Manejo bsico de ADF

ADF (Amsterdam Density Funtional, siglas en ingles) es un software especializado para el

entendimiento y la prediccin de propiedades en sistemas qumicos (entindase sistemas qumicos a
los tomos y las molculas). En esta gui, encontrara lo bsico en cuanto a construccin y ejecucin de
clculos.

UTILIZACIN DEL GUI

ADF en su paquete contiene un visualizador, el cual permite la construccin, visualizacin de

molculas y ejecucin de clculos. Para ejecutar el visualizador, abra la terminal y escriba adfinput. Le
aparecer una ventana

En la parte superior encontrara la versin de ADF, la barra de herramientas (superior derecha), barra de
ADF. En la parte inferior encontrara la barra de construccin, en la cual encontrara todos los elementos
de la tabla peridica y adicional, los grupos de molculas mas utilizados.

Ademas de la construccin y ejecucin de clculos, el view le permite importar coordenadas y

exportarlas tambin, dependiendo el caso.

Ejemplo de construccin y ejecucin.

Desde el View, se construir la molcula de agua. Para ello seleccione en la barra inferior el elemento
H, despus, dele click al fondo negro del view. As, para el elemento oxigeno y el otro Hidrgeno (en la
X, encontrara mas elementos de la tabla peridica)
Tambin, lo puede construir seleccionando el H, click en el fondo, tecla ESC, selecciona el oxgeno,
click en el fondo, ESC y selecciona el otro hidrgeno, click y ESC. Para enlazar dos tomos, debe
seleccionarlos, para ello selecciona uno, mantiene oprimido la tecla shift y selecciona el otro, en la
barra superior derecha en la opcin Bonds, encontrara aadir enlace.

NOTA: Para eliminar algo (enlace, elemento o molcula) seleccinela y luego oprima suprimir.

Como se menciono anteriormente, en el lado derecho de el visor, encontrara las opciones para ejecutar
un calculo. Primero, en title asignele un nombre (optimizacin_h2o), en preset encontrara diferente
tipos de clculos como: Geometry Optimization, frequencies, IRC, etc. Dependiendo de lo que se
quiera estudiar, se elegir una opcin. Para este caso seleccione Geometry Optimization. (En la pestaa
llamada details, podr hacerle cambios al calculo).

Como se va a trabajar una molcula neutra, la carga y el spin polarization son 0. En XC, encontrara
toda una familia de funcionales, seleccione PBE. Para la base, seleccione una QZ4P. Y lo dems lo
dejara por default.
Para ejecutarlo, en la barra de herramientas superior derecha, en archivo, selecciona correr. A
continuacin se muestra lo que le aparece despues de ejecutar. Lo primero, es guardar el archivo.

Despues de guardar el archivo, se abrir una nueva ventana. La nueva ventana permite ver nuevos
archivos que se generan de forma automtica, los ms importantes .t21, .out y .logfile. El .out contiene
toda la informacin sobre el calculo, el logfile contiene de manera resumida esa informacin. El
archivo que tiene extensin o nombre TAPE21, el cual se abre con el adfview.

Despues de finalizar el calculo, el view le preguntara que si desea cargar las nuevas coordenadas
optimizadas, el resultado se muestra a continuacin.
OPTIMIZACIN POR MEDIO DE LA TERMINAL

Para realizar optimizaciones a nivel local, es necesario que abra una terminal en la carpeta que contiene
el texto plano. El texto plano, contiene toda la informacin sobre el calculo que se va a realizar. A
continuacin se mostrara lo que debe contener el texto plano
#! /bin/sh

$ADFBIN/adf << eor

Title complex optimization

Atoms
COORDENADAS DE LOS ATOMOS
End

Basis
Type TZP
Core none
End

XC
gga PBE
End

Geometry
Optimi
End

End Input
eor

Nota: para generar el texto plano puede utilizar cualquier editor de texto, lo importante es guardarlo
con la extensin .inp.
Cmo obtener las coordenadas? Pueden utilizar el view para construir el sistema, una vez construido
en el botn de file, seleccionan export coordinates, el cual genera un archivo .xyz.
#! /bin/sh

$ADFBIN/adf << eor

Title h2o opti

Atoms
H -0.78633277 1.15088365 -0.21324966
H -0.16011245 1.14044649 0.18088126
O -0.50174801 0.34427547 -0.23263640
End

Basis
type TZP
core None
End

XC
GGA PBE
End

Geometry
optimi
End

End Input
eor

Tambin debe asegurarse que el archivo inp, sea ejecutable. Para hacerlo ejecutable utilice el comando
chmod +x nombredelarchivo. Estando listo el archivo, la linea de comando para ejecutarlo es ./
nombredelarchivo.inp > nombredelarchivo.out (recuerde que esto se hace en la terminal).

Despues de la ejecucin, aparecern archivos .out, logfile, t21, los cuales cumplen la misma funcin
que se describi en la parte de arriba.