El cido desoxirribonucleico (ADN) es el analito.

Por tanto, para una buena

extraccin debemos tener en cuenta una buena y un correcto proceso de
obtencin de esta molcula a partir de material biolgico. La extraccin de ADN
consta de una etapa de lisis, que consiste en romper las estructuras que
confinan el citoplasma y liberar al medio su contenido y otra de purificacin,
que implica la retirada de la solucin final de la mayora de elementos que
pueden interferir.
Se trata de substancias que interfieren con las ADN polimerasas termoestables
ya sea mediante el bloqueo directo total o parcial de su actividad cataltica o
mediante la unin directa al ADN de doble cadena. Por ejemplo, algunas
substancias interaccionan con los iones Mg2+

(un cofactor crtico de la actividad cataltica) o disminuyen su disponibilidad

pudiendo inhibir la PCR. En la tabla 1 se recogen algunas de las principales
substancias inhibidoras conocidas. Otra importante fuente de inhibicin son los
propios reactivos que se usan en el proceso de extraccin de ADN, como por
ejemplo, el exceso de KCl, NaCl y otras sales, detergentes inicos, etanol e
isopropanol, fenol y otros.
http://www.microbial-systems.com/web/docs/Newsletter_Microbial_03.pdf
en particular si se considera que algunos compuestos polifenlicos, azucares
de cadenas largas y otros metabolitos secundarios pueden afectar el proceso
de extraccin
el ADN es afectado en menor medida por los cambios ambientales
En la homogeneizacin mediante agentes qumicos, la muestra se mantiene en
solucin a altas temperaturas en presencia de detergentes, proteasas y
agentes caotrpicos que rompen las uniones entre las clulas o que incluso
pueden perforar la membrana celular.
Si se excede la cantidad recomendada se puede sobresaturar el sistema, con lo
que se afecta el rendimiento y aumentan las impurezas del extracto, de
manera que es aconsejable realizar experimentos preliminares con distintas
cantidades de material inicial para determinar cul es la cantidad apropiada,
en particular en los sistemas de extraccin tradicionales
http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/710/extraccion.pdf
El buffer de lisis acta como un agente reductor y antioxidante capaz de
romper puentes disulfuro, lo que permite la degradacin de las membranas
celulares. en donde interacciona en la ruptura de enlaces peptdicos,
permitiendo la degradacin de las membranas celulares y protenas presentes
durante la extraccin que pueden afectar el ADN
Algunos de los posibles factores que afectan las condiciones de la muestra son
la presencia de microorganismos, comida digerida y no digerida, mucosidad,
productos solubles y no solubles del tracto intestinal y enzimas liberadas por
las clulas y bacterias (Condori y Luna, 2007).
http://revistas.tec.ac.cr/index.php/tec_marcha/article/viewFile/2081/1887
Factores que afectan a la movilidad electrofortica del ADN.
El voltaje que se aplica en los geles de agarosa depende de la resolucin
requerida y del tamao de los fragmentos a separar. Entre 1-10V/cm (los cm se
refieren a la distancia entre los electrodos), la movilidad electrofortica de los
fragmentos lineales de dsDNA es proporcional al voltaje aplicado; sin embargo,
si se incrementa el voltaje, los fragmentos grandes cambian su movilidad
electrofortica, sin que sta guarde relacin con su tamao.
En general, la separacin de fragmentos grandes de DNA es mejor a bajos
voltajes (aunque esto incrementa el tiempo de electroforesis). Sin embargo,
elevados voltajes producen bandas estrechas y bastante bien resueltas cuando
se trata de fragmentos pequeos.
Un dsDNA lineal se mueve en un gel de agarosa a una velocidad que es
dependiente del tamao del poro del gel. A mayor concentracin de agarosa,
menor dimetro de poro y menor movilidad. La movilidad electrofortica de los
fragmentos de DNA es inversamente proporcional al logaritmo de su tamao,
expresado en p
es necesario lograr una completa desnaturalizacin de las protenas, para
evitar la aparicin de bandas fantasmas en la electroforesis (bandas dobles por
la concentracin o por el tiempo de incubacinares de bases.).
otro factor que afecta significativamente a la electroforesis es la temperatura,
esta es importante puesto que por el efecto Joule el paso de una corriente
elctrica va a producir calor y este es directamente proporcional a la diferencia
de potencial y a la resistencia. Por lo tanto, es necesario controlar de manera
estricta la temperatura para que esta no afecte a la muestra
desnaturalizndola.
https://iie.fing.edu.uy/investigacion/grupos/gti/timag/trabajos/2006/electrofores
is/proceso.html