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Ingeniera en Biotecnologa
Noveno cuatrimestre
Clave
190930933
Presentacin de la Unidad
Dentro del dominio bacteria se incluye una diversidad de microorganismos que residen en
diferentes ambientes. Entre sus caractersticas de sobrevivencia, destaca su plasticidad
adaptativa y la capacidad de responder a condiciones de estrs.
Desde mediados del siglo XX, con el auge de disciplinas como la gentica y la tecnologa
del ADN recombinante, se inici el estudio de la gentica bacteriana como una de las
alternativas para comprender cmo las bacterias responden a estmulos de estrs. Desde
este punto de vista, los trabajos de investigadores como Avery-MacLeod-Mcarty (1944) y
Watson-Crick-Franklin-Wilkins (1953), entre muchos otros, sirvieron como bases de los
paradigmas que se revisarn en la presente unidad, la cual abarca la replicacin del cido
desoxirribonucleico (ADN) como molcula que porta la informacin hereditaria, as como
generacin y maduracin del ARNm y la traduccin de protenas, generando lo que se
conoce como flujo de informacin gentica.
Propsitos de la unidad
Competencia especfica
Temario de la Unidad
Por otra parte, se recordar que el flujo de informacin gentica est definido como los
procesos involucrados en la generacin de un fenotipo a partir de un genotipo. En
trminos moleculares, se refiere a la expresin de una protena a partir de una secuencia
de ADN, cuyos paradigmas generaron el Dogma Central de la biologa molecular (Fig. 1;
Lodish, et. al., 2005; Alberts, et. al., 2010).
Fig. 1. Representacin de las investigaciones del siglo XX que generaron el Dogma Central de la
Biologa Molecular. El cido desoxirribonucleico (ADN) es la molcula que porta la informacin
hereditaria (genoma), el cual es replicado durante la proliferacin celular. Es reparado cuando hay
dao mnimo (es importante sealar que si el dao es severo, no hay reparacin) y hay intercambio
(recombinacin) con otras molculas de ADN. Este ADN es interpretado por complejos proteicos
para generar molculas de cido ribonucleico (ARN) a travs de la transcripcin, generando tres
tipos de ARN: ARN mensajero (ARNm), ARN ribosomal (ARNr), y ARN de transferencia (ARNt).
Particularmente, la secuencia del ARNm es la encargada de portar la informacin para producir
una cadena polipeptdica (protena) por medio del proceso denominado traduccin (Figura tomada
de Alberts, et al., 2010).
Los cidos nucleicos (ADN y ARN) presentan estructuras primarias similares, es decir,
son polmeros lineales cuyo esqueleto principal es una cadena de azcar (pentosa)
fosfato, unido por enlaces fosfodister entre el carbono 5 de una azcar y el carbono 3
de la azcar contigua, por tanto, tienen direccionalidad denominada 5 3 (Fig. 2a). La
unidad bsica de estas cadenas es denominada nucletido, y estn compuestos por un
azcar (Desoxirribosa para el ADN, y ribosa para el ARN); una base orgnica unida al
carbono 1 de la pentosa, y un grupo fosfato unido al carbono 5 del azcar (Fig. 2b). Se
conocen dos tipos de nucletidos de acuerdo al tipo de base nitrogenada, es decir,
purinas que contienen dos anillos fusionados (Adenina A y Guanina G ) y las
pirimidinas (Citocina C ; Timina T y Uracilo U ; Fig 2c.). Estructuralmente, las
diferencias entre ADN y ARN son el azcar (Desoxirribosa y ribosa, respectivamente) y la
timina contenida en el ADN, reemplazada en el ARN por el uracilo (Lodish, et al., 2010;
Alberts, et al., 2010).
a. b.
c.
Fig.2. Los cidos nucleicos presentan la misma estructura bsica. (a) Esqueleto de desoxirribosa
fosfato, se denota en enlace fosfodister, la direccionalidad 5 3 y las base nitrogenada (C, A y
G). (b) Azcar ribosa (izquierda) que distingue al ARN del ADN que contiene una desoxirribosa
(derecha); la diferencia es el grupo hidroxilo en el carbono 2 del azcar. (c) Bases nitrogenadas
unidas al esqueleto azcar fosfato. El (*) denota el nitrgeno donde se une la azcar a la base
(Figura modificada de Lodish, et al., 2010).
El ADN est formado por dos cadenas de polinucletidos que forman una doble hlice
antiparalela. Su organizacin involucra el esqueleto exterior de desoxirribosa fosfato, y
un interior de bases nitrogenadas apareadas, es decir, Adenina genera dos enlaces de
hidrgeno con la Timina (A=T) y la Citosina genera tres puentes de hidrgeno con la
Guanina (C=G; Fig. 3). Esta doble cadena se estabiliza por la interaccin de miles de
enlaces de H, as como por las fuerzas hidrofbicas entre las bases adyacentes de la
hlice (Lodish, et al., 2005). La estructura descrita por Watson y Crick (1953) presenta un
giro a la derecha, con una separacin de 0.36 nm entre cada par de bases (pb), por lo
tanto, para un giro completo de la hlice, abarca 3.6 nm, es decir, alrededor de 10 pb. Con
estas caractersticas se distingue un surco mayor y un surco menor (Fig. 3; Lodish, et al.,
2005; Alberts, et al., 2010).
Fig. 3. Estructura clsica del ADN. (a) Modelo espacial de ADN B, en azul y rojo se denotan los
esqueletos de azcar fosfato de los dos polinucletidos; las flechas denotan la direccionalidad de
los mismos. En el interior se representan las bases nitrogenadas apareadas, as como el surco
mayor y surco menor observado en esta conformacin. (b) Esquema que representa los puentes
de hidrgeno durante el apareamiento purinas pirimidinas dentro de la molcula de ADN (Figura
tomada de Lodish, et al., 2005).
Por su parte, el ARN de procariotas son molculas de cadena sencilla que, como se
mencion, constan de un esqueleto de azcar ribosa fosfato y las bases nitrogenadas
(A, U, C y G). Debido al grupo OH de la ribosa en el C 2, el ARN es ms susceptible a
degradacin, y pueden formar doble cadena con otras molculas de RNA o generando un
hlice hibrida con ADN. Sin embargo, es ms comn encontrarlas como cadena sencilla y
adoptando conformaciones particulares que dependen de la longitud y tipo de ARN; por
ejemplo, estructuras tipo horquilla, formadas por bases separadas entre 5 10 nt, y los
llamados tallos bucle, apareamientos formados entre bases separadas por nucletidos
(Fig. 3). Este tipo de estructuras son relevantes en molculas de ARN que presentan
actividad cataltica como los ARN ribosomales o estructural como los ARN de
transferencia, sin embargo, los ARN mensajeros encargados de portar la informacin
gentica tambin pueden presentar estructuras tipo tallo-asa que intervienen en los
procesos de traduccin y regulacin de la expresin de la expresin gnica (Lodish, et al.,
2005; Alberts, et al., 2010).
Fig. 3. Estructuras secundarias adoptadas por ARN de cadena sencilla. En ARNr y ARNt, este tipo
de plegamiento es esencial para funciones especficas de las molculas (Figura tomada de Lodish,
et al., 2005).
Las protenas son polmeros lineales de longitud variable. Cuentan con un esqueleto
formado por N amido, un carbono (C) y el C carbonilo de cada aminocido presente en
el polipptido, pero tambin presentan polaridad, es decir, en un extremo presentan un
residuo amino libre (N terminal, representado siempre a la izquierda), y del otro lado,
residuo carboxilo libre (C- terminal, representado a la derecha; Lodish, et al., 2010).
La unidad bsica de las protenas son los aminocidos, formados por un carbono (C),
un grupo amino (-NH2), un grupo carboxilo (-COOH), un Hidrgeno (-H) y una cadena
lateral variable (-R; Fig. 4). La cadena lateral de los aminocidos le confiere diversas
propiedades; es decir, por la posicin del C se generan dos tipos de aminocidos
posibles, de los cuales slo los L-aminocidos estn presentes en la naturaleza. Por otra
parte, la cadena R vara tambin en tamao, forma, carga, solubilidad en el agua y
reactividad, por lo que pueden ser clasificados segn las propiedades de sus cadenas
laterales en: Polares, No Polares, y aminocidos con carga (Fig. 4b). Los aminocidos
estn unidos por medio del enlace covalente, es decir, un enlace amido entre el grupo
carboxilo de un aminocido, y el grupo amino del siguiente, conocido como enlace
peptdico (Fig. 4c).
Fig. 4. Estructura bsica de los aminocidos. (a) El C de los aminocidos es asimtrico, excepto
de la Gly, por lo que se pueden formar imgenes especulares designadas D y L, cuyas funciones
biolgicas son distintas. (b) Lista de los 20 aminocidos y su clasificacin. (c) Ilustracin del enlace
peptdico entre dos amiocidos (Figuras modificadas de Lodish, et al., 2013 y
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/enlace peptidico.html)
Fig. 5 Representaciones de los niveles de organizacin de las protenas. (a) Se denotan diferentes
representaciones de hlices y hojas . (b) Representaciones de la estructura terciaria integrada
por diferentes dominios estructuras secundarias estabilizadas diferentes tipos de interacciones. (c)
Representacin de la estructura de la hemoglobina como modelo de una protena estructurada en
mdulos. Las representaciones denotadas incluyen listones y flechas (ms empleadas), esferas y
bastones, trazando slo la cadena principal (figuras modificadas de Lodish, et. al., 2005;
http://themedicalbiochemistrypage.org/es/protein-structure-sp.php;
http://en.citizendium.org/wiki/Protein_structure:
http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/course/section8/ss-960531_5.html).
Sin embargo, la mayora de las bacterias contienen, adems, ADN extra cromosmico
denominado ADN plasmdico, ya que se encuentra contenido en estructuras llamadas
plsmidos. La informacin gentica contenida en ellos codifica para funciones no
esenciales para la bacteria, aunque tambin puede contener genes que permiten
adaptarse a diversos medios; genes de resistencia a antibiticos, toxicidad, entre otros
que se abordarn en detalle en la Unidad 2.
Replicacin
por segundo, mientras que en mamferos es de unos 50 nucletidos por segundo (Alberts,
et al., 2010).
La unidad que contiene todos los elementos necesarios para duplicar el material gentico
es denominada replicn. En bacterias, este proceso se caracteriza por iniciar en un mismo
punto de origen; ste se mueve hasta completar la replicacin del cromosoma completo.
El punto inicial constituye la regulacin de la replicacin, es decir, una vez iniciado el
proceso, se replica el cromosoma completo (Betancor, L., et. al., 2006).
Esquematizacin del proceso de replicacin con las enzimas descritas en la seccin (Fig.
9).
Figura 9. Esquema del proceso de replicacin. Descripcin del proceso conteniendo las enzimas
involucradas en este proceso (Alberts, et al., 2010).
Sistemas de reparacin
Un factor de mucha importancia durante la replicacin del ADN es la fidelidad con que se
sintetizan las nuevas cadenas. Debido al elevado recambio de nucletidos generados
cada vez que se replica el contenido gentico, las clulas contienden contra la
probabilidad de errores en este proceso mediante la implementacin de diferentes
procesos de reparacin (Alberts, et al., 2010).
Por otro lado, los procesos de reparacin se utilizan para responder a los daos
espontneos generados por factores del medio ambiente (mutaciones por lesiones
qumicas, radiaciones, etc.) y evitar que deleciones, adiciones o mutaciones en el material
gentico, pasen de generacin en generacin.
Para comprender este proceso se tiene que definir el concepto de gen como la "unidad de
ADN que contiene la informacin para especificar la sntesis de una nica cadena
polipeptdica o cido ribonucleico (ARN) funcional (tal como un ARNr ARNt; Lodish et
al., 2005). De manera general, casi todos los genes son codificantes, es decir, contienen
la informacin para generar protenas; sin embargo, alguna proporcin de ARN no genera
una cadena polipptidica, pero presenta algunas funciones esenciales para la regulacin
de procesos celulares como la traduccin: es el caso de los ARN ribosomales (ARNr) y
los ARN de transferencia (ARNt), que se describirn ms adelante.
La transcripcin est definida como el proceso mediado por un complejo enzimtico (ARN
polimerasa) por el que se genera cido ribonucleico (ARN) de cadena sencilla a partir de
un fragmento de ADN. Se han descrito tres tipos de molculas de ARN que, en caso de
bacterias, se sintentizan con la misma ARN polimerasa (Alberts, et al., 2010):
Figura 10. Esquema de un proceso de flujo de informacin gentica del opern de lactosa (Lac).
Se denota que el ARNm contiene ms de un gen (policistrnico); en regiones rojo, las regiones no
codificantes de los extremos; en amarillo y verde, los diferentes ORF (imagen obtenida de
http://pendientedemigracion.ucm.es/info/genetica/grupod/Operon/Operon.htm).
3) ARN de transferencia (ARNt), esta molcula de ARN se constituye de una sola hebra
cuya funcin radica en su estructura debido a que sta le permite reconocer secuencias
de ARNm para reclutar y transportar a los aminicidos requeridos a los ribosomas para la
sntesis de protenas (Alberts, et al., 2010). Existe una ARNt para cada aminicido. En la
figura 12 se muestra la estructura funcional de un ARNt. Su funcin en el proceso de
traduccin se desglosar a detalle en la siguiente seccin.
Transcripcin
Figura 13. Imagen del proceso de transcripcin. Se observa la sntesis de la molculas ARNm a
partir de la una de las hebras del ADN mediante la actividad de la enzima ARN polimerasa (Lodish,
et al., 2005).
Cdigo Cdigo
Aminocido triada actual
Alanina Ala A
Arginina Arg R
Asparagina Asn N
cido
asprtico Asp D
Cistena Cys C
Glutamina Gln Q
cido
glutmico Glu E
Glicina Gly G
Histidina His H
Isoleucina Ile I
Leucina Leu L
Lisina Lys K
Metionina Met M
Fenilalanina Phe F
Prolina Pro P
Serina Ser S
Treonina Thr T
Triptfano Trp W
Tirosina Tyr Y
Valina Val V
Subunidad
mayor
ribosoma
Subunidad
menor
ribosoma
Sitio de Unin
al ARNm
Fig. 6. (A-C) Modelo del ribosoma bacteriano hlices y listones desde distintos ngulos. La
subunidad mayor (verde claro) muestra ARNt en los sitios E (rojo), P (naranja) y A (amarillo). Es
importante mencionar que durante la traduccin no estn ocupados todos sitios de unin de ARNt.
La subunidad menor se denota en verde oscuro. (D) Representacin esquemtica del ribosoma y
los sitios de unin de molculas de ARN (Alberts, et al., 2010).
Se revis el flujo de informacin gentica bacteriana, ya que son los conceptos tericos
esenciales para realizar estrategias de modificacin o expresin de protenas en
procariontes.
Para demostrar que puedes describir los conceptos revisados, debers realizar la
siguiente actividad:
La herramienta est configurada para subir hasta dos archivos por cada tarea: la
primera versin y, una vez que hayas recibido las observaciones de tu
Facilitador(a), la segunda con las correcciones.
El botn Enviar para calificar aparece desde el primer envo, sin embargo, no
debes presionarlo, sino hasta que subas la segunda versin de tu ltima
tarea, de lo contrario no podrs subir ningn otro documento, dado que el aula
tomar como la versin final de tu trabajo el documento enviado con dicho botn.
La palabra mutacin se deriva del Latn mutatio, del verbo mutare, cuya apelacin implica
cambio o movimiento. En el Diccionario de la Real Academia de la Lengua Espaola se
refiere a una accin y efecto de mudarse o moverse, y en sentido biolgico, lo refiere
como alteracin producida en la estructura o en el nmero de los genes o de los
cromosomas de un organismo transmisible por herencia. Sin embargo, el botnico Hugo
de Vries utiliz por primera vez el trmino mutacin (1901) en un trabajo con plantas del
gnero Oenothera. En su investigacin describi que algunas de las plantas obtenidas de
sus cruzas presentaban variantes fenotpicas ausentes en los progenitores, sugiriendo
que haba cambios espontneos en sus cromosomas (chromos color, soma - cuerpo) y
que se heredaban a su progenie; a este fenmeno, De Vries lo denomin mutaciones, y a
los organismos con variantes fenotpicas heredables los llam mutantes (Paap 1996;
Curtis, et al., 2008).
Por otra parte, a nivel molecular se llaman mutaciones puntuales a los cambios en
nucletidos particulares de la secuencia de ADN que pueden alterar el marco de lectura
de la traduccin, es decir, mutacin que cambia el marco de lectura de un aminocido por
otro diferente, por ejemplo, en el codn GGC que codifica para glicina, si sufre un cambio
a GAC, codificara para el aminocido asparagina. Las mutaciones silenciosas son
aquellas modificaciones que no implican cambio en el aminocido codificado, por ejemplo,
CGU, CGC, CGA O CGG; todos ellos codifican para la arginina. Por ltimo, las
mutaciones sin sentido son aquellas que generan un codn de paro, por tanto, durante la
traduccin se obtendr una protena incompleta (Lodish, et al., 2005; Betancor, et al.,
2006; Alberts, et al., 2010).
Otro fenmeno que se ha descrito son las deleciones y las inserciones que generan
cambios en el tamao del material gentico, ya que se pierden o incorporan fragmentos
de ADN de distinto tamao en el genoma. Si los fragmentos perdidos o ganados no son
mltiplos de 3 (debido a los codones), se obtienen mutaciones por desplazamiento del
marco de lectura que suelen provocar la prdida total del fenotipo.
Fragmento
de ADN Secuenciacin
Ligacin Transformacin Clona
+
ADN
Recombinante + Cepa
Bacteriana
bacteriana
recombinante
Expresin de protenas
Las herramientas necesarias para poder obtener ADN recombinante incluyen el uso de
tcnicas de biologa molecular como:
Ligasas. Son enzimas que realizan enlace fosfodiester entre dos molculas de
ADN que estn cercanas y son un herramienta esencial en la unin de ADN
extrao (transgenes) en vectores de clonacin. Actualmente la ligasa ms usada
en la industria del ADN recombinante es la ligasa de ADN T4 derivada del
bacterifago T4 (virus que infecta a bacterias), y que es producida por mtodos
biotecnolgicos para su venta.
Actividad 2. Mutagnesis
Para demostrar que puedes describir los conceptos revisados, debers realizar la
siguiente actividad:
1. Ingresa al foro destinado a la actividad y elabora una entrada que desarrolle los
siguientes puntos:
a) Cmo describiras el flujo de informacin gentica como proceso continuo?
(debes integrar los procesos descritos de manera concisa, conteniendo slo
las principales caractersticas y funciones de cada uno)
b) Identifica los tipos de mutagnesis para su uso biotecnolgico. Puntualiza las
estrategias consideradas como importantes para la aplicacin del
conocimiento en el rea biotecnolgica.
2. No olvides ser claro y breve en tus participaciones, abarcando slo los aspectos
que realmente consideres relevantes.
Autoevaluacin
a) Protenas
b) cido ribonucleico mensajero (ARNm)
c) cido desoxirribonucleico (ADN)
d) Pptido
a) Archea
b) Eucaria
c) Bacteria
d) Protistas
8. Qu es la traduccin de protenas?
10. De acuerdo al efecto fenotpico, Cules son los dos tipos de mutaciones?
Cierre de la Unidad
En esta primera unidad se recapitularon los procesos que definen al flujo de informacin
gentica como los eventos necesarios para observar un fenotipo (generacin de protena)
a partir de un genotipo (gen o genes contenidos en el genoma de las bacterias).
Particularmente se revis la replicacin del ADN como la generacin de dos hebras de
material gentico con base en una doble hlice parental de manera semiconservativa, es
decir, las dobles hlices hijas llevan una hebra de ADN parental y una recin sintetizada.
Se enfatiz que la generacin de una protena es un proceso continuo en bacterias, es
decir, la transcripcin de ARN mensajero (ARNm) y la traduccin de protenas estn
acopladas. La generacin de ARN mensajero (ARNm) a partir de una hebra de ADN se
inicia cuando el complejo enzimtico conocido como ARN Polimerasa se une a un
promotor; empieza a transcribir con direccin 5 3, y termina al encontrar una
secuencia de paro. Una caracterstica de este proceso es la incorporacin del nucletido
uracilo (U) en sustitucin a la timina (T). Por otra parte, la traduccin de protenas inicia
cuando la hebra de ARNm naciente es suficientemente grande para que se ensamble el
complejo de inicio que incluye a la unidad menor del ribosoma, el ARNfMet (ARN formil
metionina) en el sitio P y la unin al ARNm en la secuencia conocida como Shine-
Dalgarno para ubicar al codn AUG en el sitio P. Posteriormente se une la subunidad
mayor del ribosoma y el ARNt del siguiente condn en el sitio A, por lo tanto, se forma el
primer enlace peptdico con hidrlisis de GTP. Luego el pptido (secuencia naciente de
aminocidos) se elonga de acuerdo a la unin secuencial de aminocidos, segn la
secuencia del ARNm y su decodificacin con ARNt e hidrlisis de GTP (ver el cdigo
gentico). Este proceso termina cuando se encuentra un codn de paro y se libera el
complejo ARNm, ribosoma y protena.
Para saber ms
http://www.genomasur.com/lecturas/Guia02-2.htm
http://www.bioquimica.dogsleep.net/Teoria/archivos/Unidad81.pdf
A su vez, para entender la estructura molecular de las protenas, se recomienda visitar las
pginas:
http://www.ehu.es/biomoleculas/peptidos/pep2.htm
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/enlace%20peptidico.html
http://themedicalbiochemistrypage.org/es/protein-structure-sp.php
Bibliografa
Betancor, L., Gadea, P., Flores, K. (2006). Gentica Bacteriana. Temas de Bacteriologa y
virologa mdica. 2 Edicin. Uruguay: Universidad de la Republica.
Curtis, H., Shnek, A., Massarini, A., Aroz, J., Behrens, V. (2008). Biologa. 7 Edicin.
Argentina: Mdica Panamericana.
Lodish, H., Berk, A, Matsudaira, P., Kaiser, C. A., Krieger, M., Scott, M.P., Zipursky, L.,
Darnell, J. (2005). Biologa Celular y Molecular. 5 Edicin. Argentina: Ed. Mdica
Panamericana.
Murray, P. R., Rosenthal, K. S., Pfaller, M. A., (2009). Microbiologa Mdica. 6 Edicin.
Espaa: ElSevier.
Paap, D. (1996). Historia de las Ciencias. 1 Edicin. Chile: Editorial Andrs Bello.
Videos
Free Sciencie Lectures (diciembre, 2011). Replicacin del ADN (en espaol) [archivo de
video]. Recuperado de: http://www.youtube.com/watch?v=8xnmaj9m87s
Free Sciencie Lectures (abril, 2012). Transcripcin de ADN A ARN [archivo de video].
Recuperado de: https://www.youtube.com/watch?v=mFh9L-nu8Hk
Jack, T., Gross, B. (1987). Traduccin en procariotas [archivo de video. Traduccin del
texto y comentarios aadidos por Angel Herrez]. (Universidad de Alcal). Hanover, NH,
Dartmouth College. Recuperado de: http://www.dartmouth.edu/ artsci/bio/cbbc/courses/
bio23/bio23-1998/ index-b23-98.html