Preliminary Findings of The Human Genome

Projects
Index to this page
What was not found
What was found
1. The number of genes will turn out to be much smaller than once predicted.
2. Gene diversity and density.
3. Humans have many genes not found in invertebrates.
4. Gene Duplication.
5. Repetitive DNA.
What remains to be done?

Shortly after their press conferences, the two groups that had been striving for several years to map
the human genome published their findings:

the International Human Genome Sequencing Consortium (IHGSC) in the 15 February
2001 issue of Nature;
Celera Genomics, a company in Rockville, Maryland, in the 16 February issue of Science.

These achievements were monumental, but before we examine them, let us be clear as to what they
were not.

What was not found
Neither group had determined the complete sequence of the human genome.

Each of our chromosomes is a single molecule of DNA. Some day the sequence of base pairs in
each will be known from one end to the other. But in 2001, thousands of gaps remained to be
filled.

What they had done was present a series of draft sequences that represented about 90%
(probably the most interesting 90%) of the genome.

Even taken together, the results did not provide an accurate count of the number of protein­
encoding genes in our genome (in contrast to such genomes as those of
mitochondrial DNA;
the Epstein­Barr virus;
many of the bacterial genomes.)
One reason: the
large number and
large size
of the introns that split these genes make it difficult to recognize the open reading frames
(ORFs) that encode proteins.

What was found
1. The number of genes turned out to be much smaller than once predicted.
The two groups came up with slightly different estimates of the number of protein­encoding genes,
but both in the range of 30 to 38 thousand:

barely two times larger than the genomes of
Drosophila (~17,000 genes)
C. elegans (<22,000 genes)
and representing only 1– 2% of the total DNA in the cell;
and a third of the 100,000 genes that many had predicted would be found.
(By 2011, the number had been reduced to some 21,000.)

Are the tiny roundworm and fruit fly almost as complex as we are?

Probably not, although we share many homologous genes (called "orthologs") with both these
animals.

But,

many of our protein­encoding genes produce more than one protein product (e.g., by alternative
splicing of the primary transcript of the gene). On average, each of our ORFs produces 2 to 3
different proteins.

So the human "proteome" (our total number of proteins) may be 10 or more times larger than
that of the fruit fly and roundworm.

A larger proportion of our genome
encodes transcription factors
is dedicated to control elements (e.g., enhancers) to which these transcription factors
bind.
The combinatorial use of these elements probably provides much greater flexibility of gene
expression than is found in Drosophila and C. elegans.

Follow this link to a discussion of the role of changes in gene regulatory regions in the evolution of
animal form.

2. Gene diversity and density.
Although there are some giants such as

dystrophin with its 79 exons spread over 2.4 million base pairs of DNA;
titin whose 363 exons can encode a single protein with as many as ~38,000 amino acids,

the average human gene contains 4 exons totaling 1,350 base pairs and thus encodes an average
protein of 450 amino acids.

The density of genes on the different chromosomes varies from

23 genes per million base pairs on chromosome 19 (for a total of 1,400 genes) to
only 5 genes per million base pairs on chromosome 13.

3. Humans have many genes not found in invertebrates.

Humans, and presumably most vertebrates, have genes not found in invertebrate animals like
Drosophila and C. elegans.
These include genes encoding

antibodies and T cell receptors for antigen (TCRs) [Discussion]
the transplantation antigens of the major histocompatibility complex (MHC) (HLA, the MHC
of humans) [Link]
cell­signaling molecules including the many types of cytokines
the molecules that participate in blood clotting. [Link]
mediators of apoptosis. Although these proteins occur in Drosophila and C. elegans, we have a
much richer assortment of them.

4. Gene Duplication.
Both groups added to the list of human genes that have arisen by repeated duplication (e.g., by
unequal crossing over) from a single precursor gene; for examples,

the genes (several hundred) for olfactory receptors
the various globin genes.

5. Repetitive DNA.

Both groups verified the presence of large amounts of repetitive DNA. In fact, this DNA — with
similar sequences occurring over and over — is one of the main obstacles to assembling the DNA
sequences in proper order.

LINES (long interspersed elements) [Discussion]
SINES (short interspersed elements) including Alu elements [Discussion]
Retrotransposons
DNA transposons

All told, repetitive DNA probably accounts for over 50% of our total genome.

What remains to be done?
Keep looking for genes.

As of March 2010, 19,956 protein­encoding genes had been positively identified, but there
probably are a thousand or more still to be found.

Determine the human proteome; that is, the total complement of proteins we synthesize.
Analyze how clusters of genes are coordinately expressed
in various types of cells
at different times in the life of a cell.
Such analysis will benefit greatly from the availability to gene chip technology and will also
help us to understand how such a modest increase in gene number from Drosophila to humans
could produce such a different outcome!
Determine the genomes of other vertebrates.

This will not only help us recognize more human genes but will give us insight into what makes
us unique.

Already we know that large sections of our genome have closely­related homologs in the
mouse.

Examples:
 The collection of genes — and even their order — on human chromosome 17 matches
closely those of mouse chromosome 11. The same is true of human chromosome 20 and
mouse chromosome 2.
Humans and mice (also rats) share several hundred absolutely identical stretches of
DNA extending for 200–800 base pairs.
Some are present in the exons of genes, especially genes involved in RNA
processing.
Some are found in or near the introns of genes, especially genes encoding proteins
involved in DNA transcription.
Some are found between genes — especially those, like Pax6, essential to
embryonic development — and may serve as enhancers.
To have avoided any mutations for 60 million years since humans and rodents went their
separate evolutionary ways suggest that these regions perform functions absolutely
essential to mammalian life.

As for the chimpanzee, a comparison of its genome with humans is discussed at this link.

External Link
How to Sequence a Genome. Illustrated descriptions of sequencing strategies. (Requires Flash)
(Please let me know by e­mail if you find a broken link in my pages.)

An update: as of November 2008, the complete genomes of four men have been determined. With the
rapid improvements in the speed (and cost) of sequencing, we can expect more to come.

Welcome&Next Search

19 April 2014