PRINCIPIOS DE TAXONOMÍA E IDENTIFICACIÓN BACTERIANA

Taxonomía: Ciencia de la clasificación biológica
Taxonomía: Ciencia de la clasificación biológica
• Clasificación: estructuración de los organismos en grupos (taxones)
Subdisciplinas • Nomenclatura: asignación de nombres a los grupos taxonómicos según normas establecidas
• Identificación: determinación de la pertenencia o no de un microorganismo a un taxón 
Identificación: determinación de la pertenencia o no de un microorganismo a un taxón

Fenotípica (Sistema fenético). Comparación de un alto nº de caracteres
Taxonomía polifásica. Clasificación Filogenética: relaciones evolutivas. Utilización de cronómetros moleculares
G
Genotípica: semejanzas genéticas. Comparación de genomas completos o 
tí i j éti C ió d l t
genes individuales
* Taxonomía numérica: agrupamiento en taxones mediante tratamiento informático de un alto nº de caracteres  
(fenotípicos clásicos o moleculares) determinando concordancia de caracteres  entre dos microorganismos

Coeficiente de asociación para dos organismos:

Organismo B
1 0
1 ‐ presencia del carácter // 0 ‐ ausencia del carácter
1 a        b
Organismo A a: nº de caracteres presentes en ambos
0 c        d b + c: nº de caracteres presentes en uno solo de ellos
d: nº de caracteres ausentes en ambos 

a + d
Coeficiente de emparejamiento simple (SSM) = 
Coeficiente de emparejamiento simple (S )=
a + b + c + d

) * Los fenones formados en una semejanza del 80% suelen equivaler a especie. fenón 70: semejanza igual o superior al 70% . Inc. ** Los organismos se agrupan en función de su grado de similitud: fenón Los organismos se agrupan en función de su grado de similitud fenón (fenón 90: semejanza igual o  90 semejanza igual o superior al 90%. .. pero  en ocasiones es  difícil compaginar estos datos con las clasificaciones taxonómicas clásicas existentes.. AGRUPAMIENTOS OBTENIDOS APLICANDO TAXONOMÍA NUMÉRICA MATRIZ DE SIMILITUD                                                                                                           DENDOGRAMA Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.

 sirve de referencia para esa especie * Publicación nuevas especies: “International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology” .RANGOS TAXONÓMICOS (estructura jerárquica sin superposiciones): Dominio / Phylum / Clase / Orden / Familia / Género / Especie (* en algunos casos también Subespecie) Nomenclatura: Sistema binomial *En organismos superiores. Especie: grupos de poblaciones naturales que pueden cruzarse entre si y que están  reproductivamente aisladas de otros grupos Especie procariota: colección de cepas que comparten un alto nº de rasgos Especie procariota: colección de cepas que comparten un alto n de rasgos estables y que difieren de forma  estables y que difieren de forma significativa de otros grupos de cepas. Cepa: descendientes de un cultivo microbiano puro Cepa tipo: una de las primeras caracterizadas y mejor estudiada de la especie.

 normalmente entre especies de un mismo género (entre géneros distintos es muy infrecuente) * Pero la ausencia de transformación no sirve para indicar falta de relación. puede ser debida a otros factores ‐ Conjugación: Indica proximidad (Escherichia solo conjuga con algunos de los otros géneros de Enterobacterias) . bioquímicas. pH. concentración osmótica ‐ Naturaleza de las relaciones simbiónticas ‐ Capacidad de causar enfermedad en un hospedador especifico…  Características genéticas (intercambio de genes por transformación. q . q g .g . g . conjugación. fisiológicas. g  Características morfológicas:  Características fisiológicas y metabólicas: Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.. Inc. oxígeno.  Características ecológicas:  ‐ Preferencias de habitat: necesidades de tª.TÉCNICAS EMPLEADAS EN LA TAXONOMÍA Y FILOGENIA MICROBIANAS: Enfoque clásico: características morfológicas. ecológicas. transducción) ‐ Transformación: Indica relación muy estrecha. genéticas.

 RNA y proteínas • Contenido de G+C (%) (composición de bases del DNA) ‐ Se determina a partir del punto de fusión (Tm) del DNA ‐ A    T.Enfoque molecular: estudio de la secuencia de DNA. G    C : > % G+C              > Tm ‐ alta variabilidad % G+C microorganismos (25%‐80%) alta variabilidad % G+C microorganismos (25% 80%) ‐ diferencias > 10%: genomas con secuencias muy diferentes *pero % similares no indican secuencias DNA similares ‐ utilidad en confirmar clasificaciones previas:  ‐ si hay grandes diferencias % G+C entre organismos de un mismo taxón             debería dividirse ‐ entre Especies del mismo Género variación % G+C <10%  ssDNA dsDNA Copyright © 2004 Pearson Educación SA Copyright © 2004 Pearson Educación SA .

• Hibridación de ácidos nucleicos ssDNA (obtenido por desnaturalización) se reasocia dando dsDNA si hay complementariedad entre sus bases Copyright © 2004 Pearson Educación SA .

nlm.gov/pmc/articles/PMC4361730/pdf/10142_2015_Article_433.000 de genomas (http://www.• Secuenciación de ácidos nucleicos ‐ SSU rRNA  (rRNA 16S procariotas.cme.ncbi.200.edu/) p ) * Amplificación por PCR gen que codifica rRNA (rDNA) (se puede obtener también de microorganismos no cultivados) ‐ Secuencias firma (secuencias signatura):  secuencias cortas id tifi ti identificativas de un grupo filogenético concreto d fil éti t ‐ Análisis de secuencia multilocus (MLST):   ‐ secuenciación de 5‐7 genes implicados en mantenimiento celular ‐ tasa de evolución más rápida que SSU rRNA: diferencias a nivel Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.pdf) .msu. rRNA 18S eucariotas): p ‐ misma función en todos los organismos ‐ evolución lenta  ‐ no están sometidos a transferencia genética horizontal ‐ diferencias de secuencia > 3%: diferentes especies (~ <70‐75% hibridación DNA genómico) > 5%: diferentes géneros variables: comparación organismos relacionados ‐ análisis secuencias  estables: comparación organismos de parentesco p g p lejano ‐ “Ribosomal Database Project”:  > 3.000 secuencias ( p ( http://rdp. de cepa o especie ‐ Comparación de genomas * se conoce la secuencia completa de mas de > 30. Inc.000 de genomas se conoce la secuencia completa de mas de > 30.nih.

 separación en electroforesis  y comparación de patrones de restricción *Endonucleasas Endonucleasas de restricción reconocen secuencias específicas (patrón fragmentos             secuencia nucleótidos) de restricción reconocen secuencias específicas (patrón fragmentos secuencia nucleótidos) ‐ Amplificación por PCR secuencias repetitivas (rep‐PCR) * Secuencias repetidas altamente conservadas : elementos BOX. Secuencias consenso repetitivas intergénicas de enterobacterias (ERIC). . Inc.… Electroforesis Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.• Huella de DNA (DNA “fingerprint”) (diferencias a nivel de cepa o especie) ‐ Ribotipado ‐ Digestión DNA genómico con endonucleasas de restricción y separación de los fragmentos mediante electroforesis ‐ Hibridación con una sonda de SSU rDNA (codifica  SSU rRNA) Copyright © 2004 Pearson Educación SA ‐ Polimorfismos de longitud de fragmentos amplificados (AFLP) ‐ Digestión DNA genómico con endonucleasas de restricción ‐ Amplificación de los fragmentos por PCR.

 histonas. proteínas de S ili í i i bi l ( i hi í d choque térmico…) * La velocidad de cambio de la secuencia de una proteína depende de su función ‐ Por cada posición veinte aminoácidos proporcionan mayor información que cuatro nucleótidos ‐ Mayor dificultad técnica que la secuenciación de ácidos nucléicos M difi l d é i l i ió d á id léi * Se pueden usar métodos indirectos para la comparación de proteínas: movilidad electroforética. . Inc. unión a anticuerpos… NIVEL DE RESOLUCIÓN DE LAS NIVEL DE RESOLUCIÓN DE LAS DIVERSAS TÉCNICAS Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.• Secuenciación de proteínas  ‐ Comparación de  la secuencia de aminoácidos de proteínas con igual función ‐ Se utilizan proteínas cuya secuencia experimente un cambio lento (citocromos.

ÁRBOL FILOGENÉTICO UNIVERSAL (comparación secuencias SSU rRNA) ( p ) Copyright © 2004 Pearson Educación SA .

ÁRBOL FILOGENÉTICO UNIVERSAL (comparación secuencias SSU rRNA) © Pearson Education Limited 2015 LUCA:”Last Universal Common Ancestor” .

 New York  Volume 1 (2001)  The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria  ISBN 0‐387‐98771‐1  Volume 2 (2005)  The Proteobacteria ISBN 0‐387‐95040‐0  Volume 3 (2009)  The Firmicutes ISBN 0‐387‐95041‐9  Volume 4 (2010)  The Bacteroidetes. Lentisphaerae.  Gemmatimonadetes. Fibrobacteres. Fusobacteria. Tenericutes (Mollicutes). Dictyoglomi. Spirochaetes. and Planctomycetes ISBN 0‐387‐95042‐6  Volume 5 (2012)  The Actinobacteria ISBN 0‐387‐95042‐7  .Bergey's Manual of Systematic Bacteriology  2nd Edition  Published by Springer. Acidobacteria. Chlamydiae. Verrucomicrobia.

Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 1st Edition  John G. and remaining Gram‐negative Bacteria  ISBN 0 683 07908 5 ISBN 0‐683‐07908‐5  Volume 4 (1989)  Actinomycetes ISBN 0 683 09061 5 ISBN 0‐683‐09061‐5  . Baltimore. Holt. medical. or industrial importance ISBN 0 683 04108 8 ISBN 0‐683‐04108‐8  Volume 2 (1986)  Gram‐positive Bacteria other than Actinomycetes ISBN 0 683 07893 3 ISBN 0‐683‐07893‐3  Volume 3 (1989)  Archaeobacteria. Editor‐in‐Chief Williams & Wilkins. MD Published in 4 volumes:  Volume 1 (1984)  Gram‐negative Bacteria of general. Cyanobacteria.

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