Tarea 2: Descriptores moleculares

Definicin de Descriptores moleculares:

Un descriptor molecular es el resultado final de un procedimiento lgico matemtico que se encarga

de transformar la informacin qumica, codificada dentro de una representacin simblica de una
molcula, en un nmero til o en el resultado estandarizado de un experimento. La utilidad de este
valor se refiere a la informacin que proporciona acerca de las propiedades moleculares y/o en la
prediccin de algunas propiedades moleculares de inters.

Los descriptores moleculares involucran un gran nmero de diferentes teoras fuertemente

interdisciplinarias, de hecho, para la definicin de un descriptor molecular es necesario un
conocimiento de lgebra, qumica computacional, fsico-qumica, informtica, orgnica, entre otros
campos del conocimiento.

Hidrofobicidad media:

La hidrofobicidad de una protena habla acerca de su solubilidad. En un solvente, sta depende

esencialmente de la distribucin de los grupos polares y apolares de la cadena lateral de
aminocidos que la constituyen. El clculo de la hidrofobicidad media de una protena se determina
mediante las solubilidades respectivas, en el agua y otro solvente menos polar, de cada uno de los
aminocidos que la componen. Dicho valor se puede obtener a partir de la siguiente expresin:

Donde N es la longitud de la secuencia y Hn es la hidrofobicidad del cada aminocido en la secuencia,

de acuerdo a su particin en octanol/agua. Usando los parmetros hidrofbicos pi de las cadenas
laterales de aminocidos segn Fauchre, J. y Pliska, V. (1983).

Momento Hidrofbico:

El momento hidrofbico es una medida de la amfifilicidad de una hlice o una molcula completa,
es decir, muestra en la superficie de cada hlice o molcula, la relacin entre las cadenas
hidrofbicas y las hidroflicas. Entonces, indica si una protena es ms hidrofbica en su interior
(como una protena globular en solucin acuosa), o en su superficie (como una protena de
membrana). Para cuantificar la amfifilicidad, se define el momento hidrofbico (H) como:

Donde N es la longitud de la secuencia, Hn es la hidrofobicidad de cada n aminocido en la secuencia

y n es el ngulo que separa las cadenas laterales a lo largo de la molcula, siendo = 100 para una
hlice alfa. Valores grandes de H indican que la hlice es amfiflica perpendicular a su eje.
Polarizabilidad ():

La polarizabilidad est relacionada con la refractividad molar (MR), que experimentalmente est
dada por:

MR = (M/d) (n2 - 1)/ (n2 + 2)

Donde n es el ndice de refraccin, M es el peso molecular, y d es la densidad. Como MR es una

propiedad aditiva-constitutiva de una molcula, se puede calcular fcilmente para cualquier
sustituyente, de modo que, para valores tabulados de MR para grupos comunes y mediante la
siguiente ecuacin, se puede calcular la polarizabilidad:

= (3/(4N)) (M/d) (n2 - 1)/ (n2 + 2)

De este modo, es funcin del volumen molecular y es, por tanto, un parmetro de volumen que
modela las fuerzas de dispersin.

ngulos polares- Hlices amfipticas:

El ngulo polar se refiere a al ngulo que existe entre la cara polar de la -hlice amfiptica. Est
caracterstica habla sobre el modo de accin, la tasa de formacin de poro y la estabilidad de poro
que posee el pptido.

El ngulo polar se mide sobre la representacin en forma de rueda que se hace de la -hlice (una
proyeccin 2-D sobre el eje de la hlice), que muestra la orientacin de las cadenas laterales en un
mapa de 360 respecto a los lados. Dicha representacin es til para detectar el potencial amfiptico
de las hlices, el cual juega un papel crucial en la interaccin entre hlices, con pequeos pptidos,
con membranas y en el proceso de auto-ensamblaje. La siguiente figura hace referencia a la
representacin en forma de rueda de una -hlice mostrando la distribucin de aminocidos.

De este modo, se ha encontrado que con ngulos polares ms pequeos, los pptidos exhiben una
mayor capacidad para formar poros en una membrana, dado que de este modo predominaran los
residuos hidrofbicos en sus cadenas laterales.
Referencias

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