Estabilidad de Las Protinas PDF

PROTEINAS
Estructura
Estabilidad/Dinmica
Plegamiento
Estructura y estabilidad de protenas
Determinada por:
Geometra de la cadena polipeptdica

Energa potencial:
interacciones no covalentes
interacciones dipolares
potencial de torsin
Puentes de hidrgeno
Interacciones hidrofbicas
Interacciones inicas
Amino cidos ( ionizacin )
Enlace peptdico
Modificaciones amino cidos
Grupos prostticos
PROTEINAS: AMINO ACIDOS
Caractersticas de los amino cidos
A pH 7
El C es asmtrico
Los amino cidos presentes en la naturaleza
son los enantimeros L
La isoleucina y la treonina tienen otro

carbono asimtrico
PROTEINAS
Titulacin de amino cidos
pK de los grupos ionizables
Equilibrio de ionizacin
Solubilidad en agua
Depende de las caractersticas de la cadena:
Baja solubilidad: cadenas laterales no polares ( Ala, Val, Ile, Leu, Phe, Trp, Met )
Alta solubilidad: con cadenas laterales cargadas o polares ( Glu, Asp, Arg, Lys, Asn, Gln)
Ambigua: Cys His : tiene pK a prximo a 7, por lo que si esta ionizado, son polares
Tyr se comporta como aa no polar
Gly y Pro tienen un comportamiento tpico
PROTEINAS: ENLACE PEPTIDICO
Se forma mediante la condensacin del grupo carboxilo de un
aminocido con el grupo amino del otro
Presenta resonancia entre dos formas

Consecuencias del carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico
El giro es energticamente muy desfavorable: tiene carcter plano

Consecuencias del carcter parcial de doble enlace del enlace peptdico
Puede adoptar configuracin cis o trans
La prolina es una excepcin: enlentece el plegamiento de protenas

El enlace peptdico lleva asociado un dipolo

El ngulo de rotacin en torno a un enlace peptdico ( , omega ) slo puede tomar
dos valores ( para no romper la resonancia del enlace):
0o, cuando el enlace es cis
180o , cuando el enlace es trans
Un enlace peptdico es una sucesin de planos peptdicos engarzados en los C
Cada C forma parte de dos planos peptdicos
La orientacin de los dos planos est determinada por los ngulos (phi) y (psi)
Angulo de Torsin
D
B C
A
mide el giro en torno al enlace que une el carbono de un residuo i con el N del
mismo residuo
= 0 cuando los atmos C carbonlicos de los residuos i-1 e i quedan eclipsados en
cis
mide el giro en torno al enlace que une el carbono de un residuo i con el C del
mismo residuo
= 0 cuando los atmos N de los residuos i e i+1 quedan eclipsados en cis
Existen valores prohibidos de y
Valores de y ms favorables energticamente:
Diagrama de Ramachandran
Angulos experimentales de los residuos de una protena
Ciertas interacciones pueden estabilizar conformaciones energticamente poco favorables

Estructura secundaria y diagrama de Ramachandran
PROTEINAS: CADENAS LATERALES
PROTEINAS: ESTRUCTURA PRIMARIA
En ocasiones los amino cidos se encuentran modificados postranscripcionalmente:
Grupos fosfato introducidos por fosforilaciones en los grupos OH de las serinas

La carga negativa puede introducir distorsiones locales en la estructura
Carbohidratos unidos covalentemente

Comn en protenas de membrana
Los azcares son muy hidroflicos
La estructura de los carbohidratos es muy rgida en comparacin con la
de las protenas ( podran proteger contra la desnaturalizacin trmica)
Importantes en determinar propiedades inmunolgicas y procesos de
reconocimiento celular
Ejemplos de modificaciones covalentes

de amino cidos
PROTEINAS: GRUPOS PROSTTICOS
Hay protenas que tienen grupos prostticos de carcter no proteico
Metaloprotenas: requieren iones metlicos para su funcin

Ca 2+ ( juega un papel estructural)
Metales de transicin ( Fe 2+, Zn 2+ , Cu 2+ )
Otras protenas tienen el metal asociado otros ligandos: protenas con el grupo hemo
Nomenclatura
Protena con el grupo prosttico: holoprotena
Protena sin grupo prosttico : apoprotena
Ejemplos de sitios de unin de metales
a) Ca 2+ en termolisina
b) Zn 2+ en carboxipeptidasa
c) Protena con 4 hierros, 4
azufres y 4 cistenas
d) Mioglobina : complejo Fe
porfirina coordinado con la
protena a travs de una
histidina
Otros grupos prostticos

Entrecruzamientos en la cadena lineal
Puentes disulfuro
Ocurren por oxidacin de pares de cistenas

Adoptan una conformacin no plana e imponen restricciones a la
estructura proteica
Aportan gran estabilidad a las estructura
Pueden ser inter o intramoleculares
Puentes disulfuro
Entrecruzamientos en la cadena lineal
Menos frecuentes que los puentes disulfuro

Presentes en algunas protenas fibrilares del tejido conectivo
Aportan rigidez y/o elasticidad
Se originan en la aldolizacin del grupo -amino de la lisina por la enzima lisil
oxidasa
Puede entonces producirse una dimerizacin condensacin aldlica o
una reaccin con otra lisina
Pueden desencadenarse otras reacciones que combinen cadenas de varios amino
cidos
Entrecruzamientos en la cadena lineal a travs de las lisinas
Se puede determinar la secuencia de amino cidos con relativa facilidad
De forma automtica se pueden analizar fragmentos de hasta 50 amino cidos
Si se dispone del gen aislado, se secuencia el DNA y de ah, utilizando el
cdigo gentico, se obtiene las secuencia de aa
Que informacin se obtiene?
Se determina si existen zonas de entrecruzamiento: puentes disulfuro

entre cistenas, otros entrecruzamientos
Apoya la informacin estructural de baja resolucin obtenida por rayos-X
Permite interpretar los anlisis basados en modificaciones qumicas:
estudiando fragmentos se localiza el sitio modificado quimicamente
Prediccin de estructura secundaria y terciaria
Aporta informacin sobre posibles sitios activos
ESTABILIDAD DE PROTENAS
Determinada por:
Geometra de la cadena polipeptdica

Energa potencial:
potencial de torsin
Puentes de hidrgeno
Interacciones hidrofbicas
Interacciones inicas
N U
estado nativo estado desnaturalizado
unfolded
K = [U]/ [N]
Constante de equilibrio
G = - RT ln K
Energa libre de Gibbs: describe la estabilidad conformacional de las protenas

Por desnaturalizacin qumica se puede medir la estabilidad conformacional
G = H T S
H = energa para romper las interacciones del estado nativo
S = entropa conformacional del estado desplegado
Es muy importante considerar tambin las

interacciones del estado nativo y desplegado de la
protena con el agua y los cambio entrpicos
sufridos por el agua
H = rotura de interacciones internas + entalpa de hidratacin de

grupos polares y apolares enterrados en la estructura nativa
S = entropa conformacional del estado desplegado + entropa de

hidratacin de grupos polares y apolares enterrados en la
estructura nativa
Desnaturalizacin por temperatura
Las protenas tambin se

desnaturalizan por fro
Los componentes entrpico y

entlpico se cancelan casi totalmente
dando valores bajos de G ( 20-60
kJ mol 1 )
El estado nativo es marginalmente estable con respecto al desplegado
La baja estabilidad puede estar acompaada de mayor flexibilidad
La baja estabilidad puede facilitar la degradacin
La baja estabilidad facilita que no se formen intermediarios de

plegamiento estables
En la energtica de la estructura de las protenas hay:
Contribuciones mayoritarias: aportan varios cientos de kJ
Contribuciones minoritarias: aportan decenas de kJ, pero importantes

porque su valor neto es comparable al G de desplegamiento
Es muy difcil calcular la estabilidad y/o estructura de una

protena debido a todas las contribuciones que participan
y a que existen muchas contribuciones que se cancelan
Contribuciones mayoritarias:
entropa conformacional S ( 25o C) -540 kJ mol 1 ( fuertemente desestabilizante)
lo contrarestan efectos hidrofbicos ( cientos de kJ mol 1 )
puentes de H ( 5-10 kJ mol 1 por puente y puede haber cerca de cien en una protena)
Contribuciones minoritarias:
potencial de torsin
ESTABILIDAD DE
PROTENAS
Espectroscopa de fuerzas
de molculas individuales
Energa total en funcin de y
Interacciones dipolares:
Potencial de torsin
Interacciones no covalentes
Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionales de

cadenas polipeptdicas
Interacciones atractivas y repulsivas entre tomos cuya distancia de separacin es
funcin de y
trmino repulsivo trmino atractivo ( London)
Parmetros akl y ckl son caractersticos del par de grupos ( CH3, por ej.) que interaccionan k y l
ckl se obtiene de las polarizabilidades de k y l y el nmero de electrones en la ltima capa

el trmino repulsivo no tiene justificacin terica y se obtiene experimentalmente
m tiene valor entre 9 y 12, akl se obtiene ajustando la distancia de mnima energa al radio
atmico
Energa de interaccin entre grupos k y l en funcin de la
distancia de separacin
Se producen entre los dipolos de los grupos amida adyacentes
paralelo al enlace N-H
magnitud aproximada de 3.7 D

( comparado con 1.03 D del HCl,
2.93 D del HCN )
Se producen entre los dipolos de los grupos amida adyacentes
La orientacin de los dipolos adyacentes depende de y
La energa entre dos dipolos separados una distancia r
La energa de interaccin es la energa potencial de B en el campo

elctrico generado por A , -E B
Energa de interaccin entre
dipolos
Energa de interaccin entre
dipolos
Tambin se puede estimar la energa entre los dipolos

asignando cargas parciales a los distintos tomos y sumando
las interacciones
Esta estrategia presenta la dificultad de elegir la constante dielctrica local

= 80 para el agua En el interior de una protena se estima que = 2-5
La energa cae fuertemente con la distancia por lo que solo la interaccin entre
dipolos adyacentes es importante
Potencial de torsin
Impedimentos a la rotacin impuestos por los enlaces
Eo y Eo es la altura de la barrera asociada con las

rotaciones en y ( baja, alrededor de 4 kJ mol 1 )
Energa total en funcin de y
Potencial de torsin
Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionales de

cadenas polipeptdicas
Contorno de energa para la

glicina
Contorno de energa para la

alanina
El mnimo en la regin III se debe a

las interacciones dipolo-dipolo
An overview of molecular forces in relation to protein structure

http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/course/section7/os_molf.html
Forma de abordar el estudio cuantitativo de las interacciones
Mutagnesis dirigida:
sustitucin o deleccin de residuos especficos de amino cidos
Simulaciones computacionales
Las protenas son

estructuras dinmicas
Sus movimientos abarcan un amplio espectro de tiempos y dimensiones

No existe necesariamente correlacin entre la amplitud y la velocidad de los movimientos
Movimientos de pequea y de mayor amplitud en la escala de milisegundos a

microsegundos son esenciales para la funcin de las protenas
Tcnicas para estudiar los movimientos de las protenas
PLEGAMIENTO DE PROTEINAS
La informacin bsica para que una protena se pliegue est contenida en su secuencia de aa
Es un proceso termodinmicamente controlado : el estado nativo suele ser el de mnima

energa en condiciones fisiolgicas
El proceso de plegamiento tiene una gran complejidad y se realiza en escalas de

tiempo de milisegundos a segundos ( difcil estudiar formas intermedias) ( la cadena
polipeptdica se sintetiza en el ribosoma a una velocidad aproximada de 50 aa por
segundo)
Plegamiento de una protena
estado desplegado (U):
sin interacciones estables y flucta
entre diversas conformaciones
estado desnaturalizado (D):

algunas conformaciones son ms
frecuentes que otras debido a
interacciones transitorias no covalentes
estado nativo (N):

conformacin de baja energa
similar para todas las molculas
Durante la reaccin de plegamiento se pasa por estados de mayor energa (estados
de transicin)
La transicin con una energa ms elevada define la etapa limitante del proceso
Pueden formarse intermediarios de plegamientos
Intermediarios de plegamiento
Algunos han podido aislarse y se han denominado glbulos fundidos ( molten

globules)
presentan gran cantidad de estructura secundaria

ausencia de estructura terciaria
menor compacidad de la molcula ( 10%- 30% mayor que la nativa)
ausencia de regiones hidrfobas bien empaquetadas
El estado desnaturalizado, los intermediarios de plegamientos e incluso el

estado nativo no son conformaciones nicas, sino conjuntos ms o menos
amplio de conformaciones con un determinado grado de similitud estructural
Paradoja de Levinthal: una bsqueda completamente al azar de la
conformacin correcta llevara un tiempo superior a la edad del Universo
Se propone que existen rutas de plegamiento
Modelos de plegamiento:
Modelo del rompecabezas: diferentes molculas de una
misma protena se pliegan a travs de rutas diferentes que
convergen en el estado nativo
Modelo de armazn (framework) mediante difusin-

colisin: elementos locales de estructura secundaria difunden
hasta formar la estructura terciaria
Modelo de nucleacin: se forma ncleo de estructura

secundaria apartir del cual se propaga la estructura nativa
Modelo decolapso hidrofbico: la protena colapsa sobre

losresiduos hdrfobos
Tcnicas experimentales
Mtodo de los valores permite estudiar interacciones entre cadenas laterales en el

estado de transicin
F f = 0 interaccin no formada en el
estado de transicin
F f = DD GTS-D / DD GN-D F f = 1 interaccin esta formada en el
estado de transicin
Tcnicas experimentales
Estudios tericos: se construyen modelos de polmeros y se estudia su plegamiento

mediante mtodos de mecnica estadstica
Estudios tericos proponen un modelos que no implica la existencia de rutas
bien definidas sino que describen el plegamiento en trminos de un paisaje
energtico
ESTRUCTURA SECUNDARIA
hlice
ngulos y aproximadamente -60o y -50 o

3.6 residuos por vuelta
puentes de hidrgenos entre C=O del residuo n y el NH del residuo n+4
todos los NH y C=O estn unidos por ptes H excepto los de los extremos
los extremos de la hlice son polares y se encuentran casi siempre en la superficie de
las protenas
hlice
Pueden tener una longitud variable: de 4- 5 aa hasta ms de 40 residuos
la longitud promedio es de 10 aa (aprox 1.5 nm, .15 entre cada residuo)

los L-aminocidos forman preferentemente hlices diestras
tienen un momento dipolar: todos los enlaces peptdicos tiene la misma orientacin
se pueden unir covalentemente grupos fosfato en el extremo amino terminal
las cadena laterales se orientan hacia el exterior de la hlice y no interfieren con ella
ciertos aa forman preferentemente hlices: Ala, Glu, Leu, Met

ciertos aa difcilmente forman hlices: Pro, Gly, Tyr, Ser
Hoja plegada
En ellas participan distintas regiones de la

cadena polipeptdica
tiene en general de 5 a 10 residuos y estn
en conformacin extendida
ngulos y pueden adoptar muchos valores
las cadenas se alinean y los puentes de H se

forman entre C=O de una cadena y los NH
de la cadena adyacente
las cadenas se pueden alinear de forma

paralela o antiparalela
Hoja plegada
la alineacin paralela o antiparalela afecta
el patrn de puentes de H
la hoja antiparala tiene los ptes H

alternando a dos distancias distintas
la hoja paralela tiene los ptes H
equidistantes
Hoja plegada
se pueden tambin combinar alineacin

paralela y antiparalela, pero es poco
frecuente ( 20% de las estructuras conocidas)
casi todas las hojas tienen un giro hacia la

derecha
Giros y bucles
tienen longitud y formas varias

se suelen encontrar en la superficie de la protena
no forman puentes de H entre ellas pueden pueden formarlos con las molculas de agua
se consevan menos evolutivamente
en algunos casos constituyen constituyen zonas funcionalmente importantes: sitios de
reconocimiento en anticuerpos
Hoja plegada
las hojas plegadas pueden adoptar distintas conformaciones de acuerdo al nmero y

orientacin de las cadenas
Algunos elementos de estructura secundaria estn organizados
en motivos sencillos
hlice-giro-hlice
Sitio de unin a DNA

Sitio de unin a Ca
Motivo bucle-
los bucles tiene entre 2-5 residuos
no tienen funcin asociada

Motivo greca
Cuatro cadenas antiparalelas

Motivo - -
estan orientadas paralelamente

los giros pueden tener distinta longitud
Motivos sencillos se pueden organizar de forma compleja
dos motivos bucle- se pueden organizar en 12 formas distintas

Estabilidad de Las Protinas PDF

Transféré par

Informations du document

Titre original

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Estabilidad de Las Protinas PDF

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

PROTEINAS

Geometra de la cadena polipeptdica

Caractersticas de los amino cidos

La isoleucina y la treonina tienen otro

Presenta resonancia entre dos formas

El giro es energticamente muy desfavorable: tiene carcter plano

Puede adoptar configuracin cis o trans

La prolina es una excepcin: enlentece el plegamiento de protenas

El enlace peptdico lleva asociado un dipolo

Un enlace peptdico es una sucesin de planos peptdicos engarzados en los C

Cada C forma parte de dos planos peptdicos

Ciertas interacciones pueden estabilizar conformaciones energticamente poco favorables

En ocasiones los amino cidos se encuentran modificados postranscripcionalmente:

Grupos fosfato introducidos por fosforilaciones en los grupos OH de las serinas

Carbohidratos unidos covalentemente

Ejemplos de modificaciones covalentes

Metaloprotenas: requieren iones metlicos para su funcin

Otros grupos prostticos

Entrecruzamientos en la cadena lineal

Ocurren por oxidacin de pares de cistenas

Entrecruzamientos en la cadena lineal

Menos frecuentes que los puentes disulfuro

Que informacin se obtiene?

Se determina si existen zonas de entrecruzamiento: puentes disulfuro

Geometra de la cadena polipeptdica

Energa libre de Gibbs: describe la estabilidad conformacional de las protenas

S = entropa conformacional del estado desplegado

Es muy importante considerar tambin las

H = rotura de interacciones internas + entalpa de hidratacin de

S = entropa conformacional del estado desplegado + entropa de

Desnaturalizacin por temperatura

Las protenas tambin se

Los componentes entrpico y

El estado nativo es marginalmente estable con respecto al desplegado

La baja estabilidad puede estar acompaada de mayor flexibilidad

La baja estabilidad puede facilitar la degradacin

La baja estabilidad facilita que no se formen intermediarios de

Contribuciones mayoritarias: aportan varios cientos de kJ

Contribuciones minoritarias: aportan decenas de kJ, pero importantes

Es muy difcil calcular la estabilidad y/o estructura de una

lo contrarestan efectos hidrofbicos ( cientos de kJ mol 1 )

Energa total en funcin de y

Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionales de

trmino repulsivo trmino atractivo ( London)

ckl se obtiene de las polarizabilidades de k y l y el nmero de electrones en la ltima capa

paralelo al enlace N-H

magnitud aproximada de 3.7 D

La orientacin de los dipolos adyacentes depende de y

La energa entre dos dipolos separados una distancia r

La energa de interaccin es la energa potencial de B en el campo

Tambin se puede estimar la energa entre los dipolos

Esta estrategia presenta la dificultad de elegir la constante dielctrica local

Impedimentos a la rotacin impuestos por los enlaces

Eo y Eo es la altura de la barrera asociada con las

Energa total en funcin de y

Esta ecuacin es la base para calcular energas conformacionales de

Contorno de energa para la

Contorno de energa para la

El mnimo en la regin III se debe a

An overview of molecular forces in relation to protein structure

Forma de abordar el estudio cuantitativo de las interacciones

Las protenas son

Sus movimientos abarcan un amplio espectro de tiempos y dimensiones