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UNIVERSITE DE RENNES I
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FACULTE DE MEDECINE
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DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE


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PCEM 1

Biochimie Structurale

ENZYMES

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Anne Universitaire 2006-2007


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ENZYMOLOGIE

1. GENERALITES

1.1. Dfinitions
1.1.1. Enzyme
1.1.2. Substrat Produit
1.1.3. Site actif
1.2. Mode daction

Diagramme d'une raction catalytique qui montre l'nergie (E) requise diffrentes
tapes suivant l'axe du temps (t).

1.3. Caractristiques

CH 2 OH CH 2OH
O O OH
O R Galactosidase
+ H2O + R OH

D Galactoside D Galactose

2. CLASSIFICATION DES ENZYMES

2.1. Oxydo-rductases EC1


2.2. Transfrases EC2
2.3. Hydrolases EC3
2.4. Lyases EC4
2.5. Isomrases EC5
2.6. Ligases (ou synthtases) EC6
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3. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES A UN SUBSTRAT -


MODELE DE MICHAELIS

3.1. Gnralits
3.1.1. Influence de la concentration en enzyme

v2

v1

E1 E2 [E]

3.1.2. Influence de la concentration en substrat


a) Variation de [S], [P] et [ES] au cours du temps
Concentrations

P
ES

0 tA tB Temps

b) Variation de la vitesse en fonction de [S]

v
Enzyme satur
VM

[S]
COURBE DE SATURATION
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3.2 . Aspect thorique Equation de Michaelis

VM [S ]
v=
[S ] + KM

3.3. Signification des paramtres cintiques


3.3.1 Constante de Michaelis KM

ENZYME SUBSTRAT CONCENTRATION KM


(M) (M)
Glucose phosphate isomrase Glucose-6-phosphate 450 700
Aldolase Fructose1,6-diphosphate 32 100
Triose phosphate isomrase Glycraldhyde-3- 3 460
phosphate
Glycraldhyde-3-phosphate Glycraldhyde-3- 3 70
deshydrognase phosphate
Phosphoglycrate kinase 3-Phosphoglycrate 60 1200

3.3.2 Vitesse maximale VM

3.4. Dtermination des paramtres cintiques

1 KM 1 1
= +
v VM [S ] VM

Reprsentation de Lineweaver et Burk


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3.5. Activit enzymatique
3.5.1. Dfinitions et units
3.5.2. Activit spcifique

4. EFFECTEURS DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE

4.1. Influence de la temprature


4.1.1. Effet de la temprature sur la vitesse
4.1.2. Inactivation thermique des enzymes
4.1.3. Rsultante des deux effets
Activit enzymatique
Activation

Dnaturation

opt Temprature
ACTIVITE ENZYMATIQUE EN
FONCTION DE LA TEMPERATURE

4.2. INFLUENCE DU pH
Activit enzymatique

pH opt pH

ACTIVITE ENZYMATIQUE EN
FONCTION DU pH

4.3. INFLUENCE DES IONS METALLIQUES


4.4. INHIBITEURS DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE
4.4.1. Inhibition comptitive

I +S
E E ES E+P
S +I
EI
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V M [S ] [I ]
v= K'M = KM 1 +
[S ] + KM 1 + [K]
I KI
I

1
=
1
+
KM
1+
[I ]
v VM VM [S ] KI

4.4.2. Inhibition non comptitive simple

+S
E E ES E+P
S I +I +I
EI ESI
+S
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V M [S ] ' VM
v= VM=
1 + [I ]

(KM + [S ]) 1 + [K]
I
I KI

1 1 [I ] 1 + KM
= 1+
v VM KI [S ]

4.4.3. Autres types d'inhibitions

4.5. Modle allostrique

Forme Forme R
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4.6. Rle biologique des effecteurs enzymatiques

NH 2 NH 2

COOH SO 2 NH 2
Acide Sulfamide
p-aminobenzoque

NH 2 SH

N N
N N

N NH N NH

Adnine 6 mercaptopurine

5. LES ISOENZYMES

6. LE SITE ACTIF

6.1. Topologie du site actif

R153
R170
R152 R151 R149
R150
R 39
R 40 S R31
R35 R
R38 32

Squelette peptidique R36 R34


de l'enzyme R37
R33
Substrat
R liaison devant
chaines latrales
des acides amins tre coupe
REPRESENTATION SCHEMATIQUE DU SITE ACTIF

6.2. Nature de l'interaction enzyme-substrat


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6.2.1. Interactions hydrogne
6.2.2. Transfert de charge

6.3. Mise en vidence du site actif


6.3.1. Ractifs de groupes
6.3.2. Marquage par le substrat ou ses analogues

7. REGULATION DE L'ACTIVITE ENZYMATIQUE

7.1. Contrle gntique de la synthse des enzymes

7.2. Rgulation par modification structurale de l'enzyme


7.2.1. Systmes rversibles

a) Phosphorylation - dphosphorylation : Ser, Thr, Tyr


ATP ADP

EnzSerOH EnzSerOPO3 H2

b) Adnylylation - dsadnylylation : Tyr


ATP PPi

EnzTyrOH EnzTyrOAMP

c) Mthylation - dmthylation : Glu


RCH3 R

EnzGluCOOH EnzGluCOOCH3
d) MonoADP-ribosylation : Arg, Asn, Lys, Cys
NAD Nicotinamide

EnzArg EnzArgribosylADP

7.2.2. Systmes irrversibles

a) Activation des proenzymes en enzymes par protolyse limite.


b) Activation des proenzymes par addition de coenzymes

7.3. Rgulation au niveau du site catalytique


7.3.1. En fonction de KM et de la concentration en substrat
7.3.2. Inhibiteurs et activateurs
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7.4. Rgulation allostrique

7.4.1. Inhibition par le produit final

E1 E2 E3 E4 E5
A B C D E P

7.4.2. Activation par le prcurseur

E1 E2 E3 E4 E5
A B C D E P
+

7.4.3. Activation ou inhibition par des mtabolites

8. UTILISATION DES ENZYMES EN BIOLOGIE


8.1. Enzyme de Conversion de l'Angiotensine (ECA)
8.2. Amylase
8.3. Cratine phosphokinase (CPK)
8.4. Lactate-dshydrognase (LDH)
8.5. Phosphatases alcalines (PAl)