UNIVERSIDAD ALAS PERUANAS

Direccin Universitaria de Educacin a Distancia

2403-Escuela Acadmico Profesional de Ingeniera Ambiental

2403-24301 | MICROBIOLOGA AMBIENTAL

Docente: Fernando Merino Rafael

2012-2 Ciclo: 2012-2 Mdulo II Nota:

Datos del alumno: FECHA DE DOMINGO 01 DE JULIO 2012

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Trabajo Acadmico El presente trabajo acadmico tiene por finalidad medir los logros
alcanzados en el desarrollo del curso.
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Presentacin adecuada del Considera la evaluacin de la redaccin, ortografa, y presentacin del
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2 Investigacin bibliogrfica:
DUED UAP, entre otras fuentes. Valor: 3 ptos

Situacin problemtica o caso Considera el anlisis de casos o la solucin de situaciones

3 prctico: problematizadoras por parte del alumno. Valor: 5 ptos

Otros contenidos
4 considerando los niveles Valor: 10 ptos
cognitivos de orden superior:

1TA240320122DUED
 INTRODUCCIN

El estudio de los microorganismos ha impulsado el desarrollo de otras ramas de la

Biologa como la Bioqumica, Gentica, Fisiologa, pero especialmente la Gentica
molecular (numerosos procesos como la sntesis de protenas o la regulacin gnica
han sido investigados y conocidos gracias a los microorganismos). A su vez, la
biotecnologa tiene en la microbiologa uno de sus principales soportes.

La Microbiologa se puede definir, como la ciencia que trata de los seres vivos muy
pequeos, de aquellos cuyo tamao se encuentra por debajo del poder resolutivo del
ojo humano. Esto hace que el objeto de esta disciplina venga determinado por la
metodologa apropiada para poner en evidencia, y poder estudiar, a los
microorganismos. La Microbiologa, considerada como una ciencia especializada, no
aparece hasta finales del siglo XIX, debido al lento desarrollo de una serie de
progresos tecnolgicos y metodolgicos realizados en los siglos anteriores, que
obligaron a una revisin de ideas y al reconocimiento de las mltiples actividades
desarrolladas por los microorganismos. As, con la invencin del microscopio en el
siglo XVII comienza el lento despegue de una nueva rama del conocimiento,
inexistente hasta entonces. Durante el siglo siguiente, su progreso se limit
prcticamente a una descripcin de tipos morfolgicos microbianos, y a los primeros
intentos de clasificacin dentro de los Reinos Animal y Vegetal.

Para el desarrollo del presente trabajo es necesario tener en cuenta algunas

definiciones bsicas:

- Infeccin implica accin competitiva y antagonista entre dos seres vivos, el

husped y el parsito.
- Patogeneidad se refiere a la capacidad de los microorganismos para penetrar
en el husped y producirle cambios fisiolgicos y anatmicos, la enfermedad.
- Virulencia es el grado de patogeneidad de un microorganismo para producir
una determinada enfermedad
- La virulencia depende de las propiedades de los microorganismos y de la
capacidad del husped para repeler la invasin y prevenir la enfermedad.
- Toxinas sustancias que determinan la patogeneidad de muchos
microorganismos.
- Vectores de enfermedad: Seres vivos que son imprescindibles para la
transmisin de los microorganismos patgenos hasta el hospedador definitivo.

Aunque normalmente se estudian los virus dentro de los microorganismos, has de

saber que hay un profundo debate en la comunidad cientfica sobre su inclusin entre
los seres vivos. No cumplen las caractersticas bsicas de los seres vivos:

- Obtencin de energa y materias primas del medio ambiente.

- Realizacin de reacciones orgnicas consecutivas.
- La utilizacin de la energa y de la materia para autoperpetuar sus estructuras
biolgicas a lo largo de generaciones.

Lo nico que realizan es la reproduccin, y an para ello han de utilizar toda la

maquinaria de la clula husped.

Los cientficos no se ponen de acuerdo en si no han llegado a desarrollar estas

caractersticas o si las han perdido a lo largo de la evolucin (en este ltimo caso, s
podran considerarse seres vivos).

2TA240320122DUED
1. La relacin entre el metabolismo microbiano con la actividad que desarrollan los
microorganismos en el medio ambiente. (5 puntos)

MICROBIOLOGIA. METABOLISMO BACTERIANO

Ahora que conocemos la estructura de las clulas bacterianas, podemos estudiar las
actividades que permiten la proliferacin de estos microorganismos. Hasta los
procesos vitales de los organismos muy simples incluyen una gran cantidad de
reacciones bioqumicas complejas.
Aunque no la totalidad, la mayora de los procesos bioqumicos de las bacterias se
observan en los eucariotas y en las clulas de los organismos pluricelulares, incluido el
hombre. Sin embargo las reacciones especficas de las clulas bacterianas les
permiten hacer cosas que el ser humano no puede hacer. Por ejemplo, algunas
bacterias pueden vivir de la celulosa y otras del petrleo, los procesos metablicos
bacterianos permiten que las bacterias reciclen elementos previamente utilizados por
otros organismos. Las bacterias quimioauttrofas pueden vivir de sustancias
inorgnicas como el dixido de carbono, el hierro, el azufre, el hidrgeno o el
amonaco.

Se define al metabolismo microbiano como el conjunto de procesos por los cuales

un microorganismo obtiene la energa y los nutrientes (carbono, por ejemplo) que
necesita para vivir y reproducirse. Los microorganismos utilizan numerosos tipos de
estrategias metablicas distintas y las especies pueden a menudo distinguirse en base
a estas estrategias. Las caractersticas metablicas especficas de un microorganismo
constituyen el principal criterio para determinar su papel ecolgico, su responsabilidad
en los ciclos biogeoqumicos y su utilidad en los procesos industriales.
A travs del metabolismo, se transforman en el interior de la clula, distintas
sustancias nutritivas que el organismo obtiene del medio. Estas transformaciones se
llevan a cabo por distintas reacciones enzimticas.

Las principales funciones del metabolismo son:

formar las subunidades que luego sern utilizadas en la sntesis de

macromolculas
Proporcionar la energa necesaria para todos aquellos procesos que la
requieran como transporte activo, movilidad, biosntesis, etc.

3TA240320122DUED
El metabolismo de las bacterias tiene muchos procesos en comn con el metabolismo
de las clulas eucariotas, pero algunos procesos son exclusivos del metabolismo
bacteriano

Algunas particularidades del metabolismo bacteriano son:

el metabolismo de la bacteria est adaptado para el crecimiento veloz y

transcurre entre 10 y 100 veces ms rpido que en las clulas humanas
la bacteria tiene mayor versatilidad en cuanto al tipo de nutrientes que puede
utilizar para obtener energa
la bacteria tiene una mayor versatilidad en la utilizacin de oxidantes y no estn
limitadas al slo uso del O2
existe una gran diversidad de requerimientos nutricionales entre las bacterias
debido a que ellas no poseen todos los caminos biosintticos
el cuerpo de los procariotas es muy sencillo, lo que le permite sintetizar
macromolculas por mecanismos menos engorrosos que los que utilizan las
clulas eucariotas
algunos procesos biosintticos son nicos de las bacterias, como los que
conducen a la sntesis de murena, cidos teicoicos y lipopolisacrido

El metabolismo de las bacterias es bastante complejo. Mediante unas dos mil

reacciones metablicas diferentes la bacteria puede sintetizarse a s misma y puede
generar energa para procesos como transporte activo, motilidad y otros procesos.

4TA240320122DUED
Tipos de metabolismo

Los distintos tipos de metabolismo microbiano se pueden clasificar segn tres criterios
distintos:
1. segn la forma en la que el organismo obtiene el carbono para la construccin de la
masa celular:

Auttrofo. El carbono se obtiene del dixido de carbono (CO2).

Hetertrofo. El carbono se obtiene de compuestos orgnicos (glucosa, por
ejemplo).
2. segn la forma en la que el organismo obtiene los equivalentes reductores para la
conservacin de la energa o en las reacciones biosintticas:

Litotrofo. Los equivalentes reductores se obtienen de compuestos inorgnicos.

Organotrofo. Los equivalentes reductores se obtienen de compuestos
orgnicos.
3. segn la forma en la que el organismo obtiene la energa para vivir y crecer:

Quimiotrofo. La energa se obtiene de compuestos qumicos externos.

Fototrofo. La energa se obtiene de la luz.

Por lo tanto existen distintos tipos de organismos segn como aprovechan el carbono
y el tipo de energa que utilizan:

Los quimiolitoauttrofos obtienen energa de la oxidacin de compuestos

inorgnicos y el carbono de la fijacin del dixido de carbono. Ejemplos: bacterias
nitrificantes, bacterias oxidantes del azufre, bacterias oxidantes del hierro, bacterias
oxidantes del hidrgeno.

Los fotolitoauttrofos obtienen energa de la luz y el carbono de la fijacin del dixido

de carbono, usando compuestos inorgnicos como equivalentes reductores. Ejemplos:
Cyanobacteria

Los quimiolitohetertrofos obtienen energa de la oxidacin de compuestos

inorgnicos, pero no pueden fijar el dixido de carbono. Ejemplos: algunas bacterias
oxidantes del hidrgeno.

Los quimioorganohetertrofos obtienen energa, carbono y equivalentes reductores

para las reacciones biosintticas de compuestos orgnicos. Ejemplos: la mayora de
las bacterias, como Escherichia coli, Bacillus spp.,

Los fotoorganotrofos obtienen energa de la luz y el carbono y los equivalentes

reductores para las reacciones biosintticas de compuestos orgnicos.

5TA240320122DUED
La mayora de las bacterias patgenas son parsitos hetertrofos de seres humanos o
de otras especies eucariontes. Los microorganismos hetertrofos son extremadamente
abundantes en naturaleza y responsables de la degradacin de los polmeros
orgnicos tales como celulosa, quitina o lignina que son generalmente indigeribles
para los animales ms grandes. Esta degradacin, generalmente, requiere la
colaboracin de varios organismos distintos, cada uno de los cuales realiza uno de los
pasos de la degradacin hasta obtener dixido de carbono Bioqumicamente, el
metabolismo hetertrofo procariota es mucho ms verstil que el de los organismos
eucariotas, aunque muchos procariotas comparten los modelos metablicos ms
bsicos con los eucariotas, por ejemplo, usando la glicolisis para el metabolismo del
azcar y el ciclo del cido ctrico o Ciclo de Krebs en la degradacin del acetato,
produciendo energa bajo la forma de ATP y reduciendo energa bajo la forma de
NADH . Estas rutas metablicas bsicas estn muy extendidas porque tambin estn
implicadas en la biosntesis de muchos componentes necesarios para el crecimiento
de la clula (a veces en la direccin contraria). Sin embargo, muchas bacterias utilizan
rutas metablicas alternativas

Catabolismo y Anabolismo
Dado que las reacciones qumicas que ocurren en la clula liberan o consumen
energa, el metabolismo se puede dividir en dos clases de reacciones: catablicas y
anablicas

Catabolismo: consiste en la degradacin enzimtica de macromolculas como

lpidos, hidratos de carbono y protenas que el organismo obtiene del entorno en el

6TA240320122DUED
que vive o de sus propias sustancias de reserva. Esta degradacin se acompaa de la
liberacin de una gran cantidad de energa, ya que a partir de estas macromollculas
de gran complejidad estructural y alto contenido energtico se obtienen molculas
sencillas estructuralmente y de bajo contenido energtico. La energa que se libera
durante el catabolismo es captada por la clula en forma de ATP que tiene enlaces
fosfatos ricos en energa.

Anabolismo: es el proceso inverso, es la sntiesis enzimtica de macromolculas a

partir de compuestos sencillos, con consumo de energa. Es decir que a partir de
molculas sencillas de escasa complejidad estructural y bajo contenido energtico se
sintetizan macromolculas complejas, ricas en energa. Las reacciones catablicas
aportan las materias primas y la energa necesaria para las reacciones anablicas.
Este acoplamiento de reacciones que liberan energa y otras que requieren energa es
posible gracias al ATP (adenosintrifosfato). Las molculas de ATP almacenan la
energa proveniente de las reacciones catablicas y la liberan en una fase ulterior para
impulsar las reacciones anablicas y el cumplimiento de otras tareas celulares. Mucha
de la energa producida en el catabolismo se disipa en forma de calor.
Ambos procesos, anablicos y catablicos, se dan en la clula en forma simultnea e
interdependiente. Los intermediarios qumicos de ambos procesos reciben el nombre
de metabolitos.

Algunas vas metablicas comunes a procariotas y eucariotas:

En el catabolismo se distinguen tres fases, en la primera, las macromolculas se
degradan hasta sus unidades constitutivas, en la segunda fase, estas son
transformadas por una serie de reacciones enzimticas en Acetil Coenzima A (Acetil
CoA), y en la tercera fase, la Acetil CoA ingresa al Ciclo de Krebs, donde se libera
CO2 y H2O. este proceso catablico va acoplado a un proceso de liberacin de
energa.
Respiracin celular
Es un proceso generador de ATP en el cual las molculas experimentan oxidacin y el
aceptor final de electrones es, casi siempre, una molcula inorgnica. Un rasgo
esencial de la respiracin es la presencia de una cadena transportadora de electrones.
Existen dos tipos de respiracin que dependen de si el organismo es aerobio, es decir
que utiliza O2, o si es anaerobio, es decir que no necesita O2, e incluso el O2 puede
destruirlo.

En la respiracin aerobia el aceptor final de electrones es el O2, en la respiracin

anaerobia el aceptor de electrones es una molcula inorgnica distinta al O2, y muy
raramente una molcula orgnica.

La respiracin consiste en una primera fase donde se obtiene Acetil CoA por oxidacin
de piruvato, que proviene de la degradacin de la glucosa por la va glicoltica, o por la
oxidacin de cidos grasos o aminocidos. En la segunda fase la acetil CoA se
degrada en el Ciclo de Krebs con produccin de CO2, H2O y H+. En la tercera fase se
produce un transporte electrnico hasta el O2, este proceso llamado cadena de
transporte electrnico o cadena respiratoria va acoplado a un proceso de produccin

7TA240320122DUED
de ATP llamado fosforilacin oxidativa. En las clulas procariotas, la respiracin
aerobia puede generar hasta 38 molculas de ATP a partir de cada molcula de
glucosa. En la respiracin anaerobia el aceptor final de electrones es otra sustancia
inorgnica distinta del O2. Algunas bacterias como Pseudomonas y Bacillus, pueden
utilizar el in nitrato, otras bacterias pueden usar el ion carbonato o el sulfato. La
respiracin anaerobia de las bacterias que utilizan nitrato y sulfato como aceptores
finales es un proceso esencial en los ciclos naturales del nitrgeno y del azufre. La
cantidad de ATP generada durante la respiracin anaerobia, vara de un organismo a
otro pero siempre es menor que la cantidad producida por respiracin aerobia. En
consecuencia los microorganismos anaerobios se desarrollan mas lentamente que los
aerobios.

Fermentacin
Una vez que la glucosa ha sido degradada a cido pirvico, ste compuesto puede
experimentar una degradacin completa durante la respiracin, como ya vimos, o se
puede convertir en un producto orgnico durante la fermentacin.
La fermentacin se puede definir como un proceso que:

1- Libera energa a partir de azcares u otras molculas orgnicas como aminocidos,

cidos orgnicos, purinas, pirimidinas.

8TA240320122DUED
2- No necesita oxgeno pero a veces puede ocurrir en su presencia
3- No necesita recurrir al Ciclo de Krebs ni a una cadena de transporte electrnico
4- Utiliza una molcula orgnica como aceptor final de los electrones
5- Slo produce pequeas cantidades de ATP, una o dos molculas por cada molcula
de material inicial, debido a que una gran parte de la energa inicial almacenada en la
glucosa (o cualquier otro sustrato fermentable) permanece en los enlaces qumicos de
los productos finales orgnicos, como el cido lctico o el etanol.

Los microorganismos poseen la capacidad de fermentar diversos sustratos, los

productos finales dependen del tipo de microorganismo, del tipo de sustrato y del tipo
de enzimas que se encuentren presentes. El anlisis qumico de estos productos
finales ayuda a identificar los microorganismos.

Tipos de fermentacin

Fotosntesis
En los procesos metablicos vistos anteriormente, los organismos obtienen energa
para el trabajo celular mediante la oxidacin de compuestos orgnicos. de dnde
provienen los compuestos orgnicos utilizados? Algunos organismos incluidos los
animales y muchos microbios, se alimentan de sustancias producidas por otros
organismos. Por ejemplo las bacterias pueden catabolizar compuestos derivados de
plantas y animales muertos o alimentarse de un husped vivo. Otros organismos
sintetizan compuestos orgnicos complejos a partir de sustancias inorgnicas simples.
El principal mecanismo responsable de esta sntesis es el proceso de Fotosntesis.
La fotosntesis es la transformacin de energa luminosa en energa qumica.

9TA240320122DUED
Posteriormente la energa qumica, en forma de ATP, se utiliza para convertir el CO2
proveniente de la atmsfera en compuestos orgnicos como la glucosa y otros
azcares. La preservacin de la vida en la tierra depende del reciclado del carbono
mediante este proceso. Las cianobacterias, las algas y las plantas verdes contribuyen
a este reciclado vital con la fotosntesis. La fotosntesis se lleva a cabo en dos fases:

1-fase luminosa: en la que la energa luminosa es absorbida por los pigmentos

fotosintticos y convertida en energa qumica del ATP, con desprendimiento de O2.
el pgmento fotosinttico principal es la clorofila (verde), y hay pigmentos accesorios
como los carotenoides( amarillo, anaranjado y rojo) y las ficobilinas (azules o rojas)
2- fase oscura: el ATP producido en la fase luminosa es usado para reducir el CO2
y formar glucosa.

La fotosntesis se lleva a cabo en los cloroplastos de las clulas eucariotas y en los

cromatforos o laminillas fotosintticas de las procariotas
Ecuacin general de la fotosntesis

2. La relacin entre el crecimiento microbiano y su repercusin en el medio ambiente.

(5 puntos)

Cuando los seres humanos se encuentran en un Medio Ambiente apropiado, estos

comienzan a dividirse activamente empleando los recursos naturales que les aporta el
Medio Ambiente para "generar" nuevos humanos. Este proceso contina hasta que
algunos recursos naturales del Medio Ambiente se agotan y el crecimiento se detiene.
Tambin puede detenerse el crecimiento por acumulacin de alguna sustancia
inhibidora (contaminacin) formada por los mismos seres humanos.
Si analizamos el crecimiento humano en el tiempo, ste describe una tpica curva de
crecimiento que puede ser dividida en fases distinguibles. La curva de crecimiento
puede dividirse en diversas fases.

10TA240320122DUED
 A) Fase latencia
Cuando una poblacin humana lleva a un medio ambiente sin alteracin, el
crecimiento generalmente no comienza de inmediato sino despus de un cierto
tiempo, el que puede ser breve o largo, dependiendo de las condiciones, ya
que los seres humanos necesitan adaptarse al nuevo medio.

B) Fase exponencial

Es una consecuencia del hecho de que cada ser humano da vida a ms seres
humanos, cada uno de las cuales tambin da vida a ms y ms seres humanos
y as sucesivamente. La velocidad de crecimiento exponencial vara mucho de
un humano a otro.

C) Fase estacionaria
El crecimiento exponencial se detiene, los recursos naturales indispensables
disminuyen, no hay incremento o decremento en el nmero de humanos, hay
limitacin de recursos naturales y acumulacin de sustancias txicas.

d) Fase de muerte.

Si el crecimiento poblacional contina despus que una poblacin alcanza la

fase estacionaria, los humanos pueden seguir viviendo y continuar su
desarrollo, pero lo ms probable es que mueran. Si esto ltimo sucede, la
poblacin se encuentra en la fase extincin.

Se ha puesto de manifiesto, en los ltimos aos, la necesidad de integrar a los

microorganismos como un componente esencial en los estudios ecolgicos para la
comprensin del funcionamiento de la biosfera.

La ecologa microbiana se desarrolla como disciplina independiente durante la

segunda mitad del siglo XX. Sus inicios se encuentran con Martinus Beijerinck (1851-
1931), Sergei Winogradsky (1856-1952) y otros microbilogos.

Martinus Beijerinck
Investig sobre bacterias que tuvieran desarrolladas caractersticas qumicas
especiales, como fijadoras de nitrgeno o quimioauttrofas

Los procariotas son miembros esenciales de la biosfera, componentes indispensables

de los ecosistemas, que hacen posible el funcionamiento de todos los ciclos
biogeoquimicos. Todos los seres de la tierra dependen de la vida procariota.

COMPONENTES BIOTICOS DEL SUELO

Son toda la vida existente en un ambiente. Los individuos deben tener comportamiento
y caractersticas fisiolgicas especficos que permitan su supervivencia y su
reproduccin en un ambiente definido.

11TA240320122DUED
Las bacterias son organismos unicelulares de un tamao del orden de la micra. Su
nmero, en los diversos suelos, es muy variable pero en los suelos cultivados supera
con mucho al de los otros seres vivos. Se pueden clasificar en dos:
Productores o Auttrofos
Consumidores o Hetertrofos

La gran riqueza de formas que presentan las bacterias, les permite participar en toda
una serie de transformaciones que son indispensables para mantener el suelo en unas
condiciones fsico-qumicas idneas para el desarrollo de una vegetacin superior.
Factores que afectan su existencia
Humedad
Temperatura
Acidez
Materia orgnica
Sustancias minerales

Las bacterias ms abundantes en el suelo son pequeos bacilos cocoides de

morfologa variable. La microflora del suelo acta sobre la vegetacin de dos formas
principales: Directa e Indirecta.

3. La aplicacin de la ecologa microbiana en el estudio de la microbiologa

ambiental. (4 puntos)

La 'ecologa microbiana' es la rama de la ecologa que estudia a los

microorganismos en su ambiente natural, los cuales mantienen una actividad continua
imprescindible para la vida en la Tierra. La ecologa microbiana emerge como
disciplina a principios de la dcada de 1960. A finales de los aos setenta ya est
firmemente establecida como rea especializada, en una sociedad donde la
preocupacin y el inters por el medio ambiente han ido en aumento. La ecologa
microbiana es una ciencia interdisciplinar. Los estudiantes de esta materia y en
general de las ciencias ambientales tienen previa preparacin de diversos objetivos de
estudio.

Los mecanismos que mantienen la diversidad microbiana de la biosfera son la base de

la dinmica de los ecosistemas terrestres, acuticos y areos. Es decir, la base de la
existencia de las selvas y de los sistemas agrcolas, entre otros. Por otra parte, la
diversidad microbiana del suelo es la causa de la fertilidad del mismo. Esto va ms all
del papel que se les adjudicaba tradicionalmente, el cual se restringa a la degradacin
y reciclaje de la materia orgnica y al mantenimiento de los principales ciclos de
fijacin, captacin y liberacin de algunos elementos qumicos y sus principales
compuestos. Comnmente no se concibe la extincin de las comunidades
microbianas; sin embargo, el impacto de esta posibilidad ser evidente cuando
decaigan las funciones ecosistmicas reguladas por los microorganismos.

12TA240320122DUED
La incorporacin de la biologa molecular al campo de la ecologa microbiana, y el
desarrollo de nuevas tcnicas moleculares para su aplicacin a los estudios
ambientales, ha sido constante a lo largo de toda la dcada de 1990

Los problemas ambientales que padecen actualmente todas las sociedades, as como
las posibles soluciones, forman una trama que se entremezcla con el componente
microbiano del ecosistema global. Las consecuencias prcticas que se pueden derivar
suponen autnticos desafos, a la vez que aumentan la complejidad del tema; el
volumen y calidad de este libro aumenta progresivamente.

Entonces, si estudiar la ecologa es tan importante por qu hay tan poca informacin
para los microorganismos? La principal razn es que ver, caracterizar y contar
bacterias no es tan fcil como estudiar plantas o mamferos. Sin embargo, gracias al
descubrimiento de diferentes estrategias moleculares que permiten identificar a los
microorganismos a partir de su DNA ahora podemos caracterizar y contar bacterias
casi tan fcilmente como lo hace un eclogo de plantas o animales. Adicionalmente,
los mtodos moleculares han abierto nuevas posibilidades de anlisis de la funcin
bacteriana.

A continuacin le presento, estimado profesor, como se ha avanzado en algunos de

los aspectos que se considera ms interesantes de la ecologa microbiana en los
albores del siglo XXI.

1. Diversidad y coexistencia

La biomasa de microorganismos terrestres en la superficie de nuestro planeta ha sido

estimada como igual a la de todas las plantas marinas y terrestres y tal vez sea el
constituyente principal de la biomasa de la Tierra, 1, 2. A pesar de que la diversidad
genmica de los microorganismos en el agua y en el suelo puede ser distinta, el
nmero mximo de individuos que integran el taxn dominante es similar: 104-105
individuos por gramo o mililitro. Este hallazgo sugiere que debe existir algn
mecanismo o mecanismos que controlen la densidad de los taxa y que estos deben
funcionar de manera ms o menos similar en todos los ambientes, mientras que los
mecanismos que controlan la diversidad total de la comunidad bacteriana funcionan de
modos distintos en agua y suelo. Existen algunas ideas sobre los mecanismos que
controlan la diversidad procarionte y ambas tienen que ver con la ecologa:

a. Interacciones trficas

Hutchinson, se preguntaba por qu hay tantas especies de fitoplancton en un medio

aparentemente homogneo, en donde todas las especies presentes parecen competir
por el mismo tipo de nutrimentos. Dentro de los procariontes los competidores pueden
coexistir si existe algn mecanismo de prdida selectiva de especies que evite que los
competidores ms exitosos secuestren todos los recursos. Por ejemplo, existe
depredacin selectiva en tamao, llevada a cabo por protozoarios, lo que permite la
coexistencia de bacterias y fitoplancton de diferentes tallas, esta interaccin determina
cmo se distribuye la biomasa en grupos funcionales. Otra interaccin frecuente en el
mundo de las comunidades microscpicas es la que existe entre virus y bacterias, este

13TA240320122DUED
parasitismo es generalmente especfico y ello permite la coexistencia de varios taxa de
bacterias en una comunidad. Este tipo de interaccin ha sido asociada con la
especiacin dentro de grupos funcionales, pues la transferencia horizontal mediada
por fagos favorece la diversificacin.

b. Heterogeneidad ambiental.

Por otra parte, la complejidad estructural del suelo y los sedimentos es importante para
la diversificacin a nivel de poblaciones porque esta complejidad permite que los
recursos sean fraccionados y de esta manera se creen nuevos nichos con los que se
incrementa la especializacin y divisin en especies ecolgicas nuevas.

La mayora de las comunidades terrestres sufren perturbaciones intermitentemente

como: escasez de alimento, sequa, congelamiento/descongelamiento o la actividad
humana. Estas condiciones ambientales alteradas y los recursos que se liberan crean
oportunidades para que nuevas especies se establezcan. As, la perturbacin
asegurar que las comunidades incluyan una mezcla de los diferentes estadios de
sucesin. Sin embargo, una perturbacin fuerte y frecuente causar la desintegracin
de los microhabitats y la disrupcin de los lmites entre poblaciones, lo que permitir
que los recursos locales estn disponibles para una mayor proporcin de la masa
microbiana total, es decir ms individuos pero menos especies.

2. Una solucin molecular para deshacer el nudo de la ecologa microbiana.

Sin embargo, si queremos hacer ecologa microbiana tenemos que identificar y contar
a los microbios Cmo podemos ver lo invisible y contar lo que no podemos cultivar?
Este es el problema fundamental de la ecologa microbiana. A continuacin
presentamos diversas tcnicas para resolver estos problemas.

a. Cultivar o no cultivar

El nmero de especies microbianas existentes ha sido estimado entre 105 y 106. Sin
embargo, slo se han aislado, descrito y/o caracterizado algunos miles. Esto se debe,
en parte, a que slo unos cuantos organismos de las muestras ambientales crecen en
medios nutritivos en cajas de petri. Se han hecho muchos intentos para mejorar la
recuperacin en cultivo. Los cuales han consistido, de manera general, en manipular
cuidadosamente los medios de cultivo y aumentar el nmero de interacciones entre
especies dentro de una misma caja, pero se ha tenido xito moderado y el problema
del mundo no cultivable sigue siendo un reto importante de la microbiologa.

Kaeberlein, probaron si los organismos no cultivables creceran si se les provea con

los componentes qumicos de su ambiente natural. Para permitir el acceso a estos
componentes, colocaron a los microorganismos en cmaras de difusin, mismas que
se incubaron en un acuario que simulaba el lugar nativo de estos organismos. Con
este mtodo lograron recuperar en cultivo alrededor del 40% del inculo original (se
cont el nmero de colonias formadas en relacin al nmero de clulas inoculadas), lo
cual representa una recuperacin rdenes de magnitud mayor que en los intentos
tradicionales de cultivo.

14TA240320122DUED
3. Cmo hacemos ecologa de comunidades sin obtener cultivos puros de la
mayora de los microorganismos? (Mtodos moleculares para el anlisis de lo
no cultivable)

a. PFLA (Phospholipid Fatty Acid Analysis)

En todos los microorganismos encontramos fosfolpidos exclusivamente en las

membranas celulares. Las cuales pueden ser degradadas fcilmente dejando libre el
componente fosfolipdico. Los fosfolpidos de las membranas son indicadores
importantes de la biomasa microbiana activa y adems se ha encontrado que existen
lpidos nicos en grupos especficos de organismos, por lo que este anlisis ha sido
usado para determinar la diversidad y abundancia microbianas. El PFLA requiere que
la muestra ambiental de estudio sea analizada cuantitativamente por cromatografa de
gases (GC) y espectrometra de masas (MS), lo que genera datos sobre la presencia y
abundancia de diferentes fosfolpidos. Los datos obtenidos sobre los cidos grasos de
las muestras pueden ser comparados con bases de datos pblicas, lo que permite la
asociacin de ciertos PFLAs con organismos o grupos especficos. Diferencias en los
patrones de PFLA pueden ser interpretadas en relacin a cambios en la composicin
de las comunidades. Este mtodo ha sido utilizado con xito en estudios que
demuestran cambios grandes en comunidades microbianas asociadas a prcticas de
manejo de suelos.

b. Tcnicas basadas en cidos nuclicos

De entre todas las molculas probadas hasta ahora, los cidos nuclicos han
demostrado ser las molculas ms tiles, pues han contribuido con una nueva
perspectiva y entendimiento sobre la estructura de las comunidades. Una de las
principales ventajas asociadas a los mtodos moleculares con cidos nuclicos es que
puede analizarse a la comunidad microbiana en su totalidad, incluyendo a aquellos
organismos que no han podido ser cultivados en el laboratorio. Es por ello que estos
mtodos se han vuelto cada vez ms importantes en la ecologa microbiana. An los
anlisis de baja resolucin y amplia escala, como la reasociacin de DNA, permiten la
determinacin una aproximacin de la diversidad gentica total de la comunidad
bacteriana. La electroforesis de productos de PCR de genes de rRNA en geles
desnaturalizantes de gradiente (DGGE) permite tener mayor resolucin y provee
informacin sobre cambios en el grueso de la estructura de la comunidad. Cuando se
combinan anlisis de genes de rRNA en DGGE con hibridacin, usando sondas
filogenticas o secuenciando, se logra obtener la afiliacin filogentica de los
miembros dominantes en nmero que se encuentran en la comunidad. La hibridacin
fluorescente in situ (FISH) de clulas microbianas con sondas filogenticas provee
informacin acerca de la composicin taxonmica de la comunidad.

Finalmente, la clonacin de productos de PCR de genes de rRNA de la comunidad

arroja informacin especfica de la comunidad microbiana no cultivable. Esta estrategia
tambin permite la comparacin de la estructura de la fraccin cultivable con respecto
a la no cultivable, 30. De esta manera, los cidos nuclicos se han utilizado de
diferentes maneras para caracterizar a las comunidades. A continuacin ampliaremos
la descripcin sobre las estrategias mencionadas.

15TA240320122DUED
4. Y ahora que podemos contar, qu contamos?

Ya que podemos estimar indirecta y directamente la diversidad y abundancia de las

especies de los microbios en las comunidades llegamos a un problema difcil de
resolver qu es una especie bacteriana? Esto no es trivial y adquiere rpidamente
tintes filosficos que revisaremos ms adelante. En trminos ms prcticos,
recientemente Hughes, 71, publicaron una revisin sobre el problema que implica
determinar el nmero de especies en una comunidad, y evaluaron el tamao de
muestra que en general se requiere para tener un estimado til sobre la diversidad de
las comunidades. Adems de esto, analizaron la utilidad de varios estimadores de
diversidad para el caso de comunidades bacterianas. La relacin entre el nmero de
tipos (OTU = Operational Taxonomic Unit, un eufemismo para no explicar si lo que se
analizan son especies, clonas, filotipos u otra categora taxonmica jerrquica)
observados y el esfuerzo del muestreo nos da informacin sobre el total de la
diversidad de la comunidad que ha sido muestreada. Este patrn puede visualizarse
graficando una curva de acumulacin que consiste en relacionar el nmero
acumulativo de OTUs observados contra el esfuerzo de muestreo. Este tipo de curvas
revelan la calidad del muestreo, pues ya que todas las comunidades por definicin
deben de tener un nmero finito de especies, si se continan muestreando individuos,
las curvas eventualmente tendern a esta valor mximo, o sea alcanzarn una
asntota en el valor real del nmero total de OTUs en la comunidad.

En la gran mayora de las comunidades microbianas revisadas en el estudio de

Hughes, no se alcanza la asntota de las curvas debido a la gran diversidad que
existe. Sin embargo, aunque sera til conocer la diversidad total real de las
comunidades microbianas, la mayor parte de las preguntas relacionadas con
diversidad se refieren a cambios en la diversidad que suceden por cambios
ambientales biticos o abiticos, por lo que las respuestas a estas preguntas requieren
nicamente estimados de diversidades relativas. De esta manera, encontraron que
aunque los valores dependen del tamao de la muestra, la mayora de los estimadores
de riqueza se estabilizan con los tamaos de muestra que, en general, tienen estos
estudios, o sea con muestras de 200 a 1000 clonas, que sugieren comunidades con
slo cientos a pocos miles de especies importantes (no miles o millones, como se
haba sugerido previamente)

Es importante sealar que todas las estimaciones estadsticas tienen sus limitaciones
y una de las ms importantes y frecuentes es que no existe rigor en la definicin de los
OTUs que se analizan ni de su relacin con las especies reales, por lo que diferentes
estudios que calculan los mismos estimadores en general no son del todo
comparables. De igual manera, la mayora de estas aproximaciones requieren datos
sobre frecuencias relativas de los diferentes OTUs y muchos estudios han revelado
que los anlisis genticos de diversidad microbiana van acompaados de sesgos de
muestreo. Sin embargo, el hecho de que la mayora de las preguntas sobre estructura
y funcin de las comunidades requieran comparaciones relativas sobrepasa muchos
de los problemas sobre definicin de especies y sesgos de muestreo. Mientras que la
unidad de medida sea definida y constante, la diversidad entre sitios o tratamientos
puede ser comparada. De igual manera, para minimizar el efecto del sesgo de
muestreo se pueden usar varias tcnicas o genes que robustezcan las comparaciones.

16TA240320122DUED
De aqu deriva el problema de fondo en la Ecologa Bacteriana. Un OTU analizado es
una especie o parte de una especie o varias especies relacionadas? Qu es una
especie bacteriana y cules son sus lmites? Resolver este problema es fundamental
para estimar la diversidad y sus patrones geogrficos.

Histricamente, el concepto de especie que se aplica en microbiologa es ms prctico

que natural. La prctica ha llevado a considerar especies estticas, en donde las
caractersticas de estas son atributos tpicos o esenciales y por tanto, supone que el
fenotipo y genotipo son iguales para todos los organismos pertenecientes a la especie.
En este caso, las caractersticas que se toman pueden ser morfolgicas, fisiolgicas,
bioqumicas e incluso genticas. Por otro lado, el concepto natural de especie
pretende ser reflejo de una poblacin en donde hay dinamismo y en donde existe
cohesin debido a una organizacin interna. El concepto natural de especie ms
usado en sistemtica es el biolgico, este asume la existencia de entrecruzamiento
entre los miembros de una misma especie, de tal manera que al existir tal
entrecruzamiento se asegura de manera indirecta que entre ese conjunto de
organismos haya cohesin y por tanto se asume que estamos ante una especie
natural. La desventaja que tiene este concepto es que no es aplicable para todos los
organismos, principalmente para aquellos que tienen reproduccin asexual (Fungi,
Protoctista, Archaea, Bacteria).

Desarrollar un concepto natural de especie para organismos con reproduccin

asexual es uno de los mayores retos en sistemtica microbiana. En la actualidad se
reconocen dos tipos de especie natural, la especie gentica o genoespecie y la
especie evolutiva o filoespecie. La especie gentica usa como carcter nico a los
ndices de hibridacin. El establecimiento de similitud en la secuencia del DNA de dos
organismos se logra mediante anlisis de reasociacin de DNA y de secuencias del
gen 16SrRNA. En el caso de reasociacin de DNA, si las secuencias de las dos
muestras de DNA son homlogas, se formarn hlices dobles hbridas. nicamente
las muestras que resulten con un 70% de reasociacin bajo condiciones
moderadamente restrictivas se les puede considerar como una especie gentica. Si
hablamos de secuencias de 16SrDNA el porcentaje de similitud de organismos de una
misma especie es mayor a 97%.

5. Patrones en comunidades bacterias: excepcionales o comunes?

Dejando a un lado los problemas taxonmicos en bacterias, los datos ecolgicos sobre
microorganismos an son escasos y esto ha generado especulaciones diversas sobre
la posibilidad de que los microorganismos sean organismos de excepcin. En otras
palabras, los pocos datos han generado un fuerte debate en cuanto a la universalidad
de las reglas ecolgicas, esto es, si los microorganismos se distribuyen y organizan de
manera similar o al menos siguen las mismas reglas o principios ecolgicos que los
organismos grandes como plantas y animales. Esta discusin es extraordinariamente
relevante pues, como hemos mencionado, hoy en da los principios y reglas ecolgicas
se han fundado en observaciones hechas en macroorganismos y el hecho de que los
microorganismos pudieran ser distintos implicara que ms de dos terceras partes de
la vida en la Tierra se rigen por otros principios ecolgicos. Nosotros creemos que,
los microorganismos deben regirse bsicamente por los mismos principios ecolgicos

17TA240320122DUED
que los macroorganismos, dado que siguen los mismos principios evolutivos y
biolgicos. De cualquier manera, los resultados que se obtengan con las herramientas
moleculares actuales nos permitirn comparar la ecologa del mundo macroscpico y
microscpico y evaluar la universalidad de las reglas ecolgicas.

Algunos autores defienden que todos los organismos pequeos son muy abundantes y
se distribuyen por todo el mundo, sin barreras ecolgicas. Esto puede ser cierto para
algunos microorganismos, como aqullos con adaptaciones extraordinarias para la
dispersin y gran resistencia a cambios de ambiente (protozoarios, diatomeas,
bacterias formadoras de esporas, hongos, bacterias marinas). Tambin aqullos
parsitos humanos que pueden generar epidemias mundiales pueden encontrase casi
en todas partes (Escherichia coli, Vibrio cholerae). Sin embargo, existen otras
observaciones que apuntan a la existencia de fuertes barreras ecolgicas que limitan
la dispersin de los microorganismos, generando divergencias genticas entre
poblaciones de las mismas especies debido al aislamiento, lo cual se ajusta ms a los
principios ecolgicos y evolutivos observados en macroorganismos.

La aparicin de las herramientas moleculares ha dejado abierta la puerta a estudios

ecolgicos como los que se han realizado por dcadas con macroorganismos.
Recientemente, han surgido varios trabajos en donde se evala la diversidad y
distribucin de microorganismos usando modelos desarrollados para
macroorganismos. Los resultados de estos estudios han conducido al debate sobre la
posibilidad de distribuciones biogeogrficas en microorganismos (distribucin
geogrfica asociada a ciertas condiciones ecolgicas) y sobre las barreras reales a la
dispersin de microorganismos.

Mientras que algunos autores presentan resultados en donde no hay asociacin obvia
entre la distribucin de los microorganismos y la geografa, otros presentan estudios
que parecen demostrar lo contrario. Estos estudios contradictorios plantean la
pregunta de si existen realmente patrones de distribucin en microorganismos.

6. Ecologa extrema: ciclos biogeoqumicos y ecologa funcional bacteriana.

El hecho de que los procariontes hayan sido de los primeros pobladores terrestres y
que hayan vivido en un inicio en condiciones extremas (luz ultravioleta, temperaturas
extremas, condiciones anxicas y en un ambiente qumico cambiante), les confiri una
serie de estrategias metablicas que les ha permitido vivir en muy diversas
condiciones ambientales. Estas estrategias los mantienen ntimamente involucrados
en el movimiento y transformacin (Ciclos biogeoqumicos) de las diferentes formas
qumicas de muchos elementos, pero sobretodo de aquellos esenciales para la vida
como: oxgeno (O), carbono (C), nitrgeno (N), azufre (S) y fsforo (P). A continuacin
explicaremos algunos de ellos.

Desde el inicio de la vida en la Tierra, los procariontes (Bacteria y Archaea) han jugado
un papel preponderante moldeando las caractersticas fsico-qumicas del ambiente
que nos rodea. La formacin de la atmsfera en la Tierra fue un proceso que dur
varios millones de aos y se cree que las cianobacterias (nicos organismos capaces
de tomar la energa del sol y el bixido de carbono para transformarla en azcares

18TA240320122DUED
liberando oxgeno: la fotosntesis aerobia) fueron las responsables, en un inicio, de la
produccin del oxgeno atmosfrico hace aproximadamente 2.3 millones de aos.
Debido a su capacidad para vivir tanto en condiciones anaerbicas como aerbicas y
de fijar el nitrgeno insoluble del aire a nitrgeno soluble como amonio, las
cianobacterias fueron los organismos predominantes del mar Precmbrico durante
miles de millones de aos, creando a su paso gran cantidad de fsiles conocidos como
estromatolitos. Con el paso del tiempo la atmsfera se fue enriqueciendo con el
oxgeno de la fotosntesis, dando paso a un cambio en su composicin qumica y en
las condiciones climatolgicas prevalecientes, es decir pasar de ser un planeta
anaranjado clido con una atmsfera de metano y bixido de carbono a un planeta
azul donde el oxgeno predomina y donde la capa de ozono protege al planeta de los
rayos ultravioleta.

An en la actualidad la fotosntesis y en consecuencia de la produccin de oxgeno en

los sistemas terrestres que se lleva a cabo por las plantas superiores es realizada
exclusivamente por los cloroplastos los cuales son producto de la endosimbiosis con
cianobacterias. Sin embargo, este oxgeno liberado a la atmsfera por los sistemas
terrestres es consumido nuevamente mediante la respiracin. De tal forma que las
cianobacterias fotosintticas marinas son las responsables en gran medida del
mantenimiento del oxgeno atmosfrico.

Este cambio atmosfrico realizado por las bacterias a travs de la escala geolgica tal
vez es el ms evidente. Pero los cambios fsicos y qumicos han sido muchos y de
diferentes magnitudes. Estos cambios son esenciales para la vida, ya que procesos
como la fijacin de nitrgeno, y el ciclo de carbono son parte esencial del reciclamiento
de nutrientes y slo son realizados por procariontes. Asimismo, los cambios en las
condiciones qumicas de los cuerpos de agua, la intemperizacin y precipitacin de
minerales, remineralizacin del carbono orgnico tambin son responsabilidad de las
bacterias.

El carbono es un elemento esencial para la formacin de compuestos orgnicos y la

obtencin de energa, la concentracin ms grande de este elemento se encuentra en
la corteza terrestre en forma de carbonato de calcio y de magnesio. La tasa de cambio
de este almacn es extremadamente lenta, por lo que es el C orgnico (proveniente de
los restos de vegetales, animales, microorganismos y la respiracin) el que tiene
importancia dentro de nuestra escala temporal. Los productores primarios, es decir,
plantas superiores, cianobacterias fotosintticas y procariontes quimioauttrofos son
las encargadas de transformar el CO2 existente en la atmsfera en materia orgnica
(polisacridos principalmente). El C incorporado puede regresar nuevamente a la
atmsfera como CO2 o CH4 (metano), formar parte de la biomasa microbiana del
suelo o ser mineralizado por los microorganismos. Adicionalmente los polisacridos
producidos por los microorganismos son un elemento de cohesin muy importante de
las partculas del suelo, mismas que le dan estructura, resistencia y capacidad de
almacenamiento de nutrientes, necesarios para el crecimiento de las plantas.

El nitrgeno es un elemento clave en las clulas ya que forma parte de los

aminocidos, ciertas vitaminas, enzimas, protenas y del DNA. El nitrgeno constituye
aproximadamente el 79% de nuestra atmsfera y se encuentra en una forma muy

19TA240320122DUED
estable (N2). Esto implica que molecularmente, se requiere de mucha energa para su
rompimiento y aprovechamiento. Sin embargo, la capacidad de fijar nitrgeno
atmosfrico es exclusiva de algunas bacterias. Especies como Azotobacter,
Azomonas, Klebsiela, Citrobacter, Thiobacillus son capaces de fijar N atmosfrico en
forma aerbica; Clostridium, Desulfovibrio, Chromatium, Thiocapsa, Heliobacillus y
Heliobacterium, entre otras, lo hacen en forma anaerbica. Existen tambin algunas
especies de bacterias (Rhizobium, Bradyrhizobium, Sinorhizobium, Azorhizobium) que
fijan N y viven en forma simbitica con algunas plantas, muchas de ellas leguminosas.
Una vez fijado, el N es transformado en amonio (NH4), forma qumica que puede ser
aprovechada por las plantas y otras bacterias. El amonio tambin es transformado por
bacterias del gnero Nitrosomonas, en nitritos (NO2-) y posteriormente en nitratos
(NO3-), proceso a cargo de las bacterias del gnero Nitrobacter. El nitrato formado
puede ser lavado a capas inferiores del suelo y alcanzar el manto fretico y
eventualmente el mar o utilizado por Pseudomonas y Achromobacter (bacterias
denitrificantes). Durante el proceso de denitrificacin se produce xido nitroso (N2O)
que puede ser liberado a la atmsfera o ser reducido nuevamente a N2.

Las emisiones volcnicas, la lluvia y los desechos gaseosos producidos por la

industria, son fuente de diferentes compuestos del azufre (H2S, SO4, SO2). Este
elemento forma parte de aminocidos y vitaminas como la cistena, metionina, biotina
y tiamina, como grupo sulfhidrilo (-SH). Sin embargo, para su absorcin debe
encontrarse en forma de sulfato (SO42-) o tiosulfato (S2O32-). Tal vez el azufre (S) es
el elemento con uno de los ciclos biogeoqumicos ms complicado debido al gran
nmero de pasos en su oxidacin y reduccin, todos realizados por bacterias, que
pueden ser aerobias (Thiobacillus, Beggiatoa) o anaerobias (Desulfovibrio,
Desulfobacter, Desulfomonas).

El fsforo, es un elemento primordial para los seres vivos, pues a diferencia del O, N,
S y N carece de fase gaseosa. Gran parte del P que es utilizado por las plantas
proviene de la mineralizacin de rocas sedimentarias. El ciclo del fsforo es muy
parecido al ciclo del N y del S, en el que los microorganismos, junto con los agentes
ambientales fsicos y qumicos, realizan la mayor parte de la mineralizacin de este
elemento.

Como ya mencionamos al principio, las bacterias fueron los primeros productores de

materia orgnica, por lo que forman la base original de la cadena alimenticia,
permitiendo la evolucin de nuevas especies que utilizaban esta materia como fuente
de energa, creando as las primeras redes trficas. En todos los ecosistemas
existentes en la actualidad la cadena trfica vara en su longitud y complejidad, pero
en todos empieza por los productores primarios que capturan la energa del sol
(fotosntesis aerbica o anaerbica) o la energa qumica de los compuestos orgnicos
o inorgnicos de los minerales y termina con los degradadores de los detritus y de la
materia muerta. En ambos extremos de la cadena las bacterias son predominantes,
inclusive es tal el acoplamiento existente entre las diferentes comunidades bacterianas
que los productos de desecho de algunos microorganismos constituyen la fuente
nutrimental de otros. Estos productos de desecho tambin pueden acumularse en los
ecosistemas produciendo cambios fsicos y qumicos graduales.

20TA240320122DUED
7. Aplicacines prcticas de la ecologa microbiana

Pero el papel de las bacterias no termina aqu, la disciplina de la biorremediacin est

basada en la diversidad de especies y metabolismos microbianos. La capacidad que
tienen las bacterias para alimentarse de los compuestos qumicos ms recalcitrantes
las ha convertido en los candidatos perfectos para resolver desde problemas de
contaminacin (derrames petroleros) hasta de purificacin de ciertos metales de
importancia minera. La concentracin de uranio, cobre y oro en yacimientos mineros
con bajos contenidos, se puede llevar a cabo utilizando bacterias acidfilas. Algunas
otras especies bacterianas logran separar de los minerales, los metales pesados que
contienen, como el mercurio, cobalto, zinc, nquel y molibdeno. Con el advenimiento
de la revolucin verde el uso de pesticidas se convirti rpidamente en un problema,
ya que su permanencia en los suelos puede ser de varias semanas a varios aos.
Aunque parte de los compuestos de estos pesticidas se pierden en forma voltil o
lixiviados, existen microorganismos que los pueden degradar fcilmente.

Por otra parte, con el estudio de bacterias marinas es posible descubrir nuevas
molculas o procesos que tienen aplicaciones tiles para la medicina o la industria.
Por ejemplo de las bacterias que viven a muy bajas temperaturas el objetivo es
encontrar molculas con propiedades anticongelantes o biocatalizadores activos a
bajas temperaturas. Como son bacterias que viven en concentraciones de sal en
ocasiones muy altas (por ejemplo en el mar muerto) una meta posible es aislar
metabolitos halotolerantes.

Tambin ha sido posible aislar de bacterias marinas nuevos compuestos con

propiedades de antibiticos, antivirales, anticancergenos y farmacolgicos. Muchos de
estos compuestos estn acumulados en invertebrados como esponjas o moluscos, y
tienen gran similitud con metabolitos de bacterias, por lo que se cree que sean
compuestos producidos por simbiontes bacterianos de estos organismos.
Recientemente se ha reportado que adems de existir actinomicetos terrestres (el 70%
de los antibiticos en el mundo se originan de estas bacterias), existen otro tipo de
actinomicetos adaptados especficamente al mar. Trabajando con los actinomicetos
terrestres, la industria farmacutica ha estado reaislando el mismo tipo de
compuestos, sin poder encontrar distintos, y el descubrimiento de los actinomicetos
marinos ha abierto un nuevo campo de estudio para el descubrimiento de otro tipo de
drogas, distintas a las que hoy se conocen, por ejemplo, compuestos
anticancergenos.

8. Perspectivas

La microbiologa ha tenido un pasado tortuoso, hubo aos donde no se abri la

materia de microbiologa en varias universidades de USA y no se imparta en la
Facultad de Ciencias de la UNAM; pero ahora tiene un futuro prometedor y es
especialmente luminoso para la ecologa microbiana. Las aplicaciones biomdicas y
biotecnolgicas en donde las bacterias son las pequeas industrias del futuro,
productoras de medicinas y de procesos industriales en condiciones extremas, estn a
la vuelta de la esquina. Las bacterias tambin son un especie de vrtice de
conocimiento donde a travs de su estudio podemos saber ms acerca de ellas

21TA240320122DUED
mismas; la biotecnologa nos da productos que nos ayudan a entenderlas mejor y por
lo tanto producir nuevos productos que cada vez hacen el conocimiento ms fcil y
rpido de adquirir. Un claro ejemplo de esto fue el descubrimiento de la Taq
polimerasa en una poza termal en Yellowstone, sin la cual la biologa molecular
asociada al DNA sera imposible. Ms aun son los consorcios bacterianos los que nos
permiten revertir la contaminacin producida por las industrias. Por otro lado, las
bacterias son los enemigos acrrimos de la humanidad y cada vez hay bacterias
resistentes a nuevos antibiticos y hay cada vez ms posibilidades de una guerra
bacteriolgica...

Podemos pensar que ninguna de esas maravillas o pesadillas implica saber de

ecologa microbiana. Estamos equivocados, ya que cada vez ms investigadores
estn convencidos de que las bacterias interaccionan entre ellas y con el ambiente y
esa es la razn de las enfermedades o de que funcione un proceso industrial. Son
consorcios de micorrhizas y bacterias las que pueden ayudar a mejorar un suelo
erosionado y son los productos de la competencia natural entre patgenos (colicinas)
los que nos pueden librar de enfermedades crnicas como la cistitis causada por
Escherichia coli.

Asimismo, desde el punto de vista terico, la incorporacin gradual de las bacterias al

paradigma de la ecologa a todos los niveles: evolutivo, eco-fisiolgico, funcional y de
poblaciones, comunidades y ecosistemas, lo que nos permitir entender de manera
jerrquica el papel de la diversidad microbiana en la diversidad de macro organismos.
Tambin nos ayudar a resolver, a travs del uso de modelos ms sencillos, cmo se
arma la enorme complejidad del mundo en que vivimos. Todo esto gracias a que las
herramientas moleculares hacen posible ver a las bacterias.

4. La aplicacin de los conceptos de la microbiologa ambiental para el desarrollo de

procesos biotecnolgicos de aplicacin ambiental. (4 puntos)

La biotecnologa tiene aplicaciones en importantes reas industriales como lo son la

atencin de la salud, con el desarrollo de nuevos enfoques para el tratamiento de
enfermedades; la agricultura con el desarrollo de cultivos y alimentos mejorados; usos
no alimentarios de los cultivos, como por ejemplo plsticos biodegradables, aceites
vegetales y biocombustibles; y cuidado medioambiental a travs de la biorremediacin,
como el reciclaje, el tratamiento de residuos y la limpieza de sitios contaminados por
actividades industriales. A este uso especfico de plantas en la biotecnologa se llama
biotecnologa vegetal. Adems se aplica en la gentica para modificar ciertos
organismos.
Las aplicaciones de la biotecnologa son numerosas y suelen clasificarse en:

Biotecnologa roja: se aplica a la utilizacin de biotecnologa en procesos

mdicos. Algunos ejemplos son la obtencin de organismos para producir
antibiticos, el desarrollo de vacunas ms seguras y nuevos frmacos, los
diagnsticos moleculares, las terapias regenerativas y el desarrollo de la
ingeniera gentica para curar enfermedades a travs de la manipulacin
gnica.

22TA240320122DUED
 Biotecnologa blanca: tambin conocida como biotecnologa industrial, es
aquella aplicada a procesos industriales. Un ejemplo de ello es la obtencin de
microorganismos para producir un producto qumico o el uso de enzimas como
catalizadores industriales, ya sea para producir productos qumicos valiosos o
destruir contaminantes qumicos peligrosos (por ejemplo utilizando
oxidorreductasas). Tambin se aplica a los usos de la biotecnologa en la
industria textil, en la creacin de nuevos materiales, como plsticos
biodegradables y en la produccin de biocombustibles. Su principal objetivo es
la creacin de productos fcilmente degradables, que consuman menos
energa y generen menos desechos durante su produccin. La biotecnologa
blanca tiende a consumir menos recursos que los procesos tradicionales
utilizados para producir bienes industriales.

Biotecnologa verde: es la biotecnologa aplicada a procesos agrcolas. Un

ejemplo de ello es la obtencin de plantas transgnicas capaces de crecer en
condiciones ambientales desfavorables o plantas resistentes a plagas y
enfermedades. Se espera que la biotecnologa verde produzca soluciones ms
amigables con el medio ambiente que los mtodos tradicionales de la
agricultura industrial. Un ejemplo de esto es la ingeniera gentica en plantas
para expresar plaguicidas, con lo que se elimina la necesidad de la aplicacin
externa de los mismos, como es el caso del maz Bt.

Biotecnologa azul: tambin llamada biotecnologa marina, es un trmino

utilizado para describir las aplicaciones de la biotecnologa en ambientes
marinos y acuticos. An en una fase temprana de desarrollo sus aplicaciones
son prometedoras para la acuicultura, cuidados sanitarios, cosmtica y
productos alimentarios.

Biorremediacin y biodegradacin
La biorremediacin es el proceso por el cual son utilizados microorganismos para
limpiar un sitio contaminado. Los procesos biolgicos desempean un papel
importante en la eliminacin de contaminantes y la biotecnologa aprovecha la
versatilidad catablica de los microorganismos para degradar y convertir dichos
compuestos. En el mbito de la microbiologa ambiental, los estudios basados en el
genoma abren nuevos campos de investigacin in silico ampliando el panorama de las
redes metablicas y su regulacin, as como pistas sobre las vas moleculares de los
procesos de degradacin y las estrategias de adaptacin a las cambiantes condiciones
ambientales. Los enfoques de genmica funcional y metagenmica aumentan la
comprensin de las distintas vas de regulacin y de las redes de flujo del carbono en
ambientes no habituales y para compuestos particulares, que sin duda aceleraran el
desarrollo de tecnologas de biorremediacin y los procesos de biotransformacin.
Los entornos martimos son especialmente vulnerables ya que los derrames de
petrleo en regiones costeras y en mar abierto son difciles de contener y sus daos
difciles de mitigar. Adems de la contaminacin a travs de las actividades humanas,
millones de toneladas de petrleo entran en el medio ambiente marino a travs de
filtraciones naturales. A pesar de su toxicidad, una considerable fraccin del petrleo
que entra en los sistemas marinos se elimina por la actividad de degradacin de
hidrocarburos llevada a cabo por comunidades microbianas, en particular, por las

23TA240320122DUED
llamadas bacterias hidrocarbonoclsticas (HCB). Adems varios microorganismos
como Pseudomonas, Flavobacterium, Arthrobacter y Azotobacter pueden ser
utilizados para degradar petrleo. El derrame del barco petrolero Exxon Valdez en
Alaska en 1989 fue el primer caso en el que se utiliz biorremediacin a gran escala
de manera exitosa, estimulando la poblacin bacteriana suplementndole nitrgeno y
fsforo que eran los limitantes del medio.

Bioinformtica
La bioinformtica es un campo interdisciplinario que se ocupa de los problemas
biolgicos usando tcnicas computacionales y hace que sea posible la rpida
organizacin y anlisis de los datos biolgicos. Este campo tambin puede ser
denominado biologa computacional, y puede definirse como, "la conceptualizacin de
la biologa en trmino de molculas y, a continuacin, la aplicacin de tcnicas
informticas para comprender y organizar la informacin asociada a estas molculas,
a gran escala." La bioinformtica desempea un papel clave en diversas reas, tales
como la genmica funcional, la genmica estructural y la protemica, y forma un
componente clave en el sector de la biotecnologa y la farmacutica.

Bioingeniera
La ingeniera biolgica o bioingeniera es una rama de ingeniera que se centra en la
biotecnologa y en las ciencias biolgicas. Incluye diferentes disciplinas, como la
ingeniera bioqumica, la ingeniera biomdica, la ingeniera de procesos biolgicos, la
ingeniera de biosistemas, etc. Se trata de un enfoque integrado de los fundamentos
de las ciencias biolgicas y los principios tradicionales de la ingeniera.
Los bioingenieros con frecuencia trabajan escalando procesos biolgicos de
laboratorio a escalas de produccin industrial. Por otra parte, a menudo atienden
problemas de gestin, econmicos y jurdicos. Debido a que las patentes y los
sistemas de regulacin (por ejemplo, la FDA en EE.UU.) son cuestiones de vital
importancia para las empresas de biotecnologa, los bioingenieros a menudo deben
tener los conocimientos relacionados con estos temas.
Existe un creciente nmero de empresas de biotecnologa y muchas universidades de
todo el mundo proporcionan programas en bioingeniera y biotecnologa de forma
independiente.

Riesgos para el medio ambiente

Entre los riesgos para el medio ambiente cabe sealar la posibilidad de polinizacin
cruzada, por medio de la cual el polen de los cultivos genticamente modificados (GM)
se difunde a cultivos no GM en campos cercanos, por lo que pueden dispersarse
ciertas caractersticas como resistencia a los herbicidas de plantas GM a aquellas que
no son GM. Esto que podra dar lugar, por ejemplo, al desarrollo de maleza ms
agresiva o de parientes silvestres con mayor resistencia a las enfermedades o a los
estreses abiticos, trastornando el equilibrio del ecosistema.
Otros riesgos ecolgicos surgen del gran uso de cultivos modificados genticamente
con genes que producen toxinas insecticidas, como el gen del Bacillus thuringiensis.
Esto puede hacer que se desarrolle una resistencia al gen en poblaciones de insectos
expuestas a cultivos GM. Tambin puede haber riesgo para especies que no son el
objetivo, como aves y mariposas, por plantas con genes insecticidas.

24TA240320122DUED
Tambin se puede perder biodiversidad, por ejemplo, como consecuencia del
desplazamiento de cultivos tradicionales por un pequeo nmero de cultivos
modificados genticamente".

Riesgos para la salud

Existen riesgos de transferir toxinas de una forma de vida a otra, de crear nuevas
toxinas o de transferir compuestos alergnicos de una especie a otra, lo que podra
dar lugar a reacciones alrgicas imprevistas.
Existe el riesgo de que bacterias y virus modificados escapen de los laboratorios de
alta seguridad e infecten a la poblacin humana o animal.
Los agentes biolgicos se clasifican, en funcin del riesgo de infeccin, en cuatro
grupos:

Agente biolgico del grupo 1: aquel que resulta poco probable que cause una
enfermedad en el hombre.
Agente biolgico del grupo 2: aquel que puede causar una enfermedad en el
hombre y puede suponer un peligro para los trabajadores, siendo poco
probable que se propague a la colectividad y existiendo generalmente profilaxis
o tratamiento eficaz.
Agente biolgico del grupo 3: aquel que puede causar una enfermedad grave
en el hombre y presenta un serio peligro para los trabajadores, con riesgo de
que se propague a la colectividad y existiendo generalmente una profilaxis o
tratamiento eficaz.
Agente biolgico del grupo 4: aquel que causando una enfermedad grave en el
hombre supone un serio peligro para los trabajadores, con muchas
probabilidades de que se propague a la colectividad y sin que exista
generalmente una profilaxis o un tratamiento eficaz.

BIORREMEDIACION. APLICACIN AL CASO DE VERTIDOS PETROLFEROS.

Introduccin y presentacin del problema. Estrategias: bioestimulacin y
bioaumentacin.

Biorremediacin: recuperacin de un ambiente natural contaminado por actividades

humanas. Los compuestos contaminantes son biodegradados, detoxificados o
inmovilizados por accin de seres vivos (normalmente microorganismos). El trmino
biorremediacin debe restringirse a la contaminacin por compuestos xenobiticos,
metales pesados, etc., no residuos urbanos. El proceso debe realizarse in situ. El
mayor nmero de casos a los que se han aplicado tcnicas de biorremediacin se
encuentran relacionados con contaminacin por petrleo y sus derivados. Tanto el
crudo como sus derivados de refino son inherentemente biodegradables, pues se trata
de productos orgnicos en el pleno sentido de la palabra. El problema principal es su
biodisponibilidad (el petrleo es insoluble). La biodegradacin del petrleo es un
proceso principalmente aerobio, pero tambin tiene lugar biodegradacin anaerobia
(condiciones sulfato-reductoras).

Se pueden considerar dos estrategias bsicas para abordar los procesos de

biorremediacin:

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 A. Bioestimulacin: favorecer la microbiota nativa para degradar ms
rpidamente el contaminante. Lo normal es la adicin de nutrientes para
estimular la biodegradacin. Esta aproximacin es la lgica en el caso de que
la microbiota normal est adaptada a la presencia de bajos niveles del txico o
contaminante en cuestin, bien por padecer una contaminacin baja pero
crnica o bien porque crece en condiciones naturales similares. En estas
condiciones puede esperarse que su crecimiento sea limitado por el aporte de
algunos otros nutrientes, tales como N, P, Fe u O2.
B. Bioaugmentacin (aumentar, acrecentar): aadir microorganismos para
estimular la biodegradacin en aquellos lugares donde la microbiota indgena
no es efectiva. La idea es que si la flora microbiana normal no ha estado en
contacto con el contaminante en cuestin probablemente habr pocos
organismos capaces de degradarlo. Mientras que la microbiota local podra ir
incrementando lentamente su consumo, la adicin de otros organismos
adaptados podra disminuir o eliminar la fase de latencia. La adicin de
nutrientes podra tambin ser necesaria. En teora podra construirse mediante
ingeniera gentica un microorganismo a la medida de las necesidades (de
momento la legislacin impide su liberacin al medioambiente). Las dos
alternativas descritas no son mutuamente excluyentes, y una o ambas en su
conjunto deberan ser consideradas para resolver cada problema especfico,
tanto in situ como mediante biorreactores donde la biorremediacin pueda
llevarse a cabo en un entorno ms cerrado y controlado.

CONCLUSIN

La Microbiologa se puede definir, sobre la base de su etimologa, como la ciencia que

trata de los seres vivos muy pequeos, concretamente de aquellos cuyo tamao se
encuentra por debajo del poder resolutivo del ojo humano. Esto hace que el objeto de
esta disciplina venga determinado por la metodologa apropiada para poner en
evidencia, y poder estudiar, a los microorganismos. Precisamente, el origen tardo de
la Microbiologa con relacin a otras ciencias biolgicas, y el reconocimiento de las
mltiples actividades desplegadas por los microorganismos, hay que atribuirlos a la
carencia, durante mucho tiempo, de los instrumentos y tcnicas pertinentes.
El objeto material de la Microbiologa viene delimitado por el tamao de los seres que
investiga, lo que supone que abarca una enorme heterogeneidad de tipos
estructurales, funcionales y taxonmicos: desde partculas no celulares como los virus,
viroides y priones, hasta organismos celulares tan diferentes como las bacterias, los
protozoos y parte de las algas y de los hongos. De esta manera la Microbiologa se
distingue de otras disciplinas organsmicas (como la Zoologa y la Botnica) que se
centran en grupos de seres vivos definidos por conceptos biolgicos homogneos, ya
que su objeto de indagacin se asienta sobre un criterio artificial que obliga a incluir
entidades sin ms relacin en comn que su pequeo tamao, y a excluir a diversos
organismos macroscpicos muy emparentados con otros microscpicos.
Por otro lado, la Microbiologa tambin se ocupa de las distintas actividades
microbianas en relacin con los intereses humanos, tanto las que pueden acarrear
consecuencias perjudiciales (y en este caso estudia los nichos ecolgicos de los
correspondientes agentes, sus modos de transmisin, los diversos aspectos de la

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 microbiota patgena en sus interacciones con el hospedador, los mecanismos de
defensa de ste, as como los mtodos desarrollados para combatirlos y controlarlos),
como de las que reportan beneficios (ocupndose del estudio de los procesos
microbianos que suponen la obtencin de materias primas o elaboradas, y de su
modificacin y mejora racional con vistas a su imbricacin en los flujos productivos de
las sociedades).
La contaminacin de los suelos por la presencia de agentes txicos como
hidrocarburos, plaguicidas y otras sustancias constituye un problema ambiental de
primer orden. El panorama actual no es tan desalentador ya que se cuenta con
novedosas tcnicas para la recuperacin de suelos degradados por contaminacin
qumica. El uso de los microorganismos constituye una estrategia potencialmente
viable. Hasta hace algunos aos las investigaciones se haban limitado a la
identificacin de aquellos microorganismos capaces de aislar compuestos txicos. Hoy
da las investigaciones estn dirigidas a incrementar la tasa de degradacin de
compuestos txicos, mejoramiento gentico de microorganismos para que se adapten
a ambientes extremos y desarrollo de diferentes tcnicas biocorrectivas alternativas
para la recuperacin de suelos degradados.

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