Vous êtes sur la page 1sur 3

1

LICEO DE CARIARI
PROGRAMA DE BACHILLERATO INTERNACIONAL
Prof. MSc. Mauricio Prez Gutirrez
Biologa NM

Prctica N 7
Uso del software Jmol en la visualizacin de molculas

Objetivos

1. Utilizar el software Jmol para visualizar en 3D molculas orgnicas como los glcidos.
2. Reforzar los conocimientos bsicos sobre estructuras moleculares de los glcidos.
3. Describir la estructura y funcin de algunos polisacridos.

Materiales

Software Jmol.

Procedimiento

1. Descargue el software Jmol de la siguiente direccin: http://jmol.sourceforge.net/

2. Observe los siguientes andamiajes con el objetivo de adquirir conocimiento sobre el uso del
software, pero usted puede buscar otros, as como tutoriales.

Enlaces:

https://www.youtube.com/watch?v=E5Bp4rVattw

https://www.youtube.com/watch?v=YE00u0HvvXw

https://www.youtube.com/watch?v=chXQb-6mDkM

https://www.youtube.com/watch?v=HWS2XP-7KyE

http://biomodel.uah.es/Jmol/jmolguia/jmolintro.htm

3. Abra Jmol y dedique un tiempo prudente para manipularlo. Trate de replicar los ejemplos vistos
en los videos anteriores, pues la idea es desarrollar las habilidades de visualizacin molecular.

4. Dibuje una molcula de glucosa (forma cclica). Si tiene problemas, este video al menos le ayuda
a visualizar como debera de quedar (https://www.youtube.com/watch?v=Z4Knm6vCGXo).

5. Una vez dibujada la molcula, presione clic derecho del mouse, o presione la palabra Jmol que se
encuentra en la parte inferior derecha de la pantalla negra, luego busque la opcin clculo y luego
dale clic a la opcin optimizar estructura.
2

6. Transforme los enlaces dibujados con los siguientes pasos: Estilo Enlace Alambres.

7. Repita el punto 5.

8. Introduzca la molcula dibujada dentro de una caja, para ello siga los siguientes pasos: Estilo
Caja (dale clic).

9. Dale una vista frontal a la imagen (pasos: Vista Frontal).

10. Guarde en su computadora la molcula de glucosa dibujada, para ello siga los siguientes pasos:
Archivo Exportar Exportar Imagen Guardar en.

11. Una vez guardada la imagen, esta debe ser abierta con el visualizador de fotos de Windows u
otro programa; finalmente proceda a copiar y a pegar la imagen en su reporte.

12. Rotule en la imagen anterior los tres tipos de tomos presentes en la molcula.

13. Determine la frmula qumica representada en la imagen anterior.

14. Abra un nuevo archivo, para realizar esto, debe ir a Archivo y dale clic a Nuevo.

15. Seleccione la glucosa cclica con el formato de bolas y palos sobre un fondo negro. Para lograr
esto, debe ir a Archivo Conseguir un MOL (borrar la palabra que aparece y escribir D-
glucopyranose) Aceptar. Ahora, repita el mismo paso, pero escriba glucose.

Preguntas: Qu colores se utilizan para mostrar los tomos de carbono, hidrgeno y oxgeno?
Compare con la molcula dibujada en el punto 4. Copie y pegue la imagen en su reporte. Describa
el proceso de ciclacin de la glucosa. Por qu hay una versin lineal y cclica de la glucosa? Hay
otros ejemplos de ciclacin en los monosacridos?

16. Seleccione las molculas de -D-glucosa y -D-glucosa en su forma cclica, para realizar esto
debe seguir los pasos del punto 15. Adems, debe abrir dos archivos, en el primer archivo seleccione
la -D-glucosa (cclica), en este caso debe escribir: alpha-D-glucopyranose. Luego debe ir a Archivo
y dale clic a nuevo, con esto se abre una nueva ventana de trabajo, seleccione la molcula -D-
glucosa (cclica), para esto debe escribir: beta-D-glucopyranose. Copie y pegue las imgenes en su
reporte.

Pregunta: Determine la diferencia entre ambas molculas, incluya el significado de alfa y beta, la
forma D y L.

17. Seleccione la molcula de sacarosa, para ello debe escribir: sacharose. Y debe estar sobre un
fondo azul. Copie y pegue la imagen en su reporte.

Preguntas: Cul es la diferencia entre el anillo de glucosa y el anillo de fructosa en la molcula de


sacarosa? Cul es el enlace que se forma al unir ambas molculas? Rotule en la imagen la letra W
para sealar el nombre del enlace que une ambas molculas. Explique en qu consiste una reaccin
de condensacin y una de hidrlisis. Realice la siguiente reaccin qumica: se quiere descomponer
la molcula de sacarosa en monosacridos.
3

18. Descargue las molculas: cellulose, glycogen, amylopectin, amylose de los enlaces siguientes:

http://www1.lsbu.ac.uk/water/hycelh.html (molcula de cellulose.pdb)

http://www.biotopics.co.uk/JmolApplet/glycogen2.html (molcula de glycogen40.pdb)

http://www.biotopics.co.uk/JmolApplet/amylopectinjdisplay.html (molcula de
amylopectin84.pdb)

http://www.biotopics.co.uk/JmolApplet/amylose40jdisplay.html (molcula de amylose40.pdb)

19. Abra cada una de las molculas descargadas en el punto anterior para que las observe con
detenimiento. Describa la estructura y funcin de la celulosa y del almidn en las plantas, y del
glucgeno en los seres humanos. Puede utilizar figuras para complementar su respuesta.