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Despus de ser fundada la ciudad a orillas del ro Amay, actual ro Babahoyo, por
Sebastin de Benalczar en 1535, la ciudad fue traslada por Hernando de Zaera hasta
otro sector denominado como "Yagual" en agosto de 1536. Pero poco despus, debido a
hostilidades de los nativos, varios pobladores decidieron abandonar el poblado. Pizarro le
encarg al capitn Francisco de Orellana que traslade nuevamente la ciudad, y en efecto
lo hizo, ubicndola cerca de la desembocadura del ro Yaguachi, bajo el nombre de
"Santiago de la Nueva Castilla".
Tiempo despus el capitn Orellana parti hacia la Ciudad de los Reyes dejando a Diego
de Urbina al mando de la ciudad. En 1543 tiene que otra vez trasladarla hacia el poblado
fundado anteriormente por Benalczar.
Poco despus de la fundacin de Santiago de Guayaquil, se desata una guerra civil entre
los Almagro y los Pizarro, y el capitn Francisco de Olmos domin la ciudad mientras
dur el conflicto en el Per. Pero despus de la muerte de Diego de Almagro y la victoria
de Francisco Pizarro, Olmos decide trasladar la ciudad al otro lado del ro Guayas y se
produce la Fundacin de Guayaquil definitiva en el cerro Santa Ana en 1547.
La Real Cdula del 4 de mayo de 1534, estableca que, toda fundacin deba reunir las
condiciones requeridas por la conquista. Caso contrario, recomendaba su traslado a otro
lugar que s las cumpliese. Esto ocurri en ambos casos: San Francisco fue trasladada al
lugar en que hoy se halla dentro del territorio de Quito, el 6 de diciembre de 1534 y
mantuvo as el topnimo.
Santiago, fue trasladada a la Costa para facilitar la logstica requerida para la conquista
del norte quiteo, pues, Paita quedaba muy distante. Benalczar, autorizado por
Pizarro remont el Guayas, y la asent en un lugar cercano a la boca del ro Yaguachi
sobre el ro Amay (Babahoyo), y se la conoci como Santiago de Amay (1535).
Saltada e incendiada por los bravos Chonos se mud a la culata del ro con el nombre de
Santiago de la Culata (1536). Nuevamente asolada, esta vez por la alianza de Chonos y
Punes, escap a otro lugar y fue reconocida como Santiago de la Nueva Castilla (1537).
En recurrencia trgica se refugi entre los huancavilcas que eran gente de paz (1542),
pero nuevamente debieron huir, esta vez a la vera de un pueblo indgena llamado
Guayaquile (1543). En el acta del cabildo celebrado el 24 de julio de 1781, el
Ayuntamiento dispone que el 25, da de la fiesta del Apstol Santiago, tambin deba
solemnizarse con el paseo del Real Estandarte, en memoria de la conquista de la ciudad
y su provincia.