UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS - ESPE

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA Y LA AGRICULTURA

INGENIERA EN BIOTECNOLOGA
RESUMEN

NOMBRE: Priscila Vizuete

NRC: 4162
FECHA: 15/06/2017

Introduccin
El Mejoramiento molecular de plantas son las aplicaciones de la biologa molecular o la biotecnologa
para mejorar o desarrollar nuevos cultivos, que incluye dos enfoques principales, la seleccin asistida por
marcadores (MAS) y la transformacin gentica.MAS es un proceso por el cual se utilizan marcadores
moleculares para la seleccin indirecta en los rasgos de inters en los cultivos. Como un mtodo crtico y
eficaz, el MAS ha sido ampliamente aplicado en el fitomejoramiento para mejorar el rendimiento del
cultivo, la calidad, y la tolerancia al estrs bitico o abitico. Un Reciente avance de genotipado por
secuenciacin (GBS) ofrece una herramienta definitiva MAS para acelerar el fitomejoramiento y la mejora
de los cultivos.

Secuencia de prxima generacin (NGS)

La gran demanda de bajo costo de datos de secuencia ha impulsado el desarrollo de secuenciacin de
alto rendimiento (o secuenciacin de prxima generacin) tecnologas que pueden producir 1000 o
millones de secuencias al mismo tiempo. Secuenciacin de prxima generacin (NGS) se basa en
tcnicas de secuenciacin y de imagen masivamente paralelos para producir varios 100s de millones a
varios 100s de mil millones de bases de ADN en cada procesamiento.
Todas las estrategias de NGS siguen un protocolo similar para la preparacin de plantilla de ADN, donde
adaptadores universales se ligan en ambos extremos de los fragmentos de ADN cortados al azar.Tambin
dependen de la interrogacin cclica de millones de molculas de ADN clonal amplificados inmovilizados
sobre una superficie sinttica para generar hasta varios miles de secuencias de una manera paralela
masiva. La secuenciacin se realiza de manera iterativa, en donde la incorporacin de uno o ms
nucletidos es seguido por la emisin de una seal y su deteccin por el secuenciador. La mayora de las
plataformas NGS son capaces de generar secuencias fiables y visualizacin de cerca el comportamiento
de la cobertura perfecta de los genomas ricas en GC, neutro y moderadamente rica en AT.

Genotipado por secuenciacin (GBS)

Los avances en NGS han impulsado los costos de la secuenciacin del ADN hasta el punto de que GBS
es ahora factible para alta diversidad y grandes especies genoma.GBS es un sistema altamente
multiplexado simple para la construccin de bibliotecas de representacin reducida de la plataforma
Illumina NGS desarrollado en el laboratorio Buckler.Se genera un gran nmero de SNPs para el uso en
anlisis genticos y genotipado Los componentes clave de este sistema incluyen bajo costo, manipulacin
de la muestra reducida, menor nmero de etapas de PCR y la purificacin, sin fraccionamiento por
tamao, no hay lmites secuencia de referencia, cdigo de barras eficiente y facilidad para escalar.GBS
es cada vez ms importante como herramienta rentable y nico para la cra genmica asistidas en una
gama de especies de plantas. La figura 1 simplifica la tecnologa GBS.
Se han desarrollado dos estrategias diferentes de GBS con el sistema PGM (A) Digestin enzimtica de
restriccin, en la que no se han identificado SNPs especficos e ideales para descubrir nuevos marcadores
para los programas MAS. La complejidad del genoma bajo este enfoque se reduce por digestin del ADN
con una o dos enzimas de restriccin seleccionadas antes de la ligacin de los adaptadores. (B) PCR de
enriquecimiento multiplex, en la que se ha definido un conjunto de SNPs para una seccin del genoma.
Este enfoque utiliza cebadores de PCR diseados para amplificar las reas de inters.

Aplicacin de GBS en el fitomejoramiento

El genotipado por secuenciacin es una plataforma ideal para

estudios que van desde marcadores de genes nicos hasta perfiles
completos de genoma (Polonia y Rife, 2012). Una de las aplicaciones
ms potentes de GBS es en el campo de la fitomejoramiento. El GBS
proporciona una herramienta rpida y de bajo costo para el genotipo
de poblaciones reproductoras, permitiendo a los fitomejoradores
implementar GWAS, estudio de diversidad genmica, anlisis de
ligamiento gentico, descubrimiento de marcadores moleculares y
seleccin genmica (GS) bajo una gran escala de programas de
mejoramiento de plantas. No existe un requisito para el conocimiento
a priori de los genomas de las especies, ya que el mtodo de GBS ha
demostrado ser robusto en una variedad de especies y el
descubrimiento y genotipado de SNP se completan juntos.

GBS ha demostrado ser una herramienta vlida para estudios de diversidad genmica.Por ejemplo,
aplicaron la tecnologa Roche 454 GS FLX Titanium con representacin reducida del genoma y
herramientas avanzadas de bioinformtica para analizar la diversidad gentica de 16 variedades de
cebada y descubrieron 2.578 contigs y 3.980 SNPs y confirmaron una divisin geogrfica clave.

En Arabidopsis, a travs de secuenciacin de escopeta de genoma completo en la plataforma de

Illumina, Un grupo de 500 plantas F2 generadas por el cruce de un mutante Col-0 inducido por el etano
metil sulfonato (EMS) caracterizado por crecimiento lento y hojas de color verde claro, con una lnea de
tipo salvaje. Utilizaron un protocolo de GBS de 384 plex para aadir 30.984 marcadores SNP a una
poblacin de cartografa indica japnica consistente en 176 lneas consanguneas recombinantes de
arroz y mapearon los puntos calientes y fros recombinados y los loci cuantitativos de rasgos (QTL) para
el ancho foliar y la tolerancia al aluminio. Despus de la eficiencia de genotipificacin SNP multiplexado
para la diversidad, la cartografa y las aplicaciones de cra se evalu, demostr que el genotipo 384 plex
SNP en la plataforma BeadXpress es un mtodo robusto y eficiente para el genotipo de marcado y la
cartografa en el arroz. Se aplic GBS al trigo de pan, lo que result en la incorporacin de 1000s de
marcadores en el mapa de pan de trigo. La alta resolucin de los marcadores de SNP se identificaron en
la cebada y los datos de cartografa de GBS se utilizaron para confirmar que el gen semi-enanismo (ari-
e) se encuentra en la cebada cromosoma 5H. La construccin de un mapa de ligamiento de GBS
utilizando los marcadores basados en la secuencia conduce a la tcnica RAD, que se ha utilizado en el
anlisis QTL de cebada.

Conclusin
El Genotipado por secuenciacin es una novedosa aplicacin de protocolos de NGS para descubrir y
genotipado de SNPs para la mejora de cultivos. El bajo costo de GBS hace que sea un enfoque atractivo
para saturar las poblaciones de mapeo y de cra con una alta densidad de marcadores SNP.

Bibliografa
Lu, Z., Li, Z., Lui, H., Zhao, X., Laroche, A., & He, J. (30 de Septiembre de 2012). Genotyping-by-
sequencing (GBS), an ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant
breeding. Fronteirs in plant science, V.