ConceptiondunportailWebddi

lagnomiqueducafierpourune
mutualisationdesressources

Responsable:SergeHamon
Suividuprojet:ChristineDubreuilTranchant,ValriePoncet
 ConceptionduportailWeb
Sommaire
Dfinitionetobjectifdunportail
Plandusiteetchartegraphiqueretenus
Architectureglobaleduportail
Intgrationdedonnes
Schmafonctionneldelintgration
Extractiondesdonnessourcesetstockage
Consultationdesdonnespartirduportail
Bilan&perspectives
 Dfinitionetobjectifduportail

Portailweb

SiteWebderfrencedansundomaineprcis
oupourunecommunautparticulire.

Siteinternetouintranet
ensembledepageswebhyperlies.
Ported'entreuniquesurunlargepanelde:
ressources(pagesdedescription,desliensexternes,
desdonnesintgres)
deservices(messagerie,forum,moteurderecherche).
Plandusiteetchartes
Moteurderecherche
Informationslgales
LiensiteIRD
Home

Scientific Genomic Bioinformatic Genetic Links

program resources resources resources

http://localhost/portail_cafe/
http://localhost/portail_cafe/

Chartesgraphique
etditoriale
retenues
 Architectureglobaleduportail

Utilisateurs { extrieurs:scientifiquesdudomaine
agents:producteursdedonnes,
utilisateurs,
Administrateur

PortailWeb

Schmaglobal:
Donnesintgres Description

Siteweb Liens
Siteweb
spcifique
autres...

MoccaDB CoffeeGD Autresbases...

Architectureglobaleduportail

PortailWeb

Schmaglobal:
Donnesintgr es

MoccaDB CoffeeGD Autresbases...

 Lintgrationdedonneshtrognes
EntreptvsMdiation

Portail

Requte Rponse
Portail

Schma
Global
Requte Rponse

Entrept
SchmaGlobal

Mdiateur
Intgrateur
Requte
Requte
DONNEES Rponse
DONNEES Rponse Rponse

Schmalocal Schmalocal Schmalocal Schmalocal Schmalocal

Source Source Source Source Source

 Lintgrationdedonnes
=>Intgrationdeschmaspartirdesources(BD)htrognes.

Obtenirunehomognitdeschmas
Journaliste Article
Personne Article
Ecrivain Article

Rechercherlescorrespondances

Deslments
Article.BD1 Article.BD2
titre: name:

Desvaleurs

simplesequencerepeat,singlesequencerepeat,SSR,microsatellite
 Lintgrationdedonnes

sequence_name String
n0accession Integer

Dcrit Possde se_rapporte

Nom String
Taxon Plante Sequence Domaine
(est_decrite_par) (appartient_a) (s'applique)
Gnomique,
protomique,...

latin_name String
rang String
DNASequence

Possede defini_comme
(caracterise) (estissude)

Marker/Molecularmarker name String

primer String
appartient_au Tm String
(spcifie/caractrise)

Type/Categorie/classe/nature

type_name String
Microsatellite,
RFLP,...
Fichier
dinstances

Schmadudomaine
 Schmafonctionneldelintgration

Moteurderecherche
Fichierde
correspondances Nomdelasquence Typedelasquence Nomdespce
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas
(tapes) RequteHTTP
sources
avecparamtres
1:gnrationderequtes
(fichierdecorrespondancesen
entre)
Moduledeconsultation
MoccaDB (tapes)
2:interrogationBDsources+
ou
rcuprationdonnes
CoffeeGD interrogationdufichierd'Instances
3:nettoyageettransformation +rcuprationdesrsultats
donnes(fichierthesaurusen (fichierd'Instancesenentre)
entre)
Thesaurus Feuilledestyle
4:stockagedonnes(fichier
(XSLT)
Instancesensortie)

Rq:Lefichierd'instances
Fichierd'instances
estbassurunschma
correspondant
conceptueldudomaine
pralablementdfini l'entrept

Etape1:Extractiondesdonnessourceset Etape2:Consultationdesdonnespartirdu
stockage portail
 Schmafonctionneldelintgration
()
<sourcename=" coffeadb"type=" BD" >
<classname="TMarker"
Fichierde thesaurus_class="Sequence table=" marker" alias=" Ma">
correspondances <idname=" Id"type=" varchar" column=" resource_name"/>
d'unepartie <property
Moduled'extraction desschmas thesaurus_property="name"
(tapes) column=" resource_name"
sources type=" varchar"
notnull=" true"
1:gnrationderequtes length=" 50"
(fichierdecorrespondancesen />()
entre) <foreign_key
thesaurus_class=" Vegetal"
MoccaDB column=" resource_name"
2:interrogationBDsources+
ou class="TPlant"
rcuprationdonnes
CoffeeGD table="plant_resource"
alias="Pl_r"
3:nettoyageettransformation key="name"
donnes(fichierthesaurusen />
entre) </class>()
</source>
Thesaurus <sourcename=" moccadb"type=" BD">
4:stockagedonnes(fichier <classname="TMarker"thesaurus_class=" Sequence"
Instancesensortie) table=" Marker"alias=" Ma">
<idname=" Id"type=" varchar" column=" m_id"/>
<property
thesaurus_property="name"
Fichierd'instances column=" m_name"
correspondant type=" varchar"
notnull=" true"
l'entrept
length=" 15" DTD
/>()
</source>
()
Moduledextraction Lefichierdecorrespondances
 Schmafonctionneldelintgration

Fichierde
correspondances
()
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas <!ELEMENTclass(
(tapes) sources id*,
(property,foreign_key)*
1:gnrationderequtes )>
(fichierdecorrespondancesen <!ATTLISTclassnameCDATA#REQUIRED>
entre) <!ATTLISTclassthesaurus_classCDATA#REQUIRED>
<!ATTLISTclasstableCDATA#REQUIRED>
MoccaDB <!ATTLISTclassaliasCDATA#REQUIRED>
2:interrogationBDsources+
ou
rcuprationdonnes <!ELEMENTproperty>
CoffeeGD
<!ATTLISTpropertythesaurus_propertyCDATA#REQUIRED>
3:nettoyageettransformation <!ATTLISTpropertycolumnCDATA#REQUIRED>
donnes(fichierthesaurusen <!ATTLISTpropertytypeCDATA#IMPLIED>
<!ATTLISTpropertynotnull(true|false)#IMPLIED>
entre) <!ATTLISTpropertylength#IMPLIED>
Thesaurus
4:stockagedonnes(fichier ()
Instancesensortie)

Fichierd'instances
correspondant
l'entrept

Moduledextraction Lefichierdecorrespondance
 Schmafonctionneldelintgration
Moduled'extraction
(tapes)
1:gnrationderequtes
(fichierdecorrespondancesen
entre)
2:interrogationBDsources+
rcuprationdonnes
3:nettoyageettransformation
donnes(fichierthesaurusen
entre)
4:stockagedonnes(fichier
Instancesensortie)
Fichierd'instances
Moduledextraction
Fichierde
correspondances
d'unepartie
desschmas
sources
<o:termrdf:about=" http://bioinfo/o#O.0010021" >
<o:id>O.0010021</o:id>
<o:name>SSR</o:name>
<o:synonym>singlesequencerepeat</o:synonym>
<o:synonym>simplesequencerepeat</o:synonym>
<o:synonym>microsatellite</o:synonym>
<o:synonym>microsatellites</o:synonym>
MoccaDB <o:synonym>STR</o:synonym>
ou <o:synonym>simpletandemrepeats</o:synonym>
CoffeeGD <o:synonym>SS</o:synonym>
<o:synonym>simplesequences</o:synonym>
<o:definition>AveryshortunitsequenceofDNA(2to4bp)
thatisrepeatedmultipletimesintandem.
[http://www.informatics.jax.org/silver/glossary.shtml ]</o:definition>
<o:is_ardf:resource="http://bioinfo/o#O.0010015" /><!
Thesaurus tandem_repeat>
<o:dbxrefrdf:parseType=" Resource">
<o:database_symbol>SO_id</o:database_symbol>
<o:reference>0000289</o:reference>
</o:dbxref>
</o:term>
correspondant
l'entrept
DTD
LeThesaurus
 Schmafonctionneldelintgration

Fichierde
correspondances
d'unepartie ()
Moduled'extraction desschmas
(tapes) sources <!ELEMENTo:term(
o:id,
1:gnrationderequtes o:name,
o:synonym*,
(fichierdecorrespondancesen o:definition?,
entre) (o:is_a,o:part_of,o:derives_from)*,
o:dbxref*,
MoccaDB
2:interrogationBDsources+ )>
ou
rcuprationdonnes
CoffeeGD <!ELEMENTo:id(#PCDATA)>
<!ELEMENTo:name(#PCDATA)>
3:nettoyageettransformation <!ELEMENTo:synonym(#PCDATA)>
donnes(fichierthesaurusen <!ELEMENTo:definition(#PCDATA)>
entre)
<!ELEMENTo:is_a(#PCDATA)>
Thesaurus <!ATTLISTo:is_ardf:resourceCDATA#REQUIRED>
4:stockagedonnes(fichier
Instancesensortie) <!ELEMENTo:part_of(#PCDATA)>
<!ATTLISTo:part_ofrdf:resourceCDATA#REQUIRED>

<!ELEMENTo:derives_from(#PCDATA)>
Fichierd'instances <!ATTLISTo:derives_fromrdf:resourceCDATA#REQUIRED>
correspondant
l'entrept <!ELEMENTo:dbxref(o:database_symbol,o:reference)>

()

Moduledextraction LeThesaurus
 Schmafonctionneldelintgration

<schema:Sequencerdf:about="urn:Sequence:item1" >
Fichierde
<schema:sequence_name
correspondances rdf:datatype=" &xsdstring">SSR222</schema:sequence_name>
d'unepartie
Moduled'extraction desschmas <schema:bd_name
(tapes) sources rdf:datatype=" &xsdstring">moccadb</schema:bd_name>

1:gnrationderequtes <schema:appartient_a>
(fichierdecorrespondancesen <schema:Plante>
<schema:est_decrite_par>
entre) <schema:Taxonrdf:about="urn:Taxon:item1" >
MoccaDB <schema:latin_name
2:interrogationBDsources+ rdf:datatype=" &xsdstring">SOLANUM
ou LYCOPERSICUM</schema:latin_name>
rcuprationdonnes
CoffeeGD </schema:Taxon>
</schema:est_decrite_par>
3:nettoyageettransformation </schema:Plante>
donnes(fichierthesaurusen </schema:appartient_a>
entre)
<schema:defini_comme>
Thesaurus <schema:Marker>
4:stockagedonnes(fichier
<schema:appartient_au>
Instancesensortie) <schema:Typerdf:about="urn:Type:item1">
<schema:type_name
rdf:datatype=" &xsdstring">SSR</schema:type_name>
Fichier </schema:Type>
d'instances </schema:appartient_au>
</schema:Marker>
correspondant </schema:defini_comme>
l'entrept Schma
</schema:Sequence> domaine

Moduledextraction Lefichierdinstances
 Bilan&Perspectives

Ajoutduneinterfacedadministrationdusite
Contenusajouter(Crationdunebasededonnes)
Donnessurlescollections/prospections
Bibliographie
photothque
Moteurderecherche
Accderauxsquencesuniquementpublics
Liensdirectversdesfichescompltes(sitessources)
Ajouteruneautresource(ESTdb)
FichiersplatvsBD/entreptvsmdiation
 ExemplepourlarubriqueGeneticresources

Type Count ry Localit y Dat e Collect or/Select or

C Brazil MinasGerais 1935
C Brazil SaoPaulo 1935 C.A.Krug,J.E.T.Mendes,A.Carvalho
C CostaRica ExperimentalstationofICAFE,BarvadeHeredia 1995 G.Aguilar
W Ethiopia FinoteSelam(1750m),74kmNNWfromDebreMarcos,ProvinceofGojjam 25/10/1964 F.G.Meyer
W Ethiopia DebreZeit(1900m),50kmfromAddisAbaba,ProvinceofShoa 1/11/1964 R.L.Narasimhaswamy&F.G.Meyer
W Ethiopia BirkeGetahun'sfarm(1660m),Limu,ProvinceofIllubador 22/11/1966 J.L.Guillaumet&F.Hall
W Ethiopia NeartheriverBaco,Tippi(1200m),ProvinceofIllubador 30/11/1966 J.L.Guillaumet&F.Hall

Geneticorigin Synonym Reference

Mutacindeungenendominanciacasicompleta(CtCt),en"varBourbon" 123
Mutacindeungenenformarecesiva(cece) 14
SeleccinenlalneaT.8667deCatimor CR95T.08667T.8667T8667 5
Semillasdeplantascultivadasconsombra 6
Semillasdeplantascultivadasenplenosol 6
Semillasdeunaplantasubsilvestre,cultivadaenunafincasemiindustrial Ar11B 7
Semillasdeunaplantacultivada Ar25 7