PRINCIPIOS DE TAXONOMÍA E IDENTIFICACIÓN BACTERIANA

Taxonomía: Ciencia de la clasificación biológica
Taxonomía: Ciencia de la clasificación biológica
• Clasificación: estructuración de los organismos en grupos (taxones)
Subdisciplinas • Nomenclatura: asignación de nombres a los grupos taxonómicos según normas establecidas
• Identificación: determinación de la pertenencia o no de un microorganismo a un taxón 
Identificación: determinación de la pertenencia o no de un microorganismo a un taxón

Fenotípica (Sistema fenético). Comparación de un alto nº de caracteres
Taxonomía polifásica. Clasificación Filogenética: relaciones evolutivas. Utilización de cronómetros moleculares
G
Genotípica: semejanzas genéticas. Comparación de genomas completos o 
tí i j éti C ió d l t
genes individuales
* Taxonomía numérica: agrupamiento en taxones mediante tratamiento informático de un alto nº de caracteres  
(fenotípicos clásicos o moleculares) determinando concordancia de caracteres  entre dos microorganismos

Coeficiente de asociación para dos organismos:

Organismo B
1 0
1 ‐ presencia del carácter // 0 ‐ ausencia del carácter
1 a        b
Organismo A a: nº de caracteres presentes en ambos
0 c        d b + c: nº de caracteres presentes en uno solo de ellos
d: nº de caracteres ausentes en ambos 

a + d
Coeficiente de emparejamiento simple (SSM) = 
Coeficiente de emparejamiento simple (S )=
a + b + c + d

** Los organismos se agrupan en función de su grado de similitud: fenón Los organismos se agrupan en función de su grado de similitud fenón (fenón 90: semejanza igual o  90 semejanza igual o superior al 90%. pero  en ocasiones es  difícil compaginar estos datos con las clasificaciones taxonómicas clásicas existentes.) * Los fenones formados en una semejanza del 80% suelen equivaler a especie. . AGRUPAMIENTOS OBTENIDOS APLICANDO TAXONOMÍA NUMÉRICA MATRIZ DE SIMILITUD                                                                                                           DENDOGRAMA Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies... fenón 70: semejanza igual o superior al 70% . Inc.

Cepa: descendientes de un cultivo microbiano puro Cepa tipo: una de las primeras caracterizadas y mejor estudiada de la especie. sirve de referencia para esa especie * Publicación nuevas especies: “International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology” .RANGOS TAXONÓMICOS (estructura jerárquica sin superposiciones): Dominio / Phylum / Clase / Orden / Familia / Género / Especie (* en algunos casos también Subespecie) Nomenclatura: Sistema binomial *En organismos superiores. Especie: grupos de poblaciones naturales que pueden cruzarse entre si y que están  reproductivamente aisladas de otros grupos Especie procariota: colección de cepas que comparten un alto nº de rasgos Especie procariota: colección de cepas que comparten un alto n de rasgos estables y que difieren de forma  estables y que difieren de forma significativa de otros grupos de cepas.

 pH. puede ser debida a otros factores ‐ Conjugación: Indica proximidad (Escherichia solo conjuga con algunos de los otros géneros de Enterobacterias) . ecológicas. oxígeno. bioquímicas.  Características ecológicas:  ‐ Preferencias de habitat: necesidades de tª. g . q g . genéticas..g . concentración osmótica ‐ Naturaleza de las relaciones simbiónticas ‐ Capacidad de causar enfermedad en un hospedador especifico…  Características genéticas (intercambio de genes por transformación. transducción) ‐ Transformación: Indica relación muy estrecha. q . conjugación.TÉCNICAS EMPLEADAS EN LA TAXONOMÍA Y FILOGENIA MICROBIANAS: Enfoque clásico: características morfológicas. fisiológicas. Inc. normalmente entre especies de un mismo género (entre géneros distintos es muy infrecuente) * Pero la ausencia de transformación no sirve para indicar falta de relación. g  Características morfológicas:  Características fisiológicas y metabólicas: Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.

 G    C : > % G+C              > Tm ‐ alta variabilidad % G+C microorganismos (25%‐80%) alta variabilidad % G+C microorganismos (25% 80%) ‐ diferencias > 10%: genomas con secuencias muy diferentes *pero % similares no indican secuencias DNA similares ‐ utilidad en confirmar clasificaciones previas:  ‐ si hay grandes diferencias % G+C entre organismos de un mismo taxón             debería dividirse ‐ entre Especies del mismo Género variación % G+C <10%  ssDNA dsDNA Copyright © 2004 Pearson Educación SA Copyright © 2004 Pearson Educación SA . RNA y proteínas • Contenido de G+C (%) (composición de bases del DNA) ‐ Se determina a partir del punto de fusión (Tm) del DNA ‐ A    T.Enfoque molecular: estudio de la secuencia de DNA.

• Hibridación de ácidos nucleicos ssDNA (obtenido por desnaturalización) se reasocia dando dsDNA si hay complementariedad entre sus bases Copyright © 2004 Pearson Educación SA .

msu.gov/pmc/articles/PMC4361730/pdf/10142_2015_Article_433. de cepa o especie ‐ Comparación de genomas * se conoce la secuencia completa de mas de > 30.pdf) .200. rRNA 18S eucariotas): p ‐ misma función en todos los organismos ‐ evolución lenta  ‐ no están sometidos a transferencia genética horizontal ‐ diferencias de secuencia > 3%: diferentes especies (~ <70‐75% hibridación DNA genómico) > 5%: diferentes géneros variables: comparación organismos relacionados ‐ análisis secuencias  estables: comparación organismos de parentesco p g p lejano ‐ “Ribosomal Database Project”:  > 3.nlm.edu/) p ) * Amplificación por PCR gen que codifica rRNA (rDNA) (se puede obtener también de microorganismos no cultivados) ‐ Secuencias firma (secuencias signatura):  secuencias cortas id tifi ti identificativas de un grupo filogenético concreto d fil éti t ‐ Análisis de secuencia multilocus (MLST):   ‐ secuenciación de 5‐7 genes implicados en mantenimiento celular ‐ tasa de evolución más rápida que SSU rRNA: diferencias a nivel Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies.000 de genomas se conoce la secuencia completa de mas de > 30. Inc.000 secuencias ( p ( http://rdp.nih.cme.• Secuenciación de ácidos nucleicos ‐ SSU rRNA  (rRNA 16S procariotas.ncbi.000 de genomas (http://www.

 separación en electroforesis  y comparación de patrones de restricción *Endonucleasas Endonucleasas de restricción reconocen secuencias específicas (patrón fragmentos             secuencia nucleótidos) de restricción reconocen secuencias específicas (patrón fragmentos secuencia nucleótidos) ‐ Amplificación por PCR secuencias repetitivas (rep‐PCR) * Secuencias repetidas altamente conservadas : elementos BOX.… Electroforesis Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies. Secuencias consenso repetitivas intergénicas de enterobacterias (ERIC). Inc.• Huella de DNA (DNA “fingerprint”) (diferencias a nivel de cepa o especie) ‐ Ribotipado ‐ Digestión DNA genómico con endonucleasas de restricción y separación de los fragmentos mediante electroforesis ‐ Hibridación con una sonda de SSU rDNA (codifica  SSU rRNA) Copyright © 2004 Pearson Educación SA ‐ Polimorfismos de longitud de fragmentos amplificados (AFLP) ‐ Digestión DNA genómico con endonucleasas de restricción ‐ Amplificación de los fragmentos por PCR. .

 Inc.• Secuenciación de proteínas  ‐ Comparación de  la secuencia de aminoácidos de proteínas con igual función ‐ Se utilizan proteínas cuya secuencia experimente un cambio lento (citocromos. proteínas de S ili í i i bi l ( i hi í d choque térmico…) * La velocidad de cambio de la secuencia de una proteína depende de su función ‐ Por cada posición veinte aminoácidos proporcionan mayor información que cuatro nucleótidos ‐ Mayor dificultad técnica que la secuenciación de ácidos nucléicos M difi l d é i l i ió d á id léi * Se pueden usar métodos indirectos para la comparación de proteínas: movilidad electroforética. . unión a anticuerpos… NIVEL DE RESOLUCIÓN DE LAS NIVEL DE RESOLUCIÓN DE LAS DIVERSAS TÉCNICAS Copyright © 2008 por The McGraw‐Hill Companies. histonas.

ÁRBOL FILOGENÉTICO UNIVERSAL (comparación secuencias SSU rRNA) ( p ) Copyright © 2004 Pearson Educación SA .

ÁRBOL FILOGENÉTICO UNIVERSAL (comparación secuencias SSU rRNA) © Pearson Education Limited 2015 LUCA:”Last Universal Common Ancestor” .

 Verrucomicrobia. Fusobacteria. New York  Volume 1 (2001)  The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria  ISBN 0‐387‐98771‐1  Volume 2 (2005)  The Proteobacteria ISBN 0‐387‐95040‐0  Volume 3 (2009)  The Firmicutes ISBN 0‐387‐95041‐9  Volume 4 (2010)  The Bacteroidetes. Lentisphaerae. Chlamydiae.Bergey's Manual of Systematic Bacteriology  2nd Edition  Published by Springer. Fibrobacteres.  Gemmatimonadetes. Tenericutes (Mollicutes). Acidobacteria. and Planctomycetes ISBN 0‐387‐95042‐6  Volume 5 (2012)  The Actinobacteria ISBN 0‐387‐95042‐7  . Spirochaetes. Dictyoglomi.

 Baltimore. and remaining Gram‐negative Bacteria  ISBN 0 683 07908 5 ISBN 0‐683‐07908‐5  Volume 4 (1989)  Actinomycetes ISBN 0 683 09061 5 ISBN 0‐683‐09061‐5  . MD Published in 4 volumes:  Volume 1 (1984)  Gram‐negative Bacteria of general. medical. Cyanobacteria. Holt. or industrial importance ISBN 0 683 04108 8 ISBN 0‐683‐04108‐8  Volume 2 (1986)  Gram‐positive Bacteria other than Actinomycetes ISBN 0 683 07893 3 ISBN 0‐683‐07893‐3  Volume 3 (1989)  Archaeobacteria.Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 1st Edition  John G. Editor‐in‐Chief Williams & Wilkins.

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