Introduccin
As mismo se
Las bacterias exhiben mecanismos
biolgicos, que las facultan para adecuarse
a diversas presiones ambientales. La
emergencia y propagacin de bacterias
grampositivas resistentes tales como
Staphylococcus aureus resistente a
meticilina, Streptococcus pnumonia
resistente a penicilina y enterococos
resistentes a vancomicina, han complicado
los tratamientos para enfermedades
infecciosas y en la ltima dcada se han
convertido en un foco central de los
problemas mdicos y de produccin de
drogas (Wright, 2005).
El DNA girasa de las bacterias ha llamado la
atencin ltimamente, debido a sus
propiedades para hallar agentes
antibacterianos ms potentes. Esta girasa es
un miembro de la familia de enzimas
ubiquitinas ATP dependientes llamadas
tambin topoisomerasas tipo 2. Estas
enzimas tienen una implicacin en varios
procesos biolgicos de los procariontes, en
los cuales se involucra el ADN. Por ejemplo,
estn involucradas en la segregacin del
ADN despus de la replicacin, en la
iniciacin de la replicacin de ADN y
expresin de genes (Alanis, 2005).
Actualmente, una gran cantidad de agentes
antibacterianos han sido desarrollados
usando quinolona sinttica como inhibidor
de la girasa, y es ampliamente usado en el
tratamiento contra bacterias (Tanitame et.
Al, 2004). Sin embargo, la mayora de las
bacterias antes descritas tambin son
resistentes al tratamiento con quinolonas (da
Cunha et. al 2010). Es importante encontrar
una nueva clase de inhibidores de ADN
girasa para resolver este problema.
Para analizar ms afondo este tipo de
problemas se utilizan las funciones de
puntuacin, la mecnica estadstica de
Monte Carlo (MC) y las simulaciones de
dinmica molecular (MD).
aplican los clculos de force field, esta
metodologa permite un muestreo extensivo
de los grados de libertad para los complejos
de las sustancias con el ligando, y de su
entorno acuoso con miles de molculas
discretas.
En este informe, se resumir el conocimiento
adquirido acerca de la descripcin y
prediccin de sitios de ligamiento para el
ADN girasa. De esta manera se dar un
mejor entendimiento de los aspectos
termodinmicos del ligando y su sitio de
ligamiento, adems de mostrar las utilidades
que tienen el docking computacional y el
virtual screening.
Mtodos
Datos de Trabajo
Para obtener la estructura de la girasa se
parti de aquella disponible en el Protein
Data Bank (NDB: 4PLB). Se trata de una
estructura cristalogrfica obtenida por Singh
et al. (2014). El ligando asociado fue retirado
de la estructura mediante el uso del
programa de modelamiento Maestro
(Sanner, 1999).
Docking Molecular Girasa y Ligandos
Una vez descargado el archivo .pdb de la
girasa, se carg el archivo al cluster donde
estn las licencias de modificacin con el
programa para docking de Maestro (Sanner,
1999). Para realizar modificaciones con
respecto a molculas que se quieren tener
en cuenta para el anlisis de acoplamiento.
Se agregaron hidrgenos faltantes al archivo
de entrada y se configur como la molcula
receptora. Adicionalmente, se estableci el
tamao de la caja donde se iba a realizar los
anlisis de docking con las dimensiones
adecuadas para que se ajustara tanto al
receptor como a los ligandos. Igualmente, se
realizaron algunas modificaciones en los
enlaces de los ligandos. Se modificaron los
sitios de torsiones, agregando el mayor
nmero de enlaces que no estaban en las
configuraciones determinadas sin modificar
los enlaces cclicos. Finalmente, se guard
el archivo.
Posteriormente, se realiz el docking
molecular mediante el programa maestro
(Sanner, 1999) para cada ligando con el
receptor. Lo que dio como resultado una
tabla de texto con la informacin de las
diferentes estructuras con sus estados de
afinidad (Kcal/mol) y su glide score y Figura 1. Interacciones entre girasa e
docking score correspondiente. inhibidores

Por otra parte, se hizo el docking de

compuestos con estructuras disponibles en
lnea, pero cuyas actividades
desconocamos, todos teniendo como
receptor a la girasa, fueron tomados de
ZINC. Los compuestos elegidos para la
verificacin fueron nicamente aquellos que
tuvieran un peso molecular entre 250 y
500g/mol y que tengan una carga total entre Figura 2. Grafica de RMSD de la estructura
{2, 2}. del ligando.
Resultados
Resultados Docking Molecular de ADN
girasa y ligandos
El docking se us para establecer un enlace
entre el scoring function, las propiedades
de estos compuestos y su actividad biolgica
contra el ADN girasa (Geourjon et. al, 2001).
La evaluacin de los resultados del Figura 3. Grafica RMSF de la estructura del
acoplamiento se bas en la ligando.
complementariedad del complejo enzima-
ligando teniendo en cuenta las propiedades Discusin
estricas (Gohlke et. al, 2002).
El modo de ligamiento del ligando estudiado
A partir de los tratamientos realizados con el consiste principalmente, en el anillo LHS que
programa Maestro se obtuvieron valores de se liga entre los dos pares de bases
afinidad y RMSD para las conformaciones centrales del ADN elongado por medio de
de cada molcula (Tabla 1). Adicionalmente, interacciones de van der Waals. La mitad del
se presenta imgenes del modelo (Fig. 1) y ligando est localizado hacia la mitad de la
las grficas de RMSD y RMSF (Fig. 2 y 3) estructura proteica, como se puede observar
en la figura 4, generalmente esta parte est
expuesta al solvente, a diferencia de la
posicin 7 de la amina que mostro una
mayor afinidad polar con los aspartatos y en
especial con el aspartato Asp83.
Segn los resultados obtenidos para el
docking entre el receptor y los diferentes
ligandos se deben considerar las diferentes
aproximaciones de medicin en la
interaccin molecular. En primer lugar, el
valor ms pequeo de Kcal/mol lo obtuvo la
conformacin de la girasa con el ligando en
la posicin de la cadena que presenta el
Asp83. Este resultado, es coherente con los
valores de RMSD para ambos lmites porque
esta conformacin tiene el menor valor entre
conformaciones (Fig. 2). Comparando los
niveles de interaccin por puentes de
hidrgeno se puede decir que el Ligando es
un buen candidato por el nmero de
uniones, si bien ste, como todos los
inhibidores estudiados, es incapaz de
eliminar la bacteria, en estudios clsicos ha
mostrado resultados prometedores, con un
tiempo de accin ms rpido y una Figura 4. Estructura inicial de trabajo del
eliminacin alta (Bax, 2010). Ms an, tiene complejo Ligando-Girasa. En el modelo 3D,
particularidades en la farmacocintica en pueden verse las partes del sistema en s,
relacin con los dems inhibidores y a su coloreadas de acuerdo con las
vez, tiene menores efectos secundarios en convenciones del Diagrama. E y F Cadenas
relacin con las dems drogas (Bax, 2010). de ADN (nucletidos 5-3 prima). B y D
protenas quimricas del ADN girasa, 1, 2 y
Conclusiones
3 sustancias qumicas, siendo 1 el ligando.
El complejo estudiado ofrece un ejemplo
La estructura que se estudio es consistente
significativo sobre la inhibicin de
con las demostraciones bioqumicas
compuestos moleculares como el ADN
estudiadas en otros artculos, y en una
girasa que son de del tipo AII topoisomerasa,
comparacin con las quinolinas, el punto de
por medio de un compuesto qumico
equilibrio es un punto de alta afinidad con el
sinttico y que en principio es modelado de
aminocido Asp83. Aunque no se pudo
manera computacional.
observar en ausencia de inhibidor el ADN
tiene una conformacin estirada, cuando
este est presente inhibe el clivaje de la
doble cadena y el subsecuente estado
conformacional alargado del ADN.
Si el sitio de unin del ligando es altamente
conservado entre bacterias, podra
considerarse como un potente
antibacteriano que podra llegar a utilizarse Hameed P, S., Raichurkar, A.,
en diferentes tratamientos. Madhavapeddi, P., Menasinakai, S.,
Sharma, S., Kaur, P., ... & Sriram, D. (2014).
Las herramientas utilizadas en el software
Benzimidazoles: novel mycobacterial gyrase
maestro como docking, single point energy
inhibitors from scaffold morphing. ACS
y bsquedas conformacionales, son
medicinal chemistry letters, 5(7), 820-825.
importantes para entender de qu forma
acta una sustancia con las molculas Sanner, M. F. (1999). Python: a
adyacentes y en un sistema en vivo programming language for software
particularmente similar a la realidad. Estas integration and development. J Mol Graph
herramientas demuestran ser de gran Model, 17(1), 57-61.
importancia en la bsqueda de tratamientos
Singh, S. B., Kaelin, D. E., Wu, J., Miesel, L.,
antibacterianos, atacando de manera
Tan, C. M., Meinke, P. T., ... & Patel, S.
precisa y no generalista el problema de la
(2014). Oxabicyclooctane-linked novel
resistencia bacteriana.
bacterial topoisomerase inhibitors as broad
Referencias spectrum antibacterial agents. ACS
medicinal chemistry letters, 5(5), 609-614.
Alanis, A. J. (2005). Resistance to
antibiotics: are we in the post-antibiotic Tanitame, A., Oyamada, Y., Ofuji, K.,
era?. Archives of medical research, 36(6), Fujimoto, M., Iwai, N., Hiyama, Y., ... &
697-705. Nagai, K. (2004). Synthesis and antibacterial
activity of a novel series of potent DNA
Bax, B. D., Chan, P. F., Eggleston, D. S.,
gyrase inhibitors. Pyrazole
Fosberry, A., Gentry, D. R., Gorrec, F., ... &
derivatives. Journal of medicinal
Huang, J. (2010). Type IIA topoisomerase
chemistry, 47(14), 3693-3696.
inhibition by a new class of antibacterial
agents. Nature, 466(7309), 935-940. Wright, G. D. (2005). Bacterial resistance to
antibiotics: enzymatic degradation and
da Cunha, E. F., Barbosa, E. F., Oliveira, A.
modification. Advanced drug delivery
A., & Ramalho, T. C. (2010). Molecular
reviews, 57(10), 1451-1470.
modeling of Mycobacterium tuberculosis
DNA gyrase and its molecular docking study
with gatifloxacin inhibitors. Journal of
Biomolecular Structure and
Dynamics, 27(5), 619-625.
Geourjon, C., Combet, C., Blanchet, C., &
Delage, G. (2001). Identification of related
proteins with weak sequence identity using
secondary structure information. Protein
Science, 10(4), 788-797.
Gohlke, H., & Klebe, G. (2002). Approaches
to the description and prediction of the
binding affinity of smallmolecule ligands to
macromolecular receptors. Angewandte
Chemie International Edition, 41(15), 2644-
2676.