Clase 2:

Termodinmica
Catlisis Enzimtica
Prof: Anglica Reyes J PhD.
Viernes 30 de marzo de 2012
 Organizacin de la clase
Concepto de Energa Metabolismo.
Leyes de la Termodinmica
El ATP y procesos energticos celulares.
Reacciones acopladas
Catlisis enzimtica
Importancia de las enzimas
 VIDA
La vida puede ser visto como un flujo
constante de energa de los organismos para
realizar el trabajo de: vivir, crecer,
reproducirce, respuesta a estmulos y
regulacin interna.
 Metabolismo
El conjunto de reacciones bioqumicas y procesos fsico-qumicos llevados a
cabo por los sistemas vivos por el cual adquieren y utilizan la energa para
llevar a cabo sus funciones: reproducirse, desarrollarse, mantener sus
estructuras y crecer,
 Metabolismo

Metabolismo: todas las reacciones qumicas llevadas a

cabo en el organismo

Anabolismo: reaccin qumica que requiere de energa

Catabolismo: reaccin qumica que libera energa

 Metabolismo

Metabolismo: todas las reacciones qumicas llevadas a

cabo en el organismo

La Energa:
Anabolismo: reaccin qumica
Qu es?que requiere de energa
Cmo los organismos la capturan, la almacenan y la
usan?

Catabolismo: reaccin qumica que libera energa

 Concepto de Energa
Energa: La capacidad de hacer un trabajo
-energa cintica: la energa del movimiento
-energa potencial: la energa almacenada

Energa puede tomar diferentes formas:

mecnica corriente elctrica

calor luz

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 Cmo se obtiene la Energa?
La energa fluye en el mundo biolgico
desde el sol, el cual ilumina
constantemente la tierra.
Plantas, algas y algunas
bacterias capturan una fraccin de
esta energa a travs de la fotosntesis
La fotosntesis, es la energa solar
usada para combinar pequeas
molculas (H2O, CO2) y producir
molculas ms complejas (azcares)
La energa es almacenada como
energa potencial en los enlaces
covalentes entre los tomos en
las molculas de azcar
 Flujo de Energa
La energa Potencial almacenada en los enlaces
qumicos puede ser transferida desde una molcula a
otra mediante flujo de electrones.

Oxidacin: prdida de electrones

Reduccin: ganancia de electrones
Reacciones redox: ambas son acopladas.
 Reaccin Redox
Prdida de electrones (oxidacin)

Ganancia de electrones (reduccin)

 Reacciones redox y Sistemas biolgicos

Las reacciones de xido reduccin desempean un papel clave en

el flujo de la energa a travs de los sistemas biolgicos, porque
los electrones pasan de un tomo a otro llevando energa con ellos
 Las transformaciones de energa estn sujetas
a las leyes de la Termodinmica
 Leyes de la Termodinmica
Primera Ley de la Termodinmica La energa del
universo no puede ser creada ni destruda (se
mantiene constante)
-La energa slo puede ser convertida desde una
forma a otra.

Por ejemplo:
Energa solar Energa qumica
fotosntesis

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 Leyes de la Termodinmica
Segunda Ley de la Termodinmica: el desorden
es mas probable que el orden (el universo
tiende al desorden o caos)
Entropa: desorden en el universo

La 2nd Ley de la Termodinmica establece que la

entropa est siempre aumentando.

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15
 Leyes de la Termodinmica

Energa Libre: es la energa disponible para hacer un trabajo

-Se denota por el smbolo G (Energa libre de Gibbs)

Entalpa: energa contenida en los enlaces qumicos de una

molcula

Energa Libre = entalpa (temp. x entropa)

G = H - TS
 La energa Libre
Indica la mxima cantidad de energa de un sistema que est
disponible para hacer el trabajo.
Indica si una reaccin se producir espontneamente o no.
Una reaccin espontnea es aquella que se producir sin energa
adicional.
En un proceso espontneo, hay una disminucin global de la energa libre.
Una temperatura ms elevada aumenta el cambio. Una mayor energa
cintica de las molculas tiende a perturbar el orden como las
posibilidades de incremento de colisiones al azar.
Los sistemas de alta energa, incluyendo sistemas de alta energa
qumica, son inestables y tienden a cambiar a un estado
ms estable con una menor energa libre.
 Energa Libre y Metabolismo
Las reacciones qumicas pueden ser descritas por la
transferencia de la energa que ocurre:
Reaccin endergnica: una reaccin requiere un input
de energa
- G es positivo
Reaccin exergnica: una reaccin que libera energa.
- G es negativo

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Reaccin Endergnica
Los productos almacenan mas
energa libre que los reactante
La reaccin es
energticamente cuesta arriba
Reaccin no espontnea
(requiere aporte de energa)

Reaccin Exergnica
Los productos almacenan
menos energa libre que los
reactante
La reaccin es
energticamente cuesta abajo
Reaccin espontnea (no
requiere aporte de energa)
 ATP: Fuente de energa celular

El ATP es la fuente inmediata de energa que impulsa el mayor

trabajo celular, incluye:
Trabajo mecnico: como el latido de los cilios, la contraccin muscular,
el flujo citoplasmtico, y movimiento de los cromosomas durante la
mitosis y la meiosis.
Trabajo de transporte: tales como el bombeo de sustancias a travs de
membranas.
Trabajo qumico: tales como procesos endergnicos de polimerizacin.
 Energa almacenada en las clulas
ATP = adenosina trifosfato
-es la energa almacenada de las
clulas

Estructura del ATP :

-ribose, una azcar de 5-carbonos
-adenina
-tres fosfatos
 Energa almacenada en las clulas
ATP almacena energa en los enlaces entre los fosfatos .

Fosfatos son molculas altamente negativas, entonces:

-Los fosfatos se repelen cada uno de otro.
-Mucha energa es requerida para mantener los
fosfatos unidos uno al otro.
-Mucha energa es liberada cuando los enlaces entre
los fosfatos se rompen.
 Energa almacenada en las clulas
Cuando el enlace entre los fosfatos se rompe :

ATP ADP + Pi
energa es liberada

ADP = adenosina difosfato

Pi = fosfato inorganico
Esta reaccin es reversible.
 Cmo el ATP realiza el trabajo

La hidrlisis exergnica del ATP se acopla con los procesos endergnicos

mediante la transferencia de un grupo fosfato a otra molcula.
La transferencia deelfosfato
El ATP es poderest controlada
celular enzimticamente.
de trabajo mediante el
La molcula de la adquisicin
acoplamiento de del fosfato (fosforilado
reacciones exergnicasoyintermediario activo)
se convierte en ms reactivo. endergnicas
 La clula utiliza la energa qumica de las molculas.
Mediante el mecanismo de las reacciones acopladas,
la clula puede realizar procesos endergnicos con
excedente de energa.
El metabolismo intermediario aprovecha las reacciones
exergnicas para realizar procesos endergnicos.
Los procesos de oxido-reduccin tambin pueden
aportar energa utilizable metabolicamente.
Evolutivamente el ATP es la moneda de intercambio
energtico en todos los seres vivos
Alternativamente el GTP tambin puede aportar
energa a procesos endergnicos
 Reacciones acopladas
En la clula, la energa liberada o que se hace disponible en una
reaccin exergnica (que libera energa), es utilizada para mover
otras reacciones endergnicas ( que consumen energa), en otras
palabras la energa es utilizada para realizar trabajo.
Leyes de la Termodinmica: cmo se lleva
a cabo una reaccin
La mayora de las reacciones requiere de energa para comenzar.
Energa de activacin : energa extra necesaria para que la reaccin
comience
-desestabiliza los enlaces qumicos existentes
-es requerido incluso para reacciones exergnicas
Catalizador : substancias que disminuyen la energa de activacin de
una reaccin.
- Reduccin de entropa
- Desolvatacin
- Se compensa tensin o distorsin del sustrato
- Consigue alineamiento entre grupos funcionales catalticos de la
enzima (E) y el sustrato (S).

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Vas de una reaccin
30
 Qu hacer para que una reaccin vaya
mas rpida
El aumento de la temperatura, hace que las molculas se
mueven ms rpido.
Los sistemas biolgicos son muy sensibles a los cambios de
temperatura.
Las enzimas pueden aumentar la velocidad de las reacciones,
sin aumentar la temperatura.
Las enzimas lo hacen mediante la reduccin de la energa de
activacin.
Crean un nuevo camino de reaccin "un atajo"
 Catlisis Enzimtica
La CATLISIS ENZIMTICA es esencial para los sistemas vivos.
La mayora de las Reacciones Qumicas ocurriran muy lento en
condiciones biolgicamente significativas.
Hace posible que en condiciones fisiolgicas tengan lugar
reacciones que sin catalizador requeriran condiciones extremas
de presin, temperatura o pH.
Las biomolculas son muy estables a pH neutro, temperatura
suave y ambiente acuoso
 Qu es una enzima?
Enzimas: son molculas que catalizan reacciones en
clulas vivas.
- Es una proteina * con actividad cataltica debido a su
poder especfico de activacin
- Menor energa de activacin es necesaria para llevar
a cabo una reaccin
- No son modificadas o consumidas por la reaccin.

33
 Las enzimas aceleran las reacciones
decreciendo la energa de activacin (Go o Ea)

Enzima

Las reacciones controladas por enzimas ocurrirn 108 a 1011 veces ms

rpido que las correspondientes reacciones no enzimticas.
 Estructura de las enzimas

Las enzimas son protenas*

Tienen una forma globular

Forma un complejo de estructura 3-D

Si se desnaturaliza o disocia en
subunidades pierde su actividad.

Estructuras 1, 2, 3 y 4 son esenciales

Amilasa pancretica humana

 El sitio activo
Una parte de una enzima, el sitio
activo, es particularmente importante.
Por lo general se encuentran en las
hendiduras y grietas de la
protena. Evitando disolventes que de
otro modo podran reducir la actividad
cataltica de la enzima.
La forma y el entorno qumico dentro
del sitio activo permite que una
reaccin qumica proceda con mayor
facilidad
H.PELLETIER, M.R.SAWAYA
ProNuC Database

Los aminocidos y cofactores se

mantienen en disposicin precisa con
respecto a la estructura del sustrato.
 Co factores
Un molcula adicional
(no protena) necesaria para
ayudar a algunas enzimas a
llevar a cabo la reaccin.
Cofactores fuertemente
unidos se llaman grupos
prostticos
Cuando el cofactor es una
molcula orgnica se llama
coenzima (cofactores que se
unen y se liberan fcilmente)
Enzima nitrogenasa con los co-factores: Fe, Muchas vitaminas son
Mo y ADP
Jmol from a RCSB PDB file 2007 Steve Cook
coenzimas
H.SCHINDELIN, C.KISKER, J.L.SCHLESSMAN, J.B.HOWARD, D.C.REES
STRUCTURE OF ADP X ALF4(-)-STABILIZED NITROGENASE COMPLEX
AND ITS

IMPLICATIONS FOR SIGNAL TRANSDUCTION; NATURE 387:370 (1997)

 Cofactores - Coenzimas
Muchas de estas coenzimas se sintetizan a partir de
vitaminas.

Cuando los cofactores y las coenzimas se encuentran unidos

covalentemente a la enzima se llaman grupos prostticos.

La forma catalticamente activa del enzima, es decir, el

enzima unida a su grupo prosttico, se llama holoenzima. La
parte proteica de un holoenzima (inactiva) se llama
apoenzima, de forma que:

apoenzima + grupo prosttico= holoenzima

 Cofactores enzimticos
Coenzimas:
NAD+, NADP+, NADH, NADPH, FAD, FADH+, FADH2,FMN, FMNH+,
FMNH2,
PIRIDOXAL FOSFATO, TIAMINA PIROFOSFATO, ACIDO ASCORBICO,
ACIDO
PANTOTENICO
Metales y iones:
HIERRO, ZINC, COBRE, NIQUEL, SELENIO, CALCIO, MAGNESIO,
MANGANESO,
SODIO, POTASIO, CLORURO, IODURO,
Coenzima: NAD+

Deriva de la Vitamina B5
(cido nicotnico)
 Los Sustratos
El sustrato de una enzima son los reactivos que se activan por
la enzima.
Las enzimas son especficas para sus sustratos.
La especificidad est determinada por el sitio activo
El ciclo cataltico de la enzima sucrasa que degrada
el azcar (sucrosa) en glucosa y fructosa
 I. Cmo se une el sustrato al sitio cataltico

Hiptesis de llave y cerradura

El ajuste entre el sustrato y el sitio activo de la
enzima es exacto.
Al igual que una llave encaja en una cerradura de forma muy
precisa.
La clave es anloga a la enzima y el sustrato anloga a la
cerradura.
La estructura temporal formada es llamada el complejo
enzima-sustrato.
Los productos son diferentes al sustrato, una vez
formados, son liberados desde el sitio activo, dejndolo libre
para apegarse a otro substrato
Modelo de unin Enzima-Sustrato de llave
cerradura
Hiptesis de llave y cerradura

Esto explica:
S La especificidad de las enzimas.
E
La prdida de actividad cuando
E las enzimas son denaturadas.
E

Enzima puede
Complejo ser usada
enzima- nuevamente
sustrato P

Coordenada de reaccin
Reaction coordinate
 II. Cmo se une el sustrato al sitio cataltico

La hiptesis del ajuste inducido

Algunas protenas pueden cambiar su forma (conformacin).
Cuando un sustrato se une a una enzima, esto induce un cambio en la
conformacin de la enzima.
El sitio activo es entonces moldeado dentro de una precisa conformacin.
Este cambio favorece un entorno qumico adecuado para la reaccin.
La unin del sustrato a la enzima es estrecha, lo que facilita la reaccin
(baja energa de activacin).
Modelo de unin Enzima-Sustrato de
anclaje inducido
Concepto de sitio activo segn
hiptesis del anclaje inducido
 Hexokinasa (a) sin (b) con el substrato glucosa
http://www.biochem.arizona.edu/classes/bioc462/462a/NOTES/ENZYMES/enzyme_mechanism.html

Esto explica que las enzimas pueden reaccionar con una variedad de sustratos de
similar tipo.
 Nomenclatura

Hay varias formas de nombrar una enzima:

nombres particulares
nombre sistemtico
cdigo de la comisin enzimtica (enzyme
comission)
 Clasificacin Internacional de las
enzimas
Clases de enzimas:
1. OXIDOREDUCTASAS transferencia de electrones (Ox-red)
2. TRANSFERASAS transferencia de grupos qumicos
3. HIDROLASAS reacciones de hidrolisis
4. LIASAS adicin a dobles enlaces
5. ISOMERASAS transforman isomeros
6. LIGASAS formacin de enlaces covalentes (gasto de ATP)

El nombre de la enzima tiene 2 partes la 1 es el

nombre de el o los substratos la 2 con
terminacin asa indica el tipo de reaccin que
cataliza.
 Nombres de enzimas
Ureasa (hidrlisis de urea).
Transaminasa (transiere grupos amino desde una
molcula a otra).
RNA polimerasa (formacin de RNA por
polimerizacin).
Pero tambin hay enzimas que han sido nombradas
previo a este regla, por ejemplo: pepsina y tripsina.
 Cintica Enzimtica
La cintica enzimtica estudia la velocidad de las reacciones
catalizadas por enzimas.
Estos estudios proporcionan informacin directa acerca del
mecanismo de la reaccin cataltica y de la especifidad del enzima.
La velocidad de una reaccin catalizada por un enzima puede
medirse con relativa facilidad, ya que en muchos casos no es
necesario purificar o aislar el enzima. La medida se realiza siempre
en las condiciones ptimas de pH, temperatura, presencia de
cofactores, etc, y se utilizan concentraciones saturantes de sustrato.
En estas condiciones, la velocidad de reaccin observada es la
velocidad mxima (Vmax).
La velocidad puede determinarse bien midiendo la aparicin de los
productos o la desaparicin de los reactivos.
 Catlisis enzimtica
La enzima disminuye la barrera de
activacin en comparacin con la
reaccin acuosa no catalizada
En la mayora de casos, la
interaccin inicial es no
covalente (ES): formacin de
puentes de hidrgeno,
interacciones
electrostticas, hydrofbicas y la
fuerza de van der Waals.

ES: el grupo cataltico una parte

integral de la misma molcula, la
reaccin de enzima unido a
sustrato seguir una cintica
de primer orden mas que una
cintica de segundo orden. E + S --> ES --> [EX*] --> EP --> E + P
(weak)

Complejo activado
 Cmo funcionan los catalizadores
Los enzimas disminuyen la energa de activacin
de las reacciones
Reaccin Energa de activacin
(Kcal*mol-1)
a) el perxido de hidrgeno se descompone en: 18
H2 O2 H2 O + O2

b) el hierro cataltico (Fe) realiza la reaccin 13

H2O2 H2 O + O2

c) el platino cataltico (Pt) realiza la reaccin : 12

H2O2 H2 O + O2

d) la catalasa una enzima heptica la realiza 5

H2O2 H2O + O2
 Catlisis enzimtica

Cambios en la energa libre GB.

Favorable interaccin entre la
enzima y substrato resulta en una
energa intrnseca favorable .

Entropa es perdida cuando el

substrato se une a la enzima.
(a) Dos entidades llegan a ser una.
(b) El sustrato es menos capaz de rotar.
(c) El sustrato est mas ordenado.

La interaccin dbil entre enzima-

sustrato es optimizada y
estabilizada en el estado de
transicin. E + S --> ES --> [EX*] --> EP --> E + P
(weak) (stronger)
 MODELO CINTICO DE MICHAELIS-MENTEN

v = v3 = k3 [ES] =

La velocidad V indica el nmero de

reacciones por unidad de tiempo que
son catalizadas por la enzima.
MODELO CINTICO DE MICHAELIS-MENTEN
CLCULO DE LA KM Y DE LA Vmax DE UN ENZIMA

V = velocidad de la reaccin catalizada por la enzima

MODELO CINTICO DE MICHAELIS-MENTEN
CLCULO DE LA KM Y DE LA Vmax DE UN ENZIMA

La representacin grfica de la ecuacin de Michaelis-Menten es una

hiprbola. La Vmax corresponde al valor mximo al que tiende la curva
experimental, y la KM corresponde a la concentracin de sustrato a la cual
la velocidad de la reaccin es la mitad de la Vmax.
MODELO CINTICO DE MICHAELIS-MENTEN
CLCULO DE LA KM Y DE LA Vmax DE UN ENZIMA

Para determinar grficamente los valores de KM y Vmax es ms sencillo

utilizar la representacin doble recproca (1/v0 frente a 1/[S]0), ya que
es una lnea recta. Esta representacin doble recproca recibe el nombre
de representacin de Lineweaver-Burk
 Cintica de la Catlisis Enzimtica

Significado de KM

KM es la concentracin de sustrato para la cual la

velocidad de reaccin es la mitad de la velocidad
mxima.

El valor de KM da idea de la afinidad del enzima por el

sustrato:
a menor KM, mayor afinidad del enzima por el sustrato, y
a mayor KM, menor afinidad.
Cintica de la Catlisis Enzimtica
 Factores que afectan la velocidad de
reaccin

Concentracin de enzima
Concentracin de sustrato
pH
Temperatura
Inhibidores
Efecto de la variacin de la concentracin de la
enzima

En condiciones de
concentracin de S hasta
la saturacin, pH y
temperatura constante se
observa que
 Concentracin de sustrato

Veloc de reaccin
En reacciones no enzimticas, la
velocidad de reaccin es proporcional
a la concentracin de sustrato

Conc de sustrato

En reacciones enzimticas, la
velocidad inicial es rpida pero Vmax

alcanza un punto de saturacin

cuando todas las molculas de Veloc reaccin

enzimas estn ocupadas

Si se altera la concentracin de la
enzima, entonces la velocidad mxima
cambiar.
Conc de sustrato
 El efecto del pH
pH extremos pueden producir denaturacin de las enzimas (Las enzimas
poseen grupos qumicos ionizables en las cadenas laterales de sus
aminocidos: carboxilos -COOH; amino -NH2; tiol -SH; imidazol, etc.)
La estructura de la enzima es modificada
El sitio activo es distorcionado y las molculas de sustrato no se unirn
fuertemente a el.
A valores de pH ligeramente diferente del valor ptimo de la enzima, se
pueden producir pequeos cambios en la carga de a enzima y su sustrato .
Este cambio en la ionizacin afectar a la unin del sustrato con el sitio
activo.
 El efecto del pH
Valores de pH ptimos
Actividad enzimtica

Tripsina

Pepsina

1 3 5 7 9 11
pH
 Ejemplos de pH ptimo

pH Optimum
Enzima Fuente pH

pepsin gastric mucosa 1.5

sucrase intestine 6.2
catalase liver 7.3
arginase beef liver 9.0
alkaline bone 9.5
phosphatase
 El efecto de la temperatura
Q10 (coeficiente de temperatura) = el incremento en la velocidad de
reaccin al aumentar 10C la temperatura.
Las reacciones qumicas tienen un Q10 = 2 a 3 (la velocidad de reaccin se
duplica o triplica con un aumento de 10C en temperatura)
Las reacciones controladas por enzimas siguen esta regla como las
reacciones qumicas
Sin embargo, a temperaturas altas las enzimas se denaturan.
La temperatura ptima para una enzima, se define como el balance entre
el Q10 y la denaturacin.
El efecto de la temperatura

Actividad enzimtica

Q10 Denaturacin

0 10 20 30 40 50
Temperatura / C
 El efecto de la temperatura
Para la mayora de las enzimas, la temperatura ptima es
alrededor de los 30C
Para muchas la temperatura ptima es ms baja Ej. los peces
de agua fra va a morir a 30 C, ya que sus enzimas se
desnaturalizan.
Algunas bacterias tienen enzimas que pueden
soportar temperaturas muy altas de hasta 100 C.
La mayora de las enzimas son, sin embargo,
totalmente desnaturalizadas a 70 C.
 Inhibidores
Los inhibidores son sustancias qumicas que reducen la velocidad de las
reacciones enzimticas.

Suelen ser especficos y trabajan a bajas concentraciones.

Bloquean la enzima, pero por lo general no la destruyen.

Muchos frmacos y venenos son inhibidores de enzimas en el sistema

nervioso.

Inhibidores competitivos Inhibidores no competitivos

 Inhibidor competitivo
Los inhibidores
competitivos se unen a la
enzima en el mismo sitio
donde se une el sustrato
compitiendo por el sitio
activo
Dada cualquier
concentracin de inhibidor
la inhibicin puede ser
disminuida incrementando
la concentracin del
sustrato
 Inhibidor no competitivo
Los inhibidores no
competitivos se unen a la
enzima en un sitio diferente al
sitio activo
Alteran la forma de la enzima y
reducen su afinidad por el
sustrato
La inhibicin es independiente
de la concentracin de sustrato
 Regulacin de la actividad enzimtica
Las enzimas son reguladas por las clulas
Las clulas usan diversos mtodos para controlar
cmo y cundo trabaja una enzima.
Regulacin alostrica: la unin del ligando modula la
unin del sustrato y la catlisis
Modificaciones covalentes - Reversible: Fosforilacin,
nucletidos, lpidos anclados.
Retroalimentacin (feedback): regula las vas
metablicas
La protelisis convierte a protenas inactivas en
activas
 Regulacin: Metabolismo y Catlisis
enzimtica

Vias Bioqumicas son una serie de reacciones en las cuales el

producto de una reaccin llega a ser el sustrato para la
reaccin siguiente.
Las Vas Bioqumicas son a menudo reguladas por una
inhibicin por retroalimentacin (feedback negativo) en el
cual, el producto terminal de la va es un inhibidor alostrico
de una enzima temprana que participa en la va.
 Proenzimas (Zimgenos)

Enzimas fabricadas en forma inactiva

Se activan cuando una pequea

parte de la cadena polipptidica es
removida.

Hormonas,
Enzimas digestivas,
Enz de coagulacin de la sangre
Enzimas intracelulares (3000)
Enzimas Extracelulares (200)
 Isoenzimas
Diferentes enzimas que realizan el mismo tipo
de funcin en diferentes tejidos u rganos.
El estudio de las enzimas tiene una gran
importancia prctica

Muchas enfermedades genticas son causadas por una

deficiencia o la ausencia total de una o ms enzimas. Por
ejemplo: la fenilcetonuria-PKU (carencia de la enzima
fenilalanina hidroxilasa).
Las mediciones de las actividades de las enzimas (en la
sangre o tejidos) son importantes en el diagnstico de ciertas
enfermedades . Por ejemplo, las transaminasas y dao
heptico.
Las enzimas son objetivos importantes de drogas . La
aspirina inhibe la ciclooxigenasa de la biosntesis
de prostaglandinas.
Las enzimas se utilizan ampliamente en la industria qumica y
procesamiento de alimentos.