Dclaration de conflits dintrts

Benot Jaulhac

Soutiens financiers industriels 2007-2011 :

BioMrieux, BioRad, DiaSorin, Roche, Siemens

 Nouvelles approches
diagnostiques en Bactriologie

Pr. Benot Jaulhac

Laboratoire de Bactriologie
Hpitaux Universitaires de Strasbourg
 Bactriologie classique

Microscopie

Culture Bases pasteuriennes

Srologie
Antibiogramme : Kirby Bauer, 1961
Biologie molculaire diagnostique et pidmiologique :
1990
 EXAMEN BACTERIOLOGIQUE
EXAMEN MICROSCOPIQUE CLASSIQUE :
SUCCESSION DACTES MANUELS
MILIEUX DE CULTURE

UTILISATION DES
DURE DINCUBATION RENSEIGNEMENTS INSCRITS
SUR LA FEUILLE DE
DEMANDE
CHOIX DES COLONIES
BACTRIENNES TUDIER
Un type de demande :
= de nombreux cas
DEGR DIDENTIFICATION particuliers
DES BACTERIES (genre, espce, typage)

RALISATION OU NON DUN ou PLUS

APPEL TELEPHONIQUE
ANTIBIOGRAMME
EXAMEN MICROSCOPIQUE

MILIEUX DE CULTURE

DURE DINCUBATION

CHOIX DES COLONIES

BACTRIENNES TUDIER
EVOLUTIONS

DEGR DIDENTIFICATION
DES BACTERIES (genre, espce, typage)

RALISATION OU NON DUN ou PLUS

ANTIBIOGRAMME
 Bactriologie classique

Microscopie (Van Leeuwenhoek, 1673)

 Rvolution de lidentification
bactrienne
Traditionnellement :
Les techniques classiques demandent 7 - 12 heures
plusieurs jours (bactries croissance difficile) ->
identification au plus tt le lendemain aprs la dtection
 Rvolution de lidentification
bactrienne
La spectromtrie de masse par
MALDI-ToF(matrix assisted laser
desorption ionisation)

Performances celles des techniques

classiques
Rsultats en moins dune heure
Identifie aussi bien et vite les bactries
usuelles que celles mtaboliquement peu
actives ++
 Principe du MALDI-TOF

Detecteur des ions

UNE colonie

+
bactrienne

Peptides ioniss
Spot sur la plaque
Tube de Vol

+
Matrice

+
Sparation des Ions

Laser
Schage

+
+
 500 tirs laser, (10 x 50, 20Hz laser)
Acquisition des spectres ~10s / chantillon,

50 min pour 96 chantillons

Gamme de masse : 2 000-15 000 Da

 60 souches bactriennes identifies en aveugle par
8 laboratoires
Reproductibilit: 98,75 %
 Bilan dutilisation

1 000 identifications conscutives (HUS)

93,7% identifications exactes au niveau de lespce

3,7% identifications exactes de genre uniquement

2,6% sans identification

 Bilan dutilisation

1 000 identifications conscutives (HUS)

93,7% identifications exactes au niveau de lespce

3,7% identifications exactes de genre uniquement

2,6% sans identification

 Temps de rendu du rsultat

Nettement plus rapide que tout autre systme :

Limite les rponses successives (cocci G+ en cours)
Intrt clinique (bactrie pathogne)
Intrt clinique et biologique (interprtation de
lantibiogramme)
Objectif = J0 aprs la culture pour 95 % des
souches

Permet de tester diffrents types de colonies dun mme isolat

 Evolution :
application aux liquides biologiques
Bactrimie ?

1.5 mL

x1 (Ls)

x2 (Ls),
x3 (Hs)
566 hmocultures testes 12 Id = Positive BC + 2h
 Perspectives

Amlioration de la base de donnes :

Plus de genres
Plus despces/genre
Plus de souches par espce (tenir compte des
variabilits intra-espces)

Amlioration de lextraction :
Mycobactries
Anarobies, etc
 Perspectives
Dtection de facteurs de virulence ?
Leucocidine de S. aureus?

Dtection de mcanismes de rsistance

aux antibiotiques ?
MtiR/ mtiS
BLSE?

Epidmiologie ?
Standardisation de mthode ncessaire
Corrlation aux mthodes de rfrence
 Tests IGRA

Quantiferon - ELISPOT
IDR non contributive dans les 10 ans suivants
la vaccination BCG
IDR : oprateur-dpendant
But : diagnostic de la tuberculose latente
 Tests IGRA

Indications (HCSP 2011, HAS 2006) :

Enqute autour dun cas
Embauche et suivi des professionnels de sant
Avant mise en route dun trt anti-TNF
Sujets VIH (+),
Migrants rcents,
Enfants > 5ans, sujets > 80 ans
 Tests IGRA

Dosage ELISA (automatisable) ou ELI-spot

1 seule consultation
Peu deffet oprateur-dpendant
Inconvnients :
Conditions de prlvements strictes
Cot vs IDR
CD4 > 200/mm3
 Bactriologie classique

Ensemencer sur milieux gloss (boites de Petri)

ensemencer en milieux liquides (bouillons)

 Bactriologie classique

Ensemencer sur milieux gloss (boites de Petri)

ensemencer en milieux liquides (bouillons)

La prise en charge de 80% des chantillons bactrio est
automatisable > ensemencement en temps rel

Bourbeau, JCM 2009

Greub, CMI 2011
Incubation automatise ET analyse dimages
> gestion en temps rel des cultures
NEGATIVES (patients en isolement, bilan
pr-op) -> gain de 18 24h
Antibiogramme classique
 Antibiogramme en volution
Antibiogramme

Base de donnes par service pour

antibiothrapie probabiliste plus adapte
Dtection molculaire des rsistances
aux -lactamines
 Dtection molculaire des rsistances
aux -lactamines

Dtection des BLSE et des EPC : micro-arrays

> 500 -lactamases, > 100 BLSE. Dtection prcise = intrt
pidmiologique, parfois diagnostique

> 10 catgories dEPC. Dtection parfois difficile, prcise = but

thrapeutique (que reste-t-il?)
 Dtection molculaire des rsistances
aux antituberculeux

Isoniazide Rifampicine
(Ethambutol) - Fluoroquinolones Amika/kana/capromycine

Dtection des MDR-BK :

67,3 jours en milieu solide

21,6 jours en milieu liquide

4, 2 jours par BioMol
(Tukvadze, PLoS One 2012)
Epidmiologie molculaire

Mthode de rfrence : ECP-PFGE

Ralisation : 3-7 jours
Peu propice la dcision
Epidmiologie molculaire rapide

Mthode alternative : rep-PCR + EP

Ralisation : 12h
Dcision possible
 Epidmiologie molculaire rapide

E. coli : Brolund, JMM 2010

P. aeruginosa : Ratkai, DMID 2010
C. difficile : Eckert, JCM 2011
 Conclusion
Protomique
+
Gnomique
+
Culture
Automatisation
Identification
Antibiogramme
Dtection molculaire Plus vite,
Typage Plus prcis,
Plus dinfos