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SL Baldauf
Ciencia 300 , 1703 (2003);
DOI: 10.1126 / science.1085544
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Ciencia (ISSN 0036 a 8.075 de impresión; ISSN en línea 1095 a 9203) se publica semanalmente, excepto la última semana de diciembre, por el
Asociación Americana para el Avance de la Ciencia, 1200 New York Avenue NW, Washington, DC 20005. Derechos de autor
2003 por la Asociación Americana para el Avance de la Ciencia; todos los derechos reservados. El título Ciencia es un
marca registrada de la AAAS.
T REEOF L IFE
PUNTO DE VISTA
eucariotas más cultivadas y caracterizados pueden ser con fi dientemente asignado a uno de los ocho grupos principales. que albergan ellos, esta relación es nada fácil, sobre todo
Después de algunas salidas en falso, estamos empezando a resolver las relaciones entre estos grandes grupos. Sin para las antiguas ramas “profundos”. Sólo una fracción de los
embargo, los acontecimientos recientes están revisando radicalmente la imagen de nuevo, sobre todo (i) el sitios en cualquier gen son libres de mutar, y éstos sólo tienen
descubrimiento de la probable antigüedad y diversidad taxonómica de los eucariotas ultra pequeños, y (ii) un tantos estados (nucleótidos o aminoácidos) para alternar a
replanteamiento fundamental de la posición de la raíz. En conjunto, estos datos sugieren importantes lagunas en nuestro través antes de que comiencen la repetición de sí mismos, y
conocimiento de lo que simplemente son eucariotas o, cuando se trata del árbol, incluso como terminara. su verdadera historia se oscurece.
viene en gran parte a partir de (i) análisis de conjuntos de datos resuelto “radiación corona”, lo que sugiere que la mayoría de Los datos de estos nuevos “taxones” ya están
concatenados (combinado) multigene [por ejemplo, ( 1, 2)], ( ii) el los grupos principales restantes se levantó en rápida cambiando nuestras ideas acerca de la evolución
S PECIAL S TEC ION
reconocimiento de los patrones comunes de todos los datos sucesión. Ambas ideas han muerto lenta, persistente eucariota, la diversidad y la ecología, e incluso
(consenso) ( 3, 4), y (iii) una mejor comprensión de los artefactos muertes. Ahora sabemos que la profundidad de ramificación nuestra idea básica de lo que es un eucariota. La
filogenéticos, en particular la tendencia de secuencias muy de al menos algunos, si no todos, de la “archezoa” es un presencia de profundamente ramificación, taxones
divergentes a “atraer” entre sí en los árboles filogenéticos ( artefacto de sus secuencias muy divergentes (ramas largas) ultra pequeña en todo el árbol significa que la
“atracción de ramas largas”) ( 5, 6). No obstante, el progreso ha ser “atraídos” a un lejano afuera (ver más abajo) ( 6, 24). Todos miniaturización no es un evento reciente y el
sido lento. conjuntos de datos grandes se van siendo difícil para estos taxones ahora también parecen tener mitocondrias, tamaño no es necesariamente un factor importante
eucariotas; hay poca o ninguna información sobre la mayoría de una vez tenido porque los genes derivados mitocondrial se en la evolución temprana de los eucariotas. En
los taxones, incluidos los grupos principales enteros, y producen en sus núcleos ( 19). Mientras tanto, la corona cuanto a las ramas profundas, nuevos taxones no
secuencias del genoma son pocos y distantes entre sí, teniendo “radiación” probablemente refleja simplemente la incapacidad sólo nos da una imagen más completa de lo que
grandes esfuerzos de colaboración y años en completarse. Dos de los genes individuales para resolver las ramas profundas son los actores principales, sino también ayudar a
acontecimientos recientes podrían cambiar dramáticamente esto. debido a la falta de suficiente información filogenética limpio. aclarar las relaciones entre ellos. (I) Nueva taxones
Estos son el descubrimiento de un mundo diverso de Creemos esto porque estas ramas profundas están siendo pueden reducir las diferencias entre los grupos;
taxonómicamente extremadamente pequeñas eucariotas ( 7 - 11) y resueltos por grandes conjuntos de datos que consta de Esto rompe sus ramas largas y disminuye los
una posible rerooting radical de todo el árbol ( 12). muchos genes (ensartados 1, 2). artefactos asociados. (Ii) miembros conservadores
de actualmente conocidos, pero grupos altamente
derivados pueden ser identificados y utilizados en
su lugar en los árboles evolutivos; esto elimina por
completo ramas largas. Así, 28). Una posibilidad
Diversidad eucariota: Para (casi) cada La verdadera diversidad de la vida particularmente atractiva es el descubrimiento de
regla hay una excepción Todo esto se basa en la suposición de que estábamos trabajando taxones cerrar la brecha entre eucariotas y
Eucariotas (el dominio de la vida a la que pertenecemos) son con una cubierta completa, o al menos lo más completa que Archaea.
una muy distinta, sino también grupo muy variable: por podíamos conseguir, es decir, que estábamos muestreando la gran
ejemplo, las histonas son prescindibles ( 13); el código mayoría de los existentes eucariotas. Ahora está claro que este no
genético varía ( 14, 15); era el caso. Nuevos datos indican ahora una enorme diversidad
y múltiples núcleos, a veces altamente diferenciados han potencial de extremadamente pequeñas eucariotas incluyendo
evolucionado varias veces ( dieciséis - 18), como tiene nuevos subgrupos principales repartidos por todo el árbol (Fig. 1) ( 7 - 11). Hay advertencias importantes. La mayoría de estos nuevos
multicellularity (animales, hongos, plantas, amoebozoans, Estos se nano- (2 a 20 m) y pico- (2 m) los eucariotas, eucariotas “taxones” Actualmente amplificado por PCR, de pequeña subunidad
heterokonts) ( 1 - 4, que se superponen bacterias ( 0,5 a 2 m) en tamaño. La mayoría de de ARN ribosomal (SSU) secuencias únicas (filotipos), definido
17, 18). Todos los eucariotas existentes parecen ser estos “taxones” se detectaron por primera vez por encuestas cultura como único puramente sobre la base de sus posiciones en los
posteriores a la llegada de la mitocondria, pero estos independiente (ciPCR), una reacción en cadena de la polimerasa árboles SSU. Sin embargo, sabemos que las secuencias rápida
orgánulos se han perdido varias veces o degenerado en (PCR) del método basado en la adquisición de secuencias de ADN evolución también aparecen como único en árboles SSU, por
pequeños orgánulos residuales de función desconocida ambientales agrupados, sin pasar por la necesidad de identificar, ejemplo, del grupo microsporidios con amito-excava en árboles SSU,
(parabasalids, entamoebids, hongos) ( 19, 20). cloroplastos mucho menos aislar, nuevos organismos ( 25). Los estudios ciPCR pero ahora se reconocen como la rápida evolución de parientes
verdaderos fueron probablemente sólo “inventaron” una vez, han más que duplicado el número estimado de phyla procariotas ( 25). cercanos de los hongos ( 24). Amoebozoans formar al menos tres
sin lugar a dudas de cianobacterias, pero la fotosíntesis se ha Sin embargo, se pensaba que los eucariotas a encuestar grupos distintos con secuencias de SSU, pero un solo grupo
extendido ampliamente por transferencia lateral adecuadamente por microscopía, y este tipo de encuestas globales coherente con casi todos los otros datos moleculares ( 1, 2). Por lo
(endosimbiosis secundaria), donde se envolvió otra eucariota mostraron el mismo conjunto relativamente pequeño de taxa en los tanto, las identidades de nuevo “taxones” necesitan ser confirmados
mismos hábitats en todo el mundo ( 26). mediante el aislamiento de los organismos involucrados, lo que
y se mantiene su plasto probablemente será más fácil que ha sido el caso para los
(chlorarachniophytes, euglenoids, criptofitas, procariotas [por ejemplo, ( 29)]. Sin embargo, aunque algunos de
chromophytes, dinoflagelados, apicomplexans) ( 21). Hay estos filotipos es casi seguro que solamente la rápida evolución de
un conocido plastid terciaria simbiosis (haptophytes) ( 22), las secuencias de SSU, muchos de ellos son claramente no, y
y dos casos en los que una versión reducida del La existencia de los eucariotas-bacterianas de tamaño algunos ya constituyen grupos bastante importantes ( 10, 11).
núcleo anfitrión original se conserva junto con el se conoce desde hace algún tiempo. El eucariota descrito
plástido en la nueva-a huésped celular semiautónomo más pequeño, Tauri, Ostreococcus es 1 m de diámetro,
dentro de una célula (chlorarachniophytes, criptofitas) pero aún tiene un núcleo, 14 cromosomas lineales, uno
( 21). cloroplasto, y varios mitocondrias ( 27). Sin embargo,
La raíz de todas las raíces
la diversidad potencial de las pequeñas eucariotas El punto más importante en un árbol filogenético es su raíz. La
Lo que pensábamos que sabíamos pero no lo hizo sólo se reconoció por primera vez como un subproducto de raíz es el punto más antigua en el árbol y se corresponde con
ciPCR bacteriana. Las encuestas dirigidas a los eucariotas se el último ancestro común teórico (LCA) de todo en el árbol. La
Los recientes progresos en la resolución de las relaciones informó por primera vez el año pasado ( 7 - 11), pero éstos ya raíz da direccionalidad a la evolución dentro del árbol (orden
entre estos grandes grupos tiene, sin embargo, está indican una tremenda diversidad potencial de taxones ultra relativo de eventos de ramificación). También identifica qué
compuesta mayoritariamente por retroceso. árboles pequeño hasta ahora desconocido. Estos se encuentran grupos son grupos “verdaderos”. Si la raíz del árbol se
moleculares tempranos dieron una imagen atractiva de la dispersos a través del árbol eucariota e incluye las principales encuentra dentro de un “grupo”, entonces no no es un grupo,
evolución eucariota con un conjunto de taxones relativamente nuevos subgrupos ( 11), casi un universo paralelo a la que sino un “grado.” Las semejanzas entre los taxones con una ley
simple unicelular que habita en las ramas más profundas ( 23). conocíamos. Para poner esto en perspectiva, hay 40 principales se única definición de características, pero las características
Estos “archezoa” carecen de mitocondrias, las pilas de Golgi, subgrupos de eucariotas cultivadas previamente conocidas más primitivas retenidas de su ACV, que es también el LCA de
y la meiosis, lo que sugiere que las primeras etapas de la encuestas (Fig. 1), y ciPCR hasta ahora indican al menos 10 todo lo demás en el árbol.
evolución de la complejidad celular eucariota habían nuevos subgrupos sustanciales y un posible de 20 a 30 más.
sobrevivido. Mientras tanto, casi todo lo demás agrupan en
un mal “Enraizamiento” un árbol requiere un punto de referencia
externo o “grupo externo”. Por esta eucariotas
particularmente dramático es la fusión de la dihidrofolato pensaba anteriormente, de acuerdo con la diver- El descubrimiento, y mucho menos la caracterización, de los
reductasa y timidilato eucariotas ultrapequeñas es apenas en su infancia. Pocos
hábitats Se han notificado, por lo
Figura 1. Un consenso filogenia de los eucariotas. La gran mayoría de los eucariotas zado ticas, con la bozoa son amebas su mayoría desnudos (pruebas carentes), a menudo con dopodia pseudotallo lobosas
notable excepción de los principales subgrupos de amebas, ahora se puede asignar a uno de los ocho durante al menos parte de su ciclo de vida. Alveolates tienen sistemas de alveolos corticales directamente
grupos principales. Opisthokonts (basal fl agelo) tiene una sola fl agelo basal en las células debajo de sus membranas plasmáticas. Discicristates tienen crestas mitocondriales discoide y, en algunos
reproductoras y FL en crestas mitocondriales (la mayoría de los eucariotas tienen los tubulares). la casos, un (excavado) ventral ranura de alimentación de profundidad. excava amitochondrial carecer de apoyo
fotosíntesis eucariota se originó en plantas; ellos son los únicos plástidos con sólo dos membranas filogenético molecular sustancial, pero la mayoría tienen una ranura de alimentación ventral excavado, y todos
externas. Heterokonts (diferente fl agellae) tienen una única agelo fl decorado con pelos huecos carecen de mitocondrias. El árbol que se muestra se basa en un consenso de molecular ( 1 - 4) y ultraestructural
(tripartitas stramenopiles) y, por lo general, un segundo plano. Cercozoans son amebas con fi ( dieciséis, 17) (líneas negras rotos) de datos e incluye una indicación aproximada de nuevo “taxones” ciPCR ( 7 - 11).
pseudópodos perder, a menudo viven dentro de las pruebas (capas exteriores duras), algunos muy Un asterisco que precede al nombre taxón indica grupo paraphyletic probable.
elaborados (foraminíferos). Amoe-
muchos más subgrupos, si no grandes grupos, sin duda, aún no se la probabilidad de que estamos en la cúspide de una 18. K. Hausmann, N. Hulsmann, protozoología ( Thieme,
Nueva York, 1996).
revolución similar para eucariotas.
S PECIAL S TEC ION
la perspectiva de la genómica Pico-eucariota. Debido a su tamaño 972 (2000). 21. JM Archibald, PJ Keeling, Trends Genet. 18, 577
2. E. Bapteste et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 99, (2002).
y complejidad, hay pocos genomas eucariotas secuenciados
1414 (2002). 22. HS Yoon, JD Hackett, D. Bhattacharya, Proc. Natl.
completamente, sobre todo de opisthokonts. Sin embargo, 3. TM Embley, RP Hirt, Curr. Opin. Gineta. Prog. 8, 624 Acad. Sci. Estados Unidos 99, 11724 (2002).
pico-eucariotas también, probablemente, han simplificado los (1998). 23. ML Sogin, G. Hinkle, DD Leipe, Natur mi 362, 795
4. AG Simpson, AJ Roger, Curr. Biol. 12, R691 (2002). (1993).
genomas “pico”; Tauri Ostreococcus 'S genoma es 8 Mb de tamaño,
5. J. Felsenstein, Syst. Zool. 27, 401 (1978). 24. RP Hirt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 96, 580
menos de dos veces la de la cepa de laboratorio de Escherichia (1999).
6. S. Gribaldo, H. Philippe, Theor. Población. Biol. 61, 391
coli (35). Por lo tanto, estos genomas deben ser altamente (2002). 25. EF DeLong, NR Pace, Syst. Biol. 50, 470 (2001).
susceptibles a la secuenciación, y que podrían acumularse con 7. SY Moon-van der Staay, R. De Wachter, D. Vaulot, 26. DJ Patterson, WJ Lee, en El flagelados, J. Green,
Naturaleza 409, 607 (2001). BSC Leadbeater, Eds. (Taylor y Francis, Londres,
relativa rapidez un punto de vista taxonómico amplio conjunto
8. P. López-Garcia, F. Rodríguez-Valera, C. Pedros-Alio, 2000), pp. 269-287.
suficiente de los genomas eucariotas para empezar a hacer D. Moreira, Naturaleza 409, 603 (2001). 27. C. Courties et al., J. Phycol. 34, 844 (1998).
comparaciones globales significativos. 9. LA Amaral Zettler et al., Nature 417, 137 (2002). 28. P. López-Garcia, F. Rodríguez-Valera, D. Moreira, Mol.
10. SC Dawson, NR Pace, Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos Biol. Evol. 19, 118 (2002).
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11. D. Moreira, P. López-Garcia, Trends Microbiol. 10, 31 Reinar. Microbiol. 68, 4554 (2002).
(2002). 30. E. Hilario, JP Gogarten, J. Mol. Evol. 46, 703
Nuestra comprensión de la evolución eucariota, en 12. A. Stechmann, T. Cavalier-Smith, Ciencia 297, 89 (1998).
(2002). 31. SL Baldauf, JD Palmer, WF Doolittle, Proc. Natl.
términos de diversidad taxonómica, la estructura del
13. PJ Rizzo, ER Cox, Ciencia 198, 1258 (1977). Acad. Sci. Estados Unidos 93, 7749 (1996).
genoma, y la ecología, es similar a la de los procariotas 14. LA Klobutcher, PJ Farabaugh, Celda 111, 763 (2002). 32. LA Amaral-Zettler, TA Nerad, CJ O'Kelly, ML Sogin, J.
hace 10 a 15 años. Genómica y ciPCR juntos han 15. PJ Keeling, WF Doolittle, EMBO J. 15, 2285 (1996). Eukaryot. Microbiol. 48, 293 (2001).
16. DM Prescott, Naturaleza Rev. Genet. 1, 191 (2000). 33. I. Yanai, YI Wolf, EV Koonin, Genome Biol. 3, 0024
revolucionado casi todos los aspectos de nuestra
17. JJ Lee, GF Leedale, P. Gradbury, Eds., el Illustrat- (2002).
comprensión de las bacterias y arqueas. Es fantástico tener Guía ed a la Protozoa ( Sociedad de Protozoologists, Lawrence, 34. JO Andersson et al., Curr. Biol. 13, 94 (2003).
en cuenta KS, ed. 2, 2000). 35. E. Derelle et al., J. Phycol. 38, 1150 (2002).
PUNTO DE VISTA
Mucho se ha obtenido de los estudios de genómica y evolutiva de las especies. La combinación de las ing protistas pero son de hecho miembros del reino de
perspectivas de estos diferentes enfoques sugiere que un enfoque integrado phylogenomic será beneficioso. hongos ( 4). El análisis del genoma puede incluso ayudar a
resolver las relaciones dentro de las especies, tales como
proporcionando nuevos marcadores genéticos para
Aunque en general se acepta que las secuencias del secuencias. la pérdida de genes no se puede deducir de estudios de genética de población en las bacterias
genoma son excelentes herramientas para el estudio de la manera inequívoca para una especie, si uno no tiene el causantes de ántrax o tuberculosis ( 5, 6). En todos estos
evolución, es quizás menos bien aceptado que el análisis genoma completo. Lo contrario también es cierto- ciertos estudios, es los datos adicionales proporcionados por una
evolutivo es una poderosa herramienta en estudios de estudios genómicos se mejoran grandemente mediante el uso secuencia de genoma completo que le permite a uno
secuencias del genoma. En particular, el análisis evolutivo de análisis de la evolución. Los bucles de retroalimentación separar la señal filogenética del ruido. Esto no quiere decir
ayuda a colocar los estudios genómicos comparativos en entre el análisis del genoma y estudios evolutivos son tan que el árbol de la vida es ahora resolved- sólo hemos
perspectiva. Los investigadores pueden comenzar a penetrante que creemos que es necesario integrar los dos muestreado un puñado de genomas, y muchos grupos aún
entender cómo y hasta qué algunas de las similitudes y enfoques en un solo compuesto, llamado filogenómica ( 1, 2). no se tocan ( 7).
diferencias en los genomas llegaron a ser, por ejemplo, la
presencia y la ausencia de genes, los patrones de
sustitución de ADN se observan en las regiones no En la construcción del árbol de la vida, el análisis de Así como la genómica puede ayudar a resolver los
codificantes, y los patrones globales de synteny (orden de genomas completos ha comenzado a complementar, y en patrones de ramificación en el árbol de la vida, una imagen
genes conservados) en todas estas especies. Estos algunos casos a mejorar, los estudios previamente precisa del árbol es crítico para los estudios del genoma. Un
análisis, a su vez, se pueden utilizar para entender el realizados con uno o unos pocos genes. Por ejemplo, árbol precisa permite seleccionar las especies con el fin de
metabolismo, patogenicidad, fisiología y comportamiento. estudios recientes de los genomas completos de bacterias representar mejor la diversidad filogenética o para seleccionar
han sugerido que la especie hipertermofílicos no están organismos que están colocados estratégicamente para
profundamente ramificación; Si esto es cierto, se pone en responder a preguntas particulares. Por ejemplo, Drosophila
duda la idea de que las primeras formas de vida fueron pseudoobscura fue seleccionado en gran parte por la
termófilos ( 3). El análisis del genoma del parásito eucariota Encephalitozoon
secuenciación del genoma, ya que es a una distancia evolutiva
El Instituto de Investigación Genómica, Rockville, MD cuniculi sugerencias que soporta desde D. melanogaster,
20850, EE.UU..
* A quién debe dirigirse la correspondencia. E-mail: el de tal manera que posibles regiones reguladoras serán algo
jeisen@tigr.org grupo microsporidios no son rama-profunda conservados y pueden ser identificados por