JURNAL AGROTEKNOS Nopember 2013

Vol. 3 No. 3. Hal 163-170

ISSN: 2087-7706

HUBUNGAN KEKERABATAN AKSESI PISANG KEPOK

(Musa paradisiaca Formatypica) DI KABUPATEN MUNA
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN PENANDA RAPD

Genetic Relationship of Kepok Banana

(Musa paradisiaca Formatypica) Accessions in Muna Regency Based
on Morphological Characters and RAPD Markers
TEGUH WIJAYANTO *), DIRVAMENA BOER, LA ENTE
Jurusan Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Haluoleo, Kendari

ABSTRACT
Twenty-four accessions that belong to four groups of kepok banana in Muna Regency
have been analyzed for their genetic diversity based on morphological characters
(qualitative and quantitative characters), and a few accessions based on RAPD markers. This
study aimed to determine the genetic diversity and phylogenetic relationship of accessions
of kepok bananas based on 52 qualitative and 12 quantitative morphological characteristics
and DNA characteristics. Results of clustering analysis showed the euclidian values ranged
between 0.50 to 1.00 for the qualitative data, 0.01 to 0.50 for quantitative data, and 0.83 to
0.88 for DNA profile data. Combined qualitative and quantitative data had similarity
coefficient ranged from 0.00 to 2.50. Dendogram of each character produced 2 main groups.
The main group 1 formed subgroups. Although the qualitative and quantitative characters
resulted in different accession groupings, the combined data analysis of quantitative and
qualitative data showed that kepok banana in Muna regency was classified into 4 sub
groups namely banana Manuru, Bugisi, Jiwaka and Manuru Lakabu.
Keywords: cluster analysis, kepok banana, qualitative and quantitative characters,
morphology, RAPD markers.

1PENDAHULUAN menjadi tidak optimal, sehingga tampilan

Indonesia merupakan salah satu pusat
keragaman genetik tanaman dunia, termasuk
tanaman pisang. Untuk mengetahui lebih jauh
besarnya keragaman genetik tersebut maka
perlu dilakukan identifikasi dan analisis
keragaman genetik. Kegiatan identifikasi
keragaman genetik juga penting untuk
keperluan perbaikan sifat genetik tanaman
dalam upaya menghasilkan varietas atau klon-
klon baru masa depan yang lebih baik untuk
dibudidayakan (Prihatman, 2000).
Kegiatan eksplorasi, inventarisasi dan
pelestarian plasma nutfah pisang di Indonesia
masih terbatas. Hal ini disebabkan karena
koleksi tanaman pisang saat ini berada di
tempat yang terpencar-pencar. Keadaan ini
menyebabkan pengelolaan tanaman koleksi
*) Alamat Korespondensi:
E-mail:: wijayanto_teguh@yahoo.com
tanaman juga tidak optimal dan seringkali
mengacaukan data karakteristik varietas atau
klon (Sukartini, 2006).
Keragaman pisang kepok secara umum dan
secara khusus di Kabupaten Muna belum
teridentifikasi dengan baik, baik secara
morfologi maupun genetik. Identifikasi
genetik suatu populasi plasma nutfah adalah
suatu kegiatan untuk memeriksa keragaman
aksesi berdasarkan sejumlah karakter penciri
(Darmono, 1996; IPGRI, 1996; Lengkong,
2008). Identifikasi morfologi yang dilakukan
dapat digunakan untuk melakukan analisis
kekerabatan antara aksesi. Berkaitan dengan
hal tersebut, banyak sedikitnya jumlah
karakter morfologi yang mempunyai
heritabilitas atau repeatabilitas tinggi akan
menentukan keakuratan pengelompokan
aksesi-aksesi (Sukartini, 2006).
164 WIJAYANTO ET AL.
Keragaman populasi tanaman pisang
sangat diperlukan dalam penyusunan strategi
pemuliaan guna mencapai perbaikan varietas
pisang secara efesien di masa yang akan
datang. Dengan dasar inilah maka dilakukan
penelitian analisis keragaman genetik
berbagai aksesi pisang kepok di Kabupaten
Muna. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengetahui keragaman genetik dan hubungan
kekerabatan antar aksesi pisang kepok yang
ada di Kabupaten Muna, berdasarkan karakter
morfologi dan penanda RAPD.
BAHAN DAN METODE
Bahan dan Alat. Bahan yang digunakan
pada pengamatan karakter morfologi adalah
anakan pisang kepok yang dikoleksi dari 10
Kecamatan di Kabupaten Muna. Alat yang
digunakan berupa cangkul. Sabit, ember,
timbangan, meteran, mistar, kamera digital
dan alat tulis menulis. Bahan yang digunakan
pada pengamatan penanda RAPD adalah
Buffer CTAB, pasir kuarsa, larutan PCI, dH 2O,
etanol 70 %, aquades, RNAse, primer, master
mix, TAE, Enzim taq polymerase, agaros,
ethidium bromida, loadyng dye dan buffer TE.
Alat yang digunakan berupa : mikropipet, tip,
sentrifugator, spin, vorteks, sel elektroforesis,
mesin PCR, waterbath, tabung eppendorff,
inkubator, timbangan analitik, photoforesis,
cetakan agaros, hotplate, spektrofotometer,
alu dan mortal, spatula, kuvet dan
kulkas/refrigerator. Pengamatan profil DNA
dilakukan di Laboratorium Genetika Fakultas
MIPA Universitas Halu Oleo Kendari.
Analisis Karakter Morfologi. Eksplorasi
aksesi pisang kepok dilakukan pada 10
kecamatan di Kabupaten Muna, diambil
anakannya selanjutnya ditanam pada lokasi
penelitian. Sebanyak 24 aksesi anakan pisang
kepok diperoleh, dan dilakukan karakterisasi
morfologi berdasarkan panduan deskripsi
pisang INIBAB (2001), berupa 52 karakter
kualitatif dan 12 karakter kuantitatif.
Analisis Penanda RAPD. Isolasi DNA
dilakukan dengan memodifikasi metode yang
digunakan oleh Rabiah (2005). Bahan isolasi
adalah 0,1 - 0,2 g daun muda pisang kepok,
digerus dengan menggunakan pasir kuarsa
sampai membentuk serbuk halus, lalu
dimasukan ke dalam tabung eppendorff dan
ditambahkan sekitar 600 l buffer ekastraksi.
Kemudian diinkubasi dalam waterbath pada
J. AGROTEKNOS
suhu 650C selama 30 menit.Campuran ini
disentrifugasi pada 10.000 rpm selama 10
menit. Suprenatant dipindahkan kedalam
tabung steril baru dan ditambahkan 1 x
volume PCI (Phenol-Chalorofom-Isoamil
Alcohol). Pemisahan fraksi di dalam campuran
dilakukan dengan mengambil fase cair dan
memindahkannya ke dalam tabung eppendorff
baru dan disetrifugasi pada 10.000 rpm
selama 10 menit dengan suhu 40C.
Supernatant hasil pemurnian dipindahkan ke
dalam tabung baru ditambahkan 1 x volume
etanol absolut, diinkubasi dalam suhu 40C
selama 2 jam, selanjutnya disetrifugasi
kembali pada 10.000 rpm selama 10 menit
dengan suhu 4 menit. Gumpalan DNA yang
terbentuk (pelet) dicuci dengan 0,5 l etanol
70%, kemudian dikering anginkan dan
diinkubasi selama 12 jam pada suhu 370C.
Uji kualitas dan kuantitas DNA dilakukan
melalui elektroforesis dan spektrofotometer.
Uji kuantitats DNA melalui elektroforesis pada
prinsipnya dilakukan dengan memigrasikan
DNA hasil isolasi dalam gel agaros dan
dirunning dalam bak elektroforesis pada
tegangan 100 volt selama 30 menit. Pita hasil
isolasi dapat dilihat dengan manggunakan alat
photoforesis. Uji kuantitas melalui
spektrofotometer pada prinsipnya adalah
melihat densitas DNA secara optik (Optical
Density) pada gelombang 260 nm dan
disetarakan dengan 50 g/mL setiap 1 nilai
OD pada absorbansi UV gelombang tersebut.
Kualitas DNA diketahui dengan
membandingkan hasil OD pada absorbansi
260 nm terhadap 280 nm.
Seleksi primer dilakukan untuk
mendapatkan primer yang dapat
menghasilkan produk amplifikasi dan
mempunyai tingkat keragaman genetik yang
tinggi. Beberapa primer yang akan diseleksi,
yaitu: OPA-12, OPA-18, OPD-10, OPB-10 dan
OPH-07. Seleksi primer menggunakan 5
sampel DNA pisang kepok yang memiliki
perbedaan struktur secara morfologi, yaitu,
K20-H2, K06-C1, K11-D4, K05-B2 dan K10-D3.
Proses amplifikasi DNA dilakukan dengan
menggunakan mesin PCR. Metode dan
prosedur PCR ini mengacu pada prosedur
hasil modifikasi Rabiah (2005). Bahan
campuran untuk satu tabung reaksi PCR
terdiri atas dNTPs (gabungan dari dATP,
dCTP, dGTPdan dTTP), satu macam primer
RAPD, buffer PCR, DNA template hasil isolasi,
Vol. 3 No.3, 2013 Hubungan Kekerabatan Aksesi Pisang Kepok 165
enzim Taq DNA polymerase dan air bebas ion.
Eletroforesis dan visualisasi hasil amplifikasi
PCR menggunakan alat photophoresis, untuk
melihat karakteristik pita DNA yang
teramplifikasi.
Data hasil pengamatan morfologi berupa
data kualitatif disajikan dalam bentuk data
biner dan dianalisis hubungan
kekerabatannya dengan menggunakan jarak
genetik Match Maching, selanjutnya data
kuantitatif distandarisasi terlebih dahulu
selanjunya dianalisis hubungan
kekerabatannya dengan menggunakan jarak
genetik euclidian. Selanjutnya data tersebut
dianalisis gerombol dengan menggunakan
program NTSYS (Numerical Taxonomy and
Multivariate).
Data hasil RAPD juga disajikan dalam
bentuk data biner berdasarkan ada tidaknya
pita DNA. Analisis kemiripan antar aksesi
dilakukan dengan menggunakan prosedur
SIMQUAL (Similarity for Qualitative).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis Hubungan Kekerabatan Pisang
Kepok Berdasarkan Data Kualitatif. Hasil
pengamatan terhadap 52 karakter kualitatif
menunjukkan adanya penampilan yang
beragam pada beberapa aksesi, namun ada
beberapa aksesi yang memiliki penampilan
sama. Secara visual, keragaman karakter
kualitatif yang diamati pada daun adalah
Gambar 1. Dendogram hubungan kekerabatan 24 aksesi pisang kepok berdasarkan data 52 karakter
kualitatif
bentuk pangkal daun, bentuk membuka
pangkal daun, lilin bawah daun, simetris
pangkal daun, warna belakang daun
menggulung, warna permukaan atas daun,
warna permukaan bawah daun, warna tepi
daun, warna tulang daun atas dan warna
tulang daun bawah. Variasi yang terdapat
pada tangkai daun (petiola) adalah: bentuk
tepian petiola, lilin petiola, warna petiola dan
warna tepian petiola. Variasi pada batang
muda yang diamati adalah keadaan bercak
batang, warna pigmentasi batang bagian
dalam, warna pigmentasi batang bagian luar,
warna bercak batang, warna dasar batang
bagian dalam, warna dasar batang bagian luar
dan lilin pada batang. Variasi pada anakan
adalah: warna daun anakan, warna tepian
daun anakan, warna tulang daun atas, warna
tulang daun bawah, keadaan lilin permukaan
bawah daun, warna petiola daun anakan,
warna tepian petiola anakan, warna tepi
petiola,warna tunas anakan dan bercak batang
anakan. Variasi yang nampak pada karakter
buah adalah keadaan permukaan kulit buah,
warna daging buah masak dan bentuk ujung
buah.
Hasil analisis gerombol terhadap seluruh
data kualitatif pisang kepok menghasilkan
dendogram dengan koefisien kemiripan
sebesar 0,501,00 seperti tampak pada
Gambar 1.
166 WIJAYANTO ET AL. J. AGROTEKNOS

Berdasarkan dendogram pada Gambar 1 semakin besar nilai koefisien kemiripan

terlihat bahwa terdapat hubungan (mendekai satu), maka hubungan
kekerabatan yang signifikan dengan nilai kekerabatannya semakin dekat. Hasil
koefisien kemiripan antara 0,511,00. pengelompokan aksesi berdasarkan
Semakin kecil nilai koefisien kemiripan dendogram data kualitatif disajikan pada
(mendekati nol), maka hubungan Tabel 1.
kekerabatannya semakin jauh dan sebaliknya
Tabel 1. Kelompok aksesi pisang kepok berdasarkan dendogram data kualitatif
Kelompok utama Sub
Aksesi Nama Lokal
Kelompok
K01-A1, K04-B1, K06-C1, K08-D1,
a1 K12-E1, K14-F1, K16-G1, K19-H1, Manuru
K21-I1, dan K23-J1
1 a2 K03-A3, K10-D3 dan K18-G3 Jiwaka
K02-A2, K05-B2, K07-C2, K09-D2,
B K13-E2, K15-F2, K17-G2, K20-H2, Bugisi
K22-I2, dan K24-J2
2 C K11-D4 Manuru Lakabu

Analisis Hubungan Kekerabatan Pisang kepok umur 10 bulan diperoleh nilai

Kepok Berdasarkan Data Kuantitatif. maksimal dan minimal serta rata-rata setiap
Berdasarkan data karakter kuantitatif pisang karakter seperti pada Tabel 2.
Tabel 2. Nilai minimal, maksimal dan rata-rata karakter kuntitatif pisang kepok
Nilai
Karakter yang diamati Minimal Maksimal
Rata-rata
Ukuran Aksesi Ukuran Akasesi
Lebar daun 55,23 cm K11-D4 85,93 cm K08-D1 70,74
Panjang daun 160,00 cm K18-G3 280,33 cm K04-B1 218,56
Rasio panjang dan lebar daun 2,40 K01-A1 3,63 K04-B1 3,08
Jumlah daun 6,33 lbr K14-F1 9,67 lbr K11-D4 7,97
Dalam kanal petiola 1,73 cm K11-D4 2,60 cm K08-D1 2,14
Keliling petiola 11,77 cm K11-D4 17,37 cm K06-C1 13,86
Lebar kanal petiola 1,10 cm K04-B1 2,20 cm K18-G3 1,73
Lebar tepian petiola 0,30 cm K11-D4 1,55 cm K17-G2 0,79
Panjang petiola 32,70 cm K01-A1 46,50 cm K21-I1 40,90
Keliling batang 44,63 cm K11-D4 85,57 cm K14-E1 60,87
Tinggi batang semu 215,33 cm K07-C2 291,67 cm K19-H1 256,00
Jumlah anakan 0 anakan K01A1, 1,76 anakan K06-C1 0,80
K04-B1,
K12-E1,
K16-G1

Berdasarkan analisis gerombol dihasilkan (euclidian) berkisar antara 0,01 - 0,50

dendogram dengan koefisien kemiripan seperti tampak pada Gambar 2.
Vol. 3 No.3, 2013 Hubungan Kekerabatan Aksesi Pisang Kepok 167

Gambar 2. Dendogram hubungan kekerabatan 24 aksesi pisang kepok berdasarkan data 12 karakter
kuanlitatif
Pola hubungan kekerabatan dari 12 lingkungan yang dapat mempengaruhi
karakter kuantitatif yang diamati pada 24 perbedaan karakter morfologi tanaman pisang
aksesi menunjukan keragaman dengan antara lain kondisi fisiologis individu tanaman,
pengelompokan tertentu. Pengelompokan terutama kemampuan menyerap unsur hara
aksesi secara kuantitatif dari 24 aksesi pisang tanaman dan serangan hama dan penyakit
kepok di Kabupaten Muna tidak terlalu tegas (Robiah, 2005).
seperti pada pengelompokan aksesi secara Pengelompokan aksesi pisang kepok
kualitatif. Hal ini disebabkan karena karakter berdasarkan dendogram data kuantitatif
kuantitatif sangat rentang dengan pengaruh disajikan pada Tabel 3.
faktor lingkungan. Beberapa faktor
Tabel 3. Kelompok aksesi pisang kapok berdasarkan dendogram data kuantitatif

Kelompok Sub Aksesi

utama Kelompok
A K01-A1, K19-H1, K20-H2, K24-J2, K21-I1, K09-D2, K14-
F1, K02-A2, K08-D1, K05-B2, K12-E1, K13-E2, K22-I2,
1
K15-F2, K23-J1 dan K10-D3.
B K03-A3, K18-G3, K16-G1 dan K11-D4
2 C K04-B1, K06-C1, K07-C2 dan K17-G2.

Analisis Hubungan Kekerabatan Pisang Pengelompokan aksesi pisang kepok

Kepok Berdasarkan Data Gabungan
Karakter Kualitatif dan Kuantitatif.
Berdasarkan analisis gerombol terhadap
seluruh data gabungan karakter kualitatif dan
kuantitatif pisang kepok di Kabupaten Muna,
dihasilkan dendogram dengan koefisien
kemiripan (similariti) berkisar antara 0,00 -
2,50 seperti tampak pada Gambar 3.
berdasarkan hasil dendogram tersebut
menunjukkan hal yang sama seperti pada
gambar dendogram data kualitatif. Semakin
kecil jarak genetik antara dua aksesi yang
dibandingkan, maka hubungan
kekerabatannya semakin dekat dan semakin
besar jarak genetik antara dua aksesi yang
dibandingkan, maka hubungan kekera-
batannya semakin jauh.
168 WIJAYANTO ET AL. J. AGROTEKNOS

Gambar 3. Dendogram aksesi pisang kapok berdasarkan gabungan data kualitatif dan kuantitatif
Analisis Hubungan Kekerabatan Pisang PCR, yaitu aksesi K20-H2, K06-C1 dan K11-D4.
Kepok Berdasarkan Penanda RAPD Sebanyak Hasil amplifikasi DNA-PCR ditampilkan pada
5 aksesi pisang kepok yang diisolasi DNA nya, Gambar 4.
hanya 3 aksesi yang teramplifikasi dengan

Gambar 4. Profil pita DNA pisang kepok hasil PCR. Primer OPA-18 untuk sumur 1,2 dan 3, primer
OPH-07 untuk sumur 5, 6 dan 7, dan primer OPD-10 untuk sumur 9,10 dan 11. Sumur 4 dan
8 adalah DNA Phage Lamda PstI. Sumur 1, 5 dan 9 untuk aksesi K20-H2, sumur 2, 6 dan 10
untuk aksesi K06-C1 dan sumur 3, 7 dan 11 untuk aksesi K11-D4. M adalah ukuran
(Ladder) Phage Lambda DNA PstI.
Berdasarkan analisis clustering penanda dengan koefisien kemiripan 0,88, sehingga
RAPD nampak bahwa secara genetik dari 3 tergabung dalam satu kelompok, sedangkan
aksesi yang teramplifikasi dalam PCR memiliki aksesi K11-D4 sedikit berbeda dengan aksesi
keragaman dengan nilai koefisien kemiripan K20-H2 dan K06-C1 dengan nilai koefisien
antara 0,83 - 0,88. Aksesi K20-H2 dan K06-C1 kemiripan sebesar 0,83. Hal ini tampak
memiliki kekerabatan yang sangat dekat seperti pada Gambar 5.
Vol. 3 No.3, 2013 Hubungan Kekerabatan Aksesi Pisang Kepok 169

Gambar 5. Dendogram aksesi pisang kapok berdasarkan data RAPD

SIMPULAN DAN SARAN DAFTAR PUSTAKA

Berdasarkan data hasil penelitian dan
Darmono, T.W., 1996. Ulas balik analisis
pembahasan, maka dapat ditarik beberapa
keragaman tanaman dengan teknik
kesimpulan sebagai berikut:
molekuler (Analysis of plant genetic
1. Aksesi pisang kepok di Kabupaten Muna
variation with molecular technique).
berdasarkan karakteristik kualitatif
Hayati, 3(1): 7-11.
memiliki hubungan kekerabatan dengan
INIBAP, 2001. Banana diversity.
koefisien kemiripan antara 0,51 s.d 1,00,
International network for the
dan terkelompok dalam 4 (empat) grup,
improvement of Banana and plantain.
yaitu pisang Manuru, pisang Bugisi, pisang
IPGRI, 1996. Discriptors for banana (Musa
Jiwaka dan pisang Manuru Lakabu.
spp ). International plant genetic,
Berdasarkan karakter kuantitatif, aksesi
Resources Institute Rome Monllier, 55 pp.
pisang kepok tersebut tidak terkelompok
Lengkong, E., 2008. Keragaman genetic
secara tegas seperti pada karakteristik
plasma nutfah pisang (Musa sp) di
kualitatif. Secara kuantitatif mereka
Kabupaten Minahasa Selatan dan Minahasa
memiliki hubungan kekerabatan dengan
Tenggara. Jurnal Formas, hal. 302-310.
koefisien kemiripan antara 0,01 sampai
Prihatman, K., 2000. Pisang (Musa spp).
0,50.
http://www. Ristek.go.id
2. Aksesi pisang kepok di Kabupaten Muna
Robiah R.H., 2005. Analisis keanekaragaman
berdasarkan karakteristik gabungan data
genetik pisang introduksi (Musa spp)
kualitatif dan kuantitatif memiliki
berdasarkan penanda fenotipik dengan
pengelompokan yang sama dengan
penanda RAPD. Pascasarjana Institut
pengelompokan secara kualitatif, dan
Pertanian Bogor. Bogor.
memiliki hubungan kekerabatan dengan
Sukartini, 2006. Pengelompokan aksesi
koefisien kemiripan antara 0,00 sampai
pisang menggunakan karakter morfologi.
2,50.
Balai Penelitian Tanaman Buah Tropik.
3. Dari 3 (tiga) aksesi pisang kepok yang
J.Hort, 17(11): 26 -33.
berhasil diamplifikasi secara PCR-RAPD
(aksesi K20-H2, K06-C1 dan K11-D4),
maka diketahui bahwa mereka memiliki
hubungan kekerabatan dengan koefisien
kemiripan antara 0,83 sampai 0,88.