Introduccin a la Biofsica

Orlando Gutirrez (ovgp.270191@gmail.com)

May 2017

Reporte

Sesin Prctica 1: Estructura de Biomolculas

1 Informacin General

Esta primera sesin de identicacin de la estructura de Biomolculas se utiliz dos estructuras, la Hemoglobina
(3AOG) y el Nucleosoma (2NQB).
Caractersticas Relevantes de las Estructuras
Hemoglobina (3A0G)
La Hemoglobina es una protena que permite la distribucin de oxgeno de los rganos del sistema respiratorio
hasta todas las regiones y tejidos.[1]
Esta estructura consta de una protena la cual tambin posee el grupo HEM y agua.

[1]:Esquema de la Hemoglobina.

Nucleosoma (2NQB)
El Nucleosoma es una estructura fundamental de primer orden de la cromatina (forma en que se presenta el
ADN en el ncleo celular).[2]
Esta estructura constan de una protena la cual se encuentra enrollada en el interior de una cadena de ADN
como se muestra [2], adems existe una pequea cantidad de agua alrededor de la protena.

1
 [2]:Esquema del Nucleosoma.

Software Utilizado El Software utilizado es el VMD (Visual Molecular Dynamics), debido a su versa-
tilidad y su visualizacin en mostrar, animar y analizar sistemas biomoleculares utilizando grcos 3-D.

2 Resultados del Anlisis de la primera estructura.

Descripcin de las diferentes componentes con ayuda de representaciones grcas. Una de las
componentes que se pueden vizualizar claramente son la cadena A y cadena B.[3]

[3]:Esquema de la cadena A y B.

Otra componente es el grupo HEM, aqu tambin tenemos 2, debido a que tenemos dos cadenas A y B.[4]

2
 [4]:Esquema del grupo HEM en A y B.

Otra componente es el grupo OXY, aqu tambin tenemos 2, debido a que tenemos dos cadenas A y B.[5]

[5]:Esquema del grupo OXY en A y B.

Y nalmente el Agua [6]

3
 [6]:Esquema del Agua.

Caractersticas Generales de las estructuras secundarias. Una estructura secundaria es una

estructura regular local dentro de una protena o cido nucleico. Las estructuras secundarias se llaman
Alpha-lice y lasos stos ltimos unen a las Alpha-lices.[7]

[7]:Esquema del Alpha-Hlices y sus respectivos lazos de las cadenas A y B.

El primer Alpha-Helice de la Cadena A comienza en la Serina en el residuo 3 de la cadena A y termina

en la Glisina en el residuo 18 de la cadena A. [8]
Seguidamente continua en el residuo 20 de la cadena A hasta el residuo 36 de la cadena A, residuo 37 de
la cadena A hasta el residuo 44 de la cadena A, residuo 52 de la cadena A hasta el residuo 71 de la cadena
A, residuo 75 de la cadena A hasta el residuo 80 de la cadena A, residuo 80 de la cadena A hasta el residuo
89 de la cadena A, residuo 95 de la cadena A hasta el residuo 113 de la cadena A, residuo 114 de la cadena
A hasta el residuo 117 de la cadena A y nalmente el residuo 118 de la cadena A hasta el residuo 138 de la
cadena A.

4
 Este mismo procedimiento se una para la cadena B.
El primer Alpha-Helice de la Cadena B comienza en la Treomina en el residuo 4 de la cadena B y termina
en la Glisina en el residuo 16 de la cadena B.[8]
Seguidamente continua en el residuo 19 de la cadena B hasta el residuo 35 de la cadena B, residuo 36 de la
cadena B hasta el residuo 46 de la cadena B, residuo 50 de la cadena B hasta el residuo 57 de la cadena B,
residuo 57 de la cadena B hasta el residuo 75 de la cadena B, residuo 76 de la cadena B hasta el residuo 79
de la cadena B, residuo 80 de la cadena B hasta el residuo 94 de la cadena B, residuo 100 de la cadena B
hasta el residuo 118 de la cadena B y nalmente el residuo 123 de la cadena B hasta el residuo 142 de la
cadena B.

[8]:Esquema del primer Alpha-Helice de la Cadena A y de la Cadena B.

Mostrar gracamente los enlaces Peptdicos.

Los enlaces peptdicos de la cadena A (los de la cadena B son similares).[9]

[9]:Esquema de los enlaces peptdicos de la Cadena A

Encontrar el vector posicin de la molcula de O2 con respecto al tomo de Hierro.

Primero ubicamos un tomo de Hierro de cualquiera de las dos componente OXY sea de la cadena A o
la cadena B, y ubicamos sus coordenadas del tomo de Hierro y de la molcula de O2 , para posteriormente
obtener el vector posicin.[9]

5
 [9]:Esquema del tomon de Hierro y la molcula de O2 .

Coordenadas de Fe (7.036;13.783;-11.359)[Angstrom].
Coordenadas del Primer Oxgeno (7.365;15.327;-10.782)[Angstrom].
Coordenadas del Segundo Oxgeno (8.427;15.716;-10.346)[Angstrom].
Punto medio entre los dos Oxigenos es:
P M = (7.896; 15.5215; 10.564)[Angstrom] (1)
Por lo tanto el vector posicin es:
V ectorP osicion = (0.86; 1.7385; 21.923)[Angstrom] (2)
Describir el procedimiento utilizado.
1. Primero se abri el programa VMD con la estructura a visualizar.
2. Luego para visualizar cada una de las grcas se eligi la opcin Graphics-Representations.
3. En Graphical Representations cambiamos las opciones de Selected Atoms, Coloring Method y Drawing
Method. Dependiendo lo que necesitemos.
4. Obteniendose la grca deseada se la guarda.
5. Finalmente se edita en un Editor de Imgenes.

3 Resultados del Anlisis de la segunda estructura.

Descripcin de las diferentes componentes con ayuda de representaciones grcas. En esta es-
tructura se observan protenas, molcula de ADN y Agua (no se observa grupo HEM y grupo OXY).

La primera componente es el ADN con sus dos cadenas (en este caso cadena I (azul) y J (roja)).[10]

6
 [10]:Esquema del ADN con la cadena I (en azul) y cadena J (en rojo).

Una segunda componente son las 8 protenas existentes, cada una de ella es independiente [11].

[11]:Esquema de las Protenas existentes.

La tercera es el agua.[12]

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 [12]:Esquema del Agua presente en la estructura.

Caractersticas Generales de las estructuras secundarias. Una estructura secundaria es una

estructura regular local dentro de una protena o cido nucleico. Las estructuras secundarias se llaman
Alpha-Hlice y lazos stos ltimos unen a las Alpha-lices.[13][14]

[13]:Esquema de los Alpha-Hlice presente en la estructura.

Se presenta algunos lazos de protenas.

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 [14]:Esquema de los Lazos visibles en la estructura.

Mostrar gracamente los pares de bases.

Los pares de bases que se muetran a continuacin son:
1. Utilic el (O5') parte de la Adenina de la cadena I, con el (P) de la Tinina de la cadena J.[15]
2. Utilic el (P) parte de la Tinina de la cadena I, con el (P) de la Adenina de la cadena J.[16]
3. Utilic el (P) parte de la Citocina de la cadena I, con el (P) de la Guanina de la cadena J.[17]
4. Utilic el (P) parte de la Adenina de la cadena I, con el (P) de la Tinina de la cadena J.[18]
5. Utilic el (P) parte de la Adenina de la cadena I, con el (P) de la Tinina de la cadena J.[19]

[15]:Esquema del par 1-292 con su respectivo Enlace de Hidrgeno.

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[16]:Esquema del par 2-291 con su respectivo Enlace de Hidrgeno.

[17]:Esquema del par 3-290 con su respectivo Enlace de Hidrgeno.

[18]:Esquema deL par 4-289 con su respectivo Enlace de Hidrgeno.

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 [19]:Esquema de par 5-288 con su respectivo Enlace de Hidrgeno.

Los pares de base en conjunto son:[20]

[20]:Esquema de todos los pares bases.

Describir el procedimiento utilizado.

1. Primero se abri el programa VMD con la estructura a visualizar en este caso el Nucleosoma (2NQB).
2. Luego para visualizar cada una de las grcas se eligi la opcin Graphics-Representations.
3. En Graphical Representations cambiamos las opciones de Selected Atoms, Coloring Method y Drawing
Method. Dependiendo lo que necesitemos.

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 4. Para obtener la grca de los residuos se uso el siguiente comando. En Selecte Atoms-nucleic and chain
I resid 1, crear nueva representacin y realizar lo mismo, es decir, Selecte Atoms-nucleic and chain J
resid 292.
5. Obteniendose la grca deseada se la guarda.
6. Finalmente se edita en un Editor de Imgenes.
Tamao de la Estructura:
El tamao de la molcula se va a modelar como un cilindro de altura h y dimetro d, como se muestra:

Para obtener la altura se tiene los siguientes tomos, los cuales se acercaban a los lados de la tapa del
cilindro.
Utilic el tomo 109 que es el (C1') parte de la Adenina de la cadena I, sus coordenadas son:

(63.399; 71.831; 7.559)[Angstrom]

Con el tomo 34 que es (C5') de la Tinina de la cadena I, sus coordenadas son:

(63.078; 112.628; 0.353)[Angstrom]

Con la Frmula de la distancia obetemos el valor de la altura del cilindro:

h = 41.56[Angstrom]
Para obtener la el dimetro se tiene los siguientes tomos, los cuales se acercaban a los lados del cilindro.
Utilic el tomo 105 que es el (N1) parte de la Tinina de la cadena I, sus coordenadas son:

(47.430; 79.067; 9.608)[Angstrom]

Con el tomo 126 (O4') de la Adenina de la cadena I, sus coordenadas son:

(114.727; 81.992; 19.111)[Angstrom]

Con la Frmula de la distancia obetemos el valor del dimetro d del cilindro:

h = 73.22[Angstrom]

4 Anlisis comparativo de las dos estructuras.

1. El Nucleosoma y la Hemoglobina poseen agua distribuidas en sus estructuras.

2. El Nucleosoma posee 8 tipos de protenas independientes en cambio la Hemoglobina solo tiene 2.

3. El ADN est enrollando las protenas en el Nucleosoma, en la Hemoglobina no existe un encierro (no
hay ADN).

4. La Hemoglobina posee los grupos OXY y HEM, el Nucleosoma no los posee.

5. El Nucleosoma tiene una forma determinada en este caso como un cilindro (delimitado por el ADN),
la hemoglobina no tiene forma determinada (Nadie la delimita).

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