1. Cat archivos archivos > nombre de salida.

fasta
2. Makeblastdb in archivo creado con cat dbtype prot -out formatodesalida
parse_seqids
3. Blastp query archivo a comparar con la base de datos db base de datos evalue
1e-23 num_threads 2 max_target_seqs 1 outfmt 6 > archivo de saliada
4. Blastdbcmd db base de datos entry secuencia que haga mach > formato de
salida
5. El archivon que hizo mach se une con la secuencia a comparar mediante cat
6. Tr d n < archivo grande realizado con cat > formato de salida
7. Grep o e >[^>]* secuencia de aminocidos [A-Z]* secuencia de aminocidos
[A-Z]* secuencia de aminocidos [^>]* formato de salida de los retornos de carro
> formato de salida
8. Hmmbuild perfil.hmm archivo aliniado de la el que vamos a comparar junto con la
secuencia que hace mach
9. Hmmsearch la unin del cat > hmm.pk.txt