Guia Qca Estructural

Quı́mica Estructural: Componente
Computacional
Andrés Reyes
Grupo de Quı́mica Cuántica y Computacional
Universidad Nacional de Colombia
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Bienvenida
Avances teóricos y computacionales han permitido que la quı́mica computacional gane cada
dı́a una mayor importancia en las ciencias moleculares. Los adelantos son tales, que hoy es
posible simular y predecir, en un computador personal y usando software libre, fenómenos y
propiedades moleculares con una buena precisión y en tiempos de computo razonables.
En este modulo del curso de Quı́mica Estructural de la carrera de quı́mica de la Universidad
Nacional se hará una breve introducción al uso de software de quı́mica cuántica para el estudio
de fenómenos y propiedades moleculares.
Cada capı́tulo de este manual contendrá apartes del material que será discutido en cada una
de las sesiones computacionales (7 en total). Al final de cada capı́tulo ustedes encontrarán una
serie de ejercicios que ustedes deberán desarrollar en su tiempo de estudio autónomo.
Se recomienda leer el capı́tulo correspondiente a cada clase con anterioridad y realizar los
ejercicios una vez finalizada la sesión.
Para poder seguir este manual en casa usted precisará correr una versión de Linux en su
computador la cual contenga los paquetes Molden, Gabedit y Gamess. Una versión virtual de
Linux la podran correr utilizando un liveCD o liveUSB.
Al finalizar este módulo, ustedes serán capaces de simular y predecir fenómenos y propiedades
moleculares a través de cálculos computacionales.
Se espera que las herramientas aprendidas en este curso le sean útiles en otros cursos de la
carrera o en su quehacer investigativo.
Este manual irá creciendo y mejorando a medida que avancemos en el semestre. La versión
mas actualizada la podrán encontrar en el siguiente link:
https://www.overleaf.com/read/spqwrrwzzwzx
Este manual estará siempre en versión beta ası́ que todos los comentarios y sugerencias serán
bienvenidos. Ahora si, manos a la obra!
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Preámbulo:
Quı́mica Computacional (Wikipedia)
La quı́mica computacional es una rama de la quı́mica que utiliza computadores para ayudar
a resolver problemas quı́micos. Utiliza los resultados de la quı́mica teórica, incorporados en algún
software para calcular las estructuras y las propiedades de moléculas y cuerpos sólidos. Mientras
sus resultados normalmente complementan la información obtenida en experimentos quı́micos,
pueden, en algunos casos, predecir fenómenos quı́micos no observados a la fecha. La quı́mica
computacional es ampliamente utilizada en el diseño de nuevos medicamentos y materiales.
Ejemplos de propiedades y estructuras (i.e. la posición esperada de átomos constituyentes)
pueden ser la energı́a absoluta y relativa, distribución de carga electrónica, dipolo eléctrico y
momentos multipolares superiores, frecuencias vibratorias, reactividad u otras cantidades espec-
trales y secciones eficaces para la colisión con otras partı́culas.
Los métodos empleados cubren situaciones estáticas y dinámicas. En todos los casos, el
tiempo de cálculo aumenta rápidamente a medida que el tamaño del sistema estudiado crece.
este sistema puede ser una simple molécula, un grupo de éstas o un cuerpo sólido. Estos métodos,
por lo tanto, se basan en teorı́as que van desde la alta precisión, pero apropiados para pequeños
sistemas, a las buenas aproximaciones, pero apropiadas para grandes sistemas. Los métodos más
precisos son llamados métodos ab initio, los cuales están basados totalmente en la teorı́a de los
primeros principios. Los menos precisos son llamados empı́ricos o semi-empı́ricos, debido a que
son obtenidos de resultados experimentales, a menudo de átomos o moléculas relacionadas, se
usan en conjunto a la teorı́a.
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Introducción
Este manual le brinda las herramientas básicas necesarias para que se inicie en el trabajo
en este campo. Cada capı́tulo presenta una breve introducción seguido por los contenidos y una
sección de ejercicios. Se recomienda que la lectura del manual sea de tipo teórico-práctica ya
que los ejemplos de la lectura son en sı́ ejercicios que le ayudarán a ganar tiempo y destreza en
las actividades realizadas en clase.
Si usted es una persona con experiencia en el sistema operativo linux podrá ir directamente
al capı́tulo 2 que trata sobre el editor de Macros Emacs, o al capı́tulo 3 que presenta un manual
de un programa de quı́mica computacional llamado Molden y del cual hay poca información
condensada en la red.
Por último es necesario aclarar que ningún capı́tulo del manual es un curso completo del tema
que se aborde, por lo tanto se sugiere que luego de haber leido y haber realizado los ejerci-
cios propuestos consulte la bibliografı́a para una exploración más profunda y de igual manera
práctica de los contenidos.
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ÍNDICE GENERAL ix
Índice general
1. Conociendo a MOLDEN, GABEDIT 1

1.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
2. Conociendo a GAMESS 3
2.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
3. Simetrı́a y un poco mas 5

3.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
4. Modos normales de vibración y espectros IR 7

4.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
5. Superficies de energı́a potencial 9

5.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
6. Termoquı́mica, energı́a de atomización, potencial ionización, afinidad electróni-

ca y afinidad protónica 11
6.1. INPUTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
6.2. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
7. Estado de transición y coordenada de reacción 15
8. Propiedades fı́sicas y quı́micas 21

8.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
9. Espectros UV-VIS 23
9.1. Tarea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
10.Apendice 1: Como usar UBUNTU en computador con sistema operativo

WINDOWS 25
x ÍNDICE GENERAL
11.Apendice 2: Tutorial de Linux 27

11.1. Software Libre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
11.2. Linux y sus distribuciones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
11.3. Ventajas e inconvenientes de Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
11.4. Comándos Básicos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
11.4.1. Navegando a través del sistema de archivos . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
11.5. Descomprimiendo un archivo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
11.6. Comprimiendo un archivo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
11.7. Montando y Desmontando Unidades . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
11.8. Obteniendo información del sistema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
11.9. Tipos de Usuarios en Linux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
11.9.1. apt-get install . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
11.10.Cerrando sesión y Apagando su equipo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
11.11.Ejercicios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
12.Apendice 3: Editor de Macros EMACS 47

12.1. Orı́gen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
12.2. Primer vistazo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
12.3. Entrada de caracteres y comandos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
12.3.1. Ejecutar mandatos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
12.3.2. Cancelar o deshacer un mandato . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
12.4. Los Modos[4] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
12.4.1. Modos Mayores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
12.4.2. Modos Menores . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
12.4.3. Listado de algunos Modos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
12.4.4. Activación y desactivación de los Modos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
12.5. ¡¡¡Ayuda!!! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
12.6. Editor de texto plano . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
12.6.1. Abrir y guardar un documento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
12.6.2. Moverse por un documento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
12.6.3. Seleccionar, Copiar, Cortar y Pegar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
12.6.4. Buscar y reemplazar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
12.6.5. Creación sencilla de macros de teclado . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
12.6.6. Saliendo de Emacs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
12.7. Terminal en Emacs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
12.8. Configurando emacs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
12.8.1. Ejemplo: Cambiando colores y tipo de letra . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
12.9. Ejercicios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
ÍNDICE GENERAL xi
13.Apendice 4: Manual de Molden en Linux 67

13.1. Descarga de Molden para Debian . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
13.2. Ejecución de Molden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
13.3. Creando una molécula en Molden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
13.4. Editor de matrices Z . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
13.5. Visualizando una Optimización de Geometrı́a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
13.6. Visualización de Espectros IR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
13.7. Optimización de pequeñas moléculas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
13.8. Density/Orbital Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
13.8.1. Graficando Orbitales Moleculares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
13.8.2. Superficies de Potencial electrostático . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
13.9. Proteı́nas con Molden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
13.9.1. Visualizando Proteı́nas con Molden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Apendice 5: Manual de gabedit 99

xii ÍNDICE GENERAL
1
Capı́tulo 1
Conociendo a MOLDEN, GABEDIT
En esta práctica aprenderemos los fundamentos básicos de los programas MOLDEN, GA-
BEDIT y GAMESS:
1. MOLDEN[1]: Es un paquete para mostrar densidades moleculares de paquetes ab-initio
tales como: GAMESS-UK , GAMESS-US y GAUSSIAN y semi-empı́ricos como: Mo-
pac/Ampac.
Hoy aprenderemos a:
a) Dibujar moléculas: H2 , NaH, H2 O, CHCH, CHFCHF (cis − trans)

b) Escribir una geometrı́a en términos de la matriz Z:
distancias, ángulos, ángulos diedros
c) Producir cambios de ángulos y distancias: HOOH
d ) Cambiar átomos por fragmentos: H-OH → ph-OH
e) Generar archivos de coordenadas cartesianas y matriz Z
2. Gabedit[2]: Interfaz gráfica a programas de quı́mica computacional como Gamess-US,

Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca, PCGamess y Q-Chem.
a) Dibujar moléculas: H2 , LiH, H2 O, CHCH, CHClCHCl (cis − trans)

b) Producir cambios de ángulos y distancias: HOOH
1.1. Tarea
MOLDEN:
• Construir molécula de benceno paso a paso utilizando la matriz Z. Asegurarse que

quede simetrica.
• Construir molécula de etano eclipsada y escalonada
2 Conociendo a MOLDEN, GABEDIT
3
Capı́tulo 2
Conociendo a GAMESS
Los primeros cálculos cuánticos los realizaremos a un nivel de teorı́a Hartree-Fock (HF).
Usaremos los métodos RHF (restricted HF) para sistemas de capa cerrada o ROHF (restricted
open shell HF) para sistemas de capa abierta. Los orbitales moleculares los representaremos en
términos de la base mı́nima electrónica STO-6G. Tanto el nivel de teorı́a como la base electróni-
ca no adecuados para obtener resultados cercanos a los experimentales. Sin embargo, su uso se
justifica bien ya que esta combinación permite un análisis simple de los resultados.
En esta práctica aprenderemos a:
1. Generar un archivo de input de Gamess:
átomos C, O, N en singlete y triplete

Moléculas N2 y O2 (singlete, triplete), CO
2. Correr en GAMESS cálculos de punto sencillo (ENERGY) para los atomos y de optimi-
zación de geometrı́a (OPTIMIZE) para las moléculas.
3. Analizar resultados:
INTERNUCLEAR DISTANCES, ATOMIC BASIS SET, CONTRL OPTIONS, RHF

SCF CALCULATION, EIGENVECTORS
4. Determinar cual multiplicidad hace a los átomos y moléculas mas estables (bajos en
energı́a)
2.1. Tarea
Construir diagramas de orbitales moleculares: CO
Crear función de onda molecular a partir OUTPUT para CO

4 Conociendo a GAMESS
Calcular energı́as de enlace de N2 singlete, CO, O2 (singlete, triplete).
Que es mas estable energéticamente cis o trans 1,2 difluoro eteno?

5
Capı́tulo 3
Simetrı́a y un poco mas
Aprendamos un poco mas de un cálculo de GAMESS:
1. Calcular potencial de ionización y afinidad electrónica de C, O, N
2. Análizar las partes del output de GAMESS para las moléculas N2 , O2 (triplete), CO: MU-
LLIKEN AND LOWDIN POPULATION ANALYSES, BOND ORDER AND VALENCE
ANALYSIS, ELECTROSTATIC MOMENTS
Aprendamos a utilizar la simetrı́a en cálculos:
1. Generaremos archivos de input de Gamess que incluyan simetrı́a: N2 singlete, C2 H2 , C2 H4 ,

C 6 H6 , H 2 O
2. Analizaremos la simetrı́a de los orbitales resultantes (mirar tabla caracteres en http://www.webqc.org)
Guia de GAMESS para trabajar con simetrı́a:
The ’master frame’ is just a standard orientation for the molecule. By default, the ’master
frame’ assumes that
1. z is the principal rotation axis (if any),

2. x is a perpendicular two-fold axis (if any),
3. xz is the σv plane (if any), and
4. xy is the σh plane (if any).
Use the lowest number rule that applies to your molecule.
Some examples of these rules:
• Ammonia (C3v ): the unique H lies in the XZ plane (R1,R3).

• Ethane (D3d ): the unique H lies in the Y Z plane (R1,R2).
6 Simetrı́a y un poco mas
• Methane (Td ): the H lies in the XY Z direction (R2). Since there is more than one
3-fold, R1 does not apply.
• HP=O (Cs ): the mirror plane is the XY plane (R4).
In general, it is a poor idea to try to reorient the molecule. Certain sections of the program,
such as the orbital symmetry assignment, do not know how to deal with cases where the
’master frame’ has been changed.
Linear molecules (C4v or D4h ) must lie along the z axis, so do not try to reorient linear
molecules.
You can use EXETYP=CHECK to quickly find what atoms are generated, and in what
order. This is typically necessary in order to use the general $ZMAT coordinates.
OA OM
s a1
pz a1
py b2
px b1
1sA + 1sB a1
1sA − 1sB b2
3.1. Tarea
Orden de enlace:
• Construya diagramas de orbital molecular para B2 , C2 , N2 , O2 , F2 y Ne2

• Calcule orden de enlace para cada uno de ellos
• Que deberı́a hacer para aumentar orden de enlace: quitar o poner electrones?
• Al aumentar orden de enlace que deberı́a esperar: mayores o menores energı́as de
enlaces, mayores o menores distancias?
• Realice cálculos para comprobar sus predicciones
Construir con simetrı́a etano eclipsado y escalonado

7
Capı́tulo 4
Modos normales de vibración y

espectros IR
En esta práctica aprenderemos a obtener los modos normales de vibración (sin y con simetrı́a)
y a predecir un espectro IR.
1. Optimizaremos la geometrı́a de la molécula H2 O(C2v ) sin y con simetrı́a utilizando la base

6-31G:
2. Utilizaremos las geometrı́as optimizadas para realizar un cálculo HESSIAN
3. Analizaremos partes del output
4. Analizaremos los modos normales de vibración
5. Visualizaremos los modos normales de vibración en GABEDIT
6. Visualizaremos el espectro infrarrojo
7. Realizaremos la corrección (factor de corrección http://cccbdb.nist.gov/vibscalejustx.asp)

[Factor Scaled (by 0.903) RHF/6-31G]
8. Compararemos con resultados experimentales

8 Modos normales de vibración y espectros IR
4.1. Tarea
1. Calcular vibraciones del etano, eteno y etino?
2. Calcular las frecuencias vibracionales del estiramiento C-C?
3. Que puede relacionar la frecuencia con el orden de enlace?

9
Capı́tulo 5
Superficies de energı́a potencial
Congelar coordenadas es muy útil para obtener información de varios procesos y propiedades
en quı́mica. En esta práctica aprenderemos realizar cálculos congelando coordenadas.
Molécula de agua
1. Dibujar molécula de agua en MOLDEN y copiar coordenadas Z

2. Pegar coordenadas en input de GAMESS
3. Optimizar geometrı́a congelando el ángulo a distintos valores
4. Graficar energı́a vs ángulo
5. Calcular constante de fuerza de bending
Molécula H-O-O-H (peróxido de hidrógeno)
1. Calcular barrera rotacional

2. Comparar barrera con energı́a a temperatura ambiente
3. Decidir si hay rotación libre a temperatura ambiente
$SYSTEM MWORDS=20 SCFTYP=RHF ICHARG=0 MULT=1 $END

$CONTRL RUNTYP=Optimize coord=zmt nzvar=3 $END
$STATPT IFREEZ(1)=3 OptTol=1e-5 NStep=500 $END
$BASIS GBASIS=n31 NGAUSS=6 $END
$data
title
C1
O
H 1 1.0
H 1 1.0 2 110.0
$END
10 Superficies de energı́a potencial
5.1. Tarea
1. Calcular diagrama de Walsh para molécula de agua
2. Rotación del etano y eteno
a) Calcular barrera rotacional etano

b) Calcular barrera rotacional eteno
c) Decifrar la naturaleza de las diferencias de energı́a de las barreras
d ) Pueden rotar libremente etano y eteno a temperatura ambiente
11
Capı́tulo 6
Termoquı́mica, energı́a de
atomización, potencial ionización,
afinidad electrónica y afinidad
protónica
Estudiaremos estas importantes propiedades. Todos los cálculos los realizaremos al nivel de
teorı́a B3LYP/6-31G(d) (corrección ZPE 0.9804)
La energı́a de atomización (EA) se define como diferencia de energı́a entre la molécula y sus
componentes atómicos. Por ejemplo, la EA de PH2 se puede calcular ası́
EA = EP + 2EH − EPH2 . (6.1)
Valor experimental 144.7 kcal mol−1
La afinidad electrónica (AE) se define como la energı́a liberada cuando un electrón se une a
una molécula neutra. En el caso de la molécula de PH2 tenemos
AE = EPH− − EPH2 (6.2)

2
Valor experimental 29.06 kcal mol−1 .
El potencial de ionización (PI) es la energı́a necesaria para separar un electrón de un átomo o

molécula. En el caso de la molécula de PH2 tenemos.
P I = EPH2 − EPH+ (6.3)

2

Termoquı́mica, energı́a de atomización, potencial ionización, afinidad electrónica y
12 afinidad protónica
La afinidad protónica (AP) se define como la energı́a liberada cuando un protón se adiciona
a un sistema. En el caso de PH2 tenemos.
P I = EPH2 − EPH+ (6.4)

3
6.1. INPUTS
Input para cálculo de geometrı́a optimizada
$CONTRL RUNTYP=Optimize $END

$CONTRL SCFTYP=ROHF $END
$DFT DFTTYP=B3LYP $END
$CONTRL ICHARG=0 MULT=2 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
$BASIS NDFUNC=1 $END
$DATA
Molecule specification
C1
P 15.000000 -0.126724 0.000000 -0.000000
H 1.000000 0.848512 0.000000 1.054123
H 1.000000 0.848512 -0.000000 -1.054123
$END
Input para ćalculo de energı́a de punto cero
$CONTRL RUNTYP=hessian $END

$FORCE METHOD=SEMINUM $end
$CONTRL SCFTYP=ROHF $END
$DFT DFTTYP=B3LYP $END
$CONTRL ICHARG=0 MULT=2 $END
$DATA
Molecule specification
C1
P 15.0 -0.1414257151 0.0000000000 0.0000000673
H 1.0 0.8558628240 0.0000000000 1.0260575313
H 1.0 0.8558628912 -0.0000000000 -1.0260575992
$END
6.2 Tarea 13
6.2. Tarea
1. Realizar los mismos calculos que realizamos en esta practica para la molecula de agua.
valores experimentales en kcal mol−1 : EA(219.3), AE(42.2), PI(291.0), AP(164.5)
2. El catión litio es solvatado por agua. Vamos a realizar la microsolvatación secuencial del
ion con moléculas de agua, Li+ (H2 O)n con n=1-6.
Calcular las geometrı́as optimizadas de los sistemas Li+ (H2 O)n con n=1-6. Asegurarse
que obtuvieron las conformaciones de menor energı́a (energı́a mas negativa).
Cuantas moléculas de agua son necesarias para completar la primera capa de solva-
tación
Calcular la energı́a de formación total (∆E = ELi+ (H2 O)n −ELi+ −nEH2 O ) y secuencial
(∆E(n → n + 1) = ELi+ (H2 O)n + EH2 O − ELi+ (H2 O)n+1 )
Alguna explicación al orden de estas energı́as?
Termoquı́mica, energı́a de atomización, potencial ionización, afinidad electrónica y
14 afinidad protónica
15
Capı́tulo 7
Estado de transición y coordenada

de reacción
16 Estado de transición y coordenada de reacción
Cálculo del estado de transición (TS) y de la coordenada intrínseca de reacción para el sistema
F- + CH3Cl → Cl- + CH3F
El esquema general es el siguiente:

1. Construir la geometría de la estructura (F

-
+ CH3Cl)
2. Optimizar la geometría congelando la distancia internuclear entre los átomos F y C a 2,0 Å.
La distancia de 2.0 Å entre los átomos F y C se restringe usando
$CONTRL NZVAR=1 $END

$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. NONVDW(1)=1,6 $END
$ZMAT IFZMAT(1)=1,1,6 FVALUE(1)=2.0 $END
Donde se hace uso de las ‘coordenadas internas deslocalizadas (DLC)’. NZVAR=1 le indica a GAMESS
que utilice coordenadas internas, y DLC y AUTO le indican que genere automáticamente coordenadas
internas deslocalizadas. IFZMAT(1)=1,1,6 define la distancia (el primer “1” implica que se congela una
distancia) entre los átomos en las posiciones 1 y 6 a un valor de FVALUE(1)=2.0. La implementación DLC
en GAMESS únicamente funciona para enlaces covalentes, por lo que es necesario especificar en el input
que se está trabajando con enlaces no covalentes (C-F) usando la palabra clave NONVDW(1)=1,6.
Nota: Asegúrese de usar la carga y multiplicidad adecuada)
Archivo de entrada de GAMESS TS-opt.inp:

$SYSTEM MWORDS=200 $END
$CONTRL RUNTYP=Optimize DFTTYP=B3LYP $END
$STATPT OptTol=1e-5 NStep=500 $END
$CONTRL SCFTYP=RHF $END
$CONTRL MAXIT=200 $END
$CONTRL ICHARG=-1 MULT=1 $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
17
$CONTRL NZVAR=1 $END
$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. NONVDW(1)=1,6 $END
$ZMAT IFZMAT(1)=1,1,6 FVALUE(1)=2.0 $END
$DATA
Optimization
C1
C 6 -6.684719 0.050485 -12.054110
H 1 -7.381818 -0.433155 -12.872759
H 1 -6.749054 1.225488 -12.126699
Cl 17 -5.583921 -0.371723 -12.049089
H 1 -7.090343 -0.271225 -10.994859
F 9 -8.552061 0.766698 -12.062628
$END
3. Calcular las frecuencias de la geometría optimizada para verificar que exista una única
frecuencia imaginaria.
Una vez se ha verificado que se tiene una geometría optimizada con una distancia internuclear C-F de 2,0
Å se procede a realizar un cálculo de frecuencias. Para ello se hace un cálculo de punto sencillo donde se
utiliza en el input la palabra clave RUNTYP=HESSIAN
Archivo de entrada de GAMESS TS-freq.inp:

$CONTRL RUNTYP=HESSIAN DFTTYP=B3LYP $END
$STATPT OptTol=1e-5 NStep=500 $END
$DATA
Frequences
C1
C 6 xyz
H 1 xyz
H 1 xyz
Cl 17 x y z
H 1 xyz
F 9 xyz
$END
4. Si existe una única frecuencia imaginaria, use esa geometría y la información de las
frecuencias como punto inicial para un cálculo de búsqueda de estado de transición.
La información de las frecuencias contenida en el grupo $HESS, que se encuentra al final del archivo
TS-freq.dat que se genera a partir del cálculo de frecuencias, debe ser transferida al archivo de entrada de
búsqueda de estado de transición (RUNTYP=SADPOINT). Para que GAMESS lea esa información se usa
la palabra clave HESS=READ en el grupo $STAPT, y adicionalmente se usa HSSEND=.T. para que se
calculen las frecuencias al final de la optimización.
$STAPT OPTTOL=0.0005 NSTEP=50 HESS=READ IHREP=5 HSSEND=T $END
IHREP=5 indica que las frecuencias se recalculan cada 5 pasos.
Archivo de entrada de GAMESS TS.inp:

$CONTRL RUNTYP=SADPOINT DFTTYP=B3LYP $END
$STAPT OPTTOL=0.0005 NSTEP=500 HESS=READ IHREP=5 HSSEND=T $END
$DATA
Transition state
C1
C 6 xyz
H 1 xyz
H 1 xyz
Cl 17 x y z
H 1 xyz
F 9 xyz
$END
$HESS
-----
$END
5. Cálculo de IRC
Para calcular el camino de reacción se debe usar la geometría obtenida en el cálculo de estado de
transición (paso 4). En el input se debe especificar el tipo de cálculo como RUNTYP=IRC. Adicionalmente,
se usan las palabras clave
$IRC SADDLE=.T. TSENERGY=.T. FORWRD=T. NPOINT=200 STRIDE=0.2 OPTTOL=0.0005 $END
SADDLE=.T. le indica a GAMESS que las coordenadas en $DATA corresponden a la geometría del estado
de transición previamente localizado. FORWRD=.T. Indica que se calculará la parte del IRC desde el TS
hasta los productos; para calcular la parte hacia los reactivos se utiliza FORWRD=.F. En este caso también
se debe incluir en el archivo de entrada el grupo $HESS que se obtiene del cálculo de estado de transición
TS.dat.
19
Archivo de entrada de GAMESS IRC-F.inp:

$CONTRL RUNTYP=IRC DFTTYP=B3LYP $END
$IRC SADDLE=.TRUE. TSENGY=.TRUE.
FORWRD=.T. NPOINT=200 EVIB=0.0005 STRIDE=0.1 $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=300 HESS=READ $END
$FORCE METHOD=SEMINUM VIBANL=.TRUE. $END
$DATA
IRC Forward
C1
C 6 xyz
H 1 xyz
H 1 xyz
Cl 17 x y z
H 1 xyz
F 9 xyz
$END
$HESS
-----
$END
21
Capı́tulo 8
Propiedades fı́sicas y quı́micas
Calcularemos una serie de propiedades fı́sicas y quı́micas que son normalmente usadas por
los cientı́ficos moleculares para entender y predecir el comportamiento de la materia.
1. Energı́a de enlace: Rompimiento homolı́tico y heterolı́tico
Calcular las energı́as del sistema unido y las de sus partes
2. Acidez y basicidad tipo Arrhenius
Calcular la energia de enlace del hidrógeno en sistemas CXn H3−n COOH, con X = F
Calcular la energı́a de enlace del hidrógeno en sistemas Xn H3−n NH+ , con X = F
3. Energı́a de puente de hidrógeno: hay muchos tipos de puentes de hidrógeno, analizaremos

algunos
HF· · · HF
HF· · · HCl o HCl· · · HF, alguna idea cual es mas bajo en energı́a. Por que?
Puentes simétricos: [F· · · H· · · F]− , H2 O· · · H+ · · · OH2
4. Efecto inductivo
Analizaremos efectos de la sustitución en cargas sobre N de sistemas Xn H3−n N, con

X=F
8.1. Tarea
Analice la acidez de los protones de los siguientes sistemas en términos de la energı́a de
enlace de hidrógeno: CH3 CH2 −H, CH2 −CH−H, CH− −C−H CH3 CH2 NH−H, CH3 CH2 O−H,
CH3 COO−H, PhO−H
22 Propiedades fı́sicas y quı́micas
23
Capı́tulo 9
Espectros UV-VIS
Intentaremos simular un espectro UV-VIS. Este cálculo es realmente complicado. Nosotros

realizaremos los primeros pasos de bebe.
Molécula de formaldehido
1. Optimizar la geometrı́a del sistema

2. Pegar coordenadas en input de GAMESS
3. Modificar el input para realizar el cálculo del espectro
4. Graficar espectro
5. Realizar el mismo ejercicio imponiendo la simetrı́a c2v.
Molécula benceno
1. Seguir los pasos 1-4 del cálculo del formaldehido

2. Realizar cálculos imponiendo simetrı́a d6h
Efecto batocrómico (eteno y 1,3 butadieno)
1. Seguir los pasos 1-4 del cálculo del formaldehido para cada sistema
2. Determinar si hubo o no el efecto
9.1. Tarea
1. Calcular espectro de molécula. Luego realizar una sustitución que produzca efecto hip-
socrómico. Comprobar si los cálculos reproducen este efecto.
Cálculos de espectro, mirar en la siguiente página ayuda de keywords del input

24 Espectros UV-VIS
$contrl scftyp=rhf dfttyp=pbe0 tddft=excite

runtyp=gradient $end
$system timlim=4 $end
$tddft nstate=10 mult=1 iroot=1 $end
$guess guess=huckel $end
$basis gbasis=N31 ngauss=6 diffsp=.T. $end
$system mwords=50 $end
! $contrl exetyp=check $end
25
Capı́tulo 10
Apendice 1: Como usar UBUNTU

en computador con sistema
operativo WINDOWS
Autor: Ismael Ortiz, MSc

En este documento se presentan unas instrucciones generales para poder iniciar un compu-
tador con Windows 8 preinstalado, desde una memoria USB o desde un DVD, tal y como debe
hacerse para el curso de Quı́mica Computacional. Las instrucciones presentadas me han funcio-
nado anteriormente, aunque no en todas las marcas de computadores se hace exactamente de la
misma forma.
El procedimiento consiste en desactivar el secure boot que tienen los computadores con
Windows 8 preinstalado. El procedimiento es general, pero hago énfasis en que podrı́a cambiar
levemente de una marca a otra. Para algunos equipos marca Lenovo, se hace una aclaración al
final del documento.
1. En la esquina superior derecha en Windows 8, hacer click en Configuración, luego en

Cambiar configuración del PC
2. Luego, click en Uso general, posteriormente Inicio avanzado, y luego en Reiniciar
ahora
3. Después, click en solucionar problemas
4. Ahora, click en Opciones avanzadas
5. Luego en Opciones de UEFI
6. Finalmente click en Reiniciar
IMPORTANTE: El ingreso a la UEFI puede ser diferente para cada marca y modelo
de computador, por lo que debe consultar en internet cómo se puede ingresar, sin embargo, se
Apendice 1: Como usar UBUNTU en computador con sistema operativo
26 WINDOWS
adelanta que generalmente es F12, F10, F9, F2, Supr, Esc o Enter. Generalmente esta información
sale por unos segundos en la pantalla al encender el computador, ası́ que pueden estar pendientes.
Otra opción es buscar en google como acceder a la UEFI en su marca y modelo de computador.
Una vez en el setup de UEFI, se busca el Secure boot (generalmente en Security o en
Boot), y ahı́ debe desactivarse el Secure boot.
Por último, se guarda la configuración de UEFI (generalmente con F10) para que (en principio)
de ahora en adelante se pueda ingresar desde la USB o DVD live de linux.
Nota sobre algunos computadores Lenovo: Algunas referencias de esta marca tienen
un botón para activar o desactivar el Secure boot, por lo que si es su caso, debe buscar en el
manual del equipo como usar este botón.
Si tiene algún inconveniente con el arranque de la USB o DVD desde su computador, por
favor escrı́bame, tratando de darme la mayor cantidad de detalles.
27
Capı́tulo 11
Apendice 2: Tutorial de Linux
Autores: Nestor Aguı́rre 1 , Matheus Rodrı́guez 2
En el campo de quı́mica cuántica y computacional, la simulación o cálculo de propiedades

de un sistema molecular se hace necesario el uso de una gran capacidad de cómputo y por lo
tanto requiere un sistema operativo flexible y totalmente manipulable, para obtener el máximo
de su capacidad. Entorno a esta idea, históricamente la gran mayorı́a de aplicaciones cientı́ficas
orientadas a modelamiento de sistemas moleculares se han desarrollado en sistemas basados en
Unix, como Linux, ... ese gran monstruo al que muchos le temen. Esta guı́a ha sido desarrollada
para que usted adquiera las habilidades básicas para desenvolverse en un ambiente linux cuando
solo dispone de una consola; vale la pena aclarar, que linux dispone de entornos gráficos bastante
fexibles que permitirı́an una analogı́a directa con Windows, pero el mensaje es ... ¡¡ El máximo
poder de linux está en la lı́nea de comandos !!
11.1. Software Libre

Antes de iniciar con linux debemos saber que esta basado en la filosofı́a de software libre
GNU que plantea las siguientes cuatro libertades:
La libertad de usar el programa, con cualquier propósito (libertad 0).

1
nfaguirrec@unal.edu.co
2
matrodriguezalv@unal.edu.co
28 Apendice 2: Tutorial de Linux
La libertad de estudiar el funcionamiento del programa, y adaptarlo a las necesidades

(libertad 1). El acceso al código fuente es un prerrequisito para esto.
La libertad de distribuir copias, con lo que puede ayudar a otros (libertad 2).
La libertad de mejorar el programa y hacer públicas las mejoras, de modo que toda la
comunidad se beneficie (libertad 3). De igual forma que la libertad 1 el acceso al código
fuente es un prerrequisito.
En resúmen el usuario con software libre podrá ejecutar, copiar, distribuir, estudiar, cambiar y
modificar el software. [1]
11.2. Linux y sus distribuciones

Linux es un sistema operativo gratuito y de libre distribución inspirado en el sistema Unix,
escrito por Linus Torvalds con la ayuda de miles de programadores en Internet [2].
Actualmente se encuentran una gran variedad de distribuciones de GNU/Linux, las cuales

difieren principalmente en su forma de administración y en su riqueza visual, pero siempre
en el fondo son el mismo sistema. En la figura 11.1 se puede observar a grandes rasgos las
distribuciones más populares hoy en dı́a en orden cronológico de aparición teniendo en cuenta
su descendientes directos.
Figura 11.1: Linea del tiempo

11.2 Linux y sus distribuciones 29
Según mi experiencia personal, si usted tiene un gran temor de usar GNU/linux pero al
menos le genera una cierta curiosidad puede usar las distribuciones Live CD como Knoppix [3];
las cuales no se necesitan instalar en un disco duro, tan solo se cargan en memoria RAM, por lo
tanto son excelentes ya que no va a modificar ni dañar su tan preciada instalación de Windows;
este método solo permitirá que usted se familiarice con el entorno GNU/linux y realice uno
que otro trabajo sencillo. Sin embargo, si usted ya ha decidido que linux es una buena razón
para trasnochar debe decidirse por una de las siguientes distribuciones que yo recomendarı́a:
Slackware, openSUSE, Debian o Ubuntu.
A continuación se presenta una breve descripción de las distribuciones linux recomendadas
anteriormente:
Slackware: es la distribución más limpia, en el sentido que posee los paquetes de software
necesarios, su instalación requiere desde 2 cds para un sistema usual, hasta 4 cds con
programas adicionales y experimentales que se pueden obtener de la red [4]. La interfaz
del programa de instalación es por texto, y necesita un mayor conocimiento de Linux
que las otras distribuciones. Esto puede ser una desventaja para usuarios principiantes,
pero no representa mayor dificultad para usuarios intermedios o avanzados. Es ideal si
usted no dispone de una conexión permanente a internet. El único inconveniente que
Slackware posee, corresponde al hecho que su configuración es bastante compleja, ya que
esencialmente está orientado a programadores, tanto ası́ que generalmente no se consigue
software en su formato de instalción nativo ( *.tgz ), por lo tanto practicamente todo
hay que compilarlo antes de instalarlo. Su administración es básicamente a través de la
lı́nea de comandos y edición de los archivos de configuración de cada paquete de software.
El valor agregado a esto es que usted obtendrá un sistema operativo con exactamente lo
que quiere, ¡¡¡ nada de procesos que desperdicien memoria o procesador !!!, un sistema
operativo exactamente a su medida y con absoluta estabilidad.
OpenSuse: Es la distribución más sencilla de instalar, administrar y usar, practicamen-

te todo se puede hacer con un click, además que gráficamente en muy vistoso. Posee un
paquete de software para su administación supremamente avanzado conocido como Yast,
desde el cual se puede configurar todo; desde la imagen de fondo de escritorio, hasta la
administración de un servidor web. Es ideal si usted no dispone de una conexión perma-
nente a internet, pues posee una gran cantidad de paquetes en los cds de instalación. Su
desventaja radica en que el administrador practicamente pierde el control del sistema ( se
dañó Yast y se dañó SuSE ), además consume muchos recursos, es decir, que no funcio-
nará fluidamente en computadores con bajas capacidades. Su instalación requiere de 5 cds
para un sistema usual, hasta 7cds para uso de software propietario y manejo de múltiples
idiomas o 1 dvd que incluye los primeros 5 cds, que se pueden obtener de la red [5]. Su
instalación es bastante intuitiva pues está guiada a través de una vistosa interfáz gráfica
con menús de ayuda en el idioma que desee.
Debian: Debian GNU/Linux se encuentra en un nivel intermedio de complejidad. Es

distribuido en tres versiones:
Sarge: ( stable o estable ): es la versión establizada de Debian y es la recomendada

para un uso en producción o a nivel empresarial.
Etch: (testing o de pruebas ): es la versión de pruebas de Debian, posee paquetes que
han estado previamente en la versión inestable obviamente con muchos menos errores, es
la recomendada para un sistema de escritorio. De aquı́ saldrá la futura versión estable.
Sid ( unstable o inestable ): es la versión inestable de Debian y corresponde a la versión
que usan los desarrolladores del proyecto.
La distribución que yo le recomendarı́a es “etch”. Debian es perfecto cuando se dispone de

una conexión permanente a internet, ya que poseee un administrador de paquetes suprema-
mente avanzado, el cual entre muchas cosas más, revisará dependencias y hará cumplirlas
automáticamente al instalar un paquete y además lo configurará; esto es conocido como
apt. Ası́ apt le permitirá vivir eternamente de actualizaciones. Además es la distribución
que tiene mayor número de plataformas soportadas. Para instalarlo hay dos modalidades:
La modalidad usual, que corresponde a bajar todos los cds para su instalación; pero no es
una buena solución ya que solo para la versión estable son 14 cds 3 y para etch 22 cds 4 y
la instalación por red, que corresponde a bajar cerca de 100 Mb [6].
11.3. Ventajas e inconvenientes de Linux

Hay 3 ventajas fundamentales de Linux que juntas le dan una gran consideración:
Linux es muy robusto, estable y rápido: Ideal para servidores y aplicaciones dis-
tribuidas. A esto se añade que puede funcionar en máquinas de bjas capacidades: Linux
puede correr servicios en un procesador x86 a 200 MHz con calidad.
Linux es libre: Esto implica no sólo la gratuidad del software, sino también que Linux es
modificable y que Linux tiene una gran cantidad de aplicaciones libres en Internet. Todo
ello apoyado por la inmensa documentación de Linux que puede encontrarse en la Red.
Linux ya no está restringido a personas con grandes conocimientos de in-

formática: Los desarrolladores de Linux han hecho un gran esfuerzo por dotar al sistema
de asistentes de configuración y ayuda, además de un sistema gráfico muy potente. Dis-
tribuciones Linux como openSUSE tienen aplicaciones de configuración similares a las de
Windows.
Como inconvenientes de Linux encontramos:
Windows es incompatible con Linux: Este punto es difı́cil de explicar: no quiere decir
que no podamos tener instalados ambos Sistemas (que es relativamente fácil de hacer) Uno
3
http://cdimage.debian.org/debian-cd/current/i386/iso-cd/
4
http://cdimage.debian.org/cdimage/weekly-builds/i386/iso-cd/
11.4 Comándos Básicos 31
de los problemas es que desde Windows no podremos escribir en particiones Linux o que
desde Linux no podremos escribir (en sentido amplio) en particiones NTFS (Windows XP,
2000...) aunque esto último se está investigando.
En la mayorı́a de distribuciones Linux hay que conocer nuestro Hardware a la

hora de instalar. Sin embargo, distribuciones de Linux como Knoppix reconocen todo el
sistema al estilo de Windows. No sólo eso, en este sentido se está trabajando mucho por
hacer esta tarea simple.
11.4. Comándos Básicos

El tutorial se basa en una serie de ejemplos que recomendamos seguir secuencialmente para
que tengan sentido. En la definición de comandos los parámetros aparecerán en letra itálica; si
son opcionales estarán encerrados entre paréntesis angulares [parámetro] y si son excluyentes
aparecerán como ( parámetro 1 || parámetro 2 ), es decir se escribirá el parámetro 1 o el 2.
Una vez tenga instalado linux en su computador lo primero que va a observar es una lı́nea
que dice login:, allı́ usted deberá escribir su nombre de usuario, posteriormente el sistema le
solicitará la contraseña password:. Como usted fue el que instaló el sietema debe conocer esos
valores o se los proporcionarán en el grupo una vez se le habilite una cuenta. Si el computador
no inicia en entorno gráfico, luego de entrar como usuario deberá escribir startx en la consola
para entrar en dicho entorno.
Como todos los comandos básicos se dan a través de un interprete de comandos (también deno-
minado shell), es necesario que se familiarice con sus sı́mbolos y términos, pero antes que todo
debe saber como llegar a este intérprete, para ello usted debe dar la siguiente orden: ALT+F2, y
escribir una de las siguientes palabras: xterm, gnome-terminal o konsole, alguna de las anteriores
opciones debió haber funcionado para que usted se encuentre en una consola linux. Ahora se
desarrollará por partes los comandos básicos que le permitirán sobrevivir en un sistema opera-
tivo linux:
Para aprender a manejar la shell no es necesario aprenderse todos los comándos ni ser un
programador experto, por esto la consola nos ofrece una serie de ayudas como Autocompletado
y manuales:
Autocompletado: Es una opción que permitira ahorrar tiempo en escritura, y se accede

a ella a través de la tecla TAB. Es decir que si usted escribe las letras, por ejemplo ls y
posteriormente TAB+TAB, la shell le escribirá en pantalla todos los comandos o archivos que
comienzan por las letras “ls”, pero si es el único comando o archivo que existe comenzando
por “ls” con un solo TAB bastará y automáticamente se completatará.
$ ls <TAB+TAB>
ls lsdev.pl lsmod.modutils lspgpot

lsattr lshal lsof lsusb
lsdev lsmod lspci
$ ls /usr/share/awk/g <TAB>
$ ls /usr/share/awk/group.awk
Manuales: Manuales: Si usted no se acuerda especı́ficamente lo que hace un comando

o cómo debe usarlo, escriba anteponiendo al comando de interés el comando man, por
ejemplo para ver el manual del comando ls:
$ man ls
LS(1) User Commands
NAME
ls - list directory contents
SYNOPSIS
ls [OPTION]... [FILE]...
DESCRIPTION
List information about the FILEs (the current directory by default).
Sort entries alphabetically if none of -cftuvSUX nor --sort.
Mandatory arguments to long options are mandatory for short
options too.
-a, --all ...
AUTHOR
Written by Richard M. Stallman and David MacKenzie.
COPYRIGHT
Copyright c 2010 Free Software Foundation, Inc. License GPLv3+:
GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
SEE ALSO
The full documentation for ls is maintained as a Texinfo manual.
If the info and ls programs are properly installed at your site
the command info coreutils ’ls invocation’ should give you access
to the complete manual.
GNU coreutils 8.5 April 2010
11.4.1. Navegando a través del sistema de archivos

El sistema de archivos de Linux es muy similar a la estructura estándar del sistema de archi-
vos UNIX. El nivel superior está en el directorio principal, al que se le suele llamar directorio
raı́z ( o directorio raı́z del sistema o directorio root). Dentro de él hay una serie de carpetas que
tienen funcionalidades especı́ficas que no hacen parte de éste tutorial, excepto la carpeta /home,
dentro de la cual aparecerán los documentos de cada uno de los usuarios del sistema. Es por eso
que en lo que sigue aparecerá muchas veces el directorio /home/nestor el cual corresponde al
directorio HOME en mi computador, obviamente en su caso tendrá un valor diferente.
A continuacón le mostraremos una lista de comandos con su función y respectivo ejemplo.

Búsqueda de archivos
Examinando un archivo
11.5 Descomprimiendo un archivo 37
11.5. Descomprimiendo un archivo

Gran cantidad de software distribuido para linux y archivos de información general se en-
cuentran comprimidos, ası́ que es fundamental saber manejarlos. Los formatos mas comunes de
compresión són: .tar.gz, .zip y .rar, de los dos primeros se presentan ejemplos a continuación:
tar xzvf archivo.tar.gz Descomprime archivos en el formato *.tar.gz
unzip archivo.zip Descomprime archivos en el formato *.zip
De forma análoga se utiliza con unrar.

11.6 Comprimiendo un archivo 39
11.6. Comprimiendo un archivo

tar xzvf archivo.tar.gz carpeta-a-comprimir Comprime un conjunto de archivos o un
directorio en el formato *.tar.gz
unzip archivo.zip Comprime un conjunto de archivos o un directorio en el formato *.zip

11.7. Montando y Desmontando Unidades

Aunque en Windows y en algunas distribuciones Linux los dispositivos de almacenamiento
extraible son montados automáticamente, en todas las distribuciones estas unidades se pueden
montar de forma manual como se explicará enseguida. ¡¡¡¡¡¡¡ Advertencia !!!!!!!!: No extraiga el
dispositivo antes de ser desmontado.
Mount Directorio
Monta una unidad de almacenamiento. Si se omite el directorio, el comando mostrará las

unidades que en ese momento están montadas, ası́ podrá ver en el ejemplo que una vez es
montada la unidad de cdrom, se puede verificar que su montaje ha sido satisfactorio con
el comando mount ( sin parámetros ), donde aparecerá una lı́nea más correspondiente a
la lı́nea del cdrom.
La posición de las carpetas que representan las unidades de almacenamiento extraible,

dependen de la distribución linux que usted esté utilizando y del administrador, general-
mente se localizan en /media o el en el caso de Slackware en /mnt.
11.8 Obteniendo información del sistema 41
Umount Directorio
Desmonta una unidad de almacenamiento. En el ejemplo se desmonta la unidad de cdrom

y se verifica que realmente ha sido desmontada con el comando mount, para ası́ posterior-
mente expulsar el cd mediante el comando “eject” 5 .
11.8. Obteniendo información del sistema
5
Para que el procedimiento de desmontar la unidad tenga éxito, nadie puede estar usando el directorio de
montaje
11.9. Tipos de Usuarios en Linux

De forma general podemos clasificar en dos grandes grupos los usuarios de uno o varios
computadores con sistema operativo linux en dos grandes grupos. El primero de ellos es el usua-
rio común que no tiene permisos de instalación o modificación del sistema que se tenga instalado,
y el segundo grupo es el que se denomina root o de administración que cuenta con los permisos
para realizar las tareas acabadas de nombrar.
Todos los usuarios dentro de una consola linux aparecerán con el sı́mbolo $. Los administra-
dores o root son los únicos que luego de digitar en consola:
$ usuario@maquina: su
$ pass :
# root@maquina:
11.10 Cerrando sesión y Apagando su equipo 43
se diferenciarán de los usuarios comúnes por que luego de escribir el comando su, y la contra-
seña de root, les aparece en la shell el sı́mbolo # , el cual indica que ya cuentan con los permisos
para hacer instalaciones y cambios al sistema operativo instalado. En una red de cmputadores
como la del laboratorio por seguridad y orden no todos los usuarios cuentan con permisos de root.
Si se trata de su computador personal le recomendamos que sólo utilice sus poderes de ad-
ministrador o superusuario cuando requiera instalar o hacer modificaciones a su sistema, de lo
contrario podrı́a encontrarse con problemas de lectura, escritura o edición de archivos si emplea
dichos poderes en tareas cotidianas.
11.9.1. apt-get install

Hay varias formas de instalar programas en linux, sin embargo en esta sección solo abor-
daremos la más sencilla de todas cuando se cuenta con una distribución de linux “completa”.
Para ello debemos realizar dos pasos, el primero de ellos es buscar si el paquete que deseamos
descargar se puede descargar por consola, y el último paso es descargarlo. Para esto escribimos
en la shell:
$ usuario@mquina: apt-cache search nombre-del-paquete-a-buscar
Una vez haya encontrado el nombre del paquete deberá escribir lo siguiente en consola:
$ usuario@mquina: apt-get install nombre-del-paquete-buscado
Con suerte solo tendrá que dar enter y tendrá su programa instalado, durante el proceso se
pueden presentar inconvenientes de dependencias (es decir archivos que le faltan a su sistema
para poder instalar lo que le esta pidiendo), sin embargo estas suelen ser solucionadas instalando
dichas dependencias faltantes a través del mismo proceso que se acaba de exponer.
Toda la instalación de programas en linux no es tan sencilla (tampoco llega a ser tan difı́cil).
Para mayor información del tema consultar otros materiales exclusivos de linux 6 .
11.10. Cerrando sesión y Apagando su equipo

Simplemente escribiendo logout saldrá de su sesión. En la mayorı́a de distribuciones Linux,
un usuario normal no puede apagar o reiniciar el sistema, únicamente el root lo puede hacer,
ası́ que una vez ha entrado como root ...
shutdown -h now Apaga el sistema
shutdown -r now Reinicia el sistema ( también puede usar reboot, o init 0 para apagar e init
6 para reiniciar).
6
Por ejemplo buscando en la red manuales de supervivencia linux.
11.11. Ejercicios
Para realizar los ejercicios tenga a mano varias carpetas que incluyan archivos de diferentes
extensiones y tenga en cuenta que todo lo hará desde consola. Solo los dos últimos ejercicios
corresponden a temas que no se abordaron en el manual pero que le brindan una perspectiva de
todo lo que puede continuar aprendiendo sobre linux.
1. Copie las carpetas que haya traido consigo y péguelas dentro de la carpeta de usuario en
la ruta /home/usuario
2. Por medio de consola dirı́jase a la ruta /home/usuario y liste el contenido que tiene esta
carpeta. Luego de esto dirı́jase a una de las subcarpetas, copie cualquier archivo (por
ejemplo un .pdf) y péguelo en otra de las subcarpetas que ya tiene dentro de /home/usuario
3. Elimine el archivo que acaba de copiar.
4. Cree un directorio denominado prueba dentro de la ruta /home/usuario, copie y pegue

varios archivos a este directorio recién creado y por último elimine todo el contenido de
ese directorio con un solo comando.
5. Dirı́jase a la sección apt-get install léala de nuevo e instale los siguientes programas: wx-
macmolplt, qtiplot, pdftk, exaile. Explore sus manuales.
6. Averigüe la manera mediante la cual puede unir varios archivos .pdf en uno solo con pdftk,
de igual manera intente dividir en tres partes un archivo .pdf.
7. ¿Qué es un script en bash? ¿Para que sirve hacer scripts?, busque un ejemplo de un script
que le diga la fecha y hora en consola en bash. Dele permisos a su script de escritura,
lectura y ejecución.
BIBLIOGRAFÍA 45
Bibliografı́a
[1] http://www.gnu.org/home.es.html
[2] Garcı́a J., Aguinaga I., Aprenda Linux como si estuviera en primero, San Sebastian Enero
2000.
[3] http://www.knoppix.net
[4] http://slackware.mirrors.easynews.com/linux/slackware/slackware-11.0-iso/
[5] http://es.opensuse.org/Released-Version
[6] http://www.debian.org/devel/debian-installer/
46 BIBLIOGRAFÍA
47
Capı́tulo 12
Apendice 3: Editor de Macros

EMACS
Autor: Neftalı́ Forero Mejı́a 1
En este capı́tulo se presenta uno de los editores de texto de linux más poderosos, EMACS,
de sus siglas en inglés editor de macros. [1]
12.1. Orı́gen
El EMACS original significa Editor MACroS para el TECO. Fue escrito en 1975 por Ri-
chard Stallman junto con Guy Steele e inspirado por las ideas de TECMAC y TMACS, un
par de editores TECO-macro escritos por Guy Steele, Dave Moon, Richard Greenblatt, Charles
Frankston, y otros. Se han lanzado muchas versiones de EMACS hasta el momento, pero ac-
tualmente hay dos que son usadas comúnmente: GNU Emacs, iniciado por Richard Stallman en
1984, y XEmacs, un fork de GNU Emacs, que fue iniciado en 1991. Ambos usan una extensión
de lenguaje muy poderosa, Emacs Lisp, que permite manejar tareas distintas, desde escribir y
1
sagenefta@gmail.com
48 Apendice 3: Editor de Macros EMACS
compilar programas hasta navegar en Internet. GNU Emacs es mantenido por el Proyecto GNU
Emacs, el cual cuenta entre sus miembros a Richard Stallman[2]
Emacs en la actualidad es uno de los editores de texto mas famosos y usados por los usuarios
del sistema operativo GNU con kernel Linux y claramente su exito se debe a las caracteristicas
que este reune, entre ellas se encuentran:
1. Personalizable
Prácticamente todas las variables pueden ser modificadas, como asignar combinaciones de
teclas diferentes a las definidas por defecto.
2. Extensible
Significa que usted puede ir más allá de la personalización sencilla y crear nuevos comandos
por completo. Nuevos comandos son simplemente programas escritos en el lenguaje Lisp,
que son administrados por el propio intérprete de Lisp de Emacs. comandos existentes,
incluso se pueden redefinir en medio de una sesión de edición, sin tener que reiniciar
Emacs. La mayorı́a de los comandos de edición de Emacs están escritas en Lisp; las pocas
excepciones podrı́a haber sido escrito en Lisp, pero usaron C por eficiencia.
3. Reconocimiento de Formatos
Basado en el tipo de extención que posea el archivo abierto es capaz de reconocer resaltado
de sintaxis, reconocimiento del indentado entre otros meta-datos.
4. Auto-Documentado
Toda la informacion referente a las funcionalidades, combinaciones de teclas y caracteris-
ticas de edicion, las encontrara en el mismo editor.
Antes de comenzar con las secciones que muestran el uso de Emacs un consejo: Emacs puede
no llegar a ser el editor mas amigable que exista para una persona que apenas comienza a usarlo,
como lo fue en mi caso la primera vez que interactué con el, lo único que dije en aquel tiempo fue
que mierda de programa..., a pesar de esto luego de tenerle un poco de paciencia se convirtió en
mi programa favorito y el que mas utilizo, es complicado imaginar un mundo sin tan formidable
editor. Ası́ que la moraleja del dı́a es: paciencia que la paciencia es amarga, pero sus frutos son
dulces Jean Jacques Rousseau
En este tutorial se presentara en primer lugar la estructura que tiene la ventana de Emacs,
luego los conceptos y el manejo básico de emacs, con lo cual usted podrá hacer uso sin problema
del editor y por supuesto modificar sus archivos a su antojo. De aquı́ en adelante se usara la
versión 23 de emacs para el desarrollo de todos los temas en esta guı́a.
12.2 Primer vistazo 49
12.2. Primer vistazo

La ventana principal de Emacs se puede dividir en tres regiones, la primera se encuentra la
parte superior y es conocida como la barra de menu si usas Emacs con el sistema de ventanas
X, debajo de la barra de menú se encuentra barra de herramientas. La siguiente región
esta ubicada en la linea inferior de la ventana y se conoce como el minibuffer y finalmente
entre las anteriores en medio de estas dos ultimas se localiza el área conocida como buffer, la
funcionalidad de cada una de estas se enumera a continuación (para una identificación directa
ver la figura 12.1).
Barra de menu:
Mediante esta usted podrá tener acceso a varios comandos mediante un formato de menú.
Barra de herramientas:
Es un conjunto de iconos que mediante un clic permitirán ejecutar comandos de edición
de manera inmediata.
Barra de modos:
Es la barra donde se exhibe el nombre del buffer que estemos editando, los modos que
estamos utilizando y otra informacion sobre la ubicacion del cursor.
Minibuffer:
Es el lugar donde se muestran pequeños mensajes y donde usted puede ingresar información
cuando Emacs se lo pida.
Buffer:
Es el área donde se muestra el texto que usted editara, puede definirse como el espacio de
trabajo dentro del editor.
Barra de
menu
Barra de
herramientas
Buﬀer
Minibuﬀer
Figura 12.1: Estructura de la Ventana principal de Emacs Usando el Sistema de Ventanas X
12.3. Entrada de caracteres y comandos

Emacs reconoce caracteres de control tales como RET, TAB, DEL, ESC, F1, Home, left, etc. En
especial existen dos teclas modificadoras usadas comunmente, una es Control abreviada como
Ctrl o C y la segunda es Meta la cual es usualmente conocida como Alt y cuya abreviacion
es M. Una de las convenciones para referirse a la utilizacion de teclas que se usara en el texto
de aqui en adelante es: tecla1-tecla2, lo cual significa que manteiendo oprimida la tecla1 se
oprime la tecla2 y para el caso de tecla1 tecla2 significa que primero se oprime la tecla1
y luego la tecla2, Asi por ejemplo C-a significa que manteniendo oprimida la tecla Control se
oprime la tecla a, similarmente para Meta-a o M-a significa que manteniendo oprimida la tecla
Alt oprimimos la tecla a.
12.3.1. Ejecutar mandatos

Emas funciona mediante mandatos (ordenes) como abra un archivo, resalte la linea, corte
la palabra, inserte un espacio, escriba una letra, etc. Finalmente todos estos mandatos no son
12.3 Entrada de caracteres y comandos 51
más que funciones escritas en elisp que podemos llamar desde Emacs[3]. Existen tres formas de
invocar estos mandatos:
1. Llamar el mandato por el nombre que tiene, hay que tener en cuenta que este es el único
modo de acceder a todos los mandatos. para realizar el llamado del mandato existen dos
formas:
a) Mantener oprimida la tecla Alt y pulsar la letra x
b) Pulsar la tecla Esc y luego la tecla x
Por ejemplo para abrir un archivo el mandato es:
M-x find-file
2. Pulsar la combinación de teclas que invocan el mandato.

A pesar de que la primera manera de ejecutar mandatos es sumamente poderosa no es la
más practica, por ello aparece la combinación de teclas que es el atajo a las principales
funciones que se utilizan. En el caso de abrir un archivo esto seria:
C-x C-f
12.3.2. Cancelar o deshacer un mandato

Antes de terminar esta seccion vale la pena presentan dos de los mandatos mas utiles, uno
es el de cancelar y el otro es el de deshacer.
Cancelar un mandato
Esta funcionalidad nos permite annular el mandato que se este ejecutando y nos devolvera
el control sobre el editor. Para lanzarlo podemos usar la combinacion de teclas:
C-g
o llamarlo por su nombre:
M-x keyboad-quit
Deshacer el último mandato

La combinación de teclas asociadas a el son:
C-x u
C-_
o por su nombre:
M-x undo
Podemos ejecutar este mandato sucesivamente para deshacer las acciones que hayamos
realizado desde la última a la primera.
12.4. Los Modos[4]

Uno de los grandes responsables en la versatilidad de emacs son las abstracciones conocidas
como modos, mediante ellas podemos hacer que emacs se adapte a una tarea concreta. Por
ejemplo, Emacs tiene un modo texto que se utiliza para editar texto plano, pero si el usuario
necesita editar un archivo que contiene una sintáxis especı́fica como un archivo de latex, no
resulta muy eficiente usar el modo Fundamental, por eso existe un modo LaTeX que facilita la
edición de este tipo de formatos.
Dentro de los modos debemos distinguir dos tipos:
Modos Mayores
Modos Menores
12.4.1. Modos Mayores

Todo buffer debe tener ún y solo ún modo mayor activado en cada momento. Lo anterior
significa que, si nos encontramos en un determinado modo mayor, por ejemplo, en perl-mode, y
deseamos salir de él debemos, necesariamente, activar otro modo mayor. Emacs se inicia siempre
con un modo mayor por defecto: fundamental-mode. Siempre que se edite un archivo, Emacs
intentará activar, automáticamente, el modo adecuado para su edición. Por ejemplo, si se edita
un archivo con la extensión .html, Emacs activará el modo html-mode. Si no pudiése identificar
un modo especı́fico, se activarı́a el modo por defecto: fundamental-mode.
Anteriormente hemos definido a Emacs como un editor extensible. Para los modos se permi-
te la adición de otros modos mayores, distintos a los que vienen inicialmente con la aplicación.
12.4.2. Modos Menores

Además de los modos mayores, Emacs dispone también de unos modos denominados meno-
res. Los modos menores nos definen aspectos concretos del entorno de Emacs.
Pueden activarse y desactivarse dentro del modo mayor en el que estemos trabajando. Por
ejemplo, activando el paragraph-indent-text-mode se activará el sangrado de la primera lı́nea de
cada párrafo, activando el artist-mode podremos realizar dibujos utilizando el ratón...etc.
12.4.3. Listado de algunos Modos

Modos Mayores:
fundamental-mode: Es el modo por defecto.
text-mode: Edición de texto.
view-mode: Para el visionado de archivos, pero no edición.

12.4 Los Modos[4] 53
shell-mode: Para utilizar una shell desde Emacs.
indent-text-mode: Sangrado automático de texto.
paragraph-indent-text-mode: Sangra la primera linea de cada párrafo.
picture-mode: Crea gráficos ASCII usando el ratón.
lips-mode: Escribir programas en Lisp.
compilation-mode: Para compilar programas.
sgml-mode: Escribir SGML .
html-mode: Escribir HTML .
latex-mode: Escribir en LATEX
f90-modo: Escribir en Fortran 90
python-mode: Escribir en Python
Modos Menores:
overwrite-mode: Sobreescribe en lugar de insertar.
auto-save-mode:Guarda automaticamente en un archivo especial.
isearch-mode: Para búsquedas.
abbrev-mode: Permite la utilización de abreviaturas.
paragraph-indent-text-mode: Sangra la primera linea de cada párrafo.
refill-mode: Intenta ”llenar”los párrafos tal como se editan.
artist-mode: Crea gráficos ASCII usando el ratón.
compilation-mode: Para compilar programas.
Existen algunos modos que pueden comportarse como modos mayores o como modos menores.
Pueden utilizarse solos, como modos mayores, o con otro modo mayor, actuando entonces como
modo menor.
12.4.4. Activación y desactivación de los Modos

Habilitar o deshabilitar un modo es una tarea sencilla pero de gran utilidad. Si desea cambiar
de modo mayor simplemente llamamos al nuevo modo mediante su mandato
(M-x <<nombre_nuevo_modo_mayor>>), por lo general sus nombres siempre terminan en -mode.
Hay que recordar que emacs siempre debe tener un modo mayor activado, por lo cual, el manejo
de modos mayores se reducirá a cambiar este o no. Por ejemplo si desea activar el modo para
latex se usaria el siguiente comando:
M-x latex-mode
Si lo que desea cambiar es un modo menor, este sı́ permite su activacion y desactivacion, ya que
no es necesario tener modos menores en funcionamiento. Ası́ que para activar un modo menor
se utiliza su mandato
(M-x <<nombre_nuevo_modo_menor>>):
M-x abbrev-mode
Si lo que desea es desactivar el modo menor, se utiliza el mismo comando anterior

(M-x <<nombre_modo_menor>>):
M-x abbrev-mode
12.5. ¡¡¡Ayuda!!!
Como se menciono al comienzo de este documento, una de las caracterı́sticas más ventajosas
que posee Emacs es la autodocumentación. Para hacer un uso rápido de ella podemos escribir
la siguiente combinación de teclas o su mandato:
C-h
C-x help
Esto nos permitirá ver el siguiente mensaje pidiéndonos la opción que deseemos:
C-h (Type ? for further options)-
entre las opciones que podemos escoger están:
?: Muestra las opciones que podemos escoger.
b: Muestra todas las combinaciones de teclas asosiadas a un mandato.
e: Va al buffer llamado *Messages* el cual muestra mensajes del log.
g: Muestra informacion sobre el proyecto GNU.

12.6 Editor de texto plano 55
Una de las opciones más útiles para aprender a manejar todas las facilidades que nos
prestan los modos es m, ya que nos ofrece la oportunidad de aprender cómo funciona dicho
modo.
m: Muestra informacion sobre el modo mayor y los modos menores que estemos utilizando,
incluyendo sus comandos especiales.
n: Muestra noticias de cambios recientes en Emacs.
s: Muestra el contenido de la tabla de sisntaxis que se este usando y su explicacion.
C-a: Informacion sobre Emacs.
C-c: La licencia de Emacs (GNU General Public License).
C-d: Instructions for debugging GNU Emacs.
C-e: External packages and information about Emacs.
C-f: Abre el buffer de preguntas y respuestas frecuentes (FAQ) sobre Emacs.
C-p: Informacion sobre los problemas conocidos de Emacs.
C-t: Lista las tareas de Emacs.
C-w: Información sobre la ausencia de garantı́a para GNU Emacs.
Existen otras opciones cuya exploración se dejarán a la curiosidad del lector.

Veamos un ejemplo, que nos servirá también como una introducción a la ejecución de co-
mandos en Emacs:
12.6. Editor de texto plano

Aunque una buena parte del trabajo de edición puede llevarse a cabo usando el ratón, pero
no hay que olvidar que emacs fue concebido para usarse por completo únicamente con el teclado,
por lo que evitar usar cliks hará nuestro trabajo mas eficiente.
Luego de tanta introducción es hora de ensuciarnos las manos, y comenzar a editar archivos,
ası́ que abra el editor de macros emacs. En esta sección usted puede tomar dos caminos, el
primero es usar la propiedad de autodocumentado de emacs y abrir el tutorial inicial y leerlo o
el otro camino es continuar leyendo esta sección (ambos son muy recomendados).
Para abrir el tutorial de emacs:
C-h t
12.6.1. Abrir y guardar un documento

Abrir
Para abrir un documento:
C-x C-f
M-x find-file
Mediante estos comandos se debe introducir en el minibuffer la dirección en donde se encuentra

el documento. Si lo que desea es crear un nuevo documento, el procedimiento es el mismo, solo
que el nombre final que escribe en el minibuffer no esta asociado a ningun documento, de esta
manera se creara el nuevo documento, cabe aclarar que emacs no coloca ninguna extención a los
documentos que usted cree, por lo tanto si desea asignarle alguna extención en particular, usted
debe escribirla en el nombre del archivo, por ejemplo al abrir un archivo nuevo de latex siempre
es bueno que uste lo cree con el nombre que desee y la extencion tex : miarchivolatex.tex
Guardar
Para guardar los cambios que haya hecho dentro de su archivo o buffer puede hacerlo con:
C-x C-s
M-x save-buffer
12.6.2. Moverse por un documento

Existen varias formas en Emacs para moverse dentro de un documento, la mas intuitiva para
todos los usuarios es usar las flechas de direccion del teclado Up, Down,Right, Left para moverse
para arriba, abajo, a la derecha o a la izquierda respectivamente, estos movimientos también
pueden realizarse mediante los comandos:
C-p El cursor se mueve a la lı́nea previa.
C-n El cursor se mueve a la siguiente lı́nea.
C-b El cursor se mueve un caracter hacia atras.
C-f El cursor se mueve un caracter hacia adelante
En algunos casos resulta más rápido que de caracter por caracter para ello puede hacer uso
de la tecla Control o Meta:
C-Right o M-f Se mueve a la derecha palabra por palabra.
C-Left o M-b Se mueve a la izquierda palabra por palabra.
C-Up o M-a Se mueve hacia arriba parrafo por parrafo.
C-Down o M-e Se mueve hacia abajo parrafo por parrafo.
Otros comandos que pueden llegar a ser útiles a la hora de moverse por el buffer de emacs son:
C-l Mueve el buffer de tal manera que la lı́nea en donde esta el cursor quede en la mitad
de la ventana.
C-a Mueve el cursor al comienzo de la lı́nea.
C-e Mueve el cursor al final de la lı́nea.
M-< Mueve el cursor al comienzo del archivo o buffer.
M-> Mueve el cursor al final del archivo o buffer.
12.6.3. Seleccionar, Copiar, Cortar y Pegar

Seleccionar
Para seleccionar una region en el buffer se llama el mandato set-mark-command usando:
C-SPC
En muchos casos puede que usted no observe si esta resaltando o no, para hacer que el texto
resaltado tome un color de fondo diferente debe activar la opcion transient-mark-mode:
M-x transient-mark-mode
Copiar
Luego de que haya seleccionado una parte de texto en su buffer, puede copiarlo mediante:
M-w
Cortar
Igual que en el caso de copiar, luego de seleccionar lo que desea cortar lanza el comando:
C-w
Si por alguna razon desea cortar la seccion desde el punto donde se ubica el cursor hasta el final
de la linea, usted puede usar:
C-k
Tambien existe un caso especial de cortado de columnas, que en el caso de manejo de entradas
y salidas de programas utilizados en quimica computacional puede llegar a ser muy util, para
realizar esto, usted debe entender una columna como un rectangulo vertical ocupada por carac-
teres asi que debe seleccionar el texto desde la esquina superior izquierda del rectangulo hasta
la esquina inferior derecha de este, luego para recortar la columna que se forma entre estos dos
puntos puede utilizar el comando:
C-x r k
Pegar
Para pegar los caracteres que hayamos copiado o cortado se suele usar la combinacion de
teclas:
C-y
y en el caso del cortado de columnas para pegar estas se usa:
C-x r y
12.6.4. Buscar y reemplazar

Buscar
Para buscar una secuencia de caracteres en Emacs, existen dos mandatos básicos:
Buscar desde el lugar donde se encuentra el cursor hasta el final del documento, usando
search-forward
C-s
Buscar desde el lugar donde se encuentra el cursor hasta el comienzo del documento
search-backward
C-r
Reemplazar
Para reemplazar alguna serie de caracteres por otra que sea deseada, esto se puede hacer
mediante el mandato:
M-x query-replace
Luego Emacs le preguntará que cadena de caracteres desea reemplazar y finalmente le pregun-
tará cuál es la cadena por la cual usted desea hacer el remplazo.
12.6.5. Creación sencilla de macros de teclado

La macro de teclado, consiste en asociar una pulsación de teclas a un trozo de texto arbi-
trario y/o comandos de emacs cualesquiera, que puede insertarse/ejecutarse después cuando se
necesite.[5]
Creación
La creación de un macro consta de tres partes, la primera es informar a Emacs donde va a
comenzar el macro, esto se realiza con las teclas:
C-x (
Segido a ello, cualquier secuencia de teclas que realicemos seran recordadas por Emacs, para una
proxima ejecucion, esta es la segunda parte que se identifica como la parte funcional del macro.
Y finalmente tambien debemos informarle a Emacs que hemos terminado de definir el macro
y que no siga guardando instrucciones, para esto se usa la combinacion de teclas:
C-x )
Ejecución
Para ejecutar un macro de teclado simplemente se usa la combinación de teclas:
C-x e
Esta combinación le indica a Emacs ejecutar el último macro que haya sido creado. La
principal razón por la cual se crean los macros es disminuir el trabajo que se tiene que hacer
cuando éste es repetitivo, por ejemplo incertar al comienzo de cada line de un archivo un espacio,
hacer esto a mano resulta fatigante, por que podria hacerce un macro que inserte un espacio al
comienzo de una linea y luego repetirlo muchas veces hasta acabar el documento. Para ejecutar
repetidamente el macro n veces podemos usar el siguiente mandato:
C-u <<n>> C-x e
Nombrando el macro
Si no desea llama el macro mediante C-x e, o si no desea perder el macro creado dado que
deba definir otro, usted puede darle un nombre a su macro esto se hace con:
C-x C-k n
o con:
M-x kmacro-name-last-macro
Emacs le pedira un nombre para asignarle al macro, que deberı́a ser una cadena de texto (reco-
mendable sin espacios) por ejemplo MiPrimerMacro.
Finalmente para ejecutar el macro de ahora en adelante podemos llamarlo por su nombre:
M-x <<MiPrimerMacro>>
Asignandole una combinacion de teclas al macro

Si se desea ejecutar el macro que hayamos creado usando una combinacion de teclas, podemos
asignarle una, para esto se usa el comando:
C-x C-k b
Emacs pedirá que teclee la combinación de teclas que quiere asociar al último macro definido.
Si pulsa una combinación de teclas que ya esté asociada (algo extraordinariamente probable en
emacs) le preguntará si la quiere usar a pesar de eso. Lo cual no es para nada recomendable.
Guardando el macro
Hay que aclarar que todos los macros que usted haya definido durante la sección tengan o no
nombre solo seran válidos en dicha sección, al cerrar Emacs todas estas definiciones se perderán.
Para que esto no le ocurra con algun macro que le sea de mucha utilidad, usted podra guardarlo.
Antes de guardarlo debe asegurarse que el macro tenga un nombre. el mandato para hacer esto
es: 2
M-x insert-kbd-macro <RET> <<MiPrimerMacro>> <RET>
Este comando claramente no guarda el macro, lo que realiza es imprimir en el buffer el código
lisp necesario para ejecutar la accion de su macro, ahora sı́ para guardarlo, lo que debe hacer
es abrir el archivo .emacs3 y pegar este codigo allı́, de esta manera cada vez que abra Emacs su
macro estara disponible.
12.6.6. Saliendo de Emacs

Si usted desea salir de un buffer, lo mejor es lanzar el comando de matar el buffer:
C-x k
M-x kill-buffer
teniendo la salida:
Kill buffer (default <<nombre_del_buffe>>):
Emacs le preguntara si de verdad queremos matar el buffer esperando un <Enter> como respuesta
afirmativa. Si usted ha modificado algun archivo mediante este buffer y no ha guardado los
cambios antes de salirse le recordará que existen datos sin guardar y portanto si de verdad desea
matar ese buffer en las condiciones que esta,
Buffer <<nombre_del_buffe>> modified; kill anyway? (yes or no)

2
¡RET¿significa Enter
3
Sobre este archivo especial se hablara en la sección Configurando Emacs
12.7 Terminal en Emacs 61
a esto puede contestar con un yes para matarlo o no para regresar al buffer que este editando.
Si lo que usted busca es salirse completamente de Emacs, para eso tiene la combinación de
teclas:
C-x C-c
Una recomendación: siempre este pendiente de los mensajes que aparezcan en el subbuffer,
pueden evitar que pierda su trabajo.
12.7. Terminal en Emacs

Una funcionalidad que puede ser de gran ayuda es poder acceder a comandos de la máquina
sin tener que salirse del editor, para realizar esto hay varias formas de hacerlo.
La primera es ejecutar un único comando, en este caso lanzaremos el comando ls -l, la
forma de hacerlo es:
M-!
Shell command: ls -l
Obteniendo una salida similar a la siguiente:
total 4195
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 4341 Apr 11 11:19 emacs-logo2.pdf
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 71152 Apr 11 11:02 emacs-logo.png
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 19728 Apr 11 11:18 Emacs-logo.svg
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 1623 Apr 11 11:57 emacs-newbie-01.aux
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 17487 Apr 11 11:57 emacs-newbie-01.log
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 220642 Apr 11 11:57 emacs-newbie-01.pdf
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 35827 Apr 11 11:58 emacs-newbie-01.tex
La segunda forma es ejecutar una terminal completa incluida en nuestro editor para ello usamos:
M-x shell
on lo cual tendrá un interprete donde puede ejecutar comandos tal y como lo harı́a en una
consola del sistema, una de las caracteristicas interesantes del buffer abierto es su modificacion
como si fuese un archivo mas dentro de nuestro editor (copiar, cortar, pegar, resaltar, etc.):
neftali@megara:~/CentPjt-gqt/NewbieBook-GQT/emacs$ ls -l
total 4235
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 4341 Apr 11 11:19 emacs-logo2.pdf
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 71152 Apr 11 11:02 emacs-logo.png
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 19728 Apr 11 11:18 Emacs-logo.svg
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 1623 Apr 11 12:06 emacs-newbie-01.aux
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 18134 Apr 11 12:06 emacs-newbie-01.log
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 224687 Apr 11 12:06 emacs-newbie-01.pdf

-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 36569 Apr 11 12:09 #emacs-newbie-01.tex#
-rw-r--r-- 1 neftali qtpre 36518 Apr 11 12:09 emacs-newbie-01.tex
neftali@megara:~/CentPjt-gqt/NewbieBook-GQT/emacs$
La tercera forma de invocar una terminal es usar el comando:
M-x term
Run program: /bin/bash
Este invocación nos permite escoger un intérprete diferente a la que viene por defecto (bash)
antes de lanzar la terminal. Al invocar el modo term usted dispondrá de una consola con las fun-
cionalidades completas. Este modo se idenfica por ofrecer dos formas de interacción, el primero
es el modo de carácter que se comporta exactamente igual como si abrieramos una consola lo
cual significa que las posibilidades de edición que eran permimitidas en el modo shell, aquı́ no
lo son. La segunda forma de interacción es en el modo de lı́nea que se comporta de la misma
manera que en el modo shell. Los comandos básicos para manejar el modo term son:
Cambiar al modo de lı́nea
C-c C-k
Cambiar al modo de carácter
C-c C-j
12.8. Configurando emacs

Si desea configurar variables, modos o alguna funcionalidad especı́fica y que dichos cambios
sean siempre utilizados tan pronto abra el editor, la manera más sencilla de hacerlo es modificar
el archivo .emacs que se localiza en el directorio home de cada usuario, este archivo siempre
es cargado al iniciar nuestro editor. Pero si por alguna razón ha realizado algún cambio en este
archivo de configuraciones y desea que emacs se de cuenta de ello, no es necesario cerrar el editor
y volver a abrirlo, solo tiene que cargar nuevamente el archivo .emacs desde el minibuffer:
M-x load-file
Load file: ~/.emacs
Loading /home/neftali/.emacs...done
Si lo que se desea es incorporar nuevos paquetes que extiendan a emacs hacia una funcionalidad
dada (como por ejemplo tener una tabla periodica) lo indicado es guardar el codigo elisp4 en el
directorio .emacs.d que se encuentra ubicada en el home y luego invocarlo en nuestro minibuffer.
4
lenguaje de programación con el cual se extiende emacs
12.9 Ejercicios 63
Figura 12.2: Captura de emacs con el buffer de eperiodic
12.8.1. Ejemplo: Cambiando colores y tipo de letra

Para entender mejor la sintáxis aquı́ utilizada se recomienda leer un pequeño manual de elisp
5
12.9. Ejercicios
1. Haga que con solo teclear M-x eperiodic se abra un buffer con una tabla periódica,
para esto ver: http://www.emacswiki.org/emacs/eperiodic.el. Al hacer esto usted debe
encontrarse con una imagen similar a la figura 12.2.
2. Elabore un archivo .txt y en el practique todas las tareas de edición mostradas en el tutorial
3. Marque una sección del texto y ejecute el comando C-xrk, luego dirı́jase a un espacio en
blanco del documento y ejecute el comando C-xry, fı́jese en lo que acaba de suceder, le va
a ser muy útil para edición rápida de textos.
5
http://www.gnu.org/software/emacs/manual/elisp.html
BIBLIOGRAFÍA 65
Bibliografı́a
[1] Stallman R., GNU Emacs Manual, Sixteenth edition, Update for Emacs, Version 23.2
[2] http://es.wikipedia.org/wiki/Emacs#cite note-Proyecto GNU Emacs-0
[3] López J.A., Una Introduccion Rápida a GNU Emacs, manual online.
[4] http://www.rpublica.net/emacs/modos/modos.html
[5] http://crysol.org/es/node/1350
66 BIBLIOGRAFÍA
67
Capı́tulo 13
Apendice 4: Manual de Molden en

Linux
Autores: Jorge Charry 1 , Ronald González 2
Molden es un programa originalmente diseñado para visualizar la densidad molecular a par-

tir de cálculos Ab Initio de programas como GAMESS, GAUSSIAN y MOPAC/Ampac, leyendo
toda la información requerida desde los archivos de salida de estos programas, o bien desde su
propio formato Molden. Dentro de las caracterı́sticas principales se encuentra la visualización
de Orbitales Moleculares, densidad electrónica, y la densidad atómica basada de bases estándar.
Molden soporta curvas de contorno, gráficas de rejillas 3-d con lı́neas ocultas y una combina-
ción de ambas. Molden también puede generar una gran variedad de formatos gráficos como
postscript, XWindows, VRML, povray, OpenGL, tekronix4014, HPGL, hp2392 y Figure.
Una de las aplicaciones más llamativas es la animación de optimización de geometrı́a, caminos
de reacción y vibraciones moleculares. Con Molden se puede calcular y visualizar el potencial
electrostático verdadero o derivado multipolar, ası́ como las cargas atómicas pueden ser fijadas
sobre el potencial electrostático.
La caracterı́stica más reconocida de Molden es su poderoso editor de matrices Z que dan
un control total sobre la geometrı́a, permite construir moléculas a partir de cero o a partir de
fragmentos ya incluidos o creados por el usuario. Por último desde la versión 4.7 se han venido
añadiendo nuevos módulos para la optimización de hidrógenos o fragmentos de una molecúlas
como agua, histidina entre otros.
1
jcharrym@unal.edu.co
2
rogonzalez@unal.edu.co
68 Apendice 4: Manual de Molden en Linux
En este manual introductorio se mencionarán brevemente los aspectos básicos de las princi-
pales herramientas que posee Molden, con el objetivo que el usuario pueda reconocer y empezar
a utilizar las distintas aplicaciones que muy seguramnete le facilitarán su trabajo en quı́mica
computacional. Para un mayor detalle del uso de Molden se invita a consultar la página en
Internet: http://www.cmbi.ru.nl/molden/
Este tutorial fue desarrollado por el grupo de Quı́mica Cuántica y Computacional de la
Universidad Nacional de Colombia
13.1. Descarga de Molden para Debian

Para conseguir e instalar en su computador la última versión de molden en la página
web: http://www.cmbi.ru.nl/molden/howtoget.html están las indicaciones generales, sin embargo
aquı́ mencionamos los pasos a seguir para linux. [1]
1. Ingrese a la siguiente dirección web ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/bin/Linux
2. Haga click en el link molden5.0.gfortran.32 3 . O en alguna otra versión o arquitectura que

desee y se adapte a su computador.De esta manera descargará el ejecutable del programa.
3. El archivo descargado es un binario (un archivo ejecutable), ası́ que no requiere instalación.
13.2. Ejecución de Molden

1. Si desea ejecutar Molden desde cualquier directorio del computador lo más recomendable
es copiar el ejecutable que descargó a una carpeta bin/ en el $HOME si no existe este
directorio es necesario crearlo. En una terminal o consola de linux digite
$ mkdir $HOME/bin
2. Ahora solo debemos asignarlo a la variable PATH
$ export PATH=$PATH:$HOME/bin
3. Nos ubicamos en el directorio donde descargamos el ejecutable, ejemplo en $HOME/Downloads,

y lo copiamos al nuevo directorio que creamos
$ cd $HOME/Downloads
$ cp molden.5.0.gfortran.32 $HOME/bin
4. Ahora debemos darle permisos de ejecución al archivo descargado

3
última versión disponible a la fecha de escritura de este manual
13.2 Ejecución de Molden 69
$ cd $HOME/bin
$ chmod 777 molden.5.0.gfortran.32
5. Para ejecutar el programa, solamente hay que digitar el siguiente comando en cualquier
directorio
$ molden.5.0.gfortran.32
Para conseguir e instalar en su computador la última versi’on de molden en la página web:

http://www.cmbi.ru.nl/molden/ están las indicaciones generales, aquı́ mencionamos los pasos a
seguir para la instalación de molden en Ubuntu (32bits).
1. Ingrese a http://www.cmbi.ru.nl/molden/howtoget.html y descargue el archivo molden5.0.tar.gz
2. Antes de iniciar la instalación de molden5.0 en nuestro computador funcionando con Ubun-

tu, es necesario instalar las siguientes librerias
$ sudo apt-get install gfortran

$ sudo apt-get install libX11-6
$ sudo apt-get install libX11-dev
$ sudo apt-get install libgl1-mesa-glx
$ sudo apt-get install libgl1-mesa-dev
$ sudo apt-get install build-essential
$ sudo apt-get install mesa-common-dev
$ sudo apt-get install libglu1-mesa-dev
$ sudo apt-get install libxmu-dev
$ sudo apt-get install xutils-dev
$ sudo apt-get install wget
3. Una vez instaladas todas las librerias anteriores, descomprimimos el archivo molden5.0.tar.gz
$ tar -zxvf molden5.0.tar.gz
4. Ingresamos al directorio molden5.0
$ cd molden5.0
5. Editamos el makefile y elegimos el compilador gfortran

$ make > & make.log
6. Por último enviamos el ejecutable molden al directorio bin, lo cual nos permite ejecutar
molden desde cualquier directorio tan solo escribiendo molden en consola
$ sudo mv molden /home/nombre-usuario/bin/molden
Si ejecuta el comando molden seguido del nombre de un archivo existente, Molden inten-
tará abrirlo siempre y cuando sea una salida de programas como GAMESS, GAUSSIAN, o
archivos con coordenadas XYZ, matrices Z o que cumplan el formato molden, del cual hablare-
mos en otra sección.
Una vez se inicia molden nos aparecen dos ventanas como se muestra en la figura 13.1
13.2 Ejecución de Molden 71
Figura 13.1: Ventanas principales de Molden
La ventana Molden, es la ventana de visualización donde nos muestra la molécula que actual-
mente estamos editando. En la ventana Molden Control (Figura 13.2) están todos las herramien-
tas y menus del programa. NOTA: Para cerrar molden se debe hacer click sobre el botón con
una calavera negra que aparece en la ventana de Control, luego del dar click, nos mostrará una
ventana de confirmación. Molden NO se cierra con la X en el extremo superior derecho.
Figura 13.2: Ventana de Control de Molden
Para ejecutar Molden en las máquinas del QCC desde cualquier directorio simplemente digite
desde una consola molden y oprima dos veces la tecla tab le mostrará los comandos que posee
la máquina para ejecutar molden, ası́ que solo es escribir una de las opciones que nos muestra.
13.3. Creando una molécula en Molden

Para la creación de una molécula con molden usamos la herramienta de edición de matrices
Z, la cual como veremos luego también nos sirve para editar una molécula ya creada.
13.4. Editor de matrices Z

Para empezar una matriz Z es una matriz diagonal que contiene en cada fila información por
cada átomo del sistema acerca de la distancia del átomo con uno de referencia, el ángulo con un
tercer átomo, y el ángulo dihedro con un cuarto si existe.
Para entrar al editor buscamos en la ventana de Control (ver Figura 13.2) el botón que di-
ce ZMAT Editor al hacer esto nos despliega una ventana llamada Zmatrix-Editor (Figura13.3).
13.4 Editor de matrices Z 73
Figura 13.3: Ventana Z-matrix editor
En esta nueva ventana hay un cuadro donde irá apareciendo la matriz Z, y en la parte inferior
nos muestra las distintas opciones, dentro de las principales o más utilizadas están
Add Line: Para agregar más átomos
Delete Line: Eliminar un átomo

Substitute atom by Fragment: Sustituye un átomo existente por un fragmento preexistente

en el programa, como algunos grupos funcionales ciclos aromáticos, y aminoácidos, o bien
algunos que el usuario desee guardar
New Z-mat: Crear una nueva matriz Z elimando cualquiera existente
MapXYZ/Optimze: Crea un matriz Z a partir de un archivo en coordenadas cartesianas

XYZ, o para acceder a herramientas de optimización
Set Status All Variables: Establece el estado de constante o variable a todas las coordena-
das.
Reorder Z-matrix: Nos permite reordenar la matriz Z
Write Z-matrix: Escribe la matriz Z bajo el nombre de archivo escrito en el cuadro na-
ranja debajo según el formato activado por una de las cuatro casillas grices, GAMESS,
GAUSSIAN, MOPAC, o en coordenadas cartesianas
Ahora si vamos a crear una molécula, para esto vamos a seguir los siguientes pasos generales
1. En la ventana Control, activamos la casilla Solid y seleccionamos la opción Ball & Stick
de esta forma podremos ver la molécula como bolas y palitos, en lugar de solo lı́neas
coloreadas como viene molden.
2. En la ventana Z-matrix Editor damos click en el botón Add Line ahora en la ventana
veremos una tabla periódica (Figura 13.4)
3. Seleccionamos la longitud del enlazdo deseado, puede ser sencillo, doble, o triple; molden
lo único que hará es tomar la distancia promedio que posee en su base de datos para el
tipo de átomo que seleccionemos, solo cambia la distancia! esto no implica que en verdad
estemos fijando, por ejemplo, un doble enlace.
4. Ahora seleccionamos el átomo que deseamos, en caso de ser el primero veremos un esfera
de color en la ventana de visualización
5. Si es un segundo átomo tendremos que darle click sobre la ventana de visualización al

átomo sobre el cual vamos a fijar una distancia entre los dos.
6. En caso de ser un tercer átomo al igual que en el paso anterior seleccionamos el primer
átomo sobre el cual fijamos una distancia, y ahora damos un segundo click sobre un se-
gundo átomo al cual fijaremos un ángulo de enlace
Figura 13.4: Tabla de los elementos de Molden
7. Seguimos estos pasos anteriores, Add Line, tipo de enlace, átomo, y fijamos átomos que
formarán enlace, ángulo, y ángulo dihedro; hasta forma la molécula que deseamos. Por
ejemplo para un benceno obtendremos la figura 13.5
NOTA: Molden no posee un comando de deshacer, por lo que si se adicionó un átomo

no deseado se debe eliminar con Delete Line
Figura 13.5: Variables de la Matriz Z del Benceno
Durante la creación de la molécula veremos que aveces el programa nos pone un átomo so-
bre otro o en posiciones que no deseamos, para esto debemos modificar los ángulos de enlace
y ángulos dihedros. Para esto luego de adicionar un átomo desaparece la ventana con la tabla
periódica y de nuevo aparece la ventana Z-Matrix Editor, en esta damos click sobre la distancia
o ángulo que queremos modificar, oprimimos la tecla backspace para borrar el valor indicado
en la casilla y escribimos uno nuevo. Mientras tanto en la ventana de vizsualización veremos los
átomos involucrados, tanto en la matriz Z, como en ventana de visualizaciones veremos.
En amarillo el átomo de referencia sobre el cual se fija el enlace.

En rojo el átomo que seleccionamos
En verde el tercer átomo involucrado en el ángulo de enlace
En aguamarina el átomo que forma en el plano para fijar un ángulo dihedro.
En la ventana Z-matrix Editor (Figura 13.5) por cada átomo vemos dos tipos de casillas,
azules que indican conectividad, y grises variables, en el siguiente orden:
Sı́mbolo atómico
Número al átomo que está enlazado
Distancia de enlace
Número del átomo con que forma un ángulo
Ángulo de enlace
Número del átomo que forma un plano
Ángulo dihedro.
Adicionalmente si sobre una de estas casillas damos click derecho e izquierdo al mismo
tiempo, se despliegan las siguientes opciones:
Constant: Fija el valor como constante durante un cálculo de optimización en programas

como GAMESS o GAUSSIAN, congela el valor.
Variable: Valor variable durante un cálculo en GAMESS o GAUSSIAN, predeterminado.
Mark/Unmark: Cambiar de color la casilla, solo como ayuda visual
Link/-link: Para crear una sola variable a partir de dos equivalentes, solo para ángulos.
Útil para sistemas simétricos, en donde queremos eliminar el número de grados de libertad
necesarios para describir el sistema
Al momento seleccionar los átomos para formar ángulo de enlace y ángulos dihedros es
importante tener presente que molden por lo general para átomos de carbono establece ángulos
de enlace de 120 grados, y ángulos dihedros de 180 grados, esto nos indica que molden tenderá
a poner los átomos sobre el plano que fijamos pero en posición opuesta. Quizás para el usuario
al comienzo puede resultar confuso pero con la práctica podrá darse cuenta que resulta sencillo
crear moléculas de tamaño considerable con una muy buena geometrı́a de partida y que además
es fácilmente modificable en la matriz Z.
Por último para guardar la matriz que creamos
1. Escribimos un nombre en la casilla naranja que está al lado derecho de File name?
2. Activamos una de las cuatro casillas de Format de acuerdo al formato con que deseamos
guardar
3. Damos click en Write Z-matrix y si en la casilla superior aparece un mensaje que di-
ce Succesfully wrote File: Nombre-del-archivo significa que hemos logrado guardar
con éxito el archivo.
El archivo quedará guardado en el directorio donde corrimos el comando molden

13.5. Visualizando una Optimización de Geometrı́a

Molden nos puede mostrar a manera de animación como transcurrió la optimización de
geometrı́a a partir de la salida de un cálculo de GAMESS o GAUSSIAN, para esto simplemente
abrimos un output de la siguiente forma
$ molden5.0.gfortran.32 nombre-del-output
El programa nos abrirá de nuevo la ventana de visualización con nuestra molécula y la ven-
tana de control. En esta última podremos ver que ahora se activan 3 botones en Select Point
ver Figura 13.6
Figura 13.6: Botones para visualizar animaciones.
El botón First nos muestra en la geometrı́a inicial, al darle click en el botón Next nos
muestra nuestra la molécula con la geometrı́a en el siguiente paso de optimización, Prev el
paso anterior, y con Movie podremos ver en la ventana de visualización una animación de como
cambia la geometrı́a desde el primer paso de optimización hasta el último (sin importar si se
llegó a un mı́nimo en el cálculo). Si queremos volver a ver la animación volvemos al punto inicial
con First y de nuevo Movie. Con el reloj de arena aparece una nueva ventana donde se puede
ajustar la velocidad de la animación.
La figura 13.7 muestra la primera geometrı́a del bifenilo
Al hacer click en Movie la figura 13.8 muestra la geometrı́a final del bifenilo
13.5 Visualizando una Optimización de Geometrı́a 79
Figura 13.7: Primera geometrı́a del bifenilo.
Figura 13.8: Geometrı́a final del bifenilo.

Por último al abrir un cálculo de optimización también se activan las casillas de Convergence
Figura 13.9
Figura 13.9: Botones de Convergencia.
Cuando activamos las dos casillas nos aparecen 2 ventanas (Figura 13.10). En SCF Convergence
nos muestra una gráfica con dos curvas de energı́a por cada iteración para geometrı́a inicial y
la final, si acercamos el cursor sobre cada punto veremos el valor de la energı́a correspondiente.
La ventana Geom. Convergence son dos gráficas de energı́a y de fuerza en cada paso de opti-
mización de geometrı́a, y si seleccionamos un punto de la curva en la ventana de visualización
aparece la geometrı́a correspondiente.
Figura 13.10: Gráficas de Convergencia de energı́a y geometrı́a.
De igual forma molden puede mostar animaciones a partir de cálculos de IRC (Intrinsic
13.6 Visualización de Espectros IR 81
Reaction Coordinate), con las respectivas gráficas de energı́a por paso.
13.6. Visualización de Espectros IR

Molden también nos puede mostrar el espectro IR, para esto abrimos la salida de un cálculo
de la matriz Hesiana de GAMESS o GAUSSIAN. En la ventana Control ahora veremos que nos
aparecen unas opciones llamadas Frequecies ver Figura 13.11
Al activar la casilla Norm. mode nos aparecen dos ventanas, Spectrum y Molden Frequency
Figura 13.11: Opciones de Frecuencias.
Select, ver Figura 13.12. En la ventana Spectrum vemos el espectro IR de nuestro sistema como
intensidad en función de la frecuencia, a continuación se exlican los botones y casillas que allı́
aparecen.
Figura 13.12: Espectro IR.
Spectrum: Podemos seleccionar entre espectro IR o RAMAN según el cálculo

Lineshape: Es la forma en que se calcula la distribución por cada señal del espectro,
Gaussiana o Lorentziana.
Half-width: En esta casilla podemos ajustar el ancho de las bandas espectrales.
Scale Fac.: Ajustamos el factor de escala que se aplica a las frecuencias.
Min/Max Freq: El valor mı́nimo y máximo de frecuencias de la escala del espectro.
Max. Ints.: La intensidad máxima del espectro.
Postcrip: Para guardar el espectro como Postcrip. (El fondo azul no queda en la imágen
guardada)
En la ventana Molden Frequency Select aparece el número, la frecuencia y la intensidad

de cada una de las vibraciones. Si seleccionamos una de ellas en la ventana de Visualización
podremos ver una animación de los estiramientos o flexiones de los átomos involucrados en el
modo de vibración seleccionado.
13.7 Optimización de pequeñas moléculas 83
13.7. Optimización de pequeñas moléculas

Desde la versión 4.6 de molden se ha implementado un módulo para optimización de pe-
queñaas moléculas. Este módulo se llama AMBFOR, para poder usarlo se debe descargar en la
siguiente página: ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/bin/Linux
el ejecutable ambfor5.0.gfortran.32. Luego se copia a la carpeta $HOME/bin y se le da permisos
de ejecución
$ chmod 777 ambfor5.0.gfortran.32
y corremos normalmente el programa molden a partir de un archivo, o creamos una nueva

molécula con el editor de matrices. Ahora se debe calcular desde molden y para molden las car-
gas para átomo presente, para esto nos vamos al botón de superficies y cargas, y seleccionamos
EEM Charges y luego EEM Mull (Ver figura 13.13).
Figura 13.13: Menú cargas y superficies.

Ahora nos vamos al icono Force Field este nos abre una nueva ventana
Figura 13.14: Campos de Fuerza.
Aquı́ se nos muestra los diferentes tipo de campos de fuerzas que podemos usar, y un nom-
bre y tipo que asigna molden para cada átomo del sistema con el proposito de poder realizar la
optimización efecientemenete. Ahora damos click en el botón OPT, al hacer esto se nos abre una
nueva ventana (Figura 13.15)
Figura 13.15: Configuraciones de Optimización.
En esta ventana podemos configurar los parámetros de optimización, como el gradiente, el

nombre del archivo donde se guardán la estructura por cada iteración, la frecuencia de escritura
de estos, y el número máximo de iteraciones. Cuando ya se haya ajustado todos los parámetros se
13.8 Density/Orbital Mode 85
le da click en el botón GO para inicirar la optimización. En la ventana de visualización podremos

ver como se va modificando la estructura, y una vez terminado deberá aparecer un anuncio
que diga Optimisation Complete. En ocasiones puede aparecer un mensaje acerca de un error
en la lectura del archivo, pero esto no necesariamente indica que no se haya completado la
optimización. Si ejecutó molden desde una consola podrá ver en esta las operaciones que realiza
el programa, y en el caso de optitmización resulta de gran ayuda.
13.8. Density/Orbital Mode

Este modo de molden está diseñado para visuzalizar orbitales moleculares, mapas de densidad
electrónica, y mapas de potencial electrostácio. Para acceder a este modo debemos abrir una
salida de un cálculo de energı́a de GAMESS o GAUSSIAN, y a continuación damos click en el
bot́on Dens. Mode de la ventana de Control. Al hacer esto la ventana de control nos muestra
diferentes herramientas, si queremos volver a la ventana anterior damos click en el botón Mol.
Mode o para cerrar, de nuevo con el botón de la calavera negra.
Para aprovechar al máximo las herramientas de este modo lo más recomendable es descar-
gar gmolden (gmolden5.0.gfortan.32) es la versión de molden en OpenGL (Open Graphics
Library), una interfaz de aplicaciones para gráficos en 2D y 3D. Al usar esta interfaz molden
es capaz de generar mapas de densidad y de potencial electrostático de gran calidad, similar a
la de otros productos comerciales. La versión gmolden también implenta una nueva forma de
visualización Ball & Stick que resulta más eficiente y estético cuando se trabaja con sistemas
moleculares con gran cantidad de átomos como proteı́nas o ácidos nucleicos. Además la función
Perspective funciona correctamente. Para instalar esta versión se sigue el mismo procedimiento
de instalación y ejecución, solo que ahora se debe descar uno de los archivos gmolden.
Ahora si, una vez en el modo Density/orbital nos aparacen los siguientes menus:
Plot Function
Orbital: En una nueva ventana vemos el número del orbital molecular, su eigenvalue,
y la ocupación. Si seleccionamos uno de estos en la ventana de visualización vemos la
representación en 2D del correspondiente orbital.
Homo/Lumo: Nos muestra automáticamente en 2D el orbital HOMO o LUMO.
Density/Laplac. Lee la densidad electrónica y calcula una grilla. Calcula una grilla para
el laplaciano de la densidad.
Bonds: Diferencia entre la densidad molecular y la atómica.
Atomic: Extrae la densidad atómica a partir del archivo de entrada según la base.
Overlap: De acuerdo a la base calcula la densidad de sobrelapamiento entre átomos.
Elec. Pot: Calcula una grilla del potencial electrostático verdadero, derivado de cargas, o
derivado de multipolos.
Miscellaneuos
Plotplane: Abre una ventana donde por medio de comandos se puede modificar el plano de
corte para las gráficas de orbitales y densidad en planos moleculares 2D.Es posible indicar
los puntos o átomos que forma el plano, el centro de este, los ejes, y el número de puntos
por eje. En la ventana se muestra los comandos, su función y su forma de escritura.
Max/Mini: Indica en la gráfica los valores máximos y mı́nimos.
Postscript: Guarda la gŕafica como postscript según el nombre que se introduzca.
Mol. Mode: Regresa al modo original de molden.
Plot Mode
Euclid: Muestra los orbitales o mapas de densidad como planos de contorno
3D: Gráficas en 3D, donde el plano XY corresponde a un plano espacial de la molécula, y

en el eje Z el valor de contorno por cada punto del plano XY (Los ejes del plano se pueden
modificar en Plotplane).
3D-X: Igual que 3D para la imagen se presenta en la interfaz de Unix Xwindows.
Space: Calcula mapas de iso-superficie en una grilla 3D del espacio de la molécula. El

programa pide un valor de contorno (valor numérico que indica la elevación relativa) ge-
neralmente 0.02 y 0.01 son un valor apropiado.
Los otros 3 botones y menu los veremos más adelante aplicados a ejemplos.
13.8.1. Graficando Orbitales Moleculares

1. Primero abrimos un archivo de un cálculo de energı́a en GAMEES de la molécula de
Cinamaldehı́do.
2. Vamos a Dens. Mode.
3. Seleccionamos la herramienta Orbital.
4. Seleccionamos cualquier orbital, por ejemplo el primero, y como podemos ver en la figura
13.16 nos aparece el orbital en 3D.
Figura 13.16: Primer Orbital molecular del Cinamaldehı́do.
5. Ahora por ejemplo activamos la casilla HOMO, vamos a la herramienta Space asignamos
un valor de contorno de 0.02 y obtenemos un gráfica en el espacio del orbital HOMO,
Figura 13.17
Figura 13.17: Orbital HOMO del Cinamaldehı́do en el espacio.
6. Activamos la casilla y nos muestra el orbital HOMO usando OpenGL (esto solo
funciona con gmolden). Ası́ obtenemos el mismo orbital pero con en alta calidad gráfica
Figura 13.18.
Figura 13.18: Orbital HOMO del Cinamaldehı́do con gmolden.
7. Por último para visualizar el orbital (o un mapa de densidad) en el modo molecular vamos
al botón
De forma similar para graficar la densidad electrónica. En dens. mode vamos al botón Density,
en Space ajustamos un valor de contorno, y graficamos en OpenGL (Figura 13.19)
Figura 13.19: Isodensidad del Cinalmadehı́do

13.8.2. Superficies de Potencial electrostático

Molden puede crear superficies de isodensidad por colores para el potencial electrostático de
alta calidad si se utiliza la versión gmolden (Ver sección Orbital/Density mode). Para hacer
esto debemos seguir los siguientes pasos
1. Abrir con gmolden una salida de un cálculo de energı́a de GAMESS o GAUSSIAN.
2. Ir al modo Density (Ver sección Orbital/Density mode)
3. Graficar la densidad electrónica, haciendo click en el botón Density
4. Graficar en el espacio la densidad electrónica asignando un valor de contorno, por ejemplo

0.02.
5. Guardar la grilla generada, con el botón Write Grid. La grilla queda guardada en el
directorio desde el cual se ejecutó gmolden bajo el nombre de 3dgridfile
6. Desde una consola de linux modificamos el nombre del archivo 3dgridfile a por ejemplo
3dgridfile dens
$ mv 3dgridfile 3dgridfile dens
7. De nuevo en gmolden, calculamos el potencial electrostático dando click en el botón Elec.

Pot. Se nos desplegarán 3 opciones: el potencial electrostático verdadero, derivado de las
cargas, o derivado de multipolos, seleccione uno de estos tres. Esta operación puede tardar
un buen tiempo en especial si es potencial electrostático verdadero, podrá ver el progeso
en la consola de linux, o en la parte inferior de la ventana de gmolden.
8. Ahora se guarda la nueva grilla generada, de nuevo con Write Grid
9. Desde una consola de linux cambiamos el nombre al archivo generado con la grilla del
potencial electrostático
$ mv 3dgridfile 3dgridfile esp
10. Ahora modificamos de nuevo el nombre del archivo con la grilla de densidad electrónica al
nombre original
$ mv 3dgridfile dens 3dgridfile
11. En gmolden le decimos que lea una grilla desde un archivo con e botón Read Grid y luego
Replace Grid. gmolden unicamente cargará el archivo 3dgridfile.
12. Damos click en el botón y seleccionamos Color Mapped.

13. Nos aparecerá una ventana llamada Mapped Surface, en el campo Map File: escribmos
el nombre del archivo que tiene la grilla con el potencial electrostático, y verificamos que
en la casilla de al lado esté Molden Gridfile, y en la casilla debajo de esta seleccionamos
VRML2.0. En esta ventana podemos ajustar el valor de contorno, el rango apolar, y lo
más importante los rangos de colores según el potencial, los cuales cuadramos a gusto
basándonos en el valor de potencial máximo y mı́nmo que aparecen indicados en la consola
de linux donde se ejecutó gmolden.
14. Debido a errores en el programa, debemos repetir los dos pasos anteriores pero ahora
seleccionando OpenGL screen en lugar de VRML2.0. Si no hacemos esto no veremos ninguna
superficie, o si solo seleccionamos OpenGL screen no podremos girar la molécula.
15. Al terminar debemos obtener en la ventana de visualización la superficie de potencial elec-

trostático, y una nueva ventana donde podemos seleccionar las superficies. Como ejemplo
en la figura 13.20 se muestra el potencial electrostático para la molécula de Cinamaldehı́do.
Figura 13.20: Superficie de isodensidad para el potencial electrostático del Cinalmadehı́do

Figura 13.21: Superficie de isodensidad para el potencial electrostático del Cinalmadehı́do
13.9. Proteı́nas con Molden

Una de las ventajas de molden es la forma tan sencilla que posee para crear y editar proteı́nas.
En este manual veremos como crear una protéina desde cero, y algunas herramientas que nos
facilitarán la visualizanción de estas.
1. Ejecutamos gmolden sin abrir ningun archivo existente.
2. Activamos la opción Solid y luego Ball & Stick
3. Abrimos el editor de matrices Z ZMAT editor
4. Vamos a la herramienta Substitute atom by fragment
5. Nos aparece una lista de algunos fragmentos de moléculas, damos click en more y nos
aparece una lista más pequeñaa, en esta escogemos Sequence
6. Aparecerá una pequeña ventana llamada Build Sequence Window como se muestra en la
figura 13.22
13.9 Proteı́nas con Molden 93
Figura 13.22: Ventana de construcción de secuencias
En esta ventana nos aparecen los 20 residuos de aminoácidos, a medida que seleccionamos
uno de ellos en el campo naranja se va indicando la secuencia escrita, desde el N terminal
hasta el C terminal. Podemos seleccionar el tipo de conformación para la secuencia que
estamos construyendo, entre hélice alfa, beta, y giro. También podemos ajustar los ángulos
ψ y φ para toda la secuencia, aunque más adelante veremos que podemos modificarlos de
nuevo pero por cada residuo. Una vez hemos terminado damos click en build.
En la ventana de visualización veremos nuestra secuencia de aminoácidos, y en el editor
de matrices Z vemos una pequeña matriz compuesta de Código de 3 letas para los
aminoácidos, los ángulos φ, ψ y χ los cuales podemos modificar a gusto. Si damos click
izquierdo sobre el código de tres letras de uno de los residuos nos aparece una pequeña
lista con herramientas como, eliminar, reemplazar, insertar, centrar, mostrar, ocultar y de
ajuste de rotameros. Ver figura 13.23
Figura 13.23: Ventana de construcción de secuencias

Para agregar una nueva secuencia sobre la anterior seleccionamos el último aminoácido (el

C-terminal) y le damos click izquierdo, y nos aparecerá la opción Add que de nuevo nos
abre la ventana de la figura 13.22
7. Para guardar nuestra proteı́na escribimos el nombre del archivo en la casilla File name
?, activamos la casilla Cartesian, seleccionamos Mol2 y por último Write Z-Matrix. De
esta forma podremos abrir en un futuro la matriz Z comprimida de nuestra secuencia de
aminoácidos como tal, de lo contrario molden lo reconocerá como cualquier archivo de
coordenadas XYZ o una matriz Z.
8. Una vez hemos terminado de agregar fragmentos a nuestra secuencia (No antes, debido a
errores en el programa) en la ventana de Control activamos la casilla Backbone, con este
molden representará la secuencia únicamente como estructuras hélices alfa, beta, y giros.
Ahora se nos activaran las herramientas Add Backbone, donde tenemos 3 principales he-
rramientas
Res. Comm.: Abre una ventana que permite introducir comandos para modificar la
representación del esqueleto carbonado de la secuencia. Por ejemplo ver unicamente
los residuos aromáticos (Comando aro), ocultar todos los aminoácidos (Clear), o
agregar superficies (add surf). En la ventana aparecen todos los comandos disponibles
y su forma de introducción.
Residue: Nos permite seleccionar con el cursor cuales aminoácidos queremos mostrar
u ocultar. Cuando se pasa el cursor sobre un aminoácido el programa muestra el
código de tres letras y su posición en la secuencia.
HetAtm: Al dar click se despliega un listado de los diferentes tipos de estructura que
reconoce molden en el esqueleto carbonado, generalmente hélices alfa, y hojas beta.
Cuando seleccionamos una de estas, por primera vez, se oculta este tipo de estructura,
si la seleccionamos por segunda vez podremos escoger el color que queremos para
visualizarla.
13.9.1. Visualizando Proteı́nas con Molden

Molden, o mejor gmolden, es capaz de leer archivos en formato .pdb (Protein Data Bank
Files), en este tipo formato se guarda información de macromoléculas como estructuras tridimen-
sional predefinidas, los átomos que corresponden a dichas estructuras, su disposición espacial,
datos cristalográficos y espectroscópicos, entre otros. En este manual vamos a mostrar algunas
herramientas que pueden ser usadas para tener una buena representación gráfica de una pro-
teı́na, tomando como ejemplo la Hemoglobina (Archivo pdb conseguido de
http://wbiomed.curtin.edu.au/biochem/tutorials/pdb/index.html
Al ejecutar el arhivo .pdb con gmolden veremos la hemoglobina como se muestra en la

figura 13.24
Figura 13.24: Hemoglobina 1
Ahora activamos la opción Ball & Stick y la casilla Backbone, ver Figura 13.25
Figura 13.25: Hemoglobina 2, Opciones Ball & Stick y Backbone
Como vemos tenemos la hemoglobina representada como hélices alfa de color verde.
Damos click en la herramienta HetAtm seleccionamos HEM1 (estructura definida en el ar-
chivo .pdb, corresponde al grupo hemo) y le asignamos el color azul, luego seleccionamos
HEM2 con color rojo, y PO4 (un grupo fosfato) con color naranja, ver figura 13.26
Figura 13.26: Hemoglobina 3, Grupos hemos en azul y rojo
Vamos al menu de herramientas de colores con el icono , y seleccionamos la op-

ción Chain como tenemos dos secuencias separadas (las subunidades alfa y beta de la
hemoglobina) nos aparecerá una pequeña lista enumerando la cantidad de secuencias, se-
leccionamos una de ellas y les asignamos un color distinto, rojo y verde. Ver figura 13.27.
En este menu también podemos ajustar el color de fondo y color de los átomos.
Figura 13.27: Hemoglobina 4, Subunidades alfa y beta en color rojo y verde
Ahora llevamos el cursor sobre uno de los grupos hemo, y damos click izquierdo y derecho
al mismo tiempo
Se nos despliega un pequeño menu donde podemos ajustar, para el grupo o átomo selec-
ciondo, opciones como centrar, ver las conexiones con otros átomos, color, mostrar/ocultar
hidrógenos, calcular cargas o superficies. Esta resulta ser la forma más sencilla de modificar
la representación de nuestra molécula (no solo proteı́nas).
Como ejemplo seleccionamos Add to Surface, escogemos como superficie la densidad

electrónica Elec. Density Surf., y le damos Create Surface
Por último en la ventana de visualización oprimos las teclas 1 y 2 que nos permitar activar
o desactivar sombras e iluminaciones. Finalmente llegamos a la figura 13.28
Figura 13.28: Hemoglobina 5
Este tutorial en particular, se construyó con basen la practica ya que hasta la fecha no se
consiguen manuales completos de molden.
99
Apendice 5: Manual de gabedit
Manual original: https://sites.google.com/site/allouchear/Home/gabedit/manual

100 Apendice 5: Manual de gabedit
Gabedit
Version 2.1.0
By
Abdul-Rahman ALLOUCHE
Laboratoire de Spectrométrie Ionique et Moléculaire - UMR 5579

CNRS et Université Claude Bernard Lyon1
Copyright (C) 20022007 AbdulRahman ALLOUCHE
http://gabedit.sourceforge.net
Gabedit Manual Version 2.1.0 1/24

101
Table of content
1) What is Gabedit? ................................................................................................................................... 3
2) Platforms ................................................................................................................................................. 3
3) Availability ............................................................................................................................................ 3
4) Citation .................................................................................................................................................. 4
5) License ................................................................................................................................................... 4
6) Installation ............................................................................................................................................. 4
7) Detailed instruction for building molecule, creation of input file and submit a job with
Gaussian, Molcas, Molpro, PCGamess, MPQC and Q-Chem............................................................ 6
7-1 Building Molecules ....................................................................................................................... 6
7-2 Creation of an input file for Gamess-US and PCGamess ............................................................. 7
7-3 Creation of an input file for Gaussian ......................................................................................... 7
7-4 Creation of an input file for Molcas ............................................................................................ 8
7-5 Creation of an input file for Molpro ............................................................................................ 9
7-6 Creation of an input file for MPQC .............................................................................................11
7-7 Creation of an input file for Q-Chem ...........................................................................................12
7-8 Submit the job ...............................................................................................................................13
7-9 Visualizing the Results .................................................................................................................14
Visualizing of orbitals, density or other (from a cube file) ....................................................15
Visualizing of dipole, xyz axes and the principal axes of molecule ...................................... 16
Animation of vibration ......................................................................................................... 17
Animation of rotation ........................................................................................................... 17
Animation of geometry convergence .....................................................................................18
Animation of contours ...........................................................................................................18
Animation of planes colorcoded ............................................................................................19
8) The Gabedit format (.gab) ......................................................................................................................20
9) The Gabedit cube Format (.gcube) ........................................................................................................23
10) Tutorial ..................................................................................................................................................24

1) What is Gabedit ?
Gabedit is a graphical user interface to computational chemistry packages like Gamess-US, Gaussian,
Molcas, Molpro, MPQC PCGamess and Q-Chem
It can display a variety of calculation results including support for most major molecular file formats. The
advanced "Molecule Builder" allows to rapidly sketch in molecules and examine them in 3D. Graphics can be
exported to various formats, including animations.
Major features
● Gabedit can creates input file for GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC
PCGamess and Q-Chem.
● Gabedit can graphically display a variety of Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC,
PCGamess, Q-Chem and (partially) ADF calculation results, including the following
● Molecular orbitals.
● Surfaces from the electron density, electrostatic potential, NMR shielding density, and other
properties.
● Surfaces may be displayed in solid, translucent and wire mesh modes. they are can be colorcoded
by a separate property.
● Contours (colorcoded), Planes colorcoded, Dipole. XYZ axes and the principal axes of the
molecule.
● Animation of the normal modes corresponding to vibrational frequencies.
● Animation of the rotation of geometry, surfaces, contours, planes colorcoded, xyz and the
principal axes of the molecule.
● Animation of contours, Animation of planes colorcoded.
● Gabedit can display UV-Vis, IR and Raman computed spectra.
● Gabedit can generate a povray file for geometry (including hydrogen's bond),surfaces (including
colorcoded surfaces), contours, planes colorcoded.
● Gabedit can save picture in BMP, JPEG, PNG, PPM and PS format.
● Gabedit can generate automatically a series of pictures for animation (vibration, geometry convergence,
rotation, contours, planes colorcoded).
2) Platforms
Gabedit is pretty much platform independent. Up to now It has tested on Windows(XP, 2000, Vista), Linux
(RedHat, Mandrake, Debian), MacOSX and UNIX (Digital TRU64, Sun Ultra, IBM AIX....)
Gabedit is written in C and uses the gtk+ and OpenGL (or Mesa3D) libraries.
Please note : the 2.4.x ( or higher) version of Gtk+ is required for this version of Gabedit.
The gtk+ and OpenGL(or Mesa3D) graphics libraries are available on many UNIX systems, LINUX and
also on WINDOWS.
3) Availability
Gabedit is free. The source files are available. Precompiled executable files are available for Linux, Mac OS
X11 and Windows systems.

103
4) Citation
Please use the following citations in any report or publication :
A.R. ALLOUCHE, Gabedit is a free Graphical User Interface for computational chemistry packages. It is
available from http://gabedit.sourceforge.net/
5) License
Copyright (C) 2002-2007 Abdul-Rahman Allouche .
All rights reserved
Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of this software(the Gabedit)
and associated documentation files , to deal in the Software without restriction, including without limitation
the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software,
and to permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
The above copyright notice and this permission notice shall be included in all copies or substantial portions
of the Software.
THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR
OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,
ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
DEALINGS IN THE SOFTWARE.
6) Installation
6-1 Requirements
OpenGL (or Mesa3D) and gtk+.2.4.x (or higher) libraries for UNIX.
Nothing for Linux, MacOSX11 and Windows system.
6-2 Unpack and install under Linux (and UNIX) system using the source files
download Gabedit210Src.tar.gz file from http://gabedit.sourceforge.net/

Execute the following commands:
gunzip Gabedit210Src.tar.gz
tar -xvf Gabedit210Src.tar
cd Gabedit210Src
make
/gabedit
6-3 Unpack and install under Linux system using the binary files
6-3-1 Gtk2+ is installed in your system

download Gabedit207LinuxI386Glibc23.gz from http://gabedit.sourceforge.net/
gunzip Gabedit210LinuxI386Glibc23.gz
cp Gabedit210LinuxI386Glibc23 gabedit
chmod u+x gabedit
./gabedit
6-3-2 Gtk2+ is not installed in your system

download Gabedit210LinuxI386Glibc23IncludingGTKLib.tar.gz
gunzip Gabedit210LinuxI386Glibc23IncludingGTKLib.tar.gz
tar -xvf Gabedit210LinuxI386Glibc23IncludingGTKLib.tar
cd Gabedit
./gabedit
6-4 Unpack and install under MacOSX11 using the binary file
download Gabedit207MacOSX.tar.gz file from http://gabedit.sourceforge.net/

Execute the following commands (under X11) :
gunzip Gabedit210MacOSX.tar.gz
tar -xvf Gabedit210MacOSX.tar
cd Gabedit210MacOSX11
./gabedit.sh
6-5 Unpack and install under Windows system
download setupGabedit210.exe file from http://gabedit.sourceforge.net/

Click to setupGabedit210.exe file.
Execute the Gabedit.exe program

105
7) Detailed instructions for building molecule, creation of input file

and submit a job with Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro,
MPQC, PCGamess and Q-Chem
7-1 Building Molecules

From the principal menu of Gabedit, select Geometry/Draw. You can also click to 'Draw Geometry'
icon ( ). You will obtain a new window (black by default).
You can use it to rapidly sketch in molecules and examine them in three dimensions.
For this, Gabedit offers various possibilities :
1) You can read the structure of a molecule from a existing file.
For this using the right button of mouse, click in drawing area (black by default) and select Read.
2) You can build linear molecules, ring molecules, molecules with an axis of symmetry, Polypeptides,
Polynucleic acids, nanotubes. For this click on drawing area (with right button of mouse) and select
Build.
3) You can also build molecules from atoms or fragments (From Add/Your Fragment).
About 100 fragments are at disposable in Gabedit. You can also create your personal fragments.
4) You can modify the molecule in 3D. For this,
First : Select one or some atoms by using icon for a free selection or icon for select a fragment
of molecule. These 2 icons are in the toolbar window of 'Draw Geometry' window (right-hand side
of this window). You can use the Shift key of keyboard to select separated fragments.
Then :
- You can move or rotate the selected atoms by using , or icons.
Note that you can measure atom-atom distance, angles and torsion angles. For this, click to the
icon and select four atoms of the molecule.

- To delete the selected atoms click to icon and click on one of the selected atoms.
- To add(or replace) an atom click to icon and select the atom to be inserted (by clicking on
icon). Then click on drawing area. If you have clicked on an atom, this atom is replaced.
5) You can optimize the structure by a Molecular Mechanics calculation implemented in Gabedit. For
this, select Molecular Mechanics/Optimization. Set your favorite parameters and click to OK button.
6) You can run a Molecular dynamic simulation by a Molecular Mechanics calculation implemented in
Gabedit. For this, select Molecular Mechanics/Molecular Dynamics. Set your favorite parameters
and click to OK button.
7-2 Creation of an input file for Gamess-US or PCGamess
Close the geometry window.

On the principal toolbar, Click to Gamess( for Gamess-US or for PCGamess) icon (you can also
use the principal menu : File/New).
You will obtain a new window.
Then, select charge of system and spin multiplicity of your system.

select your method (Run type, SCF Type, Correlation type), basis (BASIS Frame)
After clicking on the OK button, Gabedit generates the input file and puts this file in a text editor.
Your can use the text editor to edit this file.
7-3 Creation of an input file for Gaussian

On the principal toolbar, Click to Gaussian( ) icon (you can also use the principal menu :
File/New/Gaussian Input).

107
Then, select your method (METHOD Frame), basis (BASIS Frame) and the type of calculation (single
point or Geometry optimization) (TYPE Frame).
Your can use the text editor to edit this file.
7-4 Creation of an input file for Molcas

On the principal toolbar, Click to Molcas( ) icon (you can also use the principal menu :
File/New/Molcas).
You will have a new window.
Gabedit detects the symmetry of molecule and the list of atoms to insert in the input file.
Gabedit use default tolerance parameters for compute the symmetry.
By clicking on Tolerance button you can change these parameters.

By default Gabedit set the basis to STO3G for all atoms. You can change this basis by clicking on
Set Basis button.
Choose the method (from the SCF Program frame).
Your can use the text editor for editing this file.
To choose the basis for an atom :

Select the atom from the left list.
Select the basis for the selected atom
from the right list.
Finally click to OK button.
7-5 Creation of an input file for Molpro

On the principal toolbar, Click to Molpro( ) icon (you can also use the principal menu :
File/New/Molpro Input). You will obtain a new window.
Gabedit sets the general parameters to default values in Molpro. You can change these parameters in
this window.
Click to NEXT button.
109

In this window, you obtain the geometry
(XYZ or ZMatrix) of your molecule.
By default no variables coordinates are
defined. To define the coordinates
(VARIABLES) to optimize for a geometry
optimization : Click (with right button of
the mouse) on the list of coordinates. To
select the are to be changed in the
optimization process. (In the example, they
are XO5, YO5, ZO5, XO9, YO9, ZO9).
You can also click (right button of mouse)
on the list of VARIABLES for render fixed
the selected ones.
To modify the coordinates of an atom (or a
variable) double click on this atom and
modify.
From the pop up menu (right button of
mouse) you have also other utilities : sort,
multiply by a0 , divide by a0, convert in Z
matrix (or in xyz ), draw your geometry...

You will obtain a new window for choose the basis sets for the various atoms.
To choose the basis for an atom :

- Select the atom from the left list.
- From the right list, Select the ECP and/or
the basis for selected atom.

You will get a new window for choose the calculation methods.

To choose a method click to the list of

the methods, available at the top of the
window.
To change the default parameters of

this method, click to buttons at the
bottom of the window.
To add a further method, click to the

list of methods (at top of the window).
After clicking on the FINISH button, Gabedit generates the input file and puts this file in a text editor.
7-6 Creation of an input file for MPQC

On the principal toolbar, Click to MPQC( ) icon
Select the group symmetry.

Select the type of calculation : single point, optimization (local minimum or transition state).

111
Set the parameters (Charge, multiplicity, method, basis...) used for computing the molecule's energy.
Set the parameters (Charge, multiplicity, method, basis...) used for computing guess wave function.
Select the properties to calculate (atomic natural orbitals, natural populations, frequencies).
7-7 Creation of an input file for Q-Chem

On the principal toolbar, Click to Q-Chem( ) icon. You will obtain a new window.
Set the parameters.


7-8 Submit a job.
Click to run ( ) icon. You will get a new window.
Set the directory (Local Directory :).
Set the name of the input file (Save data
in file :)
click to OK button for submit your job.
A) Command for submit a job

Gabedit set this command to 'gms', 'nohup g98', 'nohup molcas' , 'nohup molpro' and 'nohup mpqc' for
Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro and MPQC respectively. However you can modify the default
value from Settings/Preferences of the principal menu of Gabedit.
Under Windows :
If you want to use winGamess, you shoud set the winGamess directory from Settings/Preferences.
If you want to use PCGamess, you shoud set the PCGamess directory from Settings/Preferences.
For run Gamess-US the default command is gamess.05.exe. If you version of Gamess-US is not 05,
you should replace 05 by the number version of your Gamess version.
Under Unix (Linux or MacOS X11) :

if you want to use Gamess-US, you should change the 'gms' and 'rungms' scripts of Gamess-US :
In 'gms' file : replace line './rungms $JOB $VERNO $NNODES >& $LOGFILE' by the 2 lines :
set GAMESS_INSTALL_DIR=`dirname $0`
$GAMESS_INSTALL_DIR/rungms $JOB $VERNO $NNODES >& $LOGFILE
In 'rungms' file replace set GMSPATH=./ by
set GMSPATH=`dirname $0`
You can also use any command with any number of parameters but the last parameter should be the name
of the input file. In Gabedit/utils directory, you have several examples for run Gamess-Us, Gaussian, Molcas,
Molpro and MPQC using a batch system (PBD, LSF or LoadLeveler batch system). You should be
install the shell command on your remote server. Edit the shell file and set the correct value of
parameters which correspond to your Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro or MPQC installation.
B) Submit a job on a remote server

You can submit your job on your local machine (only on Linux and unix systems) or on a remote

113
server. For Windows system, you can not run Gaussian, Molcas, Molpro and MPQC on your local
machine. You should submit your job on a remote (Linux or Unix) server.
For submit your job on a remote server, you should configure Gabedit to obtain the default network
protocol (rsh or ssh). For this, select Settings/Preferences of the principal menu of Gabedit and click to
'Other' Window. Then select your favourite protocol. Select also your favourite Batch system.
* For windows system :

– you should select the program pscp and plink (these 2 programs are in Gabedit installation
directory).
– You should execute putty program (once is enough), for add your server on the list of authorized
servers.
* For linux(and unix) system : click to Help button for obtain all the informations about the
configuration of your system, configuration required for being able to submit a job on a remote
server.
After submitting your job, you can show the list of your jobs on the remote server (and kill a job if
necessary). For this, select Tools/Batch/Remote/User from the principal menu of Gabedit.
7-9 Visualizing the Results

Select the notebook of the output file.
- Click to Update/end button, if your job is submitted on the local machine.
- Click to Get All files button, if your job is submitted on a remote machine.
- You can visualize the geometry convergence by clicking on the Geom.

Conv. Button.
- Click to Dens. Orb button, for visualize the orbitals, the electronic density,
electric dipole or the vibration.

Visualizing orbitals, density or other :

After clicking on the Dens. Orb. button (or on the icon from the principal toolbar of Gabedit),
you will obtain a new window.
- You can read orbitals from a : Gaussian output file, Molpro output file, Gabedit file or Molden file.
For this using the right button of mouse, click in drawing area (black by default) and select Orbitals
from the pop up menu. Choose a type of file and the the file.
After reading the orbitals, you can select (you will have a window with the list of all orbitals) an
orbital. You can also calculate the electronic density using these orbitals ( Density/Electronic from the
pop up menu).
For choose the isovalue, select Surfaces/resetisovalue from the pop up menu.
For create a new surface select Surfaces/new surface from the pop up menu.
For delete all surfaces select Surfaces/Delete All from the pop up menu.
For choose the type of surface, select Render/Surface from the pop up menu.
You can use the rotation ( , ), zoom ( ) and perspective ( )icons. Then by moving the
mouse while holding down the left button you can obtain an optimal image.
You can also obtain an optimal image by clicking on "O" button.
You can also obtain an optimal image by setting the camera parameters. For this select Set/Camera
from the pop up menu.
Finally, you can create a povray file by selecting Export/Povray from the pop up menu.
Finally, you can save the image on a BMP, PPM, JPEG, PNG, or PS file by selecting Screen Capture
from the pop up menu.
- You can also read orbitals, density, electrostatic potential, laplacian from a cube file.
The cube format file supported by Gabedit are : Gaussian cube file (orbitals, density, potential,
laplacian), Molpro cube file(orbitals, density, potential, laplacian), Gabedit cube file (see the last
page of the manual), ADF tape 41 (orbitals and density), M2MSI ( ASCII format from Molcas
software).
For read a cube file, select Cube from the pop up menu, the choose the format file.
With Gabedit you can also subtract grid data from a file from the currently loaded data by selecting
Cube/Subtract from the pop up menu.
- With Gabedit you can also create an isosurface colorcoded with another grid. For this :
– read (or create from orbitals) the grid used to color the surface.
– Save this grid in Gabedit cube file.
– read (or create from orbitals) the grid colorcoded by the old grid.
– Form the pop up menu, select Cube/Color Mapping and read the Gabedit cube file.

115
– At the bottom of the Drawing window, set the min and the max values used to color the surface.
What this ? Water molecule, HOMO orbital colorcoded with the electronic density. Isovalue = 0.1
Visualizing of dipole, xyz axes and the principal axes of molecule.

Gabedit read orbitals, geometry and dipole from the output file of Gaussian and Molpro.
However you can set the x, y and z components of dipole. For this from the pop up menu select
Set/Dipole and set your values. You can also change the color used for draw the dipole.
You can also compute the dipole, numerically, from the electronic density :
Set/Compute Dipole from density.
To show xyz axes, select Render/Show XYZ axes (from the pop up menu).
To change the color used for draw these axes, select Set/XYZ axes properties.
To show the principal axes, select Render/Show the principal axes (from the pop up menu).
To change the color used for draw these axes, select Set/ the principal axes properties.

Animation of vibration :
From the pop up menu select Animation/Vibration. You will obtain a new window.
1) From the menu of this window (or from the pop up menu of this
window obtain by clicking(right button of mouse) on the list of
frequencies), choose the type of file to read.
With Gabedit you can read frequencies and the normal modes from:
- a Gaussian output file
- a Molpro ouput file
- an ADF(version 2004) output file
- a Gabedit file
- a Molden file
2) Select a frequency from the list.
3) Set the value of Scale factor, Time step, Arrow radius and
Steps by cycle parameters (if necessary).
3) By rotation and zoom find the optimal image.
4) Click to Play button for animate the vibration.
5) Click to Stop button for stop the animation.
6) For create a animated file, select Create a series of BMP images

and click to Play button. After one cycle you can stop the
animation. Using convert program, you can create a MNG or a GIF
animated file from the BMP files generated by Gabedit.
Animation of rotation :
From the pop up menu select Animation/Rotation. You will obtain a new window.
Choose the axis of rotation.
By rotation and zoom, find the optimal
image.
Click to Play button for animate the

rotation.
You can also create an animated file for

this animation (see the vibration animation
section).

117
Animation of geometry convergence :

From the pop up menu select Animation/geometry convergence.
By rotation and zoom, find the optimal image.
Click to Play button for start animation.
You can also create an animated file for this animation (see
the vibration animation section).
Animation of contours :
From the pop up menu select Animation/Contours

Select the direction, min isovalue, max isovalue, and the number of contours in each plane.
Set the min and the max value used for create the colormap (On the bottom of the left window).
You can also create an animated file for this animation (see the vibration animation section).

Animation of planes colorcoded :

From the pop up menu select Animation/Planes colorcoded You will obtain a new window.

Set the min and the max value used for create the colormap (On the bottom of the left window).
You can also create an animated file for this animation (see the vibration animation section).

119
8) The Gabedit Format (.gab)
Gabedit can support any other programs via the Gabedit format.
Not all of the below sections are required, you could have
{[Atoms],[Basis] and [MO]} , here [AO] is optional (this is used for calculate the difference between the
electronic density of molecule and the electronic density of atoms).
Or { [GEOCONV] with [GEOMETRIES]},
Or { [FREQ],[FR-COORD],[FR-NORM-COORD], here [INT] is optional}
First Line:
[Gabedit Format] (Sphe | Cart)
The workings are with Spherical or Cartesian Gaussian Basis format, indicated by the Sphe or Cart keyword.
Coordinates of Atoms for the Electron Density/Molecular orbitals:
[Atoms] (Angs|AU)
element_name number atomic_number x y z
...
The workings are with Angstroms or Atomic Units, indicated by the Angs or AU keyword.
Specification of the basisset consisting of contracted Gaussian Type Orbitals.
[Basis]
atom_sequence_number1 0
shell_label number_of_primitives 1.00
exponent_primitive_1 contraction_coefficient_1 (contraction_coefficient_1)
...
empty line
atom_sequence__number2 0
shell_label number_of_primitives 1.00
exponent_primitive_1 contraction_coefficient_1 (contraction_coefficient_1)
...
empty line
recognized shell_labels:
's','p','d','f','g','h','i','j','k','sp', 'sd', ....
For 'sp', 'sd'... shells two contraction coefficients must be given, for both first and second functions.
All workings with the [Basis] keyword are in Atomic Units.
Specification of the molecular orbitals.
The molecular orbitals and their occupation number are specified in the [MO] section. From this information a
density matrix can be constructed.
[MO]
Sym= symmetry_label_1
Ene= mo_energy_1
Spin= (Alpha|Beta)
Occup= mo_occupation_number_1
ao_number_1 mo_coefficient_1
...
ao_number_n mo_coefficient_n
....

Sym= symmetry_label_N
Ene= mo_energy_N
Spin= (Alpha|Beta)
Occup= mo_occupation_number_N
ao_number_1 mo_coefficient_1
...
ao_number_n mo_coefficient_n
Specification of the atomic orbitals.
The atomic orbitals and their occupation number are specified in the [AO] section.
[AO]
Atom= Atomic Symbol_1
Sym= symmetry_label_1
Ene= ao_energy_1
Spin= (Alpha|Beta)
Occup= ao_occupation_number_1
ao_number_1 ao_coefficient_1
...
ao_number_n ao_coefficient_n
....
Atom= Atomic Symbol_i
Sym= symmetry_label_N
Ene= ao_energy_N
Spin= (Alpha|Beta)
Occup= ao_occupation_number_N
ao_number_1 ao_coefficient_1
...
ao_number_n ao_coefficient_n
Specification of frequencies and corresponding normal coordinates.
The atomic coordinates x,y,z and atomic displacements dx,dy,dz are all in Bohr (Atomic Unit of length).
[FREQ]
frequency_1
...
frequency_n
[FR-COORD]
atom_1_element_string x y z
...
atom_n_element_string x y z
[FR-NORM-COORD]
vibration vibration_number_1
atom_1_dx atom_1_dy atom_1_dz
...
atom_n_dx atom_n_dy atom_n_dz
....
vibration vibration_number_N
atom_1_dx atom_1_dy atom_1_dz
...
atom_n_dx atom_n_dy atom_n_dz
[INT]
ir_intensity_1 raman_intensity_1
...

121
ir_intensity_n raman_intensity_n
The Geometry Convergence section
The max-force, rms-force, max-step and rms-step sections are optional.

The atomic coordinates x,y,z are in angstroms unit.
[GEOCONV]
energy
geometry1_energy
...
geometryn_energy
max-force
geometry_1_maximum_force
...
geometry_n_maximum_force
rms-force
geometry_1_rms_force
...
geometry_n_rms_force
max-step
geometry_1_maximum_step
...
geometry_n_maximum_step
rms-step
geometry_1_rms_step
...
geometry_n_rms_step
[GEOMETRIES]
Number_of_atoms
title or empty line (Geometry number 1)
...
atom_(Number_of_atoms)_element_string x y z
...
...
...
Number_of_atoms
title or empty line (Geometry number n)
...
atom_(Number_of_atoms)_element_string x y z
The Molecular Dynamics section
Coord in Ang, Velocity in AKMA, time in fs, Energy in Kcal/mol. residuNumber=0,1,2....

[MD]
number_of_geometries
nAtoms time(fs) TotalEnery KineticEnergy PotentialEnergy
Symbol_1 X_1 Y_1 Z_1 VX_1 VY_1 VZ_1 Charge AmberType PDBType ResiduName ResiduNumber

......
Symbol_n X_n Y_n Z_n VX_n VY_n VZ_n Charge AmberType PDBType ResiduName ResiduNumber
......
......
.......
nAtoms time(fs) TotalEnery KineticEnergy PotentialEnergy
Symbol_1 X_1 Y_1 Z_1 VX_1 VY_1 VZ_1 Charge AmberType PDBType ResiduName ResiduNumber
......
Symbol_n X_n Y_n Z_n VX_n VY_n VZ_n Charge AmberType PDBType ResiduName ResiduNumber
Finally, in the Gabedit/utils/examples directory you have 3 examples files with Gabedit format.
These 3 files are also available on the Gabedit home page :
http://gabedit.sourceforge.net/Examples/exampleCartezian.gab
http://gabedit.sourceforge.net/Examples/exampleSpheric.gab
http://gabedit.sourceforge.net/Examples/exampleGeoConv.gab
9) The Gabedit cube format (.gcube)

The first line is a comment
The second line is a comment
num b e rOfAtoms X-Origin Y-Origin Z-Origin
N1 X1 Y1 Z1 # number of points, X, Y and Z of increments in the slowest running direction
N2 X2 Y2 Z2
N3 X3 Y3 Z3 # number of points, X, Y and Z of increments in the fastest running direction
Z1 Chg1 X1, Y1, Z1 # Atomic number (integer), charge(real), and coordinates for each atom
....
....
(N1*N2) records (length N3) values of the density at each point in the grid. Each row contain 6 reals
separ a te d by a black space. If N 3 is not a multiple of six, then there may be blank space in some lines.
A example of a Gabedit cube file :

Grid file generated by Gabedit
Density
3 -4.000000 -4.000000 -4.000000
40 0.205128 0.000000 0.000000
40 0.000000 0.205128 0.000000
40 0.000000 0.000000 0.205128
8 0.000000 0.000000 0.000000 0.256576
1 0.000000 0.000000 1.456833 -1.026304
1 0.000000 0.000000 -1.456833 -1.026304
-0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
-0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000001 -0.000001
-0.000001 -0.000001 -0.000002 -0.000002 -0.000002 -0.000003
-0.000003 -0.000003 -0.000003 -0.000003 -0.000003 -0.000003
123
-0.000003 -0.000003 -0.000002 -0.000002 -0.000001 -0.000001

-0.000001 -0.000001 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
-0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
-0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
-0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000001 -0.000001 -0.000001
-0.000002 -0.000002 -0.000003 -0.000004 -0.000004 -0.000005
-0.000006 -0.000006 -0.000006 -0.000006 -0.000006 -0.000006
...............................
10) Tutorial
A tutorial for Gabedit is available on the Gabedit home page :
http://gabedit.sourceforge.net/tutorial.html

BIBLIOGRAFÍA 125
Bibliografı́a
[1] http://www.cmbi.ru.nl/molden/howtoget.html
[2] Allouche A, Gabedit-A graphical user interface for computational chemistry softwares, J.
Comp. Chem. 2011, 32, 174-182

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Quı́mica Estructural: Componente

1. Conociendo a MOLDEN, GABEDIT 1

3. Simetrı́a y un poco mas 5

4. Modos normales de vibración y espectros IR 7

5. Superficies de energı́a potencial 9

6. Termoquı́mica, energı́a de atomización, potencial ionización, afinidad electróni-

7. Estado de transición y coordenada de reacción 15

8. Propiedades fı́sicas y quı́micas 21

10.Apendice 1: Como usar UBUNTU en computador con sistema operativo

11.Apendice 2: Tutorial de Linux 27

12.Apendice 3: Editor de Macros EMACS 47

13.Apendice 4: Manual de Molden en Linux 67

Apendice 5: Manual de gabedit 99

Conociendo a MOLDEN, GABEDIT

a) Dibujar moléculas: H2 , NaH, H2 O, CHCH, CHFCHF (cis − trans)

2. Gabedit[2]: Interfaz gráfica a programas de quı́mica computacional como Gamess-US,

a) Dibujar moléculas: H2 , LiH, H2 O, CHCH, CHClCHCl (cis − trans)

• Construir molécula de benceno paso a paso utilizando la matriz Z. Asegurarse que

En esta práctica aprenderemos a:

1. Generar un archivo de input de Gamess:

átomos C, O, N en singlete y triplete

INTERNUCLEAR DISTANCES, ATOMIC BASIS SET, CONTRL OPTIONS, RHF

Crear función de onda molecular a partir OUTPUT para CO

Calcular energı́as de enlace de N2 singlete, CO, O2 (singlete, triplete).

Que es mas estable energéticamente cis o trans 1,2 difluoro eteno?

Simetrı́a y un poco mas

Aprendamos un poco mas de un cálculo de GAMESS:

1. Calcular potencial de ionización y afinidad electrónica de C, O, N

Aprendamos a utilizar la simetrı́a en cálculos:

1. Generaremos archivos de input de Gamess que incluyan simetrı́a: N2 singlete, C2 H2 , C2 H4 ,

2. Analizaremos la simetrı́a de los orbitales resultantes (mirar tabla caracteres en http://www.webqc.org)

Guia de GAMESS para trabajar con simetrı́a:

1. z is the principal rotation axis (if any),

Use the lowest number rule that applies to your molecule.

Some examples of these rules:

• Ammonia (C3v ): the unique H lies in the XZ plane (R1,R3).

• Construya diagramas de orbital molecular para B2 , C2 , N2 , O2 , F2 y Ne2

Construir con simetrı́a etano eclipsado y escalonado

Modos normales de vibración y

1. Optimizaremos la geometrı́a de la molécula H2 O(C2v ) sin y con simetrı́a utilizando la base

2. Utilizaremos las geometrı́as optimizadas para realizar un cálculo HESSIAN

3. Analizaremos partes del output

4. Analizaremos los modos normales de vibración

5. Visualizaremos los modos normales de vibración en GABEDIT

6. Visualizaremos el espectro infrarrojo

7. Realizaremos la corrección (factor de corrección http://cccbdb.nist.gov/vibscalejustx.asp)

8. Compararemos con resultados experimentales

2. Calcular las frecuencias vibracionales del estiramiento C-C?

3. Que puede relacionar la frecuencia con el orden de enlace?

Superficies de energı́a potencial

1. Dibujar molécula de agua en MOLDEN y copiar coordenadas Z

Molécula H-O-O-H (peróxido de hidrógeno)

1. Calcular barrera rotacional

$SYSTEM MWORDS=20 SCFTYP=RHF ICHARG=0 MULT=1 $END

2. Rotación del etano y eteno

a) Calcular barrera rotacional etano

EA = EP + 2EH − EPH2 . (6.1)

Valor experimental 144.7 kcal mol−1

AE = EPH− − EPH2 (6.2)

Valor experimental 29.06 kcal mol−1 .

El potencial de ionización (PI) es la energı́a necesaria para separar un electrón de un átomo o

P I = EPH2 − EPH+ (6.3)

Valor experimental 226.45 kcal mol−1 .

La distancia de 2.0 Å entre los átomos F y C se restringe usando

$CONTRL NZVAR=1 $END