QUMICA Y BIOFSICA DE MACROMOLCULAS I

CLAVE **** PRIMER SEMESTRE

CREDITOS: 10 ASIGNATURA OBLIGATORIA
HORAS POR CLASE Tericas: 2.5
HORAS POR SEMANA Tericas: 5
HORAS POR SEMESTRE Tericas: 80
MODALIDAD: CURSO-SEMINARIO

Asignatura precedente: Ninguna.

Asignatura subsecuente: Qumica y Biofsica de Macromolculas II

Objetivos:
1. Que el alumno conozca y explique los principios fsicos y qumicos que gobiernan la
estructura de macromolculas de inters biolgico.

Metodologa de la enseanza
Curso terico. Exposicin de los temas por parte del profesor, con la participacin activa
de los estudiantes. Discusin de artculos por parte de los estudiantes en seminarios.

Evaluacin del curso:

Exmenes tericos. Participacin en clase y en seminarios.

Temario
I. CONCEPTOS FUNDAMENTALES.
1. La lgica molecular de los seres vivos.
1.1. Axiomas fundamentales de los seres vivos.
1.2. Espacio, tiempo y energa de los seres vivos.
1.3. La jerarqua de la organizacin molecular de los seres vivos.
2. Generalidades sobre las macromolculas informacionales por excelencia (cidos
nucleicos y protenas).

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3. Principios de termodinmica
3.1. Energa y primera ley de la termodinmica.
3.2. Entropa y segunda ley de la termodinmica.
3.3. Energa libre de Gibbs.
4. tomos e hibridacin de orbitales.
5. Enlaces qumicos covalentes y no-covalentes (electrostticos, puente de hidrgeno,
interacciones de Van der Waals).
6. Electronegatividad, papel de los pares electrnicos solitarios, resonancia,
tautomerismo.
7. Grupos funcionales ms importantes en bioqumica. Sus interrelaciones y
nomenclatura.
7.1. Hidrocarburos.
7.2. Alcoholes, fenoles, y teres.
7.3. Aldehdos y cetonas.
7.4. Acidos carboxlicos y derivados.
7.5. Aminas y derivados.
8. Reactantes, reacciones qumicas y catlisis.
8.1. Formacin y destruccin de enlaces.
8.2. Nuclefilos y electrfilos.
8.3. Radicales libres.
8.4. Oxidacin y reduccin.
8.5. Catlisis cido-base.
8.6. Tipos de reaccin (substitucin, eliminacin y adicin).
8.7. Energa de activacin.
8.8. Efectos inductivos y mesomricos.
8.9. Cintica de las reacciones qumicas.
8.10. Termodinmica de las reacciones qumicas, equilibrios mltiple y
conformacional.
9. Estereoisomerismo.
10. Propiedades del agua que repercuten en las biomolculas.
10.1. Propiedades fsicas del agua.

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 10.2. Estructura del agua lquida.
10.3. El agua como solvente.
10.4. Agua estructurada y desestructurada.
10.5. Conceptos de acidez y alcalinidad.
10.6. Amortiguadores.
10.7. Soluciones
11. Carbohidratos.
11.1. Monosacridos, disacridos.
11.2. Polisacridos de reserva.
11.3. Polisacridos estructurales.
11.4. Mucopolisacridos.
12. Lpidos y membranas biolgicas.
12.1. Lpidos compuestos (saponificables): acilglicridos, fosfoglicridos,
esfingolpidos y ceras.
12.2. Lpidos simples (insaponificables).
12.3. Interacciones hidrofbicas y anfifilicidad.
12.4. Organizacin lipdica de las membranas.
II. ESTRUCTURA DE CIDOS NUCLEICOS.
13. Propiedades y nomenclatura de bases, nuclesidos y nucletidos.
14. Composicin de los diferentes cidos nucleicos.
15. Formas estructurales de los cidos desoxiribonucleicos.
16. Formas estructurales de cidos ribonucleicos.
17. Introduccin a la manipulacin qumica y enzimtica de cidos nucleicos.
18. Secuenciacin de cidos nucleicos.
19. Sntesis qumica de cidos nucleicos.
20. Hibridacin de cidos nucleicos.
III. ESTRUCTURA Y FUNCIN DE PROTENAS
21. Propiedades, ionizacin y polaridad de aminocidos.
22. Cadenas polipeptdicas y enlace peptdico.
23. Estructura primaria
23.1. Mtodos para su determinacin

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 23.2. Comparacin de secuencias
24. Estructura secundaria.
24.1. La hlice alfa.
24.2. Estructura beta plegada.
24.3. Otras estructuras secundarias.
24.4. Principios de determinacin y prediccin de estructuras secundarias.
25. Estructura terciaria.
25.1. Organizacin general del esqueleto peptdico.
25.2. Entorno ambiental de residuos individuales.
25.3. Densidad de empaquetamiento en protenas estructuradas.
25.4. Dinamismo de la estructura terciaria.
25.5. Desnaturalizacin/renaturalizacin de protenas.
25.6. Secuencia y prediccin de funciones.
25.7. Principios de determinacin de estructura terciaria.
25.8. Principios de modelamiento computacional de protenas.
26. Estructura cuaternaria.
26.1. Consideraciones sobre simetra.
26.2. Determinacin del nmero y tipo de monmeros
27. Ejemplos puntuales de relacin estructura/funcin en catlisis, alosterismo y pegado
de ligandos.
28. Enzimas.
28.1. Mecanismos de accin enzimtica.
28.2. Catlisis enzimtica.

Bibliografa Bsica
Se emplearn captulos seleccionados de las siguientes fuentes:
1. Branden, C., and Tooze, J. Introduction to Protein Structure. Garland Publishing,
Inc., 1999.
2. Biophysics Textbook Online. http://www.biophysics.org/btol/
3. Creighton, T. E. Proteins: Structures and Molecular Properties. W.H. Freeman &
Co., 1992.
4. Crothers, D. M., Kill, J., Tinoco, I., Hearst, J. E., Wemmer, D. E., and Bloomfield, V.
A. Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions. University Science
Books, 2000.

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5. Gait, M. G., and Blackburn, G. M. Nucleic Acids in Chemistry and Biology. Oxford
University Press, Inc., 1995.
6. Nelson, D. L., and Michael, M. Lehninger Principles of Biochemistry, 3rd ed.
Worth Publishers, Inc., 2000.
7. Stryer, L. Biochemistry, 4th ed., W. H. Freeman & Co., 1999.

Bibliografa complementaria.
En el curso se emplear informacin proveniente de revistas y libros especializados, los
cuales podrn incluir los siguientes:
1. Cantor, C. R., and Schimmel, P. R. Biophysical Chemistry: Part I: The
Conformation of Biological Macromolecules. W. H. Freeman & Co., 1980.
2. Copeland, R. A. Enzymes: A Practical Introduction to Structure, Mechanism,
and Data Analysis. John Wiley & Sons, 2000.
3. Daune, M., Duffin, W. J. and Blow, D. Molecular Biophysics : Structures in
Motion. Oxford University Press, 1999.
4. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science : A Guide to Enzyme
Catalysis and Protein Folding. W. H. Freeman & Co., 1999.
5. Hammes, G. G. Thermodynamics and Kinetics for the Biological Sciences. John
Wiley & Sons, 2000.
6. Lesk, A. M. Introduction to Protein Architecture : The Structural Biology of
Proteins. Oxford University Press, 2001.
7. Silverman, R. B., A. Nasim and R. J. Silverman. The Organic Chemistry of
Enzyme-Catalyzed Reactions. Academic Press, 1999.

Perfil profesiogrfico.
Dada la actualidad y profundidad que se desea en cada una de las asignaturas del
programa, se emplearn preferentemente investigadores con doctorado, que laboren en
temas relacionados a la asignatura. En casos particulares, el Comit Acadmico podr
autorizar la participacin de estudiantes doctorales avanzados o de profesores con
experiencia en la temtica de la asignatura.

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