5.1.10.

- SNTESIS DE ADN EN PROCARIONTES

Este tipo de sntesis se estudi en la bacteria Escherichia coli. Se divide en 3

fases:

Inicio

Elongacin

Terminacin

Estas fases se distinguen por las reacciones que ocurren y las enzimas implicadas
en cada una de ellas.

*INICIO

El origen de la replicacin de E. Coli, consta de 255 pares de bases. Que contiene

secuencias muy conservadas entre los orgenes de replicacin bacterianos.

La posicin de las secuencias, se ilustra en la siguiente figura:

Las secuencias clave son dos series de repeticiones cortas: tres repeticiones de
una secuencia de 13 pares de bases y cuatro repeticiones de una secuencia de 9
pares de bases.

En la fase de inicio de la replicacin participan al menos 9 enzimas o protenas

diferentes, estos se encargan de abrir la hlice de ADN en el origen y establecen
un complejo precebador para las reacciones posteriores.
El componente clave en el proceso de inicio es la protena DnaA. Un complejo
formado por 4 o 5 molculas de esta protena, se une a las cuatro repeticiones de
9 pares de bases en el origen.
A continuacin el complejo reconoce y desnaturaliza, sucesivamente el ADN de la
regin de las repeticiones de 13 pares de bases que son ricas en A=T. Este
proceso requiere ATP y la protena bacteriana HU, del tipo de las histonas.

En seguida la protena DnaB, se une a esta regin, en una reaccin que requiere
la protena DnaC.

Dos hexmeros en forma de anillo de DnaB, uno en cada hebra del ADN, actan
como helicasas, desenrollando el ADN de manera bidireccional y creando 2
horquillas de replicacin potenciales.

-El inicio de la replicacin est afectado por la metilacin del ADN y por
interacciones con la membrana plasmtica bacteriana.
-El ADN de oriC es metilado por la metilasa Dam, que metila la Adenina en el N6
dentro del palndromo GATC.

-Inmediatamente despus de la replicacin, el ADN es semimetilado: las hebras

parentales tienen secuencias oriC metiladas, mientras que las hebras de nueva
sntesis no la tienen.

-Las secuencias oriC semimetiladas son secuestradas temporalmente, a travs de

la interaccin con la membrana plasmtica.

-Pasado un tiempo, oriC es liberado de la membrana plasmtica y debe ser

metilado completamente por la Dam metilasa antes de que pueda unirse de nuevo
al DnaA

*ELONGACIN

La fase de elongacin consiste en dos operaciones distintas:

-La sntesis de cadena conductora

-En la sntesis de ambas cadenas son importantes varias enzimas que se

encuentran en la horquilla de replicacin. sntesis de la cadena rezagada
Tres procesos son comunes en la sntesis tanto de la cadena conductora como en
la cadena rezagada:

-El DNA parental es primero desenrollado por DNA helicasas.

-La tensin topolgica resultante es liberada por las Topoisomerasas.

-La SSB estabiliza cada una de las cadenas separadas.

Sntesis de cadena conductora.

Empieza con la sntesis de un corto cebador (10 a 60 nucletidos) de RNA por la

primasa. (Protena DnaG).

A continuacin la DNA polimerasa III aade desoxirribonucletidos a este cebador.

Una vez iniciada, la sntesis continua al mismo ritmo que el des enrollamiento del
DNA en la horquilla de replicacin.

Sntesis de cadena rezagada.

Se realiza en cortos fragmentos de Okazaki.

La primasa sintetiza un cebador de RNA y la DNA polimerasa III se une al cebador
de RNA y aade desoxirribonucletidos.Como ambas hebras son producidas por
un nico dmero de DNA polimerasa III, la hebra rezagada forma un lazo que
aproxima los dos puntos de polimerizacin.

Una vez que ha finalizado la sntesis de un fragmento de Okazaki, su cebador de

RNA es eliminado y reemplazado por DNA por la DNA polimerasa I y la mella
restante es sellada por la DNA ligasa.

Las reacciones de la horquilla de replicacin estn coordinadas por un nico

dmero de DNA polimerasa III, integrado en un complejo con la helicasa NnaB.

Una vez ha finalizado la sntesis de un fragmento de Okazaki, su cebador de RNA

es eliminado y reemplazado por DNA por la DNA polimerasa I y la mella resultante
es sellada por la DNA ligasa.
TERMINACIN

Finalmente las dos horquillas de replicacin del cromosoma circular de E. Coli se

encuentra en una regin terminal que contiene mltiples copias de una secuencia
de 20 pares de bases terminadas Ter.

Las secuencias Ter actan como una especie de trampa donde una horquilla de
replicacin puede entrar pero no salir.

Las secuencias Ter son sitios de unin para una protena denominada Tus. El
complejo Tus-Ter puede detener la horquilla de replicacin desde una sola
direccin.

Cuando una u otra horquilla de replicacin se topa con un complejo Tus-Ter, se

detiene; la otra horquilla se detiene cuando encuentra la primera horquilla (ya
detenida).
La separacin de los crculos encadenados de E. coli requiere topoisomerasa IV.

Los cromosomas separados se segregan a continuacin entre las clulas hijas en

la divisin celular.

La replicacin tiene lugar con un grado extraordinario de fidelidad .En E. Coli se

comete un error solo cada 1000 a 10000 replicaciones dado que el cromosoma de
E. Coli tiene unos 4.6X10^6 pares de bases.

Durante la polimerizacin, la discriminacin entre nucletidos correctos e

incorrectos se basa no solamente en los puentes de hidrgeno que especifican el
apareamiento correcto entre bases complementarias, sino tambin en la
geometra comn de los pares de bases estndar A=T y G=C.

El centro activo de la DNA polimerasa I acomoda solamente pares de bases con

esta geometra.

Un nucletido incorrecto puede ser capaz de formar puentes de hidrgeno con una
base del molde pero generalmente no encajar en el centro activo.Las bases
incorrectas pueden ser desechadas antes de que se forme el enlace
fosfodister.La precisin de la reaccin de polimerizacin es insuficiente para
explicar el elevado grado de fidelidad de la replicacin.

La precisin adicional en la replicacin en E. Coli se debe a un sistema enzimtico

separado que repara los pares de bases incorrectos que permanecen despus de
la replicacin. Este proceso, es denominado reparacin de apareamientos
incorrectos.

*E. Coli posee al menos 5 DNA polimerasas.

Ms del 90% de la actividad DNA polimerasa de los extractos de E. Coli se debe a
la DNA plimerasa I. No obstante, poco despus de su aislamiento en 1955 se
empezaron a acumular pruebas de que este enzima no es adecuado para la
replicacin del cromosoma de E. Coli.

-Primero, su velocidad (600 aadidos/minuto) es demasiado lenta.

-Segundo, la DNA polimerasa I tiene una procesividad relativamente baja.

-Tercero, estudios genticos han demostrado que en la replicacin intervienen

muchos genes, y por tanto, muchas protenas: claramente la DNA polimerasa I no
acta aisladamente.

-Cuarto, John Cairns aisl en 1969 un cepa bacteriana con el gen de la DNA
polimerasa I alterado, que produca un enzima inactivo.

La bsqueda de otras polimerasas llev al descubrimiento de la DNA polimerasa II

y de la DNA polimerasa III en E. Coli a principios de la dcada de 1970.

La DNA polimerasa II es un enzima implicado en un tipo de reparacin del DNA.

La DNA polimerasa III es el enzima principal de la replicacin en E. Coli.

Las DNA polimerasas IV y V identifcadas en 1999, estn implicadas en un tipo de

reparacin poco habitual.

La DNA polimerasa I no es pues, el enzima principal de la replicacin; en cambio,

realiza una multitud de funciones de limpieza durante la replicacin, la
recombinacin y la reparacin.

BIBLIOGRAFIA

Principios de Bioquimica

Lehninger
Cuarta edicin

pp. 950-964