BIOINFORMTICA III FASE-TEORA 08 de julio, 2016

Apellidos y Nombres: Luca del Carmen Martnez Pujadas

1. (3 puntos) Defina que es un ensamble y que tipos conoce, as como las propiedades
asociadas a cada uno de ellos.
Un ensamble cannico es el conjunto de los posibles estados de un sistema (conjunto de
partculas) la cual no intercambia materia pero si energa trmica con los alrededores. El
volumen que ocupa y su nmero de partculas es constante.
En el equilibrio, el sistema permanece a temperatura constante, y se puede considerar que
est en contacto con un bao trmico. Esto quiere decir que est en contacto con una gran
masa a una temperatura dada, y por el principio cero de la termodinmica el sistema se
encuentra en equilibrio termodinmico con el bao. En estas condiciones, la energa no
est totalmente determinada, sino que es una variable aleatoria que puede tomar una serie
de valores. De esta forma, slo podemos hablar de probabilidad de que el sistema adopte
una energa determinada en funcin de esta temperatura.

Colectividad microcannica: Un ensamble de sistemas termodinmicos que no

intercambian energa ni materia con el ambiente. Su energa, nmero de partculas y
volumen permanecen constantes.
Colectividad cannica: Un ensamble de sistemas que intercambian energa trmica
con los alrededores, pero no materia. Su energa vara, pero su nmero de partculas,
volumen y temperatura son constantes.
Colectividad macrocannica: Un ensamble de sistemas que intercambian materia y
energa con el ambiente. Su temperatura, volumen y potencial qumico son constantes
en el tiempo.

Es importante recordar que lo anterior hace referencia a las tres distribuciones cannicas
y no son conjuntos cannicos de Gibbs, las distribuciones son consecuencia de un tipo de
solucin de la ecuacin de Liouville.
Entonces las propiedades de cada una son:
Microcannico: sistema cerrado y aislado (energa constante y entropa mxima).
Cannico: sistema cerrado con energa variable y temperatura fijada.
Macrocannico: sistema abierto.

Propiedades deseables de un ensamble. Son la representatividad y la ergodicidad: El

promedio de una variable tomado sobre el tiempo debe ser igual al tomado sobre el
ensamble.
2. (4 puntos) Cual es la diferencia sustancial entre los mtodos determinsticos y los
mtodos estocsticos.
La diferencia sustancial es que en el modelo determinstico las salidas se producen
nicamente por la accin de las entradas, es decir no existe el principio de incertidumbre
ni del azar, a diferencia de los mtodos estocsticos que si influyen las relaciones
probabilsticas, es decir al menos una variable es usada como un dato al azar, es por ello
que este mtodo es utilizado netamente para investigaciones cientficas.
Y el modelo determinstico es usado para el estudio de situaciones hipotticas o para
disminuir la incertidumbre. A medida que aumenten las variables y su complejidad , se
convertir en un modelo probabilstico es decir de enfoque estocstico.
3. (4 puntos) Cuando realizas una dinmica molecular en un ensamble cualesquiera,
el requisito fundamental es que la estructura de inicio tenga las fuerzas en un
mnimo, describa el procedimiento conducente a ello.
La simulacin a travs de la dinmica molecular consiste en una tcnica para calcular las
propiedades de equilibrio y de transporte de un sistema clsico de muchos cuerpos.
Dado un sistema de N-cuerpos que no posee una solucin analtica, la nica salida es la
solucin numrica.

El fundamento para la simulacin de dinmica molecular es el conocimiento de la

ecuacin del movimiento para el sistema considerado. El algoritmo de un programa de
dinmica molecular, consiste de la solucin numrica de estas ecuaciones de movimiento,
otorgando una trayectoria (coordenadas y momentos conjugados en funcin del tiempo)
del sistema en estudio.
Eligindose el paso de integracin, la resolucin temporal y la extensin de la trayectoria
pueden ser adaptadas a los ejes de relajacin temporal para los procesos dinmicos. A
partir de la trayectoria, propiedades de equilibrio y grandezas dinmicas pueden ser
calculadas en un cdigo para dinmica molecular.
Una cuestin importante es la relacin entre las propiedades de la materia sea en estado
slido, lquido o gaseoso y la interaccin entre los tomos o molculas que constituyen
este material.
Al contrario de intentar deducir el comportamiento microscpico directamente del
experimento, el mtodo de dinmica molecular intenta reproducir el comportamiento
utilizando un sistema modelo.
Los mtodos de dinmica molecular estn basados en los siguientes principios:
* Ncleos y electrones son tratados como partculas tipo tomos
* Estas partculas tipo tomos son esfricas (los rayos son obtenidos de medidas o
tericamente) y tienen una carga lquida (obtenida de la teora).
* Las partculas interactan como resortes y las interacciones son representadas por
potenciales clsicos
* Estas interacciones deben ser predefinidas para conjuntos de tomos especficos
* Las interacciones determinan la distribucin espacial de las partculas y sus energas.
El modelo de la dinmica qumica molecular considera los tomos como esferas y los
enlaces como resortes. La matemtica de deformacin de resortes puede ser utilizada para
describir la habilidad de los enlaces en estirarse torcerse y voltearse
El objetivo de la dinmica qumica molecular es predecir la energa asociada a una dada
conformacin de una molcula. Con todo, las energas de la dinmica molecular no tienen
significado de cantidades absolutas.
Solamente diferencias de energa entre dos o ms conformaciones tienen significado
fsico.
La ecuacin para la energa total de un dado sistema en estudio (potencias de interaccin)
conjuntamente con los datos (parmetros) necesarios para describir el comportamiento de
diferentes tipos de tomos y enlaces, es llamado campo de fuerza

Modelado de un sistema fsico

El principal ingrediente de una simulacin es un modelo fsico. Para una simulacin de
dinmica molecular, esto significa elegir un potencial o campo de fuerza: una funcin
V(r1, rN) de las posiciones de los ncleos, representando la energa potencial del
sistema cuando los tomos son acomodados en una configuracin especfica.
Las fuerzas son entonces deducidas como el gradiente del potencial respecto al
movimiento atmico, esto es:
La eleccin ms sencilla para V es escribirlo como una suma de interacciones de pares.

El ndice de la segunda sumatoria j > i, nos indica considerar cada par apenas una vez.
La eleccin del campo de fuerza depende, en gran parte, del sistema a ser estudiado y de
las propiedades del mismo que sern investigadas. Ms all una descripcin refinada de
las vibraciones atmicas sea relevante, las conformaciones de las macromolculas
dependen ms de las torciones, de las repulsiones, atracciones de van der waals y de las
interacciones electrostticas.

Optimizacin de la Geometra Molecular

Calculndose la energa para diversos valores de coordenadas de un dado sistema
molecular dependiendo del campo de fuerza al cual est sometido, se puede explorar la
superficie de energa potencial para el mismo.
Dependiendo de las dimensiones y caractersticas del sistema, la superficie presentar un
gran nmero de mnimos locales de energa que corresponden a puntos en el espacio de
configuraciones donde todas las fuerzas sobre los tomos del sistema son balanceadas.
Debido al elevado nmero de grados de libertad de las macromolculas biolgicas, una
exploracin completa de la superficie multidimensional de energa es prcticamente
imposible.
Una forma de explorar tal superficie se da por la minimizacin de la energa potencial
molecular.
La optimizacin de la geometra es una tcnica que busca encontrar un conjunto de
coordenadas que minimizan la energa potencial del sistema de inters. El procedimiento
bsico consiste en caminar sobre la superficie potencial en la direccin en que la energa
decrece de manera que el sistema es llevado a un mnimo de energa local prximo.
Generalmente la configuracin final, luego este proceso, no difiere mucho de la inicial.
La minimizacin de la energa hace uso solamente de una pequea parte del espacio de
configuraciones. Sin embargo, por los ajustes en las posiciones atmicas, se relajan las
distorsiones en los enlaces qumicos, en los ngulos entre enlaces y en los contactos de
van der Waals.
La minimizacin de energa o atomizacin de la geometra es un proceso interactivo que
en coordenadas cartesianas, puede ser representado por:

En la cual n es el nmero de iteraciones y r i , n es el ensimo incremento en las

coordenadas del tomo i.
Existen diferentes maneras de determinar el mdulo y la direccin del paso ( r i , n), los
mtodos ms comunes usan la primer derivada de la funcin energa potencial, mtodos
divergentes, en tanto, los mtodos ms sofisticados usan tambin la segunda derivada
para mejorar la tasa de convergencia.

4. (4 puntos) Cuando se tiene un sistema interactuante, y deseamos calcular la

energa libre asociada, indagando en la literatura, indique los pasos a seguir y que
tipo de aproximaciones ha de usarse.
Primero se halla la diferencia de entropas con la siguiente ecuacin:

En decir en donde se realiza los mtodos de perturbacin termodinmicos

La energa libre se calcula con

Se usa los mtodos de integracin termodinmica

La diferencia de estas ecuaciones nos da

Y se utiliza los ciclos termodinmicos

5. (5 puntos) Indique y explique, todas las propiedades que se pueden calcular con
el programa gromacs.
Propiedades Cinticas:

o gmx bar: Calcula las diferencias de energa libre (por el mtodo Bennett
(BAR). Tambin agrega automticamente series de energas libres
individuales obtenidos con BAR en una estimacin combinada de energa
libre.
o gmx current: Es una herramienta para el clculo de la funcin actual de
autocorrelacin, la correlacin del momento dipolar de rotacin y de
traslacin del sistema, y la constante dielctrica esttica resultante.
o gmx dos: Calcula la densidad de estados de las simulaciones.
o gmx dyecoupl: Extrae colorantes dinmicos de las trayectorias
o gmx principal: Calcula los tres ejes principales de inercia de un grupo de
tomos

o gmx tcaf: Calcula la viscocidad de los liquidos.

o gmx traj: Grfica coordenadas, velocidades, fuerzas, caja, la temperatura
y la energa rotacional las trayectorias
o gmx vanhove: Calcula la funcin de correlacin de Van Hove. El Van
Hove G (r, t) es la probabilidad que partcula est en r_0 al tiempo cero se
puede encontrar en la posicin r_0 + r en el tiempo
o gmx velacc: Calcula la funcin de velocidad de auto correlacin

Propiedades de Distribucin de masa en el tiempo:

o gmx gyrate: Calcular el radio de giro de una molcula y el radio de giro

con respecto a los ejes x, y, z, como una funcin del tiempo.
o gmx msd: Calcular el desplazamiento cuadrtico medio (MSD) de tomos
de un conjunto de posiciones iniciales. Esto proporciona una manera fcil
de calcular la constante de difusin utilizando la relacin de Einstein
o gmx polystat: Calcular propiedades estticas de polmeros como una
funcin del tiempo y muestra la media
o gmx rdf: Calcular las distribuciones radiales, de una posicin de
referencia, a una u otras.
o gmx rotacf: Calcular la funcin de correlacin rotacional para molculas
o gmx rotmat: Trazar la matriz de rotacin para incorporarse en una
estructura de referencia
o gmx sans: Calcular los espectros SANS (Small-angle neutron scattering)
utilizando la frmula de Debye. Utiliza el archivo de topologia, necesario
para asignar elemento para cada tomo
o gmx saxs: Calcular factores estructurales SAXS (Small-angle X-ray
scattering) para los grupos clasificados basados en el metodo de Cromer.
o gmx traj: Grfica coordenadas, velocidades, fuerzas, caja, la temperatura
y la energa rotacional las trayectorias
o gmx vanhove: Calcula la funcin de correlacin de Van Hove. El Van
Hove G (r, t) es la probabilidad que partcula est en r_0 al tiempo cero se
puede encontrar en la posicin r_0 + r en el tiempo

Propiedades estructurales

o gmx anadock: Analiza los resultados de una corrida de Autodock y agrupa

las estructuras juntas, basado en la distancia o RMSD. Los estimados de la
energa y de la energa libre se analizan, y para cada grupo las estadisticas
energeticas son impresas.
o gmx bundle: Analiza haces de ejes. Los ejes pueden ser, por ejemplo, ejes
de hlice.

o gmx clustsize: Calcula la distribucin del tamao de las agrupaciones

moleculares / atmicas en la fase gaseosa
o gmx disre: Calcula violaciones de las restricciones de distancia
o gmx hbond: Calcula y analiza los enlaces de hidrgeno. Los enlaces de
hidrgeno se determinan con base en puntos de corte para el ngulo de
Hidrgeno - Donador - aceptador (cero es extendida) y la distancia
aceptador.
o gmx order: Calcula el parmetro de orden por tomo para restos de
carbono. Para tomo i el vector i-1, i + 1 se utiliza junto con un eje.
o gmx principal: Calcula los tres ejes principales de inercia de un grupo de
tomos
o gmx rdf: Calcular funciones de distribucin radial de una posicin de
referencia a uno o ms conjuntos de posiciones.
o gmx saltbr: Calcula puentes salinos, traza la distancia entre todas las
combinaciones de grupos cargados como una funcin del tiempo.
o gmx sorient: Analiza la orientacin disolvente alrededor de solutos. Se
calcula dos ngulos entre el vector de una o ms posiciones de referencia
al primer tomo de cada molcula de disolvente
o gmx spol: Analiza dipolos alrededor de un soluto; es especialmente til
para el agua polarizable

Propiedades Electrostticas

o gmx current: Es una herramienta para el clculo de la funcin actual de

auto correlacin, la correlacin del momento dipolar de rotacin y de
traslacin del sistema, y la constante dielctrica esttica resultante.
o gmx dielectric: Calcula la frecuencia de constantes dielctricas
dependientes.
o gmx dipoles: Calcule el total dipolo ms fluctuaciones
o gmx potential: Calcula el potencial electrosttico a travs de la caja.
o gmx spol: Analiza dipolos alrededor de un soluto; es especialmente til
para el agua polarizable
o gmx genion: Generar iones monoatmicos en posiciones favorables
energticamente