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La transcripcin
es asimtrica, se transcribe una de las dos cadenas que forman el gen, la cadena que se
transcribe es la molde, negativa o codificante. La ARN pol se desplaza sobre la cadena molde,
recorrindola de 3 5 o rio abajo, la transcripcin empieza a partir del nucletido que el
promotor seala como punto de inicio que es el +1. La ARN pol solo puede desplazarse y
trascribir si previamente la doble hlice se desenrolla y se fusione, es decir se separen las
cadenas, rompiendo los enlaces de puente de hidrogeno, la ARN pol cataliza ambos procesos,
generando hacia el extremo 3una burbuja de transcripcin, (12 nucletidos de longitud), que
avanza rio abajo y a medida que esta progresa la fusin por delante de ella, la doble hlice se
recompone por detrs. La formacin de esta burbuja causa un superenrollamiento o una
supertorsion en el extremo 5 del molde, pero esto es corregido por la accin de la
topoisomerasa I.
Cuando la molde ya ha sido desapareado en la burbuja de transcripcin y expone sus bases que
son reconocidas por la ARN pol y a medida que esta lee la molde, coloca junto a cada base de la
misma el ribonucleotido trifosfato portador de la base complementaria, y una vez ubicados los
dos primeros ribonucleotidos la ARN pol cataliza la formacin del enlace fosfodiester para iniciar
la cadena de ARN. Este enlace se produce entre el hidroxilo en posicin 3del primer nucletido y
el grupo fosfato interno de la posicin 5del segundo nucletido, y se libera un pirofosfato como
producto, pero se vuelve dos fosfatos por accin de una pirofosfatasa. Este procedimiento se
repite tantas veces como la cantidad de nucletidos del molde, y el ARN va creciendo de manera
antiparalela al molde (5 3).
La transcripcin termina cuando la ARN pol alcanza una seal de terminacin o stop. El producto
obtenido es un ARN transcripto primario que es una copia complementaria y antiparalela de una
regin del gen entre el punto de inicio hasta la seal de terminacin. El ARN tiene la misma
direccin y secuencia (excepto por U en lugar de T) que la hebra molde.
Requisitos de la transcripcin:
- Una molcula de ADN molde, con regin promotora, que es el inicio de la transcripcin,
una secuencia de terminacin, que marca el fin del proceso y el segmento que ser
expresado.
- Una enzima, la ARN polimerasa que: reconoce las secuencias sealizadoras, abre las
hebras, lee la molde, reconoce y ubica los nucleotidos complementarios, y polimeriza los
sustratos.
- Cofactores enzimticos de la ARN pol (Mg++ o Mn++)
- Sustratos: UTP, ATP, GTP, CTP
- Una fuente de energa que son los mismos sustratos
- Una pirofosfatasa
- Una topoisomerasa I
Transcripcin en eucariontes
La transcripcin es llevada a cabo por tres tipos de ARN pol: ARN pol I (nuclolo, ARNr), ARN pol
II (nucleoplasma, ARNm y ARNpn), ARN pol III (nucleoplasma, ARNt, ARNr, ARNpc, ARNpn), cada
una se especializa en diferentes ARNs y son todas protenas cuaternarias constituidas por
subunidades. Las ARN pol se unen al promotor por medio de protenas llamadas factores basales
de transcripcin, estos garantizan el inicio de la transcripcin. Tambin poseen factores de
transcripcin especficos que se relacionan los factores basales con las regiones reguladoras de
un gen. Los promotores para la ARN pol II se ubican rio arriba del punto de inicio de la
transcripcin y son tres sitios:
- En la posicin -25, con respecto del +1, es la caja TATA es una secuencia consenso
heptanucleotidica formada por restos de timina y adenina, tambin tienen secuencias
ricas en GC. Su funcin en interaccin con factores de transcripcin basales seria alinear
la ARN pol para que la transcripcin se inicie en el sitio correcto.
- En la posicin -80 se encuentra la caja CAAT que lleva la secuencia GGCAATCT
- La caja GC tiene una ubicacin variable y su secuencia es GGGCCGGG
El ARN primario o pre-ARN tiene una secuencia AAUAAA que es reconocida por una endonucleasa
que pone fin al transcripto primario, esta seal se llama seal de poliadenilacion y est presente
en los genes que codifican protenas excepto: genes que codifican histonas, y en algunos genes
hay ms de una seal.
Transcripcin en procariontes
Tienen un complejo proteico constituido por cinco tipos de subunidades, A, B, B, O, W; existen
dos copias de a, y todas las subunidades excepto la o, conforman un ncleo enzimtico que
efecta la transcripcin, pero los transcriptos obtenidos no coinciden con los que se encuentran
en las clulas. Esto se debe debido que el ncleo enzimtico es incapaz de reconocer los sitios
de inicio. Si se une O al ncleo enzimtico antes de la unin con el ADN, este se transforma en
una holoenzima que lee correctamente las secuencias promotoras, O se comporta como un
factor de inicio de la transcripcin. Las bacterias poseen diferentes factores O, y cada uno
transcribe determinados genes.
Los promotores bacterianos ubicados rio arriba del punto de inicio, +1, consta de dos secuencias
de bases conservadoras o secuencias consenso que es indispensable para la unin de la
holoenzima y la sealizacin del punto de inicio. Las secuencias consenso son TATAAT que est
en la posicin -10, y TTGACA en la posicin -35, estas actan como sitios de reconocimiento y
sitios de control de la expresin gentica.
Al iniciarse la transcripcin, la holoenzima ARN pol forma un complejo con la regin de la doble
hlice donde est el promotor. La enzima cataliza el desenrollamiento del ADN y esto es el
complejo promotor abierto, se comienza a copiar en el nucletido +1 y cuando ya se aadieron
8 nucleotidos el factor O se disocia del ARN pol y la transcripcin continua por el ncleo
enzimtico. Las seales de los procariotas son de dos clases:
- Terminacin independiente de rho: la secuencia de terminacin en el molde de ADN
consta de dos series simtricas de repeticiones del par GC seguidas de A. El ARN
transcripto lleva dos GC y varias U al extremo 3, esta secuencia repetitiva en la
terminacin del ARN le permite la autocomplemetaridad, las citosinas y guaninas forman
puentes de hidrogeno creando una estructura tallo-bucle, esto impide el avance de la
ARN pol, y estos factores contribuyen a la separacin de la ARN pol poniendo fin a la
transcripcin.
- Terminacin dependiente de rho: hay secuencias que forman una estructura
autocomplementaria tallo-bucle en el extremo 3del ARN. La protena rho se enlaza a la
cadena de ARN y se desliza sobre la misma hidrolizando ATP, hasta el extremo 3y se
produce la liberacin del transcripto.
El cdigo gentico
Caractersticas:
- 4 letras que representas las bases que forman la cadena de ARN (A, U, G, C)
- las letras se agrupan de 3, llamadas codones
- el cdigo gentico tiene 64 codones
- 61 codones codifican aminocidos
- 3 codones funcionan como seal de terminacin
- no es ambiguo, cada codn especifica un solo aminocido
- es degenerado, un aminocido puede estar codificado por diferentes codones
- es universal, sus mensajes son interpretados por todos los organismos
- utiliza un marco de lectura establecido al inicio de la traduccin y no se modifica
- no se produce solapamiento de codones
ARN m (mensajero)
Son molculas lineales de cadena simple, tiene las instrucciones para formar una protena. Los
ARNm procariotas y eucariotas son iguales, ya que presentan, una vez listos para la traduccin,
una secuencia continua de codones que se extienden desde principio a fin dictando la secuencia
lineal de aminocidos de una cadena polipeptidica particular. Se lee en la direccin 5 3 y el
principio de la secuencia es un codn iniciador (AUG) y el final de la secuencia codificadora es un
codn terminacin o stop (UGA, UAA, UAG).
ARNm eucariota
Presentan la secuencia del mensaje interrumpido, coexisten a lo largo de la molcula los sectores
que codifican para la protena llamados exones, con secuencias intercaladas sin informacin
llamadas intrones. Los ARNm transcriptos sufren una serie de modificaciones post-transcripcin
antes de salir al citoplasma como ARNm maduro, esta modificacin consiste en agregado de
molculas en los extremos, llamados capping o poliadenilacion.
El capping se adiciona al extremo 5 del ARNm, este es una molcula de 7 metil-guanosina
(nucleotido metilado) que se conoce como cap. Esta molcula se agrega al ARNm cuando
alcanza los 30 nucleotidos de longitud, esta modificacin se considera co-transcripcional. El cap
impide la degradacin del ARNm inmaduro por nucleasas y fosfatasas, tambin remueve
intrones.
La poliadenilacion es el agregado de 250 adenosinas o cola poli A en el extremo 3 del ARNm,
este presenta una secuencia de nucleotidos AAUAAA conocida como seal de poliadenilacion.
Una nucleasa corta el pre-ARNm a unos 20 nucleotidos despus de la seal, cuando se libera el
pre-ARNm la enzima poliA-polimerasa le agrega las adenosinas, mientras que la ARN pol II
continua transcribiendo un tramo ms del molde, para finalmente disociarse del gen. Este ltimo
tramo de ARN es degradado por nucleasas y fosfotasas.
Las funciones de la cola poli A son: proteger el extremo 3de la degradacin y ayudar a los
ARNm a salir del ncleo. Los ARNm de histonas no tienen cola.
El splicing o empalme afecta a la secuencia codificadora y sufre un acortamiento producto de la
eliminacin de los intrones quedando como producto final los exones empalmados en secuencia
continua. Para que esto ocurra se necesita el ribonucleoproteinas nucleares, las RNPpn, son ricas
en uridinas y diversas protenas (U1, U2, U3, U4, U5, U6) y se combinan con los extremos de
cada intron. El complejo resultante se denomina espliceosoma.
Mecanismo molecular del splicing:
- el corte de los intrones y el empalme de los exones debe ser exactos, ya que un error
causara una mala lectura del ARNm
- secuencia GU en el extremo 5o sitio dador
- secuencia AG en el extremo 3del intron o sitio receptor
- secuencia de sitio de ramificacin que se localiza en el interior del intron
- primer etapa: una RNPpn reconoce al sitio dador y otra se enlaza al sitio de ramificacin,
el extremo 5es clivado y ligado a un nucleotido del sitio de ramificacin
- segunda parte: reconocimiento del extremo 3por parte de otra RNPpn y se produce el
corte en el extremo 3del intron seguido por el empalme de dos exones, y se libera el
ARNm maduro al espliceosoma.
ARNm procariota
- presentan las secuencias codificadoras continuas, carecen de intrones
- no sufren modificaciones post-transcripcionales
- son policistronicos, una molcula de ADN contiene informacin para varias protenas
ARNt (transferencia)
Son molculas adaptadoras, ya que interactan con la cadena polinucleotica (ARNm) y con los
aminocidos que formaran parte de esta cadena, los ARNt van a alinear a los aminocidos
siguiendo el orden de los codones del ARNm.
El ARNt tiene entre 70 y 93 nucleotidos, entre sus bases hay enlaces de puente de hidrogeno, y
tiene forma de trbol. Los anticodones del ARNt reconocen a los codones del ARNm, mientras
coincidan las dos primeras bases del codn hay suficiente balanceo en la tercera posicin para
permitir el acoplamiento con un nucleotido.
El ARNt tiene dos extremos, el extremo 3o extremo aceptor en donde se encuentra CCA que es
el sitio de unin donde se liga el aminocido, esta unin es catalizada por la enzima aminoacil
ARNt sintetasa especifica.
Propiedades especificas del ARNt:
- debe ser reconocido por un aminoacil ARNt sintetasa que lo una al aminocido correcto
- debe tener una regin que actu como sitio de unin (CCA ) para el aminocido
- debe tener una secuencia complementaria, anticodon, especfica para el codn del
ARNm
ARNr (ribosomico)
Son componentes de los ribosomas junto con protenas, estos intervienen en la traduccin de la
informacin del ARNm y se los considera fbricas de protenas. Cada ribosoma tiene una
subunidad mayor y una menor. La subunidad mayor contiene una depresin en una de sus
superficies en las cuales se ajusta la subunidad menor. El ARNm se inserta en un hueco entre las
superficies de las subunidades. Dentro de los ribosomas hay dos huecos llamados sitios A
(aminoacidico) y P (peptidilico), en estos ingresa el ARNt unido a los aminocidos. Las
subunidades trabajan en conjunto para la sntesis de protenas, la subunidad menor aloja al
ARNm, sobre l se acomodan los ARNt para que puedan unirse los aminocidos. La subunidad
mayor cataliza la unin peptdica de los aminocidos gracias a la accin de la peptidil
transferasa.
Todos los ARNr sufren modificaciones post-transcripcin. En eucariotas los ARNt 18s, 5,8s, 28s,
son transcriptos por un mismo gen que codifica un pre-ARNr 45s, esta sntesis se realiza en la
zona fibrilar del nuclolo a partir de la ARN pol. Las secuencias 18s, 5,8s, 28s son metiladas y
junto con 5s extranucleolar se ensamblan en protenas importadas al citoplasma para conformar
las subunidades ribosmicas.
ARNp (pequeo)
Forman complejos con protenas especificas formando partculas ribonucleoproteicas (RNP). Las
RNP del ncleo se llaman RNPpn, particula ribonucleoproteica pequea, como U 1 a U6 que
participan en el procesamiento del ARNm, tambin forman un complejo multienzimatico llamado
espliceosoma que realiza recortes y empalmes en los ARNm transcriptos. (splicing). Las RNP del
citoplasma se llama RNPpc, particula ribonucleoproteica pequea citoplasmtica, que forman el
complejo ARN/protena que componen la particula de reconocimiento de seal o SRP.
Otro ejemplo es el del opern triptfano, que es un opern reprimible. Este opern consiste en
cinco genes estructurales que codifican enzimas involucradas en la biosntesis de aminocido
triptfano, estos se agrupan en una unidad de transcripcin con un solo promotor y un operador.
El gen regulador se ubica fuera del opern y codifica la sntesis de una protena represora. En
ausencia de triptfano la ARN pol se une al promotor y transcribe genes estructurales en un
ARNm policistronico, esto es posible porque el represor inactivo no logra unirse al operador. En
presencia de trifosfato, el aminocido (co-represor) se une a la protena represora constituyendo
el complejo represor- represor que reconoce a la zona operadora impidiendo a la ARN pol
transcribir genes estructurales. Con este mecanismo se ahorra energa ya que solo se sintetiza
triptfano solamente cuando la sustancia esta ausente en el medio.
Regulacin en eucariota
Mecanismos de control a nivel transcripcional:
1) Factores de transcripcin y la expresin gentica:
Para la transcripcin de un gen se necesita:
- Secuencia promotor: secuencia de nucleotidos que fijan la ARN pol
- Secuencias reguladoras: intensificadoras son secuencias que estimulan la transcripcin,
o silenciadoras son secuencias que inhiben la transcripcin.
- Factores basales de transcripcin: es un complejo proteico que interacciona con el sitio
del promotor, son esenciales para la transcripcin.
- Factores especficos de transcripcin: son un complejo proteico regulador que puede ser
activador (incrementa las secuencias intensificadoras del gen) o represor (incrementa las
secuencias silenciadoras del gen).
La unin de los factores al sitio promotor provoca un cambio de conformacin, se pliega el ADN
entre las secuencias reguladoras y promotoras, formando una asa. Esto permite colocar a los
factores especficos, unidos a las regiones reguladoras, con una o mas protenas blanco
asociadas al complejo de transcripcin basal, al estimular la transcripcin por parte de la ARN
pol, esta se desplaza copiando la regin codificante del gen.
Mecanismos de control despus de la traduccin: hay dos factores determinantes para la vida de
una protena citosolica: su correcto plegamiento y la secuencia de aminocidos de su extremo
aminoterminal. Existen chaperonas que evitan que las protenas se plieguen mal, tambin
existen secuencias aminoacidas estabilizadoras que aseguran la vida y otras que son
desestabilizadoras, que marcan a la protena por el extremo aminoterminal con ubiquitina para
que sea degradada. Esto ocurre si la protena esta mal plegada o desnaturalizada. Esta protena
ubiquitinizada es captada por un complejo enzimtico llamado proteasoma, que esta formado
por proteasas, tambin hay ATPasas. La protena ubiquitinizada es reconocida por el proteasoma
y pierde su plegamiento por la accin de las ATPasas, luego es degradada por las proteasas.