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Resumen I2 Biologa Celular

Maximiliano Ibaceta Acevedo


21 de mayo de 2012

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Parte I
Citoesqueleto y movimiento Celular:
La capacidad de las celulas eucariontes de adoptar una gran variedad de formas y llevar a cabo movimientos direcciona-
les y coordinados depende de una red compleja de filamentos proteicos llamada citoesqueleto. A diferencia del esqueleto
oseo, el citoesqueleto es una estructura sumamente dinamica. Las diversas actividades del citoesqueleto dependen de tres
tipos de filamentos proteicos:
1. Filamentos de actina.
2. Microtubulos.
3. Filamentos intermedios.

Estos filamentos deben ser solidos para mantener la forma celular, pero ademas deben ser dinamicos e
inestables para responder a senales como nutrientes o senales qumicas.

Funciones del Citoesqueleto:


1. Permite adoptar diversas formas participando activamente en la diferenciacion celular:
Neuroblasto Neurona.
Plaquetas Activacion que provoca un cambio hacia una forma irregular para detener hemorragias.

2. Permite realizar movimientos coordinados y dirigidos (Presencia de cilios y flagelos).


3. Controla la organizacion espacial de organelos y complejos proteicos.
4. Permite la comunicacion entre organelos (Transporte mediante vesculas, senalizacion).

1. Microfilamentos o Filamentos de Actina:


Los filamentos de actina son polmeros helicoidales, enroscados de dos en dos, de la protena actina. Aparecen como
estructuras flexibles, con un diametro de 5 a 10 nm que estan organizadas en una gran variedad de haces, de redes
bidimensionales, o geles tridimensionales.

Estructura de la Actina
Aunque los filamentos de actina estan dispersos por el citoplasma de la celula, estan altamente concentrados en el cortex,
justo por debajo de la membrana plasmatica.

Filamentos de actina asociados a una red de protenas para formar el cortex celular.

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1.1. Funciones de los microfilamentos:
Da fuerza mecanica a la superficie celular.
Permite el cambio de forma celular.

Movimiento.
El cortex de actina puede generar y mantener la polaridad celular junto con los microtubulos.

Determinadas senales extracelulares que afectan a una parte de la superficie pueden provocar reestructuraciones locales del
cortex de actina debajo de la zona correspondiente de la membrana plasmatica. De manera recproca, la organizacion del
cortex de actina puede tener una influencia determinada en el comportamiento de la membrana plasmatica que esta por
encima. Mecanismos basados en los filamentos de actina corticales pueden empujar la membrana plasmatica hacia afuera
formando largas y finas microespinas o lamelipodios (filopodios) o pueden invaginar la membrana durante la division
celular.

Fibras de stress se organizan en bandas o haces contractiles, la actina presente en el cortex forma una red tipo gel
tridimensional, finalmente los filopodios se organizan en pequenos haces paralelos estrechos.

1.2. Estructura de la Actina:


La actina corresponde a una protena globular en donde distintas subunidades se juntan para formar el microfilamento:
subunidades de G-Actina de naturaleza globular se unen entre s para formar F-Actina de estructura fibrosa.
Caracterizada por su extremo mas y su extremo menos; El extremo plus tiene la capacidad de unirse a monomeros de
actina de una forma mucho mas rapida y dinamica que la zona minus.

(A): Estructura tridimensional de la molecula de actina, deducida mediante difraccion de rayos X, una molecula de
ATP (en amarillo) esta estrechamente unida en una fisura entre los dos dominios de la protena.
(B): Molecula de actina que pone de manifiesto sus dos dominios y el lugar de union al ATP que se encuentra entre
ellos.
(C): Filamento de actina que muestra como las moleculas de actina interactuan unas con otras formando el polmero
helicoidal. A medida que las moleculas de actina se ensamblan en el polmero, ocurre hidrolisis del ATP

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1.2.1. Fenomeno de nucleacion:
Un trmero de actina es estable, al formarse este trmero por nucleacion, uniones no covalentes (necesarias para
entregarle dinamismo al filamento) comienzan la polimerizacion de monomeros de actina, generando una cadena doble.

Los extremos menos crecen mas lentamente que los mas


Dentro del bolsillo de actina hay un sitio de union para el ATP. La mayora de las actinas esta unida a ATP mas que a
ADP, La actina despues de unirse hidroliza el ATP y queda como ADP salvo en la unidad recien incluida en la cadena.
Solo la actina-ATP tiende a formar filamentos. La Actina-ADP es mas facil de desarmar.

El ensamblaje del lugar de nucleacion es relativamente lento, lo cual explica la fase inicial (lag phase) producida
durante la polimerizacion. La fase lenta puede ser reducida o eliminada del todo si se anaden lugares de nucleacion
prefabricados como fragmentos de microtubulos o filamentos de actina previamente polimerizados. Posterior a la fase
lag comienza la fase de crecimiento o elongacion en donde los monomeros se anaden a los extremos expuestos del
polmero en crecimiento. Finalmente se llega a la fase de equilibrio en donde el crecimiento del polmero esta en
equilibrio con el acortamiento del polmero debido a la perdida de monomeros.

1.2.2. Reguladores de la polimerizacion:


Cofilina: Protena de union a la actina que favorece la despolimerizacion de los microfilamentos regulando la longitud
de los filamentos de actina.

Profilina: Protena de union a la actina involucrada en el equilibrio dinamico de ensamblaje del citoesqueleto de actina.
Controla espacial y temporalmente el crecimiento de microfilamentos.

ARP2/3 : Favorece la nucleacion de monomeros de actina a partir de un actmero (centro de nucleacion). Ademas
participa en la ramificacion de polmeros de F-Actina.

Imagen que muestra las funciones de la Cofilina, Profilina y el ARP2/3


Importante es recalcar que el ensamblaje de la malla de actina empuja hacia adelante el borde activo de
un Lamelipodio en respuesta a una senal extra o intracelular.

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1.2.3. Protenas asociadas a la actina:

Organizacion de F-actina junto con -actinina generan un haz contractil que permite el paso de la miosina II a traves
del haz.
El empaquetamiento con fimbrina impide la entrada de miosina II en el haz, lo que en principio la inhibe como banda
contractil y le otorga una figura de haz paralelo.

Participacion de la Miosina: La miosina es otra de las protenas asociadas al citoesqueleto de la actina, participa
en el movimiento de organelos y la reestructuracion de redes durante el movimiento.

Miosina Tipo 1: Protenas que ayudan al transporte de vesculas a traves del filamento de actina. Permite a las
vesculas Caminar sobre el filamento de actina.
Miosina tipo 2: permite la contraccion muscular.

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Contraccion Muscular: en la contraccion muscular, los filamentos de miosina y de actina se deslizan uno sobre otro,
disminuyendo la longitud del sarcomero. El deslizamiento de los filamentos gruesos y los delgados se produce debido a la
fuerza generada de las cabezas de miosina con los filamentos de actina. Este proceso es dependiente del ATP.
Ciclo de los enlaces cruzados

1. Al unirse ATP a la miosina, esta se suelta de su sitio de union a actina


2. La cabeza de miosina libre hidroliza ATP y se desplaza (cambio de conformacion) hacia el extremo + del filamento
de actina (hacia Z) donde se une a actina

3. Se libera el fosfato (Pi) y produce un cambio de conformacion que desplaza el filamento de actina
4. Se libera ADP y queda la cabeza de miosina fijada a actina (rigor)

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2. Microtubulos
Los microtubulos son cilindros largos y huecos formados por una protena tubulina. Su diametro externo es de 25 nm
y son mucho mas rgidos que los filamentos de actina. Los microtubulos son largos y rectos y tpicamente disponen de un
extremo unido a un centro organizado de microtubulos llamado centrosoma, Los microtubulos emanan a partir de estos
centros organizadores. Los extremos menos se encuentran en el centro organizador de MTs, los extremos
mas,cerca de la membrana plasmatica.

Organizacion de los microtubulos.

2.1. Funciones:
Participan en la Mitosis. Permiten la segregacion de los cromosomas durante la division celular.
Son esenciales en mantencion de la forma celular y en transporte interno. (carreteras de vesculas. i.e: migracion de
neurotransmisores por el axon de una neurona hacia el boton sinaptico).
Movilidad Cilios y Flagelos. Los cilios estan presentes en celulas que no se mueven, en cambio los flagelos permiten
nadar a una celula.
Cilios: Movimiento coordinado, mueven el fluido extracelular. I.E : Alveolos y su movimiento de mucosa. Poseen
un diametro cercano a los 0.25m
Flagelos: Representante caracterstico: Espermatozoide.
La dinena causa que los microtubulos del axonema se doblen

La estructura del axonema se compone de 9 pares de microtubulos perifericos y 1 par central.

2.2. Estructura:
Los microtubulos se forman a partir de uniones de subunidades de -tubulina y -tubulina. A este complejo se le
denomina heterodmero de tubulina y corresponde a la subunidad basica del microtubulo.

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Tambien ocurre nucleacion con los microtubulos. Los MT crecen a partir de los anillos de y-tubulina en el centrosoma.

Los microtubulos son estructuras altamente dinamicas. El extremo mas sufre mayores ciclos de crecimiento y acortamiento,
el extremo menos se ubica dentro del centrosoma.

Proceso que muestra las 3 fases similares a las de la nucleacion y elongacion de la actina.
La inestabilidad dinamica de los MTs esta dada por la hidrolisis de GTP. Las regiones mas estables del microtubulo
contienen GTP y se denominan Casquete o Cap. Tras la union y la formacion de un profilamento corto, la hidrolisis
del GTP cambia la conformacion de esta subunidad y debilita el enlace del polmero. Posterior a esto ocurre una des-
polimerizacion para finalmente recambiar el GDP de esta subunidad (-tubulina y -tubulina) por GTP y repetir el
proceso.

Crecimiento acelerado debido a la presencia de un area estable como el casquete. Una perdida repentina de este
casquete se denomina catastrofe y favorece un rapido acortamiento del polmero. Si se llega a formar un nuevo cap,
hablamos de que hubo un Rescate y de ahi el ciclo sigue su curso normal.

2.2.1. Regulacion de la dinamica de los MTs:

Protenas MAP: La presencia de estas protenas sobre el CAP provocan un aumento en la tasa de crecimiento y una
disminucion de la frecuencia de catastrofes, lo que trae como consecuencia microtubulos mas largos y menos dinamicos.

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Kinesina 13 Aumenta la frecuencia de catastrofes por lo que el efecto observado corresponde a microtubulos mas
cortos pero mas dinamicos.
Es importante destacar que protenas en la membrana celular estabilizan estos microtubulos confiriendo-
les una mayor resistencia y longitud.

2.2.2. Protenas Motoras que se mueven a lo largo de los microtubulos:


Las quinesinas se mueven hacia el extremo mas de los microtubulos, mientras que las dinenas se mueven hacia el
extremo menos. Funcionan como transportadores de cargas (Substrato, enzima, vescula, etc) especficas en base a ATP.

Quinesina dependiente de ATP para movilizar su carga

3. Filamentos Intermedios
Los filamentos intermedios corresponden a fibras proteicas de gran resistencia y de un diametro de 10 nm. Tienen
vital importancia en celulas sujetas a tension (i.e: celulas epiteliales), neuronas y celulas musculares. Su estructura
intracelular se puede observar como una red alrededor del nucleo, que se extiende hacia la periferia. Los filamentos
intermedios mantienen la estabilidad de los tejidos.

Ante un corte, las celulas del tejido no pueden permanecer juntas pues se rompe la conexion de filamentos intermedios
entre la lamina basal y las celulas epidermicas en la piel.

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3.1. Organizacion Estructural:
El monomero de los filamentos intermedios corresponde a una region de tipo -helice con un dominio central compuesto
por alrededor de 310 aminoacidos, en esta region existen ademas repeticiones de 7 aminoacidos. Los dominios carboxilo
y amino terminales de este monomero varan en tamano y en secuencia.

Tetrameros y polimerizacion de filamentos intermedios.

3.2. Comparacion deformacion/tension entre los componentes del citoesqueleto:


los filamentos intermedios, a diferencia de los microfilamentos y los microtubulos son altamente resistentes a la tension,
se deforman rapidamente y no se rompen. Los microtubulos en cambio, tienen una amplia tasa de deformacion al aplicar
una pequena fuerza tensora. Finalmente los monomeros de actina son los menos elasticos, pues se deforman muy poco,
pero si son mas resistentes que los microtubulos.

Relacion deformacion/tension entre los distintos componentes del citoesqueleto.

3.3. Tipos de filamentos intermedios:


3.3.1. Tipo I: Queratinas - Quinasas.
Los filamentos de queratina mantienen juntas las capas de celulas (i:e epitelio, piel, cabello). Los desmosomas conectan
los filamentos de keratina de una celula a otra.

Desmosoma: Los desmosomas son estructuras celulares que mantienen adheridas a las celulas vecinas. Estructural-
mente esta union esta ligada a sus filamentos intermedios de queratina.

Filamentos de queratina unidos mediante el desmosoma

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3.3.2. Tipo II: Familia de las vimentinas.
La vimentina es una de las protenas fibrosas que forman los filamentos intermedios del citoesqueleto intracelular de
celulas embrionarias, ciertas celulas endoteliales, as como tambien como en las celulas sanguneas. Desminas participan en
el musculo liso y estriado. La vimentina corresponde a una protena glial acdica que participa en celulas como (astrocitos
y celulas de Schwann).

3.3.3. Tipo III: Neurofilamentos.


Los neurofilamentos presentan numerosos puentes, lo cual los hace especialmente importantes para dar estabilidad
y largo fino al axon. Los neurofilamentos se ubican con mayor presencia justo por debajo de la membrana
plasmatica.

Los filamentos intermedios de las celulas gliales son mas lisos y con menos puentes que los neurofilamentos

3.3.4. Tipo IV: Laminas nucleares.


Presentes en todas las celulas eucariontes, forman una red bajo la membrana nuclear. Esta red es dinamica y es
capaz de disociarse durante la mitosis.

Laminas nucleares otorgan rgidez y dinamismo al nucleo.

Parte II
Nucleo, ADN y replicacion.
4. Estructura y organizacion del nucleo:
El nucleo celular es un organelo compuesto por una doble membrana fosfolipdica la cual posteriormente se continua con
el retculo endoplasmatico, entre las dos membranas que cubren el nucleo celular, existe un espacio llamado perinuclear.
Su volumen es el mayor comparado con cualquier otro organelo dentro de la celula. Inmediatamente bajo la membrana
nuclear se encuentran los filamentos intermedios de Laminas nucleares A,B y C. Dentro del nucleo existe una zona
de mayor densidad llamada nucleolo, que en primera instancia corresponde al lugar de sntesis de rRNA.

4.1. La matriz nuclear y la lamina nuclear:


Siendo el nucleo el centro organizador de la celula, la ventaja que otorga la separacion del material genetico del resto
de la celula es que permite una regulacion mas ordenada y eficiente de los procesos celulares. Sin embargo, el nucleo no
es una estructura impermeable, de echo la existencia de poros nucleares permiten el paso de sustancias desde y hacia
afuera del nucleo. Cada nucleo celular posee entre 3000 y 4000 poros nucleares.

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Representacion de la envoltura nuclear

4.1.1. Poros nucleares:


Cada poro nuclear esta compuesto por una subunidad llamada anillo, que representa la base del poro, sobre este anillo
existen proyeccciones hacia el citoplasma y nucleoplasma de protenas fibrilares. Las fibras hacia el interior del nucleo
foman el basket o cesta.
El transporte mediado por el nucleo tiene diferentes medios de transporte (activo o pasivo). El dametro
de exclusion para pasar por difusion facilitada a traves de los poros es de 10 nm.

estructura basica del poro nuclear.


Surge la interrogante acerca de como una protena tras ser sintetizada sabe a que region de la celula debe migrar para
realizar su funcion, en una experimentacion con nucleoplasmina (protena acida que participa en el ensamblaje del
nucleosoma uniendose a las protenas Histonas) se logro determinar la forma en que las diferentes partes de esta protena
presentan actividad para migrar al nucleo celular:

Captura de protenas nucleares a traves del poro nuclear.


Las protenas que migran hacia el nucleo poseen una senalizacion correspondiente a una secuencia de aminoacidos que
permite la recognicion del lugar de trabajo de esta sustancia. En el caso de las protenas nucleares la secuencia es Lisina-
Lisina-Lisina-Arginina-Lisina, observemos que en esta secuencia de aminoacidos todos son polares con carga positiva.

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El transporte nuclear de protenas esta impulsado por la hidrolisis del GTP, y la accion de importinas:
Las importinas poseen en su estructura sitios de union a los aminoacidos senalados anteriormente y tras esta interaccion,
la protena destinada al nucleo atraviesa la membrana nuclear. Posteriormente, este complejo debe disociarse para que
la protena pueda llevar a cabo su funcion, este proceso se realiza gracias a la competencia del ligando con una protena
RAN-GTP que tambien tiene afinidad por la importina. La RAN-GTP al tener mayor afinidad desplaza de su sitio de
union al ligando primario y permite la liberacion de la protena transportada. La importina unida al RAN-GTP, sale del
nucleo hacia el citosol, y tras una reaccion de hidrolisis de GTP, el complejo RAN-GTP-Importina se disocia y permite
el transporte de una nueva protena.

Imagen de la izquierda muestra el proceso de transporte nuclear mediado por protenas, la imagen de la derecha nos
muestra que sustancias son capaces de entrar y salir del nucleo.

5. Organizacion del ADN y Cromosomas


Si un cromosoma estuviera formado unicamente por DNA extendido, sera difcil de imaginar como se podra replicar o
segregar entre celulas hijas sin ser danado severamente (anafase). De echo, el DNA de todos los cromosomas se encuentra
empaquetado en una estructura muy compacta con la ayuda de protenas especializadas. Tradicionalmente las protenas
de los eucariontes que se unen al DNA se clasifican en dos grupos:
Histonas.
Protenas cromosomicas no-histonas.
El complejo formado por el DNA cromosomico y las dos clases de protenas se denomina cromatina. en la cromatina la
masa total de histonas es aproximadamente igual a la masa de ADN.

Histonas: las histonas son protenas relativamente pequenas con una proporcion muy elevada de aminoacidos cargados
positivamente Lisina y Arginina. La carga positiva ayuda a las histonas a unirse firmemente al DNA, el cual esta muy
cargado negativamente, debido a la presencia de grupos fosfatos. Los cinco tipos de histonas de las celulas se clasifican
en dos grupos principales las histonas nucleosomicas y las histonas H1, las histonas nucleosomicas son responsables del
pregado del DNA en nucleosomas, estas cuatro histonas se denominan H2A, H2B,H3 y H4.
La H1 actua sobre este complejo y permite que empiezen a interactuar los distintos nucleosomas entre ellos.

estructura del nucleosoma y sus componentes:

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Niveles de empaquetamiento de la cromatina:

El DNA debe desempaquetarse para que ocurra transcripcion: es por ello que en la cromatida compactada
existen partes que se encuentran libres que poseen una alta tasa de expresion genica.
Si se utiliza una sonda (secuencia complementaria de nucleotidos, marcada). Los cromosomas tienen ciertas regiones a
utilizar dentro del nucleo, Por lo tanto el DNA no esta aleatoriamente organizado en el nucleo.

5.1. Acidos nucleicos:


La unidad monomerica de los acidos nucleicos es el nucleotido, un nucleotido esta compuesto por una pentosa
,Desoxirribosa(ADN) o Ribosa(ARN) , un grupo fosfato y una base nitrogenada. El nucleotido puede a su vez
ser considerado una forma mayor de un nucleosido, el cual carece del grupo fosfato mencionado.

Estructura basica de un nucleotido de ADN

La union de nucleotidos se produce por condensacion de una molecula de agua entre el grupo fosfato ubicado en el carbono
5 y el grupo OH presente en el carbono 3.

5.1.1. Apareamiento de bases nitrogenadas en la cadena de ADN


Existen dos tipos de clasificacion para cada base nitrogenada:
Purinas: cuya principal caracterstica es la presencia de un anillo doble en su base nitrogenada.

1. Adenina.
2. Guanina.
Pirimidinas: Presencia de solo un anillo en la base nitrogenada:
1. Timina
2. Citosina
3. Uracilo (exclusivo del ARN)

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En la molecula de ADN, la Adenina se une a la Timina formando dos puentes de hidrogeno, mientras que la Guanina
y Citosina se unen formando 3 puentes de hidrogeno. Una molecula de ADN con una alta presencia de Guanina
o Citosina presentara una mayor cohesion y se requerira mas fuerza para separar la hebra.

6. Replicacion del ADN


Durante la interfase hay duplicacion de ADN ,la celula rompe la envoltura nuclear para entrar en mitosis.
La lamina nuclear esta compuesta por protenas llamadas Lamins(A,B,C). Estas protenas son filamentos intermedios
y forman una red tipo gasa bajo la membrana. Al entrar en mitosis esta estructura se separa. Una de las senales clave
es la activacion de una protena kinasa CDK la cual fosforila a las Laminas, generando un cambio estructural que
separa a estos filamentos. Al desensamblarse estos filamentos, la membrana nuclear se desmembra y se forman vesculas.
La protena Lamin Bpermanece asociada a pequenas vesculas o pedacitos de membrana. Las protenas A y C quedan
solubles en el citoplasma. Al final de la mitosis estas protenas se reensamblan.
La replicacion del DNA supone unas velocidades de polimerizacion de aproximadamente 1000 nucleotidos por segundo.
Evidentemente, las enzimas de replicacion han de ser exactas y rapidas.

Replicacion Semiconservativa de ADN. Watson y Crick mostraron que las dos hebras de la molecula parental se
separan y cada una funciona como un molde para la sntesis de una nueva hebra complementaria. El experimento se
realizo a base de N 14

Modelo de replicacion semiconservativa.

Inicio de la Replicacion: El inicio de la replicacion esta dado por la formacion de una Horquilla de replicacion. En
las celulas eucariontes existen muchos lugares de inicios de replicacion. Las horquillas se extienden hacia las dos direcciones
de la doble hebra. En celulas procariontes solamente existe una horquilla de replicacion. Este proceso esta mediado por
la accion de las siguientes enzimas:
1. Helicasas: Separan la doble hebra cortando los puentes de hidrogeno de las bases nitrogenadas.

2. Single-Strand Binding Proteins (SSB): Son protenas que se unen a una hebra simple de DNA y ayudan a
mantener las hebras separadas.
3. Topoisomerasa: A medida que vamos abriendo la molecula de ADN, buscamos que la helice se relaje lo mas
posible para que quede estirada. la Topoisomerasa relaja la molecula de DNA permitiendo una libre rotacion de la
simple hebra (desenrrolla).

Iniciacion: La horquilla de replicacion del ADN es asimetrica, la cadena hija de ADN que se sintetiza de manera
continua recibe el nombre de cadena conductora y se sintetiza antes que la cadena hija, que se sintetiza de forma
discontinua y recibe el nombre de cadena retrasada. La sntesis de la cadena retrasada es mas lenta debido que a que
debe esperar a que la cadena conductora exponga la cadena patron sobre la que se sintetizara cada uno de los fragmentos
de Okazaki.
Enzimas que participan en este proceso:
1. RNA Primasa: Enzima que polimeriza el RNA partidor o primer.

2. ADN Polimerasa: Una vez sintetizado el RNA partidor, la ADN polimerasa cataliza la sntesis de la nueva hebra
de ADN siempre en direccion 5-3

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6.0.2. Polimerizacion en la Hebra retardada:
Esta hebra tambien debe sintetizarse en direccion 5-3 pero en forma discontinua en contra de la direccion de la
hebra lider. La principal enzima responsable de la union de cadenas discontinuas es la DNA Ligasa: que es una enzima
que cataliza la union covalente de los extremos 3-5 de dos hebras de DNA. Participa especialmente en la union de los
fragmentos de Okazaki.

Revision y Correccion: El apareamiento inicial de las bases es normalmente corregido por la DNA polimerasa al
terminar la replicacion.

Horquilla de replicacion en tres dimensiones

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Parte III
Transcripcion y Traduccion:
El dogma central de la biologa molecular propuesto por Crick establece que el flujo del a informacion genica esta dada
por la siguiente cadena:

Dogma central de la biologa molecular

Para entender a cabalidad el proceso de transcripcion y traduccion primero debemos entender la estructura de la molecula
que transporta esta informacion:

7. Estructura del ARN:


El ARN corresponde a una hebra simple, donde la desoxirribosa es reemplazada por una ribosa (recordemos que la
diferencia radica en que la ribosa posee en su carbono 2 un grupo OH en vez de H). Las potenciales timinas se reemplazan
por uracilos (ver Tarea). El RNA esta presenta tanto en el nucleo como el citoplasma. Contiene la informacion genica
codificada en el ADN y son en tamano mas pequenas que el DNA.

Diferencias entre ribosa/desoxirribosa y timina/uracilo

Existen tres tipos de RNA:


1. RNA ribosomal rRNA: En eucariontes es sintetizada por la RNA Polimerasa I

2. RNA mensajero mRNA: En eucariontes es sintetizada por la RNA Polimerasa II


3. RNA de transferencia tRNA: En eucariontes es sintetizada por la RNA Polimerasa III
Es necesaria hacer la salvedad pues en procariontes un tipo de RNA Polimerasa transcribe los tres tipos de RNA.
Existen Otros tipos de RNA y se denominan miRNA, siRNA, snRNA. Estos ultimos 3 estan relacionados con la
regulacion de la transcripcion de genes o la formacion de una protena.

Enzimas Primitivas, El mundo RNA: Los primeros organismos estuvieron constituidos por RNA en vez de ADN,
El RNA ademas puede actuar como enzima (RIBOZIMAS).

8. Transcripcion:
8.1. Reconocimiento de la hebra molde:
En la transcripcion, hebra molde es la cadena que va en direccion 3-5, ya que la transcripcion tambien se realiza
en sentido 5-3. La hebra 5-3 Se conoce como hebra Codificante.

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8.1.1. Promotor:
El promotor es una secuencia del DNA donde se une la RNA Polimerasa y comienza la transcripcion. El promotor
es vital para la regulacion de expresion genica, en eucariontes los promotores tienen secuencias de nucleotidos definidas
como la caja TATA. Estos promotores se denominan sitios +1.

En la posicion -10 la RNA polimerasa hace contacto con la hebra molde de ADN.

En la posicion -35 se ubica una secuencia de nucleotidos denominada . Es importante para la regulacion, indica la
posicion donde debe sentarse la RNA Polimerasa.

Promotor de ADN
En organismos eucariontes, este proceso es mucho mas complejo, pues debemos recordar que el ADN se encuentra
compactado en forma de cromatina:

Histona desacetilasa: Las histonas suelen estar cargadas positivamente debido a los grupos amino presentes en
los residuos de lisina y arginina. Estas cargas positivas ayudan y afianzan la interaccion con las cargas negativas de
los grupos fosfato del esqueleto carbonado del ADN. La acetilacion, una reaccion que se produce corrientemente
en la celula, neutraliza las cargas positivas de las histonas, convirtiendo las aminas en amidas y reduciendo as la
capacidad de las histonas para unirse al ADN. Esta reduccion de la afinidad de union permite la expansion de la
cromatina y as la transcripcion genetica de esa region cromosomica. Las histona desacetilasas eliminan los grupos
acetilo, reduciendo la carga positiva de las histonas y por tanto la afinidad de estas por el ADN.
Complejo remodelador de cromatina: El CRM (Chromatin-Remodeling-Machine) tiene afinidad por las lisinas
acetiladas de las histonas y se une a ellas a traves del dominio llamado Bromodominio. El CRM desorganiza los
nucleosomas aumentando el grado de exposicion y de accesibilidad de los promotores. Finalmente el mediador, la
ARN polimerasa II y los factores de transcripcion hacen que se inicie la transcripcion.

8.1.2. Inicio de la Transcripcion


Posteriormente, se forma el complejo de iniciacion abierto gracias a la actividad helicasa de uno de los factores. En
este instante comienza la sntesis de ARNm por la ARN polimerasa II a partir del sitio llamado +1 que marca el punto
de inicio de la transcripcion de un gen. En el sitiode Inicio el DNA se abre formando una burbuja

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Burbuja de ADN y transcripcion de la hebra molde
La transcripcion adiciona 60 nt/seg. La transcripcion es mas lenta que la replicacion porque el complejo de la RNA
polimerasa debe hacer todo el trabajo (abrir y copiar) y segundo, la RNA polimerasa avanza arrastrando la cola de ARN
sintetizada.

8.2. Fase de elongacion:


En esta etapa, la ARN polimerasa II cataliza la formacion de los enlaces fosfodiester entre nucleotidos. Intervienen
otros factores, conocidos como factores de elongacion. Sus funciones son disminuir las pausas de la ARN polimerasa II, des-
organizar los nucleosomas y favorecer los procesos de correccion de errores. Tambien intervienen factores de transcripcion
involucrados en la iniciacion.

Concretamente (en eucariontes), la formacion de la caperuza (cap) metilada ocurre en la fase de iniciacion de la
transcripcion y normalmente, el proceso de splicing durante la elongacion. La poliadenilacion comienza en la fase de
terminacion de la transcripcion y acaba una vez finalizada esta.

8.3. Termino de la sntesis de RNA en procariontes:


8.3.1. Termino independiente de la protena :
Durante la transcripcion, existe una secuencia rica en CG en la que se genera una horquilla, la cual forma uniones
entre el ARN. Posteriormente una secuencia de ARN rica en uracilos, que tienen una afinidad menor con la adenina
provocan, sumado al apareamiento intraRNA, el fin a la transcripcion.

8.3.2. Termino dependiente de la protena :


La protena es una helicasa RNA-DNA dependiente de ATP que rompe el hbrido DNA-RNA naciente. tambien
necesita la presencia de la horquilla entre C y G, al reconocerla se pone fin a la transcripcion.

Protena rho en la recognicion de la horquilla y fin de la transcripcion.

Tiempo de vida media de ARN


1. Procariontes, vida media de mRNA: 2min
2. Eucariontes: 4-24 hrs

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8.4. Detalles de la transcripcion en Eucariontes (Maduracion del mRNA):

Procesos de transcripcion y posterior traduccion en eucariontes

Capping: El Capping consta de la adicion de la adicion de 7-metilguanosina, es una interaccion 5-5 y preserva los
3 fosfatos. Todos los RNA que salen del nucleo sufren capping.

Capping de metilguanosina

Splicing: Secuencias especficas en la union intron-exon. Complejos formados por RNA y protenas realizan el Splicing
(Spliciosoma). Este proceso esta mediado por un ataque nucleoflico de una adenina haca un grupo fosfato de la guanina
del grupo GU, se unen estas 2 estrcuturas formando un lazo y se libera el intron.

Splicing y ataque nucleoflico de adenina hacia el grupo GU.

Adicion de la cola de Poli-A: Secuencia AAUAAA CA se reconoce por una endonucleasa y rompe una zona rica en
G-U. Posteriormente se comienza la adicion de la cola de Poli-A por la Poli-A Polimerasa (entre 10 y 200). Mientras mas
adenina tenga, mas estable es el mensajero. Tanto el CAP como la cola de Poli A son reconocidos por el ribosoma para
iniciar y terminar la transcripcion.

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9. Componentes Fundamentales de la traduccion:
1. La maquinaria: Factores proteicos.

mRNA. 2. La informacion:
Ribosomas. El codigo genetico.
Aminoacil-tRNA Senales de inicio y termino.
Aminoacil-tRNA sintasa. Acoplamiento tRNA-Aminoacido.

9.1. Ribosomas:
Cada subunidad de los ribosomas, estan numeradas por su coeficiente de sedimentacion S. Las subunidades riboso-
males de las celulas eucariontes son un poco mas pesadas que las subunidades ribosomales en organismos procariontes,
lo que habla del exito evolutivo de los ribosomas como herramienta utilizada en la traduccion.

Estructura del ribosoma.

Los ribosomas estan compuestos principalmente por rRNA, el cual es sintetizado en el nucleo. Los ribosomas tambien
funcionan como ribozimas.

En los ribosomas se realiza la traduccion. Exsten 3 sitios caractersticos del ribosoma que ayudan en la sntesis de la
protena:
Sitio P o Peptidil: Almacena la protena en traduccion.
Sitio A o aminoacil: Caracterizado pues en esta zona ingresan los aminoacidos que siguen la secuencia del mRNA.

sitio E o exit: Salida del tRNA para poder reabastecerse de otro aminoacido.

Sitios de union de los tRNA al ribosoma

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9.2. ARN de transferencia y el codigo genetico:

Estructura de un tRNA con anticodon AAG


Los tRNA son moleculas relativamente pequenas que actuan como transportadoras de amonacidos individuales especi-
ficos durante la sntesis proteica en los ribosomas. Contienen entre 75 y 90 unidades nucleotdicas. Cada uno de los 20
aminoacidos hallados en las protenas posee por lo menos un tRNA correspondiente.
Ademas de las bases puricas y pirimdicas principales, los tRNA se caracterizan por contener un numero muy grande de
bases no frecuentes como por ejemplo acido seudoruridlico y el acido ribotimidlico.

En uno de los extremos de la cadena, todos los tRNA contienen un resto de acido guanlicoterminal; al otro extremo,
todos los tRNA contienen la secuencia terminal C-C-A. El grupo 5-hidroxilo del resto adenlico terminal se halla unido
al hidroxilo 3 del resto citidlico mediante un puente fosfodiester.

9.2.1. El codigo genetico:


Existen 4 nucleotidos que forman la secuencia del mRNA. Como los codones se organizan en trios, existen 64 posibles
combinaciones de nucleotidos, y solamente disponemos de 20 aminoacidos conocidos; por lo tanto, el codigo genetico es
degenerado. Mas de una secuencia de codones codifican para un mismo aminoacido.

El codigo genetico es redundante:


Hay mas de un tRNA para el mismo aminoacido.
Algunas moleculas de tRNA pueden aparear sus moleculas con mas de un codon.

El codigo genetico no se superpone: 1 nucleotido pertenece a un unico triplete.

El codigo genetico es universal: La excepcion es el codigo genetico mitocondrial.

9.3. El proceso de traduccion:


El proceso parte con la Formacion de un complejo de iniciacion, el cual se debe componer de las siguientes
estructuras: mRNA + tRNA-Met iniciador + subunidad pequena + hidrolisis de GTP + subunidad grande.

Formacion del complejo de iniciacion.


Ademas de los factores de iniciacion, el complejo reconoce el 5cap mG del mRNA y luego avanza hasta encontrar el
primer AUG que corresponde a la metionina.

21
9.3.1. Elongacion:
Esta fase consiste en un ciclo de 3 pasos en donde en el primer paso se incorpora un tRNA al sitio aminoacil del
ribosoma; posteriormente el aminoacido unido al tRNA, recibe el resto de la protena que esta siendo codificada en el
sitio P, trasladandose hacia el sitio A, este proceso esta mediado por la Peptidil transferasa:

La enzima peptidil transferasa es una ribozima aminoacil transferasa que realiza la funcion esencial de los ribosomas.
Se encarga de la formacion de enlaces peptdicos entre aminoacidos adyacentes durante la traduccion de ARN mensajero
y, por tanto, la sntesis proteica.
Finalmente ocurre la translocacion proceso dependiente de la hidrolisis de GTP, que traslada los 2 tRNA un lugar
en direccion al sitio E. el tRNA que contiene la protena pasa al sitio peptidil y el tRNA que carece de elementos de union
se liberta por el sitio E.

Proceso de elongacion en los ribosomas y traduccion de la protena.

9.3.2. Termino:
Los codones de termino son reconocidos por los factores de liberacion, los codones de termino no codifican para ningun
aminoacido. Posteriormente las subunidades se desensamblan y el mRNA es degradado por ribonucleasas.

Termino de la traduccion.

9.3.3. Procesos posttraduccionales:


El plegamiento de las protenas es cotraduccional: Si 2 subunidades de una protena son necesarias para
la estructura cuaternaria funcional, puede ocurrir que al termino de la traduccion de una protena, esta se una por
interacciones no covalentes a otra subunidad proteica que este en proceso de traduccion. Ademas, las protenas van
tomando su estructura terciaria conforme se van traduciendo.

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Las chaperonas ayudan al correcto plegamiento:

Chaperonas unidas a ATP se encuentran libres en el citoplasma o en el lumen del retculo endoplasmatico rugoso,
para facilitar el plegamiento correcto de la protena, La chaperona hidroliza ATP para unirse a la protena en
formacion. Cuando la protena termina de ser traducida, las chaperonas dejan su sitio de union con el ADP y
vuelven a formar el complejo con el ATP quedando utiles para facilitar un nuevo plegamiento

Polirribosomas: Los polirribosomas son agrupamientos simultaneos de ribosomas a una sola molecula de mRNA que
esta siendo traducida.

Parte IV
Retculo Endoplasmatico:
10. Generalidades de la expresion genica:
En cada celula existen entre 20.000 y 25.000 genes. Cada celula produce para cumplir su funcion alrededor de 10.000-
20.000 protenas diferentes. Finalmente, la velocidad de sntesis de protenas por celula es de 1.000.000 de moleculas por
minuto.

11. El retculo endoplasmatico:


Todas las celulas tienen un retculo endoplasmatico (RE o ER). Su membrana constituye normalmente mas de la
mitad del total de la membrana de la celula. Al igual que el nucleo posee membrana doble. Esta organizado en forma de
una red laberntica de tubos ramificados y de sacos aplanados que se extienden por todo el citoplasma. La membrana del
RER formara una lamina continua que define un unico espacio interno. Este espacio es denominado lumen del RE y
ocupa alrededor del 10 % del volumen celular. La membrana del RER separa el lumen del citosol y media la transferencia
selectiva de compuestos entre estos 2 compartimientos.

La membrana del RE es el lugar de produccion de todas las protenas de transmembrana y lpidos de la mayora
de los organelos celulares La membrana del RE tambien contribuye a la formacion de las membranas mitocondriales
y peroxisomas. Todas las protenas que seran secretadas al exterior y las que se quedaran en el lumen del RE, golgi o
lisosomas, son inicialmente transportadas al lumen del RE.

Estructura y continuidad de la membrana nuclear con la del RER

23
11.1. Protenas y su transporte hacia el RE
El RE extrae determinadas protenas desde el citosol a medida que son sintetizadas. Estas protenas son de dos tipos:
Protenas Transmembrana que son parcialmente translocadas hacia el lumen.
Protena solubles en agua que atraviesan la membrana del RE y quedan liberadas al lumen.
Independiente de su destino posterior, estas protenas son dirigidas a la membrana del RE por el mismo tipo de peptido
senal.

11.1.1. Funciones del Retculo endoplasmatico Rugoso:


1. En RER se sintetizan protenas solubles o de membrana para la membrana plasmatica o para otros organelos.
2. El RER detecta protenas mal plegadas por sus chaperonas.
3. Es el primer organelo que participa de la ruta exoctica de protenas.
4. Se denomina rugoso pues el adosamiento ribosomal a las paredes del retculo le otorga ese aspecto.

11.1.2. Funciones y caractersticas del Retculo endoplasmatico Liso:


El retculo endoplasmatico liso es abundante en celulas que sintetizan hormonas esteroidales y en neuronas. Ademas
es particularmente predominante en celulas especializadas en el metabolismo lipdico; es continuo con el RER y forma
tubulos entre 30 y 60 nm en diametro. Son funciones del REL:
Sntesis de lpidos: Fosfolpidos y Colesterol.
Sntesis de hormonas esteroidales y sales biliares (que participan en la emulsion de las grasas).
Participacion en la detoxificacion celular, principalmente de drogas liposolubles. Las reacciones de destoxificacion
mas estudiadas estan catalizadas por la familia de enzimas de la familia citocromo P450.
En Neuronas el REL es muy importante para el transporte de ciertas vesiculas o protenas que van a llegar al
terminal nervioso.

11.1.3. Otras funciones del RE:


Otra funcion del RE en la mayora de las celulas es la de secuestrar Ca2+ . La liberacion del Ca2+ en el citosol a partir
del RE y su posterior recaptura, median muchas respuestas rapidas a las senales extracelulares.

12. Sntesis de Protenas en una ruta Exoctica:


Tanto para sintetizar las protenas que permaneceran en el citosol como para sintetizar las que seran transportadas
al RE, se utiliza el mismo acervo de ribosomas. Lo que dirige al ribosoma correspondiente a la membrana del RE es la
presencia del peptido senal de la cadena que se esta sintetizando.

Sistema de Sntesis proteica a nivel citosolico y reticular.

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12.1. Sntesis Proteica a nivel reticular:
Una partcula de reconocimiento de la senal (SRP) reconoce una secuencia especfica de la protena creciente y dirige
su direccion hacia la membrana del retculo endoplasmatico rugoso. El SRP dirige la union del ribosoma a la
membrana y permite la insercion De la protena naciente al canal de trasmembrana

El peptido senal se compone principalmente de aminoacidos hidrofobicos. Las protenas que translocan la membrana
del RER lo realizan en un estado desplegado principalmente determinado por una estructura lineal.
Una vez formado el complejo ribosoma-SRP se une a una protena integral llamada receptor del SRP. Posteriormente
la SRP es liberada y comienza la translocacion a traves de la membrana del polipeptido creciente. Dado que una de las
protenas del SRP y el receptor del SRP tienen sitios de union al GTP; los cambios conformacionales que tienen lugar
durante la translocacion estaran establecidos mediante la hidrolisis de GTP.

Existen dos tipos de translocacion:


Translocacion Co-Traduccional. Dependiente del GTP.
Translocacion Post-Traduccional. Dependiente del ATP.

Translocacion Co y post traduccional

12.2. Tipos de protenas Sintetizadas:


Protenas de Secrecion:

Sntesis de protenas de secrecion atraviesan completamente la membrana reticular siendo procesadas en el lumen.

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Protenas de Membrana.
Protenas Tipo 1: Senalizador de translocacion ubicado al inicio de la protena.
Protena Tipo 2: Senalizador de transolacion ubicado entre la cadena polipeptdica.
Protenas Politopicas: Caracterizadas por su presencia de multiples sitios de termino de la translocacion.
Las protenas tipo 1 y tipo 2 se subdividen en protenas tipo A y B. Las protenas A tienen el grupo amino terminal
mirando hacia el lumen del RER. Las protenas B poseen el grupo carboxilo terminal orientado hacia esta misma seccion.

Translocacion de protenas tipo I y tipo II

Translocacion de proteinas politopicas.

12.3. Modificaciones Post-traduccionales:


Durante este proceso se forma y amolda la estructura secundaria y terciaria de la protena en sntesis. En esta etapa
se producen:
Incorporacion y procesamiento de azucares.
La mayora de las protenas sintetizadas en el RER son glucosiladas por la adicion de un N-oligosacarido comun. La
adicion covalente de azucares a las protenas es una de las principales funciones biosinteticas del RER. La mayora
de las protenas solubles y unidas a la membranas que son fabricadas por el lumen del RER, son glucoprotenas.

Casi inmediatamente despues que la cadena polipeptdica entre en el lumen, se glucosila sobre los residuos de
asparagina diana. El oligosacarido se transfiere al aminoacido a traves de la enzima oligosacaril transferasa
(enzima adosada a la membrana). Existe una copia de esta enzima para cada translocador proteico.

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Formacion y reordenamiento de puentes disulfuro.
La enzima PDI o Disulfuro Isomerasa es la enzima encargada de adicionar o restaurar enlaces disulfuro en las
protenas, favoreciendo un correcto plegamiento para la estructura terciaria de la protena.

Accion de la Disulfuro Isomerasa en el reordenamiento de los puentes disulfuro entre cistenas.

Cortes proteolticos especficos.

Ensamblaje de complejos multimericos:


La glicosilacion en el retculo cumple varias funciones: Plegamiento correcto y sistema de control. (que se v era mas
adelante):

Plegamiento de la Hemaglutinina mediado por Chaperonas

13. Respuesta al plegamiento defectuoso de protenas en la ruta exoctica:


Dado que la velocidad de sntesis de proteinas es alrededor de 1.000.000 de moleculas por segundo, es de esperar que
puedan ocurrir errores en la conformacion de la estructura terciaria de la protena. Sin embargo, la celula cuenta con tres
tipos de respuesta frente a una protena mal plegada:
1. ciclo deglucosilacion/glucosilacion mediado por chaperonas a nivel del RER

2. Retro-Translocacion o dislocacion de protenas mal plegadas.


3. Respuesta a nivel nuclear (expresion de mas chaperonas).

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Distintos caminos de procesamiento defectuoso en protenas formadas en el RER.

13.1. Ciclo de glucosilacion/deglucosilacion a nivel del RE:


Una enzima Glucosiltransferasa detecta protenas mal plegadas y glucosila a la proteina. Esta glucosa al ser reco-
nocida por la calnexina (chaperona transmembrana) produce una glicosidacion para formar correctamente.a la protena.
Si la calnexina logra arreglar la protena, esta continua su viaje hacia el golgi.
Es importante destacar los tipos de chaperonas presentes en el RER : Calnexina, Calreticulina , ERp57 y BIP/Grp78.

Calnexina como Chaperona en el RER y ciclo de la glucosilacion/deglucosilacion

13.2. Retro-Translocacion de protenas mal plegadas:


Si el primer ciclo no logra arreglar el plegamiento de la proteina,esta es llevada al citosol donde son degradadas por los
proteosomas. Una enzima N-Glicanasa marca a la asparagina marcada con oligosacaridos y en conjunto con una protena
ubiquitina cuya funcion es dirigir el reciclaje de protenas, llevan a esta protena hacia un proteosoma.

Los proteosomas representan un importante mecanismo por el cual las celulas controlan la concentracion de
determinadas protenas mediante la degradacion de las mismas.

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13.3. El plegamiento defectuoso genera senales UPR(Unfolded Protein Response) hacia
el nucleo
Una protena UPR es activada en respuesta a la acumulacion de protenas mal formadas o no formadas en el lumen
del retculo endoplasmatico. Existen tres protenas que sensan la presencia de protenas mal formadas:

IRE1, PERK y ATF6 Como sensores de protenas mal formadas.

Inicio del UPR: La protena chaperona BIP/Grp78 se asocia a receptores de UPR en la membrana del RER y los
mantiene inactivos (IRE1, PERK y ATF6). Si se acumulan protenas mal plegadas BIP/Grp78 se sueltan de los receptores
( y se dirigen hacia las protenas malformadas) activando a los receptores del UPR los cuales se fosforilan y activan el
UPR. Si la protena activada corresponde a una PERK, el resultado es una inhibicion de la traduccion proteica, teniendo
como resultado un arresto del ciclo celular. Si la respuesta esta asociada a la activacion de una protena ATF6, esta se
transloca hacia el golgi para luego generar la respuesta de activacion de genes a nivel nuclear de factores reguladores
UPR.

Via del IRE1:

Activacion del IRE1 favorece la sntesis de chaperonas en consecuencia a una acumulacion de protenas mal plegadas.

13.3.1. Inductores del UPR:


Tunicamicina: Afecta la glicosilacon de las protenas y por tanto las celulas se pliegan mal.
Tapsigargina: Induce la liberacion de Ca2+ desde el lumen del RER al citoplasma afectando la funcion de las
chaperonas como calnexina y calreticulina.

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Ditiotreitol (DTT): agente fuertemente reductor que rompe los puentes disulfuros (S-S), haciendo que las protenas
se desplieguen.

Parte V
Aparato de Golgi:
El Aparato de Golgi constituye el segundo organelo de la ruta exoctica de protenas. El transporte posterior de
protenas desde el RER hacia el Golgi y desde este hacia cualquier otro sitio, tiene lugar a traves de vesculas. La via
que va desde el RE, pasando por el complejo de Golgi, hasta la superficie celular se llama a menudo via por defecto ya
que parece que las proteans no necesitan presentar senales especficas para seguirla.

Estructura del Aparato de Golgi: EL complejo de Golgi se localiza cerca del nucleo celular, y en una celula animal
esta a menudo cerca del centrosoma o centro celular. Esta formado por una serie de cisternas limitadas por membrana
y de forma aplanada. Muchas vesculas se hallan asociadas a los dictiosomas del Golgi, se cree que estas vesculas del
Golgi son vesculas de transporte de protenas y de lpidos desde y hacia el Golgi y entre las mismas cisternas del
organelo. Durante su paso a traves del complejo de Golgi, las moleculas transportadas sufren una serie de
modificaciones covalentes ordenadas.

Estructura del Aparato de Golgi

Los dictiosomas del Golgi tienen dos caras distintas: Una cara cis (o de entrada) y una cara trans (o de salida). Ambas
caras estan conectadas por la red Cis y Trans del golgi formadas por estructuras tubulares.

Las vesculas destinadas al complejo de Golgi emergen desde regiones especializadas del ER llamadas Elementos
transicionales cuya membrana no tiene ribosomas adheridos, y se encuentra a menudo entre el RER y el complejo de
Golgi. Se cree que estas vesculas no son selectivas, transportaran cualquier protena desde el RE hacia el Golgi. Sin
embargo, para que una protena emigre al golgi debe estar correctamente plegada y formada.

14. Organizacion de las funciones de las Cisternas del Golgi:


Las protenas exportadas desde el RE entran por la cara Cis del Golgi; luego se desplazan al compartimiento medial
formado por la cisterna central del dictiosoma, y finalmente se desplazan al compartimiento Trans, donde se completa la
glucosilacion.

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Compartimentalizacion del Golgi

15. Procesamiento de Oligosacaridos en el Aparato de Golgi


El procesamiento de oligosacaridos pasa por distintas fases a medida que la protena avanza a traves del complejo de
Golgi, en donde cada cisterna contiene sus propias enzimas. Las protenas se modifican a traves de sucesivas etapas a
medida que pasan de cisterna en cisterna a traves del dictiosoma, de forma que las cisternas constituyen una unidad de
procesamiento multiple. El procesamiento tiene lugar tanto en una secuencia espacial como en una secuencia bioqumica:
as, las enzimas que catalizan las primeras etapas se localizan en las cisternas cis, mientras que las que catalizan las
ultimas etapas se ubican en las cisternas trans.

El procesamiento de oligosacaridos es altamente ordenado, de forma que cada uno de los pasos depende de las reacciones
anteriores. En los dictiosomas del Golgi, la manosidasa I elimina 3 residuos de manosa y la N-acetilglucosamina
transferasa I anade un residuo de GlcNAc, lo que permite que la manosidasa II elimine dos residuos mas de manosa.
De esta manera, se obtiene el nucleo final de 3 residuos de manosa que presenta un oligosacarido complejo. En este
estado, el enlace existente entre los residuos del GlcNAc se vuelve resistente al ataque de una endoglucosidasa la Endo-H.

Procesamiento de los oligosacaridos en el RER y el complejo de Golgi para un oligosacarido complejo Proceso que
ocurre entre las caras Cis y Medial del organelo.

procesamiento final donde se anaden dos GlcNAc, tres Gal y tres NANA

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16. Procesamiento Proteoltico de protenas:
En el aparato de Golgi tambien ocurre procesamiento de protenas como en el siguiente ejemplo:

Procesamiento proteoltico de la Insulina y ovoalbumina

Finalmente, en la cara trans del Golgi ocurre la segregacion de protenas hacia los distintos organelos o
al espacio extracelular:

Fin de la ruta exoctica

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Parte VI
Mecanismos moleculares del transporte vesicular:
17. Etapas en la formacion de vesculas:
En todas las etapas de formacion de vesculas existen tres etapas fundamentales:
Yemacion: Aproximacion a la formacion vesicular:
Fision: Separacion total entre la vescula y la membrana plasmatica.
Fusion: Union de la vescula a la membrana el organelo o estructura diana.

Para que que el proceso de formacion vesicular ocurra de manera efectiva necesitamos la presencia de los siguientes
factores:

Protena cargo o peptido senal: que indican senales de exocitosis o de destinacion de protenas.
Protenas de coating y adaptadoras: las cuales ayudan a deformar la membrana plasmatica.
Receptores de membrana para las protenas cargo.

Protenas con sitios de union al GTP.

18. Etapas del transporte vesicular:


La mayora de las vesculas de transporte se forman a partir de regiones revestidas especializadas de la membrana,
por lo que generan vesculas rveestidas de una red de proteinas distintas de las que recubren la superficie citosolica. Antes
de que la vescula se fusione con la membrana receptroa, este recubrimiento ha de eliminarse para permitir que las dos
membranas interaccionen directamente.

Etapas del transporte vesicular enumeradas del 1 al 7.

18.1. Iniciacion, Yemacion y Escicion:


Existen dos tipos de vesculas revestidas bien caracterizadas (las revestidas de clatrina y las revestidas de coatomero
(COP1 y COP2, pondremos numeros arabicos en vez de numeros romanos para evitar equivocaciones en la pronunciacion).

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18.1.1. Vesculas revestidas por COP:
Las vesculas revestidas por COP median el transporte vesicular de la ruta por defecto, incluye en transporte desde el
retculo endoplasmatico al complejo de Golgi COP2 , de una cisterna del Golgi a otra mas baja y desde el Golgi hacia
el RER. COP1.

Protenas de cubierta COP2: El transporte mediado por protenas tipo COP2 es principalmente de tipo anterogra-
do. Si tomamos como referencia la ruta exoctica, este tipo de transporte es hacia fuera de la membrana celular.

La protena ARF-GDP permanece al principio en un estado soluble e inactivo. Esta se une posteriormente a una
protena liberadora de nucleootidos de guanina (GNRP) en la membrana dadora, lo cual provoca que el ARF libere su
GDP y se una al GTP. El GTP desencadena un cambio conformacional en el ARF dejando expuesta su cadena de acido
graso. Entonces, la protena ARF-GTP activa y unida a la membrana comienza a reclutar las subunidades del
coatomero de la membrana.

Protenas de Cubierta COP1: El transporte mediado por protenas COP1 es en su mayora de tipo retrogrado.

El complejo COP1 esta formada por la ARF1(GTP-asa monomerica), un coatomero (complejo de 7 protenas)y
protenas de membrana reclutadas por el coatomero. A diferencia de las protenas COP2, la cubierta se adosa
a la membrana una vez activada la ARF1

Vesculas revestidas de Clatrina: El principal componente proteico de las vesculas recubiertas de clatrina es la
propia protena. Un complejo altamente conservado en la escala evolutiva. Consiste en tres cadenas polipeptidicas grandes
y tres pequenas que forman una estructura llamada Triquelion. Los trisquelions de clatrina se unen dando lugar a un
esqueleto en forma de cesto. La formacion de una yema revestida de clatrina se produce por fuerzas generadas por el
ensamblaje de protenas de la cubierta sobre la superficie citosolica de la 0membrana.
Adosadas en la parte mas distal del aparato de Golgi. La podemos encontrar tanto en la parte mas distan como en
organelos llamados endosomas y en la membrana plasmatica.

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Estructura del Trisquelion
El ensamblaje de la cubierta de vesculas revestidas tiene dos funciones como mnimo: Proporciona la fuerza mecanica
para estirar hacia el exterior la membrana y ayuda a capturar receptores de membrana especficos junto con las moleculas
a las que estan unidos.

Protenas llamadas adaptinas se utilizan para unir el revestimiento de clatrina a la membrana, ademas de reclutar
diversos receptores proteicos de transmembrana, los cuales capturan moleculas especficas en el interior de la vescula
(protenas cargo)
Finalmente, el proceso de escicion se produce por la accion de una protena con una naturaleza similar a la actina,
hablamos de la dinamina y un complejo proteico cuya estructura principal es esta protena.

Dinamina y la escicion vesicular.

Resumen accion de protenas COP1, COP2 y Clatrinas

35
19. Celulas epiteliales como modelo de la destinacion de protenas en el
aparato de Golgi:
En esa seccion se observara el efecto de la destinacion hacia la membrana plasmatica de celulas polares como por
ejemplo las celulas epiteliales. Donde una cara de la membrana apunta en sentido apical y la otra en sentido basolateral.
Los cambios en la destinacion se realizan principalmente en el TGN (trans Golgi Network) en la cara mas alejada del
aparato de Golgi.

El estudio contempla la utilizacion de dos tipos de virus que generan salidas exocticas distintas: Hablamos del virus
HA (o de la gripe) y el VSVG.

En la imagen de la izquierda observamos la liberacion del virus de la influenza HA, y por la seccion basolateral vemos la
salida del virus de la VSVG (vesicular stomatitis viurs)

La explicacion a la destinacion de la salida de la HA y VSVG estaba determinada por la region donde se encontraba la
senal de salida. En el caso la salida del HA se encontraba en la region transmembrana de la protena, y la del VSVG se
hallaba en la region citosolica de la protena.

Las senales Apicales son N y O-glicosilaciones y estaban presentes tanto en la membrana, dominio intracelular como la
rodopsina o incluso el emdio extracelular. Las protenas apicales se subian a unas balsas compuestas de glicoesfingolpidos
y colesterol llamadas rafts. Todas las senales Basolaterales, en cambio, son peptdicas y estan en unidas al carboxilo
terminal. Las senales basolaterales dominan sobre las apicales. Las senales se pueden transferir de una protena a otra.

Presencia de la senal en protenas con salida a la cara apical y a la basolateral.

Caractersticas de las senales:

Existe mas de un tipo de senal para destinar protenas a diferentes organelos. Mas que la secuencia especfica de
aminoacidos de la protena, importan mas sus propiedades fsicas: (hidrofobicidad, hidofilidad).
Las senales se pueden transferir de una protena a otra. Son necesarias, suficientes e intercambiables entre las
protenas.

Las senales pueden tener diferente naturaleza. (Carbohidratos, lpidos o protenas).


Las senales son reconocidas por una maquinaria especfica de protenas citosolicas de cubierta y adaptadores.

20. Protenas adaptadoras y su funcion en vesculas revestidas de clatrina:


Las protenas adaptadoras como las AP o GGAs sirven de conectores entre senales y la cubierta de clatrina; a su vez,
las senales de destinacion son reconocidas por los adaptadores que a su vez reconocen a la clatrina.

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20.1. Protenas de cubierta adaptadoras complejo AP:
El complejo AP tiene cuatro subunidades una de las cuales se une a la senal de destinacion que puede ser citosolica o
basolateral, lo importante es que hay un reconocimiento y este adaptador acomoda la clatrina con la senal para formar
la vescula.

Proteinas adaptadoras del complejo AP


Otras protenas como la cubierta de retromero participan en el transporte vesicular entre endosomas y el aparato de
Golgi. Ademas, las protenas adaptadoras GGAs participan en la segregacion lisosomal desde el aparato de Golgi hacia
los lisosomas.

21. Fusion de vesculas con el organelo o membrana diana:


Las vesculas de transporte, sean o no selectivas al tomar la carga del compartimiento dador, han de ser altamente
selectivas en cuanto a la membrana diana a la que se fusionan. Esto sugiere que todos lso tipos de vesculas de transporte
en la celula han de expresar marcadores de superficie que las identifiquen seun su origen y su carga y que sean reconocidas
por receptores de las membranas diana. Las vesculas de transporte son reconocidas especficamente en la membrana
receptora a traves de los Snares.

Existen dos tipos de Snares para el reconocimiento vesicula-membrana:


V-Snares: Se encuentran en vesculas y estan formados por un unico polipeptido.
T-Snares: Se encuentran en el organelo blanco y estaran compuestos por dos o tres protenas.
Ambos Snares tienen dominios helicoidales que interactuan formando un haz de cuatro hebras.

Snares vesiculares y de la membrana blanco interactuan para comenzar el proceso de fusion tras la recognicion de las dos
partes.

22. Direccionalidad de proceso y protenas RABs:


En la celula existen muchos sistemas de membrana por lo que el proceso de union de las distintas vesculas ha de ser
altamente selectivo. Una vescula puede inspeccionar muchas membranas potencialmente diana antes de que su v-SNARE
encuentre una t-SNARE complementaria <3. Este proceso crucial de reconocimiento esta controlado por miembros de una
familia de protenas GTPasas monomericas llamadas protenas Rab, que controlan que la interaccion entre el v-SNARE
y el t-SNARE sea correcta. Las protenas Rab estan unidas a la superficie de las vesculas revestidas que estan formando
en la membrana dadora. Cuando una vescula encuentra la membrana diana adecuada, la union de los Snares permite
que la vescula permanezca unida durante el tiempo necesario para que la protena Rab hidrolice el GTP que lleva unido,
lo cual bloquea a la vescula en la membrana diana, preparandola para la fusion posterior.

37
La interaccion entre v-SNARE y t-SNARE provoca la hidrolisis del GTP de la protena RAB para controlar que la
interaccion sea correcta, mediante el efecto del Rab.

Caractersticas generales de las protenas GTPasas monomericas:


Garantizan un trafico vesicular ordenado.
existen alrededor de 600 tipos de GTPasas.
Direccionan a la vescula a puntos especficos en la membrana blanco correcta.

Rabs funcionan en las vesculas de transporte, en las membranas blanco y/o en ambas.

Caractersticas generales de las protenas Rabs (caso particular de GTPasa):


las protenas Rabs circulan entre el citosol y las membranas y regulan el ensamblaje del complejo de protenas en
la membrana.
GDP-Rab (inactiva), se unen a GDI(Rab-GDP inhibidor de disociacion) que la mantiene en el citosol.

GTP-Rab (activa) se une fuertemente a la membrana del organelo y de la vescula.


GTP-Rab se une a efectores que facilitan la union y la fusion de membranas.

Una protena liberadora de nucleotidos de guanina en la membrana dadora reconoce una protena rab especfica y la
induce a intercambiar su GDP por GTP. Este cambio altera la conformacion de la proteina Rab, exponiendo su grupo
lipdico unido covalentemente, el cual ancla la protena Rab a la membrana que sale. La proteina Rab-GTP permanece
unida a la superficie de la vescula de transporte despues de que eesta se separe de la membrana dadora. Una protena
v-SNARE de la superficie de la vescula se une a una t-SNARE inmovilizando parcialmente la vescula. Entonces la
protena Rab hidroliza su GTP anclando la vescula a la membrana diana y liberandose al citosol como Rab-GDP.

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Parte VII
Tarea 1: Por que el ADN contiene Timina en vez
de Uracilo?
A. Desaminacion de la Citosina y correccion en el ADN mediante enzimas
En la mayora de las especies animales las pirimidinas son degradadas a amoniaco y urea. Pueden ser tambien utilizadas
como precursores de la biosntesis de -alanina, y por tanto de la coenzima A. La principal ruta de degradacion de la
citosina y del uracilo se muestra de la siguiente manera:

Degradacion de una base pirimidnica (Citosina) mediante un proceso cataltico

Desaminacion de la citosina.

La citosina del DNA a diferencia del nucleotido libre, se desanima espontaneamente para formar uracilo, la desaminacion
de la citosina es potencialmente mutagenica porque el uracilo se empareja con la adenina y as una de las hebras hijas
contendra la pareja AU en vez de la copia original.

Esta mutacion puede evitarse por un sistema de reparacion que reconoce al uracilo como una base extrana al DNA. En
primer lugar, una uracilo-DNA glicosidasa hidroliza el enlace glicosdico entre el uracilo y la desoxirribosa y se genera
un hueco debido a la falta del uracilo denominado lugar AP porque es apurnico (libre de A o G) o apirimidico (libre de
C o T). Posteriormente una endonucleasa AP reconoce este defecto y corta una de las hebras justo al lado de la base
que falta.
Posteriormente la DNA polimerasa 1 corta el fragmento de desoxirribosa fosfato residual e inserta citosina. Por ultimo
la hebra reparada se cierra por accion de la DNA ligasa.

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Reparacion debido a la desaminacion de la citosina en el ADN

B. Por que el ADN utiliza una base metilada (timina) y no lo hace en el


ARN?
El uracilo no es un componente natural del DNA. En su lugar, el DNA contiene timina, el analogo metilado del uracilo.
El toque final en la formacion de timina tiene lugar a nivel del desoxirribonucleosido monofosfato:
El desoxiuridilato (dUMP), se metila a desoxitimidilato (dTMP) por medio de una enzima llamada timidilato
sintasa. Sin embargo, falta el compuesto clave, el denominado dador de metilos. que se explica claramente en la siguiente
imagen:

Sntesis de dTMP a partir de dUMP


La regeneracion del tetrahidrofolato (para poder formar otra timina) a partir del dihidrofolato necesita de la accion en-
zimatica de la hidrofolato reductasa que utiliza NADPH como agente reductor, haciendo este proceso extremadamente
costoso.
Dihidrofolato + NADPH + H+ Tetrahidrofolato + NADP+

La uracilo-DNA glicosidasa no elimina la timina del DNA. As pues, el grupo metilo de la timina constituye una
etiqueta que la distingue de la citosina desaminada. Si esta etiqueta faltase, sera imposible distinguir el uracilo
real del uracilo formado por desaminacion lo que evidentemente generara mutaciones incorregibles. Esta mutacion, se
evita por un sistema reparador que localiza el uracilo y deja solo a la timina. La timina se utiliza en vez del uracilo
en el DNA para asegurar la fidelidad del mensaje genetico. Por el contrario, el ARN no se repara y por eso
utiliza uracilo, porque es un componente menos costoso.

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