Virologie humaine

et zoonoses

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 1 19/12/12 11:53

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 2 19/12/12 11:53
 Christophe Pasquier
Stphane Bertagnoli
Daniel Dunia
Jacques Izopet

Virologie humaine
et zoonoses
Cours et fiches de synthse

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 3 19/12/12 11:53

 Illustration de couverture :
Virus Chikungunya la surface dune cellule Institut Pasteur

Dunod, Paris, 2013

ISBN 978-2-10-058486-4

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 4 19/12/12 11:53

 Table des matires

Avant-propos 1

Chapitre 1. Notions de base surles virus 3

1.1 Dfinitions 3
1.2 Historique 5
1.3 La structure des virions 7
1.4 Classification et nomenclature des virus 16
1.5 Les autres virus et agents infra-viraux 18

Chapitre 2. Multiplication etcycles viraux 21

2.1 La rplication des gnomes viraux 21

2.2 Le cycle viral 22
2.3 La variabilit virale 35

Chapitre 3. Physiopathologie desinfections virales 41

3.1 Introduction Immunit intrinsque 41

3.2 Immunit inne 43
3.3 Rponse antivirale adaptative 50
3.4 Pathognie 55
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

Chapitre 4. mergence virale etzoonoses 65

4.1 Les concepts de zoonoses et d'mergence 65

4.2 tapes et circonstances de lmergence dunvirus zoonotique 69
4.3 Quelques maladies virales zoonotiques mergentes remarquables 71
4.4 Caractristiques des agents pathognes mergents: place des virus
zoonotiques 77

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 5 19/12/12 11:53

 Table des matires

Chapitre 5. Circonstances diagnostiques 79

5.1 Les infections respiratoires 80

5.2 Les infections digestives 81
5.3 Les infections hpatiques 82
5.4 Les infections cutano-muqueuses 83
5.5 Les infections du systme nerveux et de lil 85
5.6 Les infections chez le sujet immunodprim 88
5.7 Les infections chez la femme enceinte et le nouveau-n 89
5.8 Autres infections virales 90

Chapitre 6. Outils du diagnostic virologique 95

6.1 Introduction 95
6.2 Le prlvement 96
6.3 Le diagnostic direct 96
6.4 Le diagnostic indirect 105

Chapitre 7. Traitements antiviraux 109

7.1 Le dveloppement dune molcule antivirale 109

7.2 Les cibles virales 110
7.3 Les limites de la chimiothrapie antivirale 116

Chapitre 8. Prvention desinfections virales 121

8.1 Les vaccins antiviraux 121

8.2 Autres moyens de prvention 128

Chapitre 9. Les virus ADN 131

Virus ADN infectant lhumain. Prsentation des familles et des genres 131
Lgende explicative des logos 132
Famille des Adenoviridae 133
Famille des Papillomaviridae 135
Famille des Polyomaviridae 138
Genre Orthopolyomavirus 138
Genre Wukipolyomavirus 140
Famille des Herpesviridae 141
Genre Simplexvirus 142
Genre Varicellovirus 144
Genre Cytomegalovirus 146

VI

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 6 19/12/12 11:53

 T
able des matires

Genre Lymphocryptovirus 148

Genre Roseolovirus 151
Genre Rhadinovirus 152
Famille des Poxviridae 153
Famille des Anelloviridae 157
Famille des Parvoviridae 158
Genre Parvovirus 159
Genre Erythrovirus 159
Genre Dependovirus 160
Genre Bocavirus 161
Famille des Circoviridae 161
Famille des Hepadnaviridae 162

Chapitre 10. Les virus ARN 165

Lgende explicative des logos 166

Famille des Picobirnaviridae 166
Famille des Reoviridae 167
Genre Coltivirus 167
Genre Rotavirus 168
Genre Seadornavirus 169
Genre Orthoreovirus 169
Famille des Astroviridae 170
Famille des Caliciviridae 171
Famille Hepeviridae 172
Famille des Picornaviridae 174
Genre Cardiovirus 175
Genre Enterovirus 175
Genre Enterovirus 179
Genre Hepatovirus 179
Genre Kobuvirus 180
Genre Parechovirus 181
Autres Genres
Klassevirus, Salivirus, Cosavirus 181
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

Famille des Coronaviridae 182

Genres Alpha et Betacoronavirus 182
Genre Torovirus 183
Famille des Flaviviridae 184
Genre Flavivirus 184
Genre Hepacivirus 190
Famille des Togaviridae 193
Genre Alphavirus 193
Genre Rubivirus 195
Famille des Arenaviridae 197
Famille des Bunyaviridae 199

VII

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 7 19/12/12 11:53

 Table des matires

Famille des Orthomyxoviridae 203

Genres Influenzavirus A, B et C 203
Genre Thogotovirus 206
Genre Deltavirus 206
Famille des Bornaviridae 208
Famille des Filoviridae 209
Genres Ebolavirus et Marburgvirus 209
Famille des Paramyxoviridae 211
Genre Henipavirus 212
Genre Morbillivirus 213
Genre Respirovirus 214
Genre Rubulavirus 214
Genre Pneumovirus 215
Genre Metapneumovirus 216
Famille des Rhabdoviridae 217
Genre Lyssavirus 217
Genre Vesiculovirus 221
Famille des Retroviridae 222
Genre Gammaretrovirus 222
Genre Deltaretrovirus 223
Genre Lentivirus 224
Genre Spumavirus 232
Rtrovirus endognes humains 233

Chapitre 11. Les agents transmissibles non conventionnels 235

Glossaire 241

Bibliographie 251

Index 257

VIII

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 8 19/12/12 11:53

 Avant-propos

Cet ouvrage est le second n de la collaboration entre les quipes toulousaines de

virologie des Facults de Mdecine et de Pharmacie, de lcole Nationale Vtrinaire
et de lINSERM. Nous partageons la mme passion pour la virologie fondamen-
tale, la pratique professionnelle du diagnostic virologique et lenseignement de cette
discipline. Cet ouvrage a t loccasion de renforcer et denrichir nos changes scien-
tifiques et pdagogiques. Ce nouvel ouvrage, centr sur les virus infectant lHomme
et les virus animaux responsables de zoonoses, dveloppe aussi les aspects fonda-
mentaux des interactions entre les virus et lorganisme, prrequis pour les Masters
de virologie, dimmunologie anti-infectieuse et les tudes de biologie mdicale.
Notre premire ide tait de proposer aux tudiants un ouvrage de rfrence allant
lessentiel. Ceci a conduit la gense des fiches par virus. Du fait du nombre crois-
sant de zoonoses et dimportantes similitudes entre les virus infectant lHomme et
les animaux, la seconde ide tait de proposer un ouvrage permettant aux mdecins,
pharmaciens, vtrinaires et scientifiques davoir une vision plus globale et synth-
tique du monde viral.
Nous remercions chaleureusement les tudiants, techniciens et biologistes qui ont
relu le manuscrit et apport leur contribution son amlioration. Un grand merci
nos conjointes et enfants respectifs pour le temps que la rdaction de cet ouvrage
leur a vol.
Enfin, nous souhaitons ddier ce nouvel ouvrage notre collgue et amie, le
Professeur Frdrique Messud-Petit qui nous a quitts quelques jours avant la publi-
cation de Virologie humaine et animale dont elle est coauteur.
C. PASQUIER
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

S. BERTAGNOLI
D. DUNIA
J. IZOPET

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 1 19/12/12 11:53

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 2 19/12/12 11:53
 Notions de base
surles virus
1
1.1 Dfinitions
1.2 Historique
PLAN

1.3 La structure des virions

1.4 Classification et nomenclature des virus
1.5 Les autres virus et agents infra-viraux

1.1 Dfinitions
Les virus sont des agents biologiques et infectieux de trs petite taille, parasites
obligatoires des cellules. Libres lextrieur dune cellule, ils sont inertes et ont une
structure propre appele virion (ou particule virale). lintrieur dune cellule, ils
peuvent, partir de leur gnome, se multiplier, persister et parfois induire des pertur-
bations responsables de maladies. Les virus entretiennent des liens troits avec les
cellules et les organismes quils infectent: eucaryotes (animaux, vgtaux, champi-
gnons, protistes), bactries et arches. Selon une hypothse rcente, les virus seraient
lorigine de lutilisation de lADN comme support gntique et auraient, au cours
de lvolution, transmis cette capacit aux cellules primitives (utilisant initialement
uniquement lARN) pour crer les trois domaines cellulaires actuels (eucaryotes,
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

arches et bactries). Du fait de la communaut de certains gnes entre les cellules

et les virus gants (NCLDV pour Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Viruses, probable
futur ordre des Megavirales), les gnomes de ces derniers et des cellules peuvent
tre compars grce des analyses phylogntiques. Les virus pourraient former un
quatrime domaine du vivant (Fig.1.1).
Plus de 6000 espces virales sont actuellement identifies, mais probablement
beaucoup plus (> 30000) sont encore dcouvrir, en particulier parmi les virus qui
ne sont pas ou peu pathognes.
Comme pour lensemble des tres vivants, le message gnomique est llment
clef permettant de dfinir leur nature. Leurs gnomes sont constitus dADN ou
dARN. Ils assurent la continuit entre gnrations et permettent galement une

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 3 19/12/12 11:53

 Chapitre 1 Notions de base surles virus

volution. Ce matriel gntique viral utilise la machinerie cellulaire pour se

rpliquer, produire des ARNm et les traduire en protines virales ncessaires la
production de virions. Les virus sont donc essentiellement des informations gn-
tiques parasites.

Eukarya
Mimiviridae
Bacteria Marseillevirus
82
100 99 82
Ascoviridae
88 Iridoviridae
Phycodnaviridae
Archea Asfarviridae
0,1 NCLDVs

Poxviridae

Figure1.1 Exemple darbre phylogntique montrant les liens des NCLDV

avec les trois domaines du vivant dcrits (Bacteria, Archea et Eukarya).
Daprs Boyer M et al., PLoS One 2010.
En utilisant dautres mthodes danalyses qui seraient plus adaptes, les NCLDV
ne sont pas systmatiquement regroups et paraissent avoir diffrents anctres.

Par analogie, ils sont compars aux virus informatiques. Ces derniers sont de
mme nature que linformation numrique et les logiciels (composs de 0 et 1 au
lieu des 4 bases ACTG de lADN), se multiplient, se propagent et interfrent avec
le fonctionnement normal des systmes informatiques.

Lorigine des virus est probablement multiple et reste prciser. Certains

proviendraient de gnes cellulaires ou dlments transposables ayant acquis une
certaine indpendance, dautres seraient des micro-organismes parasites intra-cellu-
laires simplifis lextrme, suite une longue volution, ou des descendants des
premires molcules terrestres capables de se rpliquer, les rplicons ARN. Les
virus semblent des prcurseurs de la vie et peuvent tre galement un moyen de la
dfinir grce leur capacit infecter tous les tres vivants.

La dfinition classiquement utilise des virus a t propose par Andr Lwoff

en 1962. Ce sont des entits biologiques caractrises par une structure nuclo-
protique simple et des proprits fonctionnelles particulires. Le gnome
de ces agents est constitu dun seul type dacide nuclique (ADN ou ARN),
associ une structure protique protectrice, la capside et parfois une enveloppe
lipidique. Ce sont des parasites intra-cellulaires absolus, car ils ne contiennent
pas de systmes mtaboliques et de synthse capables dassurer une rplication
autonome.

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 4 19/12/12 11:53

 1.2 Historique

Cette dfinition reste globalement valable actuellement mme si des exceptions

cette dernire sont rgulirement mises en vidence: croissance du Acidianus two-
tailed virus, prsence concomitante dADN et dARNm dans une particule virale
(Herpesviridae, Mimivirus), prsence denzymes virales impliques dans la synthse
protique et la rparation de lADN (Mimivirus), parasitisme par les virophages de
type Sputnik ou Mavirus.

Rcemment il a t propos de dfinir les virus comme des agents capables de

produire une capside mais pas de ribosome. Par opposition, lensemble des
cellules produisent et possdent des ribosomes mais pas de capside.

1.2 Historique
Les maladies infectieuses sont connues depuis lAntiquit du fait des grandes
pidmies dvastatrices de lhistoire humaine. La nature des agents responsables
sest prcise au fil du temps avec lvolution des techniques et des connaissances.
De concept thorique pendant lAntiquit et le Moyen ge, lexistence de micro-
organismes na rellement t confirme que par lobservation microscopique. Les
premires observations connues de micro-organismes ont t faites par un drapier
hollandais, Antonie Van Leeuwenhoek (1632-1723). La mise au point de milieux
de culture pour les bactries la fin du xixesicle permit la rfutation de la thorie
de la gnration spontane et la caractrisation par des mthodes scientifiques de
nombreuses bactries par des grands noms de la science comme Louis Pasteur et
Robert Koch (tableau1.1).
La diversit des micro-organismes se rvlait alors.Ainsi, certains agents ne
se multipliaient pas sur les milieux de culture et semblaient de taille infrieure
aux autres car ils taient invisibles au microscope. En 1892, un jeune chercheur
russe, Dimitri Ivanowsky montra exprimentalement que lagent responsable de
la mosaque du tabac (TMV) persistait aprs une filtration liminant les bactries.
Son collgue hollandais, Martinus Beijerinck confirma en 1899 quil sagissait
bien dun agent infectieux contagium vivum fluidum capable de se multiplier
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

et non dune toxine. Aprs lidentification du virus de la mosaque du tabac, les

dcouvertes dagents ultra-filtrables se multiplirent chez les animaux (virus de la
myxomatose, de la peste aviaire) et enfin chez lHomme, avec le virus de la rage.
Cest lmergence du concept de virus tel que nous le connaissons aujourdhui. Le
terme virus qui pouvait dsigner les poisons devient alors spcifique dun type
dagent infectieux.
Au dbut du xxe sicle, les caractrisations de virus se poursuivent avec le virus
de la poliomylite et la dcouverte de virus infectant les bactries, baptiss bactrio-
phages. partir de 1935, la microscopie lectronique transmission (MET) permet
enfin la visualisation des particules virales. Le virus de la mosaque du tabac ainsi

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 5 19/12/12 11:53

 Chapitre 1 Notions de base surles virus

que de nombreux autres furent purifis et leurs structures furent dfinies, puis prci-
ses ensuite par des approches de diffraction aux rayons X.

Tableau1.1 DATES CLEFS DANS LHISTOIRE DE LA VIROLOGIE.

Date Nom vnement

1798 E. Jenner Premier vaccin, protgeant contre la variole

1885 L. Pasteur Vaccin contre la rage

1892 D. Ivanowsky Caractre ultra-filtrable du TMV

1898 F. Loffler,
Dcouverte du virus de la fivre aphteuse
P. Frosch

1899 M. Beijerinck Concept de virus

1901 W. Reed,
Dcouverte du virus de la fivre jaune
J. Carroll

1903 A. Negri Dcouverte des inclusions dans lencphalite rabique

1909 K. Landsteiner Dcouverte du poliovirus

1911 P. Rous Virus du sarcome de Rous

1915 F. Twort Dcouverte des bactriophages

1917 F. DHrelle Lysotypage des bactries

1926 A. Carrel Culture virale in vitro

1931 E. Goodpasture Culture sur uf embryonn

1935 W. Stanley Purification et cristallisation du TMV

1936 J. Cuill,
Transmission et ultra-filtration de lagent de la tremblante
P. Chelle

1937 M. Theiler,
Vaccin vivant contre la fivre jaune (souche 17D)
H. Smith

1939 G. von Kausche Observation du TMV en MET

1941 G. Hirst Hmagglutination virale

1953 J. Salk Vaccin antipolio inactiv

1955 A. Sabin Vaccin antipolio attnu

1957 D. Gajdusek tude du kuru (ATNC)

1957 A. Isaacs,
Dcouverte des interfrons
J. Lindenmann

1962 A. Lwoff Dfinition des virus

1970 D. Baltimore,
Transcriptase inverse
H Temin

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 6 19/12/12 11:53

 1.3 La structure des virions

Date Nom vnement

1977 G. Hitchings,
Dcouverte de laciclovir
G. Elion

1980 OMS radication de la variole

1982 S. Prusiner Concept de prion

1983 F. Barr-Sinoussi,
Dcouverte du HIV-1
L. Montagnier

1983 M. Balayan Dcouverte du HEV

1989 M. Houghton Dcouverte du HCV

2003 B. La Scola,
Dcouverte du Mimivirus
D. Raoult

2008 B. La Scola,
Dcouverte des virophages
D. Raoult

En parallle se sont dveloppes les techniques de culture de virus sur ufs

embryonns (1931) et sur cellules primaires. La ncessit de cellules vivantes pour
la multiplication des virus confirma leur parasitisme strict. Les cultures de virus sur
cellules se perfectionnrent jusque dans les annes 1950 avec lutilisation de lignes
cellulaires et la caractrisation des anomalies cellulaires viro-induites, en particulier de
certains cancers. Lutilisation de lagglutination des globules rouges (hmagglutination)
a permis de dtecter in vitro les virus possdant des protines dites hmagglutinantes
(1941). Les anticorps dirigs contre les mmes virus peuvent tre dtects et titrs
par leur capacit inhiber cette hmagglutination. Les interfrons et leurs proprits
antivirales furent identifis par Alec Isaac et Jean Lindenmann en 1957.
La dcouverte de la structure de lADN par James Watson et Francis Crick en
1953, puis du rle des acides nucliques, permit lavnement de la biologie mol-
culaire. Les diffrentes techniques dveloppes partir des annes 1970 (clonage,
squenage, PCR) ont permis une caractrisation des gnomes viraux et le dve-
loppement de techniques molculaires de diagnostic et de suivi des infections
virales. Elles ont galement conduit la production dantignes viraux recombins
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

utiliss pour la recherche danticorps, mais aussi des fins vaccinales. Les virus sont
actuellement utiliss pour leurs capacits de transfert dinformations gntiques en
thrapie gnique.

1.3 La structure des virions

Les particules virales ou virions ont une structure caractristique dont le rle est
la protection du gnome viral durant la phase extra-cellulaire du cycle viral et la
reconnaissance des cellules permettant la multiplication du virus. De composition
simple, ces particules doivent sauto-assembler avant de sortir de la cellule parasite.

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 7 19/12/12 11:53

 Chapitre 1 Notions de base surles virus

La plupart des constituants dun virion sont produits par les gnes viraux, mais une
partie peut tre galement emprunte la cellule hte.
On identifie classiquement plusieurs lments dans un virion: le gnome, une
structure protique le protgeant, la capside (ou capsa qui signifie bote) et pour
certains virus une enveloppe (ou pplos), stabilise ou non sur sa face interne par
une matrice protique (Fig.1.2). Ces diffrents constituants sont prsents dans les
chapitres suivants.

Parvoviridae
Anelloviridae Papillomaviridae
Hepadnaviridae
Poxviridae Circoviridae Adenoviridae Polyomaviridae Herpesviridae
linaire / circulaire db
linaire db circulaire sb linaire db circulaire db linaire db transcriptase inv.

envelopp nu envelopp

COMPLEXE ICOSAEDRIQUE

ADN

virus des Vertbrs

ARN

HELICOIDALE ICOSAEDRIQUE

envelopp nu envelopp

linaire sb linaire sb linaire db linaire sb linaire sb x 2

RT
polarit (-) polarit (+) polarit (+) polarit (+/-) polarit (+) polarit (+)
segment segment
Orthomyxoviridae Filoviridae Coronaviridae Astroviridae Reoviridae Togaviridae Retroviridae
Arenaviridae Rhabdoviridae Hepeviridae Flaviviridae
Bunyaviridae Bornaviridae Picornaviridae
Paramyxoviridae Caliciviridae

Figure1.2 Distribution des diffrentes familles virales infectant lHomme.

partir du centre de larbre, les virus de vertbrs sont rpartis selon la nature
de leur acide nuclique, la symtrie de leur capside, la prsence dune enveloppe
et lorganisation de leur gnome.

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 8 19/12/12 11:54

 1.3 La structure des virions

1.3.1 Les gnomes

Les gnomes viraux sont constitus soit, comme pour les cellules, dacide dsoxy-
ribonuclique (ou ADN) soit, contrairement ces dernires, dacide ribonuclique
(ou ARN). Ces gnomes sont des segments dacides nucliques caractriss par leur
structure et par leur squence nuclotidique.
La structure des acides nucliques viraux est trs htrogne. On trouve
eneffet des gnomes constitus dADN simple brin (monocatnaire) ou double
brin (bicatnaire), linaire ou circulaire. Pour les gnomes ARN, ils peuvent
tre galement simple ou double brin, linaire ou circulaire, mais aussi comporter
plusieurs segments, tre de polarit positive (traduction directe possible comme
les ARNm), ngative (brin complmentaire dun positif) ou ambisens (associa-
tion de cadres de lectures positifs et ngatifs). Dans certains cas, les gnomes
sontdiplodes avec prsence de deux segments gnomiques porteurs des mmes
gnes.
La taille des gnomes viraux est trs rduite comparativement celle des
gnomes cellulaires procaryotes ou eucaryotes. Elle stend de 1700 nuclotides
pour le virus de lhpatite D (HDV ou agent delta) environ 1,2 106 paires de
bases pour les virus gants (Mimivirus) infectant les amibes. Chez les animaux
vertbrs et lHomme, les virus ayant les gnomes les plus longs sont galement
ceux ayant des tailles les plus importantes: les cytomgalovirus (235kpb) et les
Poxviridae (jusqu 360kpb). Ces gnomes de grande taille codent de nombreuses
protines et confrent une dpendance plus ou moins importante du virus vis--
vis de la cellule hte et des interactions complexes avec cette dernire. Les virus
gnomes de petite taille contiennent souvent, pour augmenter leur capacit de
codage, des gnes chevauchants (recouvrement partiel des cadres de lecture) et
sont en gnral caractriss par une variabilit gntique plus leve. Les gnomes
ARN sont globalement de taille infrieure aux gnomes ADN, avec une taille
maximale de lordre de 30 kb.
Du fait de leur parasitisme obligatoire, les gnomes viraux doivent contenir
des informations utilisables par la cellule hte, avec en particulier un code gn-
tique et des signaux de rgulation compatibles. La structure et la taille du gnome
viral conditionnent lorganisation de ce dernier (densit de linformation gntique
codante) et galement, en partie, le mode de rplication (degr dindpendance vis-
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

-vis de la cellule hte) (Fig.1.3).

Linformation gntique est contenue dans la squence des quatre bases de
lacide nuclique (A, C, T et G). Elle est ensuite transcrite en ARN messager puis en
protines. Certaines squences contrlent lexpression des gnes viraux et peuvent,
pour ce faire, introduire des boucles ou des tige-boucles dans la structure secondaire
ou tertiaire de lacide nuclique. Ces structures peuvent galement tre impliques
dans la rplication, la traduction (IRES site interne dentre des ribosomes) ou des
activits enzymatiques.

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 9 19/12/12 11:54

 Chapitre 1 Notions de base surles virus

Gnomes ADN
nus
100 nm

Adenoviridae Polyomaviridae Parvoviridae Circoviridae

envelopps

transcriptase
inverse

Hepadnaviridae

Poxviridae Herpesviridae

Gnomes ARN
nus

Reoviridae Birnaviridae Picornaviridae Astroviridae Caliciviridae Retroviridae

envelopps

Filoviridae

Paramyxoviridae Bunyaviridae Coronaviridae Rhaboviridae

Orthomyxoviridae Arenaviridae Togaviridae Arteviridae Bornaviridae Flaviviridae

Figure1.3 Structure schmatique des principales familles virales infectant

lHomme.
Les virions sont regroups en fonction de la nature de leur acide nuclique (ADN
ou ARN), puis de la prsence ou non dune enveloppe (virus envelopps ou nus),
de lutilisation lors de leur cycle dune transcriptase inverse (RT) et enfin de leurs
tailles respectives.

10

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 10 19/12/12 11:54

 1.3 La structure des virions

1.3.2 Les capsides

Elles sont constitues de protines issues de la transcription et de la traduction de gnes
de structure viraux. Pour former une capside, ces protines vont sauto-assembler en
sous-units (ou capsomres) puis en capside. Une capside peut tre constitue de
multiples exemplaires assembls dune unique protine virale ou de plusieurs types
de protines. Il existe trois grands types de structure de capside caractriss par des
symtries diffrentes dassemblage des capsomres. Ces symtries sont dites hli-
codale, icosadrique (ou cubique) et enfin complexe. Lassociation dun gnome
viral avec sa capside sappelle une nuclocapside.

a) Symtrie hlicodale
Cest la structure mise en vidence pour le virus de la mosaque du tabac. Elle est
constitue de capsomres sassemblant en hlice autour dun axe central creux
exactement comme les marches dun escalier en colimaon autour dun pilier. La
structure finale forme est un filament creux plus ou moins long et rigide. Lacide
nuclique, un ARN, est enroul en spirale dans une gouttire prsente sur chaque
capsomre. Pour chaque segment gnomique, lensemble ARN +capside forme une
ribonucloprotine tubulaire (RNP). Pour les virus infectant les vertbrs, cette
dernire est systmatiquement pelotonne et contenue dans une enveloppe. Ces
capsides sont caractrises par leur longueur, leur diamtre et le nombre de capso-
mres par tour dhlice (Fig.1.4).

vue de face
capsomres
tranche
ARN

axe
creux
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

Figure1.4 Structure schmatique des nuclocapsides hlicodales.

Structure et assemblage des capsomres autour dun axe central creux et protec-
tion de lacide nuclique dans une gouttire hlicodale

b) Symtrie icosadrique (ou cubique)

Les capsomres sassemblent pour former une structure polydrique symtrique
rgulire compose de 12 sommets, 20 faces triangulaires et 30 artes, appele
icosadre. Les capsomres constitutifs peuvent contenir 5 (pentamre ou penton)

11

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 11 19/12/12 11:54

 Chapitre 1 Notions de base surles virus

ou 6 (hexamre ou hexon) sousunits protiques. Contrairement aux capsides

de symtrie hlicodale, les capsomres sauto-assemblent mme en labsence
dacides nucliques viraux. Les pentons sont localiss au niveau des sommets car
ils sontconvexes et les hexons sur les faces et les artes de licosadre (Fig.1.5).
Ainsipar exemple, les Herpesviridae ont une capside constitue de 162 capsomres
(150 hexons et 12 pentons) et les Adenoviridae de 252 capsomres (240 hexons et 12
pentons). Ce type de capside concerne aussi bien les virus ADN qu ARN et les
virus envelopps ou non.

(a)

penton hexon
(convexe) (plan)

(b)

2 5
3

Les diffrents axes de symtrie de l'icosadre

Figure1.5 Organisation des icosadres.

(a) assemblage des capsomres en hexamres plans ou en pentamres convexes,
(b) structure dun icosadre et prsentation de ses niveaux de symtrie (ordres 2, 3
et 5).

c) Symtries complexes
Certains virus ont des structures associant les symtries cubiques et hlicodales;
cest par exemple le cas de certains bactriophages (Fig.1.6) qui possdent une tte
icosadrique et une queue hlicodale plus ou moins longue et contractile (ordre
des Caudovirales). Les bactriophages sont trs pliomorphes: forme de bouteille
(Acidianus Bottle-Shaped virus, Ampullaviridae), de fuseau (Acidianus two-tailed
virus), de poire, de filament
Dautres virus ont des capsides dont la symtrie nest pas clairement dfinie, cest
le cas des Poxviridae. Ils ont en microscopie lectronique balayage un aspect en
brique arrondie avec une surface type peau dananas.
Les virus gants de type Mimivirus ont des capsides daspect icosadrique
couverte de fibrilles et possdant un des sommets de licosadre un orifice permet-
tant la libration du gnome viral dans le cytosol cellulaire (Fig.1.7).

12

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 12 19/12/12 11:54

 1.3 La structure des virions

tte

queue

Figure1.6 Structure schmatique dun bactriophage T4 associant une

tte icosadrique et une queue hlicodale.

(a) (b)

Figure1.7 Structure schmatique des Mimivirus: aspects externe (a) et

interne (b) de la particule virale.

EN CCART
A 1.1 Gomtrie des capsides icosadriques,
le nombre de triangulation
Dunod La reproduction non autorise est un dlit.

Les icosadres sont des polydres rguliers possdant 3 axes de symtries

(5, 3, 2): 12 sommets (symtrie 5), 20 faces triangulaires quilatrales (sym-
trie 3) et 30 artes (symtrie 2). Selon la thorie de la quasiquivalence, les
capsides icosadriques sont formes de pentamres ou pentons (assemblage
de 5 capsomres) et dhexamres ou hexons (assemblage de 6 capsomres)
constitus le plus souvent des mmes protines. Les hexamres sont plans
alors que les pentamres sont convexes et forment les sommets de lico-
sadre. Dans les deux organisations, les liaisons entre les protines dont elles
sont constitues, sont maintenues et considres comme quasi-quivalentes,
malgr les contraintes et dformations imposes par la structure.

13

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 13 19/12/12 11:54

 Chapitre 1 Notions de base surles virus

Le nombre de protines ncessaires lassemblage dune capside icosa-

drique est un multiple de 60 (60 x T, o T est le nombre de triangulation).
Les capsomres les plus simples sont en gnral constitus de 3 sous-units
protiques identiques formant une capside de 60 sous-units (60 x 1). Pour
des capsides de taille suprieure, T peut prendre des valeurs diffrentes et est
proportionnel au nombre de capsomres par face. T est dfini par la formule
T = h2 + hk + k2. Les paramtres h et k sont les coordonnes dfinissant,
partir du sommet dun pentamre, la position des sommets des autres pentamres
dans le rseau dassemblage des capsomres.

k
(0,5)

(0,4)

(0,3)

(0,2)
T = 13
(0,1) (3,1)
A

(0,0) (1,0) (2,0) (3,0) (4,0) h

Figure1.8 Dtermination dun nombre de triangulation.

Dans la figure ci-dessus, chaque point dintersection est le centre dun hexa-
mre compos de 6 capsomres (schmatis ici par des triangles quilatraux).
Lorsque lon supprime un des capsomres de lhexamre A on obtient, si lon
rapproche les deux faces libres, un pentamre. partir du centre de ce penta-
mre on dfinit les axes h et k, ce qui permet de dterminer la position du
sommet du pentamre le plus proche et donc la taille et la position de la face
de licosadre. Ce sommet est localis sur le rseau grce aux coordonnes
(h, k) permettant de calculer T. T peut donc servir dunit de mesure de la taille
dune capside virale et conditionne sa gomtrie. Dans lexemple donn (3,1), T
=32 +(3x1) +12 =13. Pour (2,0), T =4; pour (3, 2), T =32 + (3x2) +22 =19.
Toutes les possibilits ne sont pas retrouves dans les capsides virales, car
certaines sont moins stables que dautres (notamment lorsque k >2).
On peut ainsi dfinir 3 classes de capsides virales dpendant de h et k : les
icosadres vrais (h >k, k =0) correspondant T =4, 9, 16; les icosadres
grand nombre de facettes (h >k >0) correspondant T =7, 13, 19 et les penta-
kidodcadres (h =k) correspondant T =3, 12, 27.

14

9782100584864-Livre PASQUIER.indb 14 19/12/12 11:54