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1 Historia de la gentica
o 2.1 Componentes
o 2.3 Estructura
o 2.6 Superenrollamiento
3 Modificaciones qumicas
4 Funciones biolgicas
5 Interacciones ADN-protena
5.2.3 Polimerasas
6 Recombinacin gentica
8 Tcnicas comunes
o 8.2 Secuenciacin
9 Aplicaciones
o 9.3 Bioinformtica
10 Vase tambin
11 Referencias
o 11.1 Notas
o 11.2 Bibliografa
12 Enlaces externos
Historia de la gentica[editar]
Artculo principal: Historia de la gentica
El ADN lo aisl por primera vez, durante el invierno de 1869, el mdico suizo Friedrich
Miescher mientras trabajaba en la Universidad de Tubinga. Miescher realizaba
experimentos acerca de la composicin qumica del pus de
vendas quirrgicas desechadas cuando not un precipitado de una sustancia desconocida
que caracteriz qumicamente ms tarde.2 3 Lo llam nuclena, debido a que lo haba
extrado a partir de ncleos celulares.4Se necesitaron casi 70 aos de investigacin para
poder identificar los componentes y la estructura de los cidos nucleicos.
En 1919 Phoebus Levene identific que un nucletido est formado por una base
nitrogenada, un azcar y un fosfato.5 Levene sugiri que el ADN generaba una estructura
con forma de solenoide (muelle) con unidades de nucletidos unidos a travs de los
grupos fosfato. En 1930 Levene y su maestro Albrecht Kossel probaron que la nuclena de
Miescher es un cido desoxirribonucleico (ADN) formado por cuatro bases nitrogenadas
(citosina (C), timina (T), adenina (A) y guanina (G)), el azcar desoxirribosa y un grupo
fosfato, y que, en su estructura bsica, el nucletido est compuesto por un azcar unido a
la base y al fosfato.6 Sin embargo, Levene pensaba que la cadena era corta y que las
bases se repetan en un orden fijo. En 1937 William Astbury produjo el primer patrn
de difraccin de rayos X que mostraba que el ADN tena una estructura regular.7
La funcin biolgica del ADN comenz a dilucidarse en 1928, con una serie bsica de
experimentos de la gentica moderna realizados por Frederick Griffith, quien estaba
trabajando con cepas "lisas" (S) o "rugosas" (R) de la bacteria Pneumococcus (causante
de la neumona), segn la presencia (S) o no (R) de una cpsula azucarada, que es la que
confiere virulencia (vase tambin experimento de Griffith). La inyeccin de neumococos S
vivos en ratones produce la muerte de stos, y Griffith observ que, si inyectaba ratones
con neumococos R vivos o con neumococos S muertos por calor, los ratones no moran.
Sin embargo, si inyectaba a la vez neumococos R vivos y neumococos S muertos, los
ratones moran, y en su sangre se podan aislar neumococos S vivos. Como las bacterias
muertas no pudieron haberse multiplicado dentro del ratn, Griffith razon que deba
producirse algn tipo de cambio o transformacin de un tipo bacteriano a otro por medio de
una transferencia de alguna sustancia activa, que denomin principio transformante. Esta
sustancia proporcionaba la capacidad a los neumococos R de producir una cpsula
azucarada y transformarse as en virulentas. En los siguientes 15 aos, estos
experimentos iniciales se replicaron mezclando distintos tipos de cepas bacterianas
muertas por el calor con otras vivas, tanto en ratones (in vivo) como en tubos de ensayo
(in vitro).8 La bsqueda del factor transformante que era capaz de hacer virulentas a
cepas que inicialmente no lo eran continu hasta 1944, ao en el cual Oswald Avery, Colin
MacLeod y Maclyn McCarty realizaron un experimento hoy clsico. Estos investigadores
extrajeron la fraccin activa (el factor transformante) y, mediante anlisis qumicos,
enzimticos y serolgicos, observaron que no contena protenas, ni lpidos no ligados, ni
polisacridos activos, sino que estaba constituido principalmente por "una forma viscosa
de cido desoxirribonucleico altamente polimerizado", es decir, ADN. El ADN extrado de
las cepas bacterianas S muertas por el calor lo mezclaron "in vitro" con cepas R vivas: el
resultado fue que se formaron colonias bacterianas S, por lo que se concluy
inequvocamente que el factor o principio transformante era el ADN.9
A pesar de que la identificacin del ADN como principio transformante an tard varios
aos en ser universalmente aceptada, este descubrimiento fue decisivo en el conocimiento
de la base molecular de la herencia, y constituye el nacimiento de la gentica molecular.
Finalmente, el papel exclusivo del ADN en la heredabilidad fue confirmado
en 1952 mediante los experimentos de Alfred Hershey y Martha Chase, en los cuales
comprobaron que el fago T2 transmita su informacin gentica en su ADN, pero no en su
protena10 (vase tambinexperimento de Hershey y Chase).
En cuanto a la caracterizacin qumica de la molcula, en 1940 Chargaff realiz algunos
experimentos que le sirvieron para establecer las proporciones de las bases nitrogenadas
en el ADN. Descubri que las proporciones de purinas eran idnticas a las de pirimidinas,
la "equimolecularidad" de las bases ([A]=[T], [G]=[C]) y el hecho de que la cantidad de G+C
en una determinada molcula de ADN no siempre es igual a la cantidad de A+T y puede
variar desde el 36 hasta el 70 por ciento del contenido total.6 Con toda esta informacin y
junto con los datos de difraccin de rayos X proporcionados por Rosalind Franklin, James
Watson y Francis Crick propusieron en 1953 el modelo de la doble hlice de ADN para
representar la estructuratridimensional del polmero.11 En una serie de cinco artculos en el
mismo nmero de Nature se public la evidencia experimental que apoyaba el modelo de
Watson y Crick.12 De stos, el artculo de Franklin y Raymond Gosling fue la primera
publicacin con datos de difraccin de rayos X que apoyaba el modelo de Watson y
Crick,13 14 y en ese mismo nmero de Naturetambin apareca un artculo sobre la
estructura del ADN de Maurice Wilkins y sus colaboradores.15
Watson, Crick y Wilkins recibieron conjuntamente, en 1962, despus de la muerte de
Rosalind Franklin, el Premio Nobel en Fisiologa o Medicina.16 Sin embargo, el debate
contina sobre quin debera recibir crdito por el descubrimiento.17
Estructura qumica del ADN: dos cadenas de nucletidos conectadas mediante puentes de
hidrgeno, que aparecen como lneas punteadas.
El ADN es un largo polmero formado por unidades repetitivas, los nucletidos.18 19 Una
doble cadena de ADN mide de 22 a 26angstroms (2,2 a 2,6 nanmetros) de ancho, y una
unidad (un nucletido) mide 3,3 (0,33 nm) de largo.20 Aunque cada unidad individual que
se repite es muy pequea, los polmeros de ADN pueden ser molculas enormes que
contienen millones denucletidos. Por ejemplo, el cromosoma humano ms largo,
el cromosoma nmero 1, tiene aproximadamente 220 millones depares de bases.21
En los organismos vivos, el ADN no suele existir como una molcula individual, sino como
una pareja de molculas estrechamente asociadas. Las dos cadenas de ADN se enroscan
sobre s mismas formando una especie de escalera de caracol, denominada doble hlice.
El modelo de estructura en doble hlice fue propuesto en 1953 por James
Watson y Francis Crick (el artculo Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for
Deoxyribose Nucleic Acid fue publicado el 25 de abril de1953 en Nature), despus de
obtener una imagen de la estructura de doble hlice gracias a la refraccin por rayos X
hecha porRosalind Franklin.22 El xito de este modelo radicaba en su consistencia con las
propiedades fsicas y qumicas del ADN. El estudio mostraba adems que
la complementariedad de bases poda ser relevante en su replicacin, y tambin la
importancia de la secuencia de bases como portadora de informacin gentica. 23 24 25 Cada
unidad que se repite, el nucletido, contiene un segmento de la estructura de soporte
(azcar + fosfato), que mantiene la cadena unida, y una base, que interacciona con la otra
cadena de ADN en la hlice. En general, una base ligada a un azcar se
denomina nuclesido y una base ligada a un azcar y a uno o ms grupos fosfatos recibe
el nombre de nucletido.
Cuando muchos nucletidos se encuentran unidos, como ocurre en el ADN, el polmero
resultante se denomina polinucletido.26
Componentes[editar]
Estructura de soporte: La estructura de soporte de una hebra de ADN est formada por
unidades alternas de grupos fosfato yazcar (desoxirribosa).27 El azcar en el ADN es una
pentosa, concretamente, la desoxirribosa.
cido fosfrico:
Enlace fosfodister. El grupo fosfato(PO43-) une el carbono 5' del azcar de unnuclesido con
el carbono 3' del siguiente.
Desoxirribosa:
Es un monosacrido de 5 tomos de carbono (una pentosa) derivado de la ribosa,
que forma parte de la estructura de nucletidos del ADN. Su frmula es C 5H10O4.
Una de las principales diferencias entre el ADN y el ARN es el azcar, pues en el
ARN la 2-desoxirribosa del ADN es reemplazada por una pentosa alternativa,
la ribosa.25
Las molculas de azcar se unen entre s a travs de grupos fosfato, que
forman enlaces fosfodister entre los tomos de carbono tercero (3, tres prima)
y quinto (5, cinco prima) de dos anillos adyacentes de azcar. La formacin
de enlaces asimtricos implica que cada hebra de ADN tiene una direccin. En
una doble hlice, la direccin de los nucletidos en una hebra (3 5) es opuesta
a la direccin en la otra hebra (5 3). Esta organizacin de las hebras de ADN se
denomina antiparalela; son cadenas paralelas, pero con direcciones opuestas. De
la misma manera, los extremos asimtricos de las hebras de ADN se
denominan extremo 5 (cinco prima) y extremo 3(tres prima),
respectivamente.
Bases nitrogenadas:
Las cuatro bases nitrogenadas mayoritarias que se encuentran en el ADN son
la adenina (A), la citosina (C), la guanina (G) y la timina (T). Cada una de estas
cuatro bases est unida al armazn de azcar-fosfato a travs del azcar para
formar el nucletido completo (base-azcar-fosfato). Las bases son compuestos
heterocclicos y aromticos con dos o ms tomos de nitrgeno, y, dentro de las
bases mayoritarias, se clasifican en dos grupos: las bases
pricas o purinas (adenina y guanina), derivadas de la purina y formadas por dos
anillos unidos entre s, y las bases pirimidnicas o bases
pirimdicas o pirimidinas (citosina y timina), derivadas de la pirimidina y con un solo
anillo.25En los cidos nucleicos existe una quinta base pirimidnica,
denominada uracilo (U), que normalmente ocupa el lugar de la timina en el ARNy
difiere de sta en que carece de un grupo metilo en su anillo. El uracilo no se
encuentra habitualmente en el ADN, slo aparece raramente como un producto
residual de la degradacin de la citosina por procesos de desaminacin oxidativa.
Timina: 2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina.
Timina:
En el cdigo gentico se representa con la letra T. Es un derivado pirimidnico con
un grupo oxo en las posiciones 2 y 4, y un grupo metilen la posicin 5. Forma
el nuclesido timidina (siempre desoxitimidina, ya que slo aparece en el ADN) y
el nucletido timidilato o timidina monofosfato (dTMP). En el ADN, la timina
siempre se empareja con la adenina de la cadena complementaria mediante
2 puentes de hidrgeno, T=A. Su frmula qumica es C5H6N2O2 y su nomenclatura
2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina.
Citosina:
En el cdigo gentico se representa con la letra C. Es un derivado pirimidnico, con
un grupo amino en posicin 4 y un grupo oxo en posicin 2. Forma
el nuclesido citidina (desoxicitidina en el ADN) y el nucletido citidilato o
(desoxi)citidina monofosfato (dCMP en el ADN, CMP en el ARN). La citosina
siempre se empareja en el ADN con la guanina de la cadena complementaria
mediante un triple enlace, CG. Su frmula qumica es C4H5N3O y su nomenclatura
2-oxo, 4 aminopirimidina. Su masa molecular es de 111,10unidades de masa
atmica. La citosina se descubri en 1894, al aislarla del tejido del timo de carnero.
Adenina: 6-aminopurina.
Adenina:
En el cdigo gentico se representa con la letra A. Es un derivado de la purina con
un grupo amino en la posicin 6. Forma el nuclesido adenosina (desoxiadenosina
en el ADN) y el nucletido adenilato o (desoxi)adenosina monofosfato (dAMP,
AMP). En el ADN siempre se empareja con la timina de la cadena complementaria
mediante 2 puentes de hidrgeno, A=T. Su frmula qumica es C5H5N5 y su
nomenclatura 6-aminopurina. La adenina, junto con la timina, fue descubierta en
1885 por el mdico alemnAlbrecht Kossel.
Guanina:
En el cdigo gentico se representa con la letra G. Es un derivado prico con un
grupo oxo en la posicin 6 y un grupo amino en la posicin 2. Forma el nuclesido
(desoxi)guanosina y el nucletido guanilato o (desoxi)guanosina monofosfato
(dGMP, GMP). La guanina siempre se empareja en el ADN con la citosina de la
cadena complementaria mediante tres enlaces de hidrgeno, GC. Su frmula
qumica es C5H5N5O y su nomenclatura 6-oxo, 2-aminopurina.
Tambin existen otras bases nitrogenadas (las
llamadas bases nitrogenadas minoritarias), derivadas
de forma natural o sinttica de alguna otra base
mayoritaria. Lo son por ejemplo la hipoxantina,
relativamente abundante en el tRNA, o la cafena, ambas
derivadas de la adenina; otras, como el aciclovir,
derivadas de la guanina, son anlogos sintticos usados
en terapia antiviral; otras, como una de las derivadas del
uracilo, son antitumorales.
Las bases nitrogenadas tienen una serie de
caractersticas que les confieren unas propiedades
determinadas. Una caracterstica importante es su
carcteraromtico, consecuencia de la presencia en el
anillo de dobles enlaces en posicin conjugada. Ello les
confiere la capacidad de absorber luz en la
zona ultravioleta del espectro en torno a los 260 nm, lo
cual puede aprovecharse para determinar el coeficiente
de extincin del ADN y hallar la concentracin existente
de los cidos nucleicos. Otra de sus caractersticas es
que presentan tautomera o isomera de grupos
funcionales, debido a que un tomo de hidrgeno unido a
otro tomo puede migrar a una posicin vecina; en las
bases nitrogenadas se dan dos tipos de tautomeras:
tautomera lactama-lactima, donde el hidrgeno migra del
nitrgeno al oxgeno del grupo oxo (forma lactama) y
viceversa (forma lactima), y tautomera imina-
aminaprimaria, donde el hidrgeno puede estar formando
el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al
nitrgeno adyacente (forma imina). La adenina slo
puede presentar tautomera amina-imina, la timina y el
uracilo muestran tautomera doble lactama-lactima, y la
guanina y citosina pueden presentar ambas. Por otro
lado, y aunque se trate de molculas apolares, las bases
nitrogenadas presentan suficiente carcter polar como
para establecer puentes de hidrgeno, ya que tienen
tomos muy electronegativos (nitrgeno y oxgeno) que
presentan carga parcial negativa, y tomos de hidrgeno
con carga parcial positiva, de manera que se forman
dipolos que permiten que se formen estos enlaces
dbiles.
Se estima que el genoma humano haploide tiene
alrededor de 3000 millones de pares de bases. Para
indicar el tamao de las molculas de ADN se indica el
nmero de pares de bases, y como derivados hay dos
unidades de medida muy utilizadas, la kilobase (kb), que
equivale a 1000 pares de bases, y la megabase (Mb), que
equivale a un milln de pares de bases.
Apareamiento de bases[editar]
Vase tambin: Par de bases
Cada tipo de base en una hebra forma un enlace nicamente con un tipo de base en la
otra hebra, lo que se denomina complementariedad de las bases. As, las purinas forman
enlaces con las pirimidinas, de forma que A se enlaza slo con T, y C slo con G. La
organizacin de dos nucletidos apareados a lo largo de la doble hlice se
denomina apareamiento de bases. Este emparejamiento corresponde a la observacin ya
realizada porErwin Chargaff (1905-2002),30 que mostr que la cantidad de adenina era muy
similar a la cantidad de timina, y que la cantidad de citosina era igual a la cantidad de
guanina en el ADN. Como resultado de esta complementariedad, toda la informacin
contenida en la secuencia de doble hebra de la hlice de ADN est duplicada en cada
hebra, lo cual es fundamental durante el proceso de replicacin del ADN. En efecto, esta
interaccin reversible y especfica entre pares de bases complementarias es crtica para
todas las funciones del ADN en los organismos vivos. 18
Como se ha indicado anteriormente, los dos tipos de pares de bases forman un nmero
diferente de enlaces de hidrgeno: A=T forman dos puentes de hidrgeno, y CG forman
tres puentes de hidrgeno (ver imgenes). El par de bases GC es por tanto ms fuerte que
el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el porcentaje de pares de bases GC como
la longitud total de la doble hlice de ADN determinan la fuerza de la asociacin entre las
dos hebras de ADN. Las dobles hlices largas de ADN con alto contenido en GC tienen
hebras que interaccionan ms fuertemente que las dobles hlices cortas con alto
contenido en AT.31 Por esta razn, las zonas de la doble hlice de ADN que necesitan
separarse fcilmente tienden a tener un alto contenido en AT, como por ejemplo la
secuencia TATAAT de la caja de Pribnow de algunos promotores.32 En el laboratorio, la
fuerza de esta interaccin puede medirse buscando la temperatura requerida para romper
los puentes de hidrgeno, la temperatura de fusin (tambin denominado valor Tm, del
ingls melting temperature). Cuando todas las pares de bases en una doble hlice se
funden, las hebras se separan en solucin en dos hebras completamente independientes.
Estas molculas de ADN de hebra simple no tienen una nica forma comn, sino que
algunas conformaciones son ms estables que otras.33
Par de bases A=T de tipo Watson-Crick. En azul el donador de hidrgenos y en rojo el aceptor.
Par de bases A=T de tipo Watson-Crick reverso. En azul el donador de hidrgenos y en rojo el
aceptor. Ntese que la pirimidina ha sufrido un giro de 180 sobre el eje del carbono 6.
Existen diferentes tipos de pares de bases que se pueden formar segn el modo como se
forman los puentes de hidrgeno. Los que se observan en la doble hlice de ADN son los
llamados pares de bases Watson-Crick, pero tambin existen otros posibles pares de
bases, como los denominados Hoogsteen y Wobble u oscilante, que pueden aparecer en
circunstancias particulares. Adems, para cada tipo existe a su vez el mismo par reverso,
es decir, el que se da si se gira la base pirimidnica 180 sobre su eje.
Watson-Crick (pares de bases de la doble hlice): los grupos de la base prica que
intervienen en el enlace de hidrgeno son los que corresponden a las posiciones 1 y 6
(N aceptor y -NH2 donador si la purina es una A) y los grupos de la base pirimidnica,
los que se encuentran en las posiciones 3 y 4 (-NH donador y C=O aceptor si la
pirimidina es una T). En el par de bases Watson-Crick reverso participaran los grupos
de las posiciones 2 y 3 de la base pirimidnica (ver imgenes).
Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base prica, que ofrece una
cara diferente (posiciones 6 y 7) y que forman enlaces con los grupos de las
pirimidinas de las posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). Tambin puede haber
Hoogsteen reversos. Con este tipo de enlace pueden unirse A=U (Hoogsteen y
Hoogsteen reverso) y A=C (Hoogsteen reverso).
Wobble u oscilante: este tipo de enlace permite que se unan guanina y citosina con
un doble enlace (G=T). La base prica (G) forma enlace con los grupos de las
posiciones 1 y 6 (como en Watson-Crick) y la pirimidina (T) con los grupos de las
posiciones 2 y 3. Este tipo de enlace no funcionara con A=C, ya que quedaran
enfrentados los 2 aceptores y los 2 donadores, y slo se podra dar en el caso inverso.
Encontramos pares de bases de tipo oscilante en el ARN, durante el apareamiento
de codn y anticodn. Con este tipo de enlace pueden unirse G=U (oscilante y
oscilante reverso) y A=C (oscilante reverso).
Estructura[editar]
El ADN es una molcula bicatenaria, es decir, est formada por dos cadenas dispuestas de
forma antiparalela y con las bases nitrogenadas enfrentadas. En su estructura
tridimensional, se distinguen distintos niveles:34 35
1. Estructura primaria:
Secuencia de nucletidos encadenados. Es en estas cadenas donde se
encuentra la informacin gentica, y dado que el esqueleto es el mismo para
todos, la diferencia de la informacin radica en la distinta secuencia de bases
nitrogenadas. Esta secuencia presenta un cdigo, que determina una
informacin u otra, segn el orden de las bases.
2. Estructura secundaria:
3. Estructura terciaria:
2. Estructura cuaternaria:
La cromatina presente en el ncleo tiene un grosor de 300 , pues la fibra de
cromatina de 100 se enrolla formando una fibra de cromatina de 300 . El
enrollamiento de losnucleosomas recibe el nombre de solenoide. Dichos
solenoides se enrollan formando la cromatina del ncleo interfsico de la clula
eucariota. Cuando la clula entra en divisin, el ADN se compacta ms,
formando as los cromosomas.
Estructuras en doble hlice[editar]
La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, ms amplia que la "B", con una
hendidura menor superficial y ms amplia, y una hendidura mayor ms estrecha y
profunda. La forma "A" ocurre en condiciones no fisiolgicas en formas deshidratadas
de ADN, mientras que en la clula puede producirse en apareamientos hbridos de
hebras ADN-ARN, adems de en complejos enzima-ADN.38 39
Los segmentos de ADN en los que las bases han sido modificadas
por metilacin pueden sufrir cambios conformacionales mayores y adoptar la forma
"Z". En este caso, las hebras giran alrededor del eje de la hlice en una espiral que
gira a mano izquierda, lo opuesto a la forma "B" ms frecuente. 40 Estas estructuras
poco frecuentes pueden ser reconocidas por protenas especficas que se unen a
ADN-Z y posiblemente estn implicadas en la regulacin de la transcripcin.41
Estructuras en cudruplex[editar]
Estructura de un ADN en cudruplex formada por repeticiones en los telmeros. La
conformacin de la estructura de soporte del ADN difiere significativamente de la tpica
estructura en hlice.42
La doble hlice es una espiral dextrgira, esto es, cada una de las cadenas
de nucletidos gira a derechas; esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a
arriba, en la direccin que siguen los segmentos de las hebras que quedan en primer
plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice que la doble hlice es dextrgira, y si
giran a izquierdas, levgira (esta forma puede aparecer en hlices alternativas debido
a cambios conformacionales en el ADN). Pero en la conformacin ms comn que
adopta el ADN, la doble hlice es dextrgira, girando cada par de bases respecto al
anterior unos 36.50
Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra (sea a derechas o a
izquierdas), se forman huecos o hendiduras entre una hebra y la otra, dejando
expuestos los laterales de lasbases nitrogenadas del interior (ver la animacin). En la
conformacin ms comn que adopta el ADN aparecen, como consecuencia de los
ngulos formados entre los azcares de ambas cadenas de cada par de bases
nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la superficie de la doble hlice:
una de ellas, la hendidura o surco mayor, que mide 22 (2,2 nm) de ancho, y la otra,
la hendidura o surco menor, que mide 12 (1,2 nm) de ancho.51Cada vuelta de hlice,
que es cuando sta ha realizado un giro de 360 o lo que es lo mismo, de principio de
hendidura mayor a final de hendidura menor, medir por tanto 34 , y en cada una de
esas vueltas hay unos 10,5 pb.
La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de las bases son ms
accesibles en sta, de forma que la cantidad de grupos qumicos expuestos tambin
es mayor lo cual facilita la diferenciacin entre los pares de bases A-T, T-A, C-G, G-C.
Como consecuencia de ello, tambin se ver facilitado el reconocimiento de
secuencias de ADN por parte de diferentes protenas sin la necesidad de abrir la doble
hlice. As, protenas como los factores de transcripcin que pueden unirse a
secuencias especficas, frecuentemente contactan con los laterales de las bases
expuestos en la hendidura mayor.52 Por el contrario, los grupos qumicos que quedan
expuestos en la hendidura menor son similares, de forma que el reconocimiento de los
pares de bases es ms difcil; por ello se dice que la hendidura mayor contiene ms
informacin que la hendidura menor.50
Sentido y antisentido[editar]
Artculo principal: Antisentido
Superenrollamiento[editar]
Estructura de molculas de ADN lineales con los extremos fijos y superenrolladas. Por
claridad, se ha omitido la estructura en hlice del ADN.
Modificaciones qumicas[editar]
Estructura de la citosina con y sin el grupo metilo. Tras la desaminacin, la 5-metil-citosina tiene la misma
estructura que la timina.
La expresin de los genes est influenciada por la forma en la que el ADN est
empaquetado en cromosomas, en una estructura denominada cromatina. Las
modificaciones de bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del ADN: las
regiones que presentan una expresin gnica baja o nula normalmente contienen
niveles altos de metilacin de las bases citosina. Por ejemplo, la metilacin de citosina
produce 5-metil-citosina, que es importante para la inactivacin del cromosoma X.61 El
nivel medio de metilacin vara entre organismos: el gusano Caenorhabditis
elegans carece de metilacin de citosina, mientras que los vertebrados presentan un
nivel alto - hasta 1% de su ADN contiene 5-metil-citosina. 62 A pesar de la importancia
de la 5-metil-citosina, sta puede desaminarse para generar una base timina. Las
citosinas metiladas son por tanto particularmente sensibles a mutaciones.63 Otras
modificaciones de bases incluyen la metilacin de adenina en bacterias y
la glicosilacin de uracilo para producir la "base-J" en kinetoplastos.64 65
El ADN puede resultar daado por muchos tipos de mutgenos, que cambian la
secuencia del ADN: agentes alquilantes, adems de radiacin electromagntica de alta
energa, como luz ultravioleta y rayos X. El tipo de dao producido en el ADN depende
del tipo de mutgeno. Por ejemplo, la luz UV puede daar al ADN produciendo
dmeros de timina, que se forman por ligamiento cruzado entre
bases pirimidnicas.67 Por otro lado, oxidantes tales como radicales libres o el perxido
de hidrgeno producen mltiples daos, incluyendo modificaciones de bases, sobre
todo guanina, y roturas de doble hebra (double-strand breaks).68 En una clula
humana cualquiera, alrededor de 500 bases sufren dao oxidativo cada da. 69 70De
estas lesiones oxidativas, las ms peligrosas son las roturas de doble hebra, ya que
son difciles de reparar y pueden producir mutaciones
puntuales, inserciones y deleciones de la secuencia de ADN, as como translocaciones
cromosmicas.71
Muchos mutgenos se posicionan entre dos pares de bases adyacentes, por lo que se
denominan agentes intercalantes. La mayora de los agentes intercalantes son
molculas aromticas y planas, como el bromuro de etidio, la daunomicina,
la doxorubicina y la talidomida. Para que un agente intercalante pueda integrarse entre
dos pares de bases, stas deben separarse, distorsionando las hebras de ADN y
abriendo la doble hlice. Esto inhibe la transcripcin y la replicacin del ADN,
causando toxicidad y mutaciones. Por ello, los agentes intercalantes del ADN son a
menudocarcingenos: el benzopireno, las acridinas, la aflatoxina y el bromuro de
etidio son ejemplos bien conocidos.72 73 74 Sin embargo, debido a su capacidad para
inhibir la replicacin y la transcripcin del ADN, estas toxinas tambin se utilizan
en quimioterapia para inhibir el rpido crecimiento de las clulas cancerosas.75
El dao en el ADN inicia una respuesta que activa diferentes mecanismos de
reparacin que reconocen lesiones especficas en el ADN, que son reparadas en el
momento para recuperar la secuencia original del ADN. Asimismo, el dao en el ADN
provoca una parada en el ciclo celular, que conlleva la alteracin de numerosos
procesos fisiolgicos, que a su vez implica sntesis, transporte y degradacin de
protenas (vase tambinCheckpoint de daos en el ADN). Alternativamente, si el dao
genmico es demasiado grande para que pueda ser reparado, los mecanismos de
control inducirn la activacin de una serie de rutas celulares que culminarn en
la muerte celular.
Funciones biolgicas[editar]
Genes y genoma[editar]
Vanse tambin: Ncleo celular, Cromatina, Cromosoma y Genoma.
El ADN codificante[editar]
ARN polimerasa T7 (azul) produciendo un ARNm (verde) a partir de un molde de ADN (naranja). 77
Vase tambin: Gen
Desde este punto de vista, las obreras de este mecanismo son las protenas. Estas
pueden ser estructurales, como las protenas de losmsculos, cartlagos, pelo, etc.,
o funcionales, como la hemoglobina o las innumerables enzimas del organismo. La funcin
principal de la herencia es la especificacin de las protenas, siendo el ADN una especie
de plano o receta para producirlas. La mayor parte de las veces la modificacin del ADN
provocar una disfuncin proteica que dar lugar a la aparicin de alguna enfermedad.
Pero en determinadas ocasiones, las modificaciones podrn provocar cambios
beneficiosos que darn lugar a individuos mejor adaptados a su entorno.
El ADN no codificante[editar]
Por otro lado, algunas secuencias de ADN desempean un papel estructural en los
cromosomas: los telmeros y centrmeros contienen pocos o ningn gen codificante de
protenas, pero son importantes para estabilizar la estructura de los cromosomas. Algunos
genes no codifican protenas, pero s se transcriben en ARN: ARN ribosmico, ARN de
transferencia y ARN de interferencia (ARNi, que son ARN que bloquean la expresin de
genes especficos). La estructura de intrones y exones de algunos genes (como los
de inmunoglobulinas y protocadherinas) son importantes por permitir los cortes y
empalmes alternativos del pre-ARN mensajero que hacen posible la sntesis de diferentes
protenas a partir de un mismo gen (sin esta capacidad no existira el sistema inmune, por
ejemplo). Algunas secuencias de ADN no codificante representan pseudogenes que tienen
valor evolutivo, ya que permiten la creacin de nuevos genes con nuevas
funciones.35 Otros ADN no codificantes proceden de la duplicacin de pequeas regiones
del ADN; esto tiene mucha utilidad, ya que el rastreo de estas secuencias repetitivas
permite estudios de filogenia.
Transcripcin y traduccin[editar]
Artculos principales: Transcripcin (gentica) y Traduccin (gentica).
La replicacin del ADN es el proceso por el cual se obtienen copias o rplicas idnticas de
una molcula de ADN. La replicacin es fundamental para la transferencia de la
informacin gentica de una generacin a la siguiente y, por ende, es la base de
la herencia. El mecanismo consiste esencialmente en la separacin de las dos hebras de
la doble hlice, las cuales sirven de molde para la posterior sntesis de cadenas
complementarias a cada una de ellas, que llevar por nombre ARNm. El resultado final son
dos molculas idnticas a la original. Este tipo de replicacin se
denominasemiconservativa debido a que cada una de las dos molculas resultantes de la
duplicacin presenta una cadena procedente de la molcula "madre" y otra recin
sintetizada.
Conservativa: Tras la duplicacin quedaran las dos hebras antiguas juntas y, por
otro lado, las dos hebras nuevas formando una doble hlice.
Dispersiva: Segn esta hiptesis, las hebras resultantes estaran formadas por
fragmentos en doble hlice ADN antiguo y ADN recin sintetizado.
Interacciones ADN-protena[editar]
Todas las funciones del ADN dependen de sus interacciones con protenas. Estas
interacciones pueden ser inespecficas, o bien la protena puede unirse de forma
especfica a una nica secuencia de ADN. Tambin pueden unirse enzimas, entre las
cuales son particularmente importantes las polimerasas, que copian las secuencia de
bases del ADN durante la transcripcin y la replicacin.
Interaccin de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los aminocidos bsicos de estas
protenas (abajo a la izquierda, en azul) se unen a los grupos cidos de los fosfatos del ADN
(abajo a la derecha, en rojo).
Las protenas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de
interacciones inespecficas ADN-protenas. En los cromosomas, el ADN se encuentra
formando complejos con protenas estructurales. Estas protenas organizan el ADN en una
estructura compacta denominada cromatina. En eucariotas esta estructura implica la unin
del ADN a un complejo formado por pequeas protenas bsicas denominadas histonas,
mientras que en procariotas estn involucradas una gran variedad de protenas.82 83 Las
histonas forman un complejo de forma cilndrica denominado nucleosoma, en torno al cual
se enrollan casi dos vueltas de ADN de doble hlice. Estas interacciones inespecficas
quedan determinadas por la existencia de residuos bsicos en las histonas, que
forman enlaces inicos con el esqueleto de azcar-fosfato del ADN y, por tanto, son en
gran parte independientes de la secuencia de bases.84 Estos aminocidos bsicos
experimentan modificaciones qumicas de metilacin, fosforilacin y acetilacin,85 que
alteran la fuerza de la interaccin entre el ADN y las histonas, haciendo al ADN ms o
menos accesible a los factores de transcripcin y por tanto modificando la tasa de
transcripcin.86
Interacciones especficas[editar]
Un grupo bien definido de protenas que unen ADN es el conformado por las protenas que
se unen especficamente a ADN monocatenario o ADN de hebra sencilla (ssDNA). En
humanos, la protena A de replicacin es la mejor conocida de su familia y acta en
procesos en los que la doble hlice se separa, como la replicacin del ADN,
la recombinacin o lareparacin del ADN.91 Estas protenas parecen estabilizar el ADN
monocatenario, protegindolo para evitar que forme estructuras de tallo-lazo (stem-loop) o
que sea degradado pornucleasas.
El factor de transcripcin represor del fago lambda unido a su ADN diana mediante un motivo hlice-
giro-hlice (helix-turn-helix).92
Sin embargo, otras protenas han evolucionado para unirse especficamente a secuencias
particulares de ADN. La especificidad de la interaccin de las protenas con el ADN
procede de los mltiples contactos con las bases de ADN, lo que les permite "leer" la
secuencia del ADN. La mayora de esas interacciones con las bases ocurre en
la hendidura mayor, donde las bases son ms accesibles.93
Las protenas especficas estudiadas con mayor detalle son las encargadas de regular la
transcripcin, denominadas por ello factores de transcripcin. Cada factor de
transcripcin se une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe la transcripcin de
los genes que presentan estas secuencias prximas a sus promotores. Los factores de
transcripcin pueden efectuar esto de dos formas:
Como los ADN diana pueden encontrarse por todo el genoma del organismo, los cambios
en la actividad de un tipo de factor de transcripcin pueden afectar a miles de genes. 96 En
consecuencia, estas protenas son frecuentemente las dianas de los procesos
de transduccin de seales que controlan las respuestas a cambios ambientales o
diferenciacin y desarrollo celular.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras de ADN cortadas o
rotas.99 Las ligasas son particularmente importantes en la replicacin de la hebra que sufre
replicacin discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de ADN generados
en la horquilla de replicacin para formar una copia completa del molde de ADN. Tambin
se utilizan en lareparacin del ADN y en procesos de recombinacin gentica.99
Topoisomerasas y helicasas[editar]
Las topoisomerasas son enzimas que poseen a la vez actividad nucleasa y ligasa. Estas
protenas varan la cantidad de ADN superenrollado. Algunas de estas enzimas funcionan
cortando la hlice de ADN y permitiendo que una seccin rote, de manera que reducen el
grado de superenrollamiento. Una vez hecho esto, la enzima vuelve a unir los fragmentos
de ADN.59 Otros tipos de enzimas son capaces de cortar una hlice de ADN y luego pasar
la segunda hebra de ADN a travs de la rotura, antes de reunir las hlices. 100 Las
topoisomerasas son necesarias para muchos procesos en los que interviene el ADN, como
la replicacin del ADN y la transcripcin.60
Las helicasas son unas protenas que pertenecen al grupo de los motores moleculares.
Utilizan energa qumica almacenada en los nuclesidos trifosfatos,
fundamentalmente ATP, para romper puentes de hidrgeno entre bases y separar la doble
hlice de ADN en hebras simples.101 Estas enzimas son esenciales para la mayora de los
procesos en los que las enzimas necesitan acceder a las bases del ADN.
Polimerasas[editar]
En la replicacin del ADN, una ADN polimerasa dependiente de ADN realiza una
copia de ADN a partir de una secuencia de ADN. La precisin es vital en este proceso,
por lo que muchas de estas polimerasas tienen una actividad de verificacin de la
lectura (proofreading). Mediante esta actividad, la polimerasa reconoce errores
ocasionales en la reaccin de sntesis, debido a la falta de apareamiente entre el
nucletido errneo y el molde, lo que genera un desacoplamiento (mismatch). Si se
detecta un desacoplamiento, se activa una actividad exonucleasa en direccin 3 --> 5
y la base incorrecta se elimina.103 En la mayora de los organismos las ADN
polimerasas funcionan en un gran complejo denominadoreplisoma, que contiene
mltiples unidades accesorias, como helicasas.104
Recombinacin gentica[editar]
Estructura de un intermedio en unin de Holliday en la recombinacin gentica. Las cuatro
hebras de ADN separadas estn coloreadas en rojo, azul, verde y amarillo. 107
Una hlice de ADN normalmente no interacciona con otros segmentos de ADN, y en las
clulas humanas los diferentes cromosomas incluso ocupan reas separadas en el ncleo
celular denominadas territorios cromosmicos.108 La separacin fsica de los diferentes
cromosomas es importante para que el ADN mantenga su capacidad de funcionar como un
almacn estable de informacin. Uno de los pocos momentos en los que los cromosomas
interaccionan es durante el sobrecruzamiento cromosmico(chromosomal crossover),
durante el cual se recombinan. El sobrecruzamiento cromosmico ocurre cuando dos
hlices de ADN se rompen, se intercambian y se unen de nuevo.
La recombinacin permite a los cromosomas intercambiar informacin gentica y produce
nuevas combinaciones de genes, lo que aumenta la eficiencia de la seleccin natural y
puede ser importante en la evolucin rpida de nuevas protenas. 109 Durante la profase I
de la meiosis, una vez que los cromosomas homlogos estn perfectamente apareados
formando estructuras llamadas bivalentes, se produce el fenmeno de sobrecruzamiento o
entrecruzamiento (crossing-over), en el cual las cromtidas homlogas no hermanas
(procedentes del padre y de la madre) intercambian material gentico. La recombinacin
gentica resultante hace aumentar en gran medida la variacin gentica entre la
descendencia de progenitores que se reproducen por va sexual. La recombinacin
gentica tambin puede estar implicada en la reparacin del ADN, en particular en la
respuesta celular a las roturas de doble hebra (double-strand breaks).110
Sin embargo, pueden utilizarse herramientas de evolucin molecular para inferir los
genomas de organismos ancestrales a partir de organismos contemporneos. 122 123 En
muchos casos, estas inferencias son suficientemente fiables, de manera que una
biomolcula codificada en un genoma ancestral puede resucitarse en el laboratorio para
ser estudiada hoy.124 125 Una vez que la biomolcula ancestral se ha resucitado, sus
propiedades pueden ofrecer inferencias sobre ambientes y estilos de vida primigenios.
Este proceso se relaciona con el campo emergente de la paleogentica experimental.126
A pesar de todo, el proceso de trabajo hacia atrs desde el presente tiene limitaciones
inherentes, razn por la cual otros investigadores tratan de elucidar el mecanismo
evolutivo trabajando desde el origen de la Tierra en adelante. Dada suficiente informacin
sobre la qumica en el cosmos, la manera en la que las sustancias csmicas podran
haberse depositado en la Tierra, y las transformaciones que podran haber tenido lugar en
la superficie terrestre primigenia, tal vez podramos ser capaces de aprender sobre los
orgenes para desarrollar modelos de evolucin ulterior de la informacin
gentica127 (vase tambin el artculo sobre el origen de la vida).
Tcnicas comunes[editar]
El conocimiento de la estructura del ADN ha permitido el desarrollo de multitud de
herramientas tecnolgicas que explotan sus propiedades fisicoqumicas para analizar su
implicacin en problemas concretos: por ejemplo, desde anlisis filogeeticos para
detectar similitudes entre diferentes taxones, a la caracterizacin de la variabilidad
individual de un paciente en su respuesta a un determinado frmaco, pasando por un
enfoque global, a nivel genmico, de cualquier caracterstica especfica en un grupo de
individuos de inters. 128
Podemos clasificar las metodologas de anlisis del ADN en aquellas que buscan su
multiplicacin, ya in vivo, como la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR), ya in vitro,
como laclonacin, y aquellas que explotan las propiedades especficas de elementos
concretos, o de genomas adecuadamente clonados. Es el caso de la secuenciacin de
ADN y de la hibridacin con sondas especficas ("southern blot" y chips de ADN).
Secuenciacin[editar]
Artculo principal: Secuenciacin de ADN
La reaccin en cadena de la polimerasa, habitualmente conocida como PCR por sus siglas
en ingls, es una tcnica de biologa molecular descrita en 1986 por Kary Mullis,132 cuyo
objetivo es obtener un gran nmero de copias de un fragmento de ADN dado, partiendo de
una escasa cantidad de aqul. Para ello, se emplea una ADN polimerasa termoestable
que, en presencia de una mezcla de los cuatro desoxinucletidos, un tampn de la fuerza
inica adecuada y los cationes precisos para la actividad de la enzima, dos
oligonucletidos (denominados cebadores) complementarios a parte de la secuencia
(situados a distancia suficiente y en sentido antiparalelo) y bajo unas condiciones de
temperatura adecuadas, moduladas por un aparato denominado termociclador,
genera exponencialmente nuevos fragmentos de ADN semejantes al original y acotados
por los dos cebadores.129
La PCR puede efectuarse como una tcnica de punto final, esto es, como una herramienta
de generacin del ADN deseado, o como un mtodo continuo, en el que se evale dicha
polimerizacin a tiempo real. Esta ltima variante es comn en la PCR cuantitativa.128
Southern blot[editar]
Artculo principal: Southern blot
Chips de ADN[editar]
Artculo principal: Chip de ADN
Microarray con 37.500 oligonucletidos especficos. Arriba a la izquierda se puede apreciar una
regin ampliada del chip.
Aplicaciones[editar]
Ingeniera gentica[editar]
Vanse tambin: Ingeniera gentica y Biologa molecular.
til para mejorar la resistencia del organismo transformado: por ejemplo en plantas
se pueden introducir genes que confieren resistencia a patgenos (virus, insectos,
hongos), as como a agentes estresantes abiticos (salinidad, sequedad, metales
pesados).143 144 145
Medicina forense[editar]
Vase tambin: Huella gentica
Los mdicos forenses pueden utilizar el ADN presente en la sangre, el semen, la piel,
la saliva o el pelo en la escena de un crimen para identificar al responsable. Esta tcnica
se denominahuella gentica, o tambin "perfil de ADN". Al realizar la huella gentica, se
compara la longitud de secciones altamente variables de ADN repetitivo, como
los microsatlites, entre personas diferentes. Este mtodo es frecuentemente muy fiable
para identificar a un criminal.146 Sin embargo, la identificacin puede complicarse si la
escena est contaminada con ADN de personas diferentes.147 La tcnica de la huella
gentica fue desarrollada en 1984 por el genetista britnico Sir Alec Jeffreys,148 y fue
utilizada por primera vez en medicina forense para condenar a Colin Pitchfork por los
asesinatos de Narborough en 1983 y de Enderby en 1986.149 Se puede requerir a las
personas acusadas de ciertos tipos de crmenes que proporcionen una muestra de ADN
para introducirlos en una base de datos. Esto ha facilitado la labor de los investigadores en
la resolucin de casos antiguos, donde slo se obtuvo una muestra de ADN de la escena
del crimen, en algunos casos permitiendo exonerar a un convicto. La huella gentica
tambin puede utilizarse para identificar vctimas de accidentes en masa, 150 o para realizar
pruebas de consanguinidad.151
Bioinformtica[editar]
Vase tambin: Bioinformtica
Nanotecnologa de ADN[editar]
A lo largo del tiempo, el ADN almacena mutaciones que se heredan y, por tanto, contiene
informacin histrica, de manera que comparando secuencias de ADN, los genetistas
pueden inferir la historia evolutiva de los organismos, sufilogenia.158 La investigacin
filogentica es una herramienta fundamental en biologa evolutiva. Si se comparan las
secuencias de ADN dentro de una especie, los genetistas de poblaciones pueden conocer
la historia de poblaciones particulares. Esto se puede utilizar en una amplia variedad de
estudios, desde ecologa hasta antropologa, como ilustra el anlisis de ADN llevado a
cabo para identificar las Diez Tribus Perdidas de Israel.159 160 Por otro lado, el ADN tambin
se utiliza para estudiar relaciones familiares recientes.
Vase tambin[editar]
ARN
Cromatina
Cromosoma
Genoma
Genoma humano
Genes MEIS
Cerberus
Desoxirribonucletido
Gentica
Medicina genmica
Prueba de ADN