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La chimie

du vivant

Gilles Bourbonnais / Cgep de Sainte-Foy


p.
p. 63
63
Les molcules de la vie

La vie utilise environ 25 des 92 lments


chimiques prsents l'tat naturel.

De ces 25, quatre sont particulirement importants :


Carbone (C) : peut former 4 liaisons chimiques
Hydrogne (H) : ne forme qu'une liaison
Oxygne (O) : peut former 2 liaisons
Azote (N) : peut former 3 liaisons
Avec ces 4 lments on peut former un nombre
astronomique de molcules diffrentes, des plus simples
aux plus complexes.
Exemples :

Voir fig. 4.3 p. 65


CH4 (mthane)
Ex. Le mthanol CH3OH

groupement
hydroxyle
Ex. L'thanol CH3-CH2OH
Les liaisons peuvent tre simples, doubles ou triples

thane thylne Actylne


Presque toutes les molcules des tres vivants sont
formes d'atomes de carbones relis les uns aux
autres.

Chanes linaires

Chanes ramifies

Cycles

67
67
N.B. Les mmes atomes peuvent former des
67
67
molcules diffrentes:
CH3-CH2-OH (C2H6O)
CH3-O-CH3 (C2H6O aussi)
= Isomres
Isomres de structure

Isomres cis-trans (gomtriques)

cis trans

Isomres optiques (nantiomres)

68
68
L-Glycraldhyde D-Glycraldhyde

Ces deux molcules (du glycraldhyde) ne sont


pas quivalentes. On ne peut pas les superposer.
Une molcule peut avoir deux formes optiques (lune limage de
lautre dans un miroir) SI un de ses carbones est li 4 atomes ou
groupements diffrents (ce carbone est alors dit asymtrique
Lalanine est un constituant important des protines.
Lalanine retrouve dans les tres vivants est toujours
de la forme L
Lalanine D (fabrique en laboratoire) a un got
lgrement sucr alors que la L (la forme naturelle) ne
gote rien
Vitamine C forme L Vitamine C forme D

La vitamine C naturelle est de la forme L


On ne peut pas assimiler et utiliser la forme D
(artificielle)
Thalidomide de forme D Thalidomide de forme L
La forme L a un effet sdatif (somnifre) Environ 10 000 bbs sont ns
et antimtique (contre la nause) avec des membres atrophis
entre 1957 et 1962. Leur mre
La forme D a un effet tratogne (inhibe avait pris de la thalidomide au
cours de la grossesse.
la croissance des membres)
La thalidomide a t mise en march en 1957. Elle a t retire du march en 1961
aprs quon en ait reli lusage par des femmes enceintes de graves malformations
congnitales. Depuis 1965, on lutilise pour traiter la lpre et certains cancer. Elle aurait
aussi des effets bnfiques chez les sidatiques.
Lorsque la molcule est synthtise en laboratoire, on obtient un mlange des formes D
et L. Mme si on peut sparer la forme L de la D, dans lorganisme, chacune de ces
deux formes peut se transformer en lautre forme. lire : p. 68 : le crystal meth
Molcule de valium

Molcule de cocane

Le carbone permet de construire des


molcules varies et complexes
cafine
Chimie des molcules contenant du carbone = chimie organique
63
63
Matire organique = matire forme de molcules
contenant du carbone (sauf CO2 et carbonates)
Autre dfinition : matire forme de molcules
contenant du carbone et de lhydrogne
Carbone = le seul atome pouvant se lier lui-mme
de nombreuses fois.
Permet de construire des molcules :
Complexes (peuvent contenir des milliers d'atomes)
Varies
Ex. On peut imaginer 62,5 millions de molcules
diffrentes de la formule C40H82
Si la vie existe ailleurs dans lunivers, elle est sans
doute base sur le carbone.
Les molcules du vivant (chapitre 5)

Chaque tre vivant contient des milliers de molcules


diffrentes.
On peut regrouper la plupart de ces molcules en 4 grandes
familles:

Glucides (sucres ou hydrates de carbone)


Lipides (gras, huiles et strodes)
Protines
Acides nucliques (ADN et ARN)
Lipides

Glucides

Protines
Glucides, lipides et
protines constituent la
base de notre alimentation
(on se nourrit dtres
vivants qui sont
principalement constitus
de ces composs)
77
77

Les glucides
On divise les glucides en :

Monosaccharides (sucres simples)


Disaccharides (sucres doubles)
Polysaccharides (sucres complexes)
Les glucides
Monosaccharides Monosaccharides
77
77
Disaccharides
Polysaccharides
Formule gnrale = CnH2nOn

Ex. le glucose = C6H12O6

La plupart des
monosaccharides ont 5
carbones (pentoses) ou
6 carbones (hexoses)
Sucres 6 carbones (hexoses)

Glucose (C6H12O6)
Fructose (C6H12O6)
Galactose (C6H12O6)

Glucose et fructose
Les glucides
Disaccharides 77-78
77-78
Monosaccharides
Les monosaccharides peuvent Disaccharides
se lier deux deux : Polysaccharides

Saccharose :
glucose + fructose glucose-fructose + H2O

= raction de dshydratation : une molcule


d'eau est libre
Le sucre achet lpicerie, cest du saccharose extrait de la canne
sucre ou de la betterave sucre. Le sucre drable est galement fait
de saccharose. Le got sucr de la plupart des fruits vient surtout du
saccharose quils contiennent.
Deux autres disaccharides
souvent rencontrs:

Maltose : glucose glucose

Les grains de crales germs


utiliss pour faire de la bire sont
riches en maltose

Lactose : glucose galactose


Le lait contient 5% de sucre
(essentiellement sous forme de lactose)
(9% dun mlange de glucose et fructose
pour un Coca-Cola ou un jus dorange)
Un faux glucide que notre organisme ne peut pas
utiliser (ni mme digrer) : le sucralose

Voyez-vous la diffrence avec le saccharose ?

Le sucralose gote 600 fois plus sucr que le saccharose


Pouvoir sucrant des glucides

Saccharose : 100
Fructose : 140 - 170
Glucose : 70 - 80
Galactose : ~ 35
Maltose : ~ 40
Lactose : ~ 20

Le miel est form d'un mlange d'eau


(25%) et de glucides (75%): glucose (25
35%), fructose (35 45%) et saccharose
(5%).
Le sirop de mas est un sirop de glucose
(extrait de lamidon) pouvant aussi
contenir du fructose.
Dans lintestin, les disaccharides sont
digrs en monosaccharides.

Glucose - Fructose Glucose + Fructose

SANG

Sils ne sont pas digrs, ils


ne seront pas absorbs CELLULES
(continuent dans le gros
intestin avant dtre vacus)
Intolrance au lactose
= Personnes dont lintestin ne peut pas digrer le
lactose en glucose et galactose (de naissance ou se
dveloppe aprs lenfance)

Glucose - Galactose Glucose + Galactose

Ne peut franchir la paroi de lintestin

Continue dans le gros intestin o il


permet la prolifration de bactries
lactiques coliques, ballonnements,
douleurs, diarrhe, etc.
Frquence de lintolrance au lactose lge adulte dans la population
Les glucides
Polysaccharides 78
78
Monosaccharides
Disaccharides
= polymres de glucoses
Polysaccharides
(glu-glu-glu-glu.glu)

Amidon
Glycogne
Cellulose
Amidon (p. 79)
= forme sous laquelle les plantes
Glycogne emmagasinent le glucose
Cellulose
Abondant dans les fculents
(crales, pommes de terre,
lgumineuses)

Digestion de l'amidon =
transformation de l'amidon en glucose
glu glu glu -...- glu glu + glu + glu + ... + glu
Form de deux types de polymres : 79
79
amylose et amylopectine

chane linaire chane ramifie


Amylopectine
Petits sacs remplis
d'amidon dans les
cellules d'une
pomme de terre. Grain d'amidon
L'amidon a ici t
color en bleu par
de l'iode.

Cellule de pomme de terre

La fcule est faite Voyez-vous comment on peut transformer de


de grains damidon lamidon (farine de mas, par exemple) en sirop
de mas (sirop de glucose) ?
79
79

Amidon
Semblable l'amylopectine
Glycogne
= faon de faire de rserves de glucose chez
Cellulose les animaux (dans le foie et les muscles)

S'il y a des surplus de glucose


dans le sang :
glu + glu + glu ++ glu glycogne
Le glycogne s'accumule dans le
foie et les muscles

S'il y a carence de glucose :

glycogne glu + glu + glu ++glu


Le glycogne peut tre stock dans le foie et les
muscles. Cette capacit d'entreposage est toutefois
limite 100 g pour le foie et 375 g pour les muscles.
Ce glycogne peut fournir lorganisme en glucose pour
une priode denviron huit heures.
Si le glycogne vient manquer, lorganisme doit alors
puiser dans ses graisses.
Inversement, si les rserves de glycognes sont
combles et quil y a des surplus de glucose provenant
des aliments, lorganisme doit alors transformer ces
surplus en graisses.
Pourquoi conseille-t-on aux athltes de manger du
spaghetti la veille dune comptition ?

Spaghetti = amidon
glu-glu-glu-glu-glu--glu

digestion

Pendant lactivit glucoses Muscles

Foie et muscles
Pendant
la nuit
Permet donc de
faire de bonnes
glycogne rserves de
glu-glu-glu-glu-glu--glu
glycogne
Amidon
Glycogne = chanes linaires de glucose
Cellulose Liaisons (plutt que )
79
79
Des liaisons faibles unissent les
chanes de glucose les unes aux
autres. Il se forme ainsi des
microfibres rsistantes (environ 80
molcules de cellulose par
microfibre).
N.B. La molcule est droite, elle ne
forme pas de ramifications comme
cest le cas pour lamidon.

Les microfibres
sunissent pour former
des macrofibres qui
forment ensuite des
80-81
fibres de cellulose
80-81
80-81
80-81
Chaque cellule vgtale est entoure
d'une paroi riche en cellulose.
Papier, bois, coton = cellulose

La cellulose est
assurment la
substance organique la
plus abondante sur
Terre.

Les animaux ne peuvent


pas digrer la cellulose :
ne peuvent pas briser
les liaisons entre les
glucoses.
80
80
Cellulose = composante importante des fibres alimentaires
Cas particulier de la chitine

= polymre de glucoses amins


(glucosamine) (glucoses lis a un
groupement NH2) et souvent
imprgne de carbonate de glucosamine
calcium (CaCO3). 80
80

Forme lexosquelette
(carapace extrieure) des
Arthropodes (crustacs,
insectes, araignes, etc.).
Forme aussi la paroi rigide
des cellules des Myctes
(champignons).
Rle des glucides

Structure : cellulose et chitine surtout


nergie

Les glucides servent surtout procurer de lnergie


par respiration cellulaire. Au cours de cette raction,
le glucide est dgrad en gaz carbonique et en eau, ce
qui libre de lnergie utilisable par la cellule.
Ex. respiration du glucose

1 glucose + 6 O2 6 CO2 + 6 H2O + nergie


185
185
82
82

Les lipides
Graisses (= triacylglycrol ou
triglycrides)
Phosphoglycrolipides
(ou phospholipides)
Strodes
Les lipides
Les huiles et les graisses 82
82
Huiles et graisses
(= triacylglycrol ou triglycrides) Phospholipides
Strodes
= molcules formes de
1 glycrol li 3 acides gras groupement acide
Gras saturs et gras insaturs : 83
83

On ne peut pas ajouter


d'hydrogne

On pourrait ajouter 2
hydrognes en transformant la
liaison double en liaison simple.

Plusieurs doubles liaisons.


Acide olique
(monoinsatur)

Notez la courbure dans la


chane dacide gras cause
par la double liaison

Acide palmitique
(satur)
Gras saturs :

Gras animal en gnral


Solide la temprature de la pice en gnral (il y a des
exceptions)
Consommation favorise un taux de cholestrol lev et
donc des problmes cardio-vasculaires
Gras insaturs:

Gras vgtal en gnral (beaucoup d'exceptions


quand mme)
Liquide la temprature de la pice
Pourquoi les gras insaturs sont-ils gnralement liquide la
temprature de la pice ? Regardez la forme des acides gras et allez
lire le passage sur les forces de Van der Waals p. 42.
9
On dsigne souvent les acides gras
insaturs par le carbone de la premire 8 7
double liaison (en partant du dernier
carbone de la chane). Chaque carbone 6 5
Acide 9
est dsign par la lettre omga () et le 4 3
numro de sa position.
2 1

La plupart des gras insaturs dans la dite


nord-amricaine sont de type omga 6. Il Acide 6
serait avantageux selon plusieurs tudes
d'augmenter la quantit d'acide gras omga 3
dans la dite.
On retrouve des acides gras omga 3 surtout
dans les poissons gras (saumon, truite,
hareng, maquereau, sardines).
Acide 3

Lien web 83
83
Hydrognation d'une huile insature :

Lhydrognation permet de rendre les huiles plus stables (plus


rsistantes la dgradation par la lumire ou la chaleur).
Elle permet aussi de rendre solide la temprature de la pice
certaines huiles (permet de fabriquer de la margarine, par exemple).

Attention, erreur dans Campbell p. 82 : lhuile du beurre


darachide commercial nest pas hydrogne. On y ajoute
seulement un peu dhuile partiellement hydrogne (trs peu,
moins de 1% du contenu en gras ) pour empcher lhuile
darachide de remonter la surface.
Lhydrognation produit des acides gras trans : 82
82 et
et 68
68

cis trans

Les huiles naturelles insatures sont toujours de type cis. Il ny a


pas dhuiles trans naturelles.
Les huiles trans sont souvent solides temprature de la pice ( cause
de leurs chanes rectilignes, comme celles des saturs).
Elles sont avantageuses pour lindustrie alimentaire (prolongent la
dure de conservation sur les tablettes et amliorent la texture de
nombreux produits).
Elles sont aussi plus dommageables pour la sant que les gras saturs.
La plupart des gras alimentaires (huile dolive, beurre, huile de
canola, saindoux, etc.) sont des mlanges de plusieurs triglycrides
diffrents.

Quelle est la composition en lipides :

du beurre ?
de lhuile dolive ?
de lhuile de canola ?

Rponses sur ce site du United States Department of Agriculture :


http://ndb.nal.usda.gov/ndb/search/list
Entrez dans la fentre laliment dont vous voulez connatre la composition.
Cliquez sur Full Report (au haut du tableau) pour des rsultats plus
dtaills.
83
83
Rle principal des triglycrides:
= Rserve d'nergie
Surplus en lipides, glucides ou protines
alimentaires peuvent se transformer en gras.

1 g graisse = 2 fois plus d'nergie que 1 g de glucide

Les animaux mettent en rserve l'nergie surtout sous


forme de gras alors que les plantes le font surtout
sous forme d'amidon. Pourquoi ?

Surtout chez les animaux homothermes vivant en eau


froide, les triglycrides jouent un rle important dans
lisolation thermique.
Les lipides 84
Phosphoglycrolipides Huiles et graisses
84

(ou phospholipides)
Phospholipides

Form de : Strodes

1 glycrol
2 acides gras
1 groupement phosphate
auquel se lient dautres
groupements chimiques
(groupements azots
souvent)

Forment les membranes des cellules


Groupement chimique
contenant du P et du N

Glycrol

Acides gras
Comportement des phosphoglycrolipides face l'eau :

Groupement
phosphate hydrophile
(polaire)

Acides gras
hydrophobes
micelle
(non polaires)
Les phosphoglycrolipides dans l'eau peuvent
s'assembler en une double couche :

Mlangs leau, les


phospholipides peuvent former de
petites sphres : les liposomes
La membrane des cellules est forme
d'une double couche de phospholipides
associs d'autres molcules.

Glucides

Phospholipides

Cholestrol
Protines
Les lipides
Strodes 84
84
Huiles et graisses
Phospholipides
= molcules formes d'un squelette
de 4 cycles de carbone Strodes

(= noyau strol).

le noyau strol
Le plus connu des strodes = cholestrol
(animaux seulement)

Entre dans la
composition des
membranes cellulaires.
Sert fabriquer
certaines hormones
(hormones strodes,
testostrone et
oestrognes, par
exemple).
Strode
anabolisant =
testostrone ou
driv
synthtique de
la testostrone
Dans lorganisme, le cholestrol est transport dans le sang associ des
micelles formes de phospholipides et de protines. On distingue les LDL
(low-density lipoprotein) des HDL (hight-density lipoprotein). Les LDL
contiennent moins de protines que les HDL.

1060
1060

phospholipides
cholestrol

Les lipides ne sont pas solubles dans leau. Ils le deviennent en sassociant
des phospholipides. Le ct hydrophobe (liposoluble) des phospholipides est
en contact avec le lipide transporter (le cholestrol ici) et le ct hydrophile
avec leau du sang.
Le cholestrol fabriqu par le foie ou absorb par le systme
digestif se dpose dans les tissus sous forme de LDL. On
qualifie, pour cette raison, les LDL de mauvais cholestrol
puisquil est dommageable quil sen accumule trop (problmes
cardio-vasculaires) .
Les surplus de cholestrol sont limins des tissus (dirigs
vers le foie et limins par la bile) sous forme de HDL. On
qualifie, pour cette raison, les HDL de bon cholestrol .
LDL
Aliments
Synthse par le Tissus
Foie HDL

Excrtion avec la bile

Il est important davoir un taux lev de HDL par rapport aux LDL.
La consommation domga 3 ferait diminuer le LDL et augmenter le HDL.
Les protines 85
85

50% du poids sec de la plupart des cellules = protines


Remplissent de nombreuses fonctions
Molcules les plus varies

Protines = polymre (chane) d'acides amins

formule gnrale
dun acide amin
Il y a 20 sortes diffrentes d'acides amins (p. 87)
Les 20 acides amins
87
87
88
Liaison peptidique : 88

synthse par dshydratation


Juste en passant, avant de continuer avec les protines ...

Laspartame ( Nutrasuc ) est un dipeptide


(deux acides amins lis lun lautre) li
un mthanol

Laspartame gote 180 fois plus sucr que le saccharose


Ex. le lysozyme
129 acides amins

1er acide amin (Lysine)

129e acide amin (Leucine)

Structure primaire de la protine


= ordre dans lequel sont placs les
acides amins.
La protine assemble se replie pour former une structure
tridimensionnelle prcise:
91
91

= lien le plus fort

Principales forces responsables du


repliement de la chane dacides amins
Hexokinase

Insuline

Lysosyme
Certaines parties de la protine peuvent adopter une 90-91
90-91
forme rgulire = structure secondaire:

Feuillet bta

Hlice alpha
Pas de
conformation
rgulire

Forme finale =
structure
tertiaire
Structures secondaire et tertiaire dune protine
Feuillets bta

Hlices alpha

Actylcholinestrase
Feuillets bta en jaune
Hlices alpha en violet
93
93
Certaines protines ne parviennent pas se replier
convenablement par elles-mmes lintrieur de la cellule.
Elles acquirent leur forme finale lintrieur de petites
structures creuses formes elles-mmes de protines, les
chaperonines. Celles-ci favorisent le bon repliement des
protines synthtises.
Protines formant la
chaperonine (la
chaperonine est forme
de l'assemblage de
plusieurs protines
diffrentes)

Chanes d'acides
amins se repliant
correctement
l'intrieur de la
chaperonine
chaperonine Hsp60
Lorsqu'une cellule assemble des acides amins pour former une protine,
la chaperonine isole la chane d'acides amins nouvellement forme du
milieu chimique de la cellule.
Les chaperonines empchent les interactions inappropries (c'est a que
sert un chaperon!) qui pourraient se produire entre les acides amins de la
chane et les molcules prsentes dans le milieu cellulaire. Ces
interactions pourraient empcher la protine de se replier correctement.
Exemple :
La chaperonine empche qu'il se forme des liaisons entre une
protine et une autre protine identique voisine ce qui empche les
protines qui se forment de former des agrgats (comme du blanc
d'uf qui coagule).
La chaperonine peut partiellement dplier une protine mal
conforme et lui permettre de se replier correctement en regroupant
correctement les groupements hydrophobes.
Beaucoup de protines sont formes de plusieurs chanes
d'acides amins qui s'imbriquent les unes dans les autres =
structure quaternaire 91 91

2 chanes
Ex.
Hmoglobine : 2 chanes
alpha et 2 chanes bta

2 chanes

Explorez la molcule dhmoglobine


Lhormone insuline est une protine forme de deux
chanes dacides amins relies lune lautre par des
ponts disulfures.

Explorez la molcule dinsuline


86
86
Principales fonctions des protines

1. Structure
2. Hormones
3. Mouvement
4.Transport de molcules
5. Immunit
6. Canaux membranaires
7. Marqueurs cellulaires
8. Rcepteurs dhormones
9. Mtabolisme (les enzymes)
124
124
1. Structure Les protines peuvent former
2. Hormones des fibres ou des tubes qui
3. Mouvement peuvent s'assembler pour
4.Transport former des structures solides.
5. Immunit
6. Canaux
membranaires
7. Marqueur cellulaire
8. Rcepteur
dhormones
9. Mtabolisme
Fibres du cytosquelette : microfilaments et
microtubules
Collagne : form de trois 86
86
chanes d'acides amins
(hlices alpha) imbriques
Collagne = protine la
plus abondante de
l'organisme.

Collagne forme la peau (derme), les tendons, les ligaments,


l'armature des os, etc.
Kratine : forme les ongles, la couche
corne de la peau, les plumes, les
cailles, les sabots, etc.
La portion suprieure de lpiderme de
la peau est forme de cellules mortes
remplies de kratine (ces cellules
ressemblent de petites cailles de
kratine)
Utilisation
ingnieuse des fibres
de protines

La soie daraigne est forme de


protines (la fibrone) replies
pour former des feuillets bta.
Ces feuillets sont spars par
des zones sans structure
secondaire qui confrent de
llasticit la fibre.
1. Structure

2. Hormones
3. Mouvement
4.Transport La plupart des hormones sont
5. Immunit des protines
6. Canaux
membranaires Ex.
7. Marqueur cellulaire L'insuline : 2 chanes pour un
8. Rcepteur total de 51 ac. Amins
dhormones
9. Mtabolisme
La vasopressine : 1 chane
courte de 9 ac. amins

N.B. Certaines hormones sont des strodes (les


strodes sont des lipides)
86
86
1. Structure Mouvements dus 2 protines :
2. Hormones l'actine et la myosine.
3. Mouvement Les cellules formant les muscles
sont remplies de ces protines.
4.Transport
5. Immunit
6. Canaux
L'hmoglobine : transporte l'oxygne
membranaires
7. Marqueur cellulaire La myoglobine : transporte l'oxygne
8. Rcepteur dans les muscles
dhormones
L'albumine srique : transporte le gras
9. Mtabolisme
dans le sang
1. Structure
2. Hormones Les anticorps (ou immunoglobulines)
3. Mouvement sont faits de protines
4.Transport

5. Immunit
6. Canaux
membranaires
7. Marqueur cellulaire
Anticorps IGE
8. Rcepteur
dhormones
9. Mtabolisme

Beaucoup de substances chimiques traversent la


membrane des cellules en passant par des canaux
forms par des protines.
Certaines protines
forment un canal
pouvant s'ouvrir ou se
fermer.

Canal responsable de l'expulsion


du chlore hors des cellules.
1. Structure Le systme immunitaire peut faire la
2. Hormones diffrence entre ses propres cellules et des
cellules trangres par certaines protines
3. Mouvement trs variables qui sont la surface des
4.Transport cellules.

5. Immunit
6. Canaux membranaires

7. Marqueur cellulaire
8. Rcepteur dhormones
9. Mtabolisme
Hormone = substance scrte par une glande qui
1. Structure agit sur certaines cellules du corps. Lhormone
2. Hormones est scrte dans le sang qui la transporte dans
tout le corps.
3. Mouvement
Lhormone ne peut agir que sur les cellules qui
4.Transport ont des rcepteurs auxquels elle peut se lier. Ces
5. Immunit rcepteurs sont gnralement des protines de la
membrane (parfois dans le noyau).
6. Canaux membranaires
7. Marqueur cellulaire

8. Rcepteur
dhormones
9. Mtabolisme rcepteur
protique

238
238
Lhormone (H) nagit que sur les
cellules qui ont leur surface les
protines auxquelles elle peut se
fixer. Si le rcepteur est anormal,
lhormone ne peut pas se fixer et
donc ne peut pas agir.

Pseudohermaphrodisme testiculaire
169
169
1. Structure La plupart des ractions
2. Hormones chimiques qui se droulent dans
3. Mouvement la cellule sont catalyses par des
4.Transport protines spciales: les
5. Immunit
enzymes.
6. Canaux
membranaires
Enzyme = catalyseur
7. Marqueur cellulaire
8. Rcepteur
dhormones Catalyseur = substance qui
active une raction chimique qui,
9. Mtabolisme
sans le catalyseur, serait trs
lente ou impossible.
Ex. synthse ou digestion du saccharose

ENZYME

Sans lenzyme, la raction serait trs lente,


voire impossible la temprature ambiante.
L'enzyme abaisse le niveau d'activation de la raction

Raction sans enzyme

nergie d'activation
de la raction sans
enzyme
nergie d'activation
de la raction avec
enzyme

nergie dgage
Raction avec enzyme
par la raction

170
170
171-172
171-172

Mode d'action d'une enzyme

L'enzyme peut resservir faire nouveau la raction


Les enzymes peuvent catalyser de une mille ractions la seconde.
Substrat Complexe Produits
+ Substrat Enzyme +
Enzyme Enzyme
Dtail des interactions chimiques au niveau du site
actif dune enzyme qui catalyse la raction :

O = CR- NHR O = CR- OH + NH2R


substrat produits

Notez les interactions chimiques temporaires entre le produit


et les acides amins du site actif de lenzyme.
Interactions au niveau du site actif de lenzyme
glycraldhyde-3-dshydrognase
qui catalyse laddition dun groupement phosphate
au 3-phosphoglycraldhyde pour former du
1-3 diphosphoglycrate
159-160
159-160
LE MTABOLISME

Le produit dune premire raction chimique est souvent


le substrat dune autre raction chimique. Les ractions
chimiques qui se droulent successivement forment une
voie mtabolique.

Voie mtabolique principale

A B C D E
Voie mtabolique
secondaire

H
Chaque tape est catalyse par une enzyme
Exemple dune voie mtabolique :
la glycolyse, premire tape de la
respiration cellulaire.

Au cours de la glycolyse,
une molcule de glucose
est transforme en deux
molcules de pyruvate.

Chacune des 9 tapes est


catalyse par une enzyme
spcifique.

190
190
Les enzymes dune chane mtabolique peuvent tre intgres dans
la membrane de la cellule ou dun organite de la cellule. Le produit
d'une enzyme est immdiatement disponible l'enzyme suivante qui
doit le transformer.
Plusieurs enzymes dune mme voie
mtabolique peuvent aussi sassocier en un
complexe enzymatique.
Ex. : complexe pyruvate dhydrognase

Le complexe pyruvate dhydrognase est form de 60 sous-units (chez


les bactries) qui forment trois enzymes diffrentes. Le produit de la
raction dune enzyme est immdiatement accessible lenzyme suivante
sans que le produit ne se dilue dans le liquide intracellulaire.
Ex. les premires tapes de la respiration cellulaire :

Chaque tape est


catalyse par une
enzyme spcifique.

Ractions illustres aux


page 190

VOIR AUSSI
The Main Metabolic Pathways
on Internet

Quelques centaines des milliers de


ractions qui se droulent dans la
cellule
L'enzyme ne peut fonctionner que si elle possde une
forme parfaitement adapte la ou aux molcules
qu'elle catalyse.

Les protines (et donc les enzymes) peuvent se


dformer = dnaturation de la protine

Protines sensibles:
aux tempratures leves 173
173

au pH trop lev ou trop faible


concentration leve dlectrolytes (sels)
Les enzymes peuvent servir assembler de petites molcules
en plus grosses = anabolisme
OU
dfaire de grosses molcules en plus petites = catabolisme
OU
modifier des molcules en d'autres molcules semblables
(changer un glucose en fructose, par exemple)

Une enzyme donne ne peut catalyser qu'une raction


bien prcise. Il y a donc autant d'enzymes diffrentes que
de ractions diffrentes.
Cofacteur et coenzyme 173-174
173-174

Cofacteur = petite molcule se fixant sur le site actif. Sans le cofacteur,


le site actif est inactif.
Beaucoup de cofacteurs sont des ions mtalliques (Cu, Zn, Mn, etc.)
Certains sont de petites molcules organique (par rapport la taille de
lenzyme); on les appelle alors coenzymes.
Beaucoup de vitamines sont des coenzymes (ou sont des prcurseurs
de coenzymes)
INHIBITION ENZYMATIQUE 174
174

Certaines substances chimiques peuvent inhiber le


fonctionnement dune enzyme = inhibiteurs enzymatiques
Linhibiteur agit en se liant chimiquement lenzyme. La liaison de
linhibiteur avec lenzyme empche lenzyme de fonctionner. Linhibiteur
peut se fixer dans le site actif ou ailleurs sur lenzyme.

Un inhibiteur enzymatique peut tre :


Irrversible : la liaison de linhibiteur avec
lenzyme est irrversible (liaison covalente en
gnral); lenzyme ne peut plus fonctionner.
Rversible : la liaison de linhibiteur avec lenzyme
est rversible (liaison non covalente); si la
concentration en inhibiteur diminue, linhibiteur
peut se sparer de lenzyme laquelle il stait li.
Un inhibiteur rversible peut tre
comptitif ou non comptitif :
Un inhibiteur comptitif ressemble
chimiquement au substrat et entre en
comptition avec lui pour se fixer au
site actif. Linhibiteur comptitif
diminue donc le rendement de
lenzyme.

Inhibiteur
Un inhibiteur non comptitif se lie comptitif
lenzyme et altre la conformation de
lenzyme de sorte que le substrat ne
peut plus se lier ou se lie moins bien au
site actif. La raction catalyse est
arrte ou ralentie.

174
174 Inhibiteur non comptitif
Beaucoup dantibiotiques sont des inhibiteurs de certaines
enzymes bactriennes.
La pnicilline est un inhibiteur irrversible dune enzyme (la
transpeptidase) essentielle la fabrication de la paroi de
certaines bactries (les bactries sont recouvertes dune paroi
rigide faite de polymres).
Pourquoi cet antibiotique est-il sans consquence pour les
cellules du patient alors quil est mortel pour les bactries?

LAspirine (acide actylsalycilique) est un inhibiteur


irrversible de la cyclooxygnase une enzyme
ncessaire la production dune hormone responsable
de linflammation.
Le Viagra est un mdicament qui avait t dvelopp
pour traiter les cardiaques. Il a pour effet de faciliter la
dilatation des artres. Cest un inhibiteur comptitif de
lenzyme phosphodiestrase, laquelle enzyme sert
dtruire le GMP cyclique, une substance de la paroi
des artres essentielle dans le mcanisme de la
dilatation.
Voir : The search for Viagra

Le cyanure est un inhibiteur irrversible d'une


enzyme appele cytochrome c oxydase. Cette
enzyme est essentielle l'une des dernires
tapes de la respiration cellulaire. Sans elle, la
respiration cellulaire cesse, c'est la mort.

Le Zyclon-B de triste mmoire pour son


utilisation dans les camps de la mort nazis
tait constitu de granules poreux imbibs
d'acide cyanhydrique (HCN).
Les statines comme l'atorvastatine
(Lipitor ) ou la lovastatine (Mevacor)
sont des mdicaments utiliss pour
abaisser le taux de cholestrol sanguin
chez les patients qui ont un taux lev
de cholestrol.
Ce sont des inhibiteurs comptitifs de
la HMG-CoA rductase, une enzyme
qui joue un rle capital dans la synthse
du cholestrol dans le foie.
LA RGULATION DES VOIES MTABOLIQUES
La rgulation allostrique 176
176

Un activateur Un inhibiteur
allostrique allostrique
stabilise la stabilise la
forme active forme inactive
Inhibiteur allostrique. Linhibiteur bloque lenzyme
dans une conformation inactive.
LA RGULATION DES VOIES MTABOLIQUES
178
La rtro-inhibition 178

Voie mtabolique

A X B C D E
E1 E2 E3 E4

La molcule E est un
inhibiteur allostrique de
lenzyme E1
Protines et alimentation

Protine des aliments


Digestion
Notre alimentation
doit contenir des
protines Acides amins

Circulation

Les cellules synthtisent leurs


protines partir des acides
amins provenant de la
digestion Nouvelle protine
FIN