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PROFESSOR:
Prof. Dr. Shaker Chuck Farah chsfarah@iq.usp.br IQ-USP, Bloco 0, sala 12
MONITORA:
Paola Alejandra Cappelletti c10paola@yahoo.com.ar IQ-USP, Bloco 0, sala 10
Alunos que alcanarem a mdia final 5,0 e mostrarem freqncia 70% estaro aprovados.
Somente aqueles cuja mdia for no mnimo igual a 3,0 e apresentarem freqncia 70%
podero fazer a prova de recuperao.
BIBLIOGRAFIA RECOMENDADA
Mas existem outros excelentes textos de Bioqumica, em geral em ingls, como os exemplos
abaixo, que podero ser usados com igual proveito.
VOET, D. & VOET, J. Biochemistry.
STRYER, L.; BERG, J. M. AND TYMOCZKO, J. L. Biochemistry.
LEHNINGER, A. L. Principles of Biochemistry.
CALENDRIO DE MDULOS E ATIVIDADES 2007
DATA TTULO
INTRODUO
FEVEREIRO 28
GUA, CIDOS, BASES, pH E SISTEMA TAMPO.
MARO 2 AMINOCIDOS E PEPTDEOS
7 PROTENAS: ESTRUTURA PRIMRIA
9 PROTENAS: PURIFICAO
14 PROTENAS: ESTRUTURA SECUNDRIA
16 Laboratrio: Purificao de protenas
21 ESTRUTURA TERCIRIA DE PROTENAS
23 ESTRUTURA TERCIRIA DE PROTENAS
28 MIOGLOBINA E HEMOGLOBINA
30 CINTICA ENZIMTICA
ABRIL 4 Semana Santa - no haver aula
11 CINTICA ENZIMTICA
13 Laboratrio: Cintica enzimtica
18 CATLISE ENZIMTICA
20 Laboratrio: Bioinformtica e famlias de protenas
CIDOS GRAXOS, FOSFOLIPDEOS, QUILOMICRONS, HDL,
25
VLDL, LDL, COLESTEROL
27 Prova 1
MEMBRANAS BIOLGICAS
MAIO 2
E TRANSPORTE ATRAVS MEMBRANAS
4 ESTRUTURA DE ACARES E CARBOIDRATOS
TERMODINMICA DE REAES QUMICAS E VIAS
9
METABLICAS
11 GLICLISE
16 CICLO DE KREBS
CADEIA RESPIRATRIA, POTNCIAS REDOX E
18
FOSFORILAO OXIDATIVA
23 exercicios (no haver aula devido reunio anual de SBBq)
25 exercicios (no haver aula devido reunio anual de SBBq)
30 GLICONEOGNESE E METABOLISMO DE GLICOGNIO
JUNHO 1 BETA OXIDAO E SNTESE DE CIDOS GRAXOS
VIA DOS PENTOSES E A SNTESE DE NADPH;
6
FOTOSSNTESE
8 No haver aula
13 METABOLISMO DE NITROGNIO, URIA E AMINOCIDOS
15 Laboratrio: Transaminao
20 AO HORMONAL
22 INTEGRAO METABLICA
27 INTEGRAO METABLICA
29 Prova 2
Prova Substitutiva
JULHO 4
(somente para provas no escritas por razes mdicas)
10 Prova de Recuperao (somente para alunos com nota > 3.0)
Adote uma Molcula
Bioqumica : Estrutura de
Biomolculas e Metabolismo Medicina Diurno
3- Grupos das disciplinas envolvidas tero as mesmas molculas. Os alunos devero organizar
uma rede (e-mails, pginas na internet, boletins informativos, jornais, festas, cafs, etc) para
discutir inter-disciplinas as caractersticas das molculas. Todas as informaes devem ser
compartilhadas entre os grupos.
5- Ao final do curso (junho), os grupos devero apresentar trabalho referente a sua molcula na
forma de um cartaz.
1- NO
2- Lactose
3- carnitina
4- tirosina
5- cido rico
6- adrenalina
7- colesterol
8- tiamina
10- pron
11- cAMP/cGMP
14- carotenides
15- etanol
17- rodopsina
18- miosina
1. A molcula de gua, H2O, apresenta um ngulo de 104,5 graus entre as duas ligaes
O-H, dando-lhe um carter altamente polar. Alm disso, o tomo de O possui 2 pares
de eltrons livres, permitindo a formao de ligaes (ou pontes) de H entre molculas
vizinhas. Esta estrutura d gua propriedades fsicas e qumicas de enorme
importncia biolgica.
2. A gua se ioniza atravs de uma reao cido-base:
H2O + H2O H3O++ OH-
A reao cido-base se caracteriza pela troca de prtons entre pares conjugados de
cidos e bases. A gua pode se comportar como cido e como base:
AH + H2O H3O + A-
B + H2O BH + OH-
Estas so reaes de equilbrio, s quais correspondem constantes de equilbrio
definidas. Por exemplo: K = [H3O+] [A-]
[AH] [H2O]
K mede a afinidade relativa das bases, de cada par cido-base conjugados (AH/ A- e
H3O+/ H2O), por prtons. Fala-se comumente em constante de dissociao de um cido
(Ka), significando: Ka = K [H2O] = [H+] [A-], onde [H2O] essencialmente constante (55
M). [AH]
3. [H+] a concentrao hidrogeninica e os valores de [H+] para a maioria das solues
so muito baixos e difceis de serem comparados. Um valor mais prtico conhecido
como pH: pH = - log [H+].
como 1/[H+] = 1/K x [A-]/[AH]
pode-se obter pH = - logK + log [A-]/[AH]
por analogia - log K = pK
e pH = pK + log [A-]/[AH]
Conclui-se que pK numericamente igual a pH da soluo na qual as concentraes
molares do cido e sua base conjugada so iguais (ie log [A-]/[AH] = 0).
A igualdade pH = pK + log [A-]/[AH] conhecida como Equao de
Henderson-Hasselbach.
4. cidos so classificados de acordo com sua fora relativa, ou seja, de acordo com sua
capacidade de transferir um prton para a gua. cidos com constantes de dissociao
menores do que aquela de H3O+ (que, por definio, igual a 1 em solues aquosas
(v se consegue confirmar porqu!)) so s parcialmente ionizados em solues
aquosas e so conhecidos como cidos fracos (K 1). J os cidos fortes tm
constantes de dissociao maiores que a de H 3O+, sendo quase completamente
ionizados em solues aquosas (K 1).
5. Tampes so sistemas aquosos que tendem a resistir a variaes no seu pH quando
pequenas quantidades de cido (H+) ou base (OH-) so adicionadas. Um sistema
tampo consiste de um cido fraco (o doador de prtons) e sua base conjugada (o
aceptor de prtons). comum encontarr os seguintes smbolos para representar um
-
cido (AH ou BH+) e sua base conjugada (A ou B:)
6. A adio de cido forte (H+) ou base forte (OH-) a uma soluo aquosa de um cido
fraco, por exemplo, cido actico (pKa = 4,76), causa pequenas variaes de pH, se a
soluo estiver a um pH prximo do pK do cido. Este comportamento define um
tampo cido-base.
Grupos de discusso
3.) Esquematize a curva de titulao de 1 litro de uma soluo de 0.1 M H3PO4 com uma
soluo de 10 M NaOH, colocando pH (eixo y) em funo de volume de base adicional
(exio x). Indicar os pontos na titulao (volumes de NaOH) em que o pH equivale cada um
dos pKas do cido.
4.) Indique como se pode preparar 1L de um tampo a pH=7,0, capaz de manter o pH estvel
com adio de 10mL de HCL 0,1M, dispondo-se das solues:
a) 1M H3PO4
b) 1M cido actico
c) 1M NaOH
5.) Desenhar a estrutura de gelo, mostrando pontes de hidrognio entre molculas de gua.
O que acontece quando o gelo derrete? Porqu gua lquida em 4oC mais denso do que
gelo em 0oC?
6.) Desenhar a estrutura de NaCl no estado slido e tambm no estado aquoso, neste ltimo,
destacando suas interaes com gua. Porque NaCl dissolve em gua?
AMINOCIDOS.
Grupo de discusso:
1.) Quais dos aminocidos tm dois carbonos quirais e qual deles no possui isomeria ptica?
2.) Mostre por que a seguinte forma associada de um aminocido no pode ser encontrada
em soluo aquosa.
R
H2N C COOH
H
3.) O etanol no tem carter cido em gua, enquanto fenol e cido actico se dissociam em
soluo aquosa, sendo o cido actico (pK=4,8) mais forte que o fenol (pK=10). Como se
pode explicar o comportamento destes trs compostos em gua a partir de suas estruturas
moleculares?
4.) Esquematize a curva de titulao da glicina com NaOH a partir de pH=1 e do cido
asprtico com HCl a partir de pH=11. Coloque o pH na ordenada e, na abscissa, a
quantidade de equivalentes de cido ou base forte.
5.) a) Quais os pontos isoeltricos de glicina (pKs=2,5 e 9,5), cido asprtico (pKs=2,5; 4,0 e
9,5), lisina (pKs=2,5; 9,5 e 10) e histidina (pKs=2,5; 6,0 e 9,5)?
6.) Tentar classificar os aminocidos em termos da natureza qumica dos seus grupos radicais:
a) ionizveis ou no ionizveis, b) cidicos ou bsicos, c) polares ou no polares, d)
hidroflicos ou hidrofbicos, e) alifticos ou aromticos, f) lineares ou ramificados e g)
pequenos e grandes.
7.) Na Tabela 1 indicar: a) O cdigo de letra nica para cada aminocido e b) os pK R dos
aminocidos com grupos radicais ionizveis.
TABELA 1
Esta reao, como esta escrita, jamais ocorre nos seres vivos. A unio dos
aminocidos por ligao peptdica no feita por reao direta entre eles, mas atravs
de um complexo aparato de sntese protica, que inclui ribossomos, cidos
ribonuclicos, vrias protenas e enzimas num processo chamado traduo. A
equao mostra apenas o resultado liquido do processo.
3. As propriedades da ligao peptdica impem restries ao dobramento do polmero
formado. A ligao peptdica apesar de ser representada por um nico trao de ligao,
tem caractersticas intermediarias entre uma ligao simples e uma dupla ligao,
devido as interaes entre duas formas de ressonncia.
O polmero formado pode, portanto, ser visualizado como uma cadeia constituda por
unidades planares (unidades peptdicas), unidas entre si com uma articulao flexvel:
o carbono . Esta cadeia chama-se cadeia polipeptdica. As protenas podem ser
formadas por uma ou mais cadeias polipeptdicas.
4. Todavia, existem pontos de dobramento entre as unidades peptdicas rgidas, graas a
possibilidade de rotao em torno das ligaes com o carbono alfa (N-C e C-C), que
so ligaes efetivamente simples (vide figura acima). Estas ligaes so chamados
phi () e psi () respectivamente.
5. A cadeia polipeptdica pode ser dividida entre a cadeia principal e as cadeias laterais
(grupos R) ligados aos carbonos alfa.
Grupo de discusso:
1.) Defina estrutura primria, secundria, terciria e quaternria de uma protena, dando
exemplos.
3.) a) Desenhar o tripeptdeo Ala-Asp-His. b) Calcular o seu pI. c) Calcular sua carga lquida
em pH 1, pH 6,0 e pH 12.
4.) Com os dados abaixo, defina a seqncia do peptdeo analisado: a) hidrlise cida total
resultou em: Arg, Tyr, Leu, Ala, Glu Lys, Ser e Pro; b) dansilao e hidrlise produziu: dansil-
Leu; c) dois ciclos consecutivos de degradao de Edman liberaram, respectivamente Leu e
Tyr; d) tripsina liberou 2 peptdeos cujas composies, aps hidrlise cida total, foram,
respectivamente (Tyr, Leu, Arg,) e (Ser, Glu, Pro, Ala Lys); e) carboxipeptidase A no liberou
nada, mas carboxipeptidase C liberou Ser; f) endopeptidase V8 liberou o tripeptdeo Lys-Pro-
Ser e um pentapeptdeo que, tratado com carboxipeptidase C, liberou Ala.
Estruturademioglobina debaleia,umaprote
naglobulart
pica
Topografia
desuperf
cie
Fita(azul=H) modelo
spacefilling
Grupo de discusso:
2.) Descreva -hlice e folha pregueada. Aponte as diferenas essenciais entre estas formas
de estrutura secundria, encontradas em peptdeos.
4.) Descreva a experincia clssica de Anfinsen com a enzima ribonuclease A, indicando sua
concluso principal. Qual o papel das pontes de dissulfeto na manuteno da estrutura nativa
(terciria) da ribonuclease. Conceitue estrutura nativa e desnaturao de protenas, mostrando
o que. Isso tem a ver com a atividade enzimtica da ribonuclase A. Que funo termodinmica
promove espontaneamente a transio da ribonuclease de desnaturada para nativa?
5.) Duas protenas, apesar de terem diferenas quanto a alguns de seus aminocidos, so
capazes de desempenhar a mesma funo. Explique como isto possvel.
7.) O que efeito hidrofbico e qual o seu papel na manuteno da estrutura terciria das
protenas? Qual o fator preponderante no efeito hidrofbico: o entlpico ou o entrpico?
Explique qualitativamente sua resposta.
* Estado de
Energia
transio da reao no
Livre (G)
G10# G0#-1 catalizada
Estado de Transio *
Reao Catalisada
FIGURA 1
TABELA 1
1 0 0
2 2 0.084
3 4 0.168
4 6 0.252
5 8 0.336
6 10 0.420
TABELA 2
Tubo n Uria (mM) Urease (g) NH3 (moles)
1 2,5 0,1 0,21
2 5,0 0,1 0,42
3 10 0,1 0,59
4 15 0,1 0,67
5 25 0,1 0,73
6 50 0,1 0,78
7 100 0,1 0,79
8 200 0,1 0,78
9 200 - 0,00
k1 kcat
E + S ES E + P
k-1
A derivao da equao Michaelis Menten
v = Vmax[S] / (Km + [S]) = kcat[Et][S] / (Km + [S])
apresentada na figura da prxima pgina.
Concentrao
Velocidade mxima
Velocidade do substrato
naquela [S]
Kdiss aparente do
Complexo enzima-substrato Fra odeEtot naformadeES=
[S]/(Kdiss +[S])
1.) As velocidades de uma reao enzimtica foram determina das para diversas concentraes
de substrato, conforme a tabela abaixo:
[S] (M) V (mol/L.min)
5 22
10 39
20 65
50 102
100 120
200 135
4.) Utilizando-se dos valores de KM e Vmax determinados nas questes 1 e 3, esquematize num
mesmo grfico, para as duas reaes, V em funo da concentrao de substrato,
expressa em mltiplos de KM. No eixo dos Y ajuste arbitrariamente as escalas para cada
reao fazendo coincidir os pontos de V = Vmax. Como so as curvas para duas reaes?
Justifique o resultado.
Figura 1
Figura 2:
Ribonuclease A
Figura 2
2. Catlise covalente envolve a acelerao da taxa de reao atravs da formao transiente
de uma ligao covalente substrato-catalisador. A descarboxilao do acetoacetato um
exemplo deste processo:
No primeiro estgio desta reao, a amina faz um ataque nucleoflico ao grupo carbonila
do acetoacetato formando uma base de Schiff (ligao imina).
OH-
1.) Examine a reao de hidrlise de RNA catalisada pela RNase A para verificar que se trata
de um mecanismo de catlise cido-base.
2.) Faa o grfico da velocidade de uma reao enzimtica em funo do pH para uma enzima
estvel entre pHs 3 e 12, considerando que o substrato no possui grupos ionizveis e a
atividade enzimtica exige no centro ativo uma carboxila (pKa = 5) desprotonada e um
grupo amino (pKa = 9) protonado.
3.) Definir catlise eletrosttica. Procure um exemplo de uma enzima que utiliza esta
estratgia.
5. Molculas anfiflicas, como lipdeos com uma nica cauda hidrofbica, cidos graxos
livres e detergentes, quando em soluo aquosa e acima de um limiar de concentrao
(concentrao micelar crtica ou cmc) formam agregados globulares chamados micelas.
6. Por outro lado, lipdeos com duas caudas hidrofbicas, como glicerofosfolipdeos e
esfingolipdeos, tendem a formar bicamadas lipdicas, que so a base estrutural das
membranas biolgicas.
Micela Bicamada
11. Mas, no epitlio do intestino a glicose obtida da dieta transportada para dentro da
clula contra o gradiente de concentrao, portanto atravs de um processo endergnico
que exige consumo de energia metablica para ocorrer e referido como transporte ativo.
Neste caso o transportador chamado simport, pelo qual a glicose transportada junto
com Na+ e termodinamicamente possvel porque existe um gradiente eletroqumico de
Na+ de fora para dentro da clula. H mltiplas formas de transporte ativo, das quais este
exemplo da glicose apenas uma delas. Grande parte da energia metablica consumida
pelas clulas se deve manuteno da enorme diversidade de transportadores que
promovem a transferncia de metabolitos e ons contra gradientes de concentrao.
Grupo de discusso:
1.) O que concentrao micelar crtica. Como varia tamanho e forma de micelas formadas
por anfiflicos de uma nica cauda hidrocarbonada? Explique.
2.) Uma hiptese central na pesquisa de membranas que os lipdeos da membrana devem
ser fludos (em oposio a "congelados") a fim de que a membrana possa desempenhar
suas funes. O apoio para esta hiptese fornecido pela observao de que a
composio de cido graxo das membranas pode ser alterada pelas condies nas quais a
bactria cresce. Por exemplo, se a bactria est crescendo em temperatura menor que a
normal, as quantidades observadas de cidos graxos insaturados (relativas ao contedo de
cido graxo saturado) esto acima do normal.
Contrariamente, se a bactria est crescendo em temperatura acima da normal, as
quantidades observadas de cidos graxos insaturados nos lipdeos da membrana
(relativas aos cidos graxos saturados) esto abaixo do normal.
(a) Sugira razes para o fato de que o contedo lipdico na membrana bacteriana deve ser
fluido para que a membrana intacta opere apropriadamente.
(b) Explique como a alterao observada nos nveis dos cidos graxos insaturados relativa
aos nveis dos cidos graxos saturados, em diferentes temperaturas de crescimento, apia
a hiptese da fluidez da membrana.
3.) Fornea uma explicao termodinmica para o fato de que molculas de fosfolipdeo
difundem rapidamente no plano da bicamada, mas muito lentamente mudam de uma face
oposta.
5.) Explique porque soda funciona bem para desentupir pias entupidas com gordura animal.
6.) Para saber se uma bactria tomava leucina e etileno glicol por transporte mediado ou no
mediado, foram feitas medidas de velocidade inicial de tomada em funo da concentrao
de ambas substncias, resultando na tabela fornecida abaixo. O que voc conclui do
exame dessa tabela? Explique e calcule Kt e Vmax se encontrar evidncias de transporte
mediado.
Componente Concentrao [M] Velocidade Inicial (unidades arbitrarias)
Leucina 1 x 10-6 110
2 x 10-6 220
5 x 10-6 480
1 x 10-5 830
3 x 10-5 1700
1 x 10-4 2600
5 x 10-4 3100
1 x 10-3 3200
Etileno glicol 1 x 10-3 1
5 x 10-3 5
0,01 10
0,05 50
0,1 100
0,5 500
1,0 1000
Caso a ligao glicosdica envolva a condensao dos dois OHs glicosdicos como o
caso da trealose, uma 1-1-diglicose, o dissacardeo no pode ser oxidado pelo
reagente de Fehling (dissacardeo no redutor). J a maltose, que possue um OH
glicosdico livre um dissacardeo redutor, sendo oxidado pelo reagente de Fehling.
Glicognio
Poli (1-4) (1-6) glicose
Figura 6
Grupo de discusso:
1.) Desenhe o conjunto dos ismeros de D-aldoses de 6 C, atravs das frmulas de projeo
de Fisher. Quantos epmeros possue uma hexoaldose. Identifique todos os epmeros de D-
glicose. Existem pares enantiomricos na famlia D de monossacardeos. Explique.
TERMODINMICA.
G'
Para que a reao ocorra, necessariamente tem-se G final Ginicial, isto , G negativo. Um
ponto importante a ser destacado que o valor de G permite prever se a reao pode
ocorrer, mas no a velocidade com que a reao atinge o equilbrio. A velocidade de reao
depende da energia livre do Estado de Transio que maior que do que o dos reagentes no
Estado Inicial, isto , G* positivo. Quanto maior o valor de G*, menor ser a velocidade de
reao.
N C
C N Adenina
H C
C C H
N
N
O- O- O-
-O-P-O-P-O-P-O-CH
2 O
O O O
H H H
H Ribose
HO OH
AMP
ADP
ATP
ATP=Adenosina5-trifosfato
FIGURA2
TABELA 3 Compostos fosforilados
R R
C O P + H 2 O C O + P i G o ' = - 1 3 .0 0 0 c a l/m o l
C H 2 C H 3
F o sfo e n o l c e to n a c id o
R R
C O P + H 2 O C O H + P i G o ' = - 8 .0 0 0 c a l/m o l
O O
A n id r id o fo s f r ic o c id o c id o
R O P + H 2 O R O H + P i G o ' = - 3 .0 0 0 c a l/m o l
s te r fo s f r ic o lc o o l c id o
R C S C o A + H 2 O R C O H + H S -C o A G o ' = - 3 .0 0 0 c a l/m o l
O O
T io s te r c id o tio lc o o l
A T P + H 2 O A D P + P i G o ' = - 8 .0 0 0 c a l/m o l
A d e n o s in a tr ifo s fa to c id o c id o
A D P + H 2 O A M P + P i G o ' = - 8 .0 0 0 c a l/m o l
A d e n o s in a d ifo s fa to c id o c id o
A M P + H 2 O A O H + P i G o ' = - 3 .5 0 0 c a l/m o l
A d e n o s in a m o n o fo s fa to lc o o l c id o
Mostre por que estas afirmaes so verdadeiras discutindo a expresso que
relaciona G0 e G.
5.) Ainda para a reao AB (questo 4) proponha uma condio na qual a reao
inversa seja espontnea. Mostre que a sua proposta possvel calculando o
respectivo G. Esta questo possui mltiplas respostas ou apenas uma resposta
nica?
8.) Porque a hidrlise de ATP necessita catlise enzimtica, sendo este um composto rico
em energia? Utilize-se do grfico esquemtico de variao de G (energia livre) em funo
de coordenada de reao para responder a esta questo, definindo estado de transio e
energia de ativao.
GLICLISE.
HO
OH
OH
GLICLISE Glicose
OH
ATP ATP
ADP ADP
P -OCH2
O
OH Glicose 6-fosfato
HO OH
OH
P -O-CH2 O CH2OH
HO Frutose 6-fosfato
OH
HO
ATP
ATP
ADP
ADP
P -O-CH2 O CH2O- P
HO OH
Frutose 1,6 bisfosfato
HO
H2C-O- P HC=O
ADP ADP
ATP ATP
O=C-O-
HC-OH 3-Fosfoglicerato
H2C-O- P
COO-
HC-O- P
2-Fosfoglicerato
H2C-OH
H2O
COO-
C-O- P
Fosfoenolpiruvato
CH2
ADP
ADP
ATP
ATP
COO- COO-
HC-OH C=O
Lactato Piruvato
CH3 NAD+ NADH CH3
NAD+ NADH
Grupo de discusso:
1.) Classifique as reaes da gliclise, destacando as que so de xido-reduo.
3.) Na reao do item 2.) parte da energia utilizada para produzir ATP. Mostre como isso
possvel, equacionando as etapas relevantes da reao. Defina fosforilao ao nvel
do substrato.
5.) Examine uma tabela com as 10 reaes da via glicoltica que contenha,
respectivamente, o G0 e o G das reaes. Quais so as reaes irreversveis da
gliclise?
Piruvato
CoASH + NAD+
CO2 + NADH
Acetil-CoA
H2O
CoASH
Oxaloacetato Citrato
NADH + H+
NAD+ H2O
L-Malato cis-Aconitato
H2O
H2 O
Fumarato
Ciclo de Krebs Isocitrato
FADH2
NAD+
FAD
NADH + H+
Succinato
GTP Oxalosuccinato
CO2 CoASH CO2
GDP + Pi
Succinil-CoA a-Cetoglutarato
NADH NAD+
+ H+
Grupo de discusso:
1.) Escrever a reao de formao de acetil-CoA a partir de piruvato e indicar:
a) as 5 coenzimas necessrias
b) as vitaminas envolvidas
c) a sua localizao celular
5.) Quais so as enzimas do ciclo de Krebs sujeitas a regulao? Explique como cada
uma delas regulada.
7.) Dispondo das enzimas necessrias, a adio de que compostos far aumentar a
concentrao de oxaloacetato em um sistema in vitro que contm mitocndrias:
acetil-CoA, piruvato, glutamato, citrato ou cidos graxos?
8.) Uma suspenso de mitocndrias, suplementada com acetil-CoA marcada com C 14,
produz CO2 marcado apenas quando suprida de oxignio. Em condies anaerbias,
a adio de azul de metileno restaura a produo de CO2 marcado, observando-se
tambm a descolorao do corante (azul de metileno reduzido incolor). Explique
estes dados.
Matrix
Mitocondrial
NAD+
NADH + H+ 1/2 O2 + 2H+
H2O
Complexo II
FADH2
Grupo de discusso:
GLICONEOGNESE.
1. O fgado humano precisa manter nveis mnimos da glicose circulante, porque crebro e
a reserva de glicognio heptico no suficiente para essa finalidade. Por isso, o fgado
2. A gliclise, como j foi visto, um a via catablica com a finalidade de produzir energia
2Piruvato+2NADH+4H++4ATP+2GTP+6H2O Glicose+2NAD++4ADP+2GDP+6Pi
3.) A reverso da reao de PEP + ADP piruvato + ATP no pode ocorrer por um
processo relativamente fcil como a reverso de glicose + ATP G6P + ADP. Qual
a soluo bioqumica que os sistemas biolgicos utilizam para ir de piruvato a PEP?
8.) O nvel de frutose 2,6 bisfosfato nos hepatcitos varia com a disponibilidade da glicose:
baixo no jejum e alto aps as refeies. Como isso se explica em termos das reaes
catalisadas por fosfofrutoquinase-2 e frutose 2,6 bisfosfatase.
METABOLISMO DO GLICOGNIO.
UTP + H2O 2 Pi
Glicose-1P UDPG
Glicognion
Fosforilase SintaseI
Pi Glicognion+1 UDP
Grupo de discusso:
2.) Qual a finalidade das reservas de glicognio do fgado e msculo? Qual a principal
diferena bioqumica entre esses tecidos?
3.) Equacione as etapas de mobilizao da glicose a partir do glicognio no fgado e no
msculo. Mostre:
HO H O
R CH2 C C C S-CoA (L-hidroxiacil-CoA)
H H
oxidao NAD+
NADH
O O
R CH2 C CH2 C S-CoA (ceto acil-CoA)
tilise CoA
O O
R CH2 C S-CoA + H3C C S-CoA (acetil-CoA)
Grupo de discusso:
1.) Ponto de fuso dos cidos graxos. Os pontos de fuso de uma srie de cidos
graxos de 18 tomos de carbono so: cido esterico (69,9 oC), cido olico
(13,4oC), cido linolico(-5oC) e cido linolnico (-11 oC). Que aspecto estrutural
destes cidos graxos de 18 carbonos pode ser correlacionado com o ponto de
fuso? Fornea uma explicao molecular para esta tendncia do ponto de
fuso.
2.) Mostre como os cidos graxos so ativados antes de serem degradados. Em que
compartimento celular isso ocorre?
3.) Aonde e sob que forma so estocados os cidos graxos? Como os cidos graxos da
reserva metablica so mobilizados para serem oxidados na matriz mitocondrial?
3.) Explique os passos da -oxidao dos cidos graxos, partindo de uma molcula de
palmitato. Calcule o rendimento energtico da oxidao completa de palmitato a CO 2 e
H2O.
6.) Equacione as etapas que compem o conjunto de reaes que permitem adicionar
acetil-CoA cadeia de cido graxo crescente durante a sntese de palmitato. Mostre
que etapa torna o processo favorecido termodinamicamente.
Grupo de discusso:
1.) Mostre a parte oxidativa do ciclo das pentoses com as equaes das reaes
envolvidas, indicando os agentes oxidantes e a origem do carbono presente no CO 2
liberado.
3.) Quando h necessidade de NADPH, o ciclo das pentoses pode funcionar dando um
resultado lquido que equivale oxidao total de glicose a CO 2. Explique este
processo atravs das respectivas reaes estequiometricamente equilibradas.
4.) Ribose 5-fosfato pode ser obtida para a sntese de nucleotdeos atravs da via das
pentoses, com ou sem oxidao da glicose. Mostre como isso possvel com as
respectivas equaes qumicas.
4.) Explique como a via da pentosefosfato controlada, tendo em vista que grande parte
das reaes dessa via reversvel.
METABOLISMO DE AMINOCIDOS.
Grupo de discusso:
2.) A amnia pode ser txica para a mitocndria heptica? Como se explica
bioquimicamente esta toxidez? Que reaes e respectivas enzimas protegem a
mitocndria da toxidez de amnia?
5.) Humanos sintetizam parte dos aminocidos que precisam, o restante obtido da dieta
e por isso, chamados essenciais. Mostre, com as reaes pertinentes, porque e como
alguns aminocidos so sintetizados por humanos e qual a limitao que impede a
sntese dos essenciais.
CICLO DO NITROGNIO.
Grupo de discusso:
1.) CO2 e N2 existem na atmosfera e so fontes dos elementos C e N para os seres vivos.
CO2 eficientemente fixado pelas plantas em geral atravs da fotossntese. N 2 por
outro lado, apesar de extremamente abundante, 70 a 80% do ar, no fixado pela
grande maioria das plantas, que necessitam espcies reduzidas ou oxidadas de N 2
para a sntese de compostos nitrogenados. Somente algumas poucas formas de
bactrias tm a capacidade de fixao de N2. Compare o processo de fixao de CO2
com o de fixao de N2, e procure mostrar porque as plantas fixam muito bem CO 2,
mas no N2.
Grupo de discusso:
1.) Os hormnios podem ser de natureza qumica muito diferente, por exemplo,
adrenalina, uma catecolamina, e glucagon, um peptdeo. Apesar disso, desencadeiam
o mesmo processo metablico no fgado, isto , mobilizao de glicose da reserva de
glicognio. Se um hormnio um sinal qumico, como possvel que substncias
quimicamente to diferentes transmitam a mesma sinalizao metablica para o
hepatcito?
6.) A concentrao de ATP na clula est em torno de 5 mM. A quantidade total de ATP
pequena e fonte primria de energia para o funcionamento celular. Por outro lado, o
ATP tambm o reagente que permite gerar cAMP, um dos mais importantes sinais
qumicos intracelulares de regulao metablica. Alm disso, cabe lembrar que todos
os efeitos regulatrios do cAMP decorrem da ativao da enzima quinase de protena
dependente de cAMP, conhecida como PKA. Tendo em conta todos estes fatos
conhecidos, qual deve ser a ordem de grandeza da constante de ativao (K a,
semelhante a Km) de PKA por cAMP? Justifique sua resposta.
FOTOSSNTESE
Grupo de discusso:
2.) H muito tempo, foi observado que a eficincia da fotossntese, medida em termos de
O2 produzido por energia luminosa absorvida, cai drasticamente quando uma fonte de
luz monocromtica alcana o comprimento de onda de 700 nm (queda no vermelho).
Alm disso, observou-se tambm que a aplicao concomitante de um feixe de luz de
baixa intensidade e comprimento de onda de 650 nm complementava a luz vermelha
de 700 nm, recuperando a eficincia fotossinttica de liberar O 2. Que importncia teve
no passado a descoberta deste fenmeno e qual a explicao atual para sua
existncia?
3.) O que fotofosforilao cclica e no que difere da fotofosforilao no cclica? Quando
o [NADPH + H+ / NADP+] alto, a produo de O2 durante fotofosforilao suprimida.
Explique o fenmeno considerando os papis dos dois fotossistemas.
4.) Porque a descoberta da reao de Hill, em 1939, deu apoio hiptese anterior de Van
Niel, propondo que o O2 da fotossntese vem da gua?
carboidratos http://www.wisc-online.com/objects/index_tj.asp?objid=AP13104
glicose na gua http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/carbohydrates/glucose.swf
ligao glicoltica http://www.tvdsb.on.ca/westmin/science/sbioac/biochem/condense.htm
Enzimas
energia de transio http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/enzymes/transition%20state.swf
enzima - substrato http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/enzymes/enzyme.swf
enzima - substrato http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/enzymes/prox-orien.swf
enzima - substrato http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/enzymes/biochem.path.swf
enzima - substrato http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/enzymes/G-3-P%20mech..swf
regulao alostrica http://www.stolaf.edu/people/giannini/flashanimat/enzymes/allosteric.swf
cintica enzimatica tutorial http://www.chem.purdue.edu/chm333/enzyme_kinetics.swf
inibio enzimatica tutorial http://www.chem.purdue.edu/chm333/enzyme_inhibition.swf
Gliclise
gliclise http://www.science.smith.edu/departments/Biology/Bio231/glycolysis.html
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destino do piruvato interactive animation
Sntese e degradao do
glicognio
controle hormonal do
metabolismo de glicogenio http://www.wiley.com/college/fob/quiz/quiz15/15-21.html
glicogenio http://www.wiley.com/college/fob/quiz/quiz15/15-20.html
Replicao e transcrio
Replicao http://www.bioteach.ubc.ca/TeachingResources/MolecularBiology/DNAReplication.swf
Replicao http://www.johnkyrk.com/DNAreplication.html
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comparao transcrio eucarioto
e procarioto http://highered.mcgraw-hill.com/sites/0072437316/student_view0/chapter15/animations.html#
OUTROS SITES
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clula vegetal http://www.life.uiuc.edu/cgi-bin/plantbio/cell/cell.cgi
clula 3D interativa http://biologica.concord.org/webtest1/Shout3d_cell_6_1_00/v2_frameset.htm
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fuso membranas celulares http://www.sumanasinc.com/webcontent/anisamples/nonmajorsbiology/vesiclebudding.html
Buffer / tamponamento http://www.tvdsb.on.ca/westmin/science/sbioac/biochem/buffer.htm
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pulse chase experiment http://www.sumanasinc.com/webcontent/anisamples/majorsbiology/pulsechase/pulsechase.html
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