Entrega Parcial N 5:

La regresin como ajuste a la cintica de Michaelis-Menten

Deiber Javier Serna Castao

Javier Ignacio Carrero

I.Q., M.Sc., Dr. Ing.

Universidad Nacional de Colombia

Sede: Manizales
2017
Introduccin:
1. Planteamiento del problema.
En un experimento se quiere establecer si el antibitico puromicina mejora el tratamiento
de una enzima usando un trazador radiactivo. La concentracin de sustrato ( x ) es la
variable controlada, y se midi la velocidad inicial de reaccin ( f ) con un contador Geiger
comparando los resultados con puromicina ( f_a ) y sin puromicina ( f_b ). Su misin es
ajustar los datos en el cuadro a una cintica Michaelis-Menten:

f =1 ( x+ x )(1)
2

Verificando la calidad del ajuste, en una grfica, y tambin con el coeficiente de

determinacin. Dado el comportamiento de f a /f b es posible afirmar que la puromicina
incrementa f para todo x? Ayuda: el problema se puede linealizar si se invierte el modelo.

X fa fb
0.02 76 67
47 51
0.06 97 84
107 86
0.11 123 98
139 115
0.22 159 131
152 124
0.56 191 144
201 158
1.1 207 160
200

Tabla 1. Datos experimentales. x : concentracin de sustrato en ppm. f_a : velocidad inicial, en

chasquidos/min, con puromicina. f _b: velocidad incial, sin puromicina.

2. Anlisis:
Lo que se pretende es realizar un ajuste de cada uno de los valores experimentales que se
obtuvieron para dos ensayos en tratamiento enzimtico, uno con un compuesto qumico
denominado puromicina y el otro en ausencia de l, para determinar si el medicamento
mejora el tratamiento de una enzima.
Se tienen dos mediciones para cada ensayo, cabe aclarar que puesto que ningn
experimento es ms acertado que el otro (no lo especifica el ejercicio), a la hora de realizar
la respectiva regresin para el ajuste de los datos, se debe tratar cada medicin de la
velocidad (fi) como un resultado independiente, es decir por ejemplo, cuando la
concentracin del sustrato es de 0.02 partes por milln (ppm) las velocidades medidas sin
puromicina son de 67 y 51, cada una de estas velocidades se debern trabajar
independientemente.
Despus de realizados dichos ajustes (haberse encontrado los parmetros _1i, _2i), se
debe realizar una grfica para observar la calidad del ajuste, adems de calcular el
coeficiente de determinacin (r2), y responder a la pregunta: es posible afirmar que la
puromicina incrementa f para todo x?, calculando para un amplio intervalo de valores para
las concentraciones del sustrato, cada una de las velocidades iniciales con y sin puromicina
y realizando el respectivo cociente entre las dos.

Desarrollo:
1. Tratamiento a la cintica de Michaelis-Menten.
Lo primero a tener en cuenta es la ayuda propuesta por el ejercicio el problema se puede
linealizar si se invierte el modelo, de esta forma se invierte la ecuacin (1),
correspondiente a la cintica de Michaelis-Menten.
De la ecuacin (1):
x
f =1 ( )
2 + x
(1)

Invirtiendo la ecuacin:

1 2+ x 1 1
= = 2 +
f 1X f 1X 1
La ecuacin (2) tiene la forma de la ecuacin de una recta, por tanto, se puede linealizar de
con los parmetros: (2)
1 1 2
y= , a0 = , a1= ,
f 1 1

En consecuencia, se tiene una ecuacin lineal, de la forma:

a11
y=a0+
x

2. Eleccin de la regresin.
En principio, al ser ahora la ecuacin a ajustar lineal, se piensa en elegir una regresin
lineal generalizada para la cual para y depende de dos funciones, con
y = (z0, .., zm), donde m son los valores para la concentracin del sustrato (x) que en
nuestro caso slo es una, y z depende de x.
Por otro lado, se puede plantear una regresin multivariada de la forma y=a0+ a1z con
1
z=
x , la cual se puede llevar a cabo con menor dificultad, e incluso se puede plantear
una regresin no lineal, sin hacer ningn tratamiento a la cintica de Michaelis-Menten,
Se propone realizar inicialmente los ajustes por medio de regresiones lineales generalizadas
y posteriormente corroborar los ajustes hechos y los valores encontrados por medio de una
regresin multivariada.
3. Ajuste: Regresin Lineal Generalizada.

La regresin se plantea por medio de la expresin: Z T Y ( Z T Z )A=0 , dnde el

vector A representa la solucin para cada uno de los coeficientes (a 0, a1), por tanto,
1
A=( Z T Z ) Z T Y

Primero se crean las matrices Zi, tanto para a (con puromicina) como para b (sin
1
puromicina), con z0 = 1 y z 1= x , de la forma:

Dichas matrices quedan:

Matriz(z_a Matriz
) (z_b)
1 50 1 50
1 50 1 50
16.66666 16.66666
1 667 1 667
16.66666 16.66666
1 667 1 667
9.090909 9.090909
1 091 1 091
9.090909 9.090909
1 091 1 091
4.545454 4.545454
1 545 1 545
4.545454 4.545454
1 545 1 545
1 1.785714 1 1.785714
 286 286
1.785714 1.785714
1 286 1 286
0.909090 0.909090
1 909 1 909
0.909090
1 909
 Tabla 2. Matrices Zi, a (con puromicina), b (sin puromicina)

Luego se crean cada una de las matrices Yi de la forma:

Matriz (Y a ) Matriz(Y b )
Dnde cada yi se calcula 0.0131578 0.014925 por medio de la
1 95 373
y i= 0.0212765 0.019607 Las matrices descritas
expresin fi .
96 843
quedan: 0.0103092 0.011904
78 762
0.0093457 0.011627
94 907
0.0081300 0.010204
81 082
0.0071942 0.008695
45 652
0.0062893 0.007633
08 588
0.0065789 0.008064
47 516
0.0052356 0.006944
02 444
0.0049751 0.006329
24 114
0.0048309
18 0.00625
0.005
Tabla 3. Matrices Yi, a (con puromicina), b (sin
puromicina)

Dadas cada una de las anteriores matrices, se realizan las operaciones matriciales indicadas
anteriormente (Transpuesta de Z, multiplicacin por derecha de la Transpuesta de Z por Z,
etc.), se llega a el vector A, que es el que contiene los coeficientes, estos estn dados por:
Matriz de Matriz de
coeficientes A_a coeficientes A_a
0.005107182 a(0) 0.006972134 a(0)
0.000247221 a(1) 0.000215001 a(1)

Tabla 4. Matrices de coeficientes Ai, a (con puromicina), b (sin puromicina)

 1
Con cada uno de estos y recordando que a0 = , a1 = 2 , invirtiendo el valor de a0 ,
1 1

se obtiene el valor de 1 y multiplicando el valor encontrado de 1 por a1 , se halla

el valor de 2 , as:

1
1= 1a1= 2
a0

1 a 195.80270 2 a 143.42811
= 88 = 57
1 b 0.0484065 2 b 0.0308372
= 34 = 15

4. Corroboracin ajuste: Regresin multivariada

La regresin tipo y=a0+ a1z , se plantea para el ejercicio con los parmetros

a0 , a1 , z definidos de la forma Z*A=B donde las matrices Z, A, B estn definidas

respectivamente cmo:

La matriz de coeficientes queda tanto con puromicina, como sin puromicina:

matriz coeficientes matriz coeficientes
(Z_a) (Z_b)
165.9956 165.0865
12 7 11 8
165.995 5770.197 165.086 5769.371
67 57 58 12

Tabla 5. Matrices de coeficientes Zi, a (con puromicina), b (sin puromicina)

La matriz de cofactores queda tanto con puromicina, como sin puromicina:

matriz cofactores
matriz cofactores (B_a) (B_b)
0.10232 0.11219
2.27428 2.39143
 Tabla 6. Matrices de cofactores Bi, a (con puromicina), b (sin puromicina)

Realizando las operaciones matriciales correspondientes (Inversa de Zi, Multiplicacin por

izquierda de la Inversa de Zi por Bi), se llega a los vectores solucin:
0.0051071
82 a(0)_a 0.006972 a(0)_b
0.0002472
21 a(1)_a 0.000215 a(1)_b
Con:
1
1= 1a1= 2
a0

Se obtiene:

1 a 195.80270 2 a 143.42811
= 88 = 57
1 b 0.0484065 2 b 0.0308372
= 34 = 15
Como consecuencia, la regresin lineal generalizada primeramente realizada est hecha de
forma correcta, puesto que cada uno de los ij son aproximadamente los mismos.

5. Anlisis de los resultados.

Para conocer la calidad del ajuste se realizar una grfica y se calcular el coeficiente de
determinacin (r2). Para la grfica con los parmetros _1i, _2i, la ecuacin de la cintica
de Michaelis-Menten, y variando entre 0.02 y 1.1 la concentracin del sustrato (en
incrementos pequeos para suavizar la grfica), se obtienen cada una de las velocidades f_i.

200
180
160
140
120
Velocidad inicial de rxn 100
80 f(a)
60 Modelo f_a
40
20
0
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2

Concentracin del sustrato, x

Grfico 1. Velocidad inicial de reaccin con puromicina (f_a) vs concentracin del sustrato (x), para el ajuste
hecho y los valores reportados
 160

140 139.52
120

100

Velocidad inicial inicial de rxn 80

f(b)
60
Modelo f_b
40

20

0
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2

Concentracin del sustrato, x

Grfico 2. Velocidad inicial de reaccin sin puromicina vs concentracin del sustrato (x), para el ajuste hecho
y los valores reportados.

De las grficas se puede evidenciar un mayor ajuste para la velocidad de reaccin con
puromicina (f_a). A medida que la concentracin del sustrato (x) aumenta, las velocidades
iniciales de reaccin calculadas se ajustan menos a las dadas experimentalmente.
Para corroborar las observaciones hechas se calcula el coeficiente de determinacin (r2) de la
forma:
s t s r
r 2= con y
st

Los coeficientes de determinacin encontrados fueron r^2_a = 0.9378 y r^2_b = 0.88459,

as, la observacin hecha sobre un mayor ajuste para f_a respecto a f_b es correcta.

Conclusiones:
A la pregunta de s la puromicina en verdad aumenta f para cualquier concentracin
del sustrato, se dividi cada valor de la velocidad inicial de reaccin de la enzima
con puromicina (fa) entre los valores de sta sin puromicina (fb) hallados con el
ajuste hecho, y se encontr que para el amplio intervalo (de 0.02 a 1.1 con
incrementos de 0.01) el cociente era mayor a uno, lo que se traduce en que fa es
mayor que fb y por tanto se puede decir que la puromicina aumenta la velocidad
inicial de reaccin de la enzima para toda concentracin del sustrato.
Modelo Modelo
x f_a f_b f_a/f_b
0.02 57.24678 56.42642 1.014538
 559 534 583
74.91826 70.72716 1.059257
0.03 224 058 315
88.59196 80.99026 1.093859
0.04 274 242 435
99.48664 88.71416 1.121429
0.05 034 203 071
108.3713 94.73745 1.143912
0.06 51 917 365
115.7553 99.56609 1.162598
0.07 487 873 015
121.9892 103.5234 1.178373
0.08 496 354 275
127.3223 106.8257 1.191868
0.09 402 856 981
131.9367 109.6233 1.203545
0.1 172 329 939
135.9684 112.0236 1.213748
0.11 948 064 595

Tabla 7. Relacin entre fa y fb, para un intervalo entre 0.02 y 0.11 (tabla recortada de la original)

Aunque el coeficiente de determinacin no es muy cercano a la unidad, es un valor

aceptable para la correlacin de los parmetros con puromicina. Con relacin a los
al coeficiente de determinacin en la regresin con puromicina, posee un menor
ajuste el coeficiente de determinacin en la regresin sin puromicina, esto
probablemente debido a que, los valores experimentales son menos lineales y a que
la ltima concentracin nicamente tiene un valor reportado para la velocidad inicial
de reaccin.

La regresin ms eficaz para ecuaciones lineales del tipo que se trabajaron en el

ajuste es la regresin multivariada, puesto que consta de menos pasos y entrega
resultados confiables, comparndola con la regresin lineal generalizada.