Asignatura: Biologa Molecular

Orientaciones Metodolgicas para estudiar la primera unidad

estructura molecular del material gentico

Propsito: orientar una metodologa de estudio para una mejor comprensin

de los temas que se estudiaran en el curso.
En la primera unidad de estudio, usted necesita tener el dominio de
trminos claves. A continuacin encontrar algunos de ellos, que puede
agregar a la lista ya elaborada por usted.

Palabras claves
Biosntesis ciclo celular empaquetamiento nuclesido exones
nucletido expresin polmero eucromatina hidrfilo hidrfobo
polaridad enlaces hidrolisis condensacin - antiparalelas -
oligonucleotidos

Actividades

1. En la composicin y estructura del ADN debe tener claro lo siguiente:

- La ubicacin de la molcula

- La identificacin de la molcula desde el paradigma de la

qumica:
La unidad fundamental del polmero de DNA es el monmero de
nucletidos que consta de tres motivos qumicos ligados
covalentemente: una nucleobase aromtica, Un azcar desoxirribosa
y un grupo fosfato.

El ADN es un polmero desoxirribonucleotido & material gentico

primario de todas las celulas. Los organismos eucariotas y procariotas
normalmente contienen DNA en un estado bicatenario, sin embargo,
varios procesos biolgicos importantes implican transitoriamente
regiones monocatenarias. El DNA, que consiste en una estructura
poliasucarada y fosfatada que posee proyecciones de purinas y
pirimidinas facia el exterior, formando una doble hlice que se
mantiene unida por enlaces de hidrogeno entre purinas y pirimidinas
(adenina a tiamina & guanina a citocina). La cadena principal del ADN
consiste en alternar azcares ribosa y grupos fosfato
.

El ADN es un polmero de peso molecular elevado, cuyas unidades

monomricas son los desoxirribonucletidos. La comprensin de este
concepto es fundamental por lo tanto necesita estudiar las bases
nitrogenadas (derivadas de compuestos heterocclicos, purinas y
pirimidinas); monosacrido de 5 tomos de carbono y el fosfato
(derivado del cido fosfrico)
Resuelva:
Identifique la estructura qumica de los cuatro nucletidos que
constituyen los elementos fundamentales del ADN y del ARN, debe
identificar las caractersticas y propiedades de cada una de las
estructuras moleculares antes sealadas. Cmo se forma el
monmero a partir de ellas? Qu tomos intervienen? Cmo se
organizan las estructuras primaria, secundaria y terciaria?
La estructura quimica de un nucleotido es; Base Nitrogenada, Azucas pentosa y un
grupo fosfato. Dependiendo del tipo de acido nucleico al que esten vinculados las
azucares entonces seran: ribosas para el ARN y desoxiribosas para el ADN.

Bases Nitrogenadas:
Son compuestos organicos de naturaleza ciclica con al menos dos nitrogenos en el anillo
aromatico, lo que les confiere la cualidad de actuar como bases segn la teoria quimica
de Bronsted-Lowry (captador de protones). Las bases nitrogenadas pertenecen a dos
tipos fundamentales; Purinas (policiclicas) y Pirimidinas(monocilicas).

Las bases purcas; Adenina (6-aminopurinica), Guanina (2-amino, 6-oxopurinica),

Hipoxantina, Xantina y cido rico.

Las pirimidnicas; Citosina (2-oxo, 4-aminopirimidinica), Uracilo (ARN) (2,4-

dioxopirimidinica), Timina (2,4-dioxo, 5-metilpirimidinica), cido Ortico y acido
Dihidrorotico.

Caracteristicas de las Bases nitrogenadas

1) Disposicin coplanar de los enlaces: esto devido a la existencia de enlaces
dobles en la estructura aromatica de las bases.
2) Poco solubles en Agua: este carcter hidrofobo viene dado por la naturaleza de
la estructura aromtica. Y la existencia de multiples estructuras resonantes que
soportan teoricamente la estabilidad de los compuestos aromaticos, la estabilidad
de estas moleculas genera la formacion de clatratos.
3) Dipolos: esto se debe a la presencia de electrones fuertemente electronegativos,
dentro y fuera del anillo aromatico, lo que provoca una distribucion asimetrica
de cargas y un carcter dipolar. Esto hace posible la existencia de puentes de
hidrogeno (pH 7)y la formacion de ADN bicatenario.
4) Tauromera: migracion de electrones de los dobles enlaces, ceto -enol y amino.
-imino.
 5) Espectro de absorcion caracteristico en 260nm

Pentosa:
Aldoazcar furanosa de cinco carbonos, esta puede ser ribosa o desorribosa, segn la
presencia o no de xigeno en el carbono 2.

Caracteristicas:
1) Confiere solubilidad al nucleosido
2) No altera las propediedas de absorcion en el espectro de la bases nitrogenadas
3) Conformacin de silla o bote

La esterificacion de grupos -OH presentes en la pentosa de un nuclesido con

ortofosfato, pirofosfato o polifosfatos da lugar a las estructuras llamadas nucletidos.
La cadena de ADN o ARN se forma en una serie de tres pasos, en la primera reaccion,
cada base se liga quimicamente a un azucar en el carbono 1 del azucar, formando un
compuesto llamado nucleosido. Cuando un grupo fofato es tambien enlazado a el 5 del
carbono del mismo azucar, el nucleosido pasa a nucleotido. Finalmente. Los nucleotidos
estan enlazados (polimerizados) por reacciones de condensacion para formar una
cadena. El grupo hidroxilo en el 3-carbon de una molecula de azucar de un nucleotido
forma un enlace ester con el fosfato de otro nucleotido, eliminando una molecula de
agua. Esta union quimica que enlaza los compuestos del azucar al nucleotido siguiente
es llamada un enlace fosfodiester, o enlace 5-3 fosfodiester, indicando la polaridad de
la hebra.

Estructura primaria del ADN

La estructura primaria del ADN se trata de desorribonucletidos de una sola

cadena. La informacin gentica est contenida en el orden exacto de los
nucletidos.

En el ADN las bases nitrogenadas que se hallan formando nucletidos

Guanina, Citosina y Timina. Los nucletidos se unen entre s mediante el
grupo fosfato del segundo nucletidos que sirve de puente de unin entre el
carbono 5 del primer nucletido y el carbono 3 del siguiente nucletido.
El primer nucletido tiene libre el carbono 5 y el siguiente nucletido tiene
libre el carbono 3, se dice que la secuencia de nucletidos se ordena desde
53.

Estructura secundaria del ADN

Es una estructura de doble hlice. Permite explicar el almacenamiento de la
informacin gentica y el mecanismo de duplicacin del ADN. Fue postulada
por James Watson y Francis Crick.
Es una cadena doble, dextrgira o levgira, segn el tipo de ADN. Ambas
cadenas son complementarias, pues la adenina de una se une a la timina de
la otra, y la guanina de una a la citosina de la otra. Estas bases enfrentadas
son las que constituyen los puentes de hidrogeno.

Adenina forma dos puentes de hidrogeno con timina. Guanina forma tres
puentes de hidrogeno con Citosina. Ambas cadenas son anti paralelas, pues
el extremo 3 de una se enfrenta al extremo 5 de la otra. Estas dos hebras
se enrollan en torno a un eje imaginario, que gira en contra el sentido de las
agujas del reloj. Las vueltas de estas hlices se estabilizan mediante
puentes de hidrgeno.

Esta estructura permite que las hebras que se formen por duplicacin de
ADN sean copia complementaria de cada una de las hebras existentes.

Estructura terciaria del ADN

El ADN presenta una estructura terciaria, que consiste en que la fibra de 20
A se halla retorcida sobre si misma formando una especie de superhlice.
Esta disposicin se denomina ADN superenrrollado, se debe a la accin de
enzimas denominadas Topoisomerasas. Este enrollamiento da estabilidad a
la molcula y reduce su longitud.

Vara segn se trate de organismos procariotas o eucariotas:

a) En procariotas se pliega como una super-helice en forma,
generalmente circular y asociada a una pequea cantidad de
protenas. Lo mismo ocurre en la mitocondria y en los plastos.

b) En eucariotas el empaquetamiento ha de ser ms complejo y

compacto y para esto necesita la presencia de protenas, como son
las histonas y otras de naturaleza no histona. A esta unin de ADN se
le conoce como: Cromatina, en la cual se distinguen difertes niveles
de organizacin:
- Nucleosoma
- Collar de perlas
- Bucles radiales
- Cromosoma.
La unin con histonas genera estructura denominada nucleosoma. Cada
nucleosoma est compuesto por una estructura voluminosa, denominada
Core, seguida por un eslabn (HISTONA) o Linker. El core est compuesto
por un octmero de protenas, histonas denominadas H3, H4, H2A y H2B.
Cada tipo de histona se presenta en nmero par. Esta estructura est
rodeada por un tramo de ADN que gira 1,8 veces en torno al octmero,
involucrando 200 nucleotidos en cada core. El Linker est formado por un
tramo de ADN que une un nucleosoma con otro y una histona H1.
El conjunto de la estructura se denomina Fibra de Cromatina de 100 A.
tiene un aspecto repetitivo en forma de collar de perlas, donde las perlas
seran los nucleosomas, unidos por los linker.

Analice la estructura helicoidal del ADN. Cules son las formas en que
se puede encontrar el ADN?
P-ADN
la forma P del DNA (P-DNA) es una forma superenrollada de la doble
hlice, cuya periodicidad de giro se da cada 2.6 pb, por lo que es
mucho ms delgada y alrededor de 75% ms larga que el B-DNA.
Este superenrollamiento obliga a las bases nitrogenadas a quedar
completamente expuestas hacia el exterior de la hlice, lo que rompe
los puentes de hidrgeno intrahelicoidales y deja a las bases
nitrogenadas relativamente libres. Adems de la posibilidad de que el
P-DNA se presente de manera transitoria durante la replicacin y la
transcripcin, se ha observado que, en algunos bacterifagos, el DNA
adquiere esta conguracin, estabilizndose a travs de protenas de
empaquetamiento.

B-ADN(W&C)
Es una hlice dextrgira; que gira en sentido horario cuando se mira
desde abajo en su eje. Las bases se apilan casi exatamente,
perpendicular al eje principal con 10,5 bases por vuelta. El surco
mayor es ancho y de profundidad moderada, pero estrecha.

EL B-ADN se produce en condiciones de alta humedad (95%) y

salinidad relativa baja. Dada las condiciones celulares internas se
deduce que la forma predominante In vivo es el B-ADN.

A-ADN
Si el contenido de agua decrece y la concentracin salina incrementa
durante formacin de cristales, la forma A puede darse (A-ADN). En
esta hlice dextrgira las bases estn inclinadas con respecto a el eje
y aqu hay ms bases (11) por giro que en el B-ADN. Los surcos
mayores del A-ADN son profundos y estrechos, mientras los surcos
menores estn llanos y anchos. Es improbable que el A-ADN este
presente en cualquier section longitudinal en las clulas. Sin
embargo, el ARN adopta una forma de hlice-A cuando forma
regiones dobles en la hebra. El grupo hidroxilo-2 sobre el azcar
ribosa impide la formacin de ARN-B.

Z-ADN
En 1979, Alexander Rich y sus colegas del instituto de Tecnologa de
Massachusetts (MIT) realizaron un nuevo descubrimiento. Se
encontr que los oligonucletidos compuestos de repeticiones de CG
en una hebra, y secuencias complementarias GC en la otra, formaban
una hlice zurda. Una hlice que gira en sentido contrario de las
manecillas del reloj. Debido a que el esqueleto forma un zig-zag,
llamaron a la estructura ADN-Z. este ADN-Z tiene 12 pares de bases
por giro. El surco menor es muy profundo y estrecho. En contraste, el
surco principal es superficial hasta el punto de ser virtualmente
inexistente. El ADN-Z se forma en condiciones de alta salinidad o en
presencia de alcohol. Posteriormente, se demostr que esta forma de
doble hlice se puede estabilizar en condiciones fisiolgicamente
normales, si se aaden grupos metilo a las citosinas.

Durante muchos aos, se debati la funcin biolgica, sin embargo la

existencia de familias de protenas que se unen a ADN-Z con alta
afinidad y especificidad proporciono evidencia para un papel in vivo.
Se cree que el ADN-Z est presente transitoriamente en secciones
cortas de las clulas y desempea un papel en la regulacin de la
expresin gnica

H-ADN
 Esta forma superenrrollada de ADN se da cuando secciones de ADN
sufren superenrrollamiento negativo a pH bsico, la regin
desdoblada de ADN forma puentes de hidrogeno con una secuencia
antiparalela de ADN que se ajusta a las secuencias de purinas y
pirimidinas de una hebra pareada, cuando esto ocurre, la
conformacin helicoidal del ADN se denomina H (del ingls Hinged
embisagrado). se ha observado que las regiones con probabilidades
de adquirir la con guracin del H-DNA participan en la
recombinacin, transfeccin y regulacin de algunos genes.

G-ADN
En regiones telemricas de cromosomas en vertebrados existen zonas de
secuencias consenso (TTAGGG) repetidas, que pueden replegarse y dar
origen a una estructura helicoidal cudruple de ADN.

Explique el emparejamiento de las purinas con pirimidinas.

Los puentes de hidrogeno termodinmicamente estables se forman entre las
bases nitrogenadas en hebras opuestas de la cadena interna de ADN. Los
puentes de hidrogeno son uniones dbiles que involucran la interaccin
entre un tomo de hidrogeno y dos tomos electronegativos, tales como
oxgeno y nitrgeno. Los puentes de hidrogeno proporcionan un tipo de
fuerza que mantiene juntas a las hebras. Sin embargo individualmente son
dbiles, los puentes de hidrogeno dan estabilidad estructural a una molcula
en nmeros grandes de estos. Los puentes de hidrogeno entre las bases
estn referenciadas como W&C o pareo de bases complementarias.
Ocurre en tal modo que adenina (A) normalmente se parea con timina (T)
por dos puentes de hidrogeno, y guanina (G) parea con citosina (C) por tres
puentes de hidrogeno. El pareo de base de W&C permite que los Carbonos-
1 en dos hebras estn exactamente a la misma distancia (1.08 nm). Esto
resulta en la regular, estructura simtrica de la doble hlice de ADN. La
estructura de W&C de pareo complementario de hebras explica la regla de
Chargaff (relacin en la concentracin molar de bases diferentes).

Cul es el significado de los siguientes trminos: Adenosina

Guanosina Citidina y Desoxirribonucletidos de purinas.

Adenosina, guanosina es el nombre de los nucleosidos que se forman a

partir de las bases nitrogenadas, Adenina y Guanina. Citidina, corresponde
al nucleosido formado por citidina.

Los desorribunucletidos, son los monmeros de ADN que se forman a con

una azcar furansica desoxirribosa y al ser de purinas quiere decir que
estos desorriblnucletidos se forman con grupos fosfatos y bases
nitrogenadas pricas; adenina y guanina.

2. RELACIONAR e identificar los tipos de cidos nucleicos.

Dentro de los tipos de cidos nucleicos se encuentran el ADN y el
ARN.

El ADN y el ARN son tipos de cidos nucleicos que se encuentran

estrechamente relacionados, en los procesos de replicacin y
transcripcin del material gentico, estos tipos de cidos nucleicos
cumplen funciones variadas y dependen el uno del otro.
Los genes que decodifican los procesos metablicos de cada clula
deben ser transcriptos a secuencias cortas de ARN para poder ser
leidos por los ribosomas y de esta manera ser expresados.

ARN: tal vez se encuentra en el ncleo pero principalmente se

encuentra en el citoplasma llevando a cabo el trabajo de sntesis
proteica.
Tipos de ARN:

1) ARN de transferencia
2) ARN mensajero
3) ARN ribosmal
 ADN: Se encuentra en el ncleo celular como tambin en orgnulos
como cloroplastos y mitocondrias

Estos cidos nucleicos se caracterizan por estar formados de

monmeros llamados nucleico, por tener un elevado peso molecular y
por estar ntimamente relacionados, en procesos biolgicos como la
sntesis de protenas y la expresin gnica.

3. Representar por medio de un esquema la estructura terciaria del ADN

e identificar sus partes
 4. Explique porque se relaciona directamente la estructura del material
gentico con la estructura de las protenas.

- Identifique los elementos estructurales de los genes.

El gen es un fragmento de ADN que sirve para codificar informacin

para la sntesis de macromolculas (protenas, ARNr, ARNt,
ARNn) que ocupa un locus especfico en un cromosoma especfico y
contiene elementos necesarios para regular su transcripcin, como la
secuencia de ADN que codifica a la informacin para la sntesis de
protenas o cido ribonucleico (ARN). Los procesos de corte y
empalme juegan un papel muy importante para la traduccin de una
protena, gracias a las regiones que comprende un gen, as como los
intrones y exones que son componentes importantes del gen.

A nivel estructural se ampla la idea de un gen como un segmento de

ADN constituido por intrones y exones, para concebirlo como una
estructura que adems contiene secuencias reguladoras y regiones
promotoras.

El gen estructuralmente hablando est compuesto de una regin reguladora

y una regin estructural. La regin reguladora no posee una funcin
codificante, se encuentra cadena arriba y es la encarga de interaccionar con
los factores de transcripcin proteico, para regular as positiva o
negativamente en esta regin existen dos zonas, la caja CAAT y la TATA. La
caja CAAT seala el sitio de unin de factores de trascripcin de ARN, la
caja tata es el sitio de unin tanto de los factores de transcripcin como los
de las protenas histonas, interacta con la ARN polimerasa.
La regin estructural define la secuencia del producto gnico comprende dos
zonas en funcin de su capacidad de expresin; Intrones(no codificantes) y
Exones(codificantes) que se alternan simultaneamente. El conjunto de
exone intrones de la regin estructural se transcriben para dar lugar a un
precursor o transcrito primario.

- En qu se diferencian los genes procarioticos de los

eucarioticos?

PROCARIOTAS EUCARIOTAS
Organizacin compacta (poco Genoma nuclear
espacio entre genes)
Informacin adicional en plasmidos Genoma compuesto por 2 o ms
coleculas de ADN linear
(cromosomas)
ADN no codificante en pequeos Organizacin menos compacta
segmentos dispersos en el genoma
No hay intrones ADN repetitivo (disperson y en
tandem)
Organizacin en operones (E. coli intrones
aprox 600 operones con 2 o mas
genes)
Secuencia shine-dalgarno Genoma organelas
Generalmente ADN circular

BIBLIOGRAFIA: la suministrada en el cronograma

Mecanismo de Accin Topoisomera TYPE-1:

Son independientes de ATP, la IA acta en superenrrollamiento negativo,
mientras que la IB en ambos supernerrollamientos, genera extremos libres
en las hebras de ADN y posteriormente se adhieren covalentemente a los
extremos, conectando las hebras y eliminando el superenrrollamiento.

La enzima se une a una molcula de ADN circular con una supercoil

negativa (vase la figura 2.14) y desenrolla la doble hlice. Pinza una hebra
y evita la rotacin libre de la hlice permaneciendo atada a cada extremo
roto. El extremo roto 5 'est unido covalentemente al aminocido tirosina
(vase la insercin), y el extremo 3' est unido no covalentemente a otra
regin de la enzima. La enzima pasa la hebra intacta de ADN a travs de la
rotura y liga los extremos cortados, aumentando as el nmero de enlace
del ADN por uno. La enzima se desprende y las hebras renacen, dejando un
crculo relajado. Inserto: en la reaccin de rotura de la cadena por la
topoisomerasa, el oxgeno del grupo tirosina hidroxilo en el sitio activo de la
enzima ataca un ADN fosforoso, formando una unin fosfotirosina covalente
entre el ADN y la enzima y rompiendo un enlace fosfodister de ADN Mismo
tiempo. El reencuentro de la cadena de ADN ocurre por el reverso. El
oxgeno del grupo libre 3'-OH del ADN ataca el fsforo del enlace
fosfotirosina, rompiendo el enlace covalente entre la protena y el ADN y
reformando el enlace fosfodister entre nucletidos adyacentes en la cadena
de ADN.

Regulacin Gnica en Eucariotas

TATA box-25
- TATA(A/T) A (A/T)
- Reconocida por la protena de unin a TATA
Secuencia iniciadora a +1
- YYCARR; Y es C/T, R es G/A
- +1 es normalmente A
Factores de transcripcin se unen a promotores
- Posicin especifica de matrix
 encased
assaults
hallmark
enclosed
swell
rushes
bursts
threat
propel
must be
anchored
translated
tailored
stretches
grows
sheath
cloaking
ranging
former
scaffold
lattice
stain
accuracy
underlies
fulfil
avoided