Antiningrum Purwaningsih

150351600102

Offering A

Tugas Biokimia Genetika

Bagian I
1. DNA
DNA adalah makromolekul berupa benang yang sangat panjang dari sejumlah besar
deoksiribonukleotida yang masing-masing tersusun dari satu basa, satu gula dan satu
gugus fosfat.
2. Gen
Gen adalah ssegmen DNA yang mengkode protein tertentu.
3. Kromosom
Kromosom adalah DNA yang digulung oleh protein.
4. Genom
Genom adalah kumpulan kromosom di dalam inti.
5. Transkripsi
Transkripsi (dari bahasa Inggris: transcription) dalam genetika adalah pembuatan RNA
dengan menyalin sebagian berkas DNA. Transkripsi adalah bagian dari rangkaian
ekspresi genetik. Pengertian asli "transkripsi" adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini,
yang dimaksud adalah mengubah "teks" DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang berubah
hanyalah basa nitrogen timin di DNA yang pada RNA digantikan oleh urasil (Yuwono,
2005).
6. Translasi
Translasi adalah sintesis polipeptida yang diatur oleh RNA. Saat molekul mRNA
meluncur melalui ribosom, kodon-kodon ditranslasi satu per satu menjadi asam-asam
amino. Pada proses ini, mRNA telah keluar dari inti sel. Sekali mRNA keluar dari inti sel
dan telah berada dalam sitoplasma, maka mRNA akan bergabung dengan satu atau lebih
ribosom yang memungkinkan asam-asam amino disusun menjadi rantai polipeptida
sesuai dengan kode genetik yang ditugaskan pada rantai mRNA. Jadi proses translasi
merupakan proses pemindahan informasi genetik dari RNA ke protein. Proses translasi
dibantu dengan bantuan molekul-molekul perantara lain yang terdapat di dalam
sitoplasma, yaitu tRNA atau RNA pemindah. tRNA berfungsi untuk mengikat asam
 amino pada satu ujungnya, sedangkan ujung yang lain mampu mengenal kodon mRNA
untuk tempat melekatnya asam amino yang diikatnya (Campbell, 2010).
7. Konstitutif
Terdapat 2 mekanisme pengaktifan ekspresi gen pada eukaryota dan prokaryota yaitu
secara konstitutif dan induktif. Secara konstitutif gen selalu diekspresikan dalam
keadaan apapun. Contoh: gen yang bertanggung jawab untuk sintesis komponen seluler.
8. Induktif
Induktif adalah sistem pengaktifan ekspresi gen yang akan diekspresikan jika ada
keadaan yang memungkinkan atau ada proses induksi. Gen yang baru diaktifkan
(dinduksi) menunjukkan adanya efisiensi selular.
9. Ekspresi
Ekspresi genetik merupakan proses penerjemah sandi genetik yang ada dalam bentuk
urutan nukleotida menjadi urutan asam amino protein. Merupakan proses transkripsi
materi genetik (DNA) di dalam sel menjadi RNA dan selanjutnya dintranlasi menjadi
polipeptida yang spesifik.
10. Replikasi
Replikasi DNA merupakan proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelaha sel.
11. Kodon
Kodon (kode genetik) adalah deret nukleotida pada mRNA yang terdiri atas kombinasi
tiga nukleotida berurutan yang menyandi suatu asam amino tertentu. mRNA berfungsi
membawa informasi DNA dari inti sel ke ribosom, kodon pada mRNA merupakan
urutan basa-basa nitrogen pada DNA yang dipakai sebagai pola cetakan.
12. Antikodon
Urutan basa nitrogen pada tRNA, tRNA berfungsi mengenali kodon dan menerjemahkan
menjadi asam amino di ribosom.
13. Konservatif
Replikasi konservatif yaitu proses penggandaan rantai ganda DNA yang menghasilkan
DNA lama dan DNA baru, DNA baru murni tanpa tercampur DNA yang lama.
14. Semikonservatif
replikasi semikonservatif yaitu proses penggandaan rantai ganda DNA yang
menghasilkan 2 DNA baru yang masing-masing dengan satu helai induk (DNA lama)
dan satu untai DNA anak (DNA baru).
15. Ikatan hidrogen DNA
Ikatan hidrogen adalah Ikatan tarik menarik antara nitrogen dan hidrogen tersebut
disebut dengan ikatan hidrogen yang digambarkan dengan garis putus-putus pada setiap
ilustrasi molekul DNA.
16. Ikatan fosfodiester
Pada asam nukleat terdapat ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi
3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena
secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester.
17. In vivo
Mengacu pada proses biologi yang terjadi dalam organisme hidup atau sel. Digunakan
untuk menjelaskan suatu proses atau perlakuan terhadap organisme hidup dalam kondisi
alaminya.
18. Topoisomerase
Proses rekombinasi untai pecah, menghapus superkoil DNA, memadatkan kromosom
dan detangling DNA yang saling terkait. Semua bentuk topoisomerase adalah jenis
enzim yang bertanggung jawab untuk regulasi supercoil DNA. Yang memutar untaian
DNA sehingga ketegangan pilinan menurun.
19. Helikase
DNA helikase merupakan enzim yang memecah DNA helix ganda dengan ikatan
hidrogen antara basa komplementer. Enzim yang membuka putaran segmen DNA tepat
di bagian depan garpu replikasi, disebut enzim helicase. Enzim ini mengikat ATP dan
mengikat rantai tunggal DNA. Ada dua macam enzim helicase, satu mengikat pada
 templatenya lagging strand dan bergerak dengan arah 5-3, yang satunya lagi mengikat
pada rantai templateleading strand dan bergerak dengan arah 3-5.
20. Genotipe
Sifat dasar yang tidak tampak dan bersifat tetap pada individu. Genotipe dituliskan
dengan simbo huruf paling depan dari sifat yang dimiliki individu yang dipersilangkan.
21. Fenotipe
bentuk yang dapat diamati sebenarnya dari sifat. Dua alel pada gen dapat menentukan
bahwa seseorang memiliki mata biru, alel penyusun adalah genotipe dan warna biru
adalah fenotipe.
22. Gen Operator
Gen operator merupakan gen yang memiliki peranan dalam menentukkan terjadinya
transkripsi dari suatu operon. Operator dapat ditemukan pada bagian hulu operon
maupun hilir ataupun keduanya. Gen operon dapat ditempati oleh aktivator ataupun
represor.
23. Regulator
Regulator adalah suatu gen yang aktivitasnya terlibat dalam pengendalian ekspresi gen.
Apabila suatu operon dapat diaktifkan oleh produk ekspresi gen regulator (aktivator)
maka digolongkan sebagai pengendalian positif. Sebaliknya, pengendalian negatif terjadi
ketika suatu operon dinonaktifkan oleh produk ekspresi gen regulator (represor). Produk
gen regulator (aktivator atau represor) bekerja dengan cara menempel pada sisi
pengikatan protein regulator pada daerah promotor gen yang diaturnya.
24. RNA polimerase
RNA polimerase adalah suatu enzim yang membantu mempercepat proses pembentukan
RNA. Enzim ini berbeda dengan enzim DNA polimerase, RNA polimerase dapat
memulai pembentukan rantai RNA tanpa menggunakan primer.
25. DNA polimerase
DNA polimerase adalah enzim penting dalam replikasi DNA maupun dalam reparasi
DNA. DNA polimerase merupakan sebuah enzim yang mengkatalisasi reaksi
polimerisasi deoksiribonukleotida menjadi rantai DNA, dengan kata lain enzim ini
mengkatalisasi reaksi pembentukan DNA.
26. PCR
PCR adalah metode untuk amplifikasi (perbanyakan) primer oligonukleotida diarahkan
secara enzimatik urutan DNA spesifik. Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan
 105-106-kali lipat dari jumlah nanogram DNA template dalam latar belakang besar pada
sequence yang tidak relevan (misalnya dari total DNA genomik).
27. Ligase
Ligase adalah merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
antara ujung 5-fosfat dan 3-hidroksil pada DNA yang mengalami nick. Nick pada DNA
dapat terjadi pada saat replikasiDNA, rekombinasi dan kerusakan. Secara biologis, DNA
ligase diperlukan untuk menggabungkan fragmen Okazaki saat proses replikasi,
menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta berperan dalam proses
reparasi DNA.
28. Primase
Primase adalah RNA polimerase yang mensintesis primer RNA pendek yang diperlukan
untuk memulai proses replikasi untai.
29. Promoter
Promoter merupakan tempat tertentu pada molekul DNA yang mempunyai urutan basa
spesifik untuk pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi. Promoter pertama
kali dikarakterisasi melalui percobaan mutasi yang meningkatkan atau menurunkan laju
transkripsi gen-gen seperti halnya gen-gen struktural pada operon lac. Promoter inti
merupakan tempat awal terjadinya proses transkripsi oleh RNA polimerase II dan tempat
proses transkripsi tersebut dikendalikan.
30. Protein SSB
Protein SSB (Single Strand Binding) adalah protein yang terlibat dalam pemisahan
untaian DNA induk. Peranan protein SSB adalah untuk menjaga agar bagian DNA yang
sudah terpisah tidak berikatan lagi sehingga dapat digunakan sebagai cetakan.
31. Release factor
Release factor adalah protein yang memungkinkan penghentian translasi dengan
mengenali kodon penghentian atau menghentikan kodon dalam urutan mRNA. Translasi
akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG)
yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam keadaan normal tidak ada
aminoastil-tRNA yang membawa asam amino sesuai dengan ketiga kodon tersebut. Oleh
karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga kodon terminasi tersebut, maka
proses translasi berakhir. Ketiga sinyal penghentian proses translasi tersebut dikenali
oleh suatu protein yang disebut release factor (RF).
32. Enzim restriksi
Enzim restriksi atau endonuklease restriksi adalah enzim yang memotong molekul DNA.
Enzim ini memotong DNA pada rangka gula-fosfat tanpa merusak basa. Enzim restriksi
endonuklease (enzim restriksi) mengenali urutan nukleotida spesifik dan memotong
DNA pada posisi di antara atau di luar sekuen yang dikenalinya tersebut. Enzim ini telah
ditemukan lebih dari 30 tahun yang lalu sehubungan dengan fenomena pemotongan yang
spesifik terhadap bakteri inang dan modifikasi oleh virus bakteri. Enzim restriksi
melindungi bakteri dari infeksi virus. Enzim ini berperan dalam sistem imun pada
mikroorganisme. Jika bakteri E. coli yang tidak memiliki enzim restriksi diinfeksi virus,
maka sebagian besar partikel virus mampu menyebabkan infeksi. Namun, jika bakteri E.
coli memiliki enzim restriksi, kemungkinan infeksi virus akan menurun.
33. Transformasi
Transformasi merupakan peristiwa dimana bakteri memperoleh DNA dari lingkungan
sekitarnya. Permukaan sel bakteri memiliki protein yang dapat mengenali DNA dari jenis
yang masih berkerabat kemudian mentransport DNA tersebut masuk ke dalam sel. Di
dalam sel, DNA asing tersebut akan menyatu dengan DNA inang dan menyebabkan
perubahan pada struktur DNA awal. Perubahan struktur DNA ini akan menyebabkan
perubahan sifat bakteri tersebut.

34. Kodon mula

Kodon mula (start codon) adalah kodon pertama yang diterjemahkan pada saat translasi
atau disebut juga kodon inisiasi (AUG yang menyandikan metionin). Kodon inisiasi
translasi merupakan kodon untuk asam amino metionin yang mengawali struktur suatu
polipeptida (protein). Selain kodon inisiasi, untuk memulai translasi diperlukan juga
sekuen atau situs yang disebut Shine-Dalgarno untuk pengenalan oleh ribosom yang juga
dibantu oleh faktor inisiasi (berupa tiga jenis protein). Dalam proses translasi, rangkaian
nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu
 asam amino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau
AUG pada mRNA).
35. Kodon stop
Kodon stop merupakan salah satu dari tiga kodon, yaitu UAG, UAA atau UGA. Kodon
akhir disebut juga kodon terminal yang tidak menyandikan asam amino. Kodon akhir
menyebabkan proses translasi berakhir dengan bantuan faktor pelepasan untuk melepas
ribosom. Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal tidak ada aminoastil-tRNA yang membawa asam amino sesuai dengan
ketiga kodon tersebut. Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga
kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir.
36. Ribosom
Ribosom adalah salah satu organel yang berukuran kecil dan padat dalam sel yang
berfungsi sebagai tempat sintesis protein. Ribosom berdiameter sekitar 20 nm serta
terdiri atas 65% RNA ribosom (rRNA) dan 35% protein ribosom
(disebut Ribonukleoprotein atau RNP). Organel ini menerjemahkan mRNA untuk
membentuk rantai polipeptida (yaitu protein) menggunakan asam amino yang dibawa
oleh tRNA pada proses translasi.
Bagian II
1. Gambar struktur dasar DNA untai ganda yang terdiri dari 3 nukleotida 5ATG3 (basa
digambarkan dengan huruf saja)

2. Jelaskan
a) Sebutkan minimal 5 perbedaan antara DNA dan RNA
No. Parameter DNA RNA

1 Nukleotida Deoksiribose Ribose

karbohidrat basa A, G, C, T A, G, C, U

2 Struktur primer Linier dan sirkular Linier

3 Struktur sekunder Untai ganda Untai linier

 4 Struktur tersier Umumnya relaks mRNA, tRNA, dan rRNA
Linier Relaks, coil atau supercoil
Sirkular
5 Enzim pemotong DNAse RNAse

b) Apa beda antara mRNA, tRNA, dan rRNA

mRNA tRNA rRNA

Disintesis dengan RNA Disintesis dengan RNA Disintesis dengan RNA

polimerase I polimerase II polimerase III

Merupakan intermediet Merupakan komponen Merupakan molekul

antara gen dan polipeptida ribosom sebagai tempat adaptor yang membaca
hasil translasi sintesis protein urutan nukleotida pada
mRNA hasil transkripsi
dan merubahnya menjadi
urutan asam amino
(polipeptida)

Tidak tahan lama Lebih stabil dan tahan Stabil

lama dibanding mRNA

3. Jelaskan perbedaan (masing-masing minimal 3 macam perbedaan) dari pasangan istilah-

istilah berikut (jika perlu dengan contohnya):
a) Replikasi, transkripsi, dan translasi

Replikasi Transkripsi Translasi

Replikasi: proses Proses mengikat basa Menyusun basa nitrogen

perbanyakan bahan genetik nitrogen menjadi tiga titik berupa
(genom : DNA dan RNA) Melibatkan rantai kodon
Proses yg mengawali antisense pada DNA Terjadi pengikatan asam
pertumbuhan sel menjadi RNAd amino yang larut dalam
Replikasi akan diikuti oleh Proses mencetak plasma
pembentukan sel-sel anakan RNAd Proses menerjemahkan
yg membawa duplikat bhn Berperan dalam urutan basa molekul
 genetik hasil replikasi. pembentukan protein RNAd dalam urutan
dari asam amino asam amino polipeptida
Memerlukan basa Berperan dalam
nitrogen adenine, membentuk enzim-
timin, guanine, dan enzim
sitosin

b) Rekayasa genetika dengan teknik kawin silang dan teknologi rekombinan DNA
Teknik Kawin Silang Teknologi Rekombinan DNA
Perkawinan silang adalah perkawinan antara teknologi DNA rekombinan adalah
dua individu yang berlainan varietas dalam pembentukan kombinasi materi genetik yang
satu spesies. Teknik perkawinan silang ini baru dengan cara penyisipan molekul DNA ke
dilakukan dengan cara memperhatikan sifat- dalam suatu vektor sehingga
sifat unggul dari individu-individu yang akan memungkinkannya untuk terintegrasi dan
di silangkan. Tujuannya adalah untuk mengalami perbanyakan di dalam suatu sel
mendapatkan varietas baru pada spesies organisme lain yang berperan sebagai sel
tersebut dan merupakan yang paling unggul inang.
bila dibandingkan dengan yang lain.
Teknologi DNA rekombinan mempunyai dua
Contoh : perkawinan silang antara sapi
segi manfaat. Pertama, dengan mengisolasi
shorthor dengan sapi brahman
dan mempelajari masing-masing gen akan
Sapi shorthor hidup di daerah sub tropis diperoleh pengetahuan tentang fungsi dan
yang tidak tahan terhadap iklim panas mekanisme kontrolnya. Kedua, teknologi ini
tetapi dagingnya banyak. memungkinkan diperolehnya produk gen
Sapi brahman (dari india) tahan terhadap tertentu dalam waktu lebih cepat dan jumlah
iklim yang panas, akan tetapi daging yang lebih besar daripada produksi secara
dihasilkan oleh sapi ini relatif sedikit konvensional.
Persilangan dari kedua sapi diatas, diharapkan
Contoh : Kapas transgenik atau kapas-bt.
 dapat menghasilkan varietas baru yaitu sapi Adalah tanaman kapas yang telah
yang tahan terhapad iklim panas dan mampu mengandung gen penyandi toksin yang
menghasilkan daging dalam jumlah yang berasal dari bakteri Bacillus turingiensis (Bt).
banyak. Dengan begitu, sapi ini dapat di Toksin tersebut dapat membunuh hama kapas
kembang biakan di daerah tropis karena sudah sehingga kapas-bt tersebut tahan terhadap
tahan terhadap panas. Persilangan dari kedua serangan hama.
sapi diatas menghasilkan sapi santa gertrudis.

4. Jelaskan mengapa: kucing selalu beranak kucing, anjing tak pernah beranak sapi, cula
hanya tumbuh pada kepala badak sedangkan gading hanya tumbuh pada kepala gajah?
Setiap individu mempunyai gen yang mengkode sifat-sifat tertentu. Gen pada anjing
berbeda dengan gen pada kucing. Individu hanya bisa melakukan perkawinan dengan
spesies sejenisnya agar bisa menghasilkan keturunan yang fertil. Gen akan membawa
informasi genetik yang akan diturunkan kepada anaknya. Jadi, kucing selalu beranak
kucing dan anjing tak pernah beranak sapi.
Setiap spesies memiliki gen yang berbeda. Badak memiliki gen untuk mengekspresikan
cula, yang belum tentu dimiliki oleh spesies lain. Sehingga badak memiliki cula. Begitu
pula pada gajah yang memiliki gen untuk mengekpresikan gading, sehingga gajah
memiliki gading.

5. 0,1 ug DNA di PCR dengan waktu denaturasi 2 menit, anealing 1 menit dan polimerisasi
2 menit. Berapa banyak DNA yang terjadi setelah 1 jam kemudian.
Satu unit enzim restriksi akan memotong 1 ug DNA secara sempurna dalam 50 ul reaksi
selama 1 jam.

6. Protein sapi berbeda dari protein kambing atau protein ayam, secara biokimia yang
berbeda apa saja? Jika seseorang yang terbiasa menggunakan daging sapi sebagai sumber
protein, kemudian menggunakan daging ayam sebagai penggantinya apakah berarti
protein orang itu berubah? Jelaskan jawaban anda dengan konsep-konsep biokimia?
Secara biokimia yang berbeda adalah struktur penyusun proteinnya.
Protein tidak akan berubah, sebab di lambung, protein yang dikonsumsi tertampung
kemudian akan bereaksi dengan enzim pepsin yang berasal dari getah lambung. Enzim
pepsin sendiri hanya akan terbentuk jika asam lambung (HCl) menemukan protein dan
melakukan penguraian rangkaiannya. Penguraian rangkaian protein dalam lambung
secara biokimia akan menstimulasi pepsin pasif menjadi pepsin aktif. Secara biokimia,
enzim pepsin memecah ikatan protein menjadi gugus yang lebih sederhana, yaitu pepton
dan proteosa. Kedua gugus ini merupakan polipeptida pendek yang masih belum dapat
diabsorpsi oleh jonjot usus. Polipeptida pendek yang dihasilkan dari reaksi enzim pepsin
dan protein kemudian akan bercampur dengan enzim protease (erepsin) di dalam usus
halus. Protease berasal dari pankreas yang disalurkan ke usus halus melalui dinding
membran. Protease mengandung beberapa prekursor yang antara lain
prokarboksipeptidase, kimotripsinogen, tripsinogen, proelastase, dan collagenase.
Masing-masing prekursor protease ini akan menghidrolisis polipeptida menjadi jenis
asam amino yang berbeda-beda.
Prokarboksipeptidase menguraikan asam amino dari ujung karboksil polipeptida.
Kimotripsinogen menguraikan ikatan peptida menjadi asam amino methionine,
tryptophan, tyrosine, asparagine, phenylalanine, dan histidine.
Tripsinogen menguraikan ikatan peptida menjadi asam amino arginine dan lysine.
Proelastase dan collagenase menguraikan polipeptida menjadi tripeptida dan
polipeptida yang lebih kecil.
Setelah protein berhasil diurai menjadi asam amino, selanjutnya jonjot usus yang
terdapat pada dinding usus penyerapan (ileum) akan menyerap asam amino yang
dihasilkan dari proses pencernaan protein tersebut, sehingga meskipun protein tersebut
berasal dari sapi ataupun ayam, hasil akhir akan berupa asam amino yang disesuaikan
dengan tubuh manusia sehingga memudahkan untuk dikirimkan melalui aliran darah ke
seluruh sel-sel di tubuh kita.