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Roteiro de estudos
Fundamentos de Bioqumica
2013
Os organismos vivos so divididos basicamente por dois tipos de clulas: clulas procariotas,
que carregam sua informao funcional num genoma circular sem um ncleo definido, e as
clulas eucariotas que contem um ncleo delimitado, seu genoma possui cromossomos
individuais, e sua estrutura interna bem organizada.
Toda clula possui membrana plasmtica que uma membrana seletivamente permevel. Ela
permite que os sais e nutrientes necessrios entrem na clula e que os produtos de excreo
saiam, mas usualmente exclui a entrada de substncias no necessrias do ambiente. Dentro
de toda clula h o citoplasma, onde ocorre a maioria das reaes catalisadas por enzimas do
metabolismo celular. As clulas usam a energia qumica para realizar o trabalho de construo
e manuteno da sua estrutura e para realizar a movimentao e a contrao celular. Tambm
presentes no citoplasma de todas as clulas esto os ribossomos, pequenos grnulos que
atuam na sntese de protenas. Todas as clulas possuem ainda um ncleo onde o material
gentico replicado e armazenado na forma de cido desoxirribonucleico (DNA).
Entre as clulas procariticas a melhor estudada da Escherichia coli, que est representada
na figura abaixo.
A Clulas eucariticas
A clula eucaritica consiste de citoplasma e ncleo que esto delimitados pela membrana
plasmtica. O citoplasma contem um sistema complexo de membranas internas que formam
as estruturas celulares (organelas). As principais organelas so a mitocndria (nas quais
ocorrem importantes reaes qumicas liberadoras de energia), o retculo endoplasmtico
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B Ncleo celular
C Membrana plasmtica
O ambiente celular quer seja sangue ou outros fludos corporais, aquoso, e os processos
qumicos no interior da clula envolvem molculas hidrossolveis. Para a manuteno da sua
integridade, as clulas devem impedir a gua e outras molculas de flurem
descontroladamente para dentro ou para fora da clula. Isso realizado por uma membrana
hidrorresistente composta de molculas bipartidas de cidos graxos, a membrana plasmtica.
Tais molculas so fosfolipdios dispostos em uma camada dupla (bicamada) com sua parte
interna lipdica. A prpria membrana plasmtica contem diversas molculas que atravessam a
camada biomolecular lipdica uma ou mais vezes para desempenhar funes especiais.
Diferentes de tipos de protenas de membrana podem ser distinguidos:
2 Ligaes qumicas
Ligaes inicas: so formadas por ganho e perda de eltrons. Por exemplo, o sdio (Na) doa
um eltron para o tomo de cloro (Cl). O casamento entre o sdio, um metal de alta
reatividade, com o cloro, um gs verde txico, o sal de cozinha (NaCl).
3 Grupos funcionais
Uma clula viva basicamente composta de carbono (C), hidrognio (H), nitrognio (N) e
oxignio (O), quase que na seguinte distribuio: 50% de tomos de hidrognio, 25% de
carbono e 25% oxignio. Exceto a gua, quase todos os componentes so compostos de
carbono.
O carbono um pequeno tomo com quatro eltrons em sua ltima camada, podendo formar
quatro fortes ligaes covalentes com outros tomos. Porm, mais notavelmente, os tomos
de carbono podem combinar-se entre si para construir cadeias e anis e, dessa maneira,
grandes molculas complexas com propriedades biolgicas especficas.
B - cido e steres
Muitas substncias biolgicas contem uma ligao carbono-oxignio com propriedades cidas
ou bsicas (alcalinas). O grau de acidez expresso pelo valor do pH, o qual indica a
concentrao de ons de H+ na soluo, variando de 10-1 mol/L ( pH = 1, extremamente cido)
at 10-14 mol/L (extremamente bsico). A gua pura contem 10-7 mol/L de H+ (pH 7,0). Um
ster formado quando um cido reage com um lcool. steres so frequentemente
encontrados em lipdeos e compostos de fosfatos.
Ligao peptdica
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D - Compostos de fosfato
Grupo fosfato
Entre um on fosfato e um grupo hidroxila livre pode-se formar um ster fosftico.
Frequentemente os grupos fosfato so ligados a protenas deste modo.
Forma
ster fosftico abreviada
E - Compostos de enxofre
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Muitas vezes o enxofre serve para ligar molculas biolgicas, especialmente quando dois
grupos sulfidrilas (-SH) reagem para formar uma ponte de sulfeto (-S-S-). O enxofre o
componente de dois aminocidos (cistena e metionina) e de alguns polissacardeos e
acares. As pontes de sulfeto desempenham papel em muitas molculas complexas, servindo
para estabilizar e manter as estruturas tridimensionais especficas.
4 Carboidratos
Carboidratos
Hexoses (Amido(amilose e
Pentoses Dissacardeos
(Glicose amilopectina)
(Ribose (Maltose
Galactose Glicognio,
Desoxirribose) Lactose)
Frutose) Celulose)
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A - Monossacardeos
Os monossacardeos (acares simples) so aldedos (-C=O, -H) ou cetonas (>C=O) com dois ou
mais grupos hidroxilas [frmula geral (CH2O)n]. O grupo aldedo ou cetona pode reagir como
um dos grupos hidroxilas para formar um anel. Essa a configurao usual dos acares que
tm cinco ou seis tomos de carbono (C) (pentoses e hexoses). Os tomos C so numerados.
As formas D- e L- de acares so ismeros especulares da mesma molcula.
-D-glicose -D-glicose
estereoismeros
Glicose
Conformao tipo
Ismeros da glicose
cadeira
B - Dissacardeos
C - Derivados de acares
Oxidao no carbono
C6 da glicose cido Hidroxila no carbono
glicurnico C2 substituda por
amina glicosamina
-D-glicose
D Polissacardeos
5 Lipdios
A cidos graxos
Hidroflico
Hidrofbico
B Lipdeos
Os cidos graxos podem combinar-se com outros grupos de molculas para formar outros
tipos de lipdeos. Como molculas insolveis em gua (hidrofbicas), so solveis apenas em
solventes orgnicos. O grupo carboxila pode entrar em uma ligao de um ster ou de uma
amida. Os triglicerdeos so compostos cidos graxos com glicerol.
Glicerol pode se
ligar a cidos
graxos para
formar
triglicerdios
Triglicerdios
acar
Glicolipdio
Esto presentes na hidrofbico
membrana plasmtica
Esto presentes
nas membranas
das clulas e em
Fosfolipdio lipoprotenas
plasmticas
C Agregados lipdicos
Dadas as suas propriedades bipolares, os cidos graxos podem formar agregrados lipdicos na
gua. As extremidades hidroflicas so atradas ao seu ambiente aquoso; as extremidades
hidrofbicas projetam-se da superfcie da gua e formam uma pelcula superficial. Se
estiverem completamente abaixo da superfcie, podem formar membranas com duas camadas
(membrana lipdica biomolecular ou bicamada). Estes so os elementos estruturais bsicos das
membranas celulares, os quais impedem que as molculas da soluo aquosa circundante
invadam a clula.
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Agregados lipdicos
Grandes agregados
unidos por foras
hidrofbicas
Membrana plasmtica
em duas camadas
(bicamada fosfolipdica)
Colesterol
Derivados de colesterol
Testosterona Estradiol
6 Aminocidos
Os aminocidos so as unidades estruturais bsicas das protenas. Uma sequncia linear
definida dos aminocidos e uma estrutura tridimensional especfica atribuem propriedades
fsico-qumicas a cada protena. Um aminocido consiste em um carbono central com uma
ligao a um grupo amino (-NH2), outra a um grupo carboxila (-COOH), a terceira a um tomo
de hidrognio e a quarta a uma cadeia lateral varivel. Os aminocidos so ionizados em
solues neutras, uma vez que o grupo amino adquire um prton (-NH3+) e o grupo carboxila
dissocia-se (-COO-). A cadeia lateral determina as caractersticas distintas de um aminocido,
incluindo tamanho, forma, carga eltrica ou capacidade de ligao com o hidrognio e a
reatividade qumica especfica total. Os aminocidos podem ser diferenciados conforme sejam
neutros ou no neutros (bsicos ou cidos) e possuam uma cadeia lateral polar ou no polar.
Cada aminocido tem suas prprias abreviaturas de trs letras e de uma letra. Os aminocidos
essenciais em vertebrados so: His, Ile, Leu, Lis, Met, Fen, Ter, Tir e Val.
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A serina, a treonina e a tirosina contm grupos hidroxilas (-OH). Assim, so formas hidrolisadas
de glicina, alanina e fenilalanina, respectivamente. Os grupos hidroxilas as tornam hidroflicas
e mais reativas do que as formas no hidrolisadas. Tanto a asparagina como a glutamina
contm um grupo amino e um grupo amida. No pH fisiolgico, suas cadeias laterais
apresentam carga negativa.
Os aminocidos carregados tm dois grupos amino ionizados (bsico) ou dois grupos carboxilas
ionizados (cidos). Os aminocidos bsicos (de carga positiva) so a arginina, a lisina e a
histidina. A histidina tem um anel imidazol e pode ser de carga negativa ou positiva,
dependendo do meio. Ela frequentemente encontrada nos centros reativos das protenas,
onde toma parte em ligaes alternantes (por exemplo, na regio da hemoglobina que se liga
ao oxignio). O cido asprtico e o cido glutmico tm, cada um, dois grupos carboxilas (-
COOH) e so, assim (via de regra), cidicos.
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Grupo R aromtico
Asparagina Glutamina
Asn (N) Gln (Q)
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Histidina
His (H)
Arginina
Arg (R) Lisina
Lys (K)
Histidina
His (H)
Arginina
Arg (R) Lisina
Lys (K)
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7 Protenas
As protenas esto envolvidas em praticamente todos os processos qumicos dos organismos
vivos. Sua significncia evidente, visto que, como enzimas digerem as reaes qumicas nas
clulas vivas. Sem a catlise enzimtica, as macromolculas envolvidas no reagiriam
espontaneamente. Todas as enzimas so produtos de um ou mais genes. As protenas tambm
servem para transportar pequenas molculas, ons ou metais. Elas exercem importantes
funes na diviso celular, durante o crescimento, e na diferenciao das clulas e tecidos.
Controlam a coordenao de movimentos por meia da regulao das clulas musculares e da
produo e da transmisso de impulsos dentro das clulas nervosas e entre elas. As protenas
controlam a homeostase (coagulao sangunea) e a defesa imune. Realizam, ainda, funes
mecnicas na pele, nos ossos, nos vasos sanguneos e em outras reas.
A Ligaes peptdicas
As unidades essenciais das protenas, os aminocidos, podem ser mantidas juntas facilmente
devido sua ionizao dipolar (zwitterons). O grupo carboxila de um aminocido liga-se ao
grupo amino do adjacente (uma ligao peptdica, s vezes tambm referida como ligao
amdica). Quando muitos aminocidos so unidos por ligaes peptdicas, forma-se uma
cadeia polipeptdica. Cada cadeia polipeptdica tem um sentido definido, determinado pelo
grupo amino (-NH2) em uma extremidade e pelo grupo carboxila (-COOH) na outra. Por
conveno, o grupo amino representa o inicio, e o grupo carboxila, o trmino da cadeia
polipeptdica.
Ligao peptdica
A determinao da estrutura da insulina por Frederick Sanger foi um fato marcante. Mostrou,
pela primeira vez, que uma protena, em termos genticos um produto gnico, tem uma
sequncia de aminocidos precisamente definida. A sequncia de aminocidos fornece
informaes importantes sobre a funo e a origem evolutiva de uma protena.
Estrutura
Primria Estrutura
Quaternria
Estrutura Estrutura
Secundria Terciria
-hlice
-hlice
folha
8 Enzimas
Definio: catalisadores de reaes bioqumicas
Energia de A enzima
ativao para a diminui a
reao Y X energia de
Energia total
Energia total
ativao para a
reao Y X
Reagente Reagente
produto produto
Caminho da reao Caminho da reao
no catalisada catalisada por uma
enzima
As enzimas diminuem as barreiras de energia que impedem que as reaes qumicas ocorram.
Nomenclatura
- Nome recomendado: Mais curto e utilizado no dia a dia de quem trabalha com enzimas;
Utiliza o sufixo "ase" para caracterizar a enzima. Exs: Urease, Hexoquinase, Peptidase
- Nome sistemtico: Mais complexo, nos d informaes precisas sobre a funo metablica da
enzima. Ex: ATP-Glicose-Fosfo-Transferase
Classificao
Cofatores so pequenas molculas orgnicas ou inorgnicas que podem ser necessrias para a
funo de uma enzima. Estes cofatores no esto ligados permanentemente molcula da
enzima, mas na ausncia deles, a enzima inativa. A frao proteica de uma enzima, na
ausncia do seu cofator, chamada de APOENZIMA. Chamamos de HOLOENZIMA enzimas
ligada ao cofator.
Coenzimas so compostos orgnicos, quase sempre derivados de vitaminas, que atuam em
conjunto com as enzimas. Podem atuar segundo 3 modelos:
Ligando-se enzima com afinidade semelhante do substrato
Ligando-se covalentemente em local prximo ou no prprio stio cataltico da
apoenzima
Atuando de maneira intermediria aos dois extremos acima citados.
Especificidade
As enzimas so muito especficas para os seus substratos. Esta especificidade pode ser
relativa a apenas um substrato ou a vrios substratos ao mesmo tempo. Esta
especificidade se deve existncia, na superfcie da enzima de um local denominado STIO
DE LIGAO DO SUBSTRATO. O stio de ligao do substrato de uma enzima dado por um
arranjo tridimensional especial dos aminocidos de uma determinada regio da molcula,
geralmente complementar molcula do substrato, e ideal espacial e eletricamente para a
ligao do mesmo. O stio de ligao do substrato capaz de reconhecer inclusive
ismeros ticos "D" e "L" de um mesmo composto. Neste stio de ligao encontramos o
local onde ocorre a reao enzimtica, chamado STIO CATALTICO ou STIO ATIVO.
Alguns modelos procuram explicar a especificidade substrato/enzima:
Modelo Chave/Fechadura : Prev um encaixe perfeito do substrato no stio de
ligao, que seria rgido como uma fechadura.
Cintica enzimtica
a parte da enzimologia que estuda a velocidade das reaes enzimticas, e os atores que
influenciam nesta velocidade. A cintica de uma enzima estudada avaliando-se a quantidade
de produto formado ou a quantidade de substrato consumido por unidade de tempo de
reao. O complexo enzima/substrato (ES) tem uma energia de ativao ligeiramente menor
que a do substrato isolado, e a sua formao leva ao aparecimento do estado de transio
"Ts". A formao de "P"(produto) a partir de ES a etapa limitante da velocidade da reao. A
velocidade de uma reao enzimtica depende das concentraes de ENZIMA e de
SUBSTRATO.
Equao de Michaelis-Menten
Michaelis e Menten foram pesquisadores que propuseram o modelo acima citado como
modelo de reao enzimtica para apenas um substrato. A partir deste modelo, estas
pesquisadoras criaram uma equao, que nos permite demonstrar como a velocidade de uma
reao varia com a variao da concentrao do substrato:
Licenciatura em Cincias Exatas Biologia IV - Roteiro de estudos Fundamentos de Bioqumica
Inibio Enzimtica