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INRA Prod. Anim.

,
2013, 26 (2), 145-156 La slection pour des vaches
et une production laitire plus durables :
acquis de la gntique et opportunits
offertes par la slection gnomique
M. BROCHARD1, D. BOICHARD2,3,V. DUCROCQ2,3, S. FRITZ4
1 Institut de lElevage, UMR GABI, 149 rue de Bercy, F-75595 Paris, France
2 INRA, UMR1313 GABI, F-78352 Jouy-en-Josas, France
3 AgroParisTech,UMR1313 GABI, F-75231 Paris, France
4 UNCEIA, 149 rue de Bercy, F-75595 Paris, France

Courriel : Mickael.Brochard@idele.fr

Avec larrive de la slection gnomique et lvolution des attentes des leveurs, des citoyens
et des consommateurs, lamlioration gntique des races bovines laitires est un vritable
tournant de son histoire. Quel rle la gntique joue et jouera-t-elle pour la durabilit de la
production laitire ?

La croissance des attentes de la socit tesse des animaux (Bodin et al 2010) est robustesse des animaux en particulier.
en matire denvironnement est dsor- ici considre comme lensemble des ap- Cest galement une formidable oppor-
mais une tendance de fond laquelle la titudes dites fonctionnelles : ensemble de tunit pour prendre en compte toute une
production laitire nchappe pas (Cniel caractres relatifs la capacit dun ani- srie de nouveaux caractres en rponse
2011). Les conditions de production sont mal vivre, se reproduire et produire en aux besoins lis la durabilit, notam-
de plus en plus un sujet de dbat et lob- bonne sant dans un contexte dlevage ment dans les domaines de la sant ani-
jet de rglementations vertes notam- donn, avec le moins possible dinterven- male, de lefficacit alimentaire ou encore
ment au niveau europen : limitation des tions de lHomme. On parle galement de de la composition fine du lait. Laccs
intrants, gaz effet de serre, rejets azo- qualit ou facilit dlevage. Cela con- aux performances des animaux, dites
ts, promotion du bio, bien-tre animal, cerne des aptitudes telles que la fertilit, aussi phnotypes , devient alors un
etc. Le syndrome mtabolique devient la rsistance aux maladies, la longvit enjeu majeur. De nombreux programmes
un problme majeur de sant publique, des animaux, etc. La notion de qualit de phnotypage sont mis en uvre, mo-
les inquitudes dune partie des consom- globale du lait produit par ces animaux difiant profondment les relations entre
mateurs vis--vis de la qualit nutrition- recouvre aussi diffrents champs : sani- les acteurs, les outils et les mthodes
nelle des produits laitiers notamment, en taire, nutritionnel et technologique. dapproche des caractres.
font un des principaux enjeux des fili-
res laitires de demain. En parallle, les Les dveloppements scientifiques et
leveurs sont de plus en plus en attente techniques des dernires dcennies ont 1 / 50 ans de slection gn-
danimaux fonctionnels ou faciles permis damliorer la matrise et lopti- tique : rsultats et limites par
lever pour rduire les cots, interven- misation des diffrentes tapes des pro- rapport la durabilit
tions et astreintes dans des levages de grammes de slection, les rendant ainsi
taille croissante. Est-ce que la slection trs performants. La comptitivit des
apporte et apportera demain des lments exploitations laitires franaises sest alors Dans la plupart des pays dvelopps,
de rponse ces nouvelles attentes ? Est- accrue, essentiellement par une augmen- au cours des 30 dernires annes, le pro-
ce quelle saura produire les vaches dont tation substantielle de la productivit grs gntique en production laitire
lagriculture cologiquement intensive laitire, accompagne dun accroissement variait entre 50 et 100 kg par lactation
a besoin ? Quelle adaptation aux condi- de la richesse du lait en matires pro- chaque anne. Toutes les races ont t
tions dlevage de demain et leur diver- tiques (Verrier et al 2010). Dabord concernes, hormis celles dont les effec-
sit ? Sera-t-elle un des acteurs essen- absents des objectifs de slection en tifs limits danimaux nont pas permis
tiels de lagriculture durable ? dehors de la morphologie, les caractres la mise en uvre de programmes de
fonctionnels y ont t intgrs progres- slection mais justifiaient des mesures
La durabilit des animaux et des sys- sivement depuis la fin des annes 1990. conservatrices. La composition du lait a
tmes de production est une notion qui gnralement t un caractre secondaire
comprend plusieurs aspects. En matire Aujourdhui, avec la slection gno- et son volution a t assez faible, en
de slection, les facteurs principaux de mique, les leviers gntiques sont profon- augmentation pour le taux protique et
durabilit sont : la robustesse, lefficaci- dment renouvels, tel point que cer- plus variable selon les conditions cono-
t alimentaire et la limitation des rejets, tains parlent de rvolution . Cette inno- miques du moment pour le taux buty-
ainsi que la qualit sanitaire, nutrition- vation est utilise ds prsent pour aug- reux. Compte tenu de la corrlation gn-
nelle et technologique du lait. La robus- menter lefficacit de la slection sur la tique ngative presque systmatique

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entre la productivit laitire et les carac- valle vlage-1re insmination, servant de la mamelle sur la rsistance aux mam-
tres fonctionnels la fertilit, la rsis- dindicateur de la reprise de cyclicit. mites, la vitesse de traite et la longvit,
tance aux mammites et dautres mala- et sur la commodit du travail. La situa-
dies, la longvit , la robustesse gn- b) Rsistance aux mammites tion est moins claire en ce qui concerne
rale des vaches laitires sest dgrade les caractres lis la morphologie des
dans le mme temps (Jorjani et al 2007). lexception notable des pays nor- aplombs : peu hritables, ils sont fina-
Les caractres fonctionnels sont diffi- diques qui disposent depuis longtemps lement faiblement lis lincidence des
ciles slectionner de manire classique dun systme remarquable de recueil boiteries (Uggla 2008, Stoop et al 2010).
cause de leur hritabilit modre des donnes de sant, la rsistance aux
trs faible (par exemple, lhritabilit du mammites a t et est encore trs majo- 1.2 / Evaluations gntiques natio-
taux de conception est comprise entre 1 ritairement aborde indirectement par la nales et internationales
et 3%), mais leur variabilit gntique concentration en cellules somatiques dans
est importante, ce qui les rend suscep- le lait. Outre sa relative simplicit, cette Lvaluation gntique de certains
tibles dtre rapidement dtriors en mesure prsente lavantage de bien caractres fonctionnels ncessite un trai-
rponse indirecte une slection forte- prendre en compte les mammites sub- tement statistique particulier, cause de
ment oriente vers la productivit, par cliniques persistantes. En revanche, elle spcificits incompatibles avec les hypo-
exemple le taux de russite linsmi- nexplique que partiellement les mam- thses classiques, comme par exemple
nation a baiss de prs d1 point entre mites cliniques : la corrlation gntique la nature discontinue des donnes ou la
1998 et 2001 du fait de la dgradation entre comptages cellulaires et frquence variabilit de lchelle de mesure sub-
des aptitudes gntiques (Le Mzec et de mammites cliniques est comprise jective (ex. : conditions de naissance).
al 2010). En parallle, la rduction des entre 0,55 et 0,73 (Rupp et Boichard La situation la plus extrme est la long-
cots et des interventions est devenue 1999, Bonati et al 2005). Un systme vit fonctionnelle : i) les donnes sont
lobjectif principal de la conduite de denregistrement des mammites cliniques dites censures (les plus jeunes animaux
troupeaux de taille croissante, avec moins a t mis en place (Douguet et al 2008) ceux qui nous intressent en slection
de main-duvre. En Amrique du Nord et permet la France dtre parmi les ne sont pas encore rforms !) ; ii) les
(Rogers 2005) comme en Europe, cer- rares pays disposer dune valuation facteurs de milieu influenant les choix
tains leveurs privilgient mme le croi- gntique de la rsistance aux mam- de rforme changent en mme temps que
sement ou un changement de race pour mites cliniques. ce que lon mesure (la dure de vie) ; iii)
contourner rapidement les effets indsi- le caractre est affect par les rformes
rables de cette dgradation de la robus- c) La longvit fonctionnelle ou dure volontaires lies une production lai-
tesse des vaches. de vie productive (du 1er vlage la tire insuffisante (Ducrocq 2006).
rforme)
Depuis le dbut des annes 2000, la Au plan international, bien que la plu-
majorit des programmes de slection Il sagit dun caractre avec un statut part des caractres fonctionnels soient
intgrent les caractres fonctionnels, particulier : il peut tre vu comme un intgrs dans les valuations gntiques
suivant lexemple pionnier des pays scan- indicateur global de robustesse, rsultant internationales ralises par lorganisme
dinaves. En France, grce un fort inves- de dfaillances sur dautres caractres. Interbull (www.interbull.org, Banos
tissement mthodologique de lINRA, On parle de longvit fonctionnelle , 2010), lamlioration de la robustesse
les leveurs des diffrentes races lai- c'est--dire laptitude prvenir une par les changes de reproducteurs et
tires ont pu disposer progressivement rforme involontaire (fcondit, pro- de semences entre pays nest pas opti-
dvaluations gntiques pour diffrents blme de sant, boiterie...), par opposi- male. Tout dabord, limportance accor-
caractres de robustesse des vaches : en tion aux rformes volontaires (principa- de aux caractres de morphologie lors
1997, les cellules somatiques (Rupp et lement dues une production laitire du choix des reproducteurs reste gn-
Boichard 1997) et la longvit fonction- juge insuffisante). ralement excessive (suprieure lim-
nelle (Ducrocq 2005) ; en 1998, le taux portance accorde aux autres caractres
de conception chez la vache (Boichard d) Caractres morphologiques fonctionnels). Ensuite, du fait dune
et al 1998) ; en 2010, les occurrences de grande htrognit de dfinition des
mammites cliniques ainsi que dautres Depuis la cration des races, une forte caractres fonctionnels, des systmes
caractres de fertilit (taux de concep- slection sur certains caractres mor- de collecte et des modles dvaluation
tion pour les gnisses et intervalle v- phologiques des vaches (taille, apparen- gntique, les corrlations gntiques
lage-1re insmination). Notons gale- ce laitire) a t mise en avant par bon entre diffrentes mesures du mme
ment les valuations gntiques sur les nombre dleveurs et de vendeurs de caractre dans diffrents pays sont
conditions de naissance et de vlage dis- reproducteurs ou de semences comme faibles et empchent souvent les meil-
ponibles depuis 2000 et la viabilit des un moyen daccrotre la longvit des leurs taureaux trangers dapparatre
veaux la naissance depuis 2007. vaches (Larroque et Ducrocq 2001). De dans les top lists nationales.
nombreux travaux ont branl cette
1.1 / Caractres de robustesse affirmation et au contraire certaines pra- 1.3 / Objectifs de slection et
tiques de slection sur certains de ces index de synthse
a) Fertilit des femelles caractres ont eu des rpercussions fcheu-
ses sur la robustesse des animaux. Par La mise en place dvaluations gn-
Il sagit en fait dun ensemble de carac- exemple, la liaison entre la robustesse et tiques sur la fertilit, la longvit ou les
tres (aptitude concevoir, aptitude la la taille des vaches est controverse, voire cellules somatiques na eu aucun impact
reprise de cyclicit) dont lvaluation sest avre clairement dfavorable dans tant que ces caractres ntaient pas
requiert un recueil national de lensemble certains travaux (Pryce et al 2009). De inclus dans des index synthtiques cor-
des insminations (facteur limitant dans mme, en race Holstein, la slection sur respondant aux objectifs globaux de
de nombreux pays) mais aussi des lapparence laitire ( dairy form ) a slection.
vlages et des tats de prsence et de des consquences nfastes sur la fertili-
lactation. En France, nous utilisons le t et la longvit (Lassen et al 2003). A Jusqu la fin des annes 1990, les
taux de conception ou taux de russite loppos, on retrouve dans toutes les objectifs de slection des pays laitiers
aprs chaque insmination pour les tudes un impact favorable de la slec- combinaient essentiellement les carac-
gnisses et les vaches, ainsi que linter- tion de caractres lis la morphologie tres laitiers (production de matire

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La slection pour des vaches et une production laitire plus durables / 147

protique et de matire grasse, taux de (Ducrocq et al 2001, Lassen et al 2007). gns sous le terme de puces , du fait de
matire protique et de matire grasse Cette mthode permet de contourner les leur miniaturisation. La puce Bovine-
du lait) et des caractres de morpholo- difficults, en combinant de faon opti- SNP50 fournie par la firme Illumi-
gie. Avec lurgence de stopper la dgra- male toutes les informations disponibles na , utilise en France depuis 2008,
dation des caractres fonctionnels, ces en fonction des corrlations gntiques permet de suivre la transmission des
objectifs de slection se sont considra- et des diffrences de prcision dun rgions chromosomiques au cours des
blement largis et quilibrs (Colleau et caractre lautre. gnrations (Robert-Grani et al 2011).
Regaldo 2001), avec un poids relatif Les valuations ou indexations gno-
dcroissant des caractres laitiers. Depuis Le virage pris par les programmes de miques utilisent alors trois types din-
fvrier 2012, lobjectif de slection de la slection, particulirement avec la rfor- formations : gnalogies enregistres,
race PrimHolstein en France accorde un me de lISU en 2001, se traduit, comme performances mesures et gnotypes
poids prpondrant aux caractres non le montre lexamen des courbes de pro- observs. La mthode gnrale repose
lis directement la production : 22% grs gntique (figure 1) sur le taux de sur la constitution dune population de
la fertilit, 18% la sant de la mamelle, conception des vaches et les comptages rfrence suffisamment grande, consti-
15% la morphologie, 5% la longvit, de cellules somatiques, par un arrt de tue dindividus pour lesquels on dispose
5% la vitesse de traite, contre 35% la la dgradation gntique voire une lg- la fois des phnotypes dintrt et des
production qui devient minoritaire. re amlioration de ces caractres par- gnotypes. Le gnotype des individus
tir des gnrations de femelles issues de est obtenu par la dtermination des bases
Lindex synthtique (ou ISU pour taureaux disposant dun ISU (Dezetter nuclotidiques (A, T, G ou C) dune srie
Index Synthtique Upra ) combine et Le Mzec 2011). Comme nous le ver- de marqueurs rpartis sur le gnome.
les valuations gntiques pour les dif- rons plus loin, la mise en uvre de la Cette population permet dtudier les
frents caractres qui constituent lob- slection gnomique devrait permettre relations entre phnotypes et marqueurs
jectif de slection. Or, les valeurs gn- une amlioration beaucoup plus nette. et de construire un outil de prdiction de
tiques sur les caractres fonctionnels sont la valeur gntique. Loutil ainsi dve-
souvent disponibles seulement pour les 2 / Les leviers gntiques lopp peut tre utilis pour prdire la
taureaux, avec initialement de faibles valeur gntique dun (jeune) animal
valeurs du Coefficient de Dtermination renouvels avec la slection sur la base de son seul gnotype aux
(CD), qui est un indicateur de la prci- gnomique marqueurs, bien avant de connatre ses
sion de lvaluation. Souvent, des pr- performances individuelles, ou sur des-
dicteurs prcoces sont disponibles pour cendance. La prcision des index gno-
accrotre cette prcision (ex. : morpholo- 2.1 / Principe gnral des valua- miques calculs dpend de la taille de
gie de la mamelle pour la rsistance aux tions gnomiques la population de rfrence et de lhrita-
mammites). Contrairement la plupart bilit du caractre (Hayes et al 2009). En
des pays qui utilisent de simples combi- France, en janvier 2012, les populations
naisons linaires dindex, la France a Suite au squenage du gnome bovin, de rfrence des races PrimHolstein,
dvelopp et mis en uvre depuis 2001 des outils de gnotypage grande chelle Montbliarde et Normande sont consti-
une valuation multicaractre approche ont t dvelopps. Ces outils sont dsi- tues respectivement de 22 000, 1 800

Figure 1. Progrs gntiques des taureaux PrimHolstein pour les caractres composants lISU (Dezetter et Le Mzec 2011).
100 5,0

90

Morphologie et caractres (en car


  
80 4,0
ISU et production (en points)

70

60 3,0

50

40 2,0

30

20 1,0

10

0 0,0

-10

-20 -1,0
1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010

Production ISU
Morphologie Cellules somatiques Longvit fonctionnelle Fertilit femelle

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et 1 500 taureaux gnotyps sur la puce Figure 2. Progrs gntique annuel et volution de consanguinit selon trois scna-
BovineSNP50 et galement tests rios de slection gnomique (Colleau et al 2009).
sur descendance, ce qui reprsente des
millions de phnotypes collects par REF, AXMAX et AXMIX sont trois scnarios de slection gnomique sur une gran-
caractre dans ces trois races. Grce ces de population de bovins laitiers appliqus pendant 20 ans. Le scnario REF consis-
populations de rfrence et aux travaux te en une prslection des candidats puis testage sur descendance. Les deux autres
raliss dans le cadre du projet Appro- scnarios se distinguent de REF par la suppression de cette tape de testage sur
ches Mthodologiques et Application de descendance AXMAX considre que les taureaux, mme les meilleurs, ne sont uti-
la Slection GENomique (AMASGEN), liss pendant une seule campagne et sont tous pres taureaux alors que AXMIX
financ par lAgence Nationale pour la considre la rutilisation des meilleurs taureaux.
Recherche (ANR) et le fond de recher-

Augmentation annuelle de consanguinit (%)


che Apis-Gne (www.apis-gene.fr), les 10 0,25
jeunes animaux disposent destimations

Progrs gntique (points d'ISU)


de leurs valeurs gntiques avec un
CD suprieur 0,50 pour lensemble 8 + 0,2
des caractres slectionns (tableau 1). 88%
+ 84%
Cette valeur de 0,50 de CD est trs
+ 69%
importante considrer puisquelle 6 0,15
reprsente, pour les caractres laitiers,
le seuil au-del duquel il est, selon la
rglementation europenne, possible - 23%
dutiliser le taureau en insmination. 4 0,1

Tableau 1. Coefficients de Dtermi-


nation (CD) moyens des index gno- 2 0,05
miques calculs en juin 2010 (Fritz et al
2010).
0 0
(1) (2) REF AXMAX AXMIX
Race LAIT CEL FERv
Progs gntique annuel Augmentation annuelle de consanguinit
Prim'Holstein 0,70 0,67 0,60
rable la variabilit gntique quAXMIX majorit aussi prsents sur la puce
Montbliarde 0,64 0,62 0,53 (les meilleurs taureaux sont utiliss 2 BovineSNP50. Les marqueurs ont t
ans et surtout les meilleurs dentre eux choisis de faon optimiser les travaux
Normande 0,62 0,61 0,51 une fois linformation sur descendance dimputation. Limputation consiste
(1)
score de cellules somatiques. obtenue, sont rutiliss et ralisent 50% prdire les typages manquants dun ani-
(2)
fertilit femelle des vaches. des insminations) : - 23% dvolution mal et conduit disposer de tous les
annuelle de consanguinit pour AXMAX SNP de la puce BovineSNP50 partir
par rapport REF, contre + 69% pour des 6 909 SNP rellement gnotyps
2.2 / Consquences pour les pro- AXMIX. (Dassonneville et al 2012). La qualit
grammes de slection en bovins de limputation dpend des populations
Ces rsultats montrent quen slection de rfrence rellement types sur la
laitiers gnomique chez les bovins laitiers, il est puce BovineSNP50. Cet outil vise en
Lutilisation des index gnomiques parfaitement possible de quasiment dou- particulier lindexation gnomique en
dans les programmes de slection est bler le progrs gntique sans cons- levage trs grande chelle des popu-
appele slection gnomique. Lexpres- quence nfaste pour lvolution annuelle lations femelles.
sion rvolution gnomique assume de consanguinit, grce lutilisation
le fait que cet outil permet une valuation quilibre dun plus grand nombre de b) La voie femelle, un nouveau levier
gntique trs prcoce de la vie dun jeunes reproducteurs, diffuss sur la base pour les caractres fonctionnels
reproducteur, voire au stade embryon- de leurs index gnomiques sans priode
naire. Plusieurs scnarios sappuyant de testage sur descendance. Compte tenu La slection gnomique permet
sur la slection gnomique ont t tests du niveau lgrement plus faible de pr- davoir des index aussi prcis pour les
par simulation sur une grande popula- cision des index gnomiques des jeunes jeunes femelles que pour les jeunes mles
tion de bovins laitiers, slectionne pen- taureaux sans descendance, il est toute- et ce mme pour les caractres faible-
dant 20 ans sur un index de synthse fois conseill de raisonner par groupes ment hritables que sont les caractres
mimant lISU (Colleau et al 2009). de taureaux afin de limiter les risques et fonctionnels (tableau 1). Lvaluation
Daprs cette simulation (figure 2), les garantir ce progrs gntique lev. classique, faute de CD suffisant, ne per-
scnarios sans tape de testage sur mettait pas de disposer pour les femelles
descendance (AXMAX et AXMIX) con- 2.3 / Opportunits offertes par la dindex relatifs aux caractres fonction-
duisent tous deux une augmentation slection gnomique nels (en dehors des comptages cellu-
de + 84 et + 88% du progrs gntique laires). Lindexation gnomique en le-
annuel par rapport au scnario REF a) Un outil disposition des leveurs vage devient un outil de gestion du
(prslection sur index gnomiques, troupeau femelle.
puis testage des candidats sur descen- Afin de rendre la slection gnomique
dance), en accord avec les premiers accessible aux leveurs un cot le plus c) Enrichir les objectifs de slection :
rsultats de Schaeffer (2006). Ces deux faible possible, une nouvelle puce dite vers plus dquilibre
scnarios diffrent en matire de dura- BovineLD a t dveloppe par
bilit car AXMAX (les taureaux ne sont Illumina en 2011, dans le cadre dun Dans un second temps, la slection
utiliss que durant une seule campagne consortium international (Boichard et al gnomique doit permettre dintgrer de
dinsmination et chacun dentre eux est 2012). Cette nouvelle puce ne compte faon efficace de nouveaux caractres
pre taureau) est nettement plus favo- que 6 909 marqueurs SNP, en grande dans les objectifs de slection. Dune

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part, comme elle augmente le progrs pour la slection gnomique que pour rassembler. A nouveau, des exemples
potentiel, elle donne lopportunit daug- la slection classique ; des besoins nou- internationaux existent, par exemple en
menter le poids des caractres de robus- veaux, lis des demandes des filires, Sude, au Canada ou aux Pays-Bas
tesse (cf. 1.3, le nouvel ISU adopt des consommateurs ou de la socit. (Eriksson 2006, Cramer et al 2008, Stoop
depuis 2012) et dintgrer de nouveaux Trois grands domaines peuvent tre et al 2010). La susceptibilit la para-
caractres aux objectifs de slection explors : la robustesse et ses diffrentes tuberculose fait galement lobjet de
actuels, sans pnaliser le progrs laitier. composantes ; lefficacit de la produc- suivis mais, contrairement aux cas pr-
Dautre part, elle dconnecte contrle tion et la limitation de limpact environ- cdents, les donnes nexistent pas et
de performances et slection, et permet nemental ; la qualit, en particulier leur production est particulirement exi-
denvisager de collecter de nouveaux nutritionnelle, des produits. geante. Elle peut reposer sur un suivi
phnotypes dans une population de longitudinal de troupeaux affects ou,
rfrence (cf. 4.1) ventuellement adap- 3.1 / Robustesse des animaux de faon moins prcise, sur les diagnos-
te chaque caractre. A titre dexemple tics labattage. Diffrentes initiatives
nous pouvons citer le programme Phno- Lamlioration gntique doit faire face ltranger montrent cependant que cette
Finlait (www.phenofinlait.fr, Esvan et un nouveau dfi qui est le transfert de action est possible (Gonda et al 2006,
al 2010) sur la composition fine du lait la matrise des effets de lenvironne- Minozzi et al 2010).
ou encore le projet PARADIGM sur la ment par le systme de production
paratuberculose. leur matrise par lanimal lui-mme Ltat corporel est un autre caractre
(Bodin et al 2010). Ce transfert est nces- trs important. Il est associ la mobili-
sit notamment par la mise en place sation corporelle, une composante essen-
3 / Nouveaux caractres, dune agriculture durable [qui] doit tielle de la physiologie de la vache laiti-
opportunits pour la dura- mobiliser des systmes de production re, mais aussi ltat de sant, la capacit
bilit ? dans lesquels le milieu est moins de reproduction et la longvit. Sa
contraint et contrl (Bodin et al 2010). mesure est toujours complexe et au-del
Parmi les composantes du moindre des notes dtat, en partie subjectives,
Au cours du temps, les objectifs de contrle du milieu, il y a par exemple on peut envisager divers dispositifs : i)
slection des bovins laitiers ont intgr la rduction de la disponibilit des le- la mobilisation tant associe la com-
un nombre croissant de caractres et veurs pour le suivi individuel des ani- position de la matire grasse du lait
sont devenus de plus en plus labors. maux (connue depuis plusieurs dcen- (dautres bio-marqueurs comme des
Ce phnomne est gnral et a t nies en lien avec laugmentation de la mtabolites ou des hormones pourraient
observ dans la plupart des espces taille des structures de production par tre considrs galement), une mesure
dlevage : la slection vise tout dabord unit de main-duvre), la rduction des peut tre base sur la composition fine
amliorer les caractres qui sont le plus intrants notamment mdicamenteux, du lait (McParland et al 2011) ; ii) des
limitant, puis elle prend progressive- etc. Dans ce contexte, la robustesse en peses rptes plusieurs fois par jour
ment en compte dautres caractres, en gnral au sens de la capacit dun laide de dispositifs automatiques
fonction des besoins. Par ailleurs, au animal vivre, se reproduire et produire permettent sans doute destimer correc-
dpart, elle doit tre trs efficace et peu en bonne sant dans un contexte dle- tement lvolution du poids et le bilan
coteuse, ce qui est permis si on se limite vage avec le moins possible dinterven- nergtique sur le court terme (Friggens
un objectif simple. La complexifica- tions de lHomme et ses diffrentes et al 2011) ; iii) enfin, des tudes mon-
tion ncessite davantage de mesures sur composantes (sant, reproduction, lon- trent que limagerie externe permet
les animaux, donc une organisation plus gvit, adaptation au systme de pro- dapprhender la forme de lanimal et
coteuse. Elle entrane une dilution duction...) constituent un enjeu consid- donc son angularit (Bewley et al 2008,
de leffort de slection au fur et mesure rable. Halachmi et al 2008).
que le nombre de caractres saccrot et
donc un progrs plus faible sur chacun La sant est sans doute le point le Les races bovines laitires tant des
deux. Elle nest donc possible que lors- moins pris en compte jusqu ce jour, populations de petite taille gntique
que le systme est mature. Au cours limit pour linstant la rsistance aux (Danchin-Burge et al 2012), leur taux
des 50 dernires annes, les objectifs de mammites. Une voie importante dam- de consanguinit augmente rgulire-
slection ont progressivement pris en lioration consiste mieux utiliser les ment et saccompagne notamment de
compte la productivit laitire, la riches- donnes sanitaires prsentes dans les laccroissement de lincidence des tares
se du lait, la morphologie, et les carac- levages, concernant par exemple les gntiques rcessives. A partir de
tres fonctionnels, de plus en plus nom- maladies mtaboliques, digestives, res- quelques cas, les mthodes actuelles
breux (Verrier et al 2010). Bien que dj piratoires, reproductives, etc. Lexem- fondes sur le gnotypage et le squen-
trs complet, lobjectif actuel ne couvre ple nous est donn ltranger, bien sr age haut dbit permettent de localiser
pas toutes les composantes souhaitables dans les pays nordiques, et plus rcem- lanomalie, souvent didentifier la muta-
ou envisageables, principalement pour ment au Canada et en Autriche (Egger- tion causale, et toujours de disposer de
des raisons de difficult de collecte de Danner et al 2010). Les donnes exis- tests de diagnostic permettant didenti-
linformation phnotypique correspon- tant dj, cette action ncessite surtout fier les porteurs htrozygotes. Le fac-
dante et, dans une moindre mesure, une normalisation des informations, teur limitant reste la dtection prcoce
cause de la faible hritabilit, limitant avec une standardisation de leur enre- des cas daccroissement dincidence et
lefficacit de la slection. gistrement et leur gestion dans une base ncessite la mise en place dobserva-
unique. Les troubles des pieds et des toires spcialiss comme au Danemark
On peut supposer qu lavenir les sabots constituent une cause importante (Agerholm 2007) ou en France (www.
objectifs de slection continueront de rforme. Le projet PARABOV (finan- onab.fr). Plus rcemment, lanalyse des
voluer vers plus de complexit, et ce c par France Gntique Elevage, inter- donnes de gnotypage haut dbit des
pour plusieurs raisons : des possibilits profession des acteurs de lamlioration populations en slection gnomique a
daccs de nouveaux phnotypes grce gntique des ruminants dlevage) cible permis de mettre en vidence plusieurs
une meilleure intgration de linfor- les donnes de pathologie des pieds, anomalies de dveloppement conduisant
mation ou la disponibilit de nouvelles obtenues par les pareurs dans le cadre des mortalits embryonnaires ou ftales
technologies de mesure ; des besoins de leur activit. Avant toute utilisation, (VanRaden et al 2011), induisant une
quantitatifs en phnotypes plus rduits il convient de les standardiser et de les baisse de fertilit.

INRA Productions Animales, 2013, numro 2


150 / M. BROCHARD, D. BOICHARD, V. DUCROCQ, S. FRITZ

Dautres phnotypes pourront sans global Dry Matter Initiative, page haut dbit. Par ailleurs, les spec-
doute tre apprhends dans le futur : Veerkamp et al 2012) se mettent en tromtres ncessitent une calibration
partir de capteurs en ferme varis comme place pour constituer des populations pour fournir des donnes interprtables
les acclromtres pour lanalyse du de rfrence suffisantes sur ce caractre sans biais, un problme qui nest pas enco-
comportement, la dtection des chaleurs difficile prendre en compte mais re rgl de faon simple autrement que
et de diffrents troubles de sant (boite- important. par lanalyse rgulire de laits tmoins.
ries, position couche prolonge...) ;
lanalyse du lait pour la dtection de 3.3 / Composition fine du lait 4 / O il est question de ph-
troubles divers de lanimal ; le bolus
ruminal pour lanalyse de la tempratu- La composition fine du lait fait lobjet notypage
re et donc la dtection de pathologies ; de nombreuses tudes depuis les travaux
le comportement alimentaire etc. La pionniers de la Facult Universitaire des Avec la slection gnomique est appa-
gamme est quasi infinie, mais il convient Sciences Agronomiques de Gembloux rue la notion de population de rfrence :
de dfinir prcisment le diagnostic (Soyeurt et al 2006). Le principe est un nombre plus ou moins grand dani-
dintrt ainsi que les conditions daccs simple : la spectromtrie dans le MIR, maux partir desquels sont tablies des
aux donnes, pour permettre de normali- utilise pour prdire les taux butyreux et correspondances entre gnotypes une
ser, collecter, stocker et grer des infor- protique, peut aussi tre utilise pour srie de marqueurs et phnotypes. Ces cor-
mations pertinentes et valorisables des doser dautres composants. Des qua- respondances ou quations sont ensuite
fins de slection. tions de prdiction peuvent tre dve- extrapoles aux candidats sans phno-
loppes partir dchantillons caractri- types. La question de laccs des ph-
3.2 / Efficacit alimentaire et ss la fois avec une mesure de rfrence notypes et des populations de rf-
et un spectre MIR. En disposant dqua- rence de qualit est alors absolument
rejets tions de prdiction, on valorise ainsi les stratgique.
Lalimentation reprsente le cot de millions de spectres MIR produits chaque
production le plus important. Leffica- anne dans le cadre du contrle laitier.
Les travaux rcents (Soyeurt et al 2006, 4.1 / Phnotypage et populations
cit alimentaire a t amliore chez la
vache laitire essentiellement par aug- Ferrand et al 2011) montrent que lon de rfrence
mentation de la productivit et rduc- peut caractriser avec une prcision a) Qualit de lchantillonnage
tion concomitante de la part de lentre- correcte une vingtaine dacides gras
tien dans les besoins alimentaires. Mais majeurs ainsi que divers ratios comme Le choix des animaux de la population
peu de choses sont connues sur leffica- le taux de dsaturation (Soyeurt et al de rfrence nest pas anodin. Il est
cit digestive et les pertes ruminales, 2009a), mais aussi certaines protines dabord ncessaire de couvrir une varia-
deux composantes potentiellement (avec une prcision moindre cependant), bilit gntique suffisamment large pour
importantes de lefficacit alimentaire. la lactoferrine (Soyeurt et al 2007), les garantir que les modles statistiques
La principale difficult rside dans la minraux (Soyeurt et al 2009b) ou les appliqus sont en mesure de dtecter les
mesure du caractre. Il semble queffi- proprits de coagulation (Dal Zotto marqueurs lis des variations du ph-
cacit alimentaire et rejet de mthane et al 2008, Cecchinato et al 2009) notype. Chez les bovins laitiers, lopti-
soient corrls, une perte de mthane ou daptitude fromagre des laits (De mum est de disposer de sries de testa-
induisant une perte dnergie (Hegarty Marchi et al 2009). La mthode est ga- ge (sur descendance) entires de faon
et al 2007). La mesure de lingestion de lement utilisable pour caractriser lani- ce que les bons comme les mau-
la ration est coteuse en quipement et mal, ds lors que son tat (mobilisation vais soient bien reprsents (Robert-
en travail, ce qui en limite grandement corporelle ou sant par exemple) se tra- Granier et al 2011). Ensuite, la popula-
sa mise en uvre grande chelle. De duit par une modification dtectable et tion de rfrence doit tre suffisamment
mme, les dispositifs de mesure de la interprtable de la composition du lait. apparente la population des candidats.
production de mthane sont souvent trs Les valuations gnomiques actuelles
lourds et peu envisageables en dehors Lapproche est trs attractive et en sont dautant plus prcises que lappa-
de structures exprimentales et sur des partie lorigine du programme fran- rentement entre ces deux populations est
effectifs relativement rduits (Pinares- ais dtude de la composition fine du lev (Legarra et al 2008).
Patio et al 2003). Toutefois, un dispo- lait, PhnoFinlait (www.phenofinlait.fr,
sitif simplifi a t mis en place au Esvan et al 2010). Ce programme multi- b) De taille suffisamment grande
Danemark (Lassen et al 2010) pour mesu- disciplinaire, associant les diffrentes
rer la production de mthane, en compa- composantes des filires laitires bovine, Les applications actuelles de la slec-
raison de celle du gaz carbonique, par caprine et ovine et les acteurs de la tion gnomique sont pour lessentiel
spectromtrie Moyen Infra Rouge (MIR) recherche et du dveloppement, vise issues dune nouvelle valorisation des
au moment de la traite dans un robot mesurer grande chelle (plus de 1 500 dispositifs usuels de collecte de donnes
lgrement confin. La mesure est peu levages suivis pendant 1 an) la compo- (contrle laitier sur des milliers dani-
prcise mais elle peut tre rpte sition fine (acides gras et protines) des maux, testage sur descendance) et dva-
chaque traite, fournissant alors une laits des principales populations laitires luation gntique. La taille des popula-
bonne prcision par animal. Dautres franaises. Paralllement ce phnoty- tions de rfrence actuelles des trois
travaux, parmi lesquels ceux de Chilliard page une population de femelles a t principales races laitires franaises,
et al (2009) ont tabli des relations entre gnotype, ce qui devrait donner lieu savoir PrimHolstein, Montbliarde et
composition du lait en acides gras et rapidement des index sur la composi- Normande, est idale : quelques milliers
rejet de mthane. Cette utilisation de bio- tion fine du lait, au moins pour le profil de taureaux, principaux ascendants des
marqueurs dans le lait laisse entrevoir en acides gras. Plusieurs problmes res- populations actuelles dans les levages ;
des capacits de phnotypage grande tent cependant rsoudre. Tout dabord, issus des dispositifs de testage sur des-
chelle mais elle require de connatre comme pour tous les phnotypes, il cendance ; disposant de phnotypes pr-
lalimentation des animaux. convient de stocker les donnes des cis, leurs index sur descendance tant
spectres MIR. Compte tenu de leur des pseudo-performances issues des
Ces mesures resteront complexes et nombre et de leur volume (plus de 1 000 valuations gntiques classiques por-
des collaborations larges et internatio- points (x, y) par spectre), il sagit dun tant sur plusieurs millions de perfor-
nales (par exemple le partenariat gDMI : premier exemple pratique de phnoty- mances !

INRA Productions Animales, 2013, numro 2


La slection pour des vaches et une production laitire plus durables / 151

Figure 3. Taille de la population de rfrence en fonction de lhritabilit du carac- est un atout important pour assurer len-
tre et du niveau de Coefficient de Dtermination (CD) des index gnomiques tretien des populations de rfrence.
(daprs Hayes et al 2009).
20 000 d) Phnotypage ?
Nombre d'individus avec performance

18 000 Jusqu prsent, le contrle de perfor-


mances tait conu pour tre appliqu
16 000 une population suffisante pour couvrir
lensemble des besoins de slection. A
14 000 lavenir, plusieurs types de phnoty-
12 000 CD de 0,35 pages sont envisager. Le contrle de
CD de 0,65
performances tel quil existe actuelle-
10 000 ment doit rester un niveau assez lev
(permettre l'obtention d'un index sur des-
8 000 cendance avec un CD suprieur 0,70
pour une majorit des taureaux) pour
6 000 garantir la bonne prcision des index
4 000
pour les caractres essentiels, contrler
leur validit et mesurer leur efficacit,
2 000 limiter les biais qui pourraient tre
gnrs par un phnotypage dans des
0 milieux trop diffrents des conditions
0 0,1 0,2 0,3 0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 dlevage moyennes. Mais lextension
Hritabilit de nouveaux caractres ne sera pas pos-
sible la mme chelle et on devra accep-
Pour de nouveaux caractres, il ne de liaison entre marqueurs et QTL ter des dispositifs plusieurs niveaux.
sera gnralement pas possible dobte- (association prfrentielle entre all- Pour ces nouveaux caractres (par exem-
nir des donnes aussi nombreuses ni les aux marqueurs et allles du QTL- ple la composition fine du lait avec le
dindexer les taureaux sur descendance. Quantitative Trait Loci ou zone du programme PhnoFinlait), se dvelop-
Dans ce cas, les populations de rfren- gnome ayant un effet quantitatif sur un pent actuellement des initiatives, dites
ce devront tre constitues dindivi- caractre donn), et la taille de la popu- de phnotypage et gnotypage, caract-
dus avec des performances propres. La lation de rfrence. Il est ncessaire rises par i) une approche multidiscipli-
figure 3 montre que pour des caractres denvisager les modalits dentretien de naire pour comprendre et identifier avec
moyennement hritables (production la population de rfrence, dune part en prcision le phnotype dintrt ; ii) un
laitire par exemple) il faut runir envi- fonction du cot et de la complexit de suivi le plus prcis possible des indivi-
ron 10 000 individus avec performances la collecte et dautre part de la prcision dus ou collatraux dune population de
propres pour atteindre un CD de 0,65 souhaite des index. Ainsi, la construc- rfrence ; iii) lenregistrement de len-
(Hayes et al 2009). Les caractres lis tion de dispositifs de collecte de phno- vironnement, cest--dire des conditions
la robustesse ont souvent une hritabili- types (ou de prdicteurs) valorisables dans lesquelles le phnotype a t obser-
t faible, voire trs faible (par exemple pour la conduite du troupeau et gnra- v et iv) le gnotypage des animaux,
entre 1 et 5% pour la rsistance aux lisables plus ou moins grande chelle (programme PhnoFinlait, Esvan et al
mammites cliniques et les caractres de
fertilit femelle). Dans ces conditions,
plusieurs dizaines de milliers danimaux Figure 4. Evolution du Coefficient de Dtermination (CD) des index gnomiques
seront ncessaires pour nombre de selon le niveau dentretien de la population de rfrence (daprs Sonesson
caractres de robustesse. Notons que et Meuwissen 2009).
pour la sant, lexpression du caractre 1
dpend du contexte infectieux : lorsque
la prvalence est faible, le nombre dindi-
vidus informatifs parce que malades
peut tre trs nettement infrieur au 0,8
nombre dindividus suivre. Les ani-
CD des index gnomiques

maux sains sont moins informatifs, car


leur niveau dexposition au risque est 0,6
difficile apprcier. Au final, la taille
des populations de rfrence, et en tout
cas des populations phnotyper, peut
tre importante, selon les phnotypes et 0,4
les objectifs que lon se fixe.

c) Notion dentretien de la population


de rfrence 0,2

Sonesson et Meuwissen (2009) mon-


trent (figure 4) au travers de simulations
que la prcision des index gnomiques 0
dcrot rapidement si la population de 1 2 3 4 5
6 7 8 9 10
rfrence nest pas renouvele ou entre- Gnrations
tenue. Ce niveau de dgradation est plus 3 scnarios d'entretien de la population de rfrence (3 000 individus)
ou moins important selon les dispositifs
de slection, le niveau des dsquilibres entretien en continu sans entretien entretien toutes les 2 gnrations

INRA Productions Animales, 2013, numro 2


152 / M. BROCHARD, D. BOICHARD, V. DUCROCQ, S. FRITZ

2010). On passe donc une approche quatre fois plus grande que la seule franaises depuis 2009 permet denvisa-
plus intgre : le phnotype est lexpres- population franaise et comparable ger une bien meilleure efficacit de la
sion dun gnotype dans un environne- celle des Nord-Amricains. slection sur les caractres fonctionnels
ment donn. du fait dune connaissance du niveau
c) A lheure de la gnomique, le phno- gntique des reproducteurs, mles et
Pour de nombreux nouveaux carac- type est roi ! femelles, en amont des choix de slec-
tres, cette volution de la collecte de tion. Par ailleurs, la possibilit de dou-
phnotypes (par rapport la combinai- A lchelle nationale, les phnotypes blement du progrs gntique a conduit
son contrle de performances et testage et les mesures qui permettent de les rformer lISU, visant, progrs g-
sur descendance), pose la question du apprcier sont devenus le vritable fac- ntique constant sur les caractres de
passage de populations de rfrence teur limitant, et donc un des enjeux production laitire, laugmentation du
mles values sur descendance majeurs pour demain. Diffrentes stra- poids des caractres fonctionnels. Ainsi,
des populations de rfrence femelles tgies sont mises en uvre. Dune part, le poids global accord aux qualits
(ou mles) values sur performances disposer dun phnotype que le concur- dlevage est pass de 37 50% en 2012
propres, avec nettement moins de prci- rent na pas peut tre vu comme un en race PrimHolstein. Les principes de
sion. avantage comptitif quon ne souhaite la slection gnomique et en particulier
pas partager. Cependant, on peut sup- le fait de dissocier la phase de collecte
4.2 / Entre collaboration et com- poser que le concurrent ne restera pas de donnes de la phase dindexation,
ptition, un paysage qui change longtemps sans ragir, de sorte que des associs lvolution rapide des mtho-
bases analogues et spares vont coexis- des de mesure (spectres MIR, capteurs
a) Partenariats entre recherche et ter. Une mise en commun, mme entre en levage, imagerie), sont lorigine
dveloppement comptiteurs, est alors la meilleure de nombreux programmes de phnoty-
solution pour maximiser lefficacit du page pour valuer de nouveaux carac-
Les programmes de phnotypage dispositif et rduire les cots. Ceci tres. Les initiatives sont nombreuses
reposent actuellement sur des partena- explique le paradoxe que lon observe dans le domaine de la sant animale :
riats de Recherche et Dveloppement actuellement, avec un mouvement de lenqute mene en 2010 par France
(R&D) entre recherche publique (INRA, privatisation des donnes au niveau Gntique Elevage en collaboration
ANR), instituts techniques et partenaires local, notamment au travers de colla- avec le Cniel a conclu que ce champ tait
privs (Apis-Gne, Cniel, Entreprises borations, voire demain de fusions prioritaire parmi les souhaits des le-
de Slection (ES), Organismes de entre acteurs traditionnels de la collecte veurs et de leurs filires. Les dveloppe-
Contrle Laitier devenus Entreprises de (entreprises de conseil en levage) et ments sur lefficacit et les rejets, notam-
Conseil en Elevage). Ceci a plusieurs de la slection (entreprises de slection, ment de mthane, sont galement une
raisons, en particulier i) la complexit voire organismes de slection). Et dans le perspective relle mais complexe et qui
croissante des caractres dintrt, mme temps sinstaure un partage entre ncessiteront des collaborations pro-
notamment ceux lis la robustesse des acteurs qui avaient peu de relations au- bablement lchelle nationale et inter-
animaux (rsistance aux maladies, par paravant, comme dans Eurogenomics. nationale. Enfin, dj bien engags
exemple) ou la qualit des produits au travers du programme PhnoFinlait,
pour les consommateurs finaux ; ii) Notons galement louverture ou les travaux sur les caractres de com-
lvolution extrmement rapide des lmergence de nouveaux acteurs. Ainsi position fine du lait pour aborder des
techniques et des connaissances ; iii) les en 2012, GDS France (Fdration des aspects de qualit nutritionnelle des
besoins dapproche intgre (caractri- groupements de dfense sanitaire) a produits sont un enjeu de filire majeur
sation du milieu) ; iv) limportance des conclu avec France Gntique Elevage qui devrait dboucher rapidement sur
niveaux dinvestissement financiers. un partenariat dont lobjet premier est des valuations gnomiques.
de promouvoir et renforcer les collabo-
Le domaine de la composition fine rations ncessaires aux dveloppements A lre de la gnomique, finalement le
du lait est assez illustratif du dveloppe- dvaluations gnomiques dans le phnotype est roi ! Plus prcisment,
ment de ces collaborations : aux Pays- domaine de la sant animale. Autre laccs des mesures de phnotype et
Bas (Visker et al 2006), en France avec exemple : les discussions et les collabo- la construction de bases de donnes de
PhnoFinlait (www.phenofinlait.fr), au rations stablissent entre les indus- rfrences est devenu un champ de com-
Danemark et en Sude (www.milkge- triels, fabricants dinstruments (robots ptition forte. Des volutions impor-
nomics.dk). de traite, capteurs...) et les acteurs tradi- tantes de lorganisation des dispositifs
tionnels de la gntique. gntiques nouveaux acteurs, collabo-
b) Consortiums et partenariats interna- rations et fusions entre acteurs, volu-
tionaux tion des collaborations entre la recher-
Conclusion che et les acteurs de dveloppement
Dans lobjectif de mutualiser les efforts sont en cours, avec leur lot de risques et
en vue de la constitution de populations Le progrs gntique sur la production dopportunits. Plus quhier, la mutuali-
de rfrence de taille suffisante, le monde laitire, important pendant plusieurs sation et le partage sont indispensables
de la gntique a vu ces dernires annes dcennies, a eu des rpercussions indi- pour faire face aux cots et la com-
lapparition de consortiums Nord- rectes ngatives sur la robustesse des plexit des dispositifs de collecte de
Amricain (Muir et al 2010), Euro- animaux (baisse de la fertilit femelle, nouveaux caractres.
genomics (David et al 2010) ou de augmentation de la sensibilit aux in-
collaborations telles quIntergenomics fections mammaires). Bien que ces Nanmoins, si des outils efficaces sont
(Jorjani et al 2010). Pour la race Holstein caractres aient t introduits progressi- disponibles ou vont ltre, lamliora-
et la France, le consortium Eurogeno- vement dans les objectifs de slection tion de la durabilit des animaux ou de
mics correspond la collaboration des partir de la fin des annes 1990 et en ses composantes nest pas automatique-
entreprises de slection et des centres de particulier avec la rforme de lISU en ment garantie. Tout dabord, le proces-
recherche allemands, franais, nerlan- 2001, lamlioration du niveau gntique sus de slection (chez les ruminants)
dais, nordiques, espagnols et polonais. reste faible pour ces caractres. Le sappuie sur un consensus sur les orien-
Cette collaboration a conduit une dploiement de la slection gnomique tations globales et les pondrations entre
population de rfrence globale plus de dans les trois principales races laitires les caractres lchelle dune popula-

INRA Productions Animales, 2013, numro 2


La slection pour des vaches et une production laitire plus durables / 153

tion. Cest l une limite la diffrencia- Par ailleurs, la slection gnomique nombre de reproducteurs disponibles et
tion ou segmentation que certains acteurs nest disponible en France pour linstant leur remplacement rapide. Les donnes
pourraient viser. Par ailleurs, pour quun que dans les trois principales races. Un molculaires peuvent tre une nouvelle
caractre soit pris en compte efficace- enjeu majeur court terme rside dans source pour apprcier et suivre la consan-
ment dans des choix de slection, il faut la mise en place de la slection gno- guinit et lapparentement. Colleau et al
que lleveur ait un intrt conomique mique pour les autres races, malgr (2009) ont montr quil tait possible de
au niveau de son levage, soit par rduc- leurs effectifs modrs et les moindres ralentir le rythme daugmentation de
tion des charges, soit par augmentation capacits dinvestissement des entre- la consanguinit moyenne tout en dou-
ou maintien de ses produits. Cet intrt prises et organismes chargs de leur blant le progrs gntique annuel. Mais
conomique nest pas forcment simple slection. Un programme de recherche tout est une question de choix, et ce
dfinir (par exemple pour limpact sur (GEMBAL, soutenu par lANR et Apis- nest qu la condition que le star sys-
lenvironnement), et est dpendant du Gne) est en cours pour assurer cette tem soit abandonn au profit de luti-
systme dlevage, ou bien encore peut extension dautres races. lisation dun nombre plus important de
tre lobjet de ngociations complexes taureaux chacun utiliss sans excs, que
au sein des filires (quel profil en acide Enfin, quand on traite de durabilit, la lon prservera la variabilit gntique
gras demain ? quelle traduction dans variabilit gntique dans la population mieux que ce que lon ne pouvait le
les grilles de paiement du lait ?). Le danimaux est un autre paramtre es- faire auparavant.
programme OSIRIS (soutenu par le sentiel pour garantir les capacits de
Ministre charg de lagriculture, sur rponse la slection et les possibilits
fonds CASDAR ddis au Dvelop- dvolution de lorientation des races. Remerciements
pement agricole et rural) a ainsi t mis La slection gnomique, en rduisant
en place pour aborder la question de fortement linvestissement lchelle Les auteurs remercient Pascale Le
lintgration de ces nouveaux caractres du taureau candidat peut faciliter lou- Mzec et Etienne Verrier pour leur relec-
dans les objectifs de slection. verture des origines, laugmentation du ture critique dun premier manuscrit.

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La slection pour des vaches et une production laitire plus durable / 155

Rsum
Alors que lamlioration gntique a t un des facteurs principaux du dveloppement des filires laitires, elle doit aujourdhui se
renouveler notamment pour davantage contribuer la durabilit de lagriculture. Un virage vers une prise en compte des caractres
de robustesse des animaux (fertilit, rsistance aux mammites, longvit des animaux) a t pris la fin des annes 1990 mais les
rsultats sont insuffisants. Aujourdhui, la slection gnomique est une formidable opportunit que les schmas de slection saisissent
pour augmenter fortement le progrs gntique sur les caractres de robustesse tout en maintenant le progrs constant sur la pro-
duction laitire. En parallle nous assistons actuellement un foisonnement de projets dont le but est de permettre terme la slec-
tion sur de nouveaux caractres. Les deux premiers domaines concerns sont la sant animale et la composition fine du lait.
Lefficacit alimentaire et lempreinte environnementale sont galement une perspective relle mais complexe, qui ncessitera plus
de temps et des collaborations lchelle nationale ou internationale. Ces avances passent par une phase dite de phnotypage (col-
lecte de mesures relatives aux caractres lis au phnotype dintrt) plus ou moins complexe et coteuse. Les dispositifs de phnoty-
page sont des axes stratgiques majeurs pour les acteurs des schmas de slection. La rvolution gnomique induit dautres change-
ments dans le monde de la slection, de type organisationnel, avec des rorganisations, des comptitions et des alliances nouvelles
entre acteurs historiques (organisations en charge de la mise en uvre du dispositif gntique franais selon la loi sur llevage de
1966) ou mergents (entreprises trangres et/ou dautres secteurs). La gntique est une carte essentielle jouer pour atteindre les
objectifs de durabilit des levages et filires de demain.

Abstract
Genetic selection for sustainable cows and sustainable milk production: genetic basis and opportunities offered by genomic selection

Genetic improvement, being one of the major development factors of the dairy industry, now needs to evolve, in particular
to contribute more to agriculture sustainability. A change in direction towards a better awareness of fitness traits (fertility,
resistance to mastitis, longevity) took place at the end of the nineties but its outcome is still limited. Genomic selection
offers a remarkable opportunity for selection schemes to strongly increase genetic trends for fitness traits while maintaining
constant genetic gain on production. Concurrently, a proliferation of new projects can be observed, with the objective to
include new traits in selection programs. The first two fields concerned are animal health and fine milk composition. Feed
efficiency and environmental footprints such as methane emission also have a good prospect but are complex to deal with.
They will require more time as well as national and international collaborations. These developments involve a complex and
costly phenotyping phase (data collection of traits related to the phenotype of interest). These phenotyping projects are
strategic issues for selection scheme stakeholders. The genomic revolution induces other organisational changes in the breed-
ing world with restructurings, competitions and new alliances between historical and new players. Genetics is a crucial asset
in reaching a true sustainability of dairy herds and the dairy industry in the near future.

BROCHARD M., BOICHARD D., DUCROCQ V., FRITZ S., 2013. La slection pour des vaches et une production laitire
plus durables : acquis de la gntique et opportunits offertes par la selection gnomique. In : Numro spcial, La vache et le lait.
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INRA Productions Animales, 2013, numro 2

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