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Dominicos: La Orden de Predicadores fue la primera en llegar al Per con fray Vicente
Valverde en 1532. Su primer convento lo construy sobre el templo inca del Coricancha,
(Cuzco); fund en Lima la Universidad de San Marcos (1551), e implement inicialmente el
tribunal de la Santa Inquisicin. Destac por su defensa de las poblaciones andinas, siguiendo
la lucha del fraile dominico Bartolom de las Casas, y por su gran labor de adoctrinamiento de
las poblaciones indgenas (fray Domingo de Santo Toms fue la primera persona en estudiar el
quechua).
Mercedarios: Explot bienes inmuebles incursionando en las haciendas y otro tipo de negocios
(repartimientos, encomiendas). Logr controlar la Santa Inquisicin desde mediados del siglo
XVIII.
Jesuitas: La Compaa de Jess lleg al Per en 1568, como una organizacin moderna y
poderosa, al servicio de la Contrarreforma, es decir, a la lucha contra los protestantes
europeos. Con ese antecedente, tuvo gran empuje en su labor misional en el Per, asumiendo
con gran xito la administracin de haciendas y fundando multitud de colegios (tambin
incursionaron en el estudio del quechua, adems del aymara). Con los aos, esta labor adquiri
gran prestigio e influencia en los mbitos polticos, culturales y econmicos locales. Los jesuitas
fueron expulsados por Espaa y sus colonias por orden de Carlos III (1768), preocupado por el
poder que ejercan y las posiciones sobre las libertades polticas que dejaban entrever. Esto
constituy un rudo golpe para la cultura y economa del virreinato.
Proceso de evangelizacin
La evangelizacin se dio de manera paulatina a medida que llegaban las rdenes religiosas,
pero tambin con cierto desorden pues la dispersin de los misioneros impeda una eficaz labor
centralizada. Las primeras acciones importantes de evangelizacin empezaron despus del
primer Concilio Limense en 1551. La primera medida a tomar fue el bautizo de indgenas, que
en el acto deban abandonar las prcticas autctonas y todas las formas que iban contra las
leyes eclesisticas y contradecan los mandamientos catlicos.
En el segundo Concilio Limense (1567-1568) se retoma la idea de destruir las huacas y de
colocar en su lugar cruces o levantar una iglesia o ermita en caso que la huaca haya sido un
importante lugar de culto. A este proceso se le denomin extirpacin de idolatras
Santidad en el Virreinato
En el Per hubo mayor cantidad de santos y siervos de Dios que en todos los virreinatos
espaoles. La mayora apareci entre 1570 y 1660, muchos de ellos coexistiendo en la
sociedad limea, tal como fue el caso de San Martn de Porres, San Juan Masas, Santo
Toribio de Mogrovejo, San Francisco Solano y, muy especialmente, Isabel Flores de Oliva,
canonizada con el nombre de Santa Rosa de Lima, patrona de Amrica y las islas Filipinas.
La Inquisicin en el Virreinato
La misin de la Inquisicin no era otra que combatir a los herejes. En este sentido, sus
atribuciones eran las mismas que el tribunal inquisitorial de Espaa. Se buscaba, con esto,
preservar la fe catlica. En un comienzo, su accin no tena alcance sobre los indgenas;
puesto que solo se condenaba hereja, pero pronto las atribuciones de esta institucin se
ampliaron al seguimiento de causas por blasfemia, poligamia, hechicera, idolatra, etc.,
comprendiendo dentro de sus alcances al pueblo nativo. La jurisdiccin de la Inquisicin
Limea se extenda hasta las audiencias de Charcas, Chile y Quito.