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YASARA VIEW MANUAL
YET ANOTHER SCIENTIFIC ARTIFICIAL REALITY APPLICATION
ÍNDICE
ESTRUTURA DE PROTEÍNAS: DA CIÊNCIA PARA A ARTE...............................................................................................2
1 INTRODUÇÃO...........................................................................................................................................5
2 INSTALAÇÃO.............................................................................................................................................5
3 ABRIR/FECHAR FICHEIROS PDB.....................................................................................................................8
3.1 Vamos Começar.........................................................................................................................8
3.2 Abrir um ficheiro PDB...............................................................................................................9
3.3 Ficheiros PDB e Scene YASARA..................................................................................................9
3.4 Depois de Abrir o Ficheiro.........................................................................................................9
3.5 Objecto, moléculas, resíduos, átomos....................................................................................11
3.6 Fechar e guardar o seu ficheiro..............................................................................................12
4 OPÇÕES DE VISUALIZAÇÃO.........................................................................................................................13
4.1 F1 = Raios de Van der Waals de todos os átomos..................................................................13
4.2 F2 = Modelo de bolas&paus (“balls and sticks”)....................................................................14
4.3 F3 = Modelo de paus (“Sticks”)...............................................................................................14
4.4 F4 = Esboço Cα (“Cα trace”)..................................................................................................15
4.5 F5 = Modelo em tubo..............................................................................................................15
4.6 F6 = Vista em fitas (“ribbons”)................................................................................................16
4.7 F7 = Vista em “cartoon”..........................................................................................................16
4.8 F8 = ligar/desligar as cadeias laterais......................................................................................17
4.9 Sabia que.................................................................................................................................17
5 OPERAÇÕES BÁSICAS................................................................................................................................19
5.1 Mexe-me essa proteína...........................................................................................................19
5.2 Rotação...................................................................................................................................19
5.3 Ampliação/Zooming................................................................................................................19
5.4 Translação...............................................................................................................................19
5.5 Usando as teclas.....................................................................................................................19
5.6 Usando a tecla Shift................................................................................................................20
6 MANIPULAÇÕES SIMPLES...........................................................................................................................21
6.1 Cores ......................................................................................................................................21
6.2 Gradiente de cores..................................................................................................................22
6.3 Ligações de Hidrogénio...........................................................................................................23
6.4 Divisão e junção......................................................................................................................24
6.5 Superfícies...............................................................................................................................24
6.6 Permuta...................................................................................................................................26
7 MEDIÇÕES............................................................................................................................................27
7.1 Distância..................................................................................................................................27
7.2 Ângulo.....................................................................................................................................27
7.3 Diedros....................................................................................................................................27
8 TRUQUES E DICAS...................................................................................................................................29
8.1 Dicas para usar o YASARA (sem L.E.R.)....................................................................................29
8.2 Truques e dicas para as figuras...............................................................................................29
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YASARA VIEW MANUAL
YET ANOTHER SCIENTIFIC ARTIFICIAL REALITY APPLICATION
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YASARA VIEW MANUAL
YET ANOTHER SCIENTIFIC ARTIFICIAL REALITY APPLICATION
1 INTRODUÇÃO
O YASARA, acrónimo de “Yet Another Scientific Artificial Reality Application” (ou em Português,
“Uma Outra Aplicação de Realidade Artificial Científica”) é um programa de visualização de
moléculas fácil de usar, especialmente vocacionado para a análise de estruturas de proteínas.
Todos os créditos pela invenção e desenvolvimento do programa vão para Elmar Krieger, um
investigador do Centro de Informática Molecular e Biomolecular (CMBI) de Nijmegen, nos Países
Baixos. O YASARA existe em 4 versões, mas com a versão simples (e gratuita!) YASARA View pode
começar já a manipular a proteína que quiser, produzir imagens e recriar cenários apelativos para
aulas e apresentações. Pode até mesmo introduzir mutações na estrutura das proteínas. Versões
superiores do programa oferecem muitas opções adicionais. No entanto, este tutorial destina-se à
utilização básica do programa, quer por professores que leccionam disciplinas científicas no ensino
secundário, quer por investigadores nas áreas médicas e biológicas onde a simples visualização da
estrutura de uma proteína pode ser extremamente útil na compreensão do mecanismo molecular
de uma função biológica. Neste tutorial, encontrará tudo o que precisa para uma rápida iniciação
ao YASARA View.
2 INSTALAÇÃO
O YASARA corre localmente no seu computador, o que significa que precisa ser descarregado a
partir de um servidor apropriado. Para isso pode visitar a secção de descargas da página inicial do
YASARA ou seguir directamente para a página de descargas do YASARA View. Neste sítio pode
também encontrar versões não gratuitas do YASARA.
Pode ainda personalizar a sua versão do YASARA escolhendo o sistema operativo
(provavelmente o Windows) e o processador do seu computador. Se desconhece o tipo de
processador não se preocupe, escolha apenas "include support for all processors" (incluir suporte
para todos os processadores). O pacote a descarregar será maior, mas normalmente isto não é um
problema. Introduza no formulário pelo menos o seu primeiro nome. O programa irá tratá-lo por
esse nome, pelo que deve introduzir um nome que lhe agrade. Pode introduzir outros dados, mas
o seu endereço de correio electrónico é essencial. Quando terminar, clique no botão "Ready, let's
go".
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Figura 1. Imagem da página de descargas, onde necessita introduzir o seu nome e endereço de
correio electrónico.
O pacote a descarregar será gerado e, passado algum tempo, receberá um email com o URL do
sítio onde poderá descarregar o programa. Neste e-mail são fornecidas instruções adicionais (em
Inglês). Pode assim descarregar o pacote e em seguida executá-lo clicando duas vezes sobre o
ficheiro (DeployYASARA.exe). Isto cria uma pasta chamada "yasara". Após a extracção pode mover
a pasta completa para qualquer destino que pretenda. Na verdade, o YASARA também pode ser
executado a partir de uma pen USB: basta mover a pasta “yasara” completa para a pen.
Alguns dos problemas com que pode deparar-se poderão estar relacionados com a segurança do
Windows (ligue-se como administrador), placas gráficas incorrectas (normalmente, as placas
Radeon/NVIDIA funcionam bem). No ficheiro yasara/doc/Troubleshooting.html pode encontrar um
guia de resolução de problemas. Quando tudo estiver OK, o YASARA iniciar-se-á automaticamente.
Futuramente, poderá executar o programa com um duplo-clique no ícone Yasara.exe da pasta
“yasara”. Sugere-se que crie um atalho para o programa e o coloque no seu ambiente de trabalho.
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Figura 3. Imagem da área de trabalho e menus do YASARA sem qualquer estrutura ainda aberta.
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File >> Load >> PDB file e escolha o seu ficheiro .pdb
File >> Load >> Complete scene e escolha o seu ficheiro .sce
O YASARA consegue abrir diferentes tipos de ficheiro, mas os mais comuns são o ficheiro PDB
("nomeficheiro.pdb") e o ficheiro de cena YASARA ("nomeficheiro .sce").
Escolha o tipo de ficheiro correcto a abrir, caso contrário o YASARA dará um erro. Ou seja, não
tente abrir um ficheiro "file.sce" depois de escolher o menu
File >> Load >> PDB file
É no menu pop-up que deve encontrar o seu ficheiro. Isto pode ser um pouco complicado,
porque tem que encontrar o directório correcto que contém o ficheiro. Assim, pode guardar todos
os seus ficheiros PDB na pasta yasara/pdb, já que este é o primeiro local que o YASARA irá abrir ao
carregar um ficheiro.
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por uma cadeia, será carregada para um objecto. Dependendo da informação contida no ficheiro
PDB, objectos adicionais poderão ser carregados. Por exemplo, uma estrutura de um complexo
proteico pode carregar cada proteína única para um objecto diferente.
Poderá activá-los ou desactivá-los de forma independente, com um clique em "Yes / No" na
coluna "Vis", que significa “visibilidade”. Por vezes, duas moléculas claramente diferentes são
carregadas para um objecto, por exemplo, um receptor e o seu ligando ou co-factor. Tudo depende
da forma como estão escritas as suas coordenadas no ficheiro PDB.
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De modo idêntico, poderá também usar o selector de sequência para manipular os resíduos.
Clique com o botão direito num resíduo no selector e irá aparecer um menu. Qualquer opção que
escolher terá efeito sobre o resíduo seleccionado em primeiro lugar.
Pode escolher sair do Yasara com um clique na cruz vermelha no canto superior direito. Ou
seleccionando no menu
File >> Exit.
O programa irá perguntar-lhe se tem a certeza de que deseja sair sem guardar seu trabalho.
Se escolher "No", o programa não termina; se escolher "Yes" o programa termina e seu trabalho
não é guardado.
Para guardar os seus ficheiros vá a
File >> Save as.
Aqui pode escolher guardar apenas as coordenadas atómicas num ficheiro PDB, seguindo o
menu
File >> Save as >> PDB File.
Cores ou perspectivas especiais não serão guardadas. O YASARA perguntar-lhe-á também qual o
objecto a guardar. Basta seleccionar todos os objectos que pretender incluir no ficheiro PDB e
clique em "OK". Dê um nome ao ficheiro e escolha o local desejado. Os ficheiros PDB assim
gerados podem ser abertos por outros programas.
Pode ainda guardar as configurações actuais de cores e perspectiva num ficheiro YASARA Scene
(.sce). Neste caso, precisará seleccionar
File >> Save as >> YASARA Scene.
Seleccione o local onde pretende guardar o ficheiro e atribua-lhe um nome.
NOTA: Os ficheiros YASARA Scene (.sce) só podem ser abertos pelo programa YASARA.
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4 OPÇÕES DE VISUALIZAÇÃO
A estrutura de uma proteína pode ser representada de muitas maneiras diferentes. A
visualização em modo esquemático (“desenho animado”, do Inglês Cartoon) é frequentemente
utilizada em publicações científicas, apesar de estar muito longe de corresponder à realidade. No
entanto, pode também optar-se por representar todos os átomos da proteína, mas isso torna
muito difícil analisar e compreender a estrutura.
No YASARA pode escolher o seu modo de visualização preferido. Isto pode ser feito através das
teclas F1 a F7 do computador, ou escolhendo a visualização desejada no menu "View".
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Figura 7. O modo F2 mostra cada átomo como uma pequena bola e cada ligação como um pau.
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Figura 9. O modo F4 mostra apenas os átomos Cα, unidos por uma ligação.
Figura 10. O modo F5 mostra o esboço da cadeia principal como um tubo, colorido de acordo com
a estrutura secundária.
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Figura 11. O modo F6 mostra a proteína com a estrutura secundária representada em fitas.
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Lembre-se que, se excluir hidrogénios, não poderá mostrar ligações de hidrogénio (veja a abaixo
Secção “Manipulação Simples”).
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5 OPERAÇÕES BÁSICAS
5.2 ROTAÇÃO
Se deseja ver todos os lados da sua proteína, girá-la é a primeira coisa que precisa.
Isto é feito intuitivamente, agarrando a proteína (pressionando o botão esquerdo do rato) e
movendo o rato. A proteína vai girar em torno de seu ponto central.
Se quiser girar em torno de um resíduo em particular, deve seleccionar esse resíduo (clique com
o botão esquerdo do rato sobre o resíduo). Agora segure a tecla Ctrl e mova o rato. O resíduo
seleccionado passou a ser o novo ponto central para rotação da proteína.
5.3 AMPLIAÇÃO/ZOOMING
Se quiser dar uma olhada na proteína em profundidade precisa de fazer uma ampliação (zoom).
Isto pode ser feito pressionando o botão direito do rato e movendo o rato.
5.4 TRANSLAÇÃO
Pode ainda querer mover a proteína para outro local na tela. Agarre a proteína carregando nos
botões esquerdo e direito do rato ao mesmo tempo, ou carregue na roda do rato. Assim, já
consegue mover a proteína para outro lugar.
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6 MANIPULAÇÕES SIMPLES
Abra agora um ficheiro, escolha o seu modo de visualização preferido, amplie e gire os objectos.
No YASARA View estão disponíveis manipulações adicionais que serão discutidas nesta secção.
6.1 CORES
Todos os ficheiros PDB serão abertos com as cores padrão do YASARA, atribuídas aos elementos
que ocorrem nos aminoácidos:
Carbono → Anil
Oxigénio → Vermelho
Azoto → Azul
Hidrogénio → Branco
Enxofre → Verde
Por vezes, os metais e outros elementos ocorrem em proteínas. Por exemplo, o magnésio e o
cálcio serão representados a amarelo, o ferro a magenta.
Como existem mais elementos do que cores conhecidas, o YASARA atribui a mesma cor a alguns
elementos. Nos modos de visualização F5/F6/F7 não pode ver os átomos individuais e as proteínas
serão coloridas de acordo com os elementos de estrutura secundária:
Hélice-α → Azul
Cadeia- β → Vermelho
Volta → Verde
Desorganizada → Anil
Pode colorir a sua proteína como bem gostar. Primeiro, deve seleccionar o que quiser colorir
usando o selector de sequência, seleccionando directamente um resíduo, ou através do menu
View >> Color >> Object/Molecule/Residue/Atom.
As cores que escolher irão afectar apenas os átomos constantes da sua selecção. Quando a
selecção estiver completa, pode escolher uma cor.
O YASARA conhece 360 cores representadas numa roda de cores. Pode escolher qualquer cor
existente na roda, com um clique sobre ela. Pode ser definida uma cor cinza, com um clique no
meio da roda.
Verá que o número na caixa "First color" também mudará. Pode ainda introduzir directamente
esse número na caixa, mas para isso deve conhecer de antemão o número da cor que pretende.
O YASARA também consegue trabalhar com cores hexadecimais (se nunca ouviu falar disto,
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Figura 15. A proteína cambrina representada com as suas cores elementares (à esquerda), e
colorida em gradiente entre o azul e o vermelho (à direita).
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Figura 16. A proteína cambrina com todas as suas ligações de hidrogénio representadas.
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6.5 SUPERFÍCIES
A representação da superfície de uma proteína oferece uma perspectiva real da forma e áreas
acessíveis de uma proteína. As representações de superfície do YASARA são “pozinhos mágicos”
para a obtenção de imagens fantásticas!
Para representar uma superfície é necessário seleccionar (novamente) a parte correcta da
proteína. Geralmente, escolhe-se um objecto completo, mas também pode escolher representar a
superfície de um ligando. Seleccionando o menu
View >> Show surface of
aparece no seu monitor uma nova janela onde pode seleccionar o tipo de superfície que
pretende ver representada:
• Superfície de van der Waals (no Inglês Van der Waals surface): Trata-se apenas de uma
representação dos raios Van der Waals de cada átomo
• Superfície molecular (no Inglês Molecular surface): É a parte da superfície de Van der
Waals que pode ser realmente “tocada” por uma molécula de água. Como a molécula de
água tem um determinado raio, algumas cavidades mais pequenas da superfície de Van der
Waals aparecem agora fechadas.
• Superfície acessível ao solvente (no Inglês Solvent accessible surface): É a superfície
molecular adicionada ao raio da sonda de água (padrão definido em 1.4 Angströms).
Para obter uma superfície perfeitamente lisa escolha a opção "Solvent accessible surface".
Mantenha a opção "Specular highlights" activa e clique em "Continue with surface color". Irá ver
(novamente) uma roda de cores através da qual poderá escolher qualquer a cor que pretende. Na
caixa à direita, sob "Name", pode ainda escolher uma cor pré-definida.
A opção "AtomCol" é particularmente útil, pois irá colorir a superfície com a mesma cor do
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Figura 17. Uma proteína representada com a sua superfície molecular. A superfície está colorida de
acordo com a cor do átomo, com alpha=75, cor externa em branco, cor interna em anil. Um dos
resíduos foi colorido a vermelho para facilitar a observação do efeito produzido na superfície.
6.6 PERMUTA
Através do YASARA pode trocar um resíduo ou um átomo por outro resíduo ou átomo. Na área
da biologia, esta operação é particularmente útil para analisar o efeito de uma mutação pontual.
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Seleccione um resíduo, e depois clique com o botão direito do rato sobre ele. No menu que
surge no seu monitor, escolha
Swap >> Residue.
Agora pode escolher um novo tipo de resíduo e confirmar em "OK" . Por vezes, é necessário
voltar a representar novamente esse resíduo utilizando o menu
Show atoms >> Residue sidechain & CA.
O YASARA permuta o resíduo por si.
Alterar o tipo de átomo faz-se exactamente da mesma forma, mas escolhendo a opção “Atom”:
Swap >> Atom.
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7 MEDIÇÕES
O YASARA pode fornecer-lhe informações sobre a distância entre átomos, ângulos de ligação e
ângulos diedros. Para isso, precisa de saber que pode seleccionar mais do que um átomo, basta
que depois de seleccionar o primeiro átomo mantenha a tecla Ctrl pressionada enquanto
selecciona os restantes átomos com o botão esquerdo do rato. Irá verificar que os átomos
seleccionados serão marcados com pequenos “cometas”.
No menu à esquerda na tela, sob os parâmetros
Marked Distance
Marked Angle
Marked Dihedral
surgem os valores de distância, ângulo, e angulo diedro para os átomos seleccionados. Estes
valores podem ser ajustados.
7.1 DISTÂNCIA
O YASARA consegue medir a distância em Angströms entre quaisquer dois átomos. Seleccione
dois átomos, que serão marcados com “cometas” brancos e vermelhos.
No menu à esquerda irá encontrar a distância entre os dois átomos seleccionados. Se os átomos
estiverem unidos por ligações, poderá ajustar os seus comprimentos com um clique no botão
direito do rato no átomo marcado a branco, e seleccionando o menu
Geometry >> Distance/Bond lengths.
A opção distância só funciona se os átomos estiverem separados por apenas uma ligação.
7.2 ÂNGULO
Para medir um ângulo deve seleccionar três átomos. O valor irá aparecer na tela no menu à
esquerda. O ângulo fornecido é medido sobre o átomo que aparecerá marcado com a cor Verde.
Pode medir qualquer ângulo, mas se quiser manipulá-lo deve escolher três átomos separados
por apenas uma ligação.
Para alterar este ângulo, clique no botão direito do rato sobre o átomo marcado a branco,
escolha o menu
Geometry >> Angle.
7.3 DIEDROS
Um diedro é um ângulo entre dois planos. Nas proteínas, 4 átomos podem formar um diedro,
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Figura 18. 4 átomos seleccionados e respectivos valores geométricos. A distância é medida entre
os átomos marcados a branco e a vermelho, o ângulo é medido sobre os vectores branco-verde-
vermelho, e o ângulo diedro é medido sobre a ligação entre os átomos marcados a verde e azul.
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8 TRUQUES E DICAS
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Esta opção usa um programa adicional chamado POV-Ray para renderizar as suas imagens,
adicionar iluminação e sombras agradáveis.
Pode descarregar este programa a partir de POVRay.org e instalar o pacote completo na pasta
yasara/pov, ou fazê-lo directamente da interface do YASARA seguindo o menu:
Help >> Install program >> POVRay,
mas lembramos que deve estar com a sua ligação de internet activa.
Ao escolher a opção
File >> Save as >> Ray-traced Screenshot
irá aparecer um menu onde pode definir parâmetros diferentes para o programa. A maioria dos
parâmetros, por defeito, está correcta. Mas também aqui pode optar por uma figura com um
fundo transparente, o que pode ser útil para posterior processamento da imagem.
Clique em "Run POVRay and save ray-traced image" (a opção alternativa só irá criar um script
que só pode ser lido pelo programa POV-Ray). Dê um nome ao ficheiro e indique uma localização
adequada. Pode alterar o formato/extensão do ficheiro (Bmp ou jpg).
Pode ainda escolher o tamanho correcto para a figura. Para páginas web 640x480 é por norma
suficiente (a maioria das figuras deste tutorial foram geradas nesse tamanho). Para as publicações
deve escolher uma resolução superior, mas os ficheiros serão maiores. Quando finalizar, clique em
"OK" para produzir a figura.
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O fundo do YASARA pode ter 4 cores diferentes. Se seleccionar uma cor e confirmar
imediatamente em "OK", todo o fundo terá essa cor.
Alternativamente, também pode escolher "Continue with bottom color". Escolha uma segunda
cor e clique em "OK". Agora, o fundo terá um gradiente desde a primeira cor em cima até à
segunda cor em baixo.
Da mesma forma, também pode escolher uma terceira cor (que será aplicada ao canto superior
direito) e uma quarta cor (que será aplicada ao canto inferior direito). Para um efeito interessante,
pode dar à primeira cor e à 4ª o mesmo valor, bem como à 2ª e à 3ª.
Figura 20. Fundo com 4 cores diferentes, mostrando também o menu de escolha de cores com a
roda de cores.
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Figura 21. Resultado do método explicado. Estrutura de uma proteína colorida a cinzento e no
modo de visualização em fitas. Apenas a cadeia lateral do resíduo mutado está representada. O
resíduo wildtype está a verde e o mutante está a vermelho.
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