INFORME DE MICROBIOLOGA

1. TEMA:

METODOS EMPLEADOS EN ECOLOGIA

MICROBIANA

2. RESUMEN:
Para entender la presencia y el crecimiento de los microorganismos se
reconoce en la actualidad la importancia de su estudio con un enfoque
ecolgico.
Existen diferentes alternativas para la determinacin de la estructura
microbiana
Recientemente, sin embargo, se ha visto la necesidad de tomar en
cuenta el ecosistema completo, ya que el crecimiento, la sobrevivencia y
la actividad de cualquier especie, pueden estar determinados por la
presencia de otras especies. Para entender la presencia y el crecimiento
de los microorganismos se reconoce en la actualidad la importancia de
su estudio con un enfoque ecolgico.
Los conceptos ecolgicos constituyen las bases tanto para el control de
microorganismos indeseables como para el uso racional de
microorganismos.
Durante el ltimo siglo se ha dependido del aislamiento y cultivo de los
microorganismos para su identificacin. stos han sido caracterizados
tradicionalmente por su fenotipo, el conjunto de propiedades celulares
observables, como su morfologa, propiedades fisiolgicas y por la
estructura de sus componentes celulares.
La necesidad de cultivar los microorganismos para identificarlos ha
limitado la comprensin de la diversidad microbiana, ya que ahora se
sabe que ms del 90% de los microorganismos en los ambientes
naturales no pueden ser cultivados usando las tcnicas tradicionales.
No es posible obtener cultivos puros de ciertos microorganismos
porque dependen de las actividades de otros microorganismos o
porque no se conocen las condiciones para su cultivo. En otros casos
los microorganismos pierden la capacidad de reproducirse, pero
retienen su actividad metablica.
Palabras clave: mtodos, ecologa microbiana.

3. INTRODUCCIN:

3.1. LA ECOLOGIA MICROBIANA

La ecologa microbiana trata de la interaccin de los

microorganismos entre s y su ambiente.
Los eclogos microbianos se dedican principalmente a dos reas
de estudio.
La biodiversidad: Qu incluye el aislamiento, identificacin
y cuantificacin de microorganismos en hbitats diversos.
La actividad microbiana: Es decir, lo que los
microorganismos hacen en sus hbitats.

Estudio de los microorganismos en su ambiente

natural:

Ambiente es todo aquello que rodea a un organismo vivo.

- Por ejemplo los factores qumicos, fsicos y biolgicos.
Los microorganismos (MOs) son parte de comunidades
organizadas llamadas ecosistemas.
Los MOs interactan con el entorno y pueden cambiar en
forma marcada las caractersticas del mismo. Desempean
papeles importantes en la sntesis y degradacin de distintos
compuestos.

Se dividen en:
MOs autotrficos: generan materia orgnica a partir
de CO 2
MOs organotrficos: participan en la biodegradacin
y reciclado de materia orgnica. Se puede definir un
ciclo biogeoqumico para los elementos clave (C, N, S,
 Fe) en el cual los mismos sufren distintos estados de
xido reduccin a medida que se mueven a travs de un
ecosistema.
Los MOs participan en las reacciones biogeoqumicas.
Para muchos elementos son los nicos capaces de generar los
compuestos clave capaces de ser utilizados por otros
organismos.

ECLOGO MICROBIOLGICO: se encarga.

Actividades metablicas y como interaccionan

Biodiversidad de los MOs
Conocer aspectos cuali y cuantitativos de la microbiologa de un
ecosistema
Conocer las actividades de los MOs en su ambiente natural Da
una idea del potencial biogeoqumico en un ecosistema
La existencia de MOs no implica que los mismos sean activos
Solo los MOs activos tienen impacto ecolgico.
Medir la existencia de una determinada transformacin
bioqumica especfica implica que un grupo especfico de
bacterias existe y que es metablicamente activo.
 ECOLOGA ES EL ESTUDIO DE LOS ORGANISMOS EN SUS
AMBIENTES

El crecimiento de los M.O. en la naturaleza depende de los

recursos disponibles (nutrientes) y de las condiciones de
crecimiento (pH, T, humedad, luz, O2, etc.

Los M.O. son muy pequeos por lo que sus hbitats

tambin lo son.
La teora ecolgica dice que para cada organismo existe al
menos un nicho, que es el principal, aquel en el que crece
mejor, pero tambin puede crecer en otros con menos
xito.

4. OBJETIVOS

Apreciar la biodiversidad de los microorganismos y entender la

interaccin entre los diferentes grupos que componen la
comunidad.
Medir la actividad de los microorganismos en la naturaleza y
controlar sus efectos en el ecosistema.
 Anlisis de comunidades microbianas basadas en tcnicas de
cultivo.
Anlisis molecular de las comunidades microbianas.

5. MATERIALES O MEDIOS

1. Factores Intrnsecos (del alimento)

Ayudan a pronosticar el tipo de microorganismo que se pueden
desarrollar en el alimento y a conocer la estabilidad del mismo.
Aw
pH
Nutrientes
Potencial redox

A. Actividad de Agua (Aw)

La aw de un alimento o solucin se define como la relacin entre la
presin de vapor del agua del alimento y la del agua pura a la misma
temperatura.
Bacterias: la mayora se desarrollan cuando la aw en alimento es
> 0.98
Levaduras: >0.98
Mohos: >0.80
Bacterias halfilas: >0.75
Mohos: >0.65
Levaduras osmoflicas: >0.60

A medida que se reduce el aw, los alimentos se tornan ms estables y

menos propensos a la contaminacin bacteriana
0.95 0.97 Crecimiento y produccin de toxina por Clostridium
botulinum
0.86 Crecimiento aerbico de Staphylococcus aureus
0.80 Produccin de micotoxinas
0.70 Lmite prctico para el crecimiento de hongos
 B. Potencial Hidrgeno (pH) (Logaritmo negativo de la
actividad de los iones hidrgeno)
Los valores bajos de pH (inferior a 4.6) pueden ayudar a la
conservacin e inocuidad de los alimentos inhibiendo el crecimiento
microbiano.
La zona de riesgo se considera a aquellos productos cuyo valor de
pH se encuentre entre 4,6 y 9,0

C. pH o grado de acidez-alcalinidad
Determina la clase de agente contaminante y los cambios que puedan
ocasionar en el alimento.
A mayor acidez, menor proliferacin microbiana:
 Frutas cidas ----- mohos y levaduras
Carnes y pescados ------bacterias
(Bajo grado de acidez fcil contaminacin bacteriana)
Multiplicacin bacteriana: pH entre 4,5 y 9 ptimo 6,5 a 7,5.
D. Nutrientes
Los microorganismos tienen necesidades particulares para su
desarrollo, las diferencias de composicin de los alimentos
ejercen un efecto selectivo sobre estos.
Los alimentos de origen animal tienen un alto contenido de
protenas y humedad favoreciendo el desarrollo microbiano.
Necesidades para el desarrollo:
Agua: disponibilidad de agua libre
Fuente de energa: hidratos de carbono
Fuente de nitrgeno: aminocidos, pptidos y protenas
Vitaminas: carne (vitaminas del grupo B)
Sales minerales: hierro (leche)

E. Potencial oxidacin/reduccin (Potencial Redox)

2. Factores Extrnsecos (del ambiente)

Temperatura
Adicin de sustancias inhibidoras (cidos, sustancias orgnicas)
Radiacin
Naturaleza de la atmsfera ambiental
A. Temperatura
Es el factor ambiental de mayor influencia en la multiplicacin de
microorganismos en alimentos
 De acuerdo a la temperatura de crecimiento, los Mo. Se clasifican
en:
Termfilas: 55 65C
Mesfilas: 30 45C
Psicrtrofas: entre 12 y 15C
Psicrfilas: capaces de crecer a temperaturas cercanas a 0C

Recursos del proceso de produccin para disminuir la carga de Mo.

(Inhibir el crecimiento, reducirlo o destruir):
Utilizacin de Bajas Temperaturas:
Enfriamiento ( a 10C) INHIBE crecimiento mesfilos,
termfilos
Refrigeracin (-1 y 8C) INHIBE crecimiento mesfilos y
termfilos
Congelado INACTIVA clulas vegetativas e INHIBE
multiplicacin

Utilizacin de Temperaturas elevadas:

Esterilizacin comercial ELIMINA formas vegetativas y
esporuladas
Pasteurizacin destruccin selectiva Mo. (patgenos y algunos
banales)

B. ADICION DE SUSTANCIAS INHIBIDORAS (cidos y

sustancias orgnicas)
Propionatos
Benzoatos
Sorbatos
Acetatos
Nitritos y Nitratos
Dixido de azufre y sulfitos
Humo de madera
 Alcohol
Antibiticos

C. RADIACION
Produce dao sub-letal o destruccin del Mo. (De acuerdo a dosis)
Radiacin ultravioleta
Radiaciones ionizantes Rayos x Rayos gamma

D. NATURALEZA DE LA ATMSFERA AMBIENTAL

Envasado en atmosfera modificada
Retardar el crecimiento microbiano.
Extender la vida til del producto
Reducir prdidas de humedad.
Reducir la respiracin en frutas y hortalizas.
Evitar la oxidacin.
El proceso no elimina la necesidad de refrigeracin

2. METODOLOGA

I. ANLISIS DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS BASADOS

EN TCNICAS DE CULTIVO
II. ANLISIS MOLECULAR DE LAS COMUNIDADES
MICROBIANAS
III. MEDICIN DE LA ACTIVIDAD MICROBIANA EN LA
NATURALEZA
 I. ANLISIS DE LAS COMUNIDADES MICROBIANAS
BASADOS EN TCNICAS DE CULTIVO
Este proceso consiste en separar los organismos de inters de una
comunidad microbiana, un procedimiento que se conoce como
ENRIQUECIMIENTO, y que permite aislarlos despus en un cultivo
axnico. El aislamiento es importante porque se obtienen cultivos para
estudios detallados y controlados de laboratorio y para su aplicacin en
biotecnologa y microbiologa ambiental e industrial.
1. ENRIQUECIMIENTO Y AISLAMIENTO
En un ambiente natural no es frecuente encontrar un solo tipo de
microorganismo. Lo que existe son comunidades microbianas, y el
desarrollo de mtodos y procedimientos que permitan el aislamiento y
cultivo de microorganismos inters es un reto para el eclogo
microbiano.
El enfoque ms corriente para alcanzar este propsito es la TECNICA
DEL CULTIVO DE ENRIQUECIMIENTO.
a) TCNICA DEL CULTIVO DE ENRIQUECIMIENTO
Este mtodo requiere que el medio de cultivo y las condiciones de
incubacin sean selectivos para el organismo que se desea aislar y
contra selectivos para los organismos no deseados.
Por tanto se necesita reproducir lo ms fielmente posible los recursos y
las condiciones que se dan en este nicho ecolgico y buscar luego los
habitantes potenciales de aquel hbitat capaces de desarrollarse en las
condiciones de enriquecimiento seleccionadas.
Para que un cultivo de enriquecimiento tenga xito es necesario contar
con un inculo apropiado (una muestra que contenga el
microorganismo). Por tanto, la metodologa del cultivo de
enriquecimiento se inicia con la eleccin del hbitat adecuado.
El cultivo de enriquecimiento suele establecerse sembrando el inculo
directamente en un medio altamente selectivo; muchos de los
procariotas ms frecuentes pueden aislarse de esta manera.
Por ejemplo, el microbilogo holands Martinus Beijerink, a quien se
deben las primeras tcnicas de cultivo de enriquecimiento, aisl por
primera vez la bacteria fijadora de nitrgeno Azotobacter por medio de
lo que despus se convirti en una estrategia clsica de
enriquecimiento.
Como Azotobacter puede crecer rpidamente fijando N2 del aire, los
medios de enriquecimiento carentes de amoniaco u otras formas de
nitrgeno fijado son muy selectivos para este organismo; las bacterias
no fijadoras de nitrgeno o las bacterias fijadoras de nitrgeno
anaerbicas son contra seleccionadas con este mtodo.

2. LA COLUMNA DE WINOGRADSKY
Tradicionalmente, la columna de Winogradsky se ha utilizado en el
cultivo de enriquecimiento para el aislamiento de bacterias fototrficas
rojas y verdes, de bacterias sulfatoreductoras y de muchos otros
anaerobios.
El nombre corresponde al famoso microbilogo ruso Sergei
Winogradsky, quien utiliz la columna por primera vez a finales del
siglo XIX para estudiar microorganismos del suelo.
La columna de Winogradsky es un ecosistema anxico en miniatura,
que puede usarse como suministro a largo plazo de bacterias para
cultivos de enriquecimiento.
La columna de Winogradsky se prepara con un cilindro de vidrio
grande que se llena aproximadamente hasta la mitad con lodo rico en
materia orgnica, y que preferiblemente contenga sulfuro.

Los sustratos de carbono se mezclan previamente con el lodo; stos

determinarn que organismos sern enriquecidos, pero deben evitarse
los sustratos fcilmente fermentables (que pueden llevar a una
formacin excesiva de gas). Al lodo se le aade CaCO 3 y CaSO4 como
tampn y como fuente de sulfato respectivamente.
El lodo se compacta en el envase, cuidando de no atrapar aire. El lodo
se cubre con agua de un lago, embalse o acequia (o agua de mar si se
prepara una columna marina), y se tapa el cilindro para evitar la
evaporacin. Se coloca el cilindro cerca de una ventana donde reciba
luz solar atenuada y se deja durante varias semanas.

En una columna de Winogradsky tpica se desarrolla una mezcla de

organismos.
Las algas y cianobacterias ocupan rpidamente la parte superior y
al producir O2 ayudan a mantener esta zona xica.

El proceso de descomposicin en el sedimento lleva rpidamente

a la produccin de cidos orgnicos, alcoholes y H 2, sustratos
adecuados para las bacterias sulfato reductoras.

Para el muestreo de bacterias fototrficas de la columna se

introduce una pipeta larga con la que se recoge un poco de lodo o
agua coloreada. Estas muestras se pueden usar para microscopa
y para inocular medios de enriquecimiento para aislamiento y
caracterizacin.

a) SESGO EN EL ENRIQUECIMIENTO
Aunque el cultivo de enriquecimiento es una herramienta poderosa, en
muchos casos se produce un sesgo en el enriquecimiento.
En los cultivos lquidos de enriquecimiento tpicos, el organismo ms
adaptado a las condiciones escogidas puede convertirse en la poblacin
dominante.
Desgraciadamente, el organismo mejor adaptado en los cultivos de
laboratorio a menudo es slo un componente minoritario del
ecosistema microbiano, en lugar de ser el mayoritario o el ms
relevante desde el punto de vista ecolgico.
El sesgo en el enriquecimiento puede demostrarse cuando se comparan
los mtodos de dilucin con el clsico enriquecimiento en lquido.
La dilucin del inculo seguida de un enriquecimiento a menudo da
lugar a un organismo diferente que cuando se enriquece un inculo sin
diluir.
Se cree que la dilucin elimina aquellas poblaciones minoritarias pero
de rpido crecimiento, dando de este modo la oportunidad de
desarrollarse a otros miembros de la comunidad. Por tanto, la dilucin
del inculo es una prctica comn en el cultivo de enriquecimiento en
la microbiologa actual.

3. AISLAMIENTO EN CULTIVO AXNICO

Los cultivos axnicos (o puros) se pueden obtener de muchas maneras
a partir de un enriquecimiento; los mtodos empleados ms frecuentes
son la siembra por estra en superficie (en placa petri), la siembra en
profundidad (agar shake) y la dilucin en lquido. Para aquellos
microorganismos que crecen bien en medio de cultivo slido (con
agar), el mtodo de eleccin es la siembra por estra.
A partir de una poblacin mixta, mediante la siembra por estra se
obtienen colonias separadas; repitiendo esta tcnica con una de estas
colonias aisladas se consigue un cultivo axnico, que puede ser
transferido a un medio lquido.
Las placas sembradas de este modo e incubadas en las condiciones
adecuadas (por ejemplo en una jarra anxica para anaerobios) nos
permiten aislar tanto microorganismos aerobios como anaerobios.

a). SIEMBRA EN PROFUNDIDAD Y NMERO MS PROBABLE

El mtodo de siembra en profundidad consiste en la dilucin de un

cultivo mixto en tubos de agar fundido; cuando el agar solidifica, las
colonias se desarrollan embebidas en el tubo de agar en vez de en la
superficie, como ocurre en la siembra por estra en placa.
Es un mtodo de gran utilidad para purificar determinados tipos de
microorganismos anaerobios, por ejemplo, las bacterias fototrficas
del azufre y sulfato reductoras de las columnas de Winogradsky.
Es posible obtener cultivos axnicos mediante diluciones sucesivas de
una suspensin de clulas en tubos de agar fundido. A partir de una
colonia crecida en el tubo de mayor dilucin utilizada como inculo, se
puede volver a hacer otro banco de diluciones, de tal manera que se
acabe obteniendo un cultivo axnico.

Un procedimiento similar sin usar agar es la dilucin seriada de un

inculo en un medio lquido hasta que el tubo o tubos finales de la serie
no muestran crecimiento.
Utilizando diluciones seriadas de diez en diez, por ejemplo, el ltimo
tubo que muestre crecimiento tiene que haberse originado a partir de
10 clulas o menos. Si se repite varias veces este proceso se obtienen
cultivos axnicos. Esta tcnica se conoce como la Tcnica del Nmero
Ms Probable (NMP).
La Tcnica del NMP se usa para estimar el nmero de
microorganismos en alimentos, aguas residuales y en otras muestras
donde hay que evaluar rutinariamente el nmero de clulas. Se puede
hacer con medios altamente selectivos y condiciones de incubacin
dirigidos a uno o a un pequeo grupo de organismos, como por
ejemplo un determinado patgeno, o usando un medio complejo para
obtener una estimacin del nmero total de clulas.
Con independencia del mtodo utilizado para purificar el cultivo, una
vez obtenido un supuesto cultivo axnico es esencial comprobar su
pureza. Se utiliza para ello una combinacin de tcnicas microscpicas,
observacin de las caractersticas de la colonia en placas, o en siembras
en profundidad en tubo, y comprobacin del crecimiento en medios
donde el microorganismo que nos interesa aislar crece muy poco, pero
que favorecen el crecimiento de los microorganismos acompaantes.

La observacin microscpica de un solo tipo morfolgico de clula,

junto con unas caractersticas uniformes de la colonia y ausencia de
contaminacin en test con diversos medios de cultivo, puede tomarse
como prueba de que un cultivo es axnico (puro).

b). CULTIVOS AXNICOS DE ALTA TECNOLOGA: LAS PINZAS DE

LSER

Adems de los mtodos clsicos descritos, los avances tecnolgicos han

permitido la utilizacin de nuevas herramientas para la obtencin de
cultivos axnicos; una de ellas son las pinzas (pticas) de lser.
Las pinzas de lser consisten en un microscopio ptico invertido
equipado con un laser infrarrojo enfocado con precisin y un
instrumento de micro manipulacin.

Una clula individual del campo de visin es atrapada por el haz de

rayos laser y separada del resto de microorganismos. La clula queda
atrapada por que la fuerza creada por el lser que empuja hacia abajo
los objetos pequeos (como las clulas microbianas) y los mantiene en
el lugar; cuando el haz de lser se desplaza, las clulas atrapadas se
mueven junto con l. Si la muestra est en un tubo capilar, se atrapa
una nica clula que despus se asla rompiendo el tubo en un punto
entre la clula y el resto de la poblacin.
La clula recogida se introduce entonces en un tubo pequeo de medio
estril para iniciar su crecimiento como cultivo axnico.
La tecnologa de pinzas de lser es especialmente til para el
aislamiento de bacterias de desarrollo lento, que pueden ser superadas
por el desarrollo rpido de otras poblaciones en los cultivos de
enriquecimiento tpicos, o para los organismos presentes en nmeros
tan bajos que podran perderse con los mtodos de enriquecimiento a
partir de la dilucin. Y junto con el uso de tinciones especficas capaces
de identificar organismos determinados en un campo del microscopio,
las pinzas de lser se emplean para seleccionar organismos a partir de
una mezcla para su purificacin y posterior estudio en el laboratorio.

II. ANLISIS MOLECULAR DE LAS COMUNIDADES

MICROBIANAS
A.- VIABILIDAD Y CUANTIFICACIN MEDIANTE TCNICAS
DE TINCIN
1. Tincin Fluorescente con DAPI.
2. Tincin de viables.
3. Anticuerpos fluorescentes.
4. Protena fluorescente verde para el etiquetado celular.

Desarrollo:
1.-Tincin Fluorescente con DAPI:
Las tinciones fluorescentes se han usado mucho para teir
microorganismos en hbitats opacos. El colorante DAPI (4,6-diamido-
2-fenilindo) se utiliza con frecuencia para este propsito; las clulas
teidas con DAPI presentan fluorescencia azul brillante y son muy
fciles de ver y enumerar. La tincin DAPI se emplea para la
enumeracin de microorganismos en muestras clnicas, del ambiente y
de alimentos.
Dependiendo de la muestra, la tincin con colorantes fluorescentes no
especficos puede representar un problema, pero el DAPI, que tie
cidos nucleicos, no suele reaccionar con la materia inerte.
Por tanto, para muchas muestras de suelo y agua, la tincin DAPI
proporciona una estimacin razonable del nmero de clulas presente.
Para muestras acuticas, las clulas se tien en la superficie de un filtro
despus de haber filtrado un volumen determinado de lquido. Estas
tcnicas sencillas tienen la ventaja de no ser especficas (tien todos los
microorganismos de una muestra), pero con el inconveniente de que no
diferencian entre clulas vivas y muertas, ni permiten el rastreo de
organismos especficos en el ambiente.
B.- TINCIONES GENTICAS
C.- PCR: RELACIONANDO GENES ESPECFICOS CON
ORGANISMOS ESPECFICOS.
2.-Tincin de viables:
Se ha desarrollado una tincin con colorantes fluorescentes que
diferencia entre clulas vivas y muertas. Esto proporciona informacin
no slo del nmero de organismos de una muestra sino tambin de su
viabilidad. Esta distincin se basa en la integridad de la membrana
citoplasmtica celular.
A la muestra se aaden dos colorantes, verde y rojo; el colorante
fluorescente verde penetra en todas las clulas, viables o no, mientras
que el rojo, que contiene yoduro de propidio, penetra slo en aquellas
clulas cuya membrana ya no se encuentra intacta y por tanto, estn
muertas.
Las clulas verdes estaban vivas y las rojas muertas, lo que ofrece una
evaluacin instantnea de la viabilidad.
Este mtodo se utiliza con cultivos bacterianos de laboratorio, pero no
es adecuado para el examen microscpico de hbitats naturales debido
a problemas de tincin inespecfica de los materiales inertes.
3.-Anticuerpos Fluorescentes:
Las tcnicas de tincin con sustancias fluorescentes pueden hacerse
ms especficas con el empleo de anticuerpos fluorescentes.
La gran especificidad de los anticuerpos frente a los constituyentes de
la superficie de un organismo particular puede explotarse para
identificar o rastrear un organismo en un hbitat complejo; por
ejemplo, suelo o una muestra clnica que contenga una mezcla de
muchos organismos.
El mtodo requiere la preparacin de anticuerpos especficos contra los
organismos que interesan, lo cual es largo y laborioso.
Sin embargo, para el caso de microorganismos de importancia clnica,
se dispone comercialmente de anticuerpos de alta especificidad.
4.-Protena Fluorescente Verde para el Etiquetado Celular:
En el genoma bacteriano se puede insertar un gen que codifica una
protena fluorescente verde (GFP, green fluorecens protein). Al
expresarse, las clulas que contienen la GFP aparecen de color verde
cuando se observan con un microscopio de luz ultravioleta.
Aunque no resulta til para el estudio de poblaciones naturales (porque
estas clulas carecen del gen GFP), las clulas etiquetadas con GFP se
pueden introducir en un medio, como las races de las plantas y seguir
con el microscopio la cepa etiquetada.
Con este mtodo los eclogos microbianos pueden estudiar in situ la
competencia microbiana entre la microbiota nativa y la cepa con GFP
introducida o evaluar el efecto de la perturbacin en el ambiente.

La GFP tambin se ha usado ampliamente en cultivos de laboratorio

como gen indicador.

B.- TINCIONES GENTICAS

1.- TINCIN FILOGENTICA CON HIBRIDACIN
FLUORESCENTE IN SUTU
2.- TINCIN DE CROMOSOMAS Y TRANSCRIPCIN
INVERSA IN SITU.

Desarrollo:
1.- TINCIN FILOGENTICA CON HIBRIDACIN
FLUORESCENTE IN SUTU (FISH, fluorescen in situ
hybridization).
Los colorantes filogenticos son oligonucleotidos fluorescentes
complementarios en la secuencia de base a las secuencias en el ARNr
16s o 18s. Los colorantes filogenticos penetran en la clula, donde
hibridan con el ARNr directamente en los ribosomas.
Como se han identificado sondas filogenticas para especies
microbianas individuales, as como para dominios enteros de
organismos, el grado de especificidad de un colorante filogentico
puede controlarse mediante la secuencia de la sonda fusionada. La
FISH permite identificar o rastrear un organismo particular o un grupo
de organismos relacionados, dependiendo de la especificidad de la
sonda.

2.- TINCIN DE CROMOSOMAS Y TRANSCRIPCIN

INVERSA IN SITU.
La tincin de cromosomas se emplea para identificar genes especficos
de la microbiota de muestras naturales, mientras que la transcripcin
se dirige a un ARNm especfico (es decir genes expresados).
La tincin de cromosomas se inicia con el marcado fluorescente de una
sonda de oligonucletidos o del gen completo, de un conjunto de genes,
o incluso de un genoma completo digerido para obtener sondas
pequeas. Las sondas se utilizan para averiguar qu organismo(s) de
una muestra contiene(n) el gen o los genes presentes en las sonda(s).
La tincin de cromosomas es til para identificar bacterias que
contienen genes especficos, como los que codifican la nitrogenasa
(responsable de la fijacin del nitrgeno), los componentes del centro
de reaccin fotosinttico, o vas autotrficas especficas.
Los nmeros de clulas fluorescentes en cada caso daran una
estimacin de las bacterias fijadoras de nitrgeno, fottrofas o
auttrofas, respectivamente, en una muestra natural.

C.- PCR: RELACIONANDO GENES ESPECFICOS CON

ORGANISMOS ESPECFICOS
RESULTADOS
Muchos estudios en ecologa microbiana no necesitan aislar los
microorganismos, ni siquiera identificarlos por microscopa con las
tinciones antes descritas.
Generalmente, el objetivo de un estudio es evaluar la biodiversidad de
un hbitat sin emplear tcnicas de cultivo, ni observar clulas. Con este
objetivo, se han aislado y caracterizado genes especficos como medida
de la biodiversidad de la comunidad microbiana. Como los genes
especficos estn ligados frecuentemente a organismos especficos la
deteccin del gen implica la presencia del organismo.
Las principales tcnicas en este tipo de anlisis microbiano
son:
Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) y anlisis de
la comunidad microbiana.
Electroforesis en gel desnaturalizante en gradiente
(DGGE): Separacin de genes similares.
Clonacin molecular
Secuenciacin y anlisis de ADN

III. MEDICIN DE LA ACTIVIDAD MICROBIANA EN LA

NATURALEZA

Cualquier medicin de la actividad microbiana (reduccin de sulfato,

fotosntesis, respiracin etc.) en una muestra natural es una estimacin
colectiva del conjunto de la comunidad microbiana.
Radioistopos
Micro electrodos
Istopos estables
CONCLUSIONES
Tanto el medio de cultivo como las condiciones de incubacin son
crticos para que tenga xito un cultivo de enriquecimiento; es
decir deben optimizarse tanto los recursos como las condiciones
para tener las mejores posibilidades de enriquecer el
microorganismo que interesa.
Los mtodos varan segn la finalidad de los resultados que se
pretenden obtener.

GLOSARIO:
1. ECOLOGIA MICROBIANA:
La 'ecologa microbiana' es la rama de la ecologa que estudia a los
microorganismos en su ambiente natural, los cuales mantienen una
actividad continua imprescindible para la vida en la Tierra.
2. MOs: Microorganismos

3. METODOS:
Mtodo es una palabra que proviene del trmino griego methodos
(camino o va) y que se refiere al medio utilizado para llegar a un
fin. Su significado original seala el camino que conduce a un lugar
4. ECOSISTEMA:
Sistema biolgico constituido por una comunidad de seres vivos y el
medio natural en que viven.
"ecosistemas terrestres; pueden describirse como ecosistemas zonas
tan reducidas como los charcos de marea de las rocas y tan extensas
como un bosque completo, pero no es posible determinar con exactitud
dnde termina un ecosistema y empieza otro
 5. ACTIVIDAD MICROBIOLGICA:
La respiracin del suelo es un proceso que refleja la actividad biolgica
del mismo y se pone de manifiesto a travs del desprendimiento del
CO2 o el consumo de O2resultante del metabolismo de los
organismos existentes del suelo

6. COMUNIDADES MICROBIANAS:
Comunidades microbianas del suelo determinan el funcionamiento de
los ecosistemas terrestres.
Con frecuencia en los ecosistemas terrestres los procesos que suceden
en la superficie del suelo y los que suceden en el interior del suelo han
sido estudiados por separado. Sin embargo, ambos componentes de los
ecosistemas son interdependientes y sus relaciones determinan el
funcionamiento y propiedades de los ecosistemas (Wardle et al. 2004).
Las plantas producen el carbono (C) orgnico necesario para los
microorganismos del suelo (hongos y bacterias fundamentalmente),
mientras que los microorganismos alteran y mineralizan la materia
orgnica vegetal e indirectamente afectan a la productividad y
composicin de las comunidades vegetales al condicionar la tasa de
renovacin de nutrientes en el suelo.

7. ENRIQUECIMIENTO MICROBIANO:
Un medio de enriquecimiento es un medio de cultivo que contiene
los nutrientes necesarios para apoyar el crecimiento de una amplia
variedad de microorganismos, entre ellos algunos de los ms exigentes.
Se utilizan comnmente para la cosecha de diferentes tipos de
microbios que estn presentes en la muestra.

8. ANLISIS MICROBIANO:
El anlisis se lleva a cabo por medio de la aplicacin de
pruebas microbiolgicas, o lo que es lo mismo, a travs de cultivos
elaborados con ese fin.
Se debe hacer notar que el objetivo principal de este estudio es realizar
la inspeccin del alimento, para determinar si presenta o no patgenos
y, en caso de ser positivo, su carga (cantidad), grado de patogenicidad
y, posiblemente, la cantidad de alimento contaminado que ya ha sido
ingerido por el animal, a fin de saber si est apto para su posterior
procesamiento como alimento para la especie humana.

9. BIODIVERSIDAD:
La biodiversidad o diversidad biolgica es la variedad de formas
de vida en el planeta, incluyendo los ecosistemas terrestres, marinos
y los complejos ecolgicos de los que forman parte, ms all de la
diversidad dentro de cada especie, entre las especies y los ecosistemas.

CUESTIONARIO DE PREGUNTAS
1. De qu depende la clasificacin de los tipos de mtodos de
ecologa microbiana?
2. Cul es la finalidad de los mtodos para organismos especficos?