimerasa
_ ~RNA, Ia cual mantiene un lazo en el RNA; de este
=Jdo, Ia funcion de Ia secuencia boxB del RNA sera
::.parte sujetar a pN en Ia vecindad e incrementar
. : manera eficaz su concentracion local.
El producto pQ, el cual inhibe Ia terminacion
::>pues en la infeccion por fagos a! actuar en qut,
_7ne un mecanismo de accion distinto. La secuencia
; se encuentra en el inicio de Ia unidad de transcrip-
_")n tardfa. La region ubicada en sentido ascendente
--= qut esta en el interior del promotor, mientras
..:e Ia parte que se localiza en sentido descendente
~ce en el inicio de Ia region transcrita. Esto indi-
_.:. que Ia accion de pQ implica el reconocimiento
~ o:l DNA; tambien significa que su mecanismo de
~ ion, al menos con respecto a Ia union inicial al
mplejo, debe ser diferente del de pN. pQ interac-
..:a con Ia holoenzima durante Ia fase de iniciacion.
::: ~ becho, cr70 es necesario par Ia interaccion con pQ.
~'to refuerza Ia idea de que Ia polimerasa de Rl\fA es
_ a estructura interactiva en Ia cuallos cambios de
. ~nformacion inducidos en una fase pueden afectar
.: actividad en una fase posterior.
La accion basica de pQ es interferir con las
~ iusas . Una vez que pQ ha actuado sabre Ia poli-
= erasa de RNA, Ia enzima muestra una capacidad
- y reducida para hacer pausas en todos los sitios,
_-:cluidos los dependientes de p y los terminadores
::::-rfnsecos. Esto significa que pQ no actua par sf
-::::ismo de manera directa en Ia terminacion, sino
~:1 e permite que Ia enzima pase a! terminador con
- ayor rapidez, con lo que despoja a Ia polimerasa
: ::ntral o al factor accesorio de Ia oportunidad de
- ::-ovocar Ia terminacion.
El principia general es que Ia polimerasa de
-=~\1 A puede existir en formas que son competentes
~ ~a emprender etapas particulares de Ia transcrip-
:: 'n, y sus actividades en estas eta pas pueden ser
:...:eradas solo si se modifica Ia forma apropiada. Par
~ tanto, las sustituciones de los factores cr pueden
::=mbiar una forma de iniciacion competente a otra;
las adiciones de los factores Nus pueden cambiar
;s propiedades de las formas determinacion com-
~e tentes.
La terminacion parece relacionarse muy de cer-
.:.:1 con Ia forma de elongacion. En su forma basica
~c transcripcion, Ia polimerasa central esta sujeta a
~uchas pausas durante la elongacion y realizar una
: 3.Usa en un sitio de terrninacion es un prerrequisito
- :na que ocurra Ia terminacion. Bajo Ia influencia
: e factores como NusA, las pausas se extienden,
J que incrementa la eficiencia de Ia terminacion;
::::::tientras que bajo la influencia de pN o de pQ, las
pausas son mas breves, lo que disminuye la eficacia
de Ia terrninacion. Los sitios de reconocimiento para
estos factores se encuentran solo en ciertas unidades
de transcripcion, y como resultado las pausas, y en
consecuencia Ia terminacion, son alteradas solo en
dichas unidades.
DID Resumen
Una unidad de transcripcion esta formada por el
DNA que se encuentra entre un promotor, en don-
de inicia Ia transcripdon, y un terminador, en donde
finaliza. Una cadena de DNA en esta region sirve
como molde para Ia sfntesis de una cadena comple-
mentaria de RNA. La region del hfbrido de RNA-
DNA es cona y transitoria, conforme Ia "burbuja" de
transcripcion se desplaza por el DNA. La holoenzima
polimerasa de RNA que sintetiza el RNA bacteriano
puede separarse en dos componentes. La enzima
central es un multfmero de estructura o:2 0~' que
se encarga de alargar Ia cadena de RNA. El factor
cr es una subunidad individual indispensable en la
etapa de Ia iniciacion para el reconocimiento del
promotor.
La enzima central tiene afinidad general por el
DNA. La adicion del factor cr reduce Ia afinidad de
Ia enzima por Ia union no espedfica a! DNA, pero
incrementa Ia afinidad por los promotores. La ve-
locidad con Ia cualla polimerasa de RNA encuentra
sus promotores es demasiado alta para que Ia jus-
tifiquen Ia difusion y los contactos aleatorios con
el DNA; tal vez haya un intercambio directo de las
secuencias de DNA sujetas porIa enzima .
Los promotores bacterianos son identificados
par dos secuencias cortas conservadas, centradas
en - 35 y -10 en relacion con el punta de inicio .
La mayor parte de los promotores tiene secuencias
que estan muy relacionadas con las secuencias de
consenso en estos sitios. La distancia que separa las
secuencias de consenso es de 16 a 18 bp. La polime-
rasa de RNA en un inicio "aterriza" en Ia secuencia
-35 y luego extiende sus contactos ala region -10.
La enzima abarca -77 bp del DNA. El complejo bi-
nario "cerrado" inicial es transformado en un com-
plejo binario "abierto" a! desnaturalizar una semen-
cia de -12 bp que se extiende de Ia region - 10 al
punta de inicio. La composicion rica en pares de
bases A-T de Ia secuencia -1 0 puede ser importante
en Ia reaccion de desnaturalizaci6n.
El complejo binario es transformado en un
complejo ternario par Ia inserci6n de precursores
ribonucleotfdicos. Hay multiples ciclos de iniciacion
abortiva, durante los cuales Ia polimerasa de RNA
sintetiza y Iibera cadenas de RNA muy cortas sin
desplazarse del promotor. Al final de esta etapa, hay
11.26 Resumen 295
 un cambia en Ia estructura y la enzima central se
contrae para cubrir -50 bp. El factor 0 es liberado
(en 30% de los casos) o cambia su forma de aso-
ciacion con Ia enzima central. La enzima central
despues se desplaza por el DNA, sintetizando RNA.
Una region del DNA desenrollada de manera local
se mueve con Ia enzima. La enzima se contrae mas
para cubrir tan solo de 30 a 40 bp cuando Ia Cade-
na naciente ha alcanzado una longitud de 15 a 20
nucleotidos; despues continua hasta el final de la
unidad de transcripcion.
La "fuerza" de un promotor describe la frecuen -
cia con la cualla polimerasa de RNA inicia Ia trans-
cripcion; se relaciona con la cercanfa con Ia cual sus
secuencias -35 y -10 se ajustan a las secuencias de
consenso ideales, pero tambien influyen en ella las
secuencias que se localizan enseguida del pun to de
inhibicion en sentido descendente. El superenro-
llamiento negativo incrementa Ia fuerza de ciertos
promotores. La transcripcion genera superenrolla-
mientos positivos delante de la polimerasa de RNA
y deja superenrollamientos negativos detras de Ia
enzima.
La enzima central puede ser dirigida a recono-
cer promotores con diferentes secuencias de con-
sensa por medio de otros factores 0. En E. coli estos
factores 0 son activados por condiciones adversas,
como un choque termico o escasez de nitrogeno. B.
subtilis contiene un solo factor 0 importante con Ia
misma especificidad que el factor 0 de E. coli y tam-
bien contiene una variedad de factores 0 menores.
Otra serie de factores es activada cuando se inicia
Ia esporulacion; la esporulacion es regulada por dos
cascadas en las cuales los remplazos de los factores
0 ocurren en la pre -espora y en Ia celula madre.
Asimismo, el fago SPO 1 utiliza una cascada para
regular la transcripcion por medio de la sustitucion
de factores 0.
La geometrfa del reconocimiento entre Ia po -
limerasa de RNA y el promotor es similar para las
holoenzimas que contienen a todos los factores 0
( excepto al factor 0 54 ). Cad a factor 0 hace que la
polimerasa de RNA inicie Ia transcripcion en un
promotor que se ajusta a un consenso particular en
-35 y -10. Los contactos directos entre 0 y el DNA
en estos sitios se han demosnado en el factor 0 70 de
E. coli. El factor 0 70 de E. coli tiene un dominio au-
toinhibidor terminal N que impide que las regiones
de union al DNA reconozcan al DNA. La region de
autoinhibicion es desplazada por el DNA cuando Ia
holoenzima forma un complejo abierto.
La polimerasa de RNA bacteriana forma Ia
transcripcion en dos tipos de sitios. Los terminado-
res intrfnsecos contienen una horquilla rica en G-C
seguida por una region rica en U. Son reconocidos
in vitro porIa enzima central sola. Los terminadores
296 CAPiTULO 11 Transcripci6n
dependientes de p necesitan el factor p in vitro e i1:
vivo; p se une a los sitios rut que son abundantes en
C y deficientes en residuos de G y que preceden a:
sitio real de Ia terminacion. p es una helicasa hexa-
merica dependiente de ATP cuya actividad es trans-
ferirse a lo largo del RNA hasta que alcanza Ia regioc
del hfbrido de RNA-DNA en la burbuja de transcrip-
cion de Ia polimerasa de RNA, en donde disocia a:
RNA del DNA. En ambos tipos de terminacion, la5
pausas que realiza Ia polimerasa de RNA son impor-
tantes para que tenga Iugar la terminacion.
Los fa ctores Nus son indispensables para Ia ter-
minacion . NusA es necesario para los terminadore
intrfnsecos y ademas NusB-S 10 es necesario para lo5
terminadores dependientes de p. El dfmero NusB-
S 10 reconoce Ia secuencia boxA de un sitio nut de:
RNA en proceso de elongacion; NusA se une de ma-
nera subsiguiente.
La antiterminacion es aprovechada por alguno~
fagos para regular Ia progresion de una etapa de Ia
expresion genica a Ia siguiente. El gen N A. codifica
una protefna antiterminacion (pN) que es necesaria
para permitir que Ia polimerasa de RNA lea a trave<;
de los terminadores localizados en los extremos dt
los genes tempranos inmediatos. Otra protefna an-
titerminacion , pQ, es necesaria despues en Ia infec-
cion por fagos. pN y pQ actuan sobre Ia polimerasc.
de RNA cuando pasa por sitios especfficos (nut \
qut, respectivamente). Estos sitios estan localizado<
en posiciones relativas diferentes en sus unidacl.e'
de transcripcion respectivas . pN reconoce a la po-
limerasa de RNA que transporta a NusA cuando Ia
enzima pasa a la secuencia boxB. Luego, pN se une
al complejo e impide Ia terminacion al antagoniza:
Ia accion de Nu sA cuando la polimerasa alcanza <L
terminador dependiente de p.
Referencias
IIIJ La transcripci6n ocurre por media de apareamiento
de bases en una "burbuja" de DNA no apareado
Articulo de revision
Losick, R. and Chamberlin, M. ( 1976) . RNA Polymerase.
Cold Spring Harbor Symp. Quant. Bioi.
Articulo de investigaci6n
Korzheva, N., Mustaev, A., Kozlov, M., Malhotra, A.,
Nikiforov, V., Goldfarb, A., and Darst, S. A. (2000) . A
structural model of transcription elongation. Science
289, 619- 625.
1111 La reacci6n de la transcripci6n consiste en tres
eta pas
Articulos de investigaci6n
Rice, G. A., Kane, C. M., and Chamberlin, M. ( 1991).
Footprinting analysis of mammalian RNA polymerase
 II along its transcript: an alternative view of
transcription elongation. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 88,
4245-4281.
=..ng, D. et al. (1995). Discontinuous movements of DNA
and RNA in RNA polymerase accompany formation of
a paused transcription complex. Cell81, 341-350.
La polimerasa de RNA del fago T7 es un sistema de
modelos util
--:iculos de investigacion
. : eetham, G. M ., Jeruzalmi, D., and Steitz, T. A. (1999).
Structural basis for initiation of transcription from
an RNA polymerase-promoter complex. Nature 399,
80-83.
- eetham, G. M . T. and Steitz, T. A. (1999). Structure of
a transcribing T7 RNA polymerase initiation complex.
Science 286, 2305-2309.
- . :niakov, D., Mentesana, D., Temiakov, D., Ma, K.,
Mustaev, A., Borukhov, S., and McAllister, W. T.
(2000). The specificity loop of T7 RNA polymerase
interacts first with the promoter and then with the
elongating transcript, suggesting a mechanism lor
pmmoter clearance. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 97,
14109-1 4114.
La estructura cristalina sugiere un modelo de
desplazamiento enzimatico
--:iculo de revi sion
-= atifard, A., Conaway, R. C., and Conaway, J. W.
(2003). The RNA polymerase II elongation complex.
Annu. Rev. Biochem. 72, 693-715.
: culos de investigacion
::amer, P., Bushnell, D. A., Fu, J., Gnatt, A. L., Maier-
Davis, B., Thompson, N. E., Burgess, R. R., Edwards,
A.M., David, P. R., and Kornberg, R. D. (2000).
Architecture of RNA polymerase ll and implications
for the transcription mechanism. Science 288,
640-649 .
:: amer, P., Bushnell, P., and Kornberg, R. D. (2001).
Structural basis of transcription: RNA polymerase II at
2.8 A resolution. Science 292, 1863-1876.
::..=-. att, A. L., Cramer, P., Fu, J., BushnelL D. A.,
and Kornberg, R. D. (200 1). Structural basis of
transcription: an RNA polymerase II elongation
complex at 3.3 A resolution. Science 292, 1876-1882.
La polimerasa de RNA bacteriana esta formada por
multip les subunidades
--:iculo de revi sion
c:-~lmann, J.D. and Chamberlin, M. (1988). Structure and
function of bacterial sigma factors. Annu. Rev. Biochem.
57, 839-872.
-:iculos de investigacion
:ililpbelL E. A., Korzheva, N., Mustaev, A., Murakami,
K., Nair, S., Goldfarb, A., and Darst, S. A. (2001 ).
Structural mechanism for rifampicin inhibition of
bacterial RNA polymerase. Ce/1104, 901 - 912.
Korzheva, N., Mustaev, A., Kozlov, M., Malhotra, A.,
Nikilorov, V., Goldfarb, A., and Darst, S. A. (2000). A
structural model of transcription elongation. Science
289, 6 19-625.
Zhang, G., CampbelL E. A., Zhang, E. A., Minakhin, L.,
Richter. C., Severinov, K., and Darst, S. A. (1999).
Crystal structure of Thermus aquatints core RNA
polymerase at 3.3 A resolution. Cell98, 811-824.
La polimerasa de RNA esta formada por la e nzima
central y por un factor cr
Art\cu lo de investigacion
Travers, A. A. and Burgess, R. R. ( 1969). Cyclic reuse
of the RNA polymerase sigma factor. Nature 222,
537-540.
1111 La asociacion con el factor cr cambia en la iniciacion
Art\culos de investigaci6n
Bar-Nahum, G. and Nudler, E. (2001). Isolation and
characterization of sigma(70)-retaining transcription
elongation complexes from E. coli. Celli 06, 443-45 1.
KrummeL B. and Chamberlin, M. J. (1989). RNA chain
initiation by E. coli RNA polymerase. Structural
transitions of the enzyme in early ternary complexes.
Biochemistry 28, 7829-7842.
Mukhopadhyay, J. , Kapanidis, A. N., Mekier, V.,
Kortkhonjia, E., Ebright, Y. W., and Ebright, R.
H. (200 1). Translocation of sigma(70) with RNA
polymerase during transcription. Fluorescence
resonance energy transfer assay for movement relative
to DNA. Ce//106, 453-463.
Una polimerasa de RNA varada puede reinicia r la
transcripcion
Articu los de investigacion
Kettenberger, H., Armache, K. J., and Cramer, P. (2003).
Architecture of the R.J'\TA polymerase II-TFIIS complex
and implications for mRNA cleavage. Ce// 114,
347-357 .
Opalka, N., ChJenov, M., Chacon, P., Rice, W. J., Wriggers,
W., and Darst, S. A. (2003). Structure and function
of the transcription elongation factor GreB bound to
bacterial RNA polymerase. Cel/114, 335-345.
IIIII El factor cr controla la union al DNA
Art\culos de investigaci6n
Bar-Nahum, G. and Nudler, E . (2001). Isolation and
characterization of sigma(70) -retaining transcription
elongation complexes from E. coli. Cel/106, 443-451.
Mukhopadhyay, J., Kapanidis, A. N., Mekler, V.,
Kortkhonjia, E., Ebright, Y. W ., and Ebright, R.
H. (200 1). Translocation of sigma(70) with RNA
polymerase during transcription. Fluorescence
resonance energy transfer assay for movement relative
to DNA. Cell i 06, 453-463.
Referencias 297
 E El reconocimiento del promotor depende de las
secuencias de consenso
Articulo de revision
McClure, W. R. ( 1985) . Mechanism and control of
transcription initiation in prokaryotes. Annu. Rev.
Biochem. 54, 171-204.
Articulo de invest igaci6n
Ross, W., Gosink, K. K., Salomon, J., Igarashi, K., Zou,
C., Ishihama, A., Severinov, K., and Gourse, R. L.
( 1993). A third recognition element in bacterial
promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA
polymerase. Science 262, 1407-1413.
EIIIJ La eficiencia de los promotores puede increme ntar o
disminuir por media de mutaciones
Articulo de revision
McClure, W. R. (1985). Mechanism and control of
transcription initiation in prokaryotes. Annu. Rev.
Biochem. 54, 171-204.
~~~~ La polimerasa de RNA se une a una cara del DNA
Articulo de revision
Siebenlist, U ., Simpson, R. B., and Gilbert, W. ( 1980).
E. coli RNA polymerase interacts homologously with
two different promoters. Cell 20, 269-281.
m El superenrollamiento es una caracter\stica
importante de la transcri pcion
Articulo de investigacion
Wu, H.-Y. et al. ( 1988). Transcription generates positively
and negatively supercoiled domains in the template.
Cell 53, 433-440.
IE La sustitucion de los factores cr puede controlar la
iniciacion
A1ticulo de revision
Hengge-Aronis, R. (2002). Signal transduction and
regulatory mechanisms involved in control of
the sigma(S) (RpoS) subunit of RNA polymerase.
Microbial. Mol. Bioi. Rev. 66, 373-393.
Articulos de investigacion
Alba, B. M., Onufryk, C., Lu, C.Z., and Gross, C. A.
(2002). DegS and YaeL participate sequentially in the
cleavage of RseA to activate the sigma(E) -dependent
extracyroplasmic stress response. Genes Dev. 16,
2156-2168.
Grossman, A. D., Erickson, J. W., and Gross, C. A. (1984).
The htpR gene product of E. coli is a sigma factor for
heat-shock promoters . Cell 38, 383-390.
Kanehara, K., Ito, K., and Akiyama, Y. (2002). YaeL (EcfE)
activates the sigma(E) pathway of stress response
through a site-2 cleavage of anti-sigma(E), RseA. Genes
Dev. 16,2147-2155.
298 CAPITULO 11 Transcripcion
Sakai, J., Duncan, E. A., Rawson, R. B., Hua, X., Brown,
M. S., and Goldstein, J. L. ( 1996). Sterol-regulated
release of SREBP-2 from cell membranes requires tw:
sequential cleavages, one within a transmembrane
segment. Cell85, 1037-1046.
11:11 Los factores cr entran en contacto de manera direct:
co n el DNA
Articulos de investiga cion
Campbell, E. A., Muzzin, 0., Chlenov, M., Sun, J. L.,
Olson, C. A., Weinman, 0., Trester-Zedlitz, M. L., anc'
Darst, S. A. (2002). Structure of the bacterial RNA
polymerase promoter specificity sigma subunit. Mol.
Cel/9, 527-539.
Dombrowski, A. J. et al. (1992). Polypeptides containing
highly conserved regions of transcription initiation
factor s70 exhibit specificity of binding to promoter
DNA. Cel/70, 501-512.
Mekler, Y., Kortkhonjia, E., Mukhopadhyay, J., Knight, J.
Revyakin, A., Kapanidis, A. N., Niu, W., Ebright, Y.
W ., Levy, R., and Ebright, R. H. (2002) . Structural
organization of bacterial RNA polymerase holoenzyrr_::;
and the RNA polymerase-promoter open complex.
Cell 108, 599-614.
Vassylyev, D. G, Sekine, S., Laptenko, 0., Lee, J.,
Yassylyeva, M. N., Borukhov, S., Yokoyama S. (2002
Crystal structure of a bacterial RNA polymerase
holoenzyme at 2.6 A resolution. Nature 417, 712-71 9.
~~~~~ La esporulacion es controlada por factores cr
Articulos de revisi on
Errington, J . ( 1993 ). B. subtilis sporulation: regulation
of gene expression and control of morphogenesis.
Microbial. Rev. 57, 1-33.
Haldenwang, W. G. (1995). The sigma factors of B. subtilis.
Microbial. Rev. 59, 1-30.
Losick, R. and Stragier, P. ( 1992). Crisscross regulation of
cell-type specific gene expression during developmen:
in B. subtilis. Nature 355, 601-604.
Losick, R. et al. ( 1986). Genetics of endospore formation ir:
B. subtilis. A1111u. Rev. Genet. 20, 625-669.
Srragier, P and Losick, R. ( 1996). Molecular genetics of
sporulation in B. subtilis. Annu. Rev. Genet. 30,
297-341.
Art1culos de investig aci6n
Haldenwang, W. G., Lang, N., and Losick, R. ( 1981 ). A
sporulation-induced sigma-like regulatory protein
from B. subtilis. Cel/23, 615- 624.
Halden wang, w. G. and Losick, R. ( 1980) . A novel RNA
polymerase sigma factor from B. subtilis. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 77, 7000-7004.
m La polimerasa de RNA bacteriana termina en sitios
discretos
Articulos de revision
Adhya, S. and Gottesman, M. (1978). Control of
transcription termination. Annu. Rev. Biochem. 47,
967-996.
o::edman, D. I., Imperiale, M. J., and Adhya, S. l.
(1987). RNA 3' end forma tion in the control of gene
expression. Annu. Rev. Genet. 2 1. 453-488.
:.j;tt, T. ( 1986). Transcription termination and the
regulation of gene expression. Annu. Rev. Biochem. 55,
339-372.
Hay dos tipos de terminadores en E. coli
--tfculo de revision
on Hippe!, P. H. (1998). An integrated model of the
transcription complex in elongation, termination, and
editing. Science 281, 660-665.
-1:' culos de i nvestigaci6n
:.ee, D. N., Phung, L., Stewart, J., and Landick, R. (1990).
Transcription pausing by E. coli Ri~A polymerase is
modulated by downstream DNA sequences. J. Bioi.
Chem. 265, 15145-15153.
:.esnik, E. A., Sampath, R., Levene, H. B., Henderson, T.
J., McNeiL J. A., and Ecker, D. J. (2001). Prediction of
rho-independent transcriptional terminators in E. coli.
Nucleic Acids Res. 29, 3583- 3594.
:~:eyno ld s, R., Bermadez-Cruz, R. M., and Chamberlin,
M. J. ( 1992). Parameters affecting transcription
termination by E. coli RNA polymerase. I. Analysis
of 13 rho-independent terminators. J. Mol. Bioi. 224,
31-51.
(COmo funciona el factor p?
rt1culos de revision
:)as, A. ( 1993). Control of transcription termination
by RNA -binding proteins. Annu. Rev. Biochem. 62,
893-930.
:'{ichardson, J .P. (1996) . Structural organization of
transcription termination factor Rho. J. Bioi. Chem.
271, 125 1- 1254.
:on Hippe!, P. H. ( 1998). An integrated model of the
transcription complex in elongation, termination, and
editing. Science 281. 660-665.
Artkulos de investigacion
Brennan, C. A., Dombroski, A. J., and Platt, T. ( 1987).
Transcription termination factor rho is an RNA-DNA
helicase. Ce/148, 945- 952.
Geiselmann, J.. Wang, Y., Seifried, S. E., and von Hippe!. P.
H. ( 1993). A physical model for the translocation and
he!icase activities of E. coli transcription termination
protein Rho. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 90, 7754-7758.
Roberts, J. W. ( 1969). Termination factor for RNA
synthesis. Nature 224, 1168-1174.
Skordalakes, E. and Berger. J. M. (2003). Structure of the
Rho transcription terminator: mechanism of mRNA
recognition and helicase loading. Cellll4, 135- 146.
Los factores de terminaci6n y de antiterminaci6n
inte ractuan con La polimerasa de RNA
Artj culo de revision
Greenblatt, J., Nodwel1, J. R., and Mason, S. W . (1993).
Transcriptional antitermination . Nature 364, 401-406.
Artl:ulos de investigaci6n
Legault, P., Li, J., Mogridge, J., Kay, L. E., and Greenblatt,
J. ( 1998). NMR structure of the bacteriophage lambda
N peptide /boxB RNA complex: recognition of a GNRA
fold by an arginine-rich motif. Cell 93, 289-299.
Mah, T. F., Kuznedelov. K., Mushegian, A., Severinov,
K., and Greenblatt, J . (2000) . The alpha subunit of
E. coli RNA polymerase activates RNA binding by
NusA. Genes Dev. 14. 2664-2675 .
Mogridge, J., Mah, J., and Greenblatt, J. (1995). A
protein-RNA interaction network facilitates the
template-independent cooperative assembly on RNA
polymerase of a stable antitermination complex
containing the lambda N protein. Genes Dev. 9,
2831-2845.
Olson, E. R., Flamm, E. L., and Friedman, D. I. ( 1982).
Analysis of nutR: a region of phage lambda required
for antitermination of transcription. Cell 31, 61 - 70.
Referencias 299
El Operon
ESQUEMA DEL CAPITULO I
---~)
1611 Introducci6n
liB La regulaci6n puede ser positiva o negativa
En la regulacion negativa, una proteina represora se une a
un operador para evitar que se exprese un gen .
En la regulacion positiva es necesario que se una un factor
de transcripcion al promotor para permitir a la polimerasa
de RNA iniciar la transcripcion.
1601 Los agrupamientos de genes estructurales son
controlados de manera coordinada
Los genes que codifican proteinas que funcionan en la
misma ruta pueden ser adyacentes y ser controlados como
una unidad individual que se transcribe en un RNAm
policistronico.
1fD Los genes lac son controlados por un represor
La transcripcion del agrupamiento de genes laclYA es
controlada por una proteina represora que se une a un
operador que se superpone al promotor en el inicio del
agrupamiento.
La proteina represora es un tetramero formado par
subunidades identicas codificadas por el gen loci.
lf:lil El operon lac puede ser inducido
Las moleculas pequeiias que inducen a un operon son
identicas al sustrato en to que se refiere a sus enzimas, o
estan relacionadas con el.
Los galactosidos p son los sustratos para las enzimas
codificadas par lacZYA.
En ausencia de galactosidos p, el operon lac se expresa
solo en un nivel (basal) muy bajo.
La adicion de galactosidos p especificos induce la
transcripcion de los tres genes del operon.
El RNAm laces muy inestable; como resultado, la induccion
puede revertirse con rapidez.
Los mismos tipos de sistemas que permiten a los sustratos
inducir a los operones que codifican enzimas metabolicas
pueden ser utilizados para permitir a los productos
fin ales reprimir a los operones que codifican las enzimas
biosi nteticas.
111!111 El represor es controlado por una pequeiia
molecula inductora
Un inductor funciona al convertir a la protein a represo ra en
una forma con menor afinidad por el operador.
El represor tiene dos sitios de union, uno para el operador
y otro para el inductor.
El represor es desactivado por una interaccion alosterica
en la cualla union del inductor a su sitio cambia las
propiedades del sitio de union al DNA.
300
11601 Las mutaciones constitutivas de actuaci6n en cis
identifican al operador
Las mutaciones localizadas en el operador provocan la
expresion constitutiva de los tres genes estructurales lac.
Estas mutaciones actuan en configuracion cis y afectan
solo a aquellos genes que se encuentra n en el frag mento
contiguo de DNA.
m;J Las mutaciones de actuaci6n en trans identifican
el gen regulador
Las mutaciones localizadas en el gen lac! actuan en
configuracion trans y afectan la expresion de todos los
agrupamientos lacZYA en la bacteria.
Las mutaciones que eliminan la fun cion de laci provocan
expresion constitutiva y son recesivos.
Las mutaciones que se encuentran en el sitio de union al
DNA del represor son constitutivas debido a que el represor
no puede uni rse at operador.
Las mutaciones que se localizan en el sitio de union al
inductor del represor le impiden ser desactivado e im piden
la inducibilidad.
Las mutaciones de los promotores son no inducibles y de
actuacion en cis.
~g) Las prote1nas multimericas tienen propiedades
geneticas especiales
Un represor activo es un tetramero formado par
subu nidades identicas.
Cuando se presenta n subunidades mutantes y silvestres,
una sola subunidad mutante lacrd puede inactivar a un
tetramero cuyas subunidades restantes sean silvestres.
Las mutaciones lacJ"d ocurren en el sitio de union al DNA.
Su efecto se explica porque la actividad del represor
requiere de todos los sitios de union al DNA en el
tetramero para que sea activo.
II!II!J El mon6mero represor tiene numerosos dominies
Una subunidad represora individual puede ser dividida en
un dominic terminal N de union al DNA, una bisagra y el
nucleo de la proteina.
El dominic de union al DNA contiene dos regiones
helicoidales a cortas que se unen al surco mayor del DNA.
La region de la bisagra se inserta en el surco menor como
una he lice a. corta y plegada.
El sitio de union al inductor y las regiones responsab les de
la formacion de los multimeros se localizan en el nucleo.
Un represor es un tetramero formado par dos
dimeros
Los monomeros forman un dimero al hacer contactos
entre los domi nies nucleares 1 y 2, y es posible
que entre las helices de oligomerizaci6n.
Los dimeros forman un tetramero par media de
interacciones entre las helices de oligomerizacion.
La union al DNA es regulada par un cambia
alosterico en la conformacion
El dominic de union al DNA de cada monomero dentro
de un dimero se inserta en el surco mayor del DNA.
La helice bisagra se inserta en el surco menor del DNA
operador.
Un represor activo tiene una conformacion en la
cuallos dos dominies de union al DNA de un dimero
pueden insertarse en vueltas sucesivas de la doble
helice.
La union del inductor interrumpe la helice bisagra
y cambia la conformacion de tal manera que los
dos sitios de union al DNA nose encuentran en la
geometria correcta para hacer contactos simultaneos.
Los fenotipos mutantes se correlacionan con
la estructura del dominio
Diferentes tipos de mutaciones ocurren en dominies
distintos de la subunidad del represor.
La proteina represora se une al operador
La proteina represora se une a la secuencia de DNA de
doble cadena del operador.
El operador es una secuencia palindromica de 26 bp.
Cada repeticion invertida del operador se une al sitio
de union al DNA de una subunidad represora.
La union del inductor libera al represor del
opera dar
La union del inductor provoca un cambia en la
conformacion del represor que reduce su afinidad por
el DNA y lo Libera del operador.
El represor se une a tres operadores
e interactua con la polimerasa de RNA
Cada dimero localizado en un tetramero represor puede
unirse a un operador, de tal manera que el tetramero
puede unirse a dos operadores de forma simultanea.
La represion total requiere que el represor se una a un
operador adicionallocalizado en flujo descendente o
ascendente asi como al operador en el promotor lacl.
La union del represor al operador estimula la union
de la polimerasa de RNA al promotor, pero impide la
transcripcion.
El represor siempre esta unido al DNA
Las proteinas que tienen gran afinidad par una
secuencia especifica de DNA tambien tienen una
afinidad baja por otras secuencias del DNA.
Cada par de bases localizado en el genoma bacteria no
es el inicio de un sitio de union de baja afinidad para
el represor.
El gran numero de sitios de baja afinidad garantiza que
toda la proteina represo ra este unida al DNA.
El represor se une al operador al desplazarse desde un
sitio de baja afinidad en vez de hacerlo al equilibrarse
en la solucion.
El operador compite con los sitios de baja
afinidad para unirse al represor
En ausencia de inductor, el operador tiene una afinidad
por el represor que es 107 veces mayor que la de un
sitio de baja afinidad.
El nivel de 10 tetrameros represores por celulas
asegura que el operador este unido al represor 96% del
tiempo.
La induccion reduce la afinidad por el operador a 10'
veces la de los sitios de baja afinidad, par lo que solo
3% de los operadores estim unidos.
La induccion provoca que el represor se mueva
del operador a un sitio de baja afinidad por
desplazamiento directo.
Estos parametres podrian cambiarse con un incremento
o reduccion de la concentraci6n efectiva de DNA
in vivo.
161m La represi6n puede suceder en multiples loci
Un represor actuara en todos los loci que tengan una
copia de su secuencia operadora diana.
IWi) El AMP dclico es un efector que activa al
factor CRP para que actue en multiples
operones
CRP es una proteina activadora que se une a una
secuencia diana en un promotor.
Un dimero de CRP es activado par una sola molecula
de AMP ciclico.
lfB) El factor CRP funciona de formas diferentes en
operones diana distintos
CRP introduce un giro de 90 en el DNA en su sitio de
union.
Los sitios de union al CRP se encuentran en
ubicaciones muy variables con respecto al promoto r.
CRP interactua con la polimerasa de RNA, pero los
detalles de la interaccion dependen de las ubicaciones
relativas del sitio de union al CRP y del promotor.
lfm La traducci6n puede ser regulada
Una proteina represora puede regular la traduccion
al impedir que un ribosoma se una a un codon de
iniciacion.
La accesibilidad a los codones de iniciacion en un
RNAm policistronico puede ser controlada par medio
de cambios en la estructura del RNAm, los cuales
ocurren como resultado de la traduccion.
lfB) La s\ntesis de las prote\nas res controlada par
media de regulaci6n autogena
La traduccion de un operon de proteina r puede ser
controlada por un producto del operon que se une a un
sitio localizado en el RNAm policistronico.
lf:ID La p32 del fa go T4 es controlada par un
circuito aut6geno
p32 se une a su propio RNAm para impedir la
iniciacion de la traduccion.
~ La regulaci6n autogena se utiliza a menudo
para controlar la s\ntesis de ensambles
macromoleculares
El precursor de los microtubulos, la proteina tubulina
libre, inhibe la traduccion del RNAm de la tubulina.
IW!) Resumen
CAPITULO 12 El operon 301
 1f11 Introducci6n
La expresi6n genica puede ser controlada en cual-
quiera de las multiples etapas, las cuales se dividinin
en terminos generales en transcripci6n, procesa-
miento y traducci6n:
La transcripci6n a menudo es controlada en
la etapa de iniciaci6n. La transcripci6n casi
nunca se controla en Ia elongaci6n, pero
puede ser controlada en Ia terminaci6n para
determinar si a la polimerasa de RNA se le
permite dejar atras un terminador y avan-
zar al gen o a los genes que se encuentran
despues de et.
En las celulas eucari6ticas, el procesamien-
to del producto de RNA puede ser regulado
en Ia etapa de modificaci6n, en Ia de corte
y empa lme, en Ia de transporte o en Ia de
estabilidad. En las bacterias, un RNAm en
principia esta disponible para Ia traducci6n
tan pronto ha sido sintetizado, e incluso du-
rante su sintesis, pero durante este periodo
las etapas de control no estan disponibles.
La traducci6n puede ser regulada, por loge-
neral en las eta pas de iniciaci6n y de termi-
naci6n (como la transcripci6n). La regula-
ci6n de Ia iniciaci6n es formalmente analoga
a la regulaci6n de la transcripci6n: el siste-
ma de circuitos puede ilustrarse en terminos
similares para regulaci6n de Ia iniciaci6n de
Ia transcripci6n en el DNA o de la iniciaci6n
de Ia traducci6n en el RNA.
El concepto bdsico que explica c6mo se controla
Ia transcripci6n en las bacterias lo proporcion6 Ia
formulaci6n clasica del modelo para el control de
Ia expresi6n genica elaborado por Jacob y Monod
en l 961. Ello s distinguieron dos tipos de secuencias
en el DNA: las secuencias que codifican los pro-
ductos de actuaci6n en trans y las secuencias de
actuaci6n en cis que funcionan de manera exclu-
siva dentro del DNA. La actividad genica es regulada
por las interacciones especfficas de los productos de
actuaci6n en trans (por lo general protefnas) con las
Gen regulador
! Un promotor sirve para iniciar la transcripci6n solo de:
RNAm
!
-
Protefna reguladora Sitio diana Gen estructural
Un gen regulador codifica una protelna que ac-
tua en un sitio diana del DNA.
302 CAIPiTULO 12 El Operon
secuencias de actuaci6n en cis (por lo general sitio'
en el DNA) . En terminos mas formales:
Un genes una secuencia de DNA que cadi-
fica un producto capaz de difundirse . Est
producto puede ser una proteina (com
en Ia mayor parte de los genes) o puede
ser RNA (como en los genes que codificar;
RNAt y RNAr). La caracteristica fundamenta :
es que el producto se difunde lejos del sitio de s1,
sintesis y actua en otra ubicaci6n. Cualquie
producto genico que es libre de difundirse
para encontrar su objetivo se describe como
de actuaci6n en trans.
La descripci6n del concepto actuaci6n er_
cis se aplica a cualquier secuencia de DNA
que no es transformada a ninguna otra for-
ma, pero que funciona de manera exclusi-
va como una secuencia de DNA in situ, qu e
afecta s6lo a! DNA al cual esta ffsicamente
ligado. (En algunos casos, una secuencia de
actuaci6n en cis funciona en un RNA en vez
de hacerlo en una molecula de DNA.)
Para ayudar a distinguir entre los componentes
de los circuitos reguladores y los genes a los cuales
regulan, en ocasiones utilizamos los terminos ger:
estructural y gen regulador. Un gen estructural e_
tan solo un gen que codifica un producto proteinico
(o un RNA). Los genes estructurales representan una
enorme variedad de funciones y estructuras protei-
nicas, como las proteinas estructurales, las enzimas
con actividades cataliticas y las proteinas regulado-
ras. Un gen regulador simplemente describe a u n
gen que codifica una proteina (o una molecula de
RNA) que interviene en Ia regulaci6n de la expre-
si6n de otros genes.
La forma mas sencilla del modelo regulador
se ilustra en Ia : un gen regulador codifi-
ca una protefna que controla la transcripci6n al unirs2
a un sitio particular del DNA, o a varios. Esta interac-
ci6n puede regular a un gen diana de forma positiva
(la interacci6n activa a! gen) ode forma negativa (la
interacci6n desactiva al gen). Los sitios del DNA casi
siempre (pero no de forma exclusiva) se localizan
enseguida del gen diana, en sentido ascendente.
Las secuencias que indican el inicio y el fin de
Ia unidad de transcripci6n, el promotor y el termi-
nador, son ejemplos de sitios d e actuaci6n en cis.
gen 0 de los genes que estlm conectados jfsicamente a el eJ:
el mismo fragmento de DNA . En !a misma forma, Uf:'
terminador puede finalizar la transcripci6n s6lo por
medio de una polimerasa de RNA que ha atrave-
sado al gen o a los genes precedentes. En su forme:
mas simple, los promotores y los terminadores so .
elementos de actuaci6n en cis que son reconoddos
por la misma especie de actuaci6n en trans, es decir,
 ~ la polimerasa de RNA (aunque otros factores
-~ bien participan en cada sitio).
Hay otros sitios reguladores de actuaci6n en cis
. : e a menudo estan yuxtapuestos al promotor o
. eminados en el. Un promotor bacteriano puede
~!1 er uno o mas de dichos sitios localizados en Ia
::: ~canfa, es decir, en la vecindad inmediata del pun-
de inicio. Un promotor eucari6tico es probable
. -'e tenga un numero mayor de sitios dispersos en
-a distancia mas larga .
La regulaci6n puede
ser positiva o negativa
Conceptos principales
En La regulaci6n negativa, una proteina represora se
une .a un operador para evitar que se exprese un gen.
En la regulaci6n positiva, es necesario que se una un
factor de transcripci6n al promotor para permitir a la
potimerasa de RNA iniciar la transcripci6n.
:..-n modelo clasico del control en las bacterias es
.cgativo: una protefna represora impide que un gen
~-=a expresado. La muestra que el "esta-
: predeterminado " de dicho gen es ser expresado
.:: rraves del reconocimiento de su promotor por la
limerasa de RNA. Cerca del promotor se encuen-
:::-a otro sitio de actuaci6n en cis denominado opera-
dor, el cual es el objetivo de la protefna represora.
.::uando el represor se une al operador, se le impide
::. la polimerasa de RNA iniciar la transcripci6n y,
or lo tanto, !a expresi6n ginica es desactivada.
Hay un modelo alternative de control positivo.
.:=ste se utiliza en las bacterias (probablemente) con
_na frecuencia casi igual a la del control negativo
es Ia forma de control mas comun en las eucario-
:as. Un factor de transcripci6n es necesario para
::yudar a la polimerasa de RNA en la iniciaci6n en
:-I promotor. La muestra que el estado
. redeterm inado tfpico de un gen eucari6tico es in-
::.ctivo : la polimerasa de RNA no puede iniciar por sf
::1isma Ia transcripci6n en el promotor. Numerosos
:actores de actuaci6n en trans tienen sitios diana
calizados en la vecindad del promotor y !a union
.:~ algunos ode todos estos fact ores permite a !a polimerasa
.:eRNA iniciar !a transcripci6n.
El tema uruficador es que las protefnas regulado-
: -as son factores de actuaci6n en trans que reconocen
:-lementos de actuaci6n en cis (por lo general) locali-
:ados en senti do ascendente con respecto a! gen. Las
.::onsecuencias de este reconocimiento sonIa activa-
j6n o la represi6n del gen, segun el tipo individual
ie protefna reguladora. Una caracterfstica tfpica es
ue Ia proteina funciona al reconocer una secuencia
:nuy corta localizada en el DNA, casi siempre con
Promotor/operador de actuaci6n en cis precede a los genes
estructurales
Promotor operador Gen(es) estructural(es)
Gen encendido: Ia polimerasa de RNA inicia en el promotor
El gen es apagado cuando el represor se une al operador
Represor
I
En el control negativo un represor de actuaci6n
en trans se une al operador de actuaci6n en cis para apagar la
transcripci6n.
GEN APAGADO EN FORMA PREDETERMINADA
Punta de inicio
,....--..,~ Gen
Promotor
I
GEN ENCENDIDO POR LOS ACTIVADORES
Los facto res interactuan con Ia polimerasa de RNA
-
RNA
En el control positivo, los factores de actuaci6n
en trans deben unirse a los sitios de actuaci6n en cis para que
la polimerasa de RNA inicie la transcripci6n en el promotor.
una longitud <10 bp, aunque la protefna de hecho
se une a un fragmento del DNA un tanto mayor. El
promotor bacteriano es un ejemplo: la polimerasa
de RNA cubre >70 bp del DNA en la iniciaci6n, pero
las secuencias cruciales a las cuales reconoce son los
hexameros centrados en las posiciones -35 y -10.
Una diferencia significativa en la organizaci6n
de los genes entre las procariotas y las eucariotas
es que los genes estructurales de las bacterias estan
organizados en agrupamientos, mientras que los de
las eucariotas se presentan de manera individual. El
agrupamiento de los genes estructurales les permi-
te ser controlados de forma coordinada por medio
de interacciones en un solo promotor: como resul-
12.2 La regulaci6n puede ser positiva o negativa 303
 tado de estas interacciones, el conjunto completo
de genes se transcribe o no se transcribe . En este
capitulo se analiza esta forma de control y su uso
por parte de las bacterias. Los medios empleados
para coordinar el control de los genes eucari6ticos
dispersos se abordan en el Capitulo 25, Activaci6n
de la transcripci6n.
Ill Los agrupamientos de genes
est ructura les so n controlados
de manera coordin ada
Concepto principal
Los genes que codifican proteinas que funcionan en La
misma ruta pueden ser adyacentes y ser controlados
como una unidad individual que se transcribe en un
RNAm policistronico.
Los genes estructurales bacterianos con frecuencia
estan organizados en agrupamientos que incluyen
genes que codifican protefnas cuyas funciones es-
tan relacionadas . A menudo los genes que codifican
las enzimas de una ruta metab6lica estan organiza-
dos en uno de estos agrupamientos. Ademas de las
enzimas que intervienen en la nna, la unidad de
control coordinado puede incluir otras actividades
relacionadas; por ejemplo, la protefna encargada de
transportar Ia molecula pequei'ia (s ustrato) al inte-
rior de la celula.
El agrupamiento de los tres genes estructurales
lac, lacZYA, es tfpico . La resume la or-
ganizaci6n de los genes estructural es, sus elemen-
tos reguladores asociadas de actuaci6n en cis y el
gen regulador de actu aci6n en trans. La caracterfstica
principal es que el agrupamiento se transcribe en un solo
RNAm policistr6nico a partir de un promotor en el cual
se regula !a iniciaci6n de !a transcripci6n.
Los productos protefnicos permiten a las celulas
absorber y metabolizar los galact6sidos ~, como la
lac/
DNA
1 040 82
RNAm
Proteina
l
Represor
Galactosidasa ~
El operon lac ocupa -6 000 bp del DNA . En el lado izquierdo el gen loci tiene su
propio pro motor y su propio terminad or. El extrema de la region lac es adyacente al pro moto r, P.
El operador, 0, ocupa los primeros 26 bp de la unidad de transcripcion. El gen largo lacl comienza
en la base 39 y es seguido par los genes lacY y lacA y par un terminador.
304 CAPITULO 12 El Operon
lactosa. Las funciones de los tres genes estructurales
son:
El gen lacZ codifica la enzima galactosida-
sa ~, cuya forma activa es un tetramero de
-500 kD. La enzima separa un galact6sido ~
en sus azucares constitutivas. Por ejemplo,
la lactosa es dividida en glucosa y galactosa
(las cuales son metabolizadas posteriormen-
te) . Esta enzima tambien elabora un subpro-
ducto importante, Ia alolactosa ~-1,6, Ia cual
tiene cierta funci6n en Ia regulaci6n.
El gen lacY codifica Ia permeasa de galac-
t6sido ~ . una proteina de -30 kD unida a
la membrana, componente del sis tema de
transporte. Esta transporta a los galact6sidos
~ al interior de la celula.
El gen lacA codifica la transacetilasa de galac-
t6sido ~. una enzima que transfiere un grupo
acetilo de la acetil-CoA a los galact6sidos ~
Las mutaciones en lacZ o en lacYpueden crear el
genotipo lac, en el cuallas celulas no pueden utilizar
Ia lactosa. (La descripci6n genotipica "lac" sin un cali-
ficativo indica perdida de la funci6n.) Las mutaciones
lacZ elirninan Ia actividad enzimatica e impiden de
manera directa el metabolismo de la lactosa. Los mu-
tantes lacY no pueden absorber Ia lactosa del medio.
(Ningun defecto es identificable en las celulas lacA.
lo cual es desconcertante. Es posible que la reacci6n
de acetilaci6n proporcione una ventaja cuando las
bacterias crecen en presencia de ciertos analogos de
los ga lact6sidos ~ que no pueden ser metabolizados.
debido a que la m odificaci6n da origen ala desintox.i-
caci6n y la excreci6n.)
El sistema completo, incluidos los genes estruc-
turales y los elementos que controlan su expresi6n.
forma una unidad comun de regulaci6n denomina-
da operon . La actividad del operon es controlada
por el gen o los genes reguladores cuyos productos
protefnicos interactuan con los elementos de con-
trol de actuaci6n en cis .
... ..
. .. . . . .
. .
.
lacZ lacY
' lA~ ~
3 510 780 825
l
l l
Permeasa Transacetilasa
 Los genes lac son controlados
por un represor
Conceptos principales
La transcripcion del agrupamiento de genes laclYA es
controlada por una prote\na represora que se une a un
operador que se superpone al promotor en el inicio del
agrupamiento.
La prote\na represora es un tetramero formado por
subunidades identicas codificadas por el gen loci.
~-= pueden distinguir los genes estructurales de los
;enes reguladores por los efectos de las mutaciones.
-_aa mutaci6n en un gen estructural priva a Ia celula
Ia proteina particular a !a cual codifica el gen.
~ ~ n embargo, una mutaci6n en un gen regulador
_ fluye en !a expresi6n de todos los genes estructu-
~ales a los cuales controla. Las consecuencias de una
_ utaci6n en un gen regulador revelan el tipo de
-egulaci6n.
La transcripcion de los genes lacZYA es contro-
da por una protefna reguladora sintetizada por el
=en lacl. Sucede que lac! esta localizado allado de los
;enes estructurales, pero comprende una unidad de
::-anscripcion independiente con su propio promo-
: r y con su propio terminador. En principia, lac! no
- ecesita localizarse cerca de los genes estructurales
.:.ebido a que especifica a un producto que se difun-
::e. Puede funcionar muy bien si es transponado a
::-.talquier otro sitio, o puede estar contenido en una
~10lecula de DNA independiente (Ia prueba clasica
ara un regulador de actuacion en trans).
Los genes lac son controlados por medio de re-
5ulaci6n negativa: son transcritos a menos que sean
.:pagados par la protefna reguladora. Una mutacion
::ue desactiva al regulador hace que los genes es-
.. ucturales permanezcan en Ia condicion expresada.
::: 1producto de lac! se denomina represor Lac, debido
~. que su funcion es impedir Ia expresion de los ge -
~ es estructurales.
El represor es un tetra.rnero de subunidades
.denticas de 38 kD cada una. Hay - 10 tetrameros
7n una celula de tipo silvestre. El gen regulador no
controlado porIa disponibilidad de Ia lactosa. Se
_anscribe en un RNAm monocistronico a una velo-
ctad que parece ser gobernada tan s6lo por la afini-
.;ad de su promotor porIa polimerasa de RNA.
El represor funciona uniendos e a un operador
::uyo sfrnbolo formal es o ,.J localizado al inicio del
.:.gr.upam iento lacZYA. El operador se ubica en tre el
""~romotor (P1.J y los genes estructurales (lacZYA).
~uando el represor se une al operador, impide que la po-
:merasa de RNA inicie la transcripci6n en el promotor. La
.JUR amplia nuestra vision de Ia region que
Desenrollamiento
-50 -40 -30 -20 -10 - .. I
1-----
10 20 30~
+ - - - Promotor - - - +
se une a Ia polimerasa de RNA
+ Operador+
se une al represor
El represor y la polimerasa de RNA se unen a
sitio s que se superpone n alrededor del punta de inicio de la
transcripcion del operon lac .
se encuentra al principia de los genes estructurales
lac. El operador se extiende desde la posicion -5 justo
en sentido ascendente del pun to de inicio del RNAm
hasta la posicion +21 localizada dentro de Ia unidad
de transcripcion; por lo tanto, se superpone al ex-
trema derecho del promotor. Se anali za Ia relacion
entre el represor y la polimerasa de RNA con mayor
detalle en !a seccion 12.14, La protefna represora se
une al operador, y en Ia secci6n 12.16 El represor se
une a tres operadores e interactua con Ia polimerasa
de RNA.
1f11 El operon lac puede ser inducido
Conceptos principales
Las moleculas pequeiias que inducen a un operon son
identicas al sustrato en lo que se refiere a sus enzimas,
o esta n relacionadas con el.
Los galactosidos ~ son los sustratos para las enzimas
codificadas por lacZYA.
En ausencia de galactosidos ~, el operon lac se expresa
solo en un nivel (basal) muy bajo.
La adicion de galactosidos ~ espec\ficos induce la
transcripcion de los tres genes del operon.
El RNAm laces muy inestable; como resultado, la
induccion puede revertirse con rapidez .
Los mismos tipos de sistemas que permiten a los
sustratos inducir a los operones que codifican enzimas
metabolicas pueden ser utilizados para permitir a los
productos finales reprimir a los operones que codifican
las enzimas biosinteticas .
Las bacterias necesitan responder con rapidez a los
cambios que surgen en su ambiente. Las fluctuacio-
nes en el abastecimiento de los nutrientes pueden
ocurrir en cualquier momenta y Ia supervivencia de-
pende de la capacidad de cambiar el metabolismo de
un sustrato por el de otro. Sin embargo, !a econo-
12.5 El operon lac puede ser inducido 305

Adici6n del inductor
l a un nivel inducido que refleja un balance entre lc.
0 2 4 6 8 iO
Nivel de RNAm lac
Periodo Periodo
~
~3------1
Nivel inducido
0 2 4 6 8 iO i2 min
Nivel de galactosidasa fl
La adici6n del inductor propicia la rapida in-
ducci6n del RNAm lacy es seguida despues de un breve lapso
par la sfntesis de las enzimas; al retiro del inductor le sigue la
interrupci6n rapida de la s\ntesis.
mia tambien es importante: una bacteria que destina
mucha energfa para satisfacer las demandas del am-
biente tiende a estar en desventaja. Por lo tanto, una
bacteria evita sintetizar las enzimas de una ruta en
ausencia del sustrato, pero esta preparada para pro-
ducir las enzimas si el sustrato vuelve a aparecer.
La sintesis de las enzimas en respuesta ala apa-
rici6n de un sustrato especif:ico se denomina indue-
cion. Este tipo de regulaci6n es generalizado en las
bacterias y tambien ocurre en las eucariotas unice-
lulares (como las levaduras) . El sistema de Ia lactosa
de E. coli proporciona el modelo de este tipo de me-
canisme de control.
Cuando las celulas de E. coli son cultivadas en
ausencia de un galact6sido ~ no hay necesidad de
galactosidasa ~. y contienen muy pocas moleculas
de la enzima, menos de cinco. Cuando se agrega un
sustrato apropiado, la actividad enzimatica aparece
en forma muy rapida en las bacterias . En 2 a 3 min
hay cierta cantidad de enzima, y pronto aparecen
-5 000 moleculas de la enzima en cada bacteria.
(En condiciones adecuadas, Ia galactosidasa ~ puede
representar de 5 a 10% del total de protefna soluble
de Ia bacteria.) Si se retira el sustrato del medio, Ia
sfntesis de la enzima se detiene con Ia misma rapi-
dez con que comenz6.
La resume las caracterfsticas esen-
ciales de Ia inducci6n. El control de Ia transcripci6n
de los genes lac responde con mucha rapidez al in-
ductor, como se muestra en Ia parte superior de la
figura. En ausencia del inductor, el operon se trans-
306 CAPITULO 12 El Operon
cribe en un nivel basal muy bajo. La transcripci6 __
es estimulada en cuanto se agrega el inductor; 1 ~
cantidad de RNAm lac aumenta de manera n1pidc:
sfntesis y Ia degradaci6n del RNAm.
El RNAm laces muy inestable y se degrada des-
pues de una vida media de apenas unos 3 min. Estc.
caracterfstica permite que Ia inducci6n sea reverti-
da con rapidez. La transcripci6n cesa en cuanto se
retira al inductor, y en un periodo muy corto tod0
el RNAm lac habra sido destruido y el contenid<'
celular regresara al nivel basal.
La producci6n proteinica se observa en Ia parte
inferior de la f:igura. La traducci6n del RNAm la:
produce galactosidasa ~ (y los productos de los otro:
genes lac) . Hay un rezago corto entre Ia aparici6
del RNAm lacy el surgimiento de las primeras mo-
leculas enzimaticas completas (Ia concentraci6n d
protefna comienza a aumentar unos 2 min despue~
del incremento del nivel basal de RNAm). Hay ur.
rezago similar para alcanzar los niveles inducido:
maximos de RNAm y de protefna. Cuando se reti-
ra al inductor, Ia sfntesis de Ia enzima cesa casi de
inmediato (a medida que el RNAm es degradado )
pero la galactosidasa ~que se encuentra en la celulc:
es mas estable que el RNAm, de tal manera que Ia
actividad de Ia enzima permanece en el nivel indu
cido durante mas tiempo.
Este tipo de respuesta rapida a los cambios en e:
abastecimiento de nutrientes no solo proporciona 1.:
capacidad de metabolizar sustratos nuevas, sino quc-
tambien sirve para desactivar la sfntesis endogene.
de compuestos que aparecen de manera subita er:
el medio. Por ejemplo, E. coli sintetiza el aminoacido
tript6fano por medio de Ia acci6n de la enzima sin-
tetasa de tript6fano. Sin embargo, si el medio en e:
cuallas bacterias son cultivadas proporciona el trip-
t6fano, la producci6n de la enzima es interrumpid<:
de inmediato. A este efecto se le llama represi6n
Permite ala bacteria evitar que sus recursos se des-
tinen a actividades sinteticas innecesarias.
La inducci6n y Ia represi6n representan el mis-
mo fen6meno. En un caso la bacteria ajusta su capa-
cidad para utilizar un sustrato determinado (com -
la lactosa) para el crecimiento; en el otro, ajust
su capacidad para sintetizar un intermediario me
tab6lico particular (como un aminoacido esencial
El desencadenante de cualquier tipo de ajuste ~
una molecula pequeii.a que es el sustrato, o que
esta relacionada al sustrato de la enzima, o que ~
el producto de Ia actividad enzimatica, respective-
mente. Las moleculas pequeii.as que provocan 1::.
producci6n de las enzimas capaces de metaboliza~
las se denominan inductores . Aquellas molemla...
que impiden la producci6n de enzimas capaces d:
sintetizarlas se llaman correpresores.
 El represor es controlado por
una pequena molecula inductora
I _..,ceptos principales El tetramero se une al operador
y bloquea Ia transcripci6n
Jn inductor funciona al convertir a La prote1na

j''"' \;:.~:;'
epresora en una forma con menor afinidad por el (/~f.
lacZ lacY lac A
)perador.
:t represor tiene dos sitios de union, uno para el
Jperador y otro para el inductor.
:t represor es desactivado por una interaccion
alosterica en la cualla union del inductor a su sitio
:ambia las propiedades del sitio de union al DNA. !
..::. :apacidad de actuar como un inductor o como un
~epresor es muy especffica . Solo sirven el sustra-
~roducto o una molecula muy relacionada. Sin
Mon6mero
- El gen lac/ sintetiza al
mon6mero represor que
forma al tetramero

Tetramero

El represor mantiene al operon lac en co ndicion

__i: J argo, en Ia mayor parte de los casos la actividad inactiva al unirse al operador. La forma del represor se repre-
.--? molecula pequeiia no depende de su interacci6n con senta como una serie de dominios conectados segun lo revela
=nzima diana. No obstante, para el sistema lac el su estructura cristalina (vease mas adelante).
_~u ctor natural es un subproducto de Ia enzima
--z, Ia alolactosa ~-1 ,6, producida porIa transglico -
.5.cion de Ia ligadura ~-1 , 4 en Ia lactosa. La alolac-
-5.1 tam bien es un sustrato de Ia enzima lacZ, por lo INDUCTOR -
_e no persiste en la celula. Algunos inductores se
::mejan a los inductores naturales del operon lac,
-:::-o no pueden ser metabolizados por la enzima. El
: ::mplo por excelencia es el isopropiltiogalactosido
.:?TG), uno de los numerosos tiogalactosidos que
t
- - El inductor transforma
al represor lac en una
forma inacliva que
::entan esta propiedad. El IPTG no es reconocido A A. no puede unirse

:- Ia galactosidasa ~; de cualquier manera, es un

-: uctor muy eficiente de los genes lac. I
t
f f
al operador

A las moleculas que inducen Ia sfntesis enzima -

:3. pero que no son metabolizadas, se les denomi-
=. inductores gratuitos. Son muy (!tiles porque
=rmanecen en Ia celula en su forma original. (Un
- ::uctor real serfa metabolizado, interfiriendo asf
_!1 el estudio del sistema.) La existencia de induc-
~e s gratuitos revela un punto importante . El sis-
- :a debe poseer algun componente, distinto a Ia enzima
:na, que reconozca a! sustrato apropiado, y su capacidad
J a reconocer sustratos potenciales relacionados es dife-
_- :re a lade la enzima.
El componente que responde al inductor es Ia
- :utefna represora codificada por lacl. Los genes es-
:-Jcturales lacZYA se transcriben en un solo RN Am
_ !)artir de un promotor adyacente a lacZ que se
.::-.cuentra en sentido ascendente. El estado del
-:' :;J resor determina si este promotor es activado o
.:: -activado:
La A muestra que en ausencia de un
inductor los genes nose transcriben, debido a
que Ia protema represora se encuentra en una
forma activa que esta unida a! operador.
La , muestra que cuando se agre -
ga un inductor, el represor muta a una for -
La adicion del inductor transform a al represor en
una forma inactiva incapaz de unirse al operador. Esto permite
a la polimerasa de RNA iniciar la transcripcion.
rna sin afinidad menor por el operador o es
convertido a una forma con menor afinidad
que abandona a! operador. Despues inicia
Ia transcripcion en el promotor y procede a
naves de los genes hasta un terminador loca-
lizado despues del extrema 3' del gen lacA.
Las caracterfsticas mas importantes del circui-
to de control residen en las propiedades dobles del
represor: puede impedir Ia transcripcion y puede
reconocer Ia pequefia molecu la inductora. El repre-
sor tiene dos sitios de union; uno para el operador
y uno para el inductor. Cuando el inductor se u ne
a su sitio, cambia Ia conformacion de la protefna
de ta l forma que influye en la actividad del sitio de
union al operador. La capacidad de un sitio localiza-

12.6 El represor es controlado par una pequeiia molecula inductora 307

 do en la protefna para controlar la actividad de otro
se llama control alosterico.
La induccion logra una regulacion coordina-
da: todos los genes se expresan (o no) al unfsono. El RNAm
es traducido de forma secuencial desde su extrema
5' , lo cual explica porque Ia induccion siempre pro-
voca Ia aparicion de galactosidasa ~ , de permeasa
de galactoside ~ y de transacetilasa de ga lactoside
~, en ese orden. La traduccion de un RNAm comun
explica porque las cantidades relativas de las tres en-
zimas siempre permanecen iguales en condiciones
variables de induccion.
La induccion provoca un cambio que ocasio-
na que los genes sean transcritos. La eficacia de los
inductores varfa, y hay otros factores que influyen
en el nivel absoluto de Ia transcripcion o de Ia tra-
duccion, pero Ia re lacion entre los tres genes esta
predeterminada por su organizacion.
Se observa una posible paradoja en la constitu-
cion del operon. El operon de Ia lactosa contiene el
gen estructural (lacZ) que codifica Ia galactosidasa ~
con Ia actividad necesaria para metabolizar a! azucar;
tambien incluye el gen (lacY) que codifica Ia protefna
indispen sable para transportar el sustrato al interior
de Ia celula. Sin embargo, si el operon se encuentra
en un estado reprimido, (,COmo entra el inductor
a Ia celula para iniciar el proceso de induccion?
Dos caracterfsticas garantizan que siempre h aya
una cantidad mfnima de protefna en Ia celula, sufi-
ciente para iniciar el proceso. Hay un nivel basal de
expresion del operon: incluso cuando no es induci-
do, se expresa en un nivel residual (0.1% del nivel
inducido). Ademas, cierta cantidad de inductor entra
de cualquier forma por otro sistema de transporte .
1111 Las mutaciones co nstitutivas
de actuaci6n en cis identifican
al operador
Conceptos principales
Las muta ciones localizadas en el operador provocan La
expresion constitutiva de los tres genes estructurales lac.
Estas mutaciones actuan en configuracion cis y
afectan so lo a aquellos genes que se encuentran en el
fragmento contiguo de DNA .
Las mutaciones que tienen Iugar en el circuito regu-
lador pueden inhibir la expresion del operon o pro-
vocar una expresion no regulada. Los mutantes que
no pueden ser expresados en absoluto se llaman no
inducibles . La expresion continua de un gen que
no responde a Ia regulacion se denomina expresion
genica constitutiva, y los mutantes con esta propie-
dad se conocen como mutantes constitutivos.
Los componentes de un circuito regu lador del
operon pueden identificarse por las mutaciones que
308 CAPITULO 12 El Operon
afectan Ia expresi6n de todos los genes estructurales y qut
elaboran el mapeo fuera de ellos. Se dividen en do~
clases. El promotor y el operador son identifica-
dos como dianas para las proteinas reguladoras (Ia
polimerasa de RNA y el represor, respectivamente
por mutaciones de actuaci6n en cis. Ellocus lac! e5
identificado como el gen que codifica Ia protefna
represora por medio de mutaciones que eliminar.
el producto de actuacion en trans.
El operador fue identificado en un inicio po~
mutaciones constitutivas, a las que se les asigno e:
sfmbolo oc, cuyas propiedades distintivas ofrecieror:
la prim era prueba de un elemento que funciona sin se ~
representado en un producto que se difunde.
Los genes estructurales contiguos con una muta-
cion oc se expresan en terminos constitutivos porqu
la mutacion cambia el operador de tal manera que e:
represor ya no es capaz de unirse a el. Por lo tanto,
el represor no puede impedir que Ia polimerasa d
RNA inicie la transcripcion. El operon se transcri-
be en te rminos constitutivos, como se ilustra en Ia
l
El operador puede controlar solo los genes la c adya-
centes a el. Si un segundo operon lac es introducido
en una bacteria en una molecula de DNA indepen -
diente, tiene su propio operador. Ninguno de los
operadores recibe la influencia del otro operador.
Por lo tanto, si un operon tiene un operador de tip o
silvestre, sera reprimido en las condiciones habitua-
les, en tanto que un segundo operon con una muta-
cion ocsera expresado en su forma caracterfstica.
Estas propiedades definen a! operador como un
tipico sitio de actuacion en cis, cuya funcion depen-
de del reconocimiento de su secuencia de DNA por
alg un factor de actuacion en trans. El operador con-
, #f
t 1
I ,
El represor no puede unirse
a un ope:;dor mutante
1
t I
, ,'
El oper6n es tran scrito
y traducido
Las mutaciones operadoras son constitutivas de-
bido a que el operador es inca paz de unirse a la prote1na repre-
sora; esto permite que la polimerasa de RNA tenga acceso sin
restricciones al promotor. Las mutaciones 0' actuan en cis par-
que afectan solo al conjunto contiguo de genes estructurales.
 :a los genes adyacentes a pesar de la presencia de
:::- s alelos del sitio en la d~ lula . Una mutacion en
-~ de estos sitios (p. ej ., la mutacion o c) se describe
: :nanera formal como dominante en cis.
Una mutacion en un sitio de actuacion en cis
puede ser asignada a un grupo de complemen-
-~:6 n. (La capacidad de complem entar defin e a los
_::les que se expresan como productos qu e se di-
_:1den.) Cuando dos sitios de actuacion en cis se
-~ :uentran cerca uno del otro (p. ej ., un operador y
-_promotor) nose pueden clasificar las mutaciones
__una prueba de complementacion. Solo es posi-
~ distinguirlos por sus efectos sobre el fenotipo.
La dominancia en configuracion cis es una ca-
: ::erfstica de cualquier sitio fisicamente contiguo a las
-~ rencias a las cuales controla. Si un sitio de control
_x iona como parte de un RNAm policistronico,
- mutaciones en el exhibiran exactamente el mismo
:ron de dominancia en cis que m os trarfan si fun-
--!laran en el DNA. El factor determinante es que
_ sitio de control no puede separarse en terminos
-~co s de los genes a los cuales regula . Desde el pun-
j e vista genetico, no importa si el si tio y los genes
_J n juntos en el DNA o en el RNA.
Las mutaciones de actuaci6n en
trans identifican el gen regulador
;:onceptos principales
Las mutaciones localizadas en el gen laci actCtan en
configuracion trans y afectan la expresion de todos los
agrupamientos lacZYA en la bacteria.
Las mutaciones que eliminan la funcion de laci
provocan expresion constitutiva y son recesivos.
Las mutaciones que se encuentran en el sitio de union
al DNA del represor son constitutivas debido a que el
represor no puede unirse al operador.
Las mutaciones que se localizan en el sitio de union
al inductor del represor le impiden ser desactivado e
'mpiden la inducibilidad.
Las mutaciones de los promotores son no inducibles y
de actuacion en cis.
.....:. :ranscripcion constitutiva tambien es ocasionada
:- rnutaciones de tipo laci-, las cuales son provoca-
--'.i por perdida de !a funcion (incluidas las deleciones
:: gen). Cuando el represor es inactivo o esta ausen-
: ~ a transcripcion puede iniciar en el promotor. La
12 ( muestra que los mutantes laci~ expresan
: genes estructurales to do el tiempo (constitutiva-
_:-:lte), sin importar si el inductor esta presente o ausente,
_Jido a que el represor esta inactivo.
Ambos tipos de mutaciones constitutivas pueden
d nguirse en terminos geneticos. Los mutantes o c
:::! dominantes en cis, en tanto que los mutantes
..:.~ son recesivos. Esto significa que !a introduccion
12.9' Las prote\nas multimericas tienen propiedades geneticas especiales
de un gen lacJ+ normal restablece el controL a pesar
de la presencia del gen laci- defectuoso .
Las mutaciones que se presentan en el operon que
son no inducibles se dividen en los mismos dos tipos
de clases geneticas que los mutantes constitutivos:
Las mutaciones de los promotores son de
actuacion en cis. Si impiden qu e la polime-
rasa de RNA se una a P1ac' producen un ope-
ron no funcional debido a qu e no puede ser
transcrito.
Las mutaciones que inhiben la capacidad del
represor para unirse a! inductor se descri-
ben como lacJS. Son de actuacion en trans.
El represor queda "bloqueado" en la forma
activa que reconoce al operador y que im-
pide Ia transcripcion. La adici6n de induc-
tor no tiene efecto alguno debido a que su
union es impedida o no puede propiciar el
cambia alosterico y, por lo tanto, es impo-
sible convertir a! represor a la forma con
baja afinidad por el operador. El represor
mutante se une a todos los operadores lac
de la celula para evitar su transcripcion y
no puede ser eliminado, a pesar de las pro-
piedades de cualquier protefna rep res ora de
tipo silvestre que pueda estar presente, por
lo que es geneticamente dominante.
Los dos tipos de mutaciones en el gen lacl per-
miten identificar los sitios activos individuales de Ia
protefna represora. El sitio de union al DNA reconoce
la secuencia del operador. Es identificada por muta-
ciones puntuales constitutivas que impiden que el
represor se una al DNA para bloquear Ia polimerasa
de RNA . El sitio de union al inductor es identificado
por mutaciones puntuales que imposibilitan la in-
duccion, debido a que el inductor no puede unirse
para desencadenar el cambia alosterico en el sitio
de union al DNA.
1f11 Las prote1nas multimericas tienen
propiedades geneticas especiales
Conceptos principales
Un represor activo es un tetramero formado par
subunidades identicas.
Cuando se presentan subunidades mutantes y silvestres,
una sola subunidad mutante lacJ-d puede desactivar a un
tetramero cuyas subunidades restantes sean silvestres.
Las mutaciones lacJ-d ocurren en el sitio de union al DNA.
Su efecto se explica porque la actividad del represor
necesita todos los sitios de union al DNA en el tetramero
para que sea activo.
Una caracteristica importante del represor es que es
multimerico . Las subunidades del represor se aso-
cian de manera aleatoria en la celula para formar el
309

El gen lac/- sintetiza al
represor defectuoso que
t no se une al DNA
El operon es
transcrito y traducido
Las mutaciones que desactivan al gen loci
provocan que el operon sea expresado constitutivamente, de-
bido a que la proteina represora mutante no puede unirse al
operador.
tem1mero activo. Cuando hay dos alelos diferentes
del gen lacl, las subunidades formadas por cada uno
pueden asociarse para formar un heterotetramero,
cuyas propiedades son diferentes a las del homote-
tramero. Este tipo de interaccion entre las subuni-
dades es una caracteristica distintiva de las protefnas
multimericas y se describe como complementa-
ci6n interalelica.
Entre algunos mutantes represores ocurre cmn-
plementaci6n negativa, como se observa en Ia
combinacion de los genes fact-<! con los genes lacJ+.
La mutacion lacJ-<l sola da como resultado Ia produc-
El mutante lacl-<i sintetiza
a un represor con un sitio
defectuoso de union al DNA
El gen lac/ de tipo silvestre
sintetiza al represor normal
Una subunidad "mala" envenena
al tetramero; no puede unirse al
DNA de manera normal por lo que
el oper6n se expresa
Un mutante /aci-d crea un monomero que tiene
un sitio daiiado de union al DNA (simbolizado por un circulo
rojo). Cuando se presenta en la misma celula como un gen de
tipo silvestre, los represores multimericos son ensamblados en
forma aleatoria a partir de ambos tipos de unidades. Solo se
requiere que una de las subunidades del mult\mero sea de tipo
/aci-d para bloquear la funcion del represor. Esto explica el
comportamiento dominante negativo de la mutacion /aci-d.
310 CA IiULO l 2 El Operon
giro
Helice-giro-helice - hEilice u hEilice a.
Bisagra-
La estructura de un monomero de represor L= -
identifica numerosos dominios independientes. Estructura -:
presentada a partir del archivo PDB 1lbg de Hangli Zhar
proporcionada por Kathleen S. Matthews, Rice University.
cion de un represor que no puede unirse a! operad -
y, por lo tanto, es constitutiva, como los alelos lac.~
La mutacion de tipo lacJ- desactiva al represor; e:.
consecuencia, suele ser recesiva con respecto al ti
silvestre. Sin embargo, e! superfndice -d indica qt.: ~
esta variante del tipo negativo es dominante cuan -
se aparea con un alelo de tipo silvestre. Dichas mute.
ciones se denominan dominantes negativas.
La explica este fenomeno. La rc: -
zon de la dominancia es que el alelo lacJ-d produ -
una subunidad "mala", Ia cual noes solo incapaz -
unirse por sf misma a! DNA operador, sino que, dt-
bido a que es indispensable como parte del sitio <!:-
union al DNA, tambien es capaz, como parte de u:.
tetramero, de impedir la union de las subunidad
"buenas". Esto demuestra que para lograr la repre-
sion es necesario el tetn1mero represor completo, e:-
vez de mon6meros individuales. De hecho, se pue-
de invertir el argumento para expresar que siemp~:
que una protefna tenga una forma negativa dom: -
nante debe funcionar como parte de un multfmerc
La producci6n de protefnas negativas dominante-_
se ha convertido en una tecnica importante en !.:
genetica eucariotica.
El mon6mero represor
tiene numerosos domi nios
Conceptos principales
Una subunidad represora individual puede dividirse en
un dominio terminal N de union al DNA, una bisagra y
el nucleo de la prote\na.
El dominio de union al DNA contiene dos regiones heli-
coidales a cortas que se unen al surco mayor del DNA.
La region de la bisagra se i nserta en el surco menor
como una helice a corta y plegada.
 :_ sitio de union al inductor y las regiones encargadas de
-~ formacion de los multimeros se localizan en el nucleo.
_ ~:' presor tiene numerosos dominios. El dominio
- ..:nion al DNA ocupa los residuos 1-59 y se co-
:-: como casco. Puede diviclirse del resto del mo-
_ero, conocido como nucleo, por Ia tripsina. La
.:-Jctura cristalina en Ia muestra una
~:pectiva mas detallada de estas regiones.
El extrema N del monomero esta formado por
- helices a separadas por un giro. Este es un ele-
:_ to comun de union a! DNA denominado HTH
~ 'ce-giro-helice); las dos helices a caben en el sur-
:Jlayor del DNA, en donde forman contactos con
_-,s especificas (vease Ia seccion 14.11, El represor
_j_za un elemento helice-giro- he lice para unirse al
-A). Esta region esta conectada por una bisagra a!
::po principal de la proteina. En Ia forma unida
::>~A del represor, Ia bisagra forma una helice a
_:_uefia (como se muestra en Ia figura), pero cuan-
el represor no esta unido al DNA esta region esta
-~ rdenada. El elemento HTH y Ia bisagra juntos
:-:-esponden a! domino de union a! DNA.
El volumen del nucleo esta formado por dos re-
:les con estructuras similares (los dorninios nu-
:~res l y 2). Cada uno cuenta con una lamina ~ pa-
: .. -." Ia de seis cadenas emparedada entre dos helices
.:. cada !ado. El inductor se une a una hendidura
_: :cada entre las dos regiones. En el extrema C, hay
-= ~ helice a que contiene dos septetos de leucina .
= .e es el dominio de oligomerizacion. Las helices
-:- oligomerizacion de cuatro monomeros se asocian
.:.:a mantener la estructura tetramerica.
Un represor es un tetramero
formado par dos d1meros
c.Jnceptos plincipales
Los monomeros forman un d\mero al hacer contactos
entre los dominios nucleares 1 y 2, yes posible que
entre las helices de oligomerizacion .
Los dimeros forman un tetramero por media de
interacciones entre las helices de oligomerizacion.
La 1 J 1 muestra la estructura del ntlcleo
::~america (con un sistema de modelado diferente
j e la Figura 12.12). De hecho, esta formado por
_: ~ dimeros. El cuerpo del dfmero contiene una in-
::-=ase laxa entre las regiones terminales N de los
- )nomeros nucleares, una hendidura a Ia cual se
-e el inductor, y un nucleo hidrofobo (parte supe-
- : r . Las regiones terminales C de cada monomero
Jresalen como helices paralelas. (El casco se unira
.35 regiones terminales N en Ia parte superior.) Los
-=:1eros juntos interactt'lan para formar un tetrame-
ro (centro) que se mantiene unido por un conjunto
terminal C formado por cuatro helices.
Los sitios de las mutaciones se ilustran en forma
de abalorios localizados en Ia estructura de Ia parte
inferior. Las mutaciones lacJS hacen que el represor
no reaccione ante el inductor, de tal manera que el
operon noes inducible. Se mapean en dos grupos: en
color gris se muestran las localizadas en Ia henclidura
de union al inductor, y en color amarillo se mues-
tran aquellas que afectan Ia interfase del dimero del
domino nuclear l. El primer grupo inh.ibe el sitio de
union al inductor; el segundo grupo evita que los
efectos de la union del inductor se transrnitan al sitio
de union al DNA. Las mutaciones lacJ-d que afectan
Ia oligomerizacion se mapean en dos grupos. En co-
lor blanco se muestran las mutaciones en el dorninio
nuclear 2 que impiden Ia formaci6n del dimero. En
color morado se sefialan aquellas ubicadas en la he-
lice de oligomerizacion que impiden la formacion
del tetramero a partir de los dfmeros.
-+ -+
lnteracciones en el dfmero
N
Dos dimeros forman un tetramero
Conjunto de
cuatro helices
Las mutaciones idel'ltifican los sitios funcionales
/Senla----
interfase del dfmero
IS en Ia hendidura---
inductora
Oligomerizaci6n - - - -
Oligomerizaci6n
c c
La estructura cristalina de La region nuclear del
represor Lac identifica las interacciones entre los monomeros
en el tetramero. Cada monomero es identificado por un color
diferente. Las mutaciones estan coloreadas de la siguiente ma-
nera: interfase del dimero =amarillo; union al inductor= azul;
oligomerizacion = blanco y purpura. Fotografias cortesia de
Benjamin Wieder and Ponzy Lu , University of Pennsylvania.
12.11 Un represor es un tetramero formado por dos dimeros 311
 Con estos datos se puede deducir el esquema
que se muestra en !a , Ia cual muestra !a
forma en Ia que estan organizados los monomeros
en el tetramero. Dos monomeros forman un dfme-
ro por medio de contactos en el dominio nuclear 2
y en Ia helice de oligomerizacion. El dfmero tiene
dos dominios de union al DNA en un extrema de
la estructura y a las helices de oligomerizacion en
el otro extremo. Despues, dos dfmeros forman un
tetramero mediante interacciones en Ia interfase de
oligomerizacion.
Sitios de uni6n al DNA
Dominies
nucleares
2
Oligomerizaci6n
2 patron de contactos con una mitad de sitio com
El tetramero represor esta formado por dos
d\meros. Estos se mantienen unidos por media de contactos que
involucran a los dominies 1 y 2 y por la helice de oligomeriza-
cion. Los d1meros estan ligados en el tetramero por la interfase
de oligemerizacion.
Los cascos se unen a giros sucesivos en el surco mayor
Nucleo
La union del inductor cambia Ia conformaci6n en Ia
bisagra, por lo que los cascos no embonan en el surco
El inductor cambia la estructura del nucleo de
tal manera que la helice bisagra se desdobla y las regiones HTH
del d\mero represor ya nose encuentran en una orientacion que
permita la union al DNA.
312 CAPITULO 12 El Operon
lfiE La umon al DNA es regulada
por un cambia alosterico
en la conformaci6n
Conceptos principales
El dominic de union al DNA de cada monomero dentro
de un d1mero se inserta en el surco mayor del DNA.
La helice bisagra se inserta en el surco menor del DNA
operador.
Un represor activo tiene una conformacion en la cual
los dos dominies de union al DNA de un d1mero pueden
insertarse en vueltas sucesivas de la doble helice.
La union del inductor interrumpe la helice bisagra
y cambia la cenformacion de tal manera que los
dos sitios de union al DNA no se encuentran en la
geometr\a correcta para hacer contactos simultaneos.
Trabajos anteriores sugirieron un modelo en el cu.a:
el casco es relativamente independiente del nucleo.
Puede unirse al DNA operador a! formar el mism
represor intacto. Sin embargo, su afinidad por e:
DNA es numerosas ordenes de magnitud menor
que Ia del represor intacto. La razon de Ia diferencia
es que Ia forma dimerica del represor intacto per-
mite que dos cascos entren en contacto con el ope-
radar de manera simultanea y cada uno se enlaza a
una mitad de sitio. La _ muestra que lo5
dos dominios de union al DNA de una unidad dime-
rica hacen contacto con el DNA a! insertarse en giros
sucesivos del surco mayor. Esto incrementa en grar.
medida la afinidad por el operador. Un element
clave de la union es la insercion de la helice bisagra
corta en el surco menor del DNA operador, lo que
une a! DNA por -45. Este doblez orienta al surco
mayor para !a union del elemento HTH.
La union del inductor ocasiona un cambia de
conformacion inmediato en Ia protefna represora.
La union de dos moleculas de inductor al tetramer
represor es adecuada para liberar Ia represion. La
union del inductor deteriora las helices bisagra y
cambia !a orientacion de los cascos en relacion con
el nucleo, lo cual ocasiona que los dos cascos de U I~
dfmero ya no puedan unirse de manera simultanea
a! DNA. Esto elimina !a ventaja del represor multi-
merico y reduce Ia afinidad por el operador.
Ef!ll Los fenoti pos mutantes
se correlacionan
con la estructura del dominic
Concepto principal
Diferentes tipes de mutacienes ocurren en dominies
distintos de la subunidad del represor.
 m utaciones en el represor Lac identificaron
::5:istencia de diferentes dominies incluso antes
. ~ 1e se conociera Ia estructura. Ahora se puede
:icar de manera mas cabal Ia naturaleza de las
_:aciones gracias a Ia referencia de Ia estructura,
se resume en Ia
l as mutaciones recesivas de tipo Zaer- pueden
. - ~ir en cualquier Iugar de la protefna. En esen-
cualquier mutacion que desactive ala proteina
_ ra este fenotipo. El mapeo mas detallado de
, mutaciones que se observa en Ia estructura
__alina de Ia Figura 12. 13 identifica los dafios es-
: :-:rrcos de algunas de estas mutaciones, como las
:: afectan Ia oligomerizaci6n.
l a clase especial de mutaciones lacJ-d dominan-
:1egativas se encuentra en el sitio de union al
_ de la subunidad represora (vease la seccion
_ 9, Las protefnas multimericas tienen propiedades
; eticas especiales). Esto explica su capacidad para
- ~ dir que los tetrameros mjxtos se unan a! ope-
_.:._ r; una reduccion del numero de sitios de union
::-~inuye la afinidad especffica por el operador. La
-:cion de Ia region termjnal N en Ia union especf-
. -=. al DNA tambien se demu estra por su localiza-
:: como el sitio donde tienen Iugar mutaciones
: union fuerte". Estas incrementan la afirudad del
-- :-esor por el operador, en algunas ocasiones tanto
_-: no puede ser liberado por el inductor. Ocurren
.. poca frecuencia.
las mutaciones no inducibles lacl5 se mapean
~ran medida en Ia region del domiruo nuclear l
:: extienden desde el sitio de union a! inductor
.:.::a Ia bisagra. Un grupo se ubica en los aminoaci-
~ que entran en contacto con el inductor, y estas
_:adones funcionan al impedir la union del indue-
~ l as mutaciones restantes se encuentran en sitios
-:- deben participar en la transmision del cambio
:cerico de la conformacion ala bisagra cuando se
-: -:- el inductor.
La proteina represora
se une al operador
I =.:-:ceptos principales
_a proteina represo ra se une a la secuencia de DNA de
:oble cadena del operador.
:. opera.dor es una secuencia palindr6mica de 26 bp.
:ada repetici6n invertida del operador se une al sitio
:e union al DNA de una subunidad represora.
-::presor se aisl6 en un principia mediante Ia pu-
:::acion del componente capaz de unir al inductor
_: ito IPTG. (La cantidad de represor que se en-
: .. tra en la celula es demasiado pequefia para ob-
. : er suficiente material; fue necesario utilizar una
Extrema N Sitios de las mutaciones
/ac/-d
} (dominante negativa; no
puede unirse al DNA)
l
/ac!
(dominante;
no puede
/act unirse al
inductor)
(recesiva;
no puede
reprimir)
Extrema C
Las ubicaciones de los tres tipos de mutaciones
en el represor de la lactosa se mapean en la estructura de la
proteina. Los mutantes recesivos laci- que no pueden reprimir
pueden mapearse en cualquier lugar de la proteina. Los mu-
tantes dominantes negativos lacJd que no pueden reprimir se
mapean en el dominio de union al DNA. Los mutantes domi-
nantes lacJS que no pueden inducir debido a que no se unen al
inductor o que no pueden experimentar el cambio alosterico
se mapean en el dominio nuclear 1.
mutacion aceleradora [ promotora] para incrementar
la transcripcion lacl y para colo car a este locus lacl en
una molecula de DNA presente en numerosas copias
por celula. Esto da como resultado una sobreproduc-
cion total de I 00 a 1 000 veces mayor. )
El represor se une a! DNA de doble cadena que
contiene Ia secuencia del operador lac de tipo silves-
tre. El represor nose une al DNA de un mutante oc.
La adicion de IPTG Iibera al represor del DNA ope-
radar in vitro. La reaccion in vitro entre Ia protefna
represo ra y el DNA operador, por lo tanto, exhibe
las caracteristicas del control inferido in vivo; de este
modo, puede servir para establecer las bases de Ia
represi6n.
;,_Como reconoce el represor la secuencia espe-
cffica del DNA operador? El operador tiene una ca-
racterfstica que es comun a muchos sitios de recono-
cimiento para las protefnas reguladoras bacterianas:
es u n palindrome. Las repeticiones invertidas se
resaltan en la . Cada repetici6n puede
considerarse como una mjtad de sitio del operador.
Se puede recurrir a los mismos m etodos utili-
zados en el analisis de Ia interacci6n polimerasa-
promotor para definir los puntos con los que hace
contacto el represor en el operador (vease la seccion
ll .14, La polimerasa de RNA se une a una cara del
DNA). Las deleciones de material en cualquiera de
los !ados definen los puntos termjnales de Ia region;
las m utaciones puntuales constitutivas identifican
12.14 La proteina represora se une al operador 313
 La simetria de la secuencia de DNA refleja Ia si-
metria en la proteina. Cada una de las subunidade'
identicas de un tetramero represor tiene un sitio de
union al DNA. Dos de estos sitios hacen contact
con el operador de tal manera que cada repeticior_
invertida del operador forma el mismo patron de
-10 -5 +1 +5 +10 +15 +20 +25
contactos con un mon6mero represor. Esto se de-
I
Eje de simetria muestra por la simetria en los contactos que haec
El operador lac tiene una secuencia simetrica. La se- el represor con el operador (el patron entre + 1 y +c
cuencia se numera en relaci6n con el sitio de inicio de la transcripci6n es identico a aquel que se encuentra en +21 y +16
en +1. Las flechas rosas a ambos lados identifican las dos repeticiones y por Ia concordancia de las mutaciones constituti-
diadas. Los bloques verdes indican las posiciones de identidad. vas en cada repeticion invertida . (Sin embargo, e.
operador no guarda una simetria perfecta; el lade
izquierdo se une con mayor fuerza al represor que
ellado derecho. Se crea un operador mas fuerte po:-

Mutaciones constitutivas ~ rgrr~ g T

A
~ ~HH ~ ~
Bases que entran en
contacto con el represor ~ ~ ~ H~ ~H ~HH
TGTTGTGTGGAATTGTG~GGGATAACAATTTCACACA
ACAACACACCTTAACACTCGCCT A T ~ GTTAAA GTG TG"
tttt . t t-ttttt
.,._ _ Protegidas par el represor unido ____..
-10 -5 +1 +5 +10 +15 +20
RNAm ~ Eje de simetria
Las bases que hacen contacto con el represor pueden
identificarse mediante entrecruzamiento qu\mico o par media de ex-
perimentos que permitan observar si la modificaci6n impide la union .
Identifican posiciones en las dos cadenas del DNA que se extienden
desde +1 hasta +23. Las mutaciones constitutivas ocurren en ocho
posiciones en el operador entre +5 y +17.
los pares de bases individuates que deben ser cru-
ciales. Los experimentos en los cuales se compara el
DNA unido al represor con el DNA no unido en lo
que se refiere a su susceptibilidad a Ia metilacion o
al entrecruzamiento con luz UV identifican las ba-
ses que estan protegidas o que son mas susceptibles
cuando estan asociadas a la proteina.
La muestra que la region del DNA
protegida de las nucleasas por el represor unido se
encuentra dentro de Ia region de simetria, que abar-
ca una region de 26 bp desde -5 hasta +21 . El area
identificada por mutaciones constitutivas es incluso
mas pequefia. Dentro de una region centraL que se
extiende 13 bp desde +5 hasta +17, hay ocho sitios
en los cuales las sustituciones de pares de bases in-
dividuales provocan constitutividad. Esto subraya
Ia misma afirmacion hecha en torno a las mutacio-
nes promotoras y que se resume antes en Ia Figura
11.29 . Unnumero pequeiio de contactos espedficos esen-
ciales ubicados dentro de una region mas extema puede
encargarse de la asociaci6n de secuencia espedfica del DNA
con la prote{na.
una duplicacion invertida perfecta della do izquier-
do y se elimina del par de bases central.)
La union del inductor Libera
al repre or del operador
t Concepto principal
La union del inductor provoca un cambia en la
conformacion del represor que reduce su afinidad
+25
par el DNA y lo libera del operador.
Varios inductores provocan reducciones caracteris-
ticas de Ia afinidad del represor por el operador i
vitro. Estos cambios se correlacionan con Ia eficacic
de los inductores in vivo. Esto sugiere que Ia indue-
cion es el resultado de una reduccion de Ia atracci6L
entre el operador y el represor. Por lo tanto, cuand
el inductor entra a Ia celula, se une a represor -
libres y de hecho impide que encuentren a sus ope-
radores. Sin embargo, si se considera un tetramer :
represor que ya se encuentra unido con fuerza a_
operador. <'.Como provoca el inductor que este re-
presor sea liberado?
En Ia f se ilustran dos modelos de l.o.
accion del represor:
El modelo del equilibria (!ado izquierd o
exige que el represor unido al DNA se en -
cuentre en rapido equilibria con el represo.:-
libre. El inductor se uniria ala forma librc
del represor y asi romperia el equilibria c.
evitar Ia reasociaci6n con el DNA.
Sin embargo, la velocidad con la que se di-
socia el represor del operador es demasiadl
lenta para ser compatible con este model
(la vida media in vitro en ausencia del iJ>
ductor es >15 min). Esto significa que m.i -
bien el inductor debe unirse de manera direa.:
a la protefna represora que forma U11 comple:
con el operador. Como se indica en el model
de la derecha, la union del inductor debe

314 CAPITULO 12 El Operon

 producir un cambio en el represor que lo
haga liberar al operador. De hecho, Ia adi- El inductor se une al El inductor se une de
cion de IPTG ocasiona una desestabilizacion represor libre manera directa para
para alterar el liberar al
inmediata del complejo represor-operador equilibria con represor
in vitro. el represor del
unido operadar
::._.;, union del complejo represor-IPTG al ope-
: puede estudiarse con concentraciones muy
~e la protefna en el analisis de proteccion/po-
. = ion de Ia metilacion. La gran cantidad de
::.'1a compensa Ia baja afinidad del complejo
u
~ - :epresor por el operador. El complejo forma
~-...a mente el mismo patron de contactos con el
-. que el represor libre. Un resultado analogo
_:iene con represores mutantes cuya afinidad
. . DNA operador se incrementa; estos tambien
-:an el mismo patron de contactos.
:=n general, una serie de variantes de represores
.:. afinidades por el operador se extienden siete
__nes de magnitud hacen los mismos contactos
el DNA. Los cambios en la afinidad del represor par
-. 'A de ben ocurrir, par lo tanto, al influir en la confor-
- .ingeneral de la proteina en la union del DNA, no al (Se une el inductor al represor libre para alterar
_ o deshacer uno o algunos enlaces individuales. un equilibria (izquierda) o de manera directa al represor unido
al operador (derecha)?
El represor se une a tres
operadores e interactua
con La poli me rasa de RNA
-t:eptos principales
::ada dimero localizado en un tetramero represor puede
_1irse a un operador, de tal manera que el tetramero
: Jede unirse a dos operadores de forma simultanea.
_a represion total requiere que el represor se una a
: :ro operador localizado en senti do descendente o
=scendente, as! como al operador en el promotor /acl.
_a union del represor al operador estimula la union
Si los dos d!meros de un tetramero represor
:e la polimerasa de RNA al promotor, pero impide la se unen al DNA, el DNA que se encuentra entre los dos sitios de
::anscripcion. union se mantiene en un lazo.

_ ansicion alosterica que se deriva de la union La muestra lo que sucede cuando

!nductor tiene Iugar en el dimero represor. En-
- :es, (_por que se necesita un tetramero para es-
..ecer Ia represion total?
Cada dimero puede unirse a una secuencia ope-
.:.ora. Esto le permite al represor intacto unirse
_ s sitios operadores de manera simultanea. De
:.:llo, hay dos sitios operadores mas en la region
_jal del operon lac. El operador original, 01, se
~; za justo en el inicio del gen lacZ. Tiene la afi-
_s.d mas fuerte por el represor. Las secuencias
.:::-adoras mas de biles (en ocasiones denorninadas
. _ o-operadores) se localizan a ambos !ados; 02 se
3liza 410 bp en sentido descendente del punto
: ::Ucio en lacZ y 03 se encuentra 88 bp en senti do
:::ndente con respecto a el en lacl.
una proteina de union al DNA puede adherirse en
forma simultanea a dos sitios distintos en el DNA. El
DNA que se encuentra entre los dos sitios forma un
lazo desde una base en donde Ia proteina ha unido
a los dos sitios. La longitud del lazo depende de la
distancia entre los dos sitios. Cuando el represor Lac
se une de forma simultanea a OJ y a uno de los otros
operadores, hace que el DNA localizado entre ellos
forme un lazo bastante corto, lo que restringe de ma-
nera significativa la estructura del DNA. En la
se muestra un modelo a escala de Ia union de
un represor tetramerico a dos operadores.
La union a los operadores adicionales afecta el
nivel de Ia represion. La eliminacion del operador
que se encuentra en sentido descendente (02) o del

12.16 El represor se une a tres operadores e interactua con la polimerasa de RNA 315

Cuando un tetramero represor se une a dos
operadores, el fragmento de DNA que se encuentra entre ellos
forma un lazo ajustado. (La estructura azul localizada en el
centro del lazo de DNA representa la CAP, la cual es otra pro-
te\na reguladora que se une a esta region). Imagen reproducida
con autorizacion de Lewis, M., et al. 1996. Science. 271: cover.
1996 AAAS. Fotografia cortes\a de Ponzy Lu, University of
Pennsylvania.
operador localizado en senti do ascendente (03) re-
duce la eficiencia de Ia represion de dos a cuatro ve-
ces. Sin embargo, si se eliminan 02 y 03, la eficacia
de la represion se reduce 100 veces. Esto sugiere que
la capacidad del rep resor para unirse a uno de los dos otros
operadores, as como a 0 I, es importante para estabilizar
la represi6n. Los experimentos in vitro con plasmidos
superenrollados que contienen multiples operado-
res demuestran una estabilizacion significativa del
complejo lac!-DNA. No obstante, estas moleculas de
DNA en forma de lazo son liberadas con rapidez por
Ia union de lac! a IPTG.
Tambien se conocen los efectos directos de la
union del represor al operador (01) . En un princi-
pia se pensaba que Ia union del represor obstrufa la
union de Ia polimerasa de RNA al promotor. Ahora
se sabe que estas dos protefnas pueden unirse a!
DNA de forma simultanea y que la union del represor
de hecho potencia la union de la polimerasa de RNA. Sin
embargo, a Ia enzima unida se le impide iniciar Ia
transcripcion.
La constante de equilibria de la polimerasa de
RNA que se une sola al promotor lac es de l. 9 x
l 07 M- 1 . La presencia del represor incrementa est a
constante dos ordenes de magnitud a 2.5 x 109 M- 1
En terminos de los lfmites de valores de Ia constante
de equilibria K8 dada en Ia Figura 11.20, la protefna
represora convierte de manera eficaz la fonnacion
de los complejos cerrados porIa polimerasa de RNA
en el promotor lac de una interaccion debil a una
interaccion fuerte.
(.Que significa esto para la induccion del ope-
ron? El valor mas alto de Ia KB significa que, cuando
316 CAPITULO 12 El Operon
esta ocupado por un represor, el promotor es lOC
veces mas propenso a unirse a una polimerasa d
RNA. Ademas, al permitir que Ia polimerasa de RNA
se una a! mismo tiempo que el represor, es posible
que !a transcripcion comience en cuanto tiene Iugar
la induccion en vez de esperar a que una polimerasa.
de RNA sea capturada .
El represor en efecto provoca que Ia polimerasa.
de RNA sea almacenada en el promo tor. El comple-
jo polimerasa de RNA-represor-DNA es bloqueadc
en el estado cerrado. Cuando se agrega el induc-
tor, el represor es liberado y el complejo cerrad
se transforma en un complejo abierto que inicia Ia
transcripcion. El efecto global del represor consiste
en acelerar el proceso de induccion.
(.ES posible aplicar este modelo a otros sistemas?
La interaccion entre Ia polimerasa de RNA, el re-
presor y Ia region promotora /operadora es distinta
en cada sistema, debido a que el operador no siem-
pre se superpone en Ia misma region del promotor
(vease !a Figura 12.26). Por ejemplo, en el fago, e:
operador se encuentra en !a region ubicada en sen-
tido ascendente con respecto a! promotor y Ia unio
del represor obstruye !a union de la polimerasa de
RNA (vease el Capitulo 14, Estrategias de los fagos).
Por Io tanto, un represor unido no interactua cor:
la polimerasa de RNA de la misma forma en todo~
los sistemas.
lfl& El represor siem pre esta unido
al DNA
Conceptos principales
Las proteinas que tienen gran afinidad por una
secuencia espedfica de DNA tambien tienen una
afinidad baja por otras secuencias del DNA.
Cada par de bases localizado en el genoma bacteriano
es el inicio de un sitio de union de baja afinidad para
el represor.
El gran numero de sitios de baja afinidad garantiza que
toda la prote\na represora este unida al DNA.
El represor se une al operador al desplazarse desde un
sitio de baja afinidad en vez de hacerlo al equilibrarse
en la solucion.
Es probable que todas las protefnas con gran afini-
dad por una secuencia especffica tambien posear.
una baja afinidad por cualquier secuencia (aleato-
ria) de DNA. Un gran numero de sitios de baja afini-
dad competiran tan bien por un tetramero represo~
como un pequefi.o numero de sitios de alta afinidad
Hay solo un sitio de alta afinidad en el genoma de
E . coli: el operador. El resto del DNA proporciona.
sitios de baja afinidad. Cada par de bases del ge-
noma comienza un nuevo sitio de baja afinidad.
 " - I - I
El equilibria de Ia union del represor al DNA
(aleatorio) se describe con Ia ecuaci6n:
KA = (Represor-DNA]
[Represor libre] [DNA]
La proporci6n de represor libre se obtiene al
despejar Ia ecuaci6n:
[Represor libre]
[Represor-DNA] KAx [DNA]
RA 1-1.22 La union del represor a sitios aleatorios se rige
. una ecuaci6n de equilibria.
_ )Jo moviendose un par de bases por el genoma,
_-:-ra de fase con el operador mismo, crea un sitio
. " aja afinidad.) Por lo tanto, hay 4.2 x 10 6 sitios
--::- baja afinidad.
El gran numero de sitios de baja afinidad signi-
.:;,. que, incluso en ausencia de un sitio de union
. ~ e cifico, todos, o casi todos, los represores estan
--dos al DNA y ninguno se encuentra libre en so-
j on. La fiG 2 ? muestra como la ecuacion
-=meada para describir el equilibria entre el re-
:--:-sor libre y el represor unido al DNA puede rees-
-.:. -rurarse para proveer Ia proporcion de represor
--:e.
Si se aplican los parametros del sistema lac, se
~:e rva que:
La constante de union de equilibria no es-
pecffica es K A = 2 x 10 6 M- 1
La concentracion de los sitos de union no
especfficos es 4 x 106 en un volumen bacte-
riano de 10-15 L, lo cual corresponde a una
[DNA] = 7 x 10- 3 M (una concentracion de-
masiado alta).
Al sustituir estos valores se obtiene: repre-
- j bre/unido = 1Q-4 _
Por lo tanto, todo el represor, excepto el 0.01 %, esta
;' al DNA (aleatorio). Puesto que hay - 10 mole-
;,- de represor por cad a celula, esto es equivalen-
. = decir que no hay protefna represora libre. Esto
.:::e una repercusion importante en la interaccion
. ~epresor con el operador: significa qu e hay un
: _--:o por la partici6n del represor en el DNA, en la
..:.: el sitio de alta afinidad individual del opera-
: :ompite con un gran numero de sitios de baja
~d ad.
En esta competencia los valores absolutos de las
..itantes de asociacion para el operador y el DNA
:"':orio no son importantes; lo que es importante
.i. proporcion de K,P (Ia constante de union a un
. especffico) con respecto a K nsp (la constante de
~ n a cualquier secuencia de DNA aleatoria), es
:::-. la especificidad.
12.18 El operador compite con los sitios de baja afinidad para unirse al represor
111m El operador compite
con los sitios de baja afinidad
para unirse al represor
Conceptos pri ncipales
En ausencia de inductor, el operador tiene una afinidad
por el represor que es 10 7 veces mayor que la de un
sitio de baja afinidad.
El nivel de 10 tetrameros represores por celulas asegura
que el operador este unido al represor 96% del tiempo.
La inducci6n reduce La afinidad por el operador a 10'
veces la de los sitios de baja afi nidad, por lo que s6lo
3% de los operadores estan unidos.
La inducci6n hace que el represor se mueva
del operador a un sitio de baja afinidad por
desplazamiento directo .
Estos parametres podrian cambiarse con un incremento
o reducci6n de La concentraci6n efectiva de DNA in vivo.
Se pueden definir los parametros que influyen en
Ia capacidad de una protefna reguladora de satu-
rar su sitio diana si se comparan las ecuaciones de
equilibria de Ia union especffica y de la union no
especffica. Como puede deducirse de manera intui-
tiva, los parametros importantes son:
El tamafio del genoma disminuye la capa-
cidad de una proteina para unirse a sitios
diana especfficos .
La especificidad de la protefna contrarresta
el efecto de Ia masa del DNA.
La cantidad de proteina necesaria aumenta
con Ia cantidad total de DNA en el genoma
y disminuye con la especificidad.
La cantidad de protefna tambien debe exce-
der de un modo razonable el numero total
de sitios diana especificos, por lo que se es-
pera encontrar reguladores con numerosas
dianas en cantidades mucho mayores que
los reguladores con pocas dianas.
La F GJ A ' com para las constantes de equi-
hbrio de la union operador/represor lac con la union
represor/DNA general. A partir de estas constantes,
se p u ede deducir como se divide el represor entre
el operador y el resto del DNA y que sucede con el
represor cuando el inductor hace que se disocie del
operador.
El r epresor se u n e - 10 7 veces mejor a! DNA
operador que a cualquier secuencia aleatoria de
DNA de la misma longitud. Por lo tanto, el operador
comprende un solo sitio de alta afinidad que com-
petira por el represor 10 7 veces mejor que cualquier
sitio de afinidad baja (aleatorio) . c:_ Como garantiza
esto que el represor pueda mantener un control efi-
caz del operon ?
317
 del DNA permanece sin alteraciones. Por lo
tanto, Ia especificidad ahara es de solo l 04 ,
DNA Represor Represor + inductor la cual es insuficiente para capturar a! re-
presor contra Ia competencia con el exceso
Operador 2 x 1o 13
2 X 1010
de 4.2 x 10 6 de los sitios de baja afinidad.
Otro DNA 2 X 106 2 X 106 Solo 3% de los operadores estarfan unidos
Especificidad 107 104 en estas condiciones.
Operadores unidos 96% 3%
Las mutaciones que reducen 20 o 30 ve-
ces Ia afinidad del operador por el represor
El operon es: reprimido inducido
tienen el efecto suficiente para ser consti-
El represor Lac se une con fuerza y de manera tutivas. Dentro del genoma, los operado-
espec\fica a su operador, pero es liberado por el inductor. Todas res mutantes pueden ser superados por la
las constantes de equilibria estan en M-'. preponderancia de los sitios aleatorios. La
ocupaci6n del operador disminuye a - 50%
si Ia especificidad del represor se reduce -10
veces.
La consecuencia de estas afinidades es que, en
MANTENIMIENTO DE LA REPRES16 N una celula no inducida, un tetramero represor suele
El represor esta Represor en exceso estar unido al operador. Todos, o casi todos, los te-
unido al operador \ unido a cualquier otro\
Iugar del DNA trameros restantes estan unidos de manera aleatoria
a otras regiones del DNA, como se ilustra en Ia
. Es probable que haya muy pocos o ningu n
tetramero represor libre dentro de Ia celula.
La adicion del inductor inhibe la capacidad de!
Inductor
represor para unirse de manera especffica al ope-
radar. Aquellos represores unidos a! operador son
INDUCC16N
liberados y se unen a sitios aleatorios (de baja afini-
El represor es liberado del operador y dad) . Por lo tanto, en una celula inducida, los tetra-
todos los represores estan unidos a sitos -
'aleatorios en el DNA meros estan "almacenados" en sitios aleatorios del
DNA. En una celula no inducida, un tetramero esta
unido al operador, mientras que las moleculas re-
presoras restantes se unen a sitios no especfficos. Par
Retiro del inductor------ -- - -... lo tanto, el efecto de La inducci6n es cambiar La distribuci61:
del represor en el DNA, en vez de generar represor lib7e.
Cuando el inductor es retirado, el represor re-
':i " '
El represor regresa a Ia forma """' cupera su capacidad para unirse en forma especffica
activa y se desplaza de un sitio t' al operador y lo hace con mucha rapidez. Esto debe
aleatoric al operador por medio
de deslizamiento o de involucrar su desplazamiento a partir de un sitio de
"almacenaje" no espedfico en el DNA. (.Que meca-
nisme se utiliza para este desplazamiento rapido?
La capacidad de unirse al operador en forma rapida
Casi todo el represor que se encuentra en la celula esta
unido al DNA. no es congruente con el tiempo que se necesita-
ra para realizar multiples ciclos de disociacion y de
reasociaci6n con los sitios no espedficos del DNA.
Si se recurre a Ia especificidad, se puede calcular La discrepancia excluye a los mecanismos de im-
Ia distribucion entre los sitios aleatorios y el operador pactos aleatorios para encontrar al operador, lo cuai
y expresarse en terminos de ocupaci6n del operador. sugiere que el represor puede moverse de manera
Si hay 10 moleculas de rep res or lac por celula, con directa desde un sitio aleatorio del DNA basta e:
una especificidad por el operador de 107 , el operador operador. Esta es la misma situacion que se observ6
estara unido al represor 96% del tiempo. La funcion antes con la capacidad de la polimerasa de RNA pare.
de Ia especificidad explica dos caracterfsticas de Ia encontrar sus promo to res (veanse la Figura 11.22 y
interaccion operador-represor lac: la Figura 11.23) . La misma solucion es probable: e.
Cuando el inductor se une al represor, Ia movimiento puede lograrse si se reduce Ia dimen-
afinidad por el operador se reduce - 10 3 ve- sionalidad de la busqueda al deslizarse a lo largo de:
ces. La afinidad por las secuencias generales DNA o por desplazamiento directo de un sitio a otr

318 CAPITULO 12 El Operon

 ~amo se indica en Ia Figura 12.24). Una reaccion
_: desplazamiento puede facilitarse con Ia presen-
....3 de mas sitios de union por tetramero (cuatro) de
~ qme son de hecho necesarios para contactar a!
_ ;A en un momento dado (dos) .
Los parametros implicados en Ia localizacion de
- operador de alta afinidad en competencia con
__chos sitios de baja afinidad plantean un dilema
:o.:a el represor. En condiciones de represion, debe
c-:>er una especificidad alta por el operador. Sin
-:-.bargo, en condiciones de induccion, esta espe-
_cidad debe eliminarse . Por ejemplo, sup6ngase
_e hay l 000 moleculas de represor por celula: solo
~ -!%de los operadores estarfan libres en condicio-
- :; de represion. No obstante, tras Ia inducci6n solo
- _ = o de los operadores estarfan desocupados. Por
:.anto, se observa una correlacion inversa entre
::apacidad de lograr Ia represion completa y Ia
_ acidad de liberar !a represion de manera eficaz.
_ asume que el numero de represores sintetizados
:vo ha estado sujeto a fu erzas selectivas que equi-
~a n estas demandas.
La diferencia in vivo en Ia expresion del operon
: ~a lactosa entre su estado inducido y su estado
- :imido es de 10 3 veces. En otras palabras, incluso
::.:1do el inductor esta ausente, hay un nivel basal
: t xpresion de - 0.1% del nivel inducido. Dicho
e! disminuirfa si hubiera mas protefna represora
crementarfa si hubiera menos. Por lo tanto, serfa
osible establecer una represion contu n dente si
_ iera menos represores que los 10 que se en-
:-ntran en cada celula, y podrfa dificultarse Ia in-
_:ci6n del operon si hubiera demasiados. Es posi-
- introducir el sistema represor-operador lac en el
.an. Cuando el operador laces conectado a un gen
-_ rtero de tirosinasa, Ia enzima es inducida porIa
j on de IPTG. Esto significa que el represor esta
:ontrando su diana en un genoma 10 3 veces mas
.:.__ de que el de E. coli. La inducci6n ocurre aproxi-
~ amente con Ia misma concentracion de IPTG
~ en las bacterias. Sin embargo, se desconoce Ia
:::.centraci6n del represor Lacy Ia eficiencia con
.:"Ja! se induce Ia diana.
Para extrapolar in vivo a partir de Ia afinidad de
~ interaccion DNA-protefna in vitro, es necesario
- cer Ia concentracion efectiva de DNA in vivo.
.::oncentraci6n efectiva" difiere de Ia masa /volu-
: ~ debido a numerosos facto res. La con centracion
= ~ci va aumenta, por ejemplo, por el hacinamien-
:c.olecular, el cual ocurre cuando los cationes
_:a]entes neu tralizan a -90% de las cargas del
-'"' y el acido nucleico se colapsa en estructu ras
--: i ensadas. La fuerza principal qu e disminuye Ia
- :entraci6n efectiva es Ia inaccesibilidad del DNA
- ada de la oclusion o del secuestro por parte de
::-!'otefnas de union al DNA.
Una manera de determinar Ia concentracion
efectiva es comparar Ia velocida d de una reaccion
in vitro e in vivo que dependa de Ia concentracion de
DNA. Esto se ha realizado utilizando recombinaci6n
intermolecular entre dos moleculas de DNA. Para
proporcionar un controL Ia misma reaccion es se-
guida como una recombinaci6n intramolecular, es
decir, los dos sitios recombinantes son presentados
en Ia misma molecula de DNA. Se asume q ue Ia
concentracion es la misma in vivo e in vitro para Ia
reaccion intramolecular y por lo tanto cualquier dife-
rencia en la proporcion de las velocidades de recom-
binacion interm olecular/intramolecular puede atri-
buirse a un cambio de Ia concentracion efectiva in
vivo . Los resultados de dicha comparaci6n sugieren
que Ia concentracion efectiva del DNA disminuye
mas de l 0 veces in vivo.
Esto podrfa afectar Ia velocidad de las reacdones
que dependen de Ia concentracion de DNA, como Ia
recombinaci6n del DNA y la union protefna-DNA.
Esta situacion destaca el problema que enfrentan
todas las protefnas de union a! DNA para encontrar
sus dianas con Ia velocidad suficiente y refuerza Ia
conclusion de que Ia difusion noes adecuada (vease
Ia Figura 11.22).
IE La represi6n puede suceder
en multiples loci
Concepto principal
Un represor actuara en todos los loci que tengan una
copia de su secuencia operadora diana.
El represor lac actua solo en el operador del agru-
pamiento lacZYA . Sin embargo, algunos represores
controlan los genes estructurales dispersos si se
unen a mas de un operador. Un ejemplo es el re-
presor trp, el cual controla tres conj untos de genes
n o vinculados:
Un operador localizado en el agrupamiento
de los genes estructurales trpEDBCA contro -
la Ia sfntesis coordinada de las enzimas que
sintetizan el triptofano a partir del acido co-
rfsmico .
Un operador que se encuentra en otro locus
controla el gen aroH, el cual codifica una de
las tres enzimas que catalizan Ia reacci6n
inicial de Ia ruta comun de Ia biosfntesis de
arninoacidos aromaticos .
El gen regulador trpR es reprimido por su
propio producto, el represor trp. Por lo tan-
to, Ia protefna represora actua para reducir
su propia s!ntesis. Este circuito es un ejem-
plo de control aut6geno. Dichos circuitos
12.19 La represi6n puede suceder en multi ples loci 319
 . .. .. . ..
. . ; . .

~ Regi6n op eradora -----.

aroH GGGGAAT6T ACT AGAGAACT AGTGC8LIAGGC..I.IALII.:U l GI..T AICAffiC_IAA
___..
RNAm

----------------~ RNAm

trpR TGCTATCGT ACTCTT TAGCGAGT ACAACO

---------......j~ RNAm

El represor trp reconoce a los operadores en los tres loci. Las bases conservadas
se muestran en color rojo. La localizaci6n del punto de inicio del RNAm varia, como lo indican
las flechas negras.

DNA especifica reconocida por el rep res or (del mismC'

modo como cada promotor comparte secuencias dt:
Punta de inicio
consenso con otros promo to res).
La resume !a variedad de relaciones
entre los operadores y los promotores. Una caracte-
gal
ristica notoria de los operadores dispersos reconoc:-
dos por TrpR es su presencia en diferentes localiza-
aroH ciones dentro del promotor en cada locus. En trpR e
operador se encuentra entre las posiciones -12 y +9
en tanto que en el operon trp ocupa las posicione,
trp
-23 a -3. En ellocus aroH se encuentra mas lejos e1:
sentido ascendente, entre -49 y -29. En otros cas o ~
trpR el operador se encuentra en sentido descendente
con respecto a! promotor (como en lac) o al parec e~
justo en sentido ascendente del promotor (como er..
lac
gal, del cualla naturaleza del efecto represivo no e:c
-Promotor muy clara). La capacidad que tienen los represorc
..,.._ Ubicaciones del ____,.. para actuar en operadores cuyas posiciones son dj -
ope radar ferentes en cada promotor diana sugiere que podric:
Los operadores pueden estar en varias posicio- haber diferencias en !a forma exacta de represi6n; k
nes con respecto al promotor. caracteristica com lines que se impide a !a polimera -
sa de RNA iniciar !a transcripci6n en el promotor.

son bastante comunes en los genes regu-

ladores y pueden ser negativos o positivos
E El AMP ciclico es un efector
(vease la secci6n 12.23, La sintesis de las que activa al factor CRP
proteinas r es controlada por medio de re- para que actC1e en multiples
gulaci6n aut6gena, y !a secci6n 14.15, El operones
represor mantiene un circuito aut6geno).
Una secuencia operadora relacionada de 21 bp Conceptos principales
esta presente en cada uno de los tres loci en los CRP es una proteina activadora que se une a una
cuales actua el represor trp. La conservaci6n de !a secuencia diana en un promotor.
secuencia se indica en la . Cada ope- Un dimero de CRP es activado por una sola molecula de
radar tiene una simetria diada apreciable (pero no AMP ciclico.
identica). Las caracteristicas conservadas en los tres
operadores incluyen los puntos importantes de con-
tacto para el represor trp. Esto explica la manera de Hasta ahora se ha considerado a! promotor com
actuar de una proteina represora en numerosos loci: una secuencia de DNA capaz de unirse ala polime-
cada locus posee una copia de una secuencia de union al rasa de RNA, la cual inicia entonces la transcripci6r.

320 CAPITULO 12 El Operon

 :>mbargo, hay algunos promotores en los cuales
- limerasa de RNA no puede iniciar Ia transcrip-
~ sin la asistencia de una protefna auxiliar. Dichas
:emas son reguladores positivos, debido a que
:->resencia es necesaria para activar la unidad de
~ cripci6n. Por lo general, el activador supera una
l RNA polimerasa

I
-2ciencia en el promotor, por ejemplo, una mala
:-.;encia de consenso localizada en -35 o en -10 . z
O
Uno de los activadores de actuaci6n mas amplia
-_:ua proteina denominada activador CRP que
0(.)
::J
0
l ~
~
- rola Ia actividad de un gran conjunto de ope-
::es en E. coli. La protefna es un factor de control Represor Represor ActivadoT Activador
~'tivo cuya presencia es necesaria para iniciar la ~ inactive inactive ~ activo
Inductor Inductor
~:1 scripci6n en promotores dependientes. La CRP
REPRIMIDA INDUCIDA REPRIMIDA INDUCIDA
3.cttiva solo en presencia de AMP dclico, el cual actua
:no una peq uefia molecula inductor a clasica para
:ontrol positivo (vease Ia F 1; parte de-
- ha superior).
El AMP dclico es sintetizado por Ia enzima ci-
..asa de adenilato . La reacci6n utiliza el ATP como z
~ rato e introduce una ligadura 3'-5' por medio de -o
(i)
-_:aces fosfodiester, el cual genera la estructura de w
a:
ll.
_ GU . Las mutaciones que se presentan en w
a:
' :1en que codifica la ciclasa de adenilato (cya-) no
Represor Represor Activador
:>ponden a cambios en los niveles de glucosa. inactive activo activo in activo
Correpresor Correpresor
El nivel de AMP dclico se relaciona de manera
-;ersa con el nivel de glucosa. La base de este efec- INDUCIDA REPRIMIDA INDUCIDA REPRIMIDA

radica dentro del mismo componente del sistema

Los circuitos de control son versati les y pueden crearse
--..s que se encarga del control de la absorci6n de la para permitir el control positivo o negativo de la inducci6n o de la
- .:to sa. La forma fosforilada de la protefna IIA GJc es- represion.
~ - ula la ciclasa de adenilato. Cuando la glucosa es
~.portada , la desfosforilaci6n de IIA Gic conduce a un
~ _scenso de la actividad de la ciclasa de adenilato.
La ., muestra que la reducci6n del
el del AMP dclico hace que la protefna (tipo sil-
=stre) sea incapaz de unirse ala region de control,
=- cual a su vez impide que la polimerasa de RNA
~i cie la transcripci6n. Por lo tanto, el efecto de la
=-: cosa en Ia reducci6n de los niveles de AMP deli-
- es privar a los operones relevantes de un factor
-= control indispensable para su expresi6n.
El AMP ciclico tiene un solo grupo fosfato co-
nectado a las posiciones 3' y 5' del anillo de azucar.
El factor CRP funciona
de formas diferentes
en operones diana distintos El factor CRP se une a! DNA y los complejos de
AMP dclico-CRP -DNA pueden ser aislados en cada
Co1ceptos principales promotor en el cual funciona. El factor es un df-
CRP introduce un giro de 90 en el DNA en su sitio de mero de dos subunidades identicas de 22.5 kD, el
union. cual puede ser activado por una sola molecula de
Los sitios de union al CRP se encuentran en AMP ciclico. Un monomero de CRP contiene una
ubicaciones muy variab les con respecto al promotor. region de union al DNA y una region activadora de
CRP interactua con la polimerasa de RNA, pero los la transcripci6n.
detalles de la interaccion dependen de las ubicaciones Un dfmero de CRP se une a un sitio de -22 bp
relativas del sitio de union al CRP y del promotor. en un promotor reactivo. Los sitios de union inclu-
yen variaciones de la secuencia de consenso que se

12.21 El factor CRP funciona de formas diferentes en operones diana distintos 321
 t sitios que contienen dos versiones (invertidas) de.
pentamero debido a que esto permite a las dos sub-
Glucosa
unidades del dimero unirse al DNA. Sin embargo.
l
AMPc reducido
numerosos sitios de union carecen del segund
pe ntamero y en estos la segunda subunidad debe
unirse a una secuencia diferente (si se une al DNA .
l La jerarquia de las afinidades de union por Ia CRP
ayudan a explicar porque genes diferentes son acti-
vados por niveles distintos de AMP dclico in vivo.
CRP activa CRP inactiva
La CRP introduce un gran dobl ez cuando se
une al DNA. En el promotor lac, este punto se en-
cuentra en el centro de Ia simetria diada. El doblez
es bastante pronunciado, >90, como se ilustra er.
el modelo de Ia . Por lo tanto, hay u -.
Transcripci6n cambio drastico en Ia organizacion del DNA de do-
ausente ble helice cuando se une Ia CRP. El mecanismo de
doblamiento consiste en introducir un doblez agu-
Al reducir el nivel de AMP ciclico, la glucosa do en Ia secuencia de consenso TGTGA. Cuandc
inhibe la transcripcion de los operones que requieren la acti- hay repeticiones invertidas del consenso, los do;
vidad de la CRP. dobleces en cada copia presentes en un palfndro-
mo provocan el doblez general de 90. Es posiblc
que el pliegue tenga algun efecto directo sobre lc:
T ranscripci6n transcripcion, pero podrfa ser que se necesitara tar.
~
solo para permitir que Ia CRP hiciera contacto con
N NN
~ANNN
Ia polimerasa de RNA en el promotor.
Pentamero con Pentamero menos
La accion de Ia CRP tiene Ia caracterfstica nota -
un nivel alto de conservado ble de que sus sitios de union se encuentran en ubi-
conservaci6n caciones distintas en relacion con el pun to de inicic
La secuencia de consenso de la CRP contiene en los diversos operones que regula. El pentamer
el pentamero bien conservado TGTGA y (en ocasiones) una in- TGTGA puede encontrarse en cualquier orienta cion
version de esta secuencia (TCANA). Los tres ejemplos que se resumen en Ia ,t 2.
abarcan el intervalo de las localizaciones.
El sitio de union a Ia CRP es adyacente a ~
Centro de
simetria diada
1 promotor, como en el operon lac, en el cua:
Ia region de DNA protegida por Ia CRP se
centra en -61 . Es posible que dos dimero_
de CRP esten unidos. El patron de union e:
congruente con Ia presencia de CRP sobre
todo en una cara del DNA, Ia cual es Ia mis-
ma cara a Ia cual se adhiere Ia polimerasa de
RNA. Esta localizacion ubicara una protein.:
justo a! alcance de Ia otra.
En algunas ocasiones el sitio de union o.
Ia CRP se encuentra dentro del promotm
como en el locus gal, en donde el sitio de
union a Ia CRP esta centrado en Ia posici6r.
-41. Es probable que solo un dimero de CR.::
La CRP dobla el DNA >90 alrededor del centro este unido, tal vez en contacto muy cercan
de simetria. con Ia polimerasa de RNA, debido a que e
sitio de union a Ia CRP se extiende profun-
muestra en Ia . Las mutaciones que im - damente en Ia region protegida en genera_
piden Ia accion de Ia CRP suelen localizarse dentro por Ia polimerasa de RNA.
del pentiimero bien conservado TGTGA , el cual pa- En otros operones, el sitio de union a Ia CR.::
ACACT se encuentra bastante lejos del promotor er:
rece ser el elemento esencial en el reconocimien- sentido ascendente. En Ia region ara, el sitir
to. El factor CRP se une con mayor fuerza a los de union para una sola CRP esta lomas lej o:.

322 CAPITULO 12 El Operon

 posible del punta de inicio, centrado en la
posicion -92.
La dependencia de la CRP se relaciona con Ia
: fi ciencia intrinseca del promotor. Ningun pro-
::notor dependiente de la CRP tiene una secuencia
uena -35 y algunos tambien carecen de secuen-
_ias buenas -10. De hecho, se puede afirmar que
-:-1 control efectivo provisto por la CRP seria dificil
.;: el promotor tuviera regiones efectivas -35 y -10
~ ue interactuaran de manera independiente con la
oiimerasa de RNA.
En principia hay dos formas en las cuales la
::RP puede activar la transcripcion: podrfa interac-
:uar en forma directa con la polimerasa de RNA o
:;>odrfa actuar en el DNA para cambiar su estructura
j e una manera tal que ayudara a Ia polimerasa de
.:\NA a unirse. De hecho, la CRP tiene efectos en la
. olimerasa de RNA y en el DNA.
Los sitios de union para la CRP en la mayor
. arte de los promotores se asem ejan a lac (centrado
-:o n la posicion - 6 1) o a gal (centra do en la posicion
-41) . La diferencia basica entre ellos es que en el
;>rimer tipo (denominado clase I) el sitio de union
a Ia CRP se encuentra completamente en sentido
:~sce ndente con respecto al promotor, mientras que
en el segundo tipo (denominado clase II) el sitio
e uni on a Ia CRP se superpone al sitio de union
e la polimerasa de RNA. (Las interacciones en el
. romotor ara pueden ser diferentes .)
En ambos tipos de promotor, el sitio de union a
:a CRP se centra en un numero integral de vueltas
e la doble helice desde el punta de inicio. Esto su-
giere que la CRP esta unida ala misma cara del DNA
que la polimerasa de RNA. Sin embargo, la natura-
:eza de la interaccion entre la CRP y Ia polimerasa
e RNA es diferente en los dos tipos de promotor.
Cuando Ia subunidad a de Ia polimerasa de RNA
presenta una delecion en el extrema C, Ia transcrip-
cion parece ser normal excepto porque pierde la
capacidad de ser activada por la CRP. Esta ultima
tiene una "region activadora" que es necesaria para
activar sus dos tipos de promotores. Esta region ac-
iivadora, Ia cual esta formada por un lazo expuesto
de -10 aminoacidos, es un parche pequeno que in-
:eractua de manera directa con Ia subunidad a de
ia polimerasa de RNA para estimular a la enzima.
En los promotores de clase I esta interaccion es sufi-
ciente. En los promotores de clase II se requiere una
segunda interaccion, la cual involucra otra region
de Ia CPR y Ia region terminal N de la subunidad a
de la polimerasa de RNA.
Los experimentos qu e se han realizado con df-
meros de CRP en los cuales solo una de las sub-
,.midades tiene una region funcional de transcrip -
cion-activacion muestran que cuando la CRP esta
unida al promotor lac, solo es necesaria la region
-Promotor+
..,.. Localizaciones de Ia ....,.
union a Ia CRP
La proteina CRP puede unirse a diferentes sitios
en relaci6n con la polimerasa de RNA.
activadora de la subunidad mas cercana al pun to de
inicio, al parecer debido a que hace contacto con la
polimerasa de RNA. Esto explica que no haya una
dependencia de la orientacion del sitio de union: la
estructura dimerica de la CRP garantiza que una de
las subunidades este disponible para hacer contacto
con la polimerasa de RNA, sin importar que subuni-
dad se una al DNA y en que orientacion.
El efecto ejercido sabre la union de la polime-
rasa de R1\l'A depende de las localizaciones relativas
de las dos protefnas. En los promotores de clase I,
en donde la CRP se une adyacente al promotor,
aumenta la velocidad de la union inicial para formar
un complej o cerrado. En los promotores de clase
I1, en donde la CRP se une dentro del promotor,
aumenta la velocidad de la transicion del complejo
cerrado al complejo abierto .
Ef1D La traducci6n
puede ser regulada
Conceptos principales
Una prote\na represora puede regular la traducci6n
al impedir que un ribosoma se una a un codon de
iniciaci6n.
La accesibilidad a los codones de iniciaci6n en un
RNAm policistr6nico puede ser controlada por media de
cambios en la estructura del RNAm los cuales ocurren
como resultado de la traducci6n.
El control de la traduccion es una caracterfstica no-
toria de los operones que codifican componentes
del mecanismo de la sfntesis de protefnas. El operon
proporciona un arreglo para Ia regula cion coordinada
de un grupo de genes estructurales. Sin embargo,
controles posteriores superpuestos en el operon ,
como los del nivel de la traduccion, pueden crear
dlferencias en el grado al cual se expresan los genes
individuales.
12.22 La traducci6n puede ser regulada 323
 Se utiliza un rnecanismo similar para lograr el
control de la traduccion en numerosos sistemas. La
funcion del represor !a proporciona una proteina que se
enlaza a una region diana del RNAm para impedir que
los ribosomas reconozcan la region de !a iniciacion. En
terminos formales esta situacion es equivalente ala
de una protefna represora que se une al DNA para
evitar que la polimerasa de RNA utilice un promo-
tor. La , I , i! .,3 ilustra la forma mas frecuente
de esta interaccion, en Ia cualla protefna reguladora
se une de manera directa a una secuencia que in-
cluye al codon de iniciacion AUG, lo que irnpide Ia
union del ribosoma.
En la ~ - A2 ~4 se ofrecen algunos ejernplos
de represores de la traduccion y de sus dianas. Un
ejemplo clasico es la protefna de envoltura del fago
de RNA Rl7; esta se une a una horquilla que se
extiende sobre el sitio de union a! ribosorna en el
RNArn del fago. De forma similar, la proteina RegA
T4 se une a una secuencia de consenso que incluye
al codon de iniciacion AUG en numerosas rnolecu-
las ternpranas de RNArn T4, y Ia polimerasa de DNA
T4 se une a una secuencia en su propio RNArn que
incluye el elernento Shine-Dalgarno indispensable
para la union de los ribosomas.
....... .......
.,_ Sitio de union al ribosoma~
...
. .
Una proteina reguladora puede bloquear la tra-
duccion al unirse a un sitio del RNAm que se superpone al sitio
de union al ribosoma en el codon de iniciacion.
1' -
Represor Gen diana
Proteina de envoltura R17 replicasa R17
RegA T4 RNAm T4 tempranos
Polimerasa de DNA T4 polimerasa de DNA T4 secuencia Shine-Dalgarno
p32 T4 gen 32
I C :J.' Las protein as que se unen a las secuencias que se encuentran en el interior de las regiones
de iniciacion de las moleculas de RNAm pueden funcionar como represores de la traducci6n.
3 24 CAPITULO 12 El Operon
Otra forma de control de la traduccion ocurre
cuando la traduccion de un cistron requiere cam-
bios en la estructura secundaria que dependen de
la traduccion de un cistron precedente. Esto sucede
durante Ia traduccion de los fagos de RNA, cuyo_
cistrones siernpre se expresan en un orden prede-
terminado. La FTG J A 12.35 muestra que el fago de
RNA adquiere una estructura secundaria en Ia cua:
solo es accesible una secuencia de iniciacion; Ia se-
S61o un sitio de iniciaci6n esta disponible
en un principia
El segundo sitio de
iniciaci6n esta
bloqueado
/.
AUG
I
La traducci6n expone el segundo sitio de iniciaci6n
Los ribosomas
desestabilizan Ia
estructura secundaria
I#
'" U A 1 L La estructura secundaria puede controlar la
iniciacion. Solo un sitio de iniciacion esta disponible en los
fagos de RNA, pero la traduccion del primer cistron cambia la
conformacion del RNA para que otro u otros sitios de iniciacion
esten disponibles.
Sitio de acci6n
Ia horquilla que incluye el sitio de union ribosomica
varias secuencias que incluyen el codon de iniciacion
lider 5' de cadena individual
_..:nda no puede ser reconocida por los ribosomas
-:: ido a que esta apareada con otras regiones del
- A. Sin embargo, la traduccion del primer cistron
- ierrumpe la estructura secundaria, lo que permi-
:- a los ribosomas unirse a! sitio de iniciacion del
.guiente cistron. En este RNA.m, la estructura se-
.:-.rndaria controla la traducibilidad.
La sintesis de las proteinas r
es cantrolada par media
de regulaci6n aut6gena
Concepto principal
La traduccion de un operon de prote\na r puede ser
controlada por un producto del operon que se une a un
sitio localizado en el RNAm policistronico.
_nas 70 protefnas constituyen el aparato de la ex -
- ~esion genica bacteriana. Las protefnas riboso-
-:.1icas son el componente principaL junto con las
c-otefnas accesorias involucradas en Ia sintesis pro-
efnica. Las subunidades de la polimerasa de RNA y
1s factores accesorios integran el resto. Los genes
~ e codifican las protefnas ribosomicas, a los facto-
::'s de Ia sfntesis protefnica y a las subunidades de
~ polimerasa de RNA todos estan entremezclados
organizados en un pequeiio numero de operones.
~ mayor parte de estas protefnas estan representa-
_as solo por genes individuales en E. coli.
Los controles coordinados garantizan que estas
;n otefnas sean sintetizadas en cantidades apropia-
~as para las condiciones de crecimiento: cuando las
. acterias crecen con mayor rapidez, dedican una
::1ayor proporci6n de sus esfuerzos a la produccion
iel mecanismo para Ia expresion genica. Se utiliza
.:n conjunto de mecanismos para controlar Ia ex-
:'resion de los genes que codifican este mecanismo
~- para garantizar que las protefnas sean sintetizadas
.n niveles comparables que se relacionan con los
.. veles de las moleculas de RNAr.
La organizacion de seis operones se resume en
_a FIGURA 1 J . Cerca de Ia mitad de los genes de las
:;>rotefnas ribosomicas (proteinas r) mapean en cua-
. o operones que se encuentran cerca uno del otro
denominados str, spc, S I 0 y (J.. tan solo por la primera
..:e las funciones que han sido identificadas en cada
.::aso). Los operones rif y Lll se encuentran juntos
:>n otra ubicacion.
Cada operon codifica una variedad de funcio-
'les. El operon str tiene genes que codifican las pro-
:efnas de la subunidad ribosomica pequeiia, asf
omo EF-Tu y EF-G. Los operones spc y SIO tienen
~enes diseminados para las protefnas de las sub -
. midades ribosomicas pequeiia y grande. El ope-
12.23 La sintesis de las prote\nas res controlada por media de regulacion autogena
rpsL rpsG fusA tufA_
81-o EF-G EF-Tu
rp/N rp!X rp!E rpN rpsH rp/F rp/R rpsErp/D rpmO secY-X
L14 L24 L5 814 88 L6 L18 85 L30 L15 Y X
t I
rpsJ rp!C'rp/B rplb rpjW rp/S rp/V rpsC rpsQ rplf" rpmC
810 L3 L2 L4 L23 819 L22 83 817 L16 L29
t I
rpsfoj1 rpsK rpsD rpoA rp/Q
813 811 84 a L17
t I
JpiK . rp/A
L 11 l1
LJ
rp/J rp/LrpoBrpoC
10L7 ~ 13'
J:I _.. o Los genes de las prote\nas ribos6micas, los facto res de
La s\ntesis prote\nica y las subunidades de la polimerasa de RNA estan
esparcidos en un pequefio numero de operones que se reg ulan de manera
autonoma. El regulador se indica en color violeta; las proteinas que son
reguladas se muestran sombreadas en color rosa.
ron (J.. tiene genes para las protefnas de ambas sub-
unidades ribosomicas y para la subunidad (J.. de la
polimerasa de RJ.~A. Ellocus riftiene genes para las
protefnas de la subunidad ribosomica grande y para
las subunidades ~ y Wde la polimerasa de RNA.
Todas, excepto una de las protefnas riboso -
micas, son necesarias en cantidades equimolares,
las cuales deben estar coordinadas con el nivel de
RNAr. La dispersion de los genes cuyos productos
deben ser equimolares y su mezcla con los genes
cuyos productos se necesitan en cantidades diferen-
tes plantean algunos problemas interesantes para la
regulacion coordinada .
Una caracterfstica com(m en todos los opero-
nes descritos en la Figura 12.36 es Ia regulacion de
algunos de los genes por uno de los productos. En
cada caso, el gen que codifica el producto regulador
es una de las dianas de Ia regulacion. La regulacion
aut6gena ocurre siempre que una protefna (o RNA)
regula su propia produccion. En el caso de los ope-
rones de las protefnas r, Ia protefna regula dora in-
hibe la expresion de un conjunto contiguo de genes
dentro del operon, por Io que este es un ejemplo de
regulacion autogena negativa.
En cada caso, la acumulaci6n de la protefna inhibe
la sfntesis posterior de sf misma y de algunos otros pro-
ductos genicos. El efecto con frecuencia es ejercido en
325

Cuando hay RNAr disponible, las protefnas r se
asocian a el. La traducci6n del RNAm continua
\ lJ\.Q
~ inhibir alguna otra etapa subsiguiente de la tradu --
l RNAm
RNAr
l
Proteinas r
Cuando no hay RNAr disponible, las proteinas r se
acumulan. Una proteina r se une al RNAm e impide
Ia traducci6n
1 La traducci6n de los operones de proteinas res
controlada de manera aut6gena y responde al nivel del RNAr.
individual y continua
siendo sintetizada en
presencia de sus sitios
de uni6n
En ausencia de DNA de cadena
individual, Ia p32 se une a una
regi6n rica en A-T alrededor del
codon de iniciaci6n del RNAm e
impide que los ribosomas inicien
El exceso de la proteina del gen 32 (p32) se
une a su propio RNAm para impedir que los ribosomas inicien
La traducci6n .
el nivel de Ia traducci6n del RNAm policistr6nico.
Cada uno de los reguladores es una protefna ribos6-
mica que se une en forma directa al RNAr. Su efecto
sabre la traducci6n es el resultado de su capacidad para
unirse tambien a su propio RNAm. Los sitios ubicados
en el RNAm a los cuales se unen estas proteinas
se superponen a la secuencia en la cual se inicia la
traducci6n o se encuentran cerca y tal vez influyen
en la accesibilidad al sitio de iniciaci6n al inducir
cambios de conformaci6n. Por ejemplo, en el ope-
ron S l 0, la proteina L4 actua en el inicio preciso
326 CAPITULO 12 El Operon
del RNAm para inhibir Ia traduccion de S l 0 y c.-
los genes subsiguientes. La inhibicion puede prr-
venir de un simple bloqueo del acceso al riboson~.o
como se ilustra antes en Ia Figura 12. 34, o puec-
cion. En dos casos (que incluyen S4 en eloper ' ~
a), la proteina reguladora estabiliza una estructu~ '
secundaria particular en el RNAm que impide q6-
la reaccion de iniciacion continue despues de que : c
ha unido la subunidad 30S .
El uso de las proteinas r que se unen al RN_~_
para establecer la regulacion autogena de mane:
inmediata sugiere que esto ofrece un mecanism
para vincular la sfntesis de proteina r ala sintesis C.:
RNAr. Un modelo generalizado se ilustra en la Fir
. Supongase que los sitios de union para k
protefnas r reguladoras autogenas en el RNAr s o~
mucho mas fuertes que aquellos de las molecu l~
de RNAm. Siempre que haya un RNAr libre dispo-
nible, las protefnas r que acaban de sintetizarse s~
asociaran a el para iniciar el ensamble del ribosom.:
No habra protefna r libre para unirse al RNAm, po-
lo que su traduccion continuara. Sin embargo, e::-
cuanto disminuye de velocidad la sfntesis de RNA.:-
o se detiene, las proteinas r libres comienzan a acu-
mularse. Despues estaran disponibles para unirse ~
sus moleculas de RNAm, y reprimir asi la traducci6::.
posterior. Este circuito garantiza que cada opero::-
de protefna r responda de la misma manera al nive
del RNAr: tan pronto haya un exceso de proteina ~
en relacion con el RNAr, la sintesis protefnica sere
reprimida.
La p32 del fa go T4
es controlada por un circuito
aut6geno
Concepto principal
p32 se une a su propio RNAm para impedir La iniciacion
de La traducci6n.
La regulacion autogena se ha establecido en una bas
cuantitativa para el gen 32 del fago T4. La proteina
(p32) tiene una funcion fundamental en Ia recom-
binacion genetica, la reparacion del DNA y la repli-
cacion, en Ia cual su funcion se ejerce por virtud de
su capacidad de unirse al DNA de cadena individual.
Las mutaciones sin sentido hacen que Ia proteina
inactiva se produzca en demasfa. Por lo tanto, cuandt
se impide La funci6n de La proteina, se produce mas de ella_
Este efecto ocurre en el nivel de Ia traduccion; e:
RNAm del gen 32 es estable y permanece asia pesa
del comportamiento del producto protefnico.
 .... - Estos resultados implican que el nivel de p32
Otros
Union a: ON Ass RNAm p32 RNAm
'~! I
c
o corresponde apropiadamente al nivel medido de
Zll
'(3
~
:::l
ro
(J)
Q)
"0
0~
10-8 10-7 10-6 10-5 10-4
I
10-3
Concentraci6n (molar) protefnica___.
-' ? La protelna del gen 32 se une a varios sustratos
: - afinidades distintas, en el siguiente arden: DNA de cadena
-:'vidual, su propio RNA m y otras moleculas de RNAm. La
-=onde dicha protelna a su RNAm impide que incremente el
el de p32 a mas de 10-6 M.
La presenta un modelo del circuito
~ : control del gen 32. Cuando hay DNA de cadena
Jividual en ]a celula infectada por el fago, secues-
:::_ Ia p32. Sin embargo, en ausencia de DNA de
_:_dena individual, o a! menos en condiciones en
c s cuales hay un remanente de p32, Ia protefna
~pide la traduccion de su propio RNAm. El efecto
~ mediado en forma directa por la union de p32 al
- -Am para inhibir la iniciacion de la traduccion. Es
~obable que esto onura en una region rica en A-T
_:e rodea al sitio de union ribosomico.
Para que ellazo de control funcione de mane-
-=. eficiente son necesarias dos caracterfsticas de la
_'lion de p32 al sitio del RNAm:
La afinidad de p32 por el sitio Iocalizado en
el RNAm del gen 32 debe ser significativa-
mente mas baja que su afinidad por el DNA
de cadena individuaL La constante de equi-
libria de Ia union del RNA esta, de hecho,
casi dos ordenes de magnitud por debajo de
Ia del DNA de cadena individuaL
No obstante, la afinidad de la protefna p32
por el RNAm debe ser significativamente
mayor que la afinidad por otras secuencias
de RNA. Esta determinada por Ia composi-
cion de las bases y por la estructura secun-
daria; un aspecto importante de la union al
RNAm del gen 32 es que la region regulado-
ra tiene una secuencia extendida que carece
de estructura secundaria.
Utilizando las constantes de equilibrio conoci-
..35, se puede realizar un diagrama de la union de
-: 32 a sus sitios diana en funcion de Ia concentracion
-, otefnica. La I muestra que en concen-
~aciones por debajo de 1o-6 M, la protefna p32 se
_ne al DNA de cadena individuaL En concentra-
:iones mayores a I0-6 M, se une al RNAm del gen
; 2. En concentraciones incluso mayores se une a
35 otras secuencias de RNAm, con un intervalo de
.:..Snidades.
12.25 La regulaci6n aut6gena se utiliza a menudo para controlar la slntesis de ensambles macromoleculares
debe estar autorregulado para ser < 1o-6 M, lo cual
corresponde a -2 000 moleculas por bacteria. Esto
1 000 a 2 000 moleculas /celula.
Una caracterfstica del control autogeno es que
cada interaccion reguladora es {mica: una protefna
actua solo en el RNAm encargado de su propia sfn-
tesis. El fago T4 constituye un ejemplo de un regu-
lador de la traducci6n mas generaL codificado por el
gen regA, el cual reprime la expresion de numerosos
genes que se transcriben durante el inicio de lain-
feccion. La protefna RegA impide la traduccion de
las moleculas de RNAm de estos genes al competir
con las subunidades 30S por los sitios de iniciacion
del RNAm. Su accion es una contraparte directa de
la funci6n de una protefna represora que se une a
operadores multiples.
IE La regulaci6n aut6gena
se utiliza a menudo para
controlar la si ntesis de
ensambles macromoleculares
Concepto principal
El precursor de los microtubulos, la protelna tubulina
li bre, inhibe la traducci6n del RNAm de la tubulina.
La regulacion autogena es un tipo frecu ente de con-
trol entre las protefnas que son incorporadas en en-
sambles macromoleculares. La particula ensambla-
da puede ser inadecuada como regulador porque es
demasiado grande, muy numerosa o bastante res-
tringida en cuanto a su localizacion. Sin embargo,
la n ecesidad de sintetizar sus componentes puede
reflejarse en el banco de subunidades precursoras li-
bres. Si se bloquea la ruta de ensamble por cualquier
motivo, las subunidades libres se acumulan y apa-
gan Ia sfntesis innecesaria de mas componentes.
Las celulas eucari6ticas tienen un sistema co-
mun en el cual tiene lugar Ia regulaci6n autogena
de este tipo. La tubulina es el monomero del cual se
sintetizan los microtubulos, un sistema filamentoso
importante de todas las celulas eucari6ticas. La pro-
ducci6n del RNAm de Ia tubulina es controlada por
el banco de tubulina libre. Cuando este banco alcan-
za cierta concentraci6n, la produccion de mas RNAm
de Ia tubulina se inhibe. Una vez mas, el principio
es el mismo: Ia tubulina secuestrada en su ensam-
ble macromolecular no tiene ninguna funcion en la
regulacion, pero el nivel de precursores libres en el
banco determina si se agregaran mas monomeros.
El sitio diana para la regulacion es una secuen-
cia corta localizada en el inicio de la region codifi-
327

La tubulina libre se une
RNAm Protefna naciente
La tubulina es ensamblada
en microtubulos
El RNAm es!
degradado
== = ==== ======:::
4 La tubulina se ensambla en microtCtbulos cuan-
do es sintetizada. La acumulacion del exceso de tubulina libre
induce inestabilidad en el RNAm de la tubulina al actuar en un
sitio localizado en el inicio del marco de lectura en el RNAm o
en la posicion correspondiente en la proteina naciente.
cadora. Todavia nose conoce que funcion tiene esta
secuencia, pero se ilustran dos modelos en la r:u
40 . La tubulina puede unirse de manera directa
al RNAm o puede unirse al polipeptido naciente
que representa a esta region. Cualquiera que sea
el modelo que se aplica, el exceso de tubulina hace
que el RNAm de la tubulina que se localiza en los
polisomas sea degradado, por lo que la consecuen-
cia de la reaccion es hacer inestable al RNAm de la
tubulina.
El control autogeno es un sistema intrfnseca-
mente auto-limitante, en contraste con el control
extrfnseco que se analizo antes. La capacidad de una
proteina represora de unirse a un operador puede
ser controlada por el nivel de una pequefia mole-
cula extrafia, la cual inhibe o facilita su actividad.
En el caso de la regulacion autogena, sin embargo,
el parametro determinante es la concentracion de
la proteina misma.
Ef!D Resumen
La transcripcion es regulada por la interaccion entre
los factores de actuacion en trans y los sitios de ac-
tuacion en cis. Un factor de actuacion en trans es el
producto de un gen regulador. Casi siempre es una
proteina, pero tambien puede ser RNA. Se difunde
en la celula yen consecuencia puede actuar en cual-
quier gen diana apropiado. Un sitio de actuacion en
cis en el DNA (o en el RNA) es una secuencia que
3 28 CAPITULO 12 El Operon
funciona al ser reconocida in situ. No tiene funcio c
codificadora y puede regular solo aquellas secuen-
cias a las cuales es contigua fisicamente. Los gene ~
bacterianos codifican proteinas cuyas funciones es-
tan relacionadas, como las enzimas sucesivas de un<
ruta, y pueden ser organizadas en un agrupamientc
que se transcribe en un RNAm policistronico a par-
tir de un solo promotor. El control de este promoto;
regula la expresion de toda la ruta. La unidad de re-
gulacion, la cual contiene genes estructurales y ele-
mentos de actuacion en cis, se denomina operon.
La iniciacion de la transcripcion es regulada po:
interacciones que tienen lugar en la vecindad de'
promotor. La capacidad de la polimerasa de RN,.. ._
para iniciar en el promotor es inhibida o activadc.
por otras proteinas. Los genes que son activos a me-
nos que sean apagados se dice que se encuentrar.
bajo control negativo. Los genes que son activo:
solo cuando son encendidos de manera especifi -
ca se dice que estan bajo control positivo. El tip
de control puede determinarse por las relaciones de
dominancia entre los genes de tipo silvestre y los ge-
nes mutantes que son constitutivos/no reprimid o~
(encendidos de forma permanente) o no inducibles
superreprimidos (apagados de manera perpetua).
Una proteina represora impide que la polime-
rasa de RNA se una al promotor o que active 1.:
transcripcion. El represor se une a una secuencic.
diana, el operador, que por lo general se encuentrc.
alrededor o en sentido ascendente con respecto c;_
punto de inicio. Las secuencias operadoras son cor-
tas y con frecuencia son palindromicas. El repres o~
a menudo es un homomultimero cuya simetrfa re-
fleja la de su diana.
La capacidad de la proteina represora para unir-
se a su operador es regulada por una molecula pe-
quefia. Un inductor impide la union de un represo.
un correpresor lo activa. La union del inductor ~
del correpresor a su sitio produce un cambio en :,::
estructura del sitio de union al DNA del represo~
Esta reaccion alosterica ocurre en las proteinas re-
presoras libres y de manera directa en las proteina.s
represoras que ya se encuentran unidas al DNA.
La ruta de la lactosa opera por medio de indue-
cion, cuando un galactosido ~inductor impide quc-
el represor se una a su operador; la transcripcion :
la traduccion del gen lacZ despues producen galac-
tosidasa ~, la enzima que cataboliza galactosidos ~
La ruta del triptofano opera por represion; el cc' -
represor (triptofano) activa la proteina represorc.
por lo que se une al operador e impide la expres i6~
de los genes que codifican las enzimas que biosir.-
tetizan el triptofano. Un represor puede controla.:
multiples dianas con copias de una secuencia d~
consenso operadora.
 Una proteina con alta afinidad por una secuen-
.: diana particular del DNA tiene menor afinidad
~ todo el DNA. La proporci6n define la especi -
~ ad de la proteina . Hay muchos mas sitios no
- cificos (cualquier secuencia de DNA) que sitios
:na especfficos en un genoma; en consecuencia,
_a proteina de union al DNA como un represor
Jna polimerasa de RNA es "almacenada" en el
. -A. (Es probable que no exista protefna en for -
~ libre, o que sea muy poca.) La especificidad por
secuencia diana debe ser lo suficientemente alta
~a contrarrestar el exceso de sitios no especfficos
n respecto a los sitios especfficos. El equilibria de
' proteinas bacterianas es ajustado de tal mane-
~ que la cantidad de protefna y su especificidad
_rmitan el reconocimiento especffico de la diana
. - condiciones "encendidas", pero permitan una
Jeraci6n casi cornpleta de la diana en condiciones
' pagadas".
eferencias
Introd uccion
-:iculo de investigacion
:o.cob, F. and Monad, J. ( 1961). Gen etic regulatory
mechanisms in the synthesis of proteins. J. Mol. Bioi.
3, 318-389 .
La regu lacion puede ser positiva o negativa
: ente de revision
.!iller, J. and Reznik off, W ., eds. ( 1980). The Operon, 2nd
ed., Woodbury, NY: Cold Spring Harbor Laboratory
Press.
Los genes lac son controlados por un represor
;uent es de revisio n
3arkley, M.D. and Bourgeois, S. (1978). Repressor
recognition of operator and effectors. In The Operon,
eds. Miller, J . and Reznikoff. W. New York: Cold
Spring Harbor Laboratory, 177-220.
3eckwith, J. ( 1978) . lac: the genetic system. In The Operon,
eds. Miller, J. and Reznikoff. W. New York: Cold
Spring Harbor Laboratory, 11-30.
3eyreuther, K. (1978). Chemical structure and functional
organization of the lac represso r from E. coli. In The
Operon, eds. Miller, J. and ReznikofL W. New York:
Cold Spring Harbor Laboratory, 123-154.
Miller. J. H. ( 1978) . The lad gene: its role in lac operon
control and its use as a genetic system. In The Operon,
eds. Miller, J. and Reznikoff. W. New York: Cold
Spring Harbor Laboratory, 31-88.
Weber, K. and Geisler. N. ( 1978). Lac repressor fragments
produced in vivo and in vitro: an approach to the
understanding of the interaction of repressor and
DNA. In The Operon, eds. Mill er, J . and Reznikoff, W.
New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 15 5-176.
Wilson. C. J., Zahn, H., Swint-Kruse, L., and Matthews,
K. S. (2006). The lactose repressor system: paradigms
for regulation, allosteric behavior and protein folding .
Cell. Mol. Life Sci. November l3.
Articulo de investigaci6 n
Jacob. F. and Monod, J. ( 1961). Genetic regulatory
m echa nisms in the synthesis of proteins. J. Mol. Bioi.
3, 318-389.
Eflli1 El monomero represor tiene numerosos dominios
Artlculos de revision
Friedman, A. M .. Fischmann. T. 0 .. and Steitz, T. A.
(1995). Crystal structure of lac repressor core tetramer
and its implications for DNA looping. Science 268,
1721-1727.
Lewis, M. et al. (1996). Crystal structure of the lactose
operon repressor and its complexes with DNA and
inducer . Science 271, 1247-1254.
EfJI Los fenotipos muta ntes se correlacionan con la
estructura del dominio
Articulos de revisio n
Pace. H. C., Kercher, M. A.. Lu, P.. Markiewicz, P., Miller,
J. H., Chang, G., and Lewis. M. (1997). Lac repressor
genetic map in real space. Trends Biochem. Sci. 22,
334-339.
Markiewicz. P., Kleina, L. G., Cruz, C., Ehret, S., and
Miller. J. H. ( 1994) . Genetic studies of the lac
repressor. XIV. Analysis of 4000 altered
E. coli lac repressors reveals essential and non -essential
residues, as well as spacers which do not require a
specific sequence. J. Mol. Bioi. 240, 421-433 .
Suckow, J ., Markiewicz, P., Kleina, L. G., Miller, J., Kisters-
Woike, B.. and Muller-Hill, B. (1996). Genetic studies
of the Lac repressor. XV: 4000 single amino acid
substitutions and analysis of the resulting phenotypes
on the basis of the protein structure. J. Mol. Bioi. 261,
509-523.
lfJm La proteina represora se une al operador
Articu l.os de investig aci6n
Gilbert, W. and Muller-Hill, B. (1966). Isolation of the lac
repressor. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 56. 189 1-1898.
Gilbert, W. and Mi.iller-HilL B. (1967). The lac operator is
DNA. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 58, 2415-2421.
Efll El represor se une a tres operadores e interactua con
la polimerasa de RNA
Artic ulo de invest igaci6n
Oehler, S. eta!. ( 1990). The three operators of the lac
operon cooperate in repression. EMBO J. 9, 973-979 .
Ef!l\l El operador compite con los sitios de baja afinidad
para unirse al represor
Artlc ulos de in vestigaci6n
Cronin, C. A .. Gluba, W. , and Scrable, H. (2001). The lac
operator-repressor system is functional in the mouse.
Genes Dev. 15, 1506-1517.
Referencias 3 29
 Hildebrandt. E. R. et al. ( 1995). Comparison of
recombination in vitro and in E. coli cells: measure of
the effective concentration of DNA in vivo. Cel/81.
331-340.
Lin, S.- Y. and Riggs, A. D. ( 1975) . The general affinity of
lac repressor for E. coli DNA: implications for gene
regulation in prokaryotes and eukaryotes. Cell 4,
107- 11 1.
I!IJl El factor CRP funciona de formas diferentes
en operones diana distintos
Art1culos de revision
Botsford, J. L. and Harman, J. G. (1992 ). Cyclic AMP in
prokaryotes. Microbial. Rev. 56, 100-122.
Kolb, A. (1993). Transcriptional regulation by cAMP
and its receptor protein. Annu. Rev. Biochem. 62,
749-795.
Articulos de investigacio n
Niu, W., Kim, Y., Tau, G., Heyduk, T., and Ebright, R.
H. ( 1996). Transcription activation at class II CAP-
dependent promoters: two interactions between CAP
and RNA polymerase. Ce //87 , 1123-1134.
Zhou, Y., Busby, S., and Ebright. R . H. (1993).
Identification of the functional subunit of a dimeric
transcription activator protein by use of oriented
heterodimers. Ce// 73, 375- 379.
330 CAPITULO 12 El Operon
Zhou, Y., Merkel, T. J., and Ebright, R. H. ( 1994) .
Characterization of the activating region of E. coli
catabolite gene activator protein (CAP). II. Role at
Class I and class II CAP-dependent promoters. J. Moi
Bioi. 243, 603-610.
lfD La sintesis de las proteinas res controlada
por media de regu lacion autogena
Articulo de revision
No mura, M. et al. ( 1984). Regulation of the synthesis of
ribosomes and ribosomal components. Annu. Rev.
Biochem. 53, 75-117.
Articulo de investigacion
Baughman, G. and Nomura, M. (1983). Localization of
the target site for translational regulation of the Ll1
operon and direct evidence for translational couplin:
in E. coli. Cell 34, 979-988 .
lfll La regulacion autogena se utiliza a menudo para
controlar la sintesis de ensambles macromolecu lare-:
Articulo de revision
Gold, L. ( 1988). Posttranscriptional regulatory mechanisn:
in E. coli. Annu. Rev. Biochem. 57, 199-223.
A regulador
ESQUEMA DEL CAPITULO J
Introducci6n
El RNA funciona como regulador al formar una region de
estructura secundaria (intermolecular o intramolecular) que
cambia las propiedades de una secuencia diana .
Las estructuras secundarias alternativas controlan
la atenuaci6n
La terminaci6n de la transcripci6n puede atenuarse si
se controla la formacion de la estructura de horquilla
necesaria en el RNA.
Los mecanismos mas directos de la atenuacion incluyen
proteinas que estabilizan o que desestabilizan a la
horquilla.
La terminaci6n de los genes trp de Bacillus subtilis
es controlada por el tript6fano y por el RNAtTrp
Una proteina termi na dora denominada TRAP es activada
por el triptofano para impedir la transcripcion de los genes
trp.
La actividad de la TRAP es inhibida (de manera indirecta)
por el RNAt"P no cargado.
El operon tript6fano de Eschen'chia coli es
controlado par media de atenuaci6n
Un atenuador (terminador intrinseco) se localiza entre el
promotor y el primer gen del agrupamiento trp.
La ausencia de tript6fano suprime la terminaci 6n y
ocasiona que la transcripcion aumente 10 veces.
La atenuaci6n puede ser controlada por la
traducci6n
La region lider del operon trp tiene un marco de lectura
abierto de 14 codones que incluye dos codones de
tript6fano.
La estructura de RNA localizada en el atenuador depende
de la traduccion de este marco de lectura.
En presencia de tript6fano, ellider es traducido y el
atenuador es capaz de formar la horquilla que provoca la
terminaci6n.
En ausencia de triptofano, el ribosoma se atasca en
los codones de tript6fano y la estructura secundaria
alternativa impide la formacion de la horquilla, por lo que
la transcripcion continua.
liD El RNA antisentido puede ser utilizado para
desactivar la expresi6n genica
Los genes antisentido bloquean la expresi6n de sus dianas
cuando son introducidos en las celulas eucari6ticas.
IW Las moleculas pequefias de RNA son capaces de
regular la traducci6n
Un RNA regulador funciona al formar una region duplex con
un RNA diana.
La estructura duplex puede bloquear la iniciaci6n de la
traducci6n, provocar la terminaci6n de la transcripci6n o
crear una diana para una endonucleasa.
IDmJ Las bacterias contienen RNA reguladores
Las moleculas de RNA reguladoras bacterianas se
denom inan sRNA.
Muchas de las moleculas de sRNA estan unidas a la
protei na Hfq, la cual incrementa su efectividad.
El sRNA OxyS activa o reprime La expresi6n de mas de 10
loci en el nivel postraduccional.
1m Los microRNA son reguladores en numerosas
eucariotas
Los genomas de los anima tes y de las plantas codifican
numerosas moleculas cortas de RNA (de -22 bases)
denominadas microRNA.
Los microRNA reg ulan la expresi6n genica por media de
apareamiento de bases con secuencias complementarias en
los RNAm diana.
111m La interferencia de RNA esta relacionada con el
silenciamiento de los genes
La interferencia de RNA desencadena la degradaci6n de los
RNAm complementarios a cualquier cadena corta de dsRNA.
El dsRNA puede provocar el silenciamiento de los genes
hospedadores.
BID Resumen
Continua en Ia siguiente pdgina
331

1111 Introducci6n
Concepto principal
El RNA funciona como regulador al formar una region de
estructura secundaria (intermolecular o intramolecular)
que cambia las propiedades de una secuencia diana .
El principia basico de Ia regulacion en las bacterias
consiste en que Ia expresion genica es controlada
por un regulador que interactua con una secuencia
o con una estructura especffica del DNA o del RNArn
en alguna etapa anterior ala sfntesis protefnica. La
etapa de la expresion que es controlada puede ser
la transcripcion, cuando la diana de regulacion es
el DNA, o el control puede ocurrir en Ia traduc-
cion, cuando la diana de la regulacion es el RNA.
Cuando el control sucede durante la transcripcion,
puede ocurrir en la iniciacion o en la terminacion .
El regulador puede ser una protefna o un RNA. El
termino "controlado" puede significar que el regula-
dar apaga (reprime) la diana o que la enciende (que
Ia activa). La expresion de numerosos genes puede
ser controlada de manera coordinada par un solo
gen regulador bajo el principia de que cada diana
contiene una co pia de Ia secuencia o de la estructu-
ra a Ia cual reconoce el regulador. Los reguladores
pueden a su vez ser regulados, mas a menudo en
respuesta a moleculas pequenas cuyo abastecimien-
to responde a condiciones ambientales. Los regula-
dares pueden ser controlados por otros reguladores
para formar circuitos complejos.
A continuacion se compara la forma en la que
trabajan los diferentes tipos de reguladores.
RNA diana
t forma cion de una region de doble helice entre el re-
RNA regulador "V
l
Region duplexl
f L 1 1J Un RNA regulador es un RNA pequefio con una
region de cadena individual que puede aparearse con una re-
gion de cadena individual en un RNA diana.
332 CAPITULO 13 RNA regulador
Los reguladores protefnicos siguen principia~
alostericos. La protefna tiene dos sitios de union
uno para una diana de acido nucleico y el otro para
una molecula pequena . La union de Ia molecule.
pequefia a su sitio cambia Ia conformacion de ta.
manera que altera la afinidad del otro sitio por e:
acido nucleico. La forma en la cual sucede esto se
conoce en detalle en el caso del represor Lac. Los re-
guladores proteinicos a menudo son multimericos
con una organizacion simetrica que permite que dos
subunidades hagan contacto con una diana palin -
dromica del DNA. Esto puede generar efectos de
union cooperativos que crean una respuesta rna
sensible a la regulaci6n.
La regulacion por media del RNA utiliza cam-
bios en la estructura secundaria como principic
rector. La capacidad de un RNA para cambiar de:
conformaci6n con consecuencias reguladoras es lc
alternativa del acido nucleico a los cambios aloste-
ricos de Ia conformaci6n protefnica. Los cambios dt
estructura pueden provenir de interacciones intra-
moleculares o intermoleculares.
La funcion mas frecuente de los cambios intra
moleculares es que una molecula de RNA asuma las
estructuras secundarias alternativas at utilizar dife-
rentes esquemas de apareamiento de bases . Las pro-
piedades de las conformaciones alternativas puede~
ser diferentes . Los cambios en la estructura secun-
daria de un RNArn pueden modificar su capacidai.
de ser traducido. La estructura secundaria tambie:-_
sirve para regular la terminaci6n de la transcripci6r_
cuando la diferencia entre las estructuras alterna-
tivas radica en que permitan la terminaci6n o n(
lo hagan.
En las interacciones intermoleculares, un regu-
lador de RNA reconoce su diana por el principi
familiar de apareamiento de bases complementa
rias. La FIGUrA 13.1 muestra que el regulador suek
ser una molecula pequefia de RNA con estructurc.
secundaria extensa, pero con una region (o algun a ~
regiones) de cadena individual complementaria "-
una region de cadena unica ubicada en su diana. Lc.
gulador y Ia diana puede tener dos consecuencias:
La formacion de la estructura de doble h e-
lice puede ser suficiente por si misma. EL
algunos casas, Ia protefna (o las protefnas
puede unirse solo a Ia forma de cadena indi-
vidual de Ia secuencia diana y, par lo tam
la formaci6n duplex le impide actuar. E:-.
otros casas, la region duplex se transformc
en Ia diana para Ia union; par ejemplo, en e_
caso de las nucleasas que degradan el RN_-_
y, por lo tanto, impiden su expresion.
La formaci6n duplex puede ser importan ~
debido a que secuestra una region del RN.~_
 diana que de otra manera participarfa en y los genes son expresados. Se utilizan diferentes
alguna estructura secundaria alternativa. mecanismos en sistemas distintos para controlar la
estructura del RNA.
Las protefnas que se unen a! RNA pueden re-
Las estructuras secundarias gular Ia atenuacion para estabilizar o para desesta-
alternativas controlan bilizar la formacion de Ia horquilla necesaria para
Ia terminacion. La muestra un ejemplo
la atenuaci6n en el cual una protefna impide Ia formacion de Ia
Y;::eptos principales horquilla terminadora. La actividad de dicha protef-
2 terminaci6n de La transcripci6n puede atenuarse si na puede ser intrfnseca o responder a una molecula
~= controla La formaci6n de La estructura de horquilla pequefi.a de Ia misma manera que una protefna re-
-ecesaria en el RNA. presora responde a un correpresor.
_Js mecanismos mas directos de La atenuaci6n incluyen
:oteinas que estabilizan o que desestabilizan a La
-orqui lla. 1111 La terminaci6n de los genes
trp de Bacillus subtilis
- ~ tructura del RNA ofrece una oportunidad para es controlada por el tript6fano
:-egulacion en las procariotas y en las eucariotas. y por el RN AtTrp
- :mci6n mas comun se ejerce cuando Ia molecu-
Conceptos principales
.:e RNA puede adquirir estructuras secundarias
:::nativas mediante diferentes esquemas para el Una proteina terminadora denominada TRAP es
~ !"eamiento de bases intramolecular. Las propie- activada por el tript6fano para impedir La transcripci6n
:es de las conformaciones alternativas pueden ser de los genes trp.
=~entes. Este tipo de mecanismo puede servir para La actividad de La TRAP es inhibida (de manera
. :: Jar Ia terminacion de Ia transcripcion, cuando indirecta) por el RNAtTrp no cargado .
ferencia entre las estructuras alternativas radi-
- ::n que permitan Ia terminacion. Otro medio de
El sistema de circuitos que controla Ia transcripcion
:-.. rol de Ia conformacion (y, por lo tanto, de la
por medio de Ia terminacion puede utilizar medios
- on) lo ofrece Ia division del RNA; a! retirar un
directos e indirectos para responder al nivel de sus-
=-:- 1ento de una molecula de RNA, la conformacion
tratos o productos de moleculas pequefias.
:_ resto puede alterarse. Asimismo, es posible que
""..3. molecula de RNA (pequefi.a) controle la activi-
_:j de un RNA diana al aparearse con el; Ia funcion
: ~ R1'{A minusculo es directamente analoga a Ia de
::>roteina regula dora (vease Ia seccion l3. 7, Las
- leculas pequefi.as de RNA son capaces de regu-
- Ia traducci6n). La capacidad que tiene un RNA
.: ::a cambiar de conformaci6n con consecuencias
:cJUladoras es Ia alternativa del acido nucleico a los
" bios alostericos de conformaci6n que regulan Ia
cion protefnica. Estos dos mecanismos permiten
Horquilla de terminaci6n
__a interaccion en un sitio de Ia molecula para afec-
..:: Ia estructura de ono sitio.
Numerosos operones son regulados por ate-
. aci6n, un mecanismo que controla Ia capaci-
. . .=.d de Ia polimerasa de RNA de leer a traves de
- atenuador, el cual es un terminador intrfnseco
::alizado al inicio de una unidad de transcripcion.
~:principia de la atenuaci6n consiste en que algun suceso
.erno controle !a formaci6n de !a horquilla necesaria
-..:ra !a terminaci6n intrfnseca. Si se permite Ia forma-
La protefna se une para
- ' n de la horquilla, Ia terminacion impide que Ia
bloquear Ia horqu illa
limerasa de RNA transcriba los genes estructu -
-31es . Si se impide Ia formaci6n de Ia horquilla, Ia La atenuaci6n tiene Lugar cuando se impide La
limerasa de RNA se alarga a traves del terminador formaci6n de una horquilla terminadora en el RNA.

13.3 La terminaci6n de los genes trp de Bacillus subtilis es controlada por el tript6fano y por el RNAtTrp 333
 Tript6fano presente

Gen antiTRAP

Tript6fano ausente
RNAtTrp no cargado

- - Horquilla ausente
::_____ Estructura alternativa
l
La TRAP es activada par el tript6fano y se une al
RNAm trp. Esto permite que se forme la horquilla de termina-
ci6n, lo cual da como resultado la terminaci6n de la polimerasa
de RNA y la falta de expresi6n de los genes. En ausencia de antiTRAP
tript6fano, la TRAP nose une y el RNAm adopta una estructura
que impide que se forme La horquilla de terminaci6n. l
TRAP

En B. subtilis, una protefna denominada pro-

tefna atenuadora de union al RNA en presencia de
tript6fano (TRAP, tryptophan RNA-binding attenua-
tion protein) (antes denominada MtrB) es activada
por el tript6fano (Trp) para unirse a una secuencia
en el Ifder del transcrito naciente. La TRAP forma
un multfmero de 11 unidades. Cada subunidad se
une a un solo tript6fano y a un trinucle6tido (GAG
o UAG) de RNA. El RNA se enrolla en un cfrculo
alrededor de Ia protefna. La 1 muestra que
el resultado es garantizar Ia disponibilidad de las
t En condiciones normales (en presencia de - :
regiones necesarias para formar la horquilla termi-
t6fano) la transcripci6n termina antes que el gen antiT --
nadora. Despues, la terminaci6n de la transcripci6n Cuando no hay tript6fano, el RNAtTP se aparea con el R --
impide la producci6n de las enzimas biosinteticas antiTRAP, lo que impide la formaci6n de la horquilla termi--
de tript6fano. En efecto, Ia TRAP es una proteina dora y provoca la expresi6n de antiTRAP.
terminadora que responde al nivel de tript6fano.
En ausencia de TRAP, una estructura secundaria
alternativa impide Ia formaci6n de la horquilla ter-
minadora. no cargado, el cual provoca Ia sfntesis de antiTR.-..:
Sin embargo, la TRAP, a su vez, tambien es con- Este a su vez impide Ia funci6n de Ia TRAP, la a::.
trolada por el RNAtTrp_ La J + muestra que el provoca !a expresi6n de los genes del tript6fano.
RNAtTrp no cargado se une al RNAm de una protefna Por lo tanto, Ia expresi6n de los genes t.rp .:
denorninada antiTRA.P (AT). Esta suprime Ia forma- B. subtilis es controlada por el tript6fano y po:
cion de una horquilla de terminaci6n en el RNAm. RNAtTrp_ Cuando hay tript6fano, no necesita ser .,--
El RNAtTrp no cargado tambien incrementa la tra- tetizado. Esto se logra cuando el tript6fano ace
ducci6n del RNAm. El resultado combinado de estas la TRAP e inhibe asf la expresi6n de las enzi ~
dos acciones incrementa la sfntesis de antiTRAP, Ia que sintetizan el tript6fano. La presencia de RNA:.
cual se une a la TRAP y le impide reprimir al operon no cargado indica que hay escasez de tript6fano. :::
de tript6fano. Por medio de esta serie de sucesos RNAt no cargado activa !a antiTRAP y, por lo tar:-
complejos, Ia ausencia de tript6fano genera RNAt activa Ia transcripci6n de los genes trp.

334 CAPITULO 13 RNA regulador

 El operon tript6fano de
TRADUCCION + TERMINACION S61o se transcribe el lfder
Escherichia coli es controlado ~ Uder ~ + - - Region codificadora ----.
por medio de atenuaci6n Promotor...,._ Terminador 1 Terminador 2
I ::Onceptos principales
Un at enua dor (terminador intrinseco) se localiza entre
el promotor y el pri mer gen del agrupamiento trp.
La ausencia de triptofano suprime la terminacion y
ocasiona que la transcri pcion aumente 10 veces.
Horquilla de terminaci6n

::..:-. E. coli se utiliza un sistema regulador complejo TRADUCCION y TERMINACION AUSENTES Se ~r~nscribe Ia regi6n
codtftcadora
: __el cual se descubrio por primera vez la atenua- Promotor...,._ Terminador 1 ...,._ Terminador 2
- o) . Los cam bios de la estructura secundaria que
. - ~ rrolan la atenuacion son determinados por Ia
-icion del ribosoma en el RNAm. La
--:"Jestra que Ia terminacion requiere que el riboso-
.. i pueda traducir un segmento lider que precede a los
. .es trp en el RNAm. Cuando el ribosoma traduce
: region lider se forma una horquilla de termina- Ia estructura secundaria del RNAm
- ' n en el terminador l . Sin embargo, cuando se le
__pide al ribosoma traducir ellfder, la horquilla de
: nninadon no se forma y la polimerasa de RNA La terminaci6n puede controlarse con los cambios en
--anscribe la region codificadora. En consecuencia, este la estructura secundaria del RN A det erminados por el movimiento ri-
: canismo de antiterminaci6n depende de la posibilidad bos6mico.
-_que las circunstancias externas influyan en el movi-
.:.ento del ribosoma en la region lider.
El operon trp esta fo rmado por cinco genes es- Sintetasa de antranilato
<Jcturales ordenados en una serie contigua, los trpE tipO
_CJales codifican las tres enzimas qu e transforman el
: ;:ido corismico en triptofano. La roues-
-a que Ia transcripcion inicia en un promotor que
Lider Atenuador
7 encuentra en el extrema izquierdo del agrupa-
- iento. La expresion del operon trp es controlada
r dos mecanismos independientes. La represion
e la expresion la ejerce una protefna represora
odificada por el gen trpR no ligado) que se une a
:.m operador adyacente al promotor. La atenuacion
:: ntrola el progreso de la polimerasa de RNA en el
peron al regular la posibilidad de que la termina-
_on ocurra en un sitio que precede al primer gen Horquilla rica en
:structural. G-C/cadena individual
rica en U
La atenuacion se descubrio por primera vez
,::uando se observo que la delecion de una secuen- El operon trp esta formado por cinco genes estructurales
j a localizada entre el operador y la region codi- contiguos precedidos por una region de control que incluye el promotor,
:icadora trpE puede aumentar la expresion de los el operador, la region codificadora del peptide lider y el atenuador.
~enes estructurales. Este efecto es independiente
e la represion: los n iveles de transcripcion basal
: deprimida se incrementan. Por lo tanto, este sitio una barrera a la transcripcion en los genes estructu-
:.nfluye en los sucesos que tienen Iugar despues de rales. La polimerasa de RNA termina ahi, in vivo o in
ue la polimerasa de RNA ha salido del promotor vitro, para producir un transcrito de base 140.
a pesar de las condiciones que prevalecen en Ia La terminacion en el atenuador responde al ni-
:niciacion). vel de triptofano, como se ilustra en la
Entre el promotor y el gen trpE se localiza un La terminacion es ef.iciente en presencia de can-
atenuador (terrninador intrfnseco) . Este proporciona tidades suficientes de triptofano . Sin embargo, en

13.4 El operon t riptofano de Escherichia coli es controlado par media de atenuacion 335

TRANSCRIPCI6N DE LA REGI6 N LiDER
Promotor Pausa Atenuador trpE
La polimerasa inicia
TRIPT6FANO AUSENTE: LA TRANSCRIPCI6 N CONTINUA EN EL OPER6 N
TRIPT6 FANO PRESENTE: LA TRANSCRIPCI6 N TERMINA EN EL ATENUADOR
La polimerasa termina
J Un atenuador controla La progresi on de La polimerasa
de RNA en los genes trp . La polimerasa de RNA inicia en el promotor y
despues prosigue a La posicion 90, en donde hace una pausa antes de
seguir adelante hasta el atenuador que se encuentra en La posicion 140.
En ausencia de triptofano, la polimerasa de RNA continua en los genes
estructurales (trpE comienza en +163). En presencia de triptofano hay
una probabilidad de - 90% de que la terminacion libere el RNA l\der de
la base 140.
ausencia de triptofano, Ia polimerasa de RNA puede
continuar en los genes estructurales.
La represion y la atenuacion responden de la
misma manera a! nivel de triptofano. Cuando este
esta presente, el operon es reprimido y Ia mayor
parte de las polimera sas de RNA que escapan del
promotor termina despues en el atenuador. Cuan-
do el triptofano es retirado, Ia polimerasa de RNA
tiene acceso libre al promotor y tambien deja de ser
obligada a terminar en forma anticipada.
La atenuacion tiene un efecto de aproximada-
mente 10 veces sobre la transcripcion. Cuando el
triptofano esta presente, la terminacion es efectiva y
el atenuador permite que solo -1 0 % de las polime-
rasas de RNA prosigan. En ausencia de triptofano,
336 CAPITULO 13 RNA regulador
Ia atenuacion permite que casi todas las polimerasas
continuen. Junto con el incremento de 70 veces en
la iniciacion de Ia transcripcion que se deriva de la
liberacion de Ia represion, esto permite un intervalo
de regulacion del operon de unas 700 veces.
1111 La atenuaci6n puede ser
controlada por la traducci6n
Conceptos principaLes
La region Lider del operon trp tiene un marco de leotura
abierto de 14 codones que incluye dos codones de
tri ptofano.
La estructura de RNA LocaLizada en eL atenuador
depende de La traduccion de este marco de Lectura.
En presencia de triptofano, ellider es traducido y eL
atenuador es capaz de formar La horquilla que provoca
la terminacion.
En ausencia de triptofano, el ribosoma se atasca en
los codones de triptofano y la estructura secundaria
alternativa impide La formaci6n de La horquiLLa, por Lo
que la transcripcion continua.
(,De que fo rma puede responder la terminacion de
Ia transcripcion en el atenuador al nivel de trip-
tofan o? La secuencia de Ia region lfder sugiere un
mecanismo. Tiene una secuencia codificadora corta
que podrfa representar a un peptido lider de 14
aminoacidos. La Figura 13.6 muestra que contiene
un sitio de union ribosomica cuyo codon AUG es
seguido por una region codificadora corta que con-
tiene dos codones sucesivos de triptofano. Cuando
ala celula se le termina el triptofano, los ribosomas
inician la traduccion del peptido lfder, pero se de-
tienen cuando alcanzan los codones de triptofano.
La secuencia del RNAm sugiere que esta detencion
de los ribosomas influye en Ia terminacion en el
atenuador.
La secuencia lider puede escribirse en estructu-
ras apareadas de manera alternativa. La capacidad
del ribosoma de proseguir porIa region lfder contro-
la las transiciones entre estas estructuras. La estruc-
tura determina si el RNAm puede proporcionar las
caracterfsticas necesarias para Ia terminacion.
La ilustra estas estructuras. En Ia
primera, Ia region uno se aparea con la region dos,
y Ia region tres se aparea con la region cuatro. El
apareamiento de las regiones tres y cuatro gene-
ra Ia horquilla que precede a Ia secuencia U8 : esta
es Ia sefial esencial de Ia terminacion intrfnseca. Es
probable que el RNA adquiera esta estructura en
ausencia de cualquier intervencion externa.
Si se le impide a Ia region uno aparearse con Ia
region dos, se forma una estructura diferente. En
 Las regiones tres y cuatro ESTRUCTURAS ALTERNATIVAS Las regiones dos y !res se
se aparean para forrnar Ia La regi6n dos es complementaria de las regiones uno y tres aparean; Ia region terminadora
horquilla terminadora La region tres es complementaria de las regiones dos y cuatro es de cadena individual

R La region llder trp puede existir en otras conformaciones apareadas. El centro muestra las cuatro regiones que
:_eden aparearse. La region uno es complementaria de la region dos, la cual es complementaria de la region tres, que a su
~z es complementaria de la region cuatro. En ellado izquierdo se encuentra la conformacion que se produce cuando la re-
?on uno se aparea con la region dos y la region tres se aparea con la regio n cuatro. En ellado derecho esta la confo rmaci6n
:: : quirida cuando la region dos se aparea con la region tres y deja las regiones uno y cuatro sin aparear.

::: .e caso, la region dos es libre de aparearse con la

-fi6n tres. Entonces, Ia region cuatro no tiene un
TRIPTOFANO AUSENTE
_ ;:npafiero de apareamiento disponible, por lo que
- obligada a permanecer como cadena individual.
~ consecuencia, Ia horquilla terminadora no podra
:marse.
La muestra que Ia posicion del ri- ll"u
- oma puede determinar que estructura se forma, A
u
G
_: :al manera que la terminacion es atenuada solo u c
-=ausencia de triptofano. La caracterfstica crucial Trp Trp A G
G A
uuuuuu
.a posicion de los cod ones de Trp en la secuencia 8 c
UGGUGGCGAACUUCCUGAAAC G g
c
G
-_:.ificadora del peptido lfder. G
G
Cuando hay triptofano, los ribosomas son capa- \ gUAAU.
-:s de sintetizar el peptido lider. Aquellos continuan El ribosoma se detiene
~ Ia seccion lfder del RNAm al codon UGA, el cual en los codones Trp
: encuentra entre las regiones uno y dos. Como se TRIPTOFANO PRESENTE
1estra en Ia parte inferior de la figura, al progre-
-- a este punto, los ribosomas se extienden a Ia
=~on dose impiden que se realice el apareamiento
-~ ases. El resultado es que Ia region tres queda
El ribosoma avanza -+-
r c Gi!l!

sponible para aparearse con Ia region cuatro, lo

...a.: genera la horquilla terminadora. Por lo tanto, Trp Trp
_
~U A
A U

- _ tas condidones, Ia polimerasa de RNA termina en UGGUGGCGAACUUCCUGAAACGGGCAGU~ ~

~:enuador.
Cuando no hay triptofano, los ribosomas se de- El movimiento del ribosoma
I ~ uuuuuu
g G:
interrumpe el apareamiento 2:3 c
::::en en los codones de Trp, los cuales son parte c
G
=.a region uno, como se muestra en Ia parte su- C .G~
El apareamiento 3:4 forma ___ tf~
=- or de la figura. Por lo tanto, la region uno es Ia horquilla de terminaci6n AA
_~ CJestrada dentro del ribosoma y no puede formar
_:-::>s de bases con la region dos. Esto significa que Las alternativas de la polimerasa de RNA en el
atenuador dependen de la localizaci6n del ribosoma, el cual
:-egiones dos y tres se aparean antes de que se determina si las regio nes tres y cuatro se pueden aparear para
--=..::lscriba la region cuatro. Esto obliga a la region formar la horquilla terminadora.

13.5 La atenuacion puede ser controlada por la traducci6n 337


Tript6fano presente
Trp
1 zimas puede ser comun.
Tript6fano ausente
En presencia de RNAt tript6fano, los riboso-
mas traducen el peptido l\der y son liberados. Esto permite la
formaci6n de la horquilla, por lo que la polimerasa termina.
En ausencia de RNAt tript6fano, el ribosoma es bloqueado, la
horquilla de terminaci6n no puede formarse y la polimerasa de
RNA continua.
cuatro a permanecer en forma de cadena indivi-
dual. En ausencia de la horquilla terminadora, la
polimerasa de RNA continua la transcripcion mas
alia del atenuador.
El control por medio de atenuacion requiere
una organizacion cronologica precisa de los sucesos.
Para que el movimiento ribosomico determine la
formacion de estructuras secundarias alternativas
que controlen Ia terminacion, Ia traducci6n del lfder
debe ocurrir a! mismo tiempo que la polimerasa de RNA
se aproxima a! sitio terminador. Un episodio determi-
nante para el control cronologico es Ia presencia
de un sitio que ocasione que la polimerasa de RNA
haga una pausa a 90 bases a lo largo del peptido
lfder. La polimerasa de RNA permanece en pau-
sa hasta que un ribosoma traduce el peptido lfder.
Despues, Ia polimerasa es liberada y se mueve hacia
el sitio de atenuacion. Cuando llega ahf, Ia estruc-
tura secundaria de Ia region de atenuacion ha sido
determinada.
La resume Ia funcion del RNAt-Trp
en el control de Ia expresion del operon. AI propor-
cionar un mecanisme para detectar fa insuficiencia del
abastecimiento de RNAt-Trp, Ia atenuaci6n responde de
manera directa a fa necesidad de tript6fano de la celula
e11 la sintesis proteinica.
,;.Que tan generalizado esta el uso de la atenua-
cion como mecanismo de control de los operones
338 CAPITULO 13 RNA regulador
bacterianos? Se usa en al menos seis operones que
codifican enzimas implicadas en la biosintesis de
aminoacidos. Por lo tanto, la retroalimentacion des-
de el nivel de aminoacido disponible para la sintesi5
proteinica (como lo representa la disponibilidad de:
RNAt aminoacilado) hasta Ia produccion de las en-
El uso del ribosoma para controlar Ia estructura
secundaria del RNA en respuesta a Ia disponibili-
dad de RNAt aminoacilado establece una relaci6e
inversa entre Ia presencia de RNAt aminoacilado \
la transcripci6n del operon, la cual es equivalen-
te a la situaci6n en la cual el RNAt aminoacilado
funciona como correpresor de la transcripcion . E
mecanismo regulador es mediado por cambios er.
Ia formacion de regiones duplex; por lo tanto, Ia
atenuaci6n proporciona un ejemplo sobresaliente
de la importancia de Ia estructura secundaria en !2.
terminaci6n y de su u so en la regulacion.
De este modo, E. coli y B. subtilis utilizan el mis-
mo tipo de mecanismo, el cual comprende el contra:
de la estructura del RNAm en respuesta ala presen-
cia o ala ausencia de un RNAt, pero han combinadc
las interacciones individuales de maneras distintas.
El resultado final es el mismo: inhibir Ia produc-
ci6n de las enzimas cuando hay un exceso en e:
abastecimiento del aminoacido y activar Ia produc-
cion cuando se indica escasez por la acumulacior.
de RNAtTrp no cargado.
liD El RNA antisentido puede
ser utilizado para desactivar
la expresi6n genica
Concepto principal
Los genes antisentido bloquean la expresi6n de
sus dianas cuando son introducidos en las celulas
eucari6ticas.
El apareamiento de bases es un medio eficaz para
que un RNA controle Ia actividad de otro. Hay nu-
m erosos casos en las procariotas y en las eucario-
tas en donde un RNA de cadena individual (porI
general bastante corto) se aparea con una regi6r..
complementaria de un RNAm y como resultado im-
pide la expresion del RNAm. Uno de los primero~
ejemplos de este efecto lo proporcion6 la situaci6r:
artificial en Ia cual los genes antisentido fueror:
introducidos en celulas eucarioticas.
Los genes antisentido se construyen al reverti.:-
la orientacion de un gen con respecto a su promo-
tor, de tal manera que la cadena "antisentido" eo
transcrita, como se ilustra en la F 13 L . La sin-
tesis de RNA antisentido puede desactivar un RNA
 - =. en las celulas eucari6ticas 0 en las celulas pro-
-:icas. Un RNA antisentido es en efecto un RNA
__ador sintetico. Un gen antisentido de cinasa de
iina inhibe la sfntesis de la cinasa de timidina
_arte del gen end6geno. La cuantificaci6n del
:::o no es por completo confiable, pero parece
:- uede ser necesario un exceso (quizas consi-
.: le) de RNA antisentido.
;_A que nivel inhibe la expresion el RNA anti-
- .:do? En principia podrfa impedir Ia transcrip -
- del gen autentico, el procesamiento de su pro-
-::o de RNA o la traduccion del mensajero. Los
..: tados de diferentes sistemas muestran que la
~:oici6n depende de la formaci6n de moleculas
~ A-RNA duplex, pero esto puede ocurrir en
:::.ucleo o en el citoplasma. En el caso de un gen
:::: entido establemente acarreado por una celula
j vada, los duplex de RNA con sentido -RNA an-
~ntido se forman en el nucleo, lo que impide el
.:::esamiento normal o el transporte del RNA con
- .iido. En otro caso, la inyeccion de RNA en el in-
::-: r del citoplasma inhibe Ia traduccion a! formar
A duplex en Ia region 5' del RNAm.
Esta tecnica ofrece una metodologfa eficaz para
.;,gar los genes a voluntad; por ejemplo, Ia funci6n
:- :JD gen regulador puede investigarse si se intro-
_:e una version antisentido. Una extension de esta
:: ::llca es colocar el gen antisentido bajo el control
. m promotor que esta sujeto a regulaci6n. El gen
=aa puede despues ser encendido y apagado al re-
- _:arIa produccion de RNA antisentido. Esta tecni-
..: ? ermite investigar Ia irnportancia de Ia cronologfa
:: Ia expresion del gen diana.
Las moleculas pequefias
de RNA son capaces de regular
la traducci6n
w nceptos principales
Un RNA regulador funciona al formar una region duplex
con un RNA diana.
La estructura duplex puede bloquear la iniciaci6n de la
traducci6n, provocar la terminaci6n de la transcripci6n
o crear una diana para una endonucleasa.
- JS represores y los activadores son protefnas de
: :ruacion en trans, no obstante el sistema de circui-
- formal de una red reguladora podrfa construirse
__uy bien a! utilizar un RNA como regulador. De
: _cho, el m odelo original del operon dejo abier-
.2 Ia pregunta de si el regulador puede ser RNA o
- :-otefna. En efecto, resulta que Ia construccion de
-::oleculas sinteticas de RNA antisentido imita a una
13.7 Las moleculas pequeiias de RNA son capaces de regular la traducci6n
Promotor Gen antisentido
5' 3'
Transcrito antisentido
3' ' fl\.
v3'
RNA-RNA duplex
El RNA antisentido puede generarse si se revierte la
orientaci6n de un gen con respecto a su promotor y puede asociarse
con el t ranscrito de tipo silvestre para formar RNA duplex.
clase de reguladores de RNA cuya importancia ha
ido en aumento.
Igual que una protefna regula dora, un RNA
regulador pequefio es una molecula sintetizada de
manera independiente que se difunde a un sitio
diana formado por una secuencia de nucleotidos
especffica. La diana de un RNA regulador es una
secuencia de acido nucleico de cadena individual.
El RNA regulador funciona por complementariedad
con su diana, en Ia cual puede formar una region
de doble cadena .
Es posible imaginar dos mecanismos generales
para Ia accion de un RNA regulador:
La fo rmacion de una region duplex con el
acido nucleico diana inhibe en forma direc-
ta su capacidad para funcionar al formar
o secuestrar un sitio especffico. La
1 ilustra una situacion en la cual a una
protefna que se une a un RNA de cadena
individual se le impide actuar a traves de
Ia formacion de un duplex. La
m u estra Ia relacion opuesta, en Ia cual Ia
formacion de una region de doble cadena
crea un sitio diana para una endonucleasa
que destruye Ia diana de RNA.
La formacion de una region dttplex en
una parte de Ia molecula diana cambia la
conformacion de otra region , lo que afecta
de manera indirecta su funcion. La 1
ilustra un ejemplo. El m ecanismo es
en esencia similar a! uso de Ia estructura se-
cundaria en Ia atenuacion (vease la secci6n
13 .2, Las estructuras secundarias alternati-
va s controlan Ia aten uacion) , excepto que
las regiones que interactttan se encuentran
339

La protefna se une
a una region de
cadena individual
en Ia diana
Una prote1na que se une a una region decade-
na individual en un RNA diana podria ser excluida por un RNA
regulador que forma un duplex en esta region.
Al unirse a un RNA diana para formar una re-
gion duplex, un RNA regulador puede crear un sitio que es
atacado por una nucleasa.
en moleculas diferentes de RNA en vez .:.
ser pane de Ia misma molecula de RNA.
La caracterfstica comun de ambos tipos de regulaci_-
mediada por el RNA es que los cambios en la estructz.-
secundaria de la diana controlan su actividad.
Un regulador de RNA pequeiio casi siemp:
puede ser encendido al controlar Ia transcripci6n --
su gen o ser apagado por una enzima que degra
el producto de regulador de RNA. Por lo generaL :::
imposible regular de otra manera Ia actividad de -
RNA regulador. De hecho, antes se pensaba que L
era posible que un RNA tuviera propiedades al .-
tericas; a diferencia de las protefnas represoras qc.. _
controlan los operones, un RNA por lo general :_
puede responder a moleculas pequeiias con camb'_:_
su capacidad para reconocer su diana.
El descubrimiento del ribointerruptor con~
tuye una excepci6n a esta regia. La 3 45 r:
sume Ia regulaci6n del sistema que produce el me:-"-
bolito GlcN6P. El genglmS codifica una enzima q:.: :
sintetiza GlcN6P (glucosamina-6-fosfato) a partir .::
fructosa-6-fosfato y glutamina. El RNAm contie::_-
una larga region 5' no traducida (untranslated regi ~
UTR) antes del marco codificador. Dentro de Ia ~~
hay una ribozima (una secuencia de RNA que tie:_-
actividad catalftica) (vease Ia secci6n 27 .4, Las ri . -
zimas tienen varias actividades catalfticas) . En es-
caso, la actividad catalftica Ia proporciona una e:-
donucleasa que divide su propio RNA. Es activa-
porIa union del metabolito, GlcN6P, a Ia ribozi.Jr:..=
La consecuencia es que Ia acumulaci6n de GlcKt:
activa Ia ribozima, Ia cual divide el RNAm, el cua;
su vez evita Ia traducci6n. Este es un analogo exac
del control alosterico de una protefna represora c
el producto terminal de una ruta metab6lica. He.
numerosos ejemplos de dichos ribointerruptores e
las bacterias.
Otro mecanismo regulador que comprenc -

. . . ~
La estructura secundaria
se forma en ausencia del
regulador
El apareamiento de bases con un RNA regulador
puede impedir la formaci6n de la estruct ura secundaria surgi da
por el apareamiento de bases entre dos regiones del RNA diana.
En este ejemplo, la capa cidad del extremo 3' del RNA de apa-
rearse con el extremo 5' es inhibida por el regulador.
la transcripci6n de RNA no codificador trab<>:-
de manera indirecta . La iniciaci6n en un promo: -
diana puede ser suprimida por Ia transcripci6n L. -
otro promotor localizado en sentido ascendente
el, como se muestra en Ia . La cal;:_
de Ia inhibici6n es que Ia polimerasa de RNA q
inicia en el promotor que se encuentra en senti~
ascendente hace Ia ultralectura del promotor que -
encuentra en sentido descendente, lo cual imp; -
que los factores de transcripci6n y la polimera.:
de RNA se unan a eJ. Este tipo de efecto se ha d.
mostrado en sistemas eucari6ticos y puede depe-
der de Ia interrupci6n de Ia estructura cromos6nr -
en el promotor diana. El RNA que se transcribe <:-
promotor (regulador) que se encuentra en sen-
do ascendente no tiene funci6n codificadora. E>
puede explicar Ia presencia de algunos de los R. -
no codificadores en los nucleos eucari6ticos; no s -

340 CAPITULO 13 RNA regulador

-_ -_-\ reguladores, sino que son productos indirectos
_ Jn sistema regulador.
Ribozima

Las bacterias contienen RNA

RNAm g/mS Region codificadora
reguladores 5' - - - - -
Conceptos principales ~ traducci6n
Las moleculas de RNA reguladoras bacterianas se Enzima glmS
denominan sRNA.
Muchas de las moleculas de sRNA estan unidas a la ~ actividad enzimatica
proteina Hfq, la cual incrementa su efectividad.
Fru6P GlcN6P
El sRNA OxyS activa o reprime la expresi6n de mas de
10 loci en el nivel postraduccional. ~__.~I
~~NH
2
~ --r ]as bacterias, los RNA reguladores son molecu-
.:s cortas que se conocen en conjunto como sRNA
. ort RNA, RNA corto); E. coli contiene al menos 17
3 .N!A diferentes. Algunos de los sRNA son regula-
~ )res generales que afectan numerosos genes diana.
=-ws funcionan por apareamiento de bases con los
Division c ._ EJ RNAm es desactivado

::L~A diana (por lo general moleculas de RNAm)

-;::ra controlar su estabilidad o su funci6n.
Un ejemplo de control de estabilidad lo ofrece el La region 5' no traducida del RNAm de la enzi-
- :::queiio regulador antisentido RyhB, el cual regula ma que sintetiza GlcN6P contiene una ribozima que es activada
_.=is moleculas de RNAm que codifican protefnas por el producto metab6lico. La ribozima desactiva el RNAm al
_-::lplicadas en el almacenaje del hierro en E. coli. dividi rlo.
:::: regulador RyhB se aparea con cada uno de los
?::-.lAm diana para formar regiones de doble cadena
Ausencia de
~e son sustratos para la RNAasa E. Una caracterfs-
Promotor terminadores Promotor
:: -a interesante del circuito es que Ia ribonucleasa regulador diana
=~struye el RNA regulador y el RNAm.
El estres oxidativo proporciona un ejemplo de
~:1 sistema de control general en el cual el RNA es
:: regulador. Cuando son expuestas a especies reac-
_: 'as del oxfgeno, las bacterias responden inducien-
.:o genes antioxidantes de defensa. El per6xido de
:_:dr6geno enciende el activador de la transcripci6n
_ xyR, el cual controla Ia expresi6n de numerosos
""" RNA no codificador
.,.enes inducibles. Uno de estos genes es oxyS, el cual
:odifica un RNA pequeiio. La ausencia de iniciaci6n permite que los factores de transcripci6n se unan
al promotor diana
La muestra dos caracterfsticas so-
-:-esalientes del control de la expresi6n del gen oxyS.
:=n una bacteria silvestre que se encuentra en con-
:::ciones normales, nose expresa. El par de geles del
3 do izquierdo de Ia figura muestran que se expresa
=n niveles altos en una bacteria mutante con un
~en constitutivo oxyR activo. Esto identifica a oxyS
:omo diana para Ia activaci6n por oxyR. El par de RNA codificador
;::eles en ellado derecho de la figura muestran que
c>l RNA OxyS se transcribe en l min de exposici6n La transcripci6n a partir de un promotor en sentido as-
cendente puede inhibir la iniciaci6n en un promotor que se encuentra en
il per6xido de hidr6geno. sentido descendente a el, debido a que la lectura a traves del promotor
El RNA OxyS es una secuencia corta (de 109 que se encuentra en sentido descendente impide que los factores de
: -_ucte6tidos) que no codifica una protefna. Es un transcripci6n necesarios se unan a el. El RNA transcrito del promotor
:egulador de actuaci6n en trans que afecta la expre- localizado en sentido ascendente no tiene funci6n codificadora.

13.8 Las bacterias contienen RNA regulado res 341


Adici6n de H2 0 2
Tipo Mutante
silvestre oxyR
\ gunda interaccion de apareamiento que comprende
RNAm
oxyR
RNA oxyS
(1 09 nts)
Esta protefna fue identificada en un principia com
I Los geles del lado izquierdo muestran que el
RNA oxyS es inducido en un mutante constitutive oxyR. Los
geles del lado derecho muestran que el RNA oxyS es inducido
en un minuto a partir de La adici6n de per6xido de hidr6geno
a un cultivo de tipo silvestre. Reproducida de Cell, vol. 90,
Altuvia, S., et al., A small stable RNA .. . , pp. 44-53. Copyrig-
ht 1997, con autorizaci6n de Elsevier. Fotografia cortes\a de
Gisela Storz, National Institutes of Health.
,. I '
5'
EL RNA oxyS inhibe La traducci6n del RNAm flhA por el
apareamiento de bases con una secuencia localizada j usta en sentido
ascendente del codon de iniciaci6n AUG.
sion genica a niveles postraduccionales. Tiene mas
de 10 loci diana; en algunos de ellos activa Ia expre-
sion; en otros Ia reprime . LA IC:.JR muestra
el mecanismo de represion de una diana, el RNAm
FlhA. Tres estructuras tallo-lazo sobresalen en Ia es-
tructura secundaria del RNAm OxyS y ellazo que
se encuentra cerca del extremo 3' es complementa-
rio a una secuencia que precede justamente a! co-
342 CAPITULO 13 RNA regulador
don de iniciacion del RNAm FlhA. El apareamiento
de bases entre RNA OxyS y RNA FlhA impide que
el ribosoma se una a! codon de iniciacion y, por lo
tanto, reprime la traduccion. Asimismo, hay una se-
una secuencia localizada dentro de Ia region codi-
ficadora de FlhA.
Otra diana de oxyS es rpoS, ei gen que codifica
un factor alternativo (el cual activa una respuesta de
estres general). AI inhibir Ia produccion del factor <J.
oxyS garantiza que Ia respuesta especifica al estres
oxidativo no desencadene Ia respuesta apropiada.
para otras condiciones de estres. El gen rpoS tam-
bien es regulado por otros sRNA (el DsrA y el RprA),
los cuales lo activan. Estos tres sRNA parecen ser lo5
reguladores globales que coordinan las respuestas a
varias condiciones ambientales.
Las acciones de los tres sRNA son asistidas p o~
una protefna de union a! RNA denominada Hfq.
un factor hospedador bacteriano indispensable para.
Ia replicacion del bacteriofago de RNA Q~. Esta rela-
cionado con las protefnas Sm de las eucariotas que
se unen a muchos de los snRNA (small nuclear RNA
RNA nucleares pequefios) que tienen funcione~
reguladoras en Ia expresion genica (vease Ia sec-
cion 26.5, Los snRNA son necesarios para el corte y
empalme) . Las mutaciones de este gen tienen nu-
merosos efectos, los cuales Ia identifican como una.
prote(na pleiotropica. Hfq se une a muchas de las
moleculas de sRNA de E. coli e incrementa Ia efec-
tividad del RNA OxyS a! potenciar su capacidad de
unirse a sus RNAm diana. Es probable que el efecto
de Ia protefna Hfq este mediado porIa provocacion de
un pequefio cambio en Ia estructura secundaria.
del RNA OxyS que mejora Ia exposicion de las se-
cuencias de cadena individual que se aparean cor.
los RNAm diana.
11J Los microRNA son reguladores
en numerosas eucariotas
Conceptos principales
Los genomas de los animales y de las plantas codifican
numerosas moleculas cortas de RNA (de -22 bases)
denominadas microRNA.
Los microRNA regulan La expresi6n genica por media de
apareamiento de bases con secuencias complementarias
en los RNAm diana.
Los RNA muy pequefios son reguladores de gene;:
en numerosas eucariotas. El primer ejemplo se des-
cubrio en el nematodo Caenorhabditis elegans come
resultado de Ia interaccion entre el gen regulado~
 -.; y su gen diana, lin14. La 1 ilustra el
::~portamiento de este sistema regulador. El gen
.:.aa lin1 4 regula el desarrollo larvario. La expre-
n de linl4 es controlada por el gen lin4, ei cual
:iifica un transcrito pequeii.o de 22 nucleotidos.
: transcritos del gen lin4 son complementarios a
- secuencia de 10 bases que se repite siete veces
Ja region no traducida 3' de lin14. La expresion
. .in4 reprime Ia expresion de lin14 despues de Ia
: scripcion, sobre todo debido a que Ia reaccion A '1\1\/V\
: :~pareamiento de bases entre los dos RNA pro -
3 la degradacion del RNAm. Este sistema es en
~
:-:icular in teresan te po r Ia implicacion del extre-
3' como un sitio de regulacion . lin4 codifica un RNA que desactiva lin14
El RNA lin4 es un ejemplo de un microRNA
NA). Hay -80 genes en el genoma de C. elegans C\fA.f/
_:: codifican molecu las de m iRNA con una longi- ~ lin4
de 21 a 24 nucleotidos. Tienen patrones varia-
:') de expresion durante el desarrollo y tienden a
- . eguladores de Ia expresion genica . Mu chos de
::niRNA de C. elegans estan contenidos en una
:- 'cula ribonucleoprotefnica extensa (de 15S) .
.'vluchos de los miRNA de C. elegans tienen ho- Protefna ausente
_ogos en los mamiferos, por lo que el mecanismo
. 7de ser propagado. Tambien se encu entran en
J El RNA lin4 regula la expresi6n de /in14 cuando
plantas. De las 16 moleculas de miRNA que se se une a la region no traducida 3'.
.:'Jentran en Arabidopsis, ocho es tan por comple -
:onservadas en el arroz, lo cual sugiere qu e se
_ropagado la conservaci6n de este mecanismo
:-Jlador. liD La interferencia de RNA
El virus SV40 codifica moleculas de miRNA que esta relacionada con el
~ complementarias a los RNAm producidos du-
-_:e el periodo temprano de la infeccion virica. Los
silenciamiento de los genes
_ _:"l'A son transcritos desp u es en el ciclo vfrico, Conceptos principales
:..:Zan apareamiento de bases con los RNAm tem- La interferencia de RNA desencadena la degradaci6n de
:.__os.y provocan su degradacion en este pun to del los RNAm complementarios a cualquier cadena corta
_ _ vital, cuando dejan de ser necesarios. de dsRNA.
El mecanismo de la produccion de los miRNA El dsRNA puede provocar el si lenciamiento de los genes
-:bien se ha conservado de manera generaliza- hospedadores.
:=:n el ejemplo de lin4, el gen es copiado en un
_scrito que forma una region de doble cadena
. : se convierte en diana para una nucleasa deno - La regulacion de lo s RNAm por los rniRNA es emu-
-=:.ada Dicer. Esta tiene actividad helicasa terminal lada por el fenomeno de interferencia del RNA
. cualle permite desenrollar la region de doble (RNA interference, RNAi). Este fen omeno se descu-
-..:.=na, y dos dominios de nucleasa que estan rela - brio cuando se observo que los RNA con sentido
__ ados con la ribonucleasa III bacteriana. En las y los RNA ant isentido pu eden inhibir Ia expresion
: as, en los gusanos y en las plantas se encuen- genica con Ia misma eficacia. La razon es que las
-~ enzimas relacionadas . La divisi on del transcrito preparacion es de cualquier tipo de RNA de cadena
_: at genera el miRNA activo . La interferencia de individual (al parecer) estan de hecho contamina-
~ - jvidad enzimatica bloqu ea !a produccion de los da s por pequeiias cantidades de RNA de doble ca-
_.._~A y provoca defectos del desarrollo. dena (double stranded RNA, dsRNA).
:=:u las plantas se ha descrito otro paso en !a Las investigaciones con un sistema in vitro
-=:~ acion de los miRNA; en ellas, la ribosa del muestran que el dsRNA es degradado por medio de
- ~:eo tido terminal 3' es metilada por la enzima la division dependiente de ATP para formar oligo-
: _]transferasa HEN l. La metilacion estabiliza el nucleotidos de 21 a 23 bases . El RNA corto en oca-
_-::.. A. siones se denomina RNA corto interferente (short

13.10 La interferencia de RNA esta relacionada con el silenciamiento de los genes 343

El siRNA que media la interferencia del RNA se genera
cuando se divide el dsRNA en fragmentos mas pequeiios. La reaccion
de division tiene Lugar a una distancia de 21 a 23 nucleotidos a partir
del extremo 3'. El producto de si RNA tiene bases sobresalientes en sus
extremos 3'.
. ..
. :... . .
La nucleasa divide el dsRNA en siRNA
dsRNA /fi:YA~/'-YA._~
~
El siRNA se aparea con el RNAm
RNAm
Helicasa ~
La nucleasa divide el RNAm
La RNAi se genera cuando un dsRNA es dividido
en fragmentos que dirigen la division del RNAm correspon-
diente.
interfering RNA, siRNA). La muestra
que el mecanismo de division comprende Ia reali-
zacion de cortes en relacion a cada extrema 3' de un
dsRNA largo para generar fragmentos de siRNA con
extremos cortos sobresalientes 3' (de dos bases). La
misma enzima (el Dicer) que genera los miRNA se
encarga de Ia division.
La RNAi ocurre despues de Ia transcripcion
cuando un siRNA induce Ia degradacion de un
RNAm complementario. La sugiere
que el siRNA puede proporcionar un molde que
lleva a una nucleasa a degradar moleculas de RNAm
que son complementarias a una o a ambas cadenas,
quiza por medio de un proceso en el cual el RNAm
se aparea con los fragmentos. Es probabl e que se
344 CAPITULO 13 RNA regulador
necesite una helicasa que ayude en Ia reaccion de
apareamiento. El siRNA dirige la division del RNArr.
en Ia mitad del segmento apareado. Estas reaccione"
tienen Iugar dentro de un complejo ribonucleopro-
tefnico denominado RISC (RNA-induced silencin:
complex, complejo de silenciamiento inducido po-
RNA). Las protefnas de Ia familia Argonauta sor
componentes de este complejo y son indispensable<-
para Ia reaccion de Ia division. La metilacion de ic.
ribosa 3' puede ser necesaria para que el miRNA se=.
incorporado al complejo.
Todavfa hay incertidumbre con respecto a si e.
complejo RISC silencia la expresi6n genica (vease !=
secci6n 31.1, La heterocromatina depende de in tee--
acciones con las histonas). La actividad de la pol:-
merasa de RNA es necesaria para Ia interferencia de.
RNA, pero no queda claro si es directa (debido a qt:.::
forma transcritos que son necesarios) o indirect:.
(porque participa en la union del RNA interferen
[RNAi] a los transcritos o debido a que separa lili.
cadenas de DNA durante la transcripci6n, lo qu7
permite una interaccion con el RNAi).
La RNAi se ha convertido en una tecnica efica:::
para eliminar Ia expresi6n de un gen diana especff-
co en las celulas de los invertebrados, sobre todo e_;:_
C. elegans y en Drosophila melanogaster. Sin embargo
Ia tecnica ha tenido escasa aplicaci6n en las celulc.:
de los mamfferos, los cuales tienen una respues:-=.
mas generalizada al dsRNA que consiste en apaga
Ia sfntesis protefnica y degradar el RNAm. La L
muestra que esto sucede debido ados reacci -
nes. El dsRNA activa la enzima PKR, la cual desac-
tiva el factor de iniciaci6n de Ia traducci6n eiF2a -
fosforilarlo. Tambien activa la ciclasa de oligoaden-
lato 2'5', cuyo producto activa la RNAasa L, la cu-
degrada todos los RNAm. No obstante, resulta qu::
estas reacciones necesitan dsRNA cuya longitud e-
mayor a 26 nucle6tidos. Si se introduce dsRNA mi -
corto (de 21 o 23 nucle6tidos) a las celulas de I
mamfferos, desencadena Ia degradaci6n espedfic
de los RNA complementarios tal como sucede cor
la tecnica de RNAi en los gusanos y en las moscas
Con este avance, parece probable que la RNAi s:
transforme en el mecanismo universal de elecci '-
para desactivar la expresi6n de un gen especffico.
Como ejemplo del progreso que se ha realizac
con dicha tecnica, ha sido posible utilizar la RN.!_
para un analisis sistematico de la expresi6n geni --=-
en C. elegans. Los fenotipos de perdida de la funci6-
pueden ser generados al alimentar gusanos con bac-
terias que expresan un dsRNA que es hom6logo :
un gen diana. Al hacer una genoteca de bacteri- .
en la cual cada bacteria expresa un dsRNA que C{ -
rresponde a un gen distinto, los gusanos han siri.
tamizados por los efectos de la desactivaci6n de :.-=.
mayor parte de los genes ( 86%) .
 La interferencia del RNA se relaciona con pro-
..: os naturales en los cuales la expresi6n genica es
enciada. Las plantas y los hongos exhiben silen-
-.:amiento de RNA (algunas veces denominado
enciamiento genico postranscripcional), en el cual
- dsRNA inhibe Ia expresi6n de un gen. La fuente
:::as comun de RNA es un virus en replicaci6n. Este
__ecanismo pudo haber evolucionado como defensa
. ntra infecciones vfricas. Cuando un virus infecta
_:la celula vegetaL la formaci6n de dsRNA desenca-
: ':na Ia supresi6n de la expresi6n del genoma de Ia
-:anta. El silenciamiento de RNA tiene, ademas,
c:. caracterfstica notable de que no esta Jimitado ala
:~lula en la cual ocurre la infecci6n vfrica: puede
:.:seminarse por toda la planta de forma sistemica.
-J parecer, la propagaci6n de Ia sefial comprende
:: paso de RNA o de fragmentos de RNA . Puede
~q ueri r alguna de las mismas caracterfsticas que
: 5tan implicadas en el desplazamiento del virus
:1ismo. Es posible que el silenciamiento de RNA
volucre una amplificaci6n de Ia sefial por un pro-
:~ so de sfntesis de RNA dependiente de RNA en el
:-:1al una polimerasa novedosa utiliza siRNA como
:ebador para sintetizar mas RNA en un molde de
:- A complementario.
Un proceso relacionado es el fen6meno de Ia co-
;upresi6n, en el cual la introducci6n de un trans-
; en h ace que el gen end6geno correspondiente sea
:J.enciado. Esto se ha descrito de manera amplia
:-:1 las plantas. El efecto es que el transgen debe for-
:nar las copias de RNA antisentido y de RNA con sen-
_do, que inhiben la expresi6n del gen end6geno.
El silenciamiento sucede por medio de inter-
~:ciones RNA-RNA . Tambien es posible que e l
-RNA inhiba la expresi6n genica al interactuar con
:: DNA. Si una copia de DNA de una secuencia de
::- ~A viroide es insertada en el genoma de una plan-
.3., se metila cuando el RNA viroide se replica. Esto
'lgiere que Ia secuencia de RNA podrfa estar indu-
endo Ia metilaci6n de Ia secuencia de DNA. En las
: elulas de las plantas se ha detectado una direcci6n
.:milar de Ia metilaci6n del DNA qu e corresponde
: las secuencias representadas en el dsRNA. La me-
.Jaci6n del DNA esta asociada a la represi6n de Ia
::-anscripci6n, por lo que esta podrfa ser otra forma
_e silenciar los genes representados en el dsRNA
_,ease Ia secci6n 24.18, La expresi6n genica esta
~s ociada a Ia desmetilaci6n). Nose sabe nada sobre
:-1mecanismo .
Resumen
=.a expresi6n genica puede experimentar una re-
; ulaci6n positiva por parte de los factores que ac-
j van un gen o negativa por parte de los factores
__..... ~-
ffiVJ't!~.l~.lftlft!
dsRNA>26 nucle6tidos
~ ~
!
/~.lJ~. ~~
siRNA se dirige al
RNAm complementario
PKR 2',5'AS A A/\
~ ~ ! RNAm degradado
eiF2a RNAasa L
,_ /
~ ~
X
La slntesis protelnica
no puede iniciarse
Degradaci6n de todo el RNAm
El dsRNA inhibe la s\ntesis prote\nica, desencadena
la degradaci6n de todos los RNAm en las celulas de los mam\feros y
tambien tiene efectos espec\ficos de secuencia.
que reprimen un gen. El primer nivel de controL y
el mas frecuente, tiene Iugar en la iniciaci6n de la
transcripci6n, pero Ia terminaci6n de Ia transcrip-
ci6n tambien puede ser controlada. La traducci6n
puede ser regida por medio de regulado res qu e in-
teractuan con el RNAm. Los productos reguladores
pueden ser protefnas, las cuales son controladas a
menudo por interacciones alostericas en respuesta
a! ambiente, o moleculas de RNA, las cuales funcio-
nan al aparearse con el RNA diana para cambiar su
estructura secundaria. Las redes reguladoras pue -
den crearse alligar reguladores de tal manera que
la producci6n, o la actividad, de un regulador es
controlada por otro .
La atenuaci6n es un mecanismo que se sustenta
en la regulaci6n de la terminaci6n para controlar
Ia transcripci6n a naves de los operones bacteria-
nos. Se utiliza a menudo en los operones que co-
difican las enzimas implicadas en la biosfntesis de
u n aminoacido. El RNAm policistr6nico del ope-
ron comienza con una secuencia que p uede for-
mar estructuras secundarias alternativas. Una de las
estructuras tiene una h orquilla que constituye un
terminador intrfnseco localizado en sentido ascen-
dente con respecto a los genes estructurales; la estruc-
tura alternativa carece de la horquilla. Varios tipos
de interacci6n determinan si se forma la horquilla.
Una interacci6n sucede cuando una protefna se une
a! RNAm para impedir Ia formaci6n de la estructura
alternativa. En el operon trp de B. subtilis la TRAP
tien e esta funci6n; es controlada por el a ntiTRAP
cuya producci6n es controlada a su vez por el nivel
de RNAt1 rp arninoacilado sin carga. En los operones
13.11 Resumen 345
 trp (yen otros operones) de E. coli, Ia eleccion de Ia
estructura que se forma es controlada por el progre-
so de la traduccion a naves de una secuencia lfder
corta que incluye los codones del aminoacido, o de
los aminoacidos, que so n el producto del sistema.
En presencia de RNAt aminoacilado que porta dicho
aminoacido (o dichos aminoacidos), los ribosomas
traducen el peptido lfder, el cual permite que se for-
me una estructura secundaria que respalda Ia termi-
nacion. En ausencia de este RNAt aminoacilado el
ribosoma se detiene, lo cual da como resultado una
estructura secundaria nueva en Ia cualla horquilla
indispensable para Ia terminacion no puede formar-
se. El abastecimiento del RNAt aminoacilado, por lo
tanto, controla (de manera inversa) la biosfntesis de
los aminoacidos.
Los RNA reguladores pequefios se encuentran
en las bacterias y en las eucariotas. E. coli tiene -17
especies de sRNA . El sRNA oxyS controla unos 10
loci diana en el nivel postraduccional; algunos de
ellos son reprimidos en tanto que otros so n acti-
vados. La represion es provocada cuando el sRNA
se une a un RNAm diana para formar una regio n
duplex que incluye el sitio de union al ribosoma.
Los microRNA tienen una longitud de -22 bases y
se producen en numerosas eucariotas por medio de
Ia division de un transcrito mas largo. Funcionan al
realizar apareamiento de bases con los RNAm diana
para formar regiones duplex que son susceptibles a
Ia division mediada por las endonucleasas. La degra-
dacion del RNAm impide su expresion. La tecnica
de Ia interferencia del RNA se ha convertido en el
metoda de eleccion para desactivar los genes eu-
carioticos. Dicha tecnica utiliza Ia introduccion de
secuencias cortas de dsRNA con una cadena com-
plementaria al RNA diana y funciona al inducir Ia
degradacion de las dianas. Este metoda puede estar
relacionado con un sistema de defensa natural de
las plantas denominado silenciamiento de RNA.
Referencias
1111 La terminacion de los genes trp de Bacillus subtilis
es controlada par el triptofano y por el RNAt1'P
Articulo de revision
Gollnick, P. ( 1994). Regulation of the B. subtilis trp operon
by an RNA- binding protein. Mol. Microbiol. 11,
991-997.
Art1culos de investiga cion
Antson, A. A. et al. (1999). Structure of the trp RNA-
binding attenuation protein, TRAP, bound to RNA.
Nature 401, 235-242.
Babitzke, P. and Yanoksy, C. ( 1993). Reconstitution of B.
subtilis trp attenuation in vitro with TRAP, the trp
346 CAPITULO 13 RNA regulador
RNA-binding attenuation protein. Proc. Nat/. Acad. Sci. US.-
90, 133-137.
Otridge, J. and Gollnick, P. ( 1993 ). MtrB fr om B. subtilis
binds specifically to trp leader RNA in a tryptophan-
dependent manner. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90,
128-13 2.
Valbuzzi, A. and Yanofsky, C. (2001). Inhibition of the
B. subtilis regulatory protein TRAP by the TRAP-
inhibitory protein, AT. Science 293, 2057-2059.
IIIJ El operon tript6jano de Escherichia coli es controlc; :
por medio de atenuacion
Articulo ::Je revision
Yanofsky, C. (1981). Attenuation in the control of
expression of bacterial operons. Nature 289, 751-75~
1111 La atenuacion puede ser controlada por la
traduccion
Artlculos de revision
Bauer, C. E., Carey, J., Kasper, L. M., Lynn, S. P.,
Waechter, D. A., and Gardner, J. F. ( 1983 ).
Attenuation in bacterial operons. In Beckwith. :
Davies, J., and Gallant, J. A., eds. Gene Functi 1;
Prokaryotes. Cold Springs Harbor, NY: Cold Sp -"
Harbor Press. pp. 65-89.
Landick, R. and Yanofsky, C. ( 198 7). In Neidhardt, F. C
ed., E. coli and S. typhimurium Cellular and Molecu /.;,-
Biology. Washington, D.C.: American Society for
Microbiology. pp. 1276-1 30 1.
Yanofsky, C. and Crawford, I. P. ( 1987). In Ingraham,
J. L., et al., eds., Escherichia coli and Salmonella
typhimurium, Washington, D.C.: American Society .
Microbiology. pp. 1453-1472 .
A1ticulos de investigacion
Lee, F. and Yanofsky, C. (1977). Transcription terminari "-
at the trp operon attenuators of E. coli and S. typhi-
murium: RNA secondary structure and regulation o~
termination. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 74, 4365-43 60:
Zurawski, G. et al. (1978). Trans lational control of
transcription termination at the attenuator of the E.
coli t1yptophan operon. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75,
5988-5991.
IIIJ El RNA antisentido puede ser utilizado para
desactivar la expresion genica
.<\rticulo de investigaci6n
Izant, J. G. and Weintraub, H. ( 1984). Inhibition of
thymidine kinase gene expression by antisense RN ..:....
a molecular approach to genetic analysis. Cell 36,
1007-1015.
1111 Las moleculas pequefias de RNA son capaces de
regular la traduccion
Art\culos de investigaci6n
Johnson, A., and O'Donnell, M. (2005). Cellular DNA
replicases: components and dynamics at the
replication fork . Annu. Rev. Biochem . 74, 283-315.
..!artens, J. A. , Laprade, L., and Winston, F. (2004}.
Intergenic transcription is required to repress the
Saccharomyces cerevisiae SER3 gene. Nature 429,
571-574.
.vinkler, W. C., Nahvi. A., Roth, A., Collins, J. A. , and
Breaker. R. R. (2004 ). Control of gene expression by
a natural metabolit e-responsive ribozyme . Nature 428,
281-286.
Las bacterias contienen RNA reguladores
rticu lo de revisi on
JOttesman, S. (2002}. Stealth regulation: biological circuits
with small RNA switches. Genes Dev. 16, 2829-2842 .
-.rticulos de investigaci6n
.-\.ltuvia, S., Weinstein-Fischer, D., Zhang, A. , Postow, L.,
and Storz, G. ( 1997). A small, stable RNA induced by
oxidative stress: role as a pleiotropic regulator and
antimutator. Cell 90, 43-53.
.-\ ltuvia, S., Zhang, A., Argaman , L., Tiwari. A., and Storz,
G. (1998) . The E. coli OxyS r egulatory RNA represses
jh/A translation by blocking ribosome binding. EMBO
J . 17, 6069-6075 .
. lasst~. E ., Escorcia, F. E., and Gottesman, S. (2003).
Coupled degra dation of a small regulatory RNA and
its mRNA targets in Escherichia coli. Genes Dev. 17,
2374-2 383.
.loller, T., Franch, T., Hojrup, P., Keene, D. R., Bachinger,
H. P., Brennan, R. G., and Valentin-Hausen, P. (2002 ).
Hfq: a bacterial Sm-like protein that mediates RNA-
RNA interaction. Mol. Cell 9, 23-30.
.vassarman, K. M ., Repoila, F., Rosen ow, C., Storz, G., and
Gottesman, S. (2001). Identification o f novel small
RNAs using comparative genomics and microarrays.
Genes Dev. 15, 1637-1651 .
Zhang, A., Wassarman, K. M ., Ortega, J ., Steven, A.
C., and Storz, G. (2002 ). The Sm-like Hfq protein
increases OxyS RNA interaction w ith target mRNAs.
Mol. Cel/9, 11-22.
Los microRNA son reguladores en numerosas
eucariotas
rticulos de investigacio n
3 ernstein, E., Caudy, A. A., Hammond, S.M., and
Hannon, G. J. (2001). Ro le for a bidentate
ribonuclease in the initiation step of RNA interference.
Nature 4 0 9, 363-366.
:' etting, R. F., Fischer, S. E., Bernstein, E., Sijen, T.,
Hannon, G. J., and Plasterk, R. H. (200 1). Dicer
functions in RNA interference and in synthesis of
small RNA involved in developme ntal tim ing in C.
elegans. Genes Dev. 15, 2654-2659.
:..au, N. C., Lim, I. e. E. P., Weinstein, E. G., and Bartel, d.a.
V. P. (2001). An abundant class of tiny RNAs with
probable regulatory roles in C. elegans. Science 294,
858-862.
:..ee, R. C. and Ambros, V. (200 1). An extensive class of
small RNAs in C. elegans. Science 294, 862-864.
:..ee, R. C., Feinbaum, R. L., and Ambros, V. (1993). The C.
elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs
with antisense complementarity to /in- 14. Cel/75,
843-854.
Mourelatos, Z., Dostie, J., Paushkin, S., Sharma, A .,
Ch a rro ux, B., AbeLL., Rappsilber, J ., Mann, M.,
and Dreyfuss, G. (2002 }. miRNPs: a novel class of
ribonucleopro teins containing numerous microRNAs.
Genes Dev. 16, 720- 728.
Reinha rt, B. J ., Weinstein, E. G., Rhoades, M. W., BarteL
B., and BarteL D.P. (20 02). MicroRNAs in plants.
Genes Dev. 16, 161 6-1626.
Sulliva n, C. S., GrundhofL A. T., Tevethia, S., Pipas,
J. M., and Ganem. D . (2005). SV40 -encoded
microRNAs regulate viral gene expression and reduce
susce ptibility to cytotoxic T cells. Nature 435, 682-686.
Wightman, B., Ha, I.. and Ruvkun, G. (1993).
Posttranscriptional regulat ion of the heterochronic
gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern
formati on in C. elegans. Ce/175, 855-862.
Yu , B., Yang. Z., Li, J .. Minakhina, S., Yang, M., Padgett,
R. W., Steward, R., and Chen, X. (2005 ). Methylation
as a crucial step in plant microRNA bioge nesis. Science
307, 932-93 5.
Zamore, P. D., and Haley. B. (2005) . Ribo-gnome: the big
world of small RNAs. Science 309, 1519-1524.
am La interferencia de RNA esta relacionada con el
silenciamiento de los genes
Articulos de revision
Ahlquist. P. (2002). RNA-dependent RNA polymerases,
viruses, and RNA silencing. Science 296, 1270-1273.
Matzke, M ., Matzke, A. J., and Kooter, J. M. (200 1). RNA:
guiding gene silencing. Science 293, 1080-1083.
Schwartz, D. S. and Zamore, P. D. (2002) . Why do miRNAs
live in the miRNP? Genes Dev. 16, 1025-1031.
Sharp. P. A. (2001). Rl'IA interference-2001. Genes Dev.
15, 485-490.
Tij sterman , M., Ketting, R . F., and Plasterk, R. H. (2002 ).
The genetics of RNA silencing. Annu. Rev. Genet. 36,
489-51 9.
Articulos de investigacion
Elbashir. S.M., Harborth, J., LendeckeL W. , Yalcin,
A., Weber, K. , and TuschL T. (200 I). Duplexes of
2 1-nucleotide RNAs media te RNA inte rference in
cultured mammalian cells. Nature 4 1 L 494-498.
Fire. A ., Xu , S., Montgomery, M . K. , Kostas, S. A.,
Driver, and Mello, C. C. ( 1998) . Potent and specific
genetic interference by double-stranded RNA in
Caenorhabditis elegans. Nature 39 L 806- 8 11.
Hamilton, A. J. and Baulcombe, D. C. ( 1999). A species
of small a ntisense RNA in posttranscriptional gene
silencing in plants. Science 286, 950-952 .
Kamath, R. 5., Fraser, A. G., Dong, Y., Po ulin, G., Durbin,
R. , Gotta, M., Kanapin, A., Le Bot, N., Moreno, S.,
Sohrmann, M., Welchman, D . P., Zipperlen, P., and
Aluinger. J . (2003). Systematic functio nal ana lysis
of the C. elegans genome using RNAi . Nature 421,
231-237.
Meister, G., Landthaler, M., Patkaniowska, A., Dorsett, Y.,
Teng, G., and Tuschl, T. (2004) . Human argonaute2
mediates RNA cleavage targeted by miRNAs and
siRNAs. Mol. Celll5, 185- 197.
Referencias 34 7
 Mette, M. F., Aufsatz, W., van der Winden, J. , Matzke, M.
A., and Matzke, A. J. (2000). Transcriptional silencing
and promoter methylation triggered by double-
stranded RNA. EMBO J. 19, 5194-5201.
Montgomery, M. K., Xu, S., and Fire, A. (1998). RNA as
a target of double-stranded RNA-mediated genetic
interference in C. elegans. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 95,
15502-15507.
Ngo, H., Tschudi, C., Gull, K., and Ullu, E. ( 1998).
Double-stranded RNA induces mRNA degradation
in Trypanosoma brucei. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 95,
14687-14692.
Schramke, V., Sheedy, D. M., Denli, A. M., Bonila, C.,
Ekwall, K. , Hannon, G. J., and Allshire, R. C. (2005).
RNA-interference-directed chromatin modification
coupled to RNA polymerase II transcription. Nature
4 3 5, 1275-1279.
Voinnet, 0 ., Pinto, Y. M. , and Baulcombe, D. C. ( 1999).
Suppression of gene silencing: a general strategy used
by diverse DNA and RNA viruses of plants. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 96, 14147-14152.
348 CAPITULO 13 RNA regulador
Wassenegger, M., Heimes, S., Riedel, L. , and Sanger, H.
L. ( 1994). RNA-directed de novo methylation of
genomic sequences in plants. Ce//76, 567-576.
Waterhouse, P. M., Graham, M. W., and Wang, M. B.
( 1998). Virus resistance and gene silencing in plants
can be induced by simultaneous expression of sense
and antisense RNA. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 95,
13959-13964.
Yu, B., Yang, Z., Li, J., Minakhina, S., Yang, M., Padgett,
R. W., Steward, R., and Chen, X. (2005). Methylation
as a crucial step in plant microRNA biogenesis. Science
307, 9 32-935.
Zamo re, P. D., and Haley, B. (2005). Ribo-gnome: the big
world of small RNAs. Science 309, 1519-1524.
Zamore, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A., and Bartel, D.P.
(2000). RNAi: double-stranded RNA directs the ATP-
dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide
intervals. Ce// 101 , 25-33.
strategias de los fagos
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
El desarrollo litico se divide en dos periodos
El ciclo infeccioso de un fago se divide en periodo
temprano (antes de la replicaci6n) y periodo tardio
(despues del comienzo de la replicacion).
Una infecci6n por fagos genera un banco de genomas
fagicos descendientes que se replican y se recombinan.
El desarrollo litico es controlado par una cascada
Los genes tempranos transcritos por la polimerasa de
RNA hospedadora despues de la infeccion incluyen, o
comprenden, reguladores necesarios para la expresi6n del
conjunto intermedio de genes fagicos.
El conjunto intermedio de genes incluye reguladores para
transcribir los genes tardios.
Esto da como resultado la expresion ordenada de los grupos
de genes durante la infeccion fagica.
La cascada lltica es controlada par dos tipos de
sucesos reguladores
Las proteinas reguladoras utilizadas en las cascadas de los
fago s pueden facilitar la iniciacion en promotores nuevas
(de fagos) o provocar la ultralectura de los terminadores de
la transcripci6n por parte de la polimerasa hospedadora.
Los genomas de los fagos T4 y T7 presentan
agrupacion funcional
Los genes implicados en funciones relacionadas a menudo
estan agrupados.
Los fagos T4 y T7 son ejemplos de casas en los que se
presentan cascadas reguladoras en las cuales la infecci6n
por fagos se divide en tres periodos.
Los genes A. tempranos inmediatos y tempranos
retrasados son indispensables para la lisogenia y
para el ciclo litico
El fago A tiene dos genes tempranos inmediatos, N y cro, los
cuales son transcritos por la polimerasa de RNA hospedadora.
El gen N es necesario para expresar los genes tempranos
retrasados.
Tres de los genes tempranos retrasados son reguladores.
La lisogenia necesita los genes tempranos retrasados cii y
ciii.
El ciclo litico requiere el gen temp rano inmediato cro y el
gen temprano retrasado Q.
El ciclo litico depende de La antiterminacion
pN es un factor de antiterminaci6n que permite a la
polimerasa de RNA continuar la transcripcion mas alla de
los extremes de los dos genes tempranos inmediatos.
pQ es el producto de un gen temprano retrasado yes
un antiterminador que permite a la polimerasa de RNA
transcribir a los genes tardios.
El DNA A forma un circulo despues de la infecci6n; como
resultado, los genes tardios constituyen una sola unidad de
transcripcion.
ID!lll La lisogenia la mantiene una proteina represora
Los mutantes con mutaciones en el gen ci son inca paces
de mantener la lisogenia.
El gen ci codifica una proteina represora que actua en los
operadores 0, yo, para bloquear la transcripci6n de los
genes tempranos inmediatos.
Los genes tempranos inmediatos activan una cascada
reguladora; como resultado, su represion impide que el
ciclo litico prosiga.
l:mJ El represor y sus operadores definen la region de
inmunidad
Numerosos fagos de tipo A tienen diferentes regiones de
inmunidad .
Un fago lisogenico confiere inmunidad contra infecciones
posteriores por cualquier otro fago con la misma region de
inmunidad.
191m La forma de union al DNA del represor es un
dimero
Un monomero represor tiene dos dominies distintos.
El dominic terminal N contiene el sitio de union al DNA
El dominic terminal Cse dimeriza .
La union al operador requiere la forma dimerica para que
los dos dominies de union al DNA puedan establecer
contacto con el operador de manera simultanea.
La division del represor entre los dos dominies reduce la
afinidad por el operador e induce un ciclo litico.
laD El represor utiliza un elemento helice-giro-helice
para unirse al DNA
Cada region de uni on al DNA localizada en el represor
contacta a una mitad de si tio en el DNA .
El sitio de union al DNA del represor incluye dos regiones
cortas de helice a que embonan en giros sucesivos del
su rco mayor del DNA.
Un sitio de union al DNA es una secuencia (en parte)
palindromica de 17 bp.
Bf) La helice de reconocimiento determina la
especificidad par el DNA
La secuencia de aminoacidos de la helice de
reconocimiento hace contactos con bases particulares en la
secuencia operadora a la cual reconoce.
Continua en Ia siguiente p6gina
349
 Los dimeros represores se unen en
colaboraci6n al operador
La union del represor a un operador incrementa la
afinidad de union de un segundo d1mero represor al
operador adyacente.
La afinidad es 10 veces mayor por a,1 y por a,1 que
por otros operadores, por lo que la union sucede
pri mero en ellos.
La colaboracion permite al represor unirse a los sitios
a1;az en concentraciones mas bajas.
IDID El represor en OR2 interactua con la polimerasa
de RNA en el PRM
La region de union al DNA del represor en a,z contacta
~ la polimerasa de RNA y estabiliza su union alP,,.
Esta es la base del control autogeno del
mantenimiento del represor.
IBOil El represor mantiene un circuito aut6geno
La union del represor a a, bloquea la transcripcion del
gen N del P,.
La union del represor a a, bloquea la transcripcion de
cro, pero es indispensable para la transcripcion de cJ.
Por lo tanto, la union del represor al operador bloquea
la entrada al ciclo lltico al tiempo que facilita su
propia s1ntesis.
e111iJ Las interacciones de colaboraci6n incrementan
la sensibilidad de la regulaci6n
Los d1meros represores unidos a a,1 y a a,z
interactuan con los d1meros unidos a a,1 y a a,z para
formar octameros.
La formacion del octamero aproxima a a,3 a a,3, lo
que permite interacciones entre los d1meros unidos a
dichas regiones.
Estas interacciones de colaboracion incrementan la
sensibilidad de la regulacion.
Los genes cii y ciii son necesarios para
establecer la lisogenia
Los productos de los genes tempranos retrasados cii
y cUI son necesarios para que la polimerasa de RNA
inicie la transcripcion en el promotor PRE.
Introducci6n
Algunos fagos tienen una sola estrategia de supervi-
vencia. Al infectar un solo hospedador susceptible,
subvierten sus funciones con el fin de producir una
progenie de fagos mas numerosa. Como resultado
de esta infeccion litica, Ia bacteria hospedadora
muere. En el ciclo litico caracteristico, el DNA (o el
RNA) del fago entra a Ia bacteria hospedadora, sus
genes se transcriben en un orden predeterminado,
el material genetico del fago se replica y los compo-
nentes proteinicos del fago se producen. Por ultimo,
Ia bacteria hospedadora se rompe (se lisa) para libe-
rar las partfculas ensambladas de Ia progenie por el
proceso de Iisis.
Otros fagos tienen una existencia doble. Pueden
perpetuarse mediante el mismo tipo de ciclo lftico
utilizando una estrategia abierta para producir el
mayor numero de capias tan rapido como sea posi-
350 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos
cii actua de manera directa en el promotor y ciii
protege a cii de La degradacion.
La transcripcion a partir del PRE provoca La s1ntesis de.
represor e incluso bloquea la transcripcion del gen ere
III!.IE) Un mal promotor requiere prote\na cii
El promotor PRE tiene secuencias at1picas en -10 yen
-35.
La polimerasa de RNA se une al promotor solo en
presencia de cii.
cii se une a secuencias cercanas a la region -35.
Dim La lisogenia requiere numerosos sucesos
cii y ciii provocan que se establezca la s1ntesis del
represor y tam bien desencadenan la inhibicion de la
transcripcion de los genes tard1os.
El establecimiento del represor apaga la expresion de
los genes tempranos inmediatos y retrasados.
El represor activa el circuito de mantenimiento para s_
propia s1ntesis.
El DNA A se integra al genoma bacteriano en la etapc
final del establecimiento de la lisogenia.
Dll!m El represor Cro es necesario para la infecci6n
l\tica
Cro se une a los mismos operadores que el represor,
pero con afinidades distintas.
Cuando Cro se une al sitio 0,3 , impide que la
polimerasa de RNA se una a P," y bloquea el
mantenimiento del represor.
Cuando Cro se une a otros operadores en 0, o en 0,,
impide que la polimerasa de RNA exprese a los genes
tempranos inmediatos, lo cual bloquea (de forma
indirecta) el establecimiento del represor.
Olil (_Que determina el balance entre la lisogenia.
el ciclo l\tico?
La etapa temprana retrasada cuando Cro y el represor
estan siendo expresados es comun en la lisogenia y e-
el ciclo l1tico.
El evento critico ocurre si cii provoca la s1ntesis
suficiente de represor para superar la accion de Cro.
IIDfa Resumen
ble. No obstante, tambien tienen otra forma de exi.s
tencia en Ia cual el genoma del fago esta presente c
Ia bacteria de un modo latente que se conoce com
profago. Esta forma de propagaci6n se denorni1 .:.
lisogenia.
En una bacteria lisogenica, el profago se inser~
en el genoma bacteriano y se hereda de Ia misn:..c
manera que los genes bacterianos. El proceso por c
cual se transforma de un genoma independiente c:
fago en un profago que es parte lineal del genOIE
bacteriano se describe como integracion. Debid
que posee un profago, una bacteria lisogenica tiec :
inmun.idad contra infecciones provocadas por fag _
del mismo tipo . La inmunidad Ia establece un sol
profago integrado, por lo que, en general, un gene -
rna bacteriano contiene solo una copia de un profag
de cualquier tipo particular.
Entre las formas de existencia litica y lisogenic~
ocurren transiciones. La G 1 muestra qu.
 -do un fago producido par un ciclo litico entra a de Ia inmunidad por plasmidos es diferente a Ia de
. ueva celula bacteriana hospedadora, repite el Ia inmunidad lisogenica . (Se aborda el control de !a
.itico o entra en estado lisogenico . El resultado perpetuaci6n de los plasmidos en el Capitulo 15, El
_:1de de las condiciones de Ia infecci6n y del ge - replic6n.)
del fago y del genotipo de Ia bacteria. La resume los tipos de unidades
::_n profago es liberado de las re stricciones de geneticas que pueden propagarse en la s bacterias
_;Jgenia por media de un proceso denominado como genomas independientes. Los fagos lfticos
u cci6n. Primero el DNA del fago es liberado pueden tener genomas de cualquier tipo de acido
:::-omosoma bacteriano por escisi6n; despues el nucleico; se transfieren entre las celulas por Jibe-
-- libre continua porIa ruta lltica.
::..as otras formas de propagarse de estos fagos
"~- determinadas por Ia regulaci6n de la trans -
ti ...
..:.~6n. La lisogenia se mantiene porIa interacci6n
.+I I I I I I I I I I I I I I I I I I ..

~
I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ..

.
n fago represor con un operador. El ciclo lftico
: _iere una cascada de controles de Ia transcrip-
: \ :
:-: . La transici6n entre los dos estilos de vida se
;:;;, por el establecimiento de Ia represi6n (de ciclo y
: a lisogenia) o porIa liberaci6n de Ia represi6n

.... ....
:.-xci6n de fa go lisogenico a fa go litico). DNAdelfagc ( " \

Otro tipo de existencia en las bacterias lo re- DNAb~ano

:-jentan los plasmidos. Estos son unidades au-
CICLO LfTI CO~
.
y LI SOGENIA
-: _mas que existen en la celula como genomas
acromos6micos . Los plasmidos son moleculas
::!lares de DNA que se autorreplican y que se
~ tienen en la celula en un numero de capias es -
.. 0 ~..
: .e y caracterfstico, es decir, el numero permanece
@
'
'
:~1DNA del fago es integrado al genom~: ;
o .:
=stante de una generaci6n a la otra. "bacteriano; Ia bacteria tiene un final feliz
rl t~ ..
Algunos plasmidos tambien tienen otros estilos
- ida. Pueden existir en estado extracromos6mico
La progeni: ~el fa~o
es liberada .,._

..........
de Ia bacteria lisada
-' nomo o pueden estar insertados en el cromo-
~ a bacteriano; en este ultimo caso, son trans - La bacteria lisogenica es
-:ados como parte del cromosoma de Ia misma
~:-~ e ra que cualquier otra secuencia. Dichas unida-
. t

; inmune a infecciones
: posteriores
INDUCCION
-: -e conocen como episomas, pero en ocasiones
..
~erminos "plasmido" y "episoma" se utilizan de
~"l era indistinta.
En cuanto a los fagos lisogenicos, los plasmidos
u El DNA del fago es
liberado y entra al ciclo
litico
I I

~ s episomas mantienen una posesi6n egofsta de

El desarrollo litico comprende la reproducci6n de las
_ :.acteria y con frecuencia hacen imposible que se particulas del fago con la destrucci6n de la bacteria hospedadora, pero
--...:lblezca otro elemento del mismo tipo. Este efecto la existencia lisogenica permite que el genoma del fago sea transportado
.=::bien se denomina inmunidad, aunque Ia base como parte de la informacion genetica bacteriana.

Tipo de unidad Estructura gen6mica Forma de propagaci6n Consecuencias

Fago litico DNA o RNA ds o ss lnfecta a un hospedador Suele malar al hospedador
lineal o circular susceptible
Fago lisogenico dsDNA Secuencia lineal en el lnmunidad contra Ia infecci6n
cromosoma hospedador
Plasmido Circulo de dsDNA Se replica en un numero lnmunidad contra plasmidos
definido de capias del mismo grupo
Puede ser transmisible

Episoma Circulo de dsDNA Circulo libre o lineal integrado Puede transferirse al DNA hospedador

FIGU 1 . En las bacterias hay numerosos tipos de unidades geneticas independientes.

14.1 Introducci6n 3 51
 raci6n de particulas infecciosas. los fago s lisogeni-
cos tienen genoma s de DNA de doble cadena, igual
Partfcula ~
qu e los plasmidos y qu e los episomas. Algunos plas- del fago J, lnfecci6n
midos y episomas se transfieren entre las celulas El fago se
por un proceso de conjugaci6n (que comprende el adhiere a una
contacto directo entre la celula receptora y la ce- bacteria

lula donadora). Una caracteristica del proceso de

transferencia en amb os ca sos es que en ocasi one s El DNA es
inyectado al
algunos genes bacterianos ho spedadores son trans- interior de Ia
feridos con el DNA del fa go o del plasmido, por lo bacteria

qu e estos sucesos ti en en una funci6n importante Desarrollo

temprano
al permitir el intercambio de informacion genetica
Se fabrican las
entre las bacterias. enzimas necesarias
para Ia sfntesis del
DNA
111J El desa rrollo l1tico se divide Comienza Ia
replicaci6n
en dos periodos
D esarrollo
Conceptos principales tard fo
Se fabrican los
El ciclo infeccioso de un fago se divide en periodo genomas, las
temprano (antes de la replicaci6n) y periodo tardio cabezas y las
colas
(despues del comienzo de la replicaci6n) .
El DNAes
Una infecci6n par fagos genera un banco de genomas empacado en las
fagicos descendientes que se replican y se recombinan. cabezas; se adhieren
las colas

lo s genomas de los fagos son pequenos por nece-
sidad. Como sucede con todos los virus, esti:'in res-
tringidos por la necesidad de empaquetar el acido
n u cleico en el interior de una envoltura de protefna.
Esta limitaci6n dicta muchas de las estrategias viri-
cas de reproducci6n. Por lo general, un viru s toma
control del mecanismo de Ia celula hospedadora , el
cuallue go replica y expresa los ge nes del fago en
vez de lo s genes bacterianos.
En la mayor parte d e los casos, el fago inclu-
ye gen es cuya funci6n es garantizar la replicaci6n
preferencial del DNA del fag o. Estos genes tienen
que ver con la iniciaci6n de la replicaci6n e incluso
pued en contener una nu eva p oli me rasa de DNA. Se
introducen los cambios en la capa cidad de la celu-
la h ospedadora para desempefi.ar la transcripci6n.
Involucran el remplazo de la polimerasa de RNA o
la m odifi cacion de su capacidad de iniciacion o de
termin a ci6n. El resultado siempre es el mismo: las
m oleculas de RNAm del fago se transcriben de ma-
n era preferente. En cuanto a Ia sfntesis protefnica,
en su mayor parte el fago se satisface utilizando el
mecanism o del hospedador y r edirige las actividades
de este, sobre todo al remplazar el RNAm bacteriano
p or el RNAm del fago.
El d esarrollo litico se logra a trave s de una ruta
en la cuallos genes del fag o se expresan en un or-
den particular. Esto garantiza que ha ya Ia cantidad
correcta de cada componente en el tiempo adecua-
do. El ci clo puede dividirse en la s dos partes gene-
rales qu e se ilustran en Ia
Lis is
La celula se rompe
para liberar Ia
progenie del fago
El desarrollo l\tico tiene lugar cuando se prC'::._
cen genomas del fa goy part\culas prote\nicas que son ens.= -
blados en los fagos de la progenie.
La m fecci6n temprana describe el peri _
que abarca desde la entrada del DNA ha!_
el inicio de su replicacion.
La infecci6n tardia define el periodo q
transcurre desde el inicio de la replicaci
hasta la etapa final, que consiste en la I'
de Ia celula bacteriana para liberar la prog:
nie del fago.
La fa se temprana esta dedicada a la produce'
d e la s enzimas implicadas en la reproducci6n
DNA . Estas incluyen las en zimas que participan ~
Ia sfntesis del DNA en la recombinacion y, a - -
ces, en Ia modificacion. Sus actividades provoc:
Ia acumulaci6n de un banco d e genomas fagic
En es te banco, los genomas se estan replicand
recombinando de manera continua, por lo que
episodios de un solo ciclo litico involucran a una poblac
de genomas de fagos.
Durante la fase tardia se sintetizan los conr
nentes proteinicos de las particulas fagicas. A c
nudo son necesarias numerosas proteinas distir. -
para formar las estructuras de la cab eza y de lac

352 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos

 :o que la mayor parte del genoma del fago con-
: en funciones tardfas. Ademas de las protefnas
-zturales, las "protefnas de ensamblaje" son in-
ensables para ayudar a construir Ia partfcula,
~u e nose incorporen a ella. Mientras los com-
-:-ntes estructurales se estan ensamblando en ca-
=-:s y colas, Ia replicacion del DNA ha alcanzado
~.isa maxima. Luego, los genomas se insertan en
.::abezas de protefna vacfas, se agregan las colas
- .::elula hospedadora se lisa para permitir la libe-
- n de las nuevas partfculas vfricas.
El desarrollo lltico es
controlado por una cascada
::-.ceptos pri nci pales
_os genes tempranos transcritos por La polimerasa de
;NA hospedadora despues de la infecci6n incluyen, o
:omprenden, reguladores necesarios para la expresi6n
:el conjunto intermedio de genes fagicos.
:t conjunto intermedio de genes incluye reguladores
:ara transcribir los genes tardios.
:sto da como resultado la expresi6n ordenada de los
; rupos de genes durante la infecci6n fagica.
: rganizacion del mapa genetico del fago a menu-
:-efleja la secuencia del desarrollo lftico. El con-
-- :o del operon se lleva a una clase de extrema, en
_:.1allos genes que codifican protefnas con fun-
..es relacionadas son agrupados para permitir su
=~ro-l con Ja maxima economfa. Esto permite que
. :.Ita del desarrollo lftico sea controlada con un
:Jefio numero de interruptores reguladores.
El ciclo litico se encuentra bajo control positivo,
: ~al manera que cada grupo de genes del fago
_:-de expresarse solo cuando se proporciona Ia se-
adecuada. La muestra que los genes
: o-:ladores funcionan en una cascada, en Ia cual
- ~en que se expresa en una etapa es indispensable
-.:.-a Ia sintesis de los genes que se expresan en Ia
=-_.iente etapa.
La. primera etapa de Ia expresion genica tiene
_:: valerse del mecanismo de transcripcion de la
: ~I a hospedadora. En general, solo se expresan
=:mos genes en esta etapa. Sus promotores son
:.:.stinguibles de los de los genes hospedadores.
::!ombre de esta clase de genes depende del fago.
~- :a mayor parte de los casos, se conocen como
; n es ternpranos. En el fago A., se les llama ge-
: : ternpranos inrnediatos. A pesar del nombre,
~ stituyen solo un conjunto preliminar de genes
- _ representan apenas la parte inicial del periodo
-__ prano. En ocasiones se dedi can de manera ex -
- -iva a controlar la transici6n al siguiente periodo.
Tipos de productos genicos
Gen(es) regulador(es):
polimerasa de RNA, factor
o o factor de antiterminaci6n
Etapa intermedia el producto temprano provoca
Ia transcripci6n de los genes intermedios
Gen(es) regulador(es):
factor o o factor de
antiterminaci6n
Genes estructurales:
enzimas de replicaci6n, etc.
Etapa tardia: el producto intermedio provoca Ia
-
transcripci6n de los genes tardios
Genes estructurales:
componentes del fago
El desarrollo l\tico del fago avanza por una cas-
cada reguladora, en la cual un producto genico es necesario
en cada etapa para la expresi6n de los genes de la siguiente
etapa.
En todos los casos, uno de estos genes siempre codifica
una protefna indispensable para la transcripci6n de la
siguiente clase de genes.
Esta segunda clase de genes se conoce como el
grupo de genes tempranos retrasados o inter-
medios. Su expresi6n suele comenzar en cuanto
esta disponible Ia protefna reguladora codificada por
un gen t emprano, o por mas de uno . De acuerdo
con la naturaleza del circuito de controL el conjunto
inicial de gen es tempranos puede continuar expre-
sandose en esta etapa o no hacerlo. Si el control
tiene lugar en la iniciacion, los dos sucesos son in-
dependientes (vease la ) y los genes tem-
pranos pueden ser desactivados cuando se transcri-
ben los genes intermedios. Si el control sucede en
Ia terminaci6n, los genes tempranos deben seguir
expresandose (vease Ia ) . A menudo, la
expresion de los genes hospedadores disminuye. En
conjunto, los dos grupos de genes tempranos repre-
sentan todas las funciones requeridas por el fago,
excepto aquellas necesarias para el ensamblaje de
la envoltura y para Ia lisis de la celula.
Cuando Ia replicacion del DNA del fago co-
mienza, es el momento indicado para que los genes
14.3- El desarrollo litico es controlado por una cascada 353
 . ..- :. ~
_Region.,.
temprana siguiente
Terminador Promotor
~~~YI511_~"'\l)"\O~
___.. ,
~n c:J
p.l'-11>-~e\1\\l(ana ~
SIGUIENTE INICIACION
El control en la iniciaci6n utiliza unidades de
transcripci6n independientes, cada una con su propio promotor
y con su propio terminador, las cuales producen moleculas de
RNAm independientes. Las unidades de transcripci6n no nece-
sitan localizarse cerca una de la otra.
-Region siguiente-.
ANTITERMINACION
El control en la terminaci6n requiere unidades
adyacentes, de modo que la transcripci6n pueda leer desde el
primer gen hasta el interior del siguiente gen. Esto produce un
solo RNAm que contiene ambos conjuntos de genes.
tardios sean expresados. Su transcripci6n en esta
etapa por lo general se organiza al incrustar un gen
regulador mas dentro del conjunto de genes previa
(temprano retrasado o intermedio). Este regulador
puede ser otro factor de antiterminaci6n (como en
A.) o puede ser otro factor a (como en SPO 1).
Una infecci6n lftica a menudo se divide en tres
eta pas, como se muestra en la Figura 14.4. La prime-
ra etapa consiste en Ia transcripci6n de los genes tem-
pranos por la polimerasa de RNA hospedadora (en
ocasiones los reguladores son los unicos productos
3 54 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos
presentes en esta etapa). La segunda etapa consis
en la transcripci6n de los genes bajo Ia direcci6n c.
regulador producido en Ia primera etapa (la rna_
parte de estos genes codifican enzimas indispen _o
bles para la replicaci6n del DNA del fago). La et a. ~
final consiste en Ia transcripci6n de los genes q
codificanlos componentes del fago bajo la direcc'
de un regulador sintetizado en la segunda etapa .
El uso de estos controles sucesivos, en los cuales Cfi
conjunto de genes contiene un regulador que es necesa
para !a expresi6n del siguiente conjunto, ere a una case~<
en !a cual los grupos de genes son activados (y en ocas
nes desactivados) en momentos determinados. Los meet
utilizados para construir cada cascada fagica son ;:___
ferentes, pero los resultados son similares, como _
muestra en las secciones siguientes.
B1J La cascada lftica es controladc
por dos tipos de sucesos
reguladores
Concepto principal
Las prote1nas reguladoras utilizadas en las cascadas de
los fagos pueden facilitar la iniciaci6n en promotores
nuevos (de fagos) o provocar la ultralectura de los
terminadores de la transcripci6n por parte de la
polimerasa hospedadora.
En cada etapa de la expresi6n fagica, uno o mas c.:
los genes activos es un regulador indispensable pa;:
Ia etapa siguiente. El regulador puede adquirir - ~
forma de una polimerasa nueva, de un factor a q t::
redirige Ia especificidad de la polimerasa de R -_-
hospedadora (vease la secci6n 11.18, Los factore s ~
pueden organizarse en cascadas) o de un factor C.:
antiterminaci6n que le permite leer un nuevo grul'-
de genes (vease la secci6n 11.23, La antiterminacio-
es un even to regulador). En las dos figuras que o:
mencionan a continuaci6n se compara el uso del ir_ -
tercambio en Ia iniciaci6n o en la terminaci6n pa r:
controlar Ia expresi6n genica.
Un mecanismo para el reconocimiento de prC' -
motores fagicos nuevas consiste en remplazar el fac-
tor a de Ia enzima hospedadora por otro factor qk
redirija su especificidad en la iniciaci6n (vease ::.
Figura ll. 31). Otro mecanismo consiste en sinter: -
zar una polimerasa de RNA fagica nueva. En ambc -
casas, la caracteristica fundamental que distingue "-
nuevo conjunto de genes es que poseen promotor,_
diferentes a los reconocidos en un principia por la polinE-
rasa de RNA hospedadora. La Figura 14.5 muestra qu:-
los dos conjuntos de transcritos son independiente<
en consecuencia, la expresi6n de los genes tempra. -
nos puede cesar despues de que se haya produci ct ~
Ia polimerasa o el factor a nuevas.
 La antiterminacion constituye un mecanismo
:-:rnativo para que los fagos controlen el cambio
_ genes tempranos a la siguiente etapa de expre -
n . El uso de Ia antiterminacion depende de una
-ganizacion particular de genes. La Figura 14.6
-estra que los genes tempranos se ubican allado
_ .os genes que deben expresarse despues, pero
n separados de ellos por sitios terminadores. Si
:pide la terminaci6n en estos sitios, la polimerasa hace
.!tralectura y llega hasta los genes que se encuentran
:. otro !ado. Por lo tanto, en la antiterminacion
nismos promotores continuan siendo reconocidos
~ la polimerasa de RNA. Como resultado, los ge-
:: nuevos se expresan solo a! extender la cadena
- ::\NA para formar moleculas que contienen las
: ~-J encias de los genes tempranos en el extremo 5'
._: secuencias de los genes nuevos en el extremo
=..os dos tipos de secuencias permanecen ligados
_ r lo tanto, la expresion de los genes tempranos
:-. nua de manera inevitable.
El gen regulador que controla el cambio de la
~ resion temprana inmediata a temprana retrasa-
cn el fago A es identificado por medio de muta -
es en el gen N que pueden transcribir solo a los
:-es tempranos inmediatos; no avanzan mas en el
_o infeccioso (vease la Figura 11.53). El mismo
-: cro se observa cuando se muta el gen 28 del fago
= ) 1 para impedir Ia produccion de a gP28 (vease
?igura 11.40) . Desde el pun to de vista genetico,
. mecanismos de iniciacion y de antiterminacion
-:vos son similares. Ambos son con troles positivos en
:uales el producto de un gen temprano debe ser ere ado
el fago para expresar el siguie11te conjunto de genes .
cmplear los factores CJ o las protefnas de anti-
:ninacion con diferentes especificidades, puede
. truirse una cascada para Ia expresion genica.
Los genom as de los fagos T4
y T7 presentan agrupaci6n
funcional
:1nceptos principales
Los genes implicados en funciones relacionadas a
menudo estan agrupados.
Los fagos T4 y T7 son ejemplos de casas en los que
se presentan cascadas reguladoras en las cuales la
infecci6n por fagos se divide en tres periodos.
: ,enoma del fago T7 tiene tres clases de genes,
'ja uno de los cuales constituye un grupo de loci
:acentes. Como se muestra en Ia , los
-- es de clase I son de tipo temprano inmediato y
. expresados por la polimerasa de RNA hospeda-
_ra en cuanto entra el DNA del fago ala celula.
14.5 Los genomas de Los fagos T4 y T7 presentan agrupaci6n funcional
' ..
5 genes 7 genes 13 genes
Polimerasa de RNA
lnterferencia del ~
hospedador
.
y
Sintesis de DNA
Lisozima
.
y
Cabezas y colas
Maduraci6n del DNA
EL fago T7 contiene tres clases de genes que se
expresan de forma secuenciaL EL genoma mide ~38 kb.
Entre los productos de estos genes se encuentran
una polimerasa de RNA fagica y las enzimas que in-
terfieren con Ia expresion genica del hospedador. La
polimerasa de RNA fagica se encarga de la expresion
de los genes de clase II (los cuales intervienen sobre
todo en las funciones de Ia sfntesis de DNA) y de los
genes de clase Ill (los cuales tienen que ver con el
ens amble de Ia partfcula fagica madura).
El fago T4 tiene uno de los genomas fagicos mas
largos (16 5 kb), el cual est a organizado en agrupa-
mientos funcionales extensos de genes. La
presenta su mapa genetico. Los genes esenciales
estan numerados: una mutacion en cualquiera de
estos loci impide que se complete el ciclo litico. Los
genes no esenciales se indican con abreviaturas de tres
letras. (Se definen como no esenciales conforme a
las condiciones habituales de la infeccion. En reali-
dad nose entiende porque se incluyen tantos genes
no esenciales, pero al parecer confieren una ventaja
selectiva en algunos de los habitat del fago T4. En
genomas fagicos mas pequeiios, la mayor parte 0
todos los genes son esenciales.)
Hay tres fases de expresion genica. En la
se muestra un resumen de las funciones
de los genes expresados en cada etapa. Los genes
tempranos los transcribe la polimerasa de RNA
hospedadora . Los genes intermedios tambien son
transcritos por la polimerasa de RNA hospedadora,
pero tam bien se necesitan dos productos fagicos co-
dificados, MotA y AsiA. Los promotores intermedios
carecen de secuencia de consenso en Ia posicion -30
y en cambio tienen una secuencia de union para el
producto MotA. La protefna fagica es un activador
que compensa la deficiencia del promotor al ayudar
en la union de la polimerasa de RNA hospedadora.
(Este mecanismo es similar al utilizado por el fago
A, el cual se ilustra despues en Ia Figura 14.30). Los
genes tempranos e intermedios representan casi to-
das las funciones del fago implicadas en la sfntesis
de DNA, Ia modificacion de Ia estructura celular y Ia
transcripcion y traduccion de los genes del fago.
355
 tk cinasa de timidina
denV endonuclease V
42 43 62 44 ip/1, ip/11 protein as internas
e lisozima
polimerasa de DNA, etc.
57 libra de Ia cola
7 cinasa de dNMP
3 terminador de Ia lamina
58 61 41 2 conclusion de Ia cabeza
primasa de DNA 50 conclusion de Ia cabeza
65 conclusion de Ia cabeza
topoisomerasa 3!; 5 conector de Ia plataforma
6 7 8 9 10 12
ri/A, r/18
160 cuiia de Ia plataforma
topoisomerasa 52
3 14 16 17
38 37 36 35 34 waccabeza
Iibras de Ia cola 120
33 18 lamina 19 cola
RNA tardio
sintetasa de
dTMP ligasa de DNA 30
20 67 68 21 22 23 24
27 51 26 26 hoc inh cabeza
plataforma 54 48 conector de Ia
plataforma

El mapa del fago T4 es circular. Hay un agrupamiento extenso de los genes que codifican los componenteo _
procesos del fago, como la replicaci6n del DNA, pero tambien hay dispersion de los genes que codifican una variedad de fu n:-
enzimaticas, entre otras. Los genes esenciales se indican con numeros. Los genes no esenciales estan representados con letr-o_~
el mapa se muestran solo algunos genes representatives del fago T4.

Los dos genes esenciales dentro de Ia categorfa
de Ia "transcripcion" ejercen una funcion regulado-
ra: sus productos son necesarios para Ia expresion
de los gen es tardfos. La infeccion por el fago T4 de-
pende de una relacion mecanica entre Ia replicacion
y Ia expresion de los genes tardfos. Solo el DNA
que esta siendo replicado en forma activa puede
utilizarse como molde para Ia transcripcion de los
genes tardfos . La conexion se genera al introducir
un facto r cr nuevo y tambien al hacer otras modifi-
caciones en Ia polimerasa de RNA hospedadora, de
modo que sea activa solo con un molde de DNA en
replicacion. Este vfnculo establece una correlacion
entre Ia sfntesis de los componentes protefnicos del
fago y el numero de genomas disponibles para el
empaquetamiento .
1111 Los genes A tempranos
inmediatos y tem pranos
retrasados son indispensables
para la lisogenia y para el
ciclo litico
Conceptos principales
El fago A tiene dos genes tempranos inmediatos, N y
era, los cuales son transcritos por la polimerasa de RNA
hospedadora.
El gen N es necesario para expresar los genes tempranos
retrasados.
Tres de los genes tempranos retrasados son reguladores.
La lisogenia necesita los genes tempranos retrasados eli
y ciii.
El ciclo l\tico requiere el gen tem prano inmediato c:
el gen temprano retrasado Q.
Una d e las cascadas mas intrincadas se obsen~
el fago 'A. La cascada para el desarrollo lftico de
cho es bastante sencilla, con dos reguladores :
controlan las etapas sucesivas del desarrollo
embargo, el circuito del ciclo lftico esta entrela~..:
con el circuito utilizado para establecer Ia lisoge-
como se resume en la
Cuando el DNA del fago 'A entra a una nue\_:.
lula h ospedadora, las rutas lftica y lisogenica in : -
de Ia misma manera. Ambas requieren Ia expr
de los genes tempranos inmediatos y tempran :
trasados, pero desp ues divergen: el desarrollo i.:_
continua si los genes tardfos son expresados, -
lisogenia tiene Iugar si se establece Ia sfntesL
represor.
El fago 'A tiene solo dos genes temprano
mediatos, los cuales transcribe de manera inde-
diente Ia polimerasa de RNA hospedadora:
El gen N codifica el factor de antiterrr
cion cuya accion en los sitios nut permite :
proceda Ia transcripcion en los genes z.
pranos retrasados (vease Ia seccion l : ~
La antiterminacion requiere sitios que
independientes de los terminadores).
El gen cro tiene dos fu nciones : impic:
sfntesis del represor (una accion nece. -
si procede el ciclo lftico) y desactiva lc.
presion de los gen es tempranos inmed:"
(los cuales no son necesarios despues e.
ciclo lftico) .

356 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos

 CASCADA LiTICA ESTABLECIMIENTO
ETAPAS TEMPRANA L............ ~ . ~~~~~~~~~~
E INTERMEDIA r represlon :
SiNTESIS DE DNA Tempranos inmediatos
~ Replicaci6n =
ero regulador negative.
17 genes esenciales FASE TARDiA
N = antiterminador
7 genes no esenciales ENSAMBLE DE
represi6n :
LA CABEZA
Modificaci6n Cabeza y cuello
3 genes no esenciales 2 genes esenciales y
1 gen no esencial
Z>RECURSORES DE DNA
Componentes de Ia capside
Tempranos retrasados

Rompimiento del
DNA hospedador
7 genes esenciales
1 gen no esencial
ell, ell/ reguladores
7 genes de recombinaci6n
'ac;tivaci6n
' ' ' ' ' >-
... ...
represor e,.

2 genes esenciales
5 genes no esenciales
tabolismo de nucle6tidos
3 genes esenciales
10 .genes no esenciales
::STRUCTURA CELULAR
=- ciones de Ia membrana
12 genes no esenciales
Lis is
2 genes no esenciales
EXPRESION GENICA
Ensamble de Ia capside
2 genes de replicaci6n
Q antiterrninador
....
5 genes esenciales
4 genes no esenciales
Empaque del DNA
3 genes esenciales y
2 genes no esenciales Tardfos
ENSAMBLE DE LA COLA
10 genes de Ia cabeza
11 genes de Ia cola MANTENIMI ENTO
Componentes de Ia LISOGENICO
2 genes de lisis
plataforma
13 genes esenciales
Ensamble de Ia plataforma
5 genes esenciales
2 genes no esenciales PROGENIE DEL FAGO

Traducci6n Tubo y lamina La ca scada litica del fago A esta entrelazada

2 genes no esenciales 4 genes esenciales con el circuito de la lisogenia .

Transcripci6n Fibras de Ia cola

2 genes esenciales
5 genes no esenciales
7 genes esenciales
1 gen no esencial
La cascada litica del fa go T4 se divide en dos
.~:;: las funciones tempranas se relacionan con la sintesis y
=- Jresi6n del DNA; las funciones tardias tienen que ver con
o-samble de la particula.
::..os genes tempranos retrasados incluyen dos
- t: S de replicaci6n (indispensables para la infec-
- lftica), siete genes de recombinaci6n (algunos
- .icados en Ia recom binaci6n durante !a infecci6n
~"' y dos necesarios para integrar el DNA A en el
osoma bacteriano para !a lisogenia) y tres ge-
:-eguladores. Los reguladores tienen funciones
arias:
Los reguladores cii y eliI son necesarios para
establecer Ia sintesis del represor.
El regulador Q es un factor de antitermina-
ci6n que permite que la polimerasa de RNA
hospedadora transcriba los genes tardfos.
?or lo tanto, los genes tempranos retrasados
_plen dos prop6sitos: algunos son necesarios para
~ elfago entre en Iisogenia y los demas tienen que
=on el control del orden del ciclo lftico.
111J El ciclo lftico depende
de la antiterminaci6n
Conceptos principales
pN es un factor de antiterminaci6n que permite
a la polimerasa de RNA continuar la transcripci6n
despues de los extremos de los dos genes tempranos
i nmediatos.
pQ es el producto de un gen temprano retrasado y es
un antiterminador que permite a la polimerasa de RNA
transcribir los genes tardios.
El DNA A forma un drculo despues de La infecci6n;
como resultado, los genes tardios constituyen una sola
unidad de transcripci6n.
Para desenredar las dos rutas, se considerara pri-
mero solo el ciclo lftico. La muestra el
mapa del DNA del fago A. Un grupo de genes que
intervienen en la regulaci6n es rodeado por los ge-
nes necesarios para la recombinaci6n y para la re-
plicaci6n. Los genes que codifican los componentes
estructurales del fa go estan agrupados. Todos los
genes necesarios para el ciclo lftico se expresan en
transcritos policistr6nicos a partir de los tres pro-
motores.

14.7 El ciclo litico depende de La antiterminaci6n 357

 "' . .. ~'j;. ..

Promotores del ciclo litico

Genes de Ia cabeza Genes de Ia cola Recombinaci6n Reg ulaci6n Replicaci6n Lisis
AWBCNu3DEF,F11ZUVGTHMLKIJ attintxisa~yclll N cl era cliO P QSR

Indispensables para:
lisogenia ell/ m'antiene oil
lisogenia Y lisis N activa los tempranos retrasados
lisogenia c/ es un represor lisogenico
lisis cro apaga el represor =-
- ~

lisogenia ell enciende el represor

Iisis Q activa los tardios

U 14 1 El mapa del fago A, muestra el agrupamiento de funciones relacio-

nadas. El genoma mide 48 514 bp.

gen. El regulador pN permite que la transcripci6r:

continue en los genes tempranos retrasados. Es
A. tiene unidades de transcripci6n a Ia derecha y a Ia factor de antiterminaci6n que suprime el uso dt
izquierda los terminadores tL y tR (vease Ia secci6n 11 .25, L .
factores de terminaci6n y de antiterminaci6n inter-
actuan con Ia polimerasa de RNA). En presenci-=
del regulador pN, Ia transcripci6n continua hacia 1-"
'IJ1WA:U izquierda del gen N dentro de los genes de recon:-
PR R1
- lnmediata Retrasada,....
binaci6n y hacia la derecha del genera dentro de I
_ Unidad de transcripci6n + genes de replicaci6n.
derecha El mapa que se muestra en Ia Figura 14. L
Etapa temprana inmediata: solo N y era son transcritos muestra Ia organizaci6n del DNA A como exis:-::
RNAmN en Ia partfcula del fago . No obstante, poco despu ~
de Ia infecci6n los extremos del DNA se unen par,:
cro
formar un cfrculo. La flGURA 1 .13 muestra el ve-
YJWA/ dadero estado del DNA A durante Ia infecci6n. L .
RNAm cro genes tardios estan soldados en un solo grupo, e
pN extiende Ia transcripci6n a los genes tempranos cual contiene los genes de !isis S-R a partir del extre-
retrasados ma derecho del DNA lineal y los genes de Ia cabeu
.~~
t .. y de Ia cola A -J a partir del extremo izquierdo.
Los genes tardfos se expresan como una so:.o.
t IJ\./]\j
i"""' unidad de transcripci6n, comenzando desde un pr .
motor PR, que se encuentra entre Q y S. El promot .
N tardfo se utiliza de manera constitutiva. Sin emba:-
go, en ausencia del producto del gen Q (el cual es .:
ultimo gen hacia Ia derecha de Ia unidad temprar.;
El fago A, tiene dos unidades de transcripci6n
temprana. En la unidad "que se dirige ala izquierda", la cadena retrasada), la transcripci6n tardfa termina en un >
"superior" se t ra nscribe hacia la izquierda; en la unidad "que tio t R3 El transcrito que surge de este episodio c:
se dirige a la derecha", la cadena "inferior" se transcribe hacia terminaci6n tiene una longitud de 194 bases; se :-::
la derecha. Los genes N y cro son los elementos tempranos conoce como RNA 6S. Cuando pQ queda dispOI:.:.-
inmediatos y estan separados de los genes tempranos retrasa -
dos par los t erminadores. La s\ntesi s de la prote\na N permite
ble, suprime la terminaci6n en tR 3 y el RNA 6S _
que la polimerasa de RNA deje atras a los terminadores t L1 a la extiende, lo cual da como resultado Ia expresi6n G.~
izquierda y a los tR 1 a la derecha. los genes tardfos.
La transcripci6n de los genes tardios no parec
La muestra que los dos genes tem- terminar en un sitio especffico, sino que continc
pranos inmediatos, N y cro, son transcritos por Ia por todos los gen es tardfos hasta la region que -=
polimerasa de RNA hospedadora. El gen N se trans- encuentra despues. On episodio similar tiene lug.:
cribe hacia Ia izquierda y el gen era h acia Ia dere- en la transcripci6n temprana retrasada hacia la i;:-
cha. Cada transcrito es terminado en el extremo del quierda, la cual continua mas alla de las funcionc-

358 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos

 ........ Ell La lisogenia la mantiene
Etapa y actividad
una proteina represora
Conceptos principales
Temprana
Los mutantes con mutaciones en el gen ci son
La polimerasa
incapaces de mantener la lisogenia.
de RNA
hospedadora El gen ci codifica una prote1na represora que actua en
transcribe N y los operadores ol y OR para bloquear la transcripci6n de
cro desde PL los genes tempranos inmediatos.
y PR Los genes tempranos inmediatos activan una cascada
reguladora; como resultado, su represi6n impide que el
ciclo lltico prosiga.

Temprana AI analizar Ia cascada Iftica del fago A, se ve que el

retrasada
pN permite Ia
transcripci6n
desde los mismos
promotores para
continuar despues
deNy de cro
Tardia
La transcripci6n
inicia en PR'
(entre Q y S) y
pO le permite
continuar por
todos los genes
tardfos
I El DNA A forma un circulo durante la infecci6n,
~ :3l manera que el agrupamiento de genes tard\os esta intac-
~n una unidad de transcripci6n.
: :-ecombinaci6n. Es probable que la transcripci6n
_ . cada direcci6n termine antes de que las polime-
-:.sas choquen entre sf.
programa completo es puesto en movimiento por Ia
iniciaci6n de Ia transcripci6n en los dos promotores
PLy PR para los genes tempranos inmediatos N y cro.
El fago A utiliza Ia antiterminaci6n para proceder a
Ia siguiente etapa de expresi6n (temprana retrasa-
da); por lo tanto, los mismos dos promotores siguen
utilizandose durante el periodo temprano.
El mapa expandido de Ia region reguladora que
se ilustra en Ia muestra que los promo-
tares PLy PR se encuentran a ambos !ados del gen cl.
A cada promotor se asocia un operador (OL y OR) al
cual se une Ia protefna represora para impedir que
Ia polimerasa de RNA inicie la transcripci6n. La se-
cuencia de cada operador se superpone a! promotor
que controla y debido a que esto ocurre con tanta
frecuencia estas secuencias se describen como las
regiones de control PJ OL y PRIOR.
Como resultado de la naturaleza secuencial de
Ia cascada lftica, las regiones de control constitu-
yen un sitio de presion en el cual puede controlar-
se Ia entrada a todo el ciclo. Al denegar el acceso de
la polimerasa de RNA a estos promotores, una protefna
represora impide que el genoma del fago entre al ciclo
litico. El represor funciona de Ia misma forma que
los represores de los operones bacterianos: se une a
operadores especfficos.

tR, Elementos
de actuaci6n
en cis
ell/ N Genes

Regulador Antiterminador Represor Antirrepresor Regulador Funciones

positivo positivo
+--Region de inmunidad ..__......

F La region reguladora de A contiene un agrupamiento de funciones de actuaci6n

en trans y elementos de actuaci6n en cis.

14.8 La lisogenia la mantiene una prote\n a represora 359


Los fagos A silvestres pueden distinguirse de
los mutantes virulentos por sus tipos de placas. Reproducida
de Virology, val. 1, Kariser, D., pp. 423-443. Copyright 1955.
Con autorizaci6n de Elsevier. Fotografias cortesia de Dale Kai-
ser, Stanford University School of Medicine.
La proteina represora es codificada por el gen
cl. Los fagos con mutaciones en este gen no pueden
mantener la lisogenia, pero siempre entran al ciclo
litico. Desde el aislamiento original de la proteina
represora, su descripci6n ha demostrado como esta
mantiene el estado lisogenico y proporciona inmu-
nidad a un lis6geno contra infecciones por nuevos
genomas del fago 'A.
Cuando se infecta un cultivo bacteriano con un
fago, las celulas se lisan y generan regiones que pue-
den observarse en una caja de cultivo como areas
diminutas de aclaramiento denominadas placas.
En los fagos silvestres las placas son turbias o estan
nubladas porque contienen algunas celulas que han
establecido la lisogenia en vez de ser lisadas. El efecto
de una mutacion cl es impedir la lisogenia, de modo
que las placas solo contienen celulas lisadas. Como
resultado, una infeccion de estas caracterfsticas ge-
nera solo placas claras, y tres genes (cl, ell yell!) se
nombraron por su implicacion en este fenotipo. La
compara las placas silvestres y mutantes.
El gen cl se transcribe desde el promotor PRM
que se encuentra en su extrema derecho. (El subin-
dice "RM" significa repressor maintenance, manteni-
miento del represor.) La transcripcion termina en
el extrema izquierdo del gen. El RNAm comienza
en el codon de iniciacion AUG; debido ala ausencia
del sitio de union de ribosomas habitual, el RNAm
se traduce en forma ineficiente y produce un nivel
muy bajo de proteina represora.
111J El represor y sus operadores
definen la region de in munidad
Conceptos principales
Numerosos fagos de tipo A tienen diferentes regiones
de inmunidad.
Un fago lisogenico confiere inmunidad contra
infecciones posteriores por cualquier otro fago con la
misma region de inmunidad.
360 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos
La presencia del represor explica el fenomeno de la
inmunidad. Si un segundo DNA de fago lc entra a.
la celula lisogenica, la proteina represora sintetizado.
a partir del genoma del profago residente de inme-
diato se unira al 0 1 y al OR en el genoma nuevo. Esto
impide que el segundo fago entre al ciclo litico.
Los operadores se identificaron en un principio
como dianas para la accion represora por medio de
mutaciones virulentas (/..vir). Estas mutaciones im-
piden que el represor se una al 0 1 o al OR, con e:
resultado de que el fago entra de manera inevitable
a la ruta litica cuando infecta a una nueva bacteric
hospedadora. N otese que los mutantes 'A vir puedeL
crecer en lisogenos debido a que las mutaciones vi-
rulentas en el 0 1 y en el OR permiten que el fag
entrante ignore al represor residente y, por lo tanto
entre al ciclo litico. Las mutaciones virulentas en lcr'
fagos son equivalentes a las mutaciones constituti-
vas del operador en los operones bacterianos.
El profago es inducido a entrar al ciclo litic .
cuando se rompe el circuito lisogenico. Esto tieoc
Iugar cuando el represor es desactivado (vease lz
seccion 14.1 0, La forma de union a! DNA del repre-
sor es un dimero). La a us en cia de rep res or permite
que la polimerasa de RNA se una a! P1 y a! PR, COL
lo que se inicia el ciclo litico como se muestra en lc.
parte inferior de Ia Figura 14.26.
La naturaleza autogena del circuito de mante-
nimiento del represor crea una respuesta sensible
La presencia de un represor es indispensable para s L
propia sintesis; por lo tanto, Ia expresion del gen .:.
se detiene en cuanto se destruye el represor exister_-
te. En consecuencia, nose sintetiza ningun repres o ~
para remplazar a las moleculas que han sido daiia-
das. Esto le permite al ciclo litico comenzar sin inte -
ferencia del circuito que mantiene Ia lisogenia.
La region que incluye los operadores izquierd
y derecho, el gen cl y el gen cro determina Ia inmt;-
nidad del fago. Cualquier fago que posea esta regi 6;~
tendra el mismo tipo de inmunidad debido a que
especifica a la protefna represora y a los sitios en los cual.c
actua el represor. En consecuencia, a esta se le denon~
na region inmunitaria (como se seiiala en la Figu
ra 14.14). Cada uno de los cuatro fagos lambdoides
cp80, 21, 434 y 'A tiene una region inmunitaria unica.
Cuando se indica que un fago lisogenico confiert
inmunidad contra otro fago del mismo tipo, lo quc-
se quiere decir con mayor precision es que la inmh-
nidad actua frente a cualquier otro fago que ten g:::
Ia misma region inmunitaria (a pesar de que hay;
diferencias en otras regiones).
 La forma de union al DNA
c
. '. ''
del represor es un d1 mero 236
Dimerizacion c c
1
:Unceptos principales 132
Conector
Un monomero represor tiene dos dominies distintos.
92
El dominic terminal N contiene el sitio de union al DNA. Union al DNA N N
11
El dominic terminal C se dimeriza. N
_a union al operador requiere La forma dimerica
Jara que los dos dominies de union al DNA puedan
establecer contacto con el operador de manera
simultanea. Las regiones terminal N y terminal C del repre-
l a division del represor entre los dos dominies reduce sor forman dominies independientes. Los dominies terminales
.a afinidad par el operador e induce un ciclo l\tico. C se asocian para formar d1meros; los dominies terminates N
se une al DNA .

..2 subunidad represora es un polipeptido de 27 kD

-:-: dos dominios distintos, los cuales se ilustran en
Los monomeros se La division de los
u encuentran en equilibrio monomeros altera el
El dominio terminal N, que abarca del resi- con los dfmeros, los equilibria, por lo que los
dua 1 al 92, proporciona el sitio de union al cuales se unen al DNA dfmeros se disocian
operador. LISOG ENIA INDUCCION
El dominio terminal C, formado por los re-
siduos 132-236, se encarga de la formacion
de dimeros.
Los dos dominios estan unidos por un corrector
.: +0 residuos. Cuando el represor es digerido por
..::a proteasa, cada dominio es liberado como un
_gmento separado .
=
Cada dominio es capaz de ejercer su funcion con
: ependencia del otro. El fragmento terminal C pue-
. : rmar oligomeros. El fragmento terminal N puede
: .rse a los operadores, aunque con menor afinidad
_:: el represor intacto. Por lo tanto, la informacion
- -~ pensable para establecer contacto especffico con
'. A
::INA esta contenida dentro del dominio terminal '.
_ero la eficiencia del proceso mejora con la adhe -
.. del dominio terminal C.
La estructura dim erica del represor es crucial en el
1tenimiento de !a lisogenia. La induccion de un
:ago lisogenico a entrar al ciclo lftico la provoca
i!vision de la subunidad represora ubicada en la
:.,. on conectora, localiza da entre los residuos lll
_: 3. (Esta es la contra parte del cambio alosterico
:a conformaci6n que ocurre cuando una peque- Los d1meros represores se unen al operador. La
afinidad de los dominies terminates N par el DNA es controlada
.:. :nolecula inductora desactiva al represor de un par la dimerizacion de los dominies terminates C.
-::ron bacteria no, una capacidad que no tiene el
- ::-esor lisogenico. ) La induccion ocurre bajo cier-
~o ndiciones adversas, como la exposicion de las minales C de los domini os terminales N. Como se
~ e rias lisogenicas a radiacion UV, lo que conduce ilustra en la , esto significa que los do-
o desactivacion proteolftica del represor. minios terminales N ya no pueden formar dfmeros,
En el estado intacto, la dimerizacion de los do- lo cual altera el equilibria entre monomeros y di-
- ios terminales C garantiza que cuando el re- meros. Como resultado, el represor se disocia del
:-,or se une al DNA, sus dos dominios terminales DNA, lo cual permite qu e inicie la infeccion Utica.
contacten de manera simultanea. N6tese, sin (Otro para metro relevante es la perdida de efectos
:>argo, que la division Iibera los dominios ter- cooperativos entre los dimeros adyacentes.)

14.10 La forma de union al DNA del represor es un d1mero 361

 El balance entre la lisogenia y el ciclo lltico de-
pende de la concentracion de moleculas de represor.
El represor intacto esta presente en una celula lisoge-
nica a una concentracion suficiente para garantizar
que los operadores esten ocupados. No obstante, si el
represor es divido, esta concentracion sera inadecua-
da, debido a Ia baja afinidad del domino terminal N
(separado) por el operador. Una concentracion muy
alta de represor hara imposible inducir el ciclo litico
de esta manera; un nivel muy bajo, por supuesto,
imposibilitara el mantenimiento de la lisogenia.
1111J El represor utiliza un elemento
helice-giro-helice para umrse
al DNA
Conceptos principales
Cada region de union al DNA localizada en el represor
contacta a una mitad de sitio en el DNA.
El sitio de union al DNA del represor incluye dos
regiones cortas de helice a que embonan en giros
sucesivos del surco mayor del DNA.
Un sitio de union al DNA es una secuencia (en parte)
palindr6mica de 17 bp.
TACCTCTGGCGGTGATA
ATGGAGACCGCCACTAT
~u El operador es una secuencia de 17 bp que
tiene un eje de simetria en el par de bases central. Cada mitad
de sitio se marca en color azul clara. Los pares de bases que
son identicos en cada mitad del operador est<3n coloreados en
azul oscuro.
Se desconoce Ia
estructura del
dominio terminal C
El domino terminal
N esta formado por
cinco helices a
I . 4 Los dominios terminales N de los represo res
de A. contienen cinco fragmentos de helice a; las helices 2 y
3 se unen al DNA.
362 CAPiTULO 14 Estrategias de los fagos
Un dfmero represor es Ia unidad que se une al DR-.
Reconoce una secuencia de 17 bp que exhibe s:.
metria parcial con respecto a un eje formado p
el par de bases central. La 1 . muestra c
ejemplo de un sitio de union. Las secuencias que _:
encuentran a ambos !ados del par de bases centr
en ocasiones se denominan "mitades de sitio". Ca =
region terminal N individual contacta a una mira.:.
de sitio. Numerosas protefnas de union a! DNA qt::
regulan Ia transcripcion bacteriana comparten c
modo similar de sujecion del DNA, en el cual .:-
dominio activo contiene dos regiones cortas de he-
lice ex. que hacen contacto con el DNA. (Algun
factores de transcripcion de las celulas eucarioticG.
utilizan un elemento similar; vease la seccion 25.1-
Los homeodominos se unen a dianas relacionad:..
en el DNA. )
El dominio terminal N del represor A contier:
numerosos fragmentos de helice ex., los cuales esta
organizados como se ilustra en el diagrama de _;
. Dos de las regiones helicoidales se e!'
cargan de la union a! DNA. El modelo helice-giro-
helice para el contacto con el DNA se ilustra en -
I . En cada monomero, la helice ex. 3 es-...:.
formada por nueve aminoacidos, cada uno de !
cuales forma un angulo con Ia region helice ex. 2,
siete aminoacidos, que Ia precede. En el dfmero, :;.
dos regiones de helice ex. yuxtapuestas estan sepa:-=-
das una distancia de 34 A, lo cualles permite calY~
en surcos mayores sucesivos del DNA. Las regiou
de helice 2 forman un angulo que las coloca a tr.:-
ves del surco. La union simetrica del dfmero al si
significa que cada dominio terminal N del dfm ~
hace contacto con un conjunto similar de bases t:-
su mitad de sitio.
Mitad de sitio Mitad de sitio
1 En el modelo de dos helices para la unio- -
DNA, la helice 3 de cada mon6mero yace en el surco mayo =
la misma cara del DNA, y la helice 2 atraviesa el surco.
 La helice de reconocimiento
determina la especificidad
por el DNA
1 :'Jncepto principal
La secuencia de aminoacidos de la helice de
reconocimiento hace contactos con bases particulares
en la secuencia operadora a la cual reconoce.
~::- formas reladonadas de los motivos helicoidales
_mpleados en el elemento helice-giro-helice del
~-::>resor Ase encuentran en numerosas protefnas de
; 'n a! DNA, como Ia protefna receptora de AMP
:.:.ico (cyclic AMP receptor protein, CRP), el represor
muchos otros receptores de los fagos . AI com-
~::ar Ia capacidad de union al DNA de estas protef-
, >. se pueden definir las funciones de cada he lice:
Los contactos entre Ia helice 3 y el DNA
se basan en puentes de hidrogeno que se
realizan entre las cadenas de aminoacidos
y las posiciones expuestas de los pares de
bases. Esta helice se encarga de reconocer
la secuencia especffica de DNA diana y, por
lo tanto, tambien se le conoce como helice
de reconoci.Iniento.
Los contactos que se establecen entre Ia
helice 2 y el DNA adquieren la forma de
puentes de hidrogeno que se conectan al
esqueleto de fosfato. Estas interacciones son
necesarias para la union pero no controlan
Ia especificidad del reconocimiento de la
diana. Ademas de estos contactos, una gran
parte de toda la energfa de la interaccion
con el DNA la proporcionan las interaccio-
nes ionicas con el esqueleto de fosfato.
(.Que sucede si se manipula Ia secuencia coclifi-
_j ra para construir una nueva protefna al susti-
- : Ia helice de reconocimiento en un represor con
_ ,ecuencia corresp ondiente de un represor que
- ::elacione de cerca? La especificad de Ia protefna
~- :ida es Ia de su nueva helice de reconocimiento.
_- :ecuencia de aminoacidos de este tipo de region de-
:ina las especificidades de secuencia de las proteinas
-::iduales y puede actuar en conjunto con el resto de la
?Jza polipeptfdica.
La FIGU , muestra los detalles de la union
J NA de dos protefnas que se unen a secuencias
; J NA similares. El represor A y la protefna Cro tie-
~-.. una organizacion similar en el elemento helice-
-helice, aunque sus especificidades individuales
: el DNA no son identicas:
Cada protefna utiliza interacciones simila-
res entre los aminoacidos hidrofobos para
mantener las relaciones entre la helice 2 y
14.12 La helice de reconocimiento determina la especificidad par el DNA
Ia helice 3: el represor tiene una conexion
Ala-Val y Cro tiene una asociacion Ala-lie.
Los aminoacidos que se encuentran en Ia
helice 3 del represor forman contactos con
bases especfficas en el operador. Tres ami-
noacidos localizados en el represor recono-
cen tres bases del DNA; los aminoacidos que
se encuentran en estas posiciones, y tambien
en otras posiciones de Ia protefna Cro, reco-
nocen cinco (o quiza seis) bases en el DNA.
Otros dos aminoacidos que participan en el re-
conocimiento espedfico son identicos en el represor
yen Cro (Gin y Ser en el extremo N de la helice), en
tanto que los otros contactos son diferentes (Ala en
el represor frente a Lis y el Asn adicional en Cro).
Ademas, una Treo en Ia helice 2 de Cro entra en
contacto directo con el DNA.
Las interacciones que se muestran en Ia Figura
14.21 representan Ia u nion a Ia secuencia de DNA
que cada protefna reconoce con mayor firmeza . Las
secuencias que se muestran en Ia parte inferior de
Ia figura con los puntos de contacto en color azul
difi eren en tres de los nueve pares de bases. El uso
de contactos superpuestos, pero no identicos, entre
los aminoacidos y las bases muestra como h elices de
reconocimiento relacionadas reconocen secuencias
de DNA relacionadas. Esto le permite al represor y
a la protefna Cro reconocer el mismo conjunto de
secuencias, pero con afinidades relativas diferentes
por miernbros determinados del grupo .
Las bases contactadas por Ia helice 3 del repre-
sor o de Cro se encuentran en una cara del DNA,
como puede observarse por las posiciones indicadas
en el cliagrarna helicoidal de Ia Figura 14.21. N otese,
sin embargo, que el represor h ace un contacto mas
CRO-OA3
0 '1,.
Y-e''G
Leu
. 0-~ "\{cO<:>\('
,.~
0 -\,.,o~
GQ
Met
Gli t Helice 3 Helice 3
TATCTCTT
ATAGGGAAC
... . Dos prote\nas que utilizan la estructura de do-
ble helice para establecer contacto con el DNA reconocen a los
operadores /... con afinidades determinadas par la secuencia de
aminoacidos de la helice 3.
363

Una vista posterior muestra que el volumen
del represor entra en contacto con una cara del DNA, pero sus
brazos terminates N rodean el DNA y alcanzan la otra cara.
con Ia otra cara del DNA. AI retirar los ultimos seis
aminoacidos terminales N (los cuales sobresalen de
la helice l) se eliminan algunos de los contactos.
Esta observacion fundamenta la idea de que el vo-
lumen del dominio terminal N entra en contacto
con una cara del DNA, rnientras que los ultimos seis
arninoacidos terminales N forman un "brazo" que se
extiende alrededor del DNA porIa parte posterior.
La muestra una vista desde la parte
posterior. Los residuos de lisina que se encuentran
en el brazo hacen contacto con los residuos de G
localizados en el surco mayor y tambien con el es-
queleto de fosfato. La interaccion entre el brazo y el
DNA contribuye de manera importante ala union
a! DNA; la afinidad de un represor sin brazo por el
DNA disminuye -1 000 veces.
Las bases que no son contactadas en forma di-
recta por la proteina represora pueden tener un
efecto importante en la union. El represor del fago
434 se une a! DNA por medio de un elemento helice-
giro-helice y la estructura cristalina muestra que las
helices 3 estan colocadas en cada mitad de sitio para
contactar a los cinco pares de bases externos, pero
no a los dos internos. Sin embargo, los operadores
con pares de bas es A-T en las posiciones internas
se unen al represor 434 con mayor fuerza que los
operadores con pares de bases G-C en las mismas
posiciones. La razon es que Ia union del represor 434
tuerce ligeramente a! DNA en el centro del opera-
dar, lo cual amplfa el angulo entre las dos mitades de
sitio del DNA -3. Es probable que esto se requiera
para permitir que cada monomero del clfmero repre-
sor haga contactos optimos con el DNA. Los pares
de bases A-T permiten que esta torsion suceda con
mayor facilidad que los pares G-C, lo cual afecta !a
afinidad del operador por el represor.
EE Los dimeros represores se une n
en colaboraci6n al operador
Conceptos principales
La union del represor a un operador incrementa la
afinidad de union de un segundo d1mero represor al
operador adyacente.
364 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos
La afinidad es 10 veces mayor por OLl y por ORl que
por otros operadores, por lo que la union sucede
primero en ellos.
La colaboracion permite al represor unirse a los sitios
01/02 en concentraciones mas bajas.
Cada operador contiene tres sitios de union a! reprt -
sor. Como puede observarse en !a 3, lc
seis sitios de union al represor individuales no s -
idtnticos, pero todos se adaptan a una secuencia c:
consenso. Los sitios de union localizados en ca C::
operador estan separados por espaciadores de 3 :
7 bp ricos en pares de bases A-T. Los sitios de cad:
operador estan numerados, de tal manera que el C:
esta formado por una serie de sitios de union 0 R .
OR2-0R3, rnientras que el 0 1 esta formado por laser.
0 1 l-0 1 2-01 3. En cada caso, el sitio l se encuent:.:
mas cerca del pun to de inicio de la transcripcion en
promotor y los sitios 2 y 3 se encuentran mas lejos e:-
sentido ascendente.
De acuerdo con la triplicacion de los sitios :
union en cada operador <..como decide el represor e-
donde iniciar la union? En cada operador, el sitio :
tiene mayor afinidad (unas 10 veces superior) q :
los otros sitios por el represor. Por lo tanto, el reprc-
sor siempre se une primero al 0 1 l y al OR l.
El represor 'A se um a sitios subsiguientes dentro .:.
cada operador de manera colaboradora. La presencia
un dfmero en el sitio l incrementa en gran medi ~
la afinidad con la cual un segundo dimero pue
unirse a! sitio 2. Cuando los sitios 1 y 2 estan ocupc..
dos, esta interaccion nose extiende a! sitio 3. En lc.
concentraciones habituales de represor observad-
en cada lisogeno, los sitios 1 y 2 de cada opera dt.-
estan ocupados, pero el sitio 3 esta libre.
Si el sitio l es desactivado (debido a una m ur.
cion), el represor se une con fines de colaboraci '::
a los sitios 2 y 3. Es decir, la union al sitio 2 ayuda '
otro dfmero a unirse al sitio 3. Esta interaccion oc~
rre de manera directa entre los dfmeros represor
y no por un cambia de conformacion en el DN.-.
El dominio terminal C se encarga tanto de la int >
accion colaboradora entre los dimeros, como de '
formacion del dfmero entre subunidades. La L
muestra que involucra a ambas subunidad
de cada dfmero, es decir, cada subunidad contac: '
a su contraparte en el otro dfmero y se forma U L
estructura tetramerica.
Una consecuencia de !a union colaboradora -
el incremento d e la afinidad efectiva del repres :
por el operador en concentraciones fisiologicas. Es:
permite Ia presencia de una concentraci6n men
de represor para lograr !a ocupacion del operad :
Esta es una consideracion importante en un siste n-~
en el cualla liberaci6n de !a represion tiene conse-
 I I ; e

....,_sitio de union de Ia polimerasa de RNA PRM - - -

: : :eina represora
-~ - reo Ser Met NH 2
CACGAGUAppp

m de cl

~GTGCTCATACGTTAAATCTATCACCGCAAGGGATAAATATCTAACACCGTGCGTGTTGACTAnnTACCTCTGGCGGTGATAATGGTTGC
-AAACACGAGTATGCAATTTAGATAGTGGCGTTCCCTATTTATAGATTGTGGCACGCACAACTGATAAAATGGAGACCGCCACTATTACCAACG

pppAUG
RNAm de cro
- Sitio de union de Ia polimerasa de RNA PR ---..

CAGATAACCATCTGCGGTGATA AATTATCTCTGGCGGTGTTGACATAAATACCACTGGCGGTGATA CTGAGCACATCA

GTCTATTGGTAGACGCCACTAT TTA ATAGAGACCGCCACAACTGTATTTATGGTGfioCC0CCACTATGACTCGTGTAGT

pppAUCA
RNAm de N

- Sitio de union de Ia polimerasa de RNA PL~

Cada operador contiene tres sitios de union al represor y se superpone al promotor al cual se une la polimerasa de
-- Se ha invertido la orientacion de OL con respecto a lo habitual para facili tar la co mparacion con OR.

111 El represor en OR2 interactua

Cuando los dos dimeros represores de A, se unen
:olaboracion, cada una de las subunidades de un dimero
_::: contacto con una subunidad del otro dimero.
:-ncias irreversibles . En un operon que coclifica
..=mas metab6licas, Ia imposibilidad de reprimir
- 6lo permitira Ia sfntesis innecesaria de enzimas.
embargo, Ia incapacidad de reprimir al profago
rovocara Ia inducci6n del fago y Ia !isis de Ia
.. Ia.
Por las secuencias ilustradas en Ia Figura 14 .23,
:' ede observar que 0 1 l y OR l se encuentran mas
..enos en el centro de los sitios de union de Ia
.rmerasa de RNA de P1 y de PR, respectivamente.
~ lo tanto, Ia ocupaci6n de 0 1 1- 0 12 y de ORI-OR2
_uea en terminos fisicos el acceso de Ia poli me -
- de RNA a los promotores correspondientes.
con la polimerasa de RNA
en el P RM
Conceptos principales
La region de union al DNA del represor en OR2 contacta
a la polimerasa de RNA y estabiliza su union al PRW
Esta es la base del control autogeno del mantenimie nto
del represor.
En Ia transcripcion de cl, se observa una relacion di-
ferente entre OR y el promotor PRM' El sitio de union
de Ia polimerasa de RNA es adyacente a OR2. Esto
explica Ia manera en Ia que el represor regula de for-
ma aut6gena su propia sfntesis. Cuando dos dfmeros
estan unidos a OR l-OR2, el dfmero que se encuentra
en OR2 interactua con Ia polimerasa de RNA (vea-
se Ia Figura 14.26 de Ia seccion 14.15, El represor
mantiene un circuito autogeno). Este efecto reside
en el dominio amino termina l del represor.
Las mutaciones que eliminan el control positivo
se mapean en el gen cl. Los rniembros de una clase
interesante de mutantes mantienen la capacidad de
unirse al operador para reprimir Ia transcripcion,
pero no pueden estimular a Ia polimerasa de RNA
para que transcriba desde PRM' Se mapean entre un

14.14 El represor en OR2 interact ua con la polimerasa de RNA en el PR11 365

 dio de una interaccion electrostatica con una rea
basica en Ia polimerasa de RNA.
La ubicacion de estas "mutaciones de com :-
positivo" en el represor se indica en Ia URA 14
Se encuentran en un sitio localizado en el repre ~
que esta cerca de un grupo fosfato del DNA, el c
tambien esta cerca de la polimerasa de RNA. P
lo tanto, el grupo de aminoacidos del represor ~ _-
participa en el control positivo se encuentra en c
posicion que le permite entrar en contacto co _
polimerasa. El principia importante es que las in:_
acciones proteina-proteina pueden liberar energia qz~<
Las mutaciones de control positivo identifican aprovecha para ayudar a iniciar La transcripci6n.
una region minuscula de la helice 2 que interactua de manera El sitio diana de la polimerasa de RNA que co
directa con la polimerasa de RNA. tacta el represor esta en Ia subunidad cr70, den:__-
de la region que hace contacto con la region - : :
del promotor. La interaccion entre el represor \-
polimerasa es indispensable para que Ia polimer.::
efectue la transicion de un complejo cerrado a __
complejo abierto (vease tambien Ia Figura 14.3 !
...................
LISOGENIA
................... .. Esto explica la manera como los niveles bajos _
dimero represor regulan en forma positiva su propia sinc
represor
sis. Siempre que haya suficiente represor para ller:.:..
t mon6mero
a OR2, la polimerasa de RNA continuara transc
biendo al gen cl de PRM '
represor

E El represor mantiene
un circuito aut6geno
~~ ~
OJPL

....__.....~,......
OR/PR
Conceptos principales
La union del represor a Ol bloquea la transcripcion de _
El represor impide La polimerasa de El represor impide gen N del PL.
que Ia polimerasa RNA se une a PAM que Ia polimerasa de
de RNA se una a PL y transcribe c/ RNA se una aPR La union del represor a ORbloquea la transcripcion de
RNAmdeN CICLO LfTICO
cro, pero es indispensable para la transcripcion de cl.
Por lo tanto, la union del represor al operador bloque:

t La polimerasa de RNA no puede

la entrada al ciclo litico al tiempo que facilita su pro ~-;_

-
La polimerasa de s\ntesis.
iniciar en PAM en ausencia del
RNA inicia en PR
repre sor

El represor se une de manera independiente a :

La polimerasa de
RNA inicia en PL
RNAm de cro
La lisogenia se mantiene por media de un circuito auto-
geno (seccion superior). Si este circuito es interrumpido, el ciclo litico
comienza (seccion inferior).
pequefio grupo de aminoacidos que se localizan en
el exterior de Ia helice 2 o en la vuelta que se en-
cuentra entre la helice 2 y Ia helice 3. Las mutacio-
nes reducen Ia carga negativa de la region; por el
contrario, las mutaciones que incrementan la carga
negativa intensifican la activacion de la polimerasa
de RNA. Esto sugiere que el grupo de aminoacidos
constituye una "zona acida" que funciona por me-
dos operadores. Tiene una sola funcion en 0 1 2, t
tiene funciones dobles en OR. Estas se ilustran n
region superior de la 1
En 0 1 , el rep res or tiene el mismo tipo de efe ::
que se analizo en muchos otros sistemas: imp : ~
que Ia polimerasa de RNA inicie Ia transcripc:
en PL. Esto detiene Ia expresion del gen N P
u tilizado en todos los episodios de transcripci-On
los genes tempranos ala izquierda; como resulta -
esta accion imp ide la expresion de toda Ia unida -
transcripcion temprana a la izquierda . Por lo tm~
el ciclo lftico es bloqueado antes de que pueda prosegzc
las fases posteriores a la etapa temprana_
En OR l , la union del represor impide el uso _
PR. De este modo, cro y los otros genes tempra_:--_
a Ia derecha no pueden ser expresados. (Mas a

366 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos

 _.z se analizara porque es importante impedir la
~e sion de cro durante el mantenimiento de la
; cnia.)
:l in embargo, la presencia del represor en OR
..::: otro efecto. El promotor de la sintesis del re-
r, PRM' es adyacente al operador OR a la dere-
:.. Resulta que la polimerasa de RNA puede iniciar
:.?nera eficiente en PRM solo cuando el represor esta
_:._, a OR. El represor actua como una proteina
o ~ladora positiva necesaria para la transcripcion
gen ci (vease la seccion 14.14, El represor en
~ !nteractua con la polimerasa de RNA en el PRM).
-:vresor es el producto del gen cl; por lo tanto, esta
_,...._w;i6n crea un circuito aut6geno positivo, en el cual
~-:sencia del represor es indispensable para respaldar
. -,pia sfntesis continua.
::.a naturaleza de este circuito de control explica
~aracterfsticas biologicas de la existencia lisoge-
.::. La lisogenia es estable debido a que el circuito
~ontrol garantiza que siempre que el nivel de
~e sor sea adecuado, habra una expresion conti-
o del gen cl. El resultado es que OL y OR perma-
. .:.::n ocupados de manera indefinida. Al reprimir
..2scada lftica completa, esta accion mantiene el
:ilgo en su estado inerte.
Las interacciones
de colaboraci6n incrementan
la sensibilidad de la regulaci6n
::.:--.ceptos principales
. os. d1meros represores unidos a OLl y a OL2 interactuan
: :m los d1meros unidos a ORl y a OR2 para formar
: ctameros.
3 formaci6n del octamero aproxima OL3 a OR3, y permite
' teracciones entre d1meros unidos a dichas regiones.
:Stas interacciones de colaboraci6n incrementan la
;ensibilidad de la regulaci6n.
. !.nteracciones de colaboracion entre los dfmeros
- :esores tienen lugar en el operador izquierdo y
el operador derecho, por lo que su condicion
-::nal cuando estan ocupados por el represor es
- :r dfmeros en los sitios de union 1 y 2. En efec-
:ada operador tiene un tetramero de represor.
- embargo, este no es el fin de la historia. Los
tetrameros interactuan entre sf para formar un
~mero. La interaccion ocurre entre los dominios
-:-:~.inales C, los cuales pueden formar un octamero
-.-.o una estructura cristalina.
La FIGU muestra la d.istribucion de los re-
:"'>Ores en los sitios operadores que estan ocupados
. :.n lisogeno. Los represores estan ocupando OL 1,
OR1 y OR2, y el represor ubicado en el ultimo de
14.16 Las interacciones de colaboraci6n incrementan la sensibilidad de la regulaci6n
, WW.-..:r."""'.......'-'
. ...-.- OR3 OR2 OR1 ~
PAM
En el estado lisogenico, los represores unidos a OL 1
y a OL2 interactuan con aquellos unidos a ORl y a OR2. La polimerasa
de RNA se une a PRM (el cual se superpone a OR3) e interactua con
el represor unido a OR2 .
Estado del gen c/: apagado
OL3 y OR3 se aproximan por la formaci6n del octamero
represor y un incremento de la concentraci6n de represor permite que
los dimeros se unan a estos sitios e interactuen.
estos sitios esta interactuando con la polimerasa de
RNA, la cual esta iniciando la transcripcion en PRM.
La interaccion entre los dos operadores tiene
multiples consecuencias. Estabiliza la union del
represor, lo que permite al represor ocupar ope-
radores en concentraciones mas bajas. La union a
OR2 estabiliza la union de la polimerasa de RNA
en PRM' lo cual permite que concentraciones bajas
de represor estimulen de forma autogena su propia
produccion.
El DNA localizado entre los sitios OL y OR (es de-
cir, el gen cl) forma un lazo extenso, el cual se man-
tiene unido por el octamero represor. El octamero
aproxima a los sitios OL3 y OR3. En consecuencia,
dos dfmeros represores pueden unirse a estos sitios
e interactuar entre sL como se muestra en la
l . La ocupacion de OR3 impide que la polimera-
sa de RNA se una a PRM y, por lo tanto, desactiva la
expresion del represor.
Esto muestra de que manera la expresion del
gen ci se hace en extrema sensible a la concentra-
cion del represor. En las concentraciones mas bajas,
forma el octamero y activa a !a polimerasa de RNA
367
 en una regula cion autogena positiva. Un incremen -
to de !a concentracion permite !a union a 0 1 3 y a
OR3 y desactiva la transcripcion en una regulacion
autogena negativa. El umbra! de los niveles de re-
presor necesarios para cada uno de estos episodios
se reduce por las interacciones de colaboracion, lo
cual hace a todo el sistema regulador m u ch o m as
sensible. Cualquier cambio en el nivel de represor
desencadena !a respuesta reguladora apropiada para
restaurar el nivellisogenico.
El nivel global de represor se ha reducido (unas
tres veces con respecto al nivel que serfa necesario si
no hubiera efectos de colaboraci6n) y como resulta-
do hay menos represor que tiene que ser eliminado
cuando se hace necesario para inducir al fago. Esto
incrementa Ia eficiencia de !a induccion.
Los genes cii y ciii son
necesarios para establecer
la lisogenia
Conceptos principales
Los productos de los genes tempranos retrasados ell y
cUI son indispensables para que la polimerasa de RNA
inicie la transcripci6n en el promotor PRE'
ell actua de manera directa en el promotor y clli
protege a cii de la degradaci6n.
La transcri pci6n a partir del PRE provoca la s\ntesis del
represor e incluso bloquea la transcripci6n del gen era.
El circuito de control para mantener la lisogenia
plantea una paradoja. La presencia de la protefna re-
presora es indispensable para su propia s{ntesis. Esto
explica como se perpetua la condicion lisogenica.
Ahora bien, (,como comienza la sfntesis del represor
en primer Iugar?
Cuando un DNA A entra a una nueva celula
h ospedadora, Ia polimerasa de RNA es incapa z de
t Esto es importante porqu e la expresion de cro es
J Protefna Cll
t 14.20, El represor cro es necesario para la infeccion
La s\ ntesis del represor se est ablece par la
acci6 n de la prote\na cii y de la polimerasa de RNA en PRE
para iniciar la tra nscripci6n que se extiende desde la cadena
antisentido de era hasta el gen cl.
368 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos
transcribir el gen cl debido a que n o hay represor
que le ayude a unirse a PRM ' Sin embargo, esta mis-
ma ausencia de represor significa que P1 y PR estan
disponibles. Por lo tanto, el ptimer suceso despues de
que el DNA A infecta una bacteria tiene Iugar cuando
los genes N y cro se transcriben. Despues, pN permit
que se extienda Ia transcripci6n. Esto permite que
ciii (y otros genes) sean transcritos en ellado izquier-
do, mientras que cii (y otros genes) son transcritos
en ellado derecho (vease !a Figura 14.14).
Los genes cii y ciii comparten con c1 la pro-
piedad de que las mutaciones en ellos dan Iugar a
placas claras. No obstante, hay una diferencia. Los
mutantes cl n o pueden establecer ni mantener Ia
lisogenia. Los mutantes cii y c11I tienen ciertas difi-
cultades para establecer la lisogenia, pero una vez
que se ha establecido, son capaces de mantenerla
por medio del circuito aut6geno cl.
Esto implica que los genes cii y c111 son regula-
dares positivos cuyos productos son necesarios para
un sistema alternative para la sfntesis de represor.
El sistema es necesario solo para iniciar la expresion
de ely superar !a incapacidad del circuito autogeno de
comenzar la sfntesis de novo. No son necesarios para
la expresi6n continua.
La protefna cii actua de manera directa en la
expresion genica. Entre los genes cro y cii se localiza
otro promotor denominado PRE ' (El subfndice "RE "
significa repressor establishment, establecimiento de:
represor.) Este promotor puede ser reconocido por
!a polimerasa de RNA solo en presencia de la protef-
na ell, cuya acci6n se ilustra en Ia
La protefna ell es en extrema inestable in vivo.
debido a que es degradada como resultado de Ia
actividad de una protefna hospedadora denominada
HflA. La funci6n de cUI es proteger a ell contra esta
degradaci6n .
La transcripci6n a partir de PRE facilita Ia lisoge-
nia de dos man eras. Su efecto directo con siste en Ia
traducci6n de c1 en !a protefna represora. Un efect
indirecto consiste en que la transcripci6n prosigue
por el gen cro en !a direcci6n "incorrecta" . De este
modo, la region 5' del RNA corresponde a un trans-
crito antisentido de cro; de hecho, se hibrida con el
RNAm cro autentico, el cual inhibe su traducci6n.
necesaria para entrar al ciclo lftico (vease Ia seccion
lftica) .
La region codificadora c1 en el transcrito PRE se
traduce de manera muy eficiente, en contraste con
Ia traducci6n debil del transcrito PRM ' De hecho, el
represor es sintetizado con una eficacia unas siete
a ocho veces mayor con la expresi6n a partir de P RE
que de PRM . Esto hace evidente el hecho de que el
 ~a nscrito PRE tiene un sitio eficiente de union a!
-:":::>osoma, mientras que el transcrito PRivl carece de
.:io de union a! ribosoma y en realidad comienza Union de
_ n el codon de iniciacion AUG. Gil sola

Union conjunta de Gil y polimerasa

Un mal promotor requiere
protef na eli
Conceptos principales -50 -40 -30 -20

El promotor P RE tiene secuencias at\picas en -10 y en

-35.
La polimerasa de RNA se une al promotor solo en
presencia de ell. Secuencia Secuencia
elise une a secuencias cercanas a la region -3 5. habitual habitual
en -35 en - 10
TTGACA TATAAT
:.. promotor PRE se ajusta mal a Ia secuencia de con- GCAACGCAAACAAACGTGCTTGGTATACATTCATAAAGGAATCTA
CGTTGCGTTTGTTTGCACGAACCATATGJAAGTATTTCCTTAGAT
:-nso localizada en Ia posicion -10 y carece de una *** ** * ***
.:-cuencia de consenso en -35. Esta deficiencia ex- Mutaciones cyR Mutaciones cyl
. :ica su dependencia de eli. In vitro, el promotor no
union de Ia polimerasa union de Ia polimerasa
- 1ede ser transcrito porIa polimerasa de RNA sola, afecta Ia union de ell
ero puede ser traducido cuando se agrega eli. El
-:-gulador se une a una region que se extiende mas La polimerasa de RNA se une a P RE solo en pre-
sencia de eli, que entra en contacto con la region localizada
menos desde -25 hasta -45. Cuando se agrega po- en la posicio n -3 5.
merasa de RNA se protege una region mas, Ia cual
:- extiende des de -12 hasta + 13. Como se resume
7:1 la , las dos protefnas se unen a sitios Promotor REGULADOR Union de Ia polimerasa Conversion cerrado-abierto
-Jperpuestos. (constante de (constante de
La irnponancia de las regiones - 35 y -10 para equilibria, K8 ) velocidad, k2)
~ funcion del promotor, a pesar de la carencia de
represor ningun efecto 11;{
emejanza con el consenso, Ia indica !a existencia Gil 1oox 10ox
.:.e las mutaciones cy. Estas mutaciones tienen efec-
. s similares a los de las mutaciones ell y eli! en la La regulacion positiva puede influir en la polimerasa de
RNA en cualquier etapa del inicio de la transcri pcion .
..:.hibicion del establecimiento de Ia lisogenia; no
!:lstante, actuan en cis en vez de h acerlo en trans. transcripcion. La indica que una o las
=e clasifican en dos grupos, cyL y cyR, los cuales se dos etapas de Ia interaccion entre el promotor y Ia
calizan en las posiciones de consenso -10 y -35. polimerasa pueden ser el objetivo de !a regulacion.
Las mutaciones cyL se localizan alrededor de La union inicial para formar un complejo cerrado
<O yes probable que impidan que Ia polimerasa o convertirlo en un complejo abieno puede inten-
.::-: RNA reconozca a! promotor. sificarse.
Las mutaciones cyR se localizan alrededor de
-35 y se dividen en dos tipos, uno que afecta la
..::lion de Ia polimerasa de RNA y otro que afecta E La lisogenia requiere
~ union de !a proteina ell. Las mutaciones localiza- numerosos sucesos
:as en el centro de Ia region no afectan la union de
Conceptos principales
:..1 ; al parecer irnpiden Ia union de la polimerasa
::.e RNA. A ambos lados de esta region, las mutacio- eli y ciii provocan que se establezca la sintesis del
.-:: ~S que se presentan en repeticiones tetramericas represor y tam bien desencadenan la inhibicion de la
..: rtas, TTGC, evitan Ia union de en. Cada base del transcripcion de los genes tard\os .
:etramero esta separada l 0 bp (una vuelta de he- El establecimiento del represor apaga la expresion de
._e) de su homologo en el otro tetramero, por lo los genes tempranos inmediatos y retrasados .
~ ~1e cuando cii reconoce los dos tetrameros, esta se El represor activa el circuito de mantenimiento para su
:-x uentra en una cara de Ia doble helice. propia sintesis.
El control positivo de un promotor implica que El DNA /.., se integra al genoma bacteria no en la etapa
_na protefna accesoria ha incrementado Ia eficien- final del establecimiento de la lisogenia.
~ a con Ia cual una polimerasa de RNA inicia la

14.19 La lisogenia requiere numerosos sucesos 369

 La ru~lisogenica ci)nducejt)a sintesis del represo~
ETAPA

t TEMPRANA
INMEDIATA
N y cro son
transcritos

ETAPA
TEMPRANA
RETAASADA
ell/ N t el
N produce
ell antiterminaci6n;
cro ~ ell yell/ son
~ transcritos

ESTABLECIMIENTO
DE LA LISOGENIA
I
ell actua en PRE:
el es transcrito

ero ~ ell

MANTENIMIENTO
DE LA LISOGENIA

el t El represor se
une a OL y a OR:
e/ es transcrito
desde PAM

Para establecer la lisogenia se requiere una cascada, perc este circuito es desac-
tivado despues y es remplazado per el circuito aut6geno de mantenimiento del represor.

Ahora se puede ver como se establece la lisogenia
durante una infeccion. La recapitula
las etapas tempranas y muestra lo que sucede como
resultado de Ia expresion de los genes ciii y ell. La
presencia de eli permite que PRE se aproveche para
extender el transcrito a traves de cl. La protefna re-
presora se sintetiza en grandes cantidades a partir de
este transcrito y de inmediato se une a 0 1 y a OR.
Al inhibir en forma directa la transcripcion a
partir de P1 y PR, Ia union del represor apaga Ia ex-
presion de todos los genes del fago. Esto detiene la
sintesis de cii y de ciii, las cuales son inestables; :i::
degradan con rapidez, lo cual ocasiona que PREy~
no pueda ser utilizado. As!, la sintesis del represor ~
traves del circuito de establecimiento se detiene.
No obstante, ahora el represor esta presentee:
0 R" Este activa el circuito de mantenimiento para I.e
expresion de PRM. El represor continua siendo sinte-
tizado, aunque al nivel mas bajo tfpico de Ia funcio;:
de PRM" Por lo tanto, el circuito de establecimiem-
inicia Ia sfntesis de represor en un nivel alto. Lueg
el represor desactiva todas las demas funciones ~

3 70 CAPiTULO 14 Estrategias de los fagos

 .. o que activa el circuito de mantenimiento, el
:_ :unciona en el nivel bajo adecuado para man-
:': la lisogenia.
i:n este momenta no se abordaran con detalle
_emas funciones indispensables para establecer
sogenia, pero se subrayara de manera breve que
-:=' :"{A A infeccioso debe ser insertado en el genoma
. ::-:eriano (vease la seccion 19.17, La recombina-
:-0 especializada comprende sitios espedficos). La
. rcion necesita el producto del gen int, el cual se
. resa desde su propio promotor Pv en el cual tam-
- 0 es necesaria Ia proteina cU. La secuencia de P1
be homologia con Ia de PRE en el sitio de union
-n (aunque no en Ia region -1 0). Las funciones
0 :esarias para establecer el circuito de controlli-
i ' nico se encuentran, por lo tanto, bajo el mismo
trol que las funciones necesarias para integrar
:::)NA del fago a! genoma bacteriano. En conse-
~ ncia, el establecimiento de la lisogenia esta bajo
- control que garantiza que todos los episodios
- ispensables tengan Iugar en sincronfa.
Con enfasis en la cualidad truculenta de la cas-
d a intricada de A, ahora se sabe que en facilita la
genia de otra forma indirecta. Respalda la trans-
.::-:pcion a partir de un promotor denominado PamiQ'
_ cual se localiza en el gen Q. Este transcrito es una
::rsion antisentido de Ia region Q, y se hibrida con
:. RNAm Q para impedir Ia traduccion de Ia proteina
cuya sfntesis es esencial para el desarrollo litico.
-:.:>r lo tanto, los mismos mecanismos que facilitan
_ modo directo !a lisogenia al provocar la transcrip-
.:: 'n del gen represor ci tam bien ayudan de manera
directa a la lisogenia al inhibir Ia expresion de los
.:-enes era (vease antes) y Q, los genes reguladores
- cesarios para la ruta litica antagonica.
El represor Cro es necesario
para la infecci6n l1tica
Conceptos principales
Cro se une a los mismos operadores que el represor,
pero con afinidades distintas.
Cuando Cro se une al sitio OR3' impide que la
polimerasa de RNA se una a PR1, y bloquea el
mantenimiento del represor.
Cuando Cro se une a otros operadores en OR o en OL,
impide que la polimerasa de RNA exprese los genes
tempranos inmediatos, lo cual bloquea (de forma
indirecta) el establecimiento del represor.
Lambda tiene como alternativas entrar en lisoge-
nia o comenzar una infeccion litica. La Jisogenia se
inicia cuando se establece un circuito de manteni-
miento autogeno que inhibe la cascada lftica com-
pleta a! ejercer presion en dos puntas. El programa
para el establecimiento de Ia lisogenia pasa por al-
gunos de los mismos episodios necesarios para Ia
cascada lftica (es necesaria Ia expresion de los genes
tempranos retrasados a traves de la expresion del
gen N). Ahora surge un problema. i. Como entra el
fago a! ciclo lftico?
La influencia clave en el ciclo lftico es Ia fun -
cion del genera, el cual codifica otro represor. Crase
encarga de evitar la sintesis de la proteina represara; esta
accion elimina Ia posibilidad de establecer la lisoge-
nia. Los mutantes era suelen establecer la lisogenia
en vez de entrar ala ruta litica, debido a que carecen
de Ia capacidad de desviar los sucesos y alejarlos de
Ia expresion del represor.
Cro forma un dfmero pequeiio (la subunidad es
de 9 kD) que actua dentro de Ia region de inmuni-
dad. Tiene dos efectos:
Impide la sintesis del represor a naves del
circuito de mantenimiento; es decir, impide
Ia transcripcion por medio de PRM'
Tambien inhibe Ia expresion de los genes
tempranos a partir de PLy de PR.
Esto significa que, cuando un fago entra a Ia
ruta Htica, Cro se encarga de evitar la sintesis del
represor y (de manera subsecuente) de inhibir la
expresion de los genes tempranos.
Cro ejerce su funcion al unirse a los mismos
operadores que la protefna represora (cl). Cro in-
cluye una region con Ia misma estructura general
que el represor; una helice 2 forma un angulo con
respecto a la helice 3 de reconocimiento. (El resto
de !a estructura es diferente, lo cual demuestra que
el elemento helice-giro-helice puede operar en va-
rios contextos.) Igual que el represor, Crose une en
forma simetrica a los operadores.
Las secuencias de Cro y del represor en Ia region
helice-giro-helice estan relacionadas, lo cual explica
su capacidad de establecer contacto con las mismas
secuencias de DNA (vease Ia Figura 14.21). Cro for-
ma contactos similares a los que hace el represor,
pero se une a una sola cara del DNA; carece de los
brazos terminales N por medio de los cuales el re-
presor rodea Ia estructura duplohelicoidal.
i. Como pueden dos protefnas tener los mismos
sitios de accion y tener efectos tan opuestos? La
respuesta se encuentra en las afinidades diferen-
tes que cada proteina tiene por los sitios de union
individuales dentro de los operadores. Se analizara
solo el operador OR, del cual se tiene mayor cono-
cimiento yen donde Cro ejerce sus dos efectos. La
serie de sucesos se ilustra en la . (N otese
que las primeras dos etapas son identicas a aquellas
del circuito lisogenico que se muestra en la Figura
14.32.)
14.20 El represor Cro es necesario para la infecci6n l\tica 371
 IETAPA

t TEMPRANA
I NMEDIATA

N y ero son
..-..-r_,.,,-,..,,..- ;r ,,.:-?,,.,.- , transeritos
ell

ETAPA
TEMPRANA
RETRASADA

N produce
ell antiterminaci6n;
ell y ell/ son
transcritos
~

CONTINUACION

t t DE LA ETAPA
TEMPRANA
RETRASADA

Crose une a
OL ya OR
ell

ETAPA DE
EX PRESION
TARDiA
Cro rep rime a el y
ell pR, a todos los genes
tempranos; pQ

~
acttva Ia expresi6n
tardia

La cascada litica necesita la prote1 na Cro, la cual impide de manera directa el

mantenimiento del represor a traves de PR11, as1 como la desactivaci6n de la expresi6n de los genes
tempranos retrasados, lo que impide de manera indirecta el establecimiento del represor.

La afinidad de Cro por OR3 es mayor que su
afinidad por OR2 o que por OR 1. Por lo tanto, se une
primero a OR3 . Esto inhibe Ia union de Ia polimerasa
de RNA a PRM' Como resultado, la primera acci6n
de Cro es impedir !a participaci6n del circuito de
mantenimiento de Ia lisogenia.
Despues Cro se u ne a OR2 o a OR l. Su afinidad
por estos sitios es similar y no hay efecto de colabo-
raci6n. Su presencia en cualquier sitio es suficiente
para impedir que !a polimerasa de RNA utilice PR.
Esto a su vez detiene la elaboraci6n de los produc-
tos tempranos (incluso Cro) . Como resultado de l;:
inestabilidad de cii, se inhibe cualquier uso de PR:=.-
Asi, las dos acciones de Cro juntas bloquean toda l;;
producci6n del represor.
En cuanto a! ciclo lftico, Cro inhibe Ia expre-
si6n de los genes tempranos (aunque no !a elimina.
por completo). Su efecto incompleto lo ex plica su
afinidad por OR l y por OR2, !a cual es unas och
veces menor que !a del represor. Este efecto de Cr
no ocu rre hasta que los gen es tempranos se har
vuelto mas o menos superfluos, debido ala presen-

372 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos

 ~ e pQ; en este momenta, el fago ha comenzado
:::(})res ion de los genes tardios y se concentra en Ia Cro y el represar se expresan en Ia etapa temprana retrasada
duccion de Ia progenie del fago . El represar actua sabre
OL y sabre OR

(Que determina el balance

entre la Lisogenia y el cido
litico? t t 1 1 ell actua

::J!lCEptos principales ell/ tL N

1
PJ OL cl PAM t PRE
en PRE

. ~./l\.1.:\.Q. IAC\.""i1 IJ\..C\.~i'.\.1;\.u f2t.F,\l.;\~C' '

_a etapa temprana retrasada cuando Cro y el represor PRIOR crof rR ell
estan siendo expresados es frecuente en la lisogenia y Cra actua sabre /
en el ciclo l\tico. OL y sabre OR
:l episodio determinante ocurre si eli provoca la s\nte-
sis suficiente de represor para superar la acci6n de Cro.
La lisagenia requiere que el represor ocupe OL y OR

_ : programas de Ia ruta lisogenica y de Ia ruta

_:a se relacionan tan de cerca que es imposible
:decir el destino de un genoma fagico individual ell/ rL N PL/OL e/
t
--=.ndo entra a una nueva bacteria hospedadora (,Se (\;1';\/.:.\. 1\. \ \ ~t "\,.C~t:< -~r;'\.

_olvera el antagonismo entre el represor y Cro al

-:3.blecer el circuito de mantenimien to autogeno
. ? se muestra en Ia Figura 14.32, o al desactivar
::ntesis del represor y entrar a Ia etapa tardfa del
::'.:l rrollo que se muestra en la Figura 14.33?
En ambos casas se sigue la misma ruta hasta
:nomento de Ia decision. Las dos rutas implican
_ i'Xpresi6n de los genes tempranos inmediatos
.:; extension en los genes tempranos retrasados.
_: j iferencia entre ellos radica en Ia pregunta de
-~ n obtendra la ocupacion de los dos operadores,
: epresor o Cro.
La fase temprana durante Ia cua l se toma Ia de-
-' n tiene una duracion limitada en ambos casas.
~ importar cual ruta siga el fago , Ia expresion de
.: s los genes tempranos sera interrumpida, dado
.: ? 1 y PR son reprimidos y, como consecuencia
: :a desaparicion de ell y de cUI, Ia produccion del
: _ resor a traves de PRE cesara.
La pregunta determinante es si a Ia interrupcion
_ :a transcripcion desde PRE le sigue la activacion de
y el establecimiento de la lisogenia, o si PRM es
:apaz de activarse y el regulador pQ obliga al fago
jesarrollo lftico . La muestra Ia etapa
- .:cial, en la cual el represor y Cro estan siendo
_:etizados.
El episodio inicial en el establecimiento de Ia
genia es la union del represor a 0 1 1 o a OR l. La
- ion en los primeros sitios es seguida con rapidez
- :- Ia union colaboradora de mas dfmeros represo -
-_ a 0 1 2 y a OR2. Este suceso desactiva la sfntesis de
= ~ e inicia la sfntesis del represor a traves del PM l"
El episodio inicial en Ia entrada al ciclo litico es
:m i6n de Cro a OR3. Esto detiene el inicio en PRM
_: circuito de mantenimiento lisogenico. Despues,
El ciclo lftico requiere que Cro acupe OL y OR
N e/
t;\
La etapa determinante cuando se decide entre lisogenia y
lisis tiene lugar durante la expresi6n de los genes tempranos retrasados.
Si ell provoca la s\ntesis suficiente de represor, habra lisogenia porque el
represor ocupa los operadores. De otro modo, Cro ocupa los operadores, lo
cual da como resultado la expresi6n del ciclo l\tico.
Cro debe unirse a OR l o a OR2, y a 0 1 1 o a 0 1 2, para
inhibir Ia expresi6n de los genes tempranos. La sus -
pension de Ia produccion de eli y de ern conduce a
la interrupcion de la sfntesis del represor desde PRE .
El establecimiento del represor se desactiva cuando
las protefnas inestables ell y ern son degradadas.
La influencia determinante sabre el cambia en-
tre lisogenia y ciclo litico Ia ejerce Ia protefna eli. Si
esta esta activa, la sfntesis del represor desde el pro-
motor de establecimiento es eficaz, y como resul-
tado, el represor logra ocupar los operadores. Si ell
esta inactiva, el establecimiento del represor fracasa
y Cro se une a los operadores.
Los niveles de protefna eli bajo cualquier cir-
cunstancia particular determinan el resultado de
una infeccion. Las mutaciones que incrementan la
estabilidad de cii aumentan la frecuencia de la liso-
genizacion. Dichas mutaciones ocurren en el gen ell
o en otros genes. La causa de la inestabilidad de ell
es su susceptibilidad ala degradacion par las protea-
sas hospedadoras. Su nivel en la celula lo determina
eill y las funciones hospedadoras.

14.21 'Que determina el balance entre la lisogenia y el ciclo l\tico? 373

 El efecto de la protefna ciii de A es secundario:
ayuda a proteger a ell contra la degradacion. La pre-
sencia de ciii no garantiza la supervivencia de ell;
sin embargo, en ausencia de ciii, ell es desactivada
casi siempre.
Los productos genicos del hospedador actuan
en esta ruta. Las mutaciones en los genes hospe-
dadores hjlA y hjlB incrementan la lisogenia (hfl
significa high frequency lysogenization, lisogenizacion
de alta frecuencia). Las mutaciones estabilizan Ia
protefna ell porque desactivan la proteasa o las pro-
teasas hospedadoras que la degradan.
La influencia de la celula hospedadora sabre el
nivel de cii ofrece una ru ta para que la bacteria in-
terfiera en el proceso de las decisiones. Par ejemplo,
las proteasas hospedadoras que degradan a ell se
activan par crecimiento en un media rico. De esta
manera, A tiende a lisar las celulas que crecen de
manera adecuada, pero es mas probable que entre
en lisogenia en las celulas so metidas a escasez de
nutrientes (las cuales carece n de los componentes
necesarios para un crecimiento litico eficiente).
IE Resumen
Los fagos tienen un ciclo de vida litico, en el cual ala
infeccion de una celula hospedadora le sigue la pro-
duccion de un gran numero de partfculas fagicas, la
!isis de la celula y la liberacion de los virus. Algunos
fagos tambien pueden existir en forma lisogenica,
en Ia cual el genoma del fago se integra al cromoso-
ma bacteriano y se hereda de esta forma latente, e
inerte, como cualquier otro gen bacteriano.
En general, Ia infeccion litica se divide en tres
fases. En la primera un pequefi.o numero de genes
del fago es transcrito par Ia polimerasa de RNA del
hospedador. Uno o mas de estos genes es un regu-
lador que controla la expresion del grupo de genes
que estan activados en Ia segunda fase. El patron se
repite en la segunda etapa, cuando un gen, o mas,
constituye un regulador necesario para Ia expresion
de los genes de la tercera fase. Los genes de las dos
primeras etapas codifican las enzimas indispensa-
bles para reproducir el DNA del fago ; los genes de
la ultima fase codifican los componentes estructu-
rales de la partfcula fagica. Es comun que los genes
muy temprano s esten apagados durante las etapas
posteriores.
En el fago A, los genes estan organizados en
grupos cuya expresion es controlada par ep isodios
reguladores individuates. El gen temprano inme-
diato N codifica un antiterminador que permite la
transcripcion de los grupos a Ia izquierda y a Ia de-
recha de los genes tempranos retrasados a partir de
los promotores tempranos PRy P1 . El gen temprano
3 74 CAPITULO 14 Estrategias de los fagos
retrasado Q tiene una funcion de antiterminac:
similar que permite la transcripcion de todos
genes tardfos desde el promotor PR .. Se reprime
ciclo litico y se mantiene el estado lisogenico ;
la expresion del gen ci cuyo producto es una p~
tefna represora que actua en los operadores C
0 1 para impedir el usa de los promotores PR y :
respectivamente. El genoma de un fago lisoger
expresa solo el gen ci desde su promotor, piR;\ \ " -
transcripcion desde este promotor comprende c -
regulacion autogena positiva, en la cual el repre ~
unido a OR activa la polimerasa de RNA' en PRM.
Cada operador esta formado par tres sitios
union para el represor. Cada sitio es palindrorr. .
y esta formado par mitades de sitio simetricas. :.
represor funciona como un dfmero. Cada mitaci _
sitio de union es contactada par un monomero ~ ~
presor. El dominio terminal N del represor contie=
un elemento helice-giro-helice que entra en com<.
to con el DNA. La helice 3 es Ia helice de reconc.
miento y se encarga de hacer contactos especifi(
con los pares de bases localizados en el operad
La helice 2 interviene en el posicionamiento d
helice 3; tambien participa en el contacto de la P~
limerasa de RNA en PRM. El dominio terminal C
necesario para la dimerizacion. La induccion es p ~
vocada par la division entre los dominios termina: :-
C y N, la cual impide que las regiones de unior: .:.
DNA funcionen de forma dimerica, lo que redt:. ~
su afinidad par el DNA e imposibilita el mant e ~
miento de la lisogenia. La union represor-opera ~
es de colaboracion, de tal manera que una vez q-_
un dfmero se ha unido al primer sitio, un segu n -
dimero se une con mayor facilidad al sitio ad ::
cente.
El elemento helice-giro -helice es utilizado r
otras protefnas de union al DNA, como Ia protei:::..._
Cro del fa go A. Esta ultima se une a los mismos Of - .
radores, pero tiene una afinidad diferente par : ~
sitios operadores individuates, que esta determina ~
par Ia secuencia de la helice 3. Cro se une de rr__:-
nera individual a los sitios operadores, co men zan -
con OR3, en una forma que no es de colaboracio-
Es indispensable para continuar par el ciclo Htic
Su union a OR3 impide primero Ia sfntesis del r= -
presor desde p RM' y luego su union a OR2 y a oi ~
evita Ia expresion continua de los genes tempran .
un efecto tambien observado en su union a 0 1 l
a 0 1 2.
El establecimiento de la sfntesis del represor rf-
quiere el usa del promotor PRE' el cual es activa
par el producto del gen ell. El producto del gen ~
es necesario para estabilizar el producto ell y prott-
gerlo contra Ia degradaci6n. Al apagar Ia expresi '
de ell y de elii, la proteina Cro impide la lisogen:=
 iesactivar todas las transcripciones excepto lade
propio gen, el represor irnpide el ciclo lftico . En
- a infecci6n particular, la decision entre lisis y li-
=enia depende de la ocupaci6n de los operadores
: el represor o par Cro . La estabilidad de la pro -
2la ell en la celula infectada es un determinante
wrdial del resu ltado.
: eferencias
La cascada lltica es controlada por dos tipos de
sucesos reguladores
--: :u lo de revision
-::e nblatt, J., Nodwell, J. R., and Mason, S. W. (1993).
Transcriptional antitermination . Nature 364, 401-406.
Los genes 'A. t empranos inmediatos y tempranos
retrasados son indispensables para la lisogenia y
para el ciclo lltico
, te de revision
..c:hne, M. (2004). The Genetic Switch: Phage Lambda
Revisited. Cold Spring Harbor, NY : Cold Spring Harbor
Press.
La lisoge ni a la mantiene una protelna represora
~ = ~los
de investigacion
-~otta, V. , Chadwick, P., and Ptashne, M. ( 1970). Active
fOim of two coliphage repre ssors. Nature 227, 41-44.
_: hne, M . ( 1967). Isolation of the lambda phage
repressor. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 57, 306-3 13 .
' 'h ne, M. ( 1967). Specific binding of the lambda phage
repressor to lambda DNA. Nature 2 14, 232-234.
El represor y sus operadores definen la region de
inmunidad
=-te de revision
-~ man, D. I. and Gottesman, M. (1982). Lambda II.
Cambridge, MA: Cell Press .
La forma de union al DNA del represor es un d\mero
.' :ulo de in vestigaci6n
JO, C. 0. and Lewis, M. (1982). The operator-binding
domain of lambda repressor: structure and DNA
recognition. Nature 298, 443-447.
El rep resor utiliza un elemento he li ce-giro -h elice
para unirse a l DNA
-:-'culo de investigacion
-~ .:.er, R. T. et al. ( 1982). Homology among DNA-binding
proteins suggests use of a conserved super-secondary
structure. Nature 298, 447-451.
BE La helice de reconocimiento determina la
especificidad par el DNA
Artlculos de inves tiga cion
Brennan, R. G. et al. (1 990 ). Protein -DNA conformational
changes in the crystal structure oi a lambda era-
operator complex. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 87,
8165-8169.
Wharton, R. L.. Brown, E. L., and Ptashne, M. (1984).
Substituting an a -helix switches the sequence specific
DNA interactions of a repressor. Ce/138, 36 1-369.
~~~~ Los dlmeros represores se unen en colaboraci6 n al
operador
Artlculos de invest igacion
Bell. C. E., Frescura, P., Hochschild, A., and Lewis, M .
(2000). Crystal structure of the lambda repressor
( -termina l domain provides a model for cooperative
operator binding. Cell 101 , 801-811.
Johnson. A. D., Meyer, B. J., and Ptashne, M. (1979).
Interactions between DNA-bound repress ors govern
regulation by the phage lambda repre ssor. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 76, 5061-5065 .
El represor en OR2 interactua con la polimerasa de
RNA en el PR:t
Art\culos de investiga cion
Hochschild, A., Irwin, N ., and Ptashne, M. ( 1983).
Repressor structure and th e mechanism of positive
control. Cel/32, 319-325.
LL M., Moyle, H., and Susskind, M. M. (1994 ). Target
of the transcriptional activation function of phage
lambda ci protein. Science 263, 75- 77.
IJID Las interacciones de colaboracion incrementan la
sensibilidad de la regulacion
Fuente de revision
Ptashne, M . (2004) . The Genetic Svvitch: Phage Lambda
Revisited. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor
Press.
Articulos de in vestigacion
Bell, C. E. and Lewis, M . (2001). Crystal structure of the
lambda repressor C-termina l domain octamer. J. Mol .
Bioi. 314, 11 27-1136 .
Dodd, I. B., Perkins, A. J., Tsemitsidis, D., and Egan, J.
B. (200 1). Octamerization of lambda C! repressor is
needed for effective repres sion of P(RM) and efficient
switching from lysogeny. Genes Dev. 15, 3013-3022.
Refere ncias 3 75
El replic6n
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
11m Los replicones pueden ser lineales o circulares
Una rcgi6n replicada aparece como un ojo dentro del DNA
no replicado
En el origen inicia una horquilla de replicacion y despues
se desplaza de forma secuencial por el DNA.
La replicaci6n es unidirectional cuando se crea ura sola
horquilla de replication en un origen.
La replication es bidirectional cuando '-" origen c-ea dos
horquiUas de replicaci6n aue se desplazan en duecciones
opuestas.
IW Es posible elaborar el mapa de los origenes con
autorradiografia y electroforesis
El desplazamierto de la horquilla de replication puede
detectarse por medio de autorradiografia utili zando pulses
radioactivos.
Las horquillas de replication crean estructt.ras en forma de
Y que alteran Ia m1gracion electroforetica de los fragnentos
de DNA.
liB (.Regula la metilaci6n del origen a la iniciaci6n?
oriC contienc 11 repeticiones ~~J~ que estan metiladas en
Ia adcnina en ambas cadenas
La replicaci6n produce DNA hemimetilado, el cuat es
incapal de iniciar la replicaci6n.
Hay Ul) relraso de 13 mi n antes de que las repeticiones
~~~~_sean metiladas de nuevo.
Los ongenes pueden ser secuestrados despues de
la replicaci6n
SeqA sc une al DNA hemimetilado y es necesaria para el
retraso de Ia replicaci6n.
SeqA puede interactuar can DnaA.
Puestn qut> los origenes estan hemimetilados, se ur1en a !a
membrana celular y en ocasiones no escan a disposici6n de
las metilasas.
La naturaleza de La conexi6n entre el origen y La membrana
aun no es clara.
Cada cromosoma eucari6tico contiene numerosos
replicones
Los replicones eucarioticos tienen una lor.gitud de 40 a
100 kb.
Un cromosoma se divide en numerosos replicones.
los replicones individuates se ac:ivar en mementos
caracteristicos durante Ia fase S.
Los patrones de activaci6n regional sugieren que los
replicones cercanos entre si son activados al mismo
tiempo.
376
IW En las levaduras pueden aislarse los origenes :
replica cion
Los origenes de 5. cerevisiae son secuencias cortas rice_
A- que tienen una secuencia esencial de 11 bp.
El DRC cs un complejo de seis prateinas que se une a
ARS.
mil EL factor de competencia controla la replicac-.
eucari6tica
El factor de competencia es indispensable para La ini:;
de La replicacion en cada origen.
Estc'i presente ef" el nticleo antes de La replicaci6n, p~
desactivado o destruido porta replicacion.
La iniciaci6n de otro ciclo de repticacion es posible ~
despues de que el racwr de competencia entra de n.~
nucleo despues de Ia mitosis.
El factor de competencia esta formado por
proteinas MCM
El ORC es un complejo de proteinas que esta asociac:
origenes de las levaduras dura nte lodo el ciclo celuL:
Cdc6 es una proteina inestable que se sintetiza solo :
Cdc6 se une al DRC y permite la union de las proteinl
MCM.
Cuando Ia replicaci6n se inicia, las proteinas Cdc6 y
MCfJ1 son desplazadas. La degradacion de Cdc6 impiv.
rei niciacion.
Algunas proteinas MCM se encuentran en el nGdeo c
el ciclo, pero otras pueden entrar solo despues de La
mitosis.
Bll!l Los lazos D mantienen a los orfgenes
mitocondriales
Las mitocondrias utilizan diferentes secvencias de v
para iniciar La replicacion de cada cadena del DNA.
La replicaci6n de Ia cadena H inicia en un lazo D.
La repliGtci6n de ,a cadena l inicia cuando su orige
expuesto por el movimiento de La primera horquilla
replicaci6n.
Ull Resumen

Introducci6n
.:elula tienc un solo crornosoma (como e n las
-;otas) o varios (como en las eucariotas), el ge-
,_ompleto debe ~er replicado predsameme una
cada divisi6n celular (.De que manera se vincu-
=isodio de la replicaci6n tOn cl ciclo celular?
:: utilizan dos conceptos generales para com-
et estado de rcplicaci6n con Ia condici6n del
~elular:
La iniciaci6n de Ia replicaci6n del DNA abliga a
Ia ce/u/a (procari61ica o eucariocica) a experrmen-
tar una divisi611 posterior. Desde este punta de
vista, cl numero de descendiemes que genera
una celula esta determ inado por una serie de
dedsiones en c uamo a inJciar o no Ia repli -
cad6n dd ON/\. Esta sc controla en Ia e rapa
de Ia inlciaci6n. Una vez que Ia replicacion ha
comenzado, continua has/a G/Ue se haya duplirado
e/ genonw completo.
Si Ia replicad6u prosiguc, nose puede per-
rnitir que ocurra Ia division consiguieme
hasta que Ia 1epJicaci6n haya sido comple-
tada. De hecho, Ia conclusion de Ia repli-
caci6n puede desencadcnar Ia cfivisi6n ce-
lular. Dco;pue-;, los genomas duplicados son
segregados en cada c(!lula hija. La unidad de
segregaci6n cs el cromosoma.
~'lias procariota!>, Ia i11iriaci6n de Ia replicad6n
cpisodiu individual que involucra a lill sitio uni-
el cromosoma bacteriano. El proceso de Ia divi-
- logra mediante cl desarroUo de un tabique que
k la pared celular y qlle divide a Ia celula en
_n las celu las eucari6ticas, la iniciaci6n de Ia re-
_.6n se idemi{ica por cl comienzo de Ia fase S. un
..lo prolongado durante el cual ocurre Ia sfntesis
:A y que comprendc n umerosos episodios i.ndi-
-les de in idacl6n. La division se logra porIa rcor-
.ac.:i6n de la c<.!luld en Ia m itosis. En este capirulo
_ rda ra Ia regulad6n de la xeplicad6n del DNA.
~a in ida un ciclo dc:- replicaci6n? c:. Que connola
. lgreso y como se senaliza su lerminad6n?
...a unidad de DNA t:n Ia que liene Iugar u11 solo
Je replicaci6n se denomina r e plic6n . Cada re-
'1 Hse activa" una sola vcz. solo una, en cada ddo
-:H. El repllc6n se define por poseer los elementos
nrrol nccesario!> para la repUcad6n. Iiene un
;.en en el cual se inicia Ia repliLaci6n. Asimismo,
e tcner un Lerm ino en el cual se detiene la re
cion.
.::ualquicr secuencia adherida a un origen o.
~rminos mas precisos, no separada de un ori-
~or un t<~ rmino, se replica como parte de ese
c6n. El origen es un sirio de actuad6n en cis,
~z de a teci<H solo a Ia molecula de Dl\'A en Ia
reside.
(La concepcion original del rep Iicon [en las pro-
catiotasllu vi:,ualitaba como una unidad que posefa
el origen y el gen que codifica Ja prorefna regula -
dora. Sin embaJgo, en la actualida<i, en los cromo -
somas eucari6ticos. el u~rmino "replic6n" se aplica
en general para describir una unidad de replicad6n
que contiene un origen; las proteinas reguladoras de
acruaci6n en trailS pueden ser codificadas en cual-
quier otra pane. )
El genoma de una celula procari6tica consutuye
un solo rC'plic6n; por lo tanto, las unidades de repli -
cact6n y de segrcgaci6n coinctden. La inkiacion en
un solo origen promueve la replicad6n del genoma
completo, una vez en cada d ivision relular. Cada
bac.:teria haploide conriene un solo cromosoma. por
lo que este tipo de com rol dt> replicaci6n se deno-
mina de una sola copia .
Las bacterias puedct t contener mas informacion
geneLica en Ia forma de plasmidos. Un phismido es
un genomn aur611omo de DNA czrcltlar tfW~ constituye un
rep/icon independimte (vease Ia Pigura l4.2). Dl repli-
c6n de un p lasmido puede ser controlado por una
sola copia, lo que significa que se replica una sola
vez cada vez que se replica <:1 cromosoma bacteria-
no. o pucdc estar bajo control de capias multi-
p les, cuando esta presenre en un nuruero de capias
mayor que el cromosoma bacteriano. Cada !ago o
D_ A de los virus ramhi en comlituye un replicon
y, por lo tanto, es capaz de inidar numerosas veces
durante un ddo infeccioso. Quiza una mejor ma-
nera de considerar un replic6n procari6tico, por lo
tanto, sea invenir Ia definicion: cualquier molecula de
DNA que comiene till ,1rige11 puede ser replicada de fonna
aut6noma en Ia ct/ula.
En Ia replicaci6n se observa una cliferencia fun -
damental en la organi1.nci6n de los genomas bacre -
rianos y eucari6 ticos. Cada cromosoma e ucari6tico
conriene un gran n(lmCnJ de replicones: por lo tan -
to, 1a un idad de segregaci6n incluye muchas un i-
dades de replicad6n. E!>to agrcga otra dimension at
problema del control: wdos los replicones que se
encuenlran en un cromosoma deben ser activados
dura me un ciclo celular. Sin embargo, nose activan
de man era simultanea. Cada replic6n debe ser r~cti
vado en un periodo bastante prolongado y cada uno
debe ser activado 110 nuis de lma vez en cada cic/o c:e/ular.
Alguna sefial debe distinguir entre los replicones
replicados y los no rcplicados para garantizar que
los 1eplicones nose ac1iven una segunda ocasion.
Numerosos repliconcs son anivados de rnanera in-
depenclienre, por lo que debe existir otra sefial que
indique el momcnto en t'l cual se ha completado el
proceso de Ia rcplicaci6 n de rodos los replicones.
Ahara se ha comenzado a reunir informacion
sobre la consmtcci6n de los replicones individuales,
pew todav(a St.: ticn<: poca informaCion sobre Ia re-
15.1 lntroducci6n 377
 laci6n que ex isle entre eUos. Nose sabe si el patron
de replicaci6n es el mismo en cada cido celular i.Se
utilizan siempre todos los origenes o algunos son
silentes en algunas ocasiones? (.LOs origenes siem-
pre se activan en el mismo arden? Si hay diferentes
tipos de orfgenes. (.que los distingue?
En comraste con los cromosomas nucleares. los
cuales son comrolados por una sola copia, el D A
de las rnitocondrias y de los cloroplasws puede ser
regulado mas como plasrnidos que exisren en copias
multiples por bacteria. Hay numerosas copias de cada
DNA de los organelos por celula y el control de su
repticacion debe relacionarse con el dclo celular.
En todos estos sistemas. Ia cuestion fundamen-
tal es dcl1nir las ~ecuencias que fundonan como
origenes y determinar c6mo son reconocidas por
las protefnas adecuadas del mecanisme de replica -
ci6n. Se comienza ror considerar la construcci6n
basica de los replicones y las diversas formas que
adqu icren; despues de Ia consideraci6n del origen.
se plan tea Ia pregunta de como Ia replicad6n del ge-
noma se coordina con Ia division bacteriana y que se
encarga de scgregar los genomas a Ia bacteria hija.
Los replicones pueden ser Lineales
o circulares
Conceptos principales
Una regi6n replicada aparece como un ojo dentro del DNA
no replicado.
En el origen inicia una horquilla de replicadon y despues
se desplaza de forma secuencial por el DNA.
La replicacion es unidirecdonal cuando se crea una sola
horquilla de replicacion en un origen.
La replicacion es bidireccional cuando un origen crea dos
horquillas de replicaci6n que se desplazan en direcciones
opuestas.
DNA no Ojode DNA no
replicado repllcaci6n replicado
Aspecto
Estructura molecular
El DNA replicado se observa como un ojo de
replicacion flanqueado por DNA no replicado.
378 CAPiTULO 15 El replic6n
Una molecula de DNA comp rometida en la rep
caci6n tiene dos tipos de regiones. La
mucstra que cuando se observa el DNA en rep
cad6n mediante microscopia electr6nica, Ia regh
replicada aparece como un ojo de replicacio
dentro del D. A no replicado. La region no rer
cada consistc en el duplex progenitor; este se ab
en Ia region replicada en dondc sc han formado
dos duplex hijos.
El sitio dondc tiene Iugar Ia replicaci6n se ~
nomina h orqu illa de repJicaci6n (en ocasior
tambien se le conoet: como p u nto de crecimie
to). Una horquilla de replicaci6n se desplaza de foTT
secu11ncial pore/ DNA desde su punlo de inicio en e/
gen . .El origen pucdc aprovecharse para comen:..
Ia replicaci6n unidireccional o la replicac.ic.
bidireccion al. Ill tipo de episodio esta determina
porIa tormaci6n de una ode dos horquillas de r~
caci6n en <.: I origen. En Ia replicaci6n un id trecci01r
una horquilla de replicaci6n abando na el origer
continua por el DNA. En Ia replicaci6n bidirecc
nat. se forman dos horquillas de replicaci6n; esta~
alejan del origen en direcciones opuestas.
La aparici6n del ojo de replicaci6n no disn:-
gue cmrc replicaci6n unidirecdooal y bidirecc
nat. Como se ilustra en Ia c:. el ojo puc-
representar cualquiera de las dos esuucturas. Sx
genera por media de replicaci6n unidireccional
REPLICAC16N UNIDIRECClONAL
ORlGEN
Horquilla~ticaci6n
J
'NAD'Y/YJ{\fAf/\
\ DNA replicado JYA
~r~~en1to~JV~~
l
REPUCAC16N BIDIRECClONAL
ORIGEN
Horquitla de Horquilla de
repticaoi6n replicaci6n
._ ~
.1'\.NfiY/ . ~t\J~
/}~\
\Jj~~
LV'\
Los replicones pueden ser unidirecdona,=-.
bidireccionales, segun la formacion de una o de dos horqL
de replicacion en el origen.
 represenLa un origen fljo y una horquilla de
cad6n movible. Si se genera por replica don bi-
..:donal. cl ojo represcnta un par de horquHias
eplicaci6n. En cualquier caso, el avance de Ia
cad6n expande el ojo hasra que Lermina por
_~car todo el rcplic6n.
:uando un replicon es circular. Ia presencia de
jo forma Ia esrrucmra e. la cual se muesLra en
. Las era pas sucesivas de Ia replicad6n
::>NA circular del virus del polioma seven a rra-
Je microscopia elecrr6nica en Ia
Apanencia de Ia
estructura a por
Estructura de medio de microscopia
rephCQCIOO 9 electr6mca
Un ojo de replicaci6n forma una estructura 9 en
: A circular.
EL ojo de replicaci6n se agranda a med1da que
norquillas de replicacion prosiguen por el replicon. Notese
=e_ Mojo" se hace mas grande que el segmento no replicado.
-= dos lados del ojo pueden definirse porque ambos tienen
;isma longitud. Fotografia cortc.sfa de Bernard Hirt. Swiss
--::itute for Experimental Cancer Research (ISREC).
15.3 Es posible elaborar el mapa de los origenes con aulorradiografia y elect roforesis
Ill Es posible elaborar el mapa
de los origenes con
autorradiografia y
electroforesis
Conceptos principales
El desplazamiento de Ia horquilla de replicaci6n puede
detectarse por medio de autorradiografia utilizando
pulsos radioactivos.
Las horquillas de replicaci6n crean estructuras en forma
de Yque alleran la migraci6n electroforetica de los
fragmentos de DNA.
La cantidad de horquillas de replica cion que hay e n
un ojo de rcpl ica<.:i6n puede delermi narse de dos
fonnas. La eleccion del mewdo depende de que el
DNA sea una molecu la definida o una region no
idemificada de u n gcnoma eelular.
Con una molecula lineal definida se puede uti -
lizar microscopia eleru6nica para medir la distancia
entre cada exrremo del ojo y el exrremo del DK A
y luego comparar las posiciones de los extremos de
los ojos en las moleculas que rienen ojos de diferen-
rcs tamanos. Si la replicaci6n es unidireccional, solo
uno de los exrremos se moverci: el orro es el origen
fijo. Si Ia replicaci6n es bidirecdonal, ambos se des-
plazaran; el origen es el pumo meclio entre ellos.
Con regiones no definidas de genomas exren -
sos se pued('n utiUzar dus pulsos de radioactividad
sucesivos para eriquetar el desplazamienro de las
horquillas de replicaci6n. Si un pulso tiene una eti-
queta mas intensa que el OlrO. plteden clisLinguirse
por las inrensidades relarivas del eriquetamienro.
REPLICACION UNIDIRECCIONAL
REPLICACION BIDIRECCIONAL
E11que1a oe densidad pesaoa (mcorporada
pnmero)
Et1queta de densidad hgera (incorporada en
segundo Iugar)
Sin euqueta (inv1sible en Ia autorradiografia)
Pueden utilizarse diferentes densidades de eti-
quetamiento radioactive para distinguir entre la replicacion
unidireccional y la replicaci6n bidireccional.
3 79
 ll~t.q!_~
........-r.'lcrn ~M~ primera dim ens ion que los separa por masa y e
Burbuja una segunda dimension en dolJ.de el movimlen
Y simple Y doble Buttlllja
asimetrica es determinado sobre todo por la morfologfa. l
diferentes tipos de moleculas en replicaci6n sigut"
--< >--< --<>-- --o- rutas caracteristicas, meclidas por su desvlacion t:.:
El tamai'io del
tragmento se -< >--< -o- -o Ia linea qu e seg uhia una molecula lineal de D.l\
del doble de tamai'lo.
duplica durante
Ia replicaci6n -< >-< -c>- -< Una simple estructura Y, en la cual una horqui
se desp laza por un fragmemo lineaL sigue una ru
__.J..._
>< c:> __.J..._
continua. Cuando las tres ramas tienen tlna misf'
longitud oeture un punto de in0exi6n y la estn

~ \ C) lura se desvla mas del DNA lmeal. Consideracior-

~~,~ 1
amuogas determ inan las rufas de las estrucLUras d
dlmensr6n exagera bles en forma de Y o de las burbujas. Una burb
Ia contribuci6n de ja asimeuica sigue un11 ruta imerrumpida con u
Ia forma de Ires
dimensiones 2 kb 2 kb 2kb rorura en eJ sitio donde la burbuja se conviene
1 kb 1 kb 1 kb 1kb estructura en forma deY a medicla que una horqu
- abandona el extrema.
La primera dimensi6n separada por masa ____. J un tas, las djferentes [ecnicas para describir
DNA en replicacio n muestran que los orfgenes
La posicion del origen y el numero de horquillas en replica- ~t tilizan con mayor frecuencia para iniciar episod;
cion determinan la forma de un fragmento de restricci6n en replicaci6n,
la cual puede deducirse por su ruta electroforetica (linea continua) . La de replicaci6n bidireccional. A partir de este nlve:
linea punteada muestra la ruta del DNA lineal. resoluci6n, se debe avanzar ahora al JJ.i.vel molecu
para idemificar las secueucias de actuacion eu
que forman el origen y los factores de actuad6n
trans que lo reconocen.
DNA DNA
hemimetilado
rnetllado
llll GRegula la metilaci 6n
GATC del origen la iniciaci6n?
CTAG
Conceptos principales
G AT c Replicacf6n Mettlasa Dam
CTAG oriC contiene 11 repeticiones ~~I~ que estiw metilada:
GATC en Ia adenina en ambas cadenas.
C TA G La replicaci6n produce DNA hemimeti lado, el cual es
incapaz de iniciar La replicaci6n.
Hay un retraso de 13 min antes de que las repeticione;
La replicaci6n del DNA metilado origina DNA ~1~ sean metiladas de nuevo.
hemimetilado, el cual mantiene su esrado en los sitios GATC
hasta que la metilasa Dam restaura la condici6n metilada por
completo. (.Que caracteristica de un origen bacLeriano (o p ~
miclo} garanriz.a que sea utilizado para iniciar la
Estas pueden visualizarse por medio de aurorra- plicaci6n solo una vez en cada ciclo? (.La inidac
diografla . La muesrra que la replicaci6n se asoda a aJgun cambio que marca el origen de
uniclireccional hace que a una edqueta le siga la o Lra manera que un origen replicado pueda distingrr
en un extrerno del ojo. La replicaci6n bidirecdonal de un origen no replicado?
produ ce un patron (simetrico} en ambos excremos Algunas secuenclas que se utiliza o para t:
del ojo. Este pau6u se observa por lo general en los prop6sito esuin induidas en el origen. oriC con:
replicones de los cromosomas eucari6dcos.
ne l l copias de la secuencia gJ~, la cual cs t.
Un metodo mas redente para elaborar el mapa
6
de los orige nes con mayor resolu d6n se vale de cliana de metilad6n en la posici6n N de Ia aden:
los efectOs que tienen los cambios de Ia forma del por Ia melilasa Dam. La reacci6n se ilustra er:
DNA sobre la m igraci6n electroforerica. La
ilusrra la u~cnica de mapeo bidimensionaL Antes de la replicad6n, el sirio diana palind.
en la cual los fragmenros de restricci6 n del DNA en mico es metilado en las adeninas de ambas cade1
replicaci611 son somelidos a electroforesis en una La repUcaci6n inserta las bases normales (no me

380 CAPiTULO 15 El replicon

 as) en las cadenas hijas. Esto genera DNA be-
metilado. en cl cual una cadena csta metilada
otra no. Por lo tanto. Ia replicadon conviene
tios diana Dam de melilados por completo a
Jlletilados.
:Cual es Ia consecl.iencta de Ia replicad6n? La
:ddad que tiene un pl<bmido con base en oriC
eplicarse en E. c(l/t dam dependc de su esta-
e meulad6n. Si el plasmido esta metilado se
t'te a una ~ola ronda de rcplicaci6n y despues
roducros hemimerilados se acumulan, como se
:ribe en Ia . Por lo tanto, un origen
metilado no puede usarse para iniciar un ciclo
crlicad6n.
Esto s ugk re dos explicaciones: Ia iniciaci6n
.: Jc requerir Ia metilaci6n comp leta de los sitios
.a Da m en el origen o puede ser in hi bida por la
imetilac16n de estos ~ it ios . La ultima posibilidad
c-:e ser Ia correua porque un orlgen de DNA n o
_ado puede 1uncionar de manera eAcicme.
_,_sf. los orlgenes hem imctilados no pueden ini-
le nuevo has ta que Ia metilasa Dam los haya
~formado en origenes metilado<> por compJeto.
' tios GATC localizados en el origen permanecen
metilados -13 nun despues de Ia replicadon.
. argo periodo noes habitual porque en los sitios
--:-c tfpicos en cualquier otro Iugar del genoma.
::netilaci6n comiema de inmediato (<1.5 min)
ues de Ia replicaci6n. Otra region acu.ia como
el promotor del gen dnaA tambien muesrra re-
amcc; de que com1enct' Ia remetilacion.
~1 promotor del gen duaA L'Stan1 reprimido
mras este hemimetilado, lo cual reduce el nivel
.1 protc ma DnaA. Por lo tanto. el origen esta
-c y Ia producci6n de la proteina iniciadora cru-
es rcp rim ida durilnre este perioclo.
Los origenes pueden
ser secuestrados despues
de la replicaci6n
' ~eptos principales
5eqAse une al DNA hemimetilado y es necesaria para
:1 retraso de la replicaci6n.
SeqA puede interactuar con DnaA.
~uesto que los origenes estan hemimetilados, se
-nen a Ia membrana celular y en ocasiones no estan a
:tsposici6n de las metilasas.
_a naturaleza de Ia conexi6n entre el origen y la
.,embrana aun no es clara.
'1ue se debe cl retraso de Ia remetiladon en oriC
. dnaA? La explicaci6n mas probable es que est.aS
-.~ones son secuestradas en una forma en Ia cuaJ
inaccesibles a Ia menlasa Da111.
l5.5 Los origenes pueden ser secuestrados despues de la replicaci6n
'\.~(JOO't~ Ongen actJVo
Rep1icaci6n !
Orfgenes
inactives
Met1lasa Dam !
~J\:IJ\.i.IJY/ Ot~gen activo
Solo los origenes metilados por completo pueden
iniciar Ia replicaci6n; los origenes hijos hemimetilados no pue-
den utilizarse de nuevo hasta que hayan rccuperado su estado
de metilaci6n completa.
Un circuito encargado de controlar Ia reutitiza-
ci6n de los origencs C!> identiflcado pur mmadones
en el gen \eqA. Los mutantes reducen el rerraso de Ia
remetilaci6n en oriC yen dnaA. Como resultado, ini -
cian Ia replicaci6n del DNA demasiado promo. con
lo que se acumula un numero exces1vo de origenes .
Esto sugiere que seqA forma parte de un circuito re -
gulador negarivo que impide que los origenes sean
metilados de nuevo. La proteina SeqA se une con
mayor fuerza al DNA hemimclilado que aJ D :rA me-
tilado por complero. Puedc inidar la union cuando
el DNA es hemimetilado. mnmenw en que su pre-
sencia continua impide Ia formacion de un complejo
abieno en d origen. ScqA no tiene especificidad
por Ia secuencia oriC y parece probable q ue esta sea
confericla por !a prordna DnaA. Esto explicarla las
interacciones genthica:. en tre seqA y d11aA.
La hemin 1etilaci6n de l d!> ~ecu endas GATC del
origeo es indispe nsable para su asociaci6n con Ia
membranv celu lar in vitro. El DNA oriC hemimeti-
lado se une a las membrana:.. pero el DNA que esu1
me1ilado por cnmpkto, no. Una posibilidad es q ue Ia
asodaci6n a Ia membrana tenga que ver en el con-
trol de !a actividad del orig<:n. Esta fund6n podria
ser independientt' de cualquier funci6n que Lenga la
membrana en Ia segregacion (vease Ia Figura 17.4).
La asociaci6n a lil membrana podria impedir que
ocurTiera Ia reiniciacion de manera premarura. de
forma indirecta por el ~ecuestro de los orfgenes. o
dtrecta por Ia inhibici6n de Ia reacci6n por pane de
algtin componente en ta membrana.
Las propicdades de Ia fracci6n de Ia membrana
sugicren GUe incluye componente:> que regulan Ia
replicaci6n. Un inhibidor observado tn esta fracd6n
compile con Ia proreina Dna A. J;sre inhibidor pue-
de impt>d.Lr la in iciaci6n de Ia rcplicadon solo si es
381

'II
GATC IHLNNtHUI
El inhibidor unido a Ia
membrana se adhiere
C T A G N N llll\IJII NJi
at DNA hemimetitado
G AT C N N N 1\1 N.N N El DNA es metilado
CTAG NNNNNNN de nuevo y IIbera at
inhib1dor
1
~GATC NNN N NN N
DnaA se une a oriC
C T A G N N N N_N N N
~-
Un inhibidor unido a la membrana se adhiere at
DNA hemimetilado en et origen y puede funcio nar at impedir
la union de DnaA. Es Uberado cuando el DNA es rnetilado de
nuevo.
agregado antes que Ja proreina DnaA a un sistema
in vitro. bsro sugiere el modelo que se muestra en Ia
en el cual el inhibidor reconoce de ma-
nera especftica el DNA hemimetilado e impidc que
se und Ia prmeina DnaA. Cllando el DNA es meti-
lado de nuevo, el inhibidor es liberado y la protefna
DnaA es libre de iniciar Ia rephcadon. Si el inhibi-
dor esta asociado a Ia membrana, es posible que la
asociacion y Ia disodaci6n del DNA ala membrana
tengan que ver con el control de Ia replicaci6n.
La extension completa del sistema utilizado
para conrrolar Ia reiniciaci6n no es clara, pero es
po~ible que partidpco numerosos mecanismos: el
secuestro Hsico del origen, el retraso de Ia remerila-
ci6n, La inhibicion de la union de Ia prorefna DnaA
y la represi6n de l<1 t.ranscripci6n del gen dnaA. No
cs evidentc cual de estos episodios ocasiona los de-
mils. y si sus efectos en lu inidaci6n son directos o
indircctos.
Aun se debe resolver el rema central de cual
caracterisrica Liene ci encargo fundamental de sin-
cronizar los sucesos. Una posibilidad es que la adhe-
sion ala membrana ocurre en la iniciad6n y que sea
necesario el cnsamble de alguna estructura exterua
para liberar el DNA. El periodo de secuestro parece
aumemar con Ia longitud del cido celular, lo cual
sugicrc que rcOcja de manera indirecta el reloj que
comrola Ia reinkiacion.
Como (mica integrame del mecanismo de repli-
caci6n indispensable solo en el origen, la protefna
DnaA ha atraido mucha atencion. Esta protefna es
Ia diana de numerosos !>istemas reguladores. F.s po-
sible que ninguno de estos sistemas sea suficiente
por sl solo para controlar la frecuencia de la ini-
382 CAPiTULO 15 El replic6n
ciaci6n. pero que cuando se combinen logren
resultado esperado. Algunas mut.adoues en el gt
dnaA provocan replicacion asincronica. lo cual s
giere que Dna A podrfa ser el nrulador" o eJ ''relo
que mide eJ numero de origenes en relaci6n con
masa celular. La sobreproducci6n de DnaA da lug.:
a re)ultados <.onOietivos, los cuales pueden vari;~
dcsde no tener ningun efecto hasta causar que
inidacion suceda en una masa reducida.
lla sido d.iffcil idenrificar los componentes pr
teinicos que median Ia adhesion a Ia membrana. l
indicio de que csta es una funci6n de la protelr
Dna/\ Jo consliwyc su respuesta a los fosfolipid
E~lOs facilitan el intercambio de ATP con el AL-
unido ala protcfna DnaA. Se desconoce Ia fund
que tiene esto en el control de La actividad de Dna
(Ia cual requiere AT.P). pero Ia reacci6n implica q.
es probable que DnaA interactue con Ia membran:
l:!sto significarfa que mas de un cpisocliu Lienc q
ver en Ia asociaci6n a la membrana. Quiza un o-
gct1 hemimr.tilado esH~ unido al inhibidor asocia
a Ia membrana, pero cuando el origen se metila r
completo, el inhibidor es desplazado porIa protei!'
DnaA asociada a Ia membrana .
Si DnaA es el iniciador que desencadena un c
do de rcplicacion, el suceso principal serla su ac_
mulaci6n en el origen en un nivel critico. No ha
variaciones dclicas en Ia expresi6n o en Ia conce-
traci6n global de Ia protefna DnaA. lo cual sugie:-
que los sucesos locales deben ser los rcsponsable
Para que !lea act iva en la iniciaci6n de la replicadc-
DnaA del>e em:ontrarse en su forma unida a ATP.::..
protefna DnaA tiene una actividad inufnseca d:
que transforma el ATP en ADP. Esta actividad
intensifica Ia subunidad ~ de la polimerasa de D~
ru. Cuando la replicasa es incorporada al compte-
de replicaci6n, esta iuteracci6n ocasiona la hidr61L
del ATP uniJo a DnaA, lo que desactiva Ia protei
DnaA e impidc que comience otro ciclo de replic=
cion. Es1a reacci6n ha sido denominada RlDA (re:-~
/a tory inactivation of DnaA, desactivaci6n regu lade:
de DnaA). cs potenciada por una protelna llama
Hda. Todavfa no sc sabc que conLrola la cronolog,
de la reactivaci6n de Ia proLcina DnaA.
Otro ranor que controla la disponibilidad
Dna/\ en el origen es Ia comperencia pot unirla
otros sitios del DNA. En particular, un locus den
minado dar riene una gran concentraci6n de siL
de union a Ia prote1na DnaA. Se le une unas oc
veces mas OnaA que al origcn. La delcci6n de .
hace que Ia iniciacion ocurra con mayor frecuena
Esto retlucc de mant>ra sign.ificativa Ia camidad
Dna A uisponible para el origen, pero nose sabe C\-
exactilud que funci6n pueda tener en el conrrol _
Ia cronologfa de la iniciad6n.
 Cada cromosoma eucari6tico
contiene numerosos replicones
-"'1!::.:-ptos principales
_;,; replicones eucari6ticos lienen una longitud de 40 a
: kb .
- cromosoma se divide en numerosos replicones.
~:o replicones individuates se activan en momentos
racteristicos durante Ia fase S.
5 patrones de activaci6n regional sugieren que los
== .icones cercanos entre s1 son aclivados al mismo
~m po .
.h celulas eucari6ticas Ia replicaci6n del DNA
:onfinada a una parte del ciclo ce lular. La fase
de durar unas cuan tas horas en 1111 a celu la eu-
rka superior. La replicaci6n de Ia gran canridad
= ~1\ con tcnido en u n cromosoma eucari6rico
~ra al dividirlo en numerosos replicones indivi -
cs. Solo algunos de estos replicones panicipan
..::. replicacion en un momenta dado de Ia fase S .
.arecer cada replic6n es activado en un momen-
'!ledfico durante Ia fase S. aunque los datos que
sabre el tema no son deci~ivos.
!:I ioicio de Ia fase S lo senala Ia aaivaci6n de
,:"rimcro!> replicones. En las pocas horas siguien-
os episodios de iniciaci6n tiencn Iugar en mros
cones de manera ordenada ..\llucho de lo que
.abe sabre las propiedades de los replicones in-
_duales proviene de eaudios au1orradiograficos
~ recurren en general a los tipos de protocolos
srrado<: en la Figura 15.5 yen Ia Figura 15.6. Los
jcones cromos6micos suelen mostrar rcpJicaci6n
.Jeccion al.
i,Qu e tan grande es el replic6n promedio y
amos hay en el genoma? Unn dili cu ltad para
-:'cribir la urlidad individual es que los replicones
:acemes pueclen fus ionarse y formar ojos repli-
os extensos. como se ilu<;Lra en l<1
- metodologia utilizada en genera l para distinguir
-:re los replicone~ individua les y los ojos fusio-
~dos consiste e n u ti lizat fragmentos de D.:\A en
cuales puedan observarse numerosos replicones
:::ivos, caplllrados al parecer en una etapa en Ia
al todos han iniciado casi at mismo tiempo, pero
res de que se rell.nan las horquillas de las unida-
.::s adyacemes.
En grupos de replicones actives. el ramano pro-
-:.cdio de Ia unidad se mide por Ia distancia que
.J.Y entre los orfgcncs (cs decir. enrre los puntas
edios de los replicones adyacen tes). La velocidad
em Ia cual sc t.ksplaza Ia horquilla de replicad6n
.tede estimarse a partir de Ia distancia maxima que
.::corren los ramos autorradiognHicos durante un
criodo detcrminado.
15.6 Cada cromosoma eucari6tico conticne numerosos replicones
Para medir el tamaiio del replicon se necesita un frag-
mento de DNA en el cuallos replicones adyacentes esten activos .
Los replicones indtvidualcs de los gcnomas eu-
cari6ticO!> son relativameme pequenos. por lo ge -
neral de -40 kb en las levacluras o en las moscas y
de -I 00 kb en las celulas animates. Sin embargo
pueden variar m,i!, de 10 veces en longitud demro
de un genoma. La velocidad de repticaci6n es de
-2 000 bp/mio. Ia cual es mucho menor que Ia del
desplazamicnto de Ia horquilla de replicaci6n bac-
reriana (50 000 bp/min).
Por Ia veloddad de replicac16n, cs evideme que
el genoma de un mamifero podlia replicarse en cerca
de 1 h si todos los repliconcs Juncionaran de manera
simultanea. Sin embargo. 1a fase S dura m<b de 6 h
en una celula sornatica tfpica, lo cual implica que no
mas del 15 % de los repliconc!> 1icnd en a esrru: acti-
ves en un tnomemo dado. Hay casos cxccpcionales.
como las divisiones embrionarlas tempranas de los
embriones de Drosophrla. en dondc Ia du raci6n de Ia
lase s se comprime por el runcionamiento simulta-
neo de un gran numero de replicones.
t.C6mo se seleccionan los origenes para Ia ini-
daci6n en momentos distimos durante Ia fase S? En
Saccharomyce~ cereviSitU, parece ser que estci prede-
terminado que los orfgcnc~ ~e repliquen temprano.
pero que las secuencias de actuaci6n en cu puedan
hacer que los orfgcnes ligados a elias se repliquen
despues .
Los dato!> disponibles sugieren que los repli-
cones cromos6milos no rienen terminales en las
cuales las horquillas de replicaci6n interrumpan el
desplazamiento y (al parecer) se disocicn del DNA .
Parece mas probable que la horquilla de replicacion
continue dcsde su origen basta que encuemre una
383

Las horqu illas de replicaci6n se organizan en
rocos dentro del nucleo. Las celulas fueror etiquetadas con
BrdU. E1 segmento izquierdo de la figura se ti16 con yoduro de
propidio para identificar La masa de ON/\. El derecho se tilio con
un anticuerpo contra BrdU para identificar el DNA en replica
cion. Fotografia cortesia de Anthony D. Mills and Ron Laskey,
Hutchinson/MRC Research Center, University of Cambridge.
horquilla que avanre hacia ella desde el replic6r. ad-
yacentc. Ya ~e ha mencionado el posible problema
topol6gico de unir cl DNA que acaba de simetizarse
en Ia union de las horquillas de replicaci6n.
J a predi-sposici6n de los rep1icones vecinos a
cstar activo!> de n'a11era simulranea podrfa cxpli-
carse porIa presencia de comroles "regio!lales .. , en
los cuales to~ grupos de replicones son iniciados de
modo mas o menos coorojnado, al comrario ne un
mecanismo rn el cual los replicones individtiales
son activado~ uno por uno en areas dispersas del
genoma. Dos caracterfsticas estructurales sugieren
Ia posibilida ci de u r~a organizaci6n a gran escala.
Regiones bastame exLt::Jtsas del a-omosoma pueden
de6nir~e como Nde replicaci6n tem prana" o "de re
plicacion tardia'', lo cual implica que hay poca dise-
minad6n de replicones que sc acLivan enmomemoc;
temprano::, o tardfos. La visualizaci6n de las horqui-
lla!> de replicaci6n pur me-clio de etiquetamiemo con
prenmore~ de Ot A idenrifica de 100 a 100 "focos"
en vez de una ti11ci6n uniforme; es probable que
cnda roco que se muestra en Ia con tell
ga >300 hurqtli lla~ de replicacion. Los focos podrian
represenrar esrrucwra!i fijas a craves de las cuales
debe n10verse el DNA en replicaci6n.
En las levaduras pueden
aislarse los origenes
de replicaci6n
Conceptos principales
Los origenes de S. cerevisioe son secuencias cortas ricas
en A-T que ticnen una secuencia esencial de 11 bp.
El ORC es un complejo de seis proteinas que se une a
una ARS.
384 CAPITULO 15 El replic6n
Cualquier segmemo de DNA que Lenga un origeL
debe estar en condiciones de replicarse: por lo tan-
to, aunque los plasmidos son muy poco Erecueme-
en las eucariota~. puede ser posible consLn.llrlos pr
media de una manipulaci6n apropiada in vitro. Est
sc ha logrado en las lcvaduras, aunque no en Ia
eucariota~ superiores.
Los mUantes de S. cerevisiae pueden ser Ntran.
forma<.! us" en su fenotipo silvestre con ta adid6n d
DNA que rranspone una copia silvesrre del gen. -;:
descubrimiemo de los orfgenes de las levaduras tu
iugar cuando se observ6 que algunos fragmenLos
DNA de las hvaduras (cuando forman un drcu:
SOI1 Lapaces de tran~formar las celulas defectuO.
con mucha eficicncia. Estos frngmemos pueden ><
brevivir en Ia celula en estado no integrado (am
nomo), es decir, como plasmidos aULorreplicamc
Uu !ragm en to transtonname de alta Erecuen~.
posee una secuencia que le da la c<Jpacidad de rer
cruse eficicmernente en las levaduras. Esre segmen
sc clenomina ARS (atllOitOmously replicating seq lit?!
secuencia de replicacion aut6noma). Los elemer
ARS se derivan de origenes de replicacion.
[n los casos en los que los elementos AR:
han mapeado de manera sistematica en regit.-
cromos6micas l''Xtensas, parece que SOlO algL
de ello!> en realidad se aprovechan para inida
replicaci6n. Los otros son silendosos o quiza se
!teen con poca (recuencia. Si es verdad que alg'.;-
orfgenes tienen probabilidades variables de ser
lizados, tam poco podrla haber rem1inales fijas e:-
los rcrlicones. En estc caso, una region dada d _
cromosoma podrfa ser replicada desde orfgenes
<inros tn cidos celularcs difereutes.
Un elemenLo ARS em) formado por una re_
rica en AT que contiene sitios discretas en los~
lcs las mutacioncs arectan el funcionamient
origen. La composid6n de bnses, mas quela sec
cia, puede ser impo11ante en el resto de Ia re=-
La muestra un analisis sistematk
mutaciones a todo lo largo de un origen. E1
cionamiemo riel origen es inhibido por con:
por mutaciones en una region "nuclear" de !-
denominada dominio A , la cual contiene lli~
cuencia de consenso de 11 bp formada por par:-
bases AT. Esra sccucncia de consenso {en ocas
denominada ACS, ARS consensus sequence, seru::.
de consenso de la 1\RS) es la (mica homologf.:
Los e lementos ARS conocidos.
Las mutaciones en rres elementos adyacc
numerados "B I a 83, disminuyen Ia funcion d_
gen. Un origen puede funcionar de manera
con dos elemento<; B cualesquiera. siempre y C'
haya un clcmemo A Iuncional. (Las copias -
lectas del consenso 11 uclear, que suelen confnrr
en las posiciones 9/ll, se ui.Jican cerca de, o
 ~ntes de Ia replicaci6n, el nucleo contiene factor de
oompetencia activo
~ .
Despues de Ia replicaci6n, el factor de competencia :
que se encuentra en el nucleo es inactivo; el factor
de competencia del citoplasma no puede entrar al
nucleo
/NNJ~
! Complejo de
~ FaseS
/A(;V/YA'\.
La disoluci6n de Ia membrana nuclear durante Ia
mitosis permite que el factor de competencia se
asocie al material nuclear
........................
La division celula r genera nucleos hijos competentes
para respaldar Ia replicaci6n
El factor de competencia que se encuentra en
-,jcleo es desactivado despues de La replicaci6n . Un nuevo
: stecimiento de factor de competencia puede entrar solo
-E-do se rompe La membrana nuclear en La mitosis.
erdese que el ORC es un complejo de 400 kD
_e se une a la ARS de S. cerevisiae (vease !a secci6n
~ - , En las levaduras pueden aislarse los orfgenes
-= <eplicaci6n). El origen (ARS) esta formado por
_ secuencia de consenso A y por t.res elementos
vease la Figura 15.12). El ORC de seis protef-
,;.s (de las cuales todas son codificadas por genes
:::tciales) se une a la secuencia A y al elemento
acente B 1. Se necesita ATP para la uni6n, pero
.:e no es hidrolizado basta alguna etapa posterior.
: !actor de transcripci6n ABFl se une al elemento
- ;- esto ayuda a la iniciaci6n, pero son los sucesos
_e tienen lugar en los elementos A y B1 los que en
::alidad provocan la iniciaci6n. La mayor parte de
orfgenes estan ubicados en las regiones que se
-:cucntran entre los genes, lo cual indica que quiza
-a importanre para que Ia estructura de la cromati-
-_; local em~ en una cond.ici6n no transcrita.
La ca ractens r.ica sobresali ente es que el ORC
-manece unido al origen en todo el ciclo celu -
~ No obstante, los cambios ocurren en el patron
;; protecd6n del DNA como resultado de Ia union
15.9 El factor de competencia esta formado por proteinas MCM
ORC
Fase G1 temprana
DV/\DVNJ , '!tflWfi\fi"VA ~ :
Cdc6
!"-
pos(eplic;ac16n
/~ \!At)~
/W~ J'VA~
\
ORC
Fase G2
/N.IVNTVJ I \{AVfi\1)~
ORC ....
/../JWF\bYI .( ' YAVJ'YIYA
Las proteinas del origen controlan la suscep-
tibilidad a La iniciaci6n.
de otras protdnas al complejo ORC-origen. La
resume el ciclo de los sucesos que tienen
Iugar en el origen.
AI final del cido celuJar, el Ol~C esta unido a A-
Bl y genera un patron de protecd6n in vivo similar
al que se observa cuando se une a! DNA libre in
vitro. En u~rminos basicos, la region que atraviesa
A-B l esti!i proregida contra la DNAasa, pero hay un
sirio hipersensible en el centro de Bl.
Durante Gl este patron cambia, mas notable-
meme por Ia perdida del sitio hipersensible. Esto se
debe ala union de la proteina Cdc6 a! ORC. En las
levadu ras, Cdc6 es una prot.eina muy inestable, con
una vida media de menos de 5 min. Se sin teliza du-
ranre G1 y suele unirse al ORC entre Ia salida de Ia
mitosis y Ia etapa Gl tardia. Su rapida degradaci6n
significa que no hay protein a d.isponible despues eo
el ciclo. En las celulas de los mamfferos, se comrola
de manera djsti.nta; esta fosforilada durante la fase
S y como resultado es exportada desde el nucleo.
La protefna Cdc6 proporciona Ia conexi6n entre el
ORC y un complejo de proteinas que partidpa en
la competencia y en la inidad6n. Cdc6 tiene ac-
tividad ATPasa indispensable para que respalde la
inidaci6n.
387
 Cienos mutantes de levaduras nospermiten co-
nocer el sistema que controla la disponibilidad del
factor de competencia. Las mmaciones que se pre -
sentan en el factor de competenci.a pueden impedir
Ia iniciaci6n de Ia replicaci6n. Asi' es como las mll
tadones actuan en las protefnas de mantcnimiento
del miniuomosoma (mil'tichromosome maintenance,
MCM) 2, 3 y 5. T.as mutaciones que ocurren en el
sistema que desacriva el faaor de competencia des-
pues del inicio de la repli<.:aci6n del>ett perm ili r la
acumulaci6n de camidades excesivas de DNA, par-
que la presencia continua de facror de compewncia
penniTe que suceda la replicaci6n. Dichas mUlacio-
nes sc observan en los genes que codifican los com-
ponemes del sistema de ubiquirlnad6n encargado
de Ia Jegradaci6n de cienas protefnas. Esto sugiere
que el factor de competencia puede ser desnuido
despues del inicio del ciclo de replicaci6n .
Las protefnas MCM2, 3 y 5 son necesarlas para
Ia replicad6n y entran al nudeo SOl() duranle Ia mi-
tosis. En las celulas ani males. se encuenrran homo-
logos, en donde MCM3 esra unida al matetial cro-
mosomico ames de la replicaci6n, pero es liberada
despues de Ia replicaci6n. El compJejo MCM2, 3, 5
de Ia celula animal permanece en el mkleo dura11te
el cido celular, lo cual sugiere que puede ser un
componente del factor de competencia. Otro com-
ponenre, capaz de emrar solo en la mirosis, puede
requerirse para que el complejo MC.'\12, 3, Sse aso-
cie al marerial cromos6mico.
En las lcvadu ras, Ia presencia de Cdc6 en el
origen permite que las protefnas MCM se uuan a l
complejo. Su presencia es indispensable para que
ocurra la iniciad6n en el origl.'n. En consecuencia,
el origen entra a la fase S como un com plejo de
prerrepllcaci6n, el cual comlene el ORC y las pro-
tefnas Cdc6 y MCM. Cuando oc1.nre Ia iniciaci6n,
Cdc6 y MCM son desplazadas y e! origen regrt"sa
a l estado de complejo de posreplicaci6u, el cual
conriene solo e1 ORC. La proteina Cdc6 f'S degra-
dada con rapidez durante Ia fase 5; por lo tanto,
no est<i disponible para respaldar la recarga de las
proteinas MCM )', en consecuencia, el origen no
puede ser millzado para un segundo ddo de in icia-
ci6n durante !a fase S.
Si Cdc6 emi disponibJe para unirse al origen
durante' Ia fase G2 (porexpresi6n ect6pica), las pro-
tefnas MCM nose uneo hasT a Ia siguiente fasr G l,
lo cual sugiere que hay un mecanisme secundario
que garamiza que se asocien a los origeues solo en
eJ rnomemo aclecuado. Esta pod1ia ser orra pane del
comrol de Ia competencta. Al menos en S. ccrevisiae,
e~te conuol no parece ejercerse en el nivel de la
entrada a! nucleo, pero esta pue(.[e SeT Una dife ren-
cia enrre las levaduras y las ce lulas animales. Las
proteinas MCM2-7 constituyen un complejo de seis
388 CAPITULO 15 El replic6n
miembros en forma de anillo alrededor del D.
Algunas de las prorefnas del ORC tienen si mili ~
ues con las prmelnas de repli\aci6n que cargan
DNA con la polimerasa de DNA. Rs posible q
el ORC ulilice Ia hidr6lisis de ATP para cargar
DNA coo el anillo MCM. En los extractos de Xeo
ptts, Ia replicaci6n puede iniciarse si el ORC es elim
nado despues de que ha cargado las proteinas CG,
y MCM. Esto muestra que Ia funci6n principal u
ORC es identificar el origen a las prmefnas Cdcc-
MCM que controlan Ia iniciaci6n y Ia competenc.
Las protefnas MCM son indispensables para
elongaci6n y para la lniciaci6n, y continuan func
nando en la horquilla de replicacion. Su particip
cion exacta en Ia elongaci6n no es clara, pero ur
posibilidad es que cont ribuyan a Ia actividad de
l1elicasa que desenrol la el DNA. OLra posibilidad
que anucn como u11a defe-nsa avanzada que aa
t:n Ia cromatina para pennitir que una helicasa ::.
tue en el DNA.
Los lazos D mantienen
los origenes mitocondriales
Conceptos principales
Las rnitocondrias utilizan diferentes secuencias de ori-
gen para iniciar Ia replicaci6n de cada cadena del DNA
La replicaci6n de la cadena H inicia en un lazo D.
La repticaci6n de Ia cadena Linicia cuando su origeh
queda expuesto por el rnovimiento de la primera
horquilla de replicaci6n .
Los orfgent::S de los replicones en los cromosorr
eucari6ticos y procari6ricos son estructuras esta
cas: estan formadas por secucncias de DNA que s
reconocidas en su [orma duplex y son uTiliza<L
para tniciar la replicadon en elmomemo adccuac
La iniciaci6tl requ\ere la separacion de las cadef'-
deJ DNA y el comienzo de la sintesis bidi.rece>
nal del DNA. En las mitocondrias se observa u-
mganizaci6n difereme.
La rep1icaci6n comienza en un origen especw~
localizado en el DNA duplex circular. Sin embarE
en u.n inicio solo una de las dos cadenas progel"':
1 oras (la cadena H en el DNA mirocondrial de ~
mamiieros) sirve C(>mo rnolde para Ia slntesis de u:
cadena nueva. La sfmesis continua solo una disra~
cia corta y desplaza a la cadena compafi.era origil'
(L) , la cual permanece como cade na ind ividua.
como se ilustra en Ia . La condici6n
esta region da origen a su nombre, lazo de desplrc
miento, o lazo D.
Las po lirncrasas de DNA no pueden inldar
sfmesis, sino que requieren un exrremo 3' con ac

lnyocct6n del nucleo al ovocito El DNA en el nucleo
tiene una densldad
ngera
denstdad
.,._
El DNA so replica en La replicaci6n
presencia de precursores semiconservadora
pesados genera DNA de
densidad hibrida
Permeabilizaoi6n oe Ia El segundo ciclo de
onvoltura nuclear replicaci6n genera
DNA pesado y DNA
hlbrido
Un nuc.eo inyectado en un ovodto de Xeno-
pus puede replicarse solo una vez a menos que la membrana
nuclear sea permeabilizada para permitir cidos subsiguientes
de rcplicadon.
porIa presencia ck un reprc~or que impida la replica-
cion repeLida en los orlgenes que han sido urilizados.
Las preguntas cruciales con respecto a Ia n aturaleza
de esLe sisLc ma regulador son: c.c6mo determina el
sistema si un o rigcn particular ha sido replicado? y
c_quc componen tes procefnicos imervienen?
Se ha conocido un poco Ia naturalez.a de los
componemes protefnicos al utihzar un sistema en
e l cual un DNA susrrato experimema un solo ciclo
de replicaci6n. Los ovocitos de Xenopus tienen todo~
los componcnres necesarios para replicar el D 'A
(en las primrras horas posteriores a la ferti lizaci6n
realizan ll ciclos de division sin Ia expresi6n de ge-
nes nuevos) y pueden replicar el DNA en un nucleo
que co; inyt'clado al ovoci10. La resume
las caracterfsticas de este sistema.
Cuando un espermatozoide o nudeo en inter-
fa~c e~ i11yeCado a un ovociro, su DNA se replica
s6lo una vez (cste episodio puede rastrearsl' con
una eriqueta de densidad, del mismo modo que en
eJ t.:Xptrimemo original en e~ que se defini6 La re
plicaCI6n semiconscrvadora, mostrado ames en Ia
386 CAPITULO 15 El reolicon
Figura I .12). Si en el ovociro se bloquea Ia sfntesis
de protefnas, Ia membrana al redcdor del material
in yecrado permanece intacta y el DNA no puede
replicarse de nuevo. No obstame, en presencia de
simesis proreinica, la membrana nuclear se rompe
del mismo modo como lo harfa en una division ce-
lular normal, y en este caso pueden ocurrir ciclo~
subsiguientes de replicaci6n. El mismo resultad
pucdc lograrsc con agentes qut: permeabilicen la
membrana nuclear. Esto sugiere que el nucleo cou-
ticne una protdna (o prorefnas) indispensable para
Ia replicaci6n que sc consume de alguna maner.:;
por un ciclo de replicaci6n, por lo que aunque haya
mas protefna en cl ciLoplasma del ovocito, esta s61
puede enrrar al nucleo si Ia memb rana nuclear sc
rom pe. En principia eJ sis tema puede ser llevad
aun mas lejos si sc desarroll a in vitro un extract
que respalde la replicaci6n nuclear y pennita asf e
aislaruien Lo de los compo nemes del ex rracto y 1.:.
identificaci6n de los facLOrCS relevantes.
La explica el conrrol de la reinida
cion al proponer que esta pro[eina es un factor d e
compctcn cia. EsL.cl prcsc111e e n el nucleo ames de ;;.
replicaci6n. Un cido de replicad6n desactiva o de-
truye el factor. y no puede ocurrir otro dclo h ast:
que se prororcione mas factor. El factor localizaa
en el ciroplasma puede acceder al material nuclea
solo en Ia mitosis subsiguicnte cuando se rompa ~
envolrura nuclear. Este sistema regulador cumr
dos prop6sitos. AJ elirninar un componeme necesar:
despues de Ia replicaci6n. i.mpide que ocurra mas.::
un dclo de replicad6n. Tambien constituye un l~
de retroalimenraci6n C]Ue hace quf' Ia iniciaci6n de
replicaci6n dependa del paso porIa division celula
B1J El factor de competen cia est:
formado por prote1nas MCM
Conceptos principales
El ORC es vn complejo de protelnas que esta asociado
a los origenes de las levaduras durante todo el ciclo
celular.
Cdc6 es una proteina inestable que se sintetiza solo e--
G1.
Cdc6 se une al ORC y permite Ia union de Las protelno~
M( M.
Cuando La rcplicacion se inicia, las proteinas Cdc6 y
MCMson despla1adas. La degradacion de Cdc6 impide
Ia reiniciad6n.
Algunas proteinas MCM se encuentran en el nudeo
durante el ciclo, pero otras pueden entrar solo desp1.1o.
de Ia mitosis.
El episodic fundamental en el control de Ia re-
caci6n es Ia actuaci6n del ORC en el origen. -:-
 llad cebadora (vease la secci6n 18.8. La acrividad
!:ladora es nccesaria para comenzar Ia slotesis de El cebador de RNA inicia lnicio de Ia sfntesis de RNA
_"A) . La replicacion en el origen deJa cadcna H Ia repllcaci6n en el origen
~nici a cuando la polimerasa de RNA transcribe en Ia cadena H I
. . , ceb<1dor. Los exrremos 3 son generados en el Cadena H 3' 1-- RNA dividido
Cadena L
bador por medio de una endonucleasa que di-
Je el hfbrido de DNA-RNA en numerosos sitios
crelOs. La endonucleasa es espedfica para la es-
--::aura triple fonnada por el hfbrido de DiM -RNA - El DNA es sintetizado
as la cadena Individual de DKA desp~azada. Des -
.a!s, Ja polimerasa de DNA extiende el extrema 3'
in terior del DNA. La sinlesis de una cadena
En las mitocondrias de los mamiferos se eucuen-
a un solo lazo Den forma de una abertura de 500
oOO bases. La cadena cona q1.Je mantiene ella70
L nueva crea un lazo 0 al
desplazar a Ia cadena
progenitora ' Ellazo D se expande
_ es inestablc y se volrea; a men udo es degradada y
ntetizada de nuevo para mantener Ia abenura del
Jplex en esle sitio. Algunas mo!eculas de DNA mi- l
~ Origen de Ia cadena L
Cuando Ia cadena
-cood rial poseen numerosos lazos D, lo cua l refleja
desplazada pasa at
uso de multiples orfgenes. El mismo mecanismo origen en Ia cadena L,
.= emplea en eJ DNA de los cloroplasLOs. en donde lnicia Ia slntesls de Ia
ay dos lazos D (en las plantas superiores}. nueva cadena H
Para replicar el DNA milocondrial de los rna- La conclusion de Ia cadena L nueva llbera los genomas hijos
-Heros, Ia cadena cona localizada en ellazo D se I \
--:tiendc. La region rlesplazada de Ia cadena L ari-
z nal se alarga y amplfa el lazo D. Esta expansion La conclusion El genoma
genera un llberado es
. ontimia hasta llegar a unos dos tercios del txayecto ClfCUIO duplex parcialmente
rededor del cfrculo. La replicaci6n de esta region repllcado
<pone un origen en la cadena L desplazada . La
:mesis de una cadena H inida en esre sitio. el cual
:-s utilizado poi una prirnasa especial que simeriza
.....t1 RNA cono. Despues, el RNA es extendido por la
olimerasa de DNA y avanza alrededor del molde
_e Ia cadena individual L desplazada en Ia direcci6n
puesta a Ia sfmesis de Ia cadena L.
Como resultado del rezago en su inicio, la sfn-
I La conclusion
genera un circulo
duplex

Se sellan las separaciones de

esis de Ia cadena H habra avanzado solo un terdo
lel trayecro alrededor del cfrculo cuando Ia sfmesis
_e Ia caclena L finaiJce. Esto libera un circulo duplex
rompleto y un cfrculo hendido, el cual permancce
ardalmente en forma de cauena individuaJ hasta
-ue la sfmesis de la cadena H concluye. Por ultimo,
as cadenas nuevas se sellan para formar estructuras
..rnactas en term.inos covalemes.
La existencia de los lazos D da Iugar a un prind-
"'io general: Un origen p11ede ser una secuencia de DNA.
ue sirve para iniciar fa sfntesis de DNA wilizando una
-.rdena como molde. La abenura del duplex no siem-
"re conduce a la in.idad6n de la repJicaci6n en la
tra cadena . En el caso de la replicacion del DNA
mitocondrial, los orfgenes para replicar las cadenas
.::omplementarias se encuentran en localizadones
.iiferentes. Los origenes que faciliran la replica-
::ion de solo una cadena tambien se encuentran en
.a [on:na de replicad6n del drculo roclante (vcase la
las cadenas nuevas
..
""
l
'
~
El lazo D mantiene una abertura en el DNA mi-
tocondrial de los mamiferos, la cual separa los origenes para la
replicacion de cada cadena.
secci6n 16.4, Los cfrculos rodantes protlucen mulr.l-
meros de un repUcon).
EIIl Resumen
El cromosoma complete se replica una vez en cada
cido de division celular. La inidaci6n de Ia repli-
caci6n obliga a la celula a experimemar un cido
de divisi6n; Ia conclusion de Ia replicaci6n puede
desencadenar el proceso de division en sf. El cro -
roosoma bacteriano esta formado por un solo re-
plicon, pero un cromosoma eucari61ico se divide

15.11 Resumen 389

 en nurnerosos replicones que Iuncionan duran1 e el
prolongad o perioclo de la fase S. El problema de re-
plicar los exrremos de un replic6n lineal se resuelve
en una variedad de formas. con mayor frecuenda al
convertir el replic6n en una forma drcular. Algunos
virus ticnen protctnas espedales que reconocen los
extremes- Los cromosomas eucari6ticos confrontan
este problema eo sus replicones terminales.
El origen mfnimo de E. coli esta fonnado por
-245 bp e inicia Ia replicad6n de forma bid.ireccio-
nal. Cualqu ier molecula de DNA con esta secuencia
puede replicarsr e n E. coli. Dos horquillas de replica-
d6n abandonan el o rigen y se desplazan alrededor
del cromosoma. al pa recer hasta que se encuentran,
aunque se han identifkado las secucncias terque ha -
rlan que las horquillas rerminaran despues de e nron -
trarse. Las unidadcs de transcripci6n estan. organiza-
das de tal manera que Ia transcripci6n prosigue casi
siempre en Ia m.lsma direcd6n que la replicacion.
La replicacio n cucariori<:a es al menos un arden
de magnitud m as lema que la rcplicaci6n bacteria-
na. Los origeues facilitan Ia replicad6n bidireccio nal
y tal vez se u tili cen ('II un orden predetenninado
durante la fase S. Los orfgencs deS. cerevisiae tienen
una secuencia nuclear de consenso formada por 11
pares de bases, en su mayor pane A-T.
Despues de Ia d.lvisi6n celular, los nucleos de las
cclulas eucari6ticas tienen un factor de competeoda
indispensable para iniciar Ia rcpllcaci6n. Su destruc-
ci6n de~pues de Ia in.lciad6n de Ia replicaci6n impi-
de que ocurran ciclu!> clc replicad6n posteriores en
las levaduras. El factor de competencia no puede ser
itnportau<J al interi or del mkleo desde el ciroplasma
y puede ser remplazaclo solo ruando Ia membrana
nuclear se rompe duranre la mitosis.
En las lcvaduras, e l origen es reconoddo por las
prorelnas del ORC. las cuales permantcen unida~
durante cl ciclo celular en las levaduras. La protelna
Cdc6 esta disponible solo en Ia ase S. En las leva-
duras es sintetizada durante la fa se S y se degrada
con rapid ez. En las celulas animales se o:;intetiza de
manera rontinun, peru es ex.portada desde e l nudeo
durame Ia fase S. La presenda de Cdc6 permite que
las protcinas MCM se unan al origen. Las proteinas
MCM son indispensables para Ia iniciaci6n. La ac-
ci6n de las proteinas Cdc6 y MCM constituyen Ia
funci 6n de compctencia.
Referencias
1111 Introducci6n
Articulo de investigaci6n
Jacob. F., Brenne1, S., and CuLin. L (1963). OJ1 the
regu lation of DNA replication in baaeria. Cold Spring
llarbor Symp. Quant. Brol. 28, 329- 148.
390 CAPiTULO 15 El replic6n
IIIJ Los replicones pueden ser lineales o circulares
Art1culo de revis16n
Brewer, B. .J. ( 1988). When polymerases collide:
replication and uanscriptional organization of the
coli chromosome. Cell 53. 679-686.
Articulos de investigac16n
Caims, J. ( 196~) The bat~ erial chromosome and its
manner o! replication as seen by autOradiography.
Mol. Bioi. 6, 208-213
lismaa. T. P. and Wake, R. G. ( 1987). The nonnal
rep!ira1ion terminus of ;he B. mbtilis chromosome.
cue. is dispe nsable for vege ta tive growth and
~poru latlon. J Mol Bin/. 195. 299- 310.
l.iu. B.. Wong. M. L.. and Albem. B. ( 1994). A Lranscri!J'
RNA polymerase moleculr survives DNA rcplicarior
wilhout aborting its growing RNA chain, Pwc. Nat/.
Ac(.ld. Sci. ()SA 91, I 0660 l 0664.
Steck. T. R. c~nd Drlica, l<. (1984). Bac1erial d tromosome
segregation: evidence for DN.i\ gyrase involvement
decalenario11. Ce// 36, 1081-1088.
Zyskind. J. w . and Smith, D. W. (1980) . Nudeotide
seq u ean~ or the S. typhimurium origin oiDNA
repUcation. Proc. Nml. Acari. Sci. liSA 77, 2460-2464,
IIIJ Es posible elaborar el mapa de los origenes
con autorradiograna y electroforesis
Articulo de investigaci6n
Hubermau, J. and Riggs, A. 0. ( 1~68) . On the mechani~"'
of DNA repbcauon in mammalian d1romosomes. T
Mol Bioi. 32, 327-34 I.
lllil Cada cromosoma eucari6tico contiene numerosos
replicones
Articulo de revision
Fangman, w. L. and .Brewer. B. I, (199 1 ). Activation of
1eplimtion origms within yeast chromosonu:s. Atttllt
Rfv Cell Bioi. 7. 375-402.
Articulo de investigaci6n
Blttmcnthal, A. B. Kriegs r.ein, H. J., and Rogness. 0. S.
( 197<1). The unlrs ur DNA replication in D. me/anoga.c
chromosomes. Cold Sprmg llarbor 1/ymp. Quant. Rio/. 3_
205-223.
1111 En las levaduras pucden aislarse los origenes
de replicaci6n
Arllculos rle revision
BelLS. P. and Dutta. A. (2002). DNA replication in
eukaryouc lells. Annu Rev 8iochem. 71, 333-374.
DePampWis, M. L ( 1993). EukaryoricDNA replication:
a.uatomy of an origtn. Annu. Rev Biodrem. 62.
29--63.
Gilbert, D. M. (2001 ). Making sense of eukaryotic DNA
replica1ion origins. Saurce 294, 96-l 00.
I<eUy, T. J. and Brown, G. W. (2000). Regulation of
chromosome replication. Annu. Rrv. Biochem. 69.
829-880.
:ulos de invesligaci6n
~lana. M., Apiou. F., Bensimon. A . and Dcbausse, M.
llJI!l Los lazos D mantienen los origenes mitocondriales
(2003). Dynamics of DNA replication in mammalian Articulos de revision
somatic cells nucleotide pool modulates origin choice Clayton. D. (I 982) Replication of animal mitochondrial
and i111erorigm spadng. Cell 114. 385- ~94 J)NA. Cell 28. 693-705.
~snokov. 1., Remu~. D.. and Bmchan, M. (2001). Clayton, D. A. ( 1991 ). Replication and transcription of
FunCtional analysis oJ mutant and wild- type vertebratt- mitochondrial DNA A111111. Rtv. Clll Bioi. 7.
Drosoplula origin recognition complt>x. Proc. Nat/ 453-478
Acad. Srt. USA 98, I 1997-12002 ShadeL G. S. and Clayton, D. A. (1997). J\1\.itochondrial
rahrens, Y. ,md Stillman. B. ( 1992). A Yf'd~L DNA maintenance in vertebrates. AIII/II Rev. Biocirmt
chromosomal origin of D'XA replication defined by 66, 409-435.
rnuluple functional elemems. SCimu 255, 817-823.
nck. 1. J .. Apancio. J. G.. Chen T .. Barneu. J.D ..
Jennings. E G.. Young. R. A.. Bell. S. P. and Aparido.
0. M 12001). Genome-wide distnbution ol ORC and
MCM proteins inS rerevisiae: high-resolution mapping
or replication origins. Scimcc 194, 21'57-2360.

Referencias 391
Replicones extracromos6micos
ESQUEMA DEL CAPITULO
Ifill Introducci6n
11ft Los extremos del DNA lineal representan un
problema para la replicaci6n
Para replicar la cadena de DNA con un extrema 5' se
necesitan arreglos especiales.
11m Las prote\nas terminates permiten la iniciaci6n en
los extremos de los DNA v\ricos
Una proteina terminal se une at extrema 5' del DNA y
proporciona un nucle6tido de citidina co n un extrema
3'-0H que ceba ala replicaci6n.
liD Los c\rculos rodantes producen mult\meros de un
rreplic6n
Un circulo rodante genera multimeros de las cadenas de la
secuencia original.
IIR Los c\rculos rodantes se utilizan para replicar los
genomas de los fagos
La proteina cpX A es una relaxasa de actuaci6n en cis que
genera circulos de cadena individual a partir de la cola
producida por la replicaci6n por circulos rodantes.
IDI!I El plasmido F es transferido por conjugaci6n entre
bacterias
Un factor F libre es un replic6n que se mantiene en el nivel
de un plasmido por cromosoma bacteriano.
Un factor F puede integrarse al cromosoma bacteriano, en
cuyo caso, su propio sistema de replicaci6n es suprimido.
El factor F codifica a pili especificos que se forman en la
superficie de la bacteria.
Un pilus F permite que una bacteria F positiva contacte a
una bacteria F negativa y se inicie la conjugaci6n.
lmfll La conjugaci6n transfiere DNA de cadena
individual
La transferencia de un factor F inicia cuando la replicaci6n
por circulos rodantes empieza en oriT.
El extrema 5' inicia la transferencia en la bacteria
receptora .
El DNA transferido se hace bicatenario en la bacteria
receptora.
Cuando un factor Festa libre, la conjugaci6n "infecta" a la
bacteria receptora con una copia del factor F.
Cuando se integra un factor F, la conjugaci6n provoca
la transferencia del cromosoma bacteriano hasta que el
proceso es interrumpido por rotura (aleatoria) del contacto
entre el donador y la bacteria receptora.
392
lnm) El plasmido bacteriano Ti provoca la enfermeda
de agalla de Crown en las plantas
La infecci6n por la bacteria A. tumejaciens puede
transformar las celulas de las plantas en tumores.
El agente infeccioso es un plasmido transportado par la
bacteria .
El plasmido tambien porta genes para sintetizar y
metabolizar las opinas (derivados de la arginina) que
utiliza la celula tumoral.
1m El T-DNA porta los genes necesarios para la
infecci6n
Parte del DNA del plasmido Ti se transfiere at nucleo de .;
celula de la planta.
Los genes vir del plasmido Ti se localizan fuera de la
region transferida y son necesarios para el proceso de
transferencia.
Los genes vir son inducidos por compuestos fen6licos
liberados por las plantas en respuesta a lesiones.
La proteina de membrana VirA se autofosforila en la
histidina cuando se une a un inductor.
La proteina VirA activa a la proteina VirG at transferirle ~
grupo fosfato.
VirA-VirG es uno de los numerosos sistemas bacterianos
de dos componentes que utilizan un regulador de
fosfohistidi na.
Dl!J La transferencia del T-DNA es semejante a la
conjugaci6n bacteriana
El T-DNA se genera cuando una hendidura en la fronter2
derecha crea un cebador para la sintesis de una nueva
cadena de DNA.
La cadena individual preexistente que es desplazada po
la nueva sintesis es transferida al nucleo de la celula d~
planta.
La transferencia termina cuando la sintesis de DNA lleg;; '
una hendidura en la frontera izquierda.
El T-DNA es transferido co mo un complejo de DNA de
cadena indi vidual con la proteina de union a la cadena
individual VirE2.
El T-DNA de cadena indi vidual es transformado en DNA
bicatenario e integrado al genoma de la planta.
Se desconoce el mecanisme de integraci6n. El T-DNA pL ~>
ser utilizado para transferir genes al interior del nucleo : =.
una celula vegetal.
1m1D Resumen
 Introducci6n
:-.a bacteria puede ser el hospedador de unidades
-- er.icas de replicacion independiente, ademas de su
- :nosoma. Estos genomas extracromosornicos son
: os tipos, plasrnidos y bacteriofagos (fagos). Algu-
;. plasmidos y todos los fagos tienen la capacidad de
_!1sferirse de una bacteria donadora a un receptor
:- un proceso infeccioso. Una distincion importante
- :re ellos es que los plasmidos existen solo como ge -
:nas de DNA libres, mientras que los bacteriofagos
;) virus que empacan un genoma de acido nucleico
-- una envoltura de protema y son liberados de la
.:.:teria al final de un ciclo infeccioso.
Los plasmidos son moleculas circulares de
::. _-A autorreplicantes que se mantienen en la celula
=-_ un nCtmero de capias estable y caracterfstico, es
.ecir, que se mantiene constante de generaci6n en
_:-neraci6n. Los plasmidos de copia individual man-
::nen la misma cantidad respecto del cromosoma
~cteriano hospedador, uno por cada unidad bacte-
-:ana, y como el cromosoma hospedador, se basan
c:--. un mecanismo especffico para ser segregados
_;: manera equivalente en cada division bacteria-
-:a. De los plasmidos de capias multiples hay varias
r unidad bacteriana y pueden ser segregados a las
: Kterias hijas de forma estocastica (es decir, hay
_Jficientes capias para que cada celula hija siempre
d quiera algunas en una distribucion aleatoria).
Los pliisrnidos y los fagos se definen por su capa-
.:! ad para residir en las bacterias como unidades ge-
_ ' ticas independientes. No obstante, algunos plas-
:::::lidos y ciertos fagos tambien pueden existir como
-ecuencias en el genoma bacteriano, cuyo caso, la
::1isma secuencia que constituye al plasmido inde-
endiente o al genoma del fago se encuentra dentro
iet cromosoma yes heredada como cualquier otro
;en bacteriano. Se dice que los fagos que forman
arte del cromosoma bacteriano ex hi ben lisogenia,
~n tanto que los plasmidos con capacidad de com-
oortarse de esa manera se denominan episomas.
~os fagos y los episomas utilizan procesos relacio-
:-~ados para insertarse en el cromosoma bacteriano
-.- ser escindidos de eL
Una similitud entre los fagos lisogenicos, los
lasmidos y los episomas es que mantienen una po-
sesion egofsta de su bacteria y con frecuencia impi-
ien que otro elemento del mismo tipo se establezca.
Este efecto se denomina inmunidad, aunque la
base molecular de la inmunidad por plasmidos es
diferente de Ia lisogenica y es consecuencia del sis-
tema de control de la replicacion.
En la Figura 14.2 se resumen los tipos de uni-
dades geneticas que pueden ser propagadas en las
bacterias como genomas independientes. Los fagos
'ticos pueden tener genomas de cualquier tipo de
16.2 Los extremos del DNA Lineal representan un problema para la replicaci6n
acido nucleico y se transfieren entre las celulas por
la liberacion de partfculas infecciosas. Los fagos li-
sogenicos tienen genomas de DNA de doble cade-
na, igual que los plasmidos y los episomas. Algunos
plasmidos se transfieren entre las celulas mediante
un proceso de conjugacion (con contacto directo
entre las celulas donadoras y receptoras) . Una ca-
racterfstica del proceso de transferencia en ambos
casas es que ocasionalmente algunos genes hospe-
dadores bacterianos son transferidos con el DNA del
plasrnido o con el fago, de modo que la funci6n de
estos eventos es permitir el intercambio de informa-
cion genetica entre las bacterias .
La caracterfstica fundamental en la determina-
cion del comportamiento de cada tipo de unidad
radica en como se utiliza su origen. En un cromo-
soma bacteriano o eucari6tico, un origen permite
iniciar un solo evento de replicacion que abarca el
replicon, sin embargo, los replicones tambien pue-
den ser utilizados para fomentar otras formas de re-
plicacion. La alternativa mas com(m es utilizada por
las pequefias unidades de replicacion independiente
de los virus. El objetivo de un ciclo de replicacion
virica es producir muchas capias del genoma vfrico
antes de que Ia celula hospedadora sea lisada para
liberarlas. Algunos virus se replican de Ia misma
forma que un genoma hospedador, con un evento
de iniciaci6n que da Iugar ala produccion de capias
duplicadas, cada una de las cuales vuelve a repli-
carse despues, y as( sucesivamente. Otros utilizan
una forma de replicacion en la cual se producen
numerosas capias a manera de matriz en tandem
despues de un solo evento de iniciaci6n . Los episo-
mas activan un evento similar cuando el DNA de
un plasmido integra do deja de ser inerte e inicia un
ciclo de replicaci6n.
Muchos replicones procarioticos son circulares,
caracteristica necesaria para las formas de replica-
cion qu e producen multiples capias en tandem. Sin
embargo, algunos replicones extracromosomicos
son lineales, en cuyo caso se tiene que considerar la
capacidad de replicar el extrema del replic6n. (Ob-
viamente, los cromosomas eucarioticos son lineales,
de modo que en los replicones existe el mismo pro-
blema en cada extrema, aunque dichos replicones
tienen un sistema especial para resolverlo.)
Los extremos del DNA lineal
representan un problema para
la replicaci6n
Concepto principal
Para replicar La cadena de DNA con un extrema 5' se
necesitan arreglos especiales.
393

5' - 3'
Cadena nueva sintetizada en
direcci6n 5'-3'
5' 3jSalida
La replicaci6n podria salir del extrema 3' de una cade-
na lineal recien sintetizada, pero (podria iniciar en el extrema 5'?
Ninguno de los replicones analizados hasta ahora
tiene un extrema lineal, todos son circulares (como
en los genomas de E. coli o de las mitocondrias) o
forman parte de unidades mas largas de segregacion
(como en los cromosomas eucarioticos), pero sf hay
replicones lineales, en algunos casas como unidades
extracromosomicas individuales y, por supuesto, en
los extremos de los cromosomas eucarioticos.
La capacidad de todas las polimerasas conocidas
de los acidos nucleicos, DNA o RNA, para proceder
solo en direcci6n 5'-3', constituye problema para
sintetizar el DNA en el extrema de un replicon li-
neal. Considerense las dos cadenas progenitoras
ilustradas en !a I U .1 ; !a cadena inferior no
tiene problema, puede actuar como molde para sin-
tetizar una cadena h ija qu e llega directamente a!
extrema, donde presumiblemente se desprende la
polimerasa. Sin embargo, para sintetizar un com-
plemento en el extrema de la cadena superior, la
sintesis debe comenzar justa en la ultima base, de
lo contrario, esta cadena se h ara mas corta en los
ciclos sucesivos de replicacion.
Se desconoce si la iniciacionjusto en el extrema
del DNA lineal es posible, en gen eral se piensa que
una polimerasa se une a un sitio que rodea a !a posi-
cion en Ia cual debe incorporarse una base, de modo
que debe emplearse un mecanismo especial para la
replicacion de los extremos de los replicones linea-
les. Es posible imaginar numerosas soluciones para
dar cabida a !a necesidad de copiar un termino:
El problema puede ser evadido transfor-
mando un replicon lineal en una molecula
circular o multimerica, mecanismos u tiliza -
dos por fagos como T4 o 'A (vease la seccion
16.4, Los drculos rodantes producen mul-
tfmeros de un rep!icon).
El DNA puede formar una estructura in-
usuaL por ejemplo, a! crear una horquilla
en el termino, de manera que no h ay un
extrema libre. La formacion de una ligadura
cruzada esta implicada en la replicacion del
DNA mitocondriallineal de Paramecium.
394 CAPITULO 16 Rep licones extracromos6micos
El extrema puede ser variable y no dete-
minado con precision. Los cromosomas e _
carioticos suelen adoptar esta soluci6n, e-
la cual cambia el numero de capias de u- ,
unidad corta repetitiva, localizada en el e- -
tremo del DNA (vease la secci6n 28 .18, L:
telomeros son sintetizados por una enzir::
ribonucleoprotefnica ). Un mecanismo pa;:
agregar o eliminar unidades hace innece ' -
ria !a replicacion hasta el extrema.
Una protefna puede intervenir para haec
posible !a iniciacion en el extrema. Numer ~
sos acidos nucleicos vfricos tienen protem~
ligadas de manera covalente a la base termi;:
5 '. Los ejemplos mejor caracterizados sL~
el DNA del adenovirus y el del fago <p2
ademas del RNA del poliovirus.
Las prote1nas terminales
permiten la iniciaci6n en los
extremos de los DNA v1ricos
Concepto principal
Una prote\na terminal se une al extrema 5' del DNA y
proporciona un nucle6tido de citidina con un extrema
3'-OH que ceba a la replicaci6n.
El DNA del adenovirus y el del fago q>29 son ejerr_-
plos de iniciaci6n en un extrema lineal, que de he-
cho se replican desde los dos extremos utilizando e.
m ecanismo de desplazamiento de cadena que so:-
ilustra en !a r J . En cualquiera de los extre-
mos pueden tener Iugar de manera independiem~
los mismos eventos. La sfntesis de una cadena nue-
va empieza en un extrema y desplaza a Ia cade1 ~
homologa qu e previamente estaba apareada con e
duplex. Cuando la horquilla de replicacion llega ~
otro extrema de !a molecula, la cadena desplazadc.
se libera como una cadena individual libre, event
que requiere de !a formacion de un origen duple_:
por apareamiento de bases entre algunas secuen-
cias complementarias cortas de los extremos de !2
molecula.
En varios virus que utilizan dichos mecanismos
hay una protefna adherida de forma covalente 2
cada extrema 5' . En el caso de los adenovirus, una.
proteina terminal esta ligada con el DNA vfrico
maduro mediante un enlace fosfodiester con la se-
rina, como se indica en la J
c:.Como supera la adhesion de Ia protefna el pro-
blema de la iniciacion? La proteina terminal tiene
dos actividades, transportar la citidina que propor-
ciona el cebador y estar asociada con Ia polimeras2
de DNA . De hech o, Ia ligadura de una protefna ter-
minal a un nucleotido es llevada a cabo por la poli-
 Serina o
H II
I H C
/ N '-...._ 1/ "
Polipeptido C Polipeptido
5'
~~~~. .~~~~~~~ 3'

-.wu~~aw-.~~w..w_.~~ 5'

La horqui\la avanza
5'c;opr,.,..~~IJ'Illll'""-
s.......i"i":i'=i"'"!'l"!!"f'T.P ~~"""!1"'!1"!,-pJI!'!I"!l!"P''',.,., 3'
3~~~~ww~~~~ww.-~~~ 5

0 OH
I
3'
5' "rrTT.'i'TJ"YYIII":t'T~FF.i~~FT.i'~i"'.i'l'T:T~ I
DNA del adenovirus
3' 4r..WW::i!:il:iY=IIWOI:I:il::il::iloi!::loi!::!:ij!:.i!:l!::i!:lo!.ill:il::illlo~ 5'

~
El fosfato terminal 5' de cada extrema del DNA
del adenovirus esta ligado de manera covalente a una serina
Los terminos se aparean para formar un origen de la proteina de union al Ad de 55 kD.
duplex

5'
3'

5'
3.1AiloolloOI.W.W...................................................,;. 5'

JR 2 La replicaci6n del DNA del adenovirus se inicia

-~ aradamente en ambos extremos de la molecula y procede
: : - desplazamiento de la cadena. "''I"'"'J~I'I'I"P!I"''I'I"'P'7 3'
.............w.:..wo.:.....t:4ilblolo...... 5'
~ erasa de DNA en presencia del DNA del adenovi-
- .!S, fenomeno que sugiere el modelo ilustrado en la
URA ~ . El complejo formado por la polimerasa ,:>,I"PP,.""''I"''''...,~ 3'
~e DNA y ra proteina terminal, que porta el nu- ....WO.W.:~d.W.w.IIOiW.:w.ilo...... 5'

:...eotido C cebador, se une al extremo del DNA del

:denovirus. El extremo 3'-0H libre del nucleotido
= se utiliza para cebar la reaccion de Ia elongacion
ediante la polimerasa de DNA, lo cual genera una
- :..teva cadena cuyo extremo 5' se liga de manera
: valente con el nucleotido C iniciador. (De hecho, pppA
~ reaccion implica el desplazamiento de la protei- -SerC-OH
- a del DNA y no una nueva union. El extremo 5' 3'-HO-GpTpApGpT-----------
:el DNA del adenovirus esta unido a la proteina
. ;:rminal utilizada en el ciclo previo de replica cion. La proteina terminal del adenovirus se une al
extrema 5' del DNA y proporciona un extrema C-OH para cebar
....a protefna terminal antigua es desplazada por la la sintesis de una nueva cadena de DNA.
-ueva en cada nuevo ciclo de replicacion.)
La proteina terminal se une a la region que se tre las posiciones l 7 y 48, es esencial para la union
' Caliza entre los pares de bases 9 y 18 des de el ex- de una protefna hospedadora, el factor nuclear I,
::-emo del DNA. La region adyacente, localizada en- que tambien es necesario para la reaccion de ini-

16.3 Las proteinas terminates permiten la iniciaci6n en los extremos de los DNA viricos 395
 ciaci6n. Por consiguiente, el complejo de iniciaci6n
puede formarse entre las posiciones 9 y 48, distancia
fija a partir del extrema del DNA.
Bit Los circulos rodantes producen
multlmeros de un replic6n
Concepto pri ncipal
Un circulo rodante genera mult\meros de cadena
individual de la secuencia original.
Las estructuras generadas por el replic6n dependen
de la reacci6n que se produzca entre el molde y !a
horquilla de replicaci6n. Las condicionantes funda-
mentales son si el molde es circular o lineal y si la
horquilla de replicaci6n esta comprometida con la
sfntesis de las dos cadenas del DNA o s6lo de una.
Eol molde es DNA duplex circular
r La division de una unidad de cola genera u ...:.
La iniciaci6n ocurre en una cadena
(~ 3'-0H ! 5 -P
.
, - - Hendidura en
el origen
~ del circulo rodante original).
El alargamiento de Ia cadena creciente
desplaza a Ia cadena antigua
Q I
5'
Cadena desplazada
Cadena creciente
Despues de una revoluci6n, Ia cadena
desplazada llega a Ia longitud de una
' unidad
La elongaci6n continua genera una
Cadena desplazada de multiples unidades
r-'
~ . .
/
EL circulo rodante genera una cola multimerica
de cadena individual.
396 CAPITULO 16 Replicones extracromos6micos
La replicaci6n de una sola cadena permite ge1::
rar copias de algunas moleculas circulares. Una h -
didura abre una cadena y posteriormente el extrer:-
3'-OH genera do por !a hendidura es ampliado J: _
!a polimerasa de DNA. La cadena recien sintetiza
desplaza a la cadena progenitora original. Los eve:
tos resultantes se describen en !a 'i .
Este tipo de estructura se denomina eire
rodante porque puede considerarse que el pu :u~
de crecimiento rueda en torno a Ia cadena eire
lar que funciona como molde; en principia pod.-.
hacerlo indefinidamente. Conforme se desplaza.
horquilla de replicaci6n extiende la cadena extec
y desplaza al compafiero anterior. Vease !a micr. -
graffa electr6nica de !a
El material recien sintetizado esta ligado de n ..o-
nera covalente al material original, de modo que _
cadena desplazada contiene al genoma original e-
su extrema 5'. La unidad original va seguida de cue--
quier numero de copias del genoma sintetizadas
revoluciones cominuas del molde. Cada revoluci --
desplaza al material sintetizado en el ciclo previo.
El cfrculo rodante tiene varios usos in vivo; e-
la se muestran algunas de las rutas u .-
lizadas para replicar el DNA.
copia del replic6n circular original en forma linea...
La estructura lineal puede mantenerse como cadt
na individual o ser transformada en un duplex p -
medio de Ia sfntesis de la cadena complementaf :
(cuya secuencia es identica ala de la cadena mol -
El cfrculo rodante proporciona el medio pa::-:
amplificar el replic6n (Ia unidad) originaL mec -
nismo que se utiliza para generar DNA ribos6mic-
(DNAr) amplificado en el ovocito de Xenopus. l
genes del RNA ribos6mico (RNAr) se organizan ~
t
En las imagenes par microscop\a electr6nica, _-
c\rculo rodante seve como una molecula circular de cola line: .
Cortesia de Ross B. Inman, Institute of Molecular Viroloc
Bock Laboratory and Department of Biochemistry, Univers=:.
of Wisconsin, Madison, Wisconsin, USA.
: . genoma como un gran numero de repeticiones
:ontiguas. Una sola unidad repetitiva del genoma se
::-ansforma en un cfrculo rodante. La cola desplaza-
: a, que contiene numerosas unidades, se con vie rte
-:-:1 DNA duplex; posteriormente se separa del cfrcu-
de manera que los dos extremos pueden unirse
:::.ra generar un gran cfrcu lo de DNAr amplificado,
-:or lo tanto, el material amplificado consta de gran
-.umero de unidades repetitivas identicas.
Los c1rculos ro dantes
se utilizan para replicar
los genomas de los fagos
Concepto principal
perspectiva mas detallada de un ciclo de replicaci6n
fagico centrado en el cfrculo rodante.
El fago qJX174 esta formado por un DNA circular
de cadena individual conocido como cadena positiva
(+ ); por otra parte, se sintetiza una cadena comple-
mentaria denorninada cadena negativa (-). Por esta
acci6n se genera el cfrculo duplex que aparece en !a
parte superior de la figura, el cual es replicado poste-
riormente por un mecanismo de circu lo rodante .
El circulo diiplex se transforma en una estruc-
tura cerrada de manera covalente, la cual se super-
enrolla. Una proteina codificada por el genoma del
fa go, la proteina A, hace una hendidura en la cadena
( +) del DNA duplex en un sitio especifico que define
el origen de la replicaci6n. Despues de que se forma

La prote\na <pX A es una relaxas a de actuacion en cis

que genera c\rculos de cadena individual a partir de la
cola producida por la replicacion por c\rculos rodantes. La protefna A hace una hendidura en el origen
y se une al extrema 5'

~.a replicaci6n por media de cfrculos rodantes es

: mun entre los bacteri6fagos. Los genomas uni-
.........
..;:rios pueden ser separados de !a cola desplazada
generar mon6meros que es posible empacar en
rticulas de fagos o utilizar para ciclos de replica- Cadena+
::6n posteriores . En la se muestra una : La replicacion del cfrculo rodante desplaza
: a Ia cadena negativa

Sfntesis de DNA
Division de los Division en
multfmeros Ia unidad

d /
I
La horquilla de replicacion rebasa el origen;
Ia protefna A hace una hendidura en el DNA
: y se une a un extrema 5' nuevo

Cadena individual
multimerica
' Unidad de
cadena
individuay
I

La cadena positiva liberada forma un cfrculo

Duplex multimerico covalente
Cadena

'
individual circular

/
Duplex circular

J El destino de la cola desplaza da determina el tipo
: :o productos generados por los c\rculos rodantes. La division de
--3 unidad genera monomeros, que pueden ser convertidos en
:..- :ructuras duplex o circulares. La di vision de los muLt\meros
;~1e ra una serie de capias repetidas en tandem de La unidad
: -'ginal. Notese que la conversion a cadena doble podria ocurrir
: -:es de que la cadena se desprenda del c\rcuLo rodante .
El RF del DNA de <pX174 es un molde para sinte-
tizar c\rculos v\rico s de cadena indi vidual. La prote\na A per-
manece unida al mi smo genoma en un nCrmero indefinido de
revoluciones, hacienda una hendidura en eL origen en la cadena
v\rica (+) y transfiriendose al extrema 5' nuevo en cada ciclo.
Al mismo tiempo, La cadena v\rica liberada adquiere una forma
circular.

16.5 Los c\rculos roda ntes se utili zan para replicar los genomas de los fagos 397
 la hendidura en el origen, la proteina A se mantiene
conectada con el extrema 5' que genera, mientras
que el 3' es extenclido por la polimerasa de DNA.
La estructura del DNA tiene una funcion im-
portante en esta reaccion, pues solo puede ser hen-
dido cuando este superenrollado negativamente (p. ej.,
enrollado en su eje espacial en sentido opuesto ala
direccion de la doble he lice; vease la seccion 19 .12,
El superenrollamiento afecta a la estructura del
DNA). La protefna A es susceptible de unirse a un
fragmento decamero de cadena individual de DNA
que rodea al sitio de hendidura, lo cua l sugiere que
el superenrollamiento es necesario para facilitar Ia
formacion de una region de cadena individual que
proporciona ala proteina A su sitio de union. (Una
actividad enzimatica en la cualla proteina clivide al
DNA duplex y se une a un extrema 5' liberado se
denomina, en ocasiones, relaxasa.) La hendidura
genera un extrema 3'-0H y uno 5'-fosfato (adheri -
do de manera covalente ala proteina A), los cuales
tienen un papel que desempefi.ar en la replicacion
de <pX174.
Utilizando el cfrculo rodante, el extrema 3'-0H
de Ia hendidura se extiende en una nueva cadena
que se alarga en torno ala cadena molde (- ) circu-
lar hasta que llega al punto de inicio y desplaza a!
origen, cuando la proteina A vuelve a funcionar.
Permanece conectada al circulo rodante y tambien
al extrema 5' de la cola desplazada, de modo que
se mantiene cerca, mientras el punto creciente re-
gresa y rebasa al origen. Por consiguiente, Ia misma
protefna A vuelve a estar disponible para reconocer
el origen y hendirlo, adhiriendose ahora a! extrema
generado por la nueva hendidura. El ciclo puede
repetirse indefinidamente.
Despues de este evento de formacion de Ia hen-
didura, la cadena individual (+) desplazada es libe-
rada en forma circular. La proteina A participa en
la formacion del circulo, de hecho, la union de los
extremos 3' y 5' de la cadena (+) producida se logra
a traves de ella como parte de la reaccion por la cual
es liberada al final de un ciclo de replicaci6n para
que empiece otro.
La proteina A tiene una propiedad inusual po-
siblemente relacionada con estas actividades. In vivo
act(ra en configuracion cis. (Noes posible reproducir
este comportamiento in vitro, como puede obser-
varse a partir de su actividad en cualquier molde
de DNA de un sistema sin celulas.) La implicacion
es que, in vivo, Ia protefna A sintetizada por un geno-
ma en particular puede adherirse solo a! DNA de dicho
genoma, pero se desconoce como. Sin embargo, su
actividad in vitro muestra c6mo se mantiene aso-
ciada ala misma cadena molde (- ) progenitora. La
proteina A tiene dos sitios activos, lo cualle permite
dividir el origen "nuevo" mientras aun conserva el
398 CAPITULO 16 Replicones extracromos6micos
"antiguo"; despues se liga a Ia cadena desplazada
en un circulo.
Una vez formada la estructura circular, la ca-
dena (+) desplazada puede tener dos destinos. Du-
rante la fase de replicacion de la infeccion virica
puede ser utilizada como molde para sintetizar lc:
cadena (-) complementaria; el cfrculo duplex pue-
de ser utilizado despues como drculo rodante pare:
generar mas progenie . Por otra parte, durante la
morfogenesis del fago, la cadena (+) desplazada se
empaqueta en el virion fagico.
DD El plasmido Fes transferido
por conjugaci6n
entre bacterias
Conceptos principales
Un factor F libre es un replic6n que se mantiene en el
nivel de un plasmido par cromosoma bacteriano.
Un factor F puede integrarse al cromosoma bacteriano,
en cuyo caso, su propio sistema de rep licaci6n es
suprimido.
El factor F codifica a pili espec\ficos que se forman en
la superficie de la bacteria.
Un pilus F permite que una bacteria F positiva contacte
a una bacteria F negativa y se inicie la conjugaci6n.
Otro ejemplo de conexi6n entre la replicaci6n y L:
propagacion de una unidad genetica es la conjuga-
ci6n bacteriana, en la cual el genoma de un plasmi-
do o un cromosoma hospedador es transferido de
una bacteria a otra .
La conjugacion depende del plasmido F, que
constituye un ejemplo clasico de episoma, elemenr
que puede existir como plasmido circular libre o se
integrado al cromosoma bacteriano como secuenci.:
lineal (como un bacteriofago lisogenico). El plasmi-
do F es una gran molecula de DNA circular con un.:
longitud de -100 kb.
El factor F puede integrarse en numerosos siti :
del cromosoma de E. coli, a menudo por eventos de
recombinacion que involucran a ciertas secuencia:
(denominadas secuencias IS; vease Ia seccion 21. 5
Los transposones provocan Ia reestructuracion d e ~
DNA) presentes en el cromosoma hospedador y er:
el plasmido F. En su forma libre (de plasmido), e
plasmido F utiliza a su propio origen de replicaci6L
(oriV) y a su propio sistema de control, y se man-
tiene una copia por cada cromosoma bacterian
Cuando se integra a este, dicho sistema es suprimid
y el DNA F se replica como parte del cromosoma.
La presencia del plasmido F, libre o integradc
tiene consecuencias importantes para la bacte rio
hospedadora. Las bacterias F positivas son suscep-
-'bVes de conjugarse (o aparearse) con las bacterias
= negativas. La conjugacion implica un contacto
:::nre la bacteria donadora (F positiva) y la bacte-
-:a receptora (F negativa), el cual va seguido de la
~ ansferencia del factor F. Si el factor F existe en
rma de plasmido libre en la bacteria donadora, es
-:-ansferido como plasmido y el proceso infeccioso
::-ansforma al receptor F negativo en F positivo. Por
~ 1 contrario, si el factor F esta presente en forma
_ntegrada en el donador, el proceso de transferencia
:ambien puede provocar que una parte o todo el
~ omosoma bacteriano sea transferido. Numerosos
plasmidos tienen sistemas de conjugacion que ope-
-:-an de forma similar, sin embargo, el factor F fue el
nrimero en ser descubierto y prevalece como para-
d.igma de este tipo de transferencia genetica.
Para la conjugacion se necesita una region
r xtensa (de -3 3 kb) del plasmido F denominada
region de transferencia, Ia cual contiene -40
~ e.nes necesarios para la transmision del DNA; su
organizacion se resume en la . Los ge-
:1es se Haman locus tra y locus trb, y la mayor parte
se expresa de forma coordinada, como parte de una
sola unidad de transcripcion de 32 kb (la unidad
:raY-I). traM y traJ se expresan separadamente. traJ
es un regulador que enciende a traM y a traY-I. En
Ia cadena opuesta, finP es un regulador que codifica
a un pequefio RNA antisentido que apaga a traJ.
Su actividad requiere de la expresion de otro gen,
finO. Solo cuatro de los genes tra de la unidad de
transcripcion mayor estan implicados directamente
en la transferencia del DNA casi todos tienen que
ver con las propiedades de la superficie de la celula
bacteriana y con el mantenimiento de contactos en-
tre las bacterias en proceso de apareamiento.
Las bacterias F positivas poseen apendices de
superficie denominados pili (singular pilus) que son
codificados por el factor F. El gen traA codifica ala
subunidad proteinica individual, la pilina, que es
polimerizada en el pilus. Cuando menos 12 genes tra
son necesarios para la modificacion y el ensamblaje
die la pilina en el pilus. Los pili F son estructuras
similares a cabellos, de 2 a 3 pm de largo, que so-
bresalen de la superficie bacteriana. Una celula F
positiva tfpica tiene dos o tres pili. Las subunidades
de pilina se polimerizan en un cilindro hueco de -8
nm de diametro, con un agujero axial de 2 nm.
El apareamiento se inicia cuando la punta del
pilus F entra en contacto con la superficie de la ce-
lula receptora. En la tl ) se muestra un
ejemplo de celulas de E. coli que han empezado a
aparearse. Una celula donadora no contacta a otras
celulas que portan el factor F porque los genes traS
y traT codifican a proteinas de "exclusion de su-
perficie" que convierten a la celula en un receptor
deficiente en dichos contactos, lo cual restringe efi-
16.6 El plasmido F es transferido por conjugaci6n entre bacterias
Region reg uladora
~----------------------------~
, , TraY Formaci6n de Ia hendidura y desenrollado del DNA Tral
TraJ
: ~ : Exclusion
Pilina de superficie i,Canal?
... ...
~ ~--_.------------------------~--_.--~
oriTtraMJYALEKBPVR CWU NtrbCDEtraFtrbBtraHGST 0 1/Z
finP
~
La region tra del plasmido F contiene los genes necesarios
para la conjugaci6n bacteriana.
El contacto inicial de las bacterias en proceso
de apareamiento tiene lugar cuando los pili F del donador con-
tactan a la bacteria receptora. Imagen cortes1a de Ron Skurray,
School of Biological Sciences, University of Sydney.
cientemente el apareamiento entre celulas donado-
ras y celulas F negativas. (La presencia de pili F tiene
consecuencias secundarias, proporcionan los sitios
a los cuales se adhieren los fagos de RNA y algunos
de DNA de cadena individual, de modo que las bac-
terias F positivas son susceptibles de infeccion por
estos fagos, mientras que las bacterias F negativas
son resistentes.)
El contacto inicial entre las celulas donado-
ras y las receptoras se interrumpe facilmente, sin
embargo, otros genes tra estabilizan dicha asocia-
cion, lo cual aproxima a las celulas en proceso de
apareamiento. Los pili F son esenciales para que se
inicie el apareamiento, pero se retraen o desensam-
blan como parte del proceso por el cuallas celulas
en apareamiento se acercan una a otra. Debe haber
un canal de transferencia del DNA, sin embargo, el
pilus no parece proporcionarlo. TraD es una protefna
de membrana interna en las bacterias p+ necesaria
para el transporte del DNA que puede proporcionar
el canal o ser parte de d
399
 1111 La conjugaci6n transfi ere DNA
de cadena individual
Conceptos principales
La transferencia de un factor F inicia cuando la
replicaci6n par c1rculos rodantes empieza en oriT.
El extrema 5' inicia la transferencia en la bacteria
receptora.
El DNA transferido se hace bicatenario en la bacteria
receptora.
Cuando un factor Festa libre, la conjugaci6n "infecta"
a la bacteria receptora con una copia del factor F.
Cuando se integra un factor F, la conjugaci6n provoca
la transferencia del cromosoma bacteriano hasta que
el proceso es interrumpido par rotura (aleatoria) del
contacto entre el donador y la bacteria receptora.
DONADOR RECEPTOR
TraY/1 crea una hendidura
en oriT del DNA
La transferencia del factor F inicia en un sitio llama-
do oriT, u origen de Ia transferencia, que se loca Li z~
en uno de los extremos de la region de transferen-
cia. El proceso puede iniciarse cuando TraM ident:-
fica que se ba formado una pareja; a continuacion
TraY se une en las cercanias de oriT e induce 1 ~
union de Trai. Esta ultima proteina es una relaxa-
sa, como la proteina A de cpX174. Tral bace u n,:
bendidura en on"T, en un sitio {mico (llamado nic
y despues forma una ligadura covalente con el e:--
tremo 5' que se ba generado. Trai tambien cataliz:
el desenrollamiento de -200 bp de DNA (activida
belicasa; vease Ia seccion 18.7, El sistema del m O
delo cpX muestra la forma en que se genera DN.-.
de cadena individual por replicacion). En la uU
se muestra que el extrema 5' liberado muestr'
el camino a! interior de la bacteria receptora, en 1:
cual se sintetiza un complemento de la cadena i r~
dividual transferida, que como resultado de ello, ' "
transforma en F positiva.
En la bacteria donadora debe sintetizarse un;;.

G ~ cadena complementaria para remplazar a la que he.

sido transferida. Si esto sucede de forma concomi -
5' tante con el proceso de transferencia, el estado de_
pL'ismido F sera. semejante al circulo rodante de ic:
El multfmero TraY/1 migra en
torno al clrculo, desenrollando
Figura 16.5 (y no generara las regiones extens a~
el DNA de cadena individual que se muestran en Ia Figur"
16.11). En general, el DNA en proceso de conjuga-
cion aparece como un circulo rodante, sin embargo
la replicacion como tal no es necesaria para propor-
La cadena
cionar la energia de conduccion, ademas de que Ia.
individual entra transferencia de la cadena individual es indeper>

c
al receptor diente de la sintesis de DNA. Una sola unidad de
factor F es transferida a la bacteria receptora, lo cu ih
implica que el proceso termina con alguna caracte
ristica (no identificada) despues de una revolucio.
al cabo de lo cual se restaura la integridad covalem "
~ ~ del plasmido F.
Se sintetizan cadenas complementarias Cuando un plasmido F integrado inicia la con-
jugacion, Ia orientacion de la transferencia es alej a-

0 0 ~
Se cierra Ia hendidura
~
El receptor forma
da de la region de transferencia, bacia el interior de:
cromosoma bacteriano. En la se mues-
tra que el DNA bacteriano es transferido siguiendo c.
una corta secuencia lider de DNA F y que el proces
continua basta que es interrumpido por la roturG
del donador el cfrculo de los contactos formados entre las bacterias que st:
a pare an. Se necesitan -100 minutos para transferi;

0
La transferencia del DNA ocurre cuando el fac-
tor F es hendido en on"T y una cadena individual es conducida
por el extrema 5' al interior del receptor. S6lo un tramo de la
unidad es transferido. La cadena individual que permanece en
el donador y la cadena transferida al interior del receptor son
sintetizadas con una cadena complementaria.
el cromosoma bacteriano completo, y en condicio-
nes normales, el contacto suele romperse antes de
Ia culminacion de la transferencia.
El DNA donador que entra a una bacteria recep-
tora se torna bicatenario y puede recombinarse cor.
el cromosoma receptor. (Notese que son necesari o:
dos eventos recombinantes para insertar el DNr-.
donador.) Asi pues, Ia conjugacion proporciona ur.
medio de intercambio de material genetico entre

400 CAPITULO 16 Replicones extracromos6micos

 .;cterias (a diferencia de su crecimiento asexual ha-
- ual). Una cepa de E. coli con un factor F integrado BACTERIA DONADORA BACTERIA RECEPTORA
: palda dicha recombinacion con bastante frecuen- FACTOR F
a {respecto de las cepas que carecen de factores F oriT region tra
-:tegrados); estas cepas se definen como Hfr (high
?quency recombination, de recombinacion de alta El factor F es
~ cuencia). Cada posicion de integra cion para el
ctor F origina una cepa diferente de Hfr, con un
tr6n caracterfstico de transferencia <;le marcadores
-acterianos a un cromosoma receptor.
El contacto entre las bacterias en proceso de
_ njugacion suele romperse antes de que haya
:erminado Ia transferencia del DNA, de modo que
..a probabilidad de que una region del cromosoma ...
~ acteriano sea transferida, depende de su distancia El extrema 5' dirige a Ia cadena
~el onT. Los genes bacterianos localizados cerca del .. individual
.._ ___ al interior
_ _del5'receptor
~tio de integracion de F (en direccion de Ia transfe -
:-encia) entran primero a Ia bacteria receptora y se
-:ncuentran con frecuencias mucho mayores que los Las cadenas individuales son transformadas en cadenas dobles
en ambas bacterias

. calizados mas lejos y que entran despues. Esto da
.:.~gar a un gradiente de frecuencias de transferencia
_n torno al cromosoma, que declina a partir de Ia
posicion de integracion de F. Las posiciones de los
:-narcadores localizadas en el cromosoma donador
pueden ser analizadas en funcion del tiempo que
arda la transferencia, lo cual da Iugar a Ia descrip-
cion estandar del cromosoma de E . coli como un
mapa dividido en 100 m.inutos. El mapa se refiere a
los tiempos de transferencia de una cepa especffica
de Hfr; el punto de inicio del gradiente de transfe-
rencia es diferente en cada una porque depende del
sitio en el cual el factor F se ha integrado al genoma
bacteria no.
Ill El plasmido bacteriano Ti
provoca la enfermedad de
agalla de Crown en las plantas
Conceptos principales
La infecci6n por la bacteria A. tumefaciens puede
transformar las celulas de las plantas en tumores.
El agente infeccioso es un plasmido transportado par la
bacteria.
El plasmido tambien porta genes para sintetizar y
metabolizar las opinas (derivados de la arginina) que
utiliza la celula tumoral.
La mayorfa de los eventos en que el DNA es rees-
tructurado o amplificado tienen Iugar dentro de un
genoma, sin embargo, Ia interaccion entre las bacte-
rias y ciertas plantas implica Ia transferencia de DNA
del genoma bacteriano a! genoma de Ia planta. La
enfermedad de agalla de Crown, que se muestra
en Ia , puede ser inducida en Ia mayorfa
,.... '"'
=~ :: ......r' ~...
:.................:.
............... :::::::.l ::::.:::
' El DNA del donadar se
recombina con el genoma, ;
. d;l receptor
La transferencia del DNA cromos6mico ocurre
cuando un factor F integrado es hendido en oriT. La transfe-
rencia del DNA se inicia con una secuencia corta de DNA F y
continua hasta que lo impide la perdida de contacto entre las
bacterias.
de las plantas dicotiledoneas par Ia bacteria de tierra
Agrobacterium tumefaciens. Esta bacteria es un para-
sito que hace un cambio genetico en la celula euca-
riotica hospedadora, con consecuencias tanto para
el parasito como para el hospedador, pues mejora
las condiciones de supervivencia de aquel y provoca
que Ia celula de Ia planta crezca como un tumor.
Las agrobacterias son necesarias para inducir la
formacion del tumor, pero las celulas de este no
requieren de la presencia continua de las bacterias.
Igual que en los tumores animales, las celulas de las
plantas han adquirido un estado en el cual nuevas
mecanismos rigen el crecim.iento y Ia cliferenciacion;
la transformacion dentro de la celula es provocada
por la expresion de la informacion genetica trans-
ferida de Ia bacteria.
El principia de induccion tumoral de Agrobacte-
rium reside en el plasmido TI, perpetuado como un
replicon independiente en Ia bacteria. El plasmido
transporta a genes implicados en varias actividades

16.8 El plasmido bacteriano Ti provoca la enfermedad de agalla de Crown en las plantas 401
 Los plasmidos de octopina son similares a
los de nopalina, pero la opina pertinente n
es Ia misma. Sin embargo, los tumores d
octopina en general no estan diferenciado ~
y no forman brotes de teratoma.
Los plasmidos de agropina portan gene:
para el metabolismo de esta; los tumore~
no se diferencian, su desarrollo es pobre :
mueren pronto.
Los plasmidos Ri pueden inducir la enfer-
medad de rafces vellosas en algunas plant ~
y la de agalla de Crown en otras. Sus gene ~
son de tipo agropina y pueden tener seg-
mentos derivados de los plasmidos de n o-
palina y de octopina.
Los tipos de genes que transporta el plasmido 'TI
se resumen en la .~. . Los genes utilizado:

Un Agrobacterium que porta un plasmido Ti en la bacteria codifican Ia replicaci6n y la incompa-

de nopalina induce la formaci6n de un teratoma, en el cual se tibilidad del plasmido, Ia transferencia entre bacte-
desarrollan estructuras diferenciadas. Imagen cortesia de La rias, la sensibilidad a los fagos y la sintesis de otro:
sucesi6n de Jeff Schell. Reproducida con autorizaci6n de ~~ax
compuestos, algunos de los cuales son t6xicos para
Planck Institute for Plant Breeding Research, Cologne.
otras bacterias de tierra. Los genes utilizados en la5
celulas de las plantas codifican la transferencia de:
DNA a! interior de Ia planta, Ia inducci6n de estado
Locus Funci6n Plasmido Ti transformado y la inducci6n de brotes y rakes.
vir transferencia del DNA a todas La especificidad de los genes de las opinas depen-
Ia planta
shi inducci6n de brotes todas
de del tipo de plasrnido. Los genes necesarios para Ia.
roi inducci6n de rafces todas smtesis de las opinas estan vinculados con otros cuyos
nos sfntesis de nopalina nopalina
productos catabolizan ala rnisma opina, de modo qu
noc catabolismo de nopalina nopalina cada cepa de Agrobacterium provoca que las celula_
ocs sfntesis de octopina octopina tumorales de agalla de Crown sinteticen opinas utile~
occ catabolismo de octopina octopina para Ia supervivencia del parasito. Las opinas pue-
tra genes de transferencia todas den ser utilizadas como {mica fuente de nitr6geno o
bacteriana de carbono de la cepa de Agrobacterium inductora. E!
Inc genes de incompatibilidad todas
oriV origen de Ia replicaci6n todas
principia es que la celula vegetal transformada sinte-
tiza a las opinas que la bacteria puede utilizar.
Los plasmidos Ti transportan a genes implica-
dos en las funciones de las bacterias y las plantas.
IIlii El T-DNA porta los genes
de las bacterias y de las celulas vegetales, incluidas necesarios para la i nfecci6n
las necesarias para generar el estado transformado,
Conceptos principales
y un conjunto de genes implicados en la sfntesis o
Ia utilizaci6n de las o pinas (derivados novedosos Parte del DNA del plasmido Ti se transfiere al nucleo de
de Ia arginina). La celula de la planta .
Los plasmidos Ti (y por tanto las Agrobacteria Los genes vir del plasmido Ti se localizan fuera de La
en que residen) pueden dividirse en cuatro grupos, region transferida y son necesarios para el proceso de
transferencia.
segun el tipo de opinas que producen:
Los genes vir son inducidos por compuestos fen6licos
Los plasmidos de nopa lina portan genes
liberados por las plantas en respuesta a lesiones.
para la sfnt esis de esta en los tumores y para
La prote\na de membrana VirA se autofosforila en la
utiliza rla en la bacteria. Los tumores de no- histidina cuando se une a un inductor.
palina pu eden diferenciarse en brotes con La prote\na VirA activa a la prote\na VirG al transferirle
estructuras anormales. Se les ha denomina- el grupo fosfato.
do teratomas, por su analogfa con ciertos VirA-VirG es uno de los numerosos sistemas bacterianos
tumores de los mamiferos que retienen Ia de dos componentes que utilizan un regulador de
capacidad de diferenciarse en estructuras fosfohistidina .
embrionarias tempranas.

402 CAPITULO 16 Replicones extracromos6micos

_a interaccion entre Agrobacterium y una celula vege-
= se ilustra en la I 4 . La bacteria no entra
c :a celula de Ia planta, sino que transfiere parte del Agrobacterium Celula de Ia planta
- _asmido Ti at nucleo de Ia celula vegetal. La porcion ~ Piasmido Ti
_: -nsferida del genoma Ti se denomina T-DNA, que
:- integra a! genoma de la planta, en donde expresa v - T-DNA
, - funciones necesarias para sintetizar opinas y para
-ansformar a Ia celula de Ia planta.
La transformacion de las celulas de Ia planta
-:quiere de tres tipos de funciones transportadas
=.:l. la Agrobacterium:
Para Ia etapa inicial de Ia union de la bac- :La bacteria transfiere
:el T-DNA a Ia planta

@
teria con Ia celula de la planta se necesitan >-
tres loci del cromosoma de Agrobacterium,
chvA, chvB y pscA, los cuales son responsa-
bles de la sfntesis de un polisacarido en Ia T-DNA
superficie celular de Ia bacteria. Las celulas '
La region vir, que el plasmido Ti saca de la de Ia planta
region T-DNA, permite liberar e iniciar desarrollan
un tumor
Ia transferencia del T-DNA.
El T-DNA es necesario para transformar la
eel ula de la planta.
La organizacion de los dos tipos principales de El tumor sintetiza
~.asmidos Ti se ilustra en la . Aproxi- opinas en las cuales ~
.:adamente el 30% del genoma Ti de - 200 kb es puede crecer Ia
bacteria
: mun a los plasmidos de nopalina y octopina. Las
-=giones comunes incluyen genes implicados en to-
_as las etapas de la interaccion entre Agrobacterium El T-DNA es transferido a partir de un Agrobac-
una planta hospedadora, sin embargo, la rees- ten'um que transporta un plasmido Ti al interior de una celula
de la planta, donde se integra al genoma nuclear y ejerce fun-
=-ucturacion de secuencias entre los plasmidos es ciones que transforman a la celula hospedadora.
_msiderable.
La region T ocupa -23 kb, de las cuales, unas
: _b son iguales en los dos tipos de plasmidos. Los
- :asmidos Ti portan genes para Ia sfntesis de opinas
_as u Ocs) en Ia region T, en tanto que los genes
: rrespondientes al catabolismo de las opinas (Noc
.:. Occ) residen en otras regiones del plasmido. Los
.asmidos codifican funciones morfogeneticas si-
ilares, pero no identicas, como se observa en Ia
__ duccion de tipos caracteristicos de tumores.
Las funciones que afectan a Ia oncogen)cidad,
capacidad para formar tumores, no se limitan a la
_gion T, pues los genes ajenos a esta deben rela- Los plasmidos Ti de nopalina y de octopina
~o narse con el establecimiento del estado tumori- transportan una variedad de genes, incluidas las regiones T con
~enico, si bien sus productos no son necesarios para funciones que se traslapan.
-erpetuarlo. Por otra parte, podrfan estar implica-
- s en la transferencia del T-DNA a! nucleo de Ia . Cada locus se transcribe como una sola
anta, o quizas con funciones subsidiarias, como el unidad, si bien algunos incluyen mas de un marco
=_uilibrio hormonal de la planta en el tejido infec- de lectura abierto.
-'ldo. Algunas de las mutaciones son especificas del El proceso de transformacion puede dividirse
- spedador, e impiden Ia formacion de tumores en cuando menos en dos etapas:
~gu na s especies de plantas, pero no en otras. Agrobacterium entra en contacto con una
Los genes de virulencia codifican a las funciones celula vegetal y son inducidos los genes vir.
- cesarias para el proceso de transferencia. Seis loci Los productos genicos vir dan Iugar a que el
-irA, B, C. D, E y G) residen en una region de 40 kb T-DNA sea transferido al nucleo de Ia celula
. :..~era del T-DNA, cuya organizacion se resume en Ia de Ia planta, donde se integra al genoma .

16.9 El T-DNA porta los genes necesarios para la infecci6n 403

 Acetosiringona
Locus virA virB virG virC virD virE

Proteinas VirA VirB1-11 VirG VirC1-2 VirD1 ,02 VirE2

Nivel basal bajo bajo VirA (sensor)

Nivel inducido alto alto alto alto alto

Localizaci6n mem. mem. cito. cito. nucleo nucleo

Funci6n receptor
de
acetilsiringona

induce Ia
transcripci6n
~ de otros
genes vir
.
...................
"'
. . ., ....... ..
implicado
,. y Y'
se une al
,.
Ia nucleasa
Y'
proteina
en Ia DNA de 02 hace una de uni6
conjugaci6n sabre hendidura en con el
marcha el T-DNA ssDNA VirG (elector)

La region vir del plasmido Ti tiene seis loci

responsables de transferir el T-DNA a una planta infectada . La proteina fosforilada
activa Ia transc ripci6n

0
II
C-CH3 El sistema de dos componentes de VirA-Vi -:-
responde a sefiales fen6licas al activar la transcripci6n de g':-
nes diana.

Vease el ejemplo de la . Nicotiana tabr -

OH
La acetosiringona (4-acetil-2,6-dimetoxifenol)
es producida par N. tabacum en respuesta a lesiones; induce la
transferencia del T-DNA de Agrobacten'um .
Los genes vir se clasifican en dos grupos qu e
corresponden a estas e tapas. virA y virG son regu-
Jadores que responde n a cambios de la planta a!
inducir los otros genes, de modo que, en ellos, las
mutaciones producen mutantes avirulentos que no
pueden expresar a los genes vir restantes. Los genes
virB, C, D y E codifican a protefnas implicadas en
Ia transferencia del DNA. Las mutaciones en virB
y virD producen mutantes avirulentos en todas las
plantas, si bien sus efectos en virC y en virE varian
en funcion del tip o d e planta hospedadora.
virA y virG se expresan constitutivamente (en
un nivel ba stante bajo). Las sefiales a las cuales res-
ponden provienen de compuestos fenolicos gene-
rados por la s plantas como respuesta a las lesiones.
cum (planta del tabaco) genera las moteculas acet -
siringona e hidroxiacetosiringona a. La exposicio
a estos compuestos activa al gen virA, que actua er
el virG, que a su vez induce la expresion de novo d7
virB, C, D y E. Esta reaccion explica porque la in -
feccion por Agrobacterium ocurre solo en las plantas
lesionadas.
VirAy VirG son ejemplo de un sistema bacteria-
no clasico en el cualla estimulacion de una protein.;_
sensora da Iugar a la a utofosforilacion y transferen-
cia del fosfato a Ia segunda protefna. La relaci6n se
ilustra en la . El sistema Vir A- VirG sc-
asemeja al EnvZ-OmpR que responde a la osm o-
laridad. La secuencia de virA esta relacionada cor
Ia de envZ, en tanto que las de virG y ompR estk
estrechamente relacionadas, lo cual sugiere que la5
protefnas efectoras funciona n de manera similar.
VirA forma un homodfmero localizado en 1.:
membrana interna que puede responder a com-
puestos fenolicos en el espacio periplasmico. La ex-
posicion a estos compue stos provoca qu~ VirA se

404 CAPITULO 16 Replicones extracromos6micos

'lUtOfosforile en !a histidina, y mas tarde, e! grupo
:osfato es transferido a un residuo de Asp en VirG. El TGGCAGGATATATTGNNTGTAAAC TGACAGGATATATTGNNGGTAAAC
producto VirG fosforilado se une a los promotores de
Repetici6n izquierda Repetici6n derecha
: s genes virB, C, D y E para activar Ia tril_nscripcion.
_uando virG es activado, su transcripcion es indu- Plasmido Ti Transferencia I Plasm ida Ti
j da desde un nuevo punto de inicio, diferente del t
....
.... ..
e integraci6n
tilizado por la expresion constitutiva, lo cual resulta del T-DNA

-:n el incremento de Ia cantidad de protefna VirG. ....

De los loci vir restantes, virD es el mejor carac-

DNA de Ia planta I
~
1 DNA de Ia planta
La union se encuentra a <1 00 bp Sa mantienen 1 a 2 bp
:erizado; tiene cuatro marcos de lectura abiertos. de Ia repetici6n izquierda de Ia repe tici6n derecha
~os de las protefnas codificadas en virD, VirD 1 y
VirD2, proporcionan una endonucleasa que inicia El T-DNA tiene repeticiones casi identicas de 25 bp en
cada extrema del plasmido Ti. La repeticion de la derecha permite la
el proceso de transferencia a! hacer una hendidura transferencia e integracion al genoma de una planta. El T-DNA que se
:'nun sitio especffico del T-DNA. integra al genoma de una planta tiene una union precisa que retiene
1 o 2 bp de la repeticion de la derecha, pero la union de la izquierda
var\a y puede estar a una distancia de hasta 100 bp de la repeti cion
La transferencia del T-DNA de la izquierda.
es semejante
a la co njugaci6n bacteriana
Conceptos principaLes
El T-DNA se genera cuando una hendidura en La frontera
derecha crea un cebador para La slntesis de una nueva
cad'e na de DNA.
La cadena individual preexistente que es desplazada
!
por la nueva slntesis es transferida al nucleo de la Primera hendidura /r
celuLa de la planta.
La transferencia termina cuando La slntesis de DNA
llega a una hendidura en la frontera izquierda.
Endonucleasa J
El T-DNA es transferido como un complejo de DNA de
cadena individual con la prote\na de union a la cadena
individua l VirE2.
SSB E2-
El T-DNA de cadena individual es transformado en DNA
bicatena rio e integrado aL genoma de La planta. Sintesis de DNA
Se desconoce el mecanismo de integracion. El T-DNA
puede ser utiLizado para transferir genes al interior del
nucleo de una celula vegetal.
I
De hecho, el proceso de transferencia selecciona
a la region T para entrar a la planta. En la
Segunda hendidura
!
6.2 se muestra que el T-DNA de un plasmido de
nopalina es delimitado de las regiones flanqueantes
el plasmido Ti por repeticiones de 25 bp, las cuales
difieren en solo dos posiciones entre el extremo iz-
quierdo y el derecho. Cuando el T-DNA es integrado T-D NA liberado !
al genoma de una planta, Ia union derecha esta bien
definida, !a cual retiene l o 2 bp de !a repeticion de- Hacia el nucleo de Ia celula de Ia planta
recha. La union izquierda es variable; Ia frontera del
T-DNA en el genoma de la planta puede localizarse El T-DNA se genera por desplazamiento cuando
en la repetici6n de 25 bp o en alguno de los sitios su slntesis empieza en una hendidura formada en la repeticion
e una serie que cubre una longitud de -100 bp en de la derecha y termina con una hendidura ubicada en la repe-
ticion de la izquierda.
el T-DNA. En ocasiones, en un solo sitio se integran
copias multiples de T-DNA en tandem.
En Ia se ilustra un modelo para un extremo cebador para Ia sfntesis de un DNA de
Ia transferencia. En la repetici6n de 25 bp dellado cadena individual. La sfntesis de Ia cadena nueva
derecho se forma una hendidura que proporciona desplaza ala antigua, Ia cual se utiliza en el proceso

16 .W La transferencia del T-DNA es semeja nte ala conjugacion bacteriana 405

 de transferencia. La transferencia termina cuando
Ia sfntesis de DNA llega a una hendidura en Ia re -
peticion del !ado izquierdo. Este modelo explica la
razon de que Ia repeticion derecha sea esencial y
represente Ia polaridad del proceso. Sino se produce
una hendidura en Ia repeticion dellado izquierdo, Ia
transferencia podria rebasar al plasmido Ti.
El proceso de transferencia implica Ia produc-
cion de una sola molecula de DNA de cadena in-
dividual en Ia bacteria infecciosa, Ia cual es trans-
ferida como un complejo formado por DNA y una
protefna que suele llamarse complejo T. El DNA es
cubierto porIa protefna de union a Ia cadena indi-
vidual VirE2, Ia cual tiene una seiial de localizacion
nuclear yes responsable del transporte del T-DNA
a! interior del nucleo de Ia celula de Ia planta. Una
sola molecula de Ia subunida d D2 de Ia endonuclea-
sa permanece unida al extrema 5'. El operon virB
codifica a ll productos implicados en Ia reaccion
de transferencia.
Fuera del T-DNA, pero justo allado del bor-
de derecho, se encuentra otra secuencia corta, de-
nominada de sobremarcha, !a cual estimula en gran
medida el proceso de transferencia. Dicha secuencia
funciona como potenciador, debe encontrarse en Ia
misma molecula de DNA, pero hace mas eficiente
Ia transferencia, incluso si esta separada del borde
por muchos miles de pares de bases. VirC l y posi-
blemente virC2 podrfan actuar en Ia secuencia de
sobremarcha.
Los plasmidos de octopina poseen un patron
mas complejo de T-DNA integrado que los plasmi-
dos de nopalina, ademas de que el patron de las
cadenas T tambien es mas complejo, y pueden en-
contrarse muchas especies discretas que correspon-
deD a elementos de T-DNA, lo cual sugiere que el
de octopina tiene numerosas secuencias que pro-
porcionan dianas para Ia realizacion de hendiduras
o Ia terminacion de la sfntesis de DNA.
Este modelo de transferencia del T-DNA se ase-
meja bastante a los eventos implicados en Ia con-
jugacion bacteriana, en los cuales el cromosoma de
E. coli es transferido de una celu la a otra en forma
de cadena individual. Los genes del operon virB son
homologos a los genes tra de ciertos plasmidos bac-
terianos implicados en la conjugacion (vease Ia sec-
cion 16.7, La conjugacion transfiere DNA de cadena
individual) pero una diferencia es que Ia transferen-
cia del T-DNA suele estar limitada porIa frontera
de Ia repeticion del !ado izquierdo, mientras que Ia
transferencia del DNA bacteriano es indefinida.
No se sabe como se integra el DNA transferido
a! genoma de Ia planta . En alguna etapa, Ia cade-
na recien generada debe ser transformada en DNA
duplex. Los cfrculos de T-DNA de las celulas de las
plantas infectadas parecen ser generados por recom-
406 CAPITULO 16 Replicones extracromos6micos
binacion entre las repeticiones izquierda y derech::.
de 25 bp, pero no se sabe si son intermediarias; t"'"
probable que el evento real implique una recomb:-
nacion no homologa, debido a que no hay homolo-
gfa entre el T-DNA y los sitios de integracion.
2_Se integra el DNA a! genoma de la planta com .
unidad integral? (. Cuantas capias son integradas :
(.Que sitios del DNA de Ia planta estan disponible-
para Ia integracion? (.LOs genes que se encuentra ~
en el T-DNA son regulados exclusivamente por fur:.-
ciones del segmento integrado? Estas preguntas sor.
fundamentales para definir el proceso por medio d .
cual el plasmido Ti transforma una celula de un.:
planta en un tumor.
2_Cuat es la estructura del sitio diana? Las se-
cuencias que flanqu ean a! T-DNA integrado tien-
den a ser ricas en pares de bases A-T (caracterfstic.::.
que exhiben los sitios diana de algunos element~
transponibles). Las reestructuraciones de secuencic.
que ocurren en los extremos del T-DNA integradc
dificultan el analisis de Ia estructura; se desconoce '-
el proceso de integracion genera en el DNA secuen -
cias nuevas comparables con las repeticiones diane.
creadas en Ia transposicion.
El T-DNA se expresa en este sitio de integra-
cion. La region contiene numerosas unidades d.:
transcripcion, cada una de las cuales probablememc
contenga un gen expresado a partir de un solo pro-
motor cuyas funciones se relacionan con el estadc
de Ia celula de Ia planta, el mantenimiento de su:
propiedades tumorigenicas, el control de Ia forma-
cion de brotes y tallos, y en Ia supresion de Ia dife-
renciacion en otros tejidos; ninguno de estos gen ~
es necesario para Ia transferencia del T-DNA.
El plasmido Ti presenta una interesante orga-
nizacion de funciones. Fuera de Ia region T, porte
genes necesarios para iniciar Ia oncogenesis, de lo_
cuales, cuando menos algunos estan involucrados
en Ia transferencia del T-DNA, y serfa interesante
saber si otros funcionan en Ia celula de Ia plant.:
para influir en su comportamiento de esta etapa .
Por otra parte, fuera de Ia region T se encuentran lo_
genes que permiten a Agrobacterium cataboliza-
la opina que producira Ia celula de Ia planta. En Ia
region T hay genes que controlan el estado trans-
formado de la planta, asf como a los genes que pro-
vocan la sfntesis de las opinas que beneficiaran a:
Agrobacterium que originalmente proporciono elI-
DNA. /
Desde un pun to de vista practico, Ia capacidad de
Agrobacterium para transferir el T-DNA a! genome:
de Ia planta hace posible Ia introduccion de gene~
nuevos en las plantas. La transferencia/integracior_
y las funciones oncogenicas son independientes, de
modo que es posible diseiiar plasmidos Ti nuevos er.
los cuales dichas funciones hayan sido remplazada_
 r otros genes cuyo efecto en Ia planta nos gustaria
:aluar. La existencia de un sistema natural para
ansmitir genes al genoma de Ia planta facilitaria
::tormemente Ia ingenieria genetica de las plantas.
Resumen
:::~ circulo rodante es una alternativa de replicaci6n
- <" las moleculas circulares de DNA en las cuales un
:igen es hendido para proporcionar un extrema
:ebador. Desde este extrema se sintetiza una cadena
_e DNA que desplaza a Ia cadena compaiiera ori-
= nal, la cual es extraida en forma de cola. Muchos
0 enomas se producen por revoluciones continuas
_el circulo.
Los cfrculos rodantes permiten replicar algunos
.:gos. La protefna A que hace una hendidura en el
:igen q>Xl74 tiene la propiedad inusual de actuar
:,. cis, y lo hace s6lo en el DNA del cual fue sinteti-
:.ada; se mantiene adherida a la cadena desplazada
.asta que se haya sintetizado una cadena comple-
a y despues vuelve a hacer una hendidura en el
:igen, con lo cuallibera a Ia cadena desplazada y
:::Ipieza otro ciclo de replicaci6n.
Los cfrculos rodantes tambien son caracterfs-
. ,os de Ia conjugaci6n bacteriana, Ia cual ocurre
::. ando un plasmido F es transferido de un donador
, una celula receptora despues de la iniciaci6n del
. ntacto entre las celulas por medio de los pili F.
_n phismido F libre infecta a celulas nuevas por
.:te medio; un factor F integrado crea una cepa de
.-.fr que podrfa transferir DNA cromos6mico. En Ia
njugaci6n, Ia replicaci6n permite sintetizar los
: mplementos de la cadena que permanece en el
nador y de Ia que es transferida al receptor, pero
-_ proporciona la fuerza motriz.
Las agrobacterias inducen la formaci6n de tu-
ores en las plantas lesionadas. Las celulas Jasti-
~ adas secretan compuestos fen6licos que activan a
genes vir que porta el plasrnido Ti de la bacteria.
:_ s productos de dichos genes hacen que una mo-
:cula de DNA de cadena individual de la region
_._,.l T-DNA del plasrnido sea transferida al n{Icleo de
.: celula de Ia planta. La transferencia se inicia en
a frontera del T-DNA, pero termina en diferentes
sitios. La cadena individual es convertida en una
cadena doble e integrada al genoma de la planta.
Los genes que estan en el T-DNA transforman a Ia
celula de la planta y hacen que produzcan opinas
especfficas (derivados de la arginina). Los genes del
plasmido Ti permiten que las Agrobacteria metabo-
licen las opinas producidas por la celula transfor-
mada de la planta. El T-DNA ha sido utilizado para
desarrollar vectores de transferencia de genes a las
celulas de las plantas.
Referencias
ll!IJ Los clrculos rodantes producen multimeros de un
replic6n
Articul::> de investigaci6n
Gilbert, W. and Dressler, D. ( 1968). DNA replication: the
rolling circle modeL Cold Spring Harbor Symp. Quant.
Bioi. 33, 473-484.
~~~ El plasmido F es t ra nsferido por conjugaci6n entre
bacterias
Articulo de investigaci6n
Ihler. G. and Rupp, W. D. ( 1969). Strand-specific transfer
of donor DNA during conjugation in E. coli. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 63, 138-143.
IIIJ La conjugaci6n transfiere DNA de cadena individual
Fuentes de revision
Frost, L. S., Ippen-Ihler, K., and Skurray, R. A. ( 1994).
Analysis of the sequence and gene products of the
transfer region of the F sex factor. M icrobial. Rev. 58,
162-210.
Ippen-Ihler. K. A. andJ\IUnkley, E. G. (1986). The
conjugation system ofF, the fertility factor of E. coli.
Annu. Rev. Genet. 20, 593-624.
Lanka, E. and Wilkins, B. M. (1995). DNA processing
reactions in bacterial conjugation. Annu. Rev. Biochem.
64, 141 - 169.
Willens, N. and Skurray, R. ( 1987). Structure and function
of the F factor and mechanism of conjugation. In
Neidhardt, F. C., ed. Escherichia coli and Salmonella
typhimurium. Washington, DC: American Society for
J\IUcrobiology, pp. 1110-11 3 3.
Referencias 407
La replicaci6n bacteriana
esta conectada con el ciclo celular
ESQUEMA DEL CAPITULO j
11m1 Introducci6n
llfD La replicaci6n esta conectada con el ciclo celular
El tiempo de duplicaci6n de E. coli puede fluctuar en un
rango de hasta 10 veces, dependiendo de las condiciones
de crecimiento.
El cromosoma bacteriano tarda 40 min en replicarse (a
temperatura normal) .
La culminaci6n del ciclo de replicaci6n desencadena una
division bacteriana 20 min despues.
Si el tiempo de duplicaci6n es menor a 60 min, se inicia un
ciclo de replicaci6n antes de la division resultante del ciclo
de replicaci6n previa.
Por lo tanto, las altas velocidades de crecimiento producen
cromosomas de horquillas multiples.
Un ciclo de replicaci6n es iniciado en una proporci6n
constante de masajnumero de origenes cromos6micos.
Hay un origen par celula unitaria de 1. 7 ~m de longitud.
IJJD El septa divide una bacteria en bacterias hijas
que contienen cada una un cromosoma
La formaci on del septa inicia en el anillo localizado en
torno a la celula donde se modifica la estructura de la
envoltura.
Nuevas anillos son iniciados a media distancia entre el
septa y los extremos de la bacteria.
Cuando la bacteria se divide, cada hija posee un anillo en
la porci6n central.
La formaci on del septa empieza cuando la celuLa llega a
una Longitud predeterminada.
El septa esta forma do par los mismos peptidoglucanos que
constituyen la envoltura bacteriana.
IIJD Las mutaciones de la division o la segregaci6n
modifican la forma de la cetula
Los mutantes jts forman filamentos Largos debido a que eL
septa no se forma y no divide a La bacteria hija.
Las minicelulas se forman en los mutantes que producen
demasiados septos; son pequeiias y carecen de DNA.
Las celulas anucleadas de tamaiio normal son generadas
par mutantes de partici6n en los cuales los cromosomas
duplicados no logran separarse.
IJR El producto FtsZ es necesario para la formaci6n
del septa
El producto de jtsZ es necesario para la formaci on del septa
en sitios preexistentes
FtsZ es una GTPasa que forma un anillo en el interior de
la envoltura bacteriana y que esta conectada con otros
componentes del citoesqueleto.
408
1f1!1 Los genes min regulan la localizaci6n del septa
La ubicaci6n del septa es controlada por min[, -D y -E.
El numero y La localizaci6n de los septos depende de la
proporci6n de MinE/MinC,D.
El septa se forma en donde MinE puede formar un anillo.
A concentraciones normales, MinC/D permite la formaci6n
de un anillo central, pero impide que se formen anillos
adicionales de MinE en los palos.
1fD La segregaci6n cromos6mica puede requerir de
recombinaci6n especifica de sitio
El sistema de recombinaci6n especifica de sitio Xer actua
en una secuencia diana ubicada cerca del termino del
cromosoma para recrear mon6meros si un evento de
recombinaci6n generalizada ha transformado al cromosoma
bacteriano en un dimero.
lfD La partici6n implica la separaci6n de los
cromosomas
Los origenes de Los repLicones pueden estar adheridos a La
membrana interna de La bacteria.
Los cromosomas reaLizan movimientos abruptos del centro
a las posiciones que se encuentran a lf y a 3/ de la
longitud total de la celula.
- Los plasmidos de una sola copia tienen un
sistema de partici6n
Los pLismidos de una sola copia existen a raz6n de
una copia de plasmido par cada origen de cromosoma
bacteria no.
Los plasmidos de copias multiples existen en mas de
una copia de plasmido par cada origen de cromosoma
bacteria no.
La recombinaci6n hom6loga entre los plasmidos circulares
genera dimeros y multimeros superiores.
Los plasmidos tienen sistemas de recombinaci6n especificc
de sitio que llevan a cabo la recombinaci6n intramolecular
para regenerar mon6meros.
Los sistemas de partici6n garantizan que los plasmidos
duplicados sean segregados a ceLulas hijas distintas
producidas par una division.
lmi!) La incompatibilidad de los plasmidos depende det
replic6n
Los plasmidos que se encuentran en un solo grupo de
compatibilidad tienen origenes regulados par un sistema c~
control comun.
 El sistema de compatibilidad ColE1 es
controlado par un regulador de RNA
La replicaci6n de ColE1 exige que la transcripci6n pase
par el origen, don de el transcrito es dividido par la
RNAasa H para generar un extrema cebador.
El RNA I regulador es un RNA corto antisentido que
se aparea con el transcrito e impide la division
que genera el extrema cebador.
La prote\na Rom potencia el apareamiento entre el
RNA I y el transcrito .
Introducci6 n
forma de controlar y vincular Ia replicacion con
......i.
:. ciclo celular constituye una cliferencia importante
7. tre procariotas y eucariotas.
En las segundas, aplica lo siguiente:
los cromosomas residen en el n1icleo
cada cromosoma esta formado por numero-
sos replicones
la replicacion requiere de Ia coordinacion de
estos replicones para reproducir el DNA du-
rante un periodo discreto del ciclo celular
Ia decision de realizar o no Ia replicacion
depende de una ruta compleja que regula
el ciclo celular y
los cromosomas duplicados son segregados
a las celulas hijas durante Ia mitosis por un
mecanismo especial.
En Ia se muestra que en las bac-
~e rias , la replicaci6n es activada en un solo origen
_ ando Ia masa celular se incrementa mas alia del
lffibral y Ia segregaci6n de los cromosomas hijo s
~ ene Iugar cuando se garantiza que se encuentren
~ n !ados opuestos del septo que crece para dividir
.a bacteria en dos.
LComo sa be Ia eel ula cuando iniciar el ciclo de
~eplicaci6n? El evento de iniciaci6n ocurre en una
proporci6n constante de masa celular respecto del
!"ltlmero de origenes cromosomicos. Las celulas que
:recen mas rapido son mas grandes y poseen un
!1umero mucho mayor de orfgenes. El crecimiento
j e E. coli puede describirse en funci6n de Ia celu-
la unitaria, una entidad de 1.7 flm de largo. Una
J acteria contiene un origen por celula unitaria; una
-elula condos orfgenes que crece rapidamente, tie-
ne una longitud de 1.7 a 3.4 flm.
(.C6mo se titula la masa celular? Una proteina
!n iciadora podrfa ser sintetizada continuamente du-
_ante todo el ciclo celular y la acumulacion de una
cantidad crftica activarfa la iniciacion, lo cual explica
_orque se necesita Ia sfntesis protefnica para eleven-
:o de iniciaci6n. Otra posibilidad es que una protefna
inhibidora pudiera ser sintetizada en un punto fijo y
diluida por debajo de un nivel efectivo por el incre-
mento del volumen celular.
lmfJ (C6mo se replican y segregan las
mitocondrias?
La replicaci6n y la segregaci6n del DNAmt a las
mitocondrias hijas son eventos estocasticos.
La segregaci6n mitocondrial a las celulas hijas tam bien
es un evento estocastico.
1611) Resumen
Algunos de los eventos de la partici6n de los
cromosomas hijos son consecuencia de la morfolo-
gfa circular del cromosoma bacteriano. Se dice que
los cromosomas circulares estan encadenados cuando
uno pasa a traves de otro, conectandolos; para se-
pararlos son necesarias las topoisomerasas. Un tipo
de estructura alterno se forma cuando ocurre un
evento de recombinacion, una sola recombinacion
entre dos mon6meros los convierte en un solo df-
mero . Esto se resuelve por un sistema de recom-
binaci6n especializado que recrea los monomeros
independientes. En esencia, el proceso de particion
es m anej ado por sistemas enzirnaticos que actuan
directarnente en secuencias discretas de DNA.
Una celula unitaria tiene
un cromosoma circular
La replicaci6n inicia cuando
Ia celula rebasa un tamano
crftico
La replicaci6n genera
cromosomas hijos
encadenados
Los cromosomas hijos
se separan
El septa divide a Ia celula
Las celulas hijas se
separan
La replicaci6n inicia en el origen bacteriano
cuando una celula rebasa un umbral cr\tico de tamaiio. La
culminaci6n de la replicaci6n produce cromosomas hijos que
pueden ser ligados par recombinaci6n o encadenados y que se
separan y desplazan a lados opuestos del septa antes de que
la bacteria se divida en dos.
17.1 Introducci6n 409
 111J La replicaci6n esta conectada
con el ciclo celular
Conceptos principales
El tiempo de duplicacion de f. coli puede fluctuar
en un rango de hasta 10 veces, dependiendo de las
condiciones de crecimiento.
El cromosoma bacteriano tarda 40 min en replicarse (a
temperatura normal).
La culminacion del ciclo de replicacion desencadena
una division bacteriana 20 min despues.
Si el tiempo de duplicacion es menor a 60 min, se
inicia un ciclo de replicacion antes de la division
resultante del ciclo de replicacion previa.
Par lo tanto, las altas velocidades de crecimiento
producen cromosomas de horquillas multiples.
Un ciclo de replicacion es iniciado en una proporcion
constante de masajnumero de origenes cromosomicos.
Hay un origen por celula unitaria de 1. 7 1-l m de
longitud.
Las bacterias tienen dos vfnculos entre la replicacion
y el crecimiento celular:
La frecuencia de Ia iniciacion de los ciclos de
replicacion esta ajustada para corresponder
con la velocidad a Ia cualla celula esta cre-
ciendo.
La culminacion de un ciclo de replicacion
esta conectada a la division de !a celula.
La velocidad del crecimiento bacteriano se eva-
Ilia mediante el tiempo de duplicaci6n, que es el
periodo necesario para que el numero de celulas ~
duplique. Entre mas corto sea, mayor sera Ia vel
cidad de crecimiento. Las celulas de E. coli pued :.
crecer a tasas que oscilan entre 18 y 180 min. -
cromosoma bacteriano es un replicon individual, c-
modo que Ia frecuencia de los ciclos de replicaci6~
es controlada por el numero de eventos de inicia
cion en el origen unico. El ciclo de replicacion pue ~
ser definido en funcion de dos constantes:
C es el tiempo fijo , -40 min, necesario paro
replicar el cromosoma bacteriano complet
Esta duracion corresponde a una velocida:
de desplazamiento de Ia horquilla de rep:.: -
cacion de -50 000 bp /minuto. (La velocida .::
de Ia sfntesis de DNA es mas o menos inva.-
riable a temperatura constante, procede :
la misma velocidad a menos que el abaste-
cimiento de los precursores constituya UIE
limitante, y hasta que ello suceda.)
Des el tiempo fijo, -20 min, que transcuru
entre la culminacion de un ciclo de replicc.-
cion y Ia division de Ia celula con la cual est<.
conectado. Este periodo puede representru
el tiempo necesario para ensamblar los con:-
ponentes requeridos para la division.
(Se puede considerar que las constantes C y D re-
presentan !a velocidad maxima a !a cualla bacteric.
puede llevar a cabo estos procesos; dichas constante<:
se aplican en todas las velocidades de crecimientr
cuyo tiempo de duplicacion se encuentra entre l t
y 60 min, si bien las dos fases constantes se alarga1~
cuando el ciclo celular ocupa >60 min.)

n. .. - ..,..
Un ciclo de replicacion cromosomica debe ser
iniciado en un tiempo fijo de C + D = 60 min ante:
de una division celular. En las bacterias que se divi-
Origen Termino den a una frecuencia mayor de 60 min, un ciclo de

""~I
replicacion debe ser iniciado antes del final del cicl
~ ~
de division precedente; podrfa decirse que una cdu-
~ Division '- Ia ha nacido preiiada con Ia siguiente generaci6n.
~ ~ Consicterese un ejemplo de cetulas que se divi-

1 30
35/0
den cad a 3 5 min. El ciclo de replicacion conectado c.
5 \ una division debio haberse iniciado 25 min antes de
Ia division precedente, situacion que se ilustra en Ia.
~
==:J) 25 lniciasion 10 P=
5'--- ., , en la cual se muestra a! complement
cromos omico de una celula bacteriana a intervalo.

\
~
20

~
15 I
T ...
~ ~ ~ erm1nac1on
~ El intervalo fijo de 60 min entre la iniciacion
de la replicacion y la division celular produce cromosomas con
horquillas multiples en las celulas que crecen rapidamente.
Notese que solo se muestran las horquillas de replicacion que
se desplazan en una direcci6n; de hecho, el cromosoma es
replicado simetricamente por dos conjuntos de horquillas que
se mueven en direcciones opuestas en cromosomas circulares.
de 5 min durante el ciclo.
En Ia division (35/0 min), la celula recibe un
cromosoma parcialmente replicado. La horquilla d
replica cion sig ue avanzando. A los 10 min, cuan-
do esta horquilla de replicacion "antigua " aun n
ha llegado a termino, Ia iniciacion ocurre en ambo.
orfgenes del cromosoma parcialmente replicado. E
inicio de estas "nuevas" horquillas de replicacion do.
Iugar a un cromosoma de horquillas multiples.
A los 15 min, esto es, 20 min antes de Ia si-
guiente division, la antigua horquilla de replicacio-

410 CAPITULO 17 La replicacion bacteriana esta conectada con el ciclo celular

 ~ "'a a termino . Su llegada permite que los dos cro-
- somas hijos se separen ; cada uno de ellos ya ha
o replicado parcialmente por las nuevas horqui-
~ . de replica cion (las cuales ahora son las unicas
. rquillas de replicacion) y siguen avanzando.
En el punto de division, los dos cromosomas
:ircialmente replicados se segregan, con lo cual se
-::crea el punto en que se inicio. La horquilla de
-=-licacion individual se torna "antigua", termina
_c: 15 min y 20 despues tiene Iugar una division.
_~ observa que eleven to de iniciacion ocurre F 5 / 3 5
=clos celulares antes del evento de division con el
~..; al esta asociado.
El principia general del vinculo entre la inicia-
::6n y el ciclo celular es que, conforme se acelera
:~ crecimiento de las celulas (el ciclo se acorta), el
:ento de iniciacion ocurre a un numero mayor de
.:::cios antes de la division relacionada, de modo que
.ay mas cromosomas en Ia bacteria individu al. Esta
~ ~ Iacion puede verse como la respuesta de Ia celula
.:. su incapacidad para reducir los periodos de C y de
J para mantener el paso del ciclo mas corto.
El septo divide
a una bacteria en bacterias
hijas que contienen
cada una un cromosoma
Conceptos principales
La formaci6n del septo inicia en el anillo localizado en
torno a la celula donde se modifica la est ructura de la
envoltura.
Nuevas anillos son iniciados a media dista ncia entre el
septo y los extremes de la bacteria.
Cuando la bacteria se divide, cada hija posee un anillo
en la porci6n central.
La formaci6n del septo empieza cuando la cHula llega
a una longitud predeterminada.
El septo esta formado por los mismos peptidoglucanos
que constituyen la envoltura bacteriana.
::..a segregacion cromosomica de las bacterias es
t>specialmente interesante debido a que el DNA esta
:mplicado en el mecanismo de Ia particion, lo cual
contrasta con las celulas eucarioticas, en las cuales
Ia segregacion se logra mediante el complejo me-
canismo de Ia mitosis. El mecanismo bacteriano es
bastante preciso, pero las celulas anucleadas consti-
myen <0.03% de una poblacion bacteriana.
La division de una bacteria en dos celulas hijas
se logra por la formacion de un septo, estructura
formada en el centro de la celula a manera de una
invaginacion de Ia envoltura circundante. El septo
forma una barrera impenetrable entre las dos partes
17.3 El septo divide a una bacteria en bacterias hijas que contienen cada una un cromosoma
de la celula y constituye el sitio en que las dos ce-
lulas hijas finalmente se separan por completo. Dos
preguntas relacionadas sefl.alan Ia fun cion del septo
en la division: c.Que determina Ia ubicacion en Ia
cua l se forma? c. Que garantiza que los cromosomas
hijos se encuentren en !ados opuestos a el?
La formaci on del septo va precedida porIa orga-
nizacion del anillo periseptal, que en E. coli o en
Sa lmonella typhimu rium se observa como una zona
en Ia cual se modifica Ia estructura de Ia envoltura,
de manera que Ia membrana interna se conecta mas
estrechamente con Ia pared celular y Ia capa de la
membrana externa. Como sugiere su nombre, el
an illo rodea a Ia celula. En Ia u se resume
su desarrollo .
La formacion del anillo empieza en el centro en
una celula nueva. Conforme Ia celula crece, ocurren
dos eventos, se forma un septo en Ia mitad de la
celula cuya posicion es definida por el anillo, y se
forman anillos nuevos a ambos !ados del anillo ini-
cial. Estos nuevos anillos son desplazados del centro
y se trasladan a lo largo de Ia celula a posiciones
ubicadas a un cuarto y tres cuartos de Ia Iongitud de
Ia celula, que seran las posiciones centrales de esta
despues de Ia division siguiente. El desplazamien-
to del anillo periseptal a Ia posicion correcta puede
ser el evento crucial que garantice la division de la
-.
I
La celula empieza con
, un anillo en el centro
Se generan nuevos
anillos
Los anillos nuevos se
desplazan hacia los
poles
Los anillos nuevos
dejan de moverse
El anillo central se
transforma en un septo
- - - - - La celula se divide
La vista lateral muestra
que el anillo abarca Ia
circunferencia de Ia celula
El corte transversal Membrana externa
muestra que el anillo Pared celular
conecta a las Membrana interna
membranas
CJ La duplicaci6n y el desplazamiento del anillo
periseptal dan origen a la formaci6n de un septo que divide
a la celula.
411

orrgenes de los
cromosomas en proceso
de replicaci6n adheridos
a Ia membrana
Cromosomas hijos
adheridos a Ia envoltura
El septo crece entre los
cromosomas
El septo divide a Ia celula
Cromosomas distribuidos
en las celulas hijas
I La adhesion del DNA bacteriano a la membrana
podr1a proporcionar un mecanismo para la segregaci6n.
cetula en celulas hijas de dimensiones equivalentes.
(Se desconoce el mecanismo de desplazamiento.)
La formacion del septo empieza cuando Ia celula
alcanza una longitud fija (2L) y Ia distancia entre
los nuevos anillos siempre sera L. No sabemos como
mide Ia celula Ia longitud, pero el parametro perti-
nente parece ser Ia distancia lineal como tal (no el
area ni el volumen).
El septo consta de los mismos componentes
que la envoltura celular, una capa rfgida de pep-
tidoglucano en el periplasma, entre Ia membrana
interna y la membrana externa. El peptidoglucano
esta formado por polimerizacion de unidades disa-
carido-tripeptido 0 disacarido-pentapeptido en una
reaccion que implica conexiones entre ambos tipos
de subunidades (transpeptidacion y transglicosila-
cion). La forma de varilla de la bacteria se mantiene
merced a un par de elementos, PBP2 y RodA, que
son protefnas que interactuan y son codificadas por
el mismo operon . RodA es un miembro de Ia familia
SEDS (por sus siglas en ingles, forma, elongacion,
division y esporulacion [shape, elongation, division
and sporulation]), presente en todas las bacterias,
que tiene una pared celular de peptidoglucano.
Cada protefna SEDS funciona con una transpeptida-
sa qu e cataliza Ia formacion de los enlaces cruzados
del peptidoglucano. La PBP2 (protefna de union ala
penicilina 2, penicillin-binding protein 2) es Ia trans-
peptidasa que interactua con RodA. Las mutaciones
del gen de cualquiera de las dos protefnas provocan
que Ia bacteria pierda su forma alargada y se tor-
412 CAPiTULO 17 La replicaci6n bacteriana esta conectada con el ciclo celular
ne redonda, demostracion del importante principio
que asevera que la forma y Ia rigidez pueden ser de-
terminadas por la simple extension de Ia estructura
polimerica. Otra enzima es responsable de generar
al peptidoglucano en el septo (vease Ia seccion 17.5.
El producto FtsZ es necesario para la formacion de:
septo). AI principia, el septo se forma con una cap a
doble de peptidoglucano y la protefna EnvA es ne-
cesaria para dividir los enlaces covalentes formado
entre las capas, de modo que las celulas hijas pue-
dan separarse.
El comportamiento del anillo periseptal sugiere
que el mecanismo utilizado para medir Ia posicion
se relaciona con Ia envoltura celular. Es plausible
suponer que Ia envoltura podrfa tambien ser utili-
zada para garantizar Ia segregacion de los cromoso-
mas. Un enlace directo entre el DNA y Ia membrana
podrfa explicar Ia segregacion. Si los cromosomas
hijos estan adheridos a Ia membrana, se separarfan
fisicamente al formarse el septo. En Ia 4 se
muestra que Ia forma cion de un septo podrfa segre-
gar a los cromosomas en las diferentes celulas hijas
si los orfgenes estan conectados con sitios que se
encuentran a ambos lados del anillo periseptal.
1111 Las mutaciones de la division
o la segregaci6n modifican
la forma de la celula
Conceptos principales
Los mutantes fts forman filamentos largos debido a que
el septo no se forma y no divide a la bacteria hija.
La s minicelulas se forman en los mutantes que
producen demasiados septos; son pequenas y carecen
de DNA.
La s celulas anucleadas de tamano normal son
generadas por mutantes de partici6n en los cuales los
cromosomas duplicados no logran separarse.
Una dificultad para aislar a los mutantes que afectan
Ia division celular es que, en las funciones crfticas,
las mutaciones pueden se r letales o pleiotropicas.
Por ejemplo, si Ia formacion del anillo tiene Iugar
en un sitio esencial para el crecimiento general de
la envoltura, serfa diffcil distinguir entre las muta-
ciones que interfieren especfficamente con Ia for-
macion del anillo y las que inhiben el crecimiento
general de Ia envoltura . La mayorfa de las mutacio-
nes del mecanismo de division han sido identifica-
das como mutantes condicionales (en cuya division
inciden condiciones no permisibles; habitualmente
son sensibles a Ia temperatura). Las mutaciones
que afectan a Ia division celular o a Ia segregacion
de los cromosomas provocan cambios fenotipicos

Panel superior: celulas de tipo Silvestre. Panel
_:erior: la fa lla de la division celular a temperaturas no per-
-\ibles genera filamentos multinucleares. Imagenes cortesia
::: Sota Hiraga, Kyoto University.
U f. coli genera celulas anucleadas cuando la se-
;egacion cromosomica falla . Las celulas con cromosomas se
::- -en de azul, a diferencia de las celulas hijas que carecen de
:- ~ mosomas . Este campo muestra celulas del mutante mukB;
: ede observarse la division normal y la a normal. Imagen cor-
:_::..;ia de Sota Hi raga, Kyoto University.
'ombrosos. En las y se ilustran
~s consecuencias opuestas de falla en el proceso de
_:vision y de falla en Ia segregaci6n:
Los filamentos largos se forman al inhibirse la
formacion del septo, pero Ia replicacion cro-
mosomica no resulta afectada. La bacteria
sigu e creciendo, incluso sigue segregando
a sus cromosomas hijos, pero no se forma
el septo. Asf pues, la celula consiste en una
estructura filamentosa bastante larga con los
nucleoides (cromosomas bacterianos) distri-
b uidos regularmente a lo largo de !a misma.
Este fenotipo es el de los mutantes fts (asf
17.5 El producto FtsZ es necesario para la formacion del septo
llamados por su filamentacion sensible a la
temperatura, temperature sensitive filamenta-
tion) que identifican los defectos que yacen
en el proceso de division mismo .
Las minicelulas se crean cuando el septa
se forma con demasiada frecuencia o en un
Iugar no adecuado, de modo que a una de
las celulas hijas le falta un cromosoma. La
minicelula es bastante pequefia y carece de
DNA, pero por otra parte parece morfol6gi-
camente normal. Las celulas anucleadas se
forman cuando la segregacion es aberrante,
y como las minicelulas, carecen de cromo-
soma, pero como !a formacion del septa es
normal, su tamafio no sufre modificaciones.
Este fenotipo es provocado por los mutantes
par, de particion (asf llamados por sus defec-
tos en Ia segregacion cromosomica).
1111 El producto FtsZ es necesario
para la formaci6n del septo
Conceptos principales
El producto de ftsl es necesario para la formacion del
septo en sitios preexistentes.
FtsZ es una GTPasa que forma un anillo en el interior
de la envoltura bacteriana y que esta conectada con
otros componentes del citoesqueleto.
El gen ftsZ tiene un papel fundamental en la di-
vision; sus mutacion es bloquean la formacion del
septo y generan filamentos. La expresion excesiva
induce la forma cion de minicelulas al incrementar-
se el numero de eventos de formacion septal por
masa de celula unitaria. Los mutantes ftsZ actuan
en etapas que van del desplazamiento de los anillos
periseptales a la morfogenesis septal, de modo que
un FtsZ es un producto necesario para la utilizacion
de los sitios preexistentes para Ia formacion del sep-
ta , pero en sf. no afecta !a formacion de los anillos
periseptales o su localizacion.
FtsZ funciona en una de las primeras etapas
de la formacion del septa. AJ principia del ciclo de
division se localiza en todo el citoplasma, y confor-
me se alarga la celula y empieza a constrefiirse en
el centro, se localizara en un anillo en torno a la
circunferencia. En ocasiones, a la estructura se le
llama anillo Z. En la se muestra que
se encuentra en la posicion del anillo central de la
Figura 17. 3. La formacion de este anillo es el paso
que limita !a velocidad de formacion del septo. En
un ciclo de division celular tfpico, se forma en el
centro de la celula de 1 a 5 min despues de la divi-
sion, perdura durante 15 min y despues se constrifie
para dividir a Ia celula en dos.
413
 "' La inmunofluorescencia con un anticuerpo con-
tra FtsZ muestra que se localiza en el centro de la celula. Ima-
gen cortesia de William Margolin, University of Texas Medical
School at Houston.

La estructura de FtsZ es semejante a la de la

tubulina, lo cual sugiere que el ensamble del anillo
puede parecerse ala formacion de los microtubu-
los de las celulas eucarioticas. FtsZ tiene actividad
GTPasa y la division por GTP se utiliza para res-
paldar Ia oligomerizacion de sus monomeros en la
estructura anular. El anillo Z es una estructura di-
namica en la cual hay un intercambio continuo de
subunidades con acervo citoplasmico.
Otras dos protefnas necesarias para la division,
ZipA y FtsA, interactuan directamente y de forma
independiente con FtsZ. ZipA es una proteina inte-
gral de membrana localizada en la membrana inter-
na de las bacterias que proporciona los medios para
ligar a FtsZ con la membrana. Esta ultima es una
proteina citosolica, pero suele estar asociada con
la membrana. El anillo Z puede formarse en au-
sencia de ZipA o de FtsA, pero no si ambas estan
ausentes, lo cual sugiere que sus funciones se tras-
lapan con la estabilizacion del anillo z y quiza con
la vinculacion con la membrana.
Los productos de muchos otros genesfts se unen
al anillo Z en un orden definido despues de que la
proteina FtsA ha sido incorporada, todas son pro-
teinas transmembrana. A Ia estructura final suele
llamarsele anillo septal, y esta formado por un
complejo multiproteinico que se presume tiene la
capacidad de constreiiir Ia membrana. Uno de los
ultimos componentes en ser incorporado al anillo
septal es FtsW, una proteina que pertenece ala fa-
milia SEDS.ftsWse expresa como parte de un ope-
ron con ftsl. el cual codifica a una transpeptidasa
(tambien conocida como PBP3 [proteina de union
a la penicilina 3, penicillin-binding protein 3] ), pro-
tefna unida a la membrana cuyo sitio catalitico se
encuentra en el peri plasma. FtsW es responsable de
incorporar a Ftsi en el anillo septal, lo cual sugiere
un modelo para la formacion del septo en el que
Ia actividad transpeptidasa provoca que el peptido-
glucano crezca hacia adentro, empujando asf a la
membrana interna y jalando a Ia externa.
FtsZ es el principal componente del citoesque-
leto para la formacion del septo; es comun en las
bacterias y tambien se encuentra en los cloroplas-
1 La inmunofluorescencia con anticuerpos cont-:
las protei nas FtsZ1 y FtsZ2 de Arabidopsis muestra que se l
calizan en el punto medio del. cloroplasto (panel superior). L,
imagen de campo brillante (panel inferior) muestra el esque mo.
del cloroplasto con mayor claridad. Fotograftas cortesia de K=-
therine Osteryoung, Michigan State University.
tos. En Ia .
., se muestra Ia localizacion d:
los homologos de las plantas en un anillo, en e
punto medio del cloroplasto. Los cloroplastos tan-.-
bien tienen otros genes relacionados con los de ::
division bacteriana. Aparentemente se ha conse-
vado el mecanismo de division, y coincide con l
orfgenes evolutivos comunes de las bacterias
los cloroplastos.
Las mitocondrias, que tambien comparten u:-
origen evolutivo con las bacterias, usualmente c.c..-
recen de FtsZ; en cambio, utilizan una variante a-
la protefna dinamina involucrada en el estrang~
lamiento de las vesiculas desde las membranas d~
citoplasma eucariotico, Ia cual funciona desde :-
exterior del organelo, comprimiendo Ia membrar.:
para generar una constriccion.
Asf pues, Ia caracterfstica comun en Ia divisi -
de las bacterias, los cloroplastos y las mitocondri-o..
es el uso de una protefna citoesqueletica que fon:~..:.
un anillo en torno al organelo y jala o empuja a :_
membrana para formar una constriccion.

414 CAPITULO 17 La replicaci6n bacteriana esta conectada con el ciclo celular

 Los genes min regulan I ~

Anillos
la localizaci6n del septo
Conceptos principales
/\
La ubicaci6n del septo es controlada par minC, -Dy-E. I 11 I
El numero y la localizaci6n de los septos depende de la
proporci6n de MinE/MinC,O.
El septo se forma en donde MinE puede formar un
~
\ Septa

Palos derivados del septa

~e_ Ia division anterior a Ia l
r
anillo.
ult1ma
A concentraciones normales, MinC/ 0 permite la Palos derivados
formaci6n de un anillo central, pero impide que se del septa de Ia
formen anillos adicionales de MinE en los palos. ultima division

::..as minicelulas mutantes proporcionan informa-

( 1 )~( 11)
Capacidad de formacion del septa
j on respecto de Ia localizacion del septo. La mu-
:J.cion original de las minicelulas se encuentra en
:-1 locus minE, cuya delecion genera minicelulas a!
Formacion
. ermitir que tenga Iugar Ia separacion en los polos
(o en vez de) a mitad de Ia celula; esto sugiere que .....MinE

. ! .
del septa

.!il celula posee la capacidad de iniciar la formacion

:!el septo ala mitad o en los polos, y que Ia funcion lnhibidor
J ellocus minE de tipo silvestre es suprimir Ia for- MinC/D

: lacion de septos en estos iiltimos. En funcion de Capacidad de formacion del septa

s eventos ilustrados en Ia Figura 17.3, esto implica
_ue una celula recien nacida tiene sitios potencia-
es de formacion de septos asociadas con el anillo
.:entral y con los polos. Uno de los polos se formo
iel septo de Ia division previa, mientras que el otro
:epresenta al septo de Ia division anterior a ella.
.}uiza los polos retienen remanentes de los anillos
_e los cuales fueron derivados y estos remanentes
ueden nuclear la formacion del septo.
Ellocus minE esta formado por tres genes, minC,
1inD y minE cuyas funciones se resumen en la
' ~ . Los productos de minC y de minD forman
.in inhibidor de la division. MinD es necesaria para
5Ctivar a MinC, que impide que FtsZ se polimerice
,n el anillo Z.
La expresion de Min CD en ausencia de MinE, o
a expresion excesiva incluso en presencia de MinE,
rovoca una inhibicion generalizada de Ia division.
:::1 resultado es que la celulas crecen como filamen-
: s largos, sin septo. La expresion de MinE en ni-
d es comparables a MinCD confina la inhibicion a
.35 regiones polares, restaurando asf el crecimiento
ormal. MinE protege de la inhibicion a los sitios de
:::Utad de la celula. La expresion excesiva de MinE
.::J.duce Ia formacion de minicelulas porque el exceso
e la misma contrarresta la inhibicion en los polos
: a mitad de la celula, permitiendo que se formen
.us septos en ambas ubicaciones.
El determinante de Ia formacion de los septos
:'U el sitio adecuado (a mitad de Ia celula) es, por lo
-:.1nto, la proporcion de MinCD respecto de MinE.
MinC/ 0 es un inhibidor de la division cuya ac-
ci6n se limita a los sitios polares par MinE .
El nivel silvestre impide la formacion de septos en
los polos, pero Ia permite a mitad de Ia celula. Los
efectos de MinC /D y de MinE estan relacionados
inversamente; la ausencia de MinCD o el exceso
de MinE provoca Ia formacion indiscriminada de
septos, creandose minicelulas; asimismo, una gran
cantidad de MinCD o Ia ausencia de MinE inhibe
los sitios de mitad de la celula y los de los polos, lo
cual resulta en filamentacion .
MinE forma un anillo en Ia posicion septal, pero
su acumulacion suprime la accion de MinCD en las
cercanias, permitiendo asi la forma cion del anillo sep-
tal (el cual incluye FtsZ y Zip A). Curiosamente, para
Ia formacion del anillo MinE, se necesita MinD.
1111 La segregaci6n cromos6mica
puede requeri r
de recombinaci6n
especifica de sitio
Concepto principal
El sistema de recombinaci6n espedfica del sitio
Xer actua en una secuencia diana ubicada cerca del
termino del cromosoma para recrear mon6meros si un
evento de recombinaci6n generalizada ha transformado
al cromosoma bacteriano en un dimero.

17.7 La segregaci6n cromos6mica puede requerir de recombinaci6n especifica de sitio 415

 ......... ; Las multiples copias de un plasmido en una bacteri.:.
Cfrculo dimerico
1 Rewmbio.ci6':_
Ci""'" mocom6ciw' )
La recombinaci6n intermolecular fusiona mo-
n6meros para formar dimeros, en tanto que la recombinaci6n
intramolecular libera unidades indi viduates de los olig6meros.
La celula tiene un solo cromosoma circular
Empieza Ia replicaci6n bidireccional
La replicaci6n se mueve en torno al cromosoma
constan de las mismas secuencias de DNA, de mod
que son capaces de recombinarse. En la -l 17.
se demuestran las consecuencias. Un solo event
de recombinacion intermolecular entre dos cfrcu
los genera un cfrculo dimerico, y la recombinaci6r_
posterior puede generar formas multimericas supe-
riores. Un evento de tales caracteristicas reduce e:
n{Imero de unidades fisicamente separadas. En
el caso extrema de un plasmido de una sola copia.
recien replicado, la formacion de un dimero por re-
combinacion significa que Ia celula solo tiene una
unidad para segregar y, por lo tanto, el plasmid
debe ser eliminado inevitablemente de una celula
hija . Para contrarrestar este efecto, los plasmidos
suelen tener sistemas de recombinacion especi-
fica de sitio que actuan en secuencias particulares
para promover una recombinacion intramolecular
que restablece Ia condicion monomerica .
Los mismos eventos pueden ocurrir con el cro-
mosoma bacteriano. En la se muestra
Ia forma en que afectan a su segregacion . Sino hay
recombinacion, no hay problema, y los cromosoma
hijos pueden segregarse a las celulas hijas, pero en
caso de recombinacion homologa entre los cromo-
somas hijos producidos por un ciclo de replicacion,
se producira un dimero. Si ha ocurrido uneven to de
replicacion de estas caracteristicas, los cromosomas
hijos no podran separarse, en cuyo caso se requiere
de un segundo evento de recombinacion para lograr
la resolucion de Ia misma forma que un dimero de
plasmido.
La mayor parte de las bacterias con cromosomas
circulares cuenta con el sistema de recombinacion

/
Sin recombinaci6n Recombinaci6n general
especifica de sitio Xer. En E. coli esta formado por
dos recombinasas, XerC y XerD, las cuales actuan
en un sitio diana de 28 bp, denominado dzf, que se
Los cromosomas localiza en la region terminal del cromosoma. El uso
hijos se alejan El movimiento es del sistema Xer se relaciona con Ia division celular
constrenido
de manera interesante. Los eventos destacados se
muestran en Ia . XerC puede unirse a
un par de secuencias dify formar una union Ho-
Los cromosomas La recombinaci6n lliday. El complejo puede formarse poco despues
hijos se segregan especffica de sitio Iibera
a los cromosomas
de que Ia horquilla de replicacion pase por la se-
cuencia dif, !o cual explica Ia forma en que las dos
X
copias de Ia secuencia diana pueden encontrar otra
de forma consistente. Sin embargo, Ia resolucion de
Los cromosomas hijos
se segregan
Ia union para producir recombinantes, ocurre solo
en presencia de FtsK, una proteina localizada en el
septo que es necesaria para Ia segregacion de los
cromosomas y Ia division celular. Ademas, la se-
cuencia diana dzf debe localizarse en una region de
Un cromosoma circular se replica para producir
dos hijos monomericos que se segregan a las celulas hijas. Sin
-30 kb, pero si es desplazada fuera de esta, no podra
embargo, un evento de recombinaci6n generalizada crea una respaldar la reaccion.
sola molecula dimerica que puede separarse en dos mon6meros Asi pues, hay una recombinacion especifica
par una recombinaci6n especifica de sitio. de sitio disponible cuando la secuencia termina l

416 CAPITULO 17 La replicaci6n bacteriana esta conectada con el ciclo celular

del cromosoma esta cerca del septo. No obstante,
:a bacteria desea tener una recombinacion solo
cuando ya ha tenido Iugar un evento de recombi-
nacion para generar un dfmero (ide otra man era Ia
recomb ina cion especffica de sitio crearfa el dimero!)
i Como sa be el sistema si un cromosoma hij o existe
en forma de monomeros independientes o ha sido
recombinado en un dfmero?
La respuesta puede ser que Ia segregacion de Los cromosomas son ligados 1
:os cromosomas empieza poco despues de Ia repli- en el sitio de recombinaci6n t
cacion. Sino ha habido recombinacion, los dos cro-
mosomas se alejan uno del otro. Sin embargo, Ia ca-
;Jacidad de las secuencias pertinentes para apartarse
una de otra, puede ser constreiiida si se ha formado
un dimero, lo cuallas fuerza a permanecer cerca del
septo, donde estan expuestas al sistema Xer. La recombinasa Xer forma I
Las bacterias con sistema Xer siempre tienen un una union en dif ~
homologo de FtsK y viceversa, lo cual sugiere que el

~a
sistema ha evolucionado de manera tal, que Ia reso-
!ucion esta conectada al septo. FtsK es una protefna

:ransmembrana extensa cuyo dominio terminal N
esta asociado con la membrana y hace que esta se
localice en el septo. Su dominio terminal C tiene dos
funciones, provocar que Xer separe a un dfmero en
dos monomeros, ademas de una actividad ATPasa
que puede utilizar para transferirse a lo largo del
DNA in vitro, que podrfa utilizarse para bombear el
DNA a traves del septo, de Ia misma forma en que
SpoiiiE transporta al DNA del compartimiento ma-
dre ala pre-espora durante la esporulacion. (Vease
Ia seccion 17 .8, La particion implica a la separacion
de los cromosomas.)
La partici6n implica la
separaci6n de los cromosomas
Conceptos principales
Los origenes de los replicones pueden estar adheridos a
la membrana interna de la bacteria.
Los cromosomas realizan movimientos abruptos del
centro a las posiciones que se encuentran a 1/4 y a 3/4
de la longitud total de la celula.
La particion es el proceso por el cuallos dos cromo-
somas hijos se ubican uno a cada ]ado de la posicion
en que se forma el septo, y para que sea adecuada,
se necesitan dos tipos de eventos:
Los dos cromosomas hijos deben ser libera-
dos uno del otro para que puedan segregar-
se despues de Ia terminacion, para lo cual
es necesario el desenrollado de las regiones
del DNA enrolladas una con otra cerca del
termino. La mayor parte de las mutaciones
incide en el map eo de los genes que codifi-
"'"";, 1:5
FtsK es necesaria para Ia I
Un evento de recombinacion crea dos cromo-
somas ligados. Xer crea una union Holliday en el sitio dif, pero
puede separarla solo en presencia de FtsK.
can a las topoisomerasas con capacidad para
pasar de una cadena de DNA a otra. Las mu-
taciones impiden que los cromosomas hi-
jos se segreguen, con el resultado de que el
DNA se localice en una sola masa extensa,
a mitad de la celula. Posteriormente, con
la formacion del septo se Iibera una celula
anucleada y una que incluye ambos cromo-
somas hijos, indicia de que Ia bacteria debe
ser capaz de desenrollar sus cromosomas de
forma topologica para poder segregarlos en
diferentes celulas hijas.
Las mutaciones que afectan el proceso de
particion son raras, pero suelen encontrarse
dos clases; las mutaciones de actuacion en
cis deben ocurrir en las secuencias de DNA
que fungen como diana para el proceso de
particion, en tanto que las mutaciones
de actuacion en trans se presentaran en
los genes que codifican a las protefnas que
provocan la segregacion, los cuales pueden
incluir protefnas que se unen al DNA o a
actividades que controlan la localizacion en

17.8 La partici on i mplica la separacion de los cromosomas 417

 Ia envoltura, a las cuales puede adherirse el
DNA. Ambos tipos de mutaciones han sido
encontrados en los sistemas responsables de
Ia particion de los plasmidos, pero en el cro-
mosoma bacteriano solo se han encontrado
las funciones de actuacion en trans. Por otra
parte, las mutaciones en los sistemas de re-
combinacion especffica de sitio de plasmidos
incrementan la perdida del plasmido (de -
bido a que la celula en proceso de division
tiene solo un dfmero para la particion, y no
dos monomeros), de modo que su fenotipo
es similar al de los mutantes de particion.
La forma original del modelo de segregacion
cromosomica que se muestra en la Figura 17.8 su-
giere que Ia envoltura crece por insercion de ma-
terial entre los sitios de adhesion de los dos cro -
mosomas, apartandolos. De hecho, la pared celular
y Ia membrana crecen de forma heterogenea en
toda la superficie celular. Mas aun, los cromosomas
replicados son capaces de moverse abruptamente a
sus posiciones finales localizadas a un cuarto y a tres
cuartos de la longitud total de la celula. Si se inhibe
Ia sfntesis protefnica antes de Ia terminacion de Ia
replicacion, los cromosomas no pueden segregarse y
permanecen cerca de Ia mitad de la celula. Sin em-
bargo, cuando a la sfntesis protefnica se le permite
reiniciar, los cromosomas se mueven a las posicio-
nes ubicadas en uno y tres cuartos de la longitud
en ausencia de cualquier elongacion posterior de la
envoltura, lo cual sugiere que un proceso activo, es
decir, que requiere de Ia sfntesis proteinica, puede
desplazar a los cromosomas a ubicaciones especffi-
cas. La segregacion es interrumpida por mutacio-
nes de clase muk, las cuales originan una progenie
anucleada cada vez con mayor frecuencia y los dos
cromosomas hijos permanecen en el mismo !ado
del septo, en vez de segregarse. Las mutaciones que
suceden en los genes muk no sonletales y permiten
identificar a los componentes del m ecanismo que
El DNA de un solo nucleoide progenitor se des-
condensa durante la replicaci6n . El mukB es un com ponente
esencial del mecanismo que condensa de nuevo los nucleoides
hijos.
418 CAPITULO 17 La replicaci6n bacteriana esta conectada con el ciclo celular
segrega a los cromosomas. El gen mukA es identic
al de una protefna de membrana externa conoc-
da (to/C), cuyo producto podrfa estar implicado co:-
la adhesion del cromosoma a la envoltura. El ge:::_
mukB codifica a una protefna globular ex tens a ( 18:
kD) que tiene el rnismo tipo general de organizaci ' -
que los dos grupos de proteinas de mantenimie -
to estructural de los cromosomas (SMC, structur
maintenance of chromosomes) involucrados enla cor:-
densacion y el mantenimiento de la union de 1 ~
cromosomas eucarioticos (vease la seccion 31.6, L::.
condensacion de los cromosomas es provocada p o~
las condensinas). En otras bacterias tambien ha -
sido encontradas proteinas de tipo SMC.
El conocimiento de la funcion de MukB se de-
rivo del descubrimiento de que algunas mutacion~
en mukB pueden ser suprimidas por mutaciones e -
tapA, gen que codifica a Ia topoisomerasa I. MukB
forma un complejo con otras dos protefnas, MukE
y MukF, de modo que se considera que el complej
MukBEF es un analogo de la condensina para k
condensinas eucarioticas. Utiliza un mecanismo de
superenrollamiento para condensar al cromosoma.
Un defecto de esta funcion es la causa de la incapa-
cidad para segregar apropiadamente, el cual puede
compensarse al impedir que las topoisomerasas re-
lajen los superenrollados negativos; el incrementc
resultante en la densidad del superenrollado ayud<:
a restaurar el estado de condensaci6n apropiado y
por lo tanto, permite la segregacion.
Todavia se desconoce como se posicionan lo
genomas en Ia celula, pero el proceso puede esta~
relacionado conla condensacion. En la GJ 17 1
se muestra un modelo actual. El genoma progenitor
esta en el centro, y debe ser descondensado para.
atravesar el mecanismo de replicacion. Los cromo-
somas hijos emergen de la replicacion, son desen-
rollados por las topoisomerasas y despues, en ur_
estado no condensado, pasan a MukBEF, de mod
que formen masas no condensadas en posicione~
que llegaran a ser los centros de las ce!ulas hijas.
Durante aiios se ha sospechado que existe un
vinculo ffsico entre el DNA de las bacterias y la mem-
brana, pero las evidencias siguen siendo ambiguas _
El DNA bacteriano suele encontrarse en fracciones
de membrana, las cuales tienden a ser abundante5
en marcadores geneticos cerca del origen, la hor-
quilla de replicacion y el termino. Las proteinas pre-
sentes en dichas fracciones de membrana pueder.
ser afectadas por mutaciones que interfieren cor:
el inicio de Ia replicacion. El sitio de crecimiento
podria ser una estructura de la membrana a la cua~
debe adherirse el origen para la iniciaci6n.
Durante la esporulacion en Bacillus subtilis, ur
cromosoma hijo debe ser segregado en el peque-
- compartimiento de la pre-espora (vease la Fig.
_Al). Se trata de un proceso in usual que implica
- :ransferencia del cromosoma a traves del septo
- ~ iente. Uno de los genes de esporulacion, spoiiiE,
_ necesario para el proceso. La protefna SpoiDE se
:aliza en el septo y probablemente tiene una fun-
, n de translocacion que bombea el DNA a traves
--:-I compartimiento de Ia pre-espora.
Los plasmidos de una sola
co pia tienen un sistema
de partici6n
Conceptos principales
Los plasmidos de una sola copia existen a raz6n de
una copia de plasmido por cada origen de cromosoma
bacteria no.
Los plasmidos de capias multiples existen en mas de
una copia de plasmido por cada origen de cromosoma
bacteriano.
La recombinaci6n hom6loga entre los plasmidos
circulares genera dimeros y multimeros superiores.
Los plasmidos tienen sistemas de recombinaci6n
especifica de sitio que llevan a cabo la recombinaci6n
intramolecular para regenerar mon6meros.
Los sistemas de partici6n garantizan que los plasmidos
duplicados sean segregados a celulas hijas distintas
producidas por una division.
::1 tipo de sistema que utiliza un plasmido para ga -
:antizar que se distribuya entre las dos celulas hi-
as en la division depende del tipo de sistema de
:eplicacion. Cada tipo de plasmido conserva en su
_ospedador bacteriano un numero de copias ca-
:acterfstico:
Los sistemas de control de una sola copia
son semejantes al del cromosoma bacteria-
no y resultan en una replicacion por divi-
sion celular. Un plasmido de una sola copia
conserva de manera efectiva Ia paridad con
el cromosoma bacteriano.
Los sistemas de control de copias multiples
permiten varios eventos de iniciacion por
ciclo celular, lo cual resulta en numerosas
copias del plasmido por bacteria, siempre un
numero caracterfstico (tfpicamente de 10 a
20) por cromosoma bacteriano.
El numero de capias se debe principalmente al
tipo de mecanismo de control de la replicacion . El
-is.tema responsable de iniciar la replicacion deter-
mina cuantos orfgenes puede haber en Ia bacteria .
Cada plasmido esta formado por un solo replicon,
e modo que el numero de origenes es igual al nu-
mero de moleculas de plasmido.
17.9 Los plasmidos de una sola copia tienen un sistema de partici6n
Los plasmidos de una sola copia cuentan con
un sistema para el control de la replicacion cuyas
consecuencias son similares a las del sistema de re-
plicacion que gobierna al cromosoma bacteriano.
Un origen individual puede ser replicado una sola
vez y los orfgenes hijos son segregados a las diferen-
tes celulas hijas.
Los plasmidos de capias multiples tienen un
sistema de replicacion que permite que exis ta
un acervo de orfgenes. Si el numero es suficiente-
mente grande (en Ia practica, mas de l 0 por bacte-
ria), no se necesita un sistema de segregacion acti -
va, pues incluso una distribucion estadfstica de los
plasmidos respecto de las celulas hijas resultarfa en
Ia perdida de plasmidos a frecuencias de < l0-6
Los plasmidos se mantienen en las poblaciones
bacterianas con rangos de perdida muy bajos (tf-
picamente < l o-7 por division celular, incluso para
los plasmidos de una sola copia) . Los sistemas que
controlan !a segregacion de los plasmidos se pue-
den identificar por mutaciones que incrementan
Ia frecuencia de Ia perdida, pero que no inciden
en la replica cion misma. Para garantizar !a supervi-
vencia de un plasmido en la poblacion bacteriana
se utilizan diversos mecanismos. Es comun que el
plasmido porte numerosos sistemas, a menudo de
diferente tipo, que actuan de manera independiente
para garantizar su supervivencia. Algunos lo hacen
de manera indirecta, mientras que otros participan
directamente en la regulacion del evento de par-
ticion. Sin embargo, en funcion de Ia evolucion,
todos tienen el mismo fin: ayudar a garantizar la
perpetuacion del plasmido en el ntlmero maximo
de bacterias de progenie.
Los plasmidos de una sola copia requieren de
sistemas de partici6n para asegurar que las copias
duplicadas se ubiquen en !ados opuestos del septo
en Ia division celular, de modo que son segregados
a una celula hij a distinta. De hecho, las funciones
involucradas en Ia particion fueron identificadas por
primera vez en los plasmidos. En Ia se
ilustran los componentes de un sistema comun; en
general hay dos loci de actuacion en trans (pa rA y
ParAy ParB actuanen pa
parA para
I( Un sistema de segregaci6n comCtn esta formado
por los genes parA y parB y por el sitio diana parS.
419

Sitio
de union
aiiHF
El complejo de partici6n se forma cuando el IHF
se une al DNA en parS y lo dobla para que ParB pueda unirse
a los sitios que se encuentran a ambos lados. El complejo es
iniciado por un heterodimero de IHF y un dimero de ParB y
despues se unen mas dimeros de ParB.
parE) y un elemento de actuacion en cis (parS ) lo -
calizados justo en flujo descendente respecto de los
dos genes. ParA es una ATPasa que se une a ParB,
y esta, a su vez, con el sitio parS del DNA. Una dele-
cion en cualquiera de los tres loci impide la particion
adecuada del pLismido. Se han caracterizados siste-
mas de este tipo en los pL:J.smidos F. Pl y R l. A pesar
de sus similitudes generales, no hay homologia de
secuencia significativa entre los genes correspon-
dientes ni entre los sitios de actuacion en cis.
La funcion de parS en el plasmido equivale a la
del centromero en una celula eucariotica. Su union
con Ia protefna ParB crea una estructura que segre-
ga las capias del plasmido a celulas hijas opuestas.
Una protefna bacteriana, IHF, tambien se une con
este sitio para integrarse a la estructura. El comple-
jo formado por ParB e IHF con parS se denomina
complejo de particion. parS es una secuencia de 34
bp que contiene el sitio de union con IHF y esta
flanqueada en ambos !ados por secuencias denomi-
nadas boxA y boxB, unidas por ParB.
IHF es el fa ctor hospedador de integracion
(integration host factor), asf llamado por la funcion
en Ia cual se descubrio (formando una estructura
implicada en la integraci6n del DNA del fago A al
cromosoma hospedador). IHF es un heterodimero
con capacidad para formar una estructura gran-
de en la cual envuelve el DNA en la superficie. La
funcion del IHF es doblar el DNA para que ParB
pueda unirse simultaneamente a los sitios boxA y
boxB separados, como se indica en Ia
La formacion del complejo se inicia cuando parSes
unida por un heterodfmero de IHF con un d!mero
de ParB, lo cual permite que mas dfmeros de ParB
se unan de forma cooperativa. La interaccion de
ParA con la estructura del complejo de particion es
esencial, pero transitoria.
El complejo protefna -DNA que se ensambla en
el IHF durante Ia integracion del fago 'A se une ados
420 CAPITULO 17 La replicaci6n bacteriana esta conectada con el ciclo celular
moleculas de DNA para permitirles recombinaE :
(vease la secci6n 19.19, La recombinacion del fag
'A ocurre en un intasoma) . La fun cion del compl .
de particion es diferente, garantizar que dos molc-
culas de DNA se segreguen separadas una de OlE
Aun se desconoce de que manera Ia formaci6n d~
complejo individuallogra ll evar a cabo dicha tare~
Una posibilidad es que adhiere el DNA a un sit:
ffsico, por ejemplo, la membrana, y despues los _:.
tios de adhesion sean segregados por crecimien:
del septo.
En numerosas bacterias se encuentran prote -
nas relacionadas con ParA y ParB; en B. subtilis _:
denominan Soj y SpoOJ, respectivamente. Las m t:-
taciones de estos loci impiden la esporulaci6n de '
do a una falla de segregacion de un cromosoma hf
dentro de la pre-espora (vease la Fig. 11.42). En Ia._
ce!ulas en proceso de esporulaci6n, SpoOJ se loc2. -
liza en el polo y podr!a ser responsable de locali:za.
a hi el origen. SpoOJ se une a una secuencia preser.-
teen multiples capias dispersas en -20% del crom 0
soma, cerca del ori.gen. Por otra parte, es posible ql.;e
se una a orfgenes nuevas y antiguos, mantenienc
un estado equivalente al apareamiento cromos ' -
mico, hasta que los cromosomas sean segregados ~
los polos opuestos. En Caulobacter crescentus, ParA :
ParB localizan a los polos de la bacteria y ParB u :
secuencias cercanas al origen, de modo de localiz.r
al origen en el polo. Estos resultados sugieren qu:-
un mecanismo especffico es responsable de ubica;
el origen en el polo. La siguiente etapa del analis' -
consistira en identificar los componentes celulare-:
con los cuales interactua el mecanismo.
La importancia del plasmido para garantizar que
todas las ce!ulas adquieran replicas del plasmido St
subraya porIa existencia de multiples sistemas inde-
pendientes en plasmidos individuales que garantiza~
Ia partici6n apropiada. Los sistemas de adiccion
cuya operacion se basa en Ia expresion "andam .
juntos o andamos separados", garantizan que un.:.
bacteria que porta un plasmido pueda sobrevi\-:::-
solo mientras lo retenga. Hay muchas formas degc.-
rantizar que una celula muera si es "curada" de u::.
plasmido, las cuales comparten el principia ilustrad
en la de que el plasmido produce e.
veneno y el ant!doto. El veneno es una sustanci-::.
asesina relativamente estable, mientras que el anr:-
doto consta de una sustancia que bloquea la acci6;::,
asesina, pero cuyo lapso de vida es relativamente:
corto. Cuando el plasmido se ha perdido, el antidOi
se degrada, de mod o que Ia sustancia asesina pr -
voca Ia muerte de Ia celula. As! pues, las bacteric:
que pierden el plasmido mueren inevitablemente
la poblaci6n esta condenada a retener el plasmid
de manera indefinida. Estos sistemas asumen varia.
formas. Una de las especificadas por el plasmido :
 Cicio celular de un plasmido Cicio celular de plasmidos
El plasmido ~ :n: incompatibles
___. '~ Asesino I)
crea al
asesino y
al antfdoto
..... . . ..
; ~ -~
Anildoto
La celula crece
I La celula crece y 1: pero los plasmidos
f el plasmido se f no se replican
replica porque ya hay dos
~ ~'l:IC
La perdida del
plasmido deja a Asesino ~ J ) ' origenes
un asesino y a ~;; 0 -.r- II
un antfdoto An!ldoto ~ 0 0

' La celula se divide ' La celula se divide

El antfdoto es
degradado 1:1

Cada celula tiene una copia del Los plasmidos incompatibles

mismo pl<1smido se han distribuido en celulas
diferentes

El asesino destruye Asesino

Dos plasmidos son incompatibles (pertenecen al mismo
a Ia celula
grupo de compatibilidad) si sus origenes nose diferencian en la etapa
de iniciaci6n. El mismo modelo podria aplicarse a la segregaci6n.

Los plasmidos podrian asegurar que las bacte-

; as no sobrevivan sin ellos al sintetizar a un asesino de larga
~day a un antidoto de vida corta.
.::onsiste en proteinas asesinas y bloqueadoras. El
asmido Rl tiene un asesino que es el RNAm para
_na proteina t6xica; el antfdoto es un RNA antisen-
:ido pequefio que impide Ia expresi6n del RNAm.
La incom patibilidad
de los plasmidos depende
del replic6n
Concepto principal
Los plasmidos que se encuentran en un solo grupo
de compatibilidad tienen origenes regulados por un
sistema de control comun.
::1fen6meno de Ia incompatibilidad de los plasrnidos
~sta relacionado con la regulaci6n del numero de
:opias del mismo y con Ia segregaci6n. Un grupo
de compatibilidad se define como un conjunto de
plasmidos cuyos rniembros son incapaces de coexis-
:r en Ia misma celula bacteriana. La raz6n de esta
:n compatibilidad es que noes posible distinguir uno
del otro en alguna etapa esencial para el manteni-
~iento del plasrnido; esto seria aplicable en Ia repli-
:aci6n y segregaci6n del DNA.
El modelo de control negative para Ia incompa-
tibilidad de los plasmidos se deriva de Ia idea de que
el numero de copias logra controlarse al sintetizar
un represor que mide Ia concentraci6n de orfgenes.
(Formalmente, es el mismo que el modelo de titula-
ci6n para Ia replicaci6n regulad ora del cromosoma
bacteriano.)
La introducci6n de un nuevo origen como se-
gundo plasmido del mismo grupo de compatibilidad
imita el resultado de Ia replicaci6n del plasmido re-
sidente, de modo que habra dos orfgenes. Por tanto,
se impide cualquier replicaci6n posterior basta que
los dos plasmidos hayan sido segregados a celulas
diferentes para crear el n(tmero correcto de copias
previas a Ia replicaci6n, como se ilustra en Ia
El efecto serfa similar si el sistema de segrega-
ci6n de los productos a las celulas hijas no pudiera
distinguir entre dos plasmidos. Por ejemplo, si dos
plasmidos tienen los mismos sitios de partici6n de
actuaci6n en cis, Ia competencia entre ellos asegu-
raria que fueran segregados a celulas diferentes, y
no podrian sobrevivir en la misma lfnea.
La presencia de un miembro de un grupo de
compatibilidad no afecta directamente la supervi-
vencia de un plasmido perteneciente a un grupo
diferente. Solo un replic6n de un grupo de compati-
bilidad dado (plasmido de una sola copia) puede ser
mantenido en la bacteria, pero no interactua con los
replicones de otros grupos de compatibilidad.

17.10 La incompatibilidad de los plasmidos depende del replic6n 421

 IIIII El sistema de compatibilidad
ColE1 es controlado
por un regulador de RNA
Conceptos principales
La replicaci6n de ColE1 exige que la transcripci6n pase
por el origen, donde el transcrito es dividido por la
RNAasa H para generar un extrema cebador.
El RNA I regulador es un RNA corto antisentido que se
aparea con el transcrito e impide la division que genera
el extrema cebador.
La prote\na Rom potencia el apareamiento entre el RNA
I y el t ra nscrito.
El numero de copias y el sistema de incompati-
bilidad mejor caracterizados son los del pl.ismido
ColE1, plasmido de capias multiples que se man-
tiene en un nivel estable de - 20 capias por cada
celula de E. coli. El sistema para conservar el numero
de capias depende del mecanismo para iniciar Ia
replicacion en el origen Co!El, como se ilustra en
la l 1.
La replicacion empieza con la transcripdon de
un RNA que inicia 55 5 bp de flujo ascendente del
origen. La transcripcion continua a traves del ori-
l
La transcripci6n rebasa al origen
La RNAasa H divide al RNA
r: La replicacion del DNA ColE1 se inicia al divi-
dir el RNA cebador para generar un extrema 3'-0H. El cebador
forma un hibrido persistente en la region de origen.
422 CAPiTULO 17 La replicacio n bacteriana esta conectada con el ciclo celular
gen. La enzima RNAasa H (cuyo nombre refleja st.
especificidad por un sustrato de RNA hibridado cor.
DNA) divide al transcrito en el origen, lo cual gene-
ra un extrema 3'-0H que se utiliza como "cebador
en el cual inicia la sfntesis de DNA (el uso de lo'
cebadores se discute con mayor detalle en Ia secci6r.
18.8, La imprimacion es necesaria para iniciar lei
sfntesis de DNA) . El RNA cebador forma un hfbridC'
persistente con el DNA. El apareamiento entre e:
RNA y el DNA ocurre justa en flujo ascendente -
partir del origen (mas o menos en Ia posicion -20
y tambien mas lejos, en flujo ascendente (cerca de
Ia posicion -265).
Dos sistemas reguladores ejercen sus efectos e
el cebador de RNA, uno involucra la sfntesis de u ..
RNA complementario al cebador y el otro implica -
una protefna codificada por un locus cercano.
La especie reguladora de RNA I es una molecule.
de -180 bases coclificada por la cadena opuesta a lc.
especffica del cebador de RNA. La relacion entre e~
RNA cebador y el RNA I se ilustra en la ll A 7.1
La molecula de RNA I inicia en la primera region :
termina cerca del sitio en que inicia el RNA cebador
de modo que el RNA I es complementario de Ia re-
gion terminal 5' del RNA cebador. El apareamient~
de bases entre las dos moleculas de RNA control.?.
Ia disponibilidad del RNA cebador para iniciar u
ciclo de replicacion.
Una molecula de RNA, como el RNA I, que
funciona gracias a su complementariedad con otr
RNA codificado en la misma region, se denomina
contratranscrito. Este tipo de mecanismo, por su-
puesto, es otro ejemplo del uso del RNA antisentid
(vease Ia seccion 13.7, Las moleculas pequefias d ~
RNA son capaces de regular la traduccion).
Las mutaciones que reducen o eliminan Ia com-
patibilidad entre plasrnidos pueden obtenerse al selec-
cionar a plasrnidos del rnismo grupo por su capacida ~
para coexistir. Las mutaciones de incompatibilidad e _
ColE 1 se mapean en Ia region de superposicion entre
el RNA I y el RNA cebador. Esta region se represent::.
en dos RNA distintos, de tal manera que uno o amb ~
podrfan estar involucrados en el efecto.
Cuando el RNAI es agregado a un sistema par.:
replicar DNA ColE I in vitro, inhibe Ia formacion de
RNA cebador activo, pero Ia presencia de RNA I nc
.. . . ....
. .
H !R "i 1 La secuencia del RNA I es complementaria c~
la region 5' del RNA cebador.
 ibe Ia iniciacion ni Ia elongacion de Ia sintesis
.:el RNA cebador, lo cual sugiere que el RNA I im-
- 'd e que Ia RNAasa H genere a! extremo 3' del RNA
~ -bador. Este efecto se basa en el apareamiento de
~a ses entre el RNA I y el RNA cebador.
Las dos moleculas de RNA tienen la misma es-
-::-uctura secundaria potencial en esta region, con
~ es horquillas duplex que terminan en lazos de
:adena individual. Las mutaciones que reducen la
__ compatibilidad se localizan en dichos lazos, lo cual
_;giere que el paso inicial del apareamiento de ba-
:s entre el RNA I y el RNA cebador es un contacto
7:-ttre los lazos no apareados.
c.De que manera el apareamiento con el RNA I
..:npide Ia division para formar el RNA cebador? En
= JGUR 20 se ilustra un modelo. En ausencia
.:: RNA I, el RNA cebador forma su propia estruc-
_ra secundaria (que involucra lazos y tallos). Sin
:-:nbargo, cuando el RNA I esta presente, las dos
oleculas se aparean y forman una estructura de
.:. ble cadena a todo lo largo del RNA I. La nueva
:::;rrl!lctura secundaria impide la formacion del ceba-
::. r, probablemente porque afecta Ia capacidad del
~~A para formar el hfbrido persistente.
SIN APAREAMI ENTO
Cebador de RNA
APAREAMIENTO
RNA I
ruin
.lnicia el apareamiento de bases
-
La transcripci6n continua
I actuar en el cebador de RNA
JRA 11. 2 El apareamiento de bases con el RNA I pue-
: ~ cambiar la estructura secundaria de la secuencia del RNA
..:: :ador y, por lo tanto, impedir la division para generar un
'-::' emo 3'-0H.
17 .11 El sistema de com patibilidad ColEl es controlado por un regulador de RNA
El modelo se asemeja al mecanismo implica-
do en la atenuacion de la transcripcion, en el cual
los aparearnientos alternativos de una secuencia de
RNA perrniten o impiden la formacion de la estruc-
tura secundaria necesaria para la terminacion por
la polimerasa de RNA (vease la seccion 13.2, Las
estructuras secundarias alternas controlan la ate-
nuacion). La accion del RNA I es ejercida por su
capacidad para afectar a regiones distantes del pre-
cursor del cebador.
Formalmente, el modelo equivale a postular un
circuito de control que implica dos especies de RNA.
Un precursor de un RNA cebador de gran tamafio
es un regulador positivo, necesario para iniciar la
replicacion. El RNA I pequefio es un regulador ne-
gativo susceptible de inhibir la accion del regulador
positivo.
Por su capacidad para actuar en cualquier plas-
rnido presente en Ia celula, el RNA I proporciona un
represor que impide que funcione el DNA reciente-
mente inducido, funcion analoga a la del represor
lisogenico de A (vease Ia seccion 14.9, El represor y
sus operadores definen Ia region de inmunidad). En
vez de una proteina represora que se une al DNA
nuevo, un RNA une al precursor recien sintetizado
al cebador de RNA.
La union entre el RNA I y el RNA cebador puede
ser influida por la proteina Rom, la cual es codificada
por un gen que se encuentra en flujo descenden-
te respecto del origen. La proteina Rom potencia la
union entre los transcritos de RNA I y de RNA ceba-
dor de >200 bases. El resultado es Ia inhibicion de la
formacion del cebador.
c. Como afectan las mutaciones de los RNA a la
incompatibilidad? En la -t se muestra una
......
El RNA I actua en cualquier cebador de RNA
codificado por su propio genoma
Ill Ill Ill .....
Tipo I
iJ~O~ Tipo II
liiliilff .....
~
El RNA I con secuencia diferente no puede
.....
Tipo I + tipo II
I
Division
GU 1 L Las mutaciones de la region que codifica al
RNA I y al precursor del cebador no necesitan incidir en su
capacidad para aparearse; sin embargo, pueden impedir el
apareamiento con el RNA complementario codificado par un
plasmido diferente.
423
 situacion en que una celula contiene dos tipos de
secuencia RNA I/RNA cebador. El RNA I y el RNA
cebador creados a partir de un tipo de genoma pue-
den interactuar, pero el RNA I de un genoma no in-
teractua con el RNA cebador del otro genoma. Esta
situacion se ariginaria cuando una mutacion en la
region comun al RNA I y al RNA cebador ocurriera
en una ubicacion implicada en el apareamiento de
bases entre ellos. Cada RNA I seguiria apareandose
con el RNA del cebador codificado par el mismo
plasmido, pero podria ser incapaz de aparearse con
el RNA cebador codificado par el otro, lo cual pro-
vocaria que el plasmido original y el mutante se
comportaran como miembros de grupos de compa-
tibilidad diferentes.
E11fJ (C6mo se rep lican y segregan
las mitoco ndrias?
Conceptos principales
La replicaci6n y la segregaci6n del DNAmt a las
mitocondrias hijas son eventos estocasticos.
La segregaci6n mitocondrial a lascelulas hijas tambien
es un evento estocastico.
Una mitocondria se divide al desarrollar u::
anillo en torno al arganelo que lo estrangula paro.
dividirlo .en dos mitades. En principia, el mecanism
es similar al implicado en la division de las bacterias
El mecanismo que se utiliza en las mitocondrias de
las cetulas vegetates es similar al de las bacterias :
utiliza un homologo de la proteina bacteriana Ftsl
(vease la seccion 17.5, El producto FtsZ es necesaric
para la formacion del septa). El mecanismo mole-
cular es diferente en las mitocondrias de las celula3
animates, y utiliza la proteina dinamina, implicadc:
en la formacion de vesiculas membranosas. Un or-
ganelo individual puede tener mas de una copia de
su genoma.
Se desconoce si hay un mecanismo de particior
para segregar las moleculas de DNAmt del interior
de la mitocondria, o si son simplemente heredada '
par las mitocondrias hijas, segun la mitad de la mi-
tocondria en que se encuentren. En la 7.2

Las mitocondrias deben duplicarse durante el ciclo

celular y segregarse a las celulas hijas, se entiende
una parte de la mecanica de este proceso, pero no
su regulacion.
En cada etapa de la duplicacion de las mito-
condrias, replicacion y segregacion del DNA para
duplicar las mitocondrias, asi como a segregacion
de los organelos a las celulas hijas, el proceso parece
ser estocastico, regido par una distribucion aleatoria
de cada co pia. En este caso, Ia teo ria de la distribu-
cion es anciloga a la de los plasmidos bacterianos de
capias multiples, con la misma conclusion de que
> l 0 capias son necesarias para garantizar que cada
celula hija adquiera al menos una copia (vease la
seccion l 7. 9, Los plasmid as de una sola copia tie-
nen un sistema de particion). Cuando hay molecu-
las de DNArnt con variaciones alelicas (par herencia
de progenitores distintos o par mutaciones), la dis-
tribucion estocastica puede generar celulas con solo
uno de los alelos.
La replicacion del DNAmt puede ser estocastica
porque no hay un control par el cual se repliquen
capias especificas, de manera que en un ciclo, al-
gunas moleculas de DNArnt pueden replicarse mas Nucleoides de DNAmt
veces que otras.
El numero total de capias del genoma puede El DNA mitocondrial se replica al incrementarst
el numero de genomas respecto de la masa mitocondrial, perc
ser controlado par titulacion de masa en una forma sin garantizar que cada genoma se replique el mismo numero d<:
similar a las bacterias (vease la seccion 17 .2, La re- veces, lo cual puede provocar cambios en la representaci 6-
plicacion esta conectada con el ciclo celular). de los alelos de las mitocondrias hijas.

424 CAPITULO 17 La replicaci6n bacteriana esta conectada con el ciclo celular

_-: muestra que Ia combinaci6n de los mecanismos
: _ replicaci6n y de segregaci6n puede resultar en Ia
' ignaci6n estocastica del DNA en cada una de las
: pias, es decir, que Ia distribuci6n de uno de los
; enomas mitocondriales a Ia mitocondria hija no
:epende de sus orfgenes progenitores.
La asignaci6n de las mitocondrias a las celulas
~ijas tambien parece ser aleatoria. De hecho, fue Ia
_bservaci6n de Ia variaci6n somatica en las plantas
a que sugiri6 inicialmente Ia existencia de genes
~ue podrian perderse de una de las celulas hijas
orque no se heredaban segun las !eyes de Mendel
vease Ia Fig. 4.15).
En algunas situaciones, una mitocondria tiene
.l ielos de ambos progenitores, lo cual tiene dos con-
:licionantes: que ambos padres proporcionen alelos
_:;J cigoto (que por supuesto noes el caso cuando hay
i erencia materna. Vease la secci6n 4 .9, Los organe-
_os contienen DNA), y que los alelos progenitores
se encuentren en la misma mitocondria. Para ello,
:as mitocondrias de los progenitores deben haberse
~usionado.
El tamafio de una mitocondria podrfa no de-
finirse con precision. De hecho, hay una interro-
:>ante sin resolver respecto de que una mitocondria
individual represente a una copia (mica y discreta
del organelo o se encuentre en un flujo dinamico
en que puede fusionarse con otras mitocondrias.
Se sabe que las mitocondrias pueden fusionarse en
las levaduras debido a que despues de que se han
apareado dos cepas haploides de levaduras para pro-
ducir una cepa diploide, pueden ocurrir eventos de
recombinaci6n entre las moleculas de DNAmt, lo
cual implica que los dos DNAmt deben haber estado
expuestos uno al otro en el mismo compartimiento
mitocondrial. Se han hecho intentos de evaluaci6n
de Ia incidencia de eventos similares en celulas ani-
males en pos de una complementaci6n entre alelos
despues de que dos celulas se han fusionado, pero
los resultados no son contundentes.
Ill Resumen
Para replicar al cromosoma de E. coli se necesita
un tiempo fijo de 40 min, ademas de que deben
transcurrir otros 20 antes de que Ia celula pueda
dividirse. Cuando las celulas se dividen en menos de
60 min, se inicia un ciclo de replicaci6n antes del
final del ciclo de division precedente, lo cual da
Iugar a cromosomas con horquillas multiples. El
evento de iniciacion depende de Ia titulacion de Ia
masa celular, probablemente al acumular una pro-
teina iniciadora. La iniciaci6n puede tener Iugar en
Ia membrana de Ia celula debido a que el origen
tiene relacion con Ia m embrana durante un periodo
corto posterior a la iniciacion.
El septo que divide a Ia celula crece en una ubi-
cacion definida por al anillo periseptal preexistente;
un locus de tres genes (minC, D y E) codifica a los
productos que regulan el uso del anillo periseptal de
Ia mi tad de Ia celula o los sitios polares derivados
de anillos previos para la formacion del septo. El
que no se forme un septo, genera filamentos mul-
tinucleares; un exceso en Ia formacion de septos
genera minicelulas anucleadas.
Muchas protefnas transmembrana interactuan
para formar el septo. ZipA se localiza en la mem-
brana interna de la bacteria y se une a FtsZ, que
es una protefna tipo tubulina que puede polime-
rizarse en una estructura filamentosa denominada
anillo Z. FtsA es una protefna citosolica que se une
a FtsZ. Muchos otros productos fts, todos protefnas
transmembrana, se unen a! anillo Z en un proceso
ordenado que genera un anillo septal. Las ultimas
protefnas que se unen SEDS FtsW, y la transpepti-
dasa ftsi (PBP3), las cuales funcionan en conjunto
para produ cir los peptidoglucanos del septo. Los
cloroplastos utilizan un mecanismo de division re-
lacionado que tiene una protefna tipo FtsZ, a dife-
rencia de las mitocondrias, que utilizan un proceso
diferente en el cualla membrana es constrefiida por
una protefna del tipo de Ia dinamina.
Los plasmidos y las bacterias tienen sistemas
de recombinacion especffica de sitio que regeneran
pares de mon6meros a! separar a dimeros creados
por recombinaci6n general. El sistema Xer actua
en u na secuencia diana localizada en Ia region del
termino del cromosoma. El sistema se activa solo
en presencia de la protefna FtsK del septa, lo cual
puede garantizar que actue solo cuando un dfmero
necesite ser separado.
La particion implica la interaccion de Ia protef-
na ParB con el sitio diana parS para construir una
estructura que incluya la protefna IHF. Este com-
plejo de partici6n garantiza que los cromosomas
replicados se segreguen a celulas hijas distintas. El
mecanismo de segregacion puede implicar el des-
plazamiento del DNA, posiblemente por Ia accion
de MukB en la condensaci6n de cromosomas en
masa en diferentes ubicaciones conforme emergen
de Ia replicacion.
Los plasmidos tienen una variedad de sistemas
que garantizan Ia partici6n, o que colaboran para
que tenga Iugar, y un plasmido individual puede
portar sistemas de muchos tipos. El nt1mero de ca-
pias de un plasmido describe si se presenta en el
mismo nivel que el cromosoma bacteriano (uno por
celula unitaria) o en cantidades mayores. La incom-
patibilidad de los plasmidos puede ser consecuencia
de los mecanismos implicados en Ia replicacion o Ia
partici6n (para plasmidos de una sola copia). Dos
plasmidos que comparten el mismo sistema de con-
17 .13 Resumen 425
 trol para la replicaci6n son incompatibles, debido
a que el numero de eventos de replicaci6n garan-
tiza que haya un solo plasrnido para cada genoma
bacteriano.
Referencias
lfiJ La replicacion esta conectada al ciclo celular
Articulo de revio: i6n
Donachie, W. D. ( 1993). The cell cycle of E. coli. Annu. Rev.
Immunol. 47, 199-230.
Artic ulos de investi gaci6n
Donachie, W. D. and Begg, K. J. ( 1970). Growth of the
bacterial cell. Nature 227, 1220-1224.
Donachie, W. D., Begg, K. J., and Vicente, M. (1976).
Cell length, cell growth and cell division. Nature 264,
328-333.
El El septo divide a una bacteria en bacterias
hijas que contienen cada una un
cromosoma
Articu lo de revi si on
de Boer, P. A. J., Cook, W. R., and Rothfield, L. I. ( 1990).
Bacterial cell division. Annu. Rev. Genet. 24, 249-274.
Articulo de investig acion
Spratt, B. G. ( 1975). Distinct penicillin binding proteins
involved in the division, elongation, and shape of E.
coli K12. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 72, 2999-3003.
lfiJ Las mutaciones de la division o en la segregacion
modifican la forma de la celula
Articulo de investig aci on
Adler, H. I. et al. ( 196 7). Miniature E. coli cells deficient in
DNA. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 57, 321-326.
1111 El producto FtsZ es necesario para la formacion del
septo
Artic ulos de revision
Lutkenhaus, J. and Addinall, S. G. ( 1997). Bacterial
cell division and the Z ring. Annu. Rev. Biochem. 66,
93-116.
Rothfield, L., Justice, S. and Garcia-Lara, J. (1999).
Bacterial cell division. Annu. Rev. Genet. 33, 423-438.
Articulos de investigaci6n
Bi, E. F. and Lutkenhaus, J. ( 1991). FtsZ ring structure
associated with division in Escherichia coli. Nature 354,
161-164.
Hale, C. A. and de Boer, P. A. ( 1997). Direct binding of
FtsZ to ZipA, an essential component of the septal ring
structure that mediates cell division in E. coli. Cell 88,
175-185.
Mercer, K. L. and Weiss, D. S. (2002). The E. coli cell
division protein FtsW is required to recruit its cognate
426 CAPITULO 17 La replicacion bacteriana esta conectada con el ciclo celular
transpeptidase, Ftsl (PBP3 ), to the division site. J.
Bacterial. 184, 904-912.
Pichoff, S. and Lutkenhaus, J. (2002). Unique and
overlapping roles for ZipA and FtsA in septal ring
assembly in Escherichia coli. EMBO J. 21, 685-693.
Romberg, L. and Levin, P. A. (2003). Assembly dynamics
of the bacterial cell division protein FTSZ: poised at
the edge of stability. Annu. Rev. Microbial. 57, 125-15 ~
Stricker, J., Maddox, P., Salmon, E. D., and Erickson, H.
P. (2002). Rapid assembly dynamics of the Escherichi
coli FtsZ-ring demonstrated by fluorescence recovery
after photobleaching. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 99,
3171-3175.
llliJ Los genes min reg ulan la localizacion del septo
Artk ulos de investigaci6n
de Boer, P. A. J. et al. ( 1989). A division inhibitor and a
topological specificity factor coded for by the minicer
locus determine proper placement of the division
septum in E. coli. Cell 56, 641-649.
Hu, Z., Mukherjee, A., Pichoff, S., and Lutkenhaus, J.
( 1999). The MinC component of the division site
selection system in E. coli interacts with FtsZ to
prevent polymerization. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 96,
14819-14824.
Pichoff, S. and Lutkenhaus, J. (2001). Escherichia coli
division inhibitor MinCD blocks septation by
preventing Z-ring formation. J. Bacterial. 183, 6630.
Raskin, D. M. and de Boer, P. A. J. ( 1997). The MinE
ring: an FtsZ-independent cell structure requires for
selection of the correct division site in E. coli. Cell9 l ,
685-694.
IIIJ La segregaci6n cromosomica puede requerir de
recombinacion espec\fica de sitio
Am culos de investigaci6n
Aussel, L., Barre, F. X., Aroyo, M., Stasiak, A., Stasiak,
A. Z., and Sherratt, D. (2002). FtsK is a DNA motor
protein that activates chromosome d.imer resolution
by switching the catalytic state of the XerC and XerD
recombinases. Cell108, 195-205.
Barre, F. X., Aroyo, M., Colloms, S. D., Helfrich, A.,
Cornet, F., and Sherratt, D. J. (2000). FtsK functions
in the processing of a Holliday junction intermediate
during bacterial chromosome segregation. Genes Dev.
14, 2976-2988.
Blakely, G., May, G., McCulloch, R., Arciszewska, L. K.,
Burke, M., Lovett, S. T., and Sherratt, D. J. (1993).
Two related recombinases are required for site-specific
recombination at dif and cer in E. coli K12. Ce/l75,
351-361.
IIIJ La particion involucra la separacion de los
cromosomas
Artl culos de revision
Draper, G. C. and Gober, J. W. (2002). Bacterial
chromosome segregation. Annu. Rev. Microbial. 56,
567-597.
:::-ring ton, J., Bath, J ., and Wu, L. J . (200 1). DNA transport
in bacteria. Nat. Rev. Mol . Cell Bioi. 2, 538- 545.
~rdon, G. S. and Wright, A. (2000 ). DNA segregation in
bacteria. Annu. Rev. Microbial. 54, 68 1-708.
3 raga, S. (1992). Chromosome and plasmid partition in.
coli. Annu. Rev. Biochem. 61. 283-306 .
:ake, R. G. and Erringto n, J. (1995) . Chromosome
partitioning in bacteria. Annu. Rev. Genet. 29, 41-67.
- i:ku los de investigacion
.=ase, R. B., Chang, Y. P. , Smith, S. B .. Gore, J., Cozzarelli,
N. R., and Bustamante, C. (2004). The bacterial
condensin MukBEF compacts DNA into a repetitive,
stable structure. Science 305, 222- 227 .
: acob, F., Ryter. A., and Cu zin, F. (1966). On the
associa tion between DNA and the membrane in
bacteria. Proc. Roy. Soc. Land. B Bioi. Sci. 164, 267-348.
~a witzke, J. A. and Austin, S. (2000) . Suppression of
chromosome segregation defects of E. coli muk
mutants by mutations in topoisomerase I. Proc. Narl.
Acad. Sci. USA 97, 1671-1 676 .
.'u, L. J. and Errington, J. ( 1997). Septal localization of
the SpoiiiE chromosome partitioning protein in B.
subtilis. EMBO J. 16, 2161-2169.
Los plasmidos de una sola copia tienen un sistema
de particion
-1:iculos de revision
:>raper, G. C. and Gober, J. W. (2002). Bacterial
chromosome segregation. Annu. Rev. Microbial. 56,
567-597.
:;ordon, G. S. and W right, A. (2000). DNA segregation in
bacteria. Annu. Rev. Microbial. 54, 68 1-708.
:iiraga, S. ( 1992). Chromosome and plasmid partition in E.
coli. Annu. Rev. Biochem. 6 1, 283-306.
-.rticulos de i nvestigacion
::Iavis, M. A. and Austin, S. J. (1988). Recognition of the
Pl plasmid centromere analog involves binding of th e
ParE protein and is modified by a specific h os t factor.
EMBO J. 7, 1881-1888.
FunnelL B. E. (1988). Participation of E. coli integration
host factor in the P1 plasmid pa rtition sys tem. Proc.
Nat/. Acad. Sci. USA 85, 6657- 6661.
MohL D. A. and Gober. J. W. (1997). Cell cycle-dependent
polar localiza tion of chromosome partitioning proteins
of C. crescentus. Cel/88, 675-684.
Surtees. J. A. and FunnelL B. E. (2001 ). Th e DNA binding
domains of P1 ParE and the architecture of the Pl
plasmid partition complex. J. Bioi. Chern . 276, 12385-
12394 .
111m La incompatibilidad de los plasmidos depende del
replic6n
Articulos de revision
Nordstrom, K. and Austin, S. J. ( 1989). Mechanisms that
contribute to the stable segregation of plasmids . Annu.
Rev. Genet. 23, 37-69.
Scott, J. R. ( 1984). Regulation of plasmid replication.
Microbial. Rev. 48, 1-23 .
El siste ma de compatibilidad ColE1 es controlado por
un regulador de RNA
Articulos de investigaci6n
Masukata, H. and Tomizawa, J. ( 1990). A mechanism of
forma tion of a persistent h ybrid between elongating
RNA and template DNA. Cel/62, 33 1-338.
Tomizawa, J.-I. and Itoh, T. (198 1). Plasmid ColE1
incompatibility determined by interaction of RNA
with primer transCtipt. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 78,
6096-6100.
111m (C6mo se replican y segregan las mitocondrias?
Articulo de revision
Birky. C. W. (200 1). The inheritance of genes in
mitochondria and chloroplasts: laws, mechanisms, and
models. Annu. Rev. Genet. 35, 125-148.
Referencias 427
 eplicaci6n del DNA
ESQUEMA DEL CAPITULO
____ ./
D1 Introducci6n
liB Las polimerasas de DNA son enzi mas que
sintetizan DNA
EL DNA se sintetiza por replicaci6n semiconservadora y en
reacciones de reparaci6n.
Una bacteria o una celula eucari6tica tiene va rias
polimerasas de DNA diferentes.
Una polimerasa de DNA bacteriana realiza replicaci6n
semiconservadora; las otras intervienen en reacciones de
reparaci6n.
Los nucleos eucari6ticos, las mitocondrias y los
cloroplastos tienen una po limerasa de DNA individual
necesaria para la replicaci6n, asi como otras poli merasas
de DNA que participan en actividades auxiliares a de
reparaci6n.
lal Las polimerasas de DNA tienen varias actividades
de nucleasa
La polimerasa de DNA I tiene una actividad exonucleasa
5'- 3' individual que puede combinarse con la sintesis de
DNA para realizar el desplazamiento de hendidura.
IBD Las polimerasas de DNA controlan la fidelidad de
la replicaci6n
Las polimerasas de DNA a menudo tienen activida d
exonucleasa 3'-5' que es utilizada para escindir bases
apareadas de manera incorrecta.
La fidelidad de La replicaci6 n mejora con La correcci6n en
un factor de -100.
IJR Las polimerasas de DNA tienen una estructura
comun
Muchas polimerasas de DNA tienen una gran hendidura
com puesta par tres dominies que se asemejan a una mana.
El DNA yace en La "palma de la mana", en un surco creado
por los "dedos" y el "pulgar".
~ La s1 ntesis de DNA es semidiscontinua
La replicasa del DNA avanza en forma continua cuando
sintetiza la cade na lider (en sentido 5'- 3'), pero sinteti za
la cadena retrasada al form ar pequenos frag mentos que se
unen unos a otros despues.
BD El modelo <pX muestra como se genera el DNA de
cadena individual para la replicaci6n
La replicaci6n requiere que una helicasa separe las cadenas
de DNA con La energia que proviene de la hid r6lisis de ATP.
Una proteina de union a La cadena individual es necesaria
para mantener las cadenas separadas.
428
La combinaci6n de helicasa, SSB y proteina A separa un
duplex de <pX174 en un circulo de cadena individual y una
cadena individual lineal.
lED La actividad cebadora es necesaria para iniciar la
s1ntesis de DNA
Todas las polimerasas de DNA requieren un extrema cebador
3'- 0H para iniciar la sintesis de DNA.
El extrema cebador puede ser proporcionado por un
cebador de RNA, por una hendidura en el DNA o por una
proteina cebadora.
Para La replicaci6n del DNA, una polimerasa de RNA
especialllamada primasa sintetiza una cadena de RNA que
proporciona el extrema cebador.
E. coli tiene dos tipos de reaccio nes cebadoras, las cuales
ocurren en el origen bacteriano (oriC) yen el origen <pX174.
La actividad cebadora de la replicaci6n en el DNA de doble
cadena siempre requiere una replicasa, una SSB, y una
primasa.
DnaB es La replicasa que desenrolla el DNA para la
replicaci6n en E. coli.
BU La holoenzima polimerasa de DNA tiene tres
subcomplejos
La replicasa de E. coli polimerasa de DNA III es un
complejo de 900 kD co n una estructura dimerica.
Cada unidad monomerica tiene un nucleo catalitico,
una subunidad de dimerizaci6n y un componente de
procesividad.
Un cargador de pi nza coloca las subunidades de
procesividad en el DNA, en donde forman una pi nza circular
alrededor del acido nucleico.
Un nucleo catalitico esta asociado a cada una de las
cadenas de molde.
Him La pinza controla la asociaci6n de la enzima
central co n el DNA
El nucleo en la cadena lider es procesivo debido a que su
pinza lo mantiene en el DNA.
La pinza asociada al nucleo en la cadena retrasada se
disocia al fi nal de cada fragmento de Okazaki y se ensambla
de nuevo para el siguiente fragmento.
La helicasa DnaB se encarga de interactuar con La primasa
DnaG para inicia r cada fragmento de Okazaki.
IDIJ Coordinaci6n de la s1ntesis de la cadena l1der y de
la cadena retrasada
Se requieren diferentes unidades enzimaticas para
sintetizar las cadenas lideres y retrasadas.
En E. coli, ambas unidades contienen la misma subunidad
catalitica (DnaE) .
 En otros organismos pueden necesitarse diferentes
subunidades cataliticas para cada cadena.
ml6 Los fragmentos de Okazaki estan unidos por la
.
ligasa
Cada fragmento de Okazaki inicia con un cebador y se
detiene antes del siguiente fragmento.
La polimerasa de DNA I elimina el cebador y lo
remplaza con DNA en una acci6n semejante al
desplazamiento de hendidura.
La ligasa de DNA realiza el enlace que conecta el
extrema 3' de un fragmento de Okazaki al inicio 5' del
siguiente fragmento.
mDJ Polimerasas de DNA eucari6ticas
independientes realizan la iniciaci6n y la
elongaci6n
Una horquilla de replicaci6n tiene un complejo
formado por polimerasa de DNA a j primasa y dos
complejos de polimerasa de DNA 8 o E.
El complejo polimerasa de DNA ajprimasa inicia la
sintesis de las dos cadenas del DNA.
La polimerasa de DNA 8 alarga la cadena lider y una
segunda polimerasa de DNA 8, o polimerasa de DNA,
alarga la cadena retrasada.
El fa go T4 proporciona su propio mecanismo
miD
de replicaci6n
El fa go T4 proporciona su propio mecanismo de
replicaci6n, que esta formado por una polimerasa de
DNA, por el gen 32 SSB, por una helicasa, por una
primasa y por proteinas accesorias que incrementan la
velocidad y la procesividad.
1111 Introducci6n
La replicacion del DNA d{tplex es un proceso com-
plejo que comprende un conglomerado de activi-
dades enzimciticas. Diferentes actividades tienen
Iugar en las etapas de iniciacion, elongacion, y ter-
minacion.
La iniciacion implica el reconocimiento de
un origen por un complejo de protefnas.
Antes de que Ia sfntesis de DNA empiece,
las cadenas progenitoras deben separarse y
(de man era transitoria) estabilizarse en el
estado de una sola cadena. Despues de esta
etapa, Ia sintesis de las cadenas hijas puede
iniciarse en Ia horquilla de replicacion.
La elongacion la realiza otro complejo de
proteinas. El replisoma existe solo como
un complejo de protefnas asociado a la es-
tructura particular que asume el DNA en Ia
horquilla de replicacion. No existe como una
unidad independiente (p. ej., como un ribo-
soma). A medida que el replisoma se mueve
por el DNA, las cadenas progenitoras se des-
enrollan y las cadenas hijas son sintetizadas.
Al final del replicon, las reacciones de union
o de terminacion son indispensables. Des-
pues de la terminacion, los cromosomas
10111 Creaci6n de las horquillas de replicaci6n en el
origen
La iniciaci6n en oriC requiere el ensamble secuencial
de un gran complejo de proteinas.
DnaA se une a secuencias cortas repetitivas y forma un
complejo oligomerico que desnaturaliza el DNA.
Seis mon6meros de Dna( se unen a cada hexamero de
DnaB, y este complejo se une al origen.
Un hexamero de DnaB forma la horquilla de
replicaci6n . La girasa y la SSB tambien son necesarias.
10m Sucesos comunes en el cebamiento de la
replicaci6n en el origen
El principia general de la iniciaci6n bacteriana es que
el origen es reconocido en un inicio por una proteina
que forma un gran complejo con el DNA.
Una region corta de DNA enriquecida con A-T es
desnaturalizada .
DnaB se une al complejo y crea la horquilla de
replicaci6n .
laD El primosoma es necesario para reiniciar la
replicaci6n
La iniciaci6n de la replicaci6n de <pX requiere que el
complejo del primosoma desplace a la SSB del origen.
Una horquilla de replicaci6n se detiene cuando llega al
DNA dafiado.
Despues que el dafio ha sido reparado, el primosoma es
indispensable para reiniciar la replicaci6n.
La proteina Tus se une a los sitios ter y detiene el
desenrollamiento del DNA mediado por DnaB, lo cual
ocasiona que la replicaci6n termine.
liB. Resumen
duplicados deben separarse uno del otro, lo
cual requiere la manipulacion de la estruc-
tura compleja del DNA.
La incapacidad para replicar el DNA es leta! para
el crecimiento de Ia celula. Por lo tanto, los mutan-
tes afectados en la replicacion solo pueden obtenerse
como letales condicionales. Estos son capaces de lo-
grar la replicaci6n bajo condiciones permisivas (pro-
vistas por Ia temperatura normal de incubacion),
pero son defectuosos en condiciones no permisivas
(temperaturas mayo res de 42C). Una serie extensa
de dichos mutantes sensibles a Ia temperatura en E.
coli permite identificar un conjunto de loci llamados
genes dna. Los mutantes dna permiten distinguir
dos etapas de replicacion por su componamiento
cuando la temperatura se incrementa:
La clase mayor de mutantes de detencion
rapida interrumpe la replicacion en cuanto
aumenta la temperatura . Presentan defec-
tos en los componentes del mecanismo de
replicacion, por lo general en las enzimas
necesarias para la elongaci6n (pero tambien
incluyen defectos en el suministro de pre-
cursores esenciales).
La clase mas pequena de mutantes de de-
tendon lenta concluyen el ciclo de repli-
cacion actuaL pero no pueden iniciar otro.
18.1 Introducci6n 429
 Tienen defectos en los episodios compren-
didos en el inicio de un ciclo de replicacion
en el origen.
Un analisis importante utilizado para identificar
los componentes del mecanismo de replicacion se
llama analisis de complementaci6n in vitro. Se
prepara un sistema para la replicacion in vitro a par-
tir de un mutante dna y se pone en marcha en con-
diciones en las cuales el producto genico mutante
es inactivo. Se evalua Ia capacidad de los extractos
de celulas de tipo Silvestre para restaurar la activi-
dad. La protefna codificada por el locus dna puede
purificarse si se identifica el componente activo del
extracto.
Cada uno de los componentes del mecanismo
de replicacion bacteriana queda ahora en condicio-
nes de ser estudiado in vitro como producto bio-
qufmicamente puro, yes implicado in vivo por mu-
taciones en sus genes. Los sistemas de replicacion
eucariotica estan altamente purificados y en general
tienen componentes analogos a las protefnas bac-
terianas, pero eso no significa que hayan alcanzado
la etapa en la que cada uno de los componentes ha
sido identificado.
! sintetizar una nueva cadena de DNA a partir de una
La replicaci6n semiconservadora sintetiza dos
cadenas nuevas de DNA.
Base dafiada
La s\ntesis reparadora remplaza un fragmento
corto de una cadena de DNA que contiene una base dafiada.
430 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
11J Las polimerasas de DNA son
enzimas que sintetizan DNA
Conceptos principales
El DNA se sintetiza par replicaci6n semiconservadora y
en reacciones de reparaci6n.
Una bacteria o una celula eucari6tica tiene varias
polimerasas de DNA diferentes.
Una polimerasa de DNA bacteriana realiza replicaci6n
semiconservadora; las otras intervienen en reacciones
de reparaci6n.
Los nucleos eucari6ticos, las mitocondrias y los
cloroplastos tienen una polimerasa de DNA individual
necesaria para la replicaci6n, as\ como otras
polimerasas de DNA que participan en actividades
auxiliares o de reparaci6n.
Existen dos tipos basicos de sintesis de DNA.
La muestra el resultado de la re-
plicaci6n semiconservadora. Las dos cadenas del
duplex progenitor son separadas y cada una sirve
como molde para la sintesis de una nueva cadena.
El duplex progenitor es remplazado por dos duplex
hijos, cada uno de los cuales tiene una cadena pro-
genitora y una cadena recien sintetizada.
La muestra las consecuencias de
una reaccion de reparaci6n. Una cadena de DNA
ha sido daii.ada. Es escindida y se sintetiza nuevo
material para remplazarla. Una enzima que puede
cadena molde se denomina polimerasa de DNA.
Las celulas procarioticas y eucarioticas contienen
actividades multiples de polimerasa de DNA. Solo
algunas de estas enzimas en realidad experimentan
la replicacion; aquellas que lo hacen en ocasiones
se denominan replicasas de DNA. Las demas en-
zimas desempeii.an funciones subsidiarias en Ia re-
plicacion o participan en Ia sintesis reparadora.
Todas las polimerasas de DNA procarioticas y
eucarioticas comparten el mismo tipo fundamental
de actividad sintetica. Cada una puede extender una
cadena de DNA al agregar nucleotidos, uno a Ia vez,
a un extremo 3'-0H, como se ilustra en Ia FJ U A
. La eleccion del nucleotido que sera agregado
a Ia cadena depende del apareamiento de bases con
Ia cadena molde.
Algunas polimerasas de DNA funcionan como
enzimas independientes, pero otras (sobre todo las
replicasas) son incorporadas en ensambles de pro-
teinas mas extensos. La subunidad sintetizadora de
DNA es solo una de varias funciones de la replicasa,
la cual por lo general tiene muchas otras actividades
relacionadas con el desenrollamiento del DNA, el
inicio de Ia sfntesis de nuevas cadenas, etc.

El molde tiene un extrema 3'-0H libre
El nucle6tido entrante tiene tres grupos fosfato
en Ia posicion 5'
5' PPP OH 3'
p p
El DNA es sintetizado al agregar nucle6tidos alex-
tremo 3'-0H de la cadena creciente, de tal manera que la cadena
nueva crece en direcci6n 5'~3'. El precursor para la slntesis de
DNA es un nucle6sido trifosfatado, el cual pierde los dos grupos
fosfato termina les en la reacci6n .
La resume las polimerasas de DNA
que se han definido en E. coli. La polimerasa de
DNA III, una proteina con multiples subunidades,
es Ia replicasa encargada de la sfntesis de novo de
cadenas nuevas de DNA. La polimerasa de DNA
I (codificada por polA) participa en Ia reparaci6n
del DNA dafiado y, en una funci6n subsidiaria,
en la replicaci6n semiconservadora. La polimera-
sa de DNA II es indispensable para el reinicio de
una horquilla de replica cion cuando su progreso es
bloqueado por dafio en el DNA. Las polimerasas de
DNA IV y V permiten que la replicaci6n pase por
alto ciertos tipos de dafio.
Cuando se evalua la capacidad de los extractos
de E. coli para sintetizar DNA, la actividad enzirna-
tica predominante es Ia de la polimerasa de DNA I.
Su actividad es tal que impide detectar las activida-
des de las enzimas que en realidad se encargan de
la replicaci6n del DNA. Para desarrollar sistemas in
vitro en los cuales la replicaci6n pueda estudiarse,
los extractos se preparan a partir de celulas con mu-
taciones en polA.
Algunos fagos codifican polimerasas de DNA.
Entre estos se encuentran los fagos T4, T5, T7, y
SPO 1. Todas las enzimas pose en actividades sinteti-
cas 5'-3' y actividades de correcci6n de exonucleasa
3'-5' (vease Ia secci6n 18.3, Las polirnerasas de DNA
tienen varias actividades de nucleasa). En cada caso,
una mutaci6n en el gen que codifica un solo poli-
' . I
Enzima Gen Funci6n
polA enzima importante de
reparaci6n
II po!B reinicio de Ia replicaci6n
Ill po!C replicasa
IV dinB replicaci6n translesi6n
v umu0'2 C replicaci6n translesi6n
Solo una polimerasa de DNA es la replicasa. Las otras
participan en la reparaci6n del DNA dafiado y reinician las horqui-
5'
llas de replicaci6n varadas o eluden el dafio en el DNA.
peptido del fago impide que este se desarrolle. Cada
polimerasa del fago se asocia a otras protefnas, del
propio fago o del hospedador, para hacer la en zima
intacta.
Varias clases de polimerasas de DNA eucari6ti-
cas han sido identificadas. Las polimerasas de DNA
oy c: son indispensables para la replicaci6n nuclear;
la polimerasa de DNA a tiene que ver con el proceso
de cebamiento (iniciaci6n) de Ia replicaci6n. Otras
polimerasas de DNA intervienen en Ia reparaci6n
del DNA nuclear dafi.ado (~ e incluso c:) o Ia repli-
caci6n del DNA mitocondrial (y).
1111 Las polimerasas de DNA tienen
varias actividades de nucleasa
Concepto principal
La polimerasa de DNA I tiene una actividad exonucleasa
5'- 3' individual que puede combinarse con la s1ntesis
de DNA para reali zar el desplazamiento de hendidura.
Las replicasas a menudo tienen actividades de nu-
cleasa ademas de la capacidad para sintetizar DNA.
Una actividad de exonucleasa 3'- 5' se u tiliza por lo
general para recortar bases que han sido agregadas
al DNA de manera incorrecta. Esto ofrece un siste-
ma de "correcci6n" para el control de errores (vease
la secci6n 18.4, Las polimerasas de DNA controlan
la fidelidad de Ia replicaci6n) .
La primera enzima sintetizadora de DNA que
se describi6 fue la polimerasa de DNA I, que es un
polipeptido unico de 103 kD. La cadena puede divi-
dirse en dos partes por tratamiento proteolftico. Dos
tercios de Ia protefna se encuentran en el extremo
C y contienen el sitio activo de la polimerasa; el
tercio restante de la protefna esta en el extremo N
y contiene Ia exonucleasa de correcci6n.
El producto mas grande de Ia division (de 68 kD)
se llama fragmento Klenow. Se utiliza en reacciones
18.3 Las polimerasas de DNA tienen varias actividades de nucleasa 431
 ldespla~ehendid~
5' 3'
3' 5'
La hendidura genera los grupos 3'-0H y 5'-P
~ Las polimerasas de DNA a menudo tienen actividad
5' 3'
3' 5'
La sintesis de DNA extiende el extrema 3';
Ia cadena antigua es degradada
\
5' 3'
3' 5'
El desplazamiento de hendidura remplaza una
parte de la cadena preexistente de DNA duplex con material
recien sintetizado.
sinteticas i11 vitro. Contiene la polimerasa y las activi-
dades de exonucleasa 3'-5'. Los sitios activos estan
separados de la proteina -30 A, lo cual indica que
existe una separaci6n espacial entre la base que se
agrega y Ia que se elimina.
El fragmento pequefio (de 35 kD) posee activi-
dad exonucleolitica 5'-3' que desprende pequ efios
grupos de n ucle6tidos, hasta -10 bases a Ia vez. Esta
actividad se coordina con Ia actividad sintetica/co-
rrectora. Proporciona polimerasa de DNA I con una
habilidad exclusiva para iniciar la replicacion i11 vitro
en una h endidura en el DNA. (Ninguna otra poli-
merasa de DNA tiene esta capacidad.) En el sitio
donde se ha roto un enlace fosfodiester en un DNA
de doble cadena, la enzima extiende el extrema
3'-0H. A medida que se sintetiza el nuevo segmen-
to de DNA, desplaza la cadena homologa existente
en el dtiplex .
Este proceso de desplazamiento de hendi-
dura se ilustra en la . La cadena despla-
zada es degradada por Ia actividad exonucleolitica
5'-3 ' de Ia enzima. Las propiedades del DNA nose
alteran, excepto que un segmento de una cadena
ha sido remplazado con material recien sintetizado
y la posicion de la mella h a sido desplazada a lo
largo del duplex. Esto tiene un gran uso practico;
el desplazamiento de hendidura h a constituido una
tecnica importante para introducir nucle6tidos con
marcas radioactivas en el DNA i11 vitro.
La accion 5'-3 ' sintetica /3'-5' exonucleolftica
es probable que sea utilizada i11 vivo sabre todo para
rellenar regiones cortas de cadena individual en el
DNA de doble cadena. Estas regiones emergen du-
rante la replicacion y cuando las bases dafiadas son
eliminadas del DNA.
432 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
1111 Las polimerasas de DNA
controLan La fidelidad
de La replicaci6n
Conceptos principales
exonucleasa 3'-5' que se utiliza para escindir bases
apareadas de manera incorrecta.
La fidelidad de la replicaci6n mejora con la correcci6n
en un facto r de - 100.
La fidelidad de Ia replicaci6n plantea el mismo pro-
blema que se observa cuando se tiene en cuenta,
por ejemplo, Ia precision de la traduccion. Se basa
en la especificidad del apareamiento de bases. Sir1
embargo, cuando se consideran las interacciones
comprendidas en el apareamiento de bases, se espe-
ra que ocurran errores con una frecuencia de - 1o-3
por pares de bases replicadas. La tasa actua l en las
bacterias parece ser de - 1o-s a 10-10 . Esto corres-
ponde a -1 un error por genoma por l 000 ciclos
de replicacion bacteriana, 0 - 1o-6 por gen por ge-
neracion.
Se pueden dividir los errores que Ia polimera-
sa de DNA comete durante la replicacion en dos
clases:
Los cambios del marco de lectura ocurren
cuando un nucleotido extra es insertado u
omitido. La fidelidad con respecto a! cambio
del marco de lectura se altera con la proce-
sividad de la enzima: la tendencia a perma-
necer en un solo molde en vez de disociarse
y reasociarse . Esto es en particular impor-
tante para Ia replicaci6n de un fragmento
homopolimerico (p. ej., una secuencia larga
de dT":dAn, en Ia cual "el deslizamiento de
la replicacion" puede cambiar la longitud
del segmento homopolimerico. Como regia
generaL un incremento de Ia procesividad
reduce Ia probabilidad de tales episodios.
En las polimerasas de DNA multimericas, la
procesividad su ele aumentar por una sub-
unidad particular que n o es necesaria para
Ia actividad catalitica per se.
Las sustituciones ocurren cuando se incor-
pora un nucleotido equivocado (apareado
de manera erronea). El nivel de error lode-
termina Ia eficiencia de la correccion, en
do nde Ia enzima explora los pares de bases
que acaban de fonnarse y elimina el nucle6-
tido si esta apareado de forma err6nea.
Todas la s enzimas bacterianas poseen activi-
dad exonucleolitica 3'-5 ' que procede en direcci6n
inversa a la sfntesis de DNA. Esto proporciona Ia
funci6n de correcci6n ilustrada en el esquema de
la . En el paso de la elongaci6n de la ca-
dena, un nucle6tido precursor entra en la posicion La enzima agrega una base a Ia cadena
loca lizada al final de la cadena creciente. Se forma creciente
un enlace. La enzima se desplaza un par de bases y
entonces esta lista para que entre el siguiente nu-
5'
cle6tido precursor. No obstante, si ocurre un error
Ia enzima utiliza la actividad exonucleolftica para 3'
escindir la tlltima base que fue agregada.
Diferentes polimerasas de DNA manejan la re-
laci6n entre las actividades de polimerizaci6n y de
correcci6n de distintas maneras. En algunos casas
las actividades son parte de la misma subunidad,
pero en otros estan contenidas en diferentes sub -
unidades. Cada polimerasa de DNA tiene una tasa La enzima se desplaza si Ia base nueva es
de error caracterfstica que se reduce por su acti - correcta
vidad correctora . La correcci6n suele disminuir la
tasa de error de la replicaci6n de -1 o- 5 a - 1o-7 por
par de bases replicado. Los sistemas que reconocen
los errores y los corrigen despues de Ia replicaci6n
eliminan entonces algunos de los errores y !levan Ia La base es hidrolizada y expulsada si es
incorrecta
tasa global a <l o- 9 por par de bases replica do (vease
la secci6n 20.7, Control de la direcci6n de la repa-
raci6n de apareamientos err6neos).
La actividad replicasa de Ia polimerasa de DNA
III se descubri6 en un principia por una mutaci6n
leta! del locus dnaE, que codifica la subunidad a Las polimerasas de DNA bacterianas exploran el
de 130 kD que posee la actividad sinteti zadora de par de bases en el extrema de la cadena creciente y escinden
DNA. La actividad de correcci6n exonucleolftica el nucle6tido agregado en caso de un desajuste.
3'-5 ' se encuentra en otra subunidad, E, codificada
por dnaQ. La funci6n basica de la subunidad E en
el control de la fidelidad in vivo se dem uestra por el
efecto de las mutaciones en dnaQ . La frecuencia con
Ia que las mutaciones ocurren en la cepa bacteriana
se incrementa >10 3 veces.

Ill Las polimerasas de DNA tienen

una estructura comun
Conceptos pri nci pales
Muchas polimerasas de DNA tienen una gran hendidura
compuesta por tres dominios que se asemejan a una
mano.
El DNA yace en la "palma de la mano", en un surco
creado por los "dedos" y el "pulgar''. La organizaci6n comun de las polimerasas de
DNA tiene una palma que contiene el sitio catalitico, un pulgar
que se une al DNA y que es importante en la procesividad, un
La 1 muestra que todas las polimerasas de dominio de exonucleasa con su propio sitio activo y un dominio
terminal N.
DNA comparten algunos rasgos estructurales comu-
nes. La estructura de la enzima puede dividirse en
varios dominios independientes, los cuales se descri- secuencias que forman el sitio catalftico activo. Los
ben por la analogfa con una mano derecha humana . "dedos " intervienen en la colocaci6n correcta del
El DNA se une a una extensa hendidura compuesta molde en el sitio activo. El "pulgar" se une al DNA
por tres dominios. El dominio de Ia "palma" tiene a medida que sale de la enzima y es importante en
importantes elementos de secuencias conservadas, Ia procesividad . Las regiones conservadas mas im-

18.5 Las polimerasas de DNA tienen una estructura co mun 433


La estructura cristalina de la polimerasa de DNA
del fago T7 muestra que la cadena molde da un giro agudo que
la expone al nucle6tido entrante. Fotografia cortes1a de Char-
les Richardson and Thomas Ellenberger, Washington University
School of Medicine.
portantes de cada uno de estos tres dominios con-
vergen para formar una superficie continua en el
sitio catalitico. La actividad exonucleasa reside en
un dominio independiente con su propio sitio cata-
litico. El dominio terminal N se extiende dentro del
dominio de la nucleasa. Las polimerasas de DNA se
dividen en cinco familias con base en la homologfa
de sus secuencias; la palma esta bien conservada
entre ellas, pero el pulgar y los dedos ofrecen ele-
mentos analogos de estructura secundaria de dife-
rentes secuencias.
La reaccion catalftica en una polimerasa de DNA
ocurre en un sitio activo en el cual un nucleotido
trifosfatado se aparea con una cadena individual
de DNA (no apareada). El DNA yace a naves de Ia
palma de la mano en un surco creado por el pulgar
y los dedos. La f1 URA 1 muestra Ia estructura
cristalina de Ia enzima T7 formando un complejo
con el DNA (en Ia forma de un cebador asociado
a una cadena de molde) y un nucleotido entrante
que esta a punto de ser agregado al cebador. El DNA
se encuentra en la forma B duplex clasica hasta los
dos ultimos pares de bases en el extrema 3' del ce-
bador, las cuales se encuentran en Ia forma A mas
abierta. Una vuelta aguda en el DNA expone la base
molde al nucleotido entrante. El extrema 3' del ce-
bador (al cual se agregan las bases) es anclado por
los dedos y porIa palma. AI DNA lo mantienen en
su posicion los contactos que se forman sobre todo
con el esqueleto de fosfodiesteres de la cadena (lo
que permite que la polimerasa funcione con DNA
de cualquier secuencia).
En las estructuras de las polimerasas de DNA de
esta familia que estan formando complejos solo con
el DNA (es decir, que carecen del nucleotido entran-
434 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
te), la orientacion de los dedos y del pulgar en rela-
cion con la palma de la mano es mas abierta, con la
helice 0 (0, 01, 02; vease la Figura 18.8) girada ha-
cia afuera de la palma. Esto sugiere que el giro hacia
adentro de la helice 0 ocurre para capturar el nucle6-
tido entrante y crear el sitio activo catalftico. Cuando
un nucleotido se une, el dorninio de los dedos gira
60 hacia la palma de la mano y las puntas de los de-
dos se mueven 30 A. El dorninio del pulgar tambien
gira hacia la palma 8. Estos cambios son dclicos: se
revierten cuando el nucleotido es incorporado a la
cadena de DNA la cual despues se transfiere a traves
de la enzima para recrear un sitio vado.
La actividad exonucleasa se encarga de eliminar
las bases apareadas de manera erronea. No obstan-
te, el sitio catalftico del dominio de exonucleasa se
encuentra lejos del sitio activo del dominio cata-
litico. La enzima alterna entre las modalidades de
polimerizacion y edicion, segun lo determine Ia
competencia entre los dos sitios activos por el extre-
ma cebador 3' del DNA. Los aminoacidos en el sitio
activo entran en contacto con la base entrante de tal
manera que la estructura de la enzima es afectada
por una base apareada en forma erronea. Cuando
una base mal apareada ocupa el sitio catalftico, los
dedos no pueden girar hacia la palma. Esto deja el
extrema 3' libre para unirse al sitio activo en el do-
minio de exonucleasa, lo cual se logra por un giro
del DNA en Ia estructura de la enzima.
1111 La sintesis de DNA
es semidisconti nua
Concepto principal
La replicasa del DNA avanza en forma continua
cuando sintetiza la cadena l1der (en sentido 5'-3'),
pero sintetiza la cadena retrasada al formar pequeiios
fragmentos que se unen unos a otros despues.
La estructura antiparalela de las dos cadenas del
DNA duplex plantea un problema para la replica-
cion. A medida que la horquilla avanza, las cadenas
hijas de ben ser sintetizadas en las dos cadenas indivi-
duates progenitoras expuestas. La horquilla se mue-
ve en direccion 5'-3' en una cadena yen direccion
3'-5' en la otra. No obstante, los acidos nucleicos se
sintetizan solo a partir de un extrema 5' hacia un
extrema 3'. El problema se resuelve con la sfntesis de
la cadena que crece en general de 3'-5' en una serie
de pequefios fragmentos, cada uno de los cuales se
sintetiza en realidad en la direccion "opuesta", es
decir, con la polaridad convencional 5'-3'.
Considerese la region que se encuentra inmedia-
tamente detras de la horquilla de replicacion, como
se ilustra en la . Los sucesos se describen
 t - , - I

Sfntesis de Ia cadena lfder

Nucle6tidos agregados de manera continua al extrema 3'

5' ........__,_,.,.................o.....:.:..........,.......,_.__,.......__,'--'--,
3'
5' ....J.J.-~U.........t...L....-.!.iL..-......""-........___.....,

Fragmento anterior Ultimo fragmento Cadena individual DNA progenitor

Sfntesis de Ia cadena retrasada

La cadena l\der se sintetiza de forma continua, mientras que

la cadena retrasada se sintetiza de manera discontinua.

en tt~rminos de las propiedades diferentes de cada do por un sistema de reparaci6n, la cadena lider se
W1a de las cadenas que acaban de sintetizarse: rompe hasta que una timina es insertada.
En Ia cadena lider la sfntesis de DNA pue- Por lo tanto, Ia cadena retrasada se sintetiza de
de proceder en forma continua en direcci6n manera discontinua y Ia cadena lfder se sintetiza
5'-3' a medida que el d{lplex progenitor es de forma continua. Esto se llama replicaci6n se-
desenrollado. midiscontinua.
En Ia cadena retrasada un fragmento de
cadena individual de DNA progenitor debe
ser expuesto y despues un segmento es sin- El modelo <pX muestra como
tetizado en direcci6n inversa (en relaci6n
con el movimiento de Ia horquilla). Una
se genera el DNA de cadena
serie de estos fragmentos se sintetiza, cada individual para la replicaci6n
uno en direcci6n 5'-3'; y despues son unidos Conceptos principales
para crear una cadena retrasada intacta.
La replicacion req uiere que una helicasa separe las
La replicaci6n discontinua puede ser rastreada
cadenas de DNA con energ1a que proviene de la
por el destino de una marca radioactiva muy bre- hidrolisis de ATP.
ve. La etiqueta entra al DNA recien sintetizado en
Una prote\na de union a la cadena individual es
forma de fragmentos cortos, que sedimentan en los
necesaria para mantener las cadenas separadas.
llmites de 75 a ll S, lo cual corresponde a una lon-
La combinacion de helicasa, SSB y prote1na A separa
gitud de -1 000 a 2 000 bases. Estos fragmentos
un duplex de <pX174 en un c\rculo de cadena individual
de Okazaki se encuentran en el DNA en proceso
y una cadena individual lineal.
de replicaci6n en las procariotas y en las eucariotas.
Despues de largos periodos de incubaci6n, Ia marca
entra a segmentos mas largos de DNA. La transici6n A medida que avanza Ia horquilla de replicaci6n,
es resultado de Ia formaci6n de enlaces covalentes desenrolla el DNA duplex. Una de las cadenas mol-
entre los fragmentos de Okazaki. de es convertida de inmediato en DNA duplex a
La cadena retrasada debe ser sintetizada en forma medida que la cadena lfder hija es sintetizada. La
de fragmentos de Okazaki. Durante mucho tiempo otra permanece en forma individual hasta que se
no quedaba claro si la cadena lfder se sintetizaba de ha expuesto la longitud suficiente para iniciar la
Ia misma forma ode manera continua. Todo el DNA sfntesis de un fragmento de Okazaki de Ia cadena
recien sintetizado se encuentra como fragmentos retrasada en la direcci6n contraria. Por lo tanto, Ia
cortos en E. coli. Visto de un modo superficial, esto generaci6n y el mantenimiento de un DNA de cade-
sugiere que ambas cadenas se sintetizan de manera na individual es un aspecto crucial de la replicaci6n.
discontinua. Sin embargo, resulta que no toda la Se requieren dos tipos de funci6n para convertir el
poblaci6n de los fragmentos representa fragmentos DNA de doble cadena en cadenas individuales:
de Okazaki autenticos, algunos son seudofragmen- Una helicasa es una enzima que separa las
tos que han sido generados por rompimiento en una cadenas de DNA y que por lo general utiliza
cadena de DNA que de hecho fue sintetizada como la hidr6lisis del ATP para proporcionar Ia
una cadena continua . Lafuente de esta rotura es Ia energfa necesaria.
incorporaci6n de algunos uracilos dentro del DNA Una proteina de union ala cadena indi-
en Iugar de timina. Cuando el uracilo es elimina- vidual (SSB, single-strand binding protein) se

18.7 El modelo <pX muestra como se genera el DNA de ca dena individual para la replicacion 435

La helicasa La helicasa se Los pares de
rodea una une al DNA bases se
sola cadena duplex
3'
5'
Una helicasa hexamerica se desplaza a to largo
de una cadena de DNA. Es probable que cambie de conforma-
ci6n cuando se une at duplex, utilice hidr6lisis de ATP para
separar las cadenas y despues regrese a la conformaci6n que
ten\a cuando estaba unida s6lo a una cadena individual.
une a! DNA de cadena individual e impide
que se vuelva a formar el duplex. La SSB se
une como un monomero, pero por lo ge-
neral de una forma colaboradora en la cual
Ia union de otros monomeros al complejo
existente se incrementa.
Las helicasas separan las cadenas de un acido
nucleico duplex en una variedad de situacion es, que
oscilan desde la separacion de las cadenas en el sitio
de crecimiento de una horquilla de replica cion hasta
la catalisis de la migracion de las uniones Holliday
(de recombinacion) a lo largo del DNA. Hay 12 heli-
casas diferentes en E. coli. Una helicasa casi siempre
es multimerica. Una forma comun de helicasa es un
hexamero. Este por lo general se transfiere a lo largo
del DNA utilizando su estructura multimerica para
proporcionar multiples sitios de union al DNA.
La 1 muestra un modelo esquemati-
co generalizado para la accion de una helicasa hex a-
merica. Es probable que tenga una conformacion
que se una a! DNA duplex y otra que se una al DNA
de cadena individual. La alternancia entre ellas con-
duce el motor que disgrega al duplex y requiere Ia
hidrolisis de ATP; en general se hidroliza unA TP por
cada par de bases que es desenrollado. Una helicasa
suele iniciar el desenrollamiento en una region de
cadena individual adyacente a un d{lplex. Puede
funcionar con una polaridad particular y prefiere el
DNA de cadena individual con un extremo 3' (heli-
casa 3'-5 ') o con un extrema 5' (helicasa 5'-3').
La conversion del DNA de doble cadena <pX174
en cadenas individuales ilustra las caracterfsticas
del proceso de separacion de cadenas. La
muestra que una cadena individual es des-
pegada de Ia cadena circular, semejante al modelo
del cfrculo rodante descrito antes en la Figura 16.6.
436 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
Cadena+
e
l
0 l
3' -0H
- - Protefna A
c
Pmtefoa SSB
Protefna Rep
+
El DNA <pX174 puede separarse en cadenas in-
dividuates por los efectos combinadas de tres funciones: for-
maci6n de hendidura con una prote\na A, desenrollamiento por
Rep y estabilizaci6n de la cadena individual por SSB.
La reaccion puede ocurrir en ausencia de Ia sintesis
de DNA cuando las tres protefnas apropiadas son
provistas in vitro.
La protefna A fagica mella Ia cadena viral (+) en
el origen de replicacion . En Ia presencia de dos pro-
teinas hospedadoras (Rep y SSB) y de ATP, el DNA
mellado se desenrolla. La protefna Rep proporciona
una helicasa que separa las cadenas; Ia SSB las atra-
pa en forma de cadena individual. La SSB de E. coli es
un tetramero de 74 kD que se une en colaboracion
al DNA de cadena individual.
La importancia de la forma colaboradora de
union es que la union de una molecula protefnica
h ace mucho mas facil Ia union de otra. Entonces,
una vez que ha empezado Ia reaccion de union en
una molecula de DNA particular, se extiende con
rapidez hasta que todo el DNA de cadena individual
esta cubierto por la protefna SSB. Notese que esta
protefna noes una protefna que desenrolla el DNA;
su funcion es estabilizar el DNA que ya se encuentra
en forma de cadena individual.
 En circunstancias normales in vivo, las reaccio -
nes de desenrollamiento, recubrimiento y replica-
cion proceden en tandem. La SSB se une a! DNA
a medida que avanza la horquilla de replicacion,
manteniendo las dos cadenas progenitoras separa -
das para que se encuentren en la condicion apro-
piada para actuar como moldes. La SSB se necesi- Molde de cadena individual
ta en cantidades estequiometricas en la horquilla
de replicacion. Se requiere en mas de una etapa de ' Una polimerasa de DNA requiere un extrema
la replicacion; los mutantes ssb tienen un fenotipo 3'-0H para iniciar la replicaci6n.
de detencion rapida y son defectuosos en la repara-
cion, en la recombinacion yen la replicacion (algunos
fagos usan diferentes protefnas SSB, sobre todo T4; uchas formas d
Las polimerasas de DNA no pueden iniciar Ia sfntesis de
esto demuestra que pueden existir interacciones es- DNA en moleculas de DNA duplex o de cadena individual
pecfficas entre los componentes del mecanismo de re - sin un cebador
plicacion y las SSB, vease la seccion 18.14, Elfago T4
proporciona su propio mecanismo de replicacion).
5' 3'

1111 La actividad cebadora 3' 5'

es necesana para m1c1ar 5'
0
3'
la sintesis de DNA
El cebador de RNA es sintetizado
(o propmcionado por apareamiento de bases)
Cenceptes principales 5' ~
3'
Tedas las pelimerasas de DNA requieren un extreme
3' 5'
cebader 3'-0H para iniciar la sintesis de DNA.
-RNA -DNA . .
El extreme ce bader puede ser prepercienade per un 5'
cebader de RNA, per una hendidura en el DNA e per
una proteina cebadera.
Para la replicaci6n del DNA, una pelimerasa de RNA El DNA duplex es mellado para proporcionar un
especialllamada primasa sintetiza una cadena de RNA extrema libre para Ia polimerasa de DNA
que preperciena el extreme cebader. Hendidura
~ y
E. coli tiene des tipes de reaccienes cebaderas, las
cuales ocurren en el origen bacteriano (oriC) y en el
erigen <pX17 4.
La actividad cebadora de la replicaci6n en el DNA de
doble cadena siempre requiere una replicasa, una SSB,
y una primasa.
DnaB es la rep licasa que desenrella el DNA para la
replicaci6n en f. coli.
Un nucle6tido cebador es proporcionado por una
protefna que se une al DNA
5' ........----.,. '
Una caracterfstica comun en todas las polimerasas
de DNA es que no pueden iniciar la sfntesis de una
cadena de DNA de novo. La muestra las
caracterfsticas necesarias para Ia iniciacion. La sfn-
tesis de la cadena nueva puede iniciar solo desde un
extremo 3'-0H preexistente y la cadena molde debe
ser convertida en una cadena individual. Hay muchos metodos que proporcionan el ex-
treme 3'-0H que necesita la polimerasa de DNA para iniciar la
El extremo 3'-0H se denomina cebador. Este sintesis de DNA.
puede adoptar varias formas. Los tipos de reacciones
de cebamiento se resumen en Ia
Una secuencia de RNA se sintetiza en el polimerasa de DNA. Esto suele utilizarse en
molde, de modo que el extremo 3'- 0H li - la replicacion del DNA celular y por algunos
bre de la cadena de RNA se extiende por la virus (vease la Figura 17.18 de Ia seccion

18.8 La actividad cebadora es necesaria para iniciar la sintesis de DNA 431

 17.11, El sistema de compatibilidad ColE1
es controlado por un regulador de RNA).
Un RNA preformado se aparea con el molde,
lo que permite que su extremo 3' -OH sirva
para cebar la sintesis de DNA. Este mecanis-
mo es usado por los retrovirus para cebar
la transcripcion inversa del RNA (vease Ia
Figura 22.6 en la secci6n 22.4, El DNA viral
se genera por transcripci6n inversa) .
Un extremo cebador se genera dentro del
DNA duplex. El mecanismo mas comun es
la introduccion de una henclidura, utilizada
para iniciar Ia replicacion del circulo rodante
(vease Ia Figura 16.5). En este caso, la cade-
na preexistente es desplazada por Ia nueva
sintesis. (Notese !a diferencia con respecto a!
desplazarniento de henclidura que se mues-
tra en Ia Figura 18. 5, en el cualla polimerasa
de DNA I de manera si.multanea sintetiza y
degrada DNA desde una hendidura).
Una proteina ceba la reacci6n en forma direc-
ta al presentar un nucle6tido ala polimerasa
SSB protefna de uni6n a Ia cadena individual
( -60/horquilla)
PriA (s61o q>X)
reconoce el sitio de ensamblaje del primosoma
y desplaza a Ia SSB
Primasa DnaG sintetiza RNA
t La iniciaci6n requiere numerosas actividades
enzimaticas, como helicasas, proteinas de union a la cadena
individual y la sintesis del cebador.
438 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
de DNA. Esta reacci6n es utilizada por cier-
tos virus. (Vease !a Figura 16.4 en la seccion
16.2, Los extremos del DNA lineal represen-
tan un problema para la replicaci6n.)
La actividad cebadora es indispensable para pro-
porcionar extremos 3'-0H que inicien !a sfntesis de
las cadenas de DNA en !a cadena lfder yen Ia ca-
dena retrasada. La cadena lfder requiere solo uno
de estos episodios de iniciacion, el cual ocurre en el
origen. No obstante, debe haber una serie de suce-
sos de iniciaci6n en !a cadena retrasada porque cada
fragm ento de Okazaki requiere su propio inicio de
novo. Cada fragmento de Okazaki empieza con una
secuencia cebadora de RNA de -1 0 bases de largo
que proporciona el extremo 3'-0H para la exten-
sion mediada por !a polimerasa de DNA.
Se requiere una primasa para catalizar la re-
accion cebadora. La proporciona una actividad es-
pecial de polimerasa de RNA, el producto del gen
dnaG . La enzima es un polipeptido individual de
60 kD (mucho mas pequefio que Ia polimerasa
de RNA). La prirnasa es una polimerasa de RNA que
se utiliza solo en circunstancias especificas, es decir,
para sintetizar fragmentos cortos de RNA que sirven
de cebadores para la sintesis de DNA. La primasa
DnaG se asocia en forma transitoria al complejo de
replicaci6n y en general sintetiza un cebador de 11 o
de 12 bases. Los cebadores comienzan con !a secuen-
cia pppAG colocada allado contrario de Ia secuencia
3'-GTC-5 ' en el molde.
Algunos sistemas utilizan elementos alternati-
vos a Ia primasa de DnaG. En los ejemplos de los
dos fagos Ml3 y G4, los cual es se utilizaron en
los primeros trabajos sobre !a replicaci6n, surgio
una cliferencia interesante. El cebamiento en G4 usa
DnaG, en tanto que el cebarniento en M13 utiliza
polimerasa de RNA bacteriana. Estos fagos tienen
otra caracterfstica poco comun: el sitio de ceba-
miento esta indicado por una region de estructura
secundaria.
Existen dos tipos de reacciones de cebamiento
en E. coli:
El sistema oriC, llamado asf por el origen
bacteriano, comprende en terminos gene-
rales Ia asociacion de Ia prirnasa DnaG con
el complejo protefnico en la horquilla de
replicaci6n.
El sistema <pX, nombrado asf por el fago
<pX174, requiere un complejo de iniciacion
formado por componentes adicionales, lla-
mado primosoma (vease la seccion 18.17,
El primosoma es necesario para reiniciar Ia
replicaci6n) .
En ocasiones se dice que los replicones son de
tipo <pX o de tipo oriC.
 Los tipos de actividades comprendidas en la re-
acci6n de iniciaci6n se resumen en la J 1
Aunque otros replicones en E. coli pueden tener
alternativas para algunas de estas protefnas parti-
culares, se necesitan los mismos tipos generales de
actividad en cada caso. Una helicasa es indispensa-
ble para generar cadenas individuales, una proteina
de union a la cadena individual es necesaria para
mantener el estado de cadena individual y la prima-
sa sintetiza el cebador de RNA.
DnaB es el componente central en los replico-
nes <pX y oriC. Proporciona Ia actividad de helicasa
5'-3' que desenrolla el DNA. La energia requerida
la suministra la rotura del ATP. Basicamente, DnaB
es el componente activo del punto de crecimiento.
En los replicones oriC, DnaB es en un inicio cargado
al origen como parte de un gran complejo (vease la
seccion 18.15, Creaci6n de las horquillas de replica-
cion en el origen). Forma el punto de crecimiento
en el cuallas cadenas de DNA se separan a medida
que avanza la horquilla de replicacion. Es parte del
complejo de la polimerasa de DNA e interactua con
Ia primasa de DnaG para iniciar la sintesis de cada
fragmento de Okazaki en la cadena retrasada.
Hay dos copias de Ia pinza, que se encarga
de mantener los nucleos catalfticos sobre sus
cadenas molde. Cada pinza esta formada por
un homodimero de las subunidades ~ que
se unen alrededor del DNA y garantiza la
procesividad.
El complejo yes un grupo de cinco protef-
nas que forman el cargador de piliZa; este
coloca la pinza en el DNA.
En la e ::> se muestra un modelo para el
ensamble de la polimerasa de DNA III. La holoenzi-
ma se ensambla en el DNA en tres etapas:
Primero el cargador de pinza usa la hidro-
lisis del ATP para unir las subunidades ~ al
complejo molde-cebador.
La union al DNA cambia la conformacion
del sitio en ~que se une al cargador de pin-
za, y como resultado ahora tiene mayor afi-
nidad por el nucleo de Ia polimerasa. Esto
permite al nucleo de Ia polirnerasa unirse y
este es el medio por el cual el nucleo de la
polimerasa es llevado al DNA.

1111 La holoenzima polimerasa de El cargador de pinza rompe ATP para cargar el DNA
con Ia pinza . <>~
DNA tiene tres subcomplejos Cargador de pinza{
Conceptos principales 0
La replicasa de f. coli polimerasa de DNA III es un
complejo de 900 kD con una estructura dimerica.
Pinza - - - -
Cada unidad monomerica tiene un nucleo catal\tico,
una subunidad de dimerizaci6n y un componente de
procesividad. La enzima central se une
Un cargador de pinza coloca las subunidades de
procesividad en el DNA, en donde forman una pinza
circular alrededor del acido nucleico.
Un nucleo catal\tico esta asociado a cada una de las
cadenas de molde.
Enzima central{ ~- Ct.

Ahara se puede relacionar la estructura de Ia sub- tau + segundo nucleo se une para formar un dimero
unidad de la polimerasa de DNA III de E. coli con simetrico
Sfntesis de Ia
las actividades requeridas para la sfntesis de DNA y
proponer un modelo para su accion. La holoenzima
es un complejo de 900 kD que contiene 10 protefnas
organizadas en cuatro tipos de subcomplejos:
Existen dos copias del nucleo catalitico. E E
Ct. Ct.
Cada nucleo catalftico contiene la subuni- 8 8
dad a (la actividad de polimerasa de DNA),
la subunidad (la exonucleasa de correccion Las subunidades 1:
3'-5') y la subunidad 8 (la cual estimula ala mantienen Ia
exonucleasa). estructura di merica
Hay dos copias de Ia subunidad de dimeri- La holoenzima polimerasa de DNA III se ensam-
zaci6n, -r, que unen a los dos nucleos cata- bla en etapas y genera un complejo enzimatico que sintetiza
liticos . el DNA de Las dos cadenas nuevas.

18 .9 La holoenzima polimerasa de DNA tiene tres subcomplejos 439

 Un dfmero 1 se une al nucleo de la poli-
merasa y proporciona una funci6n de di-
merizaci6n que une un segundo nucleo
de polimerasa (asociado a otra pinza ~). La
holoenzima es asimetrica porque solo tiene
un cargador de pinza. Este se encarga de
agregar un par de dimeros ~ a cada cadena
progenitora de DNA.
Cada uno de los complejos nucleares de la holo-
enzima sintetiza una de las cadenas nuevas de DNA.
El cargador de pinza es tambien necesario para des-
cargar el complejo ~ del DNA; como resultado, los
dos nucleos tienen diferentes habilidades para di-
sociarse del DNA. Esto corresponde a la necesidad
de sintetizar una cadena lfder continua (en donde
la polimerasa permanece asociada al molde) y una
cadena retrasada discontinua (en donde la polime-
rasa se disocia y reasocia de manera repetida). El
cargador de pinza esta asociado al nucleo de la po-
limerasa que sintetiza la cadena retrasada y tiene
una funci6n clave en la capacidad para sintetizar
fragmentos de Okazaki individuales.

1m La pin za controla la asociaci6n

de la enzima central
con el DNA
Conceptos pri nci pales
El nucleo en La cadena l\der es procesivo debido a que
su pinza lo mantiene en el DNA.
La pinza asociada al nucleo en La cadena retrasada
se disocia al final de cada fragmento de Okazaki y se
ensambla de nuevo para el siguiente fragmento.
La helicasa DnaB se encarga de interactuar con La
primasa DnaG para iniciar cada fragmento de Okazaki.
El dfmero ~ hace ala holoenzima altamente proce-
siva. La subunidad ~ esta unida con fuerza al DNA,
pero se puede deslizar a lo largo de una molecula
duplex. La estructura cristalina de ~ muestra que
crea un dfmero en forma de anillo. El modelo que
se muestra en Ia muestra el anillo ~
en relaci6n con una doble helice de DNA. El anillo
tiene un diametro externo de 80 A y una cavidad
interna de 35 A. casi el doble del diametro de la do-
ble he lice de DNA (20 A). El espacio entre el anillo
protefnico y el DNA se llena de agua. Cada una de
las subunidades ~ tiene tres dominios globulares con
una organizaci6n similar (aunque sus secuencias
son diferentes). Como resultado, el dfmero tiene
una simetrfa sextuple que se refleja en 12 helices a
que se alinean en el interior del anillo.
El dimero rodea el duplex y da origen a la
"pinza deslizante" que le permite a la holoenzima
La subunidad ~ de La holoenzima polimerasa
de DNA III esta formada por un d\mero, en donde La cabeza de
un mon6mero se une a La cola del otro (las dos subunidades
se muestran en color rojo y en color naranja), que forma un
anillo que rodea por completo a un DNA duplex (se ilustra en
el centro). Reimpresi6n de Cell, vol. 69, Kong, X. P., et al.,
pp. 425-437. Copyright 1992, con autorizaci6n de Elsevier.
Fotograftas cortes\a de John Kuriyan, University of California,
Berkeley.
deslizarse por el DNA. La estructura explica la alta
procesividad, no hay manera de que la enzima se
desprenda. Las helices a localizadas en el interior
tienen algunas cargas positivas que pueden interac-
tuar con el DNA a traves de las moleculas de agua
intermediarias. La pinza protefnica no hace contacto
directo con el DNA. por lo que puede "patinar" por
el DNA. formando y rompiendo contactos por me-
dia de las moleculas de agua.
(.De que forma aborda la pinza al DNA? La
pinza es un circulo de subunidades que rodea al
DNA; por lo tanto, su ensamblaje o eliminaci6n re-
quiere un proceso dependiente de energfa por par-
te del cargador de pinza. El cargador de pinza yes
una estructura pentamerica circular que se une a una
forma abierta del anillo ~ inductor para cargarlo al
DNA. En efecto, el anillo es abierto en una de las in-
terfases entre las dos subunidades ~ por medio de la
subunidad 8 del cargador de pinza. Este se une en
la parte superior de una pinza circular cerrada, con
su sitio de ATPasa yuxtapuesto ala pinza, y utiliza
la hidr6lisis de ATP para proporcionar la energia

440 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA

necesaria para abrir el anillo de Ia pinza e inserta Ia polimerasa retrasada complete un fragmen to y
DNA dentro de la cavidad central. este lista para empezar el siguiente.
La relaci6n entre Ia pinza ~ y el cargador de pin- (_Que pasa cuando el fragmento de Okazaki se
za yes un paradigma para sistemas similares utili- completa? Todos los componentes del mecanismo
zados por las replicasas de DNA que van desde los de replica cion funcionan de man era procesiva (es
bacteri6fagos hasta las celulas animales. La pinza es decir, permanecen asociados al DNA), excepto por
un heter6mero (o puede ser un dfmero o un trfme- la primasa y por la pinza ~ La li muestra
ro) que forma un anillo alrededor del DNA con un que se disocian cuando la sfntesis de cada fragmento
conjunto de 12 h elices ex que forman una simetrfa concluye y se Iibera el lazo. Una pinza ~ nueva es
sextuple para la estructura en su conjunto. El carga- entonces reclutada por el cargador de pinza para
dor de pinza tiene algunas subunidades que hidroli- iniciar el proximo fragmento de Okazaki. La poli-
zan ATP para proporcionar energfa a Ia reacci6n. merasa de la cadena retrasada se transfiere de una
El principio basico que establece el modelo de pinza ~ala siguiente en cada ciclo, sin disociarse del
Ia polimerasa dimerica afirma que, mientras una complejo de replicaci6n.
subunidad de polimerasa sintetiza Ia cadena lider de (.Que se encarga de reconocer los sitios para ini-
manera continua, la otra inicia y termina en forma ciar la sfntesis de los fragmentos de Okazaki? En los
cfclica los fragmentos de Okazaki de la cadena retra- replicon es oriC, la conexi6n entre el cebamiento y
sada dentro de un Jazo extenso de cadena individual la horquilla de replicaci6n la proporcionan las pro-
formado por su cadena de molde. La piedades dobles del producto DnaB : es la helicasa
muestra un modelo generico de la operaci6n de tal que propulsa la horquilla de replica cion e interactua
replicasa. La horquilla de replicaci6n es creada por con Ia prima sa DnaG en un sitio apropiado. Despues
una helicasa (Ia cual forma por lo general un anillo de la sfntesis del cebador, se Iibera la primasa. La
hexamerico) que transfiere en direcci6n 5 '- 3' en longitud del RNA cebador es de apenas unas ocho
un molde para la cadena retrasada. La helicasa se a 14 bases. AI parecer, la polimerasa de DNA III se
conecta a dos subunidades cataliticas de polimerasas encarga del desplazamiento de la primasa.
de DNA, cada una de las cuales esta asociada a una
pinza deslizante.
Se puede describir este modelo de la polimerasa
de DNA III en terminos de los componentes indivi-
duales del complejo enzimatico, como se ilustra en
la . Un nucleo catalitico esta asociado
a cada cadena molde del DNA. La holoenzima se
La helicasa
desplaza de manera continua por el molde para Ia
'" desenralla
cadena Ifder; el molde para Ia cadena retrasada es
~ "' el DNA
"ernp uj ado", lo que crea un lazo en el DNA. DnaB
crea el punto de desenrollamiento y se transfiere a El canectar une\ Q~l::~=======:::::::::
a Ia helicasa a
lo largo del DNA hacia "adelante".
das unidades de Sitia de
DnaB entra en contacto con la(s) subunidad( es) palimerasa iniciaci6n
't del cargador de pinza. Esto establece una conexi6n Subunidades Fragmenta para el
directa entre el complejo h elicasa-primasa y los nu - cataliticas de Ia de Okazaki siguiente
cleos cataliticos. Esta union tiene dos efectos. Uno es palimerasa de DNA actual fragmenta
de Okazaki
que incrementa la velocidad de la sfntesis de DNA La pinza deslizante ,
a! aumentar l 0 veces Ia velocidad del movimiento radea al DNA
del nucleo de Ia polimerasa de DNA. El segundo es
que impide que la polimerasa de la cadena llder se Cargadar
5'3' Las puntas de pinza
desprenda, es decir, incrementa su procesividad.

La sfntesis de la cadena lider crea un lazo de
DNA de cadena individual que proporciona el molde
para la sfntesis de Ia cadena retrasada, y este lazo se
agranda a rnedida que el pun to de desenrollamiento
avanza. Despues de Ia iniciaci6n de un fragmento de
Okazaki el complej o nuclear de la cadena retrasada
jala el m olde de caden a individual a traves de la pin -
za ~ mientras sintetiza !a caden a nueva . El molde de
cadena individual se debe extender a todo lo largo
de al rnenos un fragmento de Okazaki antes de que
~
de las flechas
indican el
3'5' extrema 3'
,.. La helicasa en proceso de farmaci6n de la harquilla de
replicaci6n esta conectada a das subunidades cata liticas de la palim e-
rasa de DNA, cada una de las cuales es mantenida en el DNA par una
pinza deslizante. La polimerasa que sintetiza la cadena lider se desplaza
de forma continua . La polimerasa que sintet iza la cadena retrasada se
disocia al final de un fragmenta de Okazaki y despues se reasocia con
un cebador ubicado en ellazo molde de cadena individual para sintetizar
el sig uiente fragment o.

18.10 La pinza controla la asociaci6n de la enzima central con el DNA 441

 expuestos en un momenta dado. Cuando Ia sin-
tesis de un fragmento de Okazaki ha concluido, es
necesario que Ia sfntesis del siguiente fragmento de
Okazaki comience en una nueva localizaci6n mas
o menos en !a vecindad del punto de crecimiento
de Ia cadena lfder. Esto requiere una translocaci6n
relativa al DNA de Ia unidad enzimatica que esta
sintetizando Ia cadena retrasada.
Con el U~rmino "unidad enzimatica" se evita el
problema de si la polimerasa de DNA que sintetiza
Ia cadena lfder es el mismo tipo de enzima que Ia
polimerasa de DNA que sintetiza Ia cadena retrasa-
da. En el caso mejor conocido, E. coli, existe un solo
tipo de subunidad catalftica de polimerasa de DNA
usada en Ia replicaci6n, Ia protefna DnaE. La repli-
casa activa es un dimero y cada mitad del dfmero
contiene DnaE como subunidad catalftica. La DnaE
recibe el apoyo de otras protefnas (que difieren en-
tre las cadenas lfder y retrasada).
Sin embargo, el uso de un solo tipo de sub-
unidad catalftica puede ser atfpico . En Ia bacteria
Bacillus subtilis hay dos subunidades catalfticas dife-
rentes. Pole es Ia hom61oga de DnaE de E. coli y se
Extrema 5' del encarga de Ia sfntesis de la cadena lfder. Una pro-
fragmento de
Okazaki anterior
teina relacionada, DnaE 8 5, es Ia subunidad catalftica
que sintetiza Ia cadena retrasada. Las polimerasas de
3' 5' 3' 5'
DNA eucari6ticas tienen Ia misma estructura gene-
raL y diferentes unidades enzimaticas sintetizan las
J l Cada nucleo catal1tico de Pol III si ntetiza una cadenas lider y retrasada, pero no se sabe con cer-
cadena hija. DnaB se encarga del movimiento hacia adelante teza si se utilizan los mismos tipos, o tipos distintos,
en la horquilla de replicaci6n. de subunidades cataliticas (vease Ia secci6n 18.13,
Polimerasas de DNA eucari6ticas independientes
realizan Ia iniciaci6n y !a elongaci6n) .
DID Coordinaci6n de ta sintesis Un problema importante del modo discontinue
de la cadena lider de replicaci6n surge del uso de diferentes unidades
enzimaticas para sintetizar cada cadena de DNA
y de la cadena retrasada nueva: (,Como se coordina Ia sfntesis de Ia cadena
Conceptos principales retrasada con Ia sfntesis de Ja cadena lider? A medida
Se requieren diferentes unidades enzimaticas para
que el replisoma se desplaza por !a cadena de DNA
sintetizar las cadenas l1deres y retrasadas. y desenrolla las cadenas progenitoras, una unidad
En f . coli, ambas unidades contienen la misma enzimatica extiende Ia cadena lider. De manera pe-
subunidad catal1tica (DnaE). ri6dica, la actividad primosoma inicia un fragmento
En otros organismos pueden necesitarse diferentes de Okazaki en Ia cadena retrasada y Ia otra unidad
subunidades catal1ticas para cada cadena. enzimatica debe, entonces, moverse en la direcci6n
contraria para sintetizar el DNA. La 21
propane dos tipos de modelos para lo que le sucede
Cada cadena de DNA nueva es sintetizada por una a esta unidad enzimatica cuando completa !a sfnte-
unidad catalitica individual. La muestra sis de un fragmento de Okazaki. El mismo complejo
que el comportamiento de estas dos unidades es puede reutilizarse para !a sfntesis de fragmentos de
diferente porque las nuevas cadenas de DNA estan Okazaki sucesivos. Otra posibilidad es que el com-
creciendo en direcciones contrarias. Una unidad plejo podrfa disociarse del molde, por lo que tendrfa
enzimatica se desplaza con el punto de desenrolla- que en samblarse un nuevo complejo para alargar
miento y sintetiza Ia cadena lfder en forma conti- el sigu iente fragmento de Okazaki. En Ia secci6n
nua. La otra unidad se mueve hacia "atras" en rela- 18. 10, La pinza controla Ia asociaci6n de la enzima
ci6n con el DNA, a lo largo de Ia cadena individual central con el DNA, se ve que es el primer modelo
expuesta. Solo segmentos cortos de molde estan el que se aplica.

442 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA

DIE Los fragmentos de Okazaki . .. . ..
.

1. lnicio del fragmenio

estan unidos por la ligasa de Okazaki
2. Terminaci6n del
fragmento de Okazaki

Conceptos principales
Cada fragmento de Okazaki inicia con un cebador y se
detiene antes del siguiente fragmento.
La polimerasa de DNA I elimina el cebador y to
rem plaza con DNA en una acci6n semejante at
desplazamiento de hendidura.
La ligasa de DNA realiza el enlace que conecta el
extrema 3' de un fragmento de Okazaki at inicio 5' del
siguiente fragmento.
3. La pinza ~ se disocia

Ahara se conoce mejor lo que ocurre en la union

de los fragmentos de Okazaki, como se ilustra en
la 1 . El arden completo de los sucesos es
incierto, pero debe involucrar la sintesis del cebador
de RNA, su extension con el DNA, la eliminacion del
cebador de RNA, su sustitucion por un fragmento
de DNA y la union covalente de los fragmentos de
Okazaki adyacentes. 3'5' 3'5'
I
3'5'
La figura indica que Ia sfntesis de un fragmento 3'5'

de Okazaki termina justa antes del inicio del ce-

bador de RNA del fragmento precedente. Cuando
el cebador es eliminado, se forma un espacio . Este
espacio se llena con Ia polimerasa de DNA I; los
mutantes polA no consiguen unir sus fragmentos
de Okazaki de manera apropiada. La actividad exo-
nucleasa 5'-3' elimina el cebador de RNA al tiempo
que lo remplaza con una secuencia de DNA exten-
dida desde el extrema 3'-0H del siguiente ragmen-
to de Okazaki. Esto equivale al desplazamiento de
hendidura, excepto que el DNA nuevo remplaza un
fragmento de RNA en vez de un tramo de DNA.
En los sistemas de los mamfferos (en don de Ia
polimerasa de DNA no tiene una actividad exonu-
cleasa 5'-3'), los fragmentos de Okazaki se conec-
tan por un proceso de dos pasos . La sintesis de un
fragmento de Okazaki desplaza al cebador de RNA
del fragmento anterior en la forma de un "aleron".
La I 1 muestra que Ia enzima FENl divide
Ia base del aleron . En esta reaccion FENl funcio-
na como una endonucleasa, pero tambien es una
enzima con actividad de 5'-3 ' exonucleasa. En las
reacciones de reparacion del DNA, FENl puede rea-
lizar Ia division cerca de un nucleotido desplazado
y luego usar su actividad exonucleasa para eliminar
el material adyacente.
La imposibilidad de eliminar un aleron con ra-
pidez puede tener consecuencias importantes en
regiones de secuencias repetidas. Las repeticiones
directas pueden ser desplazadas y alineadas en for-
ma incorrecta con el molde; las secuencias palindro-
micas pueden formar horquillas . Estas estructuras
pueden cambiar el numero de repeticiones (vease
El nucleo de la polimerasa y La pinza ~ se
disocian cuando concluye la sintesis del fragmento de Okazaki
y se reasocian al inicio.
La enzima retrasada comienza fragmentos nuevas
U Las polimerasas de la cadena lider y de la cadena
retrasada se mueven de manera independiente.
Ia Figura 6.28). La importancia genera l de FENl
radica en que impide que los alerones del DNA ge-
neren estructuras que pueden provocar deleciones
o duplicaciones del genoma.
Una vez que el RNA ha sido retirado y rem-
plazado, los fragmentos de Okazaki cercanos deben
unirse. El extrema 3'-0H de un fragmento es adya-
cente al extrema 5'-fosfato del fragmento anterior.
La responsabilidad de sellar esta hendidura recae
en Ia enzima ligasa de DNA. Las ligasas estan pre-
sentes en las procariotas y en las eucariotas. En los
mutantes lig- persisten los fragmentos desconecta-
do s porque son incapaces de unir los fragmentos
de Okazaki .
Las ligasas de E. coli y de T4 comparten la pro-
piedad de poder sellar las hendiduras que tienen

18.12 Los fra gmentos de Okazaki estan unidos por la ligasa 443

La misma subunidad catalftica es reutilizada
Se utiliza una subunidad catalitica diferente
El modelo para la acci6n de la polimerasa de
la cadena retrasada, que aparece en la parte superior de la
figura, muestra que cuando una unidad enzimatica completa un
frag mento de Okazaki, se des plaza a una posicion nueva para
sintetizar el siguiente fragmento. El modelo inferior muestra
que la polimerasa de la cadena retrasada se disocia cuando
completa un fragmento de Okazaki y una nueva unidad enzi-
matica se asocia al DNA para sintetizar el siguiente fragmento
de Okazaki.
extremos 3'-0H y 5'-fosfato, como se muestra en
la ' . Ambas enzimas emprenden una re-
acci6n de dos pasos en Ia que participa un complejo
AMP-enzima. (Las enzimas de E. coli y de T4 utilizan
cofactores diferentes. La enzima de E. coli utiliza el
NAD [nicotinamida adenina dinucle6tido] como
cofactor, en tanto que Ia enzima de T4 utiliza ATP.)
El AMP del complejo enzimatico se une al fosfato
5' de la hendidura y despues se forma un enlace
fosfodiester con el grupo terminal 3'-0H de Ia hen-
didura, con lo que se Iibera la enzima y el AMP.
Ill PoLimerasas de DNA eucari6-
ticas independientes reaLizan
La iniciaci6n y La eLongaci6n
Conceptos pri ncipales
Una horquilla de replicaci6n tiene un complejo formado
por polimerasa de DNA a.jprimasa y dos complejos de
polimerasa de DNA oo .
El complejo polimerasa de DNA a.jprimasa inicia la
sfntesis de las dos cadenas del DNA.
La polimerasa de DNA o alarga la cadena lfder y una
segunda polimerasa de DNA o, o polimerasa de DNA E,
alarga la cadena retrasada.
Las celulas eucari6ticas tienen un gran numero de
polimerasas de DNA . Estas pueden dividirse a gran-
des rasgos en aquellas indispensables para la repli-
caci6n semiconservadora y aquellas que intervie-
444 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
nen en la sfntesis de material para reparar el DNA
dafiado. La replicaci6n del DNA nuclear requiere
o
las polimerasas de DNA a, y c.. Las polimerasas de
DNA nuclear remanentes participan en la sfntesis
de fragmentos nuevos de DNA para remplazar el
material dafiado. La I, .. ~ muestra que todas
las replicasas nucleares son enzimas heterotetrame-
ricas grandes. En cada caso, una de las subunidades
se encarga de Ia catalisis y las demas estan relaciona-
das con funciones auxiliares, como la actividad ce-
badora, Ia procesividad o la correcci6n. Todas estas
enzimas replican DNA con alta fidelidad, igual que
la enzima mitocondrial un poco menos compleja.
Las polimerasas reparadoras tienen estructuras mu-
cho mas sencillas, las cuales a menudo consisten
en una sola subunidad monomerica (aunque puede
funcionar en el contexto de un complejo de otras
enzimas reparadoras) . De las enzimas que partici-
pan en la reparaci6n, solo Ia polimerasa de DNA ~
tiene una fidelidad cercana a Ia de las replicasas:
todas las demas tienen tasas de error mucho mayo-
res. Toda Ia sfntesis del DNA mitocondrial, incluidas
las reacciones de reparaci6n, de recombinaci6n y de
replicaci6n, la realiza Ia polimerasa de DNA y.
Cada una de las tres replicasas de DNA nuclear
tiene una funci6n distinta:
La polimerasa de DNA a inicia Ia sintesis de
cadenas nuevas.
Las polimerasa de DNA 8 alarga Ia cadena
lfder.
La polimerasa de DNA c. puede intervenir
en Ia sfntesis de Ia cadena retrasada, pero
tambien tiene otras fun ciones.
La polimerasa de DNA a es poco comun porque
tiene Ia capacidad de iniciar una cadena nueva. Se
utiliza para iniciar tanto la cadena lider como Ia ca-
dena retrasada. La enzima existe como un complejo
formado por una subunidad catalftica de 180 kD,
que esta asociada a la subunidad B que parece ser
necesaria para el ensamble, y por dos protefnas mas
pequefias que proporcionan una actividad primasa.
Por su capacidad doble de cebar y extender las cade-
nas, en ocasiones se le denomina primasa pol a.
La enzima primasa /pol a se une al complejo de
iniciaci6n en el origen y sintetiza una cadena corta
formada por -10 b ases de RNA seguidas de 20 a 30
bases de DNA (algunas veces llamada iDNA) . Lue-
go es remplazada por una enzima que extendera la
cadena. En Ia Cadena lider, esta es ]a polimerasa de
DNA o. A este suceso se le denomina intercambio
de pol. Comprende interacciones entre numerosos
componentes del complejo de iniciaci6n.
o
La polimerasa de DNA es una enzima muy
procesiva que sintetiza de manera continua Ia ca-
dena lider. Su procesividad se debe a su interacci6n
con otras dos protefnas, RF-C y PCNA.
 Las funciones de RF-C y del PCNA son analogas
a las de la unidad ~ de procesividad y del cargador
de pinza y de E. coli (vease la secci6n 18.1 0, La pinza
controla la asociaci6n de la enzima central con el
DNA). RF-C es un cargador de pinza que cataliza
una carga del PCNA al DNA. Se une al extremo
3' de la cadena iDNA y utiliza la hidr6lisis de ATP
para abrir el anillo de PCNA de tal forma que pueda
crear la estructura circular alrededor del DNA. La
procesividad de la polimerasa de DNA 8 la mantie-
ne el PCNA, que amana ala polimerasa de DNA 8
al molde. (La proteina PCNA es llamada antigeno
nuclear de celulas en proliferaci6n [por sus siglas en
ingles: prolzferating cell nuclear antigen] por razones
hist6ricas.) La estructura cristalina del PCNA se pa-
rece mucho a la subunidad ~ de E. coli: un trimero
forma un anillo que rodea al DNA. La secuencia y
la organizaci6n de las subunidades son diferentes a La polimerasa de DNA I
I utiliza el desplazamiento de
las de la pinza dimerica ~; sin embargo, es probable
que la funci6n sea similar.
+ hendidura para remplazar al
cebador de RNA con DNA
Se tiene menos certeza sobre lo que sucede en la
cadena retrasada. Una posibilidad es que la polime-
rasa de DNA 8 tambien alargue la cadena retrasada.
Tiene capacidad para formar dim eros, lo que sugiere
un modelo analogo a! comportamiento de la repli-
casa de E. coli (vease la secci6n 18.9, La holoenzima
polimerasa de DNA tiene tres subcomplejos). Sin
embargo, hay algunos indicios de que la polimerasa
de DNA puede almgar la cadena retrasada, aunque
La s\ntesis de los fragmentos de Okazaki requiere ce-
tambien ha sido identificada con otras funciones.
bamiento, extension, eliminacion del RNA, rellenado de los espacios y
Un modelo general sugiere que la horquilla de ligamiento de la hendidura.
replicaci6n contiene un complejo de polimerasa
de DNA a-primasa y otros dos complejos de polime-
rasas de DNA. Una es la polimerasa de DNA 8 y la Cuando un fago T4 infecta una celula de E. coli,
otra es una segunda polimerasa de DNA 8 o puede aporta numerosas funciones propias que remplazan
ser una polimerasa de DNA . Los dos complejos o que potencian las funciones del hospedador. El
de polimerasa de DNA 8- acttian de la misma ma- fago depende poco de la expresi6n de las funciones
nera que los dos complejos de polimerasa de DNA del hospedador. La degradaci6n del DNA del hospe-
ill en el replisoma de E. coli: uno sintetiza la cadena dador es importante para la liberaci6n de nucle6ti-
lider y el otro sintetiza los fragmentos de Okazaki en dos que son reutilizados en Ia sfntesis del DNA del
Ia cadena retrasada. La exonucleasa MF1 elimina los fago. (El DNA del fago difiere en la composici6n de
cebadores de RNA de los fragmentos de Okazaki. La bases del DNA celular en que utiliza hidroximetilci-
enzima ligasa de DNA I se requiere de manera espe- tosina en Iugar de la citosina acostumbrada.)
cifica para sellar las hendiduras entre los fragmentos Las funciones codificadas por el fago implicadas
de Okazaki concluidos. en la sintesis de DNA en la celula infectada pueden
identificarse por medio de mutaciones que impi-
aD El fa go !4 propo:ciona den la producci6n de fagos maduros. Las funciones
esenciales del fago se identifican por medio de mu-
su prop10 mecam smo taciones letales condicionales, que se dividen en tres
de replicaci6n clases fenotipicas:
Concepto principal Aquellas en las cuales no hay sintesis de
DNA en absoluto identifican genes cuyos
El fago T4 proporciona su propio mecanismo de replica-
productos son componentes del mecanismo
cion, formado por una polimerasa de DNA, el gen 32
de replicaci6n o participan en la provision de
SSB, una helicasa, una primasa y por prote\nas acce-
sorias que incrementan la velocidad y la procesividad.
precursores (en especial hidroximetilcitosi-
na).

18.14 El fago T4 proporciona su propio mecanismo de replicacion 445


Cebador Cebador
de RNA de RNA
La ligasa sella el espacio
FENl es una exojendonucleasa que reconoce la
estructura que se crea cuando una cadena de DNA es desplazada de
un duplex como un "aler6n". En la replicaci6n hace una division en
la base del aler6n para eliminar el cebador de RNA.
Aquellas en las cuales el comienzo de la sfn-
tesis de DNA se retrasa tienen que ver con
la iniciacion de la replicacion.
Aquellas en las que la sfntesis de DNA co-
mienza pero despues se interrumpe inclu-
yen funciones reguladoras, la ligasa de DNA
y algunas de las enzimas relacionadas con la
degradacion del DNA del hospedador.
Tambien existen genes no esenciales rela-
cionados con la replicacion, como aquellos
involucrados en la glucosilacion de la hi-
droximetilcitosina en el DNA.
La sfntesis del DNA del fago T4 es catalizada
por un agregado multienzimatico ensamblado con
los productos de un pequefio grupo de genes esen-
ciales.
La protefna del gen 32 (gp32) es una protef-
na muy colaboradora de union al DNA de cadena
individual, que se necesita en cantidades estequio-
metricas. Fue el primer ejemplo de este tipo que se
describio. La geometrfa de la horquilla de replica-
cion de T4 puede requerir de manera espedfica Ia
protefna codificada por el fago, porque la SSB de
E. coli no puede sustituirla. La protefna gp32 forma
un complejo con la polimerasa de DNA de T4; esta
446 CAPITULO 18 Replicaci6n del. DNA
o-
-o-P-o
OHO
Enzima+AMP
Enzim~+ NAD l
Enzima-AMP
l 9
Adenina-Ribosa-o-P-0
6
-o-F>-o-
oH6
La ligasa de DNA sella las hendiduras que se
encuentran entre nucle6tidos pr6ximos al emplear un interme-
diario enzima-AMP.
interacdon podrfa ser importante en la construcdon
de la horquilla de replicacion.
El sistema de T4 utiliza un episodio de ceba-
miento de RNA similar al de su hospedador. Con un
DNA de cadena individual de T4 como molde, los
productos de los genes 41 y 61 actuan juntos para
sintetizar cebadores pequefios. Su comportamiento
es analogo al de DnaB y DnaG en E. coli. La protefna
del gen 41 es la contraparte de la protefna DnaB. Es
una helicasa hexamerica que utiliza la hidrolisis del
GTP con elfin de proporcionar energfa para desen-
rollar al DNA. El complejo p4llp6l se desplaza en
forma procesiva en direccion 5'-3' en la sfntesis de
la cadena retrasada e inicia de manera periodica los
fragmentos de Okazaki. Otra protefna, el producto
del gen 59, carga al DNA con el complejo p4l/p6l;
es necesaria para desplazar la protefna p32 y permi-
tir que la helicasa se ensamble en el DNA.
La protefna del gen 61 se necesita en cantidades
mucho men ores que la mayor parte de las protefnas
de replicacion de T4. Existen desde l 0 copias de
gp6l por celula. (Esto ha impedido su caracteriza-
don. Se requiere en cantidades tan pequefias que en
un principia no se identifico como un componente
indispensable, debido a que la preparacion de gp32
estaba contaminada con esta proteina, y ejerda su
funcion.) La protefna del gen 61 tiene actividad de
primasa, la cual es analoga a la del producto DnaG
de E. coli. La primasa reconoce la secuencia molde
 tJ~r! .
I~I
I I I " ~.I

lllii
Funci6n E. coli HeLa/SV40 Fago T4
Polimerasa Funcicin Estructura
de DNA Helicasa DnaB Antfgeno T 41
Replicasas de alta Carga helicasa/primasa DnaC Antfgeno T 59
fidelidad Mantenimiento de Ia cadena SSB RPA 32
C( Replicaci6n nuclear Tetramero de 350 kD individual
Tetramero de 250 kD Actividad cebadora DnaG Polcdprimasa 61

E Tetramero de 350 kD Pinza deslizante p PCNA 45

Replicaci6n Dfmero de 200 kD
mitocondrial
Reparaci6n de alta
fidelidad
Reparaci6n de escisi6n Mon6mero de 39 kD
de bases
Reparaci6n de baja
fidelidad
Puente de dfmero de Heter6mero
timina
Reparaci6n de daiio Mon6mero
de bases
Necesaria para Ia Mon6mero
meiosis
Deleci6n y sustituci6n Mon6mero
de bases
F'"G ... 5 Las celulas eucari6ticas tienen muchas polime-
rasas de DNA. Las enzimas replicativas operan con alta fideli-
dad. Excepto por la enzima ~. todas las enzimas de reparaci6n
tienen baja fidelidad. Las enzimas replicativas tienen estructu-
ras extensas, con subunidades independientes para actividades
distintas. Las enzimas de reparaci6n tienen estructuras mucho
mas sencillas.
3'-TTG-5' y sintetiza pentarribonucle6tidos ceba-
dores que tienen la secuencia general pppApCpNp-
NpNp. Si esta presente el mecanismo de replicaci6n
completo, estos cebadores se extienden y forman
cadenas de DNA.
La polimerasa de DNA del gen 43 tiene Ia ac-
tividad sintetica 5'-3' habituaL que esta asociada
a Ia actividad correctora de exonucleasa 3'-5'. Ca-
taliza la sfntesis de DNA y elimina a los cebadores.
Cuando Ia polimerasa de DNA de T4 utiliza un DNA
de cadena individual como molde, su velocidad de
progreso es desigual. La enzima se mueve con ra-
pidez por las regiones de cadena individual, pero lo
hace con mucho mas lentitud por las regiones que
tienen una estructura secundaria con apareamiento
de bases entre las cadenas. Las protefnas accesorias
ayudan a Ia polimerasa de DNA a pasar por estas
barricadas y mantenga asf su velocidad.
Las tres protefnas restantes se conocen como
"protefnas accesorias de Ia polimerasa". Incre-
mentan Ia afinidad de la polimerasa de DNA por
el DNA y tambien aumentan Ia procesividad y Ia
velocidad. El producto del gen 45 es un trfmero que
actua como una pinza deslizante. La estructura del
trfmero se parece ala del dfmero ~de E. coli, en que
forma un cfrculo alrededor del DNA que sostiene
Ia subunidad de la polimerasa de DNA con mayor
fuerza en el molde.
Carga de Ia pinza (ATPasa) Complejo yo RFC 44/62
Catalisis Nucleo Pol Ill Polo 43
Dimerizaci6n de Ia ? 43
6
holoenzima
Eliminaci6n del RNA Poll MF1 43
Ugamiento Ligasa Ligasa 1 Ligasa T4
Funciones similares son necesarias en todas las
horquillas de replicaci6n.
Los productos de los genes 44 y 62 forman un
fuerte complejo que tiene actividad de ATPasa. Son
el equivalente al complejo de pinza y8 y su funci6n
es cargar a p45 sobre el DNA. Cuatro moleculas de
ATP son hidrolizadas cuando se carga el DNA con Ia
pinza p45 y con la polimerasa de DNA p43.
La estructura global del replisoma es muy simi-
lar a Ia de E. coli. Esta formada por dos complejos de
holoenzimas acoplados, uno que sintetiza Ia cadena
lfder y el otro que sintetiza la cadena retrasada. En
este caso, la dimerizaci6n comprende una interac-
ci6n directa entre las subunidades de Ia polimerasa
de DNA p43, y p32 tiene una funci6n en Ia coordi-
naci6n de las acciones de las dos unidades de poli-
merasa de DNA.
Basta ahora se ha examinado la replicaci6n
del DNA en lo que se refiere a Ia progresi6n de Ia
horquilla de replicaci6n. La necesidad de otras fun-
ciones Ia demuestran los mutantes de retraso de Ia
sfntesis del DNA y los de detenci6n de Ia sfntesis
del DNA. Tres de los cuatro genes de los mutantes
de retraso de la sfntesis del DNA son el 39, el 52 y
el 60, los cuales codifican las tres subunidades de Ia
topoisomerasa II de T4, una actividad necesaria para
eliminar superenrollamientos en el molde (vease Ia
secci6n 19. 13, Las topoisomerasas relajan o intro-
ducen superenrollamientos en el DNA). La funci6n
esencial de esta enzima sugiere que el DNA de T4
no permanece en forma lineal, sino que mas bien
se constrifie topol6gicamente durante alguna etapa
de Ia replicaci6n. La topoisomerasa podria n ecesi-
tarse para que la rotaci6n del DNA dejara atras Ia
horquilla de replicaci6n.
La comparaci6n del mecanismo del fago T4 con
el mecanismo de E. coli sugiere que Ia replicaci6n
del DNA plantea una serie de problemas que se re-
suelven de formas analogas en diferentes sistemas.
Ahora se pueden comparar las actividades enzima-
ticas y estructurales observadas en Ia horquilla de

18.14 El fa go T4 proporciona su propio mecanisme de replicaci6n 44 7

r replicacion en E. coli, en T4 y en las celulas HeLa
(humanas) . La resume las funcione s
y las asigna a protefnas individuales. Se pueden
interpretar las propiedades cono cidas de las protei-
nas de los complejos de replicacion en terminos de
funciones similares que comprenden las reacciones
de desenrollamiento, d e cebamiento, de catalisis
y de formacion de sellos. Los componentes de cada
sistema interactuan de maneras restringidas, como
lo demuestra el h echo de que el fago T4 requiere sus
propias helicasa, primasa, pinza, etc., y por el hecho
de que las protemas bacterianas no pueden sustituir
a sus contrapartes fagicas.
IE Creaci6 n de las ho rquillas
de replicaci6n en el origen
Conceptos principales
La iniciaci6n en oriC requiere el ensamble secuencial de
un gran complejo de prote\nas.
DnaA se une a secuencias cortas repetitivas y forma un
complejo oligomerico que desnaturaliza al DNA .
Seis mon6meros de DnaC se unen a cada hexamero de
DnaB, y este complejo se une al origen.
Un hexamero de DnaB forma la horquilla de replicaci6n .
La girasa y la SSB tambien son necesarias.
llama Ia atencion por ser Ia unica involucrada de
manera exclusiva en Ia iniciacion frente a Ia elon-
gaci6n. DnaB y DnaC proporcionan Ia "maquinaria"
de iniciaci6n en el origen.
La primera etapa en Ia fo r maci6n del complejo
es Ia union de la protefna DnaA a oriC. La reacci6n
comprende Ia acci6n en dos tipo s de secuencias: las
repeticiones de 9 bp y las repeticione s de 13 bp. Jun-
tas, estas dos ultimas secuencias definen los lfmites
del origen minima de 245 bp, como se indica en la
. Un origen es activado porIa secuencia
de episodios que se resumen en la fl, en
la cual, a Ia union de DnaA le sigue Ia asociacion
con las otras protefnas.
Las cuatro secuencias de consenso de 9 bp sobre
el !ado derecho de oriC propo rcionan los sitios de
L M R 2 3 4
repeticio- repeticiones de 9 bp
nes de 13 bp 245 bp-----+-
El origen m\nimo se define por la distancia
que hay entre los miembros externos de las repeticiones de
13 bp y de 9 bp.

Para comenzar un ciclo de replicacion de un DNA

duplex se necesi tan varias actividades sucesivas: GATCTNTTNTTTI
El origen tiene tres
Las dos cadenas de DNA deben pasar por su
repeticiones de 13 bp
separacion inicial. Es decir, en efecto, sufrir y cuatro repeticiones
una desnaturalizacion en una region corta. de 9 bp

Un punto de desenrollamiento comienza a

Los mon6meros
desplazarse por el DNA; esto indica Ia ge- de DnaA se
neracion de la horquilla de replicacion, la unen a las . YJ\.._fJS..'/]\;(/j
repeticiones
cual continua moviendose durante la elon- de 9 bp
gacion.
DnaA se une a las
Los primeros nucleotidos de la nueva cade- repeticiones de
na deben ser sintetizados para formar el ce- 13 bp
bador. Esta accion se necesita una vez en la
caden a lfder, pero se repite en el comienzo
de cada fragmento de Okazaki en Ia cadena Las cadenas del
retrasada . DNA se separan
en las repeticiones
Por lo tanto, algunos de los sucesos que son in-
de 13 bp
dispensables para Ia iniciacion ocurren solo en el ori-
gen; otros se repiten con la iniciacion de cada frag-
mento de Okazaki durante la fase de elongacion.
Se han utilizado plasmidos que ponan Ia se-
cuencia oriC de E. coli para desarrollar un sistema sin
celulas para Ia replicaci 6n. In vitro, la iniciacion de Ia
replicacion en oriC empieza con la formacion de un
complejo que requiere seis proteinas: Dna A, DnaB, El precebamiento comprende la formaci6n de
DnaC, HU, gira sa y SSB . De las seis protefnas com- un complejo por asociaci6n secuencial de prote\nas, lo cual
prendidas en el precebamiento, Ia protefna DnaA provoca la separaci6n de las cadenas del DNA.

448 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA


- .. .. . ~ da que se une DnaB, desplaza a DnaA de las repeti-
La burbuja de replicaci6n se forma
en el origen
FlGl El complejo en oriC puede apreciarse con mi-
croscopia electr6nica. Los dos complejos se visualizaron con
anticuerpos contra la proteina DnaB. Fotografta superior re-
producida de Funnel, B. E., et al. J. Bioi. Chem. 1987. 262:
10327-10334. Copyright 1987 by American Society for Bioche-
mistry & Molecular Biology. Fotografta cortes1a de Barbara E.
Funnell, University of Toronto. Fotografta inferior reproducida
de Barker, T. A., et al. J. Bioi. Chem. 1987. 262: 6877-6885. Co-
pyright 1987 by American Society for Biochemistry & Molecular
Biology. Fotografta cortesia de Barbara E. Funnell, University
of Toronto.
union iniciales para DnaA. Esta se une en colabo-
raci6n para formar un nucleo central alrededor del
cual el DNA de oriC forma una envoltura. Despues,
DnaA actua sobre tres repeticiones, en tandem, de
13 bp ricas en A-T, que se encuentran en ellado
izquierdo de oriC. En presencia de ATP, DnaA des-
naturaliza las cadenas del DNA en cada uno de estos
sitios para formar un complejo abierto. Las tres re-
peticiones de 13 bp deben ser desnaturalizadas para
que la reacci6n prosiga a la siguiente etapa.
En general, de dos a cuatro monomeros de
DnaA se unen al origen y reclutan dos complejos
de "precebamiento" de DnaB-DnaC para unirse, por
lo que hay uno para cada una de las dos horqui-
llas de replicacion (bidireccionales). Cada complejo
de DnaB-DnaC esta formado por seis monomeros de
DnaC unidos al hexamero de DnaB. Cada complejo
de DnaB-DnaC transfiere un hexamero de DnaB a
una cadena opuesta de DNA. DnaC hidroliza ATP
para liberar a DnaB.
El complejo de precebamiento genera un agre-
gado protefnico de 480 kD, que corresponde a una
esfera con un radio de 6 nm. La formaci6n de un
complejo en oriC es detectable por la presencia de
un gran globulo protefnico que se observa en la
. Cuando la replicacion comienza, una
burbuja de replicacion se hace visible allado del
globulo.
La region de la separacion de la cadena en el
complejo abierto tiene el tama1l.o suficiente para
que se puedan unir ambos hexameros de DnaB, lo
cual inicia las dos horquillas de replicacion. A medi-
ciones de 13 bp y extiende la longitud de la region
abierta. Despues utiliza su actividad de helicasa para
extender la region de desenrollamiento. Cada DnaB
activa una prima sa de Dna G (en un caso para iniciar
la cadena lfder y en el otro para iniciar el primer
fragmento de Okazaki de la cadena retrasada).
Dos protefnas mas son necesarias para apoyar la
reaccion de desenrollamiento. La girasa proporciona
un eslabon giratorio que permite que una cadena
gire alrededor de la otra (una reaccion que se ana-
liza con mas detalle en la seccion 1 9.15, La girasa
funciona por inversion del enrollamiento ); sin esta
reaccion, el desenrollamiento generaria tension
por torsion en el DNA. La proteina SSE estabiliza
al DNA de cadena individual a medida que se va
formando. La longitud del DNA duplex que por lo
general se desenrolla para iniciar la replicacion es
tal vez <60 bp.
La protefna HU es una protefna general de union
al DNA en E. coli. Su presencia no es indispensable
para iniciar la replicacion in vitro, pero estimula la
reaccion. La HU tiene la capacidad de plegar el DNA
y tiene que ver con la construccion de la estructura
que conduce ala formacion del complejo abierto.
La entrada de energfa en forma de ATP es nece-
saria en numerosas etapas para la reaccion de pre-
cebamiento y para el desenrollamiento del DNA.
La accion helicasa de DnaB depende de la hidrolisis
de ATP y la accion rotatoria de la girasa tambien
consume ATP. Este ultimo tambien se necesita para
la accion de la primasa y para activar la polimerasa
de DNA Ill.
Despues de la generacion de la horquilla de re-
plicacion, como se indica en la Figura 18.28, tiene
lugar la reaccion de cebamiento para generar una
cadena lfder. Se sabe que para Ia actividad cebado-
ra se utiliza la sfntesis de RNA pero los detalles de
la reaccion se desconocen. Algunas mutaciones en
dnaA pueden ser suprimidas por mutaciones en la
polimerasa de RNA lo cual sugiere que DnaA po-
drfa participar en un paso de iniciacion que requiere
la sfntesis de RNA in vivo.
La polimerasa de RNA podrfa necesitarse para
leer el origen desde las unidades de transcripcion
adyacentes; al terminar en sitios ubicados en el ori-
18. 15 Creaci6n de las horquillas de replicaci6n en el origen 449
 gen, podria proporcionar los extremos 3'-0H que
ceban a la polimerasa de DNA III. (Un ejemplo lo
constituye el uso de lazos D en los origenes mito-
condriales, como se analiza en Ia seccion 15.1 0, Los
lazos D mantienen los orfgenes mitocondriales.)
Una alternativa es que el acto de Ia transcripcion
estuviera asociado a un cambia estructural que ayu-
de a Ia iniciacion. Esta ultima idea es respaldada por
observaciones que sustentan que Ia transcripcion no
tiene que pasar por el origen; es eficaz hasta a 200
bp de distancia del origen y puede usar cualquiera
de las dos cadenas del DNA como molde in vitro. El
episodio de la transcripcion se relaciona de manera
inversa con Ia necesidad de superenrollamiento in
vitro, lo cual sugiere que actua cambiando Ia estruc-
tura local del DNA para facilitar Ia desnaturalizacion
del DNA.
111m Sucesos comunes
en el cebamiento
de la replicaci6n en el origen
Conceptos principales
El principia general de la iniciacion bacteriana es que el
origen es reconocido en un inicio por una proteina que
forma un gran complejo con el DNA.
Una region corta de DNA enriquecida con A-T es desna-
turalizada.
DnaB se une al complejo y crea la horquilla de replicacion.
Otro sistema para investigar las interacciones en el
origen lo proporciona el fago A. En la G 1 de replicacion bacterianas.
se muestra un mapa de la region. La iniciacion de
la replicacion en el origen de A requiere "la activa-
- de cuatro sitios de union para la proteina 0 esta
ori
1- crol
I
La transcripcion
debe iniciar aqui
Para que Ia replicacion
inicie aqui
La iniciacion de la transcripcion en PR es ne-
cesaria para activar el origen del DNA de A..
cion", con el inicio de la transcripcion a partir de Pa.
Igual que en los sucesos en oriC, esto no significa
que el RNA proporcione un cebador para la cadena
lider. Analogias entre estos sistemas sugieren que la
sintesis de RNA podrfa participar en Ia estimulacion
de algun cambia estructural en la region.
La iniciacion requiere los productos de los genes
0 y P del fago, asi como numerosas funciones del
450 CAPITULO 18 Replicacion del DNA
Sitios de union para Ia
. .... . .
. . . .
protefna 0 de 18 bp Region rica en A-T
IV Ill II I 40 bp
~~~~~,. ..'>n.Fr'
! desnaturaliza~:
El DNA es
~~~
1 ~ El origen de A. para la replicacion comprende :_
regiones. Los episodios tempranos son catalizados por la prote-.c
la cual se une a una serie de cuatro sitios y despues el DNA es dEC
turalizado en la region cercana rica en A-T. El DNA se dibuja co m:
duplex recto; sin embargo, en realidad esta plegado en el origE-
hospedador. La proteina 0 del fago se une al origen
de A, la proteina P fagica interactua con la protefna
0 y con proteinas bacterianas. El origen se encuen-
tra dentro del gen 0, de modo que la protefna actua
cerca de su sitio de sintesis.
Las variantes del fago llamadas Adv consisten
en genomas mas cortos que portan toda Ia infor-
macion necesaria para la replicacion, pero carecen
de funciones infecciosas. El DNA Adv sobrevive en
la bacteria como un plasmido y puede ser replicado
in vitro por un sistema formado por las proteinas 0
y P codificadas por el fago junto con las funciones
Las proteinas de A 0 y P forman un complejo
junto con DnaB en el origen de /,, oriA. El origen
esta formado por dos regiones, como se ilustra en la
I J 1: una region que comprende una serie
proxima a una region rica en A-T.
La primera etapa en Ia iniciacion es !a union
de 0 para generar una estructura casi esferica con
un diametro de -11 nm, una estructura llamada en
ocasiones 0-soma . Este contiene -100 bp o 60 kD
de DNA. Hay cuatro sitios de union de 18 bp para la
protefna 0, de -34 kD. Cada sitio es palindromico y
es probable que se una a un di.mero 0 simetrico. Las
secuencias de DNA de los sitios de union a 0 parecen
estar plegados, y la union de Ia proteina 0 induce un
plegamiento mayor.
Si el DNA esta superenrollado, !a union de la
proteina 0 provoca un cambio estructural en el ori-
gen. La region rica en A-T contigua a los si tios de
union se hace susceptible a Ia nucleasa S1, una en-
zima que reconoce de manera especifica a! DNA no
apareado. Esto sugiere que junto al complejo de pro-
tefnas 0 ocurre una reacci6n de desnaturalizaci6n.
 La funcion de la protema 0 es analoga a la de
DnaA en ariC: prepara al origen para Ia union
de DnaB . Lambda proporciona su propia protefna
P que sustituye a DnaC y !leva a DnaE al origen.
Cuando se agregan Ia protema P de A. y las proteinas
DnaE bacterianas, el complejo se hace mas grande y
sirnetrico. Incluye mas DNA (un total de -160 bp),
asi como algunas otras protemas. La protema P de A.
tiene una funcion especial; inhibe la accion de he-
licasa de DnaB. El movimiento de la horquilla de
replicacion se desencadena cuando Ia proteina P es
liberada del complejo. Este episodio precede al ceba-
miento y a Ia smtesis de DNA.
Algunas proteinas son esenciales para la repli-
cacion sin que participen de manera directa en Ia
sfntesis de DNA. Las protefnas DnaK y DnaJ son
ejemplos interesantes. La proteina DnaK es un cha-
peron y esta relacionada con una proteina de estres
comun de las eucariotas. Su capacidad para interac-
tuar con otras protefnas de un modo dependiente
de Ia conformacion es importante en muchas activi-
dades celulares, como Ia replicacion. La funcion de
Dnak y DnaJ puede ser desensamblar el complejo
de precebamiento: a! causar Ia liberacion de Ia pro-
tefna P, permiten el comienzo de Ia replicacion.
Las reacciones de iniciacion en ariC y en ariA.
son similares. Comprenden las mismas etapas y se
basan en componentes comunes. El primer paso es
el reconocimiento del origen por una protefna que
se une para formar un complejo con el DNA (DnaA
para ariC y Ia protein a 0 para ariA.). Una region corta
de DNA rica en A-T es desnaturalizada. Despues
DnaE es cargada; esto requiere funciones distintas
en ariC y en ariA. (no obstante, se requieren otras
protefnas para esta etapa en otros orfgenes). Cuan-
do la helicasa DnaB se une al complejo, se crea una
horquilla de replicacion. Por ultimo, se sintetiza un
cebador de RNA, despues de lo cual comienza la
replica cion.
El uso de ariC y ariA. ofrece un modelo general
para Ia activacion de los orfgenes. Una serie simi-
lar de episodios ocurre en el origen del virus SV40
en las celulas de los mamfferos. Dos hexameros de
antfgeno T, una protefna codificada por el virus,
se unen a una serie de sitios repetidos en el DNA.
En presencia de ATP, ocurren cambios en la estruc-
tura del DNA, que culminan en una reaccion de
desnaturalizacion. En el caso de SV40, Ia region des-
naturalizada es bastante corta y no es rica en A-T,
pero tiene una composicion atfpica en Ia cual una
cadena esta formada casi de manera exclusiva de pi-
rimidinas y Ia otra de purinas. Cerca de este sitio se
encuentra otra region esencial. Consiste en pares de
bases A-T, en los cuales el DNA esta plegado; el DNA
es entonces desenrollado por la union del antfgeno
T. Una diferencia interesante con el sistema de las
procariotas es que el antfgeno T posee la actividad
helicasa necesaria para extender el desenrollamien-
to, de modo que no se requiere un equivalente de
Ia protefna DnaE.
liD El primosoma es necesario
para reiniciar la replicaci6n
Conceptos principales
La iniciaci6n de la replicaci6n de <pX requiere que el
complejo del primosoma desplace a la SSB del origen.
Una horquilla de replicaci6n se detiene cuando llega al
DNA dafiado.
Despues que el dafio ha sido reparado, el primosoma es
indispensable para reiniciar la replicaci6n.
La protein a Tus se une a los sitios ter y detiene el
desenrollamiento del DNA mediado por DnaB, lo cual
ocasiona que la replicaci6n termine.
En trabajos anteriores sobre Ia replicacion se hizo
amplio uso del fago <pX174 y llevaron al descubri-
miento de un sistema complejo de cebamiento. El
DNA de <pXl74 no constituye por sf mismo un sus-
trato para el mecanismo de replicacion porque el
DNA desnudo no proporciona un molde apropiado.
No obstante, una vez que Ia forma de cadena indi-
vidual ha sido cubierta con Ia SSE, Ia replicacion
puede proseguir. Un prilnosoma se ensambla en
un {mico sitio del DNA de cadena individuallla-
mado sitio de ensamblaje (primasame assembly site,
pas) . El pas es el equivalente de un origen para Ia
sfntesis de la cadena complementaria del <pXl74. El
primosoma esta formado por seis prote(nas: priA,
PriE, PriC, DnaT, DnaE y DnaC. El suceso clave en
Ia localizacion del primosoma es Ia habilidad de PriA
de desplazar a Ia proteina SSE del DNA de cade-
na de individual.
El primosoma se forma en un inicio en el pas
sobre el DNA del <pXl74; sin embargo, los cebadores
se inician en una variedad de sitios. PriA se trans-
fiere a lo largo de la molecula de DNA y desplaza a
SSE para alcanzar otros sitios en los cuales ocurre
el cebamiento. Al igual que en los replicones ariC,
DnaE tiene una funcion fundamental en el desen-
rollamiento y en el cebamiento en los replicones
<pX. La fun cion de PriA consiste en cargar Ia protema
DnaE para formar una horquilla de replicacion.
Siempre ha sido desconcertante que los origenes
de <pX deban usar una estructura compleja que no
es necesaria para replicar el cromosoma bacteriano
LPor que Ia bacteria proporciona este complejo?
La respuesta se encuentra en el destino de las
horquillas de replicacion varadas. La
compara una horquilla de replicacion que avanza
18.17 El primosoma es necesario para reiniciar la replicaci6n 451

La replicaci6n se interrumpe par una base da-
fiada o por una hendidura en el DNA.
con lo que sucede cuando existe un dafio en una
base en el DNA o una hendidura en una de las ca-
denas. En ambos casos Ia sfntesis de DNA se detie
ne y Ia horquilla de replicacion queda varada o se
deteriora. No esta claro si los componentes de Ia
horquilla permanecen asociadas al DNA o se des-
ensamblan. Que una horquilla de replicacion quede
varada parece ser bastante comun; las estimaciones
de Ia frecuencia de este suceso en E. coli sugieren
que de 18 a 50% de la s bacterias confrontan un
problema durante un ciclo de replicacion.
La situacion se resuelve con un episodio de re-
combinacion que escinde y remplaza el dafio o pro-
porciona un duplex nuevo para sustituir Ia region
que contiene la rotura en la doble cadena (vease Ia
Figura 20.20 en Ia seccion 20.8, Sistemas de repara-
cion por recombinacion en E. coli) . El principia del
episodio de reparacion es aprovechar la redundan-
cia de informacion incorporada entre las dos cade-
nas de DNA. La muestra los episodios
fundamentales de dichos sucesos de reparacion. En
terminos basicos, la informacion del DNA duplex
hijo no dafiado se utiliza para reparar Ia secuencia
dafiada. Esto crea una union de recombinacion tf-
pica que resuelven los mismos sistemas que llevan
a cabo la recombinacion homologa. De hecho, algu-
nos opinan que la importancia principal de estos sis -
temas para la celula radica en la reparacion del DNA
dafiado en las horquillas de replicacion varadas.
452 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
La replicaci6n reinicia
::::m::::: ::::~l::::::>
~ Cuando la replicaci6n se detiene en el DNA
dafiado, la secuencia afectada es escindida y la cadena comple-
mentaria (recien sintetizada) del otro duplex hijo se entrecruza
para reparar la abertura. Ahara puede reanudarse la replicaci6n
y llenarse los espacios.
Despues que el dafio ha sido reparado, la hor-
quilla de replicacion debe ser reiniciada. La
.. ~ muestra que esto puede lograrse mediante el
ensamblaje del primosoma, que en efecto recarga
el DnaB para que Ia accion de helicasa pueda con-
tinuar.
La reactivacion de Ia horquilla de replicacion es
una reacci6n frecuente (y, por lo tanto, importan-
te). Es posible que se requiera en Ia mayor parte de
los ciclos de replicacion cromosomica. Es inhibida
por las mutaciones en cualquiera de los sistemas de
recuperacion que remplazan el DNA dafiado o en
los componentes del primosoma.
Las horquillas de replicaci6n de ben parar y des-
ensamblarse en Ia terminaci6n de la replicacion.
(.Como se logra esto?
Las se cuencias que detienen el movimiento
de las horquillas de replicaci6n se han identificado
como elementos ter del cromosoma de E. coli (vease
la ) o secuencias equivalentes en al-
gunos plasmidos. La caracteristica comun de estos
elementos es una secuencia de consenso de 23 bp
que constituye el sitio de union para el producto del

El primosoma es necesario para reiniciar una
horquilla de replicaci6n varada despues de que el DNA ha sido
reparado.
gen tus, una proteina de 36 kD que es indispensable
para la terminaci6n. Tus se une a la secuencia de
consenso, en donde ejerce una actividad de con-
tra-helicasa e inhibe el desenrollamiento del DNA
mediado por DnaB. La cadena lfder continua sinte-
tizandose justa hasta el elemento ter, en tanto que
la cadena retrasada mas cercana es iniciada de 50 a
100 bp antes de alcanzar al elemento ter.
El resultado de esta inhibici6n es detener el
movimiento de !a horquilla de replicaci6n y (a! pa-
recer) causar un desensamblaje del mecanismo de
replicaci6n. La permite recordar que
Tus detiene el movimiento de la horquilla de repli-
caci6n solo en una direcci6n. La estructura cristalina
de un complejo Tus-ter muestra que !a protefna Tus
se une a! DNA en forma asimetrica; las helices a de
Ja protefna sobresalen alrededor de la doble helice
en el extremo que bloquea ala horquilla de termi-
naci6n. Al parecer, una horquilla que avanza en Ja
direcci6n contraria puede desplazar a Tus y de esta
manera continuar. Una dificultad para entender el
funcionamiento del sistema in vivo es que parece
ser prescindible, debido a que las mutaciones en los
sitios ter o en tus no son letales.
1:111 Resumen
La sfntesis de DNA ocurre por replicaci6n semidis -
continua, en la cual la cadena lfder del DNA que
Horquilla de Origen Horquilla de
replicaci6n 2 replicaci6n 1
_ Los extremos de la replicaci6n en E. coli se
localizan mas alla del sitio donde las horquillas de replicaci6n
se encuentran.
DNA accesible DNA bloqueado
La replicaci6n La replicaci6n termina
prosigue
X
DnaB
VA
Tus se une a ter en forma asimetrica y bloquea
la replicaci6n solo en una direcci6n.
crece en direcci6n 5'-3' se extiende en forma con-
tinua; en contraste, la cadena retrasada que cre-
ce por lo general en la direcci6n contraria, 3'-5 ',
es creada con fragmentos cortos de Okazaki, cada
uno sintetizado en direcci6n 5'- 3'. La cadena lfder
y cada fragmento de Okazaki de la cadena retrasada
inician con un cebador de RNA que es extendido
por la polimerasa de DNA. Las bacterias y las euca-
riotas poseen mas de una actividad de polimerasa
de DNA. La polimerasa de DNA III sintetiza tanto
la cadena lfder como la cadena retrasada en E. coli.
Se requieren muchas protefnas para !a acci6n de Ia
polimerasa de DNA illy varias constituyen parte del
replisoma dentro del cual funciona.
El replisoma contiene un dfmero asimetrico de
polimerasa de DNA III; cada cadena nueva de DNA
es sintetizada por un complejo nuclear diferente que
contiene una subuoidad catalitica (a). La procesivi-
dad del complejo nuclear se conserva porIa pinza ~,
la cual forma un anillo alrededor del DNA. El DNA
18.18 Resumen 453
 es cargado con Ia pinza por el complejo cargador de
pinza. Los pares cargador de pinza/pinza con ca-
racterfsticas estructurales similares se observan de
manera generaliza da en los sistemas de replicacion
de las procariotas y de las eucariotas.
El modelo de formacion de lazos para la hor-
quilla de replicacion propane que, conforme una
mitad del dfmero avanza para sintetizar Ia cadena
Hder, la otra mitad del dfmero jala el DNA como un
solo lazo que proporciona el molde para la cade-
na retrasada. La transicion entre Ia culminacion de
un fragmento de Okazaki y el inicio del siguiente
requiere que Ia subunidad catalftica de la cadena
retrasada se disocie del DNA y despues se una de
nuevo a una pinza ~ en el sitio de cebamiento para
el siguiente fragm ento de Okazaki.
DnaB proporciona Ia actividad de helicasa en la
horquilla de replicacion; esto depende deJa division
de ATP. DnaB puede funcionar por sf sola en los re-
plicones oriC y proporcionar la actividad de prima-
soma al interactuar en forma periodica con DnaG,
que proporciona la primasa que sintetiza el RNA.
El fago T4 codifica un mecanismo de replicacion
formado por siete protefnas: polimerasa de DNA,
helicasa, protefna de union a Ia cadena individual,
elementos con actividades cebadoras y protefnas ac-
cesorias. En otros sistemas de replicacion se n ecesi-
tan funciones si.milares, incluido el sistema de celulas
HeLa que replica el DNA de SV40. Enzimas diferentes
(polimerasa de DNA a y poli.merasa de DNA 8) ini-
cian y alargan las cadenas nuevas de DNA.
La actividad cebadora <pX tambien requiere
DnaB, DnaC y DnaT. PriA es el componente que
define el sitio de ensamble del primosoma (pas)
para los replicones <pX; desplaza a SSB del DNA en
una accion que comprende Ia rotura de ATP. PriB y
PriC son otros componentes del primosoma. La im-
portancia del primosoma para Ia celula bacteriana
es que se utiliza para reiniciar la replicacion en las
horquillas que quedan varadas cuando encuentran
DNA daiiado.
El modo comun de activacion del origen im-
plica una desnaturalizacion inicial limitada de Ia
doble he!ice, seguida por un desenrollamiento mas
general para crear las cadenas individuales. Varias
protefnas actuan de forma secuencial en el origen
de E. coli. La replicacion se inicia en oriC en E. coli
cuando DnaA se une a una serie de repeticiones de
9 bp. Esto es seguido por la union a una serie de re-
peticiones de 13 bp, en donde utiliza la hidrolisis del
ATP para generar Ia energfa necesaria para separar
las cadenas del DNA. El complejo de precebamiento
de DnaC-Dn aB desplaza a DnaA. DnaC es libera-
da en una reaccion que depende de la hidrolisis de
ATP; DnaB es unida por la enzima replicasa, y Ia
replicaci6n es iniciada por dos horquillas que corren
454 CAPITULO 18 Replicacion del DNA
en direcciones contrarias. Sucesos similares tienen
Iugar en el origen de A., donde las protefnas fagicas 0
y P son las contrapartes de las protefnas bacterianas
DnaA y DnaC, respectivamente. En Ia replicaci6n de
SV40, muchas de estas actividades se combinan en
las funciones del antfgeno T.
La disponibilidad de DnaA en el origen es u n
componente i.mportante del sistema que determina
cuando deben iniciar los ciclos de replicacion. Des-
pues de la iniciacion de Ia replicacion, DnaA hidro-
liza su ATP bajo los estfmulos de la pinza deslizante
~, lo que genera una fo rma inactiva de Ia protefna.
Ademas, oriC debe competir con el sitio dat por la
union de DnaA.
En el origen de E. coli hay numerosos sitios que
son metilados por Ia metilasa Dam, como los sitios
de union de 13 bp para DnaA. El origen permanece
hemimetilado y se encuentra en un estado secues-
trado durante - 10 min despues de Ia iniciacion de
un ciclo de replicacion. Durante este periodo esta
asociado a Ia membrana y Ia reiniciacion de Ia repli-
cacion es repri.mida. La protefna SeqA interviene en
el secuestro y puede interactuar con DnaA.
Referencias
lliJ Introduccion
Articulo de investigacion
Hirota, Y., Ryter, A., and Jacob, F. ( 1968). Thermosensitive
mutants of E. coli affected in the processes of DNA
synth esis and cellula r division. Cold Spring Harbor
Symp. Quant. Bioi. 33, 677-693.
IJII Las polimerasas de DNA tienen una estructura comu n
Articulos de revision
Hubscher, U., Maga, G., and Spadari, S. (2002). Eukaryotic
DNA polymerases. Annu. Rev. Biochem. 71 , 133-1 63.
Johnson, K. A. (199 3). Conforma tional coupling in DNA
polymerase fid elity. Annu. Rev. Biochem. 62, 685-713 .
Joyce, C. M . and Steitz, T. A. ( 1994 ) . Function and
structu re relationships in DNA polymerases. Annu.
Rev. Biochem. 63, 777-82 2.
Artic ulo de investigacion
Shamoo, Y. and Steitz, T. A. ( 1999). Building a replisome
from interacting pieces: sliding clamp complexed to
a peptide from DNA polymerase and a polymerase
editing complex. Ce//99, 155-1 66.
IIIII El modelo <pX muestra como se genera el DNA de
cadena individual para la replicaci6n
Articu los de investigacion
Dillingham, M. S., Wigley, D. B., and W ebb, M. R. (2000) .
Demonstration of unidirecti onal single-stranded DNA
 translocation by PcrA helicase: measurement of step
size a nd translocation speed. Biochemistry 39, 205-2 12 .
Singleton, M. R., Sawaya, M. R., Ellenberger, T., and
Wigley, D. B. (2000) . Crystal structure of T7 gene 4
ring helicase inclicates a mechanism for sequential
hydrolysis of nucleotides. Cell ! 0 I, 589-600.
~~~~ La holoenzima polime rasa de DNA tie ne tres
subcomplejos
~eferencia
Johnson, A., and O'Donnell, M. (2 005) . Cellular DNA
replicases: components and dynamics at the
replication fork. Annu Rev Biochem. 74, 283-315.
rtlculos de investigaci6n
Studwell-Vaughan, P. S. and O'Donnell, M . (1991).
Constitution of the twin polymerase of DNA polymera-
se III holoenzyme. J. Bioi. Chem. 266, 19833-1984!.
tukenberg, P. T., Studwell-Vaughan, P. S., and O'Don nelL
M . ( 199 1). Mech an ism of the sliding beta-clamp of
DNA polymerase III holoenzyme. J. Bioi. Chem. 266,
11328- 11334.
IE La pi nza co ntrola La asociaci6 n de La enzima central
con el DNA
Art\cu los de revision
IBen kovic, S. J., Valentine, A.M., and Salinas, F. (2001) .
Replisome-mediated DNA replication. Annu. Rev.
Biochem. 70, 181-208.
Davey, M. J., Jeruza lmi, D., Kuriyan, J., and O'DonnelL M.
(2002). Motors an d switches: AAA+ machines within
the replisome. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3, 826-835.
Art\culos de investigaci6n
Bowman, G. D., O'Donnell, M ., and Kuriyan, J. (2004).
Structural analysis of a eukaryotic sliding DNA clamp-
clamp loader complex. Nature 429, 724-730.
Jeruzalmi, D., O'Donnell, M., and Kuriyan, J. (2001 ).
Crystal structure of the processivity clamp loader
gamma (gamma) complex of E. coli DNA polymerase
III. Ce/1106, 429--44!.
Kong, X. P., Onrust, R. , O'Donnell, M ., and Kuriyan,
J. ( 1992). Three-clim ensional structure of the beta
subunit of E . coli DNA polymerase ill holoenzyme: a
sliding DNA clamp. Ce/169, 425-437.
1111 Coordinaci6n de La s\ntesis de La cadena l\der y de La
cadena retrasada
Art\culo de investigaci6n
Dervyn , E., Suski, C., Daniel, R., Bruand, C., Chapuis, J .,
Errington, J., Janniere, l., and Ehrlich, S.D. (2001).
Two essential DNA polymerases at the bacterial
replication fork. Science 294, 1716-17 19.
E Los fra gment os de Okazaki estan unidos por la ligasa
Art\culo de revision
Liu, Y., Kao, H. l., and Bambara, R. A. (2004). Flap
endonuclease 1: a central component of DNA
m e tabolism. Annu. Rev. Biochem. 73, 589-615.
~~~~ Polimerasas de DN A eucari6ticas independientes
rea lizan la iniciaci6 n y la elongaci6n
Articulos de revision
Goodman, M. F. (2002 ). Error-prone repair DNA
polymerases in prokaryotes and eukaryotes. Annu.
Rev. Biochem. 71, 17- 50.
Hubscher, U., Maga, G., and Spadari, S. (2002) . Euka ryotic
DNA polymerases. Annu. Rev. Biochem. 71, 133-163.
Kaguni, L. S. (2004). DNA polymerase gamma, the
mi tochondrial replicase. Annu. Rev. Biochem. 73,
293- 320.
Articulos de i nvestigaci6n
Karthikeyan, R., Vonarx, E. J. , Straffon, A. F., Simon,
M., Faye, G., and Kunz, B. A. (2000). Evidence
from mutational specificity stuclies that yeast DNA
polymerases delta and epsilon replicate clifferent DNA
strands at an intracellular replication fork. J. Mol. Bioi.
299, 405-419.
Shiomi, Y., Usukura, J ., Masamura, Y., Takeyasu, K.,
Nakayama, Y., Obuse, C., Yoshikawa, H., and
Tsurimoto, T. (2000) . ATP-dependent structural
change of the eukaryotic clamp-loader protein,
replication factor C. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 97,
14127-14132.
W aga, S., Masuda, T., Takisawa, H., and Sugino, A. (200 1 ).
DNA polymerase epsilon is required for coordinated
and efficient chromosomal DNA replication in Xenopus
egg extracts. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 98, 4978--4983.
Zuo, S., Bermudez, V., Zhang, G., Kelman, Z., and Hurwitz,
J . (2000). Structu re and activity associated w ith
mu ltip le forms of S. pombe DNA polymerase delta. J.
Bioi. Chem. 275, 5153- 5162.
~~~~ El fago T4 proporciona su propio mecanisme de
replicaci6n
Artjwlos de investigaci6n
Ishmael, F. T., Alley, S. C., an d Benkovic, S. J. (2002).
Assembly of the bacteriophage T4 helicase:
architecture and stoichiometry of the gp41-gp59
complex. J. Bioi. Chem . 277, 20555-20562.
Salinas, F., an d Benkovic, S. J. (2000). Ch aracterization of
bacteriophage T4-coordjnated leading- and lagging-
strand synthesis on a minicircle substrate. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 97,7196-7201 .
Schrock, R. D. and Alberts, B. ( 1996). Processivity of the
gene 41 DNA helicase at the bacteriophage T4 DNA
replication fork. J. Bioi. Chern. 27 1, 16678-16682.
IE Creaci6n de las horquillas de replicaci6n
en el origen
Art\culos de investigaci6n
Bramhill, D. and Kornberg, A. (1988). Du plex .opening
by dnaA protein at novel sequences in initiation of
replication at the origin of the E. coli chromosome. Cell
52, 743-755 .
FuUer, R. S., Funnell, B. E., and Kornberg, A. (1984) . The
dnaA protein complex with the E. coli chromosomal
replication origin (oriC) and other DNA sites. Cell 38,
889-900.
Referencias 455
 Funnell, B. E. and Baker, T. A. ( 1987). In vitro assembly
of a prepriming complex at the origin of the E. coli
chromosome. J. Bioi. Chem . 262, 10327-10334.
Sekimizu, K, BramhilL D., and Kornberg, A. (1987). ATP
activates dnaA protein in initiating replication of
plasmids bearing the origin of the E. coli chromosome.
Cell 50, 259-265.
Wahle, E., Lasken, R. S., and Kornberg, A. (1989) . The
dnaB-dnaC replication protein comple x of Escherichia
coli. II. Rol e of the complex in mobilizing dnaB
functions. J. Bioi. Chem. 264, 2469-2475.
El primosoma es necesario para reiniciar la
replicaci6n
Articulos de revision
Cox, M. M. (2001). Recombinational DNA repair of
damaged replication forks in E. coli: questions. Annu.
Rev. Genet. 35,53- 82.
456 CAPITULO 18 Replicaci6n del DNA
Cox, M. M., Goodman, M. F., Kreuzer, K. N., Sherratt,
D J., Sandler, S. J., and Marians, K. J. (2000). The
importance of repairing stalled replication forks.
Nature 404, 37-41.
Kuzminov, A. ( 199 5). Collapse and repair of replication
fork s in E. coli. Mol. Microbial. 16, 373-384.
McGlynn, P. and Lloyd, R. G. (2002). Recombinational
repair and restart of damaged replication fork s. Nat.
Rev. Mol. Cell Bioi. 3, 859-870.
Articulo de investigaci 6n
Seigne ur. M., Bidnenko, V., Ehrlich, S.D., and MicheL B.
( 1998). RuvAB acts at arrested replication forks. Cell
95, 419-430.
 ecomb naci6n hom6loga
y especifica de sitio
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
Ocurre recombinaci6n hom6loga entre
cromosomas en sinapsis
Los cromosomas deben entrar en sinapsis (aparearse)
para que se formen los quiasmas, donde tiene Iugar el
entrecruzamiento.
Se pueden correlacionar las etapas de la meiosis co n los
sucesos moleculares que ocurren en el DNA.
Rotura y reunion afectan el DNA heteroduplex
El suceso clave de la recombinaci6n entre dos moleculas de
DNA duplexes el intercambio de cadenas unicas.
Cuando una sola cadena de una estructura duplex desplaza
a su contraparte en la otra, crea una estructura ramificada.
El intercambio genera una cadena de DNA heteroduplex
constituida por una cadena de cada progenitor.
Se necesitan dos intercambios (reciprocos) para genera r
una molecula articulada.
La molecula articulada se resuelve en dos moleculas duplex
independientes mediante una hendidura en dos de las
cadenas que se conectan.
El que se formen recombinantes depende de que las
cadenas participantes en el intercambio original, o el otro
par, presenten muescas durante la resoluci6n.
Las roturas de la doble cadena inician la
recombinaci6n
La recombinaci6n se inicia co n una rotura de la doble
cadena en una cadena de DNA duplex (receptora).
La actividad de la exonucleasa genera extremos 3'
de cadena unica que invaden la otra cadena duplex
(donadora).
La sintesis nueva de DNA sustituye el material que ha sido
degradado.
Esto genera una molecula de articu laci6n recombinante
donde las dos cadenas de DNA duplex estan conectadas por
DNA heteroduplex.
DR Los cromosomas en recombinaci6n se conectan
por el complejo sinaptonemico
Durante la primera parte de la meiosis, los cromosomas
hom6logos se aparean en el complejo sinaptonemico.
La masa de cro matina de cada cromosoma hom6logo esta
separada de la otra por un complejo proteinaceo.
DJJI El complejo sinaptonemico se forma despues de
roturas de la doble cadena
Las roturas de la doble cadena que inician la recombinaci6n
ocurren antes de que se forme el complejo sinaptonemico.
Si se bloquea la recombinaci6n , el complejo sinaptonemico
no puede formarse.
1m El apareamiento y la formaci6n del complejo
si-naptonemico son i ndependientes
Pueden ocurrir mutaciones durante el apareamiento
cromos6mico o la formaci6n del complejo sinaptonemico
sin afectar el otro proceso.
IB Las secuencias chi estimulan el sistema RecBCD
bacteria no
El complejo RecBCD tiene actividades de nucleasa y
helicasa.
Se une al DNA en se ntido descendente respecto de una
secuencia chi, de senrolla la cadena duplex y degrada una
cadena de 3' a 5' con forme se des plaza hacia el sitio chi.
El sitio chi desencadena la perdida de la subunidad ReeD y
la actividad de nucleasa.
llil!l Las proteinas de transferencia de cadenas
catalizan la asimilaci6n de una sola cadena
La RecA forma filamentos con el DNA de una o dos cadenas
y cataliza la capacidad de un DNA de una sola cadena con
un extreme libre 3' de desplazar a su contraparte en una
estructura duplex de DNA.
lam El sistema Ruv resuelve las uniones Holliday
El com plejo Ruv actua sobre uniones recombinantes.
La RuvA reconoce la estructura de la union y la RuvB es
una helicasa que cataliza la migraci6n de ramas.
La RuvC escinde uniones para generar productos
intermedios de recombinaci6n.
(go La conversion genica contribuye a la
recom bi naci6n i nteralelica
El DNA heteroduplex creado por recombinaci6n puede tener
secuencias con apareamiento err6neo, donde los alelos
recombinantes no son identicos.
Los sistemas de reparaci6n pueden retirar apareamientos
err6neos si cambia una de las cadenas, de modo que su
secuencia sea co mp le mentaria a la otra.
B6 El superenrollamiento afecta la estructura del DNA
Ocurre superenrollamiento solo en un DNA cerrado sin
ningun extreme libre.
Un DNA cerrado puede ser una molecula circular o una
lineal donde ambos extremes se anclan a una estructura
proteinica .
Continua en Ia siguiente pagina
457
 Cualquier molecula de DNA cerrada tiene un numero If&) Las levaduras pueden cambiar loci silentes y
de enlace que corresponde a la suma del numero de
contorsiones y del numero de torcimientos. activos par el tipo de apareamiento
Los plegamientos se pueden repartir entre el numero Ellocus MAT del tipo de apareamiento en levaduras
de contorsiones y el numero de torcimientos, de porta el genotipo MATa o MATa.
manera que un cambia en la estructura de la doble Las levaduras con el alelo dominante HO cambian su
helice puede compensar una modificaci6n de su tipo de apareamiento con una frecuencia de -10- 6
enrollamiento en el espacio. El alelo en MAT se denomina cartucho activo.
El numero de enlace puede modificarse s6lo con la Hay tam bien dos cartuchos silentes, HMLa y HMRa.
rotura y la formaci6n de enlaces en el DNA. Ocurre cambia si MATa es sustituido por HMLa o MATer.
Rl.l Las topoisomerasas relajan o introducen es sustituido por HMRa.
superhelices en el DNA Dlil Ellocus MAT codifica prote\nas reguladoras
Las topoisomerasas cambian el numero de enlace En celulas haploides de tipo a, MATa activa los
cuando rompen enlaces en el DNA, modifican la genes requeridos para especificar las funciones a
conformaci6n de la doble helice en el espacio y indispensables para el apareamiento y desactiva los
vuelven a formar los enlaces. requeridos para el tipo de apareamiento a.
Las enzimas de tipo I actuan al romper una cadena En las celulas de tipo a nose requiere MATa.
unica de DNA; las de tipo II causan roturas de dos En celulas diploides, los productos de al y a2
cadenas. cooperan para reprimir genes especificos de celulas
haploides.
1DB Las topoisomerasas rompen y resellan cadenas
01!:1 Se reprimen los cartuchos silentes en HML y
Las topoisomerasas de tipo I actuan al formar un
enlace covalente con uno de los extremos rotos, mover HMR
una cadena alrededor de la otra y, despues, transferir Los elementos silenciadores reprimen HML y HMR
el extrema de enlace al otro extrema roto. Los enlaces Los loci requeridos para mantener el silenciamiento
se conservan y, en consecuencia, no se requiere aporte incluyen SIRl-4, RAPl y los genes de la histona H4.
de energia. Se necesita la union de ORC (complejo de
DB La girasa funciona par la inversion de helice reconocimiento del origen) a los silenciadores para la
desactivaci6n.
La girasa de E. coli es una topoisomerasa de tipo II
que utiliza la hidr6lisis de ATP para proveer la energia lmJ Ellocus MAT receptor inicia la transposicion
necesaria a fin de introducir superhelices negativas en unidireccional
el DNA. El cambia del tipo de apareamiento se inicia por una
IDI!I La recombinacion especializada involucra rotura de la doble cadena hecha en ellocus MAT por !:
sitios espedficos endonucleasa HO.
La recombinaci6n especializada comprende una 0D La regulacion de la expresion de HO controla
reacci6n entre sitios especificos que no tienen que ser el cambia
hom6logos. La endonucleasa HO se sintetiza en celulas madre
El fago 'A se integra al cromosoma bacteriano por haploides, de manera que un episodio de cambia hacE
recombinaci6n entre un sitio del fago y el sitio att en que ambas cadenas hijas tengan el nuevo tipo de
el cromosoma de E. coli. apareamiento.
El fago se escinde del cromosoma por recombinaci6n
entre los sitios en el extrema del profago lineal. BiliJ Resumen
El gen int del fago /, codifica una integrasa que
cataliza la reacci6n de integraci6n.
DllfJ La recombinacion espedfica de sitio
comprende rotura y reunion
Se hacen escisiones a intervalos de 7 bp en los genes
attB y attP y los extremos se unen en forma cruzada.
BEl La recombinacion espedfica de sitio simula la
actividad de la topoisomerasa
Las integrasas tienen relaci6n con las topoisomerasas
y la reacci6n de recombinaci6n se parece a la acci6n
de la topoisomerasa, excepto que las cadenas con
hendidura de estructuras duplex d1jerentes se sellan
juntas.
La reacci6n conserva la energia al utilizar una
tirosina catalitica en la enzima para romper un enlace
fosfodiester y enlazarse con el extrema 3' roto.
Dos unidades enzimaticas se unen a cada sitio de
recombinaci6n y los dos dimeros hacen sinapsis para
formar un complejo donde ocurren las reacciones de
transferencia.
mR1iJ La recombinacion 'A ocurre en un intasoma
La integraci6n ), tiene lugar en un gran complejo que
tambien incluye a la proteina IHF del hospedador.
La reacci6n de escisi6n requiere Int y Xis y reconoce
los extremos de DNA del profago como sustratos.

458 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espec\fica de sitio


Introducci6n
_.a evolucion no podrfa haber ocurrido sin recom-
: :n acion genetica. Sino fuese posible intercambiar
=:aterial entre los cromosomas (homologos), el con-
=nido de cada cromosoma individual estarfa fijo
::e manera irrecuperable en sus alelos particulares.
= ando se presentasen mutaciones no serfa posible
~ :>parar los cambios favorables y desfavorables. La
;>ngitud de Ia diana para el dafi.o por mutacion au-
=- entarfa de manera eficaz desde el gen hasta el cro-
~ osoma. Al final, un cromosoma acumularfa tantas
=::~ utaciones deletereas que dejarfa de funcionar.
Por Ia mezcla de los genes, !a recombinacion
__ rmite separar mutaciones favorables y desfavo-
_-!!bles y probarlas como unidades individuales en
::1uevos ensamblajes. Constituye un medio de es-
:ape y dispersion de alelos favorables y pretende
:'lirninar un alelo desfavorable sin afectar a todos
_ s demas genes con los que esta vinculado. Esta es
.a base de la seleccion natural.
La recombinacion tiene Iugar entre secuencias
:'D correspondencia precisa, de manera que no se
3grega o pierde un par de bases de los cromosomas
::ecombinantes. Tres tipos de recombinacion com-
- anen Ia caracterfstica de que el proceso comprende
::."Ltercambio ffsico de material entre DNA duplex:
La recombinacion que comprende una re-
accion entre secuencias homologas de DNA
se de nomina recombinaci6n hom6loga o
generalizada. En las eucariotas se presenta en
Ia meiosis, por lo general tanto en machos
(durante Ia espermatogenesis) como en
hem bras (durante la oogenesis). Hay que
recordar que sucede en Ia etapa de "cuatro
cadenas" de Ia meiosis y afecta solo a dos de
las cuatro (vease seccion 2.7, Ocurre recom-
binaci6n por intercambio ffsico de DNA).
Otro tipo de suceso apoya Ia recombinaci6n
entre pares espedficos de secuencias, descri-
to por primera vez entre eucariotas donde
la recombinaci6n especializada, tambien
conocida como recombinaci6n especifi-
ca de ciclo, se encarga de la integraci6n de
genomas de fago al cromosoma bacteriano.
El episodio de recombinacion comprende
secuencias espedficas del DNA del fago y el
bacteriano, que incluyen un segmento corto
con homologfa. Las enzimas participantes en
el suceso actuan solo en el par de secuencias
diana particular en una reaccion intermole-
cular. Algunas reacciones intramoleculares
relacionadas se encargan de regenerar dos
cromosomas circulares monomericos duran-
te Ia division bacteriana, cuando se genero
un dfmero por recombinacion generalizada.
Esta ultima clase tambien incluye episodios
de recombinaci6n que invierten regiones
especfficas del cromosoma bacteriano.
Un tipo diferente de suceso permite insertar
una secuencia del DNA en otra sin depender
de la homologia de secuencia. La transposi-
ci6n constituye un medio por el que ciertos
elementos pasan de una localizaci6n cromo-
s6rnica a otra. Los mecanismos involucrados
en Ia transposici6n dependen de la rotura y
reunion de cadenas de DNA y, por tanto, se
relacionan con el proceso de recombinaci6n
(vease el Capitulo 21 , Transposones, y Ca-
pitulo 22, Retrovirus y retroposones).
En circunstancias especiales, se utiliza la
reestructuracion genica para controlar
la expresi6n, que puede crear nuevas ge-
nes indispensables para Ia expresion en cir-
cunstancias particulares, como en el caso de
las inmunoglobulinas. La reestructuraci6n
puede tambien encargarse de cambiar Ia
expresi6n de un gen preexistente en otro,
como en el ejemplo del tipo de apareamien-
to de las levaduras, donde Ia secuencia en
un locus activo puede ser sustituida por una
secuencia de un locus silente. Ambos tipos
de reestructuracion comparten similitudes
mecanicas con Ia transposici6n; de hecho, se
pueden considerar como casos de transposi-
ci6n dirigidos de manera especial.
Los virus RNA utilizan otro tipo de recom-
binaci6n, donde Ia polimerasa cambia de un
molde a otro mientras sintetiza RNA. Como
resultado, Ia molecula recien sintetizada
conjunta informacion de secuencias de dos
progenitores diferentes. Ese tipo de meca-
nismo de recombinacion se llama selecci6n
de copias y se aborda de manera sucinta en
Ia seccion 22 .4, El DNA virico es generado
por transcripcion inversa.
Considerense Ia naturaleza y las consecuencias
de las reacciones de recombinacion generalizada y
especializada.
En Ia ' se ilustra que la recombinaci6n
generalizada tiene Iugar entre dos cadenas duplex
de DNA hom6logas y puede presentarse en cual-
quier punto de su longitud. Los dos cromosomas se
cortan en sitios equivalentes y, despues, cada uno se
une al otro para generar recombinantes redprocos.
El entrecruzamiento (marcado por la X) es el sitio
donde una cadena se une a Ia otra . No cambia la
organizacion global del DNA; los productos tienen
la misma estructura que sus predecesores y tanto
progenitores como productos son hom6logos.
19.1 Introducci6n 459
 Lugar1

I \
Lugar2

o co
Se puede usar la recombinaci6n especifica =-:c
sitio para generar dos circulos monomericos a partir de _
circulo dimerico.

Lugar3
La recombinacion especializada ocurre solo c-
tre sitios especfficos. Los resultados dependen de !=.
localizaciones de los dos sitios de recombinacion. E-
la se muestra que una recombinaci --
intermolecular entre un DNA circular y uno line:o
inserta al primero en el segundo. En la />.
se muestra que una recombinacion intramolecul--
entre dos sitios de un DNA circular libera dos DK-
r-- ' Puede ocurrir recombinaci6n generalizada en circulares, mas pequeiios. La recombinaci6n espe-
cualquier punta de las longitudes de dos DNA hom6logos. cializada se usa a menudo para hacer cambios corr.
estos en la organizacion del DNA. El cambia en ::
organizacion es una consecuencia de las localizacic -
nes de los sitios recombinantes. Se cuenta con ur.c
gran cantidad de informacion acerca de las enzima
que realizanla recombinacion especializada y tier:;:
relacion con las topoisomerasas, que cambian el s~,;
perenrollamiento del DNA en el espacio.

DB Ocurre recombinaci6n
hom6loga entre cromosomas
. .
en smaps1s
Conceptos principales
Los cromosomas deben entrar en sinapsis (aparearse)
para formar quiasmas, donde tiene lugar el
entrecruzamiento.
Se pueden correlacionar las etapas de la meiosis con
los sucesos moleculares que ocurren en el DNA.

La recombinacion homologa es una reaccion entre

Ocurre recombinaci6n especifica de sitio entre
dos secuencias especificas (identificadas en color verde). Las dos cadenas duplex de DNA. Su caracteristica deter-
otras secuencias en los dos DNA recombinantes no son hom6- minante es que las enzimas encargadas pueden us a~
logas. cualquier par de secuencias hom6logas como sus-

460 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio

::-ato (aunque algunos tipos de secuencia tal vez se
~an favorecidos con respecto a otros) . La frecuen-
.:::a de recombinacion no es constante en todo el
~ " noma, pero influyen en ella los efectos globales y
Los cromosomas
leptotene ~~ fi\f \..'i\fAJi\.1'/ Gada cromosoma
. : ales . La frecuencia global puede ser diferente en
citos y espermatozoides; la recombinacion ocurre
condensados se
tornan visibles, a
menudo unidos a Ia
~ \.f;\..fi\.\.t;,Ji\.1,' se ha replicado y
consta de dos
"\Do.:.U\0\;0\0\:// cromatidas
:on el doble de frecuencia en mujeres y varones. envoltura nuclear ~ ~J\;J'J\U hermanas.

=: entro del genoma, su frecuencia depende de Ia

-: tructura cromosomica; por ejemplo, el entrecru-
3 miento se suprime en Ia vecindad de las regiones Cigoteno
Los cromosomas
inician el
/Q
~
~ \.Li\.t':\..f:1 r\.1/\// lniciaci6n
fi\..Fi\.1:\f/ /At-
1 ~
: ndensada e inactiva de la heterocromatina. apareamiento en
una o varias reg ioneJ ~/
Ocurre recombinaci6n durante la prolongada l1m1tadas \
.: ~ofase de Ia meiosis. En Ia se com para
:: progreso visible de los cromosomas por las cinco Paquiteno
::apas de la profase mei6tica con las interacciones El complejo
sinaptonemico se (
::wleculares comprendidas en el intercambio de extiende por toda Ia
longitud de los
aterial entre cadenas duplex de DNA. cromosomas
El inicio de la meiosis lo marca el sitio donde los apareados
=omosomas individuales se vuelven visibles. Cada
Dlploteno ~
~no de estos cromosomas se replico antes y consta
.:e dos cromatidas hermanas, cada una con una ca- ;~~ac:~~~~~~as se ~
permanecen juntos
h ~
~e na duplex de DNA. Los cromosomas hom6logos

/
en los qUiasmas
:t> acercan entre sf, empiezan a aparearse en una o
~
::-~ as regiones y forman bivalentes. El apareamien-
: J se extiende hasta que toda la longitud de cada Diacinesis '.\.~ (\.'i\l;\..'-" Aesoluci6n
~

:::omosoma esta en aposicion con su hom61ogo. El
: roceso se denomina sinapsis o apareamiento
:romos6mico. Cuando concluye el proceso, los
:::omosomas tienen relaci6n lateral en forma de un
:omplejo sinaptonemico, el cual tiene una es-
::uctura caracteristica en cada especie, si bien varian
_ ucho los detalles entre las especies.
La recombinaci6n entre cromosomas compren-
.:e un intercambio ffsico de las partes, por lo general
:"presentado como rotura y reuni6n, donde dos
:::omatidas no hermanas (cada una con una cadena
_uplex de DNA) han sido rotas y despues unidas
: ntre si. Cuando los cromosomas empiezan a sepa-
: 3.rse, se puede observar que se mantienen unidos
: :1 sitios bien definidos llamados quiasmas. El nl!-
::1ero y Ia distribucion de los quiasmas simulan las
.:aracterfsticas del entrecruzamiento genetico. En el
'-llalisis usual se afirma que un quiasma representa
:I proceso de entrecruzamiento ( 1 ) . Los
~uiasmas se mantienen visibles cuando los cromo-
- masse condensan y las cuatro cromatidas se ha-
:en evidentes.
(.Cual es la base molecular de estos sucesos?
:ada cromatida hermana contiene una sola cadena
~e DNA duplex, de modo que cada bivalente cons-
:.3 de cuatro moleculas duplex de DNA. La recom-
: :naci6n requiere un mecanismo que permita a la
::adena duplex de DNA de una cromatida hermana
:nteractuar con Ia correspondiente de su contrapar-
- ~ en el otro cromosoma. Debe ser posible que esta
~
Los cromosomas se
condensan , se \.C\. 1 \.f;\..fA(,\f "
desprenden de Ia
envoltura; los
qc<'"m'" '"'"'" (
Las cuatro cromatides "'--
se torn an visibles
La recombinaci6n tiene lugar durante la primera profase
de la meiosis. Las etapas de la profase se definen par el aspecto de
los cromosomas, cada uno constituido par dos replicas (cromatidas
hermanas), ~i bien el estado duplicado se hace visible s6lo al final. Las
interacciones moleculares en cualquier episodic de entrecruzamiento
individual comprenden dos de los cuatro DNA duplex.
reacci6n ocurra entre cualquier par de secuencias
correspondientes de las dos moleculas en una forma
muy espedfica, que perrnita el intercambio de ma-
terial con precision en el ambito de pares de bases
individuales.
Se sa be de solo un mecanismo para que los aci-
dos nucleicos se reconozcan entre sf con base en
la secuencia: la complementariedad entre cadenas
unicas . La Figura 19.5 muestra un modelo general
de la participacion de cadenas unicas en la recombi-
naci6n. El primer paso para la provision de cadenas
l!nicas es hacer una rotura en cada cadena duplex
del DNA. Una o ambas de ese par de cadenas pue-
den entonces liberarse . Si (al menos) una cadena
desplaza ala correspondiente en el otro par, las dos
moleculas dtiplex se conectaran de manera espe-
cffica en secuencias correspondientes. Si el inter-

19.2 Ocurren recombinaciones hom6logas entre cromosomas en sinapsis 461


Moleculas de DNA progenitoras
Productos intermedios de Ia recombinaci6n
Recombinantes
La recombinaci6n implica apareamiento entre
cadenas complementarias de los dos DNA progenitores.
cambia de cadenas se extiende, puede haber una
conexion mas amplia entre las cadenas duplex. Si
se intercambian ambas cadenas y luego se conan, es
posible conectar las moleculas duplex progenitoras
mediante el entrecruzamiento que corresponda a
las demandas de una rotura y reunion.
No se pueden correlacionar de manera riguro-
sa estos sucesos moleculares en tal union con los
cambios que se observan en el ambito de los cromo-
somas. No hay informacion detallada acerca de los
sucesos moleculares involucrados en Ia recombina -
cion en celulas eucarioticas superiores (en las que
se ha observado mas de cerca Ia meiosis) . En fecha
reciente, no obstante, el aislamiento de mutantes
en las levaduras ha permitido correlacionar algunos
de los pasos moleculares con etapas aproximadas de
Ia meiosis. Se dispone de informacion detallada del
proceso de recombinacion en las bacterias, donde se
sabe que las actividades moleculares pueden causar
intercambio genetico entre moleculas duplex. Sin
embargo, Ia reaccion bacteriana comprende una in-
teraccion entre las regiones restringidas del genoma,
mas que un apareamiento fntegro de los genomas.
La sinapsis de los cromosomas eucarioticos sigue
siendo la etapa mas diffcil de explicar en el ambito
molecular.
462 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especlfica de sitio
1111 Rotura y reunion afectan
el DNA heteroduplex
Conceptos principales
El suceso clave de la recombinaci6n entre dos
moleculas de DNA duplex es el intercambio de cadenas
unicas.
Cuando una sola cadena de una estructura duplex
desplaza a su contraparte en la otra, crea una
estructura ramificada.
El intercambio genera un segmento de DNA
heteroduplex, constituida par una cadena de carlia
progenitor.
Se necesitan dos intercambios (reciprocos) para
generar una molecula articulada.
La molecula articulada se resuelve en dos molecu(as
duplex independientes mediante una hendidura en dos
de las cadenas que se conectan.
El que se fo rmen recombinantes depende de que las
cadenas participantes en el intercambio original, o el
otro par, presenten hendiduras durante la resoluci6n.
El acto de conectar dos moleculas duplex de DR-_
es el meollo del proceso de recombinacion. El ana-
lisis molecular de Ia recombinacion, por tanto, s-
inicia con la expansion del concepto del uso de.
apareamiento de bases entre cadenas unicas com-
plementarias. Es conveniente imaginar Ia reaccior..
de recombinacion en terminos de intercambios de
una sola cadena (aunque se vera que en Ia realida
no tiene que ser asf como se inicia), debido a que las
propiedades de las moleculas creadas en esa forma
son medulares para comprender los procesos invo-
lucrados en Ia recombinacion.
En Ia se ilustra un proceso que se
inicia con Ia rotura de los puntas correspondiente
de dos cadenas homologas de DNA apareadas. La
rotura permite el movimiento de los extremos libres
creados por las hendiduras. Cada cadena deja a su
contraparte y se cruza para aparearse con su com -
plemento en la otra cadena duplex.
El intercambio recfproco crea una conexior_
entre las dos cadenas duplex de DNA. El par de ca-
denas duplex conectado se llama molecula articu-
lada. El sitio donde una cadena individual de DNA
se cruza de una cadena duplex a Ia otra se llama
articulacion recombinante.
En el sitio de recombinacion, cada cadena du-
plex tiene una region constituida por una eadem:
de cada una de las moleculas de DNA progenitoras.
region que se denomina DNA hfbrido o DNA he-
terodttplex.
Una caracterfstica importante de una articula -
cion recombinante es su capacidad de desplazarse
 Los DNA duplex
se aparean

Las cadenas
hom61ogas son
asiento de
hendiduras

Las cadenas
rotas se
intercambian
entre las duplex

El punta de lt
entrecruzamiento .....,~:~:::=~~;:;
se desplaza por
migraci6n de
ram a

Se sellan
las hendiduras
Puede ocurrir migraci6n de ramas en cualquier
direcci6n cuando una cadena no apareada desplaza a una apa-
reada.

La migraci6n de rama podria permitir que el

Los genomas no son
recombinantes , pero
contienen una region
heterojuplex
Se generan genomas
recombinantes recfprocos
~U La recombinaci6n entre dos DNA duplex aparea-
::ls podr1a comprender el intercambio rec1proco de una sola
:-~d ena, migraci6n de ramas y hendiduras.
-l()r la cadena duplex. Esta movilidad se denomina
.:nigracion de rama. En la se ilustra Ia
;:::Jigracion de una cadena unica en una duplex. El
; ~mto de ramificacion puede emigrar en cualquier
.:.! reccion a medida que una cadena desplaza a la
ira.
La migracion de rama es importante por mo-
..::vos teoricos y practicos. A manera de principia,
~o nfiere una propiedad dinamica a las estructuras
~e c ombinantes. Como caracteristica practica, su
=xistencia indica que no puede establecerse el punto
_e ramificacion con el examen de una molecula in
.;cro (porque la rama podria haber emigrado desde
.::ue se aislo la molecula).
punto de entrecruzamiento en el intermedio de la
recombinacion se mueva en cualquier direccion. La
velocidad de migraci6n es incierta pero, como se
observa in vitro, tal vez sea insuficiente para res-
paldar la formacion de regiones extensas de DNA
heteroduplex en condiciones naturales. Cualquier
migracion extensa de rama in vivo debe, por tanto,
ser catalizada por una enzima de recombinacion.
La molecula articulada formada por el inter-
cambia de cadenas debe resolverse en dos moleculas
duplex separadas. La reso1ucion requiere un par
de hendiduras mas. Se puede visualizar el resultado
con la mayor facilidad si se observa Ia molecula
articulada en un plano como la union Holliday,
la se ilustra en la , y que representa la
estructura de Ia Figura 19.6 con una cadena du-
plex girada con relacion a la otra. El resultado de
Ia reaccion depende de que par de cadenas tiene la
hendidura.
Si se hacen las hendiduras en el par de cadenas
que en un principio no las tenian (el par que no
inicio el intercambio de cadenas), las cuatro cadenas
originales habran sido motivo de hendidura. Esto
libera moleculas de DNA recombinantes con em-
paJme . La cadena de DNA duplex de un progenitor
se enlaza de manera covalente a Ia del otro median-
te un segmento de DNA heteroduplex. Ha habido
un episodio de recombinaci6n convtencional entre
marcadores localizados a cada !ado de Ia region he-
teroduplex .

19.3 Rotura y reunion afectan el DNA heterodCtplex 463


1 La rotaci6n muestra Ia
t estructura de Ia union
Holliday
~
Las hendiduras controlan
los resultados
Las hendiduras en otras Las hendiduras en las
cadenas liberan mismas cadenas liberan
recombinantes de escisi6n recombinantes en parches
La resolucion de una union Holliday puede ge-
nerar cadenas duplex progenitoras o recombinantes, depen-
diendo de cuales sean asiento de una hendidura . Ambos tipos
de producto tienen una region de DNA heteroduplex.
Si las mismas dos cadenas involucradas en las
hendiduras originales son objeto de hendiduras otra
vez, las dos cadenas adicionales se mantienen in-
tactas. las hendiduras liberan las cadenas duplex
progenitoras originales, que se mantienen intactas,
con excepcion de que cada una tiene un residua del
suceso en forma de una longitud de DNA heterodu-
plex. A estas estructuras se les denomina recombi-
nantes en parche.
Estas resoluciones alternativas de Ia molecula
articulada establecen el principia de que un inter-
cambia de cadenas entre DNA duplex siempre deja una
region de DNA heteroduplex como residua, pero el inter-
cambia no siempre se acompm1a de la recombinaci6n de
las regiones en los flancos.
(. Cual es Ia longitud minima de Ia region in-
dispensable para establecer Ia conexion entre las
cadenas duplex recombinantes? Los experimentos
en los que se introdujeron secuencias homologas
cortas de plasmidos o fagos en bacterias sugieren
que la tasa de recombinacion es sustancialmente
menor si la region homologa es <75 bp. Esta distan-
464 CAPITULO 19 Recombinacion homologa y especlfica de sitio
cia es bastante mas larga que los -10 bp requeridos
para el vinculo entre regiones complementarias de
cadena unica, lo que sugiere que Ia recombinacion
impone demandas que rebasan Ia hibridaci6n de las
complementarias como tales.
1111 Las roturas de la doble cadena
inician la recombinaci6n
Conceptos principales
La recombinacion se inicia con una rotura de la doble
cadena en una cadena de DNA duplex (receptora).
La actividad de la exonucleasa genera extremos 3'
de cadena unica que invaden la otra cadena duplex
( donadora).
La sintesis nueva de DNA sustituye el material que ha
sido degradado.
Esto genera una molecula de articulacion recombinante
donde las dos cadenas de DNA duplex estan conectadas
por DNA heteroduplex.
El modelo general de la Figura 19.4 muestra qu
se puede hacer una rotura en una cadena duplex c.
fin de generar un sitio a partir del cual se puedar_
desenrollar cadenas unicas que participen en el in-
tercambio genico. Ambas cadenas de una estructurc.
duplex deben romperse para lograr un intercambi
genico . La Figura 19.6 muestra el modelo dond e
ocurren roturas sucesivas individuales en cadena5
unicas . El intercambio genico, sin embargo, se inicic.
en realidad por una rotura de la doble cadena
(double-strand break, DSB) . El modelo se ilustra er:
Ia .J
La recombinacion la inicia una endonuclease
que escinde una de las cadenas duplex del DNA
progenitor, "receptor". El corte crece basta tornar -
se en una brecha por Ia accion de Ia exonucleasa_
La exonucleasa corta una cadena a cada !ado de !2.
rotura y genera extremos 3' de una sola cadenc._
Uno de los extremos 3' libres invade entonces m E
region homologa en Ia otra cadena duplex de DNr_
("donador"), lo que se denomina invasion por unc.
cadena unica. La formacion de DNA heteroduple:;:
genera una h elice D, donde se desplaza una cadenc.
duplex del DNA donador. El helice D se extiendt
por la sintesis del DNA de reparacion, utilizando e_
extrema 3' libre como molde para generar DNA de-
doble cadena.
En un m omenta dado, el helice D alcanza e ~
tamaflo suficiente para corresponder a la longiruc
total de Ia brecha en Ia cromatida receptora. Cuand,
Ja Cadena unica expuJsada alcanza eJ !ado distar: -
te de Ia brecha, las secuencias complementarias de
una sola cadena se hibridan. Ahora hay un DN_~_
heteroduplex a cada lado de Ia brecha y esta esta
~epresentada por el helice D de una sola cadena . Rotura de doble cadena
La integridad duplex de Ia region con brecha hecha en el receptor
se puede restablecer con la sfntesis de reparacion
1tilizando el extrema 3' en el !ado izquierdo de la La rotura crece hasta
brecha como cebador. En formal global, la brecha formar una brecha con
extremos 3'
ha sido reparada por dos rondas individuales de sfn-
tesis de cadenas (micas de DNA . El extremo 3' migra a otra 11111111111111 !Ill~
La migracion de ramas convierte esta estructura cadena duplex
en una molecula con dos articulaciones recombi- Helice D
nantes que deben resolverse por corte. La sfntesis desde el extrema
Si ambas articulaciones se resuelven en la mis- 3' desplaza a una cadena
en Ia brecha
:na forma, se liberaran las moleculas originales sin
entrecruzamientos, cada una con una region de La cadena desplazada
informacion genetica alterada que es vestigia del migra a otra cadena duplex
episodio de intercambio. Si las dos articulaciones
se resuelven en formas contrarias tiene Iugar un
entrecruzamiento genico.
La estructura de Ia molecula con dos articula-
ciones antes de su resolucion ilustra una diferencia donadora
determinante entre el modelo de rotura de doble

cadena y aquellos que comprenden solo intercam-
bios de una cadena.
Despues de Ia rotura de Ia doble cadena
se ha formado DNA heteroduplex en cada
extrema de la region que interviene en el
intercambio. Entre los dos segmentos he-
teroduplex se encuentra Ia region corres-
pondiente a Ia brecha que ahora tiene Ia
secuencia del DNA donador en ambas mo-
leculas (Figura 19 .9). Asi, la estructura de
las secuencias heteroduplex es asimetrica
y parte de una molecula se ha convertido a
la secuencia de Ia otra (motivo por el que Ia
cromatida de inicio se llama receptora) .
Despues del intercambio recfproco de una
sola cadena, cada DNA duplex tiene mate-
rial heteroduplex que cubre la region desde
su sitio inicial de intercambio hasta Ia rama
emigrante (Figura 19.6). En variantes del
modelo de intercambio de una sola cadena,
donde el DNA se degrada y resinteti za, Ia
cromatida de in.icio es la donadora de infor-
macion genetica.
El modelo de rotura de doble cadena no clismi-
nuye la importancia de la formacion del DNA hete-
roduplex, que sigue siendo el unico metoda posible
por el que dos moleculas duplex pueden interactuar.
. o obstante, cambiar Ia responsabilidad de iniciar
Ia recombinacion de roturas de cadena unica a las
de cadena doble influye en Ia manera de percibir Ia
capacidad de Ia celula de actuar sobre el DNA.
La participacion de las roturas de doble cadena
al principia parece sorprendente. Una vez que se
ha hecho una rotura a traves de una molecula del
DNA no hay retorno . Comparense los sucesos de
~::::::~
La migraci6n recfproca
genera un doble
entrecruzamiento
La recombinaci6n se inicia con la rotura de
una doble cadena, seguida de la formaci6n de extremos 3'
de una sola cadena, uno de los cuales emigra a una cadena
duplex hom6loga.
las Figuras l 9. 6 y l 9. 9. En ningun pun to conlleva
perdida de informacion el modelo de intercambio
de una sola cadena. No obstante, en el modelo de
rotura de doble cadena, la escision inicial es seguida
de inmediato por perdida de Ia informacion. Cual-
quier error en Ia recuperacion de la informacion
podrfa ser leta!. Por otro lado, Ia capacidad misma
de recuperar la informacion perdida por resfntesis
a partir de otra cadena duplex constituye una red
importante de seguridad para Ia celula.
111 Los cromosomas
en recom bi naci6n se conectan
por el complejo sinaptonemico
Conceptos principales
Durante la primera parte de la meiosis, los cromosomas
hom6logos se aparean en el complejo sinaptonemico.
La masa de cromatina de cada cromosoma hom6logo
esta separada de la otra por un complejo proteinaceo.
Una paradoja basica en Ia recombinacion es que los
cromosomas progenitores nunca parecen tener un
contacto bastante cercano para que ocurra la re-
combinacion del DNA. Los cromosomas entran a Ia
meiosis en forma de pares replicados (cromatidas

19.5 Los cromosomas en recombinaci6n se conectan por el complejo sinaptonemico 465


El complejo sinaptonemico ubica a los cromosomas
en yuxtaposici6n. Reproducida de D. vo n Wettstein. 1971. Proc.
Nat/. Acad. Sci. USA. 68: 851-855. Fotografta po r cortesia de D. vo n
Wettstein, Washington State University.
I 1,.. t I. I
Helice de DNA duplex
mas protefnas \
Eje de _...
cohesmas
QQQOOQQQO.ODQ
..
}
Cromatidas
herman as
Las protelnas Elemento lateral
zip conectan
pares _... Elemento central
hom61ogos
Elemento lateral
Cada par de cromatidas hermanas tiene un eje for-
mado por cohesinas. Las helices de la cromatina se proyectan desde
el eje. El complejo sinaptonemico se forma con el enlace de los ejes
a traves de proteinas zip.
hermanas) , visibl es como masa de cromatina. Se
aparean para formar el complejo sinaptonemi-
co y se ha supuesto durante muchos afios que ello
representa alguna etapa involucrada en Ia recombi-
naci6n, tal vez un preambulo necesario para el in-
tercambio de DNA. El pun to de vista mas reciente es
que el complejo sinaptonemico es una consecuencia
mas que una causa de la recombinaci6n, pero a{m
se tiene que definir como Ia estructura del complejo
sinaptonemico se relaciona con los contactos entre
moleculas de DNA.
La sinapsis se inicia cuando cada cromosoma
(par de cromatidas hermanas) se condensa alrede-
dor de una estructura llamada e lemento axial ,
466 CAPiTULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio
que a! parecer es proteinaceo. A continuaci6n, se
alinean los elementos axiales de cromosomas co-
rrespondientes y se forma el complejo sinaptonemi-
co como estructura tripartita, donde los elementos
axiales, ahora llamados elementos laterales, estill:
separados entre sf por un demento central. En Ia
se muestra un ejemplo.
En esta etapa cada cromosoma parece una masa
de cromatina unida limitada por un elemento la-
teral. Los dos elementos laterales estan separados
entre sf por un elemento central fino, pero denso.
El triplete de cadenas densas paralelas yace en un
solo plano que se encorva y gira sobre su eje. La
distancia entre los cromosomas hom6logos es con -
siderable en terminos moleculares, de mas de 20 (
nm (el diametro del DNA es de 2 nm). Asf, ur.
problema importante para comprender Ia participa-
ci6n del complejo es qu e si bien alinea cromosoma~
hom6logos, esta bastante lejos deponer en contact
moleculas hom6logas de DNA.
I
El unico vinculo visible entre los dos !ados de:
complejo sinaptonemico lo constituyen estructura ~
esfericas o cilindricas que se observan en hongo:
e ins ectos. Yacen a naves del complejo y se deno-
minan n odos o n6dulos de recombinaci6n; se
presentan con Ia misma frecuencia y distribuci6 ~
que los quiasmas. Su nombre refleja la esperanzc.
de que pudiesen demostrar que son los sitios de Ia
recombinaci6n.
A partir de mutaciones que afectan la forma-
cion del complejo sinaptonemico se pueden rela-
cionar los tipos de protefnas que participan en st:
estructura. En Ia I 1 ... se ilustra una vista
molecular del complejo sinaptonemico. Sus carac-
terfsticas estructurales distintivas se deben a do-:.
grupos de proteinas:
Las cohesinas forman un solo eje lineal pa re.
cada par de cromatidas hermanas des de-
donde se extienden helices de cromatina
Esto equivale al elemento lateral de la Fi-
gura 19.1 0. (Las cohesinas pertenecen au::-
grupo general de proteinas que interviene:-.
en Ia conexi6n de cromatidas hermanas, de
modo que se segreguen en forma apropiadc.
en Ia mitosis de la meiosis.)
Los elementos laterales se conectan median-
te filamentos transversos que equivalen a..
elemento central de la Figura 19.1 0, constj-
tuidos por protefnas Zip.
Las mutaciones en las protefnas necesarias pa r
que se formen los elementos laterales se encuentrar:.
en los gene s que codifican las cohesinas. Las cohe-
sinas que se utilizan en Ia meiosis incluyen Smc3:-
(que tambien se utiliza en Ia mitosis) y Rec8p (que
es especffica de la meiosis y se relaciona con la cohe-
sina mit6tica Scc1p). Las cobesinas parecen unir t:
a sitios especfficos a lo largo de los cromosomas du-
~a nte Ia mitosis y la meiosis. Es probable que tengan
:ma participacion estructural en la segregacion de
:os cromosomas. En Ia meiosis. a veces se requiere
:a formacion de elementos laterales para las etapas
:nas avanzadas de Ia recombinacion, porque si bien
estas mutaciones no impiden la formacion de ro-
:uras de doble cadena, bloquean la formacion de
:ecombinantes.
La mutacion zip l permite que se formen y ali-
~e en los elementos laterales, pero no que presenten
inapsis estrecha. El dominio terminal N de Ia pro-
efna Zipl se localiza en el elemento centraL pero
el dominio terminal C se localiza en los elementos
:aterales. Otras dos protefnas, Zip2 y Zip3. tambien
se ubican con Zip 1. El grupo de protefnas Zip forma
fi lamentos transversos que conectan los elementos
laterales de los pares de cromatidas hermanas.
Ill El com plejo sinaptonemico
se forma despues de roturas
de doble cadena
Conceptos principales
Las roturas de la doble cadena que inician la
recombinaci6n ocurren antes de que se forme el
complejo sinaptonemico.
Si se bloquea la recombinaci6n, el complejo
sinaptonemico no puede formarse.
Hay pruebas solidas e n levadura s de que las ro-
turas de la doble cadena inician la recombinacion
tanto en la forma homologa como en la especffica
de sitio. En un inicio se penso que las roturas de la
doble cadena tenfan que ver con el cambio del tipo
de apareamiento. que comprende Ia sustitucion de
una secuencia por otra (vease Ia se ccion 19.23,
La transposicion unidireccional es iniciada por el
locus MAT receptor). Tambien ocurren roturas de
doble cadena en las primeras etapas de Ia meiosis,
en sitios que constituyen puntos calientes (puntos
de referencia) para Ia recombinacion. Sus localiza-
ciones no son especfficas de secuencia. Tienden a
presentarse en regiones promotoras y, en generaL
a coincidir con regiones mas accesibles de Ia cro -
matina. La frecuencia de recombinacion desciende
en un gradiente a uno o ambo s !ados del punto
caliente. El punta caliente identifica el sitio donde
se inicia Ia recombinacion y el gradiente refleja Ia
probabilidad de que se puedan esparcir los sucesos
de la recornbinacion a partir de eJ.
Ahora se puede interpretar Ia participacion de
las roturas de doble cadena en terminos molecula-
res. Los extremos rornos creados por la rotura de
19.6 El complejo sinaptonemico se forma despues de roturas de doble cadena
Escisi6n reversible
5'
5'
Disociaci6n
del complejo
5'..Q\J
Retiro de Spo11 ~
seguido por ataque
de nucleasa
5'/A~ 3'3' 5'
La Spol1 se une en forma covalente a los ex-
tremos 5' de las roturas de cadena doble.
Ia doble cadena se convierten con rapidez a ambos
!ados en extrem os 3' largos de cadenas (micas. como
se muestra en el rnodelo de Ia Figura 19.9. Una mu -
tacion de las levaduras (rad50 ) que bloquea Ia con-
version del extremo de fluj o en una protrusion de
una sola cadena tiene defectos en Ia recornbinacion.
Esto sugiere que las roturas de doble cadena son
indispensables para Ia recombinacion. El gradiente
esta deterrninado por Ia proba bilidad cada vez me-
nor de que se genere una region de una sola cadena
a medida que aumenta la distancia con el sitio de Ia
rotura de la doble cadena .
En los mutantes rad50, los extremos 5' de las
roturas de la doble cadena se conectan con Ia pro-
tefna Spo ll. que es homologa de las subunidades
catalfticas de una familia de topoisomerasas de tipo
II. Esto su giere que Spoll tal vez sea una enzima
similar a Ia topoisomerasa que genera roturas de
Ia doble cadena. En Ia _ se muestra el
modelo de esta reaccion que sugiere que Spo ll in-
teractua de manera reversible con el DNA; Ia rotura
se convierte en una estructura permanente por la
interaccion con otra protefna que disocia el comple-
jo Spo il. AI retiro de Spol l le sigue, entonces. la
accion de Ia nucleasa. Se requieren a! menos otras
nueve protefnas para procesar las roturas de Ia do-
ble cadena. Se necesita un grupo de protefnas para
convertir Ia rotura de la doble cadena en extremos
3'-OH protruyentes de una sola cadena . Lu ego, otro
grupo permite que los extremos de una cadena uni-
ca invadan el DNA duplex homologo.
467
 Productos sin Moleculas
entrecruzamiento recombinantes

t t
Sucesos moleculares
......
Roturas de doble cadena Moleculas articuladas
Desapa-
Aparecen recen Persisten

Tiempo (minutos)

......
Sucesos citol6gicostTermina Ia Se forman Se forman los Se disocian los~
replicaci6n elementos complejos
del DNA
complejos
axiales sinaptonemicos sinaptonemico

Etapa de Ia meiosis Leptoteno Cigoteno Paquiteno Diploteno

Las roturas de cadena doble aparecen cuando se forman y desaparecen

elementos axiales durante la expansion de los complejos sinaptonemicos. Aparecen mole-
culas articuladas y persisten hasta que se detectan recombinantes de DNA en el extrema
del paquiteno.

La correlaci6n entre Ia recombinaci6n y Ia for- de Ia introduccion de roturas de doble cadena y ~ _

maci6n del complejo sinaptonemico esta bien es-
tablecida y estudios recientes han demostrado que
todas las mutaciones que anulan el apareamiento
cromos6mico en el genero Drosophila o en levaduras
tambien impiden la recombinaci6n. El sistema para
generar las roturas de doble cadena que inician la
recombinaci6n suele conservarse. Los hom6logos
Spo ll se han identificado en varias eucariotas su-
periores y una mutaci6n en el gen de Drosophila
bloquea toda recombinacion meiotica.
Hay pocos sistemas donde es posible comparar
los sucesos moleculares y citologicos en Ia recombi-
naci6n, pero en fecha reciente se ha avanzado en los
analisis de Ia meiosis en Saccharomyces cerevisiae. En
la se resume Ia sincronizacion relativa
de los sucesos.
Aparecen roturas de doble cadena y luego des-
aparecen en un periodo de 60 min. Las primeras
moleculas articuladas que son intermediarias puta-
tivas de Ia recombinaci6n aparecen poco despues de
que desaparecen las roturas de Ia doble cadena. La
secuencia de sucesos sugiere que las roturas de la
doble cadena, las reacciones individuates de aparea-
miento y Ia forma cion de estructuras recombinantes
tienen Iugar de manera sucesiva en el mismo sitio
cromosomico.
Las roturas de Ia doble cadena aparecen durante
el periodo en que se forman los elementos axiales y
desaparecen en el momento en que los cromosomas
apareados se convierten en complejos sinaptonemi-
cos. Esta sincronizacion relativa de sucesos sugiere
que Ia formaci6n del complejo sinaptonemico es
resultado del inicio de !a recombinacion a traves
conversion en intermediarios posteriores de Ia re
combinacion. Esta idea se sustenta en Ia observ;; -
cion de que Ia mutante rad50 no puede conver --
elementos axiales en complejos sinaptonemicos, : _
que refuta !a opinion habitual de que el compl( :
sinaptonemico representa en Ia meiosis !a necesidc. -
de que el apareamiento cromos6mico preceda a l _
sucesos moleculares de Ia recombinacion.
Ha sido cliffcil determinar si ocurre recombinc.-
cion en Ia etapa de Ia sinapsis, porque Ia recomb:-
nacion se valora por Ia aparicion de recombinant :
despues de concluir Ia meiosis. No obstante, cuand _
se valora Ia aparicion de recombinantes en levad ~,;,
ras, clirectamente en terminos de Ia producci6n c
moleculas de DNA que contienen sitios de restricd6-.
diagnosticos, se ha podido demostrar que los recon:. -
binantes aparecen al final de Ia etapa de paquiten<'
Esto indica con claridad que el episodio de recon
binacion concluye despues de Ia formacion de l _
complejos sinaptonemicos.
AsL el complejo sinaptonemico se forma des-
pues de las roturas de doble cadena que inician !c.
recombinacion y persiste hasta Ia formaci6n de me -
leculas recombinantes. No parece ser necesario pa F
la recombinacion en sl, porque algunos mutante:
que carecen de un complejo sinaptonemico norm-
pueden generar recombinantes. Sin embargo, Ia.:
mutaciones que suprimen Ia recombinaci6n tampo-
co pueden estructurar un complejo sinaptonemic
Esto sugiere que el complejo sinaptonemico se fo r-
ma como consecuencia de la recombinaci6n, de -
pues del apareamiento de los cromosomas, y que e:
indispensable para etapas posteriores de la meiosi .

468 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio

 Desde que se propuso el modelo de recombi -
::J.aci6n a traves de la estructura Holliday, se ha su-
_:mesto que la resoluci6n de esa estructura da origen
a productos sin entrecruzamiento (con un segmento
residual de DNA lubrido) o a entrecruzamientos (re-
(Ombinantes), de acuerdo con las cadenas que par-
icipen en Ia resoluci6n (vease Ia Figura 19.8) . Las
mediciones recientes del tiempo de producci6n de
moleculas cony sin entrecruzamiento, no obstante,
sugieren que tal vez esto no sea cierto. Los entre-
ruzamientos no aparecen hasta bastante despues de
que aparecen por primera vez las moleculas articu -
ladas, en tanto la ausencia de entrecruzamientos se
observa casi de manera simultanea con esas mole-
culas (vease la Figura 19.13). Sin embargo, si ambos
tipos de productos provinieran del mismo proceso
de resoluci6n, se esperaria que aparecieran al mismo
tiempo. La discrepancia en Ia sincronizaci6n sugie-
re que los entrecruzamientos se producen como se
pens6 antes, por resoluci6n de moleculas articula-
das, pero que podrfa haber alguna otra via para Ia
aparici6n de ausencia de entrecruzamientos.
El apareamiento y la fo rmaci6n
del complejo sinaptonemico
son i ndependientes
Concepto principal
Pueden ocurrir mutaciones durante el apareamiento
cromos6mico o La formaci6n del complejo
sinaptonemico sin afectar el otro proceso.
Se pueden distinguir el proceso de apareamiento y
el de formaci6n del complejo sinaptonemico por los
efectos de dos mutaciones, cada una de las cuales
bloquea uno de los procesos sin afectar el otro.
La mutaci6n zip2 permite que los cromosomas
se apareen, pero no que formen complejos sinapto-
nemicos. Asi, el reconocimiento entre hom6logos es
independiente de Ia recombinaci6n o Ia formaci6n
del complejo sinaptonemico.
La especificidad del vinculo entre cromosomas
hom6logos Ia controla el gen hop2 enS. cerevisiae. En
los mutantes de hop2 se forman cantidades norma-
les de complejos sinaptonemicos en Ia meiosis, pero
los complejos individuales contienen cromosomas
no hom61ogos, lo que sugiere que Ia formaci6n de
complejos sinaptonemicos como tal es independien-
te de la homologfa (y, par tanto, no puede basarse
en comparaciones extensas de secuencias de DNA) .
La funci6n habitual de Hop2 es impedir Ia interac-
cion de cromosomas no homologos.
Se forman roturas de doble cadena en los cro-
mosomas con apareamiento erroneo en los com-
plejos sinaptonemicos de los mutantes hop2, pero
19.7 El apareamiento y La formaci6n del complejo sinaptonemico son independientes
no se reparan. Esto indica que si la formacion del
complejo sinaptonemico requiere roturas de doble
cadena, no necesita ninguna reaccion extensa de
estas roturas con el DNA hom6logo.
No se sabe lo que en general ocurre durante el
paquiteno, antes de que se observen las recombi-
nantes del DNA. Tal vez este periodo se ocupa con
los pasos subsiguientes de recombinaci6n, que com-
prenden Ia extension del intercambio de cadenas, Ia
sintesis de DNA y Ia resoluci6n.
En Ia siguiente etapa de Ia meiosis (diploteno),
los cromosomas desmiembran el complejo sinapto-
nemico; los quiasmas se hacen visibles, entonces,
como puntas donde los cromosomas estan conec-
tados. Se cree que esto indica Ia aparici6n de un in-
tercambio genetico, pero se desconoce Ia naturaleza
molecular del quiasma. Es posible que represente el
residua de un intercambio concluido o Ia conexion
entre cromosomas homologos donde aun no se ha
resuelto un intercambio genetico. Mas adelante en
Ia meiosis, los quiasmas se desplazan hacia los extre-
mos de los cromosomas. Esta flexibilidad sugiere que
representan algun residua del episodio de recombi-
nacion mas que constituir el intermediario real.
Los episodios de recombinaci6n ocurren en si-
tios bien definidos en los cromosomas meioticos,
pero nose puede aun correlacionar su aparicion con
las estructuras bien definidas que se han observado,
esto es, n6dulos de recombinacion y quiasmas. Los
discernimientos de las bases moleculares de Ia for-
maci6n de estructuras discontinuas, sin embargo,
son provistos por Ia identificacion de las protefnas
involucradas en Ia recombinacion de las levaduras,
que pueden localizarse en sitios bien definidos. Es-
tos incluyen MSH4 (que tiene relacion con protei-
nas bacterianas involucradas en Ia reparacion de
apareamientos erroneos) y Dmc 1 y Rad5l (que son
homologas de Ia protefna RecA de E. coli). Aun nose
establecen las funciones exactas de estas proteinas
en Ia recombinaci6n.
Los episodios de Ia recombinacion estan sujetos
a un control general. Solo una minima parte de las
interacciones en realidad maduran como entrecru-
zamientos, pero se distribuyen de manera tal que,
en generaL cada par de hom6logos requiere s6lo
uno ados entrecruzamientos y, sin embargo, Ia pro-
babilidad de 0 entrecruzamientos para un par ho-
mologos es muy baja (<0.1% ). Este proceso tal vez
sea resultado de un control de entrecruzamiento
l'mico, porque Ia no aleatoriedad de los entrecru-
zamientos suele desaparecer en ciertos mutantes.
Es mas, es necesaria Ia aparicion de recombinacion
para el avance en Ia meiosis y hay un sistema de
"punto de revision" que bloquea la meiosis si no
ha ocurrido recombinaci6n. (El bloqueo se levanta
cuando se ha concluido con buenos resultados la
469
 recombinacion; este sistema constituye una salva-
guarda que garantiza que las celulas no traten de
segregar sus cromosomas hasta que haya ocurrido
la recombinacion.)
Ill Las secuencias chj estimulan
el sistema RecBCD bacteriano
Conceptos principales ' intervienen en Ia recombinacion.
El complejo RecBCD tiene actividades de nucleasa y
helicasa.
Se une al DNA en sentido descendente respecto de una
secuencia chi, desenrolla la cadena duplex y degrada
una cadena de 3' a 5' conforme se desplaza hacia el
sitio chi.
El sitio chi desencadena la perdida de la subunidad
ReeDy la actividad de nucleasa.
La naturaleza de los episodios comprendidos en el
intercambio de secuencias entre moleculas de DNA
fue descrita por primera vez en sistemas bacterianos.
AhC la reaccion de reconocimiento es parte insepa-
rable del mecanismo de recombinacion e involucra
regiones restringidas de moleculas del DNA mas que
cromosomas fntegros. No obstante, el orden general
de los episodios moleculares es similar: una cade -
na {mica de una molecula rota interactLl3 con su
contraparte d{tplex; Ia region de apareamiento se
extiende; y una endonucleasa resuelve las contra-
partes duplex. Se conocen las enzimas que parti-
cipan en cada etapa, aunque es probable que solo
constituyan algunos de los componentes requeridos
para la recombinacion.
Las enzimas bacterianas que intervienen en Ia
recombinacion se identificaron por Ia aparicion de
mutaciones rec en sus genes . El fenotipo de los
mutantes rec es la imposibilidad de llevar a cabo
la recombinacion generalizada. Se han identificado
de 10 a 20 loci.
Las bacterias no suelen intercambiar grandes
cantidades de DNA duplex, pero debe haber varias
vias para iniciar Ia recombinacion en las procariotas.
En algunos casos, el DNA puede estar disponible
con extremos 3' libres de una sola cadena: el DNA
puede ser provisto en forma de una cadena unica
(como en la conjugacion; vease Ia seccion 16.10, En
la conjugacion se transfiere DNA de una sola cade-
na); se pueden generar brechas de cadena unica con
dano por irradiacion; o se pueden generar colas de
cadena unica por genomas de fagos en proceso de
replicacion por un drculo rodante. Sin embargo,
en circunstancias que comprenden dos moleculas
duplex (como en la recombinaci6n durante la meio-
sis en eucariotas), deben generarse regiones de una
sola cadena y extremos 3'.
470 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especlfica de sitio
Se descubrio un mecanismo para Ia generaci --
de extremos adecuados como resultado de la exis-
tencia de ciertos puntos calientes que estimulan :
recombinacion. Estos puntas, que se descubriero~
en el fago "- en forma de mutantes llamados ci:
tienen cambios de pares de bases unicos que ere ~
secuencias que estimulan la recombinacion. Est
sitios conducen ala funcion de otras protefnas q~
Dichos sitios comparten una secuencia no sime-
trica de 8 bp constante:
5' GCTGGTGG 3'
3' CGACCACC 5'
La secuencia chi ocurre de manera natural en e
DNA de E. coli cerca de una vez cada 5 a 10 kb. S ~
ausencia del DNA "- de tipo silvestre y tambien Gc
otros elementos geneticos muestra que no es indis -
pensable para Ia recombinacion.
Una secuencia chi estimula Ia recombinacioiil er
su vecindad general, es decir, dentro de una dist
cia de hasta 10 kb respecto del sitio. Un sitio chi <::c
puede activar con una rotura de Ia doble cade n ~
a varios kb de distancia de un !ado particular (a lr.
derecha de Ia secuencia mostrada antes). Esta de-
pendencia de Ia orientacion sugiere que el aparar
de recombinacion debe vincularse con el DNA e:
un extremo roto y luego puede desplazarse por l-
cadena duplex s6lo en una direcci6n.
Los sitios chi son dianas para la accion de un.:
enzima codificada por los genes recBCD, complej('
que ejerce varias actividades. Es una nucleasa po-
tente que degrada al DNA yen un principia se iden-
tific6 como actividad de exonucleasa V. Tiene acti-
vidades de helicasa que pueden desenrollar el Dn;,
duplex en presencia de una protefna de union a w1.:
sola cadena (SSB) y tiene actividad de trifosfatasa de
adenosina. Su participaci6n enla recombinacion ra_
vez sea !a de proveer una region de una sola cadena
con un extremo 3' libre.
La ' muestra como esas reaccione5
se coordinan en un DNA sustrato que tiene un siti
chi. La RecBCD se une al DNA en un extremo de
doble cadena. De sus subunidades, dos tienen acti-
vidades de helicasa; !a ReeD funciona con polaridaci
5'- 3' y Ia RecB funciona con polaridad 3'- 5'. l a.
translocacion a lo largo del DNA y el desenrollad
de Ia doble helice son impulsados en un inicio por
Ia subunidad ReeD . A medida que avanza RecBCD
degrada Ia cadena unica liberada con el extrem
3' . Cuando alcanza el sitio chi, reconoce Ia cadena.
superior de ese sitio en forma de una sola cadena.
lo que hace que !a enzima entre en pausa. Despues.
escinde !a cadena superior del DNA en una posi-
cion entre cuatro y seis bases a la derecha de chi. El
reconocimiento del sitio chi hace que Ia subunidad
 t~CD desenrofla ei:DNA .}i escfnae en c~
La RecBCD 5'..,..,.-,~"'~'~"~,..,.,.,.......,f"l"'"~,.,.,.ll"'""''-r-&
une una rotura
de doble cadena
La RecBCD se
desenrolla y
deg rada eI DNA .U.LLJ..II.U""--.li.LLI.I.I.LLI~L\f"
La subunidad ReeD transloca 5'-3'
~
La RecBCD
escinde una
Cadena unica
en chi
La ReeD se
disocia
La RecBC
contin uacomo ~
-
helicasa . dena. La reaccion de desplazamiento puede ocurrir
La subunidad RecB transloca 3'-5'
La nucleasa RecBCD se acerca a una secuencia
: i desde un lado y degrada el DNA a medida que avanza; en el
_-tio chi hace un corte endonucleol1tico, pierde ReeDy conserva
: )lo la actividad de helicasa.
::<ecD se disocie o se desactive, en cuyo momento la
'=I1Zima pi erde su actividad de nucleasa. No obstan-
:e, sigue funcionando como helicasa (ahora solo con
.a subunidad RecB para impulsar la translocacion) a
:erca de la mitad de la velocidad anterior. El resul-
:ado global de esta interaccion es generar un DNA
::.e cadena unica con un extremo 3' en !a secuencia
:hi. Este es un sustra to de Ia recombinacion.
Las proteinas de transferencia
de cadenas catalizan
la asimilaci6n de una sola cadena
Conceptos principales
La RecA forma filamentos con el DNA de una o dos
cadenas y cataliza la capacidad de un DNA de una
sola cadena con un extrema 3' libre de desplazar a su
contraparte en una cadena duplex de DNA.
:..a protefna RecA de E. coli fue el primer ejemplo
:i: una proteina de transferencia de DNA que se
j escubrio. Es el paradigma de un grupo que incluye
arias otras protefnas bacterianas y arcaicas (Rad5l
en S. cerevisiae) y Ia proteina de eucariotas superiores
J mcl. El analisis de los mutantes rad51 de las leva-
j uras muestra que esta clase de proteina desempe-
:1a una funci6n esencial en la recombinacion . Acu-
ulan roturas de doble cadena y no logran formar
o:mplejos sinaptonemicos normales. Esto refuerza
19.9 Las proteinas de transferencia de cadenas catalizan la asimilaci6n de una sola cadena
la idea de que el intercambio de cadenas entre mo-
lecu!as duplex de DNA participa en Ia formaci6n del
complejo sinaptonemico y da lugar a Ia posibilidad
de que la sinapsis de los cromosomas tenga relacion
con Ia reaccion de asimilacion de cadenas en las
bacterias.
La RecA en bacterias tiene dos tipos bastante
diferentes de actividad: puede estimular la reaccion
de proteasa en la respuesta SOS (vease la seccion
20.10, La RecA desencadena el sistema SOS) y pue-
de facilitar el apareamiento de bases entre una sola
cadena de DNA y su complemento en una molecula
duplex. Ambas activida des son estimuladas por el
DNA de cadena unica en presencia de ATP.
La actividad de manejo del DNA de RecA per-
mite que una sola cadena desplace a su homologa
en una molecula dttplex por una reaccion que se de-
nomina captaci6n o asimilaci6n de una sola ca-
entre moleculas de DNA en varias configuraciones
y cumple con tres condiciones generales .
Una de las moleculas de DNA debe tener
una region de una sola cadena.
Una de las moleculas debe tener un extremo
3' libre.
La region de una sola cadena y el extremo
3' deben localizarse dentro de una zona que
es complementaria entre las moleculas.
La reaccion se ilustra en Ia . Cuando
una cadena lineal sola invade a una duplex, desplaza
a su contraparte original hacia su complementaria .
La reaccion puede seguirse con mas facilidad con el
marcado del donador o el receptor en una molecula
circular. La reaccion procede de 5' a 3' a lo largo de
Ia cadena cuya contraparte esta siendo desplazada
y sustituida, esto es, Ia reaccion comprende un in-
tercambio donde (al menos) una de las cadenas de
intercambio tiene un extremo 3' libre.
La asimilacion de una sola cadena tiene una
posible relacion con el inicio de la recombinaci6n.
Todos los modelos requieren un intermediario don-
de una o ambas cadenas se cruzan de una molecula
duplex a otra (veanse las Figuras 19.6 y 19.9). La
RecA podrfa catalizar esta etapa de la reacci6n. En el
contexto bacteriano, la RecA actua sobre sustratos
generados por RecBCD. El desenrollado y la escision
mediados por RecBCD pueden servir para generar
extremos que inicien la forma cion de articulaciones
heteroduplex. La RecA puede tomar la cadena uni-
ca con el extremo 3' que se libera cuando RecBCD
corta en chi, usarla para reaccionar con una secuen-
cia duplex homologa y crear asf una molecula de
articulacion.
Todas las proteinas bacterianas y arcaicas de la
familia de RecA pueden agregarse en filamentos
largos con el DNA de cadena unica o duplex. Hay
471
 :; La RecA facilita la asimilaci6n de cadenas (micas invasoras en el DNA duplex,
siempre y cuando una de las cadenas reactivas tenga un extrema libre.
seis monomeros de RecA por giro del filamento,
que tiene una estructura helicoidal con un surco
profundo que contiene el DNA. La estequiometrfa
de Ia union es de tres nucleotidos (o pares de ba-
ses) por monomero de RecA. El DNA se mantiene
en una forma extendida l. 5 veces en relaci6n con
el DNA B duplex, lo que hace que ocurra un giro
cada 18.6 nucleotidos (o pares de bases). Cuando ei
DNA duplex se une, entra en contacto con RecA a
traves de su surco menor y deja el surco mayor ac-
cesible para una posible reaccion con una segunda
molecula de DNA.
La interacci6n entre dos moleculas de DNA tie-
ne Iugar dentro de estos filamentos. Cuando una
soia cadena se asimila a una duplex, el primer paso
es que RecA se una a Ia cadena unica dentro de un
filamento. Despues se incorpora Ia cadena duplex,
tal vez formando algun tipo de estructura de tres
cadenas. En este sistema, Ia sinapsis antecede a! in-
tercambio ffsico de material, porque Ia reacci6n de
apareamiento puede ocurrir incluso en ausencia
de extremos libres, cuando es imposible el inter-
cambia de cadenas. Se requiere un extremo libre
3' para el intercambio de cadenas. La reaccion tie-
ne Iugar dentro del filamento y RecA se mantiene
unida a Ia cadena que en un principia era unica, de
modo que al final de Ia reaccion RecA se encuentra
unida a Ia molecula duplex.
Todas las protefnas en esta familia pueden fa-
cilitar el proceso basico de intercambio de cadenas
sin necesidad de energfa. No obstante, Ia RecA au-
menta su actividad con el uso de hidr6lisis por ATP.
Se hidrolizan grandes cantidades de ATP durante Ia
reacci6n. El ATP puede actuar mediante un efecto
alosterico sobre Ia conformaci6n de RecA. Cuando
esta unido a ATP, el sitio de union de RecA al DNA
tiene una alta afinidad por el DNA; esto es indispen-
472 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espec\fica de sitio
sable para unirse al DNA y para Ia reaccion de apa-
reamiento. La hidrolisis del ATP convierte el sitio dt
union en uno de baja afinidad, el cual se necesiE.
para liberar el DNA heteroduplex.
Se puede dividir Ia reacct6n que cataliza RecA en-
tre DNA de una sola cadena y duplex en tres fases:
una fase presinaptica lema, donde RecA se po-
limeriza sobre el DNA de una sola cadena;
una reaccion de apareamiento rapido entre
el DNA de una sola cadena y su comple-
mentario en Ia cadena duplex para produc:i:
una articulacion heteroduplex; y
un desplazamiento Iento de una cadenc.
desde Ia estructura doble para productr un;;
region larga de DNA heteroduplex.
La presencia de SSB estimula Ia reacci6n al ase-
gurar que el sustrato carece de estructura secundaria..
Todavfa nose sabe con certeza de que manera SSB y
RecA pueden actuar ambas sobre ei mismo segmen-
to de DNA. Al igual que SSB, se requiere RecA e
cantidades estequiometricas, lo que sugiere que st:.
accion sobre Ia asimilacton de cadenas comprende
unirse de manera colaboradora a! DNA para formar
una estructura relacionada con el filamento.
Cuando una molecula de una soia cadena re-
acciona con un DNA duplex, Ia molecula duplex se
desenrolla en Ia region de la articulacion recombi-
nante. La region inidal de DNA heteroduplex tal vez
ni siquiera se encuentre en Ia forma de doble heli-
ce convencional, sino que consista en dos caderras
relacionadas en forma lateral. Una region de este
tipo se conoce como articulacion paranemica
(en comparaci6n con Ia relaci6n plectonemica, de
entretejido usual de cadenas en una doble helice).
Una articulaci6n paranemica es inestable; para que
Ia reaccion siga avanzando necesita convertirse a Ia
forma de doble helice. Esta reacci6n es equivalente

"--:\.1\. f,\.f;\.f,\.1.
~IJ\.VJ\.W\.()\[}\.0\;U
l La cadena libre inicia
el intercambio
~t;V;\.f\.f\.(. "
u~.fJ\Uv//
La cadena desplazada
1 se aparea con Ia
complementaria
~(\.'\.~~,/\/\.~ "
#\..f. 17\.(Au,.fM/
Concluye el intercambio
de cadenas
\.~1,\\.f\.fj\'J\(/
IJ\."l\.(}Vj {}\.{T\:"1
GU El intercambio de cadenas mediado par RecA
~ntre el DNA parcial y completamente duplex genera una mo-
.ecula articular con la misma estructura que un producto inter-
' edio de la recombinaci6n.
al retiro de superhelices negativas yen ocasiones re-
quiere una enzima que resuelva el problema de des-
enrollado/reenrollado mediante roturas transitorias
que permitan a las cadenas girar sobre si mismas.
Todas las reacciones que se han analizado basta
ahara constituyen solo una parte del episodio de re-
combinacion potencial: Ia invasion de una molecula
duplex por una unica. Dos moleculas duplex pue-
den interactuar entre sf bajo el patrocinio de RecA,
siempre que una de elias tenga una region de una
sola cadena de al menos 50 bases. La region de
una sola cadena puede adoptar la forma de una cola
sabre una molecula lineal o de una brecha en una
molecula circular.
La reaccion entre una molecula parcialmente
duplex y una por completo duplex conduce al in-
tercambio de cadenas. En Ia 1 se incluye
un ejemplo. La asimilacion se inicia en un extrema
de la molecula lineal, donde la cadena unica inva-
sora desplaza a su homologa de la cadena duplex
en la forma acostumbrada. No obstante, cuando Ia
reaccion alcanza Ia region que es duplex en ambas
moleculas, la cad en a invasora se separa de su com-
paiiera, que despues se aparea con la otra cadena
desplazada.
En esta etapa Ia molecula tiene una estructura
indistinguible de la articulacion recombinante in -
cluida en la Figura 19.8. La reaccion impulsada in
vitro por RecA puede generar uniones Holliday, Jo
que sugiere que la enzima puede mediar Ia trans -
ferenda reciproca de cadenas. Se sabe menos acer-
ca de la geometria de los productos intermedios de
cuatro cadenas unidos por RecA, pero al parecer
dos moleculas duplex pueden yacer Jado a Jado en
una forma compatible con los requerimientos de Ia
reaccion de intercambio.
Las reacciones bioqufmicas descritas in vitro de-
jan abiertas muchas posibilidades para las funciones
de las protefnas de transferencia de cadenas in vivo.
Su participacion la desencadena la disponibilidad
de un extremo 3' de una sola cadena. En las bac-
terias, esto con toda probabilidad se genera cuando
RecBCD procesa una rotura de doble cadena para
originar un extrema de una sola cadena. Una de
las principales circunstancias en las que se invoca
esto puede ser cuando un triplete de replicacion
se detiene en un sitio daiiado del DNA (vease Ia
seccion 20.9, La recombinacion es un mecanismo
importante para la recuperacion despues de errores
en Ia replicacion). La introduccion de DNA durante
la conjugacion, cuando se requiere RecA para la
recombinacion con el cromosoma hospedador, se
relaciona mas de cerca con la recombinacion con-
vencional. En las levaduras, las roturas de la doble
cadena pueden generarse por daiio al DNA o como
parte del proceso normal de recombinacion. En
cualquier caso, al procesamiento de la rotura para
generar un extrema 3' de cadena unica le sigue la
descarga de Ia cadena unica en un filamento con
Rad5l y Juego la busqueda de secuencias duplex
complementarias. Esto se puede usar tanto en reac-
ciones de reparacion como de recombinacion.
E El sistema Ruv resuelve
las uniones Holliday
Conceptos principales
El complejo Ruv actua sabre uniones recombinantes.
La RuvA reconoce la estructura de la union y la RuvB es
una helicasa que cataliza la migraci6n de ramas.
La RuvC escinde uniones para generar productos
intermedios de recombinaci6n.
Uno de los pasos mas determinantes en la recom-
binacion es la resoluci6n de la union Holliday, la
19.10 El sistema Ruv resuelve las uniones Holliday 473
 estructura de la union Holliday. La RuvA se une
a las cuatro cadenas del DNA en el punta de en-

r
El tetramero RuvA hace
contacto con las cuatro trecruzamiento y forma dos tetrameros que ubican
cadenas ( ,
al DNA como en un emparedado. La Ruv es una
~N helicasa hexamerica con actividad de trifosfatasa de
adenosina que constituye el motor para la migra-
cion de ramas. Los anillos hexamericos de RuvB
El hexamero RuvB }
se unen alrededor de cada cadena duplex de DNA
Migraci6n
se une como anillo de rama
en sentido ascendente respecto del punta de en-
alrededor del DNA trecruzamiento. En Ia 9 se muestra un
La RuvAB es un complejo asimetrico, el cual esquema del complejo.
estimula la migraci6n de ramas de una union Holliday. El complejo RuvAB puede hacer que Ia rama
emigre a una velocidad de basta 10 a 20 bp/s. Otra
helicasa, la RecG, provee una actividad similar. La
RuvAB desplaza a RecA del DNA durante su ac-
Brecha generada por lllll.l l I l I I IJJIIJl/l / l cion. Las actividades de RuvAB y RecG pueden in-
Ia replicaci6n del DNA cidir ambas sabre uniones Holliday, pero si las dos
dafiado
presentan mutacion, la E. coli tiene una actividad
recombinante por completo defectuosa.
El tercer gen, ruvC, codifica una endonucleasa
RecA que reconoce de manera especifica las uniones Ho-
lntercambio de cadena lliday. Puede fragmentar las uniones in vitro para
resolver productos intermedios de recombinacion.
Una secuencia tetranucleotidica comun provee un
Segundo
pun to caliente para que RuvC resuelva la union Ho-
intercambio lliday. El tetranucleotido (ATTG) es asimetrico y, por
de cadena tanto, puede dirigir la resolucion con respecto a que
par de las cadenas tiene hendidura. Esto determina
si el resultado es la formacion de un parche recom-
binante (sin recombinacion global) o Ia formacion
de un recombinante por corte y empalme (recom-
binacion entre marcadores flanco). Las estructuras
cristalinas de RuvC y otras enzimas de resolucion de
RuvA,B union muestran que hay poca similitud estructural
Migraci6n de rama en el grupo, a pesar de tener la misma funcion.
Todo esto sugiere que la recombinacion utiliza
un complejo "resolvasoma" que incluye enzimas que
RuvC catalizan Ia migracion de ramas, asf como actividades
Se escinde Ia union de resolucion de union. Es posible que las celulas de
Holliday los mamiferos contengan un complejo similar.
Ahara se pueden sefialar las etapas de la recom-
Las enzimas bacterianas pueden catalizar todas binacion en E. coli en terminos de proteinas indivi-
las etapas de la recombinaci6n en la via de reparaci6n despues
duales. En la se muestran los sucesos
de la producci6n de moleculas sustrato de DNA adecuadas.
que tienen Iugar cuando se usa Ia recombinacio 1~
para reparar una brecha en una cadena duplex me-
cual determina si hay una recombinacion redproca diante Ia recuperacion de material de la otra cadena.
o una reversion de Ia estructura que deja solo un duplex. La principal desventaja cuando se aplica.J-.
segmento corto de DNA hfbrido (veanse las Figuras estas conclusiones ala recombinacion en eucariotas
19.6 y 19.8). La migracion de ramas desde el sitio es que la recombinacion bacteriana en general com -
de intercambio (vease la Figura 19.7) determina la prende la interaccion entre un fragmento de DN/,_
longitud de Ia region de DNA hfbrido (con o sin re- y un cromosoma completo. Ocurre como reacci6L
combinacion). Las protefnas que intervienen en Ia de reparacion estimulada por el dafio al DNA, per
estabilizacion y resolucion de las uniones Holliday no equivale por completo ala recombinacion entH'
se han identificado como los productos de los genes genomas durante la meiosis. No obstante, participa r
ruv en E. coli. RuvA y RuvB aumentan la formacion actividades moleculares similares en la manipula-
de estructuras heteroduplex. La RuvA reconoce la cion del DNA.

474 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espec\fica de sitio

 Se describio otro sistema de resolvasas en leva- ~i,!3fr.Ti~ ~

mas y mamfferos. Las mutantes mus81 en S. cere- ,

Q
isiae tienen recombinaci6n defectuosa. La Mus81 0
~ un compuesto de endonucleasa que resuelve las Sin recombinaci6n 0
Proporci6n
o.J
j niones Holliday en estructuras duplex. La resolva- parental 4:4

'-<1 es importante tanto en !a meiosis como para el l!

-einicio de horquillas de replicacion varadas (vease
{DNA hibrido
. seccion 20.9, La recombinacion es un mecanismo ol
.mportante para Ia recuperacion despues de errores --+- -- ~
. ~
0
Persiste Segregaci6n
e replicacion). un hibrido posmei6tica 3:5
g

La conversion genica
.
contribuye a la recombinaci6n Ambos ~
g

interalelica se
...,._=-......-
hibridos - ..)

~
Conversion
convierten g del gen 2:6
Conceptos pri nci pales a rojo g

El DNA heteroduplex creado por recombinaci6n puede

tener secuencias con apareamiento err6neo, donde los
alelos recombinantes no son identicos.
Los sistemas de reparaci6n pueden retirar apareamien-
tos err6neos si cambian una de las cadenas, de modo
que su secuencia sea complementaria a la otra.
::..a participaci6n del DNA heteroduplex explica las
aracterfsticas de Ia recombinacion entre alelos; de
.1echo, la recombinacion alelica estimulo el perfec-
: onamiento del modelo heteroduplex. Cuando se
escubrio !a recombinacion entre alelos, lo natural
:ue pensar que ocurrfa por el mismo mecanismo de
.a recombinacion recfproca, que involucra loci mas
'istantes. Es decir, un episodio de rotura y reunion
:..11dividual tiene Iugar en el locus para generar un
"'lar recfproco de cromosomas recombinantes. Sin
: mbargo, en las partes cercanas de un solo gen, !a
. rmacion del propio DNA heterodtiplex suele en-
:argarse del suceso de recombinacion.
Los episodios de recombinaci6n individuates
_ueden estudiarse en los hongos del grupo de asco -
-- icetos porque los productos de una sola meiosis se
. 1antienen juntos en una gran celula llamada asca
o, menos a menudo, tetrada). Es todavfa mejor
ue en algunos hongos los cuatro nucleos haploides
""~roducidos porIa meiosis se dispongan en un alelo
:meal (en !a actualidad ocurre una mitosis despues
:le !a producci6n de estos cuatro nucleos, lo que da
_rigen a una serie lineal de ocho nllcleos haploides).
:::n la
r se muestra que cada uno de estos
. ucleos representa, en efecto, el cadtcter genetico
.1e uno de los ocho segmentos de los cuatro cromo-
:omas producidos por Ia meiosis.
La meiosis en un organismo heterocigoto que
.::enerarfa cuatro copias de cada alelo, lo que se ob-
_erva en la mayor parte de las especies. No obstante,
. ay algunas esporas con relaciones anormales, que
~e explican por la formacion y correccion de DNA
La formacion de esporas en los ascomicetos permite la
determinacion de la constituci6n genetica de cada una de las cadenas
de DNA involucradas en la meiosis.
heteroduplex en Ia region donde los alelos difie -
ren. La figura ilustra un episodio de recombinacion
donde una longitud de DNA hlbrido se presenta en
uno de los cuatro cromosomas meioticos, un posible
resultado de Ia recombinacion iniciada porIa rotura
de !a doble cadena.
Sup6ngase que dos alelos difieren por un solo
punto de mutacion. Cuando ocurre intercambio de
cadenas para generar el DNA heterod(tplex, las dos
de este ultimo tendran apareamiento erroneo en el
sitio de Ia mutaci6n. Asi, cada cadena de DNA porta
diferente informacion genetica. Si nose hace nin-
gun cambio en !a secuencia, las cadenas se separan
en !a siguiente replicacion y dan origen cada una a
una d(lplex que perpettla su informacion. Este suce-
so se denomina segregaci6n posmei6tia, porque
refleja !a separacion de las cadenas del DNA despues
de la meiosis. Su importancia es que demuestra de
manera directa Ia existencia del DNA heteroduplex
en alelos recombinantes.
Otro efecto se observa cuando se revisa !a recom-
binacion entre alelos: los porcentajes de alelos difie-
ren de Ia relacion ini.cial de 4:4. Este efecto se llama
con version genica. Describe una transferencia no
recfproca de informacion de una cromatida a otra.
La conversion genica es resultado del intercam-
bio de cadenas entre moleculas de DNA, y el cambio
en Ia secuencia puede tener cualquiera de dos cau-
sas en el ambito molecular:
Como se indica con el modelo de rotura de
doble cadena en Ia Figura 19.9, una cadena
duplex de DNA puede actuar como donado-
ra de informacion genetica, que sustituye en
forma directa las secuencias correspondien-

19.11 La conversion genica contribuye ala recombinacion interalelica 475

 tes en la cadena duplex receptora por un pro-
ceso de generacion de brechas, intercambio
de cadenas y llenado de Ia brecha.
Como parte del proceso de intercambio se
genera DNA heteroduplex cuando una sola
cadena de una duplex se aparea con su com-
plementaria en la otra cadena duplex. Los
sistemas de reparacion reconocen pares de
bases con apareamiento erroneo con el DNA
heteroduplex y pueden, entonces, escindir
y sustituir una de las cadenas para restable-
cer la complementariedad. Tal suceso con-
vierte la cadena de DNA representante de un
alelo en una secuencia del otro alelo.
La conversion genica no depende del entre-
cruzamiento, pero se correlaciona con eL Una gran
proporcion de las ascas aberrantes muestra !a re-
combinacion genetica entre dos marcadores a cada
!ado de un sitio de conversion genica interalelica .
Esto es exactamente lo que podrfa predecirse si las
relaciones aberrantes fueran resultado del inicio
del proceso de recombinacion, como se muestra
en la Figura 19.6, pero con una probabilidad casi
equivalente de resolver !a estructura con o sin re- El DNA lineal esta extendido (a), un DNA ci
combinacion (como se indica en !a Figura 19.8) . El cular se mantiene extendido si es relajado (no superenrollad_
(b), pero el DNA superenrollado tiene una forma condens; -
efecto es que los cromosomas micoticos inician el da con torsion (c). Fotografias por cortes\a de Nirupam R
entrecruzamiento casi con el doble de la frecuencia Choudhury, International Centre for Genetic Engineering ar :
que se esperarfa respecto de la correspondiente de Biotechnology (ICG EB).
!a recombinacion entre genes distantes.
Se observan varias tendencias cuando se revi- vierte, en efecto, uno de los genes no alelicos en 1=.
sa la recombinacion en el ambito molecular. Cual- secuencia del otro.
quier direccion de Ia conversion genica puede tener La presencia de mas de un gen en el mismc
!a misma probabilidad, o los efectos especfficos de cromosoma constituye un vestigia que permii=
alelos pueden propiciar una preferencia por una di- rastrear estos sucesos. Por ejemplo, si se formar=:
reccion. Los gradientes de recombinacion pueden un DNA heteroduplex y hubiera conversion genic~
alejarse de los puntas calientes. Hoy se sabe que los sobre parte de un gen, esa parte podrfa tener unc.
puntos calientes representan sitios donde se inician secuencia identica a Ia del otro gen, o muy relacio
las roturas de !a cadena doble y que el gradiente se nada, en tanto la porcion restante mostrarfa meL
correlaciona con el grado hasta el cual una brecha divergencia. Las secuencias disponibles sugiere:::.
en el punto caliente aumenta y origina extremos que los episodios de conversion pueden extende:--
largos de cadena unica (vease la seccion 19.6, El se distancias considerables, de hasta unos cuant
complejo sinaptonemico se forma despues de las miles de bases.
roturas de Ia doble cadena) .
Las secuencias de los integrantes de agrupa-
ciones genicas ofrecen un poco de informacion so-
IE El superenrollamiento afecta
bre el grado de conversion genica. Por lo general,
la estructura del DNA
los productos de un episodio de recombinacion se Conceptos principales
separaran y no podran analizarse las secuencias del Ocurre superenrollamiento s6lo en un DNA cerrado, sin
DNA. No obstante, cuando un cromosoma porta ningun extremo libre.
dos genes (no alelicos) que tienen relacion, pueden Un DNA cerrado puede ser una molecula circular de
recombinarse mediante un episodio de "entrecru- DNA, o una lineal donde ambos extremos se anclan a
zamiento no equivalente " (vease !a seccion 6.7, El una estructura prote\nica.
entrecruzamiento no equivalente reestructura gru- Cualquier molecula de DNA cerrado tiene un numero
pos de genes). Todo lo que se necesita observar por de enlace, que corresponde a la suma del numero de
ahora es que se puede formar un DNA heteroduplex contorsiones y del numero de torcimientos.
entre dos genes alelicos. La conversion genica con-

476 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espec\fica de sitio


Los plegamientos se pueden repartir entre el numero de
contorsiones y el numero de torcimientos, de manera
que un cambio en la estructura de la doble helice
puede compensar una modificaci6n de su enrollamiento
en el espacio.
El numero de enlace puede modificarse s6lo con la
rotura y la formaci6n de uniones en el DNA.
:.a oscilacion de las dos cadenas del DNA entre si
:on Ia estructura de Ia doble h elice permite cambiar
:a estructura si se influye en su conformacion en el
espacio. Silos dos extremos de Ia molecula de DNA
estan fijos, se puede enrollar Ia doble helice alrede-
or de sf misma en el espacio, lo que se denomina
superenrollamiento. Se puede imaginar el efecto
como el de una liga que se enrolla sabre sf misma. El
ejemplo mas simple de un DNA sin extremos libres
s el de Ia molecula circular. El efecto del superen-
rollamiento puede observarse cuando se compara
el DNA circular no superenrollado que yace plano
n Ia , con la molecula circular super-
enrollada que forma torsiones y, por tanto, esta mas
ondensada .
Las consecuencias del superenrollamiento de-
penden de que el DNA gire en torno a sf mismo en el
mismo sentido que las dos cadenas dentro de Ia do-
ble helice (como las manecillas del reloj) o en el sen-
:ido contrario. El enrollamiento en el mismo sentido
produce superenrollamiento positivo, que tiene el efec-
to de hacer que las cadenas del DNA se tuerzan en-
:re sf de un modo mas estrecho, de modo que haya
:nas pares de bases por giro. El enrollamiento en el
sentido contrario produce superenrollamiento negati-
o, que hace que las cadenas de DNA giren una en
:orno ala otra menos apretadamente, de modo que
haya me nos pares de bases por giro. Se puede pensar
que el superenrollamiento negativo crea tension en
el DNA, que es aliviada por el desenrollamiento de la
oble helice. El efecto final del superenrollamiento
negativo es generar una zona donde las dos cadenas
de DNA se han separado; en terminos formales, hay
cero pares de bases por giro.
La manipulaci6n topologica del DNA es un
aspecto central de todas sus actividades funciona-
les, recomb inaci6n, replicacion y transcripcion, asf
como de Ia organizacion de estructuras de orden
mas elevado. Todas las actividades sinteticas en las
que participa el DNA de cadena doble requieren Ia
separaci6n de las cadenas, que no yacen simplemen-
te una allado de otra, sino que estan entretejidas .
Su separacion, por tanto, requiere que una gire en
torno a la otra en el espacio. Algunas posibilidades
para Ia reaccion de desenrollami emo se ilustran en
la u de una helice de DNA doble en varias formas.
Podrfa visualizarse la estructura del DNA en
terminos de un extrema libre que permitiese a las
cadenas girar sobre el eje de Ia doble helice para des -
enrollarse. No obstante, dada la longitud de la doble
helice, esta acci6n implicarfa la separacion de las ca-
denas en un grado considerable de fragmentaciones,
lo que parece poco probable en los confines de Ia
celula.
Se logra un resultado similar si se coloca un
aparato para controlar la rotaci6n del extrema li-
bre. Sin embargo, el efecto tiene que transmitirse
por una distancia consid erable, lo que implica, de
nuevo, la rotacion de una longitud inmoderada
de material.
Considerense los efectos de separar las dos ca-
denas en una molecula cuyos extremos no estan en
libertad de girar. Cuando dos cadenas entretejidas se
jalan para separarlas de un extrema, se incrementa
el enrollamiento de una en torno a !a otra en una
mayor distancia de Ia molecula. El problema puede
superarse si se introduce una hendidura transitoria
en una cadena. Un extrema libre interno permite
que Ia cadena con hendidura gire a!rededor de la
cadena integra, despues de lo cual se puede sellar
dicha hendidura. Cada vez qu e se repite Ia reaccion
de hendidura y sellado se Iibera un giro de Ia su-
perhelice.
Rotaci6n cerca de un extrema libre
Rotaci6n en extremes fijos
La separaci6n de cadenas se compensa con
el superenrollamiento positive
Producci6n de hendidura, rotaci6n y ligadura
Hendidura
~. ~
u~
~
= - ' -~ llA.{)
Se puede lograr la separaci6n de las cadenas
19.12: El superenro llamiento afecta la estructura del DNA 477
 Se puede definir una molecula de DNA cerrada
por su numero de enlaces, el numero de veces
que una cadena cruza sobre Ia otra en el espacio.
Las moleculas de DNA cerradas de secuencia iden-
tica pueden tener diferentes numeros de enlaces, lo
que refleja diferentes grados de superenrollamiento.
Las moleculas de DNA que son iguales, excepto por
sus numeros de enlaces, se denominan is6meros
topol6gicos.
El numero de enlaces esta constituido por dos
componentes: el numero de torcimientos (W) y el
numero de contorsiones (T).
El numero de contorsiones, T, es una pro-
piedad de Ia estructura misma de doble helice que
representa la rotacion de una cadena alrededor de
la otra. Corresponde al numero total de giros de la
cadena duplex y esta determinada por el numero de
pares de bases por giro . Para un DNA circular ce-
rrado relajado, que yace plano, el giro corresponde
al numero total de pares de bases dividido entre el
numero de pares de bases por giro.
El numero de torcimientos, W, representa el
giro del eje de la cadena duplex en el espacio. Corres-
ponde al concepto intuitivo del superenrollamien-
to, pero no tiene exactamente la misma definicion
cuantitativa o medicion. Para una molecula relajada
W = 0, y el numero de enlace equivale al giro.
A menudo interesa el cambio en el numero de
enlace, L'>L, expresado en Ia ecuacion
L'>L=L'>W+L'>T
La ecuacion seiiala que cualquier cambio del nu-
mero total de revoluciones de una cadena de DNA
alrededor de Ia otra se puede expresar como Ia suma
de modificaciones en el enrollamiento del eje de Ia
cadena duplex en el espacio (t.W) y las de los giros
de Ia doble helice misma (L'>T). En una molecula de
DNA libre, W y T pueden ajustarse con libertad yes
probable que cualquier M (carnbio en el numero de
enlace) se exprese por un carnbio en W, es decir, por
una variacion en el superemollamiento.
Un decremento en el numero de enlace, esto
es, un cambio -t.L corresponde a la introduccion
de alguna combinacion de superenrollamiento ne-
gativo, subenrollamiento, o ambos. Un aumento en
el numero de enlace, determinado como cambio de
+L'>L, corresponde a una reduccion en el superenro -
llamiento negativo o subemollamiento .
Se puede describir el cambio en el es tado de
cualquier DNA por Ia diferencia especifica de en-
lace, cr = t.L/L 0 , donde L0 es el numero de enla-
ce cuando el DNA esta relajado. Si todo el cambio
en el numero de enlace se debe a Ia modificacion en
W (esto es L'>T = 0), la diferen cia especffica de enlace
equivale a Ia densidad del superenrollarniento. En
efecto, puede asumirse que cr definida en terminos
478 CAPITU LO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio
de M/L0 corresponde a la densidad de Ia superhelice
siempre y cuando Ia estructura de la doble helice mis-
ma se mantenga constante.
La caracteristica determinante del uso del nu-
mero de enlace es que este parametro es una pro-
piedad invariable de cualquier molecula de DNA
individual cerrado. El numero de enlace no puede
cambiar por alguna deformacion diferente de aque-
lla que implique la rotura y reunion de cadenas.
Una molecula circular con un numero de enlace
particular puede expresar el numero en terminos de
diferentes combinaciones de T y W, pero no puede
cambiar su suma en tanto las cadenas nose rompan.
(De hecho, Ia particion de L entre T y W impide lc:
asignacion de valores fijos a los ultimos parametro~
para una molecula de DNA en solucion.)
El numero de enlace se relaciona con los su-
cesos enzimaticos reales por los que se hacen cam-
bios en Ia topologfa del DNA. El numero de enlace
de una molecula cerrada particular puede cambtar
solo si se rompen una o dos cadenas, utilizando e:
extrema libre para girar una alrededor de la otra y
reuniendo los extremos rotos. Cuando una enzima
realiza tal accion, el numero de enlace debe cam-
biar por un entero; este valor puede determinarse
como una caracterfstica de la reaccion . Entonces se
podran analizar los efectos de este cambio en ter-
minos de t.W y t.T.
E111J Las topoisomerasas relajan
o i ntroducen superhel"ices
en el DNA
Conceptos principales
Las topoisomerasas cambian el nCtmero de enlace
cuando rompen enlaces en el DNA, modifican la
conformaci6n de la doble helice en el espacio y
vuelven a formar los enlaces.
Las enzi mas de tipo I actCtan al romper una cadena
(mica de DNA; las de ti po II causan roturas de dos
cadenas.
Los cambios en Ia topologfa del DNA pueden oca-
sionarse en varias formas. La mues-
tra algunos ejemplos. Para iniciar Ia replicacio:c
o transcripcion deben desenrollarse las dos cadena~
de DNA. En el caso de Ia replicacion, las dos cad.e-
nas se separan de manera permanente y cada una
forma una cadena duplex con Ia hija recien sinteti-
zada. En el caso de la transcripcion, el movimient
de Ia polimerasa de RNA crea una region de super-
enrollamiento positivo al frente y una de superen-
rollamiento negativo detras de la enzima. Esto debe
resolverse antes de que las superhelices positiva~

Las cadenas deben separarse para Ia replicaci6n
La transcripci6n crea superenrollamiento positivo
G La estructura topol6gica del DNA cambia du-
ra nte la replicaci6n y la tra nscripci6n. La separaci6n de las
cadenas requiere que se desenrolle un giro del DNA. La trans-
cripci6n crea superhelices positivas adelante de la polimerasa
de RNA. La replicaci6n de un molde circular produce dos moldes
hijos encadenados.
irnpidan el movirniento de la enzirna (vease Ia sec-
cion 11.15, El superenrollamiento es una caracte-
rfstica importante de Ia transcripcion). Cuando se
replica una molecula de DNA circular, los produ c-
tos vinculados pueden estar encadenados, de modo
qu e uno pasa a traves del otro. Deben separarse en
arden para que las moleculas hijas se segreguen
en celulas hijas independientes. Otra situacion don-
de el superenrollamiento es importante es el plega-
miento del DNA en una cadena de nucleosomas del
nucleo eucariotico (vease Ia seccion 29 .6, La perio-
dicidad del DNA cambia en el nucleosoma). Todas
las situaciones se resuelven con las acciones de las
topoisomerasas.
Las topoisomerasas del DNA son enzimas que
catalizan cambios en Ia topologia del DNA con Ia
rotura transitoria de una o ambas cadenas, donde
las cadenas que no se rompieron pasan a traves de
la brecha que despues se sella. Los extremes que se
generan con la rotura nunca estan libres, sino que,
en su Iugar, son manipulados de manera exclusiva
dentro de los confines de Ia enzirna; de hecho, tie-
nen enlace covalente con ella. Las topoisomerasas
actuan sobre el DNA sin importar su secuencia, pero
algunas enzimas involucradas en la recombinacion
especffica de sitio actuan del mismo modo y tam-
bien cumplen con Ia definicion de topoisomerasas
19.13 Las topoisomerasas relajan o introducen superhelices en el DNA
(vease la seccion 19 .18, La recombinacion especifica
de sitio simula la actividad de topoisomerasa).
Las topoisomerasas se dividen en dos clases, de
acuerdo con la naturaleza de los mecanismos que
emplean. Las topoisomerasas de tipo I actuan
hacienda una rotura transitoria en una cadena
de DNA. Las topoisomerasas de tipo II actuan
cuando introducen una rotura transitoria de Ia do-
ble cadena. Las topoisomerasas en general varian
con respecto a los tipos de cambia topologico que
introducen. Algunas topoisomerasas pueden relajar
(retirar) solo superhelices negativas del DNA; otras
pueden relajar superhelices negativas y positivas.
Las enzimas que pueden introducir superh elices
negativas se denorninan girasas; aquellas que pue-
den introducir superhelices positivas se denominan
girasas inversas.
Hay cuatro topoisomerasas en E. coli: las topoiso-
merasas I, III y IVy Ia girasa de DNA. Las topoisome-
rasas I y III del DNA son enzimas de tipo I. La girasa
y Ia topoisomerasa IV del DNA son enzimas de tipo
II. Cada una de las cuatro enzimas es irnportante en
una o mas de las situaciones descritas en Ia Figura
19.22:
El nivel global de superenroliarniento nega-
tive en el nucleoide bacteriano es resultado
de un equilibria entre Ia introduccion de su-
perhelices por Ia girasa y su relajacion por
las topoisomerasas I y IV. Este es un aspecto
crucial de Ia estructura del nucleoide (vease
Ia seccion 28.4, El genoma bacteriano esta
superenrollado ) y afecta el inicio de Ia trans-
cripcion en ciertos promotores (vease Ia sec-
cion 11 .15, El superenrollarnierito es una ca-
racteristica irnportante de la transcripcion).
Las mismas enzimas participan en Ia resolu-
cion de los problemas creados por Ia trans-
cripcion; la girasa convierte las superh elices
positivas que se generan delante de Ia poli-
merasa de RNA en superhelices negativas,
y las topoisomerasas I y IV retiran las super-
helices negativas qu e quedan detras de la
enzirna. De manera similar, pero mas com-
pleja, ocurren efectos durante Ia replicacion
y las enzimas tienen actuaciones similares
para enfrentarlos.
A medida que avanza Ia replicacion, las
cadenas dobles hijas pueden torcerse una
alrededor de la otra, en una etapa conoci-
da como precatenacion. Las estructuras de
Ia precatenacion se retiran porIa accion de Ia
topoisomerasa IV, que tam bien desencadena
cualquier genoma encadenado que queda al
termino de Ia replica cion. Las funciones de la
topoisomerasa III se superponen de manera
parcial con las de Ia topoisomerasa IV.
479

Unen Hacen
t
Hacen pasar Se sella Ia
cadenas hendiduras en Ia cadena hendidura
separadas una cadena y intacta a !raves
aseguran los de Ia brecha
extremos
3'-0H
5'-P-.,..ir
Las topoisomerasas bacterianas de tipo I reco-
nocen segmentos parcialmente desenrollados de DNA y pasan
una cadena a traves de una rotura hecha en la otra.
Las enzimas en eucariotas siguen los mismos
principios, si bien Ia division detallada de sus fun-
ciones puede ser diferente. No muestran similitud
de secuencias o estructurales con las enzimas pro-
carioticas. Casi todas las eucariotas contienen una
sola enzima topoisomerasa I, que se requiere tanto
para el movimiento del triplete de replica cion como
para relajar las superhelices generadas por Ia trans-
cripcion. Se requiere una enzima topoisomerasa
II para desenlazar los cromosoma s despues de la
replicacion. Se ha sefi.alado a otras topoisom erasas
individu ales en las actividades de recombinaci6n y
reparacion.
480 CAPITU LO 19 Reco mbinaci 6n hom6loga y especifica de sitio
DB Las topoisomerasas rom pen
y resellan cadenas
Concepto principal
Las topoisomerasas de tipo I actuan al forma r un
enlace covalente con uno de los extremos rotos, mover
una cadena alrededor de la otra y, despues, transferir el
extrema de enlace al otro extrema roto. Los enlaces se
conservan y, en consecuencia, no se requiere aporte de
energia.
La accion que comparten todas las topoisomerasas
es enlazar un extrema de cada cadena rota a una
molecula de tirosina en Ia enzima. Una enzima de
tipo I se une a una sola cadena rota; una enzima
de tipo II se une a un extrema de cada cadena rota.
Las topoisomerasas se subdividen en grupos A y B,
si el enlace se hace con un fosfato 5' o un fosfato
3' . El uso del enlace transitorio fosfodiester-tirosina
sugiere un mecanismo para Ia accion de la enzi-
ma; transfiere un enlace fosfodiester del DNA a Ia
proteina, manipula la estructura de una o ambas
cadenas de DNA y, despues, reline los enlaces en
la cadena original.
Las enzimas de E. coli son todas de tipo A y
utilizan enlaces con el 5' fosfato. Este es el patron
genera l para las bacterias, donde casi no hay to-
poisomerasas de tipo B. Los cuatro posibles tipos
de topoisomerasas (IA, IB, IIA y liB ) se encuentran
en eucariotas.
En Ia se incluye un modelo para Ia
accion. de Ia topoisomerasa IA. La enzima se une a
una region donde el DNA duplex se separa en sus
cadenas constitutivas. La enzima rompe entonces
una cadena, jala Ia otra bacia la brecha y luego se-
lla Ia brecha. La transferencia de enlaces del acido
nucleico a Ia proteina explica como la enzima puede
actuar sin necesitar de ningun aporte de energia .
No ha habido hidr6lisis irreversible de enlaces; su
energia se ha conservado durante las reacciones de
transferencia. El modelo esta respaldado por la es-
tructura cristalina de la enzima.
La reaccion cambia el numero de enlace en pa-
sos de una unidad. Cada vez que una cadena pasa
por Ia rotura en la otra hay un 6L de + l. La figu-
ra ilustra Ia actividad enzimatica en terminos del
movimiento de las cadenas individuales . En una
molecula superenrollada libre, Ia posibilidad de in-
tercambio deWy T deberia permitir que el cambio
de numero de enlace tuviera lugar por un cam-
bia de + 1 en 6 W, es decir, un giro men os del su-
perenrollamiento negativo.
La reaccion es equivalente a Ia rotacion ilu s-
trada en Ia parte inferior de Ia Figura 19 .21, con
Ia restriccion de que Ia enzima limita la reaccion

Las cadenas duplex de DNA son puestas en aposici6n
i
La cadena duplex no rota se hace pasar a !raves de
los extremos de Ia rotura
f.' ~
Se sella Ia rotura y Ia enzima Iibera el DNA
FIGU Las topoisomerasas de tipo II pueden pasar un
DNA duplex por una rotura de cadena doble en otra duplex.
a un paso de cadena individual por episodio. (Por
el contrario, Ia introduccion de una hendidura en
una molecula superenrollada permite Ia rotacion de
Ia cadena libre para aliviar toda la tension con las
rotaciones multiples. )
La topoisomerasa de tipo I tam bien puede pasar
un segmento de un DNA de una cadena a traves de
otro . Esta reaccion de paso de una sola cadena
puede introducir nudos en el DNA y encaden ar
dos moleculas circulares, de manera que se conec-
ten como eslabones. Nose comprenden los usos (si
los hay) que estas reacciones tienen in vivo.
Las topoisomerasas de tipo II en general relajan
tanto superhelices negativas como positivas. La re-
acci6n requiere ATP, con hidrolisis de una molecula
por cada episodio catalftko. Como se ilustra en
GU , la reaccion es mediada por la rotura de
una cadena doble dentro de un DNA doble. La doble
cadena es escindida, con un peldafio de cuatro bases
entre los extremos, y cada subunidad de Ia enzima
dimerica se une a un extrema rota que hace protru-
sion. Despues se hace pasar otra region duplex por
Ia rotura. Se utiliza el ATP en el siguiente paso de re-
ligadura/liberacion, cuando los extremos se reunen
y se liberan las cadenas dl'tplex de DNA. Este es el
motivo por el que inhibir Ia actividad de la enzima
trifosfatasa de adenosina produ ce un "complejo sus-
ceptible de escision" que contiene DNA roto.
Una consecuencia formal de Ia transferencia de
dos cadenas es que el numero de enlace siempre
ca mbia en multiplos de dos. La actividad de topoiso-
merasa II tambien permite, en ocasiones, introducir
o resolver cfrculos duplex encadenados y moleculas
anudadas.
Es probable que Ia reaccion represente un re-
conocimiento inespecffico del DNA duplex, donde
Ia enzima se une a cualquier segmento de dos ca-
denas que cruce entre ambas. La hidrolisis de ATP
se puede usar para impulsar a Ia enzima a pasar por
los cambios de conformaci6n que proveen la fuerza
indispen sable para empujar una cadena duplex de
DNA a naves de esa rotura hecha en Ia otra. Como
resultado de la topologia del DNA superenrollado, Ia
relacion de los segmentos cruzados permite retirar
superhelices de los circulos con superenrollamiento
positivo o negativo.
BE La girasa funciona
por la inversion de helice
Concepto principal
La girasa de f. coli es una topoisomerasa de tipo II
que usa la hidr6lisis del ATP para proveer la energ\a
necesaria a fin de introducir superhelices negativas en
el DNA.
La girasa de DNA bacteriana es una topoisomerasa
de tipo II que tiende a introducir superhelices ne-
gativas en una molecula circular cerrada, relajada.
La girasa de DNA se une al DNA circular duplex y
lo superenrolla de manera progresiva y catalftica,
al tiempo que continua introduciendo superheli-
ces a Ia misma molecula de DNA. Una molecula de
girasa de DNA puede introducir -l 00 super helices
por minuto.
La forma superenrollada del DNA tiene una
energfa libre mas alta que Ia forma relajada, y la
energfa necesaria para Ia conversion se obtiene de
Ia hidr6lisis del ATP. En ausencia de ATP, Ia girasa
puede relajar super helices negativas, no asf las posi-
tivas, aunque a una velocidad > l 0 veces me nor que
Ia usada para introducir superhelices.
La girasa de DNA en E. coli es un tetramero
constituido por dos tipos de subunidad, cada una
de las cuales es diana de antibi6ticos (el usado con
mas frecuencia es el acido nalidfxico, que actua sa-
bre GyrA. y Ia novobiocina, qu e actl'ta sabre GyrB) .
Los farmacos inhiben la replicaci6n, lo que sugiere
19.!5 La girasa funciona por la inversion de helice 481
 -IF.Ti! llF.1F.l
~
l un analogo que no puede hidrolizarse permite que
000 (+) (-)
Estabiliza el nodo
positivo con giros
oompensadores
l con las reacciones dependientes de ATP de Ia gira-
000 Rompe un
segmento
posterior
l al DNA recuperarse en forma de fragmentos genera-
000 (-) (-)
Resella Ia rotura
en el lado frontal
La girasa de DNA puede introducir superhe-
lices negativas en el DNA duplex al invertir una superhelice
positiva.
que la girasa de DNA es necesaria para que proceda
la sintesis de DNA. Las mutaciones que confieren
resistencia a los antibioticos identifican los loci que
codifican las subunidades.
La girasa se une a su sustrato de DNA alrededor
del exterior del tetramero de protefnas. La girasa
protege -140 bp de DNA de la digestion por parte
de la nucleasa del micrococos. En la r
se ilustra el modelo de inversion de signo de la
accion de Ia girasa. La enzima se une al DNA en una
configuracion cruzada y equivale a una superhe!i-
ce positiva. Ello induce una superhelice negativa
de compensacion en el DNA no unido. La enzima
rompe, entonces, Ia doble cadena en el cruce de Ia
superhelice positiva, pasa a traves de Ia otra cadena
duplex y sella Ia rotura.
La reaccion invierte de manera directa el signo
de Ia superhelice: se ha convenido de +1 giro a -1
giro. Asf, el numero de enlace ha cambiado por .6.L =
- 2, lo que cumple con Ia demanda de que todos los
episodios con un paso de doble cadena deben cam-
biar el nCtmero de enlace por un multiplo de dos.
La girasa Iibera, despues, uno de los segmentos
de cruce de Ia superhelice unida (ahara negativa);
esto permite que los giros negativos se redistribuyan
por el DNA (como un cambia en T, W, o ambas) y el
ciclo vuelve a iniciarse. El mismo tipo de manipula-
cion topologica se encarga de los encadenarnientos
y el anudado.
482 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espedfica de sitio
Alliberar Ia superhelice invertida, Ia conforma-
cion de Ia girasa cambia. Para que la enzima inicie
otro ciclo de superenrollarniento debe restablecerse
su conformacion original, proceso que se denomina
recambio enzimatico. Se cree que lo impulsa la
hidr6lisis del ATP, porque la sustitucion del ATP por
Ia girasa introduzca solo una inversion (-2 superhe-
lices) por sustrato. Asf, la enzima no necesita ATP
para Ia reacci6n de superenrollamiento, pero sf para
realizar un segundo ciclo. La novobiocina interfiere
sa a! impedir que el ATP se una a Ia subunidad B.
La reaccion de relajacion independiente del ATP es
inhibida por el acido nalidfxico, lo que implica a Ia
subunidad A en Ia reaccion de rotura y reunion. El
tratamiento de la girasa con acido nalidfxico permite
dos por una escision por etapas a traves de Ia cadena
duplex. Todos los extremos poseen un grupo 3'-0H
libre y una extension de una sola cadena de cuatro
bases en el extrema 5' unida en forma covalente
a Ia subunidad A. El enlace covalente conserva Ia
energfa del enlace fosfato; esta se puede u sar para
impulsar Ia reaccion de sellado, que explica porque
Ia girasa puede presentar relajacion sin ATP. Los
sitios de escision son bastante especificos y se pre-
sentan cerca de una vez cada 100 bp.
IE La recombinaci6n
especializada involucra sitios
espec1ficos
Conceptos principales
La recombinaci6n especializada comprende una
reacci6n entre sitios espec\ficos que no tienen que ser
hom6logos.
El fago A. se integra al cromosoma bacteriano por
recombinaci6n entre un sitio del fago y el sitio ott en
el cromosoma de E. coli.
El fago se escinde del cromosoma por recombinaci6n
entre los sitios en el extrema del profago lineal.
El gen int del fago A. codifica una integrasa que
cataliza la reacci6n de integraci6n.
La recombinacion especializada implica una reac-
cion entre dos sitios especfficos. Las longitudes de
los sitios diana son cortas y por lo general de 14 a
50 bp. En algunos casas los dos sitios tienen la rnis-
ma secuencia, pero en otros no son hom61ogos. La
reacci6n se usa para insertar un fago libre de DNA
en el cromosoma bacteriano o extirpar un fago de
DNA integrado del cromosoma, y en ese caso Ia~
dos secuencias recombinantes son diferentes entre
sf. Tambien se usa antes de la division para generar
romosomas circulares monomericos a partir de un
dfrnero, que se ha creado por un suceso de recombi-
nacion generalizada (vease la seccion 17 .7, La segre-
gacion cromosomica puede requerir recombinacion
especffica de sitio). En este caso las secuencias de
recombinacion son identicas.
Las enzimas que catalizan la recombinacion es-
pecffica de sitio en general se denominan recombi-
nasas y hasta ahora se conocen mas de 100. Las que
participan en la integra cion del fago o se relacionan
con estas enzimas tambien se conocen como familia
de integrasas, de la que son miembros importantes
el prototipo Int del fago A, el Cre del fago Pl y !a
enzima FLP de las levaduras (que cataliza una in-
version cromosomica).
El fago A ilustra el modelo clasico de recombi-
naci6n especifica de sitio. La conversion del DNA
A, en sus diferentes formas de vida implica dos tipos
de sucesos. El patron de la expresion genica es regu-
lado como se describe en el Capitulo 14, Estrategias
de los fagos. La situacion ffsica del DNA es diferente
en los estados lisogenico y litico:
En el estilo de vida lftico, el DNA A se en-
cuentra como molecula circular indepen-
diente en la bacteria infectada.
En el estado lisogenico, el DNA del fago es
parte integral del cromosoma bacteriano
(llamado profago).
La transicion entre estos estados implica una
recombinaci6n especffica del sitio:
Para ingresar al estado lisogenico, el DNA
libre debe insertarse en el DNA del hospe-
dador, proceso llamado integraci6n.
Para liberarse de la lisogenia hacia el ciclo lf-
tico, el DNA del profago debe liberarse desde
el cromosoma, lo que se llama escisi6n.
La integracion y la escision ocurren por la re-
combinacion en loci especfficos en los DNA bacte-
riano y de fa go, llamados sitios de union (att) . El
sitio de union en el cromosoma de !a bacteria se
llama att1 en la genetica bacteriana. Ellocus se de-
fine por mutaciones que impiden !a integracion del
A; es ocupado por el profago A en cepas lisogenicas.
Cuando el sitio attl sufre delecion en el cromosoma
de E. coli, un fago A infectante puede establecer li-
sogenia por integracion en otro punto, aunque !a
eficacia de !a reacci6n es menor de 0.1% de !a fre-
cuencia de integracion en atf. Esta integracion in-
eficaz tiene Iugar en sitios de union secundaria,
que simulan secuencias att autenticas.
Para describir las reacciones de integracion, es-
cisi6n o ambas, el sitio de union bacteriana (att')
se llama attB, constituido por los componentes de
secuencia BOB'. El sitio de union del fa go attP cons-
ta de los componentes POP'. En la se
19.16 La recombinaci6n especializada implica sitios especificos
esquematiza la reaccion de recombinacion entre
estos dos sitios. La secuencia 0 es comun a attB y
attP. Se denomina secuencia central y es asiento
del episodio de recombinacion. Las regiones flanco
B, B' y P. P' se conocen como brazos; cada una tie-
ne diferente secuencia. El DNA del fago es circular
por lo que el suceso de recombinacion lo inserta en
el cromosoma bacteriano como secuencia lineal. El
profago esta limitado por dos nuevos ciclos att: los
productos de recombinacion llamados attL y attR.
Una consecuencia importante de la constituci6n
de los ciclos att es que las reacciones de integracion
y escisi6n no involucran al mismo par de secuencias
reactivas. La integracion requiere el reconocimiento
entre attP y attB, en tanto la escision requiere el reco-
nocimiento entre attL y attR. El caracter direccional
de la recombinacion especifica de sitio es controlado
por la identidad de los sitios recombinantes.
El episodio de recombinaci6n es reversible, pero
prevalecen condiciones diversas para cada direcci6n
de !a reaccion. Esta es una caracteristica importante
en la vida del fago, porque ofrece un medio para
asegurar que un suceso de integra cion nose revierta
de manera inmediata por una escision y viceversa.
La diferencia en los pares de sitios que reac-
cionan en la integracion y la escision se refleja por
una discrepancia en las proteinas que median las
dos reacciones.
La integraci6n (attB x attP) requiere el pro-
ducto del gen int del fago que codifica una
BOB'
DNA bacterial'lo
attB
La integraci6n
tl requiere lnt e IHF
La escisi6n requiere
tl lnt, Xis e IHF
BOP' POB'
attL Profago attR
El DNA del fago circular se convierte en un
profago integrado por una recombinaci6n reciproca entre attP
y attB; el profago se escinde por la recombinaci6n reciproca
entre attL y attR.
483
 enzima integrasa, asf como una protefna
bacteriana llamada factor de integracion del
hospedador (IHF).
La escision (attL x attR) requiere el producto
del gen xis del fago ademas de Int y IHF.
Por lo tanto, se requieren Int y IHF para ambas
reacciones. El xis tiene una participacion imponan-
te en el control de la direccion; se requiere para la
escision, pero inhibe la integracion.
Un sistema similar, pero con requerimientos
algo mas sencillos para los componentes de secuen-
cia y protefnico se encuentran en el bacteriofago
Pl. La recombinasa Cre codificada por el fago cata-
liza una recombinacion entre dos secuencias diana.
A diferencia del fago A, para el que las secuencias
de recombinacion son diferentes, en el fago P1 son
identicas. Cada una consta de una secuencia de 34
bp de longitud llamada loxP. La recombinasa Cre es
suficiente para la reaccion; nose requieren protef-
nas accesorias. Como resultado de su simplicidad y
eficacia, lo que ahora se conoce como sistema Cre/
lox se ha adaptado para su uso en olulas eucarioti-
cas, donde se ha convertido en una de las tecnicas
estandar para llevar a cabo Ia recombinacion espe-
cffica de sitio.
II& La recombinaci6n especifica
de sitio comprende rotura
y reunion
Concepto principal
Se hacen escisiones a intervalos de 7 bp en los genes
attB y attP y los extremes se unen en forma cruzada.
Los sitios att tienen distintos requerimientos de se-
cuencia y el attP es mucho mas grande que attB. La
funcion de attP requiere un segmento de 240 bp,
en tanto que la funcion de attB la puede ejercer el
fragmento de 23 bp que se extiende de -11 a +11,
donde hay solo 4 bp a cada !ado de Ia porcion cen-
tral. La disparidad en sus tamaiios sugiere que attP
y attB tienen diferentes participaciones en la recom-
binacion, donde attP ofrece la informacion adicional
necesaria para distinguirla de attB .
.:,Prosigue Ia reaccion por un mecanismo con-
certado donde se cortan e intercambian de manera
simultanea las cadenas en attP y attB? 0, .:,se inter-
cambian las cadenas, un par a la vez, donde el prime-
ro genera una union Holliday y el segundo ciclo de
hendidura y ligadura ocurre para liberar la estructu-
ra? Las alternativas se incluyen en Ia
La reaccion de recombinacion se ha detenido
en etapas intermedias mediante el uso de "sustratos
suicidas", donde Ia secuencia centra l presenta hen-
484 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espec1fica de sitio
attB
lntercambio de secuencias Corte concertado
~
0 /\ 0 == =
~ =
\ I
{.Avanza la recombinaci6n entre attP y atti
por el intercambio secuencial o el corte concertado?
diduras, lo que interfiere con el proceso de recom-
binacion y permite identificar las moleculas donde
comenzo dicho proceso pero no ha concluido. Las
estructuras de estos productos intermedios sugiere:c
que pueden ocurrir intercambios de cadenas unica
de manera secuencial.
El modelo ilustrado en .Ia muestra
que si los sitios attP y attB son cada uno asiento de
la misma escision escalonada, podrfan disponerse
de los extremos complementarios de una sola cade-
na para hibridacion cruzada. La distancia entre lo~
puntas de entrecruzamiento A es de 7 bp, y !a reac-
cion genera extremos 3'- fosfato y 5'-0H. La reac-
cion se muestra, para fines de simplicidad, como ge-
neradora de superposicion de extremos de una soJa
cadena que se hibridan, pero que en realidad ocurre
por un proceso similar ala recombinacion ilustrada
en la Figura 19.6. Las cadenas correspondientes de
cada estructura duplex se conan en Ia misma po-
sicion, se intercambian los extremos 3' libres entre
cadenas duplex, Ia rama emigra una distancia de 7
bp a lo largo de la region de homologfa y, despues
Ia estructura se resuelve con el corte del otro par de
cadenas correspondientes.
La recombinaci6n especifica
de sitio simula la actividad
de la topoisomerasa
Conceptos principales
Las integrasas tienen relaci6n con las topoisomerasas y
la reacci6n de recombinaci6n se parece a la acci6n de
la topoisomerasa, excepto que las cadenas con hendi-
dura de estructuras duplex diferentes se sellan juntas.
 La recombinac1on especitica de sitio pued arse como rotura y reunion escat~

Los DNA de fago y bacteriano se alinean Las escisiones escalonadas llevan a un

apareamiento cruzado

DNA de !ago

GCTTTTTTATACTA
C G A A A A A A T AT G A TT

GCTTTTTT A T A CT AA
CGAAAAAATATGA
DNA bacteriano

Las uniones recombinantes se sellan para generar un DNA de profago integrado

.:r--~--- G C T T T T T TAT AC T A A
CGAAAAAATAT GA

,u Las escisiones escalonadas en la secuencia central comun de attP y attB permiten

la reunion cruzada para generar uniones recombinantes rec\procas.

las unidades ataca al DNA. La simetrfa del sistema

La reacci6n conserva la energ\a al utilizar una
tirosina catal\tica en la enzima para romper un enlace
fosfodiester y enlazarse con el extrema 3' rota.
Dos unidades enzimaticas se unen a cada sitio de
recombinaci6n y los dos d\meros hacen sinapsis para
formar un complejo do11de ocurren las reacciones de
transferencia.
Las integrasas utilizan un mecanismo similar al de
las topoisomerasas de tipo I, donde se hace una ro-
tura en una cadena de DNA a la vez. La diferencia
es que la recombinasa vuelve a unir los extremos en
forma cruzada, en tanto la topoisomerasa realiza la
rotura, manipula los extremos y despues vuelve a
unir los extremos originales. El principio basico del
sistema es que se requieren cuatro moleculas de la
recombinasa para cortar cada una de las cuatro cade-
nas de las dos duplex que estan recombinandose.
La F muestra la naturaleza de Ia re-
accion catalizada por una integrasa. La enzima es
una protefna monomerica que tiene un sitio activo
capaz de cortar y ligar el DNA. La reaccion com-
prende el ataque de una tirosina en un enlace fos-
fodie ster. El extrema 3' de la cadena de DNA se
enlaza mediante una union fosfodiester con una
tirosina en la enzima, lo que deja un extremo 5'
hidroxilo libre.
Dos unidades enzimaticas se unen a cada uno
de los sitios de recombinacion. En ellos, solo una de
asegura que se rompan las cadenas complemen-
tarias en cada sitio de recombinacion. El extremo
5' -OH en cada sitio ataca al enlace 3' -fosfotirosina
en el otro sitio, lo que genera una union Hollida y.
La estructura se resuelve cuando las otras dos
unidades enzimaticas (que no habfan participado
en el primer ciclo de rotura y reunion) actuan sobre
otro par de cadenas complementarias.
Las interacciones sucesivas lo gran un inter-
cambia conservador de cadenas, donde no hay
deleciones o adiciones de nucleotidos en el sitio
de intercambio y tampoco se necesita un aporte de
energfa. El enlace 3' fosfotirosina transitorio entre
Ia protefna y el DNA conserva la energfa del enlace
fosfodiester rota.
La muestra la reaccion intermedia
con base en la estructura cristalina. (Fue posible el
atrapamiento del producto intermedio mediante un
"sustrato suicida ", que consta de una cadena duplex
de DNA sintetica donde falta un enlace fosfodiester,
de manera que el ataque de la enzima no genera
un extrema 5'-0H libre). La estructura del com-
plejo Cre-lox muestra dos moleculas de Cre, cada
una unida por una longitud de 15 bp al DNA. El
DNA es doblado casi 100 en el centro de simetrfa.
Dos de esos complejos se ensamblan en forma anti-
paralela para constituir una estructura de protefna
tetramerica unida a dos moleculas de DNA en la
sinapsis. El intercambio de cadenas tiene Iugar en

19. 18 La recombinaci6n espec\fica de sitio simula la actividad de la topoisomerasa 485

 1. Dos subunidades enzimaticas se unen a
cada DNA duplex
. _..-Tir
5'o=:( -- 3'
3"""'~ );;;;;;;.~~ 5'
Tif
......--Tir
5' 1 - 3'
3' 5'

2. Cada cadena deble se escinde en una cadena

para generar un enlace P-Ti r y un extreme -OH
HO
3'
5'

.,.- Tir ,r-

5' . 3'
3~ - 5'
OH Tir Un complejo de recombinaci6n en sinapsis de
3. Cada hidroxilo ataca el enlace Tir-fesfate en Ia
loxA tiene un tetramero de recombinasas Cre, con un mon6mero
otra cadena doble de enzimas unido en cada sitio mitad. Dos de los cuatro sitios
actives estan en usa y actuan sabre cadenas complementarias
3' de los dos sitios de DNA.
5'

5'
3' -
Tir
4. Las reacciones se repiten en las otras subunidades
para unir las otras cadenas
Tir
5' - 3'
3-=- = 5'
r Tir
,.-Tir _,..-
5' I
~
3'4
Tir
Las integrasas catalizan la recombinaci6n por
un mecanismo similar al de las topoisomerasas. Se hacen cor-
tes escalonados en el DNA y el extrema 3' fosfato se enlaza
de manera covalente con una tirosina en la enzima. El grupo
hidroxilo libre de cad a cadena ataca, entonces, el enlace P- Tir
de la otra cadena. El primer intercambio que se muestra en la
figura genera una estructura Holliday. La estructura se resuelve
cuando se repite el proceso con el otro par de cadenas.
una cavidad central de Ia estructura de Ia proteina
que contiene las seis bases centrales de Ia region de
entrecruzamiento.
La tirosina que se encarga de escindir el DNA
en cualquier sitio mitad particular es provista por
Ia subunidad enzimatica que se une a dicho sitio.
Este es elllamado corte en configuracion cis, valido
tambien para Ia integrasa Int y Ia recombinasa XerD.
No obstante, Ia recombinasa FLP produce escision
en configuracion trans, Io que implica un mecanis-
mo donde la subunidad enzimatica que proporciona
la tirosina no corresponde a la subunidad unida a
ese sitio mitad, sino mas bien se trata de una de las
otras subunidades.
3'
5'
111m La recombinaci6n A ocurre
en un intasoma
Conceptos principales
La integraci6n A. tiene lugar en un gran complejo que
tambien incluye a la proteina IHF del hospedador.
La reacci6n de escisi6n requiere Int y Xis y reconoce
los extremes de DNA del profago como sustratos.
3'
5'
A diferencia del sistema de recombinacion Cre!lox
que requiere solo la enzima y los dos sitios de re-
combinacion, Ia recombinacion del fa go 'A ocurre en
una gran estructura y tiene diferentes componentes
para cada direccion de la reaccion (integracion ver-
sus escision) .
Se requiere una proteina del hospedador llama-
da IHF para la integracion y escision. La IHF es una
protefna de 20 kD con dos subunidades diferentes
que son codificadas por los genes himA y himD. La
IHF no es una protefna esencial en E. coli y no se
requiere para la recombinacion bacteriana hom6-
loga. Es una de las varias protefnas con capacidad
de cubrir con DNA una superficie . las mutaciones
en los genes him impiden la recombinacion lc espe-
dfica de sitio y pueden suprimirse con mutaciones
en 'Aint, lo que sugiere que IHF e Int interactuan. Se
puede lograr la recombinacion espedfica de sitio por
Int y IHF in vitro.
La reaccion in vitro requiere superenrrollamien-
to en attP, no asf en attB . Cuando se realiza Ia reac-
cion in vitro entre dos moleculas de DNA superen-
rollado, casi todo el superenrollamiento se conserve.
en los productos. Asi, no puede h aber productos

486 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio

 ~
CAGCTTTTTTTATACTAAGTTG
GTCGAAAAAAATATGATICAAC
t
Sitio de union Sitio de union
de lnt de lnt
La Int y la IHF se unen a diferentes sitios en
attP. Las secuencias de reconocimiento de Int en la region
central incluyen los sitios de corte.
intermedios Jibres donde podria haber rotacion de
las cadenas. Este fue uno de los primeros indicios
de que Ia reaccion prosigue a traves de una union
Holliday. Hoy se sabe que las reacciones proceden
por el mecanismo habitual de esta clase de enzi-
mas, el cual tiene relacion con el mecanismo de Ia
topoisomerasa I (vease la seccion l 9 .18, La recom-
binacion especifica de sitio simula la actividad de la
topoisomerasa).
La Int tiene dos diferentes modos de union. El
dominio terminal C actua como Ia recombinasa Cre.
Se une a sitios invertidos en la secuencia central y
se coloca para realizar las reacciones de escision
y ligadura de cada cadena en las posiciones ilustra-
das en Ia ~ . El dominio terminal N se une
a sitios en los brazos de attP que tienen una dife-
rente secuencia de consenso. Esta union se encar-
ga de la agregacion de subunidades al intasoma. Es
probable que los dos dominios se unan de manera
simultanea a! DNA, lo que acerca los brazos de attP
a Ia porcion central.
La IHF une las secuencias de -20 bp en attP.
Los sitios de union estan cercanos a aquellos don-
de se adhiere Int. Xis se une a dos sitios cercanos
entre si en attP, de manera que la region protegida
se extiende sobre 30 a 40 bp. Juntos, Int, Xis e IHF
cubren casi todo el attP. La union de Xis cambia la
organizacion del DNA, de manera que se torna iner-
te como sustrato para Ia reaccion de integracion.
Cuando Int e IHF se unen a attP generan un
complejo donde todos los sitios de union se llevan
juntos hacia la superficie de una proteina. Se re-
quiere superenrollamiento de attP para la formacion
de este intasoma. Los unicos sitios de union en
attB son los dos Int en Ia parte central. No obstante,
Int no se une de manera directa a attB en forma
de DNA libre. El intasoma es el intermediario que
Multiples capias de la prote1na Int pueden or-
ganizar a attP en un intasoma, el cual inicia la recombinaci6n
especlfica de sitio al reconocer attB en el DNA libre.
captura a attB, como se indica esquematicamente
en Ia
De acuerdo con este modelo, el reconocimien-
to inicial entre attP y attB no depende de manera
directa de la homologia del DNA, sino que en su
lugar, esta determinada porIa capacidad de las pro-
teinas Int de reconocer ambas secuencias att. Los
dos sitios att se unen, entonces, en una orientacion
predeterminada por la estructura del intasoma. La
homologia de secuencia se vuelve importante en
esta etapa, cuando se requiere para Ia reaccion de
intercambio de cadenas.
La asimetria de las reacciones de integracion y
escision se muestra por el hecho de que Int puede
formar un complejo similar con attR solo si se agrega
Xis. Este complejo puede aparearse con un complejo
condensado que Int forma en attL. No se necesita
IHF para esa reaccion. Una diferencia significativa
entre las reacciones de integracion/escision A- y de
recombinacion catalizadas por Cre o Flp es que las
reacciones catalizadas por Int unen las secuencias
reguladoras en los brazos de los sitios diana, do-
blando el DNA y permitiendo interacciones entre
los sitios brazo y central, que !levan cada reaccion
a su conclusion. Es por esto que cada reacci6n A- es
irreversible, en tanto la recombinaci6n catalizada
19.19 La recombinaci6n A ocurre en un intasoma 487
 por Cre o Flp es reversible. Las estructuras cristali-
n as de los tetrameros A.-Int muestran que, al igual
que otras recombinasas, el tetramero tiene dos
subunidades activas y dos inactivas que cambian
sus funciones durante Ia recombinacion. Las inter-
acciones alostericas desencadenadas porIa union al
brazo controlan las transiciones estructurales e n el
tetramero que impulsan Ia reaccion.
Gran parte de Ia complejidad de Ia recombina-
cion especifica de sitio puede deberse a Ia necesidad
de regular Ia reaccion, de manera que Ia integra-
cion ocurra de manera preferente cuando un virus
ingresa al estado lisogenico, en tanto se prefiere Ia
escision cuando el profago esta entrando al sitio li-
tico. Mediante el control de las cantidades de lnt y
Xis, ocurrira la reaccion apropiada.
IE Las levaduras pueden cambiar
loci si lentes y activos
por el tipo de apareamiento
Conceptos principales
Ellocus MAT del tipo de apareamiento en levaduras
porta el genotipo MATa o MATa.
Las levaduras con el alelo dominante HO cam bian su
tipo de apareamiento con una frecuencia de -10- 6
El alelo en MAT se denomina cartucho activo.
Hay tam bien dos cartuchos silentes, -HMLa y HMRa.
Ocurre cambia si MATa es sustituido por HMLa o MATa
es sustituido por HMRa.
La levadura S. cerevisiae puede propagarse en esta -
do haploide o diploide . La conversion entre esos
estados ocurre por apareamiento (fu sion de celulas
haploides para formar una diploide) y esporulacion
(meiosis de diploides para producir esporas haploi-
des). La posibilidad de participar en estas actividades
la determina el tipo de apareamiento de Ia cepa,
que puede ser a o a . Las celulas haploides de tipo
a pueden aparearse solo con las celulas haploides
de tipo a para generar celulas diploides de tipo a / a.
Las celulas diploides pueden pres en tar esporulacion
para regenerar esporas haploides de cualquiera de
esos tipos.
La condu cta de apa reamienro esta determina-
da por Ia informacion genetica presente en e llocus
MAT. Las celulas que portan el alelo MA Ta en este
locus son de tipo a; de manera similar, las celulas
que portan el alelo lVlATa son de tipo a. El recono-
cimiento entre celulas con un tipo de apareamien-
to opuesto se logra mediante Ia secrecion de fe ro-
monas: las celulas a secretan el factor polipeptido
pequefi.o a; las celu las a secretan e l factor a. Una
celula de un tipo de apareamiento porta un recep-
tor de superficie para la feromo na del tipo opuesto.
488 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especlfica de sitio
Cuando una cetula a y una celula a se encuentran.
sus feromonas actuan en sus receptores para de-
tener a las celulas en Ia fase G l del ciclo celular y
surgen varios cambios m orfologicos. Cuan do el apa-
reamiento se logra, a Ia detencion del ciclo celular le
sigue Ia fusion ce lular y nuclear para producir una
celula diploide a /a.
El apareamiento es un proceso simetrico que
se inicia con la interaccion de feromonas secretadas
por un tipo celular con el receptor que porta el otro
tipo celular. Los unicos genes que se requieren de
manera exclusiva para Ia via de respuesta en un
tipo de apareamiento particular son los que codifi-
can los receptores. La interaccion factor a-recepto
o factor a-receptor activa Ia misma via de respuesta.
Las mutaciones que eliminan pasos en Ia via comU.n
tienen los mismos efectos en ambos tipos celulares.
La vfa consta de una cascada de transduccion de
seiial que conduce a Ia sfntesis de produ ctos que
hacen los cambios necesarios en Ia morfologfa ce-
lular y la expresio n genica para que tenga Iugar el
apareamiento.
Gran parte de Ia informacion acerca de la via
del tipo de apareamiento en las levaduras se deduno
a partir de las propiedades de las mutaciones que
eliminan Ia capacidad de las celulas a , a, o ambas.
de aparearse. Los genes identificados portales mu-
taciones se lla man STE (por esteril ). Las mutacione~
en los genes para las feromonas o los receptores son
especificas de los tipos de apareamiento individua-
les, en tanto las mutaciones en los otros genes STE
eliminan el apareamiento en ambas celulas, a y a.
Esta situacio n se exp lica por el hecho de que lo
episodios que siguen a Ia interaccio n del factor con
el receptor son identicos para ambos tipos.
Algunas cepas de levaduras tienen Ia capacidad
notoria de cambiar los tipos de apareamiento. Esta
cepas portan un alelo HO dominante y cambian con
frecuencia su tipo de apareamiento, hasta una vez
en cada generacion. Las cepas con el alelo recesivo
HO tienen un tipo de apareamiento estable qu e esra
suj eto a cambios con una frecuencia de - l0-6 .
La presencia de HO hace que cambie el genotipo
de la poblacion de levaduras. Sin importar el tipo
inicial de apareamiento, en unas cuantas generacio -
nes hay un gran n{Imero de celulas con ambos tipos
de apareamiento, que conducen a Ia formacio n de
diploides MA Ta/MA Ta que constituyen la poblacion.
La produ ccion de diploides estables a partir de una
poblacion haploide puede considerarse Ia razon de
ser del cambio.
La existencia del cambio sugiere que todas las
celulas tienen Ia informacion potencial n ecesaria
para ser MATa o MATa, pero expresan solo un tipo.
(.De donde procede Ia informacion para cambiar los
tipos de apareamiento? Se necesitan dos loci para
 =I cambio. Se requiere HMLa para el cambio que
..:.a Iugar al tipo MATa; se necesita HM Ra para el
Cartucho silente Cartucho activo Cartucho silente
~ambio que origina el tipo MATa. Estos loci yacen
::n el mismo cromosoma que porta M AT. El HM L HMLet. MATa HMRa
--sta bastante a Ia izquierda, el HM R esta bastante
=. Ia derecha.
El modelo de cartucho para el tipo de aparea-
Frecuente
t Ocurre cambio del tipo
- ento se ilustra en Ia " . Propone que
_'.fAT tiene un cartucho activo para los tipos a o a .
mbos, HML y HMR, tienen cartuchos silentes. En
! de apareamiento cuando
un cartucho u sustituye
a un cartucho a

5eneraL HML porta un cartucho a , en tanto HMR HMLa MATa HMRa

. orta uno a. Todos los cartuchos contienen infor-
::~aci6n que codifica el tipo de apareamiento, pero el
:artucho activo solo se expresa en MA T. El cambio
t Frecuente

Ocurre cambio del tipo

.e tipo de apareamiento tiene Iugar cuando el car-
:xho activo es sustituido porIa informacion de un
:artucho silente. Entonces, se expresa el cartucho
- HMLa
! de apareamiento cuando
un cartucho a sustituye a
un cartucho a

-
MATa HMRa
:_ue acaba de instalarse.
El cambio no es recfproco; la copia en HML o
.i MR sustituye al alelo en MA T. Esto se sa be porque t Raro
No ocurre ningun cambio
-e pierde una mutaci6n en MA T de manera perma-
!
del tipo de apareamiento
ente cuando es sustituida por un cambio; no se cuando un cartucho del
mismo tipo sustituye al
!1tercambia con Ia copia que Ia sustituye. cartucho activo
Si Ia copia silente presente en HML o HMR tiene - -HMLa MATa HMRa -
_ utaci6n, el cambio introduce un alelo mutante en
:I locus MAT. La copia mutante en HM L o HMR per-
Ocurren cambios en el tipo de apareamiento
- anece durante un numero indefinido de cambios.
cuando cartuchos silentes sustituyen a cartuchos activos de
..::omo en Ia transposici6n replicativa, el elememo genotipo opuesto; cuando ocurren transposiciones entre cartu-
:ionador genera una nueva copia en el sito receptor chos iguales, el tipo de apareamiento se mantiene inalterado.
mientras se mantiene a sf mismo intacto.
El cambio del tipo de apareamiento es un su-
:eso dirigido, donde hay un solo receptor (MAT)
IO dos donadores potenciales (HM L y HM R). El
:ambio suele comprender Ia sustituci6n de MA Ta Los cartuchos inactives no sintetizan RNA
?Qr Ia co pia de HMLa o Ia de MA Ta. por Ia co pia de
.i_A1.Ra. En 80 a 90% de los cambios, el alelo MAT Ya HMLa
: s sustituido por uno del tipo contrario, lo que esta
]eterminado por el fenotipo de las celulas. Las ce-
.CI!as con un fenotipo a eligen de manera preferente Ya HMRa
~ HML como donador; las celulas con el fenotipo a
. refieren elegir a HMR. Los cartuchos actives sintetizan productos especificos
Varios grupos de genes participan en el estable- del tipo de apareamiento
i miemo y cambia de tipo de apareamiento. Ade-
2las de los genes que determinan de manera directa
, I tipo de apareamiento, incluyen los indispensables
RNAm a.2 RNAm a1
?ara reprimir cartuchos silentes, cambiar el tipo de
.;pareamiento o ejecutar las funciones involucradas Ya MATa

~ n el apareamiento.
RNAm a1
Cuando se comparan las secuencias de los car-
:-Ichos silentes (MHLa y HMRa) con las de los dos
:::pos de cartucho activo (MATa y MATa) , se pue-
500 1000 1500 2000 bp
en definir las secuencias que determinan el tipo
]e apareamiento . En Ia . se resume Ia
Los cartuchos silentes tienen las mismas se-
rganizacion de los loci del tipo de apareamiento. cuencias que los cartuchos activos correspondie ntes, excepto
.:ada cartucho contiene secuencias en comtm qu e par la ausencia de las secuencias de flanco ext remas en HMRa.
:_anquean una region central que difiere en los tipos So lo la region Y cambia entre los tipos a y a.

19.20 Las levaduras pueden cambiar loci silentes y activos por el tipo de apareamiento 489
 a y a (llamados Ya o Ya). A cada !ado de esta region,
las secuencias flanqueadoras son casi identicas, aun-
que mas cortas en HMR. El cartucho activo en MAT
se transcribe desde un promotor en la region Y.
1&1 Ellocus MAT codifica proteinas
reguladoras
Conceptos principales
En celulas haploides de tipo a, el MATa activa los
genes requeridos para especificar las funciones a
indispensables para el apareamiento y desactiva los
genes requeridos para el tipo de apareamiento a.
En las celulas de tipo a, no se requiere MATa.
En celulas diploides, los productos de al y a2 cooperan
para reprimir genes especificos de celulas haploides.
La funcion basica del locus MATes controlar
!a expresion de los genes de feromonas y recep-
tores, asf como otras funciones comprendidas en
el apareamiento. El MA Ta codifica dos protefnas,
al y a2. El MATa codifica una sola protefna, al.
Las protefnas a y a controlan- de manera directa
Ia transcripcion de varios genes diana; actuan por
regulacion positiva y negativa. Lo hacen de manera
independiente en las cetulas haploides y de manera
conjunta en las diploides. Sus interacciones se re-
sumen en el cuadro del !ado derecho en !a
, en terminos de tres grupos de genes diana:
Los genes especfficos a se expresan de rna-
nera constitutiva en celulas a; estan repri-
midos en las celulas a. Los genes especfficos
a incluyen el gen estructural del factor a
STE2, que codifica el receptor del factor
Asf, el fenotipo a se vincula con la disp ~
cion para reconocer Ia feromona produ -.:...
por el tipo de apareamiento opuesto.
Las funciones espedficas a se inducen ~
celulas a, pero no se expresan en las ce!U:.:
a. Incluyen el gen estructural del facto::-
y el gen del receptor del factor a, STE3. :::_
nuevo, la expresion de Ia feromona de :...-
tipo se vincula con la expresion del recep: .
de la feromona del tipo contrario.
Las funciones haploides especfficas incluy _
los genes indispensables para Ia transcr:~
cion de Ia feromona y los genes receptorc
el gen HOque participa en el cambio y RN.::.
un represor de la esporulacion. Se expres-=
de man era constitutiva en ambos tipos ::_-
celulas haploides, pero estan reprimidas c
las diploides a /a. Como resultado, las fu;
ciones especfficas a y a tambien se mam:~
nen sin expresion en celulas diploides.
Ahora se revisaran las funciones de los regu:~
dores y sus dianas desde la perspectiva de las fu:::-
ciones de MAT expresadas en celulas de levadur.:._
haploides y diploides, como se sefiala en el esquer:-,
dellado izquierdo de Ia Figura 19.35. Los tipos ~
apareamiento a y a son regulados por diferen C"
mecanismos:
En celulas haploides a, las funciones c _
apareamiento se expresan de manera con-'-
titutiva. Las funciones de los productos --
MATa en la celula a (silas hay) se desconc-

Wlifir.IillJ . ' . ' r.Til i illii.O jj tTij ~ riliiiill

genes a genes a funciones haploides

Se desconocen sus lunciones

a constitutivo no constitutivas

HMLa
t
MATa HMRa ~.-
haploide expresado

t t
Cl:
cr.;
Q)
"0
c
Reprime
genes
!
a1
9;
(I)
Q)
"0
c
-o '()
;;; diploide no no reprimido
-~ especilicos a 2
~ expresado expresado
c.
Q)
haploides c.
Q)

t
Cl: 0:

~ ~
HMLo: HMLo: HMRa

o:1 ..,_J L.... a2 a reprimido inducido constitutivas

Induce Rep rime haploide
funciones de funciones de
apareamiento a. apareamieoto a.

En las celulas diploides las proteinas al y a2 colaboran para reprimir

las funciones espec\ficas haploides. En las celulas haploides a las funciones de apa-
reamiento son constitutivas. En las haploides a, la proteina a2 reprime funciones de
apareamiento a, en tanto que la proteina al induce funciones de apareamiento a.

490 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio

 cen. Pueden requerirse solo para reprimir
las funciones de celulas haploides en las ce-
lulas diploides.
En las celulas haploides a , el producto a1
activa genes especfficos a cuyos productos
son necesarios para el apareamiento de tipo
a. El producto a2 reprime los genes encar-
gados de producir el tipo de apareamien-
to a mediante Ia union a una secuencia de
operador localizada en sentido ascendente
respecto de los genes diana.
En celulas diploides, los productos al y a2
cooperan para reprimir genes haploides es-
pedficos. Se combinan para reconocer una
secuencia de operador diferente de Ia diana
para solo a2.
La posibilidad de que las protefnas a2, al y a1
regulen la transcripcion depende de algunas inter-
acciones interesantes de las protefnas entre sf y con
otras. El patron del control genico en las celulas a ,
a y diploides se resume en Ia
Una protefna llamada factor de transcripcion del
receptor de feromonas (PRTF) (que es inespecffica
del tipo de apareamiento) participa en muchas de
estas interacciones. La PRTF se une a una secuen-
cia de consenso corta Hamada caja P. La funcion de
PRTF en Ia regulacion genica puede ser bastante
amplia, ya que se encuentran cajas P en una di-
versidad de ubicaciones. En algunos de estos sitios
se requiere una caja P para activar a! gen; en otros
loci, se necesita PRTF para Ia represion. Sus efectos
pueden, por tanto, depender de otras protefnas que
se unen en sitios cercanos a Ia caja P.
Solo PRTF puede activar los genes espedficos de
a, lo que es adecuado para asegurar su expresion en
una celula haploide a.
Los genes espedficos a se reprimen en una celu-
la a haploide por la accion combinada de la protefna
a2 y PRTF. La protefna a2 contiene dos dominios.
El dominio terminal C se une a elementos palindro-
micos cortos en los extremos de una secuencia de
consenso operador de 32 bp. Sin embargo, la union
de este fragmento al DNA no causa represion. El
dominio terminal N se necesita para la represion
y se encarga de hacer contacto con PRTF. El sitio
de union para PRTF es una caja P en el centro del
operador. De hecho, a y PRTF se unen de manera
colaboradora al operador.
La expresion de genes a espedficos requiere otra
pequefia protefna llamada activador a1, que tiene
175 arninoacidos de longitud. Las secuencias que
actuan en configuracion cis, que confiere transcrip-
cion a espedfica, tienen 26 bp de longitud y pueden
dividirse en dos partes. Las primeras 16 bp forman Ia
caja P, donde se une PRTF; Ia secuencia adyacente de
10 bp forma el sitio de union para al. El factor al se
une solo cuando PRTF esta presente para unirse a Ia
caja P. Ninguna protefna sola puede unirse a su caja
blanco, pero juntas se pueden unir a! DNA, a! parecer
como resultado de interacciones entre protefnas.

genes a especfficos genes u especfficos

PRTF activa a los genes de manera Genes desactivados: PRTF no puede

constitutiva unirse sin a1 1
haploide a ___.. .
PRTF PRTF PRTF

CCATGTAATTACCCAAAAAGGAAATTTACATGG TTTCCTAATTAGTNCNTCAATGNCAG

u2 + PRTF reprimen genes especfficos a u1 + PRTF activan genes diana

N .N

haploide u
u2
c PRTF PRTF. c . PRTF PRTF u1

CCATGTAATTACCCAAAAAGGAAATTTACATGG TTTCCTAATTAGTNCNTCAATGNCAG

Ct2 + a1 reprimen genes haploides especfficos

diploide ala

1 Las combinaciones de PRTF, al, a1 y u2, activan o repri men grupos especificos
de genes que corresponden al tipo de apareamiento de la celula.

19.21 Ellocus MAT codifica prote\nas reguladoras 491

 Los genes especfficos a se desactivan en forma
predeterminada en celulas haploides a porque en
ausencia de Ia protefna a2, el PRTF no puede unirse
para activarlos.
La protefna a2 puede tambien colaborar con
la protefna al. La combinacion de estas proteinas
reconoce a un operador diferente. El operador com-
parte las secuencias palindromicas externas, y solo
a2 reconoce la secuencia, pero es mas corto porque
la secuencia entre ellas es diferente. La combinacion
alla2 reprime los genes con este segmento en las
celulas diploides.
La principal reflexion que se deriva de estos re-
sultados es que el fenotipo de cada tipo de celula (a
o a haploide, o a la diploide) esta determinado por
Ia combinacion de proteinas a y a que se expre-
san. Un aspecto es Ia distincion entre los fenotipos
haploide y diploide; otro es Ia distincion entre los
fenotipos a y a haploide. Este ultimo se extiende a
Ia expresi6n de los genes correspondientes al tipo
de apareamiento apropiado y Ia determinacion de Ia
direccion del cambia de tipo de apareamiento (vea-
se Ia Figura 19.33). Las celulas MATa activan un
potenciador de recombinacion en el brazo izquierdo
del cromosoma III, lo que aumenta Ia recombina-
cion sabre una region de 40 kb que incluye HML.
Las celulas MATa desactivan el extrema izquierdo
del cromosoma III.
IE Se reprimen los cartuchos
silentes en HML y HMR
Conceptos principales
Los elementos silenciadores reprimen HML y HMR.
Los loci requeridos para mantener el silenciamiento
incluyen SIRl-4, RAPl y los genes de la histona H4 .
Se necesita la union de ORC (complejo de
reconocimiento del origen) a los silenciadores para la
desactivaci6n.
El mapa de transcripcion en el Figura 19.34 reve-
la una caracteristica intrigante: Ia transcripcion de
MATa o MATa se inicia dentro de Ia region Y. Solo
ellocus MAT se expresa; sin embargo, Ia misma re-
gion Yesta presente en el cartucho correspondiente
no transcrito (HML o HMR), lo que implica que la
regulacion de la expresion no se acompafia del re-
conocimiento directo de algun sitio superpuesto al
promotor. Un sitio fuera de los cartuchos debe distinguir
HMLyHMRdeMAT.
El analisis de delecion muestra que se necesitan
los sitios a cada lado de HML y HMR para detener su
expresion y se Haman silenciadores. Los sitios del
lado izquierdo de cada cartucho se Haman silencia-
492 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y espec\fica de sitio
dores E y los dellado derecho silenciadores I. Est .
sitios de control pueden funcionar a cierta distancic
(hasta 2.5 kb de un promotor) yen cualquier orien-
taci6n; actuan como potenciadores negativos (l :
potenciadores son elementos distantes del promow :-
que activan Ia transcripcion; vease Ia seccion 24.! 5
Los potenciadores contienen elementos bidimensi -
nales que ayudan a Ia iniciacion).
2,Se puede encontrar Ia base del control de l;o
actividad del cartucho si se identifican los genes que
se encargan de mantener los cartuchos silentes? Se
esperarfa que los productos de estos genes actuase'
sabre los silenciadores. Un analisis conveniente pare
Ia mutacion en tales genes lo proporciona el hech
de que cuando una mutacion permite a los cartu-
chos que en general estan silentes en HML y HM,-::
expresarse, se producen tanto funciones a como a
de manera que las celulas actuan como diploide>
MATa/MATa.
Las mutaciones en varios loci suprimen el silen -
ciamiento y !levan a la expresi6n de HML y HMR
Los primeros en descubrirse fueron los cuatro Joe
SIR (reguladores de Ia informacion si lentes [silent ill-
formation regulators]). Los cuatro loci de SIR de tipo
Silvestre son indispensables para mantener a HML :
HMR en estado de represion. La mutacion en cuaJ-
quiera de estos loci para dar un alelo sir- tiene do_
efectos. Tanto HML como HMR se pueden transcri-
bir, y ambos cartuchos silentes se vuelven dianas
de reposicion por cambia. De este modo, el mism o
episodio regulador sirve para reprimir un cartuch
silente y para impedir que sea receptor de reposi-
cion para otro cartucho.
Otros loci requeridos para el silenciamiento in-
cluyen RAPJ (que tambien se necesita para man-
tener Ia heterocromatina telomerica en su estad o
inerte) y los genes que codifican Ia histona H4. La
deleciones del extrema N de Ja histona H4 o Ia.
mutaciones puntiformes individuales activan lo
cartuchos silentes. Los efectos de estas mutaciones
pueden contrarrestarse con la introduccion de nue-
vas mutaciones en SIRJ o la sobreexpresion de SIR !.
lo que sugiere que hay una interaccion especffica
entre H4 y las proteinas SIR.
El modelo general sugerido por estos resultado5
es que las proteinas SIR actuan sabre la estructura
de Ia cromatina para prevenir Ia expresion genica.
Las mutaciones en las proteinas SIR tienen los mis-
mos efectos en los genes que se han desactivad o
debido a la proximidad de Ia heterocromatina telo -
merica, par lo que parece probable que las protefnas
SIR participen, en general, en la interaccion con las
histonas para formar estructuras heterocromaticas.
(inertes) (vease Ia seccion 31.3, La heterocromatina
depende de interacciones con histonas).

ORC se une a ars
Sir1 se une a ORC
l Se logra un cambio del tipo de apareamiento con
0 una conversion genica donde el sitio receptor
El complejo de
silenciamiento se
une a Sir1
F1 19. El silenciamiento en HMR depende de reclutar
Sirl.
Hay una conexion interesante entre la represion
en los silenciadores y la replicacion del DNA. Cada
silenciador contiene una secuencia ARS (un origen
de la replicacion). La ARS se une al ORX (complejo
de reconocimiento del origen) que participa en el
inicio de la replicacion. Las mutaciones en los genes
ORC impiden el silenciamiento, lo que indica que se
requiere la union de la protefna ORC al silenciador
para el silenciamiento.
Hay dos tipos diferentes de conexion entre el
silenciador y el aparato de replicacion:
es necesaria la presencia de Sirl y
se requiere replicacion.
Si se localiza una proteina Sirl en el silenciador
(mediante el enlace con otra proteina unida ahi), ya
no se requiere la union de ORC. Esto significa qu e
la participacion de ORC es tan solo para llevar al
interior a Sirl; nose necesita para iniciar la replica-
cion. Como se ilustra en la , !a funcion
de ORC pudiese, por tanto, consistir en proveer un
centro de inicio a partir del cual se pueda dispersar
el efecto del silenciamiento. La ORC provee !a es-
tructura ala cual se une Sirl y esta recluta, enton -
ces, a las otras proteinas SIR. Esto es diferente de su
funcion en la replicacion .
Sin embargo, el paso por la fase S es necesa-
rio para que se establezca el silenciamiento . Esto
no requiere que !a iniciacion tenga Iugar en el A RS
del silenciador. El efecto podrfa depender del paso
de la horquilla de replicacion por el silenciador, tal
vez para permitir que la estructura de Ia cromatina
cambie .
19.23 Ellocus MAT receptor inicia la trans posicion unidireccional
E Ellocus MAT receptor inicia
la transposici6n unidireccional
Concepto principal
El cambia del tipo de apareamiento se inicia por una
rotura de la doble cadena hecha en ellocus MAT por la
endonucleasa HO.
(MAT) adqu iere la secuencia de tipo donador (HML
o HMR). Los sitios necesarios para Ia transposicion
se han identificado por mutaciones en MAT que
impiden el cambio. La naturaleza unidireccional del
proceso Ia indica Ia falta de mutaciones en HML o
HMR.
Las mutaciones identifican un ciclo en ellfmite
derecho de Yen 1VLAT que es crucial para el suceso de
cambio. La naturaleza del limite se demuestra cuan-
do se analizan las localizaciones de estas mutaciones
puntiformes con relacion a! sitio de cambio (lo que
se hace revisando los resultados de los cambios muy
poco frecuentes que ocurren a pesar de la muta-
cion). Algunas mutaciones yacen dentro de Ia region
que es sustituida (y, por tanto, desaparecen de MAT
despues de un cambio), en tanto que otras yacen
apenas afuera de la region sustituida (y, por tanto,
continuan impidiendo el cambio). De este modo,
se necesitan secuencias dentro y fuera de la region
sustituida para el episodio de cambio.
El cambio se inicia con una rotura de la doble
cadena cerca del limite Y-Z, que coincide con un sitio
que es sensible al ataque por una desoxirribonuclea-
sa (una caracterfstica com{m de los sitios cromoso-
micos que participan en el inicio de Ia transcripcion
o recombinacion). Se reconoce por una endonu-
cleasa codificada en el locus HO. La endonucleasa
HO produce la rotura de doble cadena escalonada
apenas por la derecha dellfmite Y. La escision genera
extremos de una sola cadena de cuatro bases, que se
ejemplifican en la . La nucleasa no ataca
loci MAT mutantes que no pueden cambiar. El ana-
lisis de la delecion muestra que se requiere casi toda
Ia secuencia de 24 bp que rodea a! sitio de union
Y, o toda, para la escision in vitro . El sitio de reco-
nocimiento es relativamente grande para una nu-
cleasa y se presenta solo en los tres cartuchos del
tipo de apareamiento.
Solo ellocus MAT, no asi el HML o los loci HMR.
es diana de la endonucleasa. Parece posible que los
mismos mecanismos que manti enen a los cartuchos
silentes sin transcribir tambien los mantengan in-
accesibles a la endonucleasa HO . Tal inaccesibilidad
asegura qu e el cambio sea unidireccional.
493
 La reaccion desencadenada por Ia escision s~
Region Y ilustra en Ia , en terminos de Ia reacci6-
general entre las regiones receptora y donadora. E:.
TTTCAGCTTTCCGCAACAGTATA terminos de las interacciones de las cadenas indi -
AAAGTCGAAAGGCGTTGTCATAT
viduales de DNA. sigue el esquema de recombinc.-
cion a traves de una rotura de doble cadena que se
incluye en Ia Figura 19.9, y las etapas siguientes-
Endonucleasa HO

'tTfCAGCTTTCCGCAACA
AAAGTCGAAAGGCG
L GTATA
TTGTCATAT
corte inicial requieren las enzimas involucradas e-
la recombinacion general. Las mutaciones en algt:.-
nos de estos genes impiden el cambia.
Sup6ngase que el extremo libre de MAT invaci~
el locus HML o HMR y se aparea con la region ci::
La endonucleasa HO escinde MAT apenas a la
derecha de la region Y, lo que genera extremes pegajosos con
homologia en ellado derecho. La region Y de MA::-
un colgajo de cuatro bases. se degrada hasta exponer una region con homo[ -
gfa en ellado izquierdo. En ese punto, una MAT =
aparea con HML o HMR en ambos !ados, izquierde
y derecho. La region Y de HML o HMR se copia pare.
sustituir la region perdida de MAT (que podrfa ex-
tenderse y rebasar los lfmites del mismo Y). Los loc
apareados se separan (el orden de los sucesos podric.
ser diferente).
AI igual que en el modelo de rotura de doblc
cadena para la recombinacion, el proceso lo inicic.
MAT, ellocus que se va a remplazar. En ese sentid
Receptor
MAT
la descripcion de HML y HMR como loci donadore;
se refiere a su funcion finaL pero no al mecanisme
~ del proceso. Como en la transposicion replicativa
el sitio donador no se afecta, pero ocurre un cambic
Corte eo el limite \ de secuencia en el receptor. A diferencia de la trans-
posicion, ellocus receptor sufre una sustitucion mas
que una adicion de material.

___
Apareamiento ~
..
con el donador ~ IE La reg ulaci6n de la expresi6n
de HO contro la el cambio
Concepto principal

La endonucleasa HO se sintetiza en celulas madre

haploides, de manera que un episodic de cambia hace
que ambas cadenas hijas tengan el nuevo tipo de
Degradaci6n de MAT
\ apareamiento.

La produccion de la endonucleasa HO es reguladc.

en el ambito de la transcripci6n genica. Hay tres
sistemas de control distintos:
Sintesis de DNA nuevo \
El HO esta bajo el control del tipo de aparea-
El DNA receptor ha cambiado el tipo de
miento. No se sintetiza en celulas diploides
apa~amiento
MATa/MATa. Tal vez el motivo sea que n
hay necesidad de cambia cuando ambos ale-
los MAT se expresan de cualquier forma.
El DNA donador no cambia
El HOse transcribe en las celulas originates.
Se inicia la sustitucion del cartucho con una
pero no en las hijas.
rotura de doble cadena en ellocus receptor (MAT), que puede La transcripcion de HO tambien responde ai
comprender el apareamiento de cua lquier lado de la region Y ciclo celular. El gen se expresa solo al terrni-
con ellocus donador (HMR o HML). no de Ia fase G l de una celula original.

494 CAPITULO 19 Recombinaci6n homologa y espec1fica de sitio

 La sincronizacion de la produccion de ]a nuclea-
sa explica Ja relacion entre cambia y linaje celular.
~~ ; --
La muestra que el cambio se detecta
solo en los productos de una division; ambas celulas
hijas tienen el mismo tipo de apareamiento, que Ocurre cambia en una a a
/ 'a
cambia con respecto al de la que les dio origen. El original, ambas hiJas / '-.
motivo es que Ia restriccion de la expresion de HO
a Ia fase G l asegura que el tipo de apareamiento
son a
Las celulas no pueden camb1ar otra
vez en Ia pnmera generac16n /
0 '-. /
""
0
'-.
cambie antes de que se replique el locus MAT, con despues del ultimo cambia "" ""
el resultado de que toda Ia progenie tiene el nuevo
tipo de apareamiento. Ocurre cambia en una a 0 00 0
Los sitios de accion en configuracion cis que con- original, ambas hijas son a / '
troJan la transcripcion de HO residen a l 500 bp en a
sentido ascendente con respecto del gen. El patron
general de control consiste en que la represion en Ocurre cambia solo en las celulas originales; ambas
solo uno de muchos sitios que responden a varios celulas hijas tienen un nuevo tipo de apareamiento. Una celula hija
debe pasar par un ciclo entero antes de co nvertirse en una celula
circuitos regula do res puede impedir la transcripcion
madura y poder cambia r de nuevo.
de HO. En la se resumen los tipos de
sitios que participan.
El control del tipo de apareamiento se asemeja
al de otros genes haploides especfficos. La transcrip- Represi6n en diploides
cion Ia impide (en las celulas diploides) el represor
alla2. Hay 10 sitios de union para el represor en
la region en sentido ascendente, que varfan en su
conformidad con respecto ala secuencia de consen-
so. Nose sabe cuales y cuantos de ellos se requieren
para la represion haploide especifica. Expresi6n especffica de G1
El control de la transcripcion de HO implica la Control del
interaccion de una serie de episodios de activacion ciclo celular
y represion. Se requieren los genes SWII-5 para Ia cdc28

transcripcion de HO. Actuan al impedir que los pro-

URS2 URS2
ductos de los genes SINI-6 repriman HO. Los genes
SWI se descubrieron primero como mutantes in- Represi6n especffica de hija
capaces de cambiar; los genes SIN se descubrieron
despues por su capacidad de liberar los bloqueos Activador , _ . Represor Activador
ocasionados por mutaciones particulares de SWI. .Swi5 . U Ash1 Swi5
Las interacciones SWI-SIN participan tanto en el \.V \l IA>f.J
control del ciclo celular como en Ia restriccion de la URS1 URS1
expresion en las celulas originales.
Los tres sistemas reguladores actuan sabre la
Algunos de los genes SWI y SIN no se encargan transcripci6n del gen HO, la cual ocurre s6lo cuando se elimina
de manera espedfica del tipo de apareamiento, sino toda represi6n.
que son reguladores globales de Ia transcripcion
cuyas funciones son indispensables para la expre-
sion de muchos loci que incluyen el complejo de
conferir control del ciclo celular a un gen al que
remodelado de cromatina SWIISNF que contiene
este unida . Un gen vinculado con esta secuencia
Swil,2,3 y los loci SINl-4, que codifican protefnas
cromosomicas o cromatina en los reguladores. Su es reprimido, excepto durante un periodo transito-
participacion en Ia expresion del tipo de aparea- rio bacia el final de la fase G1. Los activadores que
miento es incidental. El regulador "real" es, por tan- liberan Ia represion en URS2 son Swi4 y Swi6. Su
to, Ia proteina Swi, que contrarresta el sistema de actividad depende de Ja funcion del regulador del
represion general de manera especffica en ellocus ciclo celular Cdc28, que ejecuta la decision que !leva
HO. a las celulas a dividirse.
El control del ciclo celular es conferido por nue- La diana para la expresion de la restriccion en
ve capias de una secuencia octanucleotfdica llamada generaciones alternas es el activador Swi5 (que an-
URS2. Una copia de la secuencia de consenso puede tagoniza a un sistema de represion general ejercido

19.24 La regulaci6n de la expresi6n de HO controla el cambia 495

 por Sin3,4). En los mutantes que carecen de es-
tas funciones, HO se transcribe muy bien en celu-
las originales e hijas. Este sistema actua sobre los
elementos de URSI en Ia region lejana en sentido
ascendente.
La SWI5 no es en sf misma el regulador de Ia
especificidad de las celulas originales, pero es anta-
gonizado por Ashlp, un represor que se acumula
de manera preferente en las ce!ulas hijas a! final de
la anafase. Las mutaciones en ASHl permiten a las
celulas hijas cambiar el tipo de apareamiento. La lo -
calizacion de Ashlp depende del transporte de su
RNAm desde la celula original a traves de filamentos
de actina hacia la yema hija (vease la seccion 7.16, El
RNAm puede localizarse de man era especifica). Su
presencia impide que SWI5 active el gen HO. Actua
a! unirse a muchas capias de una secuencia de con-
sensa que se distribuyen en las regiones reguladoras
URSI y URS2. Cuando la celula h.ija crece para con-
vertirse en una celula madura, la concentracion de
Ashlp se diluye y entonces es posible expresar de
nuevo el gen HO.
IE Resumen
La recombinacion comprende el intercambio fisico
de partes entre las moleculas de DNA correspon -
dientes, lo que origina un DNA duplex donde dos
regiones de origen opuesto se conectan por un seg-
mento de DNA hfbrido (heteroduplex), en el cual
una cadena es derivada de cada progenitora. Los
episodios de correccion pueden ocurrir en sitios con
apareamiento erroneo dentro de un DNA hfbrido.
El DNA hfbrido tambien puede formarse sin que
haya recombinacion entre marcadores a ambos
!ados. La conversion genica tiene Iugar cuando se
forma una region extensa del DNA hfbrido durante
la recombinacion normal (o entre genes no alelicos
en un episodio aberrante) y se corrige ala secuencia
de SOlO una Cadena progenitora, en cuyo punta un
gen toma la secuencia del otro.
La recombinacion se inicia con una rotura de la
doble cadena en el DNA, que aumenta hasta formar
una brecha con un extrema de una sola cadena;
el extrema de una sola cadena libre forma, enton-
ces, un heteroduplex con Ia secuencia alelica. El
DNA donde ocurre Ia rotura en realidad incorpora
Ia secuencia del cromosoma que invade, de modo
que el DNA de inicio se llama receptor. Los puntas
calientes para Ia recombinaci6n son sitios donde se
inician roturas de doble cadena. Se determina un
gradiente de Ia conversion genica porIa posibilidad
de que una secuencia cercana al extrema libre se
convierta en cadena unica; esto disminuye con la
distancia a partir de Ia rotura.
496 CAPITULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especlfica de sitio
La recombinacion en las levaduras la inicia
Spall, una enzima similar ala topoisomerasa que
se enlaza con los extremos 5' libres del DNA. La DSB
se procesa, entonces, con la generacion de DNA de
cadena unica que puede hibridarse con su comple-
mentaria en el otro cromosoma. Las mutaciones de
las levaduras que bloquean la fo rmacion del com-
plejo sinaptonemico muestran que se requiere re-
combinacion para su formacion. La formacion del
complejo sinaptonemico puede iniciarse con las ro-
turas de la doble cadena y puede persistir hasta que
concluya la recombinacion. Las mutaciones en los
componentes del complejo sinaptonemico bloquean
su formacion, pero no impiden el apareamiento cro-
mosomico, de manera que el reconocimiento de ho-
mologos es independiente de la recombinacion y l]a
formacion del complejo sinaptonemico.
Las protefnas Rec y Ruv de E. coli pueden llevar
a cabo el conjunto completo de acciones requeridas
para la recombinacion. La nucleasa RecBCD gene-
ra una region de una sola cadena con un extrema
libre. La enzima se une al DNA en un lado de lase-
cuencia chi y despues se desplaza bacia la secuencia
chi, desenrollando el DNA a medida que avanza. Se
hace una rotura de una sola cadena en la secuen-
cia chi. Las secuencias chi proveen puntas calientes
para Ia recombinaci6n. La Cadena unica aporta un
sustrato para RecA, que tiene Ia capacidad de hacer
sinapsis de moleculas de DNA homologos al facili-
tar una reacci6n donde una cadena unica de una
molecula invade a una duplex de Ia otra molecula.
Se forma DNA heteroduplex por desplazamiento de
una de las cadenas originales de la duplex. Esta
acciones crean una union de recombinacion que re-
suelven las protefnas Ruv. Las RuvA y RuvB actuan
en una heteroduplex y RuvC escinde las unione
Holliday.
La recombinacion, a semejanza de la replicacion
y (tal vez) de Ia transcripcion, requiere manipula-
cion topologica del DNA. Las topoisomerasas pue-
den relaj ar (o introducir) superhelices en el DNA y
son indispensables para desenmarafiar las molecu-
Ias de DNA que se han encadenado por recombi-
nacion o replicaci6n. Las topoisomerasas de tipo I
causan una rotura en una cadena del DNA duplex:
las topoisomerasas de tipo II hacen roturas de dos
cadenas. La enzima se enlaza con el DNA por una
union de Ia tirosina al extrema 5' fosfato (enzimas
de tipo A) o al extrema de 3' fosfato (enzimas de
tipo B).
Las enzimas involucradas en la recombinacio _
especffica de sitio tienen acciones relacionadas co
las de las topoisomerasas. En esta clase general de
recombinasas, aquellas dedicadas a la integracioc
de fagos forman la subclase de integrasas. El sistema
Crellox utiliza dos moleculas de Cre para unirse a
ada sitio lox, de manera que el complejo recombi-
nante es un tetramero. Este es uno de los sistemas
estandar para insertar el DNA en un genoma extra -
no. La integra cion del fago 'A req uiere las protefnas
Int del fago y la IHF del hospedador e implica una
rotura y reunion precisas en au sencia de sfntesis de
DNA. La reaccion implica envolver con Ia secuencia
attP del DNA del fago la estructura de nucleopro-
refna del intasoma, que contiene varias copias de
Int e IHF; se une, entonces, la secuen cia attB del
hospedador y ocun.:: la recombinaci6n. La reacci6n
en direccion inversa requiere la protefna Xis del
fago. Algunas integrasas funcionan por escision en
configuracion cis, donde una tirosina que reaccio-
na con el DNA en un sitio mitad es provista por la
subunidad de enzima u nida a ese sitio mitad; otras
funcionan por escisi6n en configuraci6n trans, para
lo que una subunidad protefnica diferente provee
la tirosina.
La levadura S. cerevisiae puede propagarse en es -
tado h aploide o diploide. La conversion entre estos
estados ocurre por apareamiento (fusion de celulas
haploides para producir una diploide) y esporula-
ci6n (Ia meiosis de celulas diploides para dar espo-
ras haploides). La posibilidad de participar en estas
actividades la determina el tipo de apareamiento
de la cepa. El tipo de apareamiento lo determina
la secuencia del locus MAT y puede cambiar por
un episodio de recombinacion, que sustituye una
secuencia diferente en este locu s. El suceso de re-
combinaci6n se inicia con una rotura de la doble
cadena, como un suceso de recombinaci6n hom6-
loga, pero lu ego los pasos subsecuentes aseguran
una reposicion unidireccional de la secuencia en el
locus MAT.
La reposici6n es regulada de man era que MA Ta
suele ser sustituida por la secuencia de HMLa, en
tanto MATa suele ser sustituida por la secuencia de
HMRa. La endonucleasa HO desencadena Ia reac-
cion cuando reconoce un sitio diana unico en MAT.
La HOes regulada en el ambito de Ia transcripcion
por UD Sistema que asegura SU expresion en celulas
originales pero no en sus hijas, con Ia consecuencia
de que toda la progenie tiene el mismo tipo de apa -
reamiento (nuevo).
Referencias
IIIJ Las roturas de la doble cadena inician la
recombinacion
Articulo de investigacion
Hunter, N. and Kleckner, N. (2001 ). The single-end
invasion: an asymmetric intermediate at the double-
strand break to double-Holliday junction tra nsition of
meiotic recombination. Cell 106, 59-70.
Artic ulvs de revision
Lichten, M. and Goldman, A. S. (1995). Meio tic
recombination hotspots. Annu. Rev. Genet. 29, 423-
444 .
Szostak. J. W., Orr- Weaver. T. L.. Rothstein, R. J ., and
StahL F. W. (1983). The doubl e-strand-break repair
mod el for recombination. Cell 33, 25-35.
a Los cromosomas en recombinacion se conectan por
el complejo sinaptonemico
Articulos de i nvestigacion
Blat, Y, and Kleckner, N. (1999 ). Cohesins bind to
preferential sites along yeast chromosome ill, with
differe ntial regulation along arms versus the central
region. Cell 98, 249-259.
Dong, H. and Roeder. G. S. (2000). Organization of the
yeast Zip 1 protein within the central region of the
synaptonemal complex. J. Cell Bioi. 148, 417- 426.
Klein, F. et al. ( 1999). A central role for coh esins in sister
chromatid cohesion. forma ti on of axial elements. and
recomb ination during yeast meiosis . Ce/198, 91 - 103 .
Sym, M ., Engebrecht, J. A., and Roeder, G. S. ( 1993).
ZIP1 is a synaptonemal complex protein requi red for
meiotic chromosome synapsis . Ce/!72, 365- 378.
Articulos de revision
Roeder, G. S. ( 1997). Meiotic chromosomes: it takes two to
tango. Genes Dev. ll, 2600-2621.
Zic kler. D. and Kleckner, N. (1999). Meiotic chromosomes:
integrating struct ure and fu nction. Annu. Rev. Genet.
33, 603-754.
IJill El complejo sinaptonemico se forma despues de las
roturas de la doble cadena
Articulos de investigaci6n
Allers, T. and Lichten, M. (2001). Differential timing and
co ntrol of noncrossover and crossove r recombination
during meiosis. Cell 106, 47-57.
Weiner, B. M. and Kleckner, N. (1 994) . Chromosome
pairing via multiple interstitial interactions before and
during m eiosis in yeast. Ce/!77, 977- 991.
Articulos de revision
McKim, K S., Jang, J. K., and Manheim, E. A. (2002).
Meiotic recombination and chromosome segregation
in Drosophila female s. Annu. Rev. Genet. 36, 205-232.
Petes, T. D. (200 1) . Meiotic re comb ination hot spots and
cold spots. Nat. Rev. Genet. 2, 360-369.
IJill Las secuencias chi estimulan e l sistema RecBCD
bacteria no
Articulos de investigacion
Dillingham, M. S., Spies, M., and Kowalczykowski, S. C.
(2003). RecB CD enzyme is a bipolar DNA helicase .
Nature 423, 893-897.
Spies, M. , Bianco, P. R., Dillingham, M. S., Handa, N.,
Referencias 497
 Baskin, R. Land Kowalczykowsk.L S.C. (2003). A
molecular throttle: the recombination hotspot chi
controls DNA translocation by the RecBCD helicase.
Celli I4, 647-654.
Taylor, A. F. and Smith, G. R. (2003). RecBCD enzyme is
a DNA helicase with fast and slow motors of opposite
polarity. Nature 423, 889-893.
Las prote\nas de transferencia de cadenas catalizan
la asimilaci6n de una sola cadena
Artk ulos de revision
Kowalczykowsk.L S. C., Dixon, D. A., Eggleston, A.
K., Lauder, S.D., and Rehrauer, W. M. (1994).
Biochemistry of homologous recombination in
Escherichia coli. Microbial. Rev. 58, 40I-465.
Kowalczykowski, S. C. and Eggleston, A. K. ( 1994).
Homologous pairing and DNA strand-exchange
proteins. Annu. Rev. Biochem. 63, 991-1043.
Lusetti, S. L. and Cox, M. M. (2002). The bacterial RecA
protein and the recombinational DNA repair of stalled
replication forks. Annu. Rev. Biochem. 71, 71-100.
IE El sistema Ruv resuelve las uniones Holliday
Articulos de investigaci6n
Boddy, M. N., Gaillard, P. H., McDonald, W. H., Shana han,
P., Yates, J. R., and Russell, P. (200 1). Mus8l -Emel
are essential components of a Holliday junction
resolvase. Cell 107, 537-548.
Chen, X. B., Melchionna, R., Denis, C. M., Gaillard, P. H.,
Blasina, A., Van de Weyer, I., Boddy, M. N., Russell,
P., Vialard, J., and McGowan, C. H. (2001). Human
Mus8l-associated endonuclease cleaves Holliday
junctions in vitro. Mol. Cell 8, 11 17-I 127.
Constantinou, A., Davies, A. A., and West, S.C. (200 1).
Branch migration and Holliday junction resolution
catalyzed by activities from manm1alian cells. Cell i 04,
259-268.
Kaliraman, V., Mullen, J. R., Fricke, W. M., Bastin-
Shanower, S. A., and BrilL S. J. (2001). Functional
overlap between Sgs I-Top3 and the Mms4-Mus8l
endonuclease. Genes Dev. 15, 2730-2740.
Artkulos de revision
Lilley, D. M. and White, M. F. (200 1). The junction-
resolving enzymes. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 2, 433-443.
West, S. C. ( 1997). Processing of recombination
intermediates by the RuvABC proteins. Annu. Rev.
Genet. 31 , 2 13-244.
IIIIJ Las topoisomerasas relajan o introducen superhelices
en el DNA
.j),rt\culos de revision
Champoux, J. J . (200 l). DNA topoisomerases: structure,
function, and mechanism. Annu. Rev. Biochem. 70,
369-413.
Wang, J. C. (2002). Cellular roles of DNA topoisomerases :
a molecular perspective. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3,
430-440.
498 CAPiTULO 19 Recombinaci6n hom6loga y especifica de sitio
am Las topoisomerasas rompen y resellan cadenas
Articulo de investigaci6n
Lin1a, C. D., Wang, J. C., and Mondragon, A. (I 994).
Three-dimensional structure of the 67K N-terminal
fragment of E. coli DNA topoisomerase I. Nature 367,
138-146.
Art\culo de revision
Champoux, J. J. (2001). DNA topoisomerases: structure,
function, and mechanism. Annu. Rev. Biochem. 70,
369-413.
La recombinaci6n especializada involucra sitios
espec\ficos
Articulos de investigaci6n
Metzger, D., Clifford, J., Chiba, H., and Chambon, P.
( 1995). Conditional site-specific recombination in
mammalian cells using a ligand-dependent chimeric
Cre recombinase. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 92,
699 1-6995.
Nunes-Duby, S. E., Kwon, H. J., Tirumalai, R. S.,
Ellenberger, T., and Landy, A. ( 1998). Similarities
and differences among 105 members of the Int family
of site-specific recombinases. Nucleic Acids Res. 26,
391-406.
Articulo de revision
Craig, N. L. ( 1988). The mechanism of conservative site-
specific recombination. Annu. Rev. Genet. 22, 77- 105.
La recombinaci6n especifica de sitio simula La
actividad de la topoisomerasa
Articulo de investigaci6n
Guo, F., GopauL D. N., and van Duyne, G. D. (1997).
Structure of Cre recombinase complexed with DNA
in a site-specific recombination synapse. Nature 389,
40-46.
am La recombinaci6n A. ocurre en un intasoma
Art\culos de investigaci6n
Biswas, T., Aihara, H., Radman-Livaja, M., Filman, D.,
Landy, A., and Ellenberger, T. (2005). A structural
basis for allosteric control of DNA recombination by
lambda integrase. Natu re 435, I059-l066.
Wojciak, J. M., Sarkar, D., Landy, A., and Clubb, R.
T. (2002). Arm-site binding by lambda integrase:
solution structure and functional characterization of
its amino -terminal domain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA
99, 3434-3439 .
stemas de reparaci6n
ESQUEMA DEL CAPITULO )
Introducci6n
Los sistemas de reparaci6n corrigen el dana del
DNA
Los sistemas de reparaci6n reconocen las secuencias de
DNA que no cum plen con los pares de bases estandar.
Los sistemas de escisi6n retiran una cadena de DNA del
sitio daiiado y despues la sustituyen.
Los sistemas de reparaci6n par recombinaci6n utilizan la
recombinaci6n para sustituir la region de doble cadena que
ha sido daiiada.
Todos estos sistemas son susceptibles de introducir errores
durante el proceso de reparaci6n.
La fotorreactivaci6n es un sistema de reparaci6n no
mutagenico que actua de manera especifica en dimeros de
pirimidinas.
Sistemas de reparaci6n par escisi6n en E. coli
El sistema Uvr hace incisiones a -12 bases de distancia de
ambos lados del DNA danado, retira el DNA entre ellas y
vuelve a sintetizar el DNA nuevo.
Vias de reparaci6n par escisi6n en celulas de
mam1feros
La reparaci6n par escisi6n en los mamiferos se
desencadena con la eliminaci6n directa de una base danada
del DNA.
El retiro de las bases desencadena la eliminaci6n y
sustituci6n de un segmento de polinucle6tidos.
La naturaleza de la reacci6n de la eliminaci6n de las bases
determina cual de las dos vias de reparaci6n par escisi6n
se activa.
La via polo/E sustituye un segmento largo de
polinucle6tidos; la via pol~ sustituye un segmento corto.
Las metilasas y las glucosilasas "lanzan" las bases
las glucosilasas reconocen y retiran de manera directa del
DNA las bases alquiladas y el uracilo.
Los dimeros de pirimidina se revierten par la rotura de los
enlaces covalentes entre ellos.
Las metilasas agregan un grupo metilo a la citosina.
Todos estos tipos de enzimas actuan allanzar la base fuera
de la doble helice donde, de acuerdo con la reacci6n, es
retirada o modificada y regresada a la helice.
Reparaci6n susceptible de error y fenotipos
mutadores
El DNA danado que no ha sido reparado causa que la
polimerasa III de DNA se detenga durante la replicaci6n.
Las polimerasas V (codificada por umuCD) o IV del DNA
(codificada por dinB) pueden sintetizar un complemento de
la cadena danada.
El DNA sintetizado par la polimerasa de reparaci6n de DNA
a menudo tiene errores en su secuencia.
Los genes mutadores pueden identificar proteinas que
afectan la fidelidad de la replicaci6n, donde el cambia
de secuencia causa una mayor tasa de mutaciones
espontaneas.
EnD Control de la direcci6n de la reparaci6n de
apareamientos err6neos
Los genes mut codifican un sistema de reparaci6n de
aparea mientos err6neos que se encarga de las bases mal
apareadas.
Hay un a tendencia en la selecci6n de que cadenas sustituir
en los apareamientos err6neos.
Par to general, se sustituye la cadena que carece de
metilaci6n en un segmento ~;~ hemimetilado.
Este sistema de reparaci6n se usa para eliminar errores en
una cadena de DNA recien sintetizada. En los apareamien-
tos err6neos G- T y C-T, se retira de preferencia la T.
fii.m1 Sistemas de reparaci6n par recombinaci6n en
E. coli
Los genes rec de f. coli codifican el principal sistema de
recuperaci6n.
El principal sistema de recuperaci6n actua cuando la repli-
caci6n deja una brecha en una cadena recien sintetizada
que se encuentra frente a una secuencia danada.
5e utiliza la cadena unica de otro segmento duplex para
sustituir la brecha.
5e retira entonces la secuencia daiiada y se prese nta una
nueva sintesis.
60 La recombinaci6n es un mecanisme importante de
recuperaci6n ante errores de replicaci6n
Una horquilla de replicaci6n puede quedarse varada cuando
encuentra un sitio danado o una hendidura en el DNA.
Una horquilla varada puede revertirse par el apareamiento
entre las dos cadenas recien sintetizadas.
Una horquilla varada puede reiniciar la reparaci6n del dana
y utilizar una heli casa para poder avanzar.
La estructura de la horquilla varada es la misma que la
union Holliday y puede converti rse en una cadena duplex y
D5B par la acci6n de las resolvasas.
Rt!) La prote1na RecA desencadena el sistema SOS
El dana at DNA causa que la proteina RecA desencadene la
respuesta 505, que consta de genes que codifican muchas
enzimas de reparaci6n .
Continua en Ia siguiente pdgina
499
 La RecA impulsa la actividad de escisi6n propia de
LexA.
La LexA reprime el sistema 505; su escisi6n propia
activa esos genes.
BD Las celulas eucari6ticas tienen sistemas de
reparaci6n conservados
Las mutaciones RAD en levaduras, identificadas por
fenotipos sensib les a la radiaci6n, ocurren en genes
que codifican si stem as de reparaci6n.
La xerodermia pigmentosa (XP) es una enfermedad
humana causada por mutaciones en cualquiera de
varios genes de reparaci6n.
Un complejo de proteinas, que incluyen productos XP
y el factor de tran scripci6n TFuH' provee un mecanisme
de reparaci6n par escisi6n en los seres humanos.
Los genes con actividad transcripcional se reparan de
manera preferente.
Ell Introducci6n
Cualquier episodio que introduzca una desviacion
de Ia estructura habitual de doble helice del DNA
representa una ame naza para Ia constitucion gene-
Reversion directa del dafio: mas de un gen.
""i'"''....,..,_,_
1111111
Reparaci6n por escisi6n de bases: 15 genes.
Reparaci6n por escisi6n de nucle6tidos: 28 genes.
Reparaci6n por escisi6n del apareamiento err6neo:
11 genes.
Reparaci6n par recombinaci6n: 14 genes.
""'i""ii"'i"'i,......_
Subunidades cataliticas de polimerasas de DNA:
16 genes.
Los genes de reparaci6n se pueden clasificar en
vias que utilizan mecanismos diferentes para revertir el daiio
al DNA o pasarlo par alto.
500 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n
6!16 Un sistema comun repara las roturas de l;:
doble cadena
La via NHEJ puede ligar extremos romos de DN A
duplex.
Las mutaciones en la via NHEJ ca usan enfermeo; : ,_
en los seres humanos.
liilll Resumen
tica de Ia celula. Las lesiones del DNA dismm
a! mfnimo gracias a los sistemas que reconoctc-
corrigen el dafio. El sistema de reparaci6n e~
complejo como el aparato de replicacion misocr.. :
que indica su importancia para !a supervivenc~
!a celula. Cuando un sistema de reparaci6n re,'::.
un cambia ocurrido al DNA, no hay consecuerr ::-
No obstante, puede haber una mutacion cuand
consigue hacerlo. La tasa medida de mutacion :
fleja un equilibria entre el numero de suceso"
dafio que ocurre en el DNA y el numero de los _
se han corregido (o corregido mal).
Los sistemas de reparacion a menudo rec -
cen una variedad de distorsiones en el DNA c ~
sefiales para actuary es posible que una celula re---
varios sistemas capaces de corregir un dafio a! D.
La importancia de Ia reparacion del DNA en las -
cariotas lo indica Ia identificacion de > 130 ge-"
de reparaci6n en el genoma humano. Se pue
dividir los sistemas de reparacion en varios t'~
generales, como se resumen en Ia - 0 1.
Algunas enzimas revierten de manera cfr
ta tipos espedficos de dafio al DNA.
Hay vias para la reparacion por escisi6c::.
bases o nucl eotidos, y del apaream ie -
erroneo, todas las cuales act-L1an med: .i.-
el retiro y Ia sustitucion de material.
Hay sistemas que usan la recombin a,
para obtener una copia no dafiada qu::
utiliza luego para sustituir una secue:-
duplex dafiada.
Una vfa de union de extremos no ho
gos vuelve a unir extremos de cadena
rotos .
Varias polimerasas de DNA diferentes -
den resintetizar segmentos de DNA de
titucion.
La reparaci6n directa sucede muy pocas vee:.
comprende la reversion o el simple retiro de ~ :
 ento daiiado. Es un buen ejemplo la fotorreacti -
;ci6n de dfmeros de pirimidina, donde los enlaces
: valentes lesivos son revertidos por una enzima
~ pencliente de la luz.
Este sistema esta muy generalizado en Ia na-
~ . raleza y ocurre en todos los mamfferos, excepto
s placentados, y parece muy importante en las
< antas. En Escherichia coli depende del producto de
~ 1 gen unico (phr) que codifica una enzima Hamada
toligasa.
Los apareamientos err6neos entre cadenas de
....,:-TA constituyen una de las principales dianas de los
: temas de reparaci6n. La reparaci6n de apareamien-
:s err6neos se logra mediante la busqueda de bases
:. aposici6n mal apareadas en el DNA. Los aparea-
""lientos err6neos que surgen durante la replicaci6n
.e corrigen al distinguir entre las cadenas "nuevas"
"antiguas" y corregir de preferencia Ia cadena que
~caba de sintetizarse. Otros sistemas abordan apa-
:eamientos err6neos generados por conversiones de
:ases, como en el caso de Ia desaminaci6n. La im-
:- rtancia de estos sistemas queda de manifiesto por
:~ hecho de que el cancer en poblaciones humanas
: consecuencia de Ia mutaci6n de genes relacio-
::::ados con los que participan en la reparaci6n de
~pareamientos err6neos en las levaduras .
Los apareamientos err6neos suelen corregirse
: )n la reparaci6n por escisi6n; esta la inicia una enzi-
-na de reconocimiento que detecta una base daiiada
eal o un cambia en la vfa espacial de] DNA. Hay dos
::pos de sistemas de reparaci6n por escisi6n.
Los sistemas de reparaci6n por escisi6n de bases
retiran de manera directa la base daiiada y
la sustituyen en el DNA. Un buen ejemplo
es la glucosilasa de uracilo del DNA, que
retira uracilos mal apareados con guaninas
(vease la secci6n 20.5, Las metilasas y glu-
cosilasas usan el aleteo de bases) .
Los sistemas de reparaci6n por escisi6n de nu-
cle6tidos retiran una secuencia que incluya
la, o las, bases daiiadas; despues se sintetiza
una nueva cadena de DNA para sustituir
el material eliminado. En Ia se
resumen los principales episodios del fun-
cionamiento de tal sistema. Estos sistemas
son comunes . Algunos reconocen el daiio
general del DNA; otros actuan sobre tipos
especfficos de bases daiiadas. A menudo hay
mtlltiples sistemas de reparaci6n por esci-
si6n en un solo tipo celular.
En los sistemas de recombinaci6n-reparaci6n se
.anejan situaciones donde el daiio persiste en una
"'lolecula hija y se ha forzado la replicaci6n para pa-
_ar por alto el sitio, lo que por lo general crea una
:recha en la cadena hija. Un sistema de recupera-
j 6n utiliza Ia recombinaci6n para obtener otra copia
de la secuencia a partir de una fuente no daiiada;
luego la copia se utiliza para reparar la brecha.
Una caracterfstica importante de la recombina-
ci6n y reparaci6n es la necesidad de abordar roturas
de doble cadena (DSB). Las DSB inician entrecruza-
mientos en re combinaci6n hom6loga. Tambien pue-
den crearse por problemas en la replicaci6n, donde
tal vez desencadenen el uso de sistemas de repara-
ci6n por recombinaci6n. Cuando se crean DSB por
daiio ambiental (p. ej., el causado por la racliaci6n) o
son producto del acortamiento de tel6meros, pueden
causar mutaciones. Un sistema para corregir DSB
puede unir extremos de DNA no hom6logos.
Las mutaciones que afectan Ia capacidad de las
celulas de E. coli de contribuir a Ia reparaci6n del
DNA entran en grupos que corresponden a varias
vfas de reparaci6n (que no tienen que ser indepen-
dientes ). Las principales vias conocidas son el sis -
tema uvr de reparaci6n por escisi6n, el sistema de
reparaci6n de apareamientos err6neos dirigido por
metilos, y las vfas de recombinaci6n recB y reeF asf
como las de reparaci6n-recombinaci6n. Las activi-
dades enzimaticas comprendidas en estos sistemas
son de endonucleasas y exonucleasas (importan-
tes para retirar el DNA daiiado), resolvasas (endo-
nucleasas que actuan de manera especffica sobre
uniones recombinantes), helicasas para desenrollar
el DNA y polimerasas de DNA para sintetizar nuevo
DNA. Algunas de estas actividades enzimaticas son
exclusivas de determinadas vfas de reparaci6n, en
tanto otras participan en multiples vfas.
El aparato de replicaci6n presta mucha atenci6n
al control de calidad. Las polimerasas de DNA utili-
zan la correcci6n de lectura para verificar la secuen-
cia de la cadena hija y eliminar errores. Algunos de
los sistemas de reparaci6n son menos precisos cuan-
do sintetizan DNA para sustituir un material dana do.
Por este motivo, a dichos sistemas se les conoce his-
t6ricamente como sistemas susceptibles de error.
El DNA es dafiado
Se elimina el dafio
Se sintetiza DNA de reposici6n
En la reparaci6n por escisi6n se sustituye de
manera directa el DNA daiiado y luego sintetiza de nuevo un
segmento de reposici6n para sustituir la cadena dafiada.
20.1 Introducci6n 501
 bal. No afectan la transcripci6n o replica-=:
111 Los sistemas de reparaci6n cuando se separan las cadenas duple:.
corrigen el dan o del DNA DNA. Asf, estos cambios ejercen sus e -
Conceptos principales tos lesivos en generaciones futuras p o ~
consecuencias del cambio en la secue::.
Los sistemas de reparacion reconocen las secuencias de del DNA. La causa de este tipo de efec:
DNA que no cumplen con los pares de bases estandar.
la conversion de una base en otra qlit
Los sistemas de escisi6n retiran una cadena de DNA del
aparea mal con su contraparte. Los can:_:-
sitio daiiado y despues la sustituyen.
Los sistemas de reparacion por recombinacion utilizan de una sola base pueden ocurrir come
la recombinacion para sustituir la region de doble sultado de la mutaci6n de una base i1:
cadena que ha sido daiiada. o por errores de replicaci6n. La J
Todos estos sistemas son susceptibles de introducir muestra que la desaminaci6n de la cit __
errores durante el proceso de reparacion. para producir uracilo (en forma espomi:.
La foto rreactivacion es un sistema de reparacion no o por un mutageno qufmico) crea un pa:-
mutageno que actua de manera espec\fica en d\meros G con apareamiento err6neo. La J
de pirimidinas. muestra que es posible que un error de .
plicaci6n cause la inserci6n de una ade
Los tipos de dafio que desencadenan sistemas de re- en Iugar de una citosina para crear un ~
paraci6n se pueden dividir en dos clases generales: A-G. Tal vez haya consecuencias simile.~
Los cambios de una sola base afectan la se- de la adici6n covalente de un pequefio g:-
cuencia del DNA, pero no su estructura glo- po a una base que modifi ca su capacida ~
apareamiento. Estos cambios pueden c:_
sar una distorsion estructural muy pequ::=
(como en el caso de un par U-G) o una J:"_
Naturaleza de Ia mutaci6n Consecuencias dificacion bastante significativa (como e:::.
Citosina
H H Uracilo U-G sustituye a C-G caso de un par A-G ), pero la caracter::
'-N/ __...... 0
ca comun es que el apareamiento err6::: :
AN DesaminacioL(, ~
11
persiste solo hasta la siguiente replica c -
Por lo tanto, solo se dispone de poco tie r;::~
lN),.o N),.o para reparar el dafio antes de que se fije ~

\:1 \:1
replicacion .
Las distorsiones estructurales puec -
Se corrige por constituir un impedimenta fisico para Ia
sustituci6n de plicacion o transcripcion. La introducci6 . _
U con C enlaces covalentes entre las bases de una ~
La desaminacion de la citosina crea un par de dena de DNA o en cadenas opuestas in :
bases U-G. Se retira de preferencia el uracilo del par con apa- Ia replicacion y la transcripci6n. En la f
reamiento err6neo. se muestra un ejemplo de irradiac -

Naturaleza de Ia mutaci6n Consecuencias

Naturaleza de Ia mutaci6n Consecuencias
Citosina Un par de purinas 0 El dimero de
H H Adenina distorsiona Ia
'N/ H,Nj cadena duplex C'CH311N tim ina
1 Timina distorsiona lc.
ArN Errores de Ia I'-J0 N"""o cadena dupls

lN)~~~6n(N-l . J 0
CY,A-N

\:1" Se corrige por

retiro de A o G
en Ia cadena
recien sintetizada
Un error de replicaci on crea un par con aparea-
Timina
~~...0
Radiaci6n
ultravioleta Se corrige
por escisi6n
miento err6neo, que tal vez se corregiria con la sustitucion de La irradiacion ultravioleta causa la formacio- :.
una base; si no se corrige, la mutacion se fij a en una cadena d\ meros entre timinas cercanas. El d\mero bloquea la rep,':=
duplex hija. cion y la transcripcion.

502 CAPITULO 20 Sistemas de reparacion

 ultravioleta (UV) donde se introducen en-
laces covalentes entre dos bases de timina
cercanas, lo que da Iugar a un dimero de
pirimidina intracatenario. La
muestra que puede haber consecuencias si-
milares si se afi.ade un agregado voluminoso
o una base que distorsiona Ia estructura de
Ia doble helice. Como se muestra en la
, una hendidura en una sola cadena
o el retiro de una base impiden que una
cadena sirva como molde apropiado para
la sfntesis de RNA o DNA. La caracterfstica
comun de todos estos cambios es que el seg-
mento de agregaci6n dafi.ado se mantiene
en el DNA y continua causando problemas
estructurales, induce mutaciones, o ambas
cosas, hasta que se retira.
Cuando se eliminan los sistemas de reparaci6n,
:.5 celulas se vuelven en extremo sensibles a !a irra-
...aci6n ultravioleta. La introducci6n de dafi.o indu-
- ." o por UV ha constituido una prueba importante
M a los sistemas de reparaci6n, por lo que cuando
: valoran sus actividades y eficacias relativas debe
-~cordarse que el enfasis podrfa ser diferente si sees-
Jdiaran otros segmentos de agregaci6n dafi.ados.
. . ......
Naturaleza de Ia mutaci6n Consecuencias
Guanina Metilguanina El grupo metilo
distorsiona Ia
yH3
0 ____. 0 doble helice
~N Alquilaci6n<~N
\A)-NH2 N~;NH 2
I I
Se corrige por
desalquilaci6n
La metilaci6n de una base distorsiona la doble
-~ lice y causa apareamiento err6neo en la replicaci6n. La es-
:-~ Ua seiiala el grupo metilo.
H, N/H No hay purina
Adenina ~N~N
'\J~N) Despurinaci6n
\i -~ Se corrige por
inserci6n
J La despurinaci6n retira una base del DNA y blo-
:_ea la replicaci6n y la transcripci6n.
Ell Sistemas de reparaci6n
po r escisi6 n en E. coli
Concepto principal
El sistema Uvr hace escisiones a -12 bases de distancia
de ambos lados del DNA daiiado, retira el DNA entre
ellas y vuelve a sintetizar el DNA nuevo.
Los sistemas de reparaci6n por escisi6n varfan en su
especificidad, pero comparten las mismas caracterfs-
ticas generales. Cada sistema retira bases dafi.adas o
mal apareadas del DNA y luego sintetiza una nueva
cadena de DNA para sustituirlas.
El principal tipo de vfa para la reparaci6n me-
diante la escisi6n se ilustra en Ia
En el paso de Ia incision, una endonucleasa
reconoce Ia estructura del sitio dafi.ado y corta Ia
cadena de DNA a ambos !ados.
En el paso de Ia escision, una 5'- 3' exonucleasa
retira un segmento de !a cadena dafi.ada.
l
Daiio
La base mutante se aparea en forma err6nea o
distorsiona Ia estructura
Incision ~
La endonucleasa escinde ambos !ados de Ia
base daiiada
La exonucleasa retira el DNA entre las hendiduras
La polimerasa sintetiza el DNA de reposici6n
~
La ligasa sella Ia hendidura
En la reparaci6n por escisi6n se retira un segmen-
to de DNA que incluye las bases danadas y se sustituye.
20.3 Sistemas de reparaci6n por escisi6n en f. coli 503
 . . llll'l'T,
Deformaci6n del DNA
UvrA reconoce el
UltrA UvrB
dafio y se une con
"~~-Q UvrB
UvrC UvrB
Se Iibera UvrA;
'\1}\1 fA.~-.()'\;0\..# se une UvrC
..L UvrD desenrolla Ia
VO\fi\.ifJYJJ;f\:0\.
~Q region y Iibera el
segmento dafiado
El sistema Uvr actua por etapas donde UvrAB
reconoce el dafio, UvrBC hace una hendidura en el DNA y UvrD
desenrolla la region marcada.
En el paso de la sintesis, Ia region de cadena
(mica resultante sirve como molde para que una
polimerasa de DNA sintetice una secuencia en sus-
titucion de la extirpada. (La sintesis de una nueva
cadena podda vincularse con el retiro de la antigua
en una accion coordinada.) Por ultimo, la ligasa de
DNA une de manera covalente el extrema 3' de la
nueva cadena al DNA original.
El sistema de reparacion por escision uvr in-
cluye tres genes, uvrA, -By -C, que codifican los
componentes de una endonucleasa de reparacion.
Sus funciones en las diversas etapas se indican en
la . Primero, la combinacion UvrAB re-
conoce dimeros pirimidinicos y otras alteraciones
voluminosas. A continuacion, Ia UvrA se disocia
(lo que requiere trifosfato de adenosina [ATP]) y la
UvrC se une a UvrB. La combinacion UvrBC hace
una incision a cada lado, una a siete nucleotidos
del extrema 5' del sitio dafiado y la otra alejada de
tres a cuatro nucleotidos del sitio 3', lo que tambien
requiere ATP. La UvrB es una helicasa que ayuda
a desenrollar el DNA para permitir la liberacion de
la cadena unica entre los dos cortes. La enzima que
corta la cadena danada de DNA es la polimerasa de
DNA I. Es posible que la enzima involucrada en la
sintesis de reparacion tambien sea la polimerasa I
de DNA (aunque las polimerasas II y III de DNA
pueden sustituirla). Los episodios son en esencia
los mismos, si bien su arden es diferente en lo que
504 CAPiTULO 20 Sistemas de reparaci6n
se refiere a la via de reparacion eucariotica . _
muestra en Ia Figura 20.23.
Casi todos los sucesos de reparacion pore! ~
en E. coli corresponde a la reparacion por m -
UvrABC. En la mayor parte de los casas (9 9'
longitud promedio del DNA sustituido es de - ~::.
cleotidos. (Por ese motivo, esta reparacion a me:
se describe como en parche corto). El l % re"~
de los casas implica la reposicion de segmen~
DNA, en su mayor parte de -l 500 nud e '
de longitud, pero llegan a extenderse basta >.::
nucleotidos (a veces denominada reparaci '-:-
parche largo). Nose sabe porque algunos st.:-
desencadenan la forma de parche largo en luf.:.~
Ia de parche corto.
Otras proteinas pueden dirigir el complej" -
bacia sitios dafiados. El dano del DNA puede -
dir la transcripcion, pero la situacion la resueln '
proteina Hamada Mfd, que desplaza ala polin~ :
de RNA y recluta al complejo Uvr (vease la : _
ra 24.19 en la seccion 24.12, Una conexion ;: ~
transcripcion y reparacion).
Vias de reparaci6n por escis=: -
en celulas de mamiferos
Conceptos principales
La reparaci6n por escisi6n en los mamiferos se
desencadena con la eliminaci6n directa de una bas;:
daiiada del DNA.
El retiro de las bases desencadena la eliminaci6n ~
sustituci6n de un segmento de polinucle6tidos.
La naturaleza de la reacci6n de retiro de bases
determina cuM de las dos vias de reparaci6n por
escisi6n se activa.
La via polo/ sustituye un segmento largo de poli r. _-
cle6tidos; la via pol~ sustituye un segmento corto.
El principia general de la reparacion por escisi ;,:_
las celulas de mamfferos es similar al de las t>::.::::
rias. No obstante, el proceso por lo general se :.=....
en una forma diferente, con el retiro de una : _
dafiada individual. Esto sirve como desencader.-= -
para activar las enzimas que cortan un fragc c-_
del DNA que incluye el sitio danado y lo su':...
yen.
Las enzimas que retiran bases del DNA se ll<L"
glucosilasas y liasas. En la l l. o se mc:e--
que una glucosilasa escinde el enlace entre Ia. _
danada o mal apareada y Ia de desoxirribo " :
Ia se muestra que algunas glucos '
son tambien liasas que pueden adelantar la rec...:.:.
una etapa mas con el uso de un grupo amino _-=

A 20 Una glucosilasa retira una base del DNA me-
:: -~e la escisi6n del enlace con la desoxirribosa.
I endonucleasa APE l, que corta la cadena polinucleo-
poH
r=NH I
r Una glucosilasa hidroliza el enlace entre la
. ~e y la desoxirribosa (con H,O), pero una liasa continua
: eacci6n al abrir el anillo del azucar (con NH,).
~~ a atacar el anillo de la desoxirribosa. Por lo gene-
.:_., a esto le sigue una reacci6n que introduce una
:ndidura en la cadena polinucleotfdica.
La muestra que la forma exacta
~ Ia vfa depende de que la base dafiada se retire por
-=. acci6n de una glucosilasa o una liasa.
Glucosilasa
l
Incision \ Acci6n de liasa
Sustituci6n
del nucle6tido +I
Lig1
Via de parche largo Via de parche corto
' 1 El retiro de las bases por la actividad de la glu-
cosilasa o la liasa desencadena vias de reparaci6n por escisi6n
en los mamiferos.
A la acci6n de la glucosilasa le sigue la de la
tfclica en ellado 5'. Esto, a su vez, atrae un complejo
de replicaci6n que incluye la polimerasa 8/E del DNA
y componentes auxiliares, que llevan a cabo un pro-
ceso de traducci6n de la hendidura que se extiende
de dos a l 0 nucle6tidos. El material desplazado es
retirado por la endonucleasa FENl. La enzima liga-
sa -1 sella la cadena, lo que corresponde a la Hamada
vfa de parche largo.
Cuando en el retiro inicial hay una acci6n de
liasa, la endonucleasa APEl se combina con la poli-
merasa ~ de DNA para sustituir un solo nucle6tido.
La hendidura se sella entonces por la acci6n de la
ligasa de XRCCl/ligasa-3. A esto se le llama vfa de
parche corto.
20.4 Vias de reparaci6n por escisi6n en celulas de mamiferos 505

Las metilasas y las glucosilasas
"lanzan" las bases
Conceptos principales
Las glucosilasas reconocen y retiran de manera directa
del DNA las bases alquiladas y el uracilo.
Los d\meros de pirimidinas se revierten por la rotura de
los enlaces covalentes entre ellos.
Las metilasas agregan un grupo metilo a la citosina.
Todos estos tipos de enzima actuan allanzar la base
fuera de la doble helice donde, de acuerdo con la
reacci6n, es retirada o modificada y regresada a la
helice.
Varias enzimas que retiran o modifican bases indivi-
duates en el DNA utilizan una reacci6n notoria don-
de una base es "lanzada" fuera de la doble helice.
Este tipo de interacci6n se demostr6 por primera vez
en las transferasas de metilos, enzimas que afi.aden
un grupo metilo ala citosina en el DNA. La metilasa
Ianza por completo fuera de Ia helice a la citosi-
na diana. En la se muestra que entra
a una cavidad en Ia enzima, donde es modificada.
Despues, regresa a su posicion normal dentro de la
helice. Todo esto ocurre sin aporte de una fuente
energetica externa.
Una de las reacciones mas frecuentes donde se
retira una base de manera directa del DNA es Ia
catalizada porIa glucosilasa de uracilo-DNA. Por lo
general, el uracilo se encuentra en el DNA debido a
una desaminaci6n (espontanea) de Ia citosina, que
Ia glucosilasa reconoce y retira. La reacci 6n es simi-
lar a la de la metilasa. El uracilo es lanzado fuera
Una metilasa "Lan za" la citosina diana fuera
de La doble heli ce para modificarla . Fotografia por cortes\a de
Sanjay Kumar, New England Biolabs.
506 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n
de Ia helice y b acia el sitio activo de Ia glucos: ~
Otras glucosilasas y liasas, como las que recor; _
bases dafiadas en el DNA de los mamfferos, ac
de manera similar.
Las bases activadas (po r lo general aq ~.:
donde se ha agregado un grupo metilo ) se r -
por un mecanismo similar. Una en zima hue._
(mica, Ia glucosilasa del alquil-adenilo DNA L~-
reconoce y retira una variedad de sustratos ale;=-.
dos que incluyen 3-metiladenina, 7 -metilgua.-:-
e hipoxa ntina .
En contraste con este mecanismo, la 1- n:.~
adenina es corregida por una enzima que u_
un m ecanismo de oxigenaci6n (codificado en ::
por el gen alkB, que tiene hom6logos muy dG.-
sos en Ia naturaleza, incluidos tres genes huma-
El grup o metilo es oxidado para formar un g:-
CH20H, y despues, Ia liberaci6n del segmento H ---
(formaldehido) restable ce la estructura de Ia ac:.
na. Una vance muy interesante es el descubrim: ~
de que la enzima bacteriana, y una de las en.c
humanas, tambien pueden reparar Ia misma -~
dafiada en el RNA. En el caso de Ia enzima hmrc
la principal diana puede ser el RNA ribos6mico. : :
es el primer episodio de reparaci6n conocido a:.-
RNA como diana.
Otra enzima que "Ianza" bases es la for o:' :
que revierte los enlaces entre dimeros de pir.imi_
(vease la Figura 20.5). El dimero de pirimidi- =
lanzado al interior de una cavidad en Ia en C::
Cerca de esta cavidad se encuentra un sitio ' -
vo que contiene un donador de electrones, qk
provee para romper los enlaces. La energia pa:::
reacci6n proviene de la luz dentro de Ia longir..:. ~
onda visible.
La caracteristica que comparten estas enz:-_
es el lanzamiento de Ia base diana a! interic ~
Ia estructura enzimatica. La endonucleasa V ri:: -
utiliza una variaci6n de este esquema, ahara r:
brado T4-pdg (glucosilasa del dimero de piric. _
nas) para reflejar su forma de acci6n. Lanza Ia :: -
adenina complementaria de la timina en el sitio =:
dfmero de pirimidinas . Por lo tanto, en este ..:::.
Ia diana para Ia acci6n catalitica de la enzima ~. ~
siendo el DNA duplex, y la enzima utiliza el ]---
miento como un mecanismo indirecto para ob . ~
acceso a su diana.
Despues de que se retira una base del DN..
ne Iugar una escisi6n de la columna fo sfodieste::--
una endonucleasa, la sintesis de DNA por una -
limerasa de DNA para llenar la brecha y la liga
por una ligasa para restablecer la integridad de ~
dena polinucleotidica, como se describe para :~
de reparaci6n por escisi6n en los mamfferos (\ _
Ia secci6n 20.4, Vias de reparaci6n por escisi6::.
celulas de mamiferos).

Reparaci6n susceptible de
error y fenotipos mutadores
Conceptos principales
El DNA daiiado que no ha sido reparado hace que
la polimerasa III de DNA se detenga durante la
replicaci6n.
La polimerasa V de DNA (codificada por umuCD) o la
polimerasa IV de DNA (codificada por dinB) pueden
sintetizar un complemento de la cadena daiiada.
El DNA sintetizado por la polimerasa de reparaci6n de
DNA a menudo tiene errores en su secuencia.
Es posible que las proteinas que afectan la fidelidad de
la replicaci6n sean identificadas por genes mutadores,
en los que la mutaci6n ocasiona una mayor tasa de
mutaciones espontaneas.
- existencia de sistemas de reparaci6n que parti-
- . m en la sfntesis del DNA hace surgir la interro-
~re de si su control de calidad es comparable con
l e la replicacion del DNA. Basta donde se sabe,
_: todos los sistemas, incluido el de reparacion por
j sion controlado por uvr, no difieren de mane -
:ignificativa en la frecuencia de errores respecto
:: :a replicaci6n del DNA. Sin embargo, en E. coli
..:rre sfntesis de DNA susceptible de errores en
:.-:as circunstancias.
La caracterfstica de susceptibilidad de error se
=~rvo por primera vez cuando se encontro que
:=paracion del DNA daiiado del fago A se acom-
-:':aba de la induccion de mutaciones cuando se
ducfa el fago en las celulas que antes se habfan
ado con UV. Esto sugiere que Ia radiacion UV
ospedador activo funciones que generan mu-
nes. La respuesta mutagenica tambien actua en
=- ~A del hospedador bacteriano.
;_ Cual es la verdadera actividad susceptible de
_r? Es una polimerasa de DNA que inserta bases
- rrectas, que representan mutaciones, cuando
::. por cualquier sitio donde no puede introducir
::s de bases complementarios en Ia cadena hija.
:unciones involucradas en esta via susceptible
::rror se identifican por las mutaciones en los
=-=s umuD y umuC, que suprimen la mutagene-
- ducida por UV. Esto implica que las proteinas
C y UmuD causan mutaciones que tienen lugar
ues de la irradiacion UV. Los genes constituyen
~ eron umuDC cuya expresion es inducida por el
.::. ) del DNA. Sus productos forman un complejo
_;D' 2 C que consta de dos subunidades de una
e(na truncada UmuD y una subunidad UmuC.
_!lluD es escindida por RecA, la cual es activada
-;I daiio del DNA (vease la seccion 20.10, La
_-_ desencadena el sistema SOS).
20.7 Control de la direcci6n de la reparaci6n de apareamientos err6neos
El complejo UmuD' 2 C tien e actividad de poli-
merasa de DNA. Se llama polimerasa V de DNA y se
encarga de Ia sintesis del nuevo DNA para sustituir
secuencias que han sido daiiadas porIa luz UV. Esta
es la unica enzima en E. coli que puede pasar por
alto los dimeros de pirimidinas habituales produci-
dos por luz UV (u otros productos voluminosos). La
actividad de Ia polimerasa es susceptible de error.
La mutacion de umuC o umuD desactiva a Ia enzima,
lo que hace letalla irradiacion UV. Algunos plas-
midos portan genes Uamados mucA y mucB que son
homologos de umuD y umuC y cuya introducci6n a
una bacteria aumenta su resistencia a Ia eliminacion
por UV y Ia susceptibilidad ala mutagenesis.
;_Como gana acceso a! DNA una polimerasa de
DNA alternativa? Cuando la replicasa (polimerasa
III de DNA) encuentra un bloqueo, como u n dfmero
de timidinas, se detiene. Despues es desplazada de
Ia horquilla de replicaci6n y sustituida por la po-
limerasa V de DNA. De hecho, la polimerasa V de
DNA utiliza las mismas proteinas auxiliares que Ia
polimerasa III de DNA. La misma situacion es valida
para Ia polimerasa IV de DNA, producto de dinE,
que es otra enzima que actua sabre el DNA daiiado.
Las polimerasas rv y V de DNA son parte de una
familia mas grande, que incluye las polimerasas de
DNA eucarioticas cuyos miembros participan en la
reparacion del DNA daiiado (vease la seccion 20.11,
Las celulas eucarioticas tienen sistemas de repara-
cion conservados) .
E1J Control de la direcci6n de
la repa raci6n
de apa reamientos err6neos
Conceptos principales
Los genes mut codifican un sistema de reparaci6n de
apareamientos err6neos que se encarga de las bases
mal apareadas.
Hay una tendencia en la selecci6n de que cadenas
sustituir en los apareamientos err6neos.
Por lo general, se sustituye la cadena que carece de
mutilaci6n en un segmento GATC hemimetilado.
CTAG
Este sistema de reparaci6n se usa para eliminar
errores en uria cadena de DNA recien sintetizada. En
los apareamientos err6neos de G-T y C-T se retira de
preferencia la T.
Los genes cuyos productos participan en el control
de la fidelidad de la sfntesis del DNA durante Ia re-
plicacion o reparacion pueden identificarse por las
mutaciones que tienen un fenotipo mutador. Un
mutante de mutador tiene una mayor frecuencia de
mutacion espontanea. Cuando se identifica en un
507

MutT hidroliza el 8-oxo-dGTP
<[( MutT 0
dGTP ___.. dGTP ___. dG
Hidr61isis
MutM retira G=O que se aparea con C
. <[( MutM
G ---.. G ___. ___. G Se toman algunas precauciones para gui-
c c c c
Glucosilasa lnserci6n
de G
Replicaci6n
La MutY retira A que esta apareada con G=O.
0 MutY 0 0
G
II ___. II
G
___. &
A Glucosilasa lnserci6n C
El retire preferente de bases en pares que
tienen guanina oxidada esta diseiiado para disminuir al mi nima
las mutaciones.
principia a un gen por el fenotipo mutador, se le des-
cribe como mut; no obstante, a menudo se observa
mas tarde que un gen mut equivale a una actividad
de replicacion o reparacion conocida.
Los tipos generales de actividades identificadas
por los genes mut se dividen en dos grupos:
El grupo principal consta de componentes
de sistemas de reparacion de apareamientos
erroneos. Cuando no se elimina un par de
bases danado o mal apareado antes de Ia re -
plicacion puede inducirse una mutacion. Las
funciones de este grupo incluyen Ia metilasa
dam, que identifica Ia diana para reparacion,
y las enzimas que participan de manera di-
recta o indirecta en Ia eliminacion de tipos
particulares de dano (mutH, -S, -L, - Y).
Un grupo m as pequeii.o, tipificado por dnaQ
(que codifica una subunidad de Ia polime-
rasa III de DNA) , se encarga de Ia precision
de Ia sfntesis del nuevo DNA.
Cuando se retira una distorsion estructural del
DNA, se restablece Ia secuencia del tipo silvestre. En
casi todos los casos, Ia distorsion se debe a Ia crea -
cion de una base que no se encuentra de manera
natural en el DNA y que, por tanto, es reconocida
y retirada por el sistema de reparacion.
Surge u n problema si Ia diana para Ia repara-
cion es una asociacion mal apareada de bases (nor-
males) que se crea cuando una tenia mutacion. El
sistema de reparacion no tien e medios intrfnsecos
para conocer cua.I es Ia base de tipo silvestre y cuat Ia
mutante. Todo lo que detecta es un par de bases mal
apareadas, cu alquiera de las cuales puede proveer
Ia diana para Ia reparacion por escision.
508 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci 6n
Si se retira Ia base mutada, Ia secuencia d -
Silvestre se restablece. No obsta nte, si sucede q
retiro Ia base original (de tipo silvestre), Ia w:_
secuencia (mutante) se torna fija. Sin embar:;:
menudo Ia direccion de Ia reparacion por es
no es aleatoria, sino que en su Iugar tiene una-
dencia tal que puede llevar a! restablecimien:.
Ia secuencia de tipo silvestre.
reparacion en Ia direccion correcta. Por ejer.:.~
para casos como Ia desaminacion de Ia 5-metii-
sina para obtener timina, hay un sistema es
qu e restablece Ia secuencia apropiada (vease :.:. -
bien Ia seccion 1.15, Muchos puntos calientes
resultado de bases modificadas). La desamina.::.
genera un par G-T y el sistema que actua sobre :.:.
pares tiende a corregirlos a pares G-C (en vez de
res A-T). El sistema que se encarga de esta rea -
incluye MutL, los productos S que retiran las-:-
los apareamientos erroneos G-T y C-T.
El sistema mutT, M, Y se encarga de las co;-
cuencias del daii.o oxidativo. Un tipo impon -
de dano qufmico lo ocasiona Ia oxidacion de G _
produce 8-oxo-G. En Ia ' se mue.
que el sistema act{~a en tres niveles. La proteina .
hidroliza al precursor danado (8 -oxo-dGTP), lo c
evita que se incorpore al DNA. Cuando Ia guar_
esta oxidada en el DNA, su contraparte es Ia cito_ -
y MutM retira de manera preferente Ia 8-oxo-C-
los pares 8-oxo-G-C. La guanina oxidada se a -
mal con A y, por ello, cuando persiste Ia 8-oxo-G
replica, genera un par 8-oxo-G-A. La MutY eliL:_
la A de estos pares. MutM y MutY son glucosil -
que retiran de m anera directa una base del DN_.:_
que crea un sitio apurinico a! que reconoce una
donucleasa cuya acci6n desencadena Ia participa -
del sistema de reparaci6n por escisi6n.
Cuando ocurren errores de apareamiento
rante Ia replicacion en E. coli, es posible distin"'_
Ia cadena original del DNA. En cuanto terrnir:.:.
replicacion del DNA metila do, solo Ia cadena , -
genitora original porta grupos metilo. Cuand
cadena que acaba de sintetizarse esta espera. _
Ia introduccion de grupos metilos se pueden dj :
guir las dos cadenas.
Esto constituye la base de un sistema par.=
correccion de errores de replicacion. El gen :
codifica una metilasa cuya diana es Ia adenina -
Ia secuencia ~~1~ (vease Ia Figura 15.7). El es:~
hemimetilado permite distinguir orfgenes con
replicacion . Un sistema de repara cion relaciorr:.
con Ia replicacion usa los mismos sitios diana.
La t , muestra que el DNA que c -
tiene pares de bases unidos en forma erronec.
repara de manera preferente mediante Ia esci5.
 El dimero MutS se une al
;IJM:i,
Me apareamiento err6neo -
~\.(J\ffi_:tF .(}V}<IJ\.-1/

Replicaci6n
l ~
El error de replicaci6n genera El dimero Mul l se une al MutS
apareamiento err6neo A-C GATC
Me
-uv; -0\:DV)VJVJ\JJ\.-(A(JVJVAQ

CTAG C ~ MutH se une al complejo

La adenina no metilada hace MutS se transloca a GATC
blanco en Ia cadena para reparaci6n en Ia secuencia GATC

l
Me
CTAG
La cadena no metilada
se fragmenta

l
Me

CTAG T
Metilaci6n de Dam l La sintesis de
DNA corrige el
error
Me
CTAG - - T
Me
U . Las secuencias GATC son dianas para la meti-
.:.;a Dam despues de la replicaci6n. Durante el periodo anterior
: ;:sta metilaci6n, la cadena no metilada es la dia na para la
c:oaraci6n de bases con apareamiento err6neo.
_ la cadena que carece de metilaci6n. La escisi6n es
:-3stante amplia; se pueden reparar de preferencia
apareamientos err6neos de basta > 1 kb alrede -
- r de un sitio GATC . El resultado es que Ia caden a
: cien sintetizada se corrige hacia la secuencia de la
:3 ena progenitora.
Las mutantes de danr en E. coli muestran una
_ayor tasa de mutaciones espontaneas. Este siste-
---:a de reparaci6n, por tanto, ayuda a disminuir el
-' mero de mutaciones causadas por errores en Ia
:-plicaci6n. Consta de varias protefnas codificadas
r genes mut. La protefna MutS se une al par mal
areado y se agrega MutL. La MutS puede utilizar
sitios de union al DNA, como se ilustra en la
RA . En el primero se reconocen de rna-
o-ra especffica apareamientos err6neos. El segundo
es especffico para la secuencia o estructura y se
:liza para translocaci6n junto con el DNA hasta
- ontrar una secuencia GATC. Se utiliza hidr6lisis
~ ATP para impulsar la translocaci6n. La MutS se
__ al sitio de apareamiento err6neo y al DNA a
_cdida que se transloca y, como resultado, crea un
_lice en el DNA.
El MutS reconoce un apareamiento err6neo y
to transloca a un sitio GATC. La MutH escinde la cadena no
metilada en el GATC. Las endonucleasas fragmentan la cadena
desde GATC hasta el sitio de apareamiento err6neo.
El reconocimiento de la secuencia GATC origina
que Ia endonucleasa MutH se una a MutSL. Luego,
Ia endonucleasa fragmenta Ia cadena no metilada .
Esta cadena es despues escindida del sitio GATC
hacia el sitio de apareamiento err6neo. La escisi6n
puede ocurrir en direcci6n 5'-3' (con uso de RecJ o
exonucleasa VII), o 3'- 5' (con uso de exonucleasa
I) , yes asistida por la helicasa UvrD . La polimerasa
III de DNA sintetiza la nueva cadena de DNA.
El sistema de reparaci6n MSH de Sacharomyces
cerevisiae es hom6logo del sistema mut en E. coli.
La Msh2 es el bastidor para el aparato que recono-
ce apareamientos err6n eos . Las protefnas Msh3 y
Msh6 proveen factores de especificidad. El complejo
Msh2-Msh3 es helices con apareamiento err6neo de
dos a cuatro nucle6tidos, y el complejo Msh2 -Msh6
se une a apareamientos err6neos de una sola base,
inserciones o deleciones. Despues se requieren otras
proteillas para el proceso mismo de reparaci6n.
Tambien se encuentran hom61ogos del sistema
MutSL en celulas de eucariotas superiores. Ademas
de la reparaci6 n de apareamientos err6neos de
pares de bases unicos, se encargan de la de apa -
reamientos err6neos que surgen como resultado
de deslizamientos en la replicaci6n. En una region
como un microsatelite, donde una secuencia muy
corta se repite varias veces, la realineaci6n entre
Ia cadena bija recien sintetizada y su molde puede
llevar a "tartamudeos" don de la polimerasa de DNA

20. 7 Control de la direcci6n de la reparaci6n de apareamientos err6neos 509

 Dafio
Las bases en una cadena de DNA estan dafiadas

El deslizamiento de
Ia replicaci6n genera
una helice de una sola
La replicaci6n genera una copia con una brecha
cadena !rente al dafio y una co pia normal

MutS se une al
apareamiento
err6neo

Recuperaci6n
Se une MutL Se repara Ia brecha cuando se recupera una
secuencia de una copia normal

El apareamiento
err6neo lo retira una
exonucleasa, una
helicasa, una
polimerasa de DNA
y una ligasa

-, El sistema MutS/MutL inicia la reparaci6n de Se repara Ia brecha en una copia normal

apareamientos err6neos producidos por el deslizamiento de la
replicaci6n.

Un sistema de recuperaci6n de E. coli u:- ::_

se desliza hacia atnis y sintetiza unidades de repeti-
ci6n adicionales. Estas unidades en la cadena hija se
expulsan como una he lice de cadena unica desde la
doble helice (vease la Figura 6.28). Los hom6logos
del sistema MutSL las reparan, como se muestra en
la
La importancia del sistema MutSL para la repara-
ci6n de aparearnientos err6neos queda de manifiesto
por la elevada tasa con la que se encuentra que es de-
fectuoso en los canceres humanos. La perclida de este
sistema lleva a un mayor inclice de mutaciones.
ED Sistemas de re paraci 6n
por recombinaci6 n en . coli
Conceptos principales
Los genes rec de f. coli codifican el principal sistema
de recuperaci6n.
El principal sistema de recuperaci6n actua cuando
la replicaci6n deja una brecha en una cadena recien
sintetizada que se encuentra frente a una secuencia
dafiada.
Se utiliza la cadena unica de otro segmento duplex
para sustituir la brecha.
Se retira entonces la secuencia dafiada y se presenta
una nueva s1ntesis.
una cadena normal para sustituir la brecha dejada en u r ~
dena que acaba de sintetizarse frente a un sitio de da f :
reparado.
Los sistemas de reparaci6n por recombinaci6n -
lizan actividades que se superponen con las cC'"-
prendidas en la recombinaci6n genetica . A ,-e~
tambien se denominan de "reparaci6n por rep - ~
cion" porque actuan despues de la replicaci6n. Ti-.
sistemas son eficaces para abordar los defectos ~::
ducidos en cadenas hijas duplex por la replica~
de un molde que contiene bases dafiadas. En la
se incluye un ejemplo. El reinicio de -
horquillas de replicaci6n varadas podrfa tener c.- _
funci6n importante en los sistemas de reparac
por recombinaci6n (vease la secci6n 18.17, Es ne -~
sario el primosoma para reiniciar la replicaci6n
Considerese una distorsi6n estructural, c =.
un dfmero de pirimidinas, en una cadena de c
doble helice. Cuando se replica el DNA, el dime
impide que el sitio dafiado actue como molde. -
replica cion se ve forzada a pasar por alto ese sitio. ::
probable que la polimerasa de DNA avance hasr-
dimero de pirimidinas, o cerca, y luego cesa la sfr. =
sis de la cadena hija correspondiente. La replica ci
se reinicia a distancia mas adelante. Queda una ~
cha sustancial en la cadena recien sintetizada .

510 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n

 Las cadenas duplex hijas resultantes tienen na-
:uralezas cliferentes. Una posee Ia cadena progeni-
:ora que contiene el segmento dafiado frente a una
:adena de sfntesis reciente con una brecha larga . El
no duplicado tiene la cadena progenitora sin dafio,
J_ue se ha copiado en una cadena complementaria
. ormal. El sistema de recuperaci6n saca ventaja de
.a cadena hija normal.
La brecha opuesta a! sitio dafiado en Ia prime-
:a cadena duplex se llena mediante Ia sustracci6n
~e la cadena {mica hom6loga de DNA de la duplex
:1ormal. Despues de este intercan1bio de una sola
cadena, la forma duplex receptora tiene una cadena
. rogenitora (da.fiada) frente a una de tipo silvestre.
:..a forma duplex donadora tiene una cadena pro-
; enitora normal frente a una brecha; entonces, Ia
::-recha puede llenarse mediante Ia sfntesis de repara-
'on en la forma habitual, lo que genera una cadena
_uplex normal. Asf, el dafio se confina a Ia clistorsi6n
riginal (si bien los mismos episoclios de reparaci6n o
-ecombinaci6n deben repetirse despues de cada ciclo
~e replicaci6n basta que el dafio se remedie con un
-~sterna de reparaci6n por escisi6n).
La principal vfa de reparaci6n por recombina-
j 6n de E. coli se identifica por los genes rec (veanse
.as Figuras 19.13 a 19.15). En E. coli con una repara-
on por escisi6n defidente, !a mutaci6n del gen recA
:!prime en esencia todos los recursos de reparaci6n
recuperaci6n restantes. Los intentos por replicar
-:-: DNA en celulas uvr recA- producen fragmentos
_e DNA cuyo tamafio corresponde a Ia clistancia es-
- rada entre los dfmeros de timinas. Este resultado
::n plica que los dfmeros constituyen un obstaculo
-:> tal para Ia replicaci6n cuando RecA no funciona, lo
:u e explica porque Ia bacteria con Ia doble mutaci6n
puede tolerar mas de uno a dos dfmeros en su
-enoma (en comparaci6n con Ia capacidad de una
~ .Kteria de tipo Silvestre de manejar hasta 50).
Una vfa rec implica a los genes recBC y esta bien
: escrita; la otra involucra a reeF y no esta tan
-:en definida. Cumplen funciones diferentes in vivo.
-.a via RecBC participa en el reinicio de las horqui-
as de replicaci6n varadas (vease Ia secci6n 20. 9,
~ ~ recombinaci6n es un importante mecanismo
- a.ra recuperarse de errores de Ia replicaci6n). La
~a ReeF participa en la reparaci6n de brechas de Ia
.:..:.dena hija que quedan despues de la replicacion
-:!as alia de un dfmero de pirimidinas.
Las vias RecBC y ReeF funcionan ambas antes
--= !a intervenci6n de RecA (aunque en diferentes
. rmas). Conducen a! vinculo de RecA con un DNA
- ~ cadena unica. La capacidad de RecA de intercam-
.;ar cadenas unicas le permite llevar a cabo el paso
~~ recuperacion de Ia Figura 20.18. A continuacion,
~- actividades de nucleasa y polimerasa concluyen
.: actividad de reparacion.
20.9 La recombinaci6n es un mecanismo importante de recuperaci6n ante errores de replicaci6n
La vfa ReeF contiene un conjunto de tres genes:
reeF, recO y recR. Las proteinas forman dos tipos de
complejos, RecOR y RecOF. Facilitan !a formacion
de fi lamentos RecA en el DNA de cadena unica.
Una de sus funciones es permitir que los filamentos
se ensamblen a pesar de la presencia del SSE, que
es inhibitoria. Se cree que funcionan en las brechas;
sin embargo, Ia reacci6n in vitro requiere un extre-
ma 5' libre.
Las designaciones de genes de reparaci6n y re-
combinacion se basan en los genotipos de las mu-
tantes, pero a veces una mutaci6n aislada en un
conjunto de circunstancias y denominada locus uvr
parece estar aislada en otro conjunto de circunstan-
cias como locus rec. Esta incertidumbre es importan-
te. Aun nose define cuantas funciones pertenecen a
cada via o como interactuan ambas. Las vias uvr y rec
no son por completo indepenclientes porque las mu -
tantes de uvr muestran menor eficacia en !a repara-
cion por recombinacion. Se debe esperar encontrar
una red de nucleasa, polimerasa y otras actividades,
que constituyen sistemas de reparaci6n superpues-
tos de man era parcial (o don de una enzima por lo
general utilizada para proveer alguna funcion puede
ser sustituida por otra de una via cliferente) .
B!1J La recombinaci6n es un
mecanismo importante de
recuperaci6n ante errores
de replicaci6n
Conceptos principales
Una horquilla de replicaci6n puede quedarse varada
cuando encuentra un sitio dafiado o una hendidura en
el DNA.
Una horquilla varada puede revertirse por el
apareamiento entre las dos cadenas recien sintetizadas.
Una horquilla varada puede reiniciar la reparaci6n del
dafio y utilizar una helicasa para poder avanzar.
La estructura de la horquilla varada es la misma que
la union Holliday y puede convertirse en una cadena
duplex y DSB por la acci6n de las resolvasas.
Todas las celulas tienen muchas vias para reparar
el dafio en el DNA. La vfa que se utilice dependera
del tipo de dafio y las circunstancias. Las vias de
reparaci6n por escision pueden, en principia, usar-
se en cualquier momenta, pero las de reparaci6n
por recombinacion se pueden usar solo cuando hay
una segunda cadena duplex con una copia de !a
secuencia dafiada, esto es, despues de Ia replicaci6n.
Se presenta una circunstancia especial cuando se
replica el DNA dafiado porque la horquilla de repli-
caci6n puede quedarse varada en el sitio del dafio.
511

La horquilla de replicaci6n se queda varada
en el sitio dafiado
* La horquilla de replicaci6n se revierte y colapsa
La horquilla de rep licaci6n se revierte y colapsa
La helicasa restablece Ia horquilla de replicaci6n
Una horquilla de replicacion se queda varada
cuando alcanza un sitio daiiado en el DNA. La reversion de la
horquilla permite que las dos cadenas hijas se apareen. Despues
de que se ha reparado el daiio, se restablece la horquilla por la
migracion de rama en avance cata lizada por una helicasa. Las
puntas de flecha indican los extremos 3'.
Las vias de reparaci6n por recombinaci6n permiten
el restablecimiento de la horquilla despues de que se
ha reparado el dafio, o que lo pasen por alto.
La r muestra un posible resultado
cuando se detiene una horquilla de replica cion.
La horquilla deja de avanzar cuando encuentra el
daiio. El aparato de replicaci6n se desensambla, al
menos en forma parciaL lo que permite que ocurra
migraci6n de ramas cuando Ia horquilla se desplaza
bacia atras de manera eficaz y las nuevas cadenas
hijas se aparean para formar una estructura duplex.
Despues de que se ha reparado el dafio, una helicasa
hace girar bacia adelante Ia horquilla para restable-
cer su estructura. Despues, el aparato de replicaci6n
se puede reensamblar y se reinicia el proceso (vease
la secci6n 18.17, El primosoma es necesario para
reiniciar Ia replicaci6n). Se requiere polimerasa II de
DNA para el reinicio de !a replica cion, que despues
es sustituida porIa polimerasa Ill de DNA.
512 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n
La horquilla de replicaci6n se detiene en el sitio dafiadc
Una resolvasa corta en Ia union
Se ha creado un DSB
Se crea otro DSB si el daiio consiste en una hendidura
La estructura de una horquilla de replicac:
varada se asemeja a una union de Holliday y las resolva ~ ~
pueden resolverla en la misma forma. El resultado de pen de : o
que el sitio dana do contenga una hendidura o no. El resul~:: ::_
1 muestra que se genera una rotura de doble cadena cuaTJ dc :-
corta un par de cadenas en la union. El resultado 2 muestra - _
se genera un segundo DSB en el sitio del daiio si contiene _- -
hendidura. Las puntas de flecha indican los extremos 3'.
La via para el manejo de una horquilla de re
caci6n varada requiere enzimas de reparaci6n. Et: -
E. coli los sistemas RecA y RecEC tienen una funci --
importante en esta reacci6n (de hecho, esa pue.:
ser su principal funci6n en !a bacteria). Una posi'::-.
via es que RecA estabilice el DNA de cadena (uli
mediante su union en la horquilla de replicaci -
varada y quiza al actuar como sensor que detecta ~
suceso de detenci6n. El RecEC participa en Ia rer "-
raci6n del dafio por escisi6n. Despues de que se -
reparado el daiio, se puede reiniciar Ia replicaci ' :::
Otra vfa puede usar la reparaci6n por recor.- -
binaci6n, quiza la s reacciones de intercambio ..:
cadenas de RecA. La muestra que __

La horquilla de replicaci6n se queda varada en
el sitio daiiado
*
Una cadena progenitora no daiiada presenta
entrecruzamiento
_.\22 )
La cadena desplazada se aparea con Ia complementaria
~:
\!
_}\ ;;
*
====::!) ~==="
Ocurre un segundo entrecruzamiento
La resolvasa actua en las uniones
Se reinicia Ia replicaci6n
1 bio de cadenas del DNA de RecA o a alguna otra
) funcion cuya inducci6n dependa de Ia actividad de
Cuando una horquilla de replicaci6n se queda
::rada, una reparaci6n por combinaci6n puede colocar una
:~dena sin dafio frente al sitio dafiado, lo que permite que
: ntinue la replicaci6n.
:-structura de Ia horquilla varada es en esencia Ia
~jsma que Ia de una union Holliday creada por
2 recombinaci6n entre dos DNA duplex, lo que Ia
: nvierte en una diana para las resolvasas. Se ge-
.::era una rotura de Ia doble cadena si una resolvasa
=-ctnde cualquier par de cadenas complementarias.
-..demas, si el daiio es, de hecho, una henclidura, se
:::-ea otra rotura de Ia doble cadena en este sitio.
Se pueden rescatar las horquillas de replicaci6n
aradas mediante Ia reparaci6n por recombinacion.
No se conoce Ia secuencia exacta de los sucesos,
pero en Ia se ilustra una posibilidad.
El principia es que el episodio de recombinacion
ocurre a cada !ado del sitio daiiado, lo que permite
que Ia cadena (mica no daiiada se aparee con Ia
daiiada. Ello permite que Ia horquilla de replicaci6n
se reconstruya de manera que Ia replicaci6n pueda
continuar y evite de manera eficaz el sitio daiiado.
E
La RecA desencadena
el sistema SOS
Conceptos principales
El daiio del DNA causa que RecA desencadene la
respuesta 505, que consta de genes que codifican
muchas enzimas de reparaci6n.
La RecA impulsa la actividad de escisi6n propia de
LexA.
La LexA reprime el sistema 505; su escisi6n propia
activa esos genes.
La participacion directa de Ia protefna RecA en Ia
reparacion por recombinacion es solo una de sus
actividades. Esta extraordinaria protefna tiene tam-
bien otra funci6n bastante distintiva. Se puede acti-
var con muchos tratamientos que daiian el DNA o
inhiben Ia replicaci6n en la E. coli, lo que hace que
desencadene una serie compleja de cambios fenotf-
picos Ilamados resp uesta SOS, que incluye Ia ex-
presion de muchos genes cuyos productos abarcan
funciones de reparaci6n. Estas actividades dobles
de Ia protefna RecA hacen diffcil saber si una defi-
ciencia en la reparacion de celulas mutantes para
recA se debe a Ia perdida de la funcion de intercam-
proteasa.
La induccion del daiio puede adoptar Ia forma
de irradiacion ultravioleta (el caso mas estudiado) 0
deberse al enlace cruzado o a agentes alquilantes. La
inhibici6n de Ia replicaci6n por cualquiera de varios
medias, como Ia privaci6n de timina, Ia adici6n de
farmacos o mutaciones en varios de los genes dna,
tiene el mismo efecto.
La respuesta adopta Ia forma de una mayor ca-
pacidad de reparacion del DNA daiiado, que se logra
mediante Ia induccion de la sfntesis de los compo-
nentes del sistema de reparaci6n por escisi6n de
parche largo y las vfas de reparacion por recombi-
naci6n Rec. Ademas, se inhibe Ia division celular.
Se pueden inducir profagos lisogenicos.
El episoclio inicial de Ia respuesta es Ia activacion
de RecA par el tratamiento daiiino. No se sabe mu-
cho de Ia relacion entre el suceso daiiino y el cambia
20.10 La RecA desencadena el sistema 505 513

CIRCUITO REGULADOR GENES DIANA
I
1 t
Gen recA reprimido Gen /exA Gen diana reprimido
INDUCCI6N DE RecA
El RecA desencadena Ia
escisi6n de LexA
Gen recA inducido Gen lexA Gen diana expresado
La prote\na LexA reprime muchos genes, incluso las
funciones de reparaci6n, recA y /exA. La activaci6n de RecA lleva a la
escisi6n proteol\tica de LexA e induce a todos estos genes.
Sttbito en Ia actividad de RecA. Una diversidad de
episodios lesivos puede inducir la respuesta SOS; por
ello, el trabajo actual se centra en la idea de que la
RecA se activa por Ia presencia de algun producto
intermedio comun en el metabolismo del DNA.
Es probable que la sefi.al inductora consista en
una pequefia molecula liberada del DNA o alguna
estructura formada en el DNA mismo. In vitro, Ia
activaci6n del RecA requiere la presencia de DNA
de cadena {mica y ATP. De este modo, Ia sefi.al de
activaci6n podria ser la presencia de una region
de Cadena unica en un sitio de daiio. Cualquiera que
sea la forma que adopte la sefi.al, su interacci6n con
RecA es rapida : la respuesta SOS ocurre en unos
cuantos minutos despues de iniciar el tratamiento
lesivo.
La activaci6n de RecA causa la escisi6n pro-
teolitica del producto del gen lexA. La LexA es una
proteina pequefi.a (22 kD) relativamente estable en
celulas no tratadas, donde actua como represora
en muchos operones. La reacci6n de escisi6n es in-
usitada; Ia LexA tiene una actividad latente de pro-
teasa activada por RecA. Cu ando se activa Ia RecA,
hace que LexA realice una escisi6n autocatalftica;
esto desactiva Ia funci6n del represor LexA e induce
de manera coordinada a todos los operones a los
que se uni6. La via se ilustra en la
Los genes diana para la represi6n por LexA in-
cluyen muchas funcion es de reparaci6n. Algunos
de estos genes SOS son activos en celulas tratadas;
otros son activos en celulas no tratadas, pero el gra-
514 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n
do de expresi6n aumenta con la escisi6n de Le
En el caso de uvrB, que es componente del siste
de reparaci6n por escisi6n, el gen tiene dos pro::-
tores; uno actua de manera independiente de Lr~.
el otro esta sujeto a su control. Asi, despues cit
escisi6n de LexA, el gen se puede expresar des :
segundo promotor y tambien desde el primero.
La proteina LexA reprime sus genes dian ::
unirse a un segmento de 20 bp del DNA lla m~ ~
caja SOS, que incluye una secuencia de conse:-
con ocho posiciones absolutamente conservaL..::
Como ocurre con otros operadores, las cajas 5 -
se superponen con los promotores respectivos. :=.
el locus lexA , sujeto de la represi6n aut6gena, -
dos cajas SOS cercanas.
En el circuito SOS RecA y LexA son dia-
mutuas: la RecA desencadena Ia escisi6n de Lc-
que reprime arecA y a si misma. La respuesta S -
por tanto, causa amplificaci6n de la protefna Re--
asf como del represor LexA. Los resultados no ~
tan contradictorios como podrian parecerlo al P-
cipio.
El au men to de Ia expresi6n de la protefna R..:-
es necesario (al parecer) para su participaci6n di::-
ta en las vias de reparaci6n por recombinaci6n. C
Ia inducci6n, Ia concentraci6n de RecA aume:
respecto de su cifra basal de - 1200 moleculas/ce: _
hasta por 50 tantos. Su alta concentraci6n en c ' __
las inducidas indica que hay suficiente RecA =
asegurar que se fragmente toda la proteina Le_-
lo que deberfa impedir que LexA restablecierc.
represi6n de los genes diana.
No obstante, la principal importancia de e.
circuito para la celula yace en su capacidad de ~
tornar con rapidez a Ia normalidad. Cuando se r -
Ia seiial de inducci6n, la proteina RecA pierde
capacidad de desestabilizar a LexA. En este mome- -
to, el gen lexA se esta expresando en un grado a.>
en ausencia de RecA activada, Ia protefna Lex..:.. .
acumula con rapidez en la forma no fragmemc..
y desactiva los genes SOS, lo que explica porqut
respuesta SOS se revierte con libertad.
La RecA tambien desencadena la escisi6n
otras dianas celulares, a veces con consecuenc :
mas directas. La proteina UmuD se escinde cu --
do se activa Ia RecA; el episodio de escisi6n a ..:
UmuD y el sistema de reparaci6n susceptible
errores. El modelo actual para la reacci6n es que
complejo UmuD 2 UmuC se una al filamento Re~
cerca de un sitio de daiio, RecA active el comp>:
mediante la escisi6n de UmuD para generar Urn --
y el complejo, entonces, sintetice un segmento
DNA para sustituir el material dafiado.
La activaci6n de RecA tambien causa esci :
de algunas otras proteinas represoras, como la _ _
~arios profagos. Entre elias esta el represor A (con
;>] que se descubri6 !a actividad de proteasa), lo que
i'xplica porque se induce A por irradiaci6n ultra-
:ioleta; se fragmenta el represor lisogenico, lo que
~ibera el fago para ingresar a! ciclo lftico.
Esta reacci6n no es una respuesta celular SOS,
>ino que mas bien significa que el profago reconoce
.:jUe la celula esta en problemas. Entonces, ]a super-
,ivencia se asegura de la mejor forma mediante el
ingreso al ciclo lftico para generar una progenie de
:agos. En este sentido, la inducci6n de profagos se
3.poya en el sistema celular al responder al mismo
indicador (activaci6n de RecA) .
Las dos actividades de RecA son relativamente
:ndependientes. La mutaci6n recA441 permite que
curra la respuesta SOS sin tratamiento de induc-
an, tal vez porque RecA se mantiene de manera
espontanea en el estado activado. Otras mutaciones
suprimen Ia posibilidad de activaci6n. Ning(m tipo
e mutaci6n afecta la capacidad de RecA de manejar
el DNA. El tipo inverso de mutaci6n, que desactiva
~a funci6n de recombinaci6n pero deja intacta la ca-
;Jacidad de inducir !a respuesta SOS, permitirfa des-
enmarafiar los efectos directo e indirecto de RecA
-:n las vfas de reparaci6n.
Las celulas eucari6ticas
tienen sistemas de reparaci6n
conservados
Ccnceptos principales
Las mutaciones RAD de levaduras, identificadas por
fenoti pos sensibles a la radiaci6n, ocurren en genes
que codifican sistemas de reparaci6n.
La xerodermia pigmentosa (XP) es una enfermedad
humana causada por mutaciones en cualquiera de
varios genes de reparaci6n.
Un complejo de proteinas, que incluye productos de XP
y el factor de transcripci6n TFnH, provee en los seres
humanos un mecanismo de reparaci6n por escisi6n.
Los genes con actividad transcripcional se reparan de
manera preferente.
os tipos de funciones de reparaci6n reconocidas
en E. coli los comparten una amplia variedad de or-
:ganismos. Los sistemas eucari6ticos mejor descritos
on las levaduras, donde Rad5l es !a contraparte
1e RecA. En las levaduras, la principal funci6n de
:a protefna de transferencia de cadenas es Ia recom-
) inaci6n hom6loga . Muchos de los sistemas de re-
;:>araci6n que se observan en las levaduras tienen
.:ontrapartes directas en las celulas eucari6ticas su-
. eriores, yen varios casos estos sistemas tienen que
.-er con enfermedades humanas.
20.11 Las celulas eucari6ticas tienen sistemas de reparaci6n conservados
Los genes RAD intervienen en las funciones de
reparaci6n; se han descrito en terminos geneticos
en las levaduras por su sensibilidad a Ia radiaci6n.
Hay tres grupos generales de genes de reparaci6n
en la levadura S. cerevisiae, identificados por el grupo
RAD3 (involucrado en !a reparaci6n por escisi6n), el
grupo RAD6 (indispensable para !a reparaci6n pos-
terior a Ia replicaci6n) y el RAD52 (encargado de
mecanismos similares a !a recombinaci6n). El grupo
RAD52 se divide en dos subgrupos por una dife-
rencia de feno tipos mutantes. Un subgrupo afecta
la recombinaci6n hom6loga, como se observa por
!a disminuci6n de !a recombinaci6n mit6tica en
RAD50, RAD51 , RAD54, RAD55 y RAD57. Estas pro-
tefnas Rad forman un complejo multiprotefnico en
una rotura de !a doble cadena. Despues de que una
exonucleasa ha actuado en los extremos libres para
generar colas de una sola cadena, !a Rad5l inicia el
proceso al unirse al DNA de cadena unica para for-
mar un filamento de nucleoprotefnas. Las protefnas
Rad52, Rad55 y Rad54 se unen entonces de manera
secuencial al filamento. Por el contra rio, los indices
de recombinaci6n se incrementan en las mutantes
RAD59, M REII y XRS2; este subgrupo no tiene de-
ficiencia en la recombinaci6n hom6loga, pero sf en
las reacciones de union al DNA no hom6logas.
Una superfamilia de polimerasas de DNA que
interviene en Ia sfntesis de DNA para sustituir el
material en los sitios dafiados se identifica por los
genes dinE y umuCD que codifican las polimerasas
IVy V de DNA en E. coli, el gen RAD30 que codifica
una polimerasa T] de DNA en S. cerevisiae y el gen
XPV, que codifica el hom6logo humano. Algunas
veces se Jes llama polimerasas de DNA translesi6n.
Una diferencia entre las enzimas bacteriana y euca-
ri6tica es que Ia ultima noes susceptible de error en
los dimeros de tirninas: introducen con exactitud un
par A-A en oposici6n a un dimero T- T. Sin embargo,
cuando se replican en otros sitios de dafio, son mas
susceptibles de introducir errores.
Una caracterfstica interesante de !a reparaci6n
que se h a descrito mejor en las Jevaduras es su co-
nexi6n con !a transcripci6n. Los genes con actividad
transcripcional se reparan de manera preferente. La
consecuencia es que Ia cadena transcrita se repara
de manera preferente (lo que elimina el impedi-
menta de Ia transcripci6n). La causa parece ser una
conexi6n m ecanica entre el aparato de reparaci6n
y !a polimerasa de RNA. La protefna Rad3, que es
una helicasa indispensable para el paso de !a esci-
si6n, es un componente de un factor de transcrip-
ci6n vinculado con la polimerasa de RNA (vease Ia
secci6n 24.1 2, Una conexi6n entre transcripci6n y
reparaci6n) .
Las celulas de los mamfferos muestran h etero-
geneidad en la cantidad de DNA resintetizado en
515

El DNA esta danado
XPF ERCC1
XPD XPB
helicasas endonucleasas
TF 11H abre Ia doble helice
XPG XPF ERCC1
XPG escinde el extrema 3' de Ia lesion
XPF ERCC1
XPF/ERCC1 escinde el sitio 5' de Ia lesion
Una helicasa desenrolla el DNA en un sitio da-
fiado, las endonucleasas cortan a ambos lados de la lesion y se
sintetiza un nuevo DNA para sustituir el segmento extirpado.
cada lesion despues de un dano. No obstante, los
parches son siempre relativamente cortos, de menos
de 10 bases.
Ciertas enferm edades hereditarias humm1as
ofrecen indicios de Ia existencia y la importancia
de los sistemas de reparacion en los mamfferos . La
que mejor se ha investigado es la xerodermia pig-
mentosa (XP), un trastorno recesivo que causa h i-
persensibilidad a Ia luz del sol, y en particular a su
fraccion ultravioleta. La deficiencia causa trastornos
cutaneos (y a veces defectos mas graves) .
La enfermedad se debe a u n a deficiencia en la
reparacion por escision. Los fibroblastos de los pa-
dentes con XP no pueden cortar dfmeros de pirimi-
dinas y otros productos voluminosos. Las mutacio-
n es se encuentran en och o genes conocidos como
XP-A a XP-G. Tienen homologos en los gen es RAD
de las levaduras, lo que muestra qu e esta vfa se usa
en forma gen eralizada en las eucariotas.
Un complejo protefnico que incluye productos
de varios genes XP se encarga de Ia escision de df-
516 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n
meros de timinas. En Ia se muestr.i
participacion e n Ia vfa de reparacion. El comp :::
se une al DNA en un sitio de dano, tal vez por _
mecanismo que implica la accion colaboradora _
varios de sus comp on entes. Las cadenas de DN_.:.
desenrollan entonces casi 20 bp alrededor de~ s~
dafiado. Esta accion la emprende la actividad de - .
helicasa del factor de transcripcion TF11H, en sf_
mo un gran complejo que inclu ye los producto_
varios genes XP y que participa en la reparacion _-
DNA danado que encuentra la polimerasa de R
durante Ia transcripcion . Despues, las endonu
sas codificadas por gen es XP hacen cortes a c:;_
!ado de Ia lesion. El segm en to de una sola ca dc~
que incluye las bases dafiadas puede, entonces, s_
tituirse mediante la sfntesis de una de reposicio"
En casos donde Ia replicacion se encuentra
un dfmero de timinas que no ha sido retirad
requiere Ia actividad de polimerasa 11 de DNA p;
avanzar y dejar anas el dfmero, el cual es codifi c _
por XPV. Los canceres de pie! que ocurren en .
mutantes de XPV se de ben, al parecer, a Ia peru _
de Ia polimerasa de DNA.
BiD Un sistema comCm repara
las roturas de doble cadena
Conceptos principales
La v\a NHEJ puede ligar extremos romos de DNA
duplex.
Las mutaciones en la v\a NHEJ causan enfermedades =-
los seres humanos.
Ocurren roturas de Cadena doble en las eel - -
bajo diversas circunstancias. Inician el proceso :
recombinacion h omologa y son intermediaria _ :
Ia recombinacion de los genes de inmunoglobu li!" -
(vease la secci6n 23 .10, Las protefnas RAG catalL...o
Ia rotura y reunion) . Tam bien se presentan c .
consecuencia del dano al DNA; por ejemplo, ~
irradiacion. El principal m ecanismo pa ra repa- -
estas roturas se denomina union de extremos -
h omo lo gos (NHEJ) y consiste en juntar y liga~
extremos romos.
Los pasos comprendidos en NHEJ se resu E:
en Ia . El mismo complejo enzim a _
realiza el proceso en NHEJ y la recombinaci6n
munitaria. La primera etapa es el reconocimiem _
los extremos rotos por un heterodfmero constitt; _
por las protefnas Ku70 y Ku80, que forman un t '
tidor que mantiene juntos los extremos y penT
que otras enzimas actuen sobre ellos. Un cor .
nente clave es la cinasa de protefnas dependiemc:
DNA (DNA -PKcs), que es activada por el DNA .:.
 forilar dianas protefnicas. Una de estas dianas es
' protefna Artemis, que en su forma activada tiene
:Kiones de exonucleasa y endonucleasa, y puede
rtar extremos colgantes y escindir las horquillas
Reconocimiento Dfmero Ku I
__ neradas por recombinacion de genes de inmuno- del extrema t
- bulinas. Nose conoce Ia actividad de Ia polimera- 5' NNNNN
..:. de DNA qu e Ilene cualquier protrusion restante 3'NNNNN NMNN
. -: una sola cadena. La union real de los extremos de Artemis
. :. doble cadena Ia realiza Ia ligasa IV del DNA, que Recorte + DNA-PK
- ::tlwjunto con Ia protefna XRCC4. Las mutaciones
N N N3'
: cualquiera de estos componentes pueden hacer N N N N 5'
.as celulas eucarioticas mas sensibles a Ia radia-
Llenado
Enzima I
' n. Algunos de los genes de estas protefnas tienen desconocida t
-:::.nacion en pacientes con enfermedades debidas a 5' N N N N N N
__ ficiencias en !a reparaci6n del DNA. 3'NNNNN
El heterodimero Ku es el sensor que detecta el Ligasa IV de 1
.:. no del DNA mediante Ia union a los extremos Ligacion DNA+ XRCC4f
-. tos . La estructura cristalina en Ia 5'N N N N N N N N N N N 3'
.uestra que se une solo a los extremos. El cuerpo 3' N N N N N N N N N N N 5'
-:: Ia protefna se extiende casi dos giros sobre una
.=.ra del DNA (inferior), pero un puente estrecho Para la union de extremes no hom6logos es
::::!tre las subunidades localizado en el centro de Ia indispensable el reconocimiento de los extremes rotos, el re-
corte de los extremes colgantes, elllenado, o ambos, seguidos
_ :ructura rodea por completo al DNA, lo que sig- de la ligaci6n.
- :fica que el heterodfmero necesita deslizarse bacia
1 extremo libre.
El Ku puede unir extremos rotos a! enlazar dos
- .oleculas de DNA. La capacidad de los heterodf-
_eros de Ku de vincularse entre si, sugiere que Ia
-.accion tal vez ocurra como se ilustra en Ia f
2 . Esto presagiarfa que Ia ligasa actuase por
n i6n en Ia region entre los puentes de heterodf-
-::eros individuales. AI parecer, Ku debe cambiar su
-rructura para ser liberado del DNA.
La deficiencia en Ia reparacion del DNA causa
3rias enfermedades humanas. El rasgo comun es
: te una imposibilidad de reparar roturas de doble
_::.dena en el DNA !leva a Ia inestabilidad cromo-
mica. La inestabilidad se revela por aberraciones
= mos6rnicas, que se vinculan con una mayor tasa
7 mutaciones, lo que a su vez conduce a una mayor
Jsceptibilidad a! cancer en los pacientes afectados.
~ causa basica puede ser la mutaci6n en vfas que
: ntrolan Ia reparacion del DNA o en genes que co-
_fican enzimas de los complejos de reparacion. Los
~ notipos pueden ser muy sirnilares, como en el caso
:: Ia telangiectasia con ataxia (AT), que se debe a
n fracaso de Ia vfa de punto de revision del ciclo
.7lular, y el sfndrome de rotura de Nijmegan (NBS), El heterodlmero Ku70-Ku80 se une a lo largo de
Je es causado por una mutacion de una enzima de dos giros de la doble helice del DNA y la rodea en el centro del
-_paracion. Una de las lecciones que se han aprendi- sitio de union. Fotografta por cortesla de Jonathan Goldberg,
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center.
de Ia descripcion de las vfas de reparaci6n es que
-: conservan en mamfferos, levaduras y bacterias.
La enfermedad recesiva humana llamada sfn- cuencia de roturas cromosomicas e intercambios de
_:-ome de Bloom es producto de mutaciones en un cromatidas hermanas. La BLM se vincula con otras
_en de helicasa (llamado BLM) que es homologo protefnas de reparacion como parte de un complejo
~- recQ de E. coli. La mutacion causa una mayor fre- grande. Una de las protefnas con las que interactua

20.12 Un sistema comun repara las roturas de doble cadena 517


otras proteinas
Si dos heterod1meros de Ku se unen al DNA,
la distancia entre los dos puentes que rodean el DNA es de
-12 bp.
es hMLHl, que repara apareamientos erroneos y
es homologa humana de la mutL bacteriana. Los
homologos de levaduras de estas dos protefnas, Sgsl
y MLHl tambien se asocian, lo que identifica a sus
genes como parte de una via de reparacion bien
conservada.
El sfndrome de rotura de N~megan es producto
de mutaciones en un gen que codifica una protefna
(Hamada de manera variable Nibrina, p95, o NBSl)
que es un componente del complejo de reparaci6n
Mre ll /Rad50. Su participacion en la reparacion de
roturas de la doble cadena queda de manifiesto por
la formacion de focos que contienen el grupo de
protefnas cuando se irradian celulas humanas con
agentes que inducen roturas de doble cadena. Des-
pues de la irradiaci6n, la cinasa ATMP (codificada
por el gen AT) fosforila a NBSI; esto activa el com-
plejo, que se localiza en sitios de DNA dafiado. Los
pasos siguientes comprenden el desencadenamiento
de un punto de revision (un mecanismo que impide
que el ciclo celular avance hasta que se repare el
dafio) y el reclutarniento de otras proteinas que se
requieren para reparar el dafio.
Bill Resumen
Las bacterias contienen sistemas que mantienen la
integridad de sus secuencias del DNA ante dafios
o errores de replicaci6n y que distinguen entre el
DNA y secuencias de una fuente extrana.
Los sistemas de reparacion pueden reconocer
bases mal apareadas, alteradas o faltantes en el
DNA, asf como otras distorsiones estructurales de la
doble helice. Los sistemas de reparaci6n por escisi6n
fragmentan el DNA cerca del sitio del dano, retiran
una cadena y sintetizan una nueva secuencia para
sustituir el material extirpado. El sistema Uvr cons-
tituye la principal via de reparacion por escision en
E. coli. El sistema dam participa en la correccion de
aparearnientos erroneos generados por la incorpo-
racion de bases incorrectas durante la replicacion
518 CAPiTULO 20 Sistemas de reparaci6n
y actua al retirar de manera preferente Ia bas:: -
Ja cadena de DNA que no esta metilada en :-
cuencia diana dam. Los homologos eucariotic :
sistema MutSL de E. coli participan en la repara -
de apareamientos err6neos que provienen del :.
lizamiento de Ia replicaci6n; las mutaciones e::. -
via son frecuentes en ciertos tipos de cancer.
Los sistemas de reparacion por recombina -
obtienen informacion a partir de un DNA dup:O:-
la utilizan para reparar una secuencia que h a __
dafiada en ambas cadenas. Las vias RecBC y ?
actuan ambas antes de RecA, cuya funcion de tF
ferenda de cadenas participa en toda recombina -
bacteriana. Un uso importante de la reparaci6r:. -
recombinacion puede ser recuperarse de Ia cira:.::..
tancia creada cuando se queda varada una horq- ~
de replicacion.
La otra capacidad de RecA es la de induc-
respuesta SOS. La RecA es activada por el DNA :_
fiado en una forma desconocida. Desencaden-
escision de la proteina represora LexA, que asf lir::-
la represion de muchos loci e induce Ia sfntesi: .:.
enzimas de las vias de reparacion por escision v :-
paracion por recombinaci6n. Los genes bajo co- ;:-
de LexA poseen una caja SOS operador. La Rt .:..-
tambien activa de manera directa algunas for
de reparacion. La escision de represores de fa;
lisogenicos puede inducir a los fagos a entrar al d.::
litico.
Los sistemas de reparacion pueden conectc..
con Ia transcripcion en procariotas y eucariotas. ::.__:
enfermedades humanas se deben a mutaciones ::- -
los genes que codifican actividades de reparac:- -
que se asocian al factor de transcripcion TF TJH. r:_
nen homologos en los genes RAD de las levaduE
Jo que sugiere que este sistema de reparacion e; -
muy generalizado.
La union de extremos no homologos (NHEJ1::
una reaccion general para Ia reparaci6n de extrerr.-
rotos del DNA (eucariotico). El heterodimero -_
reline los extremos rotos de man era que pued--
ligarse. Varias enfermedades humanas son produc
de mutaciones en enzimas de esta via.
Referencias
EIJI Los sistemas de reparaci6n corrigen el daiio al Dt#
Artlculos de revision
Sancar, A., Lindsey-Boltz, L.A., Unsal-Ka<;maz, K., and
Linn, S. (2004). Molecular mechanisms of mammali; -
DNA repair and the DNA damage checkpoints. Annu
Rev. Biochem. 73, 39-85.
Wood, R. D., Mitchell, M., Sgouros, J., and LindahL
T. (2001). Human DNA repair genes. Science 291,
1284- 1289.

VIas de reparacion por escision en celulas de
mam\feros
: culos de revision
_:mes, D. E. and Lindahl, T. (2 004). Repair and genetic
consequences of endogenous DNA base damage in
mammalian cells. Annu. Rev. Genet. 38, 445-476.
~ Cullough, A. K., Dodson, M. L., and Lloyd, R. S.
( 1999). Initiation of base excision repair: glycosylase
mechanisms and structures. Annu. Rev. Biochem. 68,
255-285.
' ;JCar, A., Lindsey-Boltz, L.A., Unsal-Kac;maz, K., and
Linn, S. (2004) . Molecular m echa nisms of mammalian
DNA repair and the DNA damage checkpoints. Annu.
Rev. Biochem. 73, 39- 85.
-:lculos de investigacion
Jngland, A. and Lindahl, T. (1997) . Second pathway
for completion of human DNA base excision-repair:
reconstitution with purified proteins and requirement
for DNase IV (FEN!). EMBO J. 16, 3341-3348.
~tsumoto, Y. and Kim, K. (1995). Excision of
deoxyribose phosphate residues by DNA polymerase
beta during DNA repair. Science 269, 699-702.
Las metilasas y las glucosilasas "la nzan" las bases
-:ic!!los de investigacion
~s, P. A., Otterlei, M., Falnes, P. A., Vagbe, C. B.,
Skorpen, F., Akbari, M., Sundheim, 0., Bjoras, M .,
Slupphaug, G., Seeberg, E., and Krokan, H. E.,(2003).
Human and bacterial oxidative demethylases repair
alkylation damage in both RNA and DNA. Nature 421,
859-863.
' llnes, P. A ., Johansen, R. F., and Seeberg, E. (2002).
AlkB-mediated oxidative demethylation reverses DNA
damage in E. coli. Nature 419, 178-182.
asauskas, S., Kumar, S., Roberts, R. J. and Cheng, X.
( 1994). Hhal methyltransferase flips its target base out
of the DNA helix. Cel/76, 357-369.
:...:.u. A. Y., Glassner, B. J., Samson, L. D., and Ellenberger,
T. (2000). Molecular basis for discriminating
between normal and damaged bases by the human
alkyladenine glyco-sylase, AAG. ?roc. Nat/. Acad. Sci.
USA 97, 13573-13578.
...;:u, A. Y., Scherer, 0. D., Samson, L., Verdine, G. L., and
Ellenberger, T. (1998). Crystal structure of a human
alkylbase-DNA repair enzyme complexed to DNA:
mechanisms for nucleotide flipping and base excision.
Cell 95, 249-258.
I, D. D. eta!. ( 1995). Crystal structure and mutational
analysis of h u man uracil-DNA glycosylase: structural
basis for specificity and catalysis. Cell 80, 869-878.
: ~rk, H. W., Kim, S. T., Sa ncar, A., and Deisenhofer, J.
( 1995). Crystal structure of DNA photolyase from E.
coli. Science 268, 1866-1872.
_=.wa, R. et al. ( 1995) . The structural basis of specific base-
excision repair by uracil-DNA glycosylase. Nature 373,
487-493.
-:- ~~wick, S. C., Henshaw, T. F., Hausinger, R. P., Lindahl,
T., and Sedgwick, B. (2002). Oxidative demethylation
by E. coli AlkB directly reverts DNA base damage.
Nature 419, 174-178.
Vassylyev, D. G. et al. (1995). Atomic model of a
pyrimidine dimer excision repair enzyme complexed
with a DNA substrate: structural basis for damaged
DNA recognition. Cell 83, 773-782.
11!11 Reparacion susceptible de errores y fenotipos
mutadores
Articulos de investigacion
Friedberg, E. C., Feaver, W. J., and Gerlach, V. L. (2000).
The many faces of DNA polymerases: strategies for
mutagen esis and for mutational avoidance. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 97, 5681- 5683.
Goldsmith, M., Sarov-Blat, L., and Livneh, Z. (2000).
Plasmid-e ncoded MucB protein is a DNA polymerase
(pol RI) specialized for lesion bypass in the presence
of MucA, RecA, and SSE. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 97,
11227-11231.
Maor-Shosban i, A., Reuven , N. B., Tomer, G., and Livneh,
Z. (2000). Highly mutagenic replication by DNA
polymerase V (Um uC) provides a mechanistic basis for
SOS untargeted mutagenesis. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
97, 565-570.
Wagner, J., Gruz, P., Kim, S. R., Yamada, M., Matsui, K.,
Fuchs, R. P., and Nobmi, T. (1999). The dinE gene
encodes a novel E. coli DNA polymerase, DNA pol IV,
involved in mutagenesis. Mol. Cel/4, 281-286.
Ell Control de la direccion de la reparacion de
apareamientos err6neos
Articulo de revision
Kunkel, T. A., a nd Erie, D. A. (2005). DNA mismatch
repair. Annu. Rev. Biochem . 74, 681-710.
Articulo de investigacion
Strand, M., Prolla, T. A., Liskay, R. M ., and Petes, T. D.
( 1993). Destabilization of tracts of simple repetitive
DNA in yeast by mutations affecting DNA mismatch
repair. Nature 365, 274-276.
&IJ Sistemas de reparacion por recombinacion en E. coli
Articulo de revision
West, S. C. ( 1997) . Processing of recombination
intermediates by the RuvABC proteins. Annu. Rev.
Genet. 31, 213-244
Articulo de investigacion
Bork, J. M . and Inman, R. B. (200 1). The RecOR proteins
modulate RecA protein function a t 59 ends of single-
stranded DNA. EMBO J. 20, 7313-7322.
B!ll La recombinacion es un mecanismo importante de
recuperacion ante errores de re plicacion
Articulos de revision
Cox, M. M., Goodman, M. F., Kreuzer, K. N., Sherratt,
D. J. , Sandler, S. J ., and Marians, K. J. (2000) . The
importance of repairing stalled replicatio n forks.
Nature404, 37-41.
Referencias 519
 McGlynn, P. and lloyd, R. G. (2002). Recombinational
repair and restart of damaged replication forks. Nat.
Rev. Mol. Cell Bioi. 3, 859-870.
Michel, B., Viguera, E., Grompone, G., Seigneur, M., and
Bidnenko, V. (200 1). Rescue of arrested replication
forks by homologous recombination. Proc. Nat/. Acad.
Sci. USA 98, 8181-8188.
Art1culos de investigaci6n
Courcelle, J. and Hanawalt, P. C. (2003). RecA-dependent
recovery of arrested DNA replication forks. Annu. Rev.
Genet. 37, 611-646.
Kuzminov, A. (2001). Single-strand interruptions in
replicating chromosomes cause double-strand breaks .
Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 98, 8241-8246.
Rangarajan, S., Woodgate, R., and Goodman, M. F. ( 1999) .
A phenotype for enigmatic DNA polymerase II: a
pivotal role for pol II in replication restart in UV-
irradiated Escherichia coli. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 96,
9224-9229.
- RecA desencadena el sistema SOS
Articulo de investigaci6n
Tang, M. et al. ( 1999). UmuD'2C is an error-prone DNA
polymerase, E. coli pol V. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 96,
8919-8924.
Las celulas eucari6ticas tienen sistemas de
reparaci6n conservados
Articulos de revision
Krogh, B. 0. and Symington, L. S. (2004). Recombination
proteins in yeast. Amm. Rev. Genet. 38, 2 3 3-271.
Prakash, S. and Prakash, L. (2002). Translesion DNA
synthesis in eukaryotes: a one- or two-polymerase
affair. Genes Dev. 16, 1872- 1883.
Sancar, A., Lindsey-Boltz, L. A., Unsal-Ka<;maz, K., and
Linn, S. (2004). Molecular mechanisms of mammalian
DNA repair and the DNA damage checkpoints. Annu.
Rev. Biochem. 73, 39-85.
Articulos de investigaci6n
Friedberg, E. C., Feaver, W. J., and Gerlach, V. L. (2000).
The many faces of DNA polymerases: strategies for
mutagenesis and for mutational avoidance. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 97, 5681-5683.
Johnson, R. E., Prakash, S., and Prakash, L. ( 1999).
Efficient bypass of a thymine-thymine dimer by yeast
DNA polymerase, Pol eta. Science 283, 1001-1004.
520 CAPITULO 20 Sistemas de reparaci6n
Rattray, A. J. and Strathern, J. N. (2003) . Error-prone::
polymerases: when making a mistake is the only-
to get ahead. Annu. Rev. Genet. 37, 31-66.
Reardon, J. T. and Sancar, A. (2003). Recognition anti
repair of the cyclobutane thymine dirTier, a maj o~
cause of skin cancers, by the human excision
nuclease. Genes Dev. 17, 2539-255!.
Wolner, B., van Komen, S., Sung, P., and Peterson, C.:...
(2003). Recruitment of the recombinational repai:
machinery to a DNA doubl e-strand break in yeas .
Mol. Cell12, 221-232.
B!IE Un sistema comun repara las roturas de la doble
cadena
Articulo de revision
D'Amours, D. and Jackson, S. P. (2002 ). The Mrell
complex: at the crossroads of DNA repair and
checkpoint signall ing. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3,
317-327.
Artic ulos de investigaci6n
Carney, J. P., Maser, R. S., Olivares, H., Davis, E. M., Le
Beau, M., Yates, J. R., Hays, L., Morgan, W. F., anC.
Petrini, J. H. (1998). The hMre!IIhRad50 protein
complex and Nijmegen breakage syndrome: linkag
of double -strand break repair to the cellular DNA
damage response. Cel/9 3, 477-486.
Cary, R. B., Peterson, S. R., Wang, J., Bear, D. G.,
Bradbury, E. M., and Chen, D. J. ( 1997). DNA loo
by Ku and the DNA-dependent protein kinase. Pr ~
Nat/. Acad. Sci. USA 94, 4267- 4272.
Ellis, N. A., Groden, J., Ye, T. Z., Straughen, J., Lennon, .:
J ., Ciocci, S., Proytcheva, M., and German, J. ( !995
The Bloom's syndrome gene product is homologou<
RecQ helicases. Cell 83, 6 5 5-666.
Ma, Y., Pannicke, U., Schwarz, K., and Lieber, M. R.
(2002). Hairpin opening and overhang processing
by an Artemis/DNA-Dependent protein kinase
complex in nonhomologous end joining and V(D)J
Recombination. Cell I 08, 7 81- 794.
Ramsden, D. A. and Gellert, M. (1998). Ku protein
stimulates DNA end joining by mammalian DNA
ligases: a direct role for Ku in repair of DNA double-
strand breaks. EMBO J. 17, 609-614.
Varon, R. eta!. ( 1998). Nibrin, a novel DNA double-stra-
break repair protein, is mutated in Nijmegen break a~:
syndrome. Cell 93, 467-476.
Walker, J. R., Corpina, R. A., and Goldberg, J. (2001).
Structure of the Ku heterodimer bound to DNA anci
its implications for double-strand break repair. Natzrr,
4!2, 607- 6 !4.
 ransposones
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
Las secuencias de inserci6n son m6dulos de
transposici6n sencillos
Una secuencia de inserci6n es un transpos6n que codifica
las enzimas necesarias para la transposici6n, flanqueadas
por repeticiones terminates invertidas cortas.
El sitio diana donde se inserta el transpos6n se duplica
durante el proceso de inserci6n para formar dos
repeticiones en orientaci6n directa en los extremes del
transpos6n.
La longitud de la repetici6n directa es de 5 a 9 bp yes
caracteristica para cualquier transpos6n particular
Los transposones compuestos tienen m6dulos IS
Los transposones pueden portar otros genes ademas de los
que codifican la transposici6n.
Los transposones compuestos tienen una region central
flanqueada par un elemento IS en cada extrema.
Cada uno o ambos elementos IS de un transpos6n
compuesto pueden realizar la transposici6n.
Un transposon compuesto puede actuar como unidad, pero
un elemento IS activo en cualquier extrema tambien puede
realizar la transposicion de manera independiente.
La transposici6n ocurre por mecanismos
replicativos y no replicativos
Todos los transposones utilizan un mecanismo comun
donde se hacen hendiduras escalonadas en el DNA diana, el
transposon se une a los extremos prominentes y se llenan
las brechas.
El orden de los episodios y la naturaleza exacta de las
conexiones entre el transposon y el DNA diana determinan
si la transposicion es replicativa 0 no replicativa.
Los transposones causan reestructuraci6n del DNA
La recombinaci6n hom6loga entre multiples copias de un
transpos6n causa reestructuracion del DNA hospedador.
La recombinacion homologa entre las repeticiones de un
transpos6n puede llevar a la escisi6n precisa o imprecisa.
6B Intermediarios comunes para la transposici6n
La transposicion se inicia con la formacion de un complejo
de transferencia de cadenas donde el transposon se conecta
con el sitio diana a traves de una cadena en cada extrema.
La transposasa Mu forma el complejo par sinapsis de los
extremes del DNA de Mu, seguida de la form acion de hendi-
duras y luego una reacci6n de transferencia de cadena.
Ocurre a continuaci6n transposicion replicativa si el
complejo se reproduce, y transposicion no replicativa si se
repara.
liD La transposici6n replicativa avanza a traves de un
cointegrado
La replicaci6n de un complejo de transferencia de cadenas
genera un cointegrado, que es una fusion de los replicones
donador y diana.
El cointegrado tiene dos capias del transposon que yacen
entre los replicones originates.
La recombinacion entre las capias del transposon regenera
los replicones originales, pero el receptor ha ganado una
copia del transposon.
La reacci6n de recombinaci6n es catalizada par una
resolvasa codificada por el transpos6n.
6131 La transposici6n no replicativa avanza por rotura
y reunion
La transposicion no replicativa ocurre cuando se hace una
hendidura en una estructura entrecruzada en el par no roto
de las cadenas donadoras y se ligan las cadenas diana a
cada lado del transposon.
Dos vias para la transposicion no replicativa difieren de
acuerdo a que el primer par de cadenas del transpos6n se
una al sitio diana antes de que se corte el segundo par
(Tn5), o que las cuatro cadenas se corten antes de unirse a
la diana (TnlO) .
6D La transposici6n de TnA requiere transposasa y
resolvasa
La transposicion replicativa de TnA requiere que una
transposasa forme la estructura cointegrada y una resolvasa
libere los dos replicones.
La acci6n de la resolvasa se asemeja a la proteina Int
f.. y pertenece a la familia general de reacciones de
recombinaci6n especificas de sitio similares a las de
topoisomerasa, que pasan par un intermediario donde la
proteinase une de manera covalente al DNA.
f:DIM La transposici6n de Tn10 tiene multiples
controles
La inhibici6n de capias multiples reduce la tasa de
transposicion de cualquier copia de un transposon cuando
se introduce otras del mismo transposon en el genoma.
Multiples mecanismos afectan la tasa de transposicion.
DO Los elementos de control en el ma\z causan
roturas y reestructuraciones
Se descu bri6 la transposici6n en el maiz par los efectos de
las roturas cromos6micas generadas par la transposici6n de
"elementos de control".
La rotura genera un cromosoma que tiene un centromere y
un extrema roto, asi como un fragme nto acentrico.
Continua en Ia siguiente p6gina
521
 El fragmento acentrico se pierde durante la mitosis;
lo que puede detectarse por la desaparicion de alelos
dominantes en un heterocigoto.
La fusion entre los extremes rotos del cromosoma
genera cromosomas dicentricos, que presentan mas
ciclos de rotura y fusion.
El ciclo fusion-rotura-puente se encarga de la
aparicion de la variegacion somatica.
6116 Los elementos de control forman familias de
tra nsposones
Cada familia de transposones en el maiz tiene
elementos de control, autonomos y no autonomos.
Los elementos de control autonomos codifican
proteinas que les permiten realizar la transposicion.
Los elementos de control no autonomos tienen
mutaciones que eli minan su capacidad de catalizar
La transposicion, pero pueden realizarla cuando
un elemento autonomo proporciona las proteinas
necesarias.
Los elementos de control autonomos tienen cambios
de fase cuando sus propiedades se alteran como
resultado de cambios en el estado de metilacion .
liJD) Los elementos Spm influyen en la expresi6n
genica
Los elementos Spm afectan La expresion genica en sus
sitios de insercion, cuando la proteina TnpA se une a
sus sitios diana en los extremes del transposon.
Los elementos Spm se desactivan par metilacion.
liiiB Intervenci6n de los elementos susceptibles de
transposici6n en la disgenesia hibrida
Los elementos P son transposones que portan las
cepas P de Drosophila melanogaster, no asi las
cepas M.
Cuando un macho P se cruza con una hembra M, se
activa Ia transposicion.
La insercion de elementos P en sitios nuevas en esas
cruzas desactiva muchos genes y las hace infecuncilas.
fj&I1J Los elementos P se activan en la linea
germinal
Los elementos P se activan en la linea germinal de
cruzas de macho P con hembras M, porque un episodic
de corte y empalme especifico de tejido retira un
intr6n que genera La secuencia de codificaci6n de La
transposasa.
El elemento P tam bien produce un represor de la
transposici6n, que se hereda por via materna en el
citoplasma.
La presencia del represor explica porque las cruzas de
machos Mcon hembras P se mantienen fecundas.
Drit Resumen

111 Introducci6n
I
Los genomas evolucionan por Ia adquisici6n de
nuevas secuencias y Ia reestructuracion de las exis-
tentes. El transpos6n genera una nueva copia en un
La introducci6n subita de nuevas secuencias sitio aleatoric
se debe a Ia capacidad de los vectores de ll evar in-
formacion entre los genomas. Los elementos ex-
tracromos6micos !levan Ia informacion en sentido
horizontal al mediar Ia transferencia (por lo general
bastante cmta) de material genetico. En las bacterias,
los plasmidos se mueven por conjugacion (vease Ia
secci6 n 16.10, La conjugaci6n transfiere DNA de
Cadena unica), en tanto los fagos se diseminan por Ocurre entrecruzamiento no equivalente
entre secuencias relacionadas
infeccion (vease el Capitulo 14, Estrategias de los
fagos). Plasmidos y fagos en ocasiones transfieren
genes hospedadores junto con su propio replicon. X

La transferencia directa de DNA tiene Iugar e ntre

algunas bacterias mediante transformacion (vease
Ia secci6n 1.2, El DNA es el material genetico de
las bacterias). En eucario tas, algun os virus, sobre
todo retrovirus, pueden transferir informacion ge-
netica durante un ciclo infeccioso (vease Ia secci6n
22.6, Los retrovirus pueden transducir secuencias Una causa impartante del cambia de secuenci=
dentro del genama es el desplazamienta de un transpas6n au-
celulares) .
nuevo sitio. En acasiones esto tiene cansecuencias directas e
Las reestructu raciones son patrocinadas por la expresi6n genica. El entrecruzamiento no equivalente ent c
procesos internos del genoma. Dos de las principa- secuenci as relacionadas ca usa reestructuraciones. Las capias d=
les causas se resumen en Ia transpasanes pueden ofrecer dianas para tales sucesos.

522 CAPITULO 21 Transpasanes

 La recombinacion no equivalente es producto
: el apareamiento erroneo por los sistemas celulares
_ara Ia recombinacion bomologa. La recombinacion
:10 reciproca da como resultado Ia duplicacion ore-
~tructuracion de loci (vease Ia seccion 6.7, El en-
:recruzamiento no equivalente reestructura grupos
j e genes). La duplicacion de las secuencias dentro
'e un genoma constituye una fuente importante de
::~uevas secuencias. Una copia de Ia secuencia puede
-etener su fun cion original, en tanto Ia otra evolu-
jona bacia una nueva funcion. Es mas, se encuen-
'Tan diferencias significativas entre genomas indivi-
uales en el ambito molecular debido a variaciones
polimorficas causadas por la recombinacion. Como
se aprecio en Ia seccion 6.14, Los minisatelites son
-:ttiles para el mapeo genetico, esa recombinacion
entre minisatelites se ajusta en su longitud, de ma-
:lera que cada genoma individual sea diferente.
Otra causa importante de variacion Ia consti-
~uyen los elementos susceptibles de transposi-
cion o transposones: se trata de secuencias bien
efinidas en el genoma, que son moviles y pueden
.ransportarse a sf mismas a otras localizaciones den-
Iro del genoma. La marca distintiva de un transpo-
son es que no utiliza una forma independiente del
elemento (como DNA de fago o plasrnido), sino que
se traslada de manera directa de un sitio del genoma
a otro. A diferencia de casi todos los demas procesos
comprendidos en la reestructuracion del genoma, Ia
transposicion no depende de alguna relacion entre
las secuencias de los sitios donador y receptor. Los
transposones solo pueden moverse a sf mismos, y
a veces a otras secuencias, b acia sitios nuevos en
otra parte dentro del mismo genoma; son, por tanto,
Ia contraparte interna de los vectores, que puede
transportar secuencias de un genoma a otro. Es po-
sible que constituyen Ia principal fuente de muta-
ciones en el genoma.
Los transposones pertenecen a dos clases ge-
nerales. El grupo de transposones revisado en este
capitulo corresponde a secuencias de DNA que co-
difican protefnas que pueden manipular el DNA, de
manera que se propaguen a sf mismas dentro del
genoma. Los transposones revisados en el Capitulo
22, Retrovirus y retrotransposones, tienen relacion
con los retrovirus y Ia fuente de su movilidad es Ia
capacidad de bacer copias del DNA de sus productos
de transcripcion del RNA; las copias de DNA se inte-
gran entonces a nuevos sitios en el genoma.
Los transposones que se movilizan por medio
del DNA se encuentran en procariotas y eucariotas.
Cada transposon bacteriano porta genes que co-
difican las actividades enzimaticas indispensables
para su propia transposicion, si bien en ocasiones
tambien requieren funciones auxiliares del genoma
don de reside (como la polimerasa o Ia girasa del
DNA). Hay sistemas semejantes en las eucariotas, si
bien sus funciones enzimaticas no estan tan bien de-
finidas. Un genoma puede contener elementos fun-
cionales y no funcionales (defectuosos). A menudo,
Ia mayor parte de los elementos de un genoma eu-
cariotico tiene defectos y ba perdido Ia capacidad de
transposicion independiente, aun cuando todavfa
las enzimas producidas por transposones funcio-
nales pueden reconocerlos como sustratos para la
transposicion. Un genoma eucariotico contiene un
numero y una variedad grande de transposones. El
genoma de Ia mosca tiene >50 tipos de transposo-
nes, con un total de varios cientos de elementos
individuales.
Los elementos susceptibles de transposicion
pueden facilitar las reestructuraciones del genoma
de manera directa o indirecta:
El episodio mismo de Ia transposicion puede
causar deleciones o inversiones, o conducir
al movirniento de una secuencia de hospe-
dador bacia una nueva localizacion .
Los transposones sirven como sustratos
para los sistemas de recombinacion celular
cuando actuan como "regiones portatiles de
homologfa"; dos copias de un transposon en
diferentes localizaciones (incluso en cromo-
somas distintos) pueden proporcionar sitios
para Ia recombinacion recfproca. Tales in-
tercambios ocasionan deleciones, insercio-
nes, inversiones o translocaciones.
Las actividades interrnitentes de un transposon
parecen ofrecer una diana algo nebulosa para Ia se-
leccion natural. Esa preocupacion ba dado Iugar a
indicios de que los elementos susceptibles de trans-
posicion (a! menos algunos) no confieren ventaja o
desventaja al fenotipo, pero quiza constituyen un
"DNA egofsta", aquel interesado solo en su propia
propagacion. Ademas, cuando se considera Ia trans-
posicion un episodio diferente del de los otros siste-
mas de recombinacion celular, se acepta de manera
tacita Ja opinion de que el transposon es una enti-
dad independiente que reside en el genoma.
Tal relacion del transposon con el genoma se
asemejaria a Ia de un parasito con su bospedador. Al
parecer, la propagacion de un elemento por trans-
posicion se equilibra con el dafio que bace si un
episodio de transposicion desactiva un gen indis-
pensable o si el numero de transposones se con-
vierte en una carga para los sistemas celulares. No
obstante, se debe recordar que cualquier suceso de
transposicion que confiere una ventaja selectiva,
por ejemplo, una reestructuracion genetica, llevara
a Ia supervivencia preferente del genoma que porta
el transposon activo.
21.1 Introducci6n 523
 11J Las secuencias de inserci6n Los transposones mas sencillos se llaman s ~
cuencias de inserci6n (lo que refleja la forma _
son m6dulos de transposici6n que se detectan). Cada tipo recibe el prefijo IS se,
sencillos do de un numero que lo identifica. (Las clases on=
Conceptos principales
nales se enumeraron de IS 1 a IS4; las clases po_ :
rio res tienen numeros que reflejan los antecederc-
Una secuencia de inserci6n es un transpos6n que del aislamiento, pero que no corresponden ala '-
codifica las enzimas necesarias para la transposici6n,
total de elementos hasta entonces aislados.)
flanqueadas por repeticiones terminates invertidas
cortas.
Los elementos IS son constituyentes non- -
El sitio diana donde se i nserta el transpos6n se duplica les de los cromosomas bacterianos y plasmidos . .::
durante el proceso de inserci6n para formar dos probable que una cepa estandar de E. coli conteL
repeticiones en orientaci6n directa en los extremes del varias capias (menos de 10) de cualquiera de
transpos6n . elementos IS mas comunes. Para describir una .
La longitud de la repetici6n directa es de 5 a 9 bp yes sercion en un sitio particular se utiliza el sign a
caracteristica para cualquier transpos6n particular. de man era que /c: :IS l describe la inserci6n de ~
elemento IS l en el fag o A.
Los elementos IS son unidades aut6nomas, c
Los elementos susceptibles de transposicion se iden-
una de las cuales codifica s6lo las protefnas in
tificaron por prim era vez en el ambito molecula r en
pensables para patrocinar su propia transposici ~
forma de inserciones espontaneas en operones bac-
Cada elemento IS tiene diferente secuencia, pe
terianos. Ese tipo de insercion impide la transcrip-
comparten algun as caracterfsticas en su organiz::
cion, traduccion o ambas, del gen donde se inserta.
cion. La estructura de un transposon generico an>
Se han descrito hasta ahora muchos tipos diferentes
y despues de Ia insercion en un sitio diana se ilu ::
de elementos susceptibles de transposicion.
en la , que tambien resume los detaL
de algunos elementos IS comunes.
Un elemento IS termina en repeticiones t e:--
minales inve rtidas cortas; par lo generaL las
capias de Ia repeticion tienen una relaci6n estre _
mas que ser identicas. Como se ilustra en la fig u..-:
12345789 987654321 Ia presencia de repeticiones terminales inverti -
( 123456789 . - 9876.54321
indica que se encuentra Ia mism a secuencia av -~
' Gen de transposasa
zando hacia el elemento desde el DNA del flan c
ambos !ados.
n-----~~~~--~A=
TG
'vc~
A~------------~~---=-,
Cuando un elemento IS realiza transposici -:
se duplica un a secuencia del DNA hospedador e.
DNA del hospedador Sitio diana DNA del hospedador
el sitio de insercion . La naturaleza de Ia dupl.ic
~ cion queda de manifiesto cuando se compara .
secuencia del sitio diana antes y despues de q -
987654321 ATGCA ~- -
987654321 T ACGT h a ocurrido una inserci6n. La Figura 21.2 mu es~
Repetici6n Repetici6n Transpos6n Repetici6n Repetici6n que en el sitio de inserci6n el DNA de IS siem ~:
diana invertida 1nvert!da diana esta flanqueado por repeticiones d irectas m u
cortas . (En este contexto, "directo" indica que !3.
Repetici6n Repetici6n Longitud Selecci6n dos capias de una secuencia se repiten en Ia mis -'
Transpos6n
diana {bp) invertida (bp) global (bp) de diana
orientaci6n, no que sean cercanas. ) No obstante, e--
IS1 9 23 768 aleatoria el gen original (antes de la inserci6n), el sitio dia ~
IS2 5 41 1327 puntos calientes tiene la secuencia de s6lo una de esas repeticion
IS4 11-13 18 1428 AAAN2 oTTT
En Ia figura, el sitio diana consta de Ia secu en
ISS 4 16 11 95 punios calientes
IS10R 9 22 1329 NGCTNAGCN
~1g6~- Despues de Ia transposici6n hay una co ~
IS50R 9 9 1531 puntos calientes de esta secuencia a cada lado del transpos6n.
18903 9 18 1057 aleatoria La secuencia de Ia repetici6n directa varia en .. :
ep isodios individuales de transposici6n realizad
Los transposones tienen repeticiones termi na les inver- por un transpos6n , pero la longitud es constan
tidas y generan repeticiones directas del DNA de los flancos en el sitio
diana. En este ejemplo, la diana es una secuencia de 5 bp. Los ext re mes para cualquier elem ento IS particular (reflejo d
del transpos6n constan de repeticiones de 9 bp invertidas donde los mecanismo de transposici6n) . La longitud mas fr.:-
numeros uno a nueve indican una secuencia de pares de bases. cuente es de 9 bp para las repeticiones directas.

524 CAPITULO 21 Transposones

 Por lo tanto, un elemento IS muestra una estruc- Algunos transposones portan marcadores de resis-
tura caracterfstica donde sus extremos se identifican tencia farmacologica (u otros) ademas de sus funcio-
por las repeticiones terminales invertidas, mientras nes relativas ala transposicion. Esos transposones se
que los extremos cercanos del DNA del hospeda- denominan Tn seguido de un nt1mero. Una clase de
dor en los flancos se identifican por las repeticiones los transposones mas grandes se denomina de ele-
directas cortas. Cuando se observa ese tipo de or- mentos compuestos, porque una region central
ganizacion en una secuencia de DNA, se considera que porta el marcador farmacologico es flanqueada
como diagnostico de un transposon e indica que la por ''brazos" que cons tan de elementos IS.
secuencia se origino en un suceso de transposicion. Los brazos pueden tener la misma orientacion
Casi todos los elementos IS se insertan en una (lomas frecuente) o invertida . Asf, un transposon
diversidad de sitios en el interior del DNA del hospe- compuesto con brazos que corresponden a repeti-
dador; algunos, no obstante, muestran preferencia ciones directas tiene la estructura
(grados variables) por puntas caJientes particulares.
Las repeticiones invertidas definen los extremos Arml Region central ArmR
de un transposon. El reconocimiento de los extre-
mes es comun a los sucesos de transposicion patro-
cinados por todos los tipos de transposon. Las mu- Si los brazos tienen repeticiones invertidas, Ia
taciones que actuan en configuracion cis e impiden estructura es
Ia transposicion se locaJizan en los extremos, que las
Arml Region central ArmR
protefnas encargadas de la transposicion reconocen.
Las protefnas se Haman transposasas.
Todos los elementos IS, excepto IS 1, contienen Las flechas indican Ia orientacion de los brazos,
una sola region de codificaci6n larga, que se inicia
que se identifican como L y R de acuerdo con una
apenas en el interior de Ia repeticion invertida en un
oriemaci6n (arbitraria) del mapa genetico del trans-
extrema y termina apenas antes o dentro de la repe-
poson, de izquierda a derecha. La estructura de un
ticion invertida en el otro extrema, el cual codifica
Ia transposasa . La IS 1 tiene una organizacion mas
compleja, con dos marcos de lectura independien-
tes; la transposasa es producto de la estructuracion Los m6dulos IS se repiten
de un marco durante Ia traduccion para permitir el
uso de ambas estructuras.
ISR = derecho
La frecuencia de Ia transposicion varia entre los
Marcadores del transpos6n
diversos elementos. El fndice global de transposicion
es de -1 o-3 a casi l0 4 por elemento por genera cion.
Las inserciones de dianas individuales tienen Iugar El m6dulo IS tiene El modulo IS tiene
repeticiones invertigas repeticiones invertidas
en un grado semejante al de Ia tasa de mutacion
espontanea, por lo general -1 o-5 a 1o-7 por genera- Ejemplo
cion. La reversion (por escision precisa del elemento Tn9 IS1 M6dulos IS identicos,
ambos funcionales
IS) suele ser infrecuente, con una varia cion de 1 o--<~
a 1o-I o por genera cion, que es -10 3 veces menos Los m6dulos IS estan invertidos
frecuente que Ia insercion.

Bll Los transposones compuestos

tienen m6dulos IS Ejemplo Extrema Marcadores Extremo derecho
Izquierdo
Conceptos principales Tn903 IS903 kanR Ambos extremos
IS son funcionales
Los transposones pueden portar otros genes ademas de
los que codifican la transposicion. Tn10 IS10L tetR IS10R
no funcional funcional
Los transposones compuestos tienen una region central
flanqueada por un elemento IS en cada extrema. Tn5 IS50L kanR IS50R
no funcional funcional
Cada uno o ambos elementos IS de un transposon
compuesto pueden realizar la transposicion. Un transpos6n compuesto tiene una region
Un t ransposon compuesto puede actuar como unidad, central que porta los marcadores (como el de resistencia a
pero un elemento IS activo en cualquier extrema farmacos) flanqueados par modulos IS, que tienen repeticiones
tambien puede realizar la transposici6n de manera termina les invertidas cortas. Si los m6dulos mismos estan en
independiente. orientaci6n invertida, las repeticiones terminales cortas inver-
tidas en los extremos del transpos6n son identicas.

21.3 Los transposones compuestos tienen m6dulos IS 525


El transpos6n I nador. Dos modulos identicos pueden mantenerst
se integra al + iguales o diferenciarse. La capacidad de un solo m o-
DNA circular
tet'
IS10L IS10R
Resultado 2
El transpos6n Tn10 se desplaza otra vez
El nuevo transpos6n creado por movilizaci6n
de m6dulos IS1 0 en orientaci6n altern at iva
Dos m6dulos IS10 crean un transpos6n com-
puesto que puede movilizar cualquier region del DNA que yace
entre ellos. Cuando TnlO es parte de una molecula circular
pequena, las repeticiones IS10 pueden tener transposici6n a
cada lado del c1rculo.
transposon compuesto se ilustra con mayor detalle
en Ia , donde tambien se resumen las
propiedades de algunos transposones compuestos
comunes.
Los brazos constan de modulos IS y cada uno
tiene Ia terminacion habitual de Ia estructura de
repeticiones invertidas; como resultado, el trans-
poson compuesto tambien termina con las mismas
repeticiones invertidas cortas.
En algunos casos, los modulos de un transposon
compuesto son identicos, como Tn9 (repeticiones
directas de IS l) o Tn903 (repeticiones invertidas de
IS903). En otros casos, los modulos tienen relacion
estrecha, pero no son identicos. Por tanto, se pueden
distinguir los modulos L y R en TnlO o en TnS.
Un modulo IS funcional puede hacer transpo-
sicion de sf mismo o de todo el transposon. Cuando
los modulos de un transposon compuesto son icten-
ticos, parece que cualquiera de ellos puede patroci-
nar el movimiento del transposon, como en el caso
de Tn9 o Tn903. Cuando los modulos son distintos,
tal vez difieran en su capacidad funcional, de mane-
ra que Ia transposicion quiza dependa por completo
5-26 CAPITULO 21 Transposones
o de manera principal de uno de los modulos, com
en el caso de TnlO o TnS.
Se asume que los transposones compuestos-
evolucionaron cuando dos modulos en un principi
independientes se vincularon con Ia region centra:
Tal situacion pudiese surgir cuando un elemento I ~
se transpone a un sitio receptor cercano a! sitio do
dulo de realizar transposicion de todo el elementc
compuesto explica la falta de presion selectiva sob re
ambos modulos para mantenerse activos.
;_Que se encarga de la transposicion de u
transposon compuesto en Iugar de solo el modul
individual? Esta pregunta es en especial problema-
tica cuando ambos modulos son funcionales. En e.
ejemplo de Tn9 donde los modulos son element
IS l, parece que cada uno es activo por su prop ;~
cuenta, asf como en nombre del transposon COIT -
puesto. ;_Por que se conserva el transposon en s_
totalidad, en Iugar de que cada secuencia de inse>
cion vea por sf misma?
Dos elementos IS, de hecho, pueden hace
transposicion de cualquier secuencia que resida er_ -
tre ellos, asf como en ellos mismos. La ' " (
muestra que si Tn l 0 reside en un rep !icon circular
se puede considerar que sus dos modulos flanquea::
a! gen td' del Tn l 0 original o la secuencia en la on.:_
parte del circulo. Asi, en un episodio de transpos:-
cion puede participar el transposon original Tn :
(marcado por el movimiento de tetR) o la creaci6:-
de un nuevo transposon "volteado a! reves" con ':
region central alternativa.
Notese que los transposones original y "v ~
teado a] reves" tienen modulos invertidos, pero --
evidente que estos modulos pueden funcionar ~
cualquier orientacion con respecto a la region cc -
tral. La frecuencia de transposicion de los transpos- -
nes compuestos desciende con Ia distancia entre l
modulos. Por lo tanto, Ia dependencia de Ia longi u~
es un factor que determina los tamafios de los trar.s-
posones compuestos comunes.
Una fuerza importante que apoya Ia transp < -
cion de transposones compuestos es Ia seleccion
marcadores que realiza Ia region central. Un m -
dulo IS 10 esta libre de trasladarse por sf mismo
se moviliza un orden de magnitud mas a menuc
que TnlO. No obstante, TnlO se mantiene conj u:- -
tado por Ia seleccion de tetR, de manera que bii
condiciones selectivas, la frecuencia relativa de
transposicion del TnlO intacto aumenta mucho.
Los elementos IS codifican las actividades _
transposasa que se encargan de Ia creacion de un si:--
diana o el reconocimiento de los extremos del trar. -
poson. Solo se necesitan los extremos para que :_
transposon actue como sustrato en la transposici6>
 La transposici6n ocurre ....
por mecanismos replicativos Sitio diana"-
y no replicativos lli Ill IWu.,.,.m""'ll'TT'm'""H

Conceptos principales
Todos los transposones utilizan un mecanismo comun
l.
'T'1liCT'1u.,..,n'TTuttu ,.,.,w,.,...u,..,.,m,.,.u
Hendiduras
escalonadas
donde se hacen hendiduras escalonadas en el DNA
diana, el transpos6n se une a los extremos prominentes
y se llenan las brechas.
~
ATGCA .
'---
-.
- --"
l hechas en el
sitio diana

El arden de los episodios y la naturaleza exacta de las El transpos6n

conexiones entre el transpos6n y el DNA diana determi- 11TIIP ....,......,......ILI.I..L&.Io~.&.~.L.Liwt..:..Ou.....~ se une a
extremos de
nan si la transposici6n es replicativa o no replicativa. 'TACGT Cadena unica
' '"'---.- ........
/ 'fAcG"i"'
ATG~
En la se ilustra la insercion de un trans- Las brechas en
poson en un nuevo sitio. Consiste en hacer roturas ::rrmiuiDIIffiOlOOllilfm el sitio diana se
------ llenan y sellan
escalonadas en el DNA diana, uniendo el transposon
a los extremos de cadena unica prominentes y lle- Repeticiones diana
nando las brechas. La generacion y elllenado de lo s
extremos escalonados explican la aparicion de repe- Las repeticiones directas de la diana del DNA
que flanquean un transpos6n se generan con la introducci6n
ticiones directas de DNA diana en el sitio de inser-
de cortes escalonados cuyos extremos prominentes se enlazan
cion. Los escalones entre los cortes en las dos cadenas al transpos6n.
determina la longitud de las repeticiones directas; de
este modo, la repeticion diana caracterfstica de cada
transposon refleja la geometria de Ia enzima involu-
crada en el corte del DNA diana.
El uso de extremos escalonados es comun a Donador
todos los medios de transposicion, pero se pueden
mm:
~J
distinguir tres tipos diferentes de mecanismo por el
que se desplaza un transposon:
En la transposicion replicativa, el ele-
mento se duplica durante la reaccion, de
mm :mn
l
manera que la entidad de transposicion es
El donadorse El receptor gana una
una copia del elemento original. En la , mantiene inalterado copia del transpos6n
se resumen los resultados de tal trans-
posicion. El transposon se copia como parte La transposici6n replicativa crea una copia del
de su movimiento. Una copia se mantiene transpos6n que se inserta en un sitio receptor. El sitio donador
se mantiene sin cambia, por lo que tanto el donador como el
en el sitio original en tanto la otra se inser- receptor tienen una copia del transpos6n.
ta en un nuevo sitio. Asf, la transposicion
se acompafia de un aumento del numero
de copias del transposon. La transposicion
replicativa comprende dos tipos de activi- TnlO y Tn5 utilizan el mecanismo qu e se
dad enzimatica: una transposasa que actu a muestra en Ia y que comprende
sobre los extremos del transposon original Ia lib eracion del transposon del DNA do-
y una resolvasa que actua sobre las copias nador flanqueador durante Ia transferen-
duplicadas. Un grupo de transposones re - cia. Este tipo de mecanismo requiere solo
lacionados con TnA se desplaza solo por una transposasa. Otro mecanismo utiliza la
transposicion replicativa (vease la seccion conexion de secuencias de DNA donadora
21.7, La transposicion replicativa avanza a y diana, y comparte algunos pasos con la
traves de un cointegrado). transposicion replicativa (vease Ia secci6n
En la transposici6n no rep licativa, el 21 .6, Intermediarios comunes de la trans-
elemento de transposicion se traslada como posicion). Ambos mecanismos de Ia transpo-
una entidad ffsica de manera directa de un sici6n no replicativa hacen que el elemento
sitio a otro y se conserva. Las secuencias de se inserte en el sitio diana y se pierda del
insercion y los transposones compuestos sitio donador. 2. Que pasa con la molecula

21.4- La transposici6n ocurre por mecanismos replicativos y no replicativos 527


Donador Receptor
11111 111 11111
? comun (vease Ia secci6n 21.6, Intermediarios COffil'-
El donador tiene una El receptor gana una
rotura en el sitio del copia del transpos6n
transpos6n
La transposici6n no replicativa permite que un
transpos6n se desplace como una entidad ftsica de un sitio do-
nador a uno receptor. Esto deja una rotura en el sitio donador,
que es letal, a menos que se pueda reparar.
I e
Donador
La transposici6n conservadora implica desplaza-
miento directo sin perdida de enlaces nucleotldicos; comparese
con La integraci6n y escisi6n A.
donadora despues de una transposici6n no
replicativa? Su supervivencia requiere que
los sistemas de reparaci6n del h ospedador
reconozcan Ia rotura de Ia doble cadena y
la reparen.
La transposici6n conservadora describe
otro tipo de episodio no replicativo donde
se escinde el elemento de un sitio donador
y se inserta en un sitio diana gracias a una
serie de sucesos donde se conservan todos
los enlacen nucleotidicos . En Ia
se resumen los resultados de un episodio de
conservaci6n. Este simula de manera exacta
el mecanismo de la integraci6n ?~ abordado
en la secci6n 19.16, La recombinaci6n espe-
cffica del sitio comprende rotura y reunion,
y las transposasas de tales elementos se re-
lacionan con la familia de la integrasa A.. Los
elementos que usan este mecanismo son
grandes y pueden mediar Ia transferencia
no solo del elemento mismo, sino tambien
del DNA donador de una bacteria a otra.
Tales elementos se clasificaron en un prin-
cipia como transposones, pero pueden con-
528 CAPITULO 21 Transposones
siderarse de manera mas apropiada come
episomas.
Algunos transposones utilizan un solo tipo de
via para la transposici6n, en tanto otros puede r:.
utilizar multiples vias. Los elementos IS 1 e IS90:;
emplean las vfas no replicativa y replicativa, y he:
sido bien descrita la capacidad del fago Mu de cam-
biar a cualquier tipo de vfa desde una intermediaric.
ne s de Ia transposici6n).
Los mismos tipos basicos de reacci6n participa::.
en todas las clases de episodios de transposici6n. Lo;
extremos del transpos6n se desconectan del DN.-_
donador por reacciones de escisi6n que genera :-_
extremos 3'-0H. Los extremos expuestos se une:-_
despues al DNA diana por reacciones de transfere __
cia, que comprenden Ia transesterificaci6n, dondc
el extremo 3'-0H ataca de manera directa el DN."-
diana. Estas reacciones tienen Iugar dentro de u:-_
complejo nucleoprotefnico que contiene las enz:-
mas indispensables y ambos extremos del transp -
s6n. Los transposones difieren en cuanto a si se re-
conoce el DNA diana antes o despues de Ia escisi6:-
del transpos6n mismo.
La selecci6n del sitio diana la realiza en efec-
to Ia transposasa. En algunos casos, virtualmen~ =
se elige Ia diana en forma aleatoria. En otros, ha:
especificidad por una secuencia de consenso o a:-
guna otra caracterfstica en el DNA. La caracterisr:-
ca puede adoptar Ia forma de una estructura en e_
DNA, como el DNA flexionado, o de un compkj -
proteina-DNA. En el ultimo caso, la naturaleza de_
complejo diana puede hacer que el transpos6n _~
inserte en promotores espedficos (como Ty 1 o Ty:;.
que seleccionan promotores pol III en las levadt: -
ras), regiones inactivas del cromosoma o DNA e:-
proceso de replicaci6n.
ED Los transposones causan
reestructuraci6n del DNA
Conceptos principales
La recombinaci6n hom6loga entre multiples capias
de un transpos6n causa reestructuraci6n del DNA
hospedador.
La recombinaci6n hom6loga entre las repeticiones
de un transpos6n puede llevar a La escisi6n precisa o
imprecisa.
Ademas de la transposici6n intermolecular "sir:.-
ple", que da como resultado la inserci6n en un nue-
vo sitio, los transposones estimulan otros tipos c:
reestructuraciones del DNA. Algunos de estos suCE-
sos son consecuencias de Ia relaci6n entre multip>-
copias del transpos6n. Otros representan resulta- I I

dos alternatives del mecanismo de transposici6n

y dejan indicios sobre Ia naturaleza de los sucesos
subyacentes. Repeticiones directas
Puede haber reestructuraciones del DNA hos-
pedador cuando un transpos6n inserta una copia
en un segundo sitio cerca de su localizaci6n ori-
ginal. Los sistemas de hospedador pueden realizar
Apareamiento
Ia recombinaci6n recfproca entre las dos copias del de repeticiones
transposon; cuyas consecuencias dependen de que directas
las repeticiones tengan la misma orientacion o una
invertida.
La ilustra la regia general de que la
La recombinaci6n
recombinacion entre cualquier par de repeticiones
Iibera material
directas causara delecion del material entre elias. entre repeticiones
La region interpuesta se extirpa como un cfrculo como una molecula
de DNA (que se pierde de Ia celula); el cromosoma E;;;;;:;;rn~~:;:;iiiiiiiiiiiiiiiiii;J circular
conserva una copia de la repetici6n directa. Una
recombinacion entre los m6dulos IS de repetici6n La recombinaci6n reciproca entre repeticiones
directas escinde el material entre ellas; cada producto de re-
directa del transpos6n compuesto Tn9 sustituirfa al
combinaci6n tiene una copia de la repetici6n directa.
transpos6n IS1 de un solo modulo.
La delecion de secuencias cercanas a un trans-
poson pudiese, por tanto, ser producto de un pro-
ceso de dos etapas; Ia transposicion genera una
repeticion directa de un transpos6n y ocurre re- Repeticiones invertidas
combinacion entre las repeticiones. Sin embargo,
la mayor parte de las deleciones que surgen en Ia
vecindad de los transposones tal vez sea resultado
de una variacion en Ia via, seguida del episodio de
transposicion mismo. Las repeticiones
En la se muestran las consecuen- invertidas se aparean
cias de la recombinaci6n recfproca entre un par de
repeticiones invertidas. La region entre las repeti-
ciones se invierte; las repeticiones mismas perma-
necen disponibles para facilitar mas inversiones. Un Region invertida
transpos6n compuesto cuyos modulos se invierten
es un componente estable del genoma, si bien la La recombinaci6n reclproca entre repeticiones
invertidas invierte la region entre ellas.
direccion de la region central con respecto a los mo-
dulos pudiese invertirse por recombinaci6n.
La escision no es apoyada por los transposones escisi6n imprecisa se presenta con una frecuencia
mismos, pero puede ocurrir cuando las enzimas de - 1o-6 para Tn 10. Comprende Ia recombinaci6n
bacterianas reconocen regiones hom6logas en los entre secuencias de 24 bp en los m6dulos IS I 0; estas
transposones, algo importante porque la perdida secuencias son repeticiones invertidas, pero como
de un transpos6n puede restablecer la funcion en los m6dulos IS I 0 mismos estan invertidos, forman
el sitio de inserci6n. La escision precisa requiere el repeticiones directas en TniO.
retiro del transposon mas una copia de Ia secuencia La mayor frecuencia de escisi6n imprecisa en
duplicada. Esto sucede muy pocas veces; se presenta comparaci6n con Ia precisa tal vez refleje el aumen-
con una frecuencia de - 1o-6 para Tn 5 y - 10-9 para to de Ia longitud en las repeticiones directas (24 bp
Tn I 0. Es probable que implique una recombinaci6n en contraposici6n a 9 bp). Ningun tipo de escisi6n
entre sitios diana de 9 bp duplicados. depende de funciones codificadas por el transpos6n,
La escision imprecisa deja un residua de pero se desconoce el mecanismo. La escision es in-
transposon que puede ser suficiente para impedir dependiente de RecA y pudiese ocurrir por algunos
Ia reactivaci6n del gen diana, pero tal vez sea insufi- mecanismos celulares que generan deleciones es-
ciente para causar efectos polares en genes cercanos, pontaneas entre secuencias repetidas con espacios
de manera que ocurre un cambio en el fenotipo. La reducidos entre sf.

21.5 Los transposones causan reestructuraci6n del DNA 529

 1!1 Intermediaries comunes
para la transposici6n
Conceptos principales
La transposici6n se inicia con la formaci6n de un
complejo de t ransferencia de cadenas donde el
transpos6n se conecta con el sitio diana a traves de
una cadena en cada extremo.
La transposasa Mu forma el complejo par sinapsis de
los extremos del DNA de Mu, seguida de la formaci6n
de hendiduras y luego una reacci6n de transferencia de
cadena.
Ocurre a continuaci6n transposici6n replicativa si el
complejo se reproduce, y transposici6n no replicativa si
se repara.
Muchos elementos moviles del DNA se transponen
de una localizacion cromosomica a otra por un me -
canismo en esencia semejante. Incluyen elementos
IS, transposones procarioticos y eucarioticos y el
bacteriofago Mu. La insercion de Ia copia de DNA
Transpos6n Diana
Sinapsis de los extremes
Los extremes con
hendidura se unen
del RNA retrovirico utiliza un mecanismo simila~
(vease la seccion 22.2, El ciclo vital de los retr .
virus comprende sucesos similares a la transpos
cion). Las primeras eta pas de la recombinacion cie
inmunoglobulinas tambien son similares (vease !~
seccion 23 .l 0, Las protefnas RAG catalizan la rotu. ::.
y reunion).
La transposicion se inicia con un mecanism
comun de union del transpos6n a su diana. En :::
'" I se muestra que el transposon tier.-:-
hendiduras en ambos extremos, y el sitio diana.
en ambas cadenas. Los extremos con hendidura
unen en forma cruzada para generar una conexio::-.
covalente entre el transposon y Ia diana. Los d _
extremos del transposon se juntan en este proces
para que sea mas sencillo seguir las escisiones, :=.
etapa de sinapsis se muestra despues de Ia escisior;
pero en realidad ocurre antes.
Gran parte de esta via fue descubierta por pr
mera vez en el fago Mu, que utiliza el proceso de:
transposicion en dos formas. Al infectar una celul,:
hospedadora, el Mu se integra al genoma graci~
a una transposicion no replicativa; durante el s:-
guiente ciclo lftico, el numero de copias se amplific
por transposicion replicativa. Ambos tipos de tran. -
posicion implican el mismo paradigma de reaccior.
entre el transposon y su diana, pero las reaccion :
siguientes son diferentes.
La transposasa MuA hace las operaciones iniciii
les del fago de DNA. Tres sitios de union MuA co:::.
consenso de 22 bp se localizan en cada extrema de.
DNA de Mu. Ll, L2 y L3 estan en el extremo izquier
do, mientras que Rl. R2 y R3 estan en el extrem
derecho. Un monomero de MuA puede unirse a cad.:.
sitio. La MuA tambien se une a un sitio intemo e;:-
el genoma del fago. La union de MuA en los extrt
mos izquierdo y derecho, ademas del sitio intern
forma un complejo. La participacion del sitio interne
no es clara, parece necesaria para la formacion de.
complejo, pero no para Ia escisi0n de cadenas y l ;

~
pasos posteriores.
La union del transposon Mu de DNA a un siti
.' diana pasa por las tres etapas ilustradas en la lGU
I . Esto comprende solo los dos sitios mas cercc. -

! nos a cada extremo del transposon. Las subunidad ~

MuA unidas a estos sitios forman un tetramero, k
que logra Ia sinapsis de los dos extremos del trans-
== poson. El tetramero ahora actua en una forma que
asegura una reaccion coordinada de ambos extre
=
=
Equivalente
mos del DNA de Mu . El MuA tiene dos sitios para l;:.
no plegado
manipulacion del DNA y su modo de accion impulsa
a subunidades de transposasa a actuar en configu -
racion trans. El sitio de union de consenso se une ~
La trans posicion se inicia con hendiduras en los
extremos del transpos6n y del sitio diana, y con la union de las secuencias de 22 bp que constituyen los sitios Ll
los extremos con hendidura a un complejo de transfe rencia L2, Rl y R2 . El sitio activ o fragmenta las caden a~
de cadenas. de DNA de Mu en posiciones cercanas a los siti :

530 CAPITULO 21 Transposones

:le union Ll y R 1 de MuA. El sitio activo n o puede
t'scindir la secu encia de DNA que es adyacente a
_a secuencia de consenso en el sitio de union de
-onsenso. No obstante, puede escindir la secuencia
apropiada en un segmento diferente de DNA.
De este modo, los extremos del transpos6n son
t>scindidos por subunidades MuA qu e actuan en
:onfiguracion trans. La fo rma de acci6n en configu -
:acion trans indica que los monomeros en realidad
_midas aLl y Rl no escinden los sitios cercanos. Uno
e los monomeros unidos al extrema izquierdo hace
una hendidura en el sitio en ellado derecho y vice-
ersa (no se sabe que mon6mero esta activo en esta
etapa de la reaccion) . La reaccion de transferencia de
cadenas tambien tiene lugar en configuraci6n trans;
el monomero en Ll transfiere la cadena en R1 y vi-
ceversa. Pudiese ocurrir que diferentes monomeros
catalizaran las reacciones de escision y n ansferencia
de cadenas para un extrema determinado .
Una segunda pro tefna, M u B, ayuda a la re-
accion. Influye en la seleccion de sitios diana. La
.\1u tiene preferencia para la transposicion al sitio
L1 L2 R2 R1
Extrema I Extrema
izquierda MuA t derecha
Sin apsis
....
. ..
.,
J ..-~ .
3'-0H 3'-0H 3'-0H 3'-0H
Transferencia de cadena
I cia de cadenas sirven como cebadores para
II IIH
FIGu La transposici6n Mu pasa por tres etapas esta-
bles. La trans posasa MuA forma un tetramero que hace sinapsis
con los extremes de un fago Mu . Las subunidades de transpo-
sasa actuan en configuraci6n trans para hacer una muesca en
cada extrema del DNA, y despues, una segunda acci6n en confi -
guraci6n trans une los extremes con hendidura al DNA diana.
21.7 La trans posicion replicativa avanza a traves de un cointegrado
diana alejado mas de 10 a 15 kb de la ins ercion
original. Esta es la llamada "inmunidad de diana".
Se demuestra en una reaccion in vitro que incluye
plasmidos donadores (que contienen Mu) y diana
(deficientes en Mu ), protefnas MuA y MuB, protef-
na HU de E . coli, Mg 2+ y ATP. La presencia de MuB y
ATP restringe la transposicion de m anera exclusiva
al plasmido diana . El motivo es que cuando MuB
se une al DNA del complejo MuA-Mu, MuA hace
que MuB hidrolice el ATP, despues de lo cual se Ii-
bera MuB. No obstante, la MuB se une (de manera
inespecffica) al DNA diana, donde estimula la activi-
dad de recombinaci6n de MuA cuando se forma u n
complej o de transposicion . En efecto, la presencia
previa de MuA "elimina " a MuB del donador, lo que
da preferencia para la transposicio n al sitio diana.
El producto de estas reacciones es un comple-
jo de transferencia de cadenas donde el transposon
se conecta al sitio diana por media de una cadena
en cada extrema . El siguiente paso de la reacci6n
difiere y determina el tipo de transposicion. En las
siguientes dos secciones se observa c6mo la estru c-
tura comu n puede ser sustrato para la replicacion
(lo que condu ce a la transposici6n replicativa), o
usarse de manera directa para rotura y union (lo
que conduce a u na transposici6n no r eplicativa).
fD1 La transposici6n replicativa
avanza a traves
de un cointegrado
Conceptos principales
La replicaci6n de un complejo de transferencia de
cadenas genera un cointegrado, que es una fusi on de
los replicones donador y diana.
El cointegrado tiene dos capias del tra nspos6n que
yacen entre los replicones originales.
La recombinaci6n entre las capias del transpos6n
regenera los replicones originales, pero el receptor ha
ganado una copia del transpos6n .
La reacci6n de recombinaci6n es catalizada por una
resolvasa codificada por el transpos6n .
Las estructuras basicas involucradas en la transposi-
ci6n replicativa se ilustran en la
Los extremos 3' del complej o de transferen-
la replicacion, lo qu e genera una estru ctu-
ra llamada cointegrad o , que representa la
fusion de las dos mole culas originales. El
cointegrado tiene dos capias del transpo -
s6n, una en cada union entre los replicones
originales, orientados como r epe ticio nes
directas . El entrecruzamiento se form a por
531
 Transpos6n
I \
.. - ..
Fusion
Cointegrado
Resoluci6n
La transposici6n puede fusionar un replic6n
donador y uno receptor en un cointegrado. La resoluci6n libera
dos replicones, cada uno con una copia del transpos6n .
accion de Ia transposasa, como se describio
en Ia seccion anterior. Su conversion en el
cointegrado requiere funciones de replica-
cion del hospedador.
Una recombinacion homologa entre las dos
copias del transposon Iibera dos replico-
nes individuales, cada uno con una copia
del transposon. Uno de los replicones es
el replicon donador original. El otro es un
replicon diana que ha ganado un transpo-
son flanqueado por repeticiones directas
cortas de la secuencia diana del hospedador.
La reaccion de recombinacion se llama re-
soluci6n; la actividad enzimatica encargada
se llama resolvasa.
Las reacciones comprendidas en Ia generadon
de un cointegrado se han definido con detalle para
el fago Mu y se ilustran en Ia . El proce-
so se inicia con Ia formacion del complejo de trans-
ferenda de cadenas (a veces llamado tambien com-
plejo de entrecruzamien to ). Las cadenas donadoras
y diana estan ligadas de manera que cada extremo
de Ia secuenda del transposon se une a una de las
cadenas {micas prominentes generadas en el sitio
diana. El complejo de transferenda de cadenas ge-
nera una estructura de forma cruzada que se man-
tiene junta en el transposon doble. El destino de Ia
estructura de entrecruzarniento deterrnina el modo
de transposicion.
532 CAPITULO 21 Transposones
Transpos6n Diana
\
Formaci6n de hendiduras
0
Los cortes de una sola cadena generan extremos
escalonados tanto en el transpos6n como en Ia
diana
Estructura entrecruzada (complejo de
transferencia de cadena):
Los extremos con hendidura del transpos6n se
unen a los extremos con hendidura del sitio diana
La replicaci6n de extremos 3' libres genera
un cointegrado: La mohcula unica tiene dos
-a
capias del transpos6n
/
El cointegrado dibujado como vfa continua muestra
que los transposones estan en las uniones entre
replicones
La transposici6n Mu genera una estrucL :.
entrecruzada que se convierte, por replicaci6n, en un co'- -
tegrado.
El principio de Ia transposicion replicativa ~
que Ia replicacion por medio del transposon loci~
plica, lo que crea copias en los sitios diana y do =-
dor. El producto es un cointegrado.
La estructura del entrecruzamiento contie::-:
una region de una sola cadena en cada uno de : ~
extremos escalonados. Estas regiones son horq ~
de seudorreplicacion que ofrecen un molde para :
sfntesis de DNA. (El uso de los extremos como c:-
badores para la replicacion implica que debe ocu .
rotura de Ia cadena con una polaridad que gene:-:
un extremo 3'-0H en ese punto.)
Si Ia replicacion continua desde ambas horqu ~
de seudorreplicaci6n, avanzara por el transposon :: :-
parando sus cadenas y terminando en sus extremos.
La replicacion tal vez se logre por funciones codifi-
cadas por el hospedador. En esta juntura, la estruc-
rura se ha convertido en un cointegrado, que posee
repeticiones directas del transposon en las uniones
entre los replicones (como puede observarse por el
rastreo de la via alrededor del cointegrado).

Ill La transposici6n no rep licativa

avanza par rotura y reunion
Conceptos principales
La transposici6n no replicativa ocurre cuando se hace
una hendidura en una estructura entrecruzada en el par La transposici6n no replicativa tiene lugar
no roto de las cadenas donadoras y se ligan las cadenas cuando se libera una estructura de entrecruzamiento por la
diana a cada lado del transpos6n. formaci6n de una hendidura, lo que inserta el transpos6n en el
DNA diana, flanqueado por las repeticiones directas de la diana,
Dos vias para la transposici6n no replicativa difieren de y se deja al donador con una rotura de doble cadena.
acuerdo a que el primer par de cadenas del transpos6n
se una al sitio diana antes de que se corte el segundo
par (Tn5) o que las cuatro cadenas se corten antes de
unirse al sitio diana (Tn10). La transposasa se une a ambos extremes de Tn

La estructura de entrecruzamiento puede usarse

tambien en la transposicion no replicativa. El prin-
cipia de la transposicion no replicativa por este me-
canismo es que una reaccion de rotura y reunion Los extremos transferidos son objeto de producci6n
permite reconstruir el sitio diana, con excepcion del de hendiduras
transposon; el donador se mantiene roto. Nose for-
ma un cointegrado.
La muestra los episodios de esci-
sion que generan una transposicion no replicativa
del fago Mu. Una vez que a las cadenas no rotas del Otras cadenas son objeto de El receptor es objeto de

0 "
producci6n de hendiduras
donador se les hacen hendiduras, se pueden ligar
las cadenas diana a cada lado del transposon. Las
regiones de cadena (mica generadas por los cortes
escalonados de ben llenarse mediante sfntesis de re-
paracion. El producto de esta reaccion es un repli-
con diana donde se ha insertado el transposon entre Se Iibera el donador Tn se une al sitio diana
repeticiones de la secuencia creada por las hendidu-
ras de cadena unica originales. El replicon donador
tiene una rotura de doble cadena a traves del sitio
donde originalmente se localizaba el transposon.
Las transposiciones no replicativas pueden tam-
bien ocurrir por una via alternativa, donde se ha- Ambas cadenas de Tn10 se escinden en forma
cen hendiduras en el DNA diana pero tambien una secuencial, y despues, el transpos6n se une al sitio diana con
hendidura.
rotura de doble cadena a cada lado del transposon,
lo que lo Iibera por completo de las secuencias do-
nadoras de los flancos (como se observa en Ia Figura de una sola base. Si la transposicion implica repli-
21. 7). Esta via de "corte y pegado" es utilizada por cacion, el transposon en el nuevo sitio contendra
TnlO, como se ilustra en Ia informacion de solo una de las cadenas TnlO pro-
Un experimento certero demostro que las trans- genitoras. No obstante, si la transposicion ocurre
posiciones no replicativas de Tn l 0 hicieron uso por movimiento fisico del transposon existente, se
de un heteroduplex sintetizado de manera artifi- conservaran los apareamientos erroneos en el nue-
cial de TnlO que contenia apareamientos erroneos vo sitio, lo cual quedo demostrado en este caso.

21.8 La transposici6n no replicativa avanza por rotura y reunion 533

 3'-0H que se Iibera ataca entonces ala otra caden;:;
del DNA, lo que Iibera la secuencia del flanco y u nt
las dos cadenas del transpos6n en una horquill a
! 3'0H Luego, una molecula de agua activada ataca a lc.
horquilla para generar extremos libres para cad;;
! 3'QH
cadena del transpos6n.
En el siguiente paso se Iibera el DNA donado:-

! Horquilla
1...,
escindido y el transpos6n se une a los extremos cor
hendidura en el sitio diana. El transpos6n y el siri<.
diana se mantienen constrefiidos en la estructur;:
! H20 proteinacea creada por la transposasa (y otras pro-
teinas). La escisi6n de do ble cadena en cada extre-

! ma del transpos6n impide cualquier transposici 6~

F u 1 La escisi6n de Tn5 del DNA de los flancos com-
prende la formaci6n de una hendidura, la reacci6n intercatena-
ria y la escisi6n de la horquilla.
Extremo Extremo
izquierdo Transpos6n derecho
Extremo derecho
Sitio activo
,/ /Contacto
Contacto
Sitio - -
activo Ext~emo izquierdo
I Cada subunidad de la transposasa Tn5 tiene un
extrema del transpos6n localizado en su sitio activo y tam bien
hace contacto en un sitio diferente con el otro extrema del
transpos6n.
La diferencia basica en la Figura 21.16 respecto
del modelo de Ia Figura 21.15 es que ambas cadenas
de Tn1 0 se escinden antes de cualquier conexi6n
con el sitio diana. El primer paso en la reacci6n es el
reconocimiento de los extremos del transpos6n por
la transposasa, que forman una estructura protei-
nacea dentro de Ia que ocurre Ia reacci6n. En cada
extrema del transpos6n, las cadenas son escindidas
en un arden especffico: la cadena transferida (Ia que
se va a conectar con el sitio diana) se escinde prime-
ro, seguida de la otra. (:Este es el mismo arden de la
transposici6n Mu de las Figuras 21.14 y 21.15.)
La Tn5 tambien hace transposici6n no replica-
tiva, y en la " se muestra la interesante
reacci6n de escisi6n que separa el transpos6n de
las secuencias de los flancos. La primera cadena
de DNA es objeto de una hendidura. El extrema
de tipo replicativo y obliga a la reacci6n a avanz ~
por transposici6n no replicativa, lo que arroja e
mismo resultado que se muestra en la Figura 21.1 ~
pero con pasos de escisi6n y union individuales que
tienen Iugar en un arden diferente.
Las transposasas Tn5 y Tnl 0 actuan amba
como dimeros. Cada subunidad en el dimero tien t"
un sitio activo que cataliza de manera sucesiva :.:.
rotura de doble cadena de las dos en un extrema de-
transpos6n y despues cataliza la escisi6n escalona c~
del sitio diana. En la .., J se ilustra la es-
tructura de la transposasa Tn5 unida al transpos6:::.
escindido. Cada extrema del transpos6n se locali z..:
en el sitio activo de una subunidad. Un extrema Gf
Ia subunidad tambien hace contacto con el otro ex-
trema del transpos6n, lo que controla la geometrf::.
de la reacci6n de transposici6n. Cada uno de l _
sitios activos escindira una cadena del DNA dian .;
Es la geometria del complejo lo que determina :::
distancia entre estos sitios en las dos cadenas diat ~
(nueve pares de bases en el caso de Tn5).
Ill La transposici6n de Tn A
requiere transposasa
y resolvasa
Conceptos principales
La transposici6n replicativa de TnA requiere que una
transposasa forme la estructura cointegrada y una
resolvasa libere los dos replicones.
La acci6n de la resolvasa se asemeja a la proteina
Int A. y pertenece a la familia general de reacciones
de recombinaci6n espec\ficas de sitio similares a la
topoisomerasa, que pasan por un intermediario donde
la prote\na esta unida de manera covalente al DNA.
La transposici6n replicativa es la unica for e.:.
de movilidad de la familia de TnA, que consta
transposones grandes (-5 kb). No son compues<
dependientes de los m6dulos de transposici6n .: -
tipo IS, sino que mas bien constituyen unida ric-

534 CAPITULO 21 Transposones

independientes que portan los genes para Ia trans-
posicion, asf como para caracterfsticas del tipo de Ia
resistencia a farmacos. La familia TnA incluye varios
transposones relacionados, de los que Tn3 y Tn I 000
(tambien conocidos como yo) son los mejor caracte-
rizados. Tienen la caracterfstica terminal habitual de
las repeticiones invertidas con relacion estrecha, en
general de -38 bp de Jongitud. las deleciones que
actuan en configuracion cis en cualquier repeticion
impiden la transposicion de un elemento. Se genera
una repeticion directa de 5 bp en el sitio diana. For-
tan marcadores de resistencia como amp'.
las dos etapas de Ia transposicion mediada por
InA se realizan a traves de la transposasa y la resol -
vasa, cuyos genes (tnpA y tnpR) se identifican por
mutaciones recesivas. La etapa de transposicion in-
volucra a los extremos del elemento, como lo hace
en los elementos de tipo IS. La resolucion requiere
un sitio interno especffico, caracterfstica exclusiva
de la familia TnA.
las mutaciones en tnpA no permiten realizar
Ia transposicion. El producto del gen es una trans-
posasa que se une a una secuencia de -25 bp lo-
calizada dentro de los 38 bp de la repeticion ter-
minal invertida. Existe un sitio de union para Ia
protefna IHF de E. coli cercano al sitio de union de
Ia transposasa, y Ia transposasa se une de manera
colaboradora con IHF. La transposasa reconoce los
extremos del elemento y tambien hace las roturas
escalonadas de 5 bp en el DNA diana donde se va
a insertar el transposon. La IHF es una protefna de
union de DNA que a menudo participa en el en-
samblaje de grandes estructuras en E. coli; es posible
que su participacion en Ia reaccion de transposicion
no sea esencial.
El producto del gen tnpR tiene funciones dobles.
Actua como represor de Ia expresion genica y pro-
vee Ia funcion de resolvasa.
Las mutaciones en tnpR aumentan la frecuencia
de Ia transposicion. El motivo es que TnpR reprime
Ia transcripcion en tnpA y su propio gen. De este
modo, Ia desactivacion de la protefna TnpR permite
una mayor sfntesis de TnpA, lo que da como re -
sultado una frecuencia mas alta de transposiciones.
Esto implica que la cantidad de Ia transposasa TnpA
debe ser un factor limitante de Ia transposicion.
los genes tnpA y tnpR se expresan de manera
divergente desde una region de control intercistro-
nica rica en A-T que se indica en el mapa de Tn3
incluido en la . Ambos efectos de TnpR
son mediados por su union en esa region.
En su capacidad como resolvasa, la TnpR parti-
cipa en la recombinacion entre repeticiones directas
de Tn3 en una estructura cointegrada. Un cointegra-
do puede, en principia, resolverse con una recom-
binacion homologa entre cualquier par de puntos
21.9 La transposici6n de TnA requiere transposasa y resolvasa
~ ..
; . - .
Unidades de transcripci6n
___,.. ____.
JR res IR
tnpA tnpR ampR
Los transposones de la familia TnA tienen re-
peticiones terminates invertidas, un sitio res interno y tres
genes conocidos.
correspondiente en las dos copias del transposon.
Sin embargo, la reaccion de resolucion de Tn3 tiene
Iuga r solo en un sitio especffico.
El sitio de la resolucion se llama res. Se identi-
fica por deleciones que actuan en configuracion cis
e impiden concluir Ia transposicion, lo que causa la
acumulacion de cointegrados. En ausencia de res,
la reaccion de resolucion puede sustituirse con la
recombinacion general mediada por RecA, pero es
mucho menos eficaz.
los sitios unidos por la resolvasa TnpR se resu-
men en la porcion inferior de Ia Figura 21.1 9. Ocurre
union independiente en cada uno de tres sitios, de
30 a 40 bp de longitud cada uno. Los tres sitios
de union comparten una homologfa de secuencia
que define a una secuencia de consenso con sime-
trfa doble.
El sitio I incluye la region definida en terminos
geneticos como sitio res; en su ausencia, la reaccion
de resolucion no avanza en absoluto. No obstante, la
resolucion tambien comprende la union en los sitios
II y III, porque la reaccion avanza poco si cualquiera
de estos sitios presenta delecion. El sitio I se superpo-
ne con el punta de inicio de la transcripcion de tnpA.
El sitio II se superpone con el punto de inicio para
transcripcion de tnpR; una mutacion de operador se
ubica apenas en el extrema izquierdo del sitio.
i)nteractuan los sitios? Una posibilidad es que
se requiera Ia union a los tres sitios para mantener
el DNA en una topologfa apropiada. La union en un
solo conjunto de sitios puede reprimir la transcripcion
de tnpA y tnpR sin introducir cambios en el DNA.
En un analisis de resolucion in vitro se usa una
molecula cointegrada similar al DNA como sustrato.
El sustrato debe ser superenrollado; su resolucion
produce dos cfrculos encadenados, cada uno con un
sitio res. La reaccion requiere grandes cantidades de
535
 la resolvasa TnpR; no se necesitan factores del hos-
pedador. La resolucion ocurre en una gran estructu-
ra nucleoprotefnica. La resolvasa se une a cada sitio
res y, despues, los sitios unidos se conjuntan para
formar una estructura de -10 nm de diametro, ave-
ces Hamada sinaptosoma, que contiene seis dimeros
de resolvasa y dos sitios res. Ocurren cambios en el
superenrollado durante la reaccion y el DNA se do-
bla en los sitios res por la union de la transposasa.
Se han determinado varias estructuras crista-
linas de la y8 resolvasa. La enzima aislada puede
formar un dimero de dimeros, esto es, una subuni-
dad tiene una interfase que facilita la formacion de
dimeros y el dimero entonces utiliza una segunda
interfase para formar un tetramero. El dimero pue-
de unirse al sitio I y formar una estructura donde
los segmentos catalfticos estan distantes de los sitios
diana de escision en el DNA. La estructura cristalina
del sinaptosoma, donde un tetramero de resolvasa
se enlaza a traves de Ser 10 con dos DNA duplex es-
cindidos en el sitio I muestra que los sitios diana en
las cadenas duplex que van a recombinarse yacen
en sitios opuestos del tetramero. Esto indica que
un dimero debe girar 180 con relacion al otro para
reubicar el DNA con el fin de lograr la reaccion de
recombinacion. Esta parte del mecanismo es dife-
rente de la empleada por las recombinasas de tirosi-
na (como Cre o Flp) donde la enzima, en terminos
basicos, junta los DNA recombinantes en forma de
una union Holliday (vease la seccion 19 .18, La re-
combinacion especifica de sitio simula la actividad
de la topoisomerasa).
Ocurre la resolucion por rotura y reunion de
enlaces, sin aporte de energia. La escision se logra
por una reaccion de transesterificacion que une de
forma covalente la Ser 10 de una subunidad de resol-
vasa con un fosfato 5' en el enlace diana del sitio I.
El producto consta de una resolvasa unida en forma
covalente a ambos extremos 5' de los cortes de do-
ble cadena hechos en el sitio res. La escision ocurre
de manera simetrica en una region palindromica
corta para generar dos extensiones de bases. Se pue-
de describir la reaccion de corte con eA.1Jansion de !a
imagen de !a region de entrecruzamiento localizada
en el sitio I de !a siguiente forma:
5'TTATAA3'
3'AATATT5'
5'TTAT +
protefna- AA3'
protefna 3 'AA TATT5'
La reaccion se asemeja a la actividad de Int A
en los sitios att (vease la seccion 19 .16, La recombi-
nacion especifica de sitio implica rotura y reunion).
De hecho, 15 de los 20 bp del sitio res son identicas
a las bases de posiciones correspondientes en att,
536 CAPiTULO 21 Transposones
lo que sugiere que !a recombinacion especifica c:
sitio de )c y !a resolucion de TnA han evolucionaG
a partir de un tipo comun de reaccion de recoml:( .
nacion. De hecho, se observa en la seccion 23. 1:
Las proteinas RAG catalizan la rotura y reuni6:-.
que la recombinacion que involucra a los genes CL:
inmunoglobulinas tiene !a misma base. La carac-
teristica que comparte todas estas reacciones es :
transferencia del extrema roto a la proteina cat.; -
litica como etapa intermedia, antes de su reuni6:_
con otro extrema roto (vease !a seccion 19 .18, L
recombinacion especifica de sitio simula la activid.:
de !a topoisomerasa).
Las reacciones mismas son analogas en terre
nos de manipulacion del DNA. aunque solo ocur ~ ~
resolucion entre sitios intramoleculares, en tanto :c
recombinacion entre sitios att es intermolecular
direccional (como se o bserva por las diferencias t:.
los sitios attB y attP). El mecanismo de la accion prc -
teinica, no obstante, es diferente en cada caso. L
resolvasa actua en una forma en la que se unen cu.: -
tro subunidades a los sitios res recombinantes. CaG..:=
subunidad hace una escision de una sola eadem.
Una reorganizacion de las subunidades con relaci&:-
a las otras desplaza entonces, en terminos ffsicos, la.;
cadenas de DNA y las coloca en una conformaci6:::.
recombinada. Esto permite a las hendiduras sellars=
junto con la liberacion de la resolvasa.
fJE La transposici6n de Tn10 tiene
multiples controles
Conceptos principales
La inhibici6n de capias multiples reduce la tasa de
transposici6n de cualquier copia de un transpos6n
cuando se introducen otras del mismo transpos6n en el
genoma.
Multiples mecanismos afectan la tasa de transposici6n.
El control de !a frecuencia de transposiciones e~
importante para la celula. Un transposon debe se:
capaz de mantener cierta frecuencia minima de m -
vimiento a fin de sobrevivir, pero una frecuenci:.
muy alta pudiese ser lesiva para la celula hospe -
dadora. Cada transposon parece tener mecanism -
que controlan su frecuencia de transposicion. S _
han caracterizado diversos mecanismos para Tn H
El Tn10 es un transposon compuesto, donde t_
elemento IS 1OR proporciona el modulo activo. L
organizacion del IS 1OR se resume en la 21.L
Se encuentran dos promotores cerca del limite e':-
terno. El promotor PIN se encarga de la transcripci6=
de IS 1OR. El promotor Pom hace que la transcriv
cion avance hacia el DNA del flanco adyacente. L:

Tn10
. .~----~--P-o_"~_,n..,c~ ........
~ Superposici6n
de 36 bases
~ traducci6n del
Transposasa
.,: Dos promotores en orientaci6n contraria yacen
cerca del l\mite externo de IS10R. El fue rte promotor P0u1 im-
pulsa la transcripci6 n hacia el DNA hospedador de los flan cos.
El promotor PIN. mas debit, ocasiona la transcripci6n de un
RNA que extiende la longitud de IS10R y se traduce en la
transposasa.
transcripcion suele terminar dentro del transposon,
pero en ocasiones continua en el interior del DNA
del hospedador; a veces esa transcripcion leida en
forma completa se encarga de activar genes bacte-
rianos adyacentes.
El fenomeno de Ia "inhibicion de copias mul-
tiples" revela que Ia expresion del gen de Ia trans-
posasa IS 1OR esta regulada. La transposicion de un
elemento Tn 10 en el cromosoma bacteriano dismi-
nuye cuando se introducen mas capias de IS 1OR a
traves de un plasmido de copias multiples. La inhi-
bicion requiere el promotor PouT y se ejerce en el
ambito de la traduccion. La base del efecto radica
en la superposicion de las regiones terminales 5' de
los productos de transcripcion de P L'~ y P ouT' El RNA
OUT es un producto de transcripcion de 69 bases,
presente a mas de 100x la concentracion de RNA
IN por dos motivos: P ouT es un promotor mucho
mas fuerte que PIN; y el RNA OUT es mas estable
que el RNA IN.
El RNA OUT actua como Rt\TA en sentido opues-
to (vease la seccion 13.7, Las moleculas pequeiias
de RNA pueden regular Ja traduccion). La concen-
tracion de RNA OUT no tiene efecto en la situacion
de una sola copia, pero sf presenta uno significative
cuando estan presentes mas de cinco capias. Suele
haber -5 copias de RNA OUT por copia de ISIO (que
corresponde a -150 copias de RNA OUT en una
situacion de copias multiples usuales) . El RNA OUT
aparea sus bases con el RNA IN y el exceso de RNA
OUT asegura que el RNA IN se una con rapidez,
antes de que pueda adherirse un ribosoma. Asi, el
RNA IN apareado no puede traducirse .
La cantidad de la protefna transposasa a me-
nuda es un rasgo crucial. El Tn1 0 cuya transpo-
sasa se sintetiza en la baja concentracion de 0.15
molecula por celula por generacion, muestra varios
.
. .. ~
La transposasa actua en configuraci6n cis
sobre el molde de DNA
.:...-
Tn10
El apareamiento
IN
CUT
...
impide Ia
RNA IN
La metilaci6n impide Ia union
de Ia transposasa al DNA - -
La metilaci6n impide Ia
sfntesis de Ia transposasa--
Varios mecanismos restringen la frecuencia de
transposici6n de Tn10 mediante la afectaci6n de la s\ntesis o
el funcionamiento de la prote\na transposasa. La metilaci6n
restringe la transposici6n de un transpos6n individual para que
ocurra s6lo despues de la replicaci6n. En situaciones de capias
multiples, la preferencia por la configuraci6n cis restringe la
selecci6n de la diana, y el apareamiento de RNA OUT/IN inhibe
la s\ntesis de la transposasa.
mecanismos interesantes. La resume
los diversos efectos que influyen en la frecuencia
de transposicion.
Un marco de Jectura continuo en una cadena
de IS 1OR codifica la transposasa. La concentracion
de la transposasa lirnita la tasa de transposicion. Las
mutaciones en este gen pueden complementarse en
configura cion trans por otro elemento IS 10 de tipo
Silvestre, pero solo con alguna dificultad. Esto re-
fleja una fuerte preferencia de la transposasa por la
actividad en configuracion cis; la enzima actua de
manera eficaz solo con el molde de DNA del que
fue transcrita y traducida. La preferencia por lacon-
figuracion cis es un rasgo comun de las transposa -
sas codificadas por elementos IS. (Otras proteinas
que muestran preferencia por la configuracion cis
influyen sobre la protefna A involucrada en Ia re-
plicacion <pX17 4; vease Ia seccion 16. 15, Se utilizan
cfrculos rodantes para replicar genomas de fagos.)
c.Refleja la preferencia por la configuracion cis
una capacidad de la transposasa de reconocer me-
jar aqu ellas secuen cias diana de DNA que yacen
mas cerca del sitio donde se sintetiza la enzima?
Una posible explicacion es que la transposasa se
une al DNA con tal fuerza despues de la sfntesis
de proteinas (o incluso durante ella), que tiene una
probabilidad muy baja de difundirse a otro sitio.
Otra posibilidad es que la enzima pudiese ser ines-
table cuando no esta unida al DNA, de modo que las
moleculas de proteina que no se unen con rapidez
(y, por tanto, cerca), nunca tienen posibilidad de
hacerse activas.
21.10 La trans posicion de Tn10 tiene multiples controles 53 7
 Juntos, los resultados de la preferencia por la
configuracion Cls y la inhibicion de copias multiples,
aseguran que un aumento del nt1mero de copias de
TnlO en un genoma bacteriano no cause una mayor
frecuencia de transposicion que pudiese danar al
genoma.
Los efectos de la metilacion constituyen el siste-
ma mas importante de regulacion de un elemento
individual. Disminuye la frecuencia de la transpo-
sicion y (de mayor importancia) acoplan la trans-
posicion al paso de la horquilla de replicacion. La
capacidad de IS l 0 de transposicion tiene relacion
con el ciclo de replicacion porIa respuesta del trans-
poson al estado de metilacion en dos sitios. Un sitio
esta dentro de la repeticion invertida en el extre-
ma IS lOR donde se une la transposasa. El otro sitio
es el promotor PrN' del que se transcribe el gen de
transposasa.
Ambos sitios estan metilados por el sistema dam
descrito en Ia seccion 15 .5, (.Regula el inicio lame-
tilacion en el origen? La metilasa Dam modifica Ia
adenina en la secuencia GATC de una cadena recien
sintetizada generada por replicacion. La frecuencia
de la transposicion Tn l 0 aumenta I 000 tantos en
cepas danr donde los dos sitios diana carecen de
grupos metilo.
El paso de una horquilla de replicacion sobre
estos sitios genera secuencias hemimetiladas; ello
activa al transposon por una combinacion de trans-
cripcion del gen de transposasa mas a menudo des-
de P1N y un aumento de Ia union de Ia transposasa
a! final de IS I OR. En una bacteria de tipo silvestre,
los sitios se mantienen hemimetilados durante un
periodo breve despues de !a replicacion.
(,Por que deberia ser deseable que ocurriese Ia
transposicion poco despues de la replicacion? El me-
canismo no replicativo de la transposici6n de Tn l 0
coloca al DNA donador en riesgo de destruccion
(vease la Figura 21.7). Las posibilldades de super-
vivencia de la celula pueden aumentar si la repli-
cacion acaba de ocurrir para generar una segunda
copia de la secuencia del donador. El mecanismo
es eficaz porque solo una de las copias que acaban
de replicarse da origen al suceso de transposicion
(determinado por que cadena de transposo n no esta
metilada en los sitios dam) .
Un transposon selecciona sus sitios diana en
forma aleatoria y, como resultado, hay una proba-
bilidad razonable de que pudiese llegar a un ope-
ron activo. (. Continuara la transcripcion desde el
exterior a traves del transposon y asi activara a Ia
transposasa cuya produccion puede, a su vez, llevar
a un grado alto de transposicion, tal vez leta!? El
Tn l 0 se protege contra tales sucesos por medio de
dos mecanismos. La transcripcion a traves del extre-
538 CAPITULO 21 Transposones
mo IS lOR disminuye su actividad, a! parecer porquc
inhibe su capacidad de unirse a Ia transposasa, y e
RNAm que se extiende en sentido ascendente d e~
de el promotor es poco traducido porque tiene u1.=.
estructura secundaria donde el codon de iniciaci6::.
es inaccesible.
BID Los elementos de control
en el mafz causan roturas
y reestructuraciones
Conceptos principales
Se descubri6 la transposici6n en el ma\z por los
efectos de las roturas cromosomicas generadas por la
transposicion de "elementos de control".
La rotura genera un cromosoma que tiene un
centromero y un extremo roto, as\ como un fragmento
acentrico.
El fragmento acentrico se pierde durante la mitosis;
lo que puede detectarse por la desaparicion de alelos
dominantes en un heterocigoto.
La fusion entre los extremos rotos del cromosoma
genera cromosomas dicentricos, que presentan mas
ciclos de rotura y fusion .
El ciclo de fusion-rotura-puente se encarga de la
aparicion de la variegacion somatica.
Una de las consecuencias mas visibles de Ia existeJ:-
cia y movilidad de los transposones ocurre durar:.-
te el desarrollo de las plantas, cuando se preseL:.o
variacion somatica, Ia cual se debe a cambios en:.::
localizacion o conducta de los elementos de co -
trol (el nombre que recibieron los transposones ::.
el maiz antes de que se descubriera su naturalezo
molecular).
Dos caracteristicas del mafz han ayudado a se-
guir los sucesos de transposicion. Los elementos _
control a menudo se insertan cerca de genes q ~.; e
tienen efectos visibles pero no letales sobre el fe -
notipo . El maiz muestra desarrollo clonal, lo q :-
significa que Ia aparicion y la sincronizacion de -
episodio de transposicion se pueden visualizar con: -
se muestra en !a '
La naturaleza del episodio no importa; pudie.::
ser una muracion puntiforme, una insercion, u =
escision o una rotura cromosomica. Lo que impor...:.
es que tiene Iugar en una celula heterocigota pa::-.:.
alterar la expresion de un alelo. Los descendiem_
de una celula que ha sufrido el suceso presenta-
despues un nuevo fenotipo, en tanto los descer__-
dientes de celulas no afectadas por el suceso con.... -
nuan mostrando el fenotipo original.
Las originadas por mitosis de una celula dete>
minada se mantienen en la misma localizacion
dan origen a un sector del tej ido. El cambio en . Las transposiciones son heredadas en forma clonal
el feno tipo durante el desarrollo som atico recibe el La rotura de un cromosoma
nombre de variegaci6n; se descubre por un sector causa perdida de un alelo dominante
del nuevo fenotipo que reside dentro de un teji-
do del fenotipo original. El tamafio del sector de- JL..
....o... ....
I
pende del nt1mero de divisiones del linaje qu e le
dio origen, de manera que el tamaiio de Ia nu eva ,.0 .. ~ ,..0.. ~

0 0..
.... QQQQ . .0. .0.
zona del nu evo fenotipo se dete rmina por el mo-
menta en que ocurre el cambio en el genotipo. "
Cu anto mas temprano haya ocurrido en el linaje
celular mayor sera el numero de descendientes y, 9
~

QQ
por tanto, el tamafio del parche en el tejido ma-
t t i i i i i i

v
duro. Esto se obse rva de forma mas clara en Ia
0 0 0 0 0 0 00
variacion del color del m eoll o, cuando aparecen
0 0 0 0 0 0 00
parches de un color dentro de otro. Las celulas de un genotipr
original muestran fenotipo
La insercion de un elemento de control puede
dominante La clona descendente de
afectar Ia actividad de los genes cercanos. Las dele- una mutante muestra un
ciones, duplicaciones, inversiones y translocaciones fenotipo recesivo
se presentan todas en los sitios donde h ay elemen-
tos de control. La rotura cromosornica es una conse -
~
cuencia comun de Ia presencia de algunos elemen-
tos. Una caracterfstica unica del sistema en el maiz Meollo con un sector de
fenotipo recesivo
es que las actividades de los elementos de control
se regulan durante el desarrollo. Los elementos pre -
sentan transposicion y facilitan reestructuraciones
genicas en momentos y frecuencias caracterfsticos El analisis clonal identifica un grupo de celu las
durante el desarrollo de las plantas. provenientes de un solo ancestro, donde un episodio media-
La conducta caracter(stica de los elementos de do por transposici6n alter6 el fenotipo. La sincro nizaci6n del
control en el mafz se tipifica por el elemento Ds, episodio durante el desarrollo la indica el nCtmero de celulas;
la especificidad histica del suceso puede estar indicada por la
que en un principia se identifico por su capacidad localizaci6n de las celulas.
de ofrecer un sitio para la rotura cromos6mica . Las
consecuencias se ilustran en la . Con-
sicterese una celula heterocigota donde Ds yace en
un homologo entre el centromero y una serie de
Centr6mero Fenotipo celula~
marcadores dominantes. El otro homologo carece
de Ds y presenta marcadores recesivos (C, bz y wx) . ( C/ Bz wx bs ~
La rotura en Ds genera un fragmento acentrico Cl Bz Wx
que porta los marcadores dominantes. Como resul- (c bz wx . )
tado de su fa lta de un centromero, este fragmento
se pierde en la mitosis. As(, las celulas descendien -
tes solo tienen los marcadores recesivos que porta
l Rotura enOs

Fragmento acemtrico
el cromosoma integra. Esto da el tipo de situacion ( C!BzWxic=~
cuyo resultado se muestra en la Figura 21.22.
La muestra que Ia rotura en Ds ( C bz wx '~
conduce ala formacion de dos cromosomas desusa-
dos, generados por Ia union de los extremos rotos Mitosis
de los productos de Ia replicaci6n. Uno es un frag -
m ento acentrico o en forma de U constituido por las c=~
C bz wx
cromatidas hermanas unidas en Ia region distal a Ds ( C bz wx ., ~
(ala izquierda, com o se ilustra enla figura). El otro
es un crom osoma dicentrico con forma de U que Una rotura en un elemento de control causa la
incluye a las cromatidas hermanas proximales a Ds perdida de un fragmento acentrico; si el fragmento porta los
marcadores dominantes de un heterocigoto, su perdida cambia
(a la derecha en la fig ura) . Esta ultima estructura el fe notipo. Los efectos de los marcadores dominantes, CI, Bz,
conduce a! ciclo clasico de rotura-fusi6n-puente y Wx pueden visualizarse por el color de las celulas o con una
ilustrado en Ia figura . tinci6n apropiada.

21.11 Los elementos de control en el maiz causan roturas y reestructuraciones 539

 Por ejemplo, considerese el cromosoma con dele-
cion que perdio A. En el siguiente ciclo ocurre u .o
c Ds A 8 c )
Rotura enOs
rotura entre B y C, de manera que los descendiente
se dividen en aquellos con una duplicacion de B
( II A 8 c ~ quienes presentan su delecion. Las perdidas suces:-
vas de marcadores dominantes se descubren por j:
! Replicaci6n
presencia de subsectores dentro de los sectores.
( IIA 8 c -)

.( IIA 8 c ~ BE Los elementos de control

forman fa milias
Primer ciclo de rotura de fusi6n-puente de transposones
Fusi6n de cromatides hermanas Conceptos principales

~~== J[~: ~ ~
Cada familia de transposones en el ma1z tiene
elementos de control aut6nomos y no aut6nomos.
El fragmento I Los centr6meros se Los elementos de control aut6nomos codifican
acentrico se 't separan en Ia mitosis prote1nas que les permiten realizar la transposici6n.
pierdeC -c~B-A,------,A---=8--=-c- ) Los elementos de control no aut6nomos tienen
mutaciones que eli minan su capacidad de catalizar
! Rotura la transposici6n, pero pueden rea lizarla cuando
un elemento aut6nomo proporciona las prote1nas
c c 8 A AI IT:) ....: necesarias.
Cromosoma con Cromosoma con Los elementos de control aut6nomos tienen cambios d.:
duplicaci6n de A deleci6n de A fase cuando sus propiedades se alteran como resultado
Segundo ciclo de rotura de fusi6n-puente de cambios en el estado de metilaci6n.

~3 -<j El genoma del mafz contiene varias familias de ele-

! mentos de control. Los numeros, tipos y localize..-
ciones de los elementos son caracterfsticos de cac=.
c :c 8 B C J cepa individual de mafz. Pueden ocupar una par:
significativa del genoma. Los miembros de cada fa-
! milia se dividen en dos clases:
Los elementos de control aut6nomo
C "c B BIL=:J tienen Ia capacidad de realizar escision ~
Cromosoma con Cromosoma con
duplicaci6n de 8 deleci6n de 8 transposicion. Como resultado de Ia acti,-:.
dad continua de un elemento aut6nomo, :...
El Ds provee un sitio para el inicio del ciclo de inserci6n en cualquier locus crea un alel:
rotura-fusi6n-puente de cromatidas. Los productos se pueden inestable o "mutable" . La perdida del ele-
seguir por analisis clonal.
mento autonomo mismo ode su capacido..:_
de transposicion convierte a un alelo mma
Observese el destino del cromosoma dicentri- ble en un alelo estable.
co cuando intenta segregarse en el huso rnitotico. Los elementos de control no aut6no-
Cada uno de sus dos centromeros jala hacia el polo mos son estables; no presentan transpc -
opuesto. La tension rompe el cromosoma en un sitio sicion o sufren otros cambios espontane~:
aleatorio entre los centromeros. En el ejemplo de Ia de su condicion. Se tornan inestables sol:
figura Ia rotura tiene Iugar entre los loci A y B con el cuando un miembro autonomo de Ia mi~
resultado de que un cromosoma hijo tiene duplica- ma familia esta presente en otro sitio de.
cion de A en tanto el otro presenta su delecion. Si A genoma. Cuando esta complementado e:-
es una marcador dorninante, las celulas con Ia dupli- configuracion trans por un elemento amc -
cacion conservaran un fenotipo, pero las ce!ulas con nomo, un elemento no aut6nomo muest .:.
Ia delecion mostraran el fenotipo a recesivo. Ia varia cion habitual de actividades vinculc.
El ciclo de rotura -fusion-puente continua a tra- das con los elementos autonomos, como j:
ves de mas generaciones celulares y perrnite que los capacidad de transposicion a nuevos sitios.
cambios geneticos persistan en los descendientes. Los elementos no aut6nomos se derivan G.;:

540 CAPITULO 21 Transposones

 elementos autonomos porque pierden las
funciones en configuracion trans indispen-
sables para Ia transposicion. Aut6nomo No aut6nomo
Las familias de elementos de control se definen
Presenta Activaci6n en
por las interacciones entre elementos autonomos y Requiere un
transposici6n configuraci6n trans elemento
no autonomos. Una familia consta de un solo tipo de forma
aut6nomo
de elemento autonomo acompai'iado por muchas
variedades de elementos no autonomos. Un ele- ;'''''f'""
mento no autonomo se ubica en una fam ilia por su
capacidad de ser activado en configuracion trans por Se traslada a un nuevo sitio
J
Se traslada a un nuevo sitio
los elementos autonomos. Las principales familias
de elementos de control en el mafz se resumen en
Ac (activador)
la rl Mp (modulador)
Os (disociaci6n)
Descritos en el ambito molecular, los transposo-
nes del mafz comparten Ia forma habitual de orga- Spm (mutador-supresor) dSpm (Spm defectuoso)
En (potenciador) I (inhibidor)
nizacion (repeticiones invertidas en los extremos y
repeticiones cortas y directas en el DNA diana adya- Dt (punteado) Sin nombre
cente), por lo demas, varian el tamai'io y capacidad MuDR (mutador) Mu
de codificacion. Todas las familias de transposones
comparten el mismo tipo de relacion entre elemen- Cada familia de elementos de control tiene
miembros aut6nomos y no aut6nomos. Los elementos auto-
tos autonomos y no autonomos. Los elementos au - nomos estan aptos para la transposici6n. Los elementos no
tonomos tienen marcos de lectura abiertos entre las aut6nomos son deficientes en la transposici6n . Los pares de
repeticiones terminates, en tanto los elementos no elementos aut6nomos y no aut6nomos se pueden clasificar en
autonomos no codifican protefnas funcionales. A >4 familias.
veces, las secuencias internas se relacionan con las
de elementos autonomos que en otros momentos
han tenido divergencia completa.
El transposon mutador es uno de los elementos
mas sencillos. El elemento autonomo MuDR cadi-
fica los genes mudrA (que codifica la transposasa
MURA) y mudrB (que codifica una protefna acceso-
Ex6n 1 2 3 4 5
ria no esencial). Los extremos de los elementos es-
tan marcados por repeticiones invertidas de 200 bp. - - - - -Transcripci6n ---+
Los elementos no autonomos, en urminos basicos 500 bp
cualquier unidad que tenga repeticiones invertidas, Ds9
que pudiesen no tener ninguna relaci6n de secuen-
cia interna con MuDR, tambien son movilizados por Ds2d1
_\1URA.
Ds2d2
Por lo generaL hay varios miembros comunes
(-10) de cad a familia de transposones en un ge- Ds6
noma vegetal. Mediante el analisis de elementos
autonomos y no autonomos de la familia AciDs se El elemento Ac tiene cinco exones que codifican
cuenta con informacion molecular acerca de mu- una transposasa; los elementos Ds tienen deleciones internas.
chos ejemplos individuates de estos elementos. En
Ia ri se resumen sus estructuras. cion de solo 194 bp. En una delecion mas extensa, el
La mayor parte de la Iongitud del elemento au - elemento Ds6 conserva Ia longitud de solo 2 kb, que
ronomo Ac es ocupada por un solo gen constituido representa un kb desde cada extrema de Ac. Un ele-
por cinco exones. El producto es la transposasa. El mento Ds doble complejo tiene una secuencia Ds6
clemento mismo termina en repeticiones invertidas insertada en orientacion inversa dentro de otra.
de ll bp y se duplica una secuencia diana de 8 bp Los elementos no autonomos carecen de se -
en el sitio de insercion. cuencias internas, pero poseen las repeticiones ter-
Los elementos Ds varian en longitud y secuen- minates invertidas (y quiza otras caracter.fsticas de
cia pero tienen relacion con Ac. Terminan en las secuencia). Los elementos no autonomos se derivan
mismas repeticiones invertidas de ll bp. Son mas de elementos autonomos por deleciones (u otros
onos que Ac y Ia longitud de Ia delecion es varia- cambios) que desactivan Ia transposasa que actua
Jie. En un extrema, el elemento Ds9 tiene una dele - en configuracion trans, pero dejan intactos los sitios

21.12: Los elementos de contro l forman familias de transposones 541

 (incluidos los extremos) donde actua !a transposasa.
Sus estructuras varian de mutaciones menores (pero
inactivantes) de Ac hasta secuencias que presentan
deleciones mayores o reestructuraciones.
En el otro extremo, los miembros de la familia
Dsl incluyen secuencias cortas cuya unica relacion
con Ac radica en que poseen repeticiones termi-
nales invertidas. Los elementos de esa clase no
necesitan derivarse de manera directa de Ac, pero
pudiesen hacerlo por cualquier suceso que genere
repeticiones invertidas. Su existencia sugiere que la
transposasa reconoce solo las repeticiones invertidas
terminales o tal vez las repeticiones terminales en
conjuncion con alguna secuencia interna corta.
La transposicion de AciDs ocurre por un meca-
nismo no replicativo y se acompail.a de su desapari-
cion en !a localizacion del donador. El analisis clonal
sugiere que la transposicion de Ac/Ds casi siempre
ocurre poco despues de que el elemento donador se
ha replicado. Estas caracterfsticas se asemejan a la
transposicion del elemento bacteria no Tnl 0 (vease
!a seccion 21.1 0, La transposicion de Tn 10 tiene mul-
tiples controles). La causa es la misma; la transposi-
cion no tiene Iugar cuando el DNA del transposon
esta metilado en ambas cadenas (el estado habitual
antes de la metilacion), y se activa cuando el DNA es
hemimetilado (el estado habitual en cuanto termina
!a replicacion). El sitio receptor con frecuencia esta
en el mismo cromosoma que el sitio donador, y a
menudo bastante cerca.
La replicacion genera dos copias de un donador
potencial AciDs, pero por lo general solo una copia
en realidad presenta transposicion (.Que pasa con
el sitio donador? Las reestructuraciones que seen-
cuentran en sitios desde los que se han perdido ele-
mentos de control podrfan explicarse en terminos
de las consecuencias de una rotura cromosomica,
como se ilustro antes en !a Figura 21.23.
Los elementos autonomos y no autonomos, es-
tan sujetos a una variedad de cambios en su condi-
ci6n. Algunos de estos cam bios son geneticos; otros,
epigeneticos.
El principal cambio es (por supuesto) la conver-
sion de un elemento aut6nomo a uno no autono -
mo, pero pueden ocurrir otros cambios en los ele-
mentos no autonomos. Los defectos de la actuacion
en configuracion cis pueden hacer a un elemento
no aut6nomo impermeable a los elementos auto-
nomos. Asf, un elemento no autonomo puede vol-
verse estable de manera permanente porque ya no
puede ser activado para efectuar la transposicion.
Los elementos autonomos estan sujetos a "cam-
bios de fase" que son alteraciones hereditarias, pero
tambien relativamente inestables, de sus propieda-
des. Adoptan !a forma de una desactivacion rever-
542 CAPiTULO 21 Transposones
sible donde un elemento oscila entre estados acti\
e inactivo durante el desarrollo de la planta.
Los cambios de fase en los tipos Ac y Mu c: ~
elemento autonomo son resultado de cambios en :~
metilaci6n del DNA. Las comparaciones de las suo
ceptibilidades de los elementos activos e inactiY.::
a las enzimas de restriccion sugieren que Ia foriL:
inactiva del elemento es metilada en la secuen -,
.
d tana GTC. Hay vanos
CAG . smos
. . d"tana d e cad a e lerne -
y no se sabe cuales controlan el efecto. En el c~
de MuDR, la desmetilaci6n de las repeticiones te>
minales aumenta la expresi6n de Ia transposasa, :
que sugiere que el efecto pudiese ser mediado por ::
control del promotor para el gen de Ia transposa:s.:_
Serfa conveniente saber que controla !a metilacic::-
y desmetilacion de los elementos.
El efecto de la metilaci6n es en general com -
entre los transposones de las plantas. La mejor .:~
mostracion del efecto de Ia metilacion sobre Ia ac--
vidad proviene de las observaciones hechas con -
mutanre ddml de Arabidopsis que causa una perd :..::
de metilacion en la heterocromatina. Entre las d:..:.
nas que pierden grupos metilo esta una familia : -
transposones relacionados con MuDR. El anaJh
directo de las secuencias genomicas muestra q_-
la desmetilacion causa sucesos de transposicion. - -
m etilacion tal vez es el principal mecanismo u :__.
zado para impedir que los transposones dafien ::
genoma por transposicion muy frecuentes.
Puede hab er controles autorregulados de .
transposicion, analogos a los efectos de la inmu:- -
dad mostrados por los transposones bacterianos. -
au men to del numero de elementos Ac en el geno::-
disrninuye la frecuencia de !a transposicion. El e ~;:-
mento Ac puede codificar un represor de la trans- -
sicion; es posible que !a actividad !a realice la rnis
protefna que provee !a funcion de transposasa.
fDB Los elementos Sprn influyen
en la expresi6n genica
Conceptos principales
Los elementos Spm afectan la expresi6n genica en sL;
sitios de inserci6n, cuando la prote\na TnpA se une a
sus sitios diana en los extremos de los transposones.
Los elementos Spm se desactivan por metilaci6n.
Los elementos autonomos Spm yEn son casi id;:c:
ticos; difieren en menos de 10 posiciones. En la.
se resume su estructura. Las repeticio- -
terminales invertidas de 13 bp son indispensa
para la tran sposicion, segun indica el fenotipo :::
transposicion defectuosa de deleciones en los ~
tremos. Los transposones relacionados con Spm
se encuentran en otras plantas y se definen como
miembros de Ia misma familia por su organizaci6n
semejante, en terrninos generales. Todos comparten
repeticiones terminales invertidas casi identicas y
generan duplicaciones de 3 bp del DNA diana con
Ia transposici6n. Nombrados por sus similitudes
terminales, se conocen como el grupo CACTA de
transposones.
Se transcribe una secuencia de 8 300 bp a partir
de un promotor en el extrema izquierdo del ele-
mento. Los 11 exones contenidos en el producto
de transcripci6n se escinden en un mensajero de
2 500 bases. El RNAm codifica una proteina de 621
aminoacidos. El gen se denomina tnpA y la proteina
se une a una secuencia de consenso de 12 bp, pre-
sente en multiples copias en las regiones terminales
del elemento. Se requiere Ia funci6n de tnpA para Ia
esdsi6n, pero en ocasiones no es suficiente.
Todos los elementos no aut6nomos de esta fa-
milia (seii.alados como dSpm para Spm defectuoso)
tienen mucha relaci6n en su estructura con el ele-
mento Spm mismo. Presentan deleciones que afec-
tan a los exones de tnpA.
Otros dos marcos de lectura abiertos (ORFl y
ORF2) se localizan dentro del primer intr6n largo
de tnpA . Estan contenidos en un RNA de 6000 bases
alternativamente escindido, presente en 1% de Ia
concentraci6n del RNAm de tnpA. La funci6n que
contienen los ORF1 y 2 se llama tnpB . Puede pro-
porcionar Ia proteina que se une a las repeticiones
invertidas terminales de 13 bp para escindir los ex-
nemos para transposici6n.
Ademas del elemento Spm activo por completo,
hay derivados Spm-w que muestran actividad mas
debil en Ia transposici6n. El ejemplo provisto en Ia
Figura 21.27 tiene una delecion que elimina tanto a
ORF1 como a ORF2, lo que sugiere que Ia necesidad
e transposici6n de tnpB puede pasarse por alto o
cambiarse.
Las inserciones de Spm pueden controlar Ia ex-
resi6n de un gen en el sitio cuando ocurren. Un
locus receptor pudiese quedar bajo control positivo
negativo. Un locus susceptible de supresi6n por
Spm presenta inhibicion de Ia expresion. Un locus
ependiente de Spm se expresa solo con Ia ayuda de
Spm. Cuando el elemento insertado es un dSpm, la
supresi6n de la dependencia responde a Ia funcion
e acci6n en configuraci6n trans provista por un
Spm autonomo. (.Cual es la base de estos efectos
puestos?
Un alelo susceptible de supresi6n dSpm contie-
:::le una insercion de dSpm dentro de un ex6n del
gen. Esa estructura hace surgir Ia pregunta inrne-
jtata, (.Como un gen con una insercion dSpm en un
:'Xon puede llegar a expresarse? La secuencia dSpm
Ex6n 1 2 3 4 5 67891011
-----Transcripci6n _ _ _...,.
1 kb
Spm-w-8011
dSpm-7995
dSpm-79978
dSpm-8004
1 '7 El SpmjEn tiene dos genes. El tnpA consta de 11
exones que se t ranscriben en un RNAm de 2 500 bases, con corte
y empalme. El tnpB puede constar de un RNAm de 6 000 bases
que contiene ORF1 + ORF2.
puede escindirse del producto de transcripci6n por
el uso de secuencias en sus extremos. El suceso de
escision puede dejar un cambio en Ia secuencia del
RNAm que explica asf un cambio en las propiedades
de la protefna que codifica. Se ha descubierto una
capacidad similar de escisi6n a partir de un producto
de transcripcion para algunas inserciones de Ds.
El tnpA provee la funcion supresora por la que
en un principia se nombro al elemento Spm. La pre-
sencia de un elemento defectuoso puede disminuir
la expresion de un gen donde reside, pero no elimi-
narla. La introduccion de un elemento aut6nomo
que posea un gen tnpA funcional, no obstante, pue-
de suprirnir por completo la eA.-presion del gen diana.
La supresion es causada porIa capacidad de tnpA de
unirse a sus sitios diana en el elemento defectuoso,
que bloquea el avance de la transcripcion.
Un alelo dependiente de dSpm contiene una in-
serci6n cerca de un gen. pero no en su interior. La
insercion parece proveer un potenciador que activa
a! promotor del gen en ellocus receptor.
La supresion y dependencia de elementos en
dSpm parecen estar sujetas a Ia misma interaccion
entre el producto de actividad en configuracion
trans del gen tnpA del elemento autonomo de Spm
y los sitios de accion en configuracion cis en los ex-
tremos del elemento. Asi. una interaccion simple
entre Ia protefna y los extremos del elemento supri-
me o activa un locus diana, dependiendo de que el
elemento se localice en sentido ascendente o dentro
del gen receptor.
Los elementos Spm se encuentran en una va-
riedad de estados, que van desde actividad completa
hasta crfpticos. Un elemento crfptico es silente y no
presenta transposicion por sf mismo ni activa los
elementos dSpm. Un elemento crfptico puede reac-
21.13 Los elementos Spm influyen en la expresi6n genica 543
 tivarse de manera transitoria o convertirse a! estado
activo por Ia interacci6n con un elemento Spm por
completo activo. La desa ctivaci6n es causada por
metilaci6n de secu encias en Ia vecindad del punto
de inicio de Ia transcripci6n. La naturaleza de los
sucesos que se encargan de Ia desactivaci6n de un
elemento por metila ci6n nueva o de Ia activaci6n
por desmetilaci6n (o porque se evita Ia metilaci6n)
no se conoce aun.
fD1 Intervenci6n de los elementos
susceptibles de transposici6n
en la disgenesia h1brida
Conceptos pnncipales
Los elementos P son transposones que portan las cepas
P de Drosophila melanogaster, no asi las cepas M.
Cuando un macho P se cruza con una hembra Mse
activa la transposici6n.
La inserci6n de elementos P en sitios nuevas en esas
cruzas desactiva muchos genes y las hace infecundas.
Ciertas cepas de D. melanogaster encuentran clificul-
tades en las cruzas. Cuando se cruzan las moscas
de dos de esas cepas, Ia progenie muestra "rasgos
disgeneticos", una serie de defectos que incluye
mutaciones, aberraciones cromos6micas, segrega-
ci6n distorsionada en Ia meiosis y esterilidad. La
aparici6n de estos defectos correlacionados se llama
disgenesia hibrida.
Se han identificado dos sistemas encargados de
la disgenesia hfbrida en D. melanogaster. En el prime-
ro, las moscas se dividen en los tipos I (inductor) y R
(reactivo). La fecundidad disminuida se observa en
cruzas de machos I con hembras R, pero no en sen-
Macho Hembra Macho Hembra
p M M p
l l
El hibrido parece
normal pero es
esteril l mentos estan ausentes de las cepas M. En una ce--
NO HAY PROGENIE
La disgenesia hibrida es asimetrica; es induci-
da por cruzas de machos P con hemb ras M, pero no por la de
machos Mcon hembras P.
544 CAPiTULO 21 Transposones
tido opuesto. En el segundo sistema las mosca~
dividen en los dos tipos, P (de contribuci6n pater-
y M (de contribuci6n materna). En Ia GURA ~
se ilustra Ia asimetrfa del sistema; una cruza er_-
un macho P y una h embra M causa disgenesia, "-
Ia cruza inversa nolo hace.
La disgenesia es sobre todo un fen6men _
celulas germinativas. En las cruzas que involuc: -
el sistema P-M, las moscas hfbridas Fl tienen t
dos somaticos normales. No obstante, sus g6na
no se desarrollan. El defecto morfologico sobre
desarrollo de los gametos data de Ia etapa en Ia q
comienzan las divisiones celulares rapidas en Ia.
nea germinal.
Cualquiera de los cromosomas de un mach
puede inducir Ia disgenesia en una cruza con v
h embra M. La construcci6n de cromosomas reco-
binantes muestra que varias regiones dentro de cc.-
cromosoma P pueden causar disgenesia, lo que
giere que un macho P tiene secuencias en mu d~.:
localizaciones cromos6micas diversas que pueri-:-
inducir disgenesia. Las localizaciones difieren e -::-
cepas P individuales. Las secuencias P especfficas <:-
tan ausentes de los cromosomas de las moscas ,
La naturaleza de las secuencias especfficas P
identific6 primero por mapeo del DNA de mutar:: -
w encontradas entre los hfbridos disgeneticos. -=- -
das Ia mutaciones son resultado de Ia inserci6n
DNA en el locus w. (La inserci6n desactiva el ~~
y da origen a! fenotipo de ojos blancos por el .-
recibe su nombre ellocus.) La secuencia insena
se denomina elemento P.
Las inserciones del elemento P forman un ~ =
tema de transposici6n clasico. Los elementos il1.::--
viduales varian en longitud, pero tienen secuen-
hom6loga. Todos los elementos P poseen repetic
nes terminales invertidas de 31 bp y generan : :- _-
peticiones directas del DNA diana de 8 bp con -
transposici6n. Los elementos P mas largos tien
-2 .9 kb de longitud y presenta'l ruatro marcos
lecturas abiertos. Los elementos mas cortos surg
a! parecer con bastante frecuencia, por delecior.:-
internas de un factor P de longitud total. AI mer.
algunos de los elementos p mas cortos han per- -
do Ia capacidad de producir Ia transposasa, pero -
probable que los active Ia enzima codificada por ::..-
elemento P completo en configuraci6n trans.
Una cepa P porta de 30 a 50 copias del elemer ~
P, casi 3 3 % de ell as de longitud completa. Los e> -
P, se portan los elementos como componentes ine--
tes del genoma, pero se activan para Ia transposki --
cuando un macho P se cruza con una hembra I\:
Los cromosomas de las moscas hfbridas clisge 1 -
ticas P-M tienen elementos P insertados en muc!1-
sitios nuevos. Las inserciones desactivan a los ge1:
donde se localizan y a menudo causan roturas cro-
mosomicas. El resultado de Ia transposicion es, por
tanto, desactivar a! genoma.
E Los elementos P se activan
en la linea germinal
Conceptos principales
Los elementos P se activan en la linea germinal de
cruzas de machos P con hembras M porque un episodio
de corte y empalme especifico de tejido reti ra un
intr6n que genera la secuencia de codificaci6n de la
bansposasa.
El elemento P tambien produce un represor de la
hansposici6n, que se hereda par via materna en el
citoplasma.
La presencia del represor explica par que las cruzas de
machos Mcon hembras P se mantienen fecundas.
La activacion de los elementos Pes especffica de teji-
do; ocurre solo en Ia linea germinativa. No obstante,
los elementos P se transcriben tanto en Ia lfnea ger-
minal como en tejidos somaticos. La especificidad
histica es conferida por un cambio en el patron de
corte y empalme.
En Ia se muestra la organizacion
del elemento y sus productos de transcripcion. El
producto de transcripcion primaria se extiende 2.5
kb o 3.0 kb; Ia diferencia tal vez refleje solo Ia sus-
ceptibilidad de escurrimiento del sitio de termina-
cion. Puede haber dos productos proteinicos :
En tejidos somatico s solo se escinden los
primeros dos intrones, lo que crea una re-
gion de codificacion de ORFO-ORFl-ORF2.
La traduccion de este RNA da Iugar a u~a
proteina de 66 kD, que corresponde a un
represor de Ia actividad del transposon.
En tejidos de Ia llnea germinal tiene Iugar
otro episodio de corte y empalme que retira
el intron 3. Esto conecta los cuatro marcos
de lectura abiertos en un RNAm que se tra-
duce para generar una protefna de 87 kD,
que es Ia transposasa.
Dos tipos de experimento han demostrado que es
necesario el corte y empalme del tercer intron para
Ia transposicion. Primero, si las uniones de corte y
empalme se mutan in vitro y el elemento P se rein-
troduce a las moscas, su actividad de transposicion
se elimina. En segundo termino, si el tercer intron
presenta delecion, de modo que ORF3 se incluya
d'e manera constitutiva en el RNAm de todos los
tejidos, ocurre transposicion en tejidos somaticos,
asi como en Ia linea germinal. Por tanto, siempre
que ORF3 es objeto de corte y empa lme al marco
die lectura anterior, el elemento P se activa. Este es
lntr6n 1 lntr6n 2 lntr6n 3
Elemento P ~ ORFO_ ORF1 _ ORF2 ORF3
~ Transcripci6n
RNA corto
RNA largo
Permanece el
intr6n 3
RNAm
somatico -Marco de lectura . .
Represor de 66 kD
Lfnea
germinativa
RNAm - Marco de lectura ____.
Transposasa de 87 kD
El elemento P tiene cuatro exones; los primeros
tres se cortan y empalman juntos en la expresi6n somatica;
los cuatro se cortan y empalman juntos en la expresi6n de la
linea germinal.
un suceso regulador crucial y suele presentarse solo
en Ia linea germinal.
e,Que se encarga del corte y empalme especifi-
cos de tejido? Las celulas somaticas contienen una
protefna que se line a Ia secuencia del exon 3 para
prevenir el corte y empalme del tt!timo intron (vea-
se Ia seccion 26.12, El corte y empalme alternativos
implican el uso diferencial de las uniones de corte
y empalme). La ausencia de esta proteina en las
celulas de Ia lfnea germinal permite que el corte y
empalme generen el RNAm que codifica Ia trans-
posasa.
La transposici6n de un elemento P requiere
-150 bp de DNA terminal. La transposasa se une a
secuencias de 10 bp que estan cercanas a las repe-
ticiones invertidas de 31 bp. La transpos icion ocu-
rre por un mecanismo no replicativo de "corte y
pegado" que se asemeja a! de TnlO. (Contribuye a
una disgenesia hfbrida en dos formas: Ia inserci6n
del elemento con transposici6n en un nuevo sitio
puede causar mutaciones y Ia rotura que se deja
en el sitio donador [vease Ia Figura 21. 7], tienen
efecto adverso.)
Es interesante que en un porcentaje significa-
tivo de los casos, Ia rotura en un DNA donador se
repare con el uso de Ia secuencia del cromosoma
homologo. Si el hom6logo tiene un elemento P, su
presencia en el sitio donador puede restablecerse
(de manera que el episodio simula el resultado de
21 .15 Los elementos P se activan en la l1nea germinal 545
 una transposicion replicativa). Si el homologo ca- la transposicion. La protefna es provista como -
rece de un elemento P, la reparacion puede generar factor materna en el oocito. En una linea P det>
una secuencia que carece de dicho elemento, por haber suficiente protefna para impedir la transpo<>
lo que al parecer se provee una escision precisa (un cion, aunque haya elementos P. En cualquier cr~
suceso desusado en otros sistemas susceptibles de que involucre a una hembra P, su presencia impiC.:-
transposicion). la sintesis y actividad de la transposasa. No obsta~
La dependencia de una disgenesia hibrida sobre te, cuando el progenitor femenino es de tipo ~ .
la orientacion sexual de una cruza muestra que el no hay represor en el oocito y la introduccion li-
citoplasma es importante, as! como los propios fac- un elemento P del progenitor masculino da corr:
tores P. La contribucion del citoplasma se describe resultado la actividad de transposasa en la line :
como citotip o: una linea de moscas que contienen germinal. La capacidad del citotipo P de ejercer t -
elementos P tiene citotipo P, en tanto una linea de efecto por mas de una generacion sugiere que det ~
moscas que carece de elementos P tiene citotipo M. haber suficiente proteina represora en el oocito.
Ocurre disgenesia hibrida solo cuando los cromo- con la suficiente estabilidad, para pasar a traves ci ;:.
somas que contienen factores P se encuentran en adulto y estar presente en los oocitos de la siguien:=
el citotipo M, es decir, cuando el macho progenitor generacion.
tiene elementos P y la hembra no. Las cepas de D. melanogaster descendientes
El citotipo muestra un efecto citoplasmico here- moscas atrapadas en estado silvestre hace mas de "J .
dable; cuando tiene lugar una cruza entre el citotipo anos son siempre M. Las cepas procedentes demo_-
P (el progenitor femenino tiene elementos P), la cas capturadas en los ultimos l 0 anos son casi siec -
disgenesia hibrida se suprime por varias generacio- pre P. c:,Significa esto que la familia de elementos:
nes de cruzas con progenitores femeninos M. Asf, ha invadido poblaciones silvestres de D. melanogascc
algo en el citotipo P, que se puede diluir despues de en anos recientes? Los elementos P son, de hech
varias generaciones, suprime la disgenesia hibrida. muy invasores cuando se introducen en una nue':
El efecto del citotipo se explica en terrninos mo- poblacion; la fuente del elemento invasor tendc
leculares por el modelo de la 'J . Depende que haber sido otra especie.
de la capacidad de la protefna de 66 kD de reprimir La disgenesia hibrida disminuye las cruzas, p c~
lo que constituye un paso en la via hacia la especic: -
cion. Supongase que se crea un sistema disgenetic
por un elemento susceptible de transposicion en a.:-
Unea P (cruza de macho P con hembra P) guna localizacion geografica. Otro elemento pued=
Cromosomas Cromosomas Citotipo crear un sistema diferente en alguna otra localiz.0 -
del macho de Ia hembra
Represor El represor cion. Las moscas en las dos areas serfan disgenetica..::
Elemento P Elemento P
ORFO ORF2
de 66 kD impide Ia para los dos sistemas (o quiza mas). Si esto las hac:
t 4 transposici6n
A - -
66K esteriles entre ellas y las poblaciones se afslan e::.
...
detodoslos
..
_iORF1 ORF3
.
aalllla.r:~aaaa:taaaca
elementos P terminos geneticos, puede ocurrir una separaci6r
adicional. Multiples sistemas disgeneticos, por ta r. -
Cruza de macho P con hembra M to, conducen a la imposibilidad de apareamiento.
Cromosomas Cromosomas Citotipo a la especiacion.
del macho de Ia hembra
Elemento P Sin elementos Ninguno El elemento P
t I sintetiza Ia
transposasa
Resumen
Las celulas procarioticas y eucarioticas contienen unc
y variedad de transposones que se desplazan cuandr
Disgenesia mueven o copian secuencias de DNA. El transpos6r.
hibrida
puede identificarse solo como una entidad dentrc
Cruza de macho M con hembra P del genoma; su movilidad no implica una form.;.
Cromosomas Cromosomas Citotipo independiente. El transposon pudiese ser de DN_~_
del macho de Ia hembra Represor El represor egofsta, interesado solo en la perpetuacion propii.
Sin elementos Elemento P de 66 kD impide Ia
dentro del genoma residente; si confiere cualquie
! ! 66K transposici6n
ventaja selectiva sobre el genoma, esta sera indireda.
..
de todos los

.
'
+a a a a II a a a a a a a a a a a.
elementos P Todos los transposones tienen sistemas que limitar.
la extension de la transposicion porque cuando e.
Las interacciones entre los elementos P del genoma y un irrefrenable parece ser lesiva, pero los mecanismo;:
represor de 66 kD en el citotipo determinan la disgenesia hibrida. moleculares son diferentes en cada caso.

546 CAPITULO 21 Transposones

 El arquetipo de transpos6n tiene repetloo-
nes invertidas en los extremos y genera repeticiones
directas de una secuencia corta en el sitio de inser-
ci6n. Los tipos mas sencillos son las secuencias de
inserci6n (IS) bacterianas, que constan en esencia
de las repeticiones terminales invertidas en los
flancos y un marco de codificaci6n cuyo producto
proporciona actividad de transposici6n. Los trans-
posones compuestos tienen m6dulos terminales que
constan de elementos IS; uno o ambos m6dulos IS
ofrecen actividad de transposasa y las secuencias
entre ellos (que a menudo portan resistencia a los
antibi6ticos) se tratan como pasajeros .
La genera cion de repeticiones diana en los flan-
cos de un transpos6n refleja una caracterfstica fre-
cuente de la transposici6n. Elsitio diana es escindi-
do en puntos escalonados de cada cadena de DNA
por una distancia fija (a menudo cinco o nueve pa-
res de bases). El transpos6n es en efecto insertado
entre los extremos de cadena unica prominentes
generados por los cortes escalonados. Las repeticio-
nes diana se generan por elllenado de regiones de
cadena unica.
Los elementos IS, los transposones compuestos
y los elementos P se desplazan por transposici6n no
replicativa, donde el elemento se mueve de manera
directa de un sitio donador a un sitio receptor. Una
enzima transposasa unica cataliza Ia reacci6n. Ocu-
rre por un mecanismo de "corte y pegado", donde
el transpos6n se separa del DNA en los flancos. La
escisi6n de los extremos del transpos6n, las hendi-
duras en el sitio diana y Ia conexi6n de los extremos
del transpos6n a las hendiduras escalonadas, tienen
Iugar todos en un complejo nucleoprotefnico que
contiene a Ia transposasa. La perdida del transpos6n
del donador crea una rotura de doble cadena cuyo
destino noes clara. En el caso de TnlO, Ia transposi-
ci6n es posible en cuanto concluye Ia replicaci6n del
DNA, cuando los sitios reconocidos por el sistema de
metilaci6n dam son hemimetilados de man era tran-
sitoria. Esto exige la existencia de dos copias del sitio
donador, que tal vez aumenten las posibilidades de
supervivencia de Ia celula.
La familia de transposones TnA se moviliza por
transposici6n replicativa. Despues de que el trans-
pos6n en el sitio donador se conecta con el sitio dia-
na, Ia replicaci6n genera una molecula cointegrada
que tiene dos capias del transpos6n. Una reacci6n
de resoluci6n, que comprende Ia recombinaci6n
entre dos sitios particulares, Iibera entonces las dos
copias del transpos6n, de manera que una se man-
tiene en el sitio donador y otra aparece en el sitio
diana. Se requieren dos enzirnas codificadas por el
transpos6n: Ia transposasa reconoce los extremos
del transpos6n y los conecta al sitio diana, y Ia re-
sol vasa proporciona una funci6n de recombinaci6n
especifica de sitio.
El fago Mu experimenta transposici6n replica-
tiva por el mismo mecanismo que TnA. Tambien
puede usar su intermediario cointegrado para Ia
transposici6n por un mecanisme no replicative. La
diferencia entre esta reacci6n y Ia transposici6n no
replicativa de elementos IS es que los episodios de
escisi6n se aparecen en un orden diferente.
Los transposones mejor descritos en plantas son
los elementos de control del mafz, que se dividen
en varias familias. Cada familia contiene un solo
tipo de elemento aut6nomo que es analogo de los
transposones bacterianos en su capacidad de movi-
lizaci6n. Una familia tambien contiene muchos ele-
mentos no aut6nomos diferentes que provienen de
mutaciones (por lo general deleciones del elemento
aut6nomo). Los elementos no aut6nomos carecen
de la capacidad de transposici6n, pero muestran
actividad de transposici6n y otras habilidades del
elemento aut6nomo cuando esta presente uno para
proporcionar las funciones necesarias de acci6n en
configuraci6n trans.
Ademas de las consecuencias directas de in-
serci6n y escisi6n, es posible que los elementos del
mafz tambien controlen las actividades de los genes
en o cerca de los sitios donde se insertan; este con-
trol puede estar sujeto a Ia regulaci6n del desarrollo.
Los elementos del mafz insertados en genes pudie-
sen extirparse de los productos de transcripci6n, lo
que explica porque no tan s6lo impiden Ia activi-
dad genica. El control de Ia expresi6n del gen diana
comprende una variedad de efectos moleculares,
como Ia activaci6n al ofrecer un potenciador y Ia
supresi6n a! interferir en los episodios posteriores
a Ia transcripci6n.
La transposici6n de elementos del mafz (en
particular Ac) no es replicativa y es probable que
requiera s6lo una enzima transposasa unica codi-
ficada por el elemento. La transposici6n ocurre de
preferencia despues de Ia replicaci6n del elemento .
Es posible que haya mecanismos que lirniten Ia fre -
cuencia de Ia transposici6n. Las reestructuraciones
ventajosas del genoma del mafz pudiesen haberse
conectado con la presencia de los elementos.
Los elementos P en D. melanogaster se encargan
de Ia disgenesia hfbrida, que tal vez sea el precur-
sor de la especiaci6n . Una cruza entre un macho
que porta el elemento P y una hembra que carece
de el genera hfbridos esteriles. Un elemento P tie-
ne cuatro marcos de lectura abiertos, separados por
intrones. El corte y empalme de los tres primeros
ORF genera un represor de 66 kD y se presenta en
todas las celulas. El corte y empalme de los cuatro
ORF para generar la transposasa de 87 kD ocurre
21.16 Resumen 54 7
 solo en Ia lfnea germinal por un episodio de cone
y empalme espedfico de tejido. Los elementos P se
desplazan cuando estan expuestos al citoplasma que
carece del represor. El brote de sucesos de transposi-
cion desactiva al genoma mediante inserciones alea-
torias. Solo un elemento P completo puede generar
Ia transposasa, pero Ia enzima puede movilizar los
elementos defectuosos en config uracion trans.
Referencias
1111 Introduccion
Art\culos de revision
Campbell, A. {198 1). Evolutionary significance of accessory
DNA elements in bacteria. Annu. Rev. lmmunol. 35,
55- 83.
Finnegan, D . J. {1985) . Transposable elements in
eukaryotes. Int. Rev. Cytol. 93, 28 1-326.
Ell Las secuencias de insercion son modulos de
tra nsposicion sencillos
Articulos de revision
Berg, D. E. and Howe, M., eds. {1989) . Mobile DNA.
Washington, DC: Ame rica n Society for Microbiology
Press.
Calos, M. and Miller, J. H. {1980). Transposable elements.
Ce/120, 579-595 .
Craig, N. L. ( 1997). Target site selection in transposition.
Annu. Rev. Biochem. 66, 4 37-474.
Galas, D. J. and Chandler, M. {1989). Bacterial insertion
sequence. In Berg, D. E. and Howe, M., eds., Mobile
DNA . Washington, DC: American Society for
Microbiology Press, pp. 109-! 62 .
Kleckner, N. {!977) . Translocatable elements in
prokaryotes. Ce/1 11, 11-23.
Kleckn er, N. ( 1981) . Transposable elements in prokaryotes.
Amut. Rev. Genet. 15, 341-404.
Art\culos de investigacion
Grindley, N. D. {1978). IS 1 insertion gen erates duplication
of a 9 bp sequence at its target site. Cell 13. 419-426.
Johnsrud, L., Calos. M . P., and Miller, J. H. ( 1978) . The
rransposon Tn9 generates a 9 bp repeated sequence
during integration. Ce//15, 1209-1219.
&II Los t ransposones compuestos tiene n modulos IS
Articulo de revision
Kleckner, N. (1989) . Tn10 transposon.InB erg. D. E. and
Howe, M. M., eds .. Mobile DNA. Washington. DC:
American Society for Microbiology Press, pp. 227- 268 .
1111 La t ra nsposicion ocurre por mecanism os replicativos
y no rep licativos
Art\culos de revision
Craig, N. L. (1997). Target site selection in transposition .
Annu. Rev. Biochem. 66, 43 7-4 74.
548 CAPITULO 21 Transposones
Grindley, N. D. and Reed, R. R. ( 1985). Transpositional
recombination in prokaryotes. Annu. Rev. Biochem. 54
86 3-896.
Haren. L, Ton-Hoang, B., and Chandler, M . (1999).
Integrating DNA: transposases and retroviral
integrases. Annu. Rev. iVIicrobio/. 53, 245-281.
Scott, J. R. and Churchward, G. G. (199 5). Conjugative
transposition. Amnt. Rev. lmmunol. 49, 367-397.
lfJII Intermediarios comu nes para la transposicion
Artkulos de revision
Mizuuchi, I< . (1992). Transpositio nal recombination:
mechanistic insights from studies of Mu and other
elements . Am1Li. Rev. Biochem. 61. 1011- 1051.
Paw, M. L. ( 1989). Bacteriop hage mu. In Berg, D. E.
and Howe, M., eds., Mobile DNA. Washington, DC:
Am erican Society for Microbiology Press, pp. 23-52.
Art\culos de investigacion
Aldaz, H., Schuster. E., and Baker, T. A. ( 1996). The
interwoven architecture of the Mu transposase
couples DNA synthesis to ca talysis. Cell 85, 257- 269.
Savilahti, H. and Mizuuchi, K. (1996). Mu transpositiona~
recombination: donor DNA cleavage and strand
transfer in trans by the Mu transpose. Ce// 85,
271-280.
1111 La transposicion no replicativa avanza por rotura _
reunion
Arti culos de investigacion
Bender, J. and Kleckner, N. ( 1986 ). Genetic evidence tha:
Tnl O transposes by a n onreplicative mechanism. Ce/'
45, 801- 8 15.
Bolland, S. and Kleckner, N. ( 1996). The three chemical
steps o f Tn 10/IS 10 transposition involve repeated
utilization of a single active site. Cell 84, 223- 233 .
Davies, D. R., Goryshin, I. Y., Reznikoff. W. S., and
Rayment, I. (2000). Three-dimensional structure of
the Tn5 synaptic complex transposition intermediate.
Science 289, 77- 85.
Haniford, D. B., Benjamin, H. W., and Kleckner. N. (1 99 1
Kinetic and structura l ana lysis of a cleaved donor
intermediate and a strand transfe r intermedia te in
Tn 10 tran sposition. Cell 64, 171- 179.
Kennedy, A. K., Guh athakurta, A., Kleckner, N., and
Haniford, D. B. ( 1998). Tn 10 transposition via a DN_:._
hairpin intermediate. Ce//95, 125-134.
a La tra nsposicio n de TnA requiere transposasa y
resolvasa
Articulo de revisio n
Sherratt. D. (1989) . Tn3 and related tra nsposable eleme
site -specific recombination and transposition. In Ber;
D. E. and Howe, M . M .. eds., Mobile DNA. W ashingtr~
DC: .t\merican Society for Microbiology Press, pp.
163-1 84.
Articulos de invest igacion
Droge, P. eta!. ( 1990). Th e two functional domains of
gamma delta resolvase act on the same recombinati -
 site: implications for the mechanism of strand
exchange. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 87, 5336-5340.
Grindley, N.D. et a l. (1982). Transposon -mecliated site-
specific recombination: identification of three binding
sites for reso lvase at the res sites of y 8 and Tn3. Cell
30, 19- 27.
Li, W., Kamtekar, S., Xiong, Y., Sarkis, G. J., Grindley, N.
D., and Steitz, T. A. (2005). Structure of a sy naptic
gammadelta resolvase tetramer cova lently linked to
two cleaved DNAs. Science 309, 1210-1215.
fJIIil La transposici6n de Tn10 tiene multiples co ntroles
Art\culos de revision
Kleckner, N. ( 1989). Tn 10 transposon. In Berg, D. E. and
Howe, M. M., eds., Mobile DNA. Washin gton, DC:
American Society for Microbiology Press, pp. 227-268.
Kleckner, N. ( 1990). Regulation of transposition in
bacteria. Annu. Rev. Cell Bioi. 6, 297-327.
Articulo de investigacion
Roberts, D. et a!. ( 1985). IS 10 transposition is regulated by
DNA adenine methylation. Cell 43, 117-130.
E Los elementos de control forman familias de
tran sposones
Arti culos de revision
Fedoroff, N. ( 1989). Maize transposable elements. In Berg,
D. E. and Howe, M. M., eds., Mobile DNA. Was hington,
DC: American Society for Microbiology Press, pp.
375- 411.
FedorofL N. (2000). Transposons and genome evolution in
plants. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 97, 7002-7007.
Gierl, A., Sa edler, H., and Peterson, P. A. ( 1989). Maize
transposable elements. Amm. Rev. Genet. 23 , 71 -85.
Ar'.:\cu los de investigaci6n
Benito, M. I. and Wa lbot, V. (1997). Characteri zation
of the maize Mutator transposable element MURA
transposase as a DNA-binding protein. Mo l. Cell Bioi.
17,5 165- 5175.
Chandler, V. L. and Walbot, V. (1986). DNA modificati on
of a maize transposable element correlates with loss of
activity. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 83, 1767-1771.
Ros , F. and Kunze, R. (2001). Regulation of activator/
dissociation transposition by replication and DNA
methylation. Genetics157, 172 3-1733.
Singer, T.. Yordan, C., and Martienssen, R. A. (200 1).
Robertson's Mutator transposons in A. thaliana are
regu lated by the chromatin-remodeling gene decrease
in DNA Meth ylatio n (D DM1 ). Genes Dev. 15, 59 1-602.
m Inte rve nci6n de los elementos susceptibles de
transpos icion en la disgenesia hibrida
Arti cu lo s de revision
Engels, W. R. ( 1983). The P family of transposable
elements in Drosophila. Annu. Rev. Genet. 17, 3 15-344.
Engels, W. R. ( 1989). P elements in Drosophila. ln Berg, D.
E. and Howe, M. M., eds., Mobile DNA. Washington,
DC: American Society for Microbiology Press, pp.
437-484.
fJD Los elementos P se acti va n en la linea germinal
Articu lo de in vestigaci6n
La ski, F. A., Rio, D. C., and Rubin, G. M. (1986). Tissue
specificity of Drosophila P element transposition is
regulated at the level of mRNA splicing. Cel/44, 7-19.
Referencias 549
Retrovirus y retroposones
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
El ciclo vital de los retrovirus comprende sucesos
similares a la transposici6n
Un retrovi rus tiene dos capias de su genoma de RNA de
cadena unica.
Un provirus integrado es una secuenda de DNA de cadena
doble.
Un retrovirus genera un provirus mediante transcripcion
inversa del genoma retrovirico.
Los genes retroviricos codifican poliproteinas
Un retrovirus caracteristico tiene tres genes: gag, pol y env.
las proteinas Gag y Pol se traducen a partir de un producto
de transcription de longitud completa del genoma.
la traduction de Pol requiere un cambia de marco por el
ribosoma.
Env se traduce a partir de un RNAm individual que se
genera por fragmentation .
Cada uno de los tres productos protefnicos es procesado
por proteasas para dar orige n a multiples proteinas.
El DNA vi rico se genera par transcripci6n inversa
Se repite una secuencia corta (R) en cada extrema del RNA
virico, de manera que los extremes 5' y 3' corresponden a
RUS y U3R, respectivamente.
la transcriptasa inversa inicia Ia slntesis cuando un RNAt
cebador se une a un sitio distante de 100 a 200 bases del
extrema 5'.
Cuando Ia enzima a\canza el extrema, las bases '>'
terminates del RNA se fragmentan, lo que expone el
extrema 3' del producto DNA.
Los pares de bases expuestos del extrema 3' se aparean con
el extrema 3' de otro genoma de RNA.
La slntesis continua y genera un producto donde las
reglones S' y 3' se repite n, lo que da a cada extrema Ia
estructura U3-R-U5.
Ocurren episodios similares de cambia de cadenas cuando
La transcriptasa inversa utili za el producto DNA para
generar una cadena complementaria.
El cambia de cadenas es un ejemplo del mecanisme de
selecdon de capias de Ia recombination.
El DNA virico se integra al cromosoma
la organizatiOn del DNA provirico en un cromosoma
es Ia misma que en un transposiin, donde el provirus
es ftanqueado por repeticiones directas cortas de una
secuencia en el sitio diana.
El DNA lineal se inserta en forma directa en el cromosoma
del hospedador gracias a Ia accion de la enzima integrasa
retrovi rica.
550
Se pierden dos pares de bases de DNA de cada extre
la secuencia retrovirica durante Ia reacd6n de inte9'
Los retrovirus pueden hacer transducci6n de
secuencias celulares
los retrovirus en proceso de transformation se gene
un suceso de recombination donde una secuencia d
celular sustituye a una parte del RNA retrovirico.
Los elementos Ty de las levaduras se asemej
los retrovirus
los transposones Ty tienen una organization simila
los retrovirus endiigenos.
los transposones Ty son retroposones con actividad
transcriptasa inversa que realizan transposition a tr
un intermediario de RNA.
Muchos elementos susceptibles de transposi
residen en Drosophila melanogaster
Copia es un retropos6n abundante en D. me/anagast
Los retroposones son de tres clases
los retroposones de Ia superfamilia virica son trans,
que se desplazan a traves de un RNA que no constit
partlcuta infecciosa.
Algunos retroposones se asemejan de manera direct
retrovirus en su uso de LTR, en tanto otros no tiene
Se pueden encontrar otros elementos que fueron ge
par un episodic de transposition mediada par RNA.
par sl mismos no codifican enzimas que puedan cat
transposicion.
los transposones y retroposones constituyen casi La
del genoma humano.
La familia Alu tiene mucho~ miembros
muy disperses
Una parte importante del ONA repetitive en genome:
mamlfero est~ constituida por repetitiones de una s
familia, organizadas como transposones y derivadas
productos de transcription de la polimerasa m de I'
Los seudogenes procesados se originaron co
sustratos para La transposici6n
Un seudogen procesado se deriva de una secuenda
RNAm por transcripcion inversa.
Las LINES utilizan una endonucleasa para gE
un extremo con actividad cebadora
Las UNES no tienen LTR y para cebar La transcripcio
inversa requieren que el retroposon codifique una
endonucleasa que genere una hendidura_
Resumen
 Introducci6n
La transposition que comprende un intermediario
obligatorio de RNA es una propiedad exdusiva de
.as eucariotas y proviene de Ia capacidad de los re-
trovirus de insenar copias de DNA (provirus) de
un gcnoma virico RNA eo los cromosomas de una
celula hospedadora. Algunos transposones eucari6-
jcos se reladonan con provirus retrovfricos en su
organizad6n general y experimeman rransposid6n
a traves de intermediaries de RNA. Como clase. es-
:os elementos se Haman retropos o n es (o a veces
retrot rans posones).
Los retroposones mas sencillos no tienen acti-
vidad de transposid6n, pero presentan secuencias
que los elementos activos reconocen como susrraros
paxa Ia transposici6n. Por lo ramo, los elementos
que usan una transposici6n independienre de RNA
van tlesde los retrovirus mismos (que tienen capa-
ddad para infectar con libertad celulas hospedado-
ras), hasta secuencias con transposici6n a traves de
RNA, y basta aquellos que por sf mismos no tienen
ta capacidad de transposici6n. Companen con todos
los transposones la caracterfstica diagn6stica de ge
nerar repeticioncs conas directas de DKA diana en
el sitio de una inserci6n.
Incluso en genomas donde no se han detecta -
do los transposones activos se encuentran vestigios
de episodios amiguos de transposici6n en forma de
~epetidones diana directas que flanquean secuen-
das repetitivas dispersas. Las caracterfsticas de estas
secuencias a veces comprenden una secuenda de
RNA como progenirora de la secuencia geonomica
DNA), lo que sugiere que el RNA debe haberse
convcrtido en una copia de DNA duplex que se in-
sert6 en el genoma por un suceso simHar a Ia trans-
posicion.
Como cualquier o tro ciclo de reproducci6 n, el
de un retrovirus o retropos6n es comi_nuo; es arbi-
:rario considerar como "inlcio" el pumo donde se
imerrumpe. No obstante, Ia manera de ver estos
~lementos es parcial. por la forma en que sue1en
observarse ( ).
Los retrovirus se consideraron primero partf-
E1J El ciclo vital de los retrovirus
com prende sucesos si mila res
a La transposici6n
Conceptos princ1pales
Un retrovirus tiene dos capias de su genoma de RNA de
cadena unica.
Un provirus integrado es una secuencia de DNA de
cadena doble.
Un retrovirus genera un provirus mediante transcripcion
inversa del genoma retrovirico.
Los retrovirus tienen genomas de RNA de cadena
tJn.ica que se replican gracias a tm intcrmediatio de
DNA de doble cadena. El ciclo vital de un virus com-
prende una clapa obligatorla en Ia que se insena
DNA de doblc cadena en el genoma del hospedador
por un episodio similar a la transposici6n y que ge-
nera repeticiones directas cortas de DNA diana.
La importancia de esta reacci6n rebasa Ia per-
peruaci6n del virus. Algunas de sus consecuencias
son que:
Una secuencia retrovfrica integrada en Ia
llnca germmativa se manriene dentro del
genoma celular como provirus e n d6geno.
Al igual que un bacteri6fago lisogenico, un
provirus act(Ja como parte del material ge-
netico del organismo.
:.
a ........... ..... ..
y
. RNA
reJ;'"' t.
.
'. RNA ,
., ..................
I
I o

..-ulas viricas infecciosas capaces de reaJizar trans- INTRACELULAR

misi6n emre celulas y por ello se cree que el ddo
imrace1ular (que cornprende un DKA duplex) es
EXTRACELULAR 't
un medio de reproducci6n de virus RNA. Los re-
troposones se descubrieron como componenres del Retrovrus ...........
genoma, y las formas de RNA se han definido en su
mayor pane por sus fundones como RNAm. Asi,
los autores consideran a los retroposones como se- En los ciclos reproductivos de los retrovirus y Los
retroposones se alterna La transcripci6n inversa de RNA a DNA
cuencias gcn6micas (de DNA duplex) que pueden con Ia transcription de DNA a RNA. Solo los retrovirus pueden
realizar rransposici6n denrro de un genoma; no mi- generar particulas infectantes. Los retroposones se confinan a
gran entre celulas. un ciclo i ntracelular.

22.2 El ciclo vital de los retrovirus comprende sucesos similares a Ia transposicion


RNA VV vv
1:rranscripci6n
+ mversa
LTR LTR
DNA lineal (;VJ'Vi'VJ\G\./ii
l lntegraci6n
Provirus '\. ,
l Transcr1pci6n
RNA VV vv
El ciclo vital retrovirico procede por transcrip-
ci6n inversa del genoma del RNA en DNA duplex, que se inserta
en el genoma del hospedador para ser transcrito en RNA.
En ocasiones se recombinan secuencias ce-
lulares con Ia secuencia rerrovfrica y des -
pues se transportan juntas; esras secuencias
pueden insertarse en el genoma como se-
cuencias duplex en nuevas localizadones.
Las secuencias celulares que experimen-
tan transposicion por un retrovirus pueden
cambiar las propiedades de una ceJula cuan-
do se infecta con el virus.
Las panicularidades del ciclo de vida de los re-
trovirus se ilustran en la _Los pasos cru-
ciales son que el RNA vfrico se convierte en DNA,
el DNA se integra al genoma del hospedador, y des-
pues, el provirus de DNA de Lranstribe en RNA.
La enzima encargada de generar la copia inicial
de DNA a partir del RNA es la transcriptasa in-
versa . La enzima convierte el RNA en una cadena
duplex lineal de DNA en el ciwplasma de Ia celu la
infecLada. El DNA tambien se convierte en formas
circulares, pero estas no parecen iuvolucradas en
la repUcaci6n.
El DNA lineal se abre camino hada el nucleo.
Una o mas copias de DNA se integran al genoma del
hospedador_ Una sola enzima, llamada integrasa,
se encarga de la imegraci6n. El provirus es Lranscri-
to por la maquinaria del hospedador para producir
RNA virico, que sirve como RNAm y como gene-
mas para empaquetamiento dentro de viriones. La
integracion es una pane normal del ciclo vitaL in-
dispensable para Ia transcripci6n.
Dos copias del genoma RNA se empaq uetan en
cada v irion, lo que hace a la parrcula vfrica indi-
vidual eficazmente diploide. Cuando una celula cs
infectada de manera simultanea por dos virus dife -
552 CAPITULO 22 Retrovirus y retroposones
rentes, pero relacionados, es posible que genere pa -
ticulas vfricas heterocigotas que porran un genor.:
de cada tipo. La diploidia puede ser i.mportante pa:_
permitir al virus adquiri.r secuencias celulares. L:
enzimas transcriptasa inversa e inregrasa se tran~
portan con el genoma demro de Ia partfcula vfric.:
Ell Los genes retrov1ricos
codifican poliprote1nas
Conceptos principales
Un retrovirus caracteristico tiene tres genes: gag, pal~
env.
Las proteinas Gag y Polse traducen a partir de uo
producto de t ranscripcion de longitud completa del
genoma.
La traducci6n de Pol requiere un cambia de marco par
el ribosoma.
Env se traduce a partir de un RNAm individual que se
genera por fragmentaci6n .
Cad a uno de los t res productos protei nicos es
procesado por proteasas para dar origen a protei nas
multiples.
Una secuencia retrovfrica usual contiene tres o cua-
rro "genes". (En este conrexto el termino genes sc
usa para idemificar regiones codificanres, cada um
de las cuales en realidad da origen a multiples pro-
tcfnas por reacciones de procesamienro.) Un gen('\ -
ma retrovfrico h abitual co11 Lres genes se organlu
en Ia secuencia gag -pol-env. como se indica en l.:
El RNAm tetrovfrico Liene u na esttucrura cor-
vencional; presenta una cubiena en el extremo 5'~
esta po liadenilado en el ext remo 3'. Se represent.:
en dos RNA.m. Se traduce Ja longirud total de RNA.rr
para dar Iugar a las poliprotefnas Gag y Pol. El pr~>
ducro Gag se traduce mediante Ia Jectura desde e
codon de iniciaci6n hasta cl primer codon de ter~
m.inaci6n . Este ttltimo debe ser pasado por alto par.:
que Pol se exprese,
Difereotes virus utilizan mecanismos diversos
para avanzar y dejar amis a l codon de terminaci6r
gag, conforme a la Jelaci6n entre los marcos de
lectura gag y pol. Cuando gag y pol se continuan, Jc.
supresion por un glutamil-RNAt que reconoce e
codon de tenninadon permite Ia generaci6n de unc.
sola proteina. Cuando gag y pol estan en d.iierente5
marcos de lectura, tiene Iugar un cambio de marcc
ribos6mko que gen era una sola protefna. Por loge-
neral, Ia lectura cornplc ta es -5% e:ficaz, de mauere
que la protefna Gag supera por casi 20 tantos a lc:
prorefna Gag-Pol.
 . - :-.
6
4 I a ~ I a J I

10-80

Iy -100 Genoma virico

t Ufr gag
-2000 -1800

Traducci6n l El empalme produce

RNA subgen6mico
Traducci6n !

Supresi6n o cambia
~
de marco en el Procesamiento!
extreme de gag
Procesamiento ~
Gada gen genera varies productos proteinicos
=
Gag MA matriz (entre Ia nucleocapside y Ia envoltura virica)
CA = capside (principal componente estructural)
NC = nucleocapside (que empaqueta el dimero de RNA)

Procesamiento ! PR = proteasa (escinde Gag-Pol y Env)

Pol RT =transcriptasa inversa (sintetiza DNA)
IN-= integrasa (integra el provirus DNA al genoma)
~v SU = proteina de superticie (las espigas sobre el viri6n
interactuan con el hospedador)
TM =transmembrana (media Ia fusion virus-hospedador)
los genes de los retrovirus se expresan como poliproteinas, que son procesadas hacia
productos individuates.

La poliprotefna Env se expresa por orros me-

dias: el ernpalme genera un mensajero subgen6mico,
mas corto, que se traduce en el producto Env.
El gen gag da origen a los componentes protef-
nicos del centro nudeoprotefnico del virion. El gen
pol codifica funciones encargadas de Ia sfmesis y re -
combinaci6n de acidos nuclei cos. El gen env codlfica
componemes de Ia envoltura de Ia particula, que
tambien secues tra componentes de Ia membrana
citoplasmica de la celula.
Los producros Gag, Gag-Poly Env son polipro-
refnas fragmemadas por una proteasa para liberar
las prote(nas individuales que se encuentran en los
viriones maduros. La actividad de proteasa es co-
dificada por el virus en diversas formas: puede ser
parte de Gag o Poly a veces adq uiere la forma de un
marco de Jectura independiente adidonal.
Laproducci6n de una partfcula retrov1rica com-
prende el empaquetamiemo del RNA en el centro,
su rodeo por protefnas de la capside y Ia extracci6n
por presion de un segmento de membrana de Ia
celula del hospedador. En Ia se muestra
Ia liberaci6n de partfculas infecciosas por ese me-
dio. El proceso se revierte durante Ia infecci6n: un Los retrovirus (VIH) experimentan gemaci6n des-
virus infecta una nueva celuJa al fu sionaise con su de la membrana plasmatica de una celula infectada. Fotos por
membrana plasmatica y luego liberar el contenido cortesia de Matthew A. Gonda, Ph.D., Chief Executive Officer,
del virion. International Medical Innovations, Inc.

22.3 los genes retrov1ricos codifican poliproteinas 553

 duplex. Tiene una actividad de polimerasa que
permite sinretizar un DNA duplex a partir del p:-
10-80 - RUS gag pol l'.'li! U3 A-to-so ducto de transcripcion inversa de una sola cad ::--
na de l RNA. La segunda cadena de DNA en e:;
1-
80-100
-2000 - 2900 -1soo I
17D-1260
estrucrura duplex se denomina cadena d e Dl\
positiva. Como adyuvante indispensable de e'-
Forma lineal del DNA vlrico
actividad, Ia enzima tiene una actividad de RNAa
U3 RUS gag pel U3 RU5 H, que puede degradar la porci6n RNA del hfbli:
I I RNA-DNA. Todas las transcriptasas tnversas retr
LTR LTR vfricas comparten similitudes considerables de . ~
25D-1400 bp
secuencias de aminoaddos y se pueden reconocc:
Forma de DNA vfrico integrado secuencias hom6logas en algunos otros retropos
U3 ha perdido 2 bp US ha perdido 2 bp nes.
- IU3 j_ En la se comparan las estructuras _
~ RlJ5 gag pol ::......C.--'-'-"- U3 RUS 'Hospedador las formas de DNA del virus con el RNA. El ~
-I
Repetici6n de 4--6 bp
r
Repetici6n de 4--6 bp
virico tiene repeticiones directas en sus extrem
Esos segm entos R varian de 10 a 80 nucle6tidos c-
del DNA diana del DNA diana
diferentes cepas de virus. La secuencia del extrer
El RNA retrav1rico termina en repeticianes directas (R); el 5' del viruses R-U5 y la secuenda en el extremo-
DNA lineallibre termina en LTR y el provirus concluye en LTR, acartados es U3-R. Los segmentos R se usan durante Ia conve--
cada uno por un par de bases. sion de Ia forma de RNA ala de DNA para gene:.
las repeticiones d irectas mas extensas que se obse--
van en el DNA Hneal ( y ) =:..
Ef1t El DNA virico se ge nera acortamiento de 2 bp en cada extremo de la forr-
integrada es consecuenda del mecanisme de i.nte~
po r transcri pci6n inversa cion (vease Ia Figura 22.9).
Conceptos principales Al igual que con otras polimerasas de DN~
rranscriptasa inversa requiere tin cebador. El ceb~
o Se repite una secuenda corta (R) en cada extreme del dor natural es el RNAL. Hay un RNAt del hospeci:.-
RNA v1rico, de manera que los extremes 5' y 3' sean dor, sin carga, en el virion. Se aparea una secuenc:
R-U5 y U3-R, respectivamente.
de 18 bases en el exuemo 3' del RNA t con las c -
La transcriptasa inversa inicia La sintesis cuanda un rrespondientes en un sitio que se encuentra a lOC _
RNAt cebador se une a un sitio distante de 100 a 200
200 bases de distancia deJ extremo 5' de una de ~
bases del extrema 5'.
moleculas de RNA vfrico. El RNAt puede tambie-
Cuando La enzima alcanza el extrema, las bases 5'
aparear sus bases con un sitio cercano al extren:.
terminates del RNA se fragmentan, La que expone el
extreme 3' del producto DNA. 5' del otro RNA vfrico, lo que ayuda a Ia formaci -
de un dimero entre los RNA vfricos.
Los pares de bases expuestos del extreme 3' se aparean
con el extreme 3' de atro g.enoma de RNA. He aqui un dilema: Ia transcriptasa inversa iL~
cia la simesis del DNA en un sitio apenas 100 a 2(
La sintesis continua y genera un praducto donde las
regiones 5'y 3' se repiteo, lo que da a cada extreme la bases en sentido descendente respecto del extrem
estructura U3-R-U5. 5'. (.Como puede generarse el DNA que represei:-
el genoma intacto de RNA? (Esra es una varia:c.:
Ocurren episadias similares de cambia de cadenas
cuando la transcriptasa inversa utiliza el producta DNA extrema del problema generaJ en Ia replicaci6n .!..
para generar una cadena complementaria. los extremes de cualquier acido nudeico lineaJ; v6-
El cambia de cadenas es un ejemplo del mecanisme de se Ia secci6n 16.2, Los exLremos del DNA lineal s<.
selecci6n de capias de la reco.mbinaci6n. un problema para la replicacion.)
La s(nresis in vitro avanza hasta el final y ge-
nera una secuencia de DNA breve llamada DK-
Los retrovirus se denominan virus d e cadena de detendon fuene-negativo. Esta molecula no ~
positiva porque el propio RNA vfrico codifica los encuen rra in vivo porque la sfntesis continua por -
productos protelnicos. Como su nombre lo indica, reacci6n ilustrada en la Figura 22.6. La transcripta5oe
Ia transcriptasa inversa se encarga de convertir el in versa cambia de moldes y se II eva al DNA nacte!h_
genoma (cadena RNA positiva) en una cadena com- con ella a un nuevo molde. Este es el pdmero .:.
plernentaria de DNA que se denomina caden a de dos saltos entre moldes.
DNA negativa. La transcriptasa inversa tambien En esta reacci6n, Ia region R en el extrema :
cataliza etapas posteriores de la producdon del DNA del mo lde de RNA es degradada por Ia activid<L

554 CAPiTULO 22 Retrovirus y retrapasones

 El retrovirus provee Ia cadena positiva de RNA
R US U3 R
rr r 3'
, rurrrntmrrm
5,

r 3,
~
5'
El RNAt cebador hibridiza al sitlo
~
de union sabre el RNA
retrovlrico
R .!:J I
! lii
r -rrr rt. R 3'
Se retira el RNA! cebador
3'
[([[[([[[[[([t~l
5'

5' Se degrada el RNA y quedan fragmen tos I

de cadena negativa
-. Cadena negativa
f !
La 1ranscriptasa inversa inicia Ia sintesis del DNA residuales para cebar Ia sfntesis de DNA
3'
nrrrwn!l r,"'1
f
5'

3' Se sintetiza Ia cadena positiva de I

5' I fl I I .a..:~...__ 3' detenci6n fuerte del DNA t
Las enzimas alcanzan el extrema del molde y 3' . "'rr"'r"'r""tr"r... r..,r
"'TTT-"'r........ 5'
generan un DNA fuerte de 5' dJ 3'
detenci6n negative
El DNA de cadena positiva se transfiere I
t
1 !
al otro extrema de Ia cadena negativa
.,_ De detenci6n
en el segundo salta
fuerte negative
3' 3' 71'1'1'J'1"1!'FlFI'Pn"''n. 5'

Se degrada Ia regi6n 5' ! 3' 5'

Concluye Ia sintesis de Ia cadena
positiva de DNA
3'

terminal de Ia cadena
de RNA
Nuevo-
extrema
3'
5'
1 Jlllll
3
,
5' 1ll
3' trrrrmnprnn
Concluye Ia sintesis del DNA de
5'
3'

cadena negativa
~: L- "'t"'r!"""I'I"F"""'Fin~l""i1
!illl1T ...., 5'
3'
~ LTR~ ~ LTR~

La slntesis de la cadena positiva de DNA requiere

un segundo salto,

El resultado del cambio y Ia extension es Ia adi-

Se genera la cadena DNA negativa por medic del
cambia de molde durante la transcripcion inversa.
de RNAasa H de Ia transcriptasa inversa. Su retiro
permite que la region R en el extremo 3' realice
apareamiento de bases con el DNA reden sintetiza-
do. La transcripcion inversa continua despues por
Ia region U3 hacia el cuerpo del RNA.
El origeo de la regl6n R que se aparea con el
DNA de detenci6n fuerre-negativo puede estar en
el extrema 3' de la misma molecula de RNA (apa-
rearniento intramolecu lar), o el extremo 3' de una
molecula dlferente de RNA (apareamiento intermo-
lecular). Se usa el cambio a un mol de diferente de
RNA en Ja figura porque hay datos de que la se -
cuen da del RNAt cebador nose hereda en un dclo
de vida del retropos6n . (Si ocurriese apareamiento
intramolecular, se esperarfa que Ia secuencia se he-
redara porque ofrecerfa la (mica fuente para la se-
cuencia de union del cebador en el siguien Le ciclo.
El apareamiento intermolecular permite que otro
RNA retrovirico provea esta secuencia.)
cion de un segmento U3 al extremo 5'. El segmen-
to de secuencia U3-R-U5 se denomina rep eticion
terminal larga (LTR) porque una serie similar de
episodios afiade un segmento US at extremo 3' y da
lugar ala misrna estructura de U5-R-U3. Su longi-
tud varfa de 250 a 1400 bp (vease la Figura 22.5) .
Ahora se necesita generar la cadena de DNA
positiva y la LTR en el otro extrema. La reaccion se
muestra en Ia Figura 22.7. La transcriptasa inversa
ceba Ja sfntesis de la cadena positiva de DNA a par-
tir de un fragmento de Rl'JA que queda despues de
degradar Ia molecula original de RNA. Se genera
una cadena de DNA de detencion fuerte-positivo
cuando la enzima alcanza el exnemo del molde.
Este DNA se transfiere entonces a! otro extremo de
una cadena negativa, donde tal vez se libere gracias
a una reaccion de desplazamiemo cuan do ocurra
una segunda ronda de sfn tesis de DNA a partjr de
un fragmenlo cebador en ubicaci6n mas alta (a s u
izqu ierda en la figura). Se hace uso de la region
R para el apareamiento con el ext,remo 3' de una
cadena de DNA negativa . Este DNA de doble cade-
na requiere entonces concluir ambas cadenas para
generar una LTR duplex en cada extremo.

22.4 El DNA vi rico se genera por transcripcion inversa 555

 La transcriptasa inversa
sintetiza Ia cadena de DNA
....
3'
La enzima se dlsocia ~
del molde
5' 3'
~
La enzima se une a
un nuevo rnolde
5'
Se reinicia Ia
~
transcrlpci6n
inversa
5' 3'
La recombinaci6n con selecci6n de capias tiene
Iugar cuando la transcriptasa in versa Iibera su molde y reinicia
la sintesis de DNA utilizando uno nuevo. Es probable que la
transferencia entre las cadenas del molde ocurran de manera
directa, pero aquf se muestra en pasos independientes para
ilustrar el proceso.
Cada panicula retrovlrica porta dos genomas
de RNA. Esro hace posible que ocuna Ia recombi -
nacion durante un cido viLal vfrico. En principio,
esto pudiese presentarse durante la simesis de las
cadenas negativa, posiriva, ode ambas.
El apareamiemo intermolecular que se
muestra enla Figura 22.6 permite que ocu -
rra una recombinacion emre secuencias de
los dos moldes sucesivos de RNA cuando
se simeriza la cadena de DNA negativa. La
recombinaci6n retrovirica es en su mayor
parte debida a Ia rransferenda de cadenas
en esa erapa, cuando se traslada la cadena
naciente de DNA de un molde de RNA a
otTO durame Ia transcripci6n inversa.
Se puede sintetizar DNA de cadena posi ti -
va de manera discominua en una reacd6n
que comprende varias injciaciones internas.
Puede haber tambien Lransferencia de ca-
denas durante esta reacci6n, pero es menos
frecuente.
La caracterlstica comun de ambos episodios es
que la recombinaci6n es consecuencia de un cambio
de mol de durante el acto de la simesis de DNA. Este
es un ejemplo general de un mecanismo de la re-
combinaci6n llamado selecci6n de copia. Durante
muchos anos se consider6 como un posible meca-
556 CAPITULO 22 Retrovirus y retroposones
nismo para la recombinaci6n en general. Es pc
probable que se emplee en sistemas celulares, pc.
constituye una base comun para Ia recombinaci
durante la infecd6n por virus RNA, incluso aq<.
llos que se replican de mancra exclusiva a traves ~
formas RNA. como los de Ia poliomielilis.
El cambia de cadenas ocurre con dena frecue--
cia durante cada ciclo de transcripci6n inversa. _
decir, ademas de la reacci6n de transferencia qu
es forzada en el final de la cadena del molde . =
principia se il usLra en la , si bien no
sabe mucho del mecanismo. Ocurre transcripdf> -
inversa i11 vivo en un complejo de ribonucleoprote-
nas, donde la cadena molde de RNA se u ne a coL
ponentcs del "iri6n, induida Ia principal p rotel!:-
de Ia capside. En el caso del Vll-I, Ia adid6n de e~...:
prorefna (NCp7) a un sistema i11 vitro causa recom~
naci6n. El efecw es probablememe indirecto: Nc~
afecla Ia esuucrura del molde de RNA, lo que a s--
vez allera Ia posibilidad de que la transcriptasa ir.-
versa cambie de una cadena molde a orra.
El DNA virico se integra
al cromosoma
Conceptos principales
La organizaci6n del DNA provfrico en un cromosoma es
la misma que en un transpos6n, donde el provirus es
fla nqueado par repeticiones directas cortas de una
secuencia en elsitio diana.
El DNA lineal se inserta en forma directa en el
cromosoma del hospedador gracias a ta acci6n de ta
enzima integrasa retrovirica .
Se pierden dos pares de bases de DNA de cada extrema
de la secuencia retrovirica durante la reacci6n de
integraci6n.
La organizaci6n del provirus lmegrado se asemeja
a Ia del DNA lineal. Las lTR en cada exrremo de!
provirus son i<:lenticas. El extreme 3' de US cons-
ra de una repedci6n corta invenida con relaci6n
al extreme 5' de U3, de manera que la LTR misma
termina en repericiones conas invenidas. El DNA
provfrico integrado es como un transpos6n: Ia se-
cuencia provirica rermina en repeticiones inverti-
das y l1anqueada porrepeticiones cortas mrcctas del
DNA diana.
Se genera el provirus cuando se insena de ma-
nera directa un DNA lineal a un sitio diana. (Ade-
mas del DNA lineal hay fo r mas circulares de las
secuendas vfricas.) Una tiene dos secuencias LTR
adyacentes generadas por la union de los extremos
lineales, La orra tiene solo una LTR, al parecer ge-
nerada por un episoctio de recombinacion y que en
realidad constiLUye Ia mayor pane de los cfrculos.
Durante mucho tiempo pareci6 que el cfrculo po-
drla ser una imegracion intermedi.a (por analogfa
con Ia integracion del DNA A.; hoy se sabe que se
usa la forma lineal para la integrad6n).
La integracion del DNA lineal es catalizada por
un produclO virico unico, la integrasa, que actua en
el DNA lineal retrovirico y el DNA diana. La reac-
ci6n se Hustra en Ia rr
Los extremos del DNA virico son imponames.
Por ejemplo, las mutaciones en los extremos de los
transposones lmpidcn la integraci6n. La caracterlsti -
camas conservada es Ia presencia de una secuencia
del dinucle6tido CA cerca del extremo de cada re -
peticion invenida. La integrasa une los extremos del
DNA lineal en un complejo r.ibonucleoprotelnico y
despues convierte los exrremos romos en ou-os en
recesi6n por el retiro de bases mas alla del CA que
se conserva. En general esto implica Ia perdida de
dos bases.
Se eligen sitlos diana en forma aleatoria con
respecro ala secuencia. La integrasa hace cortes es-
calonados en un sitio diana. En el ejemplo de Ia
Figura 22.9 los cones estan separados por 4 bp. La
!ongitud de una repetici6n diana depende del virus
particular; puede ser de 4, 5 o 6 bp. Al parecer se
Jetermina por la geometrfa de la reacci6n de la in-
;egrasa con el DNA diana.
Los extremes 5' generados por Ia fragmema -
.:i6n del DNA diana preseman union covalente con
!os exLremos 3' en recesion del DNA vfrico. En ese
;>unto ambos ex1remos del DNA vfrico se unen por
.ma cadena al DNA d iana. La region de una sola ca-
dena es reparada por enzimas de Ia celula del hos~
pedador, y durante esta reacci6n se retiran las dos
bases que protruycn en cada extremo 5' del DNA
:irico. El resultado es que el DNA v(rico imegrado
ha perdido 2 bp en cada LTR; esto correspoude a
.a perdida de 2 bp desde el extremo izquierdo del
:13 terminal y ala perdlda de 2 pb desde el extre-
;no derecho del U5 3' terminaL Hay una repetici6n
.:aracterfstica cona directa del DNA diana en cada
extreme de un genoma retrovirico imegrado.
El DNA virlco se integra aJ genoma del hospeda -
jor en sitios seleccionados en forma aleatoria. Una
:elula infeclada recibe de una a 10 copias del proVi~
:us. (Un virus infecdoso emra a! ciroplasma, por su -
?Uesto, pero Ia forma de DNA se integra al genoma
=o el nucleo.) Los retrovirus pucden replicarse solo en
.:1ulas proliferantes porque el ingreso al nudeo re-
~uiere que la celula pase por la mitosis, cuando el
geuoma v[rico logra el acceso a! material nuclear.
La region U3 de cada LTR porra un promotor.
!:1 promotor en la LTR izquierda se encarga del ini-
d o de Ia transcripci6n del provirus. Recuerdese que
:;e requiere Ia generad6n del DNA provlrico para
:.tbicar una secuencia de U3 en la LTR izquierda;
1. La integrasa genera dos e)(tremos 2. La Integrasa genera exttemos
3' con retraso de dos bases en ~TR escalonados en el DNA diana
'=JB._ LTR
mmmniiL
5'
Jrlf
5'
3' 3'
3. La (ntegrasa vincula los extremos 3'
con retraso de LTR a los extremos 5'
escalonados de Ia diana
La integrasa es La unica proteina virica necesaria
para Ia reacci6n de integraci6n, donde cada LTR pierde 2 bp y
se inserta entre repeticiones de 4 bp del DNA diana.
por lo lanto, se observa que el promotor es, de he -
cho, generado por la conversion del RNA en DNA
duplex.
A veces (tal vez con muy poca frecuencia)1 el
promotor en la LTR derecha facilita la transcripci6n
de las secuendas del hospedador cercanas aJ ciclo
de integra cion, La LTR tam bien lleva un reforzador
(una secuencia que activa a los promotores veci-
nos), que puede actuar sobre las secuenc.ias celular
y vfrica. Tal vez ala integrad6n de un reuovirus se
deba que una celula hospedadora pase a un estado
tumorigenico cuando se activan cien os tipos de ge-
nes en esta forma. (.Se pueden escindir del genoma
los provims imegrados? Podrfa ocunir recombina-
ci6n bom6loga emre las LTR de un provirus; hay
LTR solitarias presemes en algunos genomas celu-
lares que podrfan constituir vestigios de un episodio
de escisi6n.
Hasta ahora se han anal izado los retrovirus en
tt>nninos del ciclo infectame, donde se necesita in-
tegraci6n para la producci6n de mas copias de R.J.'IA.
No obstante, cuando un DNA vfrico se integra a
la lfnea germinativa se conviene en un "provirus
end6geno" originado en el organismo. Los virus en-
d6genos por lo general nose expresan, pero en oca-
siones sou activados por episodios extemos, como
una infecci6n con orro virus.
22.5 Et DNA v1rico se integra al cromosoma 557
 Los retrovirus pueden hacer das celulares en Ia forma ilustrada en Ia t
. Parte de la secuencia vfrica ha sido susliru.i._
transducci6n de secuencias por el gen v-one. La sfnresis de protefnas genera u;;
celulares Gag-v-Onc en lugar de las protefnas usuales Ga=-
Poly Env. El virus resultante presenta un defec
Concepto principal
to de la replicaci6n; no puede mamener un d e.
Los retrovirus transformantes se generan por un infectante por sf mismo. Sin embargo, puede pe--
episodic de recombinaci6n donde una secuencia de peruarse en compafifa de un v irus au x iliar, q;..-
RNA celular sustituye parte del RNA retrovirico. proporciona las funciones viricas fal tantes.
Las siglas One conslHuyen una abreviatura -
Una informacion interesan te acerca del ciclo vital oncogenesis. Ia capacidad de tTansformar celul?
vlrico surge de Ia aparici6n de virus de transduc- cu ltivadas de man era que se liberen de la regulaci,.
cion, que son variames que han adquirido secuen- habitual del crecimienro y sea posible su divisi
irresLricta. Los genes 011e vfrico y celular puedeo s~
causa de la aparici6n de celulas tumorigen icas.
Un gen v-ane confiere a un virus la capacidad _
Virus defectuoso transformar un cierto Lipo de celula hospedado::::
RUS gag t ii!lfflJt~ lJ3R ~ Los loci con secuendas hom61ogas que se encue;:--
tran en el genoma del hospedador corresponder
genes c-one. <.Como adquieren los retrovirus gei:.t:"
one? Una caracrerfstica reveladora es Ia discrepa--
cia en las esnucturas de los genes c-one y v-ane. L
genes c-one por lo general son imerrumpidos par :--
Las protefnas del
virus auxiliar trones, en tam a los v-onc no son interrumpidos. E.s-
~ypueden Jograr sugiere que los genes v-onc se originan de copias _
Ia replicacl6n del los genes c-one empalmadas al RNA.
virus defectuoso En Ia se ilustra un modelo para _
Los virus en transformaci6n con replicaci6n formaci6n de los virus en transformaci6n. Un ;-e
defectuosa presentan sustituci6n de una secuencia celular por rrovirus presenla integrad6n cerca de un gen c-c
una parte de \a secuencia virica . El virus defectuoso puede Tiene lugar una deleci6n que o rigina fusion del p::- -
replicarse con la ayuda de un virus auxiliar que realiza las
fu nciones naturales. virus al gen c-one; [a transcripci6n genera entonr:-
un RNA unido que conriene secuencias vfricas e
un extremo y secuencias celulares one en el ot:
El empalme retira los Lntrones de las partes vir.....
y celular del RNA. El RNA tiene las senales ap~
piadas para el empaquetamiento dentro del virif-
DELECION se generanin viriones si Ia celuta tambien contie~
otra copia intacta del provirus. En este punto, a~:
de las particu las vfricas djp}oides puede contener ...
I RNA fusionado y un RNA virico.
TranscripcJOn a partir dell Transcripcl6n de
provirus con delecl6n t t otro provirus Una recombinaci6n entre estas secuencias p -
= drfa generar el genoma de transfonnaci6n, don
J Empalme hay repeticiones vfricas en ambos extxemos. (Oc~
rre con frecuencia alta la recombinad6n por ,._
/ rios medias durante el ciclo infecLaJ1te reLrovlric
No se sabe nada acerca de sus requerimientos _
Empaquetado en el virion homologla en los sustratos, pero se supone que
reacd6n no hom6loga entre un genoma vfrico
la parte celular del RNA fusionado procede por _
Recombinaci6n del RNAJ mismos mecan ismos que se encargan de la reco.
..a ====~========--D binadon vfrica.)
Las caracterfsticas comun es de todas las clax
Se pueden generar genes con replicaci6n defect uosa de retrovirus sugieren que pueden derivarse de _
mediante la integraci6n y deleci6n de un genoma vi'rico para obtener
un producto de transcripci6n celular-vi'rica unido, que se empaqueta ancestro unico. Los elementos de las secuenctas
con un genoma normal de RNA. Se necesita recombinaci6n no hom6loga inserci6n (IS) primordiales podrfan haber rodea,_
para generar el genoma de transformaci6n con replicaci6n defectuosa. a un gen de polimerasa de addo nucleico del b(,

558 CAPITULO 22 Retrovirus y retroposones

pedador; la uni<.lad resu ltanre tendrla Ia forma de
LTR-pol-LTR. que pudiesc evolucionar hada un vi -
rus infectante porIa adquisici6n de habilidades mas
complejas para manipular sustratos tanto de DNA
como de RNA, incluida Ia incorporaci6n de genes
cuyos productos permitieran el empaqueramiemo
del RNA. Otras funciones, como Ia rransformaci6n
de genes, podrian incorporarse despues. (No hay
molivo para suponer que cl mecanisme involucrado
en Ia adquisici6n de fundones celulares sea exclusi-
ve de los genes one; no obstante, es posible que los
virus que ponan estos genes tengan una vemaja
selectiva debido a su efecto estimulador del creci-
rniemo celular.)
1DJ Los elementos Ty
de las levaduras se asemejan
a los retrovirus
Conceptos principales
Los transposones Ty tienen una organizaci6n similar a
la de los retrovirus endOgenos.
Los transposones Ty son retroposones con actividad
de transcriptasa inversa que realizan transposici6n a
traves de un intermediario de RNA.
los elementos Ty constiruyen una familia de se-
cuencias repetitivas dispersas de DNA que se en-
cuemran en sitios diversos de cepas disfmiles de
levaduras. Las siglas Ty corresponden a una abre-
viatura de ''transposones de tevadura'' (del ingles,
transposon yeast, Ty). Un episodic de transposici6n
da origen a un vesrigio caracterfstico: 5 bp del DNA
diana se repiten a cacla !ado del eleme n to Ty in-
senado. Los elementos Ty son re troposones que
reaJizan Ia transposici6n por el mismo mecanisme
que los retrovirus. La frecuencia de Ia tra nsposici6n
J)1 es menor que Ia de gran pane de los transposones
bacterianos, -10-7-1 o-8
Hay mucha divergencia entre los distimos ele-
memos Ty. Casi todos entran en una de dos clases
principales llamadas Tyl y Ty917. Tienen Ia misma
organization general ilusLrada en Ia
Cada elemcnto tiene 6.3 kb de longitud; los ulrimos
330 bp en cada extrema constitllyen repeticiones
directas llamadas 8. Cada uno de los elementos Ty
de cada tipo riene muchos cambios respecto del pro-
rolipo de su clase, como las sustituciones, insercio-
nes y dclcciones de pares de bases. Hay -30 copias
del tipo Tyl y -6 del tipo Ty917 en un genoma carac-
terfsdco de levadura. Ademas, hay -100 elementos
:telta independientes llamados 8 solo.
Las secueocias delta rambil!n muestran mucha
hereroge neidad, si bien es posible que las dos repe-
'2t .i Los elementos Ty de las levaduras se asemejan a los retrovirus
- --RNA de 5.7 kb _ _......,.,...
- --RNA de 5.0 kb-.
Protema TyA
Proteina TyA-B
Los elementos Ty terminan en repeticiones
directas cortas y se transcriben en dos RNA superpuestos. Tie-
nen dos marcos de lectura con secuencias relacionadas con los
genes retroviricos gag y pol.
tidones de un elememo individual Ty sean idemicas,
o aJ menus con una relaci6n muy ccrcana. Las se-
cuendas delta vinculadas con elememos Ty muestran
mayor conservaci6n de secuencias de los elementos
delra solo, lo que sugicre que el reconocimiento de las
repeticiones panicipa en Ia rransposici6n.
EJ elernemo Ty sc transcribe en dos especies de
RNA poli(At. que constiruyen >5% del RNAm total
de una celula hapJoide de levadura. Ambas espcdes
inician en el interior de un promotor en el elemenro
8 en el extreme izquierdo. Uno termina despues de
5 kb; el otro lo hace despues de 5.7 kb, demro de Ia
secuencia 8 en el extremo derecho.
La secuencia del elemento Ty tiene dos marcos
de lecrura abierros que se expresan en Ia mism a
clireccion, pero se 1een en fases diferemes y se su -
perponen por 13 aminoacidos. La secuencia de TyA
hace pensar que codiflca una proteina de un ion al
DNA. La secuencia de TyB conLiene region es con
bomologias con las sccuendas transcriptasa inve rsa.
proteasa e imegrasa de los reuovirus.
La organiLaci6n y las fundones de TyA y TyB
son an<Hogas de Ia conducta de las funciones gag y
pol retrovlricas. Los marcos de lectura TyA y TyB se
expresan en dos formas. La protefna TyA rcpresenta
el marco de Jecrura TyA y termina en su cxtremo.
Sin embargo. el marco de \ectura TyB se expresa solo
como pane de una protefna de union, donde la re-
gion JYA se fusiona con Ia region TyB gracias a un
episodic espedfico de cambio de marco, que permite
pasar por alro el codon de terminaci6n. (EstO es anc! -
logo a Ia traducci6n de ,qag-pol en los retrovirus.)
La recombinaci6n emre elementos Ty parece
ocurrir en salvas; cuando se detecra un episodic
hay una mayor probabilidad de encontrar onos.
559

Elemento Ty de lnicio
Se matca una unidad delta
Sustituci6n de bases
~
El promotor precede al elemento; se agrega
el intr6n
lntr6n
_L
Los elementos con transposici6n tienen
deltas notorias, sin intr6n
Un elemento Ty unico sometido a procesos de
ingenieria para contener un intr6n, experimenta transposici6n
para formar capias que carecen del intr6n. Las capias poseen
repeticiones terminates identicas, que se generan desde uno
de los extremes del elemento Ty original.
Hay conversion gene tica eucre elementos Ty en di-
fe remes localizadones, con el resultado de que uno
e_~ "sustituido" por Ia secuencia del orro.
Los elementos Ty pueden escindirse mediante
rccombjnaci6n hom6loga entre las secuencias delra
de reperici6n directa. Es posible que el gran numero
de elementos() solo constituya uu vestigio de dichos
episodios. Una escisi6n de esra naturaleza puede
asociarse a Ia reversi6n de una muraci6n causada
por la inserd6n de Ty; el grado de reversion puede
depender d<" las secuencias delta exactas que que-
daron atn'is.
Es una paxadoja que ambos elementos delra
tengan la misma secuencia y. no obstanLe, un pro -
motor esta activo en el della de un extrerno y un
terminador esta activo en el delta del orro extrema.
(Se encuentra una caracteristica similar en ottos
elementos susceptiblcs de transposici6n. induidos
los retrovirus. )
Los elementos Ty son retroposones caracteris -
ticos, ya que reaUzan transposici6n a traves de un
imennediario de RNA. En Ia se incluye
un esquema ingeuioso que permite detectax este
episodic . Se insert6 un inu6n en un elemento para
generar una secuencia Tv exclusiva. Esra secuencia
se coloc6 bajo el control de un promotor GAL en un
plasmido y se introdujo en las celulas de levaduras.
560 CAPITULO 22 Retrovirus y retroposones
La transposici6n da como resulrado 1a aparici6n
multiples copias del transposon en el genoma de
levadura, pero todas las copias carecen del intr6-
Se conoce solo una forma de retirar intrones
empalme de RNA. lo que h.ace pensar que Ia trar
posicion Liene Iugar por el mismo mecanisme <f-
en los retrovirus. El elernemo Ty se transcribe a
RNA que es reconocido por el aparato de desdob:Z.
miemo. Una transcriptasa inversa reconoce et ~-
desdoblado y regenera tltl.a copia de DNA dl1ple)
La analogfa con los retrovirus continua toda
mas. El elcmemo Ty original tiene una diferenc-
de secuencia entre sus dos elementos delta. Sin e.
bargo, los elementos donde ocuni6 transposid
poseen secuen cias delta identicas. que se derivan ~
delta 5' del elemento original. Si se considera a _
secuenda delta exactamente como una LTR, cc-
sistente en las regiones U3-R-U5, el RNA de~:~:
extiende de una region R a ocra. Asi como se mue--
ua para los renovirus en las Figuras 22.3 a 22.6.
regenera Ia LTR completa cuando se agrega un !.=-
al excremo 3' y un U3 al extrema 5'.
La transposici6n es conLrolacla por genes der--
tro del elemenro Ty . El promotor GAL utilizado pa: _
controlar la transcripci6n del elemento Ty marca ~
es inducible: se activa con la adid6n de galactosa_ =-.
inducci6n del b)romowr liene dos efectos. Es nee::
sario activar Ia transposici6n del e lemen.to ma.rcac.
y esta rambien aumenra la frecuenda de tran.sp~
d6n de los demas elementos Ty en el cromosom..
de Ia levadura, lo que in1plica q ue los productos d...
elemento Ty pueden actuar en conformad6n tra
sabre otros elementos (en realidad sobre sus RNA
El elememo Ty no da origeo a particulas i.n.fe._-
ciosas, pero se acumulan part leu las sirnilares a vir:..
(del ingles virus-like particles, VLP} en el interior v
las celulas donde se ha induddo la transposici6r
Las panfculas. que se pueden observar eo la -~-
' contienen RNA de longitud completa, DK.:-
de doble cadena, actividad de transcriptasa inver
y un producto TyB con actividad de integrasa. ~
producro TyA es fragmentado como u11 precurst -
gag para producir las proteinas cemrales madura
del VLP. Esto au menta tod.avia mas la an.a logia emr~
el transpos6n Ty y los renovirus. En resumen, e:
elemento Ty actua como un retrovirus que perd;
su gen envy, por tanto, no puede empaquetar bie-
su genoma.
No rodos los elememos Ty de cualquier genorr_E.
de levadura estan activos: Ia mayor pan e de ellos 1::
perdido la capacidad de transposici6n (y son ana-
logos a provirus end6genos inenes} . No obstante
estos elementos "muertos" conservan las repeticio--
nes delta y, en consecuencia, proveen dianas par.=
Ia transposici6n en respuesta a las protefnas sinte-
rizadas por un elemento activo.

t los elementos Ty generan particulas similares a
virus. Reproducida de J. Mol. Bioi., val. 292, Al-Khayat, H. A.,
et al., Yeast Ty retrotransposons... , pp. 65-73. Copyright 1999,
con autorizaci6n de Elsevier. Foto par cortesia del Dr. Hind A.
Al-Khayat, Imperial College london, United Kingdom.
111 Muchos elementos susceptibles
de transposici6n residen
en Drosophila melanogaster
Concepto principal
Copia es un retropos6n abundante en Drosop!Jila
melanagaster.
La presenda de elememos susceptibles de rranspo-
sici6n en D. melanogaster se dedujo por primera vez
despues de observaciones analogas a aquellas con
que se identificaronlasprimeras secuencias de inser-
d6n en E. coli. Se encuennan mutaciones inestables
que revierten aJ Lipo silvestre por deleci6n, o que
generan deleciones del material de los fiancos con
un punto terminal en el sitio de origen de Ia muta-
ci6n. Son causadas por varios tipos de secuencias
susceptibles de transposici6n, que se ilustran en la
r . Estas secuendas incluyen al retropo-
s6n copia, la familia FB y los elementos P analizados
antes en la secci6n 21.14, Participaci6n de los ele-
mentos susceptibles de uansposici6n en la disgenesia
de hfbridos.
La famil ia mejor descrita de retroposones es
~opia. Su nombre refleja Ia presencia de un gran
numero de secuencias relacionadas muy de cerca
que codifican abundames RNAm. La familia copia
se Lorna como paradigma para varios otros tipos de
elementos con secuendas que no tienen relaci6n,
pero cuya estructura y conducta general parecen
similares.
El numero de reproducciones del elemento co-
':lia depende de Ia cepa de la mosca; por lo generales
de enrre 20 y 60. Los inregrantes de la familia estan
22.8 Muchos elementos susceptibles de transposici6n residen en Drosophila melanogaster
20-60 capias
Repeticfones lnvertidas
Repetlciones invertidas largas
-30 copias
Repeticiones invertidas cortas
0 o -50 copias
Tres tipos de elementos de transposici6n en D.
melanogaster tienen diferentes estructuras.
bastame disperses. Las localizaciones de los elemen-
tos copia muestran un espectro difereme (si bien con
superposici6n) en cada cepa de D. melanogaster.
Estas di[erencias han surgido durante periodos
evolutivos. Las comparaciones de cepas que han
Lenido d.ivergencia en fechas recientes (durante los
ultimos 40 aiios) como resuJtado de su propagaci6n
en ellaboratorio revelan pocos cambios. Nose pue-
de calcular el riLmo del cambio, pero Ia natura leza
de los sucesos subyacemes queda de manifiesto por
el resultado de las celulas que crecen en cultivo. El
numero de elementos copia por genoma aumenra
de manera sustanciaJ, basta el niple. Los elemem os
adicionales representan inserdones de secuencias
copia en sitios nuevos. La adaptac:i6n al cultivo en al-
guna orma desconocida aumema de manera tran-
sitoria Ia rasa de rransposici6n dentro de los llmites
de 1o-3 a 1o-l eptsodios por generaci6n.
El elememo copia tiene -5 000 bp de longitud,
con repeticiones directas termi.nales idemicas de 276
bp. Cada una de las repericiones directas termina en
repeticiones invertidas relacionadas. Una repetici6n
directa de 5 bp de DNA diana se genera en el sitio
de inserci6n. La clivergencia entre cada uno de los
integrames deJa familia copia es pequeiia, de <5%;
las variantes suelen contener pequeiias deleciones.
Todas esras caracrerfslicas son comunes a orras fa-
mi]jas similares a copia, si bien sus miembros indi-
viduales muestran mayor divergencia.
La identidad de las dos repeticiones directas de
cada elemento copia indica que interactuan para
permitir sucesos de correcci6n o que ambas son ge-
neradas a panir de una de las repe ticiones directas
de un elemento progenitor durante la transposici6n.
561
 Como en el caso similar de los elementOs Ty, esto
hace pcnsar en una relaci6n con los retrovirus.
Los elementos copia en el genoma siempre em3n
inractos; nose han detcctado copias individuates de
las repeticiones lenninales (aunque serfa de esperar
que se generasen si Ia recombinaci6n produjese de-
leci6n del material interJ)Uesto) . En ocasiones seen -
cuemran elementos copia en forma de DNA circular
libre; al igual que los cfrculos de DNA retrovtrico, su
forma mas prolongada riene dos repeticiones termi-
nales y Ia mas cona tiene solo una. Se han comuni-
cado partfculas que comienen RNA de copia.
La secuencia copia contiene un solo marco de
lecLUra largo de 4227 bp. Hay homologfas emre
partes del marco de lecwra abiena de copia y las
secuencias gag y pol de los retrovirus, Es notable
la ausencia de las homologias de alguna relaC'i6n
con secuencias retrovfricas emr inctispensables para
Ia envoltura del virus, lo que signif1ca qlle es poco
probable que copia pueda generar panfculas simi-
lares a virus.
Los producros de transcripci6n copia se encuen-
tran como RNAm poli(A) ~, que representa produc-
Los de lran.scripd6n de longiLUd cotal y parciaL Los
RNAm tienen Ul1 extreme 5' comun derivado de
la inidaci6n a la mitad de una de las repeticiones
tenninales. Se producen varias proreinas, tal vez
gracias a episodios como el empa Ime de RNA y la
ragmemaci6n de poliprotelnas.
Nose cuenca con pruebas directas del modo de
transposici6n de copia; como resultado. hay tantas
similitudes con Ia organizacion rerrovfrica que pare-
ce inevitable que copia renga un origen relacionado
con los retrovirus. Es difkil dedr cuantas funciones
retrovfricas posee copia. Se sa be. por supuesto. que
efectua rransposici6n. pero (como end caso de los
elementos Ty) no hay pruebas de que tenga alguna
capacidad infecdosa.
Superiamilia vfrica
npos frecuenles Ty (S. cerevlsiae)
copia (0. melanogaster)
Terminaciones Repeticiones terminates
largas
Repeticiones en 46 bp
dianas
Actividades Transcriptasa inversa,
enzimalicas integrasa, o ambas
Organizaci6n Puede contener intrones Uno o dos OAF
(retirados en el RNAm
subgen6mico)
Los retroposones pueden dividirse en las superfamilias viricas, que son similares
a retrovirus o UNES. y superfamilias no viricas, que no ejercen funciones de codificaci6n.
562 CAPITULO 22 Retrovirus y retroposones
Bl Los retroposones
son de tres clases
Conceptos principales
Los retroposones de la superfamili a virica son
transposones que se desplazan a traves de un RNA que
no constituye una partfcula infecciosa.
Algunos retroposones se asemejan de manera directa a
retrovirus en su usa de LTR, en tanto otros no tienen
LTR.
Se pueden encontrar otros elementos que fueron
generados par un episodic de transposicion mediada
par RNA, pero par si mismos no codifican enzimas quc-
puedan catalizar la transposici6n.
Los transposones y retroposones constituyen c~:~si la
mitad del genoma humano,
Se define a los rerroposones por su uso de meca u:;
mos de rransposici6n que comprenden la nanscf.:-
d6n inversa de RNA en DNA. Se conocen Lres clae!
de retroposones, incluidos en la
Los 01iembros de la superfa.Jnilia vfrica c
difican ac[ividades de nanscriptasa invers.;
inregrasa, o ambas. Allgual que otros retr
posones, se reproducen de la misma mane
ra que los retrovirus. pero difieren de elL
porque no pasan por una forma infecci05~
independiente. Se describen mejor en 1
elementos Ty y copia de levaduras y mosCA,
Las secuencias repetidas largas dispers.:
(LINES) tambien tienen actividad de trar -
criptasa inversa (y pueden, por tanto, COi: -
siderarse como constitutivas de miemb:
mas distanres de Ia superfamilia virica
pero carecen de LTR y usan un mecanjsm
diferente al de los retrovirus para cebar _
reacd6n de tra~lscriptasa inversa. Provieue-
-
LINES Supertamilia no vi rica
L1 (humano) SINES (mamlferos)
B1 , B21D,B4 Seudogenes de
(raton) productos de transcrlpci6n
de pol Ill
Sin repeUclones Sin repeticiones
721 bp 7-21 bp
Transcriptasa inversa Nlnguna (o ninguna que
o endonucleasa codiflque productos de
transposones)
Sin intrones
lninterrumpidos
 de productos de transcripci6n de Ia polime-
rasa IT de RNA. Una muy escasa pane de los
elementos en el genoma tiene lunci6n com-
pleta y puede efectuar transposici6n de ma-
nera aut6noma; otros prescntan mutadones
y por clio solo pueden haccr transposici6n
como resultado de un elemcnto aut6nomo
que acr(ta en configuraci6n trans.
Lo'> miembros de la s upe rfa milia no v fri-
ca se idemifican por caracteristicas externas
e imernas que sugieren que provienen de
secuencias de RNA. Sin embargo, en estos
casas solo se puede espccular acerca de como
se gener6 una copia de DNA. Sc supone que
cran diana de un eptsodio de uansposici6n
por tm sistema eozimatico codificado en otro
silio, o sea, siempre carecieron de amonomia.
Se originaron en productos de rranscripci6n
cclular. No codifican proteinas con funcio -
nes de transposici6n. E1 componente mas
promincnte de esta familia recibe el nom-
bre de secuencias repetidas dispcrsas cortas
(SfNES) . Estos componemes se dcrivan de
productos de transcripci6n de la polimerasa
III de RNA.
La muestra las relacioncs de orga-
nizaci6n y sccuencia de los elcmemos <JUC codifican
,a transcriptasa inversa. AI igual que los retrovirus,
. os rerroposones que contienen LTR se pueden
dasificar por grupos de acuerdo con cl numero de
marcos de lcctura independiente para !1ag. pole mr y
cl orden de los genes. A pesar de esas diferencias su-
,erficiales de organizact6n. Ia caractcri<aica comun
es Ia presencia de actividades de transcriptasa inver-
sa e imegrasa. Los elementos LINES de mamiJeros
.::omunes titnen dos marcos de lectura; uno codifica
..tna proteina de union de <kido nuclei coy Ia otra la
actividad de Lranscriptasa inversa y cndonucleasa.
Los e lementos que contienen LTR pucden va-
:iar de retrovirus inregrados a rerioposones que han
rerdido Ia capacidad de generar partfculas infeccio-
sas. Los genomas de levaclura y mosca ticnen ele-
:nemos Ty y copia que no pucdcn generar paniculas
.nfecdosas. Los genomas de mamifero comienen
~errovirus cnd6genos que, cuando cstan activos,
~ueden gencrar particulas infecciosas. El genoma
de raton rienc varios retrovirus end6genos activos
-tue son capaccs de generar panlcul<ls que propagan
mfecciones horizomales. Por contraste, casi todos
.os retrovirus cnd6genos perdieron su actividad
'lace casi 50 millones de anos en cllinaje humano
1 el genoma tiene hoy en su mayor pane resros
.nactivos de los retrovirus endogenos.
Las LJNES y SINES constituyen una parte im-
'lOrtame del gcnoma animal. En un principia se
Jefinieron porIa existencia de un gran numero de
secuencias relativameme conas relacionadas entre
si (constiruidas por el DNA coo repetici6n moderada
descritas en Ia sccci6n 4.6. Genomas eucari6ricos
que comienen secuencias de DNA repctirivas y no
repeuriva~. Las LINES induyen secuencias dispersas
largas y las SlNES, secuencias dispersas l'onas. (Se
dcscriben como ~ecuencias dispersas o r e peticio-
n es disp e rs a s, por su presencia comun y distribu-
ci6n generali1..ada) .
Las planras comienen otro tipo de elemento
m6vil pequeiio llamado MITE (que corresponde
a un elcmento invertido de uansposici6n rcperida
en mmiatura). Tales elementos terminan en repe-
ticioncs invertidas. Uenen una secuencia diana tie
2 o 3 bp, no presentan secuencias de codificaci6n y
rienen de 200 a 500 bp de longitucl. Hay al menos
nueve de 1a lc!> familias (por ejemplo} t>n el genoma
del arroz. A menudo se encuentran en regiones que
flanqucan genes que codifican protefnas. No tienen
relaci6n con SINES o LINES.
Las UNES y SINES constitllyen una parte signi-
ficativa del DNA repetitivo de los genomas animales.
En muchos genomas eucari6ticos elevados ocupan
-50% del DNA total. En Ia sc resume ia
distribuci6n de los diferentes rlpos de transposones,
que constituycn ca~i la mitad del genoma humano.
ExceptO por las SINES, que casi siempre carecen de
funci6n, los Otros tipos de elementos csran consti-
tuidos por rcpn:sentantes funcionalcs y orros que
han sufrido dcleciones que eliminaron pane de los
marcos de lectura que codifican las protefnas nece-
sarias para Ia transposici6n. Los porcemajes relati-
vos de estos tipos de transposones son. en general,
similares en el genoma de raton.
Una LINES comun en genomas de mamfferos
se denomina Ll. El miembro usual ticnc - 6500
bp y 1ermina en un segmento rico rn A. Los dos
marcos de lectura abierta de un elemcmo de longi-
tud total se denorninan ORFl y ORF2. El .numero
IRetrovirus- gag pol
LTR
Ty [!!TYA
Cop/a ORF
LTR LTR
LINES pRF11 ORF2
Homologra con gag pol int
Los retroposones que se relacionan muy de cer-
ca con los retrovirus tienen una organizaci6n similar, pero las
UNES comparten solo La actlvidad de transcriptasa inversa.
22.9 los retroposones son de tres clases 563
 Elemento Organizaci6n
Retrovirus /retropos6n iiiii gag
LINES (aut6nomo), p. ej. L 1 ORF1
SINES (no aut6nomo), p. ej., Alu
Transpos6n de DNA ~ Transposasa
Cuatro tipos de elementos de transposici6n constituyen casi la mitad del genoma
humano.
de elementos de iongitud total suele ser pequeno
(-50) y el res to de las copias son truncas. Se pue-
den encomrar productos de transcripd6n. Como lo
indica su presencia en el DNA repetilivo, Ia familia
L1NES muestra variaci6n de secuencias entre tlliem-
bro~ individuates. Sin embargo, los imegranres de
la familia dentro de una espede son relativamente
hom ogeneos en comparaci6n con Ia variaci6n ob-
servada entre dos especies . Ll es el unico mierobro
de Ia familia LINES que ha estado activo en los lina-
jes de raton o humano. Parece haber permanecido
muy activo en el raton, pero ha declinado en el
Unaje humano.
Solo ha habido una SIN ES acriva en el linaje
humano, el elemento coml'm Alu. El genoma de
raton tiene una conlrapane de este elememo, B 1, y
am bien otros SINES (B2, ID. B4} que han presenra-
do actividad. El Alu humano y el SINES B 1 de raton
tal vez provengan del RNA 7Sl. (vease Ia seccion
22.l0, La familia AJu riene muchos miembros muy
disperses) . El otro SINES de raton parece haberse
origjuado de tul producto de transcripdon inversa
de RNAt. Es probable que la rransposici6n de SINES
se deba a que uu elemento activo L1 las reconoce
como susuatos.
La familia Alu tiene muchos
miembros muy disperses
Concepto principal
Una parte importante del DNA repetitivo en genomas
de mamiferos consta de repeticiones de una sola
familia, organizadas como transposones y derivadas de
ptoductos de transcripci6n de la polimerasa III de RNA.
Las SINES mas nowrias incluyen miembros de una
so la familia. Su breve longirud y alto grado de repe-
tici6n las hacen comparables al DNA de secuencias
simples (satelite), excepto que los miembros indi-
viduates de la fatllilia esran disperses en el genoma
en Iugar de confinados a grupos seriados. De nuevo,
564 CAPITULO 22 Retrovirus y retroposones
Longltud (Kb) Genoma humano
Numero Fracci6n
pol H~>:~i!iilil 1-1 1 450 000 8%
(pol) iffi 6-8 850 000 17%
<0.3 1 500 000 15%
~ 2-3 300 000 3%
hay similitud sign.ificativa emre los miembrc
una espede en comparacion con la vatiaci6n e=..
espedes.
En el genom a h umano, una gran parte del!:.
moderadamente repetitive se encuentra com(,
cuencias de -300 bp que esuin emremezcladas
DNA no repetitive. Al menos la mitad del ma:e:-
doble desnaturalizado es fragmentado por la em:;;::;
de restricd6nAlul en un solo sitio localizado 1-:
adelante en !a secu encia. Las secuencias fragr-
tadas penenecen todas a un a sola famil ia con ~'..:.
como familia Alu, de acuerdo con los mediC":\'
identifi cad6n. Hay -300 000 miembros en e _
noma haploide (equivalemes a un miembro r
kb de DNA). Las secuendas individuates Alu tie-
dispersion ampHa. Hay una familia de secuer -
relacionadas preseme en el raton (donde los 50
miembros se denominan familia B I) en el eric=
chino (donde se llama fa milia equiva lente Alt..
en otros mamlferos .
Cada uno de los miembros de Ia familia __
tiene relacion mas que ser identicos. La fa milia
mana parece haberse originado por una duplicac
en serie de 130 bp con una secuencia no relacionE
de 31 bp insertados en Ja mitad derecha del diro;:--
Las dos repeticioues a veces se denominan "llh .:
izquierda'' y "mitad derecha" de Ia sec;uencia ___
Cada imegrante de Ia familia Alu Liene una ide:-
dad promedio de 87% con Ia secuencia de consez-
La unid.ad de repetici6n B I de ra ton tiene l3C
de longitud y correspond e a un mon6mero ci~
unidad humana. Tiene homologfa de 70 a 80 % _
la secuencia humana.
La secuencia Alu tiene relacion con el RNA - .::-:
un componenre deJa parricula de reconocimiem ~
senal (vease la secci6n 1o. 9, La SRP interactua .:
el receptor SRP) . El RNA 7SL corresponde ala m;
izquierda de una secuencia Alu con una inserc
en media. Asf, las 90 bases rerminales 5' del ~
7SL son homologas con el exrremo izquierdC'
Alu, las 160 bases cent.rales del RNA 7SL no tie~
h omologfa con AJu y las 40 bases terminates 3 _
 RNA de 7SL son hom61ogas con el extremo derecho
de Alu. El RNA 7SL es codiftcado por genes que Ia
polimerasa lTI de RNA rraoscribe de manera activa.
Es posible que estos genes {u otros relacionados con
ellos) den origen a las secuencias inactivas Alu.
los miembros de Ia familia Alu se asemejan a
transposones porque estan nanqueados por repe-
Iiciones direcras cortas. Muestran, no obstante, Ia
curiosa caracterfstica de que las longitudes de re-
petici6n son diferentes para cada miembro de Ia
familia. Se derivan de productos de transcripci6n
de Ia polimerasa III de RNA y, como resulrado, es
posible que cada miembro porte promorores aclivos
internos.
Se ha enconrrado una diversidad de propieda-
des de Ia familia Alu, y su ubicuidad ha originado
muchos indidos respecto de su fund6n. No obstan-
te, aun noes posible discernir su fun ci6n real.
Al menos algunos miembros de la familia Alu
pueden transcribirse en RNA independienres. En el
criceto chino algunos (aunque no rodos) miembros
de Ia familia equivalente a Alu pare<.:en tener trans-
cription in vivo. Se encuemran unidades de transcrip-
d6n de e!.e tlpo en Ia vecindad de otras tmidades de
transcripci6n.
Los miembros de Ia familia Alu pueden incluir-
se denrro de unidades de transcripci6n de geneses-
nuctura les, segun se observa por su presencia en el
RNA nuclear largo. La presenda de copias mulliples
de la secuencia Alu en una sola molecula nuclear
pucde generar la estrucrura secundaria. De hecho,
Ia presencia de rnlembros de Ia familia Alu en forma
de repericiones lnvertidas se eocarga de Ia mayor
parte de Ia estrucrura secundaria que se encuemra
en el RNA nuclear de los mamffetO!> .
E111J Los seudogenes procesados
se originaron como sustratos
para la transposici6n
Concepto principal
Un seudogen procesado proviene de una secuencia de
RNAm por transcripci6n inversa.
Cuando una secuencia generada por transcripd6n
mversa de un RNAm se lnsena en el genoma, se
puede reconocer su relaci6n con el gena partir del
cual se transcribi6 el RNAm. Tal secuencia se deno-
mina seudogen procesado para reflejar el hecho
de que se proces6 a partir del RNA y es inactivo.
En la se comparan las caracLerfslicas
especiicas de un seudogen procesado con las del
gen original y el RNAm. La figura muestra todas las
22,11 Los seudogenes procesados se originaron como sustratos para la transposici6n
G Ex6n 1 lntr6n Ex6n 2 lntrOn Ex6n 3
1n~~rumpido '-."-.0\.r'\.r'\.C\.r'\..f'-.~C\/r
RNA nuclear
AN Am "VVVVVVAAAAAAM
'
~
El extremo 5' oorresponde El extremo 3' tiene
con el RNAm un segmento A-T
seudogen
procesado
/~C\.6'\li~J~W
1- -+- I
Tira continua de exones
RepeticiOn corta directa RepetiCl6n corta dfrecta
del DNA diana del DNA diana
Pueden surgir seudogenes por transcripcion inversa a
partir del RNA para formar DNA duplex, que se integran al genoma.
caractcristicas diagn6sticas imporrantcs, de las que
solo algunas se encuenrran en cualquier ejemplo
individual. Cualquier producto de rranscripd6n
de Ia polimerasa II de RNA pudiese, en principio,
dar origcn a tal seudogen y hay muchos ejemplos
que incluyen los seudogenes procesados de globi-
na, que fueron los primeros en descubrirse (vease
Ia secci6n 3.11, Los seudogenes son callejones sin
salida de Ia evoluci6n).
El seudogen puede iniciarse en el pumo equi-
valeme a! exrremo 5' dcJ RNA, circunsrancia que
c;erfa de esperar solo si el DNA se hubiese originado
del RNA. Vatios seudogenes constan de secuencias
ex6nicas unidas de manera precisa; no se conocen
mccanismos para reconocer imrones en el DNA, por
lo que esta drcunstancia constituye un argumen-
lO a favor de una etapa mediada por el RNA. EJ
seudog~n puede Lermlnar en un segmenro corto de
pares de bases A-Tal parecer derivadas de Ia cola
poli{A) del RNA. A cada lado del seudogen hay una
reperid6n cona direcra que parece haberse genera-
do por un episodic similar a Ia transposici6n. Los
seudogenes procesados residen en localizacioues no
relacionadas con sus sitios de origen supuesros.
Los seudogenes procesados no ponan ninguna
informacion que pudlera servir para rcspaldar un
suceso de transposici6n {a llevar a cabo Ia transcrip-
ci6n inversa precedente del RNA). Esro hace pensa r
que el RNA era sustrato para orro sistema y codifi-
cado por un retropos6n. De hecho, parece que los
elementos LlNES aclivos proveen gran pane de la
actividad de transcriptasa inversa y que se encargan
no solo de su propia transposici6n, sino tam bien de
acruar sobre las SINES y generar seudogenes pro-
cesados.
565
 flD Las LINES utili zan k

una endo nudeasa para generar

un extrema con actividad La hendidura proporciona
un extreme de cebaci6n
cebadora
Concepto principal
Las LINES no tienen LTR y para cebar la transcripci6n
inversa requieren que el retropos6n codifique una
endonucleasa que genere una hendidura . - RNA

Los elementos de LINES y algunosouos no terminan

en las LTR caracteristicas de los elementos rerrovf-
ricos. Esto Jleva a la interrogante: c.. Como se ceba
la transcripd6n inversa? No comprende Ia reacci6n
comun donde el cebador de RNAm se aparea con
el LTR (vease Ia Figura 22.6). Los marcos de lecrura
abiena en estos elementos carecen de muchas de las
funciones retroviricas, como dorninios de proteasa
o integrasa, pero por lo general tienen secuencias
similares a la transaiptasa inversa y codifican una
actividad de endonucleasa. En la LINES U humana,
ORF l es una proteina unida a DNA y ORF2 tiene
actividades ramo de transcriptasa inversa como de
endonudeasa; ambos productos son indispensables
pa ra Ia transposici6n .
La muesua como estas actividades
El DNA '"" ""Y'
al RNA
~t
sosrienen la uansposici6n. Se hace una hendldura Se crea un intr6n
en el sitio ctiana del DNA por actividad de una endo por recombinaci6n
nucleasa codificada por el retropos6n. El producto
RNA del elemenro se vincula con la protefna unida La retrotransposici6n de elementos diferentf.i
en Ia hendidura. La hendidura provee un exue- a LTR ocurre por formad6n de una hendidura en la diana cc-
el fin de proveer un cebador para la sintesis de DNAc sobre _-
mo 3'- 0H que ceba la sfmesis de DNAc sobre el
molde de RNA. Las puntas de flecha indican extremes 3'.
molde de RNA. Se requiere un segundo episodio
de escisi6n para abrir la otra cadena de DNA, y el
hibrido RNA/DNA se vincula con el otro exuemo de
Ia hendldura en esta etapa, o despues de que se ha
convertido en una cadena doble de DNA. Algunos
in trones m6viles utilizan un mecanisme semejante
(vease la Figura 27.12).
Cuando se orig).nan elementos a partir de la
rranscripci6n de la polimerasa ll de RNA. las se-
cuencias gen6micas son necesariameme inactivas:
carecen del promotor que se encontraba en un sitio
ascendente respecto del punta de origen inicial de lnserci6n de
transcripci6n. Estos suelen poseer las caracteristicas una copia
de un-producto de transcripci6n maduro, por lo que de un DNA
se denominan seudogenes procesados. CITOSOL ~ en un sitio
nuevo
Uno de los motivos por lo que los elememos de
LINES son tan eficaces radica en su metoda de pro-
..,. ... ,...-

pagad6n. Cuando se traduce un RNAm de LINES,

los producros protei.uicos muestran una preferencia Se transcribe una LINES hacia un RNA que ~
traduce en proteinas que se ensamblan en un complejo c
cis para unirse aJ RNAm a partir del cual se rradu- el RNA. El complejo se transloca al nucleo, donde inserta L :::
jeron. La muestra que el complejo de copia de DNA en el genoma.

566 CAPiTULO 22 Retrovirus y retroposones


,..
y r
Transpos6n
no funcional
~ '" \.
RNA
CITOSOL
( los transposones de DNA ni los retroposones cua-
1 Un transpos6n se transcribe haci;;~ Ltn RNA que
;e traduce en proteinas que se desplazan de manera indepen-
:iente hacia el nucleo, donde actuan sobre cualquier par de
epeticiones invertidas con Ia misma secuencia que en el trans
~os6n original.
:ibonudeoprOLefnas se traslada entOnCCS a! n ucleo,
Jonde las protefnas insenan una copia del DNA en
-:-1 genoma. La transcripci6n inversa a menudo no
wanza por completo hasra el finaL de modo que Ia
.:opia es inactiva. Sin embargo, hay posibilidades de
mercion de una copia activa porque las protcinas
acrlian sabre un producto de transcripci6n del ele-
:nento activo originaL
En contraste, las protefnas producidas por los
;ransposoncs de DNA deben importarse al nucleo
despues de su sintesis en el dtoplasma, pero no
-:uentan con metados para distinguir emre trans-
posoncs de longitud completa y rransposones inac-
!ivos con dclcci6n. La muesu-a que en
lugar de distinguir eStos dos tipos de rransposones,
las protefnas rcconoceran de manera indiscriminada
cualquie r elemcnto por virtud de las repeticiones
que marcan sus extremos. Esro disminuye mucho
su posibilidad de actuar sobre un elemento de lon-
gitud complcta en comraposicion a uno que ha te-
nido dclcci6n. La consecuencia ec; qu e los elementos
inaaivos se acumulan y, en un momento dado, Ia
familia desaparecc porque una transposasa tien e
pocas posibilidades de hallar una diana que sea un
transpos6n por completo runcional.
(.Estan ocurriendo en la actualidad sucesos de
transposici6n en estos genomas, 0 solo se observan
vestigios en sistemas amiguos? Esto varia con Ia es-
pecie. Hay solo unos cuamos rransposones activos
en Ia actUalidad en el genoma humano pero, en
contraste, se conocen varios rransposones activos
en el genoma de rar6n. Esro explica el hecho de
que las mutadones esponran eas causadas por in-
serciones de LINES se presenran con una tasa de
- 3% en el raton, pero de solo 0. 1% en el hom-
bre. Parece haber de - 10 a 50 elementos aclivos de
LINES en el genoma humano. Se pueden scna la r
algunas enfermedades humanas como resultado de
la rransposici6n de Ll a los genes y otras derivadas
de episodios no equivalentes de entrecruzamiento,
donde partidpan copias reperidas de U. Un sistema
modelo en el que ocurre Ia transposici6n de LINES
en celulas de cultivo hlsLico hace pcnsar que un
suceso de transposici6n puede imroducir varios ti-
pos de dano colateral, as! como Ia inserci6n en un
nuevo sitio; el dano comprende recstructuraciones
y deleciones cromos6micas. Dichos sucesos podrfan
con.siderarse como agentes del cambia genetico. Ni
si retrovfricos parecen haber tenido actividad en el
genoma humano durante 40 a 50 millones de afios,
pero se encuemran ejemplos activos de ambos en
el raton.
N6tese que para que las transposiciones persis-
tan deben presentarse en Ia lfnea germ inativa. Al
parecer. episodios similares tienen Iugar en celu las
somaticas, pero estas no sobreviven mas de una ge-
neracion.
Resumen
La transcripci6n in versa es el mecanismo unificador
de la reproducci6n de retrovirus y perpetuaci6n de
retroposones. El ciclo de cada tipo de elcmeoto es
en principia similar, aunque los retrovirus sueJen
considerarse desdc Ia perspcctiva de la forma v(rica
libre (RNA m), en tanto Jos retroposones se consi-
deran desde el punta de viSta de la forma gen6m ica
(DNA doble).
Los rctroviws tiencn gcnomas de RNA decade-
na (mica que sc rcplican mediante un intermediario
de DNA de doblc cadcna. Un retrovirus individual
comiene dos capias de su genoma. El gen oma con-
tiene los genes gag, poly env, que sc traducen en po -
liprotefnas, cada una de elias fragrnentada eo pro-
tefnas funcio nales mas pcqucnas. Los componentes
Gag y Env sc cncargan del empaquetamiento del
RNA y Ia generaci6n del virion; los componemes
Pol parricipan en Ia sfmesis de acidos nucleicos .
La transcriptasa inversa es el p rincipal compo-
nente de Pol y se encarga de Ia sinresis de una copia
de DNA (cadena negativa) del RNA virico (cadena
positiva). El producto de DNA es mas largo que el
molde de RNA; mediante el cambia de moldes, la
transcriptasa inversa copia desde Ia secuencia de 3'
de RNA basta el extremo 5' del DNA y desde Ia
secuencia 5' del RNA basta el extrema 3' del DNA,
lo que genera las L TR ca racterfsticas (repeticiones
tenninales largas) del DNA. Ocunc un cambia simi-
22. 1J Resumen 567
 lar de moldes cuando se sintetiza la cadena posidva
del DNA ur.ilizando Ia cadena negativa como molde.
El .DNA doble lineal se insena en el genoma de un
hospedador ~racias a Ia participaci6n de Ia enzima
integrasa. La rranscripci6n del DNAimegrado desde
un promotor en Ia LTR izquierda genera 1nas copias
de Ia secuencia de RNA.
Los cambios de molde durante Ia sinresis de
acidos nucleicos permiten que ocurra la recombi-
naci6n por selecci6n de copias. Durante un ddo
infeccioso, un retrovirus puede intercambiar pane
de su secuencia habit ual por una secuencia celular.
El virus resullante suele tener de[ectos de replica-
cion, pero puede perpetuarse durante Ia evoluci6n
de una lnfecci6n conjuma con un virus auxiliar.
Muchos de los virus defectuosos han adquirido una
versipn RNA (v-ane) de un gen celu1ar (c-one). Lase-
cuencia oncpuede set de cualquiera de varies genes
cuya expresion en la forma v-ane hace que la celula
se trans-forme hacia un fenotipo tumorigenico.
El episodic de in tegraci6n genera repeticiones
diana (como transposones que se desplazan a traves
del DNA). Por lo tanto, un provirus insenado posee
terminadones directas reperidas de LTR, flanquea-
das por repeliciones conas de DNA diana. Los gene-
mas de mamiferos y aves tienen provirus end6genos
(inactives) con dkhas estructuras. Se han cncon-
rrado ot.ros elementos con esa organ\zaci6n en una
diversidad de genomas, de man era mas notoria en
S. cerevisiae yD. melanogaster. Los elementos Ty de las
levaduras y los elememos de copia de Las moscas tie-
nen secuencias de codificad6n con homologia con
la transcripLasa inversa y se desplazan a traves de
una forma de RNA. Pueden generar partfculas que
simu lan virus pero no tienen capacidad infectante.
Las secuencias LINES de los genomas de mamfferos
se retiran aun mas de Los retrovirus, pero censer-
van diferentes similitudes que sugieren un origen
comun. ULiljzan un tipo difereme de actividad ceba-
dora para iniciar la acd6n de Ia transcriptasa inver-
sa, donde una actividad de endonuclease vinculada
con la Lranscriptasa joversCI forma una hendiduta
que provee un extreme 3'-0H para la sfmesis de
cebaci6n sobre un mo lde de RNA . La frecuencia
de transposidones de LINES aumenta porque sus
productos protefnicos tienen actividad en cis; se vi.o-
culan con el RNAm del que fueron traducidas para
[ormar un complejo ribonucleoprotefnico que se
transporta al nucleo.
Los miembros de orra dase de re1roposones
cuenran con mdos los p un tos calientes de la Lrans-
posici6n a naves de RNA, peru no tienen secuen-
das de codificaci6n (o al menos n.inguna quesimule
fundones retrovfricas). Pueden haberse originado
como pasajeros en un episodic de lransposici6n se-
568 CAPiTULO 21 Retrovirus y retroposones
mejame ala retrovirica, dondc un RNA fue diana
de una transcriptasa inversa. Los seudogenes p roce-
sados surgen por dichos episodios. Una familia par-
ticularmente notoria que parece haberse originado
por un suceso de procesamiento es Ia familia AJu.
AlgunosRNAsn, induido el RNAsn 7SL (un compo-
nente de SRP) tienen relaci6n con esta fami lia.
Referencias
IDJ El ciclo vital de los retrovirus incluye sucesos
similares a la transposicion
Articulo de reviSion
Yarrnus, H. E. and Brown, P. Q , ( 1989). ReLroviruses.
ln Howe. M. M. and Berg, D. E . ed;., Mobile DNA.
Washington, DC: American SocieLy for Microbiology,
pp. 53-108.
Articulos de investigation
Baltimore, D. (1970). RNA- dependent DNA polymerase in
virions of RNA tumor viruses. Nature 226, 1209-121 1.
Tt:mln, H. M. and 1\1.izutani. S. (1970). RNA-dependent
DNA polymerase ln virions of Rous sarcoma virus.
Nature 226. J 211-1213.
Elt El DNA virico e.s generado per transcripcion inversa
Articulos de revision
Katz. R. A. and Skalka. A.M. (l994) , The retwvi ral
enzymes. Anm1 . Rev. Biochem. 63, 133-173.
Lai, M . M. C. ( 1992). RNA recombination in anim.aJ and
plant vlruses. Microbial. Rev. 56, 61-79.
Negron.i. M. and Buc, H. (ZOOl). Mechanisms of retroviral
recombination. Amw. Rev. Gmet. 35, 275-302.
Articulos de investigaci6n
Hu, W. S. and Temin, H . M. ( 1990). Rcttoviral
recombination and reverse 1raoscription. Science 250,
1227-1233.
Ncgroni. M . and Buc. H. (2000) . Copy-choice
recombLnation by reverse transcriptases: reshuffling o
geneLic markers mediated by RNA chaperones. Proc.
Nat/. Acad Sci. USA 97. 6385-6390.
Ell El DNA v1rico se integra al cromosoma
Articulo de rev1sion
Goff. s. P. ( 1992). Genetics of retroviral imegra1ion. Al1/!U.
Rev. Genet. 26. 527-544.
Articulo de investigaci6n
Craigie, R., Fujiwara, T .. and Bushma n, F. ( 1990) . The IN
protein of Moloney murine leukemia virus processes-
the vital DNA ends and accomplishes their inregratio
il1 vitro. Ce/162. 829~837 .
&II Los elementos Ty de las levaduras se asemejan a los
retrovirus
Articulo de investigacion
Boeke, J.D. e1 al. ( 1985). Ty elements transpose through
an RNA intermecliate. Cell 40,491-500.
IZII Muchos elementos susceptibles de transposici6n
residen en D. melanogaster
-:iculo de investigacion
lounr, S. M. and Rubin, G. M . ( 1985). Complete
nucleotide sequence ol the Drosophila transposable
element copia: homology bttwccn copia and retroviral
proteins Mol. Cell Bioi. 5, 1630-1638.
1!11 Los retroposones son de tres clases
-ticulos de revisiOn
:'eini nger, P. l. (1989). SlJ'.IEs: short interspersed repeated
DNA elements in highet cukaryou~s . In Howe, M. M.
and Berg, D. F. .. eds., Mobile DNA. Washington, DC:
American Society for Micruhiology, pp. 619-636.
:.imchison. C. L. A.. Hardies. S. C.. Loer. D. D . Sbehee.
W. R., and Edgell. M. H.. ( 1989) , LINES a nd related
retroposons: Long inlecspl!rsed repeated sequences
in the eukaryouc genome. In Howe, M. M. and Berg,
D. E .. eds., Mobile DNII. Washington. DC: American
Society for Microbiology. pp. 593-617.
Ostertag, E. M. and Kazilzian. H. H. (200 1). Biology of
mammalian Ll reuot ransposons. Atwu. R~. Cemt. 35,
501-538.
veiner, A. M., Deininger. P. L., and E[matiadis, A
(1986). Nonviral retroposoru: genes, pseudogenes,
and transposable clements generated by the reverse
flow or genetic infonnation. Annu. R.:v. Biochem. 55,
631-661.
~rticulos de investigacion
Bureau. T. E.. Ronald, P. C.. and Wessler, S. R. (1996).
A comptuer-based systematic survey reveals the
predominance or smalllnverted repeal e\emenLS in
wild-lypc rice genes. Proc. Nat/. Amd. Sci. USA 93.
8524-8529.
Bureau, T. E. and Wessler, S. R. ( 1992). Tourist: a large
family of small inverted repeal elements frequently
associated wl!h maize genes. Plam Cell 4. l283-J294
Loeb, D . D t'l at. (1986), The sequence of .1 large UMd
clemcm rrvea ls a randern1y repealed 5' end and
several it:atures found in re rrotransposons. Mol. Cell
Bioi. 6, I 68-182.
Sachidanandam, R. er al. (2001). A map o{ human genome
sequence varialion containing 1.42 million single
nucleotide polymorphisms. The lmemational SNP
Map Working Group. Nat11rt 409. 928-933.
Waterston et al. (2002). lniual ~cquencing and comparative
analysis or the mouse genome. Nature 420, 520-562.
filE las UNES utilizan una endonucleasa para generar un
extremo con actividad cebadora
Articulo de revision
Ostertag, E. M. <1nd Kazazian, H. H. (2001). Biology of
mammalian Ll retrotransposons. Annu. Rev. Gmet. 35.
501-538.
Articulos de investigacion
Peng, Q., Moran, J. V., Kazazian, H. H., and
Boe.kc. J.D. (1996). Humanl.l rctrotransposon
encodes a conserved e ndonuclease required [Or
rctrotramposi tion. Ce//87, 905-916.
Gilbert, N., Lut7Prigge, S., and Moran, J. v. (2002).
Genomic deletions <:rea ted upon LINE- I
retrotransposition. Ce/1110, 315-325.
Lauermann. v and Boeke. J.D. (1994). The primer
tRNA sequence is not inherited during Ty 1
retrolransposiuon. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 91.
9847-985).
Luan. D. D. ct al (1993). Reverse transcription ofR2Bm
RNA is primed by a nick at the chromosomallarget
site a mechanism for non-LTR retrotransposition. Cell
72, 595- 605.
Moran, J. V., Holmes. S. E., Naas. T. P., DeBerardi.nis. R.
J .. Boeke, J. D.. and Kazazian. 'FL R. (]996). High
freq uency retrotransposition in cultured mammalian
cells. Cell 87, 9 17-927.
Symer, D. E., Connelly, C .. Szak. S. T., Caputo. E. M .
Cost, G. J ., Parmigiani. G.. and Boeke, J. 0 . (2002.).
Human 11 retrotranspositioo is associated wi th generic
instability in v!lro Cell J 10, 327-338.
Referencias 569
Diversidad inmunitaria
ESQUEMA DEL CAPITULO J
mJ Introduccion
fiB La seleccion clonal amplifica linfocitos que
responden a antlgenos individuates
Cada linfocito B expresa una sola inmunoglob ulina y cada
li nfocito T, un solo receptor de celulas T.
Hay una gran variedad de inmunoglobulinas de celulas B y
receptores de celulas T.
La union de un antigeno con una inmunoglobulina de
celulas B o un receptor de celulas T desencadena la
multiplicacion clonal.
fiB Los genes de las in munoglobu linas se ensamblan
en los linfocitos a partir de sus constituyentes
Una inmunoglobulina es un tetramero de dos cadenas
ligeras y dos pesadas.
Las cadenas ligeras pertenecen a las familias /, y K; las
cadenas pesadas forman una sola familia.
Cada cadena tiene una region terminal N variable (V) y una
region terminal C constante (C).
El segmento V reconoce al antigeno y el C provee la
respuesta efectora.
Los seg mentos V y C so n codificados separadamente por
segmentos de los genes Vy C.
Para unir un segmento del gen V con uno del gen C, por
recombinacion somatica se genera un codigo genico de una
cadena integra de in munoglobuli na.
till Las cadenas ligeras se ensamblan par
recombinaci6n simple
Una cadena ligera 'A se ensambla por recombinacion si mple
entre un gen V y un segmento del gen J-C.
Un segmento del gen V tiene un exon lider, un intron y una
regi on de codificacion variable.
El segmento del gen J-C tiene un exon corto de
codificacion J, un intron y una region de codificacion C.
Una cadena ligera K se ensambla por recombinacion si mple
entre un segmento de gen V y uno de los cinco segmentos
J que preceden al gen C.
Bill Las cadenas pesadas se ensamblan mediante dos
recombinaciones
Las unidades de recombinacion de cadenas pesadas son un
gen V, un segmento 0 y un seg mento del gen J-C.
La primera recombinacion une a 0 con J-C.
570
La segunda recombinacion une Vcon 0-J -C.
El segmento C consta de varios exones.
ml La recombi nacion genera una gran diversidad
Un locus de cadena ligera produce mas de 1 000 cadenas
par la combinacion de 300 genes V co n cuatro a cinco
genes C.
Un locus H puede produci r mas de 4 000 cadenas por
combi nacio n de 300 genes V, 20 segmentos 0 y cuatro
segmentos J.
fiD La recombinacion inm unitaria utiliza dos tipos de
secuencias de consenso
La secuencia de consenso utilizada para la recom binacion
es un heptamero separado de un nonamero par 12 o 23
pares de bases.
La recombinacion ocurre entre dos secuencias de consenso
con espaciamientos dife rentes.
m;J La recombinacion genera deleciones o inversiones
La recombi nacion se debe a rot uras de la dob le cadena en
los heptameros de dos secuencias de conse nso.
Los extremos seiial del fragmento ent re rot uras suelen
unirse para generar un fragmento circular esci ndido.
Los extremos de codificacion se enlazan de manera
covalente para unir V a J-C (cadena L) o 0 a J-C y V a 0-J-C
(cadena H).
Si se invierten los genes recombi nantes en lugar de unirse
en orientacion directa, hay una inversion y no una delecion
de un circulo escindido.
liD La exclusion alelica es desen cadenada por
rearreglo productive
La recombinacion pa ra generar un gen integra de
inmunoglobulina es productiva si lleva a la expresion de
una proteina activa.
Un rearreglo productivo impi de que ocurra cualquier rearre-
glo adicional, a diferencia del rearreglo no productive.
La exclusion alelica se ap lica separadamente a las cadenas
ligeras (solo puede rearreglarse de manera productiva
una cadena K o 'A) y a las pesadas (u na cadena pesada se
rearregla de manera productiva).
1ii1!J Las prote1nas RAG catalizan la rotura y la nueva
union
Las proteinas RAG so n necesarias y suficientes para la
reaccion de corte y empalme.
 La RAG1 reconoce las secuencias de consenso
nonamericas para la recombinacion. La RAG2 se une a
RAG1 y se corta y empalma en el heptamero.
La reaccion se asemeja a la de resolucion ti po
topoisomerasa que ocurre en la transposicion.
Una de las histonas avanza a traves de un
intermediario en horquilla en el extrema de
codificacion; la abertura de la horquilla se encarga de
la insercion de bases adicionales (nucleotidos T) en el
gen recombinado.
La transferasa de dexosinucleosidos inserta nucleotidos
N adicionales en el extrema de codificacion.
La secuencia del codon del sitio de la reaccion de
union V-(D)J es muy variable y codifica el aminoacido
96 en el sitio de union del antigeno.
Las roturas de la doble cadena en las uniones de
codificacion son reparadas por el mismo sistema
involucrado en la union de extremos no ho mologos del
DNA dafiado.
Un reforzador del gen C activa al promotor del gen V
despues de que la recombinacion ha generado el gen
integra de inmunoglobulina.
fiBII La expresi6n de la cadena pesada temprana
puede cambiar por procesamiento
del RNA
Todos los linfocitos empiezan por sintetizar la forma
de IgM unida a la membrana.
Un cambia en el empalme del RNA hace que sea
remplazado por la forma secretada cuando la celula B
se diferencia.
gJ6 El cambia de clase es producto
de la recombinaci6n del DNA
Las inmunoglobulinas se dividen en cinco clases,
segun el tipo de region constante de la cadena pesada.
El cambia de clase para modificar la region C, se debe
a una recombinacion entre las regiones S que lleva a la
delecion de la region entre la antigua c, y la nueva.
Pueden presentarse multiples recombinaciones de
cambios sucesivos.
fill) El cambia se debe a una nueva reacci6n de
recombinaci6n
Habra un cambia por una rotura de la doble cadena
seguida de la reacci6n de union no homologa de
extremos.
La caracteristica importante de una region de cambia
son las repeticiones invertidas.
El cambia requiere de activacion de los promotores que
estan en direccion ascendente respecto de los sitios de
cambia.
fjiB La mutaci6n somatica genera otras diferencias
en el raton y el ser humano
Los genes activos de inmunoglobulina tienen regiones
V con secuencias que cambian respecto de la linea
germinativa por mutacion somatica.
Las mutaciones ocurren como sustituciones de bases
individuates.
Los sitios de mutacion se concentran en los sitios de
union de antigeno.
El proceso depende del reforzador que activa la
transcripcion en ellocus Ig.
B)!~ la desaminasa de citidina y la glucosilasa de
uracilo inducen la mutaci6n somatica
Para la mutacion somatica y para el cambia de clase se
requiere de una desaminasa de citidina.
La actividad de glucosilasa de uracilo-DNA influye en
el patron de mutaciones somaticas.
Una hipermutacion puede empezar por la accion
secuencial de esas enzimas.
fjJiiJ Las inmunoglobulinas aviarias se ensamblan a
pa rtir de seudogenes
En el pollo, un gen de in munoglo bulina se genera
co piando una secuencia de uno de los 25 seudogenes
del gen If de un locus activo unico.
gm La celula B de memoria permite una respuesta
secundaria rapida
La respuesta primaria a un antigeno es montada por
las celulas B, que no sobreviven despues del periodo
de respuesta.
Se producen celulas B de memoria con especificidad
para el mismo antlgeno, pero esta n inactivas.
Una reexposici6n al antigeno origina la respuesta
secundaria, en la cuallas celulas de memoria se
activan rapidamente.
FIE Los recepto res de las celulas T tienen relaci6n
con las inmu noglobulinas
Las celulas T usan un mecanismo similar de union
V(D)J-C a las celulas B para producir uno de los dos
tipos de receptor de celulas T.
En > 95% de los li nfocitos T se encuentra TCR a~; la
TCR y'& se encuentra en < 5 por ciento.
gJiiJ El receptor de la celula T actua con el MHC
El TCR reconoce a un peptido corto unido en un surco
de una proteina del MHC en la superficie de la celula
presentadora.
fjBiJ Ellocus de histocompatibi lidad mayor codifica
muchos genes del sistema inmu nitario
El locus del MHC codifica las proteinas de clases I y II,
asi como otras del sistema inmu nita rio.
Las proteinas de clase I son los antigenos de
trasplante encargados de disti ngui r entre tejidos
"propios" y "ajenos".
Una proteina de clase I del MHC actua como
heterodimero con la ~' microglobu lina.
Las proteinas de clase II participan en las
intervenciones entre celulas T.
Una proteina de clase II del MHC es un heterodimero
de cadenas o. y ~-
~ La inmunidad innata utiliza las v1as de sefial
conservadas
La inmunidad innata se desencadena por receptores
que reconocen segmentos (PAMP) altamente
conservados en bacterias u otros agentes infectantes
Suelen usarse receptores similares a tragamonedas
para activa r la via de respuesta
Las vias se conservan mucho de invertebrados a
vertebrados y se encuentra una via analoga en las
plantas.
~ Resumen
CAPiTU LO 23 Diversidad inm unitaria 571

Ell Introducci6n
Es un axioma de la genetica que todas las celulas
somaticas del organismo heredan la constituci6n
genica creada en el cigoto por la combinaci6n de
espermatozoide y oocito. Para explicar los diferentes
fenotipos de celulas somaticas especificas se observa
un control diferencial de la expresi6n genica, mas
que cambios en el contenido del DNA.
Sin embargo, hay situaciones excepcionales en
que la reorganizaci6n de ciertas secuencias de DNA
regula la expresi6n genica o crea nuevos genes.
El sistema inmunitario es un caso sorprendente y
amplio en el que el contenido del genoma cambia
cuando la recombinaci6n origina genes activos en
los linfocitos. Otros casos se deben a la sustituci6n
de una secuencia por otra para modificar el tipo
de apareamiento de las levaduras o generar nuevos
antfgenos de superficie por los tripanosomas.
La respuesta inmunitaria de los vertebrados
proporciona un sistema de protecci6n que distingue
las protefnas extranas de las propias del organismo
y reconoce la materia extrana (o parte) como cons-
tituyente de un antigeno. Por lo general, el antfge-
no es una protefna (o una molecula anadida a una
0
La secreci6n de anticuerpos por Ia celula B
requiere de celulas T auxiliares
~ complejos atraen despues la atenci6n de otros com-
<<<<
Anticuerpos ~ Antfgeno
Complejo
antfgeno-anticuerpo
El macr6fago
Complemento
engulle al complejo
La inmunidad humoral es conferida por la union
de anticuerpos libres y antigenos para formar complejos ant\-
geno-anticuerpo eliminados de la corriente sanguinea por los
macr6fagos o que son atacados directamente por las prote\nas
del complemento.
5 72 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
protefna) que ha ingresado ala corriente sangufnea
del animal, por ejemplo, la cubierta protefnica de un
virus infeccioso. La exposici6n a un antfgeno inicia
la producci6n de una respuesta inmunitaria, que
espedficamente reconoce al antfgeno y lo destruye.
Las reacciones inmunitarias son tarea de los
leucocitos, los linfocitos B y T y los macr6fagos. Los
linfocitos reciben su nombre de los tejidos que los
producen. En los mamfferos, las celulas B maduran
en la medula 6sea, en tanto las celulas T maduran en
el timo. Cada clase de linfocito utiliza el reaneglo de DNA
como mecanisme para producir las protefnas que le permiten
participar en la respuesta inmunitaria.
El sistema inmunitario tiene muchas formas
de destruir a un invasor antigenico, pero convie-
ne considerarlas en dos clases generales. El tipo de
respuesta que monte el sistema inmunitario cuan-
do encuentra una estructura extrana depende, en
parte, de la naturaleza del antfgeno. La respuesta se
define en funci6n de que sea ejecutada principal-
mente por celulas B o por celulas T.
La respuesta humoral depende de las celulas
B y es mediada por la secreci6n de anticuerpos, que
son protefnas inmunoglobulinicas. La producci6n
de un anticuerpo espedfico para una molecula extrana
es el suceso principal del reconocimiento de un antfgeno,
que implica que el anticuerpo se una a una pequeiia
region de la estructura en el antfgeno .
En la F GU ,. 2 1 se representa la funci6n de
los anticuerpos. La materia extrana que circula en
la sangre, por ejemplo, una toxina o una bacteria
pat6gena, tiene una superficie que presenta antfge-
nos, los cuales son reconocidos por los anticuerpos
que forman complejos antfgeno-anticuerpo. Dichos
ponentes del sistema inmunitario.
La respuesta humoral depende de esos otros
componentes en dos formas. Primero, las celulas
B necesitan senales de las celulas T para secretar
anticuerpos. Dichas celulas T se llaman celulas T
auxiliares porque facilitan la tarea de las celulas
B. Segundo, la formaci6n del complejo antfgeno-
anticuerpo es desencadenada por el antfgeno que se
va a destruir. La principal vfa es la de la acci6n del
complemento, componente cuyo nombre refleja
su capacidad de constituir un "complemento" de la
acci6n del anticuerpo mismo. El complemento es un
conjunto de casi 20 protefnas que actua en una serie
de actividades proteolfticas. Si el antfgeno blanco
es parte de una celula, por ejemplo, una bacteria
infectante, la acci6n del complemento culmina con
la lisis de la celula diana. La acci6n del complemen-
to tambien constituye un medio para atraer a los
macr6fagos, que ingieren las celulas blanco 0 sus
productos; una alternativa es que el complejo activo
de un anticuerpo sea captado directamente por los
macrofagos (celulas carrofieras) y destruido.
La respuesta mediada por celulas depende
de una clase de linfocitos T llamados celulas T ci-
totoxicas (o celulas T asesinas ). En la I
se indica la funcion basica de Ia celula T en el reco-
nocimiento de un antfgeno blanco. Por lo general,
ante un parasito intracelular, como un virus que
infecta las celulas del propio cuerpo, se produce
una respuesta mediada por celulas. Como resulta-
do de Ia infeccion vfrica se exponen fragmentos de
antfgenos extrafios (vfricos ) en la superficie de Ia
celula. Dichos fragmentos son reconocidos por el
receptor de Ia celula T (TCR ), que en Ia celula
T es el equivalente del anticuerpo producido por
una celula B.
Una caracterfstica clave de esta reaccion de re-
conocimiento es que el antfgeno debe ser presentado
por una protefna celular integrante del MHC (com-
plejo mayor de histocompatibilidad). Dicha
protefna tiene un surco en Ia superficie que se une
a un fragmento peptfdico derivado del antfgeno ex-
trafio. La combinacion del fragmento peptfdico y
Ia protefna del MHC es reconocida por el receptor
de la celula T. Todo individuo tiene un conjunto
caracterfstico de proteinas del MHC importantes en
las reacciones ante un injerto; el injerto de tejido de
un individuo a otro es rechazado por Ia diferencia
de las protefnas del MHC del donador y el receptor,
problema de gran importancia medica. La necesidad
de que los linfocitos T reconozcan tanto al antigeno
extrafio como a Ia protefna del MHC asegura que la
respuesta mediada por celulas se produzca solo en
las celulas del hospedador que han sido infectadas
por un antfgeno extrafio. (La division de las protef-
nas del MHC en los tipos generales de clases I y II se
describe mas adelante, en Ia seccion 23.20, Ellocus
de histocompatibilidad mayor codifica los multiples
genes del sistema inmunitario.)
El proposito de cada tipo de respuesta inmu -
nitaria es atacar un blanco extrafio, y el reconoci-
miento de dicho blanco es prerrogativa de las inmu-
noglobulinas de las celulas B y los receptores de las
celulas T. Un aspecto crucial de su fu ncion yace en
Ia capacidad de distinguir lo "propio" de lo "ajeno".
Nunca deben ser atacadas las proteinas y celulas del
cuerpo mismo, pero los blancos extrafios deben ser
destruidos por completo. La propiedad de no atacar-
se "a sf mismo" se llama tolerancia, cuya perdida
produce una enfermedad autoinmunitaria, en
la que el sistema inmunitario ataca al propio cuerpo,
a menudo con consecuencias desastrosas.
(.Que imp ide que la reserva de linfocitos res -
panda ante las protefnas "propias"? Probablemente
Ia tolerancia aparece muy tempran o en el desarrollo
de los linfocitos, cuando se destruyen las celulas B
y T que reconocen a los antfgenos "propios", feno-
meno conocido como deleci6n donal. Ademas de
esa seleccion negativa, hay tambien una seleccion
positiva de celulas T que portan ciertos conj u ntos
de receptores.
Un corolario de Ia tolerancia es que puede ser
diffcil obtener anticuerpos con protefnas que tengan
una relacion estrecha con las del propio organis-
mo. En Ia practica, por lo tanto, puede ser dificil
usar (por ejemplo) ratones o conejos para obtener
anticuerpos contra protefnas humanas que se han
conservado bien durante Ia evolucion de los ma-
mfferos. La tolerancia del raton o el conejo ante su
propia protefna podrfa extenderse a las protefnas
humanas en tales casos.
Cada uno de los tres grupos de protefnas reque -
ridos porIa respuesta inmunitaria, inmunoglobuli-
nas, receptores de celulas T y protefnas del MHC,
son diferentes. El analisis de unnumero importante
de individuos permitio encontrar much as variantes de
cada protefna, cada una de las cuales es codificada
por u na gran familia de genes; en el caso de los an-
ticuerpos y los receptores de celulas T, Ia diversidad
,. .-- La celula blanco infectada
...
fragmenta el antigeno
0
/ .~
!
/0 Celula T ases1na
f!l
El MHC "presenta" el antigeno al receptor de
Ia celula T
--..... Celula T asesina
/0
~
El linfocito T reconoce al
fragmento antigenico + MHC
En la inmunidad mediada por celulas, las celulas
T asesinas utilizan el receptor de celulas T para reconocer un
fragmento del ant1geno extraiio que la prote1na del MHC pre-
senta en la superficie de la celula blanco.
23 .1 Introducci6n 573
 de las poblaciones aumenta por rearreglos del DNA
en los linfocitos importantes.
Las inmunoglobulinas y los receptores de las
celulas T son contrapartes directas, cada una pro-
ducida por su propio tipo de linfocito. La estruc-
tura de las proteinas esta relacionada, y sus genes
se relacionan en cuanto a organizaci6n; el origen
de dichas variaciones es similar. Las proteinas del
MHC comparten tambien algunas caracteristicas
comunes con los anticuerpos, igual que otras pro-
teinas especificas de linfocitos. Asi pues, al abordar
Ja organizaci6n genica del sistema inmunitario se
enfrenta una serie de familias de genes relaciona-
dos, de hecho una superfamilia que podria haber
evolucionado a partir de un ancestro comun que
representa una respuesta inmunitaria primitiva.
0
0
reconoce al
antfgeno
I Expansion
.... clonal
La reserva de linfocitos inmaduros contiene celu-
las B y T que forman anticuerpos y receptores con diversas es-
pecificidades. Su reaccion con un antigeno lleva a la expansion
clonal dellinfocito con el anticuerpo (celula B) o el receptor
(celula T) que puede reconocer al antigeno.
574 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
B1J La selecci6n clonal amplifica
linfocitos que responden
a antigenos individuales
Conceptos principales
Cada linfocito B expresa una sola inmunoglobulina y
cada linfocito T, un solo receptor de celulas T.
Hay una gran variedad de inmunoglobulinas de celulas
B y receptores de celulas T.
La union de un antigeno con una inmunoglobulina de
celulas B o un receptor de celulas T desencadena la
multiplicacion clonal.
El nombre de la respuesta inmunitaria describe una
de sus caracteristicas medulares. Despues de que un
organismo se ha expuesto a un antigeno, se vuelve
inmune a los efectos de una nueva infecci6n. Antes
de exponerse a un antigeno en particular, el orga-
nismo carece de la capacidad para enfrentar cuales-
quiera de sus efectos t6xicos, la cual adquirira du-
rante la respuesta inmunitaria. Una vez eliminada
Ia infecci6n, el organismo conserva Ia capacidad de
responder rapidamente en caso de reinfecci6n.
Esas caracteristicas se ajustan a la teoria de Ia
selecci6n clonal ilustrada en la ' . La re-
serva de linfocitos contiene celulas B y T que portan
una gran variedad de inmunoglobulinas o recepto-
res de celulas T. Cualquier linfocito B individual pro-
duce una inmunoglobulina susceptible de reconocer solo
un antigeno, igual que un linfocito T individual produce
SOlO U/1 receptor particular de cefufas T.
En la reserva de linfocitos inmaduros, las ce-
lulas B y T no estimuladas son morfol6gicamente
indistinguibles, pero ante Ia exposici6n a un anti-
gena, una celula B cuyo anticuerpo puede unirse
a! antigeno, o una celula T cuyo receptor puede
reconocerlo, se estimula para dividirse, tal vez por
alguna retroalimentaci6n desde Ia superficie, don-
de ocurre la reacci6n anticuerpo/receptor-antigeno .
Las celulas estimuladas se desarrollan entonces ha-
cia linfocitos B o T maduros, lo cual incluye cam-
bios morfol6gicos que involucran, por ejemplo, un
aumento de tamafio (especialmente pronunciado
en las celulas B).
La expansion inicial de una poblaci6n especffica
de celulas BoT ante Ia primera exposici6n a un an-
tigeno se llama respuesta inmunitaria primaria,
Ia cual da Iugar a Ia producci6n de un gran numero
de linfocitos B o T con especificidad para el antfge-
no blanco. Cada poblaci6n representa un don de la
celula de respuesta original. Las celulas B secretan
anticuerpos en grandes cantidades, e incluso po-
drfan dominar a Ia poblaci6n de anticuerpos.
 de las poblaciones aumenta por rearreglos del DNA
en los linfocitos importantes.
Las inmunoglobulinas y los receptores de las
celulas T son contrapartes directas, cada una pro-
ducida por su propio tipo de linfocito. La estruc-
tura de las proteinas esta relacionada, y sus genes
se relacionan en cuanto a organizaci6n; el origen
de dichas variaciones es similar. Las proteinas del
MHC comparten tambien algunas caracterfsticas
comunes con los anticuerpos, igual que otras pro-
teinas especfficas de linfocitos. Asi pues, al abordar
Ia organizaci6n genica del sistema inmunitario se
enfrenta una serie de familias de genes relaciona-
dos, de hecho una superfamilia que podria haber
evolucionado a partir de un ancestro comun que
representa una respuesta inmunitaria primitiva.
reconoce al
antfgeno
IExpansion
~ clonal
La reserva de linfocitos inmaduros contiene celu-
las B y T que forman anticuerpos y receptores con diversas es-
pecificidades. Su reaccion con un antigeno lleva a la expansion
clonal dellinfocito con el anticuerpo (celula B) o el receptor
(celula T) que puede reconocer al antigeno.
574 CAPiTULO 23 Diversidad inmunitaria
E1J La selecci6n clonal amplifica
linfocitos que responden
a antigenos individuales
Conceptos pri nci pales
Cada linfocito B expresa una sola in.munoglobulina y
cada linfocito T, un solo receptor de celulas T.
Hay una gran variedad de inmunoglobulinas de celutas
B y receptores de celulas T.
La union de un antigeno con una inmunoglobulina de
celulas B o un receptor de celulas T desencadena la
multiplicacion clonal.
El nombre de Ia respuesta inmunitaria describe una
de sus caracteristicas medulares. Despues de que un
organismo se ha expuesto a un antigeno, se vuelve
inmune a los efectos de una nueva infecci6n. Antes
de exponerse a un antigeno en particular, el orga-
nismo carece de la capacidad para enfremar cuales-
quiera de sus efectos t6xicos, Ia cual adquirira du-
rante Ia respuesta inmunitaria. Una vez eliminada
la infecci6n, el organismo conserva Ia capacidad de
responder rapidamente en caso de reinfecci6n.
Esas caracterfsticas se ajustan a Ia teoria de la
selecci6n clonal ilustrada en la I - . La re-
serva de linfocitos contiene celulas B y T que portan
una gran variedad de inmunoglobulinas o recepto-
res de celulas T. Cualquier linfocito B individual pro-
duce una imnunoglobulina susceptible de reconocer solo
un antigeno, igual que un linfocito T individual produce
solo un receptor particular de celulas T.
En la reserva de linfocitos inmaduros, las ce-
lulas B y T no estimuladas son morfol6gicamente
indistinguibles, pero ante Ia exposici6n a un antf-
geno, una celula B cuyo anticuerpo puede unirse
al antfgeno, o una celula T cuyo receptor puede
reconocerlo, se estimula para dividirse, tal vez por
alguna retroalimemaci6n desde la superficie, don-
de ocurre Ia reacci6n anticuerpo/receptor-antigeno.
Las celulas estimuladas se desarrollan entonces ha-
cia linfocitos B o T maduros, lo cual incluye cam-
bios morfol6gicos que involucran, por ejemplo, un
aumento de tamaiio (especiahnente pronunciado
en las celulas B).
La expansion inicial de una poblaci6n espedfica
de celulas B o T ante la primera exposici6n a un an-
tigeno se llama respuesta irununitaria primaria,
Ia cual da Iugar a la producci6n de un gran numero
de linfocitos B o T con especificidad para el amfge-
no blanco. Cada poblaci6n representa un don de la
celula de respuesta original. Las celulas B secretan
anticuerpos en grandes cantidades, e incluso po-
drian dominar a la poblaci6n de anticuerpos.
 Despues de que se ha montado una respuesta
inmunitaria primaria exitosa, el organismo conser-
va celulas B y T que portan el anticuerpo o recep-
tor correspondiente. Estas celulas de memoria
representan un estado intermedi o entre la celula
madura y la inmadura; no han adquirido todas las
caracterfsticas de las celulas maduras, pero tienen
una vida prolongada y ra.pidamente pueden llegar a
serlo. Su presencia permite montar una respuesta
inmunitaria secundaria rapidamente si el animal
es expuesto otra vez al mismo antfgeno.
La reserva de linfocitos inmaduros del mamf-
fero contiene -10 12 celulas, algunos con especifi-
cidades unicas (porque nunca han encontrado un
antfgeno corresponcliente), en tanto que otros estan
representados hasta par 10 6 celulas (porque Ia se-
leccion clonal ha expandido la reserva celular para
responder al antfgeno).
LQue caracterfsticas se reconocen en un an-
tfgeno? Los antigenos suelen ser macromolecula-
res, y si bien las moleculas pequefias pueden tener
determinantes antigenicos y ser reconocidas par
anticuerpos, par lo general no son eficaces para
provocar una respuesta inmunitaria (par su redu-
cido tamafio); no obstante, la provocan cuando se
conjugan con una molecula portadora mas grande
(par lo general una protefna). La molecula pequefia
utilizada para provocar una respuesta mediante esos
mecanismos se llama hapteno .
En realidad, solo una pequefia parte de la su-
perficie de un antfgeno macromolecular es reco-
nocida par alguno de los anticuerpos. El sitio de
union consta de solo cinco o seis aminoacidos, pero,
obviamente, una protefna en particular puede tener
mas de uno de esos sitios de union, en cuyo caso,
produce anticuerpos con especificidad para diferen-
tes regiones. La region que provoca una respuesta se
denomina determinante antigenico o epitopo.
Cuando un antigeno contiene varios epitopos, algu-
nos suelen ser mas eficaces que otros para provocar
la respuesta inmunitaria; de hecho, pueden ser tan
eficaces como para que dominen par completo la
respuesta.
LComo encuentran antfgenos blanco los linfo-
citos y donde ocurre su maduracion? Los linfocitos
son celulas peripateticas que se desarrollan a partir
de celulas madre inmaduras localizadas en Ia me-
dula osea del adulto y que emigran a los tejidos lin-
foides perifericos (bazo, ganglios linfaticos) , ya sea
en forma directa por la corriente sangufnea (si son
celulas B), o a traves del timo (donde se convierten
en celulas T). Los linfocitos tienen recirculacion en-
tre sangre y linfa; el proceso de dispersion asegura
que un antigeno sera expuesto a los linfocitos de to-
das las especificidades posibles. Cuando un linfocito
23 .3 Los genes de las inmunoglobulinas se ensamblan en los linfocitos a partir de sus constituyentes
encuentra un antfgeno que se une a su anticuerpo
o receptor, la expansion clonal inicia Ia respuesta
inmunitaria.
Los genes
de las inm unoglobulinas
se ensamblan en los li nfocitos
a partir de sus constituyentes
Conceptos principales
Una inmunoglobulina es un tetramero de dos cadenas
ligeras y dos pesadas.
Las cadenas ligeras pertenecen a las familias 'A y K; las
cadenas pesadas forman una sola familia.
Cada cadena tiene una region terminal N variable (V) y
una region terminal C constante (C).
El segmento V reconoce al antigeno y el C provee la
respuesta efectora.
Los segmentos V y C son codificados separadamente
par seg mentos de los genes V y C.
Para unir un segmento del gen V con uno del gen
C, par recombinacion somatica se genera un codigo
genico de una cadena integra de inmunoglobulina.
Una caracterfstica notoria de la respuesta inmuni-
taria es Ia capacidad de un animal de producir un
anticuerpo apropiado siempre que se exponga a
un nuevo antigeno. (,Como puede el organismo es-
tar preparado para producir anticuerpos proteinicos,
cada uno disefiado especfficamente para reconocer
un antfgeno, cuya estructura no puede preverse?
Para fines practices, suele considerarse que un
mamffero tiene la capacidad de producir de 10 6 a
10 8 anti cuerpos diferentes, cad a uno de los cuales es
un tetramero de inmunoglobulina, constituido por
dos cadenas ligeras (L) y dos cad enas pesad as
(H) identicas. Si una cadena ligera puede vincularse
con una pesada para producir de 10 6 a 108 anticuer-
pos potenciales, se requieren de 10 3 a 10 4 cadenas
ligeras y de 10 3 a 104 cadenas pesadas diferente s.
Hay dos tipos de cadenas Jig eras y -1 0 tipos de
cadenas pesadas. Las diferentes clases de inmunoglo-
bulinas tienen funciones efectoras diversas. La clase
depende de Ia region constante de Ia cadena pesada,
que ejerce Ia fun cion efectora (vease la Fig. 23.17).
La estructura del tetramero de inmunoglobuli-
na se ilustra en Ia . Las cadenas ligeras y
las pesadas comparten el mismo tipo genera l de or-
ganizacion, donde cada cadena protefnica consta de
dos regiones principales, la region variable (region
V) N terminal y Ia region constante (region C)
C terminal, definidas originalmente por compara-
cion de las secuencias de aminoacidos de diferentes
5 75
 ~icotlene ....
~ DominioC1
Cadena ligera
~ Bisagra
- - - Dominic C2
CH2 - - --'-t'V
- - - Dominic C3
- - -- Funciones
efectoras
Cadena pesada
U ~ Las cadenas pesadas y ligeras se combinan para
formar una inmunoglobulina con varios dominies bien defi-
nidos.
cadenas de inmunoglobulinas. Como los nombres
sugieren, las regiones variables muestran cambios
considerables en Ia secuencia de una protefna a Ia
siguiente, en tanto que las constantes muestran se-
mejanzas sustanciales.
Las regiones correspondientes de las cadenas li-
geras y pesadas se vinculan para generar dominios
diferentes en Ia protefna inmunoglobulina.
El dominio variable (V) se genera por Ia vin-
culacion entre las regiones variables de las cadenas
ligera y pesada. El dominio V se encarga del reconoci-
miento del antgeno. Una inmunoglobulina tiene una
estructura con forma de Y, donde los brazos son
identicos y cada uno tiene una copia del dominio
V. La produccion de dominios V de diferentes es-
pecificidades da Iugar a Ia capacidad de responder
a diversos antfgenos. El numero total de regiones
variables para las protefnas de cadena ligera o pe-
sada se mide en cientos; as(, !a protefna muestra la
maxima versatilidad en la region encargada de la union
del antigeno.
El n{Imero de regiones constantes es bastante
mas reducido que el de regiones variables, por Io
general, solo hay una a diez regiones c en un tipo
especffico de cadena. Las regiones constantes de las
subunidades del tetramero de inmunoglobulina se
relacionan para generar varios dominios C indivi-
duates, el primero de los cuales es resultado de Ia
relacion entre Ia region constante unica de Ia cade-
na Jig era (CL) y Ia parte CH 1 de Ia region con stante
de Ia cadena pesada. Las dos capias de este dom inio
completan los brazos de Ia molecula en forma de Y.
El vinculo entre las regiones C de las cadenas pesa-
5 76 CAPITULO 23 Diversidad inmu nitaria
das genera los dominios C restantes, cuyo numero
varia segun el tipo de cadena pesada.
AI comparar las caracteristicas de la region va-
riable y la constante se llega a! dilema central de
Ia estructura del gen de inmunoglobulina. cComo
codifica el genoma un conjunto de protefnas donde
una cadena polipeptidica individual debe tener una
de menos de diez posibles regiones C, pero puede
tener alguna de varios cientos de posibles regiones
V? Resulta que el numero de secuencias de codifica-
cion para todo tipo de region refleja su variabilidad.
Hay muchos genes que codifican regiones V, pero
solo unos cuantos codifican regiones C.
En ese contexto, "gen " significa una secuencia del
DNA que codifica una parte definida del polipeptido final
de inmunoglobulina (cadena pesada o ligera ). Asf, los
genes V codifican regiones variables y los genes
C, regiones constantes, si bien ninguno se expre-
sa como unidad independiente. Para construir una
unidad que pueda expresarse en forma de una cade-
na ligera o pesada autentica, un gen V debe unirse
ffsicamente a un gen C. En ese sistema, dos "genes"
codifican un polipeptido; para evitar confusiones, se
hara referencia a estas unidades como "segmentos
de gen", mas que "genes".
Las secuencias que codifican las cadenas ligeras
y pesadas se ensamblan de Ia misma forma, uno de
muchos segmentos del gen V puede unirse a uno de w1os
cuantos segmentos del gen C. Esta recombinacion so-
matica ocurre en ellinfocito B, donde se expresa el anti-
cuerpo. El gran numero de segmentos disponibles del
gen V se encarga de la mayor parte de Ia diversidad
de las inmunoglobulinas, si bien no toda la diver-
sidad esta codificada en el genoma, parte se genera
por cambios que se presentan durante el proceso de
construccion de un gen funcional.
En esencia, la misma descripcion se aplica a la
formacion de genes funcionales que codifican las
cadenas proteinicas del receptor de las celulas T,
que puede ser de dos tipos, uno constituido por dos
variantes de cadena llamadas a y ~ y otro constitui-
do por cadenas y y 8. Como los genes que codifican
las inmunoglobulinas, los que codifican las cadenas
individuates de receptores de celulas T constan de
partes separadas, que incluyen regiones V y C, las
cuales se unen en una celula T activa (ver seccion
23 .1 8, Los receptores de las celulas T tienen relaci6n
con las inmunoglobulinas).
Asf pues, el hecho crucial acerca de la sfntesis de
las inmunoglobulinas es que el arreglo de los segmentos
de los genes V y C es diferente en las celulas que producen
las inmunoglobulinas (o receptores de celulas T) del de
todas las otras celulas somaticas 0 germinativas.
La cons truccion del gen de una inmunoglobu-
lina o un receptor de celula T funcionales pudiese
parecer un proceso de Lamarck, que representa un
cambio en el genoma que responde a una caracte-
ristica particular del fenotipo (el antfgeno). Al na-
cer, el organismo no posee el gen funcional para
producir un anticuerpo o receptor de celula T en
particular, sino un gran numero de segmentos del
gen v y un numero mas pequefi.o de segmentos
del gen C. La construccion subsiguiente de un gen
activo con esas partes permite la sfntesis del anti-
cuerpo o receptor, de manera que este disponible
para reaccionar con el antfgeno. La teoria de selec-
cion clonal implica que ese rearreglo del DNA tenga
Iugar antes de la exposici6n al antigeno, que enton-
ces da Iugar a Ia selecci6n de las celulas que portan
una protefna susceptible de unirse a! antfgeno . El
proceso completo ocurre en las celulas somaticas y
no afecta a las de Ia linea germinativa, por tanto,
la respuesta a un antfgeno no es heredada por Ia
progenie del organismo.
Hay dos familias de cadenas ligeras de inmu -
noglobulinas, K y A, y una que contiene todos los
tipos de cadena pesada (H). Cada familia reside en
un cromosoma diferente y consta de su propio con-
junto de segmentos de genes V y C, el denominado
patron de linea germinativa, que se encuentra en Ia
lfnea germinativa yen las celulas somaticas de todos
los linajes diferentes al sistema inmunitario.
No obstante, en una celula que expresa un anti-
cuerpo, cada una de sus cadenas, una de tipo ligero
(K o A) y una de tipo pesado, es codificada por un
gen integro unico. El suceso de recombinacion que
lleva a un segmento del gen V a unirse con uno del
gen C crea un gen activo constituido por exones que
corresponden precisamente a los dominios funcio-
nales de Ia proteina. Los intrones se retiran en Ia
forma usual por empalme del RNA.
La recombinacion entre segmentos de los genes
Vy C para dar loci funcionales ocurre en una pobla-
cion de linfocitos inmaduros. Un linfocito B suele
tener solo un rearreglo productivo de segmentos del
gen de cadena ligera (K o A) y uno de los segmentos
del gen de cadena pesada, igual que un linfocito T
rearregla de manera productiva un gen ex y uno ~,
o un gen 8 y uno y. El anticuerpo o receptor de ce-
lula T producido por cualquier celula depende de la
configuracion particular de segmentos de los genes
V y C que se han unido.
Los principios por los que se ensamblan los ge-
nes funcionales son los mismos en cada familia, pero
hay diferencias en los detalles de Ia organizacion de
los segmentos de los genes V y C, asi como en Ia re-
accion de recombinacion entre el!os. Ademas de los
segmentos de los genes V y C, en los loci somaticos
funcionales se incluyen otras secuencias co rtas de
DNA (incluidos los segmentos J y D).
23.4 Las cadenas ligeras se ensamblan par recombinaci6n Cmica
Ell Las cadenas ligeras
se ensamblan
por recombinaci6n Ctnica
Conceptos principales
Una cadena ligera A. se ensambla por reco mbinacion
simple entre un gen V y un segmento del gen J-C.
Un segmento del gen V tiene un exon lider, un int ron y
una regio n de codificacion variable.
El segmento del gen J-C tiene un exon corto de codifi-
cacion J, un intr6n y una region de codificacio n C.
Una cadena ligera K se ensambla por recombinacion
simple entre un segmento de gen Vy uno de los cinco
segmentos J que preceden al gen C.
Una cadena ligera 'A se ensambla a partir de dos
porciones, como se ilustra en Ia "'J . El seg-
mento del gen V consta del exon lfder (L) separado
del segmento variable (V) por un solo intron. El
segmento del gen C consta del segmento J, separado
por un solo intron del exon constante (C).
El nombre del segmento J es una abreviatu-
ra de juntura, porque identifica Ia region en que
se conecta con el segmento V. Asf, la reaccion de
juntura no implica directamente a los segmentos
de los genes V y C, sino que se presenta a traves
del segmento J; cuando se describe la union de dos
"segmentos de genes V y C" de cadenas ligeras, en
realidad se hace referencia ala union v -JC.
El segmento J es corto y codifica los u ltimos
aminoacidos de la region variable, como definen sus
secuencias. En el gen fntegro generado por recom-
binacion, el segmento V-J constituye un solo ex on
que codifica a Ia region variable completa.
Las consecuencias de Ia reaccion de juntura K se
ilustran en la 1 . Una cadena ligera K tam-
bien se ensambla a partir de dos porcion es, pero hay
una diferencia en la organizacion del segmento del
gen C. Un grupo de cinco segmentos J se dispersa en
una region de 500 a 700 bp, separados por un intron
de 2 a 3 kb del exon CK. En el raton, el segmento J
central noes funcional (\j!J3 ). Un segmen to VK pue-
de unirse a cualquiera de los segmentos J.
Sea cual sea el segmento J utilizado, se convier-
te en la parte t erminal del exon variable integra .
Cualquier segmento J a Ia izquierda del segmento
de recombinacion J se pierde (en la figura se ha
perdido J 1).
El segmento J ubicado ala derecha del segmen-
to J recombinante se trata como parte del intron
situado entre el ex on variable y el constante (en
Ia figura, J3 se incluye en el intron que se empal-
ma).
577
 Gen V Gen C

Constante
Codones
de linea - 19 a -4 -4 a +97 98 a 110 110 a COOH
germinativa

Reco mbinaci6n
somatica
1

RNA nuclear

Empalme!

RNAm

Traducci6n!

Cadena ligera de inmunoglobulina

Variable Constante

El segmento genico CA. es precedido por un segmento J, de manera que la recom-

binaci6 n V-J genera un gen de cadena ligera A. funcional.

. .
J1 J2 J3 J3

Linea germinativa
Recombinaci6n somatica en J2!

DNA de linfocito

Transcripci6n!
\Union V-J

J2 J3
RNA nuclear

Empalme de J2 a C !

RNAm

Traducci6n!

Cadena ligera de
inmunoglobulina
Variable Constante

El segmento genico C K es precedido por multiples segmentos J en la l1nea germi nati-

va . La union V-J reconoce a cua lquiera de los segmentos J , que despues seem palma con el seg mento
genico C. durante el procesamiento del RN A.

578 CAPITU LO 23 Diversidad inmunitaria

 Todos los segmentos J funcionales poseen una
sefial en ellimite izquierdo que hace posible la re-
combinacion con el segmento V; tambien poseen
una sefial en el limite derecho que se puede usar
para el empalme con el exon C. Cualquier segmen-
to J reconocido en Ia union D-J del DNA utiliza su
sefial de empalme en el procesamiento del RNA.
Las cadenas pesadas se
ensamblan mediante
dos recombinaciones
Conceptos principales
Las unidades de recombinaci6n de cadenas pesadas son
un gen V, un segmento D y un segmento del gen J-C.
La primera recombinaci6n une a D con J-C.
La segunda recombinaci6n une a V con D-J-C .
El segmento C consta de varios exones.
La construccion de Ia cadena pesada implica un seg -
mento adicional. El segmento D (por diversidad)
se descubrio merced a Ia presencia de dos a trece
aminoacidos adicionales en Ia proteina, entre las
secuencias codificadas en los segmentos V y J. Un
arreglo de > l 0 segmentos D yace en el cromosoma,
entre los segmentos VH y los cuatro J H'
La union V-D-J ocurre en dos eta pas, como se
ilustra en Ia . El primero de los segmen-
tos D se recombina con un segmento JH; un seg-
mento VH se a{ma entonces con el segmento com-
binado DJH. La reconstruccion lleva a la expresion
A .....
Uder lntr6n Variable
Unea germinativa
DNA de linfocito
La estructura actual del gen C se interrumpe
Los genes de las cadenas pesadas se ensamblan por reacciones secuenciales de union.
Primero, un segmento D se une a un segmento J, y despues un segmento genico V se une al seg-
mento D.
23.5 Las cadenas pesadas se ensamblan por dos recombinaciones
del segmento CH adyacente (que consta de varios
ex ones). (En la seccion 2 3 .12, El cambio de clase es
producto de Ia recombinacion del DNA, se analiza
el uso de los diferentes segmentos del gen CH; por
ahora, solo se considerara Ia reaccion en cuanto
a la conexion con uno de varios segmentos J que
preceden a! segmento del gen Cw)
Los segmentos D se organizan en forma seriada.
Ellocus de cadena pesada del raton contiene 12 seg-
mentos D de longitud variable, en tanto que ellocus
humano tiene- 30 segmentos D (no necesariamente
todos activos). Algun mecanismo desconocido debe
garantizar que el mismo segmento D participe en las
reacciones de union D -J y V- D (cuando se describe
la union de los segmentos de los genes V y C para
cadenas pesadas se supone que el proceso ha sido
concluido por reacciones de union V-D y D-J).
Los segmentos V de las tres farnilias de inmuno-
globulinas son similares en cuanto a organizacion.
El primer exon codifica las secuencias de sefial (im-
plicadas en la union con la membrana) y el segun-
do, Ia porcion principal de la propia region variable
(<100 codones de longitud), el resto proviene del
segmento D (solo en Ia familia H) y de un segmento
J (en las tres familias).
La estructura de Ia region constante depende
del tipo de cadenas. Para ambas cadenas ligeras, K
o 'A, dicha region es codificada por un exon unico
(que se convierte en el tercer exon del gen activo
reconstruido). Para las cadenas H, la region cons-
tame es codificada por varios exones; de manera
equivalente, en la cadena proteinica que se mues-
tra en Ia Figura 23.4, diversos exones codifican las
Constante
5 79
 regiones CH 1, de bisagra, CH 2 y CH 3 . Cada exon CH
tiene -l 00 codones de longitud y Ia bisagra es mas
corta. Los intrones suelen ser relativamente peque-
iios (-300 bp).
1111 La reco mbinaci6n genera una
gran diversidad
Conceptos principales
Un locus de cadena ligera produce mas de 1 000
cadenas por la combinacion de 300 genes V con cuatro
a cinco genes C.
Un locus H puede producir mas de 4 000 cadenas por
combinacion de 300 genes V, 20 segmentos D y cuatro
segmentos J.
Ahara deben revisarse los diferentes tipos de seg-
mentos de los genes V y C para ver que tanta di-
versidad se adapta a Ia variedad de regiones de co-
dificacion que porta Ia linea germinativa. En cada
familia del gen de cadena ligera de Ig, muchos seg-
mentos del gen V se vinculan con un numero mu-
cho menor de segmentos del gen C.
En Ia U se muestra que ellocus A tiene
-6 segmentos del gen C, cada uno precedido par
su propio segmento J. En el raton, el locus A tie-
ne mucho menos diversidad que ellocus humano:
Ia principal diferencia es que en el raton hay solo
dos segmentos del gen V)_, cada uno enlazado
condos regiones J-C. De los cuatro segmentos del
gen C)" uno esta inactivo. En algun punta en el pa-
sado, el raton sufrio una delecion catastrofica de La
mayor parte de los segmentos del gen VA. de linea
germinativa.
En Ia l se muestra que ellocus K tiene
solo un segmento del gen C, si bien es precedido
par cinco segmentos J (uno de ellos inactivo). Los
segmentos del gen VK ocupan un gran grupo del
cromosoma, en direccion ascendente respecto de la
region constante. El grupo humano tiene dos regio-
nes; inmediatamente antes del segmento del gen C"
una region de 600 kb contiene los cinco segmentos
JK y 40 segmentos del gen VK. Una hendidura de 800
kb separa esa region de otro grupo de 36 segmentos
del gen VK.
Los segmentos del gen VK se pueden subdividir
en familias que se definen segun el criteria de que
los miembros de una familia tienen >80% de iden-
tidad de los aminoacidos. La familia del raton es
desusadamente grande (-l 000 genes), y hay -18
familias V cu yo tamaiio varfa de 2 a l 00 miem-
K'

bros. Como en otras familias de genes relaciona-

2 en el raton 4 segmentos genicos J-C en el rat6r
-300 en el hombre >6 segmentos J-C en el hombre
La familia A. consta de segmentos genicos V uni-
dos a un nCtmero pequef\o de segmentos genicos J-C.
Las familias K humana y de raton constan de
segmentos genicos V unidos a cinco segmentos J conectados
a un solo segmento genico C.
dos, los segmentos del gen V relacionados forman
subgrupos generados par duplicacion y divergencia
a partir de los miembros ancestrales individuales.
Sin embargo, muchos de los segmentos V son seu-
dogenes inactivos, y <50 posiblemente se usen para
generar inmunoglobulinas.
Un linfocito determinado genera ya sea una ca-
dena ligera K o una A para relacionarse con Ia ca-
dena pesada. En el hombre, -60% de las cadenas
ligeras es K y -40% es A. En el raton, el 95% de
las celulas B expresa el tipo K de Ia cadena ligera,
supuestamente porque el numero de segmentos del
genA es menor.
El locus unico para Ia produccion de cadenas
pesadas en el hombre consta de varias secciones de-
finidas, como se resume en Ia ~ , yes si-
milar en el raton, donde hay mas segmentos del gen
VH' menos segmentos D y J y una ligera diferencia
en el numero y Ia organizacion de los segmentos del

-.GenesV"
-300
~Segmentos
-20
OJ ---Segmentos del gen
6 J.l.O f y1 \j/Eo: 1 'VY
C----
-f'(' E u. 2
gen C. El miembro 3' del grupo VHesta separado par
solo 20 kb del primer segmento D. Los segmentos
,-- - ,-- Uii U I !_ _ D se distribuyen en -50 kb, seguidos del grupo de
kb 300 250 200 150 100 50 segmentos J. En los siguientes 220 kb se encuentran
todos los segmentos del gen Cw de los cuales, nueve
Un solo grupo genico humano contiene toda la infor- son funcionales, y dos seudogenes. La organizacion
macion para el ensamblaje del gen de cadena pesada. sugiere que un segmento del gen ydebe haberse du-

580 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria

plicado para producir el subgrupo y-y--a, despues
de lo cual se duplico el grupo entero.
,:,Hasta que grado la diversidad de la informa-
cion de lfnea germinal genera Ia variedad de Ia re-
gion V de las protefnas inmunoglobulinas? Combi-
nando cualquiera de los -50 segmentos del gen V
con cualquiera de los cuatro a cinco segmentos J,
un locus usual de cadena ligera tiene el potencial
de producir casi 250 cadenas; ellocus de Ia cadena
H esta todavia mas diversificado. Por la combina-
cion de cualquiera de los -50 segmentos VH' 20 seg-
mentos D y cuatro segmentos J, el genoma podria
producir 4 000 regiones variables para acompaiiar
cualquier segmento del gen CH. En los mamfferos,
ese es el punto de partida de ]a diversidad, pero
hay mecanismos adicionales que introducen mas
cambios. Cuando se analizan variantes estrechamente
relacionadas de las inmunoglobulinas, a menudo hay
mas protefnas de las que pudiera pensarse por el nume-
ro de segmentos correspondientes delgen V. Los nuevos
miembros son creados por cambios somaticos en los
genes individuates, durante o despues del proceso
de recombinacion (ver seccion 23.14, La mutacion
somatica genera diversidad adicional en el raton y
el hombre).
IDI La recombinaci6n inmunitaria
utiliza dos tipos de secuencia
de consenso
Conceptos principales
La secuencia de consenso utilizada para la
recombinaci6n es un heptamero separado de un
nonamero por 12 o 23 pares de bases.
La recombinaci6n ocurre entre dos secuencias de
consenso con espaciamientos diferentes.
El ensamblaje de genes de Ia cadena ligera y Ia pesa-
da implica el mismo mecanismo (aunque el numero
de partes es diferente), se encuentran las mismas
secuencias de consenso en los lfmites de todos los
segmentos de la linea germinativa que participan en
las reacciones de union. Cada secuencia de consen-
so consta de un heptametro separado de un nona-
mero por 12 o 23 bp.
En Ia '' 23 1 se ilustra la relacion de las
secuencias de consenso en los loci de Ig de raton.
En ellocus K, cada segmento del gen V, va seguido
de una secuencia de consenso con un espaciamien-
to de l2 bp; cada segmento J K es precedido por una
secuencia de consenso con espaciamiento de 23 bp;
la orientacion de las secuencias de consenso V y J
esta invertida . En ellocus A, cada segmento del gen
23 .7 La recombinaci6n inmunitaria utiliza dos tipos de secuencia de consenso
V1 va seguido de una secuencia de consenso con
espaciamiento de 23 bp, y cada segmento del gen
1~. es precedido por una secuencia de consenso de
12 bp de tipo espaciador.
La regia que rige Ia reaccion de juntura es que
una secuencia de consenso con un tipo de espaciamien-
to puede unirse solo a una secuencia de consenso con el
otro tipo de espaciamiento. Las secuencias de consenso
de los segmentos V y J pueden estar en cualquier
orden, de modo que los diferentes espaciamientos
no impanen ninguna informacion direccional, sino
que sirven para evitar que un segmento del gen V o
J se recombine con otro igual.
Este concepto se confirma por Ia estructura de
los componentes de los segmentos del gen de Ia ca-
dena pesada. Cada segmento del gen VHva seguido
de una secuencia de consenso de tipo espaciador de
23 bp. Los segmentos D son flanqueados a uno y
otro lado por secuencias de consenso de tipo espa-
ciador de 12 bp. Los segmentos JH son precedidos
por secuencias de consenso de tipo espaciador de
23 bp. AsL el segmento del gen V debe unirse a un
segmento D, y este, a un segmento J. Un segmento
del gen V no puede unirse directamente con un
segmento J, porque ambos poseen el mismo tipo de
secuencia de consenso.
El espaciamiento entre los componentes de las
secuencias de consenso corresponde casi a uno o
dos giros de la doble helice, lo cual podria reflejar
una relaci6n geometrica en la reacci6n de combina-
ci6n. Por ejemplo, las proteinas de recombinaci6n
pueden acercarse al DNA lateralmente, de la misma
I forma que la polimerasa de RNA y los represores
se aproximan a los elementos de reconocimiento,
como promotores y operadores.
~ .. . . .
~
. .
:
Heptametro Nonamero Nonamero Heptametro
CACAGTG ACAAAAACCGGTTTTTGT CACTGTG
GTGTCAC TGTTTTTGGCCAAAAACA GTGACAC
- - J-CK
Espaciador Espaciador
de 12 bp de 23 bp
Las secuencias de consenso estan presentes en orienta-
cion invertida en cada par de sitios de recombinaci6n. En un miembro
de cada par, el espaciamiento entre sus componentes es de 12 bp, yen
el otro, de 23 bp.
581
 Ell La recombinaci6n genera
deleciones o i nversiones
Conceptos principales
La recombinacion se debe a roturas de la doble cadena
en los heptameros de dos secuencias de consenso.
Los extremos sefial del fragmento entre roturas suelen
unirse para generar un fragmento circular escindido.
Los extremos de codificacion se enlazan de manera
covalente para unir V a J-C (cadena L) o D a J-C y V a
D-J-C (cadena H).
Si se invierten los genes recombinantes en Lugar de
unirse en orientacion directa, hay una inversion y no
una delecion de un circulo escindido.
La recombinacion de los componentes de los genes
de inmunoglobulina se logra mediante un rearre-
glo flsico de secuencias que implica rotura y nue-
va union, pero el mecanismo es diferente del de
la recombinacion homologa . En la se 6
ilustran las caracterfsticas generales de la reaccion
para una cadena A ligera. (La reaccion es similar en
ellocus de Ia cadena pesada, con la salvedad de que
hay dos sucesos de recombinacion, primero D-J y
despues, V- DJ.)
La rotura y nueva union tienen Iugar como re-
acciones independiente; hay una rotura de la doble
cadena de los hectameros que yacen en los extre -
Los extremos de los heptameros identifican los
extremo,p de codificaci6n
Espaciador Espaciador
de 12 bp de 23 bp
Escisi6n
Extrema sefial Extrema seiial
- EX1remo de EX1remo de
codificaci6n codificaci6n
' La rotura y nueva union en secuencias de con-
sensa genera genes de inmunoglobulinas.
582 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
mos de las unidades de codificacion, lo cuallibera.
todo el fragmento entre el segmento del gen V y
el del gen J-C; los puntas terminales de ese frag-
mento se denominan terminos seftal. El extrem
fragmentado de los loci V y J-C se llama termino
de codificaci6n. Los dos extremos de codificacior.
tienen enlace covalente para formar una union de
codificacion, la cual enlaza los segmentos V y J :
tambien se conectan los dos extremos sefial, el frag-
mento escindido formarfa una molecula circular.
Se ha demostrado que los loci V y J -C esta r-
organizados con Ia misma orientacion, de modo qu e
el corte de cada secuencia de consenso Iibera entre
ellos una region como fragmento lineal. Si se unen
los extremos sefial, se forma una molecula circular.
como se indica en la Figura 23.12. La delecion para
liberar un drculo escindido es el modo predomi-
nante de recombinacion en los loci de inmunoglo-
bulinas y TCR.
En algunos casos excepcionales, la orientacion
del segmento del gen V esta invertida en el cromo-
soma, respecto de los loci J-C. En tal caso, la rotura
y nueva union invierte el material interpuesto, er:
Iugar de eliminarlo. Los resultados de Ia delecion
respecto de Ia inversion son los mismos mostrados
antes para Ia recombinacion homologa entre Ia re-
peticion directa o la in vertida en las Figuras 21.9 y
21.10, con Ia salvedad adicional de que la recombi-
nacion con un segmento del gen V hace necesario
que los extremos sefial se unan, de otra manera.
habra una rotura en ellocus. En la recombinacion
de TCR, se produce una inversion y, en ocasiones,
tambien en el locus de Ia cadena ligera K.
Ill La exclusion alelica
es desencadenada
por un rearreglo productivo
Conceptos principales
La recombinacion para generar un gen lntegro de
inmunoglobulina es productiva si lleva a La expresion
de una protelna activa.
Un rearreglo productivo impide que ocurra cualquier
rearreglo adicional, a diferencia del rearreglo no
productivo.
La exclusion alelica se aplica separadamente a las
cadenas ligeras (solo puede rearreglarse de manera
productiva una cadena K o "A) y a las pesadas (una
cadena pesada se rearregla de manera productiva).
Cada celula B expresa un solo tipo unico de cadena
ligera y uno de Cadena pesada, porque nada mas
tiene Iugar un rearreglo productivo de cada tipo en
un linfocito dado para producir un gen con una
cadena ligera y una pesada. Cada suceso involucra
a los genes de solo uno de los cromosomas homo-
logos, de modo que los alelos del otro cromosoma nose
expresan en !a misma celula; este fenomeno se conoce
como exclusion alelica.
La exclusion alelica complica el analisis de la
recombinacion somatica; una sonda que reacciona
con una region en que ha tenido lugar el rearreglo
de un homologo, tambien detectara las secuencias
alelicas del otro homologo, de modo que se tiene la
obligacion de analizar los diferentes destinos de los
dos cromosomas juntos.
El patron usual mostrado por un gen activo con
rearreglo puede interpretarse seg{m una delecion
del material entre los loci V y C recombinantes.
En las celulas activas se observan dos tipos de
organizacion genica:
Las sondas para el gen activo suelen revelar
una copia con rearreglo y una de Ia linea
germinativa, de modo que se supone que Ia
union ocurri6 en un cromosoma, mientras
que el otro se mantuvo sin cambios.
Pueden encontrarse dos patrones diferen-
tes de rearreglo, lo cual indica que los cro-
mosomas han experimentado rearreglos
independientes. En algunos de estos casos,
el material entre los segmentos de los ge-
nes V y C recombinantes esta por completo
ausente de la lfnea celular, Io cual explica
muy facilmente porIa aparicion de delecio-
nes independientes (resultado de recombi-
naciones) en cada cromosoma.
Cuando dos cromosomas carecen del patron de
linea germinativa, por Io general uno de ellos ha
pasado por un rearreglo productivo para generar
un gen funcional y el otro ha experimentado un
rearreglo no productivo, lo cual podria asumir
varias formas, pero en cada caso, la secuencia del
gen nose expresaria como cadena de inmunoglobu-
lina. (Puede ser incompleto, por ejemplo, porque se
produjo la union D-J, pero nola consiguiente union
V- D, o bien ser aberrante, con el proceso concluido,
pero sin generar un gen que codifique una protefna
funcional.)
La coexistencia de rearreglos productivos y no
productivos sugiere que hay un asa de retroalimen-
taci6n que controla el proceso de recombinaci6n,
modelo esbozado en la J 1 . Supongase que
cada celula inicia condos loci en una configuracion
Ig 0 de lfnea germinativa sin rearreglo, cualquiera de
esos loci puede pasar por un rearreglo para generar
un gen productivo, Ig+, o uno no productivo, Ig-.
Si el rearreglo es productivo, la sintesis de una
cadena activa provee un desencadenante para evitar
el rearreglo del otro alelo, y la celula activa tendra
una configuracion Ig 0 /Ig+.
23.9 La exclusion alelica es desencadenada par un rearreglo productivo
Si el rearreglo es no productivo, se creara una
celula con la configuracion Ig 0 /lg-. No hay impedi-
menta para el rearreglo del alelo de lfnea germinal
restante, que de ser productivo, la celula expresada
tendra una configuracion Ig+ng-. Tambien en este
caso, la presencia de una cadena activa suprime Ia
posibilidad de rearreglos adicionales.
La celula Ig-ng- es producto de rearreglos su-
cesivos no productivos. En algunos casos, este tipo
de celula puede intentarlo otra vez; en ocasiones,
los patrones de DNA observados solo pueden haber
sido generados por arreglos sucesivos.
La esencia del modelo es que la celula sigue
tratando de recombinar segmentos de los genes V y
C hasta Iograr un rearreglo productivo. La exclusion
alelica es causada porIa supresion de rearreglos adi-
cionales tan pronto como se produce una cadena ac-
tiva. El uso de este mecanismo in vivo se demuestra
por la creacion de ratones transgenicos, cuya linea
germinativa tiene un gen de inmunoglobulina con
rearreglo. La expresion del transgen en las celulas B
suprime el rearreglo de genes endogenos.
La exclusion alelica es independiente para los
loci de las cadenas pesadas y ligeras. En general,
los genes de las cadenas pesadas son los prime-
ros en pasar por un rearreglo. La exclusion alelica
de las cadenas ligeras debe aplicarse de manera
equivalente a ambas familias (las celulas pueden
tener cadenas ligeras activas K o /c). Es posible que
Genes de linea germinativa (lgOflgO)
v
El rearreglo productivo culmina en
IgOJig+
El rearreglo no productivo culmina
en lgOflg-
................
Transcripci6n
La expresi6n de lg impide
rearreglos adicionales Transcripci6n
- Un rearreglo exitoso para producir una cadena activa
ligera o pesada evita rearreglos adicionales del mismo tipo y da como
resultado la exclusion alelica.
583
 Ia celula rearregle primero sus genes K y trate de
rearreglar los A. solo si ambos intentos con los K no
tienen exito.
Una paradoja interesante de esta serie de su-
cesos es que las mismas secuencias de consenso y
Ia misma recombinasa V (DJ) participan en las re-
acciones de recombinacion en los loci H, K y A., y
sin embargo, los tres loci se rearreglan en un orden
establecido. LQue asegura que el rearreglo de cade-
nas pesadas preceda a! de cadenas ligeras, y que el
rearreglo K preceda a! A.? Los loci pueden volverse
accesibles a Ia enzima en diferentes momentos, tal
vez como resultado de Ia transcripcion, Ia cual ocu-
rre incluso antes del rearreglo, si bien, por supuesto,
los productos no tienen funcion de codificacion . La
transcripcion puede cambiar Ia estructura de Ia cro-
matina, lo cual pone a disposicion de Ia enzima las
secuencias de consenso para Ia recombinacion.
f1D Las protefnas RAG catalizan
la rotura y la nueva union
Conceptos principales
Las protefnas RAG son necesarias y suficientes para la
reacci6n de corte y empalme.
La RAG1 reconoce las secuencias de consenso
nonamericas para La recombinaci6n. La RAG2 se une a
RAG1 y se corta y empalma en el heptamero.
La reaccion se asemeja a La de resolucion tipo
topoisomerasa que ocurre en La transposici6n.
Una de las histonas avanza a traves de un
intermediario en horquilla en el extrema de
codificacion; La abertura de La horquilla se encarga de
la insercion de bases adicionales (nucleotidos T) en el
gen recombinado.
La transferasa de desoxinucleosidos inserta nucleotidos
N adicionales en el extrema de codificacion.
La secuencia del codon del sitio de La reaccion de
union V-(D)J es muy variable y codifica el aminoacido
96 en el sitio de union del antigeno.
Las roturas de La doble cadena en las uniones de
codificacion son reparadas par el mismo sistema
i nvolucrado en La union de extremos no hom6logos del
DNA daiiado.
Un reforzador del gen C activa al promotor del gen V
despues de que la recombinacion ha generado el gen
integra de inmunoglobulina.
Las protefnas RAG! y RAG2 son necesarias y sufi-
cientes para seccionar el DNA en Ia recombinacion
V(D)J; son codificadas por dos genes, separados por
< l 0 kb en el cromosoma, cuya transfeccion a fi bro-
blastos produce un sustrato de DNA adecuado para
que en el ocurra Ia reaccion de juntura V(D)J. Los
584 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
ratones que carecen de RAG J o RAG2 no pueden r -
combinar sus inmunoglobulinas nisus receptores -::
celulas T, y como resultado, portan linfocitos de B ~
T inmaduros. Las proteinas RAG juntas emprend -
las reacciones catalfticas de rotura y nueva union d.o.
DNA y tambien proveen una red estructural en ::
cual ocurren las reacciones.
La RAG l reconoce las senates de heptamero
nonamero con el espaciamiento apropiado 12/2 :}
y recluta a RAG2 para el complejo. El nonamer
proporciona el sitio para el reconocimiento inicic...
y el heptamero dirige el sitio de corte.
En Ia I l se muestran las reaccion _
involucradas en Ia recombinacion. El complejo pro-
duce una hendidura en una cadena de cada unio
Ia cual tiene extremos 3'-0H y 5'-P. El extrem .
libre 3'-0H ataca entonces la union fosfato en lc.
posicion correspondiente de la otra cadena de Ia es-
tructura doble, to cual da Iugar a horquilla en el ex-
trema de codificacion donde Ia terminacion 3' de
una cadena se enlaza de manera covalente con lc
terminacion 5' de Ia otra, de modo que se product
una perdida de continuidad roma de doble cadenc:
en el extrema sei'ial.
Este segundo corte es una reaccion de transes-
terificacion en Ia cual se conservan las energfas de
enlace y que simula las reacciones similares a Ia_
de topoisomerasa catalizadas por las protefnas re-
solvasa de transposones bacterianos (vease secci6
21. 9, La transposicion TnA requiere de transposasa
y resolvasa). La semejanza con estas reacciones es
respaldada aun mas por una homologia entre RAG I
y las proteinas invertasa bacterianas (que invierten
segmentos especfficos del DNA por reacciones de
recombinacion similares). De hecho, las proteina
pueden insertar un DNA donador cuyos extremos
libres constan de las secuencias sefial apropiadas
(heptametro-12 /espaciador nonamero -2 3) en un
DNA blanco no relacionado en una reaccion de
tra nsposicion in vitro. Esto sugiere que Ia recombi-
nacion somatica de genes inmunitarios evoluciono
a partir de un transposon ancestral y tambien que
las protefnas RAG se encargan de las translocaciones
cromosomicas donde se conectan loci de Ig o TCR
con otros loci .
Las horquillas de los extremos de codificacion
proporcionan el sustrato para Ia siguiente etapa de
Ia reaccion. Si se introduce una seccion de una sola
cadena cerca de Ia horquilla, en el extrema, una
reaccion de desapareamiento genera !a protrusion
de una sola cadena. La sfntesis de u n complemento
para Ia cadena unica expuesta convierte entonces
el extremo de codificacion en una estructura do -
ble ampliada, reaccion que explica Ia introduccion
de nucleotidos P en los extremos de codificacion;
constan de unos cuantos pares de bases adicio nales
 . .. . .. ...... t

Gen V Gen J-C

TA~AC A G T G{ }A C AAAAA C C
I
G G T T T T T G 1 123 } C ACT G T G ,C"Q;.;;Ge.===~
ATQIGTCAC 12 TGTTTTTGG CCAAAAACA GTGACAC TI:"'
H
Hendidura en una o P
I I
Cadena TA CACAGTG RAG1 ,2 hace una
AT GTGTCAC hendidura en una cadena
Extrema de codificaci6n Extrema seiial de cada union
en horquilla romo
El -OH libre ataca el
enlace en otra cadena
y crea horquillas en los
extremos de codificaci6n
'f Se escinde una cadena
TA-O
AT-P adyacente a Ia horquilla
La cadena escindida se
separa para generar un
T
ATA
Recorte
! Adici6n
GGCCG
c~::::=:=.
extrema libre (las bases
afectadas se muestran

~~
en negro)
T~ Recorte del extrema,
AT c
adici6n aleatoria de
nucle6tidos (N) o ambos
Extrema de codificaci6n Extrema de

~
/codificaci6n
TA
AT
Extremos de
codificaci6n
! "NfilGtfCCl Se llenan los extremos
NNCCGGC ===;- de una sola cadena

unidos Nucle6tidos P

/
TA NNGGCCG Los extremos de
AT NNCCGG cr:====== codificaci6n se unen

Nucle6tidos N/

El procesamiento de los extremos de codificaci6n introduce variabilidad en la

union .

relacionados con el extrema de codificacion origi-
nal, pero de orientacion invertida.
Tambien pueden insertarse algunas bases adi-
cionales aparentemente con secuencias aleatorias
entre los extremos de codificacion que se conocen
como nucle6tidos N. La insercion se debe ala acti-
vidad de la enzima transferasa de desoxinucleosido
(que se sabe es un componente activo de los linfoci-
tos) en el extrema libre de codificacion 3' generado
durante el proceso de union .
Asf pues, los cam bios en Ia secuencia durante Ia
recombinacion son consecuencia de los mecanismos
enzimihicos implicados en Ia escision y nueva union
del DNA. En Ia recombinacion de Ia cadena pesada
se pierden pares de bases o se insertan en las uniones
VH-D, D-J, o ambas; tambien ocurren deleciones en
la union VA-JA, pero la inserci6n en esas uniones es
desusada. Los cambios de secuencia afectan al ami-
no<kido codificado en las uniones V- D y D -J de las
cadenas pesadas o en Ia union V-J de las ligeras.
Estos diferentes mecanismos, juntos, aseguran que
una union de codificacion puede tener una secuencia di-
ferente de la pronosticada par la union directa de los ex-
tremos de codificacion en las regiones v; D, y J.
Los cambios de secue ncia de la union hace n
posible codificar una gran variedad de aminoacidos
en este sitio. Es interesante que el aminoacido de
Ia posicion 96 es creado por la reaccion de juntura
V-J; forma parte del sitio de union del antfgeno y
puede tambien involucrarse en ellogro del contacto
entre las cadenas ligeras y las pesadas, de modo que
la maxima diversidad se genera en el sitio que hace
contacto con el antfgeno blanco.
Los cambios en el numero de pares de bases de
Ia union de codificacion afectan el marco de lectura.
El proceso de union parece ser aleatorio respecto del
marco de lectura, de manera que probablemente
solo el 3 3% de las secuencias unidas conserva el
marco apropiado de lectura de union a union . Si
la region V-J se une de man era que el segmento J

23.10 Las proteinas RAG catalizan la rotura y la nueva union 585

 quede desfasado, la traduccion termina prematura-
mente con un codon de finalizacion en el marco in-
correcto. La formacion de genes aberrantes se puede
considerar como el precio que Ia celula debe pagar
por tener una mayor cliversidad, Ia cual es obtenida
al ajustar la secuencia en el sitio de union.
En las reacciones de union que involucran al
segmento D de Ia cadena pesada se genera una di-
versidad similar, incluso mayor; el resultado obser-
vado es el mismo respecto del marco de lectura; los
genes no productivos son generados por sucesos de
union que ubican a J y C fuera de fase respecto del
segmento genico V precedente.
La reaccion de union que funciona en el extre-
mo de codificacion utiliza Ia misma via de union
terminal no homologa (NHEJ) con que se reparan
secciones de la doble Cadena en las celu!as (vease
seccion 20.11 , Las celulas eucarioticas han conser-
vado sistemas de reparacion). Las etapas iniciales de
la reaccion fueron identificadas por el aislamiento
de productos intermedios de linfocitos de raton con
Ia mutacion de inmunodeficiencia combinada grave
(SCID) , que da Iugar a un grado muy disminuido de
actividad en Ia recombinacion de inmunoglobulinas
y TCR. Los ratones SCID acumulan moleculas rotas
que terminan en perclidas de continuidad de Ia do-
ble cadena en los extremos de codificacion, de modo
que no son competentes para concluir algunos as-
pectos de Ia reaccion de juntura. La mutacion SCID
desactiva una cinasa de protefnas dependiente del
DNA (DNA-PI<). La cinasa es reclutada en el DNA
por las proteinas Ku70 y Ku80, que se unen a los
extremos del DNA. La DNA-PK produce fosforila-
cion de la protefna Artemis, que provoca una hen-
didura en los extremos en horquilla y, por tanto, la
Promotor
inactive
Ex6n V Exones C
l Recombinaci6n
..........
: Activaci6n :
l'
Promotor Reforzador
-Transcripci6n.....,.
Un promotor genico Vesta inactivo hasta que
la recombinaci6n lo lleva cerca de un reforzador del segmento
del gen C. El reforzador esta activo s6lo en los linfocitos B.
586 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
desactiva (tambien tiene actividad de exonuclea-.:
y endonucleasa en Ia via NHEJ) . La union real .
realizada porIa ligasa IV de DNA y tambien requce-
re de Ia protefna XRCC4. Como resultado, en i~
protefnas Ku y XRCC4 o en Ia ligasa IV de D -__
de pacientes humanos con enfermedades produ - -
das por deficiencias en la reparacion del DNA, :-
encuentran mutaciones que producen una may -
sensibilidad a la radiacion.
,;_ Cual es Ia relacion entre Ia union de los se;
mentos genicos V y C y su activacion? Los segment -
del gen V sin rearreglo nose presentan de manera c.:-
tiva en el RNA. No obstante, cuando un segmento (L
gen V se une de manera productiva a un segmer:.:
de C"' Ia unidad resultante se transcribe. La secue:::-
cia de direccion ascendente de un segmento del ge-
V no se modifica con Ia reaccion de union; con -
resultado el promotor tendra que ser el mismo en los:-:-
nes sin rearreglo, o con rearreglo, ya sea no productih-
productivo.
En direccion ascendente de cada segmento ':-
gen V se encuentra un promotor, pero esta inacti'
y para que se active, debe relocalizarse en la region L
El efecto dependera de secu encias en direccion d _
cendente. ,;_Cual seria su participacion? Un reforzad -
localizado en el segmento del gen C, o en direcci '
descendente respecto del rnismo, activa al promor ~
en el segmento del gen V. El reforzador es especffic
de tejidos y esta activo solo en celulas B. Su existen ."
sugiere el modelo ilustrado en Ia ' :'..::~ , don L
el promotor del segmento del gen V es activado cua:::.
do se lleva dentro de los lfmites del reforzador.
Bill La expresi6n de la cadena
pesada temprana puede
cambiar por procesamiento
del RNA
Conceptos principales
Todos los li nfocitos empiezan por si ntetizar la forma de
Ig Munida a la membrana.
Un cambio en el empa lme del RNA hace que sea
remplazado por la forma secretada cuando la celula B
se diferencia .
El periodo de sintesis de IgM con que se inicia e
desarrollo dellinfocito consta de dos partes, durar:.-
te las cuales se sintetizan versiones diferentes de ! -
region constante 11:
Conforme una cetula madre se diferencia er:.
un pre-linfocito B, se sintetiza una caden=.
ligera acompaiiante y aparece Ia molecw;
de IgM (L2 p 2 ) en Ia superficie de Ia ceJuJa
Esa forma de IgM contiene Ia version ).lm de
 la region constante (la m indica que la IgM
esta localizada en la membrana). La locali-
zacion en Ia membrana puede relacionarse
con Ia necesidad de iniciar la proliferacion
celular en respuesta al primer reconoci-
miento de un antfgeno.
Cuando el linfocito B se diferencia mas en
direccion de celula plasmatica, se expresa Ia
version P, de Ia region constante. La IgM en
realidad es secretada como un pentamero
IgM 5J donde J es un polipeptido de union
(sin conexi on con la region J) que forma en-
laces disulfuro con las cadenas p . La secre-
cion de la protefna va seguida de la respuesta
humoral que se muestra en la Figura 23.1.
Las versiones Pm y P, de la cadena pesada p di-
fieren solo en el extrema terminal C. La cadena Pm
termina en una secuencia hidrofobica que proba-
blemente la fije en la membrana. Dicha secuencia
~ I 4 I
El gen c. tiene 6 exones
M1
Etapa secretora
El RNA nuclear termina despues del ex6n 4
El HNAm tiene solo cuatro exones
--~~~~~~~~ AAAA
l Empalme
El extrema 3' cantrala el usa de unianes de
empalme, de manera que se expresen formas alternas del gen
de cadena pesada.
Tipo lgM
Cadena pesada Jl
Estructura (il2~)5J
Praporci6n 5%
Funci6n efectora Activa el
complemento
J d.~., EL tipo y funci6n de La inmunoglobulina dependen de la cadena pesada. La J es una
proteina de union en la IgM; todos los demas tipos de Ig corresponden a tetrameros.
es sustituida por una secuencia hidrofflica mas corta
en ].1 la sustitucion permite que la cadena pesada J.1
5
;
pase a traves de la membrana. El cambia en el ex-
trema C se logra por un suceso de empalme alterno
controlado por el extrema 3' del RNA nuclear, como
se ilustra en Ia T l.
En la etapa de union con la membrana, el RNA
termina despues del ex on M2, y la region cons tan-
te se produce por el empalme de seis exones. Los
primeros cuatro codifican a los cuatro dominios de
la region constante, en tanto que los ultimos dos,
Ml y M2, codifican el segmento hidrofobico de 41
bases de Ia region C terminaL que es un remolque
no traducido. La union de empalme 5' con el exon
4 se enlaza con Ia union de empalme 3' en el inicio
de Ml.
En la etapa de secrecion, el RNA nuclear termi-
na despues del ex on 4. Se ignora Ia union de em pal-
me 5' en ese exon, Ia cual habfa estado relacionada
con Ia forma Ml en Ia membrana, de modo de per-
mitir que el exon se extienda otros 20 codones.
En otras regiones constantes se encuentra una
transicion similar de Ia forma de membrana ala se-
cretada. La conservacion de las estructuras de exon
sugiere que el mecanismo es el mismo.
M2
fiB El cambio de clase es producto
de la reco mbinaci6n del DN A
AAAA Canceptos principales
Las inmunoglobulinas se dividen en cinco clases, segun
el tipo de region constante de La cadena pesada.
El cambia de clase para modificar La region CH se debe
a una recombinacion entre las regiones S que lleva a La
deleci6n de La region entre la antigua CH y la nueva.
Pueden presentarse multiples recombinaciones de
cambios sucesivos.
La clase de inmunoglobulina se define por el tipo
de region CH. En Ia F u - . , se resumen las cin-
co clases de Ig. La IgM (primera inmunoglobulina
producida por alguna de las celulas B) y la IgG (la
conocida) poseen Ia capacidad medular de activar a!
lgD lgG lgA lgE
8
82~
1%
Desarrollo de Activa el Se encuentra Respuesta
tolerancia (?) complemento en las secreciones alergica
23 .12 El cambia de clase es producto de la recombinaci6n del DNA 587
 complemento, y de ahf Ia destruccion de las celulas
invasoras. La IgA se encuentra en las secre ciones
(como Ia saliva) y Ia IgE se vincula con Ia respuesta
alergica y Ia defensa contra los parasitos.
Todos los linfocitos inician su vida productiva
como celulas inmaduras que participan en la sfntesis
de IgM, las celulas que la expresan tienen el arreglo de
grupo del segmento del gen CH de linea germinativa
que se muestra en la Figura 23 .10. La reaccion de
juntura V-D-J desen cadena !a expresion del seg -
mento del gen C . En general, u n linfocito produce
~
solo una clase de inmunoglobulina en un momenta
dado, pero dicha clase puede cambiar en ellinaje
celular, dicho cambia se llama cambio de clase y
se debe ala sustitucion del tipo de region CH que se
expresa. El cambia puede ser simulado por efectos
ambientales, por ejemplo, el factor de crecimiento
TGF~ causa un cambia de CP a Ca. .
El cambia se produce solo en el segmento del gen CH;
el mismo segmento VH sigue expres(mdose, de modo que
un segmento dado del gen VHpuede expresarse con
exito en combinacion con mas de un segmento del
gen CH. La misma cadena ligera continua expresan-
dose en t odo ellinaje de !a celula, por lo tanto, el
cambia de clase permite modificar el tipo de res-
puesta efectora (mediada porIa region CH) , mientras
se mantiene la misma capacidad de reconocimiento
de an tfgeno (mediada por las regiones V) .
~ .. .
VDJ ~ 8 ~ "11
[
Genes
Regiones s~ Sy1
5'{3
de cambia
siJ _ . Recombinaci6n s11
_,,p,,;''""'"~ -C ;
VDJ "11 ~~ ju
n cendente respecto del gen expresado. En la Figura
S~ , "( 1 Sf2b Sy 2a SE S[J.1
siJ, y 1 . . . Recombinaci6n s[J.1
- Se expresa el gen o.1 __...
VDJ [].1 [].2
Puede haber un cambia de clase de genes de cadena
pesada por recombinaci6 n entre regiones de cambia (S) , con deleci6n
del material entre los sitios S de recombinaci6n. Los cambios pueden
ser sucesivos.
588 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
Los cambios en Ia expresion de segmentos del
gen CH son de dos tipos; la mayor parte ocurre por
sucesos adicionales de recombinacion del DNA qu
implican un sistema diferente del encargado de Ia
juntura V-D-J (que puede fu ncionar solo en etapa
posteriores del desarrollo de !a ce lula B). El otr
tiene Iugar en el ambito del procesamiento del RNA
qu e en general se relaciona con el cambia de la se-
cuencia C terminal de Ia region Cw mas que con un
cambia de clase (ver seccion 23. 11, La expresion
temprana de Ia cadena pesada puede cambiar por
procesamiento del RNA).
Las celulas que se expresan en direccion des-
cendente respecto de los segmentos del gen CH tie -
nen deleciones de CP y de los otros segmentos geni-
cos que preceden a! segmento expresado de dich
gen. El cambia de clase se debe a una recombina-
cion para ubicar un nuevo segmento del gen CHen
yuxta posicion con Ia unidad V-D -J expresada. La
secuencias de las unidades V-D-J -CH modificadas
mu estran que los sitios de cambia, denominados
regiones S, estan en sentido ascendente respect
de los segmentos del propio gen CH' En Ia ..,u
se m uestran dos cambios sucesivos.
En el primer cambia, la expresion de CP vase-
guida por la de C,11, segmento genico que es llevad
ala posicion expresada por recombinacion entre lGls
siti os SP y 511 . El primero yace entre los segmento>
genicos V-D-J y CP, y S1, en direccion ascenden -
te respecto del segmento del gen C11; entre los do>
sitios de cambia, Ia secuencia de DNA se escind
como molecula circular. El modelo de delecion li-
1~ 1[]. E [].1 [].2
neal impone una restriccion al locus del gen de la
5 y2b
- --
So.1 5 [].2
cadena pesada, una vez que se ha hecho un cambia dr?
5.1 2a SE clase, es imposible expresar cualquier segmento genico C
8 que hubiera residido entre C1, y el nuevo segmento genicc
~
CH. En el ejemplo de Ia Figura 23 .1 8, las celulas que
DNA
circular expresan c yl deberfan ser capaces de originar celula
escindido que expresaran C.,y que ha sido eliminado.
No obstan te, 'deberfa ser posible realizar otr
E [].1 [].2
cambia a cualquier segmento del CH en sentido des-
Sa2 23.18 se muestra un segundo cambia ala expre-
sion de ( e< [ogradO por recombinaciOn entre Sa I Y
Ia region de cambia S" " generada con el cambia
original.
Se supone que todos los segmentos genicos CH
tienen regiones S en direccion ascendente respecto
de las secuencias de codificacion, pero no se sabe
si hay alguna restriccion en el u so de las regiones
S, que experimentan cambios secuenciales, si bien
se ignora si so n optativos u obligatorios para pro-
ceder hacia los segmentos posteriores del gen CH.
Tambien serfa interesante saber si Ia IgM puede
cambiar directamente a cualquier otra clase. Las re-
giones S yacen en los intrones que preceden a las
regiones de codificacion del gen Cw de modo que
con el cambio no se modifica el marco de lectura
de Ia traducci6n.
fD!l El cam bia se debe a una nueva
reacci6n de recombinaci6n
Conceptos principales
Habra un cambia por una rotura de la doble cadena
seguida de La reaccion de union no homologa de
extremos.
La caracteristica importante de una region de cambia
son las repeticiones invertidas.
El cambia requiere de activacion de los promotores que
estan en direccion ascendente respecto de los sitios de
cambia.
Se sabe que los sitios de cambio no se definen de
una sola manera, pues diferentes celulas qu e ex-
presan el mismo segmento genico CH h an mostrado
recombinacion en puntos diferentes. La longitud de
las regiones de cambio varfa (segun definen los lfmi-
tes de los sitios implicados en Ia recombinacion) de
1 a 10 kb; contienen grupos de repeticiones cortas,
invertidas, cuya longitud fluctua entre 20 y 80 uni-
dades de nucleotidos. La secuencia primaria de Ia
region de cambio no parece ser importante, lo que
interesa son las repeticiones invertidas.
Una region S su ele localizarse -2 kb en direc-
cion ascendente respecto de un segmento del gen
Cw La reaccion de cambio libera el material escin-
dido entre los sitios de cambio como una molecula
ponder a los activadores, que a su vez responden a
las condiciones ambientales, como Ia estimulaci6n
por citocinas, lo cual da Iugar a un mecanismo para
regular el cambio . Asi pues, Ia primera etapa en el
cambio es la activacion de los promotores I que es-
tan en direccion ascendente respecto de cada una
de las regiones de cambio que participan. Cuando
esos prom otores se activan, generan productos de
transcripcion esteriles que se empalman para unir a
Ia region I con Ia correspondiente region constante
de Ia caden a pesada.
La clave para descifrar el m ecanismo del cam-
bio fue descubrir Ia n ecesidad de Ia en zima AID
(desaminasa de citidina inducida por activacion) ,
pues sin ella, el cambio de clase se in terrumpe an-
tes de la etapa de producci6n de Ia hendidura. La
mutacion somatica tambi en resulta obstaculizada,
lo cual muestra una conexi6n interesante entre
dos procesos funda m entales para la diversificaci6n
inmunitaria (vease la seccion 23.1 5, La mutacion
soma tica es inducida porIa desaminasa de citidina
y la glucosilasa de uracilo).
La AID se expresa solo en una etapa especifica
durante Ia diferenciaci6n de los linfocitos B, lo cual
restringe los procesos de cambio de clase y mutacion
somatica a esta etapa. La AID es miembro de una
clase de enzimas que actua en el RNA para conver-
tir una citidina en uridina (vease secci6n 27.10, La
Expresi6n
VDJ l.l E

de DNA circular, para lo cual se requieren dos de Genes ~I

las proteinas que intervienen en la fase de union Regiones de IS IS
de la recombinacion de VDJ (y tambien en Ia via de
union general de extremos no homologos, NHEJ),
cambio
l
Ku y DNA-PKcs, lo cual sugiere que Ia reaccion de
Productos de ! VDJI.l
transcripci6n l ~ ll.l
u nion podria usar Ia via NHEJ. Basicamente, esto empalmados
implica que Ia reaccion se debe a una fractura de Ia Escisi6n
doble cadena segu ida de una nueva union de los Escisi6n Escisi6n
extremos separados. En Ia generacion de Ia fractura
de Ia doble cadena se pueden conj untar las carac- VDJ ll.l lE
terfsticas de Ia rea ccion para proponer un modelo I
cuyos puntos criticos son:
Se requiere transcripcion a traves de Ia re-
VDJ E
gionS;
las repeticiones invertidas son cruciales, y
Ia fractura puede ocurrir en m uchos sitios
diferentes de Ia region S. Productos de transcripci6n
l VDJE
En Ia se muestran las etapas de Ia empalmados
reaccion de cambio de clase. Un promotor (I) yace
inmediatamente en direccion ascendente respecto El cambia de clase pasa por etapas bien defi nidas. Los
de cada region de cambio que implica Ia transcrip- promotores I inician la transcripcion de productos esteriles. Las regiones
ci6n desde ese promotor. Este ultimo podria res- de cambio se escinden . Las regiones esci ndidas se unen.

23.13 El cambio se debe a una nueva reaccion de recombinaci6n 589


Repeticiones invertidas
~ Transcripci6n
Cadena que no es molde
Cadena molde
Cuando en La transcri pci6n se separan las ca-
denas del DNA, una puede formar una repetici6n invertida si La
secuencia es palindr6mica.
edici6n del RNA ocurre en las bases individuates),
pero su especificidad diferente y actua en el DNA
de una sola cadena.
Para el cambia de clase y Ia mutacion soma-
tica tambien se requiere de otra enzima, Ia UNG,
una glucosilasa de uracilo del DNA que elimina el
uracilo que genera Ia AID por desaminacion de Ia
citidina . En los ratones con deficiencia de UNG, el
cambia de clase disminuye l 0 veces, lo cual sugiere
un modelo en que las acciones sucesivas de AID y
UNG crean sitios que han perdido una base en el
DNA, con consecuencias diferentes en el cambia de
clase y los sistemas de mutaci6n somatica .
La fuente del DNA de una sola cadena, blanco
de la AID, se genera por el proceso de transcrip -
cion esteril, muy probablemente por exposicion de
Ia cadena de DNA que no es molde y que es des-
plazada cuando Ia otra se usa como molde para Ia
sfntesis de RNA. Este fen6meno es respaldado por
la observacion de que Ia AID hace blanco preferen-
temente en citidinas de Ia cadena que no funciona
como molde.
Para dar Iugar a un cambia de clase, estos sitios
se convierten en roturas de Ia cadena nucleotfdi-
ca que proporcionan los sucesos de escision que se
muestran en Ia Figura 23.19. Los extremos rotos
se unen con Ia via 1\THEJ, sistema de reparacion que
incide en las roturas de Ia doble cadena del DNA
(vease Ia seccion 20.12, Un sistema comun repara
las roturas de Ia doble cadena) . Nose sa be aun como
los sitios sin bases se convierten en roturas de do -
ble cadena; podrfa necesitarse el sistema de hidrato
de silicato de magnesia (MSH) que participa en Ia
reparaci6n de apareamientos incorrectos del DNA,
pues las mutaciones del gen MSH2 aminoran los
cambios de clase.
Una caracterfstica no explicada es Ia participa-
ci6n de las repeticiones invertidas; quiza se formen
590 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
horquillas por Ia interaccion entre las repeticione_
invertidas de Ia cadena desplazada que no sirve de
molde, como se muestra en Ia , lo cua
combinado con Ia generacion de sitios sin bases er.
esa cadena, podrfa llevar ala rotura.
Dos interrogantes crfticas siguen sin respuesta
(.Como hace blanco el sistema en las regiones apro-
piadas del locus de Ia cadena pesada? LQue control.:
el uso de los sitios de cambia?
f1D La mutaci6n somatica genera
otras diferencias en el raton
y el ser humano
Conceptos principales
Los genes activos de inmunoglobulina tienen regiones
V con secuencias que cambian respecto de La linea
germinativa par mutaci6n somatica.
Las mutaciones ocurren como sustituciones de bases
individuates.
Los sitios de mutaci6n se concentran en los sitios de
union de ant\geno.
El proceso depende del refo rzador que activa La
transcripci6n en el locus Ig.
Las cbmparaciones entre las secuencias de los genes
de inmunoglobulina expresados y los segmentos
genicos V correspondientes de Ia Hnea germinativa
muestran que en Ia poblaci6n expresada aparecen
nuevas secuencias. Parte de esa diversidad adicional
es resultado de los cambios de secuencia en las jun-
turas V-J o V-D-J ocurridos durante el proceso de
recombinacion, mientras que otros se presentan en
ubicaci6n ascendente en sitios del dorninio variable.
Los cambios en las secuencias genicas V despues
de que se ha obtenido un gen funcional de inmu-
noglobulina por rearreglo son generados por dos
tipos de mecanismos. En el raton y el ser humano,
dicho mecanismo es Ia inducci6n de mutaciones
somaticas en localizaciones espedficas del gen. en
especial en ellinfocito activo. El proceso suele lla-
marse hipermutaci6n. En pollos, conejos y cerdos,
un mecanismo diferente aprovecha Ia conversion
genica para cambiar un segmento del gen V expre-
sado en Ia secuencia correspondiente de un gen V
diferente (ver secci6n 23.16, Las inmunoglobulinas
aviarias se ensamblan a partir de seudogenes ).
Para identificar los fragmentos correspondientes
de Ia lfnea germinativa se puede usar una sonda que
represente un segmento genico V expresado, cuyas
secuencias deben identificar el repertorio completo
disponible para el organismo. Cualquier gen expre-
sado cuya secuencia sea diferente, debe haber sido
generado por cambios somaticos.
 Asegurar que cada contribuyente potencial de
los segmentos genicos V de la linea germinativa en
realidad ha sido identificado constituye un proble-
ma, el cual se resuelve con la sencillez del sistema de
cadena 'A en el raton. En una encuesta entre pacien-
tes con mieloma, que producen cadenas \, se ob-
serv6 que muchos tienen Ia secuencia del segmento
unico de lfnea germinativa, pero otros tienen nuevas
secuencias que deben haberse generado por mutaci6n del
segmento genico de La linea germinativa.
Para determinar Ia frecuencia de Ia mutacion
somatica en otros casos es necesario revisar gran
numero de celulas en que se exprese el mismo seg-
mento genico V. Un procedimiento practico para
identificar a ese grupo es caracterizar las inmuno-
globulinas de una serie de celulas, todas con expre-
sion de una respuesta inmunitaria ante un antfgeno
en particular.
Los epftopos utilizados para este fi n son peque-
fias moleculas, haptenos, cuya estructura definida
posiblemente provoque una respuesta coherente, a
diferencia de una protefna grande, de Ia cual, dife-
rentes partes producen anticuerpos diversos. Un hap-
teno se conjuga con una protefna no reactiva para
formar el antfgeno. Las celulas se obtienen por imnu-
nizacion de ratones con el antfgeno y recuperacion
de linfocitos reactivos y, en ocasiones, por !a fusion
de esos linfocitos con el mieloma (tumor inmortal)
para generar un hibridoma, que sigue expresando
de manera indefinida el anticuerpo deseado.
En un ejemplo, 10 de 19 lfneas celulares dife-
rentes que producen anticuerpos dirigidos contra el
hapteno fosforilcolina, tenian Ia misma secuencia
VH' que era el segmento Tl 5 del gen V de !a lfnea
germinativa, uno de los cuatro genes VH relaciona-
dos. Los otros nueve segmentos genicos expresados
diferian entre sf y de los cuatro miembros de linea
germinativa de Ia familia; tenfan una relacion mas
estrecha con !a secuencia de lfnea germinal T15 que
con cualquiera de las otras, y sus secuencias flanco
eran las mismas que rodean a T15, lo cual sugirio
que se originaron en un miembro Tl5 por mutaci6n
somatica.
En Ia ., se muestra que los cambios
de secuencia se localizan en torno al segmento ge-
nico V, con extension en una region desde - 150 bp
en direccion descendente respecto del promotor del
gen Vy abarcando - 1. 5 kb; romanIa forma de sus-
tituciones de pares de nucle6tidos individuales. Por
lo general, hay -3 a -15 sustituciones, que corres-
ponden a < 10 cambios de aminoacidos en Ia protef-
na. Se concentran en el sitio de union de antfgen o
(generando asf Ia maxima diversidad para reconocer
antigenos nuevos) . Solo algunas de las mutaciones
afectan Ia secuencia de aminoacidos, pues otras ya -
23 .15 La desaminasa de citidina y la glucosilasa de uracilo inducen la mutacion somatica
VDJ 2 kb c
'l La mutacion somatica tie ne lugar en la region
que circunda al segmento Vy se extiende sobre los seg mentos
VDJ unidos.
cen en posiciones de codificacion de tercera base,
asi como en regiones no traducidas.
La gran proporcion de mutaciones ineficaces
sugiere que Ia mutacion somatica es mas o menos
aleatoria en una region que incluye el segmento
genico V y que va mas alia. Algunas mutaciones
muestran Ia tendencia a recurrir muchas veces, y
podrian representar puntos calientes como resulta-
do de alguna preferencia intrfnseca del sistema.
AI parecer, durante Ia proliferacion clonal, Ia
mutacion somatica ocurre con una frecuencia de
-1 o-3 /bp por generaci6n celular. Casi Ia mitad de las
celulas de Ia progenie gana una mutacion , de mane -
ra que las celulas que expresan anticuerpos m utados
se convierten en una fra ccion elevada del don.
En muchos casos se usa de m an era sistematica
una sola familia de segmentos genicos V para res-
ponder a un antfgeno en particular. Supuestamente,
ante Ia exposicion a un antigeno, la region V con
afinidad intrinseca mas alta proporciona el punto de
inicio, de m odo qu e Ia mutaci6n somatica aumenta
el repertorio . Las mutaciones aleatorias tienen efec-
tos impredecibles en la funcion protefnica; algunas
Ia desactivan, en tanto otras le confieren alta especi-
ficidad para un antfgeno especffico. La proporci6n y
la eficacia de los linfocitos que respon den aumentan
por seleccion en la poblaci6n de linfocitos de las ce-
lulas que tienen anticuerpos en los cuales una m uta-
ci6n h a aumentado Ia afinidad por el antfgeno.
La desaminasa de citidina
y La glucosilasa de uracilo
inducen la mutaci6n somatica
Conceptos principales
Para la mutacion somatica y para el cambia de clase se
requiere de una desa minasa de citidi na.
La actividad de glucosilasa de uracilo-D NA influye en el
patron de mutaciones somaticas.
Una hipermutacio n puede empezar por la accion
secuencial de esas enzimas.
591
 La mutaci6n somatica tiene muchos de los mismos
requisitos que el cambio de clase (vease secci6n
23.13, El cambio ocurre por una reacci6n de re-
combinaci6n nueva):
La transcripci6n debe ocurrir en Ia region
blanco (como en este caso, porIa demanda
del reforzador, que activa la transcripci6n
en cada locus Ig) ;
se necesitan las enzimas AID y UNG, y
participa el sistema de reparaci6n de aparea-
miento err6neos de MSH.
La forma en que el retiro de Ia base desaminada
lleva a Ia mutacion somatica es sugerida por el expe-
rimento que se resume en Ia r . Cuando
Ia AID desamina a Ia citosina, genera uracilo, que
entonces es retirado del DNA por la UNG. Normal-
mente, todas las posibles sustituciones ocurren en
el sitio sin bases, pero si se obstruye Ia acci6n de la
glucosilasa de DNA-uracilo, el resultado sera dife-
rente. Si no se retirara el uraci!o del DNA, tendrfa
que aparearse con Ia adenina durante Ia replicacion,
y en ultima instancia, el resultado serfa la sustitu-
ci6n de un par original C-G con uno T-A. La glu-
cosilasa de DNA-uracilo se puede bloquear intro-
duciendo en las celulas la codificaci6n genica para
La desaminasa de
citidina crea un
par U-G
La glucosilasa de
DNA-uracilo crea un
sitio sin bases
En Ia replicaci6n se
insertan bases en forma
aleatoria en direcci6n
opuesta a Ia hendidura
La replicaci6n de un par
U-G causa transici6n
de G a A
Cuando la acci6n de la desaminasa de citidina (arriba) va seguida de la acci6n
de la glucosilasa de DNA-uracilo se crea un sitio sin bases. La replicaci6n mas alla de ese sitio
debe insertar las cuatro bases de forma aleatoria en la cadena hija (centro) . Si no se elimina el
uraci lo del DNA, su replicaci6n causa t ransici6n de C-G a T-A.
592 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
una protefna que inhiba la enzima. (El gen es un
componente del bacteriofago PSB-2, cuyo genoma
es poco comun porque contiene uracilo, de manera
que es necesario bloquear la enzima durante una
infeccion por fago. ) Cuando se introduce el gen en
una linea de celulas linfodticas es notorio el cambio
en el patron de mutaciones, pues casi todas inclu-
yen la transicion pronosticada de C-G a A-T.
La clave de Ia generacion de una variedad alea-
toria de mutaciones es, por tanto, crear el sitio sin
bases, y despues se recluta el sistema de reparacion
MSH para escindir y sustituir Ia tira de DNA que
contiene el sitio dafiado. La posibilidad mas sencilla
es que si se sustituye por una polimerasa de DNA
sujeta a error, podrfa haber mutaciones. Otra posi-
bilidad es que se creen tantos sitios sin bases, que
los sistemas de reparaci6n se vean rebasados. En
caso de replicaci6n, esto podria llevar a la inserci6n
aleatoria de bases frente a los sitios sin bases. Nose
sabe aun que limita Ia accion de este sistema a la
region blanco para Ia hipermutaci6n.
La diferencia en los sistemas es a! final del
proceso, cuando se introducen roturas de Ia doble
cadena en el cambio de clase, pero se crean m uta -
ciones puntuales individuales durante Ia mutacion
Resultados
experimentales
Patron normal
de mutaci6n
G~A=48%
G~C =39%
G ~ T = 12%
La glucosilasa
de DNA-uracilo
ES BLOQUEADA
G ~A= 84%
G ~ C = 16%
somatica. No se sabe con exactitud donde divergen
los sistemas. Una posibilidad es que las roturas se
introduzcan en sitios sin bases durante el cambio de
clase, pero que se reparen de manera erratica en la
mutacion somcitica, o bien, que se introduzcan las
roturas en ambos casos, pero se reparen en una for-
ma susceptible de error en Ia mutacion some:hica.
f!D Las inmunoglobulinas aviarias
se ensamblan a partir
de seudogenes
Ccncepto principal
En el pollo, un gen de inmunoglobulina se genera
copiando una secuencia de uno de los 25 seudogenes
del gen V de un locus activo unico.
El sistema inmunitario del polio es el paradigma
para conejos, vacas y cerdos, que dependen del uso
de Ia diversidad codificada en el genoma. Un me-
canismo similar es utilizado por el locus unico de
cadena ligera (de tipo A) y el de Ia cadena H. En
Ia 3 t. se incluye una interpretacion de Ia
organizacion del locus A; solo tiene un segmento ge-
nico V funcional, y los segmentos J y C. En direccion
ascendente respecto del segmento V, 1 se encuentran
25 seudogenes v~.. organizados en cualquier orien-
tacion, los cuales han sido clasificados asf porque
presentan delecion de un segmento de codificacion
en uno o en ambos extremos, carecen de sefiales
apropiadas para Ia recombinacion, o ambos. Esta
asignacion se confirma por el hecho de que solo el
segmento genico V). 1 se recombina con el segmento
genico J-C, .
Sin embargo, las secuencias de los segmentos
genicos v,-J-C ~. con rearreglo muestran diferencias
considerables. Un gen rearreglado tiene una o mas
posiciones en que han ocurrido varios cam bios de
secuencia. Casi siempre se puede encontrar una se-
cuencia identica ala nueva en uno de los seudoge-
nes (que no cambian). Las secuencias excepciona-
les que no se encuentran en un seudogen siempre
representan cambios en Ia union de Ia secuencia
original y la modificada.
Asf, para generar diversidad se emplea un m e-
canismo nuevo. Las secuencias de los seudogenes,
de entre 10 y 120 bp de longitud, se introducen
en Ia region V,_ , activa por conversion genica, en
tanto que la misma no modificada no se expresa,
ni siquiera en las primeras etapas tempranas de Ia
respuesta inmunitaria. Es posible que un suceso de
conversion tenga exito cada diez a veinte divisiones
celulares en todas las secuencias V, 1 con rea rreglo.
Al termino del periodo de maduracion inmunitaria,
23.16 Las inmunoglobulinas aviarias se ensamblan a partir de seudogenes
una secuencia con esas caracterfsticas cuenta con
cuatro a seis segmentos cornpartidos que abarcan
toda su longitud y que se derivan de diversos seudo-
genes donadores. Si todos los seu dogenes participa-
ran, jlas combinaciones posibles serfan 2.5 x 10 8 !
La base enzimatica para el copiado de secuen-
cias de seudogen es en el locus expresado depende
de las enzimas involucradas en la recornbinacion,
ademas de que se relaciona con el mecanismo de
hipermutacion somatica que introduce diversidad
en el raton y el h ombre. Para el proceso de conver-
sion genica se necesitan algunos de los genes irn-
plicados en la recornbinacion; por ejernplo, se evita
por la delecion RAD54. Por otra parte, la delecion
de diferentes genes recombinantes (X RCC2, XRCCJ,
y RAD51B ) tiene otro efecto muy interesante, la mu-
tacion sornatica del gen V en el locus expresado .
La frecuencia de las mutaciones somaticas es -10
mayor que la tasa usual de conversion genica.
Estos resultados muestran que la ausencia de
mutacion somatica en el pollo n o se debe a una de-
ficiencia de los sistemas enzirnciticos correspondiente
del raton y el hombre; la explicacion mas probable
para una conexion (o su carencia) entre la recom-
binacion y la mutacion somatica, es que las roturas
no apareadas en ellocus desencadenan la induccion
de m utaciones. Asi pues, el m otivo de la mutacion
somatica en el raton y el hombre, pero no en el pollo,
puede estar en los detalles de la operaci6n del sistema
de reparacion que actua en las roturas del locus. Es
mas eficiente en el polio, de manera que el gen se
repara por conversion antes de que puedan inducirse
mutaciones.
Juntura V-J
La secuencia del seudogen
sustituye Ia parte correspondiente
de v,.1
El locus 'A de cade na ligera del pollo tiene 25 seu-
dogenes Ven direcci6n ascendente respecto de la region fun cional
unica V-J-C. Las secuencias derivadas de los seudogenes, sin em-
bargo, se encuentra n en genes activos V-J-C con rearreg lo.
593
 fD1 La celula B de memona
permite una respuesta
secundaria rapida
Rearreglo del
~
Conceptos principales SCID
RAG1 ,2 gen de lg
La respuesta primaria a un ant\geno es montada por las etc.
celulas B, que no sobreviven despues del periodo de
respuesta. C~lula B de memoria
j Celulas B
Se producen celulas B de memoria con especificidad
para el mismo ant\geno, pero estan inactivas.
.....
~
'
Una reexposici6 n al ant\geno origina la respuesta Mutaci6n
secundaria, en la cual las celulas de memoria se somatica
activan rapidamente. Antigeno
Cambia ~
Respuesta primaria de isotipo

En este momenta ya es posible resumir la relacion

entre la gen eracion de anticuerpos muy afines y
la diferenciacion de Ia celula B. En la Expansion
se muestra que las celulas B se derivan de una po- clonal y
Celulas de
cambio de
blacion autorrenovable de celulas madre de lame- isotipo l merria
dula osea. La maduracion para producir celulas B
depende del rearreglo del gen Ig, que requiere de
las funciones de los gen es SCID y RAGI,2 (ademas Respuesta secundaria
de otros) . Si se bloqu ea el rearreglo genico no se
produ cen celulas B maduras. La especificidad de los
anticuerpos que portan las celulas B depende de las
combinaciones particulares de las regiones V(D )J y
de cualquier nucleotido adicional incorporado du- Expansion I
rante el proceso de union.
clonal 't
La exposicion a un antfgeno desencadena dos
aspectos de la respuesta inmunitaria; la respues-
ta inmunitaria primaria se debe a la expansion
clonal de celulas B en respuesta a un an tfgeno, con
,..., ~

lo cual se gen era un numero importante de celulas
plasmaticas especfficas del antigeno; hay un cambio
de isotipo para gen erar el tipo apropiado de res-
puesta efectora . La poblacion de celulas encarga-
das de Ia respuesta primaria constituye un punto
terminal, pu es no viven mas alla de la respues ta
primaria misma.
El fenomeno de la memoria de Ia celula B
permite preparar para una respuesta irununitaria
secundaria. La mutacion somatica genera celulas B
con mayor afinidad por el antfgeno que no desenca-
denan una respuesta inmunitaria en ese momenta,
aunque podrfan presentar cambios en el isotipo para
seleccionar otras formas de la region CH; se alma-
cenan como celulas de memoria con especificidad
apropiada y tipo de respuesta efectora, pero no estan
activas, se activan cuando hay una nueva exposicion
al mismo antigeno; el antfgeno las selecciona de an-
temano, de modo que pueden montar una respuesta
secundaria muy rapida, sencillamente por expansion
clonal; durante la respuesta secundaria no h ay mas
mutaciones somaticas ni cambios de isotipo.
Celulas plasmaticas
La dife renciaci6 n de La celula B se encarga
de la in munidad adquirida . Las celu las pre-B se convierten en
celulas B por rearreglo del gen de Ig . La exposici6n inicial a un
ant\geno provoca la respuesta primaria y el almacenamiento de
celulas de memoria . La exposici6n subsiguiente a un ant\geno
provoca la respuesta secunda ria de las celulas de memoria.
Las vfas que se re sumen en la Figura 23 .24
m uestran el desarrollo de la inmunidad adquirida,
esto es, Ia respuesta a un antfgeno. Ademas de estas
celulas, hay un conjunto independiente de celulas B
llamado de celulas Ly-1 , las cuales han pasado por
un proceso de rearreglo del gen V y aparentemente
se seleccionan para la expresion de un repertorio
particular de especificidades de anticuerpos. No pre-
sen tan mutacion somatica ni respuesta de memoria,
si bien podrfan participar en Ia inmunidad n atural,
esto es, tener una capacidad intrfnseca para respon -
der ante ciertos antfgenos.
La es una descripcion mas detalla-
da del desarrollo de Ia celula B. El primer paso es la

594 CAPiTULO 23 Diversidad inmunita ria

 Ce 'ula
madre
0
Recombinaci6n ~
DH-JH
Se expresa Ia
Celula pre-8 cadena ligera
grande subrogada
Recombinaci6n ~
VH-DH JH
.Receptor pre-8
1 X 107 celulas de Ia cadena
pesada; cadena
ligera IJ subrogada

El receptor de antigenos de la celula B consta

Celula pre-B de un tetramero de inmunoglobuli na (H2 LJ en lazado con dos
pequeiia copias del heterodimero de transducci6n de senal (Iga~).
fl. expresada
2 X 107 Celulas

a !a de !a cadena p, conforme las celulas se tornan

Celula B inmadura Receptor B de
cadena pesada;
2 X 107 celulas
cadena ligera IJ:
KOJ..
Receptor B de
Celula B madura cadena pesada:
2 X 108 celulas cadena ligera
IJ 0 B: K 0
r 4 El desarrollo de la celula B procede en etapas
secuenciales.
recombinacion de los segmentos D y J de Ia cadena
pesada p, que se logra por recombinacion de V-D,
que genera una cadena pesada p. Como se mostro
antes, en Ia Figura 23. 13, pueden tener Iugar varios
sucesos de recombinacion, incluida una sucesion de
rearreglos no productivos y productivos. Estas celu-
las expresan una protefna que simula una cadena
'A, llamada cadena ligera subrogada (SL) , Ia cual se
expresa en !a superficie y se vincula con Ia cadena
pesada )l para formar el receptor pre-B; es similar a
un complejo de inmunoglobulinas, pero nose com-
porta como ellas.
La produccion de la cadena )l reprime !a sfntesis
de !a cadena SLy las celulas se dividen para con-
vertirse en celulas pre-B pequefias. A continuacion,
se expresa la cadena ligera y aparece u na inmuno-
globulina funcional en !a superficie de las celulas B
inmaduras; se presentan divisiones celulares adicio-
nales y se afiade !a expresion de !a cadena 8 pesada
B maduras.
Las inmunoglobulinas actuan tanto por secre-
cion en las celulas B, como por expresion superfi -
cial. En la se muestra que el complejo
activo de la superficie celular se llama receptor
de Ia celula B (BCR) y consta de u na inmuno-
globulina vinculada con proteinas transmembra-
na llamadas Iga y Ig~, las cuales proporcionan los
componentes de sefializacion que desencadenan las
A. vias intracelulares en respuesta a una union antf-
geno-anticuerpo. La activacion de BCR tambien es
influida por interaccion es con otros receptores, por
ejemplo, para mediar la interaccion de celulas B ac-
tivadas con antigeno y celulas T auxiliares.
IE Los receptores de las celulas
T tienen relaci6n
con las inmunoglobulinas
Conceptos principa les
Las celulas T usan un mecanisme similar de union
V(D)J-C a las celulas B para producir uno de los dos
tipos de receptor de celulas T.
En >95% de los linfocitos T se encuentra TCR a~; la
TCR y8 se encuentra en <5 por ciento.
El linaje linfocitico constituye un ejemplo de opor-
tunismo evolutivo; tanto en las celulas B como en
lasT se utiliza un procedimiento similar para gene-
rar protefnas con una region variable susceptible
de dar Iugar a un a diversidad significativa, en tan-

23.18 Los receptores de las celulas T tienen relaci6n con las inmunoglobulinas 595
 to que las regiones constantes son mas limitada :
contribuyen a una pequefia variedad de funcio nes
efectoras. Las celulas T producen uno de dos tip _
de receptor de celulas T; estos receptores de celul2.
T se sintetizan en momentos diferentes durante e
I desarro llo de las celulas T, com o se resume en .~
I ,, .
El receptor yo se encu entra en < 5% de los linf -
citos T; es sintetizado solo en las primeras etapas de.
desarrollo de las celulas T. En ratones, es el u nic
receptor detectable con < 15 dfas de gestacion , per
Sin rearreglo virtualmente se ha pe rdido para el momento de
nacimiento, en el dfa 20 .
El TCR ex~ se e n cu entra e n >9 5 % de los li -
focitos; se sintetiza m as tarde que el yo, durante e
Sin rearreglo desarrollo de las celulas T. En ratones, empieza a se
detectable entre los dfas 15 y 17 de gestacion. Par~
el nacimiento, es el receptor predominan te, el a le..
es sintet izado por un linaje ind ependiente de Ia..:
celulas involucradas en Ia sfntesis de TCR yo; implic,:
eventos de rearreglo independien tes .
Como las inmunoglobulinas, un TCR debe reco -
El receptor y8 se sintetiza al principia del de- nocer un antfgeno extrafio de estructura impred.e-
sarrollo de la celula T; el TRC ex~ se si ntetiza mas adelante y se
encarga de la inmunidad "clasica" mediada por celulas, en la cible. El problema del reconocimiento de antfgenos
cual se reconocen juntos los antigenos blanco y de histocom- por las celulas B y T se resuelve en Ia misma forma
patibilidad del hospedador. y la organizaci6n de los receptores de Ia celula T.
asemeja a Ia de los genes de inmunoglobulinas e:
el u so de regiones variables y constantes. Cada lor:u:.
se organiza en !a misma forma que los genes de imm .-
noglobulina, con segmentos separados que se juntan p-~
una reacci6n de recombinaci6n especifica dellinfocito. Lo-:
componentes son los m ismos que se encuentran e .
las tres familias de Ig.
La organizaci6n de las protefnas del TCR simu l-
la de las inmunoglobulinas; las secu encias V tien er.
kb 140 120 100 80 60 40 20 Ia misma organiza cion interna general tanto en Ia~
Resumen del a humano: 42 V 61 J protefnas Ig como en el TCR. La region C de este
ultimo se relaciona con las regiones constantes de
Ellocus del TCRex humano tiene segmentos ex Ig y presenta un solo dominio constante, segui-d
y 8 dispe rsos. Un segmento V8 se localiza en el grupo V". Los
segmentos D-J-(8 yace n entre los segmentos genicos Vy J-C". de porciones transmembrana y citoplasmicas. La e -
Ellocus del raton es similar, pero tie ne mas segmentos V8. tructura exon-intron tiene relacion con Ia funcior.
protefnica .
Las sim ilitudes de organizaci6n de los genes de~
TCR y con los de Ig es notoria. Como se resume en
Ia , Ia organ izaci6n del TCR a es simila
a Ia de Ig K, con segmentos del gen V separados de
un conjunto de segm entos J que precede a un sol
v segmento del gen C. La organizacion del locus e~
1
similar en el ser humano y el raton, con solo algu-
nas diferencias en cuanto a num ero de segmento::
500 kb 280 kb 30 20 10 0 del gen Va y de J a (Ademas de los segmentos a.
este locus tambien contiene segmentos o, qu e se
Resumen del~ humano: 47 V, 2 D, 13 J
describen brevemente.)
Ellocus del TCR~ contiene muchos segmentos Los compon entes de TCR ~ son similares a los.
genicos V dispersos en - 500 kb que se encuentran -280 kb en de IgH. En Ia se observa que Ia or -
direcci6n ascendente respecto de los dos grupos D-J-C. ganizacion es diferente, con segmentos del gen ,,-

596 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria

separados por dos grupos, cada uno de los cuales
contiene un segmento D, varios segmentos J y un
segmento del gen C. Tambien en este caso, las uni-
cas diferencias entre el ser humano y el raton yacen
en el numero de unidades vp y JP"
La diversidad es generada por los mismos meca-
nismos que en las inmunoglobulinas; Ia intrfnseca
es resultado de Ia combinacion de una variedad de
segmentos V, J, D, y C; ciertas diferencias adiciona-
les resultan de Ia introduccion de nuevas secuencias
en las uniones entre dichos componentes (en forma
de nucleotidos P y N; vease Ia Fig. 23. 14). Algunas
cadenas TCR ~ incorporan dos segmentos D, gene-
rados por uniones D-D (dirigidas por una organi-
zacion apropiada de las secuencias de nonamero y
heptamero). Una diferencia entre TCR e Ig es que Ia
mutacion somatica no ocurre en los loci de TCR. Las
determinaciones del grado de diversidad muestran
que las 10 12 celulas T del ser humano contienen
2.5 x 107 cadenas adiferentes, relacionadas con 106
cadenas ~ diferentes.
Posiblemente los mismos mecanismos partici-
pen en las reacciones de recombinacion de genes
de Ig en celulas B y genes de TCR en celulas T. Los
segmentos del TCR recombinados son rodeados por
secuencias de consenso nonamericas y heptameri-
cas, identicas a las que utilizan los genes de Ig, lo
cual lleva a pensar seriamente que participan las
mismas enzimas. La mayor parte de los rearreglos
quiza tenga Iugar por el modelo de delecion (vea-
se la Fig. 23.12). Nose sabe como se controla el
proceso de que los loci de Ig se rearreglan en las
celulas B, en tanto que los receptores de celulas T
se rearreglan en celulas T.
La organizaci6n del locus r se asemeja a Ia de
IgA-, con segmentos genicos V separados de una se-
rie de segmentos J -C. En Ia t- - RA 0 se muestra
que ese locus tiene relativamente poca diversidad,
con -8 segmentos V funcionales . La organizacion
es diferente en el hombre y el raton; en el raton
tiene 3 loci J -C funcionales, pero con algunos seg-
mentos de orientacion invertida, mientras que en
el ser humano tiene multiples segmentos J por cada
segmento del gen C.
La subunidad oes codificada por segmentos que
se encuentran en el locus TCRa, como se mostro
en Ia Figura 23.28. Los segmentos D8 -D 8 -J8 -C 8 yacen
entre los segmentos del gen V y los de Jcx-Ca. Am-
bos segmentos D pueden incorporarse a Ia cadena
()para dar Ia estructura VDDJ. La naturaleza de los
segmentos genicos V usados en el rearreglo () es in-
teresante, muy pocas secuencias V se encuentran
en cadenas TCR oactivas. En el ser humano, solo
un segmento del gen V se utiliza de manera general
para el rearreglo o. En el raton se encuentran varios
Raton
v
- ... - .... -
C2J2 J4C4
i
............
Direcci6n de Ia expresi6n
Ser humano J1 C1 J2 C2
v Yy
kb 100 80 60 40 20
Ellocus TCRy contiene un pequeiio numero de
segmentos funcionales del gen V (y ta mbien algunos seudo-
genes no ilustrados) en direcci6n ascendente respecto de los
loci J-C.
segmentos V8, algunos exclusivos del rearreglo o,
pero otros tambien se encuentran en rearreglos a.
Se desconoce Ia base de Ia especificidad para Ia se-
lecci6n de segmentos V en los rearreglos a y ~; una
posibilidad es que muchos de los segmentos del gen
Va pueden unirse al segmento DDJ8, pero que solo
algunos (definidos, por lo tanto, como V8 ) pu edan
proporcionar protefnas activas.
Por el momento, los elementos V que se en-
cuentran en las cadenas () han sido etiquetados
como segmentos del gen V8; sin embargo, noes po-
sible juzgar si son realmente exclusivos del rearre-
glo o. El arreglo disperso de genes implica qu e Ia
sfntesis de los receptores TCR a~ y el receptor yo es
mutuamente exclusiva en cualquier alelo, pues el
locus ose pierde por completo cuando se presenta
el rearreglo Va. -Ja
Los rearreglos en los loci de TCR, como los de
los genes de inmun oglobulina, pueden ser produc-
tivos o no productivos. Ellocus ~ muestra exclusion
alelica, muy parecida a !a de los loci de las inmuno-
globulinas; el rearreglo se suprime u na vez que se
ha generado un alelo productivo. Ellocus a puede
ser diferente; va rios casos de rearreglo con tinuo
sugieren !a posibilldad de que Ia sustitucion de se-
cuencias va podrfa continuar despues de la genera-
cion de un alelo productivo.
f1D El receptor de la celula T actua
con el MHC
Concepto principal
El TCR reconoce un peptide corto unido a un surco
de una proteina del MHC en La superficie de La celula
presentadora.
Las celulas T con receptores a~ se dividen en varios
subtipos con diversas funci ones conectadas con in -
23.19 El receptor de la celu la T actua con el MHC 597
 teracciones entre celulas implicadas en la respuesta
inmunitaria. Las celulas T citot6xicas poseen la ca-
pacidad de lisar una celula blanco infectada, en tan-
to que las celulas T auxiliares facilitan la eliminaci6n
del blanco mediada por la celula T o la interacci6n
antfgeno-anticuerpo mediada por la celula B.
Una diferencia importame entre los anticuerpos
de las celulas By los receptores de las celulas T es la
forma en que manejan el antfgeno. Un anticu erpo
reconoce una region corta (epftopo) en un antfge-
no. El receptor de la celula T se une a un p eptido
pequeiio, de cuatro a cinco aminoacidos de longi-
tud, p rocesado a partir del antfgeno p or reacciones
de escisi6n. El fragmento peptfdico es "presentado"
a la celula T por una protefna del MHC, de m odo
que la celula T reconoce de m anera simultanea al
antfgeno extrano y a una protefna del MHC que
porta Ia celula transportadora, como se ilustr6 an-
tes en Ia Figura 23.2. Tanto las celulas T au xiliares
como las T asesinas actuan de esta forma, pero tie-
nen diferentes requerimientos para la presen taci6n
del antfgeno; en cada caso se utilizan tipos diversos
de protefna del MHC (vease la secci6n 23.20, El lo-
cus de histocompatibilidad mayor codifica m uch os
genes del sistema inmunitario). Las celulas T a uxi-
. rfb of:X'h I iii kl
co4- cos-
Recombinaci6n
mediada por RAG
Expresi6n de TCR~
TCR~ se une a Ia .
cadena a subrogada
Expresi6n de preTCRa.
Se expresan
CD4 y CD8
Expresi6n de TCR~
l El desarrollo de la celula T procede en eta pas
secuenciales.
598 CAPITULO 23 Diversidad in munitaria
liares requieren de la presen taci6n del antigeno p :-
una protefna del MHC de clase II, en tanto que a la._
T asesinas les debe ser presentado por una protefiE
de clase I del MHC.
El receptor TCR a~ se en carga de la funci6n de
las celulas T auxiliares en la inmunidad humoral ~
de las celulas T asesinas en la inmunidad m ediad<.
por celu las, de modo que tiene qu e recon ocer tan -
to el antfgeno extrano como la proteina del MHC
del h ospedador. La p rotefna del MHC se une a ur_
peptido corto derivado del a ntfgeno extraiio y e:
TCR reconoce entonces al peptido en un surco de
la superficie del MHC. Se dice que el MHC prese;:-
ta el peptido al TCR (el peptido se gene ra cuan do
el proteosoma fragmen ta la protefna extraiia para.
producir segmentos de S a 10 moleculas de longi-
tud). Determinado TCR tien e especificidad para un2
proteina del MHC en pa rticular, asf como para e~
antfgeno extraiio. La base para esa doble capacida
es uno de los asp ectos m as in teresantes que esta _
por definirse acerca del TCR a~.
La recombinaci6n para generar cadenas de TCR
funcionales se vincula con el desarrollo dellinfocit
T, segu n se resume en la . La primera
etapa es el rearreglo para formar una cadena TCR
~ activa, que se une a una cadena a subrogada y
sin rearreglo, llamada pre-TC R a. En esta etapa .
el linfocito no ha expresado las pro tefnas de su-
. jilik'
perficie CD4 ni CDS. El heterodfmero pre-TCR se
une entonces al complejo de seiial CD3 (vease m as
adelante ). Las seiiales del complejo desencadenan
varios ciclos de division celular durante los cuales
se rearreglan las cadenas a y los genes CD4 y CDS
se activan, de modo qu e el linfocito se convierte de
CD4-CDs- a CD4+CDS+, momenta del desarrollo que
se denomina selecci6n ~ y genera timocitos DP.
El rearreglo de la cadena a continu a en los ti-
m ocitos DP y el proceso de maduraci6n procede por
selecci6n positiva (para complejos de TCR m aduros
susceptibles de unir u n ligando) y p or selecci6n n e-
gativa (contra com plejos que interactu an con ligan-
dos, propios, inadecu ados ). Ambos tipos de selec-
ci6n implican la interacci6n con protefnas del MHC.
Los timocitos DP mu eren despues de -3 dfas o se
convier ten en linfocitos maduros como resultado
del proceso selectivo. El h eterodfmero de superfi-
cie TCR a~ presenta enlaces cruzados d urante la
selecci6n positiva (lo que rescata a los tim ocitos de
la muerte ). Silos timocitos sobreviven a la selecci6n
negativa subsiguiente, dan origen a las clases defini-
das de linfocitos T que son CD4+CDS- y CD4-CDS+.
El receptor de las celu las T se vincu la con un
complejo de protefn as llamado CD3 que partici-
pa en la tran smisi6n de una seiial que parte de la
superficie de la celula hacia el interior cu a n do su
receptor relacionado se activa por Ia union con el
antfgeno. La imagen actual de los componentes del
complejo receptor de una celula T se ilustran en Ia
Fl J . El punta importante es que Ia interac-
cion de las regiones variables del TCR con el antf-
geno provoca que las unidades ~ del complejo CD 3
activen Ia respuesta de Ia celula T. La activacion del
CD3 constituye el medio por el que los TCR 0'.~ o yo
senalan que han reconocido un antigeno, fenome-
no comparable con Ia constituci6n del receptor de
Ia celula B, en el que Ia inmunoglobulina se vincula
con las cadenas de sefial Iga~ (vease la Fig. 2 3.26).
Aun no se resuelve un dilema clave sabre Ia
funcion de Ia celula T. La inmunidad m ediada por
celulas implica dos procesos de reconocimiento;
el del antfgeno extraiio requiere de la capacidad
de responder a estructuras nu evas, en tanto que
el de Ia proteina del MHC se limita, por supuesto,
a una de las codificadas por el genoma, pero aun
asf, hay muchas protefnas del MHC diferentes, de
modo que en ambas reacciones de reconocimiento,
Ia diversidad requerida es considerable. Tanto las
celulas T auxiliares como las asesinas dependen de
diferentes clases de proteinas del MHC; sin embar-
go, utilizan la misma reserva de segmentos geni-
cos 0'. y ~ para ensamblar sus receptores. Incluso
teniendo en cuenta la introducci6n de variaciones
adicionales durante el proceso de regeneraci6n de
TCR, no se sabe c6mo se ponen a Ia disposici6n
suficientes versiones diferentes del receptor de ce-
lulas T como para satisfacer todas esas exigencias.
La cadena t, es efectora
Las dos cadenas del receptor de la celula T se
vinculan con los polipeptidos del complejo CD3. Las regiones
variables del TCR estan expuestas en la superficie de la celula.
s
Los dominios citoplasmaticos de las cadenas de CD3 desem-
peiian una funci6n efectora.
23.20 Ellocus de histocompatibilidad mayor codifica muchos genes del sistema inmunitario
BE Ellocus de histocompatibilidad
mayor codifica muchos genes
del sistema in munitario
Conceptos principales
Ellocus del MHC codifica las proteinas de clases I y II,
asi como otras del sistema inmunitario.
Las proteinas de clase I son los antigenos de trasplante
encargados de disting uir entre tejidos "propios" y
"ajenos".
Una proteina de clase I del MHC actua como
heterodimero con la ~ 2 microg lobulina.
Las proteinas de clase II participan en las
i ntervenciones entre celulas T.
Una proteina de clase II del MHC es un heterodimero
de cadenas a y ~
Ellocus de histocompatibilidad mayor ocupa un pe-
queiio segmento de un cromosoma en el raton (que
se llama locus H2 ) yen el hombre (llamado locus
HLA); en dicho segmento hay muchos genes que
codifican funciones relacionadas con la respuesta
inmunitaria. En loci genicos individuales cuyos
productos han sido identificados se encontraron
muchos alelos en Ia poblacion; el locus se describe
como altamente polim6rfico, es decir, que cada ge-
noma tal vez sea diferente de los demas. Los genes
que codifican otras funciones tambien se localizan
en esa region.
Los antfgenos de histocompatibilidad se clasi-
fican en tres tipos, segun sus propiedades inmu-
nitarias, ademas de que otras protefnas que se
en cuentran en linfocitos y macr6fagos tienen una
estructura relacionada y son importantes para la
funci6n de las celulas del sistema inmunitario:
Las proteinas de clase I del MHC son antige-
nos de trasplante y se encuentran en todas las
celulas de los mamfferos. Como su nombre sugiere,
se encargan del rechazo de tejidos extrafios, que se
reconocen como tales en virtud de su arreglo es -
pecifico de antfgenos de trasplante. En el sistema
inmunitario deben estar en celulas blanco para la
respuesta mediada por celulas. Las protefnas de cla-
se I se definen serologicamente (por sus propiedades
antigenicas). La clase I de genes murinos codifica
las protefnas H2-K y H2-D /L. Cada cepa de ratones
tiene uno de varios posibles alelos para cada una de
esas funciones. Las funciones de la clase I humana
incluyen los antfgenos de trasplante usuales, HLA-
A, By C.
Las proteinas II del MHC se encuentran en
Ia superficie de los linfocitos B y T, asf como de
los macrofagos. Estas protefnas participan en la co-
municaci6n entre celulas, necesaria para ejecutar
599
 Ia respuesta inmunitaria; en particular, son necesa-
rias para Ia funcion de las celulas T auxiliares. Las
funciones de la clase II murina se definen genetica-
mente como I-A e I-E. La region de clase II humana
(tambien Hamada HLA-D) esta dispuesta en cuatro
subregiones, DR, DQ, DZ/DO, y DP.
Las protefnas del complemento se codifican
en un locus que tambien se conoce como region S,
por suero, o sea que son componentes sericos. Su
funcion es interactuar con complejos antigeno-an-
ticuerpo para dar Iugar a las lisis de celulas en Ia via
clasica de la respuesta humoral.
las protefnas de los loci Qa y Tla se encuentran
en celulas hematopoyeticas murinas; se les cono-
ce como antigenos de diferenciacion porque cada
una se encuentra solo en un subgrupo especifico
de celulas sanguineas, supuestamente relacionada
con su funcion. Tienen vfnculos estructurales con
las proteinas H2 de clase I y, como elias, son poli-
morficas.
Ahora es posible relacionar los tipos de protei-
nas con la organizacion de los genes que las codifi-
can. La region del MHC originalrnenre se definio por
via genetica en el raton, donde Ia region clasica H2
ocupa 0.3 unidades de mapa. Aunada ala region ad-
yacente, donde tambien se encuentran mutaciones
que afectan a la funcion inmunitaria, corresponde
a una region de -2 000 kb del DNA, la cual ha sido
secuenciada completamente en varios mamiferos,
as! como en aves y peces . Comparando estas se-
cuencias se llega a Ia conclusion de que, en general,
Ia organizacion ha sido conservada.
En la Ft ~ .. se resume la organiza cion
genetica del raton y del hombre. Las regiones ge-
nomicas en que se localizan los genes de clases I :
II marcan los limites originales del locus (que va.:-
en direccion de telomero a cen tromero; de derech::
a izquierda, como se muestra en Ia figura ). los ge-
nes de la region que separa a los de clase I y los ci'='
clase II codifican para m uy diversas funciones,
Ia llamada region de clase III. La definicion de I _
extremos del locus varia en funcion de Ia especi
y la region que se encuentra mas alia de los gene-
de clase I, dellado telomerico, se denomina regi ' __
extendida de clase I. Asimismo, la region que es:=.
mas alia de los genes de clase II, del !ado centro
merico, se denomina region extendida de clase [
La principal diferencia entre el raton y el hombre
es qu e, en el raton, la region extendida de clase ~
contiene algunos genes de clase I (H2-K).
En las regiones del MHC de los mamiferos ha:
varios cientos de genes, pero es posible que much~
menos sean los que propo rcionan las funciones de.
MHC, como en el caso del polio, que tiene 92 kb :
solo nueve genes.
Como en las comparaciones de otras familia.
genicas, hay diferencias en cuanto al nu mero exac-
to de genes dedicados a cada funcion. El locus de:
MHC muestra amplias variaciones entre individuos
de modo que el numero de genes puede ser diie-
rente en sujetos diferentes. Como regla general, sir::
embargo, el genoma de raton tiene menos gene~
H2 activos que el humano. Los genes de clase II soc
exclusivos de los mamfferos (excepto un subgrupo)
y como regia, en aves y peces, diferentes genes ocu-
pan su Iugar. Hay -8 genes de clase I funcionales er:
el ser humano y -30 en el raton. La region de clase
I tambien incluye muchos otros genes. Las regione

Raton

Codifica Ia
clase I del 480Mb 700Mb 860Mb
MHC
Codifica Ia Codifica muchos genes Codifica Ia Clase I
clase II del no relacionados clase I del MHC extendida
MHC

Region II
extendida

845Mb 700 Mb 960Mb

100 kb Humano Tel6mero

La regi on del MHC cubre >2 Mb. Las prote1nas del MHC de clases I y II son co-
dificadas por dos regiones separadas. La regio n de clase III se define como el segmento que las
separa. Las regiones extendidas describen segmentos sintenicos a cada lado del grupo. La principal
diferencia entre el raton y el ser huma no son los genes H2 de clase I en la region extendida, a la
izquierda. Ellocus mu rino se localiza en el cromosoma 17 y el humano, en el 6.

600 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria

de clase III son muy similares en seres humanos y
ratones.
Todas las protefnas del MHC son dfmeros loca-
lizados en Ia membrana plasmatica, con una parte
irnportante que protruye en ella do extracelular. Las
estructuras de las protefnas de clases I y II del MHC
estan relacionadas, aunque presentan diferentes
componentes, como se resume en Ia . ft.
Los antfgenos de clase II constan de dos cade-
nas. a y ~- cuya combinaci6n genera una estructura
global en Ia cual hay dos dominios extracelulares.
Todas las protefnas de clase I del MHC constan
de un dfmero entre Ia propia cadena de clase I y Ia
protefna ~2-microglobulina. La cadena de clase I es
un componente transmembrana de 4 5 kD con tres
dominios externos (cada uno de -90 aminoaci-
dos de longitud, uno de los cuales interactua con !a
~2-microglobulina), una region transmembrana
de -40 fragmentos y un dominio citoplasmico de
-30 fragmentos que reside en el interior de Ia ce-
lula.
La ~2 microglobulina es una protefna secretada
de 12 kD necesaria para transportar Ia cadena de
Clase I Clase II
Cadena r:t. Cadena ~
fiGU ~ Los antlgenos de histocompatibilidad de cla-
ses I y II tienen una estructura relacionada. Los antlgenos de
clase I constan de un solo polipeptido (a) con tres do minios
externos (al, a2, a3) que interactua con la microglobulina
~2 W2m). El antlgeno de clase II consta de dos polipeptidos
(a y ~). cada uno con dos dominios (al y a 2, ~1 y ~2 ) y una
estructura global similar.
23.20 El locus de histocompatibilidad mayor codifica muchos genes del sistema in munitario
clase I a Ia superficie de Ia celula. Los ratones que
carecen del gen ~2 de Ia microglobulina no tienen
antfgeno de clase I del MHC en Ia superficie celu-
lar.
La organizaci6n de los genes de clase I, resu-
mida en Ia .b 2~ ., ., coincide con !a estructura
protefnica . El primer exon codifica una secuencia
sefial (escindida de la protefna durante el paso por
Ia membrana). Los siguientes tres exones codifican
a cada uno de los dominios externos, mientras que
el quinto hace lo propio con el dominio transmem-
brana. Los ultimos tres exon es, bastante pequ efios,
codifican juntos al dominio citoplasmico. La unica
diferencia en los genes de antfgenos de trasplante
humanos es que su dominio citoplasmico es codifi-
cado solo por dos exones.
El ex6n que codifica el tercer dominio externo
de los genes de clase I esta muy conservado respec-
to de los otros, y quiza represente la region que in-
teractua con Ia ~ 2 microglobulina, lo cual explica la
necesidad de una estructura con stante. Ese dominio
tambien muestra homologfas con los dominios de la
region constante de las inmunoglobulinas.
.:.Que se encarga de generar el alto grado de po-
limorfismo de esos genes? Casi todas las variaciones
de secuencias entre alelos ocurre en el primero y
segundo dominios externos, a veces asumiendo Ia
forma de un grupo de sustituciones de bases en una
pequefia region. Un mecanismo implicado en su ge -
neracion es Ia conversion entre genes de clase I; hay
tanto seudogenes como genes funcionales.
El gen de Ia ~2 microglobulina se localiza en un
cromosoma separado; tiene cuatro exones, el pri-
mero de los cuales codifica u na secuencia sefial; el
segundo, para Ia mayor parte de Ia proteina (de los
aminoacidos 3 a 95); el tercero para los ultimos cua -
tro aminoacidos y parte del remolque no traducido,
y el resto, para Ia parte restante del remolque.
Clase I
Clase II r:t.
Clase II~ -
~ microglobulina
Ex ones
- No traducidos
Extracelulares -:- Citoplasmaticos
Transmembrana
c; Cada clase de genes del MHC tiene una organi-
zaci6n caracterlstica en que los exones represe ntan dominios
protelnicos individuates.
601
 La longitud de Ia ~2 microglobulina es similar a
Ia de un gen V de inmunoglobulina, con ciertas si-
militudes en cuanto a constituci6n de aminoacidos,
y algunas homologias (limitadas) de la secuencia de
nucle6tidos entre la ~2 microglobulina y los domi-
nios constantes de Ig o el tercer dominio externo del
gen de tipo I. Todos los grupos de genes descritos en
este capitulo pueden haber descendido de un ances -
tro comun que codificaba un dominio primitivo.
fD1 La inmunidad innata utiliza
las vias de senal conservadas
Conceptos principales
La inmunidad innata se desencadena por receptores
que reconocen segmentos (PAMP) altamente
conservados en bacterias u otros agentes infectantes.
Suelen usarse receptores similares a tragamonedas para
activar la via de respuesta.
Las vias se conservan mucho de invertebrados a
vertebrados y se encuentra una via analoga en las
plantas.
La respuesta inmunitaria descrita en este capitulo
comprende un conjunto de reacciones que se pre-
sentan ante un pat6geno por selecci6n de linfocitos
(celulas BoT) cuyos receptores (anticuerpos o TCR)
tienen gran afinidad por el pat6geno. La base de
este proceso selectivo es la generaci6n de un nume-
ro muy considerable de receptores, como para dar
Iugar a una elevada posibilidad de reconocer una
molecula extraiia. Los receptores que reconocen las
proteinas propias del cuerpo son motivo de exclu-
sion en etapas tempranas del proceso . La activa-
ci6n de los receptores de las celulas B desencadena
las vias de la respuesta humoral, en tanto que la
de receptores de las celulas T, desencadena las vias
Organismo Pat6geno Localizaci6n
I
1
Todas las Formilmetionina Casi todas
bacterias las proteinas
La mayor parte Peptidoglucano Pared ce lular
de las bacterias
Bacterias Lipopolisacarido Pared celular
gramnegativas
Levaduras Zymosan Pared celular
Los patrones moleculares relacionados con pa-
t6genos (PAMP) son compuestos comunes a muchas variedades
de bacterias o levaduras; se exponen en caso de infecci6n.
602 CAPITU LO 23 Diversidad inmunitaria
de Ia respuesta mediada por celulas. La respu _
global ante un antfgeno a traves de Ia selecci61. :
receptores de los linfocitos se denomina inmu
dad adaptativa (o inmunidad adquirida).-=
general, Ia respuesta se monta durante varios -
despues de Ia activaci6n inicial de las celulas B - -
que reconocen el pat6geno extraiio. El organis.
conserva una memoria de respuesta que le pern' ~
reaccionar mas rapidamente si vuelve a expone.
al mismo pat6geno. Los principios de Ia inmuni ;_
adaptativa son similares en todos los vertebrad
aunque varian en detalles.
Otro tipo de respuesta inmunitaria ocurre
rapidamente y se encuentra en una mayor varie =
de animales (entre otros, los que no tienen iil.I"L:..
nidad adaptativa). La inmunidad innata depen:.
del reconocimiento de ciertos patrones predefinid
en los pat6genos extraiios, los cuales se han c :-.
servado pat6genos porque son esenciales para :-
funci6n, p ero no se encuentran en las eucario:_
mas elevadas. Por lo general, el segmento es rec
nocido por un receptor dedicado a desencaden2 -
la respuesta innata ante una infecci6n, el cual : :
encuentra en celulas como los neutr6filos y los m<:-
cr6fagos, que hacen que el pat6geno sea fagocitac
y eliminado. La respuesta es rapida porque el co:::-
junto de receptores ya esta en las celulas y no tie :
que amplificarse por selecci6n, esta muy conserva '
y se encuentra en todo tipo de organismos, desC::
moscas hasta el ser humano. Cuando !a respuesc:_
innata puede enfrentar eficazmente una infecci6:::
!a respuesta adaptativa nose desencadena. Hay cie-
ta superposici6n entre las respuestas porque activa-
algunas de las mismas vias, de manera que las ceh.i-
las activadas por la respuesta in nata pueden partie-
par despues en !a respuesta adaptativa.
Los segmentos que desencadenan Ia inmunida.:.
innata suelen denominarse patrones moleculare-s
relacionados con pat6genos (PAMP), yen la '"I.J
se observa que estan ampliamente distribuid :
en una amplia gama de organismos. La formilme-
tionina se usa para iniciar casi todas las proteina_
bacterianas, pero no se encuentra en las eucariota _
El peptidoglucano de la pared celular es exclusi
de las bacterias, en tanto que ellipopolisacarido
(LPS) es un componente de !a membrana exteroa
de !a mayor parte de las bacterias gramnegativas.
que tambien se conoce como endotoxina; causa
del sfndrome de choque septico.
Un descubrimiento clave de la naturaleza de la
inmunidad innata fue Ia participaci6n de los recep-
tores de peaje (TLR); el que se relaciona con e:
receptor ILl de los mamiferos, desencadena la via
en el genero Drosophila, donde controla el desarrollo
dorsal-ven tral. Esto lleva a Ia activaci6n del factor
de transcripci6n dorsal, miembro de Ia familia Rei
que se vincula con el factor NF-K.B de los marniferos.
La bacteria tiene PAMP
La via de Ia inmunidad innata es paralela a Ia via de
peaje, con componentes similares. De hecho, uno
de los primeros indicios de la naturaleza de la in- Peptidos activados
munidad innata en la mosca fue el descubrirniento
LLR extracelular
del factor de transcripci6n Dif (factor inmunitario
(Region rica en leucina)
relacionado-dorsal), que es activado por una de esas
vfas.
Receptor de peaje (TLR)
Las moscas no tienen sistema de inmunidad
adaptativa pero son resistentes a las infecciones mi-
crobianas porque sus sistemas inmunitarios innatos
desencadenan la sintesis de potentes peptidos anti- Factor de transcripci6n
de Ia familia Rei
microbianos, de los cuales se han identi:ficados siete
diferentes en el genero Drosophila, que se sintetizan Peptidos bactericidas
en el cuerpo graso (6rgano equivalente a! hfgado ); y antimic6ticos
dos de los peptidos son antirnic6ticos y cinco actuan
sobre todo en bacterias. La forma en que general- Los peptidos
mente actuan es asesinar el organismo blanco por permeabilizan
permeabilizaci6n de su membrana. Estos peptidos Ia bacteria
se codifican en genes cuyos promotores responden
J La inmunidad innata es dese ncadenada por
a los factores de transcripci6n de la familia Rei. En PAMP. En la mosca da lugar a la producci6n de peptidos que
Ia I se resumen los componentes de las activan los receptores de peaje. Los receptores conducen a una
vfas innatas del genero Drosophila. via que activa un factor de transcri pci6n de la familia Rel. Los
En el genero Drosophila actuan dos vfas de genes blanco para ese factor incluyen peptidos bactericidas y
respuesta innata; una responde principalmente a antimic6ticos, que actuan por permeabilizaci6n de La membra-
na del organismo pat 6geno.
bongos, en tanto que Ia otra hace lo propio sobre
todo contra bacterias gramnegativas; las bacterias
grampositivas pueden desencadenar am bas vfas. En
la se resumen los pasos de cada una.
Los bongos y las bacterias grampositivas activan una
Hongos Bacterias Bacterias

\ ::::z"r""'
cascada que genera peptidos activadores de TLR via
similar a Ia de NF-K.B. El receptor de peaje activa
al factor de transcripci6n Dif (pariente del NF-K.B),
que en ultima instancia conduce ala activaci6n del
peptido antimic6tico, drosomisina. Las bacterias Protea~!
gramnegativas desencadenan una vfa a traves de un
receptor diferente que activa el factor de transcrip-
ci6n Relish, que lleva a la producci6n del peptido
bactericida, actacina. Esta vfa se denomina Imd por
Peptidos

Peaje
(\f)
~.
'
PGRP-SA

Receptor de
JI

uno de sus componentes, una protema que tiene un ~ peaje (TLR) ~

"dominio mortal" relacionado con los encontrados
en las vfas de la apoptosis. Via similar a Ia de NF-KB Via lmd
Los agentes clave de la respuesta a las bacterias
son protefnas Uamadas PGRP debido a su gran afi-
~ ~
Dorsal Factor de Relish
nidad con los peptidoglucanos bacterianos, de las transcripci6n
cuales hay dos tipos. Las PGRP-SA son protefnas
~
de Ia familia Rei
extracelulares cortas que probablemente actuan por
activaci6n de proteasas que desencadenan Ia vfa de
. .
Peptidos
bactericidas y ~
peaje. Las PGRP-LC son protefnas transmembrana Drosom!clna antimic6ticos Alacina
con un dominio extracelular PGRP pero su funci6n
exacta se desconoce.
Una de las vias de inmunidad in nata del genera
La respuesta inmunitaria innata esta muy con- Drosophila tiene relaci6n estrecha con la via para La activaci6n
servada. Los ratones resistentes al choque septico NF-x:B de los mamiferos; La otra tiene componentes relaciona-
presentan mutaciones en el receptor de peaje TLR4 dos con las vias de la apoptosis.

23.21 La inmunidad innata utiliza las vias de sefial conservadas 603

 cuando son tratados con LPS . Un hom6logo hu -
mano del receptor de peaje puede activar algunos
genes de respuesta inmunitaria, lo cual sugiere que
la vfa de Ia inmunidad innata puede tambien fu n-
cionar en el hombre. La vfa de direcci6n descen-
dente respecto de TLR suele ser similar en todos los
casos y por lo generallleva a Ia activaci6n del factor
de transcripci6n NF-KB. Aun nose sabe si Ia vfa de
direcci6n ascendente se conserva y, en particular, si
los PAMP actuan por generaci6n de ligand as que a
su vez activan los TLR o si podrfan interactuar di-
rectamente con eUos. La vfa de direcci6n ascendente
de TLR es diferente en mamfferos y moscas porque
los pat6genos activan directamente los TLR de los
mamfferos. En el caso del LPS, el pat6geno se une
a Ia protefna CD 14 de superficie, lo cual permite
que CD14 active a TLR4 y desencadene Ia vfa de
respuesta innata. Hay -20 receptores enla clase TLR
del genoma humano, indicio de cuantos patogenos
pueden desencadenar la respuesta innata.
Las plantas tienen amplios mecanismos de de-
fensa, entre los cuales hay vfas ana!ogas a Ia res -
puesta innata en animales. Es aplicable el mismo
principia de que los PAMP son segmentos que iden-
tifican al agente como patogeno. Las protefnas que
responden a los patogenos son codificadas por una
clase de genes Hamada de resistencia a la enferme-
dad, muchos de los cuales codifican para receptores
que comparten una propiedad con la clase TLR de
receptores en animales, el dominio extracelular tie -
ne un segmento llamado region rica en leucina
(LLR). El mecanismo de respuesta difiere del de
las celulas animales y se dirige ala activaci6n de una
cascada cinetica de protefnas activadas por mitoge-
nos (MAPK). Muchos pat6gen os diferentes activan
la misma cascada, lo cual sugiere que diversas inte-
racciones pat6geno-receptor convergen en Ia acti-
vacion del primer MAPK, o antes.
f!D Resumen
Las inmunoglobulinas y los receptores de celulas
T son protefnas con funciones analogas en la par-
ticipacion de las celulas B y Ten el sistema inmu -
nitario. Una Ig o una protefna TCR se genera por
rearreglo del DNA en un solo linfocito; la exposicion
a un antfgeno reconocido por Ig o por TCR lleva a
la expansion clonal para generar muchas celu las
con Ia misma especificidad que Ia original. Muchos
rearreglos ocurren en etapas tempranas del desa-
rrollo del sistema inmunitario, de modo que se crea
un gran repertorio de celulas de diferentes especi-
ficidades .
604 CAPITULO 23 Diversidad inmu nitaria
Cada protefna inmunoglobulina es un tetran:::
ro que contiene dos cadenas ligeras identicas y C.
cadenas pesadas identicas. Un TCR es un dfme
que contiene dos cadenas diferentes. Cada cade- -
polipeptfdica se expresa por un gen creado por e:-. -
lace de uno de muchos segmentos V a traves =
segmentos D y J con uno de u nos cuantos segme;:.-
tos C. Las cadenas Ig L (K o A) tienen la estrucr.: -
ra general de V-J-C; las lg H tienen una estructu::-
V-D-J-C, en tanto que TCR a. y y tienen com ...-
nentes del tipo de las caden as lg L; TCR 8 y ~ s
similares a las cadenas H de Ig.
Cada tipo de cadena es codificado por un gr--
grupo de genes V separados del grupo de segmem
D, J y C. Los numeros de cada tipo de segmento y s-_
organizaci6n son diferentes para cada tipo de cade-
na, pero el principia y el mecanismo de Ia recomL -
nacion parecen ser iguales . Las mismas secuencicic
de consenso de nonamero y h eptamero participa::.
en cada recombinacion; Ia rea ccion siempre inc -
plica union de un consenso con espaciamiento d:-
23 bp y un consenso con espaciamiento de l2 bp
La reaccion de escision es catalizada por las prot :-
nas RAG l y RAG2, en tanto que Ia de union lo ~
por Ia misma vfa NHEJ que repara las roturas d~
doble cadena en las celulas. El mecanismo de ac-
cion de las protefnas RAG tiene relacion con :c.
acci6n de recombinacion especffica de sitio cataliza-
da por las resolvasas.
Por Ia u nion de diferentes segmentos V, D, :
J a un segmento C se genera una gran diversida<i
sin embargo, durante el proceso de recombinaci6
se introducen variaciones adicionales en forma de
cambios en las uniones en tres segmentos, asf com
tambien se inducen cambios en los genes de inmu-
noglobulina por mutacion somatica, que requiere
las acciones de Ia desaminasa de citidina y la glu-
cosilasa de uracilo. Las m u taciones inducidas po ~
la desaminasa de citidina posiblemente lleven a !c.
eliminacion del uracilo por la glucosilasa de uracilo
seguida de Ia induccion de mutaciones en los sitio5
donde hay ausencia de bases.
La exclusion alelica asegura que un linfocito
determinado sintetice solo u na Ig o un TCR. Ur:
rearreglo productivo inhibe la aparicion de rearre
glos adiciona les . El uso de la region V depende de
primer rearreglo productivo, pe ro las celulas B de-
jan de usar los genes CH de Ia cadena p inicial por
una de las cadenas H codificadas mas adelante en
direccion descendente. Ese proceso implica un tip
diferente de recombinacion en el que las secuencias
entre la region VDJ y el nuevo gen. CH presentan
delecion. El uso del gen CH da Iugar a m as de un
cambio. El cambio de clase exige Ia misma desami-
nasa de citidina que se necesita para la mutaci6n so-
matica, pero se desconoce su funcion. En una etapa
previa de Ia produccion de Ig, se pasa de la sfntesis
de una version unida a membrana de Ia protefna a
una version de secrecion. Esos cambios se logran
por escision alterna del producto de transcripcion.
La inmunidad innata es una respuesta desen-
cadenada por receptores cuya especificidad esta
predeterminada para ciertos segmentos comunes
en bacterias y otros agentes infecciosos. El receptor
que desencadena Ia vfa es por lo general miembro
de la clase de peaje y Ia vfa simula la desencadenada
por esos receptores durante el desarrollo embriona-
rio. La vfa culmina con Ia activacion de factores de
transcripcion que dan Iugar ala expresion de genes
cuyos productos desactivan al agente infeccioso, en
general por permeabilizacion de su membrana.
Referencias
Ill Los genes de las inmunoglobulinas se ensamblan en
los linfocitos a partir de sus constituyentes
Arti culos de revision
Alt, F. W., BlackwelL T. K., and Yancopoulos, G. D. (1987).
Development of the primary antibody repertoire.
Science 238, 1079-1087.
Blackwell, T. K. and Alt, F. W. (1989). Mechanism and
developmental program of immunoglobulin gene
rearrangement in mammals. Annu. Rev. Genet. 23,
605-636.
Hood, L., Kronenberg, M., and Hunkapiller, T. ( 1985).
T cell antigen receptors and the immunoglobulin
supergene family. Cell40, 225-229.
Tonegawa, S. ( 1983). Somatic generation of antibody
diversity. Nature 302, 575-581.
Yancopoulos, G. D. and Alt, F. W. (1986). Regulation of
the assembly and expression of variable-region genes.
Annu. Rev. Im m unol. 4, 339-368.
Arti culo de investi gaci6n
Hozumi, N. and Tonegawa, S. ( 1976) . Evidence for soma tic
rearrangement of immunoglobulin genes coding for
variable and constant regions. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
73, 3628- 3632.
Ill Las cadenas ligeras se ensamblan par recombinaci6n
simple
Articulo de investi gaci6n
Max, E. E., Seidman, J. G., and Leder, P. ( 1979). Sequences
of five potential recombination sites encoded close to
an immunoglobulin K constant region gene. Proc. Nat!.
Acad. Sci. USA 76, 3450-3454.
f!ll La recombinacion inmunitaria utiliza dos tipos de
secuencias de consenso
Art\ :ulo de investiga ci 6n
Lewis, S., Gifford, A., and Baltimore, D. (1985). DNA
elements are asymmetrically joined during the site-
specific recombination of kappa immunoglobulin
genes. Science 228, 677-685.
Ell La exclusion alelica es desencadenada por rearreglo
producti vo
Artic ulo de revision
Storb, U. (1987). Transgenic mice with immunoglobulin
genes. Annu. Rev. Immuno/. 5, 151-174.
m Las prote\nas RAG catalizan la rotura y la nueva
union
Art\c ulos de revision
Gellert, M. ( 1992). Molecular analysis of VDJ
recombination Annu. Rev. Genet. 26, 425-446.
Jeggo, P. A. ( 1998). DNA breakage and repair. Adv. Genet.
38, 185-218.
Schatz, D. G., Oettinger, M .A., and Schlissel, M.S. (1992).
VDJ recombination: molecular biology and regulation.
Annu. Rev. Immunol. 10, 359-383.
Articulos de investi gaci6n
Agrawal, A., Eastman, Q. M., and Schatz, D. G. ( 1998) .
Transposition mediated by RAG 1 and RAG2 and its
implications for the evolution of the immune system.
Nature 394, 744-751.
Hiom, K., Melek, M., and Gellert, M. (1998). DNA
transposition by the RAG 1 and RAG2 proteins: a
possible source of oncogenic translocations. Cell 94,
463-470 .
Ma, Y., Pannicke, U., Schwarz, K., and Lieber, M. R.
(2002). Hairpin opening and overhang processing
by an Artemis/DNA-dependent protein kinase
complex in nonhomologou s end joining and V(D)J
recombination. Cell 108, 781-794.
Melek, M. and Gellert, M. (2000) . RAG1/2-mediated
resolution of transposition intermediates: two
pathways and possible consequences. Cell101,
625-633.
Qiu, J. X., Kale, S. B., Yarnell Schultz, H., and Roth, D. B.
(2001). Separation-of-function mutants reveal critical
roles for RAG2 in both the cleavage and joining steps
of V(D)J recombination. Mol. Cell 7, 77-87.
Roth, D. B., Menetski, J.P., Nakajima, P. B., Bosma, M. J.,
and Gellert, M. ( 1992). V D J recombination: broken
DNA molecules with covalently sealed (hairpin)
coding ends in SCID mouse thymocytes. Cell 70,
983-991.
Schatz, D. G. and Baltimore, D. (1988). Stable expression
of immunoglobulin gene V(D)J recombinase activity
by gene tran sfer into 3T3 fibroblasts. Cell 53, 107-115.
Referencias 605
 Schatz, D. G., Oettinger, M. A., and Baltimore, D. ( 1989).
The V(D)J recombination activa ting gene, RAG -1. Cell
59, 1035-1048.
Tsai, C. L., Drejer, A. H., and Drejer, A. H. (2002). Evidence
of a critical architectural function for the RAG proteins
in end processing, protection, and joining in V(D)J
recombination. Genes Dev. 16, 1934-1949.
Yarnell Schultz, H., Landree, M. A., Qiu, J. X., Kale, S.
B., and Roth, D. B. (2001). Joining-deficient RAG!
mutants block V(D)J recombination in vitro and
hairpin opening in vitro. Mol. Cell7, 65-75.
f!IEI El cambia se debe a una nueva reacci6n de
recombinaci6n
Articulos de revision
Honjo, T. , Kinoshita, K., and Muramatsu, M. (2002).
Molecular mechanism of class switch recombination:
linkage with somatic h yperm utation. Annu. Rev.
Immunol. 20, 16 5-196.
Li, Z., Woo, C. J., Iglesias- Ussel, M.D., Ronai, D., and
Scharff, M.D. (2004). The ge neration of antibody
diversity through somatic h ype rmutation and class
switch recombina tion. Genes Dev. 18, 1-ll.
Articulos de investiga ci on
Bransteitter, R., Pham, P. , Scharff, M.D., and Goodman,
M. F. (2003 ). Activation-induced cytidine deaminase
deaminates deoxycytidine on single-stranded DNA but
requires the action of RNase. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA
100, 4102-4107.
Gu, H., Zou, Y. R., and Rajewsky, K. ( 1993). Independent
control of immunoglobulin switch recombination at
individual switch regions evidenced through Cre-loxP-
mediated gene targeting. Cell73, 1155-1164.
Iwasato, T., Shimizu, A., Honjo, T., and Yamagishi, H.
( 1990). Circular DNA is excised by inununoglobulin
class switch recombination. Cell62, 143-149.
Kinoshita, K., Tashiro, J., Tomita, S., Lee, C. G.,
and Honjo, T. ( 1998). Target specificity of
immunoglobulin class switch recombination is not
determined by nucleotide sequences of S regions.
Immunity 9, 849-858.
Manis, J. P., Gu, Y., Lansford, R., Sonoda, E., Ferrini, R.,
Davidson, L., Rajewsky, I<., and Alt, F. W. (1998) .
Ku70 is required for late B cell development and
immunoglobulin heavy chain class switching. J. Exp.
Med. 187, 208 1-2089.
Matsuoka, M., Yoshida, K., Maeda, T., Usuda, S., and
Sakano, H. ( 1990). Switch circular DNA formed in
cytokine-treated m ouse sple nocytes: evidence for
intramolecular DNA deletion in immunoglobulin class
switching. Cell62, 135-142.
Muramatsu, M., Kinoshita, K., Fagarasan, S., Yam ada,
S., Shinkai, Y., and Honjo, T. (2000). Class switch
recombination and h ype rmutation require activation-
induced cytidine dearninase (AID ), a potential RNA
editing enzyme . Cell 102 , 553-563.
606 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
Pham, P., Bransteitter, R., Petruska, J., and Goodman,
M. F. (2003). Processive AlD-catalysed cytosine
deamination on single-stranded DNA simulates
somatic hypermutation. Nature 424, 103-107.
Revy, P., Muto, T. , Levy, Y., Geissmann, F., Plebani,
A., Sana!, 0., Catalan, N., Forveille, M., Dufourcq-
Labelouse, R., Gennery, A., Tezcan, I., Ersoy, F.,
Kayserili, H., Ugazio, A. G., Brousse, N., Muramatsu.
M. , Notarangelo, L. D., Kinoshita, K., and Honjo, T.
(2000) . Activation-induced cytidine deaminase (AID
deficiency ca uses the autosomal recessive form of the:
Hyper-IgM syndrome (HIGM2). Celll02, 565-575.
Roli nk, A., Melchers, F., and Andersson, J. ( 1996). The
SCID but not the RAG-2 gene product is required for
S mu-S epsilon heavy chain class switching. lmmunin
5, 3 19- 330.
von Schwedler, U., Jack, H. M., and WabL M. ( 1990).
Circular DNA is a product of the immunoglobulin cla :.:
switch rearrangement. Nature 345, 452-456.
Xu, L., Gorham, B., Li, S. C., Bottaro, A. , Alt, F. W., and
Rothman, P. (1993). Replacement of germ-line
epsilon promoter by gene targe ting alters control of
immunoglobulin heavy chain class switching. Proc.
Nat/. Acad. Sci. USA 90, 3705- 3709.
111:1 La mutacion so matica genera otras diferencias en e.
raton y el se r humano
.4rticulos de re vision
French, D. L., Laskov, R., and Scharff, M.D. (1989). The
role of somatic hypermutation in the generation of
antibody diversity. Science 244, 1152-1157.
Kocks, C. and Rajewsky, K. ( 1989). Stable expression and
somatic hypermutation of antibody V regions in B-
cell deve lopmental pathways. Annu. Rev. Immunol. 7,
537-559.
A.rticulo de investigaci6n
Kim, S., Davis, M., Sinn, E., Patten, P., and Hood, L.
( 198 1). Antibody diversity: somatic hypermutation of
rearranged VH genes. Cell 27, 573-581.
fJIB La desaminasana de citidina y la glucosilasa
de uracilo inducen la mutaci6n somatica
.1\rticulos de revi sion
Honjo, T., Kinos hi ta, K., and Muramatsu, M. (2002).
Molecular mechanism of class switch recombination:
linkage with somatic hypermutation. Annu. Rev.
Immunol. 20, 165-1 96.
Kinoshita, K. and Honjo, T. (200 l ). Linking class-switch
reco mbination with somatic hypermutation. Nat. Rev.
Mol. Cell Bioi. 2, 493-503.
Li, Z., Woo, C. J ., Iglesias-Ussel, M. D., Ronai, D., and
Scharff, M.D. (2004}. The genera tion of an tibody
diversity throug h somatic hyperrnutation and class
switch reco mbination. Genes Dev. 18, l-11.
Articulos de investigacion
Di Noia, J. and Neuberger, J. (2002). Altering the pathway
of immunoglobulin hypermutation by inhibiting
uracil-DNA glycosylase. Nature 419, 43-48.
Muramatsu, M., Kinoshita, K., Fagarasan, S., Yamada,
S., Shinkai, Y., and Honjo, T. (2000). Class switch
recombination and hypermutation require activation-
induced cytidine deaminase (AID), a potential RNA
editing enzyme. Cell 102, 553-563.
Peters, A. and Storb, U. (1996). Somatic hypermutation
of immunoglobulin genes is linked to transcription
initiation. Immunity 4, 57-65.
Revy, P., Muto, T. , Levy, Y., Geissmann, F., Plebani,
A., Sana!, 0., Catalan, N. , Forveille, M., Dufourcq-
Labelouse, R., Gennery, A. , Tezcan, I., Ersoy, F.,
Kayserili, H., Ugazio, A. G. , Brousse, N. , Muramatsu,
M., Notarangelo, L. D., Kinosh ita, K., and Honj o, T.
(2000). Activation-induced cytidine deaminase (AID)
deficiency causes the autosomal rece ssive form of the
Hyper- lgM syndrome (HIGM2). Cell 102, 565-575.
Las inmunoglobulinas aviarias se ensamblan a partir
de seudogenes
Art\culos de i nvestigacion
Reynaud, C. A., Anquez, V. , Grima!, H. , and Weill, J. C.
( 1987). A hyperconversion mechanism generates the
chicken light chain preimmune repertoire. Cell 48,
379-388.
Sale, J. E., Calandrini, D. M., Takata, M., Takeda, S.,
an d Neuberger, M.S. (2001). Ablation of XRCC2/3
transforms immunoglobulin V gene conversion into
somatic hypermutation. Nature 412, 921-926.
La cetula B de memoria permite una respuesta
secundaria rapida
Art\c ulos de revi sion
Rajewsky, K. ( 1996). Clonal selection and learning in th e
antibody system. Nature 381, 751-758.
Los receptores de las celulas T tienen relacion con
las inmunoglobulinas
Articu los de revision
Davis, M. M. (1990). T-ee!! recepto r gene diversity and
selection. Annu. Rev. Biochem. 59, 475-496.
Kronenberg, M., Siu, G., Hood, L. E., and Shastri, N.
( 1986). The molecular genetics of the T- cell ant igen
receptor and T-ee!! antigen re cognition. Annu. Rev.
Immunol. 4, 529-591.
Marrack, P. and Kappler, J. ( 1987). The T- cell receptor.
Science 238, 1073-1079.
Raulet, D. H. (1989). The structure, function, and
molecular genetics of the gamma/delta T-cell receptor.
Annu. Rev. Immunol. 7, 175-207.
am El receptor de la celula T actua co n el MHC
Articulo de revision
Goldrath, A. W. and Bevan, M. J. (1999). Selecting and
maintaining a diverse T cell repertoire. Na ture 402,
255-262.
Ellocus de histocompatibilidad mayor codifica
muchos genes del sistema inmunitario
Art\culos de revision
FlavelL R. A., Allen, H. , Burkly, L. C., Sherman, D. H.,
Waneck, G. L., and Widera, G. (1986). Molecular
biology of the H-2 histocompatibility complex. Science
233, 437-443.
Kumnovics, A., Takada, T., and Lindahl, K. F. (2003).
Genomic organization of the mammalian MHC. Annu.
Rev. Immunol. 21 , 629- 657.
Steinmetz, M. and Hood, L. ( 1983). Genes of the MHC
complex in mouse and man. Science 222, 727-732.
Articulo de investigaci6n
Kaufman, J. et al. (1999). The chicken B locus is a minimal
essential major histocompatibility complex. Nature
401 , 923- 925.
f!IJ! La inmunidad innata utiliza las vias de seiial
conservadas
Articulos de revision
Aderem, A. and Ulevitch, R. J. (2000 ). Toll-like receptors
in the induction of the innate immune response.
Nature 406, 782-787.
Dang!, J. L. and Jones, J.D. (2001). Plant pathogens and
integrated defence responses to infection. Nature 411 ,
826- 833 .
Hoffmann, J. A., Kafatos, F. C., Janeway, C. A., and
Ezekowitz, R. A. ( 1999). Phylogenetic perspectives in
innate immunity. Science 284, 1313-1318.
Janeway, C. A. and Medzhitov, R. (2002). Innate immune
recognition. Annu. Rev. Immunol. 20, 197-216.
Articulos de investigacion
Asai, T. , Tena, G., Plotnikova, J., Willmann, M. R., Chi u,
W. L. , Gomez-Gomez, L., Boller, T., AusubeL F. M.,
and Sheen, J. (2002). MAP kinase signalling cascade
in Arabidopsis innate immunity. Nature 415, 977- 983.
Hoffmann, J. A. (2003). The immune response of
Drosophila. Nature 426, 33- 38.
Ip, Y. T., Reach, M., Engstrom, Y., KadalayLL L., Cai, H.,
Gonzalez-Crespo, S., Tatei, K., and Levine, M. ( I 993).
Dif, a dorsal-related gene tha t m ediates an immune
resp on se in Drosophila. Cel/75, 753- 763.
Lemaitre, B. , Nicolas, E. , Michaut, L. , Reichhart, J. M., a nd
Hoffmann, J. A. (1996) . The dorsoventral reg ul atory
gene cassette spAtzle /Toll /cactus controls the potent
antifungal response in Drosophila adults. Cell 86,
973-983.
Referencias 607
 Medzhitov, R., Preston-Hurlburt. P., and Janeway, C.
A. ( 1997). A human homologue of the Drosophila
Toll protein signals activation of adaptive inununity.
Natu re 388, 394-39 7.
Poltorak, A .. He, X., Smirnova, I.. Liu, M. Y., HuffeL C. V.,
Du, X., BirdwelL D., Alejos, E., Silva, M., Galanos,
C., Freudenberg, M., Ricciardi-Castagnoli, P. , Layton,
B., and Beutler. B. ( 1998). Defective LPS signaling in
C3H/HeJ and C57BL/10ScCr mice: mutations in Tlr4
gene. Science 282, 2085-2088.
608 CAPITULO 23 Diversidad inmunitaria
Rutschmann, S., Jung, A. C., Hetru, C., Reicbbart, J. M.,
Hoffmann, J. A., and Ferrandon, D. (2000). The
Rel protein DIP mediates the antifungal but not the
antibacterial h ost defense in Drosophila. Immunity 12,
569-580.
Williams, M. J., Rodriguez, A., Kimbrell, D. A., and Eldm:
E. D. ( 1997). The 18-wheeler mutation reveals
complex an tibacterial gene regulation in Drosophila
host defense. EMBO J. 16, 6 120-6130.
 romotores y potenciadores
________ES_O
_U_E_M_A_D_E_L_CA_P_i_TU_L_o_j
Introducci6n
Las polimerasas de RNA eucari6ticas constan de
muchas subunidades
La polimerasa de RNA I sintetiza RNAm en el nucleolo.
La polimerasa de RNA II sintetiza RNAm en el nucleoplasma.
La polimerasa de RNA III sintetiza RNA pequeiios en el
nucleoplasma.
Todas las polimerasas de RNA eucari6ticas tienen -12
subunidades y son agregados de >500 kD.
Algunas subunidades son comunes a los tres tipos de
polimerasas de RNA.
La subunidad mas grande de la polimerasa de RNA II
tiene un dominio carboxilo terminal (CTO) constituido por
multiples repeticiones de un heptamero.
Los elementos promotores se definen por
mutaciones y vestigios
Los promotores se definen por su capacidad para provocar
la transcripci6n de una secuencia agregada a un sistema de
prueba apropiado in vitro o in vivo.
La poli me rasa de RNA I tiene un promotor
bipartido
El promotor de la polimerasa de RNA I consta de un
promotor medular y un elemento de control en flujo
ascendente (UPE).
El factor UBF1 envuelve al DNA con una estructura
proteinica para acercar el centro y el UPE.
El SL1 incluye el factor TBP que participa en el inicio por
las tres polimerasas.
La polimerasa de RNA se une al complejo UBF1-Sl1 en el
promotor medular.
La polimerasa de RNA III utiliza promotores
en flujo ascendente y descendente
La polimerasa de RNA III tiene dos tipos de promotores.
Los promotores internos tienen secuencias de consenso
cortas dentro de la unidad de transcripci6n y producen
inicio a una distancia fija de flujo ascendente.
Los promotores de flujo ascendente contienen tres secuen-
cias de consenso cortas en flujo ascendente respecto del
punta de inicio, donde se unen los factores de transcripci6n.
El TFmB es el factor de encargo para
los promoto res de la Pol III
El TF111A y TF111 Cse unen a la secuencias de consenso y
permiten al TF111 B unirse en los puntas de inicio.
El TF10 B tiene a TBP como una de sus subunidades y
permite la union de la polimerasa de RNA.
1111 El punta de inicio de la polimerasa de RNA II
La polimerasa de RNA II requiere de fa ctores generales de
transcripci6n (llamados TF11 X) para iniciar la transcripci6n.
Los promotores de la polimerasa de RNA II tienen una
secuencia corta conservada Py, CAPy5 (el InR de inicio) en
el punta de inicio.
La caja TATA es un componente comOn de los promotores
de la polimerasa de RNA II y esta constituido por un
octamero rico en A-T localizado -25 bp en flujo ascendente
respecto del punta de inicio.
El OPE es un componente comOn de los promotores de la
polimerasa de RNA II que no tiene caja TATA.
Un promotor medular de la polimerasa de RNA II incluye el
In R y la caja TATA o un OPE.
IIIII La TBP es un factor universal
La TBP constituye un componente del factor de
posicionamiento necesaria para que cada tipo de
polimerasa de RNA se una a su promotor.
El factor para la polimerasa de RNA II es TF,p, que consta
de TBP y 11 TAF, con una masa total de -800 kD.
IJII La TBP se une al DNA de fo rm a inusual
.. El TBP se une a la caja TATA en el su rco me nor del DNA
Forma una silla de montar en to rno al DNA y lo dobla -80 o.
Algunos de los TAF simulan histonas y podrian formar una
estructura parecida a un octamero de histona.
EIJID El apa rato basa l se ensambla en el promotor
La uni on de TF11 Da la caja TATA es el primer paso del inicio.
Otros factores de transcripci6n se unen al com plejo en un
arden definido, aumentando, asi, Ia longitud de Ia region
protegida en el DNA.
Cuando la polimerasa de RNA II se une al com plejo,
empieza la transcripci6n.
fJIII El inicio va seguido de la depuraci6n
del promotor
Para disolver el DNA y permitir el traslado de la polimerasa,
se necesitan TF11 E y TF11 H.
La fosforilaci6n del CTD podria ser necesaria para que se
inicie la elongaci6n.
Para terminar un inicio abortive, se requiere de
fosforilaci6n adicional del CTD en algunos promotores.
El CTD puede coordinar el procesamiento del RNA con La
transcripci6n.
Continua en Ia siguiente pdgina
609
 Una conexi6n entre transcripci6n y reparaci6n
Los genes transcritos se reparan de manera preferencial
cuando se dana el DNA.
El TF 0 H proporciona ligamiento para un complejo de
enzimas de reparaci6n.
Las mutaciones del componente XPD de TFnH causan
tres t1pos de enfermedades humanas.
Los elementos de secuencia corta se unen a
activadores
Los elementos de secuencia corta conservados se
dispersan en la region que precede al punta de inicio.
Los elementos en flujo ascende nte aumentan la
fre cuencia del inicio.
Los factores que se une n a ellos para estimular la
transcripci6n se llaman activadores.
La estructura del promotor es flexible, pero el
contexto puede ser importante
Ningun elemento individua l de fl ujo ascendente es
indispensable para la fu nci6n del promotor, si bien
uno o mas deben estar presentes para que el inicio sea
eficaz.
Algunos elementos son reconocidos por mu chos
factores, y un factor utilizado en un promotor en
particular puede ser determinado por el co ntexto de
los otros factores unidos.
Los potenciadores contienen elementos
bidireccionales que facilitan el inicio
Un potenciador activa al promotor mas cercano, es
decir, a cualquier distancia en flujo ascendente o
descendente respecto del promotor.
Un UAS (secuencia de activador ascendente) de
las levaduras se comporta como potenciador, pe ro
funciona s6lo en flujo ascendente respecto del
promotor.
En potenciadores y promotores se encuentran
elementos de secuencia similares.
Los potenciadores forman complejos de activadores
que actuan directa o indirectamente con el promotor.
Ill Introducci6n
Para que empiece la transcripcion se necesita Ja en-
zima polimerasa de RNA y factores de transcrip-
cion. Cualquier proteina necesaria para el inicio de
la transcripcion pero que, en si, no es parte de la
polimerasa de RNA, se define como factor de trans-
cripcion, muchos de los cuales actuan reconociendo
sitios de accion cis en el DNA. La union al DNA, sin
embargo, noes su unico medio de accion . Un factor
puede reconocer a otro, ala polimerasa de RNA o,
tal vez, incorporarse a un complejo de inicio solo en
presencia de varias otras proteinas. La prueba final
para la participaci6n del aparato de rranscripcion
es funcional, debe requerirse de una protefna para
que Ia transcripcion tenga lugar en un promotor o
conjunto de promotores especffico.
Una diferencia significativa en Ia transcripcion
del RNAm eucariotico y el procariotico es que el
inicio en un promotor eucariotico implica a gran
610 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
Los potenciadores contienen los mismos
elementos encontrados en los promotores
Los potenciadores estan hechos del mismo tipo c ~
elementos de secuencia que se encuentran en to:
promotores.
La densidad de los componentes de secuencia es - -
en el potenciador que en el promotor.
Los potenciadores actuan aumentando la
concentraci6n de los activadores cerca de .
promotor
Los potenciadores suelen funcionar s6lo en
configuraci6n cis con un promotor diana.
Es posible hacer que los potenciadores funcione- o
configuraci6n trans por ligamiento del DNA cont~
en el promoto r diana co n DNA conte nido en el
potenciador mediante un puente proteinico o po-
concatenaci6n de las dos moleculas.
El principia es que un potenciador funciona en
cualquier situaci6n en que esta constrenido a la ~
proxi midad que el promotor.
La expresi6n genetica se vincula con la
desmeti laci6n
La desmetilaci6n en el extrema 5' del gen es necs;-
para su transcripci6n .
Los islotes CpG son dianas reguladoras
Los islotes CpG rodean a los promotores de gene: :--
expresi6n constitutiva donde no estan metilados.
Los islotes CpG tambien se encuentran en los
promotores de algunos genes regulados por tejid::
Hay -29 000 islotes CpG en el genoma humano.
La metilaci6n de un islote CpG impide la activac' : -
un promotor en su interior.
La union de proteinas a pares de CpG metilados r5 _
en represi6n.
Resumen
numero de factores que se unen con diversos -::
mentos que actuan en configuracion cis. El pro-
tor se define como la region que contiene todos L.
sitios de union, esto es, todoslos sitios de union - _
pueden sostener la transcripcion con la eficacia ::.
mal y el control apropiado. Asi, la principal cara.:- _
ristica de un promotor de un RNAm eucariotic
Ja localizacion de los sitios de union para los fa u ~ -
de transcripcion. La rnisma polimerasa de RK _.:_
une cerca del punto de inicio, pero no hace comc...:-
directo con Ia region extendida de flujo ascende:-
del promotor. Por el contra rio, los promotores ":'.:.
terianos descritos en el Capitulo ll , Transcripc -
se definen, en gran medida, segun el sitio de m:.
de Ia polin1erasa de RNA en Ia vecindad inmed'.::.
del punto de inicio.
La transcripcion en celulas eucarioticas se
de en tres clases, cada una transcrita por una
merasa de RNA diferente:
 La polimerasa de RNA I transcribe RNAr.
La polimerasa de RNA II transcribe RNAm.
La polimerasa de RNA III transcribe RNAt y
otros RNA pequefi.os .
Para el inicio se necesitan factores de transcrip-
ci6n, pero no despues. En el caso de las tres enzimas
eucari6ticas, los factores, mas que las polimerasas de
RNA mismas, son los principales encargados de re-
conocer a! promotor, lo cual clifiere de Ia polimerasa
de RNA bacteriana, en cuyo caso, es la enzima Ia
que reconoce las secuencias promotoras. Para to-
das las polimerasas de RNA eucari6ticas, los facto-
res crean una estructura en el promotor de modo
de proporcionar Ia diana que reconoce Ia enzima.
Para las polimerasas de RNA I y III, esos factores
son relativamente sencillos, pero para Ia polimerasa
II, forman un grupo de dimensiones considerables
conocido colectivamente como basal, o en general,
como factores. Los factore s basales se unen con la
polimerasa de RNA II para forma r un complejo que
rodea el punto de inicio y determinan su sitio; por
otra parte, junto con la polimerasa de RNA consti-
tuyen el aparato de transcripci6n basal.
Los promotores de las polimerasas de RNA I y II
se encuentran (principalmente) en flujo ascendente
respecto del punto de inicio, pero algunos de la de
RNA III estan en flujo descendente. Cada promotor
incluye conjuntos caracterfsticos de secuencias cortas
conservadas reconocidas por la clase apropiada de
factores. Las polimerasas de RNA I y III reconocen
cada una un conjunto relativamente restringido de
promotores y depend en de un pequefi.o numero
de factores accesorios.
Los promotores utilizados por la polimerasa de
RNA II muestran mas variacion en secuencias y su
organizacion es modular. Los elementos de secuen-
cia corta reconocidos por factores de transcripcion
se encuentran en flujo ascendente respecto del pun-
to de inicio. Esos sitios de accion con configuracion
cis suelen estar dispersos en una region >200 bp .
Algunos de esos elementos y los factores que los
reconocen son comunes; se encuentran en una va-
riedad de promotores y se usan de manera consecu-
riva, mientras que otros son especfficos, identifican
ciertas clases de genes y su uso es regulado . Los
elementos se presentan en diferentes combinacio-
nes en cada promotor.
Todos los promotores de la polimerasa de RNA
II tienen elementos de secuencia cerca del punto
de inicio, los cuales se unen al aparato basal y esta-
] lecen dicho sitio. Las secuencias mas alejadas ~n
flujo ascendente deterrninan si el promotor se ex-
presa en todos los tipos de celulas 0 es regulado de
manera especffica . Los promotores que se expresan
de manera constitutiva (sus genes a veces se llaman
genes domesticos) tienen elementos de secuencia de
flujo ascendente reconocidos por activadores ubi-
mos. Ninguna combinacion de elemento/factor es
un componente indispensable del promotor, lo cual
sugiere que el inicio de Ia polimerasa de RNA puede
ser promovido de muchas forma s. Los promotores
qu e se expresan solo en ciertos momentos o Juga-
res tienen elementos de secuencia que requieren
de activadores disponibles solo en esos momentos
o lugares.
Los componentes de secuencia del promotor
se definen de manera operacional por Ia demanda
de que deben estar ubicados en las cercanfas del
punto de inicio y de que se necesitan para este. El
potenciador es otro tipo de sitio involucrado en
el inicio, el cual se identifica por secuencias que
estimulan el inicio, pero que se localizan a conside-
rable distancia del punto de inicio. Los elementos
potenciadores suelen ser diana s de la regulacion
temporal especffica de tejido. En la se
muestran las propiedades generales de promotores
y potenciadores.
Los componentes de un potenciador se parecen
a los del promotor, ya que constan de diversos ele-
mentos modulares, sin embargo, estan muy apreta-
dos y actuan como los del promotor. El potenciador
no necesita estar cerca del punto de inicio.
Las protefnas unidas a elementos del potencia-
dor interactuan con protefnas unidas a elementos
del promotor. La diferencia entre promotores y po-
tenciadores es operativa, mas que implicar una clife-
rencia fundamental en el mecanismo. Esta perspec-
tiva es reforzada por el hech o de que algunos tipos
de elementos se encuentran tanto en promotores
como en potenciadores.
La transcripcion eucariotica muy a menudo esta
bajo regulacion positiva. Con control especffico del
tejido se proporciona un factor de transcripcion que
activa a un promotor o a un conjunto de promoto-
res que contienen una secuencia diana comun; Ia
regulacion o represion especffica de un promotor
diana es menos frecuente.
En general, una unidad de transcripcion euca-
riotica contiene un solo gen, y la terminacion tiene
Iugar una vez concluida la region de codificaci6n.
La terminacion carece de Ia importancia reguladora
necesaria para sistemas procarioticos. Las polimera-
sas de RNA I y III terminan en secuencias y reaccio-
nes definidas, pero no esta clara Ia forma de termi-
nacion de Ia polimerasa de RNA II. No obstante, el
suceso significativo en Ia generaci6n del extrema 3'
de un RNAm n o es propiamente un suceso de ter-
rninacion, resulta de una reaccion de escisi6n en el
producto primario de transcripcion (vease Capitulo
26, Escision, empalme y procesamiento del RNA).
24.1 Introducci6n 611
 Potenciador

. - - 100bp-+- - 200 bp en flujo ascendente ~

respecto del punta de inicio
Contiene varios La separaci6n
elementos de entre potenciador Contiene elementos de secuencia disperses
secuencia, muy y promotor puede que unen factores de transcripci6n
juntos, que se ser de varias kb
unen a factores Solo Ia localizaci6n de los elementos muy
de transcripci6n cercanos (<50 bp) al punta de inicio de Ia
transcripci6n es fija

Un gen comun transcrito por la polimerasa de RNA II tiene un promotor que, en

flujo ascendente, parte del sitio donde se inicia la transcripci6n, el cual contiene varios elemen-
tos de secuencia cortos (<10 bp) que se unen a factores de transcripci6n disperses en >200 bp.
Un potenciador con un arreglo mas estrechamente empaquetado de elementos que tambien se
unen a los factores de transcripci6n puede localizarse a varios kb de distancia. (El DNA puede
ser ensortijado o estar reestructurado desde otro punta de vista, de manera que los factores de
transcripci6n de uno y otro interactuen para constituir un gran complejo proteinico.)

BfJ Las polimerasas de RNA La polimerasa de RNA liTes una actividad e~

eucari6ticas constan
de muchas subunidades
Conceptos pri nci pales
La polimerasa de RNA I sintetiza RNAm en el nucleolo.
La polimerasa de RNA II sintetiza RNAm en el
nucleoplasma.
La polimerasa de RNA III sintetiza RNA pequefios en el
nucleoplasma.
Todas las polimerasas de RNA eucari6ticas tienen -12
subunidades y son agregados de >500 kD.
Algun as subunidades son comunes a los tres tipos de
polimerasas de RNA.
La subunidad mas grande de la polimerasa de RNA II
tiene un dominio carboxilo terminal (CTD) constituido
por multiples repeticiones de un heptamero .
Las tres polimerasas de RNA eucari6ticas se ubican
de manera diferente en el nucleo, en funci6n de los
genes que transcriben.
La actividad preponderante es la de Ia enzima
polimerasa de RNA I, que reside en el nucleolo y se
encarga de la transcripci6n de genes que codifican
RNAr; contribuye en la mayor parte de las s[ntesis
de RNA celular (en cuanto a cantidad).
La otra enzima primordial es Ia polimerasa de
RNA II, localizada en el nucleoplasma (Ia parte del
nucleo que no es el nucleolo) . Representa prcktica-
mente toda Ia actividad celular restante y se encarga
de sintetizar el RNA nuclear heterogeneo (RNAhn),
precursor del RNA.
matica menor. Esta enzima nucleoplasmica sinte"-
RNAt y otros RNA pequeiios.
Todas las polimerasas de RNA eucari6tica __
protefnas grandes que aparecen como agregc.:
>500 kD y por lo general t ienen - 12 subunida_
La enzima codificada puede llevar a cabo Ia L -..=-
cripci6n dependiente de un molde del RNA ~ _
no iniciarla selectivam ente en los promotore_ _
constituci6n general de una enzima polimera -
RNA II eucari6tica, como se tipifica en Sacchasor:-
cerevisiae, se ilustra en Ia . Las dos subL
dades mas grandes son hom6logas de las subu.U:
des ~ y Wde la polimerasa de RNA bacteriana; =_
de Ia subunidades restantes son comunes a todfu
polimerasas de RNA esto es, son tambien co ::-
nentes de la I y Ia ill.
La subunidad mas grande de Ia polimeras-
RNA II tiene un dominio carboxilo ter
(CTD) constituido por multiples repeticione:
una secuencia de consenso de siete aminoaci..
que es exclusiva de dicha polimerasa. Hay -26 ~
peticiones en levaduras y casi 50 en mamifero_ -
numero de repeticiones es importante porque
deleciones que suelen eliminar mas de la mitac
las repeticiones, son mortales (en levaduras) . El c-
puede estar altamente fosforilado en moleculas _
serina o treonina, fen6meno que forma parte de
reacci6n de inicio (vease Ia secci6n 24.11, El ir;__
va seguido de Ia eliminaci6n del promotor).
Las polimerasas de RNA de mitocondrias y -:
roplastos son mas pequeiias y simulan Ia polime_-,
de RNA bacteriana, mas que alguna de las enzi~
nucleares. Por supuesto, los genomas de los orgo_
los son mucho mas pequefios, Ia polimerasa resi ~

612 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores


/ Relacionada con Ia subunidad W
kD
bacteriana
200
Une DNA
Tiene CTD = (YSPTSPS)n
[levadura, n = 26; raton , n =52]
~ ~
100 Relacionada con Ia subunidad
bacteriana
Une nucle6tidos
50
~--Relacionada con Ia subunidad a.
bacteriana
I I
-Comun a las Ires polimerasas
25 -Comun a las Ires polimerasas
1 1
-Comun a las Ires polimerasas
1 Algunas subunidades son comunes a todas las
clases de polimerasas de RNA eucari6ticas y otras se relacionan
con la polimerasa de RNA bacteriana.
te necesita transcribir relativamente pocos genes y el
control de la transcripcion posiblemente sea mucho
mas sencillo (si es que existe). Asf, esas enzimas son
analogas de las de fagos, que no necesitan Ia capaci-
dad para responder a un ambiente mas complejo.
Una distincion practica importante entre las
enzimas eucarioticas depende de su respuesta a!
octapeptide dicfclico a amanitina. Basicamente en
todas las celulas eucarioticas, Ia actividad de la po-
limerasa de RNA es inhibida n1pidamente por las
bajas concentraciones de amanitina alfa, pero la
polimerasa de RNA I no se inhibe. La respuesta de
Ia polimerasa de RNA III a Ia amanitina alfa esta
menos bien conservada y en celulas animales es
'nhibida por altas concentraciones, si bien en leva-
iuras e insectos nose inhibe.
Los elementos promotores
se definen pa r mutaciones
y vestigios
Concepto principal
Los promotores se definen por su capacidad para
provocar la transcripci6n de una secuencia agregada a
un sistema de prueba apropiado, in vitro o in vivo.
El primer paso de la caracterizacion de un promotor
es definir la longitud global del DNA que contiene
:odos los elementos de secuencia necesarios. Para
eUo, se necesita un sistema de prueba en el que
.m promotor se encargue de Ia generacion de un
producto facilrnente analizable. Tradicionalmente
;.e han aplicado varios sistemas:
En el sistema del oocito se inyecta un mol-
de de DNA en el nucleo de un oocito de
24.3 Los elementos promotores se definen par mutaciones y vestigios
Xenopus laevis. El producto de transcripcion
del RNA puede recuperarse y analizarse. La
principallimitacion de este sistema es que se
restringe a las condiciones que prevalecen
en el oocito. Permite la caracterizacion de
secuencias de DNA pero no de los factores
que normalmente se unen ellas.
Los sistemas de transfecci6n permit en introdu-
cir DNA exogeno a una celula cultivada y
expresada. El sistema es genuinamente in
vivo, en el sentido de que Ia transcripcion
Ia !leva a cabo el mismo aparato encargado
de expresar el genoma propio de Ia celula.
Sin embargo, difiere de Ia situacion natural
porque el molde esta constituido por un gen
que normalmente no serfa transcrito en Ia
celula hospedadora. La utilidad del sistema
puede ampliarse utilizando diversas celulas
hospedadoras.
Los sistemas transgenicos implican agregar un
gen a Ia linea germinativa de un animal. La
expresion de un transgen puede ser seguida
en uno o todos los tejidos del animal. Algunas
limitaciones comunes son aplicables a los sis-
temas transgenicos y a Ia transfecdon, pues el
gen adidonal a menu do esta presente en mul-
tiples copias y se integra en una localizacion
diferente del gen endogeno. Las discrepancias
en Ia expresion de un gen in vitro y su ex-
presion como transgen pueden proporcionar
informacion importante acerca de la partici-
paci6n del contexto genomico del gen.
El sistema in vitro adopta el abordaje clasico
de purificar todos los componentes y mani-
pular las condiciones hasta que se observa
un inicio confiable. Por inicio "confiable"
se entiende Ia produccion de un RNA que
inicie en el sitio correspondiente del extre-
ma 5' del RNAm (o los precursores RNAr o
RNAt), lo cual, en ultima instancia, permite
caracterizar los elementos de la secuencia
individual en el promotor y los factores de
transcripcion que se le unen.
Cuando se analiza un promotor, es impor-
tante que solo la secuencia del promotor cambie.
En Ia se muestra que siempre se coloque
Ia misma secuencia larga, ascendente, cerca del pro-
motor para asegurar que se encuentre siempre en el
mismo contexto. La terminacion no ocurre propia-
mente en sistemas in vitro, de modo que el molde se
corta a cierta distancia del promotor (por lo gene-
ral -500 bp en flujo descendente), lo cual garantiza
que todas las polimerasas "se viertan" en el mismo
punto, generando, asf, un producto de transcripcion
iden tificable.
613
 !.!.1.111' o o o ~~~ o "EJ(i{o rr:;!F-
1-
La secuencia de flujo Solo el promotor La longitud del
ascendente es siempre de prueba difiere producto de
Ia misma transcripci6n es
definida
4 Un promotor se pone a prueba modificando la secuencia
que se conecta con una secuencia de flujo ascendente constante y a una
unidad de transcripci6n constante de flujo descendente.
Flujo ascendente Promotor Transcrito
Transcripci6n!
Aun se produce RNA:
La deleci6n no entra al promotor
l
Ya nose produce RNA: Ia deleci6n
ha entrada al promotor
Ellfmite de flujo ascendente del promotor yace
entre los extremos de las deleciones
Los limites del promotor se determinan mediante
deleciones que eliminan progresivamente mas material de un
lado . Cuando una deleci6n no puede impedir la sintesi s de
RNA, pero la siguiente detiene la transcripci6n, el limite del
promotor debe estar entre ambas.
Se empieza con un fragmento espedfico de
DNA con el que puede dar principia la trans cripdon
en uno de estos sistemas, de manera que los lfrnites
de Ia secuencia que constituye al promotor pueden
determinarse restando Ia longitud del fragmento de
cada extrema hasta que cese su actividad en algun
614 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
ilr punto, como se ilustra en la c;uR . El lfm>
ascendente se puede identificar eliminando pro g~~
sivamente el material de dicho extrema hasta qu e ~
pierda la funcion del promotor. Para probar ellin:i-
descendente, es necesario reconectar el prom o~ -
acortado a la secuencia por transcribir, ya que : -
otra manera no habrfa producto que analizar.
Una vez que los lfmites del promotor se h~
definido, es posible determinar la importancia :
las bases espedficas que tiene en su interior im' .
duciendo mutaciones puntuales u otras reestr..:_
turaciones en Ia secuencia. Como en el caso de
polimerasa de RNA bacteriana, estas pueden ca r=. .-
terizarse como mutaciones ascendentes o descende;:
Algunas de esas reestructuraciones afectan s6l
velocidad de inicio, en tanto que otras inciden e1: ;;.
sitio donde ocurre, como se observa en un cam:
de punto de inicio. En todo caso, para asegurarse .:.
que se trata de productos comparables, es necesc....
caracterizar el extrema 5' del RNA.
Para identificar los componentes de secuer. .:::_
de un promotor (o cualquier otro sitio del DNA,
pueden aplicar varios criterios:
Las mutaciones en el sitio impiden las f~
ciones in vitro o in vivo. (Hoy se cuenta -
muchas tecnicas para introducir mutacio::. _
puntuales en pares de bases particulare'
en principia, es posible mutar todas las
ciones de un promotor y estudiar la secue--
cia con mutacion in vitro o in vivo.)
Las protefnas que actuan por union con ......:
sitio pueden ser identificadas en el; debe:
haber una correlaci6n entre la capac i ~
de las mutacion es para evitar Ia funci6r: -::.
promotor y Ia union del factor.
Cuando un sitio reconocido por un facto:- :
particular se encuentra en varios promc
res, debe ria ser posible derivar una secu:'
cia de consenso que se una al factor. -_
nuevo promotor tendra que encargarse
ese factor cuando se introduzca una cc-
apropiada del elemento.
lilt La polimerasa de RNA I
tiene un promotor bipartido
Conceptos principales
El promotor de la polimerasa de RNA I co11sta de un
promotor medular y un elemento de control en flujo
ascendente (UPE).
El factor UBF1 envuelve al DNA con una estructura
proteinica para acercar el centro y el UPE.
El SL1 incluye el factor TBP que participa en el inici:
par las tres polimerasas.
La polimerasa de RNA se une al complejo UBF1-SL1 '="
el promotor medular.
La polimerasa de RNA I transcribe a partir de un
solo tipo de promotor los genes del RNA ribosomico.
El producto de transcripcion incluye secuencias de
RNAr grandes y pequefios que despues se liberan
por escision y procesamiento. Hay muchas capias
e Ia unidad de transcripcion, las cuales alternan
con espaciadores no transcritos y se organizan en
n conjunto, seg(m se describio en la seccion 6.8,
Los genes de RNAr forman repeticiones en serie . La
organizacion del promotor y los sucesos implicados
en el inicio se incluyen en Ia
El promotor consta de dos regiones separadas .
El promotor medular rode a al punto de inicio con
una extension de - 45 a +20, suficiente para que
se inicie la transcripcion. En generaL es rico en G-
C (algo desusado para un promotor), excepto por
el unico elemento conservado de Ia secuencia, una
secuencia corta, rica en A-T, que rodea el pun to
je inicio, llamada Inr. Sin embargo, la eficacia del
promotor medular aumenta mucho por la partici-
- acion del elemento promotor ascendente (UPE),
tra secuencia rica en G-C y relacionada con Ia del
_romotor medular que abarca de -180 a -107. Este
:ipo de organizacion es comun a los promotores Pol
_ de muchas especies, si bien las secuencias en sf
,-arfan ampliamente.
La polimerasa de RNA I requiere de dos factores
auxiJiares; el que se une al promotor medular consta
j e cuatro proteinas. (Se denomina SLl, TIF-IB, y
Ribl, en diferentes especies). Uno de sus componen-
:es, Ia protefna unidora de TATA (TBP) , es un factor
-1ue tambien necesitan para el inicio las polimerasas
:leRNA II y III (vease la seccion 24.8, La TBP es un
:actor universal.) La TBP nose une directamente con
~ l DNA rico en G-C y la union de DNA es responsa-
ilidad de los otros componentes del factor de union
:nedular. Es posible que la TBP interactue con la
olimerasa de RNA, tal vez mediante una subunidad
comun o una caracterfstica que se ha conservado
entre las polimerasas. El factor de union medular
_ermite a la polimerasa de RNA I iniciar a partir del
_romotor con una frecuencia basal baja.
El factor de union medular tiene como respon-
xtbilidad prioritaria garantizar que Ia polimerasa de
1NA este adecuadamente localizada en el punto de
!nicio. En pocas palabras, las polimerasas RNA li y Ill
jesempeiian una funcion similar mediante un factor
.:jUe consta de TBP relacionada con otras protefnas.
_.\sf pues, una caracterfstica comun del inicio por las
:res polimerasas es confiar en un factor de "posi -
..:ionamiento" constituido por TBP relacionado con
rotefnas especificas de cada tipo de promotor.
Para el inicio de alta frecuencia, se requiere del
:actor UBF, polipeptido sencillo que se une a un ele-
:nento del UPE rico en G-C. Un indicia de Ia forma
~n que el UBF interactua con el factor de union me-
24.5 La polimerasa de RNA III utiliza promotores en flujo ascendente y descendente
Ri co en G-C Rico en A-T Punto de inicio
lnr
Elemento promotor de flujo ascendente Promotor medular
-170 - 160 -1 50 - 140 - 130 -120 -11 0 -40 -30 -20 -1 0 +10 +20
"I.
El UBF se una al elemento promotor de flujo ascendente
La holoen zim a polimerasa de RNA I incluye un factor de uni6n centra l
(SL 1) que se une at promoto r medular
Las unidades de transcripcion de la polimerasa de
RNA I tienen un promotor medular separado por -70 bp del elemen-
to promotor de flujo ascendente. La union de UBF a UPE aumenta
la capacidad del factor central de union de aunarse al promotor
medular. El factor de union central (SLl ) ubica ala polimerasa de
RNA I en el punto de inicio.
dular es la importancia del espaciamiento entre el
UPE y el promotor medular, lo cual puede cambiarse
por distancias que implican numeros enteros de gi-
ros de DNA, pero no por distancias que introduzcan
medias giros. El UBF se une con la hendidura menor
del DNA y lo envuelve en un asa de casi 360, de
modo que pone al nucleo muy cerca del UPE.
En Ia Figura 24.5 se observa el inicio como una
serie de interacciones en secuencia, pero la polime-
rasa de RNA I existe como una holoenzima que con-
ti ene la mayor parte de los factores necesarios para
el inicio, si no es que todos, y que probablemente
es reclutada directamente al promotor.
BJ1 La polimerasa de RNA III
utiliza promotores en flujo
ascendente y descendente
Conceptos principales
La polimerasa de RNA III tiene dos tipos de promotores.
Los promotores internos tienen secuencias de consenso
cortas dentro de la unidad de transcripcion y producen
inicio a una distancia fija de flujo ascendente.
Los promotores de flujo ascendente contienen tres
secuencias de consenso cortas en flujo ascendente
respecto del punto de inicio, donde se unen los
factores de transcripcion.
El reconocimiento de los promotores por la polime-
rasa de RNA III ilustra de manera sorprendente la
participacion relativa de los factores de transcripcion
615
 y la enzima polimerasa. Los promotores se clasifican
en dos clases generales, reconocidas en diferentes
formas por diversos grupos de factores. Los promo-
tares de los genes 5S y de RNAt son internos y seen-
cuentran en flujo descendente respecto del punto de
inicio. Los promotores de los genes del RNAsn (RNA
nuclearpequefi.o) yacen en flujo ascendente respec-
to del punto de inicio, a Ia manera mas convencional
de otros promotores. En ambos casos, cada elemento
es necesario para las funciones del promotor que
corresponden exclusivamente a secuencias recono-
cidas por factores de transcripci6n que, a su vez, di-
rigen Ia union de la polimerasa de RNA
Antes de que se identificara al promotor de los
genes del RNA 5S en X. laevis, en todos los intentos
por identificar secuencias de promotores se supo-
nfa que podrfan encontrarse en flujo ascendente
respecto del punto de inicio. El analisis de delecion,
sin embargo, mostro que el producto RNA 5S jsigue
Punto de inicio Prom.otor
Flujo
ascendente Regi6n transcrita
RNA
La deleci6n que elimina secuencias en flujo ascendente
respecto del promotor permite que Ia transcripci6n
empiece en Ia posici6n correspondiente al punto de
inicio usual
El analisis de del.eci6n muestra que el promotor
de los genes de RNA 55 es interne; el inicio ocurre a una distan-
cia fija (-55 bp) en flujo ascendente respecto del promotor.
,
Punto de inicio
Los promotores de la polimerasa de RNA III po-
drian consistir en secuencias bipartidas en flujo descendente
respecto del punta de inicio, con la caja A separada de las cajas
C o 8, o estar constituidos par secuencias separadas en flujo
ascendente respecto del punta de inicio (Oct, PSE, TATA).
616 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
sintetizandose cuando se elimina toda la secuer .:::..
del gen en flujo ascendente!
Cuando las deleciones continuan en el ger:.
gue sintetizandose un producto muy similar er:
mafi.o al RNA 5S usuaL mientras la deleci6n te rn ~
antes de la base +55. En la L se mu e:
que la primera parte del producto RNA corresp =_
a un plasmido de DNA, la segunda represeni.=.
segmento restante de Ia secuencia usual de RNA ; _
Sin embargo, cuando la delecion rebasa la posi-
+55, no hay transcripcion, de modo que el pro:
tor yace en flujo descendente respecto de dicha posi,-
pero hace que la polimerasa de RNA III inic:-
transcripcion a una distancia mas o menos fija -
flujo ascendente.
Cuando la deleci6n parte del extremo dista:
gen, la transcripci6n no se afecta si los primer ~ _
bp quedan intactos, pues una vez que la delec
hace un corte en esa region, la transcripcion c::-
de modo que la posicion lfmite en flujo descende:-
del promotor es casi +80 .
Asf pues, el promotor de la transcripci6n dei _-:
55 yace entre las posiciones +55 y +80, dentro del _;
Un fragmento que contenga esa region puede ~- ~
paldar el inicio de cualquier DNA donde quiera :
se coloque, desde un punto de inicio a -55 b:-
distancia en flujo ascendente (el punto de inici
vestre es {mico; en deleciones que no lo tiene:::.
transcripcion se inicia en la base purfnica mas ce~
na a Ia posicion 55 bp en flujo ascendente res :-
del promotor).
En la ' se resumen las estrurr....;
de los tres tipos de promotores de la polimera -
RNA. Hay dos tipos de promotor interno, cada -:.
de los cuales contiene una estructura bipartida e:-
que dos elementos de secuencia corta estan sep~
dos por una secuencia variable. El tipo l comE
una secuencia de caja A separada de una secue-
de caja C, y el2, de una secuencia de caja A sere::
dade una secuencia de caja B. La distancia enc t-
caja A y la caja B en un promotor de tipo 2 pL _
variar ampliamente, pero, en general, dichas :.::
no pueden acercarse mucho sin abolir su func
Un grupo comun de promotores de tipo 3 tiene ~
elementos de secuencia en flujo ascendente resp:: -
del pumo de inicio.
BD El TFmB es el factor de encars:
para los promotores de la Pol
Conceptos principales
El TFmA y TFmC se unen a la secuencias de consens: .
permiten al TFmB unirse en los puntos de inicio.
El TFmB tiene a TBP como una de sus subunidades _
permite la union de la polimerasa de RNA.
....as interacciones detalladas son diferentes en los
~ s tipos de promotor interno, pero el principia es el
Punto de inicio
-smo. El TFllle se une en flujo descendente respec-
: del punto de inicio, ya sea de manera indepen-
_'ente (promotores tipo 2) o en combinacion, con
---:?rnA (promotores de tipo l). La presencia de TFme
_rmite al factor de posicionamiento TF mB unirse
: el punto de inicio. A continuacion se recluta Ia
)limerasa de RNA.
En Ia se resumen las etapas de Ia
::accion en los promotores internos de tipo 2. El
-:-::'!lie se une a las cajas A y B, lo cual permite a TF~
nirse en el pun to de inicio. En ese punto se puede
..ir Ia polimerasa de RNA III.
La diferencia en los promotores internos de tipo
es que TFmA debe unirse a una caja A para per-
nr que TFme se una ala caja C. En la
: muestra que una vez que se ha unido TFme, los
~ cesos siguen el mismo curso que con todos los pro-
Los promotores internos de pol III, tipo 2, uti-
lizan la union de TF111C con las secuencias de las cajas A y B
.otores de tipo 2, con union de TF u1B en el punto para reclutar al factor de posicionamiento TF111 B, que a su vez
:- inicio y Ia polimerasa de RNA III uniendose al recluta a la polimerasa de RNA III.
mplejo. Los promotores de tipo l se encuentran
:o en los genes del Rl~Ar 5S.
TF111 A y TFme son factores de ensamblaje
..:ya {mica funcion es facilitar Ia union de TFmB en Punto de inicio
'localizacion correcta. Una vez que se une TFrnB, I
: pueden eliminar TF rnA y TF me del promotor (par
.:a concentracion de sales in vitro) sin afectar Ia
:accion de inicio. El TFu/3 se mantiene unido en la
. :indad del pun to de inicio y su presencia es suficiente
no para permitir que la polimerasa de RNA III se una
?! punta de inicio. AsL TFrrrB es el {mico factor de
_cio real requerido por Ia polimerasa de RNA III.
: :a secuencia de sucesos explica como las cajas de
; promotores en flujo descendente pueden hacer
_e Ia polimerasa de RNA se una en el punta de
~cia, en una ubicacion algo mas alejada en flujo
:endente. Aunque la capacidad de transcribir es-
; genes es conferida por el promotor interno, los
- -nbios en Ia region inmediata en flujo ascendente
:~pecto del punto de inicio pueden alterar Ia efica-
= de Ia transcripcion.
El TFrne es un gran complejo protefnico (>500
~ 1, comparable en tamafio a Ia propia polimerasa
: RNA que contiene seis subunidades. El TF rnA es
embro de una clase interesante de protefnas que
:'uye un segmento de union de acidos nucleicos Los promotores internos de pol III, tipo 1, utili-
:nado dedo de zinc (vease Ia seccion 25.9, Un seg- zan los factores de ensamblaje TF111 A y TF1} en las cajas A y C
.mto de dedo de zinc es un dominio de union del para reclutar al factor de posicionamiento TF111 B, que a su vez
. A). El factor de posicionamiento, TFmiB, cons- recluta a la polimerasa de RNA III .
je tres subunidades; incluye Ia misma proteina,
""? ~, presente en el factor de union medular de los RNA. La tercera subunidad se llama B", prescin-
Jmotores de Pol I y tambien en el factor de trans- dible si el DNA doble se disuelva parcialmente, lo
- cion (TF11D) correspondiente de la polimerasa de cual sugiere que su funcion es iniciar Ia burbuja
_-.-\ II. Asimismo, incluye Brf, que tiene relacion de transcripcion; la participacion de B" puede ser
:::. el factor TFuB utilizado por Ia polimerasa de comparable con la correspondiente del factor sigma

24.6 El TFmB es el factor de encargo para los promotores de la Pol III 617
 en Ia polimerasa de RNA bacteriana (vease Ia sec-
cion 11.16, La sustitucion de factores sigma puede
controlar el inicio).
La region de flujo ascendente desempeiia un
papel convencional en Ia tercera clase de promoto-
res de Ia polimerasa de RNA ill. En el ejemplo de Ia
Figura 24.8 hay tres elementos de flujo ascendente
que tambien se encuentran en promotores de los
genes de RNAsn transcritos por la polimerasa de
RNA II. (Los genes de algunos RNAsn son trans-
critos por Ia polimerasa de Ri\JA II y otros por Ia de
RNA III.) Los elementos de flujo ascendente actuan
de manera similar en promotores de ambas.
El inicio en un promotor de flujo ascendente de
la polimerasa de RNA III puede tener Iugar en una
region corta inmediatamente anterior a! punto de
inicio y contiene solo el elemento TATA. La eficacia
de la transcripcion, sin embargo, aumenta mucho
por Ia presencia de elementos PSE y OCT. Los fac-
tores que se unen a dichos elementos interactuan
de manera cooperativa. (El elemento PSE puede ser
indispensable en los promotores usados por Ia poli-
merasa de RNA II, en tanto es estimulador en pro-
motores utilizados por la polimerasa de RNA ill; su
nombre significa elemento de secuencia proximal.)
El elemento TATA confrere especificidad para
el tipo de polimerasa (II o III) reconocida por un
promotor de RNAsn; esta unido a un factor que in-
cluye TBP, que en realidad reconoce la secuencia
en el DNA. La TBP se vincula con otras proteinas
especfficas del tipo de promotor. La funcion de TBP
y las protefnas vinculadas es colo car correctamen-
te Ia polimerasa de RNA en el punto de inicio, lo
cual se describe en mas detalle para Ia polimerasa
de RNA II (vease Ia seccion 24.8, La TBP es un factor
universal).
Los facto res actuan en la misma forma para am-
bos tipos de promotores de Ia polimerasa de RNA
IlL se unen en el promotor antes que la propia polimerasa
de RNA se pueda unir y forman un complejo de
preiniciaci6n que dirige Ia union de polimerasa de
RNA. La polimerasa de RNA III de por sf no reco -
noce la secuencia del promotor, pero se une junto
a factores que de suyo estan unidos apenas en flujo
ascendente respecto del punto de inicio. Para los
promotores internos de tipo 1 y 2, los factores de
ensamblaje aseguran que TFmB (que incluye TBP)
se una justo en ubicacion ascendente respecto del
punto de inicio, de modo de proporcionar infor-
macion de posicion. Para los promotores de flujo
ascendente, el TF111 B se une directamente con Ia
region que incluye Ia caja TATA, lo cual significa
que independientemente de la localizacion de las
secuencias del promotor, cerca del punto de inicio
se unen factores para dirigir Ia union de Ia polime-
rasa de RNA III.
618 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
Ell El punto de inicio
de la poli me rasa de RNA II
Conceptos pri nci pales
La polimerasa de RNA II requiere de factores genera _:
de transcripci6n (llamados TF11 X) para iniciar la
tra nscripci6n.
Los promotores de la polimerasa de RNA II tienen ur :
secuencia corta conservada Py/APy 5 (el InR de inici:
en el punta de inicio.
La caja TATA es un componente comun de los
promotores de la polimerasa de RNA II y esta
constituido por un octamero rico en A-T localizado < :
bp en flujo ascendente respecto del punta de inicio.
El DPE es un componente comun de los promotores ::~
la polimerasa de RNA II que no tiene caja TATA.
Un promotor medular de la polimerasa de RNA II
incluye el InR y la caja TATA o un DPE.
La organizacion basica del aparato de transcri ;::
de genes que codifican protefnas fue revelada -
el descubrimiento de que Ia polimerasa de RN _!_ -
rificada puede catalizar Ia sfntesis de RNAm . -
no iniciar Ia transcripcion, a menos que se agrc-_
un extracto adicionaL La purificacion de ese ex _
to llevo a Ia definicion de los factores genera:
transcripcion, un grupo de proteinas que nece ~ :
polimerasa de RNA II para el inicio en todos 1 : :
motores . Junto con esos factores, Ia polimera~ '
RNA II constituye el aparato basal de transcr~_;: ~
necesario para transcribir cualquier promoto: ~
facto res generales se describen como TF )C, c
"X " es una letra que identifica a! factor indi":.=.
Las subunidades de polimerasa de RNA II y 1 _
tores genera les de transcripcion se consenc:=
eucariotas.
El punto de partida del analisis de la or~ ~
zaci6n de los promotores es definir al pw
medular como la secuencia mas corta en qu<c
polimerasa de RNA II puede iniciar Ia tra r..: -
cion. En principia, un promotor medular -: _-
expresarse en cualquier celula, y comprende -
cuencia mfnima que permite a los facto re s .= o
rales de transcripcion ensamblarse en el p -
inicio. Los promotores medulares participa r.
mecanica de union del DNA y permiten que -~
limerasa de RNA II inicie la transcripcion; p ~
parte, su accion es unicamente de baja eficacic:
se necesitan otras protefnas, llamadas actiYa..:.
para lograr un grado apropiado de funciona -
(vease Ia seccion 24.13, Los elementos de se _
corta se unen a activadores) . Los activador -
describen de manera sistematica, pero tiener. ~
bres informales que reflejan los antecedente<'
identificacion.
 ....
Punto de inicio
I
TATAA ...... N2o YYCAYYYYY ...... N24--- AGAC
L-...,--' ~
Caja TATA lnr OPE
Promotor medular _......
....,_ que contiene TATA
...,.._Promotor medular ,__.
sin TATA
GURA 24.10 El promotor minima de pol II puede tener una
:aj:a TATA a -25 bp en flujo ascendente respecto de Inr. La caja
-;TA contiene la secuencia de consenso de TATAA. El InR tiene
:'rimidinas (Y) que rodean a CA en el punto de inicio. La DEP
~5ta en flujo descendente respecto de este ultimo. La secuencia
- uestra la cadena de codificaci6n.
Podrfa esperarse que cualquier componente de
:ecuencia implicado en la union de la polimerasa
:!.e RNA y los factores generales de transcripcion
:uera conservado en casi todos los promotores, o
~n todos. Como sucede con los promotores bacte-
-:anos, a! comparar los de la polimerasa de RNA II,
_;~s homologfas en las regiones cercanas al punto de
.:ticio se limitan a secuencias bastante cortas que
=quivalen a las secuencias implicadas en Ia funcion
: e los promotores por mutacion . En la I 21 1
::: muestra Ia estructura de un promotor medular
~ polll tfpico.
En el punto de inicio no hay gran homologfa de
:::cuencias, pero sf una tendencia a que la primera
~ :~se de RNAm sea A, flanqueada a ambos !ados por
< rimidinas. (Esta descripcion tambien es valida para
2 secuencia de inicio CAT de los promotores bacte-
_-:.anos.) Dicha region se denomina iniciador (lnr),
en generaL puede describirse como Py 2 CAPy 5 .
.::: Inr esta contenido entre las posiciones -3 y +5.
luchos promotores tienen una secuencia llamada
.:aja TATA, que en las eucariotas superiores suele
. alizarse -25 bp en flujo ascendente respecto del
- ~nto de inicio y que constituye el {mico elemento
~el promotor de flujo ascendente con localizacion
:-]ativamente fija respecto de dicho punto. La se-
. 1encia medular es TATAA, y suele ir seguida de
:ras tres pares de bases A-T. La caja TATA tiende
:: ser rodeada por secuencias ricas en G-C, que po-
_ia ser un factor de su funcion. Es casi identica a
...: secuencia -10 de los promotores bacterianos; de
echo, podrfa pasar por uno de ellos, excepto por la
_ierencia de Jocalizacion, en -25 y no en -10.
Las sustituciones de una sola base en la caja
-:-_-\TA actuan como mutaciones descendentes so-
-das; algunas invierten Ia orientacion de un par
-_-T, de manera que Ia sola composicion de bases
- es suficiente para su funcion. Asf, la caja TATA
Jnstituye un elemento cuya conducta es analoga
a! concepto de promotor bacteriano, una secuen-
cia corta, bien definida, apenas en flujo ascenden-
te respecto del punto de inicio, necesaria para Ia
transcripcion.
Los promotores que no contienen un elemento
TATA se llaman promotores sin TATA. Los ras-
treos de secuencias de promotores sugieren que el
50%, o mas, pueden carecer de TATA. Cuando un
promotor no incluye una caja TATA, suele contar
con otro elemento, el DPE (elemento promotor de
flujo descendente), que se localiza entre +28 y +32.
Casi todos los promotores medulares constan de
una caja TATA mas InR o un InR mas DPE.
BD La TBP es un factor universal
Conceptos principales
La TBP constituye un componente del factor de
posicionamiento necesaria para que cada tipo de
polimerasa de RNA se una a su promotor.
El factor para La polimerasa de RNA II es TFnD, que
consta de TBP y 11 TAF, con una masa total de -800 kD.
El primer paso en Ia formacion de un complejo en
un promotor qu e contenga una caja TATA, es Ia
union del factor TF1p , que tiene dos tipos de com-
ponente, con una region en flujo ascendente res-
pecto de Ia secuencia TATA. El reconocimiento de
dicha caja es conferido porIa proteina de union a
TATA (TBP), una pequeiia protefna de- 30 kD. Las
otras subunidades se llaman TAF (factores vincula-
dos con TBF), algunas de las cuales tienen relacion
estequiometrica con TBP; otras estan presentes en
cantidades menores. Los TF1p que contienen dife-
rentes TAF, podrfan reconocer diferentes promoto-
res; algunos TAF (subestequiometricos) son especf-
ficos de tejidos. En generaL Ia masa total de TFnD
es de -800 kD, contiene TBP y ll TAF, con una
variacion de masa de entre 30 y 250 kD . Los TAF
de TFnD reciben el nombre de TAFuOO, donde "00"
incluye la masa molecular de Ia subunidad .
Los factores de posicionamiento, que constan
de TBP vinculada con un conjunto de TAF, se en-
cargan de Ia identificacion de todas las clases de pro-
motores. Se pod ria considerar que el TF rnB (para los
promotores de pol III) y el SLl (para los de pol I) es-
tan constituidos por TBP relacionada con un grupo
particular de protefnas que sustituye a los TAF que
se encuentran en TFnD. La TBP es el componente
clave, y se incorpora a cada tipo de promotor por
un mecanismo diferente. En el caso de promotores
de la polimerasa de RNA II, un factor dave de po-
sicionamiento es Ia distancia fija de la caja TATA
respecto del punto de inicio.
24.8 La TBP es un factor universal 619
 Promotores TBP
de pol Ill
Promotores TBP
de poll
Promotores
de pol II
Las polimerasas de RNA se posicionan en todos
los pramotores por un factor que contiene TBP.
En la se muestra que el factor de
posicionamiento reconoce a! promotor de mane-
ra diferente en cada caso. En los promotores de Ia
polimerasa de RNA III, TFmB se une junto a TFmC.
En los promotores de la polimerasa de RNA I, SLl
se une junto con UBF. El TF 1p solo esta encargado
de reconocer promotores de la polimerasa de RNA
II . En un promotor que tiene un elemenro TATA,
la TBP se une especfficamente con el DNA, pero en
otros, puede hacerlo por vinculo con otras protefnas
que se unen al DNA. Cualquiera que sea el medio
de entrada al complejo de inicio, tiene el proposito
comun de interactuar con la polimerasa de RNA.
El TF 1p es ubicuo , pero no unico . Todas las
eucariotas multicelulare s tambien expresan un
complejo alterno que contiene TLF (factor similar
a! TBP en -60 %) y no TBP . Probablemente inicie
Ia formacion del complej o mediante el conjunto
usual de factores TFn, pero el TLF no se une a la
caja TATA, y no se sabe como actua. En el genero
Drosophila tambi en hay un tercer factor, TRFL que
620 CAPiTULO 24 Promotores y potenciadores
En una vista transversal se observa q u ~ -
rodea al DNA del lado del surco estrecho. La TBP co no::o
dos dominios conservados relacionados (identicos hasta ~~
40%) que se muestran en azul clara y oscura. La region te-
N varia ampliamente, y se representa en verde. Las dos ca:~ ~
de DNA de doble helice son de color gris, clara y oscuro. Ir- : ~
cortes\a de Stephen K. Burley.
se com porta de la misma forma que TBP y apor._c
propio conjunto de TAF para formar un comt:
que actua como alternativa de TFuD en un conj _
especifico de promotores.
B1J La TBP se une al DNA
de fo rma i nusual
Conceptos principales
El TBP se une a la caja TATA en el surco memor del _ -
Forma una silla de montar en torno al DNA y lo dofi .:.
-80.
Algunos de los TAF simulan histonas y podrian for rr::
una estructura parecida a un octamero de histona.
La TBP tiene la propiedad in usual de unirse al :::
en el surco menor (virtualmente todas las pr
nas de union a DNA conocidas se unen en el ,.
mayor). La estructura cristalina de Ia TBP su ;-
un modelo detallado de union. En la J
se muestra que rodea una cara del DNA y f .-
una "silla de montar" en tono a la doble helice -
hecho, la cara interna de la TBP se une al D: --
la superficie externa, mas grande, queda dispo .
para extender contactos en direccion de otra. ~
tefnas. El sitio de union del DNA consta de u:_
minio terminal C, que se conserva entre espec:i.
cola terminal N variable esta expuesta para in- .::
tuar con otras proteinas. Como medida de cons ::
cion del mecanismo de inicio de la transcripci ~
secuencia de union de TBP con DNA perdura :-....:.
en 80 % entre las levaduras y los seres human
La union de TBP puede no concordar c .
presencia de nucleosomas, los cuales se for-
sabre to do, colocando las secuencias ric as en A-T
con los surcos menores hacia el interior, de modo
e evitar Ia union de TBP, fenomeno que podrfa
explicar porque los nucleosomas impiden el inicio
de Ia transcripcion.
La TBP se une al surco menor y dobla al DNA
-so, como se ilustra en la . La caja TATA
se dobla hacia el surco mayor y ensancha el menor.
La dispersion se restringe a los 8 bp de la caja TATA;
en cada extrema de la secuencia, el surco menor
:ienen su ancho usual de -5 A, pero en el centro
es de >9 A lo cual con stituye una deformacion de
:a estructura, pero no separa realmente las cadenas
eDNA porque se mantiene el apareamiento de las
oases. La extension del doblez puede variar respecto
i e Ia secuencia exacta de Ia caja TATA y se correla-
:iona con Ia eficacia del promotor.
Dicha estructura tiene varias implicaciones fu n -
~ onal es, pues si se m odifica Ia organizacion espacial
J el DNA a cada !ado de Ia caja TATA, los factores
de transcripcion y Ia polimerasa de RNA formaran La estructura cocristalina de TBP con DNA de
- 40 al punto de inicio muestra un doblez en la caja TATA que
. m vfnculo mas estrecho del que serfa posible con el ensancha el surco estrecho do nde se une TBP. Imagen cortesia
JNA lineal. El doblez de Ia caja TATA corresponde de Stephen K. Burley.
a! desdoblamiento de casi un tercio de giro del DNA
y es compensado por una rotacion positiva.
La TBP en el surco menor, combinada con la y TAF u62 pueden forma r !a base de la estructura
J.Ilion de otras protefnas en el surco mayor, estable- que simula un octamero de histonas, estructura que
::e contactos de alta densidad de protefna -DNA en puede encargarse de las interacciones inespecfficas
~sa region. !11 vitro, Ia union de TBP purificada con de secuencia de TF 1p con el DNA. Los pliegu es de
JNA protege -1 giro de Ia doble h elice en la caja histonas tambien se usan en interacciones pareadas
-::-ATA, que por lo general abarca de -37 a - 25. No entre otros TAFw
bstante, Ia union del complejo TF uD en Ia reaccion Algunos de los TAFn pueden encontrase en
'e inicio suele proteger Ia region de -45 a -1 0, y otros complejos, asf como en TFrrD . Particularmente
.ambien va mas alla en flujo ascen dente, respecto losT AFrr similares a histonas se encuentran tambien
j el punta de inicio . La TBP es el {mico factor gene - en complejos protefnicos que modifican !a estructu-
~al de transcripcion que hace contacto especffico de ra de la cromatina antes de la transcripcion (vease
~ e cuencia con el DNA. seccion 30.7, Las acetilasas se vinculan con los ac-
Dentro del TF11 D como complejo proteinico li- tivadores).
x e, el factor TAFrr230 se une a TBP, donde ocupa
a superficie concava de union al DNA. De hecho, Ia
:-structura del sitio de union que yace en el dominio
fZ1m El aparato basal se ensambla
.ermina l N de TAFrr230 simula la superficie del sur- en el promotor
~o menor del DNA. Esa similitud molecular permite
Conceptos principales
:. TAF11 230 controlar Ia capacidad de TBP de unirse
: n el DNA; el dorninio terminal N de TAF11 230 debe La union de TF11 D a La caja TATA es el primer paso del
inicio.
esplazarse de !a superficie de union del DNA de
Otros factores de transcripcion se unen al complejo en
-:BP para que TFrrD se una al DNA. un orden definido, aumentando, as1, la longitud de la
Algunos T AF simulan h istonas, en particular region protegida en el DNA.
-:-A.Fu42 yTA.Frr62 parecen ser homologos (distantes) Cuando La po limerasa de RNA II se une al complejo,
e las histonas H3 y H4, y forman un heterodfm ero empieza la transcripcion.
rilizando el mismo segmento (pliegue de histona )
-. e las histonas para su interaccion. (Las histonas
. 3 y H4 forman el meollo del octamero de h istonas, El inicio implica que los factores de transcripcion ac-
: mplejo basico que se une a! DNA en !a cromatina tuen en un arden definido para constituir un com-
:-ucariotica; vease Ia seccion 29.7, Organizacion del plejo que se une a Ia polimerasa de RNA. La serie de
'Ctamero de histonas.) Junto con otros TAF, TAF 1142 sucesos se definio inicialmente por segu imiento del

24.10 EL aparato basal se ensambla en el promotor 621

 FACTOR COMPLEJO DE TRANSCRIPCION
TF 11 D
TBP
I
I
TAFs
Union en el
surco menor
-CJ
Polimerasa
Un complejo de inicio se ensambla en los pro-
motores de la polimerasa de RNA II mediante una secuencia
ordenada de vlnculo con factores de transcripci6n.
tamafio creciente del complejo proteinico relacio -
nado con el DNA pero ahara pueden definirse con
mayor detalle en funcion de las interacciones reve-
ladas por las estructuras cristalinas de los diversos
factores y de la polimerasa de RNA unida al DNA.
El vestigio de las regiones de DNA protegidas
por cada complejo sugiere el modelo que se resume
en Ia . Conforme cada factor TFrr se une
a! complejo, se cubre una longitud cada vez mayor
de DNA, la polimerasa de DNA se incorpora en la
ultima etapa .
El encargo a un promotor se inicia cuando el
TFrrD se une con la caja TATA. (El TFrrD tambien
reconoce la secuencia InR en el punto de inicio.)
Cuando el TFrrA se une al complejo, el TFnD ad-
quiere la capacidad de proteger una region que se
extiende mas adelante en flujo ascendente. El TFnA
puede activar la TBP a! aliviar la represion causada
por TAFn230.
La adicion de TFrrB protege parcialmente la re-
gion de la cadena molde en las cercanias del punto
de inicio, de -10 a +10, lo cual sugiere que TFDB se
une en flujo descendente desde la caja TATA, tal vez
en relacion taxa con el DNA y orientado de manera
asimetrica respecto de las dos cadenas. La estructura
622 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
Dos imagenes del complejo ternario de -':"
TBP-DNA muestran que el TF 11 B se une a lo largo de lac.:: .
flexion del DNA. Las dos cadenas del DNA son de color =
y amarillo, la TBP es azul y el TF11 B, rojo y purpura. Ima~o -_
cortesla de Stephen K. Burley.
cristalina que se muestra en Ia 4 ~!: ar:7""
dicho modelo. El TF11B se une al lado de TBP
extiende para prolongar el contacto en una ~
caras del DNA; hace contacto con el surco m.:-:::-
en flujo descendente respecto de Ia caja TATA : _
el mayor en flujo ascendente, respecto de Ia -
TATA. en una region llamada ERE. En organL
arcaicos, el homologo de TF 0 B en realidad esta :
contactos especfficos de secuencia con el prom _-
en Ia region ERE. El TF DB proporcionaria Ia sc _
ficie, que a su vez es reconocida por Ia polime
de RNA, de modo que se encarga de la direcci ' ::..
union de Ia enzima.
La estructura cristalina de TF DB con la po -
rasa de RNA muestra que tres dominios del fi:.-
interactuan con la enzima. Como se ilustra es- _
maticamente en Ia , un Iiston de z: ::- _
terminal de TF rrB hace contacto con la enzima c:-
del sitio donde sale el RNA, de modo que es t
dria interferir con la salida del RNA y con el ca-
de inicio abortivo a escape promotor. Un "d::- _
alargado de TFnB se inserta en el centro activo .:.c
polimerasa. El dominio terminal C interactuc.
Ia polimerasa de RNA y TF DB para orientar el :::,.
tambien determina Ia via del DNA donde em::-:.
contacto con los facto res TF DE, TF DF y TF JI
pueden alinearlos en el complejo del factor bas.:..
 El factor IF 11 F es un heterotetramero constitui-
do por dos tipos de subunidad, de las cuales, ]a mas
grande (RAP74) tiene una actividad de helicasa de
DNA dependiente de AIP, que podria participar en
Ia solubilizacion del DNA en el inicio. La subunidad
mas pequefia (RAP38) tiene cierta homologfa con
las regiones del factor sigma bacteriano que hacen
contacto con la polimerasa medular, y se une estre-
chamente con la polimerasa de RNA II, que el IF uF
puede llevar hacia complejo de ensamblaje de la
transcripcion y proporcionar el media por el que se
une. El complejo de IBP y IAF puede interactuar
con Ia cola CIB de Ia polimerasa de RNA, y la in-
teracci6n con IF uB tal vez tambien sea importante
cuando IFuF/polimerasa se unen al complejo .
La union de la polimerasa extiende los sitios
protegidos en flujo descendente hasta + 15 en Ia
cadena molde y +20 en Ia que noes molde. La en-
lima abarca la longitud total del complejo porque
se observa proteccion adicional en ellimite de flujo
ascendente.
(.Que sucede con los promotores sin IAIA? Se
requieren los mismos factores generales de la trans-
cripci6n, incluido IFuD. El Inr proporciona el ele -
::nento de posicionamiento y el IF rrD se une a el par
:a capacidad de uno o mas IAF de reconocer direc-
:amente el Inr. Otros IAF en IF uD tam bien recono-
:en el elemento DPE en flujo descendente respecto
je] punta de inicio. La funcion de la IBP en esos
romotores es mas parecida a la que tiene Iugar en
. os promotores de la polimerasa de RNA I y en los
. romotores internos de Ia polimerasa de RNA III.
El ensamblaje del complejo de inicio de la po-
.imerasa de RNA II proporciona un contraste in-
:eresante con la transcripci6n procari6tica. La po-
..:merasa de RNA bacteriana es esencialmente un
: gregado coherente con capacidad intrinseca de
.:nirse al DNA; el factor sigma, necesario para el
_"licio pero no para la elongaci6n, se vuelve parte de
..a enzima antes de que se una al DNA, aunque mas
:.arde es liberada . La polimerasa de RNA II puede
..illirse al promotor pero s6lo despues de que se h an
.:.nido factores de transcripci6n separados. Los facto-
~:'S tienen una participacion analoga a ]a del factor
:gma bacteriano, permitir que la polimerasa basica
-~:conozca especfficamente a! DNA en las secuencias
romotoras, pero ha evolucionado de manera mas
:1dependiente. De hecho, los factores se encargan
bre todo de Ia especificidad del reconocimiento
"el promotor y solo algunos participan en los con-
:..>ctos protefna-DNA (solo IBP hace contactos es-
- ecificos de secuencia); por tanto, las interacciones
~rotefna-protefna son importantes para el ensam-
: :aje del complejo.
Cuando hay una caja IAIA, determina Ia loca-
...zaci6n del punta de inicio, y su deleci6n hace que
DNA en flujo DNA en flujo
ascendente descendente
Salida de RNA
TF B (C-terminal)
11 _____.
enzimatico
\
Nucle6tidos
El TFnB se une al DNA y entra en contacto con
la polimerasa de RNA cerca del sitio de salida del RNA y en el
centro activo, y La orienta sabre el DNA. Compiuese con La Fi-
gura 24.17 que muestra la estructura de la polimerasa implicada
en La transcripci6n.
este se tome erratico, si bien cualquier disminuci6n
global de la transcripcion es relativamente pequeiia .
En realidad, algunos promotores sin IAIA carecen
de puntas de inicio {micas y el inicio tiene Iugar
en cualquiera de un grupo de puntas de inicio. La
caja IAIA alinea a la polimerasa de RNA (por la
interaccion con IF liD y otros factores) , de man era
que se inicie en el sitio apropiado. Esto explica que
la localizaci6n sea fija respecto del punta de inicio.
La union de IBP y I AIA es la caracterfstica pre-
dominante del reconocimiento del promotor, pero
tambiendosgrandesiAF (IAFn250yiAF1J50) ha-
cen contacto con el DNA cerca del punta de inicio e
influyen en la eficacia de la reacci6n.
Si bien in vitro el ensamblaje puede ocurrir en
el promotor medular, esa reacci6n no es suficiente
para la transcripci6n in vivo, en Ia cual se requieren
conexiones con activadores que reconocen a los ele-
mentos mas alejados en flujo ascendente. Los acti-
vadores interactuan con el aparato basal en diversas
etapas durante su ensamblaje (vease secci6n 25.5,
Los activadores interactuan con el aparato basal) .
El i nicio va seguido
de la depuraci6n del promotor
Conceptos principales
Para disolver el DNA y permitir el traslado de La
polimerasa, se necesitan TF 11 E y TF11 H.
La fosforilaci6n del CTD podria ser necesaria para que
se inicie la elongaci6n.
Para terminar un inicio abortivo, se requiere de
fosforilaci6n adicional del CTD en algunos promotores.
El CTD puede coordinar el !)rocesamiento del RNA con
La transcripci6n .
24.11 El inicio va seguido de la depuraci6n del promotor 623
 La mayor parte de los factores generales de trans-
cripcion son necesarios solo para unir la polimerasa
de RNA al promotor, pero algunos actuan en una
etapa posterior. La union de TFnE bace que ellfmite
de la region protegida en flujo descendente se ex-
tienda por otro giro de la doble belice, basta +30.
Despues de TFuE se unen al complejo dos factores
adicionales, TF 11H y TF nJ, que no cambian el patron
de union con el DNA.
EL TFIIH es el unico factor general de transcrip-
cion que tiene varias actividades enzimaticas inde-
pendientes, entre otras, la de ATPasa, belicasas con
ambas polaridades y cinasa que puede fosforilar la
cola CTD de la polimerasa de RNA II. Este factor es
excepcional en el sentido de que tambien puede
participar en la elongaci6n. Su interacci6n con el
DNA en flujo descendente respecto del punto de
inicio es necesaria para que la polimerasa del DNA
escape del promotor, ademas de que tambien par-
ticipa en la reparacion de danos del DNA (vease la
seccion 24.12, Una conexi6n entre transcripcion y
reparacion).
La cola del CTD
~transcnb
. .
La pol1merasa de RNA
G [YSPTSPSJn
4 7 Para liberar ala polimerasa de RNA y que inicie
la transcripci6n, puede necesitarse fosforilaci6n del CTD par
actividad de cinasa del. TFnH.
624 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
La reaccion de inicio, definida por la forma.::_
del primer enlace fosfodiester, ocurre una vez q;_ _
ba unido la polimerasa de RNA. En la GUR
se propone un modelo donde se necesita la fo .;
laci6n de la cola para la liberaci6n de la polime
de RNA II respecto de los factores de transcripc
de modo que pueda bacer la transicion a la fo::-
elongada. Gran parte de los factores de transcriJ"U.
se Iibera del promotor en esta etapa.
En un molde lineal, para el movimiento C.:-
polimerasa se requiere de la bidrolisis de AF
TFnE y la actividad de helicasa de TF11H (provistc.
la subunidad XPB). Este req uisito es pasado po~ ::..
por un molde superenrollado, lo cual sugiere :
se necesitan TF rrE y TF rrH para solubilizar el D.- -
permitir el inicio del movimiento de la polimer..:.
La actividad de belicasa de la subunidad XPE
TFnH se encarga de la solubilizacion en sf del D. -
La polimerasa de RNA II vacila en algunos ~
nes cuando inicia la transcripci6n. (El resulta ci .
es distinto del inicio abortivo de la polimeraY-
RNA bacteriana descrito en la seccion ll.ll, E -
tor sigma controla la union con el DNA, au r. :
el mecanismo es diferente.) En mucbos gen e<
polimerasa de RNA II termina despues de un c -
tramo y se fragmenta rapidamente. Para exte-__
la elongacion bacia el gen, se requiere de U!k
nasa llamada P- TEFb, miembro de la familia _
que regula el ciclo celular. La P-TEFb actua e::.
CTD para fosforilarlo aun mas. No se sabe por:
es necesario ese efecto en algunos promotores -_
en otros, tampoco como se regula.
El CTD tambien puede estar implicado direc
indirectamente con el procesamiento del RNA _
pues de que ba sido sintetizado por la polime::.
de RNA II. En la se resumen las re:
ciones de procesamiento en que puede partici= -
La enzima de cobertura (transferasa), que ag::- c
el fragmento G al extremo 5' de un RNAm rec
sintetizado, se une a la forma fosforilada del c-:-:..
lo cual podrfa ser importante para la modificac
del extremo 5' tan pronto como se sintetice. -_
conjunto de protefnas llamadas SCAF se une al c-:-
y, a su vez, podrian unirse con factores de co~ c
empalme, el cual seria, quiza, un medio de c
dinacion de la transcripci6n y el corte y empa::-
Algunos componentes del aparato de fragm e:-.
ci6n/poliadenilaci6n tambien se unen a! CTD . :
tranamente en el momento de inicio, jde modo L
la polimerasa de RNA esta lista para las reacci :
de procesamiento del extremo 3' tan pronto cC'
se establece! Todo ello sugiere que el CTD puede
un punto de concentracion general para cone;:-
otros procesos con la transcripci6n. En los cas o~ _
formaci6n de capucb6n, corte y empalme, el c~=

Formaci6n de capuch6n en el extreme 5'
I_/
~
Complejo del ca!uch6n
. ....
Los SCAF reclutan facto res de corte y empalme
....
.......c-r- Factores de rotura
y empalme
Poliadenilaci6n y fragmentaci6n del extreme 3'
...... AAAA
El CTD es importante para reclutar enzimas que
odifican el RNA.
~unciona de manera indirecta para promover Ia for -
:-:J.aci6n de complejos protefnicos que llevan a cabo
.as reacciones, si bien en Ia generaci6n del extremo
.r suele participar directamente en la reacci6n.
El proceso general de inicio es similar al catali-
:ado porIa polimerasa de RNA bacteriana. La union
: e una polimerasa de RNA genera un complejo
:errado que, en una etapa posterior, se convierte
:-n un complejo abierto, en el cual se han separa-
_o las cadenas del DNA. En Ia reacci6n bacteriana,
2 formaci6n del complejo abierto concluye con el
~mbio estructural necesario para el DNA; una dife-
:encia en la reacci6n eucari6tica es que se necesita
_:n desenrollado mas amplio del molde despues de
: ta etapa.
fBE Una conexi6n entre
transcripci6n y reparaci6n
Conceptos principales
Los genes transcritos se reparan de manera preferencial
cuando se daiia el DNA.
El TFnH proporciona ligamiento para un complejo de
enzimas de reparaci6n.
Las mutaciones del componente XPD de TFuH causan
tres tipos de enfermedades humanas .
En bacterias y otras eucariotas hay un vinculo di -
recto entre !a polimerasa de RNA y Ia activaci6n de
la reparaci6n_ El fen6meno basico fue descubierto
porque se da preferencia a Ia reparaci6n de los genes
transcritos; mas tarde se supo que es s61o Ia cadena
molde del DNA Ia que constituye Ia diana, y que Ia
cadena que no es molde se repara a la misma velo -
cidad que !a mayor parte del DNA.
En las bacterias, !a actividad de reparaci6n es
tarea del sistema de escisi6n-reparaci6n uvr (vease
Ia secci6n 20.3, Sistemas de reparaci6n y escisi6n
en E. coli.)_ La reparaci6n preferencial se elimina
por mutaciones en el gen de mfd, cuyo producto
proporciona elligamiento de Ia polimerasa de RNA
a las enzimas Uvr.
En Ia 1 se muestra un modelo del
vinculo entre Ia transcripci6n y !a reparaci6n. Cuan-
do Ia polimerasa de RNA encuentra dafi.os del DNA
en Ia cadena molde, se detiene porque no puede
usar las secuencias dafi.adas como molde porque
no puede dirigir el apareamiento de bases comple-
mentarias. Esto explica !a especificidad del efecto en
dicha cadena (los dafios en la que no es molde no
impiden el a vance de !a polimerasa de RNA).
La protefna Mfd tiene dos funciones. La prime-
ra implica el desplazamiento del complejo ternario
de polimerasa de RNA del DNA, y Ia segunda hace
que Ia enzima UvrABC se una al DNA dafiado, lo
cual conduce ala reparaci6n del DNA por el meca -
nismo de escisi6n-reparaci6n (vease Ia Fig. 20.11 ).
Despues de que se ha reparado el DNA, Ia siguiente
polimerasa de RNA que atraviesa el gen puede ori-
ginar un producto de transcripci6n normaL
Un mecanismo similar, si bien depende de otros
componentes, se usa en las eucariotas, pues se da
preferencia a la reparaci6n de Ia cadena molde de
un gen transcrito despues del dafio inducido por
UV. El factor general de transcripci6n TFuH participa
y se encuentra en formas alternas constituidas por
un centro relacionado con otras subunidades.
El TFuH tiene una funci6n comun en el inicio
de la transcripci6n y la reparaci6n del dafio. La mis-
ma subunidad de helicasa (XPD) crea Ia burbuja de
24.12 Una conexi6n entre transcripci6n y reparaci6n 625
 transcripcion inicial y solubiliza el DNA en el sitio
daiiado. Sus otras funciones difieren entre trans-
cripcion y reparacion, segun Ia forma apropiada del
complejo.
La muestra que el factor basico
implicado en Ia transcripcion consta de un centro
(de cinco unidades) relacionado con otras subuni-
dades con actividad de cinasa; ese complejo tambien
incluye una subunidad de reparacion. La subunidad
catalitica de cinasa que fosforila el CTD de Ia poli-
merasa de RNA pertenece a! grupo de cinasas que
participa en el control del ciclo celular. Es posible
que esa conexion influya en Ia transcripcion como
respuesta a Ia etapa del ciclo celular.
El complejo alterno consiste en el centro rela-
cionado con un gran grupo de proteinas codifica-
La polimerasa de RNA se detiene en el sitio
dai'iado del molde
El Mfd se une a Ia polimerasa de RNA detenida
Se liberan Ia polimerasa de RNA y el producto
de transcripci6n
La UvrAB inicia Ia reparaci6n de Ia escisi6n
El Mfd reconoce a una polimerasa de RNA de-
tenida y dirige la reparaci6n correspondiente hacia la cadena
molde daiiada .
626 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
das por genes de reparacion (el modelo basic
muestra en la Figura 20.2 5). Las proteinas de re_:-
racion incluyen una subunidad (XPC) que rec01:
al DNA daiiado, desempeiia la funcion de ac ~
mien to y permite que se de preferencia a Ia re ;. -
cion de una cadena molde cuando Ia polimeras::
RNA se detiene en el DNA daiiado. Otras prore--
vinculadas con el complejo son las endonucl ;
(XPG, XPF y ERCCl). En los complejos de leva --~
(donde a menudo se identifican por mutacione ~
defectuosas en !a reparacion) y en el ser hurr:,:
(porque se identifican con mutaciones que ca
enfermedades resultantes de deficiencias en lc. ~
paracion del DNA dana do) se encuentran prote-
homologas. Las subunidades que llevan el nor:-:
de XP son codificadas por genes en los cua!e:;
mutaciones causan xerodermia pigmentosa (P::
Ia seccion 20.11, Las ce!ulas eucarioticas han -
servado los sistemas de reparacion).
El complejo de cinasa y el de reparacion pu .;_
vincularse y disociarse de man era reversible re __ -
to del TF uH central, lo cual sugiere un mode: -
que para el inicio se req uiere de Ia prim era f ::-
de TF uH, pero puede ser sustituido por Ia otrc _
rna (tal vez como respuesta a los daiios encontE .:.
en el DNA) . El TFuH se disocia de Ia polimera~ .:
RNA en una de las primeras etapas de Ia elonga -
(despues de Ia transcripcion de -50 bp); su :.:
union en un sitio de DNA daiiado puede exigir c
ponentes de acoplamiento adicionales.
El TF 11 H proporciona una cinasa en el inicio
El TF 11 H proporciona un complejo de
reparaci6n en Ia elongaci6n
Complejo de
Danos en el DNA
El centro TF11 H puede vincularse con una :- -
en el inicio y con un complejo de reparaci6n cuando enc:-= -
DNA daiiado.
 La funcion para reparacion puede requerir de
modificacion o fragmentacion de la polimerasa
fBI
de RNA, cuya subunidad grande se fragmenta cuan-
do la enzima se detiene en los sitios de dafio por UV.
Se desconoce la conexion entre el aparato de trans-
cripcion/reparacion como tal y la fragmentacion
de la polimerasa de RNA, quiza sea necesario elimi-
nar la polimerasa una vez que se estanca.
Esa fragmentacion de la polimerasa de RNA es
deficiente en celulas de pacientes con el sfndrome
de Cockayne (trastorno de la reparacion), causado
por mutaciones en uno de dos genes (CSA y CSB)
cuyos productos parecen ser parte de TF 0 H o unirse
a ei. Dicho sfndrome tambien suele ser provocado
por mutaciones en XPD.
Otra enfermedad que puede ser causada por
mutaciones en XPD es la tricotiodistrofia, que tie-
ne poco en comun con XP o con el sfndrome de
Cockayne (incluye retraso mental y son notorios
los cam bios en la estructura del pelo) . To do ello
apunta a que XPD sea una protefna pleiotropica,
en la cual diversas mutaciones pueden afectar a di-
versas funciones. De hecho, para la estabilidad del
complejo TFnH durante la transcripcion se requiere
de XPD, pero la actividad de helicasa como tal no
es necesaria. Las mutaciones que impiden que XPD
estabilice el complejo causan la tricotiodistrofia. La
funcion de reparacion necesita la actividad de heli-
casa, y las mutaciones que afectan su actividad dan
Iugar a deficiencias en Ia reparacion que origina el
sfndrome de Cockayne o en XP.
Los elementos de secuencia
corta se unen a activadores
Conceptos principales
Los elementos de secuencia corta conservados se
dispersan en la region que precede al punta de inicio.
Los elementos en flujo ascendente aumentan la
frecuencia del inicio.
Los factores que se unen a ellos para estimular la
transcripcion se llaman activadores.
Un promotor de la polimerasa de RNA II consta de
dos tipos de region; el punto de inicio mismo se
identifica por la cercanfa con Inr, la caja TATA, o
ambos. Aunada a los factores generales de transcrip-
cion, la polimerasa de RNA II forma un complejo
de inicio que rodea al punto de inicio, como ya se
describio. Sin embargo, la eficacia y la especificidad
con que se reconoce un promotor, depende de se -
cuencias cortas mas alejadas en flujo ascendente,
las cuales se identifican por un grupo diferente de
factores, llamados activadores .
En generaL las secuencias diana estan -100 bp
en flujo ascendente respecto del punto de inicio,
pero en ocasiones estan mas lejos . La union de ac-
tivadores con dichos sitios puede influir en la for-
macion del complejo de inicio (probablemente) en
cualquiera de varias etapas.
En la se resume el analisis de un
promotor tfpico. Se introducen sustituciones de ba-

(\i 4
E
0
c
II
,..-
~
3
c
O
'(3
a.
~
c 2
jg
<ll
'0
0
>
~
~
'ai
>
z
-100 -80 -60 -40 -20
CGTAGAGCCACACCC TGGTAAG GGCCAATCTGCTCACACAGGATAGAGAG GGCAGGAGCCAGGGCAGGC.ATATAA GGTGAGGTAGGATCAGTTGCTCCTCACA

... 1.. La mutagenesis de saturacion de la region de flujo ascendente del promotor de la ~ globina identifica tres regiones
:xtas (centradas a -30, -75 y -90) necesarias para el inicio de la transcripci6n que corresponden a las cajas TATA, CAAT y GC.

24.13 Los elementos de secuencia cortos se unen a activadores 627

 ses individuales en casi todas las posiciones de las
100 bp en flujo ascendente respecto del punto de
inicio de la ~ globina, y el sorprendente resultado es
que casi ninguna de las mutaciones afecta la capacidad
del promotor para iniciar la transcripci6n. Por otra par-
te, ocurren mutaciones descendentes en tres loca-
lizaciones correspondientes a tres elementos cortos
bien definidos.
Los dos elementos en flujo ascendente produ-
cen un efecto mayor en el grado de transcripcion
que aquel mas cercano al pun to de inicio. Ademas,
se produce mutacion ascendente solo en uno de
los elementos. Se concluye que las tres secuencias
cortas centradas en -30, -75 y -90 constituyen el
promotor, y cada una de ellas corresponde a la se-
cuencia de consenso para un tipo com(m de ele-
mento promotor.
La caja TATA (centrada en -30) es el componen-
te menos eficaz del promotor, segun se determina
por la disminucion en la transcripci6n provocada por
las mutaciones. Notese que aunque no se impide el
inicio cuando hay mutacion en la caja TATA varia
la localizacion usual precisa del punto de inicio, lo
cual confirma la participaci6n de dicha caja como
componente crucial del posicionarniento del promo-
tor medular.
Los elementos basales y los que se encuentran
en flujo ascendente respecto de ellos tienen diferen-
tes funciones. Los elementos basales (la caja TATA
e Inr) deterrninan principalmente la localizaci6n del
punto de inicio, pero pueden respaldar el inicio solo
en un nivel bastante bajo; identifican la localizaci6n en
que los factores generales de transcripci6n se ensam-
blan para formar el complejo basal. Los elementos
de secuencia en flujo mas ascendente influyen en la
fi"ecuencia de inicio, con toda probabilidad al actuar
de manera directa en los factores generales de trans-
cripcion a fin de promover la eficacia del ensamblaje
en un complejo de inicio (vease la seccion 25.5, Los
activadores interactuan con el aparato basal).
La secuencia en -75 es la caja CAAT , asf llama-
da por su secuencia de consenso, que fue uno de los
primeros elementos comunes en ser descrito. A me-
nudo se localiza cerca de -80, pero puede funcionar
a distancias que varian considerablemente respecto
del punto de inicio y en cualquier orientacion. Su
susceptibilidad a las mutaciones sugiere que par-
ticipa de manera importante en la determinacion
de la eficacia del promotor, pero no influye en su
especificidad.
La caja GC en -90 contiene la secuencia
GGGCGG; a menudo hay multiples copias en el
promotor, en cualquier orientacion. Esta caja tam-
bien es un componente relativamente comun del
promotor.
628 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
BJI La estructura del promotor
es flexible, pero el contexte
puede ser importante
Conceptos principales
Ningun elemento individual de flujo ascendente es ir-
dispensable para la funci6n del promotor, si bien un o :
mas deben estar presentes para que el inicio sea efic~:
Algunos elementos son reconocidos por muchos
factores, y un factor utilizado en un promotor en
particular puede ser determinado por el contexte de l::
otros factores unidos.
Los promotores se organizan segun un principio _-
"mezcla y apareamiento". Diversos elementos pL
den contribuir ala funci6n del promotor, pero l~: -
guno es indispensable para todos. En la JRA"
se incluyen algunos ejemplos. Entre esos promo:
res se encuentran en total cuatro tipos de elemerr
cajas TATA GC, CAAT y el octamero (un elem e=
de 8 bp). Los elementos encontrados en cualqu;:-
de esos promotores difieren en numero, localizac
y orientacion, ninguno es comun a todos. Si b::
el promotor conduce informacion direccional
transcripcion procede solo en flujo descende c:
las cajas GC y CAAT parecen tener la capacidad ~
actuar en cualquier orientacion, lo cual implica c _
los elementos funcionan solo como sitios de ur. :
de DNA para acercar los factores de transcrip c'
al pun to de inicio; la estructura de un factor cic:
ser suficientemente flexible como para perrni: -
establecer contactos protefna-protefna con el ii- _
rato basal, independientemente de la forma en -
el dominio de union de DNA este orientado y ci~
distancia exacta del punto de inicio.
Se supone que los activadores, que son m.i ~
menos ubicuos, estan disponibles para cualq-..:..:
.~.
SV40 temprano
Cinasa de timidina
Histona H2B
1-.
-140-120-1 00 -80 -60 -40 -20 bp
Tipos de ~ ~
modulo Octamero CAA T GC TATA
Los promotores contienen diferentes co me ' ~
ciones de cajas TATA, CAAT, GC y otros elementos.
promotor que tenga una copia del elemento que
reconocen, entre los que se incluyen las cajas CAAT
y GC, y el octamero. Todos los promotores podrian
necesitar uno o mas de esos elementos para funcio-
nar eficazmente. Un activador suele unirse a una
secuencia de consenso de <1 0 bp, pero en realidad
cubre una longitud de -20 bp del DNA. Dado el
tamaiio de los activadores y Ia longitud del DNA
que cubre a cada uno, es de esperar que las diversas
protefnas cubran juntas toda Ia region en flujo as-
cendente a partir del pun to de inicio en que residen
los elementos.
En general, una secuencia de consenso en parti-
cular es reconocida por el activador correspondiente
(o por un miembro de una familia de factores) . Sin
embargo, en ocasiones, una secuencia de promotor
especffica puede ser reconocida por uno de varios
activadores. Un activador ubicuo, el Oct-1, se une
con el octamero para activar el gen de la histona H2B
(y posiblemente tambien otros); es el {mico factor
de union octamero en celulas no linfoides. Sin em-
bargo, en celulas linfoides, un activador diferente, el
Oct-2, se une a! octamero para activar el gen de la
cadena ligera kappa de inmunoglobulina. AsL Oct-2
es un activador especffico de tejido, en tanto Oct-l
es ubicuo. Noes tan importante conocer los detall es
exactos del reconocimiento, como el hecho de que
diversos activadores reconocen las cajas CAAT.
El uso del mismo octamero en el gen H2B de
expresion ubicua yen los genes de inmunoglobuli-
na especfficos de linfoides constituye una paradoja,
(.por qu e el Oct-l ubicuo no puede activar los genes
de inmunoglobulina en tejidos no linfoides? El con-
rexto debe ser importante; tal vez se requiera Oct-2
mas que Oct-1 para interactuar con otras protefnas
que se unen en el promotor. Estos resultados indi-
can que no es posible pronosticar si un gen sera ac-
tivado por un activador en particular sencillamente
con base en la presencia de elementos especificos
en su promotor.
Los potenciadores contienen
elementos bidireccionales
que fa cilitan el inicio
Conceptos principales
Un potenciador activa al promotor mas cercano, es
decir, a cualquier distancia en flujo ascendente o
descendente respecto del promotor.
Un UAS (secuencia de activador ascendente) de las
levaduras se comporta como potenciador, pero funciona
solo en flujo ascendente respecto del promotor.
En potenciadores y promotores se encuentra n
elementos de secuencia similares.
Los potenciadores forman complejos de activadores que
actuan directa o indirectamente con el promotor.
24.15 Los potenciadores contienen elementos bidireccionales que facilitan el inicio
Hasta ahora se ha considerado al promotor como
una region aislada que se encarga de la union de Ia
polimerasa de RNA pero los promotores eucarioti-
cos no necesariamente actuan solos; cuando menos
algunos casas, la actividad del promotor aumenta
enormemente por la presencia de un potenciador,
que consta de otro grupo de elementos, pero se lo-
caliza a distancia variable de los considerados como
parte constitutiva del promotor mismo.
El concepto de que el potenciador es distinto
del promotor refleja dos caracterfsticas; no es ne-
cesario que la posicion del potenciador respecto del
promotor sea fija, sino que puede variar sustancial-
mente. En la .. u , l se muestra que puede
ser de flujo ascendente o descendente, ademas de
que suele actuar en cualquier orientaci6n respecto
del promotor (es decir, puede estar invertido). Las
manipulaciones del DNA muestran que el potencia-
dar puede estimular a cualquier promotor que este
cerca; en genomas silvestres pueden estar dentro
de los genes (esto es, apenas en flujo descendente
del promotor) o a decenas de kilo bases en cualquier
direccion de flujo.
Para fines operativos, en ocasiones conviene
definir al promotor como una o varias secuencias del
DNA que de ben estar en una localizaci6n (relativamente)
fija respecto del punto de inicio, definicion que incluye
a la caja TATA y otros elementos de flujo ascen-
dente, pero se excluye al potenciador, si bien esta
definicion es de trabajo, mas que una clasificaci6n
rfgida.
En las levaduras se encuentran elementos ana-
logos a los potenciadores llamados secuencias ac-
tivadoras en flujo ascendente (UAS), los cuales
Transcripci6n
U ~. Un potenciador puede activar a un promotor desde lo-
calizaciones de flujo ascendente o descendente y su secuencia se puede
invertir respecto del promotor.
629
 pueden actuar en cualquier orientacion y a distan-
cias variables en flujo ascendente respecto del pro-
motor, pero no en flujo descendente. Su funcion
es regulatoria; en varios casos, Ia UAS esta unida a
las protefnas reguladoras que activan los genes en
flujo descendente.
Los experimentos de reconstruccion en que
se elimina la secuencia del potenciador del DNA
y despues se inserta en otro sitio, muestran que es
posible mantener Ia transcripcion normal en tan-
to se encuentre en cualquier punto de Ia molecula del
DNA, pero si se coloca un gen de ~-globina en una
molecula de DNA que contiene un potenciador, su
transcripcion aumenta, in vivo, mas de 200 veces,
incluso si el potenciador esta varios kb en flujo as-
cendente o descendente respecto del punto de ini-
cio, en cualquier orientacion; todavfa no se sabe a
que distancia deja de actuar el potenciador.
fBra Los potenciadores contienen
los mismos elementos
encontrados en los promotores
Conceptos principales
Los potenciadores estan hechos del mismo t1po de
elementos de secuencia que se encuentran en los
promotores.
La densidad de los componentes de secuencia es mayor
en el potenciador que en el promotor.
Una diferencia entre el potenciador y un promotor
comun es Ia densidad de los elementos regulado-
res. En la se resume Ia sensibilidad del
potenciador SV40 a los dafi.os provocados por una
mutaci6n, y se observa que un porcentaje mucho
mayor de sus sitios influye directamente en su f; -
cion, a diferencia de lo que ocurre con el promo:
analizado en Ia misma forma en la Figura 24.::.
Hay un incremento equivalente en Ia densida _
los sitios de union de protefnas, de los cuales, 1:-__
chos son elementos comunes, por ejemplo, AP ~
el octamero.
La especificidad de Ia transcripci6n puede _
controlada por un promotor o un potenciador. -_
promotor puede ser especfficamente regulaci -
un potenciador cercano se utilizara para aum~
tar Ia eficacia del inicio; o bien, un promotor p_
de carecer de regulacion especffica pero activ&~
solo cuando un potenciador cercano es acti,c:. _
espedficamente. Un ejemplo son los genes de -
munoglobulinas, que portan potenciadores de; :
de la unidad de transcripcion. Los potenciadore-s _
las inmunoglobulinas parecen estar activos sole -
los linfocitos B, donde se expresan los genes de -
inmunoglobulinas. Tales potenciadores propor -
nan parte de Ia red regulatoria mediante Ia cua~
controla Ia expresion genica.
Una diferencia entre potenciadores y prom -
res puede ser que aquellos se muestran mas coo:-
rativos entre Ia union de factores. Un complejo ~
se ensambla en el potenciador y que responde a ~
(interferon) y se ensambla de manera coopera--
para formar una estructura funcionalllamada
tenciadorsoma. La union de Ia proteina no h.G-
na HMGI (Y) dobla al DNA en una estructura : _
despues se une a varios activadores (NF-KB, OC
ATF-Jun) . A diferencia de la estructura de "me: -
y apareamiento" de los promotores, todos esos cc::-
ponentes son necesarios para crear una estruc_-
activa del potenciador; no se unen directame : =
Ia polimerasa de RNA, sino que crean una su ~ :e
ficie que se une a un complejo de coactivaci6n. D:.::.

"0
ell
"0 80
'5
nell 60
Q)
"0
Q)
'(ij'
40
'E
Q)
20
~
0
0...

CCAGCTGTGGAATGTGTGTCAGTTAGGGTGTGGAAAGTCCCCAGGCTCCCCAGCAGGCAGAAGTATGCAAAGCATGCATCTCAATTAGTCAGCAAC
GGTCGACACCTTACACACAGTCAATCCCACACCTTTCAGGGGTCCGAGGGGTCGTCCGTCTTCATACGTTTCGTACGTAGAGTTAATCAGTCGTTG
AP4 AP1 AP3 AP2 Octamero AP1

Un potenciador contiene varios segmentos estructurales. En el histograma se ilustra el efecto

de todas las mutaciones que reducen la funci6n del potenciador a <75% del tipo silvestre. Los sitios de union
para las prote1nas se indican abajo del histograma.

630 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores

complejo ayuda al complejo de preiniciaci6n de los
ia:ctores de transcripci6n basal que se ensamblan en
el promotor para reclutar ala polimerasa de RNA.
En la secci6n 25.5, Los activadores interactuan con
el a para to basal, se describe en detalle la funci6n de
los coactivadores.
E Los potenciadores actuan
aumentando la concentraci6n
de los activadores
cerca del promotor
Conceptos principales
Los potenciadores suelen funcionar solo en
configuraci6n cis con un promotor diana.
Es posible hacer que los potenciadores funcionen en
configuraci6n trans por ligamiento del DNA contenido
en el promotor diana con DNA contenido en el
potenciador mediante un puente prote\nico o por
concatenaci6n de las dos moleculas.
El principia es que un potenciador funciona en
cualquier situaci6n en que esta constreiiido a La misma
proximidad que el promotor.
(. C6mo puede un potenciador estimular el inicio en
n promotor que puede estar localizado a cualquier
stancia de uno y otro lado? Cuando se descubrie-
~on los potenciadores, se tomaron en cuenta varias
posibilidades respecto de su acci6n como elementos
-Iaramente diferentes de los promotores.
Un potenciador podria cambiar la estructura
global del molde, por ejemplo, influyendo
en la densidad del superenrollado.
Podria encargarse de localizar el molde en
un sitio especffico dentro de Ia celula, por
ejemplo, al unirlo ala matriz nuclear.
Un potenciador podria proporcionar un
"sitio de entrada", un punto en que la po-
limerasa de RNA (o alguna otra proteina
esencial) se vincula inicialmente con la cro-
matina.
Ahora se considera que la funci6n del poten-
jador implica el mismo tipo de interacci6n con el
.:~parato basal que las interacciones dependientes
e elementos promotores de flujo ascendente . Los
. otenciadores son modulares, igual que los promo-
~ores. Ciertos elementos se encuentran tanto en
potenciadores como en promotores, y algunos de
. s que se encuentran en los promotores, compar-
:en con los potenciadores la capacidad de actuar
:. diferentes distancias y en cualquier orientaci6n.
\si, se desdibuja Ia distinci6n entre potenciadores y
romotores; los primeros podrian ser considerados
24.17 Los potenciadores actuan aumentando la concentraci6n de los activadores cerca del promotor
como portadores de elementos del promotor, por-
que se agrupan estrechamente, y porque tienen Ia
capacidad de actuar a distancias mayores, respecto
del punto de inicio.
La funci6n esencial del potenciador podria ser
aumentar la concentraci6n del activador cerca del
promotor (cercania, en este sentido, es un termino
relativo). Dos tipos de experimentos ilustrados en la
sugieren que eso es lo que ocurre.
Un fragmento de DNA que incluye un poten-
ciador en un extremo y un promotor en el otro, no
se transcribe de manera eficaz, pero el potenciador
puede estimular Ia transcripci6n desde el promotor
cuando se conectan mediante un puente proteinico.
Los efectos estructurales del tipo de los cambios en
el superenrollado, no podrian transmitirse a traves
de tal puente, lo cual sugiere que la caracterfstica
clave es acercar mucho a potenciador y promotor.
Un potenciador bacteria no proporciona un sitio
de union para el regulador NtrC, que actua sobre la
polimerasa de RNA utilizando promotores recono-
cidos por 0' 54 . Cuando el potenciador se coloca en
un cfrculo de DNA concatenado (enlazado) con un
circulo en que se encuentre el promotor, el inicio
es casi tan eficaz como cuando el potenciador y el
promotor estan en Ia misma molecula circular. Sin
embargo, no hay inicio si el potenciador y el promo-
tor estan separados. Tambien en este caso se sugiere
que la caracteristica mas importante es la localiza-
ci6n de la proteina unida con el potenciador, lo cual
aumenta la posibilidad de que este ultimo entre en
contacto con una proteina unida al promotor.
Estructuras inactivas Estructuras activas
Puen!~. proteinico
Promotor Po~enciador
/.J"'JYJ"YIYN/'Y}Y/\ti'Y/VJYJ<Y/YIV7J'\. -+
Circulos concatenados
Un potenciador puede actuar acercando prote\nas al
promotor. Si bien no actua en un promotor en el extrema opuesto de un
DNA lineal largo, se torna eficaz cuando el DNA se integra a un circulo
mediante un puente prote\nico. Cuando el potenciador y el promotor se
encuentran en DNA circulares diferentes no interactuan, pero pueden
hacerlo cuando las dos moleculas se concatenan .
631
 Silas protefnas unidas en un potenciador a va-
rios kb de distancia de un promotor interactuan di-
rectamente con protefnas unidas cerca del punta de
inicio, Ia organizaci6n del DNA debe ser suficiente-
mente flexible como para permitir que potenciador
y promotor se ubiquen cerca uno del otro, para lo
cual es necesario que el DNA interpuesto se pueda
expulsar como una "asa" grande. Tales asas se han
observado directamente en el caso de un potencia-
dor bacteriano.
Una interesante excepci6n a Ia regia de que los
potenciadores actuan en configuraci6n cis en cir-
cunstancias naturales es el fen6meno de Ia transfec-
cion. El apareamiento de los cromosomas somaticos
permite a un potenciador de un cromosoma activar
a un promotor del cromosoma homologo, lo cual
refuerza el punta de vista de que los potenciadores
actuan por proximidad.
c. Que limita Ia actividad de un potenciador? Por
lo general, actua sabre el promotor mas cercano,
pero hay circunstancias en que un potenciador esta
entre dos promotores y activa solo a uno de ellos
con base en contactos especfficos protefna-protefna
entre los complejos unidos con los dos elementos.
La accion de un potenciador puede ser limitada por
un aislador, elemento del DNA que impide al po-
tenciador actuar en los promotores mas alla de su
ubicacion (vease la seccion 2 9 .14, Los aisladores
bloquean las acciones de los potenciadores y de Ia
heterocromatina).
No se ha definido aun que tan general es el
potenciamiento; se desconoce que porcentaje de los
promotores celulares requiere de un potenciador
para alcanzar su grado usual de expresion, y tam-
bien que tan a menudo un potenciador constituye
una diana para la regulacion. Algunos potenciado-
res se activan solo en los tejidos en que actuan sus
genes, pero otros podrfan estar activos en todas las
celulas.
E La expresi6n genetica se
vincula con la desmetilaci6n
Concepto principal
La desmetilaci6n en el extremo 5' del gen es necesaria
para La transcripci6n.
La metilacion del DNA es uno de varios sucesos re-
guladores que influyen en Ia actividad de un pro-
motor; su efecto impide la transcripcion, y los gru-
pos metilo deben ser eliminados para que se active
el promotor. Dicho efecto esta bien caracterizado
en los promotores de las polimerasas I y II de RNA.
De hecho, Ia metilacion es un suceso regulatorio
632 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
reversible desencadenado por modificaciones de
histonas que incluyen desacetilaci6n y metilac:
protefnicas (vease Ia seccion 30. 9, La metilaci6c _
las histonas y el DNA esta relacionada).
La metilaci6n es tambien un suceso epigene
co, en cuyo caso, puede dar Iugar a modificacio;-
especfficas del espermatozoide o el oocito, de m .:.
que tal vez habrfa una diferencia entre dos alelos :
Ia siguiente generacion. El resultado de esto pod_-=.,:
ser diferencias en Ia expresion de los alelos pater
y materna (vease Ia seccion 31.8, La metilacion :..-
DNA es Ia causa de Ia impresion).
En este capitulo se abordan los medias por _
que Ia metilacion influye en Ia transcripci6n, _ -
son los mismos si se agregan o eliminan grupos IL --
tilo como suceso regulatorio locaL o epigenetic0.
La metilacion en los promotores de Ia polii::c
rasa de RNA II ocurre en pares CG. La distribuc -
de los grupos metilo puede realizarse aprovechac -
las enzimas de restricci6n que rompen sitios dia-
que contienen pares CG. En Ia U 4:'6 sec -
paran dos tipos de actividades de restriccion. b -:
isoesquiz6meros son enzimas que fragmentar.
misma secuencia diana del DNA, pero responden .:..-
manera diferente ante su estado de metilacion.
La enzima Hpall fragmenta Ia secuencia CC C: :
(escribiendo Ia secuencia de solo una cadena -
DNA). Sin embargo, si Ia segunda C esta metilada ~
enzima ya no podra reconocer el sitio. No obstac -
Mspl
Metilado No metilado
GGCC
Me
El sitio metilado El sitio no metilado
no se escinde se escinde
La enzima de restricci6n Mspi fragmenta to-:
las secuencias CCGG, metiladas o no, en La segunda C, _
Hpaii fragmenta solo los tetrameros CCGG no metilados.
Ia enzima Mspi fragmenta el mismo sitio diana, in-
dependientemente e! estado de metilacion en esa C, de
modo que se puede usar Mspl para identificar todas
las secuencias CCGG y usar Hpall para determinar
si estan metiladas.
Con un sustrato de DNA no metilado, las dos
enzimas generarfan las mismas bandas de restric-
cion. No obstante, en el DNA metilado, las posicio-
nes modificadas no son fragmentadas por la Hpaii;
para cada una de dichas posiciones, un segmento
mayor de Hpaii sustituye a dos segmentos de Mspl.
Vease el ejemplo de la IGU 7.
Muchos genes muestran un patron en que el
estado de metilacion es constante en casi todos los
sitios, pero varfa en otros; algunos de los sitios estan
metilados en todos los tejidos revisados, a diferencia
de otros. Una minima parte de los sitios esta metilada en
los tejidos en que el gen nose expresa, pero no esta meti-
lada en sitios en que el gen no esta activo. Por tanto, se
puede describir a un gen activo como submetilado.
Los experimentos con el farmaco 5-azacitidi-
na aportan pruebas indirectas de que la desme-
tilacion puede dar como resultado la expresion
genetica. Dicho farmaco se incorpora al DNA, no
ala citidina, y no puede metilarse porque Ia posi-
cion 5' esta obstruida, lo cual !leva a Ia aparicion
de sitios desmetilados en el DNA como consecuen-
cia de la replicacion (segun el esquema de Ia dere-
cha de la Figura 15.7).
Los efectos fenotfpicos de Ia 5 -azacitidina inclu-
yen Ia induccion de cambios en el estado de dife-
renciacion celular. Por ejemplo, se induce a cetulas
musculares a desarrollarse a partir de precursores
celulares diferentes del musculo. El farmaco tam-
bien activa genes en un cromosoma X silencioso,
& .....
Producto de Producto de
digestion de Mspl digestion de Hpall
Una banda exclusiva
de Hpall sustituye a
las bandas de Mspl
Bandas exclusivas de
Mspl = sitios metilados
Banda en Ia misma - - - --4-
posicion =sitio no metilado
IGU ~4 ., Los resultados de Mspl y Hpaii se comparan
parelectroforesis en gel de los fragmentos.
lo cual resulta en la posibilidad de que el estado de
metilacion podrfa estar relacionado con Ia inactivi-
dad cromosomica.
Revisando el estado de metilacion de los genes
residentes, es posible comparar los resultados de Ia
introduccion de DNA metilado, o no, a nuevas celu-
las hospedadoras, experimentos que muestran una
clara correlacion: el gen metilado esta inactivo, pero el
no metilado esta activo.
(.Que extension tiene Ia region submetilada? En
el grupo de genes de a globina del polio de celulas
eritroides adultas, Ia submetilacion se confina a los
sitios que van de -500 bp en flujo ascendente res-
pecto del primero de dos genes a de adultos, a -500
bp en flujo descendente del segundo. Los sitios de
submetilacion se encuentran en Ia misma region,
incluido el espaciador intermedio. La region de sub-
metilacion coincide con la de sensibilidad maxima a
Ia desoxirribonucleasa I. Con esto se argumenta que
la submetilacion es la caracterfstica de un dominio
que contiene un gen transcrito o varios. Como con
otros cambios de Ia cromatina, parece probable que
los grupos metilo se relacionen con la capacidad de
transcripci6n, mas que con la transcripcion en sf.
El problema de la interpretacion del vinculo ge-
neral entre la activacion del gen y la submetilacion
es que solo participa una minorfa de los sitios meti-
lados (en ocasiones muy pequefia). Es posible que el
estado de metilacion sea crftico en sitios especfficos
o en una region restringida, como tambien lo es que
una disminucion en el grado de metilacion (o inclu-
so la eliminacion total de grupos metilo de alguna
cadena del DNA) sea parte de algun cambio estruc-
tural que permite que avance la transcripcion.
En particular, la desmetilacion del promotor
podrfa ser necesaria para que este disponible para
el inicio de la transcripcion. En el gen de y globina,
por ejemplo, Ia presencia de grupos metilo en la re-
gion que rodea a! pun to de inicio, entre -200 y +90,
suprime la transcripcion. La eliminacion de los tres
grupos metilo localizados en flujo ascendente res-
pecto del pun to de inicio, o de los tres grupos metilo
en flujo descendente, no alivia la supresion, pero la
eliminacion de todos los grupos metilo permite que
el promotor funcione. Por lo tanto, la transcripcion
puede implicar una region sin metilos en el pro-
motor (vease Ia seccion 24.19, Los islotes CpG son
dianas reguladoras). Hay excepciones a esta relacion
general.
Algunos genes pueden expresarse incluso si
estan muy metilados, as! que cualquier de las co-
nexiones entre metilacion y expresion no son uni-
versales en un organismo, pero la regia general es
que la metilacion impide Ia expresion genica y que
se necesita desmetilacion para lograr la expresion.
24.18 La expresi6n genetica se vincula con la desmetilaci6n 633

Los islotes CpG son dianas
reguladoras
Conceptos principales
Los islotes CpG rodean a los promotores de genes con
expresi6n constitutiva donde no est<3n metilados.
Los islotes CpG tambien se encuentran en los
promotores de algunos genes regulados por tejidos.
Hay ~29 000 islotes CpG en el genoma humano.
La metilaci6n de un islote CpG impide la activaci6n de
un promotor en su interior.
La union de proteinas a pares de CpG metilados resulta
en represi6n.
La presencia de islotes CpG en las regiones 5' de
algunos genes se relaciona con el efecto de !a me-
tilacion en la expresion genetica. Dichos islotes se
detectan por una mayor densidad de !a secuencia
dinucleotidica CpG (CpG = 5'-CG-3').
El par CpG se encuentra en el DNA de los ver-
tebrados con apenas una frecuencia del -20% de
lo que se esperaria a partir del porcentaje de pares
de bases G-C (quiza porque los pares CpG estan
metilados en C y !a desami.nacion espontanea de !a
metil-C Ia transforma en T, con lo que se introduce
una mutacion que elimina a! par), pero en ciertas
regiones, Ia densidad de los pares CpG llega a! valor
y-globina
r I' .
I I IL
5'
Ex6n Ex6n
1 2
500 1000 bp
5' __
Ex6n Ex6n
1 2
La concentraci6n usual de los pares CpG en el
DNA de mamifero es ~1/100 bp, como en el caso de un gen de
gamma globina. En un islote rico en CpG la densidad aumenta
a >10 pares/100 bp. El islote del gen APRT se inicia ~100 bp en
flujo ascendente respecto del promotor y cubre ~400 bp hacia
el gen. Cada linea vertical representa un par CpG.
634 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
pronosticado; de hecho, aumenta 10 veces, respec
del resto del genoma. En esas regiones, los pa~
CpG no estan metilados.
En estos islotes ricos en CpG, el contenido pr
medio de G-C es de -60%, respecto del promeri:
de 40% de Ia mayor parte del DNA; asumen
forma de cadenas de DNA, por lo general de l c: ~
kb de longitud. Hay -45 000 de ellos en el geno - '
humano, algunos en elementos repetidos Alu, q_;_ -
za como consecuencia de su elevado contenido ::.-
G-C. En Ia secuenciacion del genoma humano ::-
confirmo que, descartados estos, hay -29 000 is: .
tes, y son menos en el genoma de raton, -15 5 :
Mas o me nos l 0 000 de los islotes pronosticados e--
ambas especies parecen residir en un contexto C=
secuencia que se conserva entre especies, lo Ct.L:
sugiere que podrian corresponder a aquellos qc._
tienen importancia reguladora. La estructura de :.. :_
cromatina en esas regiones presenta cambios vi -
culados con !a expresion genica (vease la secci ' -
30.11, La activacion del promotor implica una
rie ordenada de sucesos), disminuye el conten.ic .
de Ia histona Hl (lo cual probablemente signific
que la estructura es menos compacta); las otrc.
histonas estan ampliamente acetiladas (caract- -
ristica que tiende a vincularse con !a expresi - ~
genica) y hay sitios hipersensibles (como seria "::-
esperar de los promotores activos) .
En varios casos, los islotes ricos en CpG empie--
zan justo en flujo ascendente respecto de un pr -
motor y se extienden en flujo descendente hacia ...:.
region transcrita, antes de desaparecer. En Ia nc
se compara la densidad de los pares CpG e:-
una region "general" del genoma con un islote Cr ~
identificado a partir de !a secuencia del DNA; e5:-:
ultimo rodea !a region 5' del gen APRT, que tie1: -::
expresion constitutiva.
Todos los genes "domesticos" que se expres- -
de manera constitutiva tienen islotes CpG, es dec' -
casi Ia mitad; la otra mitad se presenta en los promt -
tores de genes regulados por tejidos, y solo una pt -
quefia pane (<40 % ) de esos genes tiene islotes, e~
cuyo caso, no estan metilados, independientemen:::-
del estado de expresion del gen. Los islotes riCf .
en CpG no metilados pueden ser necesarios per -
por lo tanto, es insuficiente para la transcripci6
Asi, la presencia de islotes CpG no metilados pue ~ ::-
tomarse como indicio de qu e un gen es potencia.: -
mente activo, que ser transcrito inevitablemen>
Muchos islotes no metilados en animales, se tome.:.
metilados en lineas celulares de cultivos de tejid
lo cual podria relacionarse con !a imposibilidad ~ ~
esas lfneas para expresar todas las funciones usua~ _
del tejido del que se derivan.
La metilacion de un islote CpG puede afectar _:.
transcripcion por uno de dos mecanismos:
 La metilacion de un sitio de union para a)-
gun factor puede evitar su union, como en
el caso de la union con un sito regulador di-
ferente del promotor (vease Ia seccion 31.9,
Los genes con impresion opuesta pueden
ser controlados por un solo centro).
La metilacion puede hacer que represores
especfficos se unan al DNA.
La represion se debe a uno de dos tipos de pro-
tefnas que se unen a las secuencias CpG metiladas.
La protefna MeCP 1 requiere de varios grupos metilo
para unirse al DNA, en tanto que MeCP2 y una
familia de protefnas relacionadas se pueden unir a
un solo par de bases CpG metiladas. Esto explica
porque se necesita una zona sin metilacion para el
inicio de la transcripcion . La union de protefnas de
cualquier tipo impide la transcripcion in vitro por un
extracto nuclear.
La MeCP2, que reprime directamente la trans-
cripcion por interaccion con complejos en el promo-
tor, se une tambien a! complejo represor Sin3, que
~iene actividad de desacetilasa de histonas (vease
la Figura 30.16). Esta observaci6n constituye una
conexion directa entre dos tipos de modificaciones
represivas, Ia metilacion del DNA y Ia desacetilacion
de histonas.
La ausencia de grupos metilo se vincula con Ia
expresion genica, si bien hay algunas dificultad es
para sustentar que el estado de metilacion consti-
tuya un medio general de control de la expresion
genica. En el caso de Drosophila melanogaster (y otros
insectos dfpteros), el DNA esta escasamente metila-
do (si bien hay un gen que posiblemente codifique
una metiltransferasa) y en el nematodo Clostridium
elegans el DNA no esta metilado. Las otras diferen -
cias entre la cromatina inactiva y la activa parecen
ser las mismas que en especies que presentan meti-
lacion. Asi, en esos organismos, cualquiera que sea
la organizacion de la metilacion en los vertebrados,
es sustituida por algun otro mecanismo.
En genes activos se producen tres cambios:
Se establece uno o varios sitios hipersensi-
bles cerca del promotor.
Los nucleosomas de un dominio que incluye
la region transcrita se tornan mas sensibles
a la desoxirribonucleasa I.
El DNA de Ia misma region esta submetila-
do.
Todos esos cam bios son necesarios para la trans-
cripcion.
E Resumen
::)e las tres polimerasas de RNA eucarioticas, la I
:ranscribe del DNAr y contribuye a la mayor parte
de las actividades; Ia II transcribe genes estructurales
para RNAm y tiene los productos mas variados, en
tanto que la III, transcribe RNA pequefi.os. Las en-
zimas tienen estructuras similares, con dos grandes
subunidades y muchas subunidades mas pequefi.as;
hay algunas subunidades comunes entre enzimas.
Ninguna de las tres polimerasas de RNA reco-
noce directamente a sus promotores. Un principia
unificador es que los factores de transcripcion tie-
nen Ia responsabilidad primaria de reconocer los
elementos de secuencia caracterfsticos de cualquier
promotor en particular y sirven, a su vez, para unir-
se a la polimerasa de RNA y posicionarla correcta-
mente en el punto de inicio. En cada tipo de pro-
motor, el complejo de inicio se ensambla por una
serie de reacciones en que los factores individuales
se unen al complejo (o lo abandonan). El factor TBP
es necesario en las tres polimerasas de RNA para el
inicio; en cada caso proporciona una subunidad de
un factor de transcripcion que se une en las cerca-
nfas del punto de inicio.
Un promotor consta de varios elementos de
secuencia cortos en Ia region en flujo ascendente
respecto del punto de inicio, cada uno de los cuales
esta unido a un factor de transcripci6n. El aparato
basal, que consiste en los factores TF 0 , se ensambla
en el punto de inicio y permite que se una Ia poli-
merasa de RNA. La caja TATA (si la hay), cercana
al punto de inicio, y la region iniciadora, ubicada
justo en este, se encargan de la seleccion del punto
de inicio exacto en los promotores de la polimerasa
de RNA II. La TBP se une directamente con Ia caja
TATA, en su caso; en los promotores que carecen de
ella, se localiza cerca del pun to de inicio por union
a DPE en flujo descendente. Despues de la union de
TF 0 D, los otros factores generales de transcripcion
de Ia polimerasa de RNA II ensamblan el aparato de
transcripci6n basal en el promotor. Otros elementos
del promotor localizados en flujo ascendente res-
pecto de Ia caja TATA se unen a activadores que
interactuan con el aparato basal. Los activadores y
los factores basales son liberados cuando la polime-
rasa de RNA inicia Ia elongacion.
El CTD de la polimerasa de RNA II es fosfo-
rilado durante la reaccion de inicio. El TF1p y las
proteinas SRB pueden interactuar con el CTD, asf
como proporcionar un punto de contacto para las
protefnas que modifican el producto de transcrip-
cion del Ri\IA, incluida la enzima de estructuracion
del capuch6n 5', los factores de corte y empalme y
el complejo de procesamiento 3'.
Los promotores pueden ser estimulados por po-
tenciadores, secuencias que pueden actuar a grandes
distancias y en cualquier orientacion, a uno y otro
!ado de un gen. Los potenciadores tambien constan
24.20 Resumen 635
 de conjuntos de elementos, si bien su organizaci6n
es mas compacta. Algunos elementos se encuen-
tran tanto en promotores como en potenciadores.
Los potenciadores tal vez actuen ensamblando un
complejo protefnico que interactua con las protef-
nas unidas en el promotor, lo cual implica que el
DNA interpuesto forme "asas" .
Los islotes CpG contienen concentraciones
de pares CpG; a menudo rodean a los promotores de
genes con expresi6n constitutiva, aunque tambien
se encuentran en los promotores de los genes re-
gulados. El islote que incluye a un promotor debe
estar no metilado para que dicho promotor pueda
iniciar la transcripci6n. Una protefna especffica se
une a los pares CpG metilados y evita el inicio de Ia
transcripci6n.
Referencias
Las polimerasas de RNA eucarioticas constan de
muchas subunidades
Artlculos de revision
Doi, R. H. and Wang, L.-F. ( 1986). Multiple prokaryotic
RNA polymerase sigma factors. Microbial. Rev. 50.
227-243.
Young, R. A. (1991) . RNA polymerase II. Annu. Rev.
Biochem. 60, 689-715.
EIIJ La polimerasa de RNA I tiene un promotor bipartido
Artkulos de revision
Grummt, I. (2003). Life on a planet of its own: regulation
of RNA polymerase I trailscription in the nucleo lus.
GmesDev.l7, 1691 -1702.
Paule, M. R. and White, R. J. (2000 ). Survey and
summary: transcrip tion by RNA polymerases I and ill.
Nucleic Acids Res. 28. 1283-1298.
Artlculo de investigacion
Bell, S. P., Learned, R. M., Jantzen, H. M .. and Tjian.
R. ( 1988 ). Functional cooperativity between
transcription factors UBF1 and SLl mediates human
ribosomal RNA synthesis. Science 24 L 1192-1197.
La polimerasa de RNA III utiliza promotores en flujo
ascendente y descendente
Artkulos de in vestigacion
Bogenhagen, D. F .. Sakonju, S., and Brown. D. D. (1980).
A control region in the center of the 55 RNA gene
directs specific initiation of transcription: II the 3'
border of the region. Cell l9. 27-35.
636 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
GaJli, G .. Hofstetter. H .. and Birnstiel, M. L. (1981). Two
conserved sequence blocks within eukaryotic tRNA
genes a re major promoter elements. Nature 294,
626-631.
Kunkel, G. R. and Pederson, T. (1988). Upstream eleme:-
required for efficient transcription of a human U6
RNA gene resemble those of U 1 and U2 genes even
though a different polymerase is used. Genes Dev. 2.
196-204.
Pieler, T., Harrun, J., and Roeder, R. G. ( 1987 ). The 55 ge-
internal control region is composed of three distina
sequence elements, organized as two functional
domains with va riable spacing. Cell48, 9 I-100.
Sakonju, S., Boge nhagen , D. F., a nd Brown, D. D. (198C
A control region in the center of the 55 RNA gene
directs specific initiation of transcription: I the 5'
border of the region. Cell l9. 13-25.
lfBI El TFmB es el factor de encargo para los promotort :
de la Pol III
Artkulos de revision
Geiduschek. E. P. and Tocchini-Valentini, G. P. ( 1988).
Transcription by RNA polymerase Ill. Annu. Rev.
Biochem. 57. 873-914.
Schram m. l. and Hernandez, N. (2002). Recruitment of
RNA polymerase III to its target promoters. Gems D -
16, 2593-2620.
Articulos de investigacion
Kassavatis, G. A., Braun, B. R., Nguyen, L. H., and
Geiduschek, E. P. ( 1990). S. cerevisiae TFIIIB is
the transcriptio n initiation factor proper of RNA
polymerase ill. w hile TFIIIA and TFIIIC are assembi:
factors. Cell 60, 235-245.
Kassavetis, G. A., Joazeiro, C. A., Pisa n o, M., Geidusch e;:
E. P., Colbert, T., Hahn. S .. and Blanco, J. A.
(1992). The role of the TATA-binding protein in the
assembly and function of the multisubunit yeast R:.-
polymerase Ill transcription factor, TFIIIB. Cell 71,
1055-1064.
Kassavetis, G. A .. Letts, G. A., and Geiduschek, E. P.
(I 999). A minimal RNA polymerase ill transcripti r.
system. EMBOJ. 18. 5042- 5051.
I1JI El punta de inicio de la polimerasa de RNA II
Articu los de revision
Butler, J. E. and Kadonaga, J. T. (2002). The RNA
polymerase II core promoter: a key component in 1
regulation of gene expression. Genes Dev. 16, 2583-
2592.
Smale, S. T., Jain, A .. Kaufmann. J .. Emami. K. H., Lo,
K., and Garraway, I. P. ( 1998) . The initiator e lemeil
a para digm for core promoter h eterogeneity withiL
metazoan protein-coding genes. Cold Spring Harb S:.
Quant Bioi. 63, 21-31.
Smale, S. T. and Kadonaga, J. T. (2003). The RNA
polymerase ll core promoter. Annu. Rev. Biochem. 72,
449- 479.
Woychik, N. A. and Hampsey, M. (2002). The RNA
polymerase II machinery: stru cture illuminates
function. Cell 108, 453- 463.
Art\culos de investigacion
Burke, T. W. an d Kadonaga, J. T. (1996). Drosophila TFllD
binds to a conserved down stream basal promoter
element that is p resent in many TATA-box-deficient
promoters. Genes Dev. I 0, 7 11-724.
Singer, V. L., Wobbe, C. R., and Stru hl. K. ( 1990). A wide
variety of DNA sequences can functionally replace
a yeast TATA element for transcriptional activation.
Genes Dev. 4, 636-645.
Smale, S. T. and Baltimore, D. ( 1989). The "initiator" as a
transcription control element. Cell 57, 103- 113.
Wei!, P. A., Luse, D. S., Segall, J., and Roeder, R. G. (1979).
Selective and accura te initiation of transcription at
the Ad2 major late p romoter in a soluble system
depende nt on purified RNA polymerase II and DNA.
Cell 18, 469- 484.
IZJI La TBP es un factor universal
Art\culos de revision
Berk, A. J. (2000). TBP-Iike factors come into focus. Cell
103, 5-8.
Hernandez, N. (1993). TBP, a universal eukaryotic
transcription factor? Genes Dev. 7, 129 !-1 308.
Lee, T. I. and You ng, R. A. ( 1998). Regula tion of gene
expression by TBP-associated proteins. Genes Dev. 12,
1398-1408
Art\culo de investigaci6n
Crowley, T. E., Hoey, T., Liu, J. K., Ja n, Y. N., Jan, L. Y.,
and Tjia n, R. (1993) . A new factor related to TATA -
binding protein has highl y restricted expression
patterns in Drosophila. Nature 361, 557-561.
aJ La TBP se un e al DNA de forma inusual
Artku los de revision
Burley, S. K. and Roeder, R. G. (1996). Biochemistry and
structural biology of TFIID. Amw. Rev. Biochem. 65,
769-799.
Lee, T. I. and Young, R. A. ( 1998). Regulation of gene
expression by TBP-associated proteins. Genes Dev. ! 2,
1398-1408.
Orphanides, G., Lagrange, T., and Reinberg, D. (1996). The
gen eral transcription factors of RNA polymerase 11.
Genes Dev. 10, 2657-2683.
Artkulos de investigacion
Horikoshi, M. et a!. ( 1988). Transcription factor AID
interacts with a TATA factor to facili tate establishment
of a preini tiation complex. Cell 54, 1033- 1042.
Kim, J. L., Nikolov, D. B., and Burley, S. K. (1993).
Cocrystal structure of TBP recognizing the minor
groove of a TATA element. Nature 365, 520- 527.
Kim, Y. et al. (1993). Crystal structure of a yeast TBPITATA
box complex. Nature 365, 512- 520.
Liu, D. eta!. (1998). Solution structure of a TBP-TAFII230
complex: protein mimicry of the minor groove surface
of the TATA box unwound by TBP. Cel/94, 573- 583.
Martinez, E. et al. ( 1994) . TATA-binding protein-associated
factors in TFI1D funct ion through the initiator to direct
basal transcription from a TATA-less class II promot er.
EMBOJ. 13,3115- 3126.
Nikolov, D. B. eta!. (1992) . Crystal structure ofTFIID
TAT A-box binding prote in. Nature 360, 40-46 .
Ogryzko, V. V. et al. (! 998). Histone-like TAFs within the
PCAF histone acetylase complex. Cell 94, 35-44.
Verrijzer. C. P. eta!. (1995). Binding ofTAFs to core
elements directs promoter selectivity by R 1A
polymerase II. Cell8L 1115-1125.
Wu, J., Parkhurst, K. M., PowelL R. M., Brenowitz, M.,
and Parkhurst, L. J. (200 1). DNA bends in TATA-
bind ing protein -TATA complexes in solu tion are DNA
sequence-dependen t. J. Bioi. Chem. 276, 146 14-14622 .
fZJE!l El aparat o basal se ensambla en, el promotor
Artic ulos de revision
Nikolov, D. B. and Burley, S. K. (1997). RNA polymerase
ll transcription initiation: a structural view. Proc. Nail.
Acad. Sci. USA 94, 15- 22.
Zawel, L. and Reinberg, D. ( 1993). Ini.tiation of
transcription by RNA polymerase ll: a m ulti-step
p rocess. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Bioi. 44, 67-108.
Articulos de investigacion
Buratowski, S., Hahn, S., Guarente, L., and Sharp, P. A.
( 1989). Five in termediate complexes in transcription
ini.tiation by RNA polymerase II. Cell 56, 549- 56 1.
Burke, T. W. and Kadonaga. J. T. (1996) . Drosophila TFIID
binds to a conserved downstream basal promoter
element that is present in many TATA-box-deficient
promoters. Genes Dev. 10, 711-724.
BushnelL D. A., Westover, K. D., Davis, R. E., and
Kornberg. R. D. (2004). Structural basis of
transcription: an RNA polymerase ll-TFIIB cocrystal at
4.5 Angstroms. Science 303, 983-988.
Littlefield, 0., Korkhin, Y., and Sigler, P. B. (1999). The
structural basis for the oriented assembly of a TBP/
TFB /promoter complex. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 96,
!3668-1 3673.
Nikolov, D. B. et a!. ( 1995). Crystal structure of a TFIIB-
TBP-TATA-element ternary complex. Nature 377,
11 9-128.
fDII El inicio va seguido de la depuracion del promotor
Artk ulos de revision
Calvo, 0. and Manley, J . L. (2003). Strange bedfellows:
polyadenylation factors at the promoter. Genes Dev. 17,
1321- 1327.
Referencias 637
 Hirose, Y. and Manley, J. L. (2000). RNA polymerase II
and the integration of nuclear events. Genes Dev. 14,
1415-1429.
Price, D. H. (2000). P-TEFb, a cyclin dependent kinase
controlling elongation by RNA polymerase IJ. Mol. Cell
Bioi. 20, 2629-2634.
Proudfoot, N.J., Furger, A., and Dye, M. J. (2002).
Integrating mRNA processing with transcription. Cell
108, 501-512.
Shilatifard, A., Conaway, R. C., and Conaway, J. W.
(2003) . The RNA polymerase II elongation com plex.
Annu. Rev. Biochem. 72, 693-71 5.
Woychik, N. A. and Hampsey. M. (2002) . The RNA
polymerase II machinery: structure illuminates
function. Cel/108, 453-463.
Artlculos de investigaci6n
Douziech, M .. Coin, F.. Chipoulet, J. M., Arai, Y., Ohkuma,
Y., Egly, J . M., and Coulombe, B. (2000). Mecharusm
of promoter melting by the xeroderma pigmentosum
complementa tion group B helicase of transcription
factor IIH revealed by protein-DNA photo-cross-
linking. Mol. Cell Bioi. 20, 8168-8177.
Fong, N. and Bentley, D. L. (200 1). Capping, splicing,
and 3' processing are independently stim ulated by
RNA polymerase IT: different functions for different
segments of the CTD. Genes Dev. 15. 17 8 3- 179 5.
Goodrich. J . A. and Tjian, R. ( 1994). Transcription factors
liE and IIH a nd ATP hydrolysis direct promoter
clearance by RNA polymerase II. Cell77, 145-156.
Holstege, F. C., van der Vliet, P. C., and Timmers, H. I.
(1996). Opening of an Rt'\TA polymerase ll promoter
occurs in two distinct steps and requires the basal
transcription factors LIE and IIH. EMBO J. 15, 1666-
1677.
Kim, T. K., Ebright, R. H., and Reinberg, D. (2000).
Mechanism of ATP-dependent promoter melting by
transcription factor IIH. Science 288, 14 18-1422 .
Span gler, L., Wang, X., Conaway, J . W .. Conaway, R. C.,
and Dvir, A. (2001). TFIJH action in transcription
initiation and promoter escape requires distinct
regions of downstream promoter DNA. Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 98, 5544-5549.
fDIJ Una conexi6n entre transcripci6n y reparaci6n
Artkulos de revisi on
Lehmann, A. R. (2001). The xeroderma pigmentosum
group D (XPD) gene: one gene, two functions, three
diseases. Genes Dev. 15, 15-23.
Selby, C. P. and Sancar, A. ( 1994) . Mechanisms of
transcription-repair coupling and mutation frequ ency
decline. Microbial. Rev. 58, 317-329.
.Art\culos de investigaci6n
Bregman, D. eta!. ( 1996) . UV-induced ubiquitination of
RNA polymerase II: a novel modification deficient in
Cockayne syndrome cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93,
11586- 11 590.
638 CAPITULO 24 Promotores y potenciadores
Schaeffer, L. et al. ( 1993) . DNA repair helicase: a
component of BTF2 (TFIIH) basic transcription fa ct
Science 260, 58- 63.
Selby, C. P. and Sa ncar, A. ( 1993 ). Molecular mechanism
of transcription- repair coupling. Science 260, 53-58.
Svejstrup, J. Q. et al. ( 1995). Different forms of TFIIH
for transcription and DNA repair: holo-TFIIH and a
nucleotide excision repairosome. Cel/80, 21-28.
Los potenciadores contienen elementos
bidireccionales que fa cilitan el inicio
Articulo de revisio n
Muller. M. M., Gerster, I., and Schaffner, W. (1988).
Enhancer sequences and the regulation of gene
transcription. Eur. J. Biochem. 176, 485-49 5.
Articulo de investigaci6n
Banerji, J., Ru scoru, S., and Schaffner, W. (1981).
Expression of b-globin gene is enhanced by remote
SV40 DNA sequences. Cell 27, 299-308.
Los potenciadores contienen los mismos elementoo
encontrados en los promotores
Articulos de revision
Maniatis, I., Falvo, J. V., Kim, T. H., Kim, I. K., Lin, C. E
Parekh, B. S., and Wathelet, M.G. (1998). Structure
and function of the interferon-beta enhanceosome.
Cold Spring Harbor Symp. Quant. Bioi. 63,
609- 620.
Munshi, N., Yie. Y., Merika, M., Senger, K., Lomvardas,
S., AgaliotL T., and Thanos, D. ( 1999). The IFN-beta
enhancer: a paradigm for understanding activation
and repression of inducible gene expression. Cold
Spring Harbor Symp. Quant. Bioi. 64, 149-159.
Los potenciadores actuan aumentando la
concentraci6n de los activadores
cerca del pro motor
Articulo de revision
Blackwood, E. M. and Kadonaga, J. I. (1998). Going the
distance: a current view of enhancer action. Science
281, 60-63.
Articulos de investigaci6n
Mueller-Storm, H. P., Sogo, J. M., and Schaffner, W.
( 1989). An enhancer stimulates transcription intra
w hen attached to the promoter via a protein bridge.
Cell 58, 767-777.
Zenke, M. et al. (1986). Multiple sequence motifs are
involved in SV40 enhancer function. EMBO J. 5,
387-397.
 Bird, A. et al. ( 1985). A fraction of the mouse genome that
fJim Los islotes CpG son dianas reguladoras is derived from islands of nonmethylated, Cp-G-rich
DNA. Cell40, 91-99.
Articulo de revision Boyes, J. and Bird, A. (1991). DNA methylation inhibits
Bird, A. (2002) . DNA methylation patterns and epigenetic transcription indirectly via a methyl-CpG binding
memory. Genes Dev. 16, 6-21. protein. Cell 64, 1123-1134.

Art1culos de i nvestigaci6n
Antequera, F. and Bird, A. ( 1993 ). Number of CpG islands
and genes in human and mouse. Proc. Nat!. Acad. Sci.
USA 90, 11995-11999.

Referencias 639
Activaci6n de La transcripci6n
ESQUEMA DEL CAPITULO _/
ml Introduccion
La expresion del gen eucariotico suele controlarse en el
ambito del inicio de la transcripcion.
lmfJI Hay varios tipos de factores de transcripcion
El aparato basal determina el punta de inicio de la
transcripcion.
Los activadores determinan la frecuencia de la
transcripcion.
Los activadores actuan estableciendo contactos proteina-
proteina con los factores basales.
Los activadores pueden actuar a traves de coactivadores.
Algunos componentes del aparato de transcripcion actuan
modificando la estructura de la cromatina.
lfBI Dominios independientes se unen con el DNA y
activan la transcripcion
La actividad de union con DNA y activacion de la transcri p-
cion son obra de dominies independientes de un activador.
La funcion de la union del dominic con el DNA es acercar
el dominic de activacion de la transcripcion al promotor.
Em9i El analisis de dos hibridos detecta interacciones
proteina-proteina
El analisis de dos hibridos actUa solicitando una
interacci6n entre dos proteinas, donde una tiene un
dominic de union con DNA y la otra un dominic de
activacion de la transcripci6n.
lfiB Los activadores interactuan con el aparato basal
El principia que regu la la funcion de los activadores es que
el dominic de union con el DNA determina la especificidad
para el promotor o potenciador diana.
El dominio de union con DNA se encarga de localizar el
dominio de activacion de la transcripci6n en las cercanias
del aparato basal.
Un activador que actua directamente tiene un dominio de
union con el DNA y uno de activacion.
Un activador que no tiene un dominio de activacion puede
actuar uniendose a un coactivador. que si lo tiene.
Varios factores del aparato basal son dianas con las que
interactuan activadores o coactivadores.
La polimerasa de RNA puede vincularse con diversos
conjuntos alternos de factores de transcripcion en forma de
un complejo holoenzimatico.
mil Algunas proteinas de union con promotor
corresponden a represores
La represion suele lograrse par afectaci6n de la estructura
de la cromatina, pero hay represores que actuan par union
con promotores especificos.
640
Los elementos de respuesta son reconocidos ::
los activadores
Los elementos de respuesta pueden localizarse en
promotores o potenciadores.
Cada elemento de respuesta es reconocido par un ac'- o..
especifico.
Un promotor puede tener muchos elementos de respc=._-
que, a su vez, pueden activar la transcripcion de rna-~-;
independiente o en ciertas combinaciones.
mil Hay muchos tipos de dominios de union con :
Los activadores se clasifican de acuerdo con el tipo c ~
union con DNA.
Los miembros del. mismo grupo tienen variaciones de
secuencia de un segmento especifico que les confiere-
especificidad para sitios diana especificos.
mJ El segmento de dedo de zinc es un dominio de
union con DNA
Un dedo de zinc es un asa de -23 aminoacidos que
sobresale de un sitio de union de zinc formado por lo;
aminoacidos His y Cis.
Una proteina con dedos de zinc suele tener varies.
La porci6n C terminal de cad a de do forma un a helice ~-
se une a un giro del surco mayor del DNA.
Algunas proteinas de dedos de zinc se unen con el R r
no al DNA, o ademas de al DNA.
fBliJ Los receptores de esteroides sc:: activadores
Los receptores de esteroides son ejemplos de activado:__
de respuesta a ligandos que se activan por union con _-
esteroide (u otras moleculas relacionadas).
Hay dominies separados de union con DNA y de union ::-
ligandos.
fDI) Los receptores de esteroides tienen dedos de z:'- :
El dominic de union con DNA de un receptor de estero': ;:.
es un tipo de dedo de zinc que tiene la porcion Cis, pe-~
la His.
Los receptores de glucocorticoides y estrogenos tienen
dos dedos de zinc cada uno, el primero de los cuales
determina la secuencia diana del DNA.
Los receptores de esteroides se unen al DNA como dime: _
fBB La union con elemento de respuesta es activadc:
por la union con ligando
La union delligando con el dominio C terminal aument.; .::
afinidad del dominio de union con DNA par su sitio dia - ~
especifico en el DNA.
 Los receptores de esteroides reconocen a
los elementos de respuesta por un c6digo
combinatorio
Un elemento de respuesta a esteroides consta de dos
sitios mitad cortos, palindr6micos o de repetici6n
directa.
Hay s6lo dos tipos de sitios mitad.
Un receptor reconoce su elemento de respuesta par la
orientaci6n y el espaciamiento de los sitios mitad.
La secuencia de los sitios mitad es reconocida por el
primer dedo de zinc.
El segundo dedo de zinc se encarga de la dimerizaci6n ,
que determina la distancia entre subunidades.
La separaci6n de las subunidades en el receptor
determina el reconocimiento del espaciado en el
elemento de respuesta.
Algunos receptores de esteroides actuan como
homodlmeros, en tanto que otros forman
heterodlmeros.
Los homodlmeros reconocen elementos de respuesta
palindr6micos; los heterodlmeros reconocen elementos
de respuesta de sitios mitad con repetici6n directa.
Los homeodominios se unen con dianas
relacionadas en el DNA
El homeodominio es un dominio de DNA de 60
aminoacidos que tiene tres a helices.
El C terminal del a helice 3 tiene 17 aminoacidos y se
une con el surco mayor del DNA.
El brazo Nterminal del homeodominio se proyecta
hacia el surco menor del DNA.
Las protelnas que contienen homeodominios pueden
corresponder a activadores o represores de la
transcripci6n.
Introducci 6n
:;mcepto principal
La expresi6n de los genes eucari6ticos suele
controlarse en el ambito del inicio de La transcripci6n.
-""-' diferencias fenotfpicas que distinguen a los di-
-:rsos tipos de celulas en una eucariota superior se
--=ben en gran parte a diferencias en la expresi6n
-= genes que codifican protefnas, esto es, las trans-
--:Las por Ia polimerasa II de RNA. En principia, Ia
-. resi6n de esos genes podrfa ser regulada en una
7 varias etapas. Se pueden distinguir (cuando me-
: 5) cinco puntas de control posibles que forman
-erie siguiente:
Activaci6n de Ia estructura del gen
j,
Inicio de la transcripci6n
j,
Procesamiento del producto de transcripci6n
j,
Transporte al citoplasma
j,
Traducci6n del RNArn
fB]iJ Las proteinas helice-asa-helice interactUan
por vinculo combinatorio
Las protelnas helice-asa-helice tienen un segmento
de 40 a 50 aminoacidos que incluye do s a helices
anfipaticas de 15 a 16 aminoacidos, separados par un
asa.
Las helices se encargan de la formaci6n de dimeros.
Las protelnas bHLH tienen una secuencia basica
adyacente al segmento HLH , que se encarga de la
union con el DNA.
Las protelnas de clase A bHLH son de expresion
ubicua, en tanto que las de clase B bHLH son
especlficas de tejido.
Una protelna de clase B par lo general forma un
heterodlmero con una protelna de clase A.
Las protelnas HLH que carecen de region basica
impiden que la contraparte bHLH de un heterodlmero
se una con el DNA.
Las protelnas HLH forman vlnculos combinatorios que
podrian cambiar durante el desarrollo por la adici6n o
la eliminacion de proteinas especificas.
Glm Las cremalleras de leucina participan en la
formaci6n de dimeros
La cremallera de leucina es una helice anfipatica que
presenta dimerizacion.
La cremallera es adyacente a una region basica que se
une con el DNA.
La dimerizacion forma el segmento bliP donde se unen
en forma simetrica dos regiones basicas a repeticiones
invertidas del DNA.
fBD Resumen
Como se observa en la , la expresi6n
genica en eucariotas es controlada sobre todo al ini-
ciarse la transcripci6n. Para la mayor parte de los
genes, es el principal punto de control de su expre-
si6n, el cual implica cambios de la estructura de la
cromatina del promotor (vease Ia secci6n 30.11, La
activaci6n del promotor implica una serie ordenada
de sucesos) , acompafiada de Ia union del aparato
basal de transcripci6n (que incluye la polimerasa
II de RNA) al promotor. (La regulaci6n en etapas
subsiguientes de la transcripci6n es rara en celulas
eucari6ticas. En algunos genes se observa termina-
ci6n prematura, la cual es contrarrestada por una
cinasa, P-TEFb, pero por lo demas, no parece que
se emplee el proceso anti terminaci6n.)
El producto primario de la transcripci6n es mo-
dificado por un capuch6n en el extrema 5' y, en
general, tambien es transformado por la poliadeni-
laci6n del extrema 3'. Se de ben extirpar los intro-
nes de los productos de transcripci6n de los genes
interrumpidos y el RNA maduro debe exportarse
del nucleo al citoplasma. La regulaci6n de la expre-
si6n genica por selecci6n de secuencias en el ambito
del RNA nuclear podrfa implicar una o todas esas
etapas, pero ]a que ma s ha tenido preocupado, en
cuanto a pruebas, se refiere a cambios en el corte
25.1 Introducci6n 641

Control del inicio de Ia transcripci6n: usado por casi
todos los genes
La estructura local del gen cambia
)) )) )J ffi )) )J ... ]} )L/J)
El aparato general de transcripci6n se une con
el promotor
El RNA se modifica y procesa:
puede controlar Ia expresi6n de productos genicos altemos
__J. = o = AAAA
El RNAm se exporta del nucleo al citoplasma:
no regulado
AAAA ======~~====~' ~
Nucleo
""
Citoplasma
Se traduce el RNAm:
regulado en el desarrollo de anfibios
La expresi6n genica es controlada principalmen-
te al inicio de la transcripci6n, yes raro que los pasos subsi-
guientes permitan determinar si se expresa un gen, aunque se
puede usar un control del proceso para definir la forma del gen
se representa en el RNAm.
y empalme; algunos genes expresan mediante pa-
trones alternos de corte y empalme cuya regulaci6n
controla el tipo de producto protefnico (vease Ia
secci6n 26.12, El corte y empalme alterno implica el
uso diferencial de uniones de corte y empalme).
En ultima instancia, la traducci6n de un RNAm
en el citoplasma puede controlarse de manera espe-
cffica. Si bien el empleo de ese mecanismo es raro
en las celulas somaticas del adulto, se presenta en
algunas situaciones embrionarias, lo que implicarfa
la localizaci6n del RNAm en sitios especfficos donde
se expresa el bloqueo del inicio de la traducci6n por
factores protefnicos especfficos o ambos.
La regulaci6n de la transcripci6n genica especf-
fica de tejidos constituye el meollo de la diferencia-
ci6n eucari6tica. Un factor de transcripci6n regula-
torio sirve para el control comun de gran numero
de genes diana y se ha intentado responder a dos
642 CAPITULO 25 Activaci6n de la tra nscripci6 n
interrogantes acerca de esa forma de regula
GComo identifica el factor de transcripci6n su g:-_
de genes diana? GC6mo se regula la actividad '
del factor de transcripci6n en respuesta a se- ~
intrfnsecas o extrfnsecas?
Hay varios tipos de factores
de transcripci6n
Conceptos principales
El aparato basal determina el punta de inicio de la
transcripci6n.
Los activadores determinan la frecuencia de la
transcripci6n.
Los activadores actuan estableciendo contactos
proteina-proteina con los factores basales.
Los activadores pueden actuar a traves de
coactivadores.
Algunos componentes del aparato de transcripci6n
actuan modificando la estructura de La cromatina.
El inicio de Ia transcripci6n implica muchas i.;:_-
acciones protefna-proteina entre factores de t '-
cripci6n unidos con el promotor o un potencia.
asf como con Ia polimerasa de RNA. Los fac
req ueridos para Ia transcripci6n se pueden divi - .
varias clases, las cuales se describen en la siguk:.
lista. En Ia se resumen sus propiedc. - -
Los factores basales, aunados ala polin::-
sa de RNA, se unen con el punto de i.::__
de Ia caja TATA (vease Ia secci6n 24. 1 : -
aparato basal se ensambla en el promo: -
Los activadores son factores de trans- -
cion que reconocen elementos de consr -
espedficos, cortos y que se unen con >
del promotor o de activadores (vea_eo
secci6n 24.13, Los elementos de secu - -
cortos unen activadores) . Su acci6n im ;
a umentar la eficacia del aparato basal -;-:
unirse con el promotor, de modo que i.L ~
mentan Ia frecuencia de Ia transcripci
se necesitan para que un promotor actti~ -
un nivel adecuado. Algunos activador : -
nJ.an de manera constitutiva (son ubic~
en tanto a otros tienen un papel regu- .:.
y se sintetizan o activan en momento;. :
pedficos o en tejidos especfficos, de ~::_
que se encargan del control de los patrr-
de transcripci6n en tiempo y espacio. ::_
secuencias a las que se unen se Haman e: -
mentos de respuesta.
Los miembros de otros grupos de fac: :
para Ia transcripci6n eficaz, en sf, n:
 unen con el DNA. Los coactivadores pro-
porcionan una conexi on entre activadores y Potenciador
aparato basal (vease !a seccion 25.5, Los ac-
tivadores interactuan con el aparato basal);
actuan por interacciones protefna-protefna La polimerasa de
y forman puentes entre los activadores y el RNA y los factores
basales se unen con
aparato basal de transcripcion. el promotor
La accion de algunos activadores y otros re-
guladores provoca cambios en !a cromatina
(vease !a seccion 30.7, Las acetilasas sere-
lacionan con activadores). Los activadores
se unen con el
La diversidad de los elementos a partir de los promotor
~_;_ ales puede construirse un promotor funcional
las variaciones en cuanto a su localizacion, res-
c:-cto del punto de inicio, sugieren el argumen-
de que los activadores tienen capacidad para Los activadores se
__reractuar entre sf o en interacciones protefna-pro- unen con sitios
distales en el
~1na en multiples formas. No parece haber restric-
promotor o con
.::ones en cuanto a relaciones potenciales entre los potenciadores
=-:ementos. La naturaleza modular del promotor se
_Jstra mediante experimentos en que se han inter-
__:.mbiando regiones equivalentes de promotores Los coactivadores
-'iferentes . Los promotores hfbridos, por ejemplo, conectan a los
:._ue los genes de la timidina cinasa D y los genes de activadores con
.: globulina beta funcionan bien, lo cual sugiere que los factores basales
:: principal proposito de los elementos es acercar los
. :tivadores a los que se unen, al complejo de ini-
=acion, donde las interacciones protefna-protefna Los coactivadores
_':'terminan la eficacia de la reaccion de inicio. o reguladores
actuan en Ia
La organizacion de los promotores de !a poli- estructura local
:."'! erasa II de RNA contrasta con !a de los promo- delgen
- res bacterianos, en la cual todos los factores de
_anscripcion deben actuar directamente con la po-
merasa de RNA. En el sistema eucariotico, solo Los factores involucrados en la expresi6n genica
..s factores basales interactuan directamente con la incluyen la polimerasa de RNA y el aparato basal, activadores
que se unen directamente con el DNA en el promotor o con
::-tzima. Los activadores pueden interactuar con los potenciadores; coactivadores que se unen tanto a los activa-
__:.ctores basales o con coactivadores que, a su vez, dores como al aparato basal, y reguladores que actuan en la
__teractuan con los factores basales. La construcci6n estructura de la cromatina.
:el aparato en capas de interacci6n explica la flexi-
:Jidad con que los elementos pueden disponerse y
c3 distancia en que pueden dispersarse.
Los activadores y otras protefnas regu ladoras nece-
sitan dos tipos de capacidad:
Reconocen secuencias diana especfficas lo-
Domi nios i ndependientes calizadas en activadores, promotores u otros
se unen con et DNA y activan elementos reguladores que afectan a un gen
diana particular.
ta transcripci6n Una vez unido con el DNA, un activador
Conceptos pri nci pales ejerce su funci6n a! unirse con otros com-
ponentes del aparato de transcripci6n.
La actividad de union con DNA y activaci6n de la
transcripci6n son obra de dominies independientes de
(,ES posible caracterizar dominios en el activa-
un activador. dor que se encargan de esas actividades? A menudo
un activador tiene dominios separados que unen
La funci6n de la union del dominic con el DNA es
acercar el dominic de activaci6n de la transcripci6n al
DNA y activan la transcripci6n . Cada dominio se
promotor. comporta como un modulo independiente que ac-
tua por su cuenta cuando se enlaza con un dominio

25 .3 Dominies independientes se unen con el DNA y activan la transcripci6n 643

 de otro tipo . La geometria del complejo de transcrip-
cion global debe permitir al dominio de activacion
entrar en contacto con el aparato basal, sin importar
la localizacion exacta y la orientacion del dominio
de union del DNA.
Los elementos de direccion ascendente respec-
to del promotor deben estar a una distancia apre-
ciable desde el punta de inicio y en muchos casas
orientados en cualquier direccion. Los activadores
incluso pueden estar mas lejos, y siempre muestran
independencia de orientacion. Esta organizacion
tiene implicaciones tanto para el DNA como para
las protefnas. El DNA puede presentar asas o con-
densarse de alguna forma para permitir la forma -
cion del complejo de transcripcion. Por otra parte,
los dominios del activador pueden conectarse de
forma flexible como se ilustra esquematicamente
Dominio activador
Dominio de union con DNA
Las funciones de union con DNA y su activaci6n
en un factor de transcripci6n pueden incluir dominios indepen-
dientes de la prote1na.
Activador Gal4
Uni6n de Gal4
con DNA
Activador Gal4
I
Uni6n de LexA
con DNA
La capacidad de Gal4 para activar la transcripcion es independiente de su espe-
cificidad para la union con DNA. Cuando el dominio de union con DNA Gal4 es sustituido por
el de uni on con DNA LexA, la prote1na h1brida puede activar la transcripcion cuando se coloca
un operador LexA cerca de un promotor.
644 CAPITULO 25 Activacion de la transcripcion
en la . Lo principal en este caso es :
los dominies de union y de activacion del DN. _
independientes, y se conectan de forma que pe::-:-
ten que el dominio de activacion interactue c :-
aparato basal, independientemente de la orie-
cion y la localizacion exacta del dominic de t ~
de DNA.
La union con DNA es necesaria para la aG
cion de la transcripcion, pero c.la activacion depe-
de un dominic de union de DNA en particular?
En la se ilustra un experimento ::-
responder a esta pregunta. El activador Gal4 .. _
un dominio de union de DNA que reconoce u n .
y un dominio de activacion que estimula el i: .. -
en el promotor diana. El represor bacteriano L:
tiene un dominic de union de DNA terminal!\ _
reconoce un operador espedfico. Cuando Lex.--.
une a este operador, rep rime al promotor adya\: _
te. En un experimento de "trueque", el domin:-
union de DNA de LexA puede ser sustituid -
el de DNA de Gal4, de manera que el gen h.ib :-
pueda introducirse en la leva dura con un gen ct =-
que contenga UAS o un operador LexA.
Una protefna Gal4 autentica puede activa < _
gen diana solo si tiene un UAS. Obviamente, e; ~
presor Lex A por sf mismo carece de la capac:-:_
para activar cualquie r tipo de diana, y el hfb:-
LexA-Gal4 ya no puede activar un gen con ~ -
jpero ahara puede activar al gen que porta el
rador LexA!
Uni6n y transcripci6n
 Este resultado concuerda con el punto de vista
odular de la transcripcion. El dominio de union
: )n DNA sirve para llevar la proteina hacia Ia loca-
.:zacion correcta. No tiene importancia como o don-
=_ se une precisamente a! DNA, pero una vez a hi,
:: dominio de transcripcion-activacion puede ejer-
:=r su accion. De acuerdo con este punto de vista,
-o importa si el dominio de activacion de la trans-
:::-ipcion se acerca a! promotor por reconocimiento
_ un VAS, a traves del dominio de union de DNA
e Gal4 o por reconocimiento de un operador LexA,
: .raves del modulo de especificidad de LexA; la ca-
-.acidad de ambos tipos de modulo para actuar en
.15 proteinas hlbridas sugiere que cada dominio de
.:i protefna se pliega de manera independiente en
_na estructura activa en Ia cual no influye el resto
~e Ia proteina.
La idea de que los activadores tienen dorn.inios
dependientes que se unen con el DNA y que la
=.::tivacion de Ia transcripcion se refuerza porIa ca-
-acidad de Ia proteina tat del VIR para estimular el
_"'licio sin union alguna de DNA. La protefna tat se
_ e a una region de Ia estructura secundaria en el
!"oducto RNA; Ia parte del RNA requerida para la
.:.;::cion de tat se llama secuencia tar. En Ia
5 se muestra un modelo del funcionamiento de
.1 interaccion tat-tar en la estimulacion de la trans-
::ipcion.
La secuencia tar se localiza justo en direccion
. escendente del punto de inicio, de manera que
::.~ ando se une a tar, se acerca a! complejo de ini-
-~acion, lo cual es suficiente para asegurar que su
.:ominio de activacion este lo suficientemente cerca
.: :el complejo de iniciacion. El dominio de activacion
.,teractua con uno o mas de los factores de trans-
.:::-ipcion unidos con el complejo de la misma forma
~ue una activador. (Obviamente el primer producto
~e transcripcion puede formarse en ausencia de tat,
e modo de proporcionar el sitio de union.)
Ciertas estructuras en que se obtuvo tat por
:1genieria genetica constituyen una demostracion
7Xtrema de la independencia de los dominios de
. xalizacion y activacion, de manera que el dominio
~ e activacion se conectara con el dominio de union
del DNA y no con la secuencia de union usual tar.
=uando se colocaba un sitio diana apropiado en el
romotor, el dominio de activacion tat podia activar
.3. transcripcion, lo cual sugiere que deberfa pen-
rse que la union de DNA (o en este caso la union
::e RNA) proporciona una funci6n "de sosten", cuyo
-:rincipal prop6sitc es asegurar que el dominic de activa-
::6n esta cerca del complejo de inicio.
La nocion de sosten a manera de correa cons-
::tuye un ejemplo mas especffico de la idea general
..:e que el inicio requiere de una elevada concentra-
25.4 El analisis de dos h1bridos detecta interacciones prote1na-prote1na
cion de factores de transcripcion en las cercanfas del
promotor, lo cual puede lograrse cuando los activa-
dores se unen con los potenciadores en el entorno
general cuando se unen a componentes del promo-
tor de direccion ascendente, o en un caso extremo,
con el producto de RNA por sosten a manera de
correa. La exigencia comun en todos estos casos es
Ia flexibilidad del arreglo tridimensional exacto del
DNA y las protefnas. El principia de los dominios
independientes es comun en los activadores de Ia
transcripcion. Se podrfa considerar que !a funcion
del dominio de union de DNA es acercar el dominic
de activaci6n a! punta de inicio. Esto explica porque
las localizaciones exactas de los sitios de union con
DNA pueden variar en el promotor.
Bit El analisis de dos hfbridos
detecta i nteracciones
prote1na-prote1na
Concepto principal
El analisis de dos h1bridos funcionan por requerimiento
de una interaccion entre dos prote1nas donde una tiene
un dominic de union de DNA y la otra un dominio de
activacion de la transcripci6n .
El modelo de independencia de dominio es !a base
de un analisis muy uti! para Ia detecci6n de inter-
acciones protefnicas. De hecho, el dominio de co-
nexion de la Figura 25.3 se sustituye con la inter-
accion protefna-protefna, principia que se ilustra en
Dominic de union con RNA
Dominic de activacion ('/ Producto de
_I
Dominic de union con DNA
~ El dominic de activacion de la prote1na TATA de VIH puede
estimular la transcripcion si se inserta cerca par union con un producto
de RNA de una ronda previa de transcripcion. La activaci6n es indepen-
diente del media de insercion, como se muestra por la sustituci6n de un
dominio de union con DNA por el dominio de union con RNA.
645
 \a c; . Una de las proteinas en estudio se
fusiona con un dominio de union de DNA, y la otra,
con uno de activacion de Ia transcripcion. (Esto se
logra enlazando las secuencias de codificacion apro-
piadas para caso y creando proteinas sinteticas par
expresion de los genes hibridos.)
Silas dos proteinas que se estudian pueden in-
teractuar entre si, las dos proteinas hibridas haran
lo propio, lo cual se refleja en el nombre de la tec-
nica, analisis de dos hfbridos. La proteina con el
dominio de union de DNA se fusionan con un gen
reportero que tiene un promotor simple con su sitio
diana, pero no puede activar el gen par si mismo. La
activacion ocurre solo si el segundo hibrido se une
con el primero para llevar el dominio de activacion
al promotor. Se puede usar cualquier gen reporte-
ro cuando el producto es facilmente analizable, y
esta tecnica ha dado origen a varios procedimientos
automaticos para pro bar rapidamente interacciones
protefna-protefna.
La eficacia de la tecnica ilustra de manera sor-
prendente la naturaleza modular de las proteinas.
Incluso cuando se ha unido a otra proteina, el do-
minio de union con DNA puede fusionarse con el
Protefna 2
fusionada
con un dominio de con un dominio
union con DNA de activaci6n
Sistema de reporte
CAT
~
u otro producto del reportero
Las protefnas no interactuan: no hay expresi6n
Las protefnas interactuan y activan Ia expresi6n
La tecnica de dos h1bridos estudia la capacidad
de dos prote1nas de interactuar al incorporarlas a prote\nas
h\bridas donde una tiene un dominic de union con DNA y la
otra un dominic de activacion de la transcripcion.
646 CAPITULO 25 Activacion de la transcripcion
DNA y el dominio de activacion de Ia transcripci6r:
puede hacer lo propio. En consecuencia, la capa-
cidad de imeraccion de las dos protefnas en est -
dio no es inhibida par Ia union de los dominios dt
union con DNA o de activacion de la transcripciou
(Obviamente hay excepciones en que no son apE-
cables estas sencillas reglas y la interferencia entre
los dominios de Ia proteina hibrida impide que ! ~
tecnica funcione.)
La utilidad de este ana!isis es que solo requier~
que las dos proteinas estudiadas pueden interac-
tuar entre sf, no necesitan tener nada que ver con =
transcripcion. Como resultado de Ia independencia ~
los dominios de union con DNA y de activacio:::
de la transcripcion, todo lo que se requiere es qu-
se unan, lo cual sucedera en tanto las dos prote:-
nas en estudio puedan interactuar en el ambito de
nudeo.
E Los activadores interactuan
con el aparato basal
Conceptos principales
El principia que regula la funcion de los activadores
es que el dominio de union con el DNA determina la
especificidad para el promotor o potenciador diana.
El dominic de union con DNA se encarga de localizar
el dominio de activacion de la transcripcion en las
cercan1as del aparato basal.
Un activador que actua directamente tiene un dominio
de union con el DNA y uno de activaci6n.
.. Un activador que no tiene un dominic de activaci6n
puede actuar uniendose a un coactivador, que s1 lo
tiene.
Varios factores del aparato basal son dianas con las q
interactuan activadores o coactivadores.
La polimerasa de RNA puede vincularse con diversos
conjuntos alternos de factores de transcripcion en
forma de un complejo holoenzimatico.
Un activador puede actuar directamente cuanc
consta de un dominio de union con DNA enlaza -
con uno de activaci6n de la transcripcion, como ::::
ilustra en la Figura 25.3. En otros casas, el acth- -
dor no tiene en sf un dominio de activaci6n de :.;
transcripci6n, pero se une a otra protefna, un coa~
tivador, que silo tiene. En la se muesc~
Ia acci6n de este tipo de activador. Los activador'::_
pueden considerarse como facto res de transcripcic -
cuya especificidad es conferida par Ia capacidad ; -
unirse con factores de transcripci6n del DNA y r..
directamente con el DNA. Un activador en parti -
lar puede necesitar un coactivador especffico.
 Si bien los componentes protefnicos se organi-
~ de manera diferente, el mecanismo es el mismo.
.-:1 activador que establece contacto directo con el
-_arato basal tiene un dominio de activacion unido
:-::1 forma covalente con el dominio de union con
~ :--l'A. Cuando un activador actua a traves de un co-
: .:tivador, las conexi ones irnplican una union no co-
alente entre subunidades de protefnas (comparen-
~ las Figs. 25.3 y 25.7). Las mismas interacciones
~ encargan de la activacion, independientemente
: e que los diversos dominios esten presentes en la
~isma subunidad proteinica o divididos en varias
,;e esas subunidades.
Un dominio de activacion de Ia transcripcion
.;.::tua a traves de lograr contactos protefna-protefna
: n los factores de trascripcion general que promue-
en el ensamblaje del aparato basal. Se puede hacer
::mtacto con el aparato basal en cualquiera de los
.:iferentes factores basales, pero en general ocurre
:on TF 0 D, TFrrB o TF11 A; los cuales participan en
: tapas tempranas del ensamblaje del aparato basal
vease la Fig. 24.14). En Ia se ilustra la
:ruaci6n en que se hace un contacto de ese tipo.
.::1principal efecto de los activadores es influir en el
~nsamblaje del aparato basal.
El TFDD puede ser Ia diana mas frecuente de los
~ctivadores, que pueden contactar a cualquiera de
arios TAF. De hecho, una accion importante de los
-=-AF es proporcionar la conexion del aparato basal
.:. los activadores, lo cual explica porque !a TBP sola
: stenta !a transcripcion de nivel basaL pero se re-
::uieren TAF o TFnD para niveles mas altos de trans-
:ripcion estimulados por activadores. Los diferentes
-=-AF de TF nD pueden proporcionar superficies de
_'lteraccion con diferentes activadores, de los cuales,
~lgunos interactuan solo con TAF individuales, en
:anto que otros lo hacen con varios. Se supone que
.a interaccion ayuda a !a union de TF liD con la caja
-=-ATA o con otros activadores en torno a! complejo
Y}) -caja TATA. En cualquier caso, !a interaccion
~stablece el complejo de transcripcion basaL que
3celera el proceso de inicio y, por tanto, aumenta
Los activadores acidos actuan por incremento
de la capacidad de TFrrB de unirse al complejo de ini-
cio basal. En experirnentos in vitro se ha demostrado
que la union de TFliB con un complejo de inicio en
un promotor de adenovirus es estimulada por la
presencia de los activadores GAL4 o VP16 acido, y
que este ultim o puede unirse a TFliB. El ensamblaje
de TFrrB en el complejo de su promotor es, por tan-
to, una limitante de la velocidad estimulada por !a
presencia de un activador acido.
La resistencia de un promotor de Ia polimerasa
II de RNA ante la reestructuracion de elementos y
su indiferencia incluso ante los elementos particula-
res presentes sugieren que los sucesos que la activan
son relativamente de naturaleza general. Cualquier
activador cuya region de activacion se pone a! al-
cance del inicio basal tiene !a capacidad de estimular
su formacion. Algunos ejemplos sorprendentes de
tal versatilidad se hanlogrado por !a estructuracion
de promotores constituidos por nuevas combina-
ciones de elementos. Asf pues, cuando un elemento
UASG de levadura se inserta cerca del promotor de
un gen eucariotico superior, este puede ser activado
por Gal4 en una celula de mamffero cultivada. Por
Coactivador
I
Activador
Un activador puede unirse a un coactivador que
hace contacto con el aparato basal.
El act1vador hace contacto con TAF en TF11 D

~--6
:>1 uso del promotor.
Los dominios de activacion de los activadores de I
:evaduras Gal4 y Gcn4 tienen multiples cargas ne -
sativas, lo que llevo a describirlos como "activadores
i cidos". Otro activador de este tipo, particularmente
:>ficaz, es el que porta la protefna Vp 16 del virus del
.'lerpes simple (VP16 no tiene de por sf un dominio
je union con DNA, pero interactua con el aparato
1e transcripcion a traves de una protefna interme-
iia) . Se han hecho experimentos para caracterizar
.as funciones del activador acido en que frecuente-
c-n ente se utiliza la region activadora de VP 16 enla- Los activadores pueden actuar en diferentes eta-
zada a un segmento de union con DNA. pas del inicio por contacto con TAF de TF11 D o con TFnB.

25.5 Los activadores interactuan con el aparato basal 647


! Se une Ia holoenzima
polimerasa de RNA
La polimerasa de RNA es una holoenzima que
contiene muchos activadores.
tanto, cualquiera que sea el meclio que Gal4 utiliza
para activar a! promotor parece haberse conserva-
do entre las levaduras y las eucariotas de mas alta
jerarquia. La proteina Gal4 debe reconocer alguna
caracteristica del aparato de transcripci6n de los
mamfferos qu e simula sus contactos normales en
levaduras.
c.C6mo estimula la transcripci6n un activador?
Se pueden imaginar dos tipos generales de modelo:
El modelo de reclutamiento seii.ala que su
solo efecto es aumentar la union de la poli-
merasa de RNA con el promotor.
Un modelo alterno supone que en el com-
plejo de transcripci6n se induce algun cam-
bia, por ejemplo de la conformaci6n de la
enzima, que aumenta su eficacia.
En una prueba de esos modelos, en un caso de
levaduras, se demostr6 que el reclutamiento puede
contribuir ala activaci6n. Cuando la concentraci6n
de la polimerasa de RNA se aument6 lo suficiente, el
activador no pudo producir ningun aumento de la
transcripci6n, lo cual sugiere que su unico efecto es
aumentar la concentraci6n eficaz de la polimerasa
de RNA en el promotor.
Cuando se suman todos los componentes re -
queridos para la transcripci6n eficaz, factores basa-
les, polimerasa de RNA, activadores y coactivadores,
se obtiene un aparato muy grande que consta de
>40 protefnas . c.Es factible que ese aparato se en-
samble en el promotor? Algunos activadores, coac-
tivadores y factores basales pueden ensamblarse de
manera gradual, pero entonces tal vez se unan a un
complejo muy grande constituido por la polimerasa
648 CAPiTULO 25 Activaci6n de la transcripci6n
de RNA previamente ensamblada con activac
y coactivadores adicionales, como se ilustra e:-
Se han encontrado varias formas de polime. _
de RNA en que la enzima se vincula con fac: .
de transcripci6n. El "complejo de holoenzimas
levaduras mas notorio (definido como capaz d
ciar la transcripci6n sin componentes adicion-
consta de la polimerasa de RNA vinculada co~
complejo de 20 subunidades llamado media<i-
que incluye productos de varios genes donde
mutaciones impiden la transcripci6n, incluido~
gunos loci SRB (asf llamados porque much os de.
genes originalmente se identificaron como supr::--
res de mutaciones en la polimerasa B de RNA
nombre fue sugerido por su capacidad para me
los efectos de los activadores. El mediador es r.=
sario para la transcripci6n de casi todos los gem
levaduras, en tanto que para la transcripci6n de
genes eucari6ticos mas elevados se requieren c
plejos hom6logos. El mediador presenta un ca .
de conformaci6n cuando interactua con el d ~
nio terminal (CTD) de la polimerasa de RNA; p..: ~
transmitir efectos de activaci6n o represi6n <i r
componentes de flujo ascendente hacia la polir:~ =
sa de RNA. Probablemente es liberado cuand
polimerasa inicia la elongaci6n. Algunos faa :
de transcripci6n influyen directamente en ella.
interacci6n con la polimerasa de RNA o el apa;:
basal, pero otros actuan por modificaci6n de lc.
tructura de la cromatina (vease la secci6n 30.:: -
remodelado de la cromatina es un proceso acn
BD Algunas proteinas de union
con promotor corresponden
a represores
Concepto principal
La represi6n suele lograrse por afectaci6n de la
estructura de la cromatina, pero hay represores que
actuan por union con promotores especlficos.
La represi6n de la transcripci6n en eucario -.
logra en general en el ambito de influ encia -
estructura de la cromatina; las protefnas reguJ;
ras que actuan como represores bacteriano ~
actividad en configuraci6n trans para bloque~
transcripci6n son relativamente raras, pero se
nocen algunos ejemplos. Un caso es el del r -
sor global NC2/Drl!DRAPl, heterodfmero q~;_
une con TBP para impedir su interacci6n con
componentes del aparato basal. La importanc~
esta interacci6n es sugerida por la letalidad d
 - . :-....,. . f . ,. I I ~
Activa
El complejo de transcripci6n se ensambla en el testfculo
(no se ilustran todos los componentes del aparato basal)
CAAT CAAT TATA Punto de inicio
Octamero
Oct-1 CTF Oct-1
lnactiva
La COP impide que otros factores se unan a Ia caja
CAAT y los factores basales no pueden unirse
COP COP
GURA Un complejo de transcripcion implica el reco-
ximiento de varios elementos del promotor H2B del erizo
:2 mar en el testiculo . La union del factor de desplazamiento
::AAT en el embrion impide que el factor de union CAT se una,
=~ manera que no puede formarse un complejo activo.
::nutaciones nulas en los genes que codifican al re-
-_ esor en levaduras. Los represores que asf actuan,
- articipan activamente en Ia inhibicion de la fun-
_:6n del aparato basal.
En un caso mas espedfico, la secuencia CAAT
'C 5 diana de Ia regulaci6n. En el promotor de un gen
.3..ra la histona H2B se encuentran dos capias de ese
~:emento (vease Fig. 24.22), que se expresa solo du-
~Jnte la espermatogenesis del erizo de mar. Los fac-
.:~res de union de CAAT pueden extraerse del tejido
::sticular y tambien de tejidos embrionarios, pero
' lo el del primero se puede unir a Ia caja CAAT. En
J S tejidos embrionarios, otra protefna, Hamada de
~e splazam iento de CAAT (CDP) , se une a las cajas
:AAT, evitando asi, que el activador las reconozca.
En Ia 1 se ilustran las consecuencias
.:.e Ia expresion genetica. En los testfculos, el promo-
. r se une a los factores de transcripci6n de la caja
~ ..\TA, las cajas CAAT y las secuencias octamericas.
::::1 tejidos embrionarios, Ia exclusion del factor de
2 1.i6n de CAAT desde el promotor evita el ensam-
: :aje de un complejo de transcripci6n. La analogfa
: n el efecto de un represor bacteriano para impectir
- inicio por la polimerasa de RNA en el promotor
_- obvia. Estos resultados tambien concuerdan con
:. hecho de que no puede suponerse Ia funcion de
::1a protefna en Ia union con un elemento promo-
- conocido: puede ser un activador, un represor o
-:::. duso carecer de importancia para la transcripcion
__ un gen.
25 .7 Los elementos de respuesta son reconocidos por los activadores
Ell Los elementos de respuesta
son reconocidos
por los activadores
Conceptos principales
Los elementos de respuesta pueden localizarse en
promotores o potenciadores.
Cada elemento de respuesta es reconocido por un
activador especifico.
Un promotor puede tener muchos elementos de
respuesta que, a su vez, pueden activar la transcripcion
de manera independiente o en ciertas combinaciones.
El principia derivado de la caracterizacion de genes
controlados en comun es que comparten un elemento
promotor (o potenciador) reconocido par un activador. Un
elemento que hace que un gen responda a tal factor
se denomina elemento de respuesta, como el HSE
(elemento de respuesta al choque termico); el
GRE (elemento de respuesta a glucocorticoi-
des), y el SER (elemento de respuesta serico).
Los elementos de respuesta contienen secuencias
de consenso cortas; las copias de los elementos de
respuesta encontrados en diferentes genes tienen
relacion estrecha, pero no necesariamente son iden-
ticas. La region a la que se une el factor cubre una
distancia corta a un !ado y otro de Ia secuencia de
consenso. En los promotores, los elementos no es-
tan presentes a distancias fijas respecto del punto
de inicio, en general se encuentran a <200 bp en
flujo ascendente respecto de eL La presencia de un
solo elemento suele ser suficiente para conferir Ia
respuesta reguladora, pero a veces se encuentran
varias copias.
los elementos de respuesta pueden localizarse
en promotores o potenciadores. En general, algu-
nos tipos de elementos se encuentran en uno, mas
que en el otro; normalmente, un HSE se encuentra
en un promotor, en tanto un GRE se encuentra en
un potenciador. Se supone que todos elementos de
respuesta actCtan por el mismo principia general,
se requiere Ia union de un activador al elemento
de respuesta para permitir a Ia polimerasa de RNA
iniciar Ia transcripci6n. La diferencia respecto de
los activadores constitutivamente activos es que Ia
protefna esta disponible o esta activa solo en deter-
minadas condiciones, las cuales determinan cuando
se va a expresar el gen.
Ejemplo de una circunstancia en que muchos
genes son controlados por un solo factor es Ia res-
puesta de choque termico, comun a una amplia va-
riedad de procariotas y eucariotas, Ia cual implica
multiples controles de la expresion genica. Un au -
menta en Ia temperatura interrumpe la transcrip-
649
 cion de algunos genes, activa la transcripcion de los
genes de choque tt.~rmico, y provoca cam bios en
Ia produccion del RNAm. El control de los genes
de choque u~rmico ilustra las diferencias entre las
formas de control eucarioticas y procarioticas. En las
bacterias se sintetiza un nuevo factor sigma que diri-
ge ala holoenzima polimerasa de RNA a reconocer
una secuencia alterna -10 comun a los promo to res
de genes de choque termico (vease Ia seccion 11.16,
La sustitucion de los factores sigma puede controlar
el inicio). En las eucariotas, los genes de choque
terrnico tam bien pose en una secuencia de consenso
comun (HSE), pero se localiza en diversas posicio-
nes respecto del punto de inicio yes reconocida por
un activador independiente, el factor de transcrip-
cion de choque termico (HSTF). La activacion de
este factor, por tanto, constituye un medio de inicio
de Ia transcripcion en el grupo especffico de -20
genes que la secuencia diana apropiada contiene
en su promotor.
Los genes de choque terrnico de Drosophila me-
lanogaster contienen multiples capias de HSE. El
HSTF se une de manera cooperativa con los ele-
mentos de respuesta adyacentes. Tanto HSE como
HSTF han sido conservado durante la evolucion y
es sorprendente como un gen de choque termico
de D. melanogaster se pueda activar en especies tan
distantes como los mamfferos o los erizos de mar.
Las protefnas HSTF de Ia mosca de la fruta y las
levaduras parecen similares, y muestran el mismo
patron vestigial del DNA que contiene secuencias
de HSE. El HST de levaduras se fosforila cuando las
celulas entran en choque terrnico, modificadon que
se encarga de la activacion de la protefna .
El gen de la metalotionefna (MT) constituye un
ejemplo de como un solo gen puede ser regulado
por muchos circuitos diferentes. La protefna meta-
lotionefna protege a la celula de concentraciones
Elementos de respuesta
MRE
GRE Caja-E BLE MRE
-260 -240 -220 -200 -180 -160 -140 -120 -100
Union de protefna
~,de
eleroide$
U8F 'AP2 '~-i~1
BLE = elemento de grado basal
GRE = elemento de respuesta a glucocorticoides
MRE = elemento de respuesta a metales
TRE = elemento de respuesta a TPA
La region reguladora del gen de metalotione1na humane contiene elementos
reguladores en el promotor y el potenciador. El promotor tiene elementos para la inducci6n por
metales; un potenciador tiene un elemento de respuesta a los glucocorticoides. Los elementos
promotores se muestran arriba del mapa y abajo, las prote1nas que se unen a ellos.
650 CAPITULO 25 Activaci6n de la transcripci6n
excesivas de metales pesados uniendose cone~ ~
eliminandolos de Ia celula. El gen se expresa e:-
grado basal, pero es inducido a niveles mas ele\= -
de expresion por los iones de los metales pe ~ =
(como el cadmio) o por los glucocorticoides. E
gion de control combina varios tipos de elem -
reguladores.
En la se resume la organiza..:
del promotor para un gen MT. Una caracteri_
importante de ese mapa es la elevada concentra -
de elementos que pueden activar Ia transcripc
Las cajas TATA y GC estan en sus posiciones u __
les, bastante cerca del pun to de inicio. Para el cr-:
basal de expresion tambien son necesarios los _
elementos de nivel basal (BLE) que coinciden cc:.
descripcion formal de potenciadores. Aunque l --
zados cerca del punto de inicio, se pueden trasl~
a cualquiera otro sin perder su efecto; contiene::
cuencias relacionadas con las encontradas en
potenciadores y se unen a protefnas que se fusi -
con el potenciador SV40.
El elemento de respuesta TPA (TRE) es _
secuencia de consenso presente en varios p :~
ciadores, incluido un BLE de metalotionefna ~
repeticiones de 72 bp del virus SV40. El TRE -
un sitio de union para el factor API, interaccion ~
forma parte del mecanismo para la expresion c~ =
titutiva, de Ia que API es un activador. La u:-~
de API tambien tiene una segunda funcion, el -=-~ -
confiere una respuesta a los esteres de forboL c _
el TPA (agente que promueve tumores), y esa :-:
puesta es mediada por Ia interaccion de API ~
TRE. Esta reaccion de union es una forma (a:__
que no necesariamente la unica) de que los estc
de forbol desencadenen una serie de cambios d ~
transcripcion.
La respuesta inductiva ante los metales es c
ferida por secuencias multiples del elemento de:_
BLE MRE
TRE GC MRE TATA
tAP2 'AP'i
~ esta a metales MRE, que actuan como elementos
- ~o motores. La presencia de un MRE confiere Ia
~ addad de responder ante un metal pesado, y con
~ inclusion de varios elementos se logra un mayor
_-ado de induccion. El factor MTFl se une con MRE
=- respuesta a los iones metalicos.
La respuesta a las hormonas esteroides es re-
~ lada por un GRE localizado a 250 bp en flujo as-
~-=ndente respecto del punto de inicio, que se com-
- rta como potenciador. La delecion de esa region
afecta el grado basal de expresion o inducido por
nes metalicos, pero es absolutamente necesaria
:lra la respuesta a esteroides.
La regulacion de Ia metalotionefna ilustra el
-:incipio general de que cualquiera de los elementos
-_'fllizados en un potenciador o promotor puede activar
_ manera independiente al gen. La ausencia de un
:.emento necesario para un modo de activacion no
,:ecta la activacion en los otros modos. La diver-
- ad de elementos, su independencia de accion y
~ flexibilidad al parecer ilimitada de sus reestruc-
.:raciones relativas sugiere que es posible que un
"- or de union con cualquier elemento aumente
_: manera independiente la eficacia del inicio por
:_ aparato basal de transcripcion, probablemente en
~ :tud de una interacci6n proteina-proteina que es-
- iliza la formacion de un complejo de inicio o lo
..:cilita de alguna otra forma.
Hay muchos tipos de dominios
de union con DNA
:onceptJS principales
Los activadores se clasifican de acuerdo con el tipo de
union con DNA.
Los miembros del mismo grupo tienen variaciones de
secuencia de un segmento espec1fico que les confieren
especificidad para sitios diana espec1ficos.
~ frecuente que un activador tenga una estructura
dular en Ia cual diferentes dorninios se encargan
: la union con DNA y Ia activacion de la transcrip-
- n, y los facto res sue! en clasificarse de acuerdo
. dicho tipo de dominio. En general, un segmen-
relativamente corto del mismo se encarga de Ia
.=ion con DNA:
El segmento dedo de zinc constituye un
dominio de union con DNA que se detecto
por primara vez en el factor TFmA, el cual
es necesario para que Ia polimerasa III de
RNA transcriba los genes de RNAr 55. Desde
entonces, se ha identificado en otros fac-
tores de transcripcion (y supuestos factores
de transcripcion). Tam bien se encuentra en
una forma diferente en el segmento de re-
ceptores de esteroides.
Los receptores de esteroides se definen
como grupo por una relacion funcional,
cada uno es activado por Ia union con un
esteroide en particular. El receptor de gluco-
corticoides es el que ha sido analizado mas
a fondo. Ademas de otros, como el de Ia
hormona tiroidea 0 el del acido retinoicb,
los receptores de esteroides son miembros
de la superfamilia activada por ligandos, con
el mismo modo de acci6n general: el factor pro-
tefnico esta inactivo hasta que no se une con un
pequefio ligando.
El segmento helice-giro-helice se identi-
fico originalmente como dorninio de union
con DNA de los represores de fagos. Una
helice a yace en el surco mayor del DNA y
la otra en angulo, atravesandolo. Una for-
ma relativa del segmento esta presente en el
homeodominio, secuencia caracterizada
por primera vez en varias protefnas codifi-
cadas por genes encargados de Ia regulacion
del desarrollo en el genera Drosophila, asf
como en genes de factores de transcripcion
de mamiferos.
El segmento anfipatico helice-asa-helice
(HLH) se identifico en algunos regulado-
res del desarrollo y en genes que codifican
protefnas eucarioticas de union con DNA.
Cada helice anfipatica presenta una cara de
moleculas hidrofobas en un !ado y cargadas
en el otro. La longitud del asa de conexion
varia de 12 a 28 arninoacidos, segmento que
perrnite Ia dimerizaci6n de las protefnas, y
una region basica cercana hace contacto con
e!DNA.
Las cremalleras de leucina constan de
una cadena de aminoacidos con una mo-
lecula de leucina en cada septima posicion.
Una cremallera de leucina de un polipeptido
interactua con Ia de otro polipeptido para
formar un dimero. La cadena de moleculas
con carga positiva adyacente a cada crema-
llera participa en la union con DNA.
La actividad de un activador inducible puede ser
regulada en una de varias formas, como se ilustra
esquemc'iticamente en Ia
Un factor es espedfico de un tejido porque
se sintetiza en determinado tipo de celula,
lo cual es comun en los factores que regulan
el desarrollo, como las protefnas de homeo-
dominio.
La actividad de un factor puede ser con-
trolada directamente por modificacion. El
25.8 Hay muchos tipos de dominies de union con DNA 651

-
Sin protefna Se sintetiza
Ia protefna
Protefna
fosforilada
Protefna - .....,......,.-..,~,.....,...
desfosforilada
Uni6n de
ligando
- Receptores
Liberaci6n
por el inhibidor
Cambia de
contraparte
- HLH
Se Iibera el -
factor activo
par escisi6n
Protefna unida a membrana
La actividad de un factor de transcripci6n regulador
puede ser controlada par la sintesis de proteinas, par modificaci6n cova-
lente de las proteinas, union de ligandos o par union de inhibidores que
secuestran a la proteina o afectan su capacidad de union con el DNA.
HSTF se convierte ala forma activa por fos-
forilacion. La API (heterodimero entre las
subunidades Jun y Fos) se convierte ala for-
ma activa por fosforilacion de !a subunidad
Jun.
Un facto r es activado o desactivado po r
union con un ligando, como los receptores
de esteroides, que son ejemplos selectos. La
union delligando puede influir en la loca-
lizacion de la protefna (que provoca el tras-
lado del citoplasma al nucleo), asi como en
Ia determinacion de su capacidad de union
con DNA.
La disponibilidad de un factor puede variar;
por ejemplo, el factor NF-KB (que activa los
genes K de inmunoglobulinas en los linfoci-
tos ~), presente en muchos tipos de celulas,
pero es secuestrado en el citoplasma par la
protefna inhibidora I-KE. En los linfocitos
B, el NF-KB es liberado de I-KB y se dirige
al nucleo, donde activa la transcripcion.
Un factor dime rico puede tener contra partes
alternas, una de las cuales provoca su inac-
tividad; Ia sintesis de Ia contraparte activa
puede desplazar ala inactiva. Esas situacio-
nes se amplifican en m allas en que diversas
652 CAPITULO 25 Activacion de la transcripcion
contrapartes alternas se aparean,
Ejemplo mente las protefnas HLH.
Homeo- El factor puede ser fragmentado a
protefnas un precursor inactivo. Se produce
vador como proteina unida a Ia e::
nuclear y el retfculo endoplasmic
sencia de esteroles (como el coleste~
que el dominio citosolico se fragn::-
de
esteroides
modo que se traslada a] nucleo y co:-
la forma activa del activador.
A continuacion se analizan en detalle : ~
ciones de union y activacion del DNA pro.:-
por algunas de esas clases de proteinas.
NF-K-6
(MyoD/D)
El segmento dedo de zinc -
un domi nio de union con
Conceptos principales
Un dedo de zinc es un asa de -23 aminoacidos - - =
sobresale de un sitio de union de zinc formado : ~
Respuesta
de esterol
aminoacidos His y Cis.
Una proteina con dedos de zinc suele tener vari::
La porcion C terminal de cad a dedo forma un a -:
que se une a un giro del. surco mayor del DNA.
Algunas proteinas de dedos de zinc se unen con ~
y no al DNA, o ademas de al DNA.
Los dedos de zinc reciben su nombre de la : _
tura ilustrada en !a , en la que
queiio grupo de aminoacidos conservados _-: :
con un ion zinc para constituir un dominio
pendiente en la proteina. Dos tipos de prate{--
union con DNA tienen estructuras de ese ti::
proteinas de "dedos de zinc" usuales y los rece~
de esteroides.
Una "protefna de dedos" por lo genera: -
una serie de dichos dedos, como se muestra r
gura. La secuencia de consenso de un solo de-c.
Cis-X 2 _4 -Cis-X3 - Phe-X5 -Leu-X2 - His-X3 -His
El segmento toma su nombre del asa de .:.
noacidos que sobresale del sitio de union con ::::..
se denomina dedo Cis/ His 2 El zinc se mantic -
una estructura tetraedrica formada por las m c
las de His y Cis conservadas; el dedo mismo c
de -23 aminoacidos y el enlace entre dedos -
tener de siete a ocho.
Los dedos de zinc son segmentos comur: -
las proteinas de union con DNA que por lo ge -
se organizan como una serie unica de repetic -
aunque a veces hay mas de una. La extension -=
dedos va de nueve repeticiones, que ocupan -=.
totalidad de Ia proteina (como en TFmA), as -
 _quefio dominio constituido por dos dedos (como
:-:1 el regulador ADRl del genera Drosophila). El ac-
:...,: ador Spl tiene un dominio de union con DNA
~ :t e consta de tres dedos de zinc.
La estructura cristalina del DNA unido a una
:otefna con tres dedos sugiere la forma ilustrada
~quematicamente en la b ' . La parte ter-
::tinal C de cada dedo forma a. helices que se unen
:an el DNA, la parte terminal N forma una hoja ~.
?ara simplificar, la hoja ~ y la localizacion del ion
_:: zinc no se muestran en la parte inferior de la
Leu
- sura.) Las tres cadenas a.-helicoidales se ajustan
:-:1 un giro del surco mayor; cada a.-helice (y, por r I A ". El factor de transcripcion SP1 tiene una serie
.:ulto, cada dedo) hace dos contactos especificos de de tres dedos de zinc, cada uno con un patron caracteristico de
moleculas de ciste1na e histidina que constituyen el sitio de union
::cuencia con el DNA (indicados por las flechas) . del zinc.
: e considera que los aminoacidos no conservados
::1 el sitio terminal C de cada dedo se encargan del
: _conocimiento de sitios diana especificos.
Sabiendo que los dedos de zinc se encuentran
~ :1 activadores autenticos que ayudan a las polime-
-_sas de II y III de RNA, es posible analizar a las pro-
_,fnas de los dedos desde una perspectiva inversa.
: uando se observa que una protefna tiene varios de
:-stos dedos, a primera vista hay cuando menos una
:;zon para investigar su posible participacion como
.Ktor de transcripcion. Ese tipo de identificacion
. 1giere que varios loci implicados en el desarrollo
: mbrionario de D. melanogaster son reguladores de
..> transcripcion.
Es necesario ser cauteloso en la interpretacion
:.e la presencia de (supuestos) dedos de zinc, espe- Forma una Forma una
::almente cuando la protefna contiene un segmento hoja ~ o.-helice
_e solo uno de ellos . Los dedos suelen participar
::1 la union con RNA, mas que con DNA, o tal vez
::.i siquiera tengan actividad de union con acidos
:-:ucleicos. Por ejemplo, el prototipo de protefna de
edos de zinc, TFrnA se une tanto al gen 5S como
2 su producto, RNAr 5S. Un factor de inicio de la
~adluccion, eiF2~, tiene un dedo de zinc, y las mu-
. .;ciones en esa estructura influyen en el reconoci-
:liento de los codones de inicio. Las proteinas de la
~.apside retrovfrica tienen un segmento relacionado
: n el dedo, que podrfa participar en la union con Los dedos de zinc pueden formar helices alfa
que se insertan en el surco mayor, relacionado con las hojas
::L'Il"A vfrico. beta del otro lado.

Los receptores de esteroides

son activadores
Conceptos principales
Los receptores de esteroides son ejemplos de activado-
res de respuesta a ligandos que se activan por union
con un esteroide (u otras moleculas relacionadas).
Hay dominios separados de union con DNA y de union
con ligandos.
Las hormonas esteroides se sintetizan en respuesta
a diversas actividades neuroendocrinas y ejercen
efectos importantes en el crecimiento, el desarrollo
de los tejidos y Ia homeostasia corporal en el mundo
animal. En la 1= .:s 1 ~5.1 se clasifican los principa-
les grupos de esteroides y algunos otros compuestos
con actividades (moleculares) relacionadas.

25.10 Los receptores de esteroides son activadores 653

 El acido retinoico (vitamina A) es un n: -
geno encargado de Ia diferenciacion del eje :
Corticoides (esteroides suprarrenales) roposterior en Ia yema de extremidad del po~.
Los glucocorticoides aumentan Los mineralocorticoides OH desarrollo. Su metabolito, el acido 9-cis reti.::
I
Ia glucemia y tam bien tienen cH 0H mantienen el equilibria de
acci6n antiinflamatoria 1
2
agua y sales
CH2
I
se encuentra en tejidos que son sitios imp or.= -
CHC=O C=O para el almacenamiento y metabolismo de Ia
OH
minaA.
Se podrian considerar esas divers as actividades ~~
minos de vias para la regulaci6n para la expresi6n_-~
Esos diversos compuestos comparten una forr: =
0 0
accion comun: cada uno es una pequeiia molecu.~
Hormonas esteroides saxuales
se une a un receptor especfjico que activa la transcr:~
Los estr6genos participan Los andr6genos son necesarios genica. ("Receptor" puede ser nombre equivo '
en el desarrollo sexual OH para el desarrollo sexual CH OH Ia protefna es un receptor para Ia hormona e :~
femenino masculine 3
de o tiroidea en el mismo sentido que el rep:_
Laces un receptor de un ~-galactosido; es dec:~
es receptor en el sentido de contener una pro:::
unida a la membrana que se expone en la supe:'
OH 0
celular.)
Desarrollo y mortogenasis
Los receptores para los diversos grupos de :-
monas esteroides, tiroideas y el acido retinoic
Para el desarrollo 6seo y el El acido retinoico es un morf6geno
metabolismo del calcic se yH3 presentan una nueva "superfamilia" de regulad
requiere vitamina D
cr!i'c-
CH CH CH
r r 1 2 genicos, los activadores de respuesta a ligando -
CH
/ \
dos los receptores tienen dominios independi :-
CH3CH3 para la union con DNA y a las hormonas que :
en las mismas localizaciones relativas. Su orgar_
cion general se resume en la r iJ
Vitamina D3 La parte central de la protefna es el domin:
union con DNA. Esa region tiene relacion estre.:
Hormonas tiroideas
con los diversos receptores de esteroides (des ~:
Las hormonas tiroideas regulan Ia tasa metab61ica basal par mas estrechamente relacionado, con idem:~
de secuencia del 94%, hasta el par menos bier. ~
O
l ol COOH
HO 0 f _ ' CH2-i~ lacionado, con identidad de 42 % ). El acto de u ~
I
con DNA no puede desconectarse de la capacida
Triyodotironina (T3) Acido (trans) retinoico
activar la transcripcion, porque las mutacione_
Varios tipos de moleculas hidr6fobas pequefias activan ese dominio afectan ambas actividades.
los factores de transcripci6n. Las region es terminales N de los recept -
muestran Ia mas baja conservaci6n de secuen o
incluyen otras regiones necesarias para activa:
transcripcion.
La glandula suprarrenal secreta > 30 esteroi- Los dominios terminales C se unen a las horG:.
des, los dos grupos principales son glucocorticoides nas. Aquellos en Ia familia de receptores de este
y mineralocorticoides. Los esteroides proporcionan des muestran identidades que van desde 30 ha_
las hormonas reproductivas (sexuales masculinas o 57%, lo que refleja !a especificidad para horm . '
androgenos y sexuales femenina s o estrogenos). Se individuales. Sus relaciones con los otros rece
requiere vitamina E para el desarrollo oseo. tores son mfnimas y reflejan la especificidad pa-
Otras hormonas que tienen estructuras y pro- una diversidad de respuestas, hormonas tiroid .:.
positos fisiologicos no relacionados funcionan en el vitamina D, acido retinoico, y asi sucesivamer :
ambito molecular de manera similar a las hormonas Este dominio tam bien contiene los segmentos e--
esteroides. Las hormonas tiroideas, que se basan en cargados de Ia dimerizacion y uno involucrado :-
formas yodadas de Ia tirosina, controlan la tasa me - !a activacion de !a transcripcion.
tabolica basal en animales. Las hormonas esteroides Algunos ligandos tienen multiples recepto:-::-
y tiroideas pueden tambien ser importantes para Ia con relacion estrecha, como los tres receptores
metamorfosis (l os ecdiesteroides en insectos y las acido retinoico (RARcx, ~, y y) y los tres recepto
hormonas tiroideas en ranas). del acido 9-cis-retinoico (RXR ex, ~, y y).

654 t:AP.ifULO 25 Activaci6n de la transcripci6n

 Union de DNA y activacion de
Ia transcripcion (Ia identidad
varia de 94 a 42%)
Las regiones terminales Regiones de union de hormonas
N tienen <15% de y dimerizacion (Ia identidad varia
identidad (necesaria de 57 a 15%)
para activar Ia
transcripci6n)
Glucocorticoides zn++
94 57 Mineralocorticoides

90 55 Progesterona

76 50 Androgenos
Union con DNA Espaciado
52 30 Estrogenos
El primer dedo de un receptor de esteroides
47 17 Triyodotironina
regula que secuencias se unen (las posiciones se muestran en
42 <15 Vitamina D color purpura); elsegundo dedo controla el espaciado entre las
secuencias (las posiciones se muestran en azul).
45 15 Acido retinoico

40 15 Acido 9-cis retinoico

para formar un dominio globular gra nde . Los ani-

Los receptores de muchas hormonas esteroides
jroideas tienen una organizacion similar, con una region ter-
- inal N individual, una region de union con DNA conservada y
_ a region terminal C de union con hormonas. Las identidades
: . n relativas a GR .
Los receptores de esteroides
tienen dedos de zinc
Conceptos principales
El dominio de union con DNA de un receptor de
esteroides es un tipo de dedo de zinc que tiene la
porci6n Cis, pero no la His.
Los receptores de glucocorticoides y estr6genos tienen
dos dedos de zinc cada uno, el primero de los cuales
determina la secuencia diana del DNA. Los receptores
de esteroides se unen con el DNA como d\meros.
Los receptores de esteroides se unen al DNA como
d\meros.
_ s receptores de esteroides (y algunas otras protei-
-as) tienen un tipo de dedo de zinc diferente del de
~ \ /His 2 y su estructura se basa en una secuencia
Jn el consenso de union de zinc:
Cis - X 2 -Cis- X 13 -Cis- X2 -Cis
Estas secuencias se llaman dedos Cis 2 / Cis 2 , que
elen n o ser repetitivos, a diferencia de Ia repe -
j on seriada de los de tipo Cis 2 /His 2 . Los sitios de
_:lion con DNA (cuando se conocen) son cortos y
.: lf]ldromos .
Los receptores de glucocorticoides y estrogenos
:-nen dos dedos cada uno, ambos con un atomo de
. ..nc en el centro de un tetraedro de cistefnas. Los
_ s dedos forman ex-helices que se pliegan juntas
llos aromciticos de dichas helices y una hoja ~ que
con ecta las dos helices constituyen un sitio hidro-
fobo . Un !ado de Ia helice terminal N hace contacto
con el surco mayor del DNA, de tal forma que dos
receptores de glucocorticoides presentan dimeriza-
ci6n al unirse al DNA, y cada uno participa en un
giro sucesivo del surco mayor que se adapta a Ia
naturaleza palindr6mica del elemento de respuesta
(vease Ia secci6n 2 5.13, Los receptores de esteroides
reconocen elementos de respu esta por un c6digo
combinatorio).
Cada dedo controla una propiedad significativa
del receptor. En la se identifican los
aminoacidos importantes; los dellado derecho del
primer dedo determinan Ia secuencia diana en el
DNA y los de la izquierda del segundo dedo contro-
lan el espaciado entre los sitios diana reconocidos
por cada subunidad en el dimero (vease Ia seccion
2 5. 13, Los receptores de esteroides reconocen ele-
mentos de respuesta por un c6digo combinatorio).
La prueba directa de que el primer dedo se une
con DNA se derivo de un experimento de "trueque
de especificidad" en el cual se detect6 el dedo del re-
ceptor de estr6genos y se sustituy6 con la secuencia
del receptor de glucocorticoides. La nueva protefna
reconocfa la secuencia GRE (diana usual del recep-
tor del glucocorticoides) y no ERE (diana usual del
receptor de estr6genos), de modo que esa region
establece Ia especificidad para reconocer el DNA.
Las diferencias entre los dedos de los receptores
de glucocorticoides y estrogenos yacen sobre todo
en Ia base de esas estructuras; Ia sustituci6n en dos
posiciones que se muestra en Ia permi-
te al receptor de glucocorticoides unirse a un ERE
y no a un GRE.

5.: - Los receptores de esteroides tienen dedos de zinc 6 55

 .. .. fDB La umon con el elemento
de respuesta se activa
por la union con ligando
Misma secuencia en
'.- - - - ambos receptores Concepto principal
La union delligando con el dominio C terminal
aumenta la afinidad del dominio de union con DN;. :
su sitio diana espec1fico en el DNA.

- C C , Se sabe mucho acerca de Ia interaccion de lo>

8 ~
cocorticoides con su receptor, ilustrada en Ia
c c s .................. .. G . Una hormona esteroide puede pasar a tra\ _
la membrana e ingresar a Ia celula por difusion si.i!:
Especificidad Especificidad y ya dentro de Ia celula, un glucocorticoide se unc c
GRE ERE
receptor. (Los trabajos sobre el receptor de glue ~
ticoides se han basado en Ia dexametasona, hoc .
estero ide sintetica). No se ha definido Ia localize -
La discriminacion entre las secuencias diana de los receptores libres, que podria estar en equi::.:
GRE y ERE depende de dos aminoacidos de la base del primer entre el nucleo y el citoplasma. No obstante, cut::.:::.
dedo de zinc del receptor. la hormona se une con el receptor, Ia proteinase -
viene a su forma activada, que tiene mayor afir.:
por el DNA, de manera que el complejo horm -
receptor siempre se localiza en el nucleo.
El receptor activado reconoce una secuenc'
consenso especffica que identifica al GRE, el .::..
suele localizarse en un potenciador que tal vez -:"
varios kb en flujo ascendente o descendente ~ ::'
pecto del promotor. Cuando el complejo este
de-receptor se une con el potenciador, se acti =
promotor cercano y ahi empieza Ia transcripc
La activacion del potenciador proporciona el me-.:;

Esteroide
.,. nismo general por el que los esteroides regula r.
amplio conjunto de genes diana .
La region terminal C regula Ia activida d :-

R ~c_eptor
!
.,.
receptor de forma que varia respecto del recepto~
dividual. Si el dominio terminal C del receptor de <:- _

..... .
CITOPLASMA
cocorticoides presenta delecion, la proteina term.i:...._
N restante se activa de forma constitutiva porque:::
requiere de estero ides para su actividad, lo cual : .

! giere que sin estos, el dominio de union de esterok

evita que el receptor reconozca a GRE y actua co;-
regulador interno negativo. La adicion de estero[:..;:
desactiva Ia inhlbicion, dejando libre Ia capacidad - _
receptor de unirse a GREy activar la transcripcion. ::._
Promotor GRE/potenciador base para la represion podrfa ser interna, depende_ -
interacciones con otra parte del receptor o tal vez :-
l Activaci6n 1Transcripci6n producto de una interaccion con alguna otra prote:::-
que se desplaza cuando se une el esteroide.
~ La interaccion entre los dominios es diferer
en el receptor de estrogenos; si el dominio de un: _
VV vVV
con hormonas presenta deleci6n, Ia proteina no ;;. ~
Los glucocorticoides regulan la transcripcion tivara Ia transcripci6n aunq ue continua uniendc _
genica al hacer que su receptor se una a un potenciador, cuya a GRE, region que, por lo tanto, es necesaria p ~
accion es necesaria para la correspondiente del promotor. estimular Ia actividad mas que para reprimirla.

65 6 CAPITULO 25 Activacion de la transcripcion

 Los receptores de esteroides
reconocen a los elementos
de respuesta por un c6digo
combinatorio
Conceptos principales
Un elemento de respuesta a esteroides consta de dos
sitios mitad cortos, palindr6micos o de repetici6n
directa.
Hay solo dos tipos de sitios mitad.
Un receptor reconoce su elemento de respuesta por la
orientaci6n y el espaciamiento de los sitios mitad.
La secuencia de los sitios mitad es reconocida por el
primer dedo de zinc.
El segundo dedo de zinc se encarga de la dimerizaci6n,
que determina Ia distancia entre subunidades.
La separaci6n de las subunidades en el receptor
determina el reconocimiento del espaciado en el
elemento de res puesta.
Algunos receptores de esteroides actCtan como
homodimeros, en tanto que otros forman heterodimeros.
Los homodimeros reconocen elementos de respuesta
palindr6micos; los heterodimeros reconocen elementos
de respuesta de sitios mitad Con repetici6n directa .
Cada receptor reconoce a un elemento de respuesta
constituido por dos repeticiones cortas (o sitios mi-
tad), lo cual sugiere de inmediato que el receptor
se une como dfmero, de modo que cada mitad de
Ia secuencia de consenso entra en contacto con una
subunidad (que recuerda Ia interacci6n operador
A.-represor descrita en Ia secci6n 14.11 , El represor
utiliza un segmento helice-giro-helice para unirse
con el DNA).
Los sitios mitad pueden disponerse como es-
tructuras palindromas o repeticiones con !a misma
orientaci6n; estan separados por 0 a 4 pares de ba-
ses cuya secuencia carece de importancia. Solo dos
tipos de sitio mitad son utilizados por los diversos
receptores, y su orientaci6n y espaciado determinan
que receptor reconoce al elemento de respuesta, de
modo que los elementos de respuesta con secuen-
cias de consenso restringidas seran reconocidos es-
pecificamente por una variedad de receptores. Las
reglas que norman el reconocimiento no son abso-
lutas, podrian modificarse por contexto, y tambien
hay casos en que los elementos de respuesta palfn-
dromos son reconocidos de manera permisible por
mas de un receptor.
Los receptores pertenecen a dos grupos:
Los receptores de glucocorticoides (GR),
mineralocorticoides (MR), andr6genos (AR)
y progesterona (PR) forman homodimeros
25.13 Los receptores de esteroides reconocen a los elementos de respuesta por un c6digo combinatorio
TGTTCT 0-4 bp AGAACA
ACAAGA TCTTGT
Glucocorticoide (GR)
Mineralocorticoide (MR)
Andr6geno (AR)
Progesterona (PR)
Los elementos de respuesta formados en el
sitio mitad palindr6mico TGTTCT son reconocidos por varios
receptores diferentes, dependiendo del espaciado entre los
sitios mitad.
cr- .
TGACCT
ACTGGA
RXR 1 bp - RXR
3 bp - VDR
4 bp - T3R
5 bp - RAR
Los elementos de respuesta con la repetici6n
directa TGACCT son reco nocidos por heterodimeros, de los cua-
les es miembro RXR.
y reconocen elementos de respu esta cuyos
sitios mitad tienen la secuencia de consen-
so TGTTCT; en la se muestra
que se disponen de manera palindr6mica
y que el espaciamiento entre ellos determi-
na el tipo de elemento. El receptor de estr6-
genos (ER) actua de Ia misma forma, pero
tiene Ia secuencia TGACCT del sitio mitad.
El receptor del acido 9-cis-retinoico (RXR)
forma homodfmeros y tam bien heterodfme-
ros con - 15 receptores adicionales, incluido
el tiroideo (T3R), el de Ia vitamina D (VDR)
y el del acido retinoico (RAR). En Ia
1 se muestra que los dimeros recono-
cen a los medios elementos con Ia secuencia
TGACCT; estos ultimos se disponen como
repeticiones directas y su reconocimiento
es controlado por el espaciado entre ellos.
Algunos de los receptores heterodimericos
se activan cuando el ligando se une a su
contraparte por RXR, en tanto que otros se
pueden activar por union de ligandos, ya
sea a esta subunidad o a Ia subunidad RXR.
Esos receptores tambien pueden formar ho-
modimeros que reconocen secuencias pa-
lindromas.
65 7
 Ahora ya es posible entender las bases de Ia
especificidad del reconocimiento. Recuerdese que
la Figura 2 5.17 muestra como el reconocimiento
de la secuencia del sitio mitad es conferido por Ia
secuencia de los aminoacidos en el primer dedo,
mientras que Ia especificidad para el espaciamiento
entre los sitios mitad reside en los aminoacidos del
segundo dedo. La estructura del dfmero determi-
na la distancia entre subunidades, que se establece
en giros sucesivos del surco mayor y asf controla
Ia respuesta del espaciado de los sitios mi tad. Las
posiciones exactas de las moleculas encargadas de
Ia dimerizacion difieren de las combinaciones indi-
viduales pareadas.
e,Como activan Ia transcripcion los receptores
de esteroides? No act{lan directamente en el aparato
basaL mas bien a traves de un complejo activador.
El coactivador tiene varias actividades, entre otras,
el componente comun CBP/p300, una de cuyas
funciones es modificar Ia estructura de Ia cromatina
por acetilacion de histonas (vease Ia Fig. 30. 14).
Todos los receptores de Ia superfamilia son ac-
tivadores de Ia transcripcion que dependen del li -
gando, pero algunos tambien pueden reprimir Ia
transcripcion. Los receptores TR y RAR se unen a
ciertos loci en forma de heterodfmeros con RXR en
ausencia de un ligando y reprimen Ia transcripcion
mediante su capacidad de interaccion con una pro-
tefna correpresora, que actua por el mecanismo in-
verso al usado por los coactivadores, es decir, inhibe
Polimerasa de RNA
Los receptores de esteroides TRy RAR se unen
con el correpresor SMRT en ausencia de un ligando. El promotor
no se expresa. Cuando el SMRT es desplazado por la union de
un ligando, el receptor se une a un complejo coactivador, lo
cual conduce a la activaci6n de la transcripci6n por el aparato
basal.
658 CAPilULO 25 Activaci6n de la transcripci6n
Ia funcion del aparato de transcripcion basal
de cuyas acciones es Ia desacetilacion de hi :
(vease Ia Fig. 30.16). Se desconoce Ia imponc.-
relativa de Ia actividad del represor [rente a Ia. ~ -
vaci on dependiente del ligando en Ia respue_:~
siologica a Ia hormona.
El efecto de la union delligando con el recc.
es Ia conversion de un complejo represor eP-
activador, como se muestra en la 2S 2,. ~
hay un ligando, el receptor se une a un com:-
correpresor; el componente del correpresor qu .
une con el receptor es SMRT y Ia union dellig<~:
produce un cambia de conformacion que lode ~
za, lo cual permite que el coactivador se una.
fill Los homeodominios se uner.
con dianas re lacionadas
en el DNA
Conceptos principales
El homeodominio es un dominio de DNA de 60
aminoacidos que tiene tres a-helices.
El C terminal del a-helice 3 tiene 17 aminoacidos _.
une con el surco mayor del DNA.
El brazo Nterminal del homeodominio se proyecta
hacia el surco menor del DNA.
Las proteinas que contienen homeodominios puede-
corresponder a activadores o represores de la
transcri pci6n.
La homeocaja es una secuencia que codifica .
dominio de 60 aminoacidos en las proteinac
muchos organismos eucarioticos cuyo nombrc
deriva de su identificacion original en los loci :::.
meoticos de Drosophila (cuyos genes determinar
identidad de las estructuras corporales). Se enn:
tra en muchos de los genes que regulan el de-
rrollo temprano en el genera Drosophila, asf cc::--
en segmentos relacionados de genes de una an~:
variedad de eucariotas superiores. El homeodor '-
se encuentra en muchos genes encargados de Ia _
gulacion del desarrollo, y las secuencias relaciona- '
con eJ forman parte de varios tipos de factore. -
transcripcion de animales.
En los genes homeoticos del genera DrosopL
a menudo el hom eodominio esta cerca del extre::-
terrninal C. En Ia se resumen algu:-.
ejemplos de genes con homeocaja. Con frecue::- -
cia, Ia con servacion de las secuencias en los g
es escasa, excepto en Ia homeocaja, en Ia cua; ~
variable . Un grupo importante de genes del ger
ro Drosophila que Ia incluyen, tiene una secueu-
bien conservada, con similitudes del 80% al 9 (
:en comparaciones pareadas, mientras que en otros
.its homeocajas tienen una relacion menos estrecha.
.:=:1 homeodominio suele combinarse con otros seg-
-nentos en factores de transcripcion animales, como
:n las protefnas Oct (de union de octamero), donde
Jna cadena conservada de 75 aminoacidos, Hamada
-:-cgion Pou, se localiza cerca de una region que si-
~mla el homeodominio. Las homeocajas del grupo
? u de protefnas cuya relacion es menos estrecha
.:on el grupo original constituyen la extension mas
:; lejada de la familia.
El homeodominio se encarga de la union con
::>NA y los experimentos de trueque de h omeodo -
-:linios entre proteinas sugieren que Ia especificidad
el reconocimiento del DNA yace en el homeodo-
ninio, pero como con los represores de fagos, no se
uede deducir un codigo simple que relacione la s
ecuencias de protefnas y el DNA. La region termi -
'1al C del homeodominio es homologo a! segmento
Jelice-giro-helice de los represores procarioticos. En
.a seccion 14.11, El represor utiliza un segmento
elice-giro-helice para unirse a! DNA, ya se hizo
~eferencia a que el represor A tiene una "helice de
econocimiento" (he lice a- 3) que hace contacto en
~I surco mayor del DNA, en tanto que otra (helice
J.-2) yace en un angulo que atraviesa el DNA . El
:wmeodominio puede organizarse en tres regiones
1elicoidales potenciales; en la se com-
. aran las secuencias de los tres ejemplos; la parte
-:nejor conserva da de la secuencia yace en Ia tercera
~dice. La diferencia entre dichas estructuras y las
Jel represor procariotico se encuentra en Ia longitud
-~ e la he lice que reconoce al DNA, he]ice- 3, que tie-
.e 17 aminoacidos de longitud en el homeodomini o
~ c specto de los nueve del represor A.
En Ia se representa esquematica-
mente Ia estructura de la protefna dentada del ho-
meodominio de D. melanogaster. La helice 3 se un e
en el surco ma yor del DNA y establece el mayor
numero de contactos entre Ia protefna y el acido
nucleico, de los cuales, muchos de los que orientan
Ia helice en el surco mayor son con la columna de
fosfatos, de manera que no son especfficos para Ia
secuencia del DNA, sino que se encuentran sabre
todo en una cara de Ia doble helice y flanquean las
bases con las que se hacen contactos espedficos.
Los contactos restantes son del brazo terminal N del
homeodominio, secuencia inmediata a la primera
Homeodominio
Antp
en
J
eve 400
Hox
Oct-1 763
Oct-2 467
r-
Regi6n Pou
El homeodominio puede ser el (mica segmento
de union con DNA en un regulador transcripcional, o podria
combinarse con otros segmentos. Representa una parte bien
definida (60 moleculas de la proteina) .

-~ ' ... ,_. ' i[i

1 Brazo N terminal 1o Helice 1 20

En Glu LisArg ProArg TreoAia Phe SerSer Glu Gin Leu Ala Arg Leu Lis Arg Glu Phe Asn Glu
Antp Arg Lis Arg Gli Arg Gin TreoTirTreoArg Tir GlnTreoLeu Glu Leu Glu Lis Glu Phe His Phe
Oct-2 Arg Arg Lis Lis Arg TreoSer lie Glu TreoAsnVal Arg PheAia Leu Giu Lis Ser Phe Leu Ala

30 Helice 2 40
En Asn ArgTir LeuTreoGiu Arg Arg Arg Glu Glu LeuSe!' SerGiu Leu Gii Leu
Antp Asn ArgTirLeuTreoArgArgArgArg lie Glu lle Ala His Ala Leu Cis Leu
Oct-2 Asn Glu Lis Pro TreoSerGiuGiu fie LeuLeu lle Ala Glu Gin LeU His Met

41 so Helice 3 so
En Asn GluAiaGin lle Lis lie TrpPhe GinAsnlis Arg Aia Lis lie Us Us Ser Asn
Antp TreoGiuArgGin lle Lis lie TrpPhe GinAsnArgArg Metlis Trp Us Lis Glu Asn
Oct-2 Glu Lis GluVaflle ArgVaiTrpPhe Cis AsnArgArg Gfn lis Glulis Arg lie Asn

El homeodominio de un gen del genera Antennapedia representa el principal

grupo de genes con homeocajas en el genera Drosophila; el dentado (en) representa otro tipo
de gen home6tico, y el factor Oct-2 de mamifero, a un grupo de facto res de transcripci6n con
relaci6n distante. El homeodominio se numera de manera convencional dell al 60. Se inicia
con el brazo terminal N y las tres regiones helicoidales ocupan las posiciones 10-22, 28-38 y
42-58. Los aminoacidos sefialados en azul se conservan en las tres muestras.

25.14 Los homeodominios se unen con dianas relacionadas en el DNA 659


El brazo terminal N
yace en el surco menan
' La helice 3 del homeodominio se une con el
surco mayor del DNA, con las helices 1 y 2 fuera de la doble
helice. La helice 3 hace contacto con la columna de fosfatos
y las bases especificas. El brazo terminal N yace en el surco
menor y hace contactos adicionales.
helice, y se proyecta hacia el surco menor. Asf. las
regiones terminal N y terminal C del homeodomi-
nio son las principales encargadas de hacer contacto
con el DNA.
Una demostracion sorprendente de Ia generali-
dad de este modelo se deriva de una comparacion de
!a estructura cristalina del homeodominio de Ia pro-
tefna dentada con Ia de Ia protefna de apareamiento
o.2 de las levaduras. El dominio de union con DNA
de esta proteina semeja un homeodominio, puede
formar tres helices similares y su estructura en el
surco de DNA puede estar superpuesta casi exac-
tamente sobre Ia del homeodominio dentado. Esas
similitudes sugieren que todos los homeodominios
se unen con el DNA de Ia misma forma, lo cual
significa que el numero relativamente pequefi.o de
moleculas de la he lice- 3 y el brazo terminal N se
encarga de Ia especificidad de los contactos con el
DNA.
Un grupo de protefnas con un homeodominio
es el de las protemas Hox, que se unen con el DNA
con una especificidad de secuencia bastante baja y
han constituido un enigma en cuanto a su forma de
presentar diferentes especificidades; de ahf se de-
riva que las protefnas Hox a menudo se unen con
el DNA como heterodfmeros con una contraparte
(llamada Exd en moscas y Pbx en los vertebrados) .
El heterodfmero tiene una especificidad mas restrin-
gida in vitro que una protefna Hox, por lo generaL
se une ala secuencia de 10 bp TGATNNATNN, pero
esto no basta para explicar las diferencias de especi-
ficidad de las protefnas Hox. Una tercera protefna,
Hth, necesaria para lo calizar a Exd en el nucleo,
tambien forma parte del complejo qu e se une con
DNA y puede restringir aun mas los sitios de union.
660 CAPITULO 25 Activaci6n de la transcripci6n
Las mismas contrapartes (Exd y Hth) estan pre_:
tes con cada protefna Hox en el complejo trime:-
por lo que sigue siendo un enigma la forma er.
se manifiesta Ia especificidad de cada una de e: '
Las protefnas del homeodominio pueden c -
tituir activadores o represores de la transcrip .
pero Ia naturaleza del factor depende de otro u t -
dominios, pues el homeodominio se encarga s ,
Ia union con DNA. El dominio activador o el re -
sor actuan ambos por influencia en el aparato b.:_ _
Los dominios activadores pueden interactuar _
coactivadores, que a su vez se unen a los cm::-
nentes del aparato basaL en tanto que los domi_
del represor tambien interactuan con el apara-
transcripcion (esto es, no actuan impidiendo e .::
ceso al DNA como tal). El represor Eve, por ejer::~
interactua directamente con TF 0 D.
~ Las proteinas
helice-asa-helice i nteractua
por vinculo com bi nato rio
Conceptos principales
Las prote1nas helice-asa-helice tienen un segmento
de 40 a 50 aminoacidos que incluye dos a helices
anfipaticas de 15 a 16 aminoacidos, separados por _-
as a.
Las helices se encargan de la fo rmaci6n de d1meros.
Las prote1nas bHLH tienen una secuencia basica
adyacente al segmento HLH, que se encarga de la
union con el DNA.
Las prote1nas de clase A bHLH son de expresi6n ub';:__:_
en tanto que las de clase B bH LH son espec1ficas dr:
tejido.
Una prote1na de clase B por lo general forma un
heterod1mero con una prote1na de clase A.
Las prote1nas HLH que carecen de region basica
impiden que la contraparte bHLH de un heterod1me r~
se una con el DNA.
Las prote1nas HLH forman v1nculos combinatorios q
podrian cambiar durante el desarrollo por la adici6
la eliminaci6n de prote1nas espec1ficas.
Dos caractensncas comunes de las protefna
union con DNA son las regiones helicoidales ~
se unen con el DNA y Ia capacidad de dimeriza.:::
de Ia protefna, ambas representadas en el gru
protefnas helice -asa-helice (HLH) que compc;::- ~
un tipo de segmento de secuencia, una cadena C:e- -
a 50 aminoacidos que contiene dos ex helices an .-
ticas separadas por una region de enlace (el asa
longitud variable. (Una helice anfipatica forma :
caras, una que presenta aminoacidos hidrofob
otra que presenta aminoacidos cargados.) Las r:
 ~.- - iF.ll-s::l

MyoD Ala Asp Arg Arg LisAia Ala Tree Met Arg Gin Arg Arg Arg Regi6n basica
ld Arg Leu Pro Ala Leu Leu Asp Gin Glu Glu Val Asn Val Leu Seis moleculas conservadas
estan ausentes de ld

MyoD Leu Ser Lis Val Asn Gin Ala Phe Gin Tree Let! Lis Arg Cis Tree Helice 1
ld Leu Tir Asp Met Asn Gli Cis Tir Ser Arg Leu Lis Gin Leu Val Se encuentran moleculas
conservadas tanto en Myod
como en ld
MyoD Lis Val Gin lie Leu Arg Asn Ala lie Arg Tir lie Gin Gli Leu Glu Helice 2
ld Lis Val Gin lie Leu Glu His Val lie Asp Tir lie Arg Asp Leu Giu

FI J Todas las prote\nas HLH tienen regiones que corresponden a las helices 1 y 2,
separadas por una asa de 10 a 24 aminoacidos. Las prote\nas basicas HLH tienen una region
con cargas positivas conservadas, inmediatamente adyacentes a la helice 1.

:efnas de ese grupo forman homodimeros y hetero-
j fmeros mediante interacciones entre los fragmen-
:os hidrofobos de Ia cara correspondiente de ambas
~ elices. Las regiones helicoidales tienen de 15 a 16
.:minoacidos de longitud y cada una incluye varios
:-t'agmentos conservados. En la se com-
iJaran dos ejemplos. La capacidad de formar dime-
~o s reside en estas helices anfipaticas y es comun a
:odas las proteinas HLH. El asa probablemente sea
wportante solo para dar libertad de interaccion in-
1ependiente ados regiones helicoidales.
Casi todas las protefnas HLH contienen una
:egion adyacente al segmento del mismo nombre
_ue, en sf, es altamente basico, y se necesita para la
- nion con DNA. Hay -6 moleculas conservadas en
Jna cadena de 15 aminoacidos (vease Ia Fig. 25.26) .
::.os miembros del grupo que la tienen, se llaman
proteinas bHLH. Un dimero en que ambas sub-
_midades tienen la region basica, puede unirse al
JNA. Los dominios HLH probablemente orientan
je manera correcta las dos regiones basicas aporta-
:ias por las subunidades individuales.
Las proteinas bHLH forman parte de dos grupos
~enerales. La clase A consta de protefnas con ex-
}resion ubicua, incluida la E12/E47 de mamffero,
=n tanto que Ja B esta form ada por protefnas que
;e expresan en forma especffica de tejido, incluidas
\ lyoD, miogenina y Myf-5 de mamffero (grupo de
.:.ctivadores que participa en Ia miogenesis [forma-
j on de musculo]). Una forma de accion frecuente
:ie una proteina bHLH especffica de tejido es formar
1 heterodfmero con una contraparte ubicua. Hay
:ambien un grupo de productos genicos que espe-
j fican el desarrollo del sistema nervioso de D. me-
.1nogaster (donde Ac-S es el componente especffi.co
i e tejido y da el componente ubicuo). Las proteinas
_.lye (contraparte celular de productos oncogeni-
:os que participan en la regulacion del crecimiento)
: rman una clase aparte de protefnas bHLH, cuyas
:ontrapartes y dianas son diferentes.
Los dfmeros formados a partir de proteinas
bHLH difi.eren en su capacidad de union con el
DNA; por ejemplo, los homodimeros E47 y los hete-
rodfmeros E12-E47 y MyoD-E47 se forman eficaz-
mente y se unen con fuerza al DNA; E12 presenta
buena homodimerizacion, pero se une mal al DNA,
en tanto que MyoD apenas presenta homodimeri-
zacion. Asf, tanto Ja formacion de dimeros como
Ia union con DNA pueden representar importan-
tes puntos reguladores. En ese contexto, es posible
definir grupos de protefnas HLH cuyos miembros
forman diversas combinaciones pareadas, pero a
partir de las secuencias no es posible pronosticar Ia
fortaleza de la formacion de dimeros y de la union
con DNA. En ese grupo, todos los dimeros que se
unen con el DNA reconocen Ia misma secuencia
de consenso, pero no se sabe aun si diferentes ho-
modfmeros y heterodfmeros tienen preferencia por
sitios dianas ligeramente diversos relacionados con
sus funciones.
Las diferencias en el resultado de Ia union con
el DNA dependen de las propiedades de Ia region
del segmento HLH o cercana a esta; por ejemplo,
E 12 difiere de E4 7 porque posee una region inhibi-
dora muy cerca de Ia region basica, que impide que
el DNA se una a homodimeros. Algunas protefnas
HLH carecen de la region basica, contienen molecu-
las de prolina, o ambos, lo cual parece modificar su
fu ncion. En Ia Figura 25.26 se muestra el ejemplo
de Ia protefna Id, que tiene Ia misma capacidad de
formar dfmeros que las protefnas bHLH, pero un
dfmero qu e contiene una subunidad de ese tipo ya
no puede unirse de manera especffica con el DNA,
lo cual constituye una demostracion convincente
de Ia importancia de Ia duplicacion del segmento de
union con DNA en protefnas de union con DNA.
La importancia de !a diferenciacion entre las
protefnas HLH y bHLH no basicas es sugerida por
las propiedades de dos pares de protefnas HLH, el par
da-Ac-S/emc y el par MyoD/Id. En Ia se

25. 15. Las prote\nas helice-asa-helice interactuan por vinculo combinatoric 661

HLH-0r
I :
Region basica'f
MyoD/E12 E12/ld
o Ac-S/da o AC-S/emc
'f
Afinidad insuficiente
Q para unirse al DNA
\ :IA(A IA.Q
Un dimero HLH donde ambas subunidades son
de tipo bHLH se puede unir al DNA, a diferencia de uno en que
una subunidad carece de region basica.
ilustra un modelo de sus funciones en Ia formaci6n
de una red regulatoria.
En D. melanogaster el gen emc (extramacrochae-
tae) es necesario para establecer el patron espacial
normal de los 6rganos sensoriales del adulto; actua
suprimiendo Ia funcion de varios genes, incluidos da
(sin hermana) y achaetescute (complejo Ac-S). Ac-S y
da son genes de tipo bHLH. El supresor emc codifica
una proteina HLH que carece de Ia region basica,
y se supone que en ausencia de una funci6n emc,
las protefnas day Ac-S forman dfmeros que activan
Ia transcripcion de genes diana apropiados, pero Ia
producci6n de Ia protefna emc da Iugar a Ia sfntesis
de heterodfmeros que no pueden unirse a! DNA,
asi que es necesaria Ia produccion de dicha protefna
en las celulas apropiadas para suprimir Ia funcion
de Ac-S!da.
La formaci6n de celulas musculares es desen-
cadenada por un cambia en el programa de trans-
cripci6n que requiere varias protefnas bHLH, entre
otras, MyoD, Ia cual es producida especificamente
en celulas mi6genas, ademas de que Ia sobreexpre-
sion en otras celulas puede inducirlas a iniciar un
programa miogenico. El desencadenante de la di-
ferenciaci6n muscular es tal vez un heterodfmero
constituido por MyoD-El2 o Myo -E47, mas que un
homodimero de MyoD . Antes de qu e se inicie Ia
miogenesis, un miembro de tipo no basico de HLH,
Ia proteina Id, se puede unir a M yoD, E 12, o am-
bas, y E47, para formar h eterodfmeros que nose
pueden unir al DNA; se une mejor a El2/E47 que
a MyoD y, por tanto, podria actuar por secuestro
de Ia contraparte bHLH ubicua. La sobreexpresi6n
de Id puede evitar Ia miogenesis, de modo que su
662 CAPITULO 25 Activaci6n de la tra nscripci6n
eliminaci6n podria desencadenar Ia libera c:
MyoD para iniciar Ia miogenesis.
Un activador de bHLH, como MyoD, puede
trolarse en varias formas; se evita su union -
DNA cuando es secuestrado por una contra- :
HLH, como Id y suele activar Ia transcripci6n .-
a una contraparte bHLH, como El2 o E47. Tarr
puede actuar como represor especifico de sitio - ~
a otra contrapane; Ia protefna bHLH MyoR :
un dimero MyoD-MyoR en los mioblastos er
ceso de proliferacion, que reprime Ia transcr'_ .
(en los mismos loci diana donde MyoD-EL: ::: -
activa Ia transcripci6n).
El comportamiento de las protefnas HLE
tanto, ilustra dos principios generales de Ia c: =
laci6n de la transcripci6n. Un pequeiio numec-
protefnas forma vfnculos combinatorios. Las c-
binaciones particulares tienen funciones difere-
respecto de Ia union con DNA y Ia regulaci ':-
Ia transcripcion. La diferenciaci6n puede depe:- :
de Ia presencia o eliminacion de contrapartes ~
ticulares.
Las cremalleras de leucina
participan en la formaci6n
de d1meros
Conceptos principales
La cremallera de leucina es una helice anfipatica que
presenta dimerizaci6n.
La cremallera es adyacente a una region basica que s~
une con el DNA.
La dimerizaci6n forma el segmento bliP donde se une-
en forma simetrica dos regiones basicas a repeticione;
invertidas del DNA.
Las interacciones entre protefnas son un te _ o
frecuente en Ia estructuraci6n de un complejo _
transcripcion, y un segmento que se encuentra -
varios activadores (y otras protefnas) participa en >
interacciones de homodfmeros y heterodimeros. ::__:
cremallera de Jeucina es una cadena de aminoad '
rica en moleculas de leucina que proporciona ~
segmento de dimerizacion. La formacion del dime
en sf surgi6 como principia comun a la acci6n ,.;:
las protefnas que reconocen secuencias especifica
de DNA, yen el caso de la cremallera de leucina, -~
relacion con Ia union con DNA es particularmen:-::
clara, porque se puede ver como Ia dimerizacion .-
yuxtapone a las regiones de union con DNA de ca '
subunidad. En Ia se presenta de mane ~
esqu em arica Ia reacci6n.
En la estructura de una a helice anfipatica, I :
grupos hidr6fobos (incluida Ia leucina) estan en u:-.
 ado y los cargados en el otro. Una cremallera de
eucina forma una helice anfipatica en que las mo-
. ' culas de leucina de la cremallera de !a protefna po-
crfan sobresalir del a helice e interdigitarse con las
.eucinas de la cremallera de otra proteina en para-
.elo, de modo de formar un asa ensortijada. Las dos
__ elices dextrogiras se enredan una en torno a !a otra
:on 3.5 moleculas por giro, de manera que el patron La region basica
~ e repite integralmente cada siete moleculas. se une con DNA ~
i.. Como se relaciona esta estructura con la union
:on DNA? La region adyacente a las leucinas repeti- Subunidad ~
:ias es altamente basica en cada una de las protefnas
je cremallera y podrfa constituir un sitio de union
:on DNA. De hecho, las dos cremalleras de leucina
: rman una estructura en Y en !a que las primeras
:onstituyen el tronco y las dos regiones basicas se Las regiones basi cas del segmento bliP se man-
:~dhieren para formar los brazos que se unen con tienen juntas por la dimerizaci6n de la region en cremallera
adyacente cuando las caras hidr6fobas de dos cremalleras de
::l DNA, lo cual se conoce como segmento estruc- leucina interactuan en orientaci6n paralela.
:ural bZIP y explica porque las secuencias diana
_ara tales proteinas son repeticiones invertidas sin
:eparacion.
Para fomentar la formacion de homodfmeros
La protefna Fos tambien tiene una cremallera de
heterodfmeros se pueden usar cremalleras, son
Ieucina, no puede formar homodfmeros, pero sf un
~egmentos largos. La leucina (u otro aminoacido
heterodfmero con Jun; para la reacci6n se requiere
:1idrofobo) ocupa cada septima posicion de !a ere-
de una cremallera de leucina en cada protefna. La
. 1allera potencial. Hay cuatro repeticiones en !acre-
capacidad de formar dfmeros es una parte crucial
allera (Leu-X6 ) de !a protefna C/EBP (factor que
de Ia interaccion de estos factores con el DNA, y
:e une como dfmero tanto ala caja CAAT como a!
la protefna Fos no puede en si unirse a! DNA, tal
potenciador central SV40) y cinco repeticiones en
vez por su imposibilidad de fonnar un dfmero. Sin
.os facto res Jun y Fos (que forman un activador
embargo, el heterodfmero Jun-Fos puede unirse
. eterodimerico, API).
al DNA con la misma especificidad de diana que
El APl fue identificado por primera vez mer-
el dfmero Jun-Jun, y ese heterodimero se une con
:ed a su union con una secuencia de DNA en el
sitio API con una afinidad -I Ox respecto de la del
otenciador SV40 (vease Ia Fig. 24.24). La prepa-
homodimero Jun.
~acion activa de API incluye varios polipeptidos.
_n componente importante es Jun, producto del
~en c-jun, identificado por su relacion con el on-
.::ogen c-jun que porta el virus del sarcoma aviario.
BJ1 Resumen
:::1 genoma del raton contiene una familia de genes Los factores de transcripcion incluyen a basales, acti-
~elacionados, c-jun (aislado originalmente), junE y vadores y coactivadores. Los factores basales interac-
:mD (identificados por homologfa de secuencias con n1an con la polimerasa de RNA en el pun to de inicio;
:m). Las tres protefnas Jun muestran considerables los activadores se unen a elementos de respuesta
-imilitudes en su secuencia; tienen cremalleras de cortos especfficos (Res) localizados en promotores
. ucina que pueden interactuar para formar homo- o potenciadores y los activadores actuan mediante
fmeros o heterodfmeros. interacciones protefna-proteina con el aparato basal.
El otro componente importante de AP l es el Algunos activadores interactuan directamente con el
_roducto de un gen adicional con una contrapar- aparato basal, en tanto que otros requieren de coac-
:e oncogenica. El gen c-fos es el homologo celular tivadores para mediar Ia interaccion. Los activadores
del oncogen v-fos que porta el virus del sarcoma a menudo tienen una estructura modular con do-
::nurino . La expresion de c-fos activa genes cuyos minies independientes encargados de la union con
_romotores o potenciadores poseen un sitio diana DNA y la activacion de Ia transcripcion. La principal
.:..PI y cuyo producto es una fosfoproteina nuclear funcion del dominio de union con DNA puede ser
_ue pertenece a un grupo de protefnas. Las otras insertar el dorninio activador cerca del complejo de
; c describen como antigenos relacionados con Fos union. Algunos elementos de respuesta estan pre-
FRA) y constituyen una familia de protefnas simi- sentes en muchos genes y son reconocidos por fac-
~ a res a Fos. tores ubicuos, otros se encuentran en unos cuantos

25.17 Resumen 663

 genes y son reconocidos por factores especfficos de
tejidos.
Los promotores de la polimerasa de II de RNA
contienen una variedad de elementos de accion
cortos en configuracion cis, cada uno reconocido
por un factor de accion en configuracion trans. Los
elementos de accion en configuracion cis se locali-
zan en flujo ascendente respecto de Ia caja TATA
y pueden presentarse en cualquier orientacion y a
diferentes distancias respecto del punta de inicio.
Los elementos de flujo ascendente son reconocidos
por activadores que interactuan con el complejo de
transcripcion basal para determinar la eficacia con
que se usa un promotor. Algunos activadores inter-
actuan directamente con componentes del aparato
basal, y otros, a traves de un intermediario llamado
coactivador. Las dianas del aparato basal son TAF
de TFuD, TF0 B o TF 0 A. La interaccion estimula el
ensamblaje del aparato basal.
Otro segmento implicado en !a union con DNA
es el dedo de zinc, que se encuentra en protefnas
que se unen con el DNA o el RNA (y en ocasiones
con ambos). Un dedo tiene moleculas de cistefna
que se unen con el zinc. Un tipo de dedo se encuen-
tra en repeticiones multiples de algunos factores de
transcripcion, y el otro, en repeticiones unicas 0
dobles de otros.
Se han identificado varios grupos de factores
de transcripcion por homologfa de secuencias. El
homeodominio es una secuencia de 60 moleculas
que se encuentra en genes que regulan el desarrollo
de insectos y gusanos, asf como en factores de trans-
cripcion de mamfferos; se relaciona con el segmento
procariotico helice-giro-helice y proporciona el seg-
mento por el que los factore s se unen con el DNA.
La cremallera de leucina contiene una cadena
de aminoacidos rica en leucina que participa en Ia
dimerizacion de los factores de transcripcion. Una
region basica adyacente se encarga de la union con
DNA.
Los receptores de esteroides fueron los prime-
ros miembros identificados de un grupo de factores
de transcripcion en que la protefna se activa par
union con una pequefia hormona hidrofoba. El fac-
tor activado se localiza en el nucleo y se une a su
elemento de respuesta especffico, donde activa !a
transcripcion . El dominio de union con DNA tiene
dedos de zinc. Los receptores son homodfmeros o
heterodfmeros. Los primeros reconocen todos los
elementos de respuesta palindromicos con Ia mis-
ma secuencia de consenso; Ia diferencia entre los
elementos de respuesta es el espaciado de las re-
peticiones invertidas. Los heterodfmeros reconocen
repeticiones directas, qu e se distinguen asimismo
por el espaciado entre repeticiones. El segmento
664 CAPITULO 25 Activaci6n de la transcripci6n
de union con DNA de esos receptores incluye -
dedos de zinc; el primero determina que secuc -
de consenso se reconoce y el segundo responde
espaciado entre las repeticiones.
Las protefnas HLH (helice-asa-helice) tier_
helices anfipaticas encargadas de Ia dimerizaci6-.
adyacentes a regiones basicas que se unen co
DNA. Las protefnas bHLH tienen una region ba __
que se une con DNA y pertenecen a uno de c
grupos, de expresion ubicua y espedficas de tejid
Una protefna activa suele ser un heterodfmero c
dos subunidades, una de cada grupo . Cuando _
dfmero tiene una subunidad sin region basica. -
puede unirse a! DNA, de manera que las subuni - ~
des pueden evitar Ia expresi6n genica. Los vfnc~..<_
combinatorios de subunidades forman redes ref
ladoras.
Muchos factores de transcripcion actuan co=-
dfmeros, y es frecuente que haya multiples rnie-
bros de una familia que forman heterodfmero;
homodfmeros, lo cual da Iugar a! potencial de - -
rigir la expresion genetica para las combinacio _
complejas. En algunos casas, una familia incl u
miembros inhibitorios, cuya participacion en la f :-
macion de dfmeros impide que su contraparte affi -
Ia transcripcion.
Referencias
I1IJ Hay varios tipos de factores de transcripci6n
Articulos de revision
Lee, T. I. and Young, R. A. (2000). Transcription of
eukaryotic protein-coding genes. Annu. Rev. Genet. 3~
77-137.
Lemon. B. and Tjian, R. (2000). Orchestrated response: .:.
symphony of transcription factors for gene control.
Genes Dev. 14. 2551- 2569.
IJII Dominios independientes se unen con el DNA y
activan la transcripci6n
Articulos de revision
Guarente, L. ( 1987). Regulatory proteins in yeast. Annu.
Rev. Genet. 2 1, 425- 452.
Ptashne, M. ( 1988 ). How eukaryotic transcriptional
activators work. Nature 335, 683-689 .
1m El analisis de dos h\bridos detecta interacciones
prote\na-prote\na
Articulo de investigaci6n
Fields, S. and Son g, 0. ( 1989). A no vel genetic system
to detect protein-protein interactions. Nature 340,
245-246.
 Los activadores interactuan con el aparato basal
rticulos de revision
::..emon, B. and Tjian, R. (2000). Orchestrated response: a
symphony of transcription factors for gene control.
GenesDev. 14,2 551-2 569.
. 1aniatis, T., Goodbourn, S., and Fischer, J . A. ( 1987).
Regulation of inducible and tissue-specific gen e
expression. Science 236, 1237-1245.
. 1itchelL P., and Tjian, R. ( 1989). Transcriptional
regu lation in mammalian cells by sequence-specific
DNA-binding proteins. Science 245, 37 1-378.
. 1yers, L. C. and Kornberg, R. D. (2000). Mediator of
transcriptional regulation. Annu. Rev. Biochem. 69,
729-749.
rtlculos de investigaci6n
Asturias, F. J., Jiang, Y. W., Myers, L. C., Gustafsson, C. M.,
and Kornberg, R. D. (I 999). Conserved structures of
m ediator a nd RNA polyme rase II h oloen zyme. Science
283, 985-987 .
Chen, J.-L. et al. ( 1994). Assembly of recombinant TFIID
reveals differential coactivator requirements for
distinct transcriptional activators. Ce/1 79, 93-105 .
Jotson, M. R., Yuan, C. X., Roeder, R. G., Myers, L. C.,
Gustafsson, C. M., Jiang, Y. W., Li, Y., Kornberg, R.
D., and Asturias, F. J . (2000). Structural organization
of yeast and mam malian mediator complexes. Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 97, 14307-14310.
:::>ynlacht, B. D., Hoey, T., and Tjian, R. ( 1991). Isolation
of coactivators associated with the TATA-binding
protein that mediate transcriptional activation. Cell 66,
563-576 .
:Urn, Y. J., Bjorklund, S., Li, Y., Sayre, M. H , and
Kornberg, R. D. ( 1994). A multiprotein mediator of
transcriptional activation and its interaction with the
C-terminal repeat domain of RNA polymerase n. Cell
77, 599-608.
_,[a, J. and Ptashne, M. ( 1987). A new class of yeast
transcriptional activators Cell 51 , 11 3-1 I 9.
?ugh, B. F. and Tjian, R. (1990). Mechanism of
transcriptional activation by Sp l: evidence for
coactivators. Ce/16 1, I 187-11 97.
Algunas prote1nas de union con promotor
corresponden a represores
rtlculos de investigaci6n
:ioppelt, A., Stelzer, G., Lottspeich, F., and Meisterernst,
M. (1996). A mechanism for repression of class ll gene
transcription through specific binding of NC2 to TBP-
promoter complexes via heterodimeric histone fold
domains. EMBOJ. IS, 3105- 3116.
::.."'lostroza, J. A., Mermelstein, F. H., Ha, I., Lane, W. S., and
Reinberg, D. (I 992). Dr], a TATA-binding protein-
associated phosph oprotein and inhibitor of class II
gene transcription. Cell70, 477-489.
~n, T. K., Zhao, Y., Ge, H., Bernstein, R., and Roeder, R.
G. (1995). TATA-binding protein residues implicated
in a functional interplay between nega tive cofactor
NC2 (Dr ! ) and general factors TFllA and TFIIB. J. Bioi.
Chem. 270, 10976-1098 1.
llfDI Hay muchos t ipos de dominios de union con DNA
Articulos de revision
Harrison, S.C. (1991). A structural taxonomy of DNA-
binding proteins. Nature 353, 715-719.
Pabo, C. T. and Sauer, R. T. (1992). Transcription factors:
structural families and principles of DNA recogni tion .
Annu. Rev. Biochem. 6 I, 10 5 3-l 09 5.
Articulos de investigacion
Miller, J. et al. ( 1985). Repetitive zinc binding domains
in the protein transcription factor IliA from Xenopus
oocytes. EMBOJ. 4, 1609-16 14.
Murre, C., McCaw, P. S., and Baltimore, D. ( 1989).
A new DNA binding and dime rization motif in
imm unoglobulin enhancer binding, daughterless,
MyoD, and mye proteins, Ce/l56,777-786.
I1IJ El segmento de dedo de zinc es un dominio de
uni on co n DNA
Articulos de investigaci6n
Kadonaga, J. et al. ( 1987). Isolation of eDNA encoding
transcription factor Sp 1 and functiona l analysis of the
DNA binding domain. Cell S!, 1079-1 090.
Miller, J. et al. ( 1985). Repetitive zinc binding domains
in the protein transcription factor lilA from Xenopus
oocytes. EMBOJ. 4, 1609-1614.
Pavletich, N. P. and Pabo, C. 0. (1991). Zinc finger-
DNA recognition: crystal structure of a Zif268 -DNA
complex at 21 A. Science 252, 809- 8 17.
fBI Los rece ptores de esteroides son activadores
Articulos de revision
Evans, R. M. ( 1988) . The steroid and thyroid hormone
receptor superfamily. Science 240, 889-895.
Mangelsdorf, D. J. and Evans, R. (1995). The RXR
heterodimers and orphan receptors. Cell83, 841- 850.
f1lll Los receptores de esteroides tienen dedos de zinc
Articulo d~ revision
Tsai, M J, and O'Malley, B. W. (1994). Molecular
mechanisms of action of steroid /thyroid receptor
superfamily members. Annu. Rev. Biochem. 63,
451-486.
Articulo de investigaci6n
Umesono, K. and Evans, R. M. ( 1989). Determinants of
target gene specificity for steroid/thyroid hormone
receptors. Cell 57, I 139- 11 46.
BiiiJ Los receptores de esteroides reconocen a Los
elementos de respuesta por un codigo combinatorio
Artlculos de revision
MangelsdorL D. J. and Evans, R. (1 995). The RXR
heterodimers and orpha n receptors. Ce/l83, 841-850.
Referencias 665
 Yamamoto, K. R. ( 1985 ). Steroid receptor regulated Articulos de investigaci6n
transcription of specific genes and gene n etworks. Benezra, R. et al. ( 1990). The protein Id: a negative
Annu. Rev. Genet. 19, 209-252. regulator of helix-loop-helix DNA-binding prote::-
Cel/6 1, 49- 59.
Art1culos de investigaci6n
Davis, R. L. et al. ( 1987) . Expression of a single transie _
Hurlein, A. J. et al. ( 1995). Ligand-independent repression
eDNA converts fibroblasts to myoblasts. Cell 5 t
by the thyroid hormone receptor mediated by a
987-1000
nuclear receptor corepressor. Nature 377, 397-404.
Davis, R. L. et al. ( 1990). The MyoD DNA binding dor- _
Rastinejad, F., Perlmann, T., Evans, R. M., and Sigler, P. B.
contains a recognition code for muscle-specific g ~
(1995). Structural determinants of nuclear receptor
activation. Cell60, 733-746.
assembly on DNA direct repeats. Nature 375, 203-211.
Lassar, A. B. et al. (199 1). Functional activity of myo,....:
Umesono, K., Murakami, K. K., Thompson, C. C., and
HLH proteins requires h etero-oligomerization v,j-
Evans, R. M. ( 199 1). Direct repeats as selective
EI2 / E47-Iike proteins in vitro. Cell66, 305- 315.
response elements for the thyroid hormone, retinoic
Murre, C., McCaw, P. S., and Baltimore, D. (1989).
acid, and vitamin D3 receptors. Cell65, 1255-1266.
A new DNA binding and dime riza tion motif in
immunoglobulin enhancer binding, daughterleso
fBI Los homeodominios se unen a dianas relacionadas
MyoD, and myc proteins. Cell 56, 777-783.
en el DNA

Articulo de revision E!ID Las cremalleras de leucina participan en la forrr ~~

de d1meros
Gehring, W. J. et al. ( 1994). Homeodomain- DNA
recognition. Ce/!78, 21 1-223 .
Articulo de revision
Artlculos de investigaci6n Vinson, C. R., Sigler, P. B., and McKnight, S. l. (1989
Han, K., Levine, M.S., a nd Manley, J. L. ( 1989). Scissors-grip model for DNA recognition by a fair
Synergistic activation and repression of transcription le ucine zipper proteins. Science 246, 91 1-9 16.
by Drosophila homeobox proteins. Cell 56. 573-583.
Articulo de investigaci6n
Wolberger, C. et al. (199 1). Crysta l structure of a M.ATa2
Landschulz, W. H., Johnson, P. F., a nd McKnight, S. L
homeodomain -operator complex suggests a gen eral
( L988) . The le ucine zipper: a hypothetical structw.
model for homeodomain-DNA interactions. Cel/67,
common to a n ew class of DNA binding proteins.
5 17-528.
Science 240, 1759-1764.

fDD Las prote1nas. helice-asa-helice interactuan por

v1ncu lo combmatono

Articul::> de revision
Weintraub, H. (1991). The MyoD gene family: nodal point
during specification of the muscle cell lineage. Science
25 1, 761 -766.

666 CAPITULO 25 Activacion de la transcripcion

orte, empalme
procesamie-nto del RNA
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
Las uniones de corte y em palme nucleares son
secuencias cortas
Los sitios de corte y empalme son las secuencias que
rodean inmediatamente los limites de exon-intron. Se
nombran de acuerdo con sus posiciones respecto de intron.
El sitio de corte y empalme S' del extrema s' (izquierdo) del
intron incluye la secuencia de consenso GU.
El sitio de corte y empalme 3' esta en el extrema 3'
(derecho) del intron e incluye la secue ncia de consenso AG.
" La regia GU-AG (originalmente llamada regia GT-AG segu n
la secuencia de DNA) describe la necesidad de esos
dinucleotidos constantes en las dos primeras y las dos
ultimas posiciones de los intrones en los pre-RNAm.
Las uniones de corte y empalme se leen por pares
El corte y empalme depende solo del recQnocimiento de
pares de uniones de corte y empalme.
Todos los sitios de corte y empalme 5' son funcionalmente
equivalentes, igual que los sitios de corte y empalme 3'.
El corte y empalme del pre-RNAm procede a traves
de un lazo
El corte y empalme requiere de los sitios 5' y 3' y de un sitio
de ramificacion jus to en flujo ascendente respecto del 3'.
La secuencia de ramificacion se conserva en levaduras, pero
esta menos bien conservada en eucariotas superiores.
Cuando el intron se escinde en el sitio de corte y empalme
s' y este ultimo se une en la posicion 2' de una A, en el
sitio de ramificacion dentro del intron, se forma un lazo .
El intron se Iibera como lazo cuando se escinde en el
sitio de corte y empalme 3'; despues se juntan los exones
izquierdo y derecho.
Las reacciones ocurren por transesterificacion, donde un
enlace es transferido de una localizaci6n a otra.
Se requieren RNAsn para el corte y empalme
Los cinco RNAsn implicados en el corte y empalme son U1,
U2, US, U4 y U6.
Con algunas protein as adicionales, las RN Psn forman el
empalmosoma .
Todas las RNPsn, excepto U6, contienen una secuencia
conservada que se une a proteinas Sm, reconocidas
por anticuerpos generados durante una enfermedad
autoinmunitaria.
La RNPsn U1 inicia el corte y empalme
La RNPsn U1 inicia el corte y empalme por union con el
sitio 5' mediante una reaccion de apareo RNA-RNA.
El complejo E co nti ene RNPsn U1 unida al sitio 5', la
proteina U2A F unida a una via de pirimidina entre el sitio
de ramificacion y el de corte y empalme 3', y proteinas SR
que conectan la RNPsn U1 con la U2AF.
El complejo E puede formarse por definicion de
intr6n o ex6n
La via directa de formacion de un complejo E es para RNPsn
U1 unirse al sitio de corte y empa lme 5' y para U2AF,
unirse a una via de pirimidina entre el sitio de ramificacion
y el de corte y empalme 3'.
Otra posibilidad es que el complejo se forme entre U2 AF
en la via de pirimidina y RNPsn Ul en el sitio 5' de corte y
empalme de flujo descendente.
El co mplejo E se torna en A cuando la RNPsn U2 se une con
el sitio de ramificacion.
Si se forma un complejo E utilizando el sitio S' de corte y
empalme de flujo descendente, este es sustituido par el
correspondiente 5' de flujo ascendente cuando el complejo
E se co nvierte en el complejo A.
Los sitios de corte y empalme 3' debiles pueden requerir
un potenciador de corte y empalme localizado en el exon
de flujo descendente para unirse directamente con las
proteinas SR.
Cinco RNPsn forman el empalmosoma
La union de las RNPsn US y U4/ U6 convierte al complejo
A en el empalmosoma B1, que contiene todos los
componentes necesarios para el corte y empalme.
El empalmosoma pasa a traves de una serie de complejos
adicionales conforme avanza el proceso.
La liberacion de la RNPsn U1 permite al RNAsn U6
interactuar con el sitio de corte y empalme 5' y convierte
al empalmosoma 81 en empalmosoma 82.
Cuando U4 se disocia de la RNPsn U6, este ultimo puede
aparearse con el RNAsn U2 para formar el sitio catalitico
activo.
Un aparato alternativo de corte y empalme utiliza
diferentes RNPsn
Una via alterna de corte y empalme utiliza otro conjunto
de RNPsn que constituyen el empalmosoma U12.
Continua en Ia siguiente pagina
667
 o Los intrones diana se definen por secuencias de
consenso mas largas en las uniones de corte y
empalme, pero, en general, incluyen las mismas
uniones AU-AC.
o Ciertos intrones tienen las uniones de corte y empalme
AU-AC, incluidos algunos dependientes de U1 y otros,
de U12.
~ El corte y empalme esta relacionado con la
exportaci6n del RNAm
o Las proteinas REF se unen a las uniones de corte y
empalme por un vinculo con el empalmosoma.
o Despues del corte y em palme se mantienen adheridas
al RNA en la union exon-exon.
Interactuan con la protein a de transporte TAP/Mex,
que exporta el RNA a traves de un poro nuclear.
fl!WD Los intrones del grupo II se cortan y
empalman a si mismos por la formaci6n de un
lazo
Los intrones del grupo II se escinden por si mismos
del RNA mediante un proceso de corte y empalme
autocatalltico.
Las uniones y el mecan isme de corte y empalme de
los intrones del grupo II son simi lares a los de los
intrones nucleares.
Un intron del grupo II se pliega en una estructu ra
secundaria que genera un sitio catalitico que simula la
estructura del intron nuclear U6-U2.
fBif:l El proceso de corte y em pa lme alternativo
implica el uso diferencial de uniones de corte
y empalme
Los exones especificos pueden excluirse o incluirse en
el RNA producido mediante el uso, o no, de un par de
uniones de corte y empalme.
Los exones pueden extenderse cambiando una de
las uniones de corte y empalme para usar una union
alternati va.
La determinacion del sexo en el genera Drosophila
implica una serie de sucesos de co rte y empalme
alternatives en genes que codifican productos
sucesivos de una via.
Los elementos P del genera Drosophila muestran corte
y empalme alternos especificos de la linea germinal.
fl\111 ilas reacciones de corte y empalme en
configuraci6n trans utilizan RNA pequeiios
Las reacciones de corte y empalme suelen ocurrir solo
entre uniones de corte y empalme en configuracion cis
de la misma molecula de RNA.
.. En los tripanosomas y gusanos ocurren corte y
empalme en configuracion trans en el sitio en que una
secuencia corta (RNA SL) se empalma con los extremos
5' de muchos RNAm precursores.
o La estructura del RNA SL simula el sitio de union
Sm de los RNAsn U y podria tener una participacion
analoga en la reacci6n.
fi!1D El corte y empalme del RNAt en levaduras
implica escisi6n y reunion
o El corte y empalme de RNAt se debe a reaccio nes
sucesivas de escision y ligadu ra.
fi!Ig La endonucleasa de corte y empalme reconoce
al RNAt
Una endonucleasa escinde los precursores de RNAt en
ambos extremes del intr6n.
668 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
La endonucleasa de las levaduras es un
heterotetramero con dos subunidades cataliticas
(relacionadas).
Utiliza un mecanisme de medici6n para determinar
sitios de escision por sus posiciones relativas respe.:::
de un punto de la estructura del RNAt.
La nucleasa antigua tiene una estructura mas sencilL;
y reconoce segmentos estructurales de protuberanc';.-
helice-protuberancia en el sustrato.
f!i11i1 La escisi6n y ligadura del RNAt son reaccio r~
separadas
La liberacion del intron genera dos mitades de RN A:
que se unen para formar la estructura madura.
Las mitades tienen los extremes singulares 5' hidro
y 2'-3' fosfato ciclico.
El extreme 5'-0H es fosforilado por una cinasa de
polinucleotidos; la fosfodiesterasa abre el grup<J
fosfato ciclico para producir un extrema 2' fosfato , _-
grupo 3'-0H; los extremos de los exones se unen p.:
accion de una ligasa de RNA y el 2' fosfato es reti re -
por una fosfatasa.
fm1D La respuesta de la proteina no plegada tie r =
relaci6n con el corte y empalme del RNAt
La Irelp es una proteina interna de la membrana
nuclear con su dominio terminal-N en la luz del E
terminal-( en el nucleo.
La union al dominic terminal-N de una proteina
no plegada activa la nucleasa terminal-( por
autofosforilaci6n.
o La nucleasa activada escinde al RNAm Hacl para
liberar un intron y generar exones que se unen ]J O
ligasa de RNAt.
El RNAm Hacl escindido codifica un factor de trar '-
cripci6n que activa genes codificadores de chaperc- ;_
que ayudan a plegar las proteinas no plegadas.
fim;) Los extremos 3' de los productos de
transcripci6n pol I y pol III se generan po
termi naci6n
o La polimerasa I de RNA term ina la transcripci6n c- -
una secuencia finalizadora de 18 bases.
La polimerasa III de RNA termina la transcripcioo ~
secuencia poli (U)4 de una secuencia rica en G-C.
flilm Los extremas 3' del RNAm se generan par
escisi6n y paliadenilaci6n
La secuencia AAUAAA es una seiial para la escisit-
que genera un extrema 3' del RNAm poliadenilado.
La reaccion requiere de un complejo proteinico q t ~
contiene un factor de especificidad, una endonuc.:: -
y una po limerasa poli(A).
El factor de especificidad y la endonucleasa esci r.:.;.-
el RNA en flujo descendente respecto de AAUAAI>.
El factor de especificidad y La polimerasa poli(A)
agregan continuamente -200 moleculas de A al
extrema 3'.
En el genera Xenop us, las secuencias ricas en A-L :7
cola 3' controlan la poliadenilacion o desadenilac' :-
citoplasmatica durante el desarrollo embrionario.
fiB La escisi6n del extrema 3' del RNAm de
histonas puede requerir de un RNA peque ii :
Los RNAm de histonas no estan poliadenilados; s_:
extremes 3' se generan por una reaccion de escis'-:-
que depende de la estructura del RNAm.
 La reaccion de escision exige la union de SLBP a una
estructura de tallo-asa y que se aparee el RNAsn U7
con una region adyacente monocatenaria.
fml La producci6n de RNAr requiere de sucesos de
escisi6n
El RNAr grande y el pequeiio se liberan por escision a
partir de un RNA precursor comun.
fldflJ Se requieren RNA pequefios para el
procesamiento del RNAr
Para modificar la posicion 2' de la ribosa con un grupo
metilo se requiere del grupo C/D de RNAsno.
flll Introducci 6n
Todas las clases de organismos tienen genes inte-
rrumpidos, los cuales representan un porcentaje
menor de los genes de las eucariotas inferiores, pero
Ia mayor parte de los genes de genomas de euca-
riotas superiores. Los genes varian ampliamente en
funci6n del numero y Ia longitud de los intrones,
nero un gen tfpico de mamffero tiene de siete a ocho
exones dispersos en -16 kb. Los exones son relati-
vamente cortos (-100 a 200 bp) y los intrones, re-
lativamente largos (> 1 kb) (vease la secci6n 3 .6, Los
genes muestran una amplia variedad de tamafios).
La discrepancia entre Ia organizaci6n ininte-
rrumpida de un gen y aquella no interrumpida de
s:u RNAm requiere del procesamiento del produc-
ro primario de transcripci6n, el cual tiene Ia mis-
ma organizaci6n que el gen y suele denominarse
preRNAm. La eliminaci6n de los intrones del pre
RNArn deja un mensajero usual de -2.2 kb median-
te un denominado corte y empalme del RNA.
La eliminaci6n de los intrones constituye una parte
irnportante de Ia producci6n del RNA en todas las
eucariotas. (Aunque los genes interrumpidos son
relativamente raros en las eucariotas inferiores,
como las levaduras, en el porcentaje global se sub-
estima Ia importancia de los intrones, pues Ia mayor
parte de los genes interrumpidos codifica protefnas
relativamente abu:ndantes. El corte y empalme, por
tanto, participa en Ia producci6n de un mayor por-
centaje total del RNAm del que serfa aparente al
analizar el genoma, tal vez hasta el 50%.)
Una de las primeras claves sobre Ia naturaleza
de Ia discrepancia de tamafio entre los genes nuclea~
res y sus productos en eucariotas superiores provie-
ne de las propiedades del RNA nuclear. Su tamafio
pFomedio es mucho mayor que el de RNArn, es muy
inestable y Ia complejidad de su secuencia es mucho
mayor. Dada su amplia distribuci6n, se le denomin6
RNA nuclear heterogeneo (RNAhn), e incluye
al pre-RNAm, pero podrfa tambien abarcar otros
productos de Ia transcripci6n (esto es, aquellos que
Para convertir la uridina en seudouridina se necesita el
grupo H/ACA de RNAsno.
Para generar una estructura usual, sustrato de la
modificaci6n, en todos los casos, la base del RNAsno
se aparea con una secuencia de RNAr que contiene la
base diana.
flti) Resumen
RNPhn.::::. _
200 A 408
RNA de 500-800 bases
Protefnas medulares (-30-40 kD)
A1 A2 B1 B2 C1 C2
El RNAhn es una particula de ribonucleoproteina
organizada como una serie de cuentas.
finalmente no Ilegan a RNArn durante el procesa-
miento).
La forma ffsica del RNAhn es de ribonucleopro-
tefna (RNPhn), donde el RNAhn esta unido a pro-
tefnas. Seg{m se caracteriz6 in vitro, una partfcula
de RNPhn asume Ia forma de cuentas conectadas
por un hilo, estructura que se resume en Ia 1.>
. t . Las protefnas mas abundantes de Ia partfcu-
Ia son protefnas nucleares, pero hay otras con una
estequiometrfa menor que constituyen un total de
-20. For lo general, las protefnas estan presentes
en -10 8 copias por nucleo, respecto del -10 6 del
RNAhn. En algunos casos su participaci6n puede ser
estructural en el empaquetado del RNAhn, y se sabe
que varias viajan entre el nucleo y el citoplasma y
participan en la exportaci6n del RNA o controlan
su actividad.
El corte y empalme ocurre en el nucleo, aunado
a otras modificaciones que experimentan los RNA
recien sintetizados. En Ia se revisa el
proceso de expresi6n de un gen interrumpido. El
producto de Ia transcripci6n tiene un capuch6n en
el extremo 5' (vease la secci6n 7. 9, El extremo 5' del
RNAm eucari6tico tiene capuch6n), ha sido motivo
de eliminaci6n de intrones y esta poliadenilado en
26 .1 Introducci6n 669

~ Transcripci6n
! y ribonucleoproteinas y que actua corr:
~
Capuch6ndel extreme 5' Poli(A) del extreme 3'
/ .
Modificaci6n terminal
rk= - .
~ Corte y empalme
Ex6n lntr6n Ex6n
~ Se romp.;:;.;as uni7 nes ex6n-intr6n
~~ Se unen los exones
NUCLEO
Transports
~ Traducci6n CITOPLASMA
El RNA se modifica en el nucleo por adiciones al extremo
5' y al 3' y por corte y empalme para eliminar los intrones. El suceso
de corte y empalme implica La rotura de las uniones ex6n-intr6n y la
reunion de los extremos de los exones. El RNAm maduro se transporta a
traves de poros nucleares hacia el citoplasma, donde se traduce.
el extrema 3' (vease la seccion 7 .l 0, El extrema 3'
esta poliadenilado). El RNA se transporta entonces
a traves de los poros nucleares hacia el citoplasma,
donde se encuentra disponible para su traduccion .
Respecto de las diversas reacciones de procesa-
miento que ocurren en el nucleo, deberia saberse
en que punto ocurre el corte y empalme ante las
otras modificaciones del RNA, (_en una localizacion
espedfica del nucleo y se conectan con otros suce-
sos, como el transporte del nucleo al citoplasma?
(.Que importancia tiene en la expresion de los genes
interrumpidos el que no se produzca?
Respecto de la reaccion de corte y empalme en
sf, uno de los principales enigmas es como se contro-
la su especificidad. (.Que asegura que los extremos
de cada intron se reconozcan en pares, de manera
que se retire la secuencia correcta del RNA ? (.Se
escinden los intrones de un precursor en un orden
en particular? (.Se utiliza la maduracion del RNA
para regular Ia expresi6n genica por discriminacion
entre los precursores disponibles o por cambia del
patron de corte y empalme?
Se pueden identificar varios tipos de sistemas
de corte y empalme:
Los intrones se retiran del preRNAm de las
eucariotas superiores por un sistema que re-
670 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
conoce solo secuencias de consenso co::-
conservadas en los !Unites ex6n-intr6r.
interior del intr6n. Esa reacci6n requie :
un gran aparato de corte y empalme
asume Ia forma de un arreglo de prorc- -
"-._A gran complejo particulado (empalmoso:-
200
El mecanisme de corte y empalme in~ :
transesterificaci6n, ademas de que el ce _
catalitico incluye el RNA y proteinas.
Ciertos RNA tienen la capacidad de esc
sus intrones de manera aut6noma, los ::-_
les forman dos grupos, segun su estrur
secundaria o terciaria; ambos usan rea.:_
nes de transesterificaci6n en que el Rl'.-.
el agente catalitico (vease Capitulo r ~
RNA catalftico).
La eliminacion de intrones de los pre::-_
sores RNAt nucleares de levaduras im;-
actividades enzimaticas que manejan e: _
trato en forma similar a la de las enzimc..s _
procesamiento del RNAt, en cuyo caso
caracterfstica crftica es la conformaci6 ,
precursor del RNAt. Estas reacciones d ::
te y empalme son catalizadas por enz:;:-
que dan Iugar a escisi6n y ligadura.
Ill Las uniones de corte
y empalme nucleares
son secuencias cortas
Conceptos principales
Los sitios de corte y empalme son las secuencias qL~
rodean inmediatamente los lfmites de ex6n-intr6n. ~
nombran de acuerdo con sus posiciones respecto de .
intr6n.
El sitio de corte y empalme 5' del extremo 5' (izquie-
do) del intr6n incluye La secuencia de consenso GU.
El sitio de corte y empalme 3' esta en el extremo 3'
(derecho) del intr6n e incluye La secuencia de conse- -
AG.
La regla GU-AG (originalmente llamada regla GT-AG _;:-
gun la secuencia de DNA) describe La necesidad de es.:.:
dinucle6tidos constantes en las dos primeras y las cl::
ultimas posiciones de los intrones en los pre-RNAm.
Para centrarse en los sucesos moleculares impli ::.. .
dos en el corte y empalme de los intrones nucle<: -,-
se debe considerar la naturaleza de los sitios -
corte y empalrne, los dos lfmites ex6n-intr6n.
incluyen los sitios de escisi6n y nueva union.
Si se compara la secuencia nucleotidica ~
RNAm con la del gen estructural, las uniones e ::-
exones e intrones pueden ser asignadas. Los :
 Sitio izquierdo (5')

I
.. 12PyN

lntr6n
LIRA 26 Los extremes de los intrones nucleares se definen par la regla GU-AG.

~ ~rremos de un intron no son homologos ni amplia-
__ ente complementarios, las uniones, sin embargo,
-~ ne n secuencias de consenso bien conservadas,
- ~que bastante cortas .
Es posible asignar un extrema especifico a cada
-~l1ion, dependiendo de la conservacion de las unio-
_s exon-intron, que pueden ser alineadas para
: _nstituir la secuencia de consenso que se incluye
: n la F' .. .
Los subindices indican el porcentaje de aparicion
-: Ia base especifica en cada posicion de consenso;
: conservacion es elevada solo inmediatamente dentro
1intr6n en las supuestas uniones, de modo que Ia
cuencia de un intron generico se identif:ica como:
GU .... ... AG
El intron definido de esta manera se inicia con
' - dinucleotido GU y termina con el AG, de modo
Je a menudo se dice que las uniones cumplen con
_;, regia GT-AG (lo cual refleja el hecho de que las
. ::cuencias se analizaron originalmente en fun cion
_ l DNA, pero, obviamente, el GT de la secuencia
_e codificacion del DNA se convierte en GU en el
1 NA).
Notese que ambos sitios tienen diferentes se-
_:Jencias, por tanto, definen los extremos de un in-
-::-on de manera direccional. Se nombran de izquierda
_ derecha, a lo largo del intron, como sitio de corte y
:-:npalme 5' (a veces llamado sitio izquierdo o dona-
- r) y sitio de corte y empalme 3' (tambien llamado
-rio derecho o aceptor). Las secuencias de consenso
c sefialan como sitios reconocidos por mutaciones
-untiformes en el corte y empalme, que in vivo e in
:rro, impiden dicho corte y empalme.
Un RNAm tipico de mamifero tiene muchos intro-
nes. El problema basico del corte y empalme del pre
RNAm resulta de la sencillez de los sitios respectivos
y se ilustra en la 4: c. Que garantiza que se
corten y se empalmen los pares de sitios correctos?
Los pares GU-AG correspondientes deben recorrer
gran des distancias (algunos innones tienen > l 0 kb
de longitud) , de modo que es posible imaginar dos
tipos de principia que podrian encargarse del apa-
reamiento de los sitios 5' y 3' apropiados:
Tal vez sea una propiedad intrinseca del RNA
conectar los sitios en los extremos de un in-
tron en particular, lo cual implicarfa aparear
secuencias o estructuras especfficas.
Podrfa ser que todos los sitios 5' fuesen
equivalentes desde el punto de vista fun-
donal, y todos los 3', indistinguibles, pero
el corte y empalme podrfa seguir reglas que
garanticen que el sitio 5' siempre se conecte
con el siguiente sitio 3' del RNA .
Los sitios de corte y empalme y las regiones cir-
cundantes no tienen secuencias complementarias,
lo cual descarta modelos de apareamiento de bases
complementarias entre los extremos de los intrones.
El apareamiento de uniones equivocadas eliminarfa los exones

Las uniones de corte

y empalme se leen por pares
Conceptos principales
El corte y empalme dependen s6lo del reconocimiento
de pares de uniones de corte y empalme.
Todos los sitios de corte y empalme 5' son
funcionalmente equivalentes as\ como los sitios
de corte y empalme 3'. ' Las uniones de corte y empalme se reconocen s6lo en las
combinaciones de pares correctas.

26.3 Las uniones de corte y empalme se leen par pares 671

 Los experimentos con precursores de RNA hfbridos
muestran que cualquier sitio de corte y empalme
5' puede, en principia, conectarse con uno 3'. Por
ejemplo, cuando el primer exon de una unidad de
2 3 4 5 6 7
transcripcion temprana de SV40 se enlaza con el
tercer exon de Ia ~-globina de raton, se puede ex-
tirpar el intron hfbrido para generar una conexion RNAm = 1.1 kb
perfecta entre el exon de SV40 y el de ~-globina.
De hecho, esa posibilidad de intercambio es Ia base
de Ia tecnica de atrapamiento de exones descrita
antes, en Ia Figura 4.11. Tales experimentos ponen Producto primario de
en claro dos puntas generales: transcripci6n (5.5 kb)
Los sitios de corte y empalme son genericos; no
presentan especificidad por precursores in-
dividuales de RNA. y los precursores indivi- Carece de intrones 5 y 6
duales no confieren informaci~h especifica
(como Ia estructura secundaria) indispensa-
ble para el corte y empalme. Carece de intrones 4, 5, 6 y 7
El aparato de corte y empalme no es espedfico de
un tejido; en general, cualquier celula puede
escindir y empalmar un RNA apropiada-
mente, sea o no sintetizado normalmente Contiene solo el intr6n 3

por ella. (En Ia seccion 26.12, El corte y

empalme alternativos implican el uso dife-
rencial de uniones de corte y empalme, se
analizan excepciones en que hay patrones RNAm (1.1 kb)
alternativos de corte y empalme especificos
de tejidos.)
He aquf una paradoja. Es posible que todos los
sitios de corte y empalme 5' parezcan similares a!
aparato de corte y empalme, lo mismo que todos los rJr 6 ~ Estudio Northern del RNA nuclear con una so:..;.

sitios de corte y empalme 3'. En principia, cualquier

sitio de corte y empalme 5' puede reaccionar con cual-
quier sitio de corte y empalme 3 ', pero en circunstancias
normales, el corte y empalme ocurre solo entre los
sitios 5' y 3' del mismo intron. 2Que reg las aseguran
que el reconocimiento de sitios de corte y empalme se res-
trinja de manera que solo los sitios 5' y 3' del mismo
intron se corten y empalmen?
(.Se retiran los intrones en un orden espedfi-
co de un RNA en particular? Mediante pruebas de
manchado de RNA se pueden identificar RNA nu-
cleares que representan productos intermedios de
los que se han eliminado algunos intrones. En la
"l1 se muestra una mancha de los precur-
sores del RNAm ovomucoide. Hay una serie bien
definida de bandas que sugiere que el corte y em-
palme ocurre por vias determinadas (si se retiraran
los siete intrones de manera totalmente aleatoria,
habrfa mas de 300 precursores con diferentes com-
binaciones de intrones y no se verfan bandas bien
definidas).
No parece haber una via {mica, pues se pue-
den encontrar productos intermedios donde se han
retirado combinaciones diversas de intrones. No
obstante, hay pruebas de Ia presencia de una ova-
ovomucoide que identifica precursores definidos del RNA m. >
indican los contenidos de las bandas mas prominentes. Imac o-
cortesia de Bert W. 0'~1alley, Baylor College of Medicine. -
rias vias preferidas. Cuando solo se ha perdido t-
intron, esto ocurre practicamente siempre en e: '
o 6, cualquiera puede ser el que se pierda prime
Una vez que se han perdido los dos intrones, 5
6, vue]ven a ser los mas frecuentes, pero hay Ot:c
combinaciones. El intron 3 nunca (o cuando me!~
muy rara vez) se pierde en uno de los primeros c~
pasos del corte y empalme. A partir de ese pan -
se observa que hay una via preferida por Ia qu e .
eliminan los intrones en el orden 5/6, 7/4, 2/l -
pero hay otras, puesto que (por ejemplo) en algt -...:..
moleculas el ultimo intron en perderse es 4 (l -
con la salvedad de que en Ia interpretacion de e :;~
resultados no se cuenta con pruebas de que toe
esos productos intermedios en realidad conduzc:..-
a un RNAm maduro.
La conclusion general sugerida por este anL .:-
es que Ia confirmacion del RNA influye en Ia acce.--
bilidad de los sitios de corte y empalme. Conforme
retiran intrones especificos, Ia conformacion carr _
y se dispone de nuevas pares de sitios de corte y e-

672 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA

 .:lroe. Sin embargo, Ia capacidad del precursor para
c: ninar sus intrones en mas de un orden sugiere
_..;e se dispone de conformaciones alternas en cada Sitio 5' Sitio 3'
5'~~=~~~===-!"-:=~~...o...-- 3'
_:apa. Por supuesto, mientras mayor sea Ia molecu- GU UACUAAC AG
7 . mas opciones estructurales brindara, y cuando se
~ nsideran genes mas grandes, se dificulta ver que Py80 N Py 80 Py 87 Pu75 A PYgs
~ n especfficamente podrfan controlar Ia reacci6n Consenso animal
.:-s estructuras secundarias. Una conclusion impor- Corte en el sitio 5' y formaci6n de un lazo por enlace
_!Ote de este ana lisis es que la reacci6n no avanza 5'-2' que conecta el intr6n 5'-G con el Iugar 2' de A en
:_uencialmente a lo largo del precursor. el sitio de ramificaci6n

Un modelo sencillo para controlar el reconoci-
ento de los sitios de corte y empalme serfa que
=- aparato respectivo actuase de manera progresiva.
.-:abieudo reconocido un sitio 5', podrfa recorrer el
.- :'-l'A en Ia d.irecci6n apropiada hasta encontrar el si-
;Jiente sitio 3', lo cual restringirfa el corte y empalme
: sitios adyacentes. Ese modelo, no obstante, ha sido
:escartado por experimentos que muestran que el
: rte y empalme pueden ocurrir en configuraci6n
~.ms, en circunstancias especiales, como Ia reacci6n
:nermolecular (vease Ia secci6n 26.13, Las reaccio-
- es de corte y empalme en configuraci6n trans utili-
:.an RNA pequefios), o en moleculas de RNA donde
~ rte de Ia cadena nucleotfdica es sustituida por un
~ ::1lazador quimico; esto significa que no puede exi-
;:rse un rasneo estricto a lo largo del RNA desde el
::rio de corte y empalme 5' hasta el 3' correspon-
_iente. Otro problema con el modelo de rastreo es
~ue no explica Ia existencia de patrones de corte y
::npalme alternativos, donde (por ejemplo), un sitio
:nmun 5' se empalme con mas de un sitio 3'. La base
. ara el reconocirniento apropiado de los pares de si-
_os de corte y empaJme correctos sigue sin definirse
talmente.
EL corte y empalme
del pre-RNAm procede
a traves de un lazo
Ccnceptos principales
El corte y empalme requiere de los sitios 5' y 3' y de un
sitio de ramificaci6n justa en flujo ascendente respecto
del3'.
La secuencia de ramificaci6n se conserva en levaduras,
pero esta menos bien conservada en eucariotas
superiores.
Cuando el intr6n se escinde en el sitio de corte y
empalme 5' y este ultimo se une en la posicion 2' de
una A, en el sitio de ramificaci6n dentro del intr6n , se
forma un lazo.
El intr6n se Libera como lazo cuando se escinde en
el sitio de.corte y empalme 3'; despues se juntan los
exones izquierdo y derecho.
Las reacciones ocurren por transesterificaci6n, donde
un enlace es transferido de una localizaci6n a otra.
n"":~""UG~5'...,._,_,.,_,
s--~= 3' 3'
UACUAACAG
2'
Corte en el sitio 3' y uni6n de exones; el intr6n se
Iibera como lazo
~G
~~=
5' - - - - 3 \ . 1 5' 3'5'= 3'
UACUAACAG
2'
5'- - - -- = = 3'
l
Desramificaci6n del intr6n
5'GU
\.
UACUAAC AG 3'
El corte y empalme ocurre en dos eta pas, primero
se esci nde el ex6n 5' y despues se une con el ex6n 3'.
El mecanismo de corte y empalme ha sido carac-
terizado in vitro mediante sistemas que permiten
Ia eliminaci6n de intrones de precursores de RNA.
Los extractos nucleares pueden cortar y empalmar
precursores de RNA purificados. lo cual demuestra
que la acci6n no esta vinculada con el proceso de
transcripci6n. En RNA que no tienen capuch6n es
posible el corte y empalme, o bien, Ia poliadenila-
ci6n. Las reacciones de corte y empalme como tales
son independientes de Ia transcripci6n o modifica-
ci6n del RNA, sin embargo, ocurren normalmente
en forma coord.inada y su eficacia puede ser influida
por otros sucesos de procesamiento.
Las etapas del corte y empalme in vitro se ilus-
tran en Ia vfa de Ia . Se analiza Ia reac-
ci6n respecto de las especies individuales de RNA
identificables, pero recuerdese que, in vivo, las que
contienen exones nose liberan como moleculas li-
bres, se mantienen unidas por el aparato de corte
y empalme.
El primer paso es escindir en el sitio de corte
y empalme 5', separando el ex6n izquierdo de Ia
molecula de intr6n -ex6n derecha; el ex6n izquierdo
asume Ia forma de una molecula lineal y Ia molecula
intr6n-ex6n derecha fo rma un lazo, en el cual el

26.fi El corte y empalme del pre-RNAm procede a traves de un lazo 673

 extremo 5' generado en el final del intr6n se une
por enlace 5'-2' con una base, dentro del intr6n. La
base diana es una A en una secuencia llamada sitio
de rarnificacion.
La escisi6n en el sitio 3' de corte y empalme Ii-
bera al intr6n libre con forma de lazo; el ex6n dere-
cho se liga (corta y empalma) con el ex6n izquierdo.
Por claridad, las reacciones de escisi6n y ligadura se
muestran separadamente en Ia figura, pero en reali-
dad ocurren como una transferencia coordinada.
Ellazo es entonces "desramificado" para obte-
ner un intr6n lineal escindido, qu e se degrada ra-
pidamente.
Las secuencias necesarias para el corte y empalme son
las cortas de consenso de los sitios 5 'y 3 'y del de ramifica-
ci6n. Ya sabiendo que la mayor parte de las secuen-
cias de un intr6n pueden ser motivo de delecion sin
impedir el corte y empalme, se Sabe que el intr6n (o
ex6n) no necesita una conformaci6n especffica .
El sitio de ramificaci6n, muy conservado en
las levaduras y con Ia secuencia de consenso UA-
CUAAC, tiene una participaci6n importante en Ia
identificacion del sitio de corte y empalme 3'. Por
el contrario, en eucariotas superiores no esta bien
conservado y tiene preferencia por purinas o piri-
midinas en cada posicion, ademas de conservar el
nucleotido diana A (vease Ia Fig. 26 .6).
El sitio de ramificaci6n yace a una distancia de
18 a 40 nucle 6tidos en flujo ascendente respecto
del sitio 3' de corte y empalme, en el cual, las muta-
t H;:>
p
6
t-~-- A - -,._..;....,...-="'"2""'_
+ autoinmunitaria.
-OH
El corte y empalme nuclear se de be a dos reac-
ciones de transesterificaci6n, en las cuales un grupo OH ataca
a un en lace fosfodiester.
6 74 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
ciones o deleciones impiden el corte y empalrr: _
levaduras. En eucariotas superiores, las restricc -
en su secuencia son mas relajadas, lo cualle c --
re la capacidad de usar secuencias relacionadas
madas sitios crfpticos) cuando Ia cadena aute:- _
sufre deleci6n. La proximidad con el sitio 3' de -
y empalme parece importante, pues el crfptico -::-
pre esta cerca del sitio autentico; el criptico se _
solo cuando el sitio de Ia ramificaci6n esta de ~
vado. Cuando Ia secuencia de rama crfptica e _
de esa forma, el corte y empalme parecen no n::~
desde otra prespectiva, y los exones dan origen .=.
mismos productos que los de tipo natural. La fu __
del sitio de ramificaci6n, por tanto, es identificar el s::
de corte y empalme como diana para la conexi6u :
el sitio 5' de corte y empalme. Esto puede exp:.:..:....
se porque ocurre una interaccion entre comp .:e-
protefnicos que se unen a esos dos sitios.
El enlace constituido por el lazo va, de la .
cion 5' de Ia G invariable que estaba en el exrrc
5' del intr6n a Ia posicion 2' de Ia A invariable
sitio de ramificaci6n, que corresponde a Ia te
molecula A de Ia caja UACUAAC de las levad ~L .::
las reaccion es quimicas proceden por tr
terificacion; un enlace es, de hecho, transferi.i:
una localizaci6n a otra. En Ia ~ , 1 2 se mue-;
que el primer paso es un ataque nucleofilico p -
extremo 2'-0H de Ia A invariable de Ia secue~
UACUAAC en el sitio 5' de corte y empalme. E=
segundo paso, el extremo 3'- 0H libre del exon 1
rado porIa primera reacci6n, ataca ahora el e '
del sitio 3' de corte y empalme. N6tese que se c
serva el numero de enlaces fosfo diester. Orig ~.:.
mente habfa dos enlaces 5'-3' en los sitios de c -
y empalme ex6n-intr6n, pero uno ha sido susti
por el enlace 5'-3' entre los exones y el otro, p o~
enlace 5'-2' que forma ellazo.
ED Se requieren RNAsn
para el corte y empalme
Conceptos principales
Los ci nco RNAsn implicados en el corte y empalme sc-
U1, U2, U5, U4 y U6.
Con algunas proteinas adicionales, las RNPsn forma n ~
empalmosoma.
Todas las RNPsn, excepto U6, contienen una secuenc'=
conservada que se une a proteinas Sm, reconocidas
por anticuerpos generados du rante una enfermedad
los sitios de corte y empalme 5' y 3', y la secuen -
de ramificaci6n, son reconocidos por componen::-
del aparato de corte y empalme que se ensamb ~ -
-:-~ara formar un gran complejo, el cual une los sitios
- y 3' de corte y empalme antes de que ocurra
:ualquier reaccion, lo que explica porque una de-
.=ciencia en cualquiera de esos sitios puede impedir
:: inicio de !a reaccion. El complejo se ensambla de
:nanera secuencial en el pre-RNAm y los complejos
:::-accionadores de diferentes tamafios pueden reco-
. ocer diversos intermediaries. El corte y empalme
-.:ene Iugar solo despues de que todos los compo-
:::.entes se han ensamblado.
El aparato de corte y empalme contiene tan-
- proteinas como RNA (ademas del pre-RNAm).
:..os RNA adoptan !a forma de pequefia s moleculas
_resentes a manera de ribonucleoproteinas. Tanto
=I nucleo como el citoplasma de las celulas euca-
--:oticas contienen muchas especies pequefias bien
. efinidas de RNA, cu yo tamafio va de 100 a 300
:'ases en eucariotas superiores y hasta - 1000 bases
=::1 las levaduras. Tambien Ia cantidad varia con-
;lderablemente, de l 0 5 a l 06 moleculas por celula
~asta concentraciones demasiado bajas como para
_~r detectadas de man era directa.
Los restringidos al nucleo se llaman RNA nu-
:leares pequeiios (RNAsn), y los del citoplasma,
~A citoplasmaticos pequeiios (RNAsc). En su
: rado natural se presentan como partfculas de ribo-
- cleoprotefnas (RNPsn y RNPsc); coloquialmente
-~ les llega a llamar snurps y scyrps. Tambien hay
.:.na clase de RNA pequefios en el nucleolo, llama-
:os RNAsno, que participan en el procesamiento
: -=1 RNA ribosomico (vease la seccion 26.22, Sere-
::~.ieren RNA pequefios para el procesamiento del
: Ar) .
Las RNPsn involucradas en el corte y empal-
e, ademas de muchas otras protefnas, forman un
;:an complejo especifico llamado empalmosoma.
-Jslado in vitro de los sistemas de corte y empalme,
~ a constituido por una partfcula de ribonucleopro-
-~'nas de 50 a 60 S, y puede formarse en etapas,
_rynforme se unen las RNPsn a traves de "varios
: . mplejos de corte y empalme" . El empalmosoma
.: una gran estructura, con una masa mayor que
.: del ribosoma.
En la se resumen sus componentes.
:. s cinco RNAsn contribuyen con mas del 25% de
o masa, y con sus 41 protefnas vinculadas, consti-
.:.:en casi la mitad de !a masa. Algunas de las 70
-: tefnas que se encuentran en el empalmosoma se
=scriben como factores de corte y empalme, que
- :Iuyen las necesarias para el ensamblaje del em-
.:..inosoma y para unirlo al sustrato RNA, ademas
-=las implicadas en sucesos cataliticos. Por otra par-
= se han sefialado otras -30 protefnas vinculadas
~:1 el empalmosoma que participan en otras etapas
_ la expresion genica, lo cual sugiere que puede
' er las veces de apara to de coordinacion.
El empalmosoma se forma en el RNA precursor
intacto y pasa a traves de un estado intermedio en el
cual contiene Ia molecula lineal individual del exon
5' y ellazo-intron-exon derecho. El complejo tiene
muy poco producto de corte y empalme, lo cual su-
giere que suele liberarse de inmediato, despues de !a
escision del sitio 3' y !a ligadura de los exones.
Se puede pensar que las particulas de RNPsn
participan en la estructuracion del empalmosoma.
Como el ribosoma, el empalmosoma depende de
interacciones RNA-RNA, asf como proteina-RNA y
protefna-proteina. Algunas de las reacciones en que
participan las RNPsn requieren que el RNA aparee
sus bases directamente con secuencias del RNA que
se corta y empalma, en tanto que otras requieren
del reconocimiento entre RNPsn o entre sus protef-
nas y otros componentes del empalmosoma.
La importancia de las moh~culas de RNAsn pue-
de probarse directamente en levaduras, provocan-
do mutaciones en sus genes. Las mutaciones en los
cinco genes de RNAsn son mortales, e i.mpiden el
corte y empalme. Todos los RNAsn involucrados en
el corte y empalme se pueden reconocer en formas
conservadas en celulas animales, de aves e insectos.
En las levaduras, los RNA correspondientes a me-
nuda son bastante mas grandes, pero las regiones
conservadas incluyen caracterfsticas similares a las
de RNAsn de las eucariotas superiores .
Las RNPsn implicadas en el corte y empalme
son Ul , U2, U5, U4 y U6, nombrados de acuerdo
con los RNAsn presentes. Cada RNPsn contiene un
solo RNAsn y varias proteinas (<20) . Las RNPsn U4
y U6 suelen encontrarse como una sola particula
(U4/U6). Un centro estructural comun para cada
-.
30 protefnas
adicionales
2.1 MDa
5 RNAsn
17% de Ia 3.3 MDa
masa 27% de Ia masa
70 factores de 41 proteinas
corte y empalme en RNPsn
4.7 MDa 2.2 MDa
38% de Ia masa
18% de Ia
masa
El empalmosoma mide - 12 MDa. Cinco RNPsn
contribuyen con casi la mitad de la masa; el resto de las pro-
teinas incluye factores de corte y empalme conocidos, as\ como
las implicadas en ambas etapas de la expresi6n genica.
26.5 Se requieren RNAsn para el corte y empalme 675
 RNPsn consta de un grupo de ocho protefnas, to-
das reconocibles por un antisuero autoinmunitario
llamado anti-Sm; las secuencias conservadas en
las protefnas forman la diana de los anticuerpos,
en tanto que las otras son exclusivas de ella. Las
protefnas Sm se unen a la secuencia conservada
PuAU 3 6 Gpu, presente en todos los RNAsn, excep-
to U6,-que en su Iugar contiene un conjunto de
protefnas simi lares a Sm (Lsm). Las protefnas Sm
deben participar en la reaccion autoinmunitaria, si
bien no se ha aclarado su relacion con el fenotipo
de la enfermedad autoinmunitaria.
Algunas de las protefnas de la RNPsn pueden
participar directamente en el corte y empalme,
mientras que otras tal vez sean necesarias para ac-
tividades estructurales 0 solo para el ensamblaje 0
las interacciones entre particulas de RNPsn. Casi el
33% de las proteinas involucradas en el corte y em-
palme son componentes de las RNPsn. Pruebas cada
vez mas numerosas de Ia participacion directa del
RNA en la reaccion de corte y empalme sugieren
que relativamente pocos factores de corte y em-
palme participan directamente en la catalisis, casi
todos participan en actividades estructurales o de
ensamblaje.
Dominio C
Dominio B
cUCc GAC
A GGAUGUGCU CCCUG UGC
9, :<\CCUAU CGGA CGGGAC GACGGUCCAUUCAUApppGme5'
U.U. U . G 8 Ex6n 5' G U A A G U A lntr6n 3'
~~u
UA
~~ Apareamiento
Gc de intrones
GUA
G UG
A A
A U
GcAC
Dominio A
El RNAsn Ul tiene una estructura de bases apa-
readas que forma varios dominios. El extrema 5' se mantiene
con una sola cadena y puede apa rear sus bases con el sitio de
corte y empalme 5'.
676 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
B La RNPsn Ul inicia el corte
y empalme
Conceptos principales
La RNPsn Ul inicia el corte y empalme por union co-
el sitio 5' mediante una reacci6n de apareo RNA-R~A .
El complejo E contiene RNPsn Ul unida al sitio 5',
la proteina U2AF unida a una via de pirimidina entre
el sitio de ramificaci6n y el de corte y empalme 3', ~
proteinas SR que conectan la RNPsn Ul con la U2AF.
En generaL el corte y empalme se puede dividi~ _
dos etapas:
En primer termino se reconocen las secue-
cias de consenso del sitio 5' de corte y e-
palme, la secuenGia de ramificacion y la -
adyacente de pirimidina. Se ensambla _
complejo que contiene todos los compont:-.
tes de corte y empalme.
Las reacciones de escision y ligadura camb:.:. -
entonces la estructura del sustrato RNA. ::_
componentes del complejo se liberan ore --
ganizan conforme avanzan las reaccione5
corte y empalme.
El punta importante es que todos los compomntes :
corte y empalme esten ensamblados y tienen asegura:
sitios de corte y empalme disponibles antes de que se h.-.
algun cambia irreversible en el RNA.
El reconocimiento de las secuencias de conse _ -
so involucra al RNA y a las proteinas. Ciertos RNA<;
tienen secuencias complementarias de las de co:-.
senso o entre sf, y el apareamiento de bases en~
RNAsn y pre-RNAm, o entre varios RNAsn, tiee:
un papel importante en el corte y empalme.
La RNPsn U l humana contiene ocho proteinc...
ademas de RNA. En la se muestra __
estructura secundaria, que tiene varios dominios. :=.
sitio de union Sm es necesario para la interacci .
con las protefnas usuales de la RNPsn. Los domini
identificados por estructuras individuales de ta c
asa proporcionan sitios de union para protefnas e::-
clusivas de la RNPsn Ul.
La union de la RNPsn Ul con el sitio 5' de cor:.
y empalme es el primer paso de dicho proceso. t=.
I reclutamiento de RNPsn Ul implica una interacci6::-
entre una de sus proteinas (U l-70k) y la protei~ '
ASF/SF2 (factor general de co rte y empalme de cla -
se SR; vease mas adelante) . El RNAsn U l aparea SU.
bases con el sitio 5' mediante una region de una sod.
cadena en su extremo 5', que suele incluir una fi \::.
de cuatro a seis bases, complementaria de la del siti
de corte y empalme.
Las mutaciones del sitio 5' de corte y empa
me y en el RNAsn U l se pueden usar para prob<L
clirectamente Ia necesidad de que se apareen entre
elias. Los resultados de tal experimento se muestran
en Ia fT u 6 C' . La secuencia de tipo natural del
sitio de corte y empalme del pre-RNAm del ade-
novirus l2S se aparea en cinco de seis posiciones
con el RNAsn Ul. Un mutante del RNA l2S que no
puede escindirse ni empalmarse tiene dos cambios
de secuencia; las fracciones GG de las posiciones 5
a 6 del innon cambian a AU. La mutacion modifica
el patron de apareCJmiento de bases entre el RNAsn
Ul y el sitio de corte y empalme 5', si bien no mo-
difica Ia extension global del apareanziento {puesto
que se pierde complementariedad en una posicion
y se gana en otra). El efecto en el corte y empal-
me sugiere que la interaccion base-apareamiento
es importante.
Cuando se introduce una mutaci6n en el RNAsn
Ul que restablece el apareamiento enla posicion 5',
se recuperan el corte y empalme normales. Otros
casos en que se producen mutaciones correspon-
entes en el RNAsn Ul para ver si es posible su-
primir Ia mutacion en el sitio de corte y empalme
sugieren Ia regia general: es necesaria la comple-
lentariedad entre RNAsn Ul y el sitio 5' de cone
:' empalme para que este se lleve a cabo, pero su
eficacia depende solo del numero de pares de bases
que pueden formarse. La reacci6o de apareamiento
e estabiliza por las protefoas de RNPsn Ul.
En Ia 2 .J se muestran las etapas tem-
pranas del corte y empalme. El primer complejo
:ormado durante esta actividad es el E (corte y em-
;Jalme tempranos) , que contiene RNPsn Ul, el fac -
:or de corte y empalme U2AF y miembros de una
:amilia llamada de prote inas SR, que comprende
Jn grupo importante de factores de corte y empal-
::ne y reguladores, los cuales toman su nombre de
Jna region rica en Arg -Ser, de longitud variable. Las
'"'rotelnas SR interact{Jan entre sf a traves de dichas
~egiones, y tambien se unen al RNA; constituyen
J ll componente indispensable del empalmosoma y
: rman una malla sobre el sustrato de RNA; conec-
~ m a U2AF con Ul {f''"' 6 ). El complejo E
:.~ele denominarse complejo de asignacion, debido
~ que su formacion identifica a un pre-RNAm como
i.!Strato para la formacion del complejo de corte y
~:npa lme.
En el complejo E, el U2AF se une a Ia region
~:ltre el sitio de ramificacion y el 3' de corte y em -
alme. El nombre refleja su aislamiento original
: rno factor auxiliar U2. En casi todos los organis-
-::os tiene una subunidad grande (U2AF 65) que
-ace contacto con una via de pirimidina de flujo
: scendente respecto del sitio de ramificaci6n; una
- equefia subunidad (U2AF35) h ace contacto direc-
con el dinucleotido AG en el sitio 3' de corte y
~:::~palme . En Saccharoinyces cerevisiae, esa funcion
es realizada por Ia protefna Mud2, contraparte de
U2AF65, y se une solo a la via de pirimidina, lo
cual marca una diferencia en el mecanismo de corte
y empalme entre S. cerevisiae y otros organismos.
En las levaduras, el sitio 3' de corte y empalme no
participa en las primeras etapas de formacion del
complejo de corte y empalme, pero sf en todos los
demas casos conocidos.
Otro factor de corte y empalme, llamado SFl
en mamfferos y BBP en levaduras, conecta U2AF/
Mud2 con la RNPsn Ul unida en el sito 5' de corte
y empalme. La formacion del complejo mejora con
las reacciones cooperativas de las dos proteinas; SFl
y U2AF (o BBP y Mud2) se unen al sustrato de
RNA con -10 mas eficacia que cualquiera por sf
sola. Dicha interaccion tal vez se encarga de hacer
Ia primera conexion entre los dos sitios de corte y
empalme a traves del intron.
El complejo E se convierte en complejo A cuan-
do Ia RNPsn U2 se une con el sitio de ramificacion,
para lo cual se requieren tanto RNPsn U l como
U2AF/Mud2. El RNAsn U2 incluye secuencias com-
plementarias del sitio de ramificacion. Una secuen-
RNA U1 de tipo silvestre y pre-RNAm de 12S
Corte y empalme normal
/
J.!
Ex6;rs:-GCUAGUAtJ <f<f'i~tr6n ~,
5
Sitio de corte y empalme del
adenovirus 12S
1
..J
RNAsn U 1 de tipo silvestre y mutante de pre-RNAm de 12S
No hay corte y empalme
Sitio de corte y empalme
con mutaci6n
RNAsn U 1 y RNA 12S con mutaci6n
Se restablece el corte
yempalme
J Las mutaciones que inhabilitan la funci6n del
sitio de corte y empalme 5' pueden ser suprimidas por mu-
taciones compensatorias en el RNAsn U1, que restablecen el
apareamiento de bases.
26.6 La RNPsn U1 inicia el corte y empalme 677
 cia cercana al extrema 5' del RNAsn aparea sus bases
con la secuencia de ramificaci6n en el intr6n. En Bll El complejo Epuede formar:=
las levaduras, implica generalmente Ia formaci6n de por definicion de intr6n o E..=:
una estructura doble con la caja UACUAAC (vease Conceptos principales
la Fig. 26.14). Varias proteinas de la RNPsn U2 se
unen con el sustrato RNA justo en flujo ascendente La via directa de formaci6n de un complejo E es r;-
NRPsn Ul unirse al sitio de corte y empalme 5' y ::.-
respecto del sitio de ramificaci6n. La adici6n de Ia
U2AF, unirse a una via de pirimidina entre el sitic -~
RNPsn U2 a! complejo E genera el complej o A previo
ramificaci6n y el de corte y empalme 3'.
al corte y empalme, para Ia cual se requiere de Ia Otra posibi lidad es que el complejo se forme entre _:
hidr6lisis de ATP y asigna un pre-RNAm para Ia via AF en la via de pirimidina y RNPsn Ul en el sitio: :.
de corte y empalme. corte y empalme de flujo descendente.
El complejo E se torna en A cuando la RNPsn U2 s~ _
con el sitio de ramificaci6n.
Si se forma un complejo E utilizando el sitio 5' de :::-
y empalme de flujo descendente, este es sustituid: :
Exon el correspondiente 5' de flujo ascendente cuando e.
~~~=GtiH==~==till~e===~~- &===: complejo E se convierte en el complejo A.
5' Sitio de Via Py Sitio de
Sitio de corte y empalme ramificaci6n corte y Los sitios de corte y empalme 3' debiles pueden
ASF/SF2 empalme 3' requerir un potenciador de corte y empalme
RNPsn U1 y I
localizado en el ex6n de flujo descendente para u
factor ASF/SF2 = GU - tiA6 UMe- -'f!AG
se unen con el directamente con las proteinas SR.
sitio de corte y I U2AF65 U2AF35
empalme5' U1 RNPsn
I I
U2 AF se une con Hay mas de una forma de constituir el compie- -
Ia via Py y el - - - en Ia Figura 26.12 se ilustran algunas posibili =..:
sitio de corte y
La reacci6n mas directa es que ambos sitios de ~ -
\ empalme 3'
l SF1/BBP y empalme se reconozcan en el intr6n. La pres.:- -
r l de RNPsn U l en el sitio 5' de corte y empalr::::
'i SF1/BBP
conecta RNPsn U1 lyAG:- indispensable para Ia union de U2AF en Ia ,-:::
con U2AF pirimidina en flujo descendente respecto del si-:-
UACUAAC
ramificaci6n, lo cual hace posible que los extre--
5' del intr6n se unan en ese complejo. El com :- =
El complejo de asignaci6n (E) se forma por
adici6n sucesiva de RNPsn U1 al sitio de corte y empalme 5', E se convierte en A cuando Ia RNPsn U2 se un e ::.
U2AF a La via de pirimidinajsitio de corte y empalme 3', y La el sitio de ramificaci6n. La caracterfstica bdsica a:'
proteina puente SF1/BBP. v{a de corte y empalme es que los dos sitios de carle :

Definicion de intr6n Definici6n de ex6n

Ex6n lntr6n Ex6n Ex6n lntr6n
G Aei:IAAG:=Ry=AG GU-tlACUA-;t~;C
Sitio5' Sitio de ramificaci6n Sitio 5' Sitio de Sitio 3' Sitio 5'
ramificaci6n
Proteinas SR
l
===:-GU
SF1
U2AF Complejo E

tlA"GUAAG=f>r"AG= = GU - uAe t:JAA:C Py=AG

Jn GU
U1

- -- GU = UACUAAC-= AG GU . :

Complejo A

= GU UACUAAC- Py=

J
.. Puede haber multiples vias para el reconocimiento inicial de los
sitios 5' y 3' de corte y empalme.

678 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA

palme son reconocidos sin necesidad de secuencias ajenas
al intr6n, proceso llamado definicion de intron.
En un caso extrema, las proteinas SR pueden
permitir a U2AF/RNPsn U2 unirse in vitro sin Ul, lo
cual da Iugar ala posibilidad de que hubiera una via
independiente de Ul para el corte y empalme.
Cuando los intrones son largos y los sitios de
m rte y empalme debiles, puede seguirse una ruta
alterna para formar el empalmosoma. Como se
muestra ala derecha de la figura, el sitio S' de corte
: empalme es reconocido por el RNAsn Ul en la
iorma usual, no obstante que el 3' se reconoce como
parte de un complejo formado a naves del siguiente
:>x6n, en cuyo caso, el siguiente sitio S' de corte y
empalme tambien esta unido al RNAsn Ul, el cual
es conectado con el U2AF por las proteinas SR en
Ia via de pirimidina. Cuando se une RNPsn U2 para
generar el complejo A, hay una reestructuracion
. or la cual el sitio S' de corte y empalme correcto
el del extrema izquierdo) desplaza al de flujo des-
cendente del complejo. La caracteristica importante
j e esa via de corte y empalme es que se requieren
secuencias de flujo descendente respecto del intron
:nismo, que por lo general incluyen el sitio S' de
: orte y empalme siguiente, proceso denominado
definicion de ex on. Este mecanismo no es uni-
empalme se vinculan con el complejo en un orden
definido. En la r: I 1' se muestran los com-
ponentes de los complejos identificables conforme
avanza la reaccion.
El complejo Bl se forma cuando un primer ri-
bete que contiene las RNPsn US y U4/U6 se une
con el complejo A que contiene RNPsn Ul y U2;
este complejo se considera empalmosoma porque
tiene los componentes necesarios para la reaccion
de corte y empalme; se convierte en complejo B2
despues de que se Iibera Ul, disociacion necesaria
para permitir que otros componentes se yuxtapon-
gan con el sitio S' de corte y empalme, sobre todo
con el RNAsn U6. En ese punto, el RNAsn US cam-
bia de posicion, pues inicialmente esta cerca de las
secuencias exonicas del sitio S' de corte y empalme,
pero se traslada cerca de las secuencias del intron.
La reaccion catalftica es desencadenada por la
liberacion de U4, que implica la hidrolisis de ATP .
.. . . . ..
: . ....
ASF
/SF2--.._ I/ /U1 SF1
/iBBP

~ersal, no se encuentran proteinas SR ni definicion

Py AG - Complejo E
j e exon en S. cerevisiae.
p'
Los sitios 3' de corte y empalme "debiles" nose ~ U2

.men a U2AF y RNPsn U2 de manera eficaz; se ne-

UG
:esitan secuencias adicionales para unir las protei-
'las SR, que ayudan a U2AF en su union con la via
:le pirimidin(l. Tales secuencias se Haman "potencia-
CC UAAC
Py
AG ~- Complejo A
~- U2 se une con sitio de ramificaci6n

j ores de corte y empalme", y se encuentran muy ~ )/ U5

~recuentemente en un exon en flujo descendente / U6

:especto del sitio 3' de corte y empalme. r=:=:;.~ /

/
U2AF Complejo 8 1
Se une el recortador U5/U4/U6
~EJ~CUAAC Py AG U5 se une con el ex6n en el sitio 5'
U6 se une a U2

Cinco RNPsn forman

UG
~~ Complejo 82
el empalmosoma
Conceptos principales
C 8ACUAAC Py

~ Hidr61isis de ATP
AG
Se Iibera U1
U5 cambia de ex6n a intr6n
U6 se une en el sitio de corte y em pal me 5'

La union de los RNPsn U5 y U4/U6 convierte al com- Complejp C1

plejo A en el empalmosoma Bl, que contiene todos los Jl
u-
Se Iibera U4
U6/U2 cataliza Ia transesterificaci6n
componentes necesarios para el corte y empalme. G U5 se une con el ex6n en el sitio de corte y
El empalmosoma pasa a traves de una serie de lJACUAAC Py AG = empalme 3'
Se escinde el sitio 5' y se forma uo la:zo
complejos adicionales conforme avanza el proceso. ~ Hidr61lsis de ATP
La liberaci6n de la RNPsn Ul permite al RNAsn U6 Complejo C2
interactuar con el sitio de corte y empalme 5' y U2/U5/U6 se mantienen unidos
con ellazo
convierte al empalmosoma Bl en empalmosoma B2.
El sitio 3' se esciode y se lig an los exones
Cuando U4 se disocia de la RNPsn U6, este ultimo
puede aparearse con el RNAsn U2 para formar el sitio El RNA escindido se Iibera
catalltico activo. GU= tTACtJAAC= E'y-A6 El lazo se desramifica

~ I~ La reacci6n de corte y empalme pasa por definidas

::lespues de la formacion del complejo E, los de- en las cuales la formaci6n del empalmosoma implica la interacci6n de
::::~as RNPsn y los factores involucrados en el corte y com ponentes que reconocen a las secuencias de consenso.

26.8 Cinco RNPsn forman el empalmosoma 679


3'
cAu
G A
~~-U6
8GA
c Gu
Centro uA
catalftico ~ ~
3'
0'~'
UGAUC'r000
5' A ACUAGA~
G UGUAGUA
3' "-"'.......,~GAo..
' ~--'\ACAAO CAU
Sitio de corte
y empalme Sitio de
ramificaci6n Sitio de corte y empalme
3' (derecho)
5' (izquierdo)
r El apareamiento de U6-U4 es incompatible con el de
U6-U2. Cuando U6 se une con el empalmosoma, esta apareada con
U4, cuya liberaci6n permite un cambia de conformaci6n de U6; una
parte de la secuencia liberada forma una horquilla (gris oscuro) y la
otra parte (negro) se aparea con U2. Una region adyacente de U2 ya
esta apareada con el sitio de ramificaci6n, lo cual conduce a U6 a una
yuxtaposici6n con el sitio de ramificaci6n. N6tese que el sustrato RNA
se invierte respecto de su orientaci6n usual y se muestra de 3' a 5'.
La funcion del RNAsn U4 puede ser secuestrar al
RNAsn U6 hasta que se necesite. En la :Z J
se muestran los cambios que ocurren en las inte-
racciones de apareamiento de bases entre RNAsn
durante el corte y empalme. En Ia RNPsn U6/U4
una longitud continua de 26 pares de bases de U6
se aparea con dos regiones independientes de U4,
que cuando se disocia, la region que se Iibera en
U6 queda a la disposicion para captar otra estruc-
tura. La primera parte de ella se aparea con U2 y
Ia segunda forma una horquilla intramolecular. La
interaccion entre U4 y U6 es mutuamente incom-
patible con la interaccion entre U2 y U6, por lo que
la liberacion de U4 controla la capacidad de avance
del empalmosoma.
Por claridad, en Ia figura se muestra el sustrato
RNA extendido, pero el sitio S' de corte y empalme
en realidad esta cerca de la secuencia U6 inmediata
allado S' de la cadena unida a U2. Esta secuencia
del RNAsn U6 se aparea con secuencias del intron
justo en flujo descendente respecto del GU conser-
vado en el sitio S' de corte y empalme (las muta-
680 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
ciones que potencian tal apareamiento mejor.r.::-
eficacia del corte y empalme).
As{ pues, varias reacciones de apaream ie- -
entre RNAsn y el sustrato RNA ocurren durac: :
corte y empalme, las cuales se resumen en la r
6 1 . Las RNPsn tienen secuencias que se apa~ ~
con el sustrato y entre si, ademas de regiones ~
nocatenarias en asas muy cercanas a secuen1=ia ~
sustrato, que tienen una participacion import~
a juzgar por la capacidad de las mutaciones cic
asas para bloquear el corte y empalme.
El apareamiento de bases entre U2 y el p un~
ramificacion, y entre U2 y U6, crea una estruc:
que simula el centro activo de los intrones del g:_-
II de autocorte y empalme (vease la Fig. 26.2 1:'
cual sugiere la posibilidad de que el compon':
catalftico incluyera una estructura de RNA gen e~:
por la interaccion U2-U6. La U6 se aparea c -
sitio S' de corte y empalme, y los experimentc :
enlaces cruzados muestran que un asa del R.l\- --
US es inmediato a las posiciones de primeras t ;_
en ambos exones. Aunque se pueden definir la ~ '
cania del sustrato (el sitio S' de corte y em pair:__
el sitio de ramificacion) y los snurps (U2 y U6 ) e:-
centro catalitico (como se muestra en la Fig. 2 6 _ ~
los componentes que realizan las transesterificc. :_
nes no han sido identificados de manera direc: .:_
La formaci on del lazo en el sitio de ram::=_:
cion se encarga de determinar el uso del sitio J
corte y empalme, porque la secuencia de cons!'=-
3' mas cercana allado 3' de la ramificacion se :- -
vierte en diana para la segunda transesterificac
La segunda reaccion de corte y empalme se pre' :--
ta inmediatamente despues, reaccion que req L: ~
de la union de RNPsn US con el sitio 3' de cor::::
empalme, pero no hay pruebas de una reacci6r_ _
apareamiento de bases.
La conclusion importante sugerida por e:
resultados es que los componentes RNAsn del ap:
de corte y empalme interactuan tanto entre si como c
sustrato RNA mediante interacciones de apareamiec:
bases, interacciones que permiten cambios en la estruc
que podrian llevar a la aposici6n de grupos reactil_-_
inclusive, a crear centres catalfticos_ Es mas, los c.:.:-
bios de conformacion de los RNAsn son reversit __
por ejemplo, nose usa RNAsn U6 en una reacc
de corte y empalme, y al concluir, deb~ liberarst
U2 de manera que pueda volver a formar la est:_
tura doble con U4 para iniciar otro ciclo de co r-~
em palm e.
Se han descrito reacciones individuates en L _
cada RNPsn participa, pero como se esperarfa
una serie compleja de reacciones, cualquier RK:=
en particular puede tener mas de una participac
en el corte y empalme. Asi, la capacidad de la Ri\~
U l de promover la union de RNPsn U2 con el s;:...

U1 se aparea con el sitio de corte_y empalme 5'
,j73'
U1
@=;!fii;;~-~ao-cCAUlYI::
5' A.GGUI\UGV.
Sitio de corte
Q y empalme 5'
U2 se aparea con el sitio de ramificaci6n
3'
5'U I; C
5'
UA A C AG-3'
Sitio de ramilicaci6n
U6 se aparea con el sitio de corte y empalme 5'
U6
3' ~ 5'
5' A G G U A U G U_ 3'
Sitio de corte y em pal me 5'
us esta cerca de ambos exones
, GURA !> El corte y empalme utiliza una serie de reac-
:iones de apareamiento de bases entre RNAsn y los sitios de
:orte y empalme.
de ramificacion es independiente de su capacidad de
Jnion con el sitio 5' de corte y empalme; de la mis-
:11a manera se pueden definir diferentes regiones de
RNPsn U2 necesarias para la union con el sitio de
~amificacion y Ia interaccion con otros componentes
Je corte y empalme.
Se ha h echo un extenso analisis de las muta -
:iones en las levaduras para identificar los compo-
!lentes de RNA y los componentes protefnicos del
empalmosoma. Las mutaciones n ecesa rias en los
,enes para el corte y empalme se identifican por Ia
acumulacion de precursores no empalmados. Una
serie de loci que identifica a genes potencialmente
:odificadores de protefnas implicadas en el corte y
~mpalme, originalmente se llamaron RNA, pero hoy
se conocen como mutantes PRP (por procesamiento
el pre-RNA). Varios de los productos de esos genes
:ienen segmentos que los identifican como protef-
~as de union a RNA, y algunos parecen relacionarse
.:on una familia de helicasas de RNA dependientes
el ATP. Se supone que ademas de las interaccio-
Cles RNA-RNA, las interacciones protefnas-RNA son
26.9 Un aparato alternativo de corte y empalme utiliza diferentes RNPsn
importantes para crear o liberar estructuras en los
componentes pre -RNAm o RNAsn de los empal-
mosomas.
Algunas de las protefnas PRP son componen-
tes de panfculas RNPsn, pero otras actuan como
factores independientes. Un ejemplo interesante es
PRP16, helicasa que hidroliza el ATP y se vincula
transitoriamente con el empalmosoma para parti-
cipar en el segundo paso catalftico. Otro ejemplo es
PRP22, helicasa dependiente de ATP necesaria para
liberar el RNAm maduro del empalmosoma. La con-
servacion de enlaces durante la reaccion de corte y
empalme indica que noes necesaria la introduccion
de energfa para impulsar Ia formacion del enlace en
sf, lo cual implica Ia necesidad de hidrolisis del ATP
para otros fines. El que PRP16 y PRP22 utilicen ATP,
puede ser ejemplo de un fenomeno mas general, el
uso de Ia hidrolisis de ATP para producir los cam-
bios conformacionales necesarios para el a vance del
corte y empalme .
ErD Un aparato alternativo
de corte y empalme utiliza
diferentes RNPsn
Conceptos principales
Una via alterna de corte y empalme utiliza otro conjun-
to de RNPsn que co nstituyen el empa lmosoma U12.
Los intrones diana se definen por secuencias de con-
sensa mas largas en las uniones de corte y empalme,
pero, en general, incluyen las mismas uniones AU-AC.
Ciertos intrones tienen las uniones de corte y empalme
AU-AC, incluidos alg unos dependientes de Ul y otros,
de U12.
Los intrones GU -AG son la gran mayorfa, >98%
de las uniones de corte y empalme en el genoma
humano; menos del 1% utilizan uniones relacio-
nadas GC -AG y despues, hay una clase menor de
intrones marcados par los extremos AU -AC que
representan el 0.1 par ciento. El descubrimiento
del primero de ellos requirio un aparato de corte y
empalme alternativo llamado empalmosoma Ul2,
constituido por Ull y Ul2 (relacionados con Ul y
U2, respectivamente), una variante U5 y los RNAsn
U4atac y U6a tac. La reaccion de corte y empalme es
esencialmente igual a Ia de los intrones GU-AG y los
RNAsn actuan de manera analoga. Se desconoce si
hay diferencias en los componentes protefnicos de
este aparato.
Ahara resulta qu e Ia dependencia del tipo de
empalmosoma recibe tambien la influencia de se -
cu encias en el interior del intron, por lo que hay
algunos intrones AU-AC con escision y empalme
681
 por empalmosomas de tipo U2 y otros GU-AG con
corte y empalme por los de tipo Ul2. Una secuen-
cia de consenso fuerte del extrema de la izqu ier-
da de fine el tipo de intron dependiente de Ul2:
5'GAUAUCCUUU ..... 3'PyA\. De hecho, casi to dos
los intrones dependientes de Ul2 tienen termina-
ciones GU .... .. . AG, ademas de un pun to de rami-
ficacion muy conservado, UCCUUPuAPy, que se
aparea con un Ul2, motivo por el cual se usa la
denominacion intron dependiente de Ul2, en vez
de intron AU-AC.
Ambos tipos de intrones coexisten en una varie -
dad de genomas, y en algunos casos se encuentran
en el mismo gen, si bien los intrones depenclientes
de Ul2 tienden a ser flanqueados por intrones de-
pendientes de U2 . Lo que se sabe acerca de Ia fi lo-
genia de estos intrones es que los depenclientes de
AU-AG Ul2 tal vez fueron mas frecuente s en algun
momenta, pero tienden a convertirse en extremos
GU-AG y ala dependencia de U2 durante la evo-
lucion. La evolucion comun de los sistemas resalta
por el hecho de que utilizan conjuntos analogos de
apareamiento de bases entre RNAsn y con el sus-
trato pre RNAm.
La participacion de RNPsn en el corte y empal-
me es un ejemplo de su intervencion en las reac-
ciones de procesamiento del RNA, pues es necesario
para varias acciones durante el procesamiento del
RNA nuclear hacia RNAr maduros. En especial por
la demostra cion de que los intrones del grupo I son
de corte y empalme propios y que el RNA de Ia ri-
bonucleasa P tiene actividad catalitica (como se des-
cribe en el Cap. 27, RNA catalftico), es posible que
las acciones RNA-RNA sean importantes en muchos
sucesos del procesamiento del RNA.
BIB El corte y empalme esta
relacionado con la exportaci6n
del RNAm
Conceptos principales
Las proteinas REF se unen a las uniones de corte y
empalme por un Vinculo con el empalmosoma.
Despues del corte y empalme se mantienen adheridas al
RNA en La union exon-exon.
Interactuan co n la protein a de trans porte TAP/ Mex, que
exporta el RNA a traves de un poro nuclear.
Despues de qu e se h a sintetizado y procesado el
RNAm, se exporta del nucleo a! citoplasma a mane-
ra de un complejo ribonucleoproteinico. Las protei-
nas encargadas del transporte "van y vienen" entre
nucleo y citoplasma, solo permanecen brevemente
en el compartimiento . Dos aspectos importantes
son como reconocen esas protemas sus sustratos de
682 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesa miento del RNA
DNA y que garantiza que solo se exporten K - -
completamente procesados. Las respuestas se :
cionan, en parte, con el momenta relativo en ::
ocurren los sucesos: los empalmosomas tal ,e:
forme n para eliminar intrones antes de haber ..:
cluido Ia transcripcion, aunque tambien puede .
ber una conexion directa entre corte y empalr:.:
exportacion.
Los intrones podrfan impedir Ia exportacio ~
RNAm porque se vinculan con el aparato dec _
empalme, si bien el empalmosoma tambien pL:
proporcionar el punto inicial de contacto con el ~
rato de exportacion. En Ia F se muer-
un modelo en que el complejo proteinico se -_
con el RNA a traves del aparato de corte y empae
dicho complejo consta de >9 protefnas y se ll =
EJC (complejo de juntura de exones).
El EJC participa en varias funcione~ de R_ --
empalmados en las cuales participan directame:-
ciertas proteinas del EJC y otras reclutan prot -
adicionales para funciones especfficas . El pri::::..
contacto en el ensamblaje de EJC es con uno de
factores de corte y empalme, y despu es, el EJC
mantiene unido al RNAm justo en flujo ascen ~
te respecto de la juntura exon-exon. El EJC nc
vincula con el RNA transcrito de genes que care-.:
de intrones, por lo que su participacion en el proc::-
es exclusiva para los productos empalmados.
En caso de delecion de intrones en un ger.
producto se exporta mucho mas lentamente a!
Ex6n lntron Ex on
~ Corte y empalme
La proteinase une con
I el complejo de corte y
t empalme
I La proteina se mantiene
t en Ia union exon-exon
1 El complejo (EJC) se
t ensambla en Ia union
exon-exon
El EJC se une a protefnas implicadas en Ia
exportacion, localizacion y decadencia del RNA
El EJC (complejo de union de exones) se une -- -
RNA por reconocimiento del complejo de corte y empalme.

La protefna REF {Aiy) es parte del EJC
REF
El factor de transports TAP/Mex se .une a REF
!.
TAP/Mex
:. El TAP/f\llex ll.eva el RNAni a traves del poro nuclear
==.=:t. . .r r .t:::====
TAP/Me
NUCLEO .
CITOPLASMA
Se Iibera TAP/Mex
Gll Una prote1na REF se une a un factor de corte y
empalme y se queda con el producto RNA. El REF se une a un
factor de exportaci6n que se une con el poro nuclear.
plasma, lo cual sugiere que el intron puede propor-
donar una sefial de union a! aparato de exportacion.
Ahora se puede abordar ese fenomeno segun una
serie de interacciones protefnicas, como se muestra
en Ia 1- . El EJC induye un grupo de pro-
tefnas llamado familia REF (cuyo miembro mejor
caracterizado es Aly). Las proteinas REF, a su vez,
interactuan con una protefna de transporte (cuyo
nombre varia, TAP o Mex), que se responsabiliza
directamente de la interacci6n con los poros nu -
cleares.
Para definir un RNA con corte y empalme, se
puede usar un sistema similar, de manera que las
mutaciones de terminacion previas a! ultimo ex6n
desencadenen su degradaci6n en el citoplasma (vea-
se Ia seccion 7.14, Las mutaciones de terminaci6n
desencadenan un sistema de vigilancia) .
fE Los intrones del grupo II se
cortan y empalman a s1 mismos
por la formaci6n de un lazo
Conceptos principales
Los intrones del grupo II se escinden del RNA por un
suceso autocatal1tico.
Las uniones y el mecanisme de corte y empalme en
intrones del grupo II son similares a los de los intrones
nucleares.
Un intr6n del grupo II se pliega en una estructura
secundaria que genera un sitio catalltico si milar a la
ordenaci6n del intr6n nuclear U6-U2.
26.11 Los intrones del grupo II se cortan y empalman a si mismos par la formaci6n de un lazo
Los intrones de genes que codifican protefnas
(de hecho, excepto los nucleares de codificacion
de RNAt) pueden dividirse en tres clases generales.
Los intrones nucleares pre-RNAm se identifican solo
por Ia posesi6n de dinucleotidos GU .... AG en los
extremos 5' y 3' y el sitio de ramificacion/vfa de pi-
rimidina cerca del extremo 3', no muestran ninguna
caracterfstica comun en Ia estructura secundaria .
Los intrones de los grupos I y II se encu entran en
organelos y bacterias (los del grupo I tambien estan
en el nucleo de eucariotas inferiores) y se clasifican
de acuerdo con su organizaci6n interna; cada uno
puede plegarse en un tipo usual de estructura se-
cundaria.
Por otra parte, tienen Ia notable capacidad de
escind.irse de un RNA, lo que se llama autoescisi6n.
Los intrones del grupo I son mas comunes que los
del grupo II, y hay poca relaci6n entre ambas clases,
pero en cada caso el RNA puede hacer Ia reacci6n
de escision in vitro por sf mismo, sin necesidad de
actividades enzimaticas provistas por protefnas; sin
embargo, casi no hay duda de in vivo se requieren
para ayudar al plegamiento (vease Cap. 27, RNA
catalftico).
En Ia se muestra que mediante
dos transesterificaciones sucesivas se escinden tres
clases de intrones (mostradas antes en la Fig. 26.6,
para los intrones nucleares). En Ia prim era reac-
cion, Ia union exon-intr6n 5' es atacada por un
grupo hidroxilo libre (proporcionado por una posi-
cion 2'-0H interna en los intrones nucleares y del
grupo II, y por un nucle6tido de guanina libre en
los del grupo I) . En Ia segunda reaccion, el 3'-0H
libre en el extremo del exon liberado ataca a su vez
Ia union intr6n-ex6n 3'.
Hay paralelismos entre los intrones del grupo II
y el corte y empalme del pre-RNAm. Los intrones
mitocondriales del grupo II se escinden por el mis-
mo mecanismo qu e los pre-RNAm nucleares, a tra-
ves de un lazo que se mantiene unido por un enlace
5'-2'. En Ia se muestra un ejemplo del
lazo producido por corte y empalme de un intr6n
del grupo II. Cuando un RNA de grupo II aislado se
incuba in vitro, sin componentes adicionales, puede
presentar una reaccion de corte y empalme, lo cual
significa que la secuencia misma del intron de RNA
del grupo II puede llevar a cabo las dos reacciones
de transesterificacion que se muestran en Ia Figura
26.18. El numero de enlaces fosfodiester se mantie-
ne en la reacci6n y, como resultado, no se necesita
un aporte externo de energfa, lo cual podrfa haber
sido una caracterfstica importante en la evoluci6n
del corte y empalme.
En una estructura secundaria que contiene va-
rios dominios formados por tallos de pares de ba-
683
 RNA nuclear
Primera
transferencia~ OH
Ex6n 1 ,... 'I Ex6n 2
==== G- - -A= G
Segunda ~
transferencia -
Grupo II
!' .,
'J(i
d3
Grupo I
.. 6 1 Son tres las clases de reacciones de corte y
empalme que tienen lugar mediante dos esterificaciones. En
primer termino, el grupo OH libre ataca la union exon 1-intron
y despues, el OH creado en el extremo del exon 1 ataca la union
intron-exon 2.
ses y asas de una sola cadena, se forma un intr6n
del grupo II. El dominio 5 esta separado del 6 por
dos bases; este ultimo contiene una molt~cula de A
que dona el grupo 2'-0H para Ia primera transes-
terificaci6n y constituye un dominio catalftico en
el RNA. La FJ ,u 26 2C muestra una comparaci6n
de esa estructura secundaria con la formada por la
combinaci6n de U6 con U2 y de U2 con el sitio de
ramificaci6n. La similitud sugiere que U6 puede te-
ner actividad catalftica.
Las caracterfsticas del coney empalme del gru -
po II sugieren que el proceso evolucion6 a partir de
una reacci6n autocatalftica de una molecula indi-
vidual de RNA, en la cual se lograba una dele ci6n
controlada de una secuencia interna. Es posible que
dicha reacci6n implique que el RNA se pliegue en
684 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
F 9 El corte y empalme libera un intron del g :
mitocondria l en forma de lazo estable. Tomada de Van De =
R., et al EMBO J. 1987. 6: 1079-1084. Imagen cortesla de_:::_
A. Grivell, European Molecular Biology Organisation .
una conformaci6n especffica o en una serie de c
formaciones, lo cual ocu rrirfa exclusivameme
configuraci6n cis.
La capacidad de los intrones del grupo ll 7
eliminarse a si mismos por un suceso de cor:
empalme autocatalftico contrasta con Ia nece :_
de intrones nucleares para un aparato de cor:
empalme complejo. Los RNAsn del empalmo. .
pueden ser considerados como compensador ~
Ia falta de info rmacion de secuencias en el inrr
ademas de que proporcionan la informacion ---
querida para formar estructuras particulares er; "-
RNA. Las funciones del RNAsn pueden haber e -
lucionado a partir del sistema autocatalftico origir;
Estos RN Asn actuan en configuraci6n trans so- :
el sustrato pre-RNAm; se podria imaginar qu e
capacidad de U l para aparearse con el sitio de co:--
y empalme 5', ode U2 con la secuencia de ramifL ' -
ci6n. sustituy6 a una reacci6n similar que requ e::-
que el intr6n portara la secuencia importante. P
tanto, los RNAsn pueden presentar reacciones c -
el sustrato pre-RNAm y entre si, las cuales han Sl4 .
tituido a una serie de cambios conformacionales q _:
se presentan en el RNA que se corta y empalma p ~
mecanismos del grupo II. De hecho, esos cambi
han liberado al sustrato pre-RNAm de Ia obligaci
de portar las secuencias necesarias para patrocin=.-
Ia reacci 6n. Conforme el aparato de corte y empa.-
me se ha tornado m as complejo (y el numero "=
sustratos potenciales ha a umentado) , las protein.:...
han tenido un papel mas importante.

El corte y empalme nucleares estructuran
un sitio activo per apareamiento entre U6-U2
y U2-intr6n
Ex6n 1---G U
El co rte y empalme del grupo II originan un centro
activo a partir de las regiones de apareamiento de
bases de los dominies 5 y 6
ru El corte y empalme nuclear y el del grupo II
plican la formaci6n de estructuras secundarias similares. Las
:=cuencias son mas especificas en el proceso nuclear; el del
; ll po II hace uso de posiciones que podrian ser ocupadas por
: Jrinas (R) o pirimidinas (Y).
El proceso de corte y em palme
alternativo i mplica el uso
diferencial de uniones de corte
y empalme
Conceptos pri nci pales
Los exones especificos pueden excluirse o incluirse en
el RNA producido mediante el uso, o no, de un par de
uniones de corte y empalme.
Los exones pueden extenderse cambiando una de
las uniones de corte y empalme para usar una union
alternativa.
La determi naci6n del sexo en el genero Drosophila
imp lica una serie de sucesos de corte y empalme
alternatives en genes que codifican productos
sucesivos de una via .
Los elementos P del genera Drosophila muestran corte y
empalme alternos especificos de la linea germinal.
26.12 El proceso de corte y empalme alternative implica el uso diferencial de uniones de corte y empalme
Cuando un gen interrumpido se transcribe en un
RNAsn que da origen a un solo tipo de RNAm con
corte y empalme, no hay ambigi.iedad en Ia asig-
nacion de exones e intrones. Los RNA de algunos
genes, sin embargo, siguen patrones de corte y em-
palme alternativos que se presentan cuando un solo
gen da origen a mas de una secuencia de RNAm.
En algunos casas, el patron ultimo de expresion es
dictado por el transcrito primario, debido a que el
uso de diferentes puntas de inicio o Ia generacion de
extremos alternativos 3' modifica el patron de corte
y empalme. En ciertos casas, un solo transcrito pri-
mario se corta y empalma en mas de una forma, y
se sustitu yen, agregan o eliminan exones internos,
mientras que en onos, los multiples productos son
sintetizados en Ia misma celula, aunque en otros el
proceso es regulado, de manera que hay patrones
de corte y empalme especfficos solo en condiciones
tambien especfficas .
Una de las cuestiones mas importantes acerca
del corte y empalme, es determinar que controla
el uso de tales vias alternas. Las proteinas que in-
tervienen para desviar el uso de ciclos alternativos
de corte y empalme se han identificado de dos ma-
neras. En algunos sistemas de mamfferos ha sido
posible caracterizar el corte y empalme alternativo
in vitro, e identificar las protefnas que se requieren
para el proceso. En Ia D. melanogaster, las aberracio-
nes en el corte y empalme alternativo pueden ser
producto de mutaciones en los genes que sufren el
proceso, ode aquellos cuyos productos son necesa-
rios para la reaccion.
En la se muestran ejemplos de cor-
te y empa lme alternos, en los cuales, el sitio respec-
tivo se mantiene constante, mientras que el otro
varia. Los antfgenos T grande/t pequefi.a de SV40
y el prod ucto de Ia region de E l A adenovfrico se
generan por conexi6n de un 5' variante con un 3'
constante, mientras que en el caso de los antigenos
Tit el sitio 5' utilizado para el antigeno T elimina
un codon de termina ci6n presente en el RNAm del
antigeno t, de manera que el antfgeno T es mas
grande que el antfgeno t. En el caso de los produc-
tos de transcripci6n de ElA, uno de los sitios 5' se
conecta con el ultimo ex6n en un marco de lectura
diferente, nuevamente a traves de un cambia sig-
nificativo en Ia parte terminal- C de Ia proteina. En
estos ejemplos, todos los sucesos de corte y empal-
me importantes ocurren en todas las celulas donde
se expresa el gen, de manera que se hacen todos los
productos proteinicos.
Hay diferencias en la relaci6n de antigenos T/t
en diferentes tipos de ce!ulas. La protefna extraida de
celulas que producen relativamente mas antfgeno t
pequefi.o, puede dar Iugar a Ia produccion preferen-
cial de RNA de t pequefio en extractos de otros tipos
685

Los antfgenos T/t de SV40 cortan y em pal man dos
sitios 5' con el sitio 2' usual
T donde sucesos de corte y empalme alternos ~
La E1A de adenovirus corta y empalma sitios variables
5' a un sitio 3' comun
4 Exones
"1-
13S _ ~289 aminoacidos
.....__ _
12S ~243 aminoacidos
~55 aminoacidos
9S
Marcos de lectura alternos
El tra de D. melanogaster corta y empalma el sitio 5'
con sitios 3' alternos
1 2 3 Exones
~ IJ\..f, '-"a~'"'~L"r.a
/'u_ 1\ Macho y hembra
= Sin proteina
A 1\ Solo Ia hembra
= 2 0 0 aminoacidos
Las for mas alternativas de corte y empa lme
pueden generar diversos productos proteinicos a partir de un
gen individual. El cambio de los sitios de corte y empalme pue-
de introducir codones de terminaci6n (marcados con asteriscos)
o cambiar los marcos de lectura.
celulares. Esta proteina, Hamada ASF (factor de cor-
te y empalme alternativo), resulta ser la misma que
el factor de corte y empalme SF2, necesario para los
primeros pasos del ensamblaje del empalmosoma y
para la primera reacci6n de escisi6n-ligaci6n (vease
la Fig. 26.13) . La ASF/SF2 es una protefna de union
de RNA de Ia familia SR. Cuando un pre-RNAm
tiene mas de un sitio de corte y empalme 5' que
precede a un solo sitio de corte y empalme 3', el
aumento de concentraci6n de ASF/SF2 promueve
el uso del sitio 5' mas cercano al 3', a expensas del
otro, efecto que puede ser contrarrestado por otro
factor de corte y empalme, SF5.
Atm se desconoce Ia funci6n molecular exacta
de los factores en el control de la limitacion del corte
y empalme, pero en terminos generales, se observa
que el corte y empalme alternativos que implican a
diferentes sitios 5' puede ser influido por proteinas
involucradas en el ensamblaje del empalmosoma.
En el caso de los antfgenos T I t, el efecto tal vez yace
en una mayor union de las proteinas SR con el sitio
preferido. El corte y empalme alternativo tambien
puede ser influido por la represion de un sitio. Los
exones 2 y 3 del gen T de troponina de raton son
686 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
mutuamente excluyentes, se usa el2 en e l m'~
liso y 3 en los otros tejidos. El musculo liso co-r -
protefnas que se unen a elementos repetidos: ~
zados a cada lado del exon 3 que impiden el t:___
los sitios 3' y 5' necesarios para incluirlo.
La vfa de determinacion del sexo en D. ii::'
gaster implica interacciones en una serie de ; _
guen a machos y hembras. La via toma la :
ilustrada en Ia " '- , en la cual, la re:~ :
de cromosomas X con autosomas determina :~
presion de sxl y los cam bios de expresion pa ~c.
cuencialmente a traves de los otros genes ha .:
el ultimo de la via.
La vfa se inicia con el corte y empalme e~
fico de sexo de sxl. El exon 3 del gen sxl co::-
un codon de terminacion qu e impide Ia sinte-:-
una protefna funcional, ademas de estar inclu;-
el RNAm producido en los machos, pero se paE
alto en las hembras. (Otro ejemplo de la evi-: :
de exones se ilustra la - ~ .) Como r __
do, solo las hembras producen la protefna sx: :
concentracion de aminoacidos basicos simula --"
otras protefnas de union de RNA.
La presencia de la protefna Sxl cambia e: ~
y empalme del gen transformador (tra). En la :=:,..
26.21 se muestra que dicho proceso implica e: -
y empalme de un sitio 5' constante con sitios ::...
nativos 3'. El patron de corte y empalme se pr~:
en machos y hembras, y da como resultado un :
con un codon temprano determinacion. La pre-
cia de la protefna Sxl inhibe el uso del sitio nc:=-
de corte y empalme 3' por union con Ia via d::
lipirimidina, en su sitio de ramificacion. Cuan -
pasa por alto ese sitio, se utiliza el siguiente sir:
con lo cual se genera un RNAm especffico feme -
que codifica a una protefna.
Asf pues, tra produce una proteina s6lo en !:-.:
bras, que es un regulador de corte y empalme.:::...
2 tiene una funcion similar en las hembras - -
tambien se expresa en la lfnea germinativa n - --
lina). Las protefnas Tra y Tra2 son facto res de ~
te y empalme SR que actuan directamente e=
productos de transcripcion diana, ademas de c
rar (en las hembras) en la modificaci6n del c -:- -
empalme de dsx.
En la Figura 26.23 se muestran ejemplos er. -
los sitios de corte y empalme se us an para ag:~-"'
o sustituir exones o intrones, con la consigu:c
sintetizaci6n, otra vez, de diferentes productos ~
teinicos. En el gen de doble sexo (dsx) , en las 1-:..::
bras empalman el sitio 5' del intr6n 3 con el _
3' de ese mismo intron, de modo que la traduc-
termina al final del ex6n 4. En los machos, el -
5' del intr6n 3 se empalma directamente con e.
tio 3' del intron 4, de modo que se omite el exc
del RNAm, y se permite a la traduccion continuar
~
hasta el exon 6. El resultado del corte y empalme
alternativos es que se producen diferentes protei- Via masculina Via femen ina
-
nas en cada sexo. El producto masculino bloquea
Raz6n X:A / Alta
Ia diferenciacion sexual femenina, en tanto que el ol
plioducto femenino reprime la expresion de genes "0-s\\. '? :~-b"
. ~~ e\e
,_. 0-\\0 , 10e ,.
especificos del macho. e\0'?0-
El corte y empalme alternativos de RNA dsx es sin producto . , . _ Mortal respecto ____.... :(I.e 'l 0o5
del sexo e\ co ,i--'0 ""
controlado por la competencia entre sitios de corte i-,'i:Je 0e\e Proteina Sxl
\\1 '?'e
y empalme 3'. El RNA dsx contiene un elemento de
J.ujo descendente en el sitio de corte y empalme 3',
Corte y em pal me
predeterminados ....,..__ Transformador ____.... "" 1
Proteina Tra
sin producto Promueve el corte
en el extrema izquierdo, el cual se une a Tra2; las y empalme femeninos
proteinas Tra y SR se vinculan con Tra2 en el sitio, Corte y empalme ..
que se convierte en un promotor de la union de predeterminados ....,..__ Transformador 2 ____.... 0 :(1.e 0 "s
sin producto e e\ c e0'"
U2AF con la via adyacente de pirimidina, fenomeno \le'" wl0
?lo\0 0-\1\\e Proteina Tra2
Proteina Dsx 9
que asigna el sitio 3' para la formacion del empal- -*' 'l e\0 Proteina Osx
especifica ...,..__ Doble sexo ___,..
:nosoma en las hembras, mas que el sitio alternativo esped fica
masculine
femenina
3'. Las proteinas reconocen al promotor de man era
cooperativa, tal vez dependiendo de la formacion
lmpide Ia diferenciaci6n Suprime los genes
~
de alguna estructura secundaria, asi como de la se- femenina (y promueve masculines (y promueve
cuencia en sf. el desarrollo masculino) el desarrollo femenino)
Asi pues, lc,t determinacion del sexo tiene una
simetria complaciente: la via se inicia con un su-
Macho Hem bra
ceso especifico de corte y empalme femenino que
provoca la omision de un exon que tiene un codon La determinacion del sexo en D. melanogaster implica
je terminacion y termina con un suceso de corte y una via en que tienen lugar diferentes sucesos de corte y empalme
empalme especifico femenino que lleva ala inclu- en las hembras. ~l bloqueo en cualquier etapa de la via da lugar al
desarrollo masculino.
;ion de un exon que tiene un codon determinacion.
Los sucesos tienen diferentes bases moleculares; en
d primer pun to de controL Sxl inhibe el patron de
.=orte y empalme predeterminado, y en el ultimo,
Tra y Tra2 cooperan para prom over el corte y em-
palme especifico femenino.
Las proteinas Tra y Tra2 no son necesarias para Hem bra
d corte y empalme normales, pues en su ausen-
.::ia, las moscas se desarrollan normalmente (como 1\1\ ~Macho
'Tlachos). Como reguladores especificos, no necesa- El u. tropomiosina corta y empalma exones alternatives
:iamente necesitan participar en la mecanica de la 00 ,_
~eaccion de corte y empalme, a ese respecto difieren
je SF2, que es un factor general requerido para el ~ Musculoliso
~ Otrostejidos
:orte y empalme, pero tambien puede influir en la
~ eleccion de sitios alternos.
Los elementos P de D. melanogaster muestran Los elementos P escinden un intr6n adicional
Jn patron de corte y empalme especifico de tejido.
::n las celulas somaticas hay dos sucesos de corte
y empalme, pero en la linea germinativa, un su- 1\d\:::::::*:::=== Protefna somatica
..:eso adicional elimina otro intron. Un codon de
:erminacion yace en el intron especifico de linea JU.J\_
___ :~~efna de linea
germinativa 87K
~erminativa, de modo que se produce una proteina
-nas larga (con diferen tes propiedades) en la linea Los sucesos de corte y empalme alternos que
germinativa. En la seccion 21.15, Los elementos P involucran ambos sitios pueden dar lugar a adici6n o sustitu-
ci6n de exones.
;e activan en la linea germinafiva, se analizan las
:onsecuencias del control de la transposicion, pero
oor ahara, se sefiala que la especificidad de tejido La via de corte y empalme predeterminada del
~ s resultado de diferencias en el aparato de corte y preRNAm del elemento Pes el patron germinativo,
::mpalme. cuando el RNA es sometido a un extracto de corte y

26.12 El proceso de corte y empalme alternativo implica el uso diferencial de uniones de corte y empalme 68-
 empalrne heter6logo (humano) en el cual se escinde
el intr6n 3. Los extractos de celulas somaticas de D.
melanogaster, sin embargo, contienen una proteina
que inhibe la escisi6n de dicho intr6n. La proteinase
une a secuencias del ex6n 3, y si esas secuencias pre-
sentan deleci6n, el intr6n se escinde, de modo que la
funci6n de la proteina quiza sea reprimir el vinculo
del empalmosoma con el sitio 5' del intr6n 3.
Las reacciones de corte
y empalme en co nfiguraci6n
trans utilizan RNA pequenos
Co11ceptos principales
Las reaccio11es de corte y empalme suelen ocurrir s6lo
entre uniones de corte y empalme en configuraci6n cis
de la misma molecula de RNA.
En los tripanosomas y gusanos ocurren corte y
empalme en configuraci6n trans en el sitio en que una
secuencia corta (RNA SL) se empalma con los extremos
5' de muchos RNAm precursores.
La estructura del RNA SL simula el sitio de union Sm de
los RNAsn U y podria tener una participaci6n analoga
en la reacci6n.
Desde una perspectiva tanto mecanistica como evo-
lutiva, el corte y empalme se considera como una
reacci6n intramolecular que resulta esencialmente
en una deleci6n controlada de las secuencias de in-
tr6n en el ambito del RNA. Desde un punto de vista
genetico, el corte y empalme ocurre solo en confi-
Ex6n 1 lntr6n Ex6n 2
Puede ocurrir corte y empalme en configuraci6n trans si se introducen secuencias
complementarias en los intrones
Ex6n 1
Ex6n 3
Productos de corte y empalme
en configuraci6n cis
El corte y empalme suele ocurrir s6lo en configuraci6n cis entre exones de
la misma molecula fisica de DNA, pero en configuraci6n trans que soportan el apareamiento
de bases entre intrones.
688 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
guraci6n cis, lo cual significa que solo las sea ..
de la misma molecula de RNA pueden cortarse 1 ~
marse juntas. En la parte superior de la RGUF
se muestra la situaci6n normal, los introne _ -
den eliminarse de cada molecula de RNA de ::::
de permitir el corte y empalme simultaneo c.
exones, pero no hay corte y empalme intem::
lar de exones entre moleculas de RNA. Nose -
de decir que nunca ocurra un corte y empalc:
configuraci6n cis, entre productos de transcri: :
pre-RNAm del mismo gen, pero se sabe que -
ser excesivamente raro, pues si fuese frecue rr:
exones del gen podrian complementarse gene-:
mente, en vez de pertenecer a un solo gru p
complementaci6n.
Algunas manipulaciones pueden generar e~ _
te y empalme en configuraci6n trans; en el ej e::::-
de la parte inferior de la Figura 26.24 se introu_
ron secuencias complementarias en los intronf""'
dos RNA. El apareamiento de bases entre los .:
plementos deberia crear una molecula con forrr_ :
H, que podria empalmarse en configuraci6n :-
para conectar exones de las moleculas de RNA ~ _
tapuestas; ambas reacciones ocurren in vitro.
Otra situaci6n en que es posible un corte y -::
palme en configura cion trans in vitro se pre;:;:-
cuando se proporcionan substratos de RNA. _
que contiene un sitio de corte y empalme 5' r -
con un sitio de corte y empalme 3', aunados .::.
cuencias de flujo descendente apropiadas (ya s:-:
siguiente sitio de corte y empalme 5', o un pc :::
ciador de corte y empalme). De hecho, este si.rr:.
Ex6n 3 lntr6n Ex6n 4
.....
lntr6n Ex6n 2
lntr6n Ex6n 4
Productos de corte y empalme
en configuraci6n trans
el corte y empalme por definicion del exon (vease
parte derecha de Ia Figura 26.12) y muestra que, in
vitro, no es necesario que los sitios de corte y empal-
me izquierdo y derecho se encuentren en Ia misma
molecula de RNA .
Estos resultados demuestran que no hay impe-
dimenta mecanfstico para el ensamblaje en confi-
guracion trans y descartan modelos de corte y em-
palme que exijan el movimiento progresivo de un
empalmosoma a lo largo del RNA; por otra parte,
el empalmosoma debe ser capaz de reconocer los
sitios de corte y empalme 5' y 3' de diferentes RNA
cuando estan muy cerca.
Aunque el corte y empalme en configuracion
trans es raro in vivo, ocurre en circunstancias espe-
ciales. Uno se revela porIa presencia de una secuen-
cia lfder de 35 bases al final de numerosos RNAm,
en el tripanosoma, si bien Ia secuencia lfder no se
codifica en flujo ascendente respecto de las unida-
des de transcripci6n individual. Por el contrario, se
transcribe en un RNA independiente que porta se -
cuencias adicionales en el extremo 3', desde una
unidad repetitiva localizada en otra parte del ge-
noma. En Ia GU ' se muestra que ese RNA
corta la secuencia lfder de 3 5 bases seguida de una
secuencia de sitio de corte y empalme 5'. Las se-
cuencias de codificaci6n del RNAm portan un sitio
de corte y empalme 3' inmediatamente anterior ala
secuencia que se encuentra en el RNAm maduro.
Cuando se conectan la secuencia lfder y el
RNAm mediante una reacci6n de corte y empal-
me en configuraci6n trans, efectivamente la region
3' del RNA lfder y la 5' del RNAm constituyen las
mitades 5' y 3' de un intr6n. Al ocurrir el corte y
empalme, se forma un enlace 5'-2' por la reaccion
usual ent re GU del intron 5' y la secuencia de ra-
mificaci6n cercana a! AG del intr6n 3'; no hay un
enlace covalente entre ambas partes del intron, y
por ello generan una molecula en forma de Y, no
un lazo.
La situaci6n similar es con la expresi6n de genes
de actina en el Clostridium elegans; tres RNAm de
actina (y algunos mas de Rl\TA) comparten la misma
secuencia Hder de 22 bases en el extremo 5'. Lase-
cuencia lfder no esta codificada en el gen de actina,
pero se transcribe de man era independiente como
parte de un RNA de l 00 bases, codificado por un
gen en otra parte. El corte y empalme en configura-
cion trans tambien ocurre en los cloroplastos.
El RNA que dona el ex6n 5' para el corte y em-
palme en configuracion trans, se denomina RNA
SL (RNA lider con corte y empalme) . Los RNA
SL que se encuentran en varias especies de tripa-
nosomas, y tambien en el nematodo (C. elegans),
presentan algunas caracterfsticas comunes; se plie-
gan en una estructura secundaria comun que tiene
26.13 Las reacciones de corte y empalme en configuraci6n
tres tallos-lazos y una region de una sola ca dena
que simula el sitio de union de Sm, de manera que
se presentan como RNPsn que forman parte de la
clase Sm de RNPsn. Los tripanosomas poseen los
RNAsn U2 , U4 y U6, no asf Ul o U5. La ausencia
de RNAsn Ul se puede explicar por las propiedades
del RNA SL, susceptible de realizar las funciones
que el RNAsn Ul suele desempefiar en el sitio de
corte y empalme 5', de modo que el RNA SL cons-
ta efectivamente de una secuencia d e RNAsn que
posee funcion Ul enlazada al sitio de ex6n-intron
que reconoce .
Hay dos tipos de RNA SL en C. elegans; el RNA
SLl (primero en ser descubierto ) se utiliza para cor-
te y empalme de secuencias de codificacion prece-
didas solo por regiones 5' no traducidas (situacion
mas frecuente), en tanto que el RNA SL2 se usa en
casos en que 1.111 pre-RNAm contiene dos secuencias
de codificacion; se corta y empalma a Ia segunda
liberandose de la primera y permitiendo que se uti-
lice como RNAm independiente . Cerca dellS % de
los genes de C. elegans estan organizados en unida-
des de transcripci6n que incluyen mas de un gen
(lomas frecuente es que sean de dos a tres). Aun
no se define el significado de esa forma de organi-
zacion para el control de la expresi6n genica. En
generaL esas unidades de transcripcion no simulan
operones, en los cuales los genes actuan de manera
coordinada en una via.
Repeticiones seriadas Unidades de transcripci6n
de Ia unidad lfder individuales
;l; ~
Uder de 100 bases Secuencia de RNAm
35 bases
G~ _A _ AG e==:~
(..lntr6n izquierdo? <..lntr6n derecho?
Lfder
Molecula con forma deY
AG = =
Uder de Secuencia de RNAm
35 bases
El SLRNA proporciona un ex6n conectado con el
primer ex6n de un RNAm por corte y empalme en configuraci6n
trans. La reacci6n implica las mismas i nteracciones que el corte
y empalme en con figuraci6n cis nuclear, pero genera un RNA
con forma de Y, en vez de un lazo .
trans utilizan RNA pequeiios 689
 La reacci6n de corte y empalme en configura-
cion trans del RNA SL puede representar un avance
en la evolucion del a para to de corte y empalme pre-
Rt"J"Am. En configura cion cis, el RNA SL proporciona
Ia capacidad de reconocer el sitio de corte y empal-
me 5', probabilidad que depende de Ia conformaci6n
especffica del RNA; las funciones restantes requeri-
das para el corte y empalme provienen del RNPsn.
Por otra parte, el RNA SL puede actuar sin partici-
pacion de las protefnas, como las RNPsn en Ul, lo
cual sugiere que el reconocimiento del sitio de corte
y empalme 5' depende directamente del RNA.
fZB El corte y empalme del RNAt
en levaduras implica escisi6n
y reunion
Concepto principal
El corte y empalme de RNAt se debe a reacciones
sucesivas de escision y reunion.
Casi todas las reacciones de corte y empalme de-
penden de secuencias de consenso cortas y ocurren
por transesterificacion, donde se coordina Ia rotura
y estructuracion de enlaces, en tanto que el corte
y empalme de los genes de RNAt se logra por un
mecanismo diferente, que depende de reacciones
independientes de escision y reunion.
Unos 59 de los 272 genes de RNAt nuclear de Ia
levadura S. cerevisiae estan interrumpidos; cada uno
tiene un solo intron localizado apenas un nucleoti-
do mas alia del sitio 3' del anticodon. La longitud de
los intrones fluct{ta entre 14 y 60 bp; los de genes
de RNAt relacionados tienen vfnculos en secuencia,
pero los intrones de genes de RNAt que representan
diferentes aminoacidos no estan relacionados. No
hay secuencia de consenso que pueda ser reconocida por las
enzimas de corte y empalme, lo cual tam bien es valido
para los genes nucleares de RNAt interrumpidos en
plantas, anfibios y mamfferos.
Todos los intrones incluyen una secuencia com-
plementaria a Ia del anticodon de RNAt, lo cual da
Iugar a una conformacion alternativa para el brazo
del anticodon, en la que sus bases se aparean para
formar una extension del brazo usual, como en el
ejemplo de la ' solo se afecta el brazo
del anticodon, el resto de Ia molecula conserva su
estructura usual.
La secuencia y el tamafio exacto del i.ntron care-
cen de imponancia, casi ninguna mutacion impide el
corte y empalme; el corte y empalme del RNAt depende
sabre todo del reconocimiento de una estructura secundaria
comun en el RNAt, mas que de una secuencia comun del
intr6n. Las regiones de varias partes de Ia molecula
690 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
RNAt maduro
C G
G A
AU
Gem
A?
CG
m AU
C A
U G
El intron en el RNAt de levaduras apare~ :_
bases con el anticodon para cambiar la estructura del: -=-
anticodon; el apareamiento entre una base excluida de. ::o
y el asa del intron del precursor puede ser necesario ~2:
corte y empalme.
son importantes, incluido el segmento entre el br-'
aceptor y el brazo D, del brazo C T', y especiaJrr. ::
te el brazo anticodon. Esto recuerda las exige:-. -
estructurales impuestas al RNAt para Ia sfnte5':...
protefnas (vease Cap. 8, Sfntesis de protefnas .
Sin embargo, el intron no carece por com -
de importancia, se necesita el apareamiento e-
una base del asa del intron y una base no pa : ~'
del tallo para el corte y empalme. Las mutac -
en otras posiciones que influyen en dicho apii: :
mien to (por ejemplo, para generar patrones - -:.
nativos de apareamiento) intervienen en el c -
y empalme. Las reglas que rigen Ia disponib.-
de precursores de RNAt para el corte y empalr:::
asemejan a las que dirigen el reconocimient -
las sintetasas de aminoacil-RNAt (vease la sec-
9. 9, Los RNAt son cargados con aminoacido5 -
las sintetasas).
En un mutante de levadura sensible alate::-
ratura, que no puede eliminar los in nones, los ~.
cursores interrumpidos se acumulan en el nu c;~
pueden ser usados como sustratos por un sis~ =-
libre de celu!as extrafdo de las de tipo Silvestro:>
lo cual puede resultar el corte y empalme dei - _
cursor, en virtud de Ia disminuci6n de tamai1 -
sultante. Esto se observa en Ia electroforesis e- _
por un cambio en la posicion de Ia banda, cor.:-.
ilustra en Ia . La disminucion de -
fio se discierne por Ia aparicion de una banda.
representa al intron.
El ex tracto libre de celulas puede fraccio-
se probando Ia capacidad de corte y empail.n e
RNAt. La reacci6n in vitro requiere de ATP. LG _
racterizacion de las reacciones que ocurren con
ATP muestra que dos etapas separadas de Ia re,-.
son catalizadas por diferentes enzimas.
 Electroforesis en gel
Precursor
RNA!
lntr6n
FJ(; A. El corte y empalme del RNAt de levaduras in
vitro puede ir seguido del analisis del RNA precursory los pro-
ductos por electroforesis en gel.
El primer paso no requiere de ATP; implica
rotura del enlace fosfodiester por una reac-
cion de nucleasa inusual; es catalizada por
una endonucleasa.
El segundo paso requiere de ATP e implica la
formacion de un enlace, es una reaccion de
ligadura, y la enzima encargada de esa acti-
vidad se describe como una RNA ligasa.
La endonucleasa de corte
y empalme reconoce al RNAt
Conceptos principales
Una endonucleasa escinde los precursores de RNAt en
ambos extremes del intron .
La endonucleasa de las levaduras es un heterotetramero
con dos subunidades catal\ticas (relacionadas).
Uti liza un mecanisme de medicion para determinar los
sitios de escision por sus posiciones relativas respecto
de un punta de la estructura del RNAt.
La nucleasa antigua tiene una estructura mas sencilla
y reconoce segmentos estructurales de protuberancia-
helice-protuberancia en el sustrato.
La endonucleasa se encarga de Ia especificidad del
r~conocimiento del intron y de escindir a! precursor
en ambos extremos del mismo. La endonucleasa de
Ia levadura es una protema heterotetramerica cuyas
actividades se ilustran en Ia l . Las sub-
unidades relacionadas Sen 34 y Sen2 escinden los
sitios de corte y empalme 3' y 5', respectivamente .
La subunidad Sen 54 puede determinar los sitios de
Senis~
0 = Par de bases anticod6n-intr6n (AI)
Las escisiones 3' y 5' del pre-RNAt de 5. ce-
revisiae son catalizadas por diferentes subunidades de endo-
nucleasa; otra subunidad puede determinar la localizacion de
los sitios de escision determinando la distancia a partir de la
estructura madura. El par de bases AI tambien es importante.
---Protuberancia
Pu
/Pu Py
Pu Py
La endonucleasa de corte y empalme del RNAt
arcaico escinde las cadenas que sobresalen en un segmento
protrusion-he lice-protrusion.
escision "midiendo" !a distancia desde un punto de
Ia estructura del RNAt que se encuentra en el codo
de la estructura en forma de L (madura) . Se desco-
noce la participacion de la subunidad Senl5, pero
su gen es indispensable en las levaduras, p ues se
requiere el par de bases que forma entre la primera
base del asa del anticodon y Ia base precedente del
sitio de corte y empalme 3' para el sitio de escision
del corte y empalme 3' .
Una profundizacion interesante en !a evolucion
del corte y empalme del RNAt proviene de las endo-
nucleasas arcaicas, homodfmeros u homotetrameros
en que cada subunidad tiene un sitio activo (aun-
que solo dos de eUos funcionan en el tetramero) que
fragme nta uno de los sitios de corte y empalme. La
subunidad tiene secuencias relacionadas con las se-
26.15 La endonucleasa de corte y empalme reco noce al RNAt 691
 cuencias de sitios activos de las subunidades Sen34
y Sen2 de Ia en zima de levaduras. Sin embargo, Ia
enzima arcaica reconoce su su strato d e forma dife-
rente, y en Iugar de medir Ia distancia a partir de
secuencias espedficas, reconoce Ia caracterfstica es -
tructuralllamada protrusi6n-helice-protrusi6n. En
Ia ' se muestra que Ia escisi6n ocurre en
ambas protrusiones.
AsL el inicio del corte y empalme del RNAt pre -
cede a Ia separaci6n de las enzimas arcaicas y las
eucariotas, si se origin6 a rafz de Ia inserci6n del
intr6n en el RNAt, debe haber sido un suceso muy
antiguo.
BB La escisi6n y la ligadura del
RNAt son reacciones separadas
Conceptos principales
La liberaci6n del intr6n genera dos mitades de RNAt
que se unen para formar la estructura madura.
Las mitades tienen los extremes singulares 5' hidroxilo
y 2'-3' fosfato ciclico.
El extrema 5'-0H es fosforilad o par una ci nasa de
polinucle6tidos; la fosfodi esterasa abre el grupo fo sfato
ciclico para producir un extrema 2' fosfato y un grupo
3'-0H; los extremes de los exones se unen par acci6n
de una ligasa de RNA y el 2' fosfato es retirado par una
fosfatasa.
0~2'-3' P
+ Durante Ia reacci6n de corte y empalme :.. -
La reacci6n total del corte y empalme del RNA:
resume en Ia 0 . Los productos de lc: =
cisi6n son un intr6n lineal y d os medias molec:
de RNAt.
Cada extrema 5' termina en un grupo hidro'
y cada extremo 3' en un grupo fosfato dclico 2
(Todas las demas en zimas d e corte y empalme -
RNA escinden el otro sitio del enlace fosfato. )
Las dos mitades de RNAt aparean su s bases --'-
formar una estructura similar al RNAt, y cuand
agrega ATP se presenta Ia segunda reacci6n. ~
extremos inusuales generados por Ia endom.J,cle~
deben ser modificados, de modo que el grupo fo =-
dclico se abre para generar un extrema 2' fosf~
reacci6n que requiere de Ia actividad de Ia fosfo -_
terasa cfclica. El producto tiene un grupo 2' fos~.::
y uno 3'-0H.
El grupo 5'-0H generado por Ia nucleasa C':"
ser fosforilado para dar uno 5' fosfato, lo que or.,..
n a un sitio en el que el grupo 3'-0H esta cerca _
5' fosfato. La integridad covalente de Ia caden.;.
polinucle6tidos se restablece entonces por ac _
de una ligasa.
Las tres actividades, fosfo diesterasa, cinas.;. ~
polinucle6tidos y sintetasa de adenilato (que
empen a Ia funci6n de ligasa) se disponen en
rentes dominios funciona les en una sola protefr;.;.
actuan en forma seriada para u nir las dos mira
de RNAt.
La molecula empalmada ahora es ininterru:::.
pida, con un enlace 5'-3 ' fosfato en el sitio de _
si6n, pero tambien un grupo 2' fosfato que m- -
el suceso. El grupo sobrante debe ser eliminado :-
una fosfatasa.

_JL"=:":J~':::"~L~
RNAt en plantas y mamfferos tambien se geiil.er

+53
fosfato ciclico 2', 3'; Ia reacci6n en plantas parec.:
misma que en las levaduras, pero las reacciones Ci
- II ~C. - 11 5 micas detalladas son diferenres en los mamffer :
Los precursores de RNAt en levaduras tam :::
2'-3'P 3'
pueden presentar corte y empalme en un ext:-.::.
"La fosfodiesterasa abre el anillo fosfato La cinasa fosforila el extremo 5'-0H to obtenido de Ia vesfcula germina l (nucleo) de.
Cadena Cadena 0 oocitos del gen era Xenopus, fen6meno que mue:; -
o-~-0

R~"~~~'
qu e Ia reacci6n noes especffica de una especie, s~
OH b que el genero Xenopus debe contar con enzimas :..:.
6H 0 Base ~ 0 Base
paces de reconocer los intrones de los RNAt de

2'-3' fosfato 3'-HO, 2' fosfato

~ -~
Cadena Cadena
cfclico RNA! RNA!
El corte y em palme del RNAt requie re de actividades se-
paradas de nucleasa y ligasa . Los limites de ex6n-intr6n son escindidos
par la nucleasa para generar fosfato ciclico de 2' a 3' y un extrema 5'
OH . El fosfato ciclico se abre para generar los grupos 3'-0H y 2' fosfato;
el 5'- OH esta fosforilado . Despues de liberar al intr6n, las mitades de
moleculas de RNAt se pliegan en una estructura similar al RNAt, que
ahara tiene una rotura 3'-0H, 5'- P, sellada por una ligasa.
levaduras.
La capacidad de corte y empalme de los prod_
tos de los genes de RNAt esta, por tanto, bien c -
servada, pero es posible que su origen sea difer :-
del de otras reacciones de corte y empalme (c :-
el del pre -RNAm nuclear). La reacci6n de cor: -
empalme de RNAt hace uso de escisi6n y sfntesio
enlaces y depende de las secu encias ajen as al inc
En otras reacciones de corte y empalme se utiliz.:
transesterificaci6n, en Ia cual se transfieren dire.:-

692 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesa miento del RNA

mente los enlaces, y las secuencias requeridas para
Ia reaccion yacen en el intron.
E La respuesta de la prote1na no
plegada tiene relaci6n con el
corte y empalme del RNAt
Conceptos principales
La Ire1p es una prote\na interna de la membrana
nuclear con su dominic terminal-N en la luz del ER y el
terminal-( en el nucleo.
La union al dominio terminal-N de una prote\na
no plegada activa la nucleasa terminal-( por
autofosfori laci6n .
La nucleasa activada escinde al RNAm Hac1 para liberar
un intr6n y generar exones que se unen por una ligasa
de RNAt.
El RNAm Hac1 esci ndido codifica un factor de
transcripci6n que activa genes codificadores de
chaperones que ayudan a plegar las prote\nas no
plegadas.
Un sistema de corte y empalme desusado relacio-
nado con el corte y empalme del RNAt media Ia
respuesta a las protefnas no plegadas de las leva-
dimas. La acumulacion de este tipo de protefnas en
Ia luz del retfculo endoplasmico (ER) desencadena
una vfa de respuesta qu.;e !leva al aumento de Ia
transcripcion de genes que codifican chaperones,
los cuales facilitan el plegamiento de las protefnas
en el ER, de modo que debe trasmitirse una sefial
de Ia luz del ER al nucleo.
El censor que activa Ia vfa es Ia protefna Ire l p,
protefna integral de membrana de tipo cinasa (Ser/
Treo) que tiene dominios a cada lado de Ia mem-
brana del ER. El dominio terminal-N, en Ia luz del
ER, detecta las protefnas no plegadas, supuestamen-
te por union con los segmentos expuestos, lo cual
provoca la agregacion de monomeros y activa el
dominio terminal-C en el otro lado de Ia membrana
por autofosforilacion.
Los genes activados por esta vfa tienen un ele-
mento promotor comun llamado UPRE (elemento
de respuesta de protefna no plegada), a! cual se une
el factor de transcripcion Hac l p para producir una
respuesta a Ia acumulacion de protefnas no plega-
das; el desencadenante de Ia produccion de Haclp
es Ia accion de Irelp en el RNAm de Had.
La operacion de Ia vfa se resume en la
6. . En condiciones normales, cuando la vfa no
esta activada, el RNAm de Had se traduce en una
protefna que se fragmenta rapidamente. La acti-
vacion de Irelp da origen a! corte y empalme del
RNAm de Had que cambiara la secuencia de Ia pro-
26.17 La respuesta de la prote\na no plegada tiene relaci6n con el corte y empalme del RNAt
tefna a una forma mas estable, la cual proporciona
el factor de transcripcion funcional que activa los
genes con UPRE.
En esta reaccion participan componentes in-
usuales de corte y empalme. La Irelp tiene activi-
dad de endonucleasa, que actua directamente en el
RNAm de Had para escindir las dos uniones de corte
y empalme, las cuales estan unidas por Ia ligasa de
i RNAt, la cual actua en la via de corte y empalme
de RNAt. La reaccion de endonucleasa simula Ia es-
cision del RNAt durante el corte y empalme.
,:.Donde ocurre la modificacion del RNAm Hac!?
Es probable que Ia Irelp este en la membrana inter-
na del nucleo, con el dominio sensor terminal-N en
la luz del ER y el terminal-C cinasa /nucleasa en el
nucleo, lo cualle permitirfa actuar directamente en
el RNA de Hac! antes de que se exporte a! citoplas-
ma, ademas de facilitar el acceso a Ia RNAt ligasa.
No hay una relacion aparente entre la actividad de
nudeasa de Irelp y la de endonucleasa de corte y
empalme del RNAt, de modo que no es obvio como
evoluciono este sistema especializado.
El dominio ER-Iuminal
se une con Ia proteina
no plegada
El dominio nuclear/
citos61ico escinde el
HAC1 RNAm
! Traducci6n I Ligasa
.... de RNAt
! Degradaci6n Traducci6n
HAC1
1 La respuesta de la prote\na no plegada se pro-
duce por activaci6n de un corte y empalme especial del RNAm
HAC1 para producir un factor de transcripci6n que reconoce
al UPRE.
693

Bill Los extremos 3' de los
productos de transcripci6n
pol I y pol III se generan
por terminaci6n
Conceptos pri ncipales
La polimerasa I de RNA termina la transcripci6n con
una secuencia finalizadora de 18 bases.
La polimerasa III de RNA termina la transcripci6n en la
secuencia poli (U)4 de una secuencia rica en G-C.
Los extremos 3' del RNA pueden generarse en dos
formas. Algunas polimerasas de RNA terminan la
transcripci6n en una secuencia definida (termi-
Cuando se genera un extrema 3' por termina-
ci6n, la polimerasa de RNA y el RNA se liberan en una secuencia
definida (de terminaci6n) en el DNA.
5'
Cuando se genera un extrema 3' por escisi6n, la
polimerasa de RNA continua la transcripci6n, mientras una endo-
nucleasa hace un corte en una secuencia definida en el RNA.
694 CAPiTULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
nadora) en el DNA, como se muestra en Ia nG
, en tanto que otras polimerasas de RNA L
muestran una terminaci6n definida, sino que co:-.-
tinuan mas alla del sitio que corresponde al extren _
3' generado por la escisi6n del RNA por una end -
nucleasa, como se muestra en la I 6 .J .
La informacion acerca de Ia reacci6n de te rn~-
nacion para las polimerasas de RNA eucarioticas. :::
menos detallada que el conocimiento que se tie-_;
de la iniciacion. Las polimerasas I y III de RNA f ~
nen sucesos de terminaci6n bien definidos (coc
Ia polimerasa de RNA bacteriana), pero no se ~.::
aclarado si la polimerasa II de RNA suele termir:..::.-
de esa forma.
Para Ia polimerasa I de RNA, el producto lie_-
co de transcripci6n es un gran precursor que c ::_-
tiene las secuencias del RNAr mayor. El precur~
esta sujeto a un procesamiento extenso, con u--
terminacion en un sitio definido > l 00 bp en fl t_;
descendente respecto del extrema 3' maduro, ger_::-
rado por corte y empalme. La terminaci6n imp!: -
el reconocimiento de una secuencia terminadora -=- =
18 bases por un factor a uxiliar.
Con la polimerasa III de RNA, Ia transcripci
in vitro genera moleculas con los mismos extre n~ _
5' y 3' que los sintetizados in vivo. La reaccion ::
terminaci6n simula Ia terminaci6n intrfnseca __
la polimerasa de RNA bacteriana (vease Ia seed --
11.21 , Hay dos tipos de terminadores en E. coli). ::...0
terminaci6n suele ocurrir en el segundo U de u:-_
serie de cuatro bases U, pero hay heterogeneidc.:
de modo que algunas moleculas terminan en c :--
o hasta cuatro bases U. La misma heterogeneiC..o
se observa en moleculas sintetizadas in vivo, de n_: -
nera que parece una caracterfstica de buenafe d
reacci6n de terminaci6n.
Como los terminadores procari6ticos, la s :-
de U esta incrustada en una region rica en G- C
aunque hay secuencias simetricas cada 180, no
necesarias para la terminaci6n, pues las mutacio _;:
que eliminan Ia simetrfa no evitan la conclusi -
normal de Ia sfntesis de RNA; tam poco hay secue--
cias necesarias mas alla de Ia serie U porque to -'
las secuencias vitales pueden ser sus tituidas, :;. -
ningun efecto en Ia terminaci6n.
La serie U misma no es suficiente para Ia te:--
minaci6n porque hay regiones de cuatro molec :. .:_
U sucesivas en las unidades de transcripci6n lei '
por la polimerasa III de RNA (si bien no hay ser: -
U5 internas, lo cual coincide con una mayor efica- ~
en la terminaci6n cuando el terminador es U 5, n..::
que una secuencia U4 ). Asf pues, Ia caracteris --
clave de Ia terminacion debe ser el reconocimie:-_-
de una secuencia U4 en un contexto rico en pill-
de bases G-C.
 (.Como ocurre Ia reaccion de terminacion? No
_ puede confiar en la debilidad de Ia region del
-lbrido RNA-DNA rU -dA que yace en el extremo
: I transcrito, pues a menudo solo se transcriben
c1s primeras dos moleculas de U. Tal vez Ia region
...; a en G-C participe en el enlentecirniento de la
~ :~zima , pero no parece qu e una contraparte de
horquilla este involucrada en Ia terminacion en
as procariotas. Se mantiene el enigma en cuanto a
3. forma en que Ia enzima puede responder de ma-
~ era tan espedfica a una sefial tan breve. A diferen-
_a de la reaccion de iniciacion, que la polimerasa
JI de RNA no puede realizar sola, Ia terminacion
:1arece ser una funcion de Ia enzima misma.
Los extremos 3' del RNAm
se generan por escisi6n
y poliadenilaci6n
Conceptos principales
La secuencia AAUAAA es una sefial para la escisi6n,
que genera un extrema 3' del RNAm poliadenilado.
La reacci6n requiere de un complejo prote1nico que
contiene un factor de especificidad, una endonucleasa
y una polimerasa poli(A).
El factor de especificidad y la endonucleasa escinden el
RNA en flujo descendente respecto de AAUAAA.
El factor de especificidad y la polimerasa poli(A)
agregan continuamente - 200 moleculas de A al
extrema 3'.
:..os extremos 3' del RNAm son generados pores-
jsion, seguida de poliadenilacion. La adicion de
poli(A) al RNA nuclear puede evitarse mediante el
analogo desoxiadenosina, qu e tambien se conoce
:omo cordicepina, que si bien no detiene la trans-
:ripcion del RNA nuclear, a! agregarla se impide la
aparicion de RNAm en el citoplasma, con lo cual se
demuestra que Ia poliadenilacion es necesaria para Ia
_1aduracion del RNAm a partir del RNA nucl ear.
La generacion del extremo 3' se ilustra en Ia
GU . La polimerasa de RNA transcribe mas
alia del sitio correspondiente al extremo 3', de modo
~ue las secuencias de RNA se reconocen como dianas
para un corte endonucleolftico seguido de poliade-
:J.ilacion; un solo complejo de procesamiento realiza
:>1 corte y Ia poliadenilacion; esta ultima estabiliza el
~NAm contra Ia fragmentacion desde el extremo 3';
=I extremo 5' ya esta estabilizado por el capuchon. La
. olimerasa de RNA continua la transcripcion despues
_e Ia escision, pero el extremo 5' que se genera esta
iesprotegido.
El suceso de escision proporciona un desencade -
:-~ante indirecto de Ia terrninacion por Ia polimerasa
26.19 Los extremos 3' del RNAm se generan par escisi6n y poliadenilaci6n
II de RNA. Una exonucleasa se une con el extremo
5' del RNA, que sigue siendo transcrito despues de
la escision y fragmenta al RNA en forma mas rapi-
da que su sintesis; se aparea con Ia polimerasa de
RNA para despues interactuar con proteinas auxi-
liares unidas al dorninio carboxilo terminal de la po-
limerasa, interaccion que desencadena Ia liberacion
de Ia polimerasa de RNA del DNA y !leva a su fin
Ia transcripcion. El modelo global es similar a! de Ia
participaci6n de Rho en Ia terminaci6n de Ia trans-
cripcion porIa polimerasa de RNA bacteriana (vease
Ia secci6n II.22, (.Como funciona el factor Rho?), lo
qu e explica porque los sitios de terminacion para Ia
polimerasa II de RNA no estan bien definidos, sino
que pueden ocurrir en varias localizaciones de una
prolongada region de flujo descendente respecto del
sitio correspondiente a! extremo 3' del RNA.
Una caracteristica comun del RNAm en euca-
riotas superiores (no asf en las levaduras) es una
secuencia altamente conservada, AAUAAA, en Ia
region de II a 30 nucleotidos en flujo ascendente
respecto del sitio de adicion de poli(A) . La delecion
o mutacion del hexamero AAUAAA impide Ia gene-
radon de un extremo 3' poliadenilado, pues Ia sefial
es necesaria para Ia escisi6n y Ia poliadenilacion.
El desarrollo de un sistema en el cualla poliade-
nilacion ocurre in vitro, abrio las puertas al analisis
de las reacciones. La formacion y las funciones del
complejo que realiza el procesamiento 3' se ilustran
en Ia La generacion de Ia estructura 3'
J .
terminal apropiada requiere de una endonucleasa
constituida por los componentes CFl y CFII para
escindir el RNA, una polimerasa poli(A) (PAP)
Elongaci6n
___,.
\E ..6nSCISI
Capuch6n 5'
Endonucleasa
El RNAm se estabiliza por poliadenilaci6n
Degradaci6n
Poliadenilaci6n
Capuch6n 5'- AAUAAA
I
La secuencia AAUAAA es necesaria para que la
escisi6n genere un extrema 3' para la poliadenilaci6n.
695

PAP
El factor de escisi6n genera un extreme 3'
AAUAAA
La polimerasa poli(A) (PAP) agrega moleculas de A
_, ( PAP
1
AAUAAA . AAAAAAAA-3'
CstF
La protefna de uni6n poli(A) (PBP) se une a poli(A)
PBP' ~ tremo 3' de una secuencia p oli(A).-
AAUAAA 'Afl'..'AM'AAAAAAAAA-3'
CstF / 1 1 La polimerasa poli(A) agrega por sf misma ~
El complejo se disocia despues de agregar -200
moleculas de A
---I .tpBR
AAUAAA A'/f..AI}.A />:.'A'/i..AAAAA-3'
( ' ' una cadena poli(A) individual. La PABP es u nc. _-
D .J El complejo de procesamiento 3' consiste de
varias actividades; el CPSF y el CstF constan cada uno de varias
subunidades; los otros componentes son monomericos. La masa
total es de >900 kD.
para sintetizar Ia cola poli(A ) y un componente
de especificidad (CPSF) que reconoce la secuencia
AAUAAA y dirige las otras actividades. Un factor de
estimulacion, CstF, se une a una secuencia rica en
G-U en flujo descendente respecto del sitio mismo
de escision.
El factor de especificidad contiene cuatro sub-
unidades que juntas se unen especfficamente al
RNA que contiene la secu encia AAUAAA. Las sub-
unidades individuales son proteinas con segmentos
de union al RNA comun es, pero que por si mismas
se unen de manera inespecffica al RNA. Las inter-
acciones proteina-proteina entre subunidades tal
vez sean necesarias para gene rar el sitio de union
especffico a AAUAAA. El CPSF se une fuertemente
a esta ultima solo cuando tambi en esta presente el
CstF para unirse al sitio rico en G- U.
Para las reacciones de escision y poliadenila-
cion se necesita el factor d e espe cificidad, que se
696 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
encuentra como complejo con la endonuclea ~
polimerasa poli(A), complejo que suele reali.L.c:
escision seguida de poliadenilacion en una : -
estrechamente acoplada .
Los dos componentes CFI y CFII (facto:::-
escision I y II) , aunados al factor de especi fi-
son necesarios y suficientes para la escision e _
nucleolitica.
La polimerasa poli(A) tiene una actividacl ~
litica inespecffica. Cuando se combina con los
componentes, la reacci6n sintetica se hace _
fica del RNA que contiene la secuencia AAL-_-
La reaccion de poliadenilaci6n pasa por dos e : ~
primero se agrega una secuencia mas bien c_ -
oligo(A) (-10 molecula s), al extremo 3', rea -::-
absolutamente dependiente de la secuencia A.-_-_
AA, que realiza Ia polimerasa poli(A) dirigida ;-
factor de especificidad. En la segunda fase, lo. ~
oligo(A) se alarga basta un total de -200 mole'--._
Dicha reaccion requiere de otro factor estimu :~
que reconoce la cola oligo(A) y dirige a Ia po:--
rasa poli(A) especificamente a que extienda e
leculas de A individuates a la posicion 3' . Su = ~ =
intrfnseca de accion es distributiva, se disocia. _
pues de que se ha agregado cada nucleotido, : :
en presencia de CPSF y PABP (protefna de u:::._
poli(A)) actua de manera progresiva para e:Xte.:::
tefna de 33 kb que se une de manera estequior: : -
ca al segmento poli(A), cuya longitudes contrc...c.
por la PABP, que de alguna manera limita la ac::.
de la polimerasa poli(A) a -200 adiciones de r:
culas de A. El limite podria representar Ia ac~
!a cion de una masa critica de PABP en la ca.:. .
poli(A). La PABP se une con un factor de inic
la traduccion, eiF4G, gen erando asf una asa ce:-
da en Ja cual un complejo protefnico contiene
extremos 5' y 3' del RNAm (vease la Fig. 8._
la seccion 8.9, Las eucariotas usan un complej
muchos facto res de iniciacion) .
La poliadenilacion determina de manera in:.
tante la funcion del RNAm, pues pu ede afectar u :-
la estabilidad como el inicio de la traducci6n ( '~"
la secci6n 7 .l 0, El extremo 3' esta poliadenilc: .::.
Durante el desarrollo embrionario de algunos o:-:-
nismos, la poli(A) controla la transducci6n, de rt:
que los RNAm previos pueden estar poliadenil.;.::.
(para estimular la traduccion) 0 de sadenilados r-: -
terminarla). Durante el desarrollo embrionario _
genero Xenopus, la poliadenilacion del RNAm e:-.
citoplasma depende de un elemento especffi w
actuaci6n en configuracion cis (el CPE) en la cole.
otra frecuencia rica en AU, UUUUUAU .
 En los embriones del genera Xenopus, cuando
::::1enos dos tipos de secuencias de actuacion en con-
:Jguracion cis que se encuentran en la cola 3' pue-
: en desencadenar Ia desadenilacion. Por una parte,
:!I EDEN (elemento de desadenilaci6n embrionaria)
::s una secuencia de 17 nucle6tidos, en tanto que
. s elementos ARE son ricos en AU y suelen con-
:ener repeticiones seriadas de AUUUA. Hay una
ibonucleasa poli(A) (PARN) especffica que podrfa
participar en Ia fragmentacion. Obviamente, Ia des-
:~denilacion no siempre es desencadenada por los
:'lementos especfficos; en ciertas situaciones (inclui-
ia Ia fragmentacion normal del RNAm conforme
envejece), Ia poli(A) se fragmenta, a menos que sea
cspecfficamente estabilizada.
La escisi6n del extrema 3'
del RNAm de histona puede
requerir un RNA pequeno
Conceptos principales
Los RNAm de histonas no estan poliadenilados; sus
extremos 3' se generan por una reacci6n de escisi6n
que depende de la estructura del RNAm.
La reacci6n de escisi6n exige la union de SLBP a una
estructura de tallo-asa y que se aparee el RNAsn U7
con una region adyacente monocatenaria.
_.\lgunbs RNAm no estan poliadenilados, de modo
que Ia formacion de sus extremos 3' es diferente de
:a reacci6n coordinada de escisi6n/poliadenilacion.
_os miembros mas notables de esta clase de RNAm
son los que codifican para las histonas que se sinteti-
zan durante Ia replicacion del DNA, Ia forma cion de
:uyos extremos 3' depende de la estructura secun-
daria. La estructura del extrema 3' es de tallo-lazo
muy conservada, con un tallo de 6 bp y un asa de
~uatro nucleotidos. La escision ocurre a una dis-
_ancia de cuatro a cinco bases en flujo descendente
respecto del tallo-lazo. Para Ia reaccion de escision,
-e requieren dos factores, que la protefna de union
al tallo-asa (SLBP) reconozca la estructura y que
d RNAsn U7 se aparee con una secuencia rica en
_urinas (el elemento de flujo descendente histona
o HDE) localizada - 10 nucleotidos en flujo descen-
iente respecto del sito de escision.
Las mutaciones que no permiten Ia formacion
iel tallo doble en la estructura tallo-lazo impiden
:a formacion del extrema del RNA. Las mutacio-
:les secundarias que restablecen la estructura doble
aunque no necesariamente Ia secuencia original)
se comportan como revertores, fenomento que su-
giere que la formaci6n de la estructura secundaria es mas
:mportante que la secuencia exacta. La SLBP se une con
26.21! La producci6n de RNAr requiere de sucesos de escisi6n
uu
U U RNAm H3
UA
Horquilla--c G Consenso
CG
uA I
5' ... AACG3 CCACCACACCCCCAAGAAAGAUUCUCGUUAAA
CAACCGUGA uCUGGGAAGAUcu\.liJ\.\Gi>-COlJUCU A G ,
5
GC
CG
GC RNAsn U7
GG
AU
GC
GC
CG
U A
G A
I 1 26. La generaci6n del extrema 3' del RNAm de la
histona H3 depende de una horquilla conservada y una secuen-
cia que aparea sus bases con el RNAsn U7 .
tallo-asa y despues interactua con el RNAsn U7 para
promover su interaccion con el sitio de union del
flujo descendente de RNPsn U7, que es una RNPsn
menor constituida por 63 nucleotidos del RNAsn U7
y un conjunto de varias proteinas (incluidas las Sm;
vease Ia seccion 26.5, Se requieren RNAsn para el
corte y empalme) .
La reaccion entre el RNAm de Ia histona H3 y
el RNAsn U7 se incluye en Ia . La hor-
quilla en flujo ascendente y el HDE que se aparea
con el RNAsn U7 se han conservado en el RNAm
de la histona H3 de varias especies. El RNAsn U7
tiene secuencias hacia su extrema 5' que se apa-
rean con las de consenso del RNAsn de histonas.
El procesamiento 3' es inhibido por mutaciones en
HDE que reducen su capacidad de apareamiento
con el RNAsn U7. Las mutaciones compensatorias
en este ultimo que restablecen la complementa-
riedad, tambien restablecen el procesamiento 3';
esto sugiere que el RNAsn U7 actua por aparea-
miento de bases con el RNAm de histonas. La se-
cuencia de HDE varia entre los diversos RNAm de
histonas, de modo que Ia union de RNAsn noes por
sf misma necesariamente estable, sino que requiere
tambien de Ia interaccion con SLBP.
La escision para generar un extrema 3' ocurre
a una distancia fija respecto del sitio reconocido por
el RNAsn U7, lo cual sugiere que el RNAsn participa
en Ia definicion del sitio de escision. Sin embargo,
los factores realmente encargados de Ia escision no
han sido identifi cados aun.
fZ111 La producci6n de RNAr
requiere de sucesos de escisi6n
Concepto principal
El RNAr grande y el pequeiio se liberan por escisi6n a
partir de un RNA precursor comun.
697
 Los principales RN Ar se sintetizan como parte ,
producto unico de transcripcion prima ria pro ce~
3'
para generar los productos maduros. El prec .
contiene las secuencias de los RNAr de l8S, 5 .~ :
28S. En eucariotas superiores, el precursor se
bra de acuerdo con su velocidad de sedimenta .
~- como RNA 45S; en eucariotas inferiores es -
pequei'i.o (35S en levaduras) .
Los RNAr maduros se liberan del precurs ~
una combinacion de sucesos de escision y rea-::;
nes de recorte. En Ia se muestra !
general de las levaduras. Puede haber variaci ':-
188 el arden de los sucesos, pero basicamente parti
reacciones similares en todas las eucariotas. L<i -
yor parte de los extremos 5' se genera directarr.E
por un suceso de escision, en tanto que casi : _
los extremos 3' se gen eran por escision segui d~
una reaccion de recorte 3'5'.
Muchas ribonucleasas han sido implicadas e-
procesamiento de RNAr, incluido el exosoma. -
es un ensamblaje de varias exonucleasas que :-"-
bien participa en Ia fragmentacion del RNAm (n :
la seccion 7.13, La fragmentacion del RNAm imr _
288 multiples actividades). Las mutaciones en enz-
indiyiduales no impiden el procesamiento, lo -:--_
~ Endonucleasa
sugiere que sus actividades son redundantes y ~
.,_ 3'-5' exonucleasa se pueden usar diferentes combinaciones de es -.
~ 5'-3' exonucleasa nes para generar las moleculas maduras.
Siempre hay varias capias de Ia unidad de rr,:_-
A partir de un producto primario de transcrip- cripcion para RNAr, las cuales se organizan c _
repeticiones seriadas (vease la seccion 6. 9, Lo_ =-
ci6n se generan RNAr eucari6ticos maduros por sucesos de
escisi6n y recorte.
nes repetidos para RNAr mantienen una secue..
constante. )
El RNA 5S se transcribe a partir de genes se a:
dos por la polimerasa III de RNA. En general, die
genes se agrupan, pero esta.n separados de los R~ -
principales. (En el caso de las levaduras, un ge L "
se vincula con una unidad de transcripcion rna~
pero se transcribe de manera independiente.)
En Ia organizacion de los precursores en las ~
terias hay diferencia; la secuencia correspondie:
al RNAr de 5.8S forma el extrema 5' del RNAr gr.-; -
de (23S, esto es, no hay procesamiento entre ::
RNAt RNAt secuencias) . En la se muestra que _
DNA ~
P1 P216S RNAr 238 RNAr precursor tambien contiene el RNAr de SS en ~:
o dos RNAt. En E. coli, los siete operones rrn e -=
dispersos en el genoma; cuatro loci rrn contienen -
308 RNA
~ gen de RNAt entre las secuencias de RNAr de ~ ::
y 23S, y los otros loci rrn contienen dos genes ;::
~
Productos l
168 RNAr RNAt 238 RNAr
l
58 RNA RNAt
RNAt en esa region. Puede, o no, haber genes a::_-
cionales de RNAt entre Ia secu encia 5S y el extrer:-
3' . Asi, las reacciones de procesamiento requeri : .
para liberar los productos dependen del conten :~
Los operon es rrn de E. coli co ntienen genes para RNAr
y RNAt. La longitud exacta de los productos de transcripci6n depende del locus rrn en particular.
de que promotores (P) y terminadores (t) se usen. Cada RNA producido En el procesamiento de RNAr en p rocario ta~
debe liberarse del transcrito mediante cortes a ambos lados. eucariotas, las proteinas ribosomicas, y posibleme::- .

698 CAPiTULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA

te otras, se unen al precursor, de manera que en el
sustrato para el procesamiento no esta el RNA libre,
mas bien un complejo ribonucleoprotefnico. RNAsno
5' CajaC Caja D

E Se requieren RNA pequenos

para el procesamiento
RUGAUGA
!
NNNNNN CUGA
Apareamiento
de bases

del RNAr 5'

RUGAUGA NNNNNN CUGA
Conceptos principales 'f'lliNhl ~ 1\J
Se requiere el grupo C/D de los RNAsno para modificar RNAr
la posicion 2' de la ribosa con un grupo metilo.
Para modificar la posicion 2' de la ribosa con un grupo
! Metilaci6n

metilo se requiere del grupo C/D de RNAsno.

!Para convertir la uridina en seudouridina se necesita el 5 bases de Ia caja D
grupo H/ACA de RNAsno. 5'
Para generar una estructura usual, sustrato de la RUGAUGA LNNNN CUGA
NNNN~
modificacion, en todos los casas, la base del RNAsno se Me
aparea con una secuencia de RNAr que contiene la base
diana.

El procesamiento y modificacion del RNAr requie-

re de una clase pequeii.a de RNA llamada RNAsno
~;:::::::::;:::==.NIISit-lf\JNN~:;:=:=:::::I
(RNA nucleolares pequefios), de los cuales hay 71 en Me
el genoma de las levaduras (S. cerevisiae), los cuales RNAr metilado
se vinculan con la protefna fibrilarina, componente
abundante del nucleolo (region del nucleo donde se Un RNAsno aparea sus bases con una region
del RNAr que se va a metilar.
transcriben los genes de RNAr). Para escindir al pre-
cursor de RNAr se requiere de algunos RNAsno; un
ejemplo es el U3, necesario para el primer suceso de
co11e en levaduras y organismos del genero Xenopus.
o se sabe que participacion tiene en la escision,
0 0
pero podrfa requerirse para el apareamiento con Ia II II
secuencia de RNAr y formar una estructura secun- _,..G, Sintetasa de _,..G
HN 3 4 5c H seudouridina HN 3 2 'J NH
daria reconocida por una endonucleasa. I II I 1
'"'C 2 1 6CH 6
Para las modificaciones que se hacen en las ba- 'lC't_ 5 7 CH
0" 'N / 0 c
ses del RNAr, se requieren dos grupos de RNAsno,
I I
cuyos miembros se identifican por secuencias con- Uridina Seudouridina (1j!)
servadas muy cortas y caracterfsticas comu nes en
las estructuras secundarias. La uridina se convierte en seudouridina por
El grupo C/D del RNAsno permite afiadir un sustitucion del en lace Nl-azucar con el enlace C5-azucar y
rotacion de la base respecto del azucar.
grupo metilo ala posicion 2' de Ia ribosa. Hay> l 00
grupos 2'-0-metilo en localizaciones conservadas
en RNAr de vertebrados. Ese grupo toma su nom-
bre de dos secuencias cortas conservadas llamadas dellado 5' de la caja D. Es posible que cada suceso
cajas C y D. Cada RNAsno contiene una secuencia de metilacion sea especificado por un RNAsno dife-
cerca de Ia caja D, complementaria de una region rente, de los cuales se han caracterizado -40, bas-
del RNAr de ISS o 28S metilada. La perdida de un ta ahora. No se han caracterizado las metilasas, de
RNAsno impide Ia metilacion en la region del RNAr modo que es posible que el RNAsno mismo provea
de la que es complementario. parte de la actividad de metilasa.
En la se sugiere que el RNAsno Otro grupo de RNAsno participa en Ia sfntesis
aparea sus bases con el RNAr para crear una region de la seudouridina. En el RNAr de las levaduras hay
doble que se reconoce como sustrato para la metila- 43 moleculas 'Jf y - 100 en el de los vertebrados. La
cioQ Ia cual ocurre en la region de complementarie- sfntesis de la seudouridina implica Ia reaccion que
dad, en una posicion fija a cinco bases de distancia se muestra en la , en la cual se rompe

26.22 Se requieren RNA pequefios para el procesamiento del RNAr 699


.. ANANNA ACANNN ..
RNAsno 5' Caja H Caja ACA
- " Los RNAsno H/ ACA tienen dos secuencias cor-
tas conservadas y dos estructuras en horquilla, cada una con
regiones complementarias del RNAr en el tallo. La seudouridina
se forma por conversion de una uridina impar en la region
complementaria del RNAr.
el enlace Nl del acido uridilico a la ribosa, la base
gira y C5 se re{me con el azucar.
La formaci6n de seudouridina en el RNAr ne-
cesita al grupo H/ACA de -20 RNAsno, los cuales
se nombran por la presencia de un triplete de ACA
a tres nucle6tidos de distancia del extrema 3' y una
secuencia parcialmente conservada (la caja H) que
yace entre dos estructuras de tallo-asa-horquilla.
Cada uno de esos RNAsno tiene una secuencia com-
plementaria del RNAr en el tallo de cada horquilla.
En la se muestra la estructura que se
produciria por apareamiento con el RNAr. En cada
region de apareamiento hay dos bases no apareadas,
una de cuales es una uridina que se convierte en
seudouridina.
Los RNAsno HI ACA se vinculan con una pro-
tefna nucleolar llamada Garlp necesaria para la for-
maci6n de la seudouridina, pero se desconoce su
funci6n. Las sintetasas de seudouridina conocidas
son proteinas que actuan sin un cofactor RNA. No
se han identificado las sintetasas que podrian par-
ticipar en la sintesis de seudouridina mediada por
RNAsno.
La participaci6n de Rl'l"Asn U7 en la generaci6n
del extrema 3' y de RNAsno en el procesamiento y
modificaci6n del RNAr es compatible con el punta de
vista expresado en el Capitulo 27, RNA catalftico,
de que muchos de los sucesos de procesamiento del
RNA, si no es que todos, dependen de interacciones
700 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
RNA-RNA. Como en las reacciones de escisi6r
RNAsn tal vez actua en forma de una ribonucleo:-:-
teina especifica que contiene proteinas y RNA. E ::.:
cuente que el RNA de la particula aparee sus bases:
una secuencia corta en el RNA sustrato (aunque '-
unico mecanismo de acci6n).
E Resumen
Por el corte y empalme se eliminan intrones :
unen exones en la secuencia madura del RNA. :-:
cuando menos cuatro tipos de reacci6n, seg ,
observa por sus requerimientos in vitro y los _ -
ductos intermedios que generan. Los sistema. -
cluyen intrones nucleares eucarioticos, introne;;
los grupos I y II e intrones de RNAt. Cada reac :
implica un cambia de organizaci6n en una molec
individual de RNA y, por tanto, es un suce:so -
ocurre eo configuracioo cis.
El corte y empalme del pre-RNAm sigue -
preferidas, pero no obligatorias. Solo se requi : -
secuencias de consenso muy cortas, el resto de:
tron parece carecer de importancia. Todos los s.:
de escision 5' son tal vez equivalentes, igual que
3'. Las secueocias necesarias se derivan de Ia r _-
GU-AG, que describe los extremos del intron. :::_
intrones de mamifero tambien se requiere el siti . _
ramificaci6n UACUAAC de las levaduras o una --
cuencia de consenso menos conservada. La reacc
con el sitio de corte y empalme 5' implica Ia fo ..:
cion de uo lazo que une el extrema GU del intn. .
traves de uo enlace 5' -2' con la A de la posicion 6 -
el sitio de ramificaci6n. El extrema 3'-0H del c
ataca entonces el sitio de corte y empalme 3' _
manera que los exones se ligan y el intron se lil:-::-
como lazo. Ambas reacciones son transesterificac -
nes que conservan los enlaces. En varias etapa_
Ia reacci6n se requiere de hidrolisis de ATP,
blemente para producir cambios conformacion- _
en el RNA, los componentes proteinicos, o amt
La formaci6n de lazos se encarga de Ia selecci6n ...
sitio de corte y empalme 3', en tanto que facto: _
protefnicos producen patrones alternos de con e
empalme que estimulan el uso de un nuevo si
bloquean el de un sitio predeterminado.
El corte y empalme del pre-RNAm implica
formaci6n de un empalmosoma, partfcula gran
que ensambla secueocias de consenso en una c --
formaci6n reactiva. El empalmosoma se forma mw
a menudo por un proceso de definicion de intron
el cual implica el reconocimiento del sitio de con
empalme 5', el de ramificacion y el de corte y e--
palme 3' . Una via alterna implica la definicion - -
exon, que in cluye el reconocimiento inicial de :
sitios 5' de corte y empalme del intr6n sustrato '" -
siguiente intr6n. Su formaci6n pa sa por una serie de
etapas, del complejo E (de asignaci6n ), que contiene
RNPsn Ul y factores de corte y empalme, a los com-
plejos A y B como componentes adicionales.
El em palmosoma contiene las RNPsn Ul, U2,
U4/U6 y U5, asf como algunos fact ores de corte y
empalme adicionales. Las RNPsn Ul, U2 y U5 con-
tienen cada uno un RNAsn unico y varias protefnas:
la RNPsn U4/U6 contiene dos RNAsn y varias pro -
tefnas, algunas son comunes a todas las partfculas
de RNPsn, que reconocen secuencias de consenso .
El RNAsn Ul aparea sus bases con el sitio de corte
y empalme 5', la RNAsn U2 con la secuencia de ra-
mificaci6n y el RNPsn U5 actua como sitio de corte
y empalme 5'. Cuando U4 libera a U6, el RNAsn
U6 aparea sus bases con U2, lo cual puede dar Iu-
gar al centro catalftico para el corte y empalme. Un
conjunto alternativo de RNPsn proporciona funcio -
nes analogas para corte y empalme de la subclase
de intrones dependien te de Ul2. Las moleculas de
RNAsn pueden tener fu n ciones cuasi catalfticas en
el corte y empalme, otras de procesamiento.
En el nucleolo, do s grupos de RNAsno se en-
cargan del apareamiento con el RNAr en sitios mo-
dificados; los RNAsno del grupo C/D indican sitios
diana para la metilaci6n y los del grupo ACA iden-
rifican sitios en que la uridina se convierte en seu -
douridina.
El corte y empalme suelen ser intramoleculares,
ero en tripanosomas y n ematodos ocurre en confi-
guraci6n trans (corte y empalme intermoleculares).
Este proceso impUca una reacci6n entre un RNA
Sl pequefto y el pre-RNAm. El RNA SL simula un
RNAsn U 1 y puede combinar la funci6n de propor-
do nar el ex6n con las funciones de U l. En los gu-
anos hay dos tipos de RNA SL, u no se utiliza para
corte y empalme del extremo 5' de un RNAm y el
tro, para corte y empalme en un sitio interno.
Los intrones del grupo II comparten con los in-
:rones nucleares el uso de un lazo como intermedio,
ero pueden realizar la reacci6n como propiedad
3utocatalizada del RNA. Dichos intrones siguen la
:egla GT-AG pero forman una estructura secundaria
.::aracteristica que mantien e los sitios reactivos de
:one y empalme en la aposici6n apropiada.
El corte y empalme del RNAt de las levaduras
.mplica reacciones de endonucleasa y ligasa separa-
j as. La endonucleasa recon oce la estructura secun-
j aria (o terciaria ) de l precurso ry fragmenta ambos
-:xtremos del inn6n; las dos mitades de RNAt libe-
-adas por perdida de un inn6n, se pueden ligar en
resencia de ATP.
La capacidad de terminaci6n de la polimerasa
_ de RNA no ha sido caracterizada atm, y los extre-
;:;-J.OS 3' de sus productos de transcripci6n se gene-
ran por escisi6n . La secuencia AAUAAA localizada
de ll a 30 bases en flujo ascendente respecto del
sitio de escisi6n proporciona la seftal para la esci-
si6n y la poliadenilaci6n. Una endonucleasa y la
polimerasa poli(A) se vinculan en un complejo con
otros factores que confieren especificidad para la
seftal AAUAAA. La transcripci6n termina cuando
una exonucleasa que se une con el extrema 5' de
la cadena de RNA naciente creada por la escisi6n,
se empareja con Ia polimerasa de RNA.
Refere ncias
BIJ Introduccion
Artkulos de revision
Dreyfuss. G., Kim, v. N., and Kataoka, N. (2002).
Messenger-RNA-binding proteins and the messages
they carry. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3, 195-205.
Dreyfuss, G. eta!. ( 1993 ). hn RNP proteins and the
biogenesis of mRNA. Annu. Rev. Biochem. 62, 289- 32 1.
Lewin, B. ( 1975 ). Units of transcription and translati on:
sequence components of hnRNA and mRNA. Cell 4,
77- 93.
~~~ Las uniones de corte y empalme nucleares son
secuencias cortas
Artlc ulos de revision
Padgett. R. A. ( 1986) . Splicing of messenger RNA
precursors. Annu. Rev. Biochem . 55, 111 9-1150.
Sharp, P. A. ( 1987). Splicing of rnRNA precursors. Science
235, 766-771.
g El corte y empalme del pre-RNAm proceden a traves
de un lazo
Artkulos de revisio n
Sharp, P. A. ( 1994). Split ge nes and RNA splicing. Cel/77,
805- 8 15.
Weiner, A. ( 1993 ). mRNA splicing and autocata lytic
introns: distant cousins or the products of chemical
determ inism. Ce//72, 16 1-164.
Arti culos de investigacion
Reed. R. and Maniatis, T. ( 1985). Intron sequences
involved in lariat formation during pre-mRNA
splicing. Ce//4 1. 95-105.
Reed, R. and Ma nia tis, T. (1986). A role for exon
sequences and splice-site proximity in splice-site
se lection. Ce/146, 681-690.
Zhuang, Y. A.. Goldstein, A.M., an d Weiner, A. M. ( 1989) .
UA CUAAC is the preferred branch site for mammalian
mRNA splicing. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 86, 2752-
2756.
Referencias 701
 Bll Se requieren RNAsn para el corte y empalme
.>'\rt1culos de revision
Guthrie, C. ( 1991). Messenger RNA splicing in yeast: clues
to why the spliceosome is a ribonucleoprotein. Science
253, 157- 163.
Guthrie, C. and Patterson, B. (1988 ). Spliceosomal
snRNAs. Annu. Rev. Genet. 22, 387-419.
Maniatis, T. and Reed, R. ( 1987). The role of small nuclear
ribonucleoprotein particles in pre-mRNA splicing.
Nature 325, 673-678.
Articulos de investigaci6n
Grabowski, P. J., Seiler, S. R., and Sharp, P. A. (1985). A
multicomponent complex is involved in the splicing of
messenger RNA precursors. Cell42, 345-353.
Zhou, Z., Licklider, L. J., Gygi, S. P., and Reed, R. (2002).
Comprehensive proteomic ana lysis of the human
spliceosome. Nature 419, 182-185.
Ill La RNPsn Ul inicia el corte y empalme
Amculo de revision
Brow, D. A. (2002). Allosteric cascade of spliceosome
activation. Annu. Rev. Genet. 36, 333-360.
Artkulos de investigaci6n
Abovich, N. and Rosbash, M. ( 1997 ). Cross-intron bridging
interactions in the yeast commitment complex are
conserved in mammals. Cell89, 403-412.
Berglund, J. A., Chua, K., Abovich, N., Reed, R., and
Rosbash, M. ( 1997). The splicing factor BBP interacts
specifically with the pre-mRNA branchpoint sequence
UACUAAC. Ce//89 , 781-787.
Burgess, S., Couto, J. R., and Guthrie, C. ( 1990) . A
putative ATP binding protein influences the fidelity
of branchpoint recognition in yeast splicing. Cell 60,
705-717.
Parker, R., Siliciano, P. G., and Guthrie, C. (1987).
Recogni tion of the TACTAAC box duting mRNA
splicing in yeast involves base pairing to the U2-like
snRNA. Ce// 49, 229-239.
Singh, R., Valcarcel, J., and Green, M. R. ( 1995). Distinct
binding specificities and functions of higher eukaryotic
polypyrimidine tract-binding proteins. Science 268,
1173-ll 76.
Wu, S., Romfo, C. M., Nilsen, T. W ., and Green, M. R
( 1999). Functional recognition of the 3' splice site AG
by the splicing factor U2AF35. Nature 402, 832-835.
Zamore, P. D. and Green, M. R. ( 1989). Identifica tion,
purification, and bioch emical cha racterization of U2
small nuclear ribonucleop rotein a uxiliary factor. Proc.
Nat/. Acad. Sci. USA 86, 9243-9247.
Zhang, D. and Rosbash, M. ( 1999) . Identification of eight
proteins that cross-link to pre-mRNA in the yeast
commitment complex. Genes Dev. 13, 581- 592.
Zhuang, Y. and Weiner, A.M. ( 1986) . A compensatory
base change in U1 snRNA suppresses a 5 splice si te
mutation. Cell46, 827-8 35.
702 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
Ill El complejo E puede formarse por definicion de
intr6n o ex6n
Articulo de investigaci6n
Bruzik, J.P. and Maniatis, T. ( 1995). Enhancer-depe:::
interaction between 5' and 3' splice sites in trans.
Nat/. Acad. Sci USA 92, 7056-7059.
EIJ Cinco RNPsn forman el empalmosoma
Articulos de revision
Kramer, A. ( 1996). The structure and function of pro-= -
involve d in mammalian pre-mRNA splicing. Am::...
Rev. Biochem. 65, 367-409.
Madhani, H. D. and Guthrie, C. ( 1994) . Dynamic Rl\.~.
RNA interactions in the spliceosome. Annu. Rev. C
28, 1-26.
Articu los de investigaci6n
Lamond, A. I. ( 1988 ). Spliceosome assembly involves
the binding and release of U4 small nuclear
ribonucle oprotein. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 85,
411-415.
Lesser, C. F. and Guthrie, C. ( 1993) . Mutations in U6
snRNA that alter splice site specificity: implicatior.s
the active site. Science 262, 1982-1988.
Madhani, H. D. and Guthrie, C. ( 1992). A novel base-
pairing interaction between U2 and U6 snRNAs
suggests a mechanism for the catalytic activation
the spliceosome. Ce//71, 803-817.
Newman, A. and Norman, C. (1991) . Mutations in
yeast us snRNA alter the specificity of 5' splice s:c::
cleavage. Cell 65, 115-123.
Sontheimer, E. J. and Steitz, J. A. ( 1993 ). The U5 and:.
small nuclear RNAs as active site compon ents of '
spliceosome. Science 262, 1989-1996.
Bl Un aparato alternative de corte y empalme util"::=
diferentes RNPsn
Articulos oe investigaci6 n
Burge, C. B., Padgett, R. A., and Sharp, P. A. (1998).
Evolutionary fates and origins of U12-type introns:
Mol. Cell 2, 773-785 .
Dietrich, R. C., Incorvaia, R., and Padgett, R. A. ( 1997).
Terminal intron dinucleotide sequences do not
distinguish between U2- and U 12-dependent intr :...
Mol. Cel/1, 151-160.
Tarn, W.-Y. and Steitz, J. ( 1996). A novel spliceosome
containing U11, U1 2, and US snRNPs excises a mir:.
class AT-AC intron in vitro. Cell 84, 801 -8 1 L
~ El corte y empalme esta relacionado con la
exportaci6n del RNAm
Articulos de revision
Dreyfuss, G., IGm, V. N., and Kataoka, N. (2002).
Messenger-RNA-binding proteins a nd the message'
they carry. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 3, 195-205 .
Reed, R. and Hurt, E. (2002). A conserved mRNA export
machinery coupled to pre-mRNA splicing. Cell I 08,
523-53 1.
Articulos de investigaci6n
Ka taoka, N., Yong, J ., Kim, V. N., Velazquez, F., Perkinson,
R. A., Wang, F., and Dreyfuss, G. (2000). Pre-mRNA
splicing imprints mRNA in the nucleus with a novel
RNA-binding protein that persists in the cytoplasm.
Mol. Cell 6, 6 73-682.
Le Hir, H., Garfield, D., Izaurralde, E., and Moore,'M. J.
(200 1). The exon-exon junction complex provides a
binding platform for factors involved in mRNA export
and nonsense-mediated mRNA decay. EMBO J. 20,
4987-4997 .
Le Hir, H., Izaurralde, E., Maquat, L. E., and J\lloore, M. J.
(2000). The spliceosome deposits multiple proteins
20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon
junctions. EMBO J. 19, 6860-6869.
Luo, M. J. and Reed, R. (1999). Splicing is required for
rapid and efficient mRNA export in metazoans. Proc.
Nat!. Acad. Sci. USA 96, 14937-14942.
Luo, M. L., Zhou, Z., Magni, K., Christoforides, C.,
Rappsilber, J ., Mann, M., and Reed, R. (2001). Pre-
mRNA splicing and mRNA export linked by direct
interactions between UAP56 and Aly. Nature 413,
644-647.
Reichert, V. L., Le Hir, H., Jurica, M.S., and Moore, M.
J. (2002). 5' exon interactions within the human
spliceosome establish a framework for exon junction
complex structure and assembly. Genes Dev. 16,
2778- 279 1.
Rodrigues, J.P., Rode, M., Gatfield, D., Blencowe, B.,
Blencowe, M., and Izaurralde, E. (2001). REF
proteins mediate the export of spliced and unspliced
mRNAs from the nucleus. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 98,
1030-1035.
Strasser, K. and Hurt, E. (2001 ). Splicing factor Sub2p
is required for nuclear mRNA export through its
interaction with Yra 1p. Nature 413, 648-652.
Zhou, Z., Luo, M . J ., Straesser, K., Katahira, J ., Hurt,
E., and Reed, R. (2000). The protein Aly Jinks
pre-messenger-RNA splicing to nuclear export in
metazoans. Nature 407, 401-405.
Los intrones del grupo II se cortan y empalman a si
mi smos por la formaci6n de un lazo
-rticulo de revisio n
!ichel, F. and Ferat, J.-L. (1995). Structure and activities
of group II introns. Annu. Rev. Biochem. 64, 435-461.
El proceso de corte y empalme alternative implica el
usa diferencial de uniones de corte y em pa lme
- rticulo de revision
~reen, M. R. ( 1991). Biochemical mechanisms of
constitutive and regulated pre -mRNA splicing. Annu.
Rev. Cell Bioi. 7, 559-599.
Articulos de investigaci6n
Handa, N. , Nureki, 0., Kurimoto, K., Kim, !., Sakamoto,
H., Shimura, Y., Muto, Y., and Yokoyama, S. ( !999).
Structural basis for recognition of the tra mRNA
precursor by the Sex -lethal protein. Natwe 398,
579-585.
Lynch, K. W. and Maniatis, T. (1996) . Assembly of specific
SR protein complexes on distinct regulatory elements
of the Drosophila doublesex splicing enhancer. Genes
Dev. I 0, 2089-210 l .
Sun, Q., Mayeda, A., Hampson, R. K., Krainer, A. R., and
Rottman, F. M. (1993). General splicing factor SF2 /
ASF promotes alternative splicing by binding to an
exonic splicing enhancer. Genes Dev. 7, 2598-2608.
Tian, J\1. and Maniatis, T. ( 1993). A splicing enhancer
complex controls alternative splicing of doublesex pre -
mRNA . Cell74, I 05-114.
Wu, J. Y. and Maniatis, T. ( 1993). Specific interactions
between proteins implicated in splice site selection and
regulated alternative splicing . Cell 75, 1061-1070.
Bill La s reacciones de corte y empalme en configuraci6n
trans utilizan RNA pequefios
Articulo de revision
Nilsen, T. ( 1993). Trans-splicing of nematode pre-mRNA.
Annu. Rev.lmmunol. 47, 413-440.
Articulos de investigaci6n
Blumenthal, T., Evans, 0., Link, C. D., Guffanti, A.,
Lawson, D., Thierry-Mieg, J ., Thierry-Mieg, D., Chiu,
W . L., Duke, K., Kiraly, M., and Kim, S. K. (2002).
A global analysis of C. elegans operons . Nature 417,
851-854.
Hannon, G. J. et al. ( 1990) . trans-splicing of nematode pre-
mRNA in vitro. Cell61, 1247-I255.
Huang, X. Y. a nd Hirsh. D. ( 1989) . A second trans-spliced
RNA leader sequence in the nematode C. elegans. ?roc.
Nat!. Acad. Sci. USA 86, 8640-8644.
Krause, M. and Hirsh, D. (I 987). A trans-spliced leader
sequence on actin mRNA in C. elegans. Cell49,
7 53-761.
Murphy, W. J., Watkins, K. P., andAgabian, N. (1986).
Identification of a novel Y branch structure as an
intermediate in trypanosome mRNA processing:
evidence for trans-splicing. Cel/47, 517-525.
Sutton, R. and Boothroyd, J. C. ( 1986). Evidence for trans -
splicing in trypanosomes. Cell47, 527-535.
m La endonucleasa de corte y empalme reconoce al
RNAt
Artlculos de investigaci6n
Baldi, I. M. et al. ( 1992). Participation of the intron in
the reaction catalyzed by the Xenopus tRNA splicing
endonuclease. Science 255, 1404-1408.
Diener, J. L. and Moore, P. B. ( 1998). Solution structure
of a substrate for the archaeal pre-tRNA splicing
endonucleases: the bulge-helix-bulge motif. Mol. Cell
l, 883- 894.
Referencias 703
 DiNicola Negri, E., Fabbri, S., Bufardeci, E., Baldi, M. I..
Mattoccia, E. , and Tocchini-ValentinL G. P. (1997).
The eucaryal tRNA splicing endon uclease re cog ni zes a
tripartite set of RNA elements. Cell 89, 859-8 66.
Kleman -Leyer, K., Armbruster, D. W., and Daniels,
C. J. (2000). Properties of H . volcanii tRNA intron
endonuclease reveal a relationship between the
archaeal and eucarya l rRNA intron processing systems.
Cell 89, 839-847.
Lykke -An dersen, J. and Garrett, R. A. (1997) . RNA- protein
interactions of an archaea l homotetrameric splici ng
endoribonuclease with an excep tional evolutionary
history. EMBO J. 16, 6290- 6300.
Mattoccia, E. et al. (1988). Site selection by the tRNA
splicing endonuclease of X /aevis. Cell 55, 73 1-738.
Reyes, V. M. and Abelson, J. ( 1988). Substrate recognition
and splice site determination in yeas t tRNA splicing.
Cell 55, 719-730.
Trotta, C. R., Miao, F., Arn, E. A., Stevens, S. W., Ho, C. IC
Rauhut. R., and Abelson, J. N. (1997) . The yeas t tRNA
splicing endonuclease : a tetrameric enzyme with two
active site subunits homologous to the archaeal tRNA
endonucleases . Cell 89, 849- 858.
BIB La respuesta de la proteina no plegada tiene
relaci6n con el corte y empalme del RNAt
Articulus de investigaci6 n
Gonzalez, T. N., Sidrauski. C., Dorfler, S., and Walter,
P. (1999). Mechanism of non-spliceosomal mRi\TA
splicing in the unfold ed protein response pathway.
EMBOJ. 18,3119-3132.
Sidrau ski. C., Cox, J. S., and Wa lter, P. (1996). tRNA
ligase is requ ired for regu la ted mRNA splicing in the
unfolded protein response. Ce/187, 405-413.
Sidrauski. C. and Wa lter. P. ( 1997). The transmembrane
kinase Irelp is a site-specific endonuclease that
initiates mRNA splicing in the unfolded protei.n
response. Cel/90, 1031-1039.
Los extremos 3' del RNAm se generan por escisi6n y
poliadenilaci6n
Articulo de revision
Wah le, E. and Keller, W. ( 1992). The biochemistry of 3'
end cleavage and polyadenyla tion of messenger RNA
precursors. Annu. Rev. Biochem. 61. 419-440.
Articulos de investigaci6n
Bouvet. P., Omilli, F. , Arlot-Bon nemains, Y., Legagneux,
V., Roghi, C.. Bassez, T. , and Osborne, H. B. (1994).
The deadenylation conferred by the 3' untransla ted
region of a developmentally co ntrolled mRNA in
Xenopus embryos is switched to polyadenylation by
deletion of a sh ort sequence element. Mol. Cell Bioi. 14,
1893-1 900.
Conway, L. and Wickens, M. ( 1985 ). A sequ ence
downstream of AAUAAA is required for formation of
SV40 late mRNA 3' termini in frog oocytes. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 82, 3949-39 53.
704 CAPITULO 26 Corte, empalme y procesamiento del RNA
Fox, C. A., Sheets, M.D., an d Wickens, M . P. (1989).
Poly(A) addition during ma turation of frog oocyte-;
distinct nuclear and cytoplasmic activities and
reg ulati on by the sequence UUUUUAU. Genes De:.
2151-2162.
GiL A. and Proudfoot, N. ( 1987). Position-dependent
sequence elements downstream of AAUAAA are
required for efficient rabbit b-globin mRNA 3' enc
fo rmation. Cell 49, 399-406.
Karner, C. G., Wormington, M., Muckenthaler, M.,
Schneider, S., Dehlin, E. , and Wah le, E. ( 1998). T!- :
deadenylating nuclease (DAN) is involved in poh .-
tail removal during the meiotic maturation of Xn;_~
oocy te s. EMBO J. 17, 5427-5437.
Kim, M ., Krogan, N. J., Vasiljeva, L., Rando, 0. J., Nec e:
E., Greenblatt, J. F., and Buratowski, S. (2004).
The yeast Rat! exonuclease promotes transcriptio::
termination by RNA polymerase II. Nature 432,
517-522.
McGrew, L. L., Dworkin -RastL E. , Dwo rkin, M. B., ami
Richter, J. D. ( 1989). Poly(A) elongation during
Xenopus oocyte maturation is required for transla r:
recruitment a nd is mediated by a short sequence
element. Genes Dev. 3, 80 3- 8 15.
Takagaki, Y., Ryner, L. C., and Manley, J. L. ( 1988).
Separation and characterization of a poly (A)
polymerase and a cleavage/specificity factor requ i ~:-
for pre-mRNA polyadenylation. Cel/52, 731-742.
Voeltz, G. K. and Steitz, J. A. (1998). AUUUA sequeno ..><
direct mRNA deade nylation uncoupled from de ca :-
during Xenop us early development. Mol. Cell Bioi. l-
7537-7545.
La escisi6n del extrema 3' del RNAm de histonas
puede requerir de un RNA peq ueiio
Articulo de revision
BirnstieL M. L. ( 198 5). Transcription termination and 3
processing: th e end is in site. Ce//41, 349-359.
Artk ulos de investiga ci 6n
Bond, U. M., Yario, T. A., and Steitz, J. A. ( 1991 ). Mult:~
processing-defective mutations in a mammalian
histone pre-mRNA are suppressed by compensato
changes in U7 RNA both in vitro and in vitro. Genes .:;
5, 1709-1 722.
Dominski, Z., Erkmann, J. A., Greenland, J. A., and
Marzluff, W. F. (2001). Mutations in the RNA bind' - 7
domain of stem-loop binding protein define separa"::
requirements for RNA binding and for histone pre-
mRNA processing. Mol. Cell. Bioi. 21, 2008-2017.
Galli, G. et al. (1983). Biochemical complementation w -
RNA in the Xenopus oocyte: a small RNA is requirec
for the genera ti on of 3' histone mRNA termini. Celi
34, 823-828.
Mowry, K. L. and Steitz, J. A. (1987) . Identification of tl:;o
human U7 snRNP as one of several factors involve -
the 3' end maturation of histone premessenger RK:'I.
Science 238, 1682-1687.
Wang, Z. F., Whitfield, M. L. , Ingledue, T. C., Dominski, Z.,
and MarzlufL W. F. ( 1996). The protein that binds the
3' end of histone mRNA: a novel RNA-binding protein
required for histone pre-mRNA processing. Genes Dev.
10, 3028-3040.
IIIII La producci6n de RNAr requiere de sucesos de
escisi6n
Articu lc de revision
Venema, J. and Tollervey, D. (1999) . Ribosome synthesis
inS. cerevisiae. Annu. Rev. Genet. 3 3, 261-311.
tB Se requieren RNA pequefios para el procesamiento
del RNAr
Articulcs de investigaci6n
Balakin, A. G., Smith, L., and Fournier, M. J. (1996). The
RNA world of the nucleolus: two major families of
small RNAs defined by different box elements with
related functions. Cell 86, 823-834.
Bousquet-Antonel!L C., Henry, Y., G'elugne, J.P. ,
Caizergues-Ferrer, M., and Kiss, T. (1997) . A
small nucleolar RNP protein is required for
pseudouridylation of eukaryotic ribosomal RNAs.
EMBO J. 16. 4770-4776.
Ganot, P., Bortolin, M. L., and Kiss, T. ( l 997). Site-specific
pseudouridine formation in preribosomal RNA is
guided by small nucleolar RNAs. Ce// 89, 799-809.
Ganot, P., Caizergues -Ferrer, M., and Kiss, T. ( 1997). The
family of box ACA small nucleola r RNAs is defined
by an evolutionarily conserved secondary structure
and ubiquitous sequence elements essential for RNA
accumulation. Genes Dev. 11, 941-956.
Kass, S. eta!. ( 1990). The U3 small nucleolar
ribonucleoprotein functions in the first step of
preribosomal RNA processing. Ce// 60, 897- 908.
Kiss-Laszlo, Z., Henry, Y., and Kiss, T. (1998). Sequence
and structural elements of methylation guide
snoRNAs essential for site-specific ribose methylation
of pre-rRNA. EMBO J. 17, 797-807.
Kiss-laszlo, Z. et al. ( 1996). Site-specific ribose methylation
of preribosomal RNA: a novel function for small
nucleolar RNAs. Ce/l85, 1077-1068.
NL J., Tien, A. L., and Fournier, M. J. (1997). Small
nucleolar RNAs direct site-specific synth esis of
pseudouridine in rRJ'JA. Ce// 89, 565-573.
Referencias 705
RNA catalitico
ESQUEMA DEL CAPITULO
Introducci6n
Los intrones del grupo I realizan autocorte y
empalme por transesterificaci6n
Los unicos factores necesarios para el autocorte y empalme
de los intrones del grupo I in vitro son iJn cation mon ova-
lente, un cation bivalente y un nucleotido de guanina.
El corte y em palme ocurren par dos transesterificaciones,
sin necesidad de ingreso de energia.
El extrema 3'-OH del cofactor de guanina ataca al extrema
5' del intr6n en la primera transesterificacion .
El extrema 3'- 0H generado al final del primer ex6n ataca
la union entre el intr6n y el segundo ex6n en la segu nda
transesterificacion.
El intron es liberado como molecula lineal que se convierte
en circular cuando su extrema 3'- OH ataca un enlace en
una de las dos posiciones internas.
El enlace interno G414-A16 del intron puede tambien ser
atacado par otros nucleotidos en una reaccion de corte y
empalme en configuraci6n trans.
Los intrones del grupo I forman una estructura
secundari a caracteristica
Los intrones del grupo I forman una estructura secundaria
con nueve regiones dobles.
Las porciones medulares de las regiones P3, P4, P6 y P7
tienen actividad catalitica.
Las regiones P4 y P7 se forman par apareamiento entre
secuencias de consenso conservadas.
Una secuencia adyacente a P7 aparea sus bases con la
secuencia que contiene la G reactiva.
Las ribozimas tienen varias actividades catal\ticas
Cambiando el sitio de union del sustrato de un intr6n
del grupo I es posible introduci r secuencias alternas que
interactuan con la G re<;~ctiva.
Las reacciones siguen la cinetica enzimatica usual de baja
velocidad catalitica.
Las reacciones que utilizan enlaces z - OH podrian haber
sido la base de la evoluci6n de las activida des cataliticas
originates del RNA.
Algunos intrones del grupo I codifican
endonucleasas que fomentan la movilidad
Los intrones moviles pueden insertarse en nuevas sitios.
Los intrones m6viles del grupo I codifica n una endonuclea-
sa que produce rotura de la doble cadena en un sitio diana.
El intr6n se transpone al sitio de la rotura de la doble
cadena par un mecanismo de replicaci6n mediado par DNA.
Los intrones del grupo II pueden codificar
prote\nas multifuncionales
Los intrones del grupo II pueden ser sujetos de autocorte y
empalme in vitro, pero suelen ser auxiliados par actividades
proteinicas codificadas en el intro n.
706
Un solo marco de codificaci6n especifica a una proteina
con actividad de transcri ptasa inversa y madurasa, un
segmento de union de DNA y una endonucleasa de DNA.
La transcriptasa inversa genera una copia de DNA a
partir de la secuencia del RNA, que se transpone par un
mecanismo similar al del retropos6n.
La endon ucleasa escinde el DNA diana para permitir la
inse rcion del transposon en un nuevo sitio.
BJfJI Algunos intrones de autocorte y empalme
requieren de madurasas
Los intrones de autocorte y empalme pueden necesitar
actividades de madurasa codificadas en su interior para
ayudar al plegamiento en la estructura catalitica activa.
fiE) La actividad catal1tica de la ribonucleasa P se
debe al RNA
La ribonucleasa Pes una ri bonucleoproteina en la cual e-
RNA tiene actividad catalitica.
~ Los virioides tienen actividad catal\tica
Virioides y virusoides forman una estructura en cabeza a;.
martillo con actividad de autoescisi6n.
Se puede n generar estructuras simi lares para el
apareamiento de una cadena de sustrato fragmentada pC'
una cadena de enzimas.
Cuando una cadena enzimatica se introduce en una celu_;
puede aparearse con una cadena sustrato dia na, que
despues es escindida.
flJII!J La edici6n de RNA ocurre en bases individuales
Los receptores de apolipoproteina B y glutamato present'
desaminaciones especificas de sitio catalizadas par
desaminasas de citidina y adenosina, que cam bian la
secuencia de codificaci6n.
flJID La edici6n del RNA puede di rigirse
por RNA gu\as
.. La intensa edici6n de RNA en mitocondrias de tripanoso- -
se debe a inserciones o deleciones de uridina.
El sustrato de RNA aparea sus bases con un RNA guia e~
ambos lados de la region par editar.
El RNA guia proporciona el molde para la adicion (o, co-
menos frec uencia, la deleci6n) de uridinas.
La edici6n es catalizada par un complejo de endonuclea ~~
actividad de transferasa de uridilo terminal y ligasa de 1\J .
UN El corte y empalme de prote\nas son
autocatal1ticos
Una inteina tiene La capacidad de catalizar su propia
eli minaci6n de una proteina, de manera que las exteina: :..
los flancos se conecten.
Corte y empalme de las proteinas se catalizan par la inte--
Casi todas las inteinas tienen dos actividades
independientes, corte y empalme de proteinas y una
endonucleasa que vuelve a casa.
flJD) Resumen

Introducci6n
:..a idea de que solo las protefnas tienen actividad
-:nzimatica estaba profundamente arraigada en Ia
~ :oqufmica (incluso los devotos de Ia funcion pro-
~dn ica llegaron a pensar que jSOio elias tenfan Ia
ersatilidad para constituir el material genetico!) .
_na de las razones de la identificaci6n de enzimas
protefnas proviene del punta de vista de que solo
c:.s protefnas con sus variadas estructuras tridimen-
: nales y grupos laterales tienen Ia flexibilidad para
::-ear los sitios activos que catalizan las reacciones
: :oqufmicas. Sin embargo, Ia caracterizacion de sis -
_-:mas implicados en el procesamiento del RNA ha
ostrado que ese punta de vista es una simplifica-
-'n exagerada.
Hoy se sabe que el RNA tiene varios tipos de
:-:acciones catalfticas. El termino ribozima es ya
_:- usa general para describir un RNA con actividad
:.'3talftica y es posible caracterizar Ia actividad en-
~atica en Ia misma forma que una enzima mas
: nvencional. Algunas de las actividades catalfticas
~e l RNA se dirigen contra sustratos separados, en
- to que otras son intramoleculares (lo cuallimita
...:. accion catalftica a un solo ciclo).
Los intrones del grupo I y del IT pose en la ca-
. acidad de segmentarse a sf mismos fuera del pre-
- )TAm que los contiene. La intervenci6n de los in-
.: ones del grupo I ha permitido generar moleculas
:.e RNA con otras actividades catalfticas relaciona-
..:.-as con la original.
La enzima ribonucleasa Pes una ribonucleopro-
:dna que contiene una sola molecula de RNA unida
.: una protefna. El RNA posee la capacidad de ca-
.alizar Ia escisi6n en un sustrato RNAt, en tanto el
: mponente protefnico tal vez participe de manera
::1directa para mantener Ia estructura del RNA ca-
:..alftico.
El tema comun de esas reacciones es que, in
:rro, el RNA puede presentar una reacci6n intra-
~10l ecular o intermolecular que implica escisi6n o
.:nion de enlaces fosfodiester. Aunque la especifici-
.:ad de la reacci6n y la actividad catalftica basica son
roporcionadas par el RNA, las protefnas relaciona -
:Jas con este pueden ser necesarias para Ia reaccion
-:ficaz in vivo .
El corte y empalme del R1\l'A no constituyen el
_oico media por el que pueden introducirse cam-
-ios en su contenido informacional; en el proceso de
edici6n del RNA se introducen cambios en bases
.:J.dividuales o se agregan bases en posiciones espe-
i ficas de un RNAm; dicha inserci6n de bases (muy
= menudo moleculas de uridina) ocurre en varios
jenes de las mitocondrias de ciertas eucariotas in-
:eriores; a semejanza del corte y empalme, implica
27 .2 Los intrones del grupo I realiza n auto corte y empa lme por transesterificaci6n
la rotura y reunion de enlaces entre nucle6tidos,
pero tambien requiere de un molde para codificar
la informacion de Ia nueva secuencia.
Los intrones del grupo I
realizan autocorte y empalme
por transesterificaci6n
-
Conceptos principales
Los unicos factores necesarios para el autocorte y
empalme de los intrones del grupo I in vitro son
un cation monovalente, un cation bivalente y un
nucleotido de guanina.
El corte y empalme ocurren por dos
transesterificaciones, sin necesidad de ingreso de
energ\a.
El extrema 3'-0H del cofactor de guanina ataca al
extrema 5' del intron en la primera transesterificacion.
El extrema 3' -O H generado al fina l del primer ex on
ataca la union entre el intr6n y el segundo ex6n en La
segunda transesterificaci6n.
El intr6n es liberado como molecula lineal que se
convierte en ci rcular cuando su extrema 3'- OH ataca
un enlace en una de las dos posiciones internas .
El enlace interno G414-A16 del intr6n puede tam bien
ser atacado por otros nucle6tidos en una reacci6n de
corte y empalme en configuracion trans.
Los intrones del grupo I se encuentran en diversas
localizaciones, ademas de presentarse en genes que
codifican el RNAr en los nucleos de los eucario-
tas inferiores Tetrahymena thermophila (un ciliado)
y Physarum polycephalum (un moho de lama). Son
comunes en los genes de mitocondrias mic6ticas,
estan presentes en tres genes del fago T4 y tam bien
se encuentran en bacterias. Los intrones del grupo
I tienen una capacidad intrfnseca de autocorte y
empalme (propiedad que tambien poseen los in-
trones del grupo II analizados en Ia seccion 26.11 ,
Los intrones del grupo II presentan autocorte y em-
palme a naves de la formacion de lazos) .
El autocorte y empalme como propiedad de los
productos de transcripcion de los genes de RNAr
se descubri6 en T. thermophila . Los genes de los dos
principales RNAr siguen Ia organizaci6n usual, en
Ia cual ambos se expresan como parte de una uni-
dad de transcripcion comun. El producto es un RNA
precursor 35S con la secuencia del RNAr pequefio
en la parte 5' y Ia del mas grande (26S) hacia el
extrema 3'.
En algunas cepas de T. thermophila Ia secuencia
que codifica el RNAr de 26S se interrumpe par un
intr6n corto unico. Cuando el RNA precursor de
35S se incuba in vitro, el corte y empalme ocurre
707

Transcripci6n l Electroforesis en gel
RNA de 358
Corte y
empalme ! que la reaccion no requiere de entrada de ene:c
=-=-== ==== +===-
Formaci6n
de un ciclo
lntr6n circular - -
lntr6n lineal - -
En el genera Tetrahymena, el corte y empalme
del precursor del RNAr de 355 puede seguirse por electroforesis
en gel. La eliminaci6n del intr6n se revela por la aparici6n de
una banda pequeiia de movimiento rapido, y al tornarse circu-
lar, se desplaza mas lentamente en la electroforesis, como se
observa por una banda mas alta.
como reacci6n aut6noma. El intr6n es escindido del
precursor y se acumula como fragmento lineal de
400 bases, que posteriormente se convierte en un
RNA circular. En Ia se resumen esos
sucesos.
La reaccion requiere solo de un cation monovalente,
un cation bivalente y un cofactor nucleotidico de guanina.
Nose puede sustituir ninguna base con G, pero noes
necesario un trifosfato, pueden utilizarse todos, GTP,
GDP, GMP y la guanosina misma, de manera que no
hay un requerimiento neto de energia. El nucle6tido
de guanina debe tener un grupo 3'-0H.
La trayectoria del nucle6tido de guanina Puede
seguirse con una marca radioactiva. La radioactivi-
dad empieza por penetrar el fragmento lineal escin-
dido del intr6n y la mol<~cula de G se conecta con
el extrema 5' del intr6n por un enlace fosfodiester
normal.
En la se muestra que ocurren tres
reacciones de transfe rencia. En Ia primera, el nu-
cleotido de guanina se comporta como cofactor
que proporciona el grupo libre 3' -OH, que ataca el
extrema 5' del intron. Esta reaccion crea el enlace
G-intron y genera un grupo 3'-0H en el extrema
del exon. La segunda transferencia implica una re-
accion quimica similar, don de ese 3' -OH ataca des-
pues al segundo ex6n. Los dos productos de trans-
ferenda se conectan, no se han observado exones
libres, de manera que su union puede ocurrir como
parte de Ia misma reaccion que Iibera el intron. El
708 CAPITULO 27 RNA catal\tico
intron se Iibera como molecu la lineal, pero er.
tercera reaccion de transferencia se convierte _~
circular.
Cada etapa de la reaccion de autocorte y em_' ; -
me ocurre por una transesterificaci6n, en Ia cual _ -
ester fosfato se convierte directamente en otro. ~ ..
hidr6lisis intermedia. Los enlaces se intercamb:.::.
d e manera directa y se conserva la energia, o ~
ni hidrolisis de ATP o GTP. Si ninguna de las rei:~
ciones consecutivas d e transesterificacion imp:.
un cambia neto de energia, .:,por que la reacc
de corte y empalme avanza basta terminarse ~- -
se equilibra entre el producto con corte y empa::::.
y el precursor, que no ha sufrido esos cambios? :....
concentracion de GTP es alta en relacion con la .
RNA y, por tanto, hace avanzar Ia reaccion; un ca::-
bio en Ia estructura secundaria del RNA impi dl"
reaccion inversa.
El sistema in vitro no incluye proteinas, de n L
ra que Ia capacidad de corte y empalme es intrinseca
RNA. Este ultimo forma una estructura secund a::-~
terciaria especffica en Ia cuallos grupos imp on- -
te se yuxtaponen, de manera que el nucleotide- :
guanina puede unirse en el sitio especifico y a
pues ocurren las reacciones de rotura de enlac::
reunion que se muestran en Ia Figura 27.2. A:...
que es una propiedad del RNA mismo, Ia reac c~
es asistida in vivo por protefnas, que estabiliza:-:
estructura del RNA.
La capacidad de participar en esas reacci ~ =
de transferencia reside en Ia secuencia del in tr _-
que sigue siendo reactivo despues de ser escinG.: _
como molecula lineal. En Ia se resu n:: -
sus actividades.
El intron puede hacerse circular cuando Ia ( -
terminal ataca alguna de las dos posiciones cerca;- -
al extrema 5'; el enlace interno se rompe y em -
ces el nuevo extrema 5' se transfiere al extr
3'-0H del intron. La formaci6n primaria de un c~
suele involucrar una reacci6n entre la G414 termi.< :
y la A 16 , que es la reacci6n mas frecuente (apa . e-.
como tercera transferencia en la Figura 27.2) . C
menos frecuencia, Ia G4 14 reacciona con U 20 ; cc.
reaccion genera un intr6n circular y un fragm =-
lineal que representa a Ia region 5' original (d e .
bases de longitud para atacar A 16 y de 19 para ate.:-
U20}. El fragmento 5' liberado contiene el nucle6 ~
original de guanina agregado.
Cualquiera de los ciclos puede regenerar ~
molecula lineal in vitro mediante hidrolisis espc.:::
fica del enlace (G 414 -A 16 o G4 14 -U 20 } que lo he ._
cerrado, fen6meno que se conoce como formac
in versa de un ciclo . La molecula lineal generada ~
reversion de Ia formaci6n primaria de un ciclo en A
- -miene activa y puede dar Iugar a una formaci on
: .:undaria de ciclo por ataque de U20 . Primera transferencia
El producto final de las reacciones espontaneas El extremo 3' -0H de G ataca
a\ 5' del intr6n
-reriores a liberaci6n del intron es el RNA L-19,
- lecula lineal generada por reversion de la forma 5' 3'
pG-OH
- ular mas corta. Dicha molecula tiene una activi- 5' -P ===
Ex;:6:;:n:::;:B~ 3, y
'd enzimatica que le permite catalizar Ia extension pNpNpNpNpNpNpXpXpXpXpXpX
-: ribonucleotidos cortos (nose muestran en la fi-
- ra, pero vease Ia Fig. 27.8). pNpNpNpNpNpN-OH
La reactividad del intr6n liberado va mas alia +
pGpXpXpXpXpXpX I
I
:: revertir Ia reacci6n de formaci6n de un ciclo; la
.:iici6n del oligonucle6tido UUU reabre el ciclo pri-
ario por reacci6n con el enlace G414-A 16 . El UUU Segunda transferencia
+ El extremo 3'-0H del ex6n A
~ e simula el extrema 3' del 15-mer liberado por = = =<:;H :'
.: formaci6n primaria de un ciclo) se convierte en ......... ataca a\ 5' del B

. extrema 5' de la molecula lineal formada. Esta es

..:la reaccion intermolecular y, por tanto, demues- ~
-P
"::" 3 Ia capacidad de conectar dos moleculas de RNA +

...Jerentes.
Esta serie de reacciones muestra vfvidamente
e Ia actividad autocatalftica refleja la capacidad
G-P
.- OH Tercera transferencia
El extremo 3'-0H del intr6n
ataca el enlace a 15 bases
=-:>neralizada de la molecula de RNA de for mar un
~
del extremo 5'
_;:ntro activo que pueda unirse a cofactores de gua-
- - a, reconocer oligonucleotidos y conjuntar grupos
::activos en una conformacion que perrnita romper
_ volver a un.ir los enlaces. Otros intrones del grupo I
-_ han sido investigados con tanto detalle como el del
G-P
_; -OH
+
0
El autocorte y empalme se debe a reacciones de trans-
;enero Tetrahymena, pero en generaL sus propiedades esterificaci6n en las cuales hay un intercambio directo de enlaces.
Los en la ces generados en cada etapa se indican mediante recuadros
n sirnilares.
sombreados.
La reacci6n de autocorte y empalme constitu-
~ una propiedad intrfnseca del RNA in vitro, pero
_~asta que punto participan las protefnas in vivo?
_ s sistemas mitocondriales proporcionan ciertos
1111 Los i ntrones del grupo I
dicios de Ia participaci6n de las protefnas, en los
forman una estructura
.-uales, el corte y empalme de los intrones del grupo I secundaria caracter1stica
_:-quieren de los productos que actuan en configu- Conceptos pri nci pales
acion trans de otros genes. El gen mutado cytlB de
Los intrones del grupo I forman una estructura
eurospora crasa constituye un ejemplo notable de secundaria con nueve regiones dobles .
.:efectos en el corte y empalme de varios intrones
Las porciones medulares de las regiones P3, P4, P6 y
::1itocondriales del grupo I. jEl producto de ese gen
P7 tienen actividad catal\tica.
arece ser Ia sintetasa de tirosil-RNAt mitocondrial!,
Las regiones P4 y P7 se forman por apareamiento entre
cual se explica por el hecho de que el intron pue-
secuencias de consenso conservadas.
e adoptar una estructura terciaria similar a Ia del
Una secuencia adyacente a P7 aparea sus bases con la
..NAt estabilizada por la sintetasa y que fomenta la
secuencia que contiene la G reactiva.
~eacci6n catalitica.
Esta relaci6n entre la sintetasa y el corte y em-
:)alme es compatible con la idea de que este ultimo se Todos los intrones del grupo I pueden organizarse
rigin6 como una reacdon mediada por RNA, poste- en una estructura secundaria caracterfstica de nue-
:iormente auxiliada por proteinas de union de RNA ve helices (Pl-P9). En Ia se muestra un
_ue originalmente tenfan otras funciones. La capaci- modelo de Ia estructura secundaria del intr6n del
i ad de autocorte y empalme in vitro puede ser la inte- genero Tetrahymena. Dos de las regiones de bases
~acci6n bioqufrnica basica. La estructura del RNA crea apareadas se generan por apareamiento entre los
-"[ sitio activo, pero solo puede funcionar eficazmente elementos de secuencias conservados que son co-
:nvivo cuando lo asiste un complejo proteinico. munes a los intrones del grupo I. La P4 se estructura

27. 3 Los intrones del grupo I forman una estructura secundaria caracteristica 709

5'G. UUUpA 16 CCUpU 20 UG
t /
Formaci6n de un ciclo
Inversion de Ia formaci6n de un ciclo
Prcductos
del cambio a 414
estructura lineal GOH
"'IIII::""""_,~
RNA L-15 RNA L-19
Reacci6n en configuraci6n trans
414 16 20
G pA CCUpU UG UUUpA 16CCUpU 20 UG
.....
uuu
El intr6n escindido puede formar c1rculos mediante
uno de los dos sitios internos para la reacci6n con el extrema 5' y
reabrirlos por reacci6n con agua u oligonucle6tidos.
a partir de las secuencias P y Q, y la P7, de R y S. La
secuencia de otras regiones de bases apareadas varia
en funcion de los intrones individuales. El analisis
de mutaciones identifica un "nucleo" de intron que
contiene P3, P4, P6 y P7 que constituye Ia region
mfnima susceptible de llevar a cabo una reaccion
catalftica. La longitud de los intrones del grupo I
varia ampliamente, de modo que las secuencias de
consenso se localizan a distancia considerable res-
pecto de las uniones de corte y empalme reales.
Algunas de las reacciones de apareamiento sere-
lacionan directamente con el cambia de las uniones
de corte y empalme a una conformacion que sopone
Ia reaccion enzimarica. La Pl incluye el extrema 3'
del exon izquierdo. La secuencia del intron que se
aparea con el exon se denomina IGS, o secuencia
gufa interna (nombre que refl.eja el hecho de que
originalmente se pensaba que la region 3' inmediata
710 CAPITULO 27 RNA catal1tico
Ex6n 1 rG-OH p
5' CUCUCU Primera 5' UGCGGG 3'
3' GGGAGG transferencia 3' ACGCCC 5'
IGS 0
P6
Ex6n 1
Ex6n 2
PS
s Se forma
5' UAGUC 3' 2 bp en el
3' AUCAG 5' extremo 3'
R del intr6n
Los intrones del grupo I tienen una estructu; :-
cundaria comun formada por nueve regiones de pares de :: :.=..
Las secuencias de las regiones P4 y P7 se conservan, de - ~ _
que identifican a cada uno de los elementos de secuencic: :
R y S. Entre el extrema del ex6n izquierdo y la IGS del i n:-:
se crea P1 por apareamiento; la region intermedia entre ~
pg se aparea con el extrema 3' del intr6n.
ala secuencia IGS, mostrada en la figura, se ap a.~ ~ _
bacon la union de corte y empalme 3', uniend o '
los dos enlaces. La interaccion es posible, per('-
parece indispensable). Una secuencia muy cona -
ocasiones de apenas dos bases, entre P7 y P9, api.:':
sus bases con la secuencia inmediatamente ante:.-
a Ia G reactiva (posicion 414 en el genera Tetr ;_
mena) del extrema 3' del intron.
Las propiedades de las mutaciones que aa - ~
en configuracion cis y que impiden el corte y eiL::-
me de intrones del grupo I, destacan la impona.:::. -
del apareamiento de las bases para crear Ia est:-
tura central necesaria del RNA . Dichas mutaci :.-
han sido aisladas en los intrones mitocondria:-:
traves de mutantes que no pueden eliminar t c
tron in vivo, y se han aislado para el intron de: ~
nero Tetrahymena par transferencia de Ia rea c --
de corte y empalme a un ambiente bacterian
estructura que se muestra en Ia 7.5 per::
seguir la reacci6n de corte y empalme en E. C('._-: .:_
intr6n de autocorte y empalme se localiza en u-=
tio que interrumpe el ctecimo codon de Ia secue-:. -
de codificaci6n de Ia galactosidasa ~, de modo :
Ia proteina puede ser traducida con exito a par.:.;
un RNA solo despues de eliminado el intron.
La sfntesis de Ia galactosidasa ~ en este : :~
rna indica que el corte y empalme puede dar ~~ :
condiciones bastante distantes de las prevalecie:- -
en el genera Tetrahymena o incluso in vitro, re
 El RNA catalitico tiene un sitio de uni6n de guanosina
y uno de uni6n de sustrato

Sitio de union de -
guanosina
5' cucucu UUUACCU
JTranscripci6n Sitio de uni6n de -
GGGAGG I u2o
sustrato
lncluye A16 y
JCorte y empalme
La primera transferencia de G-OH ocupa el sitio de union

t Traducci6n
de G; el exon 5' ocupa el sitio de union de sustrato
- - =3' 3'
Galactosidasa ~
~414 ~414

Pacas azules
J G-OH
0 :>0 0
generadas por tinci6n ;:> () 0 5' cucuc?. 5'
de galactosidasa ~ GGGAGG
0

R La colocaci6n del intr6n de Tetrahymena en la La segunda transferencia de G414 ocurre en el sitio de

o: tJencia de la galactosidasa ~ da lugar a un analisis para union de G; el exon 5' esta en el sitio de union del sustrato
- 3Utocorte y empalme en la Escherichia coli. La sintesis de
:: ..;ctosidasa ~ se analiza por la adici6n de un compuesto que
= :orna azul por acci6n de la enzima. La secuencia es llevada
:.abo por un bacteri6fago, de manera que las placas azules
-.e contienen bacterias infectadas) indican que el corte y 5'
S'
CUCUCU G.
GGGAGG
G

GGGAGG
G
- Jalme fue exitoso.
+
' o que podria interpretarse en el sentido de que 5' cucucu -===3'
: autocorte y empalme puede ocurrir. en la celula La tercera transferencia de G414 ocurre en el sitio de union
~ teriana. Otra posibilidad es que haya proteinas de G; el extrema 5' del intron esta en el sitio de union del
.:cterianas que ayuden a la reacci6n. sustrato

G~
Aplicando este analisis se pueden producir mu- G
.: iones en el intr6n para ver si impiden la reacci6n. G UUUACCU
_.Js mutaciones de las secuencias de consenso del GGGAGG GGGAGG
.::-upo I que alteran el apareamiento de sus bases de- G UUUACCU
enen el corte y empalme, pero pueden revertirse
.ediante cam bios compensatorios que restablezcan La escision del intron del grupo I del RNAr del
_ ho apareamiento. genera Tetrahymena ocurre por reacciones sucesivas entre los
Las mutaciones de las se61encias de consenso ocupantes del sitio de union de guanosina y el de union de
rrespondientes en los intrones mitocondriales del sustrato. El exon izquierdo es rosado, y el derecho, purpura.

__ po I producen efectos similares. La mutaci6n de

_na secuencia de consenso puede ser revertida por
~ de una secuencia de consenso complementaria
_ modo de restablecer el apareamiento; por ejem-
:o, las mutaciones de Ia secuencia de consenso R
. eden compensarse mediante mutaciones de la
.cuencia de consenso S.
Juntos, esos resultados sugieren que la reacci6n
.:e corte y empalme del grupo I depende de Ia for-
::Iaci6n de una estructura secundaria entre pares
_ secuencias de consenso en el intr6n . El princi-
io establecido en esta obra es que las funciones de
.1s secuencias distantes del sitio del corte y empalme son
:ccesarias para formar el sitio activo que hace posible el
.ttocorte y empalme.
Ill Las ribozimas tienen varias
actividades cata l1ticas
Conceptos principales
Cambiando el sitio de union del sustrato de un intron
del grupo I es posible introducir secuencias alternas
que interactuan con la G reactiva.
Las reacciones siguen la cinetica enzimatica usual de
baja velocidad catalltica.
Las reacciones que utilizan enlaces 2' -OH podrian
haber sido la base de la evolucion de las actividades
catallticas origi nales del RNA.

27.4 Las ribozimas tienen varias actividades catallticas 711

 . ..
Contactos encontrados antes de Ia uni6n del sustrato

.........
3' G-OH
C5 se aparea c<: -
el sitio IGS cercc.
IGS 5' RCCCCC-OH 3'
<;3GGAGG= 5 del extrema 5' C'=
RNA

3' G-OH

l
5' rpCCCC9-0H 3'
G-OH ataca el
enlace CpC
Contactos encontrados despues de Ia uni6n del sustrato GGGAGG= 5

t 3' G
6-oH Transferencia de
C a 3'-G; liberac:-
GGGAGG- 5' de C4

3' G
, La posicion de la IGS de la estructura terciaria
tC-OH Se une otro C5; IE.
cambia cuando se fo rma Pl por la union del sustrato.
5' RCCCCC-OH 3' reacci6n de
GGGAGG= 5' transferencia se
invierte
La actividad catalitica de los intrones del grupo I fue HO-CCCC_.;
C,.:
C,s
p =~
descubierta por su capacidad de autocorte y empal-
me, p ero estos pueden presentar otras reacciones
catalfticas in vitro; todas estas reacciones se basan en
t 3'G-OH Se Iibera C6 con
generaci6n de
transesterificaciones y se analizan de acuerdo con su RNA L-19
: GGGAGG= 5'
relacion con la reaccion de corte y empalme en sf.
La actividad catalitica de un intron del grupo
I es conferida por su capacidad de generar una es- Gl El RNA lineal L-19 puede unirse a C en el s':-:
tructura secundaria y una terciaria en particular, union de sustrato; el extrema G-OH 3' reactivo esta loca:.:::.
en el sitio de uni on G y cataliza reacciones de tran sfe renc'~ -
las cuales dan lugar a sitios activos equivalentes a
convierten dos oligon ucleoti des ( 5 en un C4 y un ( 6
los sitios activos de una enzima convencional (pro-
teinacea) . En la se ilustra la reaccion de
corte y empalme de conformidad con dichos sitios entre P4 y P5, reaccion representada en la
(es la misma serie de reacciones mostrada antes, en . por contactos que se detectan en la estruc:
la Fig. 27.2). secundaria. En la estructura terciaria, los dos ~
El sitio de union del sustrato se forma a partir con tactados alternativamente por Pl tienen j -
de la helice Pl, en la cual, el extremo 3' del primer entre sf, lo cual implica un movimiento susta::..:_
intron aparea sus bases con la IGS en una reaccion en !a posicion de Pl.
intermolecular. Las secuencias de P7 forman un si- El RNA L-19 se genera por la apertura de. _
tio de enlace de guanosina que podrfa ser ocupado tron circular (mostrado en la ultima etapa cit
por un nucleotido de guanosina libre o por la mo- reestructuraciones intramoleculares incluidas .:-
lecula de G en la posicion 414. En la primera reac- Fig. 27.3) ; aun conserva capacidades enzim.i _
ci6n de transferencia es utilizado por el nucleotido que simulan las implicadas en la reacci6n or(
de guanosina libre, pero posteriormente lo ocupa de corte y empalme. La funcion de la ribozima -:
G414 Mediante la segunda transferencia se liberan de ser analizada en cuanto a su capacidad de u -
los exones unidos, en tanto que la tercera crea el con una secuencia intramolecular complemer: ' -
intron circular. de IGS en el sitio de union de sustrato, en taL:
La union con el sustrato implica un cambio enlaza con el G4 14 terminal o un nucleotido G
de conformacion; antes, el extremo 5' de IGS esta en el sitio de union de G.
cerca de P2 y P8, y despues, cuando se forma la En la se ilustra el m ecanism
helice P l , se acerca a bases conservadas que yacen el cual el oligonucleotido C5 se extiende haste.

712 CAPITULO 27 RNA cataliti co

 Endorribonucleasa especffica de secuencia KM Recambio
3' Enzima Sustrato (mM) (/minuto)

Virusoide de 19 RNA de 24 0.0006 0.5

.. ..
G-OH
bases
lntr6n L-19
bases
CCC CCC 0.04 1.7
5'=cu!u- 3' ...,. 5'=CUCU-OH RNA de ribonucleasa P pre-RNA! 0.00003 0.4
GGGAGG5' + Ribonucleasa P pre-RNA! 0.00003 29
5'G = 3' completa
Ribonucleasa T1 GpA 0.05 5 700
Ligasa de RNA
Galactosidasa ~ lactosa 4.0 12 500
3'
1 Las reacciones catalizadas por RNA tienen
las mismas caracter\sticas que las catalizadas por prote\nas,

...
Gp aunque su velocidad es menor. La K 1~ senala la concentracion
de sustrato necesaria para alcanzar la mitad de la velocidad
maxima, que es una medida inversa de la afinidad de la enzima
5'=="=Y-OH ..... 5'=Y --=3' por el sustrato. El numero de recambio aporta la cifra de mo-
xxxxxx 5' + G lecu las de sustrato transfo rmadas por un solo sitio catal\tico
'~~===::!Y en la unidad de tiempo.

Fosfatasa

una G terminal. La especificidad de Ia ribozima pue-

.
G-OH

l:
5' UCUp 3' ..... 5' UCU-OH 3'
GGGAGG 5'
GURA 7 Las reacciones catal\ticas de la ribozima impli-
:::=1 transesterificaciones entre un grupo del sitio de union del
. strata y otro del sitio de union de G.
~ ar una cadena C6 a! adosarse a! sitio de union del
strato, en tanto G414 ocupa el sitio de union de G.
~ r reacciones de transesterificacion, se transfieren
_"C de C5 a Ia G 3' terminal, y despues, de regre-
- a una nueva molecula de C5 . Las reacciones de
- ansferencia adicionales llevan a la acumulacion
_f' oligonucleotidos de citosina mas prolongados,
::accion que constituye una catalisis reaL pues el
~ \fA L-19 se mantiene sin cambios y esta disponible
'ilra catalizar a varios sitios. La ribozima se compor-
~ como transferasa de nucleotidos.
En Ia .L 7 se definen otras reacciones
-::-tzimaticas. La ribozima puede comportarse como
:_ dorribonucleasa especifica de secuencia aprove-
. ando la capacidad de IGS para unir secuencias
- mplementarias. En este ejemplo une un sustrato
:.;terno que contiene Ia secuencia CUCU y no Ia
::cuencia analoga contenida generalmente en el
. :tremo del exon izquierdo. En el sitio de union G
:..Jy un nucleotido que contiene guanina y que ata-
, a Ia secuencia CUCU precisamente de la misma
rma que el exon suele ser atacado en Ia primera
=accion de transferencia, de modo que escinde Ia
=cuencia diana en una molecula 5', y que simu-
-'- el exon izquierdo, y una molecula 3' que porta
de modificarse por mutacion del elemento IGS, de
manera que reconozca secuencias complementarias
de la nueva secuencia de la region IGS.
La modificacion de IGS puede usarse para cam-
biar Ia especificidad del sitio de union de sustrato
y permitir que otras dianas de RNA ingresen, de
modo de generar una actividad de ligasa. Un RNA
que termina en un 3'-0H se une a! sitio sustrato y
otro, terminado en Ia molecula 5'-G, se acopla a!
sitio de union G. Un ataque por el hidroxilo en el
enlace fosfato conecta las dos moleculas de RNA con
perdida de una molecula de G.
La reaccion de fosfatasa no tiene relacion di-
recta con las reacciones de transferencia de corte y
empalme. Una secuencia oligonucleotfdica comple-
mentaria de IGS, terminada en un 3' fosfato, puede
ser atacada por G4 14, que se adjudica el fosfato; a
continuaci6n se Iibera un oligonucle6tido con un
extrema 3'-0H. El fosfato puede entonces trans -
ferirse a un oligonucle6tido que termina en 3'-0H
(revirtiendo eficazmente Ia reaccion) o, de hecho, a
agua (con liberacion de fosfato inorganico y conclu-
sion de una reaccion autentica de fosfatasa).
Las reacciones catalizadas por el RNA pueden
ser descritas en la misma forma que las reacciones
enzimaticas usuales segun la cinetica de Michaelis-
Menten. En la 1 se analizan las reaccio-
nes catalizadas por el RNA. Los valores de KM para
dichas reacciones son bajos, de modo que implican
que el RNA se una con su sustrato con alta especifi-
cidad. El numero de recambio es bajo, lo cual refleja
baja velocidad catalitica. De hecho, las moleculas de
RNA se comportan en la misma forma general de-
finida para las enzimas, aunque son relativamente

2 7. ~ Las ribozimas tienen varias actividades cata l\ticas 713

 0

-o-t~~O-~H
2 O

OH
OH OH
NH 2

La union de glucosamina
6 fosfato provoca el
autocorte y empalme uu
del RNA fl A AU
G ft. AU
C A G C
p A C G
C A U G
GCGG A G
GC U ~
Au
AU
II
;
u
uA Region ~
C G medular de A U
gG Codon
de inicio
A ~ Ia ribozima G C
~-..----.-.......- c"'G""'CC_c& GACGAGI lf3 2; G ... N85 . . . AUG .... 3'

GC
GC
CG
UA
AGCA
G C
El rojo indica las bases en que
u u
G A
Ia mutaci6n disminuye Ia actividad
UGcAG

En la region 5' no traducida del RNAm hay una ribozima que codifica la
enzima productora de la glucosamina-6-fosfato. Cuando Glc-6-P se une a la ribozima,
escinde el extrema 5' del RNAm, lo desactiva, e impide que siga produciendo la enzima.

lentas respecto de los catalizadores proteinicos (en
los cuales las cifras de recambio normales van de
10 3 a 10 6 ) .
Con el descubrimiento de que las ribozimas
pueden ser reguladas por ligandos, se ha logrado
ampliar de manera importante sus actividades (vea-
se Ia seccion 13.7, Las moleculas de RNA pequefias
pueden regular la traduccion). En la
se resume la regulaci6n de un ribointerruptor. El
metabolito pequefio G l cN6P se une a una ribozima
y la activa para escindir el RNA en una reaccion
intramolecular con el fin de regular Ia produccion
de G l cN6P; la ribozima se localiza en la region 5'
no traducida del RNAm, que codifica la en zima in-
volucrada en la producci6n de G lcN6P, y la escisi6n
impide la traducci6n.
LComo proporciona el RNA un centro catalfti-
co? Esta capacidad parece razonable si se piensa en
un centro activo en cuya superficie se eA.'POne una
serie de grupos a ctivos en una relaci6n fija. En
una protefna, los grupos activos son proporciona-
dos por las cadenas laterales de los aminoacidos,
notablemente variadas, que incluyen grupos io-
nicos positivos y negativos, asf como hidr6fobos.
En un RNA las moleculas disponibles estan mas
restringidas, constituidas sobre todo por los grupos
expuestos de las bases nitrogenadas. La conforma-
ci6n secundaria/terciaria de la molecula, que pro-
porciona una superficie de grupos activos ca .:.
de mantener un ambiente en el que se romper_ =
laces que se forman en otra molecula, da lu_gar "
conservaci6n de regiones cortas en una estruc
especffica. Parece inevitable que la interacci6n e -:-
el RNA catalftico y el sustrato de RNA dependa ~
del apareamiento de bases para crear el ambie-
Los cationes divalentes (por lo general Mg 2 +).
importantes en la estructura, y sue len estar pre~ :
tes en el sitio activo, donde coordinan las posid c .
de los diversos grupos; participan de manera di:-:-_
en la actividad endonucleolitica de la ribozima.:;
virusoides (vease se cci6n 27 .9, Los virioides tie:-
a ctividad catalftica ).
Las implicaciones evolutivas de esos descL~
mientos son intrigantes. La capacidad de frag ..: -'" -
taci6n del aparato genetico, en el cual hay Rl\.~_
todos los componentes, pe ro las protefnas re~
reacciones catalfticas, siempre ha sido un enig--
Parece p oco probable que los primerisimos siste:-
de replicaci6n tuvieran tanto acidos nucleicos c -
proteinas.
Supongase, entonces, qu e los primeros sist :-
contenian s6lo un acido nucleico con replica;::
propia y actividades cataliticas primitivas, ju_
mente las necesarias para formar y romper e ,o.-
fosfodiester. Si se supone que !a pa rticipaci6n de
enlaces 2'-0H en las reacciones de escisi6n actu:...

714 APiruLO 2 RNA catalitico

 roviene de esas actividades catalfticas primitivas,
: podrfa argumentar que el acido nucleico original
:-ra RNA, porque el DNA carece del grupo 2 '-0H
:-. por tanto, no podrfa dar Iugar a tales reaccio-
-"es. Las protefnas podrfan haberse agregado por
_ capacidad para estabilizar la estructura del RNA.
_a mayor versatilidad de las protefnas, que pudo
..aberles permitido presentar reacdones catalfticas,
: ndujo en un momenta dado al complejo aparato
j e la expresion genica moderna.
Algunos intrones del grupo I
codifican endonucleasas
que fomentan la movilidad
Ccnceptos principales
Los intrones m6viles pueden insertarse en nuevas
sitios.
Los intrones m6viles del grupo I codifican una
endonucleasa que produce rotura de la doble cadena en
un sitio diana.
El intr6n se transpone al sitio de la rotura de la doble
cadena por un mecanisme de replicaci6n mediado por
DNA.
:iertos intrones de los grupos I y II contienen mar-
~ s de lectura abiertos que se traducen en protefnas.
_a expresion de las protefnas permite al intron ser
i6vil (ya sea en su forma original de DNA o como
: pia DNA del RNA), e insertarse en un nuevo sitio
~enomico. Los intrones de los grupos I y II estan
: my dispersos, se encuentran tanto en procariotas
: moen eucariotas. Los del grupo I migran por me-
:anismos mediados par DNA, en tanto que los del
~ upo II hacen lo propio por mecanismos mectiados
_or el RNA.
La movilidad del intron fue detectada por pri-
::lera vez por cruces, en los cuales los alelos del gen
. portante difieren en cuanto a su posicion en el
:ur6n . Los polimorfismos de la presencia o ausencia
.:_ intrones son comunes en mitocondrias micoti-
:as, lo cual es compatible con el punto de vista de
;ue esos intrones se originaron por insercion en el
~en. Un analisis de recombinacion en cruces que
: nplican un gran gen de RNAr de la mitocondria
:e levadura arroja un poco de luz en el proceso
::nplicado.
Este gen tiene un intron del grupo I con una se-
-c.Iencia de coctificadon, el cual esta presente en algu-
.as cepas de levaduras (llamadas w+) , pero ausente
~n otras (or). Las cruzas geneticas entre organismos
..:l- y w- son polares, su progenie suele ser w.
Si se piensa en la cepa w+ como donadora y la
:r como receptora, se llega a Ia idea de que en las
27.5 Alg unos intrones del grupo I codifican endonucleasas que fomentan la movilidad
Sitio diana
............. .
RNA
escinde el sitio diana
La endonucleasa
~
El intr6n se replica y
despues se inserta
. Un intr6n codifica una endonucleasa que provoca una
rotura de doble cadena en el DNA. La secuencia del intr6n se duplica
y despues se inserta en el sitio de rotura.
cruzas w con w- se genera una nueva copia del in-
tr6n en el genoma w-, de modo que la progenie es
totalmente w.
Para abolir la polaridad pueden ocurrir niutacio-
nes en cualquier progenitor, y los mutantes mues-
tran segregaci6n normal con, un n(tmero equivalen-
te w y w-en Ia progenie. Estas mutaciones indican
la naturaleza del proceso. Las mutaciones en la cepa
w- ocurren cerca del sitio en que se insertarfa el in-
tron, en tanto que las de la cepa w, yacen en el
marco de lectura del intron e impiden la producci6n
de la protefna. Esto sugiere el modelo de la
, donde la protefna coctificada por el intr6n en
una cepa w reconoce el sitio don de deberfa inser-
tarse el intron en una cepa w-, y hace que se herede
de manera preferencial.
(.Como actu a la protefna? El producto del intron
w es una endonucleasa que reconoce a! gen w- como
diana para una rotura de doble cadena. La endonu-
cleasa reconoce una secuencia diana de 18 bp que
contiene el sitio en que se inserta el intron, de modo
que esta se escinde en cada cadena del DNA, a una
distancia de dos bases del extrema 3' del si tio de
insercion. Asf, los sitios de escision estan separados
por 4 bp y generan cadenas unicas que sobresalen.
Este tipo de escision se relaciona con la caracte-
rfstica de los transposones cuando migran a nuevas
sitios (vease Cap. 21 , Transposones) . La rotura de
la doble cadena probablemente inicie un proceso
de conversion genica, en Ia cual Ia secuencia del
gen w se copia para sustituir a Ia del gen w-. La
reaccion implica transposicion por un mecanismo
de duplicacion, y tiene Iugar solo en el ambito del
715
 DNA. La inserci6n del intr6n interrumpe la secuen-
cia reconocida por !a endonucleasa, de modo que se
garantiza !a estabilidad.
Muchos intrones del grupo I codifican endonu-
cleasas que les confieren movilidad. Hay varias fa-
milias de endonucleasas cuya caracterfstica comun
es la secuencia de aminoacidos LAGLIDADG, cerca
del sitio activo. Los intrones similares su elen portar
endonucleasas bastante diferentes en cuanto a los
detalles de Ia insercion; por ejemplo, Ia endonuclea-
sa codificada por el intron tb del fago T4 escinde un
sitio diana situado a 24 bp en flujo ascendente res-
pecto del sitio en que se inserta el intron mismo. La
disociacion entre las secuencias del intron y !a en-
donucleasa destaca por el hecho de que las mismas
secuencias de endonucleasas se encuentran en las
intefnas (secuencias que codifican para proteinas de
autocorte y empalme; vease la secci6n 27 .12, El cor-
te y empalme de las protefnas es autocatalftico).
La variacion en las endonucleasas significa que
no ha y homologla entre las secuencias de los sitios
diana, que son de los mas largos y, por tanto, de
los mas especfficos que se conocen para cualquier
Ex6n lntr6n Ex6n Sitio diana
/.)~~9l ~~ //V/YIV~"-
endonucleasa (con un rango de 14 a 40 bp) . La
pecificidad garantiza que el intron se perpetue ~
por insercion en un sitio diana {mico, y no en ~
punto del genoma, lo que se llama alojamie~
del intron.
Los intrones que portan secu encias que ::
difican endonucleasas se encuentran en div :-.
bacterias y eucariotas inferiores. Estos resulta -
refuerzan el punto de vista de que los intrones .::_
portan secuencias de codificacion surgieron c
elementos independientes.
ED Los intrones del grupo II
pueden codificar protefnas
multifuncio nales
Conceptos principales
Los i ntrones del grupo II pueden ser sujetos de
autocorte y empalme in vitro, pero suelen ser
auxiliados por actividades protelnicas codificadas e- ~
intr6n.
Un solo marco de codificaci6n especifica a una
prote1na con actividad de transcriptasa inversa y
madurasa, un segmento de union de DNA y una
endonucleasa de DNA.
La transcriptasa inversa genera una copia de DNA c.
partir de la secuencia del RNA, que se transpone pc- _

RNA
l
/ /'Vl ~ JVF\.
mecanismo similar al del retropos6n.
La endonucleasa esci nde el DNA diana para permit- ~
i nserci 6n del transpos6n en un nuevo sitio.
~3'
l ~
La rotura de Ia doble
cadena proporciona Los intrones moviles del grupo II mejor cara c:~
un extrema de cebaci6n ~ zados codifican una sola protefna en una regi6::.
Endonucleasa/ b r,.n..-~ intron mas alla de su centro catalftico. La pr :-
transcriptasa inversa tfpica contiene actividad de transcriptasa im .,.
DNAc sintetizado _ _ J
terminal N, que es un dominio central vino :_:
' con actividad au xiliar de plegamiento del in::
El intr6n del RNA es el molde l en su estructura activa (se llama madurasa; - -
se Ia secci6n 27 .7, Algunos intrones de auto = -
h VI ~(Yf'- y empalme requieren de madurasas), undo_~
de union al DNA y un dominio de endonuc e:
/ l terminal C.
La endonucleasa inicia la reaccion de tr~
/fVrl/Yl~
El DNA sustituye al RNA 7 ! sicion y tiene la misma participaci6n en el ret -
a casa que su contraparte en un intron del gru
La transcriptasa inversa genera una copia de D_- -
partir del intron insertado en el sitio de alojam.ic:-
La end on ucleasa tam bien escinde sitios diana ;:- ~
~~ cidos a! sitio de alojamiento, pero no identico> _
mucho menos frecuencia, lo cuallleva a !a inse:: - -
El intr6n se recombina
del intron en nuevas localizaciones.
~ La transcriptasa inversa codificada por un intr6n En la 7 se ilustra Ia reaccion de c ' -
permite insertar una copia del RNA como si t io diana generado par posicion de un intron del grupo II tfpico. La ___
una rotura dicatenaria. nucleasa efectua una rotura de la doble cade~

716 CAPITULO 27 RNA catalltico

-:1 sitio diana; para su actividad, requiere tanto del
jominio de la protefna como del RNA del intr6n.
:::1dominio de la protefna escinde la cadena n o co-
iificadora del DNA, y el intr6n del RNA en realidad
:::scinde Ia cadena en sentido normal; mediante esta
~e acci6n, el intr6n se inserta directamente en un
::rio diana del DNA.
El intr6n del RNA proporciona un molde para la
~tltesis de DNAc. Casi todos los intrones del grupo II
: enen actividad de transcriptasa inversa especffica de
:u r6n, la cual genera una copia del intr6n del DNA
resulta en Ia inserci6n del intr6n en un sitio diana,
~omo DNA de doble cadena. El mecanismo simula
3 transposici6n de retrovirus, en la cual el RNA es
_.n intermediario obligatorio (vease Ia secci6n 22.2,
.:1 ciclo vital de los retrovirus implica sucesos simi-
.ares a Ia transposici6n ). El tipo de retrotransposi-
i 6n implicado en este caso simula el de un grupo
je retroposones que carecen de LTR y generan el
: xtremo 3' -OR, necesario para la cebaci6n, hacienda
.;,na hendidura en Ia diana (vease Ia Fig. 22.20 de Ia
- cci6n 22.12, Las LINES utilizan una endonucleasa
ara generar un extremo de cebaci6n).
Alg unos intrones de autocorte
y empalme requieren
de madurasas
Concepto principal
Los intrones de autocorte y empalme pueden necesitar
actividades de madurasa codificadas en su interior
para ayudar al plegamiento en La estructura catalitica
activa.
--.. unque los intrones de los grupos I y II tienen Ia
:-pacidad de autocorte y empalme in vitro, en con-
j ciones fisiol6gicas suelen n ecesitar Ia ayuda de
roteinas. Ambos tipos de intr6n pueden codificar
.: tividades de madurasa, las cuales se requieren
-ara ayudar a Ia reacci6n de corte y empalme.
La actividad de madurasa es parte del marco
.:. e lectura abierto unico, codificado por el intr6n.
::n el ejemplo de los intrones que codifican endo-
-:ucleasas de alojamiento, el producto protefnico
..:nico tiene actividad tanto de endonucleasa como
:e madurasa. El analisis de las mutaciones muestra
:ue ambas actividades son independientes.
El analisis estructural muestra que las activida-
- s de endonucleasa y madurasa son proporciona-
::as por diferentes sitios activos de la protefna, cada
_no codificado por un dominio independiente. El
..io de endonucleasa se une con el DNA, a dife-
p;oncia del de madurasa, que hace Jo propio con el
-~tr6n del RNA. En Ia se muestra la es-
27.7 Algunos intrones de autocorte y empalme requieren de madurasas
tructura de una de esas protefnas unida al DNA. Un
rasgo caracterfstico de Ia endonucleasa es la presen-
cia de helices a. paralelas que contienen secuencias
LAGLIDADG, marcas de referencia que conducen
a los dos amino<kidos catalfticos. La actividad de
madura sa esta localizada a cierta distancia, en Ia
superficie de la protefna .
Los intrones que codifican madurasas tal vez
no sean susceptibles de autocorte y empalme eficaz
sin actividad protefnica. De hecho, Ia madurasa es
un factor de corte y empalme especfficamente ne-
cesario para el de Ia secuencia que Ia codifica, dado
que facilita el plegamiento del centro catalftico con
el fin de formar un sitio activo.
La coexistencia de actividades de endonuclea-
sa y madurasa en la misma protefna sugiere una
vfa para Ia evoluci6n del intr6n. En Ia
se sugiere que el intr6n se origin6 en un elemen-
to independiente de autocorte y empalme, a! cual
Ia inserci6n de una secuencia de codificaci6n de
una endonucleasa le dio movilidad. No obstante,
dicha inserci6n podrfa haber alterado Ia capacidad de
Ia secuencia del RNA para plegarse en la estructura
activa, lo que presionarfa para que ciertas protefnas
ayudaran a restablecer la actividad de plegamiento.
La incorporaci6n de una secuencia de ese tipo en el
intr6n mantendrfa su independencia. Algunos in-
trones del grupo II que no codifican actividades de
madurasa pueden tener protefnas comparables, co-
dificadas por secuencias del genoma del hospedador,
lo cual sugiere una posible vfa para Ia evoluci6n de
factores de corte y empalme generales. El factor po-
drfa haberse originado como madurasa que facilitara
especfficamente el corte y empalme de u n intr6n
en particular. La secuencia de codificaci6n se aisl6
. ;
Sitios actives r=> Sitio activo .....
de aminoacidoslr"'\) de Ia madurasa~
Un intr6n de alojamiento codifica a una endo-
nucleasa de la familia LAGLIDADG que tam bien tiene actividad
de madurasa. Las secuencias LAGLIDADG son parte de las dos
helices a. que terminan en los aminoacidos catallticos, cerca
del DNA dicatenario. El sitio activo de la madurasa se identifica
mediante una molecula de arginina en otra parte de la super-
ficie de la protelna.
717
 das para caracterizar !a actividad de las enzimG.!>
vitro, ambos componentes fueron necesarios "t:
escindir el sustrato RNAt.
Sin embargo, un cambia en las condicion :
nicas (aumento de la concentraci6n de Mg 2) b
que el componente proteinico sea superfluo , _
iel RNA solo puede catalizar la reacci6n! Analizand
lntr6n
!
Endonucleasa
resultados como si el RNA fuese una enzima, (~
"enzima" cataliza Ia escision de multiples sustr.::
y si bien la actividad catalftica reside en el RK-.
El gen de endonucleas componente proteinico aumenta mucho Ia ve:
se inserta en el intr6n
dad de la reacci6n, como se observa en el increrr: =-
to del numero de recambio (vease Ia Fig. 27.1 (
Las mutaciones del gen del RNA ode la p r ~

El intr6n ~U' ~
! na suelen desactivar a la ribonucleasa P in vil..
modo que se ha llegado a saber que ambos co .. ~
transporta ~ nentes son necesarios para la actividad natura.::
Ia endonucleasa ~ la enzima. La hip6tesis original fue que Ia pre -
na proporcionaba Ia actividad catalftica, en tc..:::
el RNA tenia alguna participaci6n accesoria . ~
El gen de madurasa ejemplo, facilitar el plegamiento del sustrato ( :
se inserta en el intr6n
algunas secuencias cortas complementarias de
fj~.~~...~= regiones expuestas del RNAt) , jpero esas funcil::

!n ~
se revierten!

El intr6n porta
Ia endonucleasa ~ _)
y Ia madurasa ~ p - catalftica
r .
El intr6n se origin6 como una secuencia de co-
J
dificaci6n independiente para un RNA de autocorte y empalme.
La inserci6n de la secuencia de endonucleasa cre6 un intr6n
m6vil de alojamiento. La inserci6n de la secuencia de madurasa
incremento entonces la capacidad de las secuencias del intr6n
para plegarse en la estructura activa para corte y empalme.
del intr6n en el genoma del hospedador y entonces
evolucion6 para actuar en una gama de sustratos
mas amplia que Ia secuencia del intr6n original. El
gen catalftico del intr6n podria haber evolucionado
hacia un RNAsn.
&II La actividad catalftica de la
ribonucleasa P se debe al RNA
Concepto principal
La ribonucleasa P es una ribonucleoproteina en la cual
el RNA tiene actividad catalitica.
Una de las primeras demostraciones de las capa-
cidades del RNA provino de Ia diseccion de Ia ri-
bonucleasa P, endonucleasa de procesamiento del
RNAt de E. coli, que puede ser disociada en sus dos
componentes, el RNA de 375 bases y el polipeptido
de 20 kD. En las condiciones originalmente utiliza-
Ell Los virioides tienen activida
Conceptos principales
Virioides y virusoides forman una estructura en cabe::::
de martillo con actividad de autoescisi6n.
Se pueden generar estructuras similares para el
apareamiento de una cadena de sustrato fragmenta ~
por una cade na de enzimas.
Cuando una cadena enzimatica se introduce en una
celula, puede aparearse con una cadena sustrato dia -:.
que despues es escindida.
Otro ejemplo de Ia capacidad del RNA para a .
como endonucleasa proviene de RNA (-350 b ~
de plantas pequefias que presentan una reacc
de escisi6n propia. No obstante, como en el ..:.
del intron del grupo I del genero Tetrahymena,=
diante ingenieria es posible obtener estructuras ~ _
incidan en sustratos externos.
Estos RNA de plantas pequefias forman -
de dos grupos generales, virioides y virusoides. :...
virioides son moleculas de RNA infecciosas : _
actuan de manera independiente, sin ser enca:;:- -_
lados por alguna cubierta proteinica, a difer ;::._
de los virusoides, similares en cuanto a orgac -
ci6n, pero son encapsulados por virus de plan--
empacados con un genoma vfrico. Los virus :::
no pueden replicarse de man era independiente -

718 CAPITULO 27 RNA catalitico

~ uieren de Ia asistencia del virus; en ocasiones se les
j enomina RNA satelite.
Virioides y virusoides se replican a traves de
:frculos giratorios (vease Ia Fig. 16.6). La cadena de
~NA empaquetado en el virus se denomina cadena
)ositiva, y la complementaria, generada durante la
~eplicacion del RNA, se llama cadena negativa. Se
::-ncuentran multfmeros tanto de cadenas positivas
como de negativas. Ambos tipos de monomero se
generan por escision de Ia cola de un cfrculo gira-
:orio; los monomeros circulares de cadena positiva
;.e generan por ligadura de los extremos del mono-
. ero lineal.
Ambas cadenas de virioides y virusoides, po-
itiva y negativa, presentan autocorte y empalme
n vitro, reaccion fomentada por cationes meta!icos
:livalentes, que genera extremos 5'-0H y 2'-3' fos-
: diester cfclico. Algunos de los RNA se escinden
. z vitro en condiciones fisiologicas, otros hacen lo
;n opio solo despues de un ciclo de calentamiento
~- enfriamiento, lo cual sugiere que el RNA aislado
~: ene una conformacion inapropiada, pero puede
~enerar una conformacion activa cuando se desna-
:uraliza y renaturaliza.
Los virioides y los virusoides que presentan es-
j sion propia, forman una estructura secundaria "en
::nartilllo" en el sitio de escision, como se mue stra
~ n la parte superior de Ia Frt~UR ..7 1 . La secuencia
:le dicha estructura es suficiente para la escision.
-:: uando las secuencias circundantes presentan de-
: cion, se obvia Ia necesidad de un ciclo de calenta-
liento-enfriamiento y el RNA pequeiio se corta y
-:mpalma espontaneamente a sf mismo, fenomeno
~ ue sugiere que las secuencias mas alia del martillo
:uelen interferir con su formacion.
El sitio activo es una secuencia de solo 58 nu-
:leotidos. La cabeza del martillo contiene tres regio-
':les de tallo-asa, cuya posicion y tamaiio son cons-
:antes, y 13 nucleotidos conservados, casi todos en
:egiones que se conectan con el centro de la estruc-
:ura. Las bases y los tallos dobles conservados gene-
~an un RNA con capacidad intrfnseca de escision.
Tambien puede generarse un martillo activo
!)Or apareamiento de un RNA que representara un
.ado de Ia estructura y otro que representara al otro .
:::n Ia parte inferior de Ia Figura 27.16 se muestra un
ejemplo de un martillo generado por hibridacion de
.: na molecula de 19 bases con una de 24. El hfbrido
;;;imula la estructura del martillo, con omision de las
~ sas I y III. Cuando se agrega el RNA de 19 bases
~ RNA de 24, se produce Ia escision en Ia posicion
~ p ropiada del martillo.
Se puede considerar que Ia cadena superior (24
: ases) de ese hfbrido incluye el "sustrato", y Ia in-
:.=rfor ( 19 bases), Ia "enzima". Cuando se mezcla el
. NA de 19 bases con un excedente del RNA de 24,
I I . ~ I
Las cabezas de martillo de consenso tienen
tres asas de tallo y bases conservadas
Tallo 3
3' 5'
Escisi6n
CG
AU /
GNCGAA NNNNNN
C N GA cNl\J N N N
Tallo 2 GNAG u\ Tallo 1
Sitio catalftico
Por interacci6n entre dos moleculas de RNA
complementarias se pueden crear cabezas de martillo i
Cadena sustrato
ppp c G C\OH
HOC G C G GA CA G C U C G G PPP
G U
Cadena enzimatica
I UAG
'7 Los sitios de auto corte y empalme de virioides
y virusoides tienen una secuencia de consenso y forman una
estructura secundaria en cabeza de martillo, la cual tambien
puede generarse por apareamiento entre una cadena de sustrato
y una de "enzima".
se esdnden capias multiples de este ultimo, lo cual
sugiere que hay un ciclo de apareamiento de 19
y 24 bases, escision, disociacion de los fragmentos
eliminados del RNA de 19 bases y apareamiento de
este ultimo con el nuevo sustrato de 24 bases. El
RNA de 19 bases es, por tanto, una ribozima con
actividad de endonucleasa. Los parametros de Ia
reaccion son similares a los de otras catalizadas por
el RNA (vease Fig. Ia 27.10).
La estructura cristalina de una cabeza de mar-
tillo muestra que forma una estructura en V com-
pacta, donde a su vez yace el centro catalitico, segun
se ilustra esquematicamente en la " c J '~ 1. La
participacion de un ion Mg 2 + localizado en el sitio
catalitico es crucial en Ia reaccion; lo ubica la citidi-
na diana y la citidina de Ia base del tallo I; tambien
puede estar conectado con Ia uridina adyacente .
Extrae un proton del extrema 2'-0H de Ia citidina
diana y despues ataca directamente el labil enlace
fosfocliester. Las mutaciones en la secuencia de ca-
beza de martillo que afectan el estado de transicion
de Ia reaccion de escision ocurren tanto en el sitio
activo como en otras localizaciones, lo cual sugiere
que puede haber cambios estructurales sustanciales
antes de Ia escision.
Es posible diseiiar combinaciones enzima-sus-
trato que formen estructuras en cabeza de martillo,
27. 9 Los virioides tienen actividad catalltica 719
 (exones) del DNA de ben ser reconectadas er:.
5' 3' RNA, proceso que sigue siendo de transferencic. ~
G C informacion, en el cualla secuencia de codificac
G C
Tallo2 8 g ACG3' 5' real del DNA se mantiene sin cambios.
G A C U Los cam bios en la informacion codificada pc ~ -
~ S CA C8 G Tallo 1
A U DNA ocurren en circunstancias excepcionales.
~ ~GUC bre todo en Ia genera cion de nuevas secuencias ~- _
Tallo 3 ~ ~ codifican inmunoglobulinas en mamfferos y a ._
G A Dichos cambios tienen Iugar especffi.camente er
U A celulas somaticas (linfocitos B), donde se sintet:..:::..
c las inmunoglobulinas (vease Cap . 23, Diversidad -
A Mg munitaria). Durante el proceso de reconstruc -
c de un gen de inmunoglobulina, en el DNA de _
individuo se genera nueva informacion, y la ir_:' :-
G u macion codificada en el DNA es cambiada por -
mutacion somatica. La informacion del DNA si ~ .
Sitio catalftico siendo transcrita fielmente en el RNA. -
La edicion del RNA es un proceso en que Ia.
Una ribozima en cabeza de martillo da lugar
a una estructura terciaria con forma de V, en la cual, el tallo fo rmaci6n cambia en el ambito del RNAm; es reve:.:.
2 se inserta sobre el 3; entre los tallos 2, 3 y 1 yace el centro por circunstancias en que Ia secuencia de cocii.=.::..
catal\tico que contiene un ion magnesio que inicia la reacci6n cion de un RNA difiere de la del DNA a parti:-
hidrolltica. cual fue transcrito. La edicion del RNA ocurre ~
dos circunstancias diferentes, cada una por clife:-
que se hayan sido usadas para demostrar que Ia in- tes causas. En celulas de mamffero se dan caso: _
troduccion de las moleculas apropiadas de Ri\TA en sustitucion de una base individual del RNAm : _
una celula permite que la reaccion enzimatica ocu- produce un cambio en Ia secuencia de la prme:-
rra in vivo. Una ribozima disefiada en esa forma, pro- codificada. En las mitocondrias de tripanos or-
porciona esencialmente una actividad similar a la de los cambios son mas extensos en los productos _
restriccion, altamente especffica, dirigida contra un transcripcion de varios genes, en cuyo caso se a;. _
RNA diana. Al poner Ia ribozima bajo el control de gan o eliminan bases sistematicamente.
un promotor regulado, se puede usar en la misma
forma que las cadenas no codificantes (por ejem-
plo), especfficamente para eliminar Ia expresion de
El gen de apolipoprotefna B tiene 29 exones
un gen diana en circunstancias definidas. - Ill j j ! lll I ll I I I ~ -~ . ; -

fJ1rQ La edici6n de RNA ocurre

en bases individuales
Concepto principal
CAA El codon 2153 codifica Ia glutamina
Los receptores de apolipoprotelna By glutamato
presentan desaminaciones especlficas de sitio
catalizadas por desaminasas de citidina y adenosina,
que cambian la secuencia de codificaci6n. CAA
_,.. - . . . -;;,;,==-
Edicion UAA

Un axioma primordial de la biologfa molecular es

que la secuencia de un RNAm solo puede represen-
tar lo que esta codificado en el DNA. El dogma cen- El RNAm escindido y El RNAm intestinal
tral contemplaba una relacion lineal en la cual una empalmado en el hfgado tiene un codon UAA
codifica para una protefna que termina Ia sfntesis
secuencia continua de DNA se transcribia en una de en el aminoacido 2153
de 4563 aminoacidos
RNAm, que a su vez, se traducfa directamente en
una proteina . La presencia de genes interrumpidos
La secuencia del gen de la apo-B es La _
y la eliminacion de intrones por corte y empalme en el intestino y el hlgado, pero la del RNAm se modafic: ~
del RNA introduce un paso adicional en el proceso un cambia de base que crea un codon de terminaci6 A ~
de expresion genica, las secuencias de codificacion intestino.

720 CAPITULO 27 RNA catalltico

 En la se resumen las secuencias del
~en de Ia apolipoproteina B y el RNAm en el intes-
::no y el higado de los mamiferos. El genoma tiene
n solo gen (interrumpido), cuya secuencia es iden-
..:ca en todos los tejidos, con una region de coclifica-
ion de 4 563 codones. Este gen se transcribe en un
_ NAm, el cual se traduce en una protefna de 518 kD,
_ue representa !a secuencia completa de codificacion
7n el hfgado.
Una forma mas corta de la protefna de -250 kD
:e sintetiza en el intestino, !a cual consta de !a mitad
:errninal N de !a protefna completa y se traduce a
artir de un RNAm cuya secuencia es identica a Ia
~epatica, excepcion hecha de un cambia de C por U
::n el codon 2 15 3. Dicha sustitucion pas a el codon
:AA para glutamina hacia el codon ocre UAA para
~erminacion.
<..A que se debe esta sustitucion? No hay un gen
J exon alterno en el genoma para codificar !a nueva
; cuencia, y nose ha descubierto ningun cambia en
l patron de corte y empalme. La conclusion obli-
;ada es que ha habido un cambia directamente en
.a secuencia del transcrito.
Otro ejemplo son los receptores de glutamato del
:erebro de rata. La edicion en una posicion cambia
Jn codon de glutamina del DNA por un codon dear-
~inina del RNA, cambio que afecta Ia conductividad
Jel conducto y, por tanto, tiene un efecto importante
=n el control del flujo ionico a traves del neurotrans-
~isor. En otra posicion del receptor, un codon de
3roinina
0 se convierte en un codon de lisina.
El suceso de edicion en la apo-B hace que C2 153
;e cambie por U; ambos cambios en el receptor de
:~lutamato son de A a I (inosina) . Estos sucesos son
::o_esaminaciones en las cuales se elimina el grupo ami-
- o del anillo nucleotfdico, sucesos catalizados por
=nzimas llamadas desaminasas de citidina y adeno-
iua, respectivamente. Este tipo de edicion parece
:ener Iugar principalmente en el sistema nervioso.
:fay 16 dianas (potenciales) para la desaminasa de
~itosin a en Drosophila melanogaster, y todas corres-
onden a genes implicados en la neurotransmision.
in muchos casos el suceso de edicion cambia un
::minoacido de una posicion funcionalmente impor-
~nte de Ia proteina.
<..Que cQntrola la especificidad de una reaccion
je edicion? Las enzimas que !levan a cabo la des-
aminacion como tal, a menudo son muy espedficas;
_or ejemplo, Ia desaminasa de adenosina mejor ca-
~acterizada act(Ja en cualquier molecula A, en una
:egion dicatenaria del RNA. Las enzimas de edicion
se relacionan con las desaminasas generales, pero
resentan otras regiones o subunidades adiciona-
:es que controlan su especificidad. En el caso de
.a edicion de apo -B, la subunidad catalftica de un
:omplejo de edicion se relaciona con Ia desaminasa
Adenosina lnosina
NH 2 0
I II
N_...C,c-N, HN...-C'c-N,
~ II GH --+- I II CH
HC<::- _...C - N/ HC<::- _...C -N/
N I N I
~
lntr6n
Ex6n
La edici6n del RNAm se produce cuando una
desaminasa actua sobre una adenina en una region dicatenaria
de RNA apareada de manera imperfecta.
de citidina bacteriana, pero presenta una region de
union al RNA adicional que ayuda a reconocer el
sitio diana especifico para Ia edicion. Una enzima
especiaL Ia desaminasa de adenosina, reconoce los
sitios diana del receptor de glutamato del RNA y
se presentan sucesos similares en un receptor de
serotonina del RNA.
El complejo puede reconocer una region parti-
cular de Ia estructura secundaria de manera analo-
0oa a las enzimas de modificacion del RNAt, o bien
reconocer directamente una secuencia nucleotfdica.
El perfeccionamiento de un sistema in vitro para el
suceso de edicion de apo-B sugiere que una secuen-
cia relativamente pequena (- 26 bases) que rodea
al sitio de edicion constituye una diana suficiente.
En !a se muestra que en el caso del
RNA de GluR-B, se forma una region de pares de
bases necesaria para el reconocimiento de la diana
entre la region editada en el exon y una secuencia
complementaria del intron de flujo descendente. Se
necesita un patron de apareamiento erroneo dentro
de Ia region doble para el reconocimiento especffi-
co. Asf, diferentes sistemas de edicion pueden tener
diferentes requisitos de especificidad de secuencias
en sus sustratos.
La edici6n del RNA puede
dirigirse por RNA guias
Conceptos principales
La intensa edici6n de RNA en mitocondrias de tripano-
somas se debe a inserciones o deleciones de uridina.
El sustrato de RNA aparea sus bases con un RNA guia
en ambos lados de La region por editar.
El RNA guia proporciona el molde para la adici6n
(o, con menos frecuencia, La deleci6n) de uridinas.
La edici6n es catalizada por un complejo de
endonucleasa, actividad de transferasa de uridilo
terminal y ligasa de RNA.
27 .11 La edici6n del RNA puede dirigirse por RNA gu\as 721
 Otro tipo de edicion se revela por cambios secuen-
ciales notables en los productos de varios genes de
mitocondrias de los tripanosomas. En el primer caso
por descubrir, la secuencia de la subunidad II de
la protefna oxidasa de citocromo experimenta un
cambio de marco respecto de la secuencia del gen
coxll. Las secuencias del gen y la protefna, incluidas
en la J 1 0, se conservan en varias especies de
tripanosomas. 2. Como actua ese gen?
El RNAm de coxll tiene un inserto de cuatro
nucleotidos adicionales (todos uridinas) en torno
al sitio de cambio del marco de lectura; con la es-
cision se restablece el marco de lectura apropiado,
se inserta un aminoacido adicional y cambian los
aminoacidos a uno y otro !ado. Con esa secuencia
noes posible descubrir un segundo gen, y debe con-
cluirse que las bases adicionales se insertan durante
o despues de la transcripcion. En los genes de SV5
y los paramixovirus causantes del sarampion seen-
cuentra una discrepancia similar entre el RNAm y
las secuencias genomicas, en cuyo caso implica la
adicion de moleculas de G en el RNAm.
En otros genes, la edicion de secuencias de
RNA es similar, e incluye deleciones, asf como
adiciones de uridina. El caso extraordinario del
gen coxlll del Trypanosoma brucei se resume en la
entre el DNA genomico y el RNAm muestra que- -
hay segmento mayor de siete nucleotidos rept e~.:-
tado en el RNAm que no haya sido modificado. ~
insertan series de uridinas de hasta siete bases. .::.
donde proviene la informacion para !a inse rc
especffica de uridina? Un RNA guia contiene -
secuencia complementaria de la del RNAm co.
tamente editado. En la FIGURA J.7 .22 se obsen<: _
modelo de su accion en el gen del citocromo ~
especies de Leishmania.
La secuencia de la parte alta de la figura m:... :-
tra el transcripto original, o RNA preeditado. :..
espacios indican el sitio de insercion de las b.:
en el proceso de edicion, que para crear la se ru::-
cia valiacrae-RNAm en esa region, deben ser '
uridinas.
El RNA gufa es complementario del RN."L
lo largo de una distancia significativa que inc: _
la region editada y la rodea. Por lo general, !a c -
plementariedad es mas extensa en ellado 3' d.z
region editada y bastante corta en ella do 5'. El c.~
reamiento entre el RNA gufa y el preeditado .::_
espacios donde las moleculas de A del RNA gui'a.-
apareadas, no encuentran complemento en el L -
preeditado; el RNA guia proporciona un molde .
permite a las moleculas faltantes de u insertars e c_

Ll dichas posiciones. Cuando concluye la reacci6:-.

Mas de la mitad de las moleculas del RNAm consta RNA guia se separa del RNAm, que queda disJX. -
de uridinas no codificadas por el gen La comparacion ble para la traduccion.

I t

S S L G K V E N L V G V M Codificado en Ia
AUA UCA AGU UUA GGU AUA AAA GUA GAG A AC :QU GUA GGU GUA AU secuencia de DNA
del genoma

Cambia de marco de lectura

AUA UCA AGU UUA GGU AUA AAA GUA GAU UGU AUA CCU GGU AGG UGU AAU Secuencia del RNA
I S S L G I K V D C I P G R C N Secuencia de Ia
protefna

r , PA '> 1 .,0 El RNAm para el gen coxii de los tripanosomas tiene un cambio de marco respecto
del DNA; el marco de lectura correcto se crea por la inserci6n de cuatro uridinas.

1
El RNAm de Coxlll es ampliamente edltado, tanto por mserci6n como por delecion de undina

UAUAUGUUUU GUUGUUUAUUAUGUGAUUAUGG UUUUGUUUU UUAUUG! UAUUUUUUAGAUUUAUUUAAUUUGUUGAU

QJ
A
iiiii QJ
AAUACAUUUUAUUUG UUUG UUAA UUUUUUUGUUUUGUGUUUUGG UUUAGGUUUUUUUGUU GUUG UUGUUUUGUAUUA
uiiiii
FTGL R 21 Parte de la secuencia coxiii del RNAm de T. brucei muestra much as uridinas no codificadas en el
DNA (rojas) o eliminadas del RNA (marcadas con T).

722 CAPITULO 27 RNA catal\tico

 . .
Genoma AAAGCGGAGAGAAAAGAAA A G G C TTIAACTICAGGTIGTTIATIACGAGTATATGG

l Transcripci6n

RNA preeditado AAAGCGGAGAGAAAAGAAA A G G C UUUAACUUCAGGUUGUUUAUUACGAGUAUAUGG

l Apareamiento con el RNA gufa

RNA preeditado AAAGCGGAGAGAAAAGAAA A G G C UUUAACUUCAGGUUGUUUAUUACGAGUAUAUGG

RNA gufa
Ill l
AUAUUCAAUAAUAAAUUUUAAAUAUAAUAGAAAAUUGAAGUUCAGUAUACACUAUAAUAAUAAU

llnserci6n de uridl11 as

RNAm

RNA gufa

l Liberaci6n de RNAm

RNAm AAAGCGGAGAGAAAAGAAAUUUAUGUUGUCUUUUAACUUCAGGUUGUUUAUUACGAGUAUAUGG

FIGUR l. El RNA preeditado aparea sus bases con un RNA gu\a a ambos lados de la region par editar.
El RNA gu\a proporciona un molde para la inserci6n de uridinas. El RNAm producido par las inserciones es
complementario del RNA gu\a.

La especificaci6n de Ia secuencia final editada

: uede ser bastante compleja. En este ejemplo se evi-
_a una porci6n larga del producto de transcripci6n
: or inserci6n de un total de 39 moleculas de U,
~u e parece necesitar dos RNA guias que actuan en
:rios adyacentes; el primero se aparea en el sitio
- y la secuencia editada se convierte entonces en
.:.n sustrato para edici6n adicional por el siguiente
.S.NA guia. Genes 12S 9S MURF3 Coiii CyS MURF4 MURF1 ND1CoiiMURF2Col ND4 ND5

Los RNA gufas se codifican como unidades de

:canscripci6n independientes. En Ia FIGURA 27 . .,
. ~ muestra un mapa de la region importante del
J NA mitocondrial del genero Leishmania que in-
:.uye el "gen" del citocromo b que codifica la se-
:CJencia preeditada y dos regiones que especifican
.?..NA gufas. Los genes para las principales regiones
~e codificaci6n y otros RNA y sus RNA guias e.stan
.ilt.ercalados.
En principia, una mutaci6n en el "gen" o uno
~e sus RNA gufas podrfa cambiar la secuencia pri-
.::naria del RNAm y, por tanto, tambien la secuen-
:::a primaria de la protefna. Por criterios geneticos,
:ilda una de esas unidades podrfa considerarse como
~o nstitutiva de parte del "gen". Las unidades se ex-
; resan de manera independiente, de modo que de-
:-erfan complementarse en configuraci6n trans. Si
-:ubiera mutaciones, se necesitarian tres grupos de
1 ~ 1J El genoma de especies de Leishmania contiene genes
que codifican RNA preeditados intercalados con unidades que codifican
los RNA gu\as necesarios para generar las secuencias RNAm correctas.
Algunos genes tienen varios RNA gu\as. El CyB es el gen para el cito-
cromo b preeditado, y CyB-1 y CyB-2 son genes para los RNA gu\as
implicados en su edici6n.
complementaci6n para codificar la secuencia prima-
ria de una sola protefna.
La caracterizaci6n de intermediarios editados
en parte sugiere que la reacci6n procede a lo largo
del RNA preeditado en direcci6n 3' -5'. El RNA guia
determina la especificidad de las inserciones de uri-
dina por su apareamiento con RNA preeditado.
La edici6n de uridinas es catalizada por un
complemento enzimatico de 20S que contiene una
endonucleasa, una transferasa de uridilo nuclear

27 .11 La edici6n del RNA puede dirigirse por RNA gu\as 723

~ Endonucleasa
5' ====== ====== 3'
~
Transferasa de
uridilo terminal/
TUTasa)
5' = = = = ==U ====== 3'
y r---.
~ Ligasa de RNA
5' ======u=======3'
La adici6n o deleci6n de moleculas de U se
debe a escisi6n del RNA, eliminaci6n o adici6n de U, y ligadura
de los extremos. Las reacciones son catalizadas por un complejo
de enzima s dirigido po r un RNA gu1a.
(TUTasa) y una ligasa de RNA, como se ilustra en
la ; se une al RNA guia y lo utiliza
para aparearse con el RNAm preeditado. El sus-
nato RNA es escindido en un sitio que (supuesta-
mente) se identifica por ausencia de apareamiento
con el RNA gufa, se inserta o elimina una uridina
para el apareamiento de bases con el RNA gufa, y
despu es, se liga el sustrato RNA. El trifosfato de
uracilo (UTP) constituye la fuente del fragmento
uridilo que se agrega por actividad de la TUTasa;
no se sabe si esa actividad o la de una exonucleasa
independiente se encarga de la deleci6n. (En algun
momenta se pens6 que el segmento de moleculas
de U en el extrema del RNA guia podrfa proporcio-
nar la fuente de U ana dido o un vertedero para los
eliminados, pero la transferencia de moleculas de
U al RNA gufa parece ser una reacci6n aberrante
que no se encarga de la edici6n.)
El corte y empalme de
prote1nas son autocatal1ticos
Conceptos principales
Una inte1na tiene la capacidad de catalizar su propia
eliminaci6n de una prote1na, de manera que las
exte1nas de los flancos se conecten.
Corte y empalme de prote1nas se catalizan por la
inte1na.
Casi todas las inte1nas tienen dos actividades
independientes, corte y empalme de prote1nas y una
endonucleasa que vuelve a casa.
724 CAPITULO 27 RNA catal\tico
lnteina Exteina
~
RNA
Proteina
I Proteina
t inteina
escindida
~
~ U ' " En el corte y empalme de prote1nas, laser ~
nas se conectan por eliminaci6n de la inte1na de la prate'- :
El corte y empalme d e proteinas tienen el mis:~
efecto que el correspondiente del RNA, una secu e::
cia representada en el gen no esta representada :: -
la protefna, cuyas partes se nombran por anal! :
con el corte y empalme del RNA: las exteinas ~
las secuencias representadas en la protefna madu;.:..
y las inteinas, las secuencias que se eliminan. :::.
mecanismo de eliminaci6n de la intefna es com . ~
tamente diferente del de corte y empalme del K --
En la 1 _ se muestra que el gen se tradh-
en un precursor protefnico que contiene la intei::-:
de modo que esta sera posteriormente escindida -
la protefna. Se conocen casi l 00 ejemplos de c ::--
y empalme de protefnas, difundidos en todas ~
clases de organismos. El gen tipico cuyo produc-
presenta corte y empalme de protefnas tiene --
sola intefna.
La primera intefna se descubri6 en un gen ~
caico de polimerasa de DNA en forma de una ''
cuencia intercalada en el gen que no cumple con '
reglas de los intrones. Se demostr6 entonces que
protefna purificada puede cortar su secuencia ha-
fuera, en una reacci6n autocatalftica que no req .-_
re de ingreso de energfa y que ocurre a trave _ .
una serie de reestructuraciones de enlaces, co_
se muestra en la , 7 . La reacci6n es c-
funci6n de la intefna, si bien su eficacia podrfa _ :-
pender de las exteinas.
La primera reacci6n es un ataque por un -c--
o una cadena lateral -SH del primer aminoacid o _ .
la intefna en el enlace peptfdico que la conecta c. -
la primera extefna, con lo cualla extefna se tra._-
fiere del grupo amino terminal de Ia intefna a u.::....
 :onexion N-0 o N-S acilo. Despues, ese enlace es
.u acado porIa cadena lateral -OH o -SH del primer
~m inoacido de la segunda extefna, el resultado sera
~a transferencia de Ia extefna I a Ia cadena lateral del
aminoacido terminal de la extefna II. Por ultimo, Ia
asparagina terminal C de Ia intefna forma un ciclo y
~I NH terminal de la extefna II ataca el enlace acilo
. ara sustituirlo con un enlace peptfdico convencio-
::-tal. Cada una de esas reacciones puede ocurrir de
:nanera espontanea a velocidades muy bajas, pero
u aparicion en forma coordinada, suficientemente
:apida como para lograr el corte y empalme de Ia
roteina, requiere de catalisis porIa inteina.
Las inteinas tienen rasgos caracterfsticos. Seen-
-uentran como inserdones en el marco de lectura
de las secuencias de codificacion, y se reconocen
.::omo tales por Ia presencia de genes homologos
gue carecen de Ia insercion. Tienen una serina o
jsteina terminal N (para proporcionar Ia cadena
.ateral-XH) y una asparagina terminal C. La intefna XH
I

i pica porta una secuencia de -150 aminoacidos en CH 2

d extremo terminal N y casi 50 en el terminal C,
:os cuales participan en Ia catalizacion de Ia reaccion
e corte y empalme de protefnas. La secuencia del
:entro de Ia inteina puede tener otras funciones.
Una caracterfstica extraordinaria de muchas
1tefnas es su actividad de endonucleasa de aloja-
:niento, Ia cual escinde un DNA diana para crear un
>itio donde pueda insertarse Ia secuencia de codi-
, cacion de Ia intefna del DNA (vease la Fig. 27.12
j e Ia seccion 27.5, Algunos intrones del grupo I co -
:iifican endonucleasas que fomentan la movilidad).
~as actividades de corte y empalme de las protefnas
: de Ia endonucleasa de alojamiento de una intefna
on independientes.
En realidad se desconoce Ia conexion entre esas
:ios actividades en una intefna, pero se h an sugeri-
:io dos tipos de modelo. Uno supone que original-
- ente habia cierta conexion entre las actividades,
. ero desde entonces se tornaron independientes y
algunas intefnas han perdido Ia capacidad de en-
onucleasa de alojamiento. En el otro, las inteinas
ueden haberse originado como unidades de corte
. empalme de protefnas, que en su mayor parte
. eron invadidas despues por endonucleasas de alo-
'amiento (se desconoce Ia razon), lo cual es com-
;:>atible con el hecho de que las endonucleasas de
:;Jojamiento parecen haber invadido tambien otros
.ipos de unidades, incluidos, sobre todo, los intrones
Jel grupo I.
Resumen
:::1 autocorte y empalme constituye una propiedad
1e dos grupos de intrones muy difundidos entre las
I --
2HN'-C' lntelna
H
Los enlaces se reestructuran mediante una serie de trans-
esterificaciones que involucran a los grupos - OH de serina o treoni na, o
al grupo -SH de la cistelna, hasta que las extelnas se conectan mediante
un enlace peptldico y La inteina con un extrema ( -circular es liberada.
eucariotas inferiores, los sistemas procarioticos y
las mitocondrias. La informacion necesaria para Ia
reaccion reside en Ia secuencia del intron (aunque
en realidad, protefnas in vivo facilitan la reaccion).
Para los intrones de los grupos I y II, Ia reaccion
requiere de Ia formacion de una estructura secun-
daria/terciaria especifica que implica secuencias de
consenso cortas. El RNA del intron del grupo I crea
una estructura en que Ia secuencia del sustrato es
mantenida por la region IGS del intron, en tanto
qu e otras secuencias conservadas generan un si-
tio de union del nucleotido guanina, todo ello, por
transesterificacion, que implica una molecula de
guanosina como cofactor. Nose requiere ingreso de
energia. La guanosina rompe el enlace en Ia union
5' exon-intron y se enlaza con el intron; el hidroxilo
del extremo libre del exon ataca entonces Ia union
3' exon-intron. El intron se torna cfclico y pierde
Ia guanosina y las 15 bases terminales . Una serie

27.13 Resumen 725

 de reacciones relacionadas puede catalizarse a tra-
ves de ataques por el fragmento terminal G-OH del
intr6n en enlaces fosfodiester internos. Proporcio-
nando sustratos apropiados ha sido posible obtener
ribozimas por ingenierfa, las cuales realizan diversas
reacciones cataliticas, incluidas actividades de trans-
ferasa de nucleotidilos.
Algunos intrones mitocondriales de los grupos I
y II tienen marcos de lectura abiertos. Las protefnas
codificadas por los intrones del grupo I son endo-
nucleasas, que producen escisiones dicatenarias en
sitios diana del DNA; Ia escisi6n inicia un proceso
de conversion del gen, en el cual, Ia secuencia del
intr6n mismo se copia en el sitio diana. Las protef-
nas codificadas por intrones del grupo II incluyen
una actividad de endonucleasa que inicia el proce-
so de transposici6n y una de transcriptasa inversa
que permite obtener una copia del intr6n mismo
en el sitio diana. Dichos intrones posiblemente se
originaron por procesos de inserci6n. Las protefnas
codificadas por ambos grupos de intrones pueden
incluir actividades de madurasa, que facilitan el
corte y empalme del intr6n por estabilizaci6n de la
formaci6n de la estructura secundaria/terciaria en
sitio activo.
El componente RNA de Ia ribonucleoprotefna
ribonucleasa P lleva a cabo reacciones catalfticas.
Los RNA virusoides son susceptibles de autocorte
y empalme en una estructura "en cabeza de marti-
llo", estructura que puede formarse entre un RNA
sustrato y un RNA ribozima, lo cual permite dirigir
Ia escisi6n en secuencias muy especfficas. Dichas re-
acciones sustentan el punto de vista de que el RNA
puede formar sitios activos especfficos con actividad
catalftica.
La edici6n del RNA cambia Ia secuencia de un
RNA durante su transcripci6n o despues de esta, que
son cambios necesarios para crear una secuencia de
codificaci6n significativa . En sistemas de mamffe-
ros se presentan sustituciones de bases individuales
que asumen la forma de desaminaciones, donde C
se convierte en U, o A en I. Una subunidad cata-
lftica relacionada con la desaminasa de citidina o
adenosina actua como parte de un complejo mas
grande con especificidad para una secuencia diana
en particular.
Las adiciones y deleciones (casi siempre de uri-
dina) se presentan en las mitocondrias de tripanoso-
mas y en paramixovirus. Las reacciones extensas de
edici6n ocurren en los tripanosomas, en los cuales,
hasta Ia mitad de las bases de un RNAm provienen
de la edici6n. En Ia reacci6n de edici6n se usa un
molde constituido por un RNA gufa complementa-
rio de Ia secuencia del RNAm. La reacci6n es cata-
lizada por un complejo enzimatico que incluye una
726 CAPITULO 27 RNA catal\tico
endonucleasa, una transferasa de uridina ter::::._
y una ligasa de RNA, que utili zan nucle6tidos =-
como fuente de adici6n o liberan nucle6tidos e-5..:
didos despues de Ia deleci6n.
El corte y empalme de proteinas constituye- _
reacci6n catalftica derivada de reacciones de ::=
ferenda de enlaces que no requiere de ingre:
energia. La entefna cataliza su autocorte y em =
fuera de las extefnas de los flancos. Muchas ime
tienen una actividad de endonucleasa de aloj arr
to independiente de la actividad de corte y em -
de las protefnas.
Referencias
fliJ Los intrones del grupo I realizan autocorte y
empalme por transeste rifica ci6n
Art\culos de revision
Cech. T. R. (1 985) . Self-splicing RNA: implications for
evolution. Int. Rev. Cytol. 93, 3-22.
Cech, T. R. ( 1987). The chemistry of self-splicing RNA"--=
RNA enzymes. Science 236, 1532-1539.
Articulos de investigaci6n
Been. M . D. and Cech, T. R. (1986). One binding site
determines sequence specificity of Tetrahymena pre -
rRNA self-splicing, trans-splicing, and RNA enzyrr.c
activity. Cell47, 207-216.
Belfort, M., Pedersen-Lane, J. , West, D., Ehrenman, K.
Maley, G., Chu. F., and Maley, F. ( 1985). Processi::;
of the intron-containing thymidylate synthase (td
gene of phage T4 is at the RNA leveL Ce/!41, 375-::. _:.
Cech, T. R. et aL ( 1981). In vitro splicin g of the rRNA
precursor of Tetrahymena: involvement of a guanos:::
nucleotide in the excision of the intervening
sequence. Cell 27, 487-496.
Kruger, K, Grabowski, P. J., Zaug, A. J., Sands, J.,
Gottsch ling. D. E., and Cech, T. R. ( 1982). Self-
splicing RNA: autoexcision and autocyclization
of the ribosomal RNA intervening sequence of
Tetrahymena. Cell3 1, 147- 157.
Myers, C. A., Kuhla, B., Cusack, S., and Lambowitz, A. ~
(2002). tRNA-like recognition of group I in trans by=
tyrosyl-tRNA synthetase. Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 9<;-
2630-2635.
IJII Los intrones del grupo I forman una estructura
secundaria caracteristica
Art1culos de investigaci6n
Burke, J. M. et aL (1986). Role of conserved sequence
elements 9L and 2 in self-splicing of the Tetrahymenc.
ribosomal RNA precursor. Cell45, 167-176.
MicheL F. and Wetshof. E. ( 1990). Modeling of the three-
dimensional architecture of group I catalytic introns
based on comparative sequence analysis. J. Mol.
Bioi. 216, 585-610.
 Las ribozimas tienen varias actividades cataliticas
Llculo de revision
::och, T. R. ( 1990). Self-splicing of group I inrrons. Annu.
Rev. Biochem. 59, 543- 568.
"':lculo de investigacion
- nkler,w: C., Nahvi, A., Roth, A., Collins, J . A., and
Breaker, R. R. (2004) . Control of gene expression by
a natural metabolite-responsive ribozyme. Nature
428, 281-286.
Algu nos intrones del grupo I codifican
endonucleasas que fomentan la movilidad
--:iculo de revision
: ~!fort,M. and Roberts, R. J. ( 1997). Homing
endonucleases: keeping the house in order. Nucleic
Acids Res. 25, 3379-3388.
Los intrones del grupo II pueden codificar prote1n as
multifuncionales
--:iculos de revision
....:mbowitz, A.M. and Belfon, M.(1993). Introns as mobile
genetic elements. Annu. Rev. Biochem. 62, 587-622.
...imbowitz, A.M. and Zimmerly, S. (2004) . Mobile group
II inrrons. Annu. Rev. Genet. 38, 1- 35.
-:iculos de investigacion
=. ckson, L., Huang, H. R., Liu, L., Matsuura, M.,
Lambowitz, A.M., and Perlman, P. S. (2001 ).
Retrotransposition of a yeast group II intron occurs by
reverse splicing directly into ectopic DNA sites. ?roc.
Nat!. Acad. Sci. USA 98, 13207-13212.
:!mrnerly, S. eta!. ( 1995). Group II intron mobility occurs
by target DNA-primed reverse transcription . Cell 82,
545-554.
: rrnmerly, S. eta!. (1995). A group II intron is a catalytic
component of a DNA endonuclease involved in intron
mobility. Cell 83, 529- 538.
Algunos intrones de autocorte y empalme requieren
de madurasas
-"ticulos de investigacion
~ !due eta!. (2003). Structural and biochemical analyses
of DNA and RNA binding by a bifunctional homing
endonuclease and group I splicing factor. Genes.
Dev. 17, 2875-2888.
:arignani, G. eta!. (1983). An RNA maturase is encoded
by the first intron of the mitochondrial gene for the
subunit I of cytochrome oxidase in S. cerevisiae. Cell 35,
733- 742.
:=:enke, R. M., Butow, R. A., and Perlman, P. S.
( 1995). Maturase and endonuclease functions depend
on separate conserved domains of the bifunctional
protein encoded by the group I intron ai4 alpha of
yeast mitochondrial DNA. EMBO J. 14, 5094-5099.
atsuura, M., Noah, J . W., and Lambowitz, A.M.
(2001). Mechanism of maturase-promoted group II
intron splicing. EMBO J. 20, 7259-7270.
Ill Los virioides tienen actividad catal1tica
Art1culos de revision
Doheny, E. A. and Doudna, J. A. (2000). Ribozyme
structures and mechanisms. Annu. Rev. Biochem.
69, 597-615 .
Symons, R. H. ( 1992). Small catalytic RNAs. Annu. Rev.
Biochem. 61, 641-67 1.
Art\culos de investigacion
Forster, A. C. and Symons, R. H. ( 1987). Self-cleavage
of virusoid RNA is performed by the proposed 55 -
nucleotide active site. Cell 50, 9-16.
Guerrier-Takada, C., Gardiner, K., Marsh, T., Pace, N., and
Altman, S. ( 1983). The RNA moiety of ribonuclease
Pis the cata lytic subunit of the enzyme. Cell 35,
849-857 .
Scott, W. G., Finch, J. T., and Klug, A. (1995) . The
crystal structu re of an all-RNA hammerhead
ribozyme: a proposed mechanism for RNA catalytic
cleavage. Cell81, 991-1 002.
m La edicion de RNA ocurre en bases individuates
Art\culos de investigacion
Higuchi, M. eta!. (1993). RNA editing of AMPA receptor
subunit GluR.-B: a base-paired intron-exon structure
determines position and efficiency. Ce/175, 136 1-
1370.
Navaratnam, N. et a!. ( 1995). Evolutionary origins of apoB
mRNA editing: catalysis by a cytidine deaminase that
has acquired a novel RNA-binding motif at its active
site. Cell8 1, 187-195.
Powell, L. M., Wallis, S. C., Pease, R. J., Edwards, Y.
H., Knott, T. J., and Scott, J. ( 1987). A n ovel
form of tissue-specific RNA processing produces
apolipoprotein-B48 in intestine. Cell 50, 831 -840.
Sommer, B. et al. ( 1991). RNA editing in brain controls
a determinant of ion flow in glutamate-gated
channels. Cel/67, 11-19.
fJIII La edicion del RNA puede dirigirse por RNA gu1as
Art1culos de investigacion
Aphasizhev, R., Sbicego, S., Peris, M ., Jang, S. H.,
Aphasizheva, I., Simpson, A. M ., Rivlin, A., and
Simpson, L. (2002). Trypanosome mitochondrial
3' terminal uridylyl transferase (TUTase): the key
enzyme in U-insertion/deletion RNA editing. Cel/ 108,
637-648.
Benne, R., Van den Burg J., Brakenhoff, J. P., SlooL P.,
Van Boom, J. H., and Tromp, M. C. (1986). Major
transcript of th e frameshifted coxll gene from
trypanosome m itochondria contains four nucleotides
tha t are not encoded in the DNA. Ce/146, 819-826.
Blum, B., Bakalara, N., and Simpson, L. (1990). A model
for RNA editing in kinetoplastid mitochondria: "guide"
RNA molecules transcribed from maxicircle DNA
provide the edited information. Ce/160, 189-198.
Feagin, J. E., Abraham, J. M., and Stuart, K.
( 1988). Extensive editing of the cytochrome c oxidase
III transcript in Trypanosoma brucei. Cell 53, 4 13-422.
Referencias 7 27
 Seiwert, S.D., Heidmann, S. and Stuart, K. (1996 ). Direct mini-inteins support structure predictions and a
visualization of uridylate deletion in vitro suggests a model for intein evolution. ?roc. Natl. Acad. Sci.
mechanism for kinetoplastid editing. Cell 84, 831-84 1. USA 94, 11466- 11471.
Perter, F. B. et al. (1992). Intervening sequences in ~
Archaea DNA polymerase gene. ?roc. Nat/. Acad. .:;.:-
fJIB El corte y empalme de proteinas son autocataliticos USA 89, 5577-5581.
Xu, M. Q., Southworth, M. W., Mersha, F. B., Horn~
Articulo de revision L. J., and Perter, F. B. (1993). In vitro protein sp :--
Paulus, H. (2000). Protein splicing and related forms of purified precursor and the identification of a
of protein autoprocessing. Annu. Rev. Biochem 69, branched intermediate. Ce// 75, 1371-1377.
447-496.

Articulos de investigaci6n
Derbyshire, V., Wood, D. W., Wu, W., Dansereau,
J. T., Dalgaard, J. Z., and Belfort, M. ( 1997 ). Genetic
definition of a protein-splicing domain: functional

728 CAPITULO 27 RNA catalitico

Cromosomas
ESQUEMA DEL CAPITULO j
Introducci6n
Los genomas viricos estan empaquetados en sus
cubiertas
La longitud del DNA que se puede incorporar a un virus
depende de la estructura de su casco.
El acido nucleico del casco esta muy condensado.
Los virus de RNA filamentosos condensan el genoma de
RNA conforme ensamblan el casco a su alrededor.
Los virus de DNA esferico insertan el DNA en una cubierta
proteinica preensamblada.
El genoma bacteriano es un nucleoide
El nucleoide bacteria no es -80% DNA en cuanto a masa, y
puede ser desplegado por agentes que actuan en el RNA o
las proteinas.
Las proteinas que condensan el DNA no han sido
identificadas.
El genoma bacteriano esta superenrollado
El nucleoide tiene -100 dominios independientes
superenrollados negativamente.
La densidad promedio del superenrollamiento es -1
superhelice/100 bp.
El DNA eucari6tico tiene asas y dominios unidos a
un bastidor
El DNA de la cromatina de interfase esta superenrollada en
forma negativa en dominios independientes de -85 kb.
Los cromosomas en metafase tienen un bastidor de
proteinas al que se unen las asas del DNA.
Secuencias especificas unen el DNA a una matriz
de interfase
El DNA esta unido a la matriz nuclear en secuencias
especificas llamadas MAR o SAR.
Las MAR son ricas en A-T, pero no tienen una secuencia de
consenso especifica.
La cromatina se divide en eucromatina y
heterocromatina
Los cromosomas individuates se observan solo durante la
mitosis.
En la interfase, la masa general de la cromatina esta en
forma de eucromatina, con empaquetamiento menos
compacta que los cromosomas en mitosis.
Las regiones de heterocromatinas se mantienen densamente
empaquetadas durante la interfase.
&r.r.. Los cromosomas tienen patrones de banda
~ simples
Ciertas tecnicas de tincion hacen que los cromoso mas
parezcan una serie de estrias llamadas bandas G.
Las bandas tienen un menor contenido de G-C que los
espacios intermedios (interbandas).
Los genes se concentran en las interbandas, ricas en G-C.
Los cromosomas en escobill6n se extienden
Los sitios de expresion genica de los cromosomas en esco-
billon muestran asas que se extienden a partir de su eje.
Los cromosomas politenicos fo rman bandas
Los cromosomas politenicos de los dipteros tienen una
serie de bandas que se pueden usar como mapa citologico.
Los cromosomas politenicos se expanden en sitios
de expresi6n genica
Las bandas son sitios de expresion genica en
cromosomas politenicos que se expanden para dar Lug ar a
"a bultamientos".
El cromosoma eucari6tico es un dispositivo de
segregaci6n
Un cromosoma de eucariota se mantiene en el huso
mitotico por union de microtubulos al cinetocoro, que se
forma en su region centromerica.
Los centromeros a menudo tienen heterocromatina rica en
secuencias de DNA satelite.
Los centr6meros pueden contener DNA repetitivo
Los centromeros de los cromosomas de eucariotas
superiores contienen grandes cantidades de DNA repetitivo.
Se desconoce la funcion del DNA repetitivo.
Las secuencias de DNA de los centr6meros de
S. cerevisiae son cortas
En 5. cerevisiae, los elementos CEN se identifican por la
capacidad de permitir que un plasmido se segregue de
manera precisa en la mitosis.
Los elementos CEN consisten en las secuencias cortas
conservadas CDE-I y CDE-III, las cuales flanquean una
region CDE-III rica en A-T.
El centr6mero se une a un complejo proteinico
En CDE-II se forma un complejo proteinico especializado
alterno a la estructura usual de la cromatina.
El complejo proteinico CBF3 que se une a CDE-III es
indispensable para la funcion del centromero.
Las proteinas que conectan esos dos complejos podrian
proporcionar la conexion para los microtubulos.
Los tel6meros tienen secuencias de repetici6n
Para la estabilidad del extrema cromos6mico, se requiere el
telomero.
Continua en Ia siguiente pagina
729
 Un tel6mero es una repetici6n sencilla en la que una
cadena rica en C +A tiene la secuencia c,,(A/T),_,.
Los tel6meros sellan los extremos de los
cromosomas
La proteina TRF2 cataliza una reacci6n en que la
unidad repetida 3' de la cadena rica en G + T forma un
asa por desplazamiento de su hom6loga en una region
de flujo ascendente respecto del tel6mero.
Los tel6meros son sintetizados par
una enzima ribonucleoprotefnica
La telomerasa hace uso del 3'- OH de La cadena
telomerica G + T para cebar La sintesis de repeticiones
seriadas de tipo TIGGGG.
El componente RNA de la telomerasa tiene una
secuencia que se aparea co n repeticiones ricas en
C +A.
Una de las subunidades proteinicas es una
transcriptasa inversa que utiliza al RNA como moldE
para la sintesis de la secuencia rica en G + T.
Dm Los tel6meros son indispensables para la
supervivencia
6i6) Resumen

Ill Introducci6n en el espacio disponible. Este fen6meno contrasta .:...

En Ia organizaci6n de todo material genetico celular
es evidente un principia general, se trata de una
masa compacta confinada en un volumen limitado,
y sus diversas actividades, como replicacion y trans-
cripcion, deben tener Iugar en ese espacio. Por otra
parte, Ia organizaci6n del material debe ajustarse a
transiciones entre un estado de inactividad y otro
de actividad .
El estado condensado del acido nucleico resul-
ta de su union con proteinas basicas, cuyas cargas
positivas neutralizan las cargas negativas del acido
nucleico. La estructura del complejo nucleoprotei-
nico depende de las interacciones de las proteinas
con el DNA (o RNA) .
El empaquetado del DNA, en fagos, virus, celu-
las bacterianas y nucleos de eucariotas, resulta en
un problema comun. La longitud del DNA (o en
el caso de algunos virus, el RNA) como molecula
extendida rebasarfa con mucho las dimensiones del
compartimiento que la contiene, de modo que ten-
drfa que comprimirse exageradamente para caber
la imagen tipica del DNA de una doble helice extendi, -
pero su deformaci6n estructural a! plegarse en una Jon
mas compacta es la regia, mas que la excepci6n.
La magnitud de la discrepancia entre la lon<c-
tud del acido nucleico y el tamano de su compc..:::-
timiento resulta evidente a partir de los ejemp l
resumidos en la FIG RA ?c~ 1. Para bacteri6fagos
virus de eucariotas, el genoma de acido nucleic
ya sea DNA o RNA monocatenario o dicatena~
efectivamente !lena el recept<kulo (que puede - ~
cilindrico o esferico).
En compartimientos de bacterias o celulas e..: -
carioticas es diffcil calcular con exactitud Ia disc ;:-
pancia, pues el DNA esta contenido en una zoe.
compacta que ocupa solo parcialmente el compar:: -
miento; el material genetico asume Ia forma den
cleoide en las bacterias y de rna sa de cromatina e=-
nucleos eucarioticos de interfase (entre divisione ~
La densidad del DNA en esos compartimient =
es alta, de -10 mg/ml, en una bacteria, de -100 ms
ml en un nucleo eucari6tico, yen Ia cabeza del fag
T4, de >500 mg/ml. Tal concentracion en soluci , -

loiTt~-
~~ ~
... .. , ...
Compartimiento Forma Dimensiones Tipo de acido nucleico Longitud
TMV filamento 0.008 x 0.3 ~m Un RNA monocatenario 2 ~m = 2.64 kb
Fagofd filamento 0.006 x 0.85 ~m Un DNA monocatenario 2 [.Lm = 6.0 kb
Adenovirus icosaedro 0.07 [.lm de diametro Un DNA dicatenario 11 ~m = 35.0 kb

Fago T4 icosaedro 0.065 x 0.10 ~m Un DNA dicatenario 55 .um = 170.0 kb

E. coli cilindro 1.7 x 0.65 ~m Un DNA dicatenario 1.3 mm = 4.2 x 103 kb

Mitocondria esferoide 3.0 x 0.5 [.Lm -10 DNA dicatenarios 50 ~m = 16.0 kb

(humana) en oblea identicos

Nucleo esferoide 6 11m de diametro 46 cromosomas 1.8 m = 6 x 1os kb

(humano) de DNA dicatenario

FICU 28 La longitud del acido nucleico es mucho mayor que las dimensiones del compartimiento
circundante.

730 CAPITULO 28 Cromosomas

serfa equivalente a un gel de gran viscosidad. Se
desconocen las implicaciones fisiologicas, como su
efecto en Ia capacidad de las protefnas para hallar
sus sitios de union en el DNA.
El empaquetamiento de Ia cromatina es flexi-
ble y cambia durante el ciclo celular eucariotico.
En el momento de la division (mitosis o meiosis),
el material genetico se empaqueta todavfa mas den-
samente, de modo que los cromosomas son iden-
tificables.
La compresion global del DNA suele describirse
mediante la raz6n de empaque, que corresponde
a la longitud del DNA dividida entre Ia longitud de
Ia unidad que Ia contiene. Por ejemplo, el cromo-
soma humano mas pequeiio contiene -4.6x 107 bp
de DNA (-10 veces el tamaiio del genoma de Ia
bacteria E. coli), lo cual equivale a 14 000 micras
(= 1.4 em de DNA extendido). En el momento de Ia
mayor condensadon de la mitosis, el cromosoma tiene
-2 p de longitud, asf que la razon de empaque del
DNA en el cromosoma puede llegar hasta 7 000.
Las razones de empaque de las estructuras glo-
bales mas amorfas del nucleoide bacteriano o la cro-
matina eucariotica no pueden ser tan exactas, pero
el resultado puntual usual suele ser que los cromo-
somas en mitosis tengan un empaquetado cinco o
diez veces mas denso que la cromatina de interfa-
se, lo cual indica una razon de empaque tfpico de
l 000 a 2000.
Una cuestion importante aun sin respuesta se
refiere a Ia especificidad del empaquetado. (.El DNA
se pliega en un patron particular o es diferente para
cada copia del genoma? (.Como cambia el patron
del empaque cuando se replica o transcribe un seg-
mento del DNA?
Los genomas v1ricos estan
empaquetados en sus cubiertas
Conceptos principales
La longitud del DNA que se puede incorporar a un virus
depende de la estructura de su casco.
El acido nucleico del casco esta muy condensado.
Los virus de RNA filamentosos condensan el genoma de
RNA conforme ensamblan el casco a su alrededor.
Los virus de DNA esferico insertan el DNA en una
cubierta proteinica preensamblada.
Desde la perspectiva del empaquetado de cada se-
cuencia, hay una diferencia importante entre un
genoma celular y un virus. El tamaiio del genoma
celular es esencialmente indefinido, pues el numero
y localizacion de las secuencias individuales puede
cambiar por duplicacion, delecion y reestructura -
28.2 Los genomas viricos estan empaquetados en sus cubiertas
cion, o sea que se requiere de un metodo genera-
lizado de empaquetamiento del DNA insensible a!
contenido o Ia distribucion total de Ia secuencia. Por
el contrario, dos instrucciones definen las necesida-
des de un virus. La cantidad de acido nucleico por
empaquetar depende del tamaiio del genoma y debe
adaptarse a una de cubierta ensamblada por una o
varias protefnas codificadas por los genes vfricos.
El aspecto superficial de una partfcula vfrica
es falazmente simple; el genoma de acido nucleico
esta contenido en una capside, o estructura sime-
trica, o casi simetrica, ensamblada a partir de una
o unas cuantas protefnas. A la capside se unen (o
se incorporan a ella) otras estructuras, las cuales se
ensamblan a partir de protefnas diferentes y que
son necesarias para la infeccion de Ia celula hos-
pedadora.
La estructura de Ia partfcula vfrica es muy com-
pacta, ya que rara vez el volumen interno de Ia cap-
side es mucho mayor que el del acido nucleico que
contendra; !a diferencia suele ser menor del doble
y a menudo, el volumen interno es apenas mayor
que el del acido nucleico.
En su forma mas extrema, Ia restriccion de que
la capside se ensamble con protefnas codificadas por
el virus, indica que toda la cubierta se construye a
partir de un solo tipo de subunidad. Las reglas de
ensamblaje de subunidades identicas en estructuras
cerradas restringe la capside a uno o dos tipos. En el
primer caso, las subunidades de protefna se apilan
secuencialmente en forma helicoidal para constituir
una estructurafilamentosa o cilindrica, mientras que
en el segundo, forman una cubierta seudoesferica,
una estructura similar a un poliedro con silnetria
icosaedrica. Algunas capsides vfricas se ensamblan
a partir de mas de un tipo de subunidad protefnica,
y si bien esto amplfa los tipos exactos de estructuras
que se pueden formar, las capsides vfricas aun se
apegan a las clases generales de filamentos cuasi-
cristalinos o icosaedros.
Hay dos tipos de soluciones a! problema de
como construir una capside que contenga un acido
nucleico:
La cubierta protefnica se puede ensamblar
en torno al acido nucleico, de modo de con-
densar el DNA o el RNA por interacciones
protefna-acido nucleico durante el proceso
de ensamblaje.
La capside se puede construir a partir de
esos componentes en forma de cascaron va-
do, en el cual se insertara el acido nucleico,
que se condensa conforme entra.
En los virus de RNA monocatenario, !a capside
se ensambla en torno a! genoma segun el principia
de que la posicion del RNA dentro de la capside es de-
731

El RNA se enrolla en una helice
J Mediante apilado de subunidades prote\nicas en
el virion se crea una via helicoidal para el RNA del TMV.
terminada directamente por su union con las proteinas
de !a cubierta. El ejemplo mejor caracterizado es el
de TMV (virus del m osaico del tab a co ), en el cuaL
el ensamblaje se inicia con una horquilla doble
que yace en Ia secuencia del R.!'JA. A partir de ese
centro de nucleaci6n, procede de manera bidi-
reccional en el RNA hasta llegar a los extremos. La
unidad de Ia capside es un disco de dos capas, cada
una de las cuales contiene 17 subunidades protei-
nicas identicas. El disco es una estructura circular
que, al interactuar con el RNA, forma una helice.
En el centro de nucleaci6n, la horquilla de RNA se
inserta en el orificio central del disco y este cambia
de conformaci6n, a una estructura helicoidal que
rodea al RNA. Se agregan discos adicionales, cada
uno de los cuales !leva una nueva cadena de RNA
hacia su orificio central. El RNA se enrolla de forma
helicoidal dentro de Ia cubierta de proteina como se
ilustra en la r
Las capsides esfericas de los virus de DNA se
ensamblan de forma diferente, siendo el ejemplo ca-
racterfstico los fagos lambda y T4, en cuyo caso, una
cubierta vacia se ensambla a partir de un pequeno
conjunto de proteinas. A continuaci6n, elgmoma doble
se inserta en Ia cabeza, proceso que se acompafi.a de
un cambia estructural en Ia capside.
En Ia se resume el ensamblaj e del
virus lambda, el cual empieza con un pequefi.o cas-
co que contiene una proteina "medular" y que se
transforma en un casco vado de forma caracterfsti-
ca. En ese pun to se inicia el empaquetado del DNA
el casco aumenta de tamafio, aunque conserva Ia
misma forma, hasta que toda Ia cabeza se sella por
Ia adici6n de Ia cola.
732 CAPITULO 28 Cromosomas
La procabeza I tiene un
centro de proteina
0
La procabeza II esta vacia
Se inicia el empaquetamiento
del DNA
G)
El casco se expande
conforme au menta el DNA Partfcula de fago madura
~
El casco alcanza su tamafio
oomploto ~
La madu raci6n del fa go lambda pasa par var::
eta pas. La cabeza vac\a cambia de forma y se expande cuan::
se llena de DNA. Las micrograftas electr6nicas muestran .E.:
particulas al inicio y al termi no de la via de maduraci6n. Foe -
grana superior reproducida de Cue, D. y Feiss, M. 1993, Pre
Nat/. Acad. Sci. USA, 90:9290-9294. Copyright 1993, Natior. :_
Academy of Sciences U.S.A. Imagen cortesia de Michael ::
Feiss, University of Iowa. La imagen inferior es cortesia -=
Robert Duda, University of Pittsburgh.
Un DNA dicatenario que cubre distancias conG.;
es un cilindro bastante rfgido que de todas fo rma.
debe comprimirse en una estructura compacta pa.:-~
ajustarse al interior de Ia capside. Seria bueno sa be~
si el empaquetado impli ca un enrollado ligero d(:'
DNA dentro de Ia cabeza o si necesita flexiona r ::-
abruptamente .
La inserci6n del DNA en una cabeza de fag
implica dos tipos de reacci6n, translocaci6n y cor. -
densaci6n, ambas desfavorables desde el punto G.-
vista energetico.
La translocaci6n es un proceso activo en el qt; -
el DNA es llevado al interior de Ia cabeza por li:-
mecanismo dependiente de ATP; el mecanismo u .:-
lizado es comun para muchos virus que se replica::.
mediante enrollamiento circular para generar largo..,
colas que contienen multfmeros del genoma vfr'
co. El ejemplo mejor caracterizado es el del fago
lambda, cuyo genoma es empaquetado en Ia capsi-
de vacfa porIa enzima terminasa, proceso que se
resume en Ia
La terminasa fue detectada por primera vez
merced a su participacion en Ia generacion de ex-
tremos del fago lineal de DNA por escision en si-
La terminasa se une al sitio cos en el DNA
tios cos (nombre que refleja el hecho de que genera
extremos cohesivos con colas complementarias de
una sola cadena). El genoma del fa go codifica dos
subunidades que constituyen Ia terminasa, una de
las cuales se une a un sitio cos, punta en que se une
Se escinde el DNA
a Ia otra subunidad, la cual corta el DNA. La ter-
minasa se ensambla en un heterooligomero dentro
de un complejo que tambien incluye IHF (factor
de integracion del hospedador, dfmero codificado
por el genoma bacteriano). Despues se une a una La terminasa recluta Ia capside
capside vacfa y aprovecha Ia hidr6lisis de ATP para
impulsar Ia translocacion a lo largo del DNA, hasta
llevarlo al interior de la capside vacfa.
Otro metoda de empaquetado utiliza un com-
La terminasa transloca al DNA en el interior de
ponente estructural del fago. En el fago <p29 del Ia capside
Bacillus subtilis, el motor que inserta el DNA en Ia
cabeza es Ia estructura que la conecta con Ia cola y
que actua como motor rotatorio, cuya accion efec-
ttla la translocacion lineal del DNA a! interior de
Ia cabeza del fago. El mismo motor se usa para ex-
pulsar el DNA y la cabeza del fago cuando infecta La proteina terminasa se une a sitios especificos
a una bacteria. en un multimero de genomas viricos generales par replicaci6n
Se sabe poco del mecanismo de condensacion en de un circulo rodante. Carta el DNA y se une a una capside virica
una capside vacia, excepto que esta contiene "protef- vacia, para despues utilizar la energia de la hidr6lisis de ATP
con elfin de insertar el DNA en la capside.
nas internas", asf como DNA. Una posibilidad es que
proporcione alg(m tipo de "bastidor" donde se con-
densa el DNA (serfa Ia contraparte del uso de protef- memos de modo de garantizar que el proceso de en-
nas en la cubierta de los virus vegetales de RNA). samblaje elija una copia de cada molecula diferente
(.Que tan especffico es el empaquetado? No pue- para formar un conjunto completo de informacion
de depender de ciertas secuencias porque deleciones, genetica . En el caso mas sencillo del fago <p6, que
inserciones y sustituciones no pueden interferir con empaque ta tres diferentes segmentos de RNA de
el proceso de ensamblaje. La relaci6n entre el DNA doble cadena en una capside, los segmentos deben
y el casco ha sido directamente investigada para de- unirse en un orden especffico; como cada uno es
terminar cuales de sus regiones pueden enlazarse incorporado a una capside, desencadena un cambia
en forma cruzada con las protefnas de Ia capside. en su conformacion que crea sitios de union para el
La sorprendente respuesta es que todas las regiones siguiente segmento.
del DNA son casi igualtemente susceptibles, es decir, Algunos virus vegetales tienen multiples divi-
que cuando se inserta en Ia cabeza, sigue una regia siones, sus genomas estan formados por segmentos,
general para Ia condensacion, pero el patron no es cada uno de los cuales se empaqueta en una capside
determinado por secuencias especfficas. diferente. Un ejemplo es el virus del mosaico de Ia
Estos diferentes mecanismos de ensamblaje de alfalfa (AMV), que tiene cuatro RNA unicatenarios
virus llegan todos a! mismo fin: el empaquetado diferentes, cada uno empacado de manera inde-
de una molecula unicatenaria de DNA o RNA den- pendiente en una cubierta constituida porIa misma
tro de Ia capside. No obstante, algunos virus tienen subunidad protefnica. Una infeccion exitosa depen-
genomas que constan de muchas moleculas de acido de del ingreso de un RNA de cada tipo ala celula.
nucleico. Por ejemplo, los reovirus contienen diez Los cuatro componentes del AMV constan de
segmentos de RNA dicatenario que deben empacarse partfculas de diferentes tamaiios, o sea que Ia misma
en Ia capside, para lo cual pueden ser necesarias proteina de Ia capside puede empacar cada RNA
secuencias de seguimiento especificas en los seg- en su propia partfcula caracterfstica, fenomeno que

28.2 Los genomas viricos estan empaquetados en sus cubiertas 733

 difiere del empaquetado de un segmento unico de
acido nucleico en una cipside de forma fijas.
La via de ensamblaje de los virus cuyas capsides
tienen solo una forma autentica puede ser desviada
por mutaciones que dan Iugar a Ia formacion de
particulas m o nstruo sas aberrantes, en las cuales,
Ia cabeza es mayor de lo usual. Esas mutaciones
muestran que una proteina de Ia capside, tiene ca-
pacidades intrinsecas para ensamblarse en un tipo
particular de estructura, pero el tamafio y Ia forma
exactos pueden variar. Algunas de esas mutaciones
ocurren en genes que codifican fa ctore s de en-
samblaje necesarios para la formaci on de Ia cabeza,
pero que no son parte del casco. Tales proteinas
auxiliares limitan las opciones de Ia protefna de Ia
capside, de manera que se ensambla solo a lo largo
de Ia vfa deseada. En el ensamblaje de Ia cromatina
celular se emplean proteinas comparables (vease
Cap. 29, Nucleosomas).
Ill El ge no ma bacteriano
es un nucleoide
Conceptos principales
El nucleoide bacteria no es ~80% DNA en cuanto a
masa, y puede ser desplegado par agentes que actuan
en el RNA o las proteinas.
Las proteinas que condensan el DNA no han sido
identificadas.
Si bien las bacterias no muestran estructuras con
las caracteristicas morfologicas definidas de los cro-
mosomas eucarioticos, de todas formas los genomas
Un corte delgado muestra el nucleoide bacte-
riano como masa compacta en el centro de la celula. Imagen
cortesia de Molecular and Cell Biology Instructional Laboratory
Program, University of California, Berkeley.
734 CAPITULO 28 Cromosomas
estan organizados en cuerpos definidos. El mater!
genetico se ve como un conjunto bastante m ::....-
pacto (o una serie de conjuntos), que ocupa cas:
3 3% del volumen de las celula. En Ia u A2
muestra el corte delgado de una bacteria en el c;,..:.
es evidente dicho nucleoide.
Cuando se lisa E. coli, se liberan fibras en fo r ~
de asas unidas a Ia envoltura rota de Ia celula. Cm::
puede observarse en Ia - , el DNA de eS"'
asas no muestra una forma extendida dicatena:--
sino compacta, por su vinculo con proteinas.
De E. coli se han aislado varias proteina s :.
union con el DNA que superficialmente se aseme'_;_,;
a las protefnas de cromosomas eucarioticos. c: ~ ~
criterios deberian aplicarse para decidir si una pc- -
tefna que se une al DNA tiene participacion estL
tural en los nucleoides? Deberfa haber cantid a c.~
suficientes como para que se una a to do el genof!";
y las mutaciones de su gen deberfan modifica r c
alguna forma Ia estructura o las funciones vin n:~
das con Ia supervivencia del genoma (por ejem _
segregacion a celulas hijas). Ninguna de las pos itL
proteinas cumple a{m las condiciones geneticas.
La protefna HU es un dimero que tal vez cu:-
densa el DNA al envolverlo en una estructura sic
Jar a una burbuja y que tiene relacion con IHF, li.-
presenta actividad estructural para Ia formacion : -
un complejo proteinico en reacciones especializa .:
de recombinacion. Las mutaciones nulas en ct:..:.. -
quiera de los genes que codifican las subunidade5 :
HU (hupA y -B) tienen poco efecto, pero !a pe nU~
de ambas funciones da Iugar a un fenotipo sensi:
al frio y cierta perdida de Ia estructura helicoidal e -
el DNA. Esos resultados dan Iugar a Ia posibilido:
El nucleoide se vierte fuera de una f. coli lis~:.:
en forma de asas de una fibra. Fotografia G. Murti/P il ~:..;,
Researchers, Inc.
de que intervenga de forma general en la conde n-
saci6n del nucleoide.
La protefna HI (tambien conocida como H-NS)
se une a! DNA interactuando preferentemente con
secuencias plegadas. Las mutaciones en su gen han
resultado en diversas formas (osmZ, bglY, pilG), cada
una identificada como regulador aparente de u n sis -
tema diferente. Dichos resultados tal vez reflejen el
efecto que HI produce en la topologfa local del DNA
que incide en Ia expresi6n genica dependiente de
un promotor en particula r.
Serfa de esperar que Ia ausencia de una protefna
necesaria para la estructura del nucle oide tuviera
graves efectos a Ia viabilidad, (.par que entonces los
efectos en las deleciones de los genes para las pro-
teinas HU y HI son relativamente restringidos? Una
explicaci6n es que dichas proteinas son redundan tes,
y una sola puede sustituir a las otras, de manera que
se necesitarian deleciones en todas ell as para modifi -
car notoriamente la estru ctura del nucleoide. Otra
posibilidad es que aun no se han identificado la s
protefnas encargadas de las principales caracterfsti-
cas de la integridad del nucleoide, el cual se puede
aislar directamente en forma de complejo de sedi-
m entaci6n muy rapida constituido por -80 % DNA
por masa. (Los complejos analogos en eucariotas
tienen -50% DNA por masa; vease la secci6n 28.4,
El genoma bacteriano esta supere nrollado); puede
ser desplegado por tratamiento con reactivos que
actua n sobre el RNA o las protefna s, cuya posible
participaci6n en Ia estabilizaci6n de esta estructura
es evidente; el papel del RNA ha sido bastante re -
fractario al analisis.
El genoma bacteriano
esta superenro llado
Conceptos principales
El nucleoide tie ne -100 dominies independientes
superenrellades negativamente.
La densidad promedie del superenrellamiente es
- 1 superhelice/100 bp .
El DNA del nucleoide bacteriano aislado in vitro se
com porta como una estructura doble cerrada, a juz-
gar por su respu esta al bromuro de etidio. Esa peque-
fia molecula se intercala entre pares de bases para
generar giros superhelicoidales positivos en molecu-
las de DNA circular "cerradas", esto es, en moleculas
donde ambas cadenas tienen integridad covalente .
(En las moleculas circulares "abiertas" que incluyen
una hendidura en una cadena o en moleculas linea -
les, el DNA puede rotar libremente en respuesta ala
intercalaci6n, aliviando asf la tension.)
En un DNA cerrado natural cuyo superenro -
llamiento es negativo, el intercalado de bromuro de
etidio elimina primero la s sup erhelices negativas y
despues introduce supe rhelices pasitivas. La canti-
dad de bromuro de etidio necesari a para llegar a un
superenrollamiento de cera es un parametro de la
densidad original de las superhelices negativas .
El nucleoide compacto presenta algunas hen-
diduras durante su aislamiento, las cuales tambien
pu eden generarse por tratamientos limitados con
deso xirribonucleasa, con lo cuaL sin embargo, el
bromuro de etidio no pierde su capacidad de in-
troducir superhelices positivas. Esta capacidad del
genoma de conservar su respuesta al bromuro de
etidio ante las hendiduras significa que debe tener
muchos domini os cromos6mico s independientes,
y que en cada dominio, el superenrollamiento no resulta
afectado por lo que sucede en los otros.
Esta autonomfa su giere que la estructura del
cromosoma bacteriano tiene Ia orga nizaci6n general
que se muestra esquematicamente en la
Cada dominio consta de un asa de DNA cuyo s extre -
mos se aseguran de alguna forma (desconocida) que
no permite que se propaguen los sucesos rotativos
de un dominio a otro.
En los primeros informes se sugerfa que los do -
minios constan de -40 kb de DNA, pero en analisis
mas recientes se sugiere que pueden ser mas pe-
quefios, de - 10 kb cada uno, o -400 dominios en
el genoma de E. coli. Los extremos de los dominios
parecen distribuidos de manera aleatoria, y no loca-
lizados en sitios predeterminados del cromosoma.
un mecanisme
desconocido
El asa consta de DNA
dicatenario
condensado por
protefnas basicas
El genoma bacteriane consta de un gran numero
de asas de DNA dicatenario (en forma de fibra); cada una de las
cade nas se ancla en la base para formar un dominio estructural
independiente.
28.4 El genema bacteriano esta superenrollado 735

No comprimida,
Ia via esta
superenrollada en
el espacio y crea
tension
La via comprimida esta
superenrollada en torno
a las proteinas, pero no
crea tension
Una superhelice sin restriccion en la via del
DNA crea tension, pero esta no se transmite a lo largo del DNA
cuando una superhelice se restringe por union con proteinas.
La existencia de dominios independientes po-
dria permitir que se mantuvieran diferentes grados
de superenrollamiento en regiones diferentes del
genoma, que tal vez sea importante a! considerar
las diferentes susceptibilidades de ciertos promoto-
res bacterianos ante el superenrollamiento (vease
seccion 11.15, El superenrollamiento es una carac-
teristica importante de la transcripcion).
Como se muestra en la r, , en el ge-
noma, el superenrollamiento puede, en principio,
asumir una de dos formas:
Si un DNA superenrollado esta libre, su via
no tiene restricciones y las superhelices ne-
gativas generan un estado de tension por
torsion que se trasmite libremente a lo lar-
go del DNA en un dominio, tension que se
alivia por el desenrollamiento de la doble
helice, como se describe en Ia seccion 19 .12,
El superenrollamiento afecta Ia estructura
del DNA. El DNA se encuentra en equilibria
dinamico entre el estado de tension y el de
desenrollado.
El superenrollamiento puede constrefiirse si
las proteinas se unen al DNA para mante-
nerlo en una configuracion tridimensional
particular, en cuyo caso, las superhelices es-
taran representadas por !a via que sigue el
DNA en su vfnculo fijo con las protefnas. La
energfa de la interaccion entre las protefnas
y el DNA superenrollado estabiliza el acido
nucleico, de manera que no se transmita
tension por la molecula.
;Jn vivo las superhelices del DNA de E. coli estan
comprimidas o la doble helice esta sujeta ala tension
por torsion caracterfstica del DNA libre? Las medi-
ciones del superenrollamiento in vitro se enfrentan
al problema de que las protefnas que comprimen
podrfan haberse perdido durante el aislamiento. En
736 CAPITULO 28 Cromosomas
varios enfoques se sugiere que, in vivo, el DNA estc
sometido a estres por torsion.
Uno de los enfoques es determinar el efect
de las hendiduras en el DNA. Las superhelices n
comprimidas se liberan por medio de hendidura"
en tanto que las comprimidas no resultan afecta
das. Las hendiduras liberan -50% del superenro-
llamiento general, lo cual sugiere que casi Ia mitac
del superenrollamiento se transmite como tensi6.
a lo largo del DNA, y la otra mitad es absorbida po:
Ia union con proteinas.
En otro enfoque se utiliza el psoraleno, reactiY
de enlace cruzado, que se une mas facilment e ;;.
DNA cuando se encuentra bajo tension por torsio 1~
La reaccion del psoraleno con el DNA de E. coli :
vivo cmresponde a una densidad promedio de u:-
giro superhelicoidal negativo/200 bp (a= -0.05 ).
Tambien es posible analizar la capacidad de Ia. .
celulas de formar estructuras alternas de DNA, p -
ejemplo, para generar estructuras cruciformes e-
secuencias palindromicas. A partir del cambia dt
numero de enlaces que se requiere para llevar :
cabo tales reacciones, es posible calcular la dens:.
dad del superenrollamiento original, abordaje qu :-
sugiere una densidad promedio de G = -0.025 o u:-
giro super helicoidal negativo/1 00 pares de bases.
Por tanto, las super helices crean tension por to:-
sion in vivo; podrfa haber variaciones acerca de u:-
nivel promeclio, y es dificil medir la variedad preci.s..:
de densidades. No obstante, es obvio que el nivel b<L.
ta para ejercer efectos significativos en la estrucnL .
del DNA, por ejemplo, para ayudar a su disolucion c
regiones especfficas, como orfgenes o promotores.
Muchas de las caracteristicas importantes de ::.
estructura del nucleoide compacta a{m_ no han sid
establecidas. e, Con que especificidad se construye--
los dominios? e, Yacen las mismas secuencias sier:--
pre en las mismas localizaciones relativas o puede::-
variar los contenidos de dominios en particula.:- :
e,Se mantiene la integridad del dcminio? El analis.'_
bioqufmico por sf mismo no puede responder p -
completo a esas preguntas, pero es posible disen;;_:
tecnicas selectivas adecuadas, y las propiedades d=
los mutantes estructurales deberfan llevar a un an-
lisis molecular de la construccion del nucleoide .
El DNA eucari6tico tiene asas
dominios unidos a un bastidor-
Conceptos principales
El DNA de la cromatina de interfase esta superenrollado e-
forma negativa en dominios independientes de ~85 kb.
Los cromosomas en metafase tienen un bastidor de
proteinas al que se unen las asas del DNA.
La cromatina de interfase es una masa enmarafiada
de DNA que ocupa gran parte del volumen nuclear,
a diferencia de Ia otra estructura tan organizada y
reproducible de los cromosomas mit6ticos. (.Que
controla la distribucion de la cromatina de interfa-
se en el nucleo?
El aislamiento del genoma como cuerpo com -
pacta unico proporciona ciertas pruebas indirectas
de su naturaleza. Aplicando la misma tecnica perfec-
cionada para el aislamiento del nucleoide bacteriano
(vease Ia seccion 28.4, El genoma bacteriano esta
supe renrollado) , es posible lisar los nucleos sobre un
gradiente de sacarosa, de modo de liberar el genoma
de forma que pueda conectarse por centrifugaci6n.
Despues de aislarlo de Drosophila melanogaster, es po-
sible visualizarlo como una fibra de pliegues com-
pactos (de l 0 nm de diametro) constituida de DNA
unida a proteinas.
El superenrollamiento medido por su respuesta
a! bromuro de etidio corresponde casi a una super-
helice negativa/200 bp. Esas superhelices pueden Los cromosomas sin histonas constan de un bas-
eliminarse mediante hendiduras de desoxirribonu- tidor prote1nico al que se anclan las asas de DNA. Reproducida
de Cell, vol. 12, Paulson , J. R., y Laemmli , U.K ., The structure
cleasa, si bien el DNA conserva la forma de Ia fibra of histone ..... , pp. 817-828. Copyright 1977, con autorizaci6n
de l 0 nm, lo cual sugiere que el superenrollamiento de Elsevier. Imagen cortes1a de Ulrich K. Laemmli, University
se debe a la disposici6n de Ia fibra en el espacio, y of Geneva, Switzerland.
que representa la torsion presente.
La relajacion completa de las super helices impli-
ca una hendidura/85 kb, de modo de identificar Ia
longitud promedio del DNA "cerrado". Dicha region
podrfa constituir un asa o dominio de caracterfsticas
Secuencias especificas unen el
similares a los identificados en el genoma bacteria- DNA a una matriz de interfase
no. Las asas se observan directamente cuando Ia Conceptos principales
mayor parte de las protefnas es extrafda de los cro-
mosomas mit6ticos. El complejo resultante consta El DNA esta unido a la matriz nuclear en secuencias
espec1ficas llamadas MAR o SAR.
de DNA vinculado con -8% del contenido de pro-
tefna original. Como se observa en la , los Las MAR son ricas' en A-T, pero no tienen una secuencia
cromosomas sin proteinas adoptan Ia forma de un de consenso espec1fica.
bastidor central rodeado de un halo de DNA.
El bastidor en metafase consta de una red densa (.Se une el DNA al bastidor mediante secuencias es-
de fibras, del cual emana DNA, aparentemente en pecificas? Los sitios de DNA unidos a estructuras pro-
forma de asas de 10 a 30 pm (30 a 90 kb) de longitud teinaceas en nucleos de interfase se llaman MAR S
promedio. El DNA puede ser digerido sin afectar Ia (regiones de urti6n con la matriz), o bien SAR
integridad del bastidor, que consta de un conjunto (reg iones de union con el bastidor). Se desconoce
de protelnas espedficas, lo cual sugiere una forma Ia naturaleza de la estructura celular en interfase a
de organizacion en Ia cual asas de DNA de -60 kb Ia que se conectan. La cromatina a menudo parece
se anclan en un bastidor proteinaceo central. unida a una mattiz y se ha sugerido mucho que esa
El aspecto del bastidor simula un par de croma- union es necesaria para Ia transcripcion o replicaci6n.
tides hermanas mitoticas, el cual suele tener una Cuando los nucleos carecen de protefnas, el DNA
conexion muy estrecha (aunqu e en ocasiones las se expulsa como as as des de una estructura protei-
hermanas estan separadas) y estar unido solo por nacea residuaL pero los intentos por relacionar las
unas cuantas fibras. (.Podria ser esta Ia estructura protefnas que se encuentran en esa preparaci6n con
encargada de mantener Ia forma de los cromosomas elementos estructurales de celulas fntegras no han
durante la mitosis? (.Podria generarse por union de tenido exito.
los componentes proteinicos que suelen asegurar las (.Region es espedficas del DNA estan relaciona-
bases de las asas en la cromatina de interfase? das con esa matriz?

28.6 Secuencias espec1ficas unen el DNA a una matriz de interfase 73 7

 Una caracterfstica sorprendente es Ia falta de
conservacion de secuencia en fragmentos MAR:
Se prepara el nucleo
suelen ser -70% ricas en A-T, pero carecen de se-
I Extracci6n cuencias de consenso desde otros puntas de vis-
de histonas
ta. Sin embargo, otras secuencias interesantes se
c'-100 encuentran a menudo en la cadena de DNA qu e
contiene laMAR. Los sitios de accion en configu-
raci6n cis que regulan la transcripci6n son frecuen-
tes, y suele haber un sitio de reconocirniento de la
Escisi6n con topoisomerasa II en MAR. Por ello es posible qu e
Fragmentaci6n de

_
nucleasas de
todo el DNA con esta ultima desempene mas de una funcion, pue;;

_,...
restricci6n
desoxirribonucleasa
......
)
,' \...'
' ~V Y-MAR
-Matriz I Adici6n
1'1/\f\~ ~ de DNA
Extracci6n y
analisis de DNA
Las regiones vinculadas con la matri z se pue-
den identifica r par caracterizaci6n del DNA rete nido por la
matriz aislada in vivo o par identificaci6n de los fragmentos
que pueden unirse a la matriz de la que se ha eliminado todo
el DNA.
Los abordajes in vivo e in vitro se resumen en la
. Amb os se inician por aislamiento de
Ia matriz como preparado nuclear crudo que con-
tiene proteinas nucleares y cromatina, de modo que
entonces se pueden usar diferentes tratamiento s
para caracterizar el DNA de Ia matriz o identificar
el que puede unirse a ella.
Para analizar el MAR existente, es posible des-
condensar las asas cromosomicas por extraccion de
las protefnas, y al eliminar aquellas mediante un
tratamiento con nucleasas de restriccion, quedan
solo secu encias MAR in vivo (supuestas) unidas a
la matriz.
El abordaje complementario consiste en elirni-
nar todo el DNA de la matriz por tratamiento con
una desoxirribonucleasa, momenta en que se puede
estudiar la capacidad de los fragmentos aislados del
DNA para unirs e a la matriz in vitro.
Las mismas secuencias deberian vincularse con
la matriz in vivo o in vitro. Una vez que se ha iden-
tificado un MAR potenciaL se puede determinar el
tamano de Ia region mfnima necesaria para elvin-
culo in vitro mediante de leci ones, lo cual permitira
identificar protefnas que se unen a las secuencias
MAR.
proporciona un sitio de union con Ia matriz y con -
tiene otro donde se efectuan cambios topologicos
del DNA.
(. Cual es la relaci6n entre el bastidor de cromo-
somas de las celulas en division y la matriz de las ce-
lulas de interfase? e,Las mismas secuencias de DNA
estan unidas a ambas estructuras? En varios casos.
los mismos fragmentos de DNA que se encuentrar.
en la matriz nuclear in vivo pueden recuperarse de:
bastidor en metafase, y los fragmentos que contie-
nen secuencias MAR pueden unirse a un bastidor
en metafase, de manera que parece probable qu e
el DNA contenga un solo tipo de sitio de union. Er.
celulas de interfase, el sitio de union Se COnecta COI:.
la matriz nuclear, en tanto que en celulas mitotica ~
hace lo propio con el bastidor del cromosoma.
La matriz nuclear y el bastidor cromosomico
constan de diferentes proteinas, si bien hay algunos:
componentes comunes. La topoisomerasa II es UJ:
destacado componente del bastidor cromosomico y
constituyente de la matriz nuclear, lo cual sugiere
que el control de la topologia es importante en am-
bos casos.
Ell La cromatin a se divide en
eucromatina y heterocro matina
Conceptos principales
Los cromosomas individuales se observan s6lo dtuante
la mitosis.
En la interfase, la masa general de la cromatina esta en
forma de eucromatina, con empaquetamiento menos
compacta que los cromosomas en mitosis.
Las regiones de heterocromatinas se mantienen
densamente empaquetadas durante la interfase.
Cada cromosoma tiene un solo DNA dicatenari o
muy largo, lo cual explica porque la replicaci6n cro-
mosomica es semiconservadora, como la molecula
de DNA individual. (Esto no necesariamente serfa
el caso si un cromosoma porta muchas molecula
ind epend ientes de DNA.) El DNA dicatenario unic
se pliega en una fibra que recorre continuamente e:

738 CAPITULO 28 Cromoso mas

 ..... I f t
con el colorante de Feulgen muestra la heterocromatina como
regiones compactas agrupadas cerca del nucleolo y la membra-
na nuclear. Imagen cortes\a de Edmund Puvion , Centre National
de la Recherche Scientifique.
Las cromatides hermanas de un par mit6tico
constan cada una de una fibra (~30 nm de diametro plegada
compactamente dentro del cromosoma). Imagen cortes\a de
Daniel L. Hartl, Harvard University.
cromosoma, de modo que en lo que se refiere ala croma-
tina de interfase y Ia estructura del cromosoma mit6tico, se
tiene que explicar el empaquetado de una sola molecula de
DNA extremadamente larga en una fo rma en que pueda
transcribirse y replicarse, as[ como adoptar dclicamente la
forma mas y menos comprimida.
Los cromosomas eucarioticos individuales en-
nan a escena brevemente durante el acto de la divi-
sion celular, solo entonces pueden verse como uni-
dades compactas. La es una microoraffa
0
electronica de un par de cromatides hermanas cap-
tadas en m etafase. (Las cromatides hermanas son
cromosomas producidos por el suceso de replica cion
previo, aun unidos en esa etapa de Ia mitosis.) Cada
una consta de una fibra de -30 run de diametro y
tiene aspecto nudoso. El DNA esta de cinco a diez
veces mas condensado en los cromosomas que en
Ia cromatina de interfase.
Sin embargo, durante Ia mayor parte del ciclo
vital de Ia celula eucariotica, su material genetico
ocupa una zona del nucleo donde no se pueden dis-
tinguir cromosomas individuales. La estructura de la
cromatina de interfase no cambia visiblemente entre
divisiones, no hay una rotura evidente durante el
periodo de replicacion, cuando la cantidad se duplica.
La cromatina es fibrilar, si bien es diffcil discernir en
detalle su configuracion general en el espacio, pero
es similar, o identica, a Ia de los cromosomas rnito-
ticos.
Como puede observarse en el corte nuclear de
Ia , Ia cromatina se divide en dos tipos
de material:
28 .7 La cromatina se divide en eucromatina y heterocromatina
Un corte delgado a traves de un nucleo teiiido
En casi todas las regione s, las fibras estan
menos densamente empacadas que en los
cromosomas mitoticos, material denomina-
do eucromatina, que parece relativamente
disperso en el nucleo y que ocupa Ia mayor
parte de este en Ia Figura 28.12.
Algunas regiones de la cromatina estan
muy densamente empaquetadas con fibras,
lo cualles confiere un estado comparable a!
de los cromosomas durante Ia mitosis, ma-
terial denominado heterocromatina, que
por lo general esta en los centromeros, pero
tambien en otras localizaciones. Experimen-
ta el ciclo celular con relativamente pocos
cambios en cuando a condensacion. En la Fi-
gura 28.12 forma una serie de cL1mulos bien
definidos, pero a menudo las diversas reoio-
o
nes de heterocromatina se acumulan en un
cromoceritro, densam ente tenido. (Esta
descripcion se aplica a regiones que siem-
pre son heterocromaticas y constituyen la
denominada heterocromatina constitutiva
ademas, hay otro tipo de heterocromatina:
la heterocromatina facultativa, en la cual,
algunas regiones de la eucromatina se con-
vierten a un estado heterocromarico.)
Las mismas fibras transcurren de manera con-
tinua entre eucromatina y heterocromatina, lo cual
implica que esos estados repres entan diferentes gra-
dos de condensacion del material genetico; de la
misma forma, las regiones eucromaticas se encuen-
tran en diferentes estados de condensacion durante
la interfase y la mitosis. Asf, el material genetico se
organi za de modo que permita mantener estados
alternativos en la cromatina y cam bios cfclicos en el
empaquetado de la eucromatina entre la interfase y
Ia division. En el Capitulo 30, Control de la estruc-
tura de la cromatina, se describe Ia base molecular
de esos estados.
739
 La condicion estructural del material genetico
se correlaciona con su actividad. Las caracteristicas
comunes de Ia heterocromatina constitutiva son:
Esta permanentemente condensada.
A menudo consta de multiples repeticion es
de unas cuantas secuencias de DNA que no
se transcriben .
La densidad de los genes en esa region ha
disminuido mucho respecto de Ia eucroma-
tina, y los genes se traslocan a ella o cerca
de ella, a menudo desactivados.
Se replica tardiamente en la fase S y su re-
combinacion genetica es menos frecuente,
lo cual tal vez resulte de su estado conden-
sado.
Hay algunos marcadores moleculares de los cam-
bios de propiedades del DNA y sus componentes pro-
teinicos (vease Ia seccion 31.3, La heterocromatina
depende de interacciones con histonas), entre otros,
acetilacion reducida de proteinas histonas, aumento
de la metilacion de una protefna histona e hiperme-
tilacion de bases citidina en el DNA cambios mole-
culares que dan Iugar ala condensacion del materiaL
de lo que depende su inactividad.
Aunque los genes activos estan contenidos en
Ia eucromatina, solo una pequei1a parte de sus se -
cuencias se transcribe en cualqu ier momenta, de
modo que la localizaci6n en la eucromatina es nece-
saria para Ia expresion genetica, pero insuficiente.
IB Los cromosomas tienen
patrones de banda
Conceptos principales
Ciertas tecnicas de tinci6n hacen que los cromosomas
parezcan una serie de estrias llamadas bandas G.
Las bandas tienen un menor contenido de G-C que los
espacios intermedios (interbandas).
Los genes se concentran en las interbandas, ricas en G-C.
Como resultado del estado difuso de Ia cromatina,
no se puede determinar directamente Ia especifi -
cidad de su organizaci6n, pero si in vestigar si la
estructura del cromosoma (mitotica ) es ordenada.
(,Siempre yacen secuencias particulates en sitios
particulares o el plegamiento de Ia fibra de Ia es-
tructura global es algo mas aleatorio?
En el ambito del cromosoma, cada miembro
del conjunto tiene una ultraestructura diferente y
reproducible. Cuando son sometidos a ciertos trata-
mientos y despues se tifien con el colora me quimico
Giemsa, los cromosomas generan una serie de ban-
das G. En Ia se presenta un ejemplo de
los cromosomas humanos.
740 CAPiTULO 28 Cromosomas
Hasta que no se perfecciono esta tecnica, los
cromosomas solo se distinguian por sus dimensio-
nes generales y Ia localizacion relativa de su centro -
mero, pero las bandas G permiten identificar a cada
cromosoma por su patron de bandas caracterfstico,
que permite identificar Ia translocacion de un cro-
mosoma a otro por comparacion con el conj unt
diploide original. En Ia se muestra ur:
esquema de las bandas del cromosoma X humano:
estas bandas son estructuras grandes, cada una de
-l 0 7 bp de DNA, posiblemente con muchos ciento_
de genes.
La tecnica de bandas es de una utilidad prac-
tica enorme, pero el mecanismo sigue siendo u r:
misterio. Todos lo que se sabe es que el colorante
tine los cromosomas n o tratados de manera mas
menos uniforme. Por tanto, Ia generacion de banda'
depende de una diversidad de tratamientos que m o-
difica la respuesta del cromosoma (supuestamente
por extraccion del componente que se une al co-
lorante desde las regiones sin bandas). Se puede:
generar bandas similares mediante tratamiento;:
variados.
La (mica caracteristica conocida que distingue
a las bandas de las interbandas es que las primera"
tienen un menor contenido de G-C, que es un re-
sultado peculiar. Si hay -10 bandas en un crom -
soma grande, con un contenido total de - l 00 M
el cromosoma se divide en regiones de -5 Mb de
longitud que alternan con las del contenido baj
(bandas) y elevado (inte rbandas) de G-C. Los gene-5
(identificados por hibridaci6n con RNAm) tienen !c.
tendencia a localizarse en las regiones interbanda
~
B-11r . -.
2 3 4 5
c.
b )I- -1-ls-; - '
6 7 8 9 10 11 12
16 17 18
- - ~-
F- - )- .- G- - t.i( -
19 20 21 22 X y
Las bandas Ggeneran una serie lateral carac~
ristica de bandas en cada miembro del conjunto cromos6micc
Imagen cortes\a de Lisa Shaffer, Washington State Universi_-
Spokane.
 . ..
Banda
3 p22.3 8%
2 I p22.2
2 2 1 p22.1
1

6%
p p21
4 p11.4 4%
3 p11.3
2 . p11.2
1
Centr6mero
' q12 2%

3 q13
30 40 50 60%
q21 Contenido de G-C

q 2 q22 En distancias cortas hay grandes fluctuaciones

3 q23
2 4 q24
5 q25
6 q26
7 q27
8 q28
El cromosoma X humano puede dividirse en
regiones distintas segun su patron de bandas. El brazo corto es
p, y ellargo, q; cada brazo se divide en regiones mas pequeiias,
subdivididas. En este mapa se observa una estructura de baja
resoluci6n; a mayor resoluci6n, algunas bandas se subdividen
adicionalmente en bandas mas pequeiias e interbandas (p. ej.,
p21 se divide en p21.1, p21.2 y p21.3).
fenomeno que respalda a una organizacion depen-
diente de secuencias largas.
La secuencia del genoma humano confirma la
observacion basica. En la 'j se muestran
claras fluctuaciones del contenido de G-C cuando
el genoma se divide en ramas pequeiias (segmentos
o tramos de DNA). El promedio de 41% de G-C es
comun en los genomas de marniferos, pero hay re-
giones con apenas 30% o hasta con 65%. Cuando se
revisan tramos mas largos, hay menos variaciones.
La longitud promedio de las regiones que contienen
>43% de G-C es de 200 a 250 kb, lo cual aclara que
la estructura de bandas o interbandas no representa
segmentos homogeneos que alternen en cuanto a
contenido de G-C, si bien las bandas contienen una
mayor cantidad de segmentos con contenido bajo
de G-C. Los genes se concentran en regiones con
un contenido mas alto de G-C. Todavia se descono-
ce como afecta el contenido de G-C a la estructura
cromosomica.
Los cromosomas en escobill6n
se extienden
Concepto principal
Los sitios de expresi6n genica de los cromosomas en
escobill6n muestran asas que se extienden a partir de
su eje.
en cuanto a contenido de G-C. Cada barra muestra el porcen-
taje de fragmentos de 20 kb con el contenido determinado
de G-C.
Seria extremadamente utillocalizar la expresion ge-
nica en su estado natural para observar que cambios
estructurales se relacionan con la transcripcion. La
compresion del DNA en la cromatina, aunada ala
dificultad de identificar genes particulares en su in-
terior, hace imposible visualizar la transcripcion de
los genes activos individuales.
La expresion genica se observa directamente
en ciertas circunstancias desusadas, en las cuales,
los cromosomas se encuentran muy extendidos, de
modo que se facilita distinguir loci individuales (o
grupos). La diferenciaci6n lateral de la estructura
es evidente en muchos cromosomas cuando apenas
llegan para la meiosis, etapa en la que simulan una
serie de cuentas ensartadas en un hilo; las cuentas
son granulos intensamente teiiidos que apropia-
damente se nombran crom6meros. Sin embargo,
en general hay poca expresion genica durante la
meiosis, y no es practico utilizar ese material para
identificar las actividades de cada uno de los genes.
Una circunstancia excepcional que permite estudiar
el material es la constituida por los cromosomas
en escobill6n, mejor caracterizados en ciertos an-
fibios.
Los cromosomas en escobillon se forman du-
rante una meiosis inusualmente larga que puede
durar jincluso varios meses! Durante ese periodo,
los cromosomas se mantienen en una forma no dis-
tendida, visible con el microscopio de luz; en un
momento posterior de la meiosis, recuperaran su
tamaiio compacta normal.
Asi, el estado de extension brinda esencialmen-
te una version no plegada del estado normal del
cromosoma.
Los cromosomas en escobillon son bivalentes
meioticos, cada uno constituido por dos pares de
cromatides hermanas. En la ! se muestra
un ejemplo en que dichos pares casi se han separa-

28.9 Los cromosomas en escobill6n se extienden 741


Un cromosoma en escobill6n es un divalente
mei6tico en el que dos pares de cromatides hermanas se man-
tienen juntas en el quiasma (indicado con flechas). Imagen
cortesia de Joseph G. Gall, Carnegie Institution.
Un asa del cromosoma en escobill6n es rodeada
por una matriz de ribonucleoproteina. Reproducida de Gall, J G.
et al. Mol. Bioi. Cell. Diciembre 1999, 10:4385-4402. Imagen
cortesia de Joseph G. Gall, Carnegie Institution.
do, de manera que se mantienen juntos solo por los
quiasmas. Cada par de cromatides hermanas forma
una serie de crom6meros elipsoidales, de -l a 2 pm
de cliametro, conectados por una cadena muy fina
que contiene dos cadenas hermanas dobles de DNA
y transcurre en forma continua por el cromosoma,
a traves de los crom6meros.
La longitud de los cromosomas en escobillon en
la lagartija acuatica Notophtha!mus viridescens va de
400 a 800 pm, frente ala variacion de 15 a 20 pm
que se observa mas tarde en la meiosis, de modo
que su empaquetamiento es - 30 veces menos es-
trecho. La longitud total del conjunto total de cro-
mosoma en escobillon es de 5 a 6 mm y se organiza
en -5 000 cromomeros.
Los cromosomas en escobillon roman su nom-
bre de las asas laterales que abandonan los cromo-
meros en ciertas posiciones (simulan un escobill6n,
que es un objeto extinto). Las as as se extienden
por pares, una a partir de cada cromatide h ermana.
Las asas forman un continuo con la cadena axil, lo
742 CAPITULO 28 Cromosomas
que sugiere que representan material cromosomi.:
expulsado de esa organizacion mas compacta _
cromomero.
Las asas estan rodeadas por una matriz de _ -
bonucleoprotefnas que contienen cadenas recie-
formadas de RNA, y a menudo es posible defir_-
una unidad de transcripci6n por el aumento en :..:
longitud de la RNP que se mueve en torno al a<'
vease el ejemplo de la
Por tanto, el asa es un segmento expulsado Gc:
DNA en proceso de transcripcion activa. En cien
casas se han identificado las asas que corresponde:-
a genes en particular; la estructura del gen trans cr..:
y la naturaleza de su producto pueden analizaE=
in situ.
f!m Los cromosomas politenicos
forman bandas
Concepto principal
Los cromosomas politenicos de los dipteros tienen
una serie de bandas que se pueden usar como mapa
citol6gico.
Los cromosomas de los nucleos de interfase de alg-- -
nos tejidos de la larva de mosca dfptera son mud:
may ores respecto de su estado normal, tanto en di--
metro como en longitud. En Ia se mu __
tra un ejemplo de un conjunto cromosomico de- '"
glandula saliva! de D. me!anogaster, cuyos miembr _
se denominan cromosomas politenicos.
Cada miembro del conjunto politenico consta dt>
una serie visible de bandas (mas apropiadamen- c
llamadas crom6meros, aunque es un termino po
usado) que van de -0.5 pm de ancho lamas grande
a -0.05 pm Ia mas pequeii.a (esta es distinguib c
solo por microscopia eiectr6nica) y que contiene-.
la mayor parte de Ia masa del DNA; se tiii.en inte .-
samente con los reactivos apropiados. Las regione:
intermeclias son menos susceptibles a la tinci6n y Sf'
denominan interbandas. El conjunto de D. melt:-
nogaster tiene -5 000 bandas.
Los centr6meros de los cuatro cromosomas rie
D. melanogaster se suman para formar un cromoce -
rro constituido sobre todo por heterocromatina (e _
el macho incluye el cromosoma Y completo). A esc
respecto, - 75% del conjunto de DNA haploide se
organiza en bandas e interbandas alternadas, co :
una longitud de -2 000 pm. Extendido, el DNA lle-
garfa a los -40 000 pm, de manera que la raz6n de
empaquetado serfa de -20, con lo que se demue -
tra vfvidamente la extension del material genetic
respecto de los estados normales de la cromatina de
interfase o cromosomas mit6ticos.
 /

--~las
- - .. - ---- diana
aplastadas
Congelaci6n en hielo seco
Lavado con etanol en Ia laminilla
lnmersi6n en soluci6n de agar
Desnaturalizaci6n del DNA
Adici6n de sonda radioactiva
Lavado de Ia sonda sin reacci6n
Autorradiograffa

Los cromosomas politenicos de D. me/anogaster

forman una serie alternante de bandas e interbandas. Imagen
cortesla de Jose Bonner, Indiana University. Celul~

(_Que estructura tienen esos cromosomas gigan -

tes? Cada uno es producido por replicaciones suce-
sivas de un par diploide en sinapsis, pero las replicas
nose separan, se mantienen unidas en estado exten-
dido. Al inicio del proceso, el contenido de DNA de
cada par de sinapsis es de 2C (donde C representa el
contenido de DNA del cromosoma individual) , que
entonces se duplica hasta nueve veces, para llegar a
un maximo de l 024C. El numero de duplicaciones
es diferente en los diversos tejidos de las larvas de
D. melanogaster.
Cada cromosoma se ve como un gran numero
de fibras paralelas longitudinales, muy condensadas
en las bandas y menos en las interbandas. Es posible
que cada fibra represente un solo cromosoma ha-
ploide (C) , lo cual da lugar a! nombre de politeni-
co, el grado de politenia c01-responde al mimero de
cromosomas haploides contenidos en el cromosoma
gigante.
El patron de bandas es caracterfstico de cada
cepa de especies de Drosophila. EI numero constante
y la disposici6n lineal de las bandas se observ6 por
primera vez en el decenio de 1930, cuando se detec-
t6 que forman un mapa citol6gico de los cromosomas.
Las reestructuraciones, como deleciones, inversio-
nes y duplicaciones, resultan en modificaciones en
el orden de las bandas.
El arreglo lineal de las bandas es equiparable
al correspondiente de los genes, de modo que las
reestructuraciones geneticas, segun se observa en
un mapa de enlace, pueden correlacionarse con las
estructurales de los mapas citol6gicos. En ultima
instancia, se puede localizar una mutaci6n deter-
minada en una banda en particular. El numero total
de genes de D. melanogaster supera a! numero de
bandas, de manera que probablemente hay genes
mtiltiples en casi todas las bandas.
La posicion de genes especfficos en el mapa
citologico suele determinarse directamente por Ia
~ Las zonas negras corresponden
a granos de plata e identifican
los sitios en que hubo hibridaci6n
de Ia sonda
Mediante hibridaci6n in situ es posible identifi-
car bandas individuates que contienen genes particulares .
tecnica de hibridaci6n in situ, cuyo protocolo sere-
sume en la . Una sonda radioactiva que
representa a un gen (con mucha frecuencia un don
de DNAc marcado, derivado del RNAm) da Iugar a
la hibridaci6n con el DNA desnaturalizado de los
cromosomas politenicos in situ. Mediante autorra-
diograffa se identifican las posiciones de los genes
correspondientes por Ia superposici6n de granos en
una o varias bandas especificas; veanse los ejem-
plos de Ia . Recientemente las sondas
fluorescentes han sustituido a las radioactivas, que
facilitan Ia determinacion directa de la banda en Ia
que yace una secuencia en particular.
fD11 Los cromosomas politenicos
se expanden en sitios
de expresi6n genica
Concepto principal
La s bandas son sitios de expresi6n genica en
cromosomas politenicos que se expanden para dar lugar
a "abultamientos".
Una de las caracterfsticas intrigantes de los cromo -
somas politenicos es que los sitios reactivos son vi -
sibles. Algunas de las bandas pasan transitoriamente
por un estado de expansion en el cual simulan un
abultantiento en el cromosoma, cuando material

28.11 Los cromosomas politenicos se expanden en sitios de expresi6n genica 743

 ... . ..
'
-
~ Vista amplificada de las bandas 87 A y 87C en
que se observa la hibridaci6n in situ con DNA marcado, extraido
de celulas con choque termico. Imagen cortesia de Jose Bon-
ner, Indiana University.
cromosomico es expulsado desde el eje . En la
se observan abultamientos muy grandes
(llamados aniUos de Balbiani).
.:_Cual es la naturaleza del abultamiento? Consta
de una region en que las fibras cromosomicas se des -
enrollan respecto de su estado usual de empaqueta-
miento en las bandas, aunque mantienen su conti-
nuidad con el eje cromosomico. Los abultamientos
suelen emanar de bandas unicas, si bien, cuando son
muy grandes, como los anillos de Balbiani, el au-
mento de volumen puede ser de tal magnitud, que
oculta la disposicion de las bandas subyacentes.
El patron de abultantientos se relaciona con la
expresion genica. Durante el desarrollo de las larvas,
los abultamientos aparecen y remiten con un patron
definido, especffico de tejido, de manera que, en un
momento dado, se observa un patron caracterfstico
en cada tejido. Los abultamientos son inducidos por
Ia hormona ecdisoma, que controla el desarrollo en
el genero Drosophila e induce algunos clirectamente,
mientras que otros, son inducidos de manera indi-
recta por los productos de los primeros.
Los abultamientos son sitios en que se esta si11teti-
zando RNA. El concepto aceptado ha sido que la ex-
pansion de la banda es consecuencia de Ia necesidad
de relajacion de Ia estructura para sintetizar RNA.
Por tanto, es posible considerar a los abulta-
mientos como consecuencia de Ia transcripcion, un
gen activo unico puede generar un abultamiento.
744 CAPiTULO 28 Cromosomas
El cromosoma IV del insecto C. tentans tie-~
tres anillos Balbiani en la glandula salival. Reproducido de Ce ..
vol. 4, Daneholt, B., et al., Transcrip tion in polytene chromos-:-
mes .. ., pp. 1-9. Copyright 1975, con autorizaci6 n de Elsevie
Imagen cortesia de Bertil Daneholt, Medical Nobel Institute.
Los sitios de abultamiento difieren de las banda:
normales en Ia acumulacion de protefnas adicic-
nales, por ejemplo, Ia polimerasa II de RNA y otra_
vinculadas con Ia transcripcion.
Las caracterfsticas de los cromosomas en escob:
llon y politenicos sugieren una conclusion genera:
Para ser transcrito, el material genetico se disper a
respecto de su estado usual de empaquetado dens
Ia dud a es si esa dispersion en el ambito macrosc -
pico del cromosoma emula los sucesos que ocurre::
en el ambito molecular de Ia masa de eucromatin.:
de interfase ordinaria.
.:,Las bandas de un cromosoma politenico tiener.
un significado funcional? Es decir, .:,corresponde .a
cada banda a un tipo de unidad genetica? Se podrfc.
pensar que Ia respuesta es inmediatamente evideme-
a partir de Ia secue ncia del genoma de Ia mosca
porque mediante el mapeo de interbandas con Ia
secuencia serfa posible determinar si en alguna .
tipo de identidad es fijo, pero hasta ahora no se he:
encontrado un patron que apunte a un significad
funcional de las bandas.
El cromosoma eucari6tico es
un dispositivo de segregaci6n
Conceptos principales
Un cromosoma de eucariota se mantiene en el huso
mit6tico por union de microtubulos al cinet6coro, que
se forma en su region centromerica.
Los centr6meros a menudo tienen heterocromatina rica
en secuencias de DNA satelite.
 Metalase Anatase Telofase

. - v- -~
~VCohesinas

Microtubulos
~Centr6mero
Los cromosomas sufren tracci6n hacia los palos a traves de microtubulos que
se unen a los centr6meros. Las cromatides hermanas se mantienen juntas hasta la anafase,
mediante proteinas (cohesinas). El centr6mero se muestra aqui a la mitad del cromosoma
(metacentrico), pero puede localizarse en cua lquier sitio, a todo lo largo, incluso cerca del
extremo (acrocentrico) y en el extrema (telocentrico).

Durante la mitosis, las cromatides hermanas se diri-
gen a polos opuestos de la celula, movimiento que
depende de la union de los cromosomas a los micro-
tubulos, conectados a los polos en el otro extrema.
(Los microtubulos constituyen un sistema filamen-
toso celular que se reorganiza durante la mitosis,
de manera que conecte los cromosomas con los
palos de la celula. ) Los sitios de las dos regiones en
que se organizan los extremos de los microtubulos,
cerca de los centriolos, en polos y cromosomas, se
Haman MTOC (centros de organizacion de micro-
tubulos).
En Ia G 2t se ilustra Ia separacion de las
cromatides hermanas conforme avanza la mitosis de
metafase a telofase. La region del cromosoma en-
cargada de su segregacion en Ia mitosis y Ia meiosis
se llama centr6mero. La region centromerica de
cada cromatide h ermana esta sujeta a traccion por
los microtubulos bacia el polo opuesto, y para opo-
n erse a esa fuerza motriz, las protefnas "goma", lla-
madas cohesinas, manti en en juntas a las cromatides
hermanas. Inicialmente, las cromatides hermanas
se separan en sus centromeros y despues se suel-
tan completamente una de otra durante Ia anatase,
cuando las cohesinas se fragmentan . El centrome-
ro es sometido a traccion bacia el polo durante la
mitosis y el cromosoma adherido a el es "arrastra-
do", de modo que este constituye el dispositivo de
union de gran numero de genes con el aparato para
Ia division. Dicho aparato contiene el sitio en que
las cromatides hermanas se mantienen juntas antes
de la separacion de cromosomas individuales, que
en Ia fotografia de Ia Figura 28.11 se muestra como
una region comprimida que conecta los cuatro bra-
zos del cromosoma; las cromatides hermanas seen-
cuentran en Ia etapa de metafase de Ia mitosis.
El centromero es indispensable para la segre-
gacion, segun se observa por el comportamiento de
los cromosomas que se han roto. Una sola rotura
genera un sitio que retiene el centromero y un frag-
mento acentrico, que carece de el. Este ultimo
no se une con el huso mitotico y, como resultado,
no puede incluirse en ninguno de los nucleos de
celulas hijas.
(Cuando el movimiento cromosomico depen-
de de centromeros bien definidos, solo puede haber
un centromero por cromosoma, pero si las trans-
locaciones generan cromosomas con mas de un
centromero, en Ia mitosis se forman estructuras
aberrantes debido a que los dos centromeros de Ia
misma cromatide hermana han sido arrastrados ba-
cia diferentes polos, rompiendo as! el cromosoma.
No obstante, en algunas especies los centromeros
son "difusos", y Ia situacion, diferente. En el ambito
molecular solo se han analizado centromeros bien
definidos.)
Las regiones que flanquean a! centromero sue-
len ser ricas en secuencias DNA satelite y presentan
una cantidad considerable de heterocromatina, pero
todo el cromosoma esta condensado, de manera que
Ia heterocromatina centromerica no es de inmediato
evidente en los cromosomas mitoticos, pero puede
observarse mediante una tecnica que genera ban-
das C. En el ejemplo de la , , todos los
centromeros se muestran como regiones de tincion
intensa. Aunque esto es coml'm, Ia heterocromatina
no es identificable en torno a todos los centromeros
conocidos, lo cual sugiere que probablemente es in-
dispensable para el mecanismo de division.
La region del cromosoma en que se forma el
centromero se define por secuencias de DNA (si
bien se han definido en muy pocos casos). El DNA
centromerico se une a proteinas especfficas encar-
gadas de establecer Ia estructura que une el cro-
mosoma con los microtubulos, estructura Hamada
cinet6coro, que es un objeto fibrosa de tinci6n
intensa con diametro o longitud de -400 nm. El
cinetocoro proporciona el MTOC de un cromosoma.

28.12 El cromosoma eucari6tico es un dispositive de segregaci6n 745

 Para que el centromero funcione, el DNA debe se-
bastante largo. (Los elementos cortos bien definid
de Saccharomyces cerevisiae pueden ser una exce -
cion a Ia regia general.) Los casos en que es po s~
ble comparar secuencias especfficas del DNA c
Ia region centromerica, suelen incluir secuencic.
~ ._,. - . - ... _ .. _. repetitivas.
Hasta ahora, S. cerevisiae es el unico caso en qt,;
9 10 II 12
el DNA centromerico puede identificarse por su cc.-
D-'* : 1- 1
- wr - E - t - _ _, "' - pacidad de conferir estabilidad en plasmidos . s:.:-
'
embargo, con Ia leva dura Schizosaccharomyces pam ~- .
13 14 15 16 17 18
de solo tres cromosomas, se ha utilizado un enfoqt: _
F- ~
.
- G~ ,_: t_ .- relacionado, y Ia region en que se encuentra ca "
centromero se identifico por delecion de la may -
19 20 21 22 X y
parte de Ia secuencia de cada cromosoma para ere::_
Las bandas C generan una tinci6n intensa en un minicromosoma estable. Mediante ese a borda' :
los centr6meros de todos los cromosomas. Imagen cortes1a de se localiza a los centromeros en regiones de 40 a 1(-
Lisa Shaffer, Washington State University-Spokane. kb, que consisten en DNA parcial o completamen:
repetitivo. Nose sabe bien a bien que tanto de ca-'
una de esas regiones mas bien largas se ne ces::~
para Ia segregacion de cromosomas en la mito si~
Ia meiosis.
Los intentos para localizar fu nciones centron~e

n ricas en cromosomas del genero Drosophila sugiere::

que se dispersan en una gran region constituida
200 a 600 kb . El gran tamaiio de ese tipo de cer: -

u~
tromero sugiere que es posible que conten ga Yc. -
rias funciones especializadas, incluidas secuenc;
necesarias para el ensamblaj e del cinetocoro y ::-
con el microtubulo apareamiento de cromatides hermanas.
Protefnas de union En el genero Arabidopsis, el tamaiio del ce:-_-
con el centr6mer6 tromero es comparable; cada uno de los cinco cr -
El centr6mero se identifica por una secuencia mosomas tiene una region centromerica en Ia cu.=.
de DNA que se une a prote1nas espec1ficas. Dichas prote1nas no practicam ente se ha suprimido Ia recombinaci6-
se unen a los microtubulos, sino que establecen el sitio en que que ocupa > 500 kb. Obviamente incluye al centr -
las prote1nas de union de microtlibulos, a su vez, se unen. mero, pero no se cuenta con informacion direc-...:.
respecto de cuanto se necesita de el. En esas re,; -
nes hay genes expresados, lo cual hace dudar r ~
La muestra Ia jerarqufa de organizacion pecto de si toda Ia region es parte del centromer
que conecta el DNA centromerico con los microtu - En el centro de la misma se encuentra una serie "-
bulos. Las protefnas unidas al DNA centromerico 180 bp repetidos, el tipo de estructura que suele r -
se adhieren a otras que, a su vez, se unen con los lacionarse con los centromeros. Es muy pronto par.;:
microtubulos (vease la seccion 28.15, El centromero decir como se relacionan dicbas estructuras con ...:.
se une a un complej o protefnico ). funcion del centromero.
En los primates, el segmento primario que j - -
cluye la heterocromatina de los centromeros e
DNA a satelite, que consta de arreglos seriados
fZD Los centr6meros pueden unidades de repeticion de 170 bp . Hay variam c-
significativas entre las repeticiones, si bien las .:. :
contener DNA repetitivo cualquier centromero tienden a relacionarse me'
Conceptos principales entre sf que con miembros de Ia familia de orr
Los centr6meros de los cromosomas de eucariotas localizaciones. No hay duda de que las secuenc:>
superiores contienen gra ndes cantidades de DNA necesarias para la funcion del centromero reside=
repetitivo. en bloques de DNA satelite a, pero no se sabe
Se desconoce la fun ci6n del DNA repetitive . esas mismas secuencias satelite a !levan a cabo ...:.
fun cion o llevan incrustadas otras secuencias.

746 CAPITULO 28 Cromosomas

 TCACATGATGATATTTGATTTTATTATATTTTTAAAAAAAGTAAAAAATAAAAAGTAGTTTATTTTTAAAAAATAAAATTTAAAATATTTCACAAAATGATTTCCGAA
AGTGTACTACTATAAACTAAAATAATATAAAAATTTTTTTCATTTTTTATTTTTCATCAAATAAAAATTTTTTATTTTAAATTTTATAAAGTGTTTTACTAAAGGCTT
CDE-1 CDE-11 80-90 bp, >90% A + T
U Por las homolog\as de secuencia entre elementos CEN de levaduras es posible identificar tres
regiones conservadas.
fBI La s secuencias de DNA
de los centr6m eros
de S. cerevisiae so n cortas
Conceptos principales
En 5. cerevisiae, los elementos CEN se identifican por la
capacidad de permitir que un plasmido se segregue de
manera precisa en la mitosis.
Los elementos CEN consisten en las secuencias cortas
conservadas CDE-I y CDE-III, las cuales flanquean una
region CDE-III rica en A-T.
Si una secuencia centromerica del DNA se encarga
de la segregacion, cualquier molecula que porte esa
secuencia deberfa trasladarse apropiadamente en la
division celular, en tanto que cualquiera que care-
ciera de ella, deberfa fracasar en la segregacion. Este
pronostico se ha usado para aislar el DNA centro-
merico en la levadura S. cerevisiae. Los cromosomas
de las levaduras no muestran cinetocoros visibles
comparables con los de eucariotas superiores, pero
de todas formas se dividen en la mitosis y se segre-
gan en la meiosis por los mismos mecanismos.
La ingenierfa genetica ha permitido producir
plasmidos de levaduras que se replican como las
secuencias cromosomicas (vease la seccion 15 .8,
Los orfgenes de la replicacion pueden aislarse en
las levaduras), pero son inestables en la mitosis y la
meiosis y desaparecen de gran parte de las celulas
porque se segregan de manera erratica. Los frag-
mentos de DNA cromosomico que contienen cen-
tromeros se han aislado por su capacidad de conferir
estabilidad mitotica a esos plasmidos.
Un fragmento de regiones de DNA centromerico
(CEN) se identifica como la secuencia minima sus-
ceptible de conferir estabilidad a tal plasmido. Otra
forma de caracterizar la funcion de esas secuencias
es modificarlas in vitro y despues reintroducirlas en
la celula de la levadura, donde, en el cromosoma,
sustituyen al centromero correspondiente, lo cual
permite que las secuencias necesarias para la fun-
cion del CEN se definan directamente en el contexto
del cromosoma.
28.14 Las secuencias de DNA de los centr6meros de S. cerevisiae son cortas
CDE-111
Un fragmento del CNE derivado de un cromoso-
ma puede sustituir al centromero de otro cromosoma
sin consecuencias aparentes, lo cual sugiere que los
centromeros son intercambiables, se utilizan sencilla-
mente para unir el cromosoma al huso y nose relacionan
con la distinci6n entre un cromosoma y otro.
Las secuencias requeridas para la funcion cen-
tromerica entran en una banda de -120 bp; la re-
gion centromerica esta empaquetada en una es-
tructura resistente a la nucleasa y se une a un solo
microtubulo, de modo que la region centromerica
de S. cerevisiae se puede aprovechar para identificar
a las protefnas que se unen al DNA del centromero
y a las que conectan al cromosoma con el huso.
Como se resume en la , en la region
CEN se pueden distinguir tres tipos de elementos
de secuencia:
El elemento dependiente del ciclo celular
(CED)-I es una secuencia de 9 bp que se
conserva con variaciones menores en ellf-
mite izquierdo de todos los centromeros.
El CDE~II corresponde a una secuencia
>90% rica en A-T, de 80 a 90 bp, que se
encuentra en todos los centromeros, cuya
funcion podrfa depender de su longitud,
mas que de la exactitud de la secuencia. Su
constitucion recuerda algunos DNA repe-
tidos, cortos y seriados (satelites) (vease la
seccion 6.12, Los satelites de los artropodos
tienen repeticiones identicas muy cortas) en
los que la composicion de las bases podrfa
causar algunas distorsiones caracterfsticas
de la estructura doble helicoidal del DNA.
El CDE-III es una secuencia de 11 bp muy
conservada en ellfmite derecho de todos los
centromeros. Las secuencias a uno y otro
lado del elemento estan menos conservadas,
y probablemente tambien sean necesarias
para la funcion del centromero. (El CDE-III
podrfa tener mas de 11 bp si resulta que las
secuencias de los flancos son esenciales.)
Las mutaciones en CDE-I o CDE-II reducen,
pero no desactivan, la funcion del centromero, a
diferencia de las mutaciones puntuales del CCG
central de CDE-III que desactivan por completo al
centromero.
74 7
 SIB El centr6mero se une
a un complejo prote1nico
Conceptos principales
En CDE-II se forma un complejo proteinico
especializado alterno a La estructura usual de La
cromatina.
El complejo proteinico CBF3 que se une a CDE-III es
indispensable para la funci6n del centr6mero.
Las prote\nas que conectan esos dos complejos podrian
proporcionar La conexi6n para los microtubulos.
e,Es posible identificar las proteinas necesarias para
Ia funcion de secuencias CNE? Hay varios genes en
que las mutaciones afectan Ia segregacion cromoso-
mica y cuyas proteinas se localizan en los centrome-
ros. La contribucion de dichas proteinas a Ia estruc-
tura centromerica se resume en Ia
Una estructura especializada de cromatina se
sintetiza en Ia region CDE-II por su union con una
proteina llamada Cse4 que simula una de las histo-
nas que constituyen las subunidades basicas de Ia
cromatina (vease la seccion 31.3, La heterocroma-
tina depende de las interacciones con las histonas).
Una proteina llamada Mi2 puede tam bien ser parte
de ese complejo, o cuando menos, conectarse con
el. Las Cse4 y Mi2 tienen contrapartes localizadas
en centromeros eucarioticos superiores, CENP-A y
CENP-C, lo cual sugiere que esa interaccion puede
ser un aspecto universal de Ia estructura del cen-
tromero. La interaccion basica consiste en el plega-
miento del DNA en Ia region CDE-II en torno a un
agregado proteinico; la reaccion probablemente se
facilita con Ia aparicion de un plegamiento intrin-
seco en Ia secuencia CDE-II.
El CDE-I se une por medio del homodimero
CBFI, interaccion no esencial para el funcionamien-
to del centromero, pero si no ocurre, disminuye Ia
Microtubulos
Mcm21
Okp1
CBF3
~~!j~ ~ .!L.:."""""'...-r..'""'
CDE-111
El DNA en CD E-II se enrolla en torno a un
agregado proteinico que incluye Cse4p. El CDE-III esta unido
a CBF3, y el CDE-1, a CBF1. Esas proteinas se conectan a traves
del grupo de Ctf19, Mcm21 y Okp1.
7 48 CAPITULO 28 Cromosomas
fidelidad de Ia segregacion cromosomica -1 Ox. l"-
complejo de 240 kD de cuatro protefnas llamad
CBF3 se une a CDEIII, interaccion, esta si, indisper--
sable para Ia funcion del centromero.
Las proteinas unidas en CDE-I y CDE-III est<ill
conectadas entre sf y tambien con la estructura pro
tefnica enlazada en CDE-Il por otro grupo de prote:-
nas (Ct19, Mcm2L Okpl). La conexion con elrrr
crotubulo suele ser llevada a cabo por ese complej
El modelo general sugiere que una estructuc:
proteinica que simula el bloque de estructura n o::--
mal de Ia cromatina (nucleosoma) localiza a! con-.
plejo que se encuentra en el centromero. El pleg- -
miento del DNA en dicha estructura permite a l<i!
proteinas unirse con los elementos de los flarrc :
para formar parte de un solo complejo. Algunos ~
los componentes de este (tal vez no los que se une-
directamente con el DNA) vinculan el centromer-
con el microtubulo. La estructura de los cinetoc .
ros probablemente siga un patron similar y utilic:o
compuestos relacionados en una amplia varieda:
de organismos.
f!D Los tel6meros tienen
secuencias de repetici6n
simples
Conceptos principales
Para La estabilidad del extrema cromos6mico, se
requiere el tel6mero.
Un tel6mero consiste en una repetici6n sencilla en La
que una cadena rica en C + A tiene La secuencia c,,(A/
T) ,..
Otra caracteristica esencial de todos los cromosomas
es el tel6mero, que "sella" su extrema. Se sabe q -=
debe ser una estructura especial porque los extre
mos cromosomicos generados por rotura son "pega
josos" y tienden a reaccionar con otros cromosoma~
en tanto los extremos naturales son estables.
Para identificar una secuencia telomerica s ~
pueden aplicar dos criterios:
Debe yacer en el extrema de un cromos
rna (o cuando menos en el extremo dew~=
molecula de DNA lineal autentica).
Debe conferir estabilidad a una molecuL:.
lineal.
El problema de encontrar un sistema que ofre=-
ca un analisis de la funcion ha llevado nuevamen -
al ambito molecular utilizando levaduras. Todos I~
plasmidos que sobreviven en las levaduras (porqu::
poseen elementos ARS y CEN) son moleculas ri""
DNA circulares, los lineales son inestables (porque
se han degradado). (.Una secuencia telomerica ajj-
tentica de DNA podrfa conferir estabilidad a un plas -
mido lineal? Es posible identificar los fragmentos de
DNA de levaduras que demostradamente se locali- CCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAA
GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTT
zan en los extremes cromosomicos mediante dicho
analisis, ademas de que una region del extreme de
una mo lecula conocida de DNA lineal natural, el
DNAr extracromosomico del genero Tetrahymena, CCCCAACCCCAACCCCAA 5'
GGGGTTGGGGTTGGGGTIGGGGTTGGGGTTGGGGTT 3'
puede tornar estable un plasmido lineal de leva -
dura. Un tel6mero comCrn tiene una estructu ra de
Las secuencias telomericas se han caracteriza - repetici6n simple en la que una cadena rica en G-T va mas
do a partir de una amplia variedad de eucariotas alla de la cadena rica en C-A. La cola G es generada por una
inferiores y superiores. El mismo tipo de secuencia fragmentaci6n limitada de la cadena rica en C-A.
se encuentra en plantas y seres humanos, de modo
que Ia construccion del telomere parece seguir un
principia casi universaL consta de una larga serie
de secuencias repetidas, seriadas y cortas; depen -
AGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGG
diendo del organismo, pueden ser de l 00 a 1 000
repeticiones .
Todas las secuencias telomericas se pueden ex -
presar con Ia formula general C"(A IT) '" don den> 1 y
m, de 1 a 4. En Ia se muestra un ejem-
plo generico. Una propiedad in usual de Ia secuencia
...( .))
.... .
2 .

telomerica es Ia extension de la cadena rica en G-T,

para la cual, de 14 a 16 bases suelen constituir una
sola cadena. La cola G se genera, quiza, debido
a una fragmentacion limitada especffica de la cade-
na rica en C-A.
Algunos indicios respecto de la forma de actuar
de un telomere dependen de algunas ciertas propie -
dades inusuales de los extremes de las moleculas de
DNA lineales . En una poblacion de tripanosomas,
varia la longitud de los extremes. Cuan do se hace
seguimiento a una celu la don, el tel6mero crece
de siete a 10 bp (una a dos repeticiones) por ge-
neracion . Todavfa mas revelador es el destine de
los tel6meros ciliados introducidos en las levaduras .
Despues de Ia replicaci6n en estas, se agregan repe -
ticiones telomiricas de levaduras en los extremos de las
repeticiones, de especies de Tetrahymena.
La adici6n de repeticiones telomericas en el ex-
treme del cromosoma en cada ciclo de replicaci6n
podrfa resolver el problema de la replicacion de las
moleculas de DNA lineal descrito en Ia secci6n 16.2,
Los extremes del DNA lineal son un problema para
Ia replicaci6n. La adicion de repeticiones por sfnte -
sis nueva contravendrfa Ia perdida de repeticiones
resultante de Ia falta de replicacion hasta el extreme
del cromosoma. La extension y el acortamiento es -
tarfan en equilibria dinamico.
Silos tel6meros se prolongan (y acortan) conti -
nuamente, su secuencia exacta puede no ser de im-
portancia. Todo lo que se requiere es que el extreme
sea reconocido como un sustrato adecuado para la
adici6n, lo cual explica c6mo funciona el tel6mero
ciliado en las levaduras.
. .........
0)....
La estructura cristalina de una secuencia cor-
ta de repetici6n del tel6mero humano forma tres cuartetos G
apilados; el superior contiene la primera G de cada unidad de
repetici6n y se api la sabre cuartetos que contienen la segunda G
(G3, G9, G15, G21) y la tercera G (G4, GlO, G16, G22).
SIB Los tel6meros sellan los
extremos de los cromosomas
Concepto principal
La proteina TRF2 cataliza una reacci6n en que la
unidad repetida 3' de la cadena rica en G + T forma un
asa por desplazamiento de su hom6loga en una region
de flujo ascendente respecto del tel6mero.
Los fragmentos telomericos aislados no se com-
portan como si tuvieran DNA monocatenario, mas
bien muestran movilidad electroforetica aberrante
y otras propiedades.
Las bases de guanina tienen una capacidad in-
usual para relacionarse entre sf. La cola monocate -
na.ria rica en G del telomere puede formar "cuar-
tetos " de moleculas de G, cada uno de los cuales
contiene cuatro guaninas que forman enlaces de
hidr6geno para formar una estructura plana. Cada

28.17 Los tel6meros sellan los extremes de los cromosomas 749


En el extrema del DNA cromos6mico se forma
un asa . Imagen cortes1a de Jack Griffith, University of North
Carolina at Chapel Hill.
propiedades desusadas de la secuencia rica en G :
vitro, no demuestra, por supuesto, si el cuarteto : :
forma in vivo.
(.Que caracterfsticas del tel6mero se encarg--
de Ia estabilidad del extremo cromosomico? En : ~
se observa que en el telomero se fo rrr ~
un asa de DNA. La ausencia de cualquier extren:
libre podrfa ser Ia caracterfstica clave para la estabL:: -
zacion del extremo del cromosoma. La longitud pr -
medio del a sa es de 5 a 10 kb en celulas animale~
En Ia se muestra que e l asa se fo~ -
ma cuando el extremo 3' del telomero de una s -=
cadena (TTAGGG) 11 desplaza a Ia misma secuen --
en una region del telomero de fluj o ascenden:::
Esto convierte a Ia region doble en una estruct
del tipo del asa D, en la cual, una serie de repetid -
nes de TT AGGG se des plaza para formar una regi -
de una sola cadena y la cola del tel6mero se apare.:
con la cadena h om6loga.
La reaccion es catalizada por la p rotefna
union del telomero TRF2, que con otras protefnc.:
crea un complejo que estabiliza los extremos cr
mosomicos. Su importancia en la protecci6n de I
extremos depende de que la delecion de TRF2 =
Iugar a reestructuraciones cromosomicas.

TRF2 ~
li1iliii
Los tel6meros son
I sintetizados por una enzima
.IA.IiVi\fl\IJ\.,~ .(i\0_q
~70\ J- ~ ri bon ucleoprotei nica
Extremo 5' I -(.\
Extremo 3'

~
- Conceptos principales
La telomerasa hace uso del 3' -OH de la cadena

~-
-~ ~
} telomerica G+ T para cebar la s1ntesis de repeticiones
seriadas de tipo TIGGGG.
h \r> El componente RNA de la telomerasa tiene una
- ~'VF'ViYJ~'""' secuencia que se aparea con repeticiones ricas en
C +A.
El extrema 3' del tel6mero de una sola cade- Una de las subunidades prote\nicas es una transcriptas::
na (TIAGGG). desplaza a las repeticiones hom6logas del DNA inversa que utiliza al RNA como molde para la s1ntesis
dicatenario para formar el asa. La reacci6n es catalizada por de la secuencia rica en G + T.
TRF2.

El tel6mero tiene dos funciones:

guanina proviene de la posicion correspondiente de
una union de repeticion sucesiva TTAGGG. En la
se muestra una organ izacion basada
en una estructura cristalina reciente. El cuarteto
ilustrado representa un vinculo entre las primeras
guaninas de cada unidad de repeticion y se apila
sobre otro cuarteto que tiene Ia misma organiza -
cion, pero se forma a partir de Ia segu nda guanina
de cada unidad de repeticion. Una serie de cuarte-
tos como este podrfa apilarse en forma helicoidal.
y si bien Ia formacion de esa estructura da fe de las
La primera es proteger el extremo crom
somico; cualquier otro extremo del DK.-_
por ejemplo, el generado por una ro tu-~
dicate naria, se convierte en bla nco de :
sistemas de reparacion. Las celulas tiene QL _
ser capaces de distinguir al telomero.
La segunda es permitir que el telomero _,
extienda, de lo contrario, se hara mas cor:.
con cada ciclo de replicacion (porq ue la r- -
plicacion no puede iniciarse en el extre :-
mismo).

750 CAPITULO 28 Cromosomas

 Las protefnas que se unen al telomero constitu-
yen la solucion para ambos problemas. En }as leva-
duras, diferentes conjuntos de protefnas resuelven
cada problema, pero ambos se unen con el telomero
mediante la misma protefna, Cdc1 3:
La protefna Stn1 protege contra la fragm en-
tacion (especfficamente contra cualquier
extension de la fragmentacion de Ia cadena
C-A que genera Ia cola G.
Una enzima telomerasa extiende la cadena
rica en C-A. Esta actividad depende de dos
protefnas con actividades auxiliares, como
el control de Ia longitud de extension.
La telomerasa utiliza el extremo 3'-0H de la
cadena telomerica G + T como cebador de Ia sfnte-
sis de repeticiones seriadas TTGGGG, actividad que
solo necesita GTPd y TTPd. La t elomerasa es una
gran ribonucleoprotefna que consta de un molde
de RNA (codificado por TLCI) y una protefna con
actividad catalftica (EST2). El componente de RNA
corto ( 159 bases de longitud en el genero Tetrahy-
mena y 192 en el Euplotes) incluye una secuencia de
15 a 22 bases, Ia cual es ictentica a dos repeticiones
de la secuencia de repeticion rica en C. Este RNA
proporciona el molde para la sintesis de la secuencia
de repeticion rica en G. El componente protefnico
de la telomerasa es una subunidad catalftica que
solo pu ede actuar en el molde de RNA provisto por
el componente de acido nucleico .
En Ia se muestra la accion de la
telomerasa, enzima que avanza de manera discon-
tinua; el molde de RNA es ubicado en el cebador
de DNA, se agregan varios nucleotidos al cebador y
despues, Ia enzima se transloca pa ra volver a em -
pezar. La telomerasa es un ejemplo especializado
de una transcriptasa inversa, enzima que sintetiza
Ia secuencia de DNA en un molde de RNA (vease Ia
seccion 22.4, El DNA vfrico es generado por trans-
cripci6n inversa). No se sa be como se en sambla la
cadena complementaria del telomero (rica en C-A),
pero se especula que podrfa sintetizarse mediante el
extremo 3'-0H de una horquilla terminal G-T como
cebador de la sintesis de DNA.
La telomerasa sintetiza las repeticiones indivi-
duates que se agregan a los extremos cromosomicos,
pero, en sf, no controla el numero de repeticiones.
Otras protefnas participan en la determinacion de
la longitud del telom ero y pueden ser identificadas
por los mutantes ESTl y EST3 de levaduras, en los
cuales, la longitud del telomero ha sido modificada .
Estas protefnas pueden unir telomerasas, e influyen
en la longitud del telomero controlando el acceso
de la telomerasa a su sustrato. Se han encontrado
protefnas que se unen a los tel6me ros en celulas de
m amfferos, pero poco se sabe sobre su funcion.
28.18 Los tel6meros son sintetizados por una enzima ribonucleoproteinica
Uni6n: el molde de RNA se aparea con el cebador de DNA
Polimerizaci6n: El molde de RNA dirige Ia adici6n
de nucie6tidos al extrema 3' del DNA
. 3'(dGTP
5 ' ... UGGGGII_BG.GGTTG.G
3' ~~CC CC~~CCCCAAG .
3' 5'
La polimerizaci6n I
continua hasta el final 't
de Ia region molde
3'
5' ...TI.GBGGU..GG:G.GTTGGGG.UG
3' ...AACCCCa:GCCCAACCCCt\AI [:,
3.' '5'
Translocaci6n: Ia enzima se traslada al extrema 3' del molde
3'
5' ~ .. T. GGG.GITGGGGTTG G.GG G.
3' ~>' ACC_G_C 5' C!:.CCMCC:C.G
..
3' 5'
~ La telomerasa se ubica a si misma por aparea-
miento de bases ent~e el molde de DNA y el cebador de DNA
unicatenario, que sobresale; agrega bases Gy Tal cebador, una
a la vez, segun el molde. El ciclo se inicia nuevamente cuando
se ha agregado una unidad de repetici6n.
Cada organismo presenta un rango caracte-
rfstico de longitudes telomericas; son largos en los
mamfferos (en generaL de 5 a 15 kb en el ser hu-
mano) y cortos en las levaduras (unos - 300 bp en
S. cerevisiae) . El mecanismo de control basico es que
la probabilidad de que un telomero sea un sustrato
de la telom erasa aumenta conforme se abrevia su
longitud; no se sabe si esto es un efecto continu o o
si depende de que la longitud se reduzca respecto
de alguna cifra cr.ltica. Cuando !a telomerasa actua
en un tel6mero, puede agregar varias unidades de
repetici6n. La forma intrfnseca de accion de la en-
zima es disociar, despues de agrega r una repeticion;
la adici6n de varias unidades de repeticion depende
de otras protefnas que hacen que la telomerasa lleve
a cabo mas de un ciclo de extension. Elnumero de
repeticiones agregadas no influye en la longitud del
tel6mero mismo, mas bien es controlado con protei-
n as auxiliares que se vinculan con la telomera sa.
Las caracteristicas mfnimas requeridas para que
exista como cromosoma son:
751
 Telomeros para asegurar la supervivencia.
Un centromero para mantener la segregadon.
Un origen para iniciar la replicacion.
Todos esos elementos se han conjuntado para
estructurar un cromosoma artificial de Jevaduras
(YAC), metodo que permite perpetuar secuencias
ajenas, de ahf que el cromosoma sintetico sea es-
table solo si tiene mas de 20 a 50 kb de Jongitud.
Se desconoce el fundamento de dicho efecto, pero
Ia capacidad de construir un cromosoma sintetico
permite investigar Ia naturaleza del dispositivo de
segregacion en un ambiente controlado.
fDm Los tel6meros
son indispensables
para la supervivencia
En todas las celulas en proceso de division se observa
actividad de telomerasa, la cual suele interrumpirse
en aquellas con diferenciacion terminal qu e no se
dividen. En Ia se muestra que si la te -
Jomerasa presenta mutacion en u na celula en esas
condiciones, los telomeros se acortan gradualmente
en cada mitosis. Un ejemplo de los efectos de tal mu-
tacion en las levaduras se ilustra en Ia
en la cual, el telomero se acorta de 400 a 0 bp en
- 120 generaciones.
La perdida de telomeros produce efectos no-
civos. Cuando Ia longitud del telomero llega a 0,
a las celulas se les dificulta dividirse con exito. Los
intentos de division por lo general causan roturas
y translocaciones de cromosomas, proceso que re -
sulta en una mayor tasa de mutaciones, que en las
Tel6mero Tel6mero
La mutaci6n en la telomerasa hace que los
tel6meros se acorten en cada divisio n celular. En un memento
dado, la perdida del tel6mero da lugar a rotura y reestructura-
ci6n de los cromosomas.
752 CAPiTULO 28 Cromosomas
tr/1 de tipo silvestre trt1-deficiente
600
500
400
300
200
100
Divisiones 40 80 120 40 80 120
La longitud del tel6mero se mantiene en -35
bp en la levadura de ti po Silvestre, pero por una mutaci6n er
el gen trtl, que codifica el componente de RNA de la telome-
rasa, rapidamente acorta sus tel6meros a una longitud de 0.
Reproducida con autorizaci6n de Nakamura, T. M., et al. 1997.
Science. 277:955-959. 1997 AAAS. Imagen cortesla de Tho-
mas R. Cech and Toru Nakamura, University of Colorado.
Jevaduras se vincula con perdida de Ia viabilidad _
ocupacion del cultivo predominantemente por celu-
Jas senescentes (alargadas, que nose dividen y que .
en ultima instancia, mueren).
Algunas celulas brotan del cultivo senescente
porque han adquirido la capacidad de extender sus
telomeros por una alternativa a la actividad de lc.
telomerasa. Las supervivientes entran en dos gru-
pos, en uno de los cuales, los cromosomas se ha
tornado circulares, carecen de tel omeros y, com
resultado, son independientes de la telomerasa. E.
otro grupo utiliza un entrecruzamiento inequitativo
para extender sus telomeros ( ) . El te
lomero es una estructura de repeticion, de manera
que es posible que dos de ellos se alineen de ma-
nera erronea cuando los cromosomas se aparean.
La recombinacion entre regi ones desiguales genera
un entrecruzamiento inequita tivo, como se muestra
antes en Ia Figura 6. L en cuyo caso, Ia longitud de
un cromosoma recombinante aumenta, mientras
que Ia del otro disminuye.
Las celulas suelen suprimir el entrecruzamien to
inequirativo por sus consecuencias potencialmente
nocivas mediante dos sistemas, uno de ellos, propor-
cionado por las protefnas de union con telomeros.
En las levaduras, Ia frecuencia de recombinacion
entre telomeros aumenta por delecion del gen tazl.
qu e codifica una protefna regu ladora de la actividad
de telomerasa. El segundo es un sistema general que
repara el apareamiento erroneo. Ademas de corregir
pares de bases apareadas erroneamente que podrian
surgir en el DNA, este sistema suprime Ia recom-
binacion entre regiones erroneamente apareadas,
como se muestra en la Figura 28 .34, incluidos los
telomeros. En caso de mutacion, un mayor porcen-
taje de las levaduras con deficiencias de telomerasa
sobrevive a Ia perdida de los telomeros porque la
recombinacion entre ellos genera algunos cromo-
somas con telomeros mas largos.
Cuando se cultivan celulas eucarioticas, suelen
dividirse un numero fijo de generaciones y despues,
entran en senescencia, tal vez por una declinacion
de Ia longitud del telomero por Ia falta de expre-
sion de la telomerasa. La celula entra en una crisis
que algunas superan, pero por lo general estas lil-
timas presentan reestructuraciones cromosomicas
resultado de Ia falta de proteccion de los extremos
cromosomicos. Dichas reestructuraciones pueden
dar Iugar a mutaciones que contribuyen a! estado
tumorigenico. La ausencia de expresion de la telo-
merasa en esas circunstancias se debe a una falta
de expresion del gen, y Ia reactivacion de !a enzima
es uno de los mecanismos por lo que dichas celulas
pueden sobrevivir de manera continua en cultivo
(que obviamente no era una opcion en los experi-
mentos con levaduras en los cuales habia antece-
dentes de delecion del gen).
EJ:D Resumen
El material genetico de todos los organismos y vi-
rus adopta la forma de nucleoprotefnas estrecha-
mente empaquetadas. Algunos genomas viricos
se insertan en viriones preforma dos, en tanto que
otros ensamblan una cubierta protefnica en torno
al acido nucleico. El genoma bacteriano forma un
denso nucleoide de -20 % de protefna por masa,
pero se desconocen los detalles de Ia interaccion de
la s protefnas con el DNA. El DNA esta organizado
en -I 00 dominios que mantienen un superenrolla-
miento independiente, con una densidad de super-
helices no restringidas correspondiente a -1 I I 00 a
200 bp. En eucariotas, la cromatina de interfase y
los cromosomas de metafase parecen organizados
en grandes asas, cada una de las cuales puede ser un
dominio superenrollado de manera independiente.
Las bases de las asas se conectan a un bastidor de
metafase o a la matriz nuclear mediante sitios es-
pecfficos del DNA.
La s secuencias con transcripcion activa residen
en la eucromatina, que constituye Ia mayor parte
de la cromatina de interfase. Las regiones de he-
Se produce entrecruzamiento cuando
nose repara el apareamiento err6neo
X
El entrecruzamiento en las regiones telome-
ricas suele ser suprimido por los sistemas de reparaci6n de
apareamiento err6neo, pero puede ocurrir cuando se presenta
una mutaci6n. El suceso de entrecruzamiento inequitativo ex-
tiende el tel6mero de uno de los productos, permitiendo que el
cromosoma sobreviva en ausencia de la telomerasa.
terocromatina estan empaquetadas -5 a I Ox, mas
compactadas, y son inertes en cuanto a Ia transcrip-
cion. Toda Ia cromatina se empaqueta densamente
durante la division celular, cuando es posible dis-
tinguir cada uno de los cromosomas. La produccion
de bandas G mediante tratamiento con el colorante
Giemsa es indicia de Ia existencia en los cromoso-
mas de una infraestructura reproducible. Las bandas
son r egiones muy grandes (-107 bp) que pueden
utilizarse para localizar translocaciones cromosomi-
cas u otros cambios considerables en Ia estructura.
Los cromosomas en escobillon de los anfibios
y los politenicos de los insectos tienen estructuras
inusualmente amplias, con razones de empaque -
tamiento <100. Los cromosomas politenicos de D.
melanogaster se dividen en casi 5 000 bandas, cuyo
tamaii.o varia en magnitud con un promedio de -25
kb. Tambi en se observan regiones con actividad
transcripcional en estructuras a lin mas desplegadas
(con "abultamientos") donde se expulsa material
del eje del cromosoma, proceso que podrfa simular
los cambios que ocurren en menor escala cuando se
transcribe una secuencia en la e ucromatina.
La region centromerica contiene el cinetocoro,
encargado de unir el cromosoma con el huso mi-
totico. El centromero suele estar rodeado de hete-
rocromatina. Las secuencias centromericas se han
identificado solo en la levadura S. cerevisiae, donde
constan de elementos conservados conos, CDE-I y
CDE-IIL que se unen a CBFI y al complejo CBF3,
respectivamente, a sf como una region larga, rica en
A-T, Hamada CDE-II, que se une a Cse4 para formar
una estructura especializada en la cromatina. Otro
grupo de protefnas que se une a ese ensamblaje pro-
porciona la conexion con los microtlibulos.
28.20 Resumen 753
 Los tel6meros proporcionan estabilidad a los
extremos de los cromosomas, y casi todos los cono-
cidos constan de multiples repeticiones, en las cua-
les una cadena tiene Ia secuencia general C"(A/T)m,
donde n> 1 y m = 1 a 4. La otra cadena Gn (T I A),,
tiene un extremo unico que sobresale y aporta un
molde para Ia adici6n de bases individuales en un
orden definido. La enzima telomerasa es una ribo-
nucleoproteina cuyo componente RNA proporciona
el molde para Ia sintesis para Ia cadena rica en G,
con lo cual se resuelve el problema de la imposibi-
lidad de replicaci6n en el extremo de una cadena
doble. El tel6mero estabiliza el extremo del cromo-
soma porque Ia cadena unica colgante G (T/A),des-
11
plaza del tel6mero a su hom6loga en unidades de
repetici6n previas hasta formar un asa, de manera
que no haya extremos libres.
Referenci as
Los genomas viricos estan empaquetados en sus
cubiertas
Artkulos de revision
Black, L. W. ( 1989). DNA packaging in dsDNA
bacteriophages. Annu. Rev. Immunol. 43, 267-292.
Butler, P. J. ( 1999). Self-assembly of tobacco mosaic virus:
the role of an intermediate aggregate in generating
both specificity and speed. Philos. Trans. R. Soc. Lond.
B Bioi. Sci. 354, 537-550.
Klug, A. ( 1999). The tobacco mosaic virus particle:
structure and assembly. Philos. Trans. R. Soc. Land.
B Bioi. Sci. 354, 531-535.
Mindich, L. (2000). Precise packaging of the three genomic
segments of the double-stranded-RNA bacteriophage
phi6. Microbial. Mol. Bioi. Rev. 63, 149-160.
Amculos de investigaci6n
Caspar, D. L. D. and Klug, A. ( 1962). Physical principles in
the construction of regular viruses. Cold Spring Harbor
Symp. Quant. Bioi. 27, 1-24.
de Beer, T., Fang, J., Ortega, M., Yang, Q., Maes, L, Duffy,
C., Berton, N., Sippy, J., Overduin, M., Feiss, M., and
Catalano, C. E. (2002). Insights into specific DNA
recognition during the assembly of a viral genome
. packaging machine. lY1ol. Cell 9, 981-991.
Dube, P., Tavares, P., Lurz, R., and van HeeL M. ( 1993).
The portal protein of bacteriophage SPP1: a DNA
pump with 13-fold symmetry. El\1.BO J. 12, 1303-
1309.
Fraenkel-Conrat, H. and Williams, R. C. ( 195 5).
Reconstitution of active tobacco mosaic virus from its
inactive protein and nucleic acid components.
Proc. Nat!. Acad. Sci. USA 41. 690-698.
Jiang, Y. J., Aerne, B. L., Smithers, L., Haddon, C., Ish-
Horowicz, D., and Lewis, J. (2000). Notch signalling
and the synchronization of the somite segmentation
clock. Nature 408, 475-479.
754 CAPITULO 28 Cromosomas
Zimmern, D. ( 1977). The nucleotide sequence at the origin
for assembly on tobacco mosaic virus RNA. Cell ll,
463-482.
Zimmern, D. and Butler, P. J. (1977). The isolation of
tobacco mosaic virus RNA fragments containing the
origin for viral assembly. Cell11, 455-462.
EJII El genoma bacteriano es un nucleoide
Articulos de revision
Brock, T. D. (1988). The bacterial nucleus: a history.
Microbial. Rev. 52, 397-411.
Drlica, K. and Rouviere- Yaniv, J. ( 1987). Histone-like
proteins of bacteria. Microbial. Rev. 51, 301-319.
EIJ El genoma bacteriano esta superenrollado
Articulo de revision
Hatfield, G. W. and Benham, C. J. (2002). DNA topology
mediated control of global gene expression in
Escherichia coli. Annu. Rev. Genet. 36, 175-203.
Articulos de investiga ci 6n
Pettijohn, D. E. and Pfenninger, 0. ( 1980). Supercoils in
prokaryotic DNA restrained in vitro. Proc. Nat/. Acad. 5('
USA 77, 1331-1335.
Postow, L., Hardy, C. D., Arsuaga, J., and Cozzarelli, N. R.
(2004). Topological domain structure of the Escherichi.;
coli chromosome. Genes Dev. 18, 1766-1779.
Ell Los cromosomas tienen patrones de banda
A1tfculos de investigaci6n
International Human Genome Sequencing Consortium.
(2001). Initial sequencing and analysis of the huma n
genome. Nature 409, 860-921.
Saccone, S., De Sario, A., Wiegant. J., Raap, A. K., Della
Valle, G., and Bernardi, G. ( 1993). Correlations
between isochores and chromosomal bands in the
human genome. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 90, 11929-
11933.
Venter, J. C. eta!. (200 1). The sequence of the human
genome. Science 291, 1304-1350.
fiD El cromosoma eucari6tico es un dispositivo de
segregaci6n
Articulo de revisi on
Hyman, A. A. and Sorger, P. K. (1995). Structure and
function of kinetochores in budding yeast. Annu. Rer.
Cell Dev. Bioi. 11, 471-495.
EIIJ Los centr6meros pueden contener DNA repetitivo
Articulo de revision
Wiens, G. R. and Sorger, P. K. ( 1998). Centromeric
chromatin and epigenetic effects in kinetochore
assembly. Ce/193, 313-316.
Artkulos de investigaci6n
Copenhaver, G. P. et al. ( !999). Genetic definition and
sequence analysis of Arabidopsis centromeres. Science
286, 2468-2474.
Haaf, T., Warburton, P. E., and Willard, H. F. (1992).
Integration of human alpha-satellite DNA into simia n
chromosomes: centromere protein binding and
disruption of normal chromosome segregation. Cell 70,
681-696.
Sun, X., Wahlstrom, J., and Karpen, G. ( 1997). Molecular
structure of a functional Drosophila centromere. Cell
9 1, 1007-10 19.
fZlll Las secuencias de DNA de los centr6meros de 5.
cerevisiae son cortas
Articulos de revision
Blackburn, E. H. and Szostak, J. W. (1984). The molecular
structure of centromeres and telomeres. Annu. Rev.
Biochem. 53,163-194.
Clarke, L. and Carbon, J . (1985). The structure and
fun ction of yeast centromeres. Annu. Rev. Genet. 19,
29-56.
Articulo de investigaci6n
Fitzgerald-Hayes, M., Clarke, L., and Carbon, J. ( 1982).
Nucleotide sequence comparisons and functiona l
analysis of yeast centromere DNAs. Ce/129, 235-244.
a:D El centr6mero se une a un complejo prote\nico
Art1culo de revision
Kitagawa, K. and Hieter, P. (2001). Evolu tionary
conservation between budding yeast and human
kinetochores. Nat. Rev. Mol. Cell Bioi. 2, 678-687.
Articulos de i nvestigacion
Lechner, J. and Carbon , J. (199 1). A 240 kd multisubunit
protein complex, CBF3, is a major component of the
budding yeast centromere. Cell 64, 717-725.
Meluh, P. B. and Koshland, D. (1997) . Budding yeast
centromere composition and assembly as revealed by
in vitro cross-linking. Genes Dev. ll, 340 1-34 12.
Meluh, P. B. et al. (1998). Cse4p is a component of the
core centromere of S. cerevisiae. Cell 94, 607-6 13.
Ortiz, J., Stemmann, 0., Rank, S., and Lechner, J. (1999).
A putati'Ve protein complex consisting of Ctfl9,
Mcm2 1, and Okp1 represents a missing link in the
budding yeast kinetochore. Genes Dev.
13, 1140-1155.
EIII!J Los tel6meros tienen secuencias de repetici6n
simples
Articulos de revision
Blackburn, E. H. and Szostak, J. W. ( 1984). The molecular
structure of centromeres and telomeres. Annu. Rev.
Biochem. 53, 163-194.
Zakian, V. A. ( 1989). Stru cture and fun ction of telomeres.
Annu. Rev. Genet. 23, 579- 604.
Artkulo de investigacion
Wellinger, R. J., Ethier, K., Labrecque, P., and Zakian,
V. A. ( 1996). Evidence for a new step in telomere
maintenance. Cell 85, 423-433 .
f!ll Los tel6meros sellan los extremos de los cromosomas
Artlculos de investigaci6n
Griffith, J.D. et al. ( 1999). Mammalian telomeres end in a
large duplex loop. Cell97, 503-5 14.
Henderson, E., Hardin, C. H., Walk, S. K., Tinoco, I., and
Blackburn, E. H. ( 1987). Telomeric oligonucleotides
form novel intramolecular structures containing
guanine-guanine base pairs. Cell 51, 899-908.
I<arlseder, J. , Broccoli, D., Dai, Y., Hard y, S., and de
Lange, T. (1999). p53 - and AIM-dependent apoptosis
induced by telomeres Jacking TRF2. Science 283,
1321-1 325.
Parkin son, G. N., Lee, M. P., a nd Neidle, S. (2002). Crystal
structure of parallel quadruplexes from human
telomeric DNA. Nature 417, 876- 880.
van SteenseL B., Smogorzewska, A., and de Lange, T.
(1998). TRF2 protects human telomeres from end-to-
end fus ions. Ce/192, 401-413.
Williamson, J. R., Raghuraman, K. R., and Cech, T. R.
( 1989). Monovalent cation-induced structure of
telomeric DNA: the G-quartet model. Ce/159, 87 1-880.
E Los tel6meros son sintetizados por una enzima
ri bonucleo protei ni ca
Articulos de revision
Blackburn, E. H. ( 1991 ). Structure and function of
telomeres. Nature 350, 569-573 .
Blackburn, E. H. (1992) . Telomerases. Amw. Rev. Biochem.
61 ' 113-12 9.
Collins, K. ( 1999). Ciliate telomerase biochemistry. Annu.
Rev. Biochem. 68, 187-218.
Smogorzewska, A. and de Lange, T. (2004) . Regulation of
telomerase by telomeric proteins. Annu. Rev. Biochem.
73, 177-208.
Zakian, V. A. ( 199 5). Telomeres: beginning to understand
the end. Science 270, 1601-1607.
Zakian, V. A. (1996). Structure, function, and replication of
S. cerevisiae telomeres. Annu. Rev. Genet. 30, 141-172.
Articulos de investigacion
Greider, C. and Blackburn, E. H. (1987). The telomere
terminal transferase of Tetrahymena is a
ribonucleoprotein enzyme with two kinds of primer
specificity. Cell 51, 887- 898.
Murray, A., and Szostak, J . W. (1983). Construction of
artificial ch romosomes in yeast. Nature 305, 189-1 93.
Pennock, E., Buckley, K., and Lu ndblad, V. (2001). Cdcl3
delivers separate complexes to the telomere for end
protection and replication. Cell 104, 387- 396.
Shippen-Lentz, D. and Blackburn, E. H. ( 1990). Functional
evidence for an RNA template in te lomerase. Science
247, 546-552.
Teixeira, M. I., Arneric, M., Sperisen, P., and Lingner,
J. (2004). Telomere length h omeostasis is achieved
via a switch between telomerase-extendible and
-nonextendible states. Cell 117, 323-335.
Referencias 755
 EZll::l Los tel6meros son indispensables para la
supervivencia
Ar\cu los de revision
Hackett, J. A., Feldser, D. M. , and Greider, C. W. (2001).
Telomere dysfunction increases mutation rate and
genomic instability. Cell106, 275-286.
Nakamura, T. M., Cooper, J.P., and Cech, T. R. ( 1998).
Two modes of survival of fi ssion yeast without
756 CAPITULO 28 Cromosomas
telomerase. Science 282, 493-496.
Nakamura, T. M., Morin, G. B., Chapman, K. B., Weinrid :
S. L., Andrews, W. H., Lingner, J., Harley, C. B.,
and Cech, T. R. ( 1997). Telome ras e catalytic subunit
homologs from fission yeast and human. Science 277.
955-959.
Rizki, A. and Lundblad, V. (2001). Defects in mismatch
repair promote telomerase-independent proliferation.
Nature 411, 713-716.
Nucleosomas
ESQUEMA DEL CAPITULO j
Introducci6n
&D EL nucleosoma es la subunidad de la cromatina
La nucleasa de micrococos Libera los nucleosomas de La
cromatina como part1culas de 115.
Un nucleosoma contiene -200 bp de DNA y dos copias de
cada histona medular (H2A, H2B, H3 y H4).
El DNA envuelve La superficie externa del octamero de
proteinas.
BJI El DNA esta enrollado en la estructura de los
nucleosomas
>95% del DNA se recupera en nucleosomas o multimeros
cuando La nucleasa de micrococos escinde el DNA de La
cromatina.
La longitud del DNA por nucleosoma varia de tejido a tejido
en un rango de 154 a 260 bp.
6D Los nucleosomas tienen una estructura comun
El DNA de los nucleosomas se divide en DNA medular y DNA
de enlace, dependiendo de su susceptibilidad a la nucleasa de
micrococos.
El DNA medular tiene una longitud de 146 bp y se
encuentra en las partlculas centrales producidas por
digestion prolongada con la nucleasa de micrococos.
El DNA de enlace es la region de 8 a 114 bp susceptible de
escision temprana por la enzima.
Los cam bios en la longitud del DNA de enlace explican las
variaciones de la longitud total del DNA nucleosomico.
La H1 se vincula con el DNA de enlace y podria encontrarse
en el punto en que el DNA entra y sale del nucleosoma.
6B La estructura del DNA varfa en la superficie del
nucleosoma
El DNA le da 1.65 vueltas al octamero de histonas.
o La estructura del DNA se modifica de manera que tiene
un numero mayor de pares de bases por giro en la parte
media, pero menor en los extremos.
6111 La periodicidad del DNA cambia en el nucleosoma
Con el cambio en bp por giro se absorben -0.6 giros
negativos del DNA, de 10.5 en solucion a un promedio de
10.2 en la superficie del nucleosoma, lo cual explica la
paradoja del numero de enlaces.
~ Organizaci6n del octamero de histonas
El meollo del octamero de histonas esta constituido por un
tetramero, H3 2-H4, vinculado co n dos dimeros H2A-H2B.
o Cada histona presenta interdigitacion intensa con su
contraparte.
o Todas las histonas medulares tienen el segmento
estructural de pliegue. Las colas terminales N salen del
nucleosoma.
m:.J La v\a de los nucleosomas en la fibra de
cromatina
Las fibras de cromatina de 10 nm se despliegan a partir de
fibras de 30 nm y constan de una cadena de nucleosomas.
Las fib ras de 30 nm tienen seis nucleosomas por giro
organizados en un solenoide.
La histona H1 es necesaria para la formacion de la fibra de
30 nm.
mil La replicaci6n de la cromatina requiere del
ensamblaje de los nucleosomas
Los octameros de las histonas no se conservan durante
la replicacion, a diferencia de los dimeros H2A-H2B y los
tetrameros H3 2-H4,.
Hay diferentes vias para el ensamblaje de los nucleosomas
durante la replicacion e independientemente de esta.
Para eliminar al ensamblaje de los nucleosomas, se
requieren proteinas accesorias.
El CAF-1 es una proteina de ensamblaje que se vincula
con La subunidad PCNA del replicosoma; es necesaria
para el deposito de los tetrameros H3 2-H42 despues de La
replicaci6n .
Para el ensamblaje independiente de la replicaci6n se
puede usar una proteina de ensamblaje diferente y una
variable de la histona H3.
Ul!J (LOS nucleosomas yacen en posiciones
espec\ficas?
o Los nucleosomas pueden formarse en posiciones especificas
como resultado de La estructura local del DNA o de las
proteinas que i nteractuan con secuencias especificas.
La causa mas frecuente de la posicion del nucleosoma es el
limite impuesto por las proteinas que se unen al DNA.
o El posicionamiento influye en que regiones del DNA quedan
en el enlace y que cara del DNA se expone a la superficie
del nucleosoma.
~ (Los genes transcritos se organizan en
nucleosomas?
Los nucleosomas se encuentran a la misma frecuencia
cuando los genes transcritos o no transcritos son digeridos
con nucleasa de micrococos.
Algunos genes intensamente transcritos parecen casos
excepcionales desprovistos de nucleosomas.
fD6 Los octameros de histonas son desplazados
por la transcripci6n
En un sistema modelo, la polimerasa de RNA desplaza a los
octameros de histonas durante la transcripci6n, pero estos
Continua en Ia siguiente pagina
757
 se unen nuevamente con el DNA tan pronto como ha
pasado la po limerasa.
Los nucleosomas se reorganizan cuando la
transcripci6n pasa a traves de un gen.
BB El desplazamiento del nucleosoma y su
reensamblado requieren factores especiales
Se necesitan factores auxiliares para que la
polimerasa de RNA desplace a los octameros durante
la transcripci6n y para que despues, las histonas se
reensamblen en nucleosomas.
lf.I.B Los aislantes impiden la acci6n de los
potenciadores y de la heterocromatina
Los aislantes pueden impedir el paso de cualquier
efecto activador o inactivador desde los potenciadores,
silenciadores y LCR.
Los aislantes suele n constituir barreras para evitar que
la heterocromatina se expanda.
gg Los aislantes pueden definir un dominic
Los aislantes son estructuras especializadas de la
cromatina con sitios hipersensibles. Dos aislantes
pueden proteger de t odo efecto externo la region que
los separa.
~ Los aislantes pueden actuar en una direcci6n
Algunos aislantes tiene direccionalidad, de modo
que pueden detener el paso de los efectos en una
direcci 6n, pero no en la otra.
Ill Introducci6n
La cromatina tiene una organizaci6n compacta en
que casi todas las secuencias de l DNA son estruc-
turalmente inaccesibl es y estan inactivas desde el
punto de vista funcional. En esta masa se encuen-
tra la parte mas pequeiia de las secuencias activas .
( Cual es Ia estructura genera l de la cromatina y cual
Ia diferencia entre secuencias activas e inactivas? La
elevada proporci6n general del empaquetado del
material genetico sugiere de inmediato que el DNA
no puede empacarse directamente en Ia estructura
general de Ia cromatina, debe haber jerarquias de
organizaci6n.
El disefio de la subunidad fundamental de la croma -
tina es el mismo en todas las eucariotas; el nucleosoma
consta de -200 bp de DNA organizados en un octa-
mero de proteinas basicas, pequeiias, cuya estru ctu-
ra simula cuentas. Los componentes proteinicos son
las histonas, que forman una porci6n medular, y
el DNA se encuentra en la superficie de la particula.
Los nucleosoma s son un componente invariable de
la eucromatina y Ia heterocromatina en el nucleo
de interfase, asi como de los cromosomas mit6ticos.
El nucleosoma constituye el primer nivel de orga -
n izaci6n, con una raz6n de -6 de empaque . Sus
componentes y estructuras estan bien definidos.
El segundo nivel de organizaci6n es el enrollado
de la serie de nucleosomas en una disposici6n heli-
coidal para constituir Ia fibra de -30 nm de diame-
758 CAPiTULO 29 Nucleosomas
fBD Los aislantes pueden variar en potencia
Los aislantes difieren en cuanto a eficacia para iir. : ~
el paso de una seiial de activaci6n .
~ Los sitios hipersensibles a la
desoxirribonucleasa reflejan cambios en la
estructura de La cromatina
En los promotores de los genes expresados hay sit' : .
hi persensi bLes.
Estos sitios son generados por La union de facto re.o
de transcripci6n que desplazan a los octameros d;,
histonas.
Bli) Los dominios definen regiones que contie n=-
genes activos
Un domi nio que contiene un gen transcrito se d e "' -~
por su mayor sensibilidad a la fragmentaci6n por '
desoxirribonucleasa I.
~ Una LCR puede controlar a un dominic
Una LCR se localiza en el extrema 5' del dominio
consta de varios sitios hiperse nsibles.
~ (Que constituye un dominio regulador?
Un dominio puede tener aislante, LCR y sitio de L - -:
a La matriz, asi como unidades de transcripci6n.
~ Resumen
tro de la cromatina de interfase y los cromos o---
mit6ticos (vease Fig. 28.11) . En Ia cromatina, Ia :c
z6n de empaque del DNA es de - 40. La estruc_
de esa fibra requiere de proteinas adicionales, p-.:c
no ha sido bien definida.
La proporci6n final del empaquetado depc_
del tercer nivel de organizaci6n, el empaque t ~
de !a propia fibra de 30 nm, lo cua l resulta en -~
raz6n general de empaq uetado de -1 000 en la ~ _
cromatina, intercambiable dclicamente con e: _
los cromosomas mit6ticos, que alcanza una ra::
ge neral de -1 0 000. En general, Ia heterocroma -
tiene una raz6n de empaque de -10 000, tam --
Ia interfase como durante la mitosis.
Para caracterizar los sucesos involucrados e-
empaque, Ia replicaci6n y la transcripci6n d eli-
se necesita dilucidar estos niveles de organizac:;:- :
Se supone que el vinculo con proteinas adicion- -
o Ia modificaci6n de las proteinas cromosom:
existentes se relacionan con el cambio de la est:-
=
tura de la cromatina, pero nose conocen las dia-
especificas para el control del empaquetado cic:.; -
Tanto replicaci6n como transcripci6n implicar..
desenrollado del DNA y, por tanto, deben inc:_
un despliegu e de la estructura que permita a -'-
enzimas importantes actuar sobre eJ, lo cual
blemente implicaria cambios en todos los niw .=-
de organizaci6n .
Cuando se replica la cromatina, los nude .
mas deben replicarse en ambas moleculas hij as. =-
 .:_ue ademas de preguntarse como se ensambla el
.. ucleosoma rnismo, se debe inquirir que pasa con
_-'I s otras protefnas de la cromatina. La replicaci6n
~ mpe su estructura, indicio de que representa un
. roblema para las regiones de mantenimiento de
::structura especffica y ofrece Ia oportunidad demo-
jjficarla.
La masa de cromatina contiene basta el doble de
_roteinas que el DNA. y casi Ia rnitad de esa masa pro-
: fnica se encuentra en los nucleosomas; Ia masa del
?-NA representa < 10% respecto de Ia masa de aque!,
- ientras que gran parte de este consta de produc-
: s de transcripci6n recientes, aun vinculados con el
110lde del DNA.
Las no histonas incluyen todas las protefnas
i e Ia cromatina, excepci6n hecha de las histonas,
: arfan mas entre tejidos y especies, y constituyen
Jn porcentaje menor de masa que las histonas. Por
tra parte, tambien incluyen un nttmero mucho
.. ayor de protefnas, de manera que cualquiera de
~stas esta presente en cantidades mas pequeiias que
La cromatina que se derrama de los nucleos li-
as de cualquier histona. sados consta de una serie de part1culas muy compactas. La
Las funciones de las protefnas no histonas in- barra mide 10 nm. Reproducida de Cell, vol. 4 Oudet. P., et al.,
:luyen el control de la expresi6n genica y de las Electron microscopic ... pp. 281-300. Copyright 1975, con auto-
=structuras de orden superior. de modo que Ia poli- rizaci6n de Elsevier. Imagen cortesia de Pierre Chambon .
erasa de RNA puede considerarse como una histo-
:--~a prorninente. Las proteinas del HMG (grupo de alta
. 1ovilidad) constituyen una subclase bien definida
de no histonas (cuando menos algunas son facto-
~es de transcripci6n). Un problema importante res-
ecto de otras no histonas, es que tienden a contam.i-
:--~arse con otras proteinas nude ares, y basta ahora ha
>ido diffcil obtener las protefnas no h.istonas respon-
;-ables de las estructu ras de orden superior.

El nucleosoma es la subunidad
de la cromatina
Conceptos principales
La nucleasa de micrococos Iibera los nucleosomas de la
cromati na como particulas de 115.
Un nucleosoma contiene -200 bp de DNA y dos copias
de cada histona medular (H2A, H2B, H3 y H4).
El DNA envuelve la superficie externa del octamero de
proteinas.
=uando se suspenden en una soluci6n de poca po-
~encia i6nica, los nucleos de interfase se hinchan y
~om pen para liberar fibras de cromatina. En la
9 1 se muestra un nucleo lisado con fibras dirigidas
a! exterior. En algunas regiones, las fibras constan
e material muy compacta, pero en las que se han
: " Xtendido, se observa que estan constituidas de par-
i culas bien definidas,.. los nucleosomas. En regiones
La digestion de la cromatina con nucleasa de mi-
crococos Iibera nucleosomas individuates. La barra mide 100 nm.
Reproducida de Cell, vol. 4 Oudet. P., et al., Electron microsco-
pic ... pp. 281-300. Copyright 1975, con autorizaci6n de Elsevier.
Imagen cortesla de Pierre Chambon.
especialmente extendidas, los nucleosomas estan co-
nectados por una cadena fina que corresponde a una
cadena doble de DNA libre. Una cadena doble continua
de DNA transcurre por la serie de partfculas.
Si se trata Ia cromatina con la endonucleasa co-
nocida como nucleasa d e micrococos, que corta
Ia cadena de DNA en la union entre nucleosomas, se
pueden obtener nucleosomas individuales; primero
Iibera grupos de partfculas y despues nucleosomas
independientes, que en la se ven como
partfculas compactas que se sedimentan a-ll S.
El nucleosoma contiene -200 bp de DNA vinculadas
con un octdmero de histonas que consta de dos capias de
cada una de las histonas medulares conocidas como

29.2 El nucleosoma es la subunidad de la cromatina 759


200 bp de DNA = 130 kD Protefna total = 108 kD
Longitud = 67 nm
H1 =24 kD
11 nm
EL nucleoso ma consta de masas casi equivalen-
tes de DNA e histonas (incluida H1). La masa pronosticada del
nucleosoma es de 242 kD.
- El DNA "sale"
El DNA "entra"
EL nucleosoma puede ser un cilindro con el DNA
organizado en dos giros en torno a su superficie.
H2A, H2B, HJ y H4, cuyo vinculo se ilustra esque -
maticamente en la . . Con este modelo se
explica Ia estequiometria de las histonas medulares
deJa cromatina: H2A, H2B, H3 y H4 estan presentes
en cantidades equimolares, con dos moleculas de
cada una por cada -200 bp de DNA.
Las histonas H3 y H4 son de las proteinas mas
conservadas que se conocen, lo cual sugiere que sus
funciones son identicas en todas las eucariotas. Los
tipos H2A y H2B pueden reconocerse en todas las
eucariotas, pero muestran variaciones de secuencia
apreciables, espedficas de cada especie .
La histona Hl es un conjunto de protefnas es-
trechamente relacionadas con variantes apreciables
entre tejidos y especies, y su participacion es diferen-
te de Ia de las histonas medulares; por otra parte, !a
cantidad equivale a la mitad de la cantidad de una
histona medular, ademas de que se puede extraer
mas facilmente de la cromatina (en general con una
solucion salina diluida [0.5 M]). La HI se puede elimi-
nar sin afectar La estructura del nucleosoma, lo cual sugiere
que su localizaci6n en !a particula es extema.
760 CAPITULO 29 Nucleosomas
Eje de simetrfa
Protefna = 3.12 nm"
Radio de giro
Octamero de histonas
DNA= 5.2 n~
.
Los dos giros del DNA del nucleosoma e.:=
muy juntos.
Los sitios de 80 bp de separaci6n en el DNA
lineal se encuentran cerca del nucleosoma
Las secuencias de DNA que yacen en dife-:;--
giros, rodea ndo al nucleosoma, pueden quedar muy jun-=-
La forma del nucleosoma corresponde a u r:
co o cilindro plano de ll nm de diametro y ~
altura. La longitud del DNA es de -3 4 nm, c _
doble de Ja circunferencia de la partfcula y sigue _
vfa simetrica que rodea al octamero. En la
se muestra un esquema de la vfa del DNA c -
asa helicoidal que da dos giros en torno al oct<ii:;:
cilfndrico. Notese que el DNA "entra" y "sale _
nucleosoma en puntos cercanos. La histona E _
vez se Jocalice en esa region (vease Ia seccion .:. -
Los nucleosomas tienen una estructura comli:-
Si se analiza este modelo en funcion de uc :-
transversal del nucleosoma, se observara, cor.:
la , que las dos circunferencias de_=
yacen cerca una de la otra . La altura del ciliL::.-
de 6 nm, de los cuales, 4 son ocupados por do~ _
del DNA (cada uno de 2 nm de diametro).
El patron de dos giros posiblemente tengc.. _
secuencias funcionales. Un giro en torno al ir-
soma requiere de -80 bp de DNA, por lo cu=
puntos separados por 80 bp en la doble helice
en realidad p ueden estar cerca de Ja superfi ~ _
nucleosoma, como se ilustra en la .,u A 2
 Porci6n Sedimentaci6n Porci6n
superior--------- inferior

Mon6meros

Dfmeros

I~
G La nucleasa de micrococos digiere la cromatina Extracci6n de DNA y electroforesis
on los nCtcleos y produce una serie multi merica de bandas de
)NA que pueden ser separadas mediante electroforesis en gel.
:magen cortesia de Markus Noll, Universitat ZUrich.

0..
.Q
c
El DNA esta enrollado Cll
<(
z
en la estructura 0
ai
de los nucleosomas -o
-o
3
Conceptos principales ~ 1 000
>95% del DNA se recupera en nucleosomas o _J 800
multlmeros cuando la nucleasa de micrococos escinde 600
el DNA de la cromatina. 400
La longitud del DNA por nucleosoma varia de tejido a
200
tejido en un rango de 154 a 260 bp.

: uando se digiere la cromatina con Ia enzima
. ucleasa de micrococos, el DNA es escindido en
:nultiplos integrates de una unidad de longitud. El
:Taccionamiento por electroforesis en gel revela Ia
escalera" que se representa en la . Tales
:scaleras tienen - 1 0 escalones y Ia unidad de longi-
''.Jd determinada por los incrementos entre pelda-
":os sucesivos, es de -200 bp.
En la se muestra que Ia escalera es
=enerada por grupos de nucleosomas, que cuando
e fraccionan sobre un gradiente de sacarosa, arro-
"ll una serie de picos bien definidos que correspon-
~en a mon6meros, dfmeros, trimeros y asf sucesi-
amente. Cuando se extrae DNA de las fracciones y
e somete a electroforesis, cada fra cci6n resulta en
_ a banda de DNA cuyo tamafio corresponde a un
~ldafio de Ia escalera de Ia nuc!easa de microco-
- s. El nucleosoma monomerico contiene DNA de
_:l.a unidad de longitud, el dfmero de nucleosomas
Cada multi mero de nucleosomas contiene el
nCtmero apropiado de unidades de longitud de DNA. En la fo-
tografta, las bandas artificiales simulan una escalera de DNA.
La imagen se estructur6 utilizando fragmentos de PCR cuyo
tamaiio corresponde al de las bandas reales. Imagen cortesia
de Jan Kieleczawa, Wyeth Reserch.
contiene el doble de Ia unidad de longitud de DNA,
y asi sucesivamente.
Cada peldano en Ia escalera representa a! DNA
derivado de un numero definido de nucleosomas,
de modo que se considera que !a escalera de 200 bp de
cualquier cromatina indica que el DNA esta organizado
en nucleosomas. La escalera microc6cica se genera
cuando Ia enzima to rna soluble en acido (degradado
hasta pequefios fragmentos) a solo - 2 % del DNA
del nucleo. Asf, un pequeiio porcentaje del DNA atacado
espedficamente, quiza represente regiones especialmente
susceptibles.

29.3 El DNA esta enrollado en la estructura de los nucleosomas 761

 Cuando la cromatina se escurre del nucleo, a
menudo se observa una serie de nucleosomas co-
nectados por una cadena de DNA libre (cuentas
ensartadas en un hilo), no obstante, Ia necesidad
de compactacion del DNA in vivo su giere que pro-
bablemente haya poco DNA libre (si acaso).
Este punto de vista es confirmado por el h echo
de que puede recuperarse >95 % del DNA de Ia cromati-
na en forma de escalera de 200 bp. Asf pues, casi to do e 1
DNA debe estar organizado en nucleosomas. Es muy
probable que en su estado natural, los nucleosomas
esten empaquetados estrechamente, con paso direc-
to del DNA de uno al siguiente. Quiza la genera cion
de DNA libre se deba a Ia perdida de algunos octa -
meros de histonas durante su aislamiento.
La longitud del DNA del nucleosoma varfa,
en cierta forma, de la cifra "usual" de 200 bp. La
cromatina de cualquier tipo celular tiene un valor
Tiempo de digestion
promedio caracterfstico ( 5 bp) . Normalmente,
el promedio es de entre 180 y 200, pero hay ex -
tremos, apenas 154 bp (en un bongo) o basta 260 La nucleasa de micrococos disminuye la l - ; -
bp (en espermatozoides del erizo de mar). El valor de los mon6meros de nucleosomas en pasos bien de"'-
Imagen cortesia de Roger Kornberg, Stanford Universit_' ~ -:
promedio puede ser diferente en cada tejido del of Medicine.
organismo adulto, y tal vez baya diferencias entre
diferentes partes del genoma en un solo tipo de ce-
lula. Las variaciones del genoma promedio incluyen longitud total del DNA por nucleosoma se su p _ ~
secuencias repetidas seriadas, como los grupos de ne a esta estructura medular basica.
La particula medular es definida por lose: _-
genes de RNA de 55.
de Ia nucleasa de micrococos en el nucleosom.;-
nomerico. La reaccion inicial de Ia enzima es
E1J Los nucleosom as tienen entre nucleosomas, pero si se le permite com :.:-
despues de que se han generado m on omero:
una estructura com un giere algo del DNA del nucleosoma individua:
Conceptos principa les una reaccion en que el DNA es "recortado" c
extremos del nucleosoma.
El DNA de los nucleosomas se divide en DNA medular y
DNA de enlace, dependiendo de su susceptibilidad a la
La longitud del DNA disminuye en etapa~ ~
nucleasa de micrococos. definidas, como se muestra en Ia 29.:1 . E::-
nucleos del hfgado de rata, los nucleosomas r:.
El DNA medular tiene una longitud de 146 bp y se
encuentra en las particulas centrales producidas par
mericos tienen inicialmente 205 bp de DNA ~
digestion prolongada con la nucleasa de micrococos. despues del primer paso, en algunos monome
longitud del DNA ha disminuido a - 165 bp ~
El DNA de en lace es la region de 8 a 114 bp susceptible
acaban por disminuir a Ia longitud del DNA -
de escisi6n temprana por la enzima.
particula medular, 146 bp. (EI centro es razor_.:__:
Los cambios en la longitud del DNA de enlace
mente estable, pero Ia digestion continua gene:-.o
explican las variaciones de la longitud total del DNA
"producto limitrofe de digestion", en el cuaL lo _
nucleos6mico .
mentos mas largos del DNA central son de 14 6 _
La H1 se vincula con el DNA de enlace y podria
los mas pequenos, apenas 20 bp.)
encontrarse en el punta en que el DNA entra y sale del
Este analisis sugiere que el DNA de los n~;
nucleosoma.
somas puede clividirse en dos regiones:
DNA medular, con una longitud inva:....o
Una estructura comun subraya Ia cantidad variable de 140 bp, y relativamente resistenre -
de DNA contenida en los nucleosomas de diferen - digestion por nucleasas.
tes fuentes . El vinculo del DNA con el octamero DNA de enlace, qu e constituye el re ~ :
de histonas forma una panicula medular que con- Ia unidad de repetici6n. Su longitud ~
tiene 146 bp de DNA, independientemente de Ia de apenas 8 bp a tantos como 11 4 b-
longitud del DNA del nucleosoma. La diferencia de nucleosoma.

762 CAPITULO 29 Nucleosomas

 El tamafio bien definido de Ia banda de DNA
generada por la escision inicial con la nucleasa de
micrococos sugiere que Ia region inmediatamente
disponible para la enzima esta restringida y repre-
senta solo parte de cada DNA de enlace. (Si la tota-
lidad de este fuese susceptible, la banda fluctuarfa
entre 146 y >200 bp.) Sin embargo, una vez que se
ha hecho un corte en el DNA de enlace, el resto de
Ia region se torna susceptible y puede eliminarse re-
lativamente rapido por accion enzimatica adicional.
En la 1 se representa la conexion entre
los nucleosomas .
Las partfculas medulares tienen propiedades
parecidas a las de los nucleosomas mismos, si bien,
son mas pequefias. Su forma y tamaiio son simila-
res a los de los nucleosomas, lo cual sugiere que la
geometrfa esencial de la particula depende de las
interacciones entre el DNA y el octamero de protef-
nas. Las partfculas medulares se obtienen mas facil-
mente como grupo homogeneo, de modo que para
estudios estructurales, a menudo se prefieren a los
preparados de nucleosomas (que tienden a variar,
pues es diffcil obtener una preparacion en que no
haya habido un recorte terminal del DNA).
;__ Cuales son las caracterfsticas ffsicas de Ia region
medular y lade enlace? Estos terminos se introdujeron
como definiciones operativas para describir las regiones
en cuanto a su susceptibilidad relativa al tratamiento con
nucleasas, pero dicha descripcion no tiene implica-
ciones acerca de su estructura real, de ahi que Ia
mayor parte del DNA medular se encorva sobre el
nucleosoma, en tanto que las regiones terminales de
la porcion medular y lade enlace estan mas exten-
didas (vease la seccion 29.5, La estructura del DNA
varia en la superficie del nucleosoma).
La existencia del DNA de enlace depende de
factores diferentes a las cuatro histonas medulares .
Los experimentos de reconstitucion in vitro mues-
tran que estas ultimas tienen una capacidad intrin-
seca para organizar el DNA en partfculas medulares,
pero no forman nucleosomas con la unidad de lon-
gitud apropiada. El grado de superenrollamiento del
DNA es un factor importante. La histona H1 y las
protefnas no histonas, o ambas, influyen en Ia lon-
gitud del DNA de enlace vinculado con el octamero
de histonas -en una serie natural de nucleosomas.
Las "protefnas de ensamblaje" que no forman parte
de la estructura del nucleosoma, participan in vivo
en la estructuracion de los nucleosomas a partir de
histonas y DNA (vease la seccion 29.9, La replica-
cion de la cromatina implica el ensamblaje de los
nucleosomas) .
;__Donde esta Ia histona Hl? Se perdio durante
Ia fragmentacion de nucleosomas monomericos, y
si bien se puede retener en monomeros que aun
tienen 165 de bp de DNA, siempre se pierde con la
29 .5 La estructura del DNA varia en la superficie del nucleosoma
-
..... 146bp
Mononucleosomas Nucleosomas Partfculas
recortados medulares
La nucleasa de micrococos corta inicialmente entre
los nucleosomas. Los mononucleosomas suelen tener ~200 bp de
DNA. Los cortes terminates disminuyen la longitud del DNA primero a
~16 5 bp y posteriormente generan particulas medulares de 146 bp.
reduccion final ala partfcula medular de 146 bp, lo
cual sugiere que la H l podrfa localizarse en Ia region
del DNA de enlace, adyacente al DNA medular.
Si Ia Hl esta localizada en el DNA de enlace,
podria "sellarlo" dentro del nucleosoma por union
con el punto en que el acido nucleico entra y sale
(vease Ia Fig. 2 9.4). La idea de que H 1 yace en la re -
gion de union de nucleosomas adyacentes es com-
patible con los antiguos resultados de que es la que
mas facilmente se elimina de Ia cromatina, y que la
cromatina, sin H1 , es mas facilmente "solubilizada ".
Ademas, es mas facil obtener una fibra estirada a
manera de cuentas ensartadas en un hilo cuando
se ha eliminado Ia Hl.
B1J La estructura del DNA varia
en la superficie del nucleosoma
Conceptos principales
El DNA le da 1.65 vueltas al octamero de histonas.
La estructura de l DNA se modifica de manera que tiene
un numero mayor de pares de bases par giro en la
parte media, pero menor en los extremos.
La exposicion del DNA en Ia superficie del nucleo-
soma explica porque es accesible a la escision por
ciertas nucleasas. La reacci6n con las nucleasas que
atacan a cadenas {micas ha sido especialmente in-
formativa. Las enzimas desoxirribonucleasas I y II
hacen hendiduras de una sola cadena en el DNA;
fragmentan un enlace en una cadena, pero Ia otra
se mantiene intacta en ese punto, de modo que los
efectos no son visible en el DNA de doble cadena.
Sin embargo, con Ia desnaturalizacion se liberan
fragmentos cortos y no cadenas unicas de longitud
total. Si el DNA ha sido marcado en sus extremos,
se pueden identificar los fr agmento s terminales
por autorradiograffa, segun se resume en la
. Cuando el DNA esta libre en solucion, pre -
763
 Electroforesis

Marca 5' Marca 5'

~
Fragmento marcado

Cuando se desnaturaliza el DNA para dar cadenas Cmicas, se revelan hendiduras

en el DNA de doble cadena por la presencia de fragmentos. Si el DNA se marca (digamos en los
extremos 5', solo los fragmentos 5' seran visibles mediante autorradiografia). El tamaiio del frag-
mento identifica la distancia de la hendidura al extrema marcado.

El intervalo entre peldanos sucesivos de la es-

calera es de 0 a 11 bases, y Ia escalera abarca tod;:
Ia distancia del DNA medular. Los sitios de escisior.
se numeran de Sl a Sl3 (Sl esta a -10 bases de:
extrema 5' marcado, S2, a -20 bases, y asf sucesi-
S12
S11 vamente); las posiciones respecto de la helice de~
S10 DNA se ilustran en la
S9
S8 No todos los sitios se cortan con igual frecuencia
S7 en algunos casos el corte es bastante eficaz, mientra~
S6 que en otros, es apenas perceptible. Las enzima>
desoxirribonucleasas I y II generan Ia misma esca-
S5 lera, si bien con algunas diferencias en cuanto a la
intensidad de las bandas, lo cual demuestra que e:
S4
patron de corte representa una serie unica de diana~
en el DNA, determinada por su organizacion, cor_
S3 solo una ligera preferencia por sitios particulares im-
puesta por cada enzima. El mismo patron de corte se:
obtiene por escision con un radical hidroxilo, lo cua:
apunta a que el patron refleja la estructura del -pNA
mismo, mas que preferencia de secuencias.
La sensibilidad del DNA nucleosomico a las nu -
Los sitios para las hendiduras yacen a interva- cleasas es analoga a un experimento de rastreo, a s~
los regulares a lo largo del DNA medular, como se observa en el que Ia falta de reaccion en sitios diana especificos e5
producto de digestion de nucleos por la desoxirribonucleasa I. atribuible a Ia estructura del nucleosoma, en el cuaJ
Imagen cortesia de Leonard C. Lutter, Henry Ford Hospital, De- ciertas posiciones del DNA se hacen inaccesibles.
troit, MI. Hay dos cadenas de DNA en la partfcula medu -
lar. de modo que en un experimento de marcado de
extremos se incluyen los dos 5' (o 3'), uno en cada
senta hendiduras (relativamente aleatorias). El DNA cadena. AsL el patron de corte incluye fragmento5
de los nucleosomas tambien puede ser modificado derivados de varias cadenas, lo cual se ilustra er_
por las enzimas que le hacen hendiduras, pero solo Ia Figura 29.11, en que cada fragmento etiquetado
a intervalos regulares . Cuando los puntas de corte se proviene de una cadena diferente. El corolario e5
determinan mediante DNA con marca radioactiva que en un experimento, cada banda marcada pue-
en los extremos, y despues el DNA se desnaturaliza de representar de hecho dos fragmentos generado5
y somete a electroforesis, se obtiene una escalera del por corte a la misma distancia de cualquiera de lo5
tipo que se muestra en Ia r extremos marcados.

764 CAPITULO 29 Nucleosomas

 LComo, entonces, deberfan interpretarse las
preferencias definidas en sitios especfficos? Un pun-
Vista lateral Vista superior
to de vista es que la vfa del DNA en la partfcula es
simetrica (casi un eje horizontal a traves del nu-
cleosoma, como se ilustra en la Figura 29.4); por
ejemplo, si la desoxirribonucleasa I no generara un
fragmento de 80 bases, ello significarfa que la po-
0
sicion a 80 bases de distancia respecto del extremo
5' de cualquiera de las cadenas noes suscep tible ala
enzima. El segundo esquema de liberacion utilizado
en la Figura 29 .13 refleja ese punto de vista e iden-
tifica a 57 como sitio 0, o centro de simetrfa.
Cuando el DNA se inmoviliza sobre una super- Dos esquemas de numeraci6n dividen el DNA de
ficie plana, los cortes resultan en sitios con separa- la partlcula medular en segmentos de 10 bp. Los sitios pueden
cion regular. La sugiere que dicho fe- numerarse de 51 a 513 a partir de un extrema, o tomando 57
n6meno refleja la recurrencia del sitio expuesto con para identificar la coordenada 0 de la simetr\a doble, que puede
Ia periodicidad helicoidal de Ia forma B del DNA. La numerarse de -7 a +7.
periodicidad del corte (espaciado entre puntos de
escision) coincide con la periodicidad estructural,
de hecho es reflejo de ella (el numero de pares de
bases por giro de la doble helice) , es decir, la distan-
cia entre sitios corresponde al numero de pares de
bases por giro. Las mediciones de ese tipo sugieren
que un valor promedio para el DNA helicoidal de
tipo B doble es de 10.5 bp /giro.
(.Cual es la naturaleza de los sitios diana del nu- Las posiciones mas expuestas del DNA se pre-
cleosoma? En Ia se muestra que cada sentan con una periodicidad que refleja la estructura de la
sitio tiene de tres a cuatro posiciones en que ocurre doble helice. (Para mayor claridad se muestran los sitios de
el corte, esto es, el sitio de corte se define 2 bp, s6lo una cadena .)
por lo cual representa una cadena corta de enlaces,
en ambas cadenas, que esta expuesta ala accion de
Ia nudeasa en tres a cuatro pares de bases. Las in-
tensidades relativas indican que se prefieren ciertos
sitios a otros.
A partir de ese patron, se puede calcular el pun-
to "promedio " que se corta. En los extremos del
DNA, los pares de sitios de 51 a 54 ode 510 a 513,
distan entre sf 10.0 bases cada uno, mientras que en S9
el centro de la partfcula, Ia separaci6n de los sitios
entre S4 y S10 es de 10.7 bases (este analisis trata
S7
con posiciones promedio, de manera que los sitios
no necesariamente estan separados por un numero
entero de bases).
La variaci6n en Ia periodicidad del corte en el ss
DNA medular (10.0 en los extremos, 10.7 a la mi-
tad) significa que su periodicidad estructural difiere.
El DNA tiene mas bp /giro que Ia cifra correspon - S4
diente en solucion en la parte media, pero menos
bp/giro en los extremos. La periodicidad promedio
sobre el nudeosoma es de solo 10.17 bp /giro, sig -
nificativamente menor que lade 10.5 bp/giro del
DNA en solucion. El analisis de alta resoluci6n muestra que cada
La estructura cristalina de la particula medular sitio de la desoxirribonucleasa I consta de varios enlaces fos-
fodiester adyacentes, susceptibles, segun se observa en este
sugiere que el DNA se organiza en una superhelice ejemplo de sitios 54 y 55 analizados en part\culas medulares
plana de 1.65 giros en torno al octamero de histo- con marca en los extremes. Imagen cortesla de Leonard C.
nas. El grado de inclinacion de la superhelice varfa, Lutter, Henry Ford Hospital, Detroit MI.

29.S. La estructura del DNA varia en la superficie del nucleosoma 765

 yen Ia parte media es discontinuo. Las regiones de
gran curvatura se disponen de manera simetrica en
las posiciones 1 y 4, que corresponden a S6 y S8,
53 y S 11 respectivamente, y son los sitios menos
sensibles a Ia desoxirribonucleasa I.
Una estruct ura de alta resoluci6n del centro del
nucleosoma muestra en detalle como se distorsiona
Ia estructura del DNA. Gran parte del superenrolla-
do ocurre en los 129 bp centrales, que hacen 1.59
giros superhelicoidales izquierdos con un diametro
de 80 A (so lo cuatro veces el diametro de Ia cadena
dicatenaria del DNA). Las secuencias terminales de
cualquier extremo hacen solo una pequefi.a contri-
buci6n a Ia curvatura general.
Estos 129 bp centrales se encuentran en forma
de DNA-B, pero con una curvatura sustancial, nece-
saria para formar la superhelice. El surco mayor se
dobla suavemente, pero el menor tiene ensortijados
abruptos, cambios de conformacion que explican
porque Ia parte central del DNA del nucleosoma no
suele ser diana para la union de proteinas regula-
doras, que sue len unirse a las partes terminales del
DNA central o a las secuencias de enlace.
ED La periodicidad del DNA
cambia en el nucleosoma
Concepto principal
Con el cambio en bp por giro se absorben -0.6 giros
negativos del DNA, de 10.5 en soluci6n a un promedio
de 10.2 en la superficie del nucleosoma, lo cual explica
la paradoja del numero de enlaces.
La comprension de Ia estructura del DNA nucleoso-
mico tiene Iugar cuando se comparan los pronosticos
para el superenrollado de Ia vfa que sigue el DNA
con las mediciones reales del superenrollado del
DNA nucleosomico. Gran parte de los trabajos sobre
la estructura de los conjuntos de nucleosomas se ha
hecho en el virus SV40, cuyo DNA es una molecula
circular de 5 200 bp con una longitud de contorno
de - 1 500 nm. Tanto en el virion como en el nucleo
infectado se empaqueta una serie de nucleosomas,
que juntos se denominan minicromosoma.
Como se afsla normalmente, Ia longitud del
contorno del minicromosoma es de -210 nm, que
corresponde a una razon de empaquetado de -7
(esencialmente la misma que Ia de -6 del nucleo-
soma mismo). Los cambios en Ia concentracion de
sales pueden convertirlo en un hilo de cuentas flexi-
ble, con una proporcion mucho menor de empa-
quetado general, lo cual subraya el punto de que,
in vitro, las tiras de nucleosomas pueden asumir mas
de una forma, dependiendo de las condiciones.
766 CAPITULO 29 Nucleosomas
El grado de superenrollamiento de los nuc:e-.-
somas individuales del minicromosoma se pue -
medir como se ilustra en la . En prir ::
termino, las super helices libres del minicromoso-
mismo estan relajadas, de manera que los nude ~
mas forman una cuerda circular con una densi ' _
superhelicoidal de 0. A continuacion se extraen _
octameros de histonas, con lo cual se Iibera alD. -
para que siga una vfa libre . Las superhelices c;: . -
estaban comprimidas en el minicromosoma ape_;
ceran en el DNA desproteinado como -1 giro, y
se puede medir el numero total de superhelice>. :-
el DNA de SV40.
La cifra observada se aproxima al numero .:.
nucleosomas; el resultado sera inverso cuac
los nucleosomas se ensamblan in vitro en un D.
de SV40 superenrollado, pues la formacion de cc. .:_
nucleosoma elimina -1 superhelice negativa .
Asf pues, el DNA sigue una vfa en Ia superf -
del nucleosoma que genera -1 giro de superhe: :
negativo cuando se elimina la protefna de rest.. _
cion, si bien Ia via que sigue el DNA correspor..-
a -1. 67 giros de superhelice (vease Ia Fig. 29.-
discrepancia que a veces se denomina paradoj a :-
numero de enlace.
La discrepancia se explica porIa diferencia er::-
las 10.17 bp /giro promedio del DNA nucleos6n -~
Minicromosoma superenrollado
I Tratamiento con
~ topo1somerasa
Minicromosoma
relajado
! Eliminaci6n de protefnas
DNA superenrollado
La s superhelices del minicromosoma de SV4: :
pueden relajar para generar una estructura circular cuya per-::
de histonas genera entonces superhelices en el DNA libre.
:: las I 0.5 bp/giro del DNA libre. En un nucleoso-
~a de 200 bp se tienen 200/l 0.17 = 19.67 giros.
Cuando el DNA se libere del nucleosoma, tendra
200/l0.5 = 19.0 giros. La vfa del DNA en que el
enrollado es menos compacto, sobre el nucleosoma,
absorbe -0. 67 giros, lo cual explica !a discrepancia
entre la via fisica de -1.67 y la medicion de -1.0
giros superhelicoidales. De hecho, algo de la tension
por torsion en el DNA de los nucleosomas depende
del aumento del numero de bp/giro; solo queda el
resto para medirse como superhelice.
Organizaci6n del octamero
de histonas
Conceptos principales
El meollo del octamero de histonas esta constituido por
un tetramero, H3 2-H42 vinculado con dos dimeros
H2A-H2B.
Cada histona presenta interdigitaci6n intensa con su
contra parte.
Todas las histonas medu lares tienen el segmento
estructural de pliegue. Las colas terminates N salen del
nucleosoma.
Basta ahora se ha analizado la estructura del nu-
cleosoma desde la perspectiva de su organizacion en
el DNA de la superficie, pero desde la perspectiva de
las protefnas, se necesita saber como interactuan las
histonas entre si y con el DNA. (.Reaccionan apro -
piadamente solo en presencia de DNA o poseen una
capacidad independiente para formar octameros?
La mayor parte de las pruebas ace rca de las interac-
ciones histona-histona provienen de su capacidad
para formar complejos estables y de experimentos
de enlace cruzado con el nucleosoma.
Las histonas medulares forman dos tipos de
complejos; H3 y H4 forman un tetramero (H\-H4zl,
H2A y H2B forman varios complejos, en particular
un dimero (H2A-H2B).
Se puede obtener octameros de histonas fnte-
gros por extraccion de la cromatina o (mas clificil-
mente), al permitir que las histonas se vinculen in
vitro, en condiciones de concentracion alta de sales
y protefnas. El octamero suele disociarse para ge-
nerar un hexamero de histonas que ha perdido un
dimero H2A-H2B, en tanto que el otro se pierde
separadamente en ese punto, con lo que queda un
tetramero H3 2 -H4 2 , fenomeno que apunta a una
forma de organizacion en que el nucleosoma tiene
l'ln "meollo" central constituido por el tetramero
H\-H4 2; in vitro, este tetramero puede organizar al
DNA en partfculas que muestran algunas de las pro-
piedades de !a partfcula medular.
En un modelo simetrico del nucleosoma, el
tetramero H3 2-H4 2 constituye el centro de la estructura. En
la parte superior se observa un d1mero H2A-H2B; el otro esta
debajo.
Los estuclios m ecliante enlaces cruzados amplian
esas relacion es para mostrar que pares de histonas
estan cerca uno del otro en el nucleosoma. (Un pro-
blema con clicha informacion suele ser que solo un
pequefio porcentaje de las protefnas tiene enlaces
cruzados, de modo que es necesario ser cauto al
decidir silos resultados tipifican a las principales in-
teracciones. ) A partir de esos datos, se ha construido
un modelo de la organizacion del nucleosoma, es-
qu ematizado en la
Mediante estudios estructurales se ha mostra-
do que la forma global del octamero de histonas es
similar a la de !a partfcula medular, lo cual sugiere
que las interacciones histona -histona establecen la
estructura general. Las posiciones de cada una de
elias han sido asignadas a regiones de estructura
octamerica con base en su comportamiento al inter-
actuar y en respuesta a enlaces cruzados.
La estructura cristalina (con una resolucion de
3.1 A) sugiere el modelo que se muestra en !a
para el octamero de histonas. El rastreo de
las vias de las columnas polipeptfdicas individuates
de la estructura cristalina sugiere que las histonas
no solo se organizan como proteinas globulares in-
dividuales, sino que cada una se interdigita con su
contraparte, H3 con H4 y H2A con H2B. Asf, en el
modelo se distingue el tetramero H3 2 -H4 2 (blanco)
de los dfmeros H2A-H2B (azules) , pero no se mues-
tran las histonas aisladamente.
En la parte superior se representa la misma
perspectiva esquematica de la Figura 29.1 7. El te-
tramero H\ -H4 2 contribuye al diametro del octa-
mero y asume la forma de una herradura. Los pares
H2A-H2B se acoplan como dos dfmeros, pero en
esa imagen solo se observar uno. La vista lateral
representa Ia misma perspectiva de la Figura 29.4,
en la cual se distingue la participacion del tetrame -
29.7 Organizaci6n del octamero de histo nas 767

Modelo tridimensional de la estructura cris-
talina del octamero de histonas, con el tetramero H3 2-H4 2 en
blanco y los dimeros H2A-H2B en azul. Solo uno de los d\meros
HsA-H2B es visible en la imagen superior, el otro esta escon-
dido debajo. La via potencial del DNA se muestra en la parte
superior como un tubo estrecho (de una cuarta parte del dia-
metro del DNA); en lavista lateral son las lineas paralelas de un
haz de 20 Ade ancho. Image n cortes\a de E. N. Moudrianakis,
Johns Hopkins University.
ro H \ -H4 2 y de los dimeros H2A-H2B separados.
La protefna forma un tipo de carrete, con una vfa
superh elicoidal que podrfa corresponder al sitio de
union del DNA, enrollado casi 2 giros completos
en un nucleosoma. El modelo muestra una doble
simetrfa en torno a un eje qu e correrfa en forma
perpendicular en Ia vista lateral.
En la se resume una vista mas de-
tallada de las posici ones de las histon as (con base
en una estructura cristalina a 2.8 A ) . La imagen
superior m uestra la posicion de una histona de cada
tipo respecto de un giro en to rno a un nucleosoma
(nume radas de 0 a + 7). Las cuatro histonas me-
dulares muestran un tipo similar de estructura, en
que 3 ex helices se conectan con dos asas, a lo que
se le llama pliegue de histonas. Las regiones in-
teractuan para formar h eterodfmeros con for m a de
lunula; cada uno se une a 2 .5 giros de la h eli ce doble
768 CAPiTULO 29 Nucleosomas
Los pares de histonas forman una "mitad de
nucleosoma"
La superposici6n de los pares de histonas
muestra organizaci6n simetrica
H2A H2B H3 H4
Las posiciones de las histonas en una __
desde arriba muestran los pares H3-H4 y H2A-H28 en una m':= :
de nucleosoma; en la imagen inferior se percibe la organizac' :
simetrica por la superposici6n de ambas mitades.
de DNA (H2A-H2B se une a +3.5- +6; H3-H4 ~=
une a +0.5- +3 en la circunferencia que se ilustr::.
La union ocurre en gran parte de la columna .:.
enlaces fosfodiester (compatible con Ia necesid~ _
de compactar cualquier DNA, independientemente .:.
su secue ncia ). El tetramero H3 2 -H4 2 se forma
interacciones entre las dos subunidades H3, co:::-.
puede observarse en la parte inferior de la figure.
Cada una de las histonas medulares tiene ..:..;::.
cuerpo globular que contribu ye a lamas a proteir:-
central del nucleosoma, ademas de una cola ter:::: .
nal N flexible con sitios para modificacion, que p
den ser importantes para la funcion de la cromat ~--"
La posicion de las colas, que contribuyen con ca_
 N
N
IG Los cuerpos globulares de las histonas se lo-
calizan en el octamero de la particula medular. No obstante, se
desconoce la localizaci6n de las colas terminales N, que portan
los sitios para modificaci6n, que podrian ser mas flexibles.
Las colas terminales N de las histonas estan
desordenadas y salen del nucleosoma entre giros del DNA.
25% de Ia masa protefnica, no esta tan bien defini-
da, como se indica en Ia . No obstante,
Las colas de H3 y H2B se pueden observar pasando
entre giros de Ia superhelice de DNA y extendien-
dose fuera del nucleosoma, como se muestra en Ia
. Cuando las colas de histonas se entre-
cruzan con el DNA por irradiaci6n UV, se obtienen
mas productos con nucleosomas que con partfculas
medulares, lo cual podrfa significar que las colas en-
tran en contacto con el DNA de enlace. La cola de
H4 parece hacer contacto con un dfmero H2A-H2B
de un nucleosoma adyacente, que podrfa ser una
caracterfstica importante en Ia estructura global.
La fibra de 10 nm esta parcialmente desen-
rollada; se observa que esta constituida por una cadena de
nucleosomas. Imagen cortes\a de Barbara Ham kalo, University
of California, Irvine.
B1J La via de Los nucleosomas
en la fibra de cromatina
Conceptos principales
Las fibras de cromatina de 10 nm se despliegan a
partir de fibras de 30 nm y constan de una cadena de
nucleosomas.
Las fibras de 30 nm tienen seis nucleosomas por giro
organizados en un solenoide.
La histona Hl es necesaria para la fo rmaci6n de la fibra
de 30 nm.
Cuando se revisa Ia cromatina bajo el microscopio
electr6nico, se observan dos tipos de fibras, de 10 y
30 nm, descritas por su diametro aproxima do (que
en Ia fibra de 30 nm en realidad flucttia entre -2 5
y30nm).
La fibra de 10 nm es esencialmente una cuer-
da continua de nucleosomas que, de hecho, en oca -
siones transcurre de forma continua por una region
mas di stendida en que se observan los nucleoso -
mas como un hilo de cuentas, segun se indica en el
ejemplo de Ia . La estructura fibrilar de
l 0 nm se obtiene en condiciones de escasa fortaleza
i6nica y no requiere de la presencia de la histona
Hl, lo cual significa que. estrictamente, es una fun-
cion de los nucleosomas mismos. que en esencia
puede ser observada como una serie continua de
nucleosomas, como se muestra en la
Nose sa be si tal estructura existe in vivo o es simple-
mente una consecuencia de su despliegue durante
la extracci6n in vitro.
Cuando se visualiza la cromatina en condicio-
nes de mayor fortaleza i6nica, se obtiene Ia fibra de
29.8 La via de los nucleosomas en la fibra de cromati na 769
 ..
- -
La fibra de 10 nm es una cadena conti nua de
nucleoso mas.
La estructu ra de la fi bra de 30 nm esta enrolla-
da. Imagen cortes1a de Barbara Hamkalo, University California,
Irvine.
30 nm,. como en Ia , en Ia cual se m ues-
tra que Ia fibra tien e una estructura enrollada sub-
yacente; presenta - 6 nucleosomas por giro, es decir,
una razon de empaquetado de 40 (esto es, en cada
pm del eje de la fibra estan contenidos 40 pm de
DNA); en este caso sf se requiere Ia presencia de Hl.
Esta fibra es el constituyente fundamental de Ia cro-
matina de interfase y los cromosomas en mitosis.
La disposicion mas probable para el empaqueta-
do de los nu cleosomas en Ia fibra es Ia de un solenoi-
de, en el que los nucleosomas giran con una trayec-
toria h elicoidal y se enrollan en torno a una cavidad
770 CAPITULO 29 Nucleosomas
La fibra de 30 nm es un list6n helicoidal cons-
tituido por dos hileras paralelas de nucleosomas enrollados .e-
un solenoide.
central. Las dos formas pri.ncipales de un solenoide
son un solo inicio, que forma un arreglo lineal unico.
y dos inicios, en que efectivamente hay una doble
hilera de nucleosomas. La muestra un
modelo de dos inicios, sugerido por datos reciente-
de enlaces cruzados mediante los cuales se identific6
una doble pila de nucleosomas en la fibra de 30 nm:
esto es sustentado por Ia estructura cristalina de un
complejo tetranucleosornico.
Las fibra s de 30 y l 0 nm pueden convertirse de
manera reversible merced a cambios en la fortaleza
ionica, lo cual sugiere que la disposicion lineal de
los nucleosomas de Ia fibra de l 0 nm desaparec
a! enrollarse dentro de Ia estructura de 30 nm en
condiciones de mayor fo rtaleza ionica y en presen-
cia de Hl.
Si bien Ia presencia de esta ultima es n ecesaria
para Ia formacion de Ia fibra de 30 nm, la infor-
macion acerca de su localizaci6n es controvertida.
La relativa facilidad con que se extrae la cromatina
parece apuntar en el sentido de que se encuentra en
Ia parte externa del eje de Ia fibra superhelicoidal.
No obstante, m edian te datos de difraccion y por el
h ech o de qu e es mas diffcil encontrarla en fibras
de 30 nm que en las de l 0 nm que Ia retienen, se
argumenta respecto de una localizacion interna.
(Como se pasa de Ia fibra de 30 nm a las estruc-
turas especfficas que se muestran en los cromoso-
mas mitoticos? (_Hay alguna especificidad adicion a:
en Ia disposicion de Ia cromatina de interfase? (,Tie-
n en las regiones particulares de fibras de 30 nm una
relacion fija entre sf o su disposicion es aleatoria?
 La replicaci6n de La cromatina
requiere del ensamblaje
de los nucleosomas
C:>nceptos principales
Los octameros de las histonas no se conservan durante
la replicaci6n, a diferencia de los d1meros H2A-H2B y
los tetrameros H3 2-H4 2
Hay diferentes v1as para el ensamblaje de
los nucleosomas durante la replicaci6n e
independientemente de esta.
Para eliminar al ensamblaje de los nucleosomas, se
requieren prote1nas accesorias.
.. El CAF-1 es una prote1na de ensamblaje que se vincula
con la subunidad PCNA del replicosoma; es necesaria
para el deposito de los tetrameros H3 2-H4 2 despues de
la replicaci6n.
Para el ensamblaje independiente de la replicaci6n se
puede usar una prote1na de ensamblaje diferente y una
variable de la histona H3.
En la replicacion del DNA se separan sus cadenas y,
por tanto, debe alterarse inevitablemente Ia estruc-
tura del nucleosoma. La transitoriedad del suceso de
replicacion constituye un problema importante para
el analisis de una estructura en particular durante
dicho proceso. La estructura del triplete de replica-
cion es caracteristica; es mas resistente ala nucleasa
de micrococos y es digerida en bandas que difieren
de tamafio respecto del DNA del nucleosoma. La re-
gion que muestra esa estructura alterada se confina
a la vecindad inmediata del triplete de replicacion,
lo cual sugiere Ia participacion de un gran comple-
jo proteinico, pero los nucleosomas se vuelven a
formar mas 0 menos inmediatamente detras de el,
conforme se traslada.
La replicacion de Ia cromatina no implica nin-
gun periodo prolongado durante el cual el DNA ca-
rezca de histonas, una vez que se ha replicado, los
nucleosomas se regeneran rapidamente en ambos
productos de Ia replicacion. Este punto se ilustra
mediante la micrografia electronica de la
, que muestra una cadena de DNA con replica-
cion reciente, ya empaquetada en los nucleosomas
de ambos segmentos de las cadenas dobles hijas.
Asi pues, tanto el analisis bioquimico como Ia
visualizacion del triplete de replicacion sugieren que
Ia alteracion de Ia estructura del nucleosoma se limi-
ta a una region corta, inmediata a! triplete, el cual,
a! avanzar, desintegra los nucleosomas, pero estos
se forman otra vez rapidamente en las cadenas do-
bles hijas, conforme el triplete avanza. De hecho, el
ensamblaje de los nucleosomas tiene enlace directo
con el replisoma, que esta replicando el DNA.
29 .9 La replicaci6n de la cromatina requiere del ensamblaje de los nucleosomas
No replicado No replicado
Replicado ~
El DNA replicado se incorpora de inmediato a
los nucleosomas. Imagen cortes1a de Steven L. McKnight, UT
Southwestern Medical Center at Dallas.
(Como se relacionan las histonas con el DNA
para generar nucleosomas? ('Las histonas forman
previamente un octamero de proteinas alrededor del
cual el DNA forma despues una cubierta, o se en-
sambla el octamero de histonas sobre el DNA a partir
de histonas libres? La muestra que para
el ensamblaje de los nucleosomas se pueden usar
dos vias in vitro, dependiendo de las condiciones.
En una de elias, un octamero preformado se une al
DNA, y en la otra, primero se une un tetramero de
H\-H4 2 y despues se unen dos dimeros H2A-H2B.
Ambas vias tienen relacion con reacciones in vivo.
La primera refleja Ia capacidad de la cromatina de
remodelarse por movimientos de los octameros de
histonas a lo largo del DNA (vease Ia seccion 30.3,
El remodelado de Ia cromatina es un proceso ac-
tivo). La segunda representa la vfa utilizada en la
replicacion.
Las protefnas accesorias ayudan a las histonas
en su vinculacion con el DNA. Los candidatos para
esa funcion se pueden identificar mediante extrac-
tos que ensamblan histonas y DNA exogeno en los
nucleosomas. Las protefnas accesorias pueden ac-
tuar como "chaperones moleculares", que se unen
a las histonas para liberar controladamente histo-
nas o complejos de histonas (H3 2 -H4 2 o H2A-H2B)
hacia el DNA; esto podrfa ser necesario porque las
histonas, como protefnas basicas, tienen una ele-
vada afinidad general por el DNA. Las interacciones
mencionadas permiten a las histonas formar nucleosomas
sin ser atrapadas en otros intermediaries cineticos (esto es,
otros complejos que resultan de la union homogenea de
las histonas a! DNA).
Los intentos de producir nucleosomas in vitro
empiezan con el analisis de un proceso de ensam-
blaje entre el DNA libre y las histonas, si bien in vivo,
los nucleosomas se forman solo cuando el DNA se
771

El octamero se El octamero
ensambla sabre e\ DNA preformado se une
( ' H4
~ H2A-H2B (debajo)
H2A-H2B
In vitro, el DNA puede interactuar directamen-
te en un octamero de histona lntegro (en enlace cruzado), o
bien ensamblarse con el tetramero H3 2-H4 2, despues de lo cual
se agregan dos dlmeros H2A-H2B.
replica. Se ha perfeccionado un sistema que simula
ese requisito con extractos de celulas humanas que
replican el DNA de SV40 y ensamblan los productos
en Ia cromatina. La reaccion de ensamblaje ocurre
preferentemente en el DNA en proceso de replica-
cion, para lo cual se requiere un factor auxiliar, el
factor de ensamblaje de Ia cromatina (CAF)-1, que
consta de >5 subunidades con una masa total de
238 kD. El antfgeno nuclear de celulas en prolife-
racion (PCNA), factor de progreso de Ia polimerasa
de DNA, recluta al CAF-1 para el triplete de replica-
cion; con esto se logra el enlace entre Ia replicacion
y el ensamblaje de nucleosomas, de modo de ase-
gurar que los nucleosomas se ensamblen tan pronto
como el DNA se haya replicado.
El CAF-1 actua de manera estequiometrica y
por union con H3 y H4 recien sintetizadas, lo cual
sugiere que se forman nuevos nucleosomas, pri-
mero por ensamblaje del tetramero H\-H4 2 y por
Ia adicion posteri or de los dimeros H2A- H2B. Los
nucleosomas que se forman in vitro tienen una lon-
gitud de repeticion de 200 bp, pero carecen de his-
772 CAPITULO 29 Nucleosomas
La conservacion del octamero pronostica
que los nucleosomas contienen exclusivamente
histonas antiguas o nuevas
Octamero antiguo Octamero nuevo
conservado
Enlaces cruzados de histonas, extraccion
de octameros y analisis de Ia densidad
Si se conservaran los octameros de histo- :..:
los octameros antiguos y nuevas tendrian bandas de difere-:__
densidades al ocurrir la replicaci6n de los octameros pes2: --
en los aminoacidos ligeros.
ton as H l, lo cual sugiere que sinH l se puede lo ll~ .:.
el espaciamiento apropiado.
Cuando se replica la cromatina, se replica u-
cadena de DNA ya vinculada con nucleosomas, Io ru.:.
da origen ados cadenas hijas dobles. (.Que pasa c -
los nucleo somas preexistentes en ese punto? cL
octameros se disocian de histonas en histonas ~
bres para ser utilizadas de nuevo, o se mantier: e
ensamblados? La integridad del octamero se pu ~::
estudiar por los enlaces cruzados de las histonas. ::: -
las siguientes dos figuras se comparan los posib:::
resultados de un experimento en que se culti,-,:_
eel ulas en presencia de aminoacidos pesados -:-
identificar las histonas antes de Ia replicacion; de--
pues se permite que ocurra la replicacion en pre e-
cia de aminoacidos ligeros. En ese punto, los oc.:
meros de histo na presentan enlaces cruzados y -
centrifugan en un gradiente de densidad. La ~
muestra que si se han conservado los octiL_
ros originales, se encontrara.n en una posicior: :: -
alta densidad, de modo que los nuevos ocupa;.:-
Ia posicion de baja densidad. Pero esto no lleg=.
ocurrir. En la posicion de alta densidad se encuei:.::_
poco materiaL lo cual sugiere que los octameros .:.
 Histonas antiguas Histonas recien
sintetizadas 1 . El triplete de 2. El tetramero de
replicaci6n avanza histonas es las histonas recien
y sintetizadas se
hacia el nucleosoma desplazado y
se desensambla ensamblan

Siguiente Tetrameres
nucleosoma H3-H4

Desensamblado y reensamblado pronostican que

t
Dimeros
los nucleosomas contienen tanto histonas antiguas H2A-H2B
como nuevas, ya sea preensambladas de manera
sistematica o aleatoriamente

t
Sintesis durante
Ia laseS

3. Los tetrameros H3-H4 se unen 4. Los dimeros H2A-H2B

a cadenas dobles hijas se unen
H3 y H4 antiguas, Disposici6n aleatoria
H2A y H2B nuevas
Enlaces cruzados de histonas, extracci6n de
octameros y analisis de Ia densidad CAF

El paso del triplete de replicaci6n desplaza los octa-

Pesado -------l~ Ligero
Cuando los octameros pesados se replican con
aminoacidos ligeros, los nuevas octameros presentan bandas
difusas entre densidades pesadas y ligeras, lo cual sugiere que
ha habido desensamblado y reensamblado.
histonas nose conservan. Los octameros tienen una
densidad intermedia, y en Ia se mues-
tra lo que serfa el resultado esperado si se hubieran
liberado las histonas antiguas y despues reensam-
blado con histonas recien sintetizadas.
El patron de desensamblado y reensamblado
ha sido dificil de caracterizar en detalle, pero en
la se muestra un modelo funcional.
El triplete de replicaci6n desplaza a los octameros
de histonas, que despues se disocian en tetrame-
ros H3 2 -H4 2 y dfmeros H2A-H2B. Esos tetrameros
y dfmeros "antiguos" entran a un fondo de reserva
que tambien incluye "nuevos" tetrameros y dfmeros
que se ensamblan a partir de histonas de recien-
meros de histonas del DNA, que se desensamblan en tetrameros H3-
H4 y dimeros H2A-H2B. Las histonas recien sintetizadas se ensamblan
en tetrameros H3-H4 y dimeros H2A-H2B. Los tetrameros y dimeros
antiguos y nuevas se ensamblan de manera aleatoria con ayuda de
CAF-1 en nuevas nucleosomas, inmediatamente detras del triplete
de replicaci6n.
te sintesis. Los nucleosomas se ensamblan a -600
bp detras del triplete de replicaci6n, proceso que
se inicia cuando los tetrameros H\-H4 2 se unen a
cada una de las cadenas dobles hijas, ayudados por
CAF-l. Dos dfmeros H2A-H2B se unen entonces a
cada tetramero H3 2 -H4 2 para completar el octamero
de histonas. El ensamblaje de tetrameros y dfmeros
es aleatorio respecto de subunidades "antiguas" y
"nuevas", lo cual explica los resultados de la Figura
29.29. El tetramero H\-H4 2 "antiguo" podrfa ser
un vinculo transitorio con una cadena simple de
DNA durante la replicaci6n; de hecho, tal vez ten-
drfa mas probabilidades de mantenerse dentro de
la cadena lfder para su reutilizaci6n. Es posible que
los nucleosomas se escindan y vuelvan a ensamblar
de forma similar durante Ia transcripci6n (vease la

29,9 La replicaci6n de la cromatina requiere del ensamblaje de los nucleosomas 773

 secci6n 2 9.11, (.LOs genes transcritos se organizan
en nucleosomas?) .
Durante Ia fase S (periodo de replicaci6n del
DNA) en un ciclo celular eucariotico, la replicaci6n
de la cromatina implica la sfntesis de suficientes pro-
tefnas histonas como para empaquetar todo el geno-
ma, basicamente debe sintetizarse la misma cantidad
de histonas que las ya contenidas en los nucleoso-
mas. La sfntesis de RJ.\JAm de histonas es controlada
como parte del ciclo celular y aumenta enormemente
en la fase S. La via para el ensamblaje de la croma-
tina a partir de esa mezcla equivalente de histonas
antiguas y nuevas durante la fase S se le denomina
vfa de replica cion acoplada (RC).
En otra vfa, Hamada via independiente de las
replicaciones (RI), se ensamblan nucleosomas du-
rante otras fases del ciclo celular, cuando no se esta
sintetizando DNA. Esto resultarfa necesario como
resultado de daiios en el DNA o porque los nu-
cleosomas se desplazan durante la transcripci6n. El
proceso de ensamblaje debe tener necesariamente
algunas diferencias respecto de la via acoplada a la
replicaci6n porque no puede vincularse con el apa-
rato respective. Una de las caracteristicas mas inte-
resantes de la via independiente de Ia replicacion
es que utiliza variantes de algunas de las histonas
diferentes de las utilizadas durante Ia replicaci6n.
La variante de histona H3. 3 difiere de la his-
rona H3 altamente conservada en cuatro amino-
acidos; la primera sustituye lentamente a la H3 en
celulas en proceso de diferenciacion que no tienen
ciclos de replicaci6n. Esto sucede como resultado
del ensamblaje de nuevos octameros de histonas
para sustituir a los que han sido desplazados con
el DNA por cualquier motivo. El mecanismo que
se utiliza para asegurar el uso de H3.3 en la via
independiente de Ia replicacion es diferente en dos
casos investigados.
En los protozoarios del genero Tetrahymena el uso
de histonas depende exclusivamente de su disponi-
bilidad. La histona H3 se sintetiza solo durante el ci-
do celular, en tanto que Ia variante de reposicion se
sintetiza solo en celulas sin replicaci6n. En el genera
Drosophila, sin embargo, hay una vfa activa que ase-
gura Ia utilizaci6n de H3.3 por la vfa independiente
de la replica cion. Nuevas nucleosomas que contienen
H3 .3 se ensamblan en los sitios de transcripci6n, su-
puestamente sustituyendo a nucleosomas desplazados
por la polimerasa de RNA. El proceso de ensamblaje
discrimina entre H3 y H3.3 con base en sus secuen-
cias, excluyendo especfficamente la utilizacion de H3.
Por el contrario, el ensamblaje acoplado ala replica-
cion hace uso de ambos tipos de H (aunque H3.3 esta
disponible en concentraciones mucho menores que
H3, y, por tanto, entra solo a un pequefio porcentaje
de los nucleosomas).
77 4 CAPITULO 29 Nucleosomas
Probablemente el CAFl no participa en el e--
samblaje independiente de la replicaci6n. (Tamb:e
hay organismos como las levaduras y los del gene:
Arabidopsis, para los males el gen no es indispe L -
ble, lo cual implica el uso de procesos alternati
en el ensamblaje acoplado a la replicaci6n.) c-
proteina que puede participar en el ensamblaj e _-
dependiente de la replicaci6n se denomina HJF -
cuyo agotamiento en sistemas in vitro para el :-- -
samblaje de nucleosomas inhibe la formaci6 r. -
nucleosomas en el DNA no replicado, pero no ::
el que esta en proceso de replica cion, lo cual in d.....:.
que, de hecho, las vias utilizan diferentes meca-
mos de ensamblaje. La HIRA actua como chape: -
para facilitar Ia incorporacion de histonas en -
nucleosomas, vfa que supuestamente se enca ~:
en general, del ensamblaj e independiente de la :- .-
plicaci6n; por ejemplo, es necesaria para la desc -_-
densaci6n del nucleo del espermatozoide, cua r:. :__
las protaminas son sustituidas por las histonas p - _
generar cromatina competente en la replicac: -
despues de la fecundaci6n .
El ensamblaje de los nucleosomas que con~ :
nen una alternativa de H3 tambit~n ocurre en
centr6meros (vease la seccion 31.3, La heteroc -
marina depende de las interacciones con histone.:
El DNA centromerico se replica tempraname::
durante Ia fase de replicaci6n del ciclo celula r _:_
diferencia de las secuencias heterocromaticas r--
cundantes, que se replican despues; vease la c-:-
cion 15.7, Cada cromosoma eucari6tico contie:::.
muchos replicones). Se inhibe la incorporaci6n :_-
H en los centr6meros y en su Iugar, en las cehk::
eucariotas superiores, se incorpora una prote ~ .::
llamada CENP-A (en el genero Drosophila sell~
Cid y en las levaduras Cse4). Esto ocurre en la -.-___::_
de ensamblaje independiente de la replicaci6n. :
parecer porque la vfa acoplada a la replicacion :
inhibe durante un lapso breve, mientras se repL_
el DNA centromerico.
tlos nucleosomas yacen
en posiciones espedficas?
Conceptos principales
Los nucleosomas pueden formarse en posiciones
especificas como resultado de la estructura local del
DNA o de las prote\nas que interactuan con secuencias
espec1ficas.
La causa mas frecuente de la posicion del nucleosoma
es ell\mite impuesto por las prote\nas que se unen al
DNA.
El posicionamiento influye en que regiones del DNA
quedan en el enlace y que cara del DNA se expone a la
superficie del nucleosoma.
 Se sabe que los nucleosomas pueden reconstituir-
e in vitro, independientemente de Ia secuencia del
El posicionamiento ubica Ia secuencia diana (raja) en
DNA, pero esto no significa que su formac ion in una ubicaci6n exclusiva
vivo sea asf. (.Yace siempre una secuencia de DNA
en particular en cierta posicion in vivo respecto de Ia
topograffa del nucleosoma, o estan los nucleosomas
dispuestos en forma aleatoria en el DNA, de mane-
ra que una secuencia especffica pueda presentarse
en cualquier localizacion, por ejemplo, en Ia region La nucleasa de micrococos Iibera mon6meros
medular en una copia del genoma y en Ia region de
enlace en otra?
Para responder a esta interrogante es necesario
usar una frecuencia definida de DNA, mas precisa-
mente, se tiene que determinar Ia posicion de un
punto definido del DNA respecto del nucleosoma.
En Ia se ilustra el principia de un pro-
cedimiento para lograrlo.
Supongase que Ia secuencia de DNA se organiza
en nucleosomas solo con cierta configuracion, de
manera que cada sitio del DNA siempre se localice
en una posicion particular del nucleosoma. Ese tipo
de organizacion se llama posicionamiento del La enzima de restricci6n cotta en Ia secuencia diana
nucleosoma (o, a veces, fases del nucleosoma). En
una serie de nucleosomas en posicion, las regiones
del DNA de enlace constituyen sitios unicos.
Considerese Ia secuencia nada mas para un nu-
cleosoma. La escision con nucleasa de micrococos
genera un fragmento monomerico que constituye
!
una secuencia espedfica. Si el DNA se afsla y escin- El fragmento tiene un corte de restricci6n en un extreme,
de con una enzima de restriccion que tiene solo un corte microc6cico en el otro extreme; Ia electroforesis
resulta en una banda unica
un sitio diana en ese fragmento, podrfa cortarse en un
punto unico, lo cual resultarfa en dos fragmentos,
cada uno de tamaii.o unico.
Los productos de Ia doble digestion, por enzi-
mas de restriccion y micrococica, se separan por
electroforesis en gel. Para identificar el fragmento
correspondiente en el producto de Ia doble diges-
tion, se usa una sonda que representa la secuencia
de un !ado del sitio de restriccion, tecnica llamada El posicionamiento del nucleosoma coloca si-
de marcado terminal indirecto. tios de restricci6n en ubicaciones unicas respecto de los sitios
Revirtiendo el argumento, Ia identificacion de de enlace escindidos por la nucleasa de micrococos.
una sola banda demuestra que Ia posicion del sitio
de restriccion tiene definicion exclusiva respecto del
extremo del DNA del nucleosoma (seg(m se define pequeii.o detectable (casi 20 bases) a Ia longitud del
por el corte de Ia nucleasa micrococica). Asf, el nu- DNA monomerico.
cleosoma tiene una secuencia de DNA (mica. AI describir esos experimentos se ha tratado a
(.Que pasa silos nucleosomas no yacen en una Ia nucleasa de micrococos como una enzima que
sola posicion? Ahora, los DNA de enlace constan de escinde el DNA en las regiones de enlace expues-
diferentes secuencias en cada copia del genoma, de tas sin ning(m tipo de especificidad de secuencia.
modo que el sitio de restriccion yace en una po- En realidad, Ia enzima tiene Ia misma especificidad
sicion diferente cada vez; de hecho, se encuentra de secuencia, no obstante que se desvfa hacia Ia
en todas las localizaciones posibles respecto de los seleccion de secuencias ricas en A-T. Por tanto, no
extremos del DNA nudeosomico monomerico. La es posible suponer que Ia existencia de una banda
muestra que Ia doble escision genera especffica en la tecnica de marcado indirecto del
entonces una amplia extension, del fragmento mas extremo represente la distancia a partir de un corte

29.10 ,:Los nucleosomas yacen en posiciones especificas? 775


++
[{[[[[
~ es resultado de Ia presencia de una re,: -
++
[[(f[[
~
1 En ausencia del posicionamiento de un nu-
cleosoma, en todas las localizaciones posibles de diferentes
capias del genoma yace un sitio de restricci6n. Se producen
fragmentos de todos los tamaiios posibles cuando una enzima
de restricci6n corta en un sitio diana (rojo) y La nucleasa de
micrococos corta en las uniones entre nucleosomas (verde).
por Ia enzima de restriccion a Ia region de enlace.
jMas bien podrfa representar Ia distancia del corte
por Ia enzima de restriccion a un sitio de escision
preferido por Ia nucleasa de micrococos!
Esta posibilidad se con trola mediante el trata-
miento del DNA desnudo exactamente en Ia misma
forma que la cromatina. Si hay sitios preferidos por
la nucleasa de micrococos en Ia region especffica, ha -
bra bandas especificas, patron que entonces se com-
pararia con el generado a partir de Ia cromatina.
Una diferencia entre el patron de bandas del
DNA de control y el de la cromatina proporciona
pruebas del posicionamiento de los nucleosomas.
Algunas bandas presentes en el producto de diges-
tion del DNA de control pueden desaparecer del
correspondiente del nucleosoma, lo cual indica que
nose dispone de posiciones para escision preferen-
cial. Por otra parte, pueden aparecer nuevas bandas
en el produ cto de digestion de los nucleosomas,
cuando porIa organizacion de estos, se hacen acce-
sibles de manera preferencial nuevas sitios.
El posicionamiento de los nucleosomas podrfa
lograrse por cualquiera de dos formas:
Intrfnseca: cada nucleosoma se deposita es-
pecfficamente en una secu encia particular
del DNA. Esto modifica el punto de vista
776 CAPITULO 29 Nucleosomas
del nucleosoma como unidad susceptib::o ~
formarse entre cualquier secuencia del ~- -
y un octamero de histona.
Ex trfnseca: el primer nucleosoma de _-
region se ensambla preferentemente e.: _
sitio particular. Un punto de inicio prefe:--
cial para el posicionamiento del nucleos...-
de Ia que se excluyen los nucleosoma ~ :__
region excluida proporciona un lfmite .::
restringe las posiciones disponibles pa:~ -
nucleosoma adyacente, de modo que -:-
tonces se ensamblarfa secuencialmente ---
serie de nucleosomas con una longitt -= _
repeticion definida .
Ahora queda clara que el deposito de octamero: ~
histonas en el DNA no es aleatorio respecto c::
secuencia. El patron es intrfnseco en algunos cc.s.
en los cuales depende de caracterfsticas estrua"-:..
les del DNA, yes extrfnseco en casos en que pro(:o-
de las interacciones de otras protefnas con el
las histonas, o ambos.
Ciertas caracterfsticas estructurales del r- _
afectan Ia ubicacion de los octameros de histo:-'
dadas las tendencias intrinsecas de aquel para :
garse en una direccion mas que en otra; as!, !c...: -
giones ricas en A-T se localizan de manera _-=
surco menor vea hacia el octamero, en tanto q:__~
regiones ricas en G-C se disponen de maner.o :
el surco me nor sefi.ale hacia fue ra. Los segm -
largos de dA-dT (>8 bp) evitan el posicionan~ :
en el giro superhelicoidal central del meollo. ___
no es posible sumar todos los efectos estruac~
importantes y asf pronosticar completamente >
calizacion de la secuencia especffica del DNA re:-::- .,-
to del nucleosoma. Las secuencias que hacen q;_:_
DNA adopte estructuras mas extremas pueden te:--
efectos, como Ia exclusion de nucleosomas, :o
forma que podrfan incidir en los limites.
Es frecuente que los n ucleosomas se posi =--
cerca de los lfmites. Si hay alguna variante e:.
construccion de los nucleosomas, por ejempl
Ia longitud del DNA de enlace varfa unos 10 b:;:
especificidad de Ia localizacion se reduciria, a!( : -
dose del primer nucleosoma definido en ellf -
En ese caso podrfa esperarse que el posicionarn:e::
se mantuviera rigurosamente solo con una rel;:.-
cercania allfmite.
La localizacion del DNA en los nucleoso-
puede describirse de dos formas. En Ia ,u
se muestra que el posiciomuniento traducd -
describe la posicion del DNA respecto de los!'-:-
del nucleosoma. En particular, determina q e _
cuencias se encuentran en las regiones de ere :
Un cambia de l 0 bp en el DNA !leva el siguieme o-
a una region de enlace. Asf, en el posicionam.;,::.

Giros 3-4 en Ia region de enlace
rl.,
1 2 3 4 5 6 7 8 9 101112
/JVJVJVJVA..'A/Ai}VA..IJVIVA
Giros 2-3 en Ia region de enlace
rl.,
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1112
/NlV!VAPVJ\.fl\.-Q\.1/\.~./J\
F" El posicionam iento traduccional describe la
posicion lineal de l DNA respecto del octamero de histonas.
E ~ desplazamiento del DNA par cambios de 10 bp cambia las
secuencias de las regio nes de enlace mas expuestas, pero no
altera la cara del DNA protegida par la superficie de las histonas
ni la que esta expuesta al exterior. El DNA ya esta enrollado
sabre los nucleosomas; para mayor comodidad se muestra en
forma lineal.
Superficie del
octamero
12
345
I
Las bases 1-5 estan
dentro
Facto res
G El posicionamiento rotativo describe la ex-
Josici6n del DNA en la superficie del nucleosom a. Cualquier
11ovimiento que se aleje de la re petici6n helicoidal (-10.2 bp/
3iro) desplaza al DNA respecto de la superficie de la histona.
.as nucle6tidos del interior estan mas protegidos contra las
1ucleasas que los del exterio r.
:raduccional se determina que regiones son mas ac-
~esibl es (cuando me nos, a juzgar por Ia sensibilidad
~ Ia n ucleasa de micrococos).
El DNA yace en el exterior del octamero de his-
:onas, de modo que uno de los lados de cualquier
secuencia especffica es ocultado por las histonas, en
tanto que el otro es accesible. Depencliendo de su po-
sicionamiento respecto del nucleosoma, un sitio en el
DNA que debe reconocer a una protefna reguladora
podria ser inaccesible, o estar clisponible; por tanto,
Ia posicion exacta del octamero de histonas en rela-
cion con la secuencia del DNA puede ser importante.
En la se muestra el efecto del posicio-
narniento rotativo de Ia doble helice en cuanto a
Ia superficie del octamero. Si se mueve el DNA un
numero parcial de giros (imaginese el DNA rotando
respecto de Ia superficie de Ia protefna) , habra un
cambia en Ia exposicion de secuencias al exterior.
El posicionamiento traduccional y rotativo pue-
de ser importante para co ntrolar el acceso a! DNA.
Los casas de posicionamiento mejor caracterizados
involucran la limitaci6n espedfica de los nucleo-
somas en los promotores. El posicionamiento tra-
duccional, la exclusion de los nucleosomas de una
secuencia en particular, o ambos procesos, pueden
ser necesarios para permitir que se forme un com -
plejo de transcripcion. Algunos factores reguladores
pueden unirse con el DNA solo si se excluye un nu-
cleosoma para dejar acceso libre a! DNA, y ello crea
un limite para el posicionamiento traduccional. En
otros casas, los factores reguladores pueden volver a
unirse con el DNA en la superficie del nucleosoma,
pero el posicionamiento rotativo es importante para
garantizar que se exponga !a cara del DNA con los
puntas de contacto apropiados .
En la seccion 30.4, La organizacion de los nucleo-
somas puede cambiarse en el promotor, se analiza Ia
conexi on entre organizacion de nucleosomas y trans-
cripcion, pero par ahora notese que los promotores
(y algunas otras estructuras), a menudo tienen regio-
nes cortas que excluyen a los nucleosomas. Dichas
regiones par lo general forman un limite, cerca del
cual se restringen las posiciones de los nucleosomas.
Mediante un rastreo de una region extensa del ge -
noma de Saccharomyces cerevisiae (con mapeo de 2 278
nucleosomas en mas de 482 kb de DNA) se demostro
que, de hecho, el 60 % de los nucleosomas tiene una
posicion especifica como resultado de efectos limitro-
fes, casi siempre por los promotores.
fDII ~Los genes transcritos se
organizan en nucleosomas?
Conceptos principales
Los nucleosomas se encuentran a la misma frecuencia
cuando los genes transcritos o no transcritos son
digeridos con nucleasa de micrococos.
Algunos genes intensamente transcritos parecen casas
excepcionales desprovistos de nucleosomas.
29.11 ;.Los genes transcritos se organizan en nucleosomas? 777

..L::.;
Las unidades de transcripci6n del DNAr de
genes nucleolares aislados alternan con segmentos de DNA no
transcritos. Reproducida de Miller 0. L. y Beatty, B. R. 1969.
Science. 164: 955-957. Imagen cortesla de Oscar Miller.
Un minicromosoma de SV40 puede ser trans-
crito. Reprod ucida de J. Mol. Bio. Vol. 131, Gariglio, P. et al.,
The template of the isolated ... p. 131. Copyrig ht 1979, con
autorizaci6n de Elsevier. Imagen cortesla de Pierre Chambon.
Los intentos por observar a los genes durante Ia trans-
cripci6n han dado resultados controvertidos. Las si-
guientes dos figura s ejemplifican cada extremo.
La cromatina con trans cripci6n intensa se ve
bastante extendida (demasiado como para ser cu-
bierta por nucleosomas). En los genes con trans-
cripci6n intensa qu e codifican RNAr, ilustrados en
la , el empaquetamiento extremo de
las polimerasas de RNA dificulta la observaci6n del
DNA, y no es posible medir directamente las longi-
tudes de los productos de transcripci6n del RNAr,
dado que el RNA es compactado por proteinas, pero
se sabe (por la secuencia del RNAr) que tan largo
debe ser el producto de transcripci6n. La longitud
778 CAPITULO 29 Nucleosomas
del segmento de DNA transcrito que se mide por :;
longitud del eje del "arbol de navidad" es de -85
de Ia longitud del RNAr, lo cual significa que el D_--
esta casi totalmente extendido.
Por otra parte, los complejos de transcripci6n L
los minicromosomas de SV40 se pueden ex traer _-
celulas infectadas; contienen el complemento us .:.
de histonas y presentan una estructura tipo cue=-
tas ensartadas. Se puede observar que las cader.c..
de RNA se extienden a partir del minicromos01~:..:.
como en el ejemplo de la , lo cual ap , .. -
ta a Ia transcripci6n puede continuar mientras =
DNA de SV40 se organiza en nucleosomas. Ob\~
mente, el minicromosoma SV40 se transcribe c-
menor intensidad que los genes de RNAr.
La transcripci6n implica el desenrollamie:: -
del DNA, y puede implicar el despliegue de Ia fi b:-:
en regiones restringidas de Ia cromatina. Un pur
de vista simplista sugiere que se necesitani cie::-
"espacio" para el proceso. Las caracteristicas de _
cromosomas politenicos yen escobill6n descritas ~
el Capitulo 28, Cromosomas, dan indicios de que
expresi6n genica se relaciona con una organizac.:
estructural mas expansiva.
Al reflexiona r ace rca de la transcripci6n. _-
deben tener en mente el tamafi.o relativo de la
limerasa de RNA y del nucleosoma . Las enzi1::
eucari6ticas son proteinas grandes con multip __
subunidades, por lo general >500 kD que se co:- -
pararan con los -40 kD del nucleosoma. E.
se ilustra el enfoque de Ia polimerasa _-
DNA respecto del DNA de los nucleosomas. In
so sin un conocirniento profundo de la interac c
es evidente que implica abordar dos organisrr_
comparables.
Considerense los dos giros del DNA en tome
nucleosoma. c.Tendria suficiente acceso la poliii:
rasa del RNA al DNA si el acido nucleico se co!:--
nara a esa vfa? Durante Ia transcripci6n, confo _
Ia polimerasa de RNA se mueve sobre el mold
une estrechamente con una region de -50 bp ~
incluye un segmento locaL no enrollado, de - 12 ::--
La necesidad de desenrollar el DNA hace pare :-
poco probable que el segmento involucrado e:-_
reacci6n de la polimerasa de RNA podrfa mante~:: -
se en Ia superficie del octamero de histonas.
Por tanto, parece inevitable que la transcrip -
implique un cambio estructural, de modo que
primera pregunta acerca de Ia estructura de un ~ =
activo sera si el DNA en proceso de transcripC' -
se mantiene organizado en nucleosomas. Si se C.~
plazan los octameros de histonas c.se mantiene,- _
alguna manera aunados a! DNA transcrito?
Un abordaje experimental es el de digerir la -- -
matina con nucleasa de micrococos y, despues, u-
zar una sonda de alguno o algunos genes esped ~

La polimerasa de RNA es comparable en ta-
mafio al nucleosoma, y podr1a tener dificultades para seguir
al DNA en torno al octamero de histonas. Imagen superior,
cortes\a de E. N. Moudr1anakis, Johns Hopkins University. Ima-
gen inferior, cortes\a de Roger Kornberg, Stanford University
School of Medicine.
para determinar si los fragmentos correspondientes
estan presentes en la escalera usual de 200 bp a la
concentracion esperada. Las conclusiones de esos
experimentos son limitadas pero importantes. Los
genes que estan en proceso de transcripci6n contienen nu-
cleosomas con la misma frecuencia que las secuencias no
transcritas. Por tanto, los genes no necesariamente
adoptan una forma alternativa de organizacion para
ser transcritos. No obstante, tal vez el gen transcrito pro-
media tenga solo una polimerasa de RNA en un momenta
dado, por lo cual no revela que esta pasando en los sitios
realmente afectados por la enzima. Quiza conservan
sus nucleosomas; es mas probable que los nucleo-
somas se desplacen de manera temporal, conforme
la polimerasa de RNA pasa a traves de ellos, pero se
forman de nuevo inmediatamente despues.
BE Los octameros de histonas
son desplazados
por la transcripci6n
Conceptos principales
En un sistema modelo, la polimerasa de RNA desplaza
a los octameros de histonas durante la transcripci6n,
pero estos se unen nuevamente con el DNA tan pronto
como ha pasado la polimerasa.
Los nucleosomas se reorganizan cuando la transcripci6n
pasa a traves de un gen.
29.12 Los octameros de histonas son desplazados por la transcripci6n
Promotor Terminador
Nucleosoma ensamblado en una localizaci6n
especffica
La polimerasa de RNA transcribe hasta el
terminador
El nucleosoma se,tncuentra en una nueva posicion
Un protocolo para estudiar el efecto de la
transcripci6n en los nucleosomas muestra que el octamero de
histonas es desplazado del DNA y se vuelve a unir en una
nueva posicion.
Los experimentos para comprobar si una polimerasa
de RNA puede transcribir directamente a traves de
un nucleosoma sugieren que el octamero de histo-
nas es desplazado por el hecho de la transcripcion.
En la se muestra lo que sucede cuando
la polimerasa de RNA del fago T7 transcribe un frag-
mento corto de DNA que contiene un solo nucleo
octamerico in vitro, el cual se mantiene vinculado
con el DNA pero en una localizacion diferente; es
muy probable que se vuelva a unir con la misma
molecula de DNA de la que fue desplazado.
En la se muestra un modelo para
el avance de la polimerasa. El DNA se desplaza
conforme la polimerasa entra al nucleosoma, pero
la enzima llega a un punto en que el DNA hace
retroceder sus asas y se vuelve a unir, formando
una region cerrada. Conforme la polimerasa avan-
za mas, crea superhelices positivas desenrollando el
DNA; el efecto puede ser muy notorio, pues el asa
cerrada es de solo -80 bp, de manera que cada par
de bases a traves del cual avanza la polimerasa hace
una adicion significativa al superenrollamiento. De
hecho, la polimerasa avanza facilmente los primeros
30 bp hacia el nucleosoma, pero despues lo hace en
forma mas lenta, como si su avance fuera cada vez
mas diffcil. Cada 10 bp hay pausas, lo cual sugiere
que la estructura del asa impone pausas relaciona-
das con la rotacion en cada giro del DNA. Cuando
la polimerasa Uega el punto medio del nucleosoma
(las bases por afiadir a continuacion se encuentran
sobre todo en el eje de la simetria doble), se reanuda
779
 !-

La polimerasa de RNA avanza

<il
E
0
U)
0
Q)
(3
::::l
c <il
El DNA es desplazado del octamero y forma un 0

asa cerrada 'iii

::::l
. ~
"0
~
~ c0 U)
0
Q)
(]) () (3
'"iii
()
U)
.;::;
::::l
c
w
U)
e
LL
Q)
"0
~
(])
'"iii
()
U)
w
La torsion delante de Ia polimerasa de RNA desplaza
al octamero que se reinserta detras de Ia polimerasa

Reprimido Expresado Reprimido

Las secuencias genicas URA3 se fusionan c-: -

La polimerasa de RNA desplaza al DNA del
octamero de histonas conforme avanza. El DNA se enrolla nue-
va mente y se une (ala polimerasa o al octamero), para formar
un asa cerrada. Conforme la polimerasa avanza, genera un so-
breenrollado positivo adelante, desplazando al octamero que
mantiene contacto con el DNA, la polimerasa o ambos, y se
inserta detras de la polimerasa de RNA .
un promotor GALl regulado y una secuencia de DNA ribos6 1lilic:
El URA3 tiene nucleosomas posicionados en forma transicion::.
antes de la transcripci6n . Cuando se induce la transcripcic -
controlada por un promotor inducible, las posiciones de I :
nucleosomas son aleatorias. Cuando se rep rime La transcripcic -
los nucleosomas recuperan su posicion especifica. Reproducic:
de Suter, B., et al. 1997, EMBO J. 16: 2150-2160. Copyrif; -:
Oxford University Press. Imagen cortesia de Fritz Thome:
ETH Zurich.

el movimiento y Ia polimerasa avanza rapidamente,
lo cual sugiere que el punto medio del nucleosoma
marca el sitio en que el octamero es desplazado (tal
vez porque el superenrollado positivo ha llegado a
un nivel crftico en el cual se expulsa a! octamero del
DNA). De esta forma se Iibera Ia tension delante de
Ia polimerasa y se permite que avance. El octamero
se une despues al DNA, detra s de la polimerasa, y
ya no constituye un obstaculo para su avance. Es
posible que el octamero cambie de posicion, incluso
sin haber perdido contacto con el DNA.
(.El octamero se Iibera como unidad Integra? El
entrecruzamiento de las protefnas del octamero no
crea un obstaculo para Ia transcripci6n, Ia cual pue-
de continuar incluso si los enlaces cruzados son lo
suficientemente extensos como para asegurar que
se hayan enlazado las regiones centrales de las his-
tonas medulares, de ahf que la transcripcion no im-
plique disociaci6n del octamero en las histonas que
lo componen, y noes probable que necesite un ma-
yor despliegue de Ia estructura central. La adici6n
de la histona Hl a ese sistema, sin embargo, causa
una rapida declinaci6n en Ia transcripci6n, lo cual
sugiere dos conclusiones. El octamero de histon G.:~
(ya sea que se conserve o se desplace) actua cow
unidad Integra, y puede ser necesario eliminar Ia E~
de Ia cromatina activa o modificar de alguna fonE .
su s interacciones.
Por tanto, una polimerasa de RNA pequef:..:.
puede desplazar a un solo nucleosoma, que vue h~
a formarse detras de ella durante Ia transcripcion. Po:
supuesto, la situacion es mas compleja en un nude.
eucari6tico. La polirnerasa de RNA es mucho mayor.
el obstaculo ala vance es una cadena de nucleosom.:c
conectados, y para superarlo se necesita que factor
adicionales actuen en Ia cromatina (ver Capitulo 3(
Control de Ia estructura de Ia cromatina).
La organizacion de los nucleosomas puede s~
modificada por la transcripcion. En Ia 9 1 _ :-
observa lo que le sucede a! gen URA3 de las levadt:-
ras cuando se transcribe estando controlado por u:::.
promotor inducible. El posicionamiento se analik
con Ia nucleasa de micrococos para revisar los siti :
de escision respecto de un sitio de restricci6n en c
extremo 5' del gen. Inicialmente, el gen muestra u.:.:..
patron de nucleosomas organizadas desde el promo-

780 CAPITULO 29 Nucleosomas

tor a una distancia significativa a traves del gen; el
posicionamiento se pierde en las regiones 3 '. Cuan-
do el gen se expresa, un extendido general sustituye
al patron de posicionamiento de los nucleosomas,
lo cual indica Ia concentracion de nucleosomas en
Ia misma, pero ya no estan organizados en fase, lo
cual, a su vez, sugiere qu e Ia transcripcion destruye
el posicionamiento nucleosomico. Cuando se res-
tablece Ia represion, el posicionamiento aparece en
un lapso de 10 minutos (aunque no completo). El
resultado !leva al interesante punto de que se pue-
den ajustar las posiciones de los nucleosomas sin
replica cion.
En el modelo de unificacio n se supone que Ia
polimerasa de RNA desplaza a los octameros de his-
tonas conforme avanza. Si el DNA que viene de-
tras de Ia polimerasa esta disponible, el octamero
se vuelve a unir ahf. (Es posible, o tal vez probable,
que el octamero nunca pierda totalmente el contac-
to con el DNA, pero sigue siendo un enigma como
un octamero podrfa mantener el contacto con el
DNA sin desplegarse o perder componentes, cuando
un objeto incluso de mayor tamafio que el avanza
a traves del DNA. Tal vez el octamero sea "envia-
do atras" hacienda contacto con Ia polimerasa de
RNA.) Si el DNA no esta disponible tal vez porque
otra polimerasa continua inmediatamente despues
de Ia primera, el octamero podrfa desplazarse per-
manentemente y el DNA mantenerse extendido.
m El desplazamiento del
nudeosoma y su reensamblado
requieren fa ctores especiales
Concepto principal
Se necesitan factores auxiliares para que La
polimerasa de RNA desplace a los octameros du ra nte
la transcripci6n y para que despues, las histonas se
reensamblen en nucleosomas.
El desplazamiento de los nucleosomas respecto del
DNA es clave para todas las etapas de la transcrip-
ci6n. El inicio del proceso es lo que se ha caracteri-
zado mejor. Los promotores activos estan marcados
por sitios hipersensibles a la desoxirribonucleasa
porque los octameros de histonas se han desplazado
del DNA (vease Ia secci6n 29.18, Los sitios hiper-
sensibles de la desoxirribonucleasa refl ejan cambios
en Ia estructura de Ia cromatina) . La eliminaci6n de
los octameros requiere de complejos de remodelado
reclutados por factores de transcripci6n que utilicen
Ia energfa generada por Ia hidr6lisis de ATP para
modificar Ia estructura de Ia cromatina (vease Ia
secci6n 30.4, La organizaci6n de los nucleosomas
29.14 Los aislantes impiden La acci6n de los potenciadores y la heterocromatina
puede cambiar en el promotor). Esto significa que
Ia polimerasa de RNA inicia la sfntesis de esta en
una cadena corta de DNA no obstaculizada por los
nucleosomas. Para que siga avanzando durante la
elongaci6n, deben desplazarse los octameros de h is-
tonas delante de ella, pero para evitar que el DNA
quede desnudo tras los octameros, deben formarse
nuevamente despu es de la transcripci6n.
La transcripci6n in vitro por la polimerasa II
de RNA se n ecesita Ia Ilamada protefna facilitado-
ra de Ia transcripci6n de la cromatina (FACT), que
se comporta como factor de elongaci6n durante Ia
transcripci6n. (Noes parte de Ia polimerasa de RNA,
pero se vincula con ella especfficamente durante la
fase de elongaci6n de Ia transcripci6n.) La FACT
consta de dos subunidades bien conservadas en to-
da s las eucariotas y se vincula con la cromatina de
los genes activos.
Cuando se agrega FACT a nucleosomas aislados,
conduce a Ia perdida de los dimeros H2A-H2B, raz6n
de que durante Ia transcripci6n in vitro, los nucleo-
somas se conviertan en "hexasomas" . Esto sugiere
que Ia FACT es parte de un mecanismo pa ra el des-
plazamiento de octameros durante Ia transcripci6n,
a parte de que podrfa participar en el reensamblado
de los nucleosomas despues de la transcripci6n, ya
que ayuda a Ia formacion de nucleosomas a partir
de histonas medulares. Esto sugiere el modelo de la
, en la cual, la FACT saca de un nu cleo-
soma el complejo H2A-H2B frente ala polimerasa
de RNA y facilita su inserci6n en un n ucleosoma
que se esta reensamblando detras de la enzima. Se-
guramente se necesitan otros factores para llevar a
cabo el proceso. Dicha protefna faciitadora tambien
es necesaria para otras reacciones en que los n ucleo -
somas pueden desplazarse, in cluidas replicaci6n y
reparaci6n del DNA.
Para mantener Ia integridad de Ia cromatina en
regiones en proceso de trans cripci6n, se requiere de
otros factores, tal vez porque tambien participan en
el des ensamblado y reensamblado de los nucleo-
somas, pero no h ay todavfa inform acion detallada
acerca de sus funciones.
fD1 Los aislantes impiden
la acci6n de los potenciadores
y la heterocromatina
Conceptos principales
Los aislantes pueden im pedir el paso de cualquier
efecto activador o desactivado r desde los
potenciadores, silenciadores y LCR.
Los aislantes suelen constituir barreras para evitar la
dis persion de la heterocromatina.
781
 Transcripci6n ---.. Un potenciador activa a un promotor
Potenciador Promotor

]~f?J]~] Transcripci6n
H2B H2A } FACT Iibera el dfmero
y H2A-H2B
Un aislante bloquea Ia acci6n del potenciador
Potenciador Aislante Promotor

~~"--"/
J] Un potenciador activa a un promotor en ; _
alrededores, pero un aislante localizado entre ambos p u ~ :-=
Otros factores liberan imped\rselo.
H3-H4

j
La polimerasa de
RNA se mueve a
Un aislante activo es una barrera para Ia heterocromatina
lo largo del DNA
libre
]
J
Transcripci6n
El nucleosoma
se reensambla La heterocromati na puede dispersarse a JE -:-
de un centro y despues bloquear a cualquier promotor que :__-
bra. Un aislante puede ser una barrera para la propagaci6n c ~ ...o
heterocromatina, que permite al promotor mantenerse act' ~

Cuando un aislante se coloca entre un ~ :-

Los octameros de histonas se desensamblan
antes de la transcripci6n en proceso para eliminar nucleoso-
mas y se forman nuevamente despues de la transcripci6n. La
liberaci6n de d\meros H2A-H2B probablemente inicie el proceso
de desensamblado.
Los elementos que evitan el paso de los efectos ac-
tivadores o desactivadores se llaman aislantes, y
tienen una de dos propiedades clave, o ambas:
Cuando un aislante se coloca entre un pro-
motor y un potenciador, impide que el poten-
ciador adive al promotor. El efecto del bloqueo
se muestra en la , lo cual podrfa
explicar como la accion de un potenciador
se limita a un promotor en particular.
activo y la heterocromatina constituye :,
barrera que protege al gen contra el efecrc
desactivaci6n que se propaga desde la hetercc -:-
matina. (La heterocromatina es una regie-
de la cromatina inactiva, resultado de su ~
tructura de or den superior; vease la seccic ~
31.2, La heterocromatina se propaga a pa:-...=-
de un suceso de nucleacion.) El efecto :..::
barrera se muestra en la 43 .
Algunos aislantes poseen ambas propiedac ::-
y otros solo una, 0 bien, funciones de bloqueo .
barrera pueden estan separadas. Aunque ambas c.:-
tividades posiblemente sean mediadas por camb:::-
en la estructura de la cromatina, tal vez impliqL.c.;:_
efectos diferentes; en cualquier caso, el aislante c:"
fine el limite para los efectos a largo plazo.
(Cual es el objetivo de un aislante? Una fG::. -
cion importante podria ser contrarrestar las accio::-: :-
indiscriminadas de los potenciadores sobre los p~ :-

782 CAPITULO 29 Nucleosomas

motores. Casi todos los potenciadores actuan cerca
de algun promotor, y un aislante puede restringirlo
impidiendo que los efectos rebasen cierto punto,
de modo que solo pueda actuar en un promotor
especffico. Asimismo, cuando un gen esta cerca de
Ia heterocromatina, un aislante puede impedir que
sea desactivado inadvertidamente par la clispersion
de Ia heterocromatina. Los aislantes, por tanto, ac-
tuan como elementos que hacen mas precisa Ia re-
gulacion genica.
fDB Los ais lantes pueden definir
un dominio
Concepto principal
Los aislantes son estructuras especializadas de La
cromatina con sitios hipersensibles. Dos aislantes
pueden proteger de todo efecto externo La region que
los separa.
Los aislantes se descubrieron durante el analisis
de Ia region del genoma de Drosophila melanogaster
que se resume en la . Dos genes para Ia
proteina Hsp70 (proteina de choque termico) yacen
en una region de 18 kb que constituye Ia banda
87A7, en cuyos extremos se encuentran las estruc-
turas especiales scs y scs' (estructuras especializadas
de cromatina) . Ambas constan de una region muy
resistente ala fragmentacion por desoxirribonuclea-
sa I y a uno y otro !ado hay sitios hipersensibles
espaciados casi cada l 00 bp. El patron de escisi6n de
dichos sitios se altera cuando los genes son activados
por un choque termico.
Los elementos scs aislan a los genes hsp70 de los
efectos de las regiones circundantes . Si se toman
unidades scs y se colocan a cada !ado de un gen blan-
co, este funcionara en cualquier punto del genoma
en que se coloque, incluso en sitios en que, por con-
texto, normalmente seria reprimido, por ejemplo,
en regiones heterocromaticas.
Las unidades scs y scs' no parecen participar ni
positiva ni negativamente en el control de la expre-
sion genica, sino que apenas restringen los efectos
del paso de una region a Ia siguiente.
No obstante, si regiones adyacentes ejercen
efectos represivos, estos elementos scs podrian ser
necesarios para bloquear la dispersion de tales efec-
tos y, por tanto, tal vez serian esenciales para Ia
expresion genica. En ese caso, la deleci6n de tales
elementos podria eliminar la expresi6n de los genes
adyacentes.
Los elementos scs y scs' tienen diferentes estruc-
turas y no parecen apoyarse en Ia misma base para
su actividad aislante. La secuencia clave de estos
elementos scs es una tira de 24 bp que se une a!
producto del gen zw5. La propiedad aislante de scs'
reside en una serie de repeticiones CGATA, que se
unen a un grupo de proteinas relacionadas llama-
do BEAF- 32. La proteina muestra una localizaci6n
2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28kb
87A6 87A7 87A8
scs
---
hsp70 hsp70 scs'
350 bp 200 bp
resistente resistente
_L_ _L
sensible sensible sensible sensible
Estructuras especializadas de cromati na, que
incluyen sitios de hipersensibilidad, marcan los extremos de un
dominio del genoma de D. melanogaster y aislan a los genes
intermedios de los efectos de las secuencias circundantes.

Una proteina que se une al aislante scs' se localiza en interbandas de cromosomas

politenicos del genera Drosophila. La tinci6n roja identifica el DNA (las bandas) en ambas muestras,
superior e inferior; la tinci6n verde identifica a BEAF32 (a menudo en interbandas) en La mues-
tra superior. La coincidencia de las dos marcas se seiiala con amarillo (es decir, BEAF32 esta en
una banda). Reproducida de Cell, vol. 81, Zhao, K., Hart, C. M., y Laemmli, U. K., Visualization of
chromosomal ... pp. 879-889. Copyright 1995, con autorizaci6n de Elsevier. Imagen cortesia de Ulrich
K. Laemmli, University of Geneva, Switzerland.

29. 15 Los aislantes pueden definir un dominic 7 -

 definida en el nucleo, pero los datos mas notorios
provienen de su localizacion en cromosomas polite-
nicos. En Ia se muestra que el anticuer-
po contra BEAF-32 tifi.e -50% de las interbandas
de los cromosomas politenicos, lo cual sugiere que
hay muchos aislantes en el genoma, y que BEAF-
32 es una parte comun del aparato aislante . Esto
implicaria que Ia banda es una unidad funcional y
que las interbandas a menudo tienen aislantes que
impiden Ia propagacion de puntas de activacion o
desactivacion.
Otro ejemplo de un aislante que define a un
dominio es Ia LCR de Ia ~-globina de polio (grupo
de sitios hipersensibles que controlan Ia expresion
de todos los genes de la ~- gl obina; vease Ia secci6n
29.20, Una LCR puede controlar a un dominio) . El
sitio hipersensible mas alejado hacia Ia izquierda de
Ia LCR de Ia ~-globina de polio (HS4) es un aislante
que marca el extrema 5' del dominio funcional y
restringe Ia actividad de la LCR a los genes de glo-
bina del dominio.
Un gen rodeado de aislantes suele estar protegi-
do contra Ia propagacion de efectos de desactivacion
desde las regiones circundantes. La prueba consiste
en insertar DNA por transfeccion en un genoma en
localizaciones aleatorias. La expresion de un gen
de Ia secuencia insertada a menudo es erratica, y si
bien en algunos casos se expresa apropiadamente,
en otros se extingue. No obstante, cuando los ais-
lantes con funcion de barrera se colocan a ambos
!ados del gen, en el DNA insertado, por lo general
su expresion es uniforme en todos los casos.
I& Los aislantes pueden actuar
en una direcci6n
Concepto principal
Algunos aislantes tiene direccionalidad , de modo
que pueden detener el paso de los efectos en una
direcci6n, pero no en la otra.
Los aislantes pueden tener propiedades direcciona-
les. Las inserciones del transpo son gypsy en ellocus
yellow (y) de D. melanogaster provocan la perdida
de Ia funcion del gen en algunos tejidos, no asi en
otros. El motivo es que el locus y es regulado poi
cuatro potenciadores, como se muestra en Ia
. Donde quiera que se inserte gypsy, bloquea
Ia expresi6n de todos los potenciadores que separa
del promotor, pero no de aquellos ubicados del otro
!ado. La secuencia encargada de ese efecto es un
aislante que yace en un extrema del transposon, el
cual actua independientemente de la orientacion
de su insercion.
784 CAPITULO 29 Nucleosomas
Posiciones de potenciadores para tejidos especfficos
ala cuerpo cerdas garras
hoja cutfcula tarsales
Ex6n 1 Ex6n 2
.til lnserci6n del aislante y patron de expresi6n
-
+
....
+
+
+
+
+ +
+ + +A -
+ + + + Ail.
., El aislante del transpos6n gypsy bloql!lec: _;
acci6n de un potenciador cuando se coloca entre potencia:: :
y promotor.
Algunos de los potenciadores se encuentra.;:.
en flujo ascendente respecto del promotor y otros e:::..
flujo descendente, de manera que el efecto no [pUc -
de depender de Ia posicion respecto del promot :
tampoco es necesario que haya transcripcion a rr--
ves del aislante. Esto es diffcil de explicar en funci 6=
de modelos de asa para la interacci6n potenciado.--
promotor, Ia cual pronostica esencialmente Ia r_
pertinencia del DNA interpu esto. El modelo ob,-:
que viene a Ia mente es un mecanismo de rasn e-
en que alguno de los componentes debe moverse e::::;
forma unidireccional, del potenciador a! promo to:
pero es diffcil hacer coincidir ese punto de vista co-
las caracterizaciones previas de la independencia C:::
los potenciadores respecto de tales efectos.
Las protefnas que actuan sobre el aislante ha.=
sido identificadas por Ia existencia de otros dos loc::
que afectan Ia funcion del aislante en forma trm::
Las mutaciones en su(Hw) suprimen el aislamiem
de modo que y se expresa en todos los tej idos a pe:;a.:
del aislante, lo cual sugiere que codifica una prote:-
na que reconoce al aislante y que es necesaria par:c
su accion. El su (Hw) tiene un segmento de DNA co-
de do de zinc; el mapeo de los cromosomas politerr -
cos muestra que esta unido a gran numero de sitio~
El aislante contiene doce copias de una secuenc~ ,:.
de 26 bp que se une a Su(Hw). Las manipulaciones
mue stran que Ia potencia del aislante depende cic~
numero de copias de Ia secuencia de union.
El segundo locus es mod(mdg4), en el cuallas
mutaciones producen el efecto contrario, come
en Ia perdida de direccionalidad. Tales mutaci o-
nes aumentan Ia eficacia del aislante por extensi6::-_
de sus efectos, de manera que impida Ia utilizacion d=
los potenciadores a ambos !ados. El su(Hw) es epis-
tatico respecto de mod(mdg4), es decir, que en UL.c.
doble mutante se observa solo el efecto de su(HH
 Fab-7
Control iab-5 iab-6 iab-7 Abd-8,
transcripcional
~
A5
~ A7~
A6

Deleci6n de Fab-7
I
Periferia nuclear I
Control iab-5 iab -6 iab-7 Abd-B
En la periferia del nucleo se encuentran com-
plejos Su(Hw)/mod(mdg4) que pueden organizar el DNA en
transcripcional ~
~ -~
asas que limitan las interacciones potenciador-promotor. A5 A7 A7

lo cual implica que mod(mdg4) actue a traves

de su(Hw). La participacion basica de !a proteina de
tipo silvestre del locus mod(mdg4) es, por tanto, im-
poner direccionalidad a !a capacidad de su(Hw) de
aislar promotores dentro de esos lfmites.
Por tanto, !a union de su(Hw) con el DNA, se-
guida de !a union de mod(mdg4) con su(Hw), da
lugar a un bloqueo unidireccional de la activacion
de un promotor, lo cual sugiere que el aislante
unido por su(Hw) puede extender la inactividad
en ambas direcciones, pero mod(mdg4) detiene
el efecto de dispersion en una direccion. Tal vez
haya una direccionalidad intrfnseca en la croma-
tina que finalmente resulte en la incorporacion de
su(Hw), mod(mdg4) o algun otro componente, en
una orientaci6n, supuestamente en virtud de !a
interaccion con algun componente de la cromati-
na que, en sf, tenga orientaci6n preferencial. Serfa
necesario revertir cualquier direccionalidad de esas
caracteristicas en el promotor.
Es posible que los aislantes actuen haciendo
cambios en la estructura de !a cromatina. Un mo-
delo proviene de !a observacion de que los sitios de
union de Su(Hw) y mod(mdg4) estan presentes en
>500 localizaciones de un genoma del genero Dro-
sophila. Sin embargo, !a visualizaci6n de los sitios en
que las protefnas se unen a! nticleo muestra que se
localizan a -25 sitios definidos en torno a !a periferia
del nucleo, lo cual sugiere el modelo de la
' , en el cual, las protefnas Su(Hw) unidas en
diferentes sitios del DNA se conjuntan por enlace
con mod(mdg4). El complejo Su(Hw)/mod(mdg4)
se localiza en la periferia nuclear. El DNA unido a el
se organiza en as as, de las cuales pod ria haber -20
en un complejo promeclio. Las interacciones poten-
ciador-promotor deben ocurrir solo dentro de un asa
y no pueden propagarse entre ellas.
A5A6A7
I
A6 simula A7
El Fab-7 es un elemento lim\trofe necesario para
la independencia de los elementos reguladores iab-6 e iab-7.
fD& Los aisla ntes pueden variar
en potencia
Concepto principal
Los aislantes difieren en cuanto a eficacia para impedir
el paso de una senal de activaci6n.
En ocasiones, los elementos con cliferentes propieda-
des de accion en configuraci6n cis se combinan para
generar regiones con efectos reguladores comple-
jos. La region Fab-7 es definida por deleciones en el
locus bithorax del genero Drosophila, que contiene
una serie de elementos reguladores en configura-
cion cis que controlan las actividades de tres unida-
des de transcripcion. La parte importante del locus se
ilustra en !a . Los elementos reguladores
iab-6 e iab-7 controlan la expresion del gen adyacen-
te Abd-B en regiones sucesivas del embrion (segmen-
tos A6 y A 7). Una delecion de Fab-7 hace que A6 se
desarrolle como A7 y no en la forma acostumbrada;
este efecto dominante sugiere que iab-7 ha tornado
el control sobre iab-6, lo cual se puede interpretar
en funcion de las moleculas por el supuesto de que
Fab-7 proporciona un lfmite que impide que iab-7
actue cuando iab-6 suele estar activo.
Como otros elementos limftrofes (aislantes),
el Fab-7 contiene una estructura distintiva de cro-

29. 17 Los aislantes pueden variar en potencia 785

 matina marcada por una serie de sitios hipersensi-
bles. En cuanto a su capacidad para proporcionar
un lfmite, la region puede dividirse en dos tipos
de elementos por deleciones mas pequefi.as y por
ana !isis de fragmento s. Una secuencia de -3.3 kb
se conduce como aislante cuando se coloca dentro
de otras estructuras, una secuencia de -0.8 kb se
conduce como represor que actua sobre iab-7. La
presencia de esos dos elementos explica la compleja
conducta genetica de Fab -7 (que no ha sido descrito
con detalle).
Los efectos de sustituir otros aislantes con Fab-7
perrniten profundizar en la accion del elemento limite.
El efecto de Fab-7 no es mas que evitar interacciones
entre iab-6 e iab-7. No obstante, cuando se cambia
Fab-7par un aislante cliferente [de hecho, un sitio de
union para la proteina Su(Hw)], se observa un efecto
mas fuerte: iab-5 toma el control de iab-7. Cuando se
usa un elemento scs, el efecto se extiende basta iab-
4, lo cual sugiere un esquema en que los elementos
mas fuertes pueden bloquear la accion de secuencias
reguladaras que yacen mas lejos.
Esta conclusion introduce una dificultad para
explicar Ia accion de los elementos limite, los cuales
no pueden actuar en esa forma simplemente im-
pidiendo la transmision de los efectos mas alla del
limite, lo cual a punta en contra de modelos basados
en el simple rastreo o en la inhibicion de la pro-
pagacion lineal de efectos estructurales, ademas de
sugerir que puede haber algun tipo de efecto com-
petitivo en que la fortaleza del elemento determine
que tan lejos puede llegar su efecto.
La situacion se complica aun mas par la exis -
tencia de elementos antiaislante que permiten a
un potenciador superar los efectos del bloqueo de un
aislante, lo cual nuevamente sugiere que aquellos
efectos son mediados por algun tipo de control sobre
Ia estructura local de la cromatina.
Los sitios hiperse nsibles
a La desoxirribonucleasa
reflejan ca mbios en la
estructura de La cromatina
Conceptos principales
En los promotores de los genes expresados hay sitios
hi persensi bles.
Estes sitios son generados por la union de factores
de transcripci6n que desplazan a los octameros de
histonas.
Ademas de los cambios genera les que ocurren en
regiones activas, o potencialmente activas, se pre-
sentan modificaciones estructurales en sitios espe-
786 CAPITULO 29 Nucleosomas
cificos vinculados con el inicio de la transcripcion
o con ciertas caracteristicas estructurales del DNA.
Esos cambios se detectaron por primera vez mer-
ced a los efectos de la digestion con concentracione
muy bajas de la enzima desoxirribonucleasa I.
Cuando digiere a la cromatina, como primer
efecto introduce roturas en sitios hipersensibles
especificos de la cadena doble. La susceptibilidac
a la desoxirribonucleasa I refleja la disponibilidad
del DNA en la cromatina, por lo cual se toman eso_
sitios como representativos de regiones cromatica_
en que el DNA esta particularmente expuesto par-
que no se encuentra organizado en la estructmc.
usual de nucleosomas. Un sitio hipersensible tipic
es 100 veces mas sensible al ataque de las enzima~
que la mayor parte de la cromatina. Esos sitios tarr.-
bien son hipersensibles a otras nucleasas y agent :
quimicos.
Los sitios hipersensibles se crean debido alae~
tructura de la cromatina (especifica de tejido). SL
localizacion puede determinarse por la tecnica cit-
marcado terminal indirecto, presentada antes en e.
contexto del posicionamiento de los nucleosoma;
Esa aplicacion de la tecnica se recapitula en la
. En este caso se utiliza la escision po ~
desoxirribonucleasa I en el sitio hipersensible pa::-::
generar un extrema del fragmento y su distancia ~E
mide desde el otro extrema, generado par la esc-
sion con una enzima de restriccion.
Muchos de los sitios hipersensibles tienen relc.-
cion con la expresion genica. Todo gen activo tier:;:
un sitio, o mas de uno, en la region del promoto::-
Casi todos los sitios hipersensibles se encuentran solo
!a cromatina de las celulas en que esta expresandose :.
gen vinculado, no cuando el gen esta inactivo. L ::
sitios hipersensibles 5' aparecen antes de que se irO.: -
cie la transcripcion, y para la expresion genica ~=
requieren las secuencias de DNA contenidas en I _
sitios hipersensibles, como se observa por ana]js:..:
de mutaciones.
Una region sensible a nucleasas, particularme .. -
te bien caracterizada, yace en el minicromosor::~
SV40. Un segmento corto cercano al origen de :=.
replicacion, apenas en flujo ascendente respecto c
promotor de la unidad de transcripcion tardfa . ~
escindido preferencialmente por la desoxirribon-.:-
cleasa I, la nucleasa de micrococos y otras nucleas= -
(incluidas las enzimas de restriccion).
El estado del minicromosoma SV 40 puede c~
servarse al microscopio electronico. Basta en 2 c
de las muestras se observa un "espacio" en la org=.-
nizacion del nucleosoma. el cual es evidente er: =
. Ese espacio es una region de -20 -
de longitud (casi 350 bp), con nucleosomas a u n _
otro !ado. El espacio visible corresponde a la reg:: c=
 Extraccion del DNA
Escisi6n con enzima
de restriccion
!
Electroforesis y mancha
con sonda para una
region adyacente al sitio
!
de restriccion
La banda consta de un
fragmento cortado en
un extremo porIa
desoxirribonucleasa I
y en el otro por una
enzima de restriccion
HGl El marcado terminal indirecto permite medir la
distancia entre un sitio hipersensible y la desoxirribonucleasa
desde un sitio de corte por restriccion. La existencia de un sitio
de corte en particular para la desoxirribonucleasa I genera un
fragmento bien definido, cuyo tamaiio identifica la distancia
del sitio hi persensible a la desoxirribonucleasa I, desde el sitio
de restricci6n.
sensible a nucleasas, lo cual muestra directamente
que Ia mayor sensibilidad a las nucleasas se relacio-
na con la exclusion de nucleosomas.
Un sitio hipersensible a las nucleasas no nece-
sariamente lo es de manera uniforme. En la
2 se muestran dos mapas que ilustran este feno-
meno. Dentro del espacio de -300 bp del SV40 hay
dos sitios hipersensibles a la desoxirribonucleasa I
y una region "protegida"; esta ultima posiblemente
refleje la relacion de las protefnas (no histonas) con
el DNA. El espacio se relaciona con elementos de Ia
secuencia del DNA necesarios para la funcion del
promotor.
El sitio de hipersensibilidad del promotor de la
B-globina es digerido preferentemente por varias
enzimas, entre otras, desoxirribonucleasas I y II y
nucleasa de micrococos. Las enzimas tienen sitios
29.18 Los sitios hipersensibles ala desoxirribonucleasa reflejan cambios en la estructura de la cromatina
El minicromosoma de SV40 tiene una brecha de
nucleosoma. Imagen cortes\a de Moshe Yaniv, Pasteur Institute.
-300 -50 Region tardfa de SV40
Punto de inicio
~:lobioo
Sitios de escision
I Geo d
-300 -200 -100 0 100
Posicion respecto del punto de inicio
El segmento de SV40 incluye sitios hipersensibles,
regiones sensibles y una region protegida del DNA. El sitio hipersensi-
ble de un gen de la ~-globina de pollo incluye una region susceptible
a varias nucleasas.
preferidos de escision que yacen en puntas ligera-
mente diferentes de la misma region general. Asf,
a una region que vade -70 a -270 de preferencia
acceden las nucleasas cuando el gen es susceptible
de transcripcion.
;_, CuaJ es Ia estructura del sitio hipersensible?
Su accesibilidad preferencial a las nucleasas indica
que no esta protegido por octameros de histona,
pero eso no necesariamente implica que este libre
de protefnas. Una region de DNA libre puede ser
vulnerable al dafio y, en todo caso, (.COmo podrfa
excluir a los nucleosomas? Se supone que el sitio
hipersensible es resultado de la union de proteinas
reguladoras especfficas que excluyen a los nucleo-
somas. De hecho, la union de tales protefnas tal vez
constituya Ia base para la existencia de la region
protegida dentro del sitio hipersensible.
787
 Es posible que las proteinas que generan sitios
hipersensibles sean factores reguladores de varios
tipos, pues dichos sitios se relacionan con los pro-
motores, otro tipo de elementos que regulan Ia
transcripci6n, los orfgenes de Ia replicaci6n, los cen-
tr6meros y los sitios con otro significado estructural.
En algunos casas se vinculan con una organizaci6n
mas amplia de Ia estructura de Ia cromatina. Un
sitio hipersensible puede constituir un lfmite para
una serie de nucleosomas en posicion. Los sitios hi-
persensibles vinculados con Ia transcripcion pueden
ser generados por factores de transcripcion cuando
se unen al promotor como parte del proceso que
los hace accesible a la polimerasa de RNA (vease la
seccion 30.4, La organizacion del nucleosoma puede
cambiarse en el promotor).
La estabilidad de los sitios hipersensibles se re-
vela por las propiedades de los fibroblastos de po-
lio transformados con virus de tumor sensibles a la
temperatura. En esos experimentos se aprovecha
una propiedad in usual, pues aunque los fibroblastos
no pertenecen a Ia lfnea eritroide, la transformacion
de las celulas a temperatura normal !leva ala activa-
cion de los genes de globina, que asi activados, son
sitios hipersensibles. Si Ia transformaci6n se hace a
una temperature. mayor (no permitida), los genes
de globina no se activan, y los sitios hipersensibles
no aparecen. Cuando los genes de globina se han
activado por transformaci6n a baja temperatura,
pueden desactivarse por elevaci6n de esta, aunque
se mantienen cuando menos durante las siguientes
20 replicaciones celulares.
Este resultado demuestra que Ia adquisici6n de
un sitio hipersensible es solo una de las caracterfsti-
cas necesarias para iniciar Ia transcripci6n, e implica
que los sucesos involucra dos en el establecimiento
de un sitio hipersensible sean diferentes de los en-
cargados de perpetuarlo. Una vez que se ha estable-
cido el sitio, se perpetua por replicacion sino se pre-
sen tan las condiciones necesarias para la inducci6n.
(.Podrfa ser necesaria alguna intervencion especffica
para suprimir un sitio hipersensible?
Los dominios definen regiones
que contienen genes activos
Concepto principal
Un dominio que contiene un gen transcrito se define
por su mayor sensibilidad a la fragmentaci6n por la
desoxirribonucleasa I.
La estructura de una region del genoma que con-
tiene un gen activo, puede estar alterada. El cambia
de estructura precede a la ruptura de !a estructura
788 CAPITULO 29 Nucleosomas
del nucleosoma y es diferente de esta, que po d..::~
ser secundaria al verdadero paso de !a polimer-
sa de RNA. Un fndice del cambia de Ia cromat~
transcrita depende de esa mayor susceptibilidaci c. __c
fragmentacion par desoxirribonucleasa I, que defi: _
a un dominio cromosomico, region de estrucn.::-.:.
alterada que incluye cuando menos una unidad -:
transcripcion activa y que llega a extenderse n c.
(Notese que el uso del termino "dominio" no im
ca necesariamente una conexion con los domin ~
estructurales identificados por las asas de croma ~..,~
o los cromosomas.)
Cuando Ia cromatina es digerida con desox i::-
bonucleasa I, podrfa degradarse a un material so> -
ble en acido (fragmentos muy pequeiios de D1-.-.
y la reaccion general avanzarfa en funcion del
centaje de DNA modificado de esa forma . Cua: -
solo el 10% del DNA total se ha vuelto soluble en a.:-
se pierde mas del 50% del DNA de w1 gen activo, lo _-
sugiere que los genes activos se fragmentan de mm: ~
preferencial.
El destino de los genes individuales se rast::c=
con una sonda especifica por cuantificaci6n de :
cantidad de DNA que sobrevive para la reacci ::
protocolo incluido en Ia r . El princir
es que Ia perdida de una banda en particular in -
ca que Ia region correspondiente del DNA ha : ~
fragmentada porIa enzima.
En Ia se muestra lo que sucede - _-
los genes de !a ~-globina y con un gen de ov ~
bumina en Ia cromatina extrafda de los eritroci.
de pollo (los genes de globina se expresan y el geL ::.
ovoalbumina esta inactivo) . Los fragmentos de !': -
tricci6n que representan genes de ~-globina se pi=--
den rapidamente, en tanto los que representar. -
gen de ovoalbumina muestran poca fragmenta -
(de hecho, el gen de ovoalbumina, es digerido a .
misma velocidad que la mayor parte del DNA .
Por tanto, Ia mayor parte de Ia cromatin.< ::
relativamente resistente a Ia desoxirribonucle::
I y contiene genes no expresados (asf como o:~
secuencias). Un gen se torna relativamente suscer::_
a Ia enzima de manera espec(fica en el tejido en q:.,
expresa.
(.ES Ia susceptibilidad preferencial una carac =-
ristica solo de los genes de e),.,lJiesion mas bien ad
como el de Ia globina, o de todos los genes acti
Los experimentos mediante sondas que repr _
tan a todo el grupo de RNAm celulares sugie-- ~
que todos los genes activos, ya sea que codifiG =
RNAm abundantes o raros, son preferiblemc:: -
susceptibles a Ia desoxirribonucleasa I (aunque ~- _
variaciones en el grado de susceptibilidad). Lo_ _;
nes que rara vez se expresan posiblemente tee _- -
muy pocas moleculas de polimerasa de RNA -::
 Digestion de Ia cromatina con desoxirribonucleasa I
~ ~ ~ ~
Electroforesis de los fragmentos y desnaturalizaci6n del
DNA; sonda para genes expresados y no expresados
Sanda 1 -
- Sonda2
Comparaci6n de intensidades de bandas en
preparados en que Ia cromatina fue digerida con
concentraciones crecientes de desoxirribonuc/easa
Desoxirribonuc/easa Desoxirribonuc/easa
La sonda 1 de DNA se digiere La sonda 2 de DNA no se
de manera preferencial digiere de manera preferencial
S La desoxirribonucleasa I se puede medir me-
diante una sonda espec\fica, por determi naci6n de la tasa de
desaparici6n del material con hibridaci6n.
realmente se involucren en la transcripcion en un
momenta dado; ello implica que Ia sensibilidad a
Ia desoxirribonucleasa I no proviene del acto de Ia
transcripcion, mas bien es una caracterfstica de los
genes que pueden ser transcritos.
(.Cual es Ia extension de Ia region preferente-
mente sensible? Esto puede determinarse mediante
una serie de sondas que representan las regiones de
los flancos, asi como Ia unidad de transcripcion mis-
ma. La region sensible siempre abarca toda Ia region
transcrita; una region adicional de varios kb a cada
!ado mostrarfa un nivel intermedio de sensibilidad
(tal vez como resultado de efectos de dispersion).
El concepto crftico implicito en Ia descripcion
del dominio es que la region de alta sensibilidad a
a
........ ~~-. .~. :>~.:
. .-.."t=}---J3-globina embrionaria
~ . .. digerida a 1.0 IJg/ml .
< ....' .s~J3-globina del adulto:
.. .: . ~ ../ ;~..: :- .:~ digerida a 0.5 ~g/ml
....:. .
Ovoalbumina de control
b
-
0 .01 .05 .1 0 .50 1.0 1.5 IJg/ml
Desoxirribonuc/easa
En celulas eritroides del adulto, el gen de la
~ -g lobina del adulto es muy sensible a la digestion por
desoxirribonucleasa I, en tanto que el gen de la ~-globina
embrionaria es parcialmente sensible (quiza par efectos de
dispersion) , no asi la ovoalbumina. Imagenes cortesia
de Harold Weintraub, Fred Hutchinson Cancer Research Cen-
ter. Con autorizaci6n de Mark T. Groudine.
Ia desoxirribonucleasa I cubre una distancia consi-
derable. A menudo se piensa en Ia regulacion como
dependiente de sucesos que ocurren en un sitio de-
finido del DNA, por ejemplo, de Ia capacidad de ini-
ciar Ia transcripcion en el promotor, pero incluso si
esto fuera valido, tal regu lacion deberfa determinar
un cambio de mayor envergadura en la estructura,
o bien ir acompafiada de el. Esta es una diferencia
entre eucariotas y procariotas.
E Una LCR puede controlar
a un dominio
Concepto principal
Una LCR se localiza en el extrema 5' del dominio y
consta de varios sitios hipersensibles.
Todo gen es controlado por su promotor, y algunos
genes tambien responden a los potenciadores (qu e
contienen elementos de control similares, pero mas
alejados), segun se describio en el Capitulo 24, Pro-
motores y potenciadores, pero esos controles locales
n o son suficientes para todos los genes. En algunos
casas, un gen yace en un dominio de varios genes,
todos bajo Ia influencia de elementos reguladores
que actuan en el dominio completo. Esos elementos
29.20 Una LCR puede controlar a un dominio 789
 . . ... .
. . .
HS4 HS1 Genes de globina
kb 20 40 60 80
I Un dominio de globina es marcado por sus
sitios hipersensibles en ambos extremos. El conjunto de sitios
dellado 5' constituye a la LCR y es indispensable para la fun-
cion de todos los genes del grupo .
se identificaron por la incapacidad de una region
de DNA, que incluye un gen y todos sus elementos
reguladores conocidos, para expresarse apropiada-
mente cuando son introducidos a un animal a ma-
nera de transgen.
El ejemplo mejor caracterizado de un grupo de
genes regulados es el de los genes de Ia ~-globina
de mamifero. Recuerdese de la Figura 6.3, que los
genes de a y ~-globina en mamiferos se encuentran
como grupos de genes relacionados que se expre-
san en diferentes momentos durante el desarrollo
embrionario y el adulto. Esos genes estan provistos
de un gran numero de elementos reguladores ana-
lizados en detalle. En el caso del gen de la ~-globina
humana del adulto, las secuencias reguladoras se
encuentran en los extremos 5' y 3' del gen, e inclu-
yen elementos positivos y negativos en Ia region
del promotor, asi como elementos positivos adicio-
nales en el gen y en flujo descendente respecto del
mismo.
Sin embargo, un gen de la ~-globina humana
que contenga todas esas regiones de control, nunca
se expresara en un raton transgenico en un arden
de magnitud del ambito de tipo Silvestre, pues se
requiere de alguna secuencia reveladora adicional.
Las reservas que proporcionan una funcion regu-
ladora adicional son identificadas por los sitios hi-
persensibles a !a desoxirribonucleasa I que se en-
cuentran en los extremos del conjunto. El mapa
de !a I muestra que los 20 kb en flujo
ascendente respecto del gen epsilon contienen un
grupo de cinco sitios, y que hay un sitio a 30 kb en
flujo descendente del gen ~ - Con !a transfeccion de
varias estructuras en celulas de la eritroleucernia del
raton, se muestra que las secuencias entre los sitios
hipersensibles inclividuales de la region 5' se pueden
eliminar sin mucho efecto, pero que Ia elirninacion
de cualquiera de los sitios reduce el nivel general
de expresion.
Los sitios 5' son los principales reguladores, y
el grupo de sitios hipersensibles se llama region de
control del locus (LCR); no se sabe si el sitio 3'
790 CAPITULO 29 Nucleosomas
tiene alguna funci6n. La LCR es absolutamente ::::.:-
cesaria para la expresion de cada uno de los ge;:_::-
de globina del grupo, aparte de que cada ger -
regulado adicionalmente par sus propios contn _::..
especificos, algunos de los cuales son autonoc = -
La expresi6n de los genes y yen conjuncion ,:: --
LCR parece intrinseca a esos loci, en tanto que o:::-
controles parecen depender de !a posicion en el c- _-
po, lo cual sugiere que el arden genico en un gr: :-
es importante para la regulacion.
Toda la region que contiene los genes de glot-
y que se extiende aun mas, constituye un domii:...
cromosomico, que muestra mayor sensibilidaci .:
digestion par la desoxirribonucleasa I (vease la? =
29.52). La delecion de !a LCR 5' restablece la r~
tencia normal a la desoxirribonucleasa en to o~
region. Dos modelos de funcionamiento de una _:_ ::-
proponen que su participacion es necesaria pare. :
tivar al promotor, o bien, se necesita para aume :::.--
su velocidad de transcripcion. La naturaleza exc..:-
de las interacciones entre la LCR y los promm..: , -=
individuales no es todavia muy clara.
(,Este modelo es aplicable a otros grupos de ;--
nes? El locus de globina a tiene una organiza
similar de genes que se expresan en diferentes ::--
mentos, con un conjunto de sitios hipersensf:- -
en un extrema del grupo y mayor sensibilidc. ~
la desoxirribonucleasa I en toda la region. S6!:
conoce un pequefio numero de casas en que .:..::
LCR controla a un grupo de genes.
Uno de esos casas implica que una LCR con~
genes en mas de un cromosoma. La TH2LCR reE -
coordinadamente a un grupo de genes disperso; ::
120 kb del cromosoma 11 por interaccion cor:. _
promotores; tam bien interactua con el promoto:- : :
gen de IFNy en el cromosoma l 0. Los dos tip a' :
interaccion constituyen alternativas que comp :- ~
den dos destinos celulares diferentes, esto es, e::: _
grupo de celulas la LCR causa expresi6n de los ge- -
en el cromosoma 11, mientras que en el otro, 1- = _
que se exprese el gen del cromosoma 10.
2_0ue constituye un dominio
regulador?
Concepto principal
Un dominio puede tener aislante, LCR y sitio de uni o
a la matriz, as\ como unidades de transcripci6n.
Si se conjuntan los diversos tipos de estructuras ~~
contrados en diferentes sistemas, se puede pe~- ~
ace rca de la posible naturaleza de un domini a - --
mos6mico. La caracterfstica basica de un dam:.:..
regulador es que los elementos reguladores pue.:.:- -
actuar solo en unidades de transcripci6n del mismo
dominio, el cual podrfa contener mas de una unidad
de transcripci6n, un potenciador, o ambos.
En Ia se resumen las estructuras
que podrfan participar en Ia definicion de un do-
minio.
Un aislante detiene el paso de los efectos acti-
vadores o represores. En su forma mas simple, un
aislante bloquea cualquier tipo de efecto de paso,
pero puede haber relaciones mas complejas en que
el aislante bloquee solo un tipo de efecto, actue de
manera direccional, o ambos. Se supone que la ac-
cion de los aislantes afecta Ia estructura de la cro-
matina de arden superior, pero no se conocen los
detalles ni Ia variedad de tales efectos.
Un sitio de union a Ia matriz (MAR) pue-
de encargarse de unir Ia cromatina con un sitio de
la periferia del nucleo (vease la secci6n 28.6, Se-
cuencias especfficas unen el DNA a una matriz de
interfase). Dichas secuendas posiblemente se encar-
gan de crear dominios ffsicos del DNA que adoptan
Ia forma de asas que salen de los sitios de union,
de manera muy parecida a un modelo de acci6n de
aislante. De hecho, algunos elementos de MARse
comportan como aislantes en experimentos in vitro,
pero parece que su capacidad de unir el DNA con la
matriz se puede separar de su funcion de aislante,
de manera que no es una simple acci6n de causa y
efecto. No serfa sorprendente que el aislante y los
elementos de un MAR se vincularan para mantener
una relacion entre efectos reguladores y estructura
fisica .
Una LCR actua a distancia y cualquiera de los
genes puede necesitarla en un dominio por expresar
(vease la seccion 29.20, Una LCR puede controlar
un dominio). Cuando un dominio tiene una LCR,
su funcion es esencial para todos los genes del mis-
mo, pero las LCR no parecen ser comunes. Para su
funcionamiento podrfan necesitarse varios tipos de
estructuras en configuracion de accion cis. Como se
definio originalmente, la propiedad de la LCR yace
en el sitio hipersensible similar a un potenciador,
necesaria para la actividad completa de los promo-
tares del dominio.
La organizaci6n de dominios puede llegar a
explicar el gran tamaii.o del genoma. Para que tal
estructura funcionara, se requeriria cierta cantidad
de espacio, por ejemplo, para permitir que Ia croma-
tina se descondensara y se hiciera accesible. Aunque
las secuencias exactas de gran parte de la unidad
podrian no tener importancia, tal vez entraria en
accion la seleccion en cuanto a cantidad global de
DNA en su interior, o cuando menos para evitar
que diversas unidades de transcripcion estuvieran
demasiado cerca.
. ..
:. ... ''
;
.. .~ . . . . .
Aislante MAR LCR Potenciador
Unidades de transcripci6n
Los dominios pueden poseer tres tipos de sitios:
aislantes para evitar los efectos de la dispersion entre dominios;
MAR para unir el dominio con la matriz nuclear, y LCR, los cuales son
necesarios para el inicio de la transcripci6n . Un potenciador puede
actuar en mas de un promotor dentro del dominio.
fDD Resumen
Toda la cromatina eucariotica consta de nucleoso-
mas. Un nucleosoma contiene una longitud carac-
teristica de DNA, por lo general -200 bp, que se
ubican en torno a un octamero que contiene dos
capias de cada una de las histonas H2A, H2B, H3
y H4. Una proteina Hl aislada se vincula con cada
nucleosoma. Virtualmente todo el DNA genomico
se organiza en nucleosomas. El tratamiento con
nucleasa de rnicrococos muestra que el DNA em-
paquetado en los nucleosomas puede dividirse en
dos regiones desde el punta operative. La nucleasa
digiere rapidamente la region de enlace, si bien la
region medular de 146 bp es resistente a esa diges-
tion. Las histonas H3 y H4 son las mas conservadas
y un tetramero H3 2 -H4 2 contribuye al diametro de
la partfcula. Las histonas H2A y H2B se organizan
como dos dimeros H2A-H2B . Los octameros seen-
samblan por adicion sucesiva de dos dfrneros H2A-
H2B al nucleo H\ -H42
La via del DNA que rodea al octamero de his-
tonas crea -1.65 superhelices. El DNA "entra" y
"sale" del nudeosoma en la rnisma zona, y podrfa
ser sellado por una histona Hl. La eliminacion de
las histonas medulares Iibera -1.0 superhelices.
La diferencia puede explicarse en gran parte por
un cambia en Ia pendiente helicoidal del DNA, de un
promedio de l 0.2 bp/giro, en forma de nucleoso-
ma, a l 0.5 bp/giro, cuando esta libre en soluci6n.
Hay variaciones en la estructura del DNA de una
periodicidad de l 0.0 bp/giro en los extremos del
nucleosoma a 10.7 bp/giro en su parte central, asi
como enroscamientos en la via del DNA sobre el
nucleosoma .
Los nucleosomas estan organizados en una fibra
de 30 run de diametro, con seis por giro, y una raz6n
de empaquetamiento de 40. La elirninacion de Hl
permite a esta fibra desplegarse en una de l 0 nm
que consta de una cadena lineal de nucleosomas. La
fibra de 30 nm probablemente conste de la fibra de
10 nm enrollada en un solenoide con dos inicios.
29.22 Resumen 791
 La fibra de 30 nm es el constituyente basico de la
eucromatina y la heterocromatina; las protefnas no
histonas se encargan de la organizaci6n adicional
de la fibra en la cromatina o la ultraestructura del
cromosoma.
Hay dos vfas para el ensamblaje de los nucleoso-
mas. En Ia vfa acoplada ala replica cion, la subunidad
de avance de PCNA del replisoma recluta a CAF-1,
que es un factor de ensamblaje del nucleosoma, el
cual facilita el deposito de tetrameros H\-H4 2 en las
cadenas hijas dobles resultantes de la replicaci6n.
Los tetrameros pueden producirse por rotura de los
nucleosomas existentes por el triplete de replica cion
o como resultado del ensamblado de histonas recien
sintetizadas. Fuentes similares proporcionan los df-
meros H2A-H2B, que despues se ensamblan con el
tetramero H3 2 -H4 2 para completar el nucleosoma.
Dicho tetra.mero y los dfmeros H2A-H2B se ensam-
blan en forma aleatoria, de modo que los nuevos
nucleosomas pueden incluir tanto las histonas pre-
vias como las de reciente sfntesis.
La polimerasa de RNA desplaza a los octameros
de histonas durante la transcripci6n. Los nucleoso-
mas vuelven a formarse sobre el DNA despues de
que ha pasado Ia polimerasa, a menos que la trans-
cripci6n sea muy intensiva (como en el DNAr), en
cuyo caso, pueden desplazarse por completo. La via
independiente de Ia replicaci6n para el ensamblaje
del nucleosoma se encarga de sustituir los octame-
ros de histonas desplazados por la transcripci6n.
Utiliza Ia variante de histona H3.3 y no H3. Para el
ensamblaje de nucleosomas en secuencias de DNA
centromericas despues de Ia replicaci6n, se usa una
vfa similar, con otra alternativa de H3. Un aislante
bloquea Ia transmisi6n de efectos de activaci6n y
desactivaci6n en la cromatina. Un aislante localiza-
do entre un potenciador y un promotor imp ide que
el primero active al segundo. Dos aislantes definen
la region intermedia como u n dominio regulador;
las interacciones regulatorias dentro del dominio
se limitan a el, de modo que queda aislado de los
efectos externos. La mayor parte de los aislantes
bloquea el paso de los efectos reguladores, en cual-
quier sentido, pero algunos son direccionales. Los
aislantes suelen bloquear tanto los efectos activado-
res (interacciones potenciador-promotor) como los
desactivadores (mediados por dispersion de Ia hete-
rocromatina), pero algunos se limitan a uno u otro.
Se cree que los aislantes actuan por modificaci6n de
Ia estructura de la cromatina de orden mayor, pero
se desconocen los detalles.
La actividad genica se vincula con dos tipos de
cambios de sensibilidad a las nucleasas. La croma-
tina su sceptible de transcribirse tiene generalmente
mayor sensibilidad a Ia desoxirribonucleasa I, lo cual
refleja un cambio en la estructura en una region
792 CAPITULO 29 Nucleosomas
amplia, que puede definirse como dominio, y c_ _-
contiene genes activos o potencialmente activos. ::..
sitios hipersensibles del DNA ocurren en local.:.=-
ciones bien definidas y se identifican por una s ..=.-
sibilidad mucho mayor a Ia desoxirribonuclea _ :
Un sitio h ipersensible consta de una secuencio.
-200 bp a partir de la cual se excluyen los nuc> -
somas, por Ia presencia de otras protefnas, ade- '
de que forma un lfmite que puede hacer que .
nucleosomas adyacentes tengan restricciones :.-
cuanto a posicion. El posicionamiento de los nuc-:-
somas puede ser importante para controlar el acc.:--
de protefnas reguladoras al DNA.
Hay sitios hipersensibles en varios tipos de> -
guladores; los que regulan la transcripcion inclu~
promotores, potenciadores y LCR, a diferencio.
otros, que incluyen orfgenes para la replicaci6;:
centromeros. Un promotor o potenciador actua - -
bre un solo gen, pero una LCR contiene un gn::
de sitios hipersensibles y puede regular un donli.:::_
que contenga varios genes.
Referencias
EIJ El nucleosoma es la subunidad de la cromatina
.1\rticulos de revision
Kornberg, R. D. ( 19 77). Structure of chromatin. Annu . .--
Biochem. 46, 93 1-954.
McGhee, J. D., and Felsenfeld, G. ( 1980). Nucleosome
structure. Annu. Rev. Biochem. 49, 1115-1156.
Articulos de investigaci6n
Kornberg, R. D. ( 1974). Chromatin structure: a repeatb;
unit of histones and DNA. Science 184, 868-87 1.
Richmond, T. J ., Finch, J. T., Rushton, B., Rhodes, D., a:-
Klug, A. ( 1984). Structure of the nucleosome core
particle at 7 A resolution. Nature 3 11, 532-537.
Bl El DNA esta enrollado en La estructura de los
nucleosomas
Articulo de investigaci6n
Finch, J. T. et al. ( 1977) . Structure of nucleosome core
particles of chromatin. Nature 269, 29-36.
BIJI Los nucleosomas tienen una estructura comun
Articulo de investigaci6n
Shen, X. et al. (1995) . Linker histones are not essential~
affect chromatin condensation in vitro. Cell 82, 47-5 :
Bl1 La estructura del DNA varia en la superficie
del nucleosoma
Articulo de revision
Wan g, J. ( 1982). The path of DNA in the nucleosome. C:
29, 724-726.
Articulo de investig aci6n
Richmond, T. J. and Davey, C. A. (2003). The stru ct ure of
DNA in the nucleosome core. Nature 423, 145-150.
Ill La periodicidad del DNA cambia en el nucleosoma
Articulo de revision
Travers, A. A. and KJug, A. ( 1987 ). The bendjng of DNA in
n ucleosomes and its wider implications . Philos. Trans.
R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 317, 537-5 61.
IIJ Organizacion del octamero de histonas
,d.rticulos de investigacion
Angelov, D., Vitolo, J. M., Mutskov, V., Dimitrov, S. , an d
Hayes, J. J. (200 1). Preferential interaction of the core
h istone ta il domains with linker DNA. Proc. Nat!. Acad.
Sci. USA 98, 6599-6604.
Arents, G., Burlin ga me, R. W., Wang, B. -C., Love, W. E. ,
and Moudrianakis, E. N. ( 1991 ). The nucleosomal
co re histone octamer at 31 A resolution: a tripartite
protein assembly and a left-handed superhelix. Proc.
Nat!. Acad. Sci. USA 88, 10148-101 52.
Luge r, K. et al. ( 1997). Crystal stru cture of the nucl eosome
core particle at 28 A resolution. Nature 389, 251-260 .
BJ La v1a de los nucleosomas en la fib ra de cromatina
Arti culo de revision
Felsenfeld, G. and McGhee, J.D. ( 1986). Structure of the
30 nm chromatin fiber. Ce/144, 375-377.
Artic ulos de investigacion
Dorigo, B., Schalch, T., Kulangara, A., Duda, S., Schroeder,
R. R. , and Richmond, T. J. (2004). Nucleosome arrays
reveal the two-sta rt organization of the chroma tin
fiber. Science 306, 15 7 1-157 3.
Schalch, T., Duda, S., Sargent, D. F., an d Richmond, T.
J. (2005). X-ray structure of a tetranucleosome and
its implications for the chromatin fibre. Nature 436,
138-141.
BIJ La replicacion de la cromatina requiere del
ensamblaje de los nucleosomas
Articulos de revision
Osley, M. A. ( 1991). The regulation of histone synthesis in
the cell cycle. Annu. Rev. Biochem. 60, 827-861.
Ve rreau It, A. (2000). De novo nucleosome assembly: new
pieces in an old puzzle. Genes Dev. 14, 1430- 1438.
Articulos de in ves tigacion
Ahmad, K. and HenikofL S. (2001) . Centromeres are
specia li zed replication domains in h eterochromatin .
J. Cell Bioi. 153, 101-110.
Ahmad, K. and Henikoff, S. (2002). The hi stone variant
H3.3 marks active chromatin by replication-
independent nucleosome assembly. Mol. Cell 9,
1191-1200.
Gruss, C., Wu, J. , Koller. T., and Sogo, J . M. (1993 ).
msruption of the nucleosomes at the replication fork.
EMBO J. 12, 4533-4545.
Loppin, B., Bonnefoy, E., Anselme, C., Laurencon, A.,
Karr, T. L.. and Couble, P. (2005). The histone H3.3
chaperone HlRA is essential for chromatin assembly in
the male pronucleus. Nature 437, 1386-1390.
Ray-Ga llet, D., Quivy, J . P., Scamps, C., Martini, E . M ..
Lipinski, M., and Almouzni, G. (2002). HIRA is critical
for a nucleosome assembly pathway independent of
DNA synthesis. Mol. Cel/9, 1091-1100.
Shibahara, K., and Stillman, B. (1999). Replication -
dependent marking of DNA by PCNA facilitates CAF-
1-coupled inheritance of chromatin. Cell96, 575-585.
Srruth, S. and Stillman, B. (1989) . Purification and
ch aracterization of CAF -1. a human cell [actor
required for chromatin assembly during DNA
replication in vitro . Cell 58, 15-25 .
Srruth, S. and Stillman, B. (1991) . Stepwise assembly of
chromatin during DNA replication in vitro. EMBO J. I 0,
971-980.
Tagarill, H., Ray-Gallet, D., Almouzni. G., and Nakatani.
Y. (2004 ). Histone H3.1 and H3 .3 complexes mediate
nucleosome assembly pathways dependent or
independent of DNA synthesis. Cell 116, 51-61.
Yu, L. and Gorovsky, M. A . ( 1997). Constitutive
expression, not a particular primary sequence, is the
important feature of the H3 replacement variant hv2
in Tetrahymena thermophila. Mol. Cell. Bioi.
17,63 03-6310.
fJIII ;,Los genes transcritos se organizan en nucleosomas?
Arti culo de revision
Kornberg, R. D. and Lorch, Y. (1992). Chrom atin structure
and transcript ion . Annu . Rev. Cell Bioi. 8, 563-587.
B1lfl Los octameros de histonas son desplazados por la
tran scripcion
Art\c ulos de in vesti gaci6n
Cavalli, G. and Thoma, F. (1993). Chromatin tra n sitions
during activa tion and repression of galactose-regulated
genes in yeast. EMBOJ. 12, 4603-4613.
Stuilltsky, V. M .. Clark, D. J., and Felsenfeld, G. ( 1994).
A histone octamer can step around a transcribing
polymerase without leaving the template. Cel/76,
371-382 .
B!IIJ El desplazamiento del nucleosoma y su reensamblado
requieren factores especiales
Artic ulos de in vestiga cion
Belotserkovskaya, R. , Oh, S., Bondarenko, V. A.,
Orphan ides, G., St uilltsky, V. M., and Reinberg, D.
(2003 ). FACT facilitates tran scription-dependent
nucleoso me a lteration. Science 30 1, 1090-1093.
Saunders, A., Werner. J., Andrulis, E. D., Nakayama, T.,
Hirose, S., Reinberg, D., and Lis, J. T. (2003). Tracking
Referencias 793
 FACT and the RNA polymerase II elongation complex
through chromatin in vivo. Science 301, 1094-1096.
~~~ Los aisLantes impiden La accion de Los potenciadores
y de La heterocromatina
Articulos de revision
Gerasimova, T. I. and Corces, V. G. (2001). Chromatin
insulators and boundaries: effects on transcription and
nuclear organization. Annu. Rev. Genet. 35, 193-208.
West, A. G., Gaszner, M., and Felsenfeld, G. (2002).
Insulators: many functions, many mechanisms. Genes
Dev. 16, 271-288.
SID Los aisLantes pueden definir un dominio
.ll.rticulos de investigacion
Chung, J. H., Whiteley, M., and Felsenfeld, G. ( 1993). A 5'
element of the chicken b-globin domain serves as an
insula tor in human erythroid cells and protects against
position effect in Drosophila. Cel/74, 505-514.
Cuvier, 0., Hart, C. M., and Laemmli, U.K. (1998).
Identification of a class of chromatin boundary
elements. Mol. Cell Bioi. 18, 7478-7486.
Gaszner, M., Vazquez, J., and Schedl. P. (1999). The Zw5
protein, a component of the scs chromatin domain
boundary, is able to block enhancer-promoter
interaction. Genes Dev. 13, 2098-2107.
Kellum, R. and Schedl. P. ( 1991 ). A position-effect assay
for boundaries of higher order chromosomal domains.
Cell64, 941-950.
Pikaart, M. J., Recillas-Targa, F., and Felsenfeld, G.
( 1998). Loss of transcriptional activity of a transgene
is accompanied by DNA methylation and histone
deacetylation and is prevented by insulators. Genes
Dev. 12, 2852-2862.
Zhao, K., Hart, C. M., and Laemmli, U.K. (1995).
Visualization of chromosomal domains with boundary
element-associated factor BEAF-32. Cell81, 879-889.
f!ID Los aisLantes pueden actuar en una direccion
Articulos de investi gacion
Gerasin1ova, T. I.. Byrd, K., and Corces, V. G. (2000).
A chromatin insulator determines the nuclear
localization of DNA. Mol. Cell6, 1025-1035.
Harrison, D. A., Gdula, D. A., Cyne, R. S., and Corces, V.
G. (1993). A leucine zipper domain of the suppressor
of hairy-wing protein mediates its repressive effect on
enhancer function. Genes Dev. 7, 1966-1978.
Roseman, R. R., Pirrotta, V., and Geyer, P. K. ( 1993 ).
The su(Hw) protein insulates expression of the D.
melanogaster white gene from chromosomal position-
effects. EMBO 1. 12, 435-442.
fD& Los aislantes pueden variar en potencia
Articulos de investigaci on
Hagstrom, K., Muller, M., and Sched.l, P. (1996).
Fab- 7 functions as a chromatin domain boundary to
794 CAPITULO 29 Nucleosomas
ensure proper segment specification by the Drosoph;_
bithorax complex. Genes Dev. 10, 3202-3215.
Mihaly, J. et al. ( 1997). In situ dissection of the Fab-7
region of the bithorax complex into a chromatin
domain boundary and a polycomb-response elemt"'::..
Development 124, 1809-1820.
Zhou, J. and Levine, M. (1999). A novel cis-regulatory
element, the PTS, mediates an anti-insulator acti\i:
in the Drosophila embryo. Cell99, 567-575.
SJm Los sitios hipersensibles a La desoxirribonucleas;:
reflejan cambios en la estructura de La cromati n;:
Articulo de revision
Gross, D. S. and Garrard, W. T. (1988). Nuclease
hypersensitive sites in chromatin. Annu. Rev. Bioch,-
57, 159-197.
Articulos de investigaci 6n
Groudine, M., and Weintraub, H. (1982). Propagation
globin DNAase I-hypersensitive sites in absence of
factors required for induction: a possible mechanis
for determination. Cell 30; 131-139.
Mayne, G., Harper, F., Saragosti. S., and Yaniv, M. (1 9t.~
Absence of nucleosomes in a histone-containing
nucleoprotein complex obtained by dissociation o:
purified SV40 virions. Cel/30, 123-130.
Scott, W. A. and Wigmore, D. J. (1978). Sites in SV40
chromatin which are preferentially cleaved by
endonucleases. Cell15, 1511-1518.
Varshavsky, A. J., Sundin, 0., and Bohn, M. J. ( 1978 ).
SV40 viral minichromosome: preferential expos ur:
of the origin of replication as probed by restrictioc
endonucleases. Nucleic Acids Res. 5, 3469-3479.
am Los dominios definen regiones que contienen g~ - "
activos
Art\c ulo de investigacion
Stalder, J. et al. ( 1980). Tissue-specific DNA cleavage ' -
globin chromatin domain introduced by DNAase :i..
20, 451-460.
fJD Una LCR puede controlar a un dominio
Articulos de revision
Bulger, M. and Groudine, M. ( 1999). Looping versus
linking: toward a model for long-distance gene
activation. Genes Dev. 13, 2465-2477.
Grosveld, F., Antoniou, M., Berry, M., De Boer, E., DU:.
N., Ellis, J., Fraser, P., Hanscombe, 0., Hurst, J., a::.:
Imam, A. ( 1993). The regulation of human globi:-:
gene switching. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Bioi . .s:.--
339, 183-191.
Articu los de investigaci6n
Gribnau, J., de Boer, E., Trimborn, T., Wijgerde, M., ;.. _
E., Grosveld, F., and Fraser, P. ( 1998). Chromatin
interaction mechanism of transcriptional control ~
vitro. EMBO J. 17, 6020-6027.
Spilianakis, C. G., Lalioti, M.D., Town, T., Lee, G. R., and
FlavelL R. A. (2005). Interchromosomal associations E (Que constituye un dominic regulador?
between alternatively expressed loci. Nature 435,
Articulo de revision
637-645.
West, A. G., Gaszner, M., and Felsenfeld, G. (2002).
van Assendelft, G. B., Hanscombe, 0. , Grosveld, F., and
Insulators: many functions, many mechanisms . Genes
Greaves, D. R. ( 1989). The P-globin dominant control
Dev. 16, 271-288.
region activates homologous and heterologous
promoters in a tiss ue-specifi c manner. Cell
56, 969-977.

Referencias 795
Control de La estructura
de La cromatina
ESQUEMA DEL CAPITULO
~ Introducci6n
llB La cromatina puede tener estados alternativos
La estructura de la cromatina es estable y no puede
modificarse con la alteraci6n del equilibria de los factores
de transcripci6n y las histonas.
~ EL remodelado de la cromatina es un proceso
activo
Hay varies complejos de remodelado de la cromatina que
utili zan la energia provista par la hidr6lisis del ATP.
Los complejos SWI/SNF, RSC y NURF son muy grandes todos
y comparten algunas subu nidades relacionadas.
Un modelo de remodelado no tiene en si especificidad pa ra
algun sitio diana particular, sino que debe ser reclutado par
un componente del aparato de transcripci6n.
II.i.D La organizaci6n de los nucleosomas puede
cambiar en el promotor
Los activadores especificos de secuencia reclutan complejos
de remodelado a los promotores.
El factor puede liberarse una vez que se ha unido el
complejo de remodelado.
El promotor MMTV requiere un cambia del posicionamiento
rotative de un nucleosoma que permita que un activador se
una al DNA sabre el nucleosoma.
IIiD La modificaci6n de las histonas es un episodio
clave
Las histonas se modifican por metilaci6n, acetilaci6n y
fosforilaci6n
mil Ocurre acetilaci6n de histonas en dos
circunstancias
Ocurre acetilaci6n de histonas de manera transitoria
durante la replicaci6n.
La acetilaci6n de histonas se vi ncula con la activaci6n de
la impresi6n gen ica .
linD Las acetilasas se relacionan con activadores
La cromatina desacetilada puede tener una estructu ra mas
condensada.
Los activadores de la tran scripci6n se relacionan con
actividades de acetilasa de histonas en grandes complejos.
Las acetilasas de histonas varia n en su especificidad diana.
La acetilaci6n podria afecta r la transcripci6n en una forma
cuantitativa o cua litativa.
796
m;J Las desacetilasas se relacionan con los represores
o La desacetilaci6n se vincula con la represi6n de la
actividad genica.
Hay desacetilasas presentes en complejos con actividad
represora.
lliJ!I Las metilaciones de histonas y de DNA estan
relacionadas
La metilaci6n de DNA y de histonas es una caracteristica de
la cromatina inacti va.
Los dos ti pas de episodios de metilaci6n pueden estar
relacionados.
~ Los estados de la cromatina se interconvierten
par modificaci6n
0 La acetilaci6n de histonas se relaciona con la actividad
genica.
0 La metilaci6n de DNA y de histonas se relaciona con la
heterocromatina.
~ La activaci6n del promotor comprende una serie
ordenada de episodios
El complejo de remodelado puede reclutar al complejo de
acetilaci6n.
La acetilaci6n de histonas puede ser el suceso que
mantenga al complejo en estado activado.
~ La fosforilaci6n de las histonas afecta la
estructura de la cromatina
Al menos dos histonas son dianas de la fosforilaci6n, tal
vez con efectos contraries.
~ Se encuentran algunos segmentos comunes en las
prote\nas que modifican la cromatina
0 El dominic cromo se encuentra en varias proteinas de la
cromatina que tienen efectos de activaci6n o represi6n
sabre la expresi6n de los genes.
El dominio SET es parte del sitio ca talftico de las
transferasas de metilos de proteinas.
El dominic bromo se encuentra en una variedad de
proteinas que interactua n con la cromatina y sirve para
reconocer sitios aceti lados en las histonas.
~ Resumen
Ill Introducci6n
Cuando se aborda !a transcripci6n en terminos de
interacciones del DNA, factores de transcripci6n in-
dividuales y polimerasas de RNA, se llega a !a des-
cripci6n precisa de los sucesos que tienen Iugar in
vitro, pero carece de una caracterfstica importante
de Ia transcripci6n in vivo. El genoma celular esta
organizado en nucleosomas, pero en general se im-
pide Ia iniciaci6n de !a transcripci6n si !a region del
promotor esta empacada dentro de los nucleosomas.
En este sentido, las histonas actuan como represores
generalizados de transcripcion (una idea bastante
antigua), si bien se ve en este capftulo que tambien
participan en interacciones mas especfficas. La acti-
vacion de un gen requiere cambios en el estado de
!a cromatina: el tema esencial es como tienen acceso
al DNA promotor los factores de transcripci6n.
La estructura local de !a cromatina es parte in-
tegral del control de !a expresion genica . Los genes
pueden estar presentes en una de dos condiciones
estructurales. Se han encontrado genes en estado
"activo" solo en las celulas donde se expresan . El
cambio de estructura antecede al acto de !a trans-
cripcion e indica que el genes "transcribible". Esto
hace pensar que la adquisicion de una estructura
"activa" debe de ser el primer paso en la expresi6n
1B1J La cromatina puede tener
genica. Los genes activos se encuentran en dominios
de !a eucromatina con susceptibilidad preferencial a
las nucleasas (vease !a seccion 29 .19, Los dominios
definen regiones que contienen genes activos) . Se
crean sitios hipersensibles en los promotores antes
de que se active un gen (vease la secci6n 29.18, Los
sitios hipersensibles a !a desoxirribonudeasa cam-
bian Ia estructura de la cromatina).
En fecha mas reciente se ha visto que hay una
conexion cercana y continua entre Ia iniciacion de
Ia transcripcion y Ia estructura de Ia cromatina. Al-
gunos activadores de !a transcripcion genica modifi-
can de manera directa las histonas; en particular, Ia
acetilacion de histonas se relaciona con !a activacion
genica. Por el contrario, algunos represores de !a
transcripcion actuan por desacetilaci6n de histonas.
El sitio diana esta
libre cuando Ia
concentraci6n de
proteinas es baja c100%
O
50% C2J
"(:)
~
::J
u
0 0
Concentraci6n de proteinas
En un modelo en equilibrio el estado de un sitio de union en el DNA depende
de la concentraci6n de la proteina que se le une.
De este modo, un cambio reversible en Ia estructura
de las histonas en Ia vecindad del promotor parti-
cipa en el control de Ia expresi6n genica, lo que tal
vez sea parte del mecanismo por el que un gen se
mantiene en estado activo o inactivo.
Los mecanismos por los que se mantienen re-
giones locales de cromatina en estado inactivo (si-
lente) tienen relacion con el medio por el que se
reprime cada promotor. Las protefnas involucradas
en Ia formaci6n de Ia heterocromatina actuan en la
cromatina a traves de las histonas, y las modifica-
ciones de las histonas pueden ser una caracterfstica
importante de !a interaccion. Una vez establecidos,
dichos cambios en Ia cromatina pueden persistir a
traves de las divisiones celulares y crear un estado
epigenetico donde las propiedades de un gen son
determinadas por !a estructura autoperpetuante de
!a cromatina. El nombre epigenetica refleja el hecho
de que un gen pudiese tener una circunstancia he-
redada (puede ser activa o inactiva) que no depende
de su secuencia. Sin embargo, se pueden conocer
mejor las propiedades epigeneticas por las estructu-
ras autoperpetuantes denominadas priones (agen -
tes infecciosos proteinaceos).
estados alternativos
Concepto principal
La estructura de, la cromatina es estable y no puede
modificarse con la alteraci6n del equilibrio de los
factores de transcripci6n e histonas.
Se han propuesto dos tipos de modelos para explicar
como cambia el estado de expresion del DNA: en
equilibria o en cambio discontinuo.
En Ia se muestra el modelo en equi-
libria . Aquf el unico factor pertinente es Ia concen-
tracion de !a protefna represora o activadora, que
produce un equ ilibria entre las formas libre y unida
al DNA. Cuando la concentraci6n de Ia protefna es
suficientemente alta, ocupa su sitio de union a! DNA
La concentraci6n alta
de proteinas propicia
Ia union al DNA diana
30.2 La cromatina puede tener estados alternativos 797
 y altera el estado de expresion del acido. (Es posible
que Ia union reprima o active cualquier secuencia
diana particular.) Este tipo de modelo explica Ia re-
gulacion de la transcripcion en celulas bacterianas,
donde la expresion genica depende de manera ex-
clusiva de las acciones de cada una de las proteinas
represoras y activadores (vease el Capitulo 12, El
operon). Puede predecirse si se transcribe un gen
bacteriano a partir de Ia suma de concentraciones
de varios factores que activan o reprimen al gen in-
dividual. Los cambios de estas concentraciones en
cualquier momenta modificaran el estado de expresion
de manera acorde. En Ia mayor parte de los casos, la
union a proteinas es colaboradora, de modo que una
vez que Ia concentracion alcanza un nivello sufi-
cientemente alto, hay un rapido vinculo con el DNA
que origina un cambio en Ia expresion del gen.
Ocurre una situacion diferente con Ia cromati-
na eucariotica. Los primeros experimentos in vitro
mostraron que se puede establecer un estado activo
o inactivo, pero esto no se afecta porIa adicion pos-
terior de otros componentes. El factor de transcrip-
cion TF rnA, indispensable para que Ia polimerasa de
RNA Til transcriba los genes del RNAm 5S, no puede
activar sus genes diana in vitro si estan combinadas
con histonas. Sin embargo, si el factor esta presente
ante DNA libre, forma un complejo de transcrip-
cion, y despues, Ia adicion de histonas no impide
que el gen se mantenga activo. Una vez que el factor
~
La polimerasa de RNA y los
factores no pueden tener
f componentes, que pueden crear situaciones nona-
acceso al DNA
Los octameros de ~ es un proceso activo
histonas no pueden "f
tener acceso al DNA
')) ")) "] J)JJ
Si los nucleosomas se forman en un promotor, los
factores de transcripci6n (y la polimerasa de RNA) no pueden
unirse. Si los factores de transcripci6n (y la polimerasa de RNA)
se unen al promotor para establecer un complejo estable de
inicio, se excluyen las histonas.
798 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
se ha unido, permanece en el sitio; esto permite que
una sucesion de moleculas de la polimerasa de RNA
inicie Ia transcripcion. El que el factor o las histonas
lleguen al sitio de control en primer termino puede
ser el punto determinante.
En la se muestran los dos tipos de
circunstancia que pueden encontrarse en un pro-
motor eucariotico. En el estado inactivo, hay nu-
cleosomas que impiden que se unan los factores
basales y la polimerasa de RNA. En el estado activo,
el aparato basal ocupa el promotor, al que los octa-
meros de histonas no pueden unirse. Ambos tipos
de estado son estables.
Se observa una situacion similar con el complejo
TF 1p en los promotores de la polimerasa II de RNA.
Un plasmido que contiene un promotor de adenovi-
rus se puede transcribir in vitro por la actividad de la
polimerasa II de RNA en una reaccion que requie-
re TF IID y otros factores de transcripcion. El molde
puede ensamblarse en nucleosomas si se adicionan
histonas. Si se agregan las histonas antes del TF IID,
no puede iniciarse la transcripcion. No obstante, si
el TFIID se agrega primero, el molde puede aun ser
transcrito en esa forma de cromatina. Por lo tanto,
el TF IID puede reconocer el DNA libre pero no pue-
de hacer lo mismo con el DNA de los nucleosomas
o actuar sobre eL Solo el TFIID debe agregarse antes
de las histonas; los otros factores de transcripcion "
la polimerasa de RNA se pueden agregar despues, lo
que permite suponer que Ia union del TF rrD al pro-
motor crea una estructura a Ia que se pueden unir
otros componentes del aparato de transcripcion.
Es importante senalar que en estos sistemas in
vitro se utilizan cantidades desproporcionadas de
turales. Por lo tanto, Ia mayor importancia de estos
resultados noes que demuestren el mecanismo uti-
lizado in vivo, sino que establecen el principia de que
los facto res de transcripci6n o nucleosomas pueden forma r
estructuras estables que no pueden cambiarse tan solo con
la modificaci6n del equilibria con los componentes fibres.
B1J El remodelado de la cromatina
Conceptos princi pales
Hay varios complejos de remodelado de cromatina que
utilizan energ1a provista por la hidr6lisis del ATP.
Los complejos SWI/SNF, RSC y NURF son todos muy
grandes y comparten subunidades relacionadas.
Un complejo de remodelado no tiene en s1
especificidad para algun sitio diana particular, sino que
debe ser reclutado por un componente del aparato de
transcripci6n.
El proceso general de inducci6n de cambios en Ia de adenosina. Los complejos de remodelado suelen
estructura de Ia cromatina se denornina remodela- clasificarse de acuerdo con el tipo de subunidad de
do de cromatina, que consta de mecanismos para fosfatasa del trifosfato de adenosina; aquellos con
remplazar histonas y depende del aporte de ener- subunidades de fosfatasa del trifosfato de adenosi-
gia. Muchos contactos proteina-proteina y protei- na relacionadas se consideran pertenecientes a Ia
na-DNA necesitan moctificarse para que se liberen misma familia (por lo general algunas otras sub-
histonas de Ia cromatina. No hay traslados sin costo; unidades son tambien comunes). En Ia
debe proveerse energia para alterar estos contactos. se conservan los nombres. Los dos tipos principales
En Ia se ilustra el principia de un modelo
dinamico, por un factor que hidroliza el ATP. Cuando
el octamero de histonas se Iibera del DNA, se pue-
den unir otras protefnas (en este caso, facto res de
transcripci6n y polimerasa de RNA).
Complejo de remodelado - -
En la se resumen los tipos de cam-
Se desplaza el octamero ~
bios de remodelado de Ia cromatina que pueden
describirse in vitro:
Los octameros de histonas pueden despla-
zarse por el DNA y cambiar Ia relaci6n entre
el acido nucleico y las proteinas, lo que mo-
]]]]]] ~ ATP _,.. ADP+P
difica Ia posicion de una secuencia particu-
lar sobre Ia superficie del nucleosoma.
El espaciamiento entre octameros de histo-
nas puede cambiar, de nuevo con el resul-
tado de que se alteran las posiciones de cada
secuencia con relacion a Ia protefna .
El cambia mas extenso es cuando un octame- Se unen los factores

]]'']~~
ro puede desplazarse por completo del DNA
para generar una brecha sin nucleosomas.
El uso mas comun del remodelado de Ia croma-
tina es cambiar la organizacion de los nucleosomas
en el promotor de un gen que se va a transcribir.
Esto se requiere para permitir que el aparato de
transcripci6n tenga acceso al promotor. Sin embar- El modele dinamico para la transcripci6n de la
go, tambien se necesita remodelado para permitir cromatina depende de factores que pueden aprovechar la ener-
otras manipulaciones de Ia cromatina, incluidas las gia provista por la hidr6lisis del ATP para desplazar nucleoso-
reacciones de reparacion del DNA daiiado. mas de secuencias especificas del DNA.
El remodelado adopta mas a menudo Ia forma
de desplazamiento de uno 0 mas octameros de his-
tonas . Esto puede detectarse por un cambia en Ia Los nucleosomas Se ajusta el El nucleosoma
escalera de Ia nucleasa de micrococos, donde se ha
perdido Ia protecci6n contra Ia escisi6n. A menu do, ......
se deslizan espaciado se desplaza

esto da origen a la creacion de un sitio que es hi-

persensible a Ia escisi6n porIa desoxirribonucleasa
I (vease Ia secci6n 2 9 .18, Los sitios hipersensibles a
1IDD )lj)J) ]]])
Ia desoxirribonucleasa cambian Ia estructura de Ia
cromatina). A veces hay cam bios menos notorios, ! l l
por ejemplo, que incluyen una modificacion en Ia
posicion rotativa de un solo nucleosoma; esto puede ")))]) ]J)j) ]ill
detectarse por Ia perctida de Ia escalera de l 0 bases
de la desoxirribonucleasa I. Asi, los cambios en Ia
estructura de Ia cromatina pueden ir desde alterar Ia
t
Las secuencia
v
El espaciamiento
t
Brecha de
posicion de los nucleosomas basta retirarlos. cambia de posicion se hace uniforme DNA libre
El remodelado de cromatina lo realizan grandes Los complejos de remodelado pueden hacer
complejos que aprovechan Ia hidrolisis de ATP para que los nucleosomas se deslicen par el DNA, pueden desplazar
proveer Ia energfa. El meollo del complejo de remo- a los nucleosomas del DNA o reorganizar el espaciado entre
delado es su subunidad de fosfatasa del trifosfato los nucleosomas.

30.3 El remodelado de La cromatina es un proceso activo 799


Tipo de complejo SWI/SNF IS WI Otras
Levaduras SWI/SNF ISWI Complejo IN080
RSC ISW2 SWRI
Moscas dSWI/SNF NURF
(brahma) CHRAC
ACF
Seres humanos hSWI/SNF RSF NuRD
hACF/WCFR Complejo IN080
hCHRAC SRCAP
WICH
Ran a WICH Mi-2
CHRAC
ACF
Los complejos de remodelado pueden clasificarse por sus
subunidades de fosfatasa del trifosfato de adenosina.
de complejos son SWl/SNF e ISWI (las siglas ISWl
se refieren a SWI de imitacion).
Las levaduras tienen dos complejos SWl/SNF y
tres complejos ISWl. Se encuentran tambien com-
plejos de ambos tipos en Ia m osca y el ser humano.
Cada tipo de complejo puede emprender una varie -
dad diferente de actividades de remodelado.
El primer complejo de remodelado identifica-
do fue SWIISNF, nombre que refleja el hecho de
que muchas de sus subunidades son codificadas
por genes identificados en un principia mediante
mutacion es SWI o SNF en Saccharomyces cerevisiae.
Las m utaciones de estos loci son pleiotropicas y Ia
variacion de defectos es similar a la que muestran
los mutantes que perdieron !a cola del dorninio car-
boxilo terminal {CTD ) de !a po limerasa de RNA II.
Estas mutaciones tambien muestran interacciones
geneticas con las mutaciones de genes que codifi
can los componentes de la cromatina, en particular
SINl, que codifica una proteina no histona, y SIN2,
que codifica la histona H3. Se requieren los genes
SWI y SNF para la expresion de una variedad de loci
individuales (se afectan -120, o 2%, de los genes de
S. cerevisiae). La expresion de estos loci puede reque -
rir que el complejo SWl/SNF remodele la cromatina
en sus promotores.
El complejo SWI/SNF actua en forma catalftica
in vitro y hay solo - 150 complejos por celula de leva-
dura. Los genes que codifican las subunidades SWl/
SNF n o son esenciales, lo que indica que la levadura
debe de tener tambien otras formas de remodelado
de la cromatina. El complejo RSC (qu e remodela
la estructura de la cromatina) es mas abundante y
tambien indispensable. Actua en -700 loci diana.
Los complejos SWI/SNF pueden remodelar la
cromatina in vitro sin perdida global de histonas, o
800 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
pueden desplazar a los octameros de histona. Am
bos tipos de reaccion tal vez pasen por el mismo
proceso intermedio donde se altera Ia estructura
de un nucleosoma diana, lo que !leva a Ia recons-
titucion de un nucleosoma (remodelado) sobre el
DNA original, o al desplazamiento del octamero
de histonas bacia una molecula diferente de DNA.
El complejo SWI/ SNF altera la sensibilidad de los
nucleosomas a la desoxirribonucleasa I en el sitio
diana e induce cambios en los contactos protefna-
DNA que persisten despues que se ha liberado de los
nucleosomas. La subunidad Swi2 es la fosfatasa del
trifosfato de adenosina, que aporta la energfa para
el remodelado por SWl/SNF.
Hay muchos contactos entre el DNA y un octa-
mero de histonas; 14 identificados en la estructura
cristalina. Todos estos contactos deben romperse
para que pueda liberarse un octamero o moverse a
una nueva posicion. <'.Como se logra esto? Se pue-
den descartar algunos mecanismos obvios, porque
se sabe que no se genera DNA de cadena {mica du-
rante el remodelado (y no hay actividades de helica-
sa vinculadas con los complejos). La creencia actual
es que los complejos de remodelado en las clases
SWI e ISWI aprovechan la hidrolisis del ATP para
hacer girar el DNA en Ia superficie del nucleosoma.
Las pruebas indirectas permiten suponer que esto
crea una fuerza mecan ica que permite a una pe-
quefia region del DNA liberarse de la superficie y
despues volver a ubicarse.
Una reaccion importante catalizada por com-
plejos de remodelado incluye el deslizamiento de
los nucleosomas. Se observo por primera vez que
Ia familia ISWI afecta el posiciona miento de los
nucleosomas sin desplazar a los octameros. Esto se
logra por una reaccion de deslizamiento donde el
oct<'imero se mueve a lo largo del DNA. El desliza-
miento se impide si se retira !a cola N terminal de
la histona H4, pero no se sabe con exactitud como
actua dicha estructura a ese respecto. Los comple-
jos SWl/SNF tienen Ia misma capacidad; se impide
la reaccion con la introduccion de una barrera en
el DNA. lo que hace pensar que hay una reaccion
de deslizamiento, donde el octamero de histonas se
traslada mas o menos en forma continua por el DNA
sin perder contacto en ningun momento.
Un enigma acerca de la accion del complejo
SWI/SNF es su tamafio completo. Tiene 11 subuni-
dades con un peso molecular combinado de -2 x 10 6 .
Esto hace muy pequefia a la polimerasa de RNA y
el nucleosoma, lo que dificulta comprender como
todos estos componentes pudiesen interactuar con
el DNA detenido en la superficie del cromosoma.
Sin embargo, se puede encontrar un complejo de
transcripcion con actividad completa, llamado ho-
loe nzima polimerasa II de RNA, qu e contiene la
polimerasa de RNA misma, todos los facto res TFn
excepto TBP y TF11A, y el complejo SW 1/SNF, que se
vincula con la cola CTD de Ia polimerasa. De hecho, 1. El factor especifico de secuencia se une al DNA
casi todo el complejo SWJ/SNF puede estar presente
en los preparados holoenzimaticos, lo que sugiere
que el remodelado de la cromatina y el reconoci-
miento de los promotores tienen lugar en forma
coordinada por un solo complejo.

La organizaci6n
de los nucleosomas puede
cambiar en el promotor 2. El complejo de remodelado se une al sitio
a !raves de un factor
Conceptos principales Compl jo de r mo lado

Los activadores espec\ficos de secuencia reclutan

complejos de remodelado a los promotores.
El factor puede liberarse una vez que se ha unido el
complejo de remodelado.
El promotor MMTV requiere un cambio del posiciona-
miento rotativo de un nucleosoma que permita que un
activador se una al DNA sobre el nucleosoma.

i... Como se dirigen los complejos de remodelado a

sitios especfficos de la cromatina? No contienen en
sf subunidades que se unan a secuencias espedficas
de DNA, lo que hace pensar en el modelo que se
muestra en Ia , donde son reclutados por
activadores o (a veces) por represores.
La interaccion entre los factores de transoipcion
y los complejos de remodelado da indicios clave de
su forma de accion. El factor de transcripcion Swi5
activa el locus HO en levaduras (notese que Swi5
no es miembro del complejo SWIISNF). El Swi5
entra a los nucleos cerca del final de la mitosis y se
une al promotor HO. Despues recluta SWI/SNF al
promotor. A continuacion, se Iibera Swi5, que deja
a SWI!SNF en el promotor, lo que significa que un
factor de transcripcion puede activar un promotor
por un mecanismo de "batear y correr", donde su
fundon se cumple una vez que se ha unido el com-
plejo de remodelado.
Se descubrio Ia participacion de los complejos
de remodelado en la activacion genica porque di-
chos complejos son indispensables para que ciertos
factores de transcripcion puedan activar sus genes
diana. Uno de los primeros ejemplos fue el factor
GAGA, que activa al promotor de hsp70 de Drosophila
in vitro. La union de GAGA a cuatro sitios ricos en
( CT), en el promotor altera los nucleosomas, crea
una region hipersensible y hace que los nucleoso-
mas adyacentes se reacomoden de manera que ocu-
pen posiciones preferentes mas que aleatorias. La
escision es un proceso que depende de Ia energfa y
que requiere el complejo de remodelado NURF. La
Un complejo de remodelado se une a la emma-
tina gracias a un activador (o un represor) .
organizacion de los nucleosomas se modifica para
crear un limite que determine las posiciones de los
nucleosomas cercanos. Durante este proceso, GAGA
se une a su sitio diana y al DNA; su presencia fija el
estado remodelado.
El sistema PHO fue uno de los primeros en los
que se demostro que hay un cambio en Ia orga-
nizacion de los nucleosomas durante la activacion
genica. En el promotor PH05 el regulador de bHLH,
PH04, responde a Ia privacion de fosfatos con la
induccion de la rotura de cuatro nucleosomas en
una posicion precisa. Ese episoclio es independien-
te de la transcripcion (se presenta en un mutante
TATA-) y de la replicacion. Hay dos sitios de union
para PH04 en el promotor. Uno se localiza entre
los nucleosomas, que se puede unir por el domi-
nio de union a DNA aislado PH04, y el otro yace
dentro del nudeosoma y no puede reconocerse. La
rotura del nucleosoma para permitir la union del
DNA en el segundo sitio es indispensable para Ia
activacion genica. Dicha accion requiere Ia presen-
cia del dominio de activacion de la transcripcion.

30.4 La organizaci6n de los nucleosomas puede cambiar en el promotor 801

 La secuencia del activador de VP 16 puede susti-
tuir a la correspondiente PH04 en la escision del
nucleosoma. Esto hace pensar que la rotura tiene
lugar gracias a interacciones proteina-proteina que
involucran a la misma region que hace contactos
protefna-protefna para activar la transcripcion. En
este caso, no se sabe que complejo de remodelado
participa en la ejecucion de los efectos.
Una busqueda de posiciones de nucleosomas
del genoma de levadura mostro que la mayor parte
de los sitios donde se unen factores de transcripcion
estan libres en el nucleosoma. Los promotores de la
polimerasa II de RNA por lo general tienen una re-
gion sin nucleosomas -200 bp en sentido ascenden-
te respecto del punto de inicio, que es flanqueado
por los nucleosomas ubicados a cada lado.
Sin embargo, no siempre tienen que excluirse
los nucleosomas para permitir la iniciacion de la
transcripcion. Algunos activadores pueden unirse al
DNA en la superficie de un nucleosoma. Los nucleo-
somas parecen ubicados de manera precisa en algu-
nos elementos de respuesta de hormonas esteroides,
de manera que se puedan unir a los receptores. La
union a receptores tal vez altere la interaccion del
DNA con las histonas y pudiese incluso llevar a la
exposicion de nuevos sitios de union. Podria requer-
irse el posicionamiento exacto de los nucleosomas,
ya sea porque el nucleosoma "presenta" el DNA en
una fase de rotacion particular, o porque hay inter-
acciones protefna-proteina entre los activadores y las
v
NF1
Receptor Receptor
de hormona de hormona
Receptor
de hormonaNF 1 -
Receptor
de hormona ' Octamero
./ de histonas
HS en el eje ~.
~
Receptor
de hormona
El receptor hormonal y NF1 no pueden unirse
de manera simultanea al promotor MMTV en forma de DNA
lineal, pero pueden hacerlo cuando el DNA se presenta sabre
la superficie del nucleosoma.
802 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
histonas u otros componentes de la cromatina. De
algun modo, se ha dejado de vera la cromatina solo
como una estructura represiva y ahora se analizan
cuales interacciones entre activadores y cromatina
pueden necesitarse para la activacion.
El promotor MMTV representa un ejemplo de la
necesidad de una organizacion nucleosomica espe-
cffica. Contiene un conjunto de seis sitios palindro-
micos en parte, cada uno unido a un dfmero del re-
ceptor de la hormona (HR), que constituye el HRE.
Tambien tienen un sitio de union aislado para el
factor NF l, y dos sitios cercanos para el factor OTF.
HR y NFl no pueden unirse de manera simultanea
a otros sitios en el DNA libre. La mues-
tra como la estructura del nucleosoma controla la
union de los factores.
El HR protege sus sitios de union en el promo-
tor cuando se agrega hormona, pero no afecta a
los sitios sensibles ala nucleasa de micrococos, que
marcan ambos !ados del nucleosoma. Esto permite
suponer que HR se une al DNA sobre la superficie
del nucleosoma; sin embargo, el posicionamiento
rotativo del DNA en el nucleosoma antes de la adi-
cion de la hormona permite el acceso a solo dos de
cuatro sitios. La union a los otros dos sitios requiere
un cambia en la posicion de rotacion sobre el nu-
cleosoma, que puede detectarse por la aparicion de
un sitio sensible en el eje de simetrfa par (que esta
en el centro de los sitios de union que constituyen
el HRE). Se puede bus car NFI en el nucleosoma des-
pues de la induccion hormonal, de modo que dichos
cambios estructurales tal vez sean necesarios para
permitir la union de NFl, quizas porque exponen al
DNA y eliminan el impedimenta esterico por el que
el HR bloquea la union de NFl al DNA libre.
1111 La modificaci6n de las
histonas es un episodio clave
Concepto principal
Las histonas se modifican par metilaci6n, acetilaci6n y
fosforilaci6n.
El que un gen se exprese depende de la estructura
local de la cromatina (en el promotor) yen el do-
minio circundante. La estructura de la cromatina
puede regularse de manera correspondiente gracias
a episodios de activacion individuales o cambios que
afectan una region cromosomica amplia. Los suce-
sos mas localizados implican a un gen diana indivi-
dual donde se presentan cambios en la estructura
de los nucleosomas y su organizacion en la vecindad
inmediata del promotor. Cambios mas generales
pueden afectar regiones tan grandes como todo un
cromosoma.
 Los cambios que afectan a regiones grandes se sintetizan las histonas). Durante el dclo celular,
controlan la posibilidad de expresarse de un gen. los grupos modificantes se retiran despues.
El termino silenciamiento se utiliza para referir- La coincidencia de modificaci6n y replicacion
se a la represi6n de la actividad de un gen en una hace suponer que Ia acetilaci6n (y metilaci6n) po-
region cromos6mica local. La denominacion he- drian vincularse con el ensamblaje del nucleosoma.
terocromatina se usa para describir regiones de Una especulacion ha sido que Ia disminuci6n de
los cromosomas que son lo bastante grandes como las cargas positivas en las histonas podrfa aminorar
para observarse con una estructura ffsicamente mas su afinidad por el DNA, lo qu e permite controlar
compacta al microscopio. La base de ambos tipos de mejor la reacci6n. La idea ha perdido sustento des-
cambio es la misma: proteinas adicionales se unen a pu es de que se observo que los nucleosomas pue-
Ia cromatina e impiden de manera directa o indirec- den reconstituirse, al menos in vitro, con histonas
ta Ia activaci6n de los promotores en Ia region por no modificadas. La acetilacion de histonas es in-
factores de transcripci6n o Ia polimerasa de RNA. dispensable para el ensamblaj e de nucleosomas en
Los cambios en cada promotor controlan que Ia las levaduras y tal vez se requiera para algunas de
transcripci6n se inicie en un gen particular y pue-
den ser de activacion o represion.
Todos estos episodios dependen de interaccio-
nes con histonas. Los cambios en la estructura de
la cromatina se inician cuando se modifican las co-
las terminales Nes de las histonas, en especial H3
y H4. Las colas de las histonas constan de 15-30 2 3 4 12 13 14
aminoacidos en el extremo N de las cuatro histonas
Sitios de modificaci6n en H4
centrales y el extremo C de H2A. Las colas de H2B
y H3 pasan entre los giros del DNA (vease la Figura
29.21 en la secci6n 29 .7, Organizaci6n del octamero
de histonas). La J muestra que se pueden 2 3 4 5 6 7 14
modificar en varios sitos por metilacion, acetilaci6n
o fosforilacion. Otras modificaciones, como una mo- Las colas terminates Nes de las histonas H3 y
H4 pueden acetilarse, metilarse o fosforilarse en varias posi-
noubicuitinacion o dimetilaci6n tambien ocurren, ciones.
pero no estan bien descritos.
La acetilacion y metilacion tienen lugar en el
grupo amino libre () de la lisina. Como se observa
en la la acetilaci6n retira Ia carga positi-
va que reside en Ia forma NH; del grupo. Tambien
ocurre metilacion en la arginina. La fosforilacion se
presenta en el grupo hidroxilo de Ia serina y tambien
en la treonina, lo que introduce una carga negativa
en forma de un grupo fosfato. La lisina puede ser
mono, di o trimetilada (todas las formas con carga
positiva) y la arginina puede ser mono o dimetilada
(en forma simetrica o asimetrica).
Estas modificaciones son transitorias. Pueden
cambiar Ia carga de la molecula de Ia protefna y, en
consecuencia, estan en posibilidades de modificar
las propiedades funcionales de los octameros . Las
modificaciones de las histonas se vinculan con los
cambios estructurales que se presentan en Ia croma-
tina durante la replicacion y transcripci6n. Pueden
requerirse fosforilaciones en posiciones especfficas y
en diferentes histonas para procesos particulares, por
ejemplo, la posicion Ser 10 de H3 se fosforila cuando
los cromosomas se condensan durante la mitosis. Acetilaci6n CH 3-w0
En celulas en cultivo sincronizadas, tanto las
histonas medulares preexistentes como las recien
sintetizadas parecen ser acetiladas y metiladas du- La acetilaci6n de la lisina o la fosforilaci6n de la
rante la fase S (cuando se replica el DNA y tambien serina reducen la carga positiva global de una prote1na.

30.5 La modificaci6n de las histonas es un episodio clave 803

 las interacciones proteina-protefna que tienen Iugar cinasa de Hl. No se sabe mucho acerca de la o las
durante etapas mas avanzadas de Ia reaccion (vease fosfatasas que retiran despues los grupos.
Ia seccion 30.6, Ocurre acetilacion de histonas en La sincronizacion de la fosforilaci6n principai
dos circunstancias). de HI ha llevado a especular que participa en la
Ocurre un ciclo de fosforilacion y desfosfori - condensacion mitotica. Sin embargo, en el genero
lacion en Hl, pero su sincronizacion es diferente Tetrahymena (de protozoarios) es posible la delecion
del ciclo de modificacion de las otras histonas. En de todos los genes de Hl sin afectar de manera sig-
celulas de mamifero en cultivo se introducen uno nificativa las propiedades globales de Ia cromatina.
o dos grupos fosfato durante Ia fase S. No obstante, Hay un efecto mas bien pequefio sobre Ia capacidad
el principal episodio de Ia fosforilaci6n es la adici6n de la cromatina de condensarse durante Ia mitosis.
posterior de mas grupos en Ia mitosis, lo que !leva Algunos genes se activan y otros se reprimen por
a! numero total de hasta seis . Todos los grupos fos- ese cambia, lo que sugiere que hay alteraciones de
fato se retiran al final del proceso de division. La la estructura local. Las mutaciones que eliminan
fosforilacion de Hl es catalizada por una cinasa de sitios de fosforilacion en Hl no tienen efecto, pero
fase M, que provee el desencad enamiento indispen- aquellas que simulan los efectos de la fosforilaci6n
sable para la mitosis. De hecho, esta enzima ahora producen un fenotipo que se parece al de la dele-
se estudia a menudo en terminos de su actividad de cion. Esto permite suponer que el efecto de la fos-
forilacion de H 1 es eliminar sus acciones sabre la
estructura de la cromatina local.
(.Afectan las modificaciones de las histonas de
manera directa la estructura del nucleosoma o su
Colas terminales Nes
efecto sobre Ia cromatina es indirecto? No hay, de
H3 H4 H3 H4 hecho, muchas pruebas de alguna diferencia en las
propiedades de los nucleosomas conforme al estad
de modificacion de las histonas. Sin embargo, hasta
ahara se han descrito varios casos donde la modi-
ficacion de las histonas crea sitios de union para
proteinas no hi stonas, que cambian las propiedades
de la cromatina.
Los nucleosomas sujetos a modificacion pueden
Cromatina activa Cromatina inactiva
ser muy diversos. La modificacion tal vez sea un
episodio locaL por ejemplo, restringido a los nucleo-
La acetilaci6n de H3 y H4 se vincula con la somas en el promotor. Tambien puede ser un suceso
cromatina activa, en tanto la metilaci6n se relaciona con general que se extiende, por ejemplo, hasta todo un
la cromatina inactiva.
cromosoma. La muestra que hay una
correlaci6n general donde la acetilacion se vincula
con la cromatina activa, en tanto Ia metilacion se
relaciona con la cromatina inactiva. No obstante,
Histona Sitio Modificaci6n Funci6n esto no es una regia simple y los sitios particulares
H3 Lis-4 Metilaci6n Activaci6n que se modifican (asi como las combinaciones de
H3 Lis-9 Metilaci6n Condensaci6n de Ia cromatina modificaciones espedficas) pueden ser importantes,
Lis-9 Metilaci6n Se requiere para Ia metilaci6n
de manera que hay, sin duda, excepciones donde
del DNA
Lis-9 Acetilaci6n Activaci6n
(por ejemplo) las histonas metiladas en cierta po-
H3 Ser-10 Fosforilacion Activaci6n sicion se encuentran en la cromatina activa. Las
H3 Lis-14 Acetilaci6n lmpide Ia metilaci6n en Lis-9 mutaciones en uno de los complejos de acetilasas
H3 Lis-79 Metilaci6n Silenciamiento telomerico de histonas de levaduras tienen el efecto contrario
al habitual (impiden el silenciamiento de algunos
H4 Arg-3 Metilacl6n
genes); esto resalta la falta de un efecto uniforme
H4 Lis-5 Acetilaci6n Ensamblaje
H4 Lis-12 Acetilaci6n Ensamblaje de la acetilaci6n.
H4 Lis-16 Acetilaci6n Ensamblaje del nucleosoma La especificidad de las modificaciones la indica
Lis-16 Acetilaci6n Activaci6n de X en Ia mosca el hecho de que muchas de los enzimas modificantes
tienen sitios diana individuales en histonas especi-
ficas. En la se resumen los efectos de
La mayor parte de los sitios modificados en las histonas
tiene un tipo unico especifico de modificaci6n, pero algunos sitios pue- algunas de las modificaciones. La mayor parte de los
den tener mas de un tipo de modificaci6n. Cada una de las fun ciones se sitios modificados esta sujeta a un solo tipo de cam-
puede vincular con algunas de las modificaciones. bia. En algunos casas, la modificaci6n de un sitio

804 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina

puede activar o inhibir la moclificaci6n en otro. La
idea de que se pueden usar las combinaciones de
seiiales para definir los tipos de cromatina a veces se
ha llamado c6digo de histonas.
ED Ocurre acetilaci6n de histonas
en dos circunsta ncias
Conceptos principales
Ocurre acetilaci6n transitoria de histonas durante La
replicaci6n.
La acetilaci6n de histonas se vincula con la activaci6n
de la expresi6n genica.
puede ser parte del sistema que establece los patrones
de acetilaci6n de histonas despues de Ia replicaci6n.
Fuera de Ia fase S, Ia acetilaci6n de histonas en
Ia cromatina en general tiene correlaci6n con el es-
tado de expresi6n genica. La correlaci6n se observ6
par primera vez porque Ia acetilaci6n de histonas
aumenta en un dominio que contiene genes activos
y Ia cromatina acetilada es mas sensible ala desoxi-
ribonucleasa I y (tal vez) a Ia nucleasa de micro-
cocos. La muestra que esto implica la
acetilaci6n de colas de histonas en los nucleosomas.
Ahara se sabe que esto ocurre en gran parte par la
acetilaci6n de nucleosomas en Ia vecindad del pro-
motor cuando se activa un gen.

Todas las histonas centrales pueden acetilarse. Las

principales dianas para la acetilaci6n son las lisinas
en las colas terminales Nes de las histonas H3 y H4.
La acetilaci6n tiene Iugar en dos circunstancias di-
ferentes:
Durante Ia replicaci6n del DNA y
Cuando se activan los genes.
Cuando se replican los cromosomas, lo que ocu-
rre durante la fase S del ciclo celular, las histonas
se acetilan de manera transitoria. La
muestra que esa acetilaci6n ocurre antes de que las
histonas se incorporen a los nucleosomas. Se sabe
que las histonas H3 y H4 se acetilan en Ia etapa
en que se vinculan entre sf en el tetramero H\-H42 .
El tetramero se incorpora entonces a los nucleosomas.
Bastante poco despues, se retiran los grupos acetilo.
La importancia de la acetilaci6n queda de mani-
fiesto por el hecho de que impeclirla en las histonas
H3 y H4 durante Ia replicaci6n causa perclida de via-
bilidad en las levaduras. Las dos histonas son abun-
dantes como sustratos, porque la levadura puede
mantenerse perfectamente bien en tanto pueda ace- La acetilaci6n durante La replicaci6n ocurre en
tilar cualquiera de esas histonas durante la fase S. las histonas antes de que se incorporen a los nucleosomas.
Hay dos posibles funciones de Ia acetilaci6n: podrfa
necesitarse para que las histonas sean reconocidas
par factores que las incorporan a los nucleosomas, o
: .. :

podrfa requerirse para el ensamblaje, Ia estructura,

o ambos, del nuevo nucleosoma.
Los factores que se sabe intervienen en el en-
samblaje de la cromatina no distinguen entre his-
tonas acetiladas y no acetiladas, lo que hace pensar
que es mas probable que se requiera Ia moclificaci6n
para interacciones posteriores. Se ha crefdo duran-
te mucho tiempo que tal vez se requiera acetilaci6n
para ayudar a controlar las interacciones protefna-
protefna que tienen Iugar a medida que las histonas
se incorporan a los nucleosomas. Una prueba de tal
participaci6n es que el complejo de acetilasa de his-
tonas SAS en las levaduras se une a! complejo de La acetilaci6n relacionada con la activaci6n
ensamblaje de la cromatina en Ia horquilla de repli- genica ocurre por modificaci6n directa de las histonas en los
caci6n, donde acetila a la 16Lis de la histona 4. Esto nucleoso mas.

30.6 Ocurre acetilaci6n de histonas en dos ci rcunstancias 805

 Ademas de los sucesos en cada promotor, ocu-
rren cambios a gran escala en Ia acetilaci6n de los
cromosomas sexuales . Esto es parte del mecanis-
mo por el que las actividades en el cromosoma X
se alteran para compensar Ia presencia de dos cro-
mosomas X en una especie, pero solo uno (ademas
del cromosoma Y) en otras (vease la secci6n 31.5,
Los cromosomas X presentan cambios globales). El
cromosoma X inactivo en mamiferos hembra tiene
una H4 subacetilada. El cromosoma X superactivo
en machos del genero Drosophila presenta mayor
acetilaci6n de H4, lo que sugiere que Ia presencia
del grupo acetilo puede ser un prerrequisito para
una estructura activa menos condensada. En el
macho del genera Drosophila, el cromosoma X esta
acetilado de manera espedfica en la 16 Lis de Ia his-
rona H4. La acetiltransferasa de las histonas (HAT)
encargada es una enzima que se recluta al cromoso-
ma como parte de un gran complejo protefnico. Este
complejo de "compensaci6n de dosis " se encarga de
introducir cambios generales en el cromosoma X
que le permiten una mayor expresi6n. El aumento
de la acetilaci6n es solo una de sus actividades.
IIIII Las acetilasas se relacionan
con activadores
Conceptos principales
La cromatina desacetilada puede tener una estructura
mas condensada.
Los activadores de la transcripci6n se relacionan
con actividades de acetilasa de histonas en grandes
complejos.
Las acetilasas de histonas varian en su especificidad
diana.
La acetilaci6n podria afectar la transcripci6n en una
forma cuantitativa o cualitativa.
La acetilaci6n es reversible. Cada direcci6n de la
reacci6n es catalizada por un tipo especifico de en-
zima. Las enzimas que pueden acetilar histonas se
llaman acetiltransferasas de histonas o HAT; los
grupos acetilo son retirados por las desacetilasas
de histonas o HDAC. Hay dos grupos de enzimas
HAT: aquellas en el grupo A actuan sobre las histo-
nas de Ia cromatina y participan en el control de Ia
transcripci6n. Las del grupo B actuan sobre histonas
de reciente sfntesis en el citosol y participan en el
ensamblado de los nucleosomas.
Dos inhibidores han permitido analizar Ia aceti-
laci6n. La tricostatina y el acido butfrico inhiben las
desacetilasas de histonas y hacen que se acumulen
nucleosomas acetilados. El uso de estos inhibidores
ha servido de sustento a Ia opinion generalizada
806 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
de que Ia acetilaci6n se vincula con la expresi6n
genica; de hecho, la capacidad del acido butfrico de
causar cambios en la cromatina semejantes a los
observados en Ia activaci6n de genes constituye uno
de los primeros indicios de la conexi6n entre aceti-
laci6n y actividad genica.
El gran adelanto logrado al analizar Ia funci6n
de Ia acetilaci6n de histonas fue la descripci6n de las
enzimas acetilantes y desacetilantes y su vinculo con
otras protdnas que intervienen en episodios espe-
dficos de activaci6n y represi6n. Un cambia basico
en la manera de ver la acetilaci6n de histonas lo
propici6 el descubrimiento de que las HAT no so n
necesariamente enzimas dedicadas vinculadas con la
cromatina; mas bien resulta que los activadores de
Ia transcripci6n conocidos tienen actividad de HAT.
Se estableci6 la conexi6n cuando se identific6
la subunidad catalftica de un grupo A de HAT como
hom6loga de la protefna reguladora GenS en leva-
duras. Despues se demostr6 que la GenS misma tie-
ne actividad de HAT (con las histonas H3 y H4 como
sustratos). La GenS es parte de un complejo adapta-
dor necesario para la interacci6n entre 300 potencia-
dores y sus promotores diana . Su actividad de HAT
se requiere para Ia activaci6n del gen diana.
Esto permite cambiar la imagen de Ia acci6n de
los coactivadores, como se muestra en la _t. .
donde la polimerasa de RNA se une a un sitio hiper-
sensible y los coactivadores son histonas acetilantes
en los nucleosomas de la vecindad. Se sabe hoy de
muchos ejemplos de interacciones de este tipo.
El GenS conduce a uno de lo s complejos de
acetilasas mas importantes. En las levaduras, GenS
es parte del complejo de acetiltransferasa Spt-Ada-
GenS (SAGA) de 1.8 MDa qu e contiene varias pro-
Coactivadores
Aparato basal
Activadores I I
~ PCAF _,r--.
~])};]~~]
Colas de histonas
Los coactivadores pueden tener actividades de
HAT que acetilan las colas de las histonas nucleos6micas.
teinas que participan en la transcripcion. Entre estas
proteinas se encuentran varios TAFu- Ademas, Ia
subunidad TAFrrl45 de TF1p es una acetilasa. (La
TAFrrl45 de levaduras es homologa de Ia TAF 11 250
de los mamiferos; ambas conocidas como TAFI.)
Hay algunas funciones que coinciden entre TAFrrD
y SAGA, Ia mas notoria es que las levaduras pue-
den mantenerse con TAFrrl45 o GenS, pero se dana
par la delecion de ambos. Esto permite suponer que
una actividad de acetilasa es indispensable para Ia
expresion genica, pero puede proporcionarla TFuD
o SAGA. Como podria esperarse par el tamafi.o del
complejo de SATA, Ia acetilacion es solo una de sus
funciones, si bien sus de mas acciones en Ia activa -
cion genica no estan tan bien descritas.
Uno de los primeros activadores generales en
caracterizarse como HAT fue Ia proteina de union
de p300/CREB (CBP). (En Ia actualidad, p300 y CBP
son protefnas diferentes, pero tienen una relacion
tan cercana que a menudo se consideran como un
solo tipo de actividad). La p300/ CBP es un coactiva-
dar que enlaza a un activador con el aparato basal
(vease la Figura 25.7). La p300/CBP interactua con
varios activadores, como los receptores hormonales,
AP-1 (c-Jun y c-Fos) y MyoD. La interaccion es in-
hibida par las proteinas reguladoras viricas E I A de
adenovirus y el antigeno T de SV40, que se unen
a p300/CBP para impedir la interaccion con facto-
res de transcripcion; esto explica como estas pro-
tefnas vfricas inhiben la transcripcion celular. (Esta
iniciacion es importante para la capacidad de las
protefnas viricas de contribuir al estado tumorige-
nico). La p300 /CBP acetila las colas terminales Nes
de H4 en los nucleosomas . Otro coactivador, PCAF,
acetila de manera preferente Ia H3 en los nucleo-
somas. La p300/CBP y TCAF forman un complejo
que participa en Ia activacion de Ia transcripcion. En
algunos casas interviene otro HAT: el coactivador
ACTR, que actua con receptores de hormonas y es
en si un HAT que actua sabre H3 y H4 y tambien
recluta tanto p300/CBP como PCAF para formar un
complejo coactivador. Una explicacion de Ia presen-
cia de multiples actividades de HAT en un complejo
de coactivacion es que cada HAT tiene especificidad
diferente y que se requieren multiples episodios de
acetilacion diversos para Ia activacion.
Una caracterfstica general de Ia acetilacion es
que un HAT del grupo A es parte de un gran com-
plejo. En Ia > 1 se muestra un modelo sim-
plificado de su comportamiento. Los complejos HAT
pueden dirigirse al DNA gracias a interacciones con
factores de union a! DNA. Esto determina Ia diana
del HAT. El complejo tambien contiene subunidades
detectoras que alteran Ia estructura de la cromatina
o actuan de manera directa sobre Ia transcripcion.
Es posible que al menos algunos de los efectores
requieran el episodio de acetilacion para actuar. La
desacetilacion, catalizada por una HDAC, puede ac-
tuar en forma similar.
Ocurre acetilacion tanto en la replicacion
(cuando es transitoria) como en la transcripcion
(cuando se mantiene mientras el gen esta activo).
(.Desempefi.a el mismo papel en cada caso? Una
posibiJidad es que el efecto importante tenga Iugar
sobre la estructura del nucleosoma . La acetilacion
puede ser indispensable para "hacer mas laxo" el
meollo del nucleosoma. En la replicacion tal vez se
requiera la acetilacion de histonas para permitirles
su incorporacion a nuevas meollos con mas facili-
dad. Es posible que en la transcripcion se necesite
un cambia similar para permitir una modificacion
relativa de la estructura, tal vez incluso permitir el
desplazamiento del meollo de la histona del DNA.
Otra posibilidad es que Ia acetilacion genere sitios
de union para otras proteinas que se requieren en
la transcripcion. En cualquier caso, la desacetilacion
revertiria el efecto.
(.ES cuantitativo o cualitativo el efecto de Ia ace-
tilacion? Es posible que se requiera cierto numero
de grupos acetilo para ejercer un efecto y en gran
medida carece de importancia Ia posicion exacta
donde ocurre . Una alternativa es que cada episodio
de acetilacion tenga efectos especfficos. Podria inter-
pretarse que hay complejos que contienen multiples
actividades de HAT en cualquier forma; si diferentes
enzimas tienen diversas especificidades, tal vez se
requieran multiples actividades ya sea para acetilar
un numero suficiente de posiciones diversas 0 par-
que se necesitan sucesos individuales para diferentes
efectos sabre la transcripcion. En Ia replicacion, pa-
rece (al menos con respecto a Ia histona H4) que Ia
acetilacion en cualquiera de las dos de tres posiciones
disponibles es adecuada, lo que favorece un mode-
lo cuantitativo en este caso. Donde Ia estructura de
Ia cromatina cambia para modificar la transcripcion, Ia
La subunidad La desacetilasa Los efectores actuan
diana se une actua sobre las sobre Ia cromatina o
al DNA colas de histonas el DNA
Los complejos que modifican la estructura o ac-
tividad de la cromatina tienen subunidades diana que determinan
sus sitios de acci6n, las enzimas HAT o las HDAC que acetilan o
desacetilan histonas y subunidades efectoras que tienen otras
acciones sabre la cromatina o el DNA.
30.7 Las acetilasas se relacionan con activadores 807
 acetilacion en posiciones especfficas es importante
(vease Ia seccion 31.3, La heterocromatina depende
de las interacciones con his ton as ).
Ill Las desacetilasas se relacionan
con los represores
Conceptos principales
La desacetilaci6n se vincula con la represi6n de la
actividad genica.
Hay desacetilasas presentes en complejos con actividad
represora.
En las levaduras, las mutaciones en SIN3 y RPD3 ac-
n1an como si estos loci reprimieran una diversidad
de genes. Las protefnas forman un complejo con Ia
protefna de union a DNA Ume6, que se une al ele-
mento URSI. El complejo reprime Ia transcripcion
en los promotores que contienen URS I , como se
ilustra en Ia . La Rpd3 tiene actividad
de desacetilasa de histonas; no se sabe si Ia funcion
de Sin3 consiste solo en llevar Rpd3 al promotor o
si tiene alguna otra funcion en Ia represion.
Las celulas de mamfferos tienen un sistema
similar para Ia represion. La familia bHLH de re-
gulad ores de Ia transcripcion incluye activadores
que actuan como heterodfmeros, entre los que se
encuentra MyoD (vease Ia seccion 25.15, Las pro-
tefnas helice-asa-helice interactuan por vinculo
combinatorio). Tambien comprende represores, en
particular el heterodimero Mad:Max, donde Mad
puede pertenecer a un grupo de protefnas muy
relacionadas. El heterodfmero Mad:Max (que se
une a sitios especfficos del DNA) interactua con un
homologo de Sin3 (llamado mSin3 en el raton y
hSin3 en los seres humanos). El mSin3 forma par-
Un complejo represor tiene tres componentes:
una subunidad de union a DNA, un correpresor y una desace-
tilasa de histonas.
808 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
te de un complejo represivo que incluye proteinas
de union a histonas y las desacetilasas de histonas
HDAC l y HDAC2. Se requiere Ia actividad de des-
acetilasa para Ia represion. La naturaleza modular
de este sistema Ia recalcan otros medios de empleo:
un correpresor (SRMT), que permite a los recepto-
res de hormonas retinoides reprimir ciertos genes
diana, que actua por union a mSin3, que a su vez
lleva las actividades de HDAC al sitio. Otro meclio
de llevar actividades de HDAC al sitio puede ser una
conexion con MeCP2, una proteina que se une a ci-
tosinas metiladas (vease Ia seccion 24.19, Los islote
CpG son dianas reguladoras).
La falta de acetilacion de histonas tambien
es una caracterfstica de Ia heterocromatina, lo que es
cierto en el caso de Ia heterocromatina constitutiva
(que, por lo general, incluye regiones de centro-
meros o telomeros) y la heterocromatina faculta -
tiva (regiones que son desactivadas en una celula
aunque esten activas en otra). Por lo general, Ia
colas terminates N de las histonas H3 y H4 no estan
acetiladas en las regiones heterocromaticas.
Ill Las metilaciones de histonas
y de DNA estan relacionadas
Conceptos principales
La metilaci6n de DNA y de histonas es una
caracteristica de la cromatina inactiva.
Los dos tipos de episodios de metilaci6n pueden estar
relacionados.
La metilacion de histonas y de DNA se vincula co:::
Ia inactividad. Los sitios metilados en las histona_
comprenden dos lisinas en Ia cola de H3 y una a.:--
ginina en Ia cola de H4.
La metilacion de la 9 Lis de H3 es una caracteris-
tica de las regiones condensadas de cromatina que
incluyen Ia heterocromatina como se observa en -
mayor parte y tambien regiones mas pequefias, ql:-:
se sabe no tienen expresion. La enzima transfera _~
de metilos de histonas que actua en esta lisina <:.e
llama SUV39Hl. (Se ofrece el origen de este pen :.-
liar nombre en la seccion 30.13, Algunos segment .
comunes se encuentran en proteinas que modific--
la cromatina.) Su sitio catalftico tiene una regi6:-
llamada dominio SET. Otras transferasas de metil
de histonas actuan sobre Ia arginina. Ademas, pue -
de ocurrir metilacion en Ia 79 Lis de Ia region centre.
globular de H3, que podrfa necesitarse para Ia fo:-
macion de heterocromatina en los telomeros.
Basta fecha reciente se crefa que la metilaci ' :-
de histonas era irreversible. No obstante, ya se ide- -
tificaron desmetilasas de histonas, incluida una d ~ -
metilasa especffica de lis ina (LSD l) que actua sabre
K4 de Ia histona H3 y una enzima que desmetila Ia
arginina en las histonas H3 y H4. Aun no se sabe
como se regula la desmetilacion .
Gran parte de los sitios de metilacion en el DNA
son islotes CpG (vease Ia seccion 24.19, Los islotes
CpG son dianas reguladoras). Las secuencias CpG
en Ia heterocromatina por lo general estan meti-
ladas. Por el contrario, para que un gen se exprese
es indispensable que los islotes CpG localizados en
regiones promotoras sean desmetilados (vease Ia
seccion 24.18, La expresion genica se vincula con
Ia desmetilacion).
La metilacion de DNA y de histonas esta co-
nectada en un circuito de reforzamiento mutua. La
metilacion de H3 es Ia sefi.al que recluta Ia metilasa
del DNA bacia Ia cromatina. El arden de los epi-
sodios es que Ia 9Lis de H3 se desacetila para crear
un sustrato para Ia metilacion. La H3 se convierte
entonces al estado de Me 9Lis o Me/ Lis, que ofrece
un sitio de union para Ia metilasa de DNA. Algunas
enzimas transferasas de metilos de histonas contie-
nen sitios posibles de union para el par CpG meti-
lado, de manera que Ia metilacion del DNA refuer-
za el circuito con el fin de brindar una diana para
que Ia transferasa de metilos de histonas se una. El
punto importante es que un tipo de modificacion
puede desencadenar el otro. Estos sistemas estan
muy generalizados, como se observa por las pruebas
de estas conexiones en bongos, plantas y celulas
animates, y de Ia regulacion de Ia transcripcion en
los promotores usados por las polimerasas I y II de
RNA, asf como el mantenimiento de Ia heterocro-
matina en un estado inerte.
E Los estados de La cromatina
se interconvierten
por modificaci6n
Conceptos principales
La acetilaci6n de histonas se relaciona con la
activaci6n genica.
La metilaci6n de DNA y de histonas se relaciona con la
heterocromatina.
En la se resumen los tres tipos de di-
ferencias observadas entre las cromatinas activa e
inactiva.
La cromatina activa se acetila en las colas de
las histonas H3 y H4.
La cromatina inactiva se metila en la 9 Lys de
la histona H3.
La cromatina inactiva se metila en las cito-
sinas de los pares CpG.
30.11 La activaci6n del promotor comprende una serie ordenada de episodios
El tipo comrario de episodios tiene Iugar cuan-
do se compara la activacion de un promotor con la
generacion de heterocromatina. Las acciones de las
enzimas que modifican Ia cromatina aseguran que
los sucesos de activacion sean mutuamente exclu-
yentes con respecto a los de desactivacion. La me-
tilacion de 9Lis de H3 y Ia acetilacion de 14Lis de H3
son mutuamente antagonistas.
Las acetilasas y desacetilasas pueden desenca-
denar los episodios iniciadores. La desacetilacion
permite que ocurra Ia metilacion, lo que da Iugar a
Ia formacion de un complejo heterocromatico (vea-
se Ia secci6n 31.3, La heterocromatina depende de
interacciones con las histonas). La acetilacion marca
una region como activa (vease Ia secci6n 30.11, La
activacion del promotor comprende una serie orde-
nada de episodios).
Dill La activaci6n del promotor
co mprende una serie ordenada
de episodios
Conceptos principales
El complejo de remodelado puede reclutar al complejo
de acetilaci6n.
La acetilaci6n de histonas puede ser el suceso que
mantenga al complejo en estado activado.
(.Como se reclutan las acetilasas (o desacetilasas)
en sus dianas especfficas? Como se ha observado
con los complejos de remodelado, es posible que
el proceso sea indirecto. Un activado r (o represor)
Estado inactivo Estado activo
Acetilasa
de histonas
Desacetilasa
de histonas
Desmetilasa
de histonas
Metilasa
de histonas
La acetilaci6n de las histonas activa la emma-
tina, y la metilaci6 n de DNA y las histonas la desactiva.
809
 espedfico de secuencia puede interactuar con un
componente del complejo de !a acetilasa (o desace-
tilasa) para reclutar un promotor.
Puede haber tambien interacciones directas en-
tre complejos de remodelado y complejos de mo-
dificacion de histonas. La union por el complejo
de remodelado SWI/SNF puede llevar a su vez a !a
union por el complejo de acetilasa SAGA. Luego,
!a acetilacion de histonas puede, de hecho, estabi-
lizar el vinculo con el complejo SWIISNF, lo que
hace un reforzamiento mutuo de los cambios de los
componentes en el promotor.
Se pueden conectar todos los sucesos que tie-
nen Iugar en el promotor a Ia serie resurnida en Ia
. El episodio de iniciacion es !a union de
El factor de transcripci6n se une a una secuencia especifica
]]
El factor se Iibera
El remodelado cambia Ia organizaci6n del nucleosoma
]]]
El complejo de acetilasa se une por medio del complejo
de remodelado
Se modifican las histonas
JJ]
La activaci6n del promotor comprende la union
de un activador especifico de secuencia, el reclutamiento
y la acci6n de un complejo de remodelado, y el reclutamiento y
la acci6n de un complejo de acetilaci6n. El orden de los episo-
dios puede diferir, o tal vez se presenten de manera simultanea,
de acuerdo con el gen.
810 CAPITULO 30 Control de Ia estructura de Ia cromatina
un componente especffico de secuencia (que puede
hallar su secuencia diana en el DNA en el contexto
de la cromatina), lo que recluta un complejo de re-
modelado. Los cambios ocurren en !a estructura del
nucleosoma. Un complejo de acetilacion se une y !a
acetilacion de las histonas diana provee una marca
covalente de que el sitio se ha activado.
Tambien ocurre modificacion del DNA en el
promotor. La metilacion de Ia citosina en pares CpG
se vincula con Ia inactividad genica (vease la sec-
cion 24.18, La expresion genica se relaciona con Ia
desmetilacion). La base para el reconocimiento del
DNA como diana de Ia metilacion no esta muy bien
esclarecida (vease seccion 31.8, La metilacion del
DNA se encarga de Ia impresion) .
Es clara que el remodelado de Ia cromatina en
el promotor requiere una diversidad de cambios que
afectan el nucleosoma, incluida Ia acetilacion, pero.
(.que cambios se requieren dentro del gen para
que una polimerasa de RNA lo atraviese? Se sabe que
la polimerasa de RNA puede transcribir el DNA in
vitro a velocidades parecidas a Ia velocidad in vivo
(-25 nucleotidos por segundo), solo con un molde
de DNA libre. Se han descrito varias protefnas por
su capacidad para mejorar Ia velocidad con que Ia
polimerasa de RNA transcribe Ia cromatina in vivo.
La caracteristica comun es que actuan sabre !a cro-
matina. Un modelo actual de su accion es que se
asocian a la polimerasa de RNA y viajan con ella a
lo largo del molde, lo que modifica la estructura del
nucleosoma por su accion sobre las histonas. Entre
estos factores estan las acetilasas de histonas. Una
posibilidad, es que Ia primera polimerasa de RNA en
transcribir un gen sea la pionera de los factores de
acarreo de la polimerasa que cambien la estructura
de Ia unidad de transcripcion, para hacer mas faciJ
Ia actuacion de las polimerasas posteriores.
B1E La fosforilaci6n de las histonas
afecta la estructura
de la cromatina
Concepto principal
AI menos dos histonas son dianas para Ia fosforilaci6n,
tal vez con efectos contraries.
Las histonas se fosforilan en dos circunstancias:
de manera repetida en el ciclo celular, y
en relacion con el remodelado de Ia croma-
tina.
Se ha sabido durante mucho tiempo que la his-
rona H1 es fosforilada durante la mitosis yen fecha
mas reciente se descubrio que constituye un sustra-
to muy bueno para la cinasa Cdc2, que controla la
division celular. Ello llevo a la especulacion de que
la fosforilacion tal vez se relacione con la con den-
sacion de la cromatina, pero hasta ahora no se ha
demostrado un efecto directo de este episodio de
fosforilacion y no se sabe si tiene participacion en
la division celular.
La perdida de una cinasa que fosforila la histo-
na H3 en la 10 Ser tiene efectos devastadores sobre
la estructura de la cromatina. En la se
compara la estructura extendida usual del conjunto
de cromosomas politenicos de la Drosophila me/ana-
gaster (fotografia superior) con la estructura que se
observa en una mutante nuclear que no tiene cina-
sa JIL- I (fotografia inferior). La au sen cia de JIL-I es
leta!, pero los cromosomas pueden visualizarse en
las larvas antes de su muerte.
La causa de la perdida de la estructura es con
toda probabilidad la falta de fosforilacion de la his-
Las moscas que no tienen JIL-1 cinasa pre-
sentan cromosomas politenicos anormales que se condensan
en lugar de extenderse. Las fotografias son cortes\ a de Jorgen
Johansen y Kristen M. Johansen, Iowa State University.
30.!3 Se encuentran algunos segmentos comunes en las prote\nas que modifican la cromatina
tona H3 (por supuesto, JIL-l puede tener tambien
otras dianas). Esto permite suponer que se requie-
re la fosforilacion de H3 para generar la estructura
cromosomica mas extendida de las regiones eucro-
maticas. La prueba que sustenta la idea de que JIL-l
actua de manera directa sobre la cromatina es que
se relaciona con el complejo de proteinas que se une
al cromosoma X para aumentar su expresion genica
en machos (vease la seccion 31.5, Los cromosomas
X sufren cam bios globales).
Esto deja algunas impresiones contradictorias
respecto de la funcion de la fosforilacion de las his-
tonas. Si tiene importancia en el ciclo celular, es
posible que sea una sefial para la condensacion. Su
efecto sobre el remodelado de la cromatina pare-
ce ser el contrario. Por supuesto, es posible que la
fosforilacion de diferentes histonas o incluso de di-
ferentes aminoacidos en una de ellas, tenga efectos
contrarios sobre la estructura de la cromatina.
B!11J Se encuentran algunos
segmentos comunes
en las proteinas
que modifican la cromatina
Conceptos principales
El dominio cromo se encuentra en varias prote\nas
de la cromatiQa que tienen efectos de activaci6n o
represi6n sabre la expresi6n de los genes.
El dominio SET es parte del sitio catal\tico de las
transferasas de metilos de prote\nas.
El dominio bromo se encuentra en una diversidad de
prote\nas que interactuan con la cromatina y sirve para
reconocer sitios acetilados en las histonas.
Los conocimientos que se tienen sobre los meca-
nismos moleculares del control de la estructura de
la cromatina se inician con mutantes que influyen
en el efecto de la variegacion de la posicion. Se han
identificado casi 30 genes en el genero Drosophila y
se denominan de manera sistematica Su(var) aque-
llos cuyos productos actuan suprimiendo la varia-
cion y E (var) aquellos cuyos productos la aumen-
tan. Recuerdese que los genes se nombran por la
conducta de los loci mutantes. Las mutaciones de
Su (var) yacen en genes cuyos productos son ne-
cesarios para la formacion de la heterocromatina e
incluyen enzimas que actuan sobre la cromatina,
como las desacetilasas de histonas, y las proteinas
que se localizan en la heterocromatina. Las muta-
ciones E (var) yacen en genes cuyos productos son
indispensables para activar la expresion genica e in-
811
 cluyen miembros del complejo SWI/SNF. Por estas
propiedades se infiere de inmediato que Ia modifica-
cion de Ia estructura de Ia cromatina es importante
para controlar la formacion de heterocromatina. La
universalidad de estos mecanismos Ia indica el he-
cho de que muchos de estos loci tienen homologos
en levaduras que muestran propiedades ana.logas.
Algunos de los homologos en Schizosaccharomyces
pombe son clr (genes reguladores de loci cripticos)
donde las mutaciones afectan el silenciamiento.
Muchas de las proteinas Su(var) y E(var) tienen
un segmento comun de 60 aminoacidos llamado cro-
modominio o dominio cromo. El hecho de que este
dominio se encuentre en proteinas de ambos grupos
permite suponer que representa un segmento que
participa en las interacciones proteina-proteina en
la cromatina.
Los cromodominios se encargan en gran par-
te de dirigir las proteinas bacia Ia heterocromatina.
Actuan por reconocimiento de lisinas metiladas en
colas de histonas (vease Ia seccion 31.3, La hetero-
cromatina depende de interacciones con las histonas
y Ia seccion 31.4, Polycomb y Trithorax son represo-
res y activadores antagonistas).
La Su(var) 3-9 tiene un cromodorninio y tam bien
un Su(var)3-9, un dominio potenciador de gusto
Trithorax (SET), segmento que se encuentra en
varias proteinas Su(var). Sus homologos en mami-
feros se localizan en Ia heterocromatina del centro-
mero. Es Ia transferasa de metilos de histonas la que
Cinasa
Desacetilaci6n
Desfosforilaci6n
Metilaci6n
Las multiples modificaciones en la cola H3
afectan la actividad de la cromatina.
812 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
actua sobre 9 Lis de la histona H3 (vease la seccion
30.9, La metilacion de histonas y de DNA estan
relacionadas). El dominio SET es parte del sitio ac-
tivo y, de hecho, es marcador de Ia actividad de
metilasa.
El bromodominio o dominio bromo se encuen-
tra en una diversidad de proteinas que interactuan
con Ia cromatina, como las acetilasas de histonas.
La estructura cristalina muestra que tiene un sitio
de union para Ia lisina acetilada. El bromodominio
mismo reconoce solo una secuencia muy corta de
cuano aminoacidos que incluye la lisina acetilada,
por lo que Ia especificidad para el reconocimiento
del sitio diana debe depender de interacciones que
abarquen ambas regiones. Ademas de las acetilasas,
el bromodominio se encuentra en una variedad de
proteinas que interactuan con Ia cromatina, como
los componentes del aparato de transcripcion. Esto
indica que se utiliza para reconocer histonas aceti-
ladas, lo que significa que tal vez se encuentre en
proteinas que participan en Ia activacion genica.
Aunque hay una correlacion general donde Ia
cromatina activa se acetila, en tanto Ia inactiva es
metilada en las histonas, hay algunas excepciones
a Ia regia. La mejor definida es que Ia acetilacion de
12
Lis de H4 se vincula con Ia heterocromatina.
Puede haber modificaciones multiples en Ia
misma cola de histona y una puede influir en otra.
La fosforilacion de una serina en una posicion pue-
de ser necesaria para Ia acetilacion de una lisina en
otra.
La muestra Ia situacion en la cola
de H3, que puede existir en uno de dos estados. El
estado inactivo tiene una 9 Lis metilada. El estado
activo tiene una 9 Lis acetilada y una 10 Ser fosfatada.
Estos estados se pueden mantener sobre regiones
amplias de Ia cromatina. La fosforilacion de 10 Ser y
Ia metilacion de 9 Lis son mutuamente inhibitorias,
lo que sugiere el orden de episodios que se muestra
en Ia figura. Esta situacion puede hacer que Ia cola
se mueva entre los estados activo e inactivo.
BID Resumen
Los genes cuyas regiones de control se organizan
en los nucleosomas por lo general no se expresan.
En ausencia de proteinas reguladoras especificas,
los promotores de otras regiones reguladoras se or-
ganizan por octameros de histonas en un estado
en el que no pueden activarse. Esto puede expli-
car Ia necesidad de los nucleosomas de ubicarse
de man era precisa en Ia vecindad de un promotor, de
manera que los sitios reguladores indispensables
se expongan en forma apropiada. Algunos factores
de transcripcion tienen Ia capacidad de reconocer
el DNA en la superficie del nucleosoma y puede
requerirse un posicionamiento particular del DNA
para la iniciaci6n de la transcripci6n.
Las cromatinas activa e inactiva no estan en
equilibria. Se requieren episodios subitos de esci-
si6n para convertir una en Ia otra. Los complejos
de remodelado de Ia cromatina tienen Ia capacidad
de desplazar octameros de histonas por un mecanis -
mo que comprende Ia hidr61isis de ATP. Los com-
plejos de remodelado son grandes y se clasifican
de acuerdo con el tipo de subunidad de fosfatasa
del trifosfato de adenosina. Dos tipos frecuentes
son SWI/SNF e ISWI. Una forma caracterfstica de
este remodelado de la cromatina es desplazar uno
o mas de los octameros de histonas de secuencias
especfficas del DNA, creando un limite que da como
resultado el posicionamiento preciso o preferente
de los nucleosomas cercanos. El remodelado de Ia
cromatina puede tambien comprender cambios en
las posiciones de los nucleosomas, que a veces im-
plican el deslizamiento de los octameros de histonas
por el DNA.
La acetilaci6n de histonas tiene Iugar tanto en Ia
replicaci6n como en Ia transcripci6n y en ocasiones
es necesaria para formar una estructura de croma-
tina menos compacta. Algunos coactivadores que
conectan factores de transcripci6n con el aparato ba-
sal tienen actividad de acetilasas de histonas. Por el
contrario, los represores pueden vincularse con des-
acetilasas.
Las enzimas modificantes pueden ser especfficas
de aminoacidos particulares en histonas especfficas.
Los sitios mas frecuentes de modificaci6n se locali-
zan en las colas terminales N de las histonas H3 y H4
que protruyen desde los nucleosomas entre los giros
del DNA. Los complejos de activaci6n (o represi6n)
suelen ser grandes y a menudo contienen varias ac-
tividades que emprenden diferentes modificaciones
de la cromatina. Algunos segmentos comunes que
se encuentran en las protefnas que modifican la
cromatina son el cromodominio (que se encarga de
las interacciones protefna-protefna), el bromodomi-
nio (que se dirige a la lisina acetilada) y el dominio
SET (que es parte de los sitios activos de las transfe-
rasa de metilos de las histonas).
La modificaci6n de las colas de histonas cons-
tituye un desencadenante de Ia reorganizaci6n de
Ia cromatina. La acetilaci6n en general se vincula
con la activaci6n genica. Las acetilasas de histonas
se encuentran en complejos de activaci6n, y las
desacetilasas de histonas en complejos de inactiva-
ci6n. La metilaci6n de las histonas se vincula con Ia
inactivaci6n genica. Algunas de las modificaciones
de las histonas pueden ser exclusivas o sinergicas
con otras.
Referencias
IZ!IJ La cromatina puede tener estados alternativos
Articulos de revision
Brown, D. D. ( 1984). The role of stable complexes that
repress and activa te eukaryotic genes. Cell37,
359-365.
Weintraub, H. ( 1985). Assembly and propagation of
repressed and derepressed chromosomal states. Cell
42,705-711.
Amculos de investigaci6n
Bogenhagen, D. F., Wormington, W. M., and Brown, D.
D. ( 1982). Stable transcription complexes of Xenopus
5S RNA genes: a means to maintain the differentiated
state. Cell 28, 413-421.
Workman, J. L. and Roeder, R. G. ( 1987). Binding of
transcription factor TFTID to the major late promoter
during in vitro nucleosome assembly potentiates
subsequent initiation by RNA polymerase II. Cell 51,
613-622.
El remodelado de la cromatina es un proceso
activo
Articulos de revision
Becker, P. B. a nd Horz, W. (2002). ATP-dependent
nucleosome remodeling. Annu. Rev. Biochem. 71,
247-273.
Felsenfeld, G. ( 1992). Chromatin as an essential part of the
transcriptional mechanism. Nature 3 55, 219-224.
Grunstein, M. ( 1990). Histone function in transcription.
Annu. Rev. Cell Bioi. 6, 643-678.
Narlikar, G. J., Fan, H. Y., and Kingston, R. E. (2002).
Cooperation between complexes that regulate
chromatin structure and transcription. Cell l08,
475-487.
Peterson, C. L. and Cote, J. (2004). Cellular machineries
for chromosomal DNA repair. Genes Dev. 18, 602-616.
Tsukiyama, T. (2002). The in vivo functions of ATP-
dependent chromatin-remodelling factors. Nat. Rev.
Mol. Cell Bioi. 3, 422-429.
Vignali, M., Hassan, A. H., Neely, K. E., and Workman,
J. L. (2000). ATP-dependent chromatin-remodeling
complexes. Mol. Cell Bioi. 20, 1899- 1910.
Articulos de investigaci6n
Cairns, B. R., Kim, Y.-J., Sayre, M. H., Laurent, B. C.,
and Kornberg, R. (1994). A multisubunit complex
containing the SWIIADR6, SWI2/l, SWI3, SNF5, and
Referencias 813
 SNF6 gene products isolated from yeast. Proc. Nat/.
Acad. Sci. USA 91,1950-1954.
Cote, J., Quinn, J., Workman, J. L., and Peterson, C. L
( 1994). Stimulation of GAL4 derivative binding to
nucleosomal DNA by the yeast SWl/Sl\TF complex.
Science 265, 53-60.
Gavin, I., Horn, P. J., and Peterson, C. L. (200 1). SWl/
SNF chromatin remodeling requires changes in DNA
topology. Mol. Cel/7, 97-104.
Hamiche, A., Kang, J. G., Dennis, C., Xiao, H., and Wu, C.
(2001). Histone tails modulate nucleosome mobility
and regulate ATP-dependent nucleosome sliding by
NURF. Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 98, 14316-14321.
Kingston, R. E. and Narlikar, G. J. ( 1999). AIF-dependent
remodeling and acetylation as regulators of chromatin
fluidity. Genes Dev. 13, 2339-2352.
Kwon, H., Imbaizano, A. N., Khavari, P. A., Kingston, R.
E., and Green, M. R. (1994). Nucleosome disruption
and enhancement of activator binding of human SWII
SNF complex. Nature 370, 477-481.
Logie, C. and Peterson, C. L. (1997). Catalytic activity
of the yeast SWI/Sl\TF complex on reconstituted
nucleosome arrays. EMBO J. 16, 6772-6782.
Lorch, Y., Cairns, B. R., Zhang, M., and Kornberg, R. D.
( 1998). Activated RSC-nucleosome complex and
persistently altered form of the nucleosome. Cel/94,
29-34.
Lorch, Y., Zhang, M., and Kornberg, R. D. (1999). Histone
octamer transfer by a chromatin-remodeling complex.
Cel/96, 389-392.
Peterson, C. L. and Herskowitz, I. ( 1992). Characterization
of the yeast SWil, SWI2, and SWl3 genes, which
encode a global activator of transcription. Cell 68,
573-583.
Robert, F., Young, R. A., and Struhl, K. (2002). Genome-
wide location and regulated recruitment of the RSC
nucleosome remodeling complex. Genes Dev. 16,
806-819.
Schnitzler, G., Sif, S., and Kingston, R. E. (1998). Human
SWl/SNF interconverts a nucleosome between
its base state and a stable remodeled state. Cell 94,
17-27.
Tamkun, J. W., Deuring, R., Scott, M. P., Kissinger, M.,
Pattatucci, A. M., Kaufman, T. C., and Kennison, J.
A. ( 1992). brahma: a regulator of Drosophila home otic
genes structurally related to the yeast transcriptional
activator SNF2/SWl2. Cel/68, 561-572.
Tsukiyama, T., Daniel, C., Tamkun, J., and Wu, C. (1995).
ISWI, a member of the SWI2/SNF2 ATPase family,
encodes the 140 kDa subunit of the nucleosome
remodeling factor. Cel/83, 1021-1026.
Tsukiyama, I., Palmer, J., Lande!, C. C., Shiloach, J., and
Wu, C. ( 1999). Characterization of the imitation
814 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
switch subfamily of ATP-dependent chromatin-
remodeling factors inS. cerevisiae. Genes Dev. 13,
686-697.
Whitehouse, I., Flaus, A., Cairns, B. R., White, M. F.,
Workman, J. L., and Owen-Hughes, I. (1999).
Nucleosome mobilization catalysed by the yeast
SWIISNF complex. Nature 400, 784-787.
Em La organizaci6n de los nucleosomas puede cambiar
en el promotor
Articulo de revision
Lohr, D. (1997). Nucleosome transactions on the
promoters of the yeast GAL and PHO genes. J. Bioi.
Chem. 272, 26795-26798.
Articulos de investigaci6n
Cosma, M.P., Tanaka, T., and Nasmyth, K. (1999).
Ordered recruitment of transcription and chromatin
remodeling factors to a cell cycle and developmentally
regulated promoter. Cell 97, 299-311.
Kadam, S., McAlpine, G. S., Phelan, M. L., Kingston, R. E.,
Jones, K. A., and Emerson, B. M. (2000). Functional
selectivity of recombinant mammalian SWl/SNF
subunits. Genes Dev. 14, 2441-2451.
McPherson, C. E., Shim, E.-Y., Friedman, D. S., and Zaret,
K. S. ( 1993). An active tissue-specific enhancer and
bound transcription factors existing in a precisely
positioned nucleosomal array. Cel/75, 387-398.
Schmid, V. M., Fascher, K.-D., and Horz, W. (1992).
Nucleosome disruption at the yeast PH05 promoter
upon PH05 induction occurs in the absence of DNA
replication. Cell 71, 85 3-864.
Truss, M., Barstch, J., Schelbert, A., Hache, R. J. G., and
Beato, M. ( 1994). Hormone induces binding of
receptors and transcription factors to a rearranged
nucleosome on the M_M.TV promoter in vitro. EMBO J.
14, 1737-1751.
Tsukiyama, T., Becker, P. B., and Wu, C. ( 1994). ATP-
dependent nucleosome disruption at a heat shock
promoter mediated by binding of GAGA transcription
factor. Nature 367, 525-532.
Yudkovsky, N., Logie, C., Hahn, S., and Peterson, C. L.
( 1999). Recruitment of the SWI/SNF chromatin
remodeling complex by transcriptional activators.
Genes Dev. 13, 2369-2374.
La modificaci6n de las histonas es un episodio
clave
Articulo de revision
Jenuwein, I. and Allis, C. D. (2001). Translating the
histone code. Science 293, 1074-1080.
Articulo de investigaci6n
Osada, S., Sutton. A., Muster, N., Brown, C. E., Yates. J. R.,
Sternglanz, R., and Workman, J. L (2001). The yeast
SAS (something about silencing) protein complex
contains a MYST-type putative acetyltransferase and
functions with chromatin assembly factor ASFI.
GenesDev. 15,3 155-3168.
11!11 Ocurre acetilaci6n de histonas en dos circunstancias
Articulas de revi si on
Hirose, Y. and Manley, J. L. (2000). RNA polymerase II
and the integration of nuclear events. Genes Dev. 14,
1415-1429.
Verreault, A. (2000). De novo nucleosome assembly: new
pieces in an old puzzle. Genes Dev. 14, 1430-14 38.
Articulos de investigaci6n
Akhtar, A. and Becker, P. B. (2000) . Activation of
transcription through histone H4 acetylation by MOF,
an acetyltransferase essential for dosage compensation
in Dmsophila. Mol. Cell 5, 367-375.
Alwine, J. C., Kemp, D. J., and Stark, G. R. (1977).
Method for detection of specific RNAs in agarose
gels by transfer to diazobenzyl-oxymethyl-paper and
hybridization with DNA probes. Proc. Nat/. Acad. SCI.
USA 74, 5350-5354.
Jackson, V., Shires, A., Tanphaichitr, N., and Chalkley, R.
( 1976). Modifications to histones immediately after
synthesis. J. Mol. Bioi. 104, 471-483,
Ling, X., Harkness, T. A., Schultz, M. C., Fisher-Adams,
G., and Grunstein, M. (1996). Yeast histone H3 and
H4 amino termini are important for nucleosome
assembly in vivo and in vitro: redundant and position-
independent functions in assembly but not in gene
regulation. Genes Dev. 10, 686-699.
Shibahara, K., Verreault, A., and Stillman, B. (2000). The
N-terminal domains of histones H3 and H4 are not
necessary for chromatin assembly factor-1-mediated
nucleosome assembly onto replicated DNA in vitro.
Proc. Nat/. Acad. Sci. USA 97, 7766-7771.
Turner, B. M., Birley, A. J., and Lavende r, J. (1992).
Histone H4 isoforms acetylated at specific lysi ne
residues define individual chromosomes and
chromatin domains in Drosophila polytene nuclei.
Cel/69, 375-384.
1m Las acetilasas se vinculan con activadores
Articulos de revision
BrownelL J. E. et al. ( 1996). Tetrahymena histone
acetyltransferase A: a homologue to yeast Gcn5p
linking histone acetylation to gene activation. Cell 84,
843-851.
Chen, H. et al. ( 1997). Nuclear receptor coactivator ACTR
is a novel histone acetyltransferase and forms a
multimeric activation complex with P/CAF and CP/
p300. Cell 90, 569-580.
Grant. P. A. et al. ( 1998). A subset of TAFIIs are integra l
components of the SAGA comple x required
for nucleosome acetylation and transcriptional
stimulation. Ce/194, 45-53.
Kingston, R. E. and Narlikar, G. J. ( 1999). ATP-dependent
remodeling and acetylation as regulators of chromatin
fluidity. Genes Dev. 13, 2339-2352.
lee, T. I., Causton, H. C., Holstege, F. C., Shen, W. C.,
Hannen, N., Jennings, E. G., Winston, F., Green, M.
R., and Young, R. A. (2000). Redundant roles for the
TFIID and SAGA complexes in global transcription.
Nature 405, 701-704.
1111 Las desacetilasas se relacionan con represores
Articulo de revisio n
Richards, E. J .. Elgin, S.C., and Richards, S.C. (2002).
Epigenetic codes for heterochromatin formation and
silencing: rounding up the usual suspects. Cell108,
489-500.
Articulos de investigaci6 n
Ayer, D. E., La wrence, Q. A .. and Eisenman, R.N. (1995).
Mad-Max transcriptional repression is mediated
by ternary complex formation with mammalian
homologs of yeast repressor Sin3. Cell 80, 767-776.
Kadosh, D. and Struhl, K. ( 1997). Repression by Ume6
involves recruitment of a complex containing Sin3
corepressor and Rpd3 histone deacetylase to target
promoters. Cel/89, 365-371.
Schreiber-Agus, N., Chin, l., Chen, I<., Torres, R., Rao, G.,
Guida, P., Skoultchi, A. 1., and DePinho, R. A. (1995 ).
An amino-terminal domain of Mxi1 mediates anti-
Myc oncogenic activity and interacts with a homolog
of the yeast transcriptional repressor SIN3. Cell 80,
777-786.
Ill Las metilaciones de histonas y de DNA estan
relacionadas
Articu los de revisi6n
Bannister, A. J., and Kouzarides, T. (2005 ). Reversing
histone methylation. Nature 436. 1103-1106.
Richards, E. J., Elgin, S.C., and Richards, S.C. (2002).
Epigenetic codes for heterochromatin formation and
silencing: rounding up the usual suspects. Cell 108,
489-500.
Referencias 815
 Zhang, Y. and Reinberg, D. (2001). Transcription
regulation by histone methylation: interplay between
different covalent modifications of the core histone
tails. Genes Dev. 15, 2343-2360.
Artkulos de investigaci6n
Cuthbert, G. L., Daujat, S., Snowden, A. W., Erdjument-
Bromage, H., Hagiwara, T., Yamada, M., Schneider,
R., Gregory, P. D., Tempst, P., Bannister, A. J.,
and Kouzarides, T. (2004). Histone deimination
antagonizes arginine methylation. Cel/118, 545-553.
Fuks, F., Hurd, P. J., Wolf. D., Nan, X., Bird, A. P., and
Kouzarides, T. (2003 ). The methyl-CpG-binding
protein MeCP2 links DNA methylation to histone
methylation. J. Bioi. CheJn. 278, 4035-4040.
Gendre!, A. V., Lippman, Z., Yordan, C., Colot, V.,
and Martienssen, R. A. (2002). Dependence of
heterochromatic histone H3 methylation patterns on
the Arabidopsis gene DDMl. Science 297, 1871-1873.
Johnson, L., Cao, X., and Jacobsen, S. (2002). Interplay
between two epigenetic marks. DNA methylation
and histone H3 lysine 9 methylation. Curr. Bioi. 12,
1360-1367.
Lavvrence, R. J., Earley, K., Pontes, 0., Silva, M., Chen, Z.
J., Neves, N., Viegas, W., and Pikaard, C. S. (2004).
A concerted DNA methylation/histone methylation
switch regulates rRNA gene dosage control and
nucleolar dominance. Mol. Cel/!3, 599-609.
Ng, H. H., Feng, Q., Wang, H., Erdjument-Bromage, H.,
Tempst, P., Zhang, Y., and Struhl, K. (2002). Lysine
methylation within the globular domain of histone H3
by Dot! is important for telomeric silencing and Sir
protein association. Genes Dev. 16, 1518-1527.
Rea, S., Eisenhaber, F., O'Carroll, D., Strahl, B. D., Sun,
Z. W., Sun, M., Opravil, S., Mechtler, K., Panting, C.
P., Allis, C. D., and Jenuwein, T. (2000). Regulation
of chromatin structure by site-specific histone H3
methyltransferases. Nature 406, 593-599.
Shi, Y., Lan, F., Matson, C., Mulligan, P., Whetstine, J.
R., Cole, P. A., and Casero, R. A. (2004). Histone
demethylation mediated by the nuclear amine oxidase
homolog LSD 1. Cell 119, 941-953.
Tamaru, H. and Selker, E. U. (200 I). A histone H3
methyltransferase controls DNA methylation in
Neurospora crassa. Nature 414, 277-283.
Tamaru, H., Zhang, X., McMillen, D., Singh, P. B.,
Nakayama, J., Grewal, S. I., Allis, C. D., Cheng,
X., and Selker, E. U. (2003). Trimethylated lysine
9 of histone H3 is a mark for DNA methylation in
Neurospora crassa. Nat. Genet. 34, 75-79.
Wang, Y., Wysocka, J., Sayegh, J., Lee, Y. H., Perlin, J.
R., Leonelli, L., Sonbuchner. L. S., McDonald, C. H.,
Cook, R. G., Dou, Y., eta!. (2004). Human PAD4
regulates histone arginine methylation levels via
demethylimination. Science 306, 279-283.
816 CAPITULO 30 Control de la estructura de la cromatina
Bill La activaci6n del promotor comprende una serie
ordenada de episodios
Artic ulo de revisio n
Orphanides, G. and Reinberg, D. (2000). RNA polymerase
II elongation through chromatin. Nature 407, 471-475.
Artlculos de invest iga ci6n
Bortvin, A. and Winston, F. (1996). Evidence that Spt6p
controls chromatin structure by a direct interaction
with histones. Science 272, 1473-1476.
Cosma, M. P., Tanaka, T., and Nasmyth, K. ( 1999).
Ordered recruitment of transcription and chromatin
remodeling factors to a cell cycle and developmentally
regulated promoter. Cel/97, 299-311.
Hassan, A. H., Neely, K. E., and Workman, J. L. (2001).
Histone acetyltransferase complexes stabilize swi/snf
binding to promoter nucleosomes. Cel/104, 817-827.
Orphanides, G., LeRoy, G., Chang, C. H., Luse, D. S., and
Rein berg, D. ( 1998). FACT, a factor that facilitates
transcript elongation through nucleosomes. Cell 92,
105-116.
Wada, T., Takagi, T., Yamaguchi, Y., Ferdous, A., Irnai,
T., Hirose, S., Sugimoto, S., Yano, K., Hartzog, G. A.,
Winston, F., Buratowski, S., and Handa, H. (1998).
DSIF, a novel transcription elongation factor that
regulates RNA polymerase II processivity, is composed
of human Spt4 and Spt5 homologs. Genes Dev. 12,
343-356.
1!111 La fosforilaci6n de las histonas afecta la estructura
de la cromatina
Arti cu lo de investigaci6n
Wang, Y., Zhang, W., Jin, Y., Johansen, J., and Johansen,
K. M. (2001). The JIL-l tandem kinase mediates
histone H3 phosphorylation and is required for
maintenance of chromatin structure in Drosophila. Cell
105, 433-443.
m Se encuentran algunos segmentos comunes en las
proteinas que modifican a la cromatina
Art1culos de investigaci6n
Dhalluin, C., Carlson, J. E., Zeng, L., He, C., Aggarwal, A.
K., and Zhou, M. M. (1999). Structure and ligand of a
histone acetyltransferase bromo domain. Nature 399,
491-496.
Koonin, E. V., Zhou, S., and Lucchesi, J. C. ( 1995). The
chromo superfamily: new members, duplication of
the chromo domain and possible role in delivering
transcription regulators to chromatin. Nucleic Acids Res.
23, 4229-4233.
Litt, M.D., Simpson, M., Gaszner, M., Allis, C. D., and
Felsenfeld, G. (200 1 ). Correlation between histone
lysine methylation and developmental changes at the
chicken beta-globin locus. Science 293, 2453-2455.
Owen, D . J., Ornaghi, P., Yang, J . C., Lowe, N., Evans, P.
R., Ballario, P., Neuhaus, D., Filetici, P., and Travers,
A. A. (2000) . The structural basis for the recognition
of acetylated histone H4 by the bromo domain of
histone acetyltransferase Gcn5p. EMBO J. 19, 6141-
6149.
Turner, B. M ., Birley, A. J., and Lavender, J. ( 1992).
Histone H4 isoforms acetylated at specific lysine
residues define individual chromosom es and
chromatin domains in Drosophila polytene nuclei.
Ce/169, 375-384.
Referencias 817
Los efectos epigeneticos
son heredados
ESQUEMA DEL CAPITULO
liD Introducci6n
Los efectos epigeneticos pueden ser consecuencia de La
modificaci6 n de un acido nucleico despues de que se ha
si ntetizado ode La perpetuaci6 n de estructuras proteinicas.
La heterocromatina se propaga a partir de un
episodio de nucleaci6n
La heterocromatina es nucleada en una secuencia
especifica y la estructura inactiva se propaga por La fibra
de cromatina.
Los genes dentro de las regiones de heterocromatina estan
inactivos.
La longitud de La region inactiva varia de una celula a otra;
como res ultado, La desa ctivacion de genes en esta vecindad
causa un efecto de posicion abigarrado.
Ocurren efectos de dispersion simi lares en los telomeros
y los cartuchos silentes en el tipo de apaream iento de las
levaduras.
La heterocromatina depende de interacciones co n
las histonas
La HP1 es la proteina clave en la formac ion de la
heterocromatina de mamifero y actOa por union a la
histona H3 metilada.
La Rap1 inicia la formacion de la heterocromatina en
levaduras par union a secuencias diana especificas en el
DNA.
Las dianas de Rap1 incluyen repeticiones telomericas y
silenciadores en HML y HMR.
La Rap1 recluta Sir3/Sir4 que inte ractuan con las colas
terminates N de H3 y H4.
~ Polycomb y Trithorax son represores y activadores
antagonistas
Las proteinas del grupo Polycomb (Pe-G) perpetu an un
estado de represio n par media de las di visio nes celulares.
El PRE es una secuencia del DNA indispensable para la
accion de Pe-G.
La PRE constituye un centro de nucleacion a partir del cual
las proteinas Pe-G propagan una estructura inactiva.
Nose ha encontrado una proteina Pe-G individual que
pueda unirse a PRE.
El grupo de proteinas Trith orax an tagoniza la acci6n de
Pe-G.
Los cromosomas X experimentan cambios globales
Uno de los dos cromosomas Xse desa ctiva al azar en cada
celula durante la embriogenesis de los mamiferos euterios.
En casas exce pcio nales do nde hay mas de dos cromoso mas
X, todos, excepto uno, esta n desactivados.
818
El Xic (centro de desactivacion de X) es una region
de actuaci6n en co nfigura cio n cis en el cromosoma X,
necesaria y suficiente para asegurar que solo un oro mosc- ;
X permanezca acti vo.
El Xic incluye al gen Xist que codifica un RNA que se
encuentra solo en cromosomas X inactivos.
Se desconoce el mecanisme encargado de prevenir que c.
RNA Xist se acumule en el cromosoma activo .
liD Las condensinas producen la condensaci6n de lo:
cro mosomas
Las proteinas S~\C son fosfata sas del trifosfato de
adenosina que incluyen condensinas y cohesinas.
Un heterodimero de las proteinas SMC se vincula corn otrc:
subunidades.
Las condensinas hace n que La cromatina de enrolle en
forma mas estrecha par la introduccion de superhetices
positivas al DN A.
Las condensinas se encargan de condensar los cromosom' :
durante La mitosis.
Las condensinas especificas de cromosomas se enca rg an :~
condensar cromosomas X inactivos en C. elegans.
liD Una metilasa de mantenimiento perpetua la
metilaci6n del DNA
Casi todos los grupos metilo del DNA se encuentran en La:
ci to sinas de ambas cadenas del par CpG .
La rep licaci6n convierte un sitio par completo metilado c-
uno hemimetilado.
Una metilasa de manten imiento convierte los sitios
hemimetilados en metilados par completo.
IUD La metilaci6n del DNA se encarga de la impresi6-
Los alelos materna y paterna pueden tener diferentes
patro nes de metilacion en la fecundaci6 n.
La meti laci6n suele vincularse co n La desactivaci6n del
gen.
Cuando los genes tienen impresi6n diferencial, la
supervivencia de los embriones puede requerir que el ale ..:
funcional sea provisto por el progenitor con el alelo no
metilado.
La supervivencia de heterocigotos para genes impresos e;
diferente, de acuerdo con la direccion del cruce.
Los genes impresos se presentan en grupos y pueden
depender de un sitio de control local, donde ocurre me -
cion nueva, a menos que se evite de manera especifica.
Un solo centro puede controlar los genes con
impresi6n opuesta
Los ge nes im presos so n co ntro lados par la metilaci6n de
sitios de acci6n en co nfiguraci6n cis.
 La metilacion pueden encargarse de desactivar o
activar un gen.
Los efectos epigeneticos pueden heredarse
Los efectos epigeni>ticos pueden derivarse de una
modificacion de un acido nucleico despues de que se
ha sintetizado, o por la perpetuacion de estructuras
proteinicas.
Los priones de levaduras muestran herencia
desusada
La proteina Sup35 en su forma soluble de tipo silvestre
es un factor determinacion de la traduccion.
Tambien puede existir en una forma alternativa de
agregados oligomericos, donde no es activa para la
sintesis de proteinas.
La presencia de una forma oligomerica hace que la
proteina recien sintetizada adquiera la estructura
inactiva.
La conversion entre las dos formas recibe la influencia
de los chaperones.
La forma de tipo silvestre tiene el estado genetico
recesivo psi y la forma mutante tiene el estado
genetico dominante PSI.
Ill Introducci6n
Concepto principal .
Los efectos epigenEticos pueden ser consecuencia de
La modificaci6n de un acido nucleico despues de que
se ha sintetizado o de La perpetuaci6n de estructuras
prote\nicas.
La herencia epigenetica describe Ia posibilidad de
que diferentes estados, que pueden tener diferentes
consecuencias fenotfpicas, se hereden sin ningun
cambio en Ia secuencia del DNA. Esto significa que
dos individuos con Ia misma secuencia de DNA en
ellocus que controla el efecto pueden mostrar dife-
rentes fenotipos. La causa basica de este fen6meno
es Ia existencia de una estructura autoperpetuante
en uno de los individuos, que no depende de Ia
secuencia de DNA. Varios tipos diferentes de es-
tructuras tienen Ia capacidad de presentar efectos
epigeneticos:
Una modificaci6n covalente del DNA (me-
tilaci6n de una base).
Una estructura proteinacea que se ensambla
con el DNA.
Un agregado protefnico que controla Ia con-
formaci6n de las nuevas subunidades segun
se sintetizan.
En cada caso, el estado epigenetico es resultado
de una diferencia en Ia funci6n (por lo general in-
activaci6n) determinada porIa estructura.
En el caso de la metilaci6n del DNA, una se-
cuencia metilada puede no transcribirse, en tanto
una no metilada se expresara. La mues-
tra como se hereda esta circunstancia. Un alelo tiene
Los priones causan enfermedades en los
mam\feros
La proteina que causa encefalopatia espongiforme
ovina tiene dos formas de presentacion: la PrP'
no infecciosa de tipo silvestre, susceptible a las
proteasas, y la PrP 5' que causa enfermedad y es
resistente a las proteasas.
La enfermedad neurologica se puede transmitir a los
ratones mediante la inyeccion de la proteina PrP 5'
purificada.
El raton receptor debe tener una copia del gen PrP que
codifica la proteina de raton.
La proteina PrP 5' puede autoperpetuarse y hacer que
la proteina PrP, recien sintetizada, adopte la forma de
PrP 5' en lugar de la forma PrP'.
Multiples cepas de PrP 5' pueden tener diferentes
conformaciones proteinicas.
Resumen
una secuencia metilada en ambas cadenas del DNA,
en tanto el otro tiene una secuencia no metilada.
La replicaci6n del alelo metilado crea cadenas hijas
hemimetiladas que recuperan el estado metilado
gracias a Ia intervenci6n de una enzima metilasa,
Alelo metilado Alelo no metilado
Replicaci6n
!
+
~~
GC
Me
! Metilaci6n
La replicaci6n de un sitio metilado produce
DNA hemimetilado, donde s6lo una cadena progenitora esta
metilada. Una metilasa de perpetuaci6n reconoce los sitios
hemimetilados y afiade un grupo metilo a La base en La cadena
hija, lo que restablece La situaci6n original donde el sitio esta
metilado en ambas cadenas. Un sitio no metilado se mantiene
sin metilar despues de La replicaci6n.
31.1 Introducci6n 819
 constitutivamente activa. La replicacion no afecta
el estado del alelo no metilado. Si el estado de me-
tilacion afecta la transcripcion, los dos alelos difie-
ren en su estado de expresion genica aunque sus
secuencias sean identicas.
Las estructuras autoperpetuantes que se en-
samblan en el DNA suelen tener un efecto represor
al formar regiones heterocromaticas que impiden
la expresion de genes en su interior. Su perpetua-
cion depende de la capacidad de las proteinas en
una region heterocromatica de mantenerse unidas
a esas regiones despues de la replicacion y luego
de reclutar mas subunidades proteinicas para sos-
tener al complejo. Si cada una de las subunidades
se distribuye al azar en cada par de cadenas hijas
durante la replicacion, las dos seguiran marcadas
por la proteina, aunque su densidad disminuya a
la mitad de la concentracion previa ala replicacion.
La muestra que la existencia de efectos
epigeneticos obliga a pensar que una proteina en-
cargada de tal circunstancia debe tener algun tipo
de capacidad de automoldeado o autoensamblado
capaz de restablecer el complejo original.
Puede ser el estado de modificacion de la pro-
teina mas que su presencia en sf, el encargado de un
efecto epigenetico. Por lo general, las colas de las his-
tonas H3 y H4 no estan acetiladas en la heterocroma-
tina constitutiva. Sin embargo, si la heterocromatina
del centromero esta acetilada, los genes silenciados
Heterocromatina Eucromatina
Replicacion
~ ral, de DNA satelite; sin embargo, la formacion de
]) ])])] ]
+]]]])
Autoensamblado I convertido en heterocromatico.
de protefnas t Tal desactivaci6n es resultado de un efecto epi-
])
La heterocromatina esta formada por proteinas
que se vinculan con histonas. La perpetuacion por media de la
division requiere que la proteina se relacione con cada par de
cadenas hijas y luego reclute nuevas subunidades para volver
a ensamblar los complejos represivos.
820 CAPITULO 31 Los efectos epigeneticos son heredados
tal vez se tornen activos. El efecto tal vez se perpetue
durante la mitosis y meiosis, lo que permite suponer
que se ha creado un efecto epigenetico al cambiar del
estado de acetilacion de las histonas.
Los agregados de proteinas independientes que
causan efectos epigeneticos (llamados priones), ac-
tuan por secuestro de la proteina en una forma en
la que no puede mostrar su funcion normal. Una
vez que se forma el agregado de proteinas, obliga
a las nuevas subunidades de proteina a unirse en
confonnaci6n inactiva.
1111 La heterocromatina se propaga
a partir de un episodio
de nudeacion
Conceptos principale>
La heterocromatina es nucleada en una secuencia
espedfica y la estructura inactiva se propaga por la
fibra de cromatina.
Los genes dentro de las regiones de heterocromatina se
encuentran inactivos
La longitud de la region inactiva varia de una celula a
otra; como resultado, la desactivacion de genes en esta
vecindad causa un efecto de posicion abigarrado.
Ocurren efectos de dispersion similares en los
telomeros y los cartuchos silentes en el tipo de
apareamiento de las levaduras.
Un nucleo de interfase contiene eucromatina y he-
terocromatina. El estado de condensaci6n para la
heterocromatina es similar al de los cromosomas en
la mitosis. La heterocromatina es inerte. Permanece
condensada en la interfase, tiene represi6n trans-
cripcional, se replica de manera tardia en la fase S
y puede localizarse en la periferia del nucleo. La
heterocromatina centromerica consta, por lo gene-
heterocromatina no se define en forma rigurosa por
la secuencia. Cuando se transfiere un gen, ya sea
por translocacion cromos6mica o por transfeccion e
integraci6n, bacia una posicion cercana a la hetero-
cromatina, puede tornarse inactivo como resultado
de su nueva localizaci6n, lo que indica que se ha
genetico (vease la seccion 31.1 0, Los efectos epige-
neticos pueden ser heredados). Puede diferir entre
celulas individuales en un animal y da como resul-
tado el fen6meno del efecto de posicion abiga-
rrado (PEV), donde celulas identicas en terminos
geneticos tienen diferentes fenotipos, lo que se ha
descrito bien en el genero Drosophila. La 1
muestra un ejemplo del efecto de posicion abigarra-
do en el ojo de Ia mosca. Algunas regiones del ojo
carecen de color, en tanto otras son rojas debido a
que el gen blanco en alguna region fue desactivado
por la heterocromatina cerana en unas celulas, pero
se mantuvo activo en otras.
La explicacion de este efecto se muestra en
Ia . La desactivacion se expande desde Ia
heterocromatina hacia Ia region adyacente una dis-
tancia variable. En algunas celulas llega bastante
lejos para desactivar un gen cercano, pero en otras
no lo hace. Esto ocurre en un cierto momento del
desarrollo embrionario, despues del cual todas las
celulas de la progenie heredan ese estado del gen.
Las celulas que provienen de un ancestro donde el Perdida de color
gen estaba inactivo forman parches que correspon- en parches
den al fenotipo con perdida de funcion (en el caso
de blanco, ausencia de color).
Cuanto mas cerca este un gen de la heterocro-
matina, mayor probabilidad habra que sea inactivo.
Esto permite suponer que la formacion de Ia hete-
rocromatina puede ser un proceso de dos etapas:
ocurre un episodio de nucleaci6n en una secuencia
especffica y despues Ia estructura inactiva se propaga
por la fibra de cromatina. La distancia hasta la que
Ocurre el efecto de posicion abigarrado en el
se extiende Ia estructura inactiva no esta determi- color del ojo cuando el gen blanco se integra cerca de La he-
nada de manera precisa y pudiese ser aleatoria, con terocromatina. Las celulas donde ese gen es inactivo producen
Ia influencia de parametros como las cantidades de parches blancos en el ojo, en tanto las celulas donde es activo
componentes de protefnas lirnitantes. Un factor que producen parches rojos. La gravedad del efecto depende de La
puede afectar el proceso de dispersion es Ia activa- cercan\a del gen integrado a la heterocromatina. Fotografta por
cortesia de Steven Henikoff, Fred Hutchinson Cancer Research
cion de los promotores en ia region; un promotor Center.
activo puede inhibir Ia dispersion.
Los genes que estan mas cerca de la hetero-
cromatina tienen mayor probabilidad de ser desac-
tivados y, por tanto, seran inactivos en un mayor
porcentaje de celulas. En este modelo, es posible
que los limites de una region heterocromatica ter-
minen por el agotamiento del aporte de una de las
protefnas que se requiere.
El efecto de silenciamiento telomerico en
levaduras es analogo del efecto de posicion abiga-
rrado en el genero Drosophila; los genes transloca-
dos a una ubicacion telomerica muestran la misma
clase de perdida variable de actividad. Esto se debe
\
a un efecto de dispersion que se propaga desde los
telomeros.
Una segunda forma de silenciamiento tiene Iu-
gar en las levaduras. El tipo de apareamiento de
las levaduras lo determina la actividad de un solo
locus activo (MAT), pero el genoma contiene otras
dos copias de las secuencias de tipo de apareamiento
(HML y HMR), que permanecen inactivas. Los loci
HML y HMR comparten muchas propiedades con
Ia heterocromatina y podrfan considerarse regiones
constituyentes de la heterocromatina en miniatura La extension de La heterocromatina desactiva los genes.
(vease la seccion 19.22, Los cartuchos silentes en La probabilidad de que un gen se desactive depende de la distancia que
HML y HMR estan reprimidos). lo separa de la region de heterocromatina.

31.2 La heterocromatina se propaga a partir de un episodio de nucleaci6n 821

 1111 La heterocromatina
depende de interacciones
con las histonas
Conceptos pri nci pales
La HP1 es la proteina clave en la formacion de la
heterocromatina de mamifero y actua par union a la
histona H3 metilada.
La Rapl inicia la formacion de la heterocromatina en
levaduras par union a secl!encias diana especlficas en
el DNA.
Las dianas de Rapl incluyen repeticiones telomericas y
silenciadores en HML y HMR.
La Rapl recluta a Sir3/Sir4, que interactuan con las
colas termina tes N de H3 y H4.
La desactivaci6n de Ia cromatina tiene Iugar cuan -
do se agregan proteinas a la fib ra nucleos6mica. La
desactivaci6n puede deberse a una diversidad de
efectos que incluyen la condensaci6n de Ia croma-
tina para hacerla inaccesible al aparato necesario
para Ia expresi6n genica, Ia adici6n de proteinas que
bloquean de manera clirecta el acceso a los sitios re-
Cromatina activa Cromatina inactiva
La SUV39H 1 es una metiltransferasa de histonas
que actua sabre la 9 Lis de la histona H3. La HPl se une a la
histona metilada.
guladores o proteinas que inhiben en forma directa
la transcripci6n.
Dos sistemas que se han descrito en terminos
moleculares son HPl en los mamfferos y el comple-
jo SIR en las levaduras. Aunque no hay similitudes
detalladas entre las protefnas comprendidas en cada
sistema, el mecanismo general de reacci6n es simi-
lar: los puntas de contacto en Ia cromatina son colas
terminales N de histonas.
La HP l (protefna 1 de Ia he terocromatina) es
una de las proteinas Su(var) mas importantes, iden-
tificada en un principia como una proteina que se
localiza en la heterocromatina mediante Ia tinci6n
de cromosomas politenicos con un anticuerpo diri-
gido contra Ia protefna. Despues se demostr6 que
puede ser producto del gen Su (var)2 -5. Su hom6loga
en la levadura Schizosaccharomyces pombe es codifica-
da por swi6. La protefna original identificada como
HP l hoy se denomina HP l ex debido a que des de
entonces se han encontrado dos protefnas relacio -
n adas, HP l ~ y HP l y.
La HP l contiene un cromodominio cerca del
extrema N y otro relacionado con el, llamado do-
minio de som bra cr6mica, en el extrema C (vease
la Figura 31.6); la importancia del cromodominio
queda de manifiesto por el hecbo de que es Ia loca-
lizaci6n de muchas de las mutaciones de HPl.
La mutaci6n de una desacetilasa que actua sa-
bre Ac- 14 Lis de H3 impide la metilaci6n en 9 Lis. La
H3 que esta m etilada en 9 Lis se une a la protefna
HPl gracias a un cromodominio. Esto sugiere elmo-
delo para iniciar la formaci6n de la heterocromatina
que se muestra en la 1 . Primero, la des-
acetilasa act{la para retirar Ia modificaci6n en 14Lis
y luego Ia metilasa SUV39Hl actua sobre la cola
de la histona H3 para crear la senal metilada a Ia
que se unira HPl. La amplfa la reacci6n
para mostrar que la interacci6n tiene Iugar entre el
cromodominio y Ia lisina metilada, que constituye
un desencadenante para Ia formaci6n de cromatina

. ...
HP1

Extremo N Cromodominio Bisagra Dominio sombra

e
Ala ...................H3

flCiUR~ 31 La metilaci on de la histona H3 ere a un sitio de union para HPl.

822 CAPiTULO 31 Los efectos epigeneticos son heredados

inactiva. La muestra que Ia region inac-
tiva puede entonces extenderse por la capacidad de La HP1 se une a Ia H3 metilada
otras moh~culas de HPl de interactuar entre sf.
Se puede suponer la existencia de una base co-
mun para el silenciamiento en las levaduras porque
depende de un conjunto comun de loci geneticos. Las
mutaciones de cualquiera de un numero de genes
causan activacion de HML y HMR y tambien alivian
la desactivacion de genes que se han integrado cerca La HP1 se autoagregal
de la heterocromatina telomerica. Por lo tanto, los
productos de estos loci actl"tan para mantener un es-
tado inactivo de ambos tipos de heterocromatina.
En la se prop one un modelo para las
acciones de estas protefnas. Solo una de ellas es una
protefna de union a DNA especifica de secuencia. Se
trata de RAP I, que se une a las repeticiones C 1_3A en
1 La union de HP1 a la histona H3 metilada forma
los telomeros, y tambien a los elementos del silen- un desencadenante del silenciamiento porqu e se agrega n mas
ciador de accion en con:figuracion cis que se requie- moleculas de HPl a la cadena del nucleosoma.
ren para la represion de HML/HMR. Las protefnas
Sir3 y Sir4 interactuan con Rapl y tambien entre
sf (pueden actuar como un heteromultimero). Las
Sir3/Sir4 interactuan con las colas terminales N de
las histonas H3 y H4. (De hecho, la primera prueba
de la posibilidad de que las h.istonas tengan una fun-
Colas terminales N de H3/H4
cion directa en Ia formacion de la heterocromatina
provino del descubrimiento de que las mutaciones
sup rim en el silenciarniento en el mapeo de los genes
HML/HMR que codifican H3 y H4) .
La Rap l tiene la participacion crucial de identifi-
car las secuencias del DNA donde se forma la hetero -
l Rap I se une al DNA

cromatina. Recluta Sir3/Sir4 e interactua de manera

directa con las histonas H3 /H4. Una vez que Sir3 /
Sir4 se han unido a las histonas H3 /H4, el complejo
puede polimerizarse aun mas y dispersarse a lo largo
de la :fibra de cromatina. Esto puede desactivar la
l Sir3/Sir4 se une a H3/H4

region, ya sea porque la cobertura rnisma con Sir3 /

Sir4 tiene un efecto inhibitorio, o porque la union
a las histonas H3/H4 induce algun otro cambia en
la estructura. No se sabe que limita la dispersion del
complejo. El extrema C de Sir3 tiene sirnilitud con
las protefnas de Ia lamina nuclear (constituyentes de
l Sir3/Sir4 se polimeriza

la matriz nuclear) y tal vez se encargue de apuntalar

la heterocromatina en la periferia nuclear.
Una serie similar de sucesos forma las regiones
silenciadas en HML y HMR (vease tam bien Ia seccion
19.22, Los cartuchos silentes en HML y HMR estan
reprimidos). Tres factores especificos de secuencia
l Sir3/Sir4 se une a Ia matriz

participan en el desencadenamiento de Ia formacion

del complejo: Rap l , Abfl (un factor de transcrip-
cion) ORC (el complejo de replicacion en el origen).
En este caso, Sirl se une a un factor especifico de
secuencia y reel uta a Sir2, -3 y -4, para formar Ia
estructura represiva. La Sir2 es una desacetilasa de La fo rmaci6n de la heterocromatina se inicia
histonas. La reaccion de desacetilacion es indispen- cuando Rapl se une al DNA. Sir3/ 4 se une a Rapl y tambien a
sable para mantener Ia union del complejo Sir a Ia las histonas H3/H4. El complejo se polimeri za a lo largo de la
cromatina. cromatina y puede conect ar tel6meros a la matriz nuclear.

31.3 La heterocromatina depende de interacciones co n las histonas 823

 La formacion de la heterocromatina en la leva- del centromero, CENP-B, para iniciar m od