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E. Turpin
J. Lehmann-Che
5-6 novembre 2007
PCR
3 5
Hybridation (50 60 C)
3
Amorces 5
3 5
5 3
3 5'
5' 3
3 5
3 5
Cycle 2 4 copies
3 5
5 3
Cycle 3 8 copies
Amplicon
3 5
Exercice: dessiner des amorces de PCR
10 20 30 40 50
5-GTGGAGCCAC ACCCTAGGGT TGGCCAATCT ACTCCCAGGA GCAGGGAGGG
60 70 80 90 100
CAGGAGCCAG GGCTGGGCAT AAAAGTCAGG GCAGAGCCAT CTATTGCTTA
110 120 130 140 150
CATTTGCTTC TGACACAACT GTGTTCACTA GCAACCTCAA ACAGACACCA
160 170 180 190 200
TGGTGCACCT GACTCCTGAG GAGAGGTCTG CCGTTACTGC CCTGTGGGGC
210 220 230 240 250
AAGGTGAACG TGGATGAAGT TGGTGGTGAG GCCCTGGGCA GGTTGGTATC
260 270 280 290 300
AAGGTTACAA GACAGGTTTA AGGAGACCAA TAGAAACTGG GCATGTGGAG
310
ACAGAGAAGA CTCTT - 3
Correction
1/ Oligonuclotides commander:
Sens: 5 AGGA GCAGGGAGGG CAGGAG 3
Anti sens: 5 GTCTCCACATGCCCAGTTTC 3
AC - 3
TG - 5
Cintique de la PCR
Comparaison PCR en point final/ QPCR
Modes de dtection du produit damplification
1/ Dtermination des Ct
Ct= intersection
entre la courbe
damplification et la
barre de seuil
2/ Comparaison des Ct
Y= (1+E)n X
Qt initiale de la cible
Qt de produits de PCR
Nbre de cycles
Doublement
Y= 2n X chaque cycle
Quantification absolue (2)
Quantification relative (1)
Contrle endogne:
reflet de la qt de matrice par puit
doit tre identique pour tous les chantillons analyss
permet de normaliser les qts de matrice indroduites
retenir: les PCR des 2 gnes (dintrt et endogne) doivent avoir une efficience
proche (donc une pente quivalente) pour pouvoir calculer des CT
Erreur en fonction de lEfficacit de la
raction PCR
Efficacit
99% 95% 90% 85% 80% 75% 70%
1 1% 3% 5% 8% 11% 14% 18%
2 1% 5% 11% 17% 23% 31% 38%
3 2% 8% 17% 26% 37% 49% 63%
3,32 2% 9% 19% 30% 42% 56% 72%
4 2% 11% 23% 37% 52% 71% 92%
Ct
Efficience de 85%
pour une diffrence de 1CT, lerreur est de 8%
Quantification de lARNm dun gne: Q-RT-PCR
Transcription Traduction
Prsence et
Amplifications gniques modifications localisation
dexpression
Q RT-PCR Immunohistochimie
Q PCR
analyse du transcriptome Tissue array
(microarray)
Amorces- sondes Anticorps
Hybride ARNm/ADNc 3
5 AAAAAA
: Reverse transciptase
Oligonuclotide: spcifique
hexamers
oligo(dt)12-20
PCR aprs RT
Hybride ARNm/ADNc 3
5 AAAAAA
3' 5
Dnaturation
5 3
AAAAAA
Hybridation
3' 5
Extension
3' 5
PCR classique
Exemples dapplication de la Q PCR ou Q-RTPCR
Exemple 1:
Question 1:
-Le CT du gne endogne est un reflet de la quantit de cDNA dans lchantillons
Ici le 18S rRNA est le gne endogne ou gne de mnage
Lchantillon le plus concentr est celui qui a le CT le plus petit donc le cerveau.
-Il existe une diffrence de 16 -14 = 2 cycles entre les 2 chantillons
22 = 4 donc lchantillon du cerveau est 4 fois plus concentr que celui du foie
Question 2:
On compare les CT des 2 chantillons :
Exemple 2:
Une culture cellulaire subit un traitement par une drogue. On compare
lexpression dun gne au cours du temps aprs traitement.
Expression en 2 -CT
Correction 2