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Le contrôle de la division chez les bactéries Lydia Robert (INRA MICALIS & Laboratoire Jean
Le contrôle de la division chez les
bactéries
Lydia Robert
(INRA MICALIS & Laboratoire Jean Perrin)
Avril 2014

Le cycle cellulaire bactérien

Le cycle cellulaire bactérien Stewart et al . (2005) yazdi et al. (2012) oriC ter
Le cycle cellulaire bactérien Stewart et al . (2005) yazdi et al. (2012) oriC ter

Stewart et al. (2005)

yazdi et al. (2012)

oriC

Le cycle cellulaire bactérien Stewart et al . (2005) yazdi et al. (2012) oriC ter

ter

Le modèle de Donachie : l’initiation de la réplication à masse constante

C+D C D Doubling time (min) Cooper & Helmsetter1968 Time (min)
C+D
C
D
Doubling time (min)
Cooper & Helmsetter1968
Time (min)

Schaechter, Maaloe, Kjelgaard. 1958

B Period C Period D Period
B Period
C Period
D Period

Multi-fork replication

Maaloe, Kjelgaard. 1958 B Period C Period D Period M u l t i - f

Le modèle de Donachie : l’initiation de la réplication à masse constante

Cell mass
Cell mass

Donachie 1968

Time (min)

Simulation ccycle

: l’initiation de la réplication à masse constante Cell mass Donachie 1968 Time (min) Simulation ccycle

Applet4.jar

Le modèle de Donachie remis en question

L’initiation à masse constante : vrai ou pas?

Wold et al. 1994
Wold et al. 1994

Bates et al. 2005

Quel lien entre l’initiation de la réplication et la division ? Mutants avec altération de l’initiation: compensation dans la durée de réplication?

Le contrôle spatio-temporel de la division chez E. coli

Le système min
Le système min

Occlusion du nucleoid

- Mulder & Woldringh 1989 - Discovery of Slma/Noc proteins (Wu 2004; Bernhardt 2005)

From Männik et al 2012.

nucleoid - Mulder & Woldringh 1989 - Discovery of Slma/Noc proteins (Wu 2004; Bernhardt 2005) From
nucleoid - Mulder & Woldringh 1989 - Discovery of Slma/Noc proteins (Wu 2004; Bernhardt 2005) From
nucleoid - Mulder & Woldringh 1989 - Discovery of Slma/Noc proteins (Wu 2004; Bernhardt 2005) From

Le contrôle spatio-temporel de la division chez B.subtilis

Wu et al. 2011

spatio-temporel de la division chez B.subtilis Wu et al. 2011 Effet de l’initiation de la réplication

Effet de l’initiation de la réplication Harry et al.

Comment la cellule décide-t-elle de se diviser ?

Horloge interne ?

Comment la cellule décide-t-elle de se diviser ? Horloge interne ? OU mesure de taille?

OU

mesure de taille?

Comment la cellule décide-t-elle de se diviser ? Horloge interne ? OU mesure de taille?

Les modèles mathématiques de croissance-division

2 Classical PDE models

The « timer » model : the division rate is age-dependent, size-independent

: the division rate is age-dependent , size-independent Age = time elapsed since birth The «
: the division rate is age-dependent , size-independent Age = time elapsed since birth The «

Age = time elapsed since birth

The « sizer » model: the division rate is size-dependent, age-independent

Age = time elapsed since birth The « sizer » model: the division rate is size-dependent

How does the bacterial cell decide to divide?

With Marie Doumic, Marc Hoffmann, Nathalie Krell

Is division triggered by a « timer »

Nathalie Krell Is division triggered by a « timer » or « sizer » mechanism ?

or « sizer » mechanism ?

triggered by a « timer » or « sizer » mechanism ? Data from Stewart et

Data from Stewart et al. (2005)

by a « timer » or « sizer » mechanism ? Data from Stewart et al

&

Wang, Robert et al. (2010)

by a « timer » or « sizer » mechanism ? Data from Stewart et al

Size ( m)

Testing the « timer » and « sizer » models

Size ( m)
Size ( m)

DATA

Estimation of the experimental age-size distribution

DATA Estimation of the experimental age-size distribution Estimation of Age (min) Estimation of Doumic et al.

Estimation of

of the experimental age-size distribution Estimation of Age (min) Estimation of Doumic et al. 2011 Doumic

Age (min)

Estimation of Doumic et al. 2011 Doumic et al. 2012
Estimation of
Doumic et al. 2011
Doumic et al. 2012

Age-size distribution simulated with the « timer » model

Age-size distribution simulated with the « sizer » model

with the « timer » model Age-size distribution simulated with the « sizer » model Age

Age (min)

Size ( m)
Size ( m)

Age (min)

The « timer » model does not fit the data

Stewart et al.

DATA

Age (min) Size ( m) Size ( m)
Age (min)
Size ( m)
Size ( m)

Wang, Robert et al.

DATA Age (min) Size ( m) Size ( m) Wang, Robert et al. Age (min) SIMULATIONS

Age (min)

SIMULATIONS of the TIMER model

Age (min) Size ( m) Size ( m)
Age (min)
Size ( m)
Size ( m)
( m) Size ( m) Wang, Robert et al. Age (min) SIMULATIONS of the TIMER model

Age (min)

The « timer » model is sensitive to biologically irrelevant hypotheses

Various assumptions on the growth law of very small and very large cells

assumptions on the growth law of very small and very large cells Unrealistic for any exponentially
assumptions on the growth law of very small and very large cells Unrealistic for any exponentially

Unrealistic for any exponentially growing organism

The « sizer » model fits the data well

The « sizer » model fits the data well Size ( m) Age (min) Size (

Size ( m)

The « sizer » model fits the data well Size ( m) Age (min) Size (
Age (min)
Age (min)

Size ( m)

model fits the data well Size ( m) Age (min) Size ( m) Age (min) Stewart

Age (min)

Stewart et al.

DATA

Size ( m) Size ( m)
Size ( m)
Size ( m)

Age (min)

Wang, Robert et al.

DATA Size ( m) Size ( m) Age (min) Wang, Robert et al. Age (min) SIMULATIONS

Age (min)

SIMULATIONS of the SIZER model

Size ( m)
Size ( m)

Age (min)

Size ( m)
Size ( m)

Age (min)

Le modèle « Sizer »

Simulation Estimation
Simulation
Estimation
Le modèle « Sizer » Simulation Estimation
Le modèle « Sizer » Simulation Estimation
Le modèle « Sizer » Simulation Estimation
Le modèle « Sizer » Simulation Estimation
Acknowledgments Marie Doumic, Marc Hoffmann, Nathalie Krell Stéphane Aymerich, Didier Chatenay, Jérôme Robert, Marina

Acknowledgments

Marie Doumic, Marc Hoffmann, Nathalie Krell

Stéphane Aymerich, Didier Chatenay, Jérôme Robert, Marina Elez

… And thank you for your attention !