Lecture interprtative de

lantibiogramme
Jean-Didier CAVALLO
Ecole du Val-de-Grce

1
 Pourquoi un antibiogramme ?

Intrt thrapeutique (individu)

Mesurer la sensibilit dune souche bactrienne un ou
plusieurs antibiotiques et dpister les rsistances acquises
----> orientation des dcisions thrapeutiques

Intrt pidmiologique (collectif)

Suivi pidmiologique des rsistances bactriennes
---> volution des spectres cliniques des antibiotiques
---> adaptation de lantibiothrapie probabiliste

2
 Dlai entre introduction des antibiotiques et
apparition des rsistances acquises
Antibiotique Annes
mise sur le march rsistances acquises
pnicilline 1943 1945 (S. aureus)
streptomycine 1947 1947
ttracycline 1952 1956
mthicilline 1960 1961 (S. aureus)
acide nalidixique 1964 1966
gentamicine 1967 1969
vancomycine 1972 1987 (entrocoques)
cfotaxime 1981 1981-1983
linzolide 2000 1999 (E. faecium)
daptomycine 2003 1991 (S. aureus)

3
 Pression de slection antibiotique
les effets collatraux
gurison
Traitement antibiotique bactrie cible
chec
Flores commensales
Hte

Sensible

Rsistant

4
 Slection des rsistances

Micro-organismes naturellement rsistants

Clostridium difficile, Bacilles Gram ngatif naturellement
rsistants, entrobactries du groupe 3, Pseudomonas
aeruginosa, entrocoques, Candida spp

Rsistances acquises
mutant prexistant

acquisition de gnes par transfert gntique

5
La prvalence des rsistances acquises
dpend de trois facteurs

Pression antibiotique
Homme, animal

Transmission clonale de souches rsistantes

Directe (homme, animal)
Indirecte (rle de lenvironnement)
Bactries rsistantes dans lenvironnement

Transmission de mcanismes de rsistance

Entre bactries mme espces ou espces diffrentes
Chez un mme individu

6
 Apparition de rsistance acquise pendant une
monothrapie (infections svres BG-)

Antibiotiques nb ttt % R acquise Bactries % checs ttt

Ticarcilline 27 22 % P. aeruginosa 7,4 %

Pipracilline 71 7% P. aeruginosa, Serratia 4%
Cfotaxime 25 4% P. aeruginosa 4%
Ceftriaxone 103 8% P. aeruginosa, Serratia 4%
Acinetobacter, Enterobacter
Ceftazidime 166 10 % P. aeruginosa, Enterobacter 4%
S. maltophilia
Imipnme 277 5% P. aeruginosa 2,5 %
Ciprofloxacine 322 12 % P. aeruginosa, Serratia 4,4 %
Acinetobacter,

Milatovic D et al. Eur J Clin Microbiol 1987; 6: 234-244

7
 Sensibilit (%) des E. coli isols dIUC en
fonction des antcdents d antibiothrapie

Traitement antibiotique < 6 mois

Antibiotique non -lactamine quinolone

n= 212 66 56

Amoxicilline 68 41* 54
Amoxicilline + AC 72 41* 59
Ac nalidixique 92 83 63*
Ciprofloxacine 97 94 78*
* diffrence significative Source AFORCOPI-BIO, 1999 8
Emergence de rsistance sous traitement par -
lactamines ou fluoroquinolones
Pseudomonas aeruginosa

Analyse multivarie
Rsistance un des 4 Ab dont lAb utilis
RR p RR p

Pipracilline 1,7 NS 5,2 0,01

Ceftazidime 0,7 NS 0,8 NS
Imipnme 2,8 0,02 44 0,001
Ciprofloxacine 0,8 0,6 9,2 0,04

Carmeli Y et al Antimicrob Agents Chemother 1999; 43:1379-1382

9
 Association rsistance - antcdent de
traitement par -lactamines chez S.
pneumoniae
Frquence rsistance -lactamines
Antcdent
traitement > 5 jours OR p

Aminopnicilline 10,3 < 0,001

Cphalosporines 5,6 < 0,05

Guillemot D et al. Clin Microbiol Infect. 1999; 5: 4S38-4S42

10
 Des mcanismes de rsistance et outils
Mutation
gntiques varis
prexistante
Antibiotique
2. Hyperexpression 1.Impermabilit
efflux actif
plasmide
transformation
3. Hydrolyse
enzymatique
4. modification ou
protection de la cible
intgron transposon

11
 Mcanismes de rsistance (1)

Impermabilit - Enzymes Modification ou

Antibiotiques
efflux dinactivation altration de la cible

Mutation porines Beta-lactamases PLPs mutes,

Pnicillinases recombines ou
Beta-Lactamines Efflux
cphalosporinases, supplmentaires
Mutation LPS (rare) carbapnmases (PLP2a SARM)
Acetyltranfrases
Dfaut de transport Mthylation ARN 16 S
Aminosides Phosphotransfrases
Efflux (rare)
Nucleotidyl transfrases
Mutations ADN gyrase,
Efflux
Quinolones Actylase (rare) topoisomrase IV
Porines
Cible protge (qnr)
Gram (-): naturelle
Glycopeptides peptidoglycane - Acquisition gnes van
remani surproduit
(S. aureus)

13
 Mcanismes de rsistance (2)

Impermabilit- Enzymes Modification de la

Antibiotiques
efflux dinactivation cible

Acquisition
Macrolides Estrase ou
Gram (-): naturelle mthylase de lARN
Lincosamides phosphotransfrases
Efflux (cocci G+) (rare) 23S ou mutation
Streptogramines
ARN 23S
Mutation ARN 23S
oxazilidones Gram (-): naturelle -
(rare)
Dficit transport
Glutathion-S-
Fosfomycine (systmes GlpT ou
transfrase (rare)
UlpT)
ADP-ribosyl Mutation ARN-
Rifampicine Gram (-) : naturelle
transfrase (rare) polymrase
Acide fusidique Gram (-): naturelle Mutation EF-6

14
 Mcanismes de rsistance (3)
Impermabilit- Enzymes Modification de la
Antibiotiques
efflux, autres dinactivation cible
Mutation porines
Ttracyclines TetX (Bacteroides) Protection de la cible
Efflux
Chloramphnicol
Chloramphnicol Efflux
acetyl transfrase
Mutation DHPS
Sulfamides - - DHPS additionnelle
faible affinit
Mutation DHFR
DHFR additionnelle
Trimthoprime - -
faible affinit
Surproduction DHFR
Impermabilit
Polymyxines membranaire (LPS)
(rare)
Mtronidazole Dfaut dactivation Nim (Bacteroides)
15
 Antibiotique slecteur

Peut induire des rsistances croises

la mme famille dantibiotiques
dautres familles dantibiotiques
hyperexpression de lefflux
dfaut de permabilit
Peut induire des rsistances associes
slection de souches portant plusieurs mcanismes de
rsistance
intgrons multirsistants
cumul de mcanismes indpendants

16
 Hyperexpression des systmes defflux
rsistances croises chez P. aeruginosa

Systme defflux Antibiotiques touchs

MexAB-Opr M -lactamines, Fq, Tmp, Cm, Tet

MexCD-Opr J Fep, Cfp, Fq, Tmp, Ery, Cm, Tet

MexEF-Opr N Fq, Tmp, Cm, Tet, (Ipm, Mpm)

MexXY-Opr M Fep, aminosides, Ery, Tet, (Fq)

17
 Rsistances associes
exemple de P. aeruginosa

Tic Pip Caz mcanisme (frquence) % de souches I+R

Imp Tm An Cip

S S S aucun (62 %) 5 5 3 14
I/R S S/I RNE (16 %) 27 22 15 46
I I/R S Case BN (6 %) 25 50 29 68
R R R Case HN (4 %) 75 69 62 75
R I I Case BN + RNE 36 36 14 64
R R S Pase (2 %) 30 100 80 80
R R I Pase + Case (5 %) 59 77 50 77

18
 Mthodes dtude au laboratoire
en routine
Etude de la sensibilit aux antibiotiques

/ mesure directe de la CMI

dilution en glose
dilution en milieu liquide
E-test
/ mesure indirecte de la CMI
mthode de diffusion en glose
galerie antibiogramme

+ lecture interprtative
Conclusion S, I, R
19
CMI par dilution en milieu liquide
0,125mg/l 64 mg/L
Ab 1
0,25mg/l 64 mg/L Ab 2
AB3
Ab4
Ab 5
AB6
Ab7
Ab8

Macrodilution Microdilution

CMI par dilution en milieu solide

Botes avec dilutions antibiotiques

0,007 512 mg/L
Exemple
Neisseria meningitidis
bote pnicilline 0,03 mg/l
20
Mesure des CMI par E-test

CMI

S. pneumoniae : CMI de 0,75 mg/L

pour la ceftriaxone 21
 Antibiogramme par diffusion
Courbes de concordance CMI - diamtres
D (mm)

0 c C CMI (mg/l)
22
Valeurs critiques des diamtres dinhibition (mm)
par antibiotique espce

Rsistant Intermdiaire Sensible

<d D

disque disque disque

Ab Ab Ab

0 d D Diamtre (mm)
23
Pseudomonas
aeruginosa

TIC CFS
IPM
FOS

Ticarcilline R Imipnme S Cefsulodine R Fosfomycine S

PIP FEP TM
AN

Pipracilline R Cfpime I Tobramycine R Amikacine R

TCC ATM
CS

Ticar + ac Clav R Aztronam S Gentamicine R Colistine S

PTZ CAZ
CIP SXT

Pip+Tazo R Ceftazidime S Ciprofloxacine R Cotrimoxazole R

24
Galerie antibiogramme

Photo Monique Couture

25
 Galerie Antibiogramme
mise en vidence de la croissance bactrienne
en milieu liquide
DO
lecture automatise
ou visuelle

Permet un rendu
lecture rapide en 6 heures
automatise
DO

0 3 5 18
26
heures
 Rle du microbiologiste

1. Connatre les rsistances intrinsques

naturelles
2. Dpister des phnotypes de rsistance acquise
exceptionnels
Exemples
Rsistance la pnicilline chez S. pyogenes
Rsistance la vancomycine chez S. aureus
Entrobactries rsistantes aux carbapnmes
3. Lecture interprtative
Rgles dexpertise
CA-SFM et EUCAST

27
 Choix des antibiotiques tester

Recommandations CA-SFM
Par espce ou groupe bactrien
Antibiogramme standard (liste 1)
antibiotiques ncessaires l orientation thrapeutique, en fonction des
indications cliniques (type d infection) et de la prvalence de la rsistance
acquise
Tests complmentaires (liste 2)
Intrt pidmiologique, aptitude dtecter un mcanisme de rsistance
ou antibiotique de recours

28
 S. pneumoniae

Liste standard Liste complmentaire

Pnicilline G Autres -lactamines

Ampicilline ou amoxicilline Gentamicine 500 g
Oxacilline* Streptomycine 500 g
Cefotaxime ou ceftriaxone Kanamycine 1000 g
Erythromycine Chloramphnicol
Telithromycine Linzolide
Lincomycine ou clindamycine Rifampicine
Pristinamycine Cotrimoxazole
Norfloxacine* Fosfomycine
Vancomycine ou teicoplanine

29
 Antibiotiques marqueurs

Dpistage mcanismes de rsistance +/- exprims

Molcule qui au sein dun groupe dantibiotiques est le
plus rgulirement touche
Cefoxitine et rsistance la mthicilline pour staphylocoques
Oxacilline et rsistance aux pnicillines pour S. pneumoniae
Ertapnme pour les carbapnmases chez les entrobactries

30
 Equivalence

Certaines molcules sont reprsentatives dun groupe

dantibiotiques
Justifie lutilisation dun nombre restreint dantibiotiques
lantibiogramme
Les rsultats S,I,R obtenus pour ces molcules peuvent
tre tendus dautres antibiotiques du groupe
ex: une fluoroquinolone rpond pour les toutes les autres chez
les staphylocoques et Acinetobacter

31
 Rsistances naturelles chez les
entrobactries

Espce AM AMC TIC/ C1G FOX CTT MA CXM GM TET COL FT

PIP

Klebsiella spp. R R
C. koseri R R
C. freundii R R R R R
E. cloacae R R R R R
E. aerogenes R R R R R
S. marcescens R R R R R R
P. mirabilis R R R
P. vulgaris R R R R R R R
M. morganii R R R R R R R R
P. stuartii R R R R R R R
Y. enterocolitica R R R R R R R

R : rsistance naturelle
AM : aminopnicillines ; AMC : amoxicilline + acide clavulanique ; TIC : ticarcilline ; PIP : pipracilline
C1G : cphalosporines de 1re gnration ; FOX : cfoxitine ; CTT : cfottan ; MA : cfamandole ; CXM : cfuroxime ;
GM : gentamicine ; TET : ttracyclines y compris la tigcycline ; COL : colistine, polymyxine B ; FT : nitrofuranes.

32
 Dmarche interprtative
du microbiologiste
Phnotype de rsistance observ in vitro
lecture des CMI, diamtres ou galeries
cohrence avec lidentification (Rn)
connaissance des mcanismes R acq.
tests complmentaires ventuels
Mcanismes R peu exprims

Dduction du mcanisme de rsistance probable

validation/ corrections rsultats

Rendu de lantibiogramme en S, I, R
Commentaires (quivalence, conseils)
33
 Mthode de dtection des
mcanismes de rsistance
Mthodes indirectes
voquent la prsence dun mcanisme de rsistance
antibiotiques marqueurs
synergie entre deux antibiotiques
Mthodes directes
mcanismes biochimiques
ex: production de -lactamase chez N. gonorrhoeae, H. influenzae
support gntique de la rsistance
ex: mise en vidence des gnes mecA (staphylocoques), vanA,vanB
(entrocoques), rpoB (M. Tuberculosis)

34
 Staphylocoques

Rsistance aux -lactamines

Pnicillinase : pni A et G, carboxy, urido
PLP2a (mecA) : toutes -lactamines sauf ceftobiprole
et ceftaroline

MOX PG
MOX PG

CIP FOX CIP FOX

Pnicillinase Pnicillinase + PLP2a 35

 S. aureus et -lactamines

SASM SASM SARM

(Pase) (PLP-2a -mecA)

Pni*,AMX S R R

FOX*,AMC,OXA S S R
Autres -lactamines**

* Ab marqueurs
** Sauf ceftaroline, ceftobiprole

36
 SARM typique

K GM MOX PG

CIP FOX

E L

VA TEC

37
SARM communautaire

MOX PG
PCR
mecA
positive
CIP
FOX

VA TEC
38
 S.epidermidis

K GM MOX PG

FA RA CIP FOX

RA E L PT

SXT DO VA TEC

39
 Aminosides et lecture interprtative
chez les cocci Gram +

Phnotype Mcanisme Phnotype

observ inferr prdit

KaRTmSGmSANS APH(3)-III KaRTmSGmSANI/R

KaRTmRGmSANS ANT(4) KaRTmRGmSANI/R

GmR AAC(6)-APH(2) R tous aminosides

sauf streptomycine

40
 S. pneumoniae et -lactamines

Rsistance lie des PLP mosaques

Dpistage / disque oxacilline 5 g
OXA 26 mm : rendu S aux -lactamines
OXA < 26 mm et infection svre
Confirmation / CMI pni G
S 0,06 mg/L, R > 1 mg/L
Infection svre
Faire CMI AMOX et/ou C3G (CTX, CRO)

41
 Macrolides et streptocoques

Phnotype Mcanisme Phnotype

observ inferr prdit

EryRLinS Efflux R aux macrolides

Sans antagonisme 14/15 carbones

EryRLinR rRNA mthylase R aux macrolides

14/15/16 carbones

42
S. pneumoniae OXA R NOR S

ERY LIN

OXA

NOR

43
S. pneumoniae OXA R
E-test

PG : 1 mg/L

AM : 0,38 mg/L
CTX : 0,5 mg/L

CRO : 0,25 mg/L

44
Glycopeptides et entrocoques

45
 Glycopeptides et entrocoques

S Van A Van B Van C*

Vancomycine S R R R

Teicoplanine S R S S

* Rsistance naturelle: E. gallinarum et E. flavescens

46
 E. faecalis sauvage

AM L
Enterococcus
FUR CRO GM
500

TEC VA

E. faecium sauvage E. faecium vanA et GM R

AM L AM L

GM FUR CRO GM
FUR CRO 500 500

TEC VA TEC VA

47
 Haemophilus influenzae

Stratgies pour les -lactamines

test chromognique (-lactamases) +
Rsistance toutes pnicillines
Sensible pnicilline + inhibiteur
dpistage rsistances non enzymatiques (PLP 3 mute)
disque ampicilline 2 g diamtre < 20 mm
et/ou cfalotine 30 g diamtre < 17 mm

48
 Haemophilus influenzae

Sauvage Pase PLP3

Amoxicilline S R R

Amox + Ac Clav S S R

Cfalotine* S S R

Cfotaxime S S S

* Ab marqueurs pour PLP

49
H. influenzae mutation PLP3

AP AMC

CEF

AM

50
 Entrobactries

Mthode de diffusion en glose

glose MH
Dpistage des BLSE
si pnicillinase
Dpistage des carbapnmases
ertapnme

51
 -lactamines et entrobactries

Phnotype Mcanisme Phnotype

observ inferr prdit

AMRTicR TEM-1/2 PipI/R MecR

ou SHV-1

AMRTicR BLSE R toutes -lactamines

Synergie AC+CTX sauf cphamycine, carbpnmes
ou CRO ou CAZ ou ATM moxalactam

52
 Dpistage des BLSE
Synergie C3G acide clavulanique

Images de synergie
C3G et acide
clavulanique

53
E. coli produisant CTX-M

ERT FOX KF PTZ

IPM CTX TCC PIP

ATM AMC CAZ TIC

CRO FEP CFM AMX

54
PCR positive CTX-M

55
K. pneumoniae OXA 48 (carbapnmase)

ERT FOX KF PTZ

IPM CTX TCC PIP

ATM AMC CAZ TIC

CRO FEP CFM AMX

56
 P. aeruginosa
-lactamases spectre tendu et carbapnmases

Enzymes TIC PIP CAZ ATM IPM AC/EDTA

BLSE
PER-1 R I R R S +/-
VEB-1,3 R I R R S +/-
TEM 4, 42 R R R R S +/-
SHV 2a R I R S S +/-
OXA R I R I S -* / -
11,14, 15,16,18,19,28

Carbapnmases
IMP 1, 7 R I R S I/R -/+
VIM 1, 2, 3 R R R S I/R -/+
* Sauf OXA 18 : + / - 57
Pseudomonas aeruginosa BLSE

TIC IPM CFS FOS

PIP FEP TM AN

TCC ATM GM CS

PTZ CAZ CIP SXT

58
P. aeruginosa avec BLSE PER-1

TIC

ATM PIP

TCC
FEP TZP

SYNERGIE
CAZ

59
 P. aeruginosa
Synergie avec lacide clavulanique mieux
vue sur MH + Cloxacilline

FEP

ATM TCC

CAZ

60
 Pseudomonas aeruginosa
avec carbapnamase VIM-2

TIC IPM CFS FOS

PIP FEP TM AN
Aztronam
moins touch

TCC ATM TM CS

TZP CAZ CIP SXT

61
Carbapnmases mtallo-enzymes
Inhibition par lEDTA

IPM = 12 mg/L IPM + EDTA = 2 mg/L

Mais
Attention la spcificit
Faux positifs avec OprD2
62
Confirmer par PCR ++
 Conclusion

Rle du biologiste
Identifier les rsistances acquises
Antibiotiques vise thrapeutique
Lecture interprtative de lantibiogramme
Aide pour le clinicien
Dpister les mcanismes sous surveillance
Isolement des patients
Dialogue biologiste-clinicien ++

63