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Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet

Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet

7 : ANTIBIOTIQUES ET RÉSISTANCE BACTÉRIENNE :

offensives et contre-offensives

Définition

Les antibiotiques sont des substances d’origine biologique qui, à basse concentration, peuvent inhiber la croissance des micro-organismes (Waksman, 1943).

Découverte de la pénicilline

Le premier antibiotique a été découvert par Flemming en 1929, c’était la pénicilline.

par Flemming en 1929 , c’était la pénicilline . Penicillium chrysogenum , moisissure productrice d e

Penicillium chrysogenum, moisissure productrice de la pénicilline

d e l a p é n i c i l l i n e Flemming

Flemming dans son laboratoire

Flemming devait s’absenter quelques jours ; il a laissé des boîtes inoculées avec Staphylococcus aureus sur sa table, à température ambiante. Normalement, ces bactéries se développent en 36-48h à 37°C. Mais à une température plus basse, la croissance est plus lente. C’est ce qui a permis à une moisissure contaminante de se développer avant les bactéries. A son retour, Flemming a observé qu’autour de la moisissure, les bactéries étaient lysées. Il en a conclu que la moisissure libérait une substance inhibitrice. Cette moisissure était un Penicillium chrysogenum : elle produit la pénicilline G.

Penicillium chrysogenum : elle produit la pénicilline G. Penicillium chrysogenum au centre de la boîte produit

Penicillium chrysogenum au centre de la boîte produit une zone d’inhibition sur les bactéries jaunes qui l’entourent. A droite les sporanges du champignon.

La pénicilline est instable en solution aqueuse. Flemming n’a pas pu la stabiliser. Il a fini par abandonner cette recherche après avoir publié ses résultats. En 1939, Howard Florey (professeur de pathologie à Oxford) testait l’activité de substances bactéricides 1 . Son collaborateur, Ernest Chain a entrepris de reprendre les travaux de Flemming et de purifier la pénicilline avec l’aide de Heatley, un biochimiste. Ils réussirent et confirmèrent les résultats de Flemming, ce qui leur valut le prix Nobel. Alors commença la recherche d’autres antibiotiques chez les micro-organismes du sol (Penicillium chrysogenum est un habitant du sol).

1 Bactéricide : qui tue les bactéries.

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Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet En 1944, Waksman découvrait la streptomycine produite par une

En 1944, Waksman découvrait la streptomycine produite par une bactérie du sol:

Streptomyces griseus (bactérie filamenteuse, ici à gauche). Il reçut le prix Nobel en 1952. Les Streptomyces, bactéries filamenteuses abondantes dans le sol, se sont révélés de grands producteurs d’antibiotiques.

D’autres espèces de moisissures et de bactéries ont été analysées. Malheureusement, beaucoup d’antibiotiques ne sont pas utilisables (trop toxiques pour l’homme). Néanmoins, les années 50 ont été l’âge d’or des antibiotiques!

Différentes étapes de la recherche d’un nouvel antibiotique

On commence par prélever divers échantillons de sol. La terre est mise en suspension dans de l’eau saline stérile et étalée sur différents milieux de culture. Ici l’exemple d’une recherche de Streptomyces producteurs d’antibiotique.

recherche de Streptomyces producteurs d’antibiotique. Ensuite, il faut: 1. Isoler et purifier la souche

Ensuite, il faut:

1. Isoler et purifier la souche productrice

2. Définir ses besoins pour qu’elle produise le ou les antibiotique(s)

3. Définir les conditions de culture en fermenteur 2 de 5L

4. Isoler l’antibiotique

5. Le purifier

6. Tester la substance chimiquement

7. Tests microbiologiques:

Spectre (germes sensibles)

Recherche des concentrations minimales inhibitrices

Spectre

Pour un antibiotique donné, le spectre correspond à la gamme d’espèces qui devraient être sensible au traitement avec cet antibiotique. La notion de spectre concerne surtout les antibactériens. Un antibiotique large spectre agit sur une gamme étendue de bactéries. Un spectre étroit n’agit que sur des bactéries qui appartiennent à un groupe bien défini (par exemple les Gram +). S’il ne connaît pas l’agent infectieux, le médecin va utiliser un large spectre. S’il le connaît, il peut cibler avec un antibiotique à spectre étroit.

2 Fermenteur : grand récipient de 5 à plusieurs centaines de litres utilisé pour les productions industrielles.

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CMI

La CMI correspond à la concentration minimale d’antibiotique capable d’inhiber totalement la croissance d’une souche 3 bactérienne. La CMI est spécifique à une souche et à un antibiotique. En analyse médicale, il faut déterminer la CMI de chaque bactérie isolée de patients. En recherche, on évalue la CMI sur un grand nombre de souches appartenant à chaque espèce jugée sensible à l’antibiotique. Cela donne une idée de la concentration qu’il faudra utiliser pour un usage médical. Ce renseignement sera capital quand on évaluera la toxicité pour l’homme (dose maximale utilisable).

la toxicité pour l’homme (dose maximale utilisable) . CMI = concentra tion minimale d’antibiotique qui inhibe

CMI = concentration minimale d’antibiotique qui inhibe totalement la croissance. Ici, 2 μg/ml.

tours.fr/ue_libre_antibiotiques.pdf Gamme des concentrations actives : Pour une espèce

Gamme des concentrations actives :

Pour une espèce bactérienne, on détermine sur plusieurs centaines de souches les CMI, ce qui donne la gamme de concentrations actives. La valeur moyenne dans cet exemple est d’environ 32 μg/ml. Pour un usage thérapeutique, il faut tenir compte de la limite maximale, ici plus de 40 μg/ml. Il faut donc atteindre plus de 40 μg/ml dans le sérum du malade. A comparer avec les tests de toxicité!

Evaluations pour un usage thérapeutique

Si la substance isolée a passé avec succès toutes ces étapes, viennent les:

8. Tests sur animal pour déterminer:

la toxicité

la pharmacocinétique (vitesse d’élimination)

la dose utilisable

9. Comparaison de la CMI et de la dose utilisable pour évaluer les chances de succès

thérapeutique

10. Tests sur volontaires humains

Durée des recherches pour un nouvel antibiotique: minimum 10 ans et beaucoup de

substances qu’il faut abandonner parce que trop toxiques pour l’homme. Néanmoins, la découverte des antibiotiques a révolutionné la médecine moderne.

3 Souche = isolat provenant d’un patient. Les souches de même espèce provenant de divers patients peuvent répondre différemment à un antibiotique.

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Définitions

On dit qu’une souche est sensible à un antibiotique quand on prévoit un succès thérapeutique avec ce traitement. On parle d’une souche résistante quand on prévoit un échec thérapeutique. Ces définitions sont liées à la dose thérapeutique. Ce qui importe, c’est de prévoir avec des tests in vitro si on a une chance de succès et avec quels antibiotiques.

Organismes producteurs

Il s’agit essentiellement d’organismes du sol : 1) moisissures (champignons) (ex.:

Penicillium) ; 2) bactéries, particulièrement les genres Streptomyces (filamenteux) et Bacillus (formant une endospore). Plus de nombreuses bactéries marines.

une endospore). Plus de nombreuses bactéries marines. Penicillium Streptomyces Les antibiotiques sont des

Penicillium

Plus de nombreuses bactéries marines. Penicillium Streptomyces Les antibiotiques sont des métabolites

Streptomyces

Les antibiotiques sont des métabolites secondaires, c’est-à-dire qu’ils ne servent pas à la construction cellulaire de l’organisme producteur, mais qu’ils apparaissent quand il n’y a plus de croissance. Les Streptomyces ont une production très riche en métabolites secondaires qui semblent avoir des effets inhibiteurs variés: antibiotiques, substances agissant contre les vers, herbicides, antiviraux, immunosuppresseurs, anticancéreux. On ne connaît pas la raison de ce métabolisme secondaire. On a émis l’hypothèse que ces substances appartiennent à un métabolisme ancien et n’ont plus de rôle réel, mais les gènes sont restés actifs. Dans certains cas, ces substances offrent un avantage à l’organisme qui les produit (antibiotiques), ce qui a contribué à leur maintien.

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Streptomyces Coelicolor a) Morphologie typique de Streptomyces du sol Les pigments sont des métabolites secondaires
Streptomyces
Coelicolor
a)
Morphologie typique de
Streptomyces du sol
Les pigments sont des
métabolites secondaires
b) Vue panoramique de S.
coelicolor
c) Production de
métabolites y compris
l’antibiotique bleu
(actinorhodine) dans des
gouttelettes aqueuses
sur la surface
hydrophobe de la colonie
Réf.: Genome Biology Vol3, N°7
(2002) Thompson et al.
Réf.: Genome Biology Vol3, N°7 (2002) Thompson et al. Cette souche de Streptomyces intéresse beaucoup les

Cette souche de Streptomyces intéresse beaucoup les chercheurs. Elle produit plusieurs antibiotiques. On cherche à identifier les gènes responsables. Si la souche nécessite un milieu et des conditions complexes pour se développer, on va tenter d’insérer ces gènes dans un autre Streptomyces plus facile à cultiver en fermenteur. Les Streptomyces sont des bactéries ubiquistes, elles ont un génome très riche.

Agents antimicrobiens de synthèse

On synthétise différents agents thérapeutiques comme des antibiotiques, des antifongiques ou des antiviraux.

Les sulfamidés. Ce sont des analogues structurels de l’acide para-amino-benzoïque, c’est-à- dire d’une molécule qui participe à la synthèse de l’acide folique, une vitamine indispensable à la synthèse des acides nucléiques. Chez les bactéries, le sulfamidé est incorporé à la place de l’acide para-amino-benzoïque et bloque la synthèse! Comme nous ne savons pas fabriquer cette vitamine, il n’y a pas de risque que l’antibiotique interfère avec notre métabolisme.

Certains antibiotiques sont faciles à synthétiser comme le chloramphénicol, c’est un antibiotique de synthèse, bien que d’origine naturelle. Par contre, la tétracycline nécessite environ 72 étapes enzymatiques, dont une bonne partie non spécifique à cette synthèse. Il semble que la bactérie productrice, Streptomyces aureofasciens, utilise plus de 300 gènes! Il est plus simple de laisser le micro-organisme la produire.

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Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet Tétracycline Chloramphénicol On a produit beaucoup de dérivés de la

Tétracycline

Chloramphénicol

2014 Jocelyne Favet Tétracycline Chloramphénicol On a produit beaucoup de dérivés de la pénicilline

On a produit beaucoup de dérivés de la pénicilline (beta-lactamines). Le but est de modifier le spectre ou de les rendre résistants aux enzymes destructrices produites par les bactéries 4 .

Pénicillines semi-synthétiques

Pénicillines semi-synthétiques

Mode d’action des antibiotiques

Les antibiotiques ont une cible précise dans le métabolisme bactérien. Ce sont en général des molécules qui présentent une analogie structurelle avec le substrat d’enzymes jouant un rôle important dans les principales synthèses. L’enzyme se fixe à l’antibiotique et la synthèse est stoppée. Il arrive aussi que l’antibiotique trouve un site de fixations sur l’enzyme, provoquant sa déformation et le rendant inefficace. Ils agissent donc presque exclusivement sur des bactéries en voie de croissance. Une bactérie au repos (par exemple sans source d’énergie, donc sans activité) peut cohabiter avec un antibiotique sans dommage! Les synthèses concernées sont:

synthèse de la paroi (rupture de la paroi)

4 Système de défense élaboré par les bactéries.

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Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet On voit la bactérie coupée en deux par rupture de

On voit la bactérie coupée en deux par rupture de la paroi, consécutive au

blocage de la synthèse: il y a lyse pour insérer une nouvelle brique; ici il y a

eu lyse, mais las de brique à insérer!

synthèse des protéines (enzymes, protéines structurelles)

• synthèse de l’ADN (multiplication)

• synthèse de l’ARN (synthèse des protéines, autres fonctions).

Un groupe d’antibiotiques fait exception en agissant sur la perméabilité de la membrane plasmique. L’antibiotique s’insère dans la membrane plasmique et forme un pore. Une perte de matériel cellulaire s’ensuit, provoquant la mort de la cellule.

Les antibiotiques utilisés en médecine doivent avoir une toxicité sélective, c’est-à-dire que la cible ne doit pas se trouver chez l’homme.

THF: tétrahydrofolate / DHF: dihydrofolate / PABA: acide paraminobenzoique

THF: tétrahydrofolate / DHF: dihydrofolate / PABA: acide paraminobenzoique

La paroi des bactéries contient un polysaccharide (peptidoglycane), qui n’existe pas chez l’homme. C’est une ciblée idéale. Les antibiotiques actifs sur cette synthèse ne pourront inhiber que des bactéries, les champignons ayant une paroi différente. Pour eux, on utilise un fongicide qui bloque spécifiquement la synthèse de leur paroi.

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Pour la synthèse des protéines : les ribosomes (unités qui synthétisent les protéines) des procaryotes sont différents de ceux des eucaryotes. On a donc la possibilité de bloquer sélectivement la synthèse des protéines des procaryotes.

La majorité des antibiotiques tue les bactéries (effet bactéricide). Mais dans certains cas, on préfère que l’antibiotique inhibe la croissance sans tuer les bactéries (effet bactériostatique). En particulier avec les Gram qui relâchent en mourant des endotoxines 5 , pouvant occasionner un choc septique. Dans ce cas, on inhibe les bactéries pathogènes jusqu’à ce que le système immunitaire fasse son travail de nettoyage par phagocytose.

Phagocytose

son travail de nettoyage par phagocytose . Phagocytose Macrophages migrant vers des bactéries Bactéries

Macrophages migrant vers des bactéries

. Phagocytose Macrophages migrant vers des bactéries Bactéries Macrophage Production Macrophage (bleu)

Bactéries

Macrophage

Production

Macrophage (bleu) phagocytant

une levure (jaune)

des anticorps

(bleu) phagocytant une levure (jaune) des anticorps Fixation sur la bactérie pour faciliter la phagocytose
(bleu) phagocytant une levure (jaune) des anticorps Fixation sur la bactérie pour faciliter la phagocytose

Fixation sur la

bactérie pour

faciliter la

phagocytose

Libération des

anticorps

La production d’anticorps et la phagocytose sont deux mécanismes de défense de notre système immunitaire. Même en présence d’un antibiotique, le rôle des macrophages est prépondérant.

Emergence de la résistance aux antibiotiques

La forte utilisation des antibiotiques a provoqué l’émergence et la distribution de la résistance entre bactéries. C’est un grave problème sanitaire! L’OMS met en garde contre la montée de la résistance aux antimicrobien! Résumé des principaux faits 6 :

• Il n’est pas rare que des infections provoquées par des micro-organismes résistants ne répondent pas au traitement classique, ce qui se traduit par une maladie prolongée et un risque de mortalité accru

Près de 440 000 nouveaux cas de tuberculose multirésistante font leur apparition chaque année, entraînant au moins 150 000 décès (34%).

• La résistance à la précédente génération d’antipaludéens est très répandue dans la plupart des pays d’endémie palustre (malaria provoquées par Plasmodium, protozoaire).

Un pourcentage élevé d’infections nosocomiales est provoqué par des bactéries hautement résistantes telles que Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (MRSA), ou les entérocoques résistants à la vancomycine.

5 Endotoxines : élément de la paroi des bactéries Gram-, relâché après la mort de la bactérie. Les endotoxines peuvent provoquer une cascade d’évènements néfastes.

6 http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs194/fr/

% Resistance

% Resistance

% Resistance

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L’usage inadapté et irrationnel des médicaments antimicrobiens offre des conditions favorables à l’émergence, à la propagation et à la persistance de micro-organismes résistants.

La ciprofloxacine est le seul antibiotique actuellement recommandé par l’OMS pour le traitement de la diarrhée sanglante due à Shigella maintenant qu’une résistance généralisée est apparue aux autres antibiotiques précédemment efficaces. Mais l’augmentation rapide de la prévalence de la résistance à la ciprofloxacine réduit les options pour un traitement sûr et efficace de la shigellose, en particulier chez l’enfant. De nouveaux antibiotiques adaptés à l’usage oral sont absolument nécessaires.

Gonorrhée ou blennorragie (affection génito-urinaire sexuellement transmissible). La résistance aux antimicrobiens est devenue un problème sérieux pour le traitement de la gonorrhée (due à Neisseria gonorrhoeae). Elle est en augmentation partout dans le monde. Les gonococcies non traitables entraîneront des taux accrus de morbidité et de mortalité, annulant ainsi les gains obtenus en matière de lutte contre cette infection sexuellement transmissible.

De nouveaux mécanismes de résistance ont fait leur apparition chez plusieurs bacilles Gram-négatifs. Cela rend inefficaces des antibiotiques puissants, qui sont souvent la dernière défense contre les souches multirésistantes de bactéries 7 .

Résistance bactérienne

Exemples de l’évolution de la résistance

16 90 Oxacillin 14 14 13 80 76.5 76.9 Ciprofloxacin 12 70 10 9.2 60
16
90
Oxacillin
14
14
13
80
76.5
76.9
Ciprofloxacin
12
70
10
9.2
60
52.6
50
8
6.5
40
6
30
4
2.2
20
13.9
2
10
0
0
0
0
0
1992
1995
1998
2003
1992
1995
1998
2003
Staphylococcus aureus
Salmonella typhimurium
(sang)
(Ampicilline)
% Resistance
12 11.4 10 9.1 8.1 8 6.9 6 4.4 4 2 0 1999 2000 2001
12
11.4
10
9.1
8.1
8
6.9
6
4.4
4
2
0
1999
2000
2001
2002
2003
25 Streptococcus pneumoniae 21.1 Streptococcus pyogenes 20 15.2 15 12.1 10 9.8 9 5.3 4.9
25
Streptococcus pneumoniae
21.1
Streptococcus pyogenes
20
15.2
15
12.1
10
9.8
9
5.3
4.9
5
1.2
0
1992
1995
1998
2003

Escherichia coli

Erythromycine (tractus resp)

ciprofloxacine

La résistance aux agents antimicrobiens est définie comme la capacité acquise d’un micro- organisme à résister à l’action inhibitrice d’antibiotiques auxquelles l’espèce est généralement sensible. La résistance naturelle de certains groupes de micro-organismes est prise en compte dans l’évaluation du spectre de l’agent antimicrobien. Elle est liée à leur structure qui les protège.

7 OMS: Aide-mémoire N°194, Mars 2012

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Mais ici, il s’agit de l’acquisition d’une résistance. Cela signifie qu’initialement, ces bactéries étaient tuées par cet antibiotique. Aujourd’hui, ce médicament est inefficace!

antibiotique. Aujourd’hui, ce médicament est inefficace! Résistance chez deux souches de MRSA traitées à la

Résistance chez deux

souches de MRSA

traitées à la ciprofloxacine

selon un mode proche de

lutilisation thérapeutique:

infusion toutes les 8 ou 12h

On constate une diminution

importante de la population,

puis une recroissance qui

rejoint le témoin non traité.

Staphylococcus aureus in In Vitro harmacokinetic

Environments

Jeffrey J. Campion,1 Patrick J. cNamara,2 and Martin

E. Evans1,*

Antimicrob Agents Chemother. Dec 2004; 48(12):

47334744.

doi: 10.1128/AAC.48.12.4733-4744.2004

L’évolution de la résistance montre un parallélisme avec l’utilisation des antibiotiques.

C’est chez les bactéries responsables des principales infections humaines que se développe la résistance! (diarrhées, problèmes respiratoires, méningites, infections sexuellement transmissibles, infections nosocomiales). Le problème existe aussi pour les drogues contre certains parasites (malaria) et virus (HIV).

UTILISATION DES ANTIBIOTIQUES

Où?

Genre d'utilisation

Où? Genre d'utilisation Utilisation correcte?
Où? Genre d'utilisation Utilisation correcte?

Utilisation correcte?

Médecine humaine

20% Hôpital

20-50% non

50%

80% Médecine ambulatoire

50% 80% Médecine ambulatoire nécessaire

nécessaire

 

20% Thérapie

40-80% hautement

Agriculture - Médecine vétérinaire

50%

Agriculture - Médecine vétérinaire 50%

80% Prophylaxie - Promoteurs de croissance

Agriculture - Médecine vétérinaire 50% 80% Prophylaxie - Promoteurs de croissance questionnable

questionnable

Ex cours Piffaretti

Lutilisation massive des antibiotiques pour l’élevage a

beaucoup contribué à laugmentation de la résistance.

Comment évolue la résistance?

Il est probable que les facteurs de résistance devaient exister chez certains micro-organismes.

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L’utilisation massive des antibiotiques a provoqué la sélection et la multiplication des souches résistantes. De plus, les bactéries peuvent se transmettre ces facteurs de résistance, même entre espèces différentes!

Exemples de transferts de gènes dans la nature

Gène

Phénotype

Hôte initial

Hôte final

aphA3

Kanamycine

Enterococcus

Campylobacter coli

 

Streptococcus

Staphylococcus

ermB

MLS

Enterococcus

Escherichia coli

 

Streptococcus

Klebsiella pneumoniae

Staphylococcus

ermC

MLS

Staphylococcus

Escherichia coli

tet(M)

Tétracycline

Enterococcus

Eikenella corrodens

 

Streptococcus

Gardnerella vaginalis

Staphylococcus

Haemophilus spp

 

Neisseria spp

Kingella denitrificans

tet(O)

Tétracycline

Enterococcus

Campylobacter spp

 

Streptococcus

Ex Piffaretti

MLS: Macrolide, Lincosamide, Streptogramine B

Les bactéries passent de lenvironnement aux animaux

et aux hommes:

Animals

bactéries passent de l ’ environnement aux animaux et aux hommes: Animals Humans Environment Foodstuff Ex

Humans

bactéries passent de l ’ environnement aux animaux et aux hommes: Animals Humans Environment Foodstuff Ex

Environment

bactéries passent de l ’ environnement aux animaux et aux hommes: Animals Humans Environment Foodstuff Ex
bactéries passent de l ’ environnement aux animaux et aux hommes: Animals Humans Environment Foodstuff Ex

Foodstuff

bactéries passent de l ’ environnement aux animaux et aux hommes: Animals Humans Environment Foodstuff Ex

Ex Piffaretti

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Structure mosaïque du gène penA

chez Neisseria meningitidis

mosaïque du gène penA chez Neisseria meningitidis Les gènes de résistance passent progressivement de la

Les gènes de résistance passent progressivement de la souche

environnementale à la souche pathogène pour lhomme.

La souche environnementale N. flavescens (en bas) est naturellement résistance aux beta-lactames. La souche pathogène est sensible. On voit comment cette souche va devenir progressivement résistante en incorporant les gènes présents dans le domaine de résistance « Transpeptidase ».

Acquisition de la résistance

Les moyens d’acquisition reconnus sont: 1) Origine naturelle (les souches productrices d’antibiotiques produisent des facteurs de résistance !) ; 2) Mutation et adaptation ; 3) Echanges génétiques entre bactéries.

Conjugaison : échange dirigé de matériel génétique

Conjugaison : échange dirigé de matériel génétique Il y a transmission de matériel génétique entre deux

Il y a transmission de matériel génétique entre deux

bactéries

par

un

plasmide

conjugatif

(élément

dADN indépendant du chromosome).

donneuse receveuse
donneuse
receveuse

Chez Escherichia coli

La cellule donneuse (ciliée)

produit un pont

cytoplasmique qui relie les

deux cellules.

Par ce canal, du matériel

génétique va passer de la

cellule donneuse à la

receveuse.

Transformation : acquisition d’ADN libre dans l’environnement

On parle de transformation quand une bactérie intègre de l’ADN étranger du milieu et peut s’en servir. Cet ADN vient généralement de cellules lysées et est libre dans l’environnement des bactéries. Pendant la croissance de la colonie, les bactéries passent par une phase où elles laissent entrer des petites molécules d’ADN (phase de compétence).

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Mécanismes de la résistance

Il y a divers mécanismes.

Modification de l’antibiotique

L’antibiotique est inactivé ou détruit par des enzymes. Exemple: les beta-lactamases qui détruisent les beta-lactames (famille de la pénicilline). On compte plus de 200 beta-lactamases chez les Gram et les Gram +. Ces gènes sont soit sur le chromosome, soit sur un plasmide.

gènes sont soit sur le chromosome, soit sur un plasmide. Il existe plus de 200 bêta-lactamases,
gènes sont soit sur le chromosome, soit sur un plasmide. Il existe plus de 200 bêta-lactamases,

Il existe plus de 200 bêta-lactamases,

chromosomiques et plasmidiques

TEM-I beta-lactamase

Pompe à efflux

La bactérie recrache les molécules d’antibiotique à mesure qu’elles pénètrent dans la cellule. Ainsi, l’antibiotique n’a pas le temps d’agir.

Modification de la cible

Modification de la cible

Modification de la cible

Site actif de Site actif de Site actif de l'enzyme l'enzyme l'enzyme Antibiotique Antibiotique
Site actif de
Site actif de
Site actif de
l'enzyme
l'enzyme
l'enzyme
Antibiotique
Antibiotique
Antibiotique
Substrat
Substrat
Substrat
Enzyme
Enzyme
Enzyme
Site de
Site de
Site de
fixation de
fixation de
fixation de
l'antibiotique
l'antibiotique
l'antibiotique

Substitution de la cible

Les

l’antibiotique.

bactéries

s’adaptent

en

synthétisant

des

récepteurs

modifiés

qui

ne

fixent

plus

Causes de l’augmentation de la résistance

Utilisation massive

• Pauvreté, d’où accès inadéquat aux médicaments

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Pauvreté: mauvais diagnostic

Pauvreté: manque de formation des médecins

Mauvaise utilisation (durée du traitement non respectée)

Contrefaçons non conformes

Demande des patients

Urbanisation et surpopulation:

situation sanitaire

contagion

• Pollution, dégradation de l’environnement et changements climatiques:

• Incidence sur la distribution des vecteurs (insectes…)

Changements démographiques:

Personnes âgées hospitalisées

SIDA, augmente la propagation de maladies qui étaient rares

Résurgence de vieux maux: malaria, tuberculose

Déplacement en avion: distribution inter continents

Conséquences attendues

La généralisation de la résistance aux antibiotiques va avoir des conséquences graves. L’échec d’un traitement prolonge la maladie et augmente le risque de décès. Les patients restent contagieux plus longtemps, d’où un risque accru de propagation et l’obligation de se rabattre sur des médicaments plus rares et plus chers. Scénario catastrophe: retour à la situation pré antibiotiques. Faute d’antimicrobiens efficaces pour le traitement et la prévention des infections, les taux de succès des traitements tels que les greffes d’organes, la chimiothérapie anticancéreuse et les interventions chirurgicales majeures pourraient être en danger.

La montée de la résistance est-elle réversible?

S Abt Mutation Recombination
S
Abt
Mutation
Recombination
Transfer Cost >0 R Abt S R R S
Transfer
Cost >0
R
Abt
S
R
R
S

Cost =0S Abt Mutation Recombination Transfer Cost >0 R Abt S R R S Abt S R

Abt S R
Abt
S
R

S: sensible / R: résistant / ABT: antibiotique / Cost: coût pour les bactéries

> plus grand que

Après contact avec l’antibiotique, on sélectionne des résistants. Il y a 3 possibilités :

1)

la résistance apporte un handicape. A la suppression de l’antibiotique, il y a retour à la forme sensible S.

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2)

Même situation, mais il y a des mutations compensatoires, on aboutit à un mélange de

3)

formes S et R. Il n’y a pas de handicape lié à la résistance, on aboutit à un mélange S et R.

Recherche de nouvelles molécules

1) Recherche dans l’environnement de nouvelles souches productrices : isolement d’une souche productrice identification de la cible.

Utilisation de méthodes modernes (génomique et chimie combinatoire) : recherche d’une

cible potentielle élaboration d’une molécule. Utilisation de la génomique : 1) Connaissance du génome de plusieurs bactéries pathogènes, d’où recherche de régions associées à une fonction spécifique ; 2) Connaissance du génome humain, d’où comparaison pour vérifier l’absence de la cible ; 3) Quand une cible est identifiée, il faut s’assurer que la fonction est essentielle et utilisée lors de l’infection (in vivo). Quand on connaît la structure de la cible, on peut par comparaison avec les banques de données rechercher un type de molécule qui pourrait avoir une action inhibitrice (chimie combinatoire). Cette molécule sera améliorée par voie chimique. Viennent ensuite les essais traditionnels: antibiogramme, recherche du spectre, de la concentration minimale inhibitrice ; essais pour déterminer la dose utilisable, toxicité, pharmacocinétique ; essais sur volontaires humains. Même avec les méthodes modernes de recherche, il est difficile de trouver de nouvelles substances. De plus, les industries ne sont pas très motivées d’investir dans cette recherche, car au final les antibiotiques rapportent moins que les médicaments pour les maladies chroniques. L’OMS a publié la liste des antibiotiques à protéger, substance que l’on ne peut pas utiliser pour les animaux, car ce sont les derniers recours en attendant de trouver mieux.

2)

Stratégies alternatives : soigner sans antibiotiques

Utilisation de la phagothérapie, une alternative?

Les bactériophages sont les ennemis naturels des bactéries. Ce sont des virus, très spécifiques pour une espèce donnée. Ils sont intéressants, parce qu’ils ne s’attaqueront pas aux bactéries de notre flore. Une voie intéressante: l’utilisation conjointe d’antibiotique et de bactériophages spécifiques. Cela permettrait de diminuer la dose d’antibiotique et d’épargner notre flore. Mais il y a beaucoup de problèmes à résoudre avant de pouvoir les administrer à l’homme. La recherche avait commencé peut après la découverte des phages en 1915. Elle a été abandonnée avec l’avènement des sulfamidés et des antibiotiques. Aujourd’hui différents groupes ont repris les recherches. Par exemple le projet européen Phagoburn démarré en 2013 pour traiter les grands brûlés (participation du centre concerné du CHUV et d’UNIL). A noter qu’en Géorgie, on n’a jamais abandonné ces recherches. Vidéo sur le cycle lytique d’un phage spécifique sur Escherichia coli :

D’autres méthodes alternatives sont à l’étude, toutes visant à diminuer l’utilisation des antibiotiques. Il faut accepter que bientôt la chimie ne pourra plus nous protéger, c’et pourquoi il faut exploiter chaque piste, à commencer par la guerre biologique (par exemple avec les phages).

Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet

Séminaire de bactériologie 2014 Jocelyne Favet

Conclusion

On ne sait toujours pas avec certitude pourquoi certains micro-organismes produisent des antibiotiques. Il est évident que la sélection naturelle a favorisé les souches productrices et a ainsi maintenu ce rôle défensif. La présence permanente de substances inhibitrices dans l’environnement a favorisé à son tour la propagation et l’accumulation des facteurs de résistance. Un jour, l’homme a découvert ce mécanisme de défense chez certains organismes du sol. Il en a tiré parti. Mais il n’avait pas compris que la situation naturelle était beaucoup plus complexe. La résistance existait déjà, mais était peu répandue, surtout chez les pathogènes qui n’avaient pas l’occasion de rencontrer les organismes du sol. L’utilisation massive des antibiotiques a sélectionné des souches résistantes. L’erreur est d’avoir tout misé sur les antibiotiques. Aujourd’hui nous recherchons en urgence des stratégies alternatives. Dans l’avenir, quoi qu’on trouve, il faudra se souvenir que les bactéries sont constamment en train de s’adapter aux changements de leur environnement et qu’une résistance peut encore s’organiser.