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Reseña: Este texto sirve de base para iniciar el tema de Genoma, comenzando
con una breve historia sobre los orígenes de este , el concepto que engloba un
conjunto de conceptos, acerca de entidades, funciones e interacciones, que
intenta dar cuenta de una entidad en permanente evolución que tiene una
estructura y una función de la que pese a los avances impresionantes se
desconoce mucho, para posteriormente pasar con los ácidos nucleicos DNA y
RNA en donde se realiza una descripción de su estructura, función y los
diferentes tipos que los conforman.
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Texto de Apoyo. Genoma
1. INTRODUCCIÓN
En los primeros 30 años de uso del término genoma se utilizaba otra expresión:
plasnoma, propuesta en 1924, en la que se incluía al material genético que se
encuentra fuera de los cromosomas. Sin embargo, después de 1952, gracias a
la comprobación de que el material genético de los cromosomas y el material
hereditario de las mitocondrias y cloroplastos son de la misma naturaleza, se
extendió el concepto de genoma y desapareció el de plasnoma.
Bajo una generalización simple, ese nuevo significado del genoma puede
enunciarse como el conjunto de todos los genes de una célula, incluyendo los
de las estructuras celulares (plástidos, cloroplastos y mitocondrias).
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La consolidación del conocimiento acerca de la molécula de ADN como
responsable de la transmisión hereditaria, después de 1950, no sólo dio una
visión diferente del concepto de genoma, como un conjunto de genes formados
por ADN, sino que también sirvió de base para una nueva interpretación: el
genoma como el número total de pares de bases (adenina, timina, guanina y
citosina) de una célula.
2. ÁCIDOS NUCLEICOS
Los ácidos nucleicos son polímeros de nucleótidos que están formados por:
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Púrica, como la Guanina (G) y la Adenina (A)
Pirimidínica, como la Timina (T), Citosina (C) y Uracilo (U)
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El enlace -glucosídico se hace entre el
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La estructura primaria del ADN se trata de la secuencia de
desoxirribonucleótidos de una de las cadenas. La información genética está
contenida en el orden exacto de los nucleótidos.
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La Estructura terciaria del ADN se refiere a como se
almacena el ADN en un volumen reducido. Varía según se
trate de organismos procariontes o eucariontes:
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rompen los puentes de hidrógeno que unen las cadenas y se produce la
separación de las mismas, pero no se rompen los enlaces fosfodiester
covalentes que forman la secuencia de la cadena. La desnaturalización del
ADN puede ocurrir, también, por variaciones en el pH.
Está formado por la unión de muchos ribonucleótidos, los cuales se unen entre
ellos mediante enlaces fosfodiester en sentido 5
´-3´ (igual que en el ADN).
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Sus características son las siguientes:
- Cadenas de largo tamaño con estructura primaria.
- Se le llama mensajero porque transporta la información necesaria para la
síntesis proteica.
- Cada ARNm tiene información para sintetizar una proteína determinada.
- Su vida media es corta.
a) En procariontes el extremo 5´ posee un grupo trifosfato
b) En eucariontes en el extremo 5´ posee un grupo metil-guanosina unido al
trifosfato, y el el extremo 3´ posee una cola de poli-A.
En los eucariontes se puede distinguir también:
- Exones, secuencias de bases que codifican proteínas
- Intrones, secuencias sin información.
Un ARNm de este tipo ha de madurar (eliminación de intrones) antes de
hacerse funcional. Antes de madurar, el ARN m recibe el nombre de ARN
heterogeneonuclear (ARNhn).
ARN RIBOSÓMICO (ARNr)
Sus principales características son:
- Cada ARNr presenta cadena de diferente tamaño, con estructura secundaria
y terciaria.
- Forma parte de las subunidades ribosómicas cuando se une con muchas
proteínas.
- Están vinculados con la síntesis de proteínas.
ARN NUCLEOLAR (ARNn)
Sus características principales son:
- Se sintetiza en el nucleolo.
- Posee una masa molecular de 45 S, que actúa como recursor de parte del
ARNr, concretamente de los ARNr 28 S (de la subunidad mayor), los ARNr 5,8 S
(de la subunidad mayor) y los ARNr 18 S (de la subunidad menor)
ARNu
Sus principales características son:
- Son moléculas de pequeño tamaño
- Se les denomina de esta manera por poseer mucho uracilo en su composición
- Se asocia a proteínas del núcleo y forma ribonucleoproteinas pequeño
nucleares (RNPpn) que intervienen en:
a) Corte y empalme de ARN
b) Maduración en los ARNm de los eucariontes
c) Obtención de ARNr a partir de ARNn 45 S.
ARN TRANSFERENTE (ARNt)
Sus principales características son.
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- Son moléculas de pequeño tamaño
- Poseen en algunas zonas estructura secundaria, lo que va hacer que en las
zonas donde no hay bases complementarias adquieran un aspecto de bucles,
como una hoja de trebol.
- Los plegamientos se llegan a hacer tan complejos que adquieren una
estructura terciaria
- Su misión es unir aminoácidos y transportarlos
hasta el ARNm para sintetizar proteínas.
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sobre la tierra se puede agrupar en tres dominios: bacterias y arqueas
(ambos procariotas) y eucariotas. De acuerdo a esta clasificación tenemos
básicamente dos tipos celulares los procariontes y los eucariones y cada
uno de ellos con su genoma característico.
Relación filogenética entre miembros de los tres dominios de la vida celular, basada en el gen 16S rDNA.
A su vez en cada dominio encontramos la clasificación en otros linajes, como los reinos en eucariotas o
las divisiones en bacterias. Como las arqueas son las más recientemente estudiadas, se ha propuesto
dividirlas en dos reinos: Crenarchaeota y Euryarchaeota.
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nucleosomas. La pregunta principal aquí es cómo se compacta el ADN., una
idea propuesta, sugiere que la fuerza del compactamiento provienen de
grandes grupos de macromoléculas capaces de formar altas
concentraciones citoplásmicas carente de proteínas atadoras (tal como ha
llegado a ocurrir en experimentos “in Vitro” con extractos citoplásmicos de E.
coli).
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sugiere que la condensación y dispersión del nucleoide es acompañada por
un aumento en la actividad de transcripsión; cuando el nucleoide se
encuentra condensado, luce muy parecido a los cromosomas compactados
de los dinoflagelados.
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estándares para caracterizar la mitosis eucariótica es completamente
arbitraria; esto dificulta la elección de los sistemas adecuados para realizar
una buena comparación de la división celular entre eucariontes y
procariontes.
El hecho de que existe una gran variedad de procesos llevados a cabo por
las bacterias en la división celular, hace más difícil la tarea de encontrar
homologías entre las proteínas que actúan en este proceso tanto en
eucariontes como en procariontes.
4. DNA MITOCONDRIAL.
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Genoma nuclear o DNA de los 46 cromosomas nucleares. Los cromosomas
son moléculas lineales de DNA, y entre todos suman un tamaño total de 6.000
millones de pares de bases (GC y AT) constituyendo la fracción del genoma
mayoritaria. De tal forma que el tamaño medio de los cromosomas humanos es
de unos 130 millones de pares de bases. El genoma humano tiene un número
aproximado de 30.000 a 40.000 genes.
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- 2 genes que codifican para los dos rRNAs mitocondriales (RNAs ribosómicos)
Genoma mitocondrial
Cadena L
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Peso molecular: 5.060.609 daltons
Cadena H
Figura 4. Cadenas L y H
Peso molecular:
5.168.726 daltons
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El promotor de la transcripción de la cadena H se encuentra entre las
posiciones 531 y 568. Este promotor dirige la formación del complejo de
transcripción que formará la burbuja donde se sintetiza el RNA denominado
El
transcrito primario de cada cadena sufre un proceso de corte por acción de
nucleasas (RNAsas) muy específicas, que producen una colección de RNAs.
Estos RNAs reciben el nombre de " precursores ", y no son funcionalmente
activos. Para ser funcionales deban sufrir un proceso de maduración
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1) El conocimiento de un numeroso grupo de enfermedades genéticas
metabólicas, entre las cuales figuran más de medio centenar debidas a
mutaciones puntuales consistentes en la sustitución de unas bases por otras,
afectando a distintos genes del genoma mitocondrial. A ello hay que añadir los
varios cientos de mutaciones no puntuales como son reordenaciones genéticas
del tipo de las delecciones o las inserciones de fragmentos de DNA de distinto
tamaño. Este aspecto de la mitocondria humana ha llamado la atención de los
científicos interesados en la terapia génica. La bioquímica metabólica ha
acrecentado los conocimientos sobre el papel central de la mitocondria en el
metabolismo celular. Al mismo tiempo se han clarificado definitivamente los
aspectos bioenergéticos de la mitocondria en relación con el transporte de
electrones, la fosforilación oxidativa y el necesario acoplamiento de ambos
procesos.
2) En los últimos años han surgido datos en donde indican que las mitocondrias
también participan en la muerte celular programada, un proceso que se conoce
como apoptosis. En las mitocondrias existen varias proteínas que son
potencialmente peligrosas, normalmente están guardadas. Pero por un proceso
de señales, que apenas se empieza a entender, las proteínas se activan y la
célula muere.
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MELAS: (miopatía mitocondrial con encefalopatía, acidosis láctica y
episodios similares al ictus). Se debe a una disfunción el complejo I de la
cadena respiratoria mitocondrial debida a un cambio de bases en el par
3243 de la cadena pesada
MERRF: (epilepsia mioclónica, fibras rojas deshilachadas): se debe
sobre todo a una mutación del gen que codifica el t-ARN de la lisina por
un cambio de bases en la posición 8344 de la cadena pesada. Este
cambio produce una disfunción del complejo V de la cadena respiratoria
NARP (neuropatía, ataxia, retinitis pigmentaria): se debe a una mutación
del gen que codifica el complejo V de la cadena respiratoria (ATP-asa 6)
LHON (neuropatía hereditaria de Leber): se debe a multiples mutaciones
en los genes que codifican el complejo I (NADH-deshidrogenasa)
6. DNA REPETITIVO.
Una observación bien intrigante al principio de la era de la Biología Molecular,
fue que el tamaño de los genomas no se correlacionaba con la complejidad del
organismo. Por ejemplo, el hombre tiene un genoma que es unas 200 veces
más grande que el genoma de la levadura (S. cerevisiae), pero 200 veces más
pequeño que el de Amoeba dubia (Gregory & Hebert, 1999). Esto se conoce
como la paradoja del valor C (contenido de ADN) y fue explicado cuando se
conoció que los genomas podían contener una gran cantidad de secuencia
repetitiva que no posee ninguna función aparente.
Organización estimada de los distintos tipos de secuencias del Genoma Humano (Datos tomados de
IHGSC, 2001).
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Tipo de Secuencia Número Porcentaje del
Genoma
Elementos 450.000 8%
Retrovilares
Transposones 300.000 3%
ancestrales
Repeticiones en ? 8%
Bloque
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2. Copias retropuestas de genes celulares inactivos total o parcialmente,
referidas como seudogenes procesados.
3. Repeticiones simples, que consisten de secuencias simples que se repiten
una tras otra en segmentos relativamente cortos.
4. Segmentos duplicados, donde pequeños (10 - 300 kb) segmentos han sido
copiados en otra parte del genoma.
5. Bloques de ADN repetitivo localizado en regiones específicas, tales como
centrómeros, telómeros (extremos de los cromosomas), grupos de genes
ribosomales y otros.
El ADN repetitivo generalmente es descrito como basura y se descarta por no
ser informativo. Sin embargo, él representa una fuente extraordinaria de
información acerca de diversos procesos biológicos. Las repeticiones
constituyen un record paleontológico que posee pistas claves de eventos y
fuerzas evolutivas que operan en la naturaleza. Cuando tienen un rol pasivo,
pueden ser usados para estudiar los procesos de mutación y selección.
Cuando su rol es activo, el ADN repetitivo ha producido cambios en el genoma,
causando re-arreglos importantes en el orden de los segmentos, creando
nuevos genes o modificando y reordenando genes existentes.
Al comparar el ADN repetitivo humano con el de otras especies nos damos
cuenta de que la porción eucromática (segmento de cromosomas que contiene
la mayoría de los genes, en contraste con la heterocromática que contiene casi
exclusivamente ADN repetitivo) contiene una mayor densidad de copias de
elementos transponibles que los segmentos eucromáticos de las otras
especies.
Además, el genoma humano está lleno de copias de transposones ancestrales
y sólo un 6% se estima que está activo. En las otras especies, sin embargo, los
transposones son de origen reciente y entre un 25 a 87% está activamente
moviéndose en el genoma (IHGSC, 2001). Por último, en el genoma humano, 2
tipos de repeticiones (LINE1 y Alu) representan el 60% de todas las secuencias
repetitivas dispersas, mientras que en los otros genomas no existe dominancia
de tipos específicos de repeticiones.
7. PREDICCIÓN DE GENES CON EL USO DE COMPUTADORAS
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La proporción de secuencias modificantes frente a secuencias no
modificantes es muy diferente; sólo un 1.5% del material genético en
humanos y otros eucariotas superiores, frente a un 85% en bacterias, en las
que las secuencias codificantes solapan a menudo.
Los genomas eucariotas son ricos en secuencias repetidas, que dificultan el
análisis.
El número de genomas eucariotas secuenciados es mucho menor que el de
procariotas, lo que impone ciertos límites técnicos a la hora de aplicar
métodos de predicción tanto Intrínsecos como Extrínsecos.
Análisis de genomas
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herramienta tiene su propio servidor, utiliza un formato propio de los datos de
entrada y salida, y en muchos casos no funcionan a través de Internet, sino
que se deben instalar localmente.
GeneQuiz (EBI)
Ensembl (EBI)
Magpie (Rockefeller U)
Pedant (MIPS)
Genotator (BDGP)
HAMAP (Expasy)
Comparación de genomas
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Así como las herramientas que hemos visto hasta ahora iban principalmente
encaminadas a predecir la función de nuestras secuencias, las comparaciones
nos ofrecen informaciones adicionales: pertenencia a familias conocidas, perfil
filogenético (presencia en otros organismos), pertenencia a operones o clusters
de genes (genes que se presentan agrupados en diferentes organismos, lo que
a menudo tiene implicaciones funcionales), etc. La información comparativa
puede incluso ayudarnos a predecir la función para ORFs de función
desconocida en el organismo que analizamos: comparando diversos
organismos podemos conocer aquellos genes/proteínas que realicen funciones
esenciales y que no hayan sido descubiertas en este. Las bases de datos de
metabolismo son de considerable ayuda en este punto. La información
posicional también es muy importante: la función de algunos ORFs puede
conocerse de acuerdo a su vecindad con ORFs de función conocida, si esta
disposición esta conservada en diferentes organismos.
COGs.
KEGG.
MBGD.
PEDANT
DNA Structural Atlas
GLOSARIO.
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encontramos 10 nucleótidos (10 pares en cada vuelta
de la doble hélice). Una hélice se encuentra unida a la
otra, a través de sus bases nitrogenadas, mediante
uniones puente de hidrógeno. Si en una hélice la base
es ADENINA se unirá con la otra hélice a la TIMINA; si
la base es CITOSINA se unirá con la otra hélice a la
GUANINA
Genoma existente en el interior de las mitocondrias
DNA formado por un cromosoma circular de DNA que está en
mitoco número variable de copias según los tejidos.
ndrial
DNA repetitivo. Fragmentos de DNA que están repetidos a lo largo del
genoma, bien en tándem o bien dispersos. El número
de repeticiones (número de copia) es variable.
Cada una de las formas en que puede presentarse un
ALELO gen en un determinado locus. Diferentes alelos
producen variantes en las características heredadas por
un individuo, tales como grupo sanguíneo, color de
pelo.
Grupo de 20 tipos de diferentes moléculas pequeñas
AMINOÁCIDO que se unen en largas cadenas para formar las
proteínas.
Ácido ribonucleico. Es el encargado de traducir el
ARN CÓDIGO GENÉTICO en la síntesis de proteínas.
Existen tres clases de ARN: .
Unidad básica de cualquier organismo vivo.
CÉLULA
Huevo fecundado originado por la unión de los gametos
CIGOTO masculina y femenina con fusión de sus núcleos.
Es el proceso de hacer copias de un pedazo específico
CLONACIÓN de ADN, comúnmente un gen.
Instrucciones que se encuentran en los genes de las
CÓDIGO células para formar una proteína específica. El CÓDIGO
GENÉTI GENÉTICO es universal para todos los organismos
CO vivientes.
Tres bases que se unen para formar un aminoácido, en
CODÓN el ARN o ADN. También llamado TRIPLETE.
Filamentos que se forman en el núcleo. Los
CROMOSOMA cromosomas contienen los genes que rigen los
caracteres hereditarios.
Cromosoma sexual presente en una sola copia en los
CROMOSOMA X varones y en dos copias en las mujeres.
Cromosoma sexual presente únicamente en los
CROMOSOMA Y varones, en una sola copia.
Número normal de cromosomas, presente en las
DIPLOIDE células somáticas de un organismo. Se
simboliza 2n .
Gen cuya información es más fuerte y se manifiesta
DOMINANTE visiblemente (aparece en el FENOTIPO). Se
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simboliza con letra imprenta mayúscula A .
Mecanismo por el cual a partir de una sola molécula de
DUPLICACIÓN ADN es posible obtener dos moléculas idénticas de
ADN. Las dos hebras de ADN se separan; entonces, la
célula suministra los nucleótidos que se alinean a lo
largo de cada hebra separada que sirve de molde. Si
llamamos a una de las hebras originales LA MANO, y a
la otra EL GUANTE, entonces LA MANO actúa como
un molde para un nuevo guante; y la otra hebra
original, que llamamos EL GUANTE actúa como molde
para una nueva mano.
Son los caracteres hereditarios que identifican a un
FENOTIPO individuo, como ser rasgos, color de ojos, color de pelo,
etc. Es lo que se manifiesta visiblemente del
GENOTIPO.
Nombre que se da a las células sexuales. Los gametos
GAMETO femeninos reciben el nombre de ÓVULO, los gametos
masculinos reciben el nombre de ESPERMATOZOIDE.
Se llama así a la fracción de ADN que codifica una
GEN proteína.
Todo el ADN contenido en un organismo o una célula,
GENOMA tanto el que se halla en la mitocondria, como el que se
encuentra en los cromosomas dentro del núcleo.
Es el conjunto de genes que se transmite por herencia.
GENOTIPO
Número de cromosomas presentes en los gametos de
HAPLOIDE un organismo vivo. La mitad de cromosomas presentes
presente en las células somáticas (o corporales). Se
simboliza n.
Cuando los cromosomas homólogos son diferentes.
HETEROCIGOT
A
Cuando los cromosomas homólogos son iguales.
HOMOCIGOTA
Par de cromosomas integrado por uno proveniente del
HOMÓLOGOS progenitor femenino y otro proveniente del progenitor
masculino.
Posición que ocupa un gen en el genoma.
LOCUS
Un mapa de cromosomas que muestra la posición de
MAPA los genes conocidos.
GENÉTI
CO
Cuando el ADN se modifica, por el cambio de una base
MUTACIÓN por otra.
Estructura central de la célula que aloja a los
NÚCLEO cromosomas.
Unidad estructural que está presente en las moléculas
NUCLEÓTIDO de ARN y ADN. Cada nucleótido se halla formado por:
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una base nitrogenada, un azúcar (que es una pentosa)
y fosfato.
Una gran molécula compleja constituida de una o más
PROTEÍNA cadenas de aminoácidos.
Proyecto de investigación internacional que busca
PROYECTO establecer el mapa y secuencia de genes humanos.
GENO
MA
HUMAN
O
Gen cuya información es débil y no siempre logra
RECESIVO manifestarse en el FENOTIPO. Se simboliza con letra
imprenta minúscula a.
Tres bases que se unen para dirigir la inclusión de un
TRIPLETE aminoácido, en el ARN o ADN. También llamado
CODÓN.
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