UNIVERSIDAD VERACRUZANA

FACULTAD DE CIENCIAS QUMICAS

INGENIERA EN BIOTECNOLOGA
ALGORITMOS COMPUTACIONALES Y
PROGRAMACION DOCENTE: DANIEL RAMON
LOPEZ LIEVANO

PROYECTO: The batch bioreactor

Ejecutable en Matlab de un
biorreactor batch para calcular la concentracin y
tiempo de la biomasa

NOMBRES DE LOS INTEGRANTES:

LIZETH JHOANA BERNABE SANCHEZ
SUEMY AYLIN DE LA CRUZ CHUC
JESS YAIR LPEZ COLORADO
 Justificacin
Este proyecto busca exponer los conocimientos de programacin obtenidos en
cdigo Matlab y profundizar en la ciencia de la biotecnologa. Se pretende
calcular, analizar y evaluar un modelo de biorreactor para la concentracin de
biomasa basado en un esquema simple de reacciones qumicas, con
funcionamiento en rgimen estacionario. Calculando la concentracin obtenida en
la biomasa y el tiempo en que tarda la reaccin en llevarse a cabo.
De acuerdo con Ertola, Yantorno y Mignone (1994). OEA, ed. Microbiologa
Industrial. OEA un biorreactor es un recipiente o sistema que mantiene un
ambiente biolgicamente activo. En algunos casos, un biorreactor es un recipiente
en el que se lleva a cabo un proceso qumico que involucra organismos o
sustancias bioqumicamente activas derivadas de dichos organismos. Este
proceso puede ser aerbico o anaerbio. Estos biorreactores son comnmente
cilndricos, variando en tamao desde algunos mililitros hasta metros cbicos y
son usualmente fabricados en acero inoxidable.
Un biorreactor puede ser tambin un dispositivo o sistema empleado para hacer
crecer clulas o tejidos en operaciones de cultivo celular. Estos dispositivos se
encuentran en desarrollo para su uso en ingeniera de tejidos.
Dentro de la biomasa se engloba toda la materia orgnica susceptible de ser
aprovechada para la produccin de energa. Esto implica que los recursos de
biomasa provengan de fuentes muy diversas y heterogneas.
En esta definicin se incluyen, por ejemplo, residuos forestales, cultivos agrcolas
con fines energticos, residuos de podas de jardines, residuos de industrias
agroforestales, combustibles lquidos derivados de productos agrcolas, residuos
de origen animal o humano, etc.
Adems, desde las Asociacin Espaola de Normalizacin y Certificacin
(AENOR) se define la biomasa como:
Todo material de origen biolgico excluyendo a aquellos que han sido englobados
en formaciones geolgicas sufriendo un proceso de mineralizacin.
Es por esto por lo que el presente proyecto plantea una Ejecutable con simulacin
de cdigos Matlab de un biorreactor batch para calcular la concentracin y tiempo
de la biomasa., basado en el trabajo de Tosina Fernndez, Sergio, (2013) el cual
busca Simulacin en cdigo Matlab de un reactor para la gasificacin de biomasa
en lecho fluidizado burbujeante.
 Marco Terico
Biorreactor

Un biorreactor es un recipiente o sistema que mantiene un ambiente

biolgicamente activo. En algunos casos, un biorreactor es un recipiente en el que
se lleva a cabo un proceso qumico que involucra organismos o sustancias
bioqumicamente activas derivadas de dichos organismos. Este proceso puede ser
aerbico o anaerobio. Estos biorreactores son comnmente cilndricos, variando
en tamao desde algunos mililitros hasta metros cbicos y son usualmente
fabricados en acero inoxidable.

Un biorreactor puede ser tambin un dispositivo o sistema empleado para hacer

crecer clulas o tejidos en operaciones de cultivo. Estos dispositivos se encuentran
en desarrollo para su uso en ingeniera de tejidos. En trminos generales, un
biorreactor busca mantener ciertas condiciones ambientales propicias (pH,
temperatura, concentracin de oxgeno, etctera) al organismo o sustancia
qumica que se cultiva. El diseo de los biorreactores es una tarea de ingeniera
relativamente compleja y difcil. Los microrganismos clulas son capaces de
realizar su funcin deseada con gran eficiencia bajo condiciones ptimas. Las
condiciones ambientales de un biorreactor tales como flujo de gases (por ejemplo,
oxigeno, nitrgeno, dixido de carbono, etc.), temperatura, pH, oxigeno disuelto y
velocidad de agitacin o circulacin, deben ser cuidadosamente monitoreadas y
controladas.

La mayora de los fabricantes de biorreactores usan recipientes, sensores,

controladores y un sistema de control interconectados para su funcionamiento en
el sistema de biorreaccion. Se requiere de un intercambiador de calor para
mantener el bioproceso a temperatura constante. La fermentacin biolgica es una
fuente importante de calor, por lo que, en la mayor parte de los casos, los
biorreactores requieren de agua de enfriamiento. Pueden ser refrigerados con una
chaqueta externa o, para recipientes sumamente grandes, con serpentines
internos.

En un proceso de aerbico, la transferencia optima de oxigeno es tal vez la tarea

ms difcil de lograr. El oxigeno se disuelve poco en agua (y an menos encaldos
fermentados) y es relativamente escaso en el aire (20,8 %). La transferencia de
eno usualmente se facilita por la agitacin que se requiere tambin para
oxig
mezclar los nutrientes y mantener la fermentacin homognea. Sin embargo,
existen lmites para la velocidad de agitacin, debidos tanto al alto consumo de
energa (que es proporcional al cubo de la velocidad del motor) como al dao
ocasionado a los organismos debido a un esfuerzo de corte excesivo.
Los biorreactores industriales usualmente emplean bacterias u otros organismos
simples que pueden resistir la fuerza de agitacin. Tambin son fciles de
mantener ya que requieren solo soluciones simples de nutrientes y pueden crecer
a grandes velocidades.

El diseo en bioingeniera no es solo la aplicacin de conceptos bsicos y tericos

que conlleven a lograr un prototipo; para la realizacin integra de un modelo, otra
gran parte, trata de la adaptacin creativa y de la utilizacin del ingenio propio para
lograr el objetivo de conjuntar el ambiente biolgico de un cultivo vivo con el
ambiente artificial de un dispositivo controlado; este es el resultado denominado
biorreactor o reactor biolgico. Un biorreactor es por tanto un
dispositivo biotecnolgico que debe proveer internamente un ambiente controlado
que garantice y maximice la produccin y el crecimiento de un cultivo vivo; esa es
la parte biolgica. Externamente el biorreactor es la frontera que protege ese
cultivo del ambiente externo: contaminado y no controlado. El biorreactor debe por
tanto suministrar los controles necesarios para que la operacion o proceso
(bioproceso) se lleve a cabo con economa, alto rendimiento (productividad) y en
el menor tiempo posible; esa es la parte tecnolgica.

MODO DE OPERACION Y SISTEMAS DE CULTIVO

El modo de operacion de un sistema de cultivo, es sinonimo del modo de operar

del biorreactor o fermentador. Este no solo influye en el diseno propio del reactor,
tambien, en el modelo cinetico de crecimiento del cultivo y en el proceso de
produccion. Existen tres modos de cultivo aunados a tres modos basicos de
operacion:

Discontinuo(batch): por lotes o tandas, sin alimentacion (F); se coloca

dentro del biorreactor la carga total de cada proceso (tanda o lote) de cultivo
o fermentacion y se dejar que se lleve a cabo el proceso productivo o la
fermentacion por el tiempo que sea necesario; el cual se denomina tiempo
de retencion.
Semicontinuo (fed-batch): por lotes alimentados, con alimentacion de
entrada (F1); se alimenta una lin ea de entrada o alimentacion (F1) para que
el sistema de cultivo tenga un producto (biomasa) con maximo de
crecimiento (exponencial) y aumente la productividad.
Continuo (continuos): por quimioestato, se alimenta una lin ea de entrada F1
o alimentacion y se drena una lin ea de salida F2 o lavado; de manera que
los flujos o caudales de ambas lin eas sean iguales y la produccion sea
continua.
 Antecedentes
En 2013, Tosina Fernndez,
Sergio, realiz como proyecto
de grado para optar el ttulo
de ingeniera de procesos la
Simulacin en cdigo Matlab
de un reactor para la
gasificacin de biomasa en
lecho fluidizado burbujeante.
Proyecto que desarroll en la
Universidad Carlos III de
Madrid, Departamento de
Ingeniera de Procesos
trmicos y de fluidos, siendo
asesorado por el profesor
Amancio Moreno Rodrguez

Para dicho proyecto necesito

de la parte experimental del
funcionamiento del reactor
para la gasificacin de
biomasa en el lecho fluidizado
burbujeante.
 Objetivos
Objetivo general
Con este proyecto se quiere poner en prctica los conocimientos de programacin
obtenidos en cdigo Matlab y profundizar en la ciencia de la biotecnologa. Se
pretende calcular, analizar y evaluar un modelo de biorreactor para la
concentracin de biomasa basado en un esquema simple de reacciones qumicas,
con funcionamiento en rgimen estacionario.
 Lmites y alcances

Alcances de programa:
Puedes visualizar los diferentes tipos de bacterias-patgenas,
Calcula el biovolumen, biomasa, porcentaje de rendimiento.
El programa tambin redondea al 5 nmero.
El programa acepta nmeros decimales

Lmites del Ejecutable en Matlab :

calcula el biovolumen de solo una clula a la vez.
Se tiene que tener el factor de conversin en cada problema
 Instalacin

Como instalar el programa con Matlab

1.-Como primer paso ubicamos la carpeta donde se ha guardo el programa, y

damos click en la carpeta llamada for_testing

2.-Luego en el archivo llamado Bioreactor.exe, o en cualquier caso como este

llamado el archivo con extensin .exe
3.-Esperamos a que cargue el programa, y estar listo para ejecutar.

4.- Programa listo para su uso

 Como instalar el programa sin Matlab

1.- Ubicamos la carpeta donde esta guardado nuestro programa, a continuacin

damos click en for_redistribution.

2.-Ubicamos el archivo MyAppInstaller_mcr.exe y damos click en el archivo.

 3.-En la ventana que se nos muestra a continuacin, damos click en Next

4.-En la ventana que nos mostrar, repetimos el paso anterior, pero adems de
eso marcamos la casilla que diga Add a shortcut to the desktop.
 5.-Nos mostrar una ventana emergente en la cual daremos click en Yes

6.-Seguimos dando click en Next y aceptamos los trminos de las licencia.

Damos click en Install y esperamos a que se instale. Por ultimo damos click en
finish.
7.-Ubicamos el archivo

Ejecutamos el programa
El programa estar listo para su uso
 CALLBACK DE NUESTRA G.U.I
1. Callback del Pushbuttom Calcular que nos permite calcular el rendimiento de la
biomasa.

2. Callback del Pushbuttom Reiniciar que nos permite borrar todo los datos que
ingresamos en los edit text y que ya no necesitemos
3. Callback del Pushbuttom Calcular que nos permite obtener el porcentaje del
rendimiento de la biomasa.

4. Callback del Pushbuttom Reiniciar que nos permite borrar los datos ingresados en los
edit text que utilizamos para obtener el porcentaje de rendimiento.
5. Callback del Pushbuttom Calcular que nos permite obtener la biomasa

6. Callback del Pushbuttom Reiniciar que nos permite borrar todos los datos e
informacin que ingresamos en los edit text que utilizamos para calcular la biomasa.
7. Callback del Pushbuttom Calcular que nos permite obtener el biovolumen de las
bacterias no patgenas.

8. Callback del Pushbuttom Reiniciar que nos permite borrar todos los datos en los edit
text que utilizamos para calcular el biovolumen en bacterias no patgenas.
9. Callback del Pushbuttom Calcular que nos permite obtener el biovolumen en las
bacterias patgenas.

10. Callback del Pushbuttom Reiniciar que nos permite borrar la informacin que se
ingres en los edit text que utilizamos para calcular el biovolumen de las bacterias
patgenas.
11. Callback del Pushbuttom Bacteria que nos permite visualizar una imagen en nuestro
axes, la cual es una funcin que comnmente nos otorga Matlab para realizar grficas.

12. Callback del Pushbuttom Bacteria Patgena que nos permite, al igual que en el
anterior callback, visualizar una imagen en una funcin axes, que como ya comente, se
ocupa comnmente para graficar algn tipo de funcin o matriz.
13. Callback de un Pop up Men que utilizamos en lugar de otro Pushbuttom para visualizar
imgenes en un axes, esto con el fin de dar mayores opciones al ejecutar nuestro
programa, ya que se le anexaron diferentes nombres de bacterias, en este caso se
encuentran las bacterias no patgenas.

14. Callback del otro Pop up Men que utilizamos para que el usuario visualice, en una
imagen, el tipo de bacteria patgena que seleccione en las diferentes opciones que se le
dan.
15. Callback del Pushbuttom Cerrar que nos permite, gracias a la funcin que le dimos,
cerrar el programa por completo.

16. Callback del Pushbuttom Ayuda que nos arroja un simpe texto dndonos una breve
explicacin de cmo se usa la tabla que se encuentra en el programa.
17. Ejecutando el programa desde su acceso directo.

18. Aplicacin ya en funcionamiento.

 Usos del programa

A continuacin se resolvern 3 problemas analticamente en donde se verifique

el funcionamiento del programa a travs de la comprobacin de los mismos.

2
Formulas a emplear (/) = =
3 4

=
6

Siendo: N, el nmero de microorganismos enumerados por ml de muestra

Bv el biovolumen expresado como m3 por microorganismo
F, factor de conversin, g de Carbono por m3
A, anchura del microorganismo
L, longitud del microorganismo

Ejemplo 1.

Una muestra bacteriana se ti con naranja de acridina y se prepar para microscopia de

epifluorescencia. Mediante un sistema de anlisis de imagen se procedi a medir la longitud y
anchura de 10 clulas, obtenindose los siguientes resultados:

clula A: Anchura (m) L: Longitud (m)

1 0.51 1.0234
2 0.50 1.0342
3 0.51 1.1091
4 0.50 1.0921
5 0.49 1.0456

6 0.49 1.1001
7 0.50 1.1000
8 0.50 1.0761
9 0.51 1.0345
10 0.49 1.0555

Aplicando la frmula para calcular el Biovolumen de cada bacteria.

0.51
1 = 1.0234 (0.51)2 /4 = 0.9886723
3
 0.50
2 = 1.0342 (0.50)2 /4 = 1.9906753
3

0.51
3 = 1.1091 (0.51)2 /4 = 1.0743723
3

0.50
4 = 1.0342 (0.50)2 /4 = 1.0593753
3

0.49
5 = 1.0456 (0.49)2 /4 = 1.01479953
3
0.49
6 = 1.1001 (0.49)2 /4 = 1.06929953
3

0.50
7 = 1.1000 (0.50)2 /4 = 1.0672753
3

0.50
8 = 1.0761 (0.50)2 /4 = 1.0433753
3

0.51
9 = 1.0345 (0.51)2 /4 = 0.9997723
3

0.49
10 = 1.0555 (0.49)2 /4 = 1.02469953
3

3
( ) = 1.033233

Sabiendo que la densidad del cultivo es 4,8 107 bacterias/ml y el factor de conversin a carbono
es 164 /m 3 , cul es la biomasa de este cultivo?

(/) =
bacterias C
= 4,8x10 ml 1.033233 / 164 m3 =

= 8.151710 /
 Ejemplo 2.

Suponga que trabaja en el laboratorio de una empresa de produccin de cultivos iniciadores

(inculos) para varias empresas de productos lcteos. Dispone de dos nuevas cepas
(Lactobacillus adidophilus y Lactobacillus fermentum) en las que se est comprobando la
capacidad de producir elevadas densidades celulares y biomasa. En su laboratorio, hacen crecer
los dos Lactobacillus, por separado y en condiciones ptimas. Al llegar a la fase estacionaria de
crecimiento (24 h) se recogen muestras y, los resultados obtenidos utilizando microscopia de
epifluorescencia son los siguientes:

Lactobacillus Bacterias/campo Vol. Dil. Factor

Filtrado microscopio
(ml) (campos/filtro)
L. acidophilus 25/32/30/28/33/34/35/29/28/24 0.5 10-2 14.520
15/32/33/18/20/22/18/23/19/26
L. fermentum 5/12/13/8/13/8/15/9/8/14 1 10-3 7.220
15/12/13/8/10/7/8/9/9/6

Se miden 200 clulas. Resultados obtenidos:

Lactobacillus Longitud (m) Anchura (m) Factor de conversin Densidad

(mg C/m3) (bacterias/ml)
L. acidophilus 1,7 0.6 7.61x107
170x10-10
L. fermentum 2 0,4 7.29x107

Cul de los dos microorganismos alcanza una mayor biomasa en la fase estacionaria de
crecimiento?

2
=
3 4
0.6
1 = 1.7 (0.51)2 /4 = 1.6434513
3
0.4
1 = 2 (0.4)2 /4 = 1.9832443
3

bacterias 1.6434513 C
1 = 7.61x107 ml 170x1010 g 3 = 2.12613 /
m

bacterias 1.9832443 C
2 = 7.29x107 ml 170x1010 g 3 = 2.457834 /
m
 La bacteria que contiene mayor biomasa es: L. fermentum

Ejemplo 3

Como inculo para la elaboracin de yogur, se prepara un cultivo mixto compuesto por un 60%
de Lactococcus thermophilus y un 30% de Lactobacillus bulgaricus (porcentajes respecto a
biomasa). La biomasa del cultivo es de 8.5 mg C/ml. Sabiendo que:
el dimetro (D) medio de Lactococcus es 1,2 m; y la longitud (L) y anchura (A) medias de
Lactobacillus son 1,8 y 0,5 m, respectivamente;

la ecuacin del biovolumen en el caso de los cocos es = 6
; y en el caso de los bacilos,
2
=
3 4

el factor de conversin de biovolumen en carbono (F) es 1701010

Calcular la biomasa individualmente de las bacterias.

(1.2)
(Lactococcus) = = 0.90477
6

0.5 (0.5)2
(Lactobacillus) = 1.8 = 1.7672750
3 4

1.17108 3
= 0.90477 1701010 =

= 1.7996 /

2.200108 3
= 1.7672750 1701010

= 6.609608

 Referencia bibliogrfica:

Akita K., Yoshida F. 1973. Gas holdup and volumetric mass transfer coefficient in
bubble columns. Industrial & Engineering Chemistry Process Design and
Development. 12 (1): 76-80. Recuperado de
http://revistas.unal.edu.co/index.php/biotecnologia/article/view/41272/43805
Fecha de recuperacion: 14/06/2017.

Stainer R, Igraham J, Wheelis M, Painter P. 1992. Microbiologa. Editorial Reverte

S.A. Barcelona, Espaa, pp. 768. Recuperado de
http://www.redalyc.org/pdf/4277/427739473007.pdf Fecha de recuperacion:
14/06/2017.