28/6/2016 Access : Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high­throughput sequencing : Nature Genetics

Access
To read this story in full you will need to login or make a
payment (see right).
Brief Communication
Nature Genetics 40, 1413 ­ 1415 (2008) 
Published online: 2 November 2008 | Corrected online: 28 April 2009 |
doi:10.1038/ng.259

There is an Addendum (June 2009) associated with this Brief
Communication.

Deep surveying of alternative ARTICLE LINKS
splicing complexity in the Figures and
human transcriptome by high­ tables

throughput sequencing Supplementary
info

Qun Pan1, Ofer Shai1,2, Leo J Lee1,2, Brendan J
Frey1,2 & Benjamin J Blencowe1,3
ARTICLE TOOLS

We carried out the first analysis of Send to a friend
alternative splicing complexity in human Export citation
tissues using mRNA­Seq data. New splice Export
junctions were detected in  20% of references
multiexon genes, many of which are tissue Rights and
specific. By combining mRNA­Seq and EST­ permissions
cDNA sequence data, we estimate that Order
commercial
transcripts from  95% of multiexon genes reprints
undergo alternative splicing and that there
are  100,000 intermediate­ to high­
abundance alternative splicing events in
major human tissues. From a comparison SEARCH
with quantitative alternative splicing PUBMED FOR
microarray profiling data, we also show that Qun Pan
mRNA­Seq data provide reliable
Ofer Shai
measurements for exon inclusion levels.
Leo J Lee
To read this story in full you will need to Brendan J Frey
login or make a payment (see right). Benjamin J
Blencowe

MORE ARTICLES LIKE THIS
These links to content published by NPG are
automatically generated.

REVIEWS
Comprehensive comparative analysis of
strand­specific RNA sequencing methods
Nature Methods Analysis (01 Sep 2010)

See all 17 matches for Reviews

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n12/full/ng.259.html 1/2
28/6/2016 Access : Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high­throughput sequencing : Nature Genetics
NEWS AND VIEWS
Molecular biology Power sequencing
Nature News and Views (26 Jun 2008)

The beginning of the end for
microarrays?
Nature Methods News and Views (01 Jul 2008)

See all 4 matches for News And Views

RESEARCH
Alternative isoform regulation in human
tissue transcriptomes
Nature Article (27 Nov 2008)

Splice site strength???dependent activity
and genetic buffering by poly­G runs
Nature Structural & Molecular Biology Article (01 Oct
2009)

See all 51 matches for Research

Nature Genetics ISSN 1061­4036 EISSN 1546­1718

About NPG Privacy policy Naturejobs

Contact NPG Use of cookies Nature Asia
Accessibility statement Legal notice Nature Education
Help Terms RSS web feeds

Search: go

© 2016 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature. All Rights Reserved.
partner of AGORA, HINARI, OARE, INASP, ORCID, CrossRef, COUNTER and COPE

http://www.nature.com/ng/journal/v40/n12/full/ng.259.html 2/2