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O programa PyMol (diversas plataformas) pode ser obtido nos endereos http://pymol.org/educational.html ,
http://pymol.sourceforge.net/ , http://pymol.org/ . Ou ainda, diretamente aqui: http://delsci.com/rel/099/
OBS: atualmente esses programas possuem tutoriais, manuais, WIKIs detalhados online. Basta busca-los nos respectivos sites
e/ou no Google ou outro buscador da internet.
Summary | Derived Data | Sequence Seq |. Similarity | Literature Biol. & Chem. | Methods | Geometry | Links
Dentre diversas informaes e links e opes, no meio da janela encontraro o link para Pubmed. Eis o atalho j
facilitado para o artigo: http://www3.interscience.wiley.com/iucr/10.1107/S0907444908030503/pdf
A partir do ttulo possvel avaliar o que eles significam. Mas no nos ateremos a isto no momento. Vamos estrutura....
Notem as opes no canto superior direito. Clique em Download Files. Vocs percebero as opes:
Agora abram o arquivo com um editor de texto (Wordpad, MSOffice, OOffice, etc):
Vero que o *.pdb nada mais que um arquivo texto, eis o incio:
Marcada, est a Cistena 6, da cadeia A. Vejam as coordenadas espaciais XYZ de cada tomo que a compe.
Notem que NO H hidrognios. Isto devido resoluo. Hidrognios so apenas passveis de serem modelados em
resoluo melhor que 1 .
O mapa de densidade eletrnica calculado a partir dos fatores de estruturas encontrados no arquivo mmCIF.
Existe ainda uma outra opo, que obt-lo j calculado no Electron Density Server (http://eds.bmc.uu.se/eds/) e abrir
em algum outro programa.
Abaixo, esto os dados para a lisozima 2W1L.pdb (http://eds.bmc.uu.se/cgi-bin/eds/uusfs?pdbCode=2W1L).
No canto inferior esquerdo encontraro um atalho para o MAPA (http://eds.bmc.uu.se/cgi-
bin/eds/gen_maps_zip.pl?pdbCode=2w1l).
Selecionem o formato CCP4 (formatos O, CNS e EZD so para os programas de mesmo nome)
Agora, desempacote o arquivo (ele est compactado, *.gz) com WinZip. NO tente abrir com editor de texto,
um arquivo binrio....
TXT editor
#2) PyMol: Abrindo o programa ele mostrar DUAS janelas, uma GUI (Graphic Unit Interface, interface grfica) e um
visualizador (Viewer). Tudo o que for feito no Viewer ser mostrado na GUI.
Vamos abrir o pdb !
Os botes do mouse servem para: DIREITO Zoom (segurando), Menu (1 clique no background)
ESQUERDO Girar (segurando), Selecionar (1 clique na estrutura)
Girar Bolinha Plano focal
Clicar-e-segurar Bolinha Move a estrutura
Clicar com bolinha em cima de tomo centraliza nele
Shift-Esquerdo seleo de grande rea do modelo
Tecla insert aperte e tenha uma surpresa... !
Usem e abusem do Menu, so intuitivas as funes nele apresentadas. Aqui mostraremos algumas.
Mudando a cor Criando outro objeto (duplicando o pdb):
Gerando mapa eletrosttico de superfcie (Action) Os dois ao mesmo tempo e mudando a cor:
Renderizando a figura para fazer bonito... escreva Canto inferior direito, boto |S| - sequence:
PyMol> ray 3000, 2000
(resoluo x, y maior x/y, maior a figura, o arquivo, ...).
Ao ficar pronta, sem clicar nela, v em
FILE > SAVE IMAGE > name.png
As figures tero jogo de luz e sombra. Selecione alguns aminocidos como acima, e no menu rpido
em <SELE> clique |A| Create Object
Transparncia:
Agora, pode-se ter dois objetos com menus independentes !
Contornando densidade
eletrnica: PyMol> isomesh map1, 2w1l, 1, obj03, 1
onde:
isomesh comando
map1 arquivo mapa
contornado que ser gerado
2w1l o *.ccp4 que foi
aberto, criado no EDS
1 contorno de densidade
eletrnica
obj03 objeto criado
anteriormente que ser
contornado (e no toda a
ptn...)
0.5 at que distncia do
objeto (obj03), em , ser
mostrado o mapa
Renderizando a imagem
(faa com backgroun preto,
branco, escolha !):
Abra o Coot. Tero duas janelas: a interface grfica e uma tela preta de command-shell, onde sero apresentadas
as funes que foram feitas.
Voc poder, no menu do coot, abrir o pdb (FILE > Open Coordinates)...
O grande legal que o COOT j tem o EDS implementado !!! FILE > Get PDB & MAP using EDS , poupando
trabalho de baixar o pdb do pdb.org e o mapa do EDS. Ele salva em algum diretrio COOT_DOWNLOAD que poder ser aberto
no futuro.
Seguindo com a lisozima ! USEM E ABUSEM dos menus !
Menu > EDIT > Preferences: Mudem para ficar legal (os demais parmetros esto ok )
- General > Smooth recentering > Number of steps > 40 10 !!!
- Map > Map parameter > Map radius > 15 !!!
- Others > font > large
TECLADO:
Barra de espao avana na cadeia, aminocido-a-aminocido
Shift-barra de espao retorna na cadeia, aminocido-a-aminocido
Tecla I gira a molcula
- O mapa dever ser contornado em 1.00, que significa que a densidade eletrnica mdia (1.0 ) de toda a estrutura,
independente de quanto isso significa em nmero de e-/3.
- Menu > Measures > distances and angles para medir distncia entre tomos, bom para validao de estrutura
Vejam por exemplo este tomo de sdio !
Mais ?!
http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/docs.html
http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/coot-manual.pdf
http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/coot/coot-keys-and-buttons.pdf 2 pginas ! imprimam e deixem ao lado do micro !