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Para começar, tanto nas heliobacterias como nas bactérias verdes sulfurosas, o centro
reaccionário encontra-se num nível de potencial redutor mais negativo que nas púrpuras.
Assim ao chegarem ao transportador denominado proteína FeS os electrões encontram-se
num estado onde têm um potencial redutor mais negativo que o NADH. Ao serem
transferidos para uma molécula chamada ferredoxina os electrões responsáveis pela
redução podem actuar directamente sobre o CO2. Mais uma vez, existe necessidade da
utilização de um composto externo como dador de electrões, ou seja fonte de poder
redutor. A diferença entre os vários tipos de bactérias prende-se com o facto de os
electrões nas bactérias verdes sulfurosas e heliobacterias não serem bombeados contra a
corrente num movimento reverso de electrões.
Via do 3-hidroxipropionato
Nas bactérias verdes não sulfurosas, o processo é um pouco distinto. A via utilizada é
denominada de via do 3-hidroxipropionato que consiste na redução de CO2 a glioxilato
utilizando o hidroxipropionato como intermediário base. Até agora este processo de autotrofia
foi encontrado apenas nas bactérias Chloroflexus, consideradas o ramo mais ancestral da
árvore do domínio bacteria. Assim este processo tem um interesse evolutivo enorme pois
poderá ter sido a primeira tentativa de autotrofia em fototróficos anoxigénicos, ou até mesmo
em qualquer fototrófico, visto ser actualmente aceite que estes organismos se desenvolveram
bem antes de qualquer cianobactéria.