UNIVERSIDADEFEDERALDOABC

TPICOSCOMPUTACIONAISEMMATERIAISLABORATRIO
DINMICAMOLECULARI

INTRODUO:

Aestruturacristalina(tipodereticuladoeparmetroderede)deummaterialdeterminadapelacondio
demenorenergiapotencial.Muitasvezesemsimulaesnsnosabemosdeantemonemoparmetro
deredenoequilbrionemaconfiguraodemenorenergia.Nestecasosnecessriorealizarumconjunto
de clculos chamados de "relaxao estrutural". Nestes clculos construmos um reticulado cristalino e
calculamosaenergiadestaestruturaparadiferentesparmetrosderede.Analisandocomoaenergiavaria
emfunodoparmetroderedeemdiferentesestruturaspodemosdeterminaraconfiguraodeequilbrio.
Nesteproblema,nsiremosdeterminaroparmetroderededeumslidodeLennardJonescomestrutura
CFC calculando a energia potencial do slido para diversos parmetros de rede. Neste problema
utilizaremos"clculosestticos",isto,ostomosnoirosemoveraolongodasimulao.

Passo0:compilaodoscdigos

Paraobterocompiladordalinguagemfortrandigitenoterminal:

sudoaptgetinstallgfortran

edigiteasenhaufabcquandosolicitado.

Oscdigosfontedosprogramasutilizadosnestaaulaestoagrupadosnoarquivo lab01.tar.gz e
foramdesenvolvidosporFurioErcolessieobtidoslivrementenoendereo:

http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/f90/

Faaodownloaddoarquivo lab01.tar.gz eemseguidaabraumajaneladeterminal.Noterminal

digiteosseguintescomandos:

cdDownloads

Paraabrirosarquivosdigiteosseguintescomandosnoterminal:

tarxzvflab01.tar.gz

O programa crystal.f90 cria um arquivo de configurao com as posies dos tomos em um

reticuladoCFCeoprogramamd1.f90oprogramadeMDqueutilizaremosnestaaula.Paracompilar
estescdigosdigitenoterminal:

gfortranocrystalcrystal.f90
gfortranomd1md1.f90

Passo1:configuraoatmica

Asposiesdostomosserocriadascomoauxliodoprograma"crystal"eservemcomoentradado
programa"md1".Paraexecutaroprograma"crystal"vocdevedigitarnoterminaloseguintecomando:

./crystal

O"crystal"umprogramainterativoquefaralgumasperguntasparagerarasposiesatmicas.Como
exemploiremoscriar umarquivo que contmas coordenadas dos tomosemum reticulado CFCcom
parmetroderedeiguala1.3(unidadesreduzidas).Paraistoutilizeasseguintesopes:

LennardJonescomraiodecutoffiguala2.5(emunidadesreduzidas):opo1
Parmetroderedeaserutilizado:1.3
 Nmerodeclulasunitriasaolongodadireox:4
Nmerodeclulasunitriasaolongodadireoy:4
Nmerodeclulasunitriasaolongodadireoz:4
Mximododeslocamentodasposiesdostomos:0
Nomedoarquivoqueconterasposiesdostomos:a13.crys

Umavezfornecidososparmetrosacimaaoprogramateremosumarquivoemformatotexto(a13.crys)
contendoascoordenadasdeposio(x,y,z)de256tomos.

Passo2:clculodaenergia

Oprograma"md1"necessitadealgumasinformaesparaefetuarosclculos.Esteprogramaporm,no
funcionadeformainterativaetodasasinformaesnecessriassimulaodevemestargravadasemum
arquivodeentrada,preparadopelousurio,queapresentaoseguinteformato:

Linha1:comentrio
Linha2:nomedoarquivoquecontmascoordenadasdostomos
Linha3:nomedoarquivodesada
Linha4:nmerodepassosdeintegrao
Linha5:comprimentodopassodeintegrao
Linha6:densidadedosistema(ovolumedacaixaalteradonoinciodoclculoparasatisfazera
densidadedesejada.OvalorZEROdeixaacaixainalterada;essaaescolhamaiscomum.
Linha 7: tipo de simulao. Um nmero negativo (por exemplo 1) indica um simulao com
energia constante (evoluo livre). Essa uma escolha comum, sendo usada para obter
informaesdinmicasdosistema.UmvalornulooupositivoindicaatemperaturaT(emunidades
reduzidas)aserutilizadanoclculocomtemperaturaconstante.Essaamaneirautilizadapelo
cdigoparaalteraratemperaturadosistema.

Oarquivo"a13.in"(jfornecido)umexemplodearquivodeentradadoprograma"md1":

Problema01,a=1.3
a13.crys
a13.md1
1
0.0032
0
1

De acordo com o exemplo acima, a simulao utilizar as posies dos tomos contidas no arquivo
"a13.crys"geradaspreviamente(linha2)eescreverosresultadosnoarquivo"a13.md1"(linha3).Os
clculosserorealizadosaolongode1passodeintegrao(linha4)comcomprimentode0.0032(linha5)
comamesmadensidade(linha6)ecomenergiaconstante(linha7).

Paraarealizaodasimulaodigitenoterminaloseguintecomando:

./md1<a13.in

Vocdeververnatelaumresultadosemelhantequelemostradoabaixo:

#
#MD1:aminimalmoleculardynamicsprogram
#
#Problema01,a=1.3
#Inputsample:a13.crys
#(onlypositionsreadfromfile)
#Outputsample:a13.md1
#Numberofsteps:1,timestep:0.0032,totaltime:0.0032
#Numberofatoms:256
#Boxsize:5.2000005.2000005.200000,Volume:140.608
#Density:1.820665(unchanged)
#Freeevolutionrun.
#
#StepTemperatureKineticPotentialTotalEnergyPressure
#
10.0000000.00000020.68997220.689972314.059390
#
#Means0.0000000.00000020.68997220.689972314.059390

O programa "md1" fornece, a cada passo de tempo, os valores instantneos de temperatura, energia
cintica, energia potencial, energia total e presso e, ao final da simulao, os valores mdios destas
grandezas.

Obs:Parasalvarosresultadosmostradosnatelaemumarquivo,rodeoprogramamd1comoseguinte
comando:

./md1<a13.in>a13.log

Osresultadosserogravadosnoarquivo"a13.log"

PROBLEMA01

Utilizeoprograma"crystal"parageraramostrascomdiferentesparmetrosderede(variandoentre1.3
a1.9).Paraesseproblemautilize4unidadesdeclulasunitriasparacadadireo(x,yez)eescolhao
deslocamentomximocomozero.Paracadaparmetroderede,executeoprogramamd1comapenas1
passodeintegrao(nossoobjetivoobteraenergiapotencialparacadaparmetroderede).Utilizeos
exemploseinformaes fornecidasnospassos1e 2 descritosacimapara aexecuo dosprogramas
"crystal"e"md1".

Calculeaenergiapotencial(E)doslidodeLennardJonesvariandooparmetroderede(a)entre1.3e
1.9etraceogrficodeenergiaversusparmetroderede.Qualovalordoparmetroderededeequilbrio
paraesteslido?Qualovalordaenergiadecoeso?Compareaenergiadecoesotericadesteslido
comoresultadoquevocobteveediscutaestesresultados.Determineumaexpressoparaaenergiade
umslidodeLennardJonescomestruturaCFCemfunodoparmetroderede.Compareacurvade
energiatericacomosresultadosobtidosnasimulaoediscutaosresultados.

PROBLEMA02:

Oobjetivodesteexerccioverificaroefeitodonmerodetomosnosresultadosdoclculo(anlisede
convergncia).Utilizeoprograma"crystal"parageraramostrascomparmetroderededeterminadono
problemaanteriormasutilizandoagoradiferentestamanhosparaaclulaCFC(1x1x1,2x2x2,...,7x7x7).
Mantenhaodeslocamentomximodetodasasamostrasigualazero.Paraoarquivodeinpututilizeo
modeloabaixo:

Problema02
cells.crys
cells.md1
1000
0.0032
0
1
Adiferenaentreoexemploacimaeoarquivodeinputdoproblemaanterior onmerodepassosde
integrao.

Traceogrficodatemperatura,energiacintica,potencialepressoemfunodonmerototaldetomos
(ouvolumedaclula).Baseadonestesresultadosqualotamanhodosistemaquevocselecionariaparaa
simulao?

PROBLEMA03:

Oobjetivodesteexerccioverificaroefeitodopassodeintegrao.Utilizeoprograma"cristal"paragerar
umaamostracomoparmetroderedeobtidonoproblema01,comtamanhodeterminadonoproblema02e
deslocamentoinicialde0.01.Altereoarquivodeinputdoprograma "md1" (linha5)erealizediferentes
simulaescomosseguintespassosdeintegrao:

0.002;0.005;0.01;0.05

Para que possamos comparar os resultados necessrio que as simulaes sejam realizadas com o
mesmoTEMPOTOTAL.Otempototalobtidomultiplicandoseonmerototaldepassoscomopassode
integrao(NSTEPS*TIME_STEP).Escolhaonmerototaldepassos(linha4doarquivodeentrada)de
formaaobteromesmoTEMPOTOTAL(digamos200unidadesdetempo)paratodososclculos.

Traceogrficodosvaloresinstantneosdatemperatura,energiascintica,potencialetotaleapressoem
funodotempo(step*TIME_STEP).Dequemodoaescolhadopassodeintegraoafetaadinmica
dessessistemas?