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4.

Genmica en plantas
Por qu?
Vamos a ver cules son las razones de secuenciar el genoma de las plantas,
que son bsicamente las misma que habamos visto para los animales:
1. Las razones econmicas (alimentacin). Tendremos unas plantas
con inters econmico y se realizan tpicamente estudios similares a
los de los animales. La aproximacin terica y de concepto es muy
similar a las ya vistas.
2. La siguiente razn es la generacin de frmacos. Las plantas se
pueden transformar y modificar genticamente de forma ms sencilla
que los animales y la tecnologa para este proceso ya era conocida.
Hay muchos frmacos que tienen su origen en las plantas, frmacos
que tienen que ver con el tratamiento del cncer. Son especies
difciles de cultivar que si se conocen los genes, estos se podran
trasladas a plantas ms fciles de cultivar
3. Y por ltimo tendramos el aspecto de la evolucin de las distintas
especies y la posibilidad de comparacin.

Modelo vegetal
Cuando hablemos de las plantas hablaremos primero del modelo vegetal
por excelencia, que es Arabidopsis thaliana.
Arabidopsis respecto a las plantas con las que trabajamos (como la patata)
tiene muchas similitudes. Arabidopsis tiene ciertas ventajas que la
convierten en el modelo idneo:
1. Es pequea, por lo que se pueden tener miles en un invernadero.
2. Es fcil de crecer sin requerimientos especficos.
3. Es hermafrodita de forma que se puede auto-fecundar, y as obtener
clones, lneas puras y que sean todas iguales genticamente a la
lnea parental.
4. Pertenece a la familia Brassica.(*dato mo: Este gnero se destaca
por incluir muchas especies cultivadas importantes en agricultura y
horticultura.Debido a su importancia agrcola, las brassica tienen
mucho inters cientfico).
5. Adems tiene un ciclo de vida corto, de 6 a 8 semanas en el
laboratorio. Esto supone la ventaja de que en un ao podemos tener
muchsimas generaciones.
Tiene una distribucin en todos los pases del mundo, muy extensa, y
adems tiene un panel de 300 genotipos de distintos a travs del mundo.
Es un panel estndar para poder ver situaciones de estrs frente a distintos
nutrientes y ver cules de los paneles funcionan mejor. Todos pueden
utilizar dicho panel y as los datos son comparables entre pases porque se
utiliza la misma planta genticamente hablando.

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Genoma de plantas
Otra de las ventajas de Arabidopsis es que tiene un genoma pequeo,
haciendo el anlisis ms barato. Si comparamos su genoma con el de
humano si es pequeo, pero comparado con el trigo es muy muy pequeo,
de forma que el anlisis va a ser ms sencillo en esta planta.

Lo primero que observamos es que los


genomas de las plantas respecto de los
de animales son tpicamente mucho
ms grandes. El genoma de una planta
es ms grande que el de un animal por
causas evolutivas. Esto es porque una
planta tiene que hacer frente a todas
las situaciones climticas y sus
adversidades sin poder moverse, de
forma que aunque son ms simples
desde el punto de vista de genes,
parece que tienen ms en nmero y
por tanto un genoma ms grande.

Es verdad adems que tienen un genoma muy grande, pero si comparamos


la parte del genoma de DNA basura, la cantidad de genes en el trigo es
proporcionalmente muy baja respecto del genoma total. No es que el
genoma sea mucho ms grande solo porque tenga ms genes, sino porque
adems tiene muchsimo ms DNA basura (que no son genes propiamente,
porque no se transcriben, como por ejemplo los transposones).
Esto nos vuelve a llevar a una situacin, que es que en nuestro genoma solo
una parte pequea es codificante. Esto nos hace plantearnos si habra que
secuenciar todo ese genoma y si tenemos que hacer ese esfuerzo, o igual
no nos interesa secuenciarlo todo. El saber que el DNA repetitivo tiene un
valor muy importante, hace que muchas veces nos planteemos secuenciar
todo el genoma o no secuenciar el genoma de las plantas y utilizar
estrategias diferentes. Muchas veces estas regiones intergnicas, como los
transposones, van a ser importantes para la planta, incluso hay teoras
evolutivas que sostienen que esta evolucin se produce por el movimiento
de los transposones.
REPRESENTACIN DE LOS CROMOSOMAS DE ARABIDOPSIS
Tenemos en la imagen una representacin del artculo en el que se public
el genoma de Arabidopsis. Es larepresentacin de algunos de los
cromosomas. Podemos ver un aspecto importante que es el de presentacin
de los datos. Enrojo arriba tenemos un cromosomas con la escala de
distintos tamaos y en las distintas lneas de abajo nos aparecen los genes,
los EST (son secuencias que se expresan).

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Sabemos que son secuencias que se expresan porque son secuencias que
aparecen a nivel de RNA mensajero. Si secuenciamos el RNA mensajero
sabremos que secuencias se expresan. El transcriptoma tiene susproblemas,
porque no todos los genes se transcriben en los mismos momentos y en los
mismos tejidos. La planta en cuanto a tejidos es mucho ms sencilla que los
animales, porque tiene tallo, races y hojas, por lo que hacer un anlisis en
cuanto a transcriptoma puede ser buena idea. Se realizan algunas lecturas
para ver que en el transcriptoma estn los complementarios de los genes.
Debajo tenemos los transposones, los TE, que hacen que el genoma est
lleno de DNA basura. Los transposones se localizan de la siguiente manera:
si encontramos una misma secuencia en 18 lugares distintos de un
cromosoma, lo ms probable es que sean copias, pero si est un milln de
veces no sern copias sino elementos transponibles, es el hecho de ser
repetitivos. Al ser tan elevados en plantas, estos transposones favorecen la
recombnacin y la aparicin de individuos poliploides. Y luego tenemos el
RNA.

DUPLICACIN EN EL GENOMA DE ARABIDOPSIS


Adems el genoma de Arabidopsis ha sufrido muchas duplicaciones. La
gentica comenz con el guisante, que fue fcil de analizr por una de sus
caractersticas, que es diploide (el trigo es hexaploide y la patata
tetraploide, lo que supone mayores problemas). Muchas de las variedades,
para conseguir un fruto mayor, pasan de ser diploides a tetraploides.

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Otras especies, sin duplicar
el genoma completo (n),
tienen duplicaciones dentro
del mismo cromosoma o en
cromosomas distintos. As la
mayor parte de las plantes
tienen duplicaciones totales
o parciales del genoma, y
pueden tener la misma
secuencia en dos
cromosomas distintos. Esto
dificulta a la hora de secuenciar el genoma. Vemos que muchas partes en
este ejemplo estn secuenciadas.
En las plantas, las duplicaciones son un proceso muy abundante, lo que
hace que el anlisis de los genomas, ensamblar y ver cuntos genes hay, se
complique mucho, porque ver el mismo gen tres veces puede ser que
tenemos 3 alelos del mismo gen (3n) o el mismo gen tres veces en distintas
partes del cromosoma. Es un procesos clave que se da en casi todo tipo de
plantas, todos los genes se encuentran agrupados en familias de al menos 5
integrantes.
ARABIDOPSIS CONTIENE 41 FAMILIAS DE GENES DESCRITOS

Arabidopsis adems tiene de


curioso, que cuando se
empezaron a buscar sus genes se
observ que no haba nada con lo
que comparar, nada que usar
como referencia en plantas.
Porque el ser humano no tiene
genes transportadores de iones a
travs de las races y el
metabolismo es distinto. As se
encontraron muchsimas familias
de genes que no se saba que
existieran, de forma que a veces
se pensaba que no eran genes.

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En la imagen podemos observar el anlisis
funcional del genoma de Arabidopsis y lo
primero que se vio es que haba muchos genes
relacionados con el metabolismo y la
transcripcin. Genes relacionados con la
divisin celular y la defensa, pero todava hay
muchsimas secuencias con aspecto de gen
que no sabemos si son genes o no ni sabemos
que es lo que hacen.

En este grfico podemos


ver que si lo comparamos con otro tipo de organismos, para el ao 2000 se
ve que el metabolismo tiene muchsimas protenas ms que el ser humano
porque tiene metabolismos muy complejos, aunque en todos los organismos
predominan los genes responsables del metabolismo y la
transcripcin/traduccin.

Secuenciacin del genoma de plantas


Por tanto la razn de secuenciar Arabidopsis es que era un modelo y que su
genoma era sencillo, adems es muy bueno porque tiene muchsimas
ventajas:
1. No tiene valor agricultural directo, pero sin embargo est relacionado
con otras plantas que s lo tienen como la col y la mostaza
2. Es un modelo de referencia para todas las plantas
3. Fue el primer genoma de plantas secuenciado, en diciembre del 2000
El tamao de su genoma es de alrededor de 130Mpb
El genoma es pequeo, de unos 28.000 genes
Presenta duplicaciones parciales (de segmentos, no genera
nuevos cromosomas)

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Adems las duplicaciones son de ms de 100.000 bases
(100kb), que constituyen aproximadamente el 60% del genoma
de Arabidopsis.
No son tetraploides porque solo tienen 2 juegos de
cromosomas pero presenta un proceso de ploidizacin
mediante la duplicacin de segmentos.
Solo el 35% de los genes de Arabidopsis son nicos,
mientras que el 38% pertenecen a familias de ms de
cinco miembros
En la evolucin siempre se ha dado un proceso de duplicacin y divergencia,
ya que si la acumulacin de mutaciones hiciera que una copia no funcionase
tendramos otra copia funcional, pero adems las copias nuevas pueden
obtener nuevas funciones. Esto hace que tengamos que consumir ms
recursos para duplicar un genoma ms grande en las divisiones, pero el
balance parece que es eficiente, es decir, merece la pena esta estrategia.

Agricultura y genmica
BACKGROUND
La revolucin verde fue cuando se dej de usar tanto pesticida en el
momento en el que la qumica entr en la agricultura mediante herbicidas,
fosfatos, fertilizantes. Esto hizo que la cantidad de produccin de las tierras
modificara el periodo de rotacin de las tierras, ya que aadan los
fertilizantes y ya no haca falta rotar los cultivos. Eso mataba todo el
ecosistema de ese medio.
As, la agricultura utiliz la genmica para realizar la revolucin verde. La
revolucin verde se produjo principalmente porque se produjo una explosin
en la poblacin, existiendo una malnutricin de 7 billones y 800 millones de
personas.
Esta revolucin ha permitido que la produccin pudiera seguir adelante,
evitando este proceso de adicin de qumicos. Se tiende a una mejora en la
que no todo reside en la qumica sino que pretenden hacer que la propia
planta sea resistente en vez de aadir pesticida. La situacin en este punto
es que nos interesa conocer qu caractersticas de las plantas son las que
van a tener un efecto en el rendimiento econmico, tanto en la produccin
de frutos como en la resistencia, como en el crecimiento. La tasa de
fecundacin de plantas tradicional era lenta, por lo que se pretenda
identificar genes para caracteres que fueran tiles y poder relacionar estos
caracteres mediante mapas genticos y fsicos y realizar estrategias de
genoma completo. As se pudo mejorar la cadena alimenticia y la seguridad
en cuanto a patgenos.
PROYECTOS DE SECUENCIACIN RELACIONADOS CON LA AGRICULTURA

As las aproximaciones para aplicar la genmica a la agricultura:


Son similares para los cultivos de plantes y para los animales
Relaciona caracteres con genes:
Relaciona mapas genticos con mapas fsicos

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Raramente son caracteres monognicos
As volvemos a los anlisis de QTLS (Quantitative Trait Loci),
caractersticas cuantitativas que presentan las plantas y que
nos proporcionaban una ventaja, es el mismo concepto que en
animales.
La secuencia de DNA:
Presenta algunos problemas debido al tamao del genoma
Por lo tanto se utilizan relaciones sintticas
Se utilizan los ESTs
Los genes pueden ser manipulados, tanto por fecundacin como por
ingeniera gentica, para eliminar caracteres deletreos y mejorar los
caracteres deseados.
El problema en este caso es que para encontrar unas caractersticas
especficas tendremos que secuenciar muchas cosas que no son
informativas. Si conocemos las caractersticas importantes se pueden
modificar, porque la generacin de organismos transgnicos en plantas es
relativamente sencillo.
ANIMALES DE GRANJA Y P ATGENOS
Hay otros procesos ms de plantas que estn relacionados con la
agricultura, que son las plantas para el consumo y con el estudio de
patgenos.
SECUENCIACIN DE GENOMAS DE PLANTAS PARA CULTIVO:
As se plante la secuenciacin de otras plantas a parte de Arabidopsis, y se
comenz por el arroz por las siguientes razones:
1. Tiene importancia como cultivo ya que es la mayor fuente de
alimentacin en los pases pobres y es la principal fuente de
alimentacin para la mitad de la poblacin mundial (3 billones de
personas). Millones de personas viven del arroz como sustento de su
alimentacin .
2. Porque su demanda se ha incrementado drsticamente
3. En Asia el 80% de las caloras diarias provienen del arroz
4. Slo en Asia la demanda podra incrementarse al menos en un 35%
EL GENOMA DEL ARROZ

El genoma del arroz es de los ms pequeos entre los genomas de los


cereales (trigo, avena, centeno, cebada, maz), teniendo muy pocos
elementos repetitivos.
Presenta sintena con otros cereales, ya que presenta una evolucin
reciente de un ancestro comn aproximadamente hace unos 50-70
millones de aos.
Se han realizado mapas fsicos y genticos del arroz.
Existen fuentes genmicas, ya que tiene millones de ESTs
Presenta una transformacin eficiente.

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El arroz tiene la ventaja de que es una
monocotiledonia. En la imagen vemos los
cromosomas que tiene comparados con el
maz y con el trigo, que es pequeo y
adems tiene pocas secuencias repetitivas
con respecto a otras plantas (no son pocas
en s mismas).

As, el arroz es el modelo de las plantas monocotiledoneas y es el cereal que


supone la mayor fuente de alimentacin para la poblacin mundial. De esta
forma se secuenci la especie de arroz Oryza sativa spp japonica cv
Nipponbare, porque hay muchas especies.
RICE GENOME ANNOTATION P ROJECT :
Hicieron la secuenciacin e hicieron una base de datos ("Rice Genome
Annotation Project"). La ultima actualizacin es de febrero de 2013 y la
anotacin de genes es que tiene unos 56.000, de los que NO son, y estn
relativamente seguros de que no son elementos transponibles, 39.000. Por
tanto tenemos casi 17.000 elementos transponibles, lo que supone un
problema porque 1/3 del genoma son elementos transponibles, lo que
supone un coste energtico. Se ven las diferencias en cuanto al tamao de
laso genes, cantidad de exones e intrones.
Esta base de datos tiene un buscador ("browser"). En esta base de datos
podemos realizar lo mismo que en el ensemble, con un navegador podemos
transitar entre los genes. Pero ocurre lo mismo que en Arabidopsis, hay
genes que no sabemos seguro si lo son o no, y si tienen aspecto de genes
no sabemos lo que hacen. La gente lo que quiere es mejorar la produccin
de arroz, realmente no le importa lo que hacen los genes si saben cual
mejora la produccin, el que le hace resistente, etctera.
SINTENA :
Aqu utilizan otra vez ese concepto de sintena, hay bloques que se duplican
dentro de la misma especie y tambin entre especies distintas lo que es
importante a la hora de ir ensamblando. En la gentica clsica, la sintena
describe la co-localizacin de los loci genticos en el mismo cromosoma
entre un individuo o especie. Hoy en da sin embargo, los bilogos
tpicamente se refieren a la sintena como la conservacin de los bloques
entre dos grupos de cromosomas que se comparan entre ellos.
ESFUERZOS PARA SECUENCIAR EL GENOMA DEL ARROZ (INTERNATIONAL RICE
GENOME SEQUENCING PROJECT (IRGSP))
Se realizaron distintos esfuerzos:
El pblico que es el IRGSP que secuenciaban clon a clon
El Beijing Genomics Institute que utilizaban la tecnologa shotgun

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El privado: Por Monsanto/Syngenta mediante la tecnologa shotgun.
Consiguieron la suficiente covertura que permitiera mapear ciertos
caracteres fenotpicos como el tamao de las plantas y la fertilidad.
El proyecto pblico obtuvo una cobertura de 10x utilizando dos cepas:
Indica y Japonica. As el arroz se convirti en un modelo estandar (gold
standard) para otros genomas de cereales. Lo compararon no solo con esto
sino tambin con el maz que es el sustento principal en Amrica, as como
en Europa el trigo, y se pueden utilizar microarrays de arroz en el RNA del
maz.
HECHOS ACERCA DEL GENOMA DEL ARROZ :
Tiene un tamao de 430Mbp (3,3XArabidopsis)
Tiene aproximadamente 60.000 genes
Tiene elementos repetitivos, sobre todo en regiones intergnicas,
mientras que los humanos los tenemos en intrones
Los animales utilizan el splicing alternativo y las plantas podran
utilizar la duplicacin de genes.
LOS GENOMAS DE ARABIDOPSIS Y DEL ARROZ :
No presentan grandes reas de sintena, de forma que el 80% de los genes
de Arabidopsis tiene homlogos en el arroz, pero no ocurre al revs, el 80%
de los genes del arroz no tiene homlogos en Arabidopsis. Solo el 50% de
los genes del arroz tienen homlogos en Arabidopsis. Presentan alrededor
de 150-200 millones de aos de divergencia (cambios rpidos), y adems
presentan un cambio en el uso de aminocidos.
Esto ltimo es importante porque cuando buscamos un gen traducimos las
secuencia a aminocidos, pero en el uso de aminocidos no son todos igual
de probables por lo que la presencia de unos aminocidos determinados
puede hacer que la secuencia sea ms probable de ser un gen, lo que es
importante a la hora de ensamblar.

GENMICA DE OTROS CEREALES


El maz tiene alrededor de 3.000Mbp
El trigo tiene alrededor de 5.000Mbp
La cebada tiene alrededor de 16.000Mbp
Presentan una organizacin genmica peculiar, ya que existen islas
gnicas o ricas en genes en el mar de los retrotransposones.
EL GENOMA DEL MAZ :
En los diez cromosomas del maz residen alrededor de 50.000 genes.
Podemos superponer los genomas, y vemos que el del maz es mucho ms

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grande que el del trigo, y adems es ms de seis veces ms grande que el
genoma del arroz.

Comparten un ancestro comn pero 60 millones de aos de evolucin


separan a ambos cereales. Esto se debe a:
El genoma del maz contiene mltiples copias de la mayora de genes,
tiene ms duplicaciones, lo que ha ahecho la evolucin, haciendo que
el tamao del genoma vaya incrementndose. Se cree que aquellas
especies con un ciclo de vida largo pueden tener ms genes, ya que
se cree que los procesos de crecimiento neto hacen que puedan
sostener mejor genomas grandes, mientras que las plantas de ciclo
corto suelen tener genomas ms pequeos.
El genoma del maz combina genes de diferentes ancestros distintos,
una condicin denominada poliploida.
Cada regin cromosmica generalmente tiene un duplicado en otro
brazo cromosmico.
El ncleo de las clulas del maz contiene dos o incluso cuatro
versiones idnticas o genes muy relaciones, en diferentes
localizaciones.
El genoma del maz adems est lleno de transposones y
retrotransposones. Se plantea incluso que sea una especie de
tetraploide. Un retrotrasposn son secuencias con aspecto de virus
que se mantienen en nuestrogenoma pero han perdido la capacidad
de generar la cpsida, se pueden transcribir, hacerse RNA volver a
hacerse DNA y reinsertarse en el genoma. Los tranpsosones se
descubrieron en el maz.
MaizeGDB:
La pagina web del maz tiene una parte de genomas en el que se puede
entrar a los QTLS. Con el browser se puede navegar por los cromosomas y la
gente que hace mejora en el maz a lo que recurre es a los QTLS, es decir, a
lo que tiene que mirar para poder mejorar la produccin o la resistencia de
maz. Se est disminuyendo la produccin de maz no por falta de recursos
sino por los insectos, entonces si entras en QTLS tenemos distintos tipos, el
primero sera uno del cromosoma cinco, que es el "hypersensitive defense
response-modulating locus-1". Nos describe un locus asociado a esa
caracterstica, que es la defensa frente a patgenos. Podemos ver las
variantes y vemos cul es la variante resistente, cul la sensible y cul la
intermedia, y as podemos seleccionar lo que buscamos, no buscamos un
gen sino un uso. As ya no son importantes los genes y sus funciones,
porque algunos no estn asociados a las caractersticas de inters.
ESTRATEGIAS DE SECUENCIACIN PARA GENOMAS DE CEREALES

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El principal problema de las plantas es que el genoma es muy grande, por lo
que tenemos que utilizar otras estrategias alternativas para secuenciarlo.
Realmente TODO el genoma no nos interesa porque tiene mucho DNA
basura, tenemos que usar un mtodo ms eficiente, entre ellos tenemos
tres alternativas:
1. La secuenciacin del transcritoma
2. La secuenciacin basada en metilaciones: aquellas secuencias que
estn metiladas son regiones trascripcionalmente inactivas y en
muchos casos heterocromatina, secuencias de DNA que no tienen ni
funcin, ni relevancia, ni nada. As se plantea que usando un mtodo
de secuenciacin que solo secuencie las secuencias NO metiladas,
podemos secuenciar aquellas regiones que nos interesan. Esto se
puede hacer utilizando DNA digerido en sus regiones metiladas
mediante enzimas bacterianas, y como lo no metilado no se ha
cortado, se secuencia.
3. Otra de las estrategias es basarnos en la hibridacin: Si sabemos
unasecuencia que la tenemos millones de veces, podemos capturar
esa regin, de forma que nos quedan solo las secuencias no
repetidas.
Por otro lado, en lugar de secuenciar todo el genoma, se secuencian solo los
ESTs, con tener un fragmento suficiente para identificarlo nosvaldra para
secuenciarlo. Esto se utiliza para reducir el esfuerzo y el gasto, sin embargo
las colecciones de EST estn basadas en la sintena y las compaas
privadas no comparten la informacin.
GENMICA DE OTROS CULTIVOS DE PLANTAS

Tomate, patata, soja: Colecciones de ESTs


Especies madereras:
lamo y pino
Organizacin del genoma sin islas genticas
Estrategia de genes candidatos
Debido a que el genoma de la mayora de las especies madereras son
mayores que el del maz, la secuenciacin de estos genomas probablemente
tenga que esperar hasta que se reduzcan los costes de la secuenciacin.
Encontrar un QTL en rboles podra ahorrar entre 20 y 30 aos que se tarda
en que un rbol crezca, ya que sabemos previamente la caracterstica de
inters en el rbol. La eleccin de caracteres en estos rboles grandes
todava es mucho ms importante.
GENMICA APLICADA A LA MEJORA DE CARACTERES

TRANSGNICOS , BIOTECNOLOGA Y CLONES:


Por ltimo, la otra de las cuestiones es que las plantas se pueden modificar
genticamente. La modificacin gentica tpica es que la planta sea
resistente al herbicida que le damos y que sea la nica que no se muere,
pero gastamos mucho en herbicida y adems tiene un problema aadido de
hacer un organismo transgnico con genes de una especie fornea. Pero si

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insertamos genes de otra planta pero de la misma especie podemos
conseguir otras cosas interesantes.
Muchas de las posibilidades se plantean en el campo del conocimiento para
poder lograr organismos transgnicos. Tenemos muchas variedades de
plantas que son transgnicas y nos las comemos (lecitina de soja que suele
ser transgnica). Para realizar este tipo de
modificaciones tenemos la siguiente estrategia:
Transformacin mediada por Agrobacterium
Insercin de genes en plsmidos Ti.
Se cultiva Agrobacterium con la planta.
Se transfiere el plsmido Ti en el genoma de
la planta
Se seleccionan los transgnicos con
antibiticos.
FECUNDACIN
Tambin podemos realizar una buena seleccin
natural.
TRANSFORMACIN DEL MAZ:
Asociado a la deficiencia en vitamina-A est la
ceguera. En vistas de esto se realiz un arroz
transgnico, el "Golden rice", que produce
vitamina-A. Si se hiciera un arroz que lo comes y
te pones moreno deriva en cosas raras la
clase.

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