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ConceptiondunportailWebddi

lagnomiqueducafierpourune
mutualisationdesressources

Responsable:SergeHamon
Suividuprojet:ChristineDubreuilTranchant,ValriePoncet
ConceptionduportailWeb
Sommaire
Dfinitionetobjectifdunportail
Plandusiteetchartegraphiqueretenus
Architectureglobaleduportail
Intgrationdedonnes
Schmafonctionneldelintgration
Extractiondesdonnessourcesetstockage
Consultationdesdonnespartirduportail
Bilan&perspectives
Dfinitionetobjectifduportail

Portailweb

SiteWebderfrencedansundomaineprcis
oupourunecommunautparticulire.

Siteinternetouintranet
ensembledepageswebhyperlies.
Ported'entreuniquesurunlargepanelde:
ressources(pagesdedescription,desliensexternes,
desdonnesintgres)
deservices(messagerie,forum,moteurderecherche).
Plandusiteetchartes
Moteurderecherche
Informationslgales
LiensiteIRD
Home

Scientific Genomic Bioinformatic Genetic Links


program resources resources resources

http://localhost/portail_cafe/
http://localhost/portail_cafe/

Chartesgraphique
etditoriale
retenues
Architectureglobaleduportail

Utilisateurs { extrieurs:scientifiquesdudomaine
agents:producteursdedonnes,
utilisateurs,
Administrateur

PortailWeb

Schmaglobal:
Donnesintgres Description

Siteweb Liens
Siteweb
spcifique
autres...

MoccaDB CoffeeGD Autresbases...


Architectureglobaleduportail

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Schmaglobal:
Donnesintgr es

MoccaDB CoffeeGD Autresbases...


Lintgrationdedonneshtrognes
EntreptvsMdiation

Portail

Requte Rponse
Portail

Schma
Global
Requte Rponse

Entrept
SchmaGlobal

Mdiateur
Intgrateur
Requte
Requte
DONNEES Rponse
DONNEES Rponse Rponse

Schmalocal Schmalocal Schmalocal Schmalocal Schmalocal

Source Source Source Source Source


Lintgrationdedonnes
=>Intgrationdeschmaspartirdesources(BD)htrognes.

Obtenirunehomognitdeschmas
Journaliste Article
Personne Article
Ecrivain Article

Rechercherlescorrespondances

Deslments
Article.BD1 Article.BD2
titre: name:

Desvaleurs

simplesequencerepeat,singlesequencerepeat,SSR,microsatellite
Lintgrationdedonnes

sequence_name String
n0accession Integer

Dcrit Possde se_rapporte


Nom String
Taxon Plante Sequence Domaine
(est_decrite_par) (appartient_a) (s'applique)
Gnomique,
protomique,...

latin_name String
rang String
DNASequence

Possede defini_comme
(caracterise) (estissude)

Marker/Molecularmarker name String


primer String
appartient_au Tm String
(spcifie/caractrise)

Type/Categorie/classe/nature

type_name String
Microsatellite,
RFLP,...
Fichier
dinstances

Schmadudomaine
Schmafonctionneldelintgration

Moteurderecherche
Fichierde
correspondances Nomdelasquence Typedelasquence Nomdespce
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas
(tapes) RequteHTTP
sources
avecparamtres
1:gnrationderequtes
(fichierdecorrespondancesen
entre)
Moduledeconsultation
MoccaDB (tapes)
2:interrogationBDsources+
ou
rcuprationdonnes
CoffeeGD interrogationdufichierd'Instances
3:nettoyageettransformation +rcuprationdesrsultats
donnes(fichierthesaurusen (fichierd'Instancesenentre)
entre)
Thesaurus Feuilledestyle
4:stockagedonnes(fichier
(XSLT)
Instancesensortie)

Rq:Lefichierd'instances
Fichierd'instances
estbassurunschma
correspondant
conceptueldudomaine
pralablementdfini l'entrept

Etape1:Extractiondesdonnessourceset Etape2:Consultationdesdonnespartirdu
stockage portail
Schmafonctionneldelintgration
()
<sourcename=" coffeadb"type=" BD" >
<classname="TMarker"
Fichierde thesaurus_class="Sequence table=" marker" alias=" Ma">
correspondances <idname=" Id"type=" varchar" column=" resource_name"/>
d'unepartie <property
Moduled'extraction desschmas thesaurus_property="name"
(tapes) column=" resource_name"
sources type=" varchar"
notnull=" true"
1:gnrationderequtes length=" 50"
(fichierdecorrespondancesen />()
entre) <foreign_key
thesaurus_class=" Vegetal"
MoccaDB column=" resource_name"
2:interrogationBDsources+
ou class="TPlant"
rcuprationdonnes
CoffeeGD table="plant_resource"
alias="Pl_r"
3:nettoyageettransformation key="name"
donnes(fichierthesaurusen />
entre) </class>()
</source>
Thesaurus <sourcename=" moccadb"type=" BD">
4:stockagedonnes(fichier <classname="TMarker"thesaurus_class=" Sequence"
Instancesensortie) table=" Marker"alias=" Ma">
<idname=" Id"type=" varchar" column=" m_id"/>
<property
thesaurus_property="name"
Fichierd'instances column=" m_name"
correspondant type=" varchar"
notnull=" true"
l'entrept
length=" 15" DTD
/>()
</source>
()
Moduledextraction Lefichierdecorrespondances
Schmafonctionneldelintgration

Fichierde
correspondances
()
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas <!ELEMENTclass(
(tapes) sources id*,
(property,foreign_key)*
1:gnrationderequtes )>
(fichierdecorrespondancesen <!ATTLISTclassnameCDATA#REQUIRED>
entre) <!ATTLISTclassthesaurus_classCDATA#REQUIRED>
<!ATTLISTclasstableCDATA#REQUIRED>
MoccaDB <!ATTLISTclassaliasCDATA#REQUIRED>
2:interrogationBDsources+
ou
rcuprationdonnes <!ELEMENTproperty>
CoffeeGD
<!ATTLISTpropertythesaurus_propertyCDATA#REQUIRED>
3:nettoyageettransformation <!ATTLISTpropertycolumnCDATA#REQUIRED>
donnes(fichierthesaurusen <!ATTLISTpropertytypeCDATA#IMPLIED>
<!ATTLISTpropertynotnull(true|false)#IMPLIED>
entre) <!ATTLISTpropertylength#IMPLIED>
Thesaurus
4:stockagedonnes(fichier ()
Instancesensortie)

Fichierd'instances
correspondant
l'entrept

Moduledextraction Lefichierdecorrespondance
Schmafonctionneldelintgration

Fichierde
correspondances
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas
(tapes) sources
<o:termrdf:about=" http://bioinfo/o#O.0010021" >
<o:id>O.0010021</o:id>
<o:name>SSR</o:name>
1:gnrationderequtes
<o:synonym>singlesequencerepeat</o:synonym>
(fichierdecorrespondancesen <o:synonym>simplesequencerepeat</o:synonym>
entre) <o:synonym>microsatellite</o:synonym>
<o:synonym>microsatellites</o:synonym>
MoccaDB <o:synonym>STR</o:synonym>
2:interrogationBDsources+
ou <o:synonym>simpletandemrepeats</o:synonym>
rcuprationdonnes
CoffeeGD <o:synonym>SS</o:synonym>
<o:synonym>simplesequences</o:synonym>
3:nettoyageettransformation <o:definition>AveryshortunitsequenceofDNA(2to4bp)
donnes(fichierthesaurusen thatisrepeatedmultipletimesintandem.
entre) [http://www.informatics.jax.org/silver/glossary.shtml ]</o:definition>
<o:is_ardf:resource="http://bioinfo/o#O.0010015" /><!
Thesaurus tandem_repeat>
4:stockagedonnes(fichier <o:dbxrefrdf:parseType=" Resource">
Instancesensortie) <o:database_symbol>SO_id</o:database_symbol>
<o:reference>0000289</o:reference>
</o:dbxref>
</o:term>
Fichierd'instances
correspondant
l'entrept
DTD

Moduledextraction LeThesaurus
Schmafonctionneldelintgration

Fichierde
correspondances
d'unepartie ()
Moduled'extraction desschmas
(tapes) sources <!ELEMENTo:term(
o:id,
1:gnrationderequtes o:name,
o:synonym*,
(fichierdecorrespondancesen o:definition?,
entre) (o:is_a,o:part_of,o:derives_from)*,
o:dbxref*,
MoccaDB
2:interrogationBDsources+ )>
ou
rcuprationdonnes
CoffeeGD <!ELEMENTo:id(#PCDATA)>
<!ELEMENTo:name(#PCDATA)>
3:nettoyageettransformation <!ELEMENTo:synonym(#PCDATA)>
donnes(fichierthesaurusen <!ELEMENTo:definition(#PCDATA)>
entre)
<!ELEMENTo:is_a(#PCDATA)>
Thesaurus <!ATTLISTo:is_ardf:resourceCDATA#REQUIRED>
4:stockagedonnes(fichier
Instancesensortie) <!ELEMENTo:part_of(#PCDATA)>
<!ATTLISTo:part_ofrdf:resourceCDATA#REQUIRED>

<!ELEMENTo:derives_from(#PCDATA)>
Fichierd'instances <!ATTLISTo:derives_fromrdf:resourceCDATA#REQUIRED>
correspondant
l'entrept <!ELEMENTo:dbxref(o:database_symbol,o:reference)>

()

Moduledextraction LeThesaurus
Schmafonctionneldelintgration

<schema:Sequencerdf:about="urn:Sequence:item1" >
Fichierde
<schema:sequence_name
correspondances rdf:datatype=" &xsdstring">SSR222</schema:sequence_name>
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas <schema:bd_name
(tapes) sources rdf:datatype=" &xsdstring">moccadb</schema:bd_name>

1:gnrationderequtes <schema:appartient_a>
(fichierdecorrespondancesen <schema:Plante>
<schema:est_decrite_par>
entre) <schema:Taxonrdf:about="urn:Taxon:item1" >
MoccaDB <schema:latin_name
2:interrogationBDsources+ rdf:datatype=" &xsdstring">SOLANUM
ou LYCOPERSICUM</schema:latin_name>
rcuprationdonnes
CoffeeGD </schema:Taxon>
</schema:est_decrite_par>
3:nettoyageettransformation </schema:Plante>
donnes(fichierthesaurusen </schema:appartient_a>
entre)
<schema:defini_comme>
Thesaurus <schema:Marker>
4:stockagedonnes(fichier
<schema:appartient_au>
Instancesensortie) <schema:Typerdf:about="urn:Type:item1">
<schema:type_name
rdf:datatype=" &xsdstring">SSR</schema:type_name>
Fichier </schema:Type>
d'instances </schema:appartient_au>
</schema:Marker>
correspondant </schema:defini_comme>
l'entrept Schma
</schema:Sequence> domaine

Moduledextraction Lefichierdinstances
Bilan&Perspectives

Ajoutduneinterfacedadministrationdusite
Contenusajouter(Crationdunebasededonnes)
Donnessurlescollections/prospections
Bibliographie
photothque
Moteurderecherche
Accderauxsquencesuniquementpublics
Liensdirectversdesfichescompltes(sitessources)
Ajouteruneautresource(ESTdb)
FichiersplatvsBD/entreptvsmdiation
ExemplepourlarubriqueGeneticresources

Type Count ry Localit y Dat e Collect or/Select or


C Brazil MinasGerais 1935
C Brazil SaoPaulo 1935 C.A.Krug,J.E.T.Mendes,A.Carvalho
C CostaRica ExperimentalstationofICAFE,BarvadeHeredia 1995 G.Aguilar
W Ethiopia FinoteSelam(1750m),74kmNNWfromDebreMarcos,ProvinceofGojjam 25/10/1964 F.G.Meyer
W Ethiopia DebreZeit(1900m),50kmfromAddisAbaba,ProvinceofShoa 1/11/1964 R.L.Narasimhaswamy&F.G.Meyer
W Ethiopia BirkeGetahun'sfarm(1660m),Limu,ProvinceofIllubador 22/11/1966 J.L.Guillaumet&F.Hall
W Ethiopia NeartheriverBaco,Tippi(1200m),ProvinceofIllubador 30/11/1966 J.L.Guillaumet&F.Hall

Geneticorigin Synonym Reference


Mutacindeungenendominanciacasicompleta(CtCt),en"varBourbon" 123
Mutacindeungenenformarecesiva(cece) 14
SeleccinenlalneaT.8667deCatimor CR95T.08667T.8667T8667 5
Semillasdeplantascultivadasconsombra 6
Semillasdeplantascultivadasenplenosol 6
Semillasdeunaplantasubsilvestre,cultivadaenunafincasemiindustrial Ar11B 7
Semillasdeunaplantacultivada Ar25 7